source: palm/trunk/SCRIPTS/mrun @ 1357

Last change on this file since 1357 was 1357, checked in by witha, 8 years ago

Adjustments for lccrayh (automatic restarts on lccrayh outside of IMUK are now possible)

  • Property svn:keywords set to Id Rev
File size: 174.7 KB
Line 
1#!/bin/ksh
2
3# mrun - script for running PALM jobs
4
5#--------------------------------------------------------------------------------#
6# This file is part of PALM.
7#
8# PALM is free software: you can redistribute it and/or modify it under the terms
9# of the GNU General Public License as published by the Free Software Foundation,
10# either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
11#
12# PALM is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
13# WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR
14# A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
15#
16# You should have received a copy of the GNU General Public License along with
17# PALM. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
18#
19# Copyright 1997-2014  Leibniz Universitaet Hannover
20#--------------------------------------------------------------------------------#
21#
22# Current revisions:
23# ------------------
24# adjustments for lccrayh (automatic restarts on lccrayh outside of IMUK are now
25# possible)
26#
27# Former revisions:
28# -----------------
29# $Id: mrun 1357 2014-04-11 15:02:03Z witha $
30#
31# 1320 2014-03-20 08:40:49Z raasch
32# check namelist file set false by default
33#
34# 1304 2014-03-12 10:29:42Z raasch
35# ulimit option changed from -Ss to -s
36#
37# bugfix: missing "fi" in r1289
38#
39# 1289 2014-03-04 07:12:34Z raasch
40# comments translated to English
41# necriam-, fimm-, ibmy-, and sgi-specific code removed
42# export of variables for palm and interpret_config removed
43#
44# 1281 2014-02-01 07:55:49Z raasch
45# rsync-copy restricted to Cray machines, since command is unavailable on some
46# other systems
47#
48# 1279 2014-01-28 12:10:14Z raasch
49# tasks_per_node must not be an integral divisor of numprocs any more. This was done
50# in order to remove annoying restrictions concerning the number of processors which
51# appear on machines with larger nodes (e.g. containing 24 cores). Now without this
52# restriction, one of the nodes will be filled with less than the given number of
53# tasks per node. A respective warning is given.
54#
55# 1274 2014-01-09 13:14:54Z heinze
56# adjustments for lccrayh
57#
58# 1272 2014-01-08 10:19:32Z witha
59# small adjustment for lcflow
60#
61# 1270 2013-12-16 11:05:01Z fricke
62# call of combine_plot_fields adjusted for lccrayb/lccrayh
63#
64# 1255 2013-11-07 14:43:35Z raasch
65# further adjustments for lccrayb remote access
66#
67# 1241 2013-10-30 11:36:58Z heinze
68# Enable use of nudging input and input of large scale forcing from
69# external files
70#
71# 1229 2013-09-20 06:55:19Z raasch
72# further adjustments for lccrayb
73#
74# 1224 2013-09-16 07:27:23Z raasch
75# first adjustments for lccrayb
76#
77# 1210 2013-08-14 10:58:20Z raasch
78# fftw support added
79#
80# 1201 2013-07-10 16:17:59Z witha
81# adjustments for Forwind cluster (lcflow)
82#
83# 1199 2013-07-05 14:52:22Z raasch
84# adjustments for CSC Helsinki (lccrayf),
85# executables for batch jobs can be created in advance, in order to avoid calling
86# the compiler within the batch job (only works if batch jobs are submitted on
87# local host)
88#
89# 1190 2013-06-25 09:39:21Z heinze
90# enable use of automatic restarts for ibmh
91# use of cluster/express queue enabled (ibmh)
92#
93# 1124 2013-04-09 15:46:52Z raasch
94# variable "memory" is exported via typeset option -x, because otherwise an unknown
95# side effect may lead to data loss while getopts is reading the script-option arguments
96#
97# 1122 2013-04-09 08:37:16Z heinze
98# Bugfix: change type of variable last_char
99#
100# 1119 2013-04-05 15:11:19Z raasch
101# Bugfix for setting -T option for subjob
102#
103# 1108 2013-03-05 07:03:32Z raasch
104# bugfix for coupled runs on lckyut/lckyuh
105#
106# 1106 2013-03-04 05:31:38Z raasch
107# --stdin argument for mpiexec on lckyuh
108# -y and -Y settings output to header
109#
110# 1103 2013-02-20 02:15:53Z raasch
111# default script runs again under ksh, because of unsolved problems with read
112# from stdin: when bash script is called from a ksh, message "read error: 0:
113# Resource temporarily unavailable" appears and script does not stop,
114# further bash compatibility adjustments,
115# shebang line replaced by /bin/bash when running jobs on lckyuh; no restarts
116# on lckyuh, but mrun does not terminate and issues a warning instead
117#
118# 1101 2013-02-17 10:20:21Z raasch
119# script now running under bash instead of ksh, which required small adjustments
120# (output formatting with printf instead "typeset -L/-R", print replaced by echo,
121# read from stdin),
122# cross compilername on lckyuh compute nodes replaced by real compiler name
123#
124# 1099 2013-02-10 01:47:43Z raasch
125# adjustments for Kyushu-University computing center (lckyuh - hayaka)
126# and for Forwind cluster (lcflow)
127# small further adjustments for lckyut
128#
129# 1094 2013-02-03 01:52:12Z raasch
130# explicit ssh/scp port can be set in config file with environment variable
131# scp_port.  This port is handled to all ssh/scp/batch_scp calls.
132# decalpha parts (yonsei) removed
133#
134# 2013-02-02 07:06:13Z raasch
135# adjustments for Kyushu-University computing center (lckyut - tatara)
136#
137# 1083 2013-01-04 10:22:09Z maronga
138# bugfix in parameter file check (read %cpp_options was missing)
139#
140# 1069 2012-11-28 16:18:43Z maronga
141# bugfix: coupling mode was always set to mpi2, typos removed
142#
143# 1058 2012-11-21 07:00:35Z raasch
144# Intel inspector (inspxe) is given the number of PEs instead of the number of
145# nodes
146#
147# 1046 2012-11-09 14:38:45Z maronga
148# code put under GPL (PALM 3.9)
149#
150# 21/03/94 - Siggi - first version finished
151# 03/03/94 - Siggi - script development started
152#
153#--------------------------------------------------------------------------------#
154# mrun - script for running PALM jobs
155#--------------------------------------------------------------------------------#
156
157
158 
159    # DECLARATION OF VARIABLES AND THEIR DEFUALT VALUES
160
161 set +o allexport    # SUPPRESS EXPORT OF ALL VARIABLES, SINCE IN THE PAST THIS
162                     # LES TO PROBLEMS IN ROUTINES CALLED BY MRUN
163                     # (TOO MANY ARGUMENTS - PROBLEM)
164 set +o noclobber    # EXISTING FILES ARE ALLOWED TO BE OVERWRITTEN
165
166 AddFilenames=""
167 additional_conditions=""
168 add_source_path=""
169 afname=""
170 archive_save=true
171 archive_system=none
172 check_namelist_files=false
173 combine_plot_fields=true
174 compiler_name=""
175 cond1=""
176 cond2="" 
177 config_file=.mrun.config
178 coupled_dist=""
179 coupled_mode="mpi1"
180 cpp_opts=""
181 cpp_options=""
182 cpumax=0
183 cpurest=0
184 create_executable_for_batch=false
185 delete_temporary_catalog=true
186 do_batch=false
187 do_compile=true
188 do_remote=false
189 do_stagein=true
190 do_stageout=true
191 do_trace=false
192 email_notification="none"
193 exclude=""
194 executable=""
195 execution_error=false
196 fftw_inc=""
197 fftw_lib=""
198 fftw_support=false
199  fname=test
200 fromhost=""
201 global_revision=""
202 group_number=none
203 host=""
204 host_file=""
205 hp=""
206 ignore_archive_error=false
207 input_list=""
208 interpreted_config_file=""
209 job_catalog="~/job_queue"
210 job_on_file=""
211 keep_data_from_previous_run=false
212 link_local_input=false
213 link_local_output=false
214 localhost_realname=$(hostname)
215 local_dvrserver_running=.FALSE.
216 locat=normal
217 mainprog=""
218 makefile=""
219 max_par_io_str=""
220 mc=$0
221 while [[ $(echo $mc | grep -c "/") != 0 ]]
222 do
223    mc=`echo $mc | cut -f2- -d"/"`
224 done
225 module_calls=""
226 mrun_script_name=$mc
227 netcdf_inc=""
228 netcdf_lib=""
229 netcdf_support=false
230 node_usage=default
231 numprocs=""
232 numprocs_atmos=0
233 numprocs_ocean=0
234 OOPT=""
235 openmp=false
236 output_list=""
237 package_list=""
238 queue=none
239 read_from_config=""
240 restart_run=false
241 if [[ `hostname` = rte10 ]]
242 then
243    return_addres=133.5.185.60
244    echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
245 elif [[ `hostname` = climate0 ]]
246 then
247    return_addres=165.132.26.68
248    echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
249 elif [[ `hostname` = urban00 ]]
250 then
251    return_addres=147.46.30.151
252    echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
253 else
254    return_addres=$(nslookup `hostname` 2>&1 | grep "Address:" | tail -1 | awk '{print $2}')
255 fi
256 return_password=""
257 return_username=$LOGNAME
258 remotecall=false
259 remote_username=""
260 run_coupled_model=false
261 run_mode=""
262 store_on_archive_system=false
263 dashes="  ----------------------------------------------------------------------------"
264 silent=false
265 source_list=""
266 source_path=SOURCE
267 tasks_per_node=""
268 threads_per_task=1
269 tmpcreate=false
270 tmp_data_catalog=""
271 transfer_problems=false
272 usern=$LOGNAME
273 use_openmp=false
274 version="MRUN  2.1 Rev$Rev: 1357 $"
275 working_directory=`pwd`
276 TOPT=""
277 XOPT=""
278 zeit=$( date | cut -c 12-19 )
279
280 typeset -i  iec=0 iic=0 iin=0 ioc=0 iout=0 stagein_anz=0 stageout_anz=0
281 typeset -x -i  memory=0   # HAS TO BE EXPORTED HERE, OTHERWISE AN UNKNOWN SIDE
282                           # SIDE EFFECT MAY CAUSE DATA LOSS WHEN GETOPTS IS READING THE
283                           # SCRIPT-OPTION ARGUMENTS
284 typeset -i  cputime i ii iia iii iio icycle inode ival jobges jobsek last_char_int maxcycle minuten nodes pes remaining_pes sekunden tp1
285
286
287
288    # ERROR HANDLING IN CASE OF EXIT
289 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
290       if [[ $locat != normal  &&  $locat != control_c ]]
291       then
292
293              # CARRY OUT ERROR-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE (EC:)
294          (( i = 0 ))
295          while (( i < iec ))
296          do
297             (( i = i + 1 ))
298             printf "\n  *** Execution of ERROR-command:\n"
299             printf "  >>> ${err_command[$i]}\n"
300             eval  ${err_command[$i]}
301          done
302          if [[ -n $interpreted_config_file ]]
303          then
304             rm -rf  $interpreted_config_file
305          fi
306          if [[ -n .mrun_environment ]]
307          then
308             rm -rf  .mrun_environment
309          fi
310          if [[ $tmpcreate = true ]]
311          then
312             printf "\n  *** Contents of \"$TEMPDIR\":\n"
313             ls -al; cd
314             [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
315          fi
316          if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
317          then
318             echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
319             kill $dvrserver_id
320          fi
321          if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
322          then
323             rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
324          fi
325          printf "\n\n+++ MRUN killed \n\n"
326       elif [[ $locat != control_c ]]
327       then
328          printf "\n\n --> all actions finished\n\n"
329          printf "     Bye, bye $usern !!\n\n"
330       fi' exit
331
332
333    # ACTIONS IN CASE OF TERMINAL-BREAK (CONTROL-C):
334 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
335       rm -rf  $working_directory/tmp_check_namelist_files
336       [[ $tmpcreate = true ]]  &&  (cd; rm -rf $TEMPDIR)
337       if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
338       then
339          rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
340       fi
341       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
342       then
343          echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
344          kill $dvrserver_id
345       fi
346       printf "\n+++ MRUN killed by \"^C\" \n\n"
347       locat=control_c
348       exit
349      ' 2
350
351
352    # CHECK IF THE PATH FOR THE PALM BINARIES (SCRIPTS+UTILITY-PROGRAMS) HAS
353    # BEEN SET
354 if [[ "$PALM_BIN" = "" ]]
355 then
356    printf "\n  +++ environment variable PALM_BIN has not been set"
357    printf "\n      please set it to the directory where the PALM scripts are located"
358    locat=palm_bin; exit
359 fi
360 export PATH=$PALM_BIN:$PATH
361
362
363
364    # READ SHELLSCRIPT-OPTIONS AND REBUILD THE MRUN-COMMAND STRING (MC),
365    # WHICH WILL BE USED TO START RESTART-JOBS
366 while  getopts  :a:AbBc:Cd:D:Fg:G:h:H:i:IkK:m:M:n:o:O:p:P:q:r:R:s:St:T:u:U:vw:xX:yY:zZ option
367 do
368   case  $option  in
369       (a)   afname=$OPTARG;;
370       (A)   store_on_archive_system=true; mc="$mc -A";;
371       (b)   do_batch=true; mc="$mc -b";;
372       (B)   delete_temporary_catalog=false; mc="$mc -B";;
373       (c)   config_file=$OPTARG; mc="$mc -c$OPTARG";;
374       (C)   restart_run=true; mc="$mc -C";;
375       (d)   fname=$OPTARG; mc="$mc -d$OPTARG";;
376       (D)   cpp_opts="$cpp_opts $OPTARG"; mc="$mc -D'$OPTARG'";;
377       (F)   job_on_file="-D"; mc="$mc -F";;
378       (g)   group_number=$OPTARG; mc="$mc -g$OPTARG";;
379       (G)   global_revision=$OPTARG; mc="$mc -G'$OPTARG'";;
380       (h)   host=$OPTARG; mc="$mc -h$OPTARG";;
381       (H)   fromhost=$OPTARG; mc="$mc -H$OPTARG";;
382       (i)   input_list=$OPTARG; mc="$mc -i'$OPTARG'";;
383       (I)   ignore_archive_error=true; mc="$mc -I";;
384       (k)   keep_data_from_previous_run=true; mc="$mc -k";;
385       (K)   additional_conditions="$OPTARG"; mc="$mc -K'$OPTARG'";;
386       (m)   memory=$OPTARG; mc="$mc -m$OPTARG";;
387       (M)   makefile=$OPTARG; mc="$mc -M$OPTARG";;
388       (n)   node_usage=$OPTARG; mc="$mc -n$OPTARG";; 
389       (o)   output_list=$OPTARG; mc="$mc -o'$OPTARG'";;
390       (O)   use_openmp=true; threads_per_task=$OPTARG; mc="$mc -O$OPTARG";;
391       (p)   package_list=$OPTARG; mc="$mc -p'$OPTARG'";;
392       (P)   return_password=$OPTARG; mc="$mc -P$OPTARG";;
393       (q)   queue=$OPTARG; mc="$mc -q$OPTARG";;
394       (r)   run_mode=$OPTARG; mc="$mc -r'$OPTARG'";;
395       (R)   remotecall=true;return_addres=$OPTARG; mc="$mc -R$OPTARG";;
396       (s)   source_list=$OPTARG; mc="$mc -s'$OPTARG'";;
397       (S)   read_from_config=false; mc="$mc -S";;
398       (t)   cpumax=$OPTARG; mc="$mc -t$OPTARG";;
399       (T)   mrun_tasks_per_node=$OPTARG; mc="$mc -T$OPTARG";;
400       (u)   remote_username=$OPTARG; mc="$mc -u$OPTARG";;
401       (U)   return_username=$OPTARG; mc="$mc -U$OPTARG";;
402       (v)   silent=true; mc="$mc -v";;
403       (w)   max_par_io_str=$OPTARG; mc="$mc -w$OPTARG";;
404       (x)   do_trace=true;set -x; mc="$mc -x";;
405       (X)   numprocs=$OPTARG; mc="$mc -X$OPTARG";;
406       (y)   ocean_file_appendix=true; mc="$mc -y";;
407       (Y)   run_coupled_model=true; coupled_dist=$OPTARG; mc="$mc -Y'$OPTARG'";;
408       (z)   check_namelist_files=false; mc="$mc -z";;
409       (Z)   combine_plot_fields=false; mc="$mc -Z";;
410       (\?)  printf "\n  +++ unknown option $OPTARG \n"
411             printf "\n  --> type \"$0 ?\" for available options \n"
412             locat=parameter;exit;;
413   esac
414 done
415
416
417    # SKIP GIVEN OPTIONS TO READ POSITIONAL PARAMETER, IF GIVEN
418    # CURRENTLY ONLY PARAMETER ? (TO OUTPUT A SHORT COMMAND INFO) IS ALLOWED
419 (( to_shift = $OPTIND - 1 ))
420 shift $to_shift
421
422    # PRINT SHORT DESCRIPTION OF MRUN OPTIONS
423 if [[ "$1" = "?" ]]
424 then
425   (printf "\n  *** mrun can be called as follows:\n"
426    printf "\n      $mrun_script_name  -b -c.. -d.. -D.. -f.. -F -h.. -i.. -I -K.. -m.. -o.. -p.. -r.. -R -s.. -t.. -T.. -v -x -X.. -y -Y.. -z -Z <modus> \n"
427    printf "\n      Description of available options:\n"
428    printf "\n      Option  Description                              Default-Value"
429    printf "\n        -a    base name of input files                 equiv. -d"
430    printf "\n        -A    archiving when using file-attribute fl"
431    printf "\n        -b    batch-job on local machine               ---"
432    printf "\n        -B    do not delete temporary directory at end ---"
433    printf "\n        -c    configuration file                       .mrun.config"
434    printf "\n        -d    base name of files attached to program   test"
435    printf "\n        -D    preprocessor(cpp)-directives             \"\" "
436    printf "\n        -F    create remote job file only              ---"
437    printf "\n        -h    execution host                           $localhost_realname"
438    printf "\n        -i    INPUT control list                       \"\" "
439    printf "\n        -I    archiving errors of previous batch-jobs"
440    printf "\n              will be ignored"
441    printf "\n        -k    keep data from previous run"
442    printf "\n        -K    additional conditions for controling"
443    printf "\n              usage of conditional code and"
444    printf "\n              env-variables in configuration file      \"\" "
445    printf "\n        -m    memory demand in MB (batch-jobs)         0 MB"
446    printf "\n        -M    Makefile name                            Makefile"
447    printf "\n        -n    node usage (shared/not_shared)           depending on -h"
448    printf "\n        -o    OUTPUT control list                      \"\" "
449    printf "\n        -O    threads per openMP task                  ---"
450    printf "\n        -p    software package list                    \"\" "
451    printf "\n        -q    queue                                    \"$queue\" "
452    printf "\n        -r    run control list (combines -i -o)        \"\" "
453    printf "\n        -s    filenames of routines to be compiled     \"\" "
454    printf "\n              must end with .f, .f90, .F, or .c !"
455    printf "\n              use \"..\" for more than one file and wildcards"
456    printf "\n              -s LM compiles all locally modified files"
457    printf "\n        -S    config file interpreted by shellscript   ---"
458    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds (batch)      0"
459    printf "\n        -T    tasks per node                           depending on -h"
460    printf "\n        -u    username on remote machine               \"\" "
461    printf "\n        -v    no prompt for confirmation               ---"
462    printf "\n        -w    maximum parallel io streams              as given by -X"
463    printf "\n        -x    tracing of mrun for debug purposes       ---"
464    printf "\n        -X    # of processors (on parallel machines)   1"
465    printf "\n        -y    add appendix \"_O\" to all local output"
466    printf "\n              files (ocean precursor runs followed by"
467    printf "\n              coupled atmosphere-ocean runs)           ---"
468    printf "\n        -Y    run coupled model, \"#1 #2\" with" 
469    printf "\n              #1 atmosphere and #2 ocean processors    \"#/2 #/2\" depending on -X"
470    printf "\n        -z    disable a priori parameter file check    ---"
471    printf "\n        -Z    skip combine_plot_fields at the end of      "
472    printf "\n              the simulation                           ---"
473    printf "\n "
474    printf "\n      Possible values of positional parameter <modus>:"
475    printf "\n        \"?\"       -  this outline \n\n") | more
476    exit
477 elif [[ "$1" != "" ]]
478 then
479    printf "\n  +++ positional parameter $1 unknown \n"
480    locat=parameter; exit
481 fi
482
483
484
485    # SHORT STARTING MESSAGE
486 printf "\n*** $version "
487 printf "\n    will be executed.     Please wait ..."
488
489
490
491    # CHECK, IF CONFIGURATION FILE EXISTS
492 if [[ ! -f $config_file ]]
493 then
494    printf "\n\n  +++ configuration file: "
495    printf "\n           $config_file"
496    printf "\n      does not exist"
497    locat=connect; exit 
498 fi
499
500
501    # DETERMINE THE HOST-IDENTIFIER (localhost) FROM THE CONFIGURATION FILE
502 line=""
503 grep  "%host_identifier"  $config_file  >  tmp_mrun
504 while read line
505 do
506    if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
507    then
508       HOSTNAME=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
509       host_identifier=`echo $line | cut -d" " -s -f3`
510       if [[ $localhost_realname = $HOSTNAME ]]
511       then
512          localhost=$host_identifier
513          break
514       fi
515    fi
516 done < tmp_mrun
517
518 if [[ "$localhost" = "" ]]
519 then
520    printf "\n\n  +++ no host identifier found in configuration file \"$config_file\""
521    printf "\n      for local host \"$localhost_realname\"."
522    printf "\n      Please add line"
523    printf "\n      \"\%host_identifier $localhost_realname <identifier>\""
524    printf "\n      to the configuration file."
525    locat=localhost; exit
526 fi
527
528
529    # SET HOST-SPECIFIC VARIABLES
530 case  $localhost_realname  in
531     (r1*|r2*|h01*|b01*)     archive_system=tivoli;;
532     (cs*)                   archive_system=ut;;
533 esac
534
535
536    # ??? THIS SHOULD BE DECRIBED IN THE MRUN DOCUMENTATION ???
537    # SET BASENAME OF THE INPUT-FILES TO THE GENERAL BASENAME (GIVEN BY OPTION -d),
538    # IF IT HAS NOT BEEN SET BY THE USER DIFFERENTLY (USING OPTION -a)
539 [[ "$afname" = "" ]]  &&  afname=$fname
540
541
542    # ADD RUN-FILE ACTIVATION STRINGS (GIVEN BY OPTION -r) TO THE
543    # RESPECTIVE LISTS FOR ACTIVATING THE INPUT/OUTPUT FILE CONNECTION
544    # STATEMENTS IN THE CONFIGURATION FILE
545 if [[ "$run_mode" != "" ]]
546 then
547    input_list="$input_list $run_mode"
548    output_list="$output_list $run_mode"
549 fi
550
551
552    # ??? is this (and the respective option -H) really required ???
553    # STORE HOSTNAME, FROM WHICH THE JOB IS STARTED,
554    # BUT ONLY IF IT HASN'T BEEN ALREADY SET BY OPTION -H
555    # (MRUN IS AUTOMATICALLY SETTING THIS OPTION IN THE MRUN-CALLS WITHIN
556    # THOSE BATCH-JOBS, WHICH ARE CREATED BY MRUN ITSELF)
557 if [[ "$fromhost" = "" ]]
558 then
559    fromhost=$localhost
560 fi
561
562
563    # CHECK, IF EXECUTION SHALL TO BE DONE ON THE REMOTE-MACHINE.
564    # VALUE OF do_remote IS IMPORTANT FOR THE FILE CONNECTIONS.
565    # IN CASE OF EXECUTION ON A REMOTE-MACHINE, A BATCH-JOB HAS
566    # TO BE SUBMITTED (I.E. do_bacth=true)
567 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
568 then
569    do_batch=true
570    do_remote=true
571    case  $host  in
572        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|nech|lccrayb|lccrayh|lccrayf|lcflow|lckyoto|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb)  true;;
573        (*)  printf "\n"
574             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
575             printf "\n      is not available"
576             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
577    esac
578 else
579    host=$localhost
580 fi
581
582
583     # EVALUATE ADDITIONAL CONDITIONS GIVEN BY OPTION -K
584 if [[ -n $additional_conditions ]]
585 then
586    cond1=`echo $additional_conditions | cut -d" " -f1`
587    cond2=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f2`
588    dummy=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f3`
589    if [[ -n $dummy ]]
590    then
591       printf "\n  +++ more than 2 additional conditions given for Option \"-K\""
592       locat=options; exit
593    fi
594    block=_$cond1
595    [[ -n $cond2 ]]  &&  block=${block}_$cond2
596 fi
597
598
599      # EVALUATE MODEL COUPLING FEATURES (OPTION -Y) AND DETERMINE coupled_mode
600 if [[ $run_coupled_model = true ]] 
601 then
602
603    numprocs_atmos=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f1`
604    numprocs_ocean=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f2`
605
606    if (( $numprocs_ocean + $numprocs_atmos != $numprocs ))
607    then
608
609       printf "\n  +++ number of processors does not fit to specification by \"-Y\"."
610       printf "\n      PEs (total)     : $numprocs"
611       printf "\n      PEs (atmosphere): $numprocs_atmos"
612       printf "\n      PEs (ocean)     : $numprocs_ocean"
613       locat=coupling; exit
614
615    fi
616
617
618       # GET coupled_mode FROM THE CONFIG FILE
619    line=""
620    grep  "%cpp_options.*-D__mpi2.*$host" $config_file  >  tmp_mrun
621    while read line
622    do
623       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" &&  $(echo $line | cut -d" " -s -f4) = $cond1 && $(echo $line | cut -d" " -s -f4)  = $cond2 ]]
624       then
625          coupled_mode="mpi2"
626       fi
627    done < tmp_mrun
628
629 fi
630
631
632    # CHECK, IF FILE-ARCHIVING HAS FAILED IN PREVIOUS JOB (OF A JOB-CHAIN)
633 if [[ -f ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname ]]
634 then
635    if [[ $ignore_archive_error = false ]]
636    then
637       printf "\n  +++ data archiving of previous run failed"
638       printf "\n      see directory \~/job_queue on remote machine"
639       locat=archive; exit
640    else
641       printf "\n  +++ warning: data archiving in a previous run failed"
642       printf "\n      MRUN continues, trying to get backup copy"
643    fi
644 fi
645
646
647    # SAVE VALUES OF MRUN-OPTIONS SICHERN IN ORDER TO OVERWRITE
648    # THOSE VALUES GIVEN IN THE CONFIGURATION-FILE
649 mrun_memory=$memory
650 mrun_group_number=$group_number
651 mrun_cpumax=$cpumax
652 mrun_numprocs=$numprocs
653
654
655    # READ AND EVALUATE THE CONFIGURATION-FILE FROM WITHIN THIS SHELLSCRIPT
656    # (OPTION -S). THE DEFAULT IS USING THE ROUTINE interpret_config
657 if [[ "$read_from_config" = false ]]
658 then
659
660    [[ $silent = false ]]  &&  printf "\n    Reading the configuration file... "
661
662       # READ THE CONFIGURATION FILE LINE BY LINE
663    while  read zeile
664    do
665        [[ $silent = false ]]  &&  printf "."
666
667
668          # FIRST REPLACE ENVIRONMENT-VARIABLES BY THEIR RESPECTIVE VALUES
669       eval  zeile=\"$zeile\"
670
671
672          # INTERPRET THE LINE
673       if [[ "$(echo $zeile)" = "" ]]
674       then
675             # EMPTY LINE, NO ACTION
676          continue
677
678       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "#" ]]
679       then
680
681             # LINE IS A COMMENT LINE
682          true
683
684       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "%" ]]
685       then
686
687             # LINE DEFINES AN ENVIRONMENT-VARIABLE
688          zeile=$(echo $zeile | cut -c2-)
689          var=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
690          value=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
691          for_host=`echo $zeile | cut -d" " -s -f3`
692          for_cond1=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
693          for_cond2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
694
695          if [[ "$for_host" = ""  ||  ( "$for_host" = $host  &&  "$for_cond1" = "$cond1"  &&  "$for_cond2" = "$cond2" )  ||  $(echo "$input_list$output_list"|grep -c "$for_host") != 0 ]]
696          then
697
698                # REPLACE ":" BY " " IN COMPILER- CPP- OR LINKER-OPTIONS,
699                # "::" IS REPLACED BY ":".
700             value=`echo $value | sed 's/::/%DUM%/g' | sed 's/:/ /g' | sed 's/%DUM%/:/g'`
701
702
703                # VALUE FROM THE CONFIGURATION-FILE IS ASSIGNED TO THE
704                # ENVIRONMENT-VARIABLE, BUT ONLY IF NO VALUE HAS BEEN ALREADY
705                # ASSIGNED WITHIN THIS SCRIPT (E.G. BY SCRIPT-OPTIONS).
706                # NON-ASSIGNED VARIABLES HAVE VALUE "" OR 0 (IN CASE OF INTEGER).
707                # HENCE THE GENERAL RULE IS: SCRIPT-OPTION OVERWRITES THE
708                # CONFIGURATION-FILE.
709             if [[ "$(eval echo \$$var)" = ""  ||  "$(eval echo \$$var)" = "0" ]]
710             then
711                eval  $var=\$value
712
713                   # TERMINAL OUTPUT OF ENVIRONMENT-VARIABLES, IF TRACEBACK IS SWITCHED on
714                if [[ $do_trace = true ]]
715                then
716                   printf "\n*** ENVIRONMENT-VARIABLE $var = $value"
717                fi
718             fi
719
720                # IF AN ENVIRONMENT-VARIABLE DETERMINES THE HOST, THEN EVALUATE IT IMMEDIATELY:
721                # VALUE OF do-remote IS REQUIRED FOR THE FILE CONNECTIONS (COPY OF I/O FILES).
722                # IF EXECUTION IS SCHEDULED FOR A REMOTE-MASCHINE, A BATCH-JOB
723                # MUST HAVE TO BE STARTED
724             if [[ $var = host ]]
725             then
726                if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
727                then
728                   do_batch=true
729                   do_remote=true
730                   case  $host  in
731                       (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|lccrayb|lccrayh|lccrayf|lcflow|lckyoto|nech|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb)  true;;
732                       (*)  printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
733                            printf "\n      is not available"
734                            locat=nqs; exit;;
735                   esac
736                else
737                   host=$localhost
738                fi
739             fi
740
741                # USER-DEFINED ENVIRONMENT VARIABLES MUST BE EXPORTED,
742                # BECAUSE THEY MAY BE REQUIRED IN OTHER SCRIPTS CALLED
743                # BY MRUN (E.G. subjob)
744             export  $var
745          fi
746
747
748
749
750       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "EC:" ]]
751       then
752
753             # LINE DEFINES ERROR-COMMAND
754          (( iec = iec + 1 ))
755          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
756          err_command[$iec]="$zeile"
757
758       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "IC:" ]]
759       then
760
761             # LINE DEFINES INPUT-COMMAND
762          (( iic = iic + 1 ))
763          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
764          in_command[$iic]="$zeile"
765
766       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "OC:" ]]
767       then
768
769             # LINE DEFINES OUTPUT-COMMAND
770          (( ioc = ioc + 1 ))
771          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
772          out_command[$ioc]="$zeile"
773
774       else
775
776             # LINE DEFINES FILE CONNECTION. READ THE FILE ATTRIBUTES.
777             # s2a: in/out - field
778             # s2b: loc    - field (optional)
779             # s2c: tr/ar  - field (optional)
780          s1=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
781          s2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
782          s2a=$(echo $s2 | cut -d":" -f1)
783          if [[ $(echo $s2 | grep -c ":") = 0 ]]
784          then
785             s2b=""
786             s2c=""
787          else
788             s2b=`echo $s2 | cut -d":" -f2 | sed 's/:/ /g'`
789             s2c=`echo $s2 | cut -d":" -s -f3 | sed 's/:/ /g'`
790          fi
791          s3=`echo $zeile | cut -d" " -f3`
792          s4=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
793          s5=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
794          s6=`echo $zeile | cut -d" " -s -f6`
795
796       
797             # STORE FILE CONNECTION, IF ACTIVATED BY ACTIVATION-STRING FROM
798             # INPUT- OR OUTPUT-LIST.
799             # VARIABLE S3 MAY CONTAIN A LIST OF ACTIVATION STRINGS (FIELD-SEPERATOR ":").
800             # IF EXECUTION IS SCHEDULED FOR A REMOTE-MACHINE AND THE FILE IS ONLY
801             # LOCALLY REQUIRED ON THAT MACHINE (I.E. s2b = loc), THE FILE CONNECTION
802             # IS NOT CHECKED AND STORED.
803          IFSALT="$IFS"; IFS="$IFS:"
804          if [[ "$s2a" = in  &&  ! ( $do_remote = true  &&  ( "$s2b" = loc  ||  "$s2b" = locopt ) ) ]]
805          then
806             found=false
807             for  actual  in  $input_list
808             do
809                for  formal  in  $s3
810                do
811                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-" ]]  &&  found=true
812                done
813             done
814             if [[ $found = true ]]
815             then
816                (( iin = iin + 1 ))
817                localin[$iin]=$s1; transin[$iin]=$s2b; actionin[$iin]=$s2c;
818                typein[$iin]=$s3; pathin[$iin]=$s4; endin[$iin]=$s5;
819                extin[$iin]=$s6
820             fi
821          elif [[ "$s2a" = out  &&  ! ( $do_remote = true  &&  "$s2b" = loc ) ]]
822          then
823             found=false
824             for  actual  in  $output_list
825             do
826                for  formal  in  $s3 
827                do
828                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-"  ]]  &&  found=true
829                done
830             done
831             if [[ $found = true ]]
832             then
833                (( iout = iout + 1 ))
834                localout[$iout]=$s1; actionout[$iout]=$s2c; typeout[$iout]=$s3;
835                pathout[$iout]=$s4; endout[$iout]=$s5; extout[$iout]=$s6
836             fi
837          elif [[ "$s2a" != in  &&  "$s2a" != out ]]
838          then
839             printf "\n  +++ I/O-attribute in configuration file $config_file has the invalid"
840             printf "\n      value \"$s2\". Only \"in\" and \"out\" are allowed!"
841             locat=connect; exit
842          fi
843          IFS="$IFSALT"
844       fi
845    done < $config_file
846
847 else
848
849
850       # EVALUATE THE CONFIGURATION-FILE BY FORTRAN-PROGRAM
851    [[ $silent = false ]]  &&  printf "..."
852    interpreted_config_file=.icf.$RANDOM
853
854
855
856       # PROVIDE VALUES OF ENVIRONMENT-VARIABLE FOR interpret_config VIA NAMELIST-FILE
857    cat  >  .mrun_environment  <<  %%END%%
858 &mrun_environment  cond1 = '$cond1', cond2 = '$cond2',
859                    config_file = '$config_file', do_remote = '$do_remote',
860                    do_trace = '$do_trace', host = '$host',
861                    input_list = '$input_list', icf = '$interpreted_config_file',
862                    localhost = '$localhost', output_list = '$output_list' /
863
864%%END%%
865
866    if [[ "$host" != $localhost ]]
867    then
868
869          # REMOTE JOB FROM LOCAL HOST: JUST TAKE THE FIRST EXECUTABLE FOUND
870       interpret_config_executable=`ls -1 ${PALM_BIN}/interpret_config*.x 2>/dev/null`
871       if [[ $? != 0 ]]
872       then
873          printf "\n\n  +++ no interpret_config found"
874          printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this host"
875          locat=interpret_config; exit
876       fi
877       interpret_config_executable=`echo $interpret_config_executable | cut -d" " -f1`
878       $interpret_config_executable
879
880    else
881
882          # CHECK, IF THERE IS AN EXECUTABLE FOR THE BLOCK
883       if [[ ! -f ${PALM_BIN}/interpret_config${block}.x ]]
884       then
885          printf "\n\n  +++ no interpret_config found for given block \"$cond1 $cond2\""
886          printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this block"
887          locat=interpret_config; exit
888       else
889          interpret_config${block}.x
890       fi
891
892    fi
893    rm .mrun_environment
894
895
896       # EXECUTE SHELL-COMMANDS GENERATED BY interpret_config WITHIN THIS SHELL
897    chmod  u+x  $interpreted_config_file
898    export PATH=$PATH:.
899    . $interpreted_config_file
900    rm  $interpreted_config_file
901
902 fi
903
904
905    # VALUES OF MRUN-OPTIONS OVERWRITE THOSE FROM THE CONFIGURATION-FILE
906 [[ $mrun_memory     != 0   ]]  &&  memory=$mrun_memory
907 [[ "$mrun_group_number" != "none" ]]  &&  group_number=$mrun_group_number
908 [[ $mrun_cpumax     != 0   ]]  &&  cpumax=$mrun_cpumax
909 [[ "$mrun_numprocs" != ""  ]]  &&  numprocs=$mrun_numprocs
910 [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  maximum_parallel_io_streams=$max_par_io_str
911 [[ "$mrun_tasks_per_node" != "" ]]  &&  tasks_per_node=$mrun_tasks_per_node
912
913
914    # ON THE LOCAL MACHINE, DETERMINE (FROM THE CONFIGURATION-FILE) THE PATH
915    # FOR SOURCE-FILES TO BE COMPILED.
916    # IN A BATCH-JOB, SOURCES (ROUTINES TO BE COMPILED) ARE COMPLETE ALREADY.
917    # BEFORE MRUN IS CALLED IN THE JOB, SOURCES_COMPLETE = true IS ASSIGNED (SEE FURTHER BELOW).
918 if [[ "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
919 then
920
921       # FIRST CHECK, IF A GLOBAL SOURCE PATH (TO BE USED FOR ALL HOSTS)
922       # HAS BEEN DEFINED
923    source_path=""
924    line=""
925    grep "%source_path" $config_file  >  tmp_mrun
926    while read line
927    do
928       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
929       then
930          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -f3)" = "" ]]
931          then
932             global_source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
933          fi
934       fi
935    done  <  tmp_mrun
936
937    line=""
938    found=false
939    grep  " $localhost" $config_file | grep "%source_path"  >  tmp_mrun
940    while read line
941    do
942       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
943       then
944          if [[ $found = true ]]
945          then
946             printf "\n\n  +++ more than one source path found in configuration file"
947             printf "\n      for local host \"$localhost\" "
948             locat=source_path; exit
949          fi
950          source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
951          found=true
952       fi
953    done  <  tmp_mrun
954    rm  tmp_mrun
955
956    if [[ "$source_path" = "" ]]
957    then
958       if [[ "$global_source_path" != "" ]]
959       then
960          source_path=$global_source_path
961       else
962          printf "\n\n  +++ no source path found in configuration file"
963          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
964          locat=source_path; exit
965       fi
966    fi
967    eval source_path=$source_path
968
969    if [[ ! -d $source_path ]]
970    then
971       printf "\n\n  +++ source path \"$source_path\" on local host"
972       printf "\n      \"$localhost\" does not exist"
973       locat=source_path; exit
974    fi
975
976 fi
977
978
979    # GET THE GLOBAL REVISION-NUMBER OF THE SVN-REPOSITORY
980    # (HANDED OVER TO RESTART-RUNS USING OPTION -G)
981 if [[ "$global_revision" = ""  &&  $host != "ibmkisti" ]]
982 then
983    global_revision=`svnversion $source_path  2>/dev/null`
984    global_revision="Rev: $global_revision"
985 fi
986
987
988    # ??? das darf doch eigentlich garnicht passieren, weil optionen config-datei uebersteuern ???
989    # CHECK AGAIN, IF EXECUTION SHALL BE DONE ON A REMOTE-HOST (BATCH-JOB).
990    # (HOST MAY HAVE CHANGED DUE TO SETTINGS IN THE CONFIGURATION-FILE)
991 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
992 then
993    do_batch=true
994    do_remote=true
995    case  $host  in
996        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|lccrayb|lccrayh|lccrayf|lcflow|lckyoto|nech|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb)  true;;
997        (*)  printf "\n"
998             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
999             printf "\n      is not available"
1000             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
1001    esac
1002 else
1003    host=$localhost
1004 fi
1005
1006
1007    # IN CASE OF PARALLEL EXECUTION, CHECK SOME SPECIFICATIONS CONCERNING PROCESSOR NUMBERS
1008 if [[ "$cond1" = parallel  ||  "$cond2" = parallel ]]
1009 then
1010
1011       # CHECK, IF NUMBER OF CORES TO BE USED HAS BEEN GIVEN
1012    if [[ ! -n $numprocs ]]
1013    then
1014       printf "\n"
1015       printf "\n  +++ option \"-K parallel\" requires additional specification"
1016       printf "\n      of the number of processors to be used by"
1017       printf "\n      mrun-option \"-X\" or by environment-variable"
1018       printf "\n      \"numprocs\" in the configuration file"
1019       locat=numprocs; (( iec = 0 )); exit 
1020    fi
1021
1022       # CHECK, IF THE NUMBER OF CORES PER NODE HAS BEEN GIVEN UND IF IT IS AN
1023       # INTEGRAL DIVISOR OF THE TOTAL NUMBER OF CORES GIVEN BY OPTION -X
1024    if [[ "$tasks_per_node" = ""  &&  $host != lcflow  &&  $host != lcxt5m ]]
1025    then
1026       printf "\n"
1027       printf "\n  +++ option \"-T\" (tasks per node) is missing"
1028       printf "\n      set -T option or define tasks_per_node in the config file"
1029       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1030    fi
1031
1032    if (( numprocs < tasks_per_node ))
1033    then
1034       printf "\n"
1035       printf "\n  +++ tasks per node (-T) cannot exceed total number of processors (-X)"
1036       printf "\n      given values: -T $tasks_per_node  -X $numprocs"
1037       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1038    fi
1039
1040    if [[ $host != lcflow  &&  $host != lcxt5m ]]
1041    then
1042       (( nodes = numprocs / ( tasks_per_node * threads_per_task ) ))
1043       (( ival = $tasks_per_node ))
1044       (( pes = numprocs ))
1045       (( ii = pes / ival ))
1046       (( remaining_pes =  pes - ii * ival ))
1047       if (( remaining_pes > 0 ))
1048       then
1049          printf "\n"
1050          printf "\n  +++ WARNING: tasks per node (option \"-T\") is not an integral"
1051          printf "\n      divisor of the total number of processors (option \"-X\")"
1052          printf "\n      values of this mrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $numprocs\""
1053          printf "\n      One of the nodes is filled with $remaining_pes instead of $tasks_per_node tasks"
1054          (( nodes = nodes + 1 ))
1055       fi
1056    fi
1057
1058
1059       # SETTINGS FOR SUBJOB-COMMAND
1060    OOPT="-O $threads_per_task"
1061
1062       # SET THE TOTAL NUMBER OF NODES, REQUIRED FOR THE SUBJOB-COMMAND (SEE FURTHER BELOW)
1063    if [[ "$tasks_per_node" != "" ]]
1064    then
1065       TOPT="-T $tasks_per_node"
1066    fi
1067
1068       # CHECK node_usage FOR ALLOWED VALUES AND SET DEFAULT VALUE, IF NECESSARY
1069    if [[ $node_usage = default ]]
1070    then
1071       if [[ $host = ibms ]]
1072       then
1073          node_usage=shared
1074       else
1075          node_usage=not_shared
1076       fi
1077    fi
1078
1079    if [[ $node_usage != shared  &&  $node_usage != not_shared  &&  $node_usage != singlejob  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla" ]]
1080    then
1081       printf "\n"
1082       printf "\n  +++ node usage (option \"-n\") is only allowed to be set"
1083       printf "\n      \"shared\" or \"not_shared\""
1084       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1085    fi
1086
1087 fi
1088
1089    # CHECK IF HOSTFILE EXISTS
1090 if [[ -n $hostfile ]]
1091 then
1092    if [[ ! -f $hostfile ]]
1093    then
1094       printf "\n"
1095       printf "\n  +++ hostfile \"$hostfile\" does not exist"
1096       locat=hostfile; exit
1097    fi
1098 fi
1099
1100
1101    # SET DEFAULT VALUE FOR THE MAXIMUM NUMBER OF PARALLEL IO STREAMS
1102 if [[ "$maximum_parallel_io_streams" = "" ]]
1103 then
1104    maximum_parallel_io_streams=$numprocs
1105 fi
1106
1107
1108    # SET PORT NUMBER OPTION FOR CALLS OF SSH/SCP, subjob AND batch_scp SCRIPTS
1109 if [[ "$scp_port" != "" ]]
1110 then
1111    PORTOPT="-P $scp_port"
1112    SSH_PORTOPT="-p $scp_port"
1113 fi
1114
1115
1116    # SET DEFAULT-QUEUE, IF NOT GIVEN
1117 if [[ $queue = none ]]
1118 then
1119    case  $host  in
1120        (ibmh)       queue=cluster;;
1121        (ibmkisti)   queue=class.32plus;;
1122        (lckiaps)    queue=normal;;
1123        (lckyoto)    queue=ph;;
1124        (lckyuh)     queue=fx-single;;
1125        (lckyut)     queue=cx-single;;
1126        (lctit)      queue=S;;
1127        (nech)       queue=none;;
1128        (unics)      queue=unics;;
1129    esac
1130 fi
1131
1132
1133    # GENERATE FULL FILENAMES OF INPUT-FILES, INCLUDING THEIR PATH
1134    # CHECK, IF INPUT-FILES EXIST, AND DETERMINE HIGHEST CYCLE NUMBER (IF CYCLES EXIST)
1135 (( i = 0 ))
1136 while (( i < iin ))
1137 do
1138    (( i = i + 1 ))
1139    (( maxcycle = 0 ))
1140
1141       # GENERATE PATH AND FULL FILE NAME (then-BRANCH: FIXED FULL NAME IS GIVEN, I.E. THE
1142       # FILE IDENTIFIER IS NOT PART OF THE FILENAME))
1143    if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1144    then
1145       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${endin[$i]}  # EVALUATE REMOTE-PATH ON THE REMOTE
1146                                                    # HOST ONLY
1147       eval filename=${pathin[$i]}/${endin[$i]}
1148    else
1149       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}  # EVALUATE REMOTE-PATH ON THE REMOTE
1150                                                             # HOST ONLY
1151       eval filename=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}
1152    fi
1153    eval pathname=${pathin[$i]}
1154
1155       # SAVE INPUT FILE NAME FOR PARAMETER FILE CHECK
1156    if [[ ("${transin[$i]}" = job) && (-f $filename) ]]
1157    then
1158       filename_input=$filename
1159    fi
1160
1161       # CHECK IF FILE EXISTS
1162    if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1163          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "nicht gefunden") = 1  || \
1164          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1165          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1166    then
1167
1168          # FILES WITH ATTRIBUTE locopt ARE OPTIONAL. NO ABORT, IF THEY DO NOT EXIST.
1169       if [[ "${transin[$i]}" != "locopt" ]]
1170       then
1171          printf "\n\n  +++ INPUT-file: "
1172          if [[ "${extin[$i]}" = "" ]]
1173          then
1174             printf "\n           $filename"
1175          else
1176             printf "\n           $filename.${extin[$i]}"
1177          fi
1178          printf "\n      does not exist\n"
1179          locat=input; exit
1180       else
1181          transin[$i]="unavailable"
1182       fi
1183    else
1184
1185          # DETERMINE THE FILE'S CYCLE NUMBER
1186       ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1187       ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1188       while  read zeile
1189       do
1190          cycle=$(echo $zeile | cut -f2 -d".")
1191          if [[ "$cycle" = "$zeile" ]]
1192          then
1193             (( icycle = 0 ))
1194          elif [[ "$cycle" = "${extin[$i]}" ]]
1195          then
1196             (( icycle = 0 ))
1197          else
1198             (( icycle = $cycle ))
1199          fi
1200          if (( icycle > maxcycle ))
1201          then
1202             (( maxcycle = icycle ))
1203             file_to_be_used=$zeile
1204          fi
1205       done <filelist
1206       rm filelist
1207
1208          # APPEND CYCLE NUMBER TO FILENAME
1209       if (( maxcycle > 0 ))
1210       then
1211          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1212          then
1213             filename=${filename}.$maxcycle.${extin[$i]}
1214          else
1215             filename=${filename}.$maxcycle
1216          fi
1217       else
1218          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1219          then
1220             filename=${filename}.${extin[$i]}
1221          fi
1222       fi
1223       
1224          # STORE FILENAME WITHOUT PATH BUT WITH CYCLE NUMBER,
1225          # BECAUSE IT MIGHT BE REQUIRED LATER TO RESTORE THE FILE FROM AN ARCHIVE-SYSTEM
1226       absnamein[$i]=$filename
1227       if (( maxcycle > 0 ))
1228       then
1229          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1230          then
1231             frelin[$i]=${endin[$i]}.$maxcycle
1232          else
1233             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}.$maxcycle
1234          fi
1235       else
1236          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1237          then
1238             frelin[$i]=${endin[$i]}
1239          else
1240             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}
1241          fi
1242       fi
1243
1244    fi
1245 done
1246   
1247    # GENERATE FULL FILENAMES OF OUTPUT-FILES (WITHOUT $ OR ~),
1248    # CHECK, IF OUTPUT-FILES EXIST, AND DETERMINE HIGHEST CYCLE NUMBER (IF CYCLES EXIST),
1249    # OR, IN CASE THAT FILE DOES NOT EXIST, CHECK, IF IT CAN BE CREATED 
1250    # THESE ACTIONS ARE NOT CARRIED OUT, IF FILES SHALL BE TRASFERRED FROM THE REMOTE TO
1251    # THE LOCAL HOST (BECAUSE THEIR IS NO DIRECT ACCESS TO THE LOCAL DIRECTORIES FROM THE
1252    # REMOTE HOST)
1253 (( i = 0 ))
1254 while (( i < iout ))
1255 do
1256    (( i = i + 1 ))
1257    if [[ ! ( $fromhost != $localhost  &&  ( "${actionout[$i]}" = tr || "${actionout[$i]}" = tra || "${actionout[$i]}" = trpe ) ) ]]
1258    then
1259       if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
1260       then
1261          actionout[$i]=""
1262       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe ]]
1263       then
1264          actionout[$i]=pe
1265       elif [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
1266       then
1267          actionout[$i]=a
1268       fi
1269       (( maxcycle = 0 ))
1270       eval filename=${pathout[$i]}/${fname}${endout[$i]}
1271       eval catalogname=${pathout[$i]}
1272       if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1273             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "nicht gefunden") = 1  || \
1274             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1275             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1276       then
1277     
1278             # IF OUTPUT-FILE DOES NOT EXIST CHECK, IF IT CAN BE CREATED
1279          if  cat /dev/null > $filename 
1280          then
1281             rm  $filename
1282          else
1283
1284                # CHECK, IF THE DIRECTORY WHERE FILE SHALL BE COPIED TO EXISTS
1285                # IF IT DOES NOT EXIST, TRY TO CREATE IT
1286             if [[ ! -d $catalogname ]]
1287             then
1288                if  mkdir -p  $catalogname
1289                then
1290                   printf "\n\n  *** directory:"
1291                   printf "\n           $catalogname"
1292                   printf "\n      was created\n"
1293                else
1294                   printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1295                   printf "\n           $filename"
1296                   printf "\n      cannot be created, because directory does not exist"
1297                   printf "\n      and cannot be created either"
1298                   printf "\n"
1299                   locat=output  ; exit
1300                fi 2>/dev/null
1301             else
1302                printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1303                printf "\n           $filename"
1304                printf "\n      cannot be created, although directory exists"
1305                printf "\n"
1306                locat=output  ; exit
1307             fi
1308          fi 2>/dev/null
1309       else
1310
1311             # DETERMINE THE CYCLE NUMBER
1312          ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1313          ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1314          while  read zeile
1315          do
1316             cycle=$(echo $zeile | cut -f2 -d".")
1317             if [[ "$cycle" = "$zeile"  ||  "$cycle" = ${extout[$i]} ]]
1318             then
1319                (( icycle = 1 ))
1320             else
1321                (( icycle = $cycle + 1 ))
1322             fi
1323             if (( icycle > maxcycle ))
1324             then
1325                (( maxcycle = icycle ))
1326             fi
1327          done <filelist
1328          rm filelist
1329       fi
1330
1331          # APPEND CYCLE NUMBER TO FILENAME AND CHECK, IF FILE CAN BE CREATED
1332          # IN CASE OF FILE-APPEND, FILE MUST BE APPENDED TO THE ONE WITH HIGHEST CYCLE NUMBER
1333       if [[ "${actionout[$i]}" != a ]]
1334       then
1335          if (( maxcycle > 0 ))
1336          then
1337             filename=${filename}.$maxcycle
1338             if  cat /dev/null > $filename 
1339             then
1340                rm  $filename
1341             else
1342                printf "\n  +++ OUTPUT-file:"
1343                printf "\n           $filename"
1344                printf "\n      cannot be created"
1345                locat=output  ; exit
1346             fi
1347          fi
1348       else
1349          (( maxcycle = maxcycle - 1 ))
1350          if (( maxcycle > 0 ))
1351          then
1352             filename=${filename}.$maxcycle
1353          fi
1354       fi
1355       
1356          # STORE FILENAME WITHOUT PATH BUT WITH CYCLE NUMBER,
1357          # BECAUSE IT MIGHT BE REQUIRED LATER TO STORE THE FILE ON AN ARCHIVE-SYSTEM
1358          # OR TO PUT THIS FILENAME ON FILE OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
1359       pathout[$i]=$filename
1360       if (( maxcycle > 0 ))
1361       then
1362          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}.$maxcycle
1363       else
1364          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}
1365       fi
1366
1367    fi
1368 done
1369
1370
1371     # THE DVR-PACKAGE REQUIRES ITS OWN LIBRARY
1372 if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
1373 then
1374    if [[ "$dvr_inc" = "" ]]
1375    then
1376       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_inc\" given in configuration file"
1377       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1378       locat=dvr; exit
1379    fi
1380    if [[ "$dvr_lib" = "" ]]
1381    then
1382       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_lib\" given in configuration file"
1383       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1384       locat=dvr; exit
1385    fi
1386 fi
1387
1388
1389     # CHECK, WETHER A MAIN PROGRAM OR AN EXECUTABLE HAVE BEEN DECLARED.
1390     # EXECUTABLES DO NOT NEED TO BE COMPILED.
1391 if [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" = "" ]]
1392 then
1393    printf "\n  +++ neither main program nor executable defined"
1394    locat=source; exit
1395 elif [[ "$mainprog" != ""  &&  "$executable" != "" ]]
1396 then
1397    printf "\n  +++ main program as well as executable defined"
1398    locat=source; exit
1399 elif [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" != "" ]]
1400 then
1401    do_compile=false
1402 fi
1403
1404
1405    # CREATE SOURCE-DIRECTORY TO COLLECT ROUTINES TO BE COMPILED.
1406    # LATER THE MRUN-SCRIPT AND CONFIGURATION-FILE WILL ALSO BE COPIED TO THIS DIRECTORY.
1407 if [[ $restart_run != true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1408 then
1409    rm -rf  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1410    mkdir   SOURCES_FOR_RUN_$fname
1411 fi
1412
1413
1414    # COLLECT ALL ROUTINES TO BE COMPILED
1415    # THIS IS NOT REQUIRED WITHIN BATCH-JOBS, BECAUSE ROUTINES HAVE ALREADY BEEN COLLECTED
1416    # BY THE MRUN-CALL WHICH CREATED THE BATCH-JOB.
1417 if [[ $do_compile = true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1418 then
1419
1420    [[ "$source_list" = LM ]]  &&  source_list=LOCALLY_MODIFIED
1421
1422    if [[ "$source_list" = LOCALLY_MODIFIED ]]
1423    then
1424
1425          # DETERMINE MODIFIED FILES OF THE SVN WORKING COPY
1426       source_list=""
1427       cd  $source_path
1428
1429
1430          # CHECK, IF DIRECTORY IS UNDER SVN CONTROL
1431       if [[ ! -d .svn ]]
1432       then
1433          printf "\n\n  +++ source directory"
1434          printf "\n         \"$source_path\" "
1435          printf "\n         is not under control of \"subversion\"."
1436          printf "\n         Please do not use mrun-option \"-s LOCALLY_MODIFIED\"\n"
1437       fi
1438
1439
1440          # LIST ALL MODIFIED SOURCE CODE FILES
1441       Filenames=""
1442       svn status  >  tmp_mrun
1443       while  read line
1444       do
1445          firstc=`echo $line | cut -c1`
1446          if [[ $firstc = M  ||  $firstc = "?" ]]
1447          then
1448             Name=`echo "$line" | cut -c8-`
1449             extension=`echo $Name | cut -d. -f2`
1450             if [[ "$extension" = f90 || "$extension" = F90 || "$extension" = f || "$extension" = F || "$extension" = c ]]
1451             then
1452                Filenames="$Filenames "$Name
1453             fi
1454          fi
1455       done < tmp_mrun
1456
1457
1458          # COPY FILES TO SOURCES_FOR_RUN_...
1459       for  dateiname  in  $Filenames
1460       do
1461          cp  $dateiname  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1462          source_list=$source_list"$dateiname "
1463       done
1464
1465       cd -  > /dev/null
1466
1467
1468       # COPY FILES GIVEN BY OPTION -s TO DIRECTORY SOURCES_FOR_RUN_...
1469       # AUTOMATIC RESTART RUNS JUST ACCESS THE DIRECTORY CREATED BY THE INITIAL RUN
1470    elif [[ "$source_list" != ""  &&  $restart_run != true ]]
1471    then
1472
1473       cd  $source_path
1474
1475       for  filename  in  $source_list
1476       do
1477
1478             # SOURCE CODE FILE IS NOT ALLOWED TO INCLUDE PATH
1479          if [[ $(echo $filename | grep -c "/") != 0 ]]
1480          then
1481             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1482             printf "\n      must not contain (\"/\") "
1483             locat=source; exit
1484          fi
1485
1486          if [[ ! -f $filename ]]
1487          then
1488             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1489             printf "\n      does not exist"
1490             locat=source; exit
1491          else
1492             cp  $filename  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1493          fi
1494
1495       done
1496
1497       cd -  > /dev/null
1498
1499    fi
1500
1501
1502       # CHECK, IF A MAIN PROGRAM EXISTS AND IF IT IS PART OF THE LIST OF FILES
1503       # TO BE COMPILED. IF NOT, ADD IT TO THE LIST.
1504    if [[ $restart_run != true ]]
1505    then
1506
1507       if [[ ! -f "$source_path/$mainprog" ]]
1508       then
1509          printf "\n\n  +++ main program:  $mainprog"
1510          printf "\n      does not exist in source directory"
1511          printf "\n      \"$source_path\"\n"
1512          locat=source; exit
1513       else
1514          if [[ $(echo $source_list | grep -c $mainprog) = 0 ]]
1515          then
1516             cp  $source_path/$mainprog  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1517             source_list=${mainprog}" $source_list"
1518          fi
1519       fi
1520    fi
1521
1522
1523       # CHECK, IF MAKEFILE EXISTS AND COPY IT TO THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY
1524       # NOT REQUIRED FOR RESTART RUNS, SOURCES_FOR_RUN... HAS BEEN CREATED BY THE INITIAL RUN
1525    if [[ "$restart_run" != true ]]
1526    then
1527       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
1528       if [[ ! -f $makefile ]]
1529       then
1530          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
1531          locat=make; exit
1532       else
1533          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
1534       fi
1535    fi
1536
1537
1538       # COPY FILES FROM OPTIONAL SOURCE PATH GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
1539    if [[ $restart_run != true  &&  "$add_source_path" != "" ]]
1540    then
1541
1542          # DOES THE DIRECTORY EXIST?
1543       if [[ ! -d $add_source_path ]]
1544       then
1545          printf "\n\n  +++ WARNING: additional source code directory"
1546          printf "\n      \"$add_source_path\" "
1547          printf "\n      does not exist or is not a directory."
1548          printf "\n      No source code will be used from this directory!\n"
1549          add_source_path=""
1550          if [[ $silent == false ]]
1551          then
1552             sleep 3
1553          fi
1554       else
1555
1556          cd $add_source_path
1557          found=false
1558
1559          Names=$(ls -1 *.f90 2>&1)
1560          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$Names"
1561          Names=$(ls -1 *.F90 2>&1)
1562          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1563          Names=$(ls -1 *.F 2>&1)
1564          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1565          Names=$(ls -1 *.f 2>&1)
1566          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1567          Names=$(ls -1 *.c 2>&1)
1568          [[ $(echo $Names | grep -c '*.c') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1569
1570          cd -  > /dev/null
1571          cd  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1572
1573             # COPY MAKEFILE IF EXISTING
1574          if [[ -f $add_source_path/Makefile ]]
1575          then
1576             printf "\n\n  *** user Makefile from directory"
1577             printf "\n      \"$add_source_path\" is used \n"
1578             if [[ $silent == false ]]
1579             then
1580                sleep 1
1581             fi
1582             cp  $add_source_path/Makefile  .
1583          fi
1584
1585          for  dateiname  in  $AddFilenames
1586          do
1587             if [[ -f $dateiname ]]
1588             then
1589                printf "\n  +++ source code file \"$dateiname\" found in additional"
1590                printf "\n      source code directory \"$add_source_path\" "
1591                printf "\n      but was also given with option \"-s\" which means that it should be taken"
1592                printf "\n      from directory \"$source_path\"."
1593                locat=source; exit
1594             fi
1595
1596             cp  $add_source_path/$dateiname  .
1597             source_list="$source_list $dateiname"
1598
1599                # CHECK IF FILE IS CONTAINED IN MAKEFILE
1600             if [[ $(grep -c $dateiname Makefile) = 0 ]]
1601             then
1602                printf "\n\n  +++ user file \"$dateiname\" "
1603                printf "\n      is not listed in Makefile \n"
1604                locat=source; exit
1605             else
1606
1607                if [[ $found = false ]]
1608                then
1609                   found=true
1610                   printf "\n\n  *** following user file(s) added to the"
1611                   printf " files to be translated:\n      "
1612                fi
1613                printf "$dateiname  "
1614                if [[ $silent == false ]]
1615                then
1616                   sleep 0.5
1617                fi
1618
1619             fi
1620          done
1621          [[ $found = true ]]  &&  printf "\n"
1622          cd -  > /dev/null
1623       fi
1624    fi
1625
1626
1627       # ADD ALL ROUTINES BELONGING TO SOFTWARE PACKAGES (GIVEN BY OPTION -p)
1628       # TO THE LIST OF FILES TO BE COMPILED
1629    if [[ $restart_run != true  &&  -n $package_list ]]
1630    then
1631
1632       cd  $source_path
1633
1634       for  package  in  $package_list
1635       do
1636
1637          [[ $package = "dvrp_graphics+1PE" ]]  &&  package=dvrp_graphics
1638
1639             # DETERMINE FILES BELONGING TO THE PACKAGE
1640             # ERROR MESSAGE ARE REDIRECTED TO /dev/null, BECAUSE WILDCARD (*) ALSO GIVES
1641             # THE NAME OF THE DIRECTORY
1642          package_source_list=`grep "defined( __$package " * 2>/dev/null | cut -f1 -d:`
1643
1644
1645             # ADD THESE FILES TO THE LIST OF FILES TO BE COMPILED,
1646             # IF THEY ARE NOT ALREADY PART OF THE LIST
1647          for  source_list_name  in  $package_source_list
1648          do
1649             if [[ $(echo $source_list | grep -c $source_list_name) = 0 ]]
1650             then
1651
1652                    # ONLY TAKE FILES WITH VALID SUFFIX
1653                ending=`echo $source_list_name | cut -f2 -d.`
1654                if [[ "$ending" = f90  ||  "$ending" = F90  ||  "$ending" = f  ||  "$ending" = F  ||  "$ending" = c ]]
1655                then
1656                   cp  $source_list_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1657                   source_list="$source_list $source_list_name"
1658                fi
1659             fi
1660          done
1661       done
1662
1663       cd -  > /dev/null
1664    fi
1665
1666 fi  # do_compile=true
1667
1668
1669    # IF SOURCE CODE IS TO BE COMPILED, DO SOME MORE CHECKS
1670    # AND SET PRE-PROCESSOR DIRECTIVES
1671 if [[ $do_compile = true  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
1672 then
1673
1674       # SET PREPROCESSOR-DIRECTIVES TO SELECT OPERATING SYSTEM SPECIFIC CODE
1675    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1676    then
1677       cpp_options="${cpp_options},-D__ibm=__ibm"
1678    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = nec ]]
1679    then
1680       cpp_options="$cpp_options -D__nec"
1681    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-2) = lc ]]
1682    then
1683       cpp_options="$cpp_options -D__lc"
1684    else
1685       cpp_options="$cpp_options -D__$localhost"
1686    fi
1687
1688       # SET DIRECTIVES GIVEN BY OPTION -K (E.G. parallel)
1689    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1690    then
1691       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond1=__$cond1"
1692       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond2=__$cond2"
1693    else
1694       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond1"
1695       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond2"
1696    fi
1697
1698       # SET DIRECTIVES FOR ACTIVATING SOFTWARE-PACKAGES (OPTION -p)
1699    if [[ -n $package_list ]]
1700    then
1701       for  package  in  $package_list
1702       do
1703          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1704          then
1705             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1706             then
1707                cpp_options="${cpp_options},-D__$package=__$package"
1708             else
1709                cpp_options="${cpp_options},-D__dvrp_graphics=__dvrp_graphics"
1710                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1711             fi
1712          else
1713             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1714             then
1715                cpp_options="$cpp_options -D__$package"
1716             else
1717                cpp_options="$cpp_options -D__dvrp_graphics"
1718                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1719             fi
1720          fi
1721       done
1722    fi
1723
1724       # SET DIRECTIVES GIVEN BY OPTION -D
1725    if [[ -n $cpp_opts ]]
1726    then
1727       for  popts  in  $cpp_opts
1728       do
1729          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1730          then
1731             cpp_options="${cpp_options},-D__$popts=__$popts"
1732          else
1733             cpp_options="$cpp_options -D__$popts"
1734          fi
1735       done
1736    fi
1737
1738 else
1739
1740
1741       # FOR LOCAL RUNS CHECK AGAIN, IF EXECUTABLE EXISTS
1742    if [[ $do_remote = false ]]
1743    then
1744       if [[ ! -f $executable ]]
1745       then
1746          printf "\n  +++ executable file:  $executable"
1747          printf "\n      does not exist"
1748          locat=executable; exit
1749       fi
1750    fi
1751 fi
1752
1753
1754    # DETERMINE THE JOB MODE
1755 if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
1756 then
1757    jobmo=BATCH
1758 else
1759    jobmo=INTERACTIVE
1760 fi
1761
1762
1763    # NO INTERACTIVE RUNS ALLOWED ON LCTIT
1764 if [[ $host = lctit  &&  $jobmo = INTERACTIVE  &&  $do_batch = false ]]
1765 then
1766    printf "\n  +++ no interactive runs allowed on host \"$host\" "
1767    printf "\n      please submit batch job using mrun option \"-b\" \n"
1768    locat=normal; exit
1769 fi
1770
1771
1772    # CHECK, IF USER DEFINED A COMPILER
1773 if [[ "$compiler_name" = "" ]]
1774 then
1775
1776    printf "\n  +++ no compiler specified for \"$host $cond1 $cond2\""
1777    locat=compiler_name; exit
1778
1779 fi
1780
1781
1782    # DETERMINE THE NAME OF MRUN'S TEMPORARY WORKING DIRECTORY
1783 kennung=$RANDOM
1784 if [[ "$tmp_user_catalog" = "" ]]
1785 then
1786    if [[ $localhost = ibmh ]]
1787    then
1788       tmp_user_catalog=$SCRATCH
1789    elif [[ $localhost = nech ]]
1790    then
1791       tmp_user_catalog=$WRKSHR
1792    else
1793       tmp_user_catalog=/tmp
1794    fi
1795 fi
1796 TEMPDIR=$tmp_user_catalog/${usern}.$kennung
1797
1798
1799    # DETERMINE THE NAME OF THE DIRECTORY WHICH IS USED TO TEMPORARILY STORE DATA FOR RESTART RUNS
1800 if [[ "$tmp_data_catalog" = "" ]]
1801 then
1802    if [[ $localhost = nech ]]
1803    then
1804       tmp_data_catalog=$WRKSHR/mrun_restart_data
1805    else
1806       tmp_data_catalog=/tmp/mrun_restart_data
1807    fi
1808 fi
1809
1810
1811    # IN CASE OF LOCAL RUNS REPLACE ENVIRONMENT VARIABLES BY THEIR VALUES
1812 if [[ $do_remote = false  &&  $do_compile = true  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
1813 then
1814    eval  fopts=\"$fopts\"
1815    eval  lopts=\"$lopts\"
1816 fi
1817
1818
1819
1820    # DETERMINE COMPILE- AND LINK-OPTIONS
1821 fopts="$fopts $netcdf_inc $fftw_inc $dvr_inc"
1822 lopts="$lopts $netcdf_lib $fftw_lib $dvr_lib"
1823 ROPTS="$ropts"
1824# if [[ ( $(echo $host | cut -c1-3) = nec  ||  $(echo $host | cut -c1-3) = ibm  ||  $host = lckyoto  ||  $host = lctit  ||  $host = lcflow  ||  $host = lcxe6 ||  $host = lcxt5m || $host = lck || $host = lckiaps || $host = lckordi || $host = lcsb || $host )  &&  -n $numprocs ]]
1825# then
1826    XOPT="-X $numprocs"
1827# fi
1828
1829
1830
1831    # CHECK THE CPU-LIMIT. IT MUST BE GIVEN FOR BATCH-JOBS AND IS COMMUNICATED TO THE
1832    # EXECUTABLE VIA NAMELIST-PARAMETER cputime
1833 done=false
1834 while [[ $done = false ]]
1835 do
1836    cputime=$cpumax
1837    if (( $cputime == 0 ))
1838    then
1839       if [[ $do_batch = true ]]
1840       then
1841          printf "\n  +++ cpu-time is undefined"
1842          printf "\n  >>> Please type CPU-time in seconds as INTEGER:"
1843          printf "\n  >>> "
1844          read  cputime  1>/dev/null  2>&1
1845       else
1846          cputime=10000000   # NO CPU LIMIT FOR INTERACTIVE RUNS
1847       fi
1848    else
1849       done=true
1850    fi
1851    cpumax=$cputime
1852 done
1853
1854 (( minuten = cputime / 60 ))
1855 (( sekunden = cputime - minuten * 60 ))
1856
1857
1858    # CHECK THE MEMORY DEMAND
1859 if [[ $do_batch = true ]]
1860 then
1861    done=false
1862    while [[ $done = false ]]
1863    do
1864       if (( memory == 0 ))
1865       then
1866          printf "\n  +++ memory demand is undefined"
1867          printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
1868          printf "\n  >>> "
1869          read  memory  1>/dev/null  2>&1
1870       else
1871          done=true
1872       fi
1873    done
1874 fi
1875
1876
1877    # IN CASE OF REMOTE-JOBS CHECK, IF A USERNAME FOR THE REMOTE HOST IS GIVEN
1878 if [[ $do_remote = true  &&  -z $remote_username ]]
1879 then
1880    while [[ -z $remote_username ]]
1881    do
1882       printf "\n  +++ username on remote host \"$host\" is undefined"
1883       printf "\n  >>> Please type username:"
1884       printf "\n  >>> "
1885       read  remote_username
1886    done
1887    mc="$mc -u$remote_username"
1888 fi
1889
1890    # CHECK FOR INITIAL COMMANDS AFTER LOGIN
1891 if [[ "$login_init_cmd" != "" ]]
1892 then
1893    export init_cmds="${login_init_cmd};"
1894 fi
1895
1896
1897    # SET THE MODULE-LOAD COMMAD AND EXPORT IT FOR subjob
1898 if [[ "$modules" != "" ]]
1899 then
1900    if [[ $host = lctit ]]
1901    then
1902       export module_calls=". $modules"
1903    else
1904       export module_calls="module load ${modules};"
1905    fi
1906 fi
1907
1908
1909
1910    # OUTPUT OF THE MRUN-HEADER
1911 calltime=$(date)
1912 printf "\n"
1913 printf "#------------------------------------------------------------------------# \n"
1914 printf "| %-35s%35s | \n" "$version" "$calltime"
1915 printf "|                                                                        | \n"
1916 spalte1="called on:"; spalte2=$localhost_realname
1917 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1918 if [[ $do_remote = true ]]
1919 then
1920    spalte1="execution on:"; spalte2="$host (username: $remote_username)"
1921 else
1922    spalte1="execution on:"; spalte2="$host ($localhost_realname)"
1923 fi
1924 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1925 if [[ -n $numprocs ]]
1926 then
1927    if [[ $run_coupled_model = false ]]
1928    then
1929       spalte1="number of PEs:"; spalte2=$numprocs
1930    else
1931       spalte1="number of PEs:"; spalte2="$numprocs  (atmosphere: $numprocs_atmos, ocean: $numprocs_ocean)"
1932    fi
1933    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1934 fi
1935 if [[ -n $tasks_per_node ]]
1936 then
1937    spalte1="tasks per node:"; spalte2="$tasks_per_node (number of nodes: $nodes)"
1938    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1939    if (( remaining_pes > 0 ))
1940    then
1941       spalte1=" "; spalte2="one of the nodes only filled with $remaining_pes tasks"
1942       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1943    fi
1944 fi
1945 if [[ $maximum_parallel_io_streams != $numprocs ]]
1946 then
1947    spalte1="max par io streams:"; spalte2="$maximum_parallel_io_streams"
1948    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1949 fi
1950 if [[ $use_openmp = true ]]
1951 then
1952    spalte1="threads per task:"; spalte2="$threads_per_task"
1953    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1954 fi
1955 printf "|                                                                        | \n"
1956 if [[ $do_compile = true ]]
1957 then
1958    if [[ "$mopts" != "" ]]
1959    then
1960       spalte1="make options:"; spalte2=$(echo "$mopts" | cut -c-45)
1961       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1962       zeile=$(echo "$mopts" | cut -c46-)
1963       while [[ "$zeile" != "" ]]
1964       do
1965          spalte1=""
1966          spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
1967          printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1968          zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
1969       done
1970    fi
1971
1972    spalte1="cpp directives:"; spalte2=$(echo "$cpp_options" | cut -c-45)
1973    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1974    zeile=$(echo "$cpp_options" | cut -c46-)
1975    while [[ "$zeile" != "" ]]
1976    do
1977       spalte1=""
1978       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
1979       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1980       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
1981    done
1982
1983    spalte1="compiler options:"; spalte2=$(echo "$fopts" | cut -c-45)
1984    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1985    zeile=$(echo "$fopts" | cut -c46-)
1986    while [[ "$zeile" != "" ]]
1987    do
1988       spalte1=""
1989       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
1990       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1991       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
1992    done
1993
1994    spalte1="linker options:"; spalte2=$(echo "$lopts" | cut -c-45)
1995    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1996    zeile=$(echo "$lopts" | cut -c46-)
1997    while [[ "$zeile" != "" ]]
1998    do
1999       spalte1=""
2000       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2001       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2002       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2003    done
2004
2005    spalte1="modules to be load:"; spalte2=$(echo "$modules" | cut -c-45)
2006    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2007    zeile=$(echo "$modules" | cut -c46-)
2008    while [[ "$zeile" != "" ]]
2009    do
2010       spalte1=""
2011       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2012       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2013       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2014    done
2015
2016    spalte1="main program:"; spalte2=$mainprog
2017    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2018 else
2019    spalte1=executable:; spalte2=$executable
2020    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2021 fi
2022 printf "|                                                                        | \n"
2023 spalte1="base name of files:"; spalte2=$fname
2024 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2025 if [[ $fname != $afname ]]
2026 then
2027    spalte1="base name of input files:"; spalte2=$afname
2028    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2029 fi
2030 spalte1="INPUT control list:"; spalte2=$(echo $input_list)
2031 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2032 spalte1="OUTPUT control list:"; spalte2=$(echo $output_list)
2033 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2034
2035 if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
2036 then
2037    printf "| %-35s%-35s | \n" "suffix \"_O\" is added to local files" " "
2038 fi
2039
2040 if [[ $do_batch = true  ||  "$LOADLBATCH" = yes ]]
2041 then
2042    spalte1="memory demand / PE":; spalte2="$memory MB"
2043    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2044    spalte1=CPU-time:; spalte2="$minuten:$sekunden"
2045    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2046 fi
2047
2048 if [[ $do_compile = true ]]
2049 then
2050    printf "|                                                                        | \n"
2051    printf "| Files to be compiled:                                                  | \n"
2052    zeile=$source_list
2053    while [[ "$zeile" != "" ]]
2054    do
2055       linestart=$(echo $zeile | cut -c-70)
2056       printf "| %-70s | \n" "$linestart"
2057       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c71-)
2058    done
2059 fi
2060 printf "#------------------------------------------------------------------------#"
2061
2062
2063
2064    # OUTPUT OF FILE CONNECTIONS IN CASE OF TRACEBACK
2065 if [[ $do_trace = true ]]
2066 then
2067    (( i = 0 ))
2068    while (( i < iin ))
2069    do
2070       (( i = i + 1 ))
2071       if (( i == 1 ))
2072       then
2073          printf "\n\n >>> INPUT-file assignments:\n"
2074       fi
2075       printf "\n     ${localin[$i]} :  ${absnamein[$i]}"
2076    done
2077    (( i = 0 ))
2078    while (( i < iout ))
2079    do
2080       (( i = i + 1 ))
2081       if (( i == 1 ))
2082       then
2083          printf "\n\n >>> OUTPUT-file assignments:\n"
2084       fi
2085       printf "\n     ${localout[$i]} :  ${pathout[$i]}"
2086    done
2087    (( i = 0 ))
2088    while (( i < iic ))
2089    do
2090       (( i = i + 1 ))
2091       if (( i == 1 ))
2092       then
2093          printf "\n\n >>> INPUT-commands:\n"
2094       fi
2095       printf "\n     ${in_command[$i]}" 
2096    done
2097    (( i = 0 ))
2098    while (( i < ioc ))
2099    do
2100       (( i = i + 1 ))
2101       if (( i == 1 ))
2102       then
2103          printf "\n\n >>> OUTPUT-commands:\n"
2104       fi
2105       printf "\n     ${out_command[$i]}" 
2106    done
2107 fi
2108
2109
2110    # QUERY FOR CONTINUE (ON LOCAL MACHINES ONLY)
2111 if [[ $remotecall = false  &&  $silent = false  &&  $jobmo != BATCH ]]
2112 then
2113    antwort=dummy
2114    printf "\n\n"
2115    printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2116    while  read antwort
2117    do
2118       if [[ "$antwort" != y  &&  "$antwort" != Y  &&  "$antwort" != n  &&  "$antwort" != N ]]
2119       then
2120          printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2121       else
2122          break
2123       fi
2124    done
2125    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
2126    then
2127       locat=user_abort; (( iec = 0 )); exit
2128    fi
2129    if [[ $do_batch = true ]]
2130    then
2131       printf " >>> batch-job will be created and submitted"
2132    else
2133       printf " >>> MRUN will now continue to execute on this machine"
2134    fi
2135 fi
2136
2137
2138    # PERFORM PARAMETER FILE CHECK (COUPLED RUNS ARE NOT SUPPORTED YET)
2139    # DEFINE VARIABLES FOR FREQUENTLY USED DIRECTORIES
2140 check_depository="${working_directory}/trunk/UTIL"
2141 check_sources="${working_directory}/tmp_check_namelist_files"
2142 skip_check=false
2143
2144    # CHECK IF NAMELIST_FILE_CHECK HAS BEEN COMPILED SUCCESSFULLY
2145 if [[ ! -f $check_depository/check_namelist_files.tar ]]
2146 then
2147    skip_check=true 
2148    reason="run on remote host or parameter file check has not been compiled."
2149 fi
2150 if [[ ! -f $PALM_BIN/check_namelist_files.x ]]
2151 then
2152    skip_check=true 
2153    reason="parameter file check has not been compiled."
2154 fi
2155
2156    # CHECK FOR PARALLEL RUN; OTHERWISE SKIP CHECK
2157 if [[ "$cond1" != "parallel"  &&  "$cond2" != "parallel" ]]
2158 then
2159    skip_check=true 
2160    reason="serial run."
2161 fi
2162
2163    # ONLY PERFORM CHECK IF -z OPTION IS NOT SET, NO RESTART RUN IS CARRIED OUT
2164    # AND IF THE EXECUTION HOST IS THE LOCAL HOST
2165    # ATTENTION: THIS ROUTINE DOES NOT WORK IF THE COMPILER ON THE LOCAL HOST
2166    # DIFFERS FROM THE COMPILER ON THE REMOTE HOST
2167 if [[ $check_namelist_files == false ]]
2168 then
2169    skip_check=true
2170    reason="-z option set."
2171 fi
2172
2173 if [[ $fromhost != $localhost ]]
2174 then
2175    skip_check=true
2176    reason="submitting host is local host." 
2177 fi 
2178
2179 if [[ $run_coupled_model == true ]]
2180 then
2181    skip_check=true
2182    reason="coupled run." 
2183 fi
2184
2185 if [[ $restart_run == true ]]
2186 then
2187    skip_check=true
2188    reason="restart run."     
2189 fi
2190
2191    # SKIP CHECK IN CASE OF RESTART RUN: CHECK WHETHER THE LAST CHAR IS "f" IN PARIN
2192 (( last_char_int = `echo $filename_input | wc -c` - 1 ))
2193 last_char=`echo $filename_input | cut -c $last_char_int`
2194 if [[ "$last_char" == "f" ]]
2195 then
2196    skip_check=true
2197    reason="restart run."
2198 fi 
2199
2200 if [[ $skip_check == false ]]
2201 then
2202    tmp_check=${working_directory}/tmp_check
2203
2204       # GET TOPOGRAPHY PARAMETER FILE SUFFIX (USUALLY "_TOPO"). THIS FILE IS
2205       # NOT NECESSARILY REQUIRED
2206    line=""
2207    found=false
2208    grep  "TOPOGRAPHY_DATA" $config_file  >  $tmp_check
2209    while read line1
2210    do
2211       line="$line1"
2212       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2213       then
2214          topo_suffix=`echo $line | tr -s " " | cut -d" " -s -f5`
2215          found=true
2216       fi
2217    done < $tmp_check
2218
2219    if [[ $found = false ]]
2220    then
2221       printf "\n  +++ no TOPOGRAPHY list entry found in the configuration file."
2222    fi
2223
2224       # GET NUDGING PARAMETER FILE SUFFIX (USUALLY "_NUDGE"). THIS FILE IS
2225       # NOT NECESSARILY REQUIRED
2226    line=""
2227    found=false
2228    grep  "NUDGING_DATA" $config_file  >  $tmp_check
2229    while read line1
2230    do
2231       line="$line1"
2232       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2233       then
2234          nudge_suffix=`echo $line | tr -s " " | cut -d" " -s -f5`
2235          found=true
2236       fi
2237    done < $tmp_check
2238
2239    if [[ $found = false ]]
2240    then
2241       printf "\n  +++ no NUDGING list entry found in the configuration file."
2242    fi
2243
2244       # GET LARGE SCALE FORCING PARAMETER FILE SUFFIX (USUALLY "_LSF"). THIS FILE IS
2245       # NOT NECESSARILY REQUIRED
2246    line=""
2247    found=false
2248    grep  "LSF_DATA" $config_file  >  $tmp_check
2249    while read line1
2250    do
2251       line="$line1"
2252       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2253       then
2254          lsf_suffix=`echo $line | tr -s " " | cut -d" " -s -f5`
2255          found=true
2256       fi
2257    done < $tmp_check
2258
2259    if [[ $found = false ]]
2260    then
2261       printf "\n  +++ no LSF list entry found in the configuration file."
2262    fi
2263
2264    rm -rf ${working_directory}/tmp_check
2265
2266       # CHECK IF THE P3DF FILE MUST BE CHECKED
2267    for  item  in  $input_list
2268    do
2269       if [[ "$item" == "restart" ]]
2270       then
2271          check_restart=1
2272       else
2273          check_restart=0
2274       fi
2275    done
2276
2277      # ERROR IF NO PARAMETER FILE WAS FOUND, OTHERWISE PROCEED
2278    if [[ (! -f $filename_input) && ( "$filename_input" != "" ) ]]
2279    then
2280       printf "\n\n  +++ ERROR: parameter file ($filename_input) not found." 
2281       locat=check_namelist; exit
2282    fi
2283   
2284       # CHECK IF THE RESTART PARAMETER FILE EXISTS (IF NECESSARY)
2285    if  [[ $check_restart == 1 ]]
2286    then
2287
2288       filenamef="${filename_input}f"
2289       if [[ ! -f $filenamef ]]
2290       then
2291          printf "\n\n  +++ WARNING: restart parameter file ($filenamef) is missing." 
2292          check_restart=0
2293          answer=dummy
2294          printf "\n\n"
2295
2296          if [[ $silent == false ]]
2297          then
2298             while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2299             do
2300                printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2301                read  answer
2302             done
2303             if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2304             then
2305                printf "\n  +++ Aborting...."
2306                locat=normal; exit
2307             fi
2308          fi
2309       else
2310          check_restart=1
2311       fi
2312    fi
2313
2314       # CREATE TEMPORARY SOURCES_FOR_CHECK PATH
2315    mkdir $check_sources
2316    cd $check_sources
2317
2318
2319       # CHECK FOR USER CODE, OTHERWISE USE THE PRECOMPILED CHECK_NAMELIST_FILES.X
2320    if [[ -d $add_source_path ]]
2321    then
2322       printf "\n\n  *** copying files from $check_depository" 
2323       cp $check_depository/check_namelist_files.tar ./
2324
2325       printf "\n\n  *** untar of makefile and source files in $check_sources"
2326       tar -xf check_namelist_files.tar  >  /dev/null  2>&1
2327
2328       printf "\n\n  *** adding user code." 
2329       cp $add_source_path/* ./
2330       touch check_namelist_files.f90
2331
2332          # GET COMPILER OPTIONS AND PERFORM MAKE
2333       printf "\n\n  *** compiling code if necessary...\n"
2334
2335          # workaround for batch jobs on local machine (lcxe6)
2336       if [[ $do_batch == true && $do_remote == false ]]
2337       then
2338          eval $init_cmds
2339       fi
2340
2341          # GET CHECK OPTIONS
2342       line=""
2343       found=false
2344
2345       grep  "$localhost" ${base_directory}/${config_file} | grep "%cpp_options"  >  $tmp_check
2346
2347       while read line1
2348       do
2349
2350          if [[ $(echo $line1 | cut -d" " -s -f3-) = "$localhost" ]]
2351          then
2352             line="$line1"
2353          fi
2354
2355          if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2356          then
2357                # REMOVE COLONS FROM OPTION-STRING, REMOVE ALL -D OPTIONS
2358             line="$line "
2359             copts_check=`echo $line | cut -d" " -s -f2 | sed 's/::/%DUM%/g' | sed 's/:/ /g' | sed 's/%DUM%/:/g' | sed 's/-D[^ ]* //g' | sed 's/ -D.*//g'`
2360             found=true
2361          fi
2362
2363       done < $tmp_check
2364       copts_check="$copts_check -D__check -D__parallel"
2365
2366       make -f Makefile_check F90=$compiler_name_ser  COPT="$copts_check"
2367
2368          # GET MAKE OUTPUT
2369       if [[ $? != 0 ]]
2370       then
2371          printf "\n  +++ error during make."       
2372          answer=dummy
2373          printf "\n\n"
2374          if [[ $silent == false ]]
2375          then
2376             while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2377             do
2378                printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2379                read  answer
2380             done
2381             if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2382             then
2383                printf "\n  +++ Aborting..."
2384                rm -rf  $check_sources
2385                locat=normal; exit
2386             else
2387                skip_check=true
2388             fi
2389          else
2390             skip_check=true
2391          fi
2392       fi
2393    else
2394       cp $PALM_BIN/check_namelist_files.x ./
2395    fi
2396
2397    cp $filename_input ./PARIN
2398    if [[ $check_restart == 1 ]] 
2399    then
2400       cp $filenamef ./PARINF   
2401    fi
2402
2403    if [[ -f ${pathname}/${fname}${topo_suffix} && $skip_check == false ]]
2404    then
2405       printf "\n  *** adding topography data"
2406       cp ${pathname}/${fname}${topo_suffix} ./TOPOGRAPHY_DATA
2407
2408          # IN CASE OF TOPOGRAPHY AND HIGH GRID POINT NUMBERS, THE STACK SIZE
2409          # MUST BE INCREASED. THIS IS DUE TO THE ARRAY nzb_local AND topo_height,
2410          # WHICH REQUIRE SUFFICIENT MEMORY
2411       ulimit -s unlimited         
2412    fi
2413
2414    if [[ -f ${pathname}/${fname}${nudge_suffix} && $skip_check == false ]]
2415    then
2416       printf "\n  *** adding nudging data"
2417       cp ${pathname}/${fname}${nudge_suffix} ./NUDGING_DATA       
2418    fi
2419
2420    if [[ -f ${pathname}/${fname}${lsf_suffix} && $skip_check == false ]]
2421    then
2422       printf "\n  *** adding large scale forcing data"
2423       cp ${pathname}/${fname}${lsf_suffix} ./LSF_DATA       
2424    fi
2425
2426       # CREATE ENVPAR FILE, WHICH IS NEEDED BY CHECK_NAMELIST_FILES.X
2427    cat  >  ENVPAR  <<  %%END%%
2428 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$host',
2429            write_binary = '$write_binary', tasks_per_node = $tasks_per_node,
2430            maximum_parallel_io_streams = $maximum_parallel_io_streams,
2431            maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
2432            revision = '$global_revision',
2433            local_dvrserver_running = $local_dvrserver_running /
2434
2435%%END%%
2436
2437       # SAFETY CHECK: ONLY PROCEED IF THE PARAMETER CHECK PROGRAM WAS PROPERLY COMPILED
2438    if [[ ! -f check_namelist_files.x  &&  $skip_check == false ]]
2439    then
2440       printf "\n  +++ WARNING: check_namelist_files.x not found."
2441       answer=dummy
2442       printf "\n\n"
2443
2444       if [[ $silent == false ]]
2445       then
2446          while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2447          do
2448             printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2449             read  answer
2450          done
2451          if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2452          then
2453             printf "\n  +++ Aborting..."
2454             rm -rf  $check_sources
2455             locat=normal; exit
2456          else
2457             printf "\n  *** skipping parameter file check."         
2458          fi
2459      fi
2460       
2461    elif [[ $skip_check == false ]]
2462    then
2463          # STARTING THE PARAMETER FILE CHECK
2464       printf "\n\n  *** starting parameter file check..."
2465
2466          # CHECKING THE P3D FILE
2467       printf "\n\n      (1) checking $filename_input" 
2468       echo "$numprocs 0 0" > VARIN
2469       errors=`./check_namelist_files.x < VARIN 2>&1`
2470
2471       check_error=false
2472       if [[ "$errors" == "" ]]
2473       then
2474          printf " --> o.k."
2475       else
2476          printf " --> failed."
2477          check_error=true
2478          printf "\n\n  $errors"
2479       fi
2480
2481          # CHECKING THE PD3F FILE IF NECESSARY
2482       if [[ $check_restart == 1 && $check_error == false ]]
2483       then
2484          printf "\n\n      (2) checking $filenamef" 
2485
2486             # FIRST CHECK IF INITIALIZING_ACTIONS="READ_RESTART_DATA" IS SET
2487             # IN &INIPAR LIST
2488          found=false
2489          cat PARINF | while read line
2490          do
2491             line=$(echo $line|sed 's/ //g')
2492             if [[ $line == *"&inipar"* ]]
2493             then
2494                start_search=true
2495             fi 
2496
2497             if [[ $start_search == true ]]
2498             then
2499                if [[ $line == *"initializing_actions='read_restart_data'"* ]]
2500                then
2501                   found=true
2502                   break
2503                fi
2504             fi
2505
2506             if [[ $line == *"/"* ]]
2507             then
2508                start_search=false
2509             fi 
2510
2511          done
2512
2513          if [[ $found = false ]]
2514          then
2515             printf "\n\n  +++ ERROR: initializing_actions = 'read_restart_data' not found"
2516             printf "\n      in &inipar list in $fname$p3df_suffix."
2517             rm -rf  $check_sources
2518             locat=check_namelist; exit
2519          fi
2520
2521             # READ max_user_pr FROM FILES
2522          if [[ -f parin_for_check ]]
2523          then
2524             read max_pr_user < parin_for_check
2525          else
2526             max_user_pr=0
2527          fi
2528
2529          echo "$numprocs 1 $max_pr_user" > VARIN
2530          errors=`./check_namelist_files.x < VARIN 2>&1`
2531
2532          if [[ "$errors" == "" ]]
2533          then
2534             printf " --> o.k."
2535          else
2536             printf " --> failed."
2537             check_error=true
2538             printf "\n\n  $errors"
2539          fi
2540       fi
2541   
2542          # REPORT ERRORS AND CONTINUE/EXIT
2543       if [[ $check_error == true ]]
2544       then
2545          printf "\n  +++ errors found in the parameter file!\n"
2546          answer=dummy
2547          printf "\n\n"
2548
2549          while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2550          do
2551             printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2552             read  answer
2553          done
2554
2555          if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2556          then
2557             printf "\n  +++ Aborting..."
2558             rm -rf  $check_sources
2559             locat=normal; exit
2560          fi
2561        else
2562          printf "\n\n  *** parameter file(s) seem(s) to be o.k.\n"
2563        fi
2564        rm -rf $check_sources
2565    fi
2566 else
2567    printf "\n\n  +++ skipping parameter file check due to following reason: $reason \n" 
2568 fi
2569
2570    # DELETE TEMPORARY DIRECTORY AND FINISH NAMELIST FILE CHECK   
2571 rm -rf  $check_sources
2572 cd $working_directory
2573
2574
2575    # DETERMINE PATH FOR MAKE DEPOSITORY
2576 if [[ $do_batch = false  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
2577 then
2578
2579    line=""
2580    grep "%depository_path" $config_file  >  tmp_mrun
2581    while read line
2582    do
2583       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2584       then
2585          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f3)" = "" ]]
2586          then
2587             global_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2588          fi
2589       fi
2590    done < tmp_mrun
2591
2592    line=""
2593    grep  " $localhost" $config_file | grep "%depository_path"  >  tmp_mrun
2594    while read line
2595    do
2596       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2597       then
2598          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f4)" = "$cond1"  &&  "$(echo $line | cut -d" " -s -f5)" = "$cond2" ]]
2599          then
2600             local_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2601          fi
2602       fi
2603    done < tmp_mrun
2604
2605    if [[ "$local_depository_path" = "" ]]
2606    then
2607       if [[ "$global_depository_path" != "" ]]
2608       then
2609          local_depository_path=$global_depository_path
2610       else
2611          printf "\n\n  +++ no depository path found in configuration file"
2612          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
2613          printf "\n      please set \"\%depository_path\" in configuration file\n"
2614          locat=config_file; exit
2615       fi
2616    fi
2617    eval local_depository_path=$local_depository_path
2618    [[ "$cond1" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond1
2619    [[ "$cond2" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond2
2620
2621
2622    basename=`echo $mainprog | cut -f1 -d"."`
2623    eval make_depository=${local_depository_path}/${basename}_current_version.tar
2624    if [[ ! -f $make_depository ]]
2625    then
2626       printf "\n"
2627       printf "\n  *** WARNING: make depository \"$make_depository\" not found"
2628       printf "\n               \"make\" will fail, if the Makefile or other source files are missing\n"
2629    fi
2630
2631 fi
2632
2633
2634    # NOW PERFORM THOSE ACTIONS REQUIRED TO EXECUTE THE PROGRAM (PALM) ON THIS MACHINE
2635    # (COMPILING/LINKING, EXECUTING, COPYING I/O FILES)
2636 if [[ $do_batch = false ]]
2637 then
2638
2639
2640       # CREATE THE TEMPORARY WORKING DIRECTORY
2641    mkdir -p  $TEMPDIR
2642    chmod  go+rx  $TEMPDIR
2643    tmpcreate=true
2644
2645
2646       # COPY EITHER THE COMPLETE SOURCE CODE FILES TO BE COMPILED OR THE EXECUTABLE
2647       # INTO THE TEMPORARY WORKING DIRECTORY
2648    if [[ $do_compile = true ]]
2649    then
2650
2651          # ON NEC, COMPILATION IS DONE ON HOST CROSS VIA CROSS COMPILING
2652          # CREATE A TEMPORARY DIRECTORY ON THAT MACHINE (HOME MOUNTED VIA NFS)
2653       if [[ $localhost = nech ]]
2654       then
2655          TEMPDIR_COMPILE=$HOME/work/${usern}.$kennung
2656          if  mkdir -p  $TEMPDIR_COMPILE
2657          then
2658             printf "\n  *** \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2659             printf "\n      is generated as temporary directory for cross compiling\n"
2660          else
2661             printf "\n  +++ creating directory \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2662             printf "\n      needed for cross compilation failed"
2663             locat=compile
2664             exit
2665          fi
2666       else
2667          TEMPDIR_COMPILE=$TEMPDIR
2668       fi
2669
2670       cp  $make_depository  $TEMPDIR_COMPILE
2671       cd  $TEMPDIR_COMPILE
2672       tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
2673       cd -  > /dev/null
2674
2675          # DUE TO UNKNOWN REASONS, COPY WITH cp COMMAND CREATES CORRUPT
2676          # FILES ON CRAY XC30 SYSTEMS (HLRN III), rsync IS USED INSTEAD
2677       if [[ $(echo $host | cut -c1-6) = lccray ]]
2678       then
2679          rsync -av -t  SOURCES_FOR_RUN_$fname/*  $TEMPDIR_COMPILE  >  /dev/null
2680       else
2681          cp  SOURCES_FOR_RUN_$fname/*  $TEMPDIR_COMPILE  >  /dev/null
2682       fi
2683
2684    else
2685
2686       cp  $executable   ${TEMPDIR}/a.out
2687
2688    fi
2689
2690
2691       # CHANGE TO THE TEMPORARY WORKING DIRECTORY
2692    cd  $TEMPDIR
2693    printf "\n  *** changed to temporary directory: $TEMPDIR"
2694
2695
2696       # THE FOLLOWING IS REQUIRED FPR AVS-OUTPUT WITH PALM  ??? REMOVE ???
2697       # WRITE INFORMATIONS ABOUT THE OUTPUT-FILE CONNECTIONS TO A TEMPORARY FILE
2698       # THIS FILE CAN LATER BE READ FROM USER-DEFINED CODE TO DETERMINE THE
2699       # RELATION BETWEEN THE LOCAL TEMPORARY AND PERMANENT FILE NAMES
2700    (( i = 0 ))
2701    while (( i < iout ))
2702    do
2703       (( i = i + 1 ))
2704       if [[ "${actionout[$i]}" = tr  ||  "${actionout[$i]}" = tra  ||  "${actionout[$i]}" = trpe ]]
2705       then
2706          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2707       else
2708          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${frelout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2709       fi
2710    done
2711
2712
2713       # IF REQUIRED, START WITH COMPILING
2714    if [[ $do_compile = true ]]
2715    then
2716
2717
2718       if [[ -f a.out ]]
2719       then
2720
2721             # EXECUTABLE WAS CREATED DURING INTERACTIVE CALL OF MRUN
2722          printf "\n\n\n  *** executable a.out found"
2723          printf "\n      no compilation required \n"
2724
2725       else
2726
2727             # COMPILING WITH MAKE (ON NEC COMPILER IS CALLED ON HOST CROSS)
2728          printf "\n\n\n  *** compilation starts \n$dashes\n"
2729          printf "  *** compilation with make using following options:\n"
2730          printf "      make depository:          $make_depository"
2731          if [[ "$mopts" != "" ]]
2732          then
2733             printf "      make options:             $mopts\n"
2734          fi
2735          printf "      compilername:             $compiler_name\n"
2736          printf "      compiler options:         $fopts\n"
2737          printf "      preprocessor directives:  $cpp_options \n"
2738          printf "      linker options:           $lopts \n"
2739          if [[ "$modules" != "" ]]
2740          then
2741             printf "      modules to be load:       $modules \n"
2742          fi
2743          printf "      source code files:        $source_list \n"
2744
2745          if [[ $localhost = nech ]]
2746          then
2747             ssh  $SSH_PORTOPT  136.172.44.192 -l $usern "$init_cmds $module_calls cd \$HOME/work/${usern}.$kennung; sxmake $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2748             cp  $TEMPDIR_COMPILE/a.out  .
2749             [[ $? != 0 ]]  &&  compile_error=true
2750             rm -rf  $TEMPDIR_COMPILE
2751          elif [[ $localhost = ibmh ]]
2752          then
2753             printf "      compiler is called via ssh on \"plogin1\" \n"
2754             ssh  $SSH_PORTOPT  plogin1  -l $usern  "$init_cmds export PATH=/sw/ibm/xlf/13.1.0.8/usr/bin:$PATH; $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2755             [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2756             continue   # STATUS=1, IF a.out EXISTS
2757          elif [[ $localhost = lcflow ]]
2758          then 
2759             printf "      compiler is called via ssh on \"flow\" \n"
2760             /usr/bin/ssh  $SSH_PORTOPT  flow02.hpc.uni-oldenburg.de -l $usern "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out F90=$compiler_name COPT=\"$cpp_options\" F90FLAGS=\"$fopts\" LDFLAGS=\"$lopts\" "
2761             check_for_file=`/usr/bin/ssh $SSH_PORTOPT flow02.hpc.uni-oldenburg.de -l $usern "ls $TEMPDIR/a.out 2> /dev/null"`
2762             [[ "$check_for_file" = "" ]]  &&  compile_error=true
2763             continue   # STATUS=1, IF a.out EXISTS
2764          elif [[ $localhost = lccrayb  ||  $localhost = lccrayf ||  $localhost = lccrayh ]]
2765          then
2766             make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2767          else
2768             [[ "$init_cmds" != "" ]]  &&  eval $init_cmds
2769             [[ "$module_calls" != "" ]]  &&  eval $module_calls
2770             make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2771          fi
2772
2773          if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
2774          then
2775             printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
2776             locat=compile
2777
2778             exit
2779          else
2780             printf "$dashes\n  *** compilation finished \n"
2781          fi
2782
2783       fi
2784
2785    fi
2786
2787
2788       # PROVIDE THE INPUT FILES
2789       # LOOP OVER ALL ACTIVATED FILES (LISTED IN THE CONFIGURATION FILE)
2790    (( i = 0 ))
2791    while (( i < iin ))
2792    do
2793       (( i = i + 1 ))
2794       if (( i == 1 ))
2795       then
2796          printf "\n\n  *** providing INPUT-files:\n$dashes"
2797       fi
2798
2799
2800          # SKIP OPTIONAL FILES, IF THEY DO NOT EXIST
2801       if [[ "${transin[$i]}" = unavailable ]]
2802       then
2803          if [[ "${extin[$i]}" = ""  ||  "${extin[$i]}" = " " ]]
2804          then
2805             printf "\n  +++ WARNING: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}\" "
2806             printf "\n               is not available!"
2807          else
2808             printf "\n  +++ WARNING: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}.${extin[$i]}\" "
2809             printf "\n               is not available!"
2810          fi
2811          continue
2812       fi
2813
2814          # CHECK FOR SINGLE FILE (SERIAL RUN) OR DIRECTORY (ONE FILE PER CORE FOR PARELLEL EXECUTION)
2815       files_for_pes=false; datentyp=file
2816       if [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
2817       then
2818          files_for_pes=true; datentyp=directory
2819          actionin[$i]=""
2820       elif [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
2821       then
2822          actionin[$i]=""
2823       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
2824       then
2825          files_for_pes=true; datentyp=directory
2826          actionin[$i]="ar"
2827       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
2828       then
2829          actionin[$i]="ar"
2830       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
2831       then
2832          files_for_pes=true; datentyp=directory
2833          actionin[$i]="fl"
2834       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
2835       then
2836          actionin[$i]="fl"
2837       fi
2838
2839       if [[ $files_for_pes = true ]]
2840       then
2841          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}/....  to  ${localin[$i]}"
2842       else
2843          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}  to  ${localin[$i]}"
2844       fi
2845
2846          # INPUT-FILE FOR A RESTART RUN.
2847          # CHECK, IF THIS FILE STILL EXISTS ON THE TEMPORARY DATA DIRECTORY.
2848          # IF NOT, TRY TO GET IT FROM THE ARCHIVE SYSTEM
2849       if [[ "${actionin[$i]}" = fl ]]
2850       then
2851          printf "\n      $datentyp will be fetched from temporary directory \"${tmp_data_catalog}\" !"
2852          if [[ $files_for_pes = false ]]
2853          then
2854             if [[ -f "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
2855             then
2856                ln  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2857                got_tmp[$i]=true
2858             elif [[ -f "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
2859             then
2860                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
2861                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
2862                cp  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2863             else
2864                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
2865                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
2866                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
2867                actionin[$i]=ar
2868             fi
2869          else
2870             if [[ -d "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
2871             then
2872                mkdir  ${localin[$i]}
2873                cd $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2874                for file in $(ls *)
2875                do
2876                   ln $file $TEMPDIR/${localin[$i]}
2877                done
2878                cd $TEMPDIR
2879                got_tmp[$i]=true
2880             elif [[ -d "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
2881             then
2882                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
2883                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
2884                cp -r  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2885             else
2886                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
2887                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
2888                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
2889                actionin[$i]=ar
2890             fi
2891          fi
2892       fi
2893
2894
2895          # FILE IS STORED ON THE ARCHIVE SYSTEM
2896       if [[ "${actionin[$i]}" = ar ]]
2897       then
2898
2899          if [[ $files_for_pes = false ]]
2900          then
2901             printf "\n      file will be restored from archive-system ($archive_system)!"
2902          else
2903             printf "\n      directory will be restored from archive-system ($archive_system)!"
2904          fi
2905
2906          file_restored=false
2907
2908          if [[ $archive_system = asterix ]]
2909          then
2910             do_stagein=true
2911             (( stagein_anz = 0 ))
2912             while [[ $do_stagein = true ]]
2913             do
2914                if [[ $files_for_pes = false ]]
2915                then
2916                   stagein  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
2917                else
2918                   stagein  -t  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
2919                fi
2920                cat  STAGEIN_OUTPUT
2921                if [[ $(grep -c "st.msg:i24"  STAGEIN_OUTPUT) != 0 ]]
2922                then
2923                   file_restored=true
2924                   do_stagein=false
2925                else
2926                   (( stagein_anz = stagein_anz + 1 ))
2927                   if (( stagein_anz == 10 ))
2928                   then
2929                      printf "\n  +++ stagein stoped after 10 tries"
2930                      locat=stage
2931                      exit
2932                   fi
2933                   printf "\n  +++ restoring from archive failed, trying again:"
2934                   sleep 900
2935                fi
2936             done
2937          elif [[ $archive_system = DMF ]]
2938          then
2939             if [[ $files_for_pes = false ]]
2940             then
2941                printf "\n  +++ restoring of single files impossible with $archive_system !\n"
2942                locat=DMF
2943                exit
2944             else
2945                find  $ARCHIVE/${frelin[$i]}  -type m  -print  |  dmget
2946                cp  -r $ARCHIVE/${frelin[$i]}  $PWD
2947                file_restored=true
2948             fi
2949          elif [[ $archive_system = tivoli ]]
2950          then
2951             if [[ $files_for_pes = false ]]
2952             then
2953                ssh  $SSH_PORTOPT  $usern@bicedata.hlrn.de  "cp  $PERM/${frelin[$i]}  $PWD"
2954             else
2955                (( inode = 0 ))
2956                while (( inode < nodes ))
2957                do
2958                   ssh  $SSH_PORTOPT  $usern@bicedata.hlrn.de  "cd $PWD; tar  xf  $PERM/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar"
2959                   (( inode = inode + 1 ))
2960                done
2961             fi
2962             file_restored=true
2963          elif [[ $archive_system = ut ]]
2964          then
2965             if [[ $files_for_pes = false ]]
2966             then
2967                cp  $UT/${frelin[$i]}  .
2968             else
2969                (( inode = 0 ))
2970                while (( inode < nodes ))
2971                do
2972                   tar  xf  $UT/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar
2973                   (( inode = inode + 1 ))
2974                done
2975             fi
2976             file_restored=true
2977          else
2978             printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"   restore impossible!"
2979             locat=rearchive
2980             exit
2981          fi
2982
2983          if [[ $file_restored = true ]]
2984          then
2985
2986                # PUT FILE ON THE TEMPORARY DATA DIRECTORY TOO.
2987                # THIS WILL MAKE FILE ACCESS EASIER FOR LATER RUNS
2988             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog; chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
2989             if [[ $files_for_pes = false ]]
2990             then
2991                ln  -f  ${frelin[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2992             else
2993                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2994                ln  -f  ${frelin[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2995             fi
2996             got_tmp[$i]=true
2997
2998                # PROVIDE THE FILE UNDER ITS LOCAL NAME
2999             mv  ${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
3000
3001          fi
3002       fi
3003
3004
3005          # FILE IS STORED IN THE RESPECTIVE DIRECTORY GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
3006       if [[ "${actionin[$i]}" = ""  ||  "${actionin[$i]}" = "di"  ||  "${actionin[$i]}" = "npe" ]]
3007       then
3008
3009          if [[ "${actionin[$i]}" = "npe"  &&  -n $numprocs ]]
3010          then
3011
3012                # FILE COPIES ARE PROVIDED FOR ALL CORES
3013                # EACH FILE GETS A UNIQUE FILENAME WITH A FOUR DIGIT NUMBER
3014             printf "\n      file will be provided for $numprocs processors"
3015             mkdir  ${localin[$i]}
3016             ival=$numprocs
3017             (( ii = 0 ))
3018             while (( ii <= ival-1 ))
3019             do
3020                if (( ii < 10 ))
3021                then
3022                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_000$ii
3023                elif (( ii < 100 ))
3024                then
3025                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_00$ii
3026                elif (( ii < 1000 ))
3027                then
3028                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_0$ii
3029                else
3030                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_$ii
3031                fi
3032                (( ii = ii + 1 ))
3033             done
3034
3035          else
3036
3037             if [[ $files_for_pes = true ]]
3038             then
3039
3040                   # PROVIDE FILES FOR EACH CORE
3041                   # FIRST CREATE THE LOCAL DIRECTORY, THEN COPY FILES
3042                   # FROM THE PERMANENT DIRECTORY BY LINKING THEM TO THE LOCAL ONE
3043                printf "\n      providing $numprocs files for the respective processors"
3044                mkdir  ${localin[$i]}
3045                if [[ $link_local_input = true ]]
3046                    then
3047                    printf "      using ln -f\n"
3048                    cd ${absnamein[$i]}
3049                    for file in $(ls *)
3050                      do
3051                      ln -f $file  ${localin[$i]}
3052                    done
3053                    cd $TEMPDIR
3054                fi
3055
3056                   # IF "ln -f" FAILED OR IF "$link_local_input = false" DO A NORMAL "cp -r"
3057                if [[ ! -f "${localin[$i]}/_0000" ]]
3058                    then
3059                    if [[ $link_local_input = true ]]
3060                        then
3061                        printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
3062                    fi
3063                    cp -r  ${absnamein[$i]}/*  ${localin[$i]}
3064                fi
3065
3066             else
3067
3068                   # PROVIDE FILE FOR RUNS ON A SINGLE CORE
3069                if [[ $link_local_input = true ]]
3070                then
3071                    printf "      using ln -f\n"
3072                    ln -f  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
3073                fi
3074                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp"
3075                if [[ ! -f "${localin[$i]}" ]]
3076                then
3077                    if [[ $link_local_input = true ]]
3078                    then
3079                        printf "      ln failed, using cp...\n"
3080                    fi
3081                    cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
3082                fi
3083             fi
3084          fi
3085       fi
3086
3087    done
3088    if (( i != 0 ))
3089    then
3090       printf "\n$dashes\n  *** all INPUT-files provided \n"
3091    fi
3092
3093
3094       # EXECUTE INPUT-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
3095    (( i = 0 ))
3096    while (( i < iic ))
3097    do
3098       (( i = i + 1 ))
3099       if (( i == 1 ))
3100       then
3101          printf "\n\n  *** execution of INPUT-commands:\n$dashes"
3102       fi
3103       printf "\n  >>> ${in_command[$i]}"
3104       eval  ${in_command[$i]}
3105       if (( i == iic ))
3106       then
3107          printf "\n$dashes\n"
3108       fi
3109    done
3110
3111
3112       # SET THE REMAINING CPU-TIME
3113    cpurest=${cpumax}.
3114
3115
3116       # START DVR STREAMING SERVER
3117    if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
3118    then
3119       if [[ "$dvr_server" != "" ]]
3120       then
3121
3122          printf "\n\n  *** preparing the dvr streaming server configuration file"
3123
3124             # CHECK, IF A DVR SERVER IS ALREADY RUNNING
3125          running_dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config | grep -v grep) | cut -d" " -f2`
3126          if [[ "$running_dvrserver_id" != "" ]]
3127          then
3128
3129             printf "\n\n  +++ WARNING: A dvr server with id=$running_dvrserver_id is already running!"
3130             printf "\n      This server is used instead starting a new one!"
3131             printf "\n      If required, script \"process_dvr_output\" has to be run manually."
3132
3133          else
3134
3135                # COPY CONFIGURATION FILE FOR STREAMING SERVER FROM REPOSITORY TO HERE
3136             if [[ -f ${PALM_BIN}/.dvrserver.config ]]
3137             then
3138                cp  ${PALM_BIN}/.dvrserver.config  .
3139
3140                   # ENTERING THE BASEDIR, UID AND GID INTO THIS FILE
3141                user_id=`id -u`
3142                group_id=`id -g`
3143
3144                   # "&" IS REQUIRED AS A SEPERATOR, BECAUSE TEMPDIR CONTAINS "/"
3145                sed "s&<replace by dvr data directory>&${TEMPDIR}&g" .dvrserver.config > .dvrserver.1
3146                sed "s/<replace by user id>/$user_id/g"    .dvrserver.1 > .dvrserver.2
3147                sed "s/<replace by group id>/$group_id/g"  .dvrserver.2 > .dvrserver.3
3148                mv  .dvrserver.3  .dvrserver.config
3149                rm  .dvrserver.1  .dvrserver.2
3150
3151                   # START DVR SERVER IN BACKGROUND, GET HIS ID AND PRINT ON TERMINAL
3152                $dvr_server  .dvrserver.config  >>  DVR_LOGFILE  2>&1  &
3153                dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config) | cut -d" " -f2`
3154                printf "\n  *** streaming server with id=$dvrserver_id is started in background"
3155                local_dvrserver_running=.TRUE.
3156             else
3157                printf "\n  +++ missing file \".dvrserver.config\" in directory:"
3158                printf "\n      \"$PALM_BIN\" "
3159                locat=dvr
3160                exit
3161             fi
3162
3163          fi
3164
3165       else
3166          printf "\n\n  --- INFORMATIVE: no dvr streaming server will be started"
3167       fi
3168    fi
3169
3170
3171       # CREATE THE NAMELIST-FILE WITH VALUES OF ENVIRONMENT-VARIABLES REQUIRED BY PALM
3172       # (FILE ENVPAR WILL BE READ BY PALM)
3173    cat  >  ENVPAR  <<  %%END%%
3174 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$localhost',
3175          write_binary = '$write_binary', tasks_per_node = $tasks_per_node,
3176          maximum_parallel_io_streams = $maximum_parallel_io_streams,
3177          maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
3178          revision = '$global_revision',
3179          local_dvrserver_running = $local_dvrserver_running /
3180
3181%%END%%
3182
3183
3184       # STARTING THE EXECUTABLE
3185    printf "\n\n  *** execution starts in directory\n      \"`pwd`\"\n$dashes\n"
3186    PATH=$PATH:$TEMPDIR
3187
3188       # MPI DEBUG OPTION (ARGUMENT CHECKING, SLOWS DOWN EXECUTION DUE TO INCREASED LATENCY)
3189    if [[ "$mpi_debug" = true ]]
3190    then
3191       export MPI_CHECK_ARGS=1
3192       printf "\n  +++ MPI_CHECK_ARGS=$MPI_CHECK_ARGS"
3193    fi
3194
3195    if [[ "$totalview" = true ]]
3196    then
3197       printf "\n *** totalview debugger will be used"
3198       tv_opt="-tv"
3199    else
3200       tv_opt=""
3201    fi
3202
3203    if [[ "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ]]
3204    then
3205       if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
3206       then
3207          continue
3208       fi
3209       if [[ $localhost = ibmh ]]
3210       then
3211
3212             # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
3213          export MP_SHARED_MEMORY=yes
3214          export AIXTHREADS_SCOPE=S
3215          export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3216          export AUTHSTATE=files
3217          export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
3218
3219             # FOLLOWING OPTIONS ARE MANDATORY FOR TOTALVIEW
3220          export MP_ADAPTER_USE=shared
3221          export MP_CPU_USE=multiple
3222          export MP_TIMEOUT=1200
3223
3224          unset  MP_TASK_AFFINITY
3225
3226             # SO FAR, TOTALVIEW NEEDS HOSTFILE MECHANISM FOR EXECUTION
3227          #(( ii = 1 ))
3228          #while (( ii <= $numprocs ))
3229          #do
3230          #   echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3231          #   (( ii = ii + 1 ))
3232          #done
3233          #export MP_HOSTFILE=hostfile
3234
3235          if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
3236          then
3237             totalview   poe  a.out  $ROPTS
3238          else
3239             echo totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1   $ROPTS
3240             export TVDSVRLAUNCHCMD=ssh
3241             totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1   $ROPTS
3242          fi
3243
3244       fi  # END DEBUG MODE
3245
3246    else
3247
3248          # NORMAL EXECUTION
3249       if [[ -n $numprocs ]]
3250       then
3251
3252             # RUNNING THE PROGRAM ON PARALLEL MACHINES
3253          if [[ $(echo $host | cut -c1-3) = ibm ]]
3254          then
3255
3256                # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
3257             if [[ $host != ibmh  &&  $host != ibmkisti ]]
3258             then
3259                export MP_SHARED_MEMORY=yes
3260                export AIXTHREAD_SCOPE=S
3261                export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3262                export XLSMPOPTS="spins=0:yields=0:stack=20000000"
3263                export AUTHSTATE=files
3264                export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
3265                #  export MP_PRINTENV=yes
3266
3267                   # TUNING-VARIABLES TO IMPROVE COMMUNICATION SPEED
3268                   # DO NOT SHOW SIGNIFICANT EFFECTS (SEP 04, FEDERATION-SWITCH)
3269                export MP_WAIT_MODE=poll
3270                [[ $node_usage = not_shared ]]  &&  export MP_SINGLE_THREAD=yes
3271             fi
3272
3273             if [[ $host = ibmkisti ]]
3274             then
3275                export LANG=en_US
3276                export MP_SHARED_MEMORY=yes
3277                if [[ $threads_per_task = 1 ]]
3278                then
3279                   export MP_SINGLE_THREAD=yes
3280                   export MEMORY_AFFINITY=MCM
3281                else
3282                   export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3283                fi
3284             fi
3285
3286             if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
3287             then
3288                printf "\n--- Control: OMP_NUM_THREADS = \"$OMP_NUM_THREADS\" \n"
3289                if [[ "$cond1" = hpmcount  ||  "$cond2" = hpmcount ]]
3290                then
3291                   /opt/optibm/HPM_2_4_1/bin/hpmcount  a.out  $ROPTS
3292                else
3293                   if [[ $run_coupled_model = false ]]
3294                   then
3295                      if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3296                      then
3297                         echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3298                      else
3299                         echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3300                      fi
3301                   else
3302                      (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3303                      (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3304                      printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3305                      printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3306                      printf "\n\n"
3307                      echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3308                   fi
3309                   poe ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3310                fi
3311             else
3312                if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibms ]]
3313                then
3314                   poe  a.out  -procs $numprocs  -nodes 1  -rmpool 0  $ROPTS
3315                elif [[ $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku ]]
3316                then
3317                   if [[ -f $hostfile ]]
3318                   then
3319                      cp  $hostfile  hostfile
3320                   else
3321                      (( ii = 1 ))
3322                      while (( ii <= $numprocs ))
3323                      do
3324                         echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3325                         (( ii = ii + 1 ))
3326                      done
3327                   fi
3328                   export MP_HOSTFILE=hostfile
3329                   if [[ $run_coupled_model = false ]]
3330                   then
3331                      if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3332                      then
3333                         echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3334                      else
3335                         echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3336                      fi
3337                   else
3338                      (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3339                      (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3340                      printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3341                      printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3342                      printf "\n\n"
3343                      echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3344                   fi
3345
3346                   poe  ./a.out  -procs $numprocs $ROPTS  <  runfile_atmos
3347
3348                else
3349                   if [[ "$host_file" = "" ]]
3350                   then
3351                      printf "\n  +++ no hostfile given in configuration file"
3352                      locat=config_file
3353                      exit
3354                   else
3355                      eval host_file=$host_file
3356                   fi
3357                   export MP_HOSTFILE=$host_file
3358                   poe  a.out  -procs $numprocs  -tasks_per_node $numprocs  $ROPTS
3359                fi
3360             fi
3361          elif [[ $host = nech ]]
3362          then
3363             (( ii = nodes ))
3364             if [[ $ii = 1 ]]
3365             then
3366                export F_ERRCNT=0        # acceptable number of errors before program is stopped
3367                export MPIPROGINF=YES
3368                #  export F_TRACE=YES|FMT1|FMT2  # output of ftrace informations to job protocol
3369                echo "*** execution on single node with mpirun"
3370                mpirun  -np $numprocs  ./a.out  $ROPTS
3371             else
3372                (( i = 0 ))
3373                while (( i < ii ))
3374                do
3375                   echo "-h $i  -p $tasks_per_node  -e ./mpi_exec_shell"  >>  multinode_config
3376                   (( i = i + 1 ))
3377                done
3378
3379                echo "#!/bin/sh"                         >   mpi_exec_shell
3380                echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3381                echo "set -u"                            >>  mpi_exec_shell
3382                echo "F_ERRCNT=0"                        >>  mpi_exec_shell
3383                echo "MPIPROGINV=YES"                    >>  mpi_exec_shell
3384                echo "OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task" >>  mpi_exec_shell
3385                echo "cpurest=$cpurest"                  >>  mpi_exec_shell
3386                echo "fname=$fname"                      >>  mpi_exec_shell
3387                echo "localhost=$localhost"              >>  mpi_exec_shell
3388                echo "return_addres=$return_addres"      >>  mpi_exec_shell
3389                echo "return_username=$return_username"  >>  mpi_exec_shell
3390                echo "tasks_per_node=$tasks_per_node"    >>  mpi_exec_shell
3391                echo "write_binary=$write_binary"        >>  mpi_exec_shell
3392                echo "use_seperate_pe_for_dvrp_output=$use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3393                echo "  "                                >>  mpi_exec_shell
3394                echo "export F_ERRCNT"                   >>  mpi_exec_shell
3395                echo "export MPIPROGINV"                 >>  mpi_exec_shell
3396                echo "export OMP_NUM_THREADS"            >>  mpi_exec_shell
3397                echo "export cpurest"                    >>  mpi_exec_shell
3398                echo "export fname"                      >>  mpi_exec_shell
3399                echo "export localhost"                  >>  mpi_exec_shell
3400                echo "export return_addres"              >>  mpi_exec_shell
3401                echo "export return_username"            >>  mpi_exec_shell
3402                echo "export tasks_per_node"             >>  mpi_exec_shell
3403                echo "export write_binary"               >>  mpi_exec_shell
3404                echo "export use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3405                echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3406                echo "exec  ./a.out"                     >>  mpi_exec_shell
3407
3408                chmod u+x  mpi_exec_shell
3409                export MPIPROGINF=YES
3410                mpirun  -f multinode_config  &
3411                wait
3412
3413             fi
3414          elif [[ $(echo $host | cut -c1-2) = lc  &&  $host != lckyoto &&  $host != lctit ]]
3415          then
3416
3417                # COPY HOSTFILE FROM SOURCE DIRECTORY OR CREATE IT, IF IT
3418                # DOES NOT EXIST
3419             if [[  $host != lccrayb  &&$host != lccrayf  && $host != lccrayh  &&  $host != lckyuh  &&  $host != lckyut ]]
3420             then
3421                if [[ -f $hostfile ]]
3422                then
3423                   cp  $hostfile  hostfile
3424                   (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3425                else
3426                   (( ii = 1 ))
3427                   while (( ii <= $numprocs / $threads_per_task ))
3428                   do
3429                      echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3430                      (( ii = ii + 1 ))
3431                   done
3432                fi
3433                eval zeile=\"`head -n $ii  hostfile`\"
3434                printf "\n  *** running on: $zeile"
3435             fi
3436
3437             (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3438             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3439
3440             if [[ $threads_per_task != 1 ]]
3441             then
3442                   # INCREASE STACK SIZE TO UNLIMITED, BECAUSE OTHERWISE LARGE RUNS
3443                   # MAY ABORT
3444                ulimit -s unlimited
3445                printf "\n      threads per task: $threads_per_task  stacksize: unlimited"
3446             fi
3447             if [[ $run_coupled_model = false ]]
3448             then
3449                if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3450                then
3451                   echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3452                else
3453                   echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3454                fi
3455                printf "\n\n"
3456
3457                if [[ $host = lccrayb || $host = lccrayh ]]
3458                then
3459                    echo "--- aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos"
3460                    aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3461#                    aprun  -n $ii  -ss  -r2  -j1  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3462                elif [[ $host = lccrayf ]]
3463                then
3464                    aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  -m ${memory}M  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3465                elif [[ $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3466                then
3467                    aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3468                elif [[ $host = lcflow ]]
3469                then
3470                   mpirun -bootstrap sge -np $ii  -env I_MPI_FABRICS shm:ofa a.out  < runfile_atmos  $ROPTS
3471                elif [[ $host = lcsb ]]
3472                then
3473                   mpirun_rsh -hostfile $PBS_NODEFILE -np `cat $PBS_NODEFILE | wc -l` a.out  < runfile_atmos  $ROPTS
3474                elif [[ $host = lckiaps ]]
3475                then
3476                   mpirun -np $ii  -f $PBS_NODEFILE  a.out  <  runfile_atmos  $ROPTS
3477                elif [[ $host = lckyu* ]]
3478                then
3479                   mpiexec -n $ii --stdin runfile_atmos  ./a.out  $ROPTS
3480                else
3481                   mpiexec  -machinefile hostfile  -n $ii  a.out  <  runfile_atmos  $ROPTS
3482                fi
3483             else
3484
3485                    # CURRENTLY THERE IS NO FULL MPI-2 SUPPORT ON ICE AND XT4
3486                (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3487                (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3488                printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3489                printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3490                printf "\n\n"
3491
3492                if [[ $coupled_mode = "mpi2" ]]
3493                then
3494                   echo "atmosphere_to_ocean $iia $iio"  >  runfile_atmos
3495                   echo "ocean_to_atmosphere $iia $iio"  >  runfile_ocean
3496
3497                   if [[ $host = lccrayf  ||  $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3498                   then
3499
3500                      aprun  -n $iia  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  $ROPTS  &
3501                      aprun  -n $iio  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_ocean  $ROPTS  &
3502
3503                   else
3504                          # WORKAROUND BECAUSE mpiexec WITH -env option IS NOT AVAILABLE ON SOME SYSTEMS
3505                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos &
3506                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  a.out  $ROPTS  <  runfile_ocean &
3507#                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  -env coupling_mode atmosphere_to_ocean  a.out  $ROPTS  &
3508#                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  -env coupling_mode ocean_to_atmosphere  a.out  $ROPTS  &
3509                   fi
3510                   wait
3511
3512                else
3513
3514                   echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3515
3516                   if [[ $host = lccrayf  ||  $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3517                   then
3518
3519                      aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  $ROPTS
3520
3521                   elif [[ $host = lck || $host = lckordi ]]
3522                   then
3523
3524                      mpiexec -n $ii  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3525
3526                   elif [[ $host = lckyu* ]]
3527                   then
3528
3529                      mpiexec -n $ii --stdin runfile_atmos  ./a.out  $ROPTS
3530
3531                   fi
3532                   wait
3533                fi
3534
3535             fi
3536
3537          elif [[ $host = lckyoto ]]
3538          then
3539             set -xv
3540             export P4_RSHCOMMAND=plesh
3541             echo "     P4_RSHCOMMAND = $P4_RSHCOMMAND"
3542             if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
3543             then
3544                if [[ "$cond2" = fujitsu ]]
3545                then
3546                   mpiexec  -n $numprocs  ./a.out  $ROPTS  # for fujitsu-compiler
3547                elif [[ "cond2" = pgi ]]
3548                then
3549                   mpirun  -np $numprocs  -machinefile ${QSUB_NODEINF}  ./a.out  $ROPTS
3550                else
3551                   mpirun_rsh -np $numprocs -hostfile ${QSUB_NODEINF} MV2_USE_SRQ=0 ./a.out ${ROPTS} || /bin/true
3552                fi
3553             else
3554                if [[ "$cond2" = "" ]]
3555                then
3556                   mpiruni_rsh -np $numprocs ./a.out  $ROPTS  # for intel
3557                else
3558                   mpirun  -np $numprocs  ./a.out  $ROPTS
3559                fi
3560             fi
3561             set +xv
3562
3563          elif [[ $host = lctit ]]
3564          then
3565             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3566             echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3567             if [[ "$threads_per_task" != 1 ]]
3568             then
3569                export MV2_ENABLE_AFFINITY=0
3570             fi
3571             echo "----- PBS_NODEFILE content:"
3572             cat $PBS_NODEFILE
3573             echo "-----"
3574             (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3575             echo "mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE ./a.out  $ROPTS"
3576             mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE ./a.out  $ROPTS
3577          else
3578             mpprun  -n $numprocs  a.out  $ROPTS
3579          fi
3580       else
3581          a.out  $ROPTS
3582       fi
3583    fi
3584
3585    if [[ $? != 0 ]]
3586    then
3587
3588          # ABORT IN CASE OF RUNTIME ERRORS
3589       printf "\n  +++ runtime error occured"
3590       locat=execution
3591       exit
3592
3593    else
3594
3595       printf "\n$dashes\n  *** execution finished \n"
3596
3597          # STOP THE DVR STREAMING SERVER AND PROCESS THE DVR OUTPUT IN ORDER
3598          # TO CREAT DVRS- AND HTML-FILES CONTAINING ALL STREAMS
3599       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
3600       then
3601          kill $dvrserver_id
3602          printf "\n  *** dvr server with id=$dvrserver_id has been stopped"
3603
3604             # IF THERE IS A DIRECTORY, DATA HAVE BEEN OUTPUT BY THE
3605             # STREAMING SERVER. OTHERWISE, USER HAS CHOSEN dvrp_output=local
3606          if [[ -d DATA_DVR ]]
3607          then
3608
3609                # ADD THE CURRENT DVR CONFIGURATION FILE TO THE DVR OUTPUT
3610                # DIRECTORY
3611             cp  .dvrserver.config  DATA_DVR
3612
3613                # PROCESS THE DVR OUTPUT (OPTION -s FOR GENERATING
3614                # SEQUENCE MODE DATA TOO)
3615             process_dvr_output  -d DATA_DVR  -f $fname  -s
3616
3617          else
3618
3619                # PROCESS THE LOCAL OUTPUT
3620             process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3621
3622          fi
3623
3624       elif [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
3625       then
3626
3627             # PROCESS DVR OUTPUT GENERATD IN LOCAL MODE (dvrp_output=local)
3628          process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3629
3630       fi
3631    fi
3632
3633
3634
3635       # CALL OF combine_plot_fields IN ORDER TO MERGE SINGLE FILES WRITTEN
3636       # BY EACH CORE INTO ONE FILE
3637   if [[ ! -f ${PALM_BIN}/combine_plot_fields${block}.x ]]
3638   then
3639      printf "\n\n\n  +++ WARNING: no combine_plot_fields found for given block \"$cond1 $cond2\""
3640      printf "\n      2d- and/or 3d-data may be incomplete!"
3641      printf "\n      Run \"mbuild -u -h $localhost\" to generate utilities for this block.\n"
3642   elif [[ "$combine_plot_fields" == true ]]
3643   then
3644      if [[ $localhost = lccrayh  ||  $localhost = lccrayb ]]
3645      then
3646         printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"aprun  -n 1  -N 1 combine_plot_fields${block}.x\" ..."
3647         aprun  -n 1  -N 1 combine_plot_fields${block}.x #$ROPTS < runfile_atmos
3648      else
3649         printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"combine_plot_fields${block}.x\" ..."
3650         combine_plot_fields${block}.x
3651      fi
3652   else
3653
3654         # TEMPORARY SOLUTION TO SKIP combine_plot_fields. THIS IS REQUIRED IN CASE OF HUGE AMOUNT OF
3655         # DATA OUTPUT. TO DO: EXTEND THIS BRANCH BY CREATING A BATCH JOB for combine_plot_fields.
3656         # ??? koennen wir das streichen ???
3657      printf "\n\n\n *** post-processing: skipping combine_plot_fields (-Z option set) ..."
3658   fi
3659
3660
3661
3662       # EXECUTE OUTPUT-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
3663    (( i = 0 ))
3664    while (( i < ioc ))
3665    do
3666       (( i = i + 1 ))
3667       if (( i == 1 ))
3668       then
3669          printf "\n\n  *** execution of OUTPUT-commands:\n$dashes"
3670       fi
3671       printf "\n  >>> ${out_command[$i]}"
3672       eval  ${out_command[$i]}
3673       if (( i == ioc ))
3674       then
3675          printf "\n$dashes\n"
3676       fi
3677    done
3678
3679
3680       # IN TRACE-MODE PRINT CONTENTS OF THE CURRENT (TEMPORARY) WORKING DIRECTORY
3681    if [[ $do_trace = true ]]
3682    then
3683       printf "\n\n"
3684       ls -al
3685    fi
3686
3687
3688
3689       # COPY LOCAL OUTPUT-FILES TO THEIR PERMANENT DESTINATIONS
3690    (( i = 0 ))
3691    while (( i < iout ))
3692    do
3693       (( i = i + 1 ))
3694       if (( i == 1 ))
3695       then
3696          printf "\n\n  *** saving OUTPUT-files:\n$dashes"
3697       fi
3698
3699          # CHECK FOR SINGLE FILE (SERIAL RUN) OR DIRECTORY (ONE FILE PER CORE FOR PARELLEL EXECUTION)
3700       files_for_pes=false; filetyp=file
3701       if [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
3702       then
3703          files_for_pes=true; filetyp=directory
3704          actionout[$i]=""
3705       elif [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
3706       then
3707          actionout[$i]=""
3708       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
3709       then
3710          files_for_pes=true; filetyp=directory
3711          actionout[$i]="ar"
3712       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3713       then
3714          actionout[$i]="ar"
3715       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
3716       then
3717          files_for_pes=true; filetyp=directory
3718          actionout[$i]="fl"
3719       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3720       then
3721          actionout[$i]="fl"
3722       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  -n $numprocs ]]
3723       then
3724          files_for_pes=true; filetyp=directory
3725          actionout[$i]="tr"
3726       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3727       then
3728          actionout[$i]="tr"
3729       fi
3730
3731       if [[ ! -f ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = false ]]
3732       then
3733          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}  does not exist\n"
3734       elif [[ ! -d ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = true ]]
3735       then
3736          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}/....  does not exist\n"
3737       else
3738
3739
3740             # COPY VIA SCP TO LOCAL HOST (ALWAYS IN BINARY MODE USING batch_scp option -m)
3741             # IF TARGET DIRECTORY DOES NOT EXISTS, TRY TO CREATE IT
3742          if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
3743          then
3744             if [[ $localhost != $fromhost ]]
3745             then
3746                if [[ $files_for_pes = false ]]
3747                then
3748                   cps=""
3749                   cst=""
3750                else
3751                   cps=-c
3752                   cst="/"
3753                fi
3754                if [[ $localhost = nech ]]
3755                then
3756
3757                      # TRANSFER IN SEPERATE JOB
3758                      # FIRST COPY FILE TO TEMPORY DATA DIRECTORY
3759                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
3760                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
3761                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3762                   then
3763                      ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3764                   else
3765                      mkdir  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3766                      ln  ${localout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3767                   fi
3768
3769                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
3770                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
3771
3772                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP in seperate job to"
3773                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst"
3774                   printf "\n              or higher cycle\n"
3775                   echo "batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_addres  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
3776
3777                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
3778
3779                   if [[ $localhost = nech ]]
3780                   then
3781                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3782                   else
3783                      if [[ "$LOGNAME" = b323013 ]]
3784                      then
3785                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3786                      else
3787                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3788                      fi
3789                   fi
3790
3791                else
3792
3793                      # TRANSFER WITHIN THIS JOB
3794                   transfer_failed=false
3795                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP to"
3796                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst\n"
3797                   if [[ $localhost = lccrayb ]]
3798                   then
3799                      ssh $usern@blogin1 "cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_addres  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3800                   elif [[ $localhost = lccrayh ]]
3801                   then
3802                      ssh $usern@hlogin1 "cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_addres  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3803                   else
3804                      batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_addres  ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
3805                   fi
3806                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
3807
3808                      # IF TRANSFER FAILED, CREATE BACKUP COPY ON THIS MACHINE
3809                   if [[ $transfer_failed = true ]]
3810                   then
3811                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on this host under:\n"
3812                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
3813
3814                         # FIRST CHECK, IF DIRECTORY EXISTS, AND CREATE IT, IF NECESSARY
3815                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
3816                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
3817                      then
3818                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
3819                         printf "      $local_catalog \n"
3820                         mkdir -p  $local_catalog
3821                      fi
3822                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
3823                      transfer_problems=true
3824                   fi
3825                fi
3826             else
3827
3828                   # UNSET actionout. DUE TO THIS SETTING, FILE WILL LATER JUST BE COPIED ON THIS MACHINE
3829                actionout[$i]=""
3830             fi
3831          fi
3832
3833
3834             # APPEND VIA SCP TO LOCAL HOST (ALWAYS IN BINARY MODE USING batch_scp option -m)
3835             # IF TARGET DIRECTORY DOES NOT EXISTS, TRY TO CREATE IT
3836          if [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
3837          then
3838             if [[ $localhost != $fromhost ]]
3839             then
3840                if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = nech ]]
3841                then
3842
3843                      # TRANSFER IN SEPERATE JOB
3844                      # FIRST COPY FILE TO TEMPORY DATA DIRECTORY
3845                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
3846                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
3847                   ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3848
3849                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
3850                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
3851
3852                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP in seperate job to"
3853                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}"
3854                   printf "\n              or higher cycle\n"
3855                   echo "batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_addres  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
3856
3857                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
3858
3859                   if [[ $localhost = nech ]]
3860                   then
3861                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3862                   else
3863                      if [[ $LOGNAME = b323013 ]]
3864                      then
3865                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3866                      else
3867                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3868                      fi
3869                   fi
3870
3871                else
3872
3873                      # TRANSFER WITHIN THIS JOB
3874                   transfer_failed=false
3875                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP to"
3876                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n"
3877                   if [[ $localhost = lccrayb ]]
3878                   then
3879                      ssh $usern@blogin1 "cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_addres  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3880                   elif [[ $localhost = lccrayh ]]
3881                   then
3882                      ssh $usern@hlogin1 "cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_addres  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3883                   else
3884                      batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username  $return_addres ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
3885                   fi
3886                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
3887
3888                      # IF TRANSFER FAILED, CREATE BACKUP COPY ON THIS MACHINE
3889                   if [[ $transfer_failed = true ]]
3890                   then
3891                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on this host under:\n"
3892                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
3893
3894                         # FIRST CHECK, IF DIRECTORY EXISTS, AND CREATE IT, IF NECESSARY
3895                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
3896                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
3897                      then
3898                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
3899                         printf "      $local_catalog \n"
3900                         mkdir -p  $local_catalog
3901                      fi
3902
3903                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
3904                      transfer_problems=true
3905                   fi
3906                fi
3907             else
3908
3909                   # RESET actionout. DUE TO THIS SETTING, FILE WILL LATER JUST BE APPENDED ON THIS MACHINE
3910                actionout[$i]=a
3911             fi
3912          fi
3913
3914
3915             # OUTPUT-FILE FOR A RESTART-RUN.
3916             # FILE IS MOVED TO THE TEMPORARY DATA DIRECTORY USING link COMMAND.
3917             # OPTION -f IS USED TO OVERWRITE EXISTING FILES.
3918             # AS LAST ACTION, ARCHIVING IS INITIATED.
3919          if [[ "${actionout[$i]}" = fl ]]
3920          then
3921             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
3922             chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
3923             if [[ $files_for_pes = false ]]
3924             then
3925                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
3926                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
3927                ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3928             else
3929                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/....  to"
3930                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
3931                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3932                cd ${localout[$i]}
3933                for file in $(ls *)
3934                do
3935                   ln -f $file $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3936                done
3937                cd $TEMPDIR
3938             fi
3939
3940
3941                # CREATE AND SUBMIT ARCHIVING-JOB
3942             if [[ $store_on_archive_system = true ]]
3943             then
3944
3945                if [[ $archive_system = asterix ]]
3946                then
3947                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
3948                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3949                   then
3950                      echo "stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
3951                   else
3952                      echo "stageout -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
3953                   fi
3954                   echo "cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"               >> archive_${frelout[$i]}
3955                   echo "if [[ \$(grep -c \"st.msg:150\"  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung) != 0 ]]" >> archive_${frelout[$i]}
3956                   echo "then"                                       >> archive_${frelout[$i]}
3957                   echo "   do_stageout=false"                       >> archive_${frelout[$i]}
3958                   echo "else"                                       >> archive_${frelout[$i]}
3959                   echo "   echo \"  +++ $filetyp ${frelout[$i]}  could not be stored on archive-system\" " >> archive_${frelout[$i]}
3960                   echo "   cat  /dev/null  >  ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname" >> archive_${frelout[$i]}
3961                   echo "   cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung  >  ~/job_queue/archive_${frelout[$i]}_error" >> archive_${frelout[$i]}
3962                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} will be copied to \$WORK as backup\" " >> archive_${frelout[$i]}
3963                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3964                   then
3965                      echo "   cp   ${frelout[$i]}  \$WORK"                    >> archive_${frelout[$i]}
3966                   else
3967                      echo "   cp -r  ${frelout[$i]}  \$WORK/${frelout[$i]}"   >> archive_${frelout[$i]}
3968                   fi
3969                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} saved\" " >> archive_${frelout[$i]}
3970                   echo "fi"                                         >> archive_${frelout[$i]}
3971                   echo "rm  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"              >> archive_${frelout[$i]}
3972                elif [[ $archive_system = DMF ]]
3973                then
3974                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
3975                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3976                   then
3977                      printf "\n  +++ archiving of single files impossible with $archive_system !\n"
3978                      locat=DMF
3979                      exit
3980                   else
3981                         # ??? nicht benötigte Archiv-Systeme entfernen ???
3982                         # FUER RECHNER IN JUELICH. DORT KOENNTEN AUCH
3983                         # EINZELNE DATEIEN GESICHERT WERDEN (SPAETER KORR.)
3984                      echo "rm -rf  \$ARCHIVE/${frelout[$i]}"     >> archive_${frelout[$i]}
3985                      echo "cp -r  ${frelout[$i]}  \$ARCHIVE"     >> archive_${frelout[$i]}
3986                   fi
3987                elif [[ $archive_system = tivoli ]]
3988                then
3989                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
3990                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3991                   then
3992                         # REMOVE EXISTING OLD FILES FROM THE ARCHIVE
3993                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
3994                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
3995                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3996                   else
3997
3998                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
3999                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
4000                      echo "[[ ! -d \$PERM/${frelout[$i]} ]] && mkdir $PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4001                      cd  $tmp_data_catalog
4002                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
4003                      cd -  > /dev/null
4004                      (( inode = 0 ))
4005                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
4006                      while (( inode < nodes ))
4007                      do
4008                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
4009                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
4010                         echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
4011                         (( inode = inode + 1 ))
4012                      done
4013                   fi
4014                elif [[ $archive_system = ut ]]
4015                then
4016                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
4017                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4018                   then
4019                         # REMOVE EXISTING OLD FILES FROM THE ARCHIVE
4020                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
4021                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4022                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4023                   else
4024
4025                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
4026                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
4027                      echo "[[ ! -d \$UT/${frelout[$i]} ]] && mkdir $UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4028                      cd  $tmp_data_catalog
4029                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
4030                      cd -  > /dev/null
4031                      (( inode = 0 ))
4032                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
4033                      while (( inode < nodes ))
4034                      do
4035                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
4036                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
4037                         echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
4038                         (( inode = inode + 1 ))
4039                      done
4040                   fi
4041                elif [[ $archive_system = none ]]
4042                then
4043                   printf "              +++ archiving on $localhost not available!\n"
4044                fi
4045
4046                if [[ $archive_system != none ]]
4047                then
4048                   if [[ $localhost = nech ]]
4049                   then
4050                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
4051                   fi
4052                   printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4053                fi
4054             else
4055                printf "              +++ caution: option -A is switched off. No archiving on $archive_system!\n"
4056             fi
4057
4058
4059                # CREATE AN EMPTY DIRECTORY IN THE USERS PERMANENT DIRECTORY,
4060                # IN ORDER TO NOTE THE RESPECTIVE CYCLE NUMBER ON THE ARCHIVE SYSTEM
4061                # RESTART-JOBS ARE USING THESE EMPTY-DIRECTORIES TO GET THE CURRENT HIGHEST
4062                # CYCLE NUMBER ON THE ARCHIVE SYSTEM (IN CASE THAT INFORMATIONS ARE DIFFICULT TO
4063                # TO ACCESS FROM THE ARCHIVE-SYSTEM DIRECTLY))
4064             if [[ $files_for_pes = false ]]
4065             then
4066                cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
4067             else
4068                mkdir -p  ${pathout[$i]}
4069             fi
4070
4071          fi
4072
4073
4074             # COPY FROM THIS HOST TO THE ARCHIVE-SYSTEM
4075             # IF ANY ARCHIVING FAILS, AN ERROR-FLAG-FILE IS SET
4076             # THIS FILE REMAINS TO BE SET, EVEN IF ARCHIVING OF FURTHER FILES IS SUCCESSFULL
4077          if [[ "${actionout[$i]}" = ar ]]
4078          then
4079             if [[ $files_for_pes = false ]]
4080             then
4081                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
4082                printf "\n              ${pathout[$i]}"
4083                printf "\n              File will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
4084             else
4085                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to"
4086                printf "\n              ${pathout[$i]}"
4087                printf "\n              Directory will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
4088             fi
4089             mv  ${localout[$i]}  ${frelout[$i]}
4090
4091             file_saved=false
4092
4093             if [[ $archive_system = asterix ]]
4094             then
4095                do_stageout=true
4096                (( stageout_anz = 0 ))
4097                while [[ $do_stageout = true ]]
4098                do
4099                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4100                   then
4101                      stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
4102                   else
4103                      stageout  -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
4104                   fi
4105                   cat  STAGE_OUTPUT
4106                   if [[ $(grep -c "st.msg:150"  STAGE_OUTPUT) != 0 ]]
4107                   then
4108                      file_saved=true
4109                      do_stageout=false
4110                   else
4111                      if [[ $files_for_pes = false ]]
4112                      then
4113                         printf "\n  +++ file ${frelout[$i]}  could not be saved on archive-system"
4114                      else
4115                         printf "\n  +++ directory ${frelout[$i]} could not be saved on archive-system"
4116                      fi
4117                      (( stageout_anz = stageout_anz + 1 ))
4118                      if (( stageout_anz == 10 ))
4119                      then
4120                         printf "\n  +++ stoped after 10 unsuccessful tries!"
4121                         archive_save=false
4122                         do_stageout=false
4123                      else
4124                         printf "\n  *** new try to store on archive after 15 min:"
4125                         sleep 900
4126                      fi
4127                   fi
4128                done
4129             elif [[ $archive_system = DMF ]]
4130             then
4131                if [[ $files_for_pes = false ]]
4132                then
4133                   printf "\n  +++ archiving of single files impossible on $archive_system!\n"
4134                   locat=DMF
4135                   exit
4136                else
4137                   rm -rf  $ARCHIVE/${frelout[$i]}
4138                   cp -r  ${frelout[$i]}  $ARCHIVE
4139                fi
4140                file_saved=true
4141             elif [[ $archive_system = tivoli ]]
4142             then
4143                   # ARCHIVING ONLY POSSIBLE VIA BATCH-JOB
4144                   # IN THE MEANTIME, FILE IS STORED IN THE TEMPORARY DATA DIRECTORY,
4145                   # BECAUSE MRUN'S CURRENT TEMPORARY WORKING DIRECTORY MAY ALREADY BE DELETED
4146                   # WHEN THE ARCHIVE-JOB IS EXECUTED
4147                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4148                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4149                if [[ $files_for_pes = false ]]
4150                then
4151                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4152                else
4153                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4154                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4155                fi
4156
4157                   # GENERATE AND SUBMIT BATCH-JOB
4158                   # FILE HAS TO BE DELETED FROM THE TEMPORARY DATA DIRECTORY
4159                   # DELETE OLD EXISTING FILES FROM THE ARCHIVE
4160                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
4161                if [[ $files_for_pes = false ]]
4162                then
4163                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4164                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4165                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
4166                else
4167                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4168                   echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4169                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
4170                fi
4171
4172                subjob  -v  -d  -q cdata  -X 0  -m 1000  -t 43200  -c $job_catalog  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
4173                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4174                file_saved=true
4175
4176             elif [[ $archive_system = ut ]]
4177             then
4178                   # ARCHIVING ONLY POSSIBLE VIA BATCH-JOB
4179                   # IN THE MEANTIME, FILE IS STORED IN THE TEMPORARY DATA DIRECTORY,
4180                   # BECAUSE MRUN'S CURRENT TEMPORARY WORKING DIRECTORY MAY ALREADY BE DELETED
4181                   # WHEN THE ARCHIVE-JOB IS EXECUTED
4182                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4183                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4184                if [[ $files_for_pes = false ]]
4185                then
4186                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4187                else
4188                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4189                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4190                fi
4191
4192                   # GENERATE AND SUBMIT BATCH-JOB
4193                   # FILE HAS TO BE DELETED FROM THE TEMPORARY DATA DIRECTORY
4194                   # DELETE OLD EXISTING FILES FROM THE ARCHIVE
4195                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
4196                if [[ $files_for_pes = false ]]
4197                then
4198                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4199                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4200                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
4201                else
4202                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4203                   echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4204                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
4205                fi
4206
4207                subjob  -v  -c /pf/b/$usern/job_queue  -d  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
4208                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4209                file_saved=true
4210
4211             else
4212                printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"  archiving impossible!"
4213                archive_save=false
4214             fi
4215
4216                # CREATE EMPTY FLAG-FILE OR -DIRECTORY
4217                # IN ORDER TO NOTE THE RESPECTIVE CYCLE NUMBER ON THE ARCHIVE SYSTEM
4218                # RESTART-JOBS ARE USING THESE EMPTY-DIRECTORIES TO GET THE CURRENT HIGHEST
4219                # CYCLE NUMBER ON THE ARCHIVE SYSTEM (IN CASE THAT INFORMATIONS ARE DIFFICULT TO
4220                # TO ACCESS FROM THE ARCHIVE-SYSTEM DIRECTLY))
4221             if [[ $file_saved = true ]]
4222             then
4223                if [[ $files_for_pes = false ]]
4224                then
4225                   cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
4226                else
4227                   mkdir -p  ${pathout[$i]}
4228                fi
4229             fi
4230
4231          fi
4232
4233             # APPEND ON THIS MACHINE
4234          if [[ "${actionout[$i]}" = "a" ]]
4235          then
4236             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
4237             then
4238                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
4239                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4240             else
4241                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}\n"
4242                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}
4243             fi
4244          fi
4245
4246             # COPY ON THIS MACHINE
4247             # COPY HAS TO BE USED, BECAUSE MOVE DOES NOT WORK IF FILE-ORIGIN AND TARGET ARE
4248             # ON DIFFERENT FILE-SYSTEMS
4249          if [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = false ]]
4250          then
4251
4252                # COPY IN CASE OF RUNS ON SINGLE CORES
4253             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
4254             then
4255                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
4256                if [[ $link_local_output = true ]]
4257                then
4258                    printf "      using ln -f\n"
4259                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4260                fi
4261                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
4262                if [[ ! -f "${pathout[$i]}.${extout[$i]}" ]]
4263                then
4264                    if [[ $link_local_output = true ]]
4265                    then
4266                        printf "      ln failed, using cp...\n"
4267                    fi
4268                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4269                fi
4270             else
4271                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}\n"
4272                if [[ $link_local_output = true ]]
4273                then
4274                    printf "      using ln -f\n"
4275                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4276                fi
4277                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
4278                if [[ ! -f "${pathout[$i]}" ]]
4279                then
4280                    if [[ $link_local_output = true ]]
4281                    then
4282                        printf "      ln failed, using cp...\n"
4283                    fi
4284                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4285                fi
4286             fi
4287
4288          elif [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = true ]]
4289          then
4290
4291                # FILES FROM THE DIFFERENT CORES ARE MOVED WITH ln-COMMAND TO THE PERMANENT DIRECTORY
4292                # AS A FIRST STEP, THE PERMANENT DIRECTORY IS CREATED
4293             printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to  ${pathout[$i]}\n"
4294             if [[ $link_local_output = true ]]
4295             then
4296                 printf "      using ln -f\n"
4297                 mkdir  ${pathout[$i]}
4298                 cd ${localout[$i]}
4299                 for file in $(ls *)
4300                 do
4301                   ln -f $file  ${pathout[$i]}
4302                 done
4303                 cd $TEMPDIR
4304             fi
4305
4306                # IF "ln -f" HAS FAILED OR IF "$link_local_output = false" DO A NORMAL COPY "cp -r"
4307             if [[ ! -f "${pathout[$i]}/_0000" ]]
4308             then
4309                 if [[ $link_local_output = true ]]
4310                 then
4311                     printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
4312                 fi
4313                 cp -r  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4314             fi
4315
4316          fi
4317       fi
4318    done
4319    if (( i != 0 ))
4320    then
4321       if [[ $transfer_problems = true ]]
4322       then
4323          printf "\n$dashes\n  *** OUTPUT-files saved"
4324          printf "\n  +++ WARNING: some data transfers failed! \n"
4325       else
4326          printf "\n$dashes\n  *** all OUTPUT-files saved \n"
4327       fi
4328    fi
4329
4330
4331       # IF REQUIRED, START A RESTART-JOB
4332       # FILE CONTINUE_RUN MUST HAVE BEEN CREATED BY THE EXECUTABLE (PALM)
4333    if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4334    then
4335
4336       if [[ $archive_save = true ]]
4337       then
4338
4339             # ADD RESTART-OPTIONS TO THE MRUN-CALL (IF THEY ARE NOT USED ALREADY):
4340             # -C TELLS MRUN THAT IT IS A RESTART-RUN
4341             # -v SILENT MODE WITHOUT INTERACTIVE QUERIES
4342             # -n BATCH-MODE (IMPORTANT ONLY IN CASE OF BATCH JOBS ON THE LOCAL MACHINE)
4343          [[ $(echo $mc | grep -c "\-C") = 0 ]]  &&  mc="$mc -C"
4344          [[ $(echo $mc | grep -c "\-v") = 0 ]]  &&  mc="$mc -v"
4345          [[ $(echo $mc | grep -c "\-b") = 0 ]]  &&  mc="$mc -b"
4346          if [[ $(echo $mc | grep -c "#") != 0 ]]
4347          then
4348             mc=`echo $mc | sed 's/#/f/g'`
4349          fi
4350
4351
4352             # START THE RESTART-JOB
4353          printf "\n\n  *** initiating restart-run on \"$return_addres\" using command:\n"
4354          echo "      $mc"
4355          printf "\n$dashes\n"
4356          if [[ $localhost != $fromhost ]]
4357          then
4358
4359             if [[ $localhost = lccrayh  ||  $localhost = nech  ||  $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku  ||  $localhost = ibms  ||  $localhost = lcflow  ||  $localhost = lckyu* ]]
4360             then
4361                echo "*** ssh will be used to initiate restart-runs!"
4362                echo "    return_addres=\"$return_addres\" "
4363                echo "    return_username=\"$return_username\" "
4364                if [[ $(echo $return_addres | grep -c "130.75.105") = 1 ]]
4365                then
4366                   if [[ $localhost = ibmh ]]
4367                   then
4368                      ssh $SSH_PORTOPT $usern@136.172.40.15 "ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;. /muksoft/packages/intel/bin/compilervars.sh intel64;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4369                   elif [[ $localhost = lccrayb ]]
4370                   then
4371                      ssh $usern@blogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;. /muksoft/packages/intel/bin/compilervars.sh intel64;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4372                   elif [[ $localhost = lccrayh ]]
4373                   then
4374                      ssh $usern@hlogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;. /muksoft/packages/intel/bin/compilervars.sh intel64;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4375
4376                   else
4377                      ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;. /muksoft/packages/intel/bin/compilervars.sh intel64;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4378                   fi
4379                else
4380                   if [[ $localhost = ibmkisti ]]
4381                   then
4382                      ssh $SSH_PORTOPT $usern@gaiad "ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4383                   elif [[ $localhost = lcflow ]]
4384                   then
4385                      /usr/bin/ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4386                   elif [[ $localhost = lccrayb ]]
4387                   then
4388                      ssh $usern@blogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4389                   elif [[ $localhost = lccrayh ]]
4390                   then
4391                      ssh $usern@hlogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4392                   else
4393                      ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4394                   fi
4395                fi
4396             else
4397                printf "\n  +++ no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
4398                locat=restart; exit
4399             fi
4400
4401                # WAIT TO ALLOW THE RESTART-JOB TO BE QUEUED, BEFORE THE CURRENT JOB IS FINISHED
4402             if [[ $queue = special1q ]]
4403             then
4404                sleep 120
4405             else
4406                sleep 30
4407             fi
4408
4409          else
4410
4411                # JOBS RUNNING (AND STARTED) ON THE LOCAL MACHINE CAN DIRECTLY CALL MRUN (WITHOUT
4412                # USING SSH)
4413             cd $LOCAL_PWD
4414             if [[ $localhost = lckyuh ]]
4415             then
4416                printf "\n  +++ WARNING: no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
4417                printf "\n               please restart job manually using command:\n"
4418                printf "\n               \"$mc\" "
4419             else
4420                eval  $mc                # THE ' MUST BE EVALUATED
4421             fi
4422             cd -  > /dev/null
4423          fi
4424          if [[ $localhost = lckyuh ]]
4425          then
4426             printf "\n$dashes\n  *** restart-run to be initiated manually\n"
4427          else
4428             printf "\n$dashes\n  *** restart-run initiated \n"
4429          fi
4430
4431
4432             # DELETE INPUT-(RESTART)FILES, WHICH HAVE BEEN FETCHED FROM THE TEMPORARY DATA
4433             # DIRECTORY, BACAUSE THEY ARE NOT REQUIRED BY THE RESTART-JOB.
4434             # THIS IS DONE IN ORDER TO AVOID EXCEEDING DISC QUOTAS OR DISC SPACE (RESTART-FILES
4435             # MAY BE VERY HUGE)
4436          (( i = 0 ))
4437          while (( i < iin ))
4438          do
4439             (( i = i + 1 ))
4440             if [[ "${got_tmp[$i]}" = true   &&  $keep_data_from_previous_run = false ]]
4441             then
4442                rm -r  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
4443             fi
4444          done
4445
4446       else
4447
4448          printf "\n  +++ no restart-run possible, since errors occured"
4449          printf "\n      during the archive process"
4450       fi
4451
4452    fi
4453
4454
4455   
4456       # SEND EMAIL NOTIFICATION ABOUT THE FINISHED RUN
4457    if [[ "$email_notification" != "none" ]]
4458    then
4459
4460       if [[ $localhost != $fromhost ]]
4461       then
4462          if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4463          then
4464             echo "PALM restart run necessary"        >   email_text
4465             echo "description header of actual run:" >>  email_text
4466             cat  CONTINUE_RUN                        >>  email_text
4467             echo "mrun-command to restart:"          >>  email_text
4468             echo "$mc"                               >>  email_text
4469          else
4470             echo "PALM run with base filename \"$fname\" on host \"$localhost\" finished"  >  email_text
4471          fi
4472          mail  $email_notification  <  email_text
4473          printf "\n  *** email notification sent to \"$email_notification\" "
4474       fi
4475    fi
4476
4477
4478
4479       # ALL ACTIONS FINISHED, TEMPORARY WORKING-DIRECTORY CAN BE DELETED
4480    cd  $HOME
4481    [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
4482
4483 else
4484
4485
4486       # PREPARING ACTIONS,
4487       # IF A BATCH-JOB IS TO BE GENERATED AND STARTED ON A REMOTE-MACHINE GERECHNET
4488
4489       # BUILD THE MRUN-COMMAND TO BE CALLED IN THE BATCH-JOB ON THE REMOTE-MACHINE
4490    mrun_com="$mrun_script_name -a $afname -c $config_file -d $fname -h $host -H $fromhost -m $memory -t $cpumax -q $queue -R $return_addres -U $return_username -u $remote_username"
4491    [[ "$cpp_opts" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -D \"$cpp_opts\""
4492    [[ "$global_revision" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -G \"$global_revision\""
4493    [[ $group_number != none ]]   &&  mrun_com=${mrun_com}" -g $group_number"
4494    [[ $do_compile = true ]]      &&  mrun_com=${mrun_com}" -s \"$source_list\""
4495    [[ "$input_list" != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -i \"$input_list\""
4496    [[ $ignore_archive_error = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -I"
4497    [[ $keep_data_from_previous_run = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -k"
4498    [[ "$additional_conditions" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -K \"$additional_conditions\""
4499    [[ "$output_list" != "" ]]    &&  mrun_com=${mrun_com}" -o \"$output_list\""
4500    [[ "$read_from_config" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -S"
4501    [[ $do_trace = true ]]        &&  mrun_com=${mrun_com}" -x"
4502    [[ "$numprocs" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -X $numprocs"
4503    if [[ $use_openmp = true ]]
4504    then
4505       mrun_com=${mrun_com}" -O $threads_per_task"
4506    fi
4507    [[ "$tasks_per_node" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -T $tasks_per_node"
4508    [[ $store_on_archive_system = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -A"
4509    [[ $package_list != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -p \"$package_list\""
4510    [[ $return_password != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -P $return_password"
4511    [[ $delete_temporary_catalog = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -B"
4512    [[ $node_usage != default  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla"  &&  $node_usage != novice ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -n $node_usage"
4513    [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -y"
4514    [[ $run_coupled_model = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Y \"$coupled_dist\""
4515    [[ "$check_namelist_files" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -z"
4516    [[ "$combine_plot_fields" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Z"
4517    [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -w $max_par_io_str"
4518    if [[ $do_remote = true ]]
4519    then
4520       printf "\n>>>> MRUN-command on execution host:\n>>>> $mrun_com \n"
4521    fi
4522
4523
4524       # CREATE EXECUTABLE FOR BATCH JOB
4525    if [[ $create_executable_for_batch = true  &&  $restart_run != true ]]
4526    then
4527
4528       printf "\n  *** creating the executable for batch job\n"
4529
4530          # METHOD ONLY WORKS FOR BATCH JOBS ON LOCAL HOSTS
4531       if [[ $host != $localhost ]]
4532       then
4533          printf "\n  +++ creation of executables is only allowed for batch jobs on local hosts."
4534          printf "\n      Please set create_executable_for_batch = false in the config-file.\n"
4535          locat=create_executable; exit
4536       fi
4537
4538       mkdir  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
4539       cd  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
4540
4541       cp  $make_depository  .
4542       tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
4543       cp  ../*  .   >  /dev/null  2>&1
4544
4545       make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
4546
4547       if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
4548       then
4549          printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
4550          locat=compile
4551          exit
4552       fi
4553
4554       mv  a.out  ..
4555       cd -  >  /dev/null  2>&1
4556       rm -rf  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
4557
4558       printf "  *** executable created in \"$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}\"\n "
4559
4560    fi
4561
4562
4563       # BUILD THE JOB-SCRIPTS ON FILE jobfile
4564    jobfile=jobfile.$RANDOM
4565
4566
4567       # CREATE TEMPORARY DIRECTORY AND SWITCH TO IT
4568    echo  "mkdir  $TEMPDIR"      >>  $jobfile
4569    echo  "cd  $TEMPDIR"         >>  $jobfile
4570
4571
4572       # ACTIVATE ERROR-TRACEBACK
4573    if [[ $do_trace = true ]]
4574    then
4575       echo  "set -x"                                    >>  $jobfile
4576    else
4577       echo  "set +vx"                                   >>  $jobfile
4578    fi
4579
4580
4581       # INITIALIZE THE ENVIRONMENT AND LOAD MODULES
4582    if [[ "$init_cmds" != "" ]]
4583    then
4584       echo  "$init_cmds"        >>  $jobfile
4585    fi
4586    if [[ "$module_calls" != "" ]]
4587    then
4588       echo  "$module_calls"     >>  $jobfile
4589    fi
4590
4591
4592       # PROVIDE SOURCE-CODE FILES, MRUN-SCRIPT AND CONFIGURATION-FILE FOR THE JOB
4593       # then-CLAUSE: FILES ARE COLLECTED IN THE SOURCES_FOR_RUN_... DIRECTORY ON THE LOCAL HOST,
4594       #              WHICH IS THEN FETCHED FROM THE BATCH-JOB BY USING cp/scp
4595       #              THE SOURCE-CODE FILES ALREADY EXIST IN THIS DIRECTORY
4596       # else-CLAUSE: FILE-CONTENTS ARE PUT INTO THE JOB-FILE AS HERE-DOCUMENTS
4597       #              THIS MAY CREATE A QUITE LARGE JOB-FILE, WHICH CAN CAUSE PROBLEMS WITH SOME
4598       #              QUEUEING-SYSTEMS
4599    if [[ $host = ibmkisti  ||  $host = lccrayb  ||  $host = lccrayf  ||  $host = lccrayh ]]
4600    then
4601
4602          # COPY CONFIGURATION-FILE AND MRUN-SCRIPT INTO THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY
4603       if [[ $restart_run != true ]]
4604       then
4605          cp  $config_file  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4606          cp  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4607       fi
4608
4609          # COPY THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY FROM THE LOCAL HOST TO THE JOB VIA scp
4610          # (then-CLAUSE: JOBS ON THE LOCAL HOST CAN JUST USE cp)
4611       echo  "set -x"  >>  $jobfile
4612       if [[ $host = $localhost ]]
4613       then
4614
4615             # DUE TO UNKNOWN REASONS, COPY WITH cp COMMAND CREATES CORRUPT
4616             # FILES ON CRAY XC30 SYSTEMS (CSC HELSINKI), rsync IS USED INSTEAD
4617          if [[ $(echo $host | cut -c1-6) = lccray ]]
4618          then
4619             echo  "rsync -av -t  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname  ."  >>  $jobfile
4620          else
4621             echo  "cp -r  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname  ."  >>  $jobfile
4622          fi
4623
4624       else
4625          if [[ $host = ibmkisti ]]
4626          then
4627                # ON KISTI'S IBM FIREWALL IS ONLY OPENED ON INTERACTIVE NODE
4628             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
4629             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@gaiad \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
4630          elif [[ $host = lccrayb ]]
4631          then
4632             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
4633             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@blogin1 \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
4634          elif [[ $host = lccrayh ]]
4635          then
4636             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
4637             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@hlogin1 \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
4638
4639          else
4640             echo  "scp $PORTOPT -r $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname ."  >>  $jobfile
4641          fi
4642       fi
4643       echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                      >>  $jobfile
4644
4645          # MOVE MRUN-SCRIPT AND CONFIGURATION-FILE FROM THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY TO THE
4646          # WORKING DIRECTORY OF THE JOB
4647       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$config_file  . "       >>  $jobfile
4648       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$mrun_script_name  . "  >>  $jobfile
4649       echo  "chmod u+rwx  $mrun_script_name"                    >>  $jobfile
4650       echo  "execute_mrun=true"                                 >>  $jobfile
4651       echo  " "                                                 >>  $jobfile
4652
4653    else
4654
4655          # PROVIDE SOURCE-CODE FILES AND MAKEFILE AS HERE DOCUMENT
4656       if [[ $do_compile = true ]]
4657       then
4658
4659          source_catalog=SOURCES_FOR_RUN_$fname
4660
4661              # CREATE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY TO STORE THE SOURCE CODE FILES AND THE MAKEFILE
4662          echo  "mkdir  SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4663          echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                 >>  $jobfile
4664          echo  "cd     SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4665
4666          for  filename  in  $source_list
4667          do
4668                # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
4669             echo  "cat > $filename << \"%END%\""              >>  $jobfile
4670             cat   $source_catalog/$filename                   >>  $jobfile
4671             echo  " "                                         >>  $jobfile
4672             echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4673             echo  " "                                         >>  $jobfile
4674          done
4675
4676             # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
4677          echo  "cat > Makefile << \"%END%\""               >>  $jobfile
4678          cat   $source_catalog/Makefile                    >>  $jobfile
4679          echo  " "                                         >>  $jobfile
4680          echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4681          echo  " "                                         >>  $jobfile
4682
4683          echo  "cd -  > /dev/null"                         >>  $jobfile
4684
4685       fi
4686
4687
4688          # PROVIDE THE CONFIGURATION-FILE AS HERE-DOCUMENT
4689          # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
4690          # LINES WITH #$ IN THE CONFIGURATION-FILE, COMING FROM THE SVN KEYWORD SUBSTITUTION,
4691          # ARE REMOVED FROM THE FILE IN ORDER TO AVOID PROBLEMS WITH THE SGE BATCH SYSTEM
4692       echo  "cat > $config_file << \"%END%\""      >>  $jobfile
4693       if [[ $host = lckyuh ]]
4694       then
4695             # NO CROSS-COMPILER ON COMPUTE NODE
4696          sed  's/frtpx/frt/g'  $config_file        >>  $jobfile
4697       else
4698          sed 's/#$.*//g'   $config_file            >>  $jobfile
4699       fi
4700       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
4701       echo  " "                                    >>  $jobfile
4702
4703
4704          # PROVIDE THE MRUN-SCRIPTS AS HERE-DOCUMENT
4705          # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
4706       echo  "cat > $mrun_script_name <<\"%END%\""  >>  $jobfile
4707       if [[ $host = lckyuh ]]
4708       then
4709          sed 's/\/bin\/ksh/\/bin\/bash/g' ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  >>  $jobfile
4710       else
4711          cat  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name        >>  $jobfile
4712       fi
4713       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
4714       echo  "chmod u+x $mrun_script_name"          >>  $jobfile
4715       echo  "execute_mrun=true"                    >>  $jobfile
4716       echo  " "                                    >>  $jobfile
4717
4718    fi
4719
4720
4721       # GET REQUIRED INPUT-FILES BY SCP OR BY SENDING THEM WITH THE JOB AS HERE-DOCUMENT
4722       # PUT THESE FILES INTO THE USER'S RESPECTIVE PERMANENT DIRECTORIES ON THE REMOTE-HOST
4723       # IF THE DIRECTORIES DO NOT EXIST, TRY TO CREATE THEM
4724    if [[ $do_remote = true ]]
4725    then
4726       (( i = 0 ))
4727       while (( i < iin ))
4728       do
4729          (( i = i + 1 ))
4730          echo  "[[ ! -d ${pathin[$i]} ]]  &&  mkdir -p  ${pathin[$i]}"  >>  $jobfile
4731          if [[ "${transin[$i]}" = job ]]
4732          then
4733             echo  "cat > ${remotepathin[$i]} <<\"%END%\""    >>  $jobfile
4734             eval cat   ${pathin[$i]}/${frelin[$i]}           >>  $jobfile
4735             echo  " "                                        >>  $jobfile
4736             echo  "%END%"                                    >>  $jobfile
4737          else
4738             echo  "batch_scp $PORTOPT -b -o -g -s -u $return_username $return_addres ${remotepathin[$i]} \"${pathin[$i]}\" ${frelin[$i]}" >>  $jobfile
4739          fi
4740
4741             # CHECK, IF FILE COULD BE CREATED
4742          echo  "if [[ \$? = 1 ]]"                    >>  $jobfile
4743          echo  "then"                                >>  $jobfile
4744          echo  "   echo \" \" "                      >>  $jobfile
4745          echo  "   echo \"+++ file ${remotepathin[$i]} could not be created\" "   >>  $jobfile
4746          echo  "   echo \"    please check, if directory exists on $host!\" "  >>  $jobfile
4747          echo  "   echo \"+++ MRUN will not be continued\" "  >>  $jobfile
4748          echo  "   execute_mrun=false"               >>  $jobfile
4749          echo  "fi"                                  >>  $jobfile
4750       done
4751    fi
4752
4753       # PROVIDE NAME OF THE CURRENT WORKING-DIRECTORY ON THE LOCAL MACHINE (FROM WHERE THE JOB IS
4754       # STARTED) BY SETTING AN ENVIRONMENT-VARIABLE. THIS INFORMATION IS USED IN THE JOB BY MRUN
4755       # IN CASE THAT RESTART-RUNS HAVE TO BE GENERATED
4756    echo  "LOCAL_PWD=$working_directory"                >>  $jobfile
4757    echo  "export LOCAL_PWD"                            >>  $jobfile
4758
4759       # PROVIDE THE PATH OF THE LOCAL MRUN-SCRIPT FOR THE SAME REASON
4760    echo  "LOCAL_MRUN_PATH=$PALM_BIN"                   >>  $jobfile
4761    echo  "export LOCAL_MRUN_PATH"                      >>  $jobfile
4762
4763       # lcflow ALSO REQUIRES TO PROVIDE PATH FOR THE PALM-SCRIPTS
4764    if [[ $host = lcflow  ||  $localhost = lcflow ]]
4765    then
4766       echo  "export PALM_BIN=$PALM_BIN" | sed -e 's:'$HOME':$HOME:'   >>  $jobfile
4767       echo  "export PATH=\$PATH:\$PALM_BIN"              >>  $jobfile
4768    fi
4769
4770       # CALL MRUN WITHIN THE JOB (SETTING QUEUE IS A WORKAROUND FOR ibmkisti)
4771       # AS FINAL ACTION, REMOVE THE TEMPORARY DIRECTORY CREATED AT THE BEGINNING OF THE JOB
4772    echo  "set -x"                                        >>  $jobfile
4773    echo  "queue=$queue"                                  >>  $jobfile
4774    echo  "[[ \$execute_mrun = true ]]  &&  ./$mrun_com"  >>  $jobfile
4775    echo  'ls -al; echo `pwd`'                            >>  $jobfile
4776    echo  "cd \$HOME"                                     >>  $jobfile
4777    echo  "rm -rf  $TEMPDIR"                              >>  $jobfile
4778
4779
4780
4781
4782       # START THE JOB USING SUBJOB-COMMAND
4783    if [[ $silent = false ]]
4784    then
4785       printf "\n     "
4786    else
4787       printf "\n\n"
4788    fi
4789
4790    subjob  $job_on_file  -h $host  -u $remote_username -g $group_number -q $queue  -m $memory  -N $node_usage -t $cpumax  $XOPT  $TOPT  $OOPT  -n $fname  -v  -c $job_catalog  -e $email_notification  $PORTOPT  $jobfile
4791    rm -rf  $jobfile
4792
4793
4794 fi  # END OF REMOTE-PART
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.