source: palm/trunk/DOC/tec/technical_documentation.html @ 553

Last change on this file since 553 was 553, checked in by weinreis, 11 years ago

several parameters for masked output are replaced by arrays

  • Property svn:keywords set to Id
File size: 61.6 KB
Line 
1<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
2<HTML>
3<HEAD>
4        <META HTTP-EQUIV="CONTENT-TYPE" CONTENT="text/html; charset=utf-8">
5        <TITLE>PALM technical/numerical documentation</TITLE>
6        <META NAME="GENERATOR" CONTENT="OpenOffice.org 3.0  (Unix)">
7        <META NAME="AUTHOR" CONTENT="Siegfried Raasch">
8        <META NAME="CREATED" CONTENT="0;0">
9        <META NAME="CHANGED" CONTENT="20100901;15562900">
10        <META NAME="KEYWORDS" CONTENT="parallel LES model">
11</HEAD>
12<BODY LANG="en-US" DIR="LTR">
13<P STYLE="margin-bottom: 0in"><FONT SIZE=7>PALM&nbsp;&nbsp; </FONT>a
14<B>pa</B>rallelized <B>L</B>ES <B>m</B>odel
15</P>
16<HR>
17<P STYLE="margin-bottom: 0in"><BR><FONT SIZE=5>technical/numerical
18documentation</FONT> <BR>&nbsp; <BR>&nbsp; 
19</P>
20<P ALIGN=CENTER STYLE="margin-bottom: 0in">&nbsp; 
21</P>
22<TABLE CELLPADDING=0 CELLSPACING=0>
23        <TR>
24                <TD>
25                        <P><B>Current fixed release:</B></P>
26                </TD>
27                <TD>
28                        <P><B>3.7a</B></P>
29                </TD>
30        </TR>
31        <TR>
32                <TD>
33                        <P><B>Last change of this document</B>:&nbsp;</P>
34                </TD>
35                <TD>
36                        <P><B>$Id: technical_documentation.html 544 2010-08-17 10:44:58Z
37                        maronga $</B></P>
38                </TD>
39        </TR>
40</TABLE>
41<HR>
42<P><FONT SIZE=5>Table of contents</FONT> <BR>&nbsp; <BR>&nbsp; 
43</P>
44<UL>
45        <P><A HREF="#Kapitel1.0">1.0</A>&nbsp; History of changes
46        </P>
47        <P><A HREF="#Kapitel2.0">2.0</A>&nbsp; How to change the source code
48        and how to document modifications</P>
49        <P><A HREF="#Kapitel3.0">3.0</A>&nbsp; Description of selected model
50        numerics<BR>&nbsp;</P>
51</UL>
52<P><BR><BR>
53</P>
54<H2><A NAME="Kapitel1.0"></A>1.0&nbsp; History of changes</H2>
55<P STYLE="margin-bottom: 0in">The following table documents all
56changes to the PALM repository since 2009. Older changes can be found
57<A HREF="tec_doc_1998-2008.html">here</A>.<BR><BR>Entries in the
58fifth column specify the type of the change: change&nbsp; of existing
59code (C), new code (N) or bugfix (B). More detailed information about
60the changes may sometimes be found in the header comment lines of the
61respective routines. <BR>&nbsp; 
62</P>
63<TABLE WIDTH=1223 BORDER=1 CELLPADDING=2 CELLSPACING=3>
64        <COL WIDTH=37>
65        <COL WIDTH=56>
66        <COL WIDTH=68>
67        <COL WIDTH=62>
68        <COL WIDTH=36>
69        <COL WIDTH=518>
70        <COL WIDTH=393>
71        <TR>
72                <TD WIDTH=37>
73                        <P><FONT SIZE=4><B>date</B></FONT></P>
74                </TD>
75                <TD WIDTH=56>
76                        <P><FONT SIZE=4><B>author</B></FONT></P>
77                </TD>
78                <TD WIDTH=68>
79                        <P><FONT SIZE=4><B>svn revision</B></FONT></P>
80                </TD>
81                <TD WIDTH=62>
82                        <P><FONT SIZE=4><B>last release</B></FONT></P>
83                </TD>
84                <TD WIDTH=36>
85                        <P><FONT SIZE=4><B>type</B></FONT></P>
86                </TD>
87                <TD WIDTH=518>
88                        <P><FONT SIZE=4><B>description</B></FONT></P>
89                </TD>
90                <TD WIDTH=393>
91                        <P><FONT SIZE=4><B>affected routines</B></FONT></P>
92                </TD>
93        </TR>
94        <TR>
95                <TD WIDTH=37 SDVAL="40187" SDNUM="1033;0;MM/DD/YY">
96                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>01/09/10</FONT></P>
97                </TD>
98                <TD WIDTH=56>
99                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>CH</FONT></P>
100                </TD>
101                <TD WIDTH=68 SDVAL="553" SDNUM="1033;">
102                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>553</FONT></P>
103                </TD>
104                <TD WIDTH=62>
105                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>3.7a</FONT></P>
106                </TD>
107                <TD WIDTH=36>
108                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>C</FONT></P>
109                </TD>
110                <TD WIDTH=518>
111                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>d3dpar-parameters for
112                        masked output <FONT FACE="Courier New, monospace">data_output_mask_*,
113                        data_output_mask_user_*, mask_*_x, mask_*_y, mask_*_z,
114                        mask_*_x_loop, mask_*_y_loop </FONT><FONT FACE="Times New Roman, serif">and
115                        </FONT><FONT FACE="Courier New, monospace">mask_*_z_loop </FONT>have
116                        been replaced by corresponding arrays <FONT FACE="Courier New, monospace">data_output_masks,
117                        data_output_masks_user, mask_x, mask_y, mask_z, mask_x_loop,
118                        mask_y_loop </FONT><FONT FACE="Times New Roman, serif">and</FONT><FONT FACE="Courier New, monospace">
119                        mask_z_loop</FONT></FONT></P>
120                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>inipar-parameter <FONT FACE="Courier New, monospace">masks</FONT>
121                        has been removed. </FONT>
122                        </P>
123                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>The changes concern
124                        the masked data output, which is still not documented.</FONT></P>
125                </TD>
126                <TD WIDTH=393>
127                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>check_parameters,
128                        init_masks, modules, parin, user_parin</FONT></P>
129                </TD>
130        </TR>
131        <TR>
132                <TD WIDTH=37>
133                        <P>17/08/10</P>
134                </TD>
135                <TD WIDTH=56>
136                        <P>BM</P>
137                </TD>
138                <TD WIDTH=68>
139                        <P>544</P>
140                </TD>
141                <TD WIDTH=62>
142                        <P>3.7a</P>
143                </TD>
144                <TD WIDTH=36>
145                        <P>B/C/N</P>
146                </TD>
147                <TD WIDTH=518>
148                        <P>adjustments for lcxt4; bugfix (mbuild): loading of user-defined
149                        modules; new .mrun.config.lcxt4 for Cray XT4 in Bergen/Norway</P>
150                </TD>
151                <TD WIDTH=393>
152                        <P>mrun, mbuild, subjob</P>
153                </TD>
154        </TR>
155        <TR>
156                <TD WIDTH=37>
157                        <P>15/06/10</P>
158                </TD>
159                <TD WIDTH=56>
160                        <P>RH</P>
161                </TD>
162                <TD WIDTH=68>
163                        <P>540</P>
164                </TD>
165                <TD WIDTH=62>
166                        <P>3.7a</P>
167                </TD>
168                <TD WIDTH=36>
169                        <P>C</P>
170                </TD>
171                <TD WIDTH=518>
172                        <P>ssh from compute nodes to login nodes on hosts lcsgih/lcsgib is
173                        done using the names hicegate0/bicegate0 instead of the IP
174                        addresses</P>
175                </TD>
176                <TD WIDTH=393>
177                        <P>mrun</P>
178                </TD>
179        </TR>
180        <TR>
181                <TD WIDTH=37>
182                        <P>21/04/10</P>
183                </TD>
184                <TD WIDTH=56>
185                        <P>RH</P>
186                </TD>
187                <TD WIDTH=68>
188                        <P>532</P>
189                </TD>
190                <TD WIDTH=62>
191                        <P>3.7a</P>
192                </TD>
193                <TD WIDTH=36>
194                        <P>C</P>
195                </TD>
196                <TD WIDTH=518>
197                        <P>Large scale vertical motion (subsidence/ascent) can be added as
198                        additional source to the prognostic equation for humidity/passive
199                        scalar<BR>&nbsp;<BR>character length for dopr_unit
200                        enlarged<BR><BR>Adjustment of the NCL scripts to allow for output
201                        of png files
202                        </P>
203                </TD>
204                <TD WIDTH=393>
205                        <P>modules, prognostic_equations<BR><BR>.ncl.config.default,
206                        cross_sections.ncl, profiles.ncl, timeseries.ncl, spectra.ncl</P>
207                </TD>
208        </TR>
209        <TR>
210                <TD WIDTH=37>
211                        <P><BR>
212                        </P>
213                </TD>
214                <TD WIDTH=56>
215                        <P><BR>
216                        </P>
217                </TD>
218                <TD WIDTH=68>
219                        <P><BR>
220                        </P>
221                </TD>
222                <TD WIDTH=62>
223                        <P><BR>
224                        </P>
225                </TD>
226                <TD WIDTH=36>
227                        <P>B</P>
228                </TD>
229                <TD WIDTH=518>
230                        <P>Bugfix: unit of hyp changed to dbar</P>
231                </TD>
232                <TD WIDTH=393>
233                        <P>check_parameters</P>
234                </TD>
235        </TR>
236        <TR>
237                <TD WIDTH=37>
238                        <P>01/04/10</P>
239                </TD>
240                <TD WIDTH=56>
241                        <P>RH</P>
242                </TD>
243                <TD WIDTH=68>
244                        <P>530</P>
245                </TD>
246                <TD WIDTH=62>
247                        <P>3.7a</P>
248                </TD>
249                <TD WIDTH=36>
250                        <P>B</P>
251                </TD>
252                <TD WIDTH=518>
253                        <P>Bugfix: treatment of special character * in NCL variables
254                        containing lists corrected</P>
255                </TD>
256                <TD WIDTH=393>
257                        <P>palmplot</P>
258                </TD>
259        </TR>
260        <TR>
261                <TD WIDTH=37>
262                        <P>31/03/10</P>
263                </TD>
264                <TD WIDTH=56>
265                        <P>RH</P>
266                </TD>
267                <TD WIDTH=68>
268                        <P>529</P>
269                </TD>
270                <TD WIDTH=62>
271                        <P>3.7a</P>
272                </TD>
273                <TD WIDTH=36>
274                        <P>C</P>
275                </TD>
276                <TD WIDTH=518>
277                        <P>List of variable names have to specified using blank separated
278                        lists and single quotes</P>
279                </TD>
280                <TD WIDTH=393>
281                        <P>palmplot</P>
282                </TD>
283        </TR>
284        <TR>
285                <TD WIDTH=37>
286                        <P>30/03/10</P>
287                </TD>
288                <TD WIDTH=56>
289                        <P>RH</P>
290                </TD>
291                <TD WIDTH=68>
292                        <P>526</P>
293                </TD>
294                <TD WIDTH=62>
295                        <P>3.7a</P>
296                </TD>
297                <TD WIDTH=36>
298                        <P>C</P>
299                </TD>
300                <TD WIDTH=518>
301                        <P>Adjustment of the NCL scripts and <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">palmplot
302                        </FONT>to allow for special characters in NetCDF variable names
303                        </P>
304                </TD>
305                <TD WIDTH=393>
306                        <P>palmplot, .ncl.config.default, cross_sections.ncl,
307                        profiles.ncl, timeseries.ncl, spectra.ncl</P>
308                </TD>
309        </TR>
310        <TR>
311                <TD WIDTH=37>
312                        <P>30/03/10</P>
313                </TD>
314                <TD WIDTH=56>
315                        <P>SR</P>
316                </TD>
317                <TD WIDTH=68>
318                        <P>525</P>
319                </TD>
320                <TD WIDTH=62>
321                        <P>3.7a</P>
322                </TD>
323                <TD WIDTH=36>
324                        <P>B</P>
325                </TD>
326                <TD WIDTH=518>
327                        <P>Bugfix: &quot;/&quot; in netcdf profile variable names replaced
328                        by &quot;:&quot;</P>
329                </TD>
330                <TD WIDTH=393>
331                        <P>check_parameters</P>
332                </TD>
333        </TR>
334        <TR>
335                <TD WIDTH=37>
336                        <P>19/03/10</P>
337                </TD>
338                <TD WIDTH=56>
339                        <P>SR</P>
340                </TD>
341                <TD WIDTH=68>
342                        <P>520</P>
343                </TD>
344                <TD WIDTH=62>
345                        <P>3.7a</P>
346                </TD>
347                <TD WIDTH=36>
348                        <P>N</P>
349                </TD>
350                <TD WIDTH=518>
351                        <P>NetCDF4 support for particle data. Total number of particles is
352                        allowed to increase during the run, when netcdf_data_format &gt; <I>2</I>
353                        is used.</P>
354                </TD>
355                <TD WIDTH=393>
356                        <P>advec_particles, check_open, netcdf</P>
357                </TD>
358        </TR>
359        <TR>
360                <TD WIDTH=37>
361                        <P><BR>
362                        </P>
363                </TD>
364                <TD WIDTH=56>
365                        <P><BR>
366                        </P>
367                </TD>
368                <TD WIDTH=68>
369                        <P><BR>
370                        </P>
371                </TD>
372                <TD WIDTH=62>
373                        <P><BR>
374                        </P>
375                </TD>
376                <TD WIDTH=36>
377                        <P>C</P>
378                </TD>
379                <TD WIDTH=518>
380                        <P>Special characters like * and &quot; are now allowed for NetCDF
381                        variable names. Replacement of these characters has been removed
382                        (routine clean_netcdf_varname removed)</P>
383                </TD>
384                <TD WIDTH=393>
385                        <P><BR>
386                        </P>
387                </TD>
388        </TR>
389        <TR>
390                <TD WIDTH=37>
391                        <P>18/03/10</P>
392                </TD>
393                <TD WIDTH=56>
394                        <P>SR</P>
395                </TD>
396                <TD WIDTH=68>
397                        <P>516</P>
398                </TD>
399                <TD WIDTH=62>
400                        <P>3.7a</P>
401                </TD>
402                <TD WIDTH=36>
403                        <P>N</P>
404                </TD>
405                <TD WIDTH=518>
406                        <P>Simple installation method has been documented (see chapter
407                        5.0). Respective scripts and configuration files have been
408                        updated.</P>
409                </TD>
410                <TD WIDTH=393>
411                        <P>palm_simple_install, palm_simple_run</P>
412                </TD>
413        </TR>
414        <TR>
415                <TD WIDTH=37>
416                        <P><BR>
417                        </P>
418                </TD>
419                <TD WIDTH=56>
420                        <P><BR>
421                        </P>
422                </TD>
423                <TD WIDTH=68>
424                        <P><BR>
425                        </P>
426                </TD>
427                <TD WIDTH=62>
428                        <P><BR>
429                        </P>
430                </TD>
431                <TD WIDTH=36>
432                        <P>B</P>
433                </TD>
434                <TD WIDTH=518>
435                        <P>opt=1 is forced for PGI-compiler in routine <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">buoyancy
436                        </FONT>by compiler-directive. Otherwise, program aborts with
437                        SIGFPE.</P>
438                </TD>
439                <TD WIDTH=393>
440                        <P>buoyancy</P>
441                </TD>
442        </TR>
443        <TR>
444                <TD WIDTH=37>
445                        <P>16/03/10</P>
446                </TD>
447                <TD WIDTH=56>
448                        <P>RH</P>
449                </TD>
450                <TD WIDTH=68>
451                        <P>513</P>
452                </TD>
453                <TD WIDTH=62>
454                        <P>3.7a</P>
455                </TD>
456                <TD WIDTH=36>
457                        <P>N</P>
458                </TD>
459                <TD WIDTH=518>
460                        <P>NCL scripts can be run with the shell script <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">palmplot.</FONT></P>
461                </TD>
462                <TD WIDTH=393>
463                        <P>palmplot, .ncl.config.default, cross_sections.ncl, profiles.ncl</P>
464                </TD>
465        </TR>
466        <TR>
467                <TD WIDTH=37>
468                        <P>12/03/10</P>
469                </TD>
470                <TD WIDTH=56>
471                        <P>SR</P>
472                </TD>
473                <TD WIDTH=68>
474                        <P>509</P>
475                </TD>
476                <TD WIDTH=62>
477                        <P>3.7a</P>
478                </TD>
479                <TD WIDTH=36>
480                        <P>B</P>
481                </TD>
482                <TD WIDTH=518>
483                        <P>bugfix for rev 504: remode_md was given a wrong value</P>
484                </TD>
485                <TD WIDTH=393>
486                        <P>mbuild</P>
487                </TD>
488        </TR>
489        <TR>
490                <TD WIDTH=37>
491                        <P>08/03/10</P>
492                </TD>
493                <TD WIDTH=56>
494                        <P>SR</P>
495                </TD>
496                <TD WIDTH=68>
497                        <P>506</P>
498                </TD>
499                <TD WIDTH=62>
500                        <P>3.7a</P>
501                </TD>
502                <TD WIDTH=36>
503                        <P>C</P>
504                </TD>
505                <TD WIDTH=518>
506                        <P>hack for better usage of <B>mrun</B> on Kyoto computing center
507                        machine (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">lckyoto</FONT>)</P>
508                </TD>
509                <TD WIDTH=393>
510                        <P>mrun</P>
511                </TD>
512        </TR>
513        <TR>
514                <TD WIDTH=37>
515                        <P>03/03/10</P>
516                </TD>
517                <TD WIDTH=56>
518                        <P>SR</P>
519                </TD>
520                <TD WIDTH=68>
521                        <P>504</P>
522                </TD>
523                <TD WIDTH=62>
524                        <P>3.7a</P>
525                </TD>
526                <TD WIDTH=36>
527                        <P>C</P>
528                </TD>
529                <TD WIDTH=518>
530                        <P><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">combine_plot_fields</FONT>
531                        is now directly called within <B>mrun</B> and must not be given by
532                        an output command in the configuration file any more. Please
533                        remove the respective output command (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">OC:combine_plot_fields.x</FONT>)
534                        from your configuration file!<BR><BR>Utility programs
535                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">combine_plot_fields</FONT>,
536                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">interpret_config</FONT>)
537                        are created by <B>mbuild</B> separately for each block in the
538                        configuration file. Depending on option <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">-K</FONT>,
539                        <B>mrun</B> is using the utility programs for the respective
540                        block.<BR><BR>Utility programs are also compiled in parallel,
541                        depending on variable <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">%mopts</FONT>
542                        in the configuration file..<BR><BR>Default configuration files
543                        updated.</P>
544                </TD>
545                <TD WIDTH=393>
546                        <P>mbuild, mrun, UTIL/Makefile, SCRIPTS/.mrun.config.*</P>
547                </TD>
548        </TR>
549        <TR>
550                <TD WIDTH=37>
551                        <P>02/03/10</P>
552                </TD>
553                <TD WIDTH=56>
554                        <P>SR</P>
555                </TD>
556                <TD WIDTH=68>
557                        <P>496</P>
558                </TD>
559                <TD WIDTH=62>
560                        <P>3.7a</P>
561                </TD>
562                <TD WIDTH=36>
563                        <P>C</P>
564                </TD>
565                <TD WIDTH=518>
566                        <P>Particle data for restart runs are only written if environment
567                        variable <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_binary</FONT>
568                        = <I>.T.</I>, i.e. particle data are now handled in the same way
569                        as the other restart data.</P>
570                </TD>
571                <TD WIDTH=393>
572                        <P>palm</P>
573                </TD>
574        </TR>
575        <TR>
576                <TD WIDTH=37>
577                        <P>01/03/10</P>
578                </TD>
579                <TD WIDTH=56>
580                        <P>SR</P>
581                </TD>
582                <TD WIDTH=68>
583                        <P>494</P>
584                </TD>
585                <TD WIDTH=62>
586                        <P>3.7a</P>
587                </TD>
588                <TD WIDTH=36>
589                        <P>N</P>
590                </TD>
591                <TD WIDTH=518>
592                        <P>Output in NetCDF4-format.<BR><BR>NetCDF4 allows for parallel
593                        I/O. Also, variables are not limited in size any more (i.e. arrays
594                        can be larger than 2GB). The new d3par-parameter
595                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf_data_format</FONT>.can
596                        be used to select among the different NetCDF file formats (<I>1</I>:
597                        classic format, <I>2</I>: 64-bit-offset format (this is now the
598                        default), <I>3</I>: NetCDF4/HDF5 format, <I>4</I>: NetCDF4 format
599                        with NF90_CLASSIC_MODEL bit set). Setting <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf_data_format</FONT>
600                        &gt; <I>2</I> only affects 2d- and 3d-output, i.e. there is no
601                        parallel output for profiles, time series, spectra, and particles.
602                        Parallel output of particle data may realized in the future.<BR><BR>In
603                        case of parallel output, all PEs write into one file, which means
604                        that postprocessing the data with <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">combine_plot_fields</FONT>
605                        (merging data from single files - one per PE - into one file) is
606                        not neccessary. In this case, flag files are automatically set,
607                        telling <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">combine_plot_fields</FONT>
608                        that nothing is to be done.<BR><BR>Using NetCDF4 format requires a
609                        NetCDF4/HDF library. Respective settings for -I, -L, and -l
610                        compiler/loader options for the SGI-ICE at HLRN can be found in
611                        the new example configuration file
612                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">..../trunk/SCRIPTS/.mrun.config.imuk_ice2_netcdf4</FONT><BR><BR><B>Attention:</B><BR>So
613                        far, NetCDF parallel I/O has only been tested a little. Further
614                        performance optimizations may be required, especially in case of
615                        large data sets (e.g. data chunking, or lustre file system
616                        settings with <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">lfs
617                        setstripe</FONT>). <B>Please report bugs and performance problems
618                        immediately!</B><BR><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">combine_plot_fields</FONT>
619                        outputs cpu-time needed for file merging.<BR><BR>Modules to be
620                        loaded for compilation (mbuild) or job execution (mrun) can/should
621                        now be given in the configuration file (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">.mrun.config</FONT>)
622                        using variable <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>.
623                        Example:<BR><BR>&nbsp;&nbsp; <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">%modules&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
624                        ifort/11.0.069:netcdf&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; lcsgih
625                        parallel</FONT><BR><BR>This method replaces the (undocumented)
626                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mpilib</FONT>-variable.<BR><BR><B>WARNING:</B><BR><B>All
627                        fixed settings of modules in the scripts mbuild, mrun, and subjob
628                        have been removed! Please set the </B><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace"><B>modules</B></FONT><B>
629                        variable appropriately and remove the mpilib variable in your
630                        configuration file.<BR><BR></B>Compilation time can be reduced be
631                        using parallel make. The number of allowed simultaneous compiler
632                        calls (threads) is set in the configuration file using variable
633                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mopt</FONT>, e.g.<BR><BR>&nbsp;&nbsp;
634                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">%mopts&nbsp; -j:4 &nbsp;
635                        lcsgih parallel</FONT><BR><BR>allows a maximum of 4 routines to be
636                        compiled simultaneously (provided that the makefile does not show
637                        any dependencies between these routines).</P>
638                </TD>
639                <TD WIDTH=393>
640                        <P>check_open, check_parameters, close_file, data_output_2d,
641                        data_output_3d, header, modules, netcdf,
642                        parin<BR><BR>combine_plot_fields<BR><BR>mbuild, mrun, subjob</P>
643                </TD>
644        </TR>
645        <TR>
646                <TD WIDTH=37>
647                        <P><BR>
648                        </P>
649                </TD>
650                <TD WIDTH=56>
651                        <P><BR>
652                        </P>
653                </TD>
654                <TD WIDTH=68>
655                        <P><BR>
656                        </P>
657                </TD>
658                <TD WIDTH=62>
659                        <P><BR>
660                        </P>
661                </TD>
662                <TD WIDTH=36>
663                        <P>C</P>
664                </TD>
665                <TD WIDTH=518>
666                        <P>d3par-parameters <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf_64bit</FONT>
667                        and <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf_64bit_3d</FONT>
668                        have been removed. Use the new d3par-variable <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf_data_format</FONT>
669                        = <I>2</I> for choosing the NetCDF 64bit-offset format (this is
670                        the default from now on). The offset-format can not be set
671                        independently for the 3d-output-data any more.<BR><BR>d3par-parameters
672                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf_format_mask</FONT>,
673                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf_format_mask_av</FONT>,
674                        and variables <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">nc_format_mask</FONT>,
675                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">format_parallel_io</FONT>
676                        removed. They are replaced by the new parameter
677                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf_data_format</FONT>.
678                        This change concerns the masked data output, which is still not
679                        documented.</P>
680                </TD>
681                <TD WIDTH=393>
682                        <P>check_open, close_file,<BR>data_output_mask, header,
683                        init_masks, modules, parin</P>
684                </TD>
685        </TR>
686        <TR>
687                <TD WIDTH=37>
688                        <P><BR>
689                        </P>
690                </TD>
691                <TD WIDTH=56>
692                        <P><BR>
693                        </P>
694                </TD>
695                <TD WIDTH=68>
696                        <P><BR>
697                        </P>
698                </TD>
699                <TD WIDTH=62>
700                        <P><BR>
701                        </P>
702                </TD>
703                <TD WIDTH=36>
704                        <P>B</P>
705                </TD>
706                <TD WIDTH=518>
707                        <P>Bugfix in trunk/UTIL/Makefile: forgot to compile for
708                        interpret_config.<BR><BR>Bugfix: timeseries data have to be
709                        collected by PE0 (user_statistics).</P>
710                </TD>
711                <TD WIDTH=393>
712                        <P>user_statistics<BR><BR>trunk/UTIL/Makefile</P>
713                </TD>
714        </TR>
715        <TR>
716                <TD WIDTH=37>
717                        <P>05/02/10</P>
718                </TD>
719                <TD WIDTH=56>
720                        <P>SR</P>
721                </TD>
722                <TD WIDTH=68>
723                        <P>485</P>
724                </TD>
725                <TD WIDTH=62>
726                        <P>3.7a</P>
727                </TD>
728                <TD WIDTH=36>
729                        <P>B</P>
730                </TD>
731                <TD WIDTH=518>
732                        <P><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">ngp_3d</FONT>,
733                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">ngp_3d_inner</FONT>
734                        changed to 64 bit. Otherwise, on large grids &gt; 2*10**9 grid
735                        points some global statistics (e.g. total kinetic energy) have
736                        wrong values.</P>
737                </TD>
738                <TD WIDTH=393>
739                        <P>init_3d_model, modules</P>
740                </TD>
741        </TR>
742        <TR>
743                <TD WIDTH=37>
744                        <P>05/02/10</P>
745                </TD>
746                <TD WIDTH=56>
747                        <P>SR</P>
748                </TD>
749                <TD WIDTH=68>
750                        <P>484</P>
751                </TD>
752                <TD WIDTH=62>
753                        <P>3.7a</P>
754                </TD>
755                <TD WIDTH=36>
756                        <P>B</P>
757                </TD>
758                <TD WIDTH=518>
759                        <P>Typo in file headers removed (&quot;current&quot; instead of
760                        &quot;actual&quot;).</P>
761                </TD>
762                <TD WIDTH=393>
763                        <P>many</P>
764                </TD>
765        </TR>
766        <TR>
767                <TD WIDTH=37>
768                        <P>05/02/10</P>
769                </TD>
770                <TD WIDTH=56>
771                        <P>SR</P>
772                </TD>
773                <TD WIDTH=68>
774                        <P>483</P>
775                </TD>
776                <TD WIDTH=62>
777                        <P>3.7a</P>
778                </TD>
779                <TD WIDTH=36>
780                        <P>N</P>
781                </TD>
782                <TD WIDTH=518>
783                        <P><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">compare_palm_logs
784                        </FONT>is additionally compiled with <B>mbuild</B> <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">-u</FONT>
785                        . (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">Makefile</FONT> in
786                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">trunk/UTIL</FONT>)<BR><BR>make
787                        options (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mopts</FONT>)
788                        to be set by configuration file implemented. (<B>mrun</B>,
789                        <B>mbuild</B>)<BR><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">humidity</FONT>
790                        = <I>.T.</I> can be used for runs with topography.
791                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">wall_humidityflux</FONT>
792                        and<BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">wall_scalarflux</FONT>
793                        are the corresponding new inipar parameters.<BR>(<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>,
794                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</FONT>,
795                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">parin</FONT>)<BR><BR>Large
796                        scale vertical motion (subsidence/ascent) can be added as
797                        additional source to the prognostic equation for potential
798                        temperature. See new parameters <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">large_scale_subsidence</FONT>,
799                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">ws_vertical_gradient</FONT>,
800                        and <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">ws_vertical_gradient_level</FONT>.
801                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>,
802                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>,
803                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">Makefile</FONT>,
804                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>,
805                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">parin</FONT>,
806                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">prognostic_equations</FONT>,
807                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</FONT>,
808                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">subsidence</FONT>,
809                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</FONT>)<BR><BR>Scripts
810                        have been updated for Cray-XT5 machine (lcxt5m) and
811                        Hitachi-machine (lckyoto).<BR><BR>A simple method for installing
812                        and running palm (with limited features) has been added.
813                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">Makefile</FONT>, new
814                        scripts <B>palm_simple_install</B>, <B>palm_simple_run</B>)<BR><BR>Masked
815                        data output has been implemented but it is not documented in the
816                        user manual so far. This feature can already use NetCDF4 file
817                        format. (check_open, check_parameters, close_file, modules,
818                        netcdf, parin, time_integration, user_parin, new:
819                        data_output_mask, init_masks, user_data_output_mask)</P>
820                </TD>
821                <TD WIDTH=393>
822                        <P>check_open, check parameters, close_file, header,
823                        init_3d_model, Makefile, mbuild, modules, mrun, netcdf, parin,
824                        prognostic_equations, read_var_list, time_integration, user_parin,
825                        write_var_list<BR><BR><B>new:</B> data_output_mask,&nbsp;
826                        init_masks, palm_simple_install, palm_simple_run, subsidence,
827                        user_data_output_mask</P>
828                </TD>
829        </TR>
830        <TR>
831                <TD WIDTH=37>
832                        <P><BR>
833                        </P>
834                </TD>
835                <TD WIDTH=56>
836                        <P><BR>
837                        </P>
838                </TD>
839                <TD WIDTH=68>
840                        <P><BR>
841                        </P>
842                </TD>
843                <TD WIDTH=62>
844                        <P><BR>
845                        </P>
846                </TD>
847                <TD WIDTH=36>
848                        <P>C</P>
849                </TD>
850                <TD WIDTH=518>
851                        <P>2d-decomposition is default for Cray-XT machines.
852                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_pegrid</FONT>)<BR><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">var_ts</FONT>
853                        is replaced by <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">dots_max</FONT>.
854                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>,
855                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</FONT>)<BR><BR>Every
856                        cloud droplet has now an own weighting factor and can be deleted
857                        due to collisions. Condensation and collision of cloud droplets
858                        are adjusted accordingly. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</FONT>)<BR><BR>Collision
859                        efficiency for large cloud droplets has changed according to table
860                        of Rogers and Yau. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">collision_efficiency</FONT>)</P>
861                </TD>
862                <TD WIDTH=393>
863                        <P>advec_particles, collision_efficiency, init_3d_model,
864                        init_pegrid, modules</P>
865                </TD>
866        </TR>
867        <TR>
868                <TD WIDTH=37>
869                        <P><BR>
870                        </P>
871                </TD>
872                <TD WIDTH=56>
873                        <P><BR>
874                        </P>
875                </TD>
876                <TD WIDTH=68>
877                        <P><BR>
878                        </P>
879                </TD>
880                <TD WIDTH=62>
881                        <P><BR>
882                        </P>
883                </TD>
884                <TD WIDTH=36>
885                        <P>B</P>
886                </TD>
887                <TD WIDTH=518>
888                        <P>Bugfix for generating serial jobs. (<B>subjob</B>)<BR><BR>Bugfix:
889                        index problem concerning gradient_level indices removed.
890                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>)<BR><BR>Dimension
891                        of array <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">stat</FONT>
892                        in cascade change to prevent type problems with mpi2 libraries.
893                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">poisfft_hybrid</FONT>)<BR><BR>Loop
894                        was split to make runs reproducible when using ifort compiler.
895                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">disturb_field</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
896                        exchange of ghost points for <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">prho</FONT>
897                        included. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">time_integration</FONT>)<BR><BR>Bugfix
898                        in calculation of time-averaged surface heatfluxes.
899                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">sum_up_3d_data</FONT>)<BR><BR>Bugfix
900                        in calculation of precipitation_rate.
901                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">calc_precipitation</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
902                        initial data assignments to some dvrp arrays changed due to error
903                        messages from gfortran compiler. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>)<BR><BR>Bugfix
904                        in calculation of cloud droplet velocity.
905                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</FONT>)<BR><BR>Bugfix
906                        in transfer of particles at south/left edge.
907                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</FONT>)<BR><BR>Bugfix
908                        in calculation of collision efficiency. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">collision_efficiency</FONT>)</P>
909                </TD>
910                <TD WIDTH=393>
911                        <P>advec_particles, calc_precipitation, collision_efficiency,
912                        disturb_field, header, modules, poisfft_hybrid, subjob,
913                        sum_up_3d_data, time_integration</P>
914                </TD>
915        </TR>
916        <TR>
917                <TD WIDTH=37>
918                        <P>23/09/09</P>
919                </TD>
920                <TD WIDTH=56>
921                        <P>SR</P>
922                </TD>
923                <TD WIDTH=68>
924                        <P>392</P>
925                </TD>
926                <TD WIDTH=62>
927                        <P>3.7</P>
928                </TD>
929                <TD WIDTH=36>
930                        <P>N</P>
931                </TD>
932                <TD WIDTH=518>
933                        <P><B>Most important changes:</B> atmosphere-ocean coupling has
934                        been improved and steering of dvr-software is more user-friendly
935                        now. Beside that, the release contains a lot of optimizations,
936                        changes, and bugfixes which have accumulated over the last
937                        months.<BR><BR>The atmosphere-ocean coupling allows to use
938                        independent precursor runs in order to account for different
939                        spin-up times. The time when coupling has to be started is given
940                        by new inipar parameter <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">coupling_start_time</FONT>.
941                        The precursor ocean run has to be started using new <B>mrun</B>
942                        option &quot;<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">-y</FONT>&quot;
943                        in order to add the appendix &quot;<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">_O</FONT>&quot;
944                        to all output files. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_for_restart</FONT>,
945                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>,
946                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</FONT>,
947                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_3d</FONT>,
948                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_profiles</FONT>,
949                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_ptseries</FONT>,
950                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_spectra</FONT>,
951                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_tseries</FONT>,
952                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>,
953                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_coupling</FONT>,
954                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>, <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mrun</FONT>,
955                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">parin</FONT>,
956                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</FONT>,
957                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">surface_coupler</FONT>,
958                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">time_integration</FONT>,
959                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</FONT>)<BR><BR>Clipping
960                        of dvrp output implemented. Default colourtable for particles
961                        implemented, particle attributes (color, dvrp_size) can be set
962                        with new parameters <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">particle_color</FONT>,
963                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">particle_dvrpsize</FONT>,
964                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">color_interval</FONT>,
965                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">dvrpsize_interval</FONT>.
966                        Slicer attributes (dvrp) are set with new routine
967                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">set_slicer_attributes_dvrp</FONT>
968                        and are controlled with existing parameters <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">slicer_range_limits</FONT>.
969                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_dvrp</FONT>,
970                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_dvrp</FONT>,
971                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>,
972                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">set_slicer_attributes_dvrp</FONT>,&nbsp;
973                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_data_output_dvrp</FONT>)<BR><BR>Polygon
974                        reduction for topography and ground plate isosurface. Reduction
975                        level for buildings can be chosen with parameter cluster_size.
976                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_dvrp</FONT>)<BR><BR>Variables
977                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">bc_lr</FONT> / <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">bc_ns</FONT>&nbsp;
978                        in most subroutines replaced by LOGICAL variables
979                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">bc_lr_cyc</FONT>,<BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">bc_ns_cyc</FONT>
980                        for speed optimization. This gives a significant speedup of more
981                        than 10%. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>,
982                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">diffusion_u</FONT>,
983                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">diffusion_v</FONT>,
984                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">diffusion_w</FONT>,
985                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>)<BR><BR>Scripts
986                        have been adapted for machine lck (Yonsei Univ.). (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mrun</FONT>,
987                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mbuild</FONT>,
988                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">subjob</FONT>)<BR><BR>Additional
989                        timestep criterion in case of simulations with plant canopy.
990                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">timestep</FONT>)<BR><BR>Check
991                        for illegal entries in <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">section_xy</FONT>|<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">xz</FONT>|<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">yz</FONT>
992                        that exceed <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">nz+1</FONT>|<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">ny+1</FONT>|<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">nx+1</FONT>.
993                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>)<BR><BR>External
994                        pressure gradient can be used as driving force. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>,
995                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>,
996                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</FONT>,
997                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>,
998                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">parin</FONT>,
999                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">prognostic_equations</FONT>,
1000                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</FONT>,
1001                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</FONT>)<BR><BR>New
1002                        topography case '<I>single_street_canyon</I>'. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>,
1003                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_grid</FONT>,
1004                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>,
1005                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">parin</FONT>,
1006                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</FONT>,
1007                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_check_parameters</FONT>,
1008                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_header</FONT>,
1009                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_init_grid</FONT>,
1010                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</FONT>)<BR><BR>Option
1011                        to predefine a target bulk velocity for <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">conserve_volume_flow</FONT>.
1012                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>,
1013                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>,
1014                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</FONT>,
1015                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>,
1016                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">parin</FONT>,
1017                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</FONT>,
1018                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</FONT>)<BR><BR>Option
1019                        for user defined 2D data output in xy cross sections at z=<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">nzb</FONT>+1.
1020                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</FONT>,
1021                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_data_output_2d</FONT>)<BR><BR>xy
1022                        cross section output of surface heatfluxes (sensible and latent).
1023                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">average_3d_data</FONT>,
1024                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>,
1025                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</FONT>,
1026                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>,
1027                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_3d_binary</FONT>,
1028                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">sum_up_3d_data</FONT>,
1029                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_3d_binary</FONT>)</P>
1030                </TD>
1031                <TD WIDTH=393>
1032                        <P>average_3d_data, check_for_restart, check_parameters,
1033                        data_output_2d, data_output_3d, data_output_dvrp,
1034                        data_output_profiles, data_output_ptseries, data_output_spectra,
1035                        data_output_tseries, diffusion_u, diffusion_v, diffusion_w,
1036                        init_coupling, init_dvrp, init_grid, init_3d_model, header,
1037                        mbuild, modules, mrun, package_parin, parin, prognostic_equations,
1038                        read_3d_binary, read_var_list, subjob, sum_up_3d_data,
1039                        surface_coupler, timestep, time_integration,
1040                        user_check_parameters, user_data_output_2d, user_data_output_dvrp,
1041                        user_header, user_init_grid, write_3d_binary, write_var_list<BR><BR><B>new:</B>
1042                        set_particle_attributes, set_slicer_attributes_dvrp</P>
1043                </TD>
1044        </TR>
1045        <TR>
1046                <TD WIDTH=37>
1047                        <P><BR>
1048                        </P>
1049                </TD>
1050                <TD WIDTH=56>
1051                        <P><BR>
1052                        </P>
1053                </TD>
1054                <TD WIDTH=68>
1055                        <P><BR>
1056                        </P>
1057                </TD>
1058                <TD WIDTH=62>
1059                        <P><BR>
1060                        </P>
1061                </TD>
1062                <TD WIDTH=36>
1063                        <P>C</P>
1064                </TD>
1065                <TD WIDTH=518>
1066                        <P>Output of messages replaced by message handling routine.
1067                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</FONT>,
1068                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">advec_s_bc</FONT>,
1069                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">buoyancy</FONT>,
1070                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">calc_spectra</FONT>,
1071                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_for_restart</FONT>,
1072                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_open</FONT>,
1073                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">coriolis</FONT>,
1074                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">cpu_log</FONT>,
1075                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</FONT>,
1076                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_3d</FONT>,
1077                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_dvrp</FONT>,
1078                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_profiles</FONT>,
1079                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_spectra</FONT>,
1080                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">fft_xy</FONT>,
1081                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">flow_statistics</FONT>,
1082                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>,&nbsp;
1083                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_1d_model</FONT>,
1084                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</FONT>,
1085                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_dvrp</FONT>,
1086                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_grid</FONT>,
1087                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_particles</FONT>,
1088                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_pegrid</FONT>,
1089                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf</FONT>, <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">parin</FONT>,
1090                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">plant_canopy_model</FONT>,
1091                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">poisfft_hybrid</FONT>,
1092                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">poismg</FONT>,
1093                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_3d_binary</FONT>,
1094                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</FONT>,
1095                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">surface_coupler</FONT>,
1096                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">temperton_fft</FONT>,
1097                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">timestep</FONT>,
1098                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_actions</FONT>,
1099                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_data_output_dvrp</FONT>,
1100                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_dvrp_coltab</FONT>,
1101                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_init_grid</FONT>,
1102                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_init_plant_canopy</FONT>,
1103                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_parin</FONT>,
1104                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_read_restart_data</FONT>,
1105                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_spectra</FONT>)<BR><BR>Output
1106                        of NetCDF messages with aid of message handling routine.
1107                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_open</FONT>,
1108                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">close_file</FONT>,
1109                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</FONT>,
1110                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_3d</FONT>,
1111                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_profiles</FONT>,
1112                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_ptseries</FONT>,
1113                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_spectra</FONT>,&nbsp;
1114                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_tseries</FONT>,
1115                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf</FONT>)<BR><BR>__lcmuk
1116                        changed to __lc to avoid problems with Intel compiler on sgi-ice.
1117                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">poisfft</FONT>)<BR><BR>For
1118                        extended NetCDF files, the updated title attribute includes an
1119                        update of time_average_text where appropriate. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf</FONT>)<BR><BR>In
1120                        case of restart runs without extension, initial profiles are not
1121                        written to NetCDF-file anymore. So far, time axis always started
1122                        at t=0. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_profiles</FONT>,
1123                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>,
1124                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</FONT>,
1125                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</FONT>)<BR><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">initializing_actions</FONT>='<I>read_data_for_recycling</I>'
1126                        renamed to '<I>cyclic_fill</I>'. A cyclic fill can now <BR>be used
1127                        independent of <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">turbulent_inflow</FONT>.
1128                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>,
1129                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>,
1130                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</FONT>)<BR><BR>2
1131                        NetCDF error numbers changed. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_3d</FONT>)<BR><BR>A
1132                        link to the webspage appendix_a.html is printed for further
1133                        information about possible reasons of the error that appeared.
1134                        (message)<BR><BR>Temperature gradient criterion for estimating the
1135                        boundary layer height replaced by the gradient criterion of
1136                        Sullivan et al. (1998). (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">flow_statistics</FONT>)<BR><BR>NetCDF
1137                        unit attribute in timeseries output in case of statistic regions
1138                        added. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf</FONT>)<BR><BR>Maximum
1139                        number of tails is calculated from maximum number of particles and
1140                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">skip_particles_for_tail</FONT>.
1141                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_particles</FONT>)<BR><BR>Value
1142                        of <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">vertical_particle_advection</FONT>
1143                        is allowed to differ for each particle group. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</FONT>,
1144                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>,
1145                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>)
1146                        <BR><BR>First constant in array <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">den</FONT>
1147                        also defined as type double. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">eqn_state_seawater</FONT>)<BR><BR>Parameter
1148                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">dvrp_psize</FONT>
1149                        moved from <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">particles_par</FONT>
1150                        to <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">dvrp_graphics_par</FONT>.
1151                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">package_parin</FONT>)<BR><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">topography_grid_convention</FONT>
1152                        moved from <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">userpar</FONT>
1153                        to <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">inipar</FONT>
1154                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>,
1155                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>, <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">parin</FONT>,
1156                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</FONT>,
1157                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_check_parameters</FONT>,
1158                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_header</FONT>,
1159                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_init_grid</FONT>,
1160                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_parin</FONT>,
1161                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</FONT>)<BR><BR>Default
1162                        value of <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">grid_matching</FONT>
1163                        changed to '<I>strict</I>'. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>)<BR><BR>Adjustments
1164                        for runs on lcxt4 (necessary due to a software update on CRAY) and
1165                        for coupled runs on ibmy. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mrun</FONT>,
1166                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">subjob</FONT>)</P>
1167                </TD>
1168                <TD WIDTH=393>
1169                        <P>advec_particles, advec_s_bc, buoyancy, calc_spectra,
1170                        check_for_restart, check_open, check_parameters, close_file,
1171                        coriolis, cpu_log, data_output_2d, data_output_3d,
1172                        data_output_dvrp, data_output_profiles, data_output_ptseries,
1173                        data_output_spectra, data_output_tseries, eqn_state_seawater,
1174                        fft_xy, flow_statistics, header, init_1d_model, init_3d_model,
1175                        init_dvrp, init_grid, init_particles, init_pegrid, message, mrun,
1176                        netcdf, package_parin, parin, plant_canopy_model, poisfft,
1177                        poisfft_hybrid, poismg, read_3d_binary, read_var_list, subjob,
1178                        surface_coupler, temperton_fft, timestep,
1179                        user_actions,user_check_parameters, user_data_output_dvrp,
1180                        user_dvrp_coltab, user_header, user_init_grid,
1181                        user_init_plant_canopy, user_parin, user_read_restart_data,
1182                        user_spectra, write_var_list
1183                        </P>
1184                </TD>
1185        </TR>
1186        <TR>
1187                <TD WIDTH=37>
1188                        <P><BR>
1189                        </P>
1190                </TD>
1191                <TD WIDTH=56>
1192                        <P><BR>
1193                        </P>
1194                </TD>
1195                <TD WIDTH=68>
1196                        <P><BR>
1197                        </P>
1198                </TD>
1199                <TD WIDTH=62>
1200                        <P><BR>
1201                        </P>
1202                </TD>
1203                <TD WIDTH=36>
1204                        <P>B</P>
1205                </TD>
1206                <TD WIDTH=518>
1207                        <P>Bugfix: Initial hydrostatic pressure profile in case of ocean
1208                        runs is now calculated in 5 iteration steps. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_ocean</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1209                        wrong sign in buoyancy production of ocean part in case of not
1210                        using the reference density (only in 3D routine <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">production_e</FONT>).
1211                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">production_e</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1212                        output of averaged 2d/3d quantities requires that an avaraging
1213                        interval has been set, respective error message is included.
1214                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1215                        Output on unit 14 only if requested by <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_binary</FONT>.
1216                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_last_actions</FONT>)<BR><BR>Bugfix
1217                        to avoid zero division by <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">km_neutral</FONT>.
1218                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">production_e</FONT>)<BR><BR>Bugfix
1219                        for extended NetCDF files: In order to avoid 'data mode' errors if
1220                        updated attributes are larger than their original size,
1221                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">NF90_PUT_ATT</FONT>
1222                        is called in 'define mode' enclosed by <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">NF90_REDEF</FONT>
1223                        and <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">NF90_ENDDEF</FONT>
1224                        calls. This implies a possible performance loss; an alternative
1225                        strategy would be to ensure equal attribute size in a job chain.
1226                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1227                        correction of initial volume flow for non-flat topography.
1228                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1229                        zero initialization of arrays within buildings for '<I>cyclic_fill</I>'.
1230                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1231                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">to_be_resorted</FONT>
1232                        =&gt; <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">s_av</FONT> for
1233                        time-averaged scalars. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</FONT>,
1234                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_3d</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1235                        avoid that <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">ngp_2dh_s_inner</FONT>
1236                        becomes zero. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3_model</FONT>)<BR><BR>Typographical
1237                        error: unit of wpt in dots_unit. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1238                        error in check, if particles moved further than one subdomain
1239                        length. This check must not be applied for newly released
1240                        particles. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1241                        several tail counters are initialized, <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">particle_tail_coordinates</FONT>
1242                        is only written to file if its third index is &gt; 0, arrays for
1243                        tails are allocated with a minimum size of 10 tails if there is no
1244                        tail initially. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</FONT>,
1245                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_particles</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1246                        pressure included for profile output. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1247                        Type of <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">count</FONT>
1248                        and <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">count_rate</FONT>
1249                        changed to default <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">INTEGER</FONT>
1250                        on NEC machines. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">cpu_log</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1251                        output of particle time series only if particle advection is
1252                        switched on. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">time_integration</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1253                        qsws was calculated in case of <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">constant
1254                        heatflux</FONT> = <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">.FALSE.</FONT>.
1255                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">prandtl_fluxes</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1256                        averaging along z is not allowed for 2d quantities (e.g. u* and
1257                        z0). (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</FONT>)<BR><BR>Typographical
1258                        errors. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf</FONT>)<BR><BR>If
1259                        the inversion height calculated by the prerun is zero,
1260                        inflow_damping_height must be explicitly specified.
1261                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</FONT>)<BR><BR>Small
1262                        bugfix concerning 3d 64bit netcdf output format. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1263                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">dt_fixed</FONT>
1264                        removed from the restart file, because otherwise, no change from a
1265                        fixed to a variable timestep would be possible in restart runs.
1266                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</FONT>,
1267                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1268                        initial setting of <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">time_coupling</FONT>
1269                        in coupled restart runs. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">time_integration</FONT>)</P>
1270                </TD>
1271                <TD WIDTH=393>
1272                        <P>advec_particles, check_parameters, cpu_log, data_output_2d,
1273                        data_output_3d, header, init_3d_model, init_particles, init_ocean,
1274                        modules, netcdf, prandtl_fluxes, production_e, read_var_list,
1275                        time_integration, user_last_actions, write_var_list</P>
1276                </TD>
1277        </TR>
1278        <TR>
1279                <TD WIDTH=37>
1280                        <P>02/02/09</P>
1281                </TD>
1282                <TD WIDTH=56>
1283                        <P>SR</P>
1284                </TD>
1285                <TD WIDTH=68>
1286                        <P>228</P>
1287                </TD>
1288                <TD WIDTH=62>
1289                        <P>3.6</P>
1290                </TD>
1291                <TD WIDTH=36>
1292                        <P>N</P>
1293                </TD>
1294                <TD WIDTH=518>
1295                        <P>This release contains further additions, changes, and bugfixes
1296                        for the SGI-ICE system, as well as important changes like the
1297                        splitting of the user-interface into single files, a complete
1298                        revision of the pre-compiling mechanism allowing to use different
1299                        make-depositories simultaneously, and a revision of the
1300                        reading-mechanism from restart files, which has no more
1301                        restrictions in case that the previous and current run have
1302                        different domain/subdomain sizes. A new handling of all kind of
1303                        output messages is introduced with this release and will be
1304                        applied to all existing messages within the next releases.<BR><BR><B>New
1305                        features are:</B><BR><BR>Restart runs on SGI-ICE are working.
1306                        (mrun)<BR>2d-decomposition is default on SGI-ICE systems.
1307                        (init_pegrid)<BR><BR>Ocean-atmosphere coupling realized with
1308                        MPI-1. mrun adjusted for this case (-Y option). Check that PALM is
1309                        called with <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mrun</FONT>-option
1310                        &quot;<I>-K parallel</I>&quot; for coupling. Adjustments in <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mrun</FONT>,
1311                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mbuild</FONT>, and
1312                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">subjob</FONT> for
1313                        lcxt4.<BR><BR>DVRP arguments changed to single precision, mode
1314                        pathlines added.<BR><BR>User can add additional routines in files
1315                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_additional_routines</FONT>.<BR><BR>User
1316                        can check user parameters and deduce further quantities in
1317                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_check_parameters</FONT></P>
1318                </TD>
1319                <TD WIDTH=393>
1320                        <P>check_for_restart, check_parameters, data_output_dvrp,
1321                        init_dvrp, init_pegrid, local_stop, modules, package_parin, palm,
1322                        surface_coupler, timestep<BR><BR>Makefile,&nbsp;mbuild, mrun,
1323                        subjob<BR><BR><B>new:</B><BR>init_coupling,
1324                        user_additional_routines, user_check_parameters</P>
1325                </TD>
1326        </TR>
1327        <TR>
1328                <TD WIDTH=37>
1329                        <P><BR>
1330                        </P>
1331                </TD>
1332                <TD WIDTH=56>
1333                        <P><BR>
1334                        </P>
1335                </TD>
1336                <TD WIDTH=68>
1337                        <P><BR>
1338                        </P>
1339                </TD>
1340                <TD WIDTH=62>
1341                        <P><BR>
1342                        </P>
1343                </TD>
1344                <TD WIDTH=36>
1345                        <P>C</P>
1346                </TD>
1347                <TD WIDTH=518>
1348                        <P>User interface has been split into single files.<BR><BR>Type of
1349                        variables <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">count</FONT>
1350                        and <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">count_rate</FONT>
1351                        changed to INTEGER(8) in order to avoid &quot;out of range&quot;
1352                        problems, which result in measured negative time intervals.
1353                        (cpu_log, local_tremain, local_tremain_ini)<BR><BR>Reading
1354                        mechanism from restart files completely revised. The
1355                        subdomain/total domain size is now allowed to vary arbitrarily
1356                        between the current and previous run. (read_var_list,
1357                        read_3d_binary, user_read_restart_data)<BR><BR>Precompilation
1358                        mechanism (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mbuild</FONT>)
1359                        completely revised: the source-tarfile remains in the source
1360                        directory (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">trunk/SOURCE</FONT>).
1361                        One depository per block (given in the config-file) is created.
1362                        Always all files from the source directory are copied to the
1363                        respective depository. No additional file checks are done any more
1364                        (mrun version 2.1). The depository name used contains the
1365                        conditions given by <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mrun</FONT>-option
1366                        &quot;<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">-K</FONT>&quot;.
1367                        (mbuild, mrun)<BR><BR>Output messages (including required stop of
1368                        execution) can now be handled with the new subroutine&nbsp;<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">message</FONT>.
1369                        All output messages will be replaced by this routine step by step
1370                        within the next revisions.<BR><BR>Neumann boundary condition at
1371                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">k=nzb</FONT> is
1372                        explicitly set for better reading, although this has been already
1373                        done in boundary_conds. (advec_s_bc)<BR><BR>Origin of the
1374                        xy-coordinate system shifted from the center of the first grid
1375                        cell (indices <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">i=0</FONT>,
1376                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">j=0</FONT>) to the
1377                        south-left corner of this cell. (netcdf) Topography definition
1378                        according to new user parameter <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">topography_grid_convention</FONT>.
1379                        (init_grid, modules, user_header, user_init_grid, user_parin)</P>
1380                </TD>
1381                <TD WIDTH=393>
1382                        <P>advec_s_bc, check_parameters, cpu_log, init_grid, local_stop,
1383                        local_tremain, local_tremain_ini, modules, netcdf, read_3d_binary,
1384                        read_var_list, user_read_restart_data<BR><BR>Makefile, mbuild,
1385                        mrun<BR><BR><B>removed:</B><BR>user_interface<BR><BR><B>new:</B><BR>message,
1386                        user_3d_data_averaging, user_actions, user_advec_particles,
1387                        user_check_data_output, user_check_data_output_pr,
1388                        user_data_output_2d, user_data_output_3d, user_data_output_dvrp,
1389                        user_define_netcdf_grid, user_dvrp_coltab, user_header,
1390                        user_init_3d_model, user_init, user_init_grid,
1391                        user_init_particles, user_init_plant_canopy, user_last_actions,
1392                        user_parin, user_parin, user_particle_attributes,
1393                        user_read_restart_data, user_spectra, user_statistics</P>
1394                </TD>
1395        </TR>
1396        <TR>
1397                <TD WIDTH=37>
1398                        <P><BR>
1399                        </P>
1400                </TD>
1401                <TD WIDTH=56>
1402                        <P><BR>
1403                        </P>
1404                </TD>
1405                <TD WIDTH=68>
1406                        <P><BR>
1407                        </P>
1408                </TD>
1409                <TD WIDTH=62>
1410                        <P><BR>
1411                        </P>
1412                </TD>
1413                <TD WIDTH=36>
1414                        <P>B</P>
1415                </TD>
1416                <TD WIDTH=518>
1417                        <P>Bugfix: array <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">d</FONT>
1418                        is reallocated in case that multigrid is used.
1419                        (calc_spectra)<BR><BR>Bugfixes for nonparallel execution.
1420                        (check_for_restart, cpu_statistics,
1421                        inflow_turbulence,&nbsp;timestep)<BR><BR>Size of <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">pf3d
1422                        </FONT>adjusted to the required output size (1 gridpoint less,
1423                        along all three dimensions), because output of a subset of the
1424                        data (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">pf3d(nxa:nxe...)</FONT>)
1425                        in the NF90_PUT_VAR statement caused segmentation fault with the
1426                        INTEL compiler. (combine_plot_fields)<BR><BR>Bugfix: error in <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">zu</FONT>
1427                        index in case of <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">section_xy=-1</FONT>.
1428                        (header)<BR><BR>Inconsistency removed: as the thermal
1429                        stratification is not taken into account for the evaluation of the
1430                        wall fluxes at vertical walls, the eddy viscosity <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">km</FONT>
1431                        must not be used for the evaluation of the velocity gradients
1432                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">dudy</FONT>, <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">dwdy</FONT>,
1433                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">dvdx</FONT> and <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">dwdx</FONT>.
1434                        (production_e)<BR><BR>Bugfix in calculating <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">k</FONT>
1435                        index in case of oceans runs. (sort_particles)<BR><BR>Bugfix: no
1436                        output of particle concentration and radius unless particles have
1437                        been started. (data_output_2d)<BR><BR>Bugfix: reading of
1438                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">spectrum_x|y</FONT>
1439                        from restart files ignored if total numbers of grid points do not
1440                        match. (read_3d_binary)<BR><BR>Bugfix: abort in case that absolute
1441                        temperature is below zero. (init_cloud_physics)</P>
1442                </TD>
1443                <TD WIDTH=393>
1444                        <P>advec_particles, calc_spectra, check_for_restart,
1445                        cpu_statistics, data_output_2d, header, inflow_turbulence,
1446                        init_cloud_physics, production_e, read_3d_binary,
1447                        timestep<BR><BR>combine_plot_fields</P>
1448                </TD>
1449        </TR>
1450</TABLE>
1451<P><BR>&nbsp; <BR>&nbsp; 
1452</P>
1453<H2><A NAME="Kapitel2.0"></A>2.0&nbsp; How to change the source code
1454and how to document modifications</H2>
1455<P>Currently (Sep 23rd, 2009), only selected users are allowed to
1456commit changes to the repository. Rules given below are preliminary,
1457until we have switched to the &quot;trac&quot;-System.</P>
1458<OL>
1459        <LI><P>Change source code in your current working copy. Document
1460        changes in the respective file headers unter &quot;<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">Current
1461        revisions:</FONT>&quot;. Additionally, document all changes in a
1462        local file (e.g. ~/palm/current_version/CURRENT_MODIFICATIONS),
1463        including the files that have been changed. Classify changes in
1464        three cases, new (N), changed (C), and bugfix (B). <B>Try to be as
1465        short and as precise as possible in describing the changes!</B></P>
1466        <LI><P>Test the changed version, unless it works sufficiently.</P>
1467        <LI><P>Commit the changes to the repository<BR><BR>&nbsp;&nbsp; <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">svn
1468        commit -m &quot;message string&quot; trunk<BR></FONT><BR>where
1469        &quot;<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">message string</FONT>&quot;
1470        is a short, <B>meaningful</B> summary of the
1471        changes.<BR><BR>Alternatively, in case that you have made quite a
1472        lot of changes, you can also give the contents of your file
1473        CURRENT_MODIFICATIONS as the log message:<BR><BR>&nbsp;&nbsp; <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">svn
1474        commit -F CURRENT_MODIFICATIONS trunk</FONT></P>
1475        <LI><P>Enter the changes into the technical documentation (under
1476        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">.../trunk/DOC/tec/technical_documentation.html</FONT>).</P>
1477        <LI><P>Move the change comments in the file headers from &quot;Current
1478        revisions:&quot; to &quot;Former revisions:&quot;. Set the current
1479        svn id in front of that.<BR><BR><B>Example:</B><BR><BR><B>before
1480        move:</B><BR><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1481        Current revisions:</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1482        -----------------</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1483        </FONT><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace"><B>new dummy
1484        argument abcd</B></FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1485        Former revisions:</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1486        -----------------</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1487        ᅵId: init_3d_model.f90 </FONT><FONT COLOR="#3366ff"><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace"><B>425
1488        2010-02-06 13:37:48Z raasch</B></FONT></FONT><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">
1489        ᅵ</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1490        407 2009-12-01 15:01:15Z maronga</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1491        var_ts is replaced by dots_max </FONT><BR><BR><B>after move:</B><BR><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1492        Current revisions:</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1493        -----------------</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1494        </FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1495        Former revisions:</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1496        -----------------</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1497        ᅵId: init_3d_model.f90 425 2010-02-06 13:37:48Z raasch</FONT>
1498        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">ᅵ<BR>!</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1499        </FONT><FONT COLOR="#3366ff"><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace"><B>425
1500        2010-02-06 13:37:48Z raasch</B></FONT></FONT><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace"><BR>!
1501        </FONT><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace"><B>new dummy
1502        argument abcd</B></FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1503        407 2009-12-01 15:01:15Z maronga</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1504        var_ts is replaced by dots_max<BR><BR></FONT><FONT FACE="Times New Roman, Times, serif">Note
1505        that the &quot;</FONT><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">ᅵ</FONT><FONT FACE="Times New Roman, Times, serif">&quot;
1506        in this example should read &quot;$&quot;, but &quot;$&quot; cannot
1507        be used here, because otherwise svn would replace these entries
1508        after every change to this technical documentation.</FONT></P>
1509        <LI><P>Commit the changes in the technical documentation and the
1510        file headers:<BR><BR>&nbsp;&nbsp; <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">svn
1511        commit -m &quot;last commit documented&quot; trunk</FONT><BR><BR><BR>
1512        </P>
1513</OL>
1514<H2><A NAME="Kapitel3.0"></A>3.0&nbsp; Description of selected parts
1515of the model source code</H2>
1516<P>This section gives links to existing descriptions about special
1517parts of the PALM code, e.g. special numerical methods that are used
1518(including mathematical background). Documents are stored in single
1519files with different formats. Some are in German (sorry for the
1520inconvenience). <BR>&nbsp; 
1521</P>
1522<UL>
1523        <LI><P STYLE="margin-bottom: 0in"><A NAME="UPS"></A>upstream-spline
1524        advection scheme ( <A HREF="methods/upstream_spline/ups.pdf">.pdf</A>
1525        , only in German)
1526        </P>
1527        <LI><P STYLE="margin-bottom: 0in"><A NAME="Cloud_physics"></A>cloud
1528        physics module ( <A HREF="methods/cloud_physics/cloud_physics.pdf">.pdf</A>
1529        )
1530        </P>
1531        <LI><P STYLE="margin-bottom: 0in"><A NAME="Bitkompression"></A>data
1532        compression with <A HREF="methods/bit_compression/bit_compression.html">bit
1533        shifting method</A> (only in German)</P>
1534        <LI><P>Runge-Kutta time integration scheme ( <A HREF="methods/runge_kutta/runge_kutta.pdf">.pdf</A>
1535        , only in German)
1536        </P>
1537</UL>
1538<P><BR>&nbsp; <BR>&nbsp; <BR>&nbsp; <BR>&nbsp; <BR>&nbsp; <BR>&nbsp;
1539<BR>&nbsp; <BR>&nbsp; 
1540</P>
1541</BODY>
1542</HTML>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.