source: palm/trunk/SCRIPTS/mrun @ 2303

Last change on this file since 2303 was 2303, checked in by raasch, 4 years ago

bugfix: setting default value for write_binary

  • Property svn:keywords set to Id Rev
File size: 141.4 KB
Line 
1#!/bin/bash
2
3# mrun - script for running PALM jobs
4
5#--------------------------------------------------------------------------------#
6# This file is part of PALM.
7#
8# PALM is free software: you can redistribute it and/or modify it under the terms
9# of the GNU General Public License as published by the Free Software Foundation,
10# either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
11#
12# PALM is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
13# WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR
14# A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
15#
16# You should have received a copy of the GNU General Public License along with
17# PALM. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
18#
19# Copyright 1997-2015  Leibniz Universitaet Hannover
20#--------------------------------------------------------------------------------#
21#
22# Current revisions:
23# ------------------
24#
25#
26# Former revisions:
27# -----------------
28# $Id: mrun 2303 2017-07-04 12:26:18Z raasch $
29# bugfix: setting default value for write_binary
30#
31# 2298 2017-06-29 09:28:18Z raasch
32# write_binary in ENVPAR has type LOGICAL now,
33# MPI2 coupling removed
34#
35# 2297 2017-06-28 14:35:57Z scharf
36# adjustments for using lcgeohu (cirrus @ HUB)
37# cpp_opts removed
38#
39# 2290 2017-06-19 11:03:06Z raasch
40# further test output removed
41#
42# 2286 2017-06-15 13:31:57Z raasch
43# test output for cycle number removed
44#
45# 2268 2017-06-09 10:34:09Z raasch
46# bugfix for calculating cycle numbers for output files in r2261
47#
48# 2262 2017-06-08 14:52:23Z raasch
49# bugfix for r2261
50#
51# 2261 2017-06-08 14:25:57Z raasch
52# unified cycle numbers for output files are used,
53# paths and filenames are allowed to contain arbitrary numbers of dots ".",
54# creation of file OUTPUT_FILE_CONNECTIONS removed,
55# archive feature completely removed from the script,
56# nech related parts completely removed
57#
58# 2257 2017-06-07 14:07:05Z witha
59# adjustments for lceddy, removed lcflow-specific code
60#
61# 2186 2017-03-21 05:36:31Z raasch
62#
63# 2185 2017-03-21 05:09:29Z raasch
64# adjustment for lykyo*-hosts (PJM_ENVIRONMENT defines BATCH)
65#
66# 2148 2017-02-09 16:56:42Z scharf
67# changed allocation of resources for lcbullhh in srun command
68#
69# 2141 2017-02-06 10:19:32Z gronemeier
70# made check for existing files language independent
71#
72# 1944 2016-06-15 06:29:00Z raasch
73# adjustments for using HLRN ssh-keys
74#
75# 1940 2016-06-14 05:15:20Z raasch $
76# adjustments for lckiaps
77#
78# 1866 2016-04-15 06:50:59Z raasch
79# adjusted for lcocean
80#
81# 1841 2016-04-07 19:14:06Z raasch
82# script now running under bash
83#
84# 1804 2016-04-05 16:30:18Z maronga
85# test: implementing an execute mechanism where the execute command is given in the
86# configuration file
87# ROPTS removed from execution commands
88# Warnings about missing optional files or user code changed to informative messages
89# Removed parameter file check
90#
91# 1755 2016-02-22 13:53:39Z maronga
92# Minor bugfix to last commit
93#
94# 1753 2016-02-22 13:49:49Z maronga
95# Bugfix: use random job number when PBS job nummer retrieval fails on lccray*
96#
97# 1622 2015-07-20 06:21:36Z heinze
98# bugfix for Mistral (lcbullhh)
99#
100# 1621 2015-07-17 11:39:33Z heinze
101# adjustments for Mistral at DKRZ Hamburg (lcbullhh)
102#
103# 1609 2015-07-03 15:37:58Z maronga
104# Modified the random number of the temporary working directory to match the
105# queuing system number on HLRN-III (lccray*).
106#
107# 1604 2015-06-23 15:48:03Z suehring
108# Enable coupled runs for lcmuk
109#
110# 1598 2015-05-29 06:45:40Z raasch
111# bugfix for creating hostfile and total number of MPI tasks if run in openmp-mode on one node
112#
113# 1549 2015-01-30 14:26:16Z suehring
114# Enable interactive debug sessions with allinea debugger
115#
116# 1547 2015-01-29 15:09:12Z witha
117# adjustments for ForWind computing cluster (lcflow)
118#
119# 1491 2014-11-12 08:12:57Z heinze
120# correct setting of batch_job allowed for ibm-machines
121#
122# 1468 2014-09-24 14:06:57Z maronga
123# Typo removed (addres->address)
124# Bugfix: returning files to IMUK via ssh did not work for lccrayh and lcycrayb
125# Added support for restart runs (remote) for lcxe6
126#
127# 1442 2014-07-28 07:09:10Z raasch
128# default queues for HLRN-III (lccrayb/lccrayh) defined
129#
130# 1422 2014-07-02 10:01:25Z kanani
131# automatic restarts enabled for lccrayb,
132# adjustment of path to compilervars.sh at IMUK (see automatic restarts)
133#
134# 1420 2014-06-10 06:24:14Z raasch
135# -j1 option added to aprung command for lccrayf (CSC)
136#
137# 1402 2014-05-09 14:25:13Z raasch
138# batch_job added to envpar-NAMELIST
139#
140# 1357 2014-04-11 15:02:03Z witha
141# adjustments for lccrayh (automatic restarts on lccrayh outside of IMUK are now
142# possible)
143#
144# 1320 2014-03-20 08:40:49Z raasch
145# check namelist file set false by default
146#
147# 1304 2014-03-12 10:29:42Z raasch
148# ulimit option changed from -Ss to -s
149#
150# bugfix: missing "fi" in r1289
151#
152# 1289 2014-03-04 07:12:34Z raasch
153# comments translated to English
154# necriam-, fimm-, ibmy-, and sgi-specific code removed
155# export of variables for palm and interpret_config removed
156#
157# 1281 2014-02-01 07:55:49Z raasch
158# rsync-copy restricted to Cray machines, since command is unavailable on some
159# other systems
160#
161# 1279 2014-01-28 12:10:14Z raasch
162# tasks_per_node must not be an integral divisor of numprocs any more. This was done
163# in order to remove annoying restrictions concerning the number of processors which
164# appear on machines with larger nodes (e.g. containing 24 cores). Now without this
165# restriction, one of the nodes will be filled with less than the given number of
166# tasks per node. A respective warning is given.
167#
168# 1274 2014-01-09 13:14:54Z heinze
169# adjustments for lccrayh
170#
171# 1272 2014-01-08 10:19:32Z witha
172# small adjustment for lcflow
173#
174# 1270 2013-12-16 11:05:01Z fricke
175# call of combine_plot_fields adjusted for lccrayb/lccrayh
176#
177# 1255 2013-11-07 14:43:35Z raasch
178# further adjustments for lccrayb remote access
179#
180# 1241 2013-10-30 11:36:58Z heinze
181# Enable use of nudging input and input of large scale forcing from
182# external files
183#
184# 1229 2013-09-20 06:55:19Z raasch
185# further adjustments for lccrayb
186#
187# 1224 2013-09-16 07:27:23Z raasch
188# first adjustments for lccrayb
189#
190# 1210 2013-08-14 10:58:20Z raasch
191# fftw support added
192#
193# 1201 2013-07-10 16:17:59Z witha
194# adjustments for Forwind cluster (lcflow)
195#
196# 1199 2013-07-05 14:52:22Z raasch
197# adjustments for CSC Helsinki (lccrayf),
198# executables for batch jobs can be created in advance, in order to avoid calling
199# the compiler within the batch job (only works if batch jobs are submitted on
200# local host)
201#
202# 1190 2013-06-25 09:39:21Z heinze
203# enable use of automatic restarts for ibmh
204# use of cluster/express queue enabled (ibmh)
205#
206# 1124 2013-04-09 15:46:52Z raasch
207# variable "memory" is exported via typeset option -x, because otherwise an unknown
208# side effect may lead to data loss while getopts is reading the script-option arguments
209#
210# 1122 2013-04-09 08:37:16Z heinze
211# Bugfix: change type of variable last_char
212#
213# 1119 2013-04-05 15:11:19Z raasch
214# Bugfix for setting -T option for subjob
215#
216# 1108 2013-03-05 07:03:32Z raasch
217# bugfix for coupled runs on lckyut/lckyuh
218#
219# 1106 2013-03-04 05:31:38Z raasch
220# --stdin argument for mpiexec on lckyuh
221# -y and -Y settings output to header
222#
223# 1103 2013-02-20 02:15:53Z raasch
224# default script runs again under ksh, because of unsolved problems with read
225# from stdin: when bash script is called from a ksh, message "read error: 0:
226# Resource temporarily unavailable" appears and script does not stop,
227# further bash compatibility adjustments,
228# shebang line replaced by /bin/bash when running jobs on lckyuh; no restarts
229# on lckyuh, but mrun does not terminate and issues a warning instead
230#
231# 1101 2013-02-17 10:20:21Z raasch
232# script now running under bash instead of ksh, which required small adjustments
233# (output formatting with printf instead "typeset -L/-R", print replaced by echo,
234# read from stdin),
235# cross compilername on lckyuh compute nodes replaced by real compiler name
236#
237# 1099 2013-02-10 01:47:43Z raasch
238# adjustments for Kyushu-University computing center (lckyuh - hayaka)
239# and for Forwind cluster (lcflow)
240# small further adjustments for lckyut
241#
242# 1094 2013-02-03 01:52:12Z raasch
243# explicit ssh/scp port can be set in config file with environment variable
244# scp_port.  This port is handled to all ssh/scp/batch_scp calls.
245# decalpha parts (yonsei) removed
246#
247# 2013-02-02 07:06:13Z raasch
248# adjustments for Kyushu-University computing center (lckyut - tatara)
249#
250# 1083 2013-01-04 10:22:09Z maronga
251# bugfix in parameter file check (read %cpp_options was missing)
252#
253# 1069 2012-11-28 16:18:43Z maronga
254# bugfix: coupling mode was always set to mpi2, typos removed
255#
256# 1058 2012-11-21 07:00:35Z raasch
257# Intel inspector (inspxe) is given the number of PEs instead of the number of
258# nodes
259#
260# 1046 2012-11-09 14:38:45Z maronga
261# code put under GPL (PALM 3.9)
262#
263# 21/03/94 - Siggi - first version finished
264# 03/03/94 - Siggi - script development started
265#
266#--------------------------------------------------------------------------------#
267# mrun - script for running PALM jobs
268#--------------------------------------------------------------------------------#
269
270
271 
272    # DECLARATION OF VARIABLES AND THEIR DEFUALT VALUES
273
274 set +o allexport    # SUPPRESS EXPORT OF ALL VARIABLES, SINCE IN THE PAST THIS
275                     # LES TO PROBLEMS IN ROUTINES CALLED BY MRUN
276                     # (TOO MANY ARGUMENTS - PROBLEM)
277 set +o noclobber    # EXISTING FILES ARE ALLOWED TO BE OVERWRITTEN
278
279 AddFilenames=""
280 additional_conditions=""
281 add_source_path=""
282 afname=""
283 check_namelist_files=false
284 combine_plot_fields=true
285 compiler_name=""
286 cond1=""
287 cond2="" 
288 config_file=.mrun.config
289 coupled_dist=""
290 cpp_options=""
291 cpumax=0
292 cpurest=0
293 create_executable_for_batch=false
294 delete_temporary_catalog=true
295 do_batch=false
296 do_compile=true
297 do_remote=false
298 do_stagein=true
299 do_stageout=true
300 do_trace=false
301 email_notification="none"
302 exclude=""
303 executable=""
304 execute_command="none"
305 execution_error=false
306 fftw_inc=""
307 fftw_lib=""
308 fftw_support=false
309 fname=test
310 fromhost=""
311 global_revision=""
312 group_number=none
313 host=""
314 host_file=""
315 hp=""
316 input_list=""
317 interpreted_config_file=""
318 job_catalog="~/job_queue"
319 job_on_file=""
320 keep_data_from_previous_run=false
321 link_local_input=false
322 link_local_output=false
323 localhost_realname=$(hostname)
324 local_dvrserver_running=.FALSE.
325 locat=normal
326 mainprog=""
327 makefile=""
328 max_par_io_str=""
329 mc=$0
330 while [[ $(echo $mc | grep -c "/") != 0 ]]
331 do
332    mc=`echo $mc | cut -f2- -d"/"`
333 done
334 module_calls=""
335 mrun_script_name=$mc
336 netcdf_inc=""
337 netcdf_lib=""
338 netcdf_support=false
339 node_usage=default
340 numprocs=""
341 numprocs_atmos=0
342 numprocs_ocean=0
343 OOPT=""
344 openmp=false
345 output_list=""
346 package_list=""
347 queue=none
348 read_from_config=""
349 restart_run=false
350 if [[ `hostname` = rte10 ]]
351 then
352    return_address=133.5.185.60
353    echo "+++ WARNING: fixed return_address = $return_address is used !!!!!"
354 elif [[ `hostname` = climate0 ]]
355 then
356    return_address=165.132.26.68
357    echo "+++ WARNING: fixed return_address = $return_address is used !!!!!"
358 elif [[ `hostname` = "schultzl-Latitude-E6540" ]]
359 then
360    return_address="schultzl-Latitude-E6540"
361    echo "+++ WARNING: fixed return_address = $return_address is used !!!!!"
362 elif [[ `hostname` = urban00 ]]
363 then
364    return_address=147.46.30.151
365    echo "+++ WARNING: fixed return_address = $return_address is used !!!!!"
366 else
367    return_address=$(nslookup `hostname` 2>&1 | grep "Address:" | tail -1 | awk '{print $2}')
368 fi
369 return_password=""
370 return_username=$LOGNAME
371 remotecall=false
372 remote_username=""
373 run_coupled_model=false
374 run_mode=""
375 dashes="  ----------------------------------------------------------------------------"
376 silent=false
377 source_list=""
378 source_path=SOURCE
379 tasks_per_node=""
380 threads_per_task=1
381 tmpcreate=false
382 tmp_data_catalog=""
383 transfer_problems=false
384 usern=$LOGNAME
385 use_openmp=false
386 version="MRUN  2.1 Rev$Rev: 2303 $"
387 working_directory=`pwd`
388 write_binary=false
389 TOPT=""
390 XOPT=""
391 zeit=$( date | cut -c 12-19 )
392
393 typeset -i  iec=0 iic=0 iin=0 ioc=0 iout=0 stagein_anz=0 stageout_anz=0
394 typeset -x -i  memory=0   # HAS TO BE EXPORTED HERE, OTHERWISE AN UNKNOWN SIDE
395                           # SIDE EFFECT MAY CAUSE DATA LOSS WHEN GETOPTS IS READING THE
396                           # SCRIPT-OPTION ARGUMENTS
397 typeset -i  cputime i ii iia iii iio icycle inode ival jobges jobsek last_char_int maxcycle minuten nodes pes remaining_pes run_number sekunden tp1
398
399    # ERROR HANDLING IN CASE OF EXIT
400 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
401       if [[ $locat != normal  &&  $locat != control_c ]]
402       then
403
404              # CARRY OUT ERROR-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE (EC:)
405          (( i = 0 ))
406          while (( i < iec ))
407          do
408             (( i = i + 1 ))
409             printf "\n  *** Execution of ERROR-command:\n"
410             printf "  >>> ${err_command[$i]}\n"
411             eval  ${err_command[$i]}
412          done
413          if [[ -n $interpreted_config_file ]]
414          then
415             rm -rf  $interpreted_config_file
416          fi
417          if [[ -n .mrun_environment ]]
418          then
419             rm -rf  .mrun_environment
420          fi
421          if [[ $tmpcreate = true ]]
422          then
423#              printf "\n  *** Contents of \"$TEMPDIR\":\n"
424#              ls -al; cd
425             [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
426          fi
427          if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
428          then
429             echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
430             kill $dvrserver_id
431          fi
432          if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
433          then
434             rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
435          fi
436          printf "\n\n+++ MRUN killed \n\n"
437       elif [[ $locat != control_c ]]
438       then
439          printf "\n\n --> all actions finished\n\n"
440          printf "     Bye, bye $usern !!\n\n"
441       fi' exit
442
443
444    # ACTIONS IN CASE OF TERMINAL-BREAK (CONTROL-C):
445 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
446       rm -rf  $working_directory/tmp_check_namelist_files
447       [[ $tmpcreate = true ]]  &&  (cd; rm -rf $TEMPDIR)
448       if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
449       then
450          rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
451       fi
452       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
453       then
454          echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
455          kill $dvrserver_id
456       fi
457       printf "\n+++ MRUN killed by \"^C\" \n\n"
458       locat=control_c
459       exit
460      ' 2
461
462
463    # CHECK IF THE PATH FOR THE PALM BINARIES (SCRIPTS+UTILITY-PROGRAMS) HAS
464    # BEEN SET
465 if [[ "$PALM_BIN" = "" ]]
466 then
467    printf "\n  +++ environment variable PALM_BIN has not been set"
468    printf "\n      please set it to the directory where the PALM scripts are located"
469    locat=palm_bin; exit
470 fi
471 export PATH=$PALM_BIN:$PATH
472
473
474
475    # READ SHELLSCRIPT-OPTIONS AND REBUILD THE MRUN-COMMAND STRING (MC),
476    # WHICH WILL BE USED TO START RESTART-JOBS
477 while  getopts  :a:bBc:Cd:Fg:G:h:H:i:kK:m:M:n:o:O:p:P:q:r:R:s:St:T:u:U:vw:xX:yY:zZ option
478 do
479   case  $option  in
480       (a)   afname=$OPTARG;;
481       (b)   do_batch=true; mc="$mc -b";;
482       (B)   delete_temporary_catalog=false; mc="$mc -B";;
483       (c)   config_file=$OPTARG; mc="$mc -c$OPTARG";;
484       (C)   restart_run=true; mc="$mc -C";;
485       (d)   fname=$OPTARG; mc="$mc -d$OPTARG";;
486       (F)   job_on_file="-D"; mc="$mc -F";;
487       (g)   group_number=$OPTARG; mc="$mc -g$OPTARG";;
488       (G)   global_revision=$OPTARG; mc="$mc -G'$OPTARG'";;
489       (h)   host=$OPTARG; mc="$mc -h$OPTARG";;
490       (H)   fromhost=$OPTARG; mc="$mc -H$OPTARG";;
491       (i)   input_list=$OPTARG; mc="$mc -i'$OPTARG'";;
492       (k)   keep_data_from_previous_run=true; mc="$mc -k";;
493       (K)   additional_conditions="$OPTARG"; mc="$mc -K'$OPTARG'";;
494       (m)   memory=$OPTARG; mc="$mc -m$OPTARG";;
495       (M)   makefile=$OPTARG; mc="$mc -M$OPTARG";;
496       (n)   node_usage=$OPTARG; mc="$mc -n$OPTARG";; 
497       (o)   output_list=$OPTARG; mc="$mc -o'$OPTARG'";;
498       (O)   use_openmp=true; threads_per_task=$OPTARG; mc="$mc -O$OPTARG";;
499       (p)   package_list=$OPTARG; mc="$mc -p'$OPTARG'";;
500       (P)   return_password=$OPTARG; mc="$mc -P$OPTARG";;
501       (q)   queue=$OPTARG; mc="$mc -q$OPTARG";;
502       (r)   run_mode=$OPTARG; mc="$mc -r'$OPTARG'";;
503       (R)   remotecall=true;return_address=$OPTARG; mc="$mc -R$OPTARG";;
504       (s)   source_list=$OPTARG; mc="$mc -s'$OPTARG'";;
505       (S)   read_from_config=false; mc="$mc -S";;
506       (t)   cpumax=$OPTARG; mc="$mc -t$OPTARG";;
507       (T)   mrun_tasks_per_node=$OPTARG; mc="$mc -T$OPTARG";;
508       (u)   remote_username=$OPTARG; mc="$mc -u$OPTARG";;
509       (U)   return_username=$OPTARG; mc="$mc -U$OPTARG";;
510       (v)   silent=true; mc="$mc -v";;
511       (w)   max_par_io_str=$OPTARG; mc="$mc -w$OPTARG";;
512       (x)   do_trace=true;set -x; mc="$mc -x";;
513       (X)   numprocs=$OPTARG; mc="$mc -X$OPTARG";;
514       (y)   ocean_file_appendix=true; mc="$mc -y";;
515       (Y)   run_coupled_model=true; coupled_dist=$OPTARG; mc="$mc -Y'$OPTARG'";;
516       (z)   check_namelist_files=false; mc="$mc -z";;
517       (Z)   combine_plot_fields=false; mc="$mc -Z";;
518       (\?)  printf "\n  +++ unknown option $OPTARG \n"
519             printf "\n  --> type \"$0 ?\" for available options \n"
520             locat=parameter;exit;;
521   esac
522 done
523
524
525    # SKIP GIVEN OPTIONS TO READ POSITIONAL PARAMETER, IF GIVEN
526    # CURRENTLY ONLY PARAMETER ? (TO OUTPUT A SHORT COMMAND INFO) IS ALLOWED
527 (( to_shift = $OPTIND - 1 ))
528 shift $to_shift
529
530    # PRINT SHORT DESCRIPTION OF MRUN OPTIONS
531 if [[ "$1" = "?" ]]
532 then
533   (printf "\n  *** mrun can be called as follows:\n"
534    printf "\n      $mrun_script_name  -b -c.. -d.. -f.. -F -h.. -i.. -I -K.. -m.. -o.. -p.. -r.. -R -s.. -t.. -T.. -v -x -X.. -y -Y.. -Z <modus> \n"
535    printf "\n      Description of available options:\n"
536    printf "\n      Option  Description                              Default-Value"
537    printf "\n        -a    base name of input files                 equiv. -d"
538    printf "\n        -b    batch-job on local machine               ---"
539    printf "\n        -B    do not delete temporary directory at end ---"
540    printf "\n        -c    configuration file                       .mrun.config"
541    printf "\n        -d    base name of files attached to program   test"
542    printf "\n        -F    create remote job file only              ---"
543    printf "\n        -h    execution host                           $localhost_realname"
544    printf "\n        -i    INPUT control list                       \"\" "
545    printf "\n        -k    keep data from previous run"
546    printf "\n        -K    additional conditions for controling"
547    printf "\n              usage of conditional code and"
548    printf "\n              env-variables in configuration file      \"\" "
549    printf "\n        -m    memory demand in MB (batch-jobs)         0 MB"
550    printf "\n        -M    Makefile name                            Makefile"
551    printf "\n        -n    node usage (shared/not_shared)           depending on -h"
552    printf "\n        -o    OUTPUT control list                      \"\" "
553    printf "\n        -O    threads per openMP task                  ---"
554    printf "\n        -p    software package list                    \"\" "
555    printf "\n        -q    queue                                    \"$queue\" "
556    printf "\n        -r    run control list (combines -i -o)        \"\" "
557    printf "\n        -s    filenames of routines to be compiled     \"\" "
558    printf "\n              must end with .f, .f90, .F, or .c !"
559    printf "\n              use \"..\" for more than one file and wildcards"
560    printf "\n              -s LM compiles all locally modified files"
561    printf "\n        -S    config file interpreted by shellscript   ---"
562    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds (batch)      0"
563    printf "\n        -T    tasks per node                           depending on -h"
564    printf "\n        -u    username on remote machine               \"\" "
565    printf "\n        -v    no prompt for confirmation               ---"
566    printf "\n        -w    maximum parallel io streams              as given by -X"
567    printf "\n        -x    tracing of mrun for debug purposes       ---"
568    printf "\n        -X    # of processors (on parallel machines)   1"
569    printf "\n        -y    add appendix \"_O\" to all local output"
570    printf "\n              files (ocean precursor runs followed by"
571    printf "\n              coupled atmosphere-ocean runs)           ---"
572    printf "\n        -Y    run coupled model, \"#1 #2\" with" 
573    printf "\n              #1 atmosphere and #2 ocean processors    \"#/2 #/2\" depending on -X"
574    printf "\n        -Z    skip combine_plot_fields at the end of      "
575    printf "\n              the simulation                           ---"
576    printf "\n "
577    printf "\n      Possible values of positional parameter <modus>:"
578    printf "\n        \"?\"       -  this outline \n\n") | more
579    exit
580 elif [[ "$1" != "" ]]
581 then
582    printf "\n  +++ positional parameter $1 unknown \n"
583    locat=parameter; exit
584 fi
585
586
587
588    # SHORT STARTING MESSAGE
589 printf "\n*** $version "
590 printf "\n    will be executed.     Please wait ..."
591
592
593
594    # CHECK, IF CONFIGURATION FILE EXISTS
595 if [[ ! -f $config_file ]]
596 then
597    printf "\n\n  +++ configuration file: "
598    printf "\n           $config_file"
599    printf "\n      does not exist"
600    locat=connect; exit 
601 fi
602
603
604    # DETERMINE THE HOST-IDENTIFIER (localhost) FROM THE CONFIGURATION FILE
605 line=""
606 grep  "%host_identifier"  $config_file  >  tmp_mrun
607 while read line
608 do
609    if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
610    then
611       HOSTNAME=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
612       host_identifier=`echo $line | cut -d" " -s -f3`
613       if [[ $localhost_realname = $HOSTNAME ]]
614       then
615          localhost=$host_identifier
616          break
617       fi
618    fi
619 done < tmp_mrun
620
621 if [[ "$localhost" = "" ]]
622 then
623    printf "\n\n  +++ no host identifier found in configuration file \"$config_file\""
624    printf "\n      for local host \"$localhost_realname\"."
625    printf "\n      Please add line"
626    printf "\n      \"\%host_identifier $localhost_realname <identifier>\""
627    printf "\n      to the configuration file."
628    locat=localhost; exit
629 fi
630
631
632    # ??? THIS SHOULD BE DECRIBED IN THE MRUN DOCUMENTATION ???
633    # SET BASENAME OF THE INPUT-FILES TO THE GENERAL BASENAME (GIVEN BY OPTION -d),
634    # IF IT HAS NOT BEEN SET BY THE USER DIFFERENTLY (USING OPTION -a)
635 [[ "$afname" = "" ]]  &&  afname=$fname
636
637
638    # ADD RUN-FILE ACTIVATION STRINGS (GIVEN BY OPTION -r) TO THE
639    # RESPECTIVE LISTS FOR ACTIVATING THE INPUT/OUTPUT FILE CONNECTION
640    # STATEMENTS IN THE CONFIGURATION FILE
641 if [[ "$run_mode" != "" ]]
642 then
643    input_list="$input_list $run_mode"
644    output_list="$output_list $run_mode"
645 fi
646
647
648    # ??? is this (and the respective option -H) really required ???
649    # STORE HOSTNAME, FROM WHICH THE JOB IS STARTED,
650    # BUT ONLY IF IT HASN'T BEEN ALREADY SET BY OPTION -H
651    # (MRUN IS AUTOMATICALLY SETTING THIS OPTION IN THE MRUN-CALLS WITHIN
652    # THOSE BATCH-JOBS, WHICH ARE CREATED BY MRUN ITSELF)
653 if [[ "$fromhost" = "" ]]
654 then
655    fromhost=$localhost
656 fi
657
658
659    # CHECK, IF EXECUTION SHALL TO BE DONE ON THE REMOTE-MACHINE.
660    # VALUE OF do_remote IS IMPORTANT FOR THE FILE CONNECTIONS.
661    # IN CASE OF EXECUTION ON A REMOTE-MACHINE, A BATCH-JOB HAS
662    # TO BE SUBMITTED (I.E. do_batch=true)
663 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
664 then
665    do_batch=true
666    do_remote=true
667    case  $host  in
668        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|lcbullhh|lccrayb|lccrayh|lccrayf|lceddy|lckyoto|lcocean|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb|lcgeohu)  true;;
669        (*)  printf "\n"
670             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
671             printf "\n      is not available"
672             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
673    esac
674 else
675    host=$localhost
676 fi
677
678
679     # EVALUATE ADDITIONAL CONDITIONS GIVEN BY OPTION -K
680 if [[ -n $additional_conditions ]]
681 then
682    cond1=`echo $additional_conditions | cut -d" " -f1`
683    cond2=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f2`
684    dummy=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f3`
685    if [[ -n $dummy ]]
686    then
687       printf "\n  +++ more than 2 additional conditions given for Option \"-K\""
688       locat=options; exit
689    fi
690    block=_$cond1
691    [[ -n $cond2 ]]  &&  block=${block}_$cond2
692 fi
693
694
695      # EVALUATE MODEL COUPLING FEATURES (OPTION -Y)
696 if [[ $run_coupled_model = true ]] 
697 then
698
699    numprocs_atmos=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f1`
700    numprocs_ocean=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f2`
701
702    if (( $numprocs_ocean + $numprocs_atmos != $numprocs ))
703    then
704
705       printf "\n  +++ number of processors does not fit to specification by \"-Y\"."
706       printf "\n      PEs (total)     : $numprocs"
707       printf "\n      PEs (atmosphere): $numprocs_atmos"
708       printf "\n      PEs (ocean)     : $numprocs_ocean"
709       locat=coupling; exit
710
711    fi
712
713 fi
714
715    # SAVE VALUES OF MRUN-OPTIONS SICHERN IN ORDER TO OVERWRITE
716    # THOSE VALUES GIVEN IN THE CONFIGURATION-FILE
717 mrun_memory=$memory
718 mrun_group_number=$group_number
719 mrun_cpumax=$cpumax
720 mrun_numprocs=$numprocs
721
722
723    # READ AND EVALUATE THE CONFIGURATION-FILE FROM WITHIN THIS SHELLSCRIPT
724    # (OPTION -S). THE DEFAULT IS USING THE ROUTINE <<<<
725 if [[ "$read_from_config" = false ]]
726 then
727    [[ $silent = false ]]  &&  printf "\n    Reading the configuration file... "
728
729       # READ THE CONFIGURATION FILE LINE BY LINE
730    while  read zeile
731    do
732        [[ $silent = false ]]  &&  printf "."
733
734
735          # FIRST REPLACE ENVIRONMENT-VARIABLES BY THEIR RESPECTIVE VALUES
736       eval  zeile=\"$zeile\"
737
738
739          # INTERPRET THE LINE
740       if [[ "$(echo $zeile)" = "" ]]
741       then
742             # EMPTY LINE, NO ACTION
743          continue
744
745       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "#" ]]
746       then
747
748             # LINE IS A COMMENT LINE
749          true
750
751       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "%" ]]
752       then
753
754             # LINE DEFINES AN ENVIRONMENT-VARIABLE
755          zeile=$(echo $zeile | cut -c2-)
756          var=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
757          value=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
758          for_host=`echo $zeile | cut -d" " -s -f3`
759          for_cond1=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
760          for_cond2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
761
762          if [[ "$for_host" = ""  ||  ( "$for_host" = $host  &&  "$for_cond1" = "$cond1"  &&  "$for_cond2" = "$cond2" )  ||  $(echo "$input_list$output_list"|grep -c "$for_host") != 0 ]]
763          then
764
765                # REPLACE ":" BY " " IN COMPILER- CPP- OR LINKER-OPTIONS,
766                # "::" IS REPLACED BY ":".
767             value=`echo $value | sed 's/::/%DUM%/g' | sed 's/:/ /g' | sed 's/%DUM%/:/g'`
768
769
770                # VALUE FROM THE CONFIGURATION-FILE IS ASSIGNED TO THE
771                # ENVIRONMENT-VARIABLE, BUT ONLY IF NO VALUE HAS BEEN ALREADY
772                # ASSIGNED WITHIN THIS SCRIPT (E.G. BY SCRIPT-OPTIONS).
773                # NON-ASSIGNED VARIABLES HAVE VALUE "" OR 0 (IN CASE OF INTEGER).
774                # HENCE THE GENERAL RULE IS: SCRIPT-OPTION OVERWRITES THE
775                # CONFIGURATION-FILE.
776             if [[ "$(eval echo \$$var)" = ""  ||  "$(eval echo \$$var)" = "0" ]]
777             then
778                eval  $var=\$value
779
780                   # TERMINAL OUTPUT OF ENVIRONMENT-VARIABLES, IF TRACEBACK IS SWITCHED on
781                if [[ $do_trace = true ]]
782                then
783                   printf "\n*** ENVIRONMENT-VARIABLE $var = $value"
784                fi
785             fi
786
787                # IF AN ENVIRONMENT-VARIABLE DETERMINES THE HOST, THEN EVALUATE IT IMMEDIATELY:
788                # VALUE OF do-remote IS REQUIRED FOR THE FILE CONNECTIONS (COPY OF I/O FILES).
789                # IF EXECUTION IS SCHEDULED FOR A REMOTE-MASCHINE, A BATCH-JOB
790                # MUST HAVE TO BE STARTED
791             if [[ $var = host ]]
792             then
793                if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
794                then
795                   do_batch=true
796                   do_remote=true
797                   case  $host  in
798                       (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|lcbullhh|lccrayb|lccrayh|lccrayf|lceddy|lckyoto|lcocean|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb|lcgeohu)  true;;
799                       (*)  printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
800                            printf "\n      is not available"
801                            locat=nqs; exit;;
802                   esac
803                else
804                   host=$localhost
805                fi
806             fi
807
808                # USER-DEFINED ENVIRONMENT VARIABLES MUST BE EXPORTED,
809                # BECAUSE THEY MAY BE REQUIRED IN OTHER SCRIPTS CALLED
810                # BY MRUN (E.G. subjob)
811             export  $var
812          fi
813
814
815
816
817       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "EC:" ]]
818       then
819
820             # LINE DEFINES ERROR-COMMAND
821          (( iec = iec + 1 ))
822          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
823          err_command[$iec]="$zeile"
824
825       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "IC:" ]]
826       then
827
828             # LINE DEFINES INPUT-COMMAND
829          (( iic = iic + 1 ))
830          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
831          in_command[$iic]="$zeile"
832
833       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "OC:" ]]
834       then
835
836             # LINE DEFINES OUTPUT-COMMAND
837          (( ioc = ioc + 1 ))
838          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
839          out_command[$ioc]="$zeile"
840
841       else
842
843             # LINE DEFINES FILE CONNECTION. READ THE FILE ATTRIBUTES.
844             # s2a: in/out - field
845             # s2b: loc    - field (optional)
846             # s2c: tr/ar  - field (optional)
847          s1=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
848          s2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
849          s2a=$(echo $s2 | cut -d":" -f1)
850          if [[ $(echo $s2 | grep -c ":") = 0 ]]
851          then
852             s2b=""
853             s2c=""
854          else
855             s2b=`echo $s2 | cut -d":" -f2 | sed 's/:/ /g'`
856             s2c=`echo $s2 | cut -d":" -s -f3 | sed 's/:/ /g'`
857          fi
858          s3=`echo $zeile | cut -d" " -f3`
859          s4=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
860          s5=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
861          s6=`echo $zeile | cut -d" " -s -f6`
862
863       
864             # STORE FILE CONNECTION, IF ACTIVATED BY ACTIVATION-STRING FROM
865             # INPUT- OR OUTPUT-LIST.
866             # VARIABLE S3 MAY CONTAIN A LIST OF ACTIVATION STRINGS (FIELD-SEPERATOR ":").
867             # IF EXECUTION IS SCHEDULED FOR A REMOTE-MACHINE AND THE FILE IS ONLY
868             # LOCALLY REQUIRED ON THAT MACHINE (I.E. s2b = loc), THE FILE CONNECTION
869             # IS NOT CHECKED AND STORED.
870          IFSALT="$IFS"; IFS="$IFS:"
871          if [[ "$s2a" = in  &&  ! ( $do_remote = true  &&  ( "$s2b" = loc  ||  "$s2b" = locopt ) ) ]]
872          then
873             found=false
874             for  actual  in  $input_list
875             do
876                for  formal  in  $s3
877                do
878                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-" ]]  &&  found=true
879                done
880             done
881             if [[ $found = true ]]
882             then
883                (( iin = iin + 1 ))
884                localin[$iin]=$s1; transin[$iin]=$s2b; actionin[$iin]=$s2c;
885                typein[$iin]=$s3; pathin[$iin]=$s4; endin[$iin]=$s5;
886                extin[$iin]=$s6
887             fi
888          elif [[ "$s2a" = out  &&  ! ( $do_remote = true  &&  "$s2b" = loc ) ]]
889          then
890             found=false
891             for  actual  in  $output_list
892             do
893                for  formal  in  $s3 
894                do
895                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-"  ]]  &&  found=true
896                done
897             done
898             if [[ $found = true ]]
899             then
900                (( iout = iout + 1 ))
901                localout[$iout]=$s1; actionout[$iout]=$s2c; typeout[$iout]=$s3;
902                pathout[$iout]=$s4; endout[$iout]=$s5; extout[$iout]=$s6
903             fi
904          elif [[ "$s2a" != in  &&  "$s2a" != out ]]
905          then
906             printf "\n  +++ I/O-attribute in configuration file $config_file has the invalid"
907             printf "\n      value \"$s2\". Only \"in\" and \"out\" are allowed!"
908             locat=connect; exit
909          fi
910          IFS="$IFSALT"
911       fi
912    done < $config_file
913
914 else
915
916       # EVALUATE THE CONFIGURATION-FILE BY FORTRAN-PROGRAM
917    [[ $silent = false ]]  &&  printf "..."
918    interpreted_config_file=.icf.$RANDOM
919
920
921
922       # PROVIDE VALUES OF ENVIRONMENT-VARIABLE FOR interpret_config VIA NAMELIST-FILE
923    cat  >  .mrun_environment  <<  EOF
924 &mrun_environment  cond1 = '$cond1', cond2 = '$cond2',
925                    config_file = '$config_file', do_remote = '$do_remote',
926                    do_trace = '$do_trace', host = '$host',
927                    input_list = '$input_list', icf = '$interpreted_config_file',
928                    localhost = '$localhost', output_list = '$output_list' /
929
930EOF
931
932    if [[ "$host" != $localhost ]]
933    then
934
935          # REMOTE JOB FROM LOCAL HOST: JUST TAKE THE FIRST EXECUTABLE FOUND
936       interpret_config_executable=`ls -1 ${PALM_BIN}/interpret_config*.x 2>/dev/null`
937       if [[ $? != 0 ]]
938       then
939          printf "\n\n  +++ no interpret_config found"
940          printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this host"
941          locat=interpret_config; exit
942       fi
943       interpret_config_executable=`echo $interpret_config_executable | cut -d" " -f1`
944       $interpret_config_executable
945
946    else
947
948          # CHECK, IF THERE IS AN EXECUTABLE FOR THE BLOCK
949       if [[ ! -f ${PALM_BIN}/interpret_config${block}.x ]]
950       then
951          printf "\n\n  +++ no interpret_config found for given block \"$cond1 $cond2\""
952          printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this block"
953          locat=interpret_config; exit
954       else
955          interpret_config${block}.x
956       fi
957
958    fi
959    rm .mrun_environment
960
961
962       # EXECUTE SHELL-COMMANDS GENERATED BY interpret_config WITHIN THIS SHELL
963    chmod  u+x  $interpreted_config_file
964    export PATH=$PATH:.
965    . $interpreted_config_file
966    rm  $interpreted_config_file
967
968 fi
969
970
971    # VALUES OF MRUN-OPTIONS OVERWRITE THOSE FROM THE CONFIGURATION-FILE
972 [[ $mrun_memory     != 0   ]]  &&  memory=$mrun_memory
973 [[ "$mrun_group_number" != "none" ]]  &&  group_number=$mrun_group_number
974 [[ $mrun_cpumax     != 0   ]]  &&  cpumax=$mrun_cpumax
975 [[ "$mrun_numprocs" != ""  ]]  &&  numprocs=$mrun_numprocs
976 [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  maximum_parallel_io_streams=$max_par_io_str
977 [[ "$mrun_tasks_per_node" != "" ]]  &&  tasks_per_node=$mrun_tasks_per_node
978
979
980    # ON THE LOCAL MACHINE, DETERMINE (FROM THE CONFIGURATION-FILE) THE PATH
981    # FOR SOURCE-FILES TO BE COMPILED.
982    # IN A BATCH-JOB, SOURCES (ROUTINES TO BE COMPILED) ARE COMPLETE ALREADY.
983    # BEFORE MRUN IS CALLED IN THE JOB, SOURCES_COMPLETE = true IS ASSIGNED (SEE FURTHER BELOW).
984 if [[ "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
985 then
986
987       # FIRST CHECK, IF A GLOBAL SOURCE PATH (TO BE USED FOR ALL HOSTS)
988       # HAS BEEN DEFINED
989    source_path=""
990    line=""
991    grep "%source_path" $config_file  >  tmp_mrun
992    while read line
993    do
994       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
995       then
996          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -f3)" = "" ]]
997          then
998             global_source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
999          fi
1000       fi
1001    done  <  tmp_mrun
1002
1003    line=""
1004    found=false
1005    grep  " $localhost" $config_file | grep "%source_path"  >  tmp_mrun
1006    while read line
1007    do
1008       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
1009       then
1010          if [[ $found = true ]]
1011          then
1012             printf "\n\n  +++ more than one source path found in configuration file"
1013             printf "\n      for local host \"$localhost\" "
1014             locat=source_path; exit
1015          fi
1016          source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
1017          found=true
1018       fi
1019    done  <  tmp_mrun
1020    rm  tmp_mrun
1021
1022    if [[ "$source_path" = "" ]]
1023    then
1024       if [[ "$global_source_path" != "" ]]
1025       then
1026          source_path=$global_source_path
1027       else
1028          printf "\n\n  +++ no source path found in configuration file"
1029          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
1030          locat=source_path; exit
1031       fi
1032    fi
1033    eval source_path=$source_path
1034
1035    if [[ ! -d $source_path ]]
1036    then
1037       printf "\n\n  +++ source path \"$source_path\" on local host"
1038       printf "\n      \"$localhost\" does not exist"
1039       locat=source_path; exit
1040    fi
1041
1042 fi
1043
1044
1045    # GET THE GLOBAL REVISION-NUMBER OF THE SVN-REPOSITORY
1046    # (HANDED OVER TO RESTART-RUNS USING OPTION -G)
1047 if [[ "$global_revision" = ""  &&  $host != "ibmkisti" ]]
1048 then
1049    global_revision=`svnversion $source_path  2>/dev/null`
1050    global_revision="Rev: $global_revision"
1051 fi
1052
1053
1054    # ??? das darf doch eigentlich garnicht passieren, weil optionen config-datei uebersteuern ???
1055    # CHECK AGAIN, IF EXECUTION SHALL BE DONE ON A REMOTE-HOST (BATCH-JOB).
1056    # (HOST MAY HAVE CHANGED DUE TO SETTINGS IN THE CONFIGURATION-FILE)
1057 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
1058 then
1059    do_batch=true
1060    do_remote=true
1061    case  $host  in
1062        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|lcbullhh|lccrayb|lccrayh|lccrayf|lceddy|lckyoto|lcocean|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb|lcgeohu)  true;;
1063        (*)  printf "\n"
1064             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
1065             printf "\n      is not available"
1066             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
1067    esac
1068 else
1069    host=$localhost
1070 fi
1071
1072
1073
1074    # IN CASE OF PARALLEL EXECUTION, CHECK SOME SPECIFICATIONS CONCERNING PROCESSOR NUMBERS
1075 if [[ "$cond1" = parallel  ||  "$cond2" = parallel ]]
1076 then
1077
1078       # CHECK, IF NUMBER OF CORES TO BE USED HAS BEEN GIVEN
1079    if [[ ! -n $numprocs ]]
1080    then
1081       printf "\n"
1082       printf "\n  +++ option \"-K parallel\" requires additional specification"
1083       printf "\n      of the number of processors to be used by"
1084       printf "\n      mrun-option \"-X\" or by environment-variable"
1085       printf "\n      \"numprocs\" in the configuration file"
1086       locat=numprocs; (( iec = 0 )); exit 
1087    fi
1088
1089       # CHECK, IF THE NUMBER OF CORES PER NODE HAS BEEN GIVEN UND IF IT IS AN
1090       # INTEGRAL DIVISOR OF THE TOTAL NUMBER OF CORES GIVEN BY OPTION -X
1091    if [[ "$tasks_per_node" = ""  &&  $host != lcxt5m ]]
1092    then
1093       printf "\n"
1094       printf "\n  +++ option \"-T\" (tasks per node) is missing"
1095       printf "\n      set -T option or define tasks_per_node in the config file"
1096       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1097    fi
1098
1099    if (( numprocs < tasks_per_node ))
1100    then
1101       printf "\n"
1102       printf "\n  +++ tasks per node (-T) cannot exceed total number of processors (-X)"
1103       printf "\n      given values: -T $tasks_per_node  -X $numprocs"
1104       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1105    fi
1106
1107    if [[ $host != lcxt5m ]]
1108    then
1109       (( nodes = numprocs / ( tasks_per_node * threads_per_task ) ))
1110       (( ival = $tasks_per_node ))
1111       (( pes = numprocs ))
1112       (( ii = pes / ival ))
1113       (( remaining_pes =  pes - ii * ival ))
1114       if (( remaining_pes > 0 ))
1115       then
1116          printf "\n"
1117          printf "\n  +++ WARNING: tasks per node (option \"-T\") is not an integral"
1118          printf "\n      divisor of the total number of processors (option \"-X\")"
1119          printf "\n      values of this mrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $numprocs\""
1120          printf "\n      One of the nodes is filled with $remaining_pes instead of $tasks_per_node tasks"
1121          (( nodes = nodes + 1 ))
1122       fi
1123    fi
1124
1125
1126       # SETTINGS FOR SUBJOB-COMMAND
1127    OOPT="-O $threads_per_task"
1128
1129       # SET THE TOTAL NUMBER OF NODES, REQUIRED FOR THE SUBJOB-COMMAND (SEE FURTHER BELOW)
1130    if [[ "$tasks_per_node" != "" ]]
1131    then
1132       TOPT="-T $tasks_per_node"
1133    fi
1134
1135       # CHECK node_usage FOR ALLOWED VALUES AND SET DEFAULT VALUE, IF NECESSARY
1136    if [[ $node_usage = default ]]
1137    then
1138       if [[ $host = ibms ]]
1139       then
1140          node_usage=shared
1141       else
1142          node_usage=not_shared
1143       fi
1144    fi
1145
1146    if [[ $node_usage != shared  &&  $node_usage != not_shared  &&  $node_usage != singlejob  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla" ]]
1147    then
1148       printf "\n"
1149       printf "\n  +++ node usage (option \"-n\") is only allowed to be set"
1150       printf "\n      \"shared\" or \"not_shared\""
1151       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1152    fi
1153
1154 fi
1155
1156    # CHECK IF HOSTFILE EXISTS
1157 if [[ -n $hostfile ]]
1158 then
1159    if [[ ! -f $hostfile ]]
1160    then
1161       printf "\n"
1162       printf "\n  +++ hostfile \"$hostfile\" does not exist"
1163       locat=hostfile; exit
1164    fi
1165 fi
1166
1167
1168    # SET DEFAULT VALUE FOR THE MAXIMUM NUMBER OF PARALLEL IO STREAMS
1169 if [[ "$maximum_parallel_io_streams" = "" ]]
1170 then
1171    maximum_parallel_io_streams=$numprocs
1172 fi
1173
1174
1175    # SET PORT NUMBER OPTION FOR CALLS OF SSH/SCP, subjob AND batch_scp SCRIPTS
1176 if [[ "$scp_port" != "" ]]
1177 then
1178    PORTOPT="-P $scp_port"
1179    SSH_PORTOPT="-p $scp_port"
1180 fi
1181
1182
1183    # DETERMINE THE SSH-OPTION IN CASE THAT AN SSH-KEY IS EXPLICITLY GIVEN IN THE
1184    # CONFIG-FILE
1185 if [[ "$ssh_key" != "" ]]
1186 then
1187    ssh_key="-i $HOME/.ssh/$ssh_key"
1188 fi
1189
1190
1191    # SET DEFAULT-QUEUE, IF NOT GIVEN
1192 if [[ $queue = none ]]
1193 then
1194    case  $host  in
1195        (ibmh)       queue=cluster;;
1196        (ibmkisti)   queue=class.32plus;;
1197        (lcbullhh)   queue=compute;;
1198        (lccrayb)    queue=mpp1q;;
1199        (lccrayh)    queue=mpp1q;;
1200        (lcgeohu)    queue=short;;
1201        (lckiaps)    queue=normal;;
1202        (lckyoto)    queue=ph;;
1203        (lckyuh)     queue=fx-single;;
1204        (lckyut)     queue=cx-single;;
1205        (lctit)      queue=S;;
1206        (unics)      queue=unics;;
1207    esac
1208 fi
1209
1210
1211    # GENERATE FULL FILENAMES OF INPUT-FILES, INCLUDING THEIR PATH
1212    # CHECK, IF INPUT-FILES EXIST, AND DETERMINE HIGHEST CYCLE NUMBER (IF CYCLES EXIST)
1213 (( i = 0 ))
1214 while (( i < iin ))
1215 do
1216    (( i = i + 1 ))
1217    (( maxcycle = 0 ))
1218
1219       # GENERATE PATH AND FULL FILE NAME (then-BRANCH: FIXED FULL NAME IS GIVEN, I.E. THE
1220       # FILE IDENTIFIER IS NOT PART OF THE FILENAME))
1221    if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1222    then
1223       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${endin[$i]}  # EVALUATE REMOTE-PATH ON THE REMOTE
1224                                                    # HOST ONLY
1225       eval filename=${pathin[$i]}/${endin[$i]}
1226    else
1227       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}  # EVALUATE REMOTE-PATH ON THE REMOTE
1228                                                             # HOST ONLY
1229       eval filename=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}
1230    fi
1231    eval pathname=${pathin[$i]}
1232
1233       # CHECK IF FILE EXISTS
1234    if ! ls $filename* 1>/dev/null 2>&1
1235    then
1236
1237          # FILES WITH ATTRIBUTE locopt ARE OPTIONAL. NO ABORT, IF THEY DO NOT EXIST.
1238       if [[ "${transin[$i]}" != "locopt" ]]
1239       then
1240          printf "\n\n  +++ INPUT-file: "
1241          if [[ "${extin[$i]}" = ""  ||  "${extin[$i]}" = " " ]]
1242          then
1243             printf "\n           $filename"
1244          else
1245             printf "\n           $filename.${extin[$i]}"
1246          fi
1247          printf "\n      does not exist\n"
1248          locat=input; exit
1249       else
1250          transin[$i]="unavailable"
1251       fi
1252    else
1253
1254          # DETERMINE THE FILE'S CYCLE NUMBER
1255       ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1256       ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1257       while  read zeile
1258       do
1259              # filename without path (i.e. after the last "/")
1260           basefilename=$(basename ${zeile})
1261
1262              # check if there is an extension
1263           extension=${basefilename##*.}
1264           if [[ "$extension" = "$extin[$i]" ]]
1265           then
1266              basefilename=${basefilename&.*}
1267           fi
1268
1269              # check for an existing cycle number
1270           cycle=${basefilename##*.}
1271           if [[ $cycle =~ ^-?[0-9]+$ ]]
1272           then
1273              (( icycle = $cycle ))
1274           else
1275              (( icycle = 0 ))
1276           fi
1277
1278           if (( icycle > maxcycle ))
1279           then
1280              (( maxcycle = icycle ))
1281           fi
1282
1283#          cycle=$(echo $zeile | cut -f2 -d".")
1284#          if [[ "$cycle" = "$zeile" ]]
1285#          then
1286#             (( icycle = 0 ))
1287#          elif [[ "$cycle" = "${extin[$i]}" ]]
1288#          then
1289#             (( icycle = 0 ))
1290#          else
1291#             (( icycle = $cycle ))
1292#          fi
1293#          if (( icycle > maxcycle ))
1294#          then
1295#             (( maxcycle = icycle ))
1296#          fi
1297       done <filelist
1298       rm filelist
1299
1300          # APPEND CYCLE NUMBER TO FILENAME
1301       if (( maxcycle > 0 ))
1302       then
1303          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1304          then
1305             filename=${filename}.$maxcycle.${extin[$i]}
1306          else
1307             filename=${filename}.$maxcycle
1308          fi
1309       else
1310          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1311          then
1312             filename=${filename}.${extin[$i]}
1313          fi
1314       fi
1315       
1316          # STORE FILENAME WITHOUT PATH BUT WITH CYCLE NUMBER,
1317          # IS LATER USED FOR TRANSFERRING FILES WIHIN THE JOB (SEE END OF FILE)
1318       absnamein[$i]=$filename
1319       if (( maxcycle > 0 ))
1320       then
1321          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1322          then
1323             frelin[$i]=${endin[$i]}.$maxcycle
1324          else
1325             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}.$maxcycle
1326          fi
1327       else
1328          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1329          then
1330             frelin[$i]=${endin[$i]}
1331          else
1332             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}
1333          fi
1334       fi
1335
1336    fi
1337 done
1338   
1339    # GENERATE FULL FILENAMES OF OUTPUT-FILES (WITHOUT $ OR ~),
1340    # CHECK, IF OUTPUT-FILES EXIST, AND DETERMINE HIGHEST CYCLE NUMBER (IF CYCLES EXIST),
1341    # OR, IN CASE THAT FILE DOES NOT EXIST, CHECK, IF IT CAN BE CREATED 
1342    # THESE ACTIONS ARE NOT CARRIED OUT, IF FILES SHALL BE TRASFERRED FROM THE REMOTE TO
1343    # THE LOCAL HOST (BECAUSE THEIR IS NO DIRECT ACCESS TO THE LOCAL DIRECTORIES FROM THE
1344    # REMOTE HOST)
1345 (( i = 0 ))
1346 while (( i < iout ))
1347 do
1348    (( i = i + 1 ))
1349    if [[ ! ( $fromhost != $localhost  &&  ( "${actionout[$i]}" = tr || "${actionout[$i]}" = tra || "${actionout[$i]}" = trpe ) ) ]]
1350    then
1351       if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
1352       then
1353          actionout[$i]=""
1354       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe ]]
1355       then
1356          actionout[$i]=pe
1357       elif [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
1358       then
1359          actionout[$i]=a
1360       fi
1361       (( maxcycle = 0 ))
1362       eval filename=${pathout[$i]}/${fname}${endout[$i]}
1363       eval catalogname=${pathout[$i]}
1364       if ! ls $filename* 1>/dev/null 2>&1
1365       then
1366     
1367             # IF OUTPUT-FILE DOES NOT EXIST CHECK, IF IT CAN BE CREATED
1368          if  cat /dev/null > $filename 
1369          then
1370             rm  $filename
1371          else
1372
1373                # CHECK, IF THE DIRECTORY WHERE FILE SHALL BE COPIED TO EXISTS
1374                # IF IT DOES NOT EXIST, TRY TO CREATE IT
1375             if [[ ! -d $catalogname ]]
1376             then
1377                if  mkdir -p  $catalogname
1378                then
1379                   printf "\n\n  *** directory:"
1380                   printf "\n           $catalogname"
1381                   printf "\n      was created\n"
1382                else
1383                   printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1384                   printf "\n           $filename"
1385                   printf "\n      cannot be created, because directory does not exist"
1386                   printf "\n      and cannot be created either"
1387                   printf "\n"
1388                   locat=output  ; exit
1389                fi 2>/dev/null
1390             else
1391                printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1392                printf "\n           $filename"
1393                printf "\n      cannot be created, although directory exists"
1394                printf "\n"
1395                locat=output  ; exit
1396             fi
1397          fi 2>/dev/null
1398       else
1399
1400             # DETERMINE THE CYCLE NUMBER
1401          ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1402          ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1403          while  read zeile
1404          do
1405
1406                # filename without path (i.e. after the last "/")
1407             basefilename=$(basename ${zeile})
1408
1409                # check if there is an extension
1410             extension=${basefilename##*.}
1411             if [[ "$extension" = "${extout[$i]}" ]]
1412             then
1413                basefilename=${basefilename%.*}
1414             fi
1415
1416                # check for an existing cycle number
1417             cycle=${basefilename##*.}
1418             if [[ $cycle =~ ^-?[0-9]+$ ]]
1419             then
1420                (( icycle = $cycle + 1 ))
1421             else
1422                (( icycle = 1 ))
1423             fi
1424
1425             if (( icycle > maxcycle ))
1426             then
1427                (( maxcycle = icycle ))
1428             fi
1429
1430          done <filelist
1431          rm filelist
1432       fi
1433
1434          # APPEND CYCLE NUMBER TO FILENAME AND CHECK, IF FILE CAN BE CREATED
1435          # IN CASE OF FILE-APPEND, FILE MUST BE APPENDED TO THE ONE WITH HIGHEST CYCLE NUMBER
1436       if [[ "${actionout[$i]}" != a ]]
1437       then
1438          if (( maxcycle > 0 ))
1439          then
1440             filename_tmp=${filename}.$maxcycle
1441             if  cat /dev/null > $filename_tmp 
1442             then
1443                rm  $filename_tmp
1444             else
1445                printf "\n  +++ OUTPUT-file:"
1446                printf "\n           $filename_tmp"
1447                printf "\n      cannot be created"
1448                locat=output  ; exit
1449             fi
1450          fi
1451       else
1452          (( maxcycle = maxcycle - 1 ))
1453       fi
1454       
1455       (( cycnum[$i] = maxcycle ))
1456       pathout[$i]=$filename
1457
1458    fi
1459 done
1460
1461
1462     # THE DVR-PACKAGE REQUIRES ITS OWN LIBRARY
1463 if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
1464 then
1465    if [[ "$dvr_inc" = "" ]]
1466    then
1467       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_inc\" given in configuration file"
1468       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1469       locat=dvr; exit
1470    fi
1471    if [[ "$dvr_lib" = "" ]]
1472    then
1473       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_lib\" given in configuration file"
1474       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1475       locat=dvr; exit
1476    fi
1477 fi
1478
1479
1480     # CHECK, WETHER A MAIN PROGRAM OR AN EXECUTABLE HAVE BEEN DECLARED.
1481     # EXECUTABLES DO NOT NEED TO BE COMPILED.
1482 if [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" = "" ]]
1483 then
1484    printf "\n  +++ neither main program nor executable defined"
1485    locat=source; exit
1486 elif [[ "$mainprog" != ""  &&  "$executable" != "" ]]
1487 then
1488    printf "\n  +++ main program as well as executable defined"
1489    locat=source; exit
1490 elif [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" != "" ]]
1491 then
1492    do_compile=false
1493 fi
1494
1495
1496    # CREATE SOURCE-DIRECTORY TO COLLECT ROUTINES TO BE COMPILED.
1497    # LATER THE MRUN-SCRIPT AND CONFIGURATION-FILE WILL ALSO BE COPIED TO THIS DIRECTORY.
1498 if [[ $restart_run != true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1499 then
1500    rm -rf  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1501    mkdir   SOURCES_FOR_RUN_$fname
1502 fi
1503
1504
1505    # COLLECT ALL ROUTINES TO BE COMPILED
1506    # THIS IS NOT REQUIRED WITHIN BATCH-JOBS, BECAUSE ROUTINES HAVE ALREADY BEEN COLLECTED
1507    # BY THE MRUN-CALL WHICH CREATED THE BATCH-JOB.
1508 if [[ $do_compile = true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1509 then
1510
1511    [[ "$source_list" = LM ]]  &&  source_list=LOCALLY_MODIFIED
1512
1513    if [[ "$source_list" = LOCALLY_MODIFIED ]]
1514    then
1515
1516          # DETERMINE MODIFIED FILES OF THE SVN WORKING COPY
1517       source_list=""
1518       cd  $source_path
1519
1520
1521          # CHECK, IF DIRECTORY IS UNDER SVN CONTROL
1522       if [[ ! -d .svn ]]
1523       then
1524          printf "\n\n  +++ source directory"
1525          printf "\n         \"$source_path\" "
1526          printf "\n         is not under control of \"subversion\"."
1527          printf "\n         Please do not use mrun-option \"-s LOCALLY_MODIFIED\"\n"
1528       fi
1529
1530
1531          # LIST ALL MODIFIED SOURCE CODE FILES
1532       Filenames=""
1533       svn status  >  tmp_mrun
1534       while  read line
1535       do
1536          firstc=`echo $line | cut -c1`
1537          if [[ $firstc = M  ||  $firstc = "?" ]]
1538          then
1539             Name=`echo "$line" | cut -c8-`
1540             extension=`echo $Name | cut -d. -f2`
1541             if [[ "$extension" = f90 || "$extension" = F90 || "$extension" = f || "$extension" = F || "$extension" = c ]]
1542             then
1543                Filenames="$Filenames "$Name
1544             fi
1545          fi
1546       done < tmp_mrun
1547
1548
1549          # COPY FILES TO SOURCES_FOR_RUN_...
1550       for  dateiname  in  $Filenames
1551       do
1552          cp  $dateiname  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1553          source_list=$source_list"$dateiname "
1554       done
1555
1556       cd -  > /dev/null
1557
1558
1559       # COPY FILES GIVEN BY OPTION -s TO DIRECTORY SOURCES_FOR_RUN_...
1560       # AUTOMATIC RESTART RUNS JUST ACCESS THE DIRECTORY CREATED BY THE INITIAL RUN
1561    elif [[ "$source_list" != ""  &&  $restart_run != true ]]
1562    then
1563
1564       cd  $source_path
1565
1566       for  filename  in  $source_list
1567       do
1568
1569             # SOURCE CODE FILE IS NOT ALLOWED TO INCLUDE PATH
1570          if [[ $(echo $filename | grep -c "/") != 0 ]]
1571          then
1572             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1573             printf "\n      must not contain (\"/\") "
1574             locat=source; exit
1575          fi
1576
1577          if [[ ! -f $filename ]]
1578          then
1579             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1580             printf "\n      does not exist"
1581             locat=source; exit
1582          else
1583             cp  $filename  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1584          fi
1585
1586       done
1587
1588       cd -  > /dev/null
1589
1590    fi
1591
1592
1593       # CHECK, IF A MAIN PROGRAM EXISTS AND IF IT IS PART OF THE LIST OF FILES
1594       # TO BE COMPILED. IF NOT, ADD IT TO THE LIST.
1595    if [[ $restart_run != true ]]
1596    then
1597
1598       if [[ ! -f "$source_path/$mainprog" ]]
1599       then
1600          printf "\n\n  +++ main program:  $mainprog"
1601          printf "\n      does not exist in source directory"
1602          printf "\n      \"$source_path\"\n"
1603          locat=source; exit
1604       else
1605          if [[ $(echo $source_list | grep -c $mainprog) = 0 ]]
1606          then
1607             cp  $source_path/$mainprog  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1608             source_list=${mainprog}" $source_list"
1609          fi
1610       fi
1611    fi
1612
1613
1614       # CHECK, IF MAKEFILE EXISTS AND COPY IT TO THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY
1615       # NOT REQUIRED FOR RESTART RUNS, SOURCES_FOR_RUN... HAS BEEN CREATED BY THE INITIAL RUN
1616    if [[ "$restart_run" != true ]]
1617    then
1618       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
1619       if [[ ! -f $makefile ]]
1620       then
1621          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
1622          locat=make; exit
1623       else
1624          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
1625       fi
1626    fi
1627
1628
1629       # COPY FILES FROM OPTIONAL SOURCE PATH GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
1630    if [[ $restart_run != true  &&  "$add_source_path" != "" ]]
1631    then
1632
1633          # DOES THE DIRECTORY EXIST?
1634       if [[ ! -d $add_source_path ]]
1635       then
1636          printf "\n\n  *** INFORMATIVE: additional source code directory"
1637          printf "\n      \"$add_source_path\" "
1638          printf "\n      does not exist or is not a directory."
1639          printf "\n      No source code will be used from this directory!\n"
1640          add_source_path=""
1641          if [[ $silent == false ]]
1642          then
1643             sleep 3
1644          fi
1645       else
1646
1647          cd $add_source_path
1648          found=false
1649
1650          Names=$(ls -1 *.f90 2>&1)
1651          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$Names"
1652          Names=$(ls -1 *.F90 2>&1)
1653          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1654          Names=$(ls -1 *.F 2>&1)
1655          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1656          Names=$(ls -1 *.f 2>&1)
1657          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1658          Names=$(ls -1 *.c 2>&1)
1659          [[ $(echo $Names | grep -c '*.c') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1660
1661          cd -  > /dev/null
1662          cd  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1663
1664             # COPY MAKEFILE IF EXISTING
1665          if [[ -f $add_source_path/Makefile ]]
1666          then
1667             printf "\n\n  *** user Makefile from directory"
1668             printf "\n      \"$add_source_path\" is used \n"
1669             if [[ $silent == false ]]
1670             then
1671                sleep 1
1672             fi
1673             cp  $add_source_path/Makefile  .
1674          fi
1675
1676          for  dateiname  in  $AddFilenames
1677          do
1678             if [[ -f $dateiname ]]
1679             then
1680                printf "\n  +++ source code file \"$dateiname\" found in additional"
1681                printf "\n      source code directory \"$add_source_path\" "
1682                printf "\n      but was also given with option \"-s\" which means that it should be taken"
1683                printf "\n      from directory \"$source_path\"."
1684                locat=source; exit
1685             fi
1686
1687             cp  $add_source_path/$dateiname  .
1688             source_list="$source_list $dateiname"
1689
1690                # CHECK IF FILE IS CONTAINED IN MAKEFILE
1691             if [[ $(grep -c $dateiname Makefile) = 0 ]]
1692             then
1693                printf "\n\n  +++ user file \"$dateiname\" "
1694                printf "\n      is not listed in Makefile \n"
1695                locat=source; exit
1696             else
1697
1698                if [[ $found = false ]]
1699                then
1700                   found=true
1701                   printf "\n\n  *** following user file(s) added to the"
1702                   printf " files to be translated:\n      "
1703                fi
1704                printf "$dateiname  "
1705                if [[ $silent == false ]]
1706                then
1707                   sleep 0.5
1708                fi
1709
1710             fi
1711          done
1712          [[ $found = true ]]  &&  printf "\n"
1713          cd -  > /dev/null
1714       fi
1715    fi
1716
1717
1718       # ADD ALL ROUTINES BELONGING TO SOFTWARE PACKAGES (GIVEN BY OPTION -p)
1719       # TO THE LIST OF FILES TO BE COMPILED
1720    if [[ $restart_run != true  &&  -n $package_list ]]
1721    then
1722
1723       cd  $source_path
1724
1725       for  package  in  $package_list
1726       do
1727
1728          [[ $package = "dvrp_graphics+1PE" ]]  &&  package=dvrp_graphics
1729
1730             # DETERMINE FILES BELONGING TO THE PACKAGE
1731             # ERROR MESSAGE ARE REDIRECTED TO /dev/null, BECAUSE WILDCARD (*) ALSO GIVES
1732             # THE NAME OF THE DIRECTORY
1733          package_source_list=`grep "defined( __$package " * 2>/dev/null | cut -f1 -d:`
1734
1735
1736             # ADD THESE FILES TO THE LIST OF FILES TO BE COMPILED,
1737             # IF THEY ARE NOT ALREADY PART OF THE LIST
1738          for  source_list_name  in  $package_source_list
1739          do
1740             if [[ $(echo $source_list | grep -c $source_list_name) = 0 ]]
1741             then
1742
1743                    # ONLY TAKE FILES WITH VALID SUFFIX
1744                ending=`echo $source_list_name | cut -f2 -d.`
1745                if [[ "$ending" = f90  ||  "$ending" = F90  ||  "$ending" = f  ||  "$ending" = F  ||  "$ending" = c ]]
1746                then
1747                   cp  $source_list_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1748                   source_list="$source_list $source_list_name"
1749                fi
1750             fi
1751          done
1752       done
1753
1754       cd -  > /dev/null
1755    fi
1756
1757 fi  # do_compile=true
1758
1759
1760    # IF SOURCE CODE IS TO BE COMPILED, DO SOME MORE CHECKS
1761    # AND SET PRE-PROCESSOR DIRECTIVES
1762 if [[ $do_compile = true  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
1763 then
1764
1765       # SET PREPROCESSOR-DIRECTIVES TO SELECT OPERATING SYSTEM SPECIFIC CODE
1766    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1767    then
1768       cpp_options="${cpp_options},-D__ibm=__ibm"
1769    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = nec ]]
1770    then
1771       cpp_options="$cpp_options -D__nec"
1772    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-2) = lc ]]
1773    then
1774       cpp_options="$cpp_options -D__lc"
1775    else
1776       cpp_options="$cpp_options -D__$localhost"
1777    fi
1778
1779       # SET DIRECTIVES GIVEN BY OPTION -K (E.G. parallel)
1780    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1781    then
1782       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond1=__$cond1"
1783       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond2=__$cond2"
1784    else
1785       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond1"
1786       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond2"
1787    fi
1788
1789       # SET DIRECTIVES FOR ACTIVATING SOFTWARE-PACKAGES (OPTION -p)
1790    if [[ -n $package_list ]]
1791    then
1792       for  package  in  $package_list
1793       do
1794          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1795          then
1796             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1797             then
1798                cpp_options="${cpp_options},-D__$package=__$package"
1799             else
1800                cpp_options="${cpp_options},-D__dvrp_graphics=__dvrp_graphics"
1801                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1802             fi
1803          else
1804             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1805             then
1806                cpp_options="$cpp_options -D__$package"
1807             else
1808                cpp_options="$cpp_options -D__dvrp_graphics"
1809                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1810             fi
1811          fi
1812       done
1813    fi
1814
1815 else
1816
1817
1818       # FOR LOCAL RUNS CHECK AGAIN, IF EXECUTABLE EXISTS
1819    if [[ $do_remote = false ]]
1820    then
1821       if [[ ! -f $executable ]]
1822       then
1823          printf "\n  +++ executable file:  $executable"
1824          printf "\n      does not exist"
1825          locat=executable; exit
1826       fi
1827    fi
1828 fi
1829
1830
1831    # DETERMINE THE JOB MODE
1832 if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1833 then
1834    if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
1835    then
1836       batch_job=.TRUE.
1837       jobmo=BATCH
1838    else
1839       batch_job=.FALSE.
1840       jobmo=INTERACTIVE
1841    fi 
1842 else
1843    if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH  ||  "$PJM_ENVIRONMENT" = BATCH ]]
1844    then
1845       batch_job=.TRUE.
1846       jobmo=BATCH
1847    else
1848       batch_job=.FALSE.
1849       jobmo=INTERACTIVE
1850    fi
1851 fi
1852
1853    # NO INTERACTIVE RUNS ALLOWED ON LCTIT
1854 if [[ $host = lctit  &&  $jobmo = INTERACTIVE  &&  $do_batch = false ]]
1855 then
1856    printf "\n  +++ no interactive runs allowed on host \"$host\" "
1857    printf "\n      please submit batch job using mrun option \"-b\" \n"
1858    locat=normal; exit
1859 fi
1860
1861
1862    # CHECK, IF USER DEFINED A COMPILER
1863 if [[ "$compiler_name" = "" ]]
1864 then
1865
1866    printf "\n  +++ no compiler specified for \"$host $cond1 $cond2\""
1867    locat=compiler_name; exit
1868
1869 fi
1870
1871
1872    # DETERMINE THE NAME OF MRUN'S TEMPORARY WORKING DIRECTORY
1873
1874    # ON HLRN-III, USE THE QUEUING NAME. OTHERWISE USE USERNAME AND RANDOM NUMBER
1875 if [[ $do_batch = false && $(echo $host | cut -c1-6) = lccray ]]
1876 then
1877    kennung=$(checkjob $PBS_JOBID | grep Reservation | cut -d" " -s -f2 | cut -d"." -s -f2 | sed "s/['\"]//g")
1878    if [[ "$kennung" = "" ]]
1879    then
1880       kennung=$RANDOM
1881    fi
1882 else
1883    kennung=$RANDOM
1884 fi
1885
1886 if [[ "$tmp_user_catalog" = "" ]]
1887 then
1888    if [[ $localhost = ibmh ]]
1889    then
1890       tmp_user_catalog=$SCRATCH
1891    else
1892       tmp_user_catalog=/tmp
1893    fi
1894 fi
1895 TEMPDIR=$tmp_user_catalog/${usern}.$kennung
1896
1897
1898    # DETERMINE THE NAME OF THE DIRECTORY WHICH IS USED TO TEMPORARILY STORE DATA FOR RESTART RUNS
1899 if [[ "$tmp_data_catalog" = "" ]]
1900 then
1901    tmp_data_catalog=/tmp/mrun_restart_data
1902 fi
1903
1904
1905    # IN CASE OF LOCAL RUNS REPLACE ENVIRONMENT VARIABLES BY THEIR VALUES
1906 if [[ $do_remote = false  &&  $do_compile = true  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
1907 then
1908    eval  fopts=\"$fopts\"
1909    eval  lopts=\"$lopts\"
1910 fi
1911
1912
1913    # DETERMINE COMPILE- AND LINK-OPTIONS
1914 fopts="$fopts $netcdf_inc $fftw_inc $dvr_inc"
1915 lopts="$lopts $netcdf_lib $fftw_lib $dvr_lib"
1916 XOPT="-X $numprocs"
1917
1918
1919    # CHECK THE CPU-LIMIT. IT MUST BE GIVEN FOR BATCH-JOBS AND IS COMMUNICATED TO THE
1920    # EXECUTABLE VIA NAMELIST-PARAMETER cputime
1921 done=false
1922 while [[ $done = false ]]
1923 do
1924    cputime=$cpumax
1925    if (( $cputime == 0 ))
1926    then
1927       if [[ $do_batch = true ]]
1928       then
1929          printf "\n  +++ cpu-time is undefined"
1930          printf "\n  >>> Please type CPU-time in seconds as INTEGER:"
1931          printf "\n  >>> "
1932          read  cputime  1>/dev/null  2>&1
1933       else
1934          cputime=10000000   # NO CPU LIMIT FOR INTERACTIVE RUNS
1935       fi
1936    else
1937       done=true
1938    fi
1939    cpumax=$cputime
1940 done
1941
1942 (( minuten = cputime / 60 ))
1943 (( sekunden = cputime - minuten * 60 ))
1944
1945
1946    # CHECK THE MEMORY DEMAND
1947 if [[ $do_batch = true ]]
1948 then
1949    done=false
1950    while [[ $done = false ]]
1951    do
1952       if (( memory == 0 ))
1953       then
1954          printf "\n  +++ memory demand is undefined"
1955          printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
1956          printf "\n  >>> "
1957          read  memory  1>/dev/null  2>&1
1958       else
1959          done=true
1960       fi
1961    done
1962 fi
1963
1964
1965    # IN CASE OF REMOTE-JOBS CHECK, IF A USERNAME FOR THE REMOTE HOST IS GIVEN
1966 if [[ $do_remote = true  &&  -z $remote_username ]]
1967 then
1968    while [[ -z $remote_username ]]
1969    do
1970       printf "\n  +++ username on remote host \"$host\" is undefined"
1971       printf "\n  >>> Please type username:"
1972       printf "\n  >>> "
1973       read  remote_username
1974    done
1975    mc="$mc -u$remote_username"
1976 fi
1977
1978    # CHECK FOR INITIAL COMMANDS AFTER LOGIN
1979 if [[ "$login_init_cmd" != "" ]]
1980 then
1981    export init_cmds="${login_init_cmd};"
1982 fi
1983
1984
1985    # SET THE MODULE-LOAD COMMAD AND EXPORT IT FOR subjob
1986 if [[ "$modules" != "" ]]
1987 then
1988    if [[ $host = lctit ]]
1989    then
1990       export module_calls=". $modules"
1991    else
1992       export module_calls="module load ${modules};"
1993    fi
1994 fi
1995
1996    # OUTPUT OF THE MRUN-HEADER
1997 calltime=$(date)
1998 printf "\n"
1999 printf "#------------------------------------------------------------------------# \n"
2000 printf "| %-35s%35s | \n" "$version" "$calltime"
2001 printf "|                                                                        | \n"
2002 spalte1="called on:"; spalte2=$localhost_realname
2003 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2004 if [[ $do_remote = true ]]
2005 then
2006    spalte1="execution on:"; spalte2="$host (username: $remote_username)"
2007 else
2008    spalte1="execution on:"; spalte2="$host ($localhost_realname)"
2009 fi
2010 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2011 if [[ -n $numprocs ]]
2012 then
2013    if [[ $run_coupled_model = false ]]
2014    then
2015       spalte1="number of PEs:"; spalte2=$numprocs
2016    else
2017       spalte1="number of PEs:"; spalte2="$numprocs  (atmosphere: $numprocs_atmos, ocean: $numprocs_ocean)"
2018    fi
2019    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2020 fi
2021 if [[ -n $tasks_per_node ]]
2022 then
2023    spalte1="tasks per node:"; spalte2="$tasks_per_node (number of nodes: $nodes)"
2024    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2025    if (( remaining_pes > 0 ))
2026    then
2027       spalte1=" "; spalte2="one of the nodes only filled with $remaining_pes tasks"
2028       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2029    fi
2030 fi
2031 if [[ $maximum_parallel_io_streams != $numprocs ]]
2032 then
2033    spalte1="max par io streams:"; spalte2="$maximum_parallel_io_streams"
2034    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2035 fi
2036 if [[ $use_openmp = true ]]
2037 then
2038    spalte1="threads per task:"; spalte2="$threads_per_task"
2039    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2040 fi
2041 printf "|                                                                        | \n"
2042 if [[ $do_compile = true ]]
2043 then
2044    if [[ "$mopts" != "" ]]
2045    then
2046       spalte1="make options:"; spalte2=$(echo "$mopts" | cut -c-45)
2047       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2048       zeile=$(echo "$mopts" | cut -c46-)
2049       while [[ "$zeile" != "" ]]
2050       do
2051          spalte1=""
2052          spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2053          printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2054          zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2055       done
2056    fi
2057
2058    spalte1="cpp directives:"; spalte2=$(echo "$cpp_options" | cut -c-45)
2059    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2060    zeile=$(echo "$cpp_options" | cut -c46-)
2061    while [[ "$zeile" != "" ]]
2062    do
2063       spalte1=""
2064       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2065       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2066       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2067    done
2068
2069    spalte1="compiler options:"; spalte2=$(echo "$fopts" | cut -c-45)
2070    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2071    zeile=$(echo "$fopts" | cut -c46-)
2072    while [[ "$zeile" != "" ]]
2073    do
2074       spalte1=""
2075       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2076       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2077       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2078    done
2079
2080    spalte1="linker options:"; spalte2=$(echo "$lopts" | cut -c-45)
2081    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2082    zeile=$(echo "$lopts" | cut -c46-)
2083    while [[ "$zeile" != "" ]]
2084    do
2085       spalte1=""
2086       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2087       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2088       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2089    done
2090
2091    spalte1="modules to be load:"; spalte2=$(echo "$modules" | cut -c-45)
2092    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2093    zeile=$(echo "$modules" | cut -c46-)
2094    while [[ "$zeile" != "" ]]
2095    do
2096       spalte1=""
2097       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2098       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2099       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2100    done
2101
2102    spalte1="main program:"; spalte2=$mainprog
2103    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2104 else
2105    spalte1=executable:; spalte2=$executable
2106    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2107 fi
2108 printf "|                                                                        | \n"
2109 spalte1="base name of files:"; spalte2=$fname
2110 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2111 if [[ $fname != $afname ]]
2112 then
2113    spalte1="base name of input files:"; spalte2=$afname
2114    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2115 fi
2116 spalte1="INPUT control list:"; spalte2=$(echo $input_list)
2117 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2118 spalte1="OUTPUT control list:"; spalte2=$(echo $output_list)
2119 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2120
2121 if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
2122 then
2123    printf "| %-35s%-35s | \n" "suffix \"_O\" is added to local files" " "
2124 fi
2125
2126 if [[ $do_batch = true  ||  "$LOADLBATCH" = yes ]]
2127 then
2128    spalte1="memory demand / PE":; spalte2="$memory MB"
2129    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2130    spalte1=CPU-time:; spalte2="$minuten:$sekunden"
2131    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2132 fi
2133
2134 if [[ $do_compile = true ]]
2135 then
2136    printf "|                                                                        | \n"
2137    printf "| Files to be compiled:                                                  | \n"
2138    zeile=$source_list
2139    while [[ "$zeile" != "" ]]
2140    do
2141       linestart=$(echo $zeile | cut -c-70)
2142       printf "| %-70s | \n" "$linestart"
2143       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c71-)
2144    done
2145 fi
2146 printf "#------------------------------------------------------------------------#"
2147
2148
2149
2150    # OUTPUT OF FILE CONNECTIONS IN CASE OF TRACEBACK
2151 if [[ $do_trace = true ]]
2152 then
2153    (( i = 0 ))
2154    while (( i < iin ))
2155    do
2156       (( i = i + 1 ))
2157       if (( i == 1 ))
2158       then
2159          printf "\n\n >>> INPUT-file assignments:\n"
2160       fi
2161       printf "\n     ${localin[$i]} :  ${absnamein[$i]}"
2162    done
2163    (( i = 0 ))
2164    while (( i < iout ))
2165    do
2166       (( i = i + 1 ))
2167       if (( i == 1 ))
2168       then
2169          printf "\n\n >>> OUTPUT-file assignments:\n"
2170       fi
2171       printf "\n     ${localout[$i]} :  ${pathout[$i]}"
2172    done
2173    (( i = 0 ))
2174    while (( i < iic ))
2175    do
2176       (( i = i + 1 ))
2177       if (( i == 1 ))
2178       then
2179          printf "\n\n >>> INPUT-commands:\n"
2180       fi
2181       printf "\n     ${in_command[$i]}" 
2182    done
2183    (( i = 0 ))
2184    while (( i < ioc ))
2185    do
2186       (( i = i + 1 ))
2187       if (( i == 1 ))
2188       then
2189          printf "\n\n >>> OUTPUT-commands:\n"
2190       fi
2191       printf "\n     ${out_command[$i]}" 
2192    done
2193 fi
2194
2195    # QUERY FOR CONTINUE (ON LOCAL MACHINES ONLY)
2196 if [[ $remotecall = false  &&  $silent = false  &&  $jobmo != BATCH ]]
2197 then
2198    antwort=dummy
2199    printf "\n\n"
2200    printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2201    while  read antwort
2202    do
2203       if [[ "$antwort" != y  &&  "$antwort" != Y  &&  "$antwort" != n  &&  "$antwort" != N ]]
2204       then
2205          printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2206       else
2207          break
2208       fi
2209    done
2210    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
2211    then
2212       locat=user_abort; (( iec = 0 )); exit
2213    fi
2214    if [[ $do_batch = true ]]
2215    then
2216       printf " >>> batch-job will be created and submitted"
2217    else
2218       printf " >>> MRUN will now continue to execute on this machine"
2219    fi
2220 fi
2221
2222 
2223    # DETERMINE PATH FOR MAKE DEPOSITORY
2224 if [[ $do_batch = false  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
2225 then
2226
2227    line=""
2228    grep "%depository_path" $config_file  >  tmp_mrun
2229    while read line
2230    do
2231       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2232       then
2233          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f3)" = "" ]]
2234          then
2235             global_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2236          fi
2237       fi
2238    done < tmp_mrun
2239
2240    line=""
2241    grep  " $localhost" $config_file | grep "%depository_path"  >  tmp_mrun
2242    while read line
2243    do
2244       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2245       then
2246          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f4)" = "$cond1"  &&  "$(echo $line | cut -d" " -s -f5)" = "$cond2" ]]
2247          then
2248             local_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2249          fi
2250       fi
2251    done < tmp_mrun
2252
2253    if [[ "$local_depository_path" = "" ]]
2254    then
2255       if [[ "$global_depository_path" != "" ]]
2256       then
2257          local_depository_path=$global_depository_path
2258       else
2259          printf "\n\n  +++ no depository path found in configuration file"
2260          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
2261          printf "\n      please set \"\%depository_path\" in configuration file\n"
2262          locat=config_file; exit
2263       fi
2264    fi
2265    eval local_depository_path=$local_depository_path
2266    [[ "$cond1" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond1
2267    [[ "$cond2" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond2
2268
2269
2270    basename=`echo $mainprog | cut -f1 -d"."`
2271    eval make_depository=${local_depository_path}/${basename}_current_version.tar
2272    if [[ ! -f $make_depository ]]
2273    then
2274       printf "\n"
2275       printf "\n  *** WARNING: make depository \"$make_depository\" not found"
2276       printf "\n               \"make\" will fail, if the Makefile or other source files are missing\n"
2277    fi
2278
2279 fi
2280
2281
2282    # NOW PERFORM THOSE ACTIONS REQUIRED TO EXECUTE THE PROGRAM (PALM) ON THIS MACHINE
2283    # (COMPILING/LINKING, EXECUTING, COPYING I/O FILES)
2284 if [[ $do_batch = false ]]
2285 then
2286
2287
2288       # CREATE THE TEMPORARY WORKING DIRECTORY
2289    mkdir -p  $TEMPDIR
2290    chmod  go+rx  $TEMPDIR
2291    tmpcreate=true
2292
2293
2294       # COPY EITHER THE COMPLETE SOURCE CODE FILES TO BE COMPILED OR THE EXECUTABLE
2295       # INTO THE TEMPORARY WORKING DIRECTORY
2296    if [[ $do_compile = true ]]
2297    then
2298
2299       TEMPDIR_COMPILE=$TEMPDIR
2300
2301       cp  $make_depository  $TEMPDIR_COMPILE
2302       cd  $TEMPDIR_COMPILE
2303       tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
2304       cd -  > /dev/null
2305
2306          # DUE TO UNKNOWN REASONS, COPY WITH cp COMMAND CREATES CORRUPT
2307          # FILES ON CRAY XC30 SYSTEMS (HLRN III), rsync IS USED INSTEAD
2308       if [[ $(echo $host | cut -c1-6) = lccray ]]
2309       then
2310          rsync -av -t  SOURCES_FOR_RUN_$fname/*  $TEMPDIR_COMPILE  >  /dev/null
2311       else
2312          cp  SOURCES_FOR_RUN_$fname/*  $TEMPDIR_COMPILE  >  /dev/null
2313       fi
2314
2315    else
2316
2317       cp  $executable   ${TEMPDIR}/a.out
2318
2319    fi
2320
2321
2322       # CHANGE TO THE TEMPORARY WORKING DIRECTORY
2323    cd  $TEMPDIR
2324    printf "\n  *** changed to temporary directory: $TEMPDIR"
2325
2326
2327       # IF REQUIRED, START WITH COMPILING
2328    if [[ $do_compile = true ]]
2329    then
2330
2331
2332       if [[ -f a.out ]]
2333       then
2334
2335             # EXECUTABLE WAS CREATED DURING INTERACTIVE CALL OF MRUN
2336          printf "\n\n\n  *** executable a.out found"
2337          printf "\n      no compilation required \n"
2338
2339       else
2340
2341             # COMPILING WITH MAKE (ON NEC COMPILER IS CALLED ON HOST CROSS)
2342          printf "\n\n\n  *** compilation starts \n$dashes\n"
2343          printf "  *** compilation with make using following options:\n"
2344          printf "      make depository:          $make_depository"
2345          if [[ "$mopts" != "" ]]
2346          then
2347             printf "      make options:             $mopts\n"
2348          fi
2349          printf "      compilername:             $compiler_name\n"
2350          printf "      compiler options:         $fopts\n"
2351          printf "      preprocessor directives:  $cpp_options \n"
2352          printf "      linker options:           $lopts \n"
2353          if [[ "$modules" != "" ]]
2354          then
2355             printf "      modules to be load:       $modules \n"
2356          fi
2357          printf "      source code files:        $source_list \n"
2358
2359          if [[ $localhost = ibmh ]]
2360          then
2361             printf "      compiler is called via ssh on \"plogin1\" \n"
2362             ssh  $SSH_PORTOPT  plogin1  -l $usern  "$init_cmds export PATH=/sw/ibm/xlf/13.1.0.8/usr/bin:$PATH; $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2363             [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2364             continue   # STATUS=1, IF a.out EXISTS
2365          elif [[ $localhost = lcocean ]]
2366          then 
2367             printf "      compiler is called via ssh on \"ocean\" \n"
2368             echo $PWD
2369             ssh  $SSH_PORTOPT  ocean  -l $usern  "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2370             [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2371            continue   # STATUS=1, IF a.out EXISTS
2372          elif [[ $localhost = lcbullhh  ||  $localhost = lccrayb  ||  $localhost = lccrayf ||  $localhost = lccrayh ]]
2373          then
2374             make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2375          elif [[ $localhost = lceddy ]]
2376          then
2377             which mpifc
2378             make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2379          elif [[ $localhost = lcgeohu ]]
2380          then 
2381             printf "      compiler is called via ssh on \"cirrus\" \n"
2382             ssh  $SSH_PORTOPT  cirrus.geo.hu-berlin.de -l $usern "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out F90=$compiler_name COPT=\"$cpp_options\" F90FLAGS=\"$fopts\" LDFLAGS=\"$lopts\" "
2383#             this check did not work. Although a.out exists, it sets compile_error to true!
2384#             [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2385             continue   # STATUS=1, IF a.out EXISTS
2386          else
2387             [[ "$init_cmds" != "" ]]  &&  eval $init_cmds
2388             [[ "$module_calls" != "" ]]  &&  eval $module_calls
2389             make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2390          fi
2391
2392          if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
2393          then
2394             printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
2395             locat=compile
2396
2397             exit
2398          else
2399             printf "$dashes\n  *** compilation finished \n"
2400          fi
2401
2402       fi
2403
2404    fi
2405
2406
2407       # PROVIDE THE INPUT FILES
2408       # LOOP OVER ALL ACTIVATED FILES (LISTED IN THE CONFIGURATION FILE)
2409    (( i = 0 ))
2410    while (( i < iin ))
2411    do
2412       (( i = i + 1 ))
2413       if (( i == 1 ))
2414       then
2415          printf "\n\n  *** providing INPUT-files:\n$dashes"
2416       fi
2417
2418
2419          # SKIP OPTIONAL FILES, IF THEY DO NOT EXIST
2420       if [[ "${transin[$i]}" = unavailable ]]
2421       then
2422          if [[ "${extin[$i]}" = ""  ||  "${extin[$i]}" = " " ]]
2423          then
2424             printf "\n  *** INFORMATIVE: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}\" "
2425             printf "\n                   is not available!"
2426          else
2427             printf "\n  *** INFORMATIVE: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}.${extin[$i]}\" "
2428             printf "\n                   is not available!"
2429          fi
2430          continue
2431       fi
2432
2433          # CHECK FOR SINGLE FILE (SERIAL RUN) OR DIRECTORY (ONE FILE PER CORE FOR PARELLEL EXECUTION)
2434       files_for_pes=false; datentyp=file
2435       if [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
2436       then
2437          files_for_pes=true; datentyp=files
2438          actionin[$i]=""
2439       elif [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
2440       then
2441          actionin[$i]=""
2442       elif [[ "${actionin[$i]}" = lnpe  &&  -n $numprocs ]]
2443       then
2444          files_for_pes=true; datentyp=files
2445          actionin[$i]="ln"
2446       elif [[ "${actionin[$i]}" = lnpe  &&  ! -n $numprocs ]]
2447       then
2448          actionin[$i]="ln"
2449       fi
2450
2451       if [[ $files_for_pes = true ]]
2452       then
2453          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}/....  to  ${localin[$i]}"
2454       else
2455          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}  to  ${localin[$i]}"
2456       fi
2457
2458          # INPUT-FILES TO BE LINKED
2459       if [[ "${actionin[$i]}" = ln ]]
2460       then
2461
2462          printf "\n      $datentyp will be linked"
2463          if [[ $files_for_pes = false ]]
2464          then
2465             if [[ -f "${absnamein[$i]}" ]]
2466             then
2467                ln  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
2468                got_tmp[$i]=true
2469             fi
2470          else
2471             if [[ -d "${absnamein[$i]}" ]]
2472             then
2473                mkdir  ${localin[$i]}
2474                cd ${absnamein[$i]}
2475                for file in $(ls *)
2476                do
2477                   ln $file $TEMPDIR/${localin[$i]}
2478                done >|/dev/null 2>&1
2479                cd $TEMPDIR
2480             fi
2481
2482                # IF "ln -f" HAS FAILED DO A NORMAL COPY "cp -r"
2483             if [[ ! -f "${localin[$i]}/_000000" ]]
2484             then
2485                printf "\n  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)"
2486                cp -r  ${absnamein[$i]}/*  ${localin[$i]}
2487             fi
2488
2489             got_tmp[$i]=true
2490          fi
2491       fi
2492
2493          # FILE IS STORED IN THE RESPECTIVE DIRECTORY GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
2494       if [[ "${actionin[$i]}" = ""  ||  "${actionin[$i]}" = "di"  ||  "${actionin[$i]}" = "npe" ]]
2495       then
2496
2497          if [[ "${actionin[$i]}" = "npe"  &&  -n $numprocs ]]
2498          then
2499
2500                # FILE COPIES ARE PROVIDED FOR ALL CORES
2501                # EACH FILE GETS A UNIQUE FILENAME WITH A FOUR DIGIT NUMBER
2502             printf "\n      file will be provided for $numprocs processors"
2503             mkdir  ${localin[$i]}
2504             ival=$numprocs
2505             (( ii = 0 ))
2506             while (( ii <= ival-1 ))
2507             do
2508                if (( ii < 10 ))
2509                then
2510                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_000$ii
2511                elif (( ii < 100 ))
2512                then
2513                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_00$ii
2514                elif (( ii < 1000 ))
2515                then
2516                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_0$ii
2517                else
2518                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_$ii
2519                fi
2520                (( ii = ii + 1 ))
2521             done
2522
2523          else
2524
2525             if [[ $files_for_pes = true ]]
2526             then
2527
2528                   # PROVIDE FILES FOR EACH CORE
2529                   # FIRST CREATE THE LOCAL DIRECTORY, THEN COPY FILES
2530                   # FROM THE PERMANENT DIRECTORY BY LINKING THEM TO THE LOCAL ONE
2531                printf "\n      providing $numprocs files for the respective processors"
2532                mkdir  ${localin[$i]}
2533                        if [[ $link_local_input = true ]]
2534                              then
2535                                 printf "      files will be linked\n"
2536                                 cd ${absnamein[$i]}
2537                                 for file in $(ls *)
2538                                 do
2539                                    ln -f $file  ${localin[$i]}
2540                                 done
2541                                 cd $TEMPDIR
2542                              fi
2543
2544                   # IF "ln -f" FAILED OR IF "$link_local_input = false" DO A NORMAL "cp -r"
2545                              if [[ ! -f "${localin[$i]}/_000000" ]]
2546                              then
2547                                 if [[ $link_local_input = true ]]
2548                                        then
2549                                        printf "\n  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)"
2550                                 fi
2551                                 cp -r  ${absnamein[$i]}/*  ${localin[$i]}
2552                              fi
2553
2554             else
2555
2556                   # PROVIDE FILE FOR RUNS ON A SINGLE CORE
2557                        if [[ $link_local_input = true ]]
2558                        then
2559                                 printf "      file will be linked\n"
2560                                 ln -f  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
2561                        fi
2562                                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp"
2563                        if [[ ! -f "${localin[$i]}" ]]
2564                then
2565                                 if [[ $link_local_input = true ]]
2566                          then
2567                      printf "\n  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)"
2568                                 fi
2569                                 cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
2570                fi
2571             fi
2572          fi
2573       fi
2574
2575    done
2576    if (( i != 0 ))
2577    then
2578       printf "\n$dashes\n  *** all INPUT-files provided \n"
2579    fi
2580
2581
2582       # EXECUTE INPUT-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
2583    (( i = 0 ))
2584    while (( i < iic ))
2585    do
2586       (( i = i + 1 ))
2587       if (( i == 1 ))
2588       then
2589          printf "\n\n  *** execution of INPUT-commands:\n$dashes"
2590       fi
2591       printf "\n  >>> ${in_command[$i]}"
2592       eval  ${in_command[$i]}
2593       if (( i == iic ))
2594       then
2595          printf "\n$dashes\n"
2596       fi
2597    done
2598
2599
2600       # SET THE REMAINING CPU-TIME
2601    cpurest=${cpumax}.
2602
2603
2604       # START DVR STREAMING SERVER
2605    if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
2606    then
2607       if [[ "$dvr_server" != "" ]]
2608       then
2609
2610          printf "\n\n  *** preparing the dvr streaming server configuration file"
2611
2612             # CHECK, IF A DVR SERVER IS ALREADY RUNNING
2613          running_dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config | grep -v grep) | cut -d" " -f2`
2614          if [[ "$running_dvrserver_id" != "" ]]
2615          then
2616
2617             printf "\n\n  +++ WARNING: A dvr server with id=$running_dvrserver_id is already running!"
2618             printf "\n      This server is used instead starting a new one!"
2619             printf "\n      If required, script \"process_dvr_output\" has to be run manually."
2620
2621          else
2622
2623                # COPY CONFIGURATION FILE FOR STREAMING SERVER FROM REPOSITORY TO HERE
2624             if [[ -f ${PALM_BIN}/.dvrserver.config ]]
2625             then
2626                cp  ${PALM_BIN}/.dvrserver.config  .
2627
2628                   # ENTERING THE BASEDIR, UID AND GID INTO THIS FILE
2629                user_id=`id -u`
2630                group_id=`id -g`
2631
2632                   # "&" IS REQUIRED AS A SEPERATOR, BECAUSE TEMPDIR CONTAINS "/"
2633                sed "s&<replace by dvr data directory>&${TEMPDIR}&g" .dvrserver.config > .dvrserver.1
2634                sed "s/<replace by user id>/$user_id/g"    .dvrserver.1 > .dvrserver.2
2635                sed "s/<replace by group id>/$group_id/g"  .dvrserver.2 > .dvrserver.3
2636                mv  .dvrserver.3  .dvrserver.config
2637                rm  .dvrserver.1  .dvrserver.2
2638
2639                   # START DVR SERVER IN BACKGROUND, GET HIS ID AND PRINT ON TERMINAL
2640                $dvr_server  .dvrserver.config  >>  DVR_LOGFILE  2>&1  &
2641                dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config) | cut -d" " -f2`
2642                printf "\n  *** streaming server with id=$dvrserver_id is started in background"
2643                local_dvrserver_running=.TRUE.
2644             else
2645                printf "\n  +++ missing file \".dvrserver.config\" in directory:"
2646                printf "\n      \"$PALM_BIN\" "
2647                locat=dvr
2648                exit
2649             fi
2650
2651          fi
2652
2653       else
2654          printf "\n\n  --- INFORMATIVE: no dvr streaming server will be started"
2655       fi
2656    fi
2657
2658
2659       # CREATE THE NAMELIST-FILE WITH VALUES OF ENVIRONMENT-VARIABLES REQUIRED BY PALM
2660       # (FILE ENVPAR WILL BE READ BY PALM)
2661    cat  >  ENVPAR  <<  EOF
2662 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$localhost',
2663          write_binary = .${write_binary}., tasks_per_node = $tasks_per_node,
2664          maximum_parallel_io_streams = $maximum_parallel_io_streams,
2665          maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
2666          revision = '$global_revision',
2667          local_dvrserver_running = $local_dvrserver_running,
2668          batch_job = $batch_job /
2669
2670EOF
2671
2672
2673       # STARTING THE EXECUTABLE
2674    printf "\n\n  *** execution starts in directory\n      \"`pwd`\"\n$dashes\n"
2675    PATH=$PATH:$TEMPDIR
2676
2677
2678    if [[ $execute_command != "none" ]]
2679    then
2680
2681        printf "\n  +++ branch still not realized"
2682        locat=execution
2683        exit
2684
2685    else
2686
2687          # MPI DEBUG OPTION (ARGUMENT CHECKING, SLOWS DOWN EXECUTION DUE TO INCREASED LATENCY)
2688       if [[ "$mpi_debug" = true ]]
2689       then
2690          export MPI_CHECK_ARGS=1
2691          printf "\n  +++ MPI_CHECK_ARGS=$MPI_CHECK_ARGS"
2692       fi
2693
2694       if [[ "$totalview" = true ]]
2695       then
2696          printf "\n *** totalview debugger will be used"
2697          tv_opt="-tv"
2698       else
2699          tv_opt=""
2700       fi
2701
2702       if [[ "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ]]
2703       then
2704
2705             #Interactive ALLINEA DEBUG seesion
2706          if [[ "$ENVIRONMENT" != BATCH ]]
2707          then
2708             if [[ $host = lccrayb || $host = lccrayh ]]
2709             then
2710                if [[ "$allinea" = true ]]
2711                then
2712                   echo "--- aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  < runfile_atmos"
2713
2714                   ddt  aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out
2715                   wait
2716                fi         
2717             fi
2718          fi
2719
2720          if [[ $localhost = ibmh ]]
2721          then
2722
2723                # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
2724             export MP_SHARED_MEMORY=yes
2725             export AIXTHREADS_SCOPE=S
2726             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
2727             export AUTHSTATE=files
2728             export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
2729
2730                # FOLLOWING OPTIONS ARE MANDATORY FOR TOTALVIEW
2731             export MP_ADAPTER_USE=shared
2732             export MP_CPU_USE=multiple
2733             export MP_TIMEOUT=1200
2734
2735             unset  MP_TASK_AFFINITY
2736
2737             if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
2738             then
2739                totalview   poe  a.out
2740             else
2741                echo totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1
2742                export TVDSVRLAUNCHCMD=ssh
2743                totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1
2744             fi
2745
2746          fi  # END DEBUG MODE
2747
2748       else
2749
2750             # NORMAL EXECUTION
2751          if [[ -n $numprocs ]]
2752          then
2753
2754                # RUNNING THE PROGRAM ON PARALLEL MACHINES
2755             if [[ $(echo $host | cut -c1-3) = ibm ]]
2756             then
2757
2758                   # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
2759                if [[ $host != ibmh  &&  $host != ibmkisti ]]
2760                then
2761                   export MP_SHARED_MEMORY=yes
2762                   export AIXTHREAD_SCOPE=S
2763                   export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
2764                   export XLSMPOPTS="spins=0:yields=0:stack=20000000"
2765                   export AUTHSTATE=files
2766                   export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
2767                   #  export MP_PRINTENV=yes
2768
2769                      # TUNING-VARIABLES TO IMPROVE COMMUNICATION SPEED
2770                      # DO NOT SHOW SIGNIFICANT EFFECTS (SEP 04, FEDERATION-SWITCH)
2771                   export MP_WAIT_MODE=poll
2772                   [[ $node_usage = not_shared ]]  &&  export MP_SINGLE_THREAD=yes
2773                fi
2774
2775                if [[ $host = ibmkisti ]]
2776                then
2777                   export LANG=en_US
2778                   export MP_SHARED_MEMORY=yes
2779                   if [[ $threads_per_task = 1 ]]
2780                   then
2781                      export MP_SINGLE_THREAD=yes
2782                      export MEMORY_AFFINITY=MCM
2783                   else
2784                      export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
2785                   fi
2786                fi
2787
2788                if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
2789                then
2790                   printf "\n--- Control: OMP_NUM_THREADS = \"$OMP_NUM_THREADS\" \n"
2791                   if [[ "$cond1" = hpmcount  ||  "$cond2" = hpmcount ]]
2792                   then
2793                      /opt/optibm/HPM_2_4_1/bin/hpmcount  a.out
2794                   else
2795                      if [[ $run_coupled_model = false ]]
2796                      then
2797                         if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
2798                         then
2799                            echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
2800                         else
2801                            echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
2802                         fi
2803                      else
2804                         (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
2805                         (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
2806                         printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
2807                         printf "\n\n"
2808                         echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
2809                      fi
2810                      poe ./a.out  <  runfile_atmos
2811                   fi
2812                else
2813                   if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibms ]]
2814                   then
2815                      poe  a.out  -procs $numprocs  -nodes 1  -rmpool 0
2816                   elif [[ $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku ]]
2817                   then
2818                      if [[ -f $hostfile ]]
2819                      then
2820                         cp  $hostfile  hostfile
2821                      else
2822                         (( ii = 1 ))
2823                         while (( ii <= $numprocs ))
2824                         do
2825                            echo  $localhost_realname  >>  hostfile
2826                            (( ii = ii + 1 ))
2827                         done
2828                      fi
2829                      export MP_HOSTFILE=hostfile
2830                      if [[ $run_coupled_model = false ]]
2831                      then
2832                         if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
2833                         then
2834                            echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
2835                         else
2836                            echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
2837                         fi
2838                      else
2839                         (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
2840                         (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
2841                         printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
2842                         printf "\n\n"
2843                         echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
2844                      fi
2845
2846                      poe  ./a.out  -procs $numprocs  <  runfile_atmos
2847
2848                   else
2849                      if [[ "$host_file" = "" ]]
2850                      then
2851                         printf "\n  +++ no hostfile given in configuration file"
2852                         locat=config_file
2853                         exit
2854                      else
2855                         eval host_file=$host_file
2856                      fi
2857                      export MP_HOSTFILE=$host_file
2858                      poe  a.out  -procs $numprocs  -tasks_per_node $numprocs
2859                   fi
2860                fi
2861
2862             elif [[ $(echo $host | cut -c1-2) = lc  &&  $host != lckyoto &&  $host != lctit ]]
2863             then
2864
2865                   # COPY HOSTFILE FROM SOURCE DIRECTORY OR CREATE IT, IF IT
2866                   # DOES NOT EXIST
2867                if [[  $host != lcbullhh  && $host != lccrayb  &&  $host != lccrayf  && $host != lccrayh  &&  $host != lckyuh  &&  $host != lckyut  &&  $host != lcocean &&  $host != lceddy ]]
2868                then
2869                   if [[ -f $hostfile ]]
2870                   then
2871                      cp  $hostfile  hostfile
2872                      (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
2873                      [[ $ii = 0 ]]  &&  (( ii = 1 ))
2874                   else
2875                      (( ii = 1 ))
2876                      while (( ii <= $numprocs / $threads_per_task ))
2877                      do
2878                         echo  $localhost_realname  >>  hostfile
2879                         (( ii = ii + 1 ))
2880                      done
2881                      if (( $numprocs / $threads_per_task == 0 ))
2882                      then
2883                         echo  $localhost_realname  >>  hostfile
2884                      fi
2885                   fi
2886                   eval zeile=\"`head -n $ii  hostfile`\"
2887                   printf "\n  *** running on: $zeile"
2888                fi
2889
2890                (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
2891                [[ $ii = 0 ]]  &&  (( ii = 1 ))
2892                export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
2893
2894                if [[ $threads_per_task != 1 ]]
2895                then
2896                      # INCREASE STACK SIZE TO UNLIMITED, BECAUSE OTHERWISE LARGE RUNS
2897                      # MAY ABORT
2898                   ulimit -s unlimited
2899                   printf "\n      threads per task: $threads_per_task  stacksize: unlimited"
2900                fi
2901                if [[ $run_coupled_model = false ]]
2902                then
2903                   if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
2904                   then
2905                      echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
2906                   else
2907                      echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
2908                   fi
2909                   printf "\n\n"
2910
2911                   if [[ $host = lccrayb || $host = lccrayh ]]
2912                   then
2913                       echo "--- aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  <  runfile_atmos"
2914                       aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  <  runfile_atmos
2915                   elif [[ $host = lcbullhh ]]
2916                   then
2917                      export OMPI_MCA_pml=cm
2918                      export OMPI_MCA_mtl=mxm
2919                      export OMPI_MCA_coll=^ghc
2920                      export OMPI_MCA_mtl_mxm_np=0
2921                      export MXM_RDMA_PORTS=mlx5_0:1
2922                      export MXM_LOG_LEVEL=ERROR
2923                      export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
2924                      export KMP_AFFINITY=verbose,granularity=core,compact,1
2925                      export KMP_STACKSIZE=64m
2926
2927                      srun  -n $ii --ntasks-per-node=$tasks_per_node ./a.out  <  runfile_atmos
2928
2929                   elif [[ $host = lccrayf ]]
2930                   then
2931                       aprun  -j1  -n $ii  -N $tasks_per_node  -m ${memory}M  a.out  <  runfile_atmos
2932                   elif [[ $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
2933                   then
2934                    aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  <  runfile_atmos
2935                   elif [[ $host = lceddy ]]
2936                   then
2937                      echo $ii
2938                      echo $tasks_per_node
2939                      echo $nodes
2940                      mpirun -n $ii a.out  <  runfile_atmos
2941                   elif [[ $host = lcgeohu ]]
2942                   then
2943                       srun -n $ii a.out  <  runfile_atmos
2944                   elif [[ $host = lcocean ]]
2945                   then
2946                      mpirun a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
2947                   elif [[ $host = lcsb ]]
2948                   then
2949                      mpirun_rsh -hostfile $PBS_NODEFILE -np `cat $PBS_NODEFILE | wc -l` a.out  < runfile_atmos
2950
2951                   elif [[ $host = lckiaps ]]
2952                   then
2953                      mpirun -np $ii  -machinefile $PBS_NODEFILE  ./a.out  <  runfile_atmos
2954                   elif [[ $host = lckyu* ]]
2955                   then
2956                      mpiexec -n $ii --stdin runfile_atmos  ./a.out
2957                   else
2958                      mpiexec  -machinefile hostfile  -n $ii  a.out  <  runfile_atmos
2959                   fi
2960
2961                else
2962
2963                       # COUPLED RUN
2964                   (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
2965                   (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
2966                   printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
2967                   printf "\n\n"
2968
2969                   echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
2970
2971                   if [[ $host = lccrayf  ||  $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
2972                   then
2973
2974                      aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos
2975
2976                   elif [[ $host = lck || $host = lckordi ]]
2977                   then
2978
2979                      mpiexec -n $ii  ./a.out  <  runfile_atmos  &
2980
2981                   elif [[ $host = lckyu* ]]
2982                   then
2983
2984                      mpiexec -n $ii --stdin runfile_atmos  ./a.out
2985
2986                   elif [[ $host = lcmuk ]] 
2987                   then
2988
2989                      mpiexec  -machinefile hostfile  -n $ii  a.out  <  runfile_atmos
2990
2991                   fi
2992                   wait
2993
2994                fi
2995
2996             elif [[ $host = lckyoto ]]
2997             then
2998                set -xv
2999                export P4_RSHCOMMAND=plesh
3000                echo "     P4_RSHCOMMAND = $P4_RSHCOMMAND"
3001                if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
3002                then
3003                   if [[ "$cond2" = fujitsu ]]
3004                   then
3005                      mpiexec  -n $numprocs  ./a.out  # for fujitsu-compiler
3006                   elif [[ "cond2" = pgi ]]
3007                   then
3008                      mpirun  -np $numprocs  -machinefile ${QSUB_NODEINF}  ./a.out
3009                   else
3010                      mpirun_rsh -np $numprocs -hostfile ${QSUB_NODEINF} MV2_USE_SRQ=0 ./a.out  ||  /bin/true
3011                   fi
3012                else
3013                   if [[ "$cond2" = "" ]]
3014                   then
3015                      mpiruni_rsh -np $numprocs ./a.out  # for intel
3016                   else
3017                      mpirun  -np $numprocs  ./a.out
3018                   fi
3019                fi
3020                set +xv
3021
3022             elif [[ $host = lctit ]]
3023             then
3024                export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3025                echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3026                if [[ "$threads_per_task" != 1 ]]
3027                then
3028                   export MV2_ENABLE_AFFINITY=0
3029                fi
3030                echo "----- PBS_NODEFILE content:"
3031                cat $PBS_NODEFILE
3032                echo "-----"
3033                (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3034                echo "mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE ./a.out"
3035                mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE  ./a.out
3036
3037             else
3038                mpprun  -n $numprocs  a.out
3039             fi
3040          else
3041             a.out
3042          fi
3043
3044       fi  # end normal (non-debug) execution
3045
3046    fi  # end explicit execute_command or host-specific execute actions
3047
3048    if [[ $? != 0 ]]
3049    then
3050
3051          # ABORT IN CASE OF RUNTIME ERRORS
3052       printf "\n  +++ runtime error occured"
3053       locat=execution
3054       exit
3055
3056    else
3057
3058       printf "\n$dashes\n  *** execution finished \n"
3059
3060          # STOP THE DVR STREAMING SERVER AND PROCESS THE DVR OUTPUT IN ORDER
3061          # TO CREAT DVRS- AND HTML-FILES CONTAINING ALL STREAMS
3062       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
3063       then
3064          kill $dvrserver_id
3065          printf "\n  *** dvr server with id=$dvrserver_id has been stopped"
3066
3067             # IF THERE IS A DIRECTORY, DATA HAVE BEEN OUTPUT BY THE
3068             # STREAMING SERVER. OTHERWISE, USER HAS CHOSEN dvrp_output=local
3069          if [[ -d DATA_DVR ]]
3070          then
3071
3072                # ADD THE CURRENT DVR CONFIGURATION FILE TO THE DVR OUTPUT
3073                # DIRECTORY
3074             cp  .dvrserver.config  DATA_DVR
3075
3076                # PROCESS THE DVR OUTPUT (OPTION -s FOR GENERATING
3077                # SEQUENCE MODE DATA TOO)
3078             process_dvr_output  -d DATA_DVR  -f $fname  -s
3079
3080          else
3081
3082                # PROCESS THE LOCAL OUTPUT
3083             process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3084
3085          fi
3086
3087       elif [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
3088       then
3089
3090             # PROCESS DVR OUTPUT GENERATD IN LOCAL MODE (dvrp_output=local)
3091          process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3092
3093       fi
3094    fi
3095
3096
3097
3098       # CALL OF combine_plot_fields IN ORDER TO MERGE SINGLE FILES WRITTEN
3099       # BY EACH CORE INTO ONE FILE
3100   if [[ ! -f ${PALM_BIN}/combine_plot_fields${block}.x ]]
3101   then
3102      printf "\n\n\n  +++ WARNING: no combine_plot_fields found for given block \"$cond1 $cond2\""
3103      printf "\n      2d- and/or 3d-data may be incomplete!"
3104      printf "\n      Run \"mbuild -u -h $localhost\" to generate utilities for this block.\n"
3105   elif [[ "$combine_plot_fields" == true ]]
3106   then
3107      if [[ $localhost = lccrayh  ||  $localhost = lccrayb ]]
3108      then
3109         printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"aprun  -n 1  -N 1 combine_plot_fields${block}.x\" ..."
3110         aprun  -n 1  -N 1 combine_plot_fields${block}.x
3111      else
3112         printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"combine_plot_fields${block}.x\" ..."
3113         combine_plot_fields${block}.x
3114      fi
3115   else
3116
3117         # TEMPORARY SOLUTION TO SKIP combine_plot_fields. THIS IS REQUIRED IN CASE OF HUGE AMOUNT OF
3118         # DATA OUTPUT. TO DO: EXTEND THIS BRANCH BY CREATING A BATCH JOB for combine_plot_fields.
3119         # ??? koennen wir das streichen ???
3120      printf "\n\n\n *** post-processing: skipping combine_plot_fields (-Z option set) ..."
3121   fi
3122
3123
3124
3125       # EXECUTE OUTPUT-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
3126    (( i = 0 ))
3127    while (( i < ioc ))
3128    do
3129       (( i = i + 1 ))
3130       if (( i == 1 ))
3131       then
3132          printf "\n\n  *** execution of OUTPUT-commands:\n$dashes"
3133       fi
3134       printf "\n  >>> ${out_command[$i]}"
3135       eval  ${out_command[$i]}
3136       if (( i == ioc ))
3137       then
3138          printf "\n$dashes\n"
3139       fi
3140    done
3141
3142
3143       # IN TRACE-MODE PRINT CONTENTS OF THE CURRENT (TEMPORARY) WORKING DIRECTORY
3144    if [[ $do_trace = true ]]
3145    then
3146       printf "\n\n"
3147       ls -al
3148    fi
3149   
3150
3151       # COPY LOCAL OUTPUT-FILES TO THEIR PERMANENT DESTINATIONS
3152    (( i = 0 ))
3153    while (( i < iout ))
3154    do
3155       (( i = i + 1 ))
3156       if (( i == 1 ))
3157       then
3158          printf "\n\n  *** saving OUTPUT-files:"
3159
3160             # GET RUN NUMBER ASSIGNED BY PALM
3161          if [[ -f RUN_NUMBER ]]
3162          then
3163              read  run_number  <  RUN_NUMBER
3164              printf "\n  *** PALM generated run_number = "$run_number" will be used as unified cycle number for all output files"
3165              usecycle_option="-U $run_number"
3166          else
3167              run_number=0
3168              usecycle_option=""
3169          fi
3170          printf "\n$dashes"
3171       fi
3172
3173          # ADD CYCLE NUMBER TO FILENAME
3174       if [[ ! ( $fromhost != $localhost  &&  ( "${actionout[$i]}" = tr || "${actionout[$i]}" = tra || "${actionout[$i]}" = trpe ) ) ]]
3175       then
3176
3177              # IN APPEND MODE, FILES KEEP THEIR CURRENT CYCLE NUMBER
3178          if [[ "${actionout[$i]}" != "a" ]]
3179          then
3180                # SET RUN NUMBER AS CYCLE NUMBER, IF THERE IS NOT A CONFLICT
3181                # WITH AN EXISTING CYCLE NUMBER
3182             if (( run_number >= cycnum[$i] ))
3183             then
3184                (( cycnum[$i] = run_number ))
3185             else
3186                if (( run_number > 0 ))
3187                then
3188                   printf "\n  --- INFORMATIVE: The following file cannot get a unified cycle number"
3189                fi
3190             fi
3191          fi
3192          if (( cycnum[$i] > 0 ))
3193          then
3194             pathout[$i]=${pathout[$i]}.${cycnum[$i]}
3195          fi
3196       fi           
3197
3198          # CHECK FOR SINGLE FILE (SERIAL RUN) OR DIRECTORY (ONE FILE PER CORE FOR PARELLEL EXECUTION)
3199       files_for_pes=false; filetyp=file
3200       link_local_output=false
3201       if [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
3202       then
3203          files_for_pes=true; filetyp=directory
3204          actionout[$i]=""
3205       elif [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
3206       then
3207          actionout[$i]=""
3208       elif [[ "${actionout[$i]}" = lnpe  &&  -n $numprocs ]]
3209       then
3210          files_for_pes=true; filetyp=directory
3211          link_local_output=true
3212          actionout[$i]=""
3213       elif [[ "${actionout[$i]}" = lnpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3214       then
3215          link_local_output
3216          actionout[$i]=""
3217       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  -n $numprocs ]]
3218       then
3219          files_for_pes=true; filetyp=directory
3220          actionout[$i]="tr"
3221       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3222       then
3223          actionout[$i]="tr"
3224       fi
3225
3226       if [[ ! -f ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = false ]]
3227       then
3228          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}  does not exist\n"
3229       elif [[ ! -d ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = true ]]
3230       then
3231          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}/....  does not exist\n"
3232       else
3233
3234
3235             # COPY VIA SCP TO LOCAL HOST (ALWAYS IN BINARY MODE USING batch_scp option -m)
3236             # IF TARGET DIRECTORY DOES NOT EXISTS, TRY TO CREATE IT
3237          if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
3238          then
3239             if [[ $localhost != $fromhost ]]
3240             then
3241                if [[ $files_for_pes = false ]]
3242                then
3243                   cps=""
3244                   cst=""
3245                else
3246                   cps=-c
3247                   cst="/"
3248                fi
3249
3250                transfer_failed=false
3251                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP to"
3252                printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst\n"
3253                if [[ $localhost = lccrayb ]]
3254                then
3255                   ssh $usern@blogin1 ". \\$HOME/.bashrc; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m $usecycle_option -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3256                elif [[ $localhost = lccrayh ]]
3257                then
3258                   ssh $usern@hlogin1 ". \\$HOME/.bashrc; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m $usecycle_option -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3259                elif [[ $localhost = lcbullhh ]]
3260                then
3261                   ssh $usern@mlogin101 ". \\$HOME/.bashrc; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m $usecycle_option -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3262                elif [[ $localhost = lcxe6 ]]
3263                then
3264                   ssh $usern@hexagon ". \\$HOME/.bashrc; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m $usecycle_option -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3265                else
3266                   batch_scp $PORTOPT $cps -b -m $usecycle_option -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
3267                fi
3268                [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
3269
3270                   # IF TRANSFER FAILED, CREATE BACKUP COPY ON THIS MACHINE
3271                if [[ $transfer_failed = true ]]
3272                then
3273                   printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on this host under:\n"
3274                   printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
3275
3276                      # FIRST CHECK, IF DIRECTORY EXISTS, AND CREATE IT, IF NECESSARY
3277                   eval  local_catalog=${pathout[$i]}
3278                   if [[ ! -d $local_catalog ]]
3279                   then
3280                      printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
3281                      printf "      $local_catalog \n"
3282                      mkdir -p  $local_catalog
3283                   fi
3284                   eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
3285                   transfer_problems=true
3286                fi
3287
3288             else
3289
3290                   # UNSET actionout. DUE TO THIS SETTING, FILE WILL LATER JUST BE COPIED ON THIS MACHINE
3291                actionout[$i]=""
3292             fi
3293          fi
3294
3295
3296             # APPEND VIA SCP TO LOCAL HOST (ALWAYS IN BINARY MODE USING batch_scp option -m)
3297             # IF TARGET DIRECTORY DOES NOT EXISTS, TRY TO CREATE IT
3298          if [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
3299          then
3300             if [[ $localhost != $fromhost ]]
3301             then
3302                if [[ $localhost = ibmh ]]
3303                then
3304
3305                      # TRANSFER IN SEPERATE JOB
3306                      # FIRST COPY FILE TO TEMPORY DATA DIRECTORY
3307                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
3308                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
3309                   ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3310
3311                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
3312                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
3313
3314                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP in seperate job to"
3315                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}"
3316                   printf "\n              or higher cycle\n"
3317                   echo "batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_address  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
3318
3319                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
3320
3321                   if [[ $LOGNAME = b323013 ]]
3322                   then
3323                      subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3324                   else
3325                      subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3326                   fi
3327
3328                else
3329
3330                      # TRANSFER WITHIN THIS JOB
3331                   transfer_failed=false
3332                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP to"
3333                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n"
3334                   if [[ $localhost = lccrayb ]]
3335                   then
3336                      ssh $usern@blogin1 ". \\$HOME/.bashrc; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3337                   elif [[ $localhost = lccrayh ]]
3338                   then
3339                      ssh $usern@hlogin1 ". \\$HOME/.bashrc; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3340                   elif [[ $localhost = lcxe6 ]]
3341                   then
3342                      ssh $usern@hexagon ". \\$HOME/.bashrc; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3343                   else
3344                      batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username  $return_address ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
3345                   fi
3346                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
3347
3348                      # IF TRANSFER FAILED, CREATE BACKUP COPY ON THIS MACHINE
3349                   if [[ $transfer_failed = true ]]
3350                   then
3351                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on this host under:\n"
3352                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
3353
3354                         # FIRST CHECK, IF DIRECTORY EXISTS, AND CREATE IT, IF NECESSARY
3355                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
3356                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
3357                      then
3358                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
3359                         printf "      $local_catalog \n"
3360                         mkdir -p  $local_catalog
3361                      fi
3362
3363                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
3364                      transfer_problems=true
3365                   fi
3366                fi
3367             else
3368
3369                   # RESET actionout. DUE TO THIS SETTING, FILE WILL LATER JUST BE APPENDED ON THIS MACHINE
3370                actionout[$i]=a
3371             fi
3372          fi
3373
3374
3375             # APPEND ON THIS MACHINE
3376          if [[ "${actionout[$i]}" = "a" ]]
3377          then
3378             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
3379             then
3380                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
3381                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
3382             else
3383                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}\n"
3384                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}
3385             fi
3386          fi
3387
3388             # COPY ON THIS MACHINE
3389             # COPY HAS TO BE USED, BECAUSE MOVE DOES NOT WORK IF FILE-ORIGIN AND TARGET ARE
3390             # ON DIFFERENT FILE-SYSTEMS
3391          if [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = false ]]
3392          then
3393
3394                # COPY IN CASE OF RUNS ON SINGLE CORES
3395             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
3396             then
3397                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
3398                              if [[ $link_local_output = true ]]
3399                              then
3400                                 printf "      file will be linked\n"
3401                                 ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
3402                              fi
3403                                 # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
3404                              if [[ ! -f "${pathout[$i]}.${extout[$i]}" ]]
3405                then
3406                                 if [[ $link_local_output = true ]]
3407                          then
3408                      printf "  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)\n"
3409                                 fi
3410                                 cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
3411                              else
3412                   printf "+++ no copy because file ${pathout[$i]}.${extout[$i]} exists\n"
3413                fi
3414             else
3415                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}\n"
3416                              if [[ $link_local_output = true ]]
3417                              then
3418                                 printf "      file will be linked\n"
3419                                 ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
3420                              fi
3421                                 # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
3422                        if [[ ! -f "${pathout[$i]}" ]]
3423                then
3424                                 if [[ $link_local_output = true ]]
3425                          then
3426                      printf "  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)\n"
3427                                 fi
3428                                 cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
3429                              else
3430                                 printf "+++ no copy because file ${pathout[$i]} exists\n"
3431                fi
3432             fi
3433
3434          elif [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = true ]]
3435          then
3436
3437                # FILES FROM THE DIFFERENT CORES ARE MOVED WITH ln-COMMAND TO THE PERMANENT DIRECTORY
3438                # AS A FIRST STEP, THE PERMANENT DIRECTORY IS CREATED
3439             printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to  ${pathout[$i]}\n"
3440                    if [[ $link_local_output = true ]]
3441                    then
3442                              printf "      files will be linked\n"
3443                              mkdir  ${pathout[$i]}
3444                              cd ${localout[$i]}
3445                              for file in $(ls *)
3446                              do
3447                                 ln -f $file  ${pathout[$i]}
3448                              done >|/dev/null 2>&1
3449                              cd $TEMPDIR
3450                    fi
3451
3452                # IF "ln -f" HAS FAILED OR IF "$link_local_output = false" DO A NORMAL COPY "cp -r"
3453                    if [[ ! -f "${pathout[$i]}/_000000" ]]
3454             then
3455                              if [[ $link_local_output = true ]]
3456                              then
3457                   printf "  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)\n"
3458                              fi
3459                              cp -r  ${localout[$i]}/*  ${pathout[$i]}
3460             fi
3461
3462          fi
3463       fi
3464    done
3465    if (( i != 0 ))
3466    then
3467       if [[ $transfer_problems = true ]]
3468       then
3469          printf "\n$dashes\n  *** OUTPUT-files saved"
3470          printf "\n  +++ WARNING: some data transfers failed! \n"
3471       else
3472          printf "\n$dashes\n  *** all OUTPUT-files saved \n"
3473       fi
3474    fi
3475
3476
3477       # IF REQUIRED, START A RESTART-JOB
3478       # FILE CONTINUE_RUN MUST HAVE BEEN CREATED BY THE EXECUTABLE (PALM)
3479    if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
3480    then
3481
3482          # ADD RESTART-OPTIONS TO THE MRUN-CALL (IF THEY ARE NOT USED ALREADY):
3483          # -C TELLS MRUN THAT IT IS A RESTART-RUN
3484          # -v SILENT MODE WITHOUT INTERACTIVE QUERIES
3485          # -n BATCH-MODE (IMPORTANT ONLY IN CASE OF BATCH JOBS ON THE LOCAL MACHINE)
3486       [[ $(echo $mc | grep -c "\-C") = 0 ]]  &&  mc="$mc -C"
3487       [[ $(echo $mc | grep -c "\-v") = 0 ]]  &&  mc="$mc -v"
3488       [[ $(echo $mc | grep -c "\-b") = 0 ]]  &&  mc="$mc -b"
3489       if [[ $(echo $mc | grep -c "#") != 0 ]]
3490       then
3491          mc=`echo $mc | sed 's/#/f/g'`
3492       fi
3493
3494
3495          # START THE RESTART-JOB
3496       printf "\n\n  *** initiating restart-run on \"$return_address\" using command:\n"
3497       echo "      $mc"
3498       printf "\n$dashes\n"
3499       if [[ $localhost != $fromhost ]]
3500       then
3501
3502          if [[ $localhost = lcbullhh  ||  $localhost = lccrayb  ||  $localhost = lccrayh  ||  $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku  ||  $localhost = ibms  ||  $localhost = lceddy  ||  $localhost = lckyu*  ||  $localhost = lcxe6  ||  $localhost = lcgeohu ]]
3503          then
3504             echo "*** ssh will be used to initiate restart-runs!"
3505             echo "    return_address=\"$return_address\" "
3506             echo "    return_username=\"$return_username\" "
3507             if [[ $(echo $return_address | grep -c "130.75.105") = 1 ]]
3508             then
3509                if [[ $localhost = ibmh ]]
3510                then
3511                   ssh $SSH_PORTOPT $usern@136.172.40.15 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
3512                elif [[ $localhost = lcbullhh ]]
3513                then
3514                   ssh $SSH_PORTOPT $usern@mlogin101 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
3515                elif [[ $localhost = lccrayb ]]
3516                then
3517                   ssh $usern@blogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH; export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
3518                elif [[ $localhost = lccrayh ]]
3519                then
3520                   ssh $usern@hlogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH; export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
3521                elif [[ $localhost = lcxe6 ]]
3522                then
3523                   ssh $usern@hexagon "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH; export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
3524                else
3525                   ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username ". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
3526                fi
3527             else
3528                if [[ $localhost = ibmkisti ]]
3529                then
3530                   ssh $SSH_PORTOPT $usern@gaiad "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
3531                elif [[ $localhost = lceddy ]]
3532                then
3533                   /usr/bin/ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
3534                elif [[ $localhost = lcocean ]]
3535                then
3536                   /usr/bin/ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
3537                elif [[ $localhost = lccrayb ]]
3538                then
3539                   ssh $usern@blogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
3540                elif [[ $localhost = lccrayh ]]
3541                then
3542                   ssh $usern@hlogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
3543                elif [[ $localhost = lccgeohu ]]
3544                then
3545                   ssh $usern@cirrus.geo.hu-berlin.de "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
3546                else
3547                   ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
3548                fi
3549             fi
3550          else
3551             printf "\n  +++ no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
3552             locat=restart; exit
3553          fi
3554
3555             # WAIT TO ALLOW THE RESTART-JOB TO BE QUEUED, BEFORE THE CURRENT JOB IS FINISHED
3556          if [[ $queue = special1q ]]
3557          then
3558             sleep 120
3559          else
3560             sleep 30
3561          fi
3562
3563       else
3564
3565             # JOBS RUNNING (AND STARTED) ON THE LOCAL MACHINE CAN DIRECTLY CALL MRUN (WITHOUT
3566             # USING SSH)
3567          cd $LOCAL_PWD
3568          if [[ $localhost = lckyuh ]]
3569          then
3570             printf "\n  +++ WARNING: no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
3571             printf "\n               please restart job manually using command:\n"
3572             printf "\n               \"$mc\" "
3573          else
3574             eval  $mc                # THE ' MUST BE EVALUATED
3575          fi
3576          cd -  > /dev/null
3577       fi
3578       if [[ $localhost = lckyuh ]]
3579       then
3580          printf "\n$dashes\n  *** restart-run to be initiated manually\n"
3581       else
3582          printf "\n$dashes\n  *** restart-run initiated \n"
3583       fi
3584
3585
3586          # DELETE INPUT-(RESTART)FILES, WHICH HAVE BEEN FETCHED FROM THE TEMPORARY DATA
3587          # DIRECTORY, BACAUSE THEY ARE NOT REQUIRED BY THE RESTART-JOB.
3588          # THIS IS DONE IN ORDER TO AVOID EXCEEDING DISC QUOTAS OR DISC SPACE (RESTART-FILES
3589          # MAY BE VERY HUGE)
3590       (( i = 0 ))
3591       while (( i < iin ))
3592       do
3593          (( i = i + 1 ))
3594          if [[ "${got_tmp[$i]}" = true   &&  $keep_data_from_previous_run = false ]]
3595          then
3596             rm -r  ${absnamein[$i]}
3597          fi
3598       done
3599
3600    fi
3601
3602
3603   
3604       # SEND EMAIL NOTIFICATION ABOUT THE FINISHED RUN
3605    if [[ "$email_notification" != "none" ]]
3606    then
3607
3608       if [[ $localhost != $fromhost ]]
3609       then
3610          if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
3611          then
3612             echo "PALM restart run necessary"        >   email_text
3613             echo "description header of actual run:" >>  email_text
3614             cat  CONTINUE_RUN                        >>  email_text
3615             echo "mrun-command to restart:"          >>  email_text
3616             echo "$mc"                               >>  email_text
3617          else
3618             echo "PALM run with base filename \"$fname\" on host \"$localhost\" finished"  >  email_text
3619          fi
3620          mail  $email_notification  <  email_text
3621          printf "\n  *** email notification sent to \"$email_notification\" "
3622       fi
3623    fi
3624
3625
3626
3627       # ALL ACTIONS FINISHED, TEMPORARY WORKING-DIRECTORY CAN BE DELETED
3628    cd  $HOME
3629    [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
3630
3631 else
3632
3633       # PREPARING ACTIONS,
3634       # IF A BATCH-JOB IS TO BE GENERATED AND STARTED ON A REMOTE-MACHINE GERECHNET
3635
3636       # BUILD THE MRUN-COMMAND TO BE CALLED IN THE BATCH-JOB ON THE REMOTE-MACHINE
3637    mrun_com="$mrun_script_name -a $afname -c $config_file -d $fname -h $host -H $fromhost -m $memory -t $cpumax -q $queue -R $return_address -U $return_username -u $remote_username"
3638    [[ "$global_revision" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -G \"$global_revision\""
3639    [[ $group_number != none ]]   &&  mrun_com=${mrun_com}" -g $group_number"
3640    [[ $do_compile = true ]]      &&  mrun_com=${mrun_com}" -s \"$source_list\""
3641    [[ "$input_list" != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -i \"$input_list\""
3642    [[ $keep_data_from_previous_run = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -k"
3643    [[ "$additional_conditions" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -K \"$additional_conditions\""
3644    [[ "$output_list" != "" ]]    &&  mrun_com=${mrun_com}" -o \"$output_list\""
3645    [[ "$read_from_config" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -S"
3646    [[ $do_trace = true ]]        &&  mrun_com=${mrun_com}" -x"
3647    [[ "$numprocs" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -X $numprocs"
3648    if [[ $use_openmp = true ]]
3649    then
3650       mrun_com=${mrun_com}" -O $threads_per_task"
3651    fi
3652    [[ "$tasks_per_node" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -T $tasks_per_node"
3653    [[ $package_list != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -p \"$package_list\""
3654    [[ $return_password != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -P $return_password"
3655    [[ $delete_temporary_catalog = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -B"
3656    [[ $node_usage != default  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla"  &&  $node_usage != novice ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -n $node_usage"
3657    [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -y"
3658    [[ $run_coupled_model = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Y \"$coupled_dist\""
3659    [[ "$check_namelist_files" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -z"
3660    [[ "$combine_plot_fields" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Z"
3661    [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -w $max_par_io_str"
3662    if [[ $do_remote = true ]]
3663    then
3664       printf "\n>>>> MRUN-command on execution host:\n>>>> $mrun_com \n"
3665    fi
3666
3667
3668       # CREATE EXECUTABLE FOR BATCH JOB
3669    if [[ $create_executable_for_batch = true  &&  $restart_run != true ]]
3670    then
3671
3672       printf "\n  *** creating the executable for batch job\n"
3673
3674          # METHOD ONLY WORKS FOR BATCH JOBS ON LOCAL HOSTS
3675       if [[ $host != $localhost ]]
3676       then
3677          printf "\n  +++ creation of executables is only allowed for batch jobs on local hosts."
3678          printf "\n      Please set create_executable_for_batch = false in the config-file.\n"
3679          locat=create_executable; exit
3680       fi
3681
3682       mkdir  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
3683       cd  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
3684
3685       cp  $make_depository  .
3686       tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
3687       cp  ../*  .   >  /dev/null  2>&1
3688
3689       make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
3690
3691       if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
3692       then
3693          printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
3694          locat=compile
3695          exit
3696       fi
3697
3698       mv  a.out  ..
3699       cd -  >  /dev/null  2>&1
3700       rm -rf  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
3701
3702       printf "  *** executable created in \"$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}\"\n "
3703
3704    fi
3705
3706
3707       # BUILD THE JOB-SCRIPTS ON FILE jobfile
3708    jobfile=jobfile.$RANDOM
3709
3710
3711       # CREATE TEMPORARY DIRECTORY AND SWITCH TO IT
3712    echo  "mkdir  $TEMPDIR"      >>  $jobfile
3713    echo  "cd  $TEMPDIR"         >>  $jobfile
3714
3715
3716       # ACTIVATE ERROR-TRACEBACK
3717    if [[ $do_trace = true ]]
3718    then
3719       echo  "set -x"                                    >>  $jobfile
3720    else
3721       echo  "set +vx"                                   >>  $jobfile
3722    fi
3723
3724
3725       # INITIALIZE THE ENVIRONMENT AND LOAD MODULES
3726    if [[ "$init_cmds" != "" ]]
3727    then
3728       echo  "$init_cmds"        >>  $jobfile
3729    fi
3730    if [[ "$module_calls" != "" ]]
3731    then
3732       echo  "$module_calls"     >>  $jobfile
3733    fi
3734
3735
3736       # PROVIDE SOURCE-CODE FILES, MRUN-SCRIPT AND CONFIGURATION-FILE FOR THE JOB
3737       # then-CLAUSE: FILES ARE COLLECTED IN THE SOURCES_FOR_RUN_... DIRECTORY ON THE LOCAL HOST,
3738       #              WHICH IS THEN FETCHED FROM THE BATCH-JOB BY USING cp/scp
3739       #              THE SOURCE-CODE FILES ALREADY EXIST IN THIS DIRECTORY
3740       # else-CLAUSE: FILE-CONTENTS ARE PUT INTO THE JOB-FILE AS HERE-DOCUMENTS
3741       #              THIS MAY CREATE A QUITE LARGE JOB-FILE, WHICH CAN CAUSE PROBLEMS WITH SOME
3742       #              QUEUEING-SYSTEMS
3743    if [[ $host = ibmkisti  ||  $host = lcbullhh  ||  $host = lccrayb  ||  $host = lccrayf  ||  $host = lccrayh  ||  $host = lcocean  ||  $host = lcgeohu ]]
3744    then
3745
3746          # COPY CONFIGURATION-FILE AND MRUN-SCRIPT INTO THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY
3747       if [[ $restart_run != true ]]
3748       then
3749          cp  $config_file  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
3750          cp  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
3751       fi
3752
3753          # COPY THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY FROM THE LOCAL HOST TO THE JOB VIA scp
3754          # (then-CLAUSE: JOBS ON THE LOCAL HOST CAN JUST USE cp)
3755       echo  "set -x"  >>  $jobfile
3756       if [[ $host = $localhost ]]
3757       then
3758             # DUE TO UNKNOWN REASONS, COPY WITH cp COMMAND CREATES CORRUPT
3759             # FILES ON CRAY XC30 SYSTEMS (CSC HELSINKI), rsync IS USED INSTEAD
3760          if [[ $(echo $host | cut -c1-6) = lccray ]]
3761          then
3762             echo  "rsync -av -t  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname  ."  >>  $jobfile
3763          else
3764             echo  "cp -r  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname  ."  >>  $jobfile
3765          fi
3766
3767       else
3768          if [[ $host = ibmkisti ]]
3769          then
3770                # ON KISTI'S IBM FIREWALL IS ONLY OPENED ON INTERACTIVE NODE
3771             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
3772             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@gaiad \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
3773         elif [[ $host = lcbullhh ]]
3774          then
3775             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
3776             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@mlogin101 \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
3777
3778          elif [[ $host = lccrayb ]]
3779          then
3780             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
3781             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@blogin1 \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
3782          elif [[ $host = lccrayh ]]
3783          then
3784             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
3785             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@hlogin1 \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
3786
3787          else
3788             echo  "scp $PORTOPT -r $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname ."  >>  $jobfile
3789          fi
3790       fi
3791       echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                      >>  $jobfile
3792
3793          # MOVE MRUN-SCRIPT AND CONFIGURATION-FILE FROM THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY TO THE
3794          # WORKING DIRECTORY OF THE JOB
3795       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$config_file  . "       >>  $jobfile
3796       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$mrun_script_name  . "  >>  $jobfile
3797       echo  "chmod u+rwx  $mrun_script_name"                    >>  $jobfile
3798       echo  "execute_mrun=true"                                 >>  $jobfile
3799       echo  " "                                                 >>  $jobfile
3800
3801    else
3802
3803          # PROVIDE SOURCE-CODE FILES AND MAKEFILE AS HERE DOCUMENT
3804       if [[ $do_compile = true ]]
3805       then
3806
3807          source_catalog=SOURCES_FOR_RUN_$fname
3808
3809              # CREATE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY TO STORE THE SOURCE CODE FILES AND THE MAKEFILE
3810          echo  "mkdir  SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
3811          echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                 >>  $jobfile
3812          echo  "cd     SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
3813
3814          for  filename  in  $source_list
3815          do
3816                # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
3817             echo  "cat > $filename << \"%END%\""              >>  $jobfile
3818             cat   $source_catalog/$filename                   >>  $jobfile
3819             echo  " "                                         >>  $jobfile
3820             echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
3821             echo  " "                                         >>  $jobfile
3822          done
3823
3824             # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
3825          echo  "cat > Makefile << \"%END%\""               >>  $jobfile
3826          cat   $source_catalog/Makefile                    >>  $jobfile
3827          echo  " "                                         >>  $jobfile
3828          echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
3829          echo  " "                                         >>  $jobfile
3830
3831          echo  "cd -  > /dev/null"                         >>  $jobfile
3832
3833       fi
3834
3835
3836          # PROVIDE THE CONFIGURATION-FILE AS HERE-DOCUMENT
3837          # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
3838          # LINES WITH #$ IN THE CONFIGURATION-FILE, COMING FROM THE SVN KEYWORD SUBSTITUTION,
3839          # ARE REMOVED FROM THE FILE IN ORDER TO AVOID PROBLEMS WITH THE SGE BATCH SYSTEM
3840       echo  "cat > $config_file << \"%END%\""      >>  $jobfile
3841       if [[ $host = lckyuh ]]
3842       then
3843             # NO CROSS-COMPILER ON COMPUTE NODE
3844          sed  's/frtpx/frt/g'  $config_file        >>  $jobfile
3845       else
3846          sed 's/#$.*//g'   $config_file            >>  $jobfile
3847       fi
3848       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
3849       echo  " "                                    >>  $jobfile
3850
3851
3852          # PROVIDE THE MRUN-SCRIPTS AS HERE-DOCUMENT
3853          # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
3854       echo  "cat > $mrun_script_name <<\"%END%\""  >>  $jobfile
3855       if [[ $host = lckyuh ]]
3856       then
3857          sed 's/\/bin\/ksh/\/bin\/bash/g' ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  >>  $jobfile
3858       else
3859          cat  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name        >>  $jobfile
3860       fi
3861       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
3862       echo  "chmod u+x $mrun_script_name"          >>  $jobfile
3863       echo  "execute_mrun=true"                    >>  $jobfile
3864       echo  " "                                    >>  $jobfile
3865
3866    fi
3867
3868
3869       # GET REQUIRED INPUT-FILES BY SCP OR BY SENDING THEM WITH THE JOB AS HERE-DOCUMENT
3870       # PUT THESE FILES INTO THE USER'S RESPECTIVE PERMANENT DIRECTORIES ON THE REMOTE-HOST
3871       # IF THE DIRECTORIES DO NOT EXIST, TRY TO CREATE THEM
3872    if [[ $do_remote = true ]]
3873    then
3874       (( i = 0 ))
3875       while (( i < iin ))
3876       do
3877          (( i = i + 1 ))
3878          echo  "[[ ! -d ${pathin[$i]} ]]  &&  mkdir -p  ${pathin[$i]}"  >>  $jobfile
3879          if [[ "${transin[$i]}" = job ]]
3880          then
3881             echo  "cat > ${remotepathin[$i]} <<\"%END%\""    >>  $jobfile
3882             eval cat   ${pathin[$i]}/${frelin[$i]}           >>  $jobfile
3883             echo  " "                                        >>  $jobfile
3884             echo  "%END%"                                    >>  $jobfile
3885          else
3886             echo  "batch_scp $PORTOPT -b -o -g -s -u $return_username $return_address ${remotepathin[$i]} \"${pathin[$i]}\" ${frelin[$i]}" >>  $jobfile
3887          fi
3888
3889             # CHECK, IF FILE COULD BE CREATED
3890          echo  "if [[ \$? = 1 ]]"                    >>  $jobfile
3891          echo  "then"                                >>  $jobfile
3892          echo  "   echo \" \" "                      >>  $jobfile
3893          echo  "   echo \"+++ file ${remotepathin[$i]} could not be created\" "   >>  $jobfile
3894          echo  "   echo \"    please check, if directory exists on $host!\" "  >>  $jobfile
3895          echo  "   echo \"+++ MRUN will not be continued\" "  >>  $jobfile
3896          echo  "   execute_mrun=false"               >>  $jobfile
3897          echo  "fi"                                  >>  $jobfile
3898       done
3899    fi
3900
3901       # PROVIDE NAME OF THE CURRENT WORKING-DIRECTORY ON THE LOCAL MACHINE (FROM WHERE THE JOB IS
3902       # STARTED) BY SETTING AN ENVIRONMENT-VARIABLE. THIS INFORMATION IS USED IN THE JOB BY MRUN
3903       # IN CASE THAT RESTART-RUNS HAVE TO BE GENERATED
3904    echo  "LOCAL_PWD=$working_directory"                >>  $jobfile
3905    echo  "export LOCAL_PWD"                            >>  $jobfile
3906
3907       # PROVIDE THE PATH OF THE LOCAL MRUN-SCRIPT FOR THE SAME REASON
3908    echo  "LOCAL_MRUN_PATH=$PALM_BIN"                   >>  $jobfile
3909    echo  "export LOCAL_MRUN_PATH"                      >>  $jobfile
3910
3911       # lceddy ALSO REQUIRES TO PROVIDE PATH FOR THE PALM-SCRIPTS
3912    if [[ $host = lceddy  ||  $localhost = lceddy ]]
3913    then
3914       echo  "export PALM_BIN=$PALM_BIN" | sed -e 's:'$HOME':$HOME:'   >>  $jobfile
3915       echo  "export PATH=\$PATH:\$PALM_BIN"              >>  $jobfile
3916    fi
3917
3918       # CALL MRUN WITHIN THE JOB (SETTING QUEUE IS A WORKAROUND FOR ibmkisti)
3919       # AS FINAL ACTION, REMOVE THE TEMPORARY DIRECTORY CREATED AT THE BEGINNING OF THE JOB
3920    echo  "set -x"                                        >>  $jobfile
3921    echo  "queue=$queue"                                  >>  $jobfile
3922    echo  "[[ \$execute_mrun = true ]]  &&  ./$mrun_com"  >>  $jobfile
3923    echo  'ls -al; echo `pwd`'                            >>  $jobfile
3924    echo  "cd \$HOME"                                     >>  $jobfile
3925    echo  "rm -rf  $TEMPDIR"                              >>  $jobfile
3926
3927
3928
3929
3930       # START THE JOB USING SUBJOB-COMMAND
3931    if [[ $silent = false ]]
3932    then
3933       printf "\n     "
3934    else
3935       printf "\n\n"
3936    fi
3937
3938    subjob  $job_on_file  -h $host  -u $remote_username -g $group_number -q $queue  -m $memory  -N $node_usage -t $cpumax  $XOPT  $TOPT  $OOPT  -n $fname  -v  -c $job_catalog  -e $email_notification  $PORTOPT  $jobfile
3939    rm -rf  $jobfile
3940
3941
3942 fi  # END OF REMOTE-PART
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.