source: palm/trunk/SCRIPTS/mrun @ 2365

Last change on this file since 2365 was 2365, checked in by kanani, 4 years ago

Vertical nesting implemented (SadiqHuq?)

  • Property svn:keywords set to Id Rev
File size: 146.2 KB
Line 
1#!/bin/bash
2
3# mrun - script for running PALM jobs
4
5#--------------------------------------------------------------------------------#
6# This file is part of PALM.
7#
8# PALM is free software: you can redistribute it and/or modify it under the terms
9# of the GNU General Public License as published by the Free Software Foundation,
10# either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
11#
12# PALM is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
13# WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR
14# A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
15#
16# You should have received a copy of the GNU General Public License along with
17# PALM. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
18#
19# Copyright 1997-2015  Leibniz Universitaet Hannover
20#--------------------------------------------------------------------------------#
21#
22# Current revisions:
23# ------------------
24#
25#
26# Former revisions:
27# -----------------
28# $Id: mrun 2365 2017-08-21 14:59:59Z kanani $
29# Added lckea & lckeam. KIT/IMK-IFU Garmisch cluster. LRZ (SadiqHuq)
30# Vertical grid nesting: set vnested_mode. -N Procs for fine and coarse grid.
31#
32# 2303 2017-07-04 12:26:18Z raasch
33# bugfix: setting default value for write_binary
34#
35# 2298 2017-06-29 09:28:18Z raasch
36# write_binary in ENVPAR has type LOGICAL now,
37# MPI2 coupling removed
38#
39# 2297 2017-06-28 14:35:57Z scharf
40# adjustments for using lcgeohu (cirrus @ HUB)
41# cpp_opts removed
42#
43# 2290 2017-06-19 11:03:06Z raasch
44# further test output removed
45#
46# 2286 2017-06-15 13:31:57Z raasch
47# test output for cycle number removed
48#
49# 2268 2017-06-09 10:34:09Z raasch
50# bugfix for calculating cycle numbers for output files in r2261
51#
52# 2262 2017-06-08 14:52:23Z raasch
53# bugfix for r2261
54#
55# 2261 2017-06-08 14:25:57Z raasch
56# unified cycle numbers for output files are used,
57# paths and filenames are allowed to contain arbitrary numbers of dots ".",
58# creation of file OUTPUT_FILE_CONNECTIONS removed,
59# archive feature completely removed from the script,
60# nech related parts completely removed
61#
62# 2257 2017-06-07 14:07:05Z witha
63# adjustments for lceddy, removed lcflow-specific code
64#
65# 2186 2017-03-21 05:36:31Z raasch
66#
67# 2185 2017-03-21 05:09:29Z raasch
68# adjustment for lykyo*-hosts (PJM_ENVIRONMENT defines BATCH)
69#
70# 2148 2017-02-09 16:56:42Z scharf
71# changed allocation of resources for lcbullhh in srun command
72#
73# 2141 2017-02-06 10:19:32Z gronemeier
74# made check for existing files language independent
75#
76# 1944 2016-06-15 06:29:00Z raasch
77# adjustments for using HLRN ssh-keys
78#
79# 1940 2016-06-14 05:15:20Z raasch $
80# adjustments for lckiaps
81#
82# 1866 2016-04-15 06:50:59Z raasch
83# adjusted for lcocean
84#
85# 1841 2016-04-07 19:14:06Z raasch
86# script now running under bash
87#
88# 1804 2016-04-05 16:30:18Z maronga
89# test: implementing an execute mechanism where the execute command is given in the
90# configuration file
91# ROPTS removed from execution commands
92# Warnings about missing optional files or user code changed to informative messages
93# Removed parameter file check
94#
95# 1755 2016-02-22 13:53:39Z maronga
96# Minor bugfix to last commit
97#
98# 1753 2016-02-22 13:49:49Z maronga
99# Bugfix: use random job number when PBS job nummer retrieval fails on lccray*
100#
101# 1622 2015-07-20 06:21:36Z heinze
102# bugfix for Mistral (lcbullhh)
103#
104# 1621 2015-07-17 11:39:33Z heinze
105# adjustments for Mistral at DKRZ Hamburg (lcbullhh)
106#
107# 1609 2015-07-03 15:37:58Z maronga
108# Modified the random number of the temporary working directory to match the
109# queuing system number on HLRN-III (lccray*).
110#
111# 1604 2015-06-23 15:48:03Z suehring
112# Enable coupled runs for lcmuk
113#
114# 1598 2015-05-29 06:45:40Z raasch
115# bugfix for creating hostfile and total number of MPI tasks if run in openmp-mode on one node
116#
117# 1549 2015-01-30 14:26:16Z suehring
118# Enable interactive debug sessions with allinea debugger
119#
120# 1547 2015-01-29 15:09:12Z witha
121# adjustments for ForWind computing cluster (lcflow)
122#
123# 1491 2014-11-12 08:12:57Z heinze
124# correct setting of batch_job allowed for ibm-machines
125#
126# 1468 2014-09-24 14:06:57Z maronga
127# Typo removed (addres->address)
128# Bugfix: returning files to IMUK via ssh did not work for lccrayh and lcycrayb
129# Added support for restart runs (remote) for lcxe6
130#
131# 1442 2014-07-28 07:09:10Z raasch
132# default queues for HLRN-III (lccrayb/lccrayh) defined
133#
134# 1422 2014-07-02 10:01:25Z kanani
135# automatic restarts enabled for lccrayb,
136# adjustment of path to compilervars.sh at IMUK (see automatic restarts)
137#
138# 1420 2014-06-10 06:24:14Z raasch
139# -j1 option added to aprung command for lccrayf (CSC)
140#
141# 1402 2014-05-09 14:25:13Z raasch
142# batch_job added to envpar-NAMELIST
143#
144# 1357 2014-04-11 15:02:03Z witha
145# adjustments for lccrayh (automatic restarts on lccrayh outside of IMUK are now
146# possible)
147#
148# 1320 2014-03-20 08:40:49Z raasch
149# check namelist file set false by default
150#
151# 1304 2014-03-12 10:29:42Z raasch
152# ulimit option changed from -Ss to -s
153#
154# bugfix: missing "fi" in r1289
155#
156# 1289 2014-03-04 07:12:34Z raasch
157# comments translated to English
158# necriam-, fimm-, ibmy-, and sgi-specific code removed
159# export of variables for palm and interpret_config removed
160#
161# 1281 2014-02-01 07:55:49Z raasch
162# rsync-copy restricted to Cray machines, since command is unavailable on some
163# other systems
164#
165# 1279 2014-01-28 12:10:14Z raasch
166# tasks_per_node must not be an integral divisor of numprocs any more. This was done
167# in order to remove annoying restrictions concerning the number of processors which
168# appear on machines with larger nodes (e.g. containing 24 cores). Now without this
169# restriction, one of the nodes will be filled with less than the given number of
170# tasks per node. A respective warning is given.
171#
172# 1274 2014-01-09 13:14:54Z heinze
173# adjustments for lccrayh
174#
175# 1272 2014-01-08 10:19:32Z witha
176# small adjustment for lcflow
177#
178# 1270 2013-12-16 11:05:01Z fricke
179# call of combine_plot_fields adjusted for lccrayb/lccrayh
180#
181# 1255 2013-11-07 14:43:35Z raasch
182# further adjustments for lccrayb remote access
183#
184# 1241 2013-10-30 11:36:58Z heinze
185# Enable use of nudging input and input of large scale forcing from
186# external files
187#
188# 1229 2013-09-20 06:55:19Z raasch
189# further adjustments for lccrayb
190#
191# 1224 2013-09-16 07:27:23Z raasch
192# first adjustments for lccrayb
193#
194# 1210 2013-08-14 10:58:20Z raasch
195# fftw support added
196#
197# 1201 2013-07-10 16:17:59Z witha
198# adjustments for Forwind cluster (lcflow)
199#
200# 1199 2013-07-05 14:52:22Z raasch
201# adjustments for CSC Helsinki (lccrayf),
202# executables for batch jobs can be created in advance, in order to avoid calling
203# the compiler within the batch job (only works if batch jobs are submitted on
204# local host)
205#
206# 1190 2013-06-25 09:39:21Z heinze
207# enable use of automatic restarts for ibmh
208# use of cluster/express queue enabled (ibmh)
209#
210# 1124 2013-04-09 15:46:52Z raasch
211# variable "memory" is exported via typeset option -x, because otherwise an unknown
212# side effect may lead to data loss while getopts is reading the script-option arguments
213#
214# 1122 2013-04-09 08:37:16Z heinze
215# Bugfix: change type of variable last_char
216#
217# 1119 2013-04-05 15:11:19Z raasch
218# Bugfix for setting -T option for subjob
219#
220# 1108 2013-03-05 07:03:32Z raasch
221# bugfix for coupled runs on lckyut/lckyuh
222#
223# 1106 2013-03-04 05:31:38Z raasch
224# --stdin argument for mpiexec on lckyuh
225# -y and -Y settings output to header
226#
227# 1103 2013-02-20 02:15:53Z raasch
228# default script runs again under ksh, because of unsolved problems with read
229# from stdin: when bash script is called from a ksh, message "read error: 0:
230# Resource temporarily unavailable" appears and script does not stop,
231# further bash compatibility adjustments,
232# shebang line replaced by /bin/bash when running jobs on lckyuh; no restarts
233# on lckyuh, but mrun does not terminate and issues a warning instead
234#
235# 1101 2013-02-17 10:20:21Z raasch
236# script now running under bash instead of ksh, which required small adjustments
237# (output formatting with printf instead "typeset -L/-R", print replaced by echo,
238# read from stdin),
239# cross compilername on lckyuh compute nodes replaced by real compiler name
240#
241# 1099 2013-02-10 01:47:43Z raasch
242# adjustments for Kyushu-University computing center (lckyuh - hayaka)
243# and for Forwind cluster (lcflow)
244# small further adjustments for lckyut
245#
246# 1094 2013-02-03 01:52:12Z raasch
247# explicit ssh/scp port can be set in config file with environment variable
248# scp_port.  This port is handled to all ssh/scp/batch_scp calls.
249# decalpha parts (yonsei) removed
250#
251# 2013-02-02 07:06:13Z raasch
252# adjustments for Kyushu-University computing center (lckyut - tatara)
253#
254# 1083 2013-01-04 10:22:09Z maronga
255# bugfix in parameter file check (read %cpp_options was missing)
256#
257# 1069 2012-11-28 16:18:43Z maronga
258# bugfix: coupling mode was always set to mpi2, typos removed
259#
260# 1058 2012-11-21 07:00:35Z raasch
261# Intel inspector (inspxe) is given the number of PEs instead of the number of
262# nodes
263#
264# 1046 2012-11-09 14:38:45Z maronga
265# code put under GPL (PALM 3.9)
266#
267# 21/03/94 - Siggi - first version finished
268# 03/03/94 - Siggi - script development started
269#
270#--------------------------------------------------------------------------------#
271# mrun - script for running PALM jobs
272#--------------------------------------------------------------------------------#
273
274
275 
276    # DECLARATION OF VARIABLES AND THEIR DEFUALT VALUES
277
278 set +o allexport    # SUPPRESS EXPORT OF ALL VARIABLES, SINCE IN THE PAST THIS
279                     # LES TO PROBLEMS IN ROUTINES CALLED BY MRUN
280                     # (TOO MANY ARGUMENTS - PROBLEM)
281 set +o noclobber    # EXISTING FILES ARE ALLOWED TO BE OVERWRITTEN
282
283 AddFilenames=""
284 additional_conditions=""
285 add_source_path=""
286 afname=""
287 check_namelist_files=false
288 combine_plot_fields=true
289 compiler_name=""
290 cond1=""
291 cond2="" 
292 config_file=.mrun.config
293 coupled_dist=""
294 cpp_options=""
295 cpumax=0
296 cpurest=0
297 create_executable_for_batch=false
298 delete_temporary_catalog=true
299 do_batch=false
300 do_compile=true
301 do_remote=false
302 do_stagein=true
303 do_stageout=true
304 do_trace=false
305 email_notification="none"
306 exclude=""
307 executable=""
308 execute_command="none"
309 execution_error=false
310 fftw_inc=""
311 fftw_lib=""
312 fftw_support=false
313 fname=test
314 fromhost=""
315 global_revision=""
316 group_number=none
317 host=""
318 host_file=""
319 hp=""
320 input_list=""
321 interpreted_config_file=""
322 job_catalog="~/job_queue"
323 job_on_file=""
324 keep_data_from_previous_run=false
325 link_local_input=false
326 link_local_output=false
327 localhost_realname=$(hostname)
328 local_dvrserver_running=.FALSE.
329 locat=normal
330 mainprog=""
331 makefile=""
332 max_par_io_str=""
333 mc=$0
334 while [[ $(echo $mc | grep -c "/") != 0 ]]
335 do
336    mc=`echo $mc | cut -f2- -d"/"`
337 done
338 module_calls=""
339 mrun_script_name=$mc
340 vnested_dist=""
341 vnested_mode="vnested_twi"
342 netcdf_inc=""
343 netcdf_lib=""
344 netcdf_support=false
345 node_usage=default
346 numprocs=""
347 numprocs_atmos=0
348 numprocs_ocean=0
349 numprocs_crse=0
350 numprocs_fine=0
351 OOPT=""
352 openmp=false
353 output_list=""
354 package_list=""
355 queue=none
356 read_from_config=""
357 restart_run=false
358 if [[ `hostname` = rte10 ]]
359 then
360    return_address=133.5.185.60
361    echo "+++ WARNING: fixed return_address = $return_address is used !!!!!"
362 elif [[ `hostname` = climate0 ]]
363 then
364    return_address=165.132.26.68
365    echo "+++ WARNING: fixed return_address = $return_address is used !!!!!"
366 elif [[ `hostname` = "schultzl-Latitude-E6540" ]]
367 then
368    return_address="schultzl-Latitude-E6540"
369    echo "+++ WARNING: fixed return_address = $return_address is used !!!!!"
370 elif [[ `hostname` = urban00 ]]
371 then
372    return_address=147.46.30.151
373    echo "+++ WARNING: fixed return_address = $return_address is used !!!!!"
374 else
375    return_address=$(nslookup `hostname` 2>&1 | grep "Address:" | tail -1 | awk '{print $2}')
376 fi
377 return_password=""
378 return_username=$LOGNAME
379 remotecall=false
380 remote_username=""
381 run_coupled_model=false
382 run_mode=""
383 run_vnested_model=false
384 dashes="  ----------------------------------------------------------------------------"
385 silent=false
386 source_list=""
387 source_path=SOURCE
388 tasks_per_node=""
389 threads_per_task=1
390 tmpcreate=false
391 tmp_data_catalog=""
392 transfer_problems=false
393 usern=$LOGNAME
394 use_openmp=false
395 version="MRUN  2.1 Rev$Rev: 2365 $"
396 working_directory=`pwd`
397 write_binary=false
398 TOPT=""
399 XOPT=""
400 zeit=$( date | cut -c 12-19 )
401
402 typeset -i  iec=0 iic=0 iin=0 ioc=0 iout=0 stagein_anz=0 stageout_anz=0
403 typeset -x -i  memory=0   # HAS TO BE EXPORTED HERE, OTHERWISE AN UNKNOWN SIDE
404                           # SIDE EFFECT MAY CAUSE DATA LOSS WHEN GETOPTS IS READING THE
405                           # SCRIPT-OPTION ARGUMENTS
406 typeset -i  cputime i ii iia iii iio icycle inode ival jobges jobsek last_char_int maxcycle minuten nodes pes remaining_pes run_number sekunden tp1
407
408    # ERROR HANDLING IN CASE OF EXIT
409 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
410       if [[ $locat != normal  &&  $locat != control_c ]]
411       then
412
413              # CARRY OUT ERROR-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE (EC:)
414          (( i = 0 ))
415          while (( i < iec ))
416          do
417             (( i = i + 1 ))
418             printf "\n  *** Execution of ERROR-command:\n"
419             printf "  >>> ${err_command[$i]}\n"
420             eval  ${err_command[$i]}
421          done
422          if [[ -n $interpreted_config_file ]]
423          then
424             rm -rf  $interpreted_config_file
425          fi
426          if [[ -n .mrun_environment ]]
427          then
428             rm -rf  .mrun_environment
429          fi
430          if [[ $tmpcreate = true ]]
431          then
432#              printf "\n  *** Contents of \"$TEMPDIR\":\n"
433#              ls -al; cd
434             [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
435          fi
436          if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
437          then
438             echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
439             kill $dvrserver_id
440          fi
441          if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
442          then
443             rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
444          fi
445          printf "\n\n+++ MRUN killed \n\n"
446       elif [[ $locat != control_c ]]
447       then
448          printf "\n\n --> all actions finished\n\n"
449          printf "     Bye, bye $usern !!\n\n"
450       fi' exit
451
452
453    # ACTIONS IN CASE OF TERMINAL-BREAK (CONTROL-C):
454 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
455       rm -rf  $working_directory/tmp_check_namelist_files
456       [[ $tmpcreate = true ]]  &&  (cd; rm -rf $TEMPDIR)
457       if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
458       then
459          rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
460       fi
461       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
462       then
463          echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
464          kill $dvrserver_id
465       fi
466       printf "\n+++ MRUN killed by \"^C\" \n\n"
467       locat=control_c
468       exit
469      ' 2
470
471
472    # CHECK IF THE PATH FOR THE PALM BINARIES (SCRIPTS+UTILITY-PROGRAMS) HAS
473    # BEEN SET
474 if [[ "$PALM_BIN" = "" ]]
475 then
476    printf "\n  +++ environment variable PALM_BIN has not been set"
477    printf "\n      please set it to the directory where the PALM scripts are located"
478    locat=palm_bin; exit
479 fi
480 export PATH=$PALM_BIN:$PATH
481
482
483
484    # READ SHELLSCRIPT-OPTIONS AND REBUILD THE MRUN-COMMAND STRING (MC),
485    # WHICH WILL BE USED TO START RESTART-JOBS
486 while  getopts  :a:bBc:Cd:Fg:G:h:H:i:kK:m:M:n:N:o:O:p:P:q:r:R:s:St:T:u:U:vw:xX:yY:zZ option
487 do
488   case  $option  in
489       (a)   afname=$OPTARG;;
490       (b)   do_batch=true; mc="$mc -b";;
491       (B)   delete_temporary_catalog=false; mc="$mc -B";;
492       (c)   config_file=$OPTARG; mc="$mc -c$OPTARG";;
493       (C)   restart_run=true; mc="$mc -C";;
494       (d)   fname=$OPTARG; mc="$mc -d$OPTARG";;
495       (F)   job_on_file="-D"; mc="$mc -F";;
496       (g)   group_number=$OPTARG; mc="$mc -g$OPTARG";;
497       (G)   global_revision=$OPTARG; mc="$mc -G'$OPTARG'";;
498       (h)   host=$OPTARG; mc="$mc -h$OPTARG";;
499       (H)   fromhost=$OPTARG; mc="$mc -H$OPTARG";;
500       (i)   input_list=$OPTARG; mc="$mc -i'$OPTARG'";;
501       (k)   keep_data_from_previous_run=true; mc="$mc -k";;
502       (K)   additional_conditions="$OPTARG"; mc="$mc -K'$OPTARG'";;
503       (m)   memory=$OPTARG; mc="$mc -m$OPTARG";;
504       (M)   makefile=$OPTARG; mc="$mc -M$OPTARG";;
505       (n)   node_usage=$OPTARG; mc="$mc -n$OPTARG";; 
506       (N)   run_vnested_model=true; vnested_dist=$OPTARG; mc="$mc -N'$OPTARG'";;
507       (o)   output_list=$OPTARG; mc="$mc -o'$OPTARG'";;
508       (O)   use_openmp=true; threads_per_task=$OPTARG; mc="$mc -O$OPTARG";;
509       (p)   package_list=$OPTARG; mc="$mc -p'$OPTARG'";;
510       (P)   return_password=$OPTARG; mc="$mc -P$OPTARG";;
511       (q)   queue=$OPTARG; mc="$mc -q$OPTARG";;
512       (r)   run_mode=$OPTARG; mc="$mc -r'$OPTARG'";;
513       (R)   remotecall=true;return_address=$OPTARG; mc="$mc -R$OPTARG";;
514       (s)   source_list=$OPTARG; mc="$mc -s'$OPTARG'";;
515       (S)   read_from_config=false; mc="$mc -S";;
516       (t)   cpumax=$OPTARG; mc="$mc -t$OPTARG";;
517       (T)   mrun_tasks_per_node=$OPTARG; mc="$mc -T$OPTARG";;
518       (u)   remote_username=$OPTARG; mc="$mc -u$OPTARG";;
519       (U)   return_username=$OPTARG; mc="$mc -U$OPTARG";;
520       (v)   silent=true; mc="$mc -v";;
521       (w)   max_par_io_str=$OPTARG; mc="$mc -w$OPTARG";;
522       (x)   do_trace=true;set -x; mc="$mc -x";;
523       (X)   numprocs=$OPTARG; mc="$mc -X$OPTARG";;
524       (y)   ocean_file_appendix=true; mc="$mc -y";;
525       (Y)   run_coupled_model=true; coupled_dist=$OPTARG; mc="$mc -Y'$OPTARG'";;
526       (z)   check_namelist_files=false; mc="$mc -z";;
527       (Z)   combine_plot_fields=false; mc="$mc -Z";;
528       (\?)  printf "\n  +++ unknown option $OPTARG \n"
529             printf "\n  --> type \"$0 ?\" for available options \n"
530             locat=parameter;exit;;
531   esac
532 done
533
534
535    # SKIP GIVEN OPTIONS TO READ POSITIONAL PARAMETER, IF GIVEN
536    # CURRENTLY ONLY PARAMETER ? (TO OUTPUT A SHORT COMMAND INFO) IS ALLOWED
537 (( to_shift = $OPTIND - 1 ))
538 shift $to_shift
539
540    # PRINT SHORT DESCRIPTION OF MRUN OPTIONS
541 if [[ "$1" = "?" ]]
542 then
543   (printf "\n  *** mrun can be called as follows:\n"
544    printf "\n      $mrun_script_name  -b -c.. -d.. -f.. -F -h.. -i.. -I -K.. -m.. -o.. -p.. -r.. -R -s.. -t.. -T.. -v -x -X.. -y -Y.. -Z <modus> \n"
545    printf "\n      Description of available options:\n"
546    printf "\n      Option  Description                              Default-Value"
547    printf "\n        -a    base name of input files                 equiv. -d"
548    printf "\n        -b    batch-job on local machine               ---"
549    printf "\n        -B    do not delete temporary directory at end ---"
550    printf "\n        -c    configuration file                       .mrun.config"
551    printf "\n        -d    base name of files attached to program   test"
552    printf "\n        -F    create remote job file only              ---"
553    printf "\n        -h    execution host                           $localhost_realname"
554    printf "\n        -i    INPUT control list                       \"\" "
555    printf "\n        -k    keep data from previous run"
556    printf "\n        -K    additional conditions for controling"
557    printf "\n              usage of conditional code and"
558    printf "\n              env-variables in configuration file      \"\" "
559    printf "\n        -m    memory demand in MB (batch-jobs)         0 MB"
560    printf "\n        -M    Makefile name                            Makefile"
561    printf "\n        -n    node usage (shared/not_shared)           depending on -h"
562    printf "\n        -N    Vertical grid nesting. Number of"
563    printf "\n              PE for Coarse and Fine grid"
564    printf "\n        -o    OUTPUT control list                      \"\" "
565    printf "\n        -O    threads per openMP task                  ---"
566    printf "\n        -p    software package list                    \"\" "
567    printf "\n        -q    queue                                    \"$queue\" "
568    printf "\n        -r    run control list (combines -i -o)        \"\" "
569    printf "\n        -s    filenames of routines to be compiled     \"\" "
570    printf "\n              must end with .f, .f90, .F, or .c !"
571    printf "\n              use \"..\" for more than one file and wildcards"
572    printf "\n              -s LM compiles all locally modified files"
573    printf "\n        -S    config file interpreted by shellscript   ---"
574    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds (batch)      0"
575    printf "\n        -T    tasks per node                           depending on -h"
576    printf "\n        -u    username on remote machine               \"\" "
577    printf "\n        -v    no prompt for confirmation               ---"
578    printf "\n        -w    maximum parallel io streams              as given by -X"
579    printf "\n        -x    tracing of mrun for debug purposes       ---"
580    printf "\n        -X    # of processors (on parallel machines)   1"
581    printf "\n        -y    add appendix \"_O\" to all local output"
582    printf "\n              files (ocean precursor runs followed by"
583    printf "\n              coupled atmosphere-ocean runs)           ---"
584    printf "\n        -Y    run coupled model, \"#1 #2\" with" 
585    printf "\n              #1 atmosphere and #2 ocean processors    \"#/2 #/2\" depending on -X"
586    printf "\n        -Z    skip combine_plot_fields at the end of      "
587    printf "\n              the simulation                           ---"
588    printf "\n "
589    printf "\n      Possible values of positional parameter <modus>:"
590    printf "\n        \"?\"       -  this outline \n\n") | more
591    exit
592 elif [[ "$1" != "" ]]
593 then
594    printf "\n  +++ positional parameter $1 unknown \n"
595    locat=parameter; exit
596 fi
597
598
599
600    # SHORT STARTING MESSAGE
601 printf "\n*** $version "
602 printf "\n    will be executed.     Please wait ..."
603
604
605
606    # CHECK, IF CONFIGURATION FILE EXISTS
607 if [[ ! -f $config_file ]]
608 then
609    printf "\n\n  +++ configuration file: "
610    printf "\n           $config_file"
611    printf "\n      does not exist"
612    locat=connect; exit 
613 fi
614
615
616    # DETERMINE THE HOST-IDENTIFIER (localhost) FROM THE CONFIGURATION FILE
617 line=""
618 grep  "%host_identifier"  $config_file  >  tmp_mrun
619 while read line
620 do
621    if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
622    then
623       HOSTNAME=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
624       host_identifier=`echo $line | cut -d" " -s -f3`
625       if [[ $localhost_realname = $HOSTNAME ]]
626       then
627          localhost=$host_identifier
628          break
629       fi
630    fi
631 done < tmp_mrun
632
633 if [[ "$localhost" = "" ]]
634 then
635    printf "\n\n  +++ no host identifier found in configuration file \"$config_file\""
636    printf "\n      for local host \"$localhost_realname\"."
637    printf "\n      Please add line"
638    printf "\n      \"\%host_identifier $localhost_realname <identifier>\""
639    printf "\n      to the configuration file."
640    locat=localhost; exit
641 fi
642
643
644    # ??? THIS SHOULD BE DECRIBED IN THE MRUN DOCUMENTATION ???
645    # SET BASENAME OF THE INPUT-FILES TO THE GENERAL BASENAME (GIVEN BY OPTION -d),
646    # IF IT HAS NOT BEEN SET BY THE USER DIFFERENTLY (USING OPTION -a)
647 [[ "$afname" = "" ]]  &&  afname=$fname
648
649
650    # ADD RUN-FILE ACTIVATION STRINGS (GIVEN BY OPTION -r) TO THE
651    # RESPECTIVE LISTS FOR ACTIVATING THE INPUT/OUTPUT FILE CONNECTION
652    # STATEMENTS IN THE CONFIGURATION FILE
653 if [[ "$run_mode" != "" ]]
654 then
655    input_list="$input_list $run_mode"
656    output_list="$output_list $run_mode"
657 fi
658
659
660    # ??? is this (and the respective option -H) really required ???
661    # STORE HOSTNAME, FROM WHICH THE JOB IS STARTED,
662    # BUT ONLY IF IT HASN'T BEEN ALREADY SET BY OPTION -H
663    # (MRUN IS AUTOMATICALLY SETTING THIS OPTION IN THE MRUN-CALLS WITHIN
664    # THOSE BATCH-JOBS, WHICH ARE CREATED BY MRUN ITSELF)
665 if [[ "$fromhost" = "" ]]
666 then
667    fromhost=$localhost
668 fi
669
670
671    # CHECK, IF EXECUTION SHALL TO BE DONE ON THE REMOTE-MACHINE.
672    # VALUE OF do_remote IS IMPORTANT FOR THE FILE CONNECTIONS.
673    # IN CASE OF EXECUTION ON A REMOTE-MACHINE, A BATCH-JOB HAS
674    # TO BE SUBMITTED (I.E. do_batch=true)
675 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
676 then
677    do_batch=true
678    do_remote=true
679    case  $host  in
680        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|lcbullhh|lccrayb|lccrayh|lccrayf|lceddy|lckyoto|lcocean|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb|lcgeohu)  true;;
681        (*)  printf "\n"
682             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
683             printf "\n      is not available"
684             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
685    esac
686 else
687    host=$localhost
688 fi
689
690
691     # EVALUATE ADDITIONAL CONDITIONS GIVEN BY OPTION -K
692 if [[ -n $additional_conditions ]]
693 then
694    cond1=`echo $additional_conditions | cut -d" " -f1`
695    cond2=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f2`
696    dummy=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f3`
697    if [[ -n $dummy ]]
698    then
699       printf "\n  +++ more than 2 additional conditions given for Option \"-K\""
700       locat=options; exit
701    fi
702    block=_$cond1
703    [[ -n $cond2 ]]  &&  block=${block}_$cond2
704 fi
705
706
707      # EVALUATE MODEL COUPLING FEATURES (OPTION -Y)
708 if [[ $run_coupled_model = true ]] 
709 then
710
711    numprocs_atmos=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f1`
712    numprocs_ocean=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f2`
713
714    if (( $numprocs_ocean + $numprocs_atmos != $numprocs ))
715    then
716
717       printf "\n  +++ number of processors does not fit to specification by \"-Y\"."
718       printf "\n      PEs (total)     : $numprocs"
719       printf "\n      PEs (atmosphere): $numprocs_atmos"
720       printf "\n      PEs (ocean)     : $numprocs_ocean"
721       locat=coupling; exit
722
723    fi
724
725 fi
726
727      # NESTING (-N) selected and vnesting_mode specified
728 if [[ $run_vnested_model = true ]] 
729 then
730
731    if  [[ -n $vnested_dist ]]
732    then
733
734       numprocs_crse=`echo $vnested_dist | cut -d" " -s -f1`
735       numprocs_fine=`echo $vnested_dist | cut -d" " -s -f2`
736
737       if (( $numprocs_crse + $numprocs_fine != $numprocs ))
738       then
739
740          printf "\n  +++ number of processors does not fit to specification by \"-N\"."
741          printf "\n      PEs (total)     : $numprocs"
742          printf "\n      PEs (Coarse)    : $numprocs_crse"
743          printf "\n      PEs (Fine)      : $numprocs_fine"
744          locat=vnesting; exit
745
746       fi
747
748    else
749
750          printf "\n  +++ "Specify PE for fine and coarse grid: -N "nCGPE nFGPE \"-N\"."
751          locat=vnesting; exit
752
753    fi
754    vnested_dist=`echo "$numprocs_crse $numprocs_fine"`
755 fi
756
757    # SAVE VALUES OF MRUN-OPTIONS SICHERN IN ORDER TO OVERWRITE
758    # THOSE VALUES GIVEN IN THE CONFIGURATION-FILE
759 mrun_memory=$memory
760 mrun_group_number=$group_number
761 mrun_cpumax=$cpumax
762 mrun_numprocs=$numprocs
763
764
765    # READ AND EVALUATE THE CONFIGURATION-FILE FROM WITHIN THIS SHELLSCRIPT
766    # (OPTION -S). THE DEFAULT IS USING THE ROUTINE <<<<
767 if [[ "$read_from_config" = false ]]
768 then
769    [[ $silent = false ]]  &&  printf "\n    Reading the configuration file... "
770
771       # READ THE CONFIGURATION FILE LINE BY LINE
772    while  read zeile
773    do
774        [[ $silent = false ]]  &&  printf "."
775
776
777          # FIRST REPLACE ENVIRONMENT-VARIABLES BY THEIR RESPECTIVE VALUES
778       eval  zeile=\"$zeile\"
779
780
781          # INTERPRET THE LINE
782       if [[ "$(echo $zeile)" = "" ]]
783       then
784             # EMPTY LINE, NO ACTION
785          continue
786
787       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "#" ]]
788       then
789
790             # LINE IS A COMMENT LINE
791          true
792
793       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "%" ]]
794       then
795
796             # LINE DEFINES AN ENVIRONMENT-VARIABLE
797          zeile=$(echo $zeile | cut -c2-)
798          var=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
799          value=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
800          for_host=`echo $zeile | cut -d" " -s -f3`
801          for_cond1=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
802          for_cond2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
803
804          if [[ "$for_host" = ""  ||  ( "$for_host" = $host  &&  "$for_cond1" = "$cond1"  &&  "$for_cond2" = "$cond2" )  ||  $(echo "$input_list$output_list"|grep -c "$for_host") != 0 ]]
805          then
806
807                # REPLACE ":" BY " " IN COMPILER- CPP- OR LINKER-OPTIONS,
808                # "::" IS REPLACED BY ":".
809             value=`echo $value | sed 's/::/%DUM%/g' | sed 's/:/ /g' | sed 's/%DUM%/:/g'`
810
811
812                # VALUE FROM THE CONFIGURATION-FILE IS ASSIGNED TO THE
813                # ENVIRONMENT-VARIABLE, BUT ONLY IF NO VALUE HAS BEEN ALREADY
814                # ASSIGNED WITHIN THIS SCRIPT (E.G. BY SCRIPT-OPTIONS).
815                # NON-ASSIGNED VARIABLES HAVE VALUE "" OR 0 (IN CASE OF INTEGER).
816                # HENCE THE GENERAL RULE IS: SCRIPT-OPTION OVERWRITES THE
817                # CONFIGURATION-FILE.
818             if [[ "$(eval echo \$$var)" = ""  ||  "$(eval echo \$$var)" = "0" ]]
819             then
820                eval  $var=\$value
821
822                   # TERMINAL OUTPUT OF ENVIRONMENT-VARIABLES, IF TRACEBACK IS SWITCHED on
823                if [[ $do_trace = true ]]
824                then
825                   printf "\n*** ENVIRONMENT-VARIABLE $var = $value"
826                fi
827             fi
828
829                # IF AN ENVIRONMENT-VARIABLE DETERMINES THE HOST, THEN EVALUATE IT IMMEDIATELY:
830                # VALUE OF do-remote IS REQUIRED FOR THE FILE CONNECTIONS (COPY OF I/O FILES).
831                # IF EXECUTION IS SCHEDULED FOR A REMOTE-MASCHINE, A BATCH-JOB
832                # MUST HAVE TO BE STARTED
833             if [[ $var = host ]]
834             then
835                if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
836                then
837                   do_batch=true
838                   do_remote=true
839                   case  $host  in
840                       (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|lcbullhh|lccrayb|lccrayh|lccrayf|lceddy|lckyoto|lcocean|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb|lcgeohu)  true;;
841                       (*)  printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
842                            printf "\n      is not available"
843                            locat=nqs; exit;;
844                   esac
845                else
846                   host=$localhost
847                fi
848             fi
849
850                # USER-DEFINED ENVIRONMENT VARIABLES MUST BE EXPORTED,
851                # BECAUSE THEY MAY BE REQUIRED IN OTHER SCRIPTS CALLED
852                # BY MRUN (E.G. subjob)
853             export  $var
854          fi
855
856
857
858
859       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "EC:" ]]
860       then
861
862             # LINE DEFINES ERROR-COMMAND
863          (( iec = iec + 1 ))
864          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
865          err_command[$iec]="$zeile"
866
867       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "IC:" ]]
868       then
869
870             # LINE DEFINES INPUT-COMMAND
871          (( iic = iic + 1 ))
872          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
873          in_command[$iic]="$zeile"
874
875       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "OC:" ]]
876       then
877
878             # LINE DEFINES OUTPUT-COMMAND
879          (( ioc = ioc + 1 ))
880          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
881          out_command[$ioc]="$zeile"
882
883       else
884
885             # LINE DEFINES FILE CONNECTION. READ THE FILE ATTRIBUTES.
886             # s2a: in/out - field
887             # s2b: loc    - field (optional)
888             # s2c: tr/ar  - field (optional)
889          s1=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
890          s2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
891          s2a=$(echo $s2 | cut -d":" -f1)
892          if [[ $(echo $s2 | grep -c ":") = 0 ]]
893          then
894             s2b=""
895             s2c=""
896          else
897             s2b=`echo $s2 | cut -d":" -f2 | sed 's/:/ /g'`
898             s2c=`echo $s2 | cut -d":" -s -f3 | sed 's/:/ /g'`
899          fi
900          s3=`echo $zeile | cut -d" " -f3`
901          s4=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
902          s5=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
903          s6=`echo $zeile | cut -d" " -s -f6`
904
905       
906             # STORE FILE CONNECTION, IF ACTIVATED BY ACTIVATION-STRING FROM
907             # INPUT- OR OUTPUT-LIST.
908             # VARIABLE S3 MAY CONTAIN A LIST OF ACTIVATION STRINGS (FIELD-SEPERATOR ":").
909             # IF EXECUTION IS SCHEDULED FOR A REMOTE-MACHINE AND THE FILE IS ONLY
910             # LOCALLY REQUIRED ON THAT MACHINE (I.E. s2b = loc), THE FILE CONNECTION
911             # IS NOT CHECKED AND STORED.
912          IFSALT="$IFS"; IFS="$IFS:"
913          if [[ "$s2a" = in  &&  ! ( $do_remote = true  &&  ( "$s2b" = loc  ||  "$s2b" = locopt ) ) ]]
914          then
915             found=false
916             for  actual  in  $input_list
917             do
918                for  formal  in  $s3
919                do
920                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-" ]]  &&  found=true
921                done
922             done
923             if [[ $found = true ]]
924             then
925                (( iin = iin + 1 ))
926                localin[$iin]=$s1; transin[$iin]=$s2b; actionin[$iin]=$s2c;
927                typein[$iin]=$s3; pathin[$iin]=$s4; endin[$iin]=$s5;
928                extin[$iin]=$s6
929             fi
930          elif [[ "$s2a" = out  &&  ! ( $do_remote = true  &&  "$s2b" = loc ) ]]
931          then
932             found=false
933             for  actual  in  $output_list
934             do
935                for  formal  in  $s3 
936                do
937                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-"  ]]  &&  found=true
938                done
939             done
940             if [[ $found = true ]]
941             then
942                (( iout = iout + 1 ))
943                localout[$iout]=$s1; actionout[$iout]=$s2c; typeout[$iout]=$s3;
944                pathout[$iout]=$s4; endout[$iout]=$s5; extout[$iout]=$s6
945             fi
946          elif [[ "$s2a" != in  &&  "$s2a" != out ]]
947          then
948             printf "\n  +++ I/O-attribute in configuration file $config_file has the invalid"
949             printf "\n      value \"$s2\". Only \"in\" and \"out\" are allowed!"
950             locat=connect; exit
951          fi
952          IFS="$IFSALT"
953       fi
954    done < $config_file
955
956 else
957
958       # EVALUATE THE CONFIGURATION-FILE BY FORTRAN-PROGRAM
959    [[ $silent = false ]]  &&  printf "..."
960    interpreted_config_file=.icf.$RANDOM
961
962
963
964       # PROVIDE VALUES OF ENVIRONMENT-VARIABLE FOR interpret_config VIA NAMELIST-FILE
965    cat  >  .mrun_environment  <<  EOF
966 &mrun_environment  cond1 = '$cond1', cond2 = '$cond2',
967                    config_file = '$config_file', do_remote = '$do_remote',
968                    do_trace = '$do_trace', host = '$host',
969                    input_list = '$input_list', icf = '$interpreted_config_file',
970                    localhost = '$localhost', output_list = '$output_list' /
971
972EOF
973
974    if [[ "$host" != $localhost ]]
975    then
976
977          # REMOTE JOB FROM LOCAL HOST: JUST TAKE THE FIRST EXECUTABLE FOUND
978       interpret_config_executable=`ls -1 ${PALM_BIN}/interpret_config*.x 2>/dev/null`
979       if [[ $? != 0 ]]
980       then
981          printf "\n\n  +++ no interpret_config found"
982          printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this host"
983          locat=interpret_config; exit
984       fi
985       interpret_config_executable=`echo $interpret_config_executable | cut -d" " -f1`
986       $interpret_config_executable
987
988    else
989
990          # CHECK, IF THERE IS AN EXECUTABLE FOR THE BLOCK
991       if [[ ! -f ${PALM_BIN}/interpret_config${block}.x ]]
992       then
993          printf "\n\n  +++ no interpret_config found for given block \"$cond1 $cond2\""
994          printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this block"
995          locat=interpret_config; exit
996       else
997          interpret_config${block}.x
998       fi
999
1000    fi
1001    rm .mrun_environment
1002
1003
1004       # EXECUTE SHELL-COMMANDS GENERATED BY interpret_config WITHIN THIS SHELL
1005    chmod  u+x  $interpreted_config_file
1006    export PATH=$PATH:.
1007    . $interpreted_config_file
1008    rm  $interpreted_config_file
1009
1010 fi
1011
1012
1013    # VALUES OF MRUN-OPTIONS OVERWRITE THOSE FROM THE CONFIGURATION-FILE
1014 [[ $mrun_memory     != 0   ]]  &&  memory=$mrun_memory
1015 [[ "$mrun_group_number" != "none" ]]  &&  group_number=$mrun_group_number
1016 [[ $mrun_cpumax     != 0   ]]  &&  cpumax=$mrun_cpumax
1017 [[ "$mrun_numprocs" != ""  ]]  &&  numprocs=$mrun_numprocs
1018 [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  maximum_parallel_io_streams=$max_par_io_str
1019 [[ "$mrun_tasks_per_node" != "" ]]  &&  tasks_per_node=$mrun_tasks_per_node
1020
1021
1022    # ON THE LOCAL MACHINE, DETERMINE (FROM THE CONFIGURATION-FILE) THE PATH
1023    # FOR SOURCE-FILES TO BE COMPILED.
1024    # IN A BATCH-JOB, SOURCES (ROUTINES TO BE COMPILED) ARE COMPLETE ALREADY.
1025    # BEFORE MRUN IS CALLED IN THE JOB, SOURCES_COMPLETE = true IS ASSIGNED (SEE FURTHER BELOW).
1026 if [[ "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1027 then
1028
1029       # FIRST CHECK, IF A GLOBAL SOURCE PATH (TO BE USED FOR ALL HOSTS)
1030       # HAS BEEN DEFINED
1031    source_path=""
1032    line=""
1033    grep "%source_path" $config_file  >  tmp_mrun
1034    while read line
1035    do
1036       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
1037       then
1038          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -f3)" = "" ]]
1039          then
1040             global_source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
1041          fi
1042       fi
1043    done  <  tmp_mrun
1044
1045    line=""
1046    found=false
1047    grep  " $localhost" $config_file | grep "%source_path"  >  tmp_mrun
1048    while read line
1049    do
1050       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
1051       then
1052          if [[ $found = true ]]
1053          then
1054             printf "\n\n  +++ more than one source path found in configuration file"
1055             printf "\n      for local host \"$localhost\" "
1056             locat=source_path; exit
1057          fi
1058          source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
1059          found=true
1060       fi
1061    done  <  tmp_mrun
1062    rm  tmp_mrun
1063
1064    if [[ "$source_path" = "" ]]
1065    then
1066       if [[ "$global_source_path" != "" ]]
1067       then
1068          source_path=$global_source_path
1069       else
1070          printf "\n\n  +++ no source path found in configuration file"
1071          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
1072          locat=source_path; exit
1073       fi
1074    fi
1075    eval source_path=$source_path
1076
1077    if [[ ! -d $source_path ]]
1078    then
1079       printf "\n\n  +++ source path \"$source_path\" on local host"
1080       printf "\n      \"$localhost\" does not exist"
1081       locat=source_path; exit
1082    fi
1083
1084 fi
1085
1086
1087    # GET THE GLOBAL REVISION-NUMBER OF THE SVN-REPOSITORY
1088    # (HANDED OVER TO RESTART-RUNS USING OPTION -G)
1089 if [[ "$global_revision" = ""  &&  $host != "ibmkisti" ]]
1090 then
1091    global_revision=`svnversion $source_path  2>/dev/null`
1092    global_revision="Rev: $global_revision"
1093 fi
1094
1095
1096    # ??? das darf doch eigentlich garnicht passieren, weil optionen config-datei uebersteuern ???
1097    # CHECK AGAIN, IF EXECUTION SHALL BE DONE ON A REMOTE-HOST (BATCH-JOB).
1098    # (HOST MAY HAVE CHANGED DUE TO SETTINGS IN THE CONFIGURATION-FILE)
1099 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
1100 then
1101    do_batch=true
1102    do_remote=true
1103    case  $host  in
1104        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|lcbullhh|lccrayb|lccrayh|lccrayf|lceddy|lckyoto|lcocean|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb|lcgeohu)  true;;
1105        (*)  printf "\n"
1106             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
1107             printf "\n      is not available"
1108             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
1109    esac
1110 else
1111    host=$localhost
1112 fi
1113
1114
1115
1116    # IN CASE OF PARALLEL EXECUTION, CHECK SOME SPECIFICATIONS CONCERNING PROCESSOR NUMBERS
1117 if [[ "$cond1" = parallel  ||  "$cond2" = parallel ]]
1118 then
1119
1120       # CHECK, IF NUMBER OF CORES TO BE USED HAS BEEN GIVEN
1121    if [[ ! -n $numprocs ]]
1122    then
1123       printf "\n"
1124       printf "\n  +++ option \"-K parallel\" requires additional specification"
1125       printf "\n      of the number of processors to be used by"
1126       printf "\n      mrun-option \"-X\" or by environment-variable"
1127       printf "\n      \"numprocs\" in the configuration file"
1128       locat=numprocs; (( iec = 0 )); exit 
1129    fi
1130
1131       # CHECK, IF THE NUMBER OF CORES PER NODE HAS BEEN GIVEN UND IF IT IS AN
1132       # INTEGRAL DIVISOR OF THE TOTAL NUMBER OF CORES GIVEN BY OPTION -X
1133    if [[ "$tasks_per_node" = ""  &&  $host != lcxt5m ]]
1134    then
1135       printf "\n"
1136       printf "\n  +++ option \"-T\" (tasks per node) is missing"
1137       printf "\n      set -T option or define tasks_per_node in the config file"
1138       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1139    fi
1140
1141    if (( numprocs < tasks_per_node ))
1142    then
1143       printf "\n"
1144       printf "\n  +++ tasks per node (-T) cannot exceed total number of processors (-X)"
1145       printf "\n      given values: -T $tasks_per_node  -X $numprocs"
1146       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1147    fi
1148
1149    if [[ $host != lcxt5m ]]
1150    then
1151       (( nodes = numprocs / ( tasks_per_node * threads_per_task ) ))
1152       (( ival = $tasks_per_node ))
1153       (( pes = numprocs ))
1154       (( ii = pes / ival ))
1155       (( remaining_pes =  pes - ii * ival ))
1156       if (( remaining_pes > 0 ))
1157       then
1158          printf "\n"
1159          printf "\n  +++ WARNING: tasks per node (option \"-T\") is not an integral"
1160          printf "\n      divisor of the total number of processors (option \"-X\")"
1161          printf "\n      values of this mrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $numprocs\""
1162          printf "\n      One of the nodes is filled with $remaining_pes instead of $tasks_per_node tasks"
1163          (( nodes = nodes + 1 ))
1164       fi
1165    fi
1166
1167
1168       # SETTINGS FOR SUBJOB-COMMAND
1169    OOPT="-O $threads_per_task"
1170
1171       # SET THE TOTAL NUMBER OF NODES, REQUIRED FOR THE SUBJOB-COMMAND (SEE FURTHER BELOW)
1172    if [[ "$tasks_per_node" != "" ]]
1173    then
1174       TOPT="-T $tasks_per_node"
1175    fi
1176
1177       # CHECK node_usage FOR ALLOWED VALUES AND SET DEFAULT VALUE, IF NECESSARY
1178    if [[ $node_usage = default ]]
1179    then
1180       if [[ $host = ibms ]]
1181       then
1182          node_usage=shared
1183       else
1184          node_usage=not_shared
1185       fi
1186    fi
1187
1188    if [[ $node_usage != shared  &&  $node_usage != not_shared  &&  $node_usage != singlejob  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla" ]]
1189    then
1190       printf "\n"
1191       printf "\n  +++ node usage (option \"-n\") is only allowed to be set"
1192       printf "\n      \"shared\" or \"not_shared\""
1193       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1194    fi
1195
1196 fi
1197
1198    # CHECK IF HOSTFILE EXISTS
1199 if [[ -n $hostfile ]]
1200 then
1201    if [[ ! -f $hostfile ]]
1202    then
1203       printf "\n"
1204       printf "\n  +++ hostfile \"$hostfile\" does not exist"
1205       locat=hostfile; exit
1206    fi
1207 fi
1208
1209
1210    # SET DEFAULT VALUE FOR THE MAXIMUM NUMBER OF PARALLEL IO STREAMS
1211 if [[ "$maximum_parallel_io_streams" = "" ]]
1212 then
1213    maximum_parallel_io_streams=$numprocs
1214 fi
1215
1216
1217    # SET PORT NUMBER OPTION FOR CALLS OF SSH/SCP, subjob AND batch_scp SCRIPTS
1218 if [[ "$scp_port" != "" ]]
1219 then
1220    PORTOPT="-P $scp_port"
1221    SSH_PORTOPT="-p $scp_port"
1222 fi
1223
1224
1225    # DETERMINE THE SSH-OPTION IN CASE THAT AN SSH-KEY IS EXPLICITLY GIVEN IN THE
1226    # CONFIG-FILE
1227 if [[ "$ssh_key" != "" ]]
1228 then
1229    ssh_key="-i $HOME/.ssh/$ssh_key"
1230 fi
1231
1232
1233    # SET DEFAULT-QUEUE, IF NOT GIVEN
1234 if [[ $queue = none ]]
1235 then
1236    case  $host  in
1237        (ibmh)       queue=cluster;;
1238        (ibmkisti)   queue=class.32plus;;
1239        (ibmmuc*)    queue=test;;
1240        (lcbwuni)    queue=develop;;
1241        (lcbullhh)   queue=compute;;
1242        (lccrayb)    queue=mpp1q;;
1243        (lccrayh)    queue=mpp1q;;
1244        (lcgeohu)    queue=short;;
1245        (lckiaps)    queue=normal;;
1246        (lckyoto)    queue=ph;;
1247        (lckyuh)     queue=fx-single;;
1248        (lckyut)     queue=cx-single;;
1249        (lclrz)      queue=mpp2;;
1250        (lctit)      queue=S;;
1251        (unics)      queue=unics;;
1252    esac
1253 fi
1254
1255
1256    # GENERATE FULL FILENAMES OF INPUT-FILES, INCLUDING THEIR PATH
1257    # CHECK, IF INPUT-FILES EXIST, AND DETERMINE HIGHEST CYCLE NUMBER (IF CYCLES EXIST)
1258 (( i = 0 ))
1259 while (( i < iin ))
1260 do
1261    (( i = i + 1 ))
1262    (( maxcycle = 0 ))
1263
1264       # GENERATE PATH AND FULL FILE NAME (then-BRANCH: FIXED FULL NAME IS GIVEN, I.E. THE
1265       # FILE IDENTIFIER IS NOT PART OF THE FILENAME))
1266    if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1267    then
1268       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${endin[$i]}  # EVALUATE REMOTE-PATH ON THE REMOTE
1269                                                    # HOST ONLY
1270       eval filename=${pathin[$i]}/${endin[$i]}
1271    else
1272       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}  # EVALUATE REMOTE-PATH ON THE REMOTE
1273                                                             # HOST ONLY
1274       eval filename=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}
1275    fi
1276    eval pathname=${pathin[$i]}
1277
1278       # CHECK IF FILE EXISTS
1279    if ! ls $filename* 1>/dev/null 2>&1
1280    then
1281
1282          # FILES WITH ATTRIBUTE locopt ARE OPTIONAL. NO ABORT, IF THEY DO NOT EXIST.
1283       if [[ "${transin[$i]}" != "locopt" ]]
1284       then
1285          printf "\n\n  +++ INPUT-file: "
1286          if [[ "${extin[$i]}" = ""  ||  "${extin[$i]}" = " " ]]
1287          then
1288             printf "\n           $filename"
1289          else
1290             printf "\n           $filename.${extin[$i]}"
1291          fi
1292          printf "\n      does not exist\n"
1293          locat=input; exit
1294       else
1295          transin[$i]="unavailable"
1296       fi
1297    else
1298
1299          # DETERMINE THE FILE'S CYCLE NUMBER
1300       ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1301       ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1302       while  read zeile
1303       do
1304              # filename without path (i.e. after the last "/")
1305           basefilename=$(basename ${zeile})
1306
1307              # check if there is an extension
1308           extension=${basefilename##*.}
1309           if [[ "$extension" = "$extin[$i]" ]]
1310           then
1311              basefilename=${basefilename&.*}
1312           fi
1313
1314              # check for an existing cycle number
1315           cycle=${basefilename##*.}
1316           if [[ $cycle =~ ^-?[0-9]+$ ]]
1317           then
1318              (( icycle = $cycle ))
1319           else
1320              (( icycle = 0 ))
1321           fi
1322
1323           if (( icycle > maxcycle ))
1324           then
1325              (( maxcycle = icycle ))
1326           fi
1327
1328#          cycle=$(echo $zeile | cut -f2 -d".")
1329#          if [[ "$cycle" = "$zeile" ]]
1330#          then
1331#             (( icycle = 0 ))
1332#          elif [[ "$cycle" = "${extin[$i]}" ]]
1333#          then
1334#             (( icycle = 0 ))
1335#          else
1336#             (( icycle = $cycle ))
1337#          fi
1338#          if (( icycle > maxcycle ))
1339#          then
1340#             (( maxcycle = icycle ))
1341#          fi
1342       done <filelist
1343       rm filelist
1344
1345          # APPEND CYCLE NUMBER TO FILENAME
1346       if (( maxcycle > 0 ))
1347       then
1348          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1349          then
1350             filename=${filename}.$maxcycle.${extin[$i]}
1351          else
1352             filename=${filename}.$maxcycle
1353          fi
1354       else
1355          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1356          then
1357             filename=${filename}.${extin[$i]}
1358          fi
1359       fi
1360       
1361          # STORE FILENAME WITHOUT PATH BUT WITH CYCLE NUMBER,
1362          # IS LATER USED FOR TRANSFERRING FILES WIHIN THE JOB (SEE END OF FILE)
1363       absnamein[$i]=$filename
1364       if (( maxcycle > 0 ))
1365       then
1366          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1367          then
1368             frelin[$i]=${endin[$i]}.$maxcycle
1369          else
1370             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}.$maxcycle
1371          fi
1372       else
1373          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1374          then
1375             frelin[$i]=${endin[$i]}
1376          else
1377             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}
1378          fi
1379       fi
1380
1381    fi
1382 done
1383   
1384    # GENERATE FULL FILENAMES OF OUTPUT-FILES (WITHOUT $ OR ~),
1385    # CHECK, IF OUTPUT-FILES EXIST, AND DETERMINE HIGHEST CYCLE NUMBER (IF CYCLES EXIST),
1386    # OR, IN CASE THAT FILE DOES NOT EXIST, CHECK, IF IT CAN BE CREATED 
1387    # THESE ACTIONS ARE NOT CARRIED OUT, IF FILES SHALL BE TRASFERRED FROM THE REMOTE TO
1388    # THE LOCAL HOST (BECAUSE THEIR IS NO DIRECT ACCESS TO THE LOCAL DIRECTORIES FROM THE
1389    # REMOTE HOST)
1390 (( i = 0 ))
1391 while (( i < iout ))
1392 do
1393    (( i = i + 1 ))
1394    if [[ ! ( $fromhost != $localhost  &&  ( "${actionout[$i]}" = tr || "${actionout[$i]}" = tra || "${actionout[$i]}" = trpe ) ) ]]
1395    then
1396       if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
1397       then
1398          actionout[$i]=""
1399       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe ]]
1400       then
1401          actionout[$i]=pe
1402       elif [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
1403       then
1404          actionout[$i]=a
1405       fi
1406       (( maxcycle = 0 ))
1407       eval filename=${pathout[$i]}/${fname}${endout[$i]}
1408       eval catalogname=${pathout[$i]}
1409       if ! ls $filename* 1>/dev/null 2>&1
1410       then
1411     
1412             # IF OUTPUT-FILE DOES NOT EXIST CHECK, IF IT CAN BE CREATED
1413          if  cat /dev/null > $filename 
1414          then
1415             rm  $filename
1416          else
1417
1418                # CHECK, IF THE DIRECTORY WHERE FILE SHALL BE COPIED TO EXISTS
1419                # IF IT DOES NOT EXIST, TRY TO CREATE IT
1420             if [[ ! -d $catalogname ]]
1421             then
1422                if  mkdir -p  $catalogname
1423                then
1424                   printf "\n\n  *** directory:"
1425                   printf "\n           $catalogname"
1426                   printf "\n      was created\n"
1427                else
1428                   printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1429                   printf "\n           $filename"
1430                   printf "\n      cannot be created, because directory does not exist"
1431                   printf "\n      and cannot be created either"
1432                   printf "\n"
1433                   locat=output  ; exit
1434                fi 2>/dev/null
1435             else
1436                printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1437                printf "\n           $filename"
1438                printf "\n      cannot be created, although directory exists"
1439                printf "\n"
1440                locat=output  ; exit
1441             fi
1442          fi 2>/dev/null
1443       else
1444
1445             # DETERMINE THE CYCLE NUMBER
1446          ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1447          ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1448          while  read zeile
1449          do
1450
1451                # filename without path (i.e. after the last "/")
1452             basefilename=$(basename ${zeile})
1453
1454                # check if there is an extension
1455             extension=${basefilename##*.}
1456             if [[ "$extension" = "${extout[$i]}" ]]
1457             then
1458                basefilename=${basefilename%.*}
1459             fi
1460
1461                # check for an existing cycle number
1462             cycle=${basefilename##*.}
1463             if [[ $cycle =~ ^-?[0-9]+$ ]]
1464             then
1465                (( icycle = $cycle + 1 ))
1466             else
1467                (( icycle = 1 ))
1468             fi
1469
1470             if (( icycle > maxcycle ))
1471             then
1472                (( maxcycle = icycle ))
1473             fi
1474
1475          done <filelist
1476          rm filelist
1477       fi
1478
1479          # APPEND CYCLE NUMBER TO FILENAME AND CHECK, IF FILE CAN BE CREATED
1480          # IN CASE OF FILE-APPEND, FILE MUST BE APPENDED TO THE ONE WITH HIGHEST CYCLE NUMBER
1481       if [[ "${actionout[$i]}" != a ]]
1482       then
1483          if (( maxcycle > 0 ))
1484          then
1485             filename_tmp=${filename}.$maxcycle
1486             if  cat /dev/null > $filename_tmp 
1487             then
1488                rm  $filename_tmp
1489             else
1490                printf "\n  +++ OUTPUT-file:"
1491                printf "\n           $filename_tmp"
1492                printf "\n      cannot be created"
1493                locat=output  ; exit
1494             fi
1495          fi
1496       else
1497          (( maxcycle = maxcycle - 1 ))
1498       fi
1499       
1500       (( cycnum[$i] = maxcycle ))
1501       pathout[$i]=$filename
1502
1503    fi
1504 done
1505
1506
1507     # THE DVR-PACKAGE REQUIRES ITS OWN LIBRARY
1508 if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
1509 then
1510    if [[ "$dvr_inc" = "" ]]
1511    then
1512       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_inc\" given in configuration file"
1513       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1514       locat=dvr; exit
1515    fi
1516    if [[ "$dvr_lib" = "" ]]
1517    then
1518       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_lib\" given in configuration file"
1519       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1520       locat=dvr; exit
1521    fi
1522 fi
1523
1524
1525     # CHECK, WETHER A MAIN PROGRAM OR AN EXECUTABLE HAVE BEEN DECLARED.
1526     # EXECUTABLES DO NOT NEED TO BE COMPILED.
1527 if [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" = "" ]]
1528 then
1529    printf "\n  +++ neither main program nor executable defined"
1530    locat=source; exit
1531 elif [[ "$mainprog" != ""  &&  "$executable" != "" ]]
1532 then
1533    printf "\n  +++ main program as well as executable defined"
1534    locat=source; exit
1535 elif [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" != "" ]]
1536 then
1537    do_compile=false
1538 fi
1539
1540
1541    # CREATE SOURCE-DIRECTORY TO COLLECT ROUTINES TO BE COMPILED.
1542    # LATER THE MRUN-SCRIPT AND CONFIGURATION-FILE WILL ALSO BE COPIED TO THIS DIRECTORY.
1543 if [[ $restart_run != true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1544 then
1545    rm -rf  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1546    mkdir   SOURCES_FOR_RUN_$fname
1547 fi
1548
1549
1550    # COLLECT ALL ROUTINES TO BE COMPILED
1551    # THIS IS NOT REQUIRED WITHIN BATCH-JOBS, BECAUSE ROUTINES HAVE ALREADY BEEN COLLECTED
1552    # BY THE MRUN-CALL WHICH CREATED THE BATCH-JOB.
1553 if [[ $do_compile = true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1554 then
1555
1556    [[ "$source_list" = LM ]]  &&  source_list=LOCALLY_MODIFIED
1557
1558    if [[ "$source_list" = LOCALLY_MODIFIED ]]
1559    then
1560
1561          # DETERMINE MODIFIED FILES OF THE SVN WORKING COPY
1562       source_list=""
1563       cd  $source_path
1564
1565
1566          # CHECK, IF DIRECTORY IS UNDER SVN CONTROL
1567       if [[ ! -d .svn ]]
1568       then
1569          printf "\n\n  +++ source directory"
1570          printf "\n         \"$source_path\" "
1571          printf "\n         is not under control of \"subversion\"."
1572          printf "\n         Please do not use mrun-option \"-s LOCALLY_MODIFIED\"\n"
1573       fi
1574
1575
1576          # LIST ALL MODIFIED SOURCE CODE FILES
1577       Filenames=""
1578       svn status  >  tmp_mrun
1579       while  read line
1580       do
1581          firstc=`echo $line | cut -c1`
1582          if [[ $firstc = M  ||  $firstc = "?" ]]
1583          then
1584             Name=`echo "$line" | cut -c8-`
1585             extension=`echo $Name | cut -d. -f2`
1586             if [[ "$extension" = f90 || "$extension" = F90 || "$extension" = f || "$extension" = F || "$extension" = c ]]
1587             then
1588                Filenames="$Filenames "$Name
1589             fi
1590          fi
1591       done < tmp_mrun
1592
1593
1594          # COPY FILES TO SOURCES_FOR_RUN_...
1595       for  dateiname  in  $Filenames
1596       do
1597          cp  $dateiname  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1598          source_list=$source_list"$dateiname "
1599       done
1600
1601       cd -  > /dev/null
1602
1603
1604       # COPY FILES GIVEN BY OPTION -s TO DIRECTORY SOURCES_FOR_RUN_...
1605       # AUTOMATIC RESTART RUNS JUST ACCESS THE DIRECTORY CREATED BY THE INITIAL RUN
1606    elif [[ "$source_list" != ""  &&  $restart_run != true ]]
1607    then
1608
1609       cd  $source_path
1610
1611       for  filename  in  $source_list
1612       do
1613
1614             # SOURCE CODE FILE IS NOT ALLOWED TO INCLUDE PATH
1615          if [[ $(echo $filename | grep -c "/") != 0 ]]
1616          then
1617             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1618             printf "\n      must not contain (\"/\") "
1619             locat=source; exit
1620          fi
1621
1622          if [[ ! -f $filename ]]
1623          then
1624             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1625             printf "\n      does not exist"
1626             locat=source; exit
1627          else
1628             cp  $filename  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1629          fi
1630
1631       done
1632
1633       cd -  > /dev/null
1634
1635    fi
1636
1637
1638       # CHECK, IF A MAIN PROGRAM EXISTS AND IF IT IS PART OF THE LIST OF FILES
1639       # TO BE COMPILED. IF NOT, ADD IT TO THE LIST.
1640    if [[ $restart_run != true ]]
1641    then
1642
1643       if [[ ! -f "$source_path/$mainprog" ]]
1644       then
1645          printf "\n\n  +++ main program:  $mainprog"
1646          printf "\n      does not exist in source directory"
1647          printf "\n      \"$source_path\"\n"
1648          locat=source; exit
1649       else
1650          if [[ $(echo $source_list | grep -c $mainprog) = 0 ]]
1651          then
1652             cp  $source_path/$mainprog  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1653             source_list=${mainprog}" $source_list"
1654          fi
1655       fi
1656    fi
1657
1658
1659       # CHECK, IF MAKEFILE EXISTS AND COPY IT TO THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY
1660       # NOT REQUIRED FOR RESTART RUNS, SOURCES_FOR_RUN... HAS BEEN CREATED BY THE INITIAL RUN
1661    if [[ "$restart_run" != true ]]
1662    then
1663       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
1664       if [[ ! -f $makefile ]]
1665       then
1666          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
1667          locat=make; exit
1668       else
1669          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
1670       fi
1671    fi
1672
1673
1674       # COPY FILES FROM OPTIONAL SOURCE PATH GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
1675    if [[ $restart_run != true  &&  "$add_source_path" != "" ]]
1676    then
1677
1678          # DOES THE DIRECTORY EXIST?
1679       if [[ ! -d $add_source_path ]]
1680       then
1681          printf "\n\n  *** INFORMATIVE: additional source code directory"
1682          printf "\n      \"$add_source_path\" "
1683          printf "\n      does not exist or is not a directory."
1684          printf "\n      No source code will be used from this directory!\n"
1685          add_source_path=""
1686          if [[ $silent == false ]]
1687          then
1688             sleep 3
1689          fi
1690       else
1691
1692          cd $add_source_path
1693          found=false
1694
1695          Names=$(ls -1 *.f90 2>&1)
1696          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$Names"
1697          Names=$(ls -1 *.F90 2>&1)
1698          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1699          Names=$(ls -1 *.F 2>&1)
1700          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1701          Names=$(ls -1 *.f 2>&1)
1702          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1703          Names=$(ls -1 *.c 2>&1)
1704          [[ $(echo $Names | grep -c '*.c') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1705
1706          cd -  > /dev/null
1707          cd  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1708
1709             # COPY MAKEFILE IF EXISTING
1710          if [[ -f $add_source_path/Makefile ]]
1711          then
1712             printf "\n\n  *** user Makefile from directory"
1713             printf "\n      \"$add_source_path\" is used \n"
1714             if [[ $silent == false ]]
1715             then
1716                sleep 1
1717             fi
1718             cp  $add_source_path/Makefile  .
1719          fi
1720
1721          for  dateiname  in  $AddFilenames
1722          do
1723             if [[ -f $dateiname ]]
1724             then
1725                printf "\n  +++ source code file \"$dateiname\" found in additional"
1726                printf "\n      source code directory \"$add_source_path\" "
1727                printf "\n      but was also given with option \"-s\" which means that it should be taken"
1728                printf "\n      from directory \"$source_path\"."
1729                locat=source; exit
1730             fi
1731
1732             cp  $add_source_path/$dateiname  .
1733             source_list="$source_list $dateiname"
1734
1735                # CHECK IF FILE IS CONTAINED IN MAKEFILE
1736             if [[ $(grep -c $dateiname Makefile) = 0 ]]
1737             then
1738                printf "\n\n  +++ user file \"$dateiname\" "
1739                printf "\n      is not listed in Makefile \n"
1740                locat=source; exit
1741             else
1742
1743                if [[ $found = false ]]
1744                then
1745                   found=true
1746                   printf "\n\n  *** following user file(s) added to the"
1747                   printf " files to be translated:\n      "
1748                fi
1749                printf "$dateiname  "
1750                if [[ $silent == false ]]
1751                then
1752                   sleep 0.5
1753                fi
1754
1755             fi
1756          done
1757          [[ $found = true ]]  &&  printf "\n"
1758          cd -  > /dev/null
1759       fi
1760    fi
1761
1762
1763       # ADD ALL ROUTINES BELONGING TO SOFTWARE PACKAGES (GIVEN BY OPTION -p)
1764       # TO THE LIST OF FILES TO BE COMPILED
1765    if [[ $restart_run != true  &&  -n $package_list ]]
1766    then
1767
1768       cd  $source_path
1769
1770       for  package  in  $package_list
1771       do
1772
1773          [[ $package = "dvrp_graphics+1PE" ]]  &&  package=dvrp_graphics
1774
1775             # DETERMINE FILES BELONGING TO THE PACKAGE
1776             # ERROR MESSAGE ARE REDIRECTED TO /dev/null, BECAUSE WILDCARD (*) ALSO GIVES
1777             # THE NAME OF THE DIRECTORY
1778          package_source_list=`grep "defined( __$package " * 2>/dev/null | cut -f1 -d:`
1779
1780
1781             # ADD THESE FILES TO THE LIST OF FILES TO BE COMPILED,
1782             # IF THEY ARE NOT ALREADY PART OF THE LIST
1783          for  source_list_name  in  $package_source_list
1784          do
1785             if [[ $(echo $source_list | grep -c $source_list_name) = 0 ]]
1786             then
1787
1788                    # ONLY TAKE FILES WITH VALID SUFFIX
1789                ending=`echo $source_list_name | cut -f2 -d.`
1790                if [[ "$ending" = f90  ||  "$ending" = F90  ||  "$ending" = f  ||  "$ending" = F  ||  "$ending" = c ]]
1791                then
1792                   cp  $source_list_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1793                   source_list="$source_list $source_list_name"
1794                fi
1795             fi
1796          done
1797       done
1798
1799       cd -  > /dev/null
1800    fi
1801
1802 fi  # do_compile=true
1803
1804
1805    # IF SOURCE CODE IS TO BE COMPILED, DO SOME MORE CHECKS
1806    # AND SET PRE-PROCESSOR DIRECTIVES
1807 if [[ $do_compile = true  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
1808 then
1809
1810       # SET PREPROCESSOR-DIRECTIVES TO SELECT OPERATING SYSTEM SPECIFIC CODE
1811    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm && $localhost != ibmmuc* ]]
1812    then
1813       cpp_options="${cpp_options},-D__ibm=__ibm"
1814    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = nec ]]
1815    then
1816       cpp_options="$cpp_options -D__nec"
1817    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-2) = lc ]]
1818    then
1819       cpp_options="$cpp_options -D__lc"
1820    else
1821       cpp_options="$cpp_options -D__$localhost"
1822    fi
1823
1824       # SET DIRECTIVES GIVEN BY OPTION -K (E.G. parallel)
1825    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm && $localhost != ibmmuc ]]
1826    then
1827       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond1=__$cond1"
1828       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond2=__$cond2"
1829    else
1830       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond1"
1831       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond2"
1832    fi
1833
1834       # SET DIRECTIVES FOR ACTIVATING SOFTWARE-PACKAGES (OPTION -p)
1835    if [[ -n $package_list ]]
1836    then
1837       for  package  in  $package_list
1838       do
1839          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1840          then
1841             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1842             then
1843                cpp_options="${cpp_options},-D__$package=__$package"
1844             else
1845                cpp_options="${cpp_options},-D__dvrp_graphics=__dvrp_graphics"
1846                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1847             fi
1848          else
1849             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1850             then
1851                cpp_options="$cpp_options -D__$package"
1852             else
1853                cpp_options="$cpp_options -D__dvrp_graphics"
1854                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1855             fi
1856          fi
1857       done
1858    fi
1859
1860 else
1861
1862
1863       # FOR LOCAL RUNS CHECK AGAIN, IF EXECUTABLE EXISTS
1864    if [[ $do_remote = false ]]
1865    then
1866       if [[ ! -f $executable ]]
1867       then
1868          printf "\n  +++ executable file:  $executable"
1869          printf "\n      does not exist"
1870          locat=executable; exit
1871       fi
1872    fi
1873 fi
1874
1875
1876    # DETERMINE THE JOB MODE
1877 if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1878 then
1879    if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
1880    then
1881       batch_job=.TRUE.
1882       jobmo=BATCH
1883    else
1884       batch_job=.FALSE.
1885       jobmo=INTERACTIVE
1886    fi 
1887 else
1888    if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH  ||  "$PJM_ENVIRONMENT" = BATCH ]]
1889    then
1890       batch_job=.TRUE.
1891       jobmo=BATCH
1892    else
1893       batch_job=.FALSE.
1894       jobmo=INTERACTIVE
1895    fi
1896 fi
1897
1898    # NO INTERACTIVE RUNS ALLOWED ON LCTIT
1899 if [[ $host = lctit  &&  $jobmo = INTERACTIVE  &&  $do_batch = false ]]
1900 then
1901    printf "\n  +++ no interactive runs allowed on host \"$host\" "
1902    printf "\n      please submit batch job using mrun option \"-b\" \n"
1903    locat=normal; exit
1904 fi
1905
1906
1907    # CHECK, IF USER DEFINED A COMPILER
1908 if [[ "$compiler_name" = "" ]]
1909 then
1910
1911    printf "\n  +++ no compiler specified for \"$host $cond1 $cond2\""
1912    locat=compiler_name; exit
1913
1914 fi
1915
1916
1917    # DETERMINE THE NAME OF MRUN'S TEMPORARY WORKING DIRECTORY
1918
1919    # ON HLRN-III, USE THE QUEUING NAME. OTHERWISE USE USERNAME AND RANDOM NUMBER
1920 if [[ $do_batch = false && $(echo $host | cut -c1-6) = lccray ]]
1921 then
1922    kennung=$(checkjob $PBS_JOBID | grep Reservation | cut -d" " -s -f2 | cut -d"." -s -f2 | sed "s/['\"]//g")
1923    if [[ "$kennung" = "" ]]
1924    then
1925       kennung=$RANDOM
1926    fi
1927 else
1928    kennung=$RANDOM
1929 fi
1930
1931 if [[ "$tmp_user_catalog" = "" ]]
1932 then
1933    if [[ $localhost = ibmh ]]
1934    then
1935       tmp_user_catalog=$SCRATCH
1936    else
1937       tmp_user_catalog=/tmp
1938    fi
1939 fi
1940
1941if [[ $localhost = ibmmuc* ]]
1942then
1943   TEMPDIR=$tmp_user_catalog/${USER}.$kennung
1944else
1945   TEMPDIR=$tmp_user_catalog/${usern}.$kennung
1946fi
1947
1948    # DETERMINE THE NAME OF THE DIRECTORY WHICH IS USED TO TEMPORARILY STORE DATA FOR RESTART RUNS
1949 if [[ "$tmp_data_catalog" = "" ]]
1950 then
1951    tmp_data_catalog=/tmp/mrun_restart_data
1952 fi
1953
1954
1955    # IN CASE OF LOCAL RUNS REPLACE ENVIRONMENT VARIABLES BY THEIR VALUES
1956 if [[ $do_remote = false  &&  $do_compile = true  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
1957 then
1958    eval  fopts=\"$fopts\"
1959    eval  lopts=\"$lopts\"
1960 fi
1961
1962
1963    # DETERMINE COMPILE- AND LINK-OPTIONS
1964 fopts="$fopts $netcdf_inc $fftw_inc $dvr_inc"
1965 lopts="$lopts $netcdf_lib $fftw_lib $dvr_lib"
1966 XOPT="-X $numprocs"
1967
1968
1969    # CHECK THE CPU-LIMIT. IT MUST BE GIVEN FOR BATCH-JOBS AND IS COMMUNICATED TO THE
1970    # EXECUTABLE VIA NAMELIST-PARAMETER cputime
1971 done=false
1972 while [[ $done = false ]]
1973 do
1974    cputime=$cpumax
1975    if (( $cputime == 0 ))
1976    then
1977       if [[ $do_batch = true ]]
1978       then
1979          printf "\n  +++ cpu-time is undefined"
1980          printf "\n  >>> Please type CPU-time in seconds as INTEGER:"
1981          printf "\n  >>> "
1982          read  cputime  1>/dev/null  2>&1
1983       else
1984          cputime=10000000   # NO CPU LIMIT FOR INTERACTIVE RUNS
1985       fi
1986    else
1987       done=true
1988    fi
1989    cpumax=$cputime
1990 done
1991
1992 (( minuten = cputime / 60 ))
1993 (( sekunden = cputime - minuten * 60 ))
1994
1995
1996    # CHECK THE MEMORY DEMAND
1997 if [[ $do_batch = true ]]
1998 then
1999    done=false
2000    while [[ $done = false ]]
2001    do
2002       if (( memory == 0 ))
2003       then
2004          printf "\n  +++ memory demand is undefined"
2005          printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
2006          printf "\n  >>> "
2007          read  memory  1>/dev/null  2>&1
2008       else
2009          done=true
2010       fi
2011    done
2012 fi
2013
2014
2015    # IN CASE OF REMOTE-JOBS CHECK, IF A USERNAME FOR THE REMOTE HOST IS GIVEN
2016 if [[ $do_remote = true  &&  -z $remote_username ]]
2017 then
2018    while [[ -z $remote_username ]]
2019    do
2020       printf "\n  +++ username on remote host \"$host\" is undefined"
2021       printf "\n  >>> Please type username:"
2022       printf "\n  >>> "
2023       read  remote_username
2024    done
2025    mc="$mc -u$remote_username"
2026 fi
2027
2028    # CHECK FOR INITIAL COMMANDS AFTER LOGIN
2029 if [[ "$login_init_cmd" != "" ]]
2030 then
2031    export init_cmds="${login_init_cmd};"
2032 fi
2033
2034
2035    # SET THE MODULE-LOAD COMMAD AND EXPORT IT FOR subjob
2036 if [[ "$modules" != "" ]]
2037 then
2038    if [[ $host = lctit ]]
2039    then
2040       export module_calls=". $modules"
2041    else
2042       export module_calls="module load ${modules};"
2043    fi
2044 fi
2045
2046    # OUTPUT OF THE MRUN-HEADER
2047 calltime=$(date)
2048 printf "\n"
2049 printf "#------------------------------------------------------------------------# \n"
2050 printf "| %-35s%35s | \n" "$version" "$calltime"
2051 printf "|                                                                        | \n"
2052 spalte1="called on:"; spalte2=$localhost_realname
2053 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2054 if [[ $do_remote = true ]]
2055 then
2056    spalte1="execution on:"; spalte2="$host (username: $remote_username)"
2057 else
2058    spalte1="execution on:"; spalte2="$host ($localhost_realname)"
2059 fi
2060 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2061 if [[ -n $numprocs ]]
2062 then
2063    if [[ $run_coupled_model = false ]]
2064    then
2065       spalte1="number of PEs:"; spalte2=$numprocs
2066    else
2067       spalte1="number of PEs:"; spalte2="$numprocs  (atmosphere: $numprocs_atmos, ocean: $numprocs_ocean)"
2068    fi
2069    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2070 fi
2071 if [[ -n $tasks_per_node ]]
2072 then
2073    spalte1="tasks per node:"; spalte2="$tasks_per_node (number of nodes: $nodes)"
2074    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2075    if (( remaining_pes > 0 ))
2076    then
2077       spalte1=" "; spalte2="one of the nodes only filled with $remaining_pes tasks"
2078       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2079    fi
2080 fi
2081 if [[ $maximum_parallel_io_streams != $numprocs ]]
2082 then
2083    spalte1="max par io streams:"; spalte2="$maximum_parallel_io_streams"
2084    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2085 fi
2086 if [[ $use_openmp = true ]]
2087 then
2088    spalte1="threads per task:"; spalte2="$threads_per_task"
2089    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2090 fi
2091 printf "|                                                                        | \n"
2092 if [[ $do_compile = true ]]
2093 then
2094    if [[ "$mopts" != "" ]]
2095    then
2096       spalte1="make options:"; spalte2=$(echo "$mopts" | cut -c-45)
2097       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2098       zeile=$(echo "$mopts" | cut -c46-)
2099       while [[ "$zeile" != "" ]]
2100       do
2101          spalte1=""
2102          spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2103          printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2104          zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2105       done
2106    fi
2107
2108    spalte1="cpp directives:"; spalte2=$(echo "$cpp_options" | cut -c-45)
2109    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2110    zeile=$(echo "$cpp_options" | cut -c46-)
2111    while [[ "$zeile" != "" ]]
2112    do
2113       spalte1=""
2114       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2115       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2116       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2117    done
2118
2119    spalte1="compiler options:"; spalte2=$(echo "$fopts" | cut -c-45)
2120    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2121    zeile=$(echo "$fopts" | cut -c46-)
2122    while [[ "$zeile" != "" ]]
2123    do
2124       spalte1=""
2125       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2126       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2127       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2128    done
2129
2130    spalte1="linker options:"; spalte2=$(echo "$lopts" | cut -c-45)
2131    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2132    zeile=$(echo "$lopts" | cut -c46-)
2133    while [[ "$zeile" != "" ]]
2134    do
2135       spalte1=""
2136       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2137       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2138       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2139    done
2140
2141    spalte1="modules to be load:"; spalte2=$(echo "$modules" | cut -c-45)
2142    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2143    zeile=$(echo "$modules" | cut -c46-)
2144    while [[ "$zeile" != "" ]]
2145    do
2146       spalte1=""
2147       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2148       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2149       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2150    done
2151
2152    spalte1="main program:"; spalte2=$mainprog
2153    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2154 else
2155    spalte1=executable:; spalte2=$executable
2156    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2157 fi
2158 printf "|                                                                        | \n"
2159 spalte1="base name of files:"; spalte2=$fname
2160 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2161 if [[ $fname != $afname ]]
2162 then
2163    spalte1="base name of input files:"; spalte2=$afname
2164    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2165 fi
2166 spalte1="INPUT control list:"; spalte2=$(echo $input_list)
2167 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2168 spalte1="OUTPUT control list:"; spalte2=$(echo $output_list)
2169 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2170
2171 if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
2172 then
2173    printf "| %-35s%-35s | \n" "suffix \"_O\" is added to local files" " "
2174 fi
2175
2176 if [[ $do_batch = true  ||  "$LOADLBATCH" = yes ]]
2177 then
2178    spalte1="memory demand / PE":; spalte2="$memory MB"
2179    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2180    spalte1=CPU-time:; spalte2="$minuten:$sekunden"
2181    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2182 fi
2183
2184 if [[ $do_compile = true ]]
2185 then
2186    printf "|                                                                        | \n"
2187    printf "| Files to be compiled:                                                  | \n"
2188    zeile=$source_list
2189    while [[ "$zeile" != "" ]]
2190    do
2191       linestart=$(echo $zeile | cut -c-70)
2192       printf "| %-70s | \n" "$linestart"
2193       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c71-)
2194    done
2195 fi
2196 printf "#------------------------------------------------------------------------#"
2197
2198
2199
2200    # OUTPUT OF FILE CONNECTIONS IN CASE OF TRACEBACK
2201 if [[ $do_trace = true ]]
2202 then
2203    (( i = 0 ))
2204    while (( i < iin ))
2205    do
2206       (( i = i + 1 ))
2207       if (( i == 1 ))
2208       then
2209          printf "\n\n >>> INPUT-file assignments:\n"
2210       fi
2211       printf "\n     ${localin[$i]} :  ${absnamein[$i]}"
2212    done
2213    (( i = 0 ))
2214    while (( i < iout ))
2215    do
2216       (( i = i + 1 ))
2217       if (( i == 1 ))
2218       then
2219          printf "\n\n >>> OUTPUT-file assignments:\n"
2220       fi
2221       printf "\n     ${localout[$i]} :  ${pathout[$i]}"
2222    done
2223    (( i = 0 ))
2224    while (( i < iic ))
2225    do
2226       (( i = i + 1 ))
2227       if (( i == 1 ))
2228       then
2229          printf "\n\n >>> INPUT-commands:\n"
2230       fi
2231       printf "\n     ${in_command[$i]}" 
2232    done
2233    (( i = 0 ))
2234    while (( i < ioc ))
2235    do
2236       (( i = i + 1 ))
2237       if (( i == 1 ))
2238       then
2239          printf "\n\n >>> OUTPUT-commands:\n"
2240       fi
2241       printf "\n     ${out_command[$i]}" 
2242    done
2243 fi
2244
2245    # QUERY FOR CONTINUE (ON LOCAL MACHINES ONLY)
2246 if [[ $remotecall = false  &&  $silent = false  &&  $jobmo != BATCH ]]
2247 then
2248    antwort=dummy
2249    printf "\n\n"
2250    printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2251    while  read antwort
2252    do
2253       if [[ "$antwort" != y  &&  "$antwort" != Y  &&  "$antwort" != n  &&  "$antwort" != N ]]
2254       then
2255          printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2256       else
2257          break
2258       fi
2259    done
2260    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
2261    then
2262       locat=user_abort; (( iec = 0 )); exit
2263    fi
2264    if [[ $do_batch = true ]]
2265    then
2266       printf " >>> batch-job will be created and submitted"
2267    else
2268       printf " >>> MRUN will now continue to execute on this machine"
2269    fi
2270 fi
2271
2272 
2273    # DETERMINE PATH FOR MAKE DEPOSITORY
2274 if [[ $do_batch = false  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
2275 then
2276
2277    line=""
2278    grep "%depository_path" $config_file  >  tmp_mrun
2279    while read line
2280    do
2281       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2282       then
2283          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f3)" = "" ]]
2284          then
2285             global_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2286          fi
2287       fi
2288    done < tmp_mrun
2289
2290    line=""
2291    grep  " $localhost" $config_file | grep "%depository_path"  >  tmp_mrun
2292    while read line
2293    do
2294       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2295       then
2296          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f4)" = "$cond1"  &&  "$(echo $line | cut -d" " -s -f5)" = "$cond2" ]]
2297          then
2298             local_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2299          fi
2300       fi
2301    done < tmp_mrun
2302
2303    if [[ "$local_depository_path" = "" ]]
2304    then
2305       if [[ "$global_depository_path" != "" ]]
2306       then
2307          local_depository_path=$global_depository_path
2308       else
2309          printf "\n\n  +++ no depository path found in configuration file"
2310          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
2311          printf "\n      please set \"\%depository_path\" in configuration file\n"
2312          locat=config_file; exit
2313       fi
2314    fi
2315    eval local_depository_path=$local_depository_path
2316    [[ "$cond1" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond1
2317    [[ "$cond2" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond2
2318
2319
2320    basename=`echo $mainprog | cut -f1 -d"."`
2321    eval make_depository=${local_depository_path}/${basename}_current_version.tar
2322    if [[ ! -f $make_depository ]]
2323    then
2324       printf "\n"
2325       printf "\n  *** WARNING: make depository \"$make_depository\" not found"
2326       printf "\n               \"make\" will fail, if the Makefile or other source files are missing\n"
2327    fi
2328
2329 fi
2330
2331
2332    # NOW PERFORM THOSE ACTIONS REQUIRED TO EXECUTE THE PROGRAM (PALM) ON THIS MACHINE
2333    # (COMPILING/LINKING, EXECUTING, COPYING I/O FILES)
2334 if [[ $do_batch = false ]]
2335 then
2336
2337
2338       # CREATE THE TEMPORARY WORKING DIRECTORY
2339    mkdir -p  $TEMPDIR
2340    chmod  go+rx  $TEMPDIR
2341    tmpcreate=true
2342
2343
2344       # COPY EITHER THE COMPLETE SOURCE CODE FILES TO BE COMPILED OR THE EXECUTABLE
2345       # INTO THE TEMPORARY WORKING DIRECTORY
2346    if [[ $do_compile = true ]]
2347    then
2348
2349       TEMPDIR_COMPILE=$TEMPDIR
2350
2351       cp  $make_depository  $TEMPDIR_COMPILE
2352       cd  $TEMPDIR_COMPILE
2353       tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
2354       cd -  > /dev/null
2355
2356          # DUE TO UNKNOWN REASONS, COPY WITH cp COMMAND CREATES CORRUPT
2357          # FILES ON CRAY XC30 SYSTEMS (HLRN III), rsync IS USED INSTEAD
2358       if [[ $(echo $host | cut -c1-6) = lccray ]]
2359       then
2360          rsync -av -t  SOURCES_FOR_RUN_$fname/*  $TEMPDIR_COMPILE  >  /dev/null
2361       else
2362          cp  SOURCES_FOR_RUN_$fname/*  $TEMPDIR_COMPILE  >  /dev/null
2363       fi
2364
2365    else
2366
2367       cp  $executable   ${TEMPDIR}/a.out
2368
2369    fi
2370
2371
2372       # CHANGE TO THE TEMPORARY WORKING DIRECTORY
2373    cd  $TEMPDIR
2374    printf "\n  *** changed to temporary directory: $TEMPDIR"
2375
2376
2377       # IF REQUIRED, START WITH COMPILING
2378    if [[ $do_compile = true ]]
2379    then
2380
2381
2382       if [[ -f a.out ]]
2383       then
2384
2385             # EXECUTABLE WAS CREATED DURING INTERACTIVE CALL OF MRUN
2386          printf "\n\n\n  *** executable a.out found"
2387          printf "\n      no compilation required \n"
2388
2389       else
2390
2391             # COMPILING WITH MAKE (ON NEC COMPILER IS CALLED ON HOST CROSS)
2392          printf "\n\n\n  *** compilation starts \n$dashes\n"
2393          printf "  *** compilation with make using following options:\n"
2394          printf "      make depository:          $make_depository"
2395          if [[ "$mopts" != "" ]]
2396          then
2397             printf "      make options:             $mopts\n"
2398          fi
2399          printf "      compilername:             $compiler_name\n"
2400          printf "      compiler options:         $fopts\n"
2401          printf "      preprocessor directives:  $cpp_options \n"
2402          printf "      linker options:           $lopts \n"
2403          if [[ "$modules" != "" ]]
2404          then
2405             printf "      modules to be load:       $modules \n"
2406          fi
2407          printf "      source code files:        $source_list \n"
2408
2409          if [[ $localhost = ibmh ]]
2410          then
2411             printf "      compiler is called via ssh on \"plogin1\" \n"
2412             ssh  $SSH_PORTOPT  plogin1  -l $usern  "$init_cmds export PATH=/sw/ibm/xlf/13.1.0.8/usr/bin:$PATH; $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2413             [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2414             continue   # STATUS=1, IF a.out EXISTS
2415          elif [[ $localhost = lcocean ]]
2416          then 
2417             printf "      compiler is called via ssh on \"ocean\" \n"
2418             echo $PWD
2419             ssh  $SSH_PORTOPT  ocean  -l $usern  "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2420             [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2421            continue   # STATUS=1, IF a.out EXISTS
2422          elif [[ $localhost = lcbullhh  ||  $localhost = lccrayb  ||  $localhost = lccrayf ||  $localhost = lccrayh ]]
2423          then
2424             make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2425          elif [[ $localhost = lceddy ]]
2426          then
2427             which mpifc
2428             make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2429          elif [[ $localhost = lcgeohu ]]
2430          then 
2431             printf "      compiler is called via ssh on \"cirrus\" \n"
2432             ssh  $SSH_PORTOPT  cirrus.geo.hu-berlin.de -l $usern "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out F90=$compiler_name COPT=\"$cpp_options\" F90FLAGS=\"$fopts\" LDFLAGS=\"$lopts\" "
2433#             this check did not work. Although a.out exists, it sets compile_error to true!
2434#             [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2435             continue   # STATUS=1, IF a.out EXISTS
2436          else
2437             [[ "$init_cmds" != "" ]]  &&  eval $init_cmds
2438             [[ "$module_calls" != "" ]]  &&  eval $module_calls
2439             make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2440          fi
2441
2442          if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
2443          then
2444             printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
2445             locat=compile
2446
2447             exit
2448          else
2449             printf "$dashes\n  *** compilation finished \n"
2450          fi
2451
2452       fi
2453
2454    fi
2455
2456
2457       # PROVIDE THE INPUT FILES
2458       # LOOP OVER ALL ACTIVATED FILES (LISTED IN THE CONFIGURATION FILE)
2459    (( i = 0 ))
2460    while (( i < iin ))
2461    do
2462       (( i = i + 1 ))
2463       if (( i == 1 ))
2464       then
2465          printf "\n\n  *** providing INPUT-files:\n$dashes"
2466       fi
2467
2468
2469          # SKIP OPTIONAL FILES, IF THEY DO NOT EXIST
2470       if [[ "${transin[$i]}" = unavailable ]]
2471       then
2472          if [[ "${extin[$i]}" = ""  ||  "${extin[$i]}" = " " ]]
2473          then
2474             printf "\n  *** INFORMATIVE: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}\" "
2475             printf "\n                   is not available!"
2476          else
2477             printf "\n  *** INFORMATIVE: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}.${extin[$i]}\" "
2478             printf "\n                   is not available!"
2479          fi
2480          continue
2481       fi
2482
2483          # CHECK FOR SINGLE FILE (SERIAL RUN) OR DIRECTORY (ONE FILE PER CORE FOR PARELLEL EXECUTION)
2484       files_for_pes=false; datentyp=file
2485       if [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
2486       then
2487          files_for_pes=true; datentyp=files
2488          actionin[$i]=""
2489       elif [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
2490       then
2491          actionin[$i]=""
2492       elif [[ "${actionin[$i]}" = lnpe  &&  -n $numprocs ]]
2493       then
2494          files_for_pes=true; datentyp=files
2495          actionin[$i]="ln"
2496       elif [[ "${actionin[$i]}" = lnpe  &&  ! -n $numprocs ]]
2497       then
2498          actionin[$i]="ln"
2499       fi
2500
2501       if [[ $files_for_pes = true ]]
2502       then
2503          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}/....  to  ${localin[$i]}"
2504       else
2505          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}  to  ${localin[$i]}"
2506       fi
2507
2508          # INPUT-FILES TO BE LINKED
2509       if [[ "${actionin[$i]}" = ln ]]
2510       then
2511
2512          printf "\n      $datentyp will be linked"
2513          if [[ $files_for_pes = false ]]
2514          then
2515             if [[ -f "${absnamein[$i]}" ]]
2516             then
2517                ln  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
2518                got_tmp[$i]=true
2519             fi
2520          else
2521             if [[ -d "${absnamein[$i]}" ]]
2522             then
2523                mkdir  ${localin[$i]}
2524                cd ${absnamein[$i]}
2525                for file in $(ls *)
2526                do
2527                   ln $file $TEMPDIR/${localin[$i]}
2528                done >|/dev/null 2>&1
2529                cd $TEMPDIR
2530             fi
2531
2532                # IF "ln -f" HAS FAILED DO A NORMAL COPY "cp -r"
2533             if [[ ! -f "${localin[$i]}/_000000" ]]
2534             then
2535                printf "\n  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)"
2536                cp -r  ${absnamein[$i]}/*  ${localin[$i]}
2537             fi
2538
2539             got_tmp[$i]=true
2540          fi
2541       fi
2542
2543          # FILE IS STORED IN THE RESPECTIVE DIRECTORY GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
2544       if [[ "${actionin[$i]}" = ""  ||  "${actionin[$i]}" = "di"  ||  "${actionin[$i]}" = "npe" ]]
2545       then
2546
2547          if [[ "${actionin[$i]}" = "npe"  &&  -n $numprocs ]]
2548          then
2549
2550                # FILE COPIES ARE PROVIDED FOR ALL CORES
2551                # EACH FILE GETS A UNIQUE FILENAME WITH A FOUR DIGIT NUMBER
2552             printf "\n      file will be provided for $numprocs processors"
2553             mkdir  ${localin[$i]}
2554             ival=$numprocs
2555             (( ii = 0 ))
2556             while (( ii <= ival-1 ))
2557             do
2558                if (( ii < 10 ))
2559                then
2560                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_000$ii
2561                elif (( ii < 100 ))
2562                then
2563                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_00$ii
2564                elif (( ii < 1000 ))
2565                then
2566                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_0$ii
2567                else
2568                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_$ii
2569                fi
2570                (( ii = ii + 1 ))
2571             done
2572
2573          else
2574
2575             if [[ $files_for_pes = true ]]
2576             then
2577
2578                   # PROVIDE FILES FOR EACH CORE
2579                   # FIRST CREATE THE LOCAL DIRECTORY, THEN COPY FILES
2580                   # FROM THE PERMANENT DIRECTORY BY LINKING THEM TO THE LOCAL ONE
2581                printf "\n      providing $numprocs files for the respective processors"
2582                mkdir  ${localin[$i]}
2583                        if [[ $link_local_input = true ]]
2584                              then
2585                                 printf "      files will be linked\n"
2586                                 cd ${absnamein[$i]}
2587                                 for file in $(ls *)
2588                                 do
2589                                    ln -f $file  ${localin[$i]}
2590                                 done
2591                                 cd $TEMPDIR
2592                              fi
2593
2594                   # IF "ln -f" FAILED OR IF "$link_local_input = false" DO A NORMAL "cp -r"
2595                              if [[ ! -f "${localin[$i]}/_000000" ]]
2596                              then
2597                                 if [[ $link_local_input = true ]]
2598                                        then
2599                                        printf "\n  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)"
2600                                 fi
2601                                 cp -r  ${absnamein[$i]}/*  ${localin[$i]}
2602                              fi
2603
2604             else
2605
2606                   # PROVIDE FILE FOR RUNS ON A SINGLE CORE
2607                        if [[ $link_local_input = true ]]
2608                        then
2609                                 printf "      file will be linked\n"
2610                                 ln -f  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
2611                        fi
2612                                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp"
2613                        if [[ ! -f "${localin[$i]}" ]]
2614                then
2615                                 if [[ $link_local_input = true ]]
2616                          then
2617                      printf "\n  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)"
2618                                 fi
2619                                 cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
2620                fi
2621             fi
2622          fi
2623       fi
2624
2625    done
2626    if (( i != 0 ))
2627    then
2628       printf "\n$dashes\n  *** all INPUT-files provided \n"
2629    fi
2630
2631
2632       # EXECUTE INPUT-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
2633    (( i = 0 ))
2634    while (( i < iic ))
2635    do
2636       (( i = i + 1 ))
2637       if (( i == 1 ))
2638       then
2639          printf "\n\n  *** execution of INPUT-commands:\n$dashes"
2640       fi
2641       printf "\n  >>> ${in_command[$i]}"
2642       eval  ${in_command[$i]}
2643       if (( i == iic ))
2644       then
2645          printf "\n$dashes\n"
2646       fi
2647    done
2648
2649
2650       # SET THE REMAINING CPU-TIME
2651    cpurest=${cpumax}.
2652
2653
2654       # START DVR STREAMING SERVER
2655    if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
2656    then
2657       if [[ "$dvr_server" != "" ]]
2658       then
2659
2660          printf "\n\n  *** preparing the dvr streaming server configuration file"
2661
2662             # CHECK, IF A DVR SERVER IS ALREADY RUNNING
2663          running_dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config | grep -v grep) | cut -d" " -f2`
2664          if [[ "$running_dvrserver_id" != "" ]]
2665          then
2666
2667             printf "\n\n  +++ WARNING: A dvr server with id=$running_dvrserver_id is already running!"
2668             printf "\n      This server is used instead starting a new one!"
2669             printf "\n      If required, script \"process_dvr_output\" has to be run manually."
2670
2671          else
2672
2673                # COPY CONFIGURATION FILE FOR STREAMING SERVER FROM REPOSITORY TO HERE
2674             if [[ -f ${PALM_BIN}/.dvrserver.config ]]
2675             then
2676                cp  ${PALM_BIN}/.dvrserver.config  .
2677
2678                   # ENTERING THE BASEDIR, UID AND GID INTO THIS FILE
2679                user_id=`id -u`
2680                group_id=`id -g`
2681
2682                   # "&" IS REQUIRED AS A SEPERATOR, BECAUSE TEMPDIR CONTAINS "/"
2683                sed "s&<replace by dvr data directory>&${TEMPDIR}&g" .dvrserver.config > .dvrserver.1
2684                sed "s/<replace by user id>/$user_id/g"    .dvrserver.1 > .dvrserver.2
2685                sed "s/<replace by group id>/$group_id/g"  .dvrserver.2 > .dvrserver.3
2686                mv  .dvrserver.3  .dvrserver.config
2687                rm  .dvrserver.1  .dvrserver.2
2688
2689                   # START DVR SERVER IN BACKGROUND, GET HIS ID AND PRINT ON TERMINAL
2690                $dvr_server  .dvrserver.config  >>  DVR_LOGFILE  2>&1  &
2691                dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config) | cut -d" " -f2`
2692                printf "\n  *** streaming server with id=$dvrserver_id is started in background"
2693                local_dvrserver_running=.TRUE.
2694             else
2695                printf "\n  +++ missing file \".dvrserver.config\" in directory:"
2696                printf "\n      \"$PALM_BIN\" "
2697                locat=dvr
2698                exit
2699             fi
2700
2701          fi
2702
2703       else
2704          printf "\n\n  --- INFORMATIVE: no dvr streaming server will be started"
2705       fi
2706    fi
2707
2708
2709       # CREATE THE NAMELIST-FILE WITH VALUES OF ENVIRONMENT-VARIABLES REQUIRED BY PALM
2710       # (FILE ENVPAR WILL BE READ BY PALM)
2711    cat  >  ENVPAR  <<  EOF
2712 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$localhost',
2713          write_binary = .${write_binary}., tasks_per_node = $tasks_per_node,
2714          maximum_parallel_io_streams = $maximum_parallel_io_streams,
2715          maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
2716          revision = '$global_revision',
2717          local_dvrserver_running = $local_dvrserver_running,
2718          batch_job = $batch_job /
2719
2720EOF
2721
2722
2723       # STARTING THE EXECUTABLE
2724    printf "\n\n  *** execution starts in directory\n      \"`pwd`\"\n$dashes\n"
2725    PATH=$PATH:$TEMPDIR
2726
2727
2728    if [[ $execute_command != "none" ]]
2729    then
2730
2731        printf "\n  +++ branch still not realized"
2732        locat=execution
2733        exit
2734
2735    else
2736
2737          # MPI DEBUG OPTION (ARGUMENT CHECKING, SLOWS DOWN EXECUTION DUE TO INCREASED LATENCY)
2738       if [[ "$mpi_debug" = true ]]
2739       then
2740          export MPI_CHECK_ARGS=1
2741          printf "\n  +++ MPI_CHECK_ARGS=$MPI_CHECK_ARGS"
2742       fi
2743
2744       if [[ "$totalview" = true ]]
2745       then
2746          printf "\n *** totalview debugger will be used"
2747          tv_opt="-tv"
2748       else
2749          tv_opt=""
2750       fi
2751
2752       if [[ "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ]]
2753       then
2754
2755             #Interactive ALLINEA DEBUG seesion
2756          if [[ "$ENVIRONMENT" != BATCH ]]
2757          then
2758             if [[ $host = lccrayb || $host = lccrayh ]]
2759             then
2760                if [[ "$allinea" = true ]]
2761                then
2762                   echo "--- aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  < runfile_atmos"
2763
2764                   ddt  aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out
2765                   wait
2766                fi         
2767             fi
2768          fi
2769
2770          if [[ $localhost = ibmh ]]
2771          then
2772
2773                # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
2774             export MP_SHARED_MEMORY=yes
2775             export AIXTHREADS_SCOPE=S
2776             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
2777             export AUTHSTATE=files
2778             export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
2779
2780                # FOLLOWING OPTIONS ARE MANDATORY FOR TOTALVIEW
2781             export MP_ADAPTER_USE=shared
2782             export MP_CPU_USE=multiple
2783             export MP_TIMEOUT=1200
2784
2785             unset  MP_TASK_AFFINITY
2786
2787             if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
2788             then
2789                totalview   poe  a.out
2790             else
2791                echo totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1
2792                export TVDSVRLAUNCHCMD=ssh
2793                totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1
2794             fi
2795
2796          fi  # END DEBUG MODE
2797
2798       else
2799
2800             # NORMAL EXECUTION
2801          if [[ -n $numprocs ]]
2802          then
2803
2804                # RUNNING THE PROGRAM ON PARALLEL MACHINES
2805             if [[ $(echo $host | cut -c1-3) = ibm ]]
2806             then
2807
2808                   # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
2809                if [[ $host != ibmh  &&  $host != ibmkisti ]]
2810                then
2811                   export MP_SHARED_MEMORY=yes
2812                   export AIXTHREAD_SCOPE=S
2813                   export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
2814                   export XLSMPOPTS="spins=0:yields=0:stack=20000000"
2815                   export AUTHSTATE=files
2816                   export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
2817                   #  export MP_PRINTENV=yes
2818
2819                      # TUNING-VARIABLES TO IMPROVE COMMUNICATION SPEED
2820                      # DO NOT SHOW SIGNIFICANT EFFECTS (SEP 04, FEDERATION-SWITCH)
2821                   export MP_WAIT_MODE=poll
2822                   [[ $node_usage = not_shared ]]  &&  export MP_SINGLE_THREAD=yes
2823                fi
2824
2825                if [[ $host = ibmkisti ]]
2826                then
2827                   export LANG=en_US
2828                   export MP_SHARED_MEMORY=yes
2829                   if [[ $threads_per_task = 1 ]]
2830                   then
2831                      export MP_SINGLE_THREAD=yes
2832                      export MEMORY_AFFINITY=MCM
2833                   else
2834                      export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
2835                   fi
2836                fi
2837
2838                if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
2839                then
2840                   printf "\n--- Control: OMP_NUM_THREADS = \"$OMP_NUM_THREADS\" \n"
2841                   if [[ "$cond1" = hpmcount  ||  "$cond2" = hpmcount ]]
2842                   then
2843                      /opt/optibm/HPM_2_4_1/bin/hpmcount  a.out
2844                   elif [[  $localhost = ibmmuc* ]]
2845                   then
2846                      ulimit -c unlimited        # only for debgingg
2847                      echo $MP_NODES        > ~/job_queue/hostfile.$kennung
2848                      echo $MP_PROCS       >> ~/job_queue/hostfile.$kennung
2849                      cat $LOADL_HOSTFILE  >> ~/job_queue/hostfile.$kennung
2850                      export MP_NODES=$nodes
2851                      export MP_PROCS=$numprocs
2852                      # export MPI_SINGLE_THREAD=no   # LRZ NetCDF
2853                      # export MP_TASKS_PER_NODE=$tasks_per_node
2854                      echo "Resource Info: " 
2855                      echo "numprocs:         " $numprocs " MP_PROCS " $MP_PROCS
2856                      echo "nodes:            " $nodes    " MP_NODES " $MP_NODES
2857                      echo "tasks_per_node:   " $tasks_per_node
2858                      echo "threads_per_task: " $threads_per_task
2859                      export OMP_NUM_THREADS=1
2860                      source /lrz/sys/share/modules/init/bash
2861                      module li
2862                      echo "runfile_atmos"
2863                     
2864                      if [[ $run_vnested_model = true ]]
2865                      then
2866                         
2867                         printf "\n      Nested run ($numprocs_crse Coarse, $numprocs_fine Fine)"
2868                         printf "\n      using $nested_mode nesting"
2869                         printf "\n\n"
2870                         
2871                         echo "$vnested_mode $numprocs_crse $numprocs_fine"  >  runfile_atmos
2872                         
2873                         poe   ./a.out  <  runfile_atmos
2874                         # mpiexec -n $numprocs  ./a.out  <  runfile_atmos
2875                      else
2876                         echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
2877                         poe   ./a.out -proc $numprocs -nodes  $nodes <  runfile_atmos 
2878                         # mpiexec -n $numprocs  ./a.out  <  runfile_atmos 
2879                     
2880                      fi
2881                   else
2882                      if [[ $run_coupled_model = false ]]
2883                      then
2884                         if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
2885                         then
2886                            echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
2887                         else
2888                            echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
2889                         fi
2890                      else
2891                         (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
2892                         (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
2893                         printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
2894                         printf "\n\n"
2895                         echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
2896                      fi
2897                      poe ./a.out  <  runfile_atmos
2898                   fi
2899                else
2900                   if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibms ]]
2901                   then
2902                      poe  a.out  -procs $numprocs  -nodes 1  -rmpool 0
2903                   elif [[ $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku ]]
2904                   then
2905                      if [[ -f $hostfile ]]
2906                      then
2907                         cp  $hostfile  hostfile
2908                      else
2909                         (( ii = 1 ))
2910                         while (( ii <= $numprocs ))
2911                         do
2912                            echo  $localhost_realname  >>  hostfile
2913                            (( ii = ii + 1 ))
2914                         done
2915                      fi
2916                      export MP_HOSTFILE=hostfile
2917                      if [[ $run_coupled_model = false ]]
2918                      then
2919                         if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
2920                         then
2921                            echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
2922                         else
2923                            echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
2924                         fi
2925                      else
2926                         (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
2927                         (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
2928                         printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
2929                         printf "\n\n"
2930                         echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
2931                      fi
2932
2933                      poe  ./a.out  -procs $numprocs  <  runfile_atmos
2934
2935                   else
2936                      if [[ "$host_file" = "" ]]
2937                      then
2938                         printf "\n  +++ no hostfile given in configuration file"
2939                         locat=config_file
2940                         exit
2941                      else
2942                         eval host_file=$host_file
2943                      fi
2944                      export MP_HOSTFILE=$host_file
2945                      poe  a.out  -procs $numprocs  -tasks_per_node $numprocs
2946                   fi
2947                fi
2948
2949             elif [[ $(echo $host | cut -c1-2) = lc  &&  $host != lckyoto &&  $host != lctit ]]
2950             then
2951
2952                   # COPY HOSTFILE FROM SOURCE DIRECTORY OR CREATE IT, IF IT
2953                   # DOES NOT EXIST
2954                if [[  $host != lcbullhh  && $host != lccrayb  &&  $host != lccrayf  && $host != lccrayh  &&  $host != lckyuh  &&  $host != lckyut  &&  $host != lcocean &&  $host != lceddy ]]
2955                then
2956                   if [[ -f $hostfile ]]
2957                   then
2958                      cp  $hostfile  hostfile
2959                      (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
2960                      [[ $ii = 0 ]]  &&  (( ii = 1 ))
2961                   else
2962                      (( ii = 1 ))
2963                      while (( ii <= $numprocs / $threads_per_task ))
2964                      do
2965                         echo  $localhost_realname  >>  hostfile
2966                         (( ii = ii + 1 ))
2967                      done
2968                      if (( $numprocs / $threads_per_task == 0 ))
2969                      then
2970                         echo  $localhost_realname  >>  hostfile
2971                      fi
2972                   fi
2973                   eval zeile=\"`head -n $ii  hostfile`\"
2974                   printf "\n  *** running on: $zeile"
2975                fi
2976
2977                (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
2978                [[ $ii = 0 ]]  &&  (( ii = 1 ))
2979                export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
2980
2981                if [[ $threads_per_task != 1 ]]
2982                then
2983                      # INCREASE STACK SIZE TO UNLIMITED, BECAUSE OTHERWISE LARGE RUNS
2984                      # MAY ABORT
2985                   ulimit -s unlimited
2986                   printf "\n      threads per task: $threads_per_task  stacksize: unlimited"
2987                fi
2988                if [[ $run_coupled_model = false && $run_vnested_model = false ]]
2989                then
2990                   if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
2991                   then
2992                      echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
2993                   else
2994                      echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
2995                   fi
2996                   printf "\n\n"
2997
2998                   if [[ $host = lccrayb || $host = lccrayh ]]
2999                   then
3000                       echo "--- aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  <  runfile_atmos"
3001                       aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  <  runfile_atmos
3002                   elif [[ $host = lcbullhh ]]
3003                   then
3004                      export OMPI_MCA_pml=cm
3005                      export OMPI_MCA_mtl=mxm
3006                      export OMPI_MCA_coll=^ghc
3007                      export OMPI_MCA_mtl_mxm_np=0
3008                      export MXM_RDMA_PORTS=mlx5_0:1
3009                      export MXM_LOG_LEVEL=ERROR
3010                      export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3011                      export KMP_AFFINITY=verbose,granularity=core,compact,1
3012                      export KMP_STACKSIZE=64m
3013
3014                      srun  -n $ii --ntasks-per-node=$tasks_per_node ./a.out  <  runfile_atmos
3015
3016                   elif [[ $host = lccrayf ]]
3017                   then
3018                       aprun  -j1  -n $ii  -N $tasks_per_node  -m ${memory}M  a.out  <  runfile_atmos
3019                   elif [[ $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3020                   then
3021                    aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  <  runfile_atmos
3022                   elif [[ $host = lceddy ]]
3023                   then
3024                      echo $ii
3025                      echo $tasks_per_node
3026                      echo $nodes
3027                      mpirun -n $ii a.out  <  runfile_atmos
3028                   elif [[ $host = lcgeohu ]]
3029                   then
3030                       srun -n $ii a.out  <  runfile_atmos
3031                   elif [[ $host = lcocean ]]
3032                   then
3033                      mpirun a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3034                   elif [[ $host = lcsb ]]
3035                   then
3036                      mpirun_rsh -hostfile $PBS_NODEFILE -np `cat $PBS_NODEFILE | wc -l` a.out  < runfile_atmos
3037                   elif [[ $host = lclrz || $host = lcbwuni  ]]
3038                   then
3039                      mpiexec  -n $ii  a.out  <  runfile_atmos  $ROPTeS
3040                   elif [[ $host = lckea* ]]
3041                   then
3042                      srun  -n $ii  a.out  <  runfile_atmos  $ROPTeS
3043                   elif [[ $host = lckiaps ]]
3044                   then
3045                      mpirun -np $ii  -machinefile $PBS_NODEFILE  ./a.out  <  runfile_atmos
3046                   elif [[ $host = lckyu* ]]
3047                   then
3048                      mpiexec -n $ii --stdin runfile_atmos  ./a.out
3049                   else
3050                      mpiexec  -machinefile hostfile  -n $ii  a.out  <  runfile_atmos
3051                   fi
3052
3053                elif [[ $run_coupled_model = true ]]
3054                then
3055                       # COUPLED RUN
3056                   (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3057                   (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3058                   printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3059                   printf "\n\n"
3060
3061                   echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3062
3063                   if [[ $host = lccrayf  ||  $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3064                   then
3065
3066                      aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos
3067
3068                   elif [[ $host = lck || $host = lckordi ]]
3069                   then
3070
3071                      mpiexec -n $ii  ./a.out  <  runfile_atmos  &
3072
3073                   elif [[ $host = lckyu* ]]
3074                   then
3075
3076                      mpiexec -n $ii --stdin runfile_atmos  ./a.out
3077
3078                   elif [[ $host = lcmuk ]] 
3079                   then
3080
3081                      mpiexec  -machinefile hostfile  -n $ii  a.out  <  runfile_atmos
3082
3083                   fi
3084                   wait
3085
3086
3087                elif [[ $run_vnested_model = true ]]
3088                then
3089                    printf "\n      Vertical Nested run ($numprocs_crse Coarse, $numprocs_fine Fine)"
3090                    printf "\n      using $vnested_mode vnesting"
3091                    printf "\n\n"
3092
3093                     echo "$vnested_mode $numprocs_crse $numprocs_fine"  >  runfile_atmos
3094
3095                     if [[  $host = lcbwuni  ||  $host = lclrz*  ]]
3096                     then
3097                         mpiexec  -n $ii  a.out  <  runfile_atmos  $ROPTeS
3098                     elif [[ $host = lckea*  ]]
3099                     then
3100                         srun  -n $ii  a.out  <  runfile_atmos  $ROPTeS 
3101                     else
3102                        mpirun   -np $numprocs  ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3103                     fi
3104                     wait
3105                fi
3106
3107             elif [[ $host = lckyoto ]]
3108             then
3109                set -xv
3110                export P4_RSHCOMMAND=plesh
3111                echo "     P4_RSHCOMMAND = $P4_RSHCOMMAND"
3112                if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
3113                then
3114                   if [[ "$cond2" = fujitsu ]]
3115                   then
3116                      mpiexec  -n $numprocs  ./a.out  # for fujitsu-compiler
3117                   elif [[ "cond2" = pgi ]]
3118                   then
3119                      mpirun  -np $numprocs  -machinefile ${QSUB_NODEINF}  ./a.out
3120                   else
3121                      mpirun_rsh -np $numprocs -hostfile ${QSUB_NODEINF} MV2_USE_SRQ=0 ./a.out  ||  /bin/true
3122                   fi
3123                else
3124                   if [[ "$cond2" = "" ]]
3125                   then
3126                      mpiruni_rsh -np $numprocs ./a.out  # for intel
3127                   else
3128                      mpirun  -np $numprocs  ./a.out
3129                   fi
3130                fi
3131                set +xv
3132
3133             elif [[ $host = lctit ]]
3134             then
3135                export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3136                echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3137                if [[ "$threads_per_task" != 1 ]]
3138                then
3139                   export MV2_ENABLE_AFFINITY=0
3140                fi
3141                echo "----- PBS_NODEFILE content:"
3142                cat $PBS_NODEFILE
3143                echo "-----"
3144                (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3145                echo "mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE ./a.out"
3146                mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE  ./a.out
3147
3148             else
3149                mpprun  -n $numprocs  a.out
3150             fi
3151          else
3152             a.out
3153          fi
3154
3155       fi  # end normal (non-debug) execution
3156
3157    fi  # end explicit execute_command or host-specific execute actions
3158
3159    if [[ $? != 0 ]]
3160    then
3161
3162          # ABORT IN CASE OF RUNTIME ERRORS
3163       printf "\n  +++ runtime error occured"
3164       locat=execution
3165       exit
3166
3167    else
3168
3169       printf "\n$dashes\n  *** execution finished \n"
3170
3171          # STOP THE DVR STREAMING SERVER AND PROCESS THE DVR OUTPUT IN ORDER
3172          # TO CREAT DVRS- AND HTML-FILES CONTAINING ALL STREAMS
3173       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
3174       then
3175          kill $dvrserver_id
3176          printf "\n  *** dvr server with id=$dvrserver_id has been stopped"
3177
3178             # IF THERE IS A DIRECTORY, DATA HAVE BEEN OUTPUT BY THE
3179             # STREAMING SERVER. OTHERWISE, USER HAS CHOSEN dvrp_output=local
3180          if [[ -d DATA_DVR ]]
3181          then
3182
3183                # ADD THE CURRENT DVR CONFIGURATION FILE TO THE DVR OUTPUT
3184                # DIRECTORY
3185             cp  .dvrserver.config  DATA_DVR
3186
3187                # PROCESS THE DVR OUTPUT (OPTION -s FOR GENERATING
3188                # SEQUENCE MODE DATA TOO)
3189             process_dvr_output  -d DATA_DVR  -f $fname  -s
3190
3191          else
3192
3193                # PROCESS THE LOCAL OUTPUT
3194             process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3195
3196          fi
3197
3198       elif [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
3199       then
3200
3201             # PROCESS DVR OUTPUT GENERATD IN LOCAL MODE (dvrp_output=local)
3202          process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3203
3204       fi
3205    fi
3206
3207
3208
3209       # CALL OF combine_plot_fields IN ORDER TO MERGE SINGLE FILES WRITTEN
3210       # BY EACH CORE INTO ONE FILE
3211   if [[ ! -f ${PALM_BIN}/combine_plot_fields${block}.x ]]
3212   then
3213      printf "\n\n\n  +++ WARNING: no combine_plot_fields found for given block \"$cond1 $cond2\""
3214      printf "\n      2d- and/or 3d-data may be incomplete!"
3215      printf "\n      Run \"mbuild -u -h $localhost\" to generate utilities for this block.\n"
3216   elif [[ "$combine_plot_fields" == true ]]
3217   then
3218      if [[ $localhost = lccrayh  ||  $localhost = lccrayb ]]
3219      then
3220         printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"aprun  -n 1  -N 1 combine_plot_fields${block}.x\" ..."
3221         aprun  -n 1  -N 1 combine_plot_fields${block}.x
3222      else
3223         printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"combine_plot_fields${block}.x\" ..."
3224         combine_plot_fields${block}.x
3225      fi
3226   else
3227
3228         # TEMPORARY SOLUTION TO SKIP combine_plot_fields. THIS IS REQUIRED IN CASE OF HUGE AMOUNT OF
3229         # DATA OUTPUT. TO DO: EXTEND THIS BRANCH BY CREATING A BATCH JOB for combine_plot_fields.
3230         # ??? koennen wir das streichen ???
3231      printf "\n\n\n *** post-processing: skipping combine_plot_fields (-Z option set) ..."
3232   fi
3233
3234
3235
3236       # EXECUTE OUTPUT-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
3237    (( i = 0 ))
3238    while (( i < ioc ))
3239    do
3240       (( i = i + 1 ))
3241       if (( i == 1 ))
3242       then
3243          printf "\n\n  *** execution of OUTPUT-commands:\n$dashes"
3244       fi
3245       printf "\n  >>> ${out_command[$i]}"
3246       eval  ${out_command[$i]}
3247       if (( i == ioc ))
3248       then
3249          printf "\n$dashes\n"
3250       fi
3251    done
3252
3253
3254       # IN TRACE-MODE PRINT CONTENTS OF THE CURRENT (TEMPORARY) WORKING DIRECTORY
3255    if [[ $do_trace = true ]]
3256    then
3257       printf "\n\n"
3258       ls -al
3259    fi
3260   
3261
3262       # COPY LOCAL OUTPUT-FILES TO THEIR PERMANENT DESTINATIONS
3263    (( i = 0 ))
3264    while (( i < iout ))
3265    do
3266       (( i = i + 1 ))
3267       if (( i == 1 ))
3268       then
3269          printf "\n\n  *** saving OUTPUT-files:"
3270
3271             # GET RUN NUMBER ASSIGNED BY PALM
3272          if [[ -f RUN_NUMBER ]]
3273          then
3274              read  run_number  <  RUN_NUMBER
3275              printf "\n  *** PALM generated run_number = "$run_number" will be used as unified cycle number for all output files"
3276              usecycle_option="-U $run_number"
3277          else
3278              run_number=0
3279              usecycle_option=""
3280          fi
3281          printf "\n$dashes"
3282       fi
3283
3284          # ADD CYCLE NUMBER TO FILENAME
3285       if [[ ! ( $fromhost != $localhost  &&  ( "${actionout[$i]}" = tr || "${actionout[$i]}" = tra || "${actionout[$i]}" = trpe ) ) ]]
3286       then
3287
3288              # IN APPEND MODE, FILES KEEP THEIR CURRENT CYCLE NUMBER
3289          if [[ "${actionout[$i]}" != "a" ]]
3290          then
3291                # SET RUN NUMBER AS CYCLE NUMBER, IF THERE IS NOT A CONFLICT
3292                # WITH AN EXISTING CYCLE NUMBER
3293             if (( run_number >= cycnum[$i] ))
3294             then
3295                (( cycnum[$i] = run_number ))
3296             else
3297                if (( run_number > 0 ))
3298                then
3299                   printf "\n  --- INFORMATIVE: The following file cannot get a unified cycle number"
3300                fi
3301             fi
3302          fi
3303          if (( cycnum[$i] > 0 ))
3304          then
3305             pathout[$i]=${pathout[$i]}.${cycnum[$i]}
3306          fi
3307       fi           
3308
3309          # CHECK FOR SINGLE FILE (SERIAL RUN) OR DIRECTORY (ONE FILE PER CORE FOR PARELLEL EXECUTION)
3310       files_for_pes=false; filetyp=file
3311       link_local_output=false
3312       if [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
3313       then
3314          files_for_pes=true; filetyp=directory
3315          actionout[$i]=""
3316       elif [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
3317       then
3318          actionout[$i]=""
3319       elif [[ "${actionout[$i]}" = lnpe  &&  -n $numprocs ]]
3320       then
3321          files_for_pes=true; filetyp=directory
3322          link_local_output=true
3323          actionout[$i]=""
3324       elif [[ "${actionout[$i]}" = lnpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3325       then
3326          link_local_output
3327          actionout[$i]=""
3328       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  -n $numprocs ]]
3329       then
3330          files_for_pes=true; filetyp=directory
3331          actionout[$i]="tr"
3332       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3333       then
3334          actionout[$i]="tr"
3335       fi
3336
3337       if [[ ! -f ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = false ]]
3338       then
3339          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}  does not exist\n"
3340       elif [[ ! -d ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = true ]]
3341       then
3342          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}/....  does not exist\n"
3343       else
3344
3345
3346             # COPY VIA SCP TO LOCAL HOST (ALWAYS IN BINARY MODE USING batch_scp option -m)
3347             # IF TARGET DIRECTORY DOES NOT EXISTS, TRY TO CREATE IT
3348          if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
3349          then
3350             if [[ $localhost != $fromhost ]]
3351             then
3352                if [[ $files_for_pes = false ]]
3353                then
3354                   cps=""
3355                   cst=""
3356                else
3357                   cps=-c
3358                   cst="/"
3359                fi
3360
3361                transfer_failed=false
3362                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP to"
3363                printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst\n"
3364                if [[ $localhost = lccrayb ]]
3365                then
3366                   ssh $usern@blogin1 ". \\$HOME/.bashrc; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m $usecycle_option -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3367                elif [[ $localhost = lccrayh ]]
3368                then
3369                   ssh $usern@hlogin1 ". \\$HOME/.bashrc; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m $usecycle_option -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3370                elif [[ $localhost = lcbullhh ]]
3371                then
3372                   ssh $usern@mlogin101 ". \\$HOME/.bashrc; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m $usecycle_option -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3373                elif [[ $localhost = lcxe6 ]]
3374                then
3375                   ssh $usern@hexagon ". \\$HOME/.bashrc; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m $usecycle_option -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3376                else
3377                   batch_scp $PORTOPT $cps -b -m $usecycle_option -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
3378                fi
3379                [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
3380
3381                   # IF TRANSFER FAILED, CREATE BACKUP COPY ON THIS MACHINE
3382                if [[ $transfer_failed = true ]]
3383                then
3384                   printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on this host under:\n"
3385                   printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
3386
3387                      # FIRST CHECK, IF DIRECTORY EXISTS, AND CREATE IT, IF NECESSARY
3388                   eval  local_catalog=${pathout[$i]}
3389                   if [[ ! -d $local_catalog ]]
3390                   then
3391                      printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
3392                      printf "      $local_catalog \n"
3393                      mkdir -p  $local_catalog
3394                   fi
3395                   eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
3396                   transfer_problems=true
3397                fi
3398
3399             else
3400
3401                   # UNSET actionout. DUE TO THIS SETTING, FILE WILL LATER JUST BE COPIED ON THIS MACHINE
3402                actionout[$i]=""
3403             fi
3404          fi
3405
3406
3407             # APPEND VIA SCP TO LOCAL HOST (ALWAYS IN BINARY MODE USING batch_scp option -m)
3408             # IF TARGET DIRECTORY DOES NOT EXISTS, TRY TO CREATE IT
3409          if [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
3410          then
3411             if [[ $localhost != $fromhost ]]
3412             then
3413                if [[ $localhost = ibmh ]]
3414                then
3415
3416                      # TRANSFER IN SEPERATE JOB
3417                      # FIRST COPY FILE TO TEMPORY DATA DIRECTORY
3418                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
3419                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
3420                   ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3421
3422                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
3423                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
3424
3425                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP in seperate job to"
3426                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}"
3427                   printf "\n              or higher cycle\n"
3428                   echo "batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_address  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
3429
3430                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
3431
3432                   if [[ $LOGNAME = b323013 ]]
3433                   then
3434                      subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3435                   else
3436                      subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3437                   fi
3438
3439                else
3440
3441                      # TRANSFER WITHIN THIS JOB
3442                   transfer_failed=false
3443                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP to"
3444                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n"
3445                   if [[ $localhost = lccrayb ]]
3446                   then
3447                      ssh $usern@blogin1 ". \\$HOME/.bashrc; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3448                   elif [[ $localhost = lccrayh ]]
3449                   then
3450                      ssh $usern@hlogin1 ". \\$HOME/.bashrc; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3451                   elif [[ $localhost = lcxe6 ]]
3452                   then
3453                      ssh $usern@hexagon ". \\$HOME/.bashrc; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3454                   else
3455                      batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username  $return_address ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
3456                   fi
3457                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
3458
3459                      # IF TRANSFER FAILED, CREATE BACKUP COPY ON THIS MACHINE
3460                   if [[ $transfer_failed = true ]]
3461                   then
3462                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on this host under:\n"
3463                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
3464
3465                         # FIRST CHECK, IF DIRECTORY EXISTS, AND CREATE IT, IF NECESSARY
3466                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
3467                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
3468                      then
3469                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
3470                         printf "      $local_catalog \n"
3471                         mkdir -p  $local_catalog
3472                      fi
3473
3474                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
3475                      transfer_problems=true
3476                   fi
3477                fi
3478             else
3479
3480                   # RESET actionout. DUE TO THIS SETTING, FILE WILL LATER JUST BE APPENDED ON THIS MACHINE
3481                actionout[$i]=a
3482             fi
3483          fi
3484
3485
3486             # APPEND ON THIS MACHINE
3487          if [[ "${actionout[$i]}" = "a" ]]
3488          then
3489             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
3490             then
3491                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
3492                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
3493             else
3494                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}\n"
3495                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}
3496             fi
3497          fi
3498
3499             # COPY ON THIS MACHINE
3500             # COPY HAS TO BE USED, BECAUSE MOVE DOES NOT WORK IF FILE-ORIGIN AND TARGET ARE
3501             # ON DIFFERENT FILE-SYSTEMS
3502          if [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = false ]]
3503          then
3504
3505                # COPY IN CASE OF RUNS ON SINGLE CORES
3506             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
3507             then
3508                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
3509                              if [[ $link_local_output = true ]]
3510                              then
3511                                 printf "      file will be linked\n"
3512                                 ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
3513                              fi
3514                                 # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
3515                              if [[ ! -f "${pathout[$i]}.${extout[$i]}" ]]
3516                then
3517                                 if [[ $link_local_output = true ]]
3518                          then
3519                      printf "  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)\n"
3520                                 fi
3521                                 cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
3522                              else
3523                   printf "+++ no copy because file ${pathout[$i]}.${extout[$i]} exists\n"
3524                fi
3525             else
3526                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}\n"
3527                              if [[ $link_local_output = true ]]
3528                              then
3529                                 printf "      file will be linked\n"
3530                                 ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
3531                              fi
3532                                 # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
3533                        if [[ ! -f "${pathout[$i]}" ]]
3534                then
3535                                 if [[ $link_local_output = true ]]
3536                          then
3537                      printf "  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)\n"
3538                                 fi
3539                                 cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
3540                              else
3541                                 printf "+++ no copy because file ${pathout[$i]} exists\n"
3542                fi
3543             fi
3544
3545          elif [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = true ]]
3546          then
3547
3548                # FILES FROM THE DIFFERENT CORES ARE MOVED WITH ln-COMMAND TO THE PERMANENT DIRECTORY
3549                # AS A FIRST STEP, THE PERMANENT DIRECTORY IS CREATED
3550             printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to  ${pathout[$i]}\n"
3551                    if [[ $link_local_output = true ]]
3552                    then
3553                              printf "      files will be linked\n"
3554                              mkdir  ${pathout[$i]}
3555                              cd ${localout[$i]}
3556                              for file in $(ls *)
3557                              do
3558                                 ln -f $file  ${pathout[$i]}
3559                              done >|/dev/null 2>&1
3560                              cd $TEMPDIR
3561                    fi
3562
3563                # IF "ln -f" HAS FAILED OR IF "$link_local_output = false" DO A NORMAL COPY "cp -r"
3564                    if [[ ! -f "${pathout[$i]}/_000000" ]]
3565             then
3566                              if [[ $link_local_output = true ]]
3567                              then
3568                   printf "  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)\n"
3569                              fi
3570                              cp -r  ${localout[$i]}/*  ${pathout[$i]}
3571             fi
3572
3573          fi
3574       fi
3575    done
3576    if (( i != 0 ))
3577    then
3578       if [[ $transfer_problems = true ]]
3579       then
3580          printf "\n$dashes\n  *** OUTPUT-files saved"
3581          printf "\n  +++ WARNING: some data transfers failed! \n"
3582       else
3583          printf "\n$dashes\n  *** all OUTPUT-files saved \n"
3584       fi
3585    fi
3586
3587
3588       # IF REQUIRED, START A RESTART-JOB
3589       # FILE CONTINUE_RUN MUST HAVE BEEN CREATED BY THE EXECUTABLE (PALM)
3590    if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
3591    then
3592
3593          # ADD RESTART-OPTIONS TO THE MRUN-CALL (IF THEY ARE NOT USED ALREADY):
3594          # -C TELLS MRUN THAT IT IS A RESTART-RUN
3595          # -v SILENT MODE WITHOUT INTERACTIVE QUERIES
3596          # -n BATCH-MODE (IMPORTANT ONLY IN CASE OF BATCH JOBS ON THE LOCAL MACHINE)
3597       [[ $(echo $mc | grep -c "\-C") = 0 ]]  &&  mc="$mc -C"
3598       [[ $(echo $mc | grep -c "\-v") = 0 ]]  &&  mc="$mc -v"
3599       [[ $(echo $mc | grep -c "\-b") = 0 ]]  &&  mc="$mc -b"
3600       if [[ $(echo $mc | grep -c "#") != 0 ]]
3601       then
3602          mc=`echo $mc | sed 's/#/f/g'`
3603       fi
3604
3605
3606          # START THE RESTART-JOB
3607       printf "\n\n  *** initiating restart-run on \"$return_address\" using command:\n"
3608       echo "      $mc"
3609       printf "\n$dashes\n"
3610       if [[ $localhost != $fromhost ]]
3611       then
3612
3613          if [[ $localhost = lcbullhh  ||  $localhost = lccrayb  ||  $localhost = lccrayh  ||  $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku  ||  $localhost = ibms  ||  $localhost = lceddy  ||  $localhost = lckyu*  ||  $localhost = lcxe6  ||  $localhost = lcgeohu ]]
3614          then
3615             echo "*** ssh will be used to initiate restart-runs!"
3616             echo "    return_address=\"$return_address\" "
3617             echo "    return_username=\"$return_username\" "
3618             if [[ $(echo $return_address | grep -c "130.75.105") = 1 ]]
3619             then
3620                if [[ $localhost = ibmh ]]
3621                then
3622                   ssh $SSH_PORTOPT $usern@136.172.40.15 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
3623                elif [[ $localhost = lcbullhh ]]
3624                then
3625                   ssh $SSH_PORTOPT $usern@mlogin101 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
3626                elif [[ $localhost = lccrayb ]]
3627                then
3628                   ssh $usern@blogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH; export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
3629                elif [[ $localhost = lccrayh ]]
3630                then
3631                   ssh $usern@hlogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH; export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
3632                elif [[ $localhost = lcxe6 ]]
3633                then
3634                   ssh $usern@hexagon "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH; export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
3635                else
3636                   ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username ". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
3637                fi
3638             else
3639                if [[ $localhost = ibmkisti ]]
3640                then
3641                   ssh $SSH_PORTOPT $usern@gaiad "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
3642                elif [[ $localhost = lceddy ]]
3643                then
3644                   /usr/bin/ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
3645                elif [[ $localhost = lcocean ]]
3646                then
3647                   /usr/bin/ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
3648                elif [[ $localhost = lccrayb ]]
3649                then
3650                   ssh $usern@blogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
3651                elif [[ $localhost = lccrayh ]]
3652                then
3653                   ssh $usern@hlogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
3654                elif [[ $localhost = lccgeohu ]]
3655                then
3656                   ssh $usern@cirrus.geo.hu-berlin.de "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
3657                else
3658                   ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
3659                fi
3660             fi
3661          else
3662             printf "\n  +++ no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
3663             locat=restart; exit
3664          fi
3665
3666             # WAIT TO ALLOW THE RESTART-JOB TO BE QUEUED, BEFORE THE CURRENT JOB IS FINISHED
3667          if [[ $queue = special1q ]]
3668          then
3669             sleep 120
3670          else
3671             sleep 30
3672          fi
3673
3674       else
3675
3676             # JOBS RUNNING (AND STARTED) ON THE LOCAL MACHINE CAN DIRECTLY CALL MRUN (WITHOUT
3677             # USING SSH)
3678          cd $LOCAL_PWD
3679          if [[ $localhost = lckyuh ]]
3680          then
3681             printf "\n  +++ WARNING: no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
3682             printf "\n               please restart job manually using command:\n"
3683             printf "\n               \"$mc\" "
3684          else
3685             eval  $mc                # THE ' MUST BE EVALUATED
3686          fi
3687          cd -  > /dev/null
3688       fi
3689       if [[ $localhost = lckyuh ]]
3690       then
3691          printf "\n$dashes\n  *** restart-run to be initiated manually\n"
3692       else
3693          printf "\n$dashes\n  *** restart-run initiated \n"
3694       fi
3695
3696
3697          # DELETE INPUT-(RESTART)FILES, WHICH HAVE BEEN FETCHED FROM THE TEMPORARY DATA
3698          # DIRECTORY, BACAUSE THEY ARE NOT REQUIRED BY THE RESTART-JOB.
3699          # THIS IS DONE IN ORDER TO AVOID EXCEEDING DISC QUOTAS OR DISC SPACE (RESTART-FILES
3700          # MAY BE VERY HUGE)
3701       (( i = 0 ))
3702       while (( i < iin ))
3703       do
3704          (( i = i + 1 ))
3705          if [[ "${got_tmp[$i]}" = true   &&  $keep_data_from_previous_run = false ]]
3706          then
3707             rm -r  ${absnamein[$i]}
3708          fi
3709       done
3710
3711    fi
3712
3713
3714   
3715       # SEND EMAIL NOTIFICATION ABOUT THE FINISHED RUN
3716    if [[ "$email_notification" != "none" ]]
3717    then
3718
3719       if [[ $localhost != $fromhost ]]
3720       then
3721          if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
3722          then
3723             echo "PALM restart run necessary"        >   email_text
3724             echo "description header of actual run:" >>  email_text
3725             cat  CONTINUE_RUN                        >>  email_text
3726             echo "mrun-command to restart:"          >>  email_text
3727             echo "$mc"                               >>  email_text
3728          else
3729             echo "PALM run with base filename \"$fname\" on host \"$localhost\" finished"  >  email_text
3730          fi
3731          mail  $email_notification  <  email_text
3732          printf "\n  *** email notification sent to \"$email_notification\" "
3733       fi
3734    fi
3735
3736
3737
3738       # ALL ACTIONS FINISHED, TEMPORARY WORKING-DIRECTORY CAN BE DELETED
3739    cd  $HOME
3740    [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
3741
3742 else
3743
3744       # PREPARING ACTIONS,
3745       # IF A BATCH-JOB IS TO BE GENERATED AND STARTED ON A REMOTE-MACHINE GERECHNET
3746
3747       # BUILD THE MRUN-COMMAND TO BE CALLED IN THE BATCH-JOB ON THE REMOTE-MACHINE
3748    mrun_com="$mrun_script_name -a $afname -c $config_file -d $fname -h $host -H $fromhost -m $memory -t $cpumax -q $queue -R $return_address -U $return_username -u $remote_username"
3749    [[ "$global_revision" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -G \"$global_revision\""
3750    [[ $group_number != none ]]   &&  mrun_com=${mrun_com}" -g $group_number"
3751    [[ $do_compile = true ]]      &&  mrun_com=${mrun_com}" -s \"$source_list\""
3752    [[ "$input_list" != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -i \"$input_list\""
3753    [[ $keep_data_from_previous_run = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -k"
3754    [[ "$additional_conditions" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -K \"$additional_conditions\""
3755    [[ "$output_list" != "" ]]    &&  mrun_com=${mrun_com}" -o \"$output_list\""
3756    [[ "$read_from_config" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -S"
3757    [[ $do_trace = true ]]        &&  mrun_com=${mrun_com}" -x"
3758    [[ "$numprocs" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -X $numprocs"
3759    if [[ $use_openmp = true ]]
3760    then
3761       mrun_com=${mrun_com}" -O $threads_per_task"
3762    fi
3763    [[ "$tasks_per_node" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -T $tasks_per_node"
3764    [[ $package_list != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -p \"$package_list\""
3765    [[ $return_password != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -P $return_password"
3766    [[ $delete_temporary_catalog = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -B"
3767    [[ $node_usage != default  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla"  &&  $node_usage != novice ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -n $node_usage"
3768    [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -y"
3769    [[ $run_coupled_model = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Y \"$coupled_dist\""
3770    [[ $run_vnested_model  = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -N \"$vnested_dist\""
3771    [[ "$check_namelist_files" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -z"
3772    [[ "$combine_plot_fields" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Z"
3773    [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -w $max_par_io_str"
3774    if [[ $do_remote = true ]]
3775    then
3776       printf "\n>>>> MRUN-command on execution host:\n>>>> $mrun_com \n"
3777    fi
3778
3779
3780       # CREATE EXECUTABLE FOR BATCH JOB
3781    if [[ $create_executable_for_batch = true  &&  $restart_run != true ]]
3782    then
3783
3784       printf "\n  *** creating the executable for batch job\n"
3785
3786          # METHOD ONLY WORKS FOR BATCH JOBS ON LOCAL HOSTS
3787       if [[ $host != $localhost ]]
3788       then
3789          printf "\n  +++ creation of executables is only allowed for batch jobs on local hosts."
3790          printf "\n      Please set create_executable_for_batch = false in the config-file.\n"
3791          locat=create_executable; exit
3792       fi
3793
3794       mkdir  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
3795       cd  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
3796
3797       cp  $make_depository  .
3798       tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
3799       cp  ../*  .   >  /dev/null  2>&1
3800
3801       make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
3802
3803       if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
3804       then
3805          printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
3806          locat=compile
3807          exit
3808       fi
3809
3810       mv  a.out  ..
3811       cd -  >  /dev/null  2>&1
3812       rm -rf  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
3813
3814       printf "  *** executable created in \"$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}\"\n "
3815
3816    fi
3817
3818
3819       # BUILD THE JOB-SCRIPTS ON FILE jobfile
3820    jobfile=jobfile.$RANDOM
3821
3822
3823       # CREATE TEMPORARY DIRECTORY AND SWITCH TO IT
3824    echo  "mkdir  $TEMPDIR"      >>  $jobfile
3825    echo  "cd  $TEMPDIR"         >>  $jobfile
3826
3827
3828       # ACTIVATE ERROR-TRACEBACK
3829    if [[ $do_trace = true ]]
3830    then
3831       echo  "set -x"                                    >>  $jobfile
3832    else
3833       echo  "set +vx"                                   >>  $jobfile
3834    fi
3835
3836
3837       # INITIALIZE THE ENVIRONMENT AND LOAD MODULES
3838    if [[ "$init_cmds" != "" ]]
3839    then
3840       echo  "$init_cmds"        >>  $jobfile
3841    fi
3842    if [[ "$module_calls" != "" ]]
3843    then
3844       echo  "$module_calls"     >>  $jobfile
3845    fi
3846
3847
3848       # PROVIDE SOURCE-CODE FILES, MRUN-SCRIPT AND CONFIGURATION-FILE FOR THE JOB
3849       # then-CLAUSE: FILES ARE COLLECTED IN THE SOURCES_FOR_RUN_... DIRECTORY ON THE LOCAL HOST,
3850       #              WHICH IS THEN FETCHED FROM THE BATCH-JOB BY USING cp/scp
3851       #              THE SOURCE-CODE FILES ALREADY EXIST IN THIS DIRECTORY
3852       # else-CLAUSE: FILE-CONTENTS ARE PUT INTO THE JOB-FILE AS HERE-DOCUMENTS
3853       #              THIS MAY CREATE A QUITE LARGE JOB-FILE, WHICH CAN CAUSE PROBLEMS WITH SOME
3854       #              QUEUEING-SYSTEMS
3855    if [[ $host = ibmkisti  ||  $host = lcbullhh  ||  $host = lccrayb  ||  $host = lccrayf  ||  $host = lccrayh  ||  $host = lcocean  ||  $host = lcgeohu ]]
3856    then
3857
3858          # COPY CONFIGURATION-FILE AND MRUN-SCRIPT INTO THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY
3859       if [[ $restart_run != true ]]
3860       then
3861          cp  $config_file  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
3862          cp  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
3863       fi
3864
3865          # COPY THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY FROM THE LOCAL HOST TO THE JOB VIA scp
3866          # (then-CLAUSE: JOBS ON THE LOCAL HOST CAN JUST USE cp)
3867       echo  "set -x"  >>  $jobfile
3868       if [[ $host = $localhost ]]
3869       then
3870             # DUE TO UNKNOWN REASONS, COPY WITH cp COMMAND CREATES CORRUPT
3871             # FILES ON CRAY XC30 SYSTEMS (CSC HELSINKI), rsync IS USED INSTEAD
3872          if [[ $(echo $host | cut -c1-6) = lccray ]]
3873          then
3874             echo  "rsync -av -t  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname  ."  >>  $jobfile
3875          else
3876             echo  "cp -r  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname  ."  >>  $jobfile
3877          fi
3878
3879       else
3880          if [[ $host = ibmkisti ]]
3881          then
3882                # ON KISTI'S IBM FIREWALL IS ONLY OPENED ON INTERACTIVE NODE
3883             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
3884             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@gaiad \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
3885         elif [[ $host = lcbullhh ]]
3886          then
3887             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
3888             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@mlogin101 \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
3889
3890          elif [[ $host = lccrayb ]]
3891          then
3892             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
3893             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@blogin1 \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
3894          elif [[ $host = lccrayh ]]
3895          then
3896             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
3897             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@hlogin1 \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
3898
3899          else
3900             echo  "scp $PORTOPT -r $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname ."  >>  $jobfile
3901          fi
3902       fi
3903       echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                      >>  $jobfile
3904
3905          # MOVE MRUN-SCRIPT AND CONFIGURATION-FILE FROM THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY TO THE
3906          # WORKING DIRECTORY OF THE JOB
3907       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$config_file  . "       >>  $jobfile
3908       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$mrun_script_name  . "  >>  $jobfile
3909       echo  "chmod u+rwx  $mrun_script_name"                    >>  $jobfile
3910       echo  "execute_mrun=true"                                 >>  $jobfile
3911       echo  " "                                                 >>  $jobfile
3912
3913    else
3914
3915          # PROVIDE SOURCE-CODE FILES AND MAKEFILE AS HERE DOCUMENT
3916       if [[ $do_compile = true ]]
3917       then
3918
3919          source_catalog=SOURCES_FOR_RUN_$fname
3920
3921              # CREATE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY TO STORE THE SOURCE CODE FILES AND THE MAKEFILE
3922          echo  "mkdir  SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
3923          echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                 >>  $jobfile
3924          echo  "cd     SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
3925
3926          for  filename  in  $source_list
3927          do
3928                # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
3929             echo  "cat > $filename << \"%END%\""              >>  $jobfile
3930             cat   $source_catalog/$filename                   >>  $jobfile
3931             echo  " "                                         >>  $jobfile
3932             echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
3933             echo  " "                                         >>  $jobfile
3934          done
3935
3936             # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
3937          echo  "cat > Makefile << \"%END%\""               >>  $jobfile
3938          cat   $source_catalog/Makefile                    >>  $jobfile
3939          echo  " "                                         >>  $jobfile
3940          echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
3941          echo  " "                                         >>  $jobfile
3942
3943          echo  "cd -  > /dev/null"                         >>  $jobfile
3944
3945       fi
3946
3947
3948          # PROVIDE THE CONFIGURATION-FILE AS HERE-DOCUMENT
3949          # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
3950          # LINES WITH #$ IN THE CONFIGURATION-FILE, COMING FROM THE SVN KEYWORD SUBSTITUTION,
3951          # ARE REMOVED FROM THE FILE IN ORDER TO AVOID PROBLEMS WITH THE SGE BATCH SYSTEM
3952       echo  "cat > $config_file << \"%END%\""      >>  $jobfile
3953       if [[ $host = lckyuh ]]
3954       then
3955             # NO CROSS-COMPILER ON COMPUTE NODE
3956          sed  's/frtpx/frt/g'  $config_file        >>  $jobfile
3957       else
3958          sed 's/#$.*//g'   $config_file            >>  $jobfile
3959       fi
3960       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
3961       echo  " "                                    >>  $jobfile
3962
3963
3964          # PROVIDE THE MRUN-SCRIPTS AS HERE-DOCUMENT
3965          # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
3966       echo  "cat > $mrun_script_name <<\"%END%\""  >>  $jobfile
3967       if [[ $host = lckyuh ]]
3968       then
3969          sed 's/\/bin\/ksh/\/bin\/bash/g' ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  >>  $jobfile
3970       else
3971          cat  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name        >>  $jobfile
3972       fi
3973       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
3974       echo  "chmod u+x $mrun_script_name"          >>  $jobfile
3975       echo  "execute_mrun=true"                    >>  $jobfile
3976       echo  " "                                    >>  $jobfile
3977
3978    fi
3979
3980
3981       # GET REQUIRED INPUT-FILES BY SCP OR BY SENDING THEM WITH THE JOB AS HERE-DOCUMENT
3982       # PUT THESE FILES INTO THE USER'S RESPECTIVE PERMANENT DIRECTORIES ON THE REMOTE-HOST
3983       # IF THE DIRECTORIES DO NOT EXIST, TRY TO CREATE THEM
3984    if [[ $do_remote = true ]]
3985    then
3986       (( i = 0 ))
3987       while (( i < iin ))
3988       do
3989          (( i = i + 1 ))
3990          echo  "[[ ! -d ${pathin[$i]} ]]  &&  mkdir -p  ${pathin[$i]}"  >>  $jobfile
3991          if [[ "${transin[$i]}" = job ]]
3992          then
3993             echo  "cat > ${remotepathin[$i]} <<\"%END%\""    >>  $jobfile
3994             eval cat   ${pathin[$i]}/${frelin[$i]}           >>  $jobfile
3995             echo  " "                                        >>  $jobfile
3996             echo  "%END%"                                    >>  $jobfile
3997          else
3998             echo  "batch_scp $PORTOPT -b -o -g -s -u $return_username $return_address ${remotepathin[$i]} \"${pathin[$i]}\" ${frelin[$i]}" >>  $jobfile
3999          fi
4000
4001             # CHECK, IF FILE COULD BE CREATED
4002          echo  "if [[ \$? = 1 ]]"                    >>  $jobfile
4003          echo  "then"                                >>  $jobfile
4004          echo  "   echo \" \" "                      >>  $jobfile
4005          echo  "   echo \"+++ file ${remotepathin[$i]} could not be created\" "   >>  $jobfile
4006          echo  "   echo \"    please check, if directory exists on $host!\" "  >>  $jobfile
4007          echo  "   echo \"+++ MRUN will not be continued\" "  >>  $jobfile
4008          echo  "   execute_mrun=false"               >>  $jobfile
4009          echo  "fi"                                  >>  $jobfile
4010       done
4011    fi
4012
4013       # PROVIDE NAME OF THE CURRENT WORKING-DIRECTORY ON THE LOCAL MACHINE (FROM WHERE THE JOB IS
4014       # STARTED) BY SETTING AN ENVIRONMENT-VARIABLE. THIS INFORMATION IS USED IN THE JOB BY MRUN
4015       # IN CASE THAT RESTART-RUNS HAVE TO BE GENERATED
4016    echo  "LOCAL_PWD=$working_directory"                >>  $jobfile
4017    echo  "export LOCAL_PWD"                            >>  $jobfile
4018
4019       # PROVIDE THE PATH OF THE LOCAL MRUN-SCRIPT FOR THE SAME REASON
4020    echo  "LOCAL_MRUN_PATH=$PALM_BIN"                   >>  $jobfile
4021    echo  "export LOCAL_MRUN_PATH"                      >>  $jobfile
4022
4023       # lceddy ALSO REQUIRES TO PROVIDE PATH FOR THE PALM-SCRIPTS
4024    if [[ $host = lceddy  ||  $localhost = lceddy ]]
4025    then
4026       echo  "export PALM_BIN=$PALM_BIN" | sed -e 's:'$HOME':$HOME:'   >>  $jobfile
4027       echo  "export PATH=\$PATH:\$PALM_BIN"              >>  $jobfile
4028    fi
4029
4030       # CALL MRUN WITHIN THE JOB (SETTING QUEUE IS A WORKAROUND FOR ibmkisti)
4031       # AS FINAL ACTION, REMOVE THE TEMPORARY DIRECTORY CREATED AT THE BEGINNING OF THE JOB
4032    echo  "set -x"                                        >>  $jobfile
4033    echo  "queue=$queue"                                  >>  $jobfile
4034    echo  "[[ \$execute_mrun = true ]]  &&  ./$mrun_com"  >>  $jobfile
4035    echo  'ls -al; echo `pwd`'                            >>  $jobfile
4036    echo  "cd \$HOME"                                     >>  $jobfile
4037    echo  "rm -rf  $TEMPDIR"                              >>  $jobfile
4038
4039
4040
4041
4042       # START THE JOB USING SUBJOB-COMMAND
4043    if [[ $silent = false ]]
4044    then
4045       printf "\n     "
4046    else
4047       printf "\n\n"
4048    fi
4049
4050    subjob  $job_on_file  -h $host  -u $remote_username -g $group_number -q $queue  -m $memory  -N $node_usage -t $cpumax  $XOPT  $TOPT  $OOPT  -n $fname  -v  -c $job_catalog  -e $email_notification  $PORTOPT  $jobfile
4051    rm -rf  $jobfile
4052
4053
4054 fi  # END OF REMOTE-PART
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.