source: palm/trunk/SCRIPTS/mrun @ 693

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New:
---
adjustments for ibmkisti (pres, batch_scp, mbuild, mrun, subjob)

new default configuration files .mrun.config.yonsei2011 and .config_block_for_ibmkisti

Changed:


Errors:


bugfix: weighting coefficient added to ibm branch (pres)

  • Property svn:keywords set to Id Rev
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Line 
1#!/bin/ksh
2# mrun - script for running PALM jobs
3# $Id: mrun 693 2011-03-08 08:27:49Z raasch $
4
5     # Procedure for interactive/batch PALM runs (initial runs and automatic
6     # restart runs)
7
8     # Last changes:
9     # 03/03/94 - Siggi - Entwicklungsbeginn
10     # 21/03/94 - Siggi - Entwicklungsabschluss (Version 1.0)
11     # 09/12/94 - Siggi - allexport unterbunden; statt dessen werden jetzt ein-
12     #                    zelne Variable exportiert. Dies ist noetig, weil an-
13     #                    sonsten irgendein Speicher ueberlaeuft und von mrun
14     #                    aufgerufene Programme (z.B. stageout) mit Fehlern
15     #                    abbrechen (too many arguments)
16     # 20/06/95 - Siggi - noclobber muss explizit abgeschaltet, da jetzt
17     #                    defaultmaessig im RRZN-Profile eingeschaltet
18     # 10/06/97 - Siggi - Zusaetzliche Option -C bei cpp, damit // nicht
19     #                    wegfallen
20     # 25/04/00 - Siggi - Version 1.5
21     #                    remote_addres und remote_user in return_addres bzw.
22     #                    return_username umbenannt, return_username wird dem
23     #                    mrun-Aufruf im Job ueber Option -U mitgegeben.
24     #                    Neue Variable remote_username, die beim interaktiven
25     #                    mrun-Aufruf zwingend ueber die neue Option -u oder
26     #                    in der Konfigurationsdatei angegeben werden muss.
27     # 08/02/01 - Siggi - Alle mrun-Meldungen ins englische uebersetzt,
28     #                    Version 1.7
29     # 05/05/02 - Siggi - Uebersetzungen mittels make-Mechanismus moeglich
30     # 21/11/02 - Siggi - ENV-Variable XLFRTEOPTS wird vor Ausfuehrung auf
31     #                    IBM gesetzt, um Record-Laenge der NAMELIST-Dateien,
32     #                    zu bestimmen; Praeprozessoroptionen haben nun alle
33     #                    die Form -Dtext=text, weil auf IBM sonst text durch
34     #                    die leere Zeichenkette ersetzt wird
35     # 01/08/03 - Siggi  - Test of implementing dvrp+1PE on ibm
36     # 07/01/04 - Siggi  - additional preprocessor directive for ibm included
37     #                     (-D$OMP=OMP) in order to avoid problems with
38     #                     OMP_NUM_THREADS
39     # 04/01/05 - Siggi  - archiving on hanni and berni is done in separate
40     #                     tar files, one for each node used
41     # 07/01/04 - Siggi  - old code for t3e, vpp and hpcs eliminated
42     # 09/01/05 - Siggi  - workaround for getting the IP address on gfdl3
43     # 17/01/05 - Siggi  - job for data transfer to local machine now within
44     #                     job class c1 (HLRN)
45     # 27/01/05 - Siggi  - IP address workaround for gfdl3 removed
46     # 28/01/05 - Siggi  - tar-filenames on $PERM (HLRN) now include the
47     #                     base filename and cycle number
48     # 16/02/05 - Gerald - hababai validated
49     # 14/03/05 - Siggi  - abort on NEC after first runtime error (F_ERRCNT)
50     # 29/03/05 - Marcus - berni*-en0 validated
51     # 21/04/05 - Siggi  - transfer-job-protocol for avs-data is no more stored
52     # 24/04/05 - Siggi  - netcdf support on lcmuk
53     # 25/04/05 - Siggi  - netcdf support on gfld3 (decalpha)
54     # 11/05/05 - Siggi  - files with non-numeric extensions (.xxx after cycle
55     #                     number) can now be used within interactive runs
56     # 12/05/05 - Siggi  - netcdf support on ibm
57     # 13/05/05 - Siggi  - error in tar-filenames on $PERM (HLRN) removed
58     # 18/05/05 - Siggi  - netcdf support on nec
59     # 24/05/05 - Siggi  - netcdf support on ibms
60     # 14/06/05 - Siggi  - sleep interval after submit of restart job increased
61     #                     to 30 seconds
62     # 28/06/05 - Siggi  - bora adjusted to new intel compiler (LD_LIBRARY_
63     #                     PATH is temporarily set)
64     # 07/09/05 - Siggi  - setting of MP_EAGER_LIMIT switched off because it
65     #                     caused warnings in the job protocol
66     # 20/10/05 - Siggi  - update of netcdf-version on decalpha (gfdl3)
67     # 25/10/05 - Siggi  - error in listing files for getting the cycle number
68     #                     removed
69     # 26/10/05 - Siggi  - new paths for dvrp-library, transfer of catalogs
70     #                     realized by file attribute trpe
71     # 28/10/05 - Siggi  - if existing, the file extension is output in case
72     #                     of missing input file - no job abort in case of
73     #                     missing input files with file extensions
74     #                     (preliminary solution)
75     # 31/10/05 - Siggi  - data transfer from nech now within seperate job
76     # 04/11/05 - Siggi  - netcdf 3.6.0-p1 on ibmh/ibmb
77     # 07/12/05 - Siggi  - gallego and elephanta admitted
78     # 30/12/05 - Siggi  - gfdl5 (ibmy) admitted
79     # 10/01/06 - Siggi  - cpp directive for NetCDF 64bit support
80     # 20/01/06 - Siggi  - cpp directive for ibmy
81     # 09/02/06 - Siggi  - ibmy admitted for batch mode
82     # 13/04/06 - Siggi  - ostria admitted
83     # 18/04/06 - Siggi  - usage of OpenMP implemented (additional option -O)
84     # 10/05/06 - Siggi  - environment variable XLSMPOPTS set on IBM for
85     #                     optimization of OpenMP runs (option stacksize is
86     #                     necessary for large gridpoint numbers because
87     #                     otherwise a segmentation fault occurs)
88     # 23/05/05 - Siggi  - lctit (SUN Fire X4600) admitted
89     # 21/08/06 - Siggi  - standard mrun path on scirocco is as on bora
90     # 23/08/06 - Siggi  - netcdf support for scirocco (notebook)
91     # 20/09/06 - Marcus - add DVRP library on nech
92     # 24/10/06 - Siggi  - Environment variables for PALM steering are written
93     #                     on local NAMELIST file ENVPAR
94     # 24/11/06 - Siggi  - levanto admitted, maestro switched to ifc 9.1
95     # 28/11/06 - Siggi  - call to interpret_config.x_levanto because of SuSe 10
96     # 06/02/07 - Siggi  - add DVRP library on lcmuk
97     # 07/02/07 - Siggi  - revision of source code handling, source code is
98     #                     now expected in directory given by source_path and
99     #                     not in the current working directory, source code
100     #                     files provided in add_source_path are allways
101     #                     compiled, source code to be compiled is allways
102     #                     sampled in SOURCES_FOR_RUN_$fname which is a
103     #                     subdirectory of the current working directory,
104     #                     -s TEST  changed to  -s WRITE_PERMIT  or -s WP,
105     #                     adapted for RIAM (neck)
106     #                     bugfix for cycle number of output file (extout)
107     #                     all hpmuk-related code removed
108     # 14/02/07 - Siggi  - dvrp support for neck added
109     # 28/02/07 - Siggi  - empty lines in configuration file are accepted
110     #                     mrun_path replaced by PALM_BIN,
111     #                     all machines are calling interpret_config.x
112     # 14/03/07 - Siggi  - fimm admitted, revision number added to terminal
113     #                     output
114     # 16/03/07 - Siggi  - adjustments for lctit
115     # 29/03/07 - Siggi  - global revision transfered to batch job by new
116     #                     option -G
117     # 30/03/07 - Siggi  - compilation "by hand" removed, cpp-directives/options
118     #                     + netcdf/dvrp-options are read from configuration
119     #                     file, host identifier (local_host) is read from
120     #                     config file, code related to ftp filetransfer
121     #                     removed (incl. option -f)
122     # 19/06/07 - Siggi  - time limit for cdata jobs increased
123     # 25/07/07 - Siggi  - two sets of executables can be started on lcmuk,
124     #                     if new option -Y (coupling) is given,
125     #                     output of executables to aout_output removed,
126     #                     messages are immediately written to stdout instead
127     # 03/08/07 - Marcus - add XOPT="-X $numprocs" for lcfimm
128     # 09/08/07 - Marcus - workaround on lcfimm to propagate environment
129     #                     variables out to the nodes in coupled mode -disabled-
130     # 13/08/07 - Marcus - start local restart jobs per ssh on lcfimm
131     # 28/08/07 - Marcus - completely remove workaround on lcfimm to propagate
132     #                     environment variables out to the nodes in coupled mode
133     # 15/10/07 - Siggi  - Preliminary adjustments for lctit, based on Jin's
134     #                     suggestions
135     # 19/10/07 - Marcus - further adjustments for lctit: add new optional
136     #                     argument -g group_number, admit all sla* node_usage
137     #                     queues
138     # 30/10/07 - Marcus - further adjustments for queues on lctit
139     # 14/02/08 - Bjoern - link of restart files with long file name possible
140     # 28/02/08 - Marcus - If environment variable link_local_output is set to
141     #                     true, mrun tries "ln -f" on local output and resorts
142     #                     to "cp" or "cp -r" on error
143     # 15/04/08 - Siggi  - argument -c introduced to most of the subjob calls,
144     #                     which allows the user to choose his own job catalog
145     #                     by setting job_catalog in the configuration file
146     #                     (default is ~/job_queue),
147     #                     workaround for mpiexec with -env option,
148     #                     adjustments for lcxt4 (Bergen Center for Computational
149     #                     Science)
150     # 22/05/08 - Marcus - If environment variable link_local_input is set to
151     #                     true, mrun tries "ln -f" on local input and resorts
152     #                     to "cp" or "cp -r" on error
153     # 27/05/08 - Siggi  - PATH is set to PALM_BIN everywhere (missing so far)
154     # 14/07/08 - Siggi  - adjustments for lcsgih
155     # 08/08/08 - Marcus - typo removed in lcxt4 branch
156     # 17/09/08 - Siggi  - restart mechanism adjusted for lcsgi
157     # 02/10/08 - BjornM - argument "-Y" modified, adjustments for coupled runs
158     # 21/10/08 - Siggi  - bugfix for the case that -K has more than one
159     #                     argument
160     # 08/11/08 - Siggi  - bugfix for depository path settings in configuration
161     #                     file
162     # 11/11/08 - Siggi  - rules for using user code files changed: user
163     #                     code splitted into one file per subroutine,
164     #                     user can provide his/her own makefile, only
165     #                     default source-code filenames are allowed
166     # 14/11/08 - Siggi  - cond1 and cond2 are part of the depository name
167     # 08/01/09 - Siggi  - mpi module on sgi machines to be used can be set
168     #                     with environment variable mpilib
169     # 13/01/09 - Siggi  - totalview on hice/bice can be used in debug mode
170     #                     using environment variable totalview
171     # 25/02/09 - Siggi  - cputime-option (-t) is allowed to be omitted for
172     #                     interactive runs
173     # 05/03/09 - Siggi  - adjustments for new NEC-SX9 at RIAM (necriam)
174     # 16/03/09 - Siggi  - dvrp_lib, dvrp_inc replaced by dvr_lib, dvr_inc,
175     #                     dvr streaming server is automatically started using
176     #                     new variable dvr_server and a configuration file
177     #                     .dvrserver.config,
178     #                     processing of dvr output files using new script
179     #                     process_dvr_output implemented, in order to make
180     #                     dvr application more user friendly
181     # 20/03/09 - Marcus - update of n1ge command for lctit
182     # 16/04/09 - Siggi  - new option -y for precursor (uncoupled) ocean runs
183     #                     to be followed by a coupled atmosphere-ocean run
184     # 21/04/09 - Siggi  - adjustments for new IBM at DKRZ, which is now ibmh
185     # 24/06/09 - BjornM - adjustments for coupled/precursor runs on ibmy
186     # 08/07/09 - Siggi  - default value for email_notification is none,
187     #                     option -e added to subjob
188     # 19/08/09 - Marcus - MPI debug option
189     # 21/08/09 - Marcus - totalview on hice/bice also available for mvapich2
190     # 25/08/09 - BjornM - adpated for lck
191     # 26/08/09 - Siggi  - additional environment variables for mpt on ice2
192     # 26/08/09 - Marcus - adjustment for ice2 on lcsgib
193     # 29/09/09 - Siggi  - default value for archiving is false, option "-A"
194     #                     switches on archiving, archiving on SGI-ICE enabled
195     # 16/10/09 - Carolin- adjustments for archiving on SGI-ICE of binary files;
196     #                     adjustment for special1q
197     # 18/12/09 - Carolin- modification of archiving (permq)
198     # 01/02/10 - Siggi  - adapted for lcxt5m and lckyoto (Fujitsu HX600)
199     # 03/02/10 - Siggi  - make options (mopts) to be set by configuration file
200     #                     implemented
201     # 08/02/10 - Siggi  - loading of modules now controlled via configuration
202     #                     file (modules)
203     # 02/03/10 - Siggi  - for each block in the configuration file, separate
204     #                     utility programs are used, combine_plot_fields is
205     #                     directly called and must not be given by an output
206     #                     command in the configuration file any more
207     # 15/06/10 - Rieke  - ssh from compute nodes to login nodes on hosts
208     #                     lcsgih/lcsgib is done using the names
209     #                     hicegate0/bicegate0 instead of the IP addresses
210     # 17/08/10 - BjornM - adjustments for interactive runs on lcxt4
211     # 07/09/10 - Siggi  - bugfix for wrong netcdf/3.6.3 module on lcsgi
212     # 08/12/10 - Siggi  - new handling of openmp/hybrid runs, option -O
213     #                     has now argument threads_per_task
214     #                     adjustments for Kyushu Univ. (lcrte, ibmku)
215     # 14/12/10 - Siggi  - adjustments for new Tsubame system at Tokyo
216     #                     institute of technology (lctit)
217     # 23/12/10 - Micha  - different number of processors in ocean and atmosphere
218     #                     is now allowed
219     # 02/02/10 - Siggi  - further adjustments on Tsubame and concerning openMP
220     #                     usage
221     # 09/02/10 - Siggi  - adjustments for ibmkisti, mpt bugfix for netCDF4
222     #                     usage, totalview usage extended
223
224
225
226 
227    # VARIABLENVEREINBARUNGEN + DEFAULTWERTE
228
229 set +o allexport    # SICHERHEITSHALBER UNTERBINDEN, DA SONST EVTL. STAGEOUT
230                     # NICHT LAUEFT (TOO MANY ARGUMENTS - PROBLEM)
231 set +o noclobber    # EXISTIERENDE DATEIEN DUERFEN UEBERSCHRIEBEN WERDEN
232
233 AddFilenames=""
234 additional_conditions=""
235 add_source_path=""
236 afname=""
237 archive_save=true
238 archive_system=none
239 compiler_name=""
240 cond1=""
241 cond2="" 
242 config_file=.mrun.config
243 coupled_dist=""
244 coupled_mode="mpi1"
245 cpp_opts=""
246 cpp_options=""
247 cpumax=0
248 cpurest=0
249 delete_temporary_catalog=true
250 do_batch=false
251 do_compile=true
252 do_remote=false
253 do_stagein=true
254 do_stageout=true
255 do_trace=false
256 email_notification="none"
257 exclude=""
258 executable=""
259 execution_error=false
260 fimm=false
261 fname=test
262 fromhost=""
263 global_revision=""
264 group_number=none
265 host=""
266 host_file=""
267 hp=""
268 ignore_archive_error=false
269 input_list=""
270 interpreted_config_file=""
271 job_catalog="~/job_queue"
272 job_on_file=""
273 keep_data_from_previous_run=false
274 link_local_input=false
275 link_local_output=false
276 localhost_realname=$(hostname)
277 local_compile=false
278 local_dvrserver_running=.FALSE.
279 locat=normal
280 mainprog=""
281 makefile=""
282 mc=$0
283 while [[ $(echo $mc | grep -c "/") != 0 ]]
284 do
285    mc=`echo $mc | cut -f2- -d"/"`
286 done
287 module_calls=""
288 mrun_script_name=$mc
289 netcdf_inc=""
290 netcdf_lib=""
291 netcdf_support=false
292 node_usage=default
293 numprocs=""
294 numprocs_atmos=0
295 numprocs_ocean=0
296 OOPT=""
297 openmp=false
298 output_list=""
299 package_list=""
300 punkte="..........................................................."
301 queue=none
302 read_from_config=""
303 restart_run=false
304 if [[ `hostname` = rte10 ]]
305 then
306   return_addres=133.5.185.60
307   echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
308 elif [[ `hostname` = climate0 ]]
309 then
310   return_addres=165.132.26.68
311   echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
312 else
313    return_addres=$(nslookup `hostname` 2>&1 | grep "Address:" | tail -1 | awk '{print $2}')
314 fi
315 return_password=""
316 return_username=$LOGNAME
317 remotecall=false
318 remote_username=""
319 run_coupled_model=false
320 run_mode=""
321 scirocco=false
322 store_on_archive_system=false
323 striche="  ----------------------------------------------------------------------------"
324 silent=false
325 source_list=""
326 source_path=SOURCE
327 tasks_per_node=""
328 threads_per_task=1
329 tmpcreate=false
330 tmp_data_catalog=""
331 transfer_problems=false
332 usern=$LOGNAME
333 use_openmp=false
334 working_directory=`pwd`
335 TOPT=""
336 XOPT=""
337 zeit=$( date | cut -c 12-19 )
338
339 typeset -i  iec=0 iic=0 iin=0 ioc=0 iout=0 memory=0 stagein_anz=0 stageout_anz=0
340 typeset -i  cputime i ii iia iii iio icycle inode ival jobges jobsek maxcycle minuten nodes pes sekunden tp1
341
342 typeset  -R30 calltime
343 typeset  -L20 spalte1
344 typeset  -L40 spalte2
345 typeset  -L60 spalte3
346 typeset  -L35 string1=`date`
347 typeset  -L12 string2=$usern
348 typeset  -L12 string3=$localhost_realname
349 typeset  -L12 string4
350 typeset  -L12 string5
351 typeset  -L30 version="MRUN  2.0 Rev$Rev: 693 $"
352
353
354
355    # EINZELNE VARIABLE FUER HAUPTPROGRAMM EXPORTIEREN
356 export  cpurest fname host localhost return_addres return_username remotecall tasks_per_node
357
358    # FOLGENDE VARIABLEN MUESSEN FUER DIE INTERPRETATION DER KONFIGURATIONSDATEI
359    # EXPORTIERT WERDEN
360 export  afname config_file cpp_opts cpumax do_batch do_trace fname fromhost
361 export  group_number input_list memory numprocs output_list queue run_mode
362
363
364 
365    # FEHLERBEHANDLUNG
366    # BEI EXIT:
367 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
368       if [[ $locat != localhost ]]
369       then
370#          if [[ ! -f ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik ]]
371#          then
372#             cat  >  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik  <<  %STATEND%
373#MRUN-calls on $localhost
374#
375#date and time                      user        localhost   remotehost  termination mrun-command
376#--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
377#%STATEND%
378#             chmod  666  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
379#          fi
380#
381#             # EINTRAG IN DIE STATISTIK-DATEI
382#          string4=$host
383#          string5=$locat
384#          if [[ "$job_on_file" = ""  &&  $locat != control_c  &&  $locat != user_abort ]]
385#          then
386#             if [[ $do_batch = true ]]
387#             then
388#                printf "$string1$string2$string3$string4$string5$mrun_com \n"  >>  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
389#             else
390#                printf "$string1$string2$string3$string4$string5$mc \n"  >>  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
391#             fi
392#          fi
393          echo " " > /dev/null
394       fi
395
396       if [[ $locat != normal  &&  $locat != control_c  &&  $locat != local_compile ]]
397       then
398
399              # EVENTUELLE ERROR-KOMMANDOS ABARBEITEN
400          (( i = 0 ))
401          while (( i < iec ))
402          do
403             (( i = i + 1 ))
404             printf "\n  *** Execution of ERROR-command:\n"
405             printf "  >>> ${err_command[$i]}\n"
406             eval  ${err_command[$i]}
407          done
408          if [[ -n $interpreted_config_file ]]  then
409             rm -rf  $interpreted_config_file
410          fi
411          if [[ -n .mrun_environment ]]  then
412             rm -rf  .mrun_environment
413          fi
414          if [[ $tmpcreate = true ]]
415          then
416             printf "\n  *** Contents of \"$TEMPDIR\":\n"
417             ls -al; cd
418             [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
419          fi
420          if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
421          then
422             echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
423             kill $dvrserver_id
424          fi
425          if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
426          then
427             rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
428          fi
429          printf "\n\n+++ MRUN killed \n\n"
430       elif [[ $locat != control_c ]]
431       then
432          printf "\n\n --> all actions finished\n\n"
433          printf "     Bye, bye $usern !!\n\n"
434       fi' exit
435
436
437    # BEI TERMINAL-BREAK:
438 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
439       [[ $tmpcreate = true ]]  &&  (cd; rm -rf $TEMPDIR)
440       if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
441       then
442          rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
443       fi
444       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
445       then
446          echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
447          kill $dvrserver_id
448       fi
449       printf "\n+++ MRUN killed by \"^C\" \n\n"
450       locat=control_c
451       exit
452      ' 2
453
454
455    # CHECK IF THE PATH FOR THE PALM BINARIES (SCRIPTS+UTILITY-PROGRAMS) HAS
456    # BEEN SET
457 if [[ "$PALM_BIN" = "" ]]
458 then
459    printf "\n  +++ environment variable PALM_BIN has not been set"
460    printf "\n      please set it to the directory where the PALM scripts are located"
461    locat=palm_bin; exit
462 fi
463 export PATH=$PALM_BIN:$PATH
464
465
466
467    # SHELLSCRIPT-OPTIONEN EINLESEN UND KOMMANDO NEU ZUSAMMENSETZEN, FALLS ES
468    # FUER FOLGEJOBS BENOETIGT WIRD
469 while  getopts  :a:AbBc:Cd:D:Fg:G:h:H:i:IkK:m:M:n:o:O:p:P:q:r:R:s:St:T:u:U:vxX:yY: option
470 do
471   case  $option  in
472       (a)   afname=$OPTARG;;
473       (A)   store_on_archive_system=true; mc="$mc -A";;
474       (b)   do_batch=true; mc="$mc -b";;
475       (B)   delete_temporary_catalog=false; mc="$mc -B";;
476       (c)   config_file=$OPTARG; mc="$mc -c$OPTARG";;
477       (C)   restart_run=true; mc="$mc -C";;
478       (d)   fname=$OPTARG; mc="$mc -d$OPTARG";;
479       (D)   cpp_opts="$cpp_opts $OPTARG"; mc="$mc -D'$OPTARG'";;
480       (F)   job_on_file="-D"; mc="$mc -F";;
481       (g)   group_number=$OPTARG; mc="$mc -g$OPTARG";;
482       (G)   global_revision=$OPTARG; mc="$mc -G'$OPTARG'";;
483       (h)   host=$OPTARG; mc="$mc -h$OPTARG";;
484       (H)   fromhost=$OPTARG; mc="$mc -H$OPTARG";;
485       (i)   input_list=$OPTARG; mc="$mc -i'$OPTARG'";;
486       (I)   ignore_archive_error=true; mc="$mc -I";;
487       (k)   keep_data_from_previous_run=true; mc="$mc -k";;
488       (K)   additional_conditions="$OPTARG"; mc="$mc -K'$OPTARG'";;
489       (m)   memory=$OPTARG; mc="$mc -m$OPTARG";;
490       (M)   makefile=$OPTARG; mc="$mc -M$OPTARG";;
491       (n)   node_usage=$OPTARG; mc="$mc -n$OPTARG";; 
492       (o)   output_list=$OPTARG; mc="$mc -o'$OPTARG'";;
493       (O)   use_openmp=true; threads_per_task=$OPTARG; mc="$mc -O$OPTARG";;
494       (p)   package_list=$OPTARG; mc="$mc -p'$OPTARG'";;
495       (P)   return_password=$OPTARG; mc="$mc -P$OPTARG";;
496       (q)   queue=$OPTARG; mc="$mc -q$OPTARG";;
497       (r)   run_mode=$OPTARG; mc="$mc -r'$OPTARG'";;
498       (R)   remotecall=true;return_addres=$OPTARG; mc="$mc -R$OPTARG";;
499       (s)   source_list=$OPTARG; mc="$mc -s'$OPTARG'";;
500       (S)   read_from_config=false; mc="$mc -S";;
501       (t)   cpumax=$OPTARG; mc="$mc -t$OPTARG";;
502       (T)   tasks_per_node=$OPTARG; mc="$mc -T$OPTARG";;
503       (u)   remote_username=$OPTARG; mc="$mc -u$OPTARG";;
504       (U)   return_username=$OPTARG; mc="$mc -U$OPTARG";;
505       (v)   silent=true; mc="$mc -v";;
506       (x)   do_trace=true;set -x; mc="$mc -x";;
507       (X)   numprocs=$OPTARG; mc="$mc -X$OPTARG";;
508       (y)   ocean_file_appendix=true; mc="$mc -y";;
509       (Y)   run_coupled_model=true; coupled_dist=$OPTARG; mc="$mc -Y'$OPTARG'";;
510       (\?)  printf "\n  +++ unknown option $OPTARG \n"
511             printf "\n  --> type \"$0 ?\" for available options \n"
512             locat=parameter;exit;;
513   esac
514 done
515
516
517    # EVTL. POSITIONSPARAMETER EINLESEN
518    # ZUR ZEIT GIBT ES NUR DEN PARAMETER ? (=KURZINFO)
519 shift OPTIND-1
520
521
522    # KURZE AUFRUFBESCHREIBUNG WIRD HIER AUSGEGEBEN
523 if [[ "$1" = "?" ]]
524 then
525   (printf "\n  *** mrun can be called as follows:\n"
526    printf "\n      $mrun_script_name  -b -c.. -d.. -D.. -f.. -F -h.. -i.. -I -K.. -m.. -o.. -p.. -r.. -R -s.. -t.. -T.. -v -x -X.. -y -Y.. <modus>\n"
527    printf "\n      Description of available options:\n"
528    printf "\n      Option  Description                              Default-Value"
529    printf "\n        -a    base name of input files                 equiv. -d"
530    printf "\n        -A    archiving when using file-attribute fl"
531    printf "\n        -b    batch-job on local machine               ---"
532    printf "\n        -B    do not delete temporary directory at end ---"
533    printf "\n        -c    configuration file                       .mrun.config"
534    printf "\n        -d    base name of files attached to program   test"
535    printf "\n        -D    preprocessor(cpp)-directives             \"\" "
536    printf "\n        -F    create remote job file only              ---"
537    printf "\n        -h    execution host                           $localhost_realname"
538    printf "\n        -i    INPUT control list                       \"\" "
539    printf "\n        -I    archiving errors of previous batch-jobs"
540    printf "\n              will be ignored"
541    printf "\n        -k    keep data from previous run"
542    printf "\n        -K    additional conditions for controling"
543    printf "\n              usage of conditional code and"
544    printf "\n              env-variables in configuration file      \"\" "
545    printf "\n        -m    memory demand in MB (batch-jobs)         0 MB"
546    printf "\n        -M    Makefile name                            Makefile"
547    printf "\n        -n    node usage (shared/not_shared)           depending on -h"
548    printf "\n        -o    OUTPUT control list                      \"\" "
549    printf "\n        -O    use OpenMP                               ---"
550    printf "\n        -p    software package list                    \"\" "
551    printf "\n        -q    queue                                    \"$queue\" "
552    printf "\n        -r    run control list (combines -i -o)        \"\" "
553    printf "\n        -s    filenames of routines to be compiled     \"\" "
554    printf "\n              must end with .f, .f90, .F, or .c !"
555    printf "\n              use \"..\" for more than one file and wildcards"
556    printf "\n              -s TEST compiles all files with w-permit"
557    printf "\n        -S    config file interpreted by shellscript   ---"
558    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds (batch)      0"
559    printf "\n        -T    tasks per node                           depending on -h"
560    printf "\n        -u    username on remote machine               \"\" "
561    printf "\n        -v    no prompt for confirmation               ---"
562    printf "\n        -x    tracing of mrun for debug purposes       ---"
563    printf "\n        -X    # of processors (on parallel machines)   1"
564    printf "\n        -y    add appendix \"_O\" to all local output"
565    printf "\n              files (ocean precursor runs followed by"
566    printf "\n              coupled atmosphere-ocean runs)           ---"
567    printf "\n        -Y    run coupled model, \"#1 #2\" with" 
568    printf "\n              #1 atmosphere and #2 ocean processors    \"#/2 #/2\" depending on -X"
569    printf "\n "
570    printf "\n      Possible values of positional parameter <modus>:"
571    printf "\n        \"?\"       -  this outline \n\n") | more
572    exit
573 elif [[ "$1" != "" ]]
574 then
575    printf "\n  +++ positional parameter $1 unknown \n"
576    locat=parameter; exit
577 fi
578
579
580
581    # KURZE STARTMELDUNG
582 printf "\n*** $version "
583 printf "\n    will be executed.     Please wait ..."
584
585
586
587    # PRUEFEN, OB KONFIGURATIONS-DATEI VORHANDEN
588 if [[ ! -f $config_file ]]
589 then
590    printf "\n\n  +++ configuration file: "
591    printf "\n           $config_file"
592    printf "\n      does not exist"
593    locat=connect; exit 
594 fi
595
596
597    # HOST-IDENTIFIER (local_host) AUS KONFIGURATIONSDATEI BESTIMMEN
598 line=""
599 grep  "%host_identifier"  $config_file  >  tmp_mrun
600 while read line
601 do
602    if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
603    then
604       HOSTNAME=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
605       host_identifier=`echo $line | cut -d" " -s -f3`
606       if [[ $localhost_realname = $HOSTNAME ]]
607       then
608          localhost=$host_identifier
609          break
610       fi
611    fi
612 done < tmp_mrun
613
614 if [[ "$localhost" = "" ]]
615 then
616    printf "\n\n  +++ no host identifier found in configuration file \"$config_file\""
617    printf "\n      for local host \"$localhost_realname\"."
618    printf "\n      Please add line"
619    printf "\n      \"\%host_identifier $localhost_realname <identifier>\""
620    printf "\n      to the configuration file."
621    locat=localhost; exit
622 fi
623
624
625    # HOSTSPEZIFISCHE VARIABLEN SETZEN
626 case  $localhost_realname  in
627     (r1*|r2*|h01*|b01*)     archive_system=tivoli;;
628     (cs*)                   archive_system=ut;;
629     (fimm.bccs.uib.no)      fimm=true;;
630     (gate|n-sx)             PATH=$PALM_BIN:$PATH:/usr/bin/nqsII;;
631     (scirocco)              scirocco=true;;
632 esac
633
634
635 
636    # BASISNAME DER INPUT-DATEIEN GLEICH ALLGEMEINEM BASISNAMEN SETZEN,
637    # WENN NICHT VOM BENUTZER ANDERS BESTIMMT
638 [[ "$afname" = "" ]]  &&  afname=$fname
639
640
641    # EVTL. RUN-MODUS DEN I/O-LISTEN HINZUFUEGEN
642 if [[ "$run_mode" != "" ]]
643 then
644    input_list="$input_list $run_mode"
645    output_list="$output_list $run_mode"
646 fi
647
648
649    # RECHNERNAMEN ABSPEICHERN, VON DEM AUS JOB GESTARTET WIRD,
650    # ALLERDINGS NUR DANN, WENN NICHT PER OPTION -H BEREITS EIN WERT
651    # ZUGEWIESEN WURDE (MRUN MACHT DIES IMMER, WENN ES SELBST BATCH-JOBS
652    # STARTET)
653 if [[ "$fromhost" = "" ]]
654 then
655    fromhost=$localhost
656 fi
657
658
659     # PRUEFEN, OB MRUN NUR TESTWEISE AUF DER LOKALEN MASCHINE KOMPILIEREN SOLL
660 if [[ "$source_list" = LOCAL_COMPILE_TEST ]]
661 then
662    source_list=TEST
663    local_compile=true
664    host=$localhost
665 fi
666   
667
668    # PRUEFEN, OB AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL
669    # WERT VON do_remote WIRD FUER DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT.
670    # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
671    # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
672 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
673 then
674    do_batch=true
675    do_remote=true
676    case  $host  in
677        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|ibmy|nech|necriam|lckyoto|lcsgib|lcsgih|unics|lcxt4|lcxt5m|lck)  true;;
678        (*)  printf "\n"
679             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
680             printf "\n      is not available"
681             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
682    esac
683 else
684    host=$localhost
685 fi
686
687
688     # ZUSATZBEDINGUNGEN (OPTION -K) AUSWERTEN
689 if [[ -n $additional_conditions ]]
690 then
691#    echo $additional_conditions | cut -d" " -f1-3 | read  cond1  cond2  dummy
692    cond1=`echo $additional_conditions | cut -d" " -f1`
693    cond2=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f2`
694    dummy=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f3`
695    if [[ -n $dummy ]]
696    then
697       printf "\n  +++ more than 2 additional conditions given for Option \"-K\""
698       locat=options; exit
699    fi
700    block=_$cond1
701    [[ -n $cond2 ]]  &&  block=${block}_$cond2
702 fi
703
704
705      # KOPPLUNGSEIGENSCHAFTEN (-Y) AUSWERTEN UND coupled_mode BESTIMMEN
706 if [[ $run_coupled_model = true ]] 
707 then
708
709    if  [[ -n $coupled_dist ]]
710    then
711
712       numprocs_atmos=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f1`
713       numprocs_ocean=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f2`
714
715       if (( $numprocs_ocean + $numprocs_atmos != $numprocs ))
716       then
717
718          printf "\n  +++ number of processors does not fit to specification by \"-Y\"."
719          printf "\n      PEs (total)     : $numprocs"
720          printf "\n      PEs (atmosphere): $numprocs_atmos"
721          printf "\n      PEs (ocean)     : $numprocs_ocean"
722          locat=coupling; exit
723
724       fi
725
726    else
727
728       (( numprocs_ocean = $numprocs / 2 ))
729       (( numprocs_atmos = $numprocs / 2 ))
730
731    fi
732    coupled_dist=`echo "$numprocs_atmos $numprocs_ocean"`
733
734       # GET coupled_mode FROM THE CONFIG FILE
735    line=""
736    grep  "%cpp_options.*-D__mpi2.*$host" $config_file  >  tmp_mrun
737    while read line
738    do
739       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" &&  ( $(echo $line | cut -d" " -s -f4) = $cond1 || $(echo $line | cut -d" " -s -f4)  = $cond2 ) ]]
740       then
741          coupled_mode="mpi2"
742       fi
743    done < tmp_mrun
744
745 fi
746
747
748    # PRUEFEN, OB EVTL. BEI VORHERGEHENDEM LAUF (KETTENJOB) EINE
749    # ARCHIVIERUNG FEHLGESCHLAGEN IST
750 if [[ -f ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname ]]
751 then
752    if [[ $ignore_archive_error = false ]]
753    then
754       printf "\n  +++ data archiving of previous run failed"
755       printf "\n      see directory \~/job_queue on remote machine"
756       locat=archive; exit
757    else
758       printf "\n  +++ warning: data archiving in a previous run failed"
759       printf "\n      MRUN continues, trying to get backup copy"
760    fi
761 fi
762
763
764
765    # LESEN UND INTERPRETIEREN DER KONFIGURATIONS-DATEI VOM SHELLSCRIPT AUS
766    # VORUEBERGEHEND ZWINGEND AUF LINUX-RECHNERN
767 if [[ "$read_from_config" = false ]]
768 then
769
770    [[ $silent = false ]]  &&  printf "\n    Reading the configuration file... "
771    while  read zeile
772    do
773        [[ $silent = false ]]  &&  printf "."
774
775
776          # ZUERST EVENTUELL VORKOMMENDE ENVIRONMENT-VARIABLEN DURCH IHRE WERTE
777          # ERSETZEN
778       eval  zeile=\"$zeile\"
779
780
781          # INTERPRETATION DER ZEILE
782       if [[ "$(echo $zeile)" = "" ]]
783       then
784             # LEERZEILE, KEINE AKTION
785          continue
786
787       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "#" ]]
788       then
789
790             # ZEILE IST KOMMENTARZEILE
791          true
792
793       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "%" ]]
794       then
795
796             # ZEILE DEFINIERT ENVIRONMENT-VARIABLE
797          zeile=$(echo $zeile | cut -c2-)
798#          echo $zeile | cut -d" " -f1-5 | read  var  value  for_host  for_cond1  for_cond2
799          var=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
800          value=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
801          for_host=`echo $zeile | cut -d" " -s -f3`
802          for_cond1=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
803          for_cond2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
804
805          if [[ "$for_host" = ""  ||  ( "$for_host" = $host  &&  "$for_cond1" = "$cond1"  &&  "$for_cond2" = "$cond2" )  ||  $(echo "$input_list$output_list"|grep -c "$for_host") != 0 ]]
806          then
807
808                # BEI COMPILER- CPP- ODER LINKEROPTIONEN EVTL ":" DURCH " "
809                # ERSETZEN. "::" WIRD DURCH ":" ERSETZT.
810             value=`echo $value | sed 's/::/%DUM%/g' | sed 's/:/ /g' | sed 's/%DUM%/:/g'`
811
812
813                # ENVIRONMENT-VARIABLE WIRD WERT AUS KONFIGURATIONSDATEI
814                # ZUGEWIESEN, WENN SIE SELBST NOCH KEINEN WERT UEBER DIE
815                # ENTSPRECHENDE SCRIPT-OPTION ERHALTEN HAT. SOLCHE
816                # VARIABLEN HAETTEN DANN DEN WERT "" ODER IM INTEGER-FALL DEN
817                # WERT 0.  ALLGEMEINE REGEL ALSO: SCRIPT-OPTION GEHT UEBER
818                # KONFIGURATIONSDATEI
819             if [[ "$(eval echo \$$var)" = ""  ||  "$(eval echo \$$var)" = "0" ]]
820             then
821                eval  $var=\$value
822
823                   # EVTL. BILDSCHIRMAUSGABEN DER ENVIRONMENT-VARIABLEN
824                if [[ $do_trace = true ]]
825                then
826                   printf "\n*** ENVIRONMENT-VARIABLE $var = $value"
827                fi
828             fi
829
830                # WENN ENVIRONMENT-VARIABLE HOST VEREINBART, DANN SOFORT AUSWERTEN
831                # WERT VON do-remote WIRD BEI DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT
832                # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
833                # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
834             if [[ $var = host ]]
835             then
836                if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
837                then
838                   do_batch=true
839                   do_remote=true
840                   case  $host  in
841                       (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|ibmy|lckyoto|lcsgib|lcsgih|nech|necriam|unics|lcxt4|lcxt5m|lck)  true;;
842                       (*)  printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
843                            printf "\n      is not available"
844                            locat=nqs; exit;;
845                   esac
846                else
847                   host=$localhost
848                fi
849             fi
850
851                # VOM BENUTZER DEFINIERTE ENVIRONMENT VARIABLEN MUESSEN PRINZIPIELL
852                # EXPORTIERT WERDEN, DA SIE VIELLEICHT IN WEITER UNTEN AUFZURUFEN-
853                # DEN PROGRAMMEN BENOETIGT WERDEN
854             export  $var
855          fi
856
857
858
859
860       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "EC:" ]]
861       then
862
863             # ZEILE DEFINIERT ERROR-KOMMANDO
864          (( iec = iec + 1 ))
865          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
866          err_command[$iec]="$zeile"
867
868       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "IC:" ]]
869       then
870
871             # ZEILE DEFINIERT INPUT-KOMMANDO
872          (( iic = iic + 1 ))
873          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
874          in_command[$iic]="$zeile"
875
876       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "OC:" ]]
877       then
878
879             # ZEILE DEFINIERT OUTPUT-KOMMANDO
880          (( ioc = ioc + 1 ))
881          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
882          out_command[$ioc]="$zeile"
883
884       else
885
886             # ZEILE DEFINIERT DATEIVERBINDUNG. EINLESEN DER DATEIEIGENSCHAFTEN
887             # s2a: in/out - Feld
888             # s2b: loc    - Feld (optional)
889             # s2c: tr/ar  - Feld (optional)
890#          echo $zeile | cut -d" " -f1-2 | read  s1  s2
891          s1=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
892          s2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
893          s2a=$(echo $s2 | cut -d":" -f1)
894          if [[ $(echo $s2 | grep -c ":") = 0 ]]
895          then
896             s2b=""
897             s2c=""
898          else
899#             echo $s2 | cut -d":" -f2-3 | sed 's/:/ /g' | read  s2b  s2c
900             s2b=`echo $s2 | cut -d":" -f2 | sed 's/:/ /g'`
901             s2c=`echo $s2 | cut -d":" -s -f3 | sed 's/:/ /g'`
902          fi
903#          echo $zeile | cut -d" " -f3-6 | read  s3  s4  s5  s6
904          s3=`echo $zeile | cut -d" " -f3`
905          s4=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
906          s5=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
907          s6=`echo $zeile | cut -d" " -s -f6`
908
909       
910             # ABSPEICHERN DER DATEIVERBINDUNG, FALLS IN INPUT- ODER OUTPUT-LIST
911             # VERMERKT. VARIABLE S3 KANN AUCH LISTE ENTHALTEN (FELDTRENNER ":")
912             # DATEIVERBINDUNG WIRD DANN NICHT ABGESPEICHERT UND GEPRUEFT, WENN
913             # PROGRAMMLAUF AUF REMOTE-MASCHINE ERFOLGT UND DATEI NUR LOKAL VOR-
914             # HANDEN SEIN MUSS (D.H. s2b = loc)
915          IFSALT="$IFS"; IFS="$IFS:"
916          if [[ "$s2a" = in  &&  ! ( $do_remote = true  &&  ( "$s2b" = loc  ||  "$s2b" = locopt ) ) ]]
917          then
918             found=false
919             for  actual  in  $input_list
920             do
921                for  formal  in  $s3
922                do
923                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-" ]]  &&  found=true
924                done
925             done
926             if [[ $found = true ]]
927             then
928                (( iin = iin + 1 ))
929                localin[$iin]=$s1; transin[$iin]=$s2b; actionin[$iin]=$s2c;
930                typein[$iin]=$s3; pathin[$iin]=$s4; endin[$iin]=$s5;
931                extin[$iin]=$s6
932             fi
933          elif [[ "$s2a" = out  &&  ! ( $do_remote = true  &&  "$s2b" = loc ) ]]
934          then
935             found=false
936             for  actual  in  $output_list
937             do
938                for  formal  in  $s3 
939                do
940                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-"  ]]  &&  found=true
941                done
942             done
943             if [[ $found = true ]]
944             then
945                (( iout = iout + 1 ))
946                localout[$iout]=$s1; actionout[$iout]=$s2c; typeout[$iout]=$s3;
947                pathout[$iout]=$s4; endout[$iout]=$s5; extout[$iout]=$s6
948             fi
949          elif [[ "$s2a" != in  &&  "$s2a" != out ]]
950          then
951             printf "\n  +++ I/O-attribute in configuration file $config_file has the invalid"
952             printf "\n      value \"$s2\". Only \"in\" and \"out\" are allowed!"
953             locat=connect; exit
954          fi
955          IFS="$IFSALT"
956       fi
957    done < $config_file
958
959 else
960
961
962       # INTERPRETATION DER KONFIGURATIONSDATEI MITTELS FORTRAN 90 - PROGRAMM
963    [[ $silent = false ]]  &&  printf "..."
964    export  cond1 cond2 config_file do_remote do_trace input_list localhost output_list
965    export  interpreted_config_file=.icf.$RANDOM
966
967
968
969       # ENVIRONMENT-VARIABLEN FUER INTERPRET_CONFIG UEBER NAMELIST_DATEI ZUR
970       # VERFUEGUNG STELLEN
971    cat  >  .mrun_environment  <<  %%END%%
972 &mrun_environment  cond1 = '$cond1', cond2 = '$cond2',
973                    config_file = '$config_file', do_remote = '$do_remote',
974                    do_trace = '$do_trace', host = '$host',
975                    input_list = '$input_list', icf = '$interpreted_config_file',
976                    localhost = '$localhost', output_list = '$output_list' /
977
978%%END%%
979
980       # WERTE VON MRUN-OPTIONEN SICHERN UND DAMIT GEGEBENENFALLS SPAETER DIE
981       # IN DER KONFIGURAIONSDATEI ANGEGEBENEN WERTE UEBERSTEUERN
982    mrun_memory=$memory
983    mrun_group_number=$group_number
984    mrun_cpumax=$cpumax
985    mrun_numprocs=$numprocs
986
987    if [[ $localhost_realname = "sx-fep" ]]
988    then
989       /home/COAR/NC/raasch/pub/interpret_config_necriam.x
990    else
991
992       if [[ "$host" != $localhost ]]
993       then
994
995             # REMOTE JOB FROM LOCAL HOST: JUST TAKE THE FIRST EXECUTABLE FOUND
996          interpret_config_executable=`ls -1 ${PALM_BIN}/interpret_config*.x 2>/dev/null`
997          if [[ $? != 0 ]]
998          then
999             printf "\n\n  +++ no interpret_config found"
1000             printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this host"
1001             locat=interpret_config; exit
1002          fi
1003          interpret_config_executable=`echo $interpret_config_executable | cut -d" " -f1`
1004          $interpret_config_executable
1005
1006       else
1007
1008             # CHECK, IF THERE IS AN EXECUTABLE FOR THE BLOCK
1009          if [[ ! -f ${PALM_BIN}/interpret_config${block}.x ]]
1010          then
1011             printf "\n\n  +++ no interpret_config found for given block \"$cond1 $cond2\""
1012             printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this block"
1013             locat=interpret_config; exit
1014          else
1015             interpret_config${block}.x
1016          fi
1017
1018       fi
1019    fi
1020    rm .mrun_environment
1021
1022
1023       # AUSFUEHRUNG DER GENERIERTEN SHELL-KOMMANDOS IN DIESER SHELL
1024    chmod  u+x  $interpreted_config_file
1025    export PATH=$PATH:.
1026    . $interpreted_config_file
1027    rm  $interpreted_config_file
1028
1029
1030       # OPTIONSWERTE UEBERSTEUERN KONFIGURATIONSDATEI
1031    [[ $mrun_memory     != 0  ]]  &&  memory=$mrun_memory
1032    [[ "$mrun_group_number" != "none" ]]  &&  group_number=$mrun_group_number
1033    [[ $mrun_cpumax     != 0  ]]  &&  cpumax=$mrun_cpumax
1034    [[ "$mrun_numprocs" != "" ]]  &&  numprocs=$mrun_numprocs
1035
1036 fi
1037
1038
1039    # QUELLTEXTVERZEICHNIS AUF LOKALER MASCHINE AUS KONFIGURATIONSDATEI
1040    # BESTIMMEN (WUERDE SONST EVTL. DAS VERZEICHNIS DES JEWEILS UNTER -h
1041    # ANGEGEBENEN REMOTE-RECHNERS SEIN)
1042    # BEI BATCH-JOBS SIND DIE ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE SCHON KOMPLETT
1043 if [[ "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1044 then
1045
1046       # ZUERST PRUEFEN, OB EIN GLOBALER QUELLTEXTPFAD FUER ALLE RECHNER
1047       # VEREINBART WURDE
1048    source_path=""
1049    line=""
1050    grep "%source_path" $config_file  >  tmp_mrun
1051    while read line
1052    do
1053       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
1054       then
1055          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -f3)" = "" ]]
1056          then
1057             global_source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
1058          fi
1059       fi
1060    done  <  tmp_mrun
1061
1062    line=""
1063    found=false
1064    grep  " $localhost" $config_file | grep "%source_path"  >  tmp_mrun
1065    while read line
1066    do
1067       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
1068       then
1069          if [[ $found = true ]]
1070          then
1071             printf "\n\n  +++ more than one source path found in configuration file"
1072             printf "\n      for local host \"$localhost\" "
1073             locat=source_path; exit
1074          fi
1075          source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
1076          found=true
1077       fi
1078    done  <  tmp_mrun
1079    rm  tmp_mrun
1080
1081    if [[ "$source_path" = "" ]]
1082    then
1083       if [[ "$global_source_path" != "" ]]
1084       then
1085          source_path=$global_source_path
1086       else
1087          printf "\n\n  +++ no source path found in configuration file"
1088          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
1089          locat=source_path; exit
1090       fi
1091    fi
1092    eval source_path=$source_path
1093
1094    if [[ ! -d $source_path ]]
1095    then
1096       printf "\n\n  +++ source path \"$source_path\" on local host"
1097       printf "\n      \"$localhost\" does not exist"
1098       locat=source_path; exit
1099    fi
1100
1101 fi
1102
1103
1104    # GLOBALE REVISIONSNUMMER ERMITTELN (FORTSETZUNGSLAEUFEN WIRD DIESE
1105    # DURCH OPTION -G MITGETEILT)
1106 if [[ "$global_revision" = ""   &&  $host != "ibmkisti" ]]
1107 then
1108    global_revision=`svnversion $source_path  2>/dev/null`
1109    global_revision="Rev: $global_revision"
1110 fi
1111
1112
1113    # NOCHMAL PRUEFEN, OB AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL
1114    # (HOST KANN IN KONFIGURATIONSDATEI ANDERS FESTGELEGT WORDEN SEIN)
1115    # WERT VON do_remote WIRD FUER DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT.
1116    # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
1117    # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
1118 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
1119 then
1120    do_batch=true
1121    do_remote=true
1122    case  $host  in
1123        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|ibmy|lckyoto|lcsgib|lcsgih|nech|necriam|unics|lcxt4|lcxt5m|lck)  true;;
1124        (*)  printf "\n"
1125             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
1126             printf "\n      is not available"
1127             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
1128    esac
1129 else
1130    host=$localhost
1131 fi
1132
1133
1134    # PRUEFUNG EINIGER PROZESSORZAHLANGABEN BEI RECHNUNGEN AUF PARALLELRECHNERN
1135 if [[ "$cond1" = parallel  ||  "$cond2" = parallel ]]
1136 then
1137
1138       # PRUEFEN, OB DIE ANZAHL DER ZU VERWENDENDEN PES ANGEGEBEN WURDE
1139    if [[ ! -n $numprocs ]]
1140    then
1141       printf "\n"
1142       printf "\n  +++ option \"-K parallel\" requires additional specification"
1143       printf "\n      of the number of processors to be used by"
1144       printf "\n      mrun-option \"-X\" or by environment-variable"
1145       printf "\n      \"numprocs\" in the configuration file"
1146       locat=numprocs; (( iec = 0 )); exit 
1147    fi
1148
1149       # PRUEFEN, OB DIE PROZESSORANZAHL PRO KNOTEN ANGEGEBEN WURDE (GGF.
1150       # DEFAULT-WERT SETZEN) UND OB SIE EIN GANZZAHLIGER TEILER DER
1151       # GESAMTPROZESSORANZAHL IST
1152    if [[ $host = nech  ||  $host = necriam  ||  $host = ibmh  ||  $host = ibmkisti  ||  $host = ibms ]]
1153    then
1154       [[ "$tasks_per_node" = "" ]]  &&  tasks_per_node=6
1155       (( ival = $tasks_per_node ))
1156       (( pes = numprocs ))
1157#       if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics+1PE) = 1 ]]
1158#       then
1159#          (( pes = pes - 1 ))
1160#       fi
1161       (( ii = pes / ival ))
1162       if (( pes - ii * ival > 0 ))
1163       then
1164          printf "\n"
1165          printf "\n  +++ tasks per node (option \"-T\") must be an integral"
1166          printf "\n      divisor of the total number of processors (option \"-X\")"
1167          printf "\n      values of this mrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $numprocs\""
1168          locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1169       fi
1170    fi
1171
1172       # IBMY HAT NUR EINEN KNOTEN
1173    if [[ $host = ibmy ]]
1174    then
1175       if [[ "$tasks_per_node" != ""  &&  "$tasks_per_node" != "$numprocs" ]]
1176       then
1177          printf "\n"
1178          printf "\n  +++ on ibmy, tasks per node (option \"-T\") must be equal to the"
1179          printf "\n      total number of processors (option \"-X\")"
1180          printf "\n      values of this mrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $numprocs\""
1181          locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1182       fi
1183    fi
1184
1185       # FALLS OPENMP PARALLELISIERUNG VERWENDET WERDEN SOLL, ANZAHL VON THREADS
1186       # SETZEN UND ZAHL DER TASKS PRO KNOTEN AUF 1 SETZEN
1187#    if [[ $use_openmp = true ]]
1188#    then
1189#       threads_per_task=$tasks_per_node
1190#       tasks_per_node=1
1191#    fi
1192
1193       # SETTINGS FOR SUBJOB-COMMAND
1194    TOPT="-T $tasks_per_node"
1195    OOPT="-O $threads_per_task"
1196
1197       # GESAMTZAHL DER KNOTEN BESTIMMEN
1198    if [[ "$tasks_per_node" != "" ]]
1199    then
1200       (( nodes = numprocs / ( tasks_per_node * threads_per_task ) ))
1201    fi
1202
1203       # PRUEFEN, OB NODE USAGE EINEN ERLAUBTEN WERT HAT BZW. DEN DEFAULT
1204       # SETZEN
1205    if [[ $node_usage = default ]]
1206    then
1207       if [[ $host = ibms ]]
1208       then
1209          node_usage=shared
1210       elif [[ $(echo $host | cut -c1-5) = lcsgi ]]
1211       then
1212          node_usage=singlejob
1213       else
1214          node_usage=not_shared
1215       fi
1216    fi
1217
1218    if [[ $node_usage != shared  &&  $node_usage != not_shared  &&  $node_usage != singlejob  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla" ]]
1219    then
1220       printf "\n"
1221       printf "\n  +++ node usage (option \"-n\") is only allowed to be set"
1222       printf "\n      \"shared\" or \"not_shared\""
1223       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1224    fi
1225
1226 fi
1227
1228    # PRUEFEN, OB HOSTFILE EXISTIERT
1229 if [[ -n $hostfile ]]
1230 then
1231    if [[ ! -f $hostfile ]]
1232    then
1233       printf "\n"
1234       printf "\n  +++ hostfile \"$hostfile\" does not exist"
1235       locat=hostfile; exit
1236    fi
1237 fi
1238
1239    # PRUEFEN, OB RHOSTS DATEI EXISTIERT. GEGEBENENFALLS ANLEGEN BZW. ERWEITERN
1240 if [[ $host = ibmy  &&  $do_remote = false ]]
1241 then
1242    if [[ ! -f $HOME/.rhosts ]]
1243    then
1244       echo  "gfdl5.yonsei.ac.kr"  >  $HOME/.rhosts
1245       printf "\n\n  *** file:"
1246       printf "\n           $HOME/.rhosts"
1247       printf "\n      was created\n"
1248    fi
1249    if [[ $(grep -c gfdl5.yonsei.ac.kr $HOME/.rhosts) = 0 ]]
1250    then
1251       echo  "gfdl5.yonsei.ac.kr"  >>  $HOME/.rhosts
1252       printf "\n\n  *** file:"
1253       printf "\n           $HOME/.rhosts"
1254       printf "\n      was extended by the name of the current host\n"
1255    fi
1256 fi
1257
1258
1259
1260    # FALLS NICHT VORGEGEBEN, DEFAULT-QUEUE AUF DER ZIELMASCHINE FESTLEGEN
1261 if [[ $queue = none ]]
1262 then
1263    case  $host  in
1264        (ibmh)       queue=no_class;;
1265        (ibmkisti)   queue=class.32plus;;
1266        (ibmy)       queue=parallel;;
1267        (lckyoto)    queue=ph;;
1268        (lcsgib)     queue=bigq;;
1269        (lcsgih)     queue=bigq;;
1270        (lctit)      queue=S;;
1271        (nech)       queue=none;;
1272        (necriam)    queue=SP;;
1273        (unics)      queue=unics;;
1274    esac
1275 fi
1276
1277
1278    # VOLLSTAENDIGE DATEINAMEN DER INPUT-FILES BILDEN,
1279    # INPUT-DATEIEN AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND EVTL. HOECHSTE ZYKLUSNUMMER
1280    # ERMITTELN
1281 (( i = 0 ))
1282 while (( i < iin ))
1283 do
1284    (( i = i + 1 ))
1285    (( maxcycle = 0 ))
1286
1287       # NAMENSBILDUNG (EVTL. IST FESTER DATEINAME VORGEGEBEN)
1288    if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1289    then
1290       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${endin[$i]}  # REMOTE-PFAD ERST AUF
1291                                                    # REM-MASCHINE AUSWERTEN
1292       eval filename=${pathin[$i]}/${endin[$i]}
1293    else
1294       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}  # REMOTE-PFAD ERST AUF
1295                                                             # REM-MASCHINE AUSWERTEN
1296       eval filename=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}
1297    fi
1298
1299       # PRUEFEN AUF VORHANDENSEIN
1300    if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1301          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1302          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1303    then
1304          # DATEIEN MIT EXTENSION (Z.B. NC) MUESSEN NICHT ZWINGEND VORHANDEN
1305          # SEIN, DESHALB IN SOLCHEN FAELLEN KEIN ABBRUCH. DIES IST NUR EINE
1306          # VORUEBERGEHENDE LOESUNG (OKT 05). NICHT ZWINGEND BENOETIGTE
1307          # EINGABEDATEIEN SOLLTEN EINE SPEZIELLE OPTION IN DER DATEI-
1308          # VERBINDUNGSANWEISUNG BEKOMMEN (Z.B. inopt?)
1309       if [[ "${transin[$i]}" != "locopt" ]]
1310       then
1311          printf "\n\n  +++ INPUT-file: "
1312          if [[ "${extin[$i]}" = "" ]]
1313          then
1314             printf "\n           $filename"
1315          else
1316             printf "\n           $filename.${extin[$i]}"
1317          fi
1318          printf "\n      does not exist\n"
1319          locat=input; exit
1320       else
1321          transin[$i]="unavailable"
1322       fi
1323    else
1324
1325          # ZYKLUSNUMMER FESTSTELLEN
1326       ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1327       ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1328       while  read zeile
1329       do
1330          cycle=$(print $zeile | cut -f2 -d".")
1331          if [[ "$cycle" = "$zeile" ]]
1332          then
1333             (( icycle = 0 ))
1334          elif [[ "$cycle" = "${extin[$i]}" ]]
1335          then
1336             (( icycle = 0 ))
1337          else
1338             (( icycle = $cycle ))
1339          fi
1340          if (( icycle > maxcycle ))
1341          then
1342             (( maxcycle = icycle ))
1343             file_to_be_used=$zeile
1344          fi
1345       done <filelist
1346       rm filelist
1347
1348          # EVTL. ZYKLUSNUMMER AN DATEINAMEN ANFUEGEN
1349       if (( maxcycle > 0 ))
1350       then
1351          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1352          then
1353             filename=${filename}.$maxcycle.${extin[$i]}
1354          else
1355             filename=${filename}.$maxcycle
1356          fi
1357       else
1358          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1359          then
1360             filename=${filename}.${extin[$i]}
1361          fi
1362       fi
1363       
1364          # DATEINAMEN OHNE PFAD ABER MIT ZYKLUSNUMMER ABSPEICHERN,
1365          # DA SPAETER BEI RUECKSPEICHERN VOM ARCHIVSYSTEM EVTL. BENOETIGT
1366       absnamein[$i]=$filename
1367       if (( maxcycle > 0 ))
1368       then
1369          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1370          then
1371             frelin[$i]=${endin[$i]}.$maxcycle
1372          else
1373             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}.$maxcycle
1374          fi
1375       else
1376          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1377          then
1378             frelin[$i]=${endin[$i]}
1379          else
1380             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}
1381          fi
1382       fi
1383
1384    fi
1385 done
1386       
1387
1388    # VOLLSTAENDIGE DATEINAMEN (OHNE $ ODER ~) DER OUTPUT-FILES BILDEN,
1389    # OUTPUT-DATEIEN AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND EVTL. HOECHSTE ZYKLUSNUMMER
1390    # ERMITTELN ODER, FALLS NICHT VORHANDEN, PRUEFEN, OB SIE SICH ANLEGEN LASSEN
1391    # DIESE AKTIONEN FINDEN NICHT STATT, WENN PROGRAMM AUF REMOTE-MASCHINE
1392    # RECHNET UND DATEI ANSCHLIESSEND TRANSFERIERT WERDEN SOLL!
1393 (( i = 0 ))
1394 while (( i < iout ))
1395 do
1396    (( i = i + 1 ))
1397    if [[ ! ( $fromhost != $localhost  &&  ( "${actionout[$i]}" = tr || "${actionout[$i]}" = tra || "${actionout[$i]}" = trpe ) ) ]]
1398    then
1399       if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
1400       then
1401          actionout[$i]=""
1402       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe ]]
1403       then
1404          actionout[$i]=pe
1405       elif [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
1406       then
1407          actionout[$i]=a
1408       fi
1409       (( maxcycle = 0 ))
1410       eval filename=${pathout[$i]}/${fname}${endout[$i]}
1411       eval catalogname=${pathout[$i]}
1412       if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1413             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1414             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1415       then
1416     
1417             # OUTPUT-DATEI NICHT VORHANDEN. PRUEFEN, OB ANLEGEN MOEGLICH.
1418          if  cat /dev/null > $filename 
1419          then
1420             rm  $filename
1421          else
1422
1423                # PRUEFEN, OB KATALOG VORHANDEN UND EVTL. DIESEN ANLEGEN
1424             if [[ ! -d $catalogname ]]
1425             then
1426                if  mkdir -p  $catalogname
1427                then
1428                   printf "\n\n  *** directory:"
1429                   printf "\n           $catalogname"
1430                   printf "\n      was created\n"
1431                else
1432                   printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1433                   printf "\n           $filename"
1434                   printf "\n      cannot be created, because directory does not exist"
1435                   printf "\n      and cannot be created either"
1436                   printf "\n"
1437                   locat=output  ; exit
1438                fi 2>/dev/null
1439             else
1440                printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1441                printf "\n           $filename"
1442                printf "\n      cannot be created, although directory exists"
1443                printf "\n"
1444                locat=output  ; exit
1445             fi
1446          fi 2>/dev/null
1447       else
1448
1449             # ZYKLUSNUMMER FESTSTELLEN
1450          ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1451          ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1452          while  read zeile
1453          do
1454             cycle=$(print $zeile | cut -f2 -d".")
1455             if [[ "$cycle" = "$zeile"  ||  "$cycle" = ${extout[$i]} ]]
1456             then
1457                (( icycle = 1 ))
1458             else
1459                (( icycle = $cycle + 1 ))
1460             fi
1461             if (( icycle > maxcycle ))
1462             then
1463                (( maxcycle = icycle ))
1464             fi
1465          done <filelist
1466          rm filelist
1467       fi
1468
1469          # EVTL. ZYKLUSNUMMER AN DATEINAMEN ANFUEGEN UND PRUEFEN, OB SICH
1470          # DATEI AUCH WIRKLICH ANLEGEN LAESST. IM APPEND-FALL MUSS AN DEN
1471          # HOECHSTEN VORHANDENEN ZYKLUS-ANGEHAENGT WERDEN. ANLAGEPRUEFUNG
1472          # IST DANN NATUERLICH NICHT ZULAESSIG BZW. MOEGLICH
1473       if [[ "${actionout[$i]}" != a ]]
1474       then
1475          if (( maxcycle > 0 ))
1476          then
1477             filename=${filename}.$maxcycle
1478             if  cat /dev/null > $filename 
1479             then
1480                rm  $filename
1481             else
1482                printf "\n  +++ OUTPUT-file:"
1483                printf "\n           $filename"
1484                printf "\n      cannot be created"
1485                locat=output  ; exit
1486             fi
1487          fi
1488       else
1489          (( maxcycle = maxcycle - 1 ))
1490          if (( maxcycle > 0 ))
1491          then
1492             filename=${filename}.$maxcycle
1493          fi
1494       fi
1495       
1496          # DATEINAMEN OHNE PFAD ABER MIT ZYKLUSNUMMER ABSPEICHERN,
1497          # DA SPAETER BEI ABLAGE AUF ARCHIVSYSTEM BZW. FUER
1498          # DATEI OUTPUT_FILE_CONNECTIONS EVTL. BENOETIGT
1499       pathout[$i]=$filename
1500       if (( maxcycle > 0 ))
1501       then
1502          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}.$maxcycle
1503       else
1504          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}
1505       fi
1506
1507    fi
1508 done
1509
1510
1511     # DAS DVR-PAKET ERFORDERT EINE ENTSPRECHENDE BIBLIOTHEK
1512 if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
1513 then
1514    if [[ "$dvr_inc" = "" ]]
1515    then
1516       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_inc\" given in configuration file"
1517       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1518       locat=dvr; exit
1519    fi
1520    if [[ "$dvr_lib" = "" ]]
1521    then
1522       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_lib\" given in configuration file"
1523       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1524       locat=dvr; exit
1525    fi
1526 fi
1527
1528
1529     # PRUEFEN, OB ENTWEDER HAUPTPROGRAMM ODER NUR EIN AUSFUEHRBARES
1530     # PROGRAMM VEREINBART WURDE (IN DIESEM FALL BRAUCHT IM WEITEREN NICHT
1531     # UEBERSETZT ZU WERDEN)
1532 if [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" = "" ]]
1533 then
1534    printf "\n  +++ neither main program nor executable defined"
1535    locat=source; exit
1536 elif [[ "$mainprog" != ""  &&  "$executable" != "" ]]
1537 then
1538    printf "\n  +++ main program as well as executable defined"
1539    locat=source; exit
1540 elif [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" != "" ]]
1541 then
1542    do_compile=false
1543 fi
1544
1545
1546    # SOURCE-VERZEICHNIS ZUM AUFSAMMELN DER ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE
1547    # ERZEUGEN. HIERHIN WERDEN SPAETER IM FALL VON BATCH-JOBS AUCH DAS MRUN-
1548    # SCRIPTS SOWIE DIE KONFIGURATIONSDATEI KOPIERT
1549 if [[ $restart_run != true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1550 then
1551    rm -rf  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1552    mkdir   SOURCES_FOR_RUN_$fname
1553 fi
1554
1555
1556    # ALLE ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE ZUSAMMENSAMMELN
1557    # BEI BATCH-JOBS IST DIES NICHT NOETIG, WEIL DIE PROGRAMMTEILE BEREITS DURCH
1558    # DEN MRUN-AUFRUF ERMITTELT SIND, DER DEN BATCH-JOB GENERIERT HAT, UND
1559    # IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN_... ABGELEGT SIND
1560 if [[ $do_compile = true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1561 then
1562
1563    [[ "$source_list" = LM ]]  &&  source_list=LOCALLY_MODIFIED
1564    [[ "$source_list" = WP ]]  &&  source_list=WRITE_PERMIT
1565
1566
1567       # EVTL. ZU UEBERSETZENDE PROGRAMMTEILE DADURCH BESTIMMEN, DASS GEPRUEFT
1568       # WIRD, WELCHE DATEIEN WRITE-PERMIT BESITZEN (DATEIEN SOLLTEN DESHALB
1569       # UNTER RCS-KONTROLLE STEHEN). MIT DER VARIABLEN EXCLUDE KOENNEN
1570       # BESTIMMTE DATEIEN GRUNDSAETZLICH VON DER UEBERSETZUNG AUSGESCHLOSSEN
1571       # WERDEN. DIES IST NUR BEI MANUELLEM START VON MRUN DURCH DEN BENUTZER
1572       # MOEGLICH, DA BEI AUTOMATISCHEN RESTARTS TEST DURCH DIE TATSAECHLICH
1573       # ZU UBERSETZENDEN DATEIEN ERSETZT IST.
1574       # ALLE ERMITTELTEN DATEIEN WERDEN IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN_...
1575       # GESAMMELT
1576    if [[ "$source_list" = WRITE_PERMIT ]]
1577    then
1578
1579       source_list=""
1580       cd  $source_path
1581
1582
1583          # ALLE MOEGLICHEN QUELLCODEDATEIEN AUFLISTEN
1584       Names=$(ls -1 *.f90 2>&1)
1585       [[ $(echo $Names | grep -c '*.f90') = 0 ]]  &&  Filenames="$Names"
1586       Names=$(ls -1 *.F90 2>&1)
1587       [[ $(echo $Names | grep -c '*.F90') = 0 ]]  &&  Filenames="$Filenames $Names"
1588       Names=$(ls -1 *.F 2>&1)
1589       [[ $(echo $Names | grep -c '*.F') = 0   ]]  &&  Filenames="$Filenames $Names"
1590       Names=$(ls -1 *.f 2>&1)
1591       [[ $(echo $Names | grep -c '*.f') = 0   ]]  &&  Filenames="$Filenames $Names"
1592       Names=$(ls -1 *.c 2>&1)
1593       [[ $(echo $Names | grep -c '*.c') = 0   ]]  &&  Filenames="$Filenames $Names"
1594
1595
1596          # DATEIEN MIT WRITE-PERMIT NACH SOURCES_FOR_RUN_... KOPIEREN
1597       for  dateiname  in  $Filenames
1598       do
1599          if [[ -w $dateiname ]]
1600          then
1601             if [[ "$exclude" = ""  ||  $(echo $exclude | grep -c $dateiname) = 0 ]]
1602             then
1603                cp  $dateiname  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1604                source_list=$source_list"$dateiname "
1605             fi
1606          fi
1607       done
1608
1609       cd -  > /dev/null
1610
1611
1612    elif [[ "$source_list" = LOCALLY_MODIFIED ]]
1613    then
1614
1615          # MODIFIZIERTE DATEIEN DER SVN-ARBEITSKOPIE BESTIMMEN
1616       source_list=""
1617       cd  $source_path
1618
1619
1620          # PRUEFEN, OB VERZEICHNIS UEBERHAUPT UNTER SVN-KONTROLLE STEHT
1621       if [[ ! -d .svn ]]
1622       then
1623          printf "\n\n  +++ source directory"
1624          printf "\n         \"$source_path\" "
1625          printf "\n         is not under control of \"subversion\"."
1626          printf "\n         Please do not use mrun-option \"-s LOCALLY_MODIFIED\"\n"
1627       fi
1628
1629
1630          # ALLE MODIFIZIERTEN QUELLCODEDATEIEN AUFLISTEN
1631       Filenames=""
1632       svn status  >  tmp_mrun
1633       while  read line
1634       do
1635          firstc=`echo $line | cut -c1`
1636          if [[ $firstc = M  ||  $firstc = "?" ]]
1637          then
1638             Name=`echo "$line" | cut -c8-`
1639             extension=`echo $Name | cut -d. -f2`
1640             if [[ "$extension" = f90 || "$extension" = F90 || "$extension" = f || "$extension" = F || "$extension" = c ]]
1641             then
1642                Filenames="$Filenames "$Name
1643             fi
1644          fi
1645       done < tmp_mrun
1646
1647
1648          # DATEIEN NACH SOURCES_FOR_RUN_... KOPIEREN
1649       for  dateiname  in  $Filenames
1650       do
1651          cp  $dateiname  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1652          source_list=$source_list"$dateiname "
1653       done
1654
1655       cd -  > /dev/null
1656
1657
1658       # MITTELS OPTION -s ANGEGEBENE DATEIEN NACH SOURCES_FOR_RUN_... KOPIEREN
1659       # BEI AUTOMATISCHEN FORTSETZUNGSLAEUFEN SIND DORT SCHON ALLE DATEIEN
1660       # VORHANDEN
1661    elif [[ "$source_list" != ""  &&  $restart_run != true ]]
1662    then
1663
1664       cd  $source_path
1665
1666       for  filename  in  $source_list
1667       do
1668
1669             # QUELLTEXT-DATEI DARF KEINE PFADE BEINHALTEN
1670          if [[ $(print $filename | grep -c "/") != 0 ]]
1671          then
1672             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1673             printf "\n      must not contain (\"/\") "
1674             locat=source; exit
1675          fi
1676
1677          if [[ ! -f $filename ]]
1678          then
1679             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1680             printf "\n      does not exist"
1681             locat=source; exit
1682          else
1683             cp  $filename  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1684          fi
1685
1686       done
1687
1688       cd -  > /dev/null
1689
1690    fi
1691
1692
1693       # PRUEFEN, OB ENTWEDER HAUPTPROGRAMM VORHANDEN UND ES EVTL. IN DER
1694       # LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE MIT ENTHALTEN IST (WENN
1695       # NICHT, WIRD ES DIESER LISTE HINZUGEFUEGT)
1696    if [[ $restart_run != true ]]
1697    then
1698
1699       if [[ ! -f "$source_path/$mainprog" ]]
1700       then
1701          printf "\n\n  +++ main program:  $mainprog"
1702          printf "\n      does not exist in source directory"
1703          printf "\n      \"$source_path\"\n"
1704          locat=source; exit
1705       else
1706          if [[ $(echo $source_list | grep -c $mainprog) = 0 ]]
1707          then
1708             cp  $source_path/$mainprog  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1709             source_list=${mainprog}" $source_list"
1710          fi
1711       fi
1712    fi
1713
1714
1715       # MAKEFILE AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND KOPIEREN
1716       # BEI RESTART-LAEUFEN LIEGT ES SCHON IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN...
1717    if [[ "$restart_run" != true ]]
1718    then
1719       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
1720       if [[ ! -f $makefile ]]
1721       then
1722          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
1723          locat=make; exit
1724       else
1725          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
1726       fi
1727    fi
1728
1729
1730       # DATEIEN AUS ZUSAETZLICHEM QUELLVERZEICHNIS HINZUFUEGEN
1731    if [[ $restart_run != true  &&  "$add_source_path" != "" ]]
1732    then
1733
1734          # GIBT ES DAS VERZEICHNIS UEBERHAUPT?
1735       if [[ ! -d $add_source_path ]]
1736       then
1737          printf "\n\n  +++ WARNING: additional source code directory"
1738          printf "\n      \"$add_source_path\" "
1739          printf "\n      does not exist or is not a directory."
1740          printf "\n      No source code will be used from this directory!\n"
1741          add_source_path=""
1742          sleep 3
1743       else
1744
1745          cd $add_source_path
1746          found=false
1747
1748          Names=$(ls -1 *.f90 2>&1)
1749          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$Names"
1750          Names=$(ls -1 *.F90 2>&1)
1751          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1752          Names=$(ls -1 *.F 2>&1)
1753          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1754          Names=$(ls -1 *.f 2>&1)
1755          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1756          Names=$(ls -1 *.c 2>&1)
1757          [[ $(echo $Names | grep -c '*.c') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1758
1759          cd -  > /dev/null
1760          cd  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1761
1762             # COPY MAKEFILE IF EXISTING
1763          if [[ -f $add_source_path/Makefile ]]
1764          then
1765             printf "\n\n  *** user Makefile from directory"
1766             printf "\n      \"$add_source_path\" is used \n"
1767             sleep 1
1768             cp  $add_source_path/Makefile  .
1769          fi
1770
1771          for  dateiname  in  $AddFilenames
1772          do
1773             if [[ -f $dateiname ]]
1774             then
1775                printf "\n  +++ source code file \"$dateiname\" found in additional"
1776                printf "\n      source code directory \"$add_source_path\" "
1777                printf "\n      but was also given with option \"-s\" which means that it should be taken"
1778                printf "\n      from directory \"$source_path\"."
1779                locat=source; exit
1780             fi
1781
1782             cp  $add_source_path/$dateiname  .
1783             source_list="$source_list $dateiname"
1784
1785                # CHECK IF FILE IS CONTAINED IN MAKEFILE
1786             if [[ $(grep -c $dateiname Makefile) = 0 ]]
1787             then
1788                printf "\n\n  +++ user file \"$dateiname\" "
1789                printf "\n      is not listed in Makefile \n"
1790                locat=source; exit
1791             else
1792
1793                # Default User-Interface von der Liste entfernen, falls Datei
1794                # ein User-Interface enthaelt
1795#             if [[ $( cat $dateiname | grep -c "END SUBROUTINE user_parin" ) != 0 ]]
1796#             then
1797#                if [[ $dateiname != user_interface.f90  &&  -f user_interface.f90 ]]
1798#                then
1799#                   rm -rf  user_interface.f90
1800#                   source_list=`echo $source_list | sed -e 's/user_interface.f90//'`
1801#                   printf "\n\n  *** default \"user_interface.f90\" removed from the files to be translated"
1802#                   printf "\n      since a user-interface is found in file"
1803#                   printf "\n      \"$add_source_path/$dateiname\" \n"
1804#                   sleep 3
1805#                else
1806                if [[ $found = false ]]
1807                then
1808                   found=true
1809                   printf "\n\n  *** following user file(s) added to the"
1810                   printf " files to be translated:\n      "
1811                fi
1812                printf "$dateiname  "
1813                sleep 0.5
1814             fi
1815          done
1816          [[ $found = true ]]  &&  printf "\n"
1817          cd -  > /dev/null
1818       fi
1819    fi
1820
1821
1822       # ALLE UNTERPROGRAMME, DIE ZU VEREINBARTEN SOFTWAREPAKETEN GEHOEREN,
1823       # DER LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN DATEIEN HINZUFUEGEN
1824    if [[ $restart_run != true  &&  -n $package_list ]]
1825    then
1826
1827       cd  $source_path
1828
1829       for  package  in  $package_list
1830       do
1831
1832          [[ $package = "dvrp_graphics+1PE" ]]  &&  package=dvrp_graphics
1833
1834             # ERMITTELE ALLE DATEIEN, DIE ZUM PAKET GEHOEREN
1835             # FEHLERMELDUNGEN WERDEN ABGEFANGEN, DA * AUCH VERZEICHNISSNAMEN
1836             # LIEFERT
1837          package_source_list=`grep "defined( __$package " * 2>/dev/null | cut -f1 -d:`
1838
1839
1840             # FUEGE DIESE DATEIEN DER LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN DATEIEN
1841             # HINZU, FALLS SIE NOCH NICHT DAZUGEHOEREN
1842          for  source_list_name  in  $package_source_list
1843          do
1844             if [[ $(echo $source_list | grep -c $source_list_name) = 0 ]]
1845             then
1846
1847                    # NUR DATEIEN MIT GUELTIGEN ENDUNGEN VERWENDEN
1848                ending=`echo $source_list_name | cut -f2 -d.`
1849                if [[ "$ending" = f90  ||  "$ending" = F90  ||  "$ending" = f  ||  "$ending" = F  ||  "$ending" = c ]]
1850                then
1851                   cp  $source_list_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1852                   source_list="$source_list $source_list_name"
1853                fi
1854             fi
1855          done
1856       done
1857
1858       cd -  > /dev/null
1859    fi
1860
1861
1862       # MAKEFILE AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND KOPIEREN
1863       # BEI RESTART-LAEUFEN LIEGT ES SCHON IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN...
1864#    if [[ "$restart_run" != true ]]
1865#    then
1866#       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
1867#       if [[ ! -f $makefile ]]
1868#       then
1869#          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
1870#          locat=make; exit
1871#       else
1872#          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
1873#       fi
1874#    fi
1875
1876 fi  # do_compile=true
1877
1878
1879    # FALLS PROGRAMMTEILE UEBERSETZT WERDEN SOLLEN, FOLGEN JETZT EINIGE
1880    # UEBERPRUEFUNGEN UND DAS SETZEN DER PRAEPROZESSOR-DIREKTIVEN
1881 if [[ $do_compile = true ]]
1882 then
1883
1884       # PRAEPROZESSOR-DIREKTIVEN ZUM SELEKTIVEN AUSWAEHLEN VON CODETEILEN
1885       # ZUSAMMENSETZEN
1886       # DIREKTIVEN ZUM AKTIVIEREN VON RECHNERSPEZIFISCHEM CODE
1887    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1888    then
1889       cpp_options="${cpp_options},-D__ibm=__ibm"
1890    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = nec ]]
1891    then
1892       cpp_options="$cpp_options -D__nec"
1893    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-2) = lc ]]
1894    then
1895       cpp_options="$cpp_options -D__lc"
1896    else
1897       cpp_options="$cpp_options -D__$localhost"
1898    fi
1899
1900       # DIREKTIVEN DIE DURCH OPTION -K BESTIMMT WERDEN (Z.B. PARALLEL)
1901    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1902    then
1903       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond1=__$cond1"
1904       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond2=__$cond2"
1905    else
1906       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond1"
1907       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond2"
1908    fi
1909
1910       # DIREKTIVEN DIE SOFTWAREPAKETE AKTIVIEREN (OPTION -p)
1911    if [[ -n $package_list ]]
1912    then
1913       for  package  in  $package_list
1914       do
1915          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1916          then
1917             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1918             then
1919                cpp_options="${cpp_options},-D__$package=__$package"
1920             else
1921                cpp_options="${cpp_options},-D__dvrp_graphics=__dvrp_graphics"
1922                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1923             fi
1924          else
1925             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1926             then
1927                cpp_options="$cpp_options -D__$package"
1928             else
1929                cpp_options="$cpp_options -D__dvrp_graphics"
1930                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1931             fi
1932          fi
1933       done
1934    fi
1935
1936       # DIREKTIVEN DIE DURCH OPTION -D FESTGELEGT SIND
1937    if [[ -n $cpp_opts ]]
1938    then
1939       for  popts  in  $cpp_opts
1940       do
1941          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1942          then
1943             cpp_options="${cpp_options},-D__$popts=__$popts"
1944          else
1945             cpp_options="$cpp_options -D__$popts"
1946          fi
1947       done
1948    fi
1949
1950 else
1951
1952
1953       # BEI LOKALEN RECHNUNGEN PRUEFEN, OB EXECUTABLE VORHANDEN
1954    if [[ $do_remote = false ]]
1955    then
1956       if [[ ! -f $executable ]]
1957       then
1958          printf "\n  +++ executable file:  $executable"
1959          printf "\n      does not exist"
1960          locat=executable; exit
1961       fi
1962    fi
1963 fi
1964
1965
1966    # JOBMODUS FESTSTELLEN
1967 if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
1968 then
1969    jobmo=BATCH
1970 else
1971    jobmo=INTERACTIVE
1972 fi
1973
1974
1975    # no interactive runs on lctit
1976 if [[ $host = lctit  &&  $jobmo = INTERACTIVE  &&  $do_batch = false ]]
1977 then
1978    printf "\n  +++ no interactive runs allowed on host \"$host\" "
1979    printf "\n      please submit batch job using mrun option \"-b\" \n"
1980    locat=normal; exit
1981 fi
1982
1983
1984    # HOSTSPEZIFISCHE DEFAULT-COMPILER SETZEN, FALLS NICHT BEREITS
1985    # DURCH BENUTZER ANDERWEITIG VEREINBART
1986 if [[ "$compiler_name" = "" ]]
1987 then
1988
1989    printf "\n  +++ no compiler specified for \"$host $cond1 $cond2\""
1990    locat=compiler_name; exit
1991
1992 fi
1993
1994
1995    # COMPILER AUF RIAMS NEC UEBERSCHREIBEN
1996 [[ $localhost = necriam ]]  &&  compiler_name=mpif90
1997
1998
1999
2000    # TEMPORAEREN KATALOGNAMEN BESTIMMEN
2001 kennung=$RANDOM
2002 if [[ "$tmp_user_catalog" = "" ]]
2003 then
2004    if [[ $localhost = ibmh ]]
2005    then
2006       tmp_user_catalog=$SCRATCH
2007    elif [[ $localhost = nech ]]
2008    then
2009       tmp_user_catalog=$WRKSHR
2010    else
2011       tmp_user_catalog=/tmp
2012    fi
2013 fi
2014 TEMPDIR=$tmp_user_catalog/${usern}.$kennung
2015
2016
2017    # KATALOGNAMEN FUER ZWISCHENSPEICHERUNG VON FORTSETZUNGSLAUFDATEIEN
2018    # BESTIMMEN
2019 if [[ "$tmp_data_catalog" = "" ]]
2020 then
2021    if [[ $localhost = nech ]]
2022    then
2023       tmp_data_catalog=$WRKSHR/mrun_restart_data
2024    else
2025       tmp_data_catalog=/tmp/mrun_restart_data
2026    fi
2027 fi
2028
2029
2030    # EVENTUELL BEI LOKALEN RECHNUNGEN $-ZEICHEN IN ENVIRONMENT-VARIABLEN
2031    # ERSETZEN
2032 if [[ $do_remote = false  &&  $do_compile = true ]]
2033 then
2034    eval  fopts=\"$fopts\"
2035    eval  lopts=\"$lopts\"
2036 fi
2037
2038
2039
2040    # COMPILE- UND LINK-OPTIONEN BESTIMMEN
2041 fopts="$fopts $netcdf_inc $dvr_inc"
2042 lopts="$lopts $netcdf_lib $dvr_lib"
2043 ROPTS="$ropts"
2044 if [[ ( $(echo $host | cut -c1-3) = nec  ||  $(echo $host | cut -c1-3) = ibm  ||  $host = lckyoto  ||  $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib  ||  $host = lctit  ||  $host = lcfimm  ||  $host = lcxt4 ||  $host = lcxt5m || $host = lck )  &&  -n $numprocs ]]
2045 then
2046    XOPT="-X $numprocs"
2047 fi
2048
2049
2050
2051    # PRUEFEN DER CPU-ZEIT. (CPUMAX WIRD ALS ENV-VARIABLE VOM HAUTPRO-
2052    # GRAMM BENOETIGT
2053 done=false
2054 while [[ $done = false ]]
2055 do
2056    cputime=$cpumax
2057    if (( $cputime == 0 ))
2058    then
2059       if [[ $do_batch = true ]]
2060       then
2061          printf "\n  +++ cpu-time is undefined"
2062          printf "\n  >>> Please type CPU-time in seconds as INTEGER:"
2063          printf "\n  >>> "
2064          read  cputime  1>/dev/null  2>&1
2065       else
2066          cputime=10000000   # NO CPU LIMIT FOR INTERACTIVE RUNS
2067       fi
2068    else
2069       done=true
2070    fi
2071    cpumax=$cputime
2072 done
2073
2074 (( minuten = cputime / 60 ))
2075 (( sekunden = cputime - minuten * 60 ))
2076
2077
2078    # PRUEFEN DER KERNSPEICHERANFORDERUNG
2079 if [[ $do_batch = true ]]
2080 then
2081    done=false
2082    while [[ $done = false ]]
2083    do
2084       if (( memory == 0 ))
2085       then
2086          printf "\n  +++ memory demand is undefined"
2087          printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
2088          printf "\n  >>> "
2089          read  memory  1>/dev/null  2>&1
2090       else
2091          done=true
2092       fi
2093    done
2094 fi
2095
2096
2097    # PRUEFEN, OB FUER REMOTE-RECHNUNGEN EIN BENUTZERNAME ANGEGEBEN WURDE
2098 if [[ $do_remote = true  &&  -z $remote_username ]]
2099 then
2100    while [[ -z $remote_username ]]
2101    do
2102       printf "\n  +++ username on remote host \"$host\" is undefined"
2103       printf "\n  >>> Please type username:"
2104       printf "\n  >>> "
2105       read  remote_username
2106    done
2107    mc="$mc -u$remote_username"
2108 fi
2109
2110
2111    # set module load command and export for subjob
2112 if [[ "$modules" != "" ]]
2113 then
2114    if [[ $host = lctit ]]
2115    then
2116       export module_calls=". $modules"
2117    else
2118       export module_calls="module load ${modules};"
2119    fi
2120 fi
2121
2122    # bugfix for wrong netcdf module and for netCDF4 usage in case of mpt
2123 if [[ $host = lcsgib  ||  $host = lcsgih ]]
2124 then
2125    if [[ $(echo $module_calls | grep -c netcdf/3.6.3-intel) != 0 ]]
2126    then
2127       export module_calls="$module_calls export LD_LIBRARY_PATH=/sw/dataformats/netcdf/3.6.3-intel/lib:\$LD_LIBRARY_PATH;"
2128    fi
2129    if [[ $(echo $module_calls | grep -c mpt) != 0 ]]
2130    then
2131       export module_calls="$module_calls export LD_LIBRARY_PATH=/sw/sgi/mpt/2011-02-07/lib:\$LD_LIBRARY_PATH;"
2132       echo "*** module_calls = $module_calls"
2133    fi
2134 fi
2135
2136
2137    # SET DEFAULT VALUE FOR MPI MODULE TO BE USED ON SGI-ALTIX
2138 if [[ $host = lcsgib  ||  $host = lcsgih ]]
2139 then
2140    if [[ $(echo $modules | grep -c mpt ) != 0 ]]
2141    then
2142       mpilib=mpt
2143    elif [[ $(echo $modules | grep -c mvapich ) != 0 ]]
2144    then
2145       mpilib=mvapich
2146    fi
2147 fi
2148
2149
2150
2151###########################################################################
2152# HEADER-AUSGABE
2153###########################################################################
2154
2155
2156 calltime=$(date)
2157 printf "\n"
2158# [[ $silent = false ]]  &&  clear
2159 printf "#--------------------------------------------------------------# \n"
2160 printf "| $version$calltime | \n"
2161 printf "|                                                              | \n"
2162 spalte1="called on:"; spalte2=$localhost_realname
2163 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2164 if [[ $local_compile = false ]]
2165 then
2166    if [[ $do_remote = true ]]
2167    then
2168       spalte1="execution on:"; spalte2="$host (username: $remote_username)"
2169    else
2170       spalte1="execution on:"; spalte2="$host ($localhost_realname)"
2171    fi
2172 else
2173    spalte1="compiling test only!"; spalte2=""
2174 fi
2175 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2176 if [[ -n $numprocs ]]
2177 then
2178    spalte1="number of PEs:"; spalte2=$numprocs
2179    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2180 fi
2181 if [[ -n $tasks_per_node ]]
2182 then
2183    spalte1="tasks per node:"; spalte2="$tasks_per_node (number of nodes: $nodes)"
2184    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2185 fi
2186 if [[ $use_openmp = true ]]
2187 then
2188    spalte1="threads per task:"; spalte2="$threads_per_task"
2189    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2190 fi
2191 printf "|                                                              | \n"
2192 if [[ $do_compile = true ]]
2193 then
2194    if [[ "$mopts" != "" ]]
2195    then
2196       spalte1="make options:"; spalte2=$mopts
2197       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2198       zeile=$(echo "$mopts" | cut -c41-)
2199       while [[ "$zeile" != "" ]]
2200       do
2201          spalte1=""
2202          spalte2=$zeile
2203          printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2204          zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2205       done
2206    fi
2207
2208    spalte1="cpp directives:"; spalte2=$cpp_options
2209    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2210    zeile=$(echo "$cpp_options" | cut -c41-)
2211    while [[ "$zeile" != "" ]]
2212    do
2213       spalte1=""
2214       spalte2=$zeile
2215       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2216       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2217    done
2218
2219    spalte1="compiler options:"; spalte2="$fopts"
2220    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2221    zeile=$(echo "$fopts" | cut -c41-)
2222    while [[ "$zeile" != "" ]]
2223    do
2224       spalte1=""
2225       spalte2=$zeile
2226       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2227       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2228    done
2229
2230    spalte1="linker options:"; spalte2=$lopts
2231    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2232    zeile=$(echo "$lopts" | cut -c41-)
2233    while [[ "$zeile" != "" ]]
2234    do
2235       spalte1=""
2236       spalte2=$zeile
2237       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2238       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2239    done
2240
2241    spalte1="modules to be load:"; spalte2=$modules
2242    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2243    zeile=$(echo "$modules" | cut -c41-)
2244    while [[ "$zeile" != "" ]]
2245    do
2246       spalte1=""
2247       spalte2=$zeile
2248       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2249       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2250    done
2251
2252    spalte1="main program":; spalte2=$mainprog
2253    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2254 else
2255    spalte1=executable:; spalte2=$executable
2256    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2257 fi
2258 printf "|                                                              | \n"
2259 spalte1="base name of files":; spalte2=$fname
2260 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2261 if [[ $fname != $afname ]]
2262 then
2263    spalte1="base name of input files":; spalte2=$afname
2264    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2265 fi
2266 spalte1="INPUT control list":; spalte2=$input_list
2267 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2268 spalte1="OUTPUT control list":; spalte2=$output_list
2269 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2270
2271 if [[ $do_batch = true  ||  "$LOADLBATCH" = yes ]]
2272 then
2273    spalte1="memory demand / PE":; spalte2="$memory MB"
2274    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2275    spalte1=CPU-time:; spalte2="$minuten:$sekunden"
2276    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2277 fi
2278
2279 if [[ $do_compile = true ]]
2280 then
2281    printf "|                                                              | \n"
2282    printf "| Files to be compiled:                                        | \n"
2283    zeile=$source_list
2284    while [[ "$zeile" != "" ]]
2285    do
2286       spalte3=$zeile
2287       printf "| $spalte3 | \n"
2288       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c61-)
2289    done
2290 fi
2291 printf "#--------------------------------------------------------------#"
2292
2293
2294
2295    # BEDINGTE AUSGABE DER DATEIVERBINDUNGEN
2296 if [[ $do_trace = true ]]
2297 then
2298    (( i = 0 ))
2299    while (( i < iin ))
2300    do
2301       (( i = i + 1 ))
2302       if (( i == 1 ))
2303       then
2304          printf "\n\n >>> INPUT-file assignments:\n"
2305       fi
2306       printf "\n     ${localin[$i]} :  ${absnamein[$i]}"
2307    done
2308    (( i = 0 ))
2309    while (( i < iout ))
2310    do
2311       (( i = i + 1 ))
2312       if (( i == 1 ))
2313       then
2314          printf "\n\n >>> OUTPUT-file assignments:\n"
2315       fi
2316       printf "\n     ${localout[$i]} :  ${pathout[$i]}"
2317    done
2318    (( i = 0 ))
2319    while (( i < iic ))
2320    do
2321       (( i = i + 1 ))
2322       if (( i == 1 ))
2323       then
2324          printf "\n\n >>> INPUT-commands:\n"
2325       fi
2326       printf "\n     ${in_command[$i]}" 
2327    done
2328    (( i = 0 ))
2329    while (( i < ioc ))
2330    do
2331       (( i = i + 1 ))
2332       if (( i == 1 ))
2333       then
2334          printf "\n\n >>> OUTPUT-commands:\n"
2335       fi
2336       printf "\n     ${out_command[$i]}" 
2337    done
2338 fi
2339
2340
2341    # ABFRAGEN BEI AUFRUF AUF LOKALER MASCHINE
2342 if [[ $remotecall = false  &&  $silent = false  &&  $jobmo != BATCH ]]
2343 then
2344    antwort=dummy
2345    printf "\n\n"
2346    while [[ "$antwort" != y  &&  "$antwort" != Y  &&  "$antwort" != n  &&  "$antwort" != N ]]
2347    do
2348       printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2349       read  antwort
2350    done
2351    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
2352    then
2353       locat=user_abort; (( iec = 0 )); exit
2354    fi
2355    if [[ $do_batch = true ]]
2356    then
2357       printf " >>> batch-job will be created and submitted"
2358    else
2359       if [[ $local_compile = false ]]
2360       then
2361          printf " >>> MRUN will now continue to execute on this machine"
2362       else
2363          printf " >>> a test compilation will now be carried out on this machine"
2364       fi
2365    fi
2366 fi
2367 
2368
2369
2370
2371     # FALLS AUF DIESER MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL, WERDEN JETZT ENTSPRE-
2372     # CHENDE AKTIONEN DURCHGEFUEHRT
2373 if [[ $do_batch = false ]]
2374 then
2375
2376
2377       # TEMPORAEREN KATALOG ERZEUGEN
2378    mkdir -p  $TEMPDIR
2379    chmod  go+rx  $TEMPDIR
2380    tmpcreate=true
2381
2382       # set striping on lustre file system
2383#    if [[ $localhost = lcsgih ]]
2384#    then
2385#       lfs setstripe -s 8192k -c 16  $TEMPDIR
2386#       lfs getstripe $TEMPDIR
2387#    fi
2388
2389
2390       # SAEMTLICHE QUELLTEXT-DATEIEN BZW. AUSFUEHRBARES PROGRAMM IN
2391       # TEMPORAERES VERZEICHNIS KOPIEREN
2392    if [[ $do_compile = true ]]
2393    then
2394
2395          # ON NEC, COMPILATION IS DONE ON HOST CROSS VIA CROSS COMPILING
2396          # CREATE A TEMPORARY DIRECTORY ON THAT MACHINE (HOME MOUNTED VIA NFS)
2397       if [[ $localhost = nech ]]
2398       then
2399          TEMPDIR_COMPILE=$HOME/work/${usern}.$kennung
2400          if  mkdir -p  $TEMPDIR_COMPILE
2401          then
2402             printf "\n  *** \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2403             printf "\n      is generated as temporary directory for cross compiling\n"
2404          else
2405             printf "\n  +++ creating directory \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2406             printf "\n      needed for cross compilation failed"
2407             locat=compile
2408             exit
2409          fi
2410       else
2411          TEMPDIR_COMPILE=$TEMPDIR
2412       fi
2413
2414
2415          # PFADNAMEN FUER DAS MAKE-DEPOSITORY ERMITTELN
2416       line=""
2417       grep "%depository_path" $config_file  >  tmp_mrun
2418       while read line
2419       do
2420          if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2421          then
2422             if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f3)" = "" ]]
2423             then
2424                global_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2425             fi
2426          fi
2427       done < tmp_mrun
2428
2429       line=""
2430       grep  " $localhost" $config_file | grep "%depository_path"  >  tmp_mrun
2431       while read line
2432       do
2433          if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2434          then
2435             if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f4)" = "$cond1"  &&  "$(echo $line | cut -d" " -s -f5)" = "$cond2" ]]
2436             then
2437                local_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2438             fi
2439          fi
2440       done < tmp_mrun
2441
2442       if [[ "$local_depository_path" = "" ]]
2443       then
2444          if [[ "$global_depository_path" != "" ]]
2445          then
2446             local_depository_path=$global_depository_path
2447          else
2448             printf "\n\n  +++ no depository path found in configuration file"
2449             printf "\n      for local host \"$localhost\" "
2450             printf "\n      please set \"\%depository_path\" in configuration file\n"
2451             locat=config_file; exit
2452          fi
2453       fi
2454       eval local_depository_path=$local_depository_path
2455       [[ "$cond1" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond1
2456       [[ "$cond2" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond2
2457
2458
2459       basename=`print $mainprog | cut -f1 -d"."`
2460       eval make_depository=${local_depository_path}/${basename}_current_version.tar
2461       if [[ ! -f $make_depository ]]
2462       then
2463          printf "\n"
2464          printf "\n  *** WARNING: make depository \"$make_depository\" not found"
2465          printf "\n               \"make\" will fail, if the Makefile or other source files are missing\n"
2466       else
2467          cp  $make_depository  $TEMPDIR_COMPILE
2468          cd  $TEMPDIR_COMPILE
2469          tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
2470          cd -  > /dev/null
2471       fi
2472
2473       cp  SOURCES_FOR_RUN_$fname/*  $TEMPDIR_COMPILE
2474
2475    else
2476
2477       cp  $executable   ${TEMPDIR}/a.out
2478
2479    fi
2480
2481
2482       # WECHSEL IN TEMPORAEREN KATALOG
2483    cd  $TEMPDIR
2484    printf "\n  *** changed to temporary directory: $TEMPDIR"
2485
2486
2487       # OUTPUT-DATEI-VERBINDUNGEN AUF TEMPORAERER DATEI ABLEGEN
2488       # DIESE DATEI KANN VON SPAETER AUFZURUFENDEN BENUTZERPROZEDUREN GELESEN
2489       # WERDEN, UM ZU LOKALEN DATEINAMEN GEHOERENDE PERMANENTE NAMEN ZU
2490       # ERMITTELN
2491    (( i = 0 ))
2492    while (( i < iout ))
2493    do
2494       (( i = i + 1 ))
2495       if [[ "${actionout[$i]}" = tr  ||  "${actionout[$i]}" = tra  ||  "${actionout[$i]}" = trpe ]]
2496       then
2497          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2498       else
2499          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${frelout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2500       fi
2501    done
2502
2503
2504       # EVTL. UEBERSETZUNGSAKTIONEN STARTEN
2505    if [[ $do_compile = true ]]
2506    then
2507
2508
2509          # COMPILING WITH MAKE (ON NEC COMPILER IS CALLED ON HOST CROSS)
2510       printf "\n\n\n  *** compilation starts \n$striche\n"
2511       printf "  *** compilation with make using following options:\n"
2512       printf "      make depository:          $make_depository"
2513       if [[ "$mopts" != "" ]]
2514       then
2515          printf "      make options:             $mopts\n"
2516       fi
2517       printf "      compilername:             $compiler_name\n"
2518       printf "      compiler options:         $fopts\n"
2519       printf "      preprocessor directives:  $cpp_options \n"
2520       printf "      linker options:           $lopts \n"
2521       if [[ "$modules" != "" ]]
2522       then
2523          printf "      modules to be load:       $modules \n"
2524       fi
2525       printf "      source code files:        $source_list \n"
2526
2527       if [[ $localhost = nech ]]
2528       then
2529          ssh  136.172.44.192 -l $usern ". /SX/opt/etc/initsx.sh; $module_calls cd \$HOME/work/${usern}.$kennung; sxmake $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2530          cp  $TEMPDIR_COMPILE/a.out  .
2531          [[ $? != 0 ]]  &&  compile_error=true
2532          rm -rf  $TEMPDIR_COMPILE
2533       elif [[ $localhost = ibmh ]]
2534       then
2535          printf "      compiler is called via ssh on \"plogin1\" \n"
2536          ssh  plogin1  -l $usern  "export PATH=/sw/ibm/xlf/12.1.0.3/usr/bin:$PATH; $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2537          [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2538          continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2539       elif [[ $localhost = lcsgib ]]
2540       then
2541          printf "      compiler is called via ssh on \"bicegate0\" \n"
2542          ssh  bicegate0  -l $usern  ". /usr/share/modules/init/bash; $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2543          [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2544          continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2545       elif [[ $localhost = lcsgih ]]
2546       then
2547          printf "      compiler is called via ssh on \"hicegate0\" \n"
2548          ssh  hicegate0    -l $usern  ". /usr/share/modules/init/bash; $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" 2>&1 "
2549          [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2550          continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2551       else
2552          [[ $localhost = lcxt4 ]]  &&  . /opt/modules/default/init/ksh
2553          [[ "$module_calls" != "" ]]  &&  eval $module_calls
2554          make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2555       fi
2556
2557       if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
2558       then
2559          printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
2560          locat=compile
2561
2562  # WORKAROUND: REMOVE IF CONSTRUCT LATER, BUT KEEP THE EXIT!
2563#          if [[ $localhost != lcsgib  &&  $localhost != lcsgih ]]
2564#          then
2565             exit
2566#          else
2567#             locat=normal
2568#          fi
2569       else
2570          printf "$striche\n  *** compilation finished \n"
2571       fi
2572    fi
2573
2574
2575       # FALLS NUR TESTWEISE KOMPILIERT WERDEN SOLLTE, IST MRUN JETZT FERTIG
2576    if [[ $local_compile = true ]]
2577    then
2578       cd  $HOME
2579       rm -rf $TEMPDIR
2580       locat=local_compile; exit
2581    fi
2582
2583
2584       # BEREITSTELLEN DER INPUT-DATEIEN
2585       # SCHLEIFE UEBER ALLE VOM BENUTZER ANGEGEBENEN DATEIEN
2586    (( i = 0 ))
2587    while (( i < iin ))
2588    do
2589       (( i = i + 1 ))
2590       if (( i == 1 ))
2591       then
2592          printf "\n\n  *** providing INPUT-files:\n$striche"
2593       fi
2594
2595
2596          # OPTIONALE DATEIEN BEI NICHTVORHANDENSEIN UEBERGEHEN
2597       if [[ "${transin[$i]}" = unavailable ]]
2598       then
2599          if [[ "${extin[$i]}" = ""  ||  "${extin[$i]}" = " " ]]
2600          then
2601             printf "\n  +++ WARNING: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}\" "
2602             printf "\n               is not available!"
2603          else
2604             printf "\n  +++ WARNING: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}.${extin[$i]}\" "
2605             printf "\n               is not available!"
2606          fi
2607          continue
2608       fi
2609
2610          # PRUEFEN, OB EINZELDATEI ODER DATEI PRO PROZESSOR
2611       files_for_pes=false; datentyp=file
2612       if [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
2613       then
2614          files_for_pes=true; datentyp=directory
2615          actionin[$i]=""
2616       elif [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
2617       then
2618          actionin[$i]=""
2619       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
2620       then
2621          files_for_pes=true; datentyp=directory
2622          actionin[$i]="ar"
2623       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
2624       then
2625          actionin[$i]="ar"
2626       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
2627       then
2628          files_for_pes=true; datentyp=directory
2629          actionin[$i]="fl"
2630       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
2631       then
2632          actionin[$i]="fl"
2633       fi
2634
2635       if [[ $files_for_pes = true ]]
2636       then
2637          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}/....  to  ${localin[$i]}"
2638       else
2639          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}  to  ${localin[$i]}"
2640       fi
2641
2642          # INPUT-DATEI FUER EINEN FORTSETZUNGSLAUF. ES WIRD GEPRUEFT,
2643          # OB DIESE DATEI NOCH AUF DEM TEMPORAEREN DATENKATALOG VORHANDEN
2644          # IST. FALLS NICHT, WIRD VERSUCHT, SIE ANSCHLIESSEND VOM ARCHIV-
2645          # SERVER ZU HOLEN
2646       if [[ "${actionin[$i]}" = fl ]]
2647       then
2648          printf "\n      $datentyp will be fetched from temporary directory \"${tmp_data_catalog}\" !"
2649          if [[ $files_for_pes = false ]]
2650          then
2651             if [[ -f "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
2652             then
2653                ln  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2654                got_tmp[$i]=true
2655             elif [[ -f "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
2656             then
2657                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
2658                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
2659                cp  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2660             else
2661                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
2662                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
2663                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
2664                actionin[$i]=ar
2665             fi
2666          else
2667             if [[ -d "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
2668             then
2669                mkdir  ${localin[$i]}
2670                cd $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2671                for file in $(ls *)
2672                do
2673                   ln $file $TEMPDIR/${localin[$i]}
2674                done
2675                cd $TEMPDIR
2676                got_tmp[$i]=true
2677             elif [[ -d "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
2678             then
2679                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
2680                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
2681                cp -r  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2682             else
2683                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
2684                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
2685                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
2686                actionin[$i]=ar
2687             fi
2688          fi
2689       fi
2690
2691
2692          # DATEI LIEGT AUF ARCHIV-SERVER
2693       if [[ "${actionin[$i]}" = ar ]]
2694       then
2695
2696          if [[ $files_for_pes = false ]]
2697          then
2698             printf "\n      file will be restored from archive-system ($archive_system)!"
2699          else
2700             printf "\n      directory will be restored from archive-system ($archive_system)!"
2701          fi
2702
2703          file_restored=false
2704
2705          if [[ $archive_system = asterix ]]
2706          then
2707             do_stagein=true
2708             (( stagein_anz = 0 ))
2709             while [[ $do_stagein = true ]]
2710             do
2711                if [[ $files_for_pes = false ]]
2712                then
2713                   stagein  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
2714                else
2715                   stagein  -t  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
2716                fi
2717                cat  STAGEIN_OUTPUT
2718                if [[ $(grep -c "st.msg:i24"  STAGEIN_OUTPUT) != 0 ]]
2719                then
2720                   file_restored=true
2721                   do_stagein=false
2722                else
2723                   (( stagein_anz = stagein_anz + 1 ))
2724                   if (( stagein_anz == 10 ))
2725                   then
2726                      printf "\n  +++ stagein stoped after 10 tries"
2727                      locat=stage
2728                      exit
2729                   fi
2730                   printf "\n  +++ restoring from archive failed, trying again:"
2731                   sleep 900
2732                fi
2733             done
2734          elif [[ $archive_system = DMF ]]
2735          then
2736             if [[ $files_for_pes = false ]]
2737             then
2738                printf "\n  +++ restoring of single files impossible with $archive_system !\n"
2739                locat=DMF
2740                exit
2741             else
2742                find  $ARCHIVE/${frelin[$i]}  -type m  -print  |  dmget
2743                cp  -r $ARCHIVE/${frelin[$i]}  $PWD
2744                file_restored=true
2745             fi
2746          elif [[ $archive_system = tivoli ]]
2747          then
2748             if [[ $files_for_pes = false ]]
2749             then
2750                if [[ $localhost = lcsgih ]]
2751                then
2752                   ssh  $usern@hicedata.hlrn.de  "cp  $PERM/${frelin[$i]}  $PWD"
2753                else
2754                   ssh  $usern@bicedata.hlrn.de  "cp  $PERM/${frelin[$i]}  $PWD"
2755                fi
2756             else
2757                (( inode = 0 ))
2758                while (( inode < nodes ))
2759                do
2760                   if [[ $localhost = lcsgih ]]
2761                   then
2762                      ssh  $usern@hicedata.hlrn.de  "cd $PWD; tar  xf  $PERM/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar"
2763                   else
2764                      ssh  $usern@bicedata.hlrn.de  "cd $PWD; tar  xf  $PERM/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar"
2765                   fi
2766                   (( inode = inode + 1 ))
2767                done
2768             fi
2769             file_restored=true
2770          elif [[ $archive_system = ut ]]
2771          then
2772             if [[ $files_for_pes = false ]]
2773             then
2774                cp  $UT/${frelin[$i]}  .
2775             else
2776                (( inode = 0 ))
2777                while (( inode < nodes ))
2778                do
2779                   tar  xf  $UT/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar
2780                   (( inode = inode + 1 ))
2781                done
2782             fi
2783             file_restored=true
2784          else
2785             printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"   restore impossible!"
2786             locat=rearchive
2787             exit
2788          fi
2789
2790          if [[ $file_restored = true ]]
2791          then
2792
2793                # DATEI AUCH AUF TEMPORAERES DATENVERZEICHNIS LEGEN, DAMIT
2794                # SIE BEI WEITEREN ZUGRIFFEN NOCH VORHANDEN IST
2795             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog; chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
2796             if [[ $files_for_pes = false ]]
2797             then
2798                ln  -f  ${frelin[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2799             else
2800                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2801                ln  -f  ${frelin[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2802             fi
2803             got_tmp[$i]=true
2804
2805                # DATEI UNTER LOKALEM NAMEN ZUR VERFUEGUNG STELLEN
2806             mv  ${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2807
2808          fi
2809       fi
2810
2811
2812          # DATEI LIEGT IM VOM BENUTZER ANGEGEBENEN VERZEICHNIS
2813       if [[ "${actionin[$i]}" = ""  ||  "${actionin[$i]}" = "di"  ||  "${actionin[$i]}" = "npe" ]]
2814       then
2815
2816          if [[ "${actionin[$i]}" = "npe"  &&  -n $numprocs ]]
2817          then
2818
2819                # DATEI WIRD FUER DIE PROZESSOREN EINES PARALLERECHNERS BEREITGESTELLT
2820             printf "\n      file will be provided for $numprocs processors"
2821             mkdir  ${localin[$i]}
2822             ival=$numprocs
2823             (( ii = 0 ))
2824             while (( ii <= ival-1 ))
2825             do
2826                if (( ii < 10 ))
2827                then
2828                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_000$ii
2829                elif (( ii < 100 ))
2830                then
2831                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_00$ii
2832                elif (( ii < 1000 ))
2833                then
2834                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_0$ii
2835                else
2836                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_$ii
2837                fi
2838                (( ii = ii + 1 ))
2839             done
2840
2841          else
2842
2843             if [[ $files_for_pes = true ]]
2844             then
2845
2846                   # DIE DEN PROZESSOREN EINES PARALLELRECHNERS ZUGEHOERIGEN
2847                   # DATEIEN WERDEN BEREITGESTELLT, INDEM ZUERST DER GESAMTE
2848                   # KATALOGINHALT KOPIERT UND DANN DIE EINZELNEN DATEIEN
2849                   # PER MOVE UMBENANNT WERDEN
2850                printf "\n      providing $numprocs files for the respective processors"
2851                mkdir  ${localin[$i]}
2852                if [[ $link_local_input = true ]]
2853                    then
2854                    printf "      using ln -f\n"
2855                    cd ${absnamein[$i]}
2856                    for file in $(ls *)
2857                      do
2858                      ln -f $file  ${localin[$i]}
2859                    done
2860                    cd $TEMPDIR
2861                fi
2862                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp -r"
2863                if [[ ! -f "${localin[$i]}/_0000" ]]
2864                    then
2865                    if [[ $link_local_input = true ]]
2866                        then
2867                        printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
2868                    fi
2869                    cp -r  ${absnamein[$i]}/*  ${localin[$i]}
2870                fi
2871
2872             else
2873                   # BEREITSTELLUNG AUF EINPROZESSORRECHNERN
2874                if [[ $link_local_input = true ]]
2875                then
2876                    printf "      using ln -f\n"
2877                    ln -f  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
2878                fi
2879                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp"
2880                if [[ ! -f "${localin[$i]}" ]]
2881                then
2882                    if [[ $link_local_input = true ]]
2883                    then
2884                        printf "      ln failed, using cp...\n"
2885                    fi
2886                    cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
2887                fi
2888             fi
2889          fi
2890       fi
2891
2892    done
2893    if (( i != 0 ))
2894    then
2895       printf "\n$striche\n  *** all INPUT-files provided \n"
2896    fi
2897
2898
2899       # EVENTUELLE INPUT-KOMMANDOS ABARBEITEN
2900    (( i = 0 ))
2901    while (( i < iic ))
2902    do
2903       (( i = i + 1 ))
2904       if (( i == 1 ))
2905       then
2906          printf "\n\n  *** execution of INPUT-commands:\n$striche"
2907       fi
2908       printf "\n  >>> ${in_command[$i]}"
2909       eval  ${in_command[$i]}
2910       if (( i == iic ))
2911       then
2912          printf "\n$striche\n"
2913       fi
2914    done
2915
2916
2917       # VERBLEIBENDE CPU-ZEIT BERECHNEN
2918    cpurest=${cpumax}.
2919
2920
2921       # START DVR STREAMING SERVER
2922    if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
2923    then
2924       if [[ "$dvr_server" != "" ]]
2925       then
2926
2927          printf "\n\n  *** preparing the dvr streaming server configuration file"
2928
2929             # Check, if a dvr server is already running
2930          running_dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config | grep -v grep) | cut -d" " -f2`
2931          if [[ "$running_dvrserver_id" != "" ]]
2932          then
2933
2934             printf "\n\n  +++ WARNING: A dvr server with id=$running_dvrserver_id is already running!"
2935             printf "\n      This server is used instead starting a new one!"
2936             printf "\n      If required, script \"process_dvr_output\" has to be run manually."
2937
2938          else
2939
2940                # COPY CONFIGURATION FILE FOR STREAMING SERVER FROM REPOSITORY TO HERE
2941             if [[ -f ${PALM_BIN}/.dvrserver.config ]]
2942             then
2943                cp  ${PALM_BIN}/.dvrserver.config  .
2944
2945                   # Entering the BASEDIR, UID and GID into this file
2946                user_id=`id -u`
2947                group_id=`id -g`
2948                   # & is needed as seperator, because TEMPDIR contains /
2949                sed "s&<replace by dvr data directory>&${TEMPDIR}&g" .dvrserver.config > .dvrserver.1
2950                sed "s/<replace by user id>/$user_id/g"    .dvrserver.1 > .dvrserver.2
2951                sed "s/<replace by group id>/$group_id/g"  .dvrserver.2 > .dvrserver.3
2952                mv  .dvrserver.3  .dvrserver.config
2953                rm  .dvrserver.1  .dvrserver.2
2954
2955                   # Start dvr server in background, get his id and print on terminal
2956                $dvr_server  .dvrserver.config  >>  DVR_LOGFILE  2>&1  &
2957                dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config) | cut -d" " -f2`
2958                printf "\n  *** streaming server with id=$dvrserver_id is started in background"
2959                local_dvrserver_running=.TRUE.
2960             else
2961                printf "\n  +++ missing file \".dvrserver.config\" in directory:"
2962                printf "\n      \"$PALM_BIN\" "
2963                locat=dvr
2964                exit
2965             fi
2966
2967          fi
2968
2969       else
2970          printf "\n\n  --- INFORMATIVE: no dvr streaming server will be started"
2971       fi
2972    fi
2973
2974
2975       # NAMELIST-DATEI MIT WERTEN VON ENVIRONMENT-VARIABLEN ERZEUGEN (ZU
2976       # LESEN VON PALM)
2977    cat  >  ENVPAR  <<  %%END%%
2978 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$localhost',
2979          write_binary = '$write_binary', tasks_per_node = $tasks_per_node,
2980          maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
2981          revision = '$global_revision',
2982          local_dvrserver_running = $local_dvrserver_running /
2983
2984%%END%%
2985
2986
2987       # PROGRAMMSTART
2988    printf "\n\n  *** execution starts in directory\n      \"`pwd`\"\n$striche\n"
2989    PATH=$PATH:$TEMPDIR
2990
2991       # MPI debug option (argument checking, slows down execution due to increased latency)
2992    if [[ "$mpi_debug" = true ]]
2993    then
2994       export MPI_CHECK_ARGS=1
2995       printf "\n  +++ MPI_CHECK_ARGS=$MPI_CHECK_ARGS"
2996    fi
2997
2998    if [[ "$totalview" = true ]]
2999    then
3000       printf "\n *** totalview debugger will be used"
3001       tv_opt="-tv"
3002    else
3003       tv_opt=""
3004    fi
3005
3006    if [[ "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ]]
3007    then
3008       if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
3009       then
3010          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-5) != lcsgi ]]
3011          then
3012             printf "\n  +++ debug is allowed in interactive mode only"
3013             locat=debug
3014             exit
3015          fi
3016       fi
3017       if [[ $localhost = decalpha ]]
3018       then
3019          dxladebug  a.out
3020       elif [[ $localhost = ibmh ]]
3021       then
3022
3023             # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
3024          export MP_SHARED_MEMORY=yes
3025          export AIXTHREADS_SCOPE=S
3026          export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3027          export AUTHSTATE=files
3028          export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
3029
3030             # FOLLOWING OPTIONS ARE MANDATORY FOR TOTALVIEW
3031          export MP_ADAPTER_USE=shared
3032          export MP_CPU_USE=multiple
3033          export MP_TIMEOUT=1200
3034
3035          unset  MP_TASK_AFFINITY
3036
3037             # SO FAR, TOTALVIEW NEEDS HOSTFILE MECHANISM FOR EXECUTION
3038          #(( ii = 1 ))
3039          #while (( ii <= $numprocs ))
3040          #do
3041          #   echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3042          #   (( ii = ii + 1 ))
3043          #done
3044          #export MP_HOSTFILE=hostfile
3045
3046          if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
3047          then
3048             totalview   poe  a.out  $ROPTS
3049          else
3050             echo totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1   $ROPTS
3051             export TVDSVRLAUNCHCMD=ssh
3052             totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1   $ROPTS
3053          fi
3054       elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-5) = lcsgi ]]
3055       then
3056             # CURRENTLY NO DEBUGGER ON LCSGI
3057          if [[ $run_coupled_model = true ]]
3058          then
3059             printf "\n  +++ no debug in coupled mode available on \"$localhost\" "
3060             locat=debug
3061             exit
3062          else
3063             echo "no_coupling"  >  runfile_atmos
3064          fi
3065          (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3066          export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3067          echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3068          if [[ $threads_per_task != 1 ]]
3069          then
3070             printf "\n      threads per task: $threads_per_task"
3071          fi
3072          printf "\n\n"
3073          if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3074          then
3075#             export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
3076             if [[ "$totalview" = true ]]
3077             then
3078                printf "\n     running totalview debugger"
3079                mpiexec_mpt $tv_opt -n $ii   ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3080             else
3081                mpiexec_mpt -np $ii   ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3082             fi
3083          elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3084          then
3085#             ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
3086#             export MV2_NUM_PORTS=2
3087#             export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
3088             if [[ "$totalview" = true ]]
3089             then
3090                printf "\n     running totalview debugger"
3091                mpiexec $tv_opt ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3092             else
3093                mpiexec    ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3094             fi
3095          fi
3096       else 
3097          printf "\n  +++ no debug available on \"$localhost\" "
3098          printf "\n      or not implemented in mrun so far"
3099          locat=debug
3100          exit
3101       fi
3102
3103       # end debug mode
3104    else
3105
3106          # normal execution
3107       if [[ -n $numprocs ]]
3108       then
3109             # RUNNING THE PROGRAM ON PARALLEL MACHINES
3110          if [[ $(echo $host | cut -c1-3) = ibm ]]
3111          then
3112                # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
3113             if [[ $host != ibmh  &&  $host != ibmkisti ]]
3114             then
3115                export MP_SHARED_MEMORY=yes
3116                export AIXTHREAD_SCOPE=S
3117                export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3118                export XLSMPOPTS="spins=0:yields=0:stack=20000000"
3119                export AUTHSTATE=files
3120                export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
3121                #  export MP_PRINTENV=yes
3122
3123                   # TUNING-VARIABLEN ZUR VERBESSERUNG DER KOMMUNIKATION
3124                   # ZEIGEN ABER DERZEIT (SEP 04, FEDERATION) KAUM WIRKUNG
3125                export MP_WAIT_MODE=poll
3126                [[ $node_usage = not_shared ]]  &&  export MP_SINGLE_THREAD=yes
3127             fi
3128
3129             if [[ $host = ibmkisti ]]
3130             then
3131                export LANG=en_US
3132                export MP_SHARED_MEMORY=yes
3133                export MP_SINGLE_THREAD=yes
3134                export MEMORY_AFFINITY=MCM
3135             fi
3136
3137             if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
3138             then
3139                printf "\n--- Control: OMP_NUM_THREADS = \"$OMP_NUM_THREADS\" \n"
3140                if [[ "$cond1" = hpmcount  ||  "$cond2" = hpmcount ]]
3141                then
3142                   /opt/optibm/HPM_2_4_1/bin/hpmcount  a.out  $ROPTS
3143                else
3144                   if [[ $run_coupled_model = false ]]
3145                   then
3146                      if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3147                      then
3148                         echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3149                      else
3150                         echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3151                      fi
3152                   else
3153                      (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3154                      (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3155                      printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3156                      printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3157                      printf "\n\n"
3158                      echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3159                   fi
3160                   poe ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3161                fi
3162             else
3163                if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibms ]]
3164                then
3165                   poe  a.out  -procs $numprocs  -nodes 1  -rmpool 0  $ROPTS
3166                elif [[ $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku  ||  $localhost = ibmy ]]
3167                then
3168                   if [[ -f $hostfile ]]
3169                   then
3170                      cp  $hostfile  hostfile
3171                   else
3172                      (( ii = 1 ))
3173                      while (( ii <= $numprocs ))
3174                      do
3175                         echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3176                         (( ii = ii + 1 ))
3177                      done
3178                   fi
3179                   export MP_HOSTFILE=hostfile
3180                   if [[ $run_coupled_model = false ]]
3181                   then
3182                      if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3183                      then
3184                         echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3185                      else
3186                         echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3187                      fi
3188                   else
3189                      (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3190                      (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3191                      printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3192                      printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3193                      printf "\n\n"
3194                      echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3195                   fi
3196                   if [[ $localhost = ibmy ]]
3197                   then
3198                      ./a.out  -procs $tasks_per_node  $ROPTS  <  runfile_atmos
3199                   else
3200                      poe  ./a.out  -procs $numprocs $ROPTS  <  runfile_atmos
3201                   fi
3202
3203                else
3204                   if [[ "$host_file" = "" ]]
3205                   then
3206                      printf "\n  +++ no hostfile given in configuration file"
3207                      locat=config_file
3208                      exit
3209                   else
3210                      eval host_file=$host_file
3211                   fi
3212                   export MP_HOSTFILE=$host_file
3213                   poe  a.out  -procs $numprocs  -tasks_per_node $numprocs  $ROPTS
3214                fi
3215             fi
3216          elif [[ $host = nech  ||  $host = necriam ]]
3217          then
3218             (( ii = nodes ))
3219             if [[ $ii = 1 ]]
3220             then
3221                export F_ERRCNT=0        # acceptable number of errors before program is stopped
3222                export MPIPROGINF=YES
3223                #  export F_TRACE=YES|FMT1|FMT2  # output of ftrace informations to job protocol
3224                echo "*** execution on single node with mpirun"
3225                mpirun  -np $numprocs  ./a.out  $ROPTS
3226             else
3227                (( i = 0 ))
3228                while (( i < ii ))
3229                do
3230                   echo "-h $i  -p $tasks_per_node  -e ./mpi_exec_shell"  >>  multinode_config
3231                   (( i = i + 1 ))
3232                done
3233
3234                echo "#!/bin/sh"                         >   mpi_exec_shell
3235                echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3236                echo "set -u"                            >>  mpi_exec_shell
3237                echo "F_ERRCNT=0"                        >>  mpi_exec_shell
3238                echo "MPIPROGINV=YES"                    >>  mpi_exec_shell
3239                echo "OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task" >>  mpi_exec_shell
3240                echo "cpurest=$cpurest"                  >>  mpi_exec_shell
3241                echo "fname=$fname"                      >>  mpi_exec_shell
3242                echo "localhost=$localhost"              >>  mpi_exec_shell
3243                echo "return_addres=$return_addres"      >>  mpi_exec_shell
3244                echo "return_username=$return_username"  >>  mpi_exec_shell
3245                echo "tasks_per_node=$tasks_per_node"    >>  mpi_exec_shell
3246                echo "write_binary=$write_binary"        >>  mpi_exec_shell
3247                echo "use_seperate_pe_for_dvrp_output=$use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3248                echo "  "                                >>  mpi_exec_shell
3249                echo "export F_ERRCNT"                   >>  mpi_exec_shell
3250                echo "export MPIPROGINV"                 >>  mpi_exec_shell
3251                echo "export OMP_NUM_THREADS"            >>  mpi_exec_shell
3252                echo "export cpurest"                    >>  mpi_exec_shell
3253                echo "export fname"                      >>  mpi_exec_shell
3254                echo "export localhost"                  >>  mpi_exec_shell
3255                echo "export return_addres"              >>  mpi_exec_shell
3256                echo "export return_username"            >>  mpi_exec_shell
3257                echo "export tasks_per_node"             >>  mpi_exec_shell
3258                echo "export write_binary"               >>  mpi_exec_shell
3259                echo "export use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3260                echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3261                echo "exec  ./a.out"                     >>  mpi_exec_shell
3262
3263                chmod u+x  mpi_exec_shell
3264                export MPIPROGINF=YES
3265                mpirun  -f multinode_config  &
3266                wait
3267
3268             fi
3269          elif [[ $(echo $host | cut -c1-2) = lc  &&  $host != lckyoto &&  $host != lctit ]]
3270          then
3271
3272                # COPY HOSTFILE FROM SOURCE DIRECTORY OR CREATE IT, IF IT
3273                # DOES NOT EXIST
3274             if [[ $host != lcsgih  &&  $host != lcsgib ]]
3275             then
3276                if [[ -f $hostfile ]]
3277                then
3278                   cp  $hostfile  hostfile
3279                else
3280                   (( ii = 1 ))
3281                   while (( ii <= $numprocs / $threads_per_task ))
3282                   do
3283                      echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3284                      (( ii = ii + 1 ))
3285                   done
3286                fi
3287                eval zeile=\"`head -n $ii  hostfile`\"
3288                printf "\n  *** running on: $zeile"
3289             fi
3290
3291             (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3292             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3293#             echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3294             if [[ $threads_per_task != 1 ]]
3295             then
3296                   # increase stack size to unlimited, because large runs
3297                   # may abort otherwise
3298                ulimit -Ss unlimited
3299                printf "\n      threads per task: $threads_per_task  stacksize: unlimited"
3300             fi
3301             if [[ $run_coupled_model = false ]]
3302             then
3303                if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3304                then
3305                   echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3306                else
3307                   echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3308                fi
3309                printf "\n\n"
3310                if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3311                then
3312                   if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3313                   then
3314                          # MPI_DSM_DISTRIBUTE not necessary when MPI_DSM_CPULIST is set
3315                          # export MPI_DSM_DISTRIBUTE=1
3316                          # MPI_DSM_CPULIST: pin MPI processes to cores
3317                      if [[ $use_openmp = false ]]
3318                      then
3319                         if [[ "$sgi_feature" = ice2 ]]
3320                         then
3321                            export MPI_DSM_CPULIST="0,4,1,5,2,6,3,7:allhosts"
3322                         else
3323                            export MPI_DSM_CPULIST="0,1,4,5,2,3,6,7:allhosts"
3324                         fi
3325                      else
3326                         unset MPI_DSM_CPULIST
3327                      fi
3328                          # MPI_IB_RAILS: use both IB rails on ICE2
3329                      export MPI_BUFS_PER_HOST=512
3330                      export MPI_IB_RAILS=2
3331                          # NECESSARY, IF MORE THAN 4096 PEs ARE USED
3332                      export MPI_CONNECTIONS_THRESHOLD=8192
3333                      echo "*** MPI_DSM_CPULIST=$MPI_DSM_CPULIST"
3334                      export MPI_TYPE_DEPTH=20
3335                      echo "*** MPI_TYPE_DEPTH=$MPI_TYPE_DEPTH"
3336                      export MPI_GROUP_MAX=64
3337                      echo "*** MPI_GROUP_MAX=$MPI_GROUP_MAX"
3338                      if [[ $use_openmp = true ]]
3339                      then
3340                         echo " mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos"
3341                         mpiexec -npernode $tasks_per_node $tv_opt ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3342                      else
3343                         mpiexec_mpt -np $ii $tv_opt  ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3344                      fi
3345
3346                          # next is test for openmp usage
3347                  #     echo "mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos"
3348                  #     mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3349                   elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3350                   then
3351                      export MV2_NUM_PORTS=2
3352                      #  The default setting of MV2_CPU_MAPPING gives best results
3353                      # export MV2_ENABLE_AFFINITY=1
3354                      #  export MV2_CPU_MAPPING=0,1,4,5,2,3,6,7
3355               #       if [[ "$sgi_feature" = ice2 ]]
3356               #       then
3357               #          export MV2_CPU_MAPPING=0,4,1,5,2,6,3,7
3358               #       else
3359               #          export MV2_CPU_MAPPING=0,1,4,5,2,3,6,7
3360               #       fi
3361                      if [[ $use_openmp = true ]]
3362                      then
3363                         unset MV2_CPU_MAPPING
3364                         export MV2_ENABLE_AFFINITY=0
3365                      fi
3366                      echo "*** MV2_CPU_MAPPING=$MV2_CPU_MAPPING"
3367                      echo "*** MV2_ENABLE_AFFINITY=$MV2_ENABLE_AFFINITY"
3368                      if [[ $use_openmp = true ]]
3369                      then
3370                         echo " mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos"
3371                         mpiexec -npernode $tasks_per_node $tv_opt ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3372                      else
3373                         mpiexec -np $ii $tv_opt ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3374                      fi
3375                   fi
3376                elif [[ $host = lcxt4  ||  $host = lcxt5m ]]
3377                then
3378                    aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3379                else
3380                   mpiexec  -machinefile hostfile  -n $ii  a.out  < runfile_atmos  $ROPTS
3381                fi
3382             else
3383
3384                    # currently there is no full MPI-2 support on ICE and XT4
3385                (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3386                (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3387                printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3388                printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3389                printf "\n\n"
3390
3391                if [[ $coupled_mode = "mpi2" ]]
3392                then
3393                   echo "atmosphere_to_ocean $iia $iio"  >  runfile_atmos
3394                   echo "ocean_to_atmosphere $iia $iio"  >  runfile_ocean
3395                   if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3396                   then
3397
3398                      if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3399                      then
3400#                         export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
3401                         mpiexec_mpt -np $iia  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3402                         mpiexec_mpt -np $iio  ./a.out  $ROPTS < runfile_ocean &
3403                      elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3404                      then
3405#                         ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
3406#                         export MV2_NUM_PORTS=2
3407#                         export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
3408                         mpiexec -n $iia  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3409                         mpiexec -n $iio  ./a.out  $ROPTS < runfile_ocean &
3410                      fi
3411
3412                   elif [[ $host = lcxt4  ||  $host = lcxt5m ]]
3413                   then
3414
3415                      aprun  -n $iia  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  $ROPTS  &
3416                      aprun  -n $iio  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_ocean  $ROPTS  &
3417
3418                   else
3419                          # WORKAROUND BECAUSE mpiexec WITH -env option IS NOT AVAILABLE ON SOME SYSTEMS
3420                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos &
3421                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  a.out  $ROPTS  <  runfile_ocean &
3422#                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  -env coupling_mode atmosphere_to_ocean  a.out  $ROPTS  &
3423#                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  -env coupling_mode ocean_to_atmosphere  a.out  $ROPTS  &
3424                   fi
3425                   wait
3426
3427                else
3428
3429                   echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3430                   if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3431                   then
3432
3433                      if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3434                      then
3435#                         export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
3436                         mpiexec_mpt -np $ii  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos
3437                      elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3438                      then
3439#                         ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
3440#                         export MV2_NUM_PORTS=2
3441#                         export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
3442                         mpiexec  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos
3443                      fi
3444
3445                   elif [[ $host = lcxt4  ||  $host = lcxt5m ]]
3446                   then
3447
3448                      aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  $ROPTS
3449
3450                   elif [[ $host = lck ]]
3451                   then
3452                         mpiexec -n $ii  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3453                   fi
3454                   wait
3455                fi
3456
3457             fi
3458          elif [[ $host = decalpha ]]
3459          then
3460             dmpirun  -np $numprocs  a.out  $ROPTS
3461          elif [[ $host = lckyoto ]]
3462          then
3463             set -xv
3464             export P4_RSHCOMMAND=plesh
3465             echo "     P4_RSHCOMMAND = $P4_RSHCOMMAND"
3466             if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
3467             then
3468                if [[ "$cond2" = fujitsu ]]
3469                then
3470                   mpiexec  -n $numprocs  ./a.out  $ROPTS  # for fujitsu-compiler
3471                elif [[ "cond2" = pgi ]]
3472                then
3473                   mpirun  -np $numprocs  -machinefile ${QSUB_NODEINF}  ./a.out  $ROPTS
3474                else
3475                   mpirun_rsh -np $numprocs -hostfile ${QSUB_NODEINF} MV2_USE_SRQ=0 ./a.out ${ROPTS} || /bin/true
3476                fi
3477             else
3478                if [[ "$cond2" = "" ]]
3479                then
3480                   mpiruni_rsh -np $numprocs ./a.out  $ROPTS  # for intel
3481                else
3482                   mpirun  -np $numprocs  ./a.out  $ROPTS
3483                fi
3484             fi
3485             set +xv
3486          elif [[ $host = lctit ]]
3487          then
3488             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3489             echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3490             if [[ "$threads_per_task" != 1 ]]
3491             then
3492                export MV2_ENABLE_AFFINITY=0
3493             fi
3494             echo "----- PBS_NODEFILE content:"
3495             cat $PBS_NODEFILE
3496             echo "-----"
3497             (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3498             echo "mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE ./a.out  $ROPTS"
3499             mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE ./a.out  $ROPTS
3500          else
3501             mpprun  -n $numprocs  a.out  $ROPTS
3502          fi
3503          [[ $? != 0 ]]  &&  execution_error=true
3504
3505
3506             # PERFORMANCE-AUSWERTUNG MIT APPRENTICE
3507          if [[ "$cond1" = apprentice  ||  "$cond2" = apprentice ]]
3508          then
3509             apprentice
3510          fi
3511       else
3512          a.out  $ROPTS
3513       fi
3514    fi
3515    if [[ $? != 0  ||  $execution_error = true ]]
3516    then
3517
3518          # ABBRUCH BEI LAUFZEITFEHLER
3519#       [[ ! ( "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ) ]]  &&  cat  aout_output*
3520       printf "\n  +++ runtime error occured"
3521       locat=execution
3522       exit
3523    else
3524#       [[ ! ( "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ) ]]  &&  cat  aout_output*
3525       printf "\n$striche\n  *** execution finished \n"
3526
3527          # Stop the dvr streaming server and process the dvr output in order
3528          # to create dvrs- and html-files containing all streams
3529       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
3530       then
3531          kill $dvrserver_id
3532          printf "\n  *** dvr server with id=$dvrserver_id has been stopped"
3533
3534             # If there is a directory, data have been output by the
3535             # streaming server. Otherwise, user has chosen dvrp_output=local
3536          if [[ -d DATA_DVR ]]
3537          then
3538
3539                # Add the current dvr configuration file to the dvr output
3540                # directory
3541             cp  .dvrserver.config  DATA_DVR
3542
3543                # Process the dvr output (option -s for also generating
3544                # sequence mode data)
3545             process_dvr_output  -d DATA_DVR  -f $fname  -s
3546
3547          else
3548
3549                # Process the local output
3550             process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3551
3552          fi
3553
3554       elif [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
3555       then
3556
3557             # Process dvr output generated in local mode (dvrp_output=local)
3558          process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3559
3560       fi
3561    fi
3562
3563
3564
3565       # Call of combine_plot_fields in order to merge single files written
3566       # by each PE into one file.
3567    if [[ ! -f ${PALM_BIN}/combine_plot_fields${block}.x ]]
3568    then
3569       printf "\n\n\n  +++ WARNING: no combine_plot_fields found for given block \"$cond1 $cond2\""
3570       printf "\n      2d- and/or 3d-data may be incomplete!"
3571       printf "\n      Run \"mbuild -u -h $localhost\" to generate utilities for this block.\n"
3572    else
3573       printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"combine_plot_fields${block}.x\" ..."
3574       combine_plot_fields${block}.x
3575    fi
3576
3577
3578
3579       # EVENTUELLE OUTPUT-KOMMANDOS ABARBEITEN
3580    (( i = 0 ))
3581    while (( i < ioc ))
3582    do
3583       (( i = i + 1 ))
3584       if (( i == 1 ))
3585       then
3586          printf "\n\n  *** execution of OUTPUT-commands:\n$striche"
3587       fi
3588       printf "\n  >>> ${out_command[$i]}"
3589       eval  ${out_command[$i]}
3590       if (( i == ioc ))
3591       then
3592          printf "\n$striche\n"
3593       fi
3594    done
3595
3596
3597       # EVTL. INHALT DES AKTUELLEN VERZEICHNISSES AUSGEBEN
3598    if [[ $do_trace = true ]]
3599    then
3600       printf "\n\n"
3601       ls -al
3602    fi
3603
3604
3605
3606       # OUTPUT-DATEIEN AN IHRE ZIELORTE KOPIEREN
3607    (( i = 0 ))
3608    while (( i < iout ))
3609    do
3610       (( i = i + 1 ))
3611       if (( i == 1 ))
3612       then
3613          printf "\n\n  *** saving OUTPUT-files:\n$striche"
3614       fi
3615
3616          # PRUEFEN, OB EINZELDATEI ODER DATEI PRO PROZESSOR
3617       files_for_pes=false; filetyp=file
3618       if [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
3619       then
3620          files_for_pes=true; filetyp=directory
3621          actionout[$i]=""
3622       elif [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
3623       then
3624          actionout[$i]=""
3625       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
3626       then
3627          files_for_pes=true; filetyp=directory
3628          actionout[$i]="ar"
3629       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3630       then
3631          actionout[$i]="ar"
3632       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
3633       then
3634          files_for_pes=true; filetyp=directory
3635          actionout[$i]="fl"
3636       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3637       then
3638          actionout[$i]="fl"
3639       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  -n $numprocs ]]
3640       then
3641          files_for_pes=true; filetyp=directory
3642          actionout[$i]="tr"
3643       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3644       then
3645          actionout[$i]="tr"
3646       fi
3647
3648       if [[ ! -f ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = false ]]
3649       then
3650          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}  does not exist\n"
3651       elif [[ ! -d ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = true ]]
3652       then
3653          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}/....  does not exist\n"
3654       else
3655
3656
3657             # KOPIEREN PER FTP/SCP (IMMER IM BINAERMODUS, -M: FALLS ZIELKATALOG
3658             # NICHT VORHANDEN, WIRD VERSUCHT, IHN ANZULEGEN), ABER NUR BEI
3659             # REMOTE-RECHNUNGEN
3660          if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
3661          then
3662             if [[ $localhost != $fromhost ]]
3663             then
3664                if [[ $files_for_pes = false ]]
3665                then
3666                   cps=""
3667                   cst=""
3668                else
3669                   cps=-c
3670                   cst="/"
3671                fi
3672                if [[ $localhost = nech ]]
3673                then
3674
3675                      # TRANSFER IN EIGENSTAENDIGEM JOB
3676                      # ZUERST KOPIE DER DATEI INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
3677                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
3678                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
3679                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3680                   then
3681                      ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3682                   else
3683                      mkdir  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3684                      ln  ${localout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3685                   fi
3686
3687                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
3688                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
3689
3690                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP in seperate job to"
3691                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst"
3692                   printf "\n              or higher cycle\n"
3693                   echo "batch_scp $cps -b -m -u $return_username $return_addres  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
3694
3695                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
3696
3697                   if [[ $localhost = nech ]]
3698                   then
3699                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  transfer_${localout[$i]}
3700                   else
3701                      if [[ "$LOGNAME" = b323013 ]]
3702                      then
3703                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  transfer_${localout[$i]}
3704                      else
3705                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  transfer_${localout[$i]}
3706                      fi
3707                   fi
3708
3709                else
3710
3711                      # TRANSFER INNERHALB DIESES JOBS
3712                   transfer_failed=false
3713                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP to"
3714                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst\n"
3715                   batch_scp $cps -b -m -u $return_username $return_addres  ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
3716                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
3717
3718                      # BEI FEHLGESCHLAGENEM TRANSFER SICHERUNGSKOPIE AUF
3719                      # LOKALER MASCHINE ANLEGEN
3720                   if [[ $transfer_failed = true ]]
3721                   then
3722                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on the local host under:\n"
3723                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
3724
3725                         # ERSTMAL PRUEFEN, OB VERZEICHNIS EXISTIERT. GEGEBENENFALLS
3726                         # ANLEGEN.
3727                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
3728                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
3729                      then
3730                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
3731                         printf "      $local_catalog \n"
3732                         mkdir -p  $local_catalog
3733                      fi
3734                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
3735                      transfer_problems=true
3736                   fi
3737                fi
3738             else
3739
3740                   # WERTZUWEISUNG, SO DASS WEITER UNTEN NUR KOPIERT WIRD
3741                actionout[$i]=""
3742             fi
3743          fi
3744
3745
3746             # APPEND PER FTP/SCP (IMMER IM BINAERMODUS, -M: FALLS ZIELKATALOG
3747             # NICHT VORHANDEN, WIRD VERSUCHT, IHN ANZULEGEN), ABER NUR BEI
3748             # REMOTE-RECHNUNGEN
3749          if [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
3750          then
3751             if [[ $localhost != $fromhost ]]
3752             then
3753                if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = nech ]]
3754                then
3755
3756                      # TRANSFER IN EIGENSTAENDIGEM JOB
3757                      # ZUERST KOPIE DER DATEI INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
3758                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
3759                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
3760                   ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3761
3762                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
3763                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
3764
3765                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP in seperate job to"
3766                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}"
3767                   printf "\n              or higher cycle\n"
3768                   echo "batch_scp -A -b -m -u $return_username $return_addres  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
3769
3770                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
3771
3772                   if [[ $localhost = nech ]]
3773                   then
3774                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  transfer_${localout[$i]}
3775                   else
3776                      if [[ $LOGNAME = b323013 ]]
3777                      then
3778                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  transfer_${localout[$i]}
3779                      else
3780                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  transfer_${localout[$i]}
3781                      fi
3782                   fi
3783
3784                else
3785
3786                      # TRANSFER INNERHALB DIESES JOBS
3787                   transfer_failed=false
3788                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP to"
3789                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n"
3790                   batch_scp -A -b -m -u $return_username  $return_addres ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
3791                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
3792
3793                      # BEI FEHLGESCHLAGENEM TRANSFER SICHERUNGSKOPIE AUF
3794                      # LOKALER MASCHINE ANLEGEN
3795                   if [[ $transfer_failed = true ]]
3796                   then
3797                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on the local host under:\n"
3798                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
3799
3800                         # ERSTMAL PRUEFEN, OB VERZEICHNIS EXISTIERT. GEGEBENENFALLS
3801                         # ANLEGEN
3802                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
3803                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
3804                      then
3805                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
3806                         printf "      $local_catalog \n"
3807                         mkdir -p  $local_catalog
3808                      fi
3809
3810                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
3811                      transfer_problems=true
3812                   fi
3813                fi
3814             else
3815
3816                   # WERTZUWEISUNG, SO DASS WEITER UNTEN NUR APPEND AUF
3817                   # LOKALER MASCHINE DURCHGEFUEHRT WIRD
3818                actionout[$i]=a
3819             fi
3820          fi
3821
3822
3823             # OUTPUT-DATEI FUER EINEN FORTSETZUNGSLAUF. DATEI WIRD PER
3824             # LINK AUF DEN TEMPORAEREN DATENKATALOG GELEGT. OPTION -f WIRD
3825             # VERWENDET, FALLS DORT NOCH EINE DATEI GLEICHEN NAMENS VORHANDEN
3826             # SEIN SOLLTE. ANSCHLIESSEND WIRD SEINE ARCHIVIERUNG ANGESTOSSEN
3827          if [[ "${actionout[$i]}" = fl ]]
3828          then
3829             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
3830             chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
3831             if [[ $files_for_pes = false ]]
3832             then
3833                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
3834                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
3835                ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3836             else
3837                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/....  to"
3838                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
3839                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3840                cd ${localout[$i]}
3841                for file in $(ls *)
3842                do
3843                   ln -f $file $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3844                done
3845                cd $TEMPDIR
3846             fi
3847
3848
3849                # ARCHIVIERUNGSJOB WIRD ERZEUGT UND ABGESCHICKT
3850             if [[ $store_on_archive_system = true ]]
3851             then
3852
3853                if [[ $archive_system = asterix ]]
3854                then
3855                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
3856                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3857                   then
3858                      echo "stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
3859                   else
3860                      echo "stageout -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
3861                   fi
3862                   echo "cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"               >> archive_${frelout[$i]}
3863                   echo "if [[ \$(grep -c \"st.msg:150\"  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung) != 0 ]]" >> archive_${frelout[$i]}
3864                   echo "then"                                       >> archive_${frelout[$i]}
3865                   echo "   do_stageout=false"                       >> archive_${frelout[$i]}
3866                   echo "else"                                       >> archive_${frelout[$i]}
3867                   echo "   echo \"  +++ $filetyp ${frelout[$i]}  could not be stored on archive-system\" " >> archive_${frelout[$i]}
3868                   echo "   cat  /dev/null  >  ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname" >> archive_${frelout[$i]}
3869                   echo "   cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung  >  ~/job_queue/archive_${frelout[$i]}_error" >> archive_${frelout[$i]}
3870                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} will be copied to \$WORK as backup\" " >> archive_${frelout[$i]}
3871                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3872                   then
3873                      echo "   cp   ${frelout[$i]}  \$WORK"                    >> archive_${frelout[$i]}
3874                   else
3875                      echo "   cp -r  ${frelout[$i]}  \$WORK/${frelout[$i]}"   >> archive_${frelout[$i]}
3876                   fi
3877                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} saved\" " >> archive_${frelout[$i]}
3878                   echo "fi"                                         >> archive_${frelout[$i]}
3879                   echo "rm  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"              >> archive_${frelout[$i]}
3880                elif [[ $archive_system = DMF ]]
3881                then
3882                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
3883                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3884                   then
3885                      printf "\n  +++ archiving of single files impossible with $archive_system !\n"
3886                      locat=DMF
3887                      exit
3888                   else
3889                         # FUER RECHNER IN JUELICH. DORT KOENNTEN AUCH
3890                         # EINZELNE DATEIEN GESICHERT WERDEN (SPAETER KORR.)
3891                      echo "rm -rf  \$ARCHIVE/${frelout[$i]}"     >> archive_${frelout[$i]}
3892                      echo "cp -r  ${frelout[$i]}  \$ARCHIVE"     >> archive_${frelout[$i]}
3893                   fi
3894                elif [[ $archive_system = tivoli ]]
3895                then
3896                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
3897                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3898                   then
3899                         # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
3900                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
3901                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
3902                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3903                   else
3904
3905                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
3906                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
3907                      echo "[[ ! -d \$PERM/${frelout[$i]} ]] && mkdir $PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3908                      cd  $tmp_data_catalog
3909                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
3910                      cd -  > /dev/null
3911                      (( inode = 0 ))
3912                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
3913                      while (( inode < nodes ))
3914                      do
3915#                         echo "*** all_files = \"$all_files\" "
3916                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
3917                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
3918#                         echo "*** tasks_per_node = \"$tasks_per_node\" "
3919#                         echo "*** files = \"$files\" "
3920#                         echo "*** all_files = \"$all_files\" "
3921                        echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
3922                        ### echo "tar  cvf ${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
3923                        ### echo "cp ${frelout[$i]}.node_$inode.tar \$PERM/${frelout[$i]}/"   >> archive_${frelout[$i]}
3924                         ###echo "rm ${frelout[$i]}.node_$inode.tar"   >> archive_${frelout[$i]}
3925#                         echo "dsmc incremental  \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar" >> archive_${frelout[$i]}
3926#                         echo "dsmmigrate \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar"        >> archive_${frelout[$i]}
3927                         (( inode = inode + 1 ))
3928                      done
3929#                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
3930#                      echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3931                   fi
3932                elif [[ $archive_system = ut ]]
3933                then
3934                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
3935                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3936                   then
3937                         # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
3938                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
3939                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
3940                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3941                   else
3942
3943                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
3944                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
3945                      echo "[[ ! -d \$UT/${frelout[$i]} ]] && mkdir $UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3946                      cd  $tmp_data_catalog
3947                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
3948                      cd -  > /dev/null
3949                      (( inode = 0 ))
3950                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
3951                      while (( inode < nodes ))
3952                      do
3953                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
3954                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
3955                         echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
3956                         (( inode = inode + 1 ))
3957                      done
3958                   fi
3959                elif [[ $archive_system = none ]]
3960                then
3961                   printf "              +++ archiving on $localhost not available!\n"
3962                fi
3963
3964                if [[ $archive_system != none ]]
3965                then
3966                   if [[ $localhost = lcsgih  ||  $localhost = lcsgib ]]
3967                   then
3968#                      subjob  -d  -v  -q cdata  -X 0  -m 1000  -t 43200  -c $job_catalog  archive_${frelout[$i]}
3969                      subjob   -v  -q permq  -X 1 -T 1  -m 1000  -t 172800  -c $job_catalog  archive_${frelout[$i]}
3970                   elif [[ $localhost = nech ]]
3971                   then
3972                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  archive_${frelout[$i]}
3973                   fi
3974                   printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
3975                fi
3976             else
3977                printf "              +++ caution: option -A is switched off. No archiving on $archive_system!\n"
3978             fi
3979
3980
3981                # LEERDATEI IM BENUTZERVERZEICHNIS ANLEGEN, DAMIT BEKANNT IST,
3982                # WIE DIE HOECHSTE ZYKLUSNUMMER AUF DEM ARCHIV-SYSTEM LAUTET
3983             if [[ $files_for_pes = false ]]
3984             then
3985                cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
3986             else
3987                mkdir -p  ${pathout[$i]}
3988             fi
3989
3990          fi
3991
3992
3993             # KOPIEREN AUF LOKALER MASCHINE ZUM ARCHIV-SYSTEM
3994             # AUSSERDEM MUSS LEERDATEI ANGELEGT WERDEN, DAMIT BEKANNT IST,
3995             # WIE DIE HOECHSTE ZYKLUSNUMMER AUF DEM ARCHIV-SYSTEM LAUTET
3996             # FALLS IRGENDEINE (VON MEHREREN) ARCHIVIERUNGEN SCHIEF GEHT,
3997             # WIRD FLAG GESETZT UND BLEIBT AUCH BEI WEITEREN ORDNUNGS-
3998             # GEMAESSEN ARCHIVIERUNGEN GESETZT
3999          if [[ "${actionout[$i]}" = ar ]]
4000          then
4001             if [[ $files_for_pes = false ]]
4002             then
4003                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
4004                printf "\n              ${pathout[$i]}"
4005                printf "\n              File will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
4006             else
4007                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to"
4008                printf "\n              ${pathout[$i]}"
4009                printf "\n              Directory will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
4010             fi
4011             mv  ${localout[$i]}  ${frelout[$i]}
4012
4013             file_saved=false
4014
4015             if [[ $archive_system = asterix ]]
4016             then
4017                do_stageout=true
4018                (( stageout_anz = 0 ))
4019                while [[ $do_stageout = true ]]
4020                do
4021                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4022                   then
4023                      stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
4024                   else
4025                      stageout  -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
4026                   fi
4027                   cat  STAGE_OUTPUT
4028                   if [[ $(grep -c "st.msg:150"  STAGE_OUTPUT) != 0 ]]
4029                   then
4030                      file_saved=true
4031                      do_stageout=false
4032                   else
4033                      if [[ $files_for_pes = false ]]
4034                      then
4035                         printf "\n  +++ file ${frelout[$i]}  could not be saved on archive-system"
4036                      else
4037                         printf "\n  +++ directory ${frelout[$i]} could not be saved on archive-system"
4038                      fi
4039                      (( stageout_anz = stageout_anz + 1 ))
4040                      if (( stageout_anz == 10 ))
4041                      then
4042                         printf "\n  +++ stoped after 10 unsuccessful tries!"
4043                         archive_save=false
4044                         do_stageout=false
4045                      else
4046                         printf "\n  *** new try to store on archive after 15 min:"
4047                         sleep 900
4048                      fi
4049                   fi
4050                done
4051             elif [[ $archive_system = DMF ]]
4052             then
4053                if [[ $files_for_pes = false ]]
4054                then
4055                   printf "\n  +++ archiving of single files impossible on $archive_system!\n"
4056                   locat=DMF
4057                   exit
4058                else
4059                   rm -rf  $ARCHIVE/${frelout[$i]}
4060                   cp -r  ${frelout[$i]}  $ARCHIVE
4061                fi
4062                file_saved=true
4063             elif [[ $archive_system = tivoli ]]
4064             then
4065                   # ARCHIVIERUNG NUR PER BATCH-JOB MOEGLICH
4066                   # DATEI MUSS ZWISCHENZEITLICH INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4067                   # GELEGT WERDEN
4068                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4069                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4070                if [[ $files_for_pes = false ]]
4071                then
4072                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4073                else
4074                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4075                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4076                fi
4077
4078                   # BATCH JOB GENERIEREN UND ABSCHICKEN; DATEI MUSS WIEDER
4079                   # AUS TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS ENTFERNT WERDEN
4080                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
4081                if [[ $files_for_pes = false ]]
4082                then
4083                      # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4084                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4085                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4086                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
4087                else
4088                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4089                   echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4090                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
4091                fi
4092
4093                subjob  -v  -d  -q cdata  -X 0  -m 1000  -t 43200  -c $job_catalog  archive_${frelout[$i]}
4094                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4095                file_saved=true
4096
4097             elif [[ $archive_system = ut ]]
4098             then
4099                   # ARCHIVIERUNG NUR PER BATCH-JOB MOEGLICH
4100                   # DATEI MUSS ZWISCHENZEITLICH INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4101                   # GELEGT WERDEN
4102                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4103                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4104                if [[ $files_for_pes = false ]]
4105                then
4106                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4107                else
4108                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4109                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4110                fi
4111
4112                   # BATCH JOB GENERIEREN UND ABSCHICKEN; DATEI MUSS WIEDER
4113                   # AUS TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS ENTFERNT WERDEN
4114                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
4115                if [[ $files_for_pes = false ]]
4116                then
4117                      # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4118                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4119                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4120                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
4121                else
4122                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4123                   echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4124                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
4125                fi
4126
4127                subjob  -v  -c /pf/b/$usern/job_queue  -d  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  archive_${frelout[$i]}
4128                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4129                file_saved=true
4130
4131             else
4132                printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"  archiving impossible!"
4133                archive_save=false
4134             fi
4135             if [[ $file_saved = true ]]
4136             then
4137                if [[ $files_for_pes = false ]]
4138                then
4139                   cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
4140                else
4141                   mkdir -p  ${pathout[$i]}
4142                fi
4143             fi
4144          fi
4145
4146             # APPEND AUF LOKALER MASCHINE
4147          if [[ "${actionout[$i]}" = "a" ]]
4148          then
4149             printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}\n"
4150             cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}
4151          fi
4152
4153             # KOPIEREN AUF LOKALER MASCHINE
4154             # ES MUSS KOPIERT WERDEN, DA MOVE NICHT UEBER FILESYSTEM HINAUS MOEGLICH
4155          if [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = false ]]
4156          then
4157
4158                # KOPIEREN AUF EINPROZESSORMASCHINE
4159             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
4160             then
4161                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
4162                if [[ $link_local_output = true ]]
4163                then
4164                    printf "      using ln -f\n"
4165                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4166                fi
4167                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
4168                if [[ ! -f "${pathout[$i]}.${extout[$i]}" ]]
4169                then
4170                    if [[ $link_local_output = true ]]
4171                    then
4172                        printf "      ln failed, using cp...\n"
4173                    fi
4174                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4175                fi
4176             else
4177                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}\n"
4178                if [[ $link_local_output = true ]]
4179                then
4180                    printf "      using ln -f\n"
4181                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4182                fi
4183                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
4184                if [[ ! -f "${pathout[$i]}" ]]
4185                then
4186                    if [[ $link_local_output = true ]]
4187                    then
4188                        printf "      ln failed, using cp...\n"
4189                    fi
4190                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4191                fi
4192             fi
4193
4194          elif [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = true ]]
4195          then
4196
4197                # DIE DEN PROZESSOREN EINES PARALLELRECHNERS ZUGEHOERIGEN
4198                # DATEIEN WERDEN ERST IN EINEM KATALOG GESAMMELT UND DIESER
4199                # WIRD DANN KOPIERT
4200                # PER MOVE UMBENANNT WERDEN
4201             printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to  ${pathout[$i]}\n"
4202             if [[ $link_local_output = true ]]
4203             then
4204                 printf "      using ln -f\n"
4205                 mkdir  ${pathout[$i]}
4206                 cd ${localout[$i]}
4207                 for file in $(ls *)
4208                 do
4209                   ln -f $file  ${pathout[$i]}
4210                 done
4211                 cd $TEMPDIR
4212             fi
4213             # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp -r"
4214             if [[ ! -f "${pathout[$i]}/_0000" ]]
4215             then
4216                 if [[ $link_local_output = true ]]
4217                 then
4218                     printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
4219                 fi
4220                 cp -r  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4221             fi
4222
4223          fi
4224       fi
4225    done
4226    if (( i != 0 ))
4227    then
4228       if [[ $transfer_problems = true ]]
4229       then
4230          printf "\n$striche\n  *** OUTPUT-files saved"
4231          printf "\n  +++ WARNING: some data transfers failed! \n"
4232       else
4233          printf "\n$striche\n  *** all OUTPUT-files saved \n"
4234       fi
4235    fi
4236
4237
4238       # EVENTUELL FOLGEJOB STARTEN
4239       # DATEI CONTINUE_RUN MUSS VOM BENUTZERPROGRAMM AUS ERZEUGT WERDEN
4240    if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4241    then
4242
4243       if [[ $archive_save = true ]]
4244       then
4245
4246             # ZUERST IN MRUN-AUFRUF OPTIONEN FUER FORTSETZUNGSLAUF, FUER
4247             # STILLES ABARBEITEN (OHNE INTERAKTIVE RUECKFAGEN) UND FUER
4248             # BATCH-BETRIEB (NUR WICHTIG, FALLS BATCH AUF LOKALER MASCHINE
4249             # DURCHGEFUEHRT WERDEN SOLL) EINFUEGEN, FALLS NICHT BEREITS VOR-
4250             # HANDEN
4251          [[ $(echo $mc | grep -c "\-C") = 0 ]]  &&  mc="$mc -C"
4252          [[ $(echo $mc | grep -c "\-v") = 0 ]]  &&  mc="$mc -v"
4253          [[ $(echo $mc | grep -c "\-b") = 0 ]]  &&  mc="$mc -b"
4254          if [[ $(echo $mc | grep -c "#") != 0 ]]
4255          then
4256             mc=`echo $mc | sed 's/#/f/g'`
4257          fi
4258
4259
4260             # JOB STARTEN
4261          printf "\n\n  *** initiating restart-run on \"$return_addres\" using command:\n"
4262          echo "      $mc"
4263          printf "\n$striche\n"
4264          if [[ $localhost != $fromhost ]]
4265          then
4266
4267             if [[ $localhost = lcsgih  ||  $localhost = lcsgib  ||  $localhost = nech  ||  $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku  ||  $localhost = ibms ]]
4268             then
4269                echo "*** ssh will be used to initiate restart-runs!"
4270                echo "    return_addres=\"$return_addres\" "
4271                echo "    return_username=\"$return_username\" "
4272                if [[ $(echo $return_addres | grep -c "130.75.105") = 1 ]]
4273                then
4274                   ssh $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export LD_LIBRARY_PATH=\$LD_LIBRARY_PATH:/muksoft/packages/intel/Compiler/11.0/083/lib/intel64/;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4275                else
4276                   if [[ $localhost = ibmkisti ]]
4277                   then
4278                      ssh $usern@gaiad "ssh $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4279                   else
4280                      ssh $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4281                   fi
4282                fi
4283             else
4284                printf "\n  +++ no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
4285                locat=restart; exit
4286             fi
4287
4288                # WARTEN, DAMIT SICH RESTART JOB IN QUEUE EINREIHEN KANN, BEVOR
4289                # DER AKTUELLE JOB ENDET
4290             if [[ $queue = special1q ]]
4291             then
4292                sleep 120
4293             else
4294                sleep 30
4295             fi
4296
4297          else
4298
4299                # BEI RECHNUNGEN AUF LOKALER MASCHINE KANN MRUN DIREKT AUFGE-
4300                # RUFEN WERDEN, AUSSER AUF lcfimm
4301             cd $LOCAL_PWD
4302             if [[ $localhost = lcfimm ]]
4303             then
4304                ssh $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc " 
4305             else
4306                eval  $mc                # ' MUESSEN AUSGEWERTET WERDEN
4307             fi
4308             cd -  > /dev/null
4309          fi
4310          printf "\n$striche\n  *** restart-run initiated \n"
4311
4312
4313             # EVENTUELL INPUT-DATEIEN, DIE VON TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS
4314             # GEHOLT WORDEN SIND, LOESCHEN
4315          (( i = 0 ))
4316          while (( i < iin ))
4317          do
4318             (( i = i + 1 ))
4319             if [[ "${got_tmp[$i]}" = true   &&  $keep_data_from_previous_run = false ]]
4320             then
4321                rm -r  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
4322             fi
4323          done
4324
4325       else
4326
4327          printf "\n  +++ no restart-run possible, since errors occured"
4328          printf "\n      during the archive process"
4329       fi
4330
4331    fi
4332
4333
4334   
4335       # EVTL. EMAIL-BENACHRICHTIGUNG UEBER ABGESCHLOSSENEN LAUF
4336    if [[ "$email_notification" != "none" ]]
4337    then
4338
4339       if [[ $localhost != $fromhost ]]
4340       then
4341          if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4342          then
4343             echo "PALM restart run necessary"        >   email_text
4344             echo "description header of actual run:" >>  email_text
4345             cat  CONTINUE_RUN                        >>  email_text
4346             echo "mrun-command to restart:"          >>  email_text
4347             echo "$mc"                               >>  email_text
4348          else
4349             echo "PALM run with base filename \"$fname\" on host \"$localhost\" finished"  >  email_text
4350          fi
4351          mail  $email_notification  <  email_text
4352          printf "\n  *** email notification sent to \"$email_notification\" "
4353       fi
4354    fi
4355
4356
4357
4358       # ALLE ARBEITEN BEENDET. TEMPORAERER KATALOG KANN GELOESCHT WERDEN
4359    cd  $HOME
4360    [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
4361
4362 else
4363
4364
4365       # FALLS AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL, WERDEN JETZT ENTSPRE-
4366       # CHENDE AKTIONEN DURCHGEFUEHRT
4367
4368       # MRUN-BEFEHL FUER REMOTE-MASCHINE ZUSAMMENSTELLEN
4369    mrun_com="$mrun_script_name -a $afname -c $config_file -d $fname -h $host -H $fromhost -m $memory -t $cpumax -q \$queue -R $return_addres -U $return_username -u $remote_username"
4370    [[ "$cpp_opts" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -D \"$cpp_opts\""
4371    [[ "$global_revision" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -G \"$global_revision\""
4372    [[ $group_number != none ]]   &&  mrun_com=${mrun_com}" -g $group_number"
4373    [[ $do_compile = true ]]      &&  mrun_com=${mrun_com}" -s \"$source_list\""
4374    [[ "$input_list" != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -i \"$input_list\""
4375    [[ $ignore_archive_error = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -I"
4376    [[ $keep_data_from_previous_run = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -k"
4377    [[ "$additional_conditions" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -K \"$additional_conditions\""
4378#    [[ "$makefile" != "$source_path/Makefile" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -M \"$makefile\""
4379    [[ "$output_list" != "" ]]    &&  mrun_com=${mrun_com}" -o \"$output_list\""
4380    [[ "$read_from_config" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -S"
4381    [[ $do_trace = true ]]        &&  mrun_com=${mrun_com}" -x"
4382    [[ "$numprocs" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -X $numprocs"
4383    if [[ $use_openmp = true ]]
4384    then
4385       mrun_com=${mrun_com}" -O $threads_per_task"
4386    fi
4387    [[ "$tasks_per_node" != "" ]] &&  mrun_com=${mrun_com}" -T $tasks_per_node"
4388    [[ $store_on_archive_system = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -A"
4389    [[ $package_list != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -p \"$package_list\""
4390    [[ $return_password != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -P $return_password"
4391    [[ $delete_temporary_catalog = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -B"
4392    [[ $node_usage != default  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla"  &&  $node_usage != novice ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -n $node_usage"
4393    [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -y"
4394    [[ $run_coupled_model = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Y \"$coupled_dist\""
4395    if [[ $do_remote = true ]]
4396    then
4397       printf "\n>>>> MRUN-command on execution host:\n>>>> $mrun_com \n"
4398    fi
4399
4400
4401       # ZUSAMMENSTELLUNG DES JOBSCRIPTS AUF DATEI jobfile
4402    jobfile=jobfile.$RANDOM
4403
4404
4405       # TEMPORAERES VERZEICHNIS GENERIEREN UND NACH DORT WECHSELN
4406    echo  "mkdir  $TEMPDIR"      >>  $jobfile
4407    echo  "cd  $TEMPDIR"         >>  $jobfile
4408
4409
4410       # EVENTUELL FEHLERVERFOLGUNG AKTIVIEREN
4411    if [[ $do_trace = true ]]
4412    then
4413       echo  "set -x"                                    >>  $jobfile
4414    else
4415       echo  "set +vx"                                   >>  $jobfile
4416    fi
4417
4418
4419       # BEREITSTELLUNG VON QUELLTEXTEN, MRUN-SCRIPTS UND KONFIGURATIONS-
4420       # DATEI FUER DEN JOB
4421    if [[ $( echo $host | cut -c1-5 ) = lcsgi  ||  $host = ibmkisti ]]
4422    then
4423
4424          # KONFIGURATIONSDATEI UND MRUN_SCRIPT IN DAS SOURCE-VERZEICHNIS
4425          # KOPIEREN
4426       if [[ $restart_run != true ]]
4427       then
4428          cp  $config_file  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4429          cp  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4430       fi
4431
4432          # SOURCE-VERZEICHNIS VOM LOKALEN RECHNER PER SCP TRANSFERIEREN
4433          # (BEI JOBS AUF LOKALEM RECHNER REICHT CP)
4434       echo  "set -x"  >>  $jobfile
4435       if [[ $host = $localhost ]]
4436       then
4437          echo  "cp  -r  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname ."  >>  $jobfile
4438       else
4439          if [[ $host != ibmkisti ]]
4440          then
4441             echo  "scp  -r  $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname ."  >>  $jobfile
4442          else
4443                # on KISTI's IBM firewall is only opened on interactive node
4444             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
4445             echo  "ssh $remote_username@gaiad \"cd \$localdir; scp  -r  $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
4446          fi
4447       fi
4448       echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                      >>  $jobfile
4449
4450          # QUELLTEXTE, MRUN-SCRIPT UND KONFIGURATIONSDATEI IN DAS AKTUELLE
4451          # ARBEITSVERZEICHNIS VERSCHIEBEN
4452       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$config_file  . "       >>  $jobfile
4453       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$mrun_script_name  . "  >>  $jobfile
4454       echo  "execute_mrun=true"                                 >>  $jobfile
4455       echo  " "                                                 >>  $jobfile
4456
4457    else
4458
4459          # ABSPEICHERN DER QUELLTEXTE (NUR FALLS UEBERSETZT WERDEN SOLL)
4460          # SOWIE GEGEBENENFALLS DES MAKEFILES
4461       if [[ $do_compile = true ]]
4462       then
4463
4464          source_catalog=SOURCES_FOR_RUN_$fname
4465
4466              # UNTERVERZEICHNIS FUER QUELLTEXTE UND MAKEFILE ANLEGEN
4467              # MRUN WIRD DIESES VRZEICHNIS UEBER ENVIRONMENT VARIABLE
4468              # MITGETEILT (UEBERSTEUERT ANGABE IN KONFIGURATIONSDATEI)
4469          echo  "mkdir  SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4470          echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                 >>  $jobfile
4471          echo  "cd     SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4472
4473          for  filename  in  $source_list
4474          do
4475                # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4476             echo  "cat > $filename << \"%END%\""              >>  $jobfile
4477             cat   $source_catalog/$filename                   >>  $jobfile
4478             echo  " "                                         >>  $jobfile
4479             echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4480             echo  " "                                         >>  $jobfile
4481          done
4482
4483             # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4484          echo  "cat > Makefile << \"%END%\""               >>  $jobfile
4485          cat   $source_catalog/Makefile                    >>  $jobfile
4486          echo  " "                                         >>  $jobfile
4487          echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4488          echo  " "                                         >>  $jobfile
4489
4490          echo  "cd -  > /dev/null"                         >>  $jobfile
4491
4492       fi
4493
4494
4495          # ABSPEICHERN DER KONFIGURATIONSDATEI
4496          # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4497       echo  "cat > $config_file << \"%END%\""      >>  $jobfile
4498       cat   $config_file                           >>  $jobfile
4499       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
4500       echo  " "                                    >>  $jobfile
4501
4502
4503          # ABSPEICHERN DER AKTUELLEN MRUN-VERSION
4504          # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4505       echo  "cat > $mrun_script_name <<\"%END%\""    >>  $jobfile
4506       cat   ${PALM_BIN}/$mrun_script_name            >>  $jobfile
4507       echo  "%END%"                                  >>  $jobfile
4508       echo  "chmod u+x $mrun_script_name"          >>  $jobfile
4509       echo  "execute_mrun=true"                    >>  $jobfile
4510       echo  " "                                    >>  $jobfile
4511
4512    fi
4513
4514
4515       # EVTL. BENOETIGTE INPUT-DATEIEN PER FTP HOLEN ODER DEM JOB DIREKT
4516       # MITGEBEN UND AUF DEM REMOTE-RECHNER IM BENUTZERVERZEICHNIS ABLEGEN
4517       # FALLS DIESES NICHT EXISTIERT, WIRD VERSUCHT, DAS JEWEILS LETZTE
4518       # UNTERVERZEICHNIS DES PFADNAMENS ANZULEGEN
4519    if [[ $do_remote = true ]]
4520    then
4521       (( i = 0 ))
4522       while (( i < iin ))
4523       do
4524          (( i = i + 1 ))
4525          echo  "[[ ! -d ${pathin[$i]} ]]  &&  mkdir -p  ${pathin[$i]}"  >>  $jobfile
4526          if [[ "${transin[$i]}" = job ]]
4527          then
4528             echo  "cat > ${remotepathin[$i]} <<\"%END%\""    >>  $jobfile
4529             eval cat   ${pathin[$i]}/${frelin[$i]}           >>  $jobfile
4530             echo  " "                                        >>  $jobfile
4531             echo  "%END%"                                    >>  $jobfile
4532          else
4533             echo  "batch_scp -b -o -g -s -u $return_username $return_addres ${remotepathin[$i]} \"${pathin[$i]}\" ${frelin[$i]}" >>  $jobfile
4534          fi
4535
4536             # UEBERPRUEFEN, OB DATEI ANGELEGT WERDEN KONNTE
4537          echo  "if [[ \$? = 1 ]]"                    >>  $jobfile
4538          echo  "then"                                >>  $jobfile
4539          echo  "   echo \" \" "                      >>  $jobfile
4540          echo  "   echo \"+++ file ${remotepathin[$i]} could not be created\" "   >>  $jobfile
4541          echo  "   echo \"    please check, if directory exists on $host!\" "  >>  $jobfile
4542          echo  "   echo \"+++ MRUN will not be continued\" "  >>  $jobfile
4543          echo  "   execute_mrun=false"               >>  $jobfile
4544          echo  "fi"                                  >>  $jobfile
4545       done
4546    fi
4547
4548       # ARBEITSKATALOG AUF DER LOKALEN MASCHINE FUER EVENTUELLE
4549       # FORTSETZUNGSLAUEFE PER ENV-VARIABLE UEBERGEBEN
4550    echo  "LOCAL_PWD=$working_directory"                >>  $jobfile
4551    echo  "export LOCAL_PWD"                            >>  $jobfile
4552
4553       # EBENSO LOKALEN MRUN-KATALOG UEBERGEBEN
4554    echo  "LOCAL_MRUN_PATH=$PALM_BIN"                   >>  $jobfile
4555    echo  "export LOCAL_MRUN_PATH"                      >>  $jobfile
4556
4557       # WORKAROUND FUER RIAM-NEC-JOBS WEGEN PROFILE-SCHWIERIGKEITEN
4558    if [[ $localhost_realname = "gate"  ||  $localhost = lctit ]]
4559    then
4560       echo  "export PALM_BIN=$PALM_BIN"                >>  $jobfile
4561    fi
4562
4563       # MRUN AUF ZIELRECHNER AUFRUFEN (queue is workaround for ibmkisti)
4564    echo  "set -x"                                      >>  $jobfile
4565    echo  "queue=$queue"                                >>  $jobfile
4566    echo  "[[ \$execute_mrun = true ]]  &&  ./$mrun_com"  >>  $jobfile
4567
4568    echo  'ls -al; echo `pwd`'                          >>  $jobfile
4569    echo  "cd \$HOME"                                   >>  $jobfile
4570    echo  "rm -rf  $TEMPDIR"                            >>  $jobfile
4571
4572
4573
4574
4575       # JOB PER SUBJOB STARTEN
4576    if [[ $silent = false ]]
4577    then
4578       printf "\n     "
4579    else
4580       printf "\n\n"
4581    fi
4582
4583    subjob  $job_on_file  -h $host  -u $remote_username -g $group_number -q $queue  -m $memory  -N $node_usage -t $cpumax  $XOPT  $TOPT  $OOPT  -n $fname  -v  -c $job_catalog  -e $email_notification  $jobfile
4584    rm -rf  $jobfile
4585
4586
4587 fi  # ENDE REMOTE-TEIL
4588
4589
4590
4591     # ENDE DER PROZEDUR
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.