Changeset 557


Ignore:
Timestamp:
Sep 7, 2010 2:50:07 PM (11 years ago)
Author:
weinreis
Message:

bugfix message string in set_mask_locations

Location:
palm/trunk
Files:
12 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • palm/trunk/DOC/tec/technical_documentation.html

    r556 r557  
    11<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
    2 <html><head>
    3 
    4 
    5         <meta http-equiv="CONTENT-TYPE" content="text/html; charset=utf-8"><title>PALM technical/numerical documentation</title>
    6        
    7         <meta name="GENERATOR" content="OpenOffice.org 3.0  (Unix)">
    8         <meta name="AUTHOR" content="Siegfried Raasch">
    9         <meta name="CREATED" content="0;0">
    10         <meta name="CHANGED" content="20100901;15562900">
    11         <meta name="KEYWORDS" content="parallel LES model"></head><body dir="ltr" lang="en-US">
    12 <p style="margin-bottom: 0in;"><font size="7">PALM&nbsp;&nbsp; </font>a
    13 <b>pa</b>rallelized <b>L</b>ES <b>m</b>odel
    14 </p>
    15 <hr>
    16 <p style="margin-bottom: 0in;"><br><font size="5">technical/numerical
    17 documentation</font> <br>&nbsp; <br>&nbsp;
    18 </p>
    19 <p style="margin-bottom: 0in;" align="center">&nbsp;
    20 </p>
    21 <table cellpadding="0" cellspacing="0">
    22         <tbody><tr>
    23                 <td>
    24                         <p><b>Current fixed release:</b></p>
    25                 </td>
    26                 <td>
    27                         <p><b>3.7a</b></p>
    28                 </td>
    29         </tr>
    30         <tr>
    31                 <td>
    32                         <p><b>Last change of this document</b>:&nbsp;</p>
    33                 </td>
    34                 <td>
    35                         <p><b>$Id: technical_documentation.html 544 2010-08-17 10:44:58Z
    36                         maronga $</b></p>
    37                 </td>
    38         </tr>
    39 </tbody></table>
    40 <hr>
    41 <p><font size="5">Table of contents</font> <br>&nbsp; <br>&nbsp;
    42 </p>
    43 <ul>
    44         <p><a href="#Kapitel1.0">1.0</a>&nbsp; History of changes
    45         </p>
    46         <p><a href="#Kapitel2.0">2.0</a>&nbsp; How to change the source code
    47         and how to document modifications</p>
    48         <p><a href="#Kapitel3.0">3.0</a>&nbsp; Description of selected model
    49         numerics<br>&nbsp;</p>
    50 </ul>
    51 <p><br><br>
    52 </p>
    53 <h2><a name="Kapitel1.0"></a>1.0&nbsp; History of changes</h2>
    54 <p style="margin-bottom: 0in;">The following table documents all
     2<HTML>
     3<HEAD>
     4        <META HTTP-EQUIV="CONTENT-TYPE" CONTENT="text/html; charset=utf-8">
     5        <TITLE>PALM technical/numerical documentation</TITLE>
     6        <META NAME="GENERATOR" CONTENT="OpenOffice.org 3.0  (Unix)">
     7        <META NAME="AUTHOR" CONTENT="Siegfried Raasch">
     8        <META NAME="CREATED" CONTENT="0;0">
     9        <META NAME="CHANGED" CONTENT="20100907;16492700">
     10        <META NAME="KEYWORDS" CONTENT="parallel LES model">
     11</HEAD>
     12<BODY LANG="en-US" DIR="LTR">
     13<P STYLE="margin-bottom: 0in"><FONT SIZE=7>PALM&nbsp;&nbsp; </FONT>a
     14<B>pa</B>rallelized <B>L</B>ES <B>m</B>odel
     15</P>
     16<HR>
     17<P STYLE="margin-bottom: 0in"><BR><FONT SIZE=5>technical/numerical
     18documentation</FONT> <BR>&nbsp; <BR>&nbsp;
     19</P>
     20<P ALIGN=CENTER STYLE="margin-bottom: 0in">&nbsp;
     21</P>
     22<TABLE CELLPADDING=0 CELLSPACING=0>
     23        <TR>
     24                <TD>
     25                        <P><B>Current fixed release:</B></P>
     26                </TD>
     27                <TD>
     28                        <P><B>3.7a</B></P>
     29                </TD>
     30        </TR>
     31        <TR>
     32                <TD>
     33                        <P><B>Last change of this document</B>:&nbsp;</P>
     34                </TD>
     35                <TD>
     36                        <P><B>$Id: technical_documentation.html 544 2010-08-17 10:44:58Z
     37                        maronga $</B></P>
     38                </TD>
     39        </TR>
     40</TABLE>
     41<HR>
     42<P><FONT SIZE=5>Table of contents</FONT> <BR>&nbsp; <BR>&nbsp;
     43</P>
     44<UL>
     45        <P><A HREF="#Kapitel1.0">1.0</A>&nbsp; History of changes
     46        </P>
     47        <P><A HREF="#Kapitel2.0">2.0</A>&nbsp; How to change the source code
     48        and how to document modifications</P>
     49        <P><A HREF="#Kapitel3.0">3.0</A>&nbsp; Description of selected model
     50        numerics<BR>&nbsp;</P>
     51</UL>
     52<P><BR><BR>
     53</P>
     54<H2><A NAME="Kapitel1.0"></A>1.0&nbsp; History of changes</H2>
     55<P STYLE="margin-bottom: 0in">The following table documents all
    5556changes to the PALM repository since 2009. Older changes can be found
    56 <a href="tec_doc_1998-2008.html">here</a>.<br><br>Entries in the
     57<A HREF="tec_doc_1998-2008.html">here</A>.<BR><BR>Entries in the
    5758fifth column specify the type of the change: change&nbsp; of existing
    5859code (C), new code (N) or bugfix (B). More detailed information about
    5960the changes may sometimes be found in the header comment lines of the
    60 respective routines. <br>&nbsp;
    61 </p>
    62 <table border="1" cellpadding="2" cellspacing="3" width="1223">
    63         <col width="37">
    64         <col width="56">
    65         <col width="68">
    66         <col width="62">
    67         <col width="36">
    68         <col width="518">
    69         <col width="393">
    70         <tbody><tr>
    71                 <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
    72                         <p><font size="4"><b>date</b></font></p>
    73                 </td>
    74                 <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
    75                         <p><font size="4"><b>author</b></font></p>
    76                 </td>
    77                 <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
    78                         <p><font size="4"><b>svn revision</b></font></p>
    79                 </td>
    80                 <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
    81                         <p><font size="4"><b>last release</b></font></p>
    82                 </td>
    83                 <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
    84                         <p><font size="4"><b>type</b></font></p>
    85                 </td>
    86                 <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
    87                         <p><font size="4"><b>description</b></font></p>
    88                 </td>
    89                 <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
    90                         <p><font size="4"><b>affected routines</b></font></p>
    91                 </td>
    92         </tr>
    93         <tr>
    94       <td style="vertical-align: top;">07/09/10<br>
    95       </td>
    96       <td style="vertical-align: top;">SR<br>
    97       </td>
    98       <td style="vertical-align: top;">556<br>
    99       </td>
    100       <td style="vertical-align: top;">3.7a<br>
    101       </td>
    102       <td style="vertical-align: top;">C<br>
    103       </td>
    104       <td style="vertical-align: top;">Documentation for<span style="font-family: Courier New,Courier,monospace;"> surface_heatflux </span>in case of<span style="font-family: Courier New,Courier,monospace;"> prandtl_layer </span>= <span style="font-style: italic;">.F.</span> improved.<br>
    105       <br>
    106 bugfix for wrong netcdf/3.6.3 module on lcsgi (mbuild, mrun)<br>
    107       </td>
    108       <td style="vertical-align: top;">mbuild, mrun<br>
    109       </td>
    110     </tr>
    111     <tr>
    112       <td style="vertical-align: top;"><br>
    113       </td>
    114       <td style="vertical-align: top;"><br>
    115       </td>
    116       <td style="vertical-align: top;"><br>
    117       </td>
    118       <td style="vertical-align: top;"><br>
    119       </td>
    120       <td style="vertical-align: top;">B<br>
    121       </td>
    122       <td style="vertical-align: top;">Bugfix in if statement (disturb_heatflux)<br>
    123       <br>
    124 Bugfix: in 2201 statement: closing " was missing (interpret_config)<br>
    125       <br>
    126 Bugfix: default setting of nzb_local for flat topography (init_grid)<br>
    127       <br>
    128 Bugfix: wrong dimension used for ts_value_l (user_statistics)<br>
    129       </td>
    130       <td style="vertical-align: top;">disturb_heatflux, init_grid, user_statistics<br>
    131       <br>
    132 interpret_config<br>
    133       </td>
    134     </tr>
    135 <tr>
    136                 <td sdval="40187" sdnum="1033;0;MM/DD/YY" style="width: 37px; vertical-align: top;">
    137                         <p style="font-weight: normal;"><font size="3">01/09/10</font></p>
    138                 </td>
    139                 <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
    140                         <p style="font-weight: normal;"><font size="3">CH</font></p>
    141                 </td>
    142                 <td sdval="553" sdnum="1033;" style="width: 68px; vertical-align: top;">
    143                         <p style="font-weight: normal;"><font size="3">553</font></p>
    144                 </td>
    145                 <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
    146                         <p style="font-weight: normal;"><font size="3">3.7a</font></p>
    147                 </td>
    148                 <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
    149                         <p style="font-weight: normal;"><font size="3">C</font></p>
    150                 </td>
    151                 <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
    152                         <p style="font-weight: normal;"><font size="3">d3dpar-parameters for
    153                         masked output <font face="Courier New, monospace">data_output_mask_*,
     61respective routines. <BR>&nbsp;
     62</P>
     63<TABLE WIDTH=1223 BORDER=1 CELLPADDING=2 CELLSPACING=3>
     64        <COL WIDTH=37>
     65        <COL WIDTH=56>
     66        <COL WIDTH=68>
     67        <COL WIDTH=62>
     68        <COL WIDTH=36>
     69        <COL WIDTH=517>
     70        <COL WIDTH=393>
     71        <TR>
     72                <TD WIDTH=37>
     73                        <P><FONT SIZE=4><B>date</B></FONT></P>
     74                </TD>
     75                <TD WIDTH=56>
     76                        <P><FONT SIZE=4><B>author</B></FONT></P>
     77                </TD>
     78                <TD WIDTH=68>
     79                        <P><FONT SIZE=4><B>svn revision</B></FONT></P>
     80                </TD>
     81                <TD WIDTH=62>
     82                        <P><FONT SIZE=4><B>last release</B></FONT></P>
     83                </TD>
     84                <TD WIDTH=36>
     85                        <P><FONT SIZE=4><B>type</B></FONT></P>
     86                </TD>
     87                <TD WIDTH=517>
     88                        <P><FONT SIZE=4><B>description</B></FONT></P>
     89                </TD>
     90                <TD WIDTH=393>
     91                        <P><FONT SIZE=4><B>affected routines</B></FONT></P>
     92                </TD>
     93        </TR>
     94        <TR>
     95                <TD WIDTH=37 SDVAL="40368" SDNUM="1033;0;MM/DD/YY">
     96                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>07/09/10</FONT></P>
     97                </TD>
     98                <TD WIDTH=56>
     99                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>CH</FONT></P>
     100                </TD>
     101                <TD WIDTH=68 SDVAL="557" SDNUM="1033;">
     102                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>557</FONT></P>
     103                </TD>
     104                <TD WIDTH=62>
     105                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>3.7a</FONT></P>
     106                </TD>
     107                <TD WIDTH=36>
     108                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>B</FONT></P>
     109                </TD>
     110                <TD WIDTH=517>
     111                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>Bugfix of message
     112                        string in if statement (dz_stretch_level) of subroutine
     113                        set_mask_locations.</FONT></P>
     114                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>The changes concern
     115                        the masked data output, which is still not documented.</FONT></P>
     116                </TD>
     117                <TD WIDTH=393>
     118                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>init_masks</FONT></P>
     119                </TD>
     120        </TR>
     121        <TR>
     122                <TD WIDTH=37>
     123                        <P>07/09/10</P>
     124                </TD>
     125                <TD WIDTH=56>
     126                        <P>SR</P>
     127                </TD>
     128                <TD WIDTH=68>
     129                        <P>556</P>
     130                </TD>
     131                <TD WIDTH=62>
     132                        <P>3.7a</P>
     133                </TD>
     134                <TD WIDTH=36>
     135                        <P>C</P>
     136                </TD>
     137                <TD WIDTH=517>
     138                        <P>Documentation for <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">surface_heatflux
     139                        </FONT>in case of <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">prandtl_layer
     140                        </FONT>= <I>.F.</I> improved.<BR><BR>bugfix for wrong netcdf/3.6.3
     141                        module on lcsgi (mbuild, mrun)</P>
     142                </TD>
     143                <TD WIDTH=393>
     144                        <P>mbuild, mrun</P>
     145                </TD>
     146        </TR>
     147        <TR>
     148                <TD WIDTH=37>
     149                        <P><BR>
     150                        </P>
     151                </TD>
     152                <TD WIDTH=56>
     153                        <P><BR>
     154                        </P>
     155                </TD>
     156                <TD WIDTH=68>
     157                        <P><BR>
     158                        </P>
     159                </TD>
     160                <TD WIDTH=62>
     161                        <P><BR>
     162                        </P>
     163                </TD>
     164                <TD WIDTH=36>
     165                        <P>B</P>
     166                </TD>
     167                <TD WIDTH=517>
     168                        <P>Bugfix in if statement (disturb_heatflux)<BR><BR>Bugfix: in
     169                        2201 statement: closing &quot; was missing
     170                        (interpret_config)<BR><BR>Bugfix: default setting of nzb_local for
     171                        flat topography (init_grid)<BR><BR>Bugfix: wrong dimension used
     172                        for ts_value_l (user_statistics)</P>
     173                </TD>
     174                <TD WIDTH=393>
     175                        <P>disturb_heatflux, init_grid, user_statistics<BR><BR>interpret_config</P>
     176                </TD>
     177        </TR>
     178        <TR>
     179                <TD WIDTH=37 SDVAL="40187" SDNUM="1033;0;MM/DD/YY">
     180                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>01/09/10</FONT></P>
     181                </TD>
     182                <TD WIDTH=56>
     183                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>CH</FONT></P>
     184                </TD>
     185                <TD WIDTH=68 SDVAL="553" SDNUM="1033;">
     186                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>553</FONT></P>
     187                </TD>
     188                <TD WIDTH=62>
     189                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>3.7a</FONT></P>
     190                </TD>
     191                <TD WIDTH=36>
     192                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>C</FONT></P>
     193                </TD>
     194                <TD WIDTH=517>
     195                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>d3dpar-parameters for
     196                        masked output <FONT FACE="Courier New, monospace">data_output_mask_*,
    154197                        data_output_mask_user_*, mask_*_x, mask_*_y, mask_*_z,
    155                         mask_*_x_loop, mask_*_y_loop </font><font face="Times New Roman, serif">and
    156                         </font><font face="Courier New, monospace">mask_*_z_loop </font>have
    157                         been replaced by corresponding arrays <font face="Courier New, monospace">data_output_masks,
     198                        mask_*_x_loop, mask_*_y_loop </FONT><FONT FACE="Times New Roman, serif">and
     199                        </FONT><FONT FACE="Courier New, monospace">mask_*_z_loop </FONT>have
     200                        been replaced by corresponding arrays <FONT FACE="Courier New, monospace">data_output_masks,
    158201                        data_output_masks_user, mask_x, mask_y, mask_z, mask_x_loop,
    159                         mask_y_loop </font><font face="Times New Roman, serif">and</font><font face="Courier New, monospace">
    160                         mask_z_loop</font></font></p>
    161                         <p style="font-weight: normal;"><font size="3">inipar-parameter <font face="Courier New, monospace">masks</font>
    162                         has been removed. </font>
    163                         </p>
    164                         <p style="font-weight: normal;"><font size="3">The changes concern
    165                         the masked data output, which is still not documented.</font></p>
    166                 </td>
    167                 <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
    168                         <p style="font-weight: normal;"><font size="3">check_parameters,
    169                         init_masks, modules, parin, user_parin</font></p>
    170                 </td>
    171         </tr>
    172         <tr>
    173                 <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
    174                         <p>17/08/10</p>
    175                 </td>
    176                 <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
    177                         <p>BM</p>
    178                 </td>
    179                 <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
    180                         <p>544</p>
    181                 </td>
    182                 <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
    183                         <p>3.7a</p>
    184                 </td>
    185                 <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
    186                         <p>B/C/N</p>
    187                 </td>
    188                 <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
    189                         <p>adjustments for lcxt4; bugfix (mbuild): loading of user-defined
    190                         modules; new .mrun.config.lcxt4 for Cray XT4 in Bergen/Norway</p>
    191                 </td>
    192                 <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
    193                         <p>mrun, mbuild, subjob</p>
    194                 </td>
    195         </tr>
    196         <tr>
    197                 <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
    198                         <p>15/06/10</p>
    199                 </td>
    200                 <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
    201                         <p>RH</p>
    202                 </td>
    203                 <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
    204                         <p>540</p>
    205                 </td>
    206                 <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
    207                         <p>3.7a</p>
    208                 </td>
    209                 <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
    210                         <p>C</p>
    211                 </td>
    212                 <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
    213                         <p>ssh from compute nodes to login nodes on hosts lcsgih/lcsgib is
     202                        mask_y_loop </FONT><FONT FACE="Times New Roman, serif">and</FONT>
     203                        <FONT FACE="Courier New, monospace">mask_z_loop</FONT></FONT></P>
     204                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>inipar-parameter <FONT FACE="Courier New, monospace">masks</FONT>
     205                        has been removed. </FONT>
     206                        </P>
     207                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>The changes concern
     208                        the masked data output, which is still not documented.</FONT></P>
     209                </TD>
     210                <TD WIDTH=393>
     211                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>check_parameters,
     212                        init_masks, modules, parin, user_parin</FONT></P>
     213                </TD>
     214        </TR>
     215        <TR>
     216                <TD WIDTH=37>
     217                        <P>17/08/10</P>
     218                </TD>
     219                <TD WIDTH=56>
     220                        <P>BM</P>
     221                </TD>
     222                <TD WIDTH=68>
     223                        <P>544</P>
     224                </TD>
     225                <TD WIDTH=62>
     226                        <P>3.7a</P>
     227                </TD>
     228                <TD WIDTH=36>
     229                        <P>B/C/N</P>
     230                </TD>
     231                <TD WIDTH=517>
     232                        <P>adjustments for lcxt4; bugfix (mbuild): loading of user-defined
     233                        modules; new .mrun.config.lcxt4 for Cray XT4 in Bergen/Norway</P>
     234                </TD>
     235                <TD WIDTH=393>
     236                        <P>mrun, mbuild, subjob</P>
     237                </TD>
     238        </TR>
     239        <TR>
     240                <TD WIDTH=37>
     241                        <P>15/06/10</P>
     242                </TD>
     243                <TD WIDTH=56>
     244                        <P>RH</P>
     245                </TD>
     246                <TD WIDTH=68>
     247                        <P>540</P>
     248                </TD>
     249                <TD WIDTH=62>
     250                        <P>3.7a</P>
     251                </TD>
     252                <TD WIDTH=36>
     253                        <P>C</P>
     254                </TD>
     255                <TD WIDTH=517>
     256                        <P>ssh from compute nodes to login nodes on hosts lcsgih/lcsgib is
    214257                        done using the names hicegate0/bicegate0 instead of the IP
    215                         addresses</p>
    216                 </td>
    217                 <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
    218                         <p>mrun</p>
    219                 </td>
    220         </tr>
    221         <tr>
    222                 <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
    223                         <p>21/04/10</p>
    224                 </td>
    225                 <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
    226                         <p>RH</p>
    227                 </td>
    228                 <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
    229                         <p>532</p>
    230                 </td>
    231                 <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
    232                         <p>3.7a</p>
    233                 </td>
    234                 <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
    235                         <p>C</p>
    236                 </td>
    237                 <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
    238                         <p>Large scale vertical motion (subsidence/ascent) can be added as
     258                        addresses</P>
     259                </TD>
     260                <TD WIDTH=393>
     261                        <P>mrun</P>
     262                </TD>
     263        </TR>
     264        <TR>
     265                <TD WIDTH=37>
     266                        <P>21/04/10</P>
     267                </TD>
     268                <TD WIDTH=56>
     269                        <P>RH</P>
     270                </TD>
     271                <TD WIDTH=68>
     272                        <P>532</P>
     273                </TD>
     274                <TD WIDTH=62>
     275                        <P>3.7a</P>
     276                </TD>
     277                <TD WIDTH=36>
     278                        <P>C</P>
     279                </TD>
     280                <TD WIDTH=517>
     281                        <P>Large scale vertical motion (subsidence/ascent) can be added as
    239282                        additional source to the prognostic equation for humidity/passive
    240                         scalar<br>&nbsp;<br>character length for dopr_unit
    241                         enlarged<br><br>Adjustment of the NCL scripts to allow for output
     283                        scalar<BR>&nbsp;<BR>character length for dopr_unit
     284                        enlarged<BR><BR>Adjustment of the NCL scripts to allow for output
    242285                        of png files
    243                         </p>
    244                 </td>
    245                 <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
    246                         <p>modules, prognostic_equations<br><br>.ncl.config.default,
    247                         cross_sections.ncl, profiles.ncl, timeseries.ncl, spectra.ncl</p>
    248                 </td>
    249         </tr>
    250         <tr>
    251                 <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
    252                         <p><br>
    253                         </p>
    254                 </td>
    255                 <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
    256                         <p><br>
    257                         </p>
    258                 </td>
    259                 <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
    260                         <p><br>
    261                         </p>
    262                 </td>
    263                 <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
    264                         <p><br>
    265                         </p>
    266                 </td>
    267                 <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
    268                         <p>B</p>
    269                 </td>
    270                 <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
    271                         <p>Bugfix: unit of hyp changed to dbar</p>
    272                 </td>
    273                 <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
    274                         <p>check_parameters</p>
    275                 </td>
    276         </tr>
    277         <tr>
    278                 <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
    279                         <p>01/04/10</p>
    280                 </td>
    281                 <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
    282                         <p>RH</p>
    283                 </td>
    284                 <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
    285                         <p>530</p>
    286                 </td>
    287                 <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
    288                         <p>3.7a</p>
    289                 </td>
    290                 <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
    291                         <p>B</p>
    292                 </td>
    293                 <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
    294                         <p>Bugfix: treatment of special character * in NCL variables
    295                         containing lists corrected</p>
    296                 </td>
    297                 <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
    298                         <p>palmplot</p>
    299                 </td>
    300         </tr>
    301         <tr>
    302                 <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
    303                         <p>31/03/10</p>
    304                 </td>
    305                 <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
    306                         <p>RH</p>
    307                 </td>
    308                 <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
    309                         <p>529</p>
    310                 </td>
    311                 <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
    312                         <p>3.7a</p>
    313                 </td>
    314                 <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
    315                         <p>C</p>
    316                 </td>
    317                 <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
    318                         <p>List of variable names have to specified using blank separated
    319                         lists and single quotes</p>
    320                 </td>
    321                 <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
    322                         <p>palmplot</p>
    323                 </td>
    324         </tr>
    325         <tr>
    326                 <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
    327                         <p>30/03/10</p>
    328                 </td>
    329                 <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
    330                         <p>RH</p>
    331                 </td>
    332                 <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
    333                         <p>526</p>
    334                 </td>
    335                 <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
    336                         <p>3.7a</p>
    337                 </td>
    338                 <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
    339                         <p>C</p>
    340                 </td>
    341                 <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
    342                         <p>Adjustment of the NCL scripts and <font face="Courier New, Courier, monospace">palmplot
    343                         </font>to allow for special characters in NetCDF variable names
    344                         </p>
    345                 </td>
    346                 <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
    347                         <p>palmplot, .ncl.config.default, cross_sections.ncl,
    348                         profiles.ncl, timeseries.ncl, spectra.ncl</p>
    349                 </td>
    350         </tr>
    351         <tr>
    352                 <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
    353                         <p>30/03/10</p>
    354                 </td>
    355                 <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
    356                         <p>SR</p>
    357                 </td>
    358                 <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
    359                         <p>525</p>
    360                 </td>
    361                 <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
    362                         <p>3.7a</p>
    363                 </td>
    364                 <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
    365                         <p>B</p>
    366                 </td>
    367                 <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
    368                         <p>Bugfix: "/" in netcdf profile variable names replaced
    369                         by ":"</p>
    370                 </td>
    371                 <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
    372                         <p>check_parameters</p>
    373                 </td>
    374         </tr>
    375         <tr>
    376                 <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
    377                         <p>19/03/10</p>
    378                 </td>
    379                 <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
    380                         <p>SR</p>
    381                 </td>
    382                 <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
    383                         <p>520</p>
    384                 </td>
    385                 <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
    386                         <p>3.7a</p>
    387                 </td>
    388                 <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
    389                         <p>N</p>
    390                 </td>
    391                 <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
    392                         <p>NetCDF4 support for particle data. Total number of particles is
    393                         allowed to increase during the run, when netcdf_data_format &gt; <i>2</i>
    394                         is used.</p>
    395                 </td>
    396                 <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
    397                         <p>advec_particles, check_open, netcdf</p>
    398                 </td>
    399         </tr>
    400         <tr>
    401                 <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
    402                         <p><br>
    403                         </p>
    404                 </td>
    405                 <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
    406                         <p><br>
    407                         </p>
    408                 </td>
    409                 <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
    410                         <p><br>
    411                         </p>
    412                 </td>
    413                 <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
    414                         <p><br>
    415                         </p>
    416                 </td>
    417                 <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
    418                         <p>C</p>
    419                 </td>
    420                 <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
    421                         <p>Special characters like * and " are now allowed for NetCDF
     286                        </P>
     287                </TD>
     288                <TD WIDTH=393>
     289                        <P>modules, prognostic_equations<BR><BR>.ncl.config.default,
     290                        cross_sections.ncl, profiles.ncl, timeseries.ncl, spectra.ncl</P>
     291                </TD>
     292        </TR>
     293        <TR>
     294                <TD WIDTH=37>
     295                        <P><BR>
     296                        </P>
     297                </TD>
     298                <TD WIDTH=56>
     299                        <P><BR>
     300                        </P>
     301                </TD>
     302                <TD WIDTH=68>
     303                        <P><BR>
     304                        </P>
     305                </TD>
     306                <TD WIDTH=62>
     307                        <P><BR>
     308                        </P>
     309                </TD>
     310                <TD WIDTH=36>
     311                        <P>B</P>
     312                </TD>
     313                <TD WIDTH=517>
     314                        <P>Bugfix: unit of hyp changed to dbar</P>
     315                </TD>
     316                <TD WIDTH=393>
     317                        <P>check_parameters</P>
     318                </TD>
     319        </TR>
     320        <TR>
     321                <TD WIDTH=37>
     322                        <P>01/04/10</P>
     323                </TD>
     324                <TD WIDTH=56>
     325                        <P>RH</P>
     326                </TD>
     327                <TD WIDTH=68>
     328                        <P>530</P>
     329                </TD>
     330                <TD WIDTH=62>
     331                        <P>3.7a</P>
     332                </TD>
     333                <TD WIDTH=36>
     334                        <P>B</P>
     335                </TD>
     336                <TD WIDTH=517>
     337                        <P>Bugfix: treatment of special character * in NCL variables
     338                        containing lists corrected</P>
     339                </TD>
     340                <TD WIDTH=393>
     341                        <P>palmplot</P>
     342                </TD>
     343        </TR>
     344        <TR>
     345                <TD WIDTH=37>
     346                        <P>31/03/10</P>
     347                </TD>
     348                <TD WIDTH=56>
     349                        <P>RH</P>
     350                </TD>
     351                <TD WIDTH=68>
     352                        <P>529</P>
     353                </TD>
     354                <TD WIDTH=62>
     355                        <P>3.7a</P>
     356                </TD>
     357                <TD WIDTH=36>
     358                        <P>C</P>
     359                </TD>
     360                <TD WIDTH=517>
     361                        <P>List of variable names have to specified using blank separated
     362                        lists and single quotes</P>
     363                </TD>
     364                <TD WIDTH=393>
     365                        <P>palmplot</P>
     366                </TD>
     367        </TR>
     368        <TR>
     369                <TD WIDTH=37>
     370                        <P>30/03/10</P>
     371                </TD>
     372                <TD WIDTH=56>
     373                        <P>RH</P>
     374                </TD>
     375                <TD WIDTH=68>
     376                        <P>526</P>
     377                </TD>
     378                <TD WIDTH=62>
     379                        <P>3.7a</P>
     380                </TD>
     381                <TD WIDTH=36>
     382                        <P>C</P>
     383                </TD>
     384                <TD WIDTH=517>
     385                        <P>Adjustment of the NCL scripts and <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">palmplot
     386                        </FONT>to allow for special characters in NetCDF variable names
     387                        </P>
     388                </TD>
     389                <TD WIDTH=393>
     390                        <P>palmplot, .ncl.config.default, cross_sections.ncl,
     391                        profiles.ncl, timeseries.ncl, spectra.ncl</P>
     392                </TD>
     393        </TR>
     394        <TR>
     395                <TD WIDTH=37>
     396                        <P>30/03/10</P>
     397                </TD>
     398                <TD WIDTH=56>
     399                        <P>SR</P>
     400                </TD>
     401                <TD WIDTH=68>
     402                        <P>525</P>
     403                </TD>
     404                <TD WIDTH=62>
     405                        <P>3.7a</P>
     406                </TD>
     407                <TD WIDTH=36>
     408                        <P>B</P>
     409                </TD>
     410                <TD WIDTH=517>
     411                        <P>Bugfix: &quot;/&quot; in netcdf profile variable names replaced
     412                        by &quot;:&quot;</P>
     413                </TD>
     414                <TD WIDTH=393>
     415                        <P>check_parameters</P>
     416                </TD>
     417        </TR>
     418        <TR>
     419                <TD WIDTH=37>
     420                        <P>19/03/10</P>
     421                </TD>
     422                <TD WIDTH=56>
     423                        <P>SR</P>
     424                </TD>
     425                <TD WIDTH=68>
     426                        <P>520</P>
     427                </TD>
     428                <TD WIDTH=62>
     429                        <P>3.7a</P>
     430                </TD>
     431                <TD WIDTH=36>
     432                        <P>N</P>
     433                </TD>
     434                <TD WIDTH=517>
     435                        <P>NetCDF4 support for particle data. Total number of particles is
     436                        allowed to increase during the run, when netcdf_data_format &gt; <I>2</I>
     437                        is used.</P>
     438                </TD>
     439                <TD WIDTH=393>
     440                        <P>advec_particles, check_open, netcdf</P>
     441                </TD>
     442        </TR>
     443        <TR>
     444                <TD WIDTH=37>
     445                        <P><BR>
     446                        </P>
     447                </TD>
     448                <TD WIDTH=56>
     449                        <P><BR>
     450                        </P>
     451                </TD>
     452                <TD WIDTH=68>
     453                        <P><BR>
     454                        </P>
     455                </TD>
     456                <TD WIDTH=62>
     457                        <P><BR>
     458                        </P>
     459                </TD>
     460                <TD WIDTH=36>
     461                        <P>C</P>
     462                </TD>
     463                <TD WIDTH=517>
     464                        <P>Special characters like * and &quot; are now allowed for NetCDF
    422465                        variable names. Replacement of these characters has been removed
    423                         (routine clean_netcdf_varname removed)</p>
    424                 </td>
    425                 <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
    426                         <p><br>
    427                         </p>
    428                 </td>
    429         </tr>
    430         <tr>
    431                 <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
    432                         <p>18/03/10</p>
    433                 </td>
    434                 <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
    435                         <p>SR</p>
    436                 </td>
    437                 <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
    438                         <p>516</p>
    439                 </td>
    440                 <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
    441                         <p>3.7a</p>
    442                 </td>
    443                 <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
    444                         <p>N</p>
    445                 </td>
    446                 <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
    447                         <p>Simple installation method has been documented (see chapter
     466                        (routine clean_netcdf_varname removed)</P>
     467                </TD>
     468                <TD WIDTH=393>
     469                        <P><BR>
     470                        </P>
     471                </TD>
     472        </TR>
     473        <TR>
     474                <TD WIDTH=37>
     475                        <P>18/03/10</P>
     476                </TD>
     477                <TD WIDTH=56>
     478                        <P>SR</P>
     479                </TD>
     480                <TD WIDTH=68>
     481                        <P>516</P>
     482                </TD>
     483                <TD WIDTH=62>
     484                        <P>3.7a</P>
     485                </TD>
     486                <TD WIDTH=36>
     487                        <P>N</P>
     488                </TD>
     489                <TD WIDTH=517>
     490                        <P>Simple installation method has been documented (see chapter
    448491                        5.0). Respective scripts and configuration files have been
    449                         updated.</p>
    450                 </td>
    451                 <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
    452                         <p>palm_simple_install, palm_simple_run</p>
    453                 </td>
    454         </tr>
    455         <tr>
    456                 <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
    457                         <p><br>
    458                         </p>
    459                 </td>
    460                 <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
    461                         <p><br>
    462                         </p>
    463                 </td>
    464                 <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
    465                         <p><br>
    466                         </p>
    467                 </td>
    468                 <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
    469                         <p><br>
    470                         </p>
    471                 </td>
    472                 <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
    473                         <p>B</p>
    474                 </td>
    475                 <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
    476                         <p>opt=1 is forced for PGI-compiler in routine <font face="Courier New, Courier, monospace">buoyancy
    477                         </font>by compiler-directive. Otherwise, program aborts with
    478                         SIGFPE.</p>
    479                 </td>
    480                 <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
    481                         <p>buoyancy</p>
    482                 </td>
    483         </tr>
    484         <tr>
    485                 <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
    486                         <p>16/03/10</p>
    487                 </td>
    488                 <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
    489                         <p>RH</p>
    490                 </td>
    491                 <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
    492                         <p>513</p>
    493                 </td>
    494                 <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
    495                         <p>3.7a</p>
    496                 </td>
    497                 <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
    498                         <p>N</p>
    499                 </td>
    500                 <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
    501                         <p>NCL scripts can be run with the shell script <font face="Courier New, Courier, monospace">palmplot.</font></p>
    502                 </td>
    503                 <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
    504                         <p>palmplot, .ncl.config.default, cross_sections.ncl, profiles.ncl</p>
    505                 </td>
    506         </tr>
    507         <tr>
    508                 <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
    509                         <p>12/03/10</p>
    510                 </td>
    511                 <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
    512                         <p>SR</p>
    513                 </td>
    514                 <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
    515                         <p>509</p>
    516                 </td>
    517                 <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
    518                         <p>3.7a</p>
    519                 </td>
    520                 <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
    521                         <p>B</p>
    522                 </td>
    523                 <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
    524                         <p>bugfix for rev 504: remode_md was given a wrong value</p>
    525                 </td>
    526                 <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
    527                         <p>mbuild</p>
    528                 </td>
    529         </tr>
    530         <tr>
    531                 <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
    532                         <p>08/03/10</p>
    533                 </td>
    534                 <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
    535                         <p>SR</p>
    536                 </td>
    537                 <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
    538                         <p>506</p>
    539                 </td>
    540                 <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
    541                         <p>3.7a</p>
    542                 </td>
    543                 <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
    544                         <p>C</p>
    545                 </td>
    546                 <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
    547                         <p>hack for better usage of <b>mrun</b> on Kyoto computing center
    548                         machine (<font face="Courier New, Courier, monospace">lckyoto</font>)</p>
    549                 </td>
    550                 <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
    551                         <p>mrun</p>
    552                 </td>
    553         </tr>
    554         <tr>
    555                 <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
    556                         <p>03/03/10</p>
    557                 </td>
    558                 <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
    559                         <p>SR</p>
    560                 </td>
    561                 <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
    562                         <p>504</p>
    563                 </td>
    564                 <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
    565                         <p>3.7a</p>
    566                 </td>
    567                 <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
    568                         <p>C</p>
    569                 </td>
    570                 <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
    571                         <p><font face="Courier New, Courier, monospace">combine_plot_fields</font>
    572                         is now directly called within <b>mrun</b> and must not be given by
     492                        updated.</P>
     493                </TD>
     494                <TD WIDTH=393>
     495                        <P>palm_simple_install, palm_simple_run</P>
     496                </TD>
     497        </TR>
     498        <TR>
     499                <TD WIDTH=37>
     500                        <P><BR>
     501                        </P>
     502                </TD>
     503                <TD WIDTH=56>
     504                        <P><BR>
     505                        </P>
     506                </TD>
     507                <TD WIDTH=68>
     508                        <P><BR>
     509                        </P>
     510                </TD>
     511                <TD WIDTH=62>
     512                        <P><BR>
     513                        </P>
     514                </TD>
     515                <TD WIDTH=36>
     516                        <P>B</P>
     517                </TD>
     518                <TD WIDTH=517>
     519                        <P>opt=1 is forced for PGI-compiler in routine <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">buoyancy
     520                        </FONT>by compiler-directive. Otherwise, program aborts with
     521                        SIGFPE.</P>
     522                </TD>
     523                <TD WIDTH=393>
     524                        <P>buoyancy</P>
     525                </TD>
     526        </TR>
     527        <TR>
     528                <TD WIDTH=37>
     529                        <P>16/03/10</P>
     530                </TD>
     531                <TD WIDTH=56>
     532                        <P>RH</P>
     533                </TD>
     534                <TD WIDTH=68>
     535                        <P>513</P>
     536                </TD>
     537                <TD WIDTH=62>
     538                        <P>3.7a</P>
     539                </TD>
     540                <TD WIDTH=36>
     541                        <P>N</P>
     542                </TD>
     543                <TD WIDTH=517>
     544                        <P>NCL scripts can be run with the shell script <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">palmplot.</FONT></P>
     545                </TD>
     546                <TD WIDTH=393>
     547                        <P>palmplot, .ncl.config.default, cross_sections.ncl, profiles.ncl</P>
     548                </TD>
     549        </TR>
     550        <TR>
     551                <TD WIDTH=37>
     552                        <P>12/03/10</P>
     553                </TD>
     554                <TD WIDTH=56>
     555                        <P>SR</P>
     556                </TD>
     557                <TD WIDTH=68>
     558                        <P>509</P>
     559                </TD>
     560                <TD WIDTH=62>
     561                        <P>3.7a</P>
     562                </TD>
     563                <TD WIDTH=36>
     564                        <P>B</P>
     565                </TD>
     566                <TD WIDTH=517>
     567                        <P>bugfix for rev 504: remode_md was given a wrong value</P>
     568                </TD>
     569                <TD WIDTH=393>
     570                        <P>mbuild</P>
     571                </TD>
     572        </TR>
     573        <TR>
     574                <TD WIDTH=37>
     575                        <P>08/03/10</P>
     576                </TD>
     577                <TD WIDTH=56>
     578                        <P>SR</P>
     579                </TD>
     580                <TD WIDTH=68>
     581                        <P>506</P>
     582                </TD>
     583                <TD WIDTH=62>
     584                        <P>3.7a</P>
     585                </TD>
     586                <TD WIDTH=36>
     587                        <P>C</P>
     588                </TD>
     589                <TD WIDTH=517>
     590                        <P>hack for better usage of <B>mrun</B> on Kyoto computing center
     591                        machine (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">lckyoto</FONT>)</P>
     592                </TD>
     593                <TD WIDTH=393>
     594                        <P>mrun</P>
     595                </TD>
     596        </TR>
     597        <TR>
     598                <TD WIDTH=37>
     599                        <P>03/03/10</P>
     600                </TD>
     601                <TD WIDTH=56>
     602                        <P>SR</P>
     603                </TD>
     604                <TD WIDTH=68>
     605                        <P>504</P>
     606                </TD>
     607                <TD WIDTH=62>
     608                        <P>3.7a</P>
     609                </TD>
     610                <TD WIDTH=36>
     611                        <P>C</P>
     612                </TD>
     613                <TD WIDTH=517>
     614                        <P><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">combine_plot_fields</FONT>
     615                        is now directly called within <B>mrun</B> and must not be given by
    573616                        an output command in the configuration file any more. Please
    574                         remove the respective output command (<font face="Courier New, Courier, monospace">OC:combine_plot_fields.x</font>)
    575                         from your configuration file!<br><br>Utility programs
    576                         (<font face="Courier New, Courier, monospace">combine_plot_fields</font>,
    577                         <font face="Courier New, Courier, monospace">interpret_config</font>)
    578                         are created by <b>mbuild</b> separately for each block in the
    579                         configuration file. Depending on option <font face="Courier New, Courier, monospace">-K</font>,
    580                         <b>mrun</b> is using the utility programs for the respective
    581                         block.<br><br>Utility programs are also compiled in parallel,
    582                         depending on variable <font face="Courier New, Courier, monospace">%mopts</font>
    583                         in the configuration file..<br><br>Default configuration files
    584                         updated.</p>
    585                 </td>
    586                 <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
    587                         <p>mbuild, mrun, UTIL/Makefile, SCRIPTS/.mrun.config.*</p>
    588                 </td>
    589         </tr>
    590         <tr>
    591                 <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
    592                         <p>02/03/10</p>
    593                 </td>
    594                 <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
    595                         <p>SR</p>
    596                 </td>
    597                 <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
    598                         <p>496</p>
    599                 </td>
    600                 <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
    601                         <p>3.7a</p>
    602                 </td>
    603                 <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
    604                         <p>C</p>
    605                 </td>
    606                 <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
    607                         <p>Particle data for restart runs are only written if environment
    608                         variable <font face="Courier New, Courier, monospace">write_binary</font>
    609                         = <i>.T.</i>, i.e. particle data are now handled in the same way
    610                         as the other restart data.</p>
    611                 </td>
    612                 <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
    613                         <p>palm</p>
    614                 </td>
    615         </tr>
    616         <tr>
    617                 <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
    618                         <p>01/03/10</p>
    619                 </td>
    620                 <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
    621                         <p>SR</p>
    622                 </td>
    623                 <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
    624                         <p>494</p>
    625                 </td>
    626                 <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
    627                         <p>3.7a</p>
    628                 </td>
    629                 <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
    630                         <p>N</p>
    631                 </td>
    632                 <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
    633                         <p>Output in NetCDF4-format.<br><br>NetCDF4 allows for parallel
     617                        remove the respective output command (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">OC:combine_plot_fields.x</FONT>)
     618                        from your configuration file!<BR><BR>Utility programs
     619                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">combine_plot_fields</FONT>,
     620                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">interpret_config</FONT>)
     621                        are created by <B>mbuild</B> separately for each block in the
     622                        configuration file. Depending on option <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">-K</FONT>,
     623                        <B>mrun</B> is using the utility programs for the respective
     624                        block.<BR><BR>Utility programs are also compiled in parallel,
     625                        depending on variable <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">%mopts</FONT>
     626                        in the configuration file..<BR><BR>Default configuration files
     627                        updated.</P>
     628                </TD>
     629                <TD WIDTH=393>
     630                        <P>mbuild, mrun, UTIL/Makefile, SCRIPTS/.mrun.config.*</P>
     631                </TD>
     632        </TR>
     633        <TR>
     634                <TD WIDTH=37>
     635                        <P>02/03/10</P>
     636                </TD>
     637                <TD WIDTH=56>
     638                        <P>SR</P>
     639                </TD>
     640                <TD WIDTH=68>
     641                        <P>496</P>
     642                </TD>
     643                <TD WIDTH=62>
     644                        <P>3.7a</P>
     645                </TD>
     646                <TD WIDTH=36>
     647                        <P>C</P>
     648                </TD>
     649                <TD WIDTH=517>
     650                        <P>Particle data for restart runs are only written if environment
     651                        variable <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_binary</FONT>
     652                        = <I>.T.</I>, i.e. particle data are now handled in the same way
     653                        as the other restart data.</P>
     654                </TD>
     655                <TD WIDTH=393>
     656                        <P>palm</P>
     657                </TD>
     658        </TR>
     659        <TR>
     660                <TD WIDTH=37>
     661                        <P>01/03/10</P>
     662                </TD>
     663                <TD WIDTH=56>
     664                        <P>SR</P>
     665                </TD>
     666                <TD WIDTH=68>
     667                        <P>494</P>
     668                </TD>
     669                <TD WIDTH=62>
     670                        <P>3.7a</P>
     671                </TD>
     672                <TD WIDTH=36>
     673                        <P>N</P>
     674                </TD>
     675                <TD WIDTH=517>
     676                        <P>Output in NetCDF4-format.<BR><BR>NetCDF4 allows for parallel
    634677                        I/O. Also, variables are not limited in size any more (i.e. arrays
    635678                        can be larger than 2GB). The new d3par-parameter
    636                         <font face="Courier New, Courier, monospace">netcdf_data_format</font>.can
    637                         be used to select among the different NetCDF file formats (<i>1</i>:
    638                         classic format, <i>2</i>: 64-bit-offset format (this is now the
    639                         default), <i>3</i>: NetCDF4/HDF5 format, <i>4</i>: NetCDF4 format
    640                         with NF90_CLASSIC_MODEL bit set). Setting <font face="Courier New, Courier, monospace">netcdf_data_format</font>
    641                         &gt; <i>2</i> only affects 2d- and 3d-output, i.e. there is no
     679                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf_data_format</FONT>.can
     680                        be used to select among the different NetCDF file formats (<I>1</I>:
     681                        classic format, <I>2</I>: 64-bit-offset format (this is now the
     682                        default), <I>3</I>: NetCDF4/HDF5 format, <I>4</I>: NetCDF4 format
     683                        with NF90_CLASSIC_MODEL bit set). Setting <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf_data_format</FONT>
     684                        &gt; <I>2</I> only affects 2d- and 3d-output, i.e. there is no
    642685                        parallel output for profiles, time series, spectra, and particles.
    643                         Parallel output of particle data may realized in the future.<br><br>In
     686                        Parallel output of particle data may realized in the future.<BR><BR>In
    644687                        case of parallel output, all PEs write into one file, which means
    645                         that postprocessing the data with <font face="Courier New, Courier, monospace">combine_plot_fields</font>
     688                        that postprocessing the data with <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">combine_plot_fields</FONT>
    646689                        (merging data from single files - one per PE - into one file) is
    647690                        not neccessary. In this case, flag files are automatically set,
    648                         telling <font face="Courier New, Courier, monospace">combine_plot_fields</font>
    649                         that nothing is to be done.<br><br>Using NetCDF4 format requires a
     691                        telling <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">combine_plot_fields</FONT>
     692                        that nothing is to be done.<BR><BR>Using NetCDF4 format requires a
    650693                        NetCDF4/HDF library. Respective settings for -I, -L, and -l
    651694                        compiler/loader options for the SGI-ICE at HLRN can be found in
    652695                        the new example configuration file
    653                         <font face="Courier New, Courier, monospace">..../trunk/SCRIPTS/.mrun.config.imuk_ice2_netcdf4</font><br><br><b>Attention:</b><br>So
     696                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">..../trunk/SCRIPTS/.mrun.config.imuk_ice2_netcdf4</FONT><BR><BR><B>Attention:</B><BR>So
    654697                        far, NetCDF parallel I/O has only been tested a little. Further
    655698                        performance optimizations may be required, especially in case of
    656699                        large data sets (e.g. data chunking, or lustre file system
    657                         settings with <font face="Courier New, Courier, monospace">lfs
    658                         setstripe</font>). <b>Please report bugs and performance problems
    659                         immediately!</b><br><br><font face="Courier New, Courier, monospace">combine_plot_fields</font>
    660                         outputs cpu-time needed for file merging.<br><br>Modules to be
     700                        settings with <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">lfs
     701                        setstripe</FONT>). <B>Please report bugs and performance problems
     702                        immediately!</B><BR><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">combine_plot_fields</FONT>
     703                        outputs cpu-time needed for file merging.<BR><BR>Modules to be
    661704                        loaded for compilation (mbuild) or job execution (mrun) can/should
    662                         now be given in the configuration file (<font face="Courier New, Courier, monospace">.mrun.config</font>)
    663                         using variable <font face="Courier New, Courier, monospace">modules</font>.
    664                         Example:<br><br>&nbsp;&nbsp; <font face="Courier New, Courier, monospace">%modules&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
     705                        now be given in the configuration file (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">.mrun.config</FONT>)
     706                        using variable <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>.
     707                        Example:<BR><BR>&nbsp;&nbsp; <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">%modules&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
    665708                        ifort/11.0.069:netcdf&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; lcsgih
    666                         parallel</font><br><br>This method replaces the (undocumented)
    667                         <font face="Courier New, Courier, monospace">mpilib</font>-variable.<br><br><b>WARNING:</b><br><b>All
     709                        parallel</FONT><BR><BR>This method replaces the (undocumented)
     710                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mpilib</FONT>-variable.<BR><BR><B>WARNING:</B><BR><B>All
    668711                        fixed settings of modules in the scripts mbuild, mrun, and subjob
    669                         have been removed! Please set the </b><font face="Courier New, Courier, monospace"><b>modules</b></font><b>
    670                         variable appropriately and remove the mpilib variable in your
    671                         configuration file.<br><br></b>Compilation time can be reduced be
     712                        have been removed! Please set the </B><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace"><B>modules</B></FONT>
     713                        <B>variable appropriately and remove the mpilib variable in your
     714                        configuration file.<BR><BR></B>Compilation time can be reduced be
    672715                        using parallel make. The number of allowed simultaneous compiler
    673716                        calls (threads) is set in the configuration file using variable
    674                         <font face="Courier New, Courier, monospace">mopt</font>, e.g.<br><br>&nbsp;&nbsp;
    675                         <font face="Courier New, Courier, monospace">%mopts&nbsp; -j:4 &nbsp;
    676                         lcsgih parallel</font><br><br>allows a maximum of 4 routines to be
     717                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mopt</FONT>, e.g.<BR><BR>&nbsp;&nbsp;
     718                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">%mopts&nbsp; -j:4 &nbsp;
     719                        lcsgih parallel</FONT><BR><BR>allows a maximum of 4 routines to be
    677720                        compiled simultaneously (provided that the makefile does not show
    678                         any dependencies between these routines).</p>
    679                 </td>
    680                 <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
    681                         <p>check_open, check_parameters, close_file, data_output_2d,
     721                        any dependencies between these routines).</P>
     722                </TD>
     723                <TD WIDTH=393>
     724                        <P>check_open, check_parameters, close_file, data_output_2d,
    682725                        data_output_3d, header, modules, netcdf,
    683                         parin<br><br>combine_plot_fields<br><br>mbuild, mrun, subjob</p>
    684                 </td>
    685         </tr>
    686         <tr>
    687                 <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
    688                         <p><br>
    689                         </p>
    690                 </td>
    691                 <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
    692                         <p><br>
    693                         </p>
    694                 </td>
    695                 <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
    696                         <p><br>
    697                         </p>
    698                 </td>
    699                 <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
    700                         <p><br>
    701                         </p>
    702                 </td>
    703                 <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
    704                         <p>C</p>
    705                 </td>
    706                 <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
    707                         <p>d3par-parameters <font face="Courier New, Courier, monospace">netcdf_64bit</font>
    708                         and <font face="Courier New, Courier, monospace">netcdf_64bit_3d</font>
    709                         have been removed. Use the new d3par-variable <font face="Courier New, Courier, monospace">netcdf_data_format</font>
    710                         = <i>2</i> for choosing the NetCDF 64bit-offset format (this is
     726                        parin<BR><BR>combine_plot_fields<BR><BR>mbuild, mrun, subjob</P>
     727                </TD>
     728        </TR>
     729        <TR>
     730                <TD WIDTH=37>
     731                        <P><BR>
     732                        </P>
     733                </TD>
     734                <TD WIDTH=56>
     735                        <P><BR>
     736                        </P>
     737                </TD>
     738                <TD WIDTH=68>
     739                        <P><BR>
     740                        </P>
     741                </TD>
     742                <TD WIDTH=62>
     743                        <P><BR>
     744                        </P>
     745                </TD>
     746                <TD WIDTH=36>
     747                        <P>C</P>
     748                </TD>
     749                <TD WIDTH=517>
     750                        <P>d3par-parameters <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf_64bit</FONT>
     751                        and <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf_64bit_3d</FONT>
     752                        have been removed. Use the new d3par-variable <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf_data_format</FONT>
     753                        = <I>2</I> for choosing the NetCDF 64bit-offset format (this is
    711754                        the default from now on). The offset-format can not be set
    712                         independently for the 3d-output-data any more.<br><br>d3par-parameters
    713                         <font face="Courier New, Courier, monospace">netcdf_format_mask</font>,
    714                         <font face="Courier New, Courier, monospace">netcdf_format_mask_av</font>,
    715                         and variables <font face="Courier New, Courier, monospace">nc_format_mask</font>,
    716                         <font face="Courier New, Courier, monospace">format_parallel_io</font>
     755                        independently for the 3d-output-data any more.<BR><BR>d3par-parameters
     756                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf_format_mask</FONT>,
     757                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf_format_mask_av</FONT>,
     758                        and variables <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">nc_format_mask</FONT>,
     759                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">format_parallel_io</FONT>
    717760                        removed. They are replaced by the new parameter
    718                         <font face="Courier New, Courier, monospace">netcdf_data_format</font>.
     761                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf_data_format</FONT>.
    719762                        This change concerns the masked data output, which is still not
    720                         documented.</p>
    721                 </td>
    722                 <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
    723                         <p>check_open, close_file,<br>data_output_mask, header,
    724                         init_masks, modules, parin</p>
    725                 </td>
    726         </tr>
    727         <tr>
    728                 <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
    729                         <p><br>
    730                         </p>
    731                 </td>
    732                 <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
    733                         <p><br>
    734                         </p>
    735                 </td>
    736                 <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
    737                         <p><br>
    738                         </p>
    739                 </td>
    740                 <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
    741                         <p><br>
    742                         </p>
    743                 </td>
    744                 <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
    745                         <p>B</p>
    746                 </td>
    747                 <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
    748                         <p>Bugfix in trunk/UTIL/Makefile: forgot to compile for
    749                         interpret_config.<br><br>Bugfix: timeseries data have to be
    750                         collected by PE0 (user_statistics).</p>
    751                 </td>
    752                 <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
    753                         <p>user_statistics<br><br>trunk/UTIL/Makefile</p>
    754                 </td>
    755         </tr>
    756         <tr>
    757                 <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
    758                         <p>05/02/10</p>
    759                 </td>
    760                 <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
    761                         <p>SR</p>
    762                 </td>
    763                 <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
    764                         <p>485</p>
    765                 </td>
    766                 <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
    767                         <p>3.7a</p>
    768                 </td>
    769                 <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
    770                         <p>B</p>
    771                 </td>
    772                 <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
    773                         <p><font face="Courier New, Courier, monospace">ngp_3d</font>,
    774                         <font face="Courier New, Courier, monospace">ngp_3d_inner</font>
     763                        documented.</P>
     764                </TD>
     765                <TD WIDTH=393>
     766                        <P>check_open, close_file,<BR>data_output_mask, header,
     767                        init_masks, modules, parin</P>
     768                </TD>
     769        </TR>
     770        <TR>
     771                <TD WIDTH=37>
     772                        <P><BR>
     773                        </P>
     774                </TD>
     775                <TD WIDTH=56>
     776                        <P><BR>
     777                        </P>
     778                </TD>
     779                <TD WIDTH=68>
     780                        <P><BR>
     781                        </P>
     782                </TD>
     783                <TD WIDTH=62>
     784                        <P><BR>
     785                        </P>
     786                </TD>
     787                <TD WIDTH=36>
     788                        <P>B</P>
     789                </TD>
     790                <TD WIDTH=517>
     791                        <P>Bugfix in trunk/UTIL/Makefile: forgot to compile for
     792                        interpret_config.<BR><BR>Bugfix: timeseries data have to be
     793                        collected by PE0 (user_statistics).</P>
     794                </TD>
     795                <TD WIDTH=393>
     796                        <P>user_statistics<BR><BR>trunk/UTIL/Makefile</P>
     797                </TD>
     798        </TR>
     799        <TR>
     800                <TD WIDTH=37>
     801                        <P>05/02/10</P>
     802                </TD>
     803                <TD WIDTH=56>
     804                        <P>SR</P>
     805                </TD>
     806                <TD WIDTH=68>
     807                        <P>485</P>
     808                </TD>
     809                <TD WIDTH=62>
     810                        <P>3.7a</P>
     811                </TD>
     812                <TD WIDTH=36>
     813                        <P>B</P>
     814                </TD>
     815                <TD WIDTH=517>
     816                        <P><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">ngp_3d</FONT>,
     817                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">ngp_3d_inner</FONT>
    775818                        changed to 64 bit. Otherwise, on large grids &gt; 2*10**9 grid
    776819                        points some global statistics (e.g. total kinetic energy) have
    777                         wrong values.</p>
    778                 </td>
    779                 <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
    780                         <p>init_3d_model, modules</p>
    781                 </td>
    782         </tr>
    783         <tr>
    784                 <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
    785                         <p>05/02/10</p>
    786                 </td>
    787                 <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
    788                         <p>SR</p>
    789                 </td>
    790                 <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
    791                         <p>484</p>
    792                 </td>
    793                 <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
    794                         <p>3.7a</p>
    795                 </td>
    796                 <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
    797                         <p>B</p>
    798                 </td>
    799                 <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
    800                         <p>Typo in file headers removed ("current" instead of
    801                         "actual").</p>
    802                 </td>
    803                 <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
    804                         <p>many</p>
    805                 </td>
    806         </tr>
    807         <tr>
    808                 <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
    809                         <p>05/02/10</p>
    810                 </td>
    811                 <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
    812                         <p>SR</p>
    813                 </td>
    814                 <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
    815                         <p>483</p>
    816                 </td>
    817                 <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
    818                         <p>3.7a</p>
    819                 </td>
    820                 <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
    821                         <p>N</p>
    822                 </td>
    823                 <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
    824                         <p><font face="Courier New, Courier, monospace">compare_palm_logs
    825                         </font>is additionally compiled with <b>mbuild</b> <font face="Courier New, Courier, monospace">-u</font>
    826                         . (<font face="Courier New, Courier, monospace">Makefile</font> in
    827                         <font face="Courier New, Courier, monospace">trunk/UTIL</font>)<br><br>make
    828                         options (<font face="Courier New, Courier, monospace">mopts</font>)
    829                         to be set by configuration file implemented. (<b>mrun</b>,
    830                         <b>mbuild</b>)<br><br><font face="Courier New, Courier, monospace">humidity</font>
    831                         = <i>.T.</i> can be used for runs with topography.
    832                         <font face="Courier New, Courier, monospace">wall_humidityflux</font>
    833                         and<br><font face="Courier New, Courier, monospace">wall_scalarflux</font>
    834                         are the corresponding new inipar parameters.<br>(<font face="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</font>,
    835                         <font face="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</font>,
    836                         <font face="Courier New, Courier, monospace">parin</font>)<br><br>Large
     820                        wrong values.</P>
     821                </TD>
     822                <TD WIDTH=393>
     823                        <P>init_3d_model, modules</P>
     824                </TD>
     825        </TR>
     826        <TR>
     827                <TD WIDTH=37>
     828                        <P>05/02/10</P>
     829                </TD>
     830                <TD WIDTH=56>
     831                        <P>SR</P>
     832                </TD>
     833                <TD WIDTH=68>
     834                        <P>484</P>
     835                </TD>
     836                <TD WIDTH=62>
     837                        <P>3.7a</P>
     838                </TD>
     839                <TD WIDTH=36>
     840                        <P>B</P>
     841                </TD>
     842                <TD WIDTH=517>
     843                        <P>Typo in file headers removed (&quot;current&quot; instead of
     844                        &quot;actual&quot;).</P>
     845                </TD>
     846                <TD WIDTH=393>
     847                        <P>many</P>
     848                </TD>
     849        </TR>
     850        <TR>
     851                <TD WIDTH=37>
     852                        <P>05/02/10</P>
     853                </TD>
     854                <TD WIDTH=56>
     855                        <P>SR</P>
     856                </TD>
     857                <TD WIDTH=68>
     858                        <P>483</P>
     859                </TD>
     860                <TD WIDTH=62>
     861                        <P>3.7a</P>
     862                </TD>
     863                <TD WIDTH=36>
     864                        <P>N</P>
     865                </TD>
     866                <TD WIDTH=517>
     867                        <P><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">compare_palm_logs
     868                        </FONT>is additionally compiled with <B>mbuild</B> <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">-u</FONT>
     869                        . (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">Makefile</FONT> in
     870                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">trunk/UTIL</FONT>)<BR><BR>make
     871                        options (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mopts</FONT>)
     872                        to be set by configuration file implemented. (<B>mrun</B>,
     873                        <B>mbuild</B>)<BR><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">humidity</FONT>
     874                        = <I>.T.</I> can be used for runs with topography.
     875                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">wall_humidityflux</FONT>
     876                        and<BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">wall_scalarflux</FONT>
     877                        are the corresponding new inipar parameters.<BR>(<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>,
     878                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</FONT>,
     879                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">parin</FONT>)<BR><BR>Large
    837880                        scale vertical motion (subsidence/ascent) can be added as
    838881                        additional source to the prognostic equation for potential
    839                         temperature. See new parameters <font face="Courier New, Courier, monospace">large_scale_subsidence</font>,
    840                         <font face="Courier New, Courier, monospace">ws_vertical_gradient</font>,
    841                         and <font face="Courier New, Courier, monospace">ws_vertical_gradient_level</font>.
    842                         (<font face="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</font>,
    843                         <font face="Courier New, Courier, monospace">header</font>,
    844                         <font face="Courier New, Courier, monospace">Makefile</font>,
    845                         <font face="Courier New, Courier, monospace">modules</font>,
    846                         <font face="Courier New, Courier, monospace">parin</font>,
    847                         <font face="Courier New, Courier, monospace">prognostic_equations</font>,
    848                         <font face="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</font>,
    849                         <font face="Courier New, Courier, monospace">subsidence</font>,
    850                         <font face="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</font>)<br><br>Scripts
     882                        temperature. See new parameters <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">large_scale_subsidence</FONT>,
     883                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">ws_vertical_gradient</FONT>,
     884                        and <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">ws_vertical_gradient_level</FONT>.
     885                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>,
     886                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>,
     887                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">Makefile</FONT>,
     888                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>,
     889                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">parin</FONT>,
     890                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">prognostic_equations</FONT>,
     891                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</FONT>,
     892                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">subsidence</FONT>,
     893                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</FONT>)<BR><BR>Scripts
    851894                        have been updated for Cray-XT5 machine (lcxt5m) and
    852                         Hitachi-machine (lckyoto).<br><br>A simple method for installing
     895                        Hitachi-machine (lckyoto).<BR><BR>A simple method for installing
    853896                        and running palm (with limited features) has been added.
    854                         (<font face="Courier New, Courier, monospace">Makefile</font>, new
    855                         scripts <b>palm_simple_install</b>, <b>palm_simple_run</b>)<br><br>Masked
     897                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">Makefile</FONT>, new
     898                        scripts <B>palm_simple_install</B>, <B>palm_simple_run</B>)<BR><BR>Masked
    856899                        data output has been implemented but it is not documented in the
    857900                        user manual so far. This feature can already use NetCDF4 file
    858901                        format. (check_open, check_parameters, close_file, modules,
    859902                        netcdf, parin, time_integration, user_parin, new:
    860                         data_output_mask, init_masks, user_data_output_mask)</p>
    861                 </td>
    862                 <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
    863                         <p>check_open, check parameters, close_file, header,
     903                        data_output_mask, init_masks, user_data_output_mask)</P>
     904                </TD>
     905                <TD WIDTH=393>
     906                        <P>check_open, check parameters, close_file, header,
    864907                        init_3d_model, Makefile, mbuild, modules, mrun, netcdf, parin,
    865908                        prognostic_equations, read_var_list, time_integration, user_parin,
    866                         write_var_list<br><br><b>new:</b> data_output_mask,&nbsp;
     909                        write_var_list<BR><BR><B>new:</B> data_output_mask,&nbsp;
    867910                        init_masks, palm_simple_install, palm_simple_run, subsidence,
    868                         user_data_output_mask</p>
    869                 </td>
    870         </tr>
    871         <tr>
    872                 <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
    873                         <p><br>
    874                         </p>
    875                 </td>
    876                 <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
    877                         <p><br>
    878                         </p>
    879                 </td>
    880                 <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
    881                         <p><br>
    882                         </p>
    883                 </td>
    884                 <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
    885                         <p><br>
    886                         </p>
    887                 </td>
    888                 <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
    889                         <p>C</p>
    890                 </td>
    891                 <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
    892                         <p>2d-decomposition is default for Cray-XT machines.
    893                         (<font face="Courier New, Courier, monospace">init_pegrid</font>)<br><br><font face="Courier New, Courier, monospace">var_ts</font>
    894                         is replaced by <font face="Courier New, Courier, monospace">dots_max</font>.
    895                         (<font face="Courier New, Courier, monospace">modules</font>,
    896                         <font face="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</font>)<br><br>Every
     911                        user_data_output_mask</P>
     912                </TD>
     913        </TR>
     914        <TR>
     915                <TD WIDTH=37>
     916                        <P><BR>
     917                        </P>
     918                </TD>
     919                <TD WIDTH=56>
     920                        <P><BR>
     921                        </P>
     922                </TD>
     923                <TD WIDTH=68>
     924                        <P><BR>
     925                        </P>
     926                </TD>
     927                <TD WIDTH=62>
     928                        <P><BR>
     929                        </P>
     930                </TD>
     931                <TD WIDTH=36>
     932                        <P>C</P>
     933                </TD>
     934                <TD WIDTH=517>
     935                        <P>2d-decomposition is default for Cray-XT machines.
     936                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_pegrid</FONT>)<BR><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">var_ts</FONT>
     937                        is replaced by <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">dots_max</FONT>.
     938                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>,
     939                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</FONT>)<BR><BR>Every
    897940                        cloud droplet has now an own weighting factor and can be deleted
    898941                        due to collisions. Condensation and collision of cloud droplets
    899                         are adjusted accordingly. (<font face="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</font>)<br><br>Collision
     942                        are adjusted accordingly. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</FONT>)<BR><BR>Collision
    900943                        efficiency for large cloud droplets has changed according to table
    901                         of Rogers and Yau. (<font face="Courier New, Courier, monospace">collision_efficiency</font>)</p>
    902                 </td>
    903                 <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
    904                         <p>advec_particles, collision_efficiency, init_3d_model,
    905                         init_pegrid, modules</p>
    906                 </td>
    907         </tr>
    908         <tr>
    909                 <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
    910                         <p><br>
    911                         </p>
    912                 </td>
    913                 <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
    914                         <p><br>
    915                         </p>
    916                 </td>
    917                 <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
    918                         <p><br>
    919                         </p>
    920                 </td>
    921                 <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
    922                         <p><br>
    923                         </p>
    924                 </td>
    925                 <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
    926                         <p>B</p>
    927                 </td>
    928                 <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
    929                         <p>Bugfix for generating serial jobs. (<b>subjob</b>)<br><br>Bugfix:
     944                        of Rogers and Yau. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">collision_efficiency</FONT>)</P>
     945                </TD>
     946                <TD WIDTH=393>
     947                        <P>advec_particles, collision_efficiency, init_3d_model,
     948                        init_pegrid, modules</P>
     949                </TD>
     950        </TR>
     951        <TR>
     952                <TD WIDTH=37>
     953                        <P><BR>
     954                        </P>
     955                </TD>
     956                <TD WIDTH=56>
     957                        <P><BR>
     958                        </P>
     959                </TD>
     960                <TD WIDTH=68>
     961                        <P><BR>
     962                        </P>
     963                </TD>
     964                <TD WIDTH=62>
     965                        <P><BR>
     966                        </P>
     967                </TD>
     968                <TD WIDTH=36>
     969                        <P>B</P>
     970                </TD>
     971                <TD WIDTH=517>
     972                        <P>Bugfix for generating serial jobs. (<B>subjob</B>)<BR><BR>Bugfix:
    930973                        index problem concerning gradient_level indices removed.
    931                         (<font face="Courier New, Courier, monospace">header</font>)<br><br>Dimension
    932                         of array <font face="Courier New, Courier, monospace">stat</font>
     974                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>)<BR><BR>Dimension
     975                        of array <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">stat</FONT>
    933976                        in cascade change to prevent type problems with mpi2 libraries.
    934                         (<font face="Courier New, Courier, monospace">poisfft_hybrid</font>)<br><br>Loop
     977                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">poisfft_hybrid</FONT>)<BR><BR>Loop
    935978                        was split to make runs reproducible when using ifort compiler.
    936                         (<font face="Courier New, Courier, monospace">disturb_field</font>)<br><br>Bugfix:
    937                         exchange of ghost points for <font face="Courier New, Courier, monospace">prho</font>
    938                         included. (<font face="Courier New, Courier, monospace">time_integration</font>)<br><br>Bugfix
     979                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">disturb_field</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
     980                        exchange of ghost points for <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">prho</FONT>
     981                        included. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">time_integration</FONT>)<BR><BR>Bugfix
    939982                        in calculation of time-averaged surface heatfluxes.
    940                         (<font face="Courier New, Courier, monospace">sum_up_3d_data</font>)<br><br>Bugfix
     983                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">sum_up_3d_data</FONT>)<BR><BR>Bugfix
    941984                        in calculation of precipitation_rate.
    942                         (<font face="Courier New, Courier, monospace">calc_precipitation</font>)<br><br>Bugfix:
     985                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">calc_precipitation</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
    943986                        initial data assignments to some dvrp arrays changed due to error
    944                         messages from gfortran compiler. (<font face="Courier New, Courier, monospace">modules</font>)<br><br>Bugfix
     987                        messages from gfortran compiler. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>)<BR><BR>Bugfix
    945988                        in calculation of cloud droplet velocity.
    946                         (<font face="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</font>)<br><br>Bugfix
     989                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</FONT>)<BR><BR>Bugfix
    947990                        in transfer of particles at south/left edge.
    948                         (<font face="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</font>)<br><br>Bugfix
    949                         in calculation of collision efficiency. (<font face="Courier New, Courier, monospace">collision_efficiency</font>)</p>
    950                 </td>
    951                 <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
    952                         <p>advec_particles, calc_precipitation, collision_efficiency,
     991                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</FONT>)<BR><BR>Bugfix
     992                        in calculation of collision efficiency. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">collision_efficiency</FONT>)</P>
     993                </TD>
     994                <TD WIDTH=393>
     995                        <P>advec_particles, calc_precipitation, collision_efficiency,
    953996                        disturb_field, header, modules, poisfft_hybrid, subjob,
    954                         sum_up_3d_data, time_integration</p>
    955                 </td>
    956         </tr>
    957         <tr>
    958                 <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
    959                         <p>23/09/09</p>
    960                 </td>
    961                 <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
    962                         <p>SR</p>
    963                 </td>
    964                 <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
    965                         <p>392</p>
    966                 </td>
    967                 <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
    968                         <p>3.7</p>
    969                 </td>
    970                 <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
    971                         <p>N</p>
    972                 </td>
    973                 <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
    974                         <p><b>Most important changes:</b> atmosphere-ocean coupling has
     997                        sum_up_3d_data, time_integration</P>
     998                </TD>
     999        </TR>
     1000        <TR>
     1001                <TD WIDTH=37>
     1002                        <P>23/09/09</P>
     1003                </TD>
     1004                <TD WIDTH=56>
     1005                        <P>SR</P>
     1006                </TD>
     1007                <TD WIDTH=68>
     1008                        <P>392</P>
     1009                </TD>
     1010                <TD WIDTH=62>
     1011                        <P>3.7</P>
     1012                </TD>
     1013                <TD WIDTH=36>
     1014                        <P>N</P>
     1015                </TD>
     1016                <TD WIDTH=517>
     1017                        <P><B>Most important changes:</B> atmosphere-ocean coupling has
    9751018                        been improved and steering of dvr-software is more user-friendly
    9761019                        now. Beside that, the release contains a lot of optimizations,
    9771020                        changes, and bugfixes which have accumulated over the last
    978                         months.<br><br>The atmosphere-ocean coupling allows to use
     1021                        months.<BR><BR>The atmosphere-ocean coupling allows to use
    9791022                        independent precursor runs in order to account for different
    9801023                        spin-up times. The time when coupling has to be started is given
    981                         by new inipar parameter <font face="Courier New, Courier, monospace">coupling_start_time</font>.
    982                         The precursor ocean run has to be started using new <b>mrun</b>
    983                         option "<font face="Courier New, Courier, monospace">-y</font>"
    984                         in order to add the appendix "<font face="Courier New, Courier, monospace">_O</font>"
    985                         to all output files. (<font face="Courier New, Courier, monospace">check_for_restart</font>,
    986                         <font face="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</font>,
    987                         <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</font>,
    988                         <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_3d</font>,
    989                         <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_profiles</font>,
    990                         <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_ptseries</font>,
    991                         <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_spectra</font>,
    992                         <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_tseries</font>,
    993                         <font face="Courier New, Courier, monospace">header</font>,
    994                         <font face="Courier New, Courier, monospace">init_coupling</font>,
    995                         <font face="Courier New, Courier, monospace">modules</font>, <font face="Courier New, Courier, monospace">mrun</font>,
    996                         <font face="Courier New, Courier, monospace">parin</font>,
    997                         <font face="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</font>,
    998                         <font face="Courier New, Courier, monospace">surface_coupler</font>,
    999                         <font face="Courier New, Courier, monospace">time_integration</font>,
    1000                         <font face="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</font>)<br><br>Clipping
     1024                        by new inipar parameter <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">coupling_start_time</FONT>.
     1025                        The precursor ocean run has to be started using new <B>mrun</B>
     1026                        option &quot;<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">-y</FONT>&quot;
     1027                        in order to add the appendix &quot;<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">_O</FONT>&quot;
     1028                        to all output files. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_for_restart</FONT>,
     1029                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>,
     1030                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</FONT>,
     1031                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_3d</FONT>,
     1032                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_profiles</FONT>,
     1033                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_ptseries</FONT>,
     1034                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_spectra</FONT>,
     1035                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_tseries</FONT>,
     1036                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>,
     1037                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_coupling</FONT>,
     1038                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>, <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mrun</FONT>,
     1039                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">parin</FONT>,
     1040                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</FONT>,
     1041                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">surface_coupler</FONT>,
     1042                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">time_integration</FONT>,
     1043                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</FONT>)<BR><BR>Clipping
    10011044                        of dvrp output implemented. Default colourtable for particles
    10021045                        implemented, particle attributes (color, dvrp_size) can be set
    1003                         with new parameters <font face="Courier New, Courier, monospace">particle_color</font>,
    1004                         <font face="Courier New, Courier, monospace">particle_dvrpsize</font>,
    1005                         <font face="Courier New, Courier, monospace">color_interval</font>,
    1006                         <font face="Courier New, Courier, monospace">dvrpsize_interval</font>.
     1046                        with new parameters <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">particle_color</FONT>,
     1047                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">particle_dvrpsize</FONT>,
     1048                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">color_interval</FONT>,
     1049                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">dvrpsize_interval</FONT>.
    10071050                        Slicer attributes (dvrp) are set with new routine
    1008                         <font face="Courier New, Courier, monospace">set_slicer_attributes_dvrp</font>
    1009                         and are controlled with existing parameters <font face="Courier New, Courier, monospace">slicer_range_limits</font>.
    1010                         (<font face="Courier New, Courier, monospace">init_dvrp</font>,
    1011                         <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_dvrp</font>,
    1012                         <font face="Courier New, Courier, monospace">modules</font>,
    1013                         <font face="Courier New, Courier, monospace">set_slicer_attributes_dvrp</font>,&nbsp;
    1014                         <font face="Courier New, Courier, monospace">user_data_output_dvrp</font>)<br><br>Polygon
     1051                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">set_slicer_attributes_dvrp</FONT>
     1052                        and are controlled with existing parameters <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">slicer_range_limits</FONT>.
     1053                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_dvrp</FONT>,
     1054                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_dvrp</FONT>,
     1055                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>,
     1056                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">set_slicer_attributes_dvrp</FONT>,&nbsp;
     1057                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_data_output_dvrp</FONT>)<BR><BR>Polygon
    10151058                        reduction for topography and ground plate isosurface. Reduction
    10161059                        level for buildings can be chosen with parameter cluster_size.
    1017                         (<font face="Courier New, Courier, monospace">init_dvrp</font>)<br><br>Variables
    1018                         <font face="Courier New, Courier, monospace">bc_lr</font> / <font face="Courier New, Courier, monospace">bc_ns</font>&nbsp;
     1060                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_dvrp</FONT>)<BR><BR>Variables
     1061                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">bc_lr</FONT> / <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">bc_ns</FONT>&nbsp;
    10191062                        in most subroutines replaced by LOGICAL variables
    1020                         <font face="Courier New, Courier, monospace">bc_lr_cyc</font>,<br><font face="Courier New, Courier, monospace">bc_ns_cyc</font>
     1063                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">bc_lr_cyc</FONT>,<BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">bc_ns_cyc</FONT>
    10211064                        for speed optimization. This gives a significant speedup of more
    1022                         than 10%. (<font face="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</font>,
    1023                         <font face="Courier New, Courier, monospace">diffusion_u</font>,
    1024                         <font face="Courier New, Courier, monospace">diffusion_v</font>,
    1025                         <font face="Courier New, Courier, monospace">diffusion_w</font>,
    1026                         <font face="Courier New, Courier, monospace">modules</font>)<br><br>Scripts
    1027                         have been adapted for machine lck (Yonsei Univ.). (<font face="Courier New, Courier, monospace">mrun</font>,
    1028                         <font face="Courier New, Courier, monospace">mbuild</font>,
    1029                         <font face="Courier New, Courier, monospace">subjob</font>)<br><br>Additional
     1065                        than 10%. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>,
     1066                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">diffusion_u</FONT>,
     1067                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">diffusion_v</FONT>,
     1068                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">diffusion_w</FONT>,
     1069                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>)<BR><BR>Scripts
     1070                        have been adapted for machine lck (Yonsei Univ.). (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mrun</FONT>,
     1071                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mbuild</FONT>,
     1072                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">subjob</FONT>)<BR><BR>Additional
    10301073                        timestep criterion in case of simulations with plant canopy.
    1031                         (<font face="Courier New, Courier, monospace">timestep</font>)<br><br>Check
    1032                         for illegal entries in <font face="Courier New, Courier, monospace">section_xy</font>|<font face="Courier New, Courier, monospace">xz</font>|<font face="Courier New, Courier, monospace">yz</font>
    1033                         that exceed <font face="Courier New, Courier, monospace">nz+1</font>|<font face="Courier New, Courier, monospace">ny+1</font>|<font face="Courier New, Courier, monospace">nx+1</font>.
    1034                         (<font face="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</font>)<br><br>External
    1035                         pressure gradient can be used as driving force. (<font face="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</font>,
    1036                         <font face="Courier New, Courier, monospace">header</font>,
    1037                         <font face="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</font>,
    1038                         <font face="Courier New, Courier, monospace">modules</font>,
    1039                         <font face="Courier New, Courier, monospace">parin</font>,
    1040                         <font face="Courier New, Courier, monospace">prognostic_equations</font>,
    1041                         <font face="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</font>,
    1042                         <font face="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</font>)<br><br>New
    1043                         topography case '<i>single_street_canyon</i>'. (<font face="Courier New, Courier, monospace">header</font>,
    1044                         <font face="Courier New, Courier, monospace">init_grid</font>,
    1045                         <font face="Courier New, Courier, monospace">modules</font>,
    1046                         <font face="Courier New, Courier, monospace">parin</font>,
    1047                         <font face="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</font>,
    1048                         <font face="Courier New, Courier, monospace">user_check_parameters</font>,
    1049                         <font face="Courier New, Courier, monospace">user_header</font>,
    1050                         <font face="Courier New, Courier, monospace">user_init_grid</font>,
    1051                         <font face="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</font>)<br><br>Option
    1052                         to predefine a target bulk velocity for <font face="Courier New, Courier, monospace">conserve_volume_flow</font>.
    1053                         (<font face="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</font>,
    1054                         <font face="Courier New, Courier, monospace">header</font>,
    1055                         <font face="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</font>,
    1056                         <font face="Courier New, Courier, monospace">modules</font>,
    1057                         <font face="Courier New, Courier, monospace">parin</font>,
    1058                         <font face="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</font>,
    1059                         <font face="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</font>)<br><br>Option
    1060                         for user defined 2D data output in xy cross sections at z=<font face="Courier New, Courier, monospace">nzb</font>+1.
    1061                         (<font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</font>,
    1062                         <font face="Courier New, Courier, monospace">user_data_output_2d</font>)<br><br>xy
     1074                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">timestep</FONT>)<BR><BR>Check
     1075                        for illegal entries in <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">section_xy</FONT>|<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">xz</FONT>|<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">yz</FONT>
     1076                        that exceed <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">nz+1</FONT>|<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">ny+1</FONT>|<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">nx+1</FONT>.
     1077                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>)<BR><BR>External
     1078                        pressure gradient can be used as driving force. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>,
     1079                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>,
     1080                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</FONT>,
     1081                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>,
     1082                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">parin</FONT>,
     1083                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">prognostic_equations</FONT>,
     1084                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</FONT>,
     1085                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</FONT>)<BR><BR>New
     1086                        topography case '<I>single_street_canyon</I>'. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>,
     1087                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_grid</FONT>,
     1088                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>,
     1089                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">parin</FONT>,
     1090                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</FONT>,
     1091                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_check_parameters</FONT>,
     1092                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_header</FONT>,
     1093                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_init_grid</FONT>,
     1094                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</FONT>)<BR><BR>Option
     1095                        to predefine a target bulk velocity for <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">conserve_volume_flow</FONT>.
     1096                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>,
     1097                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>,
     1098                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</FONT>,
     1099                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>,
     1100                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">parin</FONT>,
     1101                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</FONT>,
     1102                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</FONT>)<BR><BR>Option
     1103                        for user defined 2D data output in xy cross sections at z=<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">nzb</FONT>+1.
     1104                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</FONT>,
     1105                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_data_output_2d</FONT>)<BR><BR>xy
    10631106                        cross section output of surface heatfluxes (sensible and latent).
    1064                         (<font face="Courier New, Courier, monospace">average_3d_data</font>,
    1065                         <font face="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</font>,
    1066                         <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</font>,
    1067                         <font face="Courier New, Courier, monospace">modules</font>,
    1068                         <font face="Courier New, Courier, monospace">read_3d_binary</font>,
    1069                         <font face="Courier New, Courier, monospace">sum_up_3d_data</font>,
    1070                         <font face="Courier New, Courier, monospace">write_3d_binary</font>)</p>
    1071                 </td>
    1072                 <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
    1073                         <p>average_3d_data, check_for_restart, check_parameters,
     1107                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">average_3d_data</FONT>,
     1108                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>,
     1109                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</FONT>,
     1110                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>,
     1111                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_3d_binary</FONT>,
     1112                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">sum_up_3d_data</FONT>,
     1113                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_3d_binary</FONT>)</P>
     1114                </TD>
     1115                <TD WIDTH=393>
     1116                        <P>average_3d_data, check_for_restart, check_parameters,
    10741117                        data_output_2d, data_output_3d, data_output_dvrp,
    10751118                        data_output_profiles, data_output_ptseries, data_output_spectra,
     
    10801123                        surface_coupler, timestep, time_integration,
    10811124                        user_check_parameters, user_data_output_2d, user_data_output_dvrp,
    1082                         user_header, user_init_grid, write_3d_binary, write_var_list<br><br><b>new:</b>
    1083                         set_particle_attributes, set_slicer_attributes_dvrp</p>
    1084                 </td>
    1085         </tr>
    1086         <tr>
    1087                 <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
    1088                         <p><br>
    1089                         </p>
    1090                 </td>
    1091                 <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
    1092                         <p><br>
    1093                         </p>
    1094                 </td>
    1095                 <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
    1096                         <p><br>
    1097                         </p>
    1098                 </td>
    1099                 <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
    1100                         <p><br>
    1101                         </p>
    1102                 </td>
    1103                 <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
    1104                         <p>C</p>
    1105                 </td>
    1106                 <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
    1107                         <p>Output of messages replaced by message handling routine.
    1108                         (<font face="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</font>,
    1109                         <font face="Courier New, Courier, monospace">advec_s_bc</font>,
    1110                         <font face="Courier New, Courier, monospace">buoyancy</font>,
    1111                         <font face="Courier New, Courier, monospace">calc_spectra</font>,
    1112                         <font face="Courier New, Courier, monospace">check_for_restart</font>,
    1113                         <font face="Courier New, Courier, monospace">check_open</font>,
    1114                         <font face="Courier New, Courier, monospace">coriolis</font>,
    1115                         <font face="Courier New, Courier, monospace">cpu_log</font>,
    1116                         <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</font>,
    1117                         <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_3d</font>,
    1118                         <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_dvrp</font>,
    1119                         <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_profiles</font>,
    1120                         <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_spectra</font>,
    1121                         <font face="Courier New, Courier, monospace">fft_xy</font>,
    1122                         <font face="Courier New, Courier, monospace">flow_statistics</font>,
    1123                         <font face="Courier New, Courier, monospace">header</font>,&nbsp;
    1124                         <font face="Courier New, Courier, monospace">init_1d_model</font>,
    1125                         <font face="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</font>,
    1126                         <font face="Courier New, Courier, monospace">init_dvrp</font>,
    1127                         <font face="Courier New, Courier, monospace">init_grid</font>,
    1128                         <font face="Courier New, Courier, monospace">init_particles</font>,
    1129                         <font face="Courier New, Courier, monospace">init_pegrid</font>,
    1130                         <font face="Courier New, Courier, monospace">netcdf</font>, <font face="Courier New, Courier, monospace">parin</font>,
    1131                         <font face="Courier New, Courier, monospace">plant_canopy_model</font>,
    1132                         <font face="Courier New, Courier, monospace">poisfft_hybrid</font>,
    1133                         <font face="Courier New, Courier, monospace">poismg</font>,
    1134                         <font face="Courier New, Courier, monospace">read_3d_binary</font>,
    1135                         <font face="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</font>,
    1136                         <font face="Courier New, Courier, monospace">surface_coupler</font>,
    1137                         <font face="Courier New, Courier, monospace">temperton_fft</font>,
    1138                         <font face="Courier New, Courier, monospace">timestep</font>,
    1139                         <font face="Courier New, Courier, monospace">user_actions</font>,
    1140                         <font face="Courier New, Courier, monospace">user_data_output_dvrp</font>,
    1141                         <font face="Courier New, Courier, monospace">user_dvrp_coltab</font>,
    1142                         <font face="Courier New, Courier, monospace">user_init_grid</font>,
    1143                         <font face="Courier New, Courier, monospace">user_init_plant_canopy</font>,
    1144                         <font face="Courier New, Courier, monospace">user_parin</font>,
    1145                         <font face="Courier New, Courier, monospace">user_read_restart_data</font>,
    1146                         <font face="Courier New, Courier, monospace">user_spectra</font>)<br><br>Output
     1125                        user_header, user_init_grid, write_3d_binary, write_var_list<BR><BR><B>new:</B>
     1126                        set_particle_attributes, set_slicer_attributes_dvrp</P>
     1127                </TD>
     1128        </TR>
     1129        <TR>
     1130                <TD WIDTH=37>
     1131                        <P><BR>
     1132                        </P>
     1133                </TD>
     1134                <TD WIDTH=56>
     1135                        <P><BR>
     1136                        </P>
     1137                </TD>
     1138                <TD WIDTH=68>
     1139                        <P><BR>
     1140                        </P>
     1141                </TD>
     1142                <TD WIDTH=62>
     1143                        <P><BR>
     1144                        </P>
     1145                </TD>
     1146                <TD WIDTH=36>
     1147                        <P>C</P>
     1148                </TD>
     1149                <TD WIDTH=517>
     1150                        <P>Output of messages replaced by message handling routine.
     1151                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</FONT>,
     1152                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">advec_s_bc</FONT>,
     1153                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">buoyancy</FONT>,
     1154                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">calc_spectra</FONT>,
     1155                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_for_restart</FONT>,
     1156                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_open</FONT>,
     1157                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">coriolis</FONT>,
     1158                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">cpu_log</FONT>,
     1159                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</FONT>,
     1160                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_3d</FONT>,
     1161                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_dvrp</FONT>,
     1162                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_profiles</FONT>,
     1163                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_spectra</FONT>,
     1164                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">fft_xy</FONT>,
     1165                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">flow_statistics</FONT>,
     1166                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>,&nbsp;
     1167                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_1d_model</FONT>,
     1168                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</FONT>,
     1169                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_dvrp</FONT>,
     1170                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_grid</FONT>,
     1171                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_particles</FONT>,
     1172                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_pegrid</FONT>,
     1173                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf</FONT>, <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">parin</FONT>,
     1174                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">plant_canopy_model</FONT>,
     1175                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">poisfft_hybrid</FONT>,
     1176                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">poismg</FONT>,
     1177                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_3d_binary</FONT>,
     1178                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</FONT>,
     1179                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">surface_coupler</FONT>,
     1180                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">temperton_fft</FONT>,
     1181                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">timestep</FONT>,
     1182                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_actions</FONT>,
     1183                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_data_output_dvrp</FONT>,
     1184                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_dvrp_coltab</FONT>,
     1185                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_init_grid</FONT>,
     1186                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_init_plant_canopy</FONT>,
     1187                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_parin</FONT>,
     1188                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_read_restart_data</FONT>,
     1189                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_spectra</FONT>)<BR><BR>Output
    11471190                        of NetCDF messages with aid of message handling routine.
    1148                         (<font face="Courier New, Courier, monospace">check_open</font>,
    1149                         <font face="Courier New, Courier, monospace">close_file</font>,
    1150                         <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</font>,
    1151                         <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_3d</font>,
    1152                         <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_profiles</font>,
    1153                         <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_ptseries</font>,
    1154                         <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_spectra</font>,&nbsp;
    1155                         <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_tseries</font>,
    1156                         <font face="Courier New, Courier, monospace">netcdf</font>)<br><br>__lcmuk
     1191                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_open</FONT>,
     1192                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">close_file</FONT>,
     1193                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</FONT>,
     1194                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_3d</FONT>,
     1195                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_profiles</FONT>,
     1196                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_ptseries</FONT>,
     1197                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_spectra</FONT>,&nbsp;
     1198                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_tseries</FONT>,
     1199                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf</FONT>)<BR><BR>__lcmuk
    11571200                        changed to __lc to avoid problems with Intel compiler on sgi-ice.
    1158                         (<font face="Courier New, Courier, monospace">poisfft</font>)<br><br>For
     1201                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">poisfft</FONT>)<BR><BR>For
    11591202                        extended NetCDF files, the updated title attribute includes an
    1160                         update of time_average_text where appropriate. (<font face="Courier New, Courier, monospace">netcdf</font>)<br><br>In
     1203                        update of time_average_text where appropriate. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf</FONT>)<BR><BR>In
    11611204                        case of restart runs without extension, initial profiles are not
    11621205                        written to NetCDF-file anymore. So far, time axis always started
    1163                         at t=0. (<font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_profiles</font>,
    1164                         <font face="Courier New, Courier, monospace">modules</font>,
    1165                         <font face="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</font>,
    1166                         <font face="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</font>)<br><br><font face="Courier New, Courier, monospace">initializing_actions</font>='<i>read_data_for_recycling</i>'
    1167                         renamed to '<i>cyclic_fill</i>'. A cyclic fill can now <br>be used
    1168                         independent of <font face="Courier New, Courier, monospace">turbulent_inflow</font>.
    1169                         (<font face="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</font>,
    1170                         <font face="Courier New, Courier, monospace">header</font>,
    1171                         <font face="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</font>)<br><br>2
    1172                         NetCDF error numbers changed. (<font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_3d</font>)<br><br>A
     1206                        at t=0. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_profiles</FONT>,
     1207                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>,
     1208                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</FONT>,
     1209                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</FONT>)<BR><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">initializing_actions</FONT>='<I>read_data_for_recycling</I>'
     1210                        renamed to '<I>cyclic_fill</I>'. A cyclic fill can now <BR>be used
     1211                        independent of <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">turbulent_inflow</FONT>.
     1212                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>,
     1213                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>,
     1214                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</FONT>)<BR><BR>2
     1215                        NetCDF error numbers changed. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_3d</FONT>)<BR><BR>A
    11731216                        link to the webspage appendix_a.html is printed for further
    11741217                        information about possible reasons of the error that appeared.
    1175                         (message)<br><br>Temperature gradient criterion for estimating the
     1218                        (message)<BR><BR>Temperature gradient criterion for estimating the
    11761219                        boundary layer height replaced by the gradient criterion of
    1177                         Sullivan et al. (1998). (<font face="Courier New, Courier, monospace">flow_statistics</font>)<br><br>NetCDF
     1220                        Sullivan et al. (1998). (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">flow_statistics</FONT>)<BR><BR>NetCDF
    11781221                        unit attribute in timeseries output in case of statistic regions
    1179                         added. (<font face="Courier New, Courier, monospace">netcdf</font>)<br><br>Maximum
     1222                        added. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf</FONT>)<BR><BR>Maximum
    11801223                        number of tails is calculated from maximum number of particles and
    1181                         <font face="Courier New, Courier, monospace">skip_particles_for_tail</font>.
    1182                         (<font face="Courier New, Courier, monospace">init_particles</font>)<br><br>Value
    1183                         of <font face="Courier New, Courier, monospace">vertical_particle_advection</font>
    1184                         is allowed to differ for each particle group. (<font face="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</font>,
    1185                         <font face="Courier New, Courier, monospace">header</font>,
    1186                         <font face="Courier New, Courier, monospace">modules</font>)
    1187                         <br><br>First constant in array <font face="Courier New, Courier, monospace">den</font>
    1188                         also defined as type double. (<font face="Courier New, Courier, monospace">eqn_state_seawater</font>)<br><br>Parameter
    1189                         <font face="Courier New, Courier, monospace">dvrp_psize</font>
    1190                         moved from <font face="Courier New, Courier, monospace">particles_par</font>
    1191                         to <font face="Courier New, Courier, monospace">dvrp_graphics_par</font>.
    1192                         (<font face="Courier New, Courier, monospace">package_parin</font>)<br><br><font face="Courier New, Courier, monospace">topography_grid_convention</font>
    1193                         moved from <font face="Courier New, Courier, monospace">userpar</font>
    1194                         to <font face="Courier New, Courier, monospace">inipar</font>
    1195                         (<font face="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</font>,
    1196                         <font face="Courier New, Courier, monospace">header</font>, <font face="Courier New, Courier, monospace">parin</font>,
    1197                         <font face="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</font>,
    1198                         <font face="Courier New, Courier, monospace">user_check_parameters</font>,
    1199                         <font face="Courier New, Courier, monospace">user_header</font>,
    1200                         <font face="Courier New, Courier, monospace">user_init_grid</font>,
    1201                         <font face="Courier New, Courier, monospace">user_parin</font>,
    1202                         <font face="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</font>)<br><br>Default
    1203                         value of <font face="Courier New, Courier, monospace">grid_matching</font>
    1204                         changed to '<i>strict</i>'. (<font face="Courier New, Courier, monospace">modules</font>)<br><br>Adjustments
     1224                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">skip_particles_for_tail</FONT>.
     1225                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_particles</FONT>)<BR><BR>Value
     1226                        of <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">vertical_particle_advection</FONT>
     1227                        is allowed to differ for each particle group. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</FONT>,
     1228                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>,
     1229                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>)
     1230                        <BR><BR>First constant in array <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">den</FONT>
     1231                        also defined as type double. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">eqn_state_seawater</FONT>)<BR><BR>Parameter
     1232                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">dvrp_psize</FONT>
     1233                        moved from <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">particles_par</FONT>
     1234                        to <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">dvrp_graphics_par</FONT>.
     1235                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">package_parin</FONT>)<BR><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">topography_grid_convention</FONT>
     1236                        moved from <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">userpar</FONT>
     1237                        to <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">inipar</FONT>
     1238                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>,
     1239                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>, <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">parin</FONT>,
     1240                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</FONT>,
     1241                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_check_parameters</FONT>,
     1242                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_header</FONT>,
     1243                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_init_grid</FONT>,
     1244                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_parin</FONT>,
     1245                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</FONT>)<BR><BR>Default
     1246                        value of <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">grid_matching</FONT>
     1247                        changed to '<I>strict</I>'. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>)<BR><BR>Adjustments
    12051248                        for runs on lcxt4 (necessary due to a software update on CRAY) and
    1206                         for coupled runs on ibmy. (<font face="Courier New, Courier, monospace">mrun</font>,
    1207                         <font face="Courier New, Courier, monospace">subjob</font>)</p>
    1208                 </td>
    1209                 <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
    1210                         <p>advec_particles, advec_s_bc, buoyancy, calc_spectra,
     1249                        for coupled runs on ibmy. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mrun</FONT>,
     1250                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">subjob</FONT>)</P>
     1251                </TD>
     1252                <TD WIDTH=393>
     1253                        <P>advec_particles, advec_s_bc, buoyancy, calc_spectra,
    12111254                        check_for_restart, check_open, check_parameters, close_file,
    12121255                        coriolis, cpu_log, data_output_2d, data_output_3d,
     
    12221265                        user_init_plant_canopy, user_parin, user_read_restart_data,
    12231266                        user_spectra, write_var_list
    1224                         </p>
    1225                 </td>
    1226         </tr>
    1227         <tr>
    1228                 <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
    1229                         <p><br>
    1230                         </p>
    1231                 </td>
    1232                 <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
    1233                         <p><br>
    1234                         </p>
    1235                 </td>
    1236                 <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
    1237                         <p><br>
    1238                         </p>
    1239                 </td>
    1240                 <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
    1241                         <p><br>
    1242                         </p>
    1243                 </td>
    1244                 <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
    1245                         <p>B</p>
    1246                 </td>
    1247                 <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
    1248                         <p>Bugfix: Initial hydrostatic pressure profile in case of ocean
    1249                         runs is now calculated in 5 iteration steps. (<font face="Courier New, Courier, monospace">init_ocean</font>)<br><br>Bugfix:
     1267                        </P>
     1268                </TD>
     1269        </TR>
     1270        <TR>
     1271                <TD WIDTH=37>
     1272                        <P><BR>
     1273                        </P>
     1274                </TD>
     1275                <TD WIDTH=56>
     1276                        <P><BR>
     1277                        </P>
     1278                </TD>
     1279                <TD WIDTH=68>
     1280                        <P><BR>
     1281                        </P>
     1282                </TD>
     1283                <TD WIDTH=62>
     1284                        <P><BR>
     1285                        </P>
     1286                </TD>
     1287                <TD WIDTH=36>
     1288                        <P>B</P>
     1289                </TD>
     1290                <TD WIDTH=517>
     1291                        <P>Bugfix: Initial hydrostatic pressure profile in case of ocean
     1292                        runs is now calculated in 5 iteration steps. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_ocean</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
    12501293                        wrong sign in buoyancy production of ocean part in case of not
    1251                         using the reference density (only in 3D routine <font face="Courier New, Courier, monospace">production_e</font>).
    1252                         (<font face="Courier New, Courier, monospace">production_e</font>)<br><br>Bugfix:
     1294                        using the reference density (only in 3D routine <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">production_e</FONT>).
     1295                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">production_e</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
    12531296                        output of averaged 2d/3d quantities requires that an avaraging
    12541297                        interval has been set, respective error message is included.
    1255                         (<font face="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</font>)<br><br>Bugfix:
    1256                         Output on unit 14 only if requested by <font face="Courier New, Courier, monospace">write_binary</font>.
    1257                         (<font face="Courier New, Courier, monospace">user_last_actions</font>)<br><br>Bugfix
    1258                         to avoid zero division by <font face="Courier New, Courier, monospace">km_neutral</font>.
    1259                         (<font face="Courier New, Courier, monospace">production_e</font>)<br><br>Bugfix
     1298                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
     1299                        Output on unit 14 only if requested by <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_binary</FONT>.
     1300                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_last_actions</FONT>)<BR><BR>Bugfix
     1301                        to avoid zero division by <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">km_neutral</FONT>.
     1302                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">production_e</FONT>)<BR><BR>Bugfix
    12601303                        for extended NetCDF files: In order to avoid 'data mode' errors if
    12611304                        updated attributes are larger than their original size,
    1262                         <font face="Courier New, Courier, monospace">NF90_PUT_ATT</font>
    1263                         is called in 'define mode' enclosed by <font face="Courier New, Courier, monospace">NF90_REDEF</font>
    1264                         and <font face="Courier New, Courier, monospace">NF90_ENDDEF</font>
     1305                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">NF90_PUT_ATT</FONT>
     1306                        is called in 'define mode' enclosed by <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">NF90_REDEF</FONT>
     1307                        and <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">NF90_ENDDEF</FONT>
    12651308                        calls. This implies a possible performance loss; an alternative
    12661309                        strategy would be to ensure equal attribute size in a job chain.
    1267                         (<font face="Courier New, Courier, monospace">netcdf</font>)<br><br>Bugfix:
     1310                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
    12681311                        correction of initial volume flow for non-flat topography.
    1269                         (<font face="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</font>)<br><br>Bugfix:
    1270                         zero initialization of arrays within buildings for '<i>cyclic_fill</i>'.
    1271                         (<font face="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</font>)<br><br>Bugfix:
    1272                         <font face="Courier New, Courier, monospace">to_be_resorted</font>
    1273                         =&gt; <font face="Courier New, Courier, monospace">s_av</font> for
    1274                         time-averaged scalars. (<font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</font>,
    1275                         <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_3d</font>)<br><br>Bugfix:
    1276                         avoid that <font face="Courier New, Courier, monospace">ngp_2dh_s_inner</font>
    1277                         becomes zero. (<font face="Courier New, Courier, monospace">init_3_model</font>)<br><br>Typographical
    1278                         error: unit of wpt in dots_unit. (<font face="Courier New, Courier, monospace">modules</font>)<br><br>Bugfix:
     1312                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
     1313                        zero initialization of arrays within buildings for '<I>cyclic_fill</I>'.
     1314                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
     1315                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">to_be_resorted</FONT>
     1316                        =&gt; <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">s_av</FONT> for
     1317                        time-averaged scalars. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</FONT>,
     1318                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_3d</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
     1319                        avoid that <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">ngp_2dh_s_inner</FONT>
     1320                        becomes zero. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3_model</FONT>)<BR><BR>Typographical
     1321                        error: unit of wpt in dots_unit. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
    12791322                        error in check, if particles moved further than one subdomain
    12801323                        length. This check must not be applied for newly released
    1281                         particles. (<font face="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</font>)<br><br>Bugfix:
    1282                         several tail counters are initialized, <font face="Courier New, Courier, monospace">particle_tail_coordinates</font>
     1324                        particles. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
     1325                        several tail counters are initialized, <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">particle_tail_coordinates</FONT>
    12831326                        is only written to file if its third index is &gt; 0, arrays for
    12841327                        tails are allocated with a minimum size of 10 tails if there is no
    1285                         tail initially. (<font face="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</font>,
    1286                         <font face="Courier New, Courier, monospace">init_particles</font>)<br><br>Bugfix:
    1287                         pressure included for profile output. (<font face="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</font>)<br><br>Bugfix:
    1288                         Type of <font face="Courier New, Courier, monospace">count</font>
    1289                         and <font face="Courier New, Courier, monospace">count_rate</font>
    1290                         changed to default <font face="Courier New, Courier, monospace">INTEGER</font>
    1291                         on NEC machines. (<font face="Courier New, Courier, monospace">cpu_log</font>)<br><br>Bugfix:
     1328                        tail initially. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</FONT>,
     1329                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_particles</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
     1330                        pressure included for profile output. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
     1331                        Type of <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">count</FONT>
     1332                        and <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">count_rate</FONT>
     1333                        changed to default <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">INTEGER</FONT>
     1334                        on NEC machines. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">cpu_log</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
    12921335                        output of particle time series only if particle advection is
    1293                         switched on. (<font face="Courier New, Courier, monospace">time_integration</font>)<br><br>Bugfix:
    1294                         qsws was calculated in case of <font face="Courier New, Courier, monospace">constant
    1295                         heatflux</font> = <font face="Courier New, Courier, monospace">.FALSE.</font>.
    1296                         (<font face="Courier New, Courier, monospace">prandtl_fluxes</font>)<br><br>Bugfix:
     1336                        switched on. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">time_integration</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
     1337                        qsws was calculated in case of <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">constant
     1338                        heatflux</FONT> = <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">.FALSE.</FONT>.
     1339                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">prandtl_fluxes</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
    12971340                        averaging along z is not allowed for 2d quantities (e.g. u* and
    1298                         z0). (<font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</font>)<br><br>Typographical
    1299                         errors. (<font face="Courier New, Courier, monospace">netcdf</font>)<br><br>If
     1341                        z0). (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</FONT>)<BR><BR>Typographical
     1342                        errors. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf</FONT>)<BR><BR>If
    13001343                        the inversion height calculated by the prerun is zero,
    13011344                        inflow_damping_height must be explicitly specified.
    1302                         (<font face="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</font>)<br><br>Small
    1303                         bugfix concerning 3d 64bit netcdf output format. (<font face="Courier New, Courier, monospace">header</font>)<br><br>Bugfix:
    1304                         <font face="Courier New, Courier, monospace">dt_fixed</font>
     1345                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</FONT>)<BR><BR>Small
     1346                        bugfix concerning 3d 64bit netcdf output format. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
     1347                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">dt_fixed</FONT>
    13051348                        removed from the restart file, because otherwise, no change from a
    13061349                        fixed to a variable timestep would be possible in restart runs.
    1307                         (<font face="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</font>,
    1308                         <font face="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</font>)<br><br>Bugfix:
    1309                         initial setting of <font face="Courier New, Courier, monospace">time_coupling</font>
    1310                         in coupled restart runs. (<font face="Courier New, Courier, monospace">time_integration</font>)</p>
    1311                 </td>
    1312                 <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
    1313                         <p>advec_particles, check_parameters, cpu_log, data_output_2d,
     1350                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</FONT>,
     1351                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
     1352                        initial setting of <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">time_coupling</FONT>
     1353                        in coupled restart runs. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">time_integration</FONT>)</P>
     1354                </TD>
     1355                <TD WIDTH=393>
     1356                        <P>advec_particles, check_parameters, cpu_log, data_output_2d,
    13141357                        data_output_3d, header, init_3d_model, init_particles, init_ocean,
    13151358                        modules, netcdf, prandtl_fluxes, production_e, read_var_list,
    1316                         time_integration, user_last_actions, write_var_list</p>
    1317                 </td>
    1318         </tr>
    1319         <tr>
    1320                 <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
    1321                         <p>02/02/09</p>
    1322                 </td>
    1323                 <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
    1324                         <p>SR</p>
    1325                 </td>
    1326                 <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
    1327                         <p>228</p>
    1328                 </td>
    1329                 <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
    1330                         <p>3.6</p>
    1331                 </td>
    1332                 <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
    1333                         <p>N</p>
    1334                 </td>
    1335                 <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
    1336                         <p>This release contains further additions, changes, and bugfixes
     1359                        time_integration, user_last_actions, write_var_list</P>
     1360                </TD>
     1361        </TR>
     1362        <TR>
     1363                <TD WIDTH=37>
     1364                        <P>02/02/09</P>
     1365                </TD>
     1366                <TD WIDTH=56>
     1367                        <P>SR</P>
     1368                </TD>
     1369                <TD WIDTH=68>
     1370                        <P>228</P>
     1371                </TD>
     1372                <TD WIDTH=62>
     1373                        <P>3.6</P>
     1374                </TD>
     1375                <TD WIDTH=36>
     1376                        <P>N</P>
     1377                </TD>
     1378                <TD WIDTH=517>
     1379                        <P>This release contains further additions, changes, and bugfixes
    13371380                        for the SGI-ICE system, as well as important changes like the
    13381381                        splitting of the user-interface into single files, a complete
     
    13431386                        different domain/subdomain sizes. A new handling of all kind of
    13441387                        output messages is introduced with this release and will be
    1345                         applied to all existing messages within the next releases.<br><br><b>New
    1346                         features are:</b><br><br>Restart runs on SGI-ICE are working.
    1347                         (mrun)<br>2d-decomposition is default on SGI-ICE systems.
    1348                         (init_pegrid)<br><br>Ocean-atmosphere coupling realized with
     1388                        applied to all existing messages within the next releases.<BR><BR><B>New
     1389                        features are:</B><BR><BR>Restart runs on SGI-ICE are working.
     1390                        (mrun)<BR>2d-decomposition is default on SGI-ICE systems.
     1391                        (init_pegrid)<BR><BR>Ocean-atmosphere coupling realized with
    13491392                        MPI-1. mrun adjusted for this case (-Y option). Check that PALM is
    1350                         called with <font face="Courier New, Courier, monospace">mrun</font>-option
    1351                         "<i>-K parallel</i>" for coupling. Adjustments in <font face="Courier New, Courier, monospace">mrun</font>,
    1352                         <font face="Courier New, Courier, monospace">mbuild</font>, and
    1353                         <font face="Courier New, Courier, monospace">subjob</font> for
    1354                         lcxt4.<br><br>DVRP arguments changed to single precision, mode
    1355                         pathlines added.<br><br>User can add additional routines in files
    1356                         <font face="Courier New, Courier, monospace">user_additional_routines</font>.<br><br>User
     1393                        called with <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mrun</FONT>-option
     1394                        &quot;<I>-K parallel</I>&quot; for coupling. Adjustments in <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mrun</FONT>,
     1395                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mbuild</FONT>, and
     1396                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">subjob</FONT> for
     1397                        lcxt4.<BR><BR>DVRP arguments changed to single precision, mode
     1398                        pathlines added.<BR><BR>User can add additional routines in files
     1399                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_additional_routines</FONT>.<BR><BR>User
    13571400                        can check user parameters and deduce further quantities in
    1358                         <font face="Courier New, Courier, monospace">user_check_parameters</font></p>
    1359                 </td>
    1360                 <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
    1361                         <p>check_for_restart, check_parameters, data_output_dvrp,
     1401                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_check_parameters</FONT></P>
     1402                </TD>
     1403                <TD WIDTH=393>
     1404                        <P>check_for_restart, check_parameters, data_output_dvrp,
    13621405                        init_dvrp, init_pegrid, local_stop, modules, package_parin, palm,
    1363                         surface_coupler, timestep<br><br>Makefile,&nbsp;mbuild, mrun,
    1364                         subjob<br><br><b>new:</b><br>init_coupling,
    1365                         user_additional_routines, user_check_parameters</p>
    1366                 </td>
    1367         </tr>
    1368         <tr>
    1369                 <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
    1370                         <p><br>
    1371                         </p>
    1372                 </td>
    1373                 <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
    1374                         <p><br>
    1375                         </p>
    1376                 </td>
    1377                 <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
    1378                         <p><br>
    1379                         </p>
    1380                 </td>
    1381                 <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
    1382                         <p><br>
    1383                         </p>
    1384                 </td>
    1385                 <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
    1386                         <p>C</p>
    1387                 </td>
    1388                 <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
    1389                         <p>User interface has been split into single files.<br><br>Type of
    1390                         variables <font face="Courier New, Courier, monospace">count</font>
    1391                         and <font face="Courier New, Courier, monospace">count_rate</font>
    1392                         changed to INTEGER(8) in order to avoid "out of range"
     1406                        surface_coupler, timestep<BR><BR>Makefile,&nbsp;mbuild, mrun,
     1407                        subjob<BR><BR><B>new:</B><BR>init_coupling,
     1408                        user_additional_routines, user_check_parameters</P>
     1409                </TD>
     1410        </TR>
     1411        <TR>
     1412                <TD WIDTH=37>
     1413                        <P><BR>
     1414                        </P>
     1415                </TD>
     1416                <TD WIDTH=56>
     1417                        <P><BR>
     1418                        </P>
     1419                </TD>
     1420                <TD WIDTH=68>
     1421                        <P><BR>
     1422                        </P>
     1423                </TD>
     1424                <TD WIDTH=62>
     1425                        <P><BR>
     1426                        </P>
     1427                </TD>
     1428                <TD WIDTH=36>
     1429                        <P>C</P>
     1430                </TD>
     1431                <TD WIDTH=517>
     1432                        <P>User interface has been split into single files.<BR><BR>Type of
     1433                        variables <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">count</FONT>
     1434                        and <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">count_rate</FONT>
     1435                        changed to INTEGER(8) in order to avoid &quot;out of range&quot;
    13931436                        problems, which result in measured negative time intervals.
    1394                         (cpu_log, local_tremain, local_tremain_ini)<br><br>Reading
     1437                        (cpu_log, local_tremain, local_tremain_ini)<BR><BR>Reading
    13951438                        mechanism from restart files completely revised. The
    13961439                        subdomain/total domain size is now allowed to vary arbitrarily
    13971440                        between the current and previous run. (read_var_list,
    1398                         read_3d_binary, user_read_restart_data)<br><br>Precompilation
    1399                         mechanism (<font face="Courier New, Courier, monospace">mbuild</font>)
     1441                        read_3d_binary, user_read_restart_data)<BR><BR>Precompilation
     1442                        mechanism (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mbuild</FONT>)
    14001443                        completely revised: the source-tarfile remains in the source
    1401                         directory (<font face="Courier New, Courier, monospace">trunk/SOURCE</font>).
     1444                        directory (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">trunk/SOURCE</FONT>).
    14021445                        One depository per block (given in the config-file) is created.
    14031446                        Always all files from the source directory are copied to the
    14041447                        respective depository. No additional file checks are done any more
    14051448                        (mrun version 2.1). The depository name used contains the
    1406                         conditions given by <font face="Courier New, Courier, monospace">mrun</font>-option
    1407                         "<font face="Courier New, Courier, monospace">-K</font>".
    1408                         (mbuild, mrun)<br><br>Output messages (including required stop of
    1409                         execution) can now be handled with the new subroutine&nbsp;<font face="Courier New, Courier, monospace">message</font>.
     1449                        conditions given by <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mrun</FONT>-option
     1450                        &quot;<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">-K</FONT>&quot;.
     1451                        (mbuild, mrun)<BR><BR>Output messages (including required stop of
     1452                        execution) can now be handled with the new subroutine&nbsp;<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">message</FONT>.
    14101453                        All output messages will be replaced by this routine step by step
    1411                         within the next revisions.<br><br>Neumann boundary condition at
    1412                         <font face="Courier New, Courier, monospace">k=nzb</font> is
     1454                        within the next revisions.<BR><BR>Neumann boundary condition at
     1455                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">k=nzb</FONT> is
    14131456                        explicitly set for better reading, although this has been already
    1414                         done in boundary_conds. (advec_s_bc)<br><br>Origin of the
     1457                        done in boundary_conds. (advec_s_bc)<BR><BR>Origin of the
    14151458                        xy-coordinate system shifted from the center of the first grid
    1416                         cell (indices <font face="Courier New, Courier, monospace">i=0</font>,
    1417                         <font face="Courier New, Courier, monospace">j=0</font>) to the
     1459                        cell (indices <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">i=0</FONT>,
     1460                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">j=0</FONT>) to the
    14181461                        south-left corner of this cell. (netcdf) Topography definition
    1419                         according to new user parameter <font face="Courier New, Courier, monospace">topography_grid_convention</font>.
    1420                         (init_grid, modules, user_header, user_init_grid, user_parin)</p>
    1421                 </td>
    1422                 <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
    1423                         <p>advec_s_bc, check_parameters, cpu_log, init_grid, local_stop,
     1462                        according to new user parameter <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">topography_grid_convention</FONT>.
     1463                        (init_grid, modules, user_header, user_init_grid, user_parin)</P>
     1464                </TD>
     1465                <TD WIDTH=393>
     1466                        <P>advec_s_bc, check_parameters, cpu_log, init_grid, local_stop,
    14241467                        local_tremain, local_tremain_ini, modules, netcdf, read_3d_binary,
    1425                         read_var_list, user_read_restart_data<br><br>Makefile, mbuild,
    1426                         mrun<br><br><b>removed:</b><br>user_interface<br><br><b>new:</b><br>message,
     1468                        read_var_list, user_read_restart_data<BR><BR>Makefile, mbuild,
     1469                        mrun<BR><BR><B>removed:</B><BR>user_interface<BR><BR><B>new:</B><BR>message,
    14271470                        user_3d_data_averaging, user_actions, user_advec_particles,
    14281471                        user_check_data_output, user_check_data_output_pr,
     
    14321475                        user_init_particles, user_init_plant_canopy, user_last_actions,
    14331476                        user_parin, user_parin, user_particle_attributes,
    1434                         user_read_restart_data, user_spectra, user_statistics</p>
    1435                 </td>
    1436         </tr>
    1437         <tr>
    1438                 <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
    1439                         <p><br>
    1440                         </p>
    1441                 </td>
    1442                 <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
    1443                         <p><br>
    1444                         </p>
    1445                 </td>
    1446                 <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
    1447                         <p><br>
    1448                         </p>
    1449                 </td>
    1450                 <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
    1451                         <p><br>
    1452                         </p>
    1453                 </td>
    1454                 <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
    1455                         <p>B</p>
    1456                 </td>
    1457                 <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
    1458                         <p>Bugfix: array <font face="Courier New, Courier, monospace">d</font>
     1477                        user_read_restart_data, user_spectra, user_statistics</P>
     1478                </TD>
     1479        </TR>
     1480        <TR>
     1481                <TD WIDTH=37>
     1482                        <P><BR>
     1483                        </P>
     1484                </TD>
     1485                <TD WIDTH=56>
     1486                        <P><BR>
     1487                        </P>
     1488                </TD>
     1489                <TD WIDTH=68>
     1490                        <P><BR>
     1491                        </P>
     1492                </TD>
     1493                <TD WIDTH=62>
     1494                        <P><BR>
     1495                        </P>
     1496                </TD>
     1497                <TD WIDTH=36>
     1498                        <P>B</P>
     1499                </TD>
     1500                <TD WIDTH=517>
     1501                        <P>Bugfix: array <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">d</FONT>
    14591502                        is reallocated in case that multigrid is used.
    1460                         (calc_spectra)<br><br>Bugfixes for nonparallel execution.
     1503                        (calc_spectra)<BR><BR>Bugfixes for nonparallel execution.
    14611504                        (check_for_restart, cpu_statistics,
    1462                         inflow_turbulence,&nbsp;timestep)<br><br>Size of <font face="Courier New, Courier, monospace">pf3d
    1463                         </font>adjusted to the required output size (1 gridpoint less,
     1505                        inflow_turbulence,&nbsp;timestep)<BR><BR>Size of <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">pf3d
     1506                        </FONT>adjusted to the required output size (1 gridpoint less,
    14641507                        along all three dimensions), because output of a subset of the
    1465                         data (<font face="Courier New, Courier, monospace">pf3d(nxa:nxe...)</font>)
     1508                        data (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">pf3d(nxa:nxe...)</FONT>)
    14661509                        in the NF90_PUT_VAR statement caused segmentation fault with the
    1467                         INTEL compiler. (combine_plot_fields)<br><br>Bugfix: error in <font face="Courier New, Courier, monospace">zu</font>
    1468                         index in case of <font face="Courier New, Courier, monospace">section_xy=-1</font>.
    1469                         (header)<br><br>Inconsistency removed: as the thermal
     1510                        INTEL compiler. (combine_plot_fields)<BR><BR>Bugfix: error in <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">zu</FONT>
     1511                        index in case of <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">section_xy=-1</FONT>.
     1512                        (header)<BR><BR>Inconsistency removed: as the thermal
    14701513                        stratification is not taken into account for the evaluation of the
    1471                         wall fluxes at vertical walls, the eddy viscosity <font face="Courier New, Courier, monospace">km</font>
     1514                        wall fluxes at vertical walls, the eddy viscosity <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">km</FONT>
    14721515                        must not be used for the evaluation of the velocity gradients
    1473                         <font face="Courier New, Courier, monospace">dudy</font>, <font face="Courier New, Courier, monospace">dwdy</font>,
    1474                         <font face="Courier New, Courier, monospace">dvdx</font> and <font face="Courier New, Courier, monospace">dwdx</font>.
    1475                         (production_e)<br><br>Bugfix in calculating <font face="Courier New, Courier, monospace">k</font>
    1476                         index in case of oceans runs. (sort_particles)<br><br>Bugfix: no
     1516                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">dudy</FONT>, <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">dwdy</FONT>,
     1517                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">dvdx</FONT> and <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">dwdx</FONT>.
     1518                        (production_e)<BR><BR>Bugfix in calculating <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">k</FONT>
     1519                        index in case of oceans runs. (sort_particles)<BR><BR>Bugfix: no
    14771520                        output of particle concentration and radius unless particles have
    1478                         been started. (data_output_2d)<br><br>Bugfix: reading of
    1479                         <font face="Courier New, Courier, monospace">spectrum_x|y</font>
     1521                        been started. (data_output_2d)<BR><BR>Bugfix: reading of
     1522                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">spectrum_x|y</FONT>
    14801523                        from restart files ignored if total numbers of grid points do not
    1481                         match. (read_3d_binary)<br><br>Bugfix: abort in case that absolute
    1482                         temperature is below zero. (init_cloud_physics)</p>
    1483                 </td>
    1484                 <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
    1485                         <p>advec_particles, calc_spectra, check_for_restart,
     1524                        match. (read_3d_binary)<BR><BR>Bugfix: abort in case that absolute
     1525                        temperature is below zero. (init_cloud_physics)</P>
     1526                </TD>
     1527                <TD WIDTH=393>
     1528                        <P>advec_particles, calc_spectra, check_for_restart,
    14861529                        cpu_statistics, data_output_2d, header, inflow_turbulence,
    14871530                        init_cloud_physics, production_e, read_3d_binary,
    1488                         timestep<br><br>combine_plot_fields</p>
    1489                 </td>
    1490         </tr>
    1491 </tbody></table>
    1492 <p><br>&nbsp; <br>&nbsp;
    1493 </p>
    1494 <h2><a name="Kapitel2.0"></a>2.0&nbsp; How to change the source code
    1495 and how to document modifications</h2>
    1496 <p>Currently (Sep 23rd, 2009), only selected users are allowed to
     1531                        timestep<BR><BR>combine_plot_fields</P>
     1532                </TD>
     1533        </TR>
     1534</TABLE>
     1535<P><BR>&nbsp; <BR>&nbsp;
     1536</P>
     1537<H2><A NAME="Kapitel2.0"></A>2.0&nbsp; How to change the source code
     1538and how to document modifications</H2>
     1539<P>Currently (Sep 23rd, 2009), only selected users are allowed to
    14971540commit changes to the repository. Rules given below are preliminary,
    1498 until we have switched to the "trac"-System.</p>
    1499 <ol>
    1500         <li><p>Change source code in your current working copy. Document
    1501         changes in the respective file headers unter "<font face="Courier New, Courier, monospace">Current
    1502         revisions:</font>". Additionally, document all changes in a
     1541until we have switched to the &quot;trac&quot;-System.</P>
     1542<OL>
     1543        <LI><P>Change source code in your current working copy. Document
     1544        changes in the respective file headers unter &quot;<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">Current
     1545        revisions:</FONT>&quot;. Additionally, document all changes in a
    15031546        local file (e.g. ~/palm/current_version/CURRENT_MODIFICATIONS),
    15041547        including the files that have been changed. Classify changes in
    1505         three cases, new (N), changed (C), and bugfix (B). <b>Try to be as
    1506         short and as precise as possible in describing the changes!</b></p>
    1507         </li><li><p>Test the changed version, unless it works sufficiently.</p>
    1508         </li><li><p>Commit the changes to the repository<br><br>&nbsp;&nbsp; <font face="Courier New, Courier, monospace">svn
    1509         commit -m "message string" trunk<br></font><br>where
    1510         "<font face="Courier New, Courier, monospace">message string</font>"
    1511         is a short, <b>meaningful</b> summary of the
    1512         changes.<br><br>Alternatively, in case that you have made quite a
     1548        three cases, new (N), changed (C), and bugfix (B). <B>Try to be as
     1549        short and as precise as possible in describing the changes!</B></P>
     1550        <LI><P>Test the changed version, unless it works sufficiently.</P>
     1551        <LI><P>Commit the changes to the repository<BR><BR>&nbsp;&nbsp; <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">svn
     1552        commit -m &quot;message string&quot; trunk<BR></FONT><BR>where
     1553        &quot;<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">message string</FONT>&quot;
     1554        is a short, <B>meaningful</B> summary of the
     1555        changes.<BR><BR>Alternatively, in case that you have made quite a
    15131556        lot of changes, you can also give the contents of your file
    1514         CURRENT_MODIFICATIONS as the log message:<br><br>&nbsp;&nbsp; <font face="Courier New, Courier, monospace">svn
    1515         commit -F CURRENT_MODIFICATIONS trunk</font></p>
    1516         </li><li><p>Enter the changes into the technical documentation (under
    1517         <font face="Courier New, Courier, monospace">.../trunk/DOC/tec/technical_documentation.html</font>).</p>
    1518         </li><li><p>Move the change comments in the file headers from "Current
    1519         revisions:" to "Former revisions:". Set the current
    1520         svn id in front of that.<br><br><b>Example:</b><br><br><b>before
    1521         move:</b><br><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!
    1522         Current revisions:</font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!
    1523         -----------------</font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!
    1524         </font><font face="Courier New, Courier, monospace"><b>new dummy
    1525         argument abcd</b></font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!</font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!
    1526         Former revisions:</font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!
    1527         -----------------</font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">! §Id: init_3d_model.f90 </font><font color="#3366ff"><font face="Courier New, Courier, monospace"><b>425
    1528         2010-02-06 13:37:48Z raasch</b></font></font><font face="Courier New, Courier, monospace"> §</font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!</font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!
    1529         407 2009-12-01 15:01:15Z maronga</font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!
    1530         var_ts is replaced by dots_max </font><br><br><b>after move:</b><br><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!
    1531         Current revisions:</font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!
    1532         -----------------</font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!
    1533         </font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!</font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!
    1534         Former revisions:</font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!
    1535         -----------------</font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">! §Id: init_3d_model.f90 425 2010-02-06 13:37:48Z raasch</font> <font face="Courier New, Courier, monospace">§<br>!</font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!
    1536         </font><font color="#3366ff"><font face="Courier New, Courier, monospace"><b>425
    1537         2010-02-06 13:37:48Z raasch</b></font></font><font face="Courier New, Courier, monospace"><br>!
    1538         </font><font face="Courier New, Courier, monospace"><b>new dummy
    1539         argument abcd</b></font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!</font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!
    1540         407 2009-12-01 15:01:15Z maronga</font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!
    1541         var_ts is replaced by dots_max<br><br></font><font face="Times New Roman, Times, serif">Note
    1542         that the "</font><span style="font-family: Courier New,Courier,monospace;">§</span><font face="Times New Roman, Times, serif">"
    1543         in this example should read "$", but "$" cannot
     1557        CURRENT_MODIFICATIONS as the log message:<BR><BR>&nbsp;&nbsp; <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">svn
     1558        commit -F CURRENT_MODIFICATIONS trunk</FONT></P>
     1559        <LI><P>Enter the changes into the technical documentation (under
     1560        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">.../trunk/DOC/tec/technical_documentation.html</FONT>).</P>
     1561        <LI><P>Move the change comments in the file headers from &quot;Current
     1562        revisions:&quot; to &quot;Former revisions:&quot;. Set the current
     1563        svn id in front of that.<BR><BR><B>Example:</B><BR><BR><B>before
     1564        move:</B><BR><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
     1565        Current revisions:</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
     1566        -----------------</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
     1567        </FONT><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace"><B>new dummy
     1568        argument abcd</B></FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
     1569        Former revisions:</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
     1570        -----------------</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
     1571        §Id: init_3d_model.f90 </FONT><FONT COLOR="#3366ff"><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace"><B>425
     1572        2010-02-06 13:37:48Z raasch</B></FONT></FONT> <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">§</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
     1573        407 2009-12-01 15:01:15Z maronga</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
     1574        var_ts is replaced by dots_max </FONT><BR><BR><B>after move:</B><BR><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
     1575        Current revisions:</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
     1576        -----------------</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
     1577        </FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
     1578        Former revisions:</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
     1579        -----------------</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
     1580        §Id: init_3d_model.f90 425 2010-02-06 13:37:48Z raasch</FONT> <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">§<BR>!</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
     1581        </FONT><FONT COLOR="#3366ff"><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace"><B>425
     1582        2010-02-06 13:37:48Z raasch</B></FONT></FONT><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace"><BR>!
     1583        </FONT><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace"><B>new dummy
     1584        argument abcd</B></FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
     1585        407 2009-12-01 15:01:15Z maronga</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
     1586        var_ts is replaced by dots_max<BR><BR></FONT><FONT FACE="Times New Roman, Times, serif">Note
     1587        that the &quot;</FONT><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">§</FONT><FONT FACE="Times New Roman, Times, serif">&quot;
     1588        in this example should read &quot;$&quot;, but &quot;$&quot; cannot
    15441589        be used here, because otherwise svn would replace these entries
    1545         after every change to this technical documentation.</font></p>
    1546         </li><li><p>Commit the changes in the technical documentation and the
    1547         file headers:<br><br>&nbsp;&nbsp; <font face="Courier New, Courier, monospace">svn
    1548         commit -m "last commit documented" trunk</font><br><br><br>
    1549         </p>
    1550 </li></ol>
    1551 <h2><a name="Kapitel3.0"></a>3.0&nbsp; Description of selected parts
    1552 of the model source code</h2>
    1553 <p>This section gives links to existing descriptions about special
     1590        after every change to this technical documentation.</FONT></P>
     1591        <LI><P>Commit the changes in the technical documentation and the
     1592        file headers:<BR><BR>&nbsp;&nbsp; <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">svn
     1593        commit -m &quot;last commit documented&quot; trunk</FONT><BR><BR><BR>
     1594        </P>
     1595</OL>
     1596<H2><A NAME="Kapitel3.0"></A>3.0&nbsp; Description of selected parts
     1597of the model source code</H2>
     1598<P>This section gives links to existing descriptions about special
    15541599parts of the PALM code, e.g. special numerical methods that are used
    15551600(including mathematical background). Documents are stored in single
    15561601files with different formats. Some are in German (sorry for the
    1557 inconvenience). <br>&nbsp;
    1558 </p>
    1559 <ul>
    1560         <li><p style="margin-bottom: 0in;"><a name="UPS"></a>upstream-spline
    1561         advection scheme ( <a href="methods/upstream_spline/ups.pdf">.pdf</a>
     1602inconvenience). <BR>&nbsp;
     1603</P>
     1604<UL>
     1605        <LI><P STYLE="margin-bottom: 0in"><A NAME="UPS"></A>upstream-spline
     1606        advection scheme ( <A HREF="methods/upstream_spline/ups.pdf">.pdf</A>
    15621607        , only in German)
    1563         </p>
    1564         </li><li><p style="margin-bottom: 0in;"><a name="Cloud_physics"></a>cloud
    1565         physics module ( <a href="methods/cloud_physics/cloud_physics.pdf">.pdf</a>
     1608        </P>
     1609        <LI><P STYLE="margin-bottom: 0in"><A NAME="Cloud_physics"></A>cloud
     1610        physics module ( <A HREF="methods/cloud_physics/cloud_physics.pdf">.pdf</A>
    15661611        )
    1567         </p>
    1568         </li><li><p style="margin-bottom: 0in;"><a name="Bitkompression"></a>data
    1569         compression with <a href="methods/bit_compression/bit_compression.html">bit
    1570         shifting method</a> (only in German)</p>
    1571         </li><li><p>Runge-Kutta time integration scheme ( <a href="methods/runge_kutta/runge_kutta.pdf">.pdf</a>
     1612        </P>
     1613        <LI><P STYLE="margin-bottom: 0in"><A NAME="Bitkompression"></A>data
     1614        compression with <A HREF="methods/bit_compression/bit_compression.html">bit
     1615        shifting method</A> (only in German)</P>
     1616        <LI><P>Runge-Kutta time integration scheme ( <A HREF="methods/runge_kutta/runge_kutta.pdf">.pdf</A>
    15721617        , only in German)
    1573         </p>
    1574 </li></ul>
    1575 <p><br>&nbsp; <br>&nbsp; <br>&nbsp; <br>&nbsp; <br>&nbsp; <br>&nbsp;
    1576 <br>&nbsp; <br>&nbsp;
    1577 </p>
    1578 </body></html>
     1618        </P>
     1619</UL>
     1620<P><BR>&nbsp; <BR>&nbsp; <BR>&nbsp; <BR>&nbsp; <BR>&nbsp; <BR>&nbsp;
     1621<BR>&nbsp; <BR>&nbsp;
     1622</P>
     1623</BODY>
     1624</HTML>
  • palm/trunk/SOURCE/advec_particles.f90

    r520 r557  
    37943794
    37953795    IMPLICIT NONE
     3796   
     3797    INTEGER :: rbs
    37963798
    37973799    CHARACTER (LEN=10) ::  particle_binary_version
     
    38143816    ENDIF
    38153817
    3816 !
    3817 !-- Write the version number of the binary format.
    3818 !-- Attention: After changes to the following output commands the version
    3819 !-- ---------  number of the variable particle_binary_version must be changed!
     3818    DO rbs = 0, numprocs/binary_io_blocksize-1     
     3819       IF ( mod_numprocs_size == rbs ) THEN
     3820!
     3821!--       Write the version number of the binary format.
     3822!--       Attention: After changes to the following output commands the version
     3823!--       ---   number of the variable particle_binary_version must be changed!
    38203824!--            Also, the version number and the list of arrays to be read in
    38213825!--            init_particles must be adjusted accordingly.
    3822     particle_binary_version = '3.0'
    3823     WRITE ( 90 )  particle_binary_version
    3824 
    3825 !
    3826 !-- Write some particle parameters, the size of the particle arrays as well as
    3827 !-- other dvrp-plot variables.
    3828     WRITE ( 90 )  bc_par_b, bc_par_lr, bc_par_ns, bc_par_t,                    &
     3826          particle_binary_version = '3.0'
     3827          WRITE ( 90 )  particle_binary_version
     3828
     3829!
     3830!--       Write some particle parameters, the size of the particle arrays
     3831!--       as well as other dvrp-plot variables.
     3832          WRITE ( 90 )  bc_par_b, bc_par_lr, bc_par_ns, bc_par_t,              &
    38293833                  maximum_number_of_particles, maximum_number_of_tailpoints,   &
    38303834                  maximum_number_of_tails, number_of_initial_particles,        &
     
    38333837                  time_write_particle_data, uniform_particles
    38343838
    3835     IF ( number_of_initial_particles /= 0 )  WRITE ( 90 )  initial_particles
    3836 
    3837     WRITE ( 90 )  prt_count, prt_start_index
    3838     WRITE ( 90 )  particles
    3839 
    3840     IF ( use_particle_tails )  THEN
    3841        WRITE ( 90 )  particle_tail_coordinates
    3842     ENDIF
     3839          IF ( number_of_initial_particles /= 0 )    &
     3840             WRITE ( 90 )  initial_particles
     3841
     3842          WRITE ( 90 )  prt_count, prt_start_index
     3843          WRITE ( 90 )  particles
     3844
     3845          IF ( use_particle_tails )  THEN
     3846             WRITE ( 90 )  particle_tail_coordinates
     3847          ENDIF
     3848         
     3849       ENDIF 
     3850       CALL MPI_BARRIER(comm2d, ierr )   
     3851    ENDDO
    38433852
    38443853    CLOSE ( 90 )
  • palm/trunk/SOURCE/data_output_2d.f90

    r494 r557  
    7777    CHARACTER (LEN=50) ::  rtext
    7878    INTEGER ::  av, ngp, file_id, i, if, is, iis, j, k, l, layer_xy, n, psi, &
    79                 s, sender, &
     79                rbs, s, sender, &
    8080                ind(4)
    8181    LOGICAL ::  found, resorted, two_d
     
    720720                         ENDIF
    721721#endif
    722                          WRITE ( 21 )  nxl-1, nxr+1, nys-1, nyn+1
    723                          WRITE ( 21 )  local_2d
    724 
     722                         DO rbs = 0, numprocs/binary_io_blocksize-1       
     723                            IF ( mod_numprocs_size == rbs ) THEN
     724                               WRITE ( 21 )  nxl-1, nxr+1, nys-1, nyn+1
     725                               WRITE ( 21 )  local_2d
     726                            ENDIF     
     727                            CALL MPI_BARRIER(comm2d, ierr )
     728                         ENDDO
     729                     
    725730                      ELSE
    726731!
     
    10131018                         ENDIF
    10141019#endif
    1015                          IF ( ( section(is,s) >= nys  .AND.                  &
    1016                                 section(is,s) <= nyn )  .OR.                 &
    1017                               ( section(is,s) == -1  .AND.  nys-1 == -1 ) )  &
    1018                          THEN
    1019                             WRITE (22)  nxl-1, nxr+1, nzb, nzt+1
    1020                             WRITE (22)  local_2d
    1021                          ELSE
    1022                             WRITE (22)  -1, -1, -1, -1
    1023                          ENDIF
     1020                         DO rbs = 0, numprocs/binary_io_blocksize-1       
     1021                            IF ( mod_numprocs_size == rbs ) THEN
     1022                               IF ( ( section(is,s) >= nys  .AND.            &
     1023                                      section(is,s) <= nyn )  .OR.           &
     1024                                    ( section(is,s) == -1  .AND.             &
     1025                                      nys-1 == -1 ) )                        &
     1026                               THEN
     1027                                  WRITE (22)  nxl-1, nxr+1, nzb, nzt+1
     1028                                  WRITE (22)  local_2d
     1029                               ELSE
     1030                                  WRITE (22)  -1, -1, -1, -1
     1031                               ENDIF
     1032                            ENDIF     
     1033                            CALL MPI_BARRIER(comm2d, ierr )
     1034                         ENDDO
    10241035
    10251036                      ELSE
     
    13121323                         ENDIF
    13131324#endif
    1314                          IF ( ( section(is,s) >= nxl  .AND.                  &
    1315                                 section(is,s) <= nxr )  .OR.                 &
    1316                               ( section(is,s) == -1  .AND.  nxl-1 == -1 ) )  &
    1317                          THEN
    1318                             WRITE (23)  nys-1, nyn+1, nzb, nzt+1
    1319                             WRITE (23)  local_2d
    1320                          ELSE
    1321                             WRITE (23)  -1, -1, -1, -1
    1322                          ENDIF
     1325                         DO rbs = 0, numprocs/binary_io_blocksize-1       
     1326                            IF ( mod_numprocs_size == rbs ) THEN
     1327                               IF ( ( section(is,s) >= nxl  .AND.            &
     1328                                      section(is,s) <= nxr )  .OR.           &
     1329                                    ( section(is,s) == -1  .AND.             &
     1330                                      nxl-1 == -1 ) )                        &
     1331                               THEN
     1332                                  WRITE (23)  nys-1, nyn+1, nzb, nzt+1
     1333                                  WRITE (23)  local_2d
     1334                               ELSE
     1335                                  WRITE (23)  -1, -1, -1, -1
     1336                               ENDIF
     1337                            ENDIF     
     1338                            CALL MPI_BARRIER(comm2d, ierr )
     1339                         ENDDO
    13231340
    13241341                      ELSE
  • palm/trunk/SOURCE/data_output_3d.f90

    r494 r557  
    6060    CHARACTER (LEN=9) ::  simulated_time_mod
    6161
    62     INTEGER           ::  av, i, if, j, k, n, pos, prec, psi
     62    INTEGER           ::  av, i, if, j, k, n, pos, prec, psi, rbs
    6363
    6464    LOGICAL           ::  found, resorted
     
    382382!--       Compression, output of compression information on FLD-file and output
    383383!--       of compressed data.
    384           CALL write_compressed( local_pf, 30, 33, myid, nxl, nxr, nyn, nys, &
    385                                  nzb, nz_do3d, prec )
     384          DO rbs = 0, numprocs/binary_io_blocksize-1     
     385             IF ( mod_numprocs_size == rbs ) THEN
     386                CALL write_compressed( local_pf, 30, 33, myid, nxl, nxr, &
     387                                  nyn, nys, nzb, nz_do3d, prec )
     388             ENDIF
     389             CALL MPI_BARRIER(comm2d, ierr )
     390          ENDDO
     391                 
    386392       ELSE
    387393!
     
    397403                   WRITE ( 30 )  simulated_time, do3d_time_count(av), av
    398404                ENDIF
    399                 WRITE ( 30 )  nxl-1, nxr+1, nys-1, nyn+1, nzb, nz_do3d
    400                 WRITE ( 30 )  local_pf
    401 
     405                DO rbs = 0, numprocs/binary_io_blocksize-1     
     406                   IF ( mod_numprocs_size == rbs ) THEN
     407                      WRITE ( 30 )  nxl-1, nxr+1, nys-1, nyn+1, nzb, nz_do3d
     408                      WRITE ( 30 )  local_pf
     409                   ENDIF
     410                   CALL MPI_BARRIER(comm2d, ierr )
     411                ENDDO
     412               
    402413             ELSE
    403414!
  • palm/trunk/SOURCE/init_3d_model.f90

    r486 r557  
    113113    IMPLICIT NONE
    114114
    115     INTEGER ::  i, ind_array(1), j, k, sr
     115    INTEGER ::  i, ind_array(1), j, k, rbs, sr
    116116
    117117    INTEGER, DIMENSION(:), ALLOCATABLE ::  ngp_2dh_l
     
    969969!--    some of the global variables from restart file
    970970       IF ( TRIM( initializing_actions ) == 'cyclic_fill' )  THEN
    971 
    972971          WRITE (9,*) 'before read_parts_of_var_list'
    973972          CALL local_flush( 9 )
    974           CALL read_parts_of_var_list
     973          DO rbs = 0, numprocs/binary_io_blocksize-1     
     974             IF ( mod_numprocs_size == rbs ) THEN
     975                CALL read_parts_of_var_list
     976             ENDIF
     977             CALL MPI_BARRIER(comm2d, ierr )
     978          ENDDO
    975979          WRITE (9,*) 'after read_parts_of_var_list'
    976980          CALL local_flush( 9 )
     
    10561060!
    10571061!--    Read binary data from restart file
    1058           WRITE (9,*) 'before read_3d_binary'
    1059           CALL local_flush( 9 )
    1060        CALL read_3d_binary
    1061           WRITE (9,*) 'after read_3d_binary'
    1062           CALL local_flush( 9 )
     1062       WRITE (9,*) 'before read_3d_binary'
     1063       CALL local_flush( 9 )
     1064       DO rbs = 0, numprocs/binary_io_blocksize-1       
     1065          IF ( mod_numprocs_size == rbs ) THEN 
     1066             CALL read_3d_binary
     1067          ENDIF     
     1068          CALL MPI_BARRIER(comm2d, ierr )
     1069       ENDDO 
     1070       WRITE (9,*) 'after read_3d_binary'
     1071       CALL local_flush( 9 )
    10631072
    10641073!
     
    15731582#endif
    15741583
    1575     ngp_3d = INT( ngp_2dh * ( nz + 2 ), KIND = SELECTED_INT_KIND( 18 ) )
     1584    ngp_3d = INT ( ngp_2dh, KIND = SELECTED_INT_KIND( 18 ) ) * &
     1585             INT ( (nz + 2 ), KIND = SELECTED_INT_KIND( 18 ) )
    15761586
    15771587!
  • palm/trunk/SOURCE/init_grid.f90

    r556 r557  
    6363    INTEGER ::  bh, blx, bly, bxl, bxr, byn, bys, ch, cwx, cwy, cxl, cxr, cyn, &
    6464                cys, gls, i, inc, i_center, j, j_center, k, l, nxl_l, nxr_l, &
    65                 nyn_l, nys_l, nzb_si, nzt_l, vi
     65                nyn_l, nys_l, nzb_si, nzt_l, rbs, vi
    6666
    6767    INTEGER, DIMENSION(:), ALLOCATABLE   ::  vertical_influence
     
    460460          OPEN( 90, FILE='TOPOGRAPHY_DATA', STATUS='OLD', FORM='FORMATTED',  &
    461461               ERR=10 )
    462           DO  j = ny, 0, -1
    463              READ( 90, *, ERR=11, END=11 )  ( topo_height(j,i), i = 0, nx )
    464           ENDDO
     462          DO rbs = 0, numprocs/binary_io_blocksize-1     
     463             IF ( mod_numprocs_size == rbs ) THEN
     464                DO  j = ny, 0, -1
     465                   READ( 90, *, ERR=11, END=11 )  ( topo_height(j,i), i = 0, nx )
     466                ENDDO
     467             ENDIF 
     468             CALL MPI_BARRIER(comm2d, ierr )     
     469          ENDDO
    465470!
    466471!--       Calculate the index height of the topography
  • palm/trunk/SOURCE/init_masks.f90

    r554 r557  
    44! Current revisions:
    55! -----------------
    6 !
     6! bugfix message string for PA9998
    77!
    88! Former revisions:
     
    521521             IF ( mask_loop(mid,dim,2) * mask_scale(dim) > dz_stretch_level )  &
    522522                  THEN
    523                 WRITE ( message_string, '(A,I3,A,I1,A,F9.3,A,F8.2,3A)' )  &
    524                      'mask_loop(',mid,dim,',2)=', mask_loop(mid,dim,2),&
     523                WRITE ( message_string, '(A,I3,A,I1,A,F9.3,A,F8.2,3A)' ) &
     524                     'mask_loop(',mid,',',dim,',2)=', mask_loop(mid,dim,2),&
    525525                     ' exceeds dz_stretch_level=',dz_stretch_level, &
    526526                     '.&Vertical mask locations will not ', &
  • palm/trunk/SOURCE/modules.f90

    r554 r557  
    398398                vg_vertical_gradient_level_ind(10) = -9999, &
    399399                ws_vertical_gradient_level_ind(10) = -9999
     400               
     401    INTEGER :: binary_io_blocksize = -9999, mod_numprocs_size
    400402
    401403    INTEGER, DIMENSION(:), ALLOCATABLE ::  grid_level_count
  • palm/trunk/SOURCE/palm.f90

    r496 r557  
    7474    CHARACTER (LEN=9) ::  time_to_string
    7575    CHARACTER (LEN=1) ::  cdum
    76     INTEGER           ::  i, run_description_header_i(80)
     76    INTEGER           ::  i, rbs, run_description_header_i(80)
    7777
    7878    version = 'PALM 3.7a'
     
    174174!-- If required, write binary data for restart runs
    175175    IF ( write_binary(1:4) == 'true' )  THEN
    176 !
    177 !--    Write flow field data
    178        CALL write_3d_binary
     176       DO rbs = 0, numprocs/binary_io_blocksize-1     
     177          IF ( mod_numprocs_size == rbs ) THEN
     178!
     179!--          Write flow field data
     180             CALL write_3d_binary           
     181          ENDIF
     182          CALL MPI_BARRIER(comm2d, ierr )
     183       ENDDO         
    179184!
    180185!--    If required, write particle data
  • palm/trunk/SOURCE/parin.f90

    r554 r557  
    9898    IMPLICIT NONE
    9999
    100     INTEGER ::  idum
     100    INTEGER ::  idum, mod_blocksize, rbs
    101101
    102102
     
    104104                       bc_ns, bc_p_b, bc_p_t, bc_pt_b, bc_pt_t, bc_q_b, &
    105105             bc_q_t,bc_s_b, bc_s_t, bc_sa_t, bc_uv_b, bc_uv_t, &
     106             binary_io_blocksize, &
    106107             bottom_salinityflux, building_height, building_length_x, &
    107108             building_length_y, building_wall_left, building_wall_south, &
     
    208209 11 message_string = 'no \$inipar-namelist found'
    209210    CALL message( 'parin', 'PA0272', 1, 2, 0, 6, 0 )
    210 
     211   
     212!
     213!-- Check blocksize of binary IO
     21412  mod_blocksize = MODULO(numprocs,binary_io_blocksize)
     215    IF ( mod_blocksize /= 0 ) THEN
     216       WRITE( message_string, * ) 'illegal value for binary_io_blocksize: &
     217                                  ', binary_io_blocksize, &
     218                                  ' - no binary IO block by block' 
     219       CALL message( 'check_parameters', 'PA0325', 0, 1, 0, 6, 0)
     220       binary_io_blocksize = numprocs
     221    ENDIF
     222    mod_numprocs_size = MOD(myid,numprocs/binary_io_blocksize)
     223   
    211224!
    212225!-- If required, read control parameters from restart file (produced by
    213226!-- a prior run). All PEs are reading from file created by PE0 (see check_open)
    214  12 IF ( TRIM( initializing_actions ) == 'read_restart_data' )  THEN
    215 
    216        CALL read_var_list
     227    IF ( TRIM( initializing_actions ) == 'read_restart_data' )  THEN
     228   
     229       DO rbs = 0, numprocs/binary_io_blocksize-1
     230          IF ( mod_numprocs_size == rbs ) THEN
     231             CALL read_var_list
     232          ENDIF 
     233          CALL MPI_BARRIER(comm2d, ierr )   
     234       ENDDO
     235       
    217236!
    218237!--    The restart file will be reopened when reading the subdomain data
  • palm/trunk/SOURCE/user_check_data_output_pr.f90

    r484 r557  
    5555!                                            ! defined (use zu or zw)
    5656
     57       CASE ( 'u*v*' )                      ! quantity string as given in
     58                                            ! data_output_pr_user
     59          index = pr_palm + 1
     60          dopr_index(var_count)  = index    ! quantities' user-profile-number
     61          dopr_unit(var_count)   = 'm2/s2'  ! quantity unit
     62          hom(:,2,index,:)       = SPREAD( zu, 2, statistic_regions+1 )
     63                                            ! grid on which the quantity is
     64                                            ! defined (use zu or zw)
     65                                           
    5766       CASE DEFAULT
    5867          unit = 'illegal'
  • palm/trunk/SOURCE/user_last_actions.f90

    r484 r557  
    2222
    2323    USE control_parameters
     24    USE pegrid
    2425    USE user
    2526
    2627    IMPLICIT NONE
     28   
     29    INTEGER :: rbs
    2730
    2831!
     
    3033!-- Sample for user-defined output:
    3134    IF ( write_binary(1:4) == 'true' )  THEN
    32 !       IF ( ALLOCATED( u2_av ) )  THEN
    33 !          WRITE ( 14 )  'u2_av               ';  WRITE ( 14 )  u2_av
    34 !       ENDIF
     35       DO rbs = 0, numprocs/binary_io_blocksize-1       
     36          IF ( mod_numprocs_size == rbs ) THEN
     37         
     38!            IF ( ALLOCATED( u2_av ) )  THEN
     39!               WRITE ( 14 )  'u2_av               ';  WRITE ( 14 )  u2_av
     40!            ENDIF
    3541
    36        WRITE ( 14 )  '*** end user ***    '
     42             WRITE ( 14 )  '*** end user ***    '
     43       
     44          ENDIF     
     45          CALL MPI_BARRIER(comm2d, ierr )
     46       ENDDO
    3747
    3848    ENDIF
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.