source: palm/trunk/SCRIPTS/mrun @ 2298

Last change on this file since 2298 was 2298, checked in by raasch, 4 years ago

write_binary is of type LOGICAL now, MPI2-related code removed, obsolete variables removed, sendrecv_in_background related parts removed, missing variable descriptions added

  • Property svn:keywords set to Id Rev
File size: 141.3 KB
Line 
1#!/bin/bash
2
3# mrun - script for running PALM jobs
4
5#--------------------------------------------------------------------------------#
6# This file is part of PALM.
7#
8# PALM is free software: you can redistribute it and/or modify it under the terms
9# of the GNU General Public License as published by the Free Software Foundation,
10# either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
11#
12# PALM is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
13# WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR
14# A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
15#
16# You should have received a copy of the GNU General Public License along with
17# PALM. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
18#
19# Copyright 1997-2015  Leibniz Universitaet Hannover
20#--------------------------------------------------------------------------------#
21#
22# Current revisions:
23# ------------------
24#
25#
26# Former revisions:
27# -----------------
28# $Id: mrun 2298 2017-06-29 09:28:18Z raasch $
29# write_binary in ENVPAR has type LOGICAL now,
30# MPI2 coupling removed
31#
32# 2297 2017-06-28 14:35:57Z scharf
33# adjustments for using lcgeohu (cirrus @ HUB)
34# cpp_opts removed
35#
36# 2290 2017-06-19 11:03:06Z raasch
37# further test output removed
38#
39# 2286 2017-06-15 13:31:57Z raasch
40# test output for cycle number removed
41#
42# 2268 2017-06-09 10:34:09Z raasch
43# bugfix for calculating cycle numbers for output files in r2261
44#
45# 2262 2017-06-08 14:52:23Z raasch
46# bugfix for r2261
47#
48# 2261 2017-06-08 14:25:57Z raasch
49# unified cycle numbers for output files are used,
50# paths and filenames are allowed to contain arbitrary numbers of dots ".",
51# creation of file OUTPUT_FILE_CONNECTIONS removed,
52# archive feature completely removed from the script,
53# nech related parts completely removed
54#
55# 2257 2017-06-07 14:07:05Z witha
56# adjustments for lceddy, removed lcflow-specific code
57#
58# 2186 2017-03-21 05:36:31Z raasch
59#
60# 2185 2017-03-21 05:09:29Z raasch
61# adjustment for lykyo*-hosts (PJM_ENVIRONMENT defines BATCH)
62#
63# 2148 2017-02-09 16:56:42Z scharf
64# changed allocation of resources for lcbullhh in srun command
65#
66# 2141 2017-02-06 10:19:32Z gronemeier
67# made check for existing files language independent
68#
69# 1944 2016-06-15 06:29:00Z raasch
70# adjustments for using HLRN ssh-keys
71#
72# 1940 2016-06-14 05:15:20Z raasch $
73# adjustments for lckiaps
74#
75# 1866 2016-04-15 06:50:59Z raasch
76# adjusted for lcocean
77#
78# 1841 2016-04-07 19:14:06Z raasch
79# script now running under bash
80#
81# 1804 2016-04-05 16:30:18Z maronga
82# test: implementing an execute mechanism where the execute command is given in the
83# configuration file
84# ROPTS removed from execution commands
85# Warnings about missing optional files or user code changed to informative messages
86# Removed parameter file check
87#
88# 1755 2016-02-22 13:53:39Z maronga
89# Minor bugfix to last commit
90#
91# 1753 2016-02-22 13:49:49Z maronga
92# Bugfix: use random job number when PBS job nummer retrieval fails on lccray*
93#
94# 1622 2015-07-20 06:21:36Z heinze
95# bugfix for Mistral (lcbullhh)
96#
97# 1621 2015-07-17 11:39:33Z heinze
98# adjustments for Mistral at DKRZ Hamburg (lcbullhh)
99#
100# 1609 2015-07-03 15:37:58Z maronga
101# Modified the random number of the temporary working directory to match the
102# queuing system number on HLRN-III (lccray*).
103#
104# 1604 2015-06-23 15:48:03Z suehring
105# Enable coupled runs for lcmuk
106#
107# 1598 2015-05-29 06:45:40Z raasch
108# bugfix for creating hostfile and total number of MPI tasks if run in openmp-mode on one node
109#
110# 1549 2015-01-30 14:26:16Z suehring
111# Enable interactive debug sessions with allinea debugger
112#
113# 1547 2015-01-29 15:09:12Z witha
114# adjustments for ForWind computing cluster (lcflow)
115#
116# 1491 2014-11-12 08:12:57Z heinze
117# correct setting of batch_job allowed for ibm-machines
118#
119# 1468 2014-09-24 14:06:57Z maronga
120# Typo removed (addres->address)
121# Bugfix: returning files to IMUK via ssh did not work for lccrayh and lcycrayb
122# Added support for restart runs (remote) for lcxe6
123#
124# 1442 2014-07-28 07:09:10Z raasch
125# default queues for HLRN-III (lccrayb/lccrayh) defined
126#
127# 1422 2014-07-02 10:01:25Z kanani
128# automatic restarts enabled for lccrayb,
129# adjustment of path to compilervars.sh at IMUK (see automatic restarts)
130#
131# 1420 2014-06-10 06:24:14Z raasch
132# -j1 option added to aprung command for lccrayf (CSC)
133#
134# 1402 2014-05-09 14:25:13Z raasch
135# batch_job added to envpar-NAMELIST
136#
137# 1357 2014-04-11 15:02:03Z witha
138# adjustments for lccrayh (automatic restarts on lccrayh outside of IMUK are now
139# possible)
140#
141# 1320 2014-03-20 08:40:49Z raasch
142# check namelist file set false by default
143#
144# 1304 2014-03-12 10:29:42Z raasch
145# ulimit option changed from -Ss to -s
146#
147# bugfix: missing "fi" in r1289
148#
149# 1289 2014-03-04 07:12:34Z raasch
150# comments translated to English
151# necriam-, fimm-, ibmy-, and sgi-specific code removed
152# export of variables for palm and interpret_config removed
153#
154# 1281 2014-02-01 07:55:49Z raasch
155# rsync-copy restricted to Cray machines, since command is unavailable on some
156# other systems
157#
158# 1279 2014-01-28 12:10:14Z raasch
159# tasks_per_node must not be an integral divisor of numprocs any more. This was done
160# in order to remove annoying restrictions concerning the number of processors which
161# appear on machines with larger nodes (e.g. containing 24 cores). Now without this
162# restriction, one of the nodes will be filled with less than the given number of
163# tasks per node. A respective warning is given.
164#
165# 1274 2014-01-09 13:14:54Z heinze
166# adjustments for lccrayh
167#
168# 1272 2014-01-08 10:19:32Z witha
169# small adjustment for lcflow
170#
171# 1270 2013-12-16 11:05:01Z fricke
172# call of combine_plot_fields adjusted for lccrayb/lccrayh
173#
174# 1255 2013-11-07 14:43:35Z raasch
175# further adjustments for lccrayb remote access
176#
177# 1241 2013-10-30 11:36:58Z heinze
178# Enable use of nudging input and input of large scale forcing from
179# external files
180#
181# 1229 2013-09-20 06:55:19Z raasch
182# further adjustments for lccrayb
183#
184# 1224 2013-09-16 07:27:23Z raasch
185# first adjustments for lccrayb
186#
187# 1210 2013-08-14 10:58:20Z raasch
188# fftw support added
189#
190# 1201 2013-07-10 16:17:59Z witha
191# adjustments for Forwind cluster (lcflow)
192#
193# 1199 2013-07-05 14:52:22Z raasch
194# adjustments for CSC Helsinki (lccrayf),
195# executables for batch jobs can be created in advance, in order to avoid calling
196# the compiler within the batch job (only works if batch jobs are submitted on
197# local host)
198#
199# 1190 2013-06-25 09:39:21Z heinze
200# enable use of automatic restarts for ibmh
201# use of cluster/express queue enabled (ibmh)
202#
203# 1124 2013-04-09 15:46:52Z raasch
204# variable "memory" is exported via typeset option -x, because otherwise an unknown
205# side effect may lead to data loss while getopts is reading the script-option arguments
206#
207# 1122 2013-04-09 08:37:16Z heinze
208# Bugfix: change type of variable last_char
209#
210# 1119 2013-04-05 15:11:19Z raasch
211# Bugfix for setting -T option for subjob
212#
213# 1108 2013-03-05 07:03:32Z raasch
214# bugfix for coupled runs on lckyut/lckyuh
215#
216# 1106 2013-03-04 05:31:38Z raasch
217# --stdin argument for mpiexec on lckyuh
218# -y and -Y settings output to header
219#
220# 1103 2013-02-20 02:15:53Z raasch
221# default script runs again under ksh, because of unsolved problems with read
222# from stdin: when bash script is called from a ksh, message "read error: 0:
223# Resource temporarily unavailable" appears and script does not stop,
224# further bash compatibility adjustments,
225# shebang line replaced by /bin/bash when running jobs on lckyuh; no restarts
226# on lckyuh, but mrun does not terminate and issues a warning instead
227#
228# 1101 2013-02-17 10:20:21Z raasch
229# script now running under bash instead of ksh, which required small adjustments
230# (output formatting with printf instead "typeset -L/-R", print replaced by echo,
231# read from stdin),
232# cross compilername on lckyuh compute nodes replaced by real compiler name
233#
234# 1099 2013-02-10 01:47:43Z raasch
235# adjustments for Kyushu-University computing center (lckyuh - hayaka)
236# and for Forwind cluster (lcflow)
237# small further adjustments for lckyut
238#
239# 1094 2013-02-03 01:52:12Z raasch
240# explicit ssh/scp port can be set in config file with environment variable
241# scp_port.  This port is handled to all ssh/scp/batch_scp calls.
242# decalpha parts (yonsei) removed
243#
244# 2013-02-02 07:06:13Z raasch
245# adjustments for Kyushu-University computing center (lckyut - tatara)
246#
247# 1083 2013-01-04 10:22:09Z maronga
248# bugfix in parameter file check (read %cpp_options was missing)
249#
250# 1069 2012-11-28 16:18:43Z maronga
251# bugfix: coupling mode was always set to mpi2, typos removed
252#
253# 1058 2012-11-21 07:00:35Z raasch
254# Intel inspector (inspxe) is given the number of PEs instead of the number of
255# nodes
256#
257# 1046 2012-11-09 14:38:45Z maronga
258# code put under GPL (PALM 3.9)
259#
260# 21/03/94 - Siggi - first version finished
261# 03/03/94 - Siggi - script development started
262#
263#--------------------------------------------------------------------------------#
264# mrun - script for running PALM jobs
265#--------------------------------------------------------------------------------#
266
267
268 
269    # DECLARATION OF VARIABLES AND THEIR DEFUALT VALUES
270
271 set +o allexport    # SUPPRESS EXPORT OF ALL VARIABLES, SINCE IN THE PAST THIS
272                     # LES TO PROBLEMS IN ROUTINES CALLED BY MRUN
273                     # (TOO MANY ARGUMENTS - PROBLEM)
274 set +o noclobber    # EXISTING FILES ARE ALLOWED TO BE OVERWRITTEN
275
276 AddFilenames=""
277 additional_conditions=""
278 add_source_path=""
279 afname=""
280 check_namelist_files=false
281 combine_plot_fields=true
282 compiler_name=""
283 cond1=""
284 cond2="" 
285 config_file=.mrun.config
286 coupled_dist=""
287 cpp_options=""
288 cpumax=0
289 cpurest=0
290 create_executable_for_batch=false
291 delete_temporary_catalog=true
292 do_batch=false
293 do_compile=true
294 do_remote=false
295 do_stagein=true
296 do_stageout=true
297 do_trace=false
298 email_notification="none"
299 exclude=""
300 executable=""
301 execute_command="none"
302 execution_error=false
303 fftw_inc=""
304 fftw_lib=""
305 fftw_support=false
306 fname=test
307 fromhost=""
308 global_revision=""
309 group_number=none
310 host=""
311 host_file=""
312 hp=""
313 input_list=""
314 interpreted_config_file=""
315 job_catalog="~/job_queue"
316 job_on_file=""
317 keep_data_from_previous_run=false
318 link_local_input=false
319 link_local_output=false
320 localhost_realname=$(hostname)
321 local_dvrserver_running=.FALSE.
322 locat=normal
323 mainprog=""
324 makefile=""
325 max_par_io_str=""
326 mc=$0
327 while [[ $(echo $mc | grep -c "/") != 0 ]]
328 do
329    mc=`echo $mc | cut -f2- -d"/"`
330 done
331 module_calls=""
332 mrun_script_name=$mc
333 netcdf_inc=""
334 netcdf_lib=""
335 netcdf_support=false
336 node_usage=default
337 numprocs=""
338 numprocs_atmos=0
339 numprocs_ocean=0
340 OOPT=""
341 openmp=false
342 output_list=""
343 package_list=""
344 queue=none
345 read_from_config=""
346 restart_run=false
347 if [[ `hostname` = rte10 ]]
348 then
349    return_address=133.5.185.60
350    echo "+++ WARNING: fixed return_address = $return_address is used !!!!!"
351 elif [[ `hostname` = climate0 ]]
352 then
353    return_address=165.132.26.68
354    echo "+++ WARNING: fixed return_address = $return_address is used !!!!!"
355 elif [[ `hostname` = "schultzl-Latitude-E6540" ]]
356 then
357    return_address="schultzl-Latitude-E6540"
358    echo "+++ WARNING: fixed return_address = $return_address is used !!!!!"
359 elif [[ `hostname` = urban00 ]]
360 then
361    return_address=147.46.30.151
362    echo "+++ WARNING: fixed return_address = $return_address is used !!!!!"
363 else
364    return_address=$(nslookup `hostname` 2>&1 | grep "Address:" | tail -1 | awk '{print $2}')
365 fi
366 return_password=""
367 return_username=$LOGNAME
368 remotecall=false
369 remote_username=""
370 run_coupled_model=false
371 run_mode=""
372 dashes="  ----------------------------------------------------------------------------"
373 silent=false
374 source_list=""
375 source_path=SOURCE
376 tasks_per_node=""
377 threads_per_task=1
378 tmpcreate=false
379 tmp_data_catalog=""
380 transfer_problems=false
381 usern=$LOGNAME
382 use_openmp=false
383 version="MRUN  2.1 Rev$Rev: 2298 $"
384 working_directory=`pwd`
385 TOPT=""
386 XOPT=""
387 zeit=$( date | cut -c 12-19 )
388
389 typeset -i  iec=0 iic=0 iin=0 ioc=0 iout=0 stagein_anz=0 stageout_anz=0
390 typeset -x -i  memory=0   # HAS TO BE EXPORTED HERE, OTHERWISE AN UNKNOWN SIDE
391                           # SIDE EFFECT MAY CAUSE DATA LOSS WHEN GETOPTS IS READING THE
392                           # SCRIPT-OPTION ARGUMENTS
393 typeset -i  cputime i ii iia iii iio icycle inode ival jobges jobsek last_char_int maxcycle minuten nodes pes remaining_pes run_number sekunden tp1
394
395    # ERROR HANDLING IN CASE OF EXIT
396 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
397       if [[ $locat != normal  &&  $locat != control_c ]]
398       then
399
400              # CARRY OUT ERROR-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE (EC:)
401          (( i = 0 ))
402          while (( i < iec ))
403          do
404             (( i = i + 1 ))
405             printf "\n  *** Execution of ERROR-command:\n"
406             printf "  >>> ${err_command[$i]}\n"
407             eval  ${err_command[$i]}
408          done
409          if [[ -n $interpreted_config_file ]]
410          then
411             rm -rf  $interpreted_config_file
412          fi
413          if [[ -n .mrun_environment ]]
414          then
415             rm -rf  .mrun_environment
416          fi
417          if [[ $tmpcreate = true ]]
418          then
419#              printf "\n  *** Contents of \"$TEMPDIR\":\n"
420#              ls -al; cd
421             [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
422          fi
423          if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
424          then
425             echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
426             kill $dvrserver_id
427          fi
428          if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
429          then
430             rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
431          fi
432          printf "\n\n+++ MRUN killed \n\n"
433       elif [[ $locat != control_c ]]
434       then
435          printf "\n\n --> all actions finished\n\n"
436          printf "     Bye, bye $usern !!\n\n"
437       fi' exit
438
439
440    # ACTIONS IN CASE OF TERMINAL-BREAK (CONTROL-C):
441 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
442       rm -rf  $working_directory/tmp_check_namelist_files
443       [[ $tmpcreate = true ]]  &&  (cd; rm -rf $TEMPDIR)
444       if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
445       then
446          rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
447       fi
448       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
449       then
450          echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
451          kill $dvrserver_id
452       fi
453       printf "\n+++ MRUN killed by \"^C\" \n\n"
454       locat=control_c
455       exit
456      ' 2
457
458
459    # CHECK IF THE PATH FOR THE PALM BINARIES (SCRIPTS+UTILITY-PROGRAMS) HAS
460    # BEEN SET
461 if [[ "$PALM_BIN" = "" ]]
462 then
463    printf "\n  +++ environment variable PALM_BIN has not been set"
464    printf "\n      please set it to the directory where the PALM scripts are located"
465    locat=palm_bin; exit
466 fi
467 export PATH=$PALM_BIN:$PATH
468
469
470
471    # READ SHELLSCRIPT-OPTIONS AND REBUILD THE MRUN-COMMAND STRING (MC),
472    # WHICH WILL BE USED TO START RESTART-JOBS
473 while  getopts  :a:bBc:Cd:Fg:G:h:H:i:kK:m:M:n:o:O:p:P:q:r:R:s:St:T:u:U:vw:xX:yY:zZ option
474 do
475   case  $option  in
476       (a)   afname=$OPTARG;;
477       (b)   do_batch=true; mc="$mc -b";;
478       (B)   delete_temporary_catalog=false; mc="$mc -B";;
479       (c)   config_file=$OPTARG; mc="$mc -c$OPTARG";;
480       (C)   restart_run=true; mc="$mc -C";;
481       (d)   fname=$OPTARG; mc="$mc -d$OPTARG";;
482       (F)   job_on_file="-D"; mc="$mc -F";;
483       (g)   group_number=$OPTARG; mc="$mc -g$OPTARG";;
484       (G)   global_revision=$OPTARG; mc="$mc -G'$OPTARG'";;
485       (h)   host=$OPTARG; mc="$mc -h$OPTARG";;
486       (H)   fromhost=$OPTARG; mc="$mc -H$OPTARG";;
487       (i)   input_list=$OPTARG; mc="$mc -i'$OPTARG'";;
488       (k)   keep_data_from_previous_run=true; mc="$mc -k";;
489       (K)   additional_conditions="$OPTARG"; mc="$mc -K'$OPTARG'";;
490       (m)   memory=$OPTARG; mc="$mc -m$OPTARG";;
491       (M)   makefile=$OPTARG; mc="$mc -M$OPTARG";;
492       (n)   node_usage=$OPTARG; mc="$mc -n$OPTARG";; 
493       (o)   output_list=$OPTARG; mc="$mc -o'$OPTARG'";;
494       (O)   use_openmp=true; threads_per_task=$OPTARG; mc="$mc -O$OPTARG";;
495       (p)   package_list=$OPTARG; mc="$mc -p'$OPTARG'";;
496       (P)   return_password=$OPTARG; mc="$mc -P$OPTARG";;
497       (q)   queue=$OPTARG; mc="$mc -q$OPTARG";;
498       (r)   run_mode=$OPTARG; mc="$mc -r'$OPTARG'";;
499       (R)   remotecall=true;return_address=$OPTARG; mc="$mc -R$OPTARG";;
500       (s)   source_list=$OPTARG; mc="$mc -s'$OPTARG'";;
501       (S)   read_from_config=false; mc="$mc -S";;
502       (t)   cpumax=$OPTARG; mc="$mc -t$OPTARG";;
503       (T)   mrun_tasks_per_node=$OPTARG; mc="$mc -T$OPTARG";;
504       (u)   remote_username=$OPTARG; mc="$mc -u$OPTARG";;
505       (U)   return_username=$OPTARG; mc="$mc -U$OPTARG";;
506       (v)   silent=true; mc="$mc -v";;
507       (w)   max_par_io_str=$OPTARG; mc="$mc -w$OPTARG";;
508       (x)   do_trace=true;set -x; mc="$mc -x";;
509       (X)   numprocs=$OPTARG; mc="$mc -X$OPTARG";;
510       (y)   ocean_file_appendix=true; mc="$mc -y";;
511       (Y)   run_coupled_model=true; coupled_dist=$OPTARG; mc="$mc -Y'$OPTARG'";;
512       (z)   check_namelist_files=false; mc="$mc -z";;
513       (Z)   combine_plot_fields=false; mc="$mc -Z";;
514       (\?)  printf "\n  +++ unknown option $OPTARG \n"
515             printf "\n  --> type \"$0 ?\" for available options \n"
516             locat=parameter;exit;;
517   esac
518 done
519
520
521    # SKIP GIVEN OPTIONS TO READ POSITIONAL PARAMETER, IF GIVEN
522    # CURRENTLY ONLY PARAMETER ? (TO OUTPUT A SHORT COMMAND INFO) IS ALLOWED
523 (( to_shift = $OPTIND - 1 ))
524 shift $to_shift
525
526    # PRINT SHORT DESCRIPTION OF MRUN OPTIONS
527 if [[ "$1" = "?" ]]
528 then
529   (printf "\n  *** mrun can be called as follows:\n"
530    printf "\n      $mrun_script_name  -b -c.. -d.. -f.. -F -h.. -i.. -I -K.. -m.. -o.. -p.. -r.. -R -s.. -t.. -T.. -v -x -X.. -y -Y.. -Z <modus> \n"
531    printf "\n      Description of available options:\n"
532    printf "\n      Option  Description                              Default-Value"
533    printf "\n        -a    base name of input files                 equiv. -d"
534    printf "\n        -b    batch-job on local machine               ---"
535    printf "\n        -B    do not delete temporary directory at end ---"
536    printf "\n        -c    configuration file                       .mrun.config"
537    printf "\n        -d    base name of files attached to program   test"
538    printf "\n        -F    create remote job file only              ---"
539    printf "\n        -h    execution host                           $localhost_realname"
540    printf "\n        -i    INPUT control list                       \"\" "
541    printf "\n        -k    keep data from previous run"
542    printf "\n        -K    additional conditions for controling"
543    printf "\n              usage of conditional code and"
544    printf "\n              env-variables in configuration file      \"\" "
545    printf "\n        -m    memory demand in MB (batch-jobs)         0 MB"
546    printf "\n        -M    Makefile name                            Makefile"
547    printf "\n        -n    node usage (shared/not_shared)           depending on -h"
548    printf "\n        -o    OUTPUT control list                      \"\" "
549    printf "\n        -O    threads per openMP task                  ---"
550    printf "\n        -p    software package list                    \"\" "
551    printf "\n        -q    queue                                    \"$queue\" "
552    printf "\n        -r    run control list (combines -i -o)        \"\" "
553    printf "\n        -s    filenames of routines to be compiled     \"\" "
554    printf "\n              must end with .f, .f90, .F, or .c !"
555    printf "\n              use \"..\" for more than one file and wildcards"
556    printf "\n              -s LM compiles all locally modified files"
557    printf "\n        -S    config file interpreted by shellscript   ---"
558    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds (batch)      0"
559    printf "\n        -T    tasks per node                           depending on -h"
560    printf "\n        -u    username on remote machine               \"\" "
561    printf "\n        -v    no prompt for confirmation               ---"
562    printf "\n        -w    maximum parallel io streams              as given by -X"
563    printf "\n        -x    tracing of mrun for debug purposes       ---"
564    printf "\n        -X    # of processors (on parallel machines)   1"
565    printf "\n        -y    add appendix \"_O\" to all local output"
566    printf "\n              files (ocean precursor runs followed by"
567    printf "\n              coupled atmosphere-ocean runs)           ---"
568    printf "\n        -Y    run coupled model, \"#1 #2\" with" 
569    printf "\n              #1 atmosphere and #2 ocean processors    \"#/2 #/2\" depending on -X"
570    printf "\n        -Z    skip combine_plot_fields at the end of      "
571    printf "\n              the simulation                           ---"
572    printf "\n "
573    printf "\n      Possible values of positional parameter <modus>:"
574    printf "\n        \"?\"       -  this outline \n\n") | more
575    exit
576 elif [[ "$1" != "" ]]
577 then
578    printf "\n  +++ positional parameter $1 unknown \n"
579    locat=parameter; exit
580 fi
581
582
583
584    # SHORT STARTING MESSAGE
585 printf "\n*** $version "
586 printf "\n    will be executed.     Please wait ..."
587
588
589
590    # CHECK, IF CONFIGURATION FILE EXISTS
591 if [[ ! -f $config_file ]]
592 then
593    printf "\n\n  +++ configuration file: "
594    printf "\n           $config_file"
595    printf "\n      does not exist"
596    locat=connect; exit 
597 fi
598
599
600    # DETERMINE THE HOST-IDENTIFIER (localhost) FROM THE CONFIGURATION FILE
601 line=""
602 grep  "%host_identifier"  $config_file  >  tmp_mrun
603 while read line
604 do
605    if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
606    then
607       HOSTNAME=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
608       host_identifier=`echo $line | cut -d" " -s -f3`
609       if [[ $localhost_realname = $HOSTNAME ]]
610       then
611          localhost=$host_identifier
612          break
613       fi
614    fi
615 done < tmp_mrun
616
617 if [[ "$localhost" = "" ]]
618 then
619    printf "\n\n  +++ no host identifier found in configuration file \"$config_file\""
620    printf "\n      for local host \"$localhost_realname\"."
621    printf "\n      Please add line"
622    printf "\n      \"\%host_identifier $localhost_realname <identifier>\""
623    printf "\n      to the configuration file."
624    locat=localhost; exit
625 fi
626
627
628    # ??? THIS SHOULD BE DECRIBED IN THE MRUN DOCUMENTATION ???
629    # SET BASENAME OF THE INPUT-FILES TO THE GENERAL BASENAME (GIVEN BY OPTION -d),
630    # IF IT HAS NOT BEEN SET BY THE USER DIFFERENTLY (USING OPTION -a)
631 [[ "$afname" = "" ]]  &&  afname=$fname
632
633
634    # ADD RUN-FILE ACTIVATION STRINGS (GIVEN BY OPTION -r) TO THE
635    # RESPECTIVE LISTS FOR ACTIVATING THE INPUT/OUTPUT FILE CONNECTION
636    # STATEMENTS IN THE CONFIGURATION FILE
637 if [[ "$run_mode" != "" ]]
638 then
639    input_list="$input_list $run_mode"
640    output_list="$output_list $run_mode"
641 fi
642
643
644    # ??? is this (and the respective option -H) really required ???
645    # STORE HOSTNAME, FROM WHICH THE JOB IS STARTED,
646    # BUT ONLY IF IT HASN'T BEEN ALREADY SET BY OPTION -H
647    # (MRUN IS AUTOMATICALLY SETTING THIS OPTION IN THE MRUN-CALLS WITHIN
648    # THOSE BATCH-JOBS, WHICH ARE CREATED BY MRUN ITSELF)
649 if [[ "$fromhost" = "" ]]
650 then
651    fromhost=$localhost
652 fi
653
654
655    # CHECK, IF EXECUTION SHALL TO BE DONE ON THE REMOTE-MACHINE.
656    # VALUE OF do_remote IS IMPORTANT FOR THE FILE CONNECTIONS.
657    # IN CASE OF EXECUTION ON A REMOTE-MACHINE, A BATCH-JOB HAS
658    # TO BE SUBMITTED (I.E. do_batch=true)
659 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
660 then
661    do_batch=true
662    do_remote=true
663    case  $host  in
664        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|lcbullhh|lccrayb|lccrayh|lccrayf|lceddy|lckyoto|lcocean|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb|lcgeohu)  true;;
665        (*)  printf "\n"
666             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
667             printf "\n      is not available"
668             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
669    esac
670 else
671    host=$localhost
672 fi
673
674
675     # EVALUATE ADDITIONAL CONDITIONS GIVEN BY OPTION -K
676 if [[ -n $additional_conditions ]]
677 then
678    cond1=`echo $additional_conditions | cut -d" " -f1`
679    cond2=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f2`
680    dummy=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f3`
681    if [[ -n $dummy ]]
682    then
683       printf "\n  +++ more than 2 additional conditions given for Option \"-K\""
684       locat=options; exit
685    fi
686    block=_$cond1
687    [[ -n $cond2 ]]  &&  block=${block}_$cond2
688 fi
689
690
691      # EVALUATE MODEL COUPLING FEATURES (OPTION -Y)
692 if [[ $run_coupled_model = true ]] 
693 then
694
695    numprocs_atmos=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f1`
696    numprocs_ocean=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f2`
697
698    if (( $numprocs_ocean + $numprocs_atmos != $numprocs ))
699    then
700
701       printf "\n  +++ number of processors does not fit to specification by \"-Y\"."
702       printf "\n      PEs (total)     : $numprocs"
703       printf "\n      PEs (atmosphere): $numprocs_atmos"
704       printf "\n      PEs (ocean)     : $numprocs_ocean"
705       locat=coupling; exit
706
707    fi
708
709 fi
710
711    # SAVE VALUES OF MRUN-OPTIONS SICHERN IN ORDER TO OVERWRITE
712    # THOSE VALUES GIVEN IN THE CONFIGURATION-FILE
713 mrun_memory=$memory
714 mrun_group_number=$group_number
715 mrun_cpumax=$cpumax
716 mrun_numprocs=$numprocs
717
718
719    # READ AND EVALUATE THE CONFIGURATION-FILE FROM WITHIN THIS SHELLSCRIPT
720    # (OPTION -S). THE DEFAULT IS USING THE ROUTINE <<<<
721 if [[ "$read_from_config" = false ]]
722 then
723    [[ $silent = false ]]  &&  printf "\n    Reading the configuration file... "
724
725       # READ THE CONFIGURATION FILE LINE BY LINE
726    while  read zeile
727    do
728        [[ $silent = false ]]  &&  printf "."
729
730
731          # FIRST REPLACE ENVIRONMENT-VARIABLES BY THEIR RESPECTIVE VALUES
732       eval  zeile=\"$zeile\"
733
734
735          # INTERPRET THE LINE
736       if [[ "$(echo $zeile)" = "" ]]
737       then
738             # EMPTY LINE, NO ACTION
739          continue
740
741       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "#" ]]
742       then
743
744             # LINE IS A COMMENT LINE
745          true
746
747       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "%" ]]
748       then
749
750             # LINE DEFINES AN ENVIRONMENT-VARIABLE
751          zeile=$(echo $zeile | cut -c2-)
752          var=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
753          value=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
754          for_host=`echo $zeile | cut -d" " -s -f3`
755          for_cond1=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
756          for_cond2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
757
758          if [[ "$for_host" = ""  ||  ( "$for_host" = $host  &&  "$for_cond1" = "$cond1"  &&  "$for_cond2" = "$cond2" )  ||  $(echo "$input_list$output_list"|grep -c "$for_host") != 0 ]]
759          then
760
761                # REPLACE ":" BY " " IN COMPILER- CPP- OR LINKER-OPTIONS,
762                # "::" IS REPLACED BY ":".
763             value=`echo $value | sed 's/::/%DUM%/g' | sed 's/:/ /g' | sed 's/%DUM%/:/g'`
764
765
766                # VALUE FROM THE CONFIGURATION-FILE IS ASSIGNED TO THE
767                # ENVIRONMENT-VARIABLE, BUT ONLY IF NO VALUE HAS BEEN ALREADY
768                # ASSIGNED WITHIN THIS SCRIPT (E.G. BY SCRIPT-OPTIONS).
769                # NON-ASSIGNED VARIABLES HAVE VALUE "" OR 0 (IN CASE OF INTEGER).
770                # HENCE THE GENERAL RULE IS: SCRIPT-OPTION OVERWRITES THE
771                # CONFIGURATION-FILE.
772             if [[ "$(eval echo \$$var)" = ""  ||  "$(eval echo \$$var)" = "0" ]]
773             then
774                eval  $var=\$value
775
776                   # TERMINAL OUTPUT OF ENVIRONMENT-VARIABLES, IF TRACEBACK IS SWITCHED on
777                if [[ $do_trace = true ]]
778                then
779                   printf "\n*** ENVIRONMENT-VARIABLE $var = $value"
780                fi
781             fi
782
783                # IF AN ENVIRONMENT-VARIABLE DETERMINES THE HOST, THEN EVALUATE IT IMMEDIATELY:
784                # VALUE OF do-remote IS REQUIRED FOR THE FILE CONNECTIONS (COPY OF I/O FILES).
785                # IF EXECUTION IS SCHEDULED FOR A REMOTE-MASCHINE, A BATCH-JOB
786                # MUST HAVE TO BE STARTED
787             if [[ $var = host ]]
788             then
789                if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
790                then
791                   do_batch=true
792                   do_remote=true
793                   case  $host  in
794                       (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|lcbullhh|lccrayb|lccrayh|lccrayf|lceddy|lckyoto|lcocean|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb|lcgeohu)  true;;
795                       (*)  printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
796                            printf "\n      is not available"
797                            locat=nqs; exit;;
798                   esac
799                else
800                   host=$localhost
801                fi
802             fi
803
804                # USER-DEFINED ENVIRONMENT VARIABLES MUST BE EXPORTED,
805                # BECAUSE THEY MAY BE REQUIRED IN OTHER SCRIPTS CALLED
806                # BY MRUN (E.G. subjob)
807             export  $var
808          fi
809
810
811
812
813       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "EC:" ]]
814       then
815
816             # LINE DEFINES ERROR-COMMAND
817          (( iec = iec + 1 ))
818          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
819          err_command[$iec]="$zeile"
820
821       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "IC:" ]]
822       then
823
824             # LINE DEFINES INPUT-COMMAND
825          (( iic = iic + 1 ))
826          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
827          in_command[$iic]="$zeile"
828
829       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "OC:" ]]
830       then
831
832             # LINE DEFINES OUTPUT-COMMAND
833          (( ioc = ioc + 1 ))
834          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
835          out_command[$ioc]="$zeile"
836
837       else
838
839             # LINE DEFINES FILE CONNECTION. READ THE FILE ATTRIBUTES.
840             # s2a: in/out - field
841             # s2b: loc    - field (optional)
842             # s2c: tr/ar  - field (optional)
843          s1=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
844          s2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
845          s2a=$(echo $s2 | cut -d":" -f1)
846          if [[ $(echo $s2 | grep -c ":") = 0 ]]
847          then
848             s2b=""
849             s2c=""
850          else
851             s2b=`echo $s2 | cut -d":" -f2 | sed 's/:/ /g'`
852             s2c=`echo $s2 | cut -d":" -s -f3 | sed 's/:/ /g'`
853          fi
854          s3=`echo $zeile | cut -d" " -f3`
855          s4=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
856          s5=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
857          s6=`echo $zeile | cut -d" " -s -f6`
858
859       
860             # STORE FILE CONNECTION, IF ACTIVATED BY ACTIVATION-STRING FROM
861             # INPUT- OR OUTPUT-LIST.
862             # VARIABLE S3 MAY CONTAIN A LIST OF ACTIVATION STRINGS (FIELD-SEPERATOR ":").
863             # IF EXECUTION IS SCHEDULED FOR A REMOTE-MACHINE AND THE FILE IS ONLY
864             # LOCALLY REQUIRED ON THAT MACHINE (I.E. s2b = loc), THE FILE CONNECTION
865             # IS NOT CHECKED AND STORED.
866          IFSALT="$IFS"; IFS="$IFS:"
867          if [[ "$s2a" = in  &&  ! ( $do_remote = true  &&  ( "$s2b" = loc  ||  "$s2b" = locopt ) ) ]]
868          then
869             found=false
870             for  actual  in  $input_list
871             do
872                for  formal  in  $s3
873                do
874                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-" ]]  &&  found=true
875                done
876             done
877             if [[ $found = true ]]
878             then
879                (( iin = iin + 1 ))
880                localin[$iin]=$s1; transin[$iin]=$s2b; actionin[$iin]=$s2c;
881                typein[$iin]=$s3; pathin[$iin]=$s4; endin[$iin]=$s5;
882                extin[$iin]=$s6
883             fi
884          elif [[ "$s2a" = out  &&  ! ( $do_remote = true  &&  "$s2b" = loc ) ]]
885          then
886             found=false
887             for  actual  in  $output_list
888             do
889                for  formal  in  $s3 
890                do
891                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-"  ]]  &&  found=true
892                done
893             done
894             if [[ $found = true ]]
895             then
896                (( iout = iout + 1 ))
897                localout[$iout]=$s1; actionout[$iout]=$s2c; typeout[$iout]=$s3;
898                pathout[$iout]=$s4; endout[$iout]=$s5; extout[$iout]=$s6
899             fi
900          elif [[ "$s2a" != in  &&  "$s2a" != out ]]
901          then
902             printf "\n  +++ I/O-attribute in configuration file $config_file has the invalid"
903             printf "\n      value \"$s2\". Only \"in\" and \"out\" are allowed!"
904             locat=connect; exit
905          fi
906          IFS="$IFSALT"
907       fi
908    done < $config_file
909
910 else
911
912       # EVALUATE THE CONFIGURATION-FILE BY FORTRAN-PROGRAM
913    [[ $silent = false ]]  &&  printf "..."
914    interpreted_config_file=.icf.$RANDOM
915
916
917
918       # PROVIDE VALUES OF ENVIRONMENT-VARIABLE FOR interpret_config VIA NAMELIST-FILE
919    cat  >  .mrun_environment  <<  EOF
920 &mrun_environment  cond1 = '$cond1', cond2 = '$cond2',
921                    config_file = '$config_file', do_remote = '$do_remote',
922                    do_trace = '$do_trace', host = '$host',
923                    input_list = '$input_list', icf = '$interpreted_config_file',
924                    localhost = '$localhost', output_list = '$output_list' /
925
926EOF
927
928    if [[ "$host" != $localhost ]]
929    then
930
931          # REMOTE JOB FROM LOCAL HOST: JUST TAKE THE FIRST EXECUTABLE FOUND
932       interpret_config_executable=`ls -1 ${PALM_BIN}/interpret_config*.x 2>/dev/null`
933       if [[ $? != 0 ]]
934       then
935          printf "\n\n  +++ no interpret_config found"
936          printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this host"
937          locat=interpret_config; exit
938       fi
939       interpret_config_executable=`echo $interpret_config_executable | cut -d" " -f1`
940       $interpret_config_executable
941
942    else
943
944          # CHECK, IF THERE IS AN EXECUTABLE FOR THE BLOCK
945       if [[ ! -f ${PALM_BIN}/interpret_config${block}.x ]]
946       then
947          printf "\n\n  +++ no interpret_config found for given block \"$cond1 $cond2\""
948          printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this block"
949          locat=interpret_config; exit
950       else
951          interpret_config${block}.x
952       fi
953
954    fi
955    rm .mrun_environment
956
957
958       # EXECUTE SHELL-COMMANDS GENERATED BY interpret_config WITHIN THIS SHELL
959    chmod  u+x  $interpreted_config_file
960    export PATH=$PATH:.
961    . $interpreted_config_file
962    rm  $interpreted_config_file
963
964 fi
965
966
967    # VALUES OF MRUN-OPTIONS OVERWRITE THOSE FROM THE CONFIGURATION-FILE
968 [[ $mrun_memory     != 0   ]]  &&  memory=$mrun_memory
969 [[ "$mrun_group_number" != "none" ]]  &&  group_number=$mrun_group_number
970 [[ $mrun_cpumax     != 0   ]]  &&  cpumax=$mrun_cpumax
971 [[ "$mrun_numprocs" != ""  ]]  &&  numprocs=$mrun_numprocs
972 [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  maximum_parallel_io_streams=$max_par_io_str
973 [[ "$mrun_tasks_per_node" != "" ]]  &&  tasks_per_node=$mrun_tasks_per_node
974
975
976    # ON THE LOCAL MACHINE, DETERMINE (FROM THE CONFIGURATION-FILE) THE PATH
977    # FOR SOURCE-FILES TO BE COMPILED.
978    # IN A BATCH-JOB, SOURCES (ROUTINES TO BE COMPILED) ARE COMPLETE ALREADY.
979    # BEFORE MRUN IS CALLED IN THE JOB, SOURCES_COMPLETE = true IS ASSIGNED (SEE FURTHER BELOW).
980 if [[ "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
981 then
982
983       # FIRST CHECK, IF A GLOBAL SOURCE PATH (TO BE USED FOR ALL HOSTS)
984       # HAS BEEN DEFINED
985    source_path=""
986    line=""
987    grep "%source_path" $config_file  >  tmp_mrun
988    while read line
989    do
990       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
991       then
992          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -f3)" = "" ]]
993          then
994             global_source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
995          fi
996       fi
997    done  <  tmp_mrun
998
999    line=""
1000    found=false
1001    grep  " $localhost" $config_file | grep "%source_path"  >  tmp_mrun
1002    while read line
1003    do
1004       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
1005       then
1006          if [[ $found = true ]]
1007          then
1008             printf "\n\n  +++ more than one source path found in configuration file"
1009             printf "\n      for local host \"$localhost\" "
1010             locat=source_path; exit
1011          fi
1012          source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
1013          found=true
1014       fi
1015    done  <  tmp_mrun
1016    rm  tmp_mrun
1017
1018    if [[ "$source_path" = "" ]]
1019    then
1020       if [[ "$global_source_path" != "" ]]
1021       then
1022          source_path=$global_source_path
1023       else
1024          printf "\n\n  +++ no source path found in configuration file"
1025          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
1026          locat=source_path; exit
1027       fi
1028    fi
1029    eval source_path=$source_path
1030
1031    if [[ ! -d $source_path ]]
1032    then
1033       printf "\n\n  +++ source path \"$source_path\" on local host"
1034       printf "\n      \"$localhost\" does not exist"
1035       locat=source_path; exit
1036    fi
1037
1038 fi
1039
1040
1041    # GET THE GLOBAL REVISION-NUMBER OF THE SVN-REPOSITORY
1042    # (HANDED OVER TO RESTART-RUNS USING OPTION -G)
1043 if [[ "$global_revision" = ""  &&  $host != "ibmkisti" ]]
1044 then
1045    global_revision=`svnversion $source_path  2>/dev/null`
1046    global_revision="Rev: $global_revision"
1047 fi
1048
1049
1050    # ??? das darf doch eigentlich garnicht passieren, weil optionen config-datei uebersteuern ???
1051    # CHECK AGAIN, IF EXECUTION SHALL BE DONE ON A REMOTE-HOST (BATCH-JOB).
1052    # (HOST MAY HAVE CHANGED DUE TO SETTINGS IN THE CONFIGURATION-FILE)
1053 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
1054 then
1055    do_batch=true
1056    do_remote=true
1057    case  $host  in
1058        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|lcbullhh|lccrayb|lccrayh|lccrayf|lceddy|lckyoto|lcocean|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb|lcgeohu)  true;;
1059        (*)  printf "\n"
1060             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
1061             printf "\n      is not available"
1062             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
1063    esac
1064 else
1065    host=$localhost
1066 fi
1067
1068
1069
1070    # IN CASE OF PARALLEL EXECUTION, CHECK SOME SPECIFICATIONS CONCERNING PROCESSOR NUMBERS
1071 if [[ "$cond1" = parallel  ||  "$cond2" = parallel ]]
1072 then
1073
1074       # CHECK, IF NUMBER OF CORES TO BE USED HAS BEEN GIVEN
1075    if [[ ! -n $numprocs ]]
1076    then
1077       printf "\n"
1078       printf "\n  +++ option \"-K parallel\" requires additional specification"
1079       printf "\n      of the number of processors to be used by"
1080       printf "\n      mrun-option \"-X\" or by environment-variable"
1081       printf "\n      \"numprocs\" in the configuration file"
1082       locat=numprocs; (( iec = 0 )); exit 
1083    fi
1084
1085       # CHECK, IF THE NUMBER OF CORES PER NODE HAS BEEN GIVEN UND IF IT IS AN
1086       # INTEGRAL DIVISOR OF THE TOTAL NUMBER OF CORES GIVEN BY OPTION -X
1087    if [[ "$tasks_per_node" = ""  &&  $host != lcxt5m ]]
1088    then
1089       printf "\n"
1090       printf "\n  +++ option \"-T\" (tasks per node) is missing"
1091       printf "\n      set -T option or define tasks_per_node in the config file"
1092       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1093    fi
1094
1095    if (( numprocs < tasks_per_node ))
1096    then
1097       printf "\n"
1098       printf "\n  +++ tasks per node (-T) cannot exceed total number of processors (-X)"
1099       printf "\n      given values: -T $tasks_per_node  -X $numprocs"
1100       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1101    fi
1102
1103    if [[ $host != lcxt5m ]]
1104    then
1105       (( nodes = numprocs / ( tasks_per_node * threads_per_task ) ))
1106       (( ival = $tasks_per_node ))
1107       (( pes = numprocs ))
1108       (( ii = pes / ival ))
1109       (( remaining_pes =  pes - ii * ival ))
1110       if (( remaining_pes > 0 ))
1111       then
1112          printf "\n"
1113          printf "\n  +++ WARNING: tasks per node (option \"-T\") is not an integral"
1114          printf "\n      divisor of the total number of processors (option \"-X\")"
1115          printf "\n      values of this mrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $numprocs\""
1116          printf "\n      One of the nodes is filled with $remaining_pes instead of $tasks_per_node tasks"
1117          (( nodes = nodes + 1 ))
1118       fi
1119    fi
1120
1121
1122       # SETTINGS FOR SUBJOB-COMMAND
1123    OOPT="-O $threads_per_task"
1124
1125       # SET THE TOTAL NUMBER OF NODES, REQUIRED FOR THE SUBJOB-COMMAND (SEE FURTHER BELOW)
1126    if [[ "$tasks_per_node" != "" ]]
1127    then
1128       TOPT="-T $tasks_per_node"
1129    fi
1130
1131       # CHECK node_usage FOR ALLOWED VALUES AND SET DEFAULT VALUE, IF NECESSARY
1132    if [[ $node_usage = default ]]
1133    then
1134       if [[ $host = ibms ]]
1135       then
1136          node_usage=shared
1137       else
1138          node_usage=not_shared
1139       fi
1140    fi
1141
1142    if [[ $node_usage != shared  &&  $node_usage != not_shared  &&  $node_usage != singlejob  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla" ]]
1143    then
1144       printf "\n"
1145       printf "\n  +++ node usage (option \"-n\") is only allowed to be set"
1146       printf "\n      \"shared\" or \"not_shared\""
1147       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1148    fi
1149
1150 fi
1151
1152    # CHECK IF HOSTFILE EXISTS
1153 if [[ -n $hostfile ]]
1154 then
1155    if [[ ! -f $hostfile ]]
1156    then
1157       printf "\n"
1158       printf "\n  +++ hostfile \"$hostfile\" does not exist"
1159       locat=hostfile; exit
1160    fi
1161 fi
1162
1163
1164    # SET DEFAULT VALUE FOR THE MAXIMUM NUMBER OF PARALLEL IO STREAMS
1165 if [[ "$maximum_parallel_io_streams" = "" ]]
1166 then
1167    maximum_parallel_io_streams=$numprocs
1168 fi
1169
1170
1171    # SET PORT NUMBER OPTION FOR CALLS OF SSH/SCP, subjob AND batch_scp SCRIPTS
1172 if [[ "$scp_port" != "" ]]
1173 then
1174    PORTOPT="-P $scp_port"
1175    SSH_PORTOPT="-p $scp_port"
1176 fi
1177
1178
1179    # DETERMINE THE SSH-OPTION IN CASE THAT AN SSH-KEY IS EXPLICITLY GIVEN IN THE
1180    # CONFIG-FILE
1181 if [[ "$ssh_key" != "" ]]
1182 then
1183    ssh_key="-i $HOME/.ssh/$ssh_key"
1184 fi
1185
1186
1187    # SET DEFAULT-QUEUE, IF NOT GIVEN
1188 if [[ $queue = none ]]
1189 then
1190    case  $host  in
1191        (ibmh)       queue=cluster;;
1192        (ibmkisti)   queue=class.32plus;;
1193        (lcbullhh)   queue=compute;;
1194        (lccrayb)    queue=mpp1q;;
1195        (lccrayh)    queue=mpp1q;;
1196        (lcgeohu)    queue=short;;
1197        (lckiaps)    queue=normal;;
1198        (lckyoto)    queue=ph;;
1199        (lckyuh)     queue=fx-single;;
1200        (lckyut)     queue=cx-single;;
1201        (lctit)      queue=S;;
1202        (unics)      queue=unics;;
1203    esac
1204 fi
1205
1206
1207    # GENERATE FULL FILENAMES OF INPUT-FILES, INCLUDING THEIR PATH
1208    # CHECK, IF INPUT-FILES EXIST, AND DETERMINE HIGHEST CYCLE NUMBER (IF CYCLES EXIST)
1209 (( i = 0 ))
1210 while (( i < iin ))
1211 do
1212    (( i = i + 1 ))
1213    (( maxcycle = 0 ))
1214
1215       # GENERATE PATH AND FULL FILE NAME (then-BRANCH: FIXED FULL NAME IS GIVEN, I.E. THE
1216       # FILE IDENTIFIER IS NOT PART OF THE FILENAME))
1217    if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1218    then
1219       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${endin[$i]}  # EVALUATE REMOTE-PATH ON THE REMOTE
1220                                                    # HOST ONLY
1221       eval filename=${pathin[$i]}/${endin[$i]}
1222    else
1223       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}  # EVALUATE REMOTE-PATH ON THE REMOTE
1224                                                             # HOST ONLY
1225       eval filename=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}
1226    fi
1227    eval pathname=${pathin[$i]}
1228
1229       # CHECK IF FILE EXISTS
1230    if ! ls $filename* 1>/dev/null 2>&1
1231    then
1232
1233          # FILES WITH ATTRIBUTE locopt ARE OPTIONAL. NO ABORT, IF THEY DO NOT EXIST.
1234       if [[ "${transin[$i]}" != "locopt" ]]
1235       then
1236          printf "\n\n  +++ INPUT-file: "
1237          if [[ "${extin[$i]}" = ""  ||  "${extin[$i]}" = " " ]]
1238          then
1239             printf "\n           $filename"
1240          else
1241             printf "\n           $filename.${extin[$i]}"
1242          fi
1243          printf "\n      does not exist\n"
1244          locat=input; exit
1245       else
1246          transin[$i]="unavailable"
1247       fi
1248    else
1249
1250          # DETERMINE THE FILE'S CYCLE NUMBER
1251       ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1252       ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1253       while  read zeile
1254       do
1255              # filename without path (i.e. after the last "/")
1256           basefilename=$(basename ${zeile})
1257
1258              # check if there is an extension
1259           extension=${basefilename##*.}
1260           if [[ "$extension" = "$extin[$i]" ]]
1261           then
1262              basefilename=${basefilename&.*}
1263           fi
1264
1265              # check for an existing cycle number
1266           cycle=${basefilename##*.}
1267           if [[ $cycle =~ ^-?[0-9]+$ ]]
1268           then
1269              (( icycle = $cycle ))
1270           else
1271              (( icycle = 0 ))
1272           fi
1273
1274           if (( icycle > maxcycle ))
1275           then
1276              (( maxcycle = icycle ))
1277           fi
1278
1279#          cycle=$(echo $zeile | cut -f2 -d".")
1280#          if [[ "$cycle" = "$zeile" ]]
1281#          then
1282#             (( icycle = 0 ))
1283#          elif [[ "$cycle" = "${extin[$i]}" ]]
1284#          then
1285#             (( icycle = 0 ))
1286#          else
1287#             (( icycle = $cycle ))
1288#          fi
1289#          if (( icycle > maxcycle ))
1290#          then
1291#             (( maxcycle = icycle ))
1292#          fi
1293       done <filelist
1294       rm filelist
1295
1296          # APPEND CYCLE NUMBER TO FILENAME
1297       if (( maxcycle > 0 ))
1298       then
1299          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1300          then
1301             filename=${filename}.$maxcycle.${extin[$i]}
1302          else
1303             filename=${filename}.$maxcycle
1304          fi
1305       else
1306          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1307          then
1308             filename=${filename}.${extin[$i]}
1309          fi
1310       fi
1311       
1312          # STORE FILENAME WITHOUT PATH BUT WITH CYCLE NUMBER,
1313          # IS LATER USED FOR TRANSFERRING FILES WIHIN THE JOB (SEE END OF FILE)
1314       absnamein[$i]=$filename
1315       if (( maxcycle > 0 ))
1316       then
1317          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1318          then
1319             frelin[$i]=${endin[$i]}.$maxcycle
1320          else
1321             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}.$maxcycle
1322          fi
1323       else
1324          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1325          then
1326             frelin[$i]=${endin[$i]}
1327          else
1328             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}
1329          fi
1330       fi
1331
1332    fi
1333 done
1334   
1335    # GENERATE FULL FILENAMES OF OUTPUT-FILES (WITHOUT $ OR ~),
1336    # CHECK, IF OUTPUT-FILES EXIST, AND DETERMINE HIGHEST CYCLE NUMBER (IF CYCLES EXIST),
1337    # OR, IN CASE THAT FILE DOES NOT EXIST, CHECK, IF IT CAN BE CREATED 
1338    # THESE ACTIONS ARE NOT CARRIED OUT, IF FILES SHALL BE TRASFERRED FROM THE REMOTE TO
1339    # THE LOCAL HOST (BECAUSE THEIR IS NO DIRECT ACCESS TO THE LOCAL DIRECTORIES FROM THE
1340    # REMOTE HOST)
1341 (( i = 0 ))
1342 while (( i < iout ))
1343 do
1344    (( i = i + 1 ))
1345    if [[ ! ( $fromhost != $localhost  &&  ( "${actionout[$i]}" = tr || "${actionout[$i]}" = tra || "${actionout[$i]}" = trpe ) ) ]]
1346    then
1347       if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
1348       then
1349          actionout[$i]=""
1350       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe ]]
1351       then
1352          actionout[$i]=pe
1353       elif [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
1354       then
1355          actionout[$i]=a
1356       fi
1357       (( maxcycle = 0 ))
1358       eval filename=${pathout[$i]}/${fname}${endout[$i]}
1359       eval catalogname=${pathout[$i]}
1360       if ! ls $filename* 1>/dev/null 2>&1
1361       then
1362     
1363             # IF OUTPUT-FILE DOES NOT EXIST CHECK, IF IT CAN BE CREATED
1364          if  cat /dev/null > $filename 
1365          then
1366             rm  $filename
1367          else
1368
1369                # CHECK, IF THE DIRECTORY WHERE FILE SHALL BE COPIED TO EXISTS
1370                # IF IT DOES NOT EXIST, TRY TO CREATE IT
1371             if [[ ! -d $catalogname ]]
1372             then
1373                if  mkdir -p  $catalogname
1374                then
1375                   printf "\n\n  *** directory:"
1376                   printf "\n           $catalogname"
1377                   printf "\n      was created\n"
1378                else
1379                   printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1380                   printf "\n           $filename"
1381                   printf "\n      cannot be created, because directory does not exist"
1382                   printf "\n      and cannot be created either"
1383                   printf "\n"
1384                   locat=output  ; exit
1385                fi 2>/dev/null
1386             else
1387                printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1388                printf "\n           $filename"
1389                printf "\n      cannot be created, although directory exists"
1390                printf "\n"
1391                locat=output  ; exit
1392             fi
1393          fi 2>/dev/null
1394       else
1395
1396             # DETERMINE THE CYCLE NUMBER
1397          ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1398          ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1399          while  read zeile
1400          do
1401
1402                # filename without path (i.e. after the last "/")
1403             basefilename=$(basename ${zeile})
1404
1405                # check if there is an extension
1406             extension=${basefilename##*.}
1407             if [[ "$extension" = "${extout[$i]}" ]]
1408             then
1409                basefilename=${basefilename%.*}
1410             fi
1411
1412                # check for an existing cycle number
1413             cycle=${basefilename##*.}
1414             if [[ $cycle =~ ^-?[0-9]+$ ]]
1415             then
1416                (( icycle = $cycle + 1 ))
1417             else
1418                (( icycle = 1 ))
1419             fi
1420
1421             if (( icycle > maxcycle ))
1422             then
1423                (( maxcycle = icycle ))
1424             fi
1425
1426          done <filelist
1427          rm filelist
1428       fi
1429
1430          # APPEND CYCLE NUMBER TO FILENAME AND CHECK, IF FILE CAN BE CREATED
1431          # IN CASE OF FILE-APPEND, FILE MUST BE APPENDED TO THE ONE WITH HIGHEST CYCLE NUMBER
1432       if [[ "${actionout[$i]}" != a ]]
1433       then
1434          if (( maxcycle > 0 ))
1435          then
1436             filename_tmp=${filename}.$maxcycle
1437             if  cat /dev/null > $filename_tmp 
1438             then
1439                rm  $filename_tmp
1440             else
1441                printf "\n  +++ OUTPUT-file:"
1442                printf "\n           $filename_tmp"
1443                printf "\n      cannot be created"
1444                locat=output  ; exit
1445             fi
1446          fi
1447       else
1448          (( maxcycle = maxcycle - 1 ))
1449       fi
1450       
1451       (( cycnum[$i] = maxcycle ))
1452       pathout[$i]=$filename
1453
1454    fi
1455 done
1456
1457
1458     # THE DVR-PACKAGE REQUIRES ITS OWN LIBRARY
1459 if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
1460 then
1461    if [[ "$dvr_inc" = "" ]]
1462    then
1463       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_inc\" given in configuration file"
1464       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1465       locat=dvr; exit
1466    fi
1467    if [[ "$dvr_lib" = "" ]]
1468    then
1469       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_lib\" given in configuration file"
1470       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1471       locat=dvr; exit
1472    fi
1473 fi
1474
1475
1476     # CHECK, WETHER A MAIN PROGRAM OR AN EXECUTABLE HAVE BEEN DECLARED.
1477     # EXECUTABLES DO NOT NEED TO BE COMPILED.
1478 if [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" = "" ]]
1479 then
1480    printf "\n  +++ neither main program nor executable defined"
1481    locat=source; exit
1482 elif [[ "$mainprog" != ""  &&  "$executable" != "" ]]
1483 then
1484    printf "\n  +++ main program as well as executable defined"
1485    locat=source; exit
1486 elif [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" != "" ]]
1487 then
1488    do_compile=false
1489 fi
1490
1491
1492    # CREATE SOURCE-DIRECTORY TO COLLECT ROUTINES TO BE COMPILED.
1493    # LATER THE MRUN-SCRIPT AND CONFIGURATION-FILE WILL ALSO BE COPIED TO THIS DIRECTORY.
1494 if [[ $restart_run != true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1495 then
1496    rm -rf  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1497    mkdir   SOURCES_FOR_RUN_$fname
1498 fi
1499
1500
1501    # COLLECT ALL ROUTINES TO BE COMPILED
1502    # THIS IS NOT REQUIRED WITHIN BATCH-JOBS, BECAUSE ROUTINES HAVE ALREADY BEEN COLLECTED
1503    # BY THE MRUN-CALL WHICH CREATED THE BATCH-JOB.
1504 if [[ $do_compile = true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1505 then
1506
1507    [[ "$source_list" = LM ]]  &&  source_list=LOCALLY_MODIFIED
1508
1509    if [[ "$source_list" = LOCALLY_MODIFIED ]]
1510    then
1511
1512          # DETERMINE MODIFIED FILES OF THE SVN WORKING COPY
1513       source_list=""
1514       cd  $source_path
1515
1516
1517          # CHECK, IF DIRECTORY IS UNDER SVN CONTROL
1518       if [[ ! -d .svn ]]
1519       then
1520          printf "\n\n  +++ source directory"
1521          printf "\n         \"$source_path\" "
1522          printf "\n         is not under control of \"subversion\"."
1523          printf "\n         Please do not use mrun-option \"-s LOCALLY_MODIFIED\"\n"
1524       fi
1525
1526
1527          # LIST ALL MODIFIED SOURCE CODE FILES
1528       Filenames=""
1529       svn status  >  tmp_mrun
1530       while  read line
1531       do
1532          firstc=`echo $line | cut -c1`
1533          if [[ $firstc = M  ||  $firstc = "?" ]]
1534          then
1535             Name=`echo "$line" | cut -c8-`
1536             extension=`echo $Name | cut -d. -f2`
1537             if [[ "$extension" = f90 || "$extension" = F90 || "$extension" = f || "$extension" = F || "$extension" = c ]]
1538             then
1539                Filenames="$Filenames "$Name
1540             fi
1541          fi
1542       done < tmp_mrun
1543
1544
1545          # COPY FILES TO SOURCES_FOR_RUN_...
1546       for  dateiname  in  $Filenames
1547       do
1548          cp  $dateiname  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1549          source_list=$source_list"$dateiname "
1550       done
1551
1552       cd -  > /dev/null
1553
1554
1555       # COPY FILES GIVEN BY OPTION -s TO DIRECTORY SOURCES_FOR_RUN_...
1556       # AUTOMATIC RESTART RUNS JUST ACCESS THE DIRECTORY CREATED BY THE INITIAL RUN
1557    elif [[ "$source_list" != ""  &&  $restart_run != true ]]
1558    then
1559
1560       cd  $source_path
1561
1562       for  filename  in  $source_list
1563       do
1564
1565             # SOURCE CODE FILE IS NOT ALLOWED TO INCLUDE PATH
1566          if [[ $(echo $filename | grep -c "/") != 0 ]]
1567          then
1568             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1569             printf "\n      must not contain (\"/\") "
1570             locat=source; exit
1571          fi
1572
1573          if [[ ! -f $filename ]]
1574          then
1575             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1576             printf "\n      does not exist"
1577             locat=source; exit
1578          else
1579             cp  $filename  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1580          fi
1581
1582       done
1583
1584       cd -  > /dev/null
1585
1586    fi
1587
1588
1589       # CHECK, IF A MAIN PROGRAM EXISTS AND IF IT IS PART OF THE LIST OF FILES
1590       # TO BE COMPILED. IF NOT, ADD IT TO THE LIST.
1591    if [[ $restart_run != true ]]
1592    then
1593
1594       if [[ ! -f "$source_path/$mainprog" ]]
1595       then
1596          printf "\n\n  +++ main program:  $mainprog"
1597          printf "\n      does not exist in source directory"
1598          printf "\n      \"$source_path\"\n"
1599          locat=source; exit
1600       else
1601          if [[ $(echo $source_list | grep -c $mainprog) = 0 ]]
1602          then
1603             cp  $source_path/$mainprog  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1604             source_list=${mainprog}" $source_list"
1605          fi
1606       fi
1607    fi
1608
1609
1610       # CHECK, IF MAKEFILE EXISTS AND COPY IT TO THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY
1611       # NOT REQUIRED FOR RESTART RUNS, SOURCES_FOR_RUN... HAS BEEN CREATED BY THE INITIAL RUN
1612    if [[ "$restart_run" != true ]]
1613    then
1614       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
1615       if [[ ! -f $makefile ]]
1616       then
1617          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
1618          locat=make; exit
1619       else
1620          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
1621       fi
1622    fi
1623
1624
1625       # COPY FILES FROM OPTIONAL SOURCE PATH GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
1626    if [[ $restart_run != true  &&  "$add_source_path" != "" ]]
1627    then
1628
1629          # DOES THE DIRECTORY EXIST?
1630       if [[ ! -d $add_source_path ]]
1631       then
1632          printf "\n\n  *** INFORMATIVE: additional source code directory"
1633          printf "\n      \"$add_source_path\" "
1634          printf "\n      does not exist or is not a directory."
1635          printf "\n      No source code will be used from this directory!\n"
1636          add_source_path=""
1637          if [[ $silent == false ]]
1638          then
1639             sleep 3
1640          fi
1641       else
1642
1643          cd $add_source_path
1644          found=false
1645
1646          Names=$(ls -1 *.f90 2>&1)
1647          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$Names"
1648          Names=$(ls -1 *.F90 2>&1)
1649          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1650          Names=$(ls -1 *.F 2>&1)
1651          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1652          Names=$(ls -1 *.f 2>&1)
1653          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1654          Names=$(ls -1 *.c 2>&1)
1655          [[ $(echo $Names | grep -c '*.c') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1656
1657          cd -  > /dev/null
1658          cd  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1659
1660             # COPY MAKEFILE IF EXISTING
1661          if [[ -f $add_source_path/Makefile ]]
1662          then
1663             printf "\n\n  *** user Makefile from directory"
1664             printf "\n      \"$add_source_path\" is used \n"
1665             if [[ $silent == false ]]
1666             then
1667                sleep 1
1668             fi
1669             cp  $add_source_path/Makefile  .
1670          fi
1671
1672          for  dateiname  in  $AddFilenames
1673          do
1674             if [[ -f $dateiname ]]
1675             then
1676                printf "\n  +++ source code file \"$dateiname\" found in additional"
1677                printf "\n      source code directory \"$add_source_path\" "
1678                printf "\n      but was also given with option \"-s\" which means that it should be taken"
1679                printf "\n      from directory \"$source_path\"."
1680                locat=source; exit
1681             fi
1682
1683             cp  $add_source_path/$dateiname  .
1684             source_list="$source_list $dateiname"
1685
1686                # CHECK IF FILE IS CONTAINED IN MAKEFILE
1687             if [[ $(grep -c $dateiname Makefile) = 0 ]]
1688             then
1689                printf "\n\n  +++ user file \"$dateiname\" "
1690                printf "\n      is not listed in Makefile \n"
1691                locat=source; exit
1692             else
1693
1694                if [[ $found = false ]]
1695                then
1696                   found=true
1697                   printf "\n\n  *** following user file(s) added to the"
1698                   printf " files to be translated:\n      "
1699                fi
1700                printf "$dateiname  "
1701                if [[ $silent == false ]]
1702                then
1703                   sleep 0.5
1704                fi
1705
1706             fi
1707          done
1708          [[ $found = true ]]  &&  printf "\n"
1709          cd -  > /dev/null
1710       fi
1711    fi
1712
1713
1714       # ADD ALL ROUTINES BELONGING TO SOFTWARE PACKAGES (GIVEN BY OPTION -p)
1715       # TO THE LIST OF FILES TO BE COMPILED
1716    if [[ $restart_run != true  &&  -n $package_list ]]
1717    then
1718
1719       cd  $source_path
1720
1721       for  package  in  $package_list
1722       do
1723
1724          [[ $package = "dvrp_graphics+1PE" ]]  &&  package=dvrp_graphics
1725
1726             # DETERMINE FILES BELONGING TO THE PACKAGE
1727             # ERROR MESSAGE ARE REDIRECTED TO /dev/null, BECAUSE WILDCARD (*) ALSO GIVES
1728             # THE NAME OF THE DIRECTORY
1729          package_source_list=`grep "defined( __$package " * 2>/dev/null | cut -f1 -d:`
1730
1731
1732             # ADD THESE FILES TO THE LIST OF FILES TO BE COMPILED,
1733             # IF THEY ARE NOT ALREADY PART OF THE LIST
1734          for  source_list_name  in  $package_source_list
1735          do
1736             if [[ $(echo $source_list | grep -c $source_list_name) = 0 ]]
1737             then
1738
1739                    # ONLY TAKE FILES WITH VALID SUFFIX
1740                ending=`echo $source_list_name | cut -f2 -d.`
1741                if [[ "$ending" = f90  ||  "$ending" = F90  ||  "$ending" = f  ||  "$ending" = F  ||  "$ending" = c ]]
1742                then
1743                   cp  $source_list_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1744                   source_list="$source_list $source_list_name"
1745                fi
1746             fi
1747          done
1748       done
1749
1750       cd -  > /dev/null
1751    fi
1752
1753 fi  # do_compile=true
1754
1755
1756    # IF SOURCE CODE IS TO BE COMPILED, DO SOME MORE CHECKS
1757    # AND SET PRE-PROCESSOR DIRECTIVES
1758 if [[ $do_compile = true  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
1759 then
1760
1761       # SET PREPROCESSOR-DIRECTIVES TO SELECT OPERATING SYSTEM SPECIFIC CODE
1762    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1763    then
1764       cpp_options="${cpp_options},-D__ibm=__ibm"
1765    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = nec ]]
1766    then
1767       cpp_options="$cpp_options -D__nec"
1768    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-2) = lc ]]
1769    then
1770       cpp_options="$cpp_options -D__lc"
1771    else
1772       cpp_options="$cpp_options -D__$localhost"
1773    fi
1774
1775       # SET DIRECTIVES GIVEN BY OPTION -K (E.G. parallel)
1776    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1777    then
1778       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond1=__$cond1"
1779       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond2=__$cond2"
1780    else
1781       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond1"
1782       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond2"
1783    fi
1784
1785       # SET DIRECTIVES FOR ACTIVATING SOFTWARE-PACKAGES (OPTION -p)
1786    if [[ -n $package_list ]]
1787    then
1788       for  package  in  $package_list
1789       do
1790          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1791          then
1792             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1793             then
1794                cpp_options="${cpp_options},-D__$package=__$package"
1795             else
1796                cpp_options="${cpp_options},-D__dvrp_graphics=__dvrp_graphics"
1797                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1798             fi
1799          else
1800             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1801             then
1802                cpp_options="$cpp_options -D__$package"
1803             else
1804                cpp_options="$cpp_options -D__dvrp_graphics"
1805                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1806             fi
1807          fi
1808       done
1809    fi
1810
1811 else
1812
1813
1814       # FOR LOCAL RUNS CHECK AGAIN, IF EXECUTABLE EXISTS
1815    if [[ $do_remote = false ]]
1816    then
1817       if [[ ! -f $executable ]]
1818       then
1819          printf "\n  +++ executable file:  $executable"
1820          printf "\n      does not exist"
1821          locat=executable; exit
1822       fi
1823    fi
1824 fi
1825
1826
1827    # DETERMINE THE JOB MODE
1828 if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1829 then
1830    if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
1831    then
1832       batch_job=.TRUE.
1833       jobmo=BATCH
1834    else
1835       batch_job=.FALSE.
1836       jobmo=INTERACTIVE
1837    fi 
1838 else
1839    if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH  ||  "$PJM_ENVIRONMENT" = BATCH ]]
1840    then
1841       batch_job=.TRUE.
1842       jobmo=BATCH
1843    else
1844       batch_job=.FALSE.
1845       jobmo=INTERACTIVE
1846    fi
1847 fi
1848
1849    # NO INTERACTIVE RUNS ALLOWED ON LCTIT
1850 if [[ $host = lctit  &&  $jobmo = INTERACTIVE  &&  $do_batch = false ]]
1851 then
1852    printf "\n  +++ no interactive runs allowed on host \"$host\" "
1853    printf "\n      please submit batch job using mrun option \"-b\" \n"
1854    locat=normal; exit
1855 fi
1856
1857
1858    # CHECK, IF USER DEFINED A COMPILER
1859 if [[ "$compiler_name" = "" ]]
1860 then
1861
1862    printf "\n  +++ no compiler specified for \"$host $cond1 $cond2\""
1863    locat=compiler_name; exit
1864
1865 fi
1866
1867
1868    # DETERMINE THE NAME OF MRUN'S TEMPORARY WORKING DIRECTORY
1869
1870    # ON HLRN-III, USE THE QUEUING NAME. OTHERWISE USE USERNAME AND RANDOM NUMBER
1871 if [[ $do_batch = false && $(echo $host | cut -c1-6) = lccray ]]
1872 then
1873    kennung=$(checkjob $PBS_JOBID | grep Reservation | cut -d" " -s -f2 | cut -d"." -s -f2 | sed "s/['\"]//g")
1874    if [[ "$kennung" = "" ]]
1875    then
1876       kennung=$RANDOM
1877    fi
1878 else
1879    kennung=$RANDOM
1880 fi
1881
1882 if [[ "$tmp_user_catalog" = "" ]]
1883 then
1884    if [[ $localhost = ibmh ]]
1885    then
1886       tmp_user_catalog=$SCRATCH
1887    else
1888       tmp_user_catalog=/tmp
1889    fi
1890 fi
1891 TEMPDIR=$tmp_user_catalog/${usern}.$kennung
1892
1893
1894    # DETERMINE THE NAME OF THE DIRECTORY WHICH IS USED TO TEMPORARILY STORE DATA FOR RESTART RUNS
1895 if [[ "$tmp_data_catalog" = "" ]]
1896 then
1897    tmp_data_catalog=/tmp/mrun_restart_data
1898 fi
1899
1900
1901    # IN CASE OF LOCAL RUNS REPLACE ENVIRONMENT VARIABLES BY THEIR VALUES
1902 if [[ $do_remote = false  &&  $do_compile = true  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
1903 then
1904    eval  fopts=\"$fopts\"
1905    eval  lopts=\"$lopts\"
1906 fi
1907
1908
1909    # DETERMINE COMPILE- AND LINK-OPTIONS
1910 fopts="$fopts $netcdf_inc $fftw_inc $dvr_inc"
1911 lopts="$lopts $netcdf_lib $fftw_lib $dvr_lib"
1912 XOPT="-X $numprocs"
1913
1914
1915    # CHECK THE CPU-LIMIT. IT MUST BE GIVEN FOR BATCH-JOBS AND IS COMMUNICATED TO THE
1916    # EXECUTABLE VIA NAMELIST-PARAMETER cputime
1917 done=false
1918 while [[ $done = false ]]
1919 do
1920    cputime=$cpumax
1921    if (( $cputime == 0 ))
1922    then
1923       if [[ $do_batch = true ]]
1924       then
1925          printf "\n  +++ cpu-time is undefined"
1926          printf "\n  >>> Please type CPU-time in seconds as INTEGER:"
1927          printf "\n  >>> "
1928          read  cputime  1>/dev/null  2>&1
1929       else
1930          cputime=10000000   # NO CPU LIMIT FOR INTERACTIVE RUNS
1931       fi
1932    else
1933       done=true
1934    fi
1935    cpumax=$cputime
1936 done
1937
1938 (( minuten = cputime / 60 ))
1939 (( sekunden = cputime - minuten * 60 ))
1940
1941
1942    # CHECK THE MEMORY DEMAND
1943 if [[ $do_batch = true ]]
1944 then
1945    done=false
1946    while [[ $done = false ]]
1947    do
1948       if (( memory == 0 ))
1949       then
1950          printf "\n  +++ memory demand is undefined"
1951          printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
1952          printf "\n  >>> "
1953          read  memory  1>/dev/null  2>&1
1954       else
1955          done=true
1956       fi
1957    done
1958 fi
1959
1960
1961    # IN CASE OF REMOTE-JOBS CHECK, IF A USERNAME FOR THE REMOTE HOST IS GIVEN
1962 if [[ $do_remote = true  &&  -z $remote_username ]]
1963 then
1964    while [[ -z $remote_username ]]
1965    do
1966       printf "\n  +++ username on remote host \"$host\" is undefined"
1967       printf "\n  >>> Please type username:"
1968       printf "\n  >>> "
1969       read  remote_username
1970    done
1971    mc="$mc -u$remote_username"
1972 fi
1973
1974    # CHECK FOR INITIAL COMMANDS AFTER LOGIN
1975 if [[ "$login_init_cmd" != "" ]]
1976 then
1977    export init_cmds="${login_init_cmd};"
1978 fi
1979
1980
1981    # SET THE MODULE-LOAD COMMAD AND EXPORT IT FOR subjob
1982 if [[ "$modules" != "" ]]
1983 then
1984    if [[ $host = lctit ]]
1985    then
1986       export module_calls=". $modules"
1987    else
1988       export module_calls="module load ${modules};"
1989    fi
1990 fi
1991
1992    # OUTPUT OF THE MRUN-HEADER
1993 calltime=$(date)
1994 printf "\n"
1995 printf "#------------------------------------------------------------------------# \n"
1996 printf "| %-35s%35s | \n" "$version" "$calltime"
1997 printf "|                                                                        | \n"
1998 spalte1="called on:"; spalte2=$localhost_realname
1999 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2000 if [[ $do_remote = true ]]
2001 then
2002    spalte1="execution on:"; spalte2="$host (username: $remote_username)"
2003 else
2004    spalte1="execution on:"; spalte2="$host ($localhost_realname)"
2005 fi
2006 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2007 if [[ -n $numprocs ]]
2008 then
2009    if [[ $run_coupled_model = false ]]
2010    then
2011       spalte1="number of PEs:"; spalte2=$numprocs
2012    else
2013       spalte1="number of PEs:"; spalte2="$numprocs  (atmosphere: $numprocs_atmos, ocean: $numprocs_ocean)"
2014    fi
2015    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2016 fi
2017 if [[ -n $tasks_per_node ]]
2018 then
2019    spalte1="tasks per node:"; spalte2="$tasks_per_node (number of nodes: $nodes)"
2020    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2021    if (( remaining_pes > 0 ))
2022    then
2023       spalte1=" "; spalte2="one of the nodes only filled with $remaining_pes tasks"
2024       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2025    fi
2026 fi
2027 if [[ $maximum_parallel_io_streams != $numprocs ]]
2028 then
2029    spalte1="max par io streams:"; spalte2="$maximum_parallel_io_streams"
2030    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2031 fi
2032 if [[ $use_openmp = true ]]
2033 then
2034    spalte1="threads per task:"; spalte2="$threads_per_task"
2035    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2036 fi
2037 printf "|                                                                        | \n"
2038 if [[ $do_compile = true ]]
2039 then
2040    if [[ "$mopts" != "" ]]
2041    then
2042       spalte1="make options:"; spalte2=$(echo "$mopts" | cut -c-45)
2043       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2044       zeile=$(echo "$mopts" | cut -c46-)
2045       while [[ "$zeile" != "" ]]
2046       do
2047          spalte1=""
2048          spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2049          printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2050          zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2051       done
2052    fi
2053
2054    spalte1="cpp directives:"; spalte2=$(echo "$cpp_options" | cut -c-45)
2055    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2056    zeile=$(echo "$cpp_options" | cut -c46-)
2057    while [[ "$zeile" != "" ]]
2058    do
2059       spalte1=""
2060       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2061       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2062       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2063    done
2064
2065    spalte1="compiler options:"; spalte2=$(echo "$fopts" | cut -c-45)
2066    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2067    zeile=$(echo "$fopts" | cut -c46-)
2068    while [[ "$zeile" != "" ]]
2069    do
2070       spalte1=""
2071       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2072       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2073       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2074    done
2075
2076    spalte1="linker options:"; spalte2=$(echo "$lopts" | cut -c-45)
2077    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2078    zeile=$(echo "$lopts" | cut -c46-)
2079    while [[ "$zeile" != "" ]]
2080    do
2081       spalte1=""
2082       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2083       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2084       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2085    done
2086
2087    spalte1="modules to be load:"; spalte2=$(echo "$modules" | cut -c-45)
2088    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2089    zeile=$(echo "$modules" | cut -c46-)
2090    while [[ "$zeile" != "" ]]
2091    do
2092       spalte1=""
2093       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2094       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2095       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2096    done
2097
2098    spalte1="main program:"; spalte2=$mainprog
2099    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2100 else
2101    spalte1=executable:; spalte2=$executable
2102    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2103 fi
2104 printf "|                                                                        | \n"
2105 spalte1="base name of files:"; spalte2=$fname
2106 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2107 if [[ $fname != $afname ]]
2108 then
2109    spalte1="base name of input files:"; spalte2=$afname
2110    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2111 fi
2112 spalte1="INPUT control list:"; spalte2=$(echo $input_list)
2113 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2114 spalte1="OUTPUT control list:"; spalte2=$(echo $output_list)
2115 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2116
2117 if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
2118 then
2119    printf "| %-35s%-35s | \n" "suffix \"_O\" is added to local files" " "
2120 fi
2121
2122 if [[ $do_batch = true  ||  "$LOADLBATCH" = yes ]]
2123 then
2124    spalte1="memory demand / PE":; spalte2="$memory MB"
2125    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2126    spalte1=CPU-time:; spalte2="$minuten:$sekunden"
2127    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2128 fi
2129
2130 if [[ $do_compile = true ]]
2131 then
2132    printf "|                                                                        | \n"
2133    printf "| Files to be compiled:                                                  | \n"
2134    zeile=$source_list
2135    while [[ "$zeile" != "" ]]
2136    do
2137       linestart=$(echo $zeile | cut -c-70)
2138       printf "| %-70s | \n" "$linestart"
2139       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c71-)
2140    done
2141 fi
2142 printf "#------------------------------------------------------------------------#"
2143
2144
2145
2146    # OUTPUT OF FILE CONNECTIONS IN CASE OF TRACEBACK
2147 if [[ $do_trace = true ]]
2148 then
2149    (( i = 0 ))
2150    while (( i < iin ))
2151    do
2152       (( i = i + 1 ))
2153       if (( i == 1 ))
2154       then
2155          printf "\n\n >>> INPUT-file assignments:\n"
2156       fi
2157       printf "\n     ${localin[$i]} :  ${absnamein[$i]}"
2158    done
2159    (( i = 0 ))
2160    while (( i < iout ))
2161    do
2162       (( i = i + 1 ))
2163       if (( i == 1 ))
2164       then
2165          printf "\n\n >>> OUTPUT-file assignments:\n"
2166       fi
2167       printf "\n     ${localout[$i]} :  ${pathout[$i]}"
2168    done
2169    (( i = 0 ))
2170    while (( i < iic ))
2171    do
2172       (( i = i + 1 ))
2173       if (( i == 1 ))
2174       then
2175          printf "\n\n >>> INPUT-commands:\n"
2176       fi
2177       printf "\n     ${in_command[$i]}" 
2178    done
2179    (( i = 0 ))
2180    while (( i < ioc ))
2181    do
2182       (( i = i + 1 ))
2183       if (( i == 1 ))
2184       then
2185          printf "\n\n >>> OUTPUT-commands:\n"
2186       fi
2187       printf "\n     ${out_command[$i]}" 
2188    done
2189 fi
2190
2191    # QUERY FOR CONTINUE (ON LOCAL MACHINES ONLY)
2192 if [[ $remotecall = false  &&  $silent = false  &&  $jobmo != BATCH ]]
2193 then
2194    antwort=dummy
2195    printf "\n\n"
2196    printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2197    while  read antwort
2198    do
2199       if [[ "$antwort" != y  &&  "$antwort" != Y  &&  "$antwort" != n  &&  "$antwort" != N ]]
2200       then
2201          printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2202       else
2203          break
2204       fi
2205    done
2206    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
2207    then
2208       locat=user_abort; (( iec = 0 )); exit
2209    fi
2210    if [[ $do_batch = true ]]
2211    then
2212       printf " >>> batch-job will be created and submitted"
2213    else
2214       printf " >>> MRUN will now continue to execute on this machine"
2215    fi
2216 fi
2217
2218 
2219    # DETERMINE PATH FOR MAKE DEPOSITORY
2220 if [[ $do_batch = false  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
2221 then
2222
2223    line=""
2224    grep "%depository_path" $config_file  >  tmp_mrun
2225    while read line
2226    do
2227       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2228       then
2229          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f3)" = "" ]]
2230          then
2231             global_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2232          fi
2233       fi
2234    done < tmp_mrun
2235
2236    line=""
2237    grep  " $localhost" $config_file | grep "%depository_path"  >  tmp_mrun
2238    while read line
2239    do
2240       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2241       then
2242          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f4)" = "$cond1"  &&  "$(echo $line | cut -d" " -s -f5)" = "$cond2" ]]
2243          then
2244             local_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2245          fi
2246       fi
2247    done < tmp_mrun
2248
2249    if [[ "$local_depository_path" = "" ]]
2250    then
2251       if [[ "$global_depository_path" != "" ]]
2252       then
2253          local_depository_path=$global_depository_path
2254       else
2255          printf "\n\n  +++ no depository path found in configuration file"
2256          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
2257          printf "\n      please set \"\%depository_path\" in configuration file\n"
2258          locat=config_file; exit
2259       fi
2260    fi
2261    eval local_depository_path=$local_depository_path
2262    [[ "$cond1" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond1
2263    [[ "$cond2" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond2
2264
2265
2266    basename=`echo $mainprog | cut -f1 -d"."`
2267    eval make_depository=${local_depository_path}/${basename}_current_version.tar
2268    if [[ ! -f $make_depository ]]
2269    then
2270       printf "\n"
2271       printf "\n  *** WARNING: make depository \"$make_depository\" not found"
2272       printf "\n               \"make\" will fail, if the Makefile or other source files are missing\n"
2273    fi
2274
2275 fi
2276
2277
2278    # NOW PERFORM THOSE ACTIONS REQUIRED TO EXECUTE THE PROGRAM (PALM) ON THIS MACHINE
2279    # (COMPILING/LINKING, EXECUTING, COPYING I/O FILES)
2280 if [[ $do_batch = false ]]
2281 then
2282
2283
2284       # CREATE THE TEMPORARY WORKING DIRECTORY
2285    mkdir -p  $TEMPDIR
2286    chmod  go+rx  $TEMPDIR
2287    tmpcreate=true
2288
2289
2290       # COPY EITHER THE COMPLETE SOURCE CODE FILES TO BE COMPILED OR THE EXECUTABLE
2291       # INTO THE TEMPORARY WORKING DIRECTORY
2292    if [[ $do_compile = true ]]
2293    then
2294
2295       TEMPDIR_COMPILE=$TEMPDIR
2296
2297       cp  $make_depository  $TEMPDIR_COMPILE
2298       cd  $TEMPDIR_COMPILE
2299       tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
2300       cd -  > /dev/null
2301
2302          # DUE TO UNKNOWN REASONS, COPY WITH cp COMMAND CREATES CORRUPT
2303          # FILES ON CRAY XC30 SYSTEMS (HLRN III), rsync IS USED INSTEAD
2304       if [[ $(echo $host | cut -c1-6) = lccray ]]
2305       then
2306          rsync -av -t  SOURCES_FOR_RUN_$fname/*  $TEMPDIR_COMPILE  >  /dev/null
2307       else
2308          cp  SOURCES_FOR_RUN_$fname/*  $TEMPDIR_COMPILE  >  /dev/null
2309       fi
2310
2311    else
2312
2313       cp  $executable   ${TEMPDIR}/a.out
2314
2315    fi
2316
2317
2318       # CHANGE TO THE TEMPORARY WORKING DIRECTORY
2319    cd  $TEMPDIR
2320    printf "\n  *** changed to temporary directory: $TEMPDIR"
2321
2322
2323       # IF REQUIRED, START WITH COMPILING
2324    if [[ $do_compile = true ]]
2325    then
2326
2327
2328       if [[ -f a.out ]]
2329       then
2330
2331             # EXECUTABLE WAS CREATED DURING INTERACTIVE CALL OF MRUN
2332          printf "\n\n\n  *** executable a.out found"
2333          printf "\n      no compilation required \n"
2334
2335       else
2336
2337             # COMPILING WITH MAKE (ON NEC COMPILER IS CALLED ON HOST CROSS)
2338          printf "\n\n\n  *** compilation starts \n$dashes\n"
2339          printf "  *** compilation with make using following options:\n"
2340          printf "      make depository:          $make_depository"
2341          if [[ "$mopts" != "" ]]
2342          then
2343             printf "      make options:             $mopts\n"
2344          fi
2345          printf "      compilername:             $compiler_name\n"
2346          printf "      compiler options:         $fopts\n"
2347          printf "      preprocessor directives:  $cpp_options \n"
2348          printf "      linker options:           $lopts \n"
2349          if [[ "$modules" != "" ]]
2350          then
2351             printf "      modules to be load:       $modules \n"
2352          fi
2353          printf "      source code files:        $source_list \n"
2354
2355          if [[ $localhost = ibmh ]]
2356          then
2357             printf "      compiler is called via ssh on \"plogin1\" \n"
2358             ssh  $SSH_PORTOPT  plogin1  -l $usern  "$init_cmds export PATH=/sw/ibm/xlf/13.1.0.8/usr/bin:$PATH; $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2359             [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2360             continue   # STATUS=1, IF a.out EXISTS
2361          elif [[ $localhost = lcocean ]]
2362          then 
2363             printf "      compiler is called via ssh on \"ocean\" \n"
2364             echo $PWD
2365             ssh  $SSH_PORTOPT  ocean  -l $usern  "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2366             [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2367            continue   # STATUS=1, IF a.out EXISTS
2368          elif [[ $localhost = lcbullhh  ||  $localhost = lccrayb  ||  $localhost = lccrayf ||  $localhost = lccrayh ]]
2369          then
2370             make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2371          elif [[ $localhost = lceddy ]]
2372          then
2373             which mpifc
2374             make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2375          elif [[ $localhost = lcgeohu ]]
2376          then 
2377             printf "      compiler is called via ssh on \"cirrus\" \n"
2378             ssh  $SSH_PORTOPT  cirrus.geo.hu-berlin.de -l $usern "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out F90=$compiler_name COPT=\"$cpp_options\" F90FLAGS=\"$fopts\" LDFLAGS=\"$lopts\" "
2379#             this check did not work. Although a.out exists, it sets compile_error to true!
2380#             [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2381             continue   # STATUS=1, IF a.out EXISTS
2382          else
2383             [[ "$init_cmds" != "" ]]  &&  eval $init_cmds
2384             [[ "$module_calls" != "" ]]  &&  eval $module_calls
2385             make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2386          fi
2387
2388          if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
2389          then
2390             printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
2391             locat=compile
2392
2393             exit
2394          else
2395             printf "$dashes\n  *** compilation finished \n"
2396          fi
2397
2398       fi
2399
2400    fi
2401
2402
2403       # PROVIDE THE INPUT FILES
2404       # LOOP OVER ALL ACTIVATED FILES (LISTED IN THE CONFIGURATION FILE)
2405    (( i = 0 ))
2406    while (( i < iin ))
2407    do
2408       (( i = i + 1 ))
2409       if (( i == 1 ))
2410       then
2411          printf "\n\n  *** providing INPUT-files:\n$dashes"
2412       fi
2413
2414
2415          # SKIP OPTIONAL FILES, IF THEY DO NOT EXIST
2416       if [[ "${transin[$i]}" = unavailable ]]
2417       then
2418          if [[ "${extin[$i]}" = ""  ||  "${extin[$i]}" = " " ]]
2419          then
2420             printf "\n  *** INFORMATIVE: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}\" "
2421             printf "\n                   is not available!"
2422          else
2423             printf "\n  *** INFORMATIVE: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}.${extin[$i]}\" "
2424             printf "\n                   is not available!"
2425          fi
2426          continue
2427       fi
2428
2429          # CHECK FOR SINGLE FILE (SERIAL RUN) OR DIRECTORY (ONE FILE PER CORE FOR PARELLEL EXECUTION)
2430       files_for_pes=false; datentyp=file
2431       if [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
2432       then
2433          files_for_pes=true; datentyp=files
2434          actionin[$i]=""
2435       elif [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
2436       then
2437          actionin[$i]=""
2438       elif [[ "${actionin[$i]}" = lnpe  &&  -n $numprocs ]]
2439       then
2440          files_for_pes=true; datentyp=files
2441          actionin[$i]="ln"
2442       elif [[ "${actionin[$i]}" = lnpe  &&  ! -n $numprocs ]]
2443       then
2444          actionin[$i]="ln"
2445       fi
2446
2447       if [[ $files_for_pes = true ]]
2448       then
2449          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}/....  to  ${localin[$i]}"
2450       else
2451          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}  to  ${localin[$i]}"
2452       fi
2453
2454          # INPUT-FILES TO BE LINKED
2455       if [[ "${actionin[$i]}" = ln ]]
2456       then
2457
2458          printf "\n      $datentyp will be linked"
2459          if [[ $files_for_pes = false ]]
2460          then
2461             if [[ -f "${absnamein[$i]}" ]]
2462             then
2463                ln  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
2464                got_tmp[$i]=true
2465             fi
2466          else
2467             if [[ -d "${absnamein[$i]}" ]]
2468             then
2469                mkdir  ${localin[$i]}
2470                cd ${absnamein[$i]}
2471                for file in $(ls *)
2472                do
2473                   ln $file $TEMPDIR/${localin[$i]}
2474                done >|/dev/null 2>&1
2475                cd $TEMPDIR
2476             fi
2477
2478                # IF "ln -f" HAS FAILED DO A NORMAL COPY "cp -r"
2479             if [[ ! -f "${localin[$i]}/_000000" ]]
2480             then
2481                printf "\n  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)"
2482                cp -r  ${absnamein[$i]}/*  ${localin[$i]}
2483             fi
2484
2485             got_tmp[$i]=true
2486          fi
2487       fi
2488
2489          # FILE IS STORED IN THE RESPECTIVE DIRECTORY GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
2490       if [[ "${actionin[$i]}" = ""  ||  "${actionin[$i]}" = "di"  ||  "${actionin[$i]}" = "npe" ]]
2491       then
2492
2493          if [[ "${actionin[$i]}" = "npe"  &&  -n $numprocs ]]
2494          then
2495
2496                # FILE COPIES ARE PROVIDED FOR ALL CORES
2497                # EACH FILE GETS A UNIQUE FILENAME WITH A FOUR DIGIT NUMBER
2498             printf "\n      file will be provided for $numprocs processors"
2499             mkdir  ${localin[$i]}
2500             ival=$numprocs
2501             (( ii = 0 ))
2502             while (( ii <= ival-1 ))
2503             do
2504                if (( ii < 10 ))
2505                then
2506                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_000$ii
2507                elif (( ii < 100 ))
2508                then
2509                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_00$ii
2510                elif (( ii < 1000 ))
2511                then
2512                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_0$ii
2513                else
2514                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_$ii
2515                fi
2516                (( ii = ii + 1 ))
2517             done
2518
2519          else
2520
2521             if [[ $files_for_pes = true ]]
2522             then
2523
2524                   # PROVIDE FILES FOR EACH CORE
2525                   # FIRST CREATE THE LOCAL DIRECTORY, THEN COPY FILES
2526                   # FROM THE PERMANENT DIRECTORY BY LINKING THEM TO THE LOCAL ONE
2527                printf "\n      providing $numprocs files for the respective processors"
2528                mkdir  ${localin[$i]}
2529                        if [[ $link_local_input = true ]]
2530                              then
2531                                 printf "      files will be linked\n"
2532                                 cd ${absnamein[$i]}
2533                                 for file in $(ls *)
2534                                 do
2535                                    ln -f $file  ${localin[$i]}
2536                                 done
2537                                 cd $TEMPDIR
2538                              fi
2539
2540                   # IF "ln -f" FAILED OR IF "$link_local_input = false" DO A NORMAL "cp -r"
2541                              if [[ ! -f "${localin[$i]}/_000000" ]]
2542                              then
2543                                 if [[ $link_local_input = true ]]
2544                                        then
2545                                        printf "\n  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)"
2546                                 fi
2547                                 cp -r  ${absnamein[$i]}/*  ${localin[$i]}
2548                              fi
2549
2550             else
2551
2552                   # PROVIDE FILE FOR RUNS ON A SINGLE CORE
2553                        if [[ $link_local_input = true ]]
2554                        then
2555                                 printf "      file will be linked\n"
2556                                 ln -f  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
2557                        fi
2558                                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp"
2559                        if [[ ! -f "${localin[$i]}" ]]
2560                then
2561                                 if [[ $link_local_input = true ]]
2562                          then
2563                      printf "\n  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)"
2564                                 fi
2565                                 cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
2566                fi
2567             fi
2568          fi
2569       fi
2570
2571    done
2572    if (( i != 0 ))
2573    then
2574       printf "\n$dashes\n  *** all INPUT-files provided \n"
2575    fi
2576
2577
2578       # EXECUTE INPUT-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
2579    (( i = 0 ))
2580    while (( i < iic ))
2581    do
2582       (( i = i + 1 ))
2583       if (( i == 1 ))
2584       then
2585          printf "\n\n  *** execution of INPUT-commands:\n$dashes"
2586       fi
2587       printf "\n  >>> ${in_command[$i]}"
2588       eval  ${in_command[$i]}
2589       if (( i == iic ))
2590       then
2591          printf "\n$dashes\n"
2592       fi
2593    done
2594
2595
2596       # SET THE REMAINING CPU-TIME
2597    cpurest=${cpumax}.
2598
2599
2600       # START DVR STREAMING SERVER
2601    if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
2602    then
2603       if [[ "$dvr_server" != "" ]]
2604       then
2605
2606          printf "\n\n  *** preparing the dvr streaming server configuration file"
2607
2608             # CHECK, IF A DVR SERVER IS ALREADY RUNNING
2609          running_dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config | grep -v grep) | cut -d" " -f2`
2610          if [[ "$running_dvrserver_id" != "" ]]
2611          then
2612
2613             printf "\n\n  +++ WARNING: A dvr server with id=$running_dvrserver_id is already running!"
2614             printf "\n      This server is used instead starting a new one!"
2615             printf "\n      If required, script \"process_dvr_output\" has to be run manually."
2616
2617          else
2618
2619                # COPY CONFIGURATION FILE FOR STREAMING SERVER FROM REPOSITORY TO HERE
2620             if [[ -f ${PALM_BIN}/.dvrserver.config ]]
2621             then
2622                cp  ${PALM_BIN}/.dvrserver.config  .
2623
2624                   # ENTERING THE BASEDIR, UID AND GID INTO THIS FILE
2625                user_id=`id -u`
2626                group_id=`id -g`
2627
2628                   # "&" IS REQUIRED AS A SEPERATOR, BECAUSE TEMPDIR CONTAINS "/"
2629                sed "s&<replace by dvr data directory>&${TEMPDIR}&g" .dvrserver.config > .dvrserver.1
2630                sed "s/<replace by user id>/$user_id/g"    .dvrserver.1 > .dvrserver.2
2631                sed "s/<replace by group id>/$group_id/g"  .dvrserver.2 > .dvrserver.3
2632                mv  .dvrserver.3  .dvrserver.config
2633                rm  .dvrserver.1  .dvrserver.2
2634
2635                   # START DVR SERVER IN BACKGROUND, GET HIS ID AND PRINT ON TERMINAL
2636                $dvr_server  .dvrserver.config  >>  DVR_LOGFILE  2>&1  &
2637                dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config) | cut -d" " -f2`
2638                printf "\n  *** streaming server with id=$dvrserver_id is started in background"
2639                local_dvrserver_running=.TRUE.
2640             else
2641                printf "\n  +++ missing file \".dvrserver.config\" in directory:"
2642                printf "\n      \"$PALM_BIN\" "
2643                locat=dvr
2644                exit
2645             fi
2646
2647          fi
2648
2649       else
2650          printf "\n\n  --- INFORMATIVE: no dvr streaming server will be started"
2651       fi
2652    fi
2653
2654
2655       # CREATE THE NAMELIST-FILE WITH VALUES OF ENVIRONMENT-VARIABLES REQUIRED BY PALM
2656       # (FILE ENVPAR WILL BE READ BY PALM)
2657    cat  >  ENVPAR  <<  EOF
2658 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$localhost',
2659          write_binary = .${write_binary}., tasks_per_node = $tasks_per_node,
2660          maximum_parallel_io_streams = $maximum_parallel_io_streams,
2661          maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
2662          revision = '$global_revision',
2663          local_dvrserver_running = $local_dvrserver_running,
2664          batch_job = $batch_job /
2665
2666EOF
2667
2668
2669       # STARTING THE EXECUTABLE
2670    printf "\n\n  *** execution starts in directory\n      \"`pwd`\"\n$dashes\n"
2671    PATH=$PATH:$TEMPDIR
2672
2673
2674    if [[ $execute_command != "none" ]]
2675    then
2676
2677        printf "\n  +++ branch still not realized"
2678        locat=execution
2679        exit
2680
2681    else
2682
2683          # MPI DEBUG OPTION (ARGUMENT CHECKING, SLOWS DOWN EXECUTION DUE TO INCREASED LATENCY)
2684       if [[ "$mpi_debug" = true ]]
2685       then
2686          export MPI_CHECK_ARGS=1
2687          printf "\n  +++ MPI_CHECK_ARGS=$MPI_CHECK_ARGS"
2688       fi
2689
2690       if [[ "$totalview" = true ]]
2691       then
2692          printf "\n *** totalview debugger will be used"
2693          tv_opt="-tv"
2694       else
2695          tv_opt=""
2696       fi
2697
2698       if [[ "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ]]
2699       then
2700
2701             #Interactive ALLINEA DEBUG seesion
2702          if [[ "$ENVIRONMENT" != BATCH ]]
2703          then
2704             if [[ $host = lccrayb || $host = lccrayh ]]
2705             then
2706                if [[ "$allinea" = true ]]
2707                then
2708                   echo "--- aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  < runfile_atmos"
2709
2710                   ddt  aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out
2711                   wait
2712                fi         
2713             fi
2714          fi
2715
2716          if [[ $localhost = ibmh ]]
2717          then
2718
2719                # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
2720             export MP_SHARED_MEMORY=yes
2721             export AIXTHREADS_SCOPE=S
2722             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
2723             export AUTHSTATE=files
2724             export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
2725
2726                # FOLLOWING OPTIONS ARE MANDATORY FOR TOTALVIEW
2727             export MP_ADAPTER_USE=shared
2728             export MP_CPU_USE=multiple
2729             export MP_TIMEOUT=1200
2730
2731             unset  MP_TASK_AFFINITY
2732
2733             if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
2734             then
2735                totalview   poe  a.out
2736             else
2737                echo totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1
2738                export TVDSVRLAUNCHCMD=ssh
2739                totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1
2740             fi
2741
2742          fi  # END DEBUG MODE
2743
2744       else
2745
2746             # NORMAL EXECUTION
2747          if [[ -n $numprocs ]]
2748          then
2749
2750                # RUNNING THE PROGRAM ON PARALLEL MACHINES
2751             if [[ $(echo $host | cut -c1-3) = ibm ]]
2752             then
2753
2754                   # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
2755                if [[ $host != ibmh  &&  $host != ibmkisti ]]
2756                then
2757                   export MP_SHARED_MEMORY=yes
2758                   export AIXTHREAD_SCOPE=S
2759                   export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
2760                   export XLSMPOPTS="spins=0:yields=0:stack=20000000"
2761                   export AUTHSTATE=files
2762                   export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
2763                   #  export MP_PRINTENV=yes
2764
2765                      # TUNING-VARIABLES TO IMPROVE COMMUNICATION SPEED
2766                      # DO NOT SHOW SIGNIFICANT EFFECTS (SEP 04, FEDERATION-SWITCH)
2767                   export MP_WAIT_MODE=poll
2768                   [[ $node_usage = not_shared ]]  &&  export MP_SINGLE_THREAD=yes
2769                fi
2770
2771                if [[ $host = ibmkisti ]]
2772                then
2773                   export LANG=en_US
2774                   export MP_SHARED_MEMORY=yes
2775                   if [[ $threads_per_task = 1 ]]
2776                   then
2777                      export MP_SINGLE_THREAD=yes
2778                      export MEMORY_AFFINITY=MCM
2779                   else
2780                      export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
2781                   fi
2782                fi
2783
2784                if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
2785                then
2786                   printf "\n--- Control: OMP_NUM_THREADS = \"$OMP_NUM_THREADS\" \n"
2787                   if [[ "$cond1" = hpmcount  ||  "$cond2" = hpmcount ]]
2788                   then
2789                      /opt/optibm/HPM_2_4_1/bin/hpmcount  a.out
2790                   else
2791                      if [[ $run_coupled_model = false ]]
2792                      then
2793                         if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
2794                         then
2795                            echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
2796                         else
2797                            echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
2798                         fi
2799                      else
2800                         (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
2801                         (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
2802                         printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
2803                         printf "\n\n"
2804                         echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
2805                      fi
2806                      poe ./a.out  <  runfile_atmos
2807                   fi
2808                else
2809                   if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibms ]]
2810                   then
2811                      poe  a.out  -procs $numprocs  -nodes 1  -rmpool 0
2812                   elif [[ $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku ]]
2813                   then
2814                      if [[ -f $hostfile ]]
2815                      then
2816                         cp  $hostfile  hostfile
2817                      else
2818                         (( ii = 1 ))
2819                         while (( ii <= $numprocs ))
2820                         do
2821                            echo  $localhost_realname  >>  hostfile
2822                            (( ii = ii + 1 ))
2823                         done
2824                      fi
2825                      export MP_HOSTFILE=hostfile
2826                      if [[ $run_coupled_model = false ]]
2827                      then
2828                         if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
2829                         then
2830                            echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
2831                         else
2832                            echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
2833                         fi
2834                      else
2835                         (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
2836                         (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
2837                         printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
2838                         printf "\n\n"
2839                         echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
2840                      fi
2841
2842                      poe  ./a.out  -procs $numprocs  <  runfile_atmos
2843
2844                   else
2845                      if [[ "$host_file" = "" ]]
2846                      then
2847                         printf "\n  +++ no hostfile given in configuration file"
2848                         locat=config_file
2849                         exit
2850                      else
2851                         eval host_file=$host_file
2852                      fi
2853                      export MP_HOSTFILE=$host_file
2854                      poe  a.out  -procs $numprocs  -tasks_per_node $numprocs
2855                   fi
2856                fi
2857
2858             elif [[ $(echo $host | cut -c1-2) = lc  &&  $host != lckyoto &&  $host != lctit ]]
2859             then
2860
2861                   # COPY HOSTFILE FROM SOURCE DIRECTORY OR CREATE IT, IF IT
2862                   # DOES NOT EXIST
2863                if [[  $host != lcbullhh  && $host != lccrayb  &&  $host != lccrayf  && $host != lccrayh  &&  $host != lckyuh  &&  $host != lckyut  &&  $host != lcocean &&  $host != lceddy ]]
2864                then
2865                   if [[ -f $hostfile ]]
2866                   then
2867                      cp  $hostfile  hostfile
2868                      (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
2869                      [[ $ii = 0 ]]  &&  (( ii = 1 ))
2870                   else
2871                      (( ii = 1 ))
2872                      while (( ii <= $numprocs / $threads_per_task ))
2873                      do
2874                         echo  $localhost_realname  >>  hostfile
2875                         (( ii = ii + 1 ))
2876                      done
2877                      if (( $numprocs / $threads_per_task == 0 ))
2878                      then
2879                         echo  $localhost_realname  >>  hostfile
2880                      fi
2881                   fi
2882                   eval zeile=\"`head -n $ii  hostfile`\"
2883                   printf "\n  *** running on: $zeile"
2884                fi
2885
2886                (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
2887                [[ $ii = 0 ]]  &&  (( ii = 1 ))
2888                export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
2889
2890                if [[ $threads_per_task != 1 ]]
2891                then
2892                      # INCREASE STACK SIZE TO UNLIMITED, BECAUSE OTHERWISE LARGE RUNS
2893                      # MAY ABORT
2894                   ulimit -s unlimited
2895                   printf "\n      threads per task: $threads_per_task  stacksize: unlimited"
2896                fi
2897                if [[ $run_coupled_model = false ]]
2898                then
2899                   if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
2900                   then
2901                      echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
2902                   else
2903                      echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
2904                   fi
2905                   printf "\n\n"
2906
2907                   if [[ $host = lccrayb || $host = lccrayh ]]
2908                   then
2909                       echo "--- aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  <  runfile_atmos"
2910                       aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  <  runfile_atmos
2911                   elif [[ $host = lcbullhh ]]
2912                   then
2913                      export OMPI_MCA_pml=cm
2914                      export OMPI_MCA_mtl=mxm
2915                      export OMPI_MCA_coll=^ghc
2916                      export OMPI_MCA_mtl_mxm_np=0
2917                      export MXM_RDMA_PORTS=mlx5_0:1
2918                      export MXM_LOG_LEVEL=ERROR
2919                      export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
2920                      export KMP_AFFINITY=verbose,granularity=core,compact,1
2921                      export KMP_STACKSIZE=64m
2922
2923                      srun  -n $ii --ntasks-per-node=$tasks_per_node ./a.out  <  runfile_atmos
2924
2925                   elif [[ $host = lccrayf ]]
2926                   then
2927                       aprun  -j1  -n $ii  -N $tasks_per_node  -m ${memory}M  a.out  <  runfile_atmos
2928                   elif [[ $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
2929                   then
2930                    aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  <  runfile_atmos
2931                   elif [[ $host = lceddy ]]
2932                   then
2933                      echo $ii
2934                      echo $tasks_per_node
2935                      echo $nodes
2936                      mpirun -n $ii a.out  <  runfile_atmos
2937                   elif [[ $host = lcgeohu ]]
2938                   then
2939                       srun -n $ii a.out  <  runfile_atmos
2940                   elif [[ $host = lcocean ]]
2941                   then
2942                      mpirun a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
2943                   elif [[ $host = lcsb ]]
2944                   then
2945                      mpirun_rsh -hostfile $PBS_NODEFILE -np `cat $PBS_NODEFILE | wc -l` a.out  < runfile_atmos
2946
2947                   elif [[ $host = lckiaps ]]
2948                   then
2949                      mpirun -np $ii  -machinefile $PBS_NODEFILE  ./a.out  <  runfile_atmos
2950                   elif [[ $host = lckyu* ]]
2951                   then
2952                      mpiexec -n $ii --stdin runfile_atmos  ./a.out
2953                   else
2954                      mpiexec  -machinefile hostfile  -n $ii  a.out  <  runfile_atmos
2955                   fi
2956
2957                else
2958
2959                       # COUPLED RUN
2960                   (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
2961                   (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
2962                   printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
2963                   printf "\n\n"
2964
2965                   echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
2966
2967                   if [[ $host = lccrayf  ||  $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
2968                   then
2969
2970                      aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos
2971
2972                   elif [[ $host = lck || $host = lckordi ]]
2973                   then
2974
2975                      mpiexec -n $ii  ./a.out  <  runfile_atmos  &
2976
2977                   elif [[ $host = lckyu* ]]
2978                   then
2979
2980                      mpiexec -n $ii --stdin runfile_atmos  ./a.out
2981
2982                   elif [[ $host = lcmuk ]] 
2983                   then
2984
2985                      mpiexec  -machinefile hostfile  -n $ii  a.out  <  runfile_atmos
2986
2987                   fi
2988                   wait
2989
2990                fi
2991
2992             elif [[ $host = lckyoto ]]
2993             then
2994                set -xv
2995                export P4_RSHCOMMAND=plesh
2996                echo "     P4_RSHCOMMAND = $P4_RSHCOMMAND"
2997                if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
2998                then
2999                   if [[ "$cond2" = fujitsu ]]
3000                   then
3001                      mpiexec  -n $numprocs  ./a.out  # for fujitsu-compiler
3002                   elif [[ "cond2" = pgi ]]
3003                   then
3004                      mpirun  -np $numprocs  -machinefile ${QSUB_NODEINF}  ./a.out
3005                   else
3006                      mpirun_rsh -np $numprocs -hostfile ${QSUB_NODEINF} MV2_USE_SRQ=0 ./a.out  ||  /bin/true
3007                   fi
3008                else
3009                   if [[ "$cond2" = "" ]]
3010                   then
3011                      mpiruni_rsh -np $numprocs ./a.out  # for intel
3012                   else
3013                      mpirun  -np $numprocs  ./a.out
3014                   fi
3015                fi
3016                set +xv
3017
3018             elif [[ $host = lctit ]]
3019             then
3020                export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3021                echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3022                if [[ "$threads_per_task" != 1 ]]
3023                then
3024                   export MV2_ENABLE_AFFINITY=0
3025                fi
3026                echo "----- PBS_NODEFILE content:"
3027                cat $PBS_NODEFILE
3028                echo "-----"
3029                (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3030                echo "mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE ./a.out"
3031                mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE  ./a.out
3032
3033             else
3034                mpprun  -n $numprocs  a.out
3035             fi
3036          else
3037             a.out
3038          fi
3039
3040       fi  # end normal (non-debug) execution
3041
3042    fi  # end explicit execute_command or host-specific execute actions
3043
3044    if [[ $? != 0 ]]
3045    then
3046
3047          # ABORT IN CASE OF RUNTIME ERRORS
3048       printf "\n  +++ runtime error occured"
3049       locat=execution
3050       exit
3051
3052    else
3053
3054       printf "\n$dashes\n  *** execution finished \n"
3055
3056          # STOP THE DVR STREAMING SERVER AND PROCESS THE DVR OUTPUT IN ORDER
3057          # TO CREAT DVRS- AND HTML-FILES CONTAINING ALL STREAMS
3058       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
3059       then
3060          kill $dvrserver_id
3061          printf "\n  *** dvr server with id=$dvrserver_id has been stopped"
3062
3063             # IF THERE IS A DIRECTORY, DATA HAVE BEEN OUTPUT BY THE
3064             # STREAMING SERVER. OTHERWISE, USER HAS CHOSEN dvrp_output=local
3065          if [[ -d DATA_DVR ]]
3066          then
3067
3068                # ADD THE CURRENT DVR CONFIGURATION FILE TO THE DVR OUTPUT
3069                # DIRECTORY
3070             cp  .dvrserver.config  DATA_DVR
3071
3072                # PROCESS THE DVR OUTPUT (OPTION -s FOR GENERATING
3073                # SEQUENCE MODE DATA TOO)
3074             process_dvr_output  -d DATA_DVR  -f $fname  -s
3075
3076          else
3077
3078                # PROCESS THE LOCAL OUTPUT
3079             process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3080
3081          fi
3082
3083       elif [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
3084       then
3085
3086             # PROCESS DVR OUTPUT GENERATD IN LOCAL MODE (dvrp_output=local)
3087          process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3088
3089       fi
3090    fi
3091
3092
3093
3094       # CALL OF combine_plot_fields IN ORDER TO MERGE SINGLE FILES WRITTEN
3095       # BY EACH CORE INTO ONE FILE
3096   if [[ ! -f ${PALM_BIN}/combine_plot_fields${block}.x ]]
3097   then
3098      printf "\n\n\n  +++ WARNING: no combine_plot_fields found for given block \"$cond1 $cond2\""
3099      printf "\n      2d- and/or 3d-data may be incomplete!"
3100      printf "\n      Run \"mbuild -u -h $localhost\" to generate utilities for this block.\n"
3101   elif [[ "$combine_plot_fields" == true ]]
3102   then
3103      if [[ $localhost = lccrayh  ||  $localhost = lccrayb ]]
3104      then
3105         printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"aprun  -n 1  -N 1 combine_plot_fields${block}.x\" ..."
3106         aprun  -n 1  -N 1 combine_plot_fields${block}.x
3107      else
3108         printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"combine_plot_fields${block}.x\" ..."
3109         combine_plot_fields${block}.x
3110      fi
3111   else
3112
3113         # TEMPORARY SOLUTION TO SKIP combine_plot_fields. THIS IS REQUIRED IN CASE OF HUGE AMOUNT OF
3114         # DATA OUTPUT. TO DO: EXTEND THIS BRANCH BY CREATING A BATCH JOB for combine_plot_fields.
3115         # ??? koennen wir das streichen ???
3116      printf "\n\n\n *** post-processing: skipping combine_plot_fields (-Z option set) ..."
3117   fi
3118
3119
3120
3121       # EXECUTE OUTPUT-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
3122    (( i = 0 ))
3123    while (( i < ioc ))
3124    do
3125       (( i = i + 1 ))
3126       if (( i == 1 ))
3127       then
3128          printf "\n\n  *** execution of OUTPUT-commands:\n$dashes"
3129       fi
3130       printf "\n  >>> ${out_command[$i]}"
3131       eval  ${out_command[$i]}
3132       if (( i == ioc ))
3133       then
3134          printf "\n$dashes\n"
3135       fi
3136    done
3137
3138
3139       # IN TRACE-MODE PRINT CONTENTS OF THE CURRENT (TEMPORARY) WORKING DIRECTORY
3140    if [[ $do_trace = true ]]
3141    then
3142       printf "\n\n"
3143       ls -al
3144    fi
3145   
3146
3147       # COPY LOCAL OUTPUT-FILES TO THEIR PERMANENT DESTINATIONS
3148    (( i = 0 ))
3149    while (( i < iout ))
3150    do
3151       (( i = i + 1 ))
3152       if (( i == 1 ))
3153       then
3154          printf "\n\n  *** saving OUTPUT-files:"
3155
3156             # GET RUN NUMBER ASSIGNED BY PALM
3157          if [[ -f RUN_NUMBER ]]
3158          then
3159              read  run_number  <  RUN_NUMBER
3160              printf "\n  *** PALM generated run_number = "$run_number" will be used as unified cycle number for all output files"
3161              usecycle_option="-U $run_number"
3162          else
3163              run_number=0
3164              usecycle_option=""
3165          fi
3166          printf "\n$dashes"
3167       fi
3168
3169          # ADD CYCLE NUMBER TO FILENAME
3170       if [[ ! ( $fromhost != $localhost  &&  ( "${actionout[$i]}" = tr || "${actionout[$i]}" = tra || "${actionout[$i]}" = trpe ) ) ]]
3171       then
3172
3173              # IN APPEND MODE, FILES KEEP THEIR CURRENT CYCLE NUMBER
3174          if [[ "${actionout[$i]}" != "a" ]]
3175          then
3176                # SET RUN NUMBER AS CYCLE NUMBER, IF THERE IS NOT A CONFLICT
3177                # WITH AN EXISTING CYCLE NUMBER
3178             if (( run_number >= cycnum[$i] ))
3179             then
3180                (( cycnum[$i] = run_number ))
3181             else
3182                if (( run_number > 0 ))
3183                then
3184                   printf "\n  --- INFORMATIVE: The following file cannot get a unified cycle number"
3185                fi
3186             fi
3187          fi
3188          if (( cycnum[$i] > 0 ))
3189          then
3190             pathout[$i]=${pathout[$i]}.${cycnum[$i]}
3191          fi
3192       fi           
3193
3194          # CHECK FOR SINGLE FILE (SERIAL RUN) OR DIRECTORY (ONE FILE PER CORE FOR PARELLEL EXECUTION)
3195       files_for_pes=false; filetyp=file
3196       link_local_output=false
3197       if [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
3198       then
3199          files_for_pes=true; filetyp=directory
3200          actionout[$i]=""
3201       elif [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
3202       then
3203          actionout[$i]=""
3204       elif [[ "${actionout[$i]}" = lnpe  &&  -n $numprocs ]]
3205       then
3206          files_for_pes=true; filetyp=directory
3207          link_local_output=true
3208          actionout[$i]=""
3209       elif [[ "${actionout[$i]}" = lnpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3210       then
3211          link_local_output
3212          actionout[$i]=""
3213       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  -n $numprocs ]]
3214       then
3215          files_for_pes=true; filetyp=directory
3216          actionout[$i]="tr"
3217       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3218       then
3219          actionout[$i]="tr"
3220       fi
3221
3222       if [[ ! -f ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = false ]]
3223       then
3224          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}  does not exist\n"
3225       elif [[ ! -d ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = true ]]
3226       then
3227          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}/....  does not exist\n"
3228       else
3229
3230
3231             # COPY VIA SCP TO LOCAL HOST (ALWAYS IN BINARY MODE USING batch_scp option -m)
3232             # IF TARGET DIRECTORY DOES NOT EXISTS, TRY TO CREATE IT
3233          if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
3234          then
3235             if [[ $localhost != $fromhost ]]
3236             then
3237                if [[ $files_for_pes = false ]]
3238                then
3239                   cps=""
3240                   cst=""
3241                else
3242                   cps=-c
3243                   cst="/"
3244                fi
3245
3246                transfer_failed=false
3247                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP to"
3248                printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst\n"
3249                if [[ $localhost = lccrayb ]]
3250                then
3251                   ssh $usern@blogin1 ". \\$HOME/.bashrc; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m $usecycle_option -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3252                elif [[ $localhost = lccrayh ]]
3253                then
3254                   ssh $usern@hlogin1 ". \\$HOME/.bashrc; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m $usecycle_option -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3255                elif [[ $localhost = lcbullhh ]]
3256                then
3257                   ssh $usern@mlogin101 ". \\$HOME/.bashrc; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m $usecycle_option -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3258                elif [[ $localhost = lcxe6 ]]
3259                then
3260                   ssh $usern@hexagon ". \\$HOME/.bashrc; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m $usecycle_option -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3261                else
3262                   batch_scp $PORTOPT $cps -b -m $usecycle_option -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
3263                fi
3264                [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
3265
3266                   # IF TRANSFER FAILED, CREATE BACKUP COPY ON THIS MACHINE
3267                if [[ $transfer_failed = true ]]
3268                then
3269                   printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on this host under:\n"
3270                   printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
3271
3272                      # FIRST CHECK, IF DIRECTORY EXISTS, AND CREATE IT, IF NECESSARY
3273                   eval  local_catalog=${pathout[$i]}
3274                   if [[ ! -d $local_catalog ]]
3275                   then
3276                      printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
3277                      printf "      $local_catalog \n"
3278                      mkdir -p  $local_catalog
3279                   fi
3280                   eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
3281                   transfer_problems=true
3282                fi
3283
3284             else
3285
3286                   # UNSET actionout. DUE TO THIS SETTING, FILE WILL LATER JUST BE COPIED ON THIS MACHINE
3287                actionout[$i]=""
3288             fi
3289          fi
3290
3291
3292             # APPEND VIA SCP TO LOCAL HOST (ALWAYS IN BINARY MODE USING batch_scp option -m)
3293             # IF TARGET DIRECTORY DOES NOT EXISTS, TRY TO CREATE IT
3294          if [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
3295          then
3296             if [[ $localhost != $fromhost ]]
3297             then
3298                if [[ $localhost = ibmh ]]
3299                then
3300
3301                      # TRANSFER IN SEPERATE JOB
3302                      # FIRST COPY FILE TO TEMPORY DATA DIRECTORY
3303                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
3304                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
3305                   ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3306
3307                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
3308                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
3309
3310                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP in seperate job to"
3311                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}"
3312                   printf "\n              or higher cycle\n"
3313                   echo "batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_address  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
3314
3315                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
3316
3317                   if [[ $LOGNAME = b323013 ]]
3318                   then
3319                      subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3320                   else
3321                      subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3322                   fi
3323
3324                else
3325
3326                      # TRANSFER WITHIN THIS JOB
3327                   transfer_failed=false
3328                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP to"
3329                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n"
3330                   if [[ $localhost = lccrayb ]]
3331                   then
3332                      ssh $usern@blogin1 ". \\$HOME/.bashrc; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3333                   elif [[ $localhost = lccrayh ]]
3334                   then
3335                      ssh $usern@hlogin1 ". \\$HOME/.bashrc; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3336                   elif [[ $localhost = lcxe6 ]]
3337                   then
3338                      ssh $usern@hexagon ". \\$HOME/.bashrc; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3339                   else
3340                      batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username  $return_address ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
3341                   fi
3342                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
3343
3344                      # IF TRANSFER FAILED, CREATE BACKUP COPY ON THIS MACHINE
3345                   if [[ $transfer_failed = true ]]
3346                   then
3347                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on this host under:\n"
3348                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
3349
3350                         # FIRST CHECK, IF DIRECTORY EXISTS, AND CREATE IT, IF NECESSARY
3351                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
3352                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
3353                      then
3354                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
3355                         printf "      $local_catalog \n"
3356                         mkdir -p  $local_catalog
3357                      fi
3358
3359                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
3360                      transfer_problems=true
3361                   fi
3362                fi
3363             else
3364
3365                   # RESET actionout. DUE TO THIS SETTING, FILE WILL LATER JUST BE APPENDED ON THIS MACHINE
3366                actionout[$i]=a
3367             fi
3368          fi
3369
3370
3371             # APPEND ON THIS MACHINE
3372          if [[ "${actionout[$i]}" = "a" ]]
3373          then
3374             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
3375             then
3376                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
3377                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
3378             else
3379                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}\n"
3380                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}
3381             fi
3382          fi
3383
3384             # COPY ON THIS MACHINE
3385             # COPY HAS TO BE USED, BECAUSE MOVE DOES NOT WORK IF FILE-ORIGIN AND TARGET ARE
3386             # ON DIFFERENT FILE-SYSTEMS
3387          if [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = false ]]
3388          then
3389
3390                # COPY IN CASE OF RUNS ON SINGLE CORES
3391             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
3392             then
3393                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
3394                              if [[ $link_local_output = true ]]
3395                              then
3396                                 printf "      file will be linked\n"
3397                                 ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
3398                              fi
3399                                 # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
3400                              if [[ ! -f "${pathout[$i]}.${extout[$i]}" ]]
3401                then
3402                                 if [[ $link_local_output = true ]]
3403                          then
3404                      printf "  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)\n"
3405                                 fi
3406                                 cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
3407                              else
3408                   printf "+++ no copy because file ${pathout[$i]}.${extout[$i]} exists\n"
3409                fi
3410             else
3411                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}\n"
3412                              if [[ $link_local_output = true ]]
3413                              then
3414                                 printf "      file will be linked\n"
3415                                 ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
3416                              fi
3417                                 # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
3418                        if [[ ! -f "${pathout[$i]}" ]]
3419                then
3420                                 if [[ $link_local_output = true ]]
3421                          then
3422                      printf "  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)\n"
3423                                 fi
3424                                 cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
3425                              else
3426                                 printf "+++ no copy because file ${pathout[$i]} exists\n"
3427                fi
3428             fi
3429
3430          elif [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = true ]]
3431          then
3432
3433                # FILES FROM THE DIFFERENT CORES ARE MOVED WITH ln-COMMAND TO THE PERMANENT DIRECTORY
3434                # AS A FIRST STEP, THE PERMANENT DIRECTORY IS CREATED
3435             printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to  ${pathout[$i]}\n"
3436                    if [[ $link_local_output = true ]]
3437                    then
3438                              printf "      files will be linked\n"
3439                              mkdir  ${pathout[$i]}
3440                              cd ${localout[$i]}
3441                              for file in $(ls *)
3442                              do
3443                                 ln -f $file  ${pathout[$i]}
3444                              done >|/dev/null 2>&1
3445                              cd $TEMPDIR
3446                    fi
3447
3448                # IF "ln -f" HAS FAILED OR IF "$link_local_output = false" DO A NORMAL COPY "cp -r"
3449                    if [[ ! -f "${pathout[$i]}/_000000" ]]
3450             then
3451                              if [[ $link_local_output = true ]]
3452                              then
3453                   printf "  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)\n"
3454                              fi
3455                              cp -r  ${localout[$i]}/*  ${pathout[$i]}
3456             fi
3457
3458          fi
3459       fi
3460    done
3461    if (( i != 0 ))
3462    then
3463       if [[ $transfer_problems = true ]]
3464       then
3465          printf "\n$dashes\n  *** OUTPUT-files saved"
3466          printf "\n  +++ WARNING: some data transfers failed! \n"
3467       else
3468          printf "\n$dashes\n  *** all OUTPUT-files saved \n"
3469       fi
3470    fi
3471
3472
3473       # IF REQUIRED, START A RESTART-JOB
3474       # FILE CONTINUE_RUN MUST HAVE BEEN CREATED BY THE EXECUTABLE (PALM)
3475    if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
3476    then
3477
3478          # ADD RESTART-OPTIONS TO THE MRUN-CALL (IF THEY ARE NOT USED ALREADY):
3479          # -C TELLS MRUN THAT IT IS A RESTART-RUN
3480          # -v SILENT MODE WITHOUT INTERACTIVE QUERIES
3481          # -n BATCH-MODE (IMPORTANT ONLY IN CASE OF BATCH JOBS ON THE LOCAL MACHINE)
3482       [[ $(echo $mc | grep -c "\-C") = 0 ]]  &&  mc="$mc -C"
3483       [[ $(echo $mc | grep -c "\-v") = 0 ]]  &&  mc="$mc -v"
3484       [[ $(echo $mc | grep -c "\-b") = 0 ]]  &&  mc="$mc -b"
3485       if [[ $(echo $mc | grep -c "#") != 0 ]]
3486       then
3487          mc=`echo $mc | sed 's/#/f/g'`
3488       fi
3489
3490
3491          # START THE RESTART-JOB
3492       printf "\n\n  *** initiating restart-run on \"$return_address\" using command:\n"
3493       echo "      $mc"
3494       printf "\n$dashes\n"
3495       if [[ $localhost != $fromhost ]]
3496       then
3497
3498          if [[ $localhost = lcbullhh  ||  $localhost = lccrayb  ||  $localhost = lccrayh  ||  $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku  ||  $localhost = ibms  ||  $localhost = lceddy  ||  $localhost = lckyu*  ||  $localhost = lcxe6  ||  $localhost = lcgeohu ]]
3499          then
3500             echo "*** ssh will be used to initiate restart-runs!"
3501             echo "    return_address=\"$return_address\" "
3502             echo "    return_username=\"$return_username\" "
3503             if [[ $(echo $return_address | grep -c "130.75.105") = 1 ]]
3504             then
3505                if [[ $localhost = ibmh ]]
3506                then
3507                   ssh $SSH_PORTOPT $usern@136.172.40.15 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
3508                elif [[ $localhost = lcbullhh ]]
3509                then
3510                   ssh $SSH_PORTOPT $usern@mlogin101 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
3511                elif [[ $localhost = lccrayb ]]
3512                then
3513                   ssh $usern@blogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH; export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
3514                elif [[ $localhost = lccrayh ]]
3515                then
3516                   ssh $usern@hlogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH; export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
3517                elif [[ $localhost = lcxe6 ]]
3518                then
3519                   ssh $usern@hexagon "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH; export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
3520                else
3521                   ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username ". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
3522                fi
3523             else
3524                if [[ $localhost = ibmkisti ]]
3525                then
3526                   ssh $SSH_PORTOPT $usern@gaiad "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
3527                elif [[ $localhost = lceddy ]]
3528                then
3529                   /usr/bin/ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
3530                elif [[ $localhost = lcocean ]]
3531                then
3532                   /usr/bin/ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
3533                elif [[ $localhost = lccrayb ]]
3534                then
3535                   ssh $usern@blogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
3536                elif [[ $localhost = lccrayh ]]
3537                then
3538                   ssh $usern@hlogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
3539                elif [[ $localhost = lccgeohu ]]
3540                then
3541                   ssh $usern@cirrus.geo.hu-berlin.de "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
3542                else
3543                   ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
3544                fi
3545             fi
3546          else
3547             printf "\n  +++ no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
3548             locat=restart; exit
3549          fi
3550
3551             # WAIT TO ALLOW THE RESTART-JOB TO BE QUEUED, BEFORE THE CURRENT JOB IS FINISHED
3552          if [[ $queue = special1q ]]
3553          then
3554             sleep 120
3555          else
3556             sleep 30
3557          fi
3558
3559       else
3560
3561             # JOBS RUNNING (AND STARTED) ON THE LOCAL MACHINE CAN DIRECTLY CALL MRUN (WITHOUT
3562             # USING SSH)
3563          cd $LOCAL_PWD
3564          if [[ $localhost = lckyuh ]]
3565          then
3566             printf "\n  +++ WARNING: no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
3567             printf "\n               please restart job manually using command:\n"
3568             printf "\n               \"$mc\" "
3569          else
3570             eval  $mc                # THE ' MUST BE EVALUATED
3571          fi
3572          cd -  > /dev/null
3573       fi
3574       if [[ $localhost = lckyuh ]]
3575       then
3576          printf "\n$dashes\n  *** restart-run to be initiated manually\n"
3577       else
3578          printf "\n$dashes\n  *** restart-run initiated \n"
3579       fi
3580
3581
3582          # DELETE INPUT-(RESTART)FILES, WHICH HAVE BEEN FETCHED FROM THE TEMPORARY DATA
3583          # DIRECTORY, BACAUSE THEY ARE NOT REQUIRED BY THE RESTART-JOB.
3584          # THIS IS DONE IN ORDER TO AVOID EXCEEDING DISC QUOTAS OR DISC SPACE (RESTART-FILES
3585          # MAY BE VERY HUGE)
3586       (( i = 0 ))
3587       while (( i < iin ))
3588       do
3589          (( i = i + 1 ))
3590          if [[ "${got_tmp[$i]}" = true   &&  $keep_data_from_previous_run = false ]]
3591          then
3592             rm -r  ${absnamein[$i]}
3593          fi
3594       done
3595
3596    fi
3597
3598
3599   
3600       # SEND EMAIL NOTIFICATION ABOUT THE FINISHED RUN
3601    if [[ "$email_notification" != "none" ]]
3602    then
3603
3604       if [[ $localhost != $fromhost ]]
3605       then
3606          if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
3607          then
3608             echo "PALM restart run necessary"        >   email_text
3609             echo "description header of actual run:" >>  email_text
3610             cat  CONTINUE_RUN                        >>  email_text
3611             echo "mrun-command to restart:"          >>  email_text
3612             echo "$mc"                               >>  email_text
3613          else
3614             echo "PALM run with base filename \"$fname\" on host \"$localhost\" finished"  >  email_text
3615          fi
3616          mail  $email_notification  <  email_text
3617          printf "\n  *** email notification sent to \"$email_notification\" "
3618       fi
3619    fi
3620
3621
3622
3623       # ALL ACTIONS FINISHED, TEMPORARY WORKING-DIRECTORY CAN BE DELETED
3624    cd  $HOME
3625    [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
3626
3627 else
3628
3629       # PREPARING ACTIONS,
3630       # IF A BATCH-JOB IS TO BE GENERATED AND STARTED ON A REMOTE-MACHINE GERECHNET
3631
3632       # BUILD THE MRUN-COMMAND TO BE CALLED IN THE BATCH-JOB ON THE REMOTE-MACHINE
3633    mrun_com="$mrun_script_name -a $afname -c $config_file -d $fname -h $host -H $fromhost -m $memory -t $cpumax -q $queue -R $return_address -U $return_username -u $remote_username"
3634    [[ "$global_revision" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -G \"$global_revision\""
3635    [[ $group_number != none ]]   &&  mrun_com=${mrun_com}" -g $group_number"
3636    [[ $do_compile = true ]]      &&  mrun_com=${mrun_com}" -s \"$source_list\""
3637    [[ "$input_list" != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -i \"$input_list\""
3638    [[ $keep_data_from_previous_run = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -k"
3639    [[ "$additional_conditions" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -K \"$additional_conditions\""
3640    [[ "$output_list" != "" ]]    &&  mrun_com=${mrun_com}" -o \"$output_list\""
3641    [[ "$read_from_config" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -S"
3642    [[ $do_trace = true ]]        &&  mrun_com=${mrun_com}" -x"
3643    [[ "$numprocs" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -X $numprocs"
3644    if [[ $use_openmp = true ]]
3645    then
3646       mrun_com=${mrun_com}" -O $threads_per_task"
3647    fi
3648    [[ "$tasks_per_node" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -T $tasks_per_node"
3649    [[ $package_list != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -p \"$package_list\""
3650    [[ $return_password != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -P $return_password"
3651    [[ $delete_temporary_catalog = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -B"
3652    [[ $node_usage != default  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla"  &&  $node_usage != novice ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -n $node_usage"
3653    [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -y"
3654    [[ $run_coupled_model = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Y \"$coupled_dist\""
3655    [[ "$check_namelist_files" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -z"
3656    [[ "$combine_plot_fields" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Z"
3657    [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -w $max_par_io_str"
3658    if [[ $do_remote = true ]]
3659    then
3660       printf "\n>>>> MRUN-command on execution host:\n>>>> $mrun_com \n"
3661    fi
3662
3663
3664       # CREATE EXECUTABLE FOR BATCH JOB
3665    if [[ $create_executable_for_batch = true  &&  $restart_run != true ]]
3666    then
3667
3668       printf "\n  *** creating the executable for batch job\n"
3669
3670          # METHOD ONLY WORKS FOR BATCH JOBS ON LOCAL HOSTS
3671       if [[ $host != $localhost ]]
3672       then
3673          printf "\n  +++ creation of executables is only allowed for batch jobs on local hosts."
3674          printf "\n      Please set create_executable_for_batch = false in the config-file.\n"
3675          locat=create_executable; exit
3676       fi
3677
3678       mkdir  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
3679       cd  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
3680
3681       cp  $make_depository  .
3682       tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
3683       cp  ../*  .   >  /dev/null  2>&1
3684
3685       make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
3686
3687       if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
3688       then
3689          printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
3690          locat=compile
3691          exit
3692       fi
3693
3694       mv  a.out  ..
3695       cd -  >  /dev/null  2>&1
3696       rm -rf  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
3697
3698       printf "  *** executable created in \"$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}\"\n "
3699
3700    fi
3701
3702
3703       # BUILD THE JOB-SCRIPTS ON FILE jobfile
3704    jobfile=jobfile.$RANDOM
3705
3706
3707       # CREATE TEMPORARY DIRECTORY AND SWITCH TO IT
3708    echo  "mkdir  $TEMPDIR"      >>  $jobfile
3709    echo  "cd  $TEMPDIR"         >>  $jobfile
3710
3711
3712       # ACTIVATE ERROR-TRACEBACK
3713    if [[ $do_trace = true ]]
3714    then
3715       echo  "set -x"                                    >>  $jobfile
3716    else
3717       echo  "set +vx"                                   >>  $jobfile
3718    fi
3719
3720
3721       # INITIALIZE THE ENVIRONMENT AND LOAD MODULES
3722    if [[ "$init_cmds" != "" ]]
3723    then
3724       echo  "$init_cmds"        >>  $jobfile
3725    fi
3726    if [[ "$module_calls" != "" ]]
3727    then
3728       echo  "$module_calls"     >>  $jobfile
3729    fi
3730
3731
3732       # PROVIDE SOURCE-CODE FILES, MRUN-SCRIPT AND CONFIGURATION-FILE FOR THE JOB
3733       # then-CLAUSE: FILES ARE COLLECTED IN THE SOURCES_FOR_RUN_... DIRECTORY ON THE LOCAL HOST,
3734       #              WHICH IS THEN FETCHED FROM THE BATCH-JOB BY USING cp/scp
3735       #              THE SOURCE-CODE FILES ALREADY EXIST IN THIS DIRECTORY
3736       # else-CLAUSE: FILE-CONTENTS ARE PUT INTO THE JOB-FILE AS HERE-DOCUMENTS
3737       #              THIS MAY CREATE A QUITE LARGE JOB-FILE, WHICH CAN CAUSE PROBLEMS WITH SOME
3738       #              QUEUEING-SYSTEMS
3739    if [[ $host = ibmkisti  ||  $host = lcbullhh  ||  $host = lccrayb  ||  $host = lccrayf  ||  $host = lccrayh  ||  $host = lcocean  ||  $host = lcgeohu ]]
3740    then
3741
3742          # COPY CONFIGURATION-FILE AND MRUN-SCRIPT INTO THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY
3743       if [[ $restart_run != true ]]
3744       then
3745          cp  $config_file  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
3746          cp  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
3747       fi
3748
3749          # COPY THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY FROM THE LOCAL HOST TO THE JOB VIA scp
3750          # (then-CLAUSE: JOBS ON THE LOCAL HOST CAN JUST USE cp)
3751       echo  "set -x"  >>  $jobfile
3752       if [[ $host = $localhost ]]
3753       then
3754             # DUE TO UNKNOWN REASONS, COPY WITH cp COMMAND CREATES CORRUPT
3755             # FILES ON CRAY XC30 SYSTEMS (CSC HELSINKI), rsync IS USED INSTEAD
3756          if [[ $(echo $host | cut -c1-6) = lccray ]]
3757          then
3758             echo  "rsync -av -t  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname  ."  >>  $jobfile
3759          else
3760             echo  "cp -r  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname  ."  >>  $jobfile
3761          fi
3762
3763       else
3764          if [[ $host = ibmkisti ]]
3765          then
3766                # ON KISTI'S IBM FIREWALL IS ONLY OPENED ON INTERACTIVE NODE
3767             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
3768             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@gaiad \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
3769         elif [[ $host = lcbullhh ]]
3770          then
3771             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
3772             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@mlogin101 \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
3773
3774          elif [[ $host = lccrayb ]]
3775          then
3776             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
3777             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@blogin1 \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
3778          elif [[ $host = lccrayh ]]
3779          then
3780             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
3781             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@hlogin1 \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
3782
3783          else
3784             echo  "scp $PORTOPT -r $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname ."  >>  $jobfile
3785          fi
3786       fi
3787       echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                      >>  $jobfile
3788
3789          # MOVE MRUN-SCRIPT AND CONFIGURATION-FILE FROM THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY TO THE
3790          # WORKING DIRECTORY OF THE JOB
3791       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$config_file  . "       >>  $jobfile
3792       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$mrun_script_name  . "  >>  $jobfile
3793       echo  "chmod u+rwx  $mrun_script_name"                    >>  $jobfile
3794       echo  "execute_mrun=true"                                 >>  $jobfile
3795       echo  " "                                                 >>  $jobfile
3796
3797    else
3798
3799          # PROVIDE SOURCE-CODE FILES AND MAKEFILE AS HERE DOCUMENT
3800       if [[ $do_compile = true ]]
3801       then
3802
3803          source_catalog=SOURCES_FOR_RUN_$fname
3804
3805              # CREATE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY TO STORE THE SOURCE CODE FILES AND THE MAKEFILE
3806          echo  "mkdir  SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
3807          echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                 >>  $jobfile
3808          echo  "cd     SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
3809
3810          for  filename  in  $source_list
3811          do
3812                # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
3813             echo  "cat > $filename << \"%END%\""              >>  $jobfile
3814             cat   $source_catalog/$filename                   >>  $jobfile
3815             echo  " "                                         >>  $jobfile
3816             echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
3817             echo  " "                                         >>  $jobfile
3818          done
3819
3820             # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
3821          echo  "cat > Makefile << \"%END%\""               >>  $jobfile
3822          cat   $source_catalog/Makefile                    >>  $jobfile
3823          echo  " "                                         >>  $jobfile
3824          echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
3825          echo  " "                                         >>  $jobfile
3826
3827          echo  "cd -  > /dev/null"                         >>  $jobfile
3828
3829       fi
3830
3831
3832          # PROVIDE THE CONFIGURATION-FILE AS HERE-DOCUMENT
3833          # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
3834          # LINES WITH #$ IN THE CONFIGURATION-FILE, COMING FROM THE SVN KEYWORD SUBSTITUTION,
3835          # ARE REMOVED FROM THE FILE IN ORDER TO AVOID PROBLEMS WITH THE SGE BATCH SYSTEM
3836       echo  "cat > $config_file << \"%END%\""      >>  $jobfile
3837       if [[ $host = lckyuh ]]
3838       then
3839             # NO CROSS-COMPILER ON COMPUTE NODE
3840          sed  's/frtpx/frt/g'  $config_file        >>  $jobfile
3841       else
3842          sed 's/#$.*//g'   $config_file            >>  $jobfile
3843       fi
3844       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
3845       echo  " "                                    >>  $jobfile
3846
3847
3848          # PROVIDE THE MRUN-SCRIPTS AS HERE-DOCUMENT
3849          # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
3850       echo  "cat > $mrun_script_name <<\"%END%\""  >>  $jobfile
3851       if [[ $host = lckyuh ]]
3852       then
3853          sed 's/\/bin\/ksh/\/bin\/bash/g' ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  >>  $jobfile
3854       else
3855          cat  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name        >>  $jobfile
3856       fi
3857       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
3858       echo  "chmod u+x $mrun_script_name"          >>  $jobfile
3859       echo  "execute_mrun=true"                    >>  $jobfile
3860       echo  " "                                    >>  $jobfile
3861
3862    fi
3863
3864
3865       # GET REQUIRED INPUT-FILES BY SCP OR BY SENDING THEM WITH THE JOB AS HERE-DOCUMENT
3866       # PUT THESE FILES INTO THE USER'S RESPECTIVE PERMANENT DIRECTORIES ON THE REMOTE-HOST
3867       # IF THE DIRECTORIES DO NOT EXIST, TRY TO CREATE THEM
3868    if [[ $do_remote = true ]]
3869    then
3870       (( i = 0 ))
3871       while (( i < iin ))
3872       do
3873          (( i = i + 1 ))
3874          echo  "[[ ! -d ${pathin[$i]} ]]  &&  mkdir -p  ${pathin[$i]}"  >>  $jobfile
3875          if [[ "${transin[$i]}" = job ]]
3876          then
3877             echo  "cat > ${remotepathin[$i]} <<\"%END%\""    >>  $jobfile
3878             eval cat   ${pathin[$i]}/${frelin[$i]}           >>  $jobfile
3879             echo  " "                                        >>  $jobfile
3880             echo  "%END%"                                    >>  $jobfile
3881          else
3882             echo  "batch_scp $PORTOPT -b -o -g -s -u $return_username $return_address ${remotepathin[$i]} \"${pathin[$i]}\" ${frelin[$i]}" >>  $jobfile
3883          fi
3884
3885             # CHECK, IF FILE COULD BE CREATED
3886          echo  "if [[ \$? = 1 ]]"                    >>  $jobfile
3887          echo  "then"                                >>  $jobfile
3888          echo  "   echo \" \" "                      >>  $jobfile
3889          echo  "   echo \"+++ file ${remotepathin[$i]} could not be created\" "   >>  $jobfile
3890          echo  "   echo \"    please check, if directory exists on $host!\" "  >>  $jobfile
3891          echo  "   echo \"+++ MRUN will not be continued\" "  >>  $jobfile
3892          echo  "   execute_mrun=false"               >>  $jobfile
3893          echo  "fi"                                  >>  $jobfile
3894       done
3895    fi
3896
3897       # PROVIDE NAME OF THE CURRENT WORKING-DIRECTORY ON THE LOCAL MACHINE (FROM WHERE THE JOB IS
3898       # STARTED) BY SETTING AN ENVIRONMENT-VARIABLE. THIS INFORMATION IS USED IN THE JOB BY MRUN
3899       # IN CASE THAT RESTART-RUNS HAVE TO BE GENERATED
3900    echo  "LOCAL_PWD=$working_directory"                >>  $jobfile
3901    echo  "export LOCAL_PWD"                            >>  $jobfile
3902
3903       # PROVIDE THE PATH OF THE LOCAL MRUN-SCRIPT FOR THE SAME REASON
3904    echo  "LOCAL_MRUN_PATH=$PALM_BIN"                   >>  $jobfile
3905    echo  "export LOCAL_MRUN_PATH"                      >>  $jobfile
3906
3907       # lceddy ALSO REQUIRES TO PROVIDE PATH FOR THE PALM-SCRIPTS
3908    if [[ $host = lceddy  ||  $localhost = lceddy ]]
3909    then
3910       echo  "export PALM_BIN=$PALM_BIN" | sed -e 's:'$HOME':$HOME:'   >>  $jobfile
3911       echo  "export PATH=\$PATH:\$PALM_BIN"              >>  $jobfile
3912    fi
3913
3914       # CALL MRUN WITHIN THE JOB (SETTING QUEUE IS A WORKAROUND FOR ibmkisti)
3915       # AS FINAL ACTION, REMOVE THE TEMPORARY DIRECTORY CREATED AT THE BEGINNING OF THE JOB
3916    echo  "set -x"                                        >>  $jobfile
3917    echo  "queue=$queue"                                  >>  $jobfile
3918    echo  "[[ \$execute_mrun = true ]]  &&  ./$mrun_com"  >>  $jobfile
3919    echo  'ls -al; echo `pwd`'                            >>  $jobfile
3920    echo  "cd \$HOME"                                     >>  $jobfile
3921    echo  "rm -rf  $TEMPDIR"                              >>  $jobfile
3922
3923
3924
3925
3926       # START THE JOB USING SUBJOB-COMMAND
3927    if [[ $silent = false ]]
3928    then
3929       printf "\n     "
3930    else
3931       printf "\n\n"
3932    fi
3933
3934    subjob  $job_on_file  -h $host  -u $remote_username -g $group_number -q $queue  -m $memory  -N $node_usage -t $cpumax  $XOPT  $TOPT  $OOPT  -n $fname  -v  -c $job_catalog  -e $email_notification  $PORTOPT  $jobfile
3935    rm -rf  $jobfile
3936
3937
3938 fi  # END OF REMOTE-PART
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.