Changeset 693


Ignore:
Timestamp:
Mar 8, 2011 8:27:49 AM (10 years ago)
Author:
raasch
Message:

New:
---
adjustments for ibmkisti (pres, batch_scp, mbuild, mrun, subjob)

new default configuration files .mrun.config.yonsei2011 and .config_block_for_ibmkisti

Changed:


Errors:


bugfix: weighting coefficient added to ibm branch (pres)

Location:
palm/trunk
Files:
2 added
5 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • palm/trunk/SCRIPTS/batch_scp

    r306 r693  
    4545     # 25/10/05 - Siggi - put of catalogs realized
    4646     # 27/04/09 - Marcus- use option -p for all scp calls
     47     # 08/03/11 - Siggi - adjustments for ibmkisti: this machine allows
     48     #                    outgoing ssh/scp connections only from the
     49     #                    interactive nodes (gaiad). All ssh/scp traffic is
     50     #                    done via this interactive node.
    4751
    4852
     
    6064 get=false
    6165 local_host=`hostname`
     66 local_user=$USER
     67 local_wdir=`pwd`
    6268 locat=normal
    6369 make_catalog=false
     
    286292
    287293    # VERZEICHNISLSTE DES ZIELRECHNERS ERSTELLEN
    288  ssh $1 -l $remote_user "cd $3; ls -1; echo '*** list complete'" > $filelist  2>&1
     294 if [[ $(echo $local_host | cut -c1-4) = gaia ]]
     295 then
     296    ssh $local_user@gaiad "ssh $1 -l $remote_user \"cd $3; ls -1; echo '*** list complete'\" "  > $filelist  2>&1
     297 else
     298    ssh $1 -l $remote_user "cd $3; ls -1; echo '*** list complete'" > $filelist  2>&1
     299 fi
    289300 ssh_status=$?
    290301
     
    491502 then
    492503    rm -rf $filelist
    493     ssh $1 -l $remote_user "cd $3" > $filelist
     504    if [[ $(echo $local_host | cut -c1-4) = gaia ]]
     505    then
     506       ssh $local_user@gaiad "ssh $1 -l $remote_user \"cd $3\" " > $filelist
     507    else
     508       ssh $1 -l $remote_user "cd $3" > $filelist
     509    fi
    494510    if [[ $? != 0 ]]
    495511    then
     
    542558                scp -p -r -q -v $2 $remote_user@$1:$catalog_name$4$zyklusnr
    543559             fi
     560          elif [[ $(echo $local_host | cut -c1-4) = gaia ]]
     561          then
     562             if [[ $catalog_copy = false ]]
     563             then
     564                ssh $local_user@gaiad "cd $local_wdir; scp -p $2 $remote_user@$1:$catalog_name$4$zyklusnr"  > /dev/null
     565             else
     566                ssh $local_user@gaiad "cd $local_wdir; scp -p -r $2 $remote_user@$1:$catalog_name$4$zyklusnr"  > /dev/null
     567             fi
    544568          else
    545569             if [[ $catalog_copy = false ]]
     
    559583             local_size=`echo $local_size | cut -d" " -f5`
    560584
    561              remote_size=`ssh $1 -l $remote_user "ls -al $catalog_name$4$zyklusnr"`
     585             if  [[ $(echo $local_host | cut -c1-4) = gaia ]]
     586             then
     587                remote_size=`ssh $local_user@gaiad "ssh $1 -l $remote_user \"ls -al $catalog_name$4$zyklusnr\" "`
     588             else
     589                remote_size=`ssh $1 -l $remote_user "ls -al $catalog_name$4$zyklusnr"`
     590             fi
    562591             remote_size=`echo $remote_size | cut -d" " -f5`
    563592
     
    571600          fi
    572601       else
    573           scp -p $2 $remote_user@$1:${catalog_name}batch_scp_append_file.$random  > /dev/null
     602          if [[ $(echo $local_host | cut -c1-4) = gaia ]]
     603          then
     604             ssh $local_user@gaiad "cd $local_wdir; scp -p $2 $remote_user@$1:${catalog_name}batch_scp_append_file.$random"  > /dev/null
     605          else
     606             scp -p $2 $remote_user@$1:${catalog_name}batch_scp_append_file.$random  > /dev/null
     607          fi
    574608          if [[ $? != 0 ]]
    575609          then
     
    579613             local_size=`echo $local_size | cut -d" " -f5`
    580614
    581              remote_size=`ssh $1 -l $remote_user "ls -al ${catalog_name}batch_scp_append_file.$random"`
     615             if  [[ $(echo $local_host | cut -c1-4) = gaia ]]
     616             then
     617                remote_size=`ssh $local_user@gaiad "ssh $1 -l $remote_user \"ls -al ${catalog_name}batch_scp_append_file.$random\" "`
     618             else
     619                remote_size=`ssh $1 -l $remote_user "ls -al ${catalog_name}batch_scp_append_file.$random"`
     620             fi
    582621             remote_size=`echo $remote_size | cut -d" " -f5`
    583622
     
    593632          rm  $filelist
    594633
    595           ssh $1 -l $remote_user "cd $3; cat batch_scp_append_file.$random >> $4$zyklusnr; rm batch_scp_append_file.$random; echo '*** append complete'" > $filelist
     634          if  [[ $(echo $local_host | cut -c1-4) = gaia ]]
     635          then
     636             ssh $local_user@gaiad "ssh $1 -l $remote_user \"cd $3; cat batch_scp_append_file.$random >> $4$zyklusnr; rm batch_scp_append_file.$random; echo '*** append complete'\" " > $filelist
     637          else
     638             ssh $1 -l $remote_user "cd $3; cat batch_scp_append_file.$random >> $4$zyklusnr; rm batch_scp_append_file.$random; echo '*** append complete'" > $filelist
     639          fi
    596640          if [[ $? != 0 ]]
    597641          then
     
    608652       fi
    609653    else
    610        ssh $1 -l $remote_user "mkdir -p $3"
     654       if  [[ $(echo $local_host | cut -c1-4) = gaia ]]
     655       then
     656          ssh $local_user@gaiad "ssh $1 -l $remote_user \"mkdir -p $3\" "
     657       else
     658          ssh $1 -l $remote_user "mkdir -p $3"
     659       fi
    611660       if [[ $? != 0 ]]
    612661       then
    613662          locat=ssh_failed_4; exit
    614663       fi
    615        scp -p $2 $remote_user@$1:$catalog_name$4$zyklusnr  > /dev/null
     664       if  [[ $(echo $local_host | cut -c1-4) = gaia ]]
     665       then
     666          ssh $local_user@gaiad "cd $local_wdir; scp -p $2 $remote_user@$1:$catalog_name$4$zyklusnr"  > /dev/null
     667       else
     668          scp -p $2 $remote_user@$1:$catalog_name$4$zyklusnr  > /dev/null
     669       fi
    616670       if [[ $? != 0 ]]
    617671       then
     
    632686       else
    633687
    634           scp -p $remote_user@$1:$catalog_name$4$zyklusnr $2  > /dev/null
     688          if  [[ $(echo $local_host | cut -c1-4) = gaia ]]
     689          then
     690             ssh $local_user@gaiad "cd $local_wdir; scp -p $remote_user@$1:$catalog_name$4$zyklusnr $2"  > /dev/null
     691          else
     692             scp -p $remote_user@$1:$catalog_name$4$zyklusnr $2  > /dev/null
     693          fi
    635694          if [[ $? != 0 ]]
    636695          then
  • palm/trunk/SCRIPTS/mbuild

    r691 r693  
    117117     # 14/12/10 - Siggi - adjustments for new Tsubame system at Tokyo
    118118     #                    institute of technology (lctit)
    119      # 04/03/11 - BjörnM- re-adjustments for lcxt4
     119     # 04/03/11 - BjornM- re-adjustments for lcxt4
     120     # 06/03/11 - Siggi - adjustments for ibmkisti
    120121
    121122
     
    479480        (decalpha)       remote_addres=165.132.26.56;;
    480481        (ibmh)           remote_addres=136.172.40.15;;
     482        (ibmkisti)       remote_addres=150.183.146.24;;
    481483        (ibmku)          remote_addres=133.5.4.129;;
    482484        (ibms)           remote_addres=150.183.5.101;;
     
    10631065          fi
    10641066
    1065           if [[ $remote_host = ibms  ||  $remote_host = ibmy ]]
     1067          if [[ $remote_host = ibmkisti  ||  $remote_host = ibms  ||  $remote_host = ibmy ]]
    10661068          then
    10671069
  • palm/trunk/SCRIPTS/mrun

    r683 r693  
    219219     # 02/02/10 - Siggi  - further adjustments on Tsubame and concerning openMP
    220220     #                     usage
    221      # 09/02/10 - Siggi  - mpt bugfix for netCDF4 usage
     221     # 09/02/10 - Siggi  - adjustments for ibmkisti, mpt bugfix for netCDF4
     222     #                     usage, totalview usage extended
    222223
    223224
     
    304305 then
    305306   return_addres=133.5.185.60
    306    echo "+++ WARNING: return_addres changed to $return_addres !!!!!"
     307   echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
     308 elif [[ `hostname` = climate0 ]]
     309 then
     310   return_addres=165.132.26.68
     311   echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
    307312 else
    308313    return_addres=$(nslookup `hostname` 2>&1 | grep "Address:" | tail -1 | awk '{print $2}')
     
    670675    do_remote=true
    671676    case  $host  in
    672         (ibm|ibmh|ibmku|ibms|ibmy|nech|necriam|lckyoto|lcsgib|lcsgih|unics|lcxt4|lcxt5m|lck)  true;;
     677        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|ibmy|nech|necriam|lckyoto|lcsgib|lcsgih|unics|lcxt4|lcxt5m|lck)  true;;
    673678        (*)  printf "\n"
    674679             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
     
    834839                   do_remote=true
    835840                   case  $host  in
    836                        (ibm|ibmh|ibmku|ibms|ibmy|lckyoto|lcsgib|lcsgih|nech|necriam|unics|lcxt4|lcxt5m|lck)  true;;
     841                       (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|ibmy|lckyoto|lcsgib|lcsgih|nech|necriam|unics|lcxt4|lcxt5m|lck)  true;;
    837842                       (*)  printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
    838843                            printf "\n      is not available"
     
    10991104    # GLOBALE REVISIONSNUMMER ERMITTELN (FORTSETZUNGSLAEUFEN WIRD DIESE
    11001105    # DURCH OPTION -G MITGETEILT)
    1101  if [[ "$global_revision" = "" ]]
     1106 if [[ "$global_revision" = ""   &&  $host != "ibmkisti" ]]
    11021107 then
    11031108    global_revision=`svnversion $source_path  2>/dev/null`
     
    11161121    do_remote=true
    11171122    case  $host  in
    1118         (ibm|ibmh|ibmku|ibms|ibmy|lckyoto|lcsgib|lcsgih|nech|necriam|unics|lcxt4|lcxt5m|lck)  true;;
     1123        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|ibmy|lckyoto|lcsgib|lcsgih|nech|necriam|unics|lcxt4|lcxt5m|lck)  true;;
    11191124        (*)  printf "\n"
    11201125             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
     
    11451150       # DEFAULT-WERT SETZEN) UND OB SIE EIN GANZZAHLIGER TEILER DER
    11461151       # GESAMTPROZESSORANZAHL IST
    1147     if [[ $host = nech  ||  $host = necriam  ||  $host = ibmh  ||  $host = ibms ]]
     1152    if [[ $host = nech  ||  $host = necriam  ||  $host = ibmh  ||  $host = ibmkisti  ||  $host = ibms ]]
    11481153    then
    11491154       [[ "$tasks_per_node" = "" ]]  &&  tasks_per_node=6
     
    12581263    case  $host  in
    12591264        (ibmh)       queue=no_class;;
     1265        (ibmkisti)   queue=class.32plus;;
    12601266        (ibmy)       queue=parallel;;
    12611267        (lckyoto)    queue=ph;;
     
    29902996    fi
    29912997
     2998    if [[ "$totalview" = true ]]
     2999    then
     3000       printf "\n *** totalview debugger will be used"
     3001       tv_opt="-tv"
     3002    else
     3003       tv_opt=""
     3004    fi
     3005
    29923006    if [[ "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ]]
    29933007    then
     
    30633077             then
    30643078                printf "\n     running totalview debugger"
    3065                 mpiexec_mpt -tv -n $ii   ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
     3079                mpiexec_mpt $tv_opt -n $ii   ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
    30663080             else
    30673081                mpiexec_mpt -np $ii   ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
     
    30753089             then
    30763090                printf "\n     running totalview debugger"
    3077                 mpiexec -tv ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
     3091                mpiexec $tv_opt ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
    30783092             else
    30793093                mpiexec    ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
     
    30973111          then
    30983112                # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
    3099              if [[ $host != ibmh ]]
     3113             if [[ $host != ibmh  &&  $host != ibmkisti ]]
    31003114             then
    31013115                export MP_SHARED_MEMORY=yes
     
    31123126                [[ $node_usage = not_shared ]]  &&  export MP_SINGLE_THREAD=yes
    31133127             fi
     3128
     3129             if [[ $host = ibmkisti ]]
     3130             then
     3131                export LANG=en_US
     3132                export MP_SHARED_MEMORY=yes
     3133                export MP_SINGLE_THREAD=yes
     3134                export MEMORY_AFFINITY=MCM
     3135             fi
     3136
    31143137             if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
    31153138             then
     
    31413164                then
    31423165                   poe  a.out  -procs $numprocs  -nodes 1  -rmpool 0  $ROPTS
    3143                 elif [[ $localhost = ibmku  ||  $localhost = ibmy ]]
     3166                elif [[ $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku  ||  $localhost = ibmy ]]
    31443167                then
    31453168                   if [[ -f $hostfile ]]
     
    33133336                      export MPI_GROUP_MAX=64
    33143337                      echo "*** MPI_GROUP_MAX=$MPI_GROUP_MAX"
    3315                       mpiexec_mpt -np $ii   ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
     3338                      if [[ $use_openmp = true ]]
     3339                      then
     3340                         echo " mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos"
     3341                         mpiexec -npernode $tasks_per_node $tv_opt ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
     3342                      else
     3343                         mpiexec_mpt -np $ii $tv_opt  ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
     3344                      fi
    33163345
    33173346                          # next is test for openmp usage
     
    33403369                      then
    33413370                         echo " mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos"
    3342                          mpiexec -npernode $tasks_per_node ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
     3371                         mpiexec -npernode $tasks_per_node $tv_opt ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
    33433372                      else
    3344                          mpiexec -np $ii ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
     3373                         mpiexec -np $ii $tv_opt ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
    33453374                      fi
    33463375                   fi
     
    42364265          then
    42374266
    4238              if [[ $localhost = lcsgih  ||  $localhost = lcsgib  ||  $localhost = nech  ||  $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibmku  ||  $localhost = ibms ]]
     4267             if [[ $localhost = lcsgih  ||  $localhost = lcsgib  ||  $localhost = nech  ||  $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku  ||  $localhost = ibms ]]
    42394268             then
    42404269                echo "*** ssh will be used to initiate restart-runs!"
     
    42454274                   ssh $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export LD_LIBRARY_PATH=\$LD_LIBRARY_PATH:/muksoft/packages/intel/Compiler/11.0/083/lib/intel64/;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
    42464275                else
    4247                    ssh $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
     4276                   if [[ $localhost = ibmkisti ]]
     4277                   then
     4278                      ssh $usern@gaiad "ssh $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
     4279                   else
     4280                      ssh $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
     4281                   fi
    42484282                fi
    42494283             else
     
    43334367
    43344368       # MRUN-BEFEHL FUER REMOTE-MASCHINE ZUSAMMENSTELLEN
    4335     mrun_com="$mrun_script_name -a $afname -c $config_file -d $fname -h $host -H $fromhost -m $memory -t $cpumax -q $queue -R $return_addres -U $return_username -u $remote_username"
     4369    mrun_com="$mrun_script_name -a $afname -c $config_file -d $fname -h $host -H $fromhost -m $memory -t $cpumax -q \$queue -R $return_addres -U $return_username -u $remote_username"
    43364370    [[ "$cpp_opts" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -D \"$cpp_opts\""
    43374371    [[ "$global_revision" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -G \"$global_revision\""
     
    43854419       # BEREITSTELLUNG VON QUELLTEXTEN, MRUN-SCRIPTS UND KONFIGURATIONS-
    43864420       # DATEI FUER DEN JOB
    4387     if [[ $( echo $host | cut -c1-5 ) = lcsgi ]]
     4421    if [[ $( echo $host | cut -c1-5 ) = lcsgi  ||  $host = ibmkisti ]]
    43884422    then
    43894423
     
    43974431
    43984432          # SOURCE-VERZEICHNIS VOM LOKALEN RECHNER PER SCP TRANSFERIEREN
     4433          # (BEI JOBS AUF LOKALEM RECHNER REICHT CP)
    43994434       echo  "set -x"  >>  $jobfile
    4400        echo  "scp  -r  $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname ."  >>  $jobfile
     4435       if [[ $host = $localhost ]]
     4436       then
     4437          echo  "cp  -r  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname ."  >>  $jobfile
     4438       else
     4439          if [[ $host != ibmkisti ]]
     4440          then
     4441             echo  "scp  -r  $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname ."  >>  $jobfile
     4442          else
     4443                # on KISTI's IBM firewall is only opened on interactive node
     4444             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
     4445             echo  "ssh $remote_username@gaiad \"cd \$localdir; scp  -r  $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
     4446          fi
     4447       fi
    44014448       echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                      >>  $jobfile
    44024449
     
    44564503          # ABSPEICHERN DER AKTUELLEN MRUN-VERSION
    44574504          # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
    4458        echo  "cat > $mrun_script_name <<\"%END%\""  >>  $jobfile
    4459        cat   ${PALM_BIN}/$mrun_script_name          >>  $jobfile
    4460        echo  "%END%"                                >>  $jobfile
     4505       echo  "cat > $mrun_script_name <<\"%END%\""    >>  $jobfile
     4506       cat   ${PALM_BIN}/$mrun_script_name            >>  $jobfile
     4507       echo  "%END%"                                  >>  $jobfile
    44614508       echo  "chmod u+x $mrun_script_name"          >>  $jobfile
    44624509       echo  "execute_mrun=true"                    >>  $jobfile
     
    45144561    fi
    45154562
    4516        # MRUN AUF ZIELRECHNER AUFRUFEN
     4563       # MRUN AUF ZIELRECHNER AUFRUFEN (queue is workaround for ibmkisti)
    45174564    echo  "set -x"                                      >>  $jobfile
     4565    echo  "queue=$queue"                                >>  $jobfile
    45184566    echo  "[[ \$execute_mrun = true ]]  &&  ./$mrun_com"  >>  $jobfile
    45194567
  • palm/trunk/SCRIPTS/subjob

    r678 r693  
    127127     #                    institute of technology (lctit)
    128128     # 02/02/11 - Siggi - further asjustments for Tsubame concerning openMP
     129     # 06/03/11 - Siggi - adjustments for ibmkisti
    129130
    130131
     
    204205     (bicegate2)             local_addres=130.73.232.103; local_host=lcsgib;;
    205206     (caurus)                local_addres=130.75.105.19;  local_host=lcmuk;;
     207     (climate*)              local_addres=165.132.26.68;  local_host=lcyon;;
    206208     (compute-*.local)       local_addres=172.20.4.2;     local_host=lcfimm;;
    207209     (cs*)                   local_addres=136.172.44.131; local_host=nech;;
     
    209211     (fimm.bccs.uib.no)      local_addres=172.20.4.2;     local_host=lcfimm;;
    210212     (node*)                 local_addres=165.132.26.61   local_host=lck;;
     213     (gaia*)                 local_addres=150.183.146.24; local_host=ibmkisti;;
    211214     (gallego)               local_addres=130.75.105.10;  local_host=lcmuk;;
    212215     (gfdl5)                 local_addres=165.132.26.58;  local_host=ibmy;;
     
    297300    printf "\n        -D    only the job-file will be created   ---"
    298301    printf "\n        -h    execution host, available hosts:    $remote_host"
    299     printf "\n              ibm, ibmh, ibmku, ibms, ibmy, lc...,"
     302    printf "\n              ibm, ibmh, ibmkisti, ibmku, ibms, ibmy, lc...,"
    300303    printf "\n              lctit, nech, necriam, unics"
    301304    printf "\n        -m    memory demand per process in MByte  ---"
     
    363366        (ibm)     queue=p690_standard; remote_addres=134.76.99.81; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
    364367        (ibmh)    queue=no_class; remote_addres=136.172.40.15; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
     368        (ibmkisti) queue=class.32plus; remote_addres=150.183.146.24; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
    365369        (ibmku)   queue=s4; remote_addres=133.5.4.129; submcom=/usr/local/bin/llsubmit;;
    366370        (ibms)    queue=p_normal; remote_addres=150.183.5.101; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
     
    374378        (lcxt4)   remote_addres=129.177.20.113; submcom=/opt/torque/2.4.9-snap.201005191035/bin/qsub;;
    375379        (lcxt5m)  remote_addres=193.166.211.144; submcom=/opt/pbs/10.1.0.91350/bin/qsub;;
     380        (lcyon)   remote_addres=165.132.26.68; submcom=/usr/torque/bin/qsub;;
    376381        (nech)    qsubmem=memsz_job; qsubtime=cputim_job; remote_addres=136.172.44.147; submcom="/usr/local/bin/qsub";;
    377382        (necriam) qsubmem=memsz_job; qsubtime=cputim_job; remote_addres=172.16.1.131; submcom="/usr/bin/nqsII/qsub";;
     
    396401        (ibmh)   case  $ndq  in
    397402                     (no_class)  error=false;;
     403                     (*)                                     error=true;;
     404                 esac;;
     405        (ibmkisti)   case  $ndq  in
     406                     (class.32plus|class.1-2|class.2-32)  error=false;;
    398407                     (*)                                     error=true;;
    399408                 esac;;
     
    589598 else
    590599    remote_dayfile=/dev/null
    591     if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
    592     then
    593        notification='# @ notification = never'
    594     fi
    595600 fi
    596601
     
    610615    data_limit="# @ data_limit = 1.76gb"
    611616    image_size="# @ image_size = 50"
    612 
     617    wall_clock_limit="# @ wall_clock_limit = ${timestring},$timestring"
     618
     619    if [[ $email_notification = none ]]
     620    then
     621       notify_user=""
     622    else
     623       notify_user="# @ notify_user = $email_notification"
     624       if [[ $delete_dayfile = true ]]
     625       then
     626          notification='# @ notification = never'
     627       fi
     628    fi
    613629
    614630    if [[ $remote_host = ibmh ]]
     
    618634       class=""
    619635       environment=""
     636    elif [[ $remote_host = ibmkisti ]]
     637    then
     638       network_to_use="# @ network.MPI = sn_all,shared,US"
     639       wall_clock_limit="# @ wall_clock_limit = $timestring"
     640       rset="# @ rset = RSET_MCM_AFFINITY"
     641       mcm_affinity_options="# @ mcm_affinity_options = mcm_mem_pref mcm_sni_none mcm_distribute"
     642       environment=""
     643       use_shell=""
     644       data_limit=""
     645       image_size=""
    620646    elif [[ $remote_host = ibmku ]]
    621647    then
     
    641667
    642668# @ job_type = parallel
    643 # @ job_name = palm
    644 # @ wall_clock_limit = ${timestring},$timestring
     669# @ job_name = $job_name
    645670# @ resources = ConsumableCpus($threads_per_task) $consumable_memory
    646671# @ output = $remote_dayfile
    647672# @ error = $remote_dayfile
     673$wall_clock_limit
    648674$image_size
    649675$class
     
    651677$network_to_use
    652678$data_limit
     679$rset
     680$mcm_affinity_options
    653681$notification
     682$notify_user
    654683
    655684%%END%%
     
    658687    then
    659688
    660        cat >> $job_to_send << %%END%%
     689       if [[ $remote_host != ibmkisti ]]
     690       then
     691
     692          cat >> $job_to_send << %%END%%
    661693# @ node = $nodes
    662694# @ tasks_per_node = $processes_per_node
     
    665697
    666698%%END%%
     699
     700       else
     701
     702          cat >> $job_to_send << %%END%%
     703# @ total_tasks = $numprocs
     704# @ blocking = unlimited
     705# @ queue
     706
     707%%END%%
     708
     709       fi
    667710
    668711    else
     
    762805
    763806mpd &
     807
     808%%END%%
     809
     810    else
     811       cat > $job_to_send << %%END%%
     812#!/bin/ksh
     813#PBS -N $job_name
     814#PBS -l walltime=$timestring
     815#PBS -l ncpus=1
     816#PBS -l pmem=${memory}mb
     817#PBS -o $remote_dayfile
     818#PBS -j oe
     819
     820%%END%%
     821
     822    fi
     823
     824 elif [[ $remote_host = lcyon ]]
     825 then
     826
     827    if [[ $numprocs != 0 ]]
     828    then
     829       cat > $job_to_send << %%END%%
     830#!/bin/ksh
     831#PBS -N $job_name
     832#PBS -l walltime=$timestring
     833#PBS -l ncpus=$numprocs
     834#PBS -l pmem=${memory}mb
     835#PBS -o $remote_dayfile
     836#PBS -j oe
    764837
    765838%%END%%
     
    10801153       then
    10811154          return_queue=c1
     1155       elif [[ $remote_host = ibmkisti ]]
     1156       then
     1157          return_queue=class.1-2
    10821158       elif [[ $remote_host = ibmku ]]
    10831159       then
     
    13321408       then
    13331409          eval  $submcom  $job_on_remhost
    1334        elif [[  $local_host = lcfimm  ||  $local_host = lctit  ||  $localhost = lcxt4 || $localhost = lck ]]
     1410       elif [[  $local_host = lcfimm  ||  $local_host = lctit  ||  $localhost = lcxt4  ||  $localhost = lck  ||  $localhost = lcyon ]]
    13351411       then
    13361412          chmod  u+x  $job_on_remhost
  • palm/trunk/SOURCE/pres.f90

    r682 r693  
    44! Current revisions:
    55! -----------------
     6! bugfix: weighting coefficient added to ibm branch
    67!
    78! Former revisions:
     
    291292    ENDDO
    292293
    293     localsum = ( localsum + threadsum ) * dt_3d
     294    localsum = ( localsum + threadsum ) * dt_3d * &
     295               weight_pres(intermediate_timestep_count)
     296
    294297    !$OMP END PARALLEL
    295298#else
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.