source: palm/trunk/DOC/tec/technical_documentation.html @ 556

Last change on this file since 556 was 556, checked in by raasch, 13 years ago

last commit documented

  • Property svn:keywords set to Id
File size: 70.5 KB
1<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
5        <meta http-equiv="CONTENT-TYPE" content="text/html; charset=utf-8"><title>PALM technical/numerical documentation</title>
7        <meta name="GENERATOR" content=" 3.0  (Unix)">
8        <meta name="AUTHOR" content="Siegfried Raasch">
9        <meta name="CREATED" content="0;0">
10        <meta name="CHANGED" content="20100901;15562900">
11        <meta name="KEYWORDS" content="parallel LES model"></head><body dir="ltr" lang="en-US">
12<p style="margin-bottom: 0in;"><font size="7">PALM&nbsp;&nbsp; </font>a
13<b>pa</b>rallelized <b>L</b>ES <b>m</b>odel
16<p style="margin-bottom: 0in;"><br><font size="5">technical/numerical
17documentation</font> <br>&nbsp; <br>&nbsp; 
19<p style="margin-bottom: 0in;" align="center">&nbsp; 
21<table cellpadding="0" cellspacing="0">
22        <tbody><tr>
23                <td>
24                        <p><b>Current fixed release:</b></p>
25                </td>
26                <td>
27                        <p><b>3.7a</b></p>
28                </td>
29        </tr>
30        <tr>
31                <td>
32                        <p><b>Last change of this document</b>:&nbsp;</p>
33                </td>
34                <td>
35                        <p><b>$Id: technical_documentation.html 544 2010-08-17 10:44:58Z
36                        maronga $</b></p>
37                </td>
38        </tr>
41<p><font size="5">Table of contents</font> <br>&nbsp; <br>&nbsp; 
44        <p><a href="#Kapitel1.0">1.0</a>&nbsp; History of changes
45        </p>
46        <p><a href="#Kapitel2.0">2.0</a>&nbsp; How to change the source code
47        and how to document modifications</p>
48        <p><a href="#Kapitel3.0">3.0</a>&nbsp; Description of selected model
49        numerics<br>&nbsp;</p>
53<h2><a name="Kapitel1.0"></a>1.0&nbsp; History of changes</h2>
54<p style="margin-bottom: 0in;">The following table documents all
55changes to the PALM repository since 2009. Older changes can be found
56<a href="tec_doc_1998-2008.html">here</a>.<br><br>Entries in the
57fifth column specify the type of the change: change&nbsp; of existing
58code (C), new code (N) or bugfix (B). More detailed information about
59the changes may sometimes be found in the header comment lines of the
60respective routines. <br>&nbsp; 
62<table border="1" cellpadding="2" cellspacing="3" width="1223">
63        <col width="37">
64        <col width="56">
65        <col width="68">
66        <col width="62">
67        <col width="36">
68        <col width="518">
69        <col width="393">
70        <tbody><tr>
71                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
72                        <p><font size="4"><b>date</b></font></p>
73                </td>
74                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
75                        <p><font size="4"><b>author</b></font></p>
76                </td>
77                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
78                        <p><font size="4"><b>svn revision</b></font></p>
79                </td>
80                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
81                        <p><font size="4"><b>last release</b></font></p>
82                </td>
83                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
84                        <p><font size="4"><b>type</b></font></p>
85                </td>
86                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
87                        <p><font size="4"><b>description</b></font></p>
88                </td>
89                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
90                        <p><font size="4"><b>affected routines</b></font></p>
91                </td>
92        </tr>
93        <tr>
94      <td style="vertical-align: top;">07/09/10<br>
95      </td>
96      <td style="vertical-align: top;">SR<br>
97      </td>
98      <td style="vertical-align: top;">556<br>
99      </td>
100      <td style="vertical-align: top;">3.7a<br>
101      </td>
102      <td style="vertical-align: top;">C<br>
103      </td>
104      <td style="vertical-align: top;">Documentation for<span style="font-family: Courier New,Courier,monospace;"> surface_heatflux </span>in case of<span style="font-family: Courier New,Courier,monospace;"> prandtl_layer </span>= <span style="font-style: italic;">.F.</span> improved.<br>
105      <br>
106bugfix for wrong netcdf/3.6.3 module on lcsgi (mbuild, mrun)<br>
107      </td>
108      <td style="vertical-align: top;">mbuild, mrun<br>
109      </td>
110    </tr>
111    <tr>
112      <td style="vertical-align: top;"><br>
113      </td>
114      <td style="vertical-align: top;"><br>
115      </td>
116      <td style="vertical-align: top;"><br>
117      </td>
118      <td style="vertical-align: top;"><br>
119      </td>
120      <td style="vertical-align: top;">B<br>
121      </td>
122      <td style="vertical-align: top;">Bugfix in if statement (disturb_heatflux)<br>
123      <br>
124Bugfix: in 2201 statement: closing " was missing (interpret_config)<br>
125      <br>
126Bugfix: default setting of nzb_local for flat topography (init_grid)<br>
127      <br>
128Bugfix: wrong dimension used for ts_value_l (user_statistics)<br>
129      </td>
130      <td style="vertical-align: top;">disturb_heatflux, init_grid, user_statistics<br>
131      <br>
133      </td>
134    </tr>
136                <td sdval="40187" sdnum="1033;0;MM/DD/YY" style="width: 37px; vertical-align: top;">
137                        <p style="font-weight: normal;"><font size="3">01/09/10</font></p>
138                </td>
139                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
140                        <p style="font-weight: normal;"><font size="3">CH</font></p>
141                </td>
142                <td sdval="553" sdnum="1033;" style="width: 68px; vertical-align: top;">
143                        <p style="font-weight: normal;"><font size="3">553</font></p>
144                </td>
145                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
146                        <p style="font-weight: normal;"><font size="3">3.7a</font></p>
147                </td>
148                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
149                        <p style="font-weight: normal;"><font size="3">C</font></p>
150                </td>
151                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
152                        <p style="font-weight: normal;"><font size="3">d3dpar-parameters for
153                        masked output <font face="Courier New, monospace">data_output_mask_*,
154                        data_output_mask_user_*, mask_*_x, mask_*_y, mask_*_z,
155                        mask_*_x_loop, mask_*_y_loop </font><font face="Times New Roman, serif">and
156                        </font><font face="Courier New, monospace">mask_*_z_loop </font>have
157                        been replaced by corresponding arrays <font face="Courier New, monospace">data_output_masks,
158                        data_output_masks_user, mask_x, mask_y, mask_z, mask_x_loop,
159                        mask_y_loop </font><font face="Times New Roman, serif">and</font><font face="Courier New, monospace">
160                        mask_z_loop</font></font></p>
161                        <p style="font-weight: normal;"><font size="3">inipar-parameter <font face="Courier New, monospace">masks</font>
162                        has been removed. </font>
163                        </p>
164                        <p style="font-weight: normal;"><font size="3">The changes concern
165                        the masked data output, which is still not documented.</font></p>
166                </td>
167                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
168                        <p style="font-weight: normal;"><font size="3">check_parameters,
169                        init_masks, modules, parin, user_parin</font></p>
170                </td>
171        </tr>
172        <tr>
173                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
174                        <p>17/08/10</p>
175                </td>
176                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
177                        <p>BM</p>
178                </td>
179                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
180                        <p>544</p>
181                </td>
182                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
183                        <p>3.7a</p>
184                </td>
185                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
186                        <p>B/C/N</p>
187                </td>
188                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
189                        <p>adjustments for lcxt4; bugfix (mbuild): loading of user-defined
190                        modules; new .mrun.config.lcxt4 for Cray XT4 in Bergen/Norway</p>
191                </td>
192                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
193                        <p>mrun, mbuild, subjob</p>
194                </td>
195        </tr>
196        <tr>
197                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
198                        <p>15/06/10</p>
199                </td>
200                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
201                        <p>RH</p>
202                </td>
203                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
204                        <p>540</p>
205                </td>
206                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
207                        <p>3.7a</p>
208                </td>
209                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
210                        <p>C</p>
211                </td>
212                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
213                        <p>ssh from compute nodes to login nodes on hosts lcsgih/lcsgib is
214                        done using the names hicegate0/bicegate0 instead of the IP
215                        addresses</p>
216                </td>
217                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
218                        <p>mrun</p>
219                </td>
220        </tr>
221        <tr>
222                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
223                        <p>21/04/10</p>
224                </td>
225                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
226                        <p>RH</p>
227                </td>
228                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
229                        <p>532</p>
230                </td>
231                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
232                        <p>3.7a</p>
233                </td>
234                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
235                        <p>C</p>
236                </td>
237                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
238                        <p>Large scale vertical motion (subsidence/ascent) can be added as
239                        additional source to the prognostic equation for humidity/passive
240                        scalar<br>&nbsp;<br>character length for dopr_unit
241                        enlarged<br><br>Adjustment of the NCL scripts to allow for output
242                        of png files
243                        </p>
244                </td>
245                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
246                        <p>modules, prognostic_equations<br><br>.ncl.config.default,
247                        cross_sections.ncl, profiles.ncl, timeseries.ncl, spectra.ncl</p>
248                </td>
249        </tr>
250        <tr>
251                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
252                        <p><br>
253                        </p>
254                </td>
255                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
256                        <p><br>
257                        </p>
258                </td>
259                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
260                        <p><br>
261                        </p>
262                </td>
263                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
264                        <p><br>
265                        </p>
266                </td>
267                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
268                        <p>B</p>
269                </td>
270                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
271                        <p>Bugfix: unit of hyp changed to dbar</p>
272                </td>
273                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
274                        <p>check_parameters</p>
275                </td>
276        </tr>
277        <tr>
278                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
279                        <p>01/04/10</p>
280                </td>
281                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
282                        <p>RH</p>
283                </td>
284                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
285                        <p>530</p>
286                </td>
287                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
288                        <p>3.7a</p>
289                </td>
290                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
291                        <p>B</p>
292                </td>
293                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
294                        <p>Bugfix: treatment of special character * in NCL variables
295                        containing lists corrected</p>
296                </td>
297                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
298                        <p>palmplot</p>
299                </td>
300        </tr>
301        <tr>
302                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
303                        <p>31/03/10</p>
304                </td>
305                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
306                        <p>RH</p>
307                </td>
308                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
309                        <p>529</p>
310                </td>
311                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
312                        <p>3.7a</p>
313                </td>
314                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
315                        <p>C</p>
316                </td>
317                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
318                        <p>List of variable names have to specified using blank separated
319                        lists and single quotes</p>
320                </td>
321                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
322                        <p>palmplot</p>
323                </td>
324        </tr>
325        <tr>
326                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
327                        <p>30/03/10</p>
328                </td>
329                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
330                        <p>RH</p>
331                </td>
332                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
333                        <p>526</p>
334                </td>
335                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
336                        <p>3.7a</p>
337                </td>
338                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
339                        <p>C</p>
340                </td>
341                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
342                        <p>Adjustment of the NCL scripts and <font face="Courier New, Courier, monospace">palmplot
343                        </font>to allow for special characters in NetCDF variable names
344                        </p>
345                </td>
346                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
347                        <p>palmplot, .ncl.config.default, cross_sections.ncl,
348                        profiles.ncl, timeseries.ncl, spectra.ncl</p>
349                </td>
350        </tr>
351        <tr>
352                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
353                        <p>30/03/10</p>
354                </td>
355                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
356                        <p>SR</p>
357                </td>
358                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
359                        <p>525</p>
360                </td>
361                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
362                        <p>3.7a</p>
363                </td>
364                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
365                        <p>B</p>
366                </td>
367                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
368                        <p>Bugfix: "/" in netcdf profile variable names replaced
369                        by ":"</p>
370                </td>
371                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
372                        <p>check_parameters</p>
373                </td>
374        </tr>
375        <tr>
376                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
377                        <p>19/03/10</p>
378                </td>
379                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
380                        <p>SR</p>
381                </td>
382                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
383                        <p>520</p>
384                </td>
385                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
386                        <p>3.7a</p>
387                </td>
388                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
389                        <p>N</p>
390                </td>
391                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
392                        <p>NetCDF4 support for particle data. Total number of particles is
393                        allowed to increase during the run, when netcdf_data_format &gt; <i>2</i>
394                        is used.</p>
395                </td>
396                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
397                        <p>advec_particles, check_open, netcdf</p>
398                </td>
399        </tr>
400        <tr>
401                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
402                        <p><br>
403                        </p>
404                </td>
405                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
406                        <p><br>
407                        </p>
408                </td>
409                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
410                        <p><br>
411                        </p>
412                </td>
413                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
414                        <p><br>
415                        </p>
416                </td>
417                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
418                        <p>C</p>
419                </td>
420                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
421                        <p>Special characters like * and " are now allowed for NetCDF
422                        variable names. Replacement of these characters has been removed
423                        (routine clean_netcdf_varname removed)</p>
424                </td>
425                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
426                        <p><br>
427                        </p>
428                </td>
429        </tr>
430        <tr>
431                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
432                        <p>18/03/10</p>
433                </td>
434                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
435                        <p>SR</p>
436                </td>
437                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
438                        <p>516</p>
439                </td>
440                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
441                        <p>3.7a</p>
442                </td>
443                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
444                        <p>N</p>
445                </td>
446                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
447                        <p>Simple installation method has been documented (see chapter
448                        5.0). Respective scripts and configuration files have been
449                        updated.</p>
450                </td>
451                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
452                        <p>palm_simple_install, palm_simple_run</p>
453                </td>
454        </tr>
455        <tr>
456                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
457                        <p><br>
458                        </p>
459                </td>
460                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
461                        <p><br>
462                        </p>
463                </td>
464                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
465                        <p><br>
466                        </p>
467                </td>
468                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
469                        <p><br>
470                        </p>
471                </td>
472                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
473                        <p>B</p>
474                </td>
475                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
476                        <p>opt=1 is forced for PGI-compiler in routine <font face="Courier New, Courier, monospace">buoyancy
477                        </font>by compiler-directive. Otherwise, program aborts with
478                        SIGFPE.</p>
479                </td>
480                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
481                        <p>buoyancy</p>
482                </td>
483        </tr>
484        <tr>
485                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
486                        <p>16/03/10</p>
487                </td>
488                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
489                        <p>RH</p>
490                </td>
491                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
492                        <p>513</p>
493                </td>
494                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
495                        <p>3.7a</p>
496                </td>
497                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
498                        <p>N</p>
499                </td>
500                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
501                        <p>NCL scripts can be run with the shell script <font face="Courier New, Courier, monospace">palmplot.</font></p>
502                </td>
503                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
504                        <p>palmplot, .ncl.config.default, cross_sections.ncl, profiles.ncl</p>
505                </td>
506        </tr>
507        <tr>
508                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
509                        <p>12/03/10</p>
510                </td>
511                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
512                        <p>SR</p>
513                </td>
514                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
515                        <p>509</p>
516                </td>
517                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
518                        <p>3.7a</p>
519                </td>
520                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
521                        <p>B</p>
522                </td>
523                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
524                        <p>bugfix for rev 504: remode_md was given a wrong value</p>
525                </td>
526                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
527                        <p>mbuild</p>
528                </td>
529        </tr>
530        <tr>
531                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
532                        <p>08/03/10</p>
533                </td>
534                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
535                        <p>SR</p>
536                </td>
537                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
538                        <p>506</p>
539                </td>
540                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
541                        <p>3.7a</p>
542                </td>
543                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
544                        <p>C</p>
545                </td>
546                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
547                        <p>hack for better usage of <b>mrun</b> on Kyoto computing center
548                        machine (<font face="Courier New, Courier, monospace">lckyoto</font>)</p>
549                </td>
550                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
551                        <p>mrun</p>
552                </td>
553        </tr>
554        <tr>
555                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
556                        <p>03/03/10</p>
557                </td>
558                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
559                        <p>SR</p>
560                </td>
561                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
562                        <p>504</p>
563                </td>
564                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
565                        <p>3.7a</p>
566                </td>
567                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
568                        <p>C</p>
569                </td>
570                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
571                        <p><font face="Courier New, Courier, monospace">combine_plot_fields</font>
572                        is now directly called within <b>mrun</b> and must not be given by
573                        an output command in the configuration file any more. Please
574                        remove the respective output command (<font face="Courier New, Courier, monospace">OC:combine_plot_fields.x</font>)
575                        from your configuration file!<br><br>Utility programs
576                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">combine_plot_fields</font>,
577                        <font face="Courier New, Courier, monospace">interpret_config</font>)
578                        are created by <b>mbuild</b> separately for each block in the
579                        configuration file. Depending on option <font face="Courier New, Courier, monospace">-K</font>,
580                        <b>mrun</b> is using the utility programs for the respective
581                        block.<br><br>Utility programs are also compiled in parallel,
582                        depending on variable <font face="Courier New, Courier, monospace">%mopts</font>
583                        in the configuration file..<br><br>Default configuration files
584                        updated.</p>
585                </td>
586                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
587                        <p>mbuild, mrun, UTIL/Makefile, SCRIPTS/.mrun.config.*</p>
588                </td>
589        </tr>
590        <tr>
591                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
592                        <p>02/03/10</p>
593                </td>
594                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
595                        <p>SR</p>
596                </td>
597                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
598                        <p>496</p>
599                </td>
600                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
601                        <p>3.7a</p>
602                </td>
603                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
604                        <p>C</p>
605                </td>
606                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
607                        <p>Particle data for restart runs are only written if environment
608                        variable <font face="Courier New, Courier, monospace">write_binary</font>
609                        = <i>.T.</i>, i.e. particle data are now handled in the same way
610                        as the other restart data.</p>
611                </td>
612                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
613                        <p>palm</p>
614                </td>
615        </tr>
616        <tr>
617                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
618                        <p>01/03/10</p>
619                </td>
620                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
621                        <p>SR</p>
622                </td>
623                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
624                        <p>494</p>
625                </td>
626                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
627                        <p>3.7a</p>
628                </td>
629                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
630                        <p>N</p>
631                </td>
632                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
633                        <p>Output in NetCDF4-format.<br><br>NetCDF4 allows for parallel
634                        I/O. Also, variables are not limited in size any more (i.e. arrays
635                        can be larger than 2GB). The new d3par-parameter
636                        <font face="Courier New, Courier, monospace">netcdf_data_format</font>.can
637                        be used to select among the different NetCDF file formats (<i>1</i>:
638                        classic format, <i>2</i>: 64-bit-offset format (this is now the
639                        default), <i>3</i>: NetCDF4/HDF5 format, <i>4</i>: NetCDF4 format
640                        with NF90_CLASSIC_MODEL bit set). Setting <font face="Courier New, Courier, monospace">netcdf_data_format</font>
641                        &gt; <i>2</i> only affects 2d- and 3d-output, i.e. there is no
642                        parallel output for profiles, time series, spectra, and particles.
643                        Parallel output of particle data may realized in the future.<br><br>In
644                        case of parallel output, all PEs write into one file, which means
645                        that postprocessing the data with <font face="Courier New, Courier, monospace">combine_plot_fields</font>
646                        (merging data from single files - one per PE - into one file) is
647                        not neccessary. In this case, flag files are automatically set,
648                        telling <font face="Courier New, Courier, monospace">combine_plot_fields</font>
649                        that nothing is to be done.<br><br>Using NetCDF4 format requires a
650                        NetCDF4/HDF library. Respective settings for -I, -L, and -l
651                        compiler/loader options for the SGI-ICE at HLRN can be found in
652                        the new example configuration file
653                        <font face="Courier New, Courier, monospace">..../trunk/SCRIPTS/.mrun.config.imuk_ice2_netcdf4</font><br><br><b>Attention:</b><br>So
654                        far, NetCDF parallel I/O has only been tested a little. Further
655                        performance optimizations may be required, especially in case of
656                        large data sets (e.g. data chunking, or lustre file system
657                        settings with <font face="Courier New, Courier, monospace">lfs
658                        setstripe</font>). <b>Please report bugs and performance problems
659                        immediately!</b><br><br><font face="Courier New, Courier, monospace">combine_plot_fields</font>
660                        outputs cpu-time needed for file merging.<br><br>Modules to be
661                        loaded for compilation (mbuild) or job execution (mrun) can/should
662                        now be given in the configuration file (<font face="Courier New, Courier, monospace">.mrun.config</font>)
663                        using variable <font face="Courier New, Courier, monospace">modules</font>.
664                        Example:<br><br>&nbsp;&nbsp; <font face="Courier New, Courier, monospace">%modules&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
665                        ifort/11.0.069:netcdf&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; lcsgih
666                        parallel</font><br><br>This method replaces the (undocumented)
667                        <font face="Courier New, Courier, monospace">mpilib</font>-variable.<br><br><b>WARNING:</b><br><b>All
668                        fixed settings of modules in the scripts mbuild, mrun, and subjob
669                        have been removed! Please set the </b><font face="Courier New, Courier, monospace"><b>modules</b></font><b>
670                        variable appropriately and remove the mpilib variable in your
671                        configuration file.<br><br></b>Compilation time can be reduced be
672                        using parallel make. The number of allowed simultaneous compiler
673                        calls (threads) is set in the configuration file using variable
674                        <font face="Courier New, Courier, monospace">mopt</font>, e.g.<br><br>&nbsp;&nbsp;
675                        <font face="Courier New, Courier, monospace">%mopts&nbsp; -j:4 &nbsp;
676                        lcsgih parallel</font><br><br>allows a maximum of 4 routines to be
677                        compiled simultaneously (provided that the makefile does not show
678                        any dependencies between these routines).</p>
679                </td>
680                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
681                        <p>check_open, check_parameters, close_file, data_output_2d,
682                        data_output_3d, header, modules, netcdf,
683                        parin<br><br>combine_plot_fields<br><br>mbuild, mrun, subjob</p>
684                </td>
685        </tr>
686        <tr>
687                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
688                        <p><br>
689                        </p>
690                </td>
691                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
692                        <p><br>
693                        </p>
694                </td>
695                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
696                        <p><br>
697                        </p>
698                </td>
699                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
700                        <p><br>
701                        </p>
702                </td>
703                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
704                        <p>C</p>
705                </td>
706                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
707                        <p>d3par-parameters <font face="Courier New, Courier, monospace">netcdf_64bit</font>
708                        and <font face="Courier New, Courier, monospace">netcdf_64bit_3d</font>
709                        have been removed. Use the new d3par-variable <font face="Courier New, Courier, monospace">netcdf_data_format</font>
710                        = <i>2</i> for choosing the NetCDF 64bit-offset format (this is
711                        the default from now on). The offset-format can not be set
712                        independently for the 3d-output-data any more.<br><br>d3par-parameters
713                        <font face="Courier New, Courier, monospace">netcdf_format_mask</font>,
714                        <font face="Courier New, Courier, monospace">netcdf_format_mask_av</font>,
715                        and variables <font face="Courier New, Courier, monospace">nc_format_mask</font>,
716                        <font face="Courier New, Courier, monospace">format_parallel_io</font>
717                        removed. They are replaced by the new parameter
718                        <font face="Courier New, Courier, monospace">netcdf_data_format</font>.
719                        This change concerns the masked data output, which is still not
720                        documented.</p>
721                </td>
722                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
723                        <p>check_open, close_file,<br>data_output_mask, header,
724                        init_masks, modules, parin</p>
725                </td>
726        </tr>
727        <tr>
728                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
729                        <p><br>
730                        </p>
731                </td>
732                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
733                        <p><br>
734                        </p>
735                </td>
736                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
737                        <p><br>
738                        </p>
739                </td>
740                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
741                        <p><br>
742                        </p>
743                </td>
744                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
745                        <p>B</p>
746                </td>
747                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
748                        <p>Bugfix in trunk/UTIL/Makefile: forgot to compile for
749                        interpret_config.<br><br>Bugfix: timeseries data have to be
750                        collected by PE0 (user_statistics).</p>
751                </td>
752                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
753                        <p>user_statistics<br><br>trunk/UTIL/Makefile</p>
754                </td>
755        </tr>
756        <tr>
757                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
758                        <p>05/02/10</p>
759                </td>
760                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
761                        <p>SR</p>
762                </td>
763                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
764                        <p>485</p>
765                </td>
766                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
767                        <p>3.7a</p>
768                </td>
769                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
770                        <p>B</p>
771                </td>
772                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
773                        <p><font face="Courier New, Courier, monospace">ngp_3d</font>,
774                        <font face="Courier New, Courier, monospace">ngp_3d_inner</font>
775                        changed to 64 bit. Otherwise, on large grids &gt; 2*10**9 grid
776                        points some global statistics (e.g. total kinetic energy) have
777                        wrong values.</p>
778                </td>
779                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
780                        <p>init_3d_model, modules</p>
781                </td>
782        </tr>
783        <tr>
784                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
785                        <p>05/02/10</p>
786                </td>
787                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
788                        <p>SR</p>
789                </td>
790                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
791                        <p>484</p>
792                </td>
793                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
794                        <p>3.7a</p>
795                </td>
796                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
797                        <p>B</p>
798                </td>
799                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
800                        <p>Typo in file headers removed ("current" instead of
801                        "actual").</p>
802                </td>
803                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
804                        <p>many</p>
805                </td>
806        </tr>
807        <tr>
808                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
809                        <p>05/02/10</p>
810                </td>
811                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
812                        <p>SR</p>
813                </td>
814                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
815                        <p>483</p>
816                </td>
817                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
818                        <p>3.7a</p>
819                </td>
820                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
821                        <p>N</p>
822                </td>
823                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
824                        <p><font face="Courier New, Courier, monospace">compare_palm_logs
825                        </font>is additionally compiled with <b>mbuild</b> <font face="Courier New, Courier, monospace">-u</font>
826                        . (<font face="Courier New, Courier, monospace">Makefile</font> in
827                        <font face="Courier New, Courier, monospace">trunk/UTIL</font>)<br><br>make
828                        options (<font face="Courier New, Courier, monospace">mopts</font>)
829                        to be set by configuration file implemented. (<b>mrun</b>,
830                        <b>mbuild</b>)<br><br><font face="Courier New, Courier, monospace">humidity</font>
831                        = <i>.T.</i> can be used for runs with topography.
832                        <font face="Courier New, Courier, monospace">wall_humidityflux</font>
833                        and<br><font face="Courier New, Courier, monospace">wall_scalarflux</font>
834                        are the corresponding new inipar parameters.<br>(<font face="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</font>,
835                        <font face="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</font>,
836                        <font face="Courier New, Courier, monospace">parin</font>)<br><br>Large
837                        scale vertical motion (subsidence/ascent) can be added as
838                        additional source to the prognostic equation for potential
839                        temperature. See new parameters <font face="Courier New, Courier, monospace">large_scale_subsidence</font>,
840                        <font face="Courier New, Courier, monospace">ws_vertical_gradient</font>,
841                        and <font face="Courier New, Courier, monospace">ws_vertical_gradient_level</font>.
842                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</font>,
843                        <font face="Courier New, Courier, monospace">header</font>,
844                        <font face="Courier New, Courier, monospace">Makefile</font>,
845                        <font face="Courier New, Courier, monospace">modules</font>,
846                        <font face="Courier New, Courier, monospace">parin</font>,
847                        <font face="Courier New, Courier, monospace">prognostic_equations</font>,
848                        <font face="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</font>,
849                        <font face="Courier New, Courier, monospace">subsidence</font>,
850                        <font face="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</font>)<br><br>Scripts
851                        have been updated for Cray-XT5 machine (lcxt5m) and
852                        Hitachi-machine (lckyoto).<br><br>A simple method for installing
853                        and running palm (with limited features) has been added.
854                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">Makefile</font>, new
855                        scripts <b>palm_simple_install</b>, <b>palm_simple_run</b>)<br><br>Masked
856                        data output has been implemented but it is not documented in the
857                        user manual so far. This feature can already use NetCDF4 file
858                        format. (check_open, check_parameters, close_file, modules,
859                        netcdf, parin, time_integration, user_parin, new:
860                        data_output_mask, init_masks, user_data_output_mask)</p>
861                </td>
862                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
863                        <p>check_open, check parameters, close_file, header,
864                        init_3d_model, Makefile, mbuild, modules, mrun, netcdf, parin,
865                        prognostic_equations, read_var_list, time_integration, user_parin,
866                        write_var_list<br><br><b>new:</b> data_output_mask,&nbsp;
867                        init_masks, palm_simple_install, palm_simple_run, subsidence,
868                        user_data_output_mask</p>
869                </td>
870        </tr>
871        <tr>
872                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
873                        <p><br>
874                        </p>
875                </td>
876                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
877                        <p><br>
878                        </p>
879                </td>
880                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
881                        <p><br>
882                        </p>
883                </td>
884                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
885                        <p><br>
886                        </p>
887                </td>
888                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
889                        <p>C</p>
890                </td>
891                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
892                        <p>2d-decomposition is default for Cray-XT machines.
893                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">init_pegrid</font>)<br><br><font face="Courier New, Courier, monospace">var_ts</font>
894                        is replaced by <font face="Courier New, Courier, monospace">dots_max</font>.
895                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">modules</font>,
896                        <font face="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</font>)<br><br>Every
897                        cloud droplet has now an own weighting factor and can be deleted
898                        due to collisions. Condensation and collision of cloud droplets
899                        are adjusted accordingly. (<font face="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</font>)<br><br>Collision
900                        efficiency for large cloud droplets has changed according to table
901                        of Rogers and Yau. (<font face="Courier New, Courier, monospace">collision_efficiency</font>)</p>
902                </td>
903                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
904                        <p>advec_particles, collision_efficiency, init_3d_model,
905                        init_pegrid, modules</p>
906                </td>
907        </tr>
908        <tr>
909                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
910                        <p><br>
911                        </p>
912                </td>
913                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
914                        <p><br>
915                        </p>
916                </td>
917                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
918                        <p><br>
919                        </p>
920                </td>
921                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
922                        <p><br>
923                        </p>
924                </td>
925                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
926                        <p>B</p>
927                </td>
928                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
929                        <p>Bugfix for generating serial jobs. (<b>subjob</b>)<br><br>Bugfix:
930                        index problem concerning gradient_level indices removed.
931                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">header</font>)<br><br>Dimension
932                        of array <font face="Courier New, Courier, monospace">stat</font>
933                        in cascade change to prevent type problems with mpi2 libraries.
934                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">poisfft_hybrid</font>)<br><br>Loop
935                        was split to make runs reproducible when using ifort compiler.
936                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">disturb_field</font>)<br><br>Bugfix:
937                        exchange of ghost points for <font face="Courier New, Courier, monospace">prho</font>
938                        included. (<font face="Courier New, Courier, monospace">time_integration</font>)<br><br>Bugfix
939                        in calculation of time-averaged surface heatfluxes.
940                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">sum_up_3d_data</font>)<br><br>Bugfix
941                        in calculation of precipitation_rate.
942                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">calc_precipitation</font>)<br><br>Bugfix:
943                        initial data assignments to some dvrp arrays changed due to error
944                        messages from gfortran compiler. (<font face="Courier New, Courier, monospace">modules</font>)<br><br>Bugfix
945                        in calculation of cloud droplet velocity.
946                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</font>)<br><br>Bugfix
947                        in transfer of particles at south/left edge.
948                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</font>)<br><br>Bugfix
949                        in calculation of collision efficiency. (<font face="Courier New, Courier, monospace">collision_efficiency</font>)</p>
950                </td>
951                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
952                        <p>advec_particles, calc_precipitation, collision_efficiency,
953                        disturb_field, header, modules, poisfft_hybrid, subjob,
954                        sum_up_3d_data, time_integration</p>
955                </td>
956        </tr>
957        <tr>
958                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
959                        <p>23/09/09</p>
960                </td>
961                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
962                        <p>SR</p>
963                </td>
964                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
965                        <p>392</p>
966                </td>
967                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
968                        <p>3.7</p>
969                </td>
970                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
971                        <p>N</p>
972                </td>
973                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
974                        <p><b>Most important changes:</b> atmosphere-ocean coupling has
975                        been improved and steering of dvr-software is more user-friendly
976                        now. Beside that, the release contains a lot of optimizations,
977                        changes, and bugfixes which have accumulated over the last
978                        months.<br><br>The atmosphere-ocean coupling allows to use
979                        independent precursor runs in order to account for different
980                        spin-up times. The time when coupling has to be started is given
981                        by new inipar parameter <font face="Courier New, Courier, monospace">coupling_start_time</font>.
982                        The precursor ocean run has to be started using new <b>mrun</b>
983                        option "<font face="Courier New, Courier, monospace">-y</font>"
984                        in order to add the appendix "<font face="Courier New, Courier, monospace">_O</font>"
985                        to all output files. (<font face="Courier New, Courier, monospace">check_for_restart</font>,
986                        <font face="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</font>,
987                        <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</font>,
988                        <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_3d</font>,
989                        <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_profiles</font>,
990                        <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_ptseries</font>,
991                        <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_spectra</font>,
992                        <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_tseries</font>,
993                        <font face="Courier New, Courier, monospace">header</font>,
994                        <font face="Courier New, Courier, monospace">init_coupling</font>,
995                        <font face="Courier New, Courier, monospace">modules</font>, <font face="Courier New, Courier, monospace">mrun</font>,
996                        <font face="Courier New, Courier, monospace">parin</font>,
997                        <font face="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</font>,
998                        <font face="Courier New, Courier, monospace">surface_coupler</font>,
999                        <font face="Courier New, Courier, monospace">time_integration</font>,
1000                        <font face="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</font>)<br><br>Clipping
1001                        of dvrp output implemented. Default colourtable for particles
1002                        implemented, particle attributes (color, dvrp_size) can be set
1003                        with new parameters <font face="Courier New, Courier, monospace">particle_color</font>,
1004                        <font face="Courier New, Courier, monospace">particle_dvrpsize</font>,
1005                        <font face="Courier New, Courier, monospace">color_interval</font>,
1006                        <font face="Courier New, Courier, monospace">dvrpsize_interval</font>.
1007                        Slicer attributes (dvrp) are set with new routine
1008                        <font face="Courier New, Courier, monospace">set_slicer_attributes_dvrp</font>
1009                        and are controlled with existing parameters <font face="Courier New, Courier, monospace">slicer_range_limits</font>.
1010                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">init_dvrp</font>,
1011                        <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_dvrp</font>,
1012                        <font face="Courier New, Courier, monospace">modules</font>,
1013                        <font face="Courier New, Courier, monospace">set_slicer_attributes_dvrp</font>,&nbsp;
1014                        <font face="Courier New, Courier, monospace">user_data_output_dvrp</font>)<br><br>Polygon
1015                        reduction for topography and ground plate isosurface. Reduction
1016                        level for buildings can be chosen with parameter cluster_size.
1017                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">init_dvrp</font>)<br><br>Variables
1018                        <font face="Courier New, Courier, monospace">bc_lr</font> / <font face="Courier New, Courier, monospace">bc_ns</font>&nbsp;
1019                        in most subroutines replaced by LOGICAL variables
1020                        <font face="Courier New, Courier, monospace">bc_lr_cyc</font>,<br><font face="Courier New, Courier, monospace">bc_ns_cyc</font>
1021                        for speed optimization. This gives a significant speedup of more
1022                        than 10%. (<font face="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</font>,
1023                        <font face="Courier New, Courier, monospace">diffusion_u</font>,
1024                        <font face="Courier New, Courier, monospace">diffusion_v</font>,
1025                        <font face="Courier New, Courier, monospace">diffusion_w</font>,
1026                        <font face="Courier New, Courier, monospace">modules</font>)<br><br>Scripts
1027                        have been adapted for machine lck (Yonsei Univ.). (<font face="Courier New, Courier, monospace">mrun</font>,
1028                        <font face="Courier New, Courier, monospace">mbuild</font>,
1029                        <font face="Courier New, Courier, monospace">subjob</font>)<br><br>Additional
1030                        timestep criterion in case of simulations with plant canopy.
1031                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">timestep</font>)<br><br>Check
1032                        for illegal entries in <font face="Courier New, Courier, monospace">section_xy</font>|<font face="Courier New, Courier, monospace">xz</font>|<font face="Courier New, Courier, monospace">yz</font>
1033                        that exceed <font face="Courier New, Courier, monospace">nz+1</font>|<font face="Courier New, Courier, monospace">ny+1</font>|<font face="Courier New, Courier, monospace">nx+1</font>.
1034                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</font>)<br><br>External
1035                        pressure gradient can be used as driving force. (<font face="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</font>,
1036                        <font face="Courier New, Courier, monospace">header</font>,
1037                        <font face="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</font>,
1038                        <font face="Courier New, Courier, monospace">modules</font>,
1039                        <font face="Courier New, Courier, monospace">parin</font>,
1040                        <font face="Courier New, Courier, monospace">prognostic_equations</font>,
1041                        <font face="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</font>,
1042                        <font face="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</font>)<br><br>New
1043                        topography case '<i>single_street_canyon</i>'. (<font face="Courier New, Courier, monospace">header</font>,
1044                        <font face="Courier New, Courier, monospace">init_grid</font>,
1045                        <font face="Courier New, Courier, monospace">modules</font>,
1046                        <font face="Courier New, Courier, monospace">parin</font>,
1047                        <font face="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</font>,
1048                        <font face="Courier New, Courier, monospace">user_check_parameters</font>,
1049                        <font face="Courier New, Courier, monospace">user_header</font>,
1050                        <font face="Courier New, Courier, monospace">user_init_grid</font>,
1051                        <font face="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</font>)<br><br>Option
1052                        to predefine a target bulk velocity for <font face="Courier New, Courier, monospace">conserve_volume_flow</font>.
1053                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</font>,
1054                        <font face="Courier New, Courier, monospace">header</font>,
1055                        <font face="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</font>,
1056                        <font face="Courier New, Courier, monospace">modules</font>,
1057                        <font face="Courier New, Courier, monospace">parin</font>,
1058                        <font face="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</font>,
1059                        <font face="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</font>)<br><br>Option
1060                        for user defined 2D data output in xy cross sections at z=<font face="Courier New, Courier, monospace">nzb</font>+1.
1061                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</font>,
1062                        <font face="Courier New, Courier, monospace">user_data_output_2d</font>)<br><br>xy
1063                        cross section output of surface heatfluxes (sensible and latent).
1064                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">average_3d_data</font>,
1065                        <font face="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</font>,
1066                        <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</font>,
1067                        <font face="Courier New, Courier, monospace">modules</font>,
1068                        <font face="Courier New, Courier, monospace">read_3d_binary</font>,
1069                        <font face="Courier New, Courier, monospace">sum_up_3d_data</font>,
1070                        <font face="Courier New, Courier, monospace">write_3d_binary</font>)</p>
1071                </td>
1072                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
1073                        <p>average_3d_data, check_for_restart, check_parameters,
1074                        data_output_2d, data_output_3d, data_output_dvrp,
1075                        data_output_profiles, data_output_ptseries, data_output_spectra,
1076                        data_output_tseries, diffusion_u, diffusion_v, diffusion_w,
1077                        init_coupling, init_dvrp, init_grid, init_3d_model, header,
1078                        mbuild, modules, mrun, package_parin, parin, prognostic_equations,
1079                        read_3d_binary, read_var_list, subjob, sum_up_3d_data,
1080                        surface_coupler, timestep, time_integration,
1081                        user_check_parameters, user_data_output_2d, user_data_output_dvrp,
1082                        user_header, user_init_grid, write_3d_binary, write_var_list<br><br><b>new:</b>
1083                        set_particle_attributes, set_slicer_attributes_dvrp</p>
1084                </td>
1085        </tr>
1086        <tr>
1087                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
1088                        <p><br>
1089                        </p>
1090                </td>
1091                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
1092                        <p><br>
1093                        </p>
1094                </td>
1095                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
1096                        <p><br>
1097                        </p>
1098                </td>
1099                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
1100                        <p><br>
1101                        </p>
1102                </td>
1103                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
1104                        <p>C</p>
1105                </td>
1106                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
1107                        <p>Output of messages replaced by message handling routine.
1108                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</font>,
1109                        <font face="Courier New, Courier, monospace">advec_s_bc</font>,
1110                        <font face="Courier New, Courier, monospace">buoyancy</font>,
1111                        <font face="Courier New, Courier, monospace">calc_spectra</font>,
1112                        <font face="Courier New, Courier, monospace">check_for_restart</font>,
1113                        <font face="Courier New, Courier, monospace">check_open</font>,
1114                        <font face="Courier New, Courier, monospace">coriolis</font>,
1115                        <font face="Courier New, Courier, monospace">cpu_log</font>,
1116                        <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</font>,
1117                        <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_3d</font>,
1118                        <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_dvrp</font>,
1119                        <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_profiles</font>,
1120                        <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_spectra</font>,
1121                        <font face="Courier New, Courier, monospace">fft_xy</font>,
1122                        <font face="Courier New, Courier, monospace">flow_statistics</font>,
1123                        <font face="Courier New, Courier, monospace">header</font>,&nbsp;
1124                        <font face="Courier New, Courier, monospace">init_1d_model</font>,
1125                        <font face="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</font>,
1126                        <font face="Courier New, Courier, monospace">init_dvrp</font>,
1127                        <font face="Courier New, Courier, monospace">init_grid</font>,
1128                        <font face="Courier New, Courier, monospace">init_particles</font>,
1129                        <font face="Courier New, Courier, monospace">init_pegrid</font>,
1130                        <font face="Courier New, Courier, monospace">netcdf</font>, <font face="Courier New, Courier, monospace">parin</font>,
1131                        <font face="Courier New, Courier, monospace">plant_canopy_model</font>,
1132                        <font face="Courier New, Courier, monospace">poisfft_hybrid</font>,
1133                        <font face="Courier New, Courier, monospace">poismg</font>,
1134                        <font face="Courier New, Courier, monospace">read_3d_binary</font>,
1135                        <font face="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</font>,
1136                        <font face="Courier New, Courier, monospace">surface_coupler</font>,
1137                        <font face="Courier New, Courier, monospace">temperton_fft</font>,
1138                        <font face="Courier New, Courier, monospace">timestep</font>,
1139                        <font face="Courier New, Courier, monospace">user_actions</font>,
1140                        <font face="Courier New, Courier, monospace">user_data_output_dvrp</font>,
1141                        <font face="Courier New, Courier, monospace">user_dvrp_coltab</font>,
1142                        <font face="Courier New, Courier, monospace">user_init_grid</font>,
1143                        <font face="Courier New, Courier, monospace">user_init_plant_canopy</font>,
1144                        <font face="Courier New, Courier, monospace">user_parin</font>,
1145                        <font face="Courier New, Courier, monospace">user_read_restart_data</font>,
1146                        <font face="Courier New, Courier, monospace">user_spectra</font>)<br><br>Output
1147                        of NetCDF messages with aid of message handling routine.
1148                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">check_open</font>,
1149                        <font face="Courier New, Courier, monospace">close_file</font>,
1150                        <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</font>,
1151                        <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_3d</font>,
1152                        <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_profiles</font>,
1153                        <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_ptseries</font>,
1154                        <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_spectra</font>,&nbsp;
1155                        <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_tseries</font>,
1156                        <font face="Courier New, Courier, monospace">netcdf</font>)<br><br>__lcmuk
1157                        changed to __lc to avoid problems with Intel compiler on sgi-ice.
1158                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">poisfft</font>)<br><br>For
1159                        extended NetCDF files, the updated title attribute includes an
1160                        update of time_average_text where appropriate. (<font face="Courier New, Courier, monospace">netcdf</font>)<br><br>In
1161                        case of restart runs without extension, initial profiles are not
1162                        written to NetCDF-file anymore. So far, time axis always started
1163                        at t=0. (<font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_profiles</font>,
1164                        <font face="Courier New, Courier, monospace">modules</font>,
1165                        <font face="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</font>,
1166                        <font face="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</font>)<br><br><font face="Courier New, Courier, monospace">initializing_actions</font>='<i>read_data_for_recycling</i>'
1167                        renamed to '<i>cyclic_fill</i>'. A cyclic fill can now <br>be used
1168                        independent of <font face="Courier New, Courier, monospace">turbulent_inflow</font>.
1169                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</font>,
1170                        <font face="Courier New, Courier, monospace">header</font>,
1171                        <font face="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</font>)<br><br>2
1172                        NetCDF error numbers changed. (<font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_3d</font>)<br><br>A
1173                        link to the webspage appendix_a.html is printed for further
1174                        information about possible reasons of the error that appeared.
1175                        (message)<br><br>Temperature gradient criterion for estimating the
1176                        boundary layer height replaced by the gradient criterion of
1177                        Sullivan et al. (1998). (<font face="Courier New, Courier, monospace">flow_statistics</font>)<br><br>NetCDF
1178                        unit attribute in timeseries output in case of statistic regions
1179                        added. (<font face="Courier New, Courier, monospace">netcdf</font>)<br><br>Maximum
1180                        number of tails is calculated from maximum number of particles and
1181                        <font face="Courier New, Courier, monospace">skip_particles_for_tail</font>.
1182                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">init_particles</font>)<br><br>Value
1183                        of <font face="Courier New, Courier, monospace">vertical_particle_advection</font>
1184                        is allowed to differ for each particle group. (<font face="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</font>,
1185                        <font face="Courier New, Courier, monospace">header</font>,
1186                        <font face="Courier New, Courier, monospace">modules</font>)
1187                        <br><br>First constant in array <font face="Courier New, Courier, monospace">den</font>
1188                        also defined as type double. (<font face="Courier New, Courier, monospace">eqn_state_seawater</font>)<br><br>Parameter
1189                        <font face="Courier New, Courier, monospace">dvrp_psize</font>
1190                        moved from <font face="Courier New, Courier, monospace">particles_par</font>
1191                        to <font face="Courier New, Courier, monospace">dvrp_graphics_par</font>.
1192                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">package_parin</font>)<br><br><font face="Courier New, Courier, monospace">topography_grid_convention</font>
1193                        moved from <font face="Courier New, Courier, monospace">userpar</font>
1194                        to <font face="Courier New, Courier, monospace">inipar</font>
1195                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</font>,
1196                        <font face="Courier New, Courier, monospace">header</font>, <font face="Courier New, Courier, monospace">parin</font>,
1197                        <font face="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</font>,
1198                        <font face="Courier New, Courier, monospace">user_check_parameters</font>,
1199                        <font face="Courier New, Courier, monospace">user_header</font>,
1200                        <font face="Courier New, Courier, monospace">user_init_grid</font>,
1201                        <font face="Courier New, Courier, monospace">user_parin</font>,
1202                        <font face="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</font>)<br><br>Default
1203                        value of <font face="Courier New, Courier, monospace">grid_matching</font>
1204                        changed to '<i>strict</i>'. (<font face="Courier New, Courier, monospace">modules</font>)<br><br>Adjustments
1205                        for runs on lcxt4 (necessary due to a software update on CRAY) and
1206                        for coupled runs on ibmy. (<font face="Courier New, Courier, monospace">mrun</font>,
1207                        <font face="Courier New, Courier, monospace">subjob</font>)</p>
1208                </td>
1209                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
1210                        <p>advec_particles, advec_s_bc, buoyancy, calc_spectra,
1211                        check_for_restart, check_open, check_parameters, close_file,
1212                        coriolis, cpu_log, data_output_2d, data_output_3d,
1213                        data_output_dvrp, data_output_profiles, data_output_ptseries,
1214                        data_output_spectra, data_output_tseries, eqn_state_seawater,
1215                        fft_xy, flow_statistics, header, init_1d_model, init_3d_model,
1216                        init_dvrp, init_grid, init_particles, init_pegrid, message, mrun,
1217                        netcdf, package_parin, parin, plant_canopy_model, poisfft,
1218                        poisfft_hybrid, poismg, read_3d_binary, read_var_list, subjob,
1219                        surface_coupler, temperton_fft, timestep,
1220                        user_actions,user_check_parameters, user_data_output_dvrp,
1221                        user_dvrp_coltab, user_header, user_init_grid,
1222                        user_init_plant_canopy, user_parin, user_read_restart_data,
1223                        user_spectra, write_var_list
1224                        </p>
1225                </td>
1226        </tr>
1227        <tr>
1228                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
1229                        <p><br>
1230                        </p>
1231                </td>
1232                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
1233                        <p><br>
1234                        </p>
1235                </td>
1236                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
1237                        <p><br>
1238                        </p>
1239                </td>
1240                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
1241                        <p><br>
1242                        </p>
1243                </td>
1244                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
1245                        <p>B</p>
1246                </td>
1247                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
1248                        <p>Bugfix: Initial hydrostatic pressure profile in case of ocean
1249                        runs is now calculated in 5 iteration steps. (<font face="Courier New, Courier, monospace">init_ocean</font>)<br><br>Bugfix:
1250                        wrong sign in buoyancy production of ocean part in case of not
1251                        using the reference density (only in 3D routine <font face="Courier New, Courier, monospace">production_e</font>).
1252                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">production_e</font>)<br><br>Bugfix:
1253                        output of averaged 2d/3d quantities requires that an avaraging
1254                        interval has been set, respective error message is included.
1255                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</font>)<br><br>Bugfix:
1256                        Output on unit 14 only if requested by <font face="Courier New, Courier, monospace">write_binary</font>.
1257                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">user_last_actions</font>)<br><br>Bugfix
1258                        to avoid zero division by <font face="Courier New, Courier, monospace">km_neutral</font>.
1259                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">production_e</font>)<br><br>Bugfix
1260                        for extended NetCDF files: In order to avoid 'data mode' errors if
1261                        updated attributes are larger than their original size,
1262                        <font face="Courier New, Courier, monospace">NF90_PUT_ATT</font>
1263                        is called in 'define mode' enclosed by <font face="Courier New, Courier, monospace">NF90_REDEF</font>
1264                        and <font face="Courier New, Courier, monospace">NF90_ENDDEF</font>
1265                        calls. This implies a possible performance loss; an alternative
1266                        strategy would be to ensure equal attribute size in a job chain.
1267                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">netcdf</font>)<br><br>Bugfix:
1268                        correction of initial volume flow for non-flat topography.
1269                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</font>)<br><br>Bugfix:
1270                        zero initialization of arrays within buildings for '<i>cyclic_fill</i>'.
1271                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</font>)<br><br>Bugfix:
1272                        <font face="Courier New, Courier, monospace">to_be_resorted</font>
1273                        =&gt; <font face="Courier New, Courier, monospace">s_av</font> for
1274                        time-averaged scalars. (<font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</font>,
1275                        <font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_3d</font>)<br><br>Bugfix:
1276                        avoid that <font face="Courier New, Courier, monospace">ngp_2dh_s_inner</font>
1277                        becomes zero. (<font face="Courier New, Courier, monospace">init_3_model</font>)<br><br>Typographical
1278                        error: unit of wpt in dots_unit. (<font face="Courier New, Courier, monospace">modules</font>)<br><br>Bugfix:
1279                        error in check, if particles moved further than one subdomain
1280                        length. This check must not be applied for newly released
1281                        particles. (<font face="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</font>)<br><br>Bugfix:
1282                        several tail counters are initialized, <font face="Courier New, Courier, monospace">particle_tail_coordinates</font>
1283                        is only written to file if its third index is &gt; 0, arrays for
1284                        tails are allocated with a minimum size of 10 tails if there is no
1285                        tail initially. (<font face="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</font>,
1286                        <font face="Courier New, Courier, monospace">init_particles</font>)<br><br>Bugfix:
1287                        pressure included for profile output. (<font face="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</font>)<br><br>Bugfix:
1288                        Type of <font face="Courier New, Courier, monospace">count</font>
1289                        and <font face="Courier New, Courier, monospace">count_rate</font>
1290                        changed to default <font face="Courier New, Courier, monospace">INTEGER</font>
1291                        on NEC machines. (<font face="Courier New, Courier, monospace">cpu_log</font>)<br><br>Bugfix:
1292                        output of particle time series only if particle advection is
1293                        switched on. (<font face="Courier New, Courier, monospace">time_integration</font>)<br><br>Bugfix:
1294                        qsws was calculated in case of <font face="Courier New, Courier, monospace">constant
1295                        heatflux</font> = <font face="Courier New, Courier, monospace">.FALSE.</font>.
1296                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">prandtl_fluxes</font>)<br><br>Bugfix:
1297                        averaging along z is not allowed for 2d quantities (e.g. u* and
1298                        z0). (<font face="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</font>)<br><br>Typographical
1299                        errors. (<font face="Courier New, Courier, monospace">netcdf</font>)<br><br>If
1300                        the inversion height calculated by the prerun is zero,
1301                        inflow_damping_height must be explicitly specified.
1302                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</font>)<br><br>Small
1303                        bugfix concerning 3d 64bit netcdf output format. (<font face="Courier New, Courier, monospace">header</font>)<br><br>Bugfix:
1304                        <font face="Courier New, Courier, monospace">dt_fixed</font>
1305                        removed from the restart file, because otherwise, no change from a
1306                        fixed to a variable timestep would be possible in restart runs.
1307                        (<font face="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</font>,
1308                        <font face="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</font>)<br><br>Bugfix:
1309                        initial setting of <font face="Courier New, Courier, monospace">time_coupling</font>
1310                        in coupled restart runs. (<font face="Courier New, Courier, monospace">time_integration</font>)</p>
1311                </td>
1312                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
1313                        <p>advec_particles, check_parameters, cpu_log, data_output_2d,
1314                        data_output_3d, header, init_3d_model, init_particles, init_ocean,
1315                        modules, netcdf, prandtl_fluxes, production_e, read_var_list,
1316                        time_integration, user_last_actions, write_var_list</p>
1317                </td>
1318        </tr>
1319        <tr>
1320                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
1321                        <p>02/02/09</p>
1322                </td>
1323                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
1324                        <p>SR</p>
1325                </td>
1326                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
1327                        <p>228</p>
1328                </td>
1329                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
1330                        <p>3.6</p>
1331                </td>
1332                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
1333                        <p>N</p>
1334                </td>
1335                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
1336                        <p>This release contains further additions, changes, and bugfixes
1337                        for the SGI-ICE system, as well as important changes like the
1338                        splitting of the user-interface into single files, a complete
1339                        revision of the pre-compiling mechanism allowing to use different
1340                        make-depositories simultaneously, and a revision of the
1341                        reading-mechanism from restart files, which has no more
1342                        restrictions in case that the previous and current run have
1343                        different domain/subdomain sizes. A new handling of all kind of
1344                        output messages is introduced with this release and will be
1345                        applied to all existing messages within the next releases.<br><br><b>New
1346                        features are:</b><br><br>Restart runs on SGI-ICE are working.
1347                        (mrun)<br>2d-decomposition is default on SGI-ICE systems.
1348                        (init_pegrid)<br><br>Ocean-atmosphere coupling realized with
1349                        MPI-1. mrun adjusted for this case (-Y option). Check that PALM is
1350                        called with <font face="Courier New, Courier, monospace">mrun</font>-option
1351                        "<i>-K parallel</i>" for coupling. Adjustments in <font face="Courier New, Courier, monospace">mrun</font>,
1352                        <font face="Courier New, Courier, monospace">mbuild</font>, and
1353                        <font face="Courier New, Courier, monospace">subjob</font> for
1354                        lcxt4.<br><br>DVRP arguments changed to single precision, mode
1355                        pathlines added.<br><br>User can add additional routines in files
1356                        <font face="Courier New, Courier, monospace">user_additional_routines</font>.<br><br>User
1357                        can check user parameters and deduce further quantities in
1358                        <font face="Courier New, Courier, monospace">user_check_parameters</font></p>
1359                </td>
1360                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
1361                        <p>check_for_restart, check_parameters, data_output_dvrp,
1362                        init_dvrp, init_pegrid, local_stop, modules, package_parin, palm,
1363                        surface_coupler, timestep<br><br>Makefile,&nbsp;mbuild, mrun,
1364                        subjob<br><br><b>new:</b><br>init_coupling,
1365                        user_additional_routines, user_check_parameters</p>
1366                </td>
1367        </tr>
1368        <tr>
1369                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
1370                        <p><br>
1371                        </p>
1372                </td>
1373                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
1374                        <p><br>
1375                        </p>
1376                </td>
1377                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
1378                        <p><br>
1379                        </p>
1380                </td>
1381                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
1382                        <p><br>
1383                        </p>
1384                </td>
1385                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
1386                        <p>C</p>
1387                </td>
1388                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
1389                        <p>User interface has been split into single files.<br><br>Type of
1390                        variables <font face="Courier New, Courier, monospace">count</font>
1391                        and <font face="Courier New, Courier, monospace">count_rate</font>
1392                        changed to INTEGER(8) in order to avoid "out of range"
1393                        problems, which result in measured negative time intervals.
1394                        (cpu_log, local_tremain, local_tremain_ini)<br><br>Reading
1395                        mechanism from restart files completely revised. The
1396                        subdomain/total domain size is now allowed to vary arbitrarily
1397                        between the current and previous run. (read_var_list,
1398                        read_3d_binary, user_read_restart_data)<br><br>Precompilation
1399                        mechanism (<font face="Courier New, Courier, monospace">mbuild</font>)
1400                        completely revised: the source-tarfile remains in the source
1401                        directory (<font face="Courier New, Courier, monospace">trunk/SOURCE</font>).
1402                        One depository per block (given in the config-file) is created.
1403                        Always all files from the source directory are copied to the
1404                        respective depository. No additional file checks are done any more
1405                        (mrun version 2.1). The depository name used contains the
1406                        conditions given by <font face="Courier New, Courier, monospace">mrun</font>-option
1407                        "<font face="Courier New, Courier, monospace">-K</font>".
1408                        (mbuild, mrun)<br><br>Output messages (including required stop of
1409                        execution) can now be handled with the new subroutine&nbsp;<font face="Courier New, Courier, monospace">message</font>.
1410                        All output messages will be replaced by this routine step by step
1411                        within the next revisions.<br><br>Neumann boundary condition at
1412                        <font face="Courier New, Courier, monospace">k=nzb</font> is
1413                        explicitly set for better reading, although this has been already
1414                        done in boundary_conds. (advec_s_bc)<br><br>Origin of the
1415                        xy-coordinate system shifted from the center of the first grid
1416                        cell (indices <font face="Courier New, Courier, monospace">i=0</font>,
1417                        <font face="Courier New, Courier, monospace">j=0</font>) to the
1418                        south-left corner of this cell. (netcdf) Topography definition
1419                        according to new user parameter <font face="Courier New, Courier, monospace">topography_grid_convention</font>.
1420                        (init_grid, modules, user_header, user_init_grid, user_parin)</p>
1421                </td>
1422                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
1423                        <p>advec_s_bc, check_parameters, cpu_log, init_grid, local_stop,
1424                        local_tremain, local_tremain_ini, modules, netcdf, read_3d_binary,
1425                        read_var_list, user_read_restart_data<br><br>Makefile, mbuild,
1426                        mrun<br><br><b>removed:</b><br>user_interface<br><br><b>new:</b><br>message,
1427                        user_3d_data_averaging, user_actions, user_advec_particles,
1428                        user_check_data_output, user_check_data_output_pr,
1429                        user_data_output_2d, user_data_output_3d, user_data_output_dvrp,
1430                        user_define_netcdf_grid, user_dvrp_coltab, user_header,
1431                        user_init_3d_model, user_init, user_init_grid,
1432                        user_init_particles, user_init_plant_canopy, user_last_actions,
1433                        user_parin, user_parin, user_particle_attributes,
1434                        user_read_restart_data, user_spectra, user_statistics</p>
1435                </td>
1436        </tr>
1437        <tr>
1438                <td style="width: 37px; vertical-align: top;">
1439                        <p><br>
1440                        </p>
1441                </td>
1442                <td style="width: 56px; vertical-align: top;">
1443                        <p><br>
1444                        </p>
1445                </td>
1446                <td style="width: 68px; vertical-align: top;">
1447                        <p><br>
1448                        </p>
1449                </td>
1450                <td style="width: 62px; vertical-align: top;">
1451                        <p><br>
1452                        </p>
1453                </td>
1454                <td style="width: 36px; vertical-align: top;">
1455                        <p>B</p>
1456                </td>
1457                <td style="width: 518px; vertical-align: top;">
1458                        <p>Bugfix: array <font face="Courier New, Courier, monospace">d</font>
1459                        is reallocated in case that multigrid is used.
1460                        (calc_spectra)<br><br>Bugfixes for nonparallel execution.
1461                        (check_for_restart, cpu_statistics,
1462                        inflow_turbulence,&nbsp;timestep)<br><br>Size of <font face="Courier New, Courier, monospace">pf3d
1463                        </font>adjusted to the required output size (1 gridpoint less,
1464                        along all three dimensions), because output of a subset of the
1465                        data (<font face="Courier New, Courier, monospace">pf3d(nxa:nxe...)</font>)
1466                        in the NF90_PUT_VAR statement caused segmentation fault with the
1467                        INTEL compiler. (combine_plot_fields)<br><br>Bugfix: error in <font face="Courier New, Courier, monospace">zu</font>
1468                        index in case of <font face="Courier New, Courier, monospace">section_xy=-1</font>.
1469                        (header)<br><br>Inconsistency removed: as the thermal
1470                        stratification is not taken into account for the evaluation of the
1471                        wall fluxes at vertical walls, the eddy viscosity <font face="Courier New, Courier, monospace">km</font>
1472                        must not be used for the evaluation of the velocity gradients
1473                        <font face="Courier New, Courier, monospace">dudy</font>, <font face="Courier New, Courier, monospace">dwdy</font>,
1474                        <font face="Courier New, Courier, monospace">dvdx</font> and <font face="Courier New, Courier, monospace">dwdx</font>.
1475                        (production_e)<br><br>Bugfix in calculating <font face="Courier New, Courier, monospace">k</font>
1476                        index in case of oceans runs. (sort_particles)<br><br>Bugfix: no
1477                        output of particle concentration and radius unless particles have
1478                        been started. (data_output_2d)<br><br>Bugfix: reading of
1479                        <font face="Courier New, Courier, monospace">spectrum_x|y</font>
1480                        from restart files ignored if total numbers of grid points do not
1481                        match. (read_3d_binary)<br><br>Bugfix: abort in case that absolute
1482                        temperature is below zero. (init_cloud_physics)</p>
1483                </td>
1484                <td style="width: 393px; vertical-align: top;">
1485                        <p>advec_particles, calc_spectra, check_for_restart,
1486                        cpu_statistics, data_output_2d, header, inflow_turbulence,
1487                        init_cloud_physics, production_e, read_3d_binary,
1488                        timestep<br><br>combine_plot_fields</p>
1489                </td>
1490        </tr>
1492<p><br>&nbsp; <br>&nbsp; 
1494<h2><a name="Kapitel2.0"></a>2.0&nbsp; How to change the source code
1495and how to document modifications</h2>
1496<p>Currently (Sep 23rd, 2009), only selected users are allowed to
1497commit changes to the repository. Rules given below are preliminary,
1498until we have switched to the "trac"-System.</p>
1500        <li><p>Change source code in your current working copy. Document
1501        changes in the respective file headers unter "<font face="Courier New, Courier, monospace">Current
1502        revisions:</font>". Additionally, document all changes in a
1503        local file (e.g. ~/palm/current_version/CURRENT_MODIFICATIONS),
1504        including the files that have been changed. Classify changes in
1505        three cases, new (N), changed (C), and bugfix (B). <b>Try to be as
1506        short and as precise as possible in describing the changes!</b></p>
1507        </li><li><p>Test the changed version, unless it works sufficiently.</p>
1508        </li><li><p>Commit the changes to the repository<br><br>&nbsp;&nbsp; <font face="Courier New, Courier, monospace">svn
1509        commit -m "message string" trunk<br></font><br>where
1510        "<font face="Courier New, Courier, monospace">message string</font>"
1511        is a short, <b>meaningful</b> summary of the
1512        changes.<br><br>Alternatively, in case that you have made quite a
1513        lot of changes, you can also give the contents of your file
1514        CURRENT_MODIFICATIONS as the log message:<br><br>&nbsp;&nbsp; <font face="Courier New, Courier, monospace">svn
1515        commit -F CURRENT_MODIFICATIONS trunk</font></p>
1516        </li><li><p>Enter the changes into the technical documentation (under
1517        <font face="Courier New, Courier, monospace">.../trunk/DOC/tec/technical_documentation.html</font>).</p>
1518        </li><li><p>Move the change comments in the file headers from "Current
1519        revisions:" to "Former revisions:". Set the current
1520        svn id in front of that.<br><br><b>Example:</b><br><br><b>before
1521        move:</b><br><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!
1522        Current revisions:</font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!
1523        -----------------</font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!
1524        </font><font face="Courier New, Courier, monospace"><b>new dummy
1525        argument abcd</b></font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!</font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!
1526        Former revisions:</font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!
1527        -----------------</font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">! §Id: init_3d_model.f90 </font><font color="#3366ff"><font face="Courier New, Courier, monospace"><b>425
1528        2010-02-06 13:37:48Z raasch</b></font></font><font face="Courier New, Courier, monospace"> Â§</font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!</font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!
1529        407 2009-12-01 15:01:15Z maronga</font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!
1530        var_ts is replaced by dots_max </font><br><br><b>after move:</b><br><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!
1531        Current revisions:</font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!
1532        -----------------</font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!
1533        </font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!</font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!
1534        Former revisions:</font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!
1535        -----------------</font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">! §Id: init_3d_model.f90 425 2010-02-06 13:37:48Z raasch</font> <font face="Courier New, Courier, monospace">§<br>!</font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!
1536        </font><font color="#3366ff"><font face="Courier New, Courier, monospace"><b>425
1537        2010-02-06 13:37:48Z raasch</b></font></font><font face="Courier New, Courier, monospace"><br>!
1538        </font><font face="Courier New, Courier, monospace"><b>new dummy
1539        argument abcd</b></font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!</font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!
1540        407 2009-12-01 15:01:15Z maronga</font><br><font face="Courier New, Courier, monospace">!
1541        var_ts is replaced by dots_max<br><br></font><font face="Times New Roman, Times, serif">Note
1542        that the "</font><span style="font-family: Courier New,Courier,monospace;">§</span><font face="Times New Roman, Times, serif">"
1543        in this example should read "$", but "$" cannot
1544        be used here, because otherwise svn would replace these entries
1545        after every change to this technical documentation.</font></p>
1546        </li><li><p>Commit the changes in the technical documentation and the
1547        file headers:<br><br>&nbsp;&nbsp; <font face="Courier New, Courier, monospace">svn
1548        commit -m "last commit documented" trunk</font><br><br><br>
1549        </p>
1551<h2><a name="Kapitel3.0"></a>3.0&nbsp; Description of selected parts
1552of the model source code</h2>
1553<p>This section gives links to existing descriptions about special
1554parts of the PALM code, e.g. special numerical methods that are used
1555(including mathematical background). Documents are stored in single
1556files with different formats. Some are in German (sorry for the
1557inconvenience). <br>&nbsp; 
1560        <li><p style="margin-bottom: 0in;"><a name="UPS"></a>upstream-spline
1561        advection scheme ( <a href="methods/upstream_spline/ups.pdf">.pdf</a>
1562        , only in German)
1563        </p>
1564        </li><li><p style="margin-bottom: 0in;"><a name="Cloud_physics"></a>cloud
1565        physics module ( <a href="methods/cloud_physics/cloud_physics.pdf">.pdf</a>
1566        )
1567        </p>
1568        </li><li><p style="margin-bottom: 0in;"><a name="Bitkompression"></a>data
1569        compression with <a href="methods/bit_compression/bit_compression.html">bit
1570        shifting method</a> (only in German)</p>
1571        </li><li><p>Runge-Kutta time integration scheme ( <a href="methods/runge_kutta/runge_kutta.pdf">.pdf</a>
1572        , only in German)
1573        </p>
1575<p><br>&nbsp; <br>&nbsp; <br>&nbsp; <br>&nbsp; <br>&nbsp; <br>&nbsp;
1576<br>&nbsp; <br>&nbsp; 
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.