source: palm/trunk/SCRIPTS/mrun @ 217

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precompilation mechanism completely revised: now one depository per configuration block, further change of output messages

  • Property svn:keywords set to Id Rev
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Line 
1#!/bin/ksh
2# mrun - Plot-Shellskript
3# $Id: mrun 215 2008-11-18 09:54:31Z letzel $
4
5     # Prozedur zum Starten von Modellaeufen
6
7     # letzte Aenderung:
8     # 03/03/94 - Siggi - Entwicklungsbeginn
9     # 21/03/94 - Siggi - Entwicklungsabschluss (Version 1.0)
10     # 09/12/94 - Siggi - allexport unterbunden; statt dessen werden jetzt ein-
11     #                    zelne Variable exportiert. Dies ist noetig, weil an-
12     #                    sonsten irgendein Speicher ueberlaeuft und von mrun
13     #                    aufgerufene Programme (z.B. stageout) mit Fehlern
14     #                    abbrechen (too many arguments)
15     # 20/06/95 - Siggi - noclobber muss explizit abgeschaltet, da jetzt
16     #                    defaultmaessig im RRZN-Profile eingeschaltet
17     # 10/06/97 - Siggi - Zusaetzliche Option -C bei cpp, damit // nicht
18     #                    wegfallen
19     # 25/04/00 - Siggi - Version 1.5
20     #                    remote_addres und remote_user in return_addres bzw.
21     #                    return_username umbenannt, return_username wird dem
22     #                    mrun-Aufruf im Job ueber Option -U mitgegeben.
23     #                    Neue Variable remote_username, die beim interaktiven
24     #                    mrun-Aufruf zwingend ueber die neue Option -u oder
25     #                    in der Konfigurationsdatei angegeben werden muss.
26     # 08/02/01 - Siggi - Alle mrun-Meldungen ins englische uebersetzt,
27     #                    Version 1.7
28     # 05/05/02 - Siggi - Uebersetzungen mittels make-Mechanismus moeglich
29     # 21/11/02 - Siggi - ENV-Variable XLFRTEOPTS wird vor Ausfuehrung auf
30     #                    IBM gesetzt, um Record-Laenge der NAMELIST-Dateien,
31     #                    zu bestimmen; Praeprozessoroptionen haben nun alle
32     #                    die Form -Dtext=text, weil auf IBM sonst text durch
33     #                    die leere Zeichenkette ersetzt wird
34     # 01/08/03 - Siggi  - Test of implementing dvrp+1PE on ibm
35     # 07/01/04 - Siggi  - additional preprocessor directive for ibm included
36     #                     (-D$OMP=OMP) in order to avoid problems with
37     #                     OMP_NUM_THREADS
38     # 04/01/05 - Siggi  - archiving on hanni and berni is done in separate
39     #                     tar files, one for each node used
40     # 07/01/04 - Siggi  - old code for t3e, vpp and hpcs eliminated
41     # 09/01/05 - Siggi  - workaround for getting the IP address on gfdl3
42     # 17/01/05 - Siggi  - job for data transfer to local machine now within
43     #                     job class c1 (HLRN)
44     # 27/01/05 - Siggi  - IP address workaround for gfdl3 removed
45     # 28/01/05 - Siggi  - tar-filenames on $PERM (HLRN) now include the
46     #                     base filename and cycle number
47     # 16/02/05 - Gerald - hababai validated
48     # 14/03/05 - Siggi  - abort on NEC after first runtime error (F_ERRCNT)
49     # 29/03/05 - Marcus - berni*-en0 validated
50     # 21/04/05 - Siggi  - transfer-job-protocol for avs-data is no more stored
51     # 24/04/05 - Siggi  - netcdf support on lcmuk
52     # 25/04/05 - Siggi  - netcdf support on gfld3 (decalpha)
53     # 11/05/05 - Siggi  - files with non-numeric extensions (.xxx after cycle
54     #                     number) can now be used within interactive runs
55     # 12/05/05 - Siggi  - netcdf support on ibm
56     # 13/05/05 - Siggi  - error in tar-filenames on $PERM (HLRN) removed
57     # 18/05/05 - Siggi  - netcdf support on nec
58     # 24/05/05 - Siggi  - netcdf support on ibms
59     # 14/06/05 - Siggi  - sleep interval after submit of restart job increased
60     #                     to 30 seconds
61     # 28/06/05 - Siggi  - bora adjusted to new intel compiler (LD_LIBRARY_
62     #                     PATH is temporarily set)
63     # 07/09/05 - Siggi  - setting of MP_EAGER_LIMIT switched off because it
64     #                     caused warnings in the job protocol
65     # 20/10/05 - Siggi  - update of netcdf-version on decalpha (gfdl3)
66     # 25/10/05 - Siggi  - error in listing files for getting the cycle number
67     #                     removed
68     # 26/10/05 - Siggi  - new paths for dvrp-library, transfer of catalogs
69     #                     realized by file attribute trpe
70     # 28/10/05 - Siggi  - if existing, the file extension is output in case
71     #                     of missing input file - no job abort in case of
72     #                     missing input files with file extensions
73     #                     (preliminary solution)
74     # 31/10/05 - Siggi  - data transfer from nech now within seperate job
75     # 04/11/05 - Siggi  - netcdf 3.6.0-p1 on ibmh/ibmb
76     # 07/12/05 - Siggi  - gallego and elephanta admitted
77     # 30/12/05 - Siggi  - gfdl5 (ibmy) admitted
78     # 10/01/06 - Siggi  - cpp directive for NetCDF 64bit support
79     # 20/01/06 - Siggi  - cpp directive for ibmy
80     # 09/02/06 - Siggi  - ibmy admitted for batch mode
81     # 13/04/06 - Siggi  - ostria admitted
82     # 18/04/06 - Siggi  - usage of OpenMP implemented (additional option -O)
83     # 10/05/06 - Siggi  - environment variable XLSMPOPTS set on IBM for
84     #                     optimization of OpenMP runs (option stacksize is
85     #                     necessary for large gridpoint numbers because
86     #                     otherwise a segmentation fault occurs)
87     # 23/05/05 - Siggi  - lctit (SUN Fire X4600) admitted
88     # 21/08/06 - Siggi  - standard mrun path on scirocco is as on bora
89     # 23/08/06 - Siggi  - netcdf support for scirocco (notebook)
90     # 20/09/06 - Marcus - add DVRP library on nech
91     # 24/10/06 - Siggi  - Environment variables for PALM steering are written
92     #                     on local NAMELIST file ENVPAR
93     # 24/11/06 - Siggi  - levanto admitted, maestro switched to ifc 9.1
94     # 28/11/06 - Siggi  - call to interpret_config.x_levanto because of SuSe 10
95     # 06/02/07 - Siggi  - add DVRP library on lcmuk
96     # 07/02/07 - Siggi  - revision of source code handling, source code is
97     #                     now expected in directory given by source_path and
98     #                     not in the current working directory, source code
99     #                     files provided in add_source_path are allways
100     #                     compiled, source code to be compiled is allways
101     #                     sampled in SOURCES_FOR_RUN_$fname which is a
102     #                     subdirectory of the current working directory,
103     #                     -s TEST  changed to  -s WRITE_PERMIT  or -s WP,
104     #                     adapted for RIAM (neck)
105     #                     bugfix for cycle number of output file (extout)
106     #                     all hpmuk-related code removed
107     # 14/02/07 - Siggi  - dvrp support for neck added
108     # 28/02/07 - Siggi  - empty lines in configuration file are accepted
109     #                     mrun_path replaced by PALM_BIN,
110     #                     all machines are calling interpret_config.x
111     # 14/03/07 - Siggi  - fimm admitted, revision number added to terminal
112     #                     output
113     # 16/03/07 - Siggi  - adjustments for lctit
114     # 29/03/07 - Siggi  - global revision transfered to batch job by new
115     #                     option -G
116     # 30/03/07 - Siggi  - compilation "by hand" removed, cpp-directives/options
117     #                     + netcdf/dvrp-options are read from configuration
118     #                     file, host identifier (local_host) is read from
119     #                     config file, code related to ftp filetransfer
120     #                     removed (incl. option -f)
121     # 19/06/07 - Siggi  - time limit for cdata jobs increased
122     # 25/07/07 - Siggi  - two sets of executables can be started on lcmuk,
123     #                     if new option -Y (coupling) is given,
124     #                     output of executables to aout_output removed,
125     #                     messages are immediately written to stdout instead
126     # 03/08/07 - Marcus - add XOPT="-X $numprocs" for lcfimm
127     # 09/08/07 - Marcus - workaround on lcfimm to propagate environment
128     #                     variables out to the nodes in coupled mode -disabled-
129     # 13/08/07 - Marcus - start local restart jobs per ssh on lcfimm
130     # 28/08/07 - Marcus - completely remove workaround on lcfimm to propagate
131     #                     environment variables out to the nodes in coupled mode
132     # 15/10/07 - Siggi  - Preliminary adjustments for lctit, based on Jin's
133     #                     suggestions
134     # 19/10/07 - Marcus - further adjustments for lctit: add new optional
135     #                     argument -g group_number, admit all sla* node_usage
136     #                     queues
137     # 30/10/07 - Marcus - further adjustments for queues on lctit
138     # 14/02/08 - Bjoern - link of restart files with long file name possible
139     # 28/02/08 - Marcus - If environment variable link_local_output is set to
140     #                     true, mrun tries "ln -f" on local output and resorts
141     #                     to "cp" or "cp -r" on error
142     # 15/04/08 - Siggi  - argument -c introduced to most of the subjob calls,
143     #                     which allows the user to choose his own job catalog
144     #                     by setting job_catalog in the configuration file
145     #                     (default is ~/job_queue),
146     #                     workaround for mpiexec with -env option,
147     #                     adjustments for lcxt4 (Bergen Center for Computational
148     #                     Science)
149     # 22/05/08 - Marcus - If environment variable link_local_input is set to
150     #                     true, mrun tries "ln -f" on local input and resorts
151     #                     to "cp" or "cp -r" on error
152     # 27/05/08 - Siggi  - PATH is set to PALM_BIN everywhere (missing so far)
153     # 14/07/08 - Siggi  - adjustments for lcsgih
154     # 08/08/08 - Marcus - typo removed in lcxt4 branch
155     # 17/09/08 - Siggi  - restart mechanism adjusted for lcsgi
156     # 02/10/08 - BjornM - argument "-Y" modified, adjustments for coupled runs
157     # 21/10/08 - Siggi  - bugfix for the case that -K has more than one
158     #                     argument
159     # 08/11/08 - Siggi  - bugfix for depository path settings in configuration
160     #                     file
161     # 11/11/08 - Siggi  - rules for using user code files changed: user
162     #                     code splitted into one file per subroutine,
163     #                     user can provide his/her own makefile, only
164     #                     default source-code filenames are allowed
165     # 14/11/08 - Siggi  - cond1 and cond2 are part of the depository name
166
167
168 
169    # VARIABLENVEREINBARUNGEN + DEFAULTWERTE
170
171 set +o allexport    # SICHERHEITSHALBER UNTERBINDEN, DA SONST EVTL. STAGEOUT
172                     # NICHT LAUEFT (TOO MANY ARGUMENTS - PROBLEM)
173 set +o noclobber    # EXISTIERENDE DATEIEN DUERFEN UEBERSCHRIEBEN WERDEN
174
175 AddFilenames=""
176 additional_conditions=""
177 add_source_path=""
178 afname=""
179 archive_save=true
180 archive_system=none
181 compiler_name=""
182 cond1=""
183 cond2="" 
184 config_file=.mrun.config
185 coupled_dist=""
186 coupled_mode="mpi1"
187 cpp_opts=""
188 cpp_options=""
189 cpumax=0
190 cpurest=0
191 delete_temporary_catalog=true
192 do_batch=false
193 do_compile=true
194 do_remote=false
195 do_stagein=true
196 do_stageout=true
197 do_trace=false
198 email_notification=""
199 exclude=""
200 executable=""
201 execution_error=false
202 fimm=false
203 fname=test
204 fromhost=""
205 global_revision=""
206 group_number=none
207 host=""
208 host_file=""
209 hp=""
210 ignore_archive_error=false
211 input_list=""
212 interpreted_config_file=""
213 job_catalog="~/job_queue"
214 job_on_file=""
215 keep_data_from_previous_run=false
216 link_local_input=false
217 link_local_output=false
218 localhost_realname=$(hostname)
219 local_compile=false
220 locat=normal
221 mainprog=""
222 makefile=""
223 mc=$0
224 while [[ $(echo $mc | grep -c "/") != 0 ]]
225 do
226    mc=`echo $mc | cut -f2- -d"/"`
227 done
228 module_files=""
229 mrun_script_name=$mc
230 netcdf_inc=""
231 netcdf_lib=""
232 netcdf_support=false
233 node_usage=default
234 numprocs=""
235 numprocs_atmos=0
236 numprocs_ocean=0
237 OOPT=""
238 openmp=false
239 output_list=""
240 package_list=""
241 punkte="..........................................................."
242 queue=none
243 read_from_config=""
244 restart_run=false
245 return_addres=$(nslookup `hostname` 2>&1 | grep "Address:" | tail -1 | awk '{print $2}')
246 if [[ $return_addres = 130.75.105.158 ]]
247 then
248    return_addres=172.20.25.41
249    echo "+++ WARNING: return_addres changed to $return_addres !!!!!"
250 fi
251# if [[ $return_addres = 210.117.65.1 ]]
252# if [[ $(nslookup `hostname` 2>&1 | grep -c 210.117.65.1) = 1 ]]
253# then
254#    [[ $localhost_realname = gfdl3.yonsei.ac.kr ]]  &&  return_addres=165.132.26.56
255# fi
256 return_password=""
257 return_username=$LOGNAME
258 remotecall=false
259 remote_username=""
260 run_coupled_model=false
261 run_mode=""
262 scirocco=false
263 store_on_archive_system=true
264 striche="  ----------------------------------------------------------------------------"
265 silent=false
266 source_list=""
267 source_path=SOURCE
268 tasks_per_node=""
269 threads_per_task=1
270 tmpcreate=false
271 tmp_data_catalog=""
272 transfer_problems=false
273 usern=$LOGNAME
274 working_directory=`pwd`
275 TOPT=""
276 XOPT=""
277 zeit=$( date | cut -c 12-19 )
278
279 typeset -i  iec=0 iic=0 iin=0 ioc=0 iout=0 memory=0 stagein_anz=0 stageout_anz=0
280 typeset -i  cputime i ii iia iii iio icycle inode ival jobges jobsek maxcycle minuten nodes pes sekunden tp1
281
282 typeset  -R30 calltime
283 typeset  -L20 spalte1
284 typeset  -L40 spalte2
285 typeset  -L60 spalte3
286 typeset  -L35 string1=`date`
287 typeset  -L12 string2=$usern
288 typeset  -L12 string3=$localhost_realname
289 typeset  -L12 string4
290 typeset  -L12 string5
291 typeset  -L30 version="MRUN  2.0 Rev$Rev: 215 $"
292
293
294
295    # EINZELNE VARIABLE FUER HAUPTPROGRAMM EXPORTIEREN
296 export  cpurest fname host localhost return_addres return_username remotecall tasks_per_node
297
298    # FOLGENDE VARIABLEN MUESSEN FUER DIE INTERPRETATION DER KONFIGURATIONSDATEI
299    # EXPORTIERT WERDEN
300 export  afname config_file cpp_opts cpumax do_batch do_trace fname fromhost
301 export  group_number input_list memory numprocs output_list queue run_mode
302
303
304 
305    # FEHLERBEHANDLUNG
306    # BEI EXIT:
307 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
308       if [[ $locat != localhost ]]
309       then
310#          if [[ ! -f ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik ]]
311#          then
312#             cat  >  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik  <<  %STATEND%
313#MRUN-calls on $localhost
314#
315#date and time                      user        localhost   remotehost  termination mrun-command
316#--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
317#%STATEND%
318#             chmod  666  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
319#          fi
320#
321#             # EINTRAG IN DIE STATISTIK-DATEI
322#          string4=$host
323#          string5=$locat
324#          if [[ "$job_on_file" = ""  &&  $locat != control_c  &&  $locat != user_abort ]]
325#          then
326#             if [[ $do_batch = true ]]
327#             then
328#                printf "$string1$string2$string3$string4$string5$mrun_com \n"  >>  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
329#             else
330#                printf "$string1$string2$string3$string4$string5$mc \n"  >>  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
331#             fi
332#          fi
333          echo " " > /dev/null
334       fi
335
336       if [[ $locat != normal  &&  $locat != control_c  &&  $locat != local_compile ]]
337       then
338
339              # EVENTUELLE ERROR-KOMMANDOS ABARBEITEN
340          (( i = 0 ))
341          while (( i < iec ))
342          do
343             (( i = i + 1 ))
344             printf "\n  *** Execution of ERROR-command:\n"
345             printf "  >>> ${err_command[$i]}\n"
346             eval  ${err_command[$i]}
347          done
348          if [[ -n $interpreted_config_file ]]  then
349             rm -rf  $interpreted_config_file
350          fi
351          if [[ -n .mrun_environment ]]  then
352             rm -rf  .mrun_environment
353          fi
354          if [[ $tmpcreate = true ]]
355          then
356             printf "\n  *** Contents of \"$TEMPDIR\":\n"
357             ls -al; cd
358             [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
359          fi
360          if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
361          then
362             rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
363          fi
364          printf "\n\n+++ MRUN killed \n\n"
365       elif [[ $locat != control_c ]]
366       then
367          printf "\n\n --> all actions finished\n\n"
368          printf "     Bye, bye $usern !!\n\n"
369       fi' exit
370
371
372    # BEI TERMINAL-BREAK:
373 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
374       [[ $tmpcreate = true ]]  &&  (cd; rm -rf $TEMPDIR)
375       if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
376       then
377          rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
378       fi
379       printf "\n+++ MRUN killed by \"^C\" \n\n"
380       locat=control_c
381       exit
382      ' 2
383
384
385    # CHECK IF THE PATH FOR THE PALM BINARIES (SCRIPTS+UTILITY-PROGRAMS) HAS
386    # BEEN SET
387 if [[ "$PALM_BIN" = "" ]]
388 then
389    printf "\n  +++ environment variable PALM_BIN has not been set"
390    printf "\n      please set it to the directory where the PALM scripts are located"
391    locat=palm_bin; exit
392 fi
393 export PATH=$PALM_BIN:$PATH
394
395
396
397    # SHELLSCRIPT-OPTIONEN EINLESEN UND KOMMANDO NEU ZUSAMMENSETZEN, FALLS ES
398    # FUER FOLGEJOBS BENOETIGT WIRD
399 while  getopts  :a:AbBc:Cd:D:Fg:G:h:H:i:IkK:m:M:n:o:Op:P:q:r:R:s:St:T:u:U:vxX:Y: option
400 do
401   case  $option  in
402       (a)   afname=$OPTARG;;
403       (A)   store_on_archive_system=false; mc="$mc -A";;
404       (b)   do_batch=true; mc="$mc -b";;
405       (B)   delete_temporary_catalog=false; mc="$mc -B";;
406       (c)   config_file=$OPTARG; mc="$mc -c$OPTARG";;
407       (C)   restart_run=true; mc="$mc -C";;
408       (d)   fname=$OPTARG; mc="$mc -d$OPTARG";;
409       (D)   cpp_opts="$cpp_opts $OPTARG"; mc="$mc -D'$OPTARG'";;
410       (F)   job_on_file="-D"; mc="$mc -F";;
411       (g)   group_number=$OPTARG; mc="$mc -g$OPTARG";;
412       (G)   global_revision=$OPTARG; mc="$mc -G'$OPTARG'";;
413       (h)   host=$OPTARG; mc="$mc -h$OPTARG";;
414       (H)   fromhost=$OPTARG; mc="$mc -H$OPTARG";;
415       (i)   input_list=$OPTARG; mc="$mc -i'$OPTARG'";;
416       (I)   ignore_archive_error=true; mc="$mc -I";;
417       (k)   keep_data_from_previous_run=true; mc="$mc -k";;
418       (K)   additional_conditions="$OPTARG"; mc="$mc -K'$OPTARG'";;
419       (m)   memory=$OPTARG; mc="$mc -m$OPTARG";;
420       (M)   makefile=$OPTARG; mc="$mc -M$OPTARG";;
421       (n)   node_usage=$OPTARG; mc="$mc -n$OPTARG";; 
422       (o)   output_list=$OPTARG; mc="$mc -o'$OPTARG'";;
423       (O)   use_openmp=true; mc="$mc -O";;
424       (p)   package_list=$OPTARG; mc="$mc -p'$OPTARG'";;
425       (P)   return_password=$OPTARG; mc="$mc -P$OPTARG";;
426       (q)   queue=$OPTARG; mc="$mc -q$OPTARG";;
427       (r)   run_mode=$OPTARG; mc="$mc -r'$OPTARG'";;
428       (R)   remotecall=true;return_addres=$OPTARG; mc="$mc -R$OPTARG";;
429       (s)   source_list=$OPTARG; mc="$mc -s'$OPTARG'";;
430       (S)   read_from_config=false; mc="$mc -S";;
431       (t)   cpumax=$OPTARG; mc="$mc -t$OPTARG";;
432       (T)   tasks_per_node=$OPTARG; mc="$mc -T$OPTARG";;
433       (u)   remote_username=$OPTARG; mc="$mc -u$OPTARG";;
434       (U)   return_username=$OPTARG; mc="$mc -U$OPTARG";;
435       (v)   silent=true; mc="$mc -v";;
436       (x)   do_trace=true;set -x; mc="$mc -x";;
437       (X)   numprocs=$OPTARG; mc="$mc -X$OPTARG";;
438       (Y)   run_coupled_model=true; coupled_dist=$OPTARG; mc="$mc -Y'$OPTARG'";;
439       (\?)  printf "\n  +++ unknown option $OPTARG \n"
440             printf "\n  --> type \"$0 ?\" for available options \n"
441             locat=parameter;exit;;
442   esac
443 done
444
445
446    # EVTL. POSITIONSPARAMETER EINLESEN
447    # ZUR ZEIT GIBT ES NUR DEN PARAMETER ? (=KURZINFO)
448 shift OPTIND-1
449
450
451    # KURZE AUFRUFBESCHREIBUNG WIRD HIER AUSGEGEBEN
452 if [[ "$1" = "?" ]]
453 then
454   (printf "\n  *** mrun can be called as follows:\n"
455    printf "\n      $mrun_script_name  -b -c.. -d.. -D.. -f.. -F -h.. -i.. -I -K.. -m.. -o.. -p.. -r.. -R -s.. -t.. -T.. -v -x -X.. -Y.. <modus>\n"
456    printf "\n      Description of available options:\n"
457    printf "\n      Option  Description                              Default-Value"
458    printf "\n        -a    base name of input files                 equiv. -d"
459    printf "\n        -A    no archiving when using file-attribute fl"
460    printf "\n        -b    batch-job on local machine               ---"
461    printf "\n        -B    do not delete temporary directory at end ---"
462    printf "\n        -c    configuration file                       .mrun.config"
463    printf "\n        -d    base name of files attached to program   test"
464    printf "\n        -D    preprocessor(cpp)-directives             \"\" "
465    printf "\n        -F    create remote job file only              ---"
466    printf "\n        -h    execution host                           $localhost_realname"
467    printf "\n        -i    INPUT control list                       \"\" "
468    printf "\n        -I    archiving errors of previous batch-jobs"
469    printf "\n              will be ignored"
470    printf "\n        -k    keep data from previous run"
471    printf "\n        -K    additional conditions for controling"
472    printf "\n              usage of conditional code and"
473    printf "\n              env-variables in configuration file      \"\" "
474    printf "\n        -m    memory demand in MB (batch-jobs)         0 MB"
475    printf "\n        -M    Makefile name                            Makefile"
476    printf "\n        -n    node usage (shared/not_shared)           depending on -h"
477    printf "\n        -o    OUTPUT control list                      \"\" "
478    printf "\n        -O    use OpenMP                               ---"
479    printf "\n        -p    software package list                    \"\" "
480    printf "\n        -q    queue                                    \"$queue\" "
481    printf "\n        -r    run control list (combines -i -o)        \"\" "
482    printf "\n        -s    filenames of routines to be compiled     \"\" "
483    printf "\n              must end with .f, .f90, .F, or .c !"
484    printf "\n              use \"..\" for more than one file and wildcards"
485    printf "\n              -s TEST compiles all files with w-permit"
486    printf "\n        -S    config file interpreted by shellscript   ---"
487    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds (batch)      0"
488    printf "\n        -T    tasks per node                           depending on -h"
489    printf "\n        -u    username on remote machine               \"\" "
490    printf "\n        -v    no prompt for confirmation               ---"
491    printf "\n        -x    tracing of mrun for debug purposes       ---"
492    printf "\n        -X    # of processors (on parallel machines)   1"
493    printf "\n        -Y    run coupled model, \"#1 #2\" with" 
494    printf "\n              #1 atmosphere and #2 ocean processors    \"#/2 #/2\" depending on -X"
495    printf "\n "
496    printf "\n      Possible values of positional parameter <modus>:"
497    printf "\n        \"?\"       -  this outline \n\n") | more
498    exit
499 elif [[ "$1" != "" ]]
500 then
501    printf "\n  +++ positional parameter $1 unknown \n"
502    locat=parameter; exit
503 fi
504
505
506
507    # KURZE STARTMELDUNG
508 printf "\n*** $version "
509 printf "\n    will be executed.     Please wait ..."
510
511
512
513    # PRUEFEN, OB KONFIGURATIONS-DATEI VORHANDEN
514 if [[ ! -f $config_file ]]
515 then
516    printf "\n\n  +++ configuration file: "
517    printf "\n           $config_file"
518    printf "\n      does not exist"
519    locat=connect; exit 
520 fi
521
522
523    # HOST-IDENTIFIER (local_host) AUS KONFIGURATIONSDATEI BESTIMMEN
524 line=""
525 grep  "%host_identifier"  $config_file  >  tmp_mrun
526 while read line
527 do
528    if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
529    then
530       HOSTNAME=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
531       host_identifier=`echo $line | cut -d" " -s -f3`
532       if [[ $localhost_realname = $HOSTNAME ]]
533       then
534          localhost=$host_identifier
535          break
536       fi
537    fi
538 done < tmp_mrun
539
540 if [[ "$localhost" = "" ]]
541 then
542    printf "\n\n  +++ no host identifier found in configuration file \"$config_file\""
543    printf "\n      for local host \"$localhost_realname\"."
544    printf "\n      Please add line"
545    printf "\n      \"\%host_identifier $localhost_realname <identifier>\""
546    printf "\n      to the configuration file."
547    locat=localhost; exit
548 fi
549
550
551    # HOSTSPEZIFISCHE VARIABLEN SETZEN
552 case  $localhost_realname  in
553     (breg*-en0|berni*-en0)  archive_system=tivoli;;
554     (cs*)                   archive_system=ut;;
555     (fimm.bccs.uib.no)      fimm=true;;
556     (gate|n-sx)             PATH=$PALM_BIN:$PATH:/usr/bin/nqsII;;
557     (hreg*-en0|hanni*-en0)  archive_system=tivoli;;
558     (scirocco)              scirocco=true;;
559 esac
560
561
562 
563    # BASISNAME DER INPUT-DATEIEN GLEICH ALLGEMEINEM BASISNAMEN SETZEN,
564    # WENN NICHT VOM BENUTZER ANDERS BESTIMMT
565 [[ "$afname" = "" ]]  &&  afname=$fname
566
567
568    # EVTL. RUN-MODUS DEN I/O-LISTEN HINZUFUEGEN
569 if [[ "$run_mode" != "" ]]
570 then
571    input_list="$input_list $run_mode"
572    output_list="$output_list $run_mode"
573 fi
574
575
576    # RECHNERNAMEN ABSPEICHERN, VON DEM AUS JOB GESTARTET WIRD,
577    # ALLERDINGS NUR DANN, WENN NICHT PER OPTION -H BEREITS EIN WERT
578    # ZUGEWIESEN WURDE (MRUN MACHT DIES IMMER, WENN ES SELBST BATCH-JOBS
579    # STARTET)
580 if [[ "$fromhost" = "" ]]
581 then
582    fromhost=$localhost
583 fi
584
585
586     # PRUEFEN, OB MRUN NUR TESTWEISE AUF DER LOKALEN MASCHINE KOMPILIEREN SOLL
587 if [[ "$source_list" = LOCAL_COMPILE_TEST ]]
588 then
589    source_list=TEST
590    local_compile=true
591    host=$localhost
592 fi
593   
594
595    # PRUEFEN, OB AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL
596    # WERT VON do_remote WIRD FUER DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT.
597    # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
598    # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
599 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
600 then
601    do_batch=true
602    do_remote=true
603    case  $host  in
604        (ibm|ibmb|ibmh|ibms|ibmy|nech|neck|lcsgib|lcsgih|lctit|unics|lcxt4)  true;;
605        (*)  printf "\n"
606             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
607             printf "\n      is not available"
608             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
609    esac
610 else
611    host=$localhost
612 fi
613
614
615     # ZUSATZBEDINGUNGEN (OPTION -K) AUSWERTEN
616 if [[ -n $additional_conditions ]]
617 then
618#    echo $additional_conditions | cut -d" " -f1-3 | read  cond1  cond2  dummy
619    cond1=`echo $additional_conditions | cut -d" " -f1`
620    cond2=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f2`
621    dummy=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f3`
622    if [[ -n $dummy ]]
623    then
624       printf "\n  +++ more than 2 additional conditions given for Option \"-K\""
625       locat=options; exit
626    fi
627 fi
628
629
630      # KOPPLUNGSEIGENSCHAFTEN (-Y) AUSWERTEN UND coupled_mode BESTIMMEN
631 if [[ $run_coupled_model = true ]] 
632 then
633
634    if  [[ -n $coupled_dist ]]
635    then
636
637       numprocs_atmos=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f1`
638       numprocs_ocean=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f2`
639
640       if (( $numprocs_ocean + $numprocs_atmos != $numprocs ))
641       then
642
643          printf "\n  +++ number of processors does not fit to specification by \"-Y\"."
644          printf "\n      PEs (total)     : $numprocs"
645          printf "\n      PEs (atmosphere): $numprocs_atmos"
646          printf "\n      PEs (ocean)     : $numprocs_ocean"
647          locat=coupling; exit
648
649          # REARRANGING BECAUSE CURRENTLY ONLY 1:1 TOPOLOGIES ARE SUPPORTED
650          # THIS SHOULD BE REMOVED IN FUTURE
651       elif (( $numprocs_ocean != $numprocs_atmos ))
652       then
653
654          printf "\n  +++ currently only 1:1 topologies are supported"
655          printf "\n      PEs (total)     : $numprocs"
656          printf "\n      PEs (atmosphere): $numprocs_atmos"
657          printf "\n      PEs (ocean)     : $numprocs_ocean"
658          (( numprocs_atmos = $numprocs / 2 ))
659          (( numprocs_ocean = $numprocs / 2 ))
660          printf "\n  +++ rearranged topology to $numprocs_atmos:$numprocs_ocean"
661
662       fi
663
664    else
665
666       (( numprocs_ocean = $numprocs / 2 ))
667       (( numprocs_atmos = $numprocs / 2 ))
668
669    fi
670    coupled_dist=`echo "$numprocs_atmos $numprocs_ocean"`
671
672       # GET coupled_mode FROM THE CONFIG FILE
673    line=""
674    grep  "%cpp_options.*-D__mpi2.*$host" $config_file  >  tmp_mrun
675    while read line
676    do
677       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" &&  ( $(echo $line | cut -d" " -s -f4) = $cond1 || $(echo $line | cut -d" " -s -f4)  = $cond2 ) ]]
678       then
679          coupled_mode="mpi2"
680       fi
681    done < tmp_mrun
682
683 fi
684
685
686    # PRUEFEN, OB EVTL. BEI VORHERGEHENDEM LAUF (KETTENJOB) EINE
687    # ARCHIVIERUNG FEHLGESCHLAGEN IST
688 if [[ -f ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname ]]
689 then
690    if [[ $ignore_archive_error = false ]]
691    then
692       printf "\n  +++ data archiving of previous run failed"
693       printf "\n      see directory \~/job_queue on remote machine"
694       locat=archive; exit
695    else
696       printf "\n  +++ warning: data archiving in a previous run failed"
697       printf "\n      MRUN continues, trying to get backup copy"
698    fi
699 fi
700
701
702
703    # LESEN UND INTERPRETIEREN DER KONFIGURATIONS-DATEI VOM SHELLSCRIPT AUS
704    # VORUEBERGEHEND ZWINGEND AUF LINUX-RECHNERN
705 if [[ "$read_from_config" = false ]]
706 then
707
708    [[ $silent = false ]]  &&  printf "\n    Reading the configuration file... "
709    while  read zeile
710    do
711        [[ $silent = false ]]  &&  printf "."
712
713
714          # ZUERST EVENTUELL VORKOMMENDE ENVIRONMENT-VARIABLEN DURCH IHRE WERTE
715          # ERSETZEN
716       eval  zeile=\"$zeile\"
717
718
719          # INTERPRETATION DER ZEILE
720       if [[ "$(echo $zeile)" = "" ]]
721       then
722             # LEERZEILE, KEINE AKTION
723          continue
724
725       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "#" ]]
726       then
727
728             # ZEILE IST KOMMENTARZEILE
729          true
730
731       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "%" ]]
732       then
733
734             # ZEILE DEFINIERT ENVIRONMENT-VARIABLE
735          zeile=$(echo $zeile | cut -c2-)
736#          echo $zeile | cut -d" " -f1-5 | read  var  value  for_host  for_cond1  for_cond2
737          var=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
738          value=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
739          for_host=`echo $zeile | cut -d" " -s -f3`
740          for_cond1=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
741          for_cond2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
742
743          if [[ "$for_host" = ""  ||  ( "$for_host" = $host  &&  "$for_cond1" = "$cond1"  &&  "$for_cond2" = "$cond2" )  ||  $(echo "$input_list$output_list"|grep -c "$for_host") != 0 ]]
744          then
745
746                # BEI COMPILER- CPP- ODER LINKEROPTIONEN EVTL ":" DURCH " "
747                # ERSETZEN. "::" WIRD DURCH ":" ERSETZT.
748             value=`echo $value | sed 's/::/%DUM%/g' | sed 's/:/ /g' | sed 's/%DUM%/:/g'`
749
750
751                # ENVIRONMENT-VARIABLE WIRD WERT AUS KONFIGURATIONSDATEI
752                # ZUGEWIESEN, WENN SIE SELBST NOCH KEINEN WERT UEBER DIE
753                # ENTSPRECHENDE SCRIPT-OPTION ERHALTEN HAT. SOLCHE
754                # VARIABLEN HAETTEN DANN DEN WERT "" ODER IM INTEGER-FALL DEN
755                # WERT 0.  ALLGEMEINE REGEL ALSO: SCRIPT-OPTION GEHT UEBER
756                # KONFIGURATIONSDATEI
757             if [[ "$(eval echo \$$var)" = ""  ||  "$(eval echo \$$var)" = "0" ]]
758             then
759                eval  $var=\$value
760
761                   # EVTL. BILDSCHIRMAUSGABEN DER ENVIRONMENT-VARIABLEN
762                if [[ $do_trace = true ]]
763                then
764                   printf "\n*** ENVIRONMENT-VARIABLE $var = $value"
765                fi
766             fi
767
768                # WENN ENVIRONMENT-VARIABLE HOST VEREINBART, DANN SOFORT AUSWERTEN
769                # WERT VON do-remote WIRD BEI DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT
770                # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
771                # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
772             if [[ $var = host ]]
773             then
774                if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
775                then
776                   do_batch=true
777                   do_remote=true
778                   case  $host  in
779                       (ibm|ibms|ibmy|lcsgib|lcsgih|lctit|nech|neck|unics|lcxt4)  true;;
780                       (*)  printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
781                            printf "\n      is not available"
782                            locat=nqs; exit;;
783                   esac
784                else
785                   host=$localhost
786                fi
787             fi
788
789                # VOM BENUTZER DEFINIERTE ENVIRONMENT VARIABLEN MUESSEN PRINZIPIELL
790                # EXPORTIERT WERDEN, DA SIE VIELLEICHT IN WEITER UNTEN AUFZURUFEN-
791                # DEN PROGRAMMEN BENOETIGT WERDEN
792             export  $var
793          fi
794
795
796
797
798       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "EC:" ]]
799       then
800
801             # ZEILE DEFINIERT ERROR-KOMMANDO
802          (( iec = iec + 1 ))
803          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
804          err_command[$iec]="$zeile"
805
806       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "IC:" ]]
807       then
808
809             # ZEILE DEFINIERT INPUT-KOMMANDO
810          (( iic = iic + 1 ))
811          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
812          in_command[$iic]="$zeile"
813
814       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "OC:" ]]
815       then
816
817             # ZEILE DEFINIERT OUTPUT-KOMMANDO
818          (( ioc = ioc + 1 ))
819          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
820          out_command[$ioc]="$zeile"
821
822       else
823
824             # ZEILE DEFINIERT DATEIVERBINDUNG. EINLESEN DER DATEIEIGENSCHAFTEN
825             # s2a: in/out - Feld
826             # s2b: loc    - Feld (optional)
827             # s2c: tr/ar  - Feld (optional)
828#          echo $zeile | cut -d" " -f1-2 | read  s1  s2
829          s1=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
830          s2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
831          s2a=$(echo $s2 | cut -d":" -f1)
832          if [[ $(echo $s2 | grep -c ":") = 0 ]]
833          then
834             s2b=""
835             s2c=""
836          else
837#             echo $s2 | cut -d":" -f2-3 | sed 's/:/ /g' | read  s2b  s2c
838             s2b=`echo $s2 | cut -d":" -f2 | sed 's/:/ /g'`
839             s2c=`echo $s2 | cut -d":" -s -f3 | sed 's/:/ /g'`
840          fi
841#          echo $zeile | cut -d" " -f3-6 | read  s3  s4  s5  s6
842          s3=`echo $zeile | cut -d" " -f3`
843          s4=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
844          s5=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
845          s6=`echo $zeile | cut -d" " -s -f6`
846
847       
848             # ABSPEICHERN DER DATEIVERBINDUNG, FALLS IN INPUT- ODER OUTPUT-LIST
849             # VERMERKT. VARIABLE S3 KANN AUCH LISTE ENTHALTEN (FELDTRENNER ":")
850             # DATEIVERBINDUNG WIRD DANN NICHT ABGESPEICHERT UND GEPRUEFT, WENN
851             # PROGRAMMLAUF AUF REMOTE-MASCHINE ERFOLGT UND DATEI NUR LOKAL VOR-
852             # HANDEN SEIN MUSS (D.H. s2b = loc)
853          IFSALT="$IFS"; IFS="$IFS:"
854          if [[ "$s2a" = in  &&  ! ( $do_remote = true  &&  ( "$s2b" = loc  ||  "$s2b" = locopt ) ) ]]
855          then
856             found=false
857             for  actual  in  $input_list
858             do
859                for  formal  in  $s3
860                do
861                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-" ]]  &&  found=true
862                done
863             done
864             if [[ $found = true ]]
865             then
866                (( iin = iin + 1 ))
867                localin[$iin]=$s1; transin[$iin]=$s2b; actionin[$iin]=$s2c;
868                typein[$iin]=$s3; pathin[$iin]=$s4; endin[$iin]=$s5;
869                extin[$iin]=$s6
870             fi
871          elif [[ "$s2a" = out  &&  ! ( $do_remote = true  &&  "$s2b" = loc ) ]]
872          then
873             found=false
874             for  actual  in  $output_list
875             do
876                for  formal  in  $s3 
877                do
878                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-"  ]]  &&  found=true
879                done
880             done
881             if [[ $found = true ]]
882             then
883                (( iout = iout + 1 ))
884                localout[$iout]=$s1; actionout[$iout]=$s2c; typeout[$iout]=$s3;
885                pathout[$iout]=$s4; endout[$iout]=$s5; extout[$iout]=$s6
886             fi
887          elif [[ "$s2a" != in  &&  "$s2a" != out ]]
888          then
889             printf "\n  +++ I/O-attribute in configuration file $config_file has the invalid"
890             printf "\n      value \"$s2\". Only \"in\" and \"out\" are allowed!"
891             locat=connect; exit
892          fi
893          IFS="$IFSALT"
894       fi
895    done < $config_file
896
897 else
898
899
900       # INTERPRETATION DER KONFIGURATIONSDATEI MITTELS FORTRAN 90 - PROGRAMM
901    [[ $silent = false ]]  &&  printf "..."
902    export  cond1 cond2 config_file do_remote do_trace input_list localhost output_list
903    export  interpreted_config_file=.icf.$RANDOM
904
905
906
907       # ENVIRONMENT-VARIABLEN FUER INTERPRET_CONFIG UEBER NAMELIST_DATEI ZUR
908       # VERFUEGUNG STELLEN
909    cat  >  .mrun_environment  <<  %%END%%
910 &mrun_environment  cond1 = '$cond1', cond2 = '$cond2',
911                    config_file = '$config_file', do_remote = '$do_remote',
912                    do_trace = '$do_trace', host = '$host',
913                    input_list = '$input_list', icf = '$interpreted_config_file',
914                    localhost = '$localhost', output_list = '$output_list' /
915
916%%END%%
917
918       # WERTE VON MRUN-OPTIONEN SICHERN UND DAMIT GEGEBENENFALLS SPAETER DIE
919       # IN DER KONFIGURAIONSDATEI ANGEGEBENEN WERTE UEBERSTEUERN
920    mrun_memory=$memory
921    mrun_group_number=$group_number
922    mrun_cpumax=$cpumax
923    mrun_numprocs=$numprocs
924
925    if [[ $localhost_realname = "gate" ]]
926    then
927       interpret_config_gate.x
928    else
929       interpret_config.x
930    fi
931    rm .mrun_environment
932
933
934       # AUSFUEHRUNG DER GENERIERTEN SHELL-KOMMANDOS IN DIESER SHELL
935    chmod  u+x  $interpreted_config_file
936    export PATH=$PATH:.
937    . $interpreted_config_file
938    rm  $interpreted_config_file
939
940
941       # OPTIONSWERTE UEBERSTEUERN KONFIGURATIONSDATEI
942    [[ $mrun_memory     != 0  ]]  &&  memory=$mrun_memory
943    [[ "$mrun_group_number" != "none" ]]  &&  group_number=$mrun_group_number
944    [[ $mrun_cpumax     != 0  ]]  &&  cpumax=$mrun_cpumax
945    [[ "$mrun_numprocs" != "" ]]  &&  numprocs=$mrun_numprocs
946
947 fi
948
949
950    # QUELLTEXTVERZEICHNIS AUF LOKALER MASCHINE AUS KONFIGURATIONSDATEI
951    # BESTIMMEN (WUERDE SONST EVTL. DAS VERZEICHNIS DES JEWEILS UNTER -h
952    # ANGEGEBENEN REMOTE-RECHNERS SEIN)
953    # BEI BATCH-JOBS SIND DIE ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE SCHON KOMPLETT
954 if [[ "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
955 then
956
957       # ZUERST PRUEFEN, OB EIN GLOBALER QUELLTEXTPFAD FUER ALLE RECHNER
958       # VEREINBART WURDE
959    source_path=""
960    line=""
961    grep "%source_path" $config_file  >  tmp_mrun
962    while read line
963    do
964       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
965       then
966          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -f3)" = "" ]]
967          then
968             global_source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
969          fi
970       fi
971    done  <  tmp_mrun
972
973    line=""
974    found=false
975    grep  " $localhost" $config_file | grep "%source_path"  >  tmp_mrun
976    while read line
977    do
978       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
979       then
980          if [[ $found = true ]]
981          then
982             printf "\n\n  +++ more than one source path found in configuration file"
983             printf "\n      for local host \"$localhost\" "
984             locat=source_path; exit
985          fi
986          source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
987          found=true
988       fi
989    done  <  tmp_mrun
990    rm  tmp_mrun
991
992    if [[ "$source_path" = "" ]]
993    then
994       if [[ "$global_source_path" != "" ]]
995       then
996          source_path=$global_source_path
997       else
998          printf "\n\n  +++ no source path found in configuration file"
999          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
1000          locat=source_path; exit
1001       fi
1002    fi
1003    eval source_path=$source_path
1004
1005    if [[ ! -d $source_path ]]
1006    then
1007       printf "\n\n  +++ source path \"$source_path\" on local host"
1008       printf "\n      \"$localhost\" does not exist"
1009       locat=source_path; exit
1010    fi
1011
1012 fi
1013
1014
1015    # GLOBALE REVISIONSNUMMER ERMITTELN (FORTSETZUNGSLAEUFEN WIRD DIESE
1016    # DURCH OPTION -G MITGETEILT)
1017 if [[ "$global_revision" = "" ]]
1018 then
1019    global_revision=`svnversion $source_path  2>/dev/null`
1020    global_revision="Rev: $global_revision"
1021 fi
1022
1023
1024    # NOCHMAL PRUEFEN, OB AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL
1025    # (HOST KANN IN KONFIGURATIONSDATEI ANDERS FESTGELEGT WORDEN SEIN)
1026    # WERT VON do_remote WIRD FUER DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT.
1027    # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
1028    # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
1029 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
1030 then
1031    do_batch=true
1032    do_remote=true
1033    case  $host  in
1034        (ibm|ibmb|ibmh|ibms|ibmy|lcsgib|lcsgih|lctit|nech|neck|unics|lcxt4)  true;;
1035        (*)  printf "\n"
1036             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
1037             printf "\n      is not available"
1038             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
1039    esac
1040 else
1041    host=$localhost
1042 fi
1043
1044
1045    # PRUEFUNG EINIGER PROZESSORZAHLANGABEN BEI RECHNUNGEN AUF PARALLELRECHNERN
1046 if [[ "$cond1" = parallel  ||  "$cond2" = parallel ]]
1047 then
1048
1049       # PRUEFEN, OB DIE ANZAHL DER ZU VERWENDENDEN PES ANGEGEBEN WURDE
1050    if [[ ! -n $numprocs ]]
1051    then
1052       printf "\n"
1053       printf "\n  +++ option \"-K parallel\" requires additional specification"
1054       printf "\n      of the number of processors to be used by"
1055       printf "\n      mrun-option \"-X\" or by environment-variable"
1056       printf "\n      \"numprocs\" in the configuration file"
1057       locat=numprocs; (( iec = 0 )); exit 
1058    fi
1059
1060       # PRUEFEN, OB DIE PROZESSORANZAHL PRO KNOTEN ANGEGEBEN WURDE (GGF.
1061       # DEFAULT-WERT SETZEN) UND OB SIE EIN GANZZAHLIGER TEILER DER
1062       # GESAMTPROZESSORANZAHL IST
1063    if [[ $host = nech  ||  $host = neck  ||  $host = ibmh  ||  $host = ibmb  ||  $host = ibms ]]
1064    then
1065       [[ "$tasks_per_node" = "" ]]  &&  tasks_per_node=6
1066       (( ival = $tasks_per_node ))
1067       (( pes = numprocs ))
1068#       if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics+1PE) = 1 ]]
1069#       then
1070#          (( pes = pes - 1 ))
1071#       fi
1072       (( ii = pes / ival ))
1073       if (( pes - ii * ival > 0 ))
1074       then
1075          printf "\n"
1076          printf "\n  +++ tasks per node (option \"-T\") must be an integral"
1077          printf "\n      divisor of the total number of processors (option \"-X\")"
1078          printf "\n      values of this mrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $numprocs\""
1079          locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1080       fi
1081    fi
1082
1083       # IBMY HAT NUR EINEN KNOTEN
1084    if [[ $host = ibmy ]]
1085    then
1086       if [[ "$tasks_per_node" != ""  &&  "$tasks_per_node" != "$numprocs" ]]
1087       then
1088          printf "\n"
1089          printf "\n  +++ on ibmy, tasks per node (option \"-T\") must be equal to the"
1090          printf "\n      total number of processors (option \"-X\")"
1091          printf "\n      values of this mrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $numprocs\""
1092          locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1093       fi
1094    fi
1095
1096       # FALLS OPENMP PARALLELISIERUNG VERWENDET WERDEN SOLL, ANZAHL VON THREADS
1097       # SETZEN UND ZAHL DER TASKS PRO KNOTEN AUF 1 SETZEN
1098    if [[ $use_openmp = true ]]
1099    then
1100       threads_per_task=$tasks_per_node
1101       tasks_per_node=1
1102    fi
1103    OOPT="-O $threads_per_task"
1104    TOPT="-T $tasks_per_node"
1105
1106       # GESAMTZAHL DER KNOTEN BESTIMMEN
1107    if [[ "$tasks_per_node" != "" ]]
1108    then
1109       (( nodes = numprocs / ( tasks_per_node * threads_per_task ) ))
1110    fi
1111
1112       # PRUEFEN, OB NODE USAGE EINEN ERLAUBTEN WERT HAT BZW. DEN DEFAULT
1113       # SETZEN
1114    if [[ $node_usage = default ]]
1115    then
1116       if [[ $host = ibms ]]
1117       then
1118          node_usage=shared
1119       elif [[ $host = lctit ]]
1120       then
1121          node_usage=sla3
1122       elif [[ $(echo $host | cut -c1-5) = lcsgi ]]
1123       then
1124          node_usage=singlejob
1125       else
1126          node_usage=not_shared
1127       fi
1128    fi
1129
1130    if [[ $node_usage != shared  &&  $node_usage != not_shared  &&  $node_usage != singlejob  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla"  &&  $node_usage != novice  ]]
1131    then
1132       printf "\n"
1133       printf "\n  +++ node usage (option \"-n\") is only allowed to be set"
1134       printf "\n      \"shared\" or \"not_shared\""
1135       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1136    fi
1137
1138 fi
1139
1140    # PRUEFEN, OB HOSTFILE EXISTIERT
1141 if [[ -n $hostfile ]]
1142 then
1143    if [[ ! -f $hostfile ]]
1144    then
1145       printf "\n"
1146       printf "\n  +++ hostfile \"$hostfile\" does not exist"
1147       locat=hostfile; exit
1148    fi
1149 fi
1150
1151    # PRUEFEN, OB RHOSTS DATEI EXISTIERT. GEGEBENENFALLS ANLEGEN BZW. ERWEITERN
1152 if [[ $host = ibmy  &&  $do_remote = false ]]
1153 then
1154    if [[ ! -f $HOME/.rhosts ]]
1155    then
1156       echo  "gfdl5.yonsei.ac.kr"  >  $HOME/.rhosts
1157       printf "\n\n  *** file:"
1158       printf "\n           $HOME/.rhosts"
1159       printf "\n      was created\n"
1160    fi
1161    if [[ $(grep -c gfdl5.yonsei.ac.kr $HOME/.rhosts) = 0 ]]
1162    then
1163       echo  "gfdl5.yonsei.ac.kr"  >>  $HOME/.rhosts
1164       printf "\n\n  *** file:"
1165       printf "\n           $HOME/.rhosts"
1166       printf "\n      was extended by the name of the current host\n"
1167    fi
1168 fi
1169
1170
1171
1172    # FALLS NICHT VORGEGEBEN, DEFAULT-QUEUE AUF DER ZIELMASCHINE FESTLEGEN
1173 if [[ $queue = none ]]
1174 then
1175    case  $host  in
1176        (ibmb)       if [[ $node_usage = shared ]]
1177                     then
1178                        queue=cshare
1179                     else
1180                        queue=csolo
1181                     fi;;
1182        (ibmh)       if [[ $node_usage = shared ]]
1183                     then
1184                        queue=cshare
1185                     else
1186                        queue=csolo
1187                     fi;;
1188        (ibmy)       queue=parallel;;
1189        (lcsgib)     queue=bigq;;
1190        (lcsgih)     queue=bigq;;
1191        (lctit)      queue=sla3;;
1192        (nech)       queue=none;;
1193        (neck)       queue=P;;
1194        (unics)      queue=unics;;
1195    esac
1196 fi
1197
1198
1199    # VOLLSTAENDIGE DATEINAMEN DER INPUT-FILES BILDEN,
1200    # INPUT-DATEIEN AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND EVTL. HOECHSTE ZYKLUSNUMMER
1201    # ERMITTELN
1202 (( i = 0 ))
1203 while (( i < iin ))
1204 do
1205    (( i = i + 1 ))
1206    (( maxcycle = 0 ))
1207
1208       # NAMENSBILDUNG (EVTL. IST FESTER DATEINAME VORGEGEBEN)
1209    if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1210    then
1211       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${endin[$i]}  # REMOTE-PFAD ERST AUF
1212                                                    # REM-MASCHINE AUSWERTEN
1213       eval filename=${pathin[$i]}/${endin[$i]}
1214    else
1215       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}  # REMOTE-PFAD ERST AUF
1216                                                             # REM-MASCHINE AUSWERTEN
1217       eval filename=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}
1218    fi
1219
1220       # PRUEFEN AUF VORHANDENSEIN
1221    if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1222          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1223          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1224    then
1225          # DATEIEN MIT EXTENSION (Z.B. NC) MUESSEN NICHT ZWINGEND VORHANDEN
1226          # SEIN, DESHALB IN SOLCHEN FAELLEN KEIN ABBRUCH. DIES IST NUR EINE
1227          # VORUEBERGEHENDE LOESUNG (OKT 05). NICHT ZWINGEND BENOETIGTE
1228          # EINGABEDATEIEN SOLLTEN EINE SPEZIELLE OPTION IN DER DATEI-
1229          # VERBINDUNGSANWEISUNG BEKOMMEN (Z.B. inopt?)
1230       if [[ "${transin[$i]}" != "locopt" ]]
1231       then
1232          printf "\n\n  +++ INPUT-file: "
1233          if [[ "${extin[$i]}" = "" ]]
1234          then
1235             printf "\n           $filename"
1236          else
1237             printf "\n           $filename.${extin[$i]}"
1238          fi
1239          printf "\n      does not exist\n"
1240          locat=input; exit
1241       else
1242          transin[$i]="unavailable"
1243       fi
1244    else
1245
1246          # ZYKLUSNUMMER FESTSTELLEN
1247       ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1248       ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1249       while  read zeile
1250       do
1251          cycle=$(print $zeile | cut -f2 -d".")
1252          if [[ "$cycle" = "$zeile" ]]
1253          then
1254             (( icycle = 0 ))
1255          elif [[ "$cycle" = "${extin[$i]}" ]]
1256          then
1257             (( icycle = 0 ))
1258          else
1259             (( icycle = $cycle ))
1260          fi
1261          if (( icycle > maxcycle ))
1262          then
1263             (( maxcycle = icycle ))
1264             file_to_be_used=$zeile
1265          fi
1266       done <filelist
1267       rm filelist
1268
1269          # EVTL. ZYKLUSNUMMER AN DATEINAMEN ANFUEGEN
1270       if (( maxcycle > 0 ))
1271       then
1272          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1273          then
1274             filename=${filename}.$maxcycle.${extin[$i]}
1275          else
1276             filename=${filename}.$maxcycle
1277          fi
1278       else
1279          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1280          then
1281             filename=${filename}.${extin[$i]}
1282          fi
1283       fi
1284       
1285          # DATEINAMEN OHNE PFAD ABER MIT ZYKLUSNUMMER ABSPEICHERN,
1286          # DA SPAETER BEI RUECKSPEICHERN VOM ARCHIVSYSTEM EVTL. BENOETIGT
1287       absnamein[$i]=$filename
1288       if (( maxcycle > 0 ))
1289       then
1290          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1291          then
1292             frelin[$i]=${endin[$i]}.$maxcycle
1293          else
1294             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}.$maxcycle
1295          fi
1296       else
1297          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1298          then
1299             frelin[$i]=${endin[$i]}
1300          else
1301             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}
1302          fi
1303       fi
1304
1305    fi
1306 done
1307       
1308
1309    # VOLLSTAENDIGE DATEINAMEN (OHNE $ ODER ~) DER OUTPUT-FILES BILDEN,
1310    # OUTPUT-DATEIEN AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND EVTL. HOECHSTE ZYKLUSNUMMER
1311    # ERMITTELN ODER, FALLS NICHT VORHANDEN, PRUEFEN, OB SIE SICH ANLEGEN LASSEN
1312    # DIESE AKTIONEN FINDEN NICHT STATT, WENN PROGRAMM AUF REMOTE-MASCHINE
1313    # RECHNET UND DATEI ANSCHLIESSEND TRANSFERIERT WERDEN SOLL!
1314 (( i = 0 ))
1315 while (( i < iout ))
1316 do
1317    (( i = i + 1 ))
1318    if [[ ! ( $fromhost != $localhost  &&  ( "${actionout[$i]}" = tr || "${actionout[$i]}" = tra || "${actionout[$i]}" = trpe ) ) ]]
1319    then
1320       if [[ "${actionout[$i]}" = tr  ||  "${actionout[$i]}" = trpe ]]
1321       then
1322          actionout[$i]=""
1323       elif [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
1324       then
1325          actionout[$i]=a
1326       fi
1327       (( maxcycle = 0 ))
1328       eval filename=${pathout[$i]}/${fname}${endout[$i]}
1329       eval catalogname=${pathout[$i]}
1330       if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1331             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1332             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1333       then
1334     
1335             # OUTPUT-DATEI NICHT VORHANDEN. PRUEFEN, OB ANLEGEN MOEGLICH.
1336          if  cat /dev/null > $filename 
1337          then
1338             rm  $filename
1339          else
1340
1341                # PRUEFEN, OB KATALOG VORHANDEN UND EVTL. DIESEN ANLEGEN
1342             if [[ ! -d $catalogname ]]
1343             then
1344                if  mkdir -p  $catalogname
1345                then
1346                   printf "\n\n  *** directory:"
1347                   printf "\n           $catalogname"
1348                   printf "\n      was created\n"
1349                else
1350                   printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1351                   printf "\n           $filename"
1352                   printf "\n      cannot be created, because directory does not exist"
1353                   printf "\n      and cannot be created either"
1354                   printf "\n"
1355                   locat=output  ; exit
1356                fi 2>/dev/null
1357             else
1358                printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1359                printf "\n           $filename"
1360                printf "\n      cannot be created, although directory exists"
1361                printf "\n"
1362                locat=output  ; exit
1363             fi
1364          fi 2>/dev/null
1365       else
1366
1367             # ZYKLUSNUMMER FESTSTELLEN
1368          ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1369          ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1370          while  read zeile
1371          do
1372             cycle=$(print $zeile | cut -f2 -d".")
1373             if [[ "$cycle" = "$zeile"  ||  "$cycle" = ${extout[$i]} ]]
1374             then
1375                (( icycle = 1 ))
1376             else
1377                (( icycle = $cycle + 1 ))
1378             fi
1379             if (( icycle > maxcycle ))
1380             then
1381                (( maxcycle = icycle ))
1382             fi
1383          done <filelist
1384          rm filelist
1385       fi
1386
1387          # EVTL. ZYKLUSNUMMER AN DATEINAMEN ANFUEGEN UND PRUEFEN, OB SICH
1388          # DATEI AUCH WIRKLICH ANLEGEN LAESST. IM APPEND-FALL MUSS AN DEN
1389          # HOECHSTEN VORHANDENEN ZYKLUS-ANGEHAENGT WERDEN. ANLAGEPRUEFUNG
1390          # IST DANN NATUERLICH NICHT ZULAESSIG BZW. MOEGLICH
1391       if [[ "${actionout[$i]}" != a ]]
1392       then
1393          if (( maxcycle > 0 ))
1394          then
1395             filename=${filename}.$maxcycle
1396             if  cat /dev/null > $filename 
1397             then
1398                rm  $filename
1399             else
1400                printf "\n  +++ OUTPUT-file:"
1401                printf "\n           $filename"
1402                printf "\n      cannot be created"
1403                locat=output  ; exit
1404             fi
1405          fi
1406       else
1407          (( maxcycle = maxcycle - 1 ))
1408          if (( maxcycle > 0 ))
1409          then
1410             filename=${filename}.$maxcycle
1411          fi
1412       fi
1413       
1414          # DATEINAMEN OHNE PFAD ABER MIT ZYKLUSNUMMER ABSPEICHERN,
1415          # DA SPAETER BEI ABLAGE AUF ARCHIVSYSTEM BZW. FUER
1416          # DATEI OUTPUT_FILE_CONNECTIONS EVTL. BENOETIGT
1417       pathout[$i]=$filename
1418       if (( maxcycle > 0 ))
1419       then
1420          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}.$maxcycle
1421       else
1422          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}
1423       fi
1424
1425    fi
1426 done
1427
1428
1429     # DAS DVRP-PAKET ERFORDERT EINE ENTSPRECHENDE BIBLIOTHEK
1430 if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
1431 then
1432    if [[ "$dvrp_inc" = "" ]]
1433    then
1434       printf "\n\n  +++ no value for \"dvrp_inc\" given in configuration file"
1435       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1436       locat=dvrp; exit
1437    fi
1438    if [[ "$dvrp_lib" = "" ]]
1439    then
1440       printf "\n\n  +++ no value for \"dvrp_lib\" given in configuration file"
1441       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1442       locat=dvrp; exit
1443    fi
1444 fi
1445
1446
1447     # PRUEFEN, OB ENTWEDER HAUPTPROGRAMM ODER NUR EIN AUSFUEHRBARES
1448     # PROGRAMM VEREINBART WURDE (IN DIESEM FALL BRAUCHT IM WEITEREN NICHT
1449     # UEBERSETZT ZU WERDEN)
1450 if [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" = "" ]]
1451 then
1452    printf "\n  +++ neither main program nor executable defined"
1453    locat=source; exit
1454 elif [[ "$mainprog" != ""  &&  "$executable" != "" ]]
1455 then
1456    printf "\n  +++ main program as well as executable defined"
1457    locat=source; exit
1458 elif [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" != "" ]]
1459 then
1460    do_compile=false
1461 fi
1462
1463
1464    # SOURCE-VERZEICHNIS ZUM AUFSAMMELN DER ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE
1465    # ERZEUGEN. HIERHIN WERDEN SPAETER IM FALL VON BATCH-JOBS AUCH DAS MRUN-
1466    # SCRIPTS SOWIE DIE KONFIGURATIONSDATEI KOPIERT
1467 if [[ $restart_run != true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1468 then
1469    rm -rf  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1470    mkdir   SOURCES_FOR_RUN_$fname
1471 fi
1472
1473
1474    # ALLE ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE ZUSAMMENSAMMELN
1475    # BEI BATCH-JOBS IST DIES NICHT NOETIG, WEIL DIE PROGRAMMTEILE BEREITS DURCH
1476    # DEN MRUN-AUFRUF ERMITTELT SIND, DER DEN BATCH-JOB GENERIERT HAT, UND
1477    # IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN_... ABGELEGT SIND
1478 if [[ $do_compile = true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1479 then
1480
1481    [[ "$source_list" = LM ]]  &&  source_list=LOCALLY_MODIFIED
1482    [[ "$source_list" = WP ]]  &&  source_list=WRITE_PERMIT
1483
1484
1485       # EVTL. ZU UEBERSETZENDE PROGRAMMTEILE DADURCH BESTIMMEN, DASS GEPRUEFT
1486       # WIRD, WELCHE DATEIEN WRITE-PERMIT BESITZEN (DATEIEN SOLLTEN DESHALB
1487       # UNTER RCS-KONTROLLE STEHEN). MIT DER VARIABLEN EXCLUDE KOENNEN
1488       # BESTIMMTE DATEIEN GRUNDSAETZLICH VON DER UEBERSETZUNG AUSGESCHLOSSEN
1489       # WERDEN. DIES IST NUR BEI MANUELLEM START VON MRUN DURCH DEN BENUTZER
1490       # MOEGLICH, DA BEI AUTOMATISCHEN RESTARTS TEST DURCH DIE TATSAECHLICH
1491       # ZU UBERSETZENDEN DATEIEN ERSETZT IST.
1492       # ALLE ERMITTELTEN DATEIEN WERDEN IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN_...
1493       # GESAMMELT
1494    if [[ "$source_list" = WRITE_PERMIT ]]
1495    then
1496
1497       source_list=""
1498       cd  $source_path
1499
1500
1501          # ALLE MOEGLICHEN QUELLCODEDATEIEN AUFLISTEN
1502       Names=$(ls -1 *.f90 2>&1)
1503       [[ $(echo $Names | grep -c '*.f90') = 0 ]]  &&  Filenames="$Names"
1504       Names=$(ls -1 *.F90 2>&1)
1505       [[ $(echo $Names | grep -c '*.F90') = 0 ]]  &&  Filenames="$Filenames $Names"
1506       Names=$(ls -1 *.F 2>&1)
1507       [[ $(echo $Names | grep -c '*.F') = 0   ]]  &&  Filenames="$Filenames $Names"
1508       Names=$(ls -1 *.f 2>&1)
1509       [[ $(echo $Names | grep -c '*.f') = 0   ]]  &&  Filenames="$Filenames $Names"
1510       Names=$(ls -1 *.c 2>&1)
1511       [[ $(echo $Names | grep -c '*.c') = 0   ]]  &&  Filenames="$Filenames $Names"
1512
1513
1514          # DATEIEN MIT WRITE-PERMIT NACH SOURCES_FOR_RUN_... KOPIEREN
1515       for  dateiname  in  $Filenames
1516       do
1517          if [[ -w $dateiname ]]
1518          then
1519             if [[ "$exclude" = ""  ||  $(echo $exclude | grep -c $dateiname) = 0 ]]
1520             then
1521                cp  $dateiname  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1522                source_list=$source_list"$dateiname "
1523             fi
1524          fi
1525       done
1526
1527       cd -  > /dev/null
1528
1529
1530    elif [[ "$source_list" = LOCALLY_MODIFIED ]]
1531    then
1532
1533          # MODIFIZIERTE DATEIEN DER SVN-ARBEITSKOPIE BESTIMMEN
1534       source_list=""
1535       cd  $source_path
1536
1537
1538          # PRUEFEN, OB VERZEICHNIS UEBERHAUPT UNTER SVN-KONTROLLE STEHT
1539       if [[ ! -d .svn ]]
1540       then
1541          printf "\n\n  +++ source directory"
1542          printf "\n         \"$source_path\" "
1543          printf "\n         is not under control of \"subversion\"."
1544          printf "\n         Please do not use mrun-option \"-s LOCALLY MODIFIED\"\n"
1545       fi
1546
1547
1548          # ALLE MODIFIZIERTEN QUELLCODEDATEIEN AUFLISTEN
1549       Filenames=""
1550       svn status  >  tmp_mrun
1551       while  read line
1552       do
1553          firstc=`echo $line | cut -c1`
1554          if [[ $firstc = M  ||  $firstc = "?" ]]
1555          then
1556             Name=`echo "$line" | cut -c8-`
1557             extension=`echo $Name | cut -d. -f2`
1558             if [[ "$extension" = f90 || "$extension" = F90 || "$extension" = f || "$extension" = F || "$extension" = c ]]
1559             then
1560                Filenames="$Filenames "$Name
1561             fi
1562          fi
1563       done < tmp_mrun
1564
1565
1566          # DATEIEN NACH SOURCES_FOR_RUN_... KOPIEREN
1567       for  dateiname  in  $Filenames
1568       do
1569          cp  $dateiname  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1570          source_list=$source_list"$dateiname "
1571       done
1572
1573       cd -  > /dev/null
1574
1575
1576       # MITTELS OPTION -s ANGEGEBENE DATEIEN NACH SOURCES_FOR_RUN_... KOPIEREN
1577       # BEI AUTOMATISCHEN FORTSETZUNGSLAEUFEN SIND DORT SCHON ALLE DATEIEN
1578       # VORHANDEN
1579    elif [[ "$source_list" != ""  &&  $restart_run != true ]]
1580    then
1581
1582       cd  $source_path
1583
1584       for  filename  in  $source_list
1585       do
1586
1587             # QUELLTEXT-DATEI DARF KEINE PFADE BEINHALTEN
1588          if [[ $(print $filename | grep -c "/") != 0 ]]
1589          then
1590             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1591             printf "\n      must not contain (\"/\") "
1592             locat=source; exit
1593          fi
1594
1595          if [[ ! -f $filename ]]
1596          then
1597             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1598             printf "\n      does not exist"
1599             locat=source; exit
1600          else
1601             cp  $filename  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1602          fi
1603
1604       done
1605
1606       cd -  > /dev/null
1607
1608    fi
1609
1610
1611       # PRUEFEN, OB ENTWEDER HAUPTPROGRAMM VORHANDEN UND ES EVTL. IN DER
1612       # LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE MIT ENTHALTEN IST (WENN
1613       # NICHT, WIRD ES DIESER LISTE HINZUGEFUEGT)
1614    if [[ $restart_run != true ]]
1615    then
1616
1617       if [[ ! -f "$source_path/$mainprog" ]]
1618       then
1619          printf "\n\n  +++ main program:  $mainprog"
1620          printf "\n      does not exist in source directory"
1621          printf "\n      \"$source_path\"\n"
1622          locat=source; exit
1623       else
1624          if [[ $(echo $source_list | grep -c $mainprog) = 0 ]]
1625          then
1626             cp  $source_path/$mainprog  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1627             source_list=${mainprog}" $source_list"
1628          fi
1629       fi
1630    fi
1631
1632
1633       # MAKEFILE AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND KOPIEREN
1634       # BEI RESTART-LAEUFEN LIEGT ES SCHON IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN...
1635    if [[ "$restart_run" != true ]]
1636    then
1637       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
1638       if [[ ! -f $makefile ]]
1639       then
1640          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
1641          locat=make; exit
1642       else
1643          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
1644       fi
1645    fi
1646
1647
1648       # DATEIEN AUS ZUSAETZLICHEM QUELLVERZEICHNIS HINZUFUEGEN
1649    if [[ $restart_run != true  &&  "$add_source_path" != "" ]]
1650    then
1651
1652          # GIBT ES DAS VERZEICHNIS UEBERHAUPT?
1653       if [[ ! -d $add_source_path ]]
1654       then
1655          printf "\n\n  +++ WARNING: additional source code directory"
1656          printf "\n      \"$add_source_path\" "
1657          printf "\n      does not exist or is not a directory."
1658          printf "\n      No source code will be used from this directory!\n"
1659          add_source_path=""
1660          sleep 3
1661       else
1662
1663          cd $add_source_path
1664          found=false
1665
1666          Names=$(ls -1 *.f90 2>&1)
1667          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$Names"
1668          Names=$(ls -1 *.F90 2>&1)
1669          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1670          Names=$(ls -1 *.F 2>&1)
1671          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1672          Names=$(ls -1 *.f 2>&1)
1673          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1674          Names=$(ls -1 *.c 2>&1)
1675          [[ $(echo $Names | grep -c '*.c') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1676
1677          cd -  > /dev/null
1678          cd  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1679
1680             # COPY MAKEFILE IF EXISTING
1681          if [[ -f $add_source_path/Makefile ]]
1682          then
1683             printf "\n\n  *** user Makefile from directory"
1684             printf "\n      \"$add_source_path\" is used \n"
1685             sleep 1
1686             cp  $add_source_path/Makefile  .
1687          fi
1688
1689          for  dateiname  in  $AddFilenames
1690          do
1691             if [[ -f $dateiname ]]
1692             then
1693                printf "\n  +++ source code file \"$dateiname\" found in additional"
1694                printf "\n      source code directory \"$add_source_path\" "
1695                printf "\n      but was also given with option \"-s\" which means that it should be taken"
1696                printf "\n      from directory \"$source_path\"."
1697                locat=source; exit
1698             fi
1699
1700             cp  $add_source_path/$dateiname  .
1701             source_list="$source_list $dateiname"
1702
1703                # CHECK IF FILE IS CONTAINED IN MAKEFILE
1704             if [[ $(grep -c $dateiname Makefile) = 0 ]]
1705             then
1706                printf "\n\n  +++ user file \"$dateiname\" "
1707                printf "\n      is not listed in Makefile \n"
1708                locat=source; exit
1709             else
1710
1711                # Default User-Interface von der Liste entfernen, falls Datei
1712                # ein User-Interface enthaelt
1713#             if [[ $( cat $dateiname | grep -c "END SUBROUTINE user_parin" ) != 0 ]]
1714#             then
1715#                if [[ $dateiname != user_interface.f90  &&  -f user_interface.f90 ]]
1716#                then
1717#                   rm -rf  user_interface.f90
1718#                   source_list=`echo $source_list | sed -e 's/user_interface.f90//'`
1719#                   printf "\n\n  *** default \"user_interface.f90\" removed from the files to be translated"
1720#                   printf "\n      since a user-interface is found in file"
1721#                   printf "\n      \"$add_source_path/$dateiname\" \n"
1722#                   sleep 3
1723#                else
1724                if [[ $found = false ]]
1725                then
1726                   found=true
1727                   printf "\n\n  *** following user file(s) added to the"
1728                   printf " files to be translated:\n      "
1729                fi
1730                printf "$dateiname  "
1731                sleep 0.5
1732             fi
1733          done
1734          [[ $found = true ]]  &&  printf "\n"
1735          cd -  > /dev/null
1736       fi
1737    fi
1738
1739
1740       # ALLE UNTERPROGRAMME, DIE ZU VEREINBARTEN SOFTWAREPAKETEN GEHOEREN,
1741       # DER LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN DATEIEN HINZUFUEGEN
1742    if [[ $restart_run != true  &&  -n $package_list ]]
1743    then
1744
1745       cd  $source_path
1746
1747       for  package  in  $package_list
1748       do
1749
1750          [[ $package = "dvrp_graphics+1PE" ]]  &&  package=dvrp_graphics
1751
1752             # ERMITTELE ALLE DATEIEN, DIE ZUM PAKET GEHOEREN
1753             # FEHLERMELDUNGEN WERDEN ABGEFANGEN, DA * AUCH VERZEICHNISSNAMEN
1754             # LIEFERT
1755          package_source_list=`grep "defined( __$package " * 2>/dev/null | cut -f1 -d:`
1756
1757
1758             # FUEGE DIESE DATEIEN DER LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN DATEIEN
1759             # HINZU, FALLS SIE NOCH NICHT DAZUGEHOEREN
1760          for  source_list_name  in  $package_source_list
1761          do
1762             if [[ $(echo $source_list | grep -c $source_list_name) = 0 ]]
1763             then
1764
1765                    # NUR DATEIEN MIT GUELTIGEN ENDUNGEN VERWENDEN
1766                ending=`echo $source_list_name | cut -f2 -d.`
1767                if [[ "$ending" = f90  ||  "$ending" = F90  ||  "$ending" = f  ||  "$ending" = F  ||  "$ending" = c ]]
1768                then
1769                   cp  $source_list_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1770                   source_list="$source_list $source_list_name"
1771                fi
1772             fi
1773          done
1774       done
1775
1776       cd -  > /dev/null
1777    fi
1778
1779
1780       # MAKEFILE AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND KOPIEREN
1781       # BEI RESTART-LAEUFEN LIEGT ES SCHON IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN...
1782#    if [[ "$restart_run" != true ]]
1783#    then
1784#       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
1785#       if [[ ! -f $makefile ]]
1786#       then
1787#          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
1788#          locat=make; exit
1789#       else
1790#          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
1791#       fi
1792#    fi
1793
1794 fi  # do_compile=true
1795
1796
1797    # FALLS PROGRAMMTEILE UEBERSETZT WERDEN SOLLEN, FOLGEN JETZT EINIGE
1798    # UEBERPRUEFUNGEN UND DAS SETZEN DER PRAEPROZESSOR-DIREKTIVEN
1799 if [[ $do_compile = true ]]
1800 then
1801
1802       # PRAEPROZESSOR-DIREKTIVEN ZUM SELEKTIVEN AUSWAEHLEN VON CODETEILEN
1803       # ZUSAMMENSETZEN
1804       # DIREKTIVEN ZUM AKTIVIEREN VON RECHNERSPEZIFISCHEM CODE
1805    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1806    then
1807       cpp_options="${cpp_options},-D__ibm=__ibm"
1808    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = nec ]]
1809    then
1810       cpp_options="$cpp_options -D__nec"
1811    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-2) = lc ]]
1812    then
1813       cpp_options="$cpp_options -D__lc"
1814    else
1815       cpp_options="$cpp_options -D__$localhost"
1816    fi
1817
1818       # DIREKTIVEN DIE DURCH OPTION -K BESTIMMT WERDEN (Z.B. PARALLEL)
1819    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1820    then
1821       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond1=__$cond1"
1822       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond2=__$cond2"
1823    else
1824       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond1"
1825       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond2"
1826    fi
1827
1828       # DIREKTIVEN DIE SOFTWAREPAKETE AKTIVIEREN (OPTION -p)
1829    if [[ -n $package_list ]]
1830    then
1831       for  package  in  $package_list
1832       do
1833          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1834          then
1835             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1836             then
1837                cpp_options="${cpp_options},-D__$package=__$package"
1838             else
1839                cpp_options="${cpp_options},-D__dvrp_graphics=__dvrp_graphics"
1840                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1841             fi
1842          else
1843             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1844             then
1845                cpp_options="$cpp_options -D__$package"
1846             else
1847                cpp_options="$cpp_options -D__dvrp_graphics"
1848                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1849             fi
1850          fi
1851       done
1852    fi
1853
1854       # DIREKTIVEN DIE DURCH OPTION -D FESTGELEGT SIND
1855    if [[ -n $cpp_opts ]]
1856    then
1857       for  popts  in  $cpp_opts
1858       do
1859          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1860          then
1861             cpp_options="${cpp_options},-D__$popts=__$popts"
1862          else
1863             cpp_options="$cpp_options -D__$popts"
1864          fi
1865       done
1866    fi
1867
1868 else
1869
1870
1871       # BEI LOKALEN RECHNUNGEN PRUEFEN, OB EXECUTABLE VORHANDEN
1872    if [[ $do_remote = false ]]
1873    then
1874       if [[ ! -f $executable ]]
1875       then
1876          printf "\n  +++ executable file:  $executable"
1877          printf "\n      does not exist"
1878          locat=executable; exit
1879       fi
1880    fi
1881 fi
1882
1883
1884    # JOBMODUS FESTSTELLEN
1885 if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH  &&  $localhost != lctit  ||  "$QUEUE" != interactive  &&  $localhost = lctit ]]
1886 then
1887    jobmo=BATCH
1888 else
1889    jobmo=INTERACTIVE
1890 fi
1891
1892
1893    # HOSTSPEZIFISCHE DEFAULT-COMPILER SETZEN, FALLS NICHT BEREITS
1894    # DURCH BENUTZER ANDERWEITIG VEREINBART
1895 if [[ "$compiler_name" = "" ]]
1896 then
1897
1898    printf "\n  +++ no compiler specified for \"$localhost $cond1 $cond2\""
1899    locat=compiler_name; exit
1900
1901 fi
1902
1903
1904    # COMPILER AUF NECK UEBERSCHREIBEN
1905 [[ $localhost = neck ]]  &&  compiler_name=mpif90
1906
1907
1908
1909    # TEMPORAEREN KATALOGNAMEN BESTIMMEN
1910 kennung=$RANDOM
1911 if [[ "$tmp_user_catalog" = "" ]]
1912 then
1913    if [[ $localhost = ibmb  ||  $localhost = ibmh ]]
1914    then
1915       tmp_user_catalog=$TMPDIR
1916    elif [[ $localhost = nech ]]
1917    then
1918       tmp_user_catalog=$WRKSHR
1919    else
1920       tmp_user_catalog=/tmp
1921    fi
1922 fi
1923 TEMPDIR=$tmp_user_catalog/${usern}.$kennung
1924
1925
1926    # KATALOGNAMEN FUER ZWISCHENSPEICHERUNG VON FORTSETZUNGSLAUFDATEIEN
1927    # BESTIMMEN
1928 if [[ "$tmp_data_catalog" = "" ]]
1929 then
1930    if [[ $localhost = ibmb  ||  $localhost = ibmh ]]
1931    then
1932       tmp_data_catalog=$WORK/mrun_restart_data
1933    elif [[ $localhost = nech ]]
1934    then
1935       tmp_data_catalog=$WRKSHR/mrun_restart_data
1936    else
1937       tmp_data_catalog=/tmp/mrun_restart_data
1938    fi
1939 fi
1940
1941
1942    # EVENTUELL BEI LOKALEN RECHNUNGEN $-ZEICHEN IN ENVIRONMENT-VARIABLEN
1943    # ERSETZEN
1944 if [[ $do_remote = false  &&  $do_compile = true ]]
1945 then
1946    eval  fopts=\"$fopts\"
1947    eval  lopts=\"$lopts\"
1948 fi
1949
1950
1951
1952    # COMPILE- UND LINK-OPTIONEN BESTIMMEN
1953 fopts="$fopts $netcdf_inc $dvrp_inc"
1954 lopts="$lopts $netcdf_lib $dvrp_lib"
1955 ROPTS="$ropts"
1956 if [[ ( $(echo $host | cut -c1-3) = nec  ||  $(echo $host | cut -c1-3) = ibm  ||  $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib  ||  $host = lctit  ||  $host = lcfimm  ||  $host = lcxt4 )  &&  -n $numprocs ]]
1957 then
1958    XOPT="-X $numprocs"
1959 fi
1960
1961
1962
1963    # PRUEFEN DER CPU-ZEIT. (CPUMAX WIRD ALS ENV-VARIABLE VOM HAUTPRO-
1964    # GRAMM BENOETIGT
1965 done=false
1966 while [[ $done = false ]]
1967 do
1968    cputime=$cpumax
1969    if (( $cputime == 0 ))
1970    then
1971       printf "\n  +++ cpu-time is undefined"
1972       printf "\n  >>> Please type CPU-time in seconds as INTEGER:"
1973       printf "\n  >>> "
1974       read  cputime  1>/dev/null  2>&1
1975    else
1976       done=true
1977    fi
1978    cpumax=$cputime
1979 done
1980
1981 (( minuten = cputime / 60 ))
1982 (( sekunden = cputime - minuten * 60 ))
1983
1984
1985    # PRUEFEN DER KERNSPEICHERANFORDERUNG
1986 if [[ $do_batch = true ]]
1987 then
1988    done=false
1989    while [[ $done = false ]]
1990    do
1991       if (( memory == 0 ))
1992       then
1993          printf "\n  +++ memory demand is undefined"
1994          printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
1995          printf "\n  >>> "
1996          read  memory  1>/dev/null  2>&1
1997       else
1998          done=true
1999       fi
2000    done
2001 fi
2002
2003
2004    # PRUEFEN, OB FUER REMOTE-RECHNUNGEN EIN BENUTZERNAME ANGEGEBEN WURDE
2005 if [[ $do_remote = true  &&  -z $remote_username ]]
2006 then
2007    while [[ -z $remote_username ]]
2008    do
2009       printf "\n  +++ username on remote host \"$host\" is undefined"
2010       printf "\n  >>> Please type username:"
2011       printf "\n  >>> "
2012       read  remote_username
2013    done
2014    mc="$mc -u$remote_username"
2015 fi
2016
2017###########################################################################
2018# HEADER-AUSGABE
2019###########################################################################
2020
2021
2022 calltime=$(date)
2023 printf "\n"
2024# [[ $silent = false ]]  &&  clear
2025 printf "#--------------------------------------------------------------# \n"
2026 printf "| $version$calltime | \n"
2027 printf "|                                                              | \n"
2028 spalte1="called on:"; spalte2=$localhost_realname
2029 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2030 if [[ $local_compile = false ]]
2031 then
2032    if [[ $do_remote = true ]]
2033    then
2034       spalte1="execution on:"; spalte2="$host (username: $remote_username)"
2035    else
2036       spalte1="execution on:"; spalte2="$host ($localhost_realname)"
2037    fi
2038 else
2039    spalte1="compiling test only!"; spalte2=""
2040 fi
2041 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2042 if [[ -n $numprocs ]]
2043 then
2044    spalte1="number of PEs:"; spalte2=$numprocs
2045    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2046 fi
2047 if [[ -n $tasks_per_node ]]
2048 then
2049    spalte1="tasks per node:"; spalte2="$tasks_per_node (number of nodes: $nodes)"
2050    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2051 fi
2052 if [[ $threads_per_task != 1 ]]
2053 then
2054    spalte1="threads per task:"; spalte2="$threads_per_task"
2055    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2056 fi
2057 printf "|                                                              | \n"
2058 if [[ $do_compile = true ]]
2059 then
2060    spalte1=cpp-directives:; spalte2=$cpp_options
2061    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2062    zeile=$(echo "$cpp_options" | cut -c41-)
2063    while [[ "$zeile" != "" ]]
2064    do
2065       spalte1=""
2066       spalte2=$zeile
2067       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2068       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2069    done
2070
2071    spalte1=compiler-options:; spalte2="$fopts"
2072    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2073    zeile=$(echo "$fopts" | cut -c41-)
2074    while [[ "$zeile" != "" ]]
2075    do
2076       spalte1=""
2077       spalte2=$zeile
2078       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2079       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2080    done
2081
2082    spalte1=linker-options:; spalte2=$lopts
2083    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2084    zeile=$(echo "$lopts" | cut -c41-)
2085    while [[ "$zeile" != "" ]]
2086    do
2087       spalte1=""
2088       spalte2=$zeile
2089       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2090       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2091    done
2092
2093    spalte1="main program":; spalte2=$mainprog
2094    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2095 else
2096    spalte1=executable:; spalte2=$executable
2097    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2098 fi
2099 printf "|                                                              | \n"
2100 spalte1="base name of files":; spalte2=$fname
2101 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2102 if [[ $fname != $afname ]]
2103 then
2104    spalte1="base name of input files":; spalte2=$afname
2105    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2106 fi
2107 spalte1="INPUT control list":; spalte2=$input_list
2108 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2109 spalte1="OUTPUT control list":; spalte2=$output_list
2110 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2111
2112 if [[ $do_batch = true  ||  "$LOADLBATCH" = yes ]]
2113 then
2114    spalte1="memory demand / PE":; spalte2="$memory MB"
2115    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2116    spalte1=CPU-time:; spalte2="$minuten:$sekunden"
2117    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2118 fi
2119
2120 if [[ $do_compile = true ]]
2121 then
2122    printf "|                                                              | \n"
2123    printf "| Files to be compiled:                                        | \n"
2124    zeile=$source_list
2125    while [[ "$zeile" != "" ]]
2126    do
2127       spalte3=$zeile
2128       printf "| $spalte3 | \n"
2129       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c61-)
2130    done
2131 fi
2132 printf "#--------------------------------------------------------------#"
2133
2134
2135
2136    # BEDINGTE AUSGABE DER DATEIVERBINDUNGEN
2137 if [[ $do_trace = true ]]
2138 then
2139    (( i = 0 ))
2140    while (( i < iin ))
2141    do
2142       (( i = i + 1 ))
2143       if (( i == 1 ))
2144       then
2145          printf "\n\n >>> INPUT-file assignments:\n"
2146       fi
2147       printf "\n     ${localin[$i]} :  ${absnamein[$i]}"
2148    done
2149    (( i = 0 ))
2150    while (( i < iout ))
2151    do
2152       (( i = i + 1 ))
2153       if (( i == 1 ))
2154       then
2155          printf "\n\n >>> OUTPUT-file assignments:\n"
2156       fi
2157       printf "\n     ${localout[$i]} :  ${pathout[$i]}"
2158    done
2159    (( i = 0 ))
2160    while (( i < iic ))
2161    do
2162       (( i = i + 1 ))
2163       if (( i == 1 ))
2164       then
2165          printf "\n\n >>> INPUT-commands:\n"
2166       fi
2167       printf "\n     ${in_command[$i]}" 
2168    done
2169    (( i = 0 ))
2170    while (( i < ioc ))
2171    do
2172       (( i = i + 1 ))
2173       if (( i == 1 ))
2174       then
2175          printf "\n\n >>> OUTPUT-commands:\n"
2176       fi
2177       printf "\n     ${out_command[$i]}" 
2178    done
2179 fi
2180
2181
2182    # ABFRAGEN BEI AUFRUF AUF LOKALER MASCHINE
2183 if [[ $remotecall = false  &&  $silent = false  &&  $jobmo != BATCH ]]
2184 then
2185    antwort=dummy
2186    printf "\n\n"
2187    while [[ "$antwort" != y  &&  "$antwort" != Y  &&  "$antwort" != n  &&  "$antwort" != N ]]
2188    do
2189       printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2190       read  antwort
2191    done
2192    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
2193    then
2194       locat=user_abort; (( iec = 0 )); exit
2195    fi
2196    if [[ $do_batch = true ]]
2197    then
2198       printf " >>> batch-job will be created and submitted"
2199    else
2200       if [[ $local_compile = false ]]
2201       then
2202          printf " >>> MRUN will now continue to execute on this machine"
2203       else
2204          printf " >>> a test compilation will now be carried out on this machine"
2205       fi
2206    fi
2207 fi
2208 
2209
2210
2211
2212     # FALLS AUF DIESER MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL, WERDEN JETZT ENTSPRE-
2213     # CHENDE AKTIONEN DURCHGEFUEHRT
2214 if [[ $do_batch = false ]]
2215 then
2216
2217
2218       # TEMPORAEREN KATALOG ERZEUGEN
2219    mkdir -p  $TEMPDIR
2220    chmod  go+rx  $TEMPDIR
2221    tmpcreate=true
2222
2223
2224       # SAEMTLICHE QUELLTEXT-DATEIEN BZW. AUSFUEHRBARES PROGRAMM IN
2225       # TEMPORAERES VERZEICHNIS KOPIEREN
2226    if [[ $do_compile = true ]]
2227    then
2228
2229          # ON NEC, COMPILATION IS DONE ON HOST CROSS VIA CROSS COMPILING
2230          # CREATE A TEMPORARY DIRECTORY ON THAT MACHINE (HOME MOUNTED VIA NFS)
2231       if [[ $localhost = nech ]]
2232       then
2233          TEMPDIR_COMPILE=$HOME/work/${usern}.$kennung
2234          if  mkdir -p  $TEMPDIR_COMPILE
2235          then
2236             printf "\n  *** \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2237             printf "\n      is generated as temporary directory for cross compiling\n"
2238          else
2239             printf "\n  +++ creating directory \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2240             printf "\n      needed for cross compilation failed"
2241             locat=compile
2242             exit
2243          fi
2244       else
2245          TEMPDIR_COMPILE=$TEMPDIR
2246       fi
2247
2248
2249          # PFADNAMEN FUER DAS MAKE-DEPOSITORY ERMITTELN
2250       line=""
2251       grep "%depository_path" $config_file  >  tmp_mrun
2252       while read line
2253       do
2254          if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2255          then
2256             if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f3)" = "" ]]
2257             then
2258                global_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2259             fi
2260          fi
2261       done < tmp_mrun
2262
2263       line=""
2264       grep  " $localhost" $config_file | grep "%depository_path"  >  tmp_mrun
2265       while read line
2266       do
2267          if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2268          then
2269             if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f4)" = "$cond1"  &&  "$(echo $line | cut -d" " -s -f5)" = "$cond2" ]]
2270             then
2271                local_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2272             fi
2273          fi
2274       done < tmp_mrun
2275
2276       if [[ "$local_depository_path" = "" ]]
2277       then
2278          if [[ "$global_depository_path" != "" ]]
2279          then
2280             local_depository_path=$global_depository_path
2281          else
2282             printf "\n\n  +++ no depository path found in configuration file"
2283             printf "\n      for local host \"$localhost\" "
2284             printf "\n      please set \"\%depository_path\" in configuration file\n"
2285             locat=config_file; exit
2286          fi
2287       fi
2288       eval local_depository_path=$local_depository_path
2289       [[ "$cond1" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond1
2290       [[ "$cond2" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond2
2291
2292
2293       basename=`print $mainprog | cut -f1 -d"."`
2294       eval make_depository=${local_depository_path}/${basename}_current_version.tar
2295       if [[ ! -f $make_depository ]]
2296       then
2297          printf "\n"
2298          printf "\n  *** WARNING: make depository \"$make_depository\" not found"
2299          printf "\n               \"make\" will fail, if the Makefile or other source files are missing\n"
2300       else
2301          cp  $make_depository  $TEMPDIR_COMPILE
2302          cd  $TEMPDIR_COMPILE
2303          tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
2304          cd -  > /dev/null
2305       fi
2306
2307       cp  SOURCES_FOR_RUN_$fname/*  $TEMPDIR_COMPILE
2308
2309          # FALLS USER-INTERFACE VORHANDEN UND AUF DATEI MIT ANDEREM NAMEN
2310          # ALS user_interface.f90 LIEGT, DIESEN GEAENDERTEN NAMEN INS
2311          # MAKEFILE EINTRAGEN
2312#       cd  $TEMPDIR_COMPILE
2313#       interface_file=`grep -l "END SUBROUTINE user_parin" $source_list`
2314#       if [[ "$interface_file" != "" ]]
2315#       then
2316#          interface_file=`echo $interface_file | cut -d"." -f1`
2317#          mv  Makefile  Makefile_old
2318#          sed "s/user_interface/$interface_file/g"  Makefile_old  >  Makefile
2319#       fi
2320#       cd -  > /dev/null
2321    else
2322       cp  $executable   ${TEMPDIR}/a.out
2323    fi
2324
2325
2326       # WECHSEL IN TEMPORAEREN KATALOG
2327    cd $TEMPDIR
2328    printf "\n  *** changed to temporary directory: $TEMPDIR"
2329
2330
2331       # OUTPUT-DATEI-VERBINDUNGEN AUF TEMPORAERER DATEI ABLEGEN
2332       # DIESE DATEI KANN VON SPAETER AUFZURUFENDEN BENUTZERPROZEDUREN GELESEN
2333       # WERDEN, UM ZU LOKALEN DATEINAMEN GEHOERENDE PERMANENTE NAMEN ZU
2334       # ERMITTELN
2335    (( i = 0 ))
2336    while (( i < iout ))
2337    do
2338       (( i = i + 1 ))
2339       if [[ "${actionout[$i]}" = tr  ||  "${actionout[$i]}" = tra  ||  "${actionout[$i]}" = trpe ]]
2340       then
2341          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2342       else
2343          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${frelout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2344       fi
2345    done
2346
2347
2348       # EVTL. UEBERSETZUNGSAKTIONEN STARTEN
2349    if [[ $do_compile = true ]]
2350    then
2351
2352
2353          # COMPILING WITH MAKE (ON NEC COMPILER IS CALLED ON HOST CROSS)
2354       printf "\n\n\n  *** compilation starts \n$striche\n"
2355       printf "  *** compilation with make using following options:\n"
2356       printf "      make depository:          $make_depository"
2357       printf "      compilername:             $compiler_name\n"
2358       printf "      options:                  $fopts\n"
2359       printf "      preprocessor-directives:  $cpp_options \n"
2360       printf "      linker-options:           $lopts \n"
2361       printf "      source code files:        $source_list \n"
2362
2363       if [[ $localhost = nech ]]
2364       then
2365          ssh  136.172.44.192 -l $usern ". /SX/opt/etc/initsx.sh; cd \$HOME/work/${usern}.$kennung; sxmake -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2366          cp  $TEMPDIR_COMPILE/a.out  .
2367          [[ $? != 0 ]]  &&  compile_error=true
2368          rm -rf  $TEMPDIR_COMPILE
2369       elif [[ $localhost = lcsgib ]]
2370       then
2371          printf "      compiler is called via ssh on \"bicegate\" \n"
2372          ssh  130.73.232.102  -l $usern  ". /usr/share/modules/init/bash; module load mpt; cd $TEMPDIR; make -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2373          [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2374          continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2375       elif [[ $localhost = lcsgih ]]
2376       then
2377          printf "      compiler is called via ssh on \"hicegate\" \n"
2378          ssh  130.75.4.103  -l $usern  ". /usr/share/modules/init/bash; module load mpt; cd $TEMPDIR; make -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" 2>&1 "
2379#          ssh  130.75.4.102  -l $usern  ". /usr/share/modules/init/bash; module load mvapich2; cd $TEMPDIR; make -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" 2>&1 "
2380#          print  ". /usr/share/modules/init/bash; module load mpt; cd $TEMPDIR; make -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" " | ssh  ${usern}@130.75.4.102  2>&1
2381          [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2382          continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2383       else
2384          [[ $localhost = lctit ]]  &&  export LM_LICENSE_FILE=27050@tggls
2385          make -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2386       fi
2387
2388       if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
2389       then
2390          printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
2391          locat=compile
2392
2393  # WORKAROUND: REMOVE IF CONSTRUCT LATER, BUT KEEP THE EXIT!
2394#          if [[ $localhost != lcsgib  &&  $localhost != lcsgih ]]
2395#          then
2396             exit
2397#          else
2398#             locat=normal
2399#          fi
2400       else
2401          printf "$striche\n  *** compilation finished \n"
2402       fi
2403    fi
2404
2405
2406       # FALLS NUR TESTWEISE KOMPILIERT WERDEN SOLLTE, IST MRUN JETZT FERTIG
2407    if [[ $local_compile = true ]]
2408    then
2409       cd  $HOME
2410       rm -rf $TEMPDIR
2411       locat=local_compile; exit
2412    fi
2413
2414
2415       # BEREITSTELLEN DER INPUT-DATEIEN
2416       # SCHLEIFE UEBER ALLE VOM BENUTZER ANGEGEBENEN DATEIEN
2417    (( i = 0 ))
2418    while (( i < iin ))
2419    do
2420       (( i = i + 1 ))
2421       if (( i == 1 ))
2422       then
2423          printf "\n\n  *** providing INPUT-files:\n$striche"
2424       fi
2425
2426
2427          # OPTIONALE DATEIEN BEI NICHTVORHANDENSEIN UEBERGEHEN
2428       if [[ "${transin[$i]}" = unavailable ]]
2429       then
2430          if [[ "${extin[$i]}" = ""  ||  "${extin[$i]}" = " " ]]
2431          then
2432             printf "\n  +++ WARNING: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}\" "
2433             printf "\n               is not available!"
2434          else
2435             printf "\n  +++ WARNING: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}.${extin[$i]}\" "
2436             printf "\n               is not available!"
2437          fi
2438          continue
2439       fi
2440
2441          # PRUEFEN, OB EINZELDATEI ODER DATEI PRO PROZESSOR
2442       files_for_pes=false; datentyp=file
2443       if [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
2444       then
2445          files_for_pes=true; datentyp=directory
2446          actionin[$i]=""
2447       elif [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
2448       then
2449          actionin[$i]=""
2450       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
2451       then
2452          files_for_pes=true; datentyp=directory
2453          actionin[$i]="ar"
2454       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
2455       then
2456          actionin[$i]="ar"
2457       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
2458       then
2459          files_for_pes=true; datentyp=directory
2460          actionin[$i]="fl"
2461       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
2462       then
2463          actionin[$i]="fl"
2464       fi
2465
2466       if [[ $files_for_pes = true ]]
2467       then
2468          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}/....  to  ${localin[$i]}"
2469       else
2470          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}  to  ${localin[$i]}"
2471       fi
2472
2473          # INPUT-DATEI FUER EINEN FORTSETZUNGSLAUF. ES WIRD GEPRUEFT,
2474          # OB DIESE DATEI NOCH AUF DEM TEMPORAEREN DATENKATALOG VORHANDEN
2475          # IST. FALLS NICHT, WIRD VERSUCHT, SIE ANSCHLIESSEND VOM ARCHIV-
2476          # SERVER ZU HOLEN
2477       if [[ "${actionin[$i]}" = fl ]]
2478       then
2479          printf "\n      $datentyp will be fetched from temporary directory \"${tmp_data_catalog}\" !"
2480          if [[ $files_for_pes = false ]]
2481          then
2482             if [[ -f "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
2483             then
2484                ln  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2485                got_tmp[$i]=true
2486             elif [[ -f "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
2487             then
2488                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
2489                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
2490                cp  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2491             else
2492                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
2493                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
2494                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
2495                actionin[$i]=ar
2496             fi
2497          else
2498             if [[ -d "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
2499             then
2500                mkdir  ${localin[$i]}
2501                cd $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2502                for file in $(ls *)
2503                do
2504                   ln $file $TEMPDIR/${localin[$i]}
2505                done
2506                cd $TEMPDIR
2507                got_tmp[$i]=true
2508             elif [[ -d "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
2509             then
2510                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
2511                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
2512                cp -r  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2513             else
2514                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
2515                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
2516                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
2517                actionin[$i]=ar
2518             fi
2519          fi
2520       fi
2521
2522
2523          # DATEI LIEGT AUF ARCHIV-SERVER
2524       if [[ "${actionin[$i]}" = ar ]]
2525       then
2526
2527          if [[ $files_for_pes = false ]]
2528          then
2529             printf "\n      file will be restored from archive-system ($archive_system)!"
2530          else
2531             printf "\n      directory will be restored from archive-system ($archive_system)!"
2532          fi
2533
2534          file_restored=false
2535
2536          if [[ $archive_system = asterix ]]
2537          then
2538             do_stagein=true
2539             (( stagein_anz = 0 ))
2540             while [[ $do_stagein = true ]]
2541             do
2542                if [[ $files_for_pes = false ]]
2543                then
2544                   stagein  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
2545                else
2546                   stagein  -t  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
2547                fi
2548                cat  STAGEIN_OUTPUT
2549                if [[ $(grep -c "st.msg:i24"  STAGEIN_OUTPUT) != 0 ]]
2550                then
2551                   file_restored=true
2552                   do_stagein=false
2553                else
2554                   (( stagein_anz = stagein_anz + 1 ))
2555                   if (( stagein_anz == 10 ))
2556                   then
2557                      printf "\n  +++ stagein stoped after 10 tries"
2558                      locat=stage
2559                      exit
2560                   fi
2561                   printf "\n  +++ restoring from archive failed, trying again:"
2562                   sleep 900
2563                fi
2564             done
2565          elif [[ $archive_system = DMF ]]
2566          then
2567             if [[ $files_for_pes = false ]]
2568             then
2569                printf "\n  +++ restoring of single files impossible with $archive_system !\n"
2570                locat=DMF
2571                exit
2572             else
2573                find  $ARCHIVE/${frelin[$i]}  -type m  -print  |  dmget
2574                cp  -r $ARCHIVE/${frelin[$i]}  $PWD
2575                file_restored=true
2576             fi
2577          elif [[ $archive_system = tivoli ]]
2578          then
2579             if [[ $files_for_pes = false ]]
2580             then
2581                if [[ $localhost = ibmh ]]
2582                then
2583                   ssh  $usern@hdata.hlrn.de  "cp  $PERM/${frelin[$i]}  $PWD"
2584                else
2585                   ssh  $usern@bdata.hlrn.de  "cp  $PERM/${frelin[$i]}  $PWD"
2586                fi
2587             else
2588                (( inode = 0 ))
2589                while (( inode < nodes ))
2590                do
2591                   if [[ $localhost = ibmh ]]
2592                   then
2593                      ssh  $usern@hdata.hlrn.de  "cd $PWD; tar  xf  $PERM/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar"
2594                   else
2595                      ssh  $usern@bdata.hlrn.de  "cd $PWD; tar  xf  $PERM/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar"
2596                   fi
2597                   (( inode = inode + 1 ))
2598                done
2599             fi
2600             file_restored=true
2601          elif [[ $archive_system = ut ]]
2602          then
2603             if [[ $files_for_pes = false ]]
2604             then
2605                cp  $UT/${frelin[$i]}  .
2606             else
2607                (( inode = 0 ))
2608                while (( inode < nodes ))
2609                do
2610                   tar  xf  $UT/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar
2611                   (( inode = inode + 1 ))
2612                done
2613             fi
2614             file_restored=true
2615          else
2616             printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"   restore impossible!"
2617             locat=rearchive
2618             exit
2619          fi
2620
2621          if [[ $file_restored = true ]]
2622          then
2623
2624                # DATEI AUCH AUF TEMPORAERES DATENVERZEICHNIS LEGEN, DAMIT
2625                # SIE BEI WEITEREN ZUGRIFFEN NOCH VORHANDEN IST
2626             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog; chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
2627             if [[ $files_for_pes = false ]]
2628             then
2629                ln  -f  ${frelin[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2630             else
2631                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2632                ln  -f  ${frelin[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2633             fi
2634             got_tmp[$i]=true
2635
2636                # DATEI UNTER LOKALEM NAMEN ZUR VERFUEGUNG STELLEN
2637             mv  ${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2638
2639          fi
2640       fi
2641
2642
2643          # DATEI LIEGT IM VOM BENUTZER ANGEGEBENEN VERZEICHNIS
2644       if [[ "${actionin[$i]}" = ""  ||  "${actionin[$i]}" = "di"  ||  "${actionin[$i]}" = "npe" ]]
2645       then
2646
2647          if [[ "${actionin[$i]}" = "npe"  &&  -n $numprocs ]]
2648          then
2649
2650                # DATEI WIRD FUER DIE PROZESSOREN EINES PARALLERECHNERS BEREITGESTELLT
2651             printf "\n      file will be provided for $numprocs processors"
2652             mkdir  ${localin[$i]}
2653             ival=$numprocs
2654             (( ii = 0 ))
2655             while (( ii <= ival-1 ))
2656             do
2657                if (( ii < 10 ))
2658                then
2659                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_000$ii
2660                elif (( ii < 100 ))
2661                then
2662                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_00$ii
2663                elif (( ii < 1000 ))
2664                then
2665                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_0$ii
2666                else
2667                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_$ii
2668                fi
2669                (( ii = ii + 1 ))
2670             done
2671
2672          else
2673
2674             if [[ $files_for_pes = true ]]
2675             then
2676
2677                   # DIE DEN PROZESSOREN EINES PARALLELRECHNERS ZUGEHOERIGEN
2678                   # DATEIEN WERDEN BEREITGESTELLT, INDEM ZUERST DER GESAMTE
2679                   # KATALOGINHALT KOPIERT UND DANN DIE EINZELNEN DATEIEN
2680                   # PER MOVE UMBENANNT WERDEN
2681                printf "\n      providing $numprocs files for the respective processors"
2682                mkdir  ${localin[$i]}
2683                if [[ $link_local_input = true ]]
2684                    then
2685                    printf "      using ln -f\n"
2686                    cd ${absnamein[$i]}
2687                    for file in $(ls *)
2688                      do
2689                      ln -f $file  ${localin[$i]}
2690                    done
2691                    cd $TEMPDIR
2692                fi
2693                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp -r"
2694                if [[ ! -f "${localin[$i]}/_0000" ]]
2695                    then
2696                    if [[ $link_local_input = true ]]
2697                        then
2698                        printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
2699                    fi
2700                    cp -r  ${absnamein[$i]}/*  ${localin[$i]}
2701                fi
2702
2703             else
2704                   # BEREITSTELLUNG AUF EINPROZESSORRECHNERN
2705                if [[ $link_local_input = true ]]
2706                then
2707                    printf "      using ln -f\n"
2708                    ln -f  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
2709                fi
2710                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp"
2711                if [[ ! -f "${localin[$i]}" ]]
2712                then
2713                    if [[ $link_local_input = true ]]
2714                    then
2715                        printf "      ln failed, using cp...\n"
2716                    fi
2717                    cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
2718                fi
2719             fi
2720          fi
2721       fi
2722
2723    done
2724    if (( i != 0 ))
2725    then
2726       printf "\n$striche\n  *** all INPUT-files provided \n"
2727    fi
2728
2729
2730       # NAMELIST-DATEI MIT WERTEN VON ENVIRONMENT-VARIABLEN ERZEUGEN (ZU
2731       # LESEN VON PALM)
2732    cat  >  ENVPAR  <<  %%END%%
2733 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$localhost',
2734          write_binary = '$write_binary', tasks_per_node = $tasks_per_node,
2735          maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
2736          revision = '$global_revision' /
2737
2738%%END%%
2739
2740
2741       # EVENTUELLE INPUT-KOMMANDOS ABARBEITEN
2742    (( i = 0 ))
2743    while (( i < iic ))
2744    do
2745       (( i = i + 1 ))
2746       if (( i == 1 ))
2747       then
2748          printf "\n\n  *** execution of INPUT-commands:\n$striche"
2749       fi
2750       printf "\n  >>> ${in_command[$i]}"
2751       eval  ${in_command[$i]}
2752       if (( i == iic ))
2753       then
2754          printf "\n$striche\n"
2755       fi
2756    done
2757
2758
2759       # VERBLEIBENDE CPU-ZEIT BERECHNEN
2760    cpurest=${cpumax}.
2761
2762
2763       # PROGRAMMSTART
2764    printf "\n\n  *** execution starts in directory\n      \"`pwd`\"\n$striche\n"
2765    PATH=$PATH:$TEMPDIR
2766
2767    if [[ "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ]]
2768    then
2769       if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
2770       then
2771          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-5) != lcsgi ]]
2772          then
2773             printf "\n  +++ debug is allowed in interactive mode only"
2774             locat=debug
2775             exit
2776          fi
2777       fi
2778       if [[ $localhost = decalpha ]]
2779       then
2780          dxladebug  a.out
2781       elif [[ $localhost = ibmb  ||  $localhost = ibmh ]]
2782       then
2783
2784             # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
2785          export MP_SHARED_MEMORY=yes
2786          export AIXTHREADS_SCOPE=S
2787          export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
2788          export AUTHSTATE=files
2789          export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
2790
2791             # FOLLOWING OPTIONS ARE MANDATORY FOR TOTALVIEW
2792          export MP_ADAPTER_USE=shared
2793          export MP_CPU_USE=multiple
2794          export MP_TIMEOUT=1200
2795
2796          unset  MP_TASK_AFFINITY
2797
2798             # SO FAR, TOTALVIEW NEEDS HOSTFILE MECHANISM FOR EXECUTION
2799          #(( ii = 1 ))
2800          #while (( ii <= $numprocs ))
2801          #do
2802          #   echo  $localhost_realname  >>  hostfile
2803          #   (( ii = ii + 1 ))
2804          #done
2805          #export MP_HOSTFILE=hostfile
2806
2807          if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
2808          then
2809             totalview   poe  a.out  $ROPTS
2810          else
2811             echo totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1   $ROPTS
2812             export TVDSVRLAUNCHCMD=ssh
2813             totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1   $ROPTS
2814          fi
2815       elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-5) = lcsgi ]]
2816       then
2817             # CURRENTLY NO DEBUGGER ON LCSGI
2818          if [[ $run_coupled_model = true ]]
2819          then
2820             printf "\n  +++ no debug in coupled mode available on \"$localhost\" "
2821             locat=debug
2822             exit
2823          fi
2824          (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
2825          export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
2826          echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
2827          if [[ $threads_per_task != 1 ]]
2828          then
2829             printf "\n      threads per task: $threads_per_task"
2830          fi
2831          printf "\n\n"
2832#          ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
2833#          export MV2_NUM_PORTS=2
2834#          export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
2835#          mpiexec    ./a.out  $ROPTS
2836#          export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
2837           echo "no_coupling"  >  runfile_atmos
2838           mpiexec_mpt -np $ii   ./a.out  $ROPTS
2839       else 
2840          printf "\n  +++ no debug available on \"$localhost\" "
2841          printf "\n      or not implemented in mrun so far"
2842          locat=debug
2843          exit
2844       fi
2845    else
2846       if [[ -n $numprocs ]]
2847       then
2848
2849             # RUNNING THE PROGRAM ON PARALLEL MACHINES
2850          if [[ $(echo $host | cut -c1-3) = ibm ]]
2851          then
2852                # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
2853             export MP_SHARED_MEMORY=yes
2854             export AIXTHREAD_SCOPE=S
2855             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
2856             export XLSMPOPTS="spins=0:yields=0:stack=20000000"
2857             export AUTHSTATE=files
2858             export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
2859             #  export MP_PRINTENV=yes
2860
2861                # TUNING-VARIABLEN ZUR VERBESSERUNG DER KOMMUNIKATION
2862                # ZEIGEN ABER DERZEIT (SEP 04, FEDERATION) KAUM WIRKUNG
2863             export MP_WAIT_MODE=poll
2864             [[ $node_usage = not_shared ]]  &&  export MP_SINGLE_THREAD=yes
2865#             export MP_EAGER_LIMIT=65535
2866
2867#                # TESTWEISE FUER TURBOMPI (JAN 05)
2868#             export MPJ_MTAB=128
2869#             export MPJ_ALLTOALL=1
2870#             export MPJ_ALLTOALLV=1
2871
2872             if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
2873             then
2874                printf "\n--- Control: OMP_NUM_THREADS = \"$OMP_NUM_THREADS\" \n"
2875                if [[ "$cond1" = hpmcount  ||  "$cond2" = hpmcount ]]
2876                then
2877                   /opt/optibm/HPM_2_4_1/bin/hpmcount  a.out  $ROPTS
2878                else
2879                   poe ./a.out  $ROPTS
2880                fi
2881             else
2882                if [[ $localhost = ibmb  ||  $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibms ]]
2883                then
2884                   poe  a.out  -procs $numprocs  -nodes 1  -rmpool 0  $ROPTS
2885                elif [[ $localhost = ibmy ]]
2886                then
2887                   if [[ -f $hostfile ]]
2888                   then
2889                      cp  $hostfile  hostfile
2890                   else
2891                      (( ii = 1 ))
2892                      while (( ii <= $numprocs ))
2893                      do
2894                         echo  $localhost_realname  >>  hostfile
2895                         (( ii = ii + 1 ))
2896                      done
2897                   fi
2898                   export MP_HOSTFILE=hostfile
2899                   ./a.out  -procs $tasks_per_node  $ROPTS
2900                else
2901                   if [[ "$host_file" = "" ]]
2902                   then
2903                      printf "\n  +++ no hostfile given in configuration file"
2904                      locat=config_file
2905                      exit
2906                   else
2907                      eval host_file=$host_file
2908                   fi
2909                   export MP_HOSTFILE=$host_file
2910                   poe  a.out  -procs $numprocs  -tasks_per_node $numprocs  $ROPTS
2911                fi
2912             fi
2913          elif [[ $host = nech  ||  $host = neck ]]
2914          then
2915             (( ii = nodes ))
2916             if [[ $ii = 1 ]]
2917             then
2918                export F_ERRCNT=0        # acceptable number of errors before program is stopped
2919                export MPIPROGINF=YES
2920                #  export F_TRACE=YES|FMT1|FMT2  # output of ftrace informations to job protocol
2921                echo "*** execution on single node with mpirun"
2922                mpirun  -np $numprocs  ./a.out  $ROPTS
2923             else
2924                (( i = 0 ))
2925                while (( i < ii ))
2926                do
2927                   echo "-h $i  -p $tasks_per_node  -e ./mpi_exec_shell"  >>  multinode_config
2928                   (( i = i + 1 ))
2929                done
2930
2931                echo "#!/bin/sh"                         >   mpi_exec_shell
2932                echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
2933                echo "set -u"                            >>  mpi_exec_shell
2934                echo "F_ERRCNT=0"                        >>  mpi_exec_shell
2935                echo "MPIPROGINV=YES"                    >>  mpi_exec_shell
2936                echo "OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task" >>  mpi_exec_shell
2937                echo "cpurest=$cpurest"                  >>  mpi_exec_shell
2938                echo "fname=$fname"                      >>  mpi_exec_shell
2939                echo "localhost=$localhost"              >>  mpi_exec_shell
2940                echo "return_addres=$return_addres"      >>  mpi_exec_shell
2941                echo "return_username=$return_username"  >>  mpi_exec_shell
2942                echo "tasks_per_node=$tasks_per_node"    >>  mpi_exec_shell
2943                echo "write_binary=$write_binary"        >>  mpi_exec_shell
2944                echo "use_seperate_pe_for_dvrp_output=$use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
2945                echo "  "                                >>  mpi_exec_shell
2946                echo "export F_ERRCNT"                   >>  mpi_exec_shell
2947                echo "export MPIPROGINV"                 >>  mpi_exec_shell
2948                echo "export OMP_NUM_THREADS"            >>  mpi_exec_shell
2949                echo "export cpurest"                    >>  mpi_exec_shell
2950                echo "export fname"                      >>  mpi_exec_shell
2951                echo "export localhost"                  >>  mpi_exec_shell
2952                echo "export return_addres"              >>  mpi_exec_shell
2953                echo "export return_username"            >>  mpi_exec_shell
2954                echo "export tasks_per_node"             >>  mpi_exec_shell
2955                echo "export write_binary"               >>  mpi_exec_shell
2956                echo "export use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
2957                echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
2958                echo "exec  ./a.out"                     >>  mpi_exec_shell
2959
2960                chmod u+x  mpi_exec_shell
2961                export MPIPROGINF=YES
2962                mpirun  -f multinode_config  &
2963                wait
2964
2965             fi
2966          elif [[ $(echo $host | cut -c1-2) = lc  &&  $host != lctit ]]
2967          then
2968
2969                # COPY HOSTFILE FROM SOURCE DIRECTORY OR CREATE IT, IF IT
2970                # DOES NOT EXIST
2971             if [[ $host != lcsgih  &&  $host != lcsgib ]]
2972             then
2973                if [[ -f $hostfile ]]
2974                then
2975                   cp  $hostfile  hostfile
2976                else
2977                   (( ii = 1 ))
2978                   while (( ii <= $numprocs / $threads_per_task ))
2979                   do
2980                      echo  $localhost_realname  >>  hostfile
2981                      (( ii = ii + 1 ))
2982                   done
2983                fi
2984                eval zeile=\"`head -n $ii  hostfile`\"
2985                printf "\n  *** running on: $zeile"
2986             fi
2987
2988             (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
2989             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
2990             echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
2991             if [[ $threads_per_task != 1 ]]
2992             then
2993                printf "\n      threads per task: $threads_per_task"
2994             fi
2995             if [[ $run_coupled_model = false ]]
2996             then
2997                printf "\n\n"
2998                if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
2999                then
3000#                   ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
3001#                   export MV2_NUM_PORTS=2
3002#                   export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
3003#                   mpiexec    ./a.out  $ROPTS
3004#                   export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
3005                   mpiexec_mpt -np $ii   ./a.out  $ROPTS
3006                elif [[ $host = lcxt4 ]]
3007                then
3008                   aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  $ROPTS
3009                else
3010                   echo "no_coupling"  >  runfile_atmos
3011                   mpiexec  -machinefile hostfile  -n $ii  a.out < runfile_atmos  $ROPTS
3012                fi
3013             else
3014
3015                    # currently there is no full MPI-2 support on ICE and XT4
3016                (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3017                (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3018                printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3019                printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3020                printf "\n\n"
3021
3022                if [[ $coupled_mode = "mpi2" ]]
3023                then
3024                   echo "atmosphere_to_ocean $iia $iio"  >  runfile_atmos
3025                   echo "ocean_to_atmosphere $iia $iio"  >  runfile_ocean
3026                   if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3027                   then
3028
3029                      mpiexec_mpt -np $iia  ./palm  $ROPTS < runfile_atmos &
3030                      mpiexec_mpt -np $iio  ./palm  $ROPTS < runfile_ocean &
3031
3032                   elif [[ $host = lcxt4 ]]
3033                   then
3034
3035                      aprun  -n $iia  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  $ROPTS  &
3036                      aprun  -n $iio  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_ocean  $ROPTS  &
3037
3038                   else
3039                          # WORKAROUND BECAUSE mpiexec WITH -env option IS NOT AVAILABLE ON SOME SYSTEMS
3040                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos &
3041                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  a.out  $ROPTS  <  runfile_ocean &
3042#                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  -env coupling_mode atmosphere_to_ocean  a.out  $ROPTS  &
3043#                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  -env coupling_mode ocean_to_atmosphere  a.out  $ROPTS  &
3044                   fi
3045                   wait
3046
3047                else
3048
3049                   echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3050                   if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3051                   then
3052
3053                      mpiexec_mpt  -np $ii  a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3054
3055                   elif [[ $host = lcxt4 ]]
3056                   then
3057
3058                      aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  $ROPTS
3059
3060                   fi
3061                   wait
3062                fi
3063
3064#             if [[ $scirocco = true ]]
3065#             then
3066#                mpiexec  -machinefile hostfile  -n $ii  a.out  $ROPTS
3067#             else
3068#                mpirun  -machinefile hostfile  -np $ii  a.out  $ROPTS
3069#             fi
3070             fi
3071          elif [[ $host = decalpha ]]
3072          then
3073             dmpirun  -np $numprocs  a.out  $ROPTS
3074          elif [[ $host = lctit ]]
3075          then
3076             export runfile=runfile.$kennung
3077
3078             echo "cd $PWD"                                  >   $runfile
3079             echo "export OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"  >>  $runfile
3080             echo "export cpurest=$cpurest"                  >>  $runfile
3081             echo "export fname=$fname"                      >>  $runfile
3082             echo "export localhost=$localhost"              >>  $runfile
3083             echo "export return_addres=$return_addres"      >>  $runfile
3084             echo "export return_username=$return_username"  >>  $runfile
3085             echo "export tasks_per_node=$tasks_per_node"    >>  $runfile
3086             echo "export write_binary=$write_binary"        >>  $runfile
3087             echo "export use_seperate_pe_for_dvrp_output=$use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  $runfile
3088             echo "./a.out"                                  >>  $runfile
3089             chmod  u+x  $runfile
3090
3091             if [[ "$QUEUE" = interactive ]]
3092             then
3093                mpirun  -np $numprocs  a.out  $ROPTS
3094             else
3095                 (( mem_tsubame = $memory / 1024.0 ))
3096                 echo "Memory for Tsubame for each process in GB:", $mem_tsubame
3097#                n1ge  -fore  -g 1S060156  -mpi $numprocs  -mem 4  -N palm  -q $queue  a.out  $ROPTS
3098               /n1ge/TITECH_GRID/tools/bin/n1ge -fore -g $group_number -mpi ${numprocs}:$tasks_per_node -mem $mem_tsubame -N palm -rt $minuten -q $queue  a.out  $ROPTS
3099             fi
3100
3101             rm  $runfile
3102          else
3103             mpprun  -n $numprocs  a.out  $ROPTS
3104          fi
3105          [[ $? != 0 ]]  &&  execution_error=true
3106
3107
3108             # PERFORMANCE-AUSWERTUNG MIT APPRENTICE
3109          if [[ "$cond1" = apprentice  ||  "$cond2" = apprentice ]]
3110          then
3111             apprentice
3112          fi
3113       else
3114          a.out  $ROPTS
3115       fi
3116    fi
3117    if [[ $? != 0  ||  $execution_error = true ]]
3118    then
3119
3120          # ABBRUCH BEI LAUFZEITFEHLER
3121#       [[ ! ( "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ) ]]  &&  cat  aout_output*
3122       printf "\n  +++ runtime error occured"
3123       locat=execution
3124       exit
3125    else
3126#       [[ ! ( "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ) ]]  &&  cat  aout_output*
3127       printf "\n$striche\n  *** execution finished \n"
3128    fi
3129
3130
3131
3132       # EVENTUELLE OUTPUT-KOMMANDOS ABARBEITEN
3133    (( i = 0 ))
3134    while (( i < ioc ))
3135    do
3136       (( i = i + 1 ))
3137       if (( i == 1 ))
3138       then
3139          printf "\n\n  *** execution of OUTPUT-commands:\n$striche"
3140       fi
3141       printf "\n  >>> ${out_command[$i]}"
3142       eval  ${out_command[$i]}
3143       if (( i == ioc ))
3144       then
3145          printf "\n$striche\n"
3146       fi
3147    done
3148
3149
3150       # EVTL. INHALT DES AKTUELLEN VERZEICHNISSES AUSGEBEN
3151    if [[ $do_trace = true ]]
3152    then
3153       printf "\n\n"
3154       ls -al
3155    fi
3156
3157
3158
3159       # OUTPUT-DATEIEN AN IHRE ZIELORTE KOPIEREN
3160    (( i = 0 ))
3161    while (( i < iout ))
3162    do
3163       (( i = i + 1 ))
3164       if (( i == 1 ))
3165       then
3166          printf "\n\n  *** saving OUTPUT-files:\n$striche"
3167       fi
3168
3169          # PRUEFEN, OB EINZELDATEI ODER DATEI PRO PROZESSOR
3170       files_for_pes=false; filetyp=file
3171       if [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
3172       then
3173          files_for_pes=true; filetyp=directory
3174          actionout[$i]=""
3175       elif [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
3176       then
3177          actionout[$i]=""
3178       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
3179       then
3180          files_for_pes=true; filetyp=directory
3181          actionout[$i]="ar"
3182       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3183       then
3184          actionout[$i]="ar"
3185       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
3186       then
3187          files_for_pes=true; filetyp=directory
3188          actionout[$i]="fl"
3189       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3190       then
3191          actionout[$i]="fl"
3192       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  -n $numprocs ]]
3193       then
3194          files_for_pes=true; filetyp=directory
3195          actionout[$i]="tr"
3196       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3197       then
3198          actionout[$i]="tr"
3199       fi
3200
3201       if [[ ! -f ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = false ]]
3202       then
3203          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}  does not exist\n"
3204       elif [[ ! -f ${localout[$i]}/_0000  &&  $files_for_pes = true ]]
3205       then
3206          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}/....  does not exist\n"
3207       else
3208
3209
3210             # KOPIEREN PER FTP/SCP (IMMER IM BINAERMODUS, -M: FALLS ZIELKATALOG
3211             # NICHT VORHANDEN, WIRD VERSUCHT, IHN ANZULEGEN), ABER NUR BEI
3212             # REMOTE-RECHNUNGEN
3213          if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
3214          then
3215             if [[ $localhost != $fromhost ]]
3216             then
3217                if [[ $files_for_pes = false ]]
3218                then
3219                   cps=""
3220                   cst=""
3221                else
3222                   cps=-c
3223                   cst="/"
3224                fi
3225                if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibmb  ||  $localhost = nech ]]
3226                then
3227
3228                      # TRANSFER IN EIGENSTAENDIGEM JOB
3229                      # ZUERST KOPIE DER DATEI INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
3230                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
3231                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
3232                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3233                   then
3234                      ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3235                   else
3236                      mkdir  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3237                      ln  ${localout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3238                   fi
3239
3240                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
3241                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
3242
3243                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP in seperate job to"
3244                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst"
3245                   printf "\n              or higher cycle\n"
3246                   echo "batch_scp $cps -b -m -u $return_username $return_addres  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
3247
3248                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
3249
3250                   if [[ $localhost = nech ]]
3251                   then
3252                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  transfer_${localout[$i]}
3253                   else
3254                      if [[ "$LOGNAME" = b323013 ]]
3255                      then
3256                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  transfer_${localout[$i]}
3257                      else
3258                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  transfer_${localout[$i]}
3259                      fi
3260                   fi
3261
3262                else
3263
3264                      # TRANSFER INNERHALB DIESES JOBS
3265                   transfer_failed=false
3266                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP to"
3267                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst\n"
3268                   batch_scp $cps -b -m -u $return_username $return_addres  ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
3269                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
3270
3271                      # BEI FEHLGESCHLAGENEM TRANSFER SICHERUNGSKOPIE AUF
3272                      # LOKALER MASCHINE ANLEGEN
3273                   if [[ $transfer_failed = true ]]
3274                   then
3275                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on the local host under:\n"
3276                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
3277
3278                         # ERSTMAL PRUEFEN, OB VERZEICHNIS EXISTIERT. GEGEBENENFALLS
3279                         # ANLEGEN.
3280                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
3281                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
3282                      then
3283                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
3284                         printf "      $local_catalog \n"
3285                         mkdir -p  $local_catalog
3286                      fi
3287                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
3288                      transfer_problems=true
3289                   fi
3290                fi
3291             else
3292
3293                   # WERTZUWEISUNG, SO DASS WEITER UNTEN NUR KOPIERT WIRD
3294                actionout[$i]=""
3295             fi
3296          fi
3297
3298
3299             # APPEND PER FTP/SCP (IMMER IM BINAERMODUS, -M: FALLS ZIELKATALOG
3300             # NICHT VORHANDEN, WIRD VERSUCHT, IHN ANZULEGEN), ABER NUR BEI
3301             # REMOTE-RECHNUNGEN
3302          if [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
3303          then
3304             if [[ $localhost != $fromhost ]]
3305             then
3306                if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibmb  ||  $localhost = nech ]]
3307                then
3308
3309                      # TRANSFER IN EIGENSTAENDIGEM JOB
3310                      # ZUERST KOPIE DER DATEI INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
3311                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
3312                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
3313                   ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3314
3315                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
3316                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
3317
3318                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP in seperate job to"
3319                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}"
3320                   printf "\n              or higher cycle\n"
3321                   echo "batch_scp -A -b -m -u $return_username $return_addres  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
3322
3323                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
3324
3325                   if [[ $localhost = nech ]]
3326                   then
3327                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  transfer_${localout[$i]}
3328                   else
3329                      if [[ $LOGNAME = b323013 ]]
3330                      then
3331                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  transfer_${localout[$i]}
3332                      else
3333                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  transfer_${localout[$i]}
3334                      fi
3335                   fi
3336
3337                else
3338
3339                      # TRANSFER INNERHALB DIESES JOBS
3340                   transfer_failed=false
3341                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP to"
3342                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n"
3343                   batch_scp -A -b -m -u $return_username  $return_addres ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
3344                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
3345
3346                      # BEI FEHLGESCHLAGENEM TRANSFER SICHERUNGSKOPIE AUF
3347                      # LOKALER MASCHINE ANLEGEN
3348                   if [[ $transfer_failed = true ]]
3349                   then
3350                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on the local host under:\n"
3351                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
3352
3353                         # ERSTMAL PRUEFEN, OB VERZEICHNIS EXISTIERT. GEGEBENENFALLS
3354                         # ANLEGEN
3355                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
3356                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
3357                      then
3358                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
3359                         printf "      $local_catalog \n"
3360                         mkdir -p  $local_catalog
3361                      fi
3362
3363                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
3364                      transfer_problems=true
3365                   fi
3366                fi
3367             else
3368
3369                   # WERTZUWEISUNG, SO DASS WEITER UNTEN NUR APPEND AUF
3370                   # LOKALER MASCHINE DURCHGEFUEHRT WIRD
3371                actionout[$i]=a
3372             fi
3373          fi
3374
3375
3376             # OUTPUT-DATEI FUER EINEN FORTSETZUNGSLAUF. DATEI WIRD PER
3377             # LINK AUF DEN TEMPORAEREN DATENKATALOG GELEGT. OPTION -f WIRD
3378             # VERWENDET, FALLS DORT NOCH EINE DATEI GLEICHEN NAMENS VORHANDEN
3379             # SEIN SOLLTE. ANSCHLIESSEND WIRD SEINE ARCHIVIERUNG ANGESTOSSEN
3380          if [[ "${actionout[$i]}" = fl ]]
3381          then
3382             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
3383             chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
3384             if [[ $files_for_pes = false ]]
3385             then
3386                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
3387                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
3388                ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3389             else
3390                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/....  to"
3391                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
3392                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3393                cd ${localout[$i]}
3394                for file in $(ls *)
3395                do
3396                   ln -f $file $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3397                done
3398                cd $TEMPDIR
3399             fi
3400
3401
3402                # ARCHIVIERUNGSJOB WIRD ERZEUGT UND ABGESCHICKT
3403             if [[ $store_on_archive_system = true ]]
3404             then
3405
3406                if [[ $archive_system = asterix ]]
3407                then
3408                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
3409                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3410                   then
3411                      echo "stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
3412                   else
3413                      echo "stageout -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
3414                   fi
3415                   echo "cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"               >> archive_${frelout[$i]}
3416                   echo "if [[ \$(grep -c \"st.msg:150\"  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung) != 0 ]]" >> archive_${frelout[$i]}
3417                   echo "then"                                       >> archive_${frelout[$i]}
3418                   echo "   do_stageout=false"                       >> archive_${frelout[$i]}
3419                   echo "else"                                       >> archive_${frelout[$i]}
3420                   echo "   echo \"  +++ $filetyp ${frelout[$i]}  could not be stored on archive-system\" " >> archive_${frelout[$i]}
3421                   echo "   cat  /dev/null  >  ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname" >> archive_${frelout[$i]}
3422                   echo "   cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung  >  ~/job_queue/archive_${frelout[$i]}_error" >> archive_${frelout[$i]}
3423                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} will be copied to \$WORK as backup\" " >> archive_${frelout[$i]}
3424                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3425                   then
3426                      echo "   cp   ${frelout[$i]}  \$WORK"                    >> archive_${frelout[$i]}
3427                   else
3428                      echo "   cp -r  ${frelout[$i]}  \$WORK/${frelout[$i]}"   >> archive_${frelout[$i]}
3429                   fi
3430                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} saved\" " >> archive_${frelout[$i]}
3431                   echo "fi"                                         >> archive_${frelout[$i]}
3432                   echo "rm  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"              >> archive_${frelout[$i]}
3433                elif [[ $archive_system = DMF ]]
3434                then
3435                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
3436                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3437                   then
3438                      printf "\n  +++ archiving of single files impossible with $archive_system !\n"
3439                      locat=DMF
3440                      exit
3441                   else
3442                         # FUER RECHNER IN JUELICH. DORT KOENNTEN AUCH
3443                         # EINZELNE DATEIEN GESICHERT WERDEN (SPAETER KORR.)
3444                      echo "rm -rf  \$ARCHIVE/${frelout[$i]}"     >> archive_${frelout[$i]}
3445                      echo "cp -r  ${frelout[$i]}  \$ARCHIVE"     >> archive_${frelout[$i]}
3446                   fi
3447                elif [[ $archive_system = tivoli ]]
3448                then
3449                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
3450                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3451                   then
3452                         # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
3453                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
3454                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
3455                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3456                   else
3457
3458                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
3459                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
3460                      echo "[[ ! -d \$PERM/${frelout[$i]} ]] && mkdir $PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3461                      cd  $tmp_data_catalog
3462                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
3463                      cd -  > /dev/null
3464                      (( inode = 0 ))
3465                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
3466                      while (( inode < nodes ))
3467                      do
3468#                         echo "*** all_files = \"$all_files\" "
3469                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
3470                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
3471#                         echo "*** tasks_per_node = \"$tasks_per_node\" "
3472#                         echo "*** files = \"$files\" "
3473#                         echo "*** all_files = \"$all_files\" "
3474                         echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
3475                         echo "dsmc incremental  \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar" >> archive_${frelout[$i]}
3476                         echo "dsmmigrate \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar"        >> archive_${frelout[$i]}
3477                         (( inode = inode + 1 ))
3478                      done
3479#                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
3480#                      echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3481                   fi
3482                elif [[ $archive_system = ut ]]
3483                then
3484                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
3485                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3486                   then
3487                         # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
3488                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
3489                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
3490                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3491                   else
3492
3493                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
3494                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
3495                      echo "[[ ! -d \$UT/${frelout[$i]} ]] && mkdir $UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3496                      cd  $tmp_data_catalog
3497                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
3498                      cd -  > /dev/null
3499                      (( inode = 0 ))
3500                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
3501                      while (( inode < nodes ))
3502                      do
3503                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
3504                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
3505                         echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
3506                         (( inode = inode + 1 ))
3507                      done
3508                   fi
3509                elif [[ $archive_system = none ]]
3510                then
3511                   printf "              +++ archiving on $localhost not available!\n"
3512                fi
3513
3514                if [[ $archive_system != none ]]
3515                then
3516                   if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibmb ]]
3517                   then
3518#                      subjob  -d  -v  -q cdata  -X 0  -m 1000  -t 43200  -c $job_catalog  archive_${frelout[$i]}
3519                      subjob   -v  -q cdata  -X 0  -m 1000  -t 43200  -c $job_catalog  archive_${frelout[$i]}
3520                   elif [[ $localhost = nech ]]
3521                   then
3522                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  archive_${frelout[$i]}
3523                   fi
3524                   printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
3525                fi
3526             else
3527                printf "              +++ caution: option -A is switched on. No archiving on $archive_system!\n"
3528             fi
3529
3530
3531                # LEERDATEI IM BENUTZERVERZEICHNIS ANLEGEN, DAMIT BEKANNT IST,
3532                # WIE DIE HOECHSTE ZYKLUSNUMMER AUF DEM ARCHIV-SYSTEM LAUTET
3533             if [[ $files_for_pes = false ]]
3534             then
3535                cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
3536             else
3537                mkdir -p  ${pathout[$i]}
3538             fi
3539
3540          fi
3541
3542
3543             # KOPIEREN AUF LOKALER MASCHINE ZUM ARCHIV-SYSTEM
3544             # AUSSERDEM MUSS LEERDATEI ANGELEGT WERDEN, DAMIT BEKANNT IST,
3545             # WIE DIE HOECHSTE ZYKLUSNUMMER AUF DEM ARCHIV-SYSTEM LAUTET
3546             # FALLS IRGENDEINE (VON MEHREREN) ARCHIVIERUNGEN SCHIEF GEHT,
3547             # WIRD FLAG GESETZT UND BLEIBT AUCH BEI WEITEREN ORDNUNGS-
3548             # GEMAESSEN ARCHIVIERUNGEN GESETZT
3549          if [[ "${actionout[$i]}" = ar ]]
3550          then
3551             if [[ $files_for_pes = false ]]
3552             then
3553                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
3554                printf "\n              ${pathout[$i]}"
3555                printf "\n              File will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
3556             else
3557                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to"
3558                printf "\n              ${pathout[$i]}"
3559                printf "\n              Directory will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
3560             fi
3561             mv  ${localout[$i]}  ${frelout[$i]}
3562
3563             file_saved=false
3564
3565             if [[ $archive_system = asterix ]]
3566             then
3567                do_stageout=true
3568                (( stageout_anz = 0 ))
3569                while [[ $do_stageout = true ]]
3570                do
3571                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3572                   then
3573                      stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
3574                   else
3575                      stageout  -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
3576                   fi
3577                   cat  STAGE_OUTPUT
3578                   if [[ $(grep -c "st.msg:150"  STAGE_OUTPUT) != 0 ]]
3579                   then
3580                      file_saved=true
3581                      do_stageout=false
3582                   else
3583                      if [[ $files_for_pes = false ]]
3584                      then
3585                         printf "\n  +++ file ${frelout[$i]}  could not be saved on archive-system"
3586                      else
3587                         printf "\n  +++ directory ${frelout[$i]} could not be saved on archive-system"
3588                      fi
3589                      (( stageout_anz = stageout_anz + 1 ))
3590                      if (( stageout_anz == 10 ))
3591                      then
3592                         printf "\n  +++ stoped after 10 unsuccessful tries!"
3593                         archive_save=false
3594                         do_stageout=false
3595                      else
3596                         printf "\n  *** new try to store on archive after 15 min:"
3597                         sleep 900
3598                      fi
3599                   fi
3600                done
3601             elif [[ $archive_system = DMF ]]
3602             then
3603                if [[ $files_for_pes = false ]]
3604                then
3605                   printf "\n  +++ archiving of single files impossible on $archive_system!\n"
3606                   locat=DMF
3607                   exit
3608                else
3609                   rm -rf  $ARCHIVE/${frelout[$i]}
3610                   cp -r  ${frelout[$i]}  $ARCHIVE
3611                fi
3612                file_saved=true
3613             elif [[ $archive_system = tivoli ]]
3614             then
3615                   # ARCHIVIERUNG NUR PER BATCH-JOB MOEGLICH
3616                   # DATEI MUSS ZWISCHENZEITLICH INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
3617                   # GELEGT WERDEN
3618                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
3619                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
3620                if [[ $files_for_pes = false ]]
3621                then
3622                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3623                else
3624                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3625                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3626                fi
3627
3628                   # BATCH JOB GENERIEREN UND ABSCHICKEN; DATEI MUSS WIEDER
3629                   # AUS TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS ENTFERNT WERDEN
3630                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
3631                if [[ $files_for_pes = false ]]
3632                then
3633                      # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
3634                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
3635                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3636                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
3637                else
3638                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
3639                   echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3640                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
3641                fi
3642
3643                subjob  -v  -d  -q cdata  -X 0  -m 1000  -t 43200  -c $job_catalog  archive_${frelout[$i]}
3644                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
3645                file_saved=true
3646
3647             elif [[ $archive_system = ut ]]
3648             then
3649                   # ARCHIVIERUNG NUR PER BATCH-JOB MOEGLICH
3650                   # DATEI MUSS ZWISCHENZEITLICH INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
3651                   # GELEGT WERDEN
3652                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
3653                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
3654                if [[ $files_for_pes = false ]]
3655                then
3656                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3657                else
3658                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3659                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3660                fi
3661
3662                   # BATCH JOB GENERIEREN UND ABSCHICKEN; DATEI MUSS WIEDER
3663                   # AUS TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS ENTFERNT WERDEN
3664                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
3665                if [[ $files_for_pes = false ]]
3666                then
3667                      # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
3668                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
3669                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3670                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
3671                else
3672                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
3673                   echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3674                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
3675                fi
3676
3677                subjob  -v  -c /pf/b/$usern/job_queue  -d  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  archive_${frelout[$i]}
3678                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
3679                file_saved=true
3680
3681             else
3682                printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"  archiving impossible!"
3683                archive_save=false
3684             fi
3685             if [[ $file_saved = true ]]
3686             then
3687                if [[ $files_for_pes = false ]]
3688                then
3689                   cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
3690                else
3691                   mkdir -p  ${pathout[$i]}
3692                fi
3693             fi
3694          fi
3695
3696             # APPEND AUF LOKALER MASCHINE
3697          if [[ "${actionout[$i]}" = "a" ]]
3698          then
3699             printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}\n"
3700             cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}
3701          fi
3702
3703             # KOPIEREN AUF LOKALER MASCHINE
3704             # ES MUSS KOPIERT WERDEN, DA MOVE NICHT UEBER FILESYSTEM HINAUS MOEGLICH
3705          if [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = false ]]
3706          then
3707
3708                # KOPIEREN AUF EINPROZESSORMASCHINE
3709             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
3710             then
3711                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
3712                if [[ $link_local_output = true ]]
3713                then
3714                    printf "      using ln -f\n"
3715                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
3716                fi
3717                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
3718                if [[ ! -f "${pathout[$i]}.${extout[$i]}" ]]
3719                then
3720                    if [[ $link_local_output = true ]]
3721                    then
3722                        printf "      ln failed, using cp...\n"
3723                    fi
3724                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
3725                fi
3726             else
3727                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}\n"
3728                if [[ $link_local_output = true ]]
3729                then
3730                    printf "      using ln -f\n"
3731                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
3732                fi
3733                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
3734                if [[ ! -f "${pathout[$i]}" ]]
3735                then
3736                    if [[ $link_local_output = true ]]
3737                    then
3738                        printf "      ln failed, using cp...\n"
3739                    fi
3740                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
3741                fi
3742             fi
3743
3744          elif [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = true ]]
3745          then
3746
3747                # DIE DEN PROZESSOREN EINES PARALLELRECHNERS ZUGEHOERIGEN
3748                # DATEIEN WERDEN ERST IN EINEM KATALOG GESAMMELT UND DIESER
3749                # WIRD DANN KOPIERT
3750                # PER MOVE UMBENANNT WERDEN
3751             printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to  ${pathout[$i]}\n"
3752             if [[ $link_local_output = true ]]
3753             then
3754                 printf "      using ln -f\n"
3755                 mkdir  ${pathout[$i]}
3756                 cd ${localout[$i]}
3757                 for file in $(ls *)
3758                 do
3759                   ln -f $file  ${pathout[$i]}
3760                 done
3761                 cd $TEMPDIR
3762             fi
3763             # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp -r"
3764             if [[ ! -f "${pathout[$i]}/_0000" ]]
3765             then
3766                 if [[ $link_local_output = true ]]
3767                 then
3768                     printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
3769                 fi
3770                 cp -r  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
3771             fi
3772
3773          fi
3774       fi
3775    done
3776    if (( i != 0 ))
3777    then
3778       if [[ $transfer_problems = true ]]
3779       then
3780          printf "\n$striche\n  *** OUTPUT-files saved"
3781          printf "\n  +++ WARNING: some data transfers failed! \n"
3782       else
3783          printf "\n$striche\n  *** all OUTPUT-files saved \n"
3784       fi
3785    fi
3786
3787
3788       # EVENTUELL FOLGEJOB STARTEN
3789       # DATEI CONTINUE_RUN MUSS VOM BENUTZERPROGRAMM AUS ERZEUGT WERDEN
3790    if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
3791    then
3792
3793       if [[ $archive_save = true ]]
3794       then
3795
3796             # ZUERST IN MRUN-AUFRUF OPTIONEN FUER FORTSETZUNGSLAUF, FUER
3797             # STILLES ABARBEITEN (OHNE INTERAKTIVE RUECKFAGEN) UND FUER
3798             # BATCH-BETRIEB (NUR WICHTIG, FALLS BATCH AUF LOKALER MASCHINE
3799             # DURCHGEFUEHRT WERDEN SOLL) EINFUEGEN, FALLS NICHT BEREITS VOR-
3800             # HANDEN
3801          [[ $(echo $mc | grep -c "\-C") = 0 ]]  &&  mc="$mc -C"
3802          [[ $(echo $mc | grep -c "\-v") = 0 ]]  &&  mc="$mc -v"
3803          [[ $(echo $mc | grep -c "\-b") = 0 ]]  &&  mc="$mc -b"
3804          if [[ $(echo $mc | grep -c "#") != 0 ]]
3805          then
3806             mc=`echo $mc | sed 's/#/f/g'`
3807          fi
3808
3809
3810             # JOB STARTEN
3811          printf "\n\n  *** initiating restart-run on \"$return_addres\" using command:\n"
3812          echo "      $mc"
3813          printf "\n$striche\n"
3814          if [[ $localhost != $fromhost ]]
3815          then
3816
3817             if [[ $localhost = lcsgih  ||  $localhost = lcsgib  ||  $localhost = nech  ||  $localhost = ibmb  ||  $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibms  ||  $localhost = lctit ]]
3818             then
3819                echo "*** ssh will be used to initiate restart-runs!"
3820                echo "    return_addres=\"$return_addres\" "
3821                echo "    return_username=\"$return_username\" "
3822                if [[ $return_addres = 172.20.25.41 ]]
3823                then
3824                      # WORKAROUND AUF SCIROCCO AM TIT
3825                   print  "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "  |  ssh $return_addres -l $return_username 
3826                else
3827                   ssh $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
3828                fi
3829             else
3830                printf "\n  +++ no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
3831                locat=restart; exit
3832             fi
3833
3834                # WARTEN, DAMIT SICH RESTART JOB IN QUEUE EINREIHEN KANN, BEVOR
3835                # DER AKTUELLE JOB ENDET
3836             sleep 30
3837
3838          else
3839
3840                # BEI RECHNUNGEN AUF LOKALER MASCHINE KANN MRUN DIREKT AUFGE-
3841                # RUFEN WERDEN, AUSSER AUF lcfimm
3842             cd $LOCAL_PWD
3843             if [[ $localhost = lcfimm ]]
3844             then
3845                ssh $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc " 
3846             else
3847                eval  $mc                # ' MUESSEN AUSGEWERTET WERDEN
3848             fi
3849             cd -  > /dev/null
3850          fi
3851          printf "\n$striche\n  *** restart-run initiated \n"
3852
3853
3854             # EVENTUELL INPUT-DATEIEN, DIE VON TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS
3855             # GEHOLT WORDEN SIND, LOESCHEN
3856          (( i = 0 ))
3857          while (( i < iin ))
3858          do
3859             (( i = i + 1 ))
3860             if [[ "${got_tmp[$i]}" = true   &&  $keep_data_from_previous_run = false ]]
3861             then
3862                rm -r  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
3863             fi
3864          done
3865
3866       else
3867
3868          printf "\n  +++ no restart-run possible, since errors occured"
3869          printf "\n      during the archive process"
3870       fi
3871
3872    fi
3873
3874
3875   
3876       # EVTL. EMAIL-BENACHRICHTIGUNG UEBER ABGESCHLOSSENEN LAUF
3877    if [[ "$email_notification" != "" ]]
3878    then
3879
3880       if [[ $localhost != $fromhost ]]
3881       then
3882          if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
3883          then
3884             echo "PALM restart run necessary"        >   email_text
3885             echo "description header of actual run:" >>  email_text
3886             cat  CONTINUE_RUN                        >>  email_text
3887             echo "mrun-command to restart:"          >>  email_text
3888             echo "$mc"                               >>  email_text
3889          else
3890             echo "PALM run with base filename \"$fname\" on host \"$localhost\" finished"  >  email_text
3891          fi
3892          mail  $email_notification  <  email_text
3893          printf "\n  *** email notification sent to \"$email_notification\" "
3894       fi
3895    fi
3896
3897
3898
3899       # ALLE ARBEITEN BEENDET. TEMPORAERER KATALOG KANN GELOESCHT WERDEN
3900    cd  $HOME
3901    [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
3902
3903 else
3904
3905
3906       # FALLS AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL, WERDEN JETZT ENTSPRE-
3907       # CHENDE AKTIONEN DURCHGEFUEHRT
3908
3909       # MRUN-BEFEHL FUER REMOTE-MASCHINE ZUSAMMENSTELLEN
3910    mrun_com="$mrun_script_name -a $afname -c $config_file -d $fname -h $host -H $fromhost -m $memory -t $cpumax -q $queue -R $return_addres -U $return_username -u $remote_username"
3911    [[ "$cpp_opts" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -D \"$cpp_opts\""
3912    [[ "$global_revision" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -G \"$global_revision\""
3913    [[ $group_number != none ]]   &&  mrun_com=${mrun_com}" -g $group_number"
3914    [[ $do_compile = true ]]      &&  mrun_com=${mrun_com}" -s \"$source_list\""
3915    [[ "$input_list" != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -i \"$input_list\""
3916    [[ $ignore_archive_error = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -I"
3917    [[ $keep_data_from_previous_run = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -k"
3918    [[ "$additional_conditions" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -K \"$additional_conditions\""
3919#    [[ "$makefile" != "$source_path/Makefile" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -M \"$makefile\""
3920    [[ "$output_list" != "" ]]    &&  mrun_com=${mrun_com}" -o \"$output_list\""
3921    [[ "$read_from_config" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -S"
3922    [[ $do_trace = true ]]        &&  mrun_com=${mrun_com}" -x"
3923    [[ "$numprocs" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -X $numprocs"
3924    if [[ $use_openmp = true ]]
3925    then
3926       mrun_com=${mrun_com}" -O"
3927       [[ "$tasks_per_node" != "" ]] &&  mrun_com=${mrun_com}" -T $threads_per_task"
3928    else
3929       [[ "$tasks_per_node" != "" ]] &&  mrun_com=${mrun_com}" -T $tasks_per_node"
3930    fi
3931    [[ $store_on_archive_system = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -A"
3932    [[ $package_list != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -p \"$package_list\""
3933    [[ $return_password != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -P $return_password"
3934    [[ $delete_temporary_catalog = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -B"
3935    [[ $node_usage != default  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla"  &&  $node_usage != novice ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -n $node_usage"
3936    [[ $run_coupled_model = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Y \"$coupled_dist\""
3937    if [[ $do_remote = true ]]
3938    then
3939       printf "\n>>>> MRUN-command on execution host:\n>>>> $mrun_com \n"
3940    fi
3941
3942
3943       # ZUSAMMENSTELLUNG DES JOBSCRIPTS AUF DATEI jobfile
3944    jobfile=jobfile.$RANDOM
3945
3946
3947       # TEMPORAERES VERZEICHNIS GENERIEREN UND NACH DORT WECHSELN
3948    echo  "mkdir  $TEMPDIR"      >>  $jobfile
3949    echo  "cd  $TEMPDIR"         >>  $jobfile
3950
3951
3952       # EVENTUELL FEHLERVERFOLGUNG AKTIVIEREN
3953    if [[ $do_trace = true ]]
3954    then
3955       echo  "set -x"                                    >>  $jobfile
3956    else
3957       echo  "set +vx"                                   >>  $jobfile
3958    fi
3959
3960
3961       # BEREITSTELLUNG VON QUELLTEXTEN, MRUN-SCRIPTS UND KONFIGURATIONS-
3962       # DATEI FUER DEN JOB
3963    if [[ $( echo $host | cut -c1-5 ) = lcsgi ]]
3964    then
3965
3966          # KONFIGURATIONSDATEI UND MRUN_SCRIPT IN DAS SOURCE-VERZEICHNIS
3967          # KOPIEREN
3968       if [[ $restart_run != true ]]
3969       then
3970          cp  $config_file  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
3971          cp  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
3972       fi
3973
3974          # SOURCE-VERZEICHNIS VOM LOKALEN RECHNER PER SCP TRANSFERIEREN
3975       echo  "set -x"  >>  $jobfile
3976       echo  "scp  -r  $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname ."  >>  $jobfile
3977       echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                      >>  $jobfile
3978
3979          # QUELLTEXTE, MRUN-SCRIPT UND KONFIGURATIONSDATEI IN DAS AKTUELLE
3980          # ARBEITSVERZEICHNIS VERSCHIEBEN
3981       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$config_file  . "       >>  $jobfile
3982       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$mrun_script_name  . "  >>  $jobfile
3983       echo  "execute_mrun=true"                                 >>  $jobfile
3984       echo  " "                                                 >>  $jobfile
3985
3986    else
3987
3988          # ABSPEICHERN DER QUELLTEXTE (NUR FALLS UEBERSETZT WERDEN SOLL)
3989          # SOWIE GEGEBENENFALLS DES MAKEFILES
3990       if [[ $do_compile = true ]]
3991       then
3992
3993          source_catalog=SOURCES_FOR_RUN_$fname
3994
3995              # UNTERVERZEICHNIS FUER QUELLTEXTE UND MAKEFILE ANLEGEN
3996              # MRUN WIRD DIESES VRZEICHNIS UEBER ENVIRONMENT VARIABLE
3997              # MITGETEILT (UEBERSTEUERT ANGABE IN KONFIGURATIONSDATEI)
3998          echo  "mkdir  SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
3999          echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                 >>  $jobfile
4000          echo  "cd     SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4001
4002          for  filename  in  $source_list
4003          do
4004                # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4005             echo  "cat > $filename << \"%END%\""              >>  $jobfile
4006             cat   $source_catalog/$filename                   >>  $jobfile
4007             echo  " "                                         >>  $jobfile
4008             echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4009             echo  " "                                         >>  $jobfile
4010          done
4011
4012             # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4013          echo  "cat > Makefile << \"%END%\""               >>  $jobfile
4014          cat   $source_catalog/Makefile                    >>  $jobfile
4015          echo  " "                                         >>  $jobfile
4016          echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4017          echo  " "                                         >>  $jobfile
4018
4019          echo  "cd -  > /dev/null"                         >>  $jobfile
4020
4021       fi
4022
4023
4024          # ABSPEICHERN DER KONFIGURATIONSDATEI
4025          # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4026       echo  "cat > $config_file << \"%END%\""      >>  $jobfile
4027       cat   $config_file                           >>  $jobfile
4028       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
4029       echo  " "                                    >>  $jobfile
4030
4031
4032          # ABSPEICHERN DER AKTUELLEN MRUN-VERSION
4033          # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4034       echo  "cat > $mrun_script_name <<\"%END%\""  >>  $jobfile
4035       cat   ${PALM_BIN}/$mrun_script_name          >>  $jobfile
4036       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
4037       if [[ $host = lctit ]]
4038       then
4039          echo "sed 's/bin\/ksh/home2\/usr5\/mkanda\/pub\/ksh/' < $mrun_script_name > mrun_new" >>  $jobfile
4040          echo "mv  mrun_new  $mrun_script_name"    >>  $jobfile
4041       fi
4042       echo  "chmod u+x $mrun_script_name"          >>  $jobfile
4043       echo  "execute_mrun=true"                    >>  $jobfile
4044       echo  " "                                    >>  $jobfile
4045
4046    fi
4047
4048
4049       # EVTL. BENOETIGTE INPUT-DATEIEN PER FTP HOLEN ODER DEM JOB DIREKT
4050       # MITGEBEN UND AUF DEM REMOTE-RECHNER IM BENUTZERVERZEICHNIS ABLEGEN
4051       # FALLS DIESES NICHT EXISTIERT, WIRD VERSUCHT, DAS JEWEILS LETZTE
4052       # UNTERVERZEICHNIS DES PFADNAMENS ANZULEGEN
4053    if [[ $do_remote = true ]]
4054    then
4055       (( i = 0 ))
4056       while (( i < iin ))
4057       do
4058          (( i = i + 1 ))
4059          echo  "[[ ! -d ${pathin[$i]} ]]  &&  mkdir -p  ${pathin[$i]}"  >>  $jobfile
4060          if [[ "${transin[$i]}" = job ]]
4061          then
4062             echo  "cat > ${remotepathin[$i]} <<\"%END%\""    >>  $jobfile
4063             eval cat   ${pathin[$i]}/${frelin[$i]}           >>  $jobfile
4064             echo  " "                                        >>  $jobfile
4065             echo  "%END%"                                    >>  $jobfile
4066          else
4067             echo  "batch_scp -b -o -g -s -u $return_username $return_addres ${remotepathin[$i]} \"${pathin[$i]}\" ${frelin[$i]}" >>  $jobfile
4068          fi
4069
4070             # UEBERPRUEFEN, OB DATEI ANGELEGT WERDEN KONNTE
4071          echo  "if [[ \$? = 1 ]]"                    >>  $jobfile
4072          echo  "then"                                >>  $jobfile
4073          echo  "   echo \" \" "                      >>  $jobfile
4074          echo  "   echo \"+++ file ${remotepathin[$i]} could not be created\" "   >>  $jobfile
4075          echo  "   echo \"    please check, if directory exists on $host!\" "  >>  $jobfile
4076          echo  "   echo \"+++ MRUN will not be continued\" "  >>  $jobfile
4077          echo  "   execute_mrun=false"               >>  $jobfile
4078          echo  "fi"                                  >>  $jobfile
4079       done
4080    fi
4081
4082       # ARBEITSKATALOG AUF DER LOKALEN MASCHINE FUER EVENTUELLE
4083       # FORTSETZUNGSLAUEFE PER ENV-VARIABLE UEBERGEBEN
4084    echo  "LOCAL_PWD=$working_directory"                >>  $jobfile
4085    echo  "export LOCAL_PWD"                            >>  $jobfile
4086
4087       # EBENSO LOKALEN MRUN-KATALOG UEBERGEBEN
4088    echo  "LOCAL_MRUN_PATH=$PALM_BIN"                   >>  $jobfile
4089    echo  "export LOCAL_MRUN_PATH"                      >>  $jobfile
4090
4091       # WORKAROUND FUER RIAM-NEC-JOBS WEGEN PROFILE-SCHWIERIGKEITEN
4092    if [[ $localhost_realname = "gate"  ||  $localhost = lctit ]]
4093    then
4094       echo  "export PALM_BIN=$PALM_BIN"                >>  $jobfile
4095    fi
4096
4097       # MRUN AUF ZIELRECHNER AUFRUFEN
4098    echo  "set -x"                                      >>  $jobfile
4099    echo  "[[ \$execute_mrun = true ]]  &&  ./$mrun_com"  >>  $jobfile
4100
4101    echo  'ls -al; echo `pwd`'                          >>  $jobfile
4102    echo  "cd \$HOME"                                   >>  $jobfile
4103    echo  "rm -rf  $TEMPDIR"                            >>  $jobfile
4104
4105
4106
4107
4108       # JOB PER SUBJOB STARTEN
4109    if [[ $silent = false ]]
4110    then
4111       printf "\n     "
4112    else
4113       printf "\n\n"
4114    fi
4115
4116    subjob  $job_on_file  -h $host  -u $remote_username -g $group_number -q $queue  -m $memory  -N $node_usage -t $cpumax  $XOPT  $TOPT  $OOPT  -n $fname  -v  -c $job_catalog  $jobfile
4117    rm -rf  $jobfile
4118
4119
4120 fi  # ENDE REMOTE-TEIL
4121
4122
4123
4124     # ENDE DER PROZEDUR
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.