Changeset 556


Ignore:
Timestamp:
Sep 7, 2010 8:01:34 AM (11 years ago)
Author:
raasch
Message:

last commit documented

Location:
palm/trunk
Files:
5 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • palm/trunk/DOC/tec/technical_documentation.html

    r553 r556  
    11<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
    2 <HTML>
    3 <HEAD>
    4         <META HTTP-EQUIV="CONTENT-TYPE" CONTENT="text/html; charset=utf-8">
    5         <TITLE>PALM technical/numerical documentation</TITLE>
    6         <META NAME="GENERATOR" CONTENT="OpenOffice.org 3.0  (Unix)">
    7         <META NAME="AUTHOR" CONTENT="Siegfried Raasch">
    8         <META NAME="CREATED" CONTENT="0;0">
    9         <META NAME="CHANGED" CONTENT="20100901;15562900">
    10         <META NAME="KEYWORDS" CONTENT="parallel LES model">
    11 </HEAD>
    12 <BODY LANG="en-US" DIR="LTR">
    13 <P STYLE="margin-bottom: 0in"><FONT SIZE=7>PALM&nbsp;&nbsp; </FONT>a
    14 <B>pa</B>rallelized <B>L</B>ES <B>m</B>odel
    15 </P>
    16 <HR>
    17 <P STYLE="margin-bottom: 0in"><BR><FONT SIZE=5>technical/numerical
    18 documentation</FONT> <BR>&nbsp; <BR>&nbsp;
    19 </P>
    20 <P ALIGN=CENTER STYLE="margin-bottom: 0in">&nbsp;
    21 </P>
    22 <TABLE CELLPADDING=0 CELLSPACING=0>
    23         <TR>
    24                 <TD>
    25                         <P><B>Current fixed release:</B></P>
    26                 </TD>
    27                 <TD>
    28                         <P><B>3.7a</B></P>
    29                 </TD>
    30         </TR>
    31         <TR>
    32                 <TD>
    33                         <P><B>Last change of this document</B>:&nbsp;</P>
    34                 </TD>
    35                 <TD>
    36                         <P><B>$Id: technical_documentation.html 544 2010-08-17 10:44:58Z
    37                         maronga $</B></P>
    38                 </TD>
    39         </TR>
    40 </TABLE>
    41 <HR>
    42 <P><FONT SIZE=5>Table of contents</FONT> <BR>&nbsp; <BR>&nbsp;
    43 </P>
    44 <UL>
    45         <P><A HREF="#Kapitel1.0">1.0</A>&nbsp; History of changes
    46         </P>
    47         <P><A HREF="#Kapitel2.0">2.0</A>&nbsp; How to change the source code
    48         and how to document modifications</P>
    49         <P><A HREF="#Kapitel3.0">3.0</A>&nbsp; Description of selected model
    50         numerics<BR>&nbsp;</P>
    51 </UL>
    52 <P><BR><BR>
    53 </P>
    54 <H2><A NAME="Kapitel1.0"></A>1.0&nbsp; History of changes</H2>
    55 <P STYLE="margin-bottom: 0in">The following table documents all
     2<html><head>
     3
     4
     5        <meta http-equiv="CONTENT-TYPE" content="text/html; charset=utf-8"><title>PALM technical/numerical documentation</title>
     6       
     7        <meta name="GENERATOR" content="OpenOffice.org 3.0  (Unix)">
     8        <meta name="AUTHOR" content="Siegfried Raasch">
     9        <meta name="CREATED" content="0;0">
     10        <meta name="CHANGED" content="20100901;15562900">
     11        <meta name="KEYWORDS" content="parallel LES model"></head><body dir="ltr" lang="en-US">
     12<p style="margin-bottom: 0in;"><font size="7">PALM&nbsp;&nbsp; </font>a
     13<b>pa</b>rallelized <b>L</b>ES <b>m</b>odel
     14</p>
     15<hr>
     16<p style="margin-bottom: 0in;"><br><font size="5">technical/numerical
     17documentation</font> <br>&nbsp; <br>&nbsp;
     18</p>
     19<p style="margin-bottom: 0in;" align="center">&nbsp;
     20</p>
     21<table cellpadding="0" cellspacing="0">
     22        <tbody><tr>
     23                <td>
     24                        <p><b>Current fixed release:</b></p>
     25                </td>
     26                <td>
     27                        <p><b>3.7a</b></p>
     28                </td>
     29        </tr>
     30        <tr>
     31                <td>
     32                        <p><b>Last change of this document</b>:&nbsp;</p>
     33                </td>
     34                <td>
     35                        <p><b>$Id: technical_documentation.html 544 2010-08-17 10:44:58Z
     36                        maronga $</b></p>
     37                </td>
     38        </tr>
     39</tbody></table>
     40<hr>
     41<p><font size="5">Table of contents</font> <br>&nbsp; <br>&nbsp;
     42</p>
     43<ul>
     44        <p><a href="#Kapitel1.0">1.0</a>&nbsp; History of changes
     45        </p>
     46        <p><a href="#Kapitel2.0">2.0</a>&nbsp; How to change the source code
     47        and how to document modifications</p>
     48        <p><a href="#Kapitel3.0">3.0</a>&nbsp; Description of selected model
     49        numerics<br>&nbsp;</p>
     50</ul>
     51<p><br><br>
     52</p>
     53<h2><a name="Kapitel1.0"></a>1.0&nbsp; History of changes</h2>
     54<p style="margin-bottom: 0in;">The following table documents all
    5655changes to the PALM repository since 2009. Older changes can be found
    57 <A HREF="tec_doc_1998-2008.html">here</A>.<BR><BR>Entries in the
     56<a href="tec_doc_1998-2008.html">here</a>.<br><br>Entries in the
    5857fifth column specify the type of the change: change&nbsp; of existing
    5958code (C), new code (N) or bugfix (B). More detailed information about
    6059the changes may sometimes be found in the header comment lines of the
    61 respective routines. <BR>&nbsp;
    62 </P>
    63 <TABLE WIDTH=1223 BORDER=1 CELLPADDING=2 CELLSPACING=3>
    64         <COL WIDTH=37>
    65         <COL WIDTH=56>
    66         <COL WIDTH=68>
    67         <COL WIDTH=62>
    68         <COL WIDTH=36>
    69         <COL WIDTH=518>
    70         <COL WIDTH=393>
    71         <TR>
    72                 <TD WIDTH=37>
    73                         <P><FONT SIZE=4><B>date</B></FONT></P>
    74                 </TD>
    75                 <TD WIDTH=56>
    76                         <P><FONT SIZE=4><B>author</B></FONT></P>
    77                 </TD>
    78                 <TD WIDTH=68>
    79                         <P><FONT SIZE=4><B>svn revision</B></FONT></P>
    80                 </TD>
    81                 <TD WIDTH=62>
    82                         <P><FONT SIZE=4><B>last release</B></FONT></P>
    83                 </TD>
    84                 <TD WIDTH=36>
    85                         <P><FONT SIZE=4><B>type</B></FONT></P>
    86                 </TD>
    87                 <TD WIDTH=518>
    88                         <P><FONT SIZE=4><B>description</B></FONT></P>
    89                 </TD>
    90                 <TD WIDTH=393>
    91                         <P><FONT SIZE=4><B>affected routines</B></FONT></P>
    92                 </TD>
    93         </TR>
    94         <TR>
    95                 <TD WIDTH=37 SDVAL="40187" SDNUM="1033;0;MM/DD/YY">
    96                         <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>01/09/10</FONT></P>
    97                 </TD>
    98                 <TD WIDTH=56>
    99                         <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>CH</FONT></P>
    100                 </TD>
    101                 <TD WIDTH=68 SDVAL="553" SDNUM="1033;">
    102                         <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>553</FONT></P>
    103                 </TD>
    104                 <TD WIDTH=62>
    105                         <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>3.7a</FONT></P>
    106                 </TD>
    107                 <TD WIDTH=36>
    108                         <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>C</FONT></P>
    109                 </TD>
    110                 <TD WIDTH=518>
    111                         <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>d3dpar-parameters for
    112                         masked output <FONT FACE="Courier New, monospace">data_output_mask_*,
     60respective routines. <br>&nbsp;
     61</p>
     62<table border="1" cellpadding="2" cellspacing="3" width="1223">
     63        <col width="37">
     64        <col width="56">
     65        <col width="68">
     66        <col width="62">
     67        <col width="36">
     68        <col width="518">
     69        <col width="393">
     70        <tbody><tr>
     71                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
     72                        <p><font size="4"><b>date</b></font></p>
     73                </td>
     74                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
     75                        <p><font size="4"><b>author</b></font></p>
     76                </td>
     77                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
     78                        <p><font size="4"><b>svn revision</b></font></p>
     79                </td>
     80                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
     81                        <p><font size="4"><b>last release</b></font></p>
     82                </td>
     83                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
     84                        <p><font size="4"><b>type</b></font></p>
     85                </td>
     86                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
     87                        <p><font size="4"><b>description</b></font></p>
     88                </td>
     89                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
     90                        <p><font size="4"><b>affected routines</b></font></p>
     91                </td>
     92        </tr>
     93        <tr>
     94      <td style="vertical-align: top;">07/09/10<br>
     95      </td>
     96      <td style="vertical-align: top;">SR<br>
     97      </td>
     98      <td style="vertical-align: top;">556<br>
     99      </td>
     100      <td style="vertical-align: top;">3.7a<br>
     101      </td>
     102      <td style="vertical-align: top;">C<br>
     103      </td>
     104      <td style="vertical-align: top;">Documentation for<span style="font-family: Courier New,Courier,monospace;"> surface_heatflux </span>in case of<span style="font-family: Courier New,Courier,monospace;"> prandtl_layer </span>= <span style="font-style: italic;">.F.</span> improved.<br>
     105      <br>
     106bugfix for wrong netcdf/3.6.3 module on lcsgi (mbuild, mrun)<br>
     107      </td>
     108      <td style="vertical-align: top;">mbuild, mrun<br>
     109      </td>
     110    </tr>
     111    <tr>
     112      <td style="vertical-align: top;"><br>
     113      </td>
     114      <td style="vertical-align: top;"><br>
     115      </td>
     116      <td style="vertical-align: top;"><br>
     117      </td>
     118      <td style="vertical-align: top;"><br>
     119      </td>
     120      <td style="vertical-align: top;">B<br>
     121      </td>
     122      <td style="vertical-align: top;">Bugfix in if statement (disturb_heatflux)<br>
     123      <br>
     124Bugfix: in 2201 statement: closing " was missing (interpret_config)<br>
     125      <br>
     126Bugfix: default setting of nzb_local for flat topography (init_grid)<br>
     127      <br>
     128Bugfix: wrong dimension used for ts_value_l (user_statistics)<br>
     129      </td>
     130      <td style="vertical-align: top;">disturb_heatflux, init_grid, user_statistics<br>
     131      <br>
     132interpret_config<br>
     133      </td>
     134    </tr>
     135<tr>
     136                <td sdval="40187" sdnum="1033;0;MM/DD/YY" style="width: 37px; vertical-align: top;">
     137                        <p style="font-weight: normal;"><font size="3">01/09/10</font></p>
     138                </td>
     139                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
     140                        <p style="font-weight: normal;"><font size="3">CH</font></p>
     141                </td>
     142                <td sdval="553" sdnum="1033;" style="width: 68px; vertical-align: top;">
     143                        <p style="font-weight: normal;"><font size="3">553</font></p>
     144                </td>
     145                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
     146                        <p style="font-weight: normal;"><font size="3">3.7a</font></p>
     147                </td>
     148                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
     149                        <p style="font-weight: normal;"><font size="3">C</font></p>
     150                </td>
     151                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
     152                        <p style="font-weight: normal;"><font size="3">d3dpar-parameters for
     153                        masked output <font face="Courier New, monospace">data_output_mask_*,
    113154                        data_output_mask_user_*, mask_*_x, mask_*_y, mask_*_z,
    114                         mask_*_x_loop, mask_*_y_loop </FONT><FONT FACE="Times New Roman, serif">and
    115                         </FONT><FONT FACE="Courier New, monospace">mask_*_z_loop </FONT>have
    116                         been replaced by corresponding arrays <FONT FACE="Courier New, monospace">data_output_masks,
     155                        mask_*_x_loop, mask_*_y_loop </font><font face="Times New Roman, serif">and
     156                        </font><font face="Courier New, monospace">mask_*_z_loop </font>have
     157                        been replaced by corresponding arrays <font face="Courier New, monospace">data_output_masks,
    117158                        data_output_masks_user, mask_x, mask_y, mask_z, mask_x_loop,
    118                         mask_y_loop </FONT><FONT FACE="Times New Roman, serif">and</FONT><FONT FACE="Courier New, monospace">
    119                         mask_z_loop</FONT></FONT></P>
    120                         <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>inipar-parameter <FONT FACE="Courier New, monospace">masks</FONT>
    121                         has been removed. </FONT>
    122                         </P>
    123                         <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>The changes concern
    124                         the masked data output, which is still not documented.</FONT></P>
    125                 </TD>
    126                 <TD WIDTH=393>
    127                         <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>check_parameters,
    128                         init_masks, modules, parin, user_parin</FONT></P>
    129                 </TD>
    130         </TR>
    131         <TR>
    132                 <TD WIDTH=37>
    133                         <P>17/08/10</P>
    134                 </TD>
    135                 <TD WIDTH=56>
    136                         <P>BM</P>
    137                 </TD>
    138                 <TD WIDTH=68>
    139                         <P>544</P>
    140                 </TD>
    141                 <TD WIDTH=62>
    142                         <P>3.7a</P>
    143                 </TD>
    144                 <TD WIDTH=36>
    145                         <P>B/C/N</P>
    146                 </TD>
    147                 <TD WIDTH=518>
    148                         <P>adjustments for lcxt4; bugfix (mbuild): loading of user-defined
    149                         modules; new .mrun.config.lcxt4 for Cray XT4 in Bergen/Norway</P>
    150                 </TD>
    151                 <TD WIDTH=393>
    152                         <P>mrun, mbuild, subjob</P>
    153                 </TD>
    154         </TR>
    155         <TR>
    156                 <TD WIDTH=37>
    157                         <P>15/06/10</P>
    158                 </TD>
    159                 <TD WIDTH=56>
    160                         <P>RH</P>
    161                 </TD>
    162                 <TD WIDTH=68>
    163                         <P>540</P>
    164                 </TD>
    165                 <TD WIDTH=62>
    166                         <P>3.7a</P>
    167                 </TD>
    168                 <TD WIDTH=36>
    169                         <P>C</P>
    170                 </TD>
    171                 <TD WIDTH=518>
    172                         <P>ssh from compute nodes to login nodes on hosts lcsgih/lcsgib is
     159                        mask_y_loop </font><font face="Times New Roman, serif">and</font><font face="Courier New, monospace">
     160                        mask_z_loop</font></font></p>
     161                        <p style="font-weight: normal;"><font size="3">inipar-parameter <font face="Courier New, monospace">masks</font>
     162                        has been removed. </font>
     163                        </p>
     164                        <p style="font-weight: normal;"><font size="3">The changes concern
     165                        the masked data output, which is still not documented.</font></p>
     166                </td>
     167                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
     168                        <p style="font-weight: normal;"><font size="3">check_parameters,
     169                        init_masks, modules, parin, user_parin</font></p>
     170                </td>
     171        </tr>
     172        <tr>
     173                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
     174                        <p>17/08/10</p>
     175                </td>
     176                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
     177                        <p>BM</p>
     178                </td>
     179                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
     180                        <p>544</p>
     181                </td>
     182                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
     183                        <p>3.7a</p>
     184                </td>
     185                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
     186                        <p>B/C/N</p>
     187                </td>
     188                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
     189                        <p>adjustments for lcxt4; bugfix (mbuild): loading of user-defined
     190                        modules; new .mrun.config.lcxt4 for Cray XT4 in Bergen/Norway</p>
     191                </td>
     192                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
     193                        <p>mrun, mbuild, subjob</p>
     194                </td>
     195        </tr>
     196        <tr>
     197                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
     198                        <p>15/06/10</p>
     199                </td>
     200                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
     201                        <p>RH</p>
     202                </td>
     203                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
     204                        <p>540</p>
     205                </td>
     206                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
     207                        <p>3.7a</p>
     208                </td>
     209                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
     210                        <p>C</p>
     211                </td>
     212                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
     213                        <p>ssh from compute nodes to login nodes on hosts lcsgih/lcsgib is
    173214                        done using the names hicegate0/bicegate0 instead of the IP
    174                         addresses</P>
    175                 </TD>
    176                 <TD WIDTH=393>
    177                         <P>mrun</P>
    178                 </TD>
    179         </TR>
    180         <TR>
    181                 <TD WIDTH=37>
    182                         <P>21/04/10</P>
    183                 </TD>
    184                 <TD WIDTH=56>
    185                         <P>RH</P>
    186                 </TD>
    187                 <TD WIDTH=68>
    188                         <P>532</P>
    189                 </TD>
    190                 <TD WIDTH=62>
    191                         <P>3.7a</P>
    192                 </TD>
    193                 <TD WIDTH=36>
    194                         <P>C</P>
    195                 </TD>
    196                 <TD WIDTH=518>
    197                         <P>Large scale vertical motion (subsidence/ascent) can be added as
     215                        addresses</p>
     216                </td>
     217                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
     218                        <p>mrun</p>
     219                </td>
     220        </tr>
     221        <tr>
     222                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
     223                        <p>21/04/10</p>
     224                </td>
     225                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
     226                        <p>RH</p>
     227                </td>
     228                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
     229                        <p>532</p>
     230                </td>
     231                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
     232                        <p>3.7a</p>
     233                </td>
     234                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
     235                        <p>C</p>
     236                </td>
     237                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
     238                        <p>Large scale vertical motion (subsidence/ascent) can be added as
    198239                        additional source to the prognostic equation for humidity/passive
    199                         scalar<BR>&nbsp;<BR>character length for dopr_unit
    200                         enlarged<BR><BR>Adjustment of the NCL scripts to allow for output
     240                        scalar<br>&nbsp;<br>character length for dopr_unit
     241                        enlarged<br><br>Adjustment of the NCL scripts to allow for output
    201242                        of png files
    202                         </P>
    203                 </TD>
    204                 <TD WIDTH=393>
    205                         <P>modules, prognostic_equations<BR><BR>.ncl.config.default,
    206                         cross_sections.ncl, profiles.ncl, timeseries.ncl, spectra.ncl</P>
    207                 </TD>
    208         </TR>
    209         <TR>
    210                 <TD WIDTH=37>
    211                         <P><BR>
    212                         </P>
    213                 </TD>
    214                 <TD WIDTH=56>
    215                         <P><BR>
    216                         </P>
    217                 </TD>
    218                 <TD WIDTH=68>
    219                         <P><BR>
    220                         </P>
    221                 </TD>
    222                 <TD WIDTH=62>
    223                         <P><BR>
    224                         </P>
    225                 </TD>
    226                 <TD WIDTH=36>
    227                         <P>B</P>
    228                 </TD>
    229                 <TD WIDTH=518>
    230                         <P>Bugfix: unit of hyp changed to dbar</P>
    231                 </TD>
    232                 <TD WIDTH=393>
    233                         <P>check_parameters</P>
    234                 </TD>
    235         </TR>
    236         <TR>
    237                 <TD WIDTH=37>
    238                         <P>01/04/10</P>
    239                 </TD>
    240                 <TD WIDTH=56>
    241                         <P>RH</P>
    242                 </TD>
    243                 <TD WIDTH=68>
    244                         <P>530</P>
    245                 </TD>
    246                 <TD WIDTH=62>
    247                         <P>3.7a</P>
    248                 </TD>
    249                 <TD WIDTH=36>
    250                         <P>B</P>
    251                 </TD>
    252                 <TD WIDTH=518>
    253                         <P>Bugfix: treatment of special character * in NCL variables
    254                         containing lists corrected</P>
    255                 </TD>
    256                 <TD WIDTH=393>
    257                         <P>palmplot</P>
    258                 </TD>
    259         </TR>
    260         <TR>
    261                 <TD WIDTH=37>
    262                         <P>31/03/10</P>
    263                 </TD>
    264                 <TD WIDTH=56>
    265                         <P>RH</P>
    266                 </TD>
    267                 <TD WIDTH=68>
    268                         <P>529</P>
    269                 </TD>
    270                 <TD WIDTH=62>
    271                         <P>3.7a</P>
    272                 </TD>
    273                 <TD WIDTH=36>
    274                         <P>C</P>
    275                 </TD>
    276                 <TD WIDTH=518>
    277                         <P>List of variable names have to specified using blank separated
    278                         lists and single quotes</P>
    279                 </TD>
    280                 <TD WIDTH=393>
    281                         <P>palmplot</P>
    282                 </TD>
    283         </TR>
    284         <TR>
    285                 <TD WIDTH=37>
    286                         <P>30/03/10</P>
    287                 </TD>
    288                 <TD WIDTH=56>
    289                         <P>RH</P>
    290                 </TD>
    291                 <TD WIDTH=68>
    292                         <P>526</P>
    293                 </TD>
    294                 <TD WIDTH=62>
    295                         <P>3.7a</P>
    296                 </TD>
    297                 <TD WIDTH=36>
    298                         <P>C</P>
    299                 </TD>
    300                 <TD WIDTH=518>
    301                         <P>Adjustment of the NCL scripts and <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">palmplot
    302                         </FONT>to allow for special characters in NetCDF variable names
    303                         </P>
    304                 </TD>
    305                 <TD WIDTH=393>
    306                         <P>palmplot, .ncl.config.default, cross_sections.ncl,
    307                         profiles.ncl, timeseries.ncl, spectra.ncl</P>
    308                 </TD>
    309         </TR>
    310         <TR>
    311                 <TD WIDTH=37>
    312                         <P>30/03/10</P>
    313                 </TD>
    314                 <TD WIDTH=56>
    315                         <P>SR</P>
    316                 </TD>
    317                 <TD WIDTH=68>
    318                         <P>525</P>
    319                 </TD>
    320                 <TD WIDTH=62>
    321                         <P>3.7a</P>
    322                 </TD>
    323                 <TD WIDTH=36>
    324                         <P>B</P>
    325                 </TD>
    326                 <TD WIDTH=518>
    327                         <P>Bugfix: &quot;/&quot; in netcdf profile variable names replaced
    328                         by &quot;:&quot;</P>
    329                 </TD>
    330                 <TD WIDTH=393>
    331                         <P>check_parameters</P>
    332                 </TD>
    333         </TR>
    334         <TR>
    335                 <TD WIDTH=37>
    336                         <P>19/03/10</P>
    337                 </TD>
    338                 <TD WIDTH=56>
    339                         <P>SR</P>
    340                 </TD>
    341                 <TD WIDTH=68>
    342                         <P>520</P>
    343                 </TD>
    344                 <TD WIDTH=62>
    345                         <P>3.7a</P>
    346                 </TD>
    347                 <TD WIDTH=36>
    348                         <P>N</P>
    349                 </TD>
    350                 <TD WIDTH=518>
    351                         <P>NetCDF4 support for particle data. Total number of particles is
    352                         allowed to increase during the run, when netcdf_data_format &gt; <I>2</I>
    353                         is used.</P>
    354                 </TD>
    355                 <TD WIDTH=393>
    356                         <P>advec_particles, check_open, netcdf</P>
    357                 </TD>
    358         </TR>
    359         <TR>
    360                 <TD WIDTH=37>
    361                         <P><BR>
    362                         </P>
    363                 </TD>
    364                 <TD WIDTH=56>
    365                         <P><BR>
    366                         </P>
    367                 </TD>
    368                 <TD WIDTH=68>
    369                         <P><BR>
    370                         </P>
    371                 </TD>
    372                 <TD WIDTH=62>
    373                         <P><BR>
    374                         </P>
    375                 </TD>
    376                 <TD WIDTH=36>
    377                         <P>C</P>
    378                 </TD>
    379                 <TD WIDTH=518>
    380                         <P>Special characters like * and &quot; are now allowed for NetCDF
     243                        </p>
     244                </td>
     245                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
     246                        <p>modules, prognostic_equations<br><br>.ncl.config.default,
     247                        cross_sections.ncl, profiles.ncl, timeseries.ncl, spectra.ncl</p>
     248                </td>
     249        </tr>
     250        <tr>
     251                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
     252                        <p><br>
     253                        </p>
     254                </td>
     255                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
     256                        <p><br>
     257                        </p>
     258                </td>
     259                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
     260                        <p><br>
     261                        </p>
     262                </td>
     263                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
     264                        <p><br>
     265                        </p>
     266                </td>
     267                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
     268                        <p>B</p>
     269                </td>
     270                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
     271                        <p>Bugfix: unit of hyp changed to dbar</p>
     272                </td>
     273                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
     274                        <p>check_parameters</p>
     275                </td>
     276        </tr>
     277        <tr>
     278                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
     279                        <p>01/04/10</p>
     280                </td>
     281                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
     282                        <p>RH</p>
     283                </td>
     284                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
     285                        <p>530</p>
     286                </td>
     287                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
     288                        <p>3.7a</p>
     289                </td>
     290                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
     291                        <p>B</p>
     292                </td>
     293                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
     294                        <p>Bugfix: treatment of special character * in NCL variables
     295                        containing lists corrected</p>
     296                </td>
     297                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
     298                        <p>palmplot</p>
     299                </td>
     300        </tr>
     301        <tr>
     302                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
     303                        <p>31/03/10</p>
     304                </td>
     305                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
     306                        <p>RH</p>
     307                </td>
     308                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
     309                        <p>529</p>
     310                </td>
     311                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
     312                        <p>3.7a</p>
     313                </td>
     314                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
     315                        <p>C</p>
     316                </td>
     317                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
     318                        <p>List of variable names have to specified using blank separated
     319                        lists and single quotes</p>
     320                </td>
     321                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
     322                        <p>palmplot</p>
     323                </td>
     324        </tr>
     325        <tr>
     326                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
     327                        <p>30/03/10</p>
     328                </td>
     329                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
     330                        <p>RH</p>
     331                </td>
     332                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
     333                        <p>526</p>
     334                </td>
     335                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
     336                        <p>3.7a</p>
     337                </td>
     338                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
     339                        <p>C</p>
     340                </td>
     341                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
     342                        <p>Adjustment of the NCL scripts and <font face="Courier New, Courier, monospace">palmplot
     343                        </font>to allow for special characters in NetCDF variable names
     344                        </p>
     345                </td>
     346                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
     347                        <p>palmplot, .ncl.config.default, cross_sections.ncl,
     348                        profiles.ncl, timeseries.ncl, spectra.ncl</p>
     349                </td>
     350        </tr>
     351        <tr>
     352                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
     353                        <p>30/03/10</p>
     354                </td>
     355                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
     356                        <p>SR</p>
     357                </td>
     358                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
     359                        <p>525</p>
     360                </td>
     361                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
     362                        <p>3.7a</p>
     363                </td>
     364                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
     365                        <p>B</p>
     366                </td>
     367                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
     368                        <p>Bugfix: "/" in netcdf profile variable names replaced
     369                        by ":"</p>
     370                </td>
     371                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
     372                        <p>check_parameters</p>
     373                </td>
     374        </tr>
     375        <tr>
     376                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
     377                        <p>19/03/10</p>
     378                </td>
     379                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
     380                        <p>SR</p>
     381                </td>
     382                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
     383                        <p>520</p>
     384                </td>
     385                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
     386                        <p>3.7a</p>
     387                </td>
     388                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
     389                        <p>N</p>
     390                </td>
     391                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
     392                        <p>NetCDF4 support for particle data. Total number of particles is
     393                        allowed to increase during the run, when netcdf_data_format &gt; <i>2</i>
     394                        is used.</p>
     395                </td>
     396                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
     397                        <p>advec_particles, check_open, netcdf</p>
     398                </td>
     399        </tr>
     400        <tr>
     401                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
     402                        <p><br>
     403                        </p>
     404                </td>
     405                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
     406                        <p><br>
     407                        </p>
     408                </td>
     409                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
     410                        <p><br>
     411                        </p>
     412                </td>
     413                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
     414                        <p><br>
     415                        </p>
     416                </td>
     417                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
     418                        <p>C</p>
     419                </td>
     420                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
     421                        <p>Special characters like * and " are now allowed for NetCDF
    381422                        variable names. Replacement of these characters has been removed
    382                         (routine clean_netcdf_varname removed)</P>
    383                 </TD>
    384                 <TD WIDTH=393>
    385                         <P><BR>
    386                         </P>
    387                 </TD>
    388         </TR>
    389         <TR>
    390                 <TD WIDTH=37>
    391                         <P>18/03/10</P>
    392                 </TD>
    393                 <TD WIDTH=56>
    394                         <P>SR</P>
    395                 </TD>
    396                 <TD WIDTH=68>
    397                         <P>516</P>
    398                 </TD>
    399                 <TD WIDTH=62>
    400                         <P>3.7a</P>
    401                 </TD>
    402                 <TD WIDTH=36>
    403                         <P>N</P>
    404                 </TD>
    405                 <TD WIDTH=518>
    406                         <P>Simple installation method has been documented (see chapter
     423                        (routine clean_netcdf_varname removed)</p>
     424                </td>
     425                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
     426                        <p><br>
     427                        </p>
     428                </td>
     429        </tr>
     430        <tr>
     431                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
     432                        <p>18/03/10</p>
     433                </td>
     434                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
     435                        <p>SR</p>
     436                </td>
     437                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
     438                        <p>516</p>
     439                </td>
     440                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
     441                        <p>3.7a</p>
     442                </td>
     443                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
     444                        <p>N</p>
     445                </td>
     446                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
     447                        <p>Simple installation method has been documented (see chapter
    407448                        5.0). Respective scripts and configuration files have been
    408                         updated.</P>
    409                 </TD>
    410                 <TD WIDTH=393>
    411                         <P>palm_simple_install, palm_simple_run</P>
    412                 </TD>
    413         </TR>
    414         <TR>
    415                 <TD WIDTH=37>
    416                         <P><BR>
    417                         </P>
    418                 </TD>
    419                 <TD WIDTH=56>
    420                         <P><BR>
    421                         </P>
    422                 </TD>
    423                 <TD WIDTH=68>
    424                         <P><BR>
    425                         </P>
    426                 </TD>
    427                 <TD WIDTH=62>
    428                         <P><BR>
    429                         </P>
    430                 </TD>
    431                 <TD WIDTH=36>
    432                         <P>B</P>
    433                 </TD>
    434                 <TD WIDTH=518>
    435                         <P>opt=1 is forced for PGI-compiler in routine <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">buoyancy
    436                         </FONT>by compiler-directive. Otherwise, program aborts with
    437                         SIGFPE.</P>
    438                 </TD>
    439                 <TD WIDTH=393>
    440                         <P>buoyancy</P>
    441                 </TD>
    442         </TR>
    443         <TR>
    444                 <TD WIDTH=37>
    445                         <P>16/03/10</P>
    446                 </TD>
    447                 <TD WIDTH=56>
    448                         <P>RH</P>
    449                 </TD>
    450                 <TD WIDTH=68>
    451                         <P>513</P>
    452                 </TD>
    453                 <TD WIDTH=62>
    454                         <P>3.7a</P>
    455                 </TD>
    456                 <TD WIDTH=36>
    457                         <P>N</P>
    458                 </TD>
    459                 <TD WIDTH=518>
    460                         <P>NCL scripts can be run with the shell script <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">palmplot.</FONT></P>
    461                 </TD>
    462                 <TD WIDTH=393>
    463                         <P>palmplot, .ncl.config.default, cross_sections.ncl, profiles.ncl</P>
    464                 </TD>
    465         </TR>
    466         <TR>
    467                 <TD WIDTH=37>
    468                         <P>12/03/10</P>
    469                 </TD>
    470                 <TD WIDTH=56>
    471                         <P>SR</P>
    472                 </TD>
    473                 <TD WIDTH=68>
    474                         <P>509</P>
    475                 </TD>
    476                 <TD WIDTH=62>
    477                         <P>3.7a</P>
    478                 </TD>
    479                 <TD WIDTH=36>
    480                         <P>B</P>
    481                 </TD>
    482                 <TD WIDTH=518>
    483                         <P>bugfix for rev 504: remode_md was given a wrong value</P>
    484                 </TD>
    485                 <TD WIDTH=393>
    486                         <P>mbuild</P>
    487                 </TD>
    488         </TR>
    489         <TR>
    490                 <TD WIDTH=37>
    491                         <P>08/03/10</P>
    492                 </TD>
    493                 <TD WIDTH=56>
    494                         <P>SR</P>
    495                 </TD>
    496                 <TD WIDTH=68>
    497                         <P>506</P>
    498                 </TD>
    499                 <TD WIDTH=62>
    500                         <P>3.7a</P>
    501                 </TD>
    502                 <TD WIDTH=36>
    503                         <P>C</P>
    504                 </TD>
    505                 <TD WIDTH=518>
    506                         <P>hack for better usage of <B>mrun</B> on Kyoto computing center
    507                         machine (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">lckyoto</FONT>)</P>
    508                 </TD>
    509                 <TD WIDTH=393>
    510                         <P>mrun</P>
    511                 </TD>
    512         </TR>
    513         <TR>
    514                 <TD WIDTH=37>
    515                         <P>03/03/10</P>
    516                 </TD>
    517                 <TD WIDTH=56>
    518                         <P>SR</P>
    519                 </TD>
    520                 <TD WIDTH=68>
    521                         <P>504</P>
    522                 </TD>
    523                 <TD WIDTH=62>
    524                         <P>3.7a</P>
    525                 </TD>
    526                 <TD WIDTH=36>
    527                         <P>C</P>
    528                 </TD>
    529                 <TD WIDTH=518>
    530                         <P><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">combine_plot_fields</FONT>
    531                         is now directly called within <B>mrun</B> and must not be given by
     449                        updated.</p>
     450                </td>
     451                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
     452                        <p>palm_simple_install, palm_simple_run</p>
     453                </td>
     454        </tr>
     455        <tr>
     456                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
     457                        <p><br>
     458                        </p>
     459                </td>
     460                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
     461                        <p><br>
     462                        </p>
     463                </td>
     464                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
     465                        <p><br>
     466                        </p>
     467                </td>
     468                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
     469                        <p><br>
     470                        </p>
     471                </td>
     472                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
     473                        <p>B</p>
     474                </td>
     475                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
     476                        <p>opt=1 is forced for PGI-compiler in routine <font face="Courier New, Courier, monospace">buoyancy
     477                        </font>by compiler-directive. Otherwise, program aborts with
     478                        SIGFPE.</p>
     479                </td>
     480                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
     481                        <p>buoyancy</p>
     482                </td>
     483        </tr>
     484        <tr>
     485                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
     486                        <p>16/03/10</p>
     487                </td>
     488                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
     489                        <p>RH</p>
     490                </td>
     491                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
     492                        <p>513</p>
     493                </td>
     494                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
     495                        <p>3.7a</p>
     496                </td>
     497                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
     498                        <p>N</p>
     499                </td>
     500                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
     501                        <p>NCL scripts can be run with the shell script <font face="Courier New, Courier, monospace">palmplot.</font></p>
     502                </td>
     503                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
     504                        <p>palmplot, .ncl.config.default, cross_sections.ncl, profiles.ncl</p>
     505                </td>
     506        </tr>
     507        <tr>
     508                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
     509                        <p>12/03/10</p>
     510                </td>
     511                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
     512                        <p>SR</p>
     513                </td>
     514                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
     515                        <p>509</p>
     516                </td>
     517                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
     518                        <p>3.7a</p>
     519                </td>
     520                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
     521                        <p>B</p>
     522                </td>
     523                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
     524                        <p>bugfix for rev 504: remode_md was given a wrong value</p>
     525                </td>
     526                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
     527                        <p>mbuild</p>
     528                </td>
     529        </tr>
     530        <tr>
     531                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
     532                        <p>08/03/10</p>
     533                </td>
     534                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
     535                        <p>SR</p>
     536                </td>
     537                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
     538                        <p>506</p>
     539                </td>
     540                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
     541                        <p>3.7a</p>
     542                </td>
     543                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
     544                        <p>C</p>
     545                </td>
     546                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
     547                        <p>hack for better usage of <b>mrun</b> on Kyoto computing center
     548                        machine (<font face="Courier New, Courier, monospace">lckyoto</font>)</p>
     549                </td>
     550                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
     551                        <p>mrun</p>
     552                </td>
     553        </tr>
     554        <tr>
     555                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
     556                        <p>03/03/10</p>
     557                </td>
     558                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
     559                        <p>SR</p>
     560                </td>
     561                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
     562                        <p>504</p>
     563                </td>
     564                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
     565                        <p>3.7a</p>
     566                </td>
     567                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
     568                        <p>C</p>
     569                </td>
     570                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
     571                        <p><font face="Courier New, Courier, monospace">combine_plot_fields</font>
     572                        is now directly called within <b>mrun</b> and must not be given by
    532573                        an output command in the configuration file any more. Please
    533                         remove the respective output command (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">OC:combine_plot_fields.x</FONT>)
    534                         from your configuration file!<BR><BR>Utility programs
    535                         (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">combine_plot_fields</FONT>,
    536                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">interpret_config</FONT>)
    537                         are created by <B>mbuild</B> separately for each block in the
    538                         configuration file. Depending on option <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">-K</FONT>,
    539                         <B>mrun</B> is using the utility programs for the respective
    540                         block.<BR><BR>Utility programs are also compiled in parallel,
    541                         depending on variable <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">%mopts</FONT>
    542                         in the configuration file..<BR><BR>Default configuration files
    543                         updated.</P>
    544                 </TD>
    545                 <TD WIDTH=393>
    546                         <P>mbuild, mrun, UTIL/Makefile, SCRIPTS/.mrun.config.*</P>
    547                 </TD>
    548         </TR>
    549         <TR>
    550                 <TD WIDTH=37>
    551                         <P>02/03/10</P>
    552                 </TD>
    553                 <TD WIDTH=56>
    554                         <P>SR</P>
    555                 </TD>
    556                 <TD WIDTH=68>
    557                         <P>496</P>
    558                 </TD>
    559                 <TD WIDTH=62>
    560                         <P>3.7a</P>
    561                 </TD>
    562                 <TD WIDTH=36>
    563                         <P>C</P>
    564                 </TD>
    565                 <TD WIDTH=518>
    566                         <P>Particle data for restart runs are only written if environment
    567                         variable <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_binary</FONT>
    568                         = <I>.T.</I>, i.e. particle data are now handled in the same way
    569                         as the other restart data.</P>
    570                 </TD>
    571                 <TD WIDTH=393>
    572                         <P>palm</P>
    573                 </TD>
    574         </TR>
    575         <TR>
    576                 <TD WIDTH=37>
    577                         <P>01/03/10</P>
    578                 </TD>
    579                 <TD WIDTH=56>
    580                         <P>SR</P>
    581                 </TD>
    582                 <TD WIDTH=68>
    583                         <P>494</P>
    584                 </TD>
    585                 <TD WIDTH=62>
    586                         <P>3.7a</P>
    587                 </TD>
    588                 <TD WIDTH=36>
    589                         <P>N</P>
    590                 </TD>
    591                 <TD WIDTH=518>
    592                         <P>Output in NetCDF4-format.<BR><BR>NetCDF4 allows for parallel
     574                        remove the respective output command (<font face="Courier New, Courier, monospace">OC:combine_plot_fields.x</font>)
     575                        from your configuration file!<br><br>Utility programs
     576                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">combine_plot_fields</font>,
     577                        <font face="Courier New, Courier, monospace">interpret_config</font>)
     578                        are created by <b>mbuild</b> separately for each block in the
     579                        configuration file. Depending on option <font face="Courier New, Courier, monospace">-K</font>,
     580                        <b>mrun</b> is using the utility programs for the respective
     581                        block.<br><br>Utility programs are also compiled in parallel,
     582                        depending on variable <font face="Courier New, Courier, monospace">%mopts</font>
     583                        in the configuration file..<br><br>Default configuration files
     584                        updated.</p>
     585                </td>
     586                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
     587                        <p>mbuild, mrun, UTIL/Makefile, SCRIPTS/.mrun.config.*</p>
     588                </td>
     589        </tr>
     590        <tr>
     591                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
     592                        <p>02/03/10</p>
     593                </td>
     594                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
     595                        <p>SR</p>
     596                </td>
     597                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
     598                        <p>496</p>
     599                </td>
     600                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
     601                        <p>3.7a</p>
     602                </td>
     603                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
     604                        <p>C</p>
     605                </td>
     606                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
     607                        <p>Particle data for restart runs are only written if environment
     608                        variable <font face="Courier New, Courier, monospace">write_binary</font>
     609                        = <i>.T.</i>, i.e. particle data are now handled in the same way
     610                        as the other restart data.</p>
     611                </td>
     612                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
     613                        <p>palm</p>
     614                </td>
     615        </tr>
     616        <tr>
     617                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
     618                        <p>01/03/10</p>
     619                </td>
     620                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
     621                        <p>SR</p>
     622                </td>
     623                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
     624                        <p>494</p>
     625                </td>
     626                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
     627                        <p>3.7a</p>
     628                </td>
     629                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
     630                        <p>N</p>
     631                </td>
     632                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
     633                        <p>Output in NetCDF4-format.<br><br>NetCDF4 allows for parallel
    593634                        I/O. Also, variables are not limited in size any more (i.e. arrays
    594635                        can be larger than 2GB). The new d3par-parameter
    595                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf_data_format</FONT>.can
    596                         be used to select among the different NetCDF file formats (<I>1</I>:
    597                         classic format, <I>2</I>: 64-bit-offset format (this is now the
    598                         default), <I>3</I>: NetCDF4/HDF5 format, <I>4</I>: NetCDF4 format
    599                         with NF90_CLASSIC_MODEL bit set). Setting <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf_data_format</FONT>
    600                         &gt; <I>2</I> only affects 2d- and 3d-output, i.e. there is no
     636                        <font face="Courier New, Courier, monospace">netcdf_data_format</font>.can
     637                        be used to select among the different NetCDF file formats (<i>1</i>:
     638                        classic format, <i>2</i>: 64-bit-offset format (this is now the
     639                        default), <i>3</i>: NetCDF4/HDF5 format, <i>4</i>: NetCDF4 format
     640                        with NF90_CLASSIC_MODEL bit set). Setting <font face="Courier New, Courier, monospace">netcdf_data_format</font>
     641                        &gt; <i>2</i> only affects 2d- and 3d-output, i.e. there is no
    601642                        parallel output for profiles, time series, spectra, and particles.
    602                         Parallel output of particle data may realized in the future.<BR><BR>In
     643                        Parallel output of particle data may realized in the future.<br><br>In
    603644                        case of parallel output, all PEs write into one file, which means
    604                         that postprocessing the data with <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">combine_plot_fields</FONT>
     645                        that postprocessing the data with <font face="Courier New, Courier, monospace">combine_plot_fields</font>
    605646                        (merging data from single files - one per PE - into one file) is
    606647                        not neccessary. In this case, flag files are automatically set,
    607                         telling <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">combine_plot_fields</FONT>
    608                         that nothing is to be done.<BR><BR>Using NetCDF4 format requires a
     648                        telling <font face="Courier New, Courier, monospace">combine_plot_fields</font>
     649                        that nothing is to be done.<br><br>Using NetCDF4 format requires a
    609650                        NetCDF4/HDF library. Respective settings for -I, -L, and -l
    610651                        compiler/loader options for the SGI-ICE at HLRN can be found in
    611652                        the new example configuration file
    612                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">..../trunk/SCRIPTS/.mrun.config.imuk_ice2_netcdf4</FONT><BR><BR><B>Attention:</B><BR>So
     653                        <font face="Courier New, Courier, monospace">..../trunk/SCRIPTS/.mrun.config.imuk_ice2_netcdf4</font><br><br><b>Attention:</b><br>So
    613654                        far, NetCDF parallel I/O has only been tested a little. Further
    614655                        performance optimizations may be required, especially in case of
    615656                        large data sets (e.g. data chunking, or lustre file system
    616                         settings with <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">lfs
    617                         setstripe</FONT>). <B>Please report bugs and performance problems
    618                         immediately!</B><BR><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">combine_plot_fields</FONT>
    619                         outputs cpu-time needed for file merging.<BR><BR>Modules to be
     657                        settings with <font face="Courier New, Courier, monospace">lfs
     658                        setstripe</font>). <b>Please report bugs and performance problems
     659                        immediately!</b><br><br><font face="Courier New, Courier, monospace">combine_plot_fields</font>
     660                        outputs cpu-time needed for file merging.<br><br>Modules to be
    620661                        loaded for compilation (mbuild) or job execution (mrun) can/should
    621                         now be given in the configuration file (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">.mrun.config</FONT>)
    622                         using variable <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>.
    623                         Example:<BR><BR>&nbsp;&nbsp; <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">%modules&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
     662                        now be given in the configuration file (<font face="Courier New, Courier, monospace">.mrun.config</font>)
     663                        using variable <font face="Courier New, Courier, monospace">modules</font>.
     664                        Example:<br><br>&nbsp;&nbsp; <font face="Courier New, Courier, monospace">%modules&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
    624665                        ifort/11.0.069:netcdf&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; lcsgih
    625                         parallel</FONT><BR><BR>This method replaces the (undocumented)
    626                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mpilib</FONT>-variable.<BR><BR><B>WARNING:</B><BR><B>All
     666                        parallel</font><br><br>This method replaces the (undocumented)
     667                        <font face="Courier New, Courier, monospace">mpilib</font>-variable.<br><br><b>WARNING:</b><br><b>All
    627668                        fixed settings of modules in the scripts mbuild, mrun, and subjob
    628                         have been removed! Please set the </B><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace"><B>modules</B></FONT><B>
     669                        have been removed! Please set the </b><font face="Courier New, Courier, monospace"><b>modules</b></font><b>
    629670                        variable appropriately and remove the mpilib variable in your
    630                         configuration file.<BR><BR></B>Compilation time can be reduced be
     671                        configuration file.<br><br></b>Compilation time can be reduced be
    631672                        using parallel make. The number of allowed simultaneous compiler
    632673                        calls (threads) is set in the configuration file using variable
    633                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mopt</FONT>, e.g.<BR><BR>&nbsp;&nbsp;
    634                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">%mopts&nbsp; -j:4 &nbsp;
    635                         lcsgih parallel</FONT><BR><BR>allows a maximum of 4 routines to be
     674                        <font face="Courier New, Courier, monospace">mopt</font>, e.g.<br><br>&nbsp;&nbsp;
     675                        <font face="Courier New, Courier, monospace">%mopts&nbsp; -j:4 &nbsp;
     676                        lcsgih parallel</font><br><br>allows a maximum of 4 routines to be
    636677                        compiled simultaneously (provided that the makefile does not show
    637                         any dependencies between these routines).</P>
    638                 </TD>
    639                 <TD WIDTH=393>
    640                         <P>check_open, check_parameters, close_file, data_output_2d,
     678                        any dependencies between these routines).</p>
     679                </td>
     680                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
     681                        <p>check_open, check_parameters, close_file, data_output_2d,
    641682                        data_output_3d, header, modules, netcdf,
    642                         parin<BR><BR>combine_plot_fields<BR><BR>mbuild, mrun, subjob</P>
    643                 </TD>
    644         </TR>
    645         <TR>
    646                 <TD WIDTH=37>
    647                         <P><BR>
    648                         </P>
    649                 </TD>
    650                 <TD WIDTH=56>
    651                         <P><BR>
    652                         </P>
    653                 </TD>
    654                 <TD WIDTH=68>
    655                         <P><BR>
    656                         </P>
    657                 </TD>
    658                 <TD WIDTH=62>
    659                         <P><BR>
    660                         </P>
    661                 </TD>
    662                 <TD WIDTH=36>
    663                         <P>C</P>
    664                 </TD>
    665                 <TD WIDTH=518>
    666                         <P>d3par-parameters <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf_64bit</FONT>
    667                         and <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf_64bit_3d</FONT>
    668                         have been removed. Use the new d3par-variable <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf_data_format</FONT>
    669                         = <I>2</I> for choosing the NetCDF 64bit-offset format (this is
     683                        parin<br><br>combine_plot_fields<br><br>mbuild, mrun, subjob</p>
     684                </td>
     685        </tr>
     686        <tr>
     687                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
     688                        <p><br>
     689                        </p>
     690                </td>
     691                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
     692                        <p><br>
     693                        </p>
     694                </td>
     695                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
     696                        <p><br>
     697                        </p>
     698                </td>
     699                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
     700                        <p><br>
     701                        </p>
     702                </td>
     703                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
     704                        <p>C</p>
     705                </td>
     706                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
     707                        <p>d3par-parameters <font face="Courier New, Courier, monospace">netcdf_64bit</font>
     708                        and <font face="Courier New, Courier, monospace">netcdf_64bit_3d</font>
     709                        have been removed. Use the new d3par-variable <font face="Courier New, Courier, monospace">netcdf_data_format</font>
     710                        = <i>2</i> for choosing the NetCDF 64bit-offset format (this is
    670711                        the default from now on). The offset-format can not be set
    671                         independently for the 3d-output-data any more.<BR><BR>d3par-parameters
    672                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf_format_mask</FONT>,
    673                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf_format_mask_av</FONT>,
    674                         and variables <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">nc_format_mask</FONT>,
    675                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">format_parallel_io</FONT>
     712                        independently for the 3d-output-data any more.<br><br>d3par-parameters
     713                        <font face="Courier New, Courier, monospace">netcdf_format_mask</font>,
     714                        <font face="Courier New, Courier, monospace">netcdf_format_mask_av</font>,
     715                        and variables <font face="Courier New, Courier, monospace">nc_format_mask</font>,
     716                        <font face="Courier New, Courier, monospace">format_parallel_io</font>
    676717                        removed. They are replaced by the new parameter
    677                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf_data_format</FONT>.
     718                        <font face="Courier New, Courier, monospace">netcdf_data_format</font>.
    678719                        This change concerns the masked data output, which is still not
    679                         documented.</P>
    680                 </TD>
    681                 <TD WIDTH=393>
    682                         <P>check_open, close_file,<BR>data_output_mask, header,
    683                         init_masks, modules, parin</P>
    684                 </TD>
    685         </TR>
    686         <TR>
    687                 <TD WIDTH=37>
    688                         <P><BR>
    689                         </P>
    690                 </TD>
    691                 <TD WIDTH=56>
    692                         <P><BR>
    693                         </P>
    694                 </TD>
    695                 <TD WIDTH=68>
    696                         <P><BR>
    697                         </P>
    698                 </TD>
    699                 <TD WIDTH=62>
    700                         <P><BR>
    701                         </P>
    702                 </TD>
    703                 <TD WIDTH=36>
    704                         <P>B</P>
    705                 </TD>
    706                 <TD WIDTH=518>
    707                         <P>Bugfix in trunk/UTIL/Makefile: forgot to compile for
    708                         interpret_config.<BR><BR>Bugfix: timeseries data have to be
    709                         collected by PE0 (user_statistics).</P>
    710                 </TD>
    711                 <TD WIDTH=393>
    712                         <P>user_statistics<BR><BR>trunk/UTIL/Makefile</P>
    713                 </TD>
    714         </TR>
    715         <TR>
    716                 <TD WIDTH=37>
    717                         <P>05/02/10</P>
    718                 </TD>
    719                 <TD WIDTH=56>
    720                         <P>SR</P>
    721                 </TD>
    722                 <TD WIDTH=68>
    723                         <P>485</P>
    724                 </TD>
    725                 <TD WIDTH=62>
    726                         <P>3.7a</P>
    727                 </TD>
    728                 <TD WIDTH=36>
    729                         <P>B</P>
    730                 </TD>
    731                 <TD WIDTH=518>
    732                         <P><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">ngp_3d</FONT>,
    733                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">ngp_3d_inner</FONT>
     720                        documented.</p>
     721                </td>
     722                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
     723                        <p>check_open, close_file,<br>data_output_mask, header,
     724                        init_masks, modules, parin</p>
     725                </td>
     726        </tr>
     727        <tr>
     728                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
     729                        <p><br>
     730                        </p>
     731                </td>
     732                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
     733                        <p><br>
     734                        </p>
     735                </td>
     736                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
     737                        <p><br>
     738                        </p>
     739                </td>
     740                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
     741                        <p><br>
     742                        </p>
     743                </td>
     744                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
     745                        <p>B</p>
     746                </td>
     747                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
     748                        <p>Bugfix in trunk/UTIL/Makefile: forgot to compile for
     749                        interpret_config.<br><br>Bugfix: timeseries data have to be
     750                        collected by PE0 (user_statistics).</p>
     751                </td>
     752                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
     753                        <p>user_statistics<br><br>trunk/UTIL/Makefile</p>
     754                </td>
     755        </tr>
     756        <tr>
     757                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
     758                        <p>05/02/10</p>
     759                </td>
     760                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
     761                        <p>SR</p>
     762                </td>
     763                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
     764                        <p>485</p>
     765                </td>
     766                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
     767                        <p>3.7a</p>
     768                </td>
     769                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
     770                        <p>B</p>
     771                </td>
     772                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
     773                        <p><font face="Courier New, Courier, monospace">ngp_3d</font>,
     774                        <font face="Courier New, Courier, monospace">ngp_3d_inner</font>
    734775                        changed to 64 bit. Otherwise, on large grids &gt; 2*10**9 grid
    735776                        points some global statistics (e.g. total kinetic energy) have
    736                         wrong values.</P>
    737                 </TD>
    738                 <TD WIDTH=393>
    739                         <P>init_3d_model, modules</P>
    740                 </TD>
    741         </TR>
    742         <TR>
    743                 <TD WIDTH=37>
    744                         <P>05/02/10</P>
    745                 </TD>
    746                 <TD WIDTH=56>
    747                         <P>SR</P>
    748                 </TD>
    749                 <TD WIDTH=68>
    750                         <P>484</P>
    751                 </TD>
    752                 <TD WIDTH=62>
    753                         <P>3.7a</P>
    754                 </TD>
    755                 <TD WIDTH=36>
    756                         <P>B</P>
    757                 </TD>
    758                 <TD WIDTH=518>
    759                         <P>Typo in file headers removed (&quot;current&quot; instead of
    760                         &quot;actual&quot;).</P>
    761                 </TD>
    762                 <TD WIDTH=393>
    763                         <P>many</P>
    764                 </TD>
    765         </TR>
    766         <TR>
    767                 <TD WIDTH=37>
    768                         <P>05/02/10</P>
    769                 </TD>
    770                 <TD WIDTH=56>
    771                         <P>SR</P>
    772                 </TD>
    773                 <TD WIDTH=68>
    774                         <P>483</P>
    775                 </TD>
    776                 <TD WIDTH=62>
    777                         <P>3.7a</P>
    778                 </TD>
    779                 <TD WIDTH=36>
    780                         <P>N</P>
    781                 </TD>
    782                 <TD WIDTH=518>
    783                         <P><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">compare_palm_logs
    784                         </FONT>is additionally compiled with <B>mbuild</B> <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">-u</FONT>
    785                         . (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">Makefile</FONT> in
    786                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">trunk/UTIL</FONT>)<BR><BR>make
    787                         options (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mopts</FONT>)
    788                         to be set by configuration file implemented. (<B>mrun</B>,
    789                         <B>mbuild</B>)<BR><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">humidity</FONT>
    790                         = <I>.T.</I> can be used for runs with topography.
    791                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">wall_humidityflux</FONT>
    792                         and<BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">wall_scalarflux</FONT>
    793                         are the corresponding new inipar parameters.<BR>(<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>,
    794                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</FONT>,
    795                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">parin</FONT>)<BR><BR>Large
     777                        wrong values.</p>
     778                </td>
     779                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
     780                        <p>init_3d_model, modules</p>
     781                </td>
     782        </tr>
     783        <tr>
     784                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
     785                        <p>05/02/10</p>
     786                </td>
     787                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
     788                        <p>SR</p>
     789                </td>
     790                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
     791                        <p>484</p>
     792                </td>
     793                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
     794                        <p>3.7a</p>
     795                </td>
     796                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
     797                        <p>B</p>
     798                </td>
     799                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
     800                        <p>Typo in file headers removed ("current" instead of
     801                        "actual").</p>
     802                </td>
     803                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
     804                        <p>many</p>
     805                </td>
     806        </tr>
     807        <tr>
     808                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
     809                        <p>05/02/10</p>
     810                </td>
     811                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
     812                        <p>SR</p>
     813                </td>
     814                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
     815                        <p>483</p>
     816                </td>
     817                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
     818                        <p>3.7a</p>
     819                </td>
     820                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
     821                        <p>N</p>
     822                </td>
     823                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
     824                        <p><font face="Courier New, Courier, monospace">compare_palm_logs
     825                        </font>is additionally compiled with <b>mbuild</b> <font face="Courier New, Courier, monospace">-u</font>
     826                        . (<font face="Courier New, Courier, monospace">Makefile</font> in
     827                        <font face="Courier New, Courier, monospace">trunk/UTIL</font>)<br><br>make
     828                        options (<font face="Courier New, Courier, monospace">mopts</font>)
     829                        to be set by configuration file implemented. (<b>mrun</b>,
     830                        <b>mbuild</b>)<br><br><font face="Courier New, Courier, monospace">humidity</font>
     831                        = <i>.T.</i> can be used for runs with topography.
     832                        <font face="Courier New, Courier, monospace">wall_humidityflux</font>
     833                        and<br><font face="Courier New, Courier, monospace">wall_scalarflux</font>
     834                        are the corresponding new inipar parameters.<br>(<font face="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</font>,
     835                        <font face="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</font>,
     836                        <font face="Courier New, Courier, monospace">parin</font>)<br><br>Large
    796837                        scale vertical motion (subsidence/ascent) can be added as
    797838                        additional source to the prognostic equation for potential
    798                         temperature. See new parameters <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">large_scale_subsidence</FONT>,
    799                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">ws_vertical_gradient</FONT>,
    800                         and <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">ws_vertical_gradient_level</FONT>.
    801                         (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>,
    802                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>,
    803                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">Makefile</FONT>,
    804                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>,
    805                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">parin</FONT>,
    806                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">prognostic_equations</FONT>,
    807                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</FONT>,
    808                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">subsidence</FONT>,
    809                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</FONT>)<BR><BR>Scripts
     839                        temperature. See new parameters <font face="Courier New, Courier, monospace">large_scale_subsidence</font>,
     840                        <font face="Courier New, Courier, monospace">ws_vertical_gradient</font>,
     841                        and <font face="Courier New, Courier, monospace">ws_vertical_gradient_level</font>.
     842                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</font>,
     843                        <font face="Courier New, Courier, monospace">header</font>,
     844                        <font face="Courier New, Courier, monospace">Makefile</font>,
     845                        <font face="Courier New, Courier, monospace">modules</font>,
     846                        <font face="Courier New, Courier, monospace">parin</font>,
     847                        <font face="Courier New, Courier, monospace">prognostic_equations</font>,
     848                        <font face="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</font>,
     849                        <font face="Courier New, Courier, monospace">subsidence</font>,
     850                        <font face="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</font>)<br><br>Scripts
    810851                        have been updated for Cray-XT5 machine (lcxt5m) and
    811                         Hitachi-machine (lckyoto).<BR><BR>A simple method for installing
     852                        Hitachi-machine (lckyoto).<br><br>A simple method for installing
    812853                        and running palm (with limited features) has been added.
    813                         (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">Makefile</FONT>, new
    814                         scripts <B>palm_simple_install</B>, <B>palm_simple_run</B>)<BR><BR>Masked
     854                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">Makefile</font>, new
     855                        scripts <b>palm_simple_install</b>, <b>palm_simple_run</b>)<br><br>Masked
    815856                        data output has been implemented but it is not documented in the
    816857                        user manual so far. This feature can already use NetCDF4 file
    817858                        format. (check_open, check_parameters, close_file, modules,
    818859                        netcdf, parin, time_integration, user_parin, new:
    819                         data_output_mask, init_masks, user_data_output_mask)</P>
    820                 </TD>
    821                 <TD WIDTH=393>
    822                         <P>check_open, check parameters, close_file, header,
     860                        data_output_mask, init_masks, user_data_output_mask)</p>
     861                </td>
     862                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
     863                        <p>check_open, check parameters, close_file, header,
    823864                        init_3d_model, Makefile, mbuild, modules, mrun, netcdf, parin,
    824865                        prognostic_equations, read_var_list, time_integration, user_parin,
    825                         write_var_list<BR><BR><B>new:</B> data_output_mask,&nbsp;
     866                        write_var_list<br><br><b>new:</b> data_output_mask,&nbsp;
    826867                        init_masks, palm_simple_install, palm_simple_run, subsidence,
    827                         user_data_output_mask</P>
    828                 </TD>
    829         </TR>
    830         <TR>
    831                 <TD WIDTH=37>
    832                         <P><BR>
    833                         </P>
    834                 </TD>
    835                 <TD WIDTH=56>
    836                         <P><BR>
    837                         </P>
    838                 </TD>
    839                 <TD WIDTH=68>
    840                         <P><BR>
    841                         </P>
    842                 </TD>
    843                 <TD WIDTH=62>
    844                         <P><BR>
    845                         </P>
    846                 </TD>
    847                 <TD WIDTH=36>
    848                         <P>C</P>
    849                 </TD>
    850                 <TD WIDTH=518>
    851                         <P>2d-decomposition is default for Cray-XT machines.
    852                         (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_pegrid</FONT>)<BR><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">var_ts</FONT>
    853                         is replaced by <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">dots_max</FONT>.
    854                         (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>,
    855                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</FONT>)<BR><BR>Every
     868                        user_data_output_mask</p>
     869                </td>
     870        </tr>
     871        <tr>
     872                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
     873                        <p><br>
     874                        </p>
     875                </td>
     876                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
     877                        <p><br>
     878                        </p>
     879                </td>
     880                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
     881                        <p><br>
     882                        </p>
     883                </td>
     884                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
     885                        <p><br>
     886                        </p>
     887                </td>
     888                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
     889                        <p>C</p>
     890                </td>
     891                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
     892                        <p>2d-decomposition is default for Cray-XT machines.
     893                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">init_pegrid</font>)<br><br><font face="Courier New, Courier, monospace">var_ts</font>
     894                        is replaced by <font face="Courier New, Courier, monospace">dots_max</font>.
     895                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">modules</font>,
     896                        <font face="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</font>)<br><br>Every
    856897                        cloud droplet has now an own weighting factor and can be deleted
    857898                        due to collisions. Condensation and collision of cloud droplets
    858                         are adjusted accordingly. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</FONT>)<BR><BR>Collision
     899                        are adjusted accordingly. (<font face="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</font>)<br><br>Collision
    859900                        efficiency for large cloud droplets has changed according to table
    860                         of Rogers and Yau. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">collision_efficiency</FONT>)</P>
    861                 </TD>
    862                 <TD WIDTH=393>
    863                         <P>advec_particles, collision_efficiency, init_3d_model,
    864                         init_pegrid, modules</P>
    865                 </TD>
    866         </TR>
    867         <TR>
    868                 <TD WIDTH=37>
    869                         <P><BR>
    870                         </P>
    871                 </TD>
    872                 <TD WIDTH=56>
    873                         <P><BR>
    874                         </P>
    875                 </TD>
    876                 <TD WIDTH=68>
    877                         <P><BR>
    878                         </P>
    879                 </TD>
    880                 <TD WIDTH=62>
    881                         <P><BR>
    882                         </P>
    883                 </TD>
    884                 <TD WIDTH=36>
    885                         <P>B</P>
    886                 </TD>
    887                 <TD WIDTH=518>
    888                         <P>Bugfix for generating serial jobs. (<B>subjob</B>)<BR><BR>Bugfix:
     901                        of Rogers and Yau. (<font face="Courier New, Courier, monospace">collision_efficiency</font>)</p>
     902                </td>
     903                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
     904                        <p>advec_particles, collision_efficiency, init_3d_model,
     905                        init_pegrid, modules</p>
     906                </td>
     907        </tr>
     908        <tr>
     909                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
     910                        <p><br>
     911                        </p>
     912                </td>
     913                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
     914                        <p><br>
     915                        </p>
     916                </td>
     917                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
     918                        <p><br>
     919                        </p>
     920                </td>
     921                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
     922                        <p><br>
     923                        </p>
     924                </td>
     925                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
     926                        <p>B</p>
     927                </td>
     928                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
     929                        <p>Bugfix for generating serial jobs. (<b>subjob</b>)<br><br>Bugfix:
    889930                        index problem concerning gradient_level indices removed.
    890                         (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>)<BR><BR>Dimension
    891                         of array <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">stat</FONT>
     931                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">header</font>)<br><br>Dimension
     932                        of array <font face="Courier New, Courier, monospace">stat</font>
    892933                        in cascade change to prevent type problems with mpi2 libraries.
    893                         (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">poisfft_hybrid</FONT>)<BR><BR>Loop
     934                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">poisfft_hybrid</font>)<br><br>Loop
    894935                        was split to make runs reproducible when using ifort compiler.
    895                         (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">disturb_field</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
    896                         exchange of ghost points for <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">prho</FONT>
    897                         included. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">time_integration</FONT>)<BR><BR>Bugfix
     936                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">disturb_field</font>)<br><br>Bugfix:
     937                        exchange of ghost points for <font face="Courier New, Courier, monospace">prho</font>
     938                        included. (<font face="Courier New, Courier, monospace">time_integration</font>)<br><br>Bugfix
    898939                        in calculation of time-averaged surface heatfluxes.
    899                         (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">sum_up_3d_data</FONT>)<BR><BR>Bugfix
     940                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">sum_up_3d_data</font>)<br><br>Bugfix
    900941                        in calculation of precipitation_rate.
    901                         (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">calc_precipitation</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
     942                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">calc_precipitation</font>)<br><br>Bugfix:
    902943                        initial data assignments to some dvrp arrays changed due to error
    903                         messages from gfortran compiler. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>)<BR><BR>Bugfix
     944                        messages from gfortran compiler. (<font face="Courier New, Courier, monospace">modules</font>)<br><br>Bugfix
    904945                        in calculation of cloud droplet velocity.
    905                         (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</FONT>)<BR><BR>Bugfix
     946                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</font>)<br><br>Bugfix
    906947                        in transfer of particles at south/left edge.
    907                         (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</FONT>)<BR><BR>Bugfix
    908                         in calculation of collision efficiency. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">collision_efficiency</FONT>)</P>
    909                 </TD>
    910                 <TD WIDTH=393>
    911                         <P>advec_particles, calc_precipitation, collision_efficiency,
     948                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</font>)<br><br>Bugfix
     949                        in calculation of collision efficiency. (<font face="Courier New, Courier, monospace">collision_efficiency</font>)</p>
     950                </td>
     951                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
     952                        <p>advec_particles, calc_precipitation, collision_efficiency,
    912953                        disturb_field, header, modules, poisfft_hybrid, subjob,
    913                         sum_up_3d_data, time_integration</P>
    914                 </TD>
    915         </TR>
    916         <TR>
    917                 <TD WIDTH=37>
    918                         <P>23/09/09</P>
    919                 </TD>
    920                 <TD WIDTH=56>
    921                         <P>SR</P>
    922                 </TD>
    923                 <TD WIDTH=68>
    924                         <P>392</P>
    925                 </TD>
    926                 <TD WIDTH=62>
    927                         <P>3.7</P>
    928                 </TD>
    929                 <TD WIDTH=36>
    930                         <P>N</P>
    931                 </TD>
    932                 <TD WIDTH=518>
    933                         <P><B>Most important changes:</B> atmosphere-ocean coupling has
     954                        sum_up_3d_data, time_integration</p>
     955                </td>
     956        </tr>
     957        <tr>
     958                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
     959                        <p>23/09/09</p>
     960                </td>
     961                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
     962                        <p>SR</p>
     963                </td>
     964                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
     965                        <p>392</p>
     966                </td>
     967                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
     968                        <p>3.7</p>
     969                </td>
     970                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
     971                        <p>N</p>
     972                </td>
     973                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
     974                        <p><b>Most important changes:</b> atmosphere-ocean coupling has
    934975                        been improved and steering of dvr-software is more user-friendly
    935976                        now. Beside that, the release contains a lot of optimizations,
    936977                        changes, and bugfixes which have accumulated over the last
    937                         months.<BR><BR>The atmosphere-ocean coupling allows to use
     978                        months.<br><br>The atmosphere-ocean coupling allows to use
    938979                        independent precursor runs in order to account for different
    939980                        spin-up times. The time when coupling has to be started is given
    940                         by new inipar parameter <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">coupling_start_time</FONT>.
    941                         The precursor ocean run has to be started using new <B>mrun</B>
    942                         option &quot;<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">-y</FONT>&quot;
    943                         in order to add the appendix &quot;<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">_O</FONT>&quot;
    944                         to all output files. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_for_restart</FONT>,
    945                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>,
    946                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</FONT>,
    947                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_3d</FONT>,
    948                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_profiles</FONT>,
    949                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_ptseries</FONT>,
    950                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_spectra</FONT>,
    951                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_tseries</FONT>,
    952                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>,
    953                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_coupling</FONT>,
    954                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>, <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mrun</FONT>,
    955                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">parin</FONT>,
    956                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</FONT>,
    957                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">surface_coupler</FONT>,
    958                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">time_integration</FONT>,
    959                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</FONT>)<BR><BR>Clipping
     981                        by new inipar parameter <font face="Courier New, Courier, monospace">coupling_start_time</font>.
     982                        The precursor ocean run has to be started using new <b>mrun</b>
     983                        option "<font face="Courier New, Courier, monospace">-y</font>"
     984                        in order to add the appendix "<font face="Courier New, Courier, monospace">_O</font>"
     985                        to all output files. (<font face="Courier New, Courier, monospace">check_for_restart</font>,
     986                        <font face="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</font>,
     987                        <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</font>,
     988                        <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_3d</font>,
     989                        <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_profiles</font>,
     990                        <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_ptseries</font>,
     991                        <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_spectra</font>,
     992                        <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_tseries</font>,
     993                        <font face="Courier New, Courier, monospace">header</font>,
     994                        <font face="Courier New, Courier, monospace">init_coupling</font>,
     995                        <font face="Courier New, Courier, monospace">modules</font>, <font face="Courier New, Courier, monospace">mrun</font>,
     996                        <font face="Courier New, Courier, monospace">parin</font>,
     997                        <font face="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</font>,
     998                        <font face="Courier New, Courier, monospace">surface_coupler</font>,
     999                        <font face="Courier New, Courier, monospace">time_integration</font>,
     1000                        <font face="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</font>)<br><br>Clipping
    9601001                        of dvrp output implemented. Default colourtable for particles
    9611002                        implemented, particle attributes (color, dvrp_size) can be set
    962                         with new parameters <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">particle_color</FONT>,
    963                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">particle_dvrpsize</FONT>,
    964                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">color_interval</FONT>,
    965                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">dvrpsize_interval</FONT>.
     1003                        with new parameters <font face="Courier New, Courier, monospace">particle_color</font>,
     1004                        <font face="Courier New, Courier, monospace">particle_dvrpsize</font>,
     1005                        <font face="Courier New, Courier, monospace">color_interval</font>,
     1006                        <font face="Courier New, Courier, monospace">dvrpsize_interval</font>.
    9661007                        Slicer attributes (dvrp) are set with new routine
    967                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">set_slicer_attributes_dvrp</FONT>
    968                         and are controlled with existing parameters <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">slicer_range_limits</FONT>.
    969                         (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_dvrp</FONT>,
    970                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_dvrp</FONT>,
    971                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>,
    972                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">set_slicer_attributes_dvrp</FONT>,&nbsp;
    973                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_data_output_dvrp</FONT>)<BR><BR>Polygon
     1008                        <font face="Courier New, Courier, monospace">set_slicer_attributes_dvrp</font>
     1009                        and are controlled with existing parameters <font face="Courier New, Courier, monospace">slicer_range_limits</font>.
     1010                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">init_dvrp</font>,
     1011                        <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_dvrp</font>,
     1012                        <font face="Courier New, Courier, monospace">modules</font>,
     1013                        <font face="Courier New, Courier, monospace">set_slicer_attributes_dvrp</font>,&nbsp;
     1014                        <font face="Courier New, Courier, monospace">user_data_output_dvrp</font>)<br><br>Polygon
    9741015                        reduction for topography and ground plate isosurface. Reduction
    9751016                        level for buildings can be chosen with parameter cluster_size.
    976                         (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_dvrp</FONT>)<BR><BR>Variables
    977                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">bc_lr</FONT> / <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">bc_ns</FONT>&nbsp;
     1017                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">init_dvrp</font>)<br><br>Variables
     1018                        <font face="Courier New, Courier, monospace">bc_lr</font> / <font face="Courier New, Courier, monospace">bc_ns</font>&nbsp;
    9781019                        in most subroutines replaced by LOGICAL variables
    979                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">bc_lr_cyc</FONT>,<BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">bc_ns_cyc</FONT>
     1020                        <font face="Courier New, Courier, monospace">bc_lr_cyc</font>,<br><font face="Courier New, Courier, monospace">bc_ns_cyc</font>
    9801021                        for speed optimization. This gives a significant speedup of more
    981                         than 10%. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>,
    982                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">diffusion_u</FONT>,
    983                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">diffusion_v</FONT>,
    984                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">diffusion_w</FONT>,
    985                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>)<BR><BR>Scripts
    986                         have been adapted for machine lck (Yonsei Univ.). (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mrun</FONT>,
    987                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mbuild</FONT>,
    988                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">subjob</FONT>)<BR><BR>Additional
     1022                        than 10%. (<font face="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</font>,
     1023                        <font face="Courier New, Courier, monospace">diffusion_u</font>,
     1024                        <font face="Courier New, Courier, monospace">diffusion_v</font>,
     1025                        <font face="Courier New, Courier, monospace">diffusion_w</font>,
     1026                        <font face="Courier New, Courier, monospace">modules</font>)<br><br>Scripts
     1027                        have been adapted for machine lck (Yonsei Univ.). (<font face="Courier New, Courier, monospace">mrun</font>,
     1028                        <font face="Courier New, Courier, monospace">mbuild</font>,
     1029                        <font face="Courier New, Courier, monospace">subjob</font>)<br><br>Additional
    9891030                        timestep criterion in case of simulations with plant canopy.
    990                         (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">timestep</FONT>)<BR><BR>Check
    991                         for illegal entries in <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">section_xy</FONT>|<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">xz</FONT>|<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">yz</FONT>
    992                         that exceed <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">nz+1</FONT>|<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">ny+1</FONT>|<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">nx+1</FONT>.
    993                         (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>)<BR><BR>External
    994                         pressure gradient can be used as driving force. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>,
    995                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>,
    996                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</FONT>,
    997                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>,
    998                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">parin</FONT>,
    999                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">prognostic_equations</FONT>,
    1000                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</FONT>,
    1001                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</FONT>)<BR><BR>New
    1002                         topography case '<I>single_street_canyon</I>'. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>,
    1003                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_grid</FONT>,
    1004                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>,
    1005                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">parin</FONT>,
    1006                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</FONT>,
    1007                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_check_parameters</FONT>,
    1008                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_header</FONT>,
    1009                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_init_grid</FONT>,
    1010                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</FONT>)<BR><BR>Option
    1011                         to predefine a target bulk velocity for <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">conserve_volume_flow</FONT>.
    1012                         (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>,
    1013                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>,
    1014                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</FONT>,
    1015                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>,
    1016                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">parin</FONT>,
    1017                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</FONT>,
    1018                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</FONT>)<BR><BR>Option
    1019                         for user defined 2D data output in xy cross sections at z=<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">nzb</FONT>+1.
    1020                         (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</FONT>,
    1021                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_data_output_2d</FONT>)<BR><BR>xy
     1031                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">timestep</font>)<br><br>Check
     1032                        for illegal entries in <font face="Courier New, Courier, monospace">section_xy</font>|<font face="Courier New, Courier, monospace">xz</font>|<font face="Courier New, Courier, monospace">yz</font>
     1033                        that exceed <font face="Courier New, Courier, monospace">nz+1</font>|<font face="Courier New, Courier, monospace">ny+1</font>|<font face="Courier New, Courier, monospace">nx+1</font>.
     1034                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</font>)<br><br>External
     1035                        pressure gradient can be used as driving force. (<font face="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</font>,
     1036                        <font face="Courier New, Courier, monospace">header</font>,
     1037                        <font face="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</font>,
     1038                        <font face="Courier New, Courier, monospace">modules</font>,
     1039                        <font face="Courier New, Courier, monospace">parin</font>,
     1040                        <font face="Courier New, Courier, monospace">prognostic_equations</font>,
     1041                        <font face="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</font>,
     1042                        <font face="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</font>)<br><br>New
     1043                        topography case '<i>single_street_canyon</i>'. (<font face="Courier New, Courier, monospace">header</font>,
     1044                        <font face="Courier New, Courier, monospace">init_grid</font>,
     1045                        <font face="Courier New, Courier, monospace">modules</font>,
     1046                        <font face="Courier New, Courier, monospace">parin</font>,
     1047                        <font face="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</font>,
     1048                        <font face="Courier New, Courier, monospace">user_check_parameters</font>,
     1049                        <font face="Courier New, Courier, monospace">user_header</font>,
     1050                        <font face="Courier New, Courier, monospace">user_init_grid</font>,
     1051                        <font face="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</font>)<br><br>Option
     1052                        to predefine a target bulk velocity for <font face="Courier New, Courier, monospace">conserve_volume_flow</font>.
     1053                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</font>,
     1054                        <font face="Courier New, Courier, monospace">header</font>,
     1055                        <font face="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</font>,
     1056                        <font face="Courier New, Courier, monospace">modules</font>,
     1057                        <font face="Courier New, Courier, monospace">parin</font>,
     1058                        <font face="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</font>,
     1059                        <font face="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</font>)<br><br>Option
     1060                        for user defined 2D data output in xy cross sections at z=<font face="Courier New, Courier, monospace">nzb</font>+1.
     1061                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</font>,
     1062                        <font face="Courier New, Courier, monospace">user_data_output_2d</font>)<br><br>xy
    10221063                        cross section output of surface heatfluxes (sensible and latent).
    1023                         (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">average_3d_data</FONT>,
    1024                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>,
    1025                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</FONT>,
    1026                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>,
    1027                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_3d_binary</FONT>,
    1028                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">sum_up_3d_data</FONT>,
    1029                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_3d_binary</FONT>)</P>
    1030                 </TD>
    1031                 <TD WIDTH=393>
    1032                         <P>average_3d_data, check_for_restart, check_parameters,
     1064                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">average_3d_data</font>,
     1065                        <font face="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</font>,
     1066                        <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</font>,
     1067                        <font face="Courier New, Courier, monospace">modules</font>,
     1068                        <font face="Courier New, Courier, monospace">read_3d_binary</font>,
     1069                        <font face="Courier New, Courier, monospace">sum_up_3d_data</font>,
     1070                        <font face="Courier New, Courier, monospace">write_3d_binary</font>)</p>
     1071                </td>
     1072                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
     1073                        <p>average_3d_data, check_for_restart, check_parameters,
    10331074                        data_output_2d, data_output_3d, data_output_dvrp,
    10341075                        data_output_profiles, data_output_ptseries, data_output_spectra,
     
    10391080                        surface_coupler, timestep, time_integration,
    10401081                        user_check_parameters, user_data_output_2d, user_data_output_dvrp,
    1041                         user_header, user_init_grid, write_3d_binary, write_var_list<BR><BR><B>new:</B>
    1042                         set_particle_attributes, set_slicer_attributes_dvrp</P>
    1043                 </TD>
    1044         </TR>
    1045         <TR>
    1046                 <TD WIDTH=37>
    1047                         <P><BR>
    1048                         </P>
    1049                 </TD>
    1050                 <TD WIDTH=56>
    1051                         <P><BR>
    1052                         </P>
    1053                 </TD>
    1054                 <TD WIDTH=68>
    1055                         <P><BR>
    1056                         </P>
    1057                 </TD>
    1058                 <TD WIDTH=62>
    1059                         <P><BR>
    1060                         </P>
    1061                 </TD>
    1062                 <TD WIDTH=36>
    1063                         <P>C</P>
    1064                 </TD>
    1065                 <TD WIDTH=518>
    1066                         <P>Output of messages replaced by message handling routine.
    1067                         (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</FONT>,
    1068                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">advec_s_bc</FONT>,
    1069                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">buoyancy</FONT>,
    1070                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">calc_spectra</FONT>,
    1071                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_for_restart</FONT>,
    1072                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_open</FONT>,
    1073                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">coriolis</FONT>,
    1074                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">cpu_log</FONT>,
    1075                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</FONT>,
    1076                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_3d</FONT>,
    1077                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_dvrp</FONT>,
    1078                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_profiles</FONT>,
    1079                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_spectra</FONT>,
    1080                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">fft_xy</FONT>,
    1081                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">flow_statistics</FONT>,
    1082                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>,&nbsp;
    1083                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_1d_model</FONT>,
    1084                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</FONT>,
    1085                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_dvrp</FONT>,
    1086                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_grid</FONT>,
    1087                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_particles</FONT>,
    1088                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_pegrid</FONT>,
    1089                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf</FONT>, <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">parin</FONT>,
    1090                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">plant_canopy_model</FONT>,
    1091                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">poisfft_hybrid</FONT>,
    1092                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">poismg</FONT>,
    1093                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_3d_binary</FONT>,
    1094                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</FONT>,
    1095                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">surface_coupler</FONT>,
    1096                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">temperton_fft</FONT>,
    1097                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">timestep</FONT>,
    1098                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_actions</FONT>,
    1099                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_data_output_dvrp</FONT>,
    1100                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_dvrp_coltab</FONT>,
    1101                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_init_grid</FONT>,
    1102                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_init_plant_canopy</FONT>,
    1103                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_parin</FONT>,
    1104                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_read_restart_data</FONT>,
    1105                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_spectra</FONT>)<BR><BR>Output
     1082                        user_header, user_init_grid, write_3d_binary, write_var_list<br><br><b>new:</b>
     1083                        set_particle_attributes, set_slicer_attributes_dvrp</p>
     1084                </td>
     1085        </tr>
     1086        <tr>
     1087                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
     1088                        <p><br>
     1089                        </p>
     1090                </td>
     1091                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
     1092                        <p><br>
     1093                        </p>
     1094                </td>
     1095                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
     1096                        <p><br>
     1097                        </p>
     1098                </td>
     1099                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
     1100                        <p><br>
     1101                        </p>
     1102                </td>
     1103                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
     1104                        <p>C</p>
     1105                </td>
     1106                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
     1107                        <p>Output of messages replaced by message handling routine.
     1108                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</font>,
     1109                        <font face="Courier New, Courier, monospace">advec_s_bc</font>,
     1110                        <font face="Courier New, Courier, monospace">buoyancy</font>,
     1111                        <font face="Courier New, Courier, monospace">calc_spectra</font>,
     1112                        <font face="Courier New, Courier, monospace">check_for_restart</font>,
     1113                        <font face="Courier New, Courier, monospace">check_open</font>,
     1114                        <font face="Courier New, Courier, monospace">coriolis</font>,
     1115                        <font face="Courier New, Courier, monospace">cpu_log</font>,
     1116                        <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</font>,
     1117                        <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_3d</font>,
     1118                        <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_dvrp</font>,
     1119                        <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_profiles</font>,
     1120                        <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_spectra</font>,
     1121                        <font face="Courier New, Courier, monospace">fft_xy</font>,
     1122                        <font face="Courier New, Courier, monospace">flow_statistics</font>,
     1123                        <font face="Courier New, Courier, monospace">header</font>,&nbsp;
     1124                        <font face="Courier New, Courier, monospace">init_1d_model</font>,
     1125                        <font face="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</font>,
     1126                        <font face="Courier New, Courier, monospace">init_dvrp</font>,
     1127                        <font face="Courier New, Courier, monospace">init_grid</font>,
     1128                        <font face="Courier New, Courier, monospace">init_particles</font>,
     1129                        <font face="Courier New, Courier, monospace">init_pegrid</font>,
     1130                        <font face="Courier New, Courier, monospace">netcdf</font>, <font face="Courier New, Courier, monospace">parin</font>,
     1131                        <font face="Courier New, Courier, monospace">plant_canopy_model</font>,
     1132                        <font face="Courier New, Courier, monospace">poisfft_hybrid</font>,
     1133                        <font face="Courier New, Courier, monospace">poismg</font>,
     1134                        <font face="Courier New, Courier, monospace">read_3d_binary</font>,
     1135                        <font face="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</font>,
     1136                        <font face="Courier New, Courier, monospace">surface_coupler</font>,
     1137                        <font face="Courier New, Courier, monospace">temperton_fft</font>,
     1138                        <font face="Courier New, Courier, monospace">timestep</font>,
     1139                        <font face="Courier New, Courier, monospace">user_actions</font>,
     1140                        <font face="Courier New, Courier, monospace">user_data_output_dvrp</font>,
     1141                        <font face="Courier New, Courier, monospace">user_dvrp_coltab</font>,
     1142                        <font face="Courier New, Courier, monospace">user_init_grid</font>,
     1143                        <font face="Courier New, Courier, monospace">user_init_plant_canopy</font>,
     1144                        <font face="Courier New, Courier, monospace">user_parin</font>,
     1145                        <font face="Courier New, Courier, monospace">user_read_restart_data</font>,
     1146                        <font face="Courier New, Courier, monospace">user_spectra</font>)<br><br>Output
    11061147                        of NetCDF messages with aid of message handling routine.
    1107                         (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_open</FONT>,
    1108                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">close_file</FONT>,
    1109                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</FONT>,
    1110                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_3d</FONT>,
    1111                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_profiles</FONT>,
    1112                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_ptseries</FONT>,
    1113                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_spectra</FONT>,&nbsp;
    1114                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_tseries</FONT>,
    1115                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf</FONT>)<BR><BR>__lcmuk
     1148                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">check_open</font>,
     1149                        <font face="Courier New, Courier, monospace">close_file</font>,
     1150                        <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</font>,
     1151                        <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_3d</font>,
     1152                        <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_profiles</font>,
     1153                        <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_ptseries</font>,
     1154                        <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_spectra</font>,&nbsp;
     1155                        <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_tseries</font>,
     1156                        <font face="Courier New, Courier, monospace">netcdf</font>)<br><br>__lcmuk
    11161157                        changed to __lc to avoid problems with Intel compiler on sgi-ice.
    1117                         (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">poisfft</FONT>)<BR><BR>For
     1158                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">poisfft</font>)<br><br>For
    11181159                        extended NetCDF files, the updated title attribute includes an
    1119                         update of time_average_text where appropriate. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf</FONT>)<BR><BR>In
     1160                        update of time_average_text where appropriate. (<font face="Courier New, Courier, monospace">netcdf</font>)<br><br>In
    11201161                        case of restart runs without extension, initial profiles are not
    11211162                        written to NetCDF-file anymore. So far, time axis always started
    1122                         at t=0. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_profiles</FONT>,
    1123                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>,
    1124                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</FONT>,
    1125                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</FONT>)<BR><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">initializing_actions</FONT>='<I>read_data_for_recycling</I>'
    1126                         renamed to '<I>cyclic_fill</I>'. A cyclic fill can now <BR>be used
    1127                         independent of <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">turbulent_inflow</FONT>.
    1128                         (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>,
    1129                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>,
    1130                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</FONT>)<BR><BR>2
    1131                         NetCDF error numbers changed. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_3d</FONT>)<BR><BR>A
     1163                        at t=0. (<font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_profiles</font>,
     1164                        <font face="Courier New, Courier, monospace">modules</font>,
     1165                        <font face="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</font>,
     1166                        <font face="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</font>)<br><br><font face="Courier New, Courier, monospace">initializing_actions</font>='<i>read_data_for_recycling</i>'
     1167                        renamed to '<i>cyclic_fill</i>'. A cyclic fill can now <br>be used
     1168                        independent of <font face="Courier New, Courier, monospace">turbulent_inflow</font>.
     1169                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</font>,
     1170                        <font face="Courier New, Courier, monospace">header</font>,
     1171                        <font face="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</font>)<br><br>2
     1172                        NetCDF error numbers changed. (<font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_3d</font>)<br><br>A
    11321173                        link to the webspage appendix_a.html is printed for further
    11331174                        information about possible reasons of the error that appeared.
    1134                         (message)<BR><BR>Temperature gradient criterion for estimating the
     1175                        (message)<br><br>Temperature gradient criterion for estimating the
    11351176                        boundary layer height replaced by the gradient criterion of
    1136                         Sullivan et al. (1998). (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">flow_statistics</FONT>)<BR><BR>NetCDF
     1177                        Sullivan et al. (1998). (<font face="Courier New, Courier, monospace">flow_statistics</font>)<br><br>NetCDF
    11371178                        unit attribute in timeseries output in case of statistic regions
    1138                         added. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf</FONT>)<BR><BR>Maximum
     1179                        added. (<font face="Courier New, Courier, monospace">netcdf</font>)<br><br>Maximum
    11391180                        number of tails is calculated from maximum number of particles and
    1140                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">skip_particles_for_tail</FONT>.
    1141                         (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_particles</FONT>)<BR><BR>Value
    1142                         of <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">vertical_particle_advection</FONT>
    1143                         is allowed to differ for each particle group. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</FONT>,
    1144                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>,
    1145                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>)
    1146                         <BR><BR>First constant in array <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">den</FONT>
    1147                         also defined as type double. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">eqn_state_seawater</FONT>)<BR><BR>Parameter
    1148                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">dvrp_psize</FONT>
    1149                         moved from <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">particles_par</FONT>
    1150                         to <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">dvrp_graphics_par</FONT>.
    1151                         (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">package_parin</FONT>)<BR><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">topography_grid_convention</FONT>
    1152                         moved from <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">userpar</FONT>
    1153                         to <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">inipar</FONT>
    1154                         (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>,
    1155                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>, <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">parin</FONT>,
    1156                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</FONT>,
    1157                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_check_parameters</FONT>,
    1158                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_header</FONT>,
    1159                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_init_grid</FONT>,
    1160                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_parin</FONT>,
    1161                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</FONT>)<BR><BR>Default
    1162                         value of <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">grid_matching</FONT>
    1163                         changed to '<I>strict</I>'. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>)<BR><BR>Adjustments
     1181                        <font face="Courier New, Courier, monospace">skip_particles_for_tail</font>.
     1182                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">init_particles</font>)<br><br>Value
     1183                        of <font face="Courier New, Courier, monospace">vertical_particle_advection</font>
     1184                        is allowed to differ for each particle group. (<font face="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</font>,
     1185                        <font face="Courier New, Courier, monospace">header</font>,
     1186                        <font face="Courier New, Courier, monospace">modules</font>)
     1187                        <br><br>First constant in array <font face="Courier New, Courier, monospace">den</font>
     1188                        also defined as type double. (<font face="Courier New, Courier, monospace">eqn_state_seawater</font>)<br><br>Parameter
     1189                        <font face="Courier New, Courier, monospace">dvrp_psize</font>
     1190                        moved from <font face="Courier New, Courier, monospace">particles_par</font>
     1191                        to <font face="Courier New, Courier, monospace">dvrp_graphics_par</font>.
     1192                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">package_parin</font>)<br><br><font face="Courier New, Courier, monospace">topography_grid_convention</font>
     1193                        moved from <font face="Courier New, Courier, monospace">userpar</font>
     1194                        to <font face="Courier New, Courier, monospace">inipar</font>
     1195                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</font>,
     1196                        <font face="Courier New, Courier, monospace">header</font>, <font face="Courier New, Courier, monospace">parin</font>,
     1197                        <font face="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</font>,
     1198                        <font face="Courier New, Courier, monospace">user_check_parameters</font>,
     1199                        <font face="Courier New, Courier, monospace">user_header</font>,
     1200                        <font face="Courier New, Courier, monospace">user_init_grid</font>,
     1201                        <font face="Courier New, Courier, monospace">user_parin</font>,
     1202                        <font face="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</font>)<br><br>Default
     1203                        value of <font face="Courier New, Courier, monospace">grid_matching</font>
     1204                        changed to '<i>strict</i>'. (<font face="Courier New, Courier, monospace">modules</font>)<br><br>Adjustments
    11641205                        for runs on lcxt4 (necessary due to a software update on CRAY) and
    1165                         for coupled runs on ibmy. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mrun</FONT>,
    1166                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">subjob</FONT>)</P>
    1167                 </TD>
    1168                 <TD WIDTH=393>
    1169                         <P>advec_particles, advec_s_bc, buoyancy, calc_spectra,
     1206                        for coupled runs on ibmy. (<font face="Courier New, Courier, monospace">mrun</font>,
     1207                        <font face="Courier New, Courier, monospace">subjob</font>)</p>
     1208                </td>
     1209                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
     1210                        <p>advec_particles, advec_s_bc, buoyancy, calc_spectra,
    11701211                        check_for_restart, check_open, check_parameters, close_file,
    11711212                        coriolis, cpu_log, data_output_2d, data_output_3d,
     
    11811222                        user_init_plant_canopy, user_parin, user_read_restart_data,
    11821223                        user_spectra, write_var_list
    1183                         </P>
    1184                 </TD>
    1185         </TR>
    1186         <TR>
    1187                 <TD WIDTH=37>
    1188                         <P><BR>
    1189                         </P>
    1190                 </TD>
    1191                 <TD WIDTH=56>
    1192                         <P><BR>
    1193                         </P>
    1194                 </TD>
    1195                 <TD WIDTH=68>
    1196                         <P><BR>
    1197                         </P>
    1198                 </TD>
    1199                 <TD WIDTH=62>
    1200                         <P><BR>
    1201                         </P>
    1202                 </TD>
    1203                 <TD WIDTH=36>
    1204                         <P>B</P>
    1205                 </TD>
    1206                 <TD WIDTH=518>
    1207                         <P>Bugfix: Initial hydrostatic pressure profile in case of ocean
    1208                         runs is now calculated in 5 iteration steps. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_ocean</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
     1224                        </p>
     1225                </td>
     1226        </tr>
     1227        <tr>
     1228                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
     1229                        <p><br>
     1230                        </p>
     1231                </td>
     1232                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
     1233                        <p><br>
     1234                        </p>
     1235                </td>
     1236                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
     1237                        <p><br>
     1238                        </p>
     1239                </td>
     1240                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
     1241                        <p><br>
     1242                        </p>
     1243                </td>
     1244                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
     1245                        <p>B</p>
     1246                </td>
     1247                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
     1248                        <p>Bugfix: Initial hydrostatic pressure profile in case of ocean
     1249                        runs is now calculated in 5 iteration steps. (<font face="Courier New, Courier, monospace">init_ocean</font>)<br><br>Bugfix:
    12091250                        wrong sign in buoyancy production of ocean part in case of not
    1210                         using the reference density (only in 3D routine <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">production_e</FONT>).
    1211                         (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">production_e</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
     1251                        using the reference density (only in 3D routine <font face="Courier New, Courier, monospace">production_e</font>).
     1252                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">production_e</font>)<br><br>Bugfix:
    12121253                        output of averaged 2d/3d quantities requires that an avaraging
    12131254                        interval has been set, respective error message is included.
    1214                         (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
    1215                         Output on unit 14 only if requested by <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_binary</FONT>.
    1216                         (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_last_actions</FONT>)<BR><BR>Bugfix
    1217                         to avoid zero division by <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">km_neutral</FONT>.
    1218                         (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">production_e</FONT>)<BR><BR>Bugfix
     1255                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</font>)<br><br>Bugfix:
     1256                        Output on unit 14 only if requested by <font face="Courier New, Courier, monospace">write_binary</font>.
     1257                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">user_last_actions</font>)<br><br>Bugfix
     1258                        to avoid zero division by <font face="Courier New, Courier, monospace">km_neutral</font>.
     1259                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">production_e</font>)<br><br>Bugfix
    12191260                        for extended NetCDF files: In order to avoid 'data mode' errors if
    12201261                        updated attributes are larger than their original size,
    1221                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">NF90_PUT_ATT</FONT>
    1222                         is called in 'define mode' enclosed by <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">NF90_REDEF</FONT>
    1223                         and <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">NF90_ENDDEF</FONT>
     1262                        <font face="Courier New, Courier, monospace">NF90_PUT_ATT</font>
     1263                        is called in 'define mode' enclosed by <font face="Courier New, Courier, monospace">NF90_REDEF</font>
     1264                        and <font face="Courier New, Courier, monospace">NF90_ENDDEF</font>
    12241265                        calls. This implies a possible performance loss; an alternative
    12251266                        strategy would be to ensure equal attribute size in a job chain.
    1226                         (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
     1267                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">netcdf</font>)<br><br>Bugfix:
    12271268                        correction of initial volume flow for non-flat topography.
    1228                         (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
    1229                         zero initialization of arrays within buildings for '<I>cyclic_fill</I>'.
    1230                         (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
    1231                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">to_be_resorted</FONT>
    1232                         =&gt; <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">s_av</FONT> for
    1233                         time-averaged scalars. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</FONT>,
    1234                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_3d</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
    1235                         avoid that <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">ngp_2dh_s_inner</FONT>
    1236                         becomes zero. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3_model</FONT>)<BR><BR>Typographical
    1237                         error: unit of wpt in dots_unit. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
     1269                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</font>)<br><br>Bugfix:
     1270                        zero initialization of arrays within buildings for '<i>cyclic_fill</i>'.
     1271                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</font>)<br><br>Bugfix:
     1272                        <font face="Courier New, Courier, monospace">to_be_resorted</font>
     1273                        =&gt; <font face="Courier New, Courier, monospace">s_av</font> for
     1274                        time-averaged scalars. (<font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</font>,
     1275                        <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_3d</font>)<br><br>Bugfix:
     1276                        avoid that <font face="Courier New, Courier, monospace">ngp_2dh_s_inner</font>
     1277                        becomes zero. (<font face="Courier New, Courier, monospace">init_3_model</font>)<br><br>Typographical
     1278                        error: unit of wpt in dots_unit. (<font face="Courier New, Courier, monospace">modules</font>)<br><br>Bugfix:
    12381279                        error in check, if particles moved further than one subdomain
    12391280                        length. This check must not be applied for newly released
    1240                         particles. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
    1241                         several tail counters are initialized, <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">particle_tail_coordinates</FONT>
     1281                        particles. (<font face="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</font>)<br><br>Bugfix:
     1282                        several tail counters are initialized, <font face="Courier New, Courier, monospace">particle_tail_coordinates</font>
    12421283                        is only written to file if its third index is &gt; 0, arrays for
    12431284                        tails are allocated with a minimum size of 10 tails if there is no
    1244                         tail initially. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</FONT>,
    1245                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_particles</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
    1246                         pressure included for profile output. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
    1247                         Type of <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">count</FONT>
    1248                         and <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">count_rate</FONT>
    1249                         changed to default <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">INTEGER</FONT>
    1250                         on NEC machines. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">cpu_log</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
     1285                        tail initially. (<font face="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</font>,
     1286                        <font face="Courier New, Courier, monospace">init_particles</font>)<br><br>Bugfix:
     1287                        pressure included for profile output. (<font face="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</font>)<br><br>Bugfix:
     1288                        Type of <font face="Courier New, Courier, monospace">count</font>
     1289                        and <font face="Courier New, Courier, monospace">count_rate</font>
     1290                        changed to default <font face="Courier New, Courier, monospace">INTEGER</font>
     1291                        on NEC machines. (<font face="Courier New, Courier, monospace">cpu_log</font>)<br><br>Bugfix:
    12511292                        output of particle time series only if particle advection is
    1252                         switched on. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">time_integration</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
    1253                         qsws was calculated in case of <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">constant
    1254                         heatflux</FONT> = <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">.FALSE.</FONT>.
    1255                         (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">prandtl_fluxes</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
     1293                        switched on. (<font face="Courier New, Courier, monospace">time_integration</font>)<br><br>Bugfix:
     1294                        qsws was calculated in case of <font face="Courier New, Courier, monospace">constant
     1295                        heatflux</font> = <font face="Courier New, Courier, monospace">.FALSE.</font>.
     1296                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">prandtl_fluxes</font>)<br><br>Bugfix:
    12561297                        averaging along z is not allowed for 2d quantities (e.g. u* and
    1257                         z0). (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</FONT>)<BR><BR>Typographical
    1258                         errors. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf</FONT>)<BR><BR>If
     1298                        z0). (<font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</font>)<br><br>Typographical
     1299                        errors. (<font face="Courier New, Courier, monospace">netcdf</font>)<br><br>If
    12591300                        the inversion height calculated by the prerun is zero,
    12601301                        inflow_damping_height must be explicitly specified.
    1261                         (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</FONT>)<BR><BR>Small
    1262                         bugfix concerning 3d 64bit netcdf output format. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
    1263                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">dt_fixed</FONT>
     1302                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</font>)<br><br>Small
     1303                        bugfix concerning 3d 64bit netcdf output format. (<font face="Courier New, Courier, monospace">header</font>)<br><br>Bugfix:
     1304                        <font face="Courier New, Courier, monospace">dt_fixed</font>
    12641305                        removed from the restart file, because otherwise, no change from a
    12651306                        fixed to a variable timestep would be possible in restart runs.
    1266                         (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</FONT>,
    1267                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
    1268                         initial setting of <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">time_coupling</FONT>
    1269                         in coupled restart runs. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">time_integration</FONT>)</P>
    1270                 </TD>
    1271                 <TD WIDTH=393>
    1272                         <P>advec_particles, check_parameters, cpu_log, data_output_2d,
     1307                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</font>,
     1308                        <font face="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</font>)<br><br>Bugfix:
     1309                        initial setting of <font face="Courier New, Courier, monospace">time_coupling</font>
     1310                        in coupled restart runs. (<font face="Courier New, Courier, monospace">time_integration</font>)</p>
     1311                </td>
     1312                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
     1313                        <p>advec_particles, check_parameters, cpu_log, data_output_2d,
    12731314                        data_output_3d, header, init_3d_model, init_particles, init_ocean,
    12741315                        modules, netcdf, prandtl_fluxes, production_e, read_var_list,
    1275                         time_integration, user_last_actions, write_var_list</P>
    1276                 </TD>
    1277         </TR>
    1278         <TR>
    1279                 <TD WIDTH=37>
    1280                         <P>02/02/09</P>
    1281                 </TD>
    1282                 <TD WIDTH=56>
    1283                         <P>SR</P>
    1284                 </TD>
    1285                 <TD WIDTH=68>
    1286                         <P>228</P>
    1287                 </TD>
    1288                 <TD WIDTH=62>
    1289                         <P>3.6</P>
    1290                 </TD>
    1291                 <TD WIDTH=36>
    1292                         <P>N</P>
    1293                 </TD>
    1294                 <TD WIDTH=518>
    1295                         <P>This release contains further additions, changes, and bugfixes
     1316                        time_integration, user_last_actions, write_var_list</p>
     1317                </td>
     1318        </tr>
     1319        <tr>
     1320                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
     1321                        <p>02/02/09</p>
     1322                </td>
     1323                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
     1324                        <p>SR</p>
     1325                </td>
     1326                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
     1327                        <p>228</p>
     1328                </td>
     1329                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
     1330                        <p>3.6</p>
     1331                </td>
     1332                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
     1333                        <p>N</p>
     1334                </td>
     1335                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
     1336                        <p>This release contains further additions, changes, and bugfixes
    12961337                        for the SGI-ICE system, as well as important changes like the
    12971338                        splitting of the user-interface into single files, a complete
     
    13021343                        different domain/subdomain sizes. A new handling of all kind of
    13031344                        output messages is introduced with this release and will be
    1304                         applied to all existing messages within the next releases.<BR><BR><B>New
    1305                         features are:</B><BR><BR>Restart runs on SGI-ICE are working.
    1306                         (mrun)<BR>2d-decomposition is default on SGI-ICE systems.
    1307                         (init_pegrid)<BR><BR>Ocean-atmosphere coupling realized with
     1345                        applied to all existing messages within the next releases.<br><br><b>New
     1346                        features are:</b><br><br>Restart runs on SGI-ICE are working.
     1347                        (mrun)<br>2d-decomposition is default on SGI-ICE systems.
     1348                        (init_pegrid)<br><br>Ocean-atmosphere coupling realized with
    13081349                        MPI-1. mrun adjusted for this case (-Y option). Check that PALM is
    1309                         called with <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mrun</FONT>-option
    1310                         &quot;<I>-K parallel</I>&quot; for coupling. Adjustments in <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mrun</FONT>,
    1311                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mbuild</FONT>, and
    1312                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">subjob</FONT> for
    1313                         lcxt4.<BR><BR>DVRP arguments changed to single precision, mode
    1314                         pathlines added.<BR><BR>User can add additional routines in files
    1315                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_additional_routines</FONT>.<BR><BR>User
     1350                        called with <font face="Courier New, Courier, monospace">mrun</font>-option
     1351                        "<i>-K parallel</i>" for coupling. Adjustments in <font face="Courier New, Courier, monospace">mrun</font>,
     1352                        <font face="Courier New, Courier, monospace">mbuild</font>, and
     1353                        <font face="Courier New, Courier, monospace">subjob</font> for
     1354                        lcxt4.<br><br>DVRP arguments changed to single precision, mode
     1355                        pathlines added.<br><br>User can add additional routines in files
     1356                        <font face="Courier New, Courier, monospace">user_additional_routines</font>.<br><br>User
    13161357                        can check user parameters and deduce further quantities in
    1317                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_check_parameters</FONT></P>
    1318                 </TD>
    1319                 <TD WIDTH=393>
    1320                         <P>check_for_restart, check_parameters, data_output_dvrp,
     1358                        <font face="Courier New, Courier, monospace">user_check_parameters</font></p>
     1359                </td>
     1360                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
     1361                        <p>check_for_restart, check_parameters, data_output_dvrp,
    13211362                        init_dvrp, init_pegrid, local_stop, modules, package_parin, palm,
    1322                         surface_coupler, timestep<BR><BR>Makefile,&nbsp;mbuild, mrun,
    1323                         subjob<BR><BR><B>new:</B><BR>init_coupling,
    1324                         user_additional_routines, user_check_parameters</P>
    1325                 </TD>
    1326         </TR>
    1327         <TR>
    1328                 <TD WIDTH=37>
    1329                         <P><BR>
    1330                         </P>
    1331                 </TD>
    1332                 <TD WIDTH=56>
    1333                         <P><BR>
    1334                         </P>
    1335                 </TD>
    1336                 <TD WIDTH=68>
    1337                         <P><BR>
    1338                         </P>
    1339                 </TD>
    1340                 <TD WIDTH=62>
    1341                         <P><BR>
    1342                         </P>
    1343                 </TD>
    1344                 <TD WIDTH=36>
    1345                         <P>C</P>
    1346                 </TD>
    1347                 <TD WIDTH=518>
    1348                         <P>User interface has been split into single files.<BR><BR>Type of
    1349                         variables <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">count</FONT>
    1350                         and <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">count_rate</FONT>
    1351                         changed to INTEGER(8) in order to avoid &quot;out of range&quot;
     1363                        surface_coupler, timestep<br><br>Makefile,&nbsp;mbuild, mrun,
     1364                        subjob<br><br><b>new:</b><br>init_coupling,
     1365                        user_additional_routines, user_check_parameters</p>
     1366                </td>
     1367        </tr>
     1368        <tr>
     1369                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
     1370                        <p><br>
     1371                        </p>
     1372                </td>
     1373                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
     1374                        <p><br>
     1375                        </p>
     1376                </td>
     1377                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
     1378                        <p><br>
     1379                        </p>
     1380                </td>
     1381                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
     1382                        <p><br>
     1383                        </p>
     1384                </td>
     1385                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
     1386                        <p>C</p>
     1387                </td>
     1388                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
     1389                        <p>User interface has been split into single files.<br><br>Type of
     1390                        variables <font face="Courier New, Courier, monospace">count</font>
     1391                        and <font face="Courier New, Courier, monospace">count_rate</font>
     1392                        changed to INTEGER(8) in order to avoid "out of range"
    13521393                        problems, which result in measured negative time intervals.
    1353                         (cpu_log, local_tremain, local_tremain_ini)<BR><BR>Reading
     1394                        (cpu_log, local_tremain, local_tremain_ini)<br><br>Reading
    13541395                        mechanism from restart files completely revised. The
    13551396                        subdomain/total domain size is now allowed to vary arbitrarily
    13561397                        between the current and previous run. (read_var_list,
    1357                         read_3d_binary, user_read_restart_data)<BR><BR>Precompilation
    1358                         mechanism (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mbuild</FONT>)
     1398                        read_3d_binary, user_read_restart_data)<br><br>Precompilation
     1399                        mechanism (<font face="Courier New, Courier, monospace">mbuild</font>)
    13591400                        completely revised: the source-tarfile remains in the source
    1360                         directory (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">trunk/SOURCE</FONT>).
     1401                        directory (<font face="Courier New, Courier, monospace">trunk/SOURCE</font>).
    13611402                        One depository per block (given in the config-file) is created.
    13621403                        Always all files from the source directory are copied to the
    13631404                        respective depository. No additional file checks are done any more
    13641405                        (mrun version 2.1). The depository name used contains the
    1365                         conditions given by <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mrun</FONT>-option
    1366                         &quot;<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">-K</FONT>&quot;.
    1367                         (mbuild, mrun)<BR><BR>Output messages (including required stop of
    1368                         execution) can now be handled with the new subroutine&nbsp;<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">message</FONT>.
     1406                        conditions given by <font face="Courier New, Courier, monospace">mrun</font>-option
     1407                        "<font face="Courier New, Courier, monospace">-K</font>".
     1408                        (mbuild, mrun)<br><br>Output messages (including required stop of
     1409                        execution) can now be handled with the new subroutine&nbsp;<font face="Courier New, Courier, monospace">message</font>.
    13691410                        All output messages will be replaced by this routine step by step
    1370                         within the next revisions.<BR><BR>Neumann boundary condition at
    1371                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">k=nzb</FONT> is
     1411                        within the next revisions.<br><br>Neumann boundary condition at
     1412                        <font face="Courier New, Courier, monospace">k=nzb</font> is
    13721413                        explicitly set for better reading, although this has been already
    1373                         done in boundary_conds. (advec_s_bc)<BR><BR>Origin of the
     1414                        done in boundary_conds. (advec_s_bc)<br><br>Origin of the
    13741415                        xy-coordinate system shifted from the center of the first grid
    1375                         cell (indices <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">i=0</FONT>,
    1376                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">j=0</FONT>) to the
     1416                        cell (indices <font face="Courier New, Courier, monospace">i=0</font>,
     1417                        <font face="Courier New, Courier, monospace">j=0</font>) to the
    13771418                        south-left corner of this cell. (netcdf) Topography definition
    1378                         according to new user parameter <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">topography_grid_convention</FONT>.
    1379                         (init_grid, modules, user_header, user_init_grid, user_parin)</P>
    1380                 </TD>
    1381                 <TD WIDTH=393>
    1382                         <P>advec_s_bc, check_parameters, cpu_log, init_grid, local_stop,
     1419                        according to new user parameter <font face="Courier New, Courier, monospace">topography_grid_convention</font>.
     1420                        (init_grid, modules, user_header, user_init_grid, user_parin)</p>
     1421                </td>
     1422                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
     1423                        <p>advec_s_bc, check_parameters, cpu_log, init_grid, local_stop,
    13831424                        local_tremain, local_tremain_ini, modules, netcdf, read_3d_binary,
    1384                         read_var_list, user_read_restart_data<BR><BR>Makefile, mbuild,
    1385                         mrun<BR><BR><B>removed:</B><BR>user_interface<BR><BR><B>new:</B><BR>message,
     1425                        read_var_list, user_read_restart_data<br><br>Makefile, mbuild,
     1426                        mrun<br><br><b>removed:</b><br>user_interface<br><br><b>new:</b><br>message,
    13861427                        user_3d_data_averaging, user_actions, user_advec_particles,
    13871428                        user_check_data_output, user_check_data_output_pr,
     
    13911432                        user_init_particles, user_init_plant_canopy, user_last_actions,
    13921433                        user_parin, user_parin, user_particle_attributes,
    1393                         user_read_restart_data, user_spectra, user_statistics</P>
    1394                 </TD>
    1395         </TR>
    1396         <TR>
    1397                 <TD WIDTH=37>
    1398                         <P><BR>
    1399                         </P>
    1400                 </TD>
    1401                 <TD WIDTH=56>
    1402                         <P><BR>
    1403                         </P>
    1404                 </TD>
    1405                 <TD WIDTH=68>
    1406                         <P><BR>
    1407                         </P>
    1408                 </TD>
    1409                 <TD WIDTH=62>
    1410                         <P><BR>
    1411                         </P>
    1412                 </TD>
    1413                 <TD WIDTH=36>
    1414                         <P>B</P>
    1415                 </TD>
    1416                 <TD WIDTH=518>
    1417                         <P>Bugfix: array <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">d</FONT>
     1434                        user_read_restart_data, user_spectra, user_statistics</p>
     1435                </td>
     1436        </tr>
     1437        <tr>
     1438                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
     1439                        <p><br>
     1440                        </p>
     1441                </td>
     1442                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
     1443                        <p><br>
     1444                        </p>
     1445                </td>
     1446                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
     1447                        <p><br>
     1448                        </p>
     1449                </td>
     1450                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
     1451                        <p><br>
     1452                        </p>
     1453                </td>
     1454                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
     1455                        <p>B</p>
     1456                </td>
     1457                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
     1458                        <p>Bugfix: array <font face="Courier New, Courier, monospace">d</font>
    14181459                        is reallocated in case that multigrid is used.
    1419                         (calc_spectra)<BR><BR>Bugfixes for nonparallel execution.
     1460                        (calc_spectra)<br><br>Bugfixes for nonparallel execution.
    14201461                        (check_for_restart, cpu_statistics,
    1421                         inflow_turbulence,&nbsp;timestep)<BR><BR>Size of <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">pf3d
    1422                         </FONT>adjusted to the required output size (1 gridpoint less,
     1462                        inflow_turbulence,&nbsp;timestep)<br><br>Size of <font face="Courier New, Courier, monospace">pf3d
     1463                        </font>adjusted to the required output size (1 gridpoint less,
    14231464                        along all three dimensions), because output of a subset of the
    1424                         data (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">pf3d(nxa:nxe...)</FONT>)
     1465                        data (<font face="Courier New, Courier, monospace">pf3d(nxa:nxe...)</font>)
    14251466                        in the NF90_PUT_VAR statement caused segmentation fault with the
    1426                         INTEL compiler. (combine_plot_fields)<BR><BR>Bugfix: error in <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">zu</FONT>
    1427                         index in case of <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">section_xy=-1</FONT>.
    1428                         (header)<BR><BR>Inconsistency removed: as the thermal
     1467                        INTEL compiler. (combine_plot_fields)<br><br>Bugfix: error in <font face="Courier New, Courier, monospace">zu</font>
     1468                        index in case of <font face="Courier New, Courier, monospace">section_xy=-1</font>.
     1469                        (header)<br><br>Inconsistency removed: as the thermal
    14291470                        stratification is not taken into account for the evaluation of the
    1430                         wall fluxes at vertical walls, the eddy viscosity <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">km</FONT>
     1471                        wall fluxes at vertical walls, the eddy viscosity <font face="Courier New, Courier, monospace">km</font>
    14311472                        must not be used for the evaluation of the velocity gradients
    1432                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">dudy</FONT>, <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">dwdy</FONT>,
    1433                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">dvdx</FONT> and <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">dwdx</FONT>.
    1434                         (production_e)<BR><BR>Bugfix in calculating <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">k</FONT>
    1435                         index in case of oceans runs. (sort_particles)<BR><BR>Bugfix: no
     1473                        <font face="Courier New, Courier, monospace">dudy</font>, <font face="Courier New, Courier, monospace">dwdy</font>,
     1474                        <font face="Courier New, Courier, monospace">dvdx</font> and <font face="Courier New, Courier, monospace">dwdx</font>.
     1475                        (production_e)<br><br>Bugfix in calculating <font face="Courier New, Courier, monospace">k</font>
     1476                        index in case of oceans runs. (sort_particles)<br><br>Bugfix: no
    14361477                        output of particle concentration and radius unless particles have
    1437                         been started. (data_output_2d)<BR><BR>Bugfix: reading of
    1438                         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">spectrum_x|y</FONT>
     1478                        been started. (data_output_2d)<br><br>Bugfix: reading of
     1479                        <font face="Courier New, Courier, monospace">spectrum_x|y</font>
    14391480                        from restart files ignored if total numbers of grid points do not
    1440                         match. (read_3d_binary)<BR><BR>Bugfix: abort in case that absolute
    1441                         temperature is below zero. (init_cloud_physics)</P>
    1442                 </TD>
    1443                 <TD WIDTH=393>
    1444                         <P>advec_particles, calc_spectra, check_for_restart,
     1481                        match. (read_3d_binary)<br><br>Bugfix: abort in case that absolute
     1482                        temperature is below zero. (init_cloud_physics)</p>
     1483                </td>
     1484                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
     1485                        <p>advec_particles, calc_spectra, check_for_restart,
    14451486                        cpu_statistics, data_output_2d, header, inflow_turbulence,
    14461487                        init_cloud_physics, production_e, read_3d_binary,
    1447                         timestep<BR><BR>combine_plot_fields</P>
    1448                 </TD>
    1449         </TR>
    1450 </TABLE>
    1451 <P><BR>&nbsp; <BR>&nbsp;
    1452 </P>
    1453 <H2><A NAME="Kapitel2.0"></A>2.0&nbsp; How to change the source code
    1454 and how to document modifications</H2>
    1455 <P>Currently (Sep 23rd, 2009), only selected users are allowed to
     1488                        timestep<br><br>combine_plot_fields</p>
     1489                </td>
     1490        </tr>
     1491</tbody></table>
     1492<p><br>&nbsp; <br>&nbsp;
     1493</p>
     1494<h2><a name="Kapitel2.0"></a>2.0&nbsp; How to change the source code
     1495and how to document modifications</h2>
     1496<p>Currently (Sep 23rd, 2009), only selected users are allowed to
    14561497commit changes to the repository. Rules given below are preliminary,
    1457 until we have switched to the &quot;trac&quot;-System.</P>
    1458 <OL>
    1459         <LI><P>Change source code in your current working copy. Document
    1460         changes in the respective file headers unter &quot;<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">Current
    1461         revisions:</FONT>&quot;. Additionally, document all changes in a
     1498until we have switched to the "trac"-System.</p>
     1499<ol>
     1500        <li><p>Change source code in your current working copy. Document
     1501        changes in the respective file headers unter "<font face="Courier New, Courier, monospace">Current
     1502        revisions:</font>". Additionally, document all changes in a
    14621503        local file (e.g. ~/palm/current_version/CURRENT_MODIFICATIONS),
    14631504        including the files that have been changed. Classify changes in
    1464         three cases, new (N), changed (C), and bugfix (B). <B>Try to be as
    1465         short and as precise as possible in describing the changes!</B></P>
    1466         <LI><P>Test the changed version, unless it works sufficiently.</P>
    1467         <LI><P>Commit the changes to the repository<BR><BR>&nbsp;&nbsp; <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">svn
    1468         commit -m &quot;message string&quot; trunk<BR></FONT><BR>where
    1469         &quot;<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">message string</FONT>&quot;
    1470         is a short, <B>meaningful</B> summary of the
    1471         changes.<BR><BR>Alternatively, in case that you have made quite a
     1505        three cases, new (N), changed (C), and bugfix (B). <b>Try to be as
     1506        short and as precise as possible in describing the changes!</b></p>
     1507        </li><li><p>Test the changed version, unless it works sufficiently.</p>
     1508        </li><li><p>Commit the changes to the repository<br><br>&nbsp;&nbsp; <font face="Courier New, Courier, monospace">svn
     1509        commit -m "message string" trunk<br></font><br>where
     1510        "<font face="Courier New, Courier, monospace">message string</font>"
     1511        is a short, <b>meaningful</b> summary of the
     1512        changes.<br><br>Alternatively, in case that you have made quite a
    14721513        lot of changes, you can also give the contents of your file
    1473         CURRENT_MODIFICATIONS as the log message:<BR><BR>&nbsp;&nbsp; <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">svn
    1474         commit -F CURRENT_MODIFICATIONS trunk</FONT></P>
    1475         <LI><P>Enter the changes into the technical documentation (under
    1476         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">.../trunk/DOC/tec/technical_documentation.html</FONT>).</P>
    1477         <LI><P>Move the change comments in the file headers from &quot;Current
    1478         revisions:&quot; to &quot;Former revisions:&quot;. Set the current
    1479         svn id in front of that.<BR><BR><B>Example:</B><BR><BR><B>before
    1480         move:</B><BR><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
    1481         Current revisions:</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
    1482         -----------------</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
    1483         </FONT><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace"><B>new dummy
    1484         argument abcd</B></FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
    1485         Former revisions:</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
    1486         -----------------</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
    1487         ᅵId: init_3d_model.f90 </FONT><FONT COLOR="#3366ff"><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace"><B>425
    1488         2010-02-06 13:37:48Z raasch</B></FONT></FONT><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">
    1489         ᅵ</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
    1490         407 2009-12-01 15:01:15Z maronga</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
    1491         var_ts is replaced by dots_max </FONT><BR><BR><B>after move:</B><BR><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
    1492         Current revisions:</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
    1493         -----------------</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
    1494         </FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
    1495         Former revisions:</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
    1496         -----------------</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
    1497         ᅵId: init_3d_model.f90 425 2010-02-06 13:37:48Z raasch</FONT>
    1498         <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">ᅵ<BR>!</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
    1499         </FONT><FONT COLOR="#3366ff"><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace"><B>425
    1500         2010-02-06 13:37:48Z raasch</B></FONT></FONT><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace"><BR>!
    1501         </FONT><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace"><B>new dummy
    1502         argument abcd</B></FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
    1503         407 2009-12-01 15:01:15Z maronga</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
    1504         var_ts is replaced by dots_max<BR><BR></FONT><FONT FACE="Times New Roman, Times, serif">Note
    1505         that the &quot;</FONT><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">ᅵ</FONT><FONT FACE="Times New Roman, Times, serif">&quot;
    1506         in this example should read &quot;$&quot;, but &quot;$&quot; cannot
     1514        CURRENT_MODIFICATIONS as the log message:<br><br>&nbsp;&nbsp; <font face="Courier New, Courier, monospace">svn
     1515        commit -F CURRENT_MODIFICATIONS trunk</font></p>
     1516        </li><li><p>Enter the changes into the technical documentation (under
     1517        <font face="Courier New, Courier, monospace">.../trunk/DOC/tec/technical_documentation.html</font>).</p>
     1518        </li><li><p>Move the change comments in the file headers from "Current
     1519        revisions:" to "Former revisions:". Set the current
     1520        svn id in front of that.<br><br><b>Example:</b><br><br><b>before
     1521        move:</b><br><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!
     1522        Current revisions:</font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!
     1523        -----------------</font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!
     1524        </font><font face="Courier New, Courier, monospace"><b>new dummy
     1525        argument abcd</b></font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!</font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!
     1526        Former revisions:</font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!
     1527        -----------------</font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">! §Id: init_3d_model.f90 </font><font color="#3366ff"><font face="Courier New, Courier, monospace"><b>425
     1528        2010-02-06 13:37:48Z raasch</b></font></font><font face="Courier New, Courier, monospace"> §</font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!</font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!
     1529        407 2009-12-01 15:01:15Z maronga</font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!
     1530        var_ts is replaced by dots_max </font><br><br><b>after move:</b><br><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!
     1531        Current revisions:</font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!
     1532        -----------------</font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!
     1533        </font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!</font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!
     1534        Former revisions:</font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!
     1535        -----------------</font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">! §Id: init_3d_model.f90 425 2010-02-06 13:37:48Z raasch</font> <font face="Courier New, Courier, monospace">§<br>!</font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!
     1536        </font><font color="#3366ff"><font face="Courier New, Courier, monospace"><b>425
     1537        2010-02-06 13:37:48Z raasch</b></font></font><font face="Courier New, Courier, monospace"><br>!
     1538        </font><font face="Courier New, Courier, monospace"><b>new dummy
     1539        argument abcd</b></font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!</font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!
     1540        407 2009-12-01 15:01:15Z maronga</font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!
     1541        var_ts is replaced by dots_max<br><br></font><font face="Times New Roman, Times, serif">Note
     1542        that the "</font><span style="font-family: Courier New,Courier,monospace;">§</span><font face="Times New Roman, Times, serif">"
     1543        in this example should read "$", but "$" cannot
    15071544        be used here, because otherwise svn would replace these entries
    1508         after every change to this technical documentation.</FONT></P>
    1509         <LI><P>Commit the changes in the technical documentation and the
    1510         file headers:<BR><BR>&nbsp;&nbsp; <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">svn
    1511         commit -m &quot;last commit documented&quot; trunk</FONT><BR><BR><BR>
    1512         </P>
    1513 </OL>
    1514 <H2><A NAME="Kapitel3.0"></A>3.0&nbsp; Description of selected parts
    1515 of the model source code</H2>
    1516 <P>This section gives links to existing descriptions about special
     1545        after every change to this technical documentation.</font></p>
     1546        </li><li><p>Commit the changes in the technical documentation and the
     1547        file headers:<br><br>&nbsp;&nbsp; <font face="Courier New, Courier, monospace">svn
     1548        commit -m "last commit documented" trunk</font><br><br><br>
     1549        </p>
     1550</li></ol>
     1551<h2><a name="Kapitel3.0"></a>3.0&nbsp; Description of selected parts
     1552of the model source code</h2>
     1553<p>This section gives links to existing descriptions about special
    15171554parts of the PALM code, e.g. special numerical methods that are used
    15181555(including mathematical background). Documents are stored in single
    15191556files with different formats. Some are in German (sorry for the
    1520 inconvenience). <BR>&nbsp;
    1521 </P>
    1522 <UL>
    1523         <LI><P STYLE="margin-bottom: 0in"><A NAME="UPS"></A>upstream-spline
    1524         advection scheme ( <A HREF="methods/upstream_spline/ups.pdf">.pdf</A>
     1557inconvenience). <br>&nbsp;
     1558</p>
     1559<ul>
     1560        <li><p style="margin-bottom: 0in;"><a name="UPS"></a>upstream-spline
     1561        advection scheme ( <a href="methods/upstream_spline/ups.pdf">.pdf</a>
    15251562        , only in German)
    1526         </P>
    1527         <LI><P STYLE="margin-bottom: 0in"><A NAME="Cloud_physics"></A>cloud
    1528         physics module ( <A HREF="methods/cloud_physics/cloud_physics.pdf">.pdf</A>
     1563        </p>
     1564        </li><li><p style="margin-bottom: 0in;"><a name="Cloud_physics"></a>cloud
     1565        physics module ( <a href="methods/cloud_physics/cloud_physics.pdf">.pdf</a>
    15291566        )
    1530         </P>
    1531         <LI><P STYLE="margin-bottom: 0in"><A NAME="Bitkompression"></A>data
    1532         compression with <A HREF="methods/bit_compression/bit_compression.html">bit
    1533         shifting method</A> (only in German)</P>
    1534         <LI><P>Runge-Kutta time integration scheme ( <A HREF="methods/runge_kutta/runge_kutta.pdf">.pdf</A>
     1567        </p>
     1568        </li><li><p style="margin-bottom: 0in;"><a name="Bitkompression"></a>data
     1569        compression with <a href="methods/bit_compression/bit_compression.html">bit
     1570        shifting method</a> (only in German)</p>
     1571        </li><li><p>Runge-Kutta time integration scheme ( <a href="methods/runge_kutta/runge_kutta.pdf">.pdf</a>
    15351572        , only in German)
    1536         </P>
    1537 </UL>
    1538 <P><BR>&nbsp; <BR>&nbsp; <BR>&nbsp; <BR>&nbsp; <BR>&nbsp; <BR>&nbsp;
    1539 <BR>&nbsp; <BR>&nbsp;
    1540 </P>
    1541 </BODY>
    1542 </HTML>
     1573        </p>
     1574</li></ul>
     1575<p><br>&nbsp; <br>&nbsp; <br>&nbsp; <br>&nbsp; <br>&nbsp; <br>&nbsp;
     1576<br>&nbsp; <br>&nbsp;
     1577</p>
     1578</body></html>
  • palm/trunk/SOURCE/disturb_heatflux.f90

    r555 r556  
    44! Current revisions:
    55! -----------------
    6 ! Bugfix in if statement
     6!
    77!
    88! Former revisions:
    99! -----------------
    1010! $Id$
     11!
     12! 555 2010-09-07 07:32:53Z raasch
     13! Bugfix in if statement
     14!
    1115! RCS Log replace by Id keyword, revision history cleaned up
    1216!
  • palm/trunk/SOURCE/init_grid.f90

    r555 r556  
    44! Current revisions:
    55! -----------------
    6 ! Bugfix: default setting of nzb_local for flat topographie
     6!
    77!
    88! Former revisions:
    99! -----------------
    1010! $Id$
     11!
     12! 555 2010-09-07 07:32:53Z raasch
     13! Bugfix: default setting of nzb_local for flat topographie
    1114!
    1215! 274 2009-03-26 15:11:21Z heinze
  • palm/trunk/SOURCE/user_statistics.f90

    r555 r556  
    44! Current revisions:
    55! -----------------
    6 ! Bugfix: wrong dimension used for ts_value_l
     6!
    77!
    88! Former revisions:
    99! -----------------
    1010! $Id$
     11!
     12! 555 2010-09-07 07:32:53Z raasch
     13! Bugfix: wrong dimension used for ts_value_l
    1114!
    1215! 493 2010-03-01 08:30:24Z raasch
  • palm/trunk/UTIL/interpret_config.f90

    • Property svn:keywords set to Id
    r555 r556  
    44! Actual revisions:
    55! -----------------
    6 ! bugfix in 2201 statement: closing " was missing
    7 ! mrun environment variables are read from NAMELIST instead of using GETENV.
    8 ! Variables are allways assigned a value, also if they already got one. These
    9 ! values are re-assigned later in mrun.
     6!
    107!
    118! Former revisions:
     
    1310! $Id$
    1411!
     12! 07/09/10 - Siggi - bugfix in 2201 statement: closing " was missing
     13! unknown  - Siggi - mrun environment variables are read from NAMELIST instead
     14!                    of using GETENV. Variables are always assigned a value,
     15!                    also if they already got one. These values are re-assigned
     16!                    later in mrun.
    1517! 28/02/07 - Siggi - empty lines in configuration file are accepted
    1618! 01/11/05 - Siggi - s2b-Feld erlaubt den Wert locopt
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.