source: palm/trunk/DOC/tec/technical_documentation.html @ 557

Last change on this file since 557 was 557, checked in by weinreis, 11 years ago

bugfix message string in set_mask_locations

  • Property svn:keywords set to Id
File size: 63.6 KB
Line 
1<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
2<HTML>
3<HEAD>
4        <META HTTP-EQUIV="CONTENT-TYPE" CONTENT="text/html; charset=utf-8">
5        <TITLE>PALM technical/numerical documentation</TITLE>
6        <META NAME="GENERATOR" CONTENT="OpenOffice.org 3.0  (Unix)">
7        <META NAME="AUTHOR" CONTENT="Siegfried Raasch">
8        <META NAME="CREATED" CONTENT="0;0">
9        <META NAME="CHANGED" CONTENT="20100907;16492700">
10        <META NAME="KEYWORDS" CONTENT="parallel LES model">
11</HEAD>
12<BODY LANG="en-US" DIR="LTR">
13<P STYLE="margin-bottom: 0in"><FONT SIZE=7>PALM&nbsp;&nbsp; </FONT>a
14<B>pa</B>rallelized <B>L</B>ES <B>m</B>odel
15</P>
16<HR>
17<P STYLE="margin-bottom: 0in"><BR><FONT SIZE=5>technical/numerical
18documentation</FONT> <BR>&nbsp; <BR>&nbsp; 
19</P>
20<P ALIGN=CENTER STYLE="margin-bottom: 0in">&nbsp; 
21</P>
22<TABLE CELLPADDING=0 CELLSPACING=0>
23        <TR>
24                <TD>
25                        <P><B>Current fixed release:</B></P>
26                </TD>
27                <TD>
28                        <P><B>3.7a</B></P>
29                </TD>
30        </TR>
31        <TR>
32                <TD>
33                        <P><B>Last change of this document</B>:&nbsp;</P>
34                </TD>
35                <TD>
36                        <P><B>$Id: technical_documentation.html 544 2010-08-17 10:44:58Z
37                        maronga $</B></P>
38                </TD>
39        </TR>
40</TABLE>
41<HR>
42<P><FONT SIZE=5>Table of contents</FONT> <BR>&nbsp; <BR>&nbsp; 
43</P>
44<UL>
45        <P><A HREF="#Kapitel1.0">1.0</A>&nbsp; History of changes
46        </P>
47        <P><A HREF="#Kapitel2.0">2.0</A>&nbsp; How to change the source code
48        and how to document modifications</P>
49        <P><A HREF="#Kapitel3.0">3.0</A>&nbsp; Description of selected model
50        numerics<BR>&nbsp;</P>
51</UL>
52<P><BR><BR>
53</P>
54<H2><A NAME="Kapitel1.0"></A>1.0&nbsp; History of changes</H2>
55<P STYLE="margin-bottom: 0in">The following table documents all
56changes to the PALM repository since 2009. Older changes can be found
57<A HREF="tec_doc_1998-2008.html">here</A>.<BR><BR>Entries in the
58fifth column specify the type of the change: change&nbsp; of existing
59code (C), new code (N) or bugfix (B). More detailed information about
60the changes may sometimes be found in the header comment lines of the
61respective routines. <BR>&nbsp; 
62</P>
63<TABLE WIDTH=1223 BORDER=1 CELLPADDING=2 CELLSPACING=3>
64        <COL WIDTH=37>
65        <COL WIDTH=56>
66        <COL WIDTH=68>
67        <COL WIDTH=62>
68        <COL WIDTH=36>
69        <COL WIDTH=517>
70        <COL WIDTH=393>
71        <TR>
72                <TD WIDTH=37>
73                        <P><FONT SIZE=4><B>date</B></FONT></P>
74                </TD>
75                <TD WIDTH=56>
76                        <P><FONT SIZE=4><B>author</B></FONT></P>
77                </TD>
78                <TD WIDTH=68>
79                        <P><FONT SIZE=4><B>svn revision</B></FONT></P>
80                </TD>
81                <TD WIDTH=62>
82                        <P><FONT SIZE=4><B>last release</B></FONT></P>
83                </TD>
84                <TD WIDTH=36>
85                        <P><FONT SIZE=4><B>type</B></FONT></P>
86                </TD>
87                <TD WIDTH=517>
88                        <P><FONT SIZE=4><B>description</B></FONT></P>
89                </TD>
90                <TD WIDTH=393>
91                        <P><FONT SIZE=4><B>affected routines</B></FONT></P>
92                </TD>
93        </TR>
94        <TR>
95                <TD WIDTH=37 SDVAL="40368" SDNUM="1033;0;MM/DD/YY">
96                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>07/09/10</FONT></P>
97                </TD>
98                <TD WIDTH=56>
99                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>CH</FONT></P>
100                </TD>
101                <TD WIDTH=68 SDVAL="557" SDNUM="1033;">
102                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>557</FONT></P>
103                </TD>
104                <TD WIDTH=62>
105                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>3.7a</FONT></P>
106                </TD>
107                <TD WIDTH=36>
108                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>B</FONT></P>
109                </TD>
110                <TD WIDTH=517>
111                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>Bugfix of message
112                        string in if statement (dz_stretch_level) of subroutine
113                        set_mask_locations.</FONT></P>
114                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>The changes concern
115                        the masked data output, which is still not documented.</FONT></P>
116                </TD>
117                <TD WIDTH=393>
118                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>init_masks</FONT></P>
119                </TD>
120        </TR>
121        <TR>
122                <TD WIDTH=37>
123                        <P>07/09/10</P>
124                </TD>
125                <TD WIDTH=56>
126                        <P>SR</P>
127                </TD>
128                <TD WIDTH=68>
129                        <P>556</P>
130                </TD>
131                <TD WIDTH=62>
132                        <P>3.7a</P>
133                </TD>
134                <TD WIDTH=36>
135                        <P>C</P>
136                </TD>
137                <TD WIDTH=517>
138                        <P>Documentation for <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">surface_heatflux
139                        </FONT>in case of <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">prandtl_layer
140                        </FONT>= <I>.F.</I> improved.<BR><BR>bugfix for wrong netcdf/3.6.3
141                        module on lcsgi (mbuild, mrun)</P>
142                </TD>
143                <TD WIDTH=393>
144                        <P>mbuild, mrun</P>
145                </TD>
146        </TR>
147        <TR>
148                <TD WIDTH=37>
149                        <P><BR>
150                        </P>
151                </TD>
152                <TD WIDTH=56>
153                        <P><BR>
154                        </P>
155                </TD>
156                <TD WIDTH=68>
157                        <P><BR>
158                        </P>
159                </TD>
160                <TD WIDTH=62>
161                        <P><BR>
162                        </P>
163                </TD>
164                <TD WIDTH=36>
165                        <P>B</P>
166                </TD>
167                <TD WIDTH=517>
168                        <P>Bugfix in if statement (disturb_heatflux)<BR><BR>Bugfix: in
169                        2201 statement: closing &quot; was missing
170                        (interpret_config)<BR><BR>Bugfix: default setting of nzb_local for
171                        flat topography (init_grid)<BR><BR>Bugfix: wrong dimension used
172                        for ts_value_l (user_statistics)</P>
173                </TD>
174                <TD WIDTH=393>
175                        <P>disturb_heatflux, init_grid, user_statistics<BR><BR>interpret_config</P>
176                </TD>
177        </TR>
178        <TR>
179                <TD WIDTH=37 SDVAL="40187" SDNUM="1033;0;MM/DD/YY">
180                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>01/09/10</FONT></P>
181                </TD>
182                <TD WIDTH=56>
183                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>CH</FONT></P>
184                </TD>
185                <TD WIDTH=68 SDVAL="553" SDNUM="1033;">
186                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>553</FONT></P>
187                </TD>
188                <TD WIDTH=62>
189                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>3.7a</FONT></P>
190                </TD>
191                <TD WIDTH=36>
192                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>C</FONT></P>
193                </TD>
194                <TD WIDTH=517>
195                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>d3dpar-parameters for
196                        masked output <FONT FACE="Courier New, monospace">data_output_mask_*,
197                        data_output_mask_user_*, mask_*_x, mask_*_y, mask_*_z,
198                        mask_*_x_loop, mask_*_y_loop </FONT><FONT FACE="Times New Roman, serif">and
199                        </FONT><FONT FACE="Courier New, monospace">mask_*_z_loop </FONT>have
200                        been replaced by corresponding arrays <FONT FACE="Courier New, monospace">data_output_masks,
201                        data_output_masks_user, mask_x, mask_y, mask_z, mask_x_loop,
202                        mask_y_loop </FONT><FONT FACE="Times New Roman, serif">and</FONT>
203                        <FONT FACE="Courier New, monospace">mask_z_loop</FONT></FONT></P>
204                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>inipar-parameter <FONT FACE="Courier New, monospace">masks</FONT>
205                        has been removed. </FONT>
206                        </P>
207                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>The changes concern
208                        the masked data output, which is still not documented.</FONT></P>
209                </TD>
210                <TD WIDTH=393>
211                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>check_parameters,
212                        init_masks, modules, parin, user_parin</FONT></P>
213                </TD>
214        </TR>
215        <TR>
216                <TD WIDTH=37>
217                        <P>17/08/10</P>
218                </TD>
219                <TD WIDTH=56>
220                        <P>BM</P>
221                </TD>
222                <TD WIDTH=68>
223                        <P>544</P>
224                </TD>
225                <TD WIDTH=62>
226                        <P>3.7a</P>
227                </TD>
228                <TD WIDTH=36>
229                        <P>B/C/N</P>
230                </TD>
231                <TD WIDTH=517>
232                        <P>adjustments for lcxt4; bugfix (mbuild): loading of user-defined
233                        modules; new .mrun.config.lcxt4 for Cray XT4 in Bergen/Norway</P>
234                </TD>
235                <TD WIDTH=393>
236                        <P>mrun, mbuild, subjob</P>
237                </TD>
238        </TR>
239        <TR>
240                <TD WIDTH=37>
241                        <P>15/06/10</P>
242                </TD>
243                <TD WIDTH=56>
244                        <P>RH</P>
245                </TD>
246                <TD WIDTH=68>
247                        <P>540</P>
248                </TD>
249                <TD WIDTH=62>
250                        <P>3.7a</P>
251                </TD>
252                <TD WIDTH=36>
253                        <P>C</P>
254                </TD>
255                <TD WIDTH=517>
256                        <P>ssh from compute nodes to login nodes on hosts lcsgih/lcsgib is
257                        done using the names hicegate0/bicegate0 instead of the IP
258                        addresses</P>
259                </TD>
260                <TD WIDTH=393>
261                        <P>mrun</P>
262                </TD>
263        </TR>
264        <TR>
265                <TD WIDTH=37>
266                        <P>21/04/10</P>
267                </TD>
268                <TD WIDTH=56>
269                        <P>RH</P>
270                </TD>
271                <TD WIDTH=68>
272                        <P>532</P>
273                </TD>
274                <TD WIDTH=62>
275                        <P>3.7a</P>
276                </TD>
277                <TD WIDTH=36>
278                        <P>C</P>
279                </TD>
280                <TD WIDTH=517>
281                        <P>Large scale vertical motion (subsidence/ascent) can be added as
282                        additional source to the prognostic equation for humidity/passive
283                        scalar<BR>&nbsp;<BR>character length for dopr_unit
284                        enlarged<BR><BR>Adjustment of the NCL scripts to allow for output
285                        of png files
286                        </P>
287                </TD>
288                <TD WIDTH=393>
289                        <P>modules, prognostic_equations<BR><BR>.ncl.config.default,
290                        cross_sections.ncl, profiles.ncl, timeseries.ncl, spectra.ncl</P>
291                </TD>
292        </TR>
293        <TR>
294                <TD WIDTH=37>
295                        <P><BR>
296                        </P>
297                </TD>
298                <TD WIDTH=56>
299                        <P><BR>
300                        </P>
301                </TD>
302                <TD WIDTH=68>
303                        <P><BR>
304                        </P>
305                </TD>
306                <TD WIDTH=62>
307                        <P><BR>
308                        </P>
309                </TD>
310                <TD WIDTH=36>
311                        <P>B</P>
312                </TD>
313                <TD WIDTH=517>
314                        <P>Bugfix: unit of hyp changed to dbar</P>
315                </TD>
316                <TD WIDTH=393>
317                        <P>check_parameters</P>
318                </TD>
319        </TR>
320        <TR>
321                <TD WIDTH=37>
322                        <P>01/04/10</P>
323                </TD>
324                <TD WIDTH=56>
325                        <P>RH</P>
326                </TD>
327                <TD WIDTH=68>
328                        <P>530</P>
329                </TD>
330                <TD WIDTH=62>
331                        <P>3.7a</P>
332                </TD>
333                <TD WIDTH=36>
334                        <P>B</P>
335                </TD>
336                <TD WIDTH=517>
337                        <P>Bugfix: treatment of special character * in NCL variables
338                        containing lists corrected</P>
339                </TD>
340                <TD WIDTH=393>
341                        <P>palmplot</P>
342                </TD>
343        </TR>
344        <TR>
345                <TD WIDTH=37>
346                        <P>31/03/10</P>
347                </TD>
348                <TD WIDTH=56>
349                        <P>RH</P>
350                </TD>
351                <TD WIDTH=68>
352                        <P>529</P>
353                </TD>
354                <TD WIDTH=62>
355                        <P>3.7a</P>
356                </TD>
357                <TD WIDTH=36>
358                        <P>C</P>
359                </TD>
360                <TD WIDTH=517>
361                        <P>List of variable names have to specified using blank separated
362                        lists and single quotes</P>
363                </TD>
364                <TD WIDTH=393>
365                        <P>palmplot</P>
366                </TD>
367        </TR>
368        <TR>
369                <TD WIDTH=37>
370                        <P>30/03/10</P>
371                </TD>
372                <TD WIDTH=56>
373                        <P>RH</P>
374                </TD>
375                <TD WIDTH=68>
376                        <P>526</P>
377                </TD>
378                <TD WIDTH=62>
379                        <P>3.7a</P>
380                </TD>
381                <TD WIDTH=36>
382                        <P>C</P>
383                </TD>
384                <TD WIDTH=517>
385                        <P>Adjustment of the NCL scripts and <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">palmplot
386                        </FONT>to allow for special characters in NetCDF variable names
387                        </P>
388                </TD>
389                <TD WIDTH=393>
390                        <P>palmplot, .ncl.config.default, cross_sections.ncl,
391                        profiles.ncl, timeseries.ncl, spectra.ncl</P>
392                </TD>
393        </TR>
394        <TR>
395                <TD WIDTH=37>
396                        <P>30/03/10</P>
397                </TD>
398                <TD WIDTH=56>
399                        <P>SR</P>
400                </TD>
401                <TD WIDTH=68>
402                        <P>525</P>
403                </TD>
404                <TD WIDTH=62>
405                        <P>3.7a</P>
406                </TD>
407                <TD WIDTH=36>
408                        <P>B</P>
409                </TD>
410                <TD WIDTH=517>
411                        <P>Bugfix: &quot;/&quot; in netcdf profile variable names replaced
412                        by &quot;:&quot;</P>
413                </TD>
414                <TD WIDTH=393>
415                        <P>check_parameters</P>
416                </TD>
417        </TR>
418        <TR>
419                <TD WIDTH=37>
420                        <P>19/03/10</P>
421                </TD>
422                <TD WIDTH=56>
423                        <P>SR</P>
424                </TD>
425                <TD WIDTH=68>
426                        <P>520</P>
427                </TD>
428                <TD WIDTH=62>
429                        <P>3.7a</P>
430                </TD>
431                <TD WIDTH=36>
432                        <P>N</P>
433                </TD>
434                <TD WIDTH=517>
435                        <P>NetCDF4 support for particle data. Total number of particles is
436                        allowed to increase during the run, when netcdf_data_format &gt; <I>2</I>
437                        is used.</P>
438                </TD>
439                <TD WIDTH=393>
440                        <P>advec_particles, check_open, netcdf</P>
441                </TD>
442        </TR>
443        <TR>
444                <TD WIDTH=37>
445                        <P><BR>
446                        </P>
447                </TD>
448                <TD WIDTH=56>
449                        <P><BR>
450                        </P>
451                </TD>
452                <TD WIDTH=68>
453                        <P><BR>
454                        </P>
455                </TD>
456                <TD WIDTH=62>
457                        <P><BR>
458                        </P>
459                </TD>
460                <TD WIDTH=36>
461                        <P>C</P>
462                </TD>
463                <TD WIDTH=517>
464                        <P>Special characters like * and &quot; are now allowed for NetCDF
465                        variable names. Replacement of these characters has been removed
466                        (routine clean_netcdf_varname removed)</P>
467                </TD>
468                <TD WIDTH=393>
469                        <P><BR>
470                        </P>
471                </TD>
472        </TR>
473        <TR>
474                <TD WIDTH=37>
475                        <P>18/03/10</P>
476                </TD>
477                <TD WIDTH=56>
478                        <P>SR</P>
479                </TD>
480                <TD WIDTH=68>
481                        <P>516</P>
482                </TD>
483                <TD WIDTH=62>
484                        <P>3.7a</P>
485                </TD>
486                <TD WIDTH=36>
487                        <P>N</P>
488                </TD>
489                <TD WIDTH=517>
490                        <P>Simple installation method has been documented (see chapter
491                        5.0). Respective scripts and configuration files have been
492                        updated.</P>
493                </TD>
494                <TD WIDTH=393>
495                        <P>palm_simple_install, palm_simple_run</P>
496                </TD>
497        </TR>
498        <TR>
499                <TD WIDTH=37>
500                        <P><BR>
501                        </P>
502                </TD>
503                <TD WIDTH=56>
504                        <P><BR>
505                        </P>
506                </TD>
507                <TD WIDTH=68>
508                        <P><BR>
509                        </P>
510                </TD>
511                <TD WIDTH=62>
512                        <P><BR>
513                        </P>
514                </TD>
515                <TD WIDTH=36>
516                        <P>B</P>
517                </TD>
518                <TD WIDTH=517>
519                        <P>opt=1 is forced for PGI-compiler in routine <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">buoyancy
520                        </FONT>by compiler-directive. Otherwise, program aborts with
521                        SIGFPE.</P>
522                </TD>
523                <TD WIDTH=393>
524                        <P>buoyancy</P>
525                </TD>
526        </TR>
527        <TR>
528                <TD WIDTH=37>
529                        <P>16/03/10</P>
530                </TD>
531                <TD WIDTH=56>
532                        <P>RH</P>
533                </TD>
534                <TD WIDTH=68>
535                        <P>513</P>
536                </TD>
537                <TD WIDTH=62>
538                        <P>3.7a</P>
539                </TD>
540                <TD WIDTH=36>
541                        <P>N</P>
542                </TD>
543                <TD WIDTH=517>
544                        <P>NCL scripts can be run with the shell script <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">palmplot.</FONT></P>
545                </TD>
546                <TD WIDTH=393>
547                        <P>palmplot, .ncl.config.default, cross_sections.ncl, profiles.ncl</P>
548                </TD>
549        </TR>
550        <TR>
551                <TD WIDTH=37>
552                        <P>12/03/10</P>
553                </TD>
554                <TD WIDTH=56>
555                        <P>SR</P>
556                </TD>
557                <TD WIDTH=68>
558                        <P>509</P>
559                </TD>
560                <TD WIDTH=62>
561                        <P>3.7a</P>
562                </TD>
563                <TD WIDTH=36>
564                        <P>B</P>
565                </TD>
566                <TD WIDTH=517>
567                        <P>bugfix for rev 504: remode_md was given a wrong value</P>
568                </TD>
569                <TD WIDTH=393>
570                        <P>mbuild</P>
571                </TD>
572        </TR>
573        <TR>
574                <TD WIDTH=37>
575                        <P>08/03/10</P>
576                </TD>
577                <TD WIDTH=56>
578                        <P>SR</P>
579                </TD>
580                <TD WIDTH=68>
581                        <P>506</P>
582                </TD>
583                <TD WIDTH=62>
584                        <P>3.7a</P>
585                </TD>
586                <TD WIDTH=36>
587                        <P>C</P>
588                </TD>
589                <TD WIDTH=517>
590                        <P>hack for better usage of <B>mrun</B> on Kyoto computing center
591                        machine (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">lckyoto</FONT>)</P>
592                </TD>
593                <TD WIDTH=393>
594                        <P>mrun</P>
595                </TD>
596        </TR>
597        <TR>
598                <TD WIDTH=37>
599                        <P>03/03/10</P>
600                </TD>
601                <TD WIDTH=56>
602                        <P>SR</P>
603                </TD>
604                <TD WIDTH=68>
605                        <P>504</P>
606                </TD>
607                <TD WIDTH=62>
608                        <P>3.7a</P>
609                </TD>
610                <TD WIDTH=36>
611                        <P>C</P>
612                </TD>
613                <TD WIDTH=517>
614                        <P><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">combine_plot_fields</FONT>
615                        is now directly called within <B>mrun</B> and must not be given by
616                        an output command in the configuration file any more. Please
617                        remove the respective output command (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">OC:combine_plot_fields.x</FONT>)
618                        from your configuration file!<BR><BR>Utility programs
619                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">combine_plot_fields</FONT>,
620                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">interpret_config</FONT>)
621                        are created by <B>mbuild</B> separately for each block in the
622                        configuration file. Depending on option <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">-K</FONT>,
623                        <B>mrun</B> is using the utility programs for the respective
624                        block.<BR><BR>Utility programs are also compiled in parallel,
625                        depending on variable <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">%mopts</FONT>
626                        in the configuration file..<BR><BR>Default configuration files
627                        updated.</P>
628                </TD>
629                <TD WIDTH=393>
630                        <P>mbuild, mrun, UTIL/Makefile, SCRIPTS/.mrun.config.*</P>
631                </TD>
632        </TR>
633        <TR>
634                <TD WIDTH=37>
635                        <P>02/03/10</P>
636                </TD>
637                <TD WIDTH=56>
638                        <P>SR</P>
639                </TD>
640                <TD WIDTH=68>
641                        <P>496</P>
642                </TD>
643                <TD WIDTH=62>
644                        <P>3.7a</P>
645                </TD>
646                <TD WIDTH=36>
647                        <P>C</P>
648                </TD>
649                <TD WIDTH=517>
650                        <P>Particle data for restart runs are only written if environment
651                        variable <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_binary</FONT>
652                        = <I>.T.</I>, i.e. particle data are now handled in the same way
653                        as the other restart data.</P>
654                </TD>
655                <TD WIDTH=393>
656                        <P>palm</P>
657                </TD>
658        </TR>
659        <TR>
660                <TD WIDTH=37>
661                        <P>01/03/10</P>
662                </TD>
663                <TD WIDTH=56>
664                        <P>SR</P>
665                </TD>
666                <TD WIDTH=68>
667                        <P>494</P>
668                </TD>
669                <TD WIDTH=62>
670                        <P>3.7a</P>
671                </TD>
672                <TD WIDTH=36>
673                        <P>N</P>
674                </TD>
675                <TD WIDTH=517>
676                        <P>Output in NetCDF4-format.<BR><BR>NetCDF4 allows for parallel
677                        I/O. Also, variables are not limited in size any more (i.e. arrays
678                        can be larger than 2GB). The new d3par-parameter
679                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf_data_format</FONT>.can
680                        be used to select among the different NetCDF file formats (<I>1</I>:
681                        classic format, <I>2</I>: 64-bit-offset format (this is now the
682                        default), <I>3</I>: NetCDF4/HDF5 format, <I>4</I>: NetCDF4 format
683                        with NF90_CLASSIC_MODEL bit set). Setting <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf_data_format</FONT>
684                        &gt; <I>2</I> only affects 2d- and 3d-output, i.e. there is no
685                        parallel output for profiles, time series, spectra, and particles.
686                        Parallel output of particle data may realized in the future.<BR><BR>In
687                        case of parallel output, all PEs write into one file, which means
688                        that postprocessing the data with <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">combine_plot_fields</FONT>
689                        (merging data from single files - one per PE - into one file) is
690                        not neccessary. In this case, flag files are automatically set,
691                        telling <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">combine_plot_fields</FONT>
692                        that nothing is to be done.<BR><BR>Using NetCDF4 format requires a
693                        NetCDF4/HDF library. Respective settings for -I, -L, and -l
694                        compiler/loader options for the SGI-ICE at HLRN can be found in
695                        the new example configuration file
696                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">..../trunk/SCRIPTS/.mrun.config.imuk_ice2_netcdf4</FONT><BR><BR><B>Attention:</B><BR>So
697                        far, NetCDF parallel I/O has only been tested a little. Further
698                        performance optimizations may be required, especially in case of
699                        large data sets (e.g. data chunking, or lustre file system
700                        settings with <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">lfs
701                        setstripe</FONT>). <B>Please report bugs and performance problems
702                        immediately!</B><BR><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">combine_plot_fields</FONT>
703                        outputs cpu-time needed for file merging.<BR><BR>Modules to be
704                        loaded for compilation (mbuild) or job execution (mrun) can/should
705                        now be given in the configuration file (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">.mrun.config</FONT>)
706                        using variable <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>.
707                        Example:<BR><BR>&nbsp;&nbsp; <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">%modules&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
708                        ifort/11.0.069:netcdf&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; lcsgih
709                        parallel</FONT><BR><BR>This method replaces the (undocumented)
710                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mpilib</FONT>-variable.<BR><BR><B>WARNING:</B><BR><B>All
711                        fixed settings of modules in the scripts mbuild, mrun, and subjob
712                        have been removed! Please set the </B><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace"><B>modules</B></FONT>
713                        <B>variable appropriately and remove the mpilib variable in your
714                        configuration file.<BR><BR></B>Compilation time can be reduced be
715                        using parallel make. The number of allowed simultaneous compiler
716                        calls (threads) is set in the configuration file using variable
717                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mopt</FONT>, e.g.<BR><BR>&nbsp;&nbsp;
718                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">%mopts&nbsp; -j:4 &nbsp;
719                        lcsgih parallel</FONT><BR><BR>allows a maximum of 4 routines to be
720                        compiled simultaneously (provided that the makefile does not show
721                        any dependencies between these routines).</P>
722                </TD>
723                <TD WIDTH=393>
724                        <P>check_open, check_parameters, close_file, data_output_2d,
725                        data_output_3d, header, modules, netcdf,
726                        parin<BR><BR>combine_plot_fields<BR><BR>mbuild, mrun, subjob</P>
727                </TD>
728        </TR>
729        <TR>
730                <TD WIDTH=37>
731                        <P><BR>
732                        </P>
733                </TD>
734                <TD WIDTH=56>
735                        <P><BR>
736                        </P>
737                </TD>
738                <TD WIDTH=68>
739                        <P><BR>
740                        </P>
741                </TD>
742                <TD WIDTH=62>
743                        <P><BR>
744                        </P>
745                </TD>
746                <TD WIDTH=36>
747                        <P>C</P>
748                </TD>
749                <TD WIDTH=517>
750                        <P>d3par-parameters <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf_64bit</FONT>
751                        and <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf_64bit_3d</FONT>
752                        have been removed. Use the new d3par-variable <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf_data_format</FONT>
753                        = <I>2</I> for choosing the NetCDF 64bit-offset format (this is
754                        the default from now on). The offset-format can not be set
755                        independently for the 3d-output-data any more.<BR><BR>d3par-parameters
756                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf_format_mask</FONT>,
757                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf_format_mask_av</FONT>,
758                        and variables <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">nc_format_mask</FONT>,
759                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">format_parallel_io</FONT>
760                        removed. They are replaced by the new parameter
761                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf_data_format</FONT>.
762                        This change concerns the masked data output, which is still not
763                        documented.</P>
764                </TD>
765                <TD WIDTH=393>
766                        <P>check_open, close_file,<BR>data_output_mask, header,
767                        init_masks, modules, parin</P>
768                </TD>
769        </TR>
770        <TR>
771                <TD WIDTH=37>
772                        <P><BR>
773                        </P>
774                </TD>
775                <TD WIDTH=56>
776                        <P><BR>
777                        </P>
778                </TD>
779                <TD WIDTH=68>
780                        <P><BR>
781                        </P>
782                </TD>
783                <TD WIDTH=62>
784                        <P><BR>
785                        </P>
786                </TD>
787                <TD WIDTH=36>
788                        <P>B</P>
789                </TD>
790                <TD WIDTH=517>
791                        <P>Bugfix in trunk/UTIL/Makefile: forgot to compile for
792                        interpret_config.<BR><BR>Bugfix: timeseries data have to be
793                        collected by PE0 (user_statistics).</P>
794                </TD>
795                <TD WIDTH=393>
796                        <P>user_statistics<BR><BR>trunk/UTIL/Makefile</P>
797                </TD>
798        </TR>
799        <TR>
800                <TD WIDTH=37>
801                        <P>05/02/10</P>
802                </TD>
803                <TD WIDTH=56>
804                        <P>SR</P>
805                </TD>
806                <TD WIDTH=68>
807                        <P>485</P>
808                </TD>
809                <TD WIDTH=62>
810                        <P>3.7a</P>
811                </TD>
812                <TD WIDTH=36>
813                        <P>B</P>
814                </TD>
815                <TD WIDTH=517>
816                        <P><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">ngp_3d</FONT>,
817                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">ngp_3d_inner</FONT>
818                        changed to 64 bit. Otherwise, on large grids &gt; 2*10**9 grid
819                        points some global statistics (e.g. total kinetic energy) have
820                        wrong values.</P>
821                </TD>
822                <TD WIDTH=393>
823                        <P>init_3d_model, modules</P>
824                </TD>
825        </TR>
826        <TR>
827                <TD WIDTH=37>
828                        <P>05/02/10</P>
829                </TD>
830                <TD WIDTH=56>
831                        <P>SR</P>
832                </TD>
833                <TD WIDTH=68>
834                        <P>484</P>
835                </TD>
836                <TD WIDTH=62>
837                        <P>3.7a</P>
838                </TD>
839                <TD WIDTH=36>
840                        <P>B</P>
841                </TD>
842                <TD WIDTH=517>
843                        <P>Typo in file headers removed (&quot;current&quot; instead of
844                        &quot;actual&quot;).</P>
845                </TD>
846                <TD WIDTH=393>
847                        <P>many</P>
848                </TD>
849        </TR>
850        <TR>
851                <TD WIDTH=37>
852                        <P>05/02/10</P>
853                </TD>
854                <TD WIDTH=56>
855                        <P>SR</P>
856                </TD>
857                <TD WIDTH=68>
858                        <P>483</P>
859                </TD>
860                <TD WIDTH=62>
861                        <P>3.7a</P>
862                </TD>
863                <TD WIDTH=36>
864                        <P>N</P>
865                </TD>
866                <TD WIDTH=517>
867                        <P><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">compare_palm_logs
868                        </FONT>is additionally compiled with <B>mbuild</B> <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">-u</FONT>
869                        . (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">Makefile</FONT> in
870                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">trunk/UTIL</FONT>)<BR><BR>make
871                        options (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mopts</FONT>)
872                        to be set by configuration file implemented. (<B>mrun</B>,
873                        <B>mbuild</B>)<BR><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">humidity</FONT>
874                        = <I>.T.</I> can be used for runs with topography.
875                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">wall_humidityflux</FONT>
876                        and<BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">wall_scalarflux</FONT>
877                        are the corresponding new inipar parameters.<BR>(<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>,
878                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</FONT>,
879                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">parin</FONT>)<BR><BR>Large
880                        scale vertical motion (subsidence/ascent) can be added as
881                        additional source to the prognostic equation for potential
882                        temperature. See new parameters <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">large_scale_subsidence</FONT>,
883                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">ws_vertical_gradient</FONT>,
884                        and <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">ws_vertical_gradient_level</FONT>.
885                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>,
886                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>,
887                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">Makefile</FONT>,
888                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>,
889                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">parin</FONT>,
890                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">prognostic_equations</FONT>,
891                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</FONT>,
892                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">subsidence</FONT>,
893                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</FONT>)<BR><BR>Scripts
894                        have been updated for Cray-XT5 machine (lcxt5m) and
895                        Hitachi-machine (lckyoto).<BR><BR>A simple method for installing
896                        and running palm (with limited features) has been added.
897                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">Makefile</FONT>, new
898                        scripts <B>palm_simple_install</B>, <B>palm_simple_run</B>)<BR><BR>Masked
899                        data output has been implemented but it is not documented in the
900                        user manual so far. This feature can already use NetCDF4 file
901                        format. (check_open, check_parameters, close_file, modules,
902                        netcdf, parin, time_integration, user_parin, new:
903                        data_output_mask, init_masks, user_data_output_mask)</P>
904                </TD>
905                <TD WIDTH=393>
906                        <P>check_open, check parameters, close_file, header,
907                        init_3d_model, Makefile, mbuild, modules, mrun, netcdf, parin,
908                        prognostic_equations, read_var_list, time_integration, user_parin,
909                        write_var_list<BR><BR><B>new:</B> data_output_mask,&nbsp;
910                        init_masks, palm_simple_install, palm_simple_run, subsidence,
911                        user_data_output_mask</P>
912                </TD>
913        </TR>
914        <TR>
915                <TD WIDTH=37>
916                        <P><BR>
917                        </P>
918                </TD>
919                <TD WIDTH=56>
920                        <P><BR>
921                        </P>
922                </TD>
923                <TD WIDTH=68>
924                        <P><BR>
925                        </P>
926                </TD>
927                <TD WIDTH=62>
928                        <P><BR>
929                        </P>
930                </TD>
931                <TD WIDTH=36>
932                        <P>C</P>
933                </TD>
934                <TD WIDTH=517>
935                        <P>2d-decomposition is default for Cray-XT machines.
936                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_pegrid</FONT>)<BR><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">var_ts</FONT>
937                        is replaced by <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">dots_max</FONT>.
938                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>,
939                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</FONT>)<BR><BR>Every
940                        cloud droplet has now an own weighting factor and can be deleted
941                        due to collisions. Condensation and collision of cloud droplets
942                        are adjusted accordingly. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</FONT>)<BR><BR>Collision
943                        efficiency for large cloud droplets has changed according to table
944                        of Rogers and Yau. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">collision_efficiency</FONT>)</P>
945                </TD>
946                <TD WIDTH=393>
947                        <P>advec_particles, collision_efficiency, init_3d_model,
948                        init_pegrid, modules</P>
949                </TD>
950        </TR>
951        <TR>
952                <TD WIDTH=37>
953                        <P><BR>
954                        </P>
955                </TD>
956                <TD WIDTH=56>
957                        <P><BR>
958                        </P>
959                </TD>
960                <TD WIDTH=68>
961                        <P><BR>
962                        </P>
963                </TD>
964                <TD WIDTH=62>
965                        <P><BR>
966                        </P>
967                </TD>
968                <TD WIDTH=36>
969                        <P>B</P>
970                </TD>
971                <TD WIDTH=517>
972                        <P>Bugfix for generating serial jobs. (<B>subjob</B>)<BR><BR>Bugfix:
973                        index problem concerning gradient_level indices removed.
974                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>)<BR><BR>Dimension
975                        of array <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">stat</FONT>
976                        in cascade change to prevent type problems with mpi2 libraries.
977                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">poisfft_hybrid</FONT>)<BR><BR>Loop
978                        was split to make runs reproducible when using ifort compiler.
979                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">disturb_field</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
980                        exchange of ghost points for <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">prho</FONT>
981                        included. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">time_integration</FONT>)<BR><BR>Bugfix
982                        in calculation of time-averaged surface heatfluxes.
983                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">sum_up_3d_data</FONT>)<BR><BR>Bugfix
984                        in calculation of precipitation_rate.
985                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">calc_precipitation</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
986                        initial data assignments to some dvrp arrays changed due to error
987                        messages from gfortran compiler. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>)<BR><BR>Bugfix
988                        in calculation of cloud droplet velocity.
989                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</FONT>)<BR><BR>Bugfix
990                        in transfer of particles at south/left edge.
991                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</FONT>)<BR><BR>Bugfix
992                        in calculation of collision efficiency. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">collision_efficiency</FONT>)</P>
993                </TD>
994                <TD WIDTH=393>
995                        <P>advec_particles, calc_precipitation, collision_efficiency,
996                        disturb_field, header, modules, poisfft_hybrid, subjob,
997                        sum_up_3d_data, time_integration</P>
998                </TD>
999        </TR>
1000        <TR>
1001                <TD WIDTH=37>
1002                        <P>23/09/09</P>
1003                </TD>
1004                <TD WIDTH=56>
1005                        <P>SR</P>
1006                </TD>
1007                <TD WIDTH=68>
1008                        <P>392</P>
1009                </TD>
1010                <TD WIDTH=62>
1011                        <P>3.7</P>
1012                </TD>
1013                <TD WIDTH=36>
1014                        <P>N</P>
1015                </TD>
1016                <TD WIDTH=517>
1017                        <P><B>Most important changes:</B> atmosphere-ocean coupling has
1018                        been improved and steering of dvr-software is more user-friendly
1019                        now. Beside that, the release contains a lot of optimizations,
1020                        changes, and bugfixes which have accumulated over the last
1021                        months.<BR><BR>The atmosphere-ocean coupling allows to use
1022                        independent precursor runs in order to account for different
1023                        spin-up times. The time when coupling has to be started is given
1024                        by new inipar parameter <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">coupling_start_time</FONT>.
1025                        The precursor ocean run has to be started using new <B>mrun</B>
1026                        option &quot;<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">-y</FONT>&quot;
1027                        in order to add the appendix &quot;<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">_O</FONT>&quot;
1028                        to all output files. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_for_restart</FONT>,
1029                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>,
1030                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</FONT>,
1031                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_3d</FONT>,
1032                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_profiles</FONT>,
1033                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_ptseries</FONT>,
1034                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_spectra</FONT>,
1035                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_tseries</FONT>,
1036                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>,
1037                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_coupling</FONT>,
1038                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>, <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mrun</FONT>,
1039                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">parin</FONT>,
1040                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</FONT>,
1041                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">surface_coupler</FONT>,
1042                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">time_integration</FONT>,
1043                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</FONT>)<BR><BR>Clipping
1044                        of dvrp output implemented. Default colourtable for particles
1045                        implemented, particle attributes (color, dvrp_size) can be set
1046                        with new parameters <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">particle_color</FONT>,
1047                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">particle_dvrpsize</FONT>,
1048                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">color_interval</FONT>,
1049                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">dvrpsize_interval</FONT>.
1050                        Slicer attributes (dvrp) are set with new routine
1051                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">set_slicer_attributes_dvrp</FONT>
1052                        and are controlled with existing parameters <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">slicer_range_limits</FONT>.
1053                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_dvrp</FONT>,
1054                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_dvrp</FONT>,
1055                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>,
1056                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">set_slicer_attributes_dvrp</FONT>,&nbsp;
1057                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_data_output_dvrp</FONT>)<BR><BR>Polygon
1058                        reduction for topography and ground plate isosurface. Reduction
1059                        level for buildings can be chosen with parameter cluster_size.
1060                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_dvrp</FONT>)<BR><BR>Variables
1061                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">bc_lr</FONT> / <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">bc_ns</FONT>&nbsp;
1062                        in most subroutines replaced by LOGICAL variables
1063                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">bc_lr_cyc</FONT>,<BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">bc_ns_cyc</FONT>
1064                        for speed optimization. This gives a significant speedup of more
1065                        than 10%. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>,
1066                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">diffusion_u</FONT>,
1067                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">diffusion_v</FONT>,
1068                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">diffusion_w</FONT>,
1069                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>)<BR><BR>Scripts
1070                        have been adapted for machine lck (Yonsei Univ.). (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mrun</FONT>,
1071                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mbuild</FONT>,
1072                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">subjob</FONT>)<BR><BR>Additional
1073                        timestep criterion in case of simulations with plant canopy.
1074                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">timestep</FONT>)<BR><BR>Check
1075                        for illegal entries in <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">section_xy</FONT>|<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">xz</FONT>|<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">yz</FONT>
1076                        that exceed <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">nz+1</FONT>|<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">ny+1</FONT>|<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">nx+1</FONT>.
1077                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>)<BR><BR>External
1078                        pressure gradient can be used as driving force. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>,
1079                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>,
1080                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</FONT>,
1081                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>,
1082                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">parin</FONT>,
1083                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">prognostic_equations</FONT>,
1084                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</FONT>,
1085                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</FONT>)<BR><BR>New
1086                        topography case '<I>single_street_canyon</I>'. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>,
1087                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_grid</FONT>,
1088                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>,
1089                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">parin</FONT>,
1090                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</FONT>,
1091                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_check_parameters</FONT>,
1092                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_header</FONT>,
1093                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_init_grid</FONT>,
1094                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</FONT>)<BR><BR>Option
1095                        to predefine a target bulk velocity for <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">conserve_volume_flow</FONT>.
1096                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>,
1097                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>,
1098                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</FONT>,
1099                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>,
1100                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">parin</FONT>,
1101                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</FONT>,
1102                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</FONT>)<BR><BR>Option
1103                        for user defined 2D data output in xy cross sections at z=<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">nzb</FONT>+1.
1104                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</FONT>,
1105                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_data_output_2d</FONT>)<BR><BR>xy
1106                        cross section output of surface heatfluxes (sensible and latent).
1107                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">average_3d_data</FONT>,
1108                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>,
1109                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</FONT>,
1110                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>,
1111                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_3d_binary</FONT>,
1112                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">sum_up_3d_data</FONT>,
1113                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_3d_binary</FONT>)</P>
1114                </TD>
1115                <TD WIDTH=393>
1116                        <P>average_3d_data, check_for_restart, check_parameters,
1117                        data_output_2d, data_output_3d, data_output_dvrp,
1118                        data_output_profiles, data_output_ptseries, data_output_spectra,
1119                        data_output_tseries, diffusion_u, diffusion_v, diffusion_w,
1120                        init_coupling, init_dvrp, init_grid, init_3d_model, header,
1121                        mbuild, modules, mrun, package_parin, parin, prognostic_equations,
1122                        read_3d_binary, read_var_list, subjob, sum_up_3d_data,
1123                        surface_coupler, timestep, time_integration,
1124                        user_check_parameters, user_data_output_2d, user_data_output_dvrp,
1125                        user_header, user_init_grid, write_3d_binary, write_var_list<BR><BR><B>new:</B>
1126                        set_particle_attributes, set_slicer_attributes_dvrp</P>
1127                </TD>
1128        </TR>
1129        <TR>
1130                <TD WIDTH=37>
1131                        <P><BR>
1132                        </P>
1133                </TD>
1134                <TD WIDTH=56>
1135                        <P><BR>
1136                        </P>
1137                </TD>
1138                <TD WIDTH=68>
1139                        <P><BR>
1140                        </P>
1141                </TD>
1142                <TD WIDTH=62>
1143                        <P><BR>
1144                        </P>
1145                </TD>
1146                <TD WIDTH=36>
1147                        <P>C</P>
1148                </TD>
1149                <TD WIDTH=517>
1150                        <P>Output of messages replaced by message handling routine.
1151                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</FONT>,
1152                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">advec_s_bc</FONT>,
1153                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">buoyancy</FONT>,
1154                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">calc_spectra</FONT>,
1155                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_for_restart</FONT>,
1156                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_open</FONT>,
1157                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">coriolis</FONT>,
1158                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">cpu_log</FONT>,
1159                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</FONT>,
1160                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_3d</FONT>,
1161                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_dvrp</FONT>,
1162                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_profiles</FONT>,
1163                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_spectra</FONT>,
1164                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">fft_xy</FONT>,
1165                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">flow_statistics</FONT>,
1166                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>,&nbsp;
1167                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_1d_model</FONT>,
1168                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</FONT>,
1169                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_dvrp</FONT>,
1170                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_grid</FONT>,
1171                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_particles</FONT>,
1172                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_pegrid</FONT>,
1173                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf</FONT>, <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">parin</FONT>,
1174                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">plant_canopy_model</FONT>,
1175                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">poisfft_hybrid</FONT>,
1176                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">poismg</FONT>,
1177                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_3d_binary</FONT>,
1178                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</FONT>,
1179                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">surface_coupler</FONT>,
1180                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">temperton_fft</FONT>,
1181                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">timestep</FONT>,
1182                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_actions</FONT>,
1183                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_data_output_dvrp</FONT>,
1184                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_dvrp_coltab</FONT>,
1185                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_init_grid</FONT>,
1186                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_init_plant_canopy</FONT>,
1187                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_parin</FONT>,
1188                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_read_restart_data</FONT>,
1189                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_spectra</FONT>)<BR><BR>Output
1190                        of NetCDF messages with aid of message handling routine.
1191                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_open</FONT>,
1192                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">close_file</FONT>,
1193                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</FONT>,
1194                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_3d</FONT>,
1195                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_profiles</FONT>,
1196                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_ptseries</FONT>,
1197                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_spectra</FONT>,&nbsp;
1198                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_tseries</FONT>,
1199                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf</FONT>)<BR><BR>__lcmuk
1200                        changed to __lc to avoid problems with Intel compiler on sgi-ice.
1201                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">poisfft</FONT>)<BR><BR>For
1202                        extended NetCDF files, the updated title attribute includes an
1203                        update of time_average_text where appropriate. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf</FONT>)<BR><BR>In
1204                        case of restart runs without extension, initial profiles are not
1205                        written to NetCDF-file anymore. So far, time axis always started
1206                        at t=0. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_profiles</FONT>,
1207                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>,
1208                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</FONT>,
1209                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</FONT>)<BR><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">initializing_actions</FONT>='<I>read_data_for_recycling</I>'
1210                        renamed to '<I>cyclic_fill</I>'. A cyclic fill can now <BR>be used
1211                        independent of <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">turbulent_inflow</FONT>.
1212                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>,
1213                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>,
1214                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</FONT>)<BR><BR>2
1215                        NetCDF error numbers changed. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_3d</FONT>)<BR><BR>A
1216                        link to the webspage appendix_a.html is printed for further
1217                        information about possible reasons of the error that appeared.
1218                        (message)<BR><BR>Temperature gradient criterion for estimating the
1219                        boundary layer height replaced by the gradient criterion of
1220                        Sullivan et al. (1998). (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">flow_statistics</FONT>)<BR><BR>NetCDF
1221                        unit attribute in timeseries output in case of statistic regions
1222                        added. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf</FONT>)<BR><BR>Maximum
1223                        number of tails is calculated from maximum number of particles and
1224                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">skip_particles_for_tail</FONT>.
1225                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_particles</FONT>)<BR><BR>Value
1226                        of <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">vertical_particle_advection</FONT>
1227                        is allowed to differ for each particle group. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</FONT>,
1228                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>,
1229                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>)
1230                        <BR><BR>First constant in array <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">den</FONT>
1231                        also defined as type double. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">eqn_state_seawater</FONT>)<BR><BR>Parameter
1232                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">dvrp_psize</FONT>
1233                        moved from <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">particles_par</FONT>
1234                        to <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">dvrp_graphics_par</FONT>.
1235                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">package_parin</FONT>)<BR><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">topography_grid_convention</FONT>
1236                        moved from <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">userpar</FONT>
1237                        to <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">inipar</FONT>
1238                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>,
1239                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>, <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">parin</FONT>,
1240                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</FONT>,
1241                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_check_parameters</FONT>,
1242                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_header</FONT>,
1243                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_init_grid</FONT>,
1244                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_parin</FONT>,
1245                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</FONT>)<BR><BR>Default
1246                        value of <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">grid_matching</FONT>
1247                        changed to '<I>strict</I>'. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>)<BR><BR>Adjustments
1248                        for runs on lcxt4 (necessary due to a software update on CRAY) and
1249                        for coupled runs on ibmy. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mrun</FONT>,
1250                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">subjob</FONT>)</P>
1251                </TD>
1252                <TD WIDTH=393>
1253                        <P>advec_particles, advec_s_bc, buoyancy, calc_spectra,
1254                        check_for_restart, check_open, check_parameters, close_file,
1255                        coriolis, cpu_log, data_output_2d, data_output_3d,
1256                        data_output_dvrp, data_output_profiles, data_output_ptseries,
1257                        data_output_spectra, data_output_tseries, eqn_state_seawater,
1258                        fft_xy, flow_statistics, header, init_1d_model, init_3d_model,
1259                        init_dvrp, init_grid, init_particles, init_pegrid, message, mrun,
1260                        netcdf, package_parin, parin, plant_canopy_model, poisfft,
1261                        poisfft_hybrid, poismg, read_3d_binary, read_var_list, subjob,
1262                        surface_coupler, temperton_fft, timestep,
1263                        user_actions,user_check_parameters, user_data_output_dvrp,
1264                        user_dvrp_coltab, user_header, user_init_grid,
1265                        user_init_plant_canopy, user_parin, user_read_restart_data,
1266                        user_spectra, write_var_list
1267                        </P>
1268                </TD>
1269        </TR>
1270        <TR>
1271                <TD WIDTH=37>
1272                        <P><BR>
1273                        </P>
1274                </TD>
1275                <TD WIDTH=56>
1276                        <P><BR>
1277                        </P>
1278                </TD>
1279                <TD WIDTH=68>
1280                        <P><BR>
1281                        </P>
1282                </TD>
1283                <TD WIDTH=62>
1284                        <P><BR>
1285                        </P>
1286                </TD>
1287                <TD WIDTH=36>
1288                        <P>B</P>
1289                </TD>
1290                <TD WIDTH=517>
1291                        <P>Bugfix: Initial hydrostatic pressure profile in case of ocean
1292                        runs is now calculated in 5 iteration steps. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_ocean</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1293                        wrong sign in buoyancy production of ocean part in case of not
1294                        using the reference density (only in 3D routine <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">production_e</FONT>).
1295                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">production_e</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1296                        output of averaged 2d/3d quantities requires that an avaraging
1297                        interval has been set, respective error message is included.
1298                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1299                        Output on unit 14 only if requested by <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_binary</FONT>.
1300                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_last_actions</FONT>)<BR><BR>Bugfix
1301                        to avoid zero division by <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">km_neutral</FONT>.
1302                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">production_e</FONT>)<BR><BR>Bugfix
1303                        for extended NetCDF files: In order to avoid 'data mode' errors if
1304                        updated attributes are larger than their original size,
1305                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">NF90_PUT_ATT</FONT>
1306                        is called in 'define mode' enclosed by <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">NF90_REDEF</FONT>
1307                        and <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">NF90_ENDDEF</FONT>
1308                        calls. This implies a possible performance loss; an alternative
1309                        strategy would be to ensure equal attribute size in a job chain.
1310                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1311                        correction of initial volume flow for non-flat topography.
1312                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1313                        zero initialization of arrays within buildings for '<I>cyclic_fill</I>'.
1314                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1315                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">to_be_resorted</FONT>
1316                        =&gt; <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">s_av</FONT> for
1317                        time-averaged scalars. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</FONT>,
1318                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_3d</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1319                        avoid that <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">ngp_2dh_s_inner</FONT>
1320                        becomes zero. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3_model</FONT>)<BR><BR>Typographical
1321                        error: unit of wpt in dots_unit. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1322                        error in check, if particles moved further than one subdomain
1323                        length. This check must not be applied for newly released
1324                        particles. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1325                        several tail counters are initialized, <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">particle_tail_coordinates</FONT>
1326                        is only written to file if its third index is &gt; 0, arrays for
1327                        tails are allocated with a minimum size of 10 tails if there is no
1328                        tail initially. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</FONT>,
1329                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_particles</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1330                        pressure included for profile output. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1331                        Type of <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">count</FONT>
1332                        and <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">count_rate</FONT>
1333                        changed to default <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">INTEGER</FONT>
1334                        on NEC machines. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">cpu_log</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1335                        output of particle time series only if particle advection is
1336                        switched on. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">time_integration</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1337                        qsws was calculated in case of <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">constant
1338                        heatflux</FONT> = <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">.FALSE.</FONT>.
1339                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">prandtl_fluxes</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1340                        averaging along z is not allowed for 2d quantities (e.g. u* and
1341                        z0). (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</FONT>)<BR><BR>Typographical
1342                        errors. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf</FONT>)<BR><BR>If
1343                        the inversion height calculated by the prerun is zero,
1344                        inflow_damping_height must be explicitly specified.
1345                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</FONT>)<BR><BR>Small
1346                        bugfix concerning 3d 64bit netcdf output format. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1347                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">dt_fixed</FONT>
1348                        removed from the restart file, because otherwise, no change from a
1349                        fixed to a variable timestep would be possible in restart runs.
1350                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</FONT>,
1351                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1352                        initial setting of <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">time_coupling</FONT>
1353                        in coupled restart runs. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">time_integration</FONT>)</P>
1354                </TD>
1355                <TD WIDTH=393>
1356                        <P>advec_particles, check_parameters, cpu_log, data_output_2d,
1357                        data_output_3d, header, init_3d_model, init_particles, init_ocean,
1358                        modules, netcdf, prandtl_fluxes, production_e, read_var_list,
1359                        time_integration, user_last_actions, write_var_list</P>
1360                </TD>
1361        </TR>
1362        <TR>
1363                <TD WIDTH=37>
1364                        <P>02/02/09</P>
1365                </TD>
1366                <TD WIDTH=56>
1367                        <P>SR</P>
1368                </TD>
1369                <TD WIDTH=68>
1370                        <P>228</P>
1371                </TD>
1372                <TD WIDTH=62>
1373                        <P>3.6</P>
1374                </TD>
1375                <TD WIDTH=36>
1376                        <P>N</P>
1377                </TD>
1378                <TD WIDTH=517>
1379                        <P>This release contains further additions, changes, and bugfixes
1380                        for the SGI-ICE system, as well as important changes like the
1381                        splitting of the user-interface into single files, a complete
1382                        revision of the pre-compiling mechanism allowing to use different
1383                        make-depositories simultaneously, and a revision of the
1384                        reading-mechanism from restart files, which has no more
1385                        restrictions in case that the previous and current run have
1386                        different domain/subdomain sizes. A new handling of all kind of
1387                        output messages is introduced with this release and will be
1388                        applied to all existing messages within the next releases.<BR><BR><B>New
1389                        features are:</B><BR><BR>Restart runs on SGI-ICE are working.
1390                        (mrun)<BR>2d-decomposition is default on SGI-ICE systems.
1391                        (init_pegrid)<BR><BR>Ocean-atmosphere coupling realized with
1392                        MPI-1. mrun adjusted for this case (-Y option). Check that PALM is
1393                        called with <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mrun</FONT>-option
1394                        &quot;<I>-K parallel</I>&quot; for coupling. Adjustments in <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mrun</FONT>,
1395                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mbuild</FONT>, and
1396                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">subjob</FONT> for
1397                        lcxt4.<BR><BR>DVRP arguments changed to single precision, mode
1398                        pathlines added.<BR><BR>User can add additional routines in files
1399                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_additional_routines</FONT>.<BR><BR>User
1400                        can check user parameters and deduce further quantities in
1401                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_check_parameters</FONT></P>
1402                </TD>
1403                <TD WIDTH=393>
1404                        <P>check_for_restart, check_parameters, data_output_dvrp,
1405                        init_dvrp, init_pegrid, local_stop, modules, package_parin, palm,
1406                        surface_coupler, timestep<BR><BR>Makefile,&nbsp;mbuild, mrun,
1407                        subjob<BR><BR><B>new:</B><BR>init_coupling,
1408                        user_additional_routines, user_check_parameters</P>
1409                </TD>
1410        </TR>
1411        <TR>
1412                <TD WIDTH=37>
1413                        <P><BR>
1414                        </P>
1415                </TD>
1416                <TD WIDTH=56>
1417                        <P><BR>
1418                        </P>
1419                </TD>
1420                <TD WIDTH=68>
1421                        <P><BR>
1422                        </P>
1423                </TD>
1424                <TD WIDTH=62>
1425                        <P><BR>
1426                        </P>
1427                </TD>
1428                <TD WIDTH=36>
1429                        <P>C</P>
1430                </TD>
1431                <TD WIDTH=517>
1432                        <P>User interface has been split into single files.<BR><BR>Type of
1433                        variables <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">count</FONT>
1434                        and <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">count_rate</FONT>
1435                        changed to INTEGER(8) in order to avoid &quot;out of range&quot;
1436                        problems, which result in measured negative time intervals.
1437                        (cpu_log, local_tremain, local_tremain_ini)<BR><BR>Reading
1438                        mechanism from restart files completely revised. The
1439                        subdomain/total domain size is now allowed to vary arbitrarily
1440                        between the current and previous run. (read_var_list,
1441                        read_3d_binary, user_read_restart_data)<BR><BR>Precompilation
1442                        mechanism (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mbuild</FONT>)
1443                        completely revised: the source-tarfile remains in the source
1444                        directory (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">trunk/SOURCE</FONT>).
1445                        One depository per block (given in the config-file) is created.
1446                        Always all files from the source directory are copied to the
1447                        respective depository. No additional file checks are done any more
1448                        (mrun version 2.1). The depository name used contains the
1449                        conditions given by <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mrun</FONT>-option
1450                        &quot;<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">-K</FONT>&quot;.
1451                        (mbuild, mrun)<BR><BR>Output messages (including required stop of
1452                        execution) can now be handled with the new subroutine&nbsp;<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">message</FONT>.
1453                        All output messages will be replaced by this routine step by step
1454                        within the next revisions.<BR><BR>Neumann boundary condition at
1455                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">k=nzb</FONT> is
1456                        explicitly set for better reading, although this has been already
1457                        done in boundary_conds. (advec_s_bc)<BR><BR>Origin of the
1458                        xy-coordinate system shifted from the center of the first grid
1459                        cell (indices <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">i=0</FONT>,
1460                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">j=0</FONT>) to the
1461                        south-left corner of this cell. (netcdf) Topography definition
1462                        according to new user parameter <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">topography_grid_convention</FONT>.
1463                        (init_grid, modules, user_header, user_init_grid, user_parin)</P>
1464                </TD>
1465                <TD WIDTH=393>
1466                        <P>advec_s_bc, check_parameters, cpu_log, init_grid, local_stop,
1467                        local_tremain, local_tremain_ini, modules, netcdf, read_3d_binary,
1468                        read_var_list, user_read_restart_data<BR><BR>Makefile, mbuild,
1469                        mrun<BR><BR><B>removed:</B><BR>user_interface<BR><BR><B>new:</B><BR>message,
1470                        user_3d_data_averaging, user_actions, user_advec_particles,
1471                        user_check_data_output, user_check_data_output_pr,
1472                        user_data_output_2d, user_data_output_3d, user_data_output_dvrp,
1473                        user_define_netcdf_grid, user_dvrp_coltab, user_header,
1474                        user_init_3d_model, user_init, user_init_grid,
1475                        user_init_particles, user_init_plant_canopy, user_last_actions,
1476                        user_parin, user_parin, user_particle_attributes,
1477                        user_read_restart_data, user_spectra, user_statistics</P>
1478                </TD>
1479        </TR>
1480        <TR>
1481                <TD WIDTH=37>
1482                        <P><BR>
1483                        </P>
1484                </TD>
1485                <TD WIDTH=56>
1486                        <P><BR>
1487                        </P>
1488                </TD>
1489                <TD WIDTH=68>
1490                        <P><BR>
1491                        </P>
1492                </TD>
1493                <TD WIDTH=62>
1494                        <P><BR>
1495                        </P>
1496                </TD>
1497                <TD WIDTH=36>
1498                        <P>B</P>
1499                </TD>
1500                <TD WIDTH=517>
1501                        <P>Bugfix: array <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">d</FONT>
1502                        is reallocated in case that multigrid is used.
1503                        (calc_spectra)<BR><BR>Bugfixes for nonparallel execution.
1504                        (check_for_restart, cpu_statistics,
1505                        inflow_turbulence,&nbsp;timestep)<BR><BR>Size of <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">pf3d
1506                        </FONT>adjusted to the required output size (1 gridpoint less,
1507                        along all three dimensions), because output of a subset of the
1508                        data (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">pf3d(nxa:nxe...)</FONT>)
1509                        in the NF90_PUT_VAR statement caused segmentation fault with the
1510                        INTEL compiler. (combine_plot_fields)<BR><BR>Bugfix: error in <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">zu</FONT>
1511                        index in case of <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">section_xy=-1</FONT>.
1512                        (header)<BR><BR>Inconsistency removed: as the thermal
1513                        stratification is not taken into account for the evaluation of the
1514                        wall fluxes at vertical walls, the eddy viscosity <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">km</FONT>
1515                        must not be used for the evaluation of the velocity gradients
1516                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">dudy</FONT>, <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">dwdy</FONT>,
1517                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">dvdx</FONT> and <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">dwdx</FONT>.
1518                        (production_e)<BR><BR>Bugfix in calculating <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">k</FONT>
1519                        index in case of oceans runs. (sort_particles)<BR><BR>Bugfix: no
1520                        output of particle concentration and radius unless particles have
1521                        been started. (data_output_2d)<BR><BR>Bugfix: reading of
1522                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">spectrum_x|y</FONT>
1523                        from restart files ignored if total numbers of grid points do not
1524                        match. (read_3d_binary)<BR><BR>Bugfix: abort in case that absolute
1525                        temperature is below zero. (init_cloud_physics)</P>
1526                </TD>
1527                <TD WIDTH=393>
1528                        <P>advec_particles, calc_spectra, check_for_restart,
1529                        cpu_statistics, data_output_2d, header, inflow_turbulence,
1530                        init_cloud_physics, production_e, read_3d_binary,
1531                        timestep<BR><BR>combine_plot_fields</P>
1532                </TD>
1533        </TR>
1534</TABLE>
1535<P><BR>&nbsp; <BR>&nbsp; 
1536</P>
1537<H2><A NAME="Kapitel2.0"></A>2.0&nbsp; How to change the source code
1538and how to document modifications</H2>
1539<P>Currently (Sep 23rd, 2009), only selected users are allowed to
1540commit changes to the repository. Rules given below are preliminary,
1541until we have switched to the &quot;trac&quot;-System.</P>
1542<OL>
1543        <LI><P>Change source code in your current working copy. Document
1544        changes in the respective file headers unter &quot;<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">Current
1545        revisions:</FONT>&quot;. Additionally, document all changes in a
1546        local file (e.g. ~/palm/current_version/CURRENT_MODIFICATIONS),
1547        including the files that have been changed. Classify changes in
1548        three cases, new (N), changed (C), and bugfix (B). <B>Try to be as
1549        short and as precise as possible in describing the changes!</B></P>
1550        <LI><P>Test the changed version, unless it works sufficiently.</P>
1551        <LI><P>Commit the changes to the repository<BR><BR>&nbsp;&nbsp; <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">svn
1552        commit -m &quot;message string&quot; trunk<BR></FONT><BR>where
1553        &quot;<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">message string</FONT>&quot;
1554        is a short, <B>meaningful</B> summary of the
1555        changes.<BR><BR>Alternatively, in case that you have made quite a
1556        lot of changes, you can also give the contents of your file
1557        CURRENT_MODIFICATIONS as the log message:<BR><BR>&nbsp;&nbsp; <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">svn
1558        commit -F CURRENT_MODIFICATIONS trunk</FONT></P>
1559        <LI><P>Enter the changes into the technical documentation (under
1560        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">.../trunk/DOC/tec/technical_documentation.html</FONT>).</P>
1561        <LI><P>Move the change comments in the file headers from &quot;Current
1562        revisions:&quot; to &quot;Former revisions:&quot;. Set the current
1563        svn id in front of that.<BR><BR><B>Example:</B><BR><BR><B>before
1564        move:</B><BR><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1565        Current revisions:</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1566        -----------------</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1567        </FONT><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace"><B>new dummy
1568        argument abcd</B></FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1569        Former revisions:</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1570        -----------------</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1571        §Id: init_3d_model.f90 </FONT><FONT COLOR="#3366ff"><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace"><B>425
1572        2010-02-06 13:37:48Z raasch</B></FONT></FONT> <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">§</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1573        407 2009-12-01 15:01:15Z maronga</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1574        var_ts is replaced by dots_max </FONT><BR><BR><B>after move:</B><BR><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1575        Current revisions:</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1576        -----------------</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1577        </FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1578        Former revisions:</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1579        -----------------</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1580        §Id: init_3d_model.f90 425 2010-02-06 13:37:48Z raasch</FONT> <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">§<BR>!</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1581        </FONT><FONT COLOR="#3366ff"><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace"><B>425
1582        2010-02-06 13:37:48Z raasch</B></FONT></FONT><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace"><BR>!
1583        </FONT><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace"><B>new dummy
1584        argument abcd</B></FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1585        407 2009-12-01 15:01:15Z maronga</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1586        var_ts is replaced by dots_max<BR><BR></FONT><FONT FACE="Times New Roman, Times, serif">Note
1587        that the &quot;</FONT><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">§</FONT><FONT FACE="Times New Roman, Times, serif">&quot;
1588        in this example should read &quot;$&quot;, but &quot;$&quot; cannot
1589        be used here, because otherwise svn would replace these entries
1590        after every change to this technical documentation.</FONT></P>
1591        <LI><P>Commit the changes in the technical documentation and the
1592        file headers:<BR><BR>&nbsp;&nbsp; <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">svn
1593        commit -m &quot;last commit documented&quot; trunk</FONT><BR><BR><BR>
1594        </P>
1595</OL>
1596<H2><A NAME="Kapitel3.0"></A>3.0&nbsp; Description of selected parts
1597of the model source code</H2>
1598<P>This section gives links to existing descriptions about special
1599parts of the PALM code, e.g. special numerical methods that are used
1600(including mathematical background). Documents are stored in single
1601files with different formats. Some are in German (sorry for the
1602inconvenience). <BR>&nbsp; 
1603</P>
1604<UL>
1605        <LI><P STYLE="margin-bottom: 0in"><A NAME="UPS"></A>upstream-spline
1606        advection scheme ( <A HREF="methods/upstream_spline/ups.pdf">.pdf</A>
1607        , only in German)
1608        </P>
1609        <LI><P STYLE="margin-bottom: 0in"><A NAME="Cloud_physics"></A>cloud
1610        physics module ( <A HREF="methods/cloud_physics/cloud_physics.pdf">.pdf</A>
1611        )
1612        </P>
1613        <LI><P STYLE="margin-bottom: 0in"><A NAME="Bitkompression"></A>data
1614        compression with <A HREF="methods/bit_compression/bit_compression.html">bit
1615        shifting method</A> (only in German)</P>
1616        <LI><P>Runge-Kutta time integration scheme ( <A HREF="methods/runge_kutta/runge_kutta.pdf">.pdf</A>
1617        , only in German)
1618        </P>
1619</UL>
1620<P><BR>&nbsp; <BR>&nbsp; <BR>&nbsp; <BR>&nbsp; <BR>&nbsp; <BR>&nbsp;
1621<BR>&nbsp; <BR>&nbsp; 
1622</P>
1623</BODY>
1624</HTML>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.