source: palm/trunk/SCRIPTS/mrun @ 1358

Last change on this file since 1358 was 1358, checked in by witha, 8 years ago

last commit documented

  • Property svn:keywords set to Id Rev
File size: 174.8 KB
Line 
1#!/bin/ksh
2
3# mrun - script for running PALM jobs
4
5#--------------------------------------------------------------------------------#
6# This file is part of PALM.
7#
8# PALM is free software: you can redistribute it and/or modify it under the terms
9# of the GNU General Public License as published by the Free Software Foundation,
10# either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
11#
12# PALM is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
13# WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR
14# A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
15#
16# You should have received a copy of the GNU General Public License along with
17# PALM. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
18#
19# Copyright 1997-2014  Leibniz Universitaet Hannover
20#--------------------------------------------------------------------------------#
21#
22# Current revisions:
23# ------------------
24#
25#
26# Former revisions:
27# -----------------
28# $Id: mrun 1358 2014-04-11 15:10:25Z witha $
29#
30# 1357 2014-04-11 15:02:03Z witha
31# adjustments for lccrayh (automatic restarts on lccrayh outside of IMUK are now
32# possible)
33#
34# 1320 2014-03-20 08:40:49Z raasch
35# check namelist file set false by default
36#
37# 1304 2014-03-12 10:29:42Z raasch
38# ulimit option changed from -Ss to -s
39#
40# bugfix: missing "fi" in r1289
41#
42# 1289 2014-03-04 07:12:34Z raasch
43# comments translated to English
44# necriam-, fimm-, ibmy-, and sgi-specific code removed
45# export of variables for palm and interpret_config removed
46#
47# 1281 2014-02-01 07:55:49Z raasch
48# rsync-copy restricted to Cray machines, since command is unavailable on some
49# other systems
50#
51# 1279 2014-01-28 12:10:14Z raasch
52# tasks_per_node must not be an integral divisor of numprocs any more. This was done
53# in order to remove annoying restrictions concerning the number of processors which
54# appear on machines with larger nodes (e.g. containing 24 cores). Now without this
55# restriction, one of the nodes will be filled with less than the given number of
56# tasks per node. A respective warning is given.
57#
58# 1274 2014-01-09 13:14:54Z heinze
59# adjustments for lccrayh
60#
61# 1272 2014-01-08 10:19:32Z witha
62# small adjustment for lcflow
63#
64# 1270 2013-12-16 11:05:01Z fricke
65# call of combine_plot_fields adjusted for lccrayb/lccrayh
66#
67# 1255 2013-11-07 14:43:35Z raasch
68# further adjustments for lccrayb remote access
69#
70# 1241 2013-10-30 11:36:58Z heinze
71# Enable use of nudging input and input of large scale forcing from
72# external files
73#
74# 1229 2013-09-20 06:55:19Z raasch
75# further adjustments for lccrayb
76#
77# 1224 2013-09-16 07:27:23Z raasch
78# first adjustments for lccrayb
79#
80# 1210 2013-08-14 10:58:20Z raasch
81# fftw support added
82#
83# 1201 2013-07-10 16:17:59Z witha
84# adjustments for Forwind cluster (lcflow)
85#
86# 1199 2013-07-05 14:52:22Z raasch
87# adjustments for CSC Helsinki (lccrayf),
88# executables for batch jobs can be created in advance, in order to avoid calling
89# the compiler within the batch job (only works if batch jobs are submitted on
90# local host)
91#
92# 1190 2013-06-25 09:39:21Z heinze
93# enable use of automatic restarts for ibmh
94# use of cluster/express queue enabled (ibmh)
95#
96# 1124 2013-04-09 15:46:52Z raasch
97# variable "memory" is exported via typeset option -x, because otherwise an unknown
98# side effect may lead to data loss while getopts is reading the script-option arguments
99#
100# 1122 2013-04-09 08:37:16Z heinze
101# Bugfix: change type of variable last_char
102#
103# 1119 2013-04-05 15:11:19Z raasch
104# Bugfix for setting -T option for subjob
105#
106# 1108 2013-03-05 07:03:32Z raasch
107# bugfix for coupled runs on lckyut/lckyuh
108#
109# 1106 2013-03-04 05:31:38Z raasch
110# --stdin argument for mpiexec on lckyuh
111# -y and -Y settings output to header
112#
113# 1103 2013-02-20 02:15:53Z raasch
114# default script runs again under ksh, because of unsolved problems with read
115# from stdin: when bash script is called from a ksh, message "read error: 0:
116# Resource temporarily unavailable" appears and script does not stop,
117# further bash compatibility adjustments,
118# shebang line replaced by /bin/bash when running jobs on lckyuh; no restarts
119# on lckyuh, but mrun does not terminate and issues a warning instead
120#
121# 1101 2013-02-17 10:20:21Z raasch
122# script now running under bash instead of ksh, which required small adjustments
123# (output formatting with printf instead "typeset -L/-R", print replaced by echo,
124# read from stdin),
125# cross compilername on lckyuh compute nodes replaced by real compiler name
126#
127# 1099 2013-02-10 01:47:43Z raasch
128# adjustments for Kyushu-University computing center (lckyuh - hayaka)
129# and for Forwind cluster (lcflow)
130# small further adjustments for lckyut
131#
132# 1094 2013-02-03 01:52:12Z raasch
133# explicit ssh/scp port can be set in config file with environment variable
134# scp_port.  This port is handled to all ssh/scp/batch_scp calls.
135# decalpha parts (yonsei) removed
136#
137# 2013-02-02 07:06:13Z raasch
138# adjustments for Kyushu-University computing center (lckyut - tatara)
139#
140# 1083 2013-01-04 10:22:09Z maronga
141# bugfix in parameter file check (read %cpp_options was missing)
142#
143# 1069 2012-11-28 16:18:43Z maronga
144# bugfix: coupling mode was always set to mpi2, typos removed
145#
146# 1058 2012-11-21 07:00:35Z raasch
147# Intel inspector (inspxe) is given the number of PEs instead of the number of
148# nodes
149#
150# 1046 2012-11-09 14:38:45Z maronga
151# code put under GPL (PALM 3.9)
152#
153# 21/03/94 - Siggi - first version finished
154# 03/03/94 - Siggi - script development started
155#
156#--------------------------------------------------------------------------------#
157# mrun - script for running PALM jobs
158#--------------------------------------------------------------------------------#
159
160
161 
162    # DECLARATION OF VARIABLES AND THEIR DEFUALT VALUES
163
164 set +o allexport    # SUPPRESS EXPORT OF ALL VARIABLES, SINCE IN THE PAST THIS
165                     # LES TO PROBLEMS IN ROUTINES CALLED BY MRUN
166                     # (TOO MANY ARGUMENTS - PROBLEM)
167 set +o noclobber    # EXISTING FILES ARE ALLOWED TO BE OVERWRITTEN
168
169 AddFilenames=""
170 additional_conditions=""
171 add_source_path=""
172 afname=""
173 archive_save=true
174 archive_system=none
175 check_namelist_files=false
176 combine_plot_fields=true
177 compiler_name=""
178 cond1=""
179 cond2="" 
180 config_file=.mrun.config
181 coupled_dist=""
182 coupled_mode="mpi1"
183 cpp_opts=""
184 cpp_options=""
185 cpumax=0
186 cpurest=0
187 create_executable_for_batch=false
188 delete_temporary_catalog=true
189 do_batch=false
190 do_compile=true
191 do_remote=false
192 do_stagein=true
193 do_stageout=true
194 do_trace=false
195 email_notification="none"
196 exclude=""
197 executable=""
198 execution_error=false
199 fftw_inc=""
200 fftw_lib=""
201 fftw_support=false
202  fname=test
203 fromhost=""
204 global_revision=""
205 group_number=none
206 host=""
207 host_file=""
208 hp=""
209 ignore_archive_error=false
210 input_list=""
211 interpreted_config_file=""
212 job_catalog="~/job_queue"
213 job_on_file=""
214 keep_data_from_previous_run=false
215 link_local_input=false
216 link_local_output=false
217 localhost_realname=$(hostname)
218 local_dvrserver_running=.FALSE.
219 locat=normal
220 mainprog=""
221 makefile=""
222 max_par_io_str=""
223 mc=$0
224 while [[ $(echo $mc | grep -c "/") != 0 ]]
225 do
226    mc=`echo $mc | cut -f2- -d"/"`
227 done
228 module_calls=""
229 mrun_script_name=$mc
230 netcdf_inc=""
231 netcdf_lib=""
232 netcdf_support=false
233 node_usage=default
234 numprocs=""
235 numprocs_atmos=0
236 numprocs_ocean=0
237 OOPT=""
238 openmp=false
239 output_list=""
240 package_list=""
241 queue=none
242 read_from_config=""
243 restart_run=false
244 if [[ `hostname` = rte10 ]]
245 then
246    return_addres=133.5.185.60
247    echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
248 elif [[ `hostname` = climate0 ]]
249 then
250    return_addres=165.132.26.68
251    echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
252 elif [[ `hostname` = urban00 ]]
253 then
254    return_addres=147.46.30.151
255    echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
256 else
257    return_addres=$(nslookup `hostname` 2>&1 | grep "Address:" | tail -1 | awk '{print $2}')
258 fi
259 return_password=""
260 return_username=$LOGNAME
261 remotecall=false
262 remote_username=""
263 run_coupled_model=false
264 run_mode=""
265 store_on_archive_system=false
266 dashes="  ----------------------------------------------------------------------------"
267 silent=false
268 source_list=""
269 source_path=SOURCE
270 tasks_per_node=""
271 threads_per_task=1
272 tmpcreate=false
273 tmp_data_catalog=""
274 transfer_problems=false
275 usern=$LOGNAME
276 use_openmp=false
277 version="MRUN  2.1 Rev$Rev: 1358 $"
278 working_directory=`pwd`
279 TOPT=""
280 XOPT=""
281 zeit=$( date | cut -c 12-19 )
282
283 typeset -i  iec=0 iic=0 iin=0 ioc=0 iout=0 stagein_anz=0 stageout_anz=0
284 typeset -x -i  memory=0   # HAS TO BE EXPORTED HERE, OTHERWISE AN UNKNOWN SIDE
285                           # SIDE EFFECT MAY CAUSE DATA LOSS WHEN GETOPTS IS READING THE
286                           # SCRIPT-OPTION ARGUMENTS
287 typeset -i  cputime i ii iia iii iio icycle inode ival jobges jobsek last_char_int maxcycle minuten nodes pes remaining_pes sekunden tp1
288
289
290
291    # ERROR HANDLING IN CASE OF EXIT
292 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
293       if [[ $locat != normal  &&  $locat != control_c ]]
294       then
295
296              # CARRY OUT ERROR-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE (EC:)
297          (( i = 0 ))
298          while (( i < iec ))
299          do
300             (( i = i + 1 ))
301             printf "\n  *** Execution of ERROR-command:\n"
302             printf "  >>> ${err_command[$i]}\n"
303             eval  ${err_command[$i]}
304          done
305          if [[ -n $interpreted_config_file ]]
306          then
307             rm -rf  $interpreted_config_file
308          fi
309          if [[ -n .mrun_environment ]]
310          then
311             rm -rf  .mrun_environment
312          fi
313          if [[ $tmpcreate = true ]]
314          then
315             printf "\n  *** Contents of \"$TEMPDIR\":\n"
316             ls -al; cd
317             [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
318          fi
319          if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
320          then
321             echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
322             kill $dvrserver_id
323          fi
324          if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
325          then
326             rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
327          fi
328          printf "\n\n+++ MRUN killed \n\n"
329       elif [[ $locat != control_c ]]
330       then
331          printf "\n\n --> all actions finished\n\n"
332          printf "     Bye, bye $usern !!\n\n"
333       fi' exit
334
335
336    # ACTIONS IN CASE OF TERMINAL-BREAK (CONTROL-C):
337 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
338       rm -rf  $working_directory/tmp_check_namelist_files
339       [[ $tmpcreate = true ]]  &&  (cd; rm -rf $TEMPDIR)
340       if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
341       then
342          rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
343       fi
344       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
345       then
346          echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
347          kill $dvrserver_id
348       fi
349       printf "\n+++ MRUN killed by \"^C\" \n\n"
350       locat=control_c
351       exit
352      ' 2
353
354
355    # CHECK IF THE PATH FOR THE PALM BINARIES (SCRIPTS+UTILITY-PROGRAMS) HAS
356    # BEEN SET
357 if [[ "$PALM_BIN" = "" ]]
358 then
359    printf "\n  +++ environment variable PALM_BIN has not been set"
360    printf "\n      please set it to the directory where the PALM scripts are located"
361    locat=palm_bin; exit
362 fi
363 export PATH=$PALM_BIN:$PATH
364
365
366
367    # READ SHELLSCRIPT-OPTIONS AND REBUILD THE MRUN-COMMAND STRING (MC),
368    # WHICH WILL BE USED TO START RESTART-JOBS
369 while  getopts  :a:AbBc:Cd:D:Fg:G:h:H:i:IkK:m:M:n:o:O:p:P:q:r:R:s:St:T:u:U:vw:xX:yY:zZ option
370 do
371   case  $option  in
372       (a)   afname=$OPTARG;;
373       (A)   store_on_archive_system=true; mc="$mc -A";;
374       (b)   do_batch=true; mc="$mc -b";;
375       (B)   delete_temporary_catalog=false; mc="$mc -B";;
376       (c)   config_file=$OPTARG; mc="$mc -c$OPTARG";;
377       (C)   restart_run=true; mc="$mc -C";;
378       (d)   fname=$OPTARG; mc="$mc -d$OPTARG";;
379       (D)   cpp_opts="$cpp_opts $OPTARG"; mc="$mc -D'$OPTARG'";;
380       (F)   job_on_file="-D"; mc="$mc -F";;
381       (g)   group_number=$OPTARG; mc="$mc -g$OPTARG";;
382       (G)   global_revision=$OPTARG; mc="$mc -G'$OPTARG'";;
383       (h)   host=$OPTARG; mc="$mc -h$OPTARG";;
384       (H)   fromhost=$OPTARG; mc="$mc -H$OPTARG";;
385       (i)   input_list=$OPTARG; mc="$mc -i'$OPTARG'";;
386       (I)   ignore_archive_error=true; mc="$mc -I";;
387       (k)   keep_data_from_previous_run=true; mc="$mc -k";;
388       (K)   additional_conditions="$OPTARG"; mc="$mc -K'$OPTARG'";;
389       (m)   memory=$OPTARG; mc="$mc -m$OPTARG";;
390       (M)   makefile=$OPTARG; mc="$mc -M$OPTARG";;
391       (n)   node_usage=$OPTARG; mc="$mc -n$OPTARG";; 
392       (o)   output_list=$OPTARG; mc="$mc -o'$OPTARG'";;
393       (O)   use_openmp=true; threads_per_task=$OPTARG; mc="$mc -O$OPTARG";;
394       (p)   package_list=$OPTARG; mc="$mc -p'$OPTARG'";;
395       (P)   return_password=$OPTARG; mc="$mc -P$OPTARG";;
396       (q)   queue=$OPTARG; mc="$mc -q$OPTARG";;
397       (r)   run_mode=$OPTARG; mc="$mc -r'$OPTARG'";;
398       (R)   remotecall=true;return_addres=$OPTARG; mc="$mc -R$OPTARG";;
399       (s)   source_list=$OPTARG; mc="$mc -s'$OPTARG'";;
400       (S)   read_from_config=false; mc="$mc -S";;
401       (t)   cpumax=$OPTARG; mc="$mc -t$OPTARG";;
402       (T)   mrun_tasks_per_node=$OPTARG; mc="$mc -T$OPTARG";;
403       (u)   remote_username=$OPTARG; mc="$mc -u$OPTARG";;
404       (U)   return_username=$OPTARG; mc="$mc -U$OPTARG";;
405       (v)   silent=true; mc="$mc -v";;
406       (w)   max_par_io_str=$OPTARG; mc="$mc -w$OPTARG";;
407       (x)   do_trace=true;set -x; mc="$mc -x";;
408       (X)   numprocs=$OPTARG; mc="$mc -X$OPTARG";;
409       (y)   ocean_file_appendix=true; mc="$mc -y";;
410       (Y)   run_coupled_model=true; coupled_dist=$OPTARG; mc="$mc -Y'$OPTARG'";;
411       (z)   check_namelist_files=false; mc="$mc -z";;
412       (Z)   combine_plot_fields=false; mc="$mc -Z";;
413       (\?)  printf "\n  +++ unknown option $OPTARG \n"
414             printf "\n  --> type \"$0 ?\" for available options \n"
415             locat=parameter;exit;;
416   esac
417 done
418
419
420    # SKIP GIVEN OPTIONS TO READ POSITIONAL PARAMETER, IF GIVEN
421    # CURRENTLY ONLY PARAMETER ? (TO OUTPUT A SHORT COMMAND INFO) IS ALLOWED
422 (( to_shift = $OPTIND - 1 ))
423 shift $to_shift
424
425    # PRINT SHORT DESCRIPTION OF MRUN OPTIONS
426 if [[ "$1" = "?" ]]
427 then
428   (printf "\n  *** mrun can be called as follows:\n"
429    printf "\n      $mrun_script_name  -b -c.. -d.. -D.. -f.. -F -h.. -i.. -I -K.. -m.. -o.. -p.. -r.. -R -s.. -t.. -T.. -v -x -X.. -y -Y.. -z -Z <modus> \n"
430    printf "\n      Description of available options:\n"
431    printf "\n      Option  Description                              Default-Value"
432    printf "\n        -a    base name of input files                 equiv. -d"
433    printf "\n        -A    archiving when using file-attribute fl"
434    printf "\n        -b    batch-job on local machine               ---"
435    printf "\n        -B    do not delete temporary directory at end ---"
436    printf "\n        -c    configuration file                       .mrun.config"
437    printf "\n        -d    base name of files attached to program   test"
438    printf "\n        -D    preprocessor(cpp)-directives             \"\" "
439    printf "\n        -F    create remote job file only              ---"
440    printf "\n        -h    execution host                           $localhost_realname"
441    printf "\n        -i    INPUT control list                       \"\" "
442    printf "\n        -I    archiving errors of previous batch-jobs"
443    printf "\n              will be ignored"
444    printf "\n        -k    keep data from previous run"
445    printf "\n        -K    additional conditions for controling"
446    printf "\n              usage of conditional code and"
447    printf "\n              env-variables in configuration file      \"\" "
448    printf "\n        -m    memory demand in MB (batch-jobs)         0 MB"
449    printf "\n        -M    Makefile name                            Makefile"
450    printf "\n        -n    node usage (shared/not_shared)           depending on -h"
451    printf "\n        -o    OUTPUT control list                      \"\" "
452    printf "\n        -O    threads per openMP task                  ---"
453    printf "\n        -p    software package list                    \"\" "
454    printf "\n        -q    queue                                    \"$queue\" "
455    printf "\n        -r    run control list (combines -i -o)        \"\" "
456    printf "\n        -s    filenames of routines to be compiled     \"\" "
457    printf "\n              must end with .f, .f90, .F, or .c !"
458    printf "\n              use \"..\" for more than one file and wildcards"
459    printf "\n              -s LM compiles all locally modified files"
460    printf "\n        -S    config file interpreted by shellscript   ---"
461    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds (batch)      0"
462    printf "\n        -T    tasks per node                           depending on -h"
463    printf "\n        -u    username on remote machine               \"\" "
464    printf "\n        -v    no prompt for confirmation               ---"
465    printf "\n        -w    maximum parallel io streams              as given by -X"
466    printf "\n        -x    tracing of mrun for debug purposes       ---"
467    printf "\n        -X    # of processors (on parallel machines)   1"
468    printf "\n        -y    add appendix \"_O\" to all local output"
469    printf "\n              files (ocean precursor runs followed by"
470    printf "\n              coupled atmosphere-ocean runs)           ---"
471    printf "\n        -Y    run coupled model, \"#1 #2\" with" 
472    printf "\n              #1 atmosphere and #2 ocean processors    \"#/2 #/2\" depending on -X"
473    printf "\n        -z    disable a priori parameter file check    ---"
474    printf "\n        -Z    skip combine_plot_fields at the end of      "
475    printf "\n              the simulation                           ---"
476    printf "\n "
477    printf "\n      Possible values of positional parameter <modus>:"
478    printf "\n        \"?\"       -  this outline \n\n") | more
479    exit
480 elif [[ "$1" != "" ]]
481 then
482    printf "\n  +++ positional parameter $1 unknown \n"
483    locat=parameter; exit
484 fi
485
486
487
488    # SHORT STARTING MESSAGE
489 printf "\n*** $version "
490 printf "\n    will be executed.     Please wait ..."
491
492
493
494    # CHECK, IF CONFIGURATION FILE EXISTS
495 if [[ ! -f $config_file ]]
496 then
497    printf "\n\n  +++ configuration file: "
498    printf "\n           $config_file"
499    printf "\n      does not exist"
500    locat=connect; exit 
501 fi
502
503
504    # DETERMINE THE HOST-IDENTIFIER (localhost) FROM THE CONFIGURATION FILE
505 line=""
506 grep  "%host_identifier"  $config_file  >  tmp_mrun
507 while read line
508 do
509    if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
510    then
511       HOSTNAME=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
512       host_identifier=`echo $line | cut -d" " -s -f3`
513       if [[ $localhost_realname = $HOSTNAME ]]
514       then
515          localhost=$host_identifier
516          break
517       fi
518    fi
519 done < tmp_mrun
520
521 if [[ "$localhost" = "" ]]
522 then
523    printf "\n\n  +++ no host identifier found in configuration file \"$config_file\""
524    printf "\n      for local host \"$localhost_realname\"."
525    printf "\n      Please add line"
526    printf "\n      \"\%host_identifier $localhost_realname <identifier>\""
527    printf "\n      to the configuration file."
528    locat=localhost; exit
529 fi
530
531
532    # SET HOST-SPECIFIC VARIABLES
533 case  $localhost_realname  in
534     (r1*|r2*|h01*|b01*)     archive_system=tivoli;;
535     (cs*)                   archive_system=ut;;
536 esac
537
538
539    # ??? THIS SHOULD BE DECRIBED IN THE MRUN DOCUMENTATION ???
540    # SET BASENAME OF THE INPUT-FILES TO THE GENERAL BASENAME (GIVEN BY OPTION -d),
541    # IF IT HAS NOT BEEN SET BY THE USER DIFFERENTLY (USING OPTION -a)
542 [[ "$afname" = "" ]]  &&  afname=$fname
543
544
545    # ADD RUN-FILE ACTIVATION STRINGS (GIVEN BY OPTION -r) TO THE
546    # RESPECTIVE LISTS FOR ACTIVATING THE INPUT/OUTPUT FILE CONNECTION
547    # STATEMENTS IN THE CONFIGURATION FILE
548 if [[ "$run_mode" != "" ]]
549 then
550    input_list="$input_list $run_mode"
551    output_list="$output_list $run_mode"
552 fi
553
554
555    # ??? is this (and the respective option -H) really required ???
556    # STORE HOSTNAME, FROM WHICH THE JOB IS STARTED,
557    # BUT ONLY IF IT HASN'T BEEN ALREADY SET BY OPTION -H
558    # (MRUN IS AUTOMATICALLY SETTING THIS OPTION IN THE MRUN-CALLS WITHIN
559    # THOSE BATCH-JOBS, WHICH ARE CREATED BY MRUN ITSELF)
560 if [[ "$fromhost" = "" ]]
561 then
562    fromhost=$localhost
563 fi
564
565
566    # CHECK, IF EXECUTION SHALL TO BE DONE ON THE REMOTE-MACHINE.
567    # VALUE OF do_remote IS IMPORTANT FOR THE FILE CONNECTIONS.
568    # IN CASE OF EXECUTION ON A REMOTE-MACHINE, A BATCH-JOB HAS
569    # TO BE SUBMITTED (I.E. do_bacth=true)
570 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
571 then
572    do_batch=true
573    do_remote=true
574    case  $host  in
575        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|nech|lccrayb|lccrayh|lccrayf|lcflow|lckyoto|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb)  true;;
576        (*)  printf "\n"
577             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
578             printf "\n      is not available"
579             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
580    esac
581 else
582    host=$localhost
583 fi
584
585
586     # EVALUATE ADDITIONAL CONDITIONS GIVEN BY OPTION -K
587 if [[ -n $additional_conditions ]]
588 then
589    cond1=`echo $additional_conditions | cut -d" " -f1`
590    cond2=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f2`
591    dummy=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f3`
592    if [[ -n $dummy ]]
593    then
594       printf "\n  +++ more than 2 additional conditions given for Option \"-K\""
595       locat=options; exit
596    fi
597    block=_$cond1
598    [[ -n $cond2 ]]  &&  block=${block}_$cond2
599 fi
600
601
602      # EVALUATE MODEL COUPLING FEATURES (OPTION -Y) AND DETERMINE coupled_mode
603 if [[ $run_coupled_model = true ]] 
604 then
605
606    numprocs_atmos=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f1`
607    numprocs_ocean=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f2`
608
609    if (( $numprocs_ocean + $numprocs_atmos != $numprocs ))
610    then
611
612       printf "\n  +++ number of processors does not fit to specification by \"-Y\"."
613       printf "\n      PEs (total)     : $numprocs"
614       printf "\n      PEs (atmosphere): $numprocs_atmos"
615       printf "\n      PEs (ocean)     : $numprocs_ocean"
616       locat=coupling; exit
617
618    fi
619
620
621       # GET coupled_mode FROM THE CONFIG FILE
622    line=""
623    grep  "%cpp_options.*-D__mpi2.*$host" $config_file  >  tmp_mrun
624    while read line
625    do
626       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" &&  $(echo $line | cut -d" " -s -f4) = $cond1 && $(echo $line | cut -d" " -s -f4)  = $cond2 ]]
627       then
628          coupled_mode="mpi2"
629       fi
630    done < tmp_mrun
631
632 fi
633
634
635    # CHECK, IF FILE-ARCHIVING HAS FAILED IN PREVIOUS JOB (OF A JOB-CHAIN)
636 if [[ -f ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname ]]
637 then
638    if [[ $ignore_archive_error = false ]]
639    then
640       printf "\n  +++ data archiving of previous run failed"
641       printf "\n      see directory \~/job_queue on remote machine"
642       locat=archive; exit
643    else
644       printf "\n  +++ warning: data archiving in a previous run failed"
645       printf "\n      MRUN continues, trying to get backup copy"
646    fi
647 fi
648
649
650    # SAVE VALUES OF MRUN-OPTIONS SICHERN IN ORDER TO OVERWRITE
651    # THOSE VALUES GIVEN IN THE CONFIGURATION-FILE
652 mrun_memory=$memory
653 mrun_group_number=$group_number
654 mrun_cpumax=$cpumax
655 mrun_numprocs=$numprocs
656
657
658    # READ AND EVALUATE THE CONFIGURATION-FILE FROM WITHIN THIS SHELLSCRIPT
659    # (OPTION -S). THE DEFAULT IS USING THE ROUTINE interpret_config
660 if [[ "$read_from_config" = false ]]
661 then
662
663    [[ $silent = false ]]  &&  printf "\n    Reading the configuration file... "
664
665       # READ THE CONFIGURATION FILE LINE BY LINE
666    while  read zeile
667    do
668        [[ $silent = false ]]  &&  printf "."
669
670
671          # FIRST REPLACE ENVIRONMENT-VARIABLES BY THEIR RESPECTIVE VALUES
672       eval  zeile=\"$zeile\"
673
674
675          # INTERPRET THE LINE
676       if [[ "$(echo $zeile)" = "" ]]
677       then
678             # EMPTY LINE, NO ACTION
679          continue
680
681       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "#" ]]
682       then
683
684             # LINE IS A COMMENT LINE
685          true
686
687       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "%" ]]
688       then
689
690             # LINE DEFINES AN ENVIRONMENT-VARIABLE
691          zeile=$(echo $zeile | cut -c2-)
692          var=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
693          value=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
694          for_host=`echo $zeile | cut -d" " -s -f3`
695          for_cond1=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
696          for_cond2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
697
698          if [[ "$for_host" = ""  ||  ( "$for_host" = $host  &&  "$for_cond1" = "$cond1"  &&  "$for_cond2" = "$cond2" )  ||  $(echo "$input_list$output_list"|grep -c "$for_host") != 0 ]]
699          then
700
701                # REPLACE ":" BY " " IN COMPILER- CPP- OR LINKER-OPTIONS,
702                # "::" IS REPLACED BY ":".
703             value=`echo $value | sed 's/::/%DUM%/g' | sed 's/:/ /g' | sed 's/%DUM%/:/g'`
704
705
706                # VALUE FROM THE CONFIGURATION-FILE IS ASSIGNED TO THE
707                # ENVIRONMENT-VARIABLE, BUT ONLY IF NO VALUE HAS BEEN ALREADY
708                # ASSIGNED WITHIN THIS SCRIPT (E.G. BY SCRIPT-OPTIONS).
709                # NON-ASSIGNED VARIABLES HAVE VALUE "" OR 0 (IN CASE OF INTEGER).
710                # HENCE THE GENERAL RULE IS: SCRIPT-OPTION OVERWRITES THE
711                # CONFIGURATION-FILE.
712             if [[ "$(eval echo \$$var)" = ""  ||  "$(eval echo \$$var)" = "0" ]]
713             then
714                eval  $var=\$value
715
716                   # TERMINAL OUTPUT OF ENVIRONMENT-VARIABLES, IF TRACEBACK IS SWITCHED on
717                if [[ $do_trace = true ]]
718                then
719                   printf "\n*** ENVIRONMENT-VARIABLE $var = $value"
720                fi
721             fi
722
723                # IF AN ENVIRONMENT-VARIABLE DETERMINES THE HOST, THEN EVALUATE IT IMMEDIATELY:
724                # VALUE OF do-remote IS REQUIRED FOR THE FILE CONNECTIONS (COPY OF I/O FILES).
725                # IF EXECUTION IS SCHEDULED FOR A REMOTE-MASCHINE, A BATCH-JOB
726                # MUST HAVE TO BE STARTED
727             if [[ $var = host ]]
728             then
729                if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
730                then
731                   do_batch=true
732                   do_remote=true
733                   case  $host  in
734                       (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|lccrayb|lccrayh|lccrayf|lcflow|lckyoto|nech|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb)  true;;
735                       (*)  printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
736                            printf "\n      is not available"
737                            locat=nqs; exit;;
738                   esac
739                else
740                   host=$localhost
741                fi
742             fi
743
744                # USER-DEFINED ENVIRONMENT VARIABLES MUST BE EXPORTED,
745                # BECAUSE THEY MAY BE REQUIRED IN OTHER SCRIPTS CALLED
746                # BY MRUN (E.G. subjob)
747             export  $var
748          fi
749
750
751
752
753       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "EC:" ]]
754       then
755
756             # LINE DEFINES ERROR-COMMAND
757          (( iec = iec + 1 ))
758          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
759          err_command[$iec]="$zeile"
760
761       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "IC:" ]]
762       then
763
764             # LINE DEFINES INPUT-COMMAND
765          (( iic = iic + 1 ))
766          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
767          in_command[$iic]="$zeile"
768
769       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "OC:" ]]
770       then
771
772             # LINE DEFINES OUTPUT-COMMAND
773          (( ioc = ioc + 1 ))
774          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
775          out_command[$ioc]="$zeile"
776
777       else
778
779             # LINE DEFINES FILE CONNECTION. READ THE FILE ATTRIBUTES.
780             # s2a: in/out - field
781             # s2b: loc    - field (optional)
782             # s2c: tr/ar  - field (optional)
783          s1=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
784          s2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
785          s2a=$(echo $s2 | cut -d":" -f1)
786          if [[ $(echo $s2 | grep -c ":") = 0 ]]
787          then
788             s2b=""
789             s2c=""
790          else
791             s2b=`echo $s2 | cut -d":" -f2 | sed 's/:/ /g'`
792             s2c=`echo $s2 | cut -d":" -s -f3 | sed 's/:/ /g'`
793          fi
794          s3=`echo $zeile | cut -d" " -f3`
795          s4=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
796          s5=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
797          s6=`echo $zeile | cut -d" " -s -f6`
798
799       
800             # STORE FILE CONNECTION, IF ACTIVATED BY ACTIVATION-STRING FROM
801             # INPUT- OR OUTPUT-LIST.
802             # VARIABLE S3 MAY CONTAIN A LIST OF ACTIVATION STRINGS (FIELD-SEPERATOR ":").
803             # IF EXECUTION IS SCHEDULED FOR A REMOTE-MACHINE AND THE FILE IS ONLY
804             # LOCALLY REQUIRED ON THAT MACHINE (I.E. s2b = loc), THE FILE CONNECTION
805             # IS NOT CHECKED AND STORED.
806          IFSALT="$IFS"; IFS="$IFS:"
807          if [[ "$s2a" = in  &&  ! ( $do_remote = true  &&  ( "$s2b" = loc  ||  "$s2b" = locopt ) ) ]]
808          then
809             found=false
810             for  actual  in  $input_list
811             do
812                for  formal  in  $s3
813                do
814                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-" ]]  &&  found=true
815                done
816             done
817             if [[ $found = true ]]
818             then
819                (( iin = iin + 1 ))
820                localin[$iin]=$s1; transin[$iin]=$s2b; actionin[$iin]=$s2c;
821                typein[$iin]=$s3; pathin[$iin]=$s4; endin[$iin]=$s5;
822                extin[$iin]=$s6
823             fi
824          elif [[ "$s2a" = out  &&  ! ( $do_remote = true  &&  "$s2b" = loc ) ]]
825          then
826             found=false
827             for  actual  in  $output_list
828             do
829                for  formal  in  $s3 
830                do
831                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-"  ]]  &&  found=true
832                done
833             done
834             if [[ $found = true ]]
835             then
836                (( iout = iout + 1 ))
837                localout[$iout]=$s1; actionout[$iout]=$s2c; typeout[$iout]=$s3;
838                pathout[$iout]=$s4; endout[$iout]=$s5; extout[$iout]=$s6
839             fi
840          elif [[ "$s2a" != in  &&  "$s2a" != out ]]
841          then
842             printf "\n  +++ I/O-attribute in configuration file $config_file has the invalid"
843             printf "\n      value \"$s2\". Only \"in\" and \"out\" are allowed!"
844             locat=connect; exit
845          fi
846          IFS="$IFSALT"
847       fi
848    done < $config_file
849
850 else
851
852
853       # EVALUATE THE CONFIGURATION-FILE BY FORTRAN-PROGRAM
854    [[ $silent = false ]]  &&  printf "..."
855    interpreted_config_file=.icf.$RANDOM
856
857
858
859       # PROVIDE VALUES OF ENVIRONMENT-VARIABLE FOR interpret_config VIA NAMELIST-FILE
860    cat  >  .mrun_environment  <<  %%END%%
861 &mrun_environment  cond1 = '$cond1', cond2 = '$cond2',
862                    config_file = '$config_file', do_remote = '$do_remote',
863                    do_trace = '$do_trace', host = '$host',
864                    input_list = '$input_list', icf = '$interpreted_config_file',
865                    localhost = '$localhost', output_list = '$output_list' /
866
867%%END%%
868
869    if [[ "$host" != $localhost ]]
870    then
871
872          # REMOTE JOB FROM LOCAL HOST: JUST TAKE THE FIRST EXECUTABLE FOUND
873       interpret_config_executable=`ls -1 ${PALM_BIN}/interpret_config*.x 2>/dev/null`
874       if [[ $? != 0 ]]
875       then
876          printf "\n\n  +++ no interpret_config found"
877          printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this host"
878          locat=interpret_config; exit
879       fi
880       interpret_config_executable=`echo $interpret_config_executable | cut -d" " -f1`
881       $interpret_config_executable
882
883    else
884
885          # CHECK, IF THERE IS AN EXECUTABLE FOR THE BLOCK
886       if [[ ! -f ${PALM_BIN}/interpret_config${block}.x ]]
887       then
888          printf "\n\n  +++ no interpret_config found for given block \"$cond1 $cond2\""
889          printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this block"
890          locat=interpret_config; exit
891       else
892          interpret_config${block}.x
893       fi
894
895    fi
896    rm .mrun_environment
897
898
899       # EXECUTE SHELL-COMMANDS GENERATED BY interpret_config WITHIN THIS SHELL
900    chmod  u+x  $interpreted_config_file
901    export PATH=$PATH:.
902    . $interpreted_config_file
903    rm  $interpreted_config_file
904
905 fi
906
907
908    # VALUES OF MRUN-OPTIONS OVERWRITE THOSE FROM THE CONFIGURATION-FILE
909 [[ $mrun_memory     != 0   ]]  &&  memory=$mrun_memory
910 [[ "$mrun_group_number" != "none" ]]  &&  group_number=$mrun_group_number
911 [[ $mrun_cpumax     != 0   ]]  &&  cpumax=$mrun_cpumax
912 [[ "$mrun_numprocs" != ""  ]]  &&  numprocs=$mrun_numprocs
913 [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  maximum_parallel_io_streams=$max_par_io_str
914 [[ "$mrun_tasks_per_node" != "" ]]  &&  tasks_per_node=$mrun_tasks_per_node
915
916
917    # ON THE LOCAL MACHINE, DETERMINE (FROM THE CONFIGURATION-FILE) THE PATH
918    # FOR SOURCE-FILES TO BE COMPILED.
919    # IN A BATCH-JOB, SOURCES (ROUTINES TO BE COMPILED) ARE COMPLETE ALREADY.
920    # BEFORE MRUN IS CALLED IN THE JOB, SOURCES_COMPLETE = true IS ASSIGNED (SEE FURTHER BELOW).
921 if [[ "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
922 then
923
924       # FIRST CHECK, IF A GLOBAL SOURCE PATH (TO BE USED FOR ALL HOSTS)
925       # HAS BEEN DEFINED
926    source_path=""
927    line=""
928    grep "%source_path" $config_file  >  tmp_mrun
929    while read line
930    do
931       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
932       then
933          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -f3)" = "" ]]
934          then
935             global_source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
936          fi
937       fi
938    done  <  tmp_mrun
939
940    line=""
941    found=false
942    grep  " $localhost" $config_file | grep "%source_path"  >  tmp_mrun
943    while read line
944    do
945       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
946       then
947          if [[ $found = true ]]
948          then
949             printf "\n\n  +++ more than one source path found in configuration file"
950             printf "\n      for local host \"$localhost\" "
951             locat=source_path; exit
952          fi
953          source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
954          found=true
955       fi
956    done  <  tmp_mrun
957    rm  tmp_mrun
958
959    if [[ "$source_path" = "" ]]
960    then
961       if [[ "$global_source_path" != "" ]]
962       then
963          source_path=$global_source_path
964       else
965          printf "\n\n  +++ no source path found in configuration file"
966          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
967          locat=source_path; exit
968       fi
969    fi
970    eval source_path=$source_path
971
972    if [[ ! -d $source_path ]]
973    then
974       printf "\n\n  +++ source path \"$source_path\" on local host"
975       printf "\n      \"$localhost\" does not exist"
976       locat=source_path; exit
977    fi
978
979 fi
980
981
982    # GET THE GLOBAL REVISION-NUMBER OF THE SVN-REPOSITORY
983    # (HANDED OVER TO RESTART-RUNS USING OPTION -G)
984 if [[ "$global_revision" = ""  &&  $host != "ibmkisti" ]]
985 then
986    global_revision=`svnversion $source_path  2>/dev/null`
987    global_revision="Rev: $global_revision"
988 fi
989
990
991    # ??? das darf doch eigentlich garnicht passieren, weil optionen config-datei uebersteuern ???
992    # CHECK AGAIN, IF EXECUTION SHALL BE DONE ON A REMOTE-HOST (BATCH-JOB).
993    # (HOST MAY HAVE CHANGED DUE TO SETTINGS IN THE CONFIGURATION-FILE)
994 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
995 then
996    do_batch=true
997    do_remote=true
998    case  $host  in
999        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|lccrayb|lccrayh|lccrayf|lcflow|lckyoto|nech|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb)  true;;
1000        (*)  printf "\n"
1001             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
1002             printf "\n      is not available"
1003             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
1004    esac
1005 else
1006    host=$localhost
1007 fi
1008
1009
1010    # IN CASE OF PARALLEL EXECUTION, CHECK SOME SPECIFICATIONS CONCERNING PROCESSOR NUMBERS
1011 if [[ "$cond1" = parallel  ||  "$cond2" = parallel ]]
1012 then
1013
1014       # CHECK, IF NUMBER OF CORES TO BE USED HAS BEEN GIVEN
1015    if [[ ! -n $numprocs ]]
1016    then
1017       printf "\n"
1018       printf "\n  +++ option \"-K parallel\" requires additional specification"
1019       printf "\n      of the number of processors to be used by"
1020       printf "\n      mrun-option \"-X\" or by environment-variable"
1021       printf "\n      \"numprocs\" in the configuration file"
1022       locat=numprocs; (( iec = 0 )); exit 
1023    fi
1024
1025       # CHECK, IF THE NUMBER OF CORES PER NODE HAS BEEN GIVEN UND IF IT IS AN
1026       # INTEGRAL DIVISOR OF THE TOTAL NUMBER OF CORES GIVEN BY OPTION -X
1027    if [[ "$tasks_per_node" = ""  &&  $host != lcflow  &&  $host != lcxt5m ]]
1028    then
1029       printf "\n"
1030       printf "\n  +++ option \"-T\" (tasks per node) is missing"
1031       printf "\n      set -T option or define tasks_per_node in the config file"
1032       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1033    fi
1034
1035    if (( numprocs < tasks_per_node ))
1036    then
1037       printf "\n"
1038       printf "\n  +++ tasks per node (-T) cannot exceed total number of processors (-X)"
1039       printf "\n      given values: -T $tasks_per_node  -X $numprocs"
1040       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1041    fi
1042
1043    if [[ $host != lcflow  &&  $host != lcxt5m ]]
1044    then
1045       (( nodes = numprocs / ( tasks_per_node * threads_per_task ) ))
1046       (( ival = $tasks_per_node ))
1047       (( pes = numprocs ))
1048       (( ii = pes / ival ))
1049       (( remaining_pes =  pes - ii * ival ))
1050       if (( remaining_pes > 0 ))
1051       then
1052          printf "\n"
1053          printf "\n  +++ WARNING: tasks per node (option \"-T\") is not an integral"
1054          printf "\n      divisor of the total number of processors (option \"-X\")"
1055          printf "\n      values of this mrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $numprocs\""
1056          printf "\n      One of the nodes is filled with $remaining_pes instead of $tasks_per_node tasks"
1057          (( nodes = nodes + 1 ))
1058       fi
1059    fi
1060
1061
1062       # SETTINGS FOR SUBJOB-COMMAND
1063    OOPT="-O $threads_per_task"
1064
1065       # SET THE TOTAL NUMBER OF NODES, REQUIRED FOR THE SUBJOB-COMMAND (SEE FURTHER BELOW)
1066    if [[ "$tasks_per_node" != "" ]]
1067    then
1068       TOPT="-T $tasks_per_node"
1069    fi
1070
1071       # CHECK node_usage FOR ALLOWED VALUES AND SET DEFAULT VALUE, IF NECESSARY
1072    if [[ $node_usage = default ]]
1073    then
1074       if [[ $host = ibms ]]
1075       then
1076          node_usage=shared
1077       else
1078          node_usage=not_shared
1079       fi
1080    fi
1081
1082    if [[ $node_usage != shared  &&  $node_usage != not_shared  &&  $node_usage != singlejob  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla" ]]
1083    then
1084       printf "\n"
1085       printf "\n  +++ node usage (option \"-n\") is only allowed to be set"
1086       printf "\n      \"shared\" or \"not_shared\""
1087       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1088    fi
1089
1090 fi
1091
1092    # CHECK IF HOSTFILE EXISTS
1093 if [[ -n $hostfile ]]
1094 then
1095    if [[ ! -f $hostfile ]]
1096    then
1097       printf "\n"
1098       printf "\n  +++ hostfile \"$hostfile\" does not exist"
1099       locat=hostfile; exit
1100    fi
1101 fi
1102
1103
1104    # SET DEFAULT VALUE FOR THE MAXIMUM NUMBER OF PARALLEL IO STREAMS
1105 if [[ "$maximum_parallel_io_streams" = "" ]]
1106 then
1107    maximum_parallel_io_streams=$numprocs
1108 fi
1109
1110
1111    # SET PORT NUMBER OPTION FOR CALLS OF SSH/SCP, subjob AND batch_scp SCRIPTS
1112 if [[ "$scp_port" != "" ]]
1113 then
1114    PORTOPT="-P $scp_port"
1115    SSH_PORTOPT="-p $scp_port"
1116 fi
1117
1118
1119    # SET DEFAULT-QUEUE, IF NOT GIVEN
1120 if [[ $queue = none ]]
1121 then
1122    case  $host  in
1123        (ibmh)       queue=cluster;;
1124        (ibmkisti)   queue=class.32plus;;
1125        (lckiaps)    queue=normal;;
1126        (lckyoto)    queue=ph;;
1127        (lckyuh)     queue=fx-single;;
1128        (lckyut)     queue=cx-single;;
1129        (lctit)      queue=S;;
1130        (nech)       queue=none;;
1131        (unics)      queue=unics;;
1132    esac
1133 fi
1134
1135
1136    # GENERATE FULL FILENAMES OF INPUT-FILES, INCLUDING THEIR PATH
1137    # CHECK, IF INPUT-FILES EXIST, AND DETERMINE HIGHEST CYCLE NUMBER (IF CYCLES EXIST)
1138 (( i = 0 ))
1139 while (( i < iin ))
1140 do
1141    (( i = i + 1 ))
1142    (( maxcycle = 0 ))
1143
1144       # GENERATE PATH AND FULL FILE NAME (then-BRANCH: FIXED FULL NAME IS GIVEN, I.E. THE
1145       # FILE IDENTIFIER IS NOT PART OF THE FILENAME))
1146    if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1147    then
1148       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${endin[$i]}  # EVALUATE REMOTE-PATH ON THE REMOTE
1149                                                    # HOST ONLY
1150       eval filename=${pathin[$i]}/${endin[$i]}
1151    else
1152       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}  # EVALUATE REMOTE-PATH ON THE REMOTE
1153                                                             # HOST ONLY
1154       eval filename=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}
1155    fi
1156    eval pathname=${pathin[$i]}
1157
1158       # SAVE INPUT FILE NAME FOR PARAMETER FILE CHECK
1159    if [[ ("${transin[$i]}" = job) && (-f $filename) ]]
1160    then
1161       filename_input=$filename
1162    fi
1163
1164       # CHECK IF FILE EXISTS
1165    if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1166          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "nicht gefunden") = 1  || \
1167          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1168          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1169    then
1170
1171          # FILES WITH ATTRIBUTE locopt ARE OPTIONAL. NO ABORT, IF THEY DO NOT EXIST.
1172       if [[ "${transin[$i]}" != "locopt" ]]
1173       then
1174          printf "\n\n  +++ INPUT-file: "
1175          if [[ "${extin[$i]}" = "" ]]
1176          then
1177             printf "\n           $filename"
1178          else
1179             printf "\n           $filename.${extin[$i]}"
1180          fi
1181          printf "\n      does not exist\n"
1182          locat=input; exit
1183       else
1184          transin[$i]="unavailable"
1185       fi
1186    else
1187
1188          # DETERMINE THE FILE'S CYCLE NUMBER
1189       ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1190       ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1191       while  read zeile
1192       do
1193          cycle=$(echo $zeile | cut -f2 -d".")
1194          if [[ "$cycle" = "$zeile" ]]
1195          then
1196             (( icycle = 0 ))
1197          elif [[ "$cycle" = "${extin[$i]}" ]]
1198          then
1199             (( icycle = 0 ))
1200          else
1201             (( icycle = $cycle ))
1202          fi
1203          if (( icycle > maxcycle ))
1204          then
1205             (( maxcycle = icycle ))
1206             file_to_be_used=$zeile
1207          fi
1208       done <filelist
1209       rm filelist
1210
1211          # APPEND CYCLE NUMBER TO FILENAME
1212       if (( maxcycle > 0 ))
1213       then
1214          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1215          then
1216             filename=${filename}.$maxcycle.${extin[$i]}
1217          else
1218             filename=${filename}.$maxcycle
1219          fi
1220       else
1221          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1222          then
1223             filename=${filename}.${extin[$i]}
1224          fi
1225       fi
1226       
1227          # STORE FILENAME WITHOUT PATH BUT WITH CYCLE NUMBER,
1228          # BECAUSE IT MIGHT BE REQUIRED LATER TO RESTORE THE FILE FROM AN ARCHIVE-SYSTEM
1229       absnamein[$i]=$filename
1230       if (( maxcycle > 0 ))
1231       then
1232          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1233          then
1234             frelin[$i]=${endin[$i]}.$maxcycle
1235          else
1236             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}.$maxcycle
1237          fi
1238       else
1239          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1240          then
1241             frelin[$i]=${endin[$i]}
1242          else
1243             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}
1244          fi
1245       fi
1246
1247    fi
1248 done
1249   
1250    # GENERATE FULL FILENAMES OF OUTPUT-FILES (WITHOUT $ OR ~),
1251    # CHECK, IF OUTPUT-FILES EXIST, AND DETERMINE HIGHEST CYCLE NUMBER (IF CYCLES EXIST),
1252    # OR, IN CASE THAT FILE DOES NOT EXIST, CHECK, IF IT CAN BE CREATED 
1253    # THESE ACTIONS ARE NOT CARRIED OUT, IF FILES SHALL BE TRASFERRED FROM THE REMOTE TO
1254    # THE LOCAL HOST (BECAUSE THEIR IS NO DIRECT ACCESS TO THE LOCAL DIRECTORIES FROM THE
1255    # REMOTE HOST)
1256 (( i = 0 ))
1257 while (( i < iout ))
1258 do
1259    (( i = i + 1 ))
1260    if [[ ! ( $fromhost != $localhost  &&  ( "${actionout[$i]}" = tr || "${actionout[$i]}" = tra || "${actionout[$i]}" = trpe ) ) ]]
1261    then
1262       if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
1263       then
1264          actionout[$i]=""
1265       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe ]]
1266       then
1267          actionout[$i]=pe
1268       elif [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
1269       then
1270          actionout[$i]=a
1271       fi
1272       (( maxcycle = 0 ))
1273       eval filename=${pathout[$i]}/${fname}${endout[$i]}
1274       eval catalogname=${pathout[$i]}
1275       if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1276             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "nicht gefunden") = 1  || \
1277             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1278             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1279       then
1280     
1281             # IF OUTPUT-FILE DOES NOT EXIST CHECK, IF IT CAN BE CREATED
1282          if  cat /dev/null > $filename 
1283          then
1284             rm  $filename
1285          else
1286
1287                # CHECK, IF THE DIRECTORY WHERE FILE SHALL BE COPIED TO EXISTS
1288                # IF IT DOES NOT EXIST, TRY TO CREATE IT
1289             if [[ ! -d $catalogname ]]
1290             then
1291                if  mkdir -p  $catalogname
1292                then
1293                   printf "\n\n  *** directory:"
1294                   printf "\n           $catalogname"
1295                   printf "\n      was created\n"
1296                else
1297                   printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1298                   printf "\n           $filename"
1299                   printf "\n      cannot be created, because directory does not exist"
1300                   printf "\n      and cannot be created either"
1301                   printf "\n"
1302                   locat=output  ; exit
1303                fi 2>/dev/null
1304             else
1305                printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1306                printf "\n           $filename"
1307                printf "\n      cannot be created, although directory exists"
1308                printf "\n"
1309                locat=output  ; exit
1310             fi
1311          fi 2>/dev/null
1312       else
1313
1314             # DETERMINE THE CYCLE NUMBER
1315          ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1316          ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1317          while  read zeile
1318          do
1319             cycle=$(echo $zeile | cut -f2 -d".")
1320             if [[ "$cycle" = "$zeile"  ||  "$cycle" = ${extout[$i]} ]]
1321             then
1322                (( icycle = 1 ))
1323             else
1324                (( icycle = $cycle + 1 ))
1325             fi
1326             if (( icycle > maxcycle ))
1327             then
1328                (( maxcycle = icycle ))
1329             fi
1330          done <filelist
1331          rm filelist
1332       fi
1333
1334          # APPEND CYCLE NUMBER TO FILENAME AND CHECK, IF FILE CAN BE CREATED
1335          # IN CASE OF FILE-APPEND, FILE MUST BE APPENDED TO THE ONE WITH HIGHEST CYCLE NUMBER
1336       if [[ "${actionout[$i]}" != a ]]
1337       then
1338          if (( maxcycle > 0 ))
1339          then
1340             filename=${filename}.$maxcycle
1341             if  cat /dev/null > $filename 
1342             then
1343                rm  $filename
1344             else
1345                printf "\n  +++ OUTPUT-file:"
1346                printf "\n           $filename"
1347                printf "\n      cannot be created"
1348                locat=output  ; exit
1349             fi
1350          fi
1351       else
1352          (( maxcycle = maxcycle - 1 ))
1353          if (( maxcycle > 0 ))
1354          then
1355             filename=${filename}.$maxcycle
1356          fi
1357       fi
1358       
1359          # STORE FILENAME WITHOUT PATH BUT WITH CYCLE NUMBER,
1360          # BECAUSE IT MIGHT BE REQUIRED LATER TO STORE THE FILE ON AN ARCHIVE-SYSTEM
1361          # OR TO PUT THIS FILENAME ON FILE OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
1362       pathout[$i]=$filename
1363       if (( maxcycle > 0 ))
1364       then
1365          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}.$maxcycle
1366       else
1367          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}
1368       fi
1369
1370    fi
1371 done
1372
1373
1374     # THE DVR-PACKAGE REQUIRES ITS OWN LIBRARY
1375 if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
1376 then
1377    if [[ "$dvr_inc" = "" ]]
1378    then
1379       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_inc\" given in configuration file"
1380       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1381       locat=dvr; exit
1382    fi
1383    if [[ "$dvr_lib" = "" ]]
1384    then
1385       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_lib\" given in configuration file"
1386       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1387       locat=dvr; exit
1388    fi
1389 fi
1390
1391
1392     # CHECK, WETHER A MAIN PROGRAM OR AN EXECUTABLE HAVE BEEN DECLARED.
1393     # EXECUTABLES DO NOT NEED TO BE COMPILED.
1394 if [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" = "" ]]
1395 then
1396    printf "\n  +++ neither main program nor executable defined"
1397    locat=source; exit
1398 elif [[ "$mainprog" != ""  &&  "$executable" != "" ]]
1399 then
1400    printf "\n  +++ main program as well as executable defined"
1401    locat=source; exit
1402 elif [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" != "" ]]
1403 then
1404    do_compile=false
1405 fi
1406
1407
1408    # CREATE SOURCE-DIRECTORY TO COLLECT ROUTINES TO BE COMPILED.
1409    # LATER THE MRUN-SCRIPT AND CONFIGURATION-FILE WILL ALSO BE COPIED TO THIS DIRECTORY.
1410 if [[ $restart_run != true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1411 then
1412    rm -rf  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1413    mkdir   SOURCES_FOR_RUN_$fname
1414 fi
1415
1416
1417    # COLLECT ALL ROUTINES TO BE COMPILED
1418    # THIS IS NOT REQUIRED WITHIN BATCH-JOBS, BECAUSE ROUTINES HAVE ALREADY BEEN COLLECTED
1419    # BY THE MRUN-CALL WHICH CREATED THE BATCH-JOB.
1420 if [[ $do_compile = true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1421 then
1422
1423    [[ "$source_list" = LM ]]  &&  source_list=LOCALLY_MODIFIED
1424
1425    if [[ "$source_list" = LOCALLY_MODIFIED ]]
1426    then
1427
1428          # DETERMINE MODIFIED FILES OF THE SVN WORKING COPY
1429       source_list=""
1430       cd  $source_path
1431
1432
1433          # CHECK, IF DIRECTORY IS UNDER SVN CONTROL
1434       if [[ ! -d .svn ]]
1435       then
1436          printf "\n\n  +++ source directory"
1437          printf "\n         \"$source_path\" "
1438          printf "\n         is not under control of \"subversion\"."
1439          printf "\n         Please do not use mrun-option \"-s LOCALLY_MODIFIED\"\n"
1440       fi
1441
1442
1443          # LIST ALL MODIFIED SOURCE CODE FILES
1444       Filenames=""
1445       svn status  >  tmp_mrun
1446       while  read line
1447       do
1448          firstc=`echo $line | cut -c1`
1449          if [[ $firstc = M  ||  $firstc = "?" ]]
1450          then
1451             Name=`echo "$line" | cut -c8-`
1452             extension=`echo $Name | cut -d. -f2`
1453             if [[ "$extension" = f90 || "$extension" = F90 || "$extension" = f || "$extension" = F || "$extension" = c ]]
1454             then
1455                Filenames="$Filenames "$Name
1456             fi
1457          fi
1458       done < tmp_mrun
1459
1460
1461          # COPY FILES TO SOURCES_FOR_RUN_...
1462       for  dateiname  in  $Filenames
1463       do
1464          cp  $dateiname  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1465          source_list=$source_list"$dateiname "
1466       done
1467
1468       cd -  > /dev/null
1469
1470
1471       # COPY FILES GIVEN BY OPTION -s TO DIRECTORY SOURCES_FOR_RUN_...
1472       # AUTOMATIC RESTART RUNS JUST ACCESS THE DIRECTORY CREATED BY THE INITIAL RUN
1473    elif [[ "$source_list" != ""  &&  $restart_run != true ]]
1474    then
1475
1476       cd  $source_path
1477
1478       for  filename  in  $source_list
1479       do
1480
1481             # SOURCE CODE FILE IS NOT ALLOWED TO INCLUDE PATH
1482          if [[ $(echo $filename | grep -c "/") != 0 ]]
1483          then
1484             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1485             printf "\n      must not contain (\"/\") "
1486             locat=source; exit
1487          fi
1488
1489          if [[ ! -f $filename ]]
1490          then
1491             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1492             printf "\n      does not exist"
1493             locat=source; exit
1494          else
1495             cp  $filename  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1496          fi
1497
1498       done
1499
1500       cd -  > /dev/null
1501
1502    fi
1503
1504
1505       # CHECK, IF A MAIN PROGRAM EXISTS AND IF IT IS PART OF THE LIST OF FILES
1506       # TO BE COMPILED. IF NOT, ADD IT TO THE LIST.
1507    if [[ $restart_run != true ]]
1508    then
1509
1510       if [[ ! -f "$source_path/$mainprog" ]]
1511       then
1512          printf "\n\n  +++ main program:  $mainprog"
1513          printf "\n      does not exist in source directory"
1514          printf "\n      \"$source_path\"\n"
1515          locat=source; exit
1516       else
1517          if [[ $(echo $source_list | grep -c $mainprog) = 0 ]]
1518          then
1519             cp  $source_path/$mainprog  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1520             source_list=${mainprog}" $source_list"
1521          fi
1522       fi
1523    fi
1524
1525
1526       # CHECK, IF MAKEFILE EXISTS AND COPY IT TO THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY
1527       # NOT REQUIRED FOR RESTART RUNS, SOURCES_FOR_RUN... HAS BEEN CREATED BY THE INITIAL RUN
1528    if [[ "$restart_run" != true ]]
1529    then
1530       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
1531       if [[ ! -f $makefile ]]
1532       then
1533          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
1534          locat=make; exit
1535       else
1536          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
1537       fi
1538    fi
1539
1540
1541       # COPY FILES FROM OPTIONAL SOURCE PATH GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
1542    if [[ $restart_run != true  &&  "$add_source_path" != "" ]]
1543    then
1544
1545          # DOES THE DIRECTORY EXIST?
1546       if [[ ! -d $add_source_path ]]
1547       then
1548          printf "\n\n  +++ WARNING: additional source code directory"
1549          printf "\n      \"$add_source_path\" "
1550          printf "\n      does not exist or is not a directory."
1551          printf "\n      No source code will be used from this directory!\n"
1552          add_source_path=""
1553          if [[ $silent == false ]]
1554          then
1555             sleep 3
1556          fi
1557       else
1558
1559          cd $add_source_path
1560          found=false
1561
1562          Names=$(ls -1 *.f90 2>&1)
1563          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$Names"
1564          Names=$(ls -1 *.F90 2>&1)
1565          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1566          Names=$(ls -1 *.F 2>&1)
1567          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1568          Names=$(ls -1 *.f 2>&1)
1569          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1570          Names=$(ls -1 *.c 2>&1)
1571          [[ $(echo $Names | grep -c '*.c') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1572
1573          cd -  > /dev/null
1574          cd  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1575
1576             # COPY MAKEFILE IF EXISTING
1577          if [[ -f $add_source_path/Makefile ]]
1578          then
1579             printf "\n\n  *** user Makefile from directory"
1580             printf "\n      \"$add_source_path\" is used \n"
1581             if [[ $silent == false ]]
1582             then
1583                sleep 1
1584             fi
1585             cp  $add_source_path/Makefile  .
1586          fi
1587
1588          for  dateiname  in  $AddFilenames
1589          do
1590             if [[ -f $dateiname ]]
1591             then
1592                printf "\n  +++ source code file \"$dateiname\" found in additional"
1593                printf "\n      source code directory \"$add_source_path\" "
1594                printf "\n      but was also given with option \"-s\" which means that it should be taken"
1595                printf "\n      from directory \"$source_path\"."
1596                locat=source; exit
1597             fi
1598
1599             cp  $add_source_path/$dateiname  .
1600             source_list="$source_list $dateiname"
1601
1602                # CHECK IF FILE IS CONTAINED IN MAKEFILE
1603             if [[ $(grep -c $dateiname Makefile) = 0 ]]
1604             then
1605                printf "\n\n  +++ user file \"$dateiname\" "
1606                printf "\n      is not listed in Makefile \n"
1607                locat=source; exit
1608             else
1609
1610                if [[ $found = false ]]
1611                then
1612                   found=true
1613                   printf "\n\n  *** following user file(s) added to the"
1614                   printf " files to be translated:\n      "
1615                fi
1616                printf "$dateiname  "
1617                if [[ $silent == false ]]
1618                then
1619                   sleep 0.5
1620                fi
1621
1622             fi
1623          done
1624          [[ $found = true ]]  &&  printf "\n"
1625          cd -  > /dev/null
1626       fi
1627    fi
1628
1629
1630       # ADD ALL ROUTINES BELONGING TO SOFTWARE PACKAGES (GIVEN BY OPTION -p)
1631       # TO THE LIST OF FILES TO BE COMPILED
1632    if [[ $restart_run != true  &&  -n $package_list ]]
1633    then
1634
1635       cd  $source_path
1636
1637       for  package  in  $package_list
1638       do
1639
1640          [[ $package = "dvrp_graphics+1PE" ]]  &&  package=dvrp_graphics
1641
1642             # DETERMINE FILES BELONGING TO THE PACKAGE
1643             # ERROR MESSAGE ARE REDIRECTED TO /dev/null, BECAUSE WILDCARD (*) ALSO GIVES
1644             # THE NAME OF THE DIRECTORY
1645          package_source_list=`grep "defined( __$package " * 2>/dev/null | cut -f1 -d:`
1646
1647
1648             # ADD THESE FILES TO THE LIST OF FILES TO BE COMPILED,
1649             # IF THEY ARE NOT ALREADY PART OF THE LIST
1650          for  source_list_name  in  $package_source_list
1651          do
1652             if [[ $(echo $source_list | grep -c $source_list_name) = 0 ]]
1653             then
1654
1655                    # ONLY TAKE FILES WITH VALID SUFFIX
1656                ending=`echo $source_list_name | cut -f2 -d.`
1657                if [[ "$ending" = f90  ||  "$ending" = F90  ||  "$ending" = f  ||  "$ending" = F  ||  "$ending" = c ]]
1658                then
1659                   cp  $source_list_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1660                   source_list="$source_list $source_list_name"
1661                fi
1662             fi
1663          done
1664       done
1665
1666       cd -  > /dev/null
1667    fi
1668
1669 fi  # do_compile=true
1670
1671
1672    # IF SOURCE CODE IS TO BE COMPILED, DO SOME MORE CHECKS
1673    # AND SET PRE-PROCESSOR DIRECTIVES
1674 if [[ $do_compile = true  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
1675 then
1676
1677       # SET PREPROCESSOR-DIRECTIVES TO SELECT OPERATING SYSTEM SPECIFIC CODE
1678    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1679    then
1680       cpp_options="${cpp_options},-D__ibm=__ibm"
1681    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = nec ]]
1682    then
1683       cpp_options="$cpp_options -D__nec"
1684    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-2) = lc ]]
1685    then
1686       cpp_options="$cpp_options -D__lc"
1687    else
1688       cpp_options="$cpp_options -D__$localhost"
1689    fi
1690
1691       # SET DIRECTIVES GIVEN BY OPTION -K (E.G. parallel)
1692    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1693    then
1694       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond1=__$cond1"
1695       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond2=__$cond2"
1696    else
1697       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond1"
1698       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond2"
1699    fi
1700
1701       # SET DIRECTIVES FOR ACTIVATING SOFTWARE-PACKAGES (OPTION -p)
1702    if [[ -n $package_list ]]
1703    then
1704       for  package  in  $package_list
1705       do
1706          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1707          then
1708             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1709             then
1710                cpp_options="${cpp_options},-D__$package=__$package"
1711             else
1712                cpp_options="${cpp_options},-D__dvrp_graphics=__dvrp_graphics"
1713                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1714             fi
1715          else
1716             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1717             then
1718                cpp_options="$cpp_options -D__$package"
1719             else
1720                cpp_options="$cpp_options -D__dvrp_graphics"
1721                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1722             fi
1723          fi
1724       done
1725    fi
1726
1727       # SET DIRECTIVES GIVEN BY OPTION -D
1728    if [[ -n $cpp_opts ]]
1729    then
1730       for  popts  in  $cpp_opts
1731       do
1732          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1733          then
1734             cpp_options="${cpp_options},-D__$popts=__$popts"
1735          else
1736             cpp_options="$cpp_options -D__$popts"
1737          fi
1738       done
1739    fi
1740
1741 else
1742
1743
1744       # FOR LOCAL RUNS CHECK AGAIN, IF EXECUTABLE EXISTS
1745    if [[ $do_remote = false ]]
1746    then
1747       if [[ ! -f $executable ]]
1748       then
1749          printf "\n  +++ executable file:  $executable"
1750          printf "\n      does not exist"
1751          locat=executable; exit
1752       fi
1753    fi
1754 fi
1755
1756
1757    # DETERMINE THE JOB MODE
1758 if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
1759 then
1760    jobmo=BATCH
1761 else
1762    jobmo=INTERACTIVE
1763 fi
1764
1765
1766    # NO INTERACTIVE RUNS ALLOWED ON LCTIT
1767 if [[ $host = lctit  &&  $jobmo = INTERACTIVE  &&  $do_batch = false ]]
1768 then
1769    printf "\n  +++ no interactive runs allowed on host \"$host\" "
1770    printf "\n      please submit batch job using mrun option \"-b\" \n"
1771    locat=normal; exit
1772 fi
1773
1774
1775    # CHECK, IF USER DEFINED A COMPILER
1776 if [[ "$compiler_name" = "" ]]
1777 then
1778
1779    printf "\n  +++ no compiler specified for \"$host $cond1 $cond2\""
1780    locat=compiler_name; exit
1781
1782 fi
1783
1784
1785    # DETERMINE THE NAME OF MRUN'S TEMPORARY WORKING DIRECTORY
1786 kennung=$RANDOM
1787 if [[ "$tmp_user_catalog" = "" ]]
1788 then
1789    if [[ $localhost = ibmh ]]
1790    then
1791       tmp_user_catalog=$SCRATCH
1792    elif [[ $localhost = nech ]]
1793    then
1794       tmp_user_catalog=$WRKSHR
1795    else
1796       tmp_user_catalog=/tmp
1797    fi
1798 fi
1799 TEMPDIR=$tmp_user_catalog/${usern}.$kennung
1800
1801
1802    # DETERMINE THE NAME OF THE DIRECTORY WHICH IS USED TO TEMPORARILY STORE DATA FOR RESTART RUNS
1803 if [[ "$tmp_data_catalog" = "" ]]
1804 then
1805    if [[ $localhost = nech ]]
1806    then
1807       tmp_data_catalog=$WRKSHR/mrun_restart_data
1808    else
1809       tmp_data_catalog=/tmp/mrun_restart_data
1810    fi
1811 fi
1812
1813
1814    # IN CASE OF LOCAL RUNS REPLACE ENVIRONMENT VARIABLES BY THEIR VALUES
1815 if [[ $do_remote = false  &&  $do_compile = true  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
1816 then
1817    eval  fopts=\"$fopts\"
1818    eval  lopts=\"$lopts\"
1819 fi
1820
1821
1822
1823    # DETERMINE COMPILE- AND LINK-OPTIONS
1824 fopts="$fopts $netcdf_inc $fftw_inc $dvr_inc"
1825 lopts="$lopts $netcdf_lib $fftw_lib $dvr_lib"
1826 ROPTS="$ropts"
1827# if [[ ( $(echo $host | cut -c1-3) = nec  ||  $(echo $host | cut -c1-3) = ibm  ||  $host = lckyoto  ||  $host = lctit  ||  $host = lcflow  ||  $host = lcxe6 ||  $host = lcxt5m || $host = lck || $host = lckiaps || $host = lckordi || $host = lcsb || $host )  &&  -n $numprocs ]]
1828# then
1829    XOPT="-X $numprocs"
1830# fi
1831
1832
1833
1834    # CHECK THE CPU-LIMIT. IT MUST BE GIVEN FOR BATCH-JOBS AND IS COMMUNICATED TO THE
1835    # EXECUTABLE VIA NAMELIST-PARAMETER cputime
1836 done=false
1837 while [[ $done = false ]]
1838 do
1839    cputime=$cpumax
1840    if (( $cputime == 0 ))
1841    then
1842       if [[ $do_batch = true ]]
1843       then
1844          printf "\n  +++ cpu-time is undefined"
1845          printf "\n  >>> Please type CPU-time in seconds as INTEGER:"
1846          printf "\n  >>> "
1847          read  cputime  1>/dev/null  2>&1
1848       else
1849          cputime=10000000   # NO CPU LIMIT FOR INTERACTIVE RUNS
1850       fi
1851    else
1852       done=true
1853    fi
1854    cpumax=$cputime
1855 done
1856
1857 (( minuten = cputime / 60 ))
1858 (( sekunden = cputime - minuten * 60 ))
1859
1860
1861    # CHECK THE MEMORY DEMAND
1862 if [[ $do_batch = true ]]
1863 then
1864    done=false
1865    while [[ $done = false ]]
1866    do
1867       if (( memory == 0 ))
1868       then
1869          printf "\n  +++ memory demand is undefined"
1870          printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
1871          printf "\n  >>> "
1872          read  memory  1>/dev/null  2>&1
1873       else
1874          done=true
1875       fi
1876    done
1877 fi
1878
1879
1880    # IN CASE OF REMOTE-JOBS CHECK, IF A USERNAME FOR THE REMOTE HOST IS GIVEN
1881 if [[ $do_remote = true  &&  -z $remote_username ]]
1882 then
1883    while [[ -z $remote_username ]]
1884    do
1885       printf "\n  +++ username on remote host \"$host\" is undefined"
1886       printf "\n  >>> Please type username:"
1887       printf "\n  >>> "
1888       read  remote_username
1889    done
1890    mc="$mc -u$remote_username"
1891 fi
1892
1893    # CHECK FOR INITIAL COMMANDS AFTER LOGIN
1894 if [[ "$login_init_cmd" != "" ]]
1895 then
1896    export init_cmds="${login_init_cmd};"
1897 fi
1898
1899
1900    # SET THE MODULE-LOAD COMMAD AND EXPORT IT FOR subjob
1901 if [[ "$modules" != "" ]]
1902 then
1903    if [[ $host = lctit ]]
1904    then
1905       export module_calls=". $modules"
1906    else
1907       export module_calls="module load ${modules};"
1908    fi
1909 fi
1910
1911
1912
1913    # OUTPUT OF THE MRUN-HEADER
1914 calltime=$(date)
1915 printf "\n"
1916 printf "#------------------------------------------------------------------------# \n"
1917 printf "| %-35s%35s | \n" "$version" "$calltime"
1918 printf "|                                                                        | \n"
1919 spalte1="called on:"; spalte2=$localhost_realname
1920 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1921 if [[ $do_remote = true ]]
1922 then
1923    spalte1="execution on:"; spalte2="$host (username: $remote_username)"
1924 else
1925    spalte1="execution on:"; spalte2="$host ($localhost_realname)"
1926 fi
1927 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1928 if [[ -n $numprocs ]]
1929 then
1930    if [[ $run_coupled_model = false ]]
1931    then
1932       spalte1="number of PEs:"; spalte2=$numprocs
1933    else
1934       spalte1="number of PEs:"; spalte2="$numprocs  (atmosphere: $numprocs_atmos, ocean: $numprocs_ocean)"
1935    fi
1936    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1937 fi
1938 if [[ -n $tasks_per_node ]]
1939 then
1940    spalte1="tasks per node:"; spalte2="$tasks_per_node (number of nodes: $nodes)"
1941    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1942    if (( remaining_pes > 0 ))
1943    then
1944       spalte1=" "; spalte2="one of the nodes only filled with $remaining_pes tasks"
1945       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1946    fi
1947 fi
1948 if [[ $maximum_parallel_io_streams != $numprocs ]]
1949 then
1950    spalte1="max par io streams:"; spalte2="$maximum_parallel_io_streams"
1951    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1952 fi
1953 if [[ $use_openmp = true ]]
1954 then
1955    spalte1="threads per task:"; spalte2="$threads_per_task"
1956    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1957 fi
1958 printf "|                                                                        | \n"
1959 if [[ $do_compile = true ]]
1960 then
1961    if [[ "$mopts" != "" ]]
1962    then
1963       spalte1="make options:"; spalte2=$(echo "$mopts" | cut -c-45)
1964       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1965       zeile=$(echo "$mopts" | cut -c46-)
1966       while [[ "$zeile" != "" ]]
1967       do
1968          spalte1=""
1969          spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
1970          printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1971          zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
1972       done
1973    fi
1974
1975    spalte1="cpp directives:"; spalte2=$(echo "$cpp_options" | cut -c-45)
1976    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1977    zeile=$(echo "$cpp_options" | cut -c46-)
1978    while [[ "$zeile" != "" ]]
1979    do
1980       spalte1=""
1981       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
1982       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1983       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
1984    done
1985
1986    spalte1="compiler options:"; spalte2=$(echo "$fopts" | cut -c-45)
1987    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1988    zeile=$(echo "$fopts" | cut -c46-)
1989    while [[ "$zeile" != "" ]]
1990    do
1991       spalte1=""
1992       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
1993       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1994       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
1995    done
1996
1997    spalte1="linker options:"; spalte2=$(echo "$lopts" | cut -c-45)
1998    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1999    zeile=$(echo "$lopts" | cut -c46-)
2000    while [[ "$zeile" != "" ]]
2001    do
2002       spalte1=""
2003       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2004       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2005       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2006    done
2007
2008    spalte1="modules to be load:"; spalte2=$(echo "$modules" | cut -c-45)
2009    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2010    zeile=$(echo "$modules" | cut -c46-)
2011    while [[ "$zeile" != "" ]]
2012    do
2013       spalte1=""
2014       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2015       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2016       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2017    done
2018
2019    spalte1="main program:"; spalte2=$mainprog
2020    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2021 else
2022    spalte1=executable:; spalte2=$executable
2023    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2024 fi
2025 printf "|                                                                        | \n"
2026 spalte1="base name of files:"; spalte2=$fname
2027 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2028 if [[ $fname != $afname ]]
2029 then
2030    spalte1="base name of input files:"; spalte2=$afname
2031    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2032 fi
2033 spalte1="INPUT control list:"; spalte2=$(echo $input_list)
2034 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2035 spalte1="OUTPUT control list:"; spalte2=$(echo $output_list)
2036 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2037
2038 if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
2039 then
2040    printf "| %-35s%-35s | \n" "suffix \"_O\" is added to local files" " "
2041 fi
2042
2043 if [[ $do_batch = true  ||  "$LOADLBATCH" = yes ]]
2044 then
2045    spalte1="memory demand / PE":; spalte2="$memory MB"
2046    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2047    spalte1=CPU-time:; spalte2="$minuten:$sekunden"
2048    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2049 fi
2050
2051 if [[ $do_compile = true ]]
2052 then
2053    printf "|                                                                        | \n"
2054    printf "| Files to be compiled:                                                  | \n"
2055    zeile=$source_list
2056    while [[ "$zeile" != "" ]]
2057    do
2058       linestart=$(echo $zeile | cut -c-70)
2059       printf "| %-70s | \n" "$linestart"
2060       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c71-)
2061    done
2062 fi
2063 printf "#------------------------------------------------------------------------#"
2064
2065
2066
2067    # OUTPUT OF FILE CONNECTIONS IN CASE OF TRACEBACK
2068 if [[ $do_trace = true ]]
2069 then
2070    (( i = 0 ))
2071    while (( i < iin ))
2072    do
2073       (( i = i + 1 ))
2074       if (( i == 1 ))
2075       then
2076          printf "\n\n >>> INPUT-file assignments:\n"
2077       fi
2078       printf "\n     ${localin[$i]} :  ${absnamein[$i]}"
2079    done
2080    (( i = 0 ))
2081    while (( i < iout ))
2082    do
2083       (( i = i + 1 ))
2084       if (( i == 1 ))
2085       then
2086          printf "\n\n >>> OUTPUT-file assignments:\n"
2087       fi
2088       printf "\n     ${localout[$i]} :  ${pathout[$i]}"
2089    done
2090    (( i = 0 ))
2091    while (( i < iic ))
2092    do
2093       (( i = i + 1 ))
2094       if (( i == 1 ))
2095       then
2096          printf "\n\n >>> INPUT-commands:\n"
2097       fi
2098       printf "\n     ${in_command[$i]}" 
2099    done
2100    (( i = 0 ))
2101    while (( i < ioc ))
2102    do
2103       (( i = i + 1 ))
2104       if (( i == 1 ))
2105       then
2106          printf "\n\n >>> OUTPUT-commands:\n"
2107       fi
2108       printf "\n     ${out_command[$i]}" 
2109    done
2110 fi
2111
2112
2113    # QUERY FOR CONTINUE (ON LOCAL MACHINES ONLY)
2114 if [[ $remotecall = false  &&  $silent = false  &&  $jobmo != BATCH ]]
2115 then
2116    antwort=dummy
2117    printf "\n\n"
2118    printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2119    while  read antwort
2120    do
2121       if [[ "$antwort" != y  &&  "$antwort" != Y  &&  "$antwort" != n  &&  "$antwort" != N ]]
2122       then
2123          printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2124       else
2125          break
2126       fi
2127    done
2128    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
2129    then
2130       locat=user_abort; (( iec = 0 )); exit
2131    fi
2132    if [[ $do_batch = true ]]
2133    then
2134       printf " >>> batch-job will be created and submitted"
2135    else
2136       printf " >>> MRUN will now continue to execute on this machine"
2137    fi
2138 fi
2139
2140
2141    # PERFORM PARAMETER FILE CHECK (COUPLED RUNS ARE NOT SUPPORTED YET)
2142    # DEFINE VARIABLES FOR FREQUENTLY USED DIRECTORIES
2143 check_depository="${working_directory}/trunk/UTIL"
2144 check_sources="${working_directory}/tmp_check_namelist_files"
2145 skip_check=false
2146
2147    # CHECK IF NAMELIST_FILE_CHECK HAS BEEN COMPILED SUCCESSFULLY
2148 if [[ ! -f $check_depository/check_namelist_files.tar ]]
2149 then
2150    skip_check=true 
2151    reason="run on remote host or parameter file check has not been compiled."
2152 fi
2153 if [[ ! -f $PALM_BIN/check_namelist_files.x ]]
2154 then
2155    skip_check=true 
2156    reason="parameter file check has not been compiled."
2157 fi
2158
2159    # CHECK FOR PARALLEL RUN; OTHERWISE SKIP CHECK
2160 if [[ "$cond1" != "parallel"  &&  "$cond2" != "parallel" ]]
2161 then
2162    skip_check=true 
2163    reason="serial run."
2164 fi
2165
2166    # ONLY PERFORM CHECK IF -z OPTION IS NOT SET, NO RESTART RUN IS CARRIED OUT
2167    # AND IF THE EXECUTION HOST IS THE LOCAL HOST
2168    # ATTENTION: THIS ROUTINE DOES NOT WORK IF THE COMPILER ON THE LOCAL HOST
2169    # DIFFERS FROM THE COMPILER ON THE REMOTE HOST
2170 if [[ $check_namelist_files == false ]]
2171 then
2172    skip_check=true
2173    reason="-z option set."
2174 fi
2175
2176 if [[ $fromhost != $localhost ]]
2177 then
2178    skip_check=true
2179    reason="submitting host is local host." 
2180 fi 
2181
2182 if [[ $run_coupled_model == true ]]
2183 then
2184    skip_check=true
2185    reason="coupled run." 
2186 fi
2187
2188 if [[ $restart_run == true ]]
2189 then
2190    skip_check=true
2191    reason="restart run."     
2192 fi
2193
2194    # SKIP CHECK IN CASE OF RESTART RUN: CHECK WHETHER THE LAST CHAR IS "f" IN PARIN
2195 (( last_char_int = `echo $filename_input | wc -c` - 1 ))
2196 last_char=`echo $filename_input | cut -c $last_char_int`
2197 if [[ "$last_char" == "f" ]]
2198 then
2199    skip_check=true
2200    reason="restart run."
2201 fi 
2202
2203 if [[ $skip_check == false ]]
2204 then
2205    tmp_check=${working_directory}/tmp_check
2206
2207       # GET TOPOGRAPHY PARAMETER FILE SUFFIX (USUALLY "_TOPO"). THIS FILE IS
2208       # NOT NECESSARILY REQUIRED
2209    line=""
2210    found=false
2211    grep  "TOPOGRAPHY_DATA" $config_file  >  $tmp_check
2212    while read line1
2213    do
2214       line="$line1"
2215       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2216       then
2217          topo_suffix=`echo $line | tr -s " " | cut -d" " -s -f5`
2218          found=true
2219       fi
2220    done < $tmp_check
2221
2222    if [[ $found = false ]]
2223    then
2224       printf "\n  +++ no TOPOGRAPHY list entry found in the configuration file."
2225    fi
2226
2227       # GET NUDGING PARAMETER FILE SUFFIX (USUALLY "_NUDGE"). THIS FILE IS
2228       # NOT NECESSARILY REQUIRED
2229    line=""
2230    found=false
2231    grep  "NUDGING_DATA" $config_file  >  $tmp_check
2232    while read line1
2233    do
2234       line="$line1"
2235       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2236       then
2237          nudge_suffix=`echo $line | tr -s " " | cut -d" " -s -f5`
2238          found=true
2239       fi
2240    done < $tmp_check
2241
2242    if [[ $found = false ]]
2243    then
2244       printf "\n  +++ no NUDGING list entry found in the configuration file."
2245    fi
2246
2247       # GET LARGE SCALE FORCING PARAMETER FILE SUFFIX (USUALLY "_LSF"). THIS FILE IS
2248       # NOT NECESSARILY REQUIRED
2249    line=""
2250    found=false
2251    grep  "LSF_DATA" $config_file  >  $tmp_check
2252    while read line1
2253    do
2254       line="$line1"
2255       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2256       then
2257          lsf_suffix=`echo $line | tr -s " " | cut -d" " -s -f5`
2258          found=true
2259       fi
2260    done < $tmp_check
2261
2262    if [[ $found = false ]]
2263    then
2264       printf "\n  +++ no LSF list entry found in the configuration file."
2265    fi
2266
2267    rm -rf ${working_directory}/tmp_check
2268
2269       # CHECK IF THE P3DF FILE MUST BE CHECKED
2270    for  item  in  $input_list
2271    do
2272       if [[ "$item" == "restart" ]]
2273       then
2274          check_restart=1
2275       else
2276          check_restart=0
2277       fi
2278    done
2279
2280      # ERROR IF NO PARAMETER FILE WAS FOUND, OTHERWISE PROCEED
2281    if [[ (! -f $filename_input) && ( "$filename_input" != "" ) ]]
2282    then
2283       printf "\n\n  +++ ERROR: parameter file ($filename_input) not found." 
2284       locat=check_namelist; exit
2285    fi
2286   
2287       # CHECK IF THE RESTART PARAMETER FILE EXISTS (IF NECESSARY)
2288    if  [[ $check_restart == 1 ]]
2289    then
2290
2291       filenamef="${filename_input}f"
2292       if [[ ! -f $filenamef ]]
2293       then
2294          printf "\n\n  +++ WARNING: restart parameter file ($filenamef) is missing." 
2295          check_restart=0
2296          answer=dummy
2297          printf "\n\n"
2298
2299          if [[ $silent == false ]]
2300          then
2301             while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2302             do
2303                printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2304                read  answer
2305             done
2306             if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2307             then
2308                printf "\n  +++ Aborting...."
2309                locat=normal; exit
2310             fi
2311          fi
2312       else
2313          check_restart=1
2314       fi
2315    fi
2316
2317       # CREATE TEMPORARY SOURCES_FOR_CHECK PATH
2318    mkdir $check_sources
2319    cd $check_sources
2320
2321
2322       # CHECK FOR USER CODE, OTHERWISE USE THE PRECOMPILED CHECK_NAMELIST_FILES.X
2323    if [[ -d $add_source_path ]]
2324    then
2325       printf "\n\n  *** copying files from $check_depository" 
2326       cp $check_depository/check_namelist_files.tar ./
2327
2328       printf "\n\n  *** untar of makefile and source files in $check_sources"
2329       tar -xf check_namelist_files.tar  >  /dev/null  2>&1
2330
2331       printf "\n\n  *** adding user code." 
2332       cp $add_source_path/* ./
2333       touch check_namelist_files.f90
2334
2335          # GET COMPILER OPTIONS AND PERFORM MAKE
2336       printf "\n\n  *** compiling code if necessary...\n"
2337
2338          # workaround for batch jobs on local machine (lcxe6)
2339       if [[ $do_batch == true && $do_remote == false ]]
2340       then
2341          eval $init_cmds
2342       fi
2343
2344          # GET CHECK OPTIONS
2345       line=""
2346       found=false
2347
2348       grep  "$localhost" ${base_directory}/${config_file} | grep "%cpp_options"  >  $tmp_check
2349
2350       while read line1
2351       do
2352
2353          if [[ $(echo $line1 | cut -d" " -s -f3-) = "$localhost" ]]
2354          then
2355             line="$line1"
2356          fi
2357
2358          if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2359          then
2360                # REMOVE COLONS FROM OPTION-STRING, REMOVE ALL -D OPTIONS
2361             line="$line "
2362             copts_check=`echo $line | cut -d" " -s -f2 | sed 's/::/%DUM%/g' | sed 's/:/ /g' | sed 's/%DUM%/:/g' | sed 's/-D[^ ]* //g' | sed 's/ -D.*//g'`
2363             found=true
2364          fi
2365
2366       done < $tmp_check
2367       copts_check="$copts_check -D__check -D__parallel"
2368
2369       make -f Makefile_check F90=$compiler_name_ser  COPT="$copts_check"
2370
2371          # GET MAKE OUTPUT
2372       if [[ $? != 0 ]]
2373       then
2374          printf "\n  +++ error during make."       
2375          answer=dummy
2376          printf "\n\n"
2377          if [[ $silent == false ]]
2378          then
2379             while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2380             do
2381                printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2382                read  answer
2383             done
2384             if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2385             then
2386                printf "\n  +++ Aborting..."
2387                rm -rf  $check_sources
2388                locat=normal; exit
2389             else
2390                skip_check=true
2391             fi
2392          else
2393             skip_check=true
2394          fi
2395       fi
2396    else
2397       cp $PALM_BIN/check_namelist_files.x ./
2398    fi
2399
2400    cp $filename_input ./PARIN
2401    if [[ $check_restart == 1 ]] 
2402    then
2403       cp $filenamef ./PARINF   
2404    fi
2405
2406    if [[ -f ${pathname}/${fname}${topo_suffix} && $skip_check == false ]]
2407    then
2408       printf "\n  *** adding topography data"
2409       cp ${pathname}/${fname}${topo_suffix} ./TOPOGRAPHY_DATA
2410
2411          # IN CASE OF TOPOGRAPHY AND HIGH GRID POINT NUMBERS, THE STACK SIZE
2412          # MUST BE INCREASED. THIS IS DUE TO THE ARRAY nzb_local AND topo_height,
2413          # WHICH REQUIRE SUFFICIENT MEMORY
2414       ulimit -s unlimited         
2415    fi
2416
2417    if [[ -f ${pathname}/${fname}${nudge_suffix} && $skip_check == false ]]
2418    then
2419       printf "\n  *** adding nudging data"
2420       cp ${pathname}/${fname}${nudge_suffix} ./NUDGING_DATA       
2421    fi
2422
2423    if [[ -f ${pathname}/${fname}${lsf_suffix} && $skip_check == false ]]
2424    then
2425       printf "\n  *** adding large scale forcing data"
2426       cp ${pathname}/${fname}${lsf_suffix} ./LSF_DATA       
2427    fi
2428
2429       # CREATE ENVPAR FILE, WHICH IS NEEDED BY CHECK_NAMELIST_FILES.X
2430    cat  >  ENVPAR  <<  %%END%%
2431 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$host',
2432            write_binary = '$write_binary', tasks_per_node = $tasks_per_node,
2433            maximum_parallel_io_streams = $maximum_parallel_io_streams,
2434            maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
2435            revision = '$global_revision',
2436            local_dvrserver_running = $local_dvrserver_running /
2437
2438%%END%%
2439
2440       # SAFETY CHECK: ONLY PROCEED IF THE PARAMETER CHECK PROGRAM WAS PROPERLY COMPILED
2441    if [[ ! -f check_namelist_files.x  &&  $skip_check == false ]]
2442    then
2443       printf "\n  +++ WARNING: check_namelist_files.x not found."
2444       answer=dummy
2445       printf "\n\n"
2446
2447       if [[ $silent == false ]]
2448       then
2449          while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2450          do
2451             printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2452             read  answer
2453          done
2454          if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2455          then
2456             printf "\n  +++ Aborting..."
2457             rm -rf  $check_sources
2458             locat=normal; exit
2459          else
2460             printf "\n  *** skipping parameter file check."         
2461          fi
2462      fi
2463       
2464    elif [[ $skip_check == false ]]
2465    then
2466          # STARTING THE PARAMETER FILE CHECK
2467       printf "\n\n  *** starting parameter file check..."
2468
2469          # CHECKING THE P3D FILE
2470       printf "\n\n      (1) checking $filename_input" 
2471       echo "$numprocs 0 0" > VARIN
2472       errors=`./check_namelist_files.x < VARIN 2>&1`
2473
2474       check_error=false
2475       if [[ "$errors" == "" ]]
2476       then
2477          printf " --> o.k."
2478       else
2479          printf " --> failed."
2480          check_error=true
2481          printf "\n\n  $errors"
2482       fi
2483
2484          # CHECKING THE PD3F FILE IF NECESSARY
2485       if [[ $check_restart == 1 && $check_error == false ]]
2486       then
2487          printf "\n\n      (2) checking $filenamef" 
2488
2489             # FIRST CHECK IF INITIALIZING_ACTIONS="READ_RESTART_DATA" IS SET
2490             # IN &INIPAR LIST
2491          found=false
2492          cat PARINF | while read line
2493          do
2494             line=$(echo $line|sed 's/ //g')
2495             if [[ $line == *"&inipar"* ]]
2496             then
2497                start_search=true
2498             fi 
2499
2500             if [[ $start_search == true ]]
2501             then
2502                if [[ $line == *"initializing_actions='read_restart_data'"* ]]
2503                then
2504                   found=true
2505                   break
2506                fi
2507             fi
2508
2509             if [[ $line == *"/"* ]]
2510             then
2511                start_search=false
2512             fi 
2513
2514          done
2515
2516          if [[ $found = false ]]
2517          then
2518             printf "\n\n  +++ ERROR: initializing_actions = 'read_restart_data' not found"
2519             printf "\n      in &inipar list in $fname$p3df_suffix."
2520             rm -rf  $check_sources
2521             locat=check_namelist; exit
2522          fi
2523
2524             # READ max_user_pr FROM FILES
2525          if [[ -f parin_for_check ]]
2526          then
2527             read max_pr_user < parin_for_check
2528          else
2529             max_user_pr=0
2530          fi
2531
2532          echo "$numprocs 1 $max_pr_user" > VARIN
2533          errors=`./check_namelist_files.x < VARIN 2>&1`
2534
2535          if [[ "$errors" == "" ]]
2536          then
2537             printf " --> o.k."
2538          else
2539             printf " --> failed."
2540             check_error=true
2541             printf "\n\n  $errors"
2542          fi
2543       fi
2544   
2545          # REPORT ERRORS AND CONTINUE/EXIT
2546       if [[ $check_error == true ]]
2547       then
2548          printf "\n  +++ errors found in the parameter file!\n"
2549          answer=dummy
2550          printf "\n\n"
2551
2552          while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2553          do
2554             printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2555             read  answer
2556          done
2557
2558          if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2559          then
2560             printf "\n  +++ Aborting..."
2561             rm -rf  $check_sources
2562             locat=normal; exit
2563          fi
2564        else
2565          printf "\n\n  *** parameter file(s) seem(s) to be o.k.\n"
2566        fi
2567        rm -rf $check_sources
2568    fi
2569 else
2570    printf "\n\n  +++ skipping parameter file check due to following reason: $reason \n" 
2571 fi
2572
2573    # DELETE TEMPORARY DIRECTORY AND FINISH NAMELIST FILE CHECK   
2574 rm -rf  $check_sources
2575 cd $working_directory
2576
2577
2578    # DETERMINE PATH FOR MAKE DEPOSITORY
2579 if [[ $do_batch = false  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
2580 then
2581
2582    line=""
2583    grep "%depository_path" $config_file  >  tmp_mrun
2584    while read line
2585    do
2586       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2587       then
2588          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f3)" = "" ]]
2589          then
2590             global_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2591          fi
2592       fi
2593    done < tmp_mrun
2594
2595    line=""
2596    grep  " $localhost" $config_file | grep "%depository_path"  >  tmp_mrun
2597    while read line
2598    do
2599       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2600       then
2601          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f4)" = "$cond1"  &&  "$(echo $line | cut -d" " -s -f5)" = "$cond2" ]]
2602          then
2603             local_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2604          fi
2605       fi
2606    done < tmp_mrun
2607
2608    if [[ "$local_depository_path" = "" ]]
2609    then
2610       if [[ "$global_depository_path" != "" ]]
2611       then
2612          local_depository_path=$global_depository_path
2613       else
2614          printf "\n\n  +++ no depository path found in configuration file"
2615          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
2616          printf "\n      please set \"\%depository_path\" in configuration file\n"
2617          locat=config_file; exit
2618       fi
2619    fi
2620    eval local_depository_path=$local_depository_path
2621    [[ "$cond1" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond1
2622    [[ "$cond2" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond2
2623
2624
2625    basename=`echo $mainprog | cut -f1 -d"."`
2626    eval make_depository=${local_depository_path}/${basename}_current_version.tar
2627    if [[ ! -f $make_depository ]]
2628    then
2629       printf "\n"
2630       printf "\n  *** WARNING: make depository \"$make_depository\" not found"
2631       printf "\n               \"make\" will fail, if the Makefile or other source files are missing\n"
2632    fi
2633
2634 fi
2635
2636
2637    # NOW PERFORM THOSE ACTIONS REQUIRED TO EXECUTE THE PROGRAM (PALM) ON THIS MACHINE
2638    # (COMPILING/LINKING, EXECUTING, COPYING I/O FILES)
2639 if [[ $do_batch = false ]]
2640 then
2641
2642
2643       # CREATE THE TEMPORARY WORKING DIRECTORY
2644    mkdir -p  $TEMPDIR
2645    chmod  go+rx  $TEMPDIR
2646    tmpcreate=true
2647
2648
2649       # COPY EITHER THE COMPLETE SOURCE CODE FILES TO BE COMPILED OR THE EXECUTABLE
2650       # INTO THE TEMPORARY WORKING DIRECTORY
2651    if [[ $do_compile = true ]]
2652    then
2653
2654          # ON NEC, COMPILATION IS DONE ON HOST CROSS VIA CROSS COMPILING
2655          # CREATE A TEMPORARY DIRECTORY ON THAT MACHINE (HOME MOUNTED VIA NFS)
2656       if [[ $localhost = nech ]]
2657       then
2658          TEMPDIR_COMPILE=$HOME/work/${usern}.$kennung
2659          if  mkdir -p  $TEMPDIR_COMPILE
2660          then
2661             printf "\n  *** \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2662             printf "\n      is generated as temporary directory for cross compiling\n"
2663          else
2664             printf "\n  +++ creating directory \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2665             printf "\n      needed for cross compilation failed"
2666             locat=compile
2667             exit
2668          fi
2669       else
2670          TEMPDIR_COMPILE=$TEMPDIR
2671       fi
2672
2673       cp  $make_depository  $TEMPDIR_COMPILE
2674       cd  $TEMPDIR_COMPILE
2675       tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
2676       cd -  > /dev/null
2677
2678          # DUE TO UNKNOWN REASONS, COPY WITH cp COMMAND CREATES CORRUPT
2679          # FILES ON CRAY XC30 SYSTEMS (HLRN III), rsync IS USED INSTEAD
2680       if [[ $(echo $host | cut -c1-6) = lccray ]]
2681       then
2682          rsync -av -t  SOURCES_FOR_RUN_$fname/*  $TEMPDIR_COMPILE  >  /dev/null
2683       else
2684          cp  SOURCES_FOR_RUN_$fname/*  $TEMPDIR_COMPILE  >  /dev/null
2685       fi
2686
2687    else
2688
2689       cp  $executable   ${TEMPDIR}/a.out
2690
2691    fi
2692
2693
2694       # CHANGE TO THE TEMPORARY WORKING DIRECTORY
2695    cd  $TEMPDIR
2696    printf "\n  *** changed to temporary directory: $TEMPDIR"
2697
2698
2699       # THE FOLLOWING IS REQUIRED FPR AVS-OUTPUT WITH PALM  ??? REMOVE ???
2700       # WRITE INFORMATIONS ABOUT THE OUTPUT-FILE CONNECTIONS TO A TEMPORARY FILE
2701       # THIS FILE CAN LATER BE READ FROM USER-DEFINED CODE TO DETERMINE THE
2702       # RELATION BETWEEN THE LOCAL TEMPORARY AND PERMANENT FILE NAMES
2703    (( i = 0 ))
2704    while (( i < iout ))
2705    do
2706       (( i = i + 1 ))
2707       if [[ "${actionout[$i]}" = tr  ||  "${actionout[$i]}" = tra  ||  "${actionout[$i]}" = trpe ]]
2708       then
2709          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2710       else
2711          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${frelout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2712       fi
2713    done
2714
2715
2716       # IF REQUIRED, START WITH COMPILING
2717    if [[ $do_compile = true ]]
2718    then
2719
2720
2721       if [[ -f a.out ]]
2722       then
2723
2724             # EXECUTABLE WAS CREATED DURING INTERACTIVE CALL OF MRUN
2725          printf "\n\n\n  *** executable a.out found"
2726          printf "\n      no compilation required \n"
2727
2728       else
2729
2730             # COMPILING WITH MAKE (ON NEC COMPILER IS CALLED ON HOST CROSS)
2731          printf "\n\n\n  *** compilation starts \n$dashes\n"
2732          printf "  *** compilation with make using following options:\n"
2733          printf "      make depository:          $make_depository"
2734          if [[ "$mopts" != "" ]]
2735          then
2736             printf "      make options:             $mopts\n"
2737          fi
2738          printf "      compilername:             $compiler_name\n"
2739          printf "      compiler options:         $fopts\n"
2740          printf "      preprocessor directives:  $cpp_options \n"
2741          printf "      linker options:           $lopts \n"
2742          if [[ "$modules" != "" ]]
2743          then
2744             printf "      modules to be load:       $modules \n"
2745          fi
2746          printf "      source code files:        $source_list \n"
2747
2748          if [[ $localhost = nech ]]
2749          then
2750             ssh  $SSH_PORTOPT  136.172.44.192 -l $usern "$init_cmds $module_calls cd \$HOME/work/${usern}.$kennung; sxmake $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2751             cp  $TEMPDIR_COMPILE/a.out  .
2752             [[ $? != 0 ]]  &&  compile_error=true
2753             rm -rf  $TEMPDIR_COMPILE
2754          elif [[ $localhost = ibmh ]]
2755          then
2756             printf "      compiler is called via ssh on \"plogin1\" \n"
2757             ssh  $SSH_PORTOPT  plogin1  -l $usern  "$init_cmds export PATH=/sw/ibm/xlf/13.1.0.8/usr/bin:$PATH; $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2758             [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2759             continue   # STATUS=1, IF a.out EXISTS
2760          elif [[ $localhost = lcflow ]]
2761          then 
2762             printf "      compiler is called via ssh on \"flow\" \n"
2763             /usr/bin/ssh  $SSH_PORTOPT  flow02.hpc.uni-oldenburg.de -l $usern "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out F90=$compiler_name COPT=\"$cpp_options\" F90FLAGS=\"$fopts\" LDFLAGS=\"$lopts\" "
2764             check_for_file=`/usr/bin/ssh $SSH_PORTOPT flow02.hpc.uni-oldenburg.de -l $usern "ls $TEMPDIR/a.out 2> /dev/null"`
2765             [[ "$check_for_file" = "" ]]  &&  compile_error=true
2766             continue   # STATUS=1, IF a.out EXISTS
2767          elif [[ $localhost = lccrayb  ||  $localhost = lccrayf ||  $localhost = lccrayh ]]
2768          then
2769             make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2770          else
2771             [[ "$init_cmds" != "" ]]  &&  eval $init_cmds
2772             [[ "$module_calls" != "" ]]  &&  eval $module_calls
2773             make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2774          fi
2775
2776          if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
2777          then
2778             printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
2779             locat=compile
2780
2781             exit
2782          else
2783             printf "$dashes\n  *** compilation finished \n"
2784          fi
2785
2786       fi
2787
2788    fi
2789
2790
2791       # PROVIDE THE INPUT FILES
2792       # LOOP OVER ALL ACTIVATED FILES (LISTED IN THE CONFIGURATION FILE)
2793    (( i = 0 ))
2794    while (( i < iin ))
2795    do
2796       (( i = i + 1 ))
2797       if (( i == 1 ))
2798       then
2799          printf "\n\n  *** providing INPUT-files:\n$dashes"
2800       fi
2801
2802
2803          # SKIP OPTIONAL FILES, IF THEY DO NOT EXIST
2804       if [[ "${transin[$i]}" = unavailable ]]
2805       then
2806          if [[ "${extin[$i]}" = ""  ||  "${extin[$i]}" = " " ]]
2807          then
2808             printf "\n  +++ WARNING: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}\" "
2809             printf "\n               is not available!"
2810          else
2811             printf "\n  +++ WARNING: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}.${extin[$i]}\" "
2812             printf "\n               is not available!"
2813          fi
2814          continue
2815       fi
2816
2817          # CHECK FOR SINGLE FILE (SERIAL RUN) OR DIRECTORY (ONE FILE PER CORE FOR PARELLEL EXECUTION)
2818       files_for_pes=false; datentyp=file
2819       if [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
2820       then
2821          files_for_pes=true; datentyp=directory
2822          actionin[$i]=""
2823       elif [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
2824       then
2825          actionin[$i]=""
2826       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
2827       then
2828          files_for_pes=true; datentyp=directory
2829          actionin[$i]="ar"
2830       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
2831       then
2832          actionin[$i]="ar"
2833       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
2834       then
2835          files_for_pes=true; datentyp=directory
2836          actionin[$i]="fl"
2837       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
2838       then
2839          actionin[$i]="fl"
2840       fi
2841
2842       if [[ $files_for_pes = true ]]
2843       then
2844          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}/....  to  ${localin[$i]}"
2845       else
2846          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}  to  ${localin[$i]}"
2847       fi
2848
2849          # INPUT-FILE FOR A RESTART RUN.
2850          # CHECK, IF THIS FILE STILL EXISTS ON THE TEMPORARY DATA DIRECTORY.
2851          # IF NOT, TRY TO GET IT FROM THE ARCHIVE SYSTEM
2852       if [[ "${actionin[$i]}" = fl ]]
2853       then
2854          printf "\n      $datentyp will be fetched from temporary directory \"${tmp_data_catalog}\" !"
2855          if [[ $files_for_pes = false ]]
2856          then
2857             if [[ -f "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
2858             then
2859                ln  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2860                got_tmp[$i]=true
2861             elif [[ -f "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
2862             then
2863                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
2864                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
2865                cp  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2866             else
2867                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
2868                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
2869                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
2870                actionin[$i]=ar
2871             fi
2872          else
2873             if [[ -d "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
2874             then
2875                mkdir  ${localin[$i]}
2876                cd $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2877                for file in $(ls *)
2878                do
2879                   ln $file $TEMPDIR/${localin[$i]}
2880                done
2881                cd $TEMPDIR
2882                got_tmp[$i]=true
2883             elif [[ -d "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
2884             then
2885                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
2886                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
2887                cp -r  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2888             else
2889                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
2890                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
2891                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
2892                actionin[$i]=ar
2893             fi
2894          fi
2895       fi
2896
2897
2898          # FILE IS STORED ON THE ARCHIVE SYSTEM
2899       if [[ "${actionin[$i]}" = ar ]]
2900       then
2901
2902          if [[ $files_for_pes = false ]]
2903          then
2904             printf "\n      file will be restored from archive-system ($archive_system)!"
2905          else
2906             printf "\n      directory will be restored from archive-system ($archive_system)!"
2907          fi
2908
2909          file_restored=false
2910
2911          if [[ $archive_system = asterix ]]
2912          then
2913             do_stagein=true
2914             (( stagein_anz = 0 ))
2915             while [[ $do_stagein = true ]]
2916             do
2917                if [[ $files_for_pes = false ]]
2918                then
2919                   stagein  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
2920                else
2921                   stagein  -t  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
2922                fi
2923                cat  STAGEIN_OUTPUT
2924                if [[ $(grep -c "st.msg:i24"  STAGEIN_OUTPUT) != 0 ]]
2925                then
2926                   file_restored=true
2927                   do_stagein=false
2928                else
2929                   (( stagein_anz = stagein_anz + 1 ))
2930                   if (( stagein_anz == 10 ))
2931                   then
2932                      printf "\n  +++ stagein stoped after 10 tries"
2933                      locat=stage
2934                      exit
2935                   fi
2936                   printf "\n  +++ restoring from archive failed, trying again:"
2937                   sleep 900
2938                fi
2939             done
2940          elif [[ $archive_system = DMF ]]
2941          then
2942             if [[ $files_for_pes = false ]]
2943             then
2944                printf "\n  +++ restoring of single files impossible with $archive_system !\n"
2945                locat=DMF
2946                exit
2947             else
2948                find  $ARCHIVE/${frelin[$i]}  -type m  -print  |  dmget
2949                cp  -r $ARCHIVE/${frelin[$i]}  $PWD
2950                file_restored=true
2951             fi
2952          elif [[ $archive_system = tivoli ]]
2953          then
2954             if [[ $files_for_pes = false ]]
2955             then
2956                ssh  $SSH_PORTOPT  $usern@bicedata.hlrn.de  "cp  $PERM/${frelin[$i]}  $PWD"
2957             else
2958                (( inode = 0 ))
2959                while (( inode < nodes ))
2960                do
2961                   ssh  $SSH_PORTOPT  $usern@bicedata.hlrn.de  "cd $PWD; tar  xf  $PERM/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar"
2962                   (( inode = inode + 1 ))
2963                done
2964             fi
2965             file_restored=true
2966          elif [[ $archive_system = ut ]]
2967          then
2968             if [[ $files_for_pes = false ]]
2969             then
2970                cp  $UT/${frelin[$i]}  .
2971             else
2972                (( inode = 0 ))
2973                while (( inode < nodes ))
2974                do
2975                   tar  xf  $UT/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar
2976                   (( inode = inode + 1 ))
2977                done
2978             fi
2979             file_restored=true
2980          else
2981             printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"   restore impossible!"
2982             locat=rearchive
2983             exit
2984          fi
2985
2986          if [[ $file_restored = true ]]
2987          then
2988
2989                # PUT FILE ON THE TEMPORARY DATA DIRECTORY TOO.
2990                # THIS WILL MAKE FILE ACCESS EASIER FOR LATER RUNS
2991             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog; chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
2992             if [[ $files_for_pes = false ]]
2993             then
2994                ln  -f  ${frelin[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2995             else
2996                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2997                ln  -f  ${frelin[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2998             fi
2999             got_tmp[$i]=true
3000
3001                # PROVIDE THE FILE UNDER ITS LOCAL NAME
3002             mv  ${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
3003
3004          fi
3005       fi
3006
3007
3008          # FILE IS STORED IN THE RESPECTIVE DIRECTORY GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
3009       if [[ "${actionin[$i]}" = ""  ||  "${actionin[$i]}" = "di"  ||  "${actionin[$i]}" = "npe" ]]
3010       then
3011
3012          if [[ "${actionin[$i]}" = "npe"  &&  -n $numprocs ]]
3013          then
3014
3015                # FILE COPIES ARE PROVIDED FOR ALL CORES
3016                # EACH FILE GETS A UNIQUE FILENAME WITH A FOUR DIGIT NUMBER
3017             printf "\n      file will be provided for $numprocs processors"
3018             mkdir  ${localin[$i]}
3019             ival=$numprocs
3020             (( ii = 0 ))
3021             while (( ii <= ival-1 ))
3022             do
3023                if (( ii < 10 ))
3024                then
3025                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_000$ii
3026                elif (( ii < 100 ))
3027                then
3028                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_00$ii
3029                elif (( ii < 1000 ))
3030                then
3031                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_0$ii
3032                else
3033                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_$ii
3034                fi
3035                (( ii = ii + 1 ))
3036             done
3037
3038          else
3039
3040             if [[ $files_for_pes = true ]]
3041             then
3042
3043                   # PROVIDE FILES FOR EACH CORE
3044                   # FIRST CREATE THE LOCAL DIRECTORY, THEN COPY FILES
3045                   # FROM THE PERMANENT DIRECTORY BY LINKING THEM TO THE LOCAL ONE
3046                printf "\n      providing $numprocs files for the respective processors"
3047                mkdir  ${localin[$i]}
3048                if [[ $link_local_input = true ]]
3049                    then
3050                    printf "      using ln -f\n"
3051                    cd ${absnamein[$i]}
3052                    for file in $(ls *)
3053                      do
3054                      ln -f $file  ${localin[$i]}
3055                    done
3056                    cd $TEMPDIR
3057                fi
3058
3059                   # IF "ln -f" FAILED OR IF "$link_local_input = false" DO A NORMAL "cp -r"
3060                if [[ ! -f "${localin[$i]}/_0000" ]]
3061                    then
3062                    if [[ $link_local_input = true ]]
3063                        then
3064                        printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
3065                    fi
3066                    cp -r  ${absnamein[$i]}/*  ${localin[$i]}
3067                fi
3068
3069             else
3070
3071                   # PROVIDE FILE FOR RUNS ON A SINGLE CORE
3072                if [[ $link_local_input = true ]]
3073                then
3074                    printf "      using ln -f\n"
3075                    ln -f  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
3076                fi
3077                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp"
3078                if [[ ! -f "${localin[$i]}" ]]
3079                then
3080                    if [[ $link_local_input = true ]]
3081                    then
3082                        printf "      ln failed, using cp...\n"
3083                    fi
3084                    cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
3085                fi
3086             fi
3087          fi
3088       fi
3089
3090    done
3091    if (( i != 0 ))
3092    then
3093       printf "\n$dashes\n  *** all INPUT-files provided \n"
3094    fi
3095
3096
3097       # EXECUTE INPUT-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
3098    (( i = 0 ))
3099    while (( i < iic ))
3100    do
3101       (( i = i + 1 ))
3102       if (( i == 1 ))
3103       then
3104          printf "\n\n  *** execution of INPUT-commands:\n$dashes"
3105       fi
3106       printf "\n  >>> ${in_command[$i]}"
3107       eval  ${in_command[$i]}
3108       if (( i == iic ))
3109       then
3110          printf "\n$dashes\n"
3111       fi
3112    done
3113
3114
3115       # SET THE REMAINING CPU-TIME
3116    cpurest=${cpumax}.
3117
3118
3119       # START DVR STREAMING SERVER
3120    if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
3121    then
3122       if [[ "$dvr_server" != "" ]]
3123       then
3124
3125          printf "\n\n  *** preparing the dvr streaming server configuration file"
3126
3127             # CHECK, IF A DVR SERVER IS ALREADY RUNNING
3128          running_dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config | grep -v grep) | cut -d" " -f2`
3129          if [[ "$running_dvrserver_id" != "" ]]
3130          then
3131
3132             printf "\n\n  +++ WARNING: A dvr server with id=$running_dvrserver_id is already running!"
3133             printf "\n      This server is used instead starting a new one!"
3134             printf "\n      If required, script \"process_dvr_output\" has to be run manually."
3135
3136          else
3137
3138                # COPY CONFIGURATION FILE FOR STREAMING SERVER FROM REPOSITORY TO HERE
3139             if [[ -f ${PALM_BIN}/.dvrserver.config ]]
3140             then
3141                cp  ${PALM_BIN}/.dvrserver.config  .
3142
3143                   # ENTERING THE BASEDIR, UID AND GID INTO THIS FILE
3144                user_id=`id -u`
3145                group_id=`id -g`
3146
3147                   # "&" IS REQUIRED AS A SEPERATOR, BECAUSE TEMPDIR CONTAINS "/"
3148                sed "s&<replace by dvr data directory>&${TEMPDIR}&g" .dvrserver.config > .dvrserver.1
3149                sed "s/<replace by user id>/$user_id/g"    .dvrserver.1 > .dvrserver.2
3150                sed "s/<replace by group id>/$group_id/g"  .dvrserver.2 > .dvrserver.3
3151                mv  .dvrserver.3  .dvrserver.config
3152                rm  .dvrserver.1  .dvrserver.2
3153
3154                   # START DVR SERVER IN BACKGROUND, GET HIS ID AND PRINT ON TERMINAL
3155                $dvr_server  .dvrserver.config  >>  DVR_LOGFILE  2>&1  &
3156                dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config) | cut -d" " -f2`
3157                printf "\n  *** streaming server with id=$dvrserver_id is started in background"
3158                local_dvrserver_running=.TRUE.
3159             else
3160                printf "\n  +++ missing file \".dvrserver.config\" in directory:"
3161                printf "\n      \"$PALM_BIN\" "
3162                locat=dvr
3163                exit
3164             fi
3165
3166          fi
3167
3168       else
3169          printf "\n\n  --- INFORMATIVE: no dvr streaming server will be started"
3170       fi
3171    fi
3172
3173
3174       # CREATE THE NAMELIST-FILE WITH VALUES OF ENVIRONMENT-VARIABLES REQUIRED BY PALM
3175       # (FILE ENVPAR WILL BE READ BY PALM)
3176    cat  >  ENVPAR  <<  %%END%%
3177 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$localhost',
3178          write_binary = '$write_binary', tasks_per_node = $tasks_per_node,
3179          maximum_parallel_io_streams = $maximum_parallel_io_streams,
3180          maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
3181          revision = '$global_revision',
3182          local_dvrserver_running = $local_dvrserver_running /
3183
3184%%END%%
3185
3186
3187       # STARTING THE EXECUTABLE
3188    printf "\n\n  *** execution starts in directory\n      \"`pwd`\"\n$dashes\n"
3189    PATH=$PATH:$TEMPDIR
3190
3191       # MPI DEBUG OPTION (ARGUMENT CHECKING, SLOWS DOWN EXECUTION DUE TO INCREASED LATENCY)
3192    if [[ "$mpi_debug" = true ]]
3193    then
3194       export MPI_CHECK_ARGS=1
3195       printf "\n  +++ MPI_CHECK_ARGS=$MPI_CHECK_ARGS"
3196    fi
3197
3198    if [[ "$totalview" = true ]]
3199    then
3200       printf "\n *** totalview debugger will be used"
3201       tv_opt="-tv"
3202    else
3203       tv_opt=""
3204    fi
3205
3206    if [[ "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ]]
3207    then
3208       if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
3209       then
3210          continue
3211       fi
3212       if [[ $localhost = ibmh ]]
3213       then
3214
3215             # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
3216          export MP_SHARED_MEMORY=yes
3217          export AIXTHREADS_SCOPE=S
3218          export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3219          export AUTHSTATE=files
3220          export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
3221
3222             # FOLLOWING OPTIONS ARE MANDATORY FOR TOTALVIEW
3223          export MP_ADAPTER_USE=shared
3224          export MP_CPU_USE=multiple
3225          export MP_TIMEOUT=1200
3226
3227          unset  MP_TASK_AFFINITY
3228
3229             # SO FAR, TOTALVIEW NEEDS HOSTFILE MECHANISM FOR EXECUTION
3230          #(( ii = 1 ))
3231          #while (( ii <= $numprocs ))
3232          #do
3233          #   echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3234          #   (( ii = ii + 1 ))
3235          #done
3236          #export MP_HOSTFILE=hostfile
3237
3238          if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
3239          then
3240             totalview   poe  a.out  $ROPTS
3241          else
3242             echo totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1   $ROPTS
3243             export TVDSVRLAUNCHCMD=ssh
3244             totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1   $ROPTS
3245          fi
3246
3247       fi  # END DEBUG MODE
3248
3249    else
3250
3251          # NORMAL EXECUTION
3252       if [[ -n $numprocs ]]
3253       then
3254
3255             # RUNNING THE PROGRAM ON PARALLEL MACHINES
3256          if [[ $(echo $host | cut -c1-3) = ibm ]]
3257          then
3258
3259                # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
3260             if [[ $host != ibmh  &&  $host != ibmkisti ]]
3261             then
3262                export MP_SHARED_MEMORY=yes
3263                export AIXTHREAD_SCOPE=S
3264                export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3265                export XLSMPOPTS="spins=0:yields=0:stack=20000000"
3266                export AUTHSTATE=files
3267                export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
3268                #  export MP_PRINTENV=yes
3269
3270                   # TUNING-VARIABLES TO IMPROVE COMMUNICATION SPEED
3271                   # DO NOT SHOW SIGNIFICANT EFFECTS (SEP 04, FEDERATION-SWITCH)
3272                export MP_WAIT_MODE=poll
3273                [[ $node_usage = not_shared ]]  &&  export MP_SINGLE_THREAD=yes
3274             fi
3275
3276             if [[ $host = ibmkisti ]]
3277             then
3278                export LANG=en_US
3279                export MP_SHARED_MEMORY=yes
3280                if [[ $threads_per_task = 1 ]]
3281                then
3282                   export MP_SINGLE_THREAD=yes
3283                   export MEMORY_AFFINITY=MCM
3284                else
3285                   export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3286                fi
3287             fi
3288
3289             if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
3290             then
3291                printf "\n--- Control: OMP_NUM_THREADS = \"$OMP_NUM_THREADS\" \n"
3292                if [[ "$cond1" = hpmcount  ||  "$cond2" = hpmcount ]]
3293                then
3294                   /opt/optibm/HPM_2_4_1/bin/hpmcount  a.out  $ROPTS
3295                else
3296                   if [[ $run_coupled_model = false ]]
3297                   then
3298                      if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3299                      then
3300                         echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3301                      else
3302                         echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3303                      fi
3304                   else
3305                      (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3306                      (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3307                      printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3308                      printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3309                      printf "\n\n"
3310                      echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3311                   fi
3312                   poe ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3313                fi
3314             else
3315                if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibms ]]
3316                then
3317                   poe  a.out  -procs $numprocs  -nodes 1  -rmpool 0  $ROPTS
3318                elif [[ $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku ]]
3319                then
3320                   if [[ -f $hostfile ]]
3321                   then
3322                      cp  $hostfile  hostfile
3323                   else
3324                      (( ii = 1 ))
3325                      while (( ii <= $numprocs ))
3326                      do
3327                         echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3328                         (( ii = ii + 1 ))
3329                      done
3330                   fi
3331                   export MP_HOSTFILE=hostfile
3332                   if [[ $run_coupled_model = false ]]
3333                   then
3334                      if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3335                      then
3336                         echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3337                      else
3338                         echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3339                      fi
3340                   else
3341                      (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3342                      (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3343                      printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3344                      printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3345                      printf "\n\n"
3346                      echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3347                   fi
3348
3349                   poe  ./a.out  -procs $numprocs $ROPTS  <  runfile_atmos
3350
3351                else
3352                   if [[ "$host_file" = "" ]]
3353                   then
3354                      printf "\n  +++ no hostfile given in configuration file"
3355                      locat=config_file
3356                      exit
3357                   else
3358                      eval host_file=$host_file
3359                   fi
3360                   export MP_HOSTFILE=$host_file
3361                   poe  a.out  -procs $numprocs  -tasks_per_node $numprocs  $ROPTS
3362                fi
3363             fi
3364          elif [[ $host = nech ]]
3365          then
3366             (( ii = nodes ))
3367             if [[ $ii = 1 ]]
3368             then
3369                export F_ERRCNT=0        # acceptable number of errors before program is stopped
3370                export MPIPROGINF=YES
3371                #  export F_TRACE=YES|FMT1|FMT2  # output of ftrace informations to job protocol
3372                echo "*** execution on single node with mpirun"
3373                mpirun  -np $numprocs  ./a.out  $ROPTS
3374             else
3375                (( i = 0 ))
3376                while (( i < ii ))
3377                do
3378                   echo "-h $i  -p $tasks_per_node  -e ./mpi_exec_shell"  >>  multinode_config
3379                   (( i = i + 1 ))
3380                done
3381
3382                echo "#!/bin/sh"                         >   mpi_exec_shell
3383                echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3384                echo "set -u"                            >>  mpi_exec_shell
3385                echo "F_ERRCNT=0"                        >>  mpi_exec_shell
3386                echo "MPIPROGINV=YES"                    >>  mpi_exec_shell
3387                echo "OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task" >>  mpi_exec_shell
3388                echo "cpurest=$cpurest"                  >>  mpi_exec_shell
3389                echo "fname=$fname"                      >>  mpi_exec_shell
3390                echo "localhost=$localhost"              >>  mpi_exec_shell
3391                echo "return_addres=$return_addres"      >>  mpi_exec_shell
3392                echo "return_username=$return_username"  >>  mpi_exec_shell
3393                echo "tasks_per_node=$tasks_per_node"    >>  mpi_exec_shell
3394                echo "write_binary=$write_binary"        >>  mpi_exec_shell
3395                echo "use_seperate_pe_for_dvrp_output=$use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3396                echo "  "                                >>  mpi_exec_shell
3397                echo "export F_ERRCNT"                   >>  mpi_exec_shell
3398                echo "export MPIPROGINV"                 >>  mpi_exec_shell
3399                echo "export OMP_NUM_THREADS"            >>  mpi_exec_shell
3400                echo "export cpurest"                    >>  mpi_exec_shell
3401                echo "export fname"                      >>  mpi_exec_shell
3402                echo "export localhost"                  >>  mpi_exec_shell
3403                echo "export return_addres"              >>  mpi_exec_shell
3404                echo "export return_username"            >>  mpi_exec_shell
3405                echo "export tasks_per_node"             >>  mpi_exec_shell
3406                echo "export write_binary"               >>  mpi_exec_shell
3407                echo "export use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3408                echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3409                echo "exec  ./a.out"                     >>  mpi_exec_shell
3410
3411                chmod u+x  mpi_exec_shell
3412                export MPIPROGINF=YES
3413                mpirun  -f multinode_config  &
3414                wait
3415
3416             fi
3417          elif [[ $(echo $host | cut -c1-2) = lc  &&  $host != lckyoto &&  $host != lctit ]]
3418          then
3419
3420                # COPY HOSTFILE FROM SOURCE DIRECTORY OR CREATE IT, IF IT
3421                # DOES NOT EXIST
3422             if [[  $host != lccrayb  &&$host != lccrayf  && $host != lccrayh  &&  $host != lckyuh  &&  $host != lckyut ]]
3423             then
3424                if [[ -f $hostfile ]]
3425                then
3426                   cp  $hostfile  hostfile
3427                   (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3428                else
3429                   (( ii = 1 ))
3430                   while (( ii <= $numprocs / $threads_per_task ))
3431                   do
3432                      echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3433                      (( ii = ii + 1 ))
3434                   done
3435                fi
3436                eval zeile=\"`head -n $ii  hostfile`\"
3437                printf "\n  *** running on: $zeile"
3438             fi
3439
3440             (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3441             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3442
3443             if [[ $threads_per_task != 1 ]]
3444             then
3445                   # INCREASE STACK SIZE TO UNLIMITED, BECAUSE OTHERWISE LARGE RUNS
3446                   # MAY ABORT
3447                ulimit -s unlimited
3448                printf "\n      threads per task: $threads_per_task  stacksize: unlimited"
3449             fi
3450             if [[ $run_coupled_model = false ]]
3451             then
3452                if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3453                then
3454                   echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3455                else
3456                   echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3457                fi
3458                printf "\n\n"
3459
3460                if [[ $host = lccrayb || $host = lccrayh ]]
3461                then
3462                    echo "--- aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos"
3463                    aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3464#                    aprun  -n $ii  -ss  -r2  -j1  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3465                elif [[ $host = lccrayf ]]
3466                then
3467                    aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  -m ${memory}M  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3468                elif [[ $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3469                then
3470                    aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3471                elif [[ $host = lcflow ]]
3472                then
3473                   mpirun -bootstrap sge -np $ii  -env I_MPI_FABRICS shm:ofa a.out  < runfile_atmos  $ROPTS
3474                elif [[ $host = lcsb ]]
3475                then
3476                   mpirun_rsh -hostfile $PBS_NODEFILE -np `cat $PBS_NODEFILE | wc -l` a.out  < runfile_atmos  $ROPTS
3477                elif [[ $host = lckiaps ]]
3478                then
3479                   mpirun -np $ii  -f $PBS_NODEFILE  a.out  <  runfile_atmos  $ROPTS
3480                elif [[ $host = lckyu* ]]
3481                then
3482                   mpiexec -n $ii --stdin runfile_atmos  ./a.out  $ROPTS
3483                else
3484                   mpiexec  -machinefile hostfile  -n $ii  a.out  <  runfile_atmos  $ROPTS
3485                fi
3486             else
3487
3488                    # CURRENTLY THERE IS NO FULL MPI-2 SUPPORT ON ICE AND XT4
3489                (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3490                (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3491                printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3492                printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3493                printf "\n\n"
3494
3495                if [[ $coupled_mode = "mpi2" ]]
3496                then
3497                   echo "atmosphere_to_ocean $iia $iio"  >  runfile_atmos
3498                   echo "ocean_to_atmosphere $iia $iio"  >  runfile_ocean
3499
3500                   if [[ $host = lccrayf  ||  $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3501                   then
3502
3503                      aprun  -n $iia  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  $ROPTS  &
3504                      aprun  -n $iio  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_ocean  $ROPTS  &
3505
3506                   else
3507                          # WORKAROUND BECAUSE mpiexec WITH -env option IS NOT AVAILABLE ON SOME SYSTEMS
3508                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos &
3509                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  a.out  $ROPTS  <  runfile_ocean &
3510#                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  -env coupling_mode atmosphere_to_ocean  a.out  $ROPTS  &
3511#                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  -env coupling_mode ocean_to_atmosphere  a.out  $ROPTS  &
3512                   fi
3513                   wait
3514
3515                else
3516
3517                   echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3518
3519                   if [[ $host = lccrayf  ||  $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3520                   then
3521
3522                      aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  $ROPTS
3523
3524                   elif [[ $host = lck || $host = lckordi ]]
3525                   then
3526
3527                      mpiexec -n $ii  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3528
3529                   elif [[ $host = lckyu* ]]
3530                   then
3531
3532                      mpiexec -n $ii --stdin runfile_atmos  ./a.out  $ROPTS
3533
3534                   fi
3535                   wait
3536                fi
3537
3538             fi
3539
3540          elif [[ $host = lckyoto ]]
3541          then
3542             set -xv
3543             export P4_RSHCOMMAND=plesh
3544             echo "     P4_RSHCOMMAND = $P4_RSHCOMMAND"
3545             if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
3546             then
3547                if [[ "$cond2" = fujitsu ]]
3548                then
3549                   mpiexec  -n $numprocs  ./a.out  $ROPTS  # for fujitsu-compiler
3550                elif [[ "cond2" = pgi ]]
3551                then
3552                   mpirun  -np $numprocs  -machinefile ${QSUB_NODEINF}  ./a.out  $ROPTS
3553                else
3554                   mpirun_rsh -np $numprocs -hostfile ${QSUB_NODEINF} MV2_USE_SRQ=0 ./a.out ${ROPTS} || /bin/true
3555                fi
3556             else
3557                if [[ "$cond2" = "" ]]
3558                then
3559                   mpiruni_rsh -np $numprocs ./a.out  $ROPTS  # for intel
3560                else
3561                   mpirun  -np $numprocs  ./a.out  $ROPTS
3562                fi
3563             fi
3564             set +xv
3565
3566          elif [[ $host = lctit ]]
3567          then
3568             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3569             echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3570             if [[ "$threads_per_task" != 1 ]]
3571             then
3572                export MV2_ENABLE_AFFINITY=0
3573             fi
3574             echo "----- PBS_NODEFILE content:"
3575             cat $PBS_NODEFILE
3576             echo "-----"
3577             (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3578             echo "mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE ./a.out  $ROPTS"
3579             mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE ./a.out  $ROPTS
3580          else
3581             mpprun  -n $numprocs  a.out  $ROPTS
3582          fi
3583       else
3584          a.out  $ROPTS
3585       fi
3586    fi
3587
3588    if [[ $? != 0 ]]
3589    then
3590
3591          # ABORT IN CASE OF RUNTIME ERRORS
3592       printf "\n  +++ runtime error occured"
3593       locat=execution
3594       exit
3595
3596    else
3597
3598       printf "\n$dashes\n  *** execution finished \n"
3599
3600          # STOP THE DVR STREAMING SERVER AND PROCESS THE DVR OUTPUT IN ORDER
3601          # TO CREAT DVRS- AND HTML-FILES CONTAINING ALL STREAMS
3602       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
3603       then
3604          kill $dvrserver_id
3605          printf "\n  *** dvr server with id=$dvrserver_id has been stopped"
3606
3607             # IF THERE IS A DIRECTORY, DATA HAVE BEEN OUTPUT BY THE
3608             # STREAMING SERVER. OTHERWISE, USER HAS CHOSEN dvrp_output=local
3609          if [[ -d DATA_DVR ]]
3610          then
3611
3612                # ADD THE CURRENT DVR CONFIGURATION FILE TO THE DVR OUTPUT
3613                # DIRECTORY
3614             cp  .dvrserver.config  DATA_DVR
3615
3616                # PROCESS THE DVR OUTPUT (OPTION -s FOR GENERATING
3617                # SEQUENCE MODE DATA TOO)
3618             process_dvr_output  -d DATA_DVR  -f $fname  -s
3619
3620          else
3621
3622                # PROCESS THE LOCAL OUTPUT
3623             process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3624
3625          fi
3626
3627       elif [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
3628       then
3629
3630             # PROCESS DVR OUTPUT GENERATD IN LOCAL MODE (dvrp_output=local)
3631          process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3632
3633       fi
3634    fi
3635
3636
3637
3638       # CALL OF combine_plot_fields IN ORDER TO MERGE SINGLE FILES WRITTEN
3639       # BY EACH CORE INTO ONE FILE
3640   if [[ ! -f ${PALM_BIN}/combine_plot_fields${block}.x ]]
3641   then
3642      printf "\n\n\n  +++ WARNING: no combine_plot_fields found for given block \"$cond1 $cond2\""
3643      printf "\n      2d- and/or 3d-data may be incomplete!"
3644      printf "\n      Run \"mbuild -u -h $localhost\" to generate utilities for this block.\n"
3645   elif [[ "$combine_plot_fields" == true ]]
3646   then
3647      if [[ $localhost = lccrayh  ||  $localhost = lccrayb ]]
3648      then
3649         printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"aprun  -n 1  -N 1 combine_plot_fields${block}.x\" ..."
3650         aprun  -n 1  -N 1 combine_plot_fields${block}.x #$ROPTS < runfile_atmos
3651      else
3652         printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"combine_plot_fields${block}.x\" ..."
3653         combine_plot_fields${block}.x
3654      fi
3655   else
3656
3657         # TEMPORARY SOLUTION TO SKIP combine_plot_fields. THIS IS REQUIRED IN CASE OF HUGE AMOUNT OF
3658         # DATA OUTPUT. TO DO: EXTEND THIS BRANCH BY CREATING A BATCH JOB for combine_plot_fields.
3659         # ??? koennen wir das streichen ???
3660      printf "\n\n\n *** post-processing: skipping combine_plot_fields (-Z option set) ..."
3661   fi
3662
3663
3664
3665       # EXECUTE OUTPUT-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
3666    (( i = 0 ))
3667    while (( i < ioc ))
3668    do
3669       (( i = i + 1 ))
3670       if (( i == 1 ))
3671       then
3672          printf "\n\n  *** execution of OUTPUT-commands:\n$dashes"
3673       fi
3674       printf "\n  >>> ${out_command[$i]}"
3675       eval  ${out_command[$i]}
3676       if (( i == ioc ))
3677       then
3678          printf "\n$dashes\n"
3679       fi
3680    done
3681
3682
3683       # IN TRACE-MODE PRINT CONTENTS OF THE CURRENT (TEMPORARY) WORKING DIRECTORY
3684    if [[ $do_trace = true ]]
3685    then
3686       printf "\n\n"
3687       ls -al
3688    fi
3689
3690
3691
3692       # COPY LOCAL OUTPUT-FILES TO THEIR PERMANENT DESTINATIONS
3693    (( i = 0 ))
3694    while (( i < iout ))
3695    do
3696       (( i = i + 1 ))
3697       if (( i == 1 ))
3698       then
3699          printf "\n\n  *** saving OUTPUT-files:\n$dashes"
3700       fi
3701
3702          # CHECK FOR SINGLE FILE (SERIAL RUN) OR DIRECTORY (ONE FILE PER CORE FOR PARELLEL EXECUTION)
3703       files_for_pes=false; filetyp=file
3704       if [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
3705       then
3706          files_for_pes=true; filetyp=directory
3707          actionout[$i]=""
3708       elif [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
3709       then
3710          actionout[$i]=""
3711       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
3712       then
3713          files_for_pes=true; filetyp=directory
3714          actionout[$i]="ar"
3715       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3716       then
3717          actionout[$i]="ar"
3718       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
3719       then
3720          files_for_pes=true; filetyp=directory
3721          actionout[$i]="fl"
3722       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3723       then
3724          actionout[$i]="fl"
3725       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  -n $numprocs ]]
3726       then
3727          files_for_pes=true; filetyp=directory
3728          actionout[$i]="tr"
3729       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3730       then
3731          actionout[$i]="tr"
3732       fi
3733
3734       if [[ ! -f ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = false ]]
3735       then
3736          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}  does not exist\n"
3737       elif [[ ! -d ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = true ]]
3738       then
3739          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}/....  does not exist\n"
3740       else
3741
3742
3743             # COPY VIA SCP TO LOCAL HOST (ALWAYS IN BINARY MODE USING batch_scp option -m)
3744             # IF TARGET DIRECTORY DOES NOT EXISTS, TRY TO CREATE IT
3745          if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
3746          then
3747             if [[ $localhost != $fromhost ]]
3748             then
3749                if [[ $files_for_pes = false ]]
3750                then
3751                   cps=""
3752                   cst=""
3753                else
3754                   cps=-c
3755                   cst="/"
3756                fi
3757                if [[ $localhost = nech ]]
3758                then
3759
3760                      # TRANSFER IN SEPERATE JOB
3761                      # FIRST COPY FILE TO TEMPORY DATA DIRECTORY
3762                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
3763                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
3764                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3765                   then
3766                      ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3767                   else
3768                      mkdir  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3769                      ln  ${localout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3770                   fi
3771
3772                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
3773                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
3774
3775                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP in seperate job to"
3776                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst"
3777                   printf "\n              or higher cycle\n"
3778                   echo "batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_addres  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
3779
3780                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
3781
3782                   if [[ $localhost = nech ]]
3783                   then
3784                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3785                   else
3786                      if [[ "$LOGNAME" = b323013 ]]
3787                      then
3788                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3789                      else
3790                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3791                      fi
3792                   fi
3793
3794                else
3795
3796                      # TRANSFER WITHIN THIS JOB
3797                   transfer_failed=false
3798                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP to"
3799                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst\n"
3800                   if [[ $localhost = lccrayb ]]
3801                   then
3802                      ssh $usern@blogin1 "cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_addres  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3803                   elif [[ $localhost = lccrayh ]]
3804                   then
3805                      ssh $usern@hlogin1 "cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_addres  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3806                   else
3807                      batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_addres  ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
3808                   fi
3809                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
3810
3811                      # IF TRANSFER FAILED, CREATE BACKUP COPY ON THIS MACHINE
3812                   if [[ $transfer_failed = true ]]
3813                   then
3814                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on this host under:\n"
3815                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
3816
3817                         # FIRST CHECK, IF DIRECTORY EXISTS, AND CREATE IT, IF NECESSARY
3818                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
3819                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
3820                      then
3821                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
3822                         printf "      $local_catalog \n"
3823                         mkdir -p  $local_catalog
3824                      fi
3825                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
3826                      transfer_problems=true
3827                   fi
3828                fi
3829             else
3830
3831                   # UNSET actionout. DUE TO THIS SETTING, FILE WILL LATER JUST BE COPIED ON THIS MACHINE
3832                actionout[$i]=""
3833             fi
3834          fi
3835
3836
3837             # APPEND VIA SCP TO LOCAL HOST (ALWAYS IN BINARY MODE USING batch_scp option -m)
3838             # IF TARGET DIRECTORY DOES NOT EXISTS, TRY TO CREATE IT
3839          if [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
3840          then
3841             if [[ $localhost != $fromhost ]]
3842             then
3843                if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = nech ]]
3844                then
3845
3846                      # TRANSFER IN SEPERATE JOB
3847                      # FIRST COPY FILE TO TEMPORY DATA DIRECTORY
3848                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
3849                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
3850                   ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3851
3852                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
3853                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
3854
3855                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP in seperate job to"
3856                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}"
3857                   printf "\n              or higher cycle\n"
3858                   echo "batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_addres  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
3859
3860                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
3861
3862                   if [[ $localhost = nech ]]
3863                   then
3864                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3865                   else
3866                      if [[ $LOGNAME = b323013 ]]
3867                      then
3868                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3869                      else
3870                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3871                      fi
3872                   fi
3873
3874                else
3875
3876                      # TRANSFER WITHIN THIS JOB
3877                   transfer_failed=false
3878                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP to"
3879                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n"
3880                   if [[ $localhost = lccrayb ]]
3881                   then
3882                      ssh $usern@blogin1 "cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_addres  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3883                   elif [[ $localhost = lccrayh ]]
3884                   then
3885                      ssh $usern@hlogin1 "cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_addres  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3886                   else
3887                      batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username  $return_addres ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
3888                   fi
3889                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
3890
3891                      # IF TRANSFER FAILED, CREATE BACKUP COPY ON THIS MACHINE
3892                   if [[ $transfer_failed = true ]]
3893                   then
3894                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on this host under:\n"
3895                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
3896
3897                         # FIRST CHECK, IF DIRECTORY EXISTS, AND CREATE IT, IF NECESSARY
3898                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
3899                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
3900                      then
3901                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
3902                         printf "      $local_catalog \n"
3903                         mkdir -p  $local_catalog
3904                      fi
3905
3906                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
3907                      transfer_problems=true
3908                   fi
3909                fi
3910             else
3911
3912                   # RESET actionout. DUE TO THIS SETTING, FILE WILL LATER JUST BE APPENDED ON THIS MACHINE
3913                actionout[$i]=a
3914             fi
3915          fi
3916
3917
3918             # OUTPUT-FILE FOR A RESTART-RUN.
3919             # FILE IS MOVED TO THE TEMPORARY DATA DIRECTORY USING link COMMAND.
3920             # OPTION -f IS USED TO OVERWRITE EXISTING FILES.
3921             # AS LAST ACTION, ARCHIVING IS INITIATED.
3922          if [[ "${actionout[$i]}" = fl ]]
3923          then
3924             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
3925             chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
3926             if [[ $files_for_pes = false ]]
3927             then
3928                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
3929                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
3930                ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3931             else
3932                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/....  to"
3933                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
3934                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3935                cd ${localout[$i]}
3936                for file in $(ls *)
3937                do
3938                   ln -f $file $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3939                done
3940                cd $TEMPDIR
3941             fi
3942
3943
3944                # CREATE AND SUBMIT ARCHIVING-JOB
3945             if [[ $store_on_archive_system = true ]]
3946             then
3947
3948                if [[ $archive_system = asterix ]]
3949                then
3950                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
3951                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3952                   then
3953                      echo "stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
3954                   else
3955                      echo "stageout -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
3956                   fi
3957                   echo "cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"               >> archive_${frelout[$i]}
3958                   echo "if [[ \$(grep -c \"st.msg:150\"  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung) != 0 ]]" >> archive_${frelout[$i]}
3959                   echo "then"                                       >> archive_${frelout[$i]}
3960                   echo "   do_stageout=false"                       >> archive_${frelout[$i]}
3961                   echo "else"                                       >> archive_${frelout[$i]}
3962                   echo "   echo \"  +++ $filetyp ${frelout[$i]}  could not be stored on archive-system\" " >> archive_${frelout[$i]}
3963                   echo "   cat  /dev/null  >  ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname" >> archive_${frelout[$i]}
3964                   echo "   cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung  >  ~/job_queue/archive_${frelout[$i]}_error" >> archive_${frelout[$i]}
3965                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} will be copied to \$WORK as backup\" " >> archive_${frelout[$i]}
3966                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3967                   then
3968                      echo "   cp   ${frelout[$i]}  \$WORK"                    >> archive_${frelout[$i]}
3969                   else
3970                      echo "   cp -r  ${frelout[$i]}  \$WORK/${frelout[$i]}"   >> archive_${frelout[$i]}
3971                   fi
3972                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} saved\" " >> archive_${frelout[$i]}
3973                   echo "fi"                                         >> archive_${frelout[$i]}
3974                   echo "rm  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"              >> archive_${frelout[$i]}
3975                elif [[ $archive_system = DMF ]]
3976                then
3977                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
3978                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3979                   then
3980                      printf "\n  +++ archiving of single files impossible with $archive_system !\n"
3981                      locat=DMF
3982                      exit
3983                   else
3984                         # ??? nicht benötigte Archiv-Systeme entfernen ???
3985                         # FUER RECHNER IN JUELICH. DORT KOENNTEN AUCH
3986                         # EINZELNE DATEIEN GESICHERT WERDEN (SPAETER KORR.)
3987                      echo "rm -rf  \$ARCHIVE/${frelout[$i]}"     >> archive_${frelout[$i]}
3988                      echo "cp -r  ${frelout[$i]}  \$ARCHIVE"     >> archive_${frelout[$i]}
3989                   fi
3990                elif [[ $archive_system = tivoli ]]
3991                then
3992                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
3993                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3994                   then
3995                         # REMOVE EXISTING OLD FILES FROM THE ARCHIVE
3996                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
3997                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
3998                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3999                   else
4000
4001                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
4002                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
4003                      echo "[[ ! -d \$PERM/${frelout[$i]} ]] && mkdir $PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4004                      cd  $tmp_data_catalog
4005                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
4006                      cd -  > /dev/null
4007                      (( inode = 0 ))
4008                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
4009                      while (( inode < nodes ))
4010                      do
4011                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
4012                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
4013                         echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
4014                         (( inode = inode + 1 ))
4015                      done
4016                   fi
4017                elif [[ $archive_system = ut ]]
4018                then
4019                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
4020                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4021                   then
4022                         # REMOVE EXISTING OLD FILES FROM THE ARCHIVE
4023                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
4024                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4025                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4026                   else
4027
4028                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
4029                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
4030                      echo "[[ ! -d \$UT/${frelout[$i]} ]] && mkdir $UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4031                      cd  $tmp_data_catalog
4032                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
4033                      cd -  > /dev/null
4034                      (( inode = 0 ))
4035                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
4036                      while (( inode < nodes ))
4037                      do
4038                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
4039                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
4040                         echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
4041                         (( inode = inode + 1 ))
4042                      done
4043                   fi
4044                elif [[ $archive_system = none ]]
4045                then
4046                   printf "              +++ archiving on $localhost not available!\n"
4047                fi
4048
4049                if [[ $archive_system != none ]]
4050                then
4051                   if [[ $localhost = nech ]]
4052                   then
4053                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
4054                   fi
4055                   printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4056                fi
4057             else
4058                printf "              +++ caution: option -A is switched off. No archiving on $archive_system!\n"
4059             fi
4060
4061
4062                # CREATE AN EMPTY DIRECTORY IN THE USERS PERMANENT DIRECTORY,
4063                # IN ORDER TO NOTE THE RESPECTIVE CYCLE NUMBER ON THE ARCHIVE SYSTEM
4064                # RESTART-JOBS ARE USING THESE EMPTY-DIRECTORIES TO GET THE CURRENT HIGHEST
4065                # CYCLE NUMBER ON THE ARCHIVE SYSTEM (IN CASE THAT INFORMATIONS ARE DIFFICULT TO
4066                # TO ACCESS FROM THE ARCHIVE-SYSTEM DIRECTLY))
4067             if [[ $files_for_pes = false ]]
4068             then
4069                cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
4070             else
4071                mkdir -p  ${pathout[$i]}
4072             fi
4073
4074          fi
4075
4076
4077             # COPY FROM THIS HOST TO THE ARCHIVE-SYSTEM
4078             # IF ANY ARCHIVING FAILS, AN ERROR-FLAG-FILE IS SET
4079             # THIS FILE REMAINS TO BE SET, EVEN IF ARCHIVING OF FURTHER FILES IS SUCCESSFULL
4080          if [[ "${actionout[$i]}" = ar ]]
4081          then
4082             if [[ $files_for_pes = false ]]
4083             then
4084                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
4085                printf "\n              ${pathout[$i]}"
4086                printf "\n              File will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
4087             else
4088                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to"
4089                printf "\n              ${pathout[$i]}"
4090                printf "\n              Directory will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
4091             fi
4092             mv  ${localout[$i]}  ${frelout[$i]}
4093
4094             file_saved=false
4095
4096             if [[ $archive_system = asterix ]]
4097             then
4098                do_stageout=true
4099                (( stageout_anz = 0 ))
4100                while [[ $do_stageout = true ]]
4101                do
4102                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4103                   then
4104                      stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
4105                   else
4106                      stageout  -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
4107                   fi
4108                   cat  STAGE_OUTPUT
4109                   if [[ $(grep -c "st.msg:150"  STAGE_OUTPUT) != 0 ]]
4110                   then
4111                      file_saved=true
4112                      do_stageout=false
4113                   else
4114                      if [[ $files_for_pes = false ]]
4115                      then
4116                         printf "\n  +++ file ${frelout[$i]}  could not be saved on archive-system"
4117                      else
4118                         printf "\n  +++ directory ${frelout[$i]} could not be saved on archive-system"
4119                      fi
4120                      (( stageout_anz = stageout_anz + 1 ))
4121                      if (( stageout_anz == 10 ))
4122                      then
4123                         printf "\n  +++ stoped after 10 unsuccessful tries!"
4124                         archive_save=false
4125                         do_stageout=false
4126                      else
4127                         printf "\n  *** new try to store on archive after 15 min:"
4128                         sleep 900
4129                      fi
4130                   fi
4131                done
4132             elif [[ $archive_system = DMF ]]
4133             then
4134                if [[ $files_for_pes = false ]]
4135                then
4136                   printf "\n  +++ archiving of single files impossible on $archive_system!\n"
4137                   locat=DMF
4138                   exit
4139                else
4140                   rm -rf  $ARCHIVE/${frelout[$i]}
4141                   cp -r  ${frelout[$i]}  $ARCHIVE
4142                fi
4143                file_saved=true
4144             elif [[ $archive_system = tivoli ]]
4145             then
4146                   # ARCHIVING ONLY POSSIBLE VIA BATCH-JOB
4147                   # IN THE MEANTIME, FILE IS STORED IN THE TEMPORARY DATA DIRECTORY,
4148                   # BECAUSE MRUN'S CURRENT TEMPORARY WORKING DIRECTORY MAY ALREADY BE DELETED
4149                   # WHEN THE ARCHIVE-JOB IS EXECUTED
4150                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4151                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4152                if [[ $files_for_pes = false ]]
4153                then
4154                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4155                else
4156                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4157                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4158                fi
4159
4160                   # GENERATE AND SUBMIT BATCH-JOB
4161                   # FILE HAS TO BE DELETED FROM THE TEMPORARY DATA DIRECTORY
4162                   # DELETE OLD EXISTING FILES FROM THE ARCHIVE
4163                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
4164                if [[ $files_for_pes = false ]]
4165                then
4166                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4167                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4168                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
4169                else
4170                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4171                   echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4172                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
4173                fi
4174
4175                subjob  -v  -d  -q cdata  -X 0  -m 1000  -t 43200  -c $job_catalog  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
4176                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4177                file_saved=true
4178
4179             elif [[ $archive_system = ut ]]
4180             then
4181                   # ARCHIVING ONLY POSSIBLE VIA BATCH-JOB
4182                   # IN THE MEANTIME, FILE IS STORED IN THE TEMPORARY DATA DIRECTORY,
4183                   # BECAUSE MRUN'S CURRENT TEMPORARY WORKING DIRECTORY MAY ALREADY BE DELETED
4184                   # WHEN THE ARCHIVE-JOB IS EXECUTED
4185                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4186                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4187                if [[ $files_for_pes = false ]]
4188                then
4189                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4190                else
4191                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4192                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4193                fi
4194
4195                   # GENERATE AND SUBMIT BATCH-JOB
4196                   # FILE HAS TO BE DELETED FROM THE TEMPORARY DATA DIRECTORY
4197                   # DELETE OLD EXISTING FILES FROM THE ARCHIVE
4198                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
4199                if [[ $files_for_pes = false ]]
4200                then
4201                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4202                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4203                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
4204                else
4205                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4206                   echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4207                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
4208                fi
4209
4210                subjob  -v  -c /pf/b/$usern/job_queue  -d  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
4211                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4212                file_saved=true
4213
4214             else
4215                printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"  archiving impossible!"
4216                archive_save=false
4217             fi
4218
4219                # CREATE EMPTY FLAG-FILE OR -DIRECTORY
4220                # IN ORDER TO NOTE THE RESPECTIVE CYCLE NUMBER ON THE ARCHIVE SYSTEM
4221                # RESTART-JOBS ARE USING THESE EMPTY-DIRECTORIES TO GET THE CURRENT HIGHEST
4222                # CYCLE NUMBER ON THE ARCHIVE SYSTEM (IN CASE THAT INFORMATIONS ARE DIFFICULT TO
4223                # TO ACCESS FROM THE ARCHIVE-SYSTEM DIRECTLY))
4224             if [[ $file_saved = true ]]
4225             then
4226                if [[ $files_for_pes = false ]]
4227                then
4228                   cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
4229                else
4230                   mkdir -p  ${pathout[$i]}
4231                fi
4232             fi
4233
4234          fi
4235
4236             # APPEND ON THIS MACHINE
4237          if [[ "${actionout[$i]}" = "a" ]]
4238          then
4239             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
4240             then
4241                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
4242                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4243             else
4244                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}\n"
4245                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}
4246             fi
4247          fi
4248
4249             # COPY ON THIS MACHINE
4250             # COPY HAS TO BE USED, BECAUSE MOVE DOES NOT WORK IF FILE-ORIGIN AND TARGET ARE
4251             # ON DIFFERENT FILE-SYSTEMS
4252          if [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = false ]]
4253          then
4254
4255                # COPY IN CASE OF RUNS ON SINGLE CORES
4256             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
4257             then
4258                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
4259                if [[ $link_local_output = true ]]
4260                then
4261                    printf "      using ln -f\n"
4262                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4263                fi
4264                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
4265                if [[ ! -f "${pathout[$i]}.${extout[$i]}" ]]
4266                then
4267                    if [[ $link_local_output = true ]]
4268                    then
4269                        printf "      ln failed, using cp...\n"
4270                    fi
4271                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4272                fi
4273             else
4274                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}\n"
4275                if [[ $link_local_output = true ]]
4276                then
4277                    printf "      using ln -f\n"
4278                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4279                fi
4280                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
4281                if [[ ! -f "${pathout[$i]}" ]]
4282                then
4283                    if [[ $link_local_output = true ]]
4284                    then
4285                        printf "      ln failed, using cp...\n"
4286                    fi
4287                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4288                fi
4289             fi
4290
4291          elif [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = true ]]
4292          then
4293
4294                # FILES FROM THE DIFFERENT CORES ARE MOVED WITH ln-COMMAND TO THE PERMANENT DIRECTORY
4295                # AS A FIRST STEP, THE PERMANENT DIRECTORY IS CREATED
4296             printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to  ${pathout[$i]}\n"
4297             if [[ $link_local_output = true ]]
4298             then
4299                 printf "      using ln -f\n"
4300                 mkdir  ${pathout[$i]}
4301                 cd ${localout[$i]}
4302                 for file in $(ls *)
4303                 do
4304                   ln -f $file  ${pathout[$i]}
4305                 done
4306                 cd $TEMPDIR
4307             fi
4308
4309                # IF "ln -f" HAS FAILED OR IF "$link_local_output = false" DO A NORMAL COPY "cp -r"
4310             if [[ ! -f "${pathout[$i]}/_0000" ]]
4311             then
4312                 if [[ $link_local_output = true ]]
4313                 then
4314                     printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
4315                 fi
4316                 cp -r  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4317             fi
4318
4319          fi
4320       fi
4321    done
4322    if (( i != 0 ))
4323    then
4324       if [[ $transfer_problems = true ]]
4325       then
4326          printf "\n$dashes\n  *** OUTPUT-files saved"
4327          printf "\n  +++ WARNING: some data transfers failed! \n"
4328       else
4329          printf "\n$dashes\n  *** all OUTPUT-files saved \n"
4330       fi
4331    fi
4332
4333
4334       # IF REQUIRED, START A RESTART-JOB
4335       # FILE CONTINUE_RUN MUST HAVE BEEN CREATED BY THE EXECUTABLE (PALM)
4336    if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4337    then
4338
4339       if [[ $archive_save = true ]]
4340       then
4341
4342             # ADD RESTART-OPTIONS TO THE MRUN-CALL (IF THEY ARE NOT USED ALREADY):
4343             # -C TELLS MRUN THAT IT IS A RESTART-RUN
4344             # -v SILENT MODE WITHOUT INTERACTIVE QUERIES
4345             # -n BATCH-MODE (IMPORTANT ONLY IN CASE OF BATCH JOBS ON THE LOCAL MACHINE)
4346          [[ $(echo $mc | grep -c "\-C") = 0 ]]  &&  mc="$mc -C"
4347          [[ $(echo $mc | grep -c "\-v") = 0 ]]  &&  mc="$mc -v"
4348          [[ $(echo $mc | grep -c "\-b") = 0 ]]  &&  mc="$mc -b"
4349          if [[ $(echo $mc | grep -c "#") != 0 ]]
4350          then
4351             mc=`echo $mc | sed 's/#/f/g'`
4352          fi
4353
4354
4355             # START THE RESTART-JOB
4356          printf "\n\n  *** initiating restart-run on \"$return_addres\" using command:\n"
4357          echo "      $mc"
4358          printf "\n$dashes\n"
4359          if [[ $localhost != $fromhost ]]
4360          then
4361
4362             if [[ $localhost = lccrayh  ||  $localhost = nech  ||  $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku  ||  $localhost = ibms  ||  $localhost = lcflow  ||  $localhost = lckyu* ]]
4363             then
4364                echo "*** ssh will be used to initiate restart-runs!"
4365                echo "    return_addres=\"$return_addres\" "
4366                echo "    return_username=\"$return_username\" "
4367                if [[ $(echo $return_addres | grep -c "130.75.105") = 1 ]]
4368                then
4369                   if [[ $localhost = ibmh ]]
4370                   then
4371                      ssh $SSH_PORTOPT $usern@136.172.40.15 "ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;. /muksoft/packages/intel/bin/compilervars.sh intel64;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4372                   elif [[ $localhost = lccrayb ]]
4373                   then
4374                      ssh $usern@blogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;. /muksoft/packages/intel/bin/compilervars.sh intel64;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4375                   elif [[ $localhost = lccrayh ]]
4376                   then
4377                      ssh $usern@hlogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;. /muksoft/packages/intel/bin/compilervars.sh intel64;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4378
4379                   else
4380                      ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;. /muksoft/packages/intel/bin/compilervars.sh intel64;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4381                   fi
4382                else
4383                   if [[ $localhost = ibmkisti ]]
4384                   then
4385                      ssh $SSH_PORTOPT $usern@gaiad "ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4386                   elif [[ $localhost = lcflow ]]
4387                   then
4388                      /usr/bin/ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4389                   elif [[ $localhost = lccrayb ]]
4390                   then
4391                      ssh $usern@blogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4392                   elif [[ $localhost = lccrayh ]]
4393                   then
4394                      ssh $usern@hlogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4395                   else
4396                      ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4397                   fi
4398                fi
4399             else
4400                printf "\n  +++ no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
4401                locat=restart; exit
4402             fi
4403
4404                # WAIT TO ALLOW THE RESTART-JOB TO BE QUEUED, BEFORE THE CURRENT JOB IS FINISHED
4405             if [[ $queue = special1q ]]
4406             then
4407                sleep 120
4408             else
4409                sleep 30
4410             fi
4411
4412          else
4413
4414                # JOBS RUNNING (AND STARTED) ON THE LOCAL MACHINE CAN DIRECTLY CALL MRUN (WITHOUT
4415                # USING SSH)
4416             cd $LOCAL_PWD
4417             if [[ $localhost = lckyuh ]]
4418             then
4419                printf "\n  +++ WARNING: no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
4420                printf "\n               please restart job manually using command:\n"
4421                printf "\n               \"$mc\" "
4422             else
4423                eval  $mc                # THE ' MUST BE EVALUATED
4424             fi
4425             cd -  > /dev/null
4426          fi
4427          if [[ $localhost = lckyuh ]]
4428          then
4429             printf "\n$dashes\n  *** restart-run to be initiated manually\n"
4430          else
4431             printf "\n$dashes\n  *** restart-run initiated \n"
4432          fi
4433
4434
4435             # DELETE INPUT-(RESTART)FILES, WHICH HAVE BEEN FETCHED FROM THE TEMPORARY DATA
4436             # DIRECTORY, BACAUSE THEY ARE NOT REQUIRED BY THE RESTART-JOB.
4437             # THIS IS DONE IN ORDER TO AVOID EXCEEDING DISC QUOTAS OR DISC SPACE (RESTART-FILES
4438             # MAY BE VERY HUGE)
4439          (( i = 0 ))
4440          while (( i < iin ))
4441          do
4442             (( i = i + 1 ))
4443             if [[ "${got_tmp[$i]}" = true   &&  $keep_data_from_previous_run = false ]]
4444             then
4445                rm -r  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
4446             fi
4447          done
4448
4449       else
4450
4451          printf "\n  +++ no restart-run possible, since errors occured"
4452          printf "\n      during the archive process"
4453       fi
4454
4455    fi
4456
4457
4458   
4459       # SEND EMAIL NOTIFICATION ABOUT THE FINISHED RUN
4460    if [[ "$email_notification" != "none" ]]
4461    then
4462
4463       if [[ $localhost != $fromhost ]]
4464       then
4465          if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4466          then
4467             echo "PALM restart run necessary"        >   email_text
4468             echo "description header of actual run:" >>  email_text
4469             cat  CONTINUE_RUN                        >>  email_text
4470             echo "mrun-command to restart:"          >>  email_text
4471             echo "$mc"                               >>  email_text
4472          else
4473             echo "PALM run with base filename \"$fname\" on host \"$localhost\" finished"  >  email_text
4474          fi
4475          mail  $email_notification  <  email_text
4476          printf "\n  *** email notification sent to \"$email_notification\" "
4477       fi
4478    fi
4479
4480
4481
4482       # ALL ACTIONS FINISHED, TEMPORARY WORKING-DIRECTORY CAN BE DELETED
4483    cd  $HOME
4484    [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
4485
4486 else
4487
4488
4489       # PREPARING ACTIONS,
4490       # IF A BATCH-JOB IS TO BE GENERATED AND STARTED ON A REMOTE-MACHINE GERECHNET
4491
4492       # BUILD THE MRUN-COMMAND TO BE CALLED IN THE BATCH-JOB ON THE REMOTE-MACHINE
4493    mrun_com="$mrun_script_name -a $afname -c $config_file -d $fname -h $host -H $fromhost -m $memory -t $cpumax -q $queue -R $return_addres -U $return_username -u $remote_username"
4494    [[ "$cpp_opts" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -D \"$cpp_opts\""
4495    [[ "$global_revision" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -G \"$global_revision\""
4496    [[ $group_number != none ]]   &&  mrun_com=${mrun_com}" -g $group_number"
4497    [[ $do_compile = true ]]      &&  mrun_com=${mrun_com}" -s \"$source_list\""
4498    [[ "$input_list" != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -i \"$input_list\""
4499    [[ $ignore_archive_error = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -I"
4500    [[ $keep_data_from_previous_run = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -k"
4501    [[ "$additional_conditions" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -K \"$additional_conditions\""
4502    [[ "$output_list" != "" ]]    &&  mrun_com=${mrun_com}" -o \"$output_list\""
4503    [[ "$read_from_config" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -S"
4504    [[ $do_trace = true ]]        &&  mrun_com=${mrun_com}" -x"
4505    [[ "$numprocs" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -X $numprocs"
4506    if [[ $use_openmp = true ]]
4507    then
4508       mrun_com=${mrun_com}" -O $threads_per_task"
4509    fi
4510    [[ "$tasks_per_node" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -T $tasks_per_node"
4511    [[ $store_on_archive_system = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -A"
4512    [[ $package_list != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -p \"$package_list\""
4513    [[ $return_password != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -P $return_password"
4514    [[ $delete_temporary_catalog = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -B"
4515    [[ $node_usage != default  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla"  &&  $node_usage != novice ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -n $node_usage"
4516    [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -y"
4517    [[ $run_coupled_model = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Y \"$coupled_dist\""
4518    [[ "$check_namelist_files" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -z"
4519    [[ "$combine_plot_fields" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Z"
4520    [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -w $max_par_io_str"
4521    if [[ $do_remote = true ]]
4522    then
4523       printf "\n>>>> MRUN-command on execution host:\n>>>> $mrun_com \n"
4524    fi
4525
4526
4527       # CREATE EXECUTABLE FOR BATCH JOB
4528    if [[ $create_executable_for_batch = true  &&  $restart_run != true ]]
4529    then
4530
4531       printf "\n  *** creating the executable for batch job\n"
4532
4533          # METHOD ONLY WORKS FOR BATCH JOBS ON LOCAL HOSTS
4534       if [[ $host != $localhost ]]
4535       then
4536          printf "\n  +++ creation of executables is only allowed for batch jobs on local hosts."
4537          printf "\n      Please set create_executable_for_batch = false in the config-file.\n"
4538          locat=create_executable; exit
4539       fi
4540
4541       mkdir  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
4542       cd  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
4543
4544       cp  $make_depository  .
4545       tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
4546       cp  ../*  .   >  /dev/null  2>&1
4547
4548       make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
4549
4550       if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
4551       then
4552          printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
4553          locat=compile
4554          exit
4555       fi
4556
4557       mv  a.out  ..
4558       cd -  >  /dev/null  2>&1
4559       rm -rf  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
4560
4561       printf "  *** executable created in \"$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}\"\n "
4562
4563    fi
4564
4565
4566       # BUILD THE JOB-SCRIPTS ON FILE jobfile
4567    jobfile=jobfile.$RANDOM
4568
4569
4570       # CREATE TEMPORARY DIRECTORY AND SWITCH TO IT
4571    echo  "mkdir  $TEMPDIR"      >>  $jobfile
4572    echo  "cd  $TEMPDIR"         >>  $jobfile
4573
4574
4575       # ACTIVATE ERROR-TRACEBACK
4576    if [[ $do_trace = true ]]
4577    then
4578       echo  "set -x"                                    >>  $jobfile
4579    else
4580       echo  "set +vx"                                   >>  $jobfile
4581    fi
4582
4583
4584       # INITIALIZE THE ENVIRONMENT AND LOAD MODULES
4585    if [[ "$init_cmds" != "" ]]
4586    then
4587       echo  "$init_cmds"        >>  $jobfile
4588    fi
4589    if [[ "$module_calls" != "" ]]
4590    then
4591       echo  "$module_calls"     >>  $jobfile
4592    fi
4593
4594
4595       # PROVIDE SOURCE-CODE FILES, MRUN-SCRIPT AND CONFIGURATION-FILE FOR THE JOB
4596       # then-CLAUSE: FILES ARE COLLECTED IN THE SOURCES_FOR_RUN_... DIRECTORY ON THE LOCAL HOST,
4597       #              WHICH IS THEN FETCHED FROM THE BATCH-JOB BY USING cp/scp
4598       #              THE SOURCE-CODE FILES ALREADY EXIST IN THIS DIRECTORY
4599       # else-CLAUSE: FILE-CONTENTS ARE PUT INTO THE JOB-FILE AS HERE-DOCUMENTS
4600       #              THIS MAY CREATE A QUITE LARGE JOB-FILE, WHICH CAN CAUSE PROBLEMS WITH SOME
4601       #              QUEUEING-SYSTEMS
4602    if [[ $host = ibmkisti  ||  $host = lccrayb  ||  $host = lccrayf  ||  $host = lccrayh ]]
4603    then
4604
4605          # COPY CONFIGURATION-FILE AND MRUN-SCRIPT INTO THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY
4606       if [[ $restart_run != true ]]
4607       then
4608          cp  $config_file  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4609          cp  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4610       fi
4611
4612          # COPY THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY FROM THE LOCAL HOST TO THE JOB VIA scp
4613          # (then-CLAUSE: JOBS ON THE LOCAL HOST CAN JUST USE cp)
4614       echo  "set -x"  >>  $jobfile
4615       if [[ $host = $localhost ]]
4616       then
4617
4618             # DUE TO UNKNOWN REASONS, COPY WITH cp COMMAND CREATES CORRUPT
4619             # FILES ON CRAY XC30 SYSTEMS (CSC HELSINKI), rsync IS USED INSTEAD
4620          if [[ $(echo $host | cut -c1-6) = lccray ]]
4621          then
4622             echo  "rsync -av -t  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname  ."  >>  $jobfile
4623          else
4624             echo  "cp -r  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname  ."  >>  $jobfile
4625          fi
4626
4627       else
4628          if [[ $host = ibmkisti ]]
4629          then
4630                # ON KISTI'S IBM FIREWALL IS ONLY OPENED ON INTERACTIVE NODE
4631             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
4632             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@gaiad \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
4633          elif [[ $host = lccrayb ]]
4634          then
4635             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
4636             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@blogin1 \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
4637          elif [[ $host = lccrayh ]]
4638          then
4639             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
4640             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@hlogin1 \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
4641
4642          else
4643             echo  "scp $PORTOPT -r $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname ."  >>  $jobfile
4644          fi
4645       fi
4646       echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                      >>  $jobfile
4647
4648          # MOVE MRUN-SCRIPT AND CONFIGURATION-FILE FROM THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY TO THE
4649          # WORKING DIRECTORY OF THE JOB
4650       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$config_file  . "       >>  $jobfile
4651       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$mrun_script_name  . "  >>  $jobfile
4652       echo  "chmod u+rwx  $mrun_script_name"                    >>  $jobfile
4653       echo  "execute_mrun=true"                                 >>  $jobfile
4654       echo  " "                                                 >>  $jobfile
4655
4656    else
4657
4658          # PROVIDE SOURCE-CODE FILES AND MAKEFILE AS HERE DOCUMENT
4659       if [[ $do_compile = true ]]
4660       then
4661
4662          source_catalog=SOURCES_FOR_RUN_$fname
4663
4664              # CREATE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY TO STORE THE SOURCE CODE FILES AND THE MAKEFILE
4665          echo  "mkdir  SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4666          echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                 >>  $jobfile
4667          echo  "cd     SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4668
4669          for  filename  in  $source_list
4670          do
4671                # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
4672             echo  "cat > $filename << \"%END%\""              >>  $jobfile
4673             cat   $source_catalog/$filename                   >>  $jobfile
4674             echo  " "                                         >>  $jobfile
4675             echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4676             echo  " "                                         >>  $jobfile
4677          done
4678
4679             # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
4680          echo  "cat > Makefile << \"%END%\""               >>  $jobfile
4681          cat   $source_catalog/Makefile                    >>  $jobfile
4682          echo  " "                                         >>  $jobfile
4683          echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4684          echo  " "                                         >>  $jobfile
4685
4686          echo  "cd -  > /dev/null"                         >>  $jobfile
4687
4688       fi
4689
4690
4691          # PROVIDE THE CONFIGURATION-FILE AS HERE-DOCUMENT
4692          # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
4693          # LINES WITH #$ IN THE CONFIGURATION-FILE, COMING FROM THE SVN KEYWORD SUBSTITUTION,
4694          # ARE REMOVED FROM THE FILE IN ORDER TO AVOID PROBLEMS WITH THE SGE BATCH SYSTEM
4695       echo  "cat > $config_file << \"%END%\""      >>  $jobfile
4696       if [[ $host = lckyuh ]]
4697       then
4698             # NO CROSS-COMPILER ON COMPUTE NODE
4699          sed  's/frtpx/frt/g'  $config_file        >>  $jobfile
4700       else
4701          sed 's/#$.*//g'   $config_file            >>  $jobfile
4702       fi
4703       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
4704       echo  " "                                    >>  $jobfile
4705
4706
4707          # PROVIDE THE MRUN-SCRIPTS AS HERE-DOCUMENT
4708          # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
4709       echo  "cat > $mrun_script_name <<\"%END%\""  >>  $jobfile
4710       if [[ $host = lckyuh ]]
4711       then
4712          sed 's/\/bin\/ksh/\/bin\/bash/g' ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  >>  $jobfile
4713       else
4714          cat  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name        >>  $jobfile
4715       fi
4716       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
4717       echo  "chmod u+x $mrun_script_name"          >>  $jobfile
4718       echo  "execute_mrun=true"                    >>  $jobfile
4719       echo  " "                                    >>  $jobfile
4720
4721    fi
4722
4723
4724       # GET REQUIRED INPUT-FILES BY SCP OR BY SENDING THEM WITH THE JOB AS HERE-DOCUMENT
4725       # PUT THESE FILES INTO THE USER'S RESPECTIVE PERMANENT DIRECTORIES ON THE REMOTE-HOST
4726       # IF THE DIRECTORIES DO NOT EXIST, TRY TO CREATE THEM
4727    if [[ $do_remote = true ]]
4728    then
4729       (( i = 0 ))
4730       while (( i < iin ))
4731       do
4732          (( i = i + 1 ))
4733          echo  "[[ ! -d ${pathin[$i]} ]]  &&  mkdir -p  ${pathin[$i]}"  >>  $jobfile
4734          if [[ "${transin[$i]}" = job ]]
4735          then
4736             echo  "cat > ${remotepathin[$i]} <<\"%END%\""    >>  $jobfile
4737             eval cat   ${pathin[$i]}/${frelin[$i]}           >>  $jobfile
4738             echo  " "                                        >>  $jobfile
4739             echo  "%END%"                                    >>  $jobfile
4740          else
4741             echo  "batch_scp $PORTOPT -b -o -g -s -u $return_username $return_addres ${remotepathin[$i]} \"${pathin[$i]}\" ${frelin[$i]}" >>  $jobfile
4742          fi
4743
4744             # CHECK, IF FILE COULD BE CREATED
4745          echo  "if [[ \$? = 1 ]]"                    >>  $jobfile
4746          echo  "then"                                >>  $jobfile
4747          echo  "   echo \" \" "                      >>  $jobfile
4748          echo  "   echo \"+++ file ${remotepathin[$i]} could not be created\" "   >>  $jobfile
4749          echo  "   echo \"    please check, if directory exists on $host!\" "  >>  $jobfile
4750          echo  "   echo \"+++ MRUN will not be continued\" "  >>  $jobfile
4751          echo  "   execute_mrun=false"               >>  $jobfile
4752          echo  "fi"                                  >>  $jobfile
4753       done
4754    fi
4755
4756       # PROVIDE NAME OF THE CURRENT WORKING-DIRECTORY ON THE LOCAL MACHINE (FROM WHERE THE JOB IS
4757       # STARTED) BY SETTING AN ENVIRONMENT-VARIABLE. THIS INFORMATION IS USED IN THE JOB BY MRUN
4758       # IN CASE THAT RESTART-RUNS HAVE TO BE GENERATED
4759    echo  "LOCAL_PWD=$working_directory"                >>  $jobfile
4760    echo  "export LOCAL_PWD"                            >>  $jobfile
4761
4762       # PROVIDE THE PATH OF THE LOCAL MRUN-SCRIPT FOR THE SAME REASON
4763    echo  "LOCAL_MRUN_PATH=$PALM_BIN"                   >>  $jobfile
4764    echo  "export LOCAL_MRUN_PATH"                      >>  $jobfile
4765
4766       # lcflow ALSO REQUIRES TO PROVIDE PATH FOR THE PALM-SCRIPTS
4767    if [[ $host = lcflow  ||  $localhost = lcflow ]]
4768    then
4769       echo  "export PALM_BIN=$PALM_BIN" | sed -e 's:'$HOME':$HOME:'   >>  $jobfile
4770       echo  "export PATH=\$PATH:\$PALM_BIN"              >>  $jobfile
4771    fi
4772
4773       # CALL MRUN WITHIN THE JOB (SETTING QUEUE IS A WORKAROUND FOR ibmkisti)
4774       # AS FINAL ACTION, REMOVE THE TEMPORARY DIRECTORY CREATED AT THE BEGINNING OF THE JOB
4775    echo  "set -x"                                        >>  $jobfile
4776    echo  "queue=$queue"                                  >>  $jobfile
4777    echo  "[[ \$execute_mrun = true ]]  &&  ./$mrun_com"  >>  $jobfile
4778    echo  'ls -al; echo `pwd`'                            >>  $jobfile
4779    echo  "cd \$HOME"                                     >>  $jobfile
4780    echo  "rm -rf  $TEMPDIR"                              >>  $jobfile
4781
4782
4783
4784
4785       # START THE JOB USING SUBJOB-COMMAND
4786    if [[ $silent = false ]]
4787    then
4788       printf "\n     "
4789    else
4790       printf "\n\n"
4791    fi
4792
4793    subjob  $job_on_file  -h $host  -u $remote_username -g $group_number -q $queue  -m $memory  -N $node_usage -t $cpumax  $XOPT  $TOPT  $OOPT  -n $fname  -v  -c $job_catalog  -e $email_notification  $PORTOPT  $jobfile
4794    rm -rf  $jobfile
4795
4796
4797 fi  # END OF REMOTE-PART
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.