source: palm/trunk/SCRIPTS/mrun @ 1328

Last change on this file since 1328 was 1328, checked in by maronga, 8 years ago

last commit documented

  • Property svn:keywords set to Id Rev
File size: 174.6 KB
Line 
1#!/bin/ksh
2
3# mrun - script for running PALM jobs
4
5#--------------------------------------------------------------------------------#
6# This file is part of PALM.
7#
8# PALM is free software: you can redistribute it and/or modify it under the terms
9# of the GNU General Public License as published by the Free Software Foundation,
10# either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
11#
12# PALM is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
13# WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR
14# A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
15#
16# You should have received a copy of the GNU General Public License along with
17# PALM. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
18#
19# Copyright 1997-2014  Leibniz Universitaet Hannover
20#--------------------------------------------------------------------------------#
21#
22# Current revisions:
23# ------------------
24#
25#
26# Former revisions:
27# -----------------
28# $Id: mrun 1328 2014-03-21 11:00:33Z maronga $
29#
30# 1320 2014-03-20 08:40:49Z raasch
31# check namelist file set false by default
32#
33# 1304 2014-03-12 10:29:42Z raasch
34# ulimit option changed from -Ss to -s
35#
36# bugfix: missing "fi" in r1289
37#
38# 1289 2014-03-04 07:12:34Z raasch
39# comments translated to English
40# necriam-, fimm-, ibmy-, and sgi-specific code removed
41# export of variables for palm and interpret_config removed
42#
43# 1281 2014-02-01 07:55:49Z raasch
44# rsync-copy restricted to Cray machines, since command is unavailable on some
45# other systems
46#
47# 1279 2014-01-28 12:10:14Z raasch
48# tasks_per_node must not be an integral divisor of numprocs any more. This was done
49# in order to remove annoying restrictions concerning the number of processors which
50# appear on machines with larger nodes (e.g. containing 24 cores). Now without this
51# restriction, one of the nodes will be filled with less than the given number of
52# tasks per node. A respective warning is given.
53#
54# 1274 2014-01-09 13:14:54Z heinze
55# adjustments for lccrayh
56#
57# 1272 2014-01-08 10:19:32Z witha
58# small adjustment for lcflow
59#
60# 1270 2013-12-16 11:05:01Z fricke
61# call of combine_plot_fields adjusted for lccrayb/lccrayh
62#
63# 1255 2013-11-07 14:43:35Z raasch
64# further adjustments for lccrayb remote access
65#
66# 1241 2013-10-30 11:36:58Z heinze
67# Enable use of nudging input and input of large scale forcing from
68# external files
69#
70# 1229 2013-09-20 06:55:19Z raasch
71# further adjustments for lccrayb
72#
73# 1224 2013-09-16 07:27:23Z raasch
74# first adjustments for lccrayb
75#
76# 1210 2013-08-14 10:58:20Z raasch
77# fftw support added
78#
79# 1201 2013-07-10 16:17:59Z witha
80# adjustments for Forwind cluster (lcflow)
81#
82# 1199 2013-07-05 14:52:22Z raasch
83# adjustments for CSC Helsinki (lccrayf),
84# executables for batch jobs can be created in advance, in order to avoid calling
85# the compiler within the batch job (only works if batch jobs are submitted on
86# local host)
87#
88# 1190 2013-06-25 09:39:21Z heinze
89# enable use of automatic restarts for ibmh
90# use of cluster/express queue enabled (ibmh)
91#
92# 1124 2013-04-09 15:46:52Z raasch
93# variable "memory" is exported via typeset option -x, because otherwise an unknown
94# side effect may lead to data loss while getopts is reading the script-option arguments
95#
96# 1122 2013-04-09 08:37:16Z heinze
97# Bugfix: change type of variable last_char
98#
99# 1119 2013-04-05 15:11:19Z raasch
100# Bugfix for setting -T option for subjob
101#
102# 1108 2013-03-05 07:03:32Z raasch
103# bugfix for coupled runs on lckyut/lckyuh
104#
105# 1106 2013-03-04 05:31:38Z raasch
106# --stdin argument for mpiexec on lckyuh
107# -y and -Y settings output to header
108#
109# 1103 2013-02-20 02:15:53Z raasch
110# default script runs again under ksh, because of unsolved problems with read
111# from stdin: when bash script is called from a ksh, message "read error: 0:
112# Resource temporarily unavailable" appears and script does not stop,
113# further bash compatibility adjustments,
114# shebang line replaced by /bin/bash when running jobs on lckyuh; no restarts
115# on lckyuh, but mrun does not terminate and issues a warning instead
116#
117# 1101 2013-02-17 10:20:21Z raasch
118# script now running under bash instead of ksh, which required small adjustments
119# (output formatting with printf instead "typeset -L/-R", print replaced by echo,
120# read from stdin),
121# cross compilername on lckyuh compute nodes replaced by real compiler name
122#
123# 1099 2013-02-10 01:47:43Z raasch
124# adjustments for Kyushu-University computing center (lckyuh - hayaka)
125# and for Forwind cluster (lcflow)
126# small further adjustments for lckyut
127#
128# 1094 2013-02-03 01:52:12Z raasch
129# explicit ssh/scp port can be set in config file with environment variable
130# scp_port.  This port is handled to all ssh/scp/batch_scp calls.
131# decalpha parts (yonsei) removed
132#
133# 2013-02-02 07:06:13Z raasch
134# adjustments for Kyushu-University computing center (lckyut - tatara)
135#
136# 1083 2013-01-04 10:22:09Z maronga
137# bugfix in parameter file check (read %cpp_options was missing)
138#
139# 1069 2012-11-28 16:18:43Z maronga
140# bugfix: coupling mode was always set to mpi2, typos removed
141#
142# 1058 2012-11-21 07:00:35Z raasch
143# Intel inspector (inspxe) is given the number of PEs instead of the number of
144# nodes
145#
146# 1046 2012-11-09 14:38:45Z maronga
147# code put under GPL (PALM 3.9)
148#
149# 21/03/94 - Siggi - first version finished
150# 03/03/94 - Siggi - script development started
151#
152#--------------------------------------------------------------------------------#
153# mrun - script for running PALM jobs
154#--------------------------------------------------------------------------------#
155
156
157 
158    # DECLARATION OF VARIABLES AND THEIR DEFUALT VALUES
159
160 set +o allexport    # SUPPRESS EXPORT OF ALL VARIABLES, SINCE IN THE PAST THIS
161                     # LES TO PROBLEMS IN ROUTINES CALLED BY MRUN
162                     # (TOO MANY ARGUMENTS - PROBLEM)
163 set +o noclobber    # EXISTING FILES ARE ALLOWED TO BE OVERWRITTEN
164
165 AddFilenames=""
166 additional_conditions=""
167 add_source_path=""
168 afname=""
169 archive_save=true
170 archive_system=none
171 check_namelist_files=false
172 combine_plot_fields=true
173 compiler_name=""
174 cond1=""
175 cond2="" 
176 config_file=.mrun.config
177 coupled_dist=""
178 coupled_mode="mpi1"
179 cpp_opts=""
180 cpp_options=""
181 cpumax=0
182 cpurest=0
183 create_executable_for_batch=false
184 delete_temporary_catalog=true
185 do_batch=false
186 do_compile=true
187 do_remote=false
188 do_stagein=true
189 do_stageout=true
190 do_trace=false
191 email_notification="none"
192 exclude=""
193 executable=""
194 execution_error=false
195 fftw_inc=""
196 fftw_lib=""
197 fftw_support=false
198  fname=test
199 fromhost=""
200 global_revision=""
201 group_number=none
202 host=""
203 host_file=""
204 hp=""
205 ignore_archive_error=false
206 input_list=""
207 interpreted_config_file=""
208 job_catalog="~/job_queue"
209 job_on_file=""
210 keep_data_from_previous_run=false
211 link_local_input=false
212 link_local_output=false
213 localhost_realname=$(hostname)
214 local_dvrserver_running=.FALSE.
215 locat=normal
216 mainprog=""
217 makefile=""
218 max_par_io_str=""
219 mc=$0
220 while [[ $(echo $mc | grep -c "/") != 0 ]]
221 do
222    mc=`echo $mc | cut -f2- -d"/"`
223 done
224 module_calls=""
225 mrun_script_name=$mc
226 netcdf_inc=""
227 netcdf_lib=""
228 netcdf_support=false
229 node_usage=default
230 numprocs=""
231 numprocs_atmos=0
232 numprocs_ocean=0
233 OOPT=""
234 openmp=false
235 output_list=""
236 package_list=""
237 queue=none
238 read_from_config=""
239 restart_run=false
240 if [[ `hostname` = rte10 ]]
241 then
242    return_addres=133.5.185.60
243    echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
244 elif [[ `hostname` = climate0 ]]
245 then
246    return_addres=165.132.26.68
247    echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
248 elif [[ `hostname` = urban00 ]]
249 then
250    return_addres=147.46.30.151
251    echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
252 else
253    return_addres=$(nslookup `hostname` 2>&1 | grep "Address:" | tail -1 | awk '{print $2}')
254 fi
255 return_password=""
256 return_username=$LOGNAME
257 remotecall=false
258 remote_username=""
259 run_coupled_model=false
260 run_mode=""
261 store_on_archive_system=false
262 dashes="  ----------------------------------------------------------------------------"
263 silent=false
264 source_list=""
265 source_path=SOURCE
266 tasks_per_node=""
267 threads_per_task=1
268 tmpcreate=false
269 tmp_data_catalog=""
270 transfer_problems=false
271 usern=$LOGNAME
272 use_openmp=false
273 version="MRUN  2.1 Rev$Rev: 1328 $"
274 working_directory=`pwd`
275 TOPT=""
276 XOPT=""
277 zeit=$( date | cut -c 12-19 )
278
279 typeset -i  iec=0 iic=0 iin=0 ioc=0 iout=0 stagein_anz=0 stageout_anz=0
280 typeset -x -i  memory=0   # HAS TO BE EXPORTED HERE, OTHERWISE AN UNKNOWN SIDE
281                           # SIDE EFFECT MAY CAUSE DATA LOSS WHEN GETOPTS IS READING THE
282                           # SCRIPT-OPTION ARGUMENTS
283 typeset -i  cputime i ii iia iii iio icycle inode ival jobges jobsek last_char_int maxcycle minuten nodes pes remaining_pes sekunden tp1
284
285
286
287    # ERROR HANDLING IN CASE OF EXIT
288 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
289       if [[ $locat != normal  &&  $locat != control_c ]]
290       then
291
292              # CARRY OUT ERROR-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE (EC:)
293          (( i = 0 ))
294          while (( i < iec ))
295          do
296             (( i = i + 1 ))
297             printf "\n  *** Execution of ERROR-command:\n"
298             printf "  >>> ${err_command[$i]}\n"
299             eval  ${err_command[$i]}
300          done
301          if [[ -n $interpreted_config_file ]]
302          then
303             rm -rf  $interpreted_config_file
304          fi
305          if [[ -n .mrun_environment ]]
306          then
307             rm -rf  .mrun_environment
308          fi
309          if [[ $tmpcreate = true ]]
310          then
311             printf "\n  *** Contents of \"$TEMPDIR\":\n"
312             ls -al; cd
313             [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
314          fi
315          if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
316          then
317             echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
318             kill $dvrserver_id
319          fi
320          if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
321          then
322             rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
323          fi
324          printf "\n\n+++ MRUN killed \n\n"
325       elif [[ $locat != control_c ]]
326       then
327          printf "\n\n --> all actions finished\n\n"
328          printf "     Bye, bye $usern !!\n\n"
329       fi' exit
330
331
332    # ACTIONS IN CASE OF TERMINAL-BREAK (CONTROL-C):
333 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
334       rm -rf  $working_directory/tmp_check_namelist_files
335       [[ $tmpcreate = true ]]  &&  (cd; rm -rf $TEMPDIR)
336       if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
337       then
338          rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
339       fi
340       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
341       then
342          echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
343          kill $dvrserver_id
344       fi
345       printf "\n+++ MRUN killed by \"^C\" \n\n"
346       locat=control_c
347       exit
348      ' 2
349
350
351    # CHECK IF THE PATH FOR THE PALM BINARIES (SCRIPTS+UTILITY-PROGRAMS) HAS
352    # BEEN SET
353 if [[ "$PALM_BIN" = "" ]]
354 then
355    printf "\n  +++ environment variable PALM_BIN has not been set"
356    printf "\n      please set it to the directory where the PALM scripts are located"
357    locat=palm_bin; exit
358 fi
359 export PATH=$PALM_BIN:$PATH
360
361
362
363    # READ SHELLSCRIPT-OPTIONS AND REBUILD THE MRUN-COMMAND STRING (MC),
364    # WHICH WILL BE USED TO START RESTART-JOBS
365 while  getopts  :a:AbBc:Cd:D:Fg:G:h:H:i:IkK:m:M:n:o:O:p:P:q:r:R:s:St:T:u:U:vw:xX:yY:zZ option
366 do
367   case  $option  in
368       (a)   afname=$OPTARG;;
369       (A)   store_on_archive_system=true; mc="$mc -A";;
370       (b)   do_batch=true; mc="$mc -b";;
371       (B)   delete_temporary_catalog=false; mc="$mc -B";;
372       (c)   config_file=$OPTARG; mc="$mc -c$OPTARG";;
373       (C)   restart_run=true; mc="$mc -C";;
374       (d)   fname=$OPTARG; mc="$mc -d$OPTARG";;
375       (D)   cpp_opts="$cpp_opts $OPTARG"; mc="$mc -D'$OPTARG'";;
376       (F)   job_on_file="-D"; mc="$mc -F";;
377       (g)   group_number=$OPTARG; mc="$mc -g$OPTARG";;
378       (G)   global_revision=$OPTARG; mc="$mc -G'$OPTARG'";;
379       (h)   host=$OPTARG; mc="$mc -h$OPTARG";;
380       (H)   fromhost=$OPTARG; mc="$mc -H$OPTARG";;
381       (i)   input_list=$OPTARG; mc="$mc -i'$OPTARG'";;
382       (I)   ignore_archive_error=true; mc="$mc -I";;
383       (k)   keep_data_from_previous_run=true; mc="$mc -k";;
384       (K)   additional_conditions="$OPTARG"; mc="$mc -K'$OPTARG'";;
385       (m)   memory=$OPTARG; mc="$mc -m$OPTARG";;
386       (M)   makefile=$OPTARG; mc="$mc -M$OPTARG";;
387       (n)   node_usage=$OPTARG; mc="$mc -n$OPTARG";; 
388       (o)   output_list=$OPTARG; mc="$mc -o'$OPTARG'";;
389       (O)   use_openmp=true; threads_per_task=$OPTARG; mc="$mc -O$OPTARG";;
390       (p)   package_list=$OPTARG; mc="$mc -p'$OPTARG'";;
391       (P)   return_password=$OPTARG; mc="$mc -P$OPTARG";;
392       (q)   queue=$OPTARG; mc="$mc -q$OPTARG";;
393       (r)   run_mode=$OPTARG; mc="$mc -r'$OPTARG'";;
394       (R)   remotecall=true;return_addres=$OPTARG; mc="$mc -R$OPTARG";;
395       (s)   source_list=$OPTARG; mc="$mc -s'$OPTARG'";;
396       (S)   read_from_config=false; mc="$mc -S";;
397       (t)   cpumax=$OPTARG; mc="$mc -t$OPTARG";;
398       (T)   mrun_tasks_per_node=$OPTARG; mc="$mc -T$OPTARG";;
399       (u)   remote_username=$OPTARG; mc="$mc -u$OPTARG";;
400       (U)   return_username=$OPTARG; mc="$mc -U$OPTARG";;
401       (v)   silent=true; mc="$mc -v";;
402       (w)   max_par_io_str=$OPTARG; mc="$mc -w$OPTARG";;
403       (x)   do_trace=true;set -x; mc="$mc -x";;
404       (X)   numprocs=$OPTARG; mc="$mc -X$OPTARG";;
405       (y)   ocean_file_appendix=true; mc="$mc -y";;
406       (Y)   run_coupled_model=true; coupled_dist=$OPTARG; mc="$mc -Y'$OPTARG'";;
407       (z)   check_namelist_files=false; mc="$mc -z";;
408       (Z)   combine_plot_fields=false; mc="$mc -Z";;
409       (\?)  printf "\n  +++ unknown option $OPTARG \n"
410             printf "\n  --> type \"$0 ?\" for available options \n"
411             locat=parameter;exit;;
412   esac
413 done
414
415
416    # SKIP GIVEN OPTIONS TO READ POSITIONAL PARAMETER, IF GIVEN
417    # CURRENTLY ONLY PARAMETER ? (TO OUTPUT A SHORT COMMAND INFO) IS ALLOWED
418 (( to_shift = $OPTIND - 1 ))
419 shift $to_shift
420
421    # PRINT SHORT DESCRIPTION OF MRUN OPTIONS
422 if [[ "$1" = "?" ]]
423 then
424   (printf "\n  *** mrun can be called as follows:\n"
425    printf "\n      $mrun_script_name  -b -c.. -d.. -D.. -f.. -F -h.. -i.. -I -K.. -m.. -o.. -p.. -r.. -R -s.. -t.. -T.. -v -x -X.. -y -Y.. -z -Z <modus> \n"
426    printf "\n      Description of available options:\n"
427    printf "\n      Option  Description                              Default-Value"
428    printf "\n        -a    base name of input files                 equiv. -d"
429    printf "\n        -A    archiving when using file-attribute fl"
430    printf "\n        -b    batch-job on local machine               ---"
431    printf "\n        -B    do not delete temporary directory at end ---"
432    printf "\n        -c    configuration file                       .mrun.config"
433    printf "\n        -d    base name of files attached to program   test"
434    printf "\n        -D    preprocessor(cpp)-directives             \"\" "
435    printf "\n        -F    create remote job file only              ---"
436    printf "\n        -h    execution host                           $localhost_realname"
437    printf "\n        -i    INPUT control list                       \"\" "
438    printf "\n        -I    archiving errors of previous batch-jobs"
439    printf "\n              will be ignored"
440    printf "\n        -k    keep data from previous run"
441    printf "\n        -K    additional conditions for controling"
442    printf "\n              usage of conditional code and"
443    printf "\n              env-variables in configuration file      \"\" "
444    printf "\n        -m    memory demand in MB (batch-jobs)         0 MB"
445    printf "\n        -M    Makefile name                            Makefile"
446    printf "\n        -n    node usage (shared/not_shared)           depending on -h"
447    printf "\n        -o    OUTPUT control list                      \"\" "
448    printf "\n        -O    threads per openMP task                  ---"
449    printf "\n        -p    software package list                    \"\" "
450    printf "\n        -q    queue                                    \"$queue\" "
451    printf "\n        -r    run control list (combines -i -o)        \"\" "
452    printf "\n        -s    filenames of routines to be compiled     \"\" "
453    printf "\n              must end with .f, .f90, .F, or .c !"
454    printf "\n              use \"..\" for more than one file and wildcards"
455    printf "\n              -s LM compiles all locally modified files"
456    printf "\n        -S    config file interpreted by shellscript   ---"
457    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds (batch)      0"
458    printf "\n        -T    tasks per node                           depending on -h"
459    printf "\n        -u    username on remote machine               \"\" "
460    printf "\n        -v    no prompt for confirmation               ---"
461    printf "\n        -w    maximum parallel io streams              as given by -X"
462    printf "\n        -x    tracing of mrun for debug purposes       ---"
463    printf "\n        -X    # of processors (on parallel machines)   1"
464    printf "\n        -y    add appendix \"_O\" to all local output"
465    printf "\n              files (ocean precursor runs followed by"
466    printf "\n              coupled atmosphere-ocean runs)           ---"
467    printf "\n        -Y    run coupled model, \"#1 #2\" with" 
468    printf "\n              #1 atmosphere and #2 ocean processors    \"#/2 #/2\" depending on -X"
469    printf "\n        -z    disable a priori parameter file check    ---"
470    printf "\n        -Z    skip combine_plot_fields at the end of      "
471    printf "\n              the simulation                           ---"
472    printf "\n "
473    printf "\n      Possible values of positional parameter <modus>:"
474    printf "\n        \"?\"       -  this outline \n\n") | more
475    exit
476 elif [[ "$1" != "" ]]
477 then
478    printf "\n  +++ positional parameter $1 unknown \n"
479    locat=parameter; exit
480 fi
481
482
483
484    # SHORT STARTING MESSAGE
485 printf "\n*** $version "
486 printf "\n    will be executed.     Please wait ..."
487
488
489
490    # CHECK, IF CONFIGURATION FILE EXISTS
491 if [[ ! -f $config_file ]]
492 then
493    printf "\n\n  +++ configuration file: "
494    printf "\n           $config_file"
495    printf "\n      does not exist"
496    locat=connect; exit 
497 fi
498
499
500    # DETERMINE THE HOST-IDENTIFIER (localhost) FROM THE CONFIGURATION FILE
501 line=""
502 grep  "%host_identifier"  $config_file  >  tmp_mrun
503 while read line
504 do
505    if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
506    then
507       HOSTNAME=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
508       host_identifier=`echo $line | cut -d" " -s -f3`
509       if [[ $localhost_realname = $HOSTNAME ]]
510       then
511          localhost=$host_identifier
512          break
513       fi
514    fi
515 done < tmp_mrun
516
517 if [[ "$localhost" = "" ]]
518 then
519    printf "\n\n  +++ no host identifier found in configuration file \"$config_file\""
520    printf "\n      for local host \"$localhost_realname\"."
521    printf "\n      Please add line"
522    printf "\n      \"\%host_identifier $localhost_realname <identifier>\""
523    printf "\n      to the configuration file."
524    locat=localhost; exit
525 fi
526
527
528    # SET HOST-SPECIFIC VARIABLES
529 case  $localhost_realname  in
530     (r1*|r2*|h01*|b01*)     archive_system=tivoli;;
531     (cs*)                   archive_system=ut;;
532 esac
533
534
535    # ??? THIS SHOULD BE DECRIBED IN THE MRUN DOCUMENTATION ???
536    # SET BASENAME OF THE INPUT-FILES TO THE GENERAL BASENAME (GIVEN BY OPTION -d),
537    # IF IT HAS NOT BEEN SET BY THE USER DIFFERENTLY (USING OPTION -a)
538 [[ "$afname" = "" ]]  &&  afname=$fname
539
540
541    # ADD RUN-FILE ACTIVATION STRINGS (GIVEN BY OPTION -r) TO THE
542    # RESPECTIVE LISTS FOR ACTIVATING THE INPUT/OUTPUT FILE CONNECTION
543    # STATEMENTS IN THE CONFIGURATION FILE
544 if [[ "$run_mode" != "" ]]
545 then
546    input_list="$input_list $run_mode"
547    output_list="$output_list $run_mode"
548 fi
549
550
551    # ??? is this (and the respective option -H) really required ???
552    # STORE HOSTNAME, FROM WHICH THE JOB IS STARTED,
553    # BUT ONLY IF IT HASN'T BEEN ALREADY SET BY OPTION -H
554    # (MRUN IS AUTOMATICALLY SETTING THIS OPTION IN THE MRUN-CALLS WITHIN
555    # THOSE BATCH-JOBS, WHICH ARE CREATED BY MRUN ITSELF)
556 if [[ "$fromhost" = "" ]]
557 then
558    fromhost=$localhost
559 fi
560
561
562    # CHECK, IF EXECUTION SHALL TO BE DONE ON THE REMOTE-MACHINE.
563    # VALUE OF do_remote IS IMPORTANT FOR THE FILE CONNECTIONS.
564    # IN CASE OF EXECUTION ON A REMOTE-MACHINE, A BATCH-JOB HAS
565    # TO BE SUBMITTED (I.E. do_bacth=true)
566 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
567 then
568    do_batch=true
569    do_remote=true
570    case  $host  in
571        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|nech|lccrayb|lccrayh|lccrayf|lcflow|lckyoto|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb)  true;;
572        (*)  printf "\n"
573             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
574             printf "\n      is not available"
575             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
576    esac
577 else
578    host=$localhost
579 fi
580
581
582     # EVALUATE ADDITIONAL CONDITIONS GIVEN BY OPTION -K
583 if [[ -n $additional_conditions ]]
584 then
585    cond1=`echo $additional_conditions | cut -d" " -f1`
586    cond2=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f2`
587    dummy=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f3`
588    if [[ -n $dummy ]]
589    then
590       printf "\n  +++ more than 2 additional conditions given for Option \"-K\""
591       locat=options; exit
592    fi
593    block=_$cond1
594    [[ -n $cond2 ]]  &&  block=${block}_$cond2
595 fi
596
597
598      # EVALUATE MODEL COUPLING FEATURES (OPTION -Y) AND DETERMINE coupled_mode
599 if [[ $run_coupled_model = true ]] 
600 then
601
602    numprocs_atmos=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f1`
603    numprocs_ocean=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f2`
604
605    if (( $numprocs_ocean + $numprocs_atmos != $numprocs ))
606    then
607
608       printf "\n  +++ number of processors does not fit to specification by \"-Y\"."
609       printf "\n      PEs (total)     : $numprocs"
610       printf "\n      PEs (atmosphere): $numprocs_atmos"
611       printf "\n      PEs (ocean)     : $numprocs_ocean"
612       locat=coupling; exit
613
614    fi
615
616
617       # GET coupled_mode FROM THE CONFIG FILE
618    line=""
619    grep  "%cpp_options.*-D__mpi2.*$host" $config_file  >  tmp_mrun
620    while read line
621    do
622       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" &&  $(echo $line | cut -d" " -s -f4) = $cond1 && $(echo $line | cut -d" " -s -f4)  = $cond2 ]]
623       then
624          coupled_mode="mpi2"
625       fi
626    done < tmp_mrun
627
628 fi
629
630
631    # CHECK, IF FILE-ARCHIVING HAS FAILED IN PREVIOUS JOB (OF A JOB-CHAIN)
632 if [[ -f ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname ]]
633 then
634    if [[ $ignore_archive_error = false ]]
635    then
636       printf "\n  +++ data archiving of previous run failed"
637       printf "\n      see directory \~/job_queue on remote machine"
638       locat=archive; exit
639    else
640       printf "\n  +++ warning: data archiving in a previous run failed"
641       printf "\n      MRUN continues, trying to get backup copy"
642    fi
643 fi
644
645
646    # SAVE VALUES OF MRUN-OPTIONS SICHERN IN ORDER TO OVERWRITE
647    # THOSE VALUES GIVEN IN THE CONFIGURATION-FILE
648 mrun_memory=$memory
649 mrun_group_number=$group_number
650 mrun_cpumax=$cpumax
651 mrun_numprocs=$numprocs
652
653
654    # READ AND EVALUATE THE CONFIGURATION-FILE FROM WITHIN THIS SHELLSCRIPT
655    # (OPTION -S). THE DEFAULT IS USING THE ROUTINE interpret_config
656 if [[ "$read_from_config" = false ]]
657 then
658
659    [[ $silent = false ]]  &&  printf "\n    Reading the configuration file... "
660
661       # READ THE CONFIGURATION FILE LINE BY LINE
662    while  read zeile
663    do
664        [[ $silent = false ]]  &&  printf "."
665
666
667          # FIRST REPLACE ENVIRONMENT-VARIABLES BY THEIR RESPECTIVE VALUES
668       eval  zeile=\"$zeile\"
669
670
671          # INTERPRET THE LINE
672       if [[ "$(echo $zeile)" = "" ]]
673       then
674             # EMPTY LINE, NO ACTION
675          continue
676
677       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "#" ]]
678       then
679
680             # LINE IS A COMMENT LINE
681          true
682
683       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "%" ]]
684       then
685
686             # LINE DEFINES AN ENVIRONMENT-VARIABLE
687          zeile=$(echo $zeile | cut -c2-)
688          var=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
689          value=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
690          for_host=`echo $zeile | cut -d" " -s -f3`
691          for_cond1=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
692          for_cond2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
693
694          if [[ "$for_host" = ""  ||  ( "$for_host" = $host  &&  "$for_cond1" = "$cond1"  &&  "$for_cond2" = "$cond2" )  ||  $(echo "$input_list$output_list"|grep -c "$for_host") != 0 ]]
695          then
696
697                # REPLACE ":" BY " " IN COMPILER- CPP- OR LINKER-OPTIONS,
698                # "::" IS REPLACED BY ":".
699             value=`echo $value | sed 's/::/%DUM%/g' | sed 's/:/ /g' | sed 's/%DUM%/:/g'`
700
701
702                # VALUE FROM THE CONFIGURATION-FILE IS ASSIGNED TO THE
703                # ENVIRONMENT-VARIABLE, BUT ONLY IF NO VALUE HAS BEEN ALREADY
704                # ASSIGNED WITHIN THIS SCRIPT (E.G. BY SCRIPT-OPTIONS).
705                # NON-ASSIGNED VARIABLES HAVE VALUE "" OR 0 (IN CASE OF INTEGER).
706                # HENCE THE GENERAL RULE IS: SCRIPT-OPTION OVERWRITES THE
707                # CONFIGURATION-FILE.
708             if [[ "$(eval echo \$$var)" = ""  ||  "$(eval echo \$$var)" = "0" ]]
709             then
710                eval  $var=\$value
711
712                   # TERMINAL OUTPUT OF ENVIRONMENT-VARIABLES, IF TRACEBACK IS SWITCHED on
713                if [[ $do_trace = true ]]
714                then
715                   printf "\n*** ENVIRONMENT-VARIABLE $var = $value"
716                fi
717             fi
718
719                # IF AN ENVIRONMENT-VARIABLE DETERMINES THE HOST, THEN EVALUATE IT IMMEDIATELY:
720                # VALUE OF do-remote IS REQUIRED FOR THE FILE CONNECTIONS (COPY OF I/O FILES).
721                # IF EXECUTION IS SCHEDULED FOR A REMOTE-MASCHINE, A BATCH-JOB
722                # MUST HAVE TO BE STARTED
723             if [[ $var = host ]]
724             then
725                if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
726                then
727                   do_batch=true
728                   do_remote=true
729                   case  $host  in
730                       (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|lccrayb|lccrayh|lccrayf|lcflow|lckyoto|nech|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb)  true;;
731                       (*)  printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
732                            printf "\n      is not available"
733                            locat=nqs; exit;;
734                   esac
735                else
736                   host=$localhost
737                fi
738             fi
739
740                # USER-DEFINED ENVIRONMENT VARIABLES MUST BE EXPORTED,
741                # BECAUSE THEY MAY BE REQUIRED IN OTHER SCRIPTS CALLED
742                # BY MRUN (E.G. subjob)
743             export  $var
744          fi
745
746
747
748
749       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "EC:" ]]
750       then
751
752             # LINE DEFINES ERROR-COMMAND
753          (( iec = iec + 1 ))
754          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
755          err_command[$iec]="$zeile"
756
757       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "IC:" ]]
758       then
759
760             # LINE DEFINES INPUT-COMMAND
761          (( iic = iic + 1 ))
762          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
763          in_command[$iic]="$zeile"
764
765       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "OC:" ]]
766       then
767
768             # LINE DEFINES OUTPUT-COMMAND
769          (( ioc = ioc + 1 ))
770          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
771          out_command[$ioc]="$zeile"
772
773       else
774
775             # LINE DEFINES FILE CONNECTION. READ THE FILE ATTRIBUTES.
776             # s2a: in/out - field
777             # s2b: loc    - field (optional)
778             # s2c: tr/ar  - field (optional)
779          s1=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
780          s2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
781          s2a=$(echo $s2 | cut -d":" -f1)
782          if [[ $(echo $s2 | grep -c ":") = 0 ]]
783          then
784             s2b=""
785             s2c=""
786          else
787             s2b=`echo $s2 | cut -d":" -f2 | sed 's/:/ /g'`
788             s2c=`echo $s2 | cut -d":" -s -f3 | sed 's/:/ /g'`
789          fi
790          s3=`echo $zeile | cut -d" " -f3`
791          s4=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
792          s5=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
793          s6=`echo $zeile | cut -d" " -s -f6`
794
795       
796             # STORE FILE CONNECTION, IF ACTIVATED BY ACTIVATION-STRING FROM
797             # INPUT- OR OUTPUT-LIST.
798             # VARIABLE S3 MAY CONTAIN A LIST OF ACTIVATION STRINGS (FIELD-SEPERATOR ":").
799             # IF EXECUTION IS SCHEDULED FOR A REMOTE-MACHINE AND THE FILE IS ONLY
800             # LOCALLY REQUIRED ON THAT MACHINE (I.E. s2b = loc), THE FILE CONNECTION
801             # IS NOT CHECKED AND STORED.
802          IFSALT="$IFS"; IFS="$IFS:"
803          if [[ "$s2a" = in  &&  ! ( $do_remote = true  &&  ( "$s2b" = loc  ||  "$s2b" = locopt ) ) ]]
804          then
805             found=false
806             for  actual  in  $input_list
807             do
808                for  formal  in  $s3
809                do
810                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-" ]]  &&  found=true
811                done
812             done
813             if [[ $found = true ]]
814             then
815                (( iin = iin + 1 ))
816                localin[$iin]=$s1; transin[$iin]=$s2b; actionin[$iin]=$s2c;
817                typein[$iin]=$s3; pathin[$iin]=$s4; endin[$iin]=$s5;
818                extin[$iin]=$s6
819             fi
820          elif [[ "$s2a" = out  &&  ! ( $do_remote = true  &&  "$s2b" = loc ) ]]
821          then
822             found=false
823             for  actual  in  $output_list
824             do
825                for  formal  in  $s3 
826                do
827                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-"  ]]  &&  found=true
828                done
829             done
830             if [[ $found = true ]]
831             then
832                (( iout = iout + 1 ))
833                localout[$iout]=$s1; actionout[$iout]=$s2c; typeout[$iout]=$s3;
834                pathout[$iout]=$s4; endout[$iout]=$s5; extout[$iout]=$s6
835             fi
836          elif [[ "$s2a" != in  &&  "$s2a" != out ]]
837          then
838             printf "\n  +++ I/O-attribute in configuration file $config_file has the invalid"
839             printf "\n      value \"$s2\". Only \"in\" and \"out\" are allowed!"
840             locat=connect; exit
841          fi
842          IFS="$IFSALT"
843       fi
844    done < $config_file
845
846 else
847
848
849       # EVALUATE THE CONFIGURATION-FILE BY FORTRAN-PROGRAM
850    [[ $silent = false ]]  &&  printf "..."
851    interpreted_config_file=.icf.$RANDOM
852
853
854
855       # PROVIDE VALUES OF ENVIRONMENT-VARIABLE FOR interpret_config VIA NAMELIST-FILE
856    cat  >  .mrun_environment  <<  %%END%%
857 &mrun_environment  cond1 = '$cond1', cond2 = '$cond2',
858                    config_file = '$config_file', do_remote = '$do_remote',
859                    do_trace = '$do_trace', host = '$host',
860                    input_list = '$input_list', icf = '$interpreted_config_file',
861                    localhost = '$localhost', output_list = '$output_list' /
862
863%%END%%
864
865    if [[ "$host" != $localhost ]]
866    then
867
868          # REMOTE JOB FROM LOCAL HOST: JUST TAKE THE FIRST EXECUTABLE FOUND
869       interpret_config_executable=`ls -1 ${PALM_BIN}/interpret_config*.x 2>/dev/null`
870       if [[ $? != 0 ]]
871       then
872          printf "\n\n  +++ no interpret_config found"
873          printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this host"
874          locat=interpret_config; exit
875       fi
876       interpret_config_executable=`echo $interpret_config_executable | cut -d" " -f1`
877       $interpret_config_executable
878
879    else
880
881          # CHECK, IF THERE IS AN EXECUTABLE FOR THE BLOCK
882       if [[ ! -f ${PALM_BIN}/interpret_config${block}.x ]]
883       then
884          printf "\n\n  +++ no interpret_config found for given block \"$cond1 $cond2\""
885          printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this block"
886          locat=interpret_config; exit
887       else
888          interpret_config${block}.x
889       fi
890
891    fi
892    rm .mrun_environment
893
894
895       # EXECUTE SHELL-COMMANDS GENERATED BY interpret_config WITHIN THIS SHELL
896    chmod  u+x  $interpreted_config_file
897    export PATH=$PATH:.
898    . $interpreted_config_file
899    rm  $interpreted_config_file
900
901 fi
902
903
904    # VALUES OF MRUN-OPTIONS OVERWRITE THOSE FROM THE CONFIGURATION-FILE
905 [[ $mrun_memory     != 0   ]]  &&  memory=$mrun_memory
906 [[ "$mrun_group_number" != "none" ]]  &&  group_number=$mrun_group_number
907 [[ $mrun_cpumax     != 0   ]]  &&  cpumax=$mrun_cpumax
908 [[ "$mrun_numprocs" != ""  ]]  &&  numprocs=$mrun_numprocs
909 [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  maximum_parallel_io_streams=$max_par_io_str
910 [[ "$mrun_tasks_per_node" != "" ]]  &&  tasks_per_node=$mrun_tasks_per_node
911
912
913    # ON THE LOCAL MACHINE, DETERMINE (FROM THE CONFIGURATION-FILE) THE PATH
914    # FOR SOURCE-FILES TO BE COMPILED.
915    # IN A BATCH-JOB, SOURCES (ROUTINES TO BE COMPILED) ARE COMPLETE ALREADY.
916    # BEFORE MRUN IS CALLED IN THE JOB, SOURCES_COMPLETE = true IS ASSIGNED (SEE FURTHER BELOW).
917 if [[ "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
918 then
919
920       # FIRST CHECK, IF A GLOBAL SOURCE PATH (TO BE USED FOR ALL HOSTS)
921       # HAS BEEN DEFINED
922    source_path=""
923    line=""
924    grep "%source_path" $config_file  >  tmp_mrun
925    while read line
926    do
927       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
928       then
929          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -f3)" = "" ]]
930          then
931             global_source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
932          fi
933       fi
934    done  <  tmp_mrun
935
936    line=""
937    found=false
938    grep  " $localhost" $config_file | grep "%source_path"  >  tmp_mrun
939    while read line
940    do
941       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
942       then
943          if [[ $found = true ]]
944          then
945             printf "\n\n  +++ more than one source path found in configuration file"
946             printf "\n      for local host \"$localhost\" "
947             locat=source_path; exit
948          fi
949          source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
950          found=true
951       fi
952    done  <  tmp_mrun
953    rm  tmp_mrun
954
955    if [[ "$source_path" = "" ]]
956    then
957       if [[ "$global_source_path" != "" ]]
958       then
959          source_path=$global_source_path
960       else
961          printf "\n\n  +++ no source path found in configuration file"
962          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
963          locat=source_path; exit
964       fi
965    fi
966    eval source_path=$source_path
967
968    if [[ ! -d $source_path ]]
969    then
970       printf "\n\n  +++ source path \"$source_path\" on local host"
971       printf "\n      \"$localhost\" does not exist"
972       locat=source_path; exit
973    fi
974
975 fi
976
977
978    # GET THE GLOBAL REVISION-NUMBER OF THE SVN-REPOSITORY
979    # (HANDED OVER TO RESTART-RUNS USING OPTION -G)
980 if [[ "$global_revision" = ""  &&  $host != "ibmkisti" ]]
981 then
982    global_revision=`svnversion $source_path  2>/dev/null`
983    global_revision="Rev: $global_revision"
984 fi
985
986
987    # ??? das darf doch eigentlich garnicht passieren, weil optionen config-datei uebersteuern ???
988    # CHECK AGAIN, IF EXECUTION SHALL BE DONE ON A REMOTE-HOST (BATCH-JOB).
989    # (HOST MAY HAVE CHANGED DUE TO SETTINGS IN THE CONFIGURATION-FILE)
990 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
991 then
992    do_batch=true
993    do_remote=true
994    case  $host  in
995        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|lccrayb|lccrayh|lccrayf|lcflow|lckyoto|nech|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb)  true;;
996        (*)  printf "\n"
997             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
998             printf "\n      is not available"
999             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
1000    esac
1001 else
1002    host=$localhost
1003 fi
1004
1005
1006    # IN CASE OF PARALLEL EXECUTION, CHECK SOME SPECIFICATIONS CONCERNING PROCESSOR NUMBERS
1007 if [[ "$cond1" = parallel  ||  "$cond2" = parallel ]]
1008 then
1009
1010       # CHECK, IF NUMBER OF CORES TO BE USED HAS BEEN GIVEN
1011    if [[ ! -n $numprocs ]]
1012    then
1013       printf "\n"
1014       printf "\n  +++ option \"-K parallel\" requires additional specification"
1015       printf "\n      of the number of processors to be used by"
1016       printf "\n      mrun-option \"-X\" or by environment-variable"
1017       printf "\n      \"numprocs\" in the configuration file"
1018       locat=numprocs; (( iec = 0 )); exit 
1019    fi
1020
1021       # CHECK, IF THE NUMBER OF CORES PER NODE HAS BEEN GIVEN UND IF IT IS AN
1022       # INTEGRAL DIVISOR OF THE TOTAL NUMBER OF CORES GIVEN BY OPTION -X
1023    if [[ "$tasks_per_node" = ""  &&  $host != lcflow  &&  $host != lcxt5m ]]
1024    then
1025       printf "\n"
1026       printf "\n  +++ option \"-T\" (tasks per node) is missing"
1027       printf "\n      set -T option or define tasks_per_node in the config file"
1028       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1029    fi
1030
1031    if (( numprocs < tasks_per_node ))
1032    then
1033       printf "\n"
1034       printf "\n  +++ tasks per node (-T) cannot exceed total number of processors (-X)"
1035       printf "\n      given values: -T $tasks_per_node  -X $numprocs"
1036       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1037    fi
1038
1039    if [[ $host != lcflow  &&  $host != lcxt5m ]]
1040    then
1041       (( nodes = numprocs / ( tasks_per_node * threads_per_task ) ))
1042       (( ival = $tasks_per_node ))
1043       (( pes = numprocs ))
1044       (( ii = pes / ival ))
1045       (( remaining_pes =  pes - ii * ival ))
1046       if (( remaining_pes > 0 ))
1047       then
1048          printf "\n"
1049          printf "\n  +++ WARNING: tasks per node (option \"-T\") is not an integral"
1050          printf "\n      divisor of the total number of processors (option \"-X\")"
1051          printf "\n      values of this mrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $numprocs\""
1052          printf "\n      One of the nodes is filled with $remaining_pes instead of $tasks_per_node tasks"
1053          (( nodes = nodes + 1 ))
1054       fi
1055    fi
1056
1057
1058       # SETTINGS FOR SUBJOB-COMMAND
1059    OOPT="-O $threads_per_task"
1060
1061       # SET THE TOTAL NUMBER OF NODES, REQUIRED FOR THE SUBJOB-COMMAND (SEE FURTHER BELOW)
1062    if [[ "$tasks_per_node" != "" ]]
1063    then
1064       TOPT="-T $tasks_per_node"
1065    fi
1066
1067       # CHECK node_usage FOR ALLOWED VALUES AND SET DEFAULT VALUE, IF NECESSARY
1068    if [[ $node_usage = default ]]
1069    then
1070       if [[ $host = ibms ]]
1071       then
1072          node_usage=shared
1073       else
1074          node_usage=not_shared
1075       fi
1076    fi
1077
1078    if [[ $node_usage != shared  &&  $node_usage != not_shared  &&  $node_usage != singlejob  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla" ]]
1079    then
1080       printf "\n"
1081       printf "\n  +++ node usage (option \"-n\") is only allowed to be set"
1082       printf "\n      \"shared\" or \"not_shared\""
1083       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1084    fi
1085
1086 fi
1087
1088    # CHECK IF HOSTFILE EXISTS
1089 if [[ -n $hostfile ]]
1090 then
1091    if [[ ! -f $hostfile ]]
1092    then
1093       printf "\n"
1094       printf "\n  +++ hostfile \"$hostfile\" does not exist"
1095       locat=hostfile; exit
1096    fi
1097 fi
1098
1099
1100    # SET DEFAULT VALUE FOR THE MAXIMUM NUMBER OF PARALLEL IO STREAMS
1101 if [[ "$maximum_parallel_io_streams" = "" ]]
1102 then
1103    maximum_parallel_io_streams=$numprocs
1104 fi
1105
1106
1107    # SET PORT NUMBER OPTION FOR CALLS OF SSH/SCP, subjob AND batch_scp SCRIPTS
1108 if [[ "$scp_port" != "" ]]
1109 then
1110    PORTOPT="-P $scp_port"
1111    SSH_PORTOPT="-p $scp_port"
1112 fi
1113
1114
1115    # SET DEFAULT-QUEUE, IF NOT GIVEN
1116 if [[ $queue = none ]]
1117 then
1118    case  $host  in
1119        (ibmh)       queue=cluster;;
1120        (ibmkisti)   queue=class.32plus;;
1121        (lckiaps)    queue=normal;;
1122        (lckyoto)    queue=ph;;
1123        (lckyuh)     queue=fx-single;;
1124        (lckyut)     queue=cx-single;;
1125        (lctit)      queue=S;;
1126        (nech)       queue=none;;
1127        (unics)      queue=unics;;
1128    esac
1129 fi
1130
1131
1132    # GENERATE FULL FILENAMES OF INPUT-FILES, INCLUDING THEIR PATH
1133    # CHECK, IF INPUT-FILES EXIST, AND DETERMINE HIGHEST CYCLE NUMBER (IF CYCLES EXIST)
1134 (( i = 0 ))
1135 while (( i < iin ))
1136 do
1137    (( i = i + 1 ))
1138    (( maxcycle = 0 ))
1139
1140       # GENERATE PATH AND FULL FILE NAME (then-BRANCH: FIXED FULL NAME IS GIVEN, I.E. THE
1141       # FILE IDENTIFIER IS NOT PART OF THE FILENAME))
1142    if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1143    then
1144       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${endin[$i]}  # EVALUATE REMOTE-PATH ON THE REMOTE
1145                                                    # HOST ONLY
1146       eval filename=${pathin[$i]}/${endin[$i]}
1147    else
1148       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}  # EVALUATE REMOTE-PATH ON THE REMOTE
1149                                                             # HOST ONLY
1150       eval filename=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}
1151    fi
1152    eval pathname=${pathin[$i]}
1153
1154       # SAVE INPUT FILE NAME FOR PARAMETER FILE CHECK
1155    if [[ ("${transin[$i]}" = job) && (-f $filename) ]]
1156    then
1157       filename_input=$filename
1158    fi
1159
1160       # CHECK IF FILE EXISTS
1161    if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1162          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "nicht gefunden") = 1  || \
1163          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1164          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1165    then
1166
1167          # FILES WITH ATTRIBUTE locopt ARE OPTIONAL. NO ABORT, IF THEY DO NOT EXIST.
1168       if [[ "${transin[$i]}" != "locopt" ]]
1169       then
1170          printf "\n\n  +++ INPUT-file: "
1171          if [[ "${extin[$i]}" = "" ]]
1172          then
1173             printf "\n           $filename"
1174          else
1175             printf "\n           $filename.${extin[$i]}"
1176          fi
1177          printf "\n      does not exist\n"
1178          locat=input; exit
1179       else
1180          transin[$i]="unavailable"
1181       fi
1182    else
1183
1184          # DETERMINE THE FILE'S CYCLE NUMBER
1185       ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1186       ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1187       while  read zeile
1188       do
1189          cycle=$(echo $zeile | cut -f2 -d".")
1190          if [[ "$cycle" = "$zeile" ]]
1191          then
1192             (( icycle = 0 ))
1193          elif [[ "$cycle" = "${extin[$i]}" ]]
1194          then
1195             (( icycle = 0 ))
1196          else
1197             (( icycle = $cycle ))
1198          fi
1199          if (( icycle > maxcycle ))
1200          then
1201             (( maxcycle = icycle ))
1202             file_to_be_used=$zeile
1203          fi
1204       done <filelist
1205       rm filelist
1206
1207          # APPEND CYCLE NUMBER TO FILENAME
1208       if (( maxcycle > 0 ))
1209       then
1210          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1211          then
1212             filename=${filename}.$maxcycle.${extin[$i]}
1213          else
1214             filename=${filename}.$maxcycle
1215          fi
1216       else
1217          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1218          then
1219             filename=${filename}.${extin[$i]}
1220          fi
1221       fi
1222       
1223          # STORE FILENAME WITHOUT PATH BUT WITH CYCLE NUMBER,
1224          # BECAUSE IT MIGHT BE REQUIRED LATER TO RESTORE THE FILE FROM AN ARCHIVE-SYSTEM
1225       absnamein[$i]=$filename
1226       if (( maxcycle > 0 ))
1227       then
1228          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1229          then
1230             frelin[$i]=${endin[$i]}.$maxcycle
1231          else
1232             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}.$maxcycle
1233          fi
1234       else
1235          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1236          then
1237             frelin[$i]=${endin[$i]}
1238          else
1239             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}
1240          fi
1241       fi
1242
1243    fi
1244 done
1245   
1246    # GENERATE FULL FILENAMES OF OUTPUT-FILES (WITHOUT $ OR ~),
1247    # CHECK, IF OUTPUT-FILES EXIST, AND DETERMINE HIGHEST CYCLE NUMBER (IF CYCLES EXIST),
1248    # OR, IN CASE THAT FILE DOES NOT EXIST, CHECK, IF IT CAN BE CREATED 
1249    # THESE ACTIONS ARE NOT CARRIED OUT, IF FILES SHALL BE TRASFERRED FROM THE REMOTE TO
1250    # THE LOCAL HOST (BECAUSE THEIR IS NO DIRECT ACCESS TO THE LOCAL DIRECTORIES FROM THE
1251    # REMOTE HOST)
1252 (( i = 0 ))
1253 while (( i < iout ))
1254 do
1255    (( i = i + 1 ))
1256    if [[ ! ( $fromhost != $localhost  &&  ( "${actionout[$i]}" = tr || "${actionout[$i]}" = tra || "${actionout[$i]}" = trpe ) ) ]]
1257    then
1258       if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
1259       then
1260          actionout[$i]=""
1261       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe ]]
1262       then
1263          actionout[$i]=pe
1264       elif [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
1265       then
1266          actionout[$i]=a
1267       fi
1268       (( maxcycle = 0 ))
1269       eval filename=${pathout[$i]}/${fname}${endout[$i]}
1270       eval catalogname=${pathout[$i]}
1271       if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1272             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "nicht gefunden") = 1  || \
1273             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1274             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1275       then
1276     
1277             # IF OUTPUT-FILE DOES NOT EXIST CHECK, IF IT CAN BE CREATED
1278          if  cat /dev/null > $filename 
1279          then
1280             rm  $filename
1281          else
1282
1283                # CHECK, IF THE DIRECTORY WHERE FILE SHALL BE COPIED TO EXISTS
1284                # IF IT DOES NOT EXIST, TRY TO CREATE IT
1285             if [[ ! -d $catalogname ]]
1286             then
1287                if  mkdir -p  $catalogname
1288                then
1289                   printf "\n\n  *** directory:"
1290                   printf "\n           $catalogname"
1291                   printf "\n      was created\n"
1292                else
1293                   printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1294                   printf "\n           $filename"
1295                   printf "\n      cannot be created, because directory does not exist"
1296                   printf "\n      and cannot be created either"
1297                   printf "\n"
1298                   locat=output  ; exit
1299                fi 2>/dev/null
1300             else
1301                printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1302                printf "\n           $filename"
1303                printf "\n      cannot be created, although directory exists"
1304                printf "\n"
1305                locat=output  ; exit
1306             fi
1307          fi 2>/dev/null
1308       else
1309
1310             # DETERMINE THE CYCLE NUMBER
1311          ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1312          ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1313          while  read zeile
1314          do
1315             cycle=$(echo $zeile | cut -f2 -d".")
1316             if [[ "$cycle" = "$zeile"  ||  "$cycle" = ${extout[$i]} ]]
1317             then
1318                (( icycle = 1 ))
1319             else
1320                (( icycle = $cycle + 1 ))
1321             fi
1322             if (( icycle > maxcycle ))
1323             then
1324                (( maxcycle = icycle ))
1325             fi
1326          done <filelist
1327          rm filelist
1328       fi
1329
1330          # APPEND CYCLE NUMBER TO FILENAME AND CHECK, IF FILE CAN BE CREATED
1331          # IN CASE OF FILE-APPEND, FILE MUST BE APPENDED TO THE ONE WITH HIGHEST CYCLE NUMBER
1332       if [[ "${actionout[$i]}" != a ]]
1333       then
1334          if (( maxcycle > 0 ))
1335          then
1336             filename=${filename}.$maxcycle
1337             if  cat /dev/null > $filename 
1338             then
1339                rm  $filename
1340             else
1341                printf "\n  +++ OUTPUT-file:"
1342                printf "\n           $filename"
1343                printf "\n      cannot be created"
1344                locat=output  ; exit
1345             fi
1346          fi
1347       else
1348          (( maxcycle = maxcycle - 1 ))
1349          if (( maxcycle > 0 ))
1350          then
1351             filename=${filename}.$maxcycle
1352          fi
1353       fi
1354       
1355          # STORE FILENAME WITHOUT PATH BUT WITH CYCLE NUMBER,
1356          # BECAUSE IT MIGHT BE REQUIRED LATER TO STORE THE FILE ON AN ARCHIVE-SYSTEM
1357          # OR TO PUT THIS FILENAME ON FILE OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
1358       pathout[$i]=$filename
1359       if (( maxcycle > 0 ))
1360       then
1361          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}.$maxcycle
1362       else
1363          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}
1364       fi
1365
1366    fi
1367 done
1368
1369
1370     # THE DVR-PACKAGE REQUIRES ITS OWN LIBRARY
1371 if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
1372 then
1373    if [[ "$dvr_inc" = "" ]]
1374    then
1375       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_inc\" given in configuration file"
1376       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1377       locat=dvr; exit
1378    fi
1379    if [[ "$dvr_lib" = "" ]]
1380    then
1381       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_lib\" given in configuration file"
1382       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1383       locat=dvr; exit
1384    fi
1385 fi
1386
1387
1388     # CHECK, WETHER A MAIN PROGRAM OR AN EXECUTABLE HAVE BEEN DECLARED.
1389     # EXECUTABLES DO NOT NEED TO BE COMPILED.
1390 if [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" = "" ]]
1391 then
1392    printf "\n  +++ neither main program nor executable defined"
1393    locat=source; exit
1394 elif [[ "$mainprog" != ""  &&  "$executable" != "" ]]
1395 then
1396    printf "\n  +++ main program as well as executable defined"
1397    locat=source; exit
1398 elif [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" != "" ]]
1399 then
1400    do_compile=false
1401 fi
1402
1403
1404    # CREATE SOURCE-DIRECTORY TO COLLECT ROUTINES TO BE COMPILED.
1405    # LATER THE MRUN-SCRIPT AND CONFIGURATION-FILE WILL ALSO BE COPIED TO THIS DIRECTORY.
1406 if [[ $restart_run != true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1407 then
1408    rm -rf  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1409    mkdir   SOURCES_FOR_RUN_$fname
1410 fi
1411
1412
1413    # COLLECT ALL ROUTINES TO BE COMPILED
1414    # THIS IS NOT REQUIRED WITHIN BATCH-JOBS, BECAUSE ROUTINES HAVE ALREADY BEEN COLLECTED
1415    # BY THE MRUN-CALL WHICH CREATED THE BATCH-JOB.
1416 if [[ $do_compile = true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1417 then
1418
1419    [[ "$source_list" = LM ]]  &&  source_list=LOCALLY_MODIFIED
1420
1421    if [[ "$source_list" = LOCALLY_MODIFIED ]]
1422    then
1423
1424          # DETERMINE MODIFIED FILES OF THE SVN WORKING COPY
1425       source_list=""
1426       cd  $source_path
1427
1428
1429          # CHECK, IF DIRECTORY IS UNDER SVN CONTROL
1430       if [[ ! -d .svn ]]
1431       then
1432          printf "\n\n  +++ source directory"
1433          printf "\n         \"$source_path\" "
1434          printf "\n         is not under control of \"subversion\"."
1435          printf "\n         Please do not use mrun-option \"-s LOCALLY_MODIFIED\"\n"
1436       fi
1437
1438
1439          # LIST ALL MODIFIED SOURCE CODE FILES
1440       Filenames=""
1441       svn status  >  tmp_mrun
1442       while  read line
1443       do
1444          firstc=`echo $line | cut -c1`
1445          if [[ $firstc = M  ||  $firstc = "?" ]]
1446          then
1447             Name=`echo "$line" | cut -c8-`
1448             extension=`echo $Name | cut -d. -f2`
1449             if [[ "$extension" = f90 || "$extension" = F90 || "$extension" = f || "$extension" = F || "$extension" = c ]]
1450             then
1451                Filenames="$Filenames "$Name
1452             fi
1453          fi
1454       done < tmp_mrun
1455
1456
1457          # COPY FILES TO SOURCES_FOR_RUN_...
1458       for  dateiname  in  $Filenames
1459       do
1460          cp  $dateiname  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1461          source_list=$source_list"$dateiname "
1462       done
1463
1464       cd -  > /dev/null
1465
1466
1467       # COPY FILES GIVEN BY OPTION -s TO DIRECTORY SOURCES_FOR_RUN_...
1468       # AUTOMATIC RESTART RUNS JUST ACCESS THE DIRECTORY CREATED BY THE INITIAL RUN
1469    elif [[ "$source_list" != ""  &&  $restart_run != true ]]
1470    then
1471
1472       cd  $source_path
1473
1474       for  filename  in  $source_list
1475       do
1476
1477             # SOURCE CODE FILE IS NOT ALLOWED TO INCLUDE PATH
1478          if [[ $(echo $filename | grep -c "/") != 0 ]]
1479          then
1480             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1481             printf "\n      must not contain (\"/\") "
1482             locat=source; exit
1483          fi
1484
1485          if [[ ! -f $filename ]]
1486          then
1487             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1488             printf "\n      does not exist"
1489             locat=source; exit
1490          else
1491             cp  $filename  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1492          fi
1493
1494       done
1495
1496       cd -  > /dev/null
1497
1498    fi
1499
1500
1501       # CHECK, IF A MAIN PROGRAM EXISTS AND IF IT IS PART OF THE LIST OF FILES
1502       # TO BE COMPILED. IF NOT, ADD IT TO THE LIST.
1503    if [[ $restart_run != true ]]
1504    then
1505
1506       if [[ ! -f "$source_path/$mainprog" ]]
1507       then
1508          printf "\n\n  +++ main program:  $mainprog"
1509          printf "\n      does not exist in source directory"
1510          printf "\n      \"$source_path\"\n"
1511          locat=source; exit
1512       else
1513          if [[ $(echo $source_list | grep -c $mainprog) = 0 ]]
1514          then
1515             cp  $source_path/$mainprog  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1516             source_list=${mainprog}" $source_list"
1517          fi
1518       fi
1519    fi
1520
1521
1522       # CHECK, IF MAKEFILE EXISTS AND COPY IT TO THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY
1523       # NOT REQUIRED FOR RESTART RUNS, SOURCES_FOR_RUN... HAS BEEN CREATED BY THE INITIAL RUN
1524    if [[ "$restart_run" != true ]]
1525    then
1526       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
1527       if [[ ! -f $makefile ]]
1528       then
1529          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
1530          locat=make; exit
1531       else
1532          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
1533       fi
1534    fi
1535
1536
1537       # COPY FILES FROM OPTIONAL SOURCE PATH GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
1538    if [[ $restart_run != true  &&  "$add_source_path" != "" ]]
1539    then
1540
1541          # DOES THE DIRECTORY EXIST?
1542       if [[ ! -d $add_source_path ]]
1543       then
1544          printf "\n\n  +++ WARNING: additional source code directory"
1545          printf "\n      \"$add_source_path\" "
1546          printf "\n      does not exist or is not a directory."
1547          printf "\n      No source code will be used from this directory!\n"
1548          add_source_path=""
1549          if [[ $silent == false ]]
1550          then
1551             sleep 3
1552          fi
1553       else
1554
1555          cd $add_source_path
1556          found=false
1557
1558          Names=$(ls -1 *.f90 2>&1)
1559          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$Names"
1560          Names=$(ls -1 *.F90 2>&1)
1561          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1562          Names=$(ls -1 *.F 2>&1)
1563          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1564          Names=$(ls -1 *.f 2>&1)
1565          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1566          Names=$(ls -1 *.c 2>&1)
1567          [[ $(echo $Names | grep -c '*.c') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1568
1569          cd -  > /dev/null
1570          cd  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1571
1572             # COPY MAKEFILE IF EXISTING
1573          if [[ -f $add_source_path/Makefile ]]
1574          then
1575             printf "\n\n  *** user Makefile from directory"
1576             printf "\n      \"$add_source_path\" is used \n"
1577             if [[ $silent == false ]]
1578             then
1579                sleep 1
1580             fi
1581             cp  $add_source_path/Makefile  .
1582          fi
1583
1584          for  dateiname  in  $AddFilenames
1585          do
1586             if [[ -f $dateiname ]]
1587             then
1588                printf "\n  +++ source code file \"$dateiname\" found in additional"
1589                printf "\n      source code directory \"$add_source_path\" "
1590                printf "\n      but was also given with option \"-s\" which means that it should be taken"
1591                printf "\n      from directory \"$source_path\"."
1592                locat=source; exit
1593             fi
1594
1595             cp  $add_source_path/$dateiname  .
1596             source_list="$source_list $dateiname"
1597
1598                # CHECK IF FILE IS CONTAINED IN MAKEFILE
1599             if [[ $(grep -c $dateiname Makefile) = 0 ]]
1600             then
1601                printf "\n\n  +++ user file \"$dateiname\" "
1602                printf "\n      is not listed in Makefile \n"
1603                locat=source; exit
1604             else
1605
1606                if [[ $found = false ]]
1607                then
1608                   found=true
1609                   printf "\n\n  *** following user file(s) added to the"
1610                   printf " files to be translated:\n      "
1611                fi
1612                printf "$dateiname  "
1613                if [[ $silent == false ]]
1614                then
1615                   sleep 0.5
1616                fi
1617
1618             fi
1619          done
1620          [[ $found = true ]]  &&  printf "\n"
1621          cd -  > /dev/null
1622       fi
1623    fi
1624
1625
1626       # ADD ALL ROUTINES BELONGING TO SOFTWARE PACKAGES (GIVEN BY OPTION -p)
1627       # TO THE LIST OF FILES TO BE COMPILED
1628    if [[ $restart_run != true  &&  -n $package_list ]]
1629    then
1630
1631       cd  $source_path
1632
1633       for  package  in  $package_list
1634       do
1635
1636          [[ $package = "dvrp_graphics+1PE" ]]  &&  package=dvrp_graphics
1637
1638             # DETERMINE FILES BELONGING TO THE PACKAGE
1639             # ERROR MESSAGE ARE REDIRECTED TO /dev/null, BECAUSE WILDCARD (*) ALSO GIVES
1640             # THE NAME OF THE DIRECTORY
1641          package_source_list=`grep "defined( __$package " * 2>/dev/null | cut -f1 -d:`
1642
1643
1644             # ADD THESE FILES TO THE LIST OF FILES TO BE COMPILED,
1645             # IF THEY ARE NOT ALREADY PART OF THE LIST
1646          for  source_list_name  in  $package_source_list
1647          do
1648             if [[ $(echo $source_list | grep -c $source_list_name) = 0 ]]
1649             then
1650
1651                    # ONLY TAKE FILES WITH VALID SUFFIX
1652                ending=`echo $source_list_name | cut -f2 -d.`
1653                if [[ "$ending" = f90  ||  "$ending" = F90  ||  "$ending" = f  ||  "$ending" = F  ||  "$ending" = c ]]
1654                then
1655                   cp  $source_list_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1656                   source_list="$source_list $source_list_name"
1657                fi
1658             fi
1659          done
1660       done
1661
1662       cd -  > /dev/null
1663    fi
1664
1665 fi  # do_compile=true
1666
1667
1668    # IF SOURCE CODE IS TO BE COMPILED, DO SOME MORE CHECKS
1669    # AND SET PRE-PROCESSOR DIRECTIVES
1670 if [[ $do_compile = true  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
1671 then
1672
1673       # SET PREPROCESSOR-DIRECTIVES TO SELECT OPERATING SYSTEM SPECIFIC CODE
1674    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1675    then
1676       cpp_options="${cpp_options},-D__ibm=__ibm"
1677    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = nec ]]
1678    then
1679       cpp_options="$cpp_options -D__nec"
1680    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-2) = lc ]]
1681    then
1682       cpp_options="$cpp_options -D__lc"
1683    else
1684       cpp_options="$cpp_options -D__$localhost"
1685    fi
1686
1687       # SET DIRECTIVES GIVEN BY OPTION -K (E.G. parallel)
1688    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1689    then
1690       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond1=__$cond1"
1691       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond2=__$cond2"
1692    else
1693       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond1"
1694       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond2"
1695    fi
1696
1697       # SET DIRECTIVES FOR ACTIVATING SOFTWARE-PACKAGES (OPTION -p)
1698    if [[ -n $package_list ]]
1699    then
1700       for  package  in  $package_list
1701       do
1702          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1703          then
1704             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1705             then
1706                cpp_options="${cpp_options},-D__$package=__$package"
1707             else
1708                cpp_options="${cpp_options},-D__dvrp_graphics=__dvrp_graphics"
1709                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1710             fi
1711          else
1712             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1713             then
1714                cpp_options="$cpp_options -D__$package"
1715             else
1716                cpp_options="$cpp_options -D__dvrp_graphics"
1717                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1718             fi
1719          fi
1720       done
1721    fi
1722
1723       # SET DIRECTIVES GIVEN BY OPTION -D
1724    if [[ -n $cpp_opts ]]
1725    then
1726       for  popts  in  $cpp_opts
1727       do
1728          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1729          then
1730             cpp_options="${cpp_options},-D__$popts=__$popts"
1731          else
1732             cpp_options="$cpp_options -D__$popts"
1733          fi
1734       done
1735    fi
1736
1737 else
1738
1739
1740       # FOR LOCAL RUNS CHECK AGAIN, IF EXECUTABLE EXISTS
1741    if [[ $do_remote = false ]]
1742    then
1743       if [[ ! -f $executable ]]
1744       then
1745          printf "\n  +++ executable file:  $executable"
1746          printf "\n      does not exist"
1747          locat=executable; exit
1748       fi
1749    fi
1750 fi
1751
1752
1753    # DETERMINE THE JOB MODE
1754 if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
1755 then
1756    jobmo=BATCH
1757 else
1758    jobmo=INTERACTIVE
1759 fi
1760
1761
1762    # NO INTERACTIVE RUNS ALLOWED ON LCTIT
1763 if [[ $host = lctit  &&  $jobmo = INTERACTIVE  &&  $do_batch = false ]]
1764 then
1765    printf "\n  +++ no interactive runs allowed on host \"$host\" "
1766    printf "\n      please submit batch job using mrun option \"-b\" \n"
1767    locat=normal; exit
1768 fi
1769
1770
1771    # CHECK, IF USER DEFINED A COMPILER
1772 if [[ "$compiler_name" = "" ]]
1773 then
1774
1775    printf "\n  +++ no compiler specified for \"$host $cond1 $cond2\""
1776    locat=compiler_name; exit
1777
1778 fi
1779
1780
1781    # DETERMINE THE NAME OF MRUN'S TEMPORARY WORKING DIRECTORY
1782 kennung=$RANDOM
1783 if [[ "$tmp_user_catalog" = "" ]]
1784 then
1785    if [[ $localhost = ibmh ]]
1786    then
1787       tmp_user_catalog=$SCRATCH
1788    elif [[ $localhost = nech ]]
1789    then
1790       tmp_user_catalog=$WRKSHR
1791    else
1792       tmp_user_catalog=/tmp
1793    fi
1794 fi
1795 TEMPDIR=$tmp_user_catalog/${usern}.$kennung
1796
1797
1798    # DETERMINE THE NAME OF THE DIRECTORY WHICH IS USED TO TEMPORARILY STORE DATA FOR RESTART RUNS
1799 if [[ "$tmp_data_catalog" = "" ]]
1800 then
1801    if [[ $localhost = nech ]]
1802    then
1803       tmp_data_catalog=$WRKSHR/mrun_restart_data
1804    else
1805       tmp_data_catalog=/tmp/mrun_restart_data
1806    fi
1807 fi
1808
1809
1810    # IN CASE OF LOCAL RUNS REPLACE ENVIRONMENT VARIABLES BY THEIR VALUES
1811 if [[ $do_remote = false  &&  $do_compile = true  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
1812 then
1813    eval  fopts=\"$fopts\"
1814    eval  lopts=\"$lopts\"
1815 fi
1816
1817
1818
1819    # DETERMINE COMPILE- AND LINK-OPTIONS
1820 fopts="$fopts $netcdf_inc $fftw_inc $dvr_inc"
1821 lopts="$lopts $netcdf_lib $fftw_lib $dvr_lib"
1822 ROPTS="$ropts"
1823# if [[ ( $(echo $host | cut -c1-3) = nec  ||  $(echo $host | cut -c1-3) = ibm  ||  $host = lckyoto  ||  $host = lctit  ||  $host = lcflow  ||  $host = lcxe6 ||  $host = lcxt5m || $host = lck || $host = lckiaps || $host = lckordi || $host = lcsb || $host )  &&  -n $numprocs ]]
1824# then
1825    XOPT="-X $numprocs"
1826# fi
1827
1828
1829
1830    # CHECK THE CPU-LIMIT. IT MUST BE GIVEN FOR BATCH-JOBS AND IS COMMUNICATED TO THE
1831    # EXECUTABLE VIA NAMELIST-PARAMETER cputime
1832 done=false
1833 while [[ $done = false ]]
1834 do
1835    cputime=$cpumax
1836    if (( $cputime == 0 ))
1837    then
1838       if [[ $do_batch = true ]]
1839       then
1840          printf "\n  +++ cpu-time is undefined"
1841          printf "\n  >>> Please type CPU-time in seconds as INTEGER:"
1842          printf "\n  >>> "
1843          read  cputime  1>/dev/null  2>&1
1844       else
1845          cputime=10000000   # NO CPU LIMIT FOR INTERACTIVE RUNS
1846       fi
1847    else
1848       done=true
1849    fi
1850    cpumax=$cputime
1851 done
1852
1853 (( minuten = cputime / 60 ))
1854 (( sekunden = cputime - minuten * 60 ))
1855
1856
1857    # CHECK THE MEMORY DEMAND
1858 if [[ $do_batch = true ]]
1859 then
1860    done=false
1861    while [[ $done = false ]]
1862    do
1863       if (( memory == 0 ))
1864       then
1865          printf "\n  +++ memory demand is undefined"
1866          printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
1867          printf "\n  >>> "
1868          read  memory  1>/dev/null  2>&1
1869       else
1870          done=true
1871       fi
1872    done
1873 fi
1874
1875
1876    # IN CASE OF REMOTE-JOBS CHECK, IF A USERNAME FOR THE REMOTE HOST IS GIVEN
1877 if [[ $do_remote = true  &&  -z $remote_username ]]
1878 then
1879    while [[ -z $remote_username ]]
1880    do
1881       printf "\n  +++ username on remote host \"$host\" is undefined"
1882       printf "\n  >>> Please type username:"
1883       printf "\n  >>> "
1884       read  remote_username
1885    done
1886    mc="$mc -u$remote_username"
1887 fi
1888
1889    # CHECK FOR INITIAL COMMANDS AFTER LOGIN
1890 if [[ "$login_init_cmd" != "" ]]
1891 then
1892    export init_cmds="${login_init_cmd};"
1893 fi
1894
1895
1896    # SET THE MODULE-LOAD COMMAD AND EXPORT IT FOR subjob
1897 if [[ "$modules" != "" ]]
1898 then
1899    if [[ $host = lctit ]]
1900    then
1901       export module_calls=". $modules"
1902    else
1903       export module_calls="module load ${modules};"
1904    fi
1905 fi
1906
1907
1908
1909    # OUTPUT OF THE MRUN-HEADER
1910 calltime=$(date)
1911 printf "\n"
1912 printf "#------------------------------------------------------------------------# \n"
1913 printf "| %-35s%35s | \n" "$version" "$calltime"
1914 printf "|                                                                        | \n"
1915 spalte1="called on:"; spalte2=$localhost_realname
1916 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1917 if [[ $do_remote = true ]]
1918 then
1919    spalte1="execution on:"; spalte2="$host (username: $remote_username)"
1920 else
1921    spalte1="execution on:"; spalte2="$host ($localhost_realname)"
1922 fi
1923 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1924 if [[ -n $numprocs ]]
1925 then
1926    if [[ $run_coupled_model = false ]]
1927    then
1928       spalte1="number of PEs:"; spalte2=$numprocs
1929    else
1930       spalte1="number of PEs:"; spalte2="$numprocs  (atmosphere: $numprocs_atmos, ocean: $numprocs_ocean)"
1931    fi
1932    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1933 fi
1934 if [[ -n $tasks_per_node ]]
1935 then
1936    spalte1="tasks per node:"; spalte2="$tasks_per_node (number of nodes: $nodes)"
1937    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1938    if (( remaining_pes > 0 ))
1939    then
1940       spalte1=" "; spalte2="one of the nodes only filled with $remaining_pes tasks"
1941       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1942    fi
1943 fi
1944 if [[ $maximum_parallel_io_streams != $numprocs ]]
1945 then
1946    spalte1="max par io streams:"; spalte2="$maximum_parallel_io_streams"
1947    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1948 fi
1949 if [[ $use_openmp = true ]]
1950 then
1951    spalte1="threads per task:"; spalte2="$threads_per_task"
1952    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1953 fi
1954 printf "|                                                                        | \n"
1955 if [[ $do_compile = true ]]
1956 then
1957    if [[ "$mopts" != "" ]]
1958    then
1959       spalte1="make options:"; spalte2=$(echo "$mopts" | cut -c-45)
1960       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1961       zeile=$(echo "$mopts" | cut -c46-)
1962       while [[ "$zeile" != "" ]]
1963       do
1964          spalte1=""
1965          spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
1966          printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1967          zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
1968       done
1969    fi
1970
1971    spalte1="cpp directives:"; spalte2=$(echo "$cpp_options" | cut -c-45)
1972    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1973    zeile=$(echo "$cpp_options" | cut -c46-)
1974    while [[ "$zeile" != "" ]]
1975    do
1976       spalte1=""
1977       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
1978       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1979       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
1980    done
1981
1982    spalte1="compiler options:"; spalte2=$(echo "$fopts" | cut -c-45)
1983    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1984    zeile=$(echo "$fopts" | cut -c46-)
1985    while [[ "$zeile" != "" ]]
1986    do
1987       spalte1=""
1988       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
1989       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1990       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
1991    done
1992
1993    spalte1="linker options:"; spalte2=$(echo "$lopts" | cut -c-45)
1994    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
1995    zeile=$(echo "$lopts" | cut -c46-)
1996    while [[ "$zeile" != "" ]]
1997    do
1998       spalte1=""
1999       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2000       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2001       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2002    done
2003
2004    spalte1="modules to be load:"; spalte2=$(echo "$modules" | cut -c-45)
2005    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2006    zeile=$(echo "$modules" | cut -c46-)
2007    while [[ "$zeile" != "" ]]
2008    do
2009       spalte1=""
2010       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2011       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2012       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2013    done
2014
2015    spalte1="main program:"; spalte2=$mainprog
2016    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2017 else
2018    spalte1=executable:; spalte2=$executable
2019    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2020 fi
2021 printf "|                                                                        | \n"
2022 spalte1="base name of files:"; spalte2=$fname
2023 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2024 if [[ $fname != $afname ]]
2025 then
2026    spalte1="base name of input files:"; spalte2=$afname
2027    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2028 fi
2029 spalte1="INPUT control list:"; spalte2=$(echo $input_list)
2030 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2031 spalte1="OUTPUT control list:"; spalte2=$(echo $output_list)
2032 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2033
2034 if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
2035 then
2036    printf "| %-35s%-35s | \n" "suffix \"_O\" is added to local files" " "
2037 fi
2038
2039 if [[ $do_batch = true  ||  "$LOADLBATCH" = yes ]]
2040 then
2041    spalte1="memory demand / PE":; spalte2="$memory MB"
2042    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2043    spalte1=CPU-time:; spalte2="$minuten:$sekunden"
2044    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2045 fi
2046
2047 if [[ $do_compile = true ]]
2048 then
2049    printf "|                                                                        | \n"
2050    printf "| Files to be compiled:                                                  | \n"
2051    zeile=$source_list
2052    while [[ "$zeile" != "" ]]
2053    do
2054       linestart=$(echo $zeile | cut -c-70)
2055       printf "| %-70s | \n" "$linestart"
2056       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c71-)
2057    done
2058 fi
2059 printf "#------------------------------------------------------------------------#"
2060
2061
2062
2063    # OUTPUT OF FILE CONNECTIONS IN CASE OF TRACEBACK
2064 if [[ $do_trace = true ]]
2065 then
2066    (( i = 0 ))
2067    while (( i < iin ))
2068    do
2069       (( i = i + 1 ))
2070       if (( i == 1 ))
2071       then
2072          printf "\n\n >>> INPUT-file assignments:\n"
2073       fi
2074       printf "\n     ${localin[$i]} :  ${absnamein[$i]}"
2075    done
2076    (( i = 0 ))
2077    while (( i < iout ))
2078    do
2079       (( i = i + 1 ))
2080       if (( i == 1 ))
2081       then
2082          printf "\n\n >>> OUTPUT-file assignments:\n"
2083       fi
2084       printf "\n     ${localout[$i]} :  ${pathout[$i]}"
2085    done
2086    (( i = 0 ))
2087    while (( i < iic ))
2088    do
2089       (( i = i + 1 ))
2090       if (( i == 1 ))
2091       then
2092          printf "\n\n >>> INPUT-commands:\n"
2093       fi
2094       printf "\n     ${in_command[$i]}" 
2095    done
2096    (( i = 0 ))
2097    while (( i < ioc ))
2098    do
2099       (( i = i + 1 ))
2100       if (( i == 1 ))
2101       then
2102          printf "\n\n >>> OUTPUT-commands:\n"
2103       fi
2104       printf "\n     ${out_command[$i]}" 
2105    done
2106 fi
2107
2108
2109    # QUERY FOR CONTINUE (ON LOCAL MACHINES ONLY)
2110 if [[ $remotecall = false  &&  $silent = false  &&  $jobmo != BATCH ]]
2111 then
2112    antwort=dummy
2113    printf "\n\n"
2114    printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2115    while  read antwort
2116    do
2117       if [[ "$antwort" != y  &&  "$antwort" != Y  &&  "$antwort" != n  &&  "$antwort" != N ]]
2118       then
2119          printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2120       else
2121          break
2122       fi
2123    done
2124    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
2125    then
2126       locat=user_abort; (( iec = 0 )); exit
2127    fi
2128    if [[ $do_batch = true ]]
2129    then
2130       printf " >>> batch-job will be created and submitted"
2131    else
2132       printf " >>> MRUN will now continue to execute on this machine"
2133    fi
2134 fi
2135
2136
2137    # PERFORM PARAMETER FILE CHECK (COUPLED RUNS ARE NOT SUPPORTED YET)
2138    # DEFINE VARIABLES FOR FREQUENTLY USED DIRECTORIES
2139 check_depository="${working_directory}/trunk/UTIL"
2140 check_sources="${working_directory}/tmp_check_namelist_files"
2141 skip_check=false
2142
2143    # CHECK IF NAMELIST_FILE_CHECK HAS BEEN COMPILED SUCCESSFULLY
2144 if [[ ! -f $check_depository/check_namelist_files.tar ]]
2145 then
2146    skip_check=true 
2147    reason="run on remote host or parameter file check has not been compiled."
2148 fi
2149 if [[ ! -f $PALM_BIN/check_namelist_files.x ]]
2150 then
2151    skip_check=true 
2152    reason="parameter file check has not been compiled."
2153 fi
2154
2155    # CHECK FOR PARALLEL RUN; OTHERWISE SKIP CHECK
2156 if [[ "$cond1" != "parallel"  &&  "$cond2" != "parallel" ]]
2157 then
2158    skip_check=true 
2159    reason="serial run."
2160 fi
2161
2162    # ONLY PERFORM CHECK IF -z OPTION IS NOT SET, NO RESTART RUN IS CARRIED OUT
2163    # AND IF THE EXECUTION HOST IS THE LOCAL HOST
2164    # ATTENTION: THIS ROUTINE DOES NOT WORK IF THE COMPILER ON THE LOCAL HOST
2165    # DIFFERS FROM THE COMPILER ON THE REMOTE HOST
2166 if [[ $check_namelist_files == false ]]
2167 then
2168    skip_check=true
2169    reason="-z option set."
2170 fi
2171
2172 if [[ $fromhost != $localhost ]]
2173 then
2174    skip_check=true
2175    reason="submitting host is local host." 
2176 fi 
2177
2178 if [[ $run_coupled_model == true ]]
2179 then
2180    skip_check=true
2181    reason="coupled run." 
2182 fi
2183
2184 if [[ $restart_run == true ]]
2185 then
2186    skip_check=true
2187    reason="restart run."     
2188 fi
2189
2190    # SKIP CHECK IN CASE OF RESTART RUN: CHECK WHETHER THE LAST CHAR IS "f" IN PARIN
2191 (( last_char_int = `echo $filename_input | wc -c` - 1 ))
2192 last_char=`echo $filename_input | cut -c $last_char_int`
2193 if [[ "$last_char" == "f" ]]
2194 then
2195    skip_check=true
2196    reason="restart run."
2197 fi 
2198
2199 if [[ $skip_check == false ]]
2200 then
2201    tmp_check=${working_directory}/tmp_check
2202
2203       # GET TOPOGRAPHY PARAMETER FILE SUFFIX (USUALLY "_TOPO"). THIS FILE IS
2204       # NOT NECESSARILY REQUIRED
2205    line=""
2206    found=false
2207    grep  "TOPOGRAPHY_DATA" $config_file  >  $tmp_check
2208    while read line1
2209    do
2210       line="$line1"
2211       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2212       then
2213          topo_suffix=`echo $line | tr -s " " | cut -d" " -s -f5`
2214          found=true
2215       fi
2216    done < $tmp_check
2217
2218    if [[ $found = false ]]
2219    then
2220       printf "\n  +++ no TOPOGRAPHY list entry found in the configuration file."
2221    fi
2222
2223       # GET NUDGING PARAMETER FILE SUFFIX (USUALLY "_NUDGE"). THIS FILE IS
2224       # NOT NECESSARILY REQUIRED
2225    line=""
2226    found=false
2227    grep  "NUDGING_DATA" $config_file  >  $tmp_check
2228    while read line1
2229    do
2230       line="$line1"
2231       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2232       then
2233          nudge_suffix=`echo $line | tr -s " " | cut -d" " -s -f5`
2234          found=true
2235       fi
2236    done < $tmp_check
2237
2238    if [[ $found = false ]]
2239    then
2240       printf "\n  +++ no NUDGING list entry found in the configuration file."
2241    fi
2242
2243       # GET LARGE SCALE FORCING PARAMETER FILE SUFFIX (USUALLY "_LSF"). THIS FILE IS
2244       # NOT NECESSARILY REQUIRED
2245    line=""
2246    found=false
2247    grep  "LSF_DATA" $config_file  >  $tmp_check
2248    while read line1
2249    do
2250       line="$line1"
2251       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2252       then
2253          lsf_suffix=`echo $line | tr -s " " | cut -d" " -s -f5`
2254          found=true
2255       fi
2256    done < $tmp_check
2257
2258    if [[ $found = false ]]
2259    then
2260       printf "\n  +++ no LSF list entry found in the configuration file."
2261    fi
2262
2263    rm -rf ${working_directory}/tmp_check
2264
2265       # CHECK IF THE P3DF FILE MUST BE CHECKED
2266    for  item  in  $input_list
2267    do
2268       if [[ "$item" == "restart" ]]
2269       then
2270          check_restart=1
2271       else
2272          check_restart=0
2273       fi
2274    done
2275
2276      # ERROR IF NO PARAMETER FILE WAS FOUND, OTHERWISE PROCEED
2277    if [[ (! -f $filename_input) && ( "$filename_input" != "" ) ]]
2278    then
2279       printf "\n\n  +++ ERROR: parameter file ($filename_input) not found." 
2280       locat=check_namelist; exit
2281    fi
2282   
2283       # CHECK IF THE RESTART PARAMETER FILE EXISTS (IF NECESSARY)
2284    if  [[ $check_restart == 1 ]]
2285    then
2286
2287       filenamef="${filename_input}f"
2288       if [[ ! -f $filenamef ]]
2289       then
2290          printf "\n\n  +++ WARNING: restart parameter file ($filenamef) is missing." 
2291          check_restart=0
2292          answer=dummy
2293          printf "\n\n"
2294
2295          if [[ $silent == false ]]
2296          then
2297             while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2298             do
2299                printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2300                read  answer
2301             done
2302             if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2303             then
2304                printf "\n  +++ Aborting...."
2305                locat=normal; exit
2306             fi
2307          fi
2308       else
2309          check_restart=1
2310       fi
2311    fi
2312
2313       # CREATE TEMPORARY SOURCES_FOR_CHECK PATH
2314    mkdir $check_sources
2315    cd $check_sources
2316
2317
2318       # CHECK FOR USER CODE, OTHERWISE USE THE PRECOMPILED CHECK_NAMELIST_FILES.X
2319    if [[ -d $add_source_path ]]
2320    then
2321       printf "\n\n  *** copying files from $check_depository" 
2322       cp $check_depository/check_namelist_files.tar ./
2323
2324       printf "\n\n  *** untar of makefile and source files in $check_sources"
2325       tar -xf check_namelist_files.tar  >  /dev/null  2>&1
2326
2327       printf "\n\n  *** adding user code." 
2328       cp $add_source_path/* ./
2329       touch check_namelist_files.f90
2330
2331          # GET COMPILER OPTIONS AND PERFORM MAKE
2332       printf "\n\n  *** compiling code if necessary...\n"
2333
2334          # workaround for batch jobs on local machine (lcxe6)
2335       if [[ $do_batch == true && $do_remote == false ]]
2336       then
2337          eval $init_cmds
2338       fi
2339
2340          # GET CHECK OPTIONS
2341       line=""
2342       found=false
2343
2344       grep  "$localhost" ${base_directory}/${config_file} | grep "%cpp_options"  >  $tmp_check
2345
2346       while read line1
2347       do
2348
2349          if [[ $(echo $line1 | cut -d" " -s -f3-) = "$localhost" ]]
2350          then
2351             line="$line1"
2352          fi
2353
2354          if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2355          then
2356                # REMOVE COLONS FROM OPTION-STRING, REMOVE ALL -D OPTIONS
2357             line="$line "
2358             copts_check=`echo $line | cut -d" " -s -f2 | sed 's/::/%DUM%/g' | sed 's/:/ /g' | sed 's/%DUM%/:/g' | sed 's/-D[^ ]* //g' | sed 's/ -D.*//g'`
2359             found=true
2360          fi
2361
2362       done < $tmp_check
2363       copts_check="$copts_check -D__check -D__parallel"
2364
2365       make -f Makefile_check F90=$compiler_name_ser  COPT="$copts_check"
2366
2367          # GET MAKE OUTPUT
2368       if [[ $? != 0 ]]
2369       then
2370          printf "\n  +++ error during make."       
2371          answer=dummy
2372          printf "\n\n"
2373          if [[ $silent == false ]]
2374          then
2375             while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2376             do
2377                printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2378                read  answer
2379             done
2380             if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2381             then
2382                printf "\n  +++ Aborting..."
2383                rm -rf  $check_sources
2384                locat=normal; exit
2385             else
2386                skip_check=true
2387             fi
2388          else
2389             skip_check=true
2390          fi
2391       fi
2392    else
2393       cp $PALM_BIN/check_namelist_files.x ./
2394    fi
2395
2396    cp $filename_input ./PARIN
2397    if [[ $check_restart == 1 ]] 
2398    then
2399       cp $filenamef ./PARINF   
2400    fi
2401
2402    if [[ -f ${pathname}/${fname}${topo_suffix} && $skip_check == false ]]
2403    then
2404       printf "\n  *** adding topography data"
2405       cp ${pathname}/${fname}${topo_suffix} ./TOPOGRAPHY_DATA
2406
2407          # IN CASE OF TOPOGRAPHY AND HIGH GRID POINT NUMBERS, THE STACK SIZE
2408          # MUST BE INCREASED. THIS IS DUE TO THE ARRAY nzb_local AND topo_height,
2409          # WHICH REQUIRE SUFFICIENT MEMORY
2410       ulimit -s unlimited         
2411    fi
2412
2413    if [[ -f ${pathname}/${fname}${nudge_suffix} && $skip_check == false ]]
2414    then
2415       printf "\n  *** adding nudging data"
2416       cp ${pathname}/${fname}${nudge_suffix} ./NUDGING_DATA       
2417    fi
2418
2419    if [[ -f ${pathname}/${fname}${lsf_suffix} && $skip_check == false ]]
2420    then
2421       printf "\n  *** adding large scale forcing data"
2422       cp ${pathname}/${fname}${lsf_suffix} ./LSF_DATA       
2423    fi
2424
2425       # CREATE ENVPAR FILE, WHICH IS NEEDED BY CHECK_NAMELIST_FILES.X
2426    cat  >  ENVPAR  <<  %%END%%
2427 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$host',
2428            write_binary = '$write_binary', tasks_per_node = $tasks_per_node,
2429            maximum_parallel_io_streams = $maximum_parallel_io_streams,
2430            maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
2431            revision = '$global_revision',
2432            local_dvrserver_running = $local_dvrserver_running /
2433
2434%%END%%
2435
2436       # SAFETY CHECK: ONLY PROCEED IF THE PARAMETER CHECK PROGRAM WAS PROPERLY COMPILED
2437    if [[ ! -f check_namelist_files.x  &&  $skip_check == false ]]
2438    then
2439       printf "\n  +++ WARNING: check_namelist_files.x not found."
2440       answer=dummy
2441       printf "\n\n"
2442
2443       if [[ $silent == false ]]
2444       then
2445          while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2446          do
2447             printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2448             read  answer
2449          done
2450          if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2451          then
2452             printf "\n  +++ Aborting..."
2453             rm -rf  $check_sources
2454             locat=normal; exit
2455          else
2456             printf "\n  *** skipping parameter file check."         
2457          fi
2458      fi
2459       
2460    elif [[ $skip_check == false ]]
2461    then
2462          # STARTING THE PARAMETER FILE CHECK
2463       printf "\n\n  *** starting parameter file check..."
2464
2465          # CHECKING THE P3D FILE
2466       printf "\n\n      (1) checking $filename_input" 
2467       echo "$numprocs 0 0" > VARIN
2468       errors=`./check_namelist_files.x < VARIN 2>&1`
2469
2470       check_error=false
2471       if [[ "$errors" == "" ]]
2472       then
2473          printf " --> o.k."
2474       else
2475          printf " --> failed."
2476          check_error=true
2477          printf "\n\n  $errors"
2478       fi
2479
2480          # CHECKING THE PD3F FILE IF NECESSARY
2481       if [[ $check_restart == 1 && $check_error == false ]]
2482       then
2483          printf "\n\n      (2) checking $filenamef" 
2484
2485             # FIRST CHECK IF INITIALIZING_ACTIONS="READ_RESTART_DATA" IS SET
2486             # IN &INIPAR LIST
2487          found=false
2488          cat PARINF | while read line
2489          do
2490             line=$(echo $line|sed 's/ //g')
2491             if [[ $line == *"&inipar"* ]]
2492             then
2493                start_search=true
2494             fi 
2495
2496             if [[ $start_search == true ]]
2497             then
2498                if [[ $line == *"initializing_actions='read_restart_data'"* ]]
2499                then
2500                   found=true
2501                   break
2502                fi
2503             fi
2504
2505             if [[ $line == *"/"* ]]
2506             then
2507                start_search=false
2508             fi 
2509
2510          done
2511
2512          if [[ $found = false ]]
2513          then
2514             printf "\n\n  +++ ERROR: initializing_actions = 'read_restart_data' not found"
2515             printf "\n      in &inipar list in $fname$p3df_suffix."
2516             rm -rf  $check_sources
2517             locat=check_namelist; exit
2518          fi
2519
2520             # READ max_user_pr FROM FILES
2521          if [[ -f parin_for_check ]]
2522          then
2523             read max_pr_user < parin_for_check
2524          else
2525             max_user_pr=0
2526          fi
2527
2528          echo "$numprocs 1 $max_pr_user" > VARIN
2529          errors=`./check_namelist_files.x < VARIN 2>&1`
2530
2531          if [[ "$errors" == "" ]]
2532          then
2533             printf " --> o.k."
2534          else
2535             printf " --> failed."
2536             check_error=true
2537             printf "\n\n  $errors"
2538          fi
2539       fi
2540   
2541          # REPORT ERRORS AND CONTINUE/EXIT
2542       if [[ $check_error == true ]]
2543       then
2544          printf "\n  +++ errors found in the parameter file!\n"
2545          answer=dummy
2546          printf "\n\n"
2547
2548          while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2549          do
2550             printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2551             read  answer
2552          done
2553
2554          if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2555          then
2556             printf "\n  +++ Aborting..."
2557             rm -rf  $check_sources
2558             locat=normal; exit
2559          fi
2560        else
2561          printf "\n\n  *** parameter file(s) seem(s) to be o.k.\n"
2562        fi
2563        rm -rf $check_sources
2564    fi
2565 else
2566    printf "\n\n  +++ skipping parameter file check due to following reason: $reason \n" 
2567 fi
2568
2569    # DELETE TEMPORARY DIRECTORY AND FINISH NAMELIST FILE CHECK   
2570 rm -rf  $check_sources
2571 cd $working_directory
2572
2573
2574    # DETERMINE PATH FOR MAKE DEPOSITORY
2575 if [[ $do_batch = false  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
2576 then
2577
2578    line=""
2579    grep "%depository_path" $config_file  >  tmp_mrun
2580    while read line
2581    do
2582       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2583       then
2584          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f3)" = "" ]]
2585          then
2586             global_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2587          fi
2588       fi
2589    done < tmp_mrun
2590
2591    line=""
2592    grep  " $localhost" $config_file | grep "%depository_path"  >  tmp_mrun
2593    while read line
2594    do
2595       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2596       then
2597          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f4)" = "$cond1"  &&  "$(echo $line | cut -d" " -s -f5)" = "$cond2" ]]
2598          then
2599             local_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2600          fi
2601       fi
2602    done < tmp_mrun
2603
2604    if [[ "$local_depository_path" = "" ]]
2605    then
2606       if [[ "$global_depository_path" != "" ]]
2607       then
2608          local_depository_path=$global_depository_path
2609       else
2610          printf "\n\n  +++ no depository path found in configuration file"
2611          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
2612          printf "\n      please set \"\%depository_path\" in configuration file\n"
2613          locat=config_file; exit
2614       fi
2615    fi
2616    eval local_depository_path=$local_depository_path
2617    [[ "$cond1" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond1
2618    [[ "$cond2" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond2
2619
2620
2621    basename=`echo $mainprog | cut -f1 -d"."`
2622    eval make_depository=${local_depository_path}/${basename}_current_version.tar
2623    if [[ ! -f $make_depository ]]
2624    then
2625       printf "\n"
2626       printf "\n  *** WARNING: make depository \"$make_depository\" not found"
2627       printf "\n               \"make\" will fail, if the Makefile or other source files are missing\n"
2628    fi
2629
2630 fi
2631
2632
2633    # NOW PERFORM THOSE ACTIONS REQUIRED TO EXECUTE THE PROGRAM (PALM) ON THIS MACHINE
2634    # (COMPILING/LINKING, EXECUTING, COPYING I/O FILES)
2635 if [[ $do_batch = false ]]
2636 then
2637
2638
2639       # CREATE THE TEMPORARY WORKING DIRECTORY
2640    mkdir -p  $TEMPDIR
2641    chmod  go+rx  $TEMPDIR
2642    tmpcreate=true
2643
2644
2645       # COPY EITHER THE COMPLETE SOURCE CODE FILES TO BE COMPILED OR THE EXECUTABLE
2646       # INTO THE TEMPORARY WORKING DIRECTORY
2647    if [[ $do_compile = true ]]
2648    then
2649
2650          # ON NEC, COMPILATION IS DONE ON HOST CROSS VIA CROSS COMPILING
2651          # CREATE A TEMPORARY DIRECTORY ON THAT MACHINE (HOME MOUNTED VIA NFS)
2652       if [[ $localhost = nech ]]
2653       then
2654          TEMPDIR_COMPILE=$HOME/work/${usern}.$kennung
2655          if  mkdir -p  $TEMPDIR_COMPILE
2656          then
2657             printf "\n  *** \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2658             printf "\n      is generated as temporary directory for cross compiling\n"
2659          else
2660             printf "\n  +++ creating directory \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2661             printf "\n      needed for cross compilation failed"
2662             locat=compile
2663             exit
2664          fi
2665       else
2666          TEMPDIR_COMPILE=$TEMPDIR
2667       fi
2668
2669       cp  $make_depository  $TEMPDIR_COMPILE
2670       cd  $TEMPDIR_COMPILE
2671       tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
2672       cd -  > /dev/null
2673
2674          # DUE TO UNKNOWN REASONS, COPY WITH cp COMMAND CREATES CORRUPT
2675          # FILES ON CRAY XC30 SYSTEMS (HLRN III), rsync IS USED INSTEAD
2676       if [[ $(echo $host | cut -c1-6) = lccray ]]
2677       then
2678          rsync -av -t  SOURCES_FOR_RUN_$fname/*  $TEMPDIR_COMPILE  >  /dev/null
2679       else
2680          cp  SOURCES_FOR_RUN_$fname/*  $TEMPDIR_COMPILE  >  /dev/null
2681       fi
2682
2683    else
2684
2685       cp  $executable   ${TEMPDIR}/a.out
2686
2687    fi
2688
2689
2690       # CHANGE TO THE TEMPORARY WORKING DIRECTORY
2691    cd  $TEMPDIR
2692    printf "\n  *** changed to temporary directory: $TEMPDIR"
2693
2694
2695       # THE FOLLOWING IS REQUIRED FPR AVS-OUTPUT WITH PALM  ??? REMOVE ???
2696       # WRITE INFORMATIONS ABOUT THE OUTPUT-FILE CONNECTIONS TO A TEMPORARY FILE
2697       # THIS FILE CAN LATER BE READ FROM USER-DEFINED CODE TO DETERMINE THE
2698       # RELATION BETWEEN THE LOCAL TEMPORARY AND PERMANENT FILE NAMES
2699    (( i = 0 ))
2700    while (( i < iout ))
2701    do
2702       (( i = i + 1 ))
2703       if [[ "${actionout[$i]}" = tr  ||  "${actionout[$i]}" = tra  ||  "${actionout[$i]}" = trpe ]]
2704       then
2705          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2706       else
2707          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${frelout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2708       fi
2709    done
2710
2711
2712       # IF REQUIRED, START WITH COMPILING
2713    if [[ $do_compile = true ]]
2714    then
2715
2716
2717       if [[ -f a.out ]]
2718       then
2719
2720             # EXECUTABLE WAS CREATED DURING INTERACTIVE CALL OF MRUN
2721          printf "\n\n\n  *** executable a.out found"
2722          printf "\n      no compilation required \n"
2723
2724       else
2725
2726             # COMPILING WITH MAKE (ON NEC COMPILER IS CALLED ON HOST CROSS)
2727          printf "\n\n\n  *** compilation starts \n$dashes\n"
2728          printf "  *** compilation with make using following options:\n"
2729          printf "      make depository:          $make_depository"
2730          if [[ "$mopts" != "" ]]
2731          then
2732             printf "      make options:             $mopts\n"
2733          fi
2734          printf "      compilername:             $compiler_name\n"
2735          printf "      compiler options:         $fopts\n"
2736          printf "      preprocessor directives:  $cpp_options \n"
2737          printf "      linker options:           $lopts \n"
2738          if [[ "$modules" != "" ]]
2739          then
2740             printf "      modules to be load:       $modules \n"
2741          fi
2742          printf "      source code files:        $source_list \n"
2743
2744          if [[ $localhost = nech ]]
2745          then
2746             ssh  $SSH_PORTOPT  136.172.44.192 -l $usern "$init_cmds $module_calls cd \$HOME/work/${usern}.$kennung; sxmake $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2747             cp  $TEMPDIR_COMPILE/a.out  .
2748             [[ $? != 0 ]]  &&  compile_error=true
2749             rm -rf  $TEMPDIR_COMPILE
2750          elif [[ $localhost = ibmh ]]
2751          then
2752             printf "      compiler is called via ssh on \"plogin1\" \n"
2753             ssh  $SSH_PORTOPT  plogin1  -l $usern  "$init_cmds export PATH=/sw/ibm/xlf/13.1.0.8/usr/bin:$PATH; $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2754             [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2755             continue   # STATUS=1, IF a.out EXISTS
2756          elif [[ $localhost = lcflow ]]
2757          then 
2758             printf "      compiler is called via ssh on \"flow\" \n"
2759             /usr/bin/ssh  $SSH_PORTOPT  flow02.hpc.uni-oldenburg.de -l $usern "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out F90=$compiler_name COPT=\"$cpp_options\" F90FLAGS=\"$fopts\" LDFLAGS=\"$lopts\" "
2760             check_for_file=`/usr/bin/ssh $SSH_PORTOPT flow02.hpc.uni-oldenburg.de -l $usern "ls $TEMPDIR/a.out 2> /dev/null"`
2761             [[ "$check_for_file" = "" ]]  &&  compile_error=true
2762             continue   # STATUS=1, IF a.out EXISTS
2763          elif [[ $localhost = lccrayb  ||  $localhost = lccrayf ||  $localhost = lccrayh ]]
2764          then
2765             make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2766          else
2767             [[ "$init_cmds" != "" ]]  &&  eval $init_cmds
2768             [[ "$module_calls" != "" ]]  &&  eval $module_calls
2769             make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2770          fi
2771
2772          if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
2773          then
2774             printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
2775             locat=compile
2776
2777             exit
2778          else
2779             printf "$dashes\n  *** compilation finished \n"
2780          fi
2781
2782       fi
2783
2784    fi
2785
2786
2787       # PROVIDE THE INPUT FILES
2788       # LOOP OVER ALL ACTIVATED FILES (LISTED IN THE CONFIGURATION FILE)
2789    (( i = 0 ))
2790    while (( i < iin ))
2791    do
2792       (( i = i + 1 ))
2793       if (( i == 1 ))
2794       then
2795          printf "\n\n  *** providing INPUT-files:\n$dashes"
2796       fi
2797
2798
2799          # SKIP OPTIONAL FILES, IF THEY DO NOT EXIST
2800       if [[ "${transin[$i]}" = unavailable ]]
2801       then
2802          if [[ "${extin[$i]}" = ""  ||  "${extin[$i]}" = " " ]]
2803          then
2804             printf "\n  +++ WARNING: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}\" "
2805             printf "\n               is not available!"
2806          else
2807             printf "\n  +++ WARNING: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}.${extin[$i]}\" "
2808             printf "\n               is not available!"
2809          fi
2810          continue
2811       fi
2812
2813          # CHECK FOR SINGLE FILE (SERIAL RUN) OR DIRECTORY (ONE FILE PER CORE FOR PARELLEL EXECUTION)
2814       files_for_pes=false; datentyp=file
2815       if [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
2816       then
2817          files_for_pes=true; datentyp=directory
2818          actionin[$i]=""
2819       elif [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
2820       then
2821          actionin[$i]=""
2822       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
2823       then
2824          files_for_pes=true; datentyp=directory
2825          actionin[$i]="ar"
2826       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
2827       then
2828          actionin[$i]="ar"
2829       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
2830       then
2831          files_for_pes=true; datentyp=directory
2832          actionin[$i]="fl"
2833       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
2834       then
2835          actionin[$i]="fl"
2836       fi
2837
2838       if [[ $files_for_pes = true ]]
2839       then
2840          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}/....  to  ${localin[$i]}"
2841       else
2842          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}  to  ${localin[$i]}"
2843       fi
2844
2845          # INPUT-FILE FOR A RESTART RUN.
2846          # CHECK, IF THIS FILE STILL EXISTS ON THE TEMPORARY DATA DIRECTORY.
2847          # IF NOT, TRY TO GET IT FROM THE ARCHIVE SYSTEM
2848       if [[ "${actionin[$i]}" = fl ]]
2849       then
2850          printf "\n      $datentyp will be fetched from temporary directory \"${tmp_data_catalog}\" !"
2851          if [[ $files_for_pes = false ]]
2852          then
2853             if [[ -f "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
2854             then
2855                ln  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2856                got_tmp[$i]=true
2857             elif [[ -f "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
2858             then
2859                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
2860                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
2861                cp  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2862             else
2863                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
2864                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
2865                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
2866                actionin[$i]=ar
2867             fi
2868          else
2869             if [[ -d "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
2870             then
2871                mkdir  ${localin[$i]}
2872                cd $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2873                for file in $(ls *)
2874                do
2875                   ln $file $TEMPDIR/${localin[$i]}
2876                done
2877                cd $TEMPDIR
2878                got_tmp[$i]=true
2879             elif [[ -d "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
2880             then
2881                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
2882                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
2883                cp -r  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2884             else
2885                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
2886                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
2887                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
2888                actionin[$i]=ar
2889             fi
2890          fi
2891       fi
2892
2893
2894          # FILE IS STORED ON THE ARCHIVE SYSTEM
2895       if [[ "${actionin[$i]}" = ar ]]
2896       then
2897
2898          if [[ $files_for_pes = false ]]
2899          then
2900             printf "\n      file will be restored from archive-system ($archive_system)!"
2901          else
2902             printf "\n      directory will be restored from archive-system ($archive_system)!"
2903          fi
2904
2905          file_restored=false
2906
2907          if [[ $archive_system = asterix ]]
2908          then
2909             do_stagein=true
2910             (( stagein_anz = 0 ))
2911             while [[ $do_stagein = true ]]
2912             do
2913                if [[ $files_for_pes = false ]]
2914                then
2915                   stagein  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
2916                else
2917                   stagein  -t  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
2918                fi
2919                cat  STAGEIN_OUTPUT
2920                if [[ $(grep -c "st.msg:i24"  STAGEIN_OUTPUT) != 0 ]]
2921                then
2922                   file_restored=true
2923                   do_stagein=false
2924                else
2925                   (( stagein_anz = stagein_anz + 1 ))
2926                   if (( stagein_anz == 10 ))
2927                   then
2928                      printf "\n  +++ stagein stoped after 10 tries"
2929                      locat=stage
2930                      exit
2931                   fi
2932                   printf "\n  +++ restoring from archive failed, trying again:"
2933                   sleep 900
2934                fi
2935             done
2936          elif [[ $archive_system = DMF ]]
2937          then
2938             if [[ $files_for_pes = false ]]
2939             then
2940                printf "\n  +++ restoring of single files impossible with $archive_system !\n"
2941                locat=DMF
2942                exit
2943             else
2944                find  $ARCHIVE/${frelin[$i]}  -type m  -print  |  dmget
2945                cp  -r $ARCHIVE/${frelin[$i]}  $PWD
2946                file_restored=true
2947             fi
2948          elif [[ $archive_system = tivoli ]]
2949          then
2950             if [[ $files_for_pes = false ]]
2951             then
2952                ssh  $SSH_PORTOPT  $usern@bicedata.hlrn.de  "cp  $PERM/${frelin[$i]}  $PWD"
2953             else
2954                (( inode = 0 ))
2955                while (( inode < nodes ))
2956                do
2957                   ssh  $SSH_PORTOPT  $usern@bicedata.hlrn.de  "cd $PWD; tar  xf  $PERM/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar"
2958                   (( inode = inode + 1 ))
2959                done
2960             fi
2961             file_restored=true
2962          elif [[ $archive_system = ut ]]
2963          then
2964             if [[ $files_for_pes = false ]]
2965             then
2966                cp  $UT/${frelin[$i]}  .
2967             else
2968                (( inode = 0 ))
2969                while (( inode < nodes ))
2970                do
2971                   tar  xf  $UT/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar
2972                   (( inode = inode + 1 ))
2973                done
2974             fi
2975             file_restored=true
2976          else
2977             printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"   restore impossible!"
2978             locat=rearchive
2979             exit
2980          fi
2981
2982          if [[ $file_restored = true ]]
2983          then
2984
2985                # PUT FILE ON THE TEMPORARY DATA DIRECTORY TOO.
2986                # THIS WILL MAKE FILE ACCESS EASIER FOR LATER RUNS
2987             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog; chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
2988             if [[ $files_for_pes = false ]]
2989             then
2990                ln  -f  ${frelin[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2991             else
2992                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2993                ln  -f  ${frelin[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2994             fi
2995             got_tmp[$i]=true
2996
2997                # PROVIDE THE FILE UNDER ITS LOCAL NAME
2998             mv  ${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2999
3000          fi
3001       fi
3002
3003
3004          # FILE IS STORED IN THE RESPECTIVE DIRECTORY GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
3005       if [[ "${actionin[$i]}" = ""  ||  "${actionin[$i]}" = "di"  ||  "${actionin[$i]}" = "npe" ]]
3006       then
3007
3008          if [[ "${actionin[$i]}" = "npe"  &&  -n $numprocs ]]
3009          then
3010
3011                # FILE COPIES ARE PROVIDED FOR ALL CORES
3012                # EACH FILE GETS A UNIQUE FILENAME WITH A FOUR DIGIT NUMBER
3013             printf "\n      file will be provided for $numprocs processors"
3014             mkdir  ${localin[$i]}
3015             ival=$numprocs
3016             (( ii = 0 ))
3017             while (( ii <= ival-1 ))
3018             do
3019                if (( ii < 10 ))
3020                then
3021                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_000$ii
3022                elif (( ii < 100 ))
3023                then
3024                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_00$ii
3025                elif (( ii < 1000 ))
3026                then
3027                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_0$ii
3028                else
3029                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_$ii
3030                fi
3031                (( ii = ii + 1 ))
3032             done
3033
3034          else
3035
3036             if [[ $files_for_pes = true ]]
3037             then
3038
3039                   # PROVIDE FILES FOR EACH CORE
3040                   # FIRST CREATE THE LOCAL DIRECTORY, THEN COPY FILES
3041                   # FROM THE PERMANENT DIRECTORY BY LINKING THEM TO THE LOCAL ONE
3042                printf "\n      providing $numprocs files for the respective processors"
3043                mkdir  ${localin[$i]}
3044                if [[ $link_local_input = true ]]
3045                    then
3046                    printf "      using ln -f\n"
3047                    cd ${absnamein[$i]}
3048                    for file in $(ls *)
3049                      do
3050                      ln -f $file  ${localin[$i]}
3051                    done
3052                    cd $TEMPDIR
3053                fi
3054
3055                   # IF "ln -f" FAILED OR IF "$link_local_input = false" DO A NORMAL "cp -r"
3056                if [[ ! -f "${localin[$i]}/_0000" ]]
3057                    then
3058                    if [[ $link_local_input = true ]]
3059                        then
3060                        printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
3061                    fi
3062                    cp -r  ${absnamein[$i]}/*  ${localin[$i]}
3063                fi
3064
3065             else
3066
3067                   # PROVIDE FILE FOR RUNS ON A SINGLE CORE
3068                if [[ $link_local_input = true ]]
3069                then
3070                    printf "      using ln -f\n"
3071                    ln -f  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
3072                fi
3073                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp"
3074                if [[ ! -f "${localin[$i]}" ]]
3075                then
3076                    if [[ $link_local_input = true ]]
3077                    then
3078                        printf "      ln failed, using cp...\n"
3079                    fi
3080                    cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
3081                fi
3082             fi
3083          fi
3084       fi
3085
3086    done
3087    if (( i != 0 ))
3088    then
3089       printf "\n$dashes\n  *** all INPUT-files provided \n"
3090    fi
3091
3092
3093       # EXECUTE INPUT-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
3094    (( i = 0 ))
3095    while (( i < iic ))
3096    do
3097       (( i = i + 1 ))
3098       if (( i == 1 ))
3099       then
3100          printf "\n\n  *** execution of INPUT-commands:\n$dashes"
3101       fi
3102       printf "\n  >>> ${in_command[$i]}"
3103       eval  ${in_command[$i]}
3104       if (( i == iic ))
3105       then
3106          printf "\n$dashes\n"
3107       fi
3108    done
3109
3110
3111       # SET THE REMAINING CPU-TIME
3112    cpurest=${cpumax}.
3113
3114
3115       # START DVR STREAMING SERVER
3116    if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
3117    then
3118       if [[ "$dvr_server" != "" ]]
3119       then
3120
3121          printf "\n\n  *** preparing the dvr streaming server configuration file"
3122
3123             # CHECK, IF A DVR SERVER IS ALREADY RUNNING
3124          running_dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config | grep -v grep) | cut -d" " -f2`
3125          if [[ "$running_dvrserver_id" != "" ]]
3126          then
3127
3128             printf "\n\n  +++ WARNING: A dvr server with id=$running_dvrserver_id is already running!"
3129             printf "\n      This server is used instead starting a new one!"
3130             printf "\n      If required, script \"process_dvr_output\" has to be run manually."
3131
3132          else
3133
3134                # COPY CONFIGURATION FILE FOR STREAMING SERVER FROM REPOSITORY TO HERE
3135             if [[ -f ${PALM_BIN}/.dvrserver.config ]]
3136             then
3137                cp  ${PALM_BIN}/.dvrserver.config  .
3138
3139                   # ENTERING THE BASEDIR, UID AND GID INTO THIS FILE
3140                user_id=`id -u`
3141                group_id=`id -g`
3142
3143                   # "&" IS REQUIRED AS A SEPERATOR, BECAUSE TEMPDIR CONTAINS "/"
3144                sed "s&<replace by dvr data directory>&${TEMPDIR}&g" .dvrserver.config > .dvrserver.1
3145                sed "s/<replace by user id>/$user_id/g"    .dvrserver.1 > .dvrserver.2
3146                sed "s/<replace by group id>/$group_id/g"  .dvrserver.2 > .dvrserver.3
3147                mv  .dvrserver.3  .dvrserver.config
3148                rm  .dvrserver.1  .dvrserver.2
3149
3150                   # START DVR SERVER IN BACKGROUND, GET HIS ID AND PRINT ON TERMINAL
3151                $dvr_server  .dvrserver.config  >>  DVR_LOGFILE  2>&1  &
3152                dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config) | cut -d" " -f2`
3153                printf "\n  *** streaming server with id=$dvrserver_id is started in background"
3154                local_dvrserver_running=.TRUE.
3155             else
3156                printf "\n  +++ missing file \".dvrserver.config\" in directory:"
3157                printf "\n      \"$PALM_BIN\" "
3158                locat=dvr
3159                exit
3160             fi
3161
3162          fi
3163
3164       else
3165          printf "\n\n  --- INFORMATIVE: no dvr streaming server will be started"
3166       fi
3167    fi
3168
3169
3170       # CREATE THE NAMELIST-FILE WITH VALUES OF ENVIRONMENT-VARIABLES REQUIRED BY PALM
3171       # (FILE ENVPAR WILL BE READ BY PALM)
3172    cat  >  ENVPAR  <<  %%END%%
3173 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$localhost',
3174          write_binary = '$write_binary', tasks_per_node = $tasks_per_node,
3175          maximum_parallel_io_streams = $maximum_parallel_io_streams,
3176          maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
3177          revision = '$global_revision',
3178          local_dvrserver_running = $local_dvrserver_running /
3179
3180%%END%%
3181
3182
3183       # STARTING THE EXECUTABLE
3184    printf "\n\n  *** execution starts in directory\n      \"`pwd`\"\n$dashes\n"
3185    PATH=$PATH:$TEMPDIR
3186
3187       # MPI DEBUG OPTION (ARGUMENT CHECKING, SLOWS DOWN EXECUTION DUE TO INCREASED LATENCY)
3188    if [[ "$mpi_debug" = true ]]
3189    then
3190       export MPI_CHECK_ARGS=1
3191       printf "\n  +++ MPI_CHECK_ARGS=$MPI_CHECK_ARGS"
3192    fi
3193
3194    if [[ "$totalview" = true ]]
3195    then
3196       printf "\n *** totalview debugger will be used"
3197       tv_opt="-tv"
3198    else
3199       tv_opt=""
3200    fi
3201
3202    if [[ "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ]]
3203    then
3204       if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
3205       then
3206          continue
3207       fi
3208       if [[ $localhost = ibmh ]]
3209       then
3210
3211             # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
3212          export MP_SHARED_MEMORY=yes
3213          export AIXTHREADS_SCOPE=S
3214          export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3215          export AUTHSTATE=files
3216          export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
3217
3218             # FOLLOWING OPTIONS ARE MANDATORY FOR TOTALVIEW
3219          export MP_ADAPTER_USE=shared
3220          export MP_CPU_USE=multiple
3221          export MP_TIMEOUT=1200
3222
3223          unset  MP_TASK_AFFINITY
3224
3225             # SO FAR, TOTALVIEW NEEDS HOSTFILE MECHANISM FOR EXECUTION
3226          #(( ii = 1 ))
3227          #while (( ii <= $numprocs ))
3228          #do
3229          #   echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3230          #   (( ii = ii + 1 ))
3231          #done
3232          #export MP_HOSTFILE=hostfile
3233
3234          if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
3235          then
3236             totalview   poe  a.out  $ROPTS
3237          else
3238             echo totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1   $ROPTS
3239             export TVDSVRLAUNCHCMD=ssh
3240             totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1   $ROPTS
3241          fi
3242
3243       fi  # END DEBUG MODE
3244
3245    else
3246
3247          # NORMAL EXECUTION
3248       if [[ -n $numprocs ]]
3249       then
3250
3251             # RUNNING THE PROGRAM ON PARALLEL MACHINES
3252          if [[ $(echo $host | cut -c1-3) = ibm ]]
3253          then
3254
3255                # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
3256             if [[ $host != ibmh  &&  $host != ibmkisti ]]
3257             then
3258                export MP_SHARED_MEMORY=yes
3259                export AIXTHREAD_SCOPE=S
3260                export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3261                export XLSMPOPTS="spins=0:yields=0:stack=20000000"
3262                export AUTHSTATE=files
3263                export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
3264                #  export MP_PRINTENV=yes
3265
3266                   # TUNING-VARIABLES TO IMPROVE COMMUNICATION SPEED
3267                   # DO NOT SHOW SIGNIFICANT EFFECTS (SEP 04, FEDERATION-SWITCH)
3268                export MP_WAIT_MODE=poll
3269                [[ $node_usage = not_shared ]]  &&  export MP_SINGLE_THREAD=yes
3270             fi
3271
3272             if [[ $host = ibmkisti ]]
3273             then
3274                export LANG=en_US
3275                export MP_SHARED_MEMORY=yes
3276                if [[ $threads_per_task = 1 ]]
3277                then
3278                   export MP_SINGLE_THREAD=yes
3279                   export MEMORY_AFFINITY=MCM
3280                else
3281                   export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3282                fi
3283             fi
3284
3285             if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
3286             then
3287                printf "\n--- Control: OMP_NUM_THREADS = \"$OMP_NUM_THREADS\" \n"
3288                if [[ "$cond1" = hpmcount  ||  "$cond2" = hpmcount ]]
3289                then
3290                   /opt/optibm/HPM_2_4_1/bin/hpmcount  a.out  $ROPTS
3291                else
3292                   if [[ $run_coupled_model = false ]]
3293                   then
3294                      if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3295                      then
3296                         echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3297                      else
3298                         echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3299                      fi
3300                   else
3301                      (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3302                      (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3303                      printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3304                      printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3305                      printf "\n\n"
3306                      echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3307                   fi
3308                   poe ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3309                fi
3310             else
3311                if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibms ]]
3312                then
3313                   poe  a.out  -procs $numprocs  -nodes 1  -rmpool 0  $ROPTS
3314                elif [[ $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku ]]
3315                then
3316                   if [[ -f $hostfile ]]
3317                   then
3318                      cp  $hostfile  hostfile
3319                   else
3320                      (( ii = 1 ))
3321                      while (( ii <= $numprocs ))
3322                      do
3323                         echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3324                         (( ii = ii + 1 ))
3325                      done
3326                   fi
3327                   export MP_HOSTFILE=hostfile
3328                   if [[ $run_coupled_model = false ]]
3329                   then
3330                      if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3331                      then
3332                         echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3333                      else
3334                         echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3335                      fi
3336                   else
3337                      (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3338                      (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3339                      printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3340                      printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3341                      printf "\n\n"
3342                      echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3343                   fi
3344
3345                   poe  ./a.out  -procs $numprocs $ROPTS  <  runfile_atmos
3346
3347                else
3348                   if [[ "$host_file" = "" ]]
3349                   then
3350                      printf "\n  +++ no hostfile given in configuration file"
3351                      locat=config_file
3352                      exit
3353                   else
3354                      eval host_file=$host_file
3355                   fi
3356                   export MP_HOSTFILE=$host_file
3357                   poe  a.out  -procs $numprocs  -tasks_per_node $numprocs  $ROPTS
3358                fi
3359             fi
3360          elif [[ $host = nech ]]
3361          then
3362             (( ii = nodes ))
3363             if [[ $ii = 1 ]]
3364             then
3365                export F_ERRCNT=0        # acceptable number of errors before program is stopped
3366                export MPIPROGINF=YES
3367                #  export F_TRACE=YES|FMT1|FMT2  # output of ftrace informations to job protocol
3368                echo "*** execution on single node with mpirun"
3369                mpirun  -np $numprocs  ./a.out  $ROPTS
3370             else
3371                (( i = 0 ))
3372                while (( i < ii ))
3373                do
3374                   echo "-h $i  -p $tasks_per_node  -e ./mpi_exec_shell"  >>  multinode_config
3375                   (( i = i + 1 ))
3376                done
3377
3378                echo "#!/bin/sh"                         >   mpi_exec_shell
3379                echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3380                echo "set -u"                            >>  mpi_exec_shell
3381                echo "F_ERRCNT=0"                        >>  mpi_exec_shell
3382                echo "MPIPROGINV=YES"                    >>  mpi_exec_shell
3383                echo "OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task" >>  mpi_exec_shell
3384                echo "cpurest=$cpurest"                  >>  mpi_exec_shell
3385                echo "fname=$fname"                      >>  mpi_exec_shell
3386                echo "localhost=$localhost"              >>  mpi_exec_shell
3387                echo "return_addres=$return_addres"      >>  mpi_exec_shell
3388                echo "return_username=$return_username"  >>  mpi_exec_shell
3389                echo "tasks_per_node=$tasks_per_node"    >>  mpi_exec_shell
3390                echo "write_binary=$write_binary"        >>  mpi_exec_shell
3391                echo "use_seperate_pe_for_dvrp_output=$use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3392                echo "  "                                >>  mpi_exec_shell
3393                echo "export F_ERRCNT"                   >>  mpi_exec_shell
3394                echo "export MPIPROGINV"                 >>  mpi_exec_shell
3395                echo "export OMP_NUM_THREADS"            >>  mpi_exec_shell
3396                echo "export cpurest"                    >>  mpi_exec_shell
3397                echo "export fname"                      >>  mpi_exec_shell
3398                echo "export localhost"                  >>  mpi_exec_shell
3399                echo "export return_addres"              >>  mpi_exec_shell
3400                echo "export return_username"            >>  mpi_exec_shell
3401                echo "export tasks_per_node"             >>  mpi_exec_shell
3402                echo "export write_binary"               >>  mpi_exec_shell
3403                echo "export use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3404                echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3405                echo "exec  ./a.out"                     >>  mpi_exec_shell
3406
3407                chmod u+x  mpi_exec_shell
3408                export MPIPROGINF=YES
3409                mpirun  -f multinode_config  &
3410                wait
3411
3412             fi
3413          elif [[ $(echo $host | cut -c1-2) = lc  &&  $host != lckyoto &&  $host != lctit ]]
3414          then
3415
3416                # COPY HOSTFILE FROM SOURCE DIRECTORY OR CREATE IT, IF IT
3417                # DOES NOT EXIST
3418             if [[  $host != lccrayb  &&$host != lccrayf  && $host != lccrayh  &&  $host != lckyuh  &&  $host != lckyut ]]
3419             then
3420                if [[ -f $hostfile ]]
3421                then
3422                   cp  $hostfile  hostfile
3423                   (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3424                else
3425                   (( ii = 1 ))
3426                   while (( ii <= $numprocs / $threads_per_task ))
3427                   do
3428                      echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3429                      (( ii = ii + 1 ))
3430                   done
3431                fi
3432                eval zeile=\"`head -n $ii  hostfile`\"
3433                printf "\n  *** running on: $zeile"
3434             fi
3435
3436             (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3437             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3438
3439             if [[ $threads_per_task != 1 ]]
3440             then
3441                   # INCREASE STACK SIZE TO UNLIMITED, BECAUSE OTHERWISE LARGE RUNS
3442                   # MAY ABORT
3443                ulimit -s unlimited
3444                printf "\n      threads per task: $threads_per_task  stacksize: unlimited"
3445             fi
3446             if [[ $run_coupled_model = false ]]
3447             then
3448                if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3449                then
3450                   echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3451                else
3452                   echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3453                fi
3454                printf "\n\n"
3455
3456                if [[ $host = lccrayb || $host = lccrayh ]]
3457                then
3458                    echo "--- aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos"
3459                    aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3460#                    aprun  -n $ii  -ss  -r2  -j1  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3461                elif [[ $host = lccrayf ]]
3462                then
3463                    aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  -m ${memory}M  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3464                elif [[ $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3465                then
3466                    aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3467                elif [[ $host = lcflow ]]
3468                then
3469                   mpirun -bootstrap sge -np $ii  -env I_MPI_FABRICS shm:ofa a.out  < runfile_atmos  $ROPTS
3470                elif [[ $host = lcsb ]]
3471                then
3472                   mpirun_rsh -hostfile $PBS_NODEFILE -np `cat $PBS_NODEFILE | wc -l` a.out  < runfile_atmos  $ROPTS
3473                elif [[ $host = lckiaps ]]
3474                then
3475                   mpirun -np $ii  -f $PBS_NODEFILE  a.out  <  runfile_atmos  $ROPTS
3476                elif [[ $host = lckyu* ]]
3477                then
3478                   mpiexec -n $ii --stdin runfile_atmos  ./a.out  $ROPTS
3479                else
3480                   mpiexec  -machinefile hostfile  -n $ii  a.out  <  runfile_atmos  $ROPTS
3481                fi
3482             else
3483
3484                    # CURRENTLY THERE IS NO FULL MPI-2 SUPPORT ON ICE AND XT4
3485                (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3486                (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3487                printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3488                printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3489                printf "\n\n"
3490
3491                if [[ $coupled_mode = "mpi2" ]]
3492                then
3493                   echo "atmosphere_to_ocean $iia $iio"  >  runfile_atmos
3494                   echo "ocean_to_atmosphere $iia $iio"  >  runfile_ocean
3495
3496                   if [[ $host = lccrayf  ||  $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3497                   then
3498
3499                      aprun  -n $iia  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  $ROPTS  &
3500                      aprun  -n $iio  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_ocean  $ROPTS  &
3501
3502                   else
3503                          # WORKAROUND BECAUSE mpiexec WITH -env option IS NOT AVAILABLE ON SOME SYSTEMS
3504                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos &
3505                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  a.out  $ROPTS  <  runfile_ocean &
3506#                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  -env coupling_mode atmosphere_to_ocean  a.out  $ROPTS  &
3507#                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  -env coupling_mode ocean_to_atmosphere  a.out  $ROPTS  &
3508                   fi
3509                   wait
3510
3511                else
3512
3513                   echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3514
3515                   if [[ $host = lccrayf  ||  $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3516                   then
3517
3518                      aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  $ROPTS
3519
3520                   elif [[ $host = lck || $host = lckordi ]]
3521                   then
3522
3523                      mpiexec -n $ii  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3524
3525                   elif [[ $host = lckyu* ]]
3526                   then
3527
3528                      mpiexec -n $ii --stdin runfile_atmos  ./a.out  $ROPTS
3529
3530                   fi
3531                   wait
3532                fi
3533
3534             fi
3535
3536          elif [[ $host = lckyoto ]]
3537          then
3538             set -xv
3539             export P4_RSHCOMMAND=plesh
3540             echo "     P4_RSHCOMMAND = $P4_RSHCOMMAND"
3541             if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
3542             then
3543                if [[ "$cond2" = fujitsu ]]
3544                then
3545                   mpiexec  -n $numprocs  ./a.out  $ROPTS  # for fujitsu-compiler
3546                elif [[ "cond2" = pgi ]]
3547                then
3548                   mpirun  -np $numprocs  -machinefile ${QSUB_NODEINF}  ./a.out  $ROPTS
3549                else
3550                   mpirun_rsh -np $numprocs -hostfile ${QSUB_NODEINF} MV2_USE_SRQ=0 ./a.out ${ROPTS} || /bin/true
3551                fi
3552             else
3553                if [[ "$cond2" = "" ]]
3554                then
3555                   mpiruni_rsh -np $numprocs ./a.out  $ROPTS  # for intel
3556                else
3557                   mpirun  -np $numprocs  ./a.out  $ROPTS
3558                fi
3559             fi
3560             set +xv
3561
3562          elif [[ $host = lctit ]]
3563          then
3564             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3565             echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3566             if [[ "$threads_per_task" != 1 ]]
3567             then
3568                export MV2_ENABLE_AFFINITY=0
3569             fi
3570             echo "----- PBS_NODEFILE content:"
3571             cat $PBS_NODEFILE
3572             echo "-----"
3573             (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3574             echo "mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE ./a.out  $ROPTS"
3575             mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE ./a.out  $ROPTS
3576          else
3577             mpprun  -n $numprocs  a.out  $ROPTS
3578          fi
3579       else
3580          a.out  $ROPTS
3581       fi
3582    fi
3583
3584    if [[ $? != 0 ]]
3585    then
3586
3587          # ABORT IN CASE OF RUNTIME ERRORS
3588       printf "\n  +++ runtime error occured"
3589       locat=execution
3590       exit
3591
3592    else
3593
3594       printf "\n$dashes\n  *** execution finished \n"
3595
3596          # STOP THE DVR STREAMING SERVER AND PROCESS THE DVR OUTPUT IN ORDER
3597          # TO CREAT DVRS- AND HTML-FILES CONTAINING ALL STREAMS
3598       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
3599       then
3600          kill $dvrserver_id
3601          printf "\n  *** dvr server with id=$dvrserver_id has been stopped"
3602
3603             # IF THERE IS A DIRECTORY, DATA HAVE BEEN OUTPUT BY THE
3604             # STREAMING SERVER. OTHERWISE, USER HAS CHOSEN dvrp_output=local
3605          if [[ -d DATA_DVR ]]
3606          then
3607
3608                # ADD THE CURRENT DVR CONFIGURATION FILE TO THE DVR OUTPUT
3609                # DIRECTORY
3610             cp  .dvrserver.config  DATA_DVR
3611
3612                # PROCESS THE DVR OUTPUT (OPTION -s FOR GENERATING
3613                # SEQUENCE MODE DATA TOO)
3614             process_dvr_output  -d DATA_DVR  -f $fname  -s
3615
3616          else
3617
3618                # PROCESS THE LOCAL OUTPUT
3619             process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3620
3621          fi
3622
3623       elif [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
3624       then
3625
3626             # PROCESS DVR OUTPUT GENERATD IN LOCAL MODE (dvrp_output=local)
3627          process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3628
3629       fi
3630    fi
3631
3632
3633
3634       # CALL OF combine_plot_fields IN ORDER TO MERGE SINGLE FILES WRITTEN
3635       # BY EACH CORE INTO ONE FILE
3636   if [[ ! -f ${PALM_BIN}/combine_plot_fields${block}.x ]]
3637   then
3638      printf "\n\n\n  +++ WARNING: no combine_plot_fields found for given block \"$cond1 $cond2\""
3639      printf "\n      2d- and/or 3d-data may be incomplete!"
3640      printf "\n      Run \"mbuild -u -h $localhost\" to generate utilities for this block.\n"
3641   elif [[ "$combine_plot_fields" == true ]]
3642   then
3643      if [[ $localhost = lccrayh  ||  $localhost = lccrayb ]]
3644      then
3645         printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"aprun  -n 1  -N 1 combine_plot_fields${block}.x\" ..."
3646         aprun  -n 1  -N 1 combine_plot_fields${block}.x #$ROPTS < runfile_atmos
3647      else
3648         printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"combine_plot_fields${block}.x\" ..."
3649         combine_plot_fields${block}.x
3650      fi
3651   else
3652
3653         # TEMPORARY SOLUTION TO SKIP combine_plot_fields. THIS IS REQUIRED IN CASE OF HUGE AMOUNT OF
3654         # DATA OUTPUT. TO DO: EXTEND THIS BRANCH BY CREATING A BATCH JOB for combine_plot_fields.
3655         # ??? koennen wir das streichen ???
3656      printf "\n\n\n *** post-processing: skipping combine_plot_fields (-Z option set) ..."
3657   fi
3658
3659
3660
3661       # EXECUTE OUTPUT-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
3662    (( i = 0 ))
3663    while (( i < ioc ))
3664    do
3665       (( i = i + 1 ))
3666       if (( i == 1 ))
3667       then
3668          printf "\n\n  *** execution of OUTPUT-commands:\n$dashes"
3669       fi
3670       printf "\n  >>> ${out_command[$i]}"
3671       eval  ${out_command[$i]}
3672       if (( i == ioc ))
3673       then
3674          printf "\n$dashes\n"
3675       fi
3676    done
3677
3678
3679       # IN TRACE-MODE PRINT CONTENTS OF THE CURRENT (TEMPORARY) WORKING DIRECTORY
3680    if [[ $do_trace = true ]]
3681    then
3682       printf "\n\n"
3683       ls -al
3684    fi
3685
3686
3687
3688       # COPY LOCAL OUTPUT-FILES TO THEIR PERMANENT DESTINATIONS
3689    (( i = 0 ))
3690    while (( i < iout ))
3691    do
3692       (( i = i + 1 ))
3693       if (( i == 1 ))
3694       then
3695          printf "\n\n  *** saving OUTPUT-files:\n$dashes"
3696       fi
3697
3698          # CHECK FOR SINGLE FILE (SERIAL RUN) OR DIRECTORY (ONE FILE PER CORE FOR PARELLEL EXECUTION)
3699       files_for_pes=false; filetyp=file
3700       if [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
3701       then
3702          files_for_pes=true; filetyp=directory
3703          actionout[$i]=""
3704       elif [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
3705       then
3706          actionout[$i]=""
3707       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
3708       then
3709          files_for_pes=true; filetyp=directory
3710          actionout[$i]="ar"
3711       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3712       then
3713          actionout[$i]="ar"
3714       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
3715       then
3716          files_for_pes=true; filetyp=directory
3717          actionout[$i]="fl"
3718       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3719       then
3720          actionout[$i]="fl"
3721       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  -n $numprocs ]]
3722       then
3723          files_for_pes=true; filetyp=directory
3724          actionout[$i]="tr"
3725       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3726       then
3727          actionout[$i]="tr"
3728       fi
3729
3730       if [[ ! -f ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = false ]]
3731       then
3732          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}  does not exist\n"
3733       elif [[ ! -d ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = true ]]
3734       then
3735          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}/....  does not exist\n"
3736       else
3737
3738
3739             # COPY VIA SCP TO LOCAL HOST (ALWAYS IN BINARY MODE USING batch_scp option -m)
3740             # IF TARGET DIRECTORY DOES NOT EXISTS, TRY TO CREATE IT
3741          if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
3742          then
3743             if [[ $localhost != $fromhost ]]
3744             then
3745                if [[ $files_for_pes = false ]]
3746                then
3747                   cps=""
3748                   cst=""
3749                else
3750                   cps=-c
3751                   cst="/"
3752                fi
3753                if [[ $localhost = nech ]]
3754                then
3755
3756                      # TRANSFER IN SEPERATE JOB
3757                      # FIRST COPY FILE TO TEMPORY DATA DIRECTORY
3758                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
3759                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
3760                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3761                   then
3762                      ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3763                   else
3764                      mkdir  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3765                      ln  ${localout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3766                   fi
3767
3768                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
3769                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
3770
3771                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP in seperate job to"
3772                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst"
3773                   printf "\n              or higher cycle\n"
3774                   echo "batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_addres  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
3775
3776                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
3777
3778                   if [[ $localhost = nech ]]
3779                   then
3780                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3781                   else
3782                      if [[ "$LOGNAME" = b323013 ]]
3783                      then
3784                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3785                      else
3786                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3787                      fi
3788                   fi
3789
3790                else
3791
3792                      # TRANSFER WITHIN THIS JOB
3793                   transfer_failed=false
3794                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP to"
3795                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst\n"
3796                   if [[ $localhost = lccrayb ]]
3797                   then
3798                      ssh $usern@blogin1 "cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_addres  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3799                   elif [[ $localhost = lccrayh ]]
3800                   then
3801                      ssh $usern@hlogin1 "cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_addres  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3802                   else
3803                      batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_addres  ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
3804                   fi
3805                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
3806
3807                      # IF TRANSFER FAILED, CREATE BACKUP COPY ON THIS MACHINE
3808                   if [[ $transfer_failed = true ]]
3809                   then
3810                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on this host under:\n"
3811                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
3812
3813                         # FIRST CHECK, IF DIRECTORY EXISTS, AND CREATE IT, IF NECESSARY
3814                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
3815                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
3816                      then
3817                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
3818                         printf "      $local_catalog \n"
3819                         mkdir -p  $local_catalog
3820                      fi
3821                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
3822                      transfer_problems=true
3823                   fi
3824                fi
3825             else
3826
3827                   # UNSET actionout. DUE TO THIS SETTING, FILE WILL LATER JUST BE COPIED ON THIS MACHINE
3828                actionout[$i]=""
3829             fi
3830          fi
3831
3832
3833             # APPEND VIA SCP TO LOCAL HOST (ALWAYS IN BINARY MODE USING batch_scp option -m)
3834             # IF TARGET DIRECTORY DOES NOT EXISTS, TRY TO CREATE IT
3835          if [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
3836          then
3837             if [[ $localhost != $fromhost ]]
3838             then
3839                if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = nech ]]
3840                then
3841
3842                      # TRANSFER IN SEPERATE JOB
3843                      # FIRST COPY FILE TO TEMPORY DATA DIRECTORY
3844                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
3845                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
3846                   ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3847
3848                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
3849                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
3850
3851                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP in seperate job to"
3852                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}"
3853                   printf "\n              or higher cycle\n"
3854                   echo "batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_addres  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
3855
3856                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
3857
3858                   if [[ $localhost = nech ]]
3859                   then
3860                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3861                   else
3862                      if [[ $LOGNAME = b323013 ]]
3863                      then
3864                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3865                      else
3866                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3867                      fi
3868                   fi
3869
3870                else
3871
3872                      # TRANSFER WITHIN THIS JOB
3873                   transfer_failed=false
3874                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP to"
3875                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n"
3876                   if [[ $localhost = lccrayb ]]
3877                   then
3878                      ssh $usern@blogin1 "cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_addres  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3879                   elif [[ $localhost = lccrayh ]]
3880                   then
3881                      ssh $usern@hlogin1 "cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_addres  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3882                   else
3883                      batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username  $return_addres ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
3884                   fi
3885                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
3886
3887                      # IF TRANSFER FAILED, CREATE BACKUP COPY ON THIS MACHINE
3888                   if [[ $transfer_failed = true ]]
3889                   then
3890                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on this host under:\n"
3891                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
3892
3893                         # FIRST CHECK, IF DIRECTORY EXISTS, AND CREATE IT, IF NECESSARY
3894                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
3895                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
3896                      then
3897                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
3898                         printf "      $local_catalog \n"
3899                         mkdir -p  $local_catalog
3900                      fi
3901
3902                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
3903                      transfer_problems=true
3904                   fi
3905                fi
3906             else
3907
3908                   # RESET actionout. DUE TO THIS SETTING, FILE WILL LATER JUST BE APPENDED ON THIS MACHINE
3909                actionout[$i]=a
3910             fi
3911          fi
3912
3913
3914             # OUTPUT-FILE FOR A RESTART-RUN.
3915             # FILE IS MOVED TO THE TEMPORARY DATA DIRECTORY USING link COMMAND.
3916             # OPTION -f IS USED TO OVERWRITE EXISTING FILES.
3917             # AS LAST ACTION, ARCHIVING IS INITIATED.
3918          if [[ "${actionout[$i]}" = fl ]]
3919          then
3920             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
3921             chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
3922             if [[ $files_for_pes = false ]]
3923             then
3924                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
3925                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
3926                ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3927             else
3928                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/....  to"
3929                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
3930                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3931                cd ${localout[$i]}
3932                for file in $(ls *)
3933                do
3934                   ln -f $file $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3935                done
3936                cd $TEMPDIR
3937             fi
3938
3939
3940                # CREATE AND SUBMIT ARCHIVING-JOB
3941             if [[ $store_on_archive_system = true ]]
3942             then
3943
3944                if [[ $archive_system = asterix ]]
3945                then
3946                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
3947                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3948                   then
3949                      echo "stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
3950                   else
3951                      echo "stageout -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
3952                   fi
3953                   echo "cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"               >> archive_${frelout[$i]}
3954                   echo "if [[ \$(grep -c \"st.msg:150\"  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung) != 0 ]]" >> archive_${frelout[$i]}
3955                   echo "then"                                       >> archive_${frelout[$i]}
3956                   echo "   do_stageout=false"                       >> archive_${frelout[$i]}
3957                   echo "else"                                       >> archive_${frelout[$i]}
3958                   echo "   echo \"  +++ $filetyp ${frelout[$i]}  could not be stored on archive-system\" " >> archive_${frelout[$i]}
3959                   echo "   cat  /dev/null  >  ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname" >> archive_${frelout[$i]}
3960                   echo "   cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung  >  ~/job_queue/archive_${frelout[$i]}_error" >> archive_${frelout[$i]}
3961                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} will be copied to \$WORK as backup\" " >> archive_${frelout[$i]}
3962                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3963                   then
3964                      echo "   cp   ${frelout[$i]}  \$WORK"                    >> archive_${frelout[$i]}
3965                   else
3966                      echo "   cp -r  ${frelout[$i]}  \$WORK/${frelout[$i]}"   >> archive_${frelout[$i]}
3967                   fi
3968                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} saved\" " >> archive_${frelout[$i]}
3969                   echo "fi"                                         >> archive_${frelout[$i]}
3970                   echo "rm  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"              >> archive_${frelout[$i]}
3971                elif [[ $archive_system = DMF ]]
3972                then
3973                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
3974                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3975                   then
3976                      printf "\n  +++ archiving of single files impossible with $archive_system !\n"
3977                      locat=DMF
3978                      exit
3979                   else
3980                         # ??? nicht benötigte Archiv-Systeme entfernen ???
3981                         # FUER RECHNER IN JUELICH. DORT KOENNTEN AUCH
3982                         # EINZELNE DATEIEN GESICHERT WERDEN (SPAETER KORR.)
3983                      echo "rm -rf  \$ARCHIVE/${frelout[$i]}"     >> archive_${frelout[$i]}
3984                      echo "cp -r  ${frelout[$i]}  \$ARCHIVE"     >> archive_${frelout[$i]}
3985                   fi
3986                elif [[ $archive_system = tivoli ]]
3987                then
3988                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
3989                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3990                   then
3991                         # REMOVE EXISTING OLD FILES FROM THE ARCHIVE
3992                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
3993                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
3994                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3995                   else
3996
3997                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
3998                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
3999                      echo "[[ ! -d \$PERM/${frelout[$i]} ]] && mkdir $PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4000                      cd  $tmp_data_catalog
4001                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
4002                      cd -  > /dev/null
4003                      (( inode = 0 ))
4004                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
4005                      while (( inode < nodes ))
4006                      do
4007                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
4008                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
4009                         echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
4010                         (( inode = inode + 1 ))
4011                      done
4012                   fi
4013                elif [[ $archive_system = ut ]]
4014                then
4015                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
4016                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4017                   then
4018                         # REMOVE EXISTING OLD FILES FROM THE ARCHIVE
4019                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
4020                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4021                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4022                   else
4023
4024                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
4025                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
4026                      echo "[[ ! -d \$UT/${frelout[$i]} ]] && mkdir $UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4027                      cd  $tmp_data_catalog
4028                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
4029                      cd -  > /dev/null
4030                      (( inode = 0 ))
4031                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
4032                      while (( inode < nodes ))
4033                      do
4034                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
4035                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
4036                         echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
4037                         (( inode = inode + 1 ))
4038                      done
4039                   fi
4040                elif [[ $archive_system = none ]]
4041                then
4042                   printf "              +++ archiving on $localhost not available!\n"
4043                fi
4044
4045                if [[ $archive_system != none ]]
4046                then
4047                   if [[ $localhost = nech ]]
4048                   then
4049                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
4050                   fi
4051                   printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4052                fi
4053             else
4054                printf "              +++ caution: option -A is switched off. No archiving on $archive_system!\n"
4055             fi
4056
4057
4058                # CREATE AN EMPTY DIRECTORY IN THE USERS PERMANENT DIRECTORY,
4059                # IN ORDER TO NOTE THE RESPECTIVE CYCLE NUMBER ON THE ARCHIVE SYSTEM
4060                # RESTART-JOBS ARE USING THESE EMPTY-DIRECTORIES TO GET THE CURRENT HIGHEST
4061                # CYCLE NUMBER ON THE ARCHIVE SYSTEM (IN CASE THAT INFORMATIONS ARE DIFFICULT TO
4062                # TO ACCESS FROM THE ARCHIVE-SYSTEM DIRECTLY))
4063             if [[ $files_for_pes = false ]]
4064             then
4065                cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
4066             else
4067                mkdir -p  ${pathout[$i]}
4068             fi
4069
4070          fi
4071
4072
4073             # COPY FROM THIS HOST TO THE ARCHIVE-SYSTEM
4074             # IF ANY ARCHIVING FAILS, AN ERROR-FLAG-FILE IS SET
4075             # THIS FILE REMAINS TO BE SET, EVEN IF ARCHIVING OF FURTHER FILES IS SUCCESSFULL
4076          if [[ "${actionout[$i]}" = ar ]]
4077          then
4078             if [[ $files_for_pes = false ]]
4079             then
4080                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
4081                printf "\n              ${pathout[$i]}"
4082                printf "\n              File will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
4083             else
4084                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to"
4085                printf "\n              ${pathout[$i]}"
4086                printf "\n              Directory will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
4087             fi
4088             mv  ${localout[$i]}  ${frelout[$i]}
4089
4090             file_saved=false
4091
4092             if [[ $archive_system = asterix ]]
4093             then
4094                do_stageout=true
4095                (( stageout_anz = 0 ))
4096                while [[ $do_stageout = true ]]
4097                do
4098                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4099                   then
4100                      stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
4101                   else
4102                      stageout  -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
4103                   fi
4104                   cat  STAGE_OUTPUT
4105                   if [[ $(grep -c "st.msg:150"  STAGE_OUTPUT) != 0 ]]
4106                   then
4107                      file_saved=true
4108                      do_stageout=false
4109                   else
4110                      if [[ $files_for_pes = false ]]
4111                      then
4112                         printf "\n  +++ file ${frelout[$i]}  could not be saved on archive-system"
4113                      else
4114                         printf "\n  +++ directory ${frelout[$i]} could not be saved on archive-system"
4115                      fi
4116                      (( stageout_anz = stageout_anz + 1 ))
4117                      if (( stageout_anz == 10 ))
4118                      then
4119                         printf "\n  +++ stoped after 10 unsuccessful tries!"
4120                         archive_save=false
4121                         do_stageout=false
4122                      else
4123                         printf "\n  *** new try to store on archive after 15 min:"
4124                         sleep 900
4125                      fi
4126                   fi
4127                done
4128             elif [[ $archive_system = DMF ]]
4129             then
4130                if [[ $files_for_pes = false ]]
4131                then
4132                   printf "\n  +++ archiving of single files impossible on $archive_system!\n"
4133                   locat=DMF
4134                   exit
4135                else
4136                   rm -rf  $ARCHIVE/${frelout[$i]}
4137                   cp -r  ${frelout[$i]}  $ARCHIVE
4138                fi
4139                file_saved=true
4140             elif [[ $archive_system = tivoli ]]
4141             then
4142                   # ARCHIVING ONLY POSSIBLE VIA BATCH-JOB
4143                   # IN THE MEANTIME, FILE IS STORED IN THE TEMPORARY DATA DIRECTORY,
4144                   # BECAUSE MRUN'S CURRENT TEMPORARY WORKING DIRECTORY MAY ALREADY BE DELETED
4145                   # WHEN THE ARCHIVE-JOB IS EXECUTED
4146                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4147                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4148                if [[ $files_for_pes = false ]]
4149                then
4150                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4151                else
4152                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4153                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4154                fi
4155
4156                   # GENERATE AND SUBMIT BATCH-JOB
4157                   # FILE HAS TO BE DELETED FROM THE TEMPORARY DATA DIRECTORY
4158                   # DELETE OLD EXISTING FILES FROM THE ARCHIVE
4159                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
4160                if [[ $files_for_pes = false ]]
4161                then
4162                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4163                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4164                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
4165                else
4166                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4167                   echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4168                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
4169                fi
4170
4171                subjob  -v  -d  -q cdata  -X 0  -m 1000  -t 43200  -c $job_catalog  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
4172                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4173                file_saved=true
4174
4175             elif [[ $archive_system = ut ]]
4176             then
4177                   # ARCHIVING ONLY POSSIBLE VIA BATCH-JOB
4178                   # IN THE MEANTIME, FILE IS STORED IN THE TEMPORARY DATA DIRECTORY,
4179                   # BECAUSE MRUN'S CURRENT TEMPORARY WORKING DIRECTORY MAY ALREADY BE DELETED
4180                   # WHEN THE ARCHIVE-JOB IS EXECUTED
4181                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4182                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4183                if [[ $files_for_pes = false ]]
4184                then
4185                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4186                else
4187                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4188                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4189                fi
4190
4191                   # GENERATE AND SUBMIT BATCH-JOB
4192                   # FILE HAS TO BE DELETED FROM THE TEMPORARY DATA DIRECTORY
4193                   # DELETE OLD EXISTING FILES FROM THE ARCHIVE
4194                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
4195                if [[ $files_for_pes = false ]]
4196                then
4197                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4198                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4199                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
4200                else
4201                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4202                   echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4203                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
4204                fi
4205
4206                subjob  -v  -c /pf/b/$usern/job_queue  -d  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
4207                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4208                file_saved=true
4209
4210             else
4211                printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"  archiving impossible!"
4212                archive_save=false
4213             fi
4214
4215                # CREATE EMPTY FLAG-FILE OR -DIRECTORY
4216                # IN ORDER TO NOTE THE RESPECTIVE CYCLE NUMBER ON THE ARCHIVE SYSTEM
4217                # RESTART-JOBS ARE USING THESE EMPTY-DIRECTORIES TO GET THE CURRENT HIGHEST
4218                # CYCLE NUMBER ON THE ARCHIVE SYSTEM (IN CASE THAT INFORMATIONS ARE DIFFICULT TO
4219                # TO ACCESS FROM THE ARCHIVE-SYSTEM DIRECTLY))
4220             if [[ $file_saved = true ]]
4221             then
4222                if [[ $files_for_pes = false ]]
4223                then
4224                   cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
4225                else
4226                   mkdir -p  ${pathout[$i]}
4227                fi
4228             fi
4229
4230          fi
4231
4232             # APPEND ON THIS MACHINE
4233          if [[ "${actionout[$i]}" = "a" ]]
4234          then
4235             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
4236             then
4237                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
4238                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4239             else
4240                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}\n"
4241                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}
4242             fi
4243          fi
4244
4245             # COPY ON THIS MACHINE
4246             # COPY HAS TO BE USED, BECAUSE MOVE DOES NOT WORK IF FILE-ORIGIN AND TARGET ARE
4247             # ON DIFFERENT FILE-SYSTEMS
4248          if [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = false ]]
4249          then
4250
4251                # COPY IN CASE OF RUNS ON SINGLE CORES
4252             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
4253             then
4254                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
4255                if [[ $link_local_output = true ]]
4256                then
4257                    printf "      using ln -f\n"
4258                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4259                fi
4260                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
4261                if [[ ! -f "${pathout[$i]}.${extout[$i]}" ]]
4262                then
4263                    if [[ $link_local_output = true ]]
4264                    then
4265                        printf "      ln failed, using cp...\n"
4266                    fi
4267                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4268                fi
4269             else
4270                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}\n"
4271                if [[ $link_local_output = true ]]
4272                then
4273                    printf "      using ln -f\n"
4274                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4275                fi
4276                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
4277                if [[ ! -f "${pathout[$i]}" ]]
4278                then
4279                    if [[ $link_local_output = true ]]
4280                    then
4281                        printf "      ln failed, using cp...\n"
4282                    fi
4283                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4284                fi
4285             fi
4286
4287          elif [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = true ]]
4288          then
4289
4290                # FILES FROM THE DIFFERENT CORES ARE MOVED WITH ln-COMMAND TO THE PERMANENT DIRECTORY
4291                # AS A FIRST STEP, THE PERMANENT DIRECTORY IS CREATED
4292             printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to  ${pathout[$i]}\n"
4293             if [[ $link_local_output = true ]]
4294             then
4295                 printf "      using ln -f\n"
4296                 mkdir  ${pathout[$i]}
4297                 cd ${localout[$i]}
4298                 for file in $(ls *)
4299                 do
4300                   ln -f $file  ${pathout[$i]}
4301                 done
4302                 cd $TEMPDIR
4303             fi
4304
4305                # IF "ln -f" HAS FAILED OR IF "$link_local_output = false" DO A NORMAL COPY "cp -r"
4306             if [[ ! -f "${pathout[$i]}/_0000" ]]
4307             then
4308                 if [[ $link_local_output = true ]]
4309                 then
4310                     printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
4311                 fi
4312                 cp -r  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4313             fi
4314
4315          fi
4316       fi
4317    done
4318    if (( i != 0 ))
4319    then
4320       if [[ $transfer_problems = true ]]
4321       then
4322          printf "\n$dashes\n  *** OUTPUT-files saved"
4323          printf "\n  +++ WARNING: some data transfers failed! \n"
4324       else
4325          printf "\n$dashes\n  *** all OUTPUT-files saved \n"
4326       fi
4327    fi
4328
4329
4330       # IF REQUIRED, START A RESTART-JOB
4331       # FILE CONTINUE_RUN MUST HAVE BEEN CREATED BY THE EXECUTABLE (PALM)
4332    if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4333    then
4334
4335       if [[ $archive_save = true ]]
4336       then
4337
4338             # ADD RESTART-OPTIONS TO THE MRUN-CALL (IF THEY ARE NOT USED ALREADY):
4339             # -C TELLS MRUN THAT IT IS A RESTART-RUN
4340             # -v SILENT MODE WITHOUT INTERACTIVE QUERIES
4341             # -n BATCH-MODE (IMPORTANT ONLY IN CASE OF BATCH JOBS ON THE LOCAL MACHINE)
4342          [[ $(echo $mc | grep -c "\-C") = 0 ]]  &&  mc="$mc -C"
4343          [[ $(echo $mc | grep -c "\-v") = 0 ]]  &&  mc="$mc -v"
4344          [[ $(echo $mc | grep -c "\-b") = 0 ]]  &&  mc="$mc -b"
4345          if [[ $(echo $mc | grep -c "#") != 0 ]]
4346          then
4347             mc=`echo $mc | sed 's/#/f/g'`
4348          fi
4349
4350
4351             # START THE RESTART-JOB
4352          printf "\n\n  *** initiating restart-run on \"$return_addres\" using command:\n"
4353          echo "      $mc"
4354          printf "\n$dashes\n"
4355          if [[ $localhost != $fromhost ]]
4356          then
4357
4358             if [[ $localhost = lccrayh  ||  $localhost = nech  ||  $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku  ||  $localhost = ibms  ||  $localhost = lcflow  ||  $localhost = lckyu* ]]
4359             then
4360                echo "*** ssh will be used to initiate restart-runs!"
4361                echo "    return_addres=\"$return_addres\" "
4362                echo "    return_username=\"$return_username\" "
4363                if [[ $(echo $return_addres | grep -c "130.75.105") = 1 ]]
4364                then
4365                   if [[ $localhost = ibmh ]]
4366                   then
4367                      ssh $SSH_PORTOPT $usern@136.172.40.15 "ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;. /muksoft/packages/intel/bin/compilervars.sh intel64;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4368                   elif [[ $localhost = lccrayb ]]
4369                   then
4370                      ssh $usern@blogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;. /muksoft/packages/intel/bin/compilervars.sh intel64;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4371                   elif [[ $localhost = lccrayh ]]
4372                   then
4373                      ssh $usern@hlogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;. /muksoft/packages/intel/bin/compilervars.sh intel64;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4374
4375                   else
4376                      ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;. /muksoft/packages/intel/bin/compilervars.sh intel64;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4377                   fi
4378                else
4379                   if [[ $localhost = ibmkisti ]]
4380                   then
4381                      ssh $SSH_PORTOPT $usern@gaiad "ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4382                   elif [[ $localhost = lcflow ]]
4383                   then
4384                      /usr/bin/ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4385                   elif [[ $localhost = lccrayb ]]
4386                   then
4387                      ssh $usern@blogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4388                   elif [[ $localhost = lccrayh ]]
4389                   then
4390                      ssh $usern@130.75.4.1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4391                   else
4392                      ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4393                   fi
4394                fi
4395             else
4396                printf "\n  +++ no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
4397                locat=restart; exit
4398             fi
4399
4400                # WAIT TO ALLOW THE RESTART-JOB TO BE QUEUED, BEFORE THE CURRENT JOB IS FINISHED
4401             if [[ $queue = special1q ]]
4402             then
4403                sleep 120
4404             else
4405                sleep 30
4406             fi
4407
4408          else
4409
4410                # JOBS RUNNING (AND STARTED) ON THE LOCAL MACHINE CAN DIRECTLY CALL MRUN (WITHOUT
4411                # USING SSH)
4412             cd $LOCAL_PWD
4413             if [[ $localhost = lckyuh ]]
4414             then
4415                printf "\n  +++ WARNING: no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
4416                printf "\n               please restart job manually using command:\n"
4417                printf "\n               \"$mc\" "
4418             else
4419                eval  $mc                # THE ' MUST BE EVALUATED
4420             fi
4421             cd -  > /dev/null
4422          fi
4423          if [[ $localhost = lckyuh ]]
4424          then
4425             printf "\n$dashes\n  *** restart-run to be initiated manually\n"
4426          else
4427             printf "\n$dashes\n  *** restart-run initiated \n"
4428          fi
4429
4430
4431             # DELETE INPUT-(RESTART)FILES, WHICH HAVE BEEN FETCHED FROM THE TEMPORARY DATA
4432             # DIRECTORY, BACAUSE THEY ARE NOT REQUIRED BY THE RESTART-JOB.
4433             # THIS IS DONE IN ORDER TO AVOID EXCEEDING DISC QUOTAS OR DISC SPACE (RESTART-FILES
4434             # MAY BE VERY HUGE)
4435          (( i = 0 ))
4436          while (( i < iin ))
4437          do
4438             (( i = i + 1 ))
4439             if [[ "${got_tmp[$i]}" = true   &&  $keep_data_from_previous_run = false ]]
4440             then
4441                rm -r  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
4442             fi
4443          done
4444
4445       else
4446
4447          printf "\n  +++ no restart-run possible, since errors occured"
4448          printf "\n      during the archive process"
4449       fi
4450
4451    fi
4452
4453
4454   
4455       # SEND EMAIL NOTIFICATION ABOUT THE FINISHED RUN
4456    if [[ "$email_notification" != "none" ]]
4457    then
4458
4459       if [[ $localhost != $fromhost ]]
4460       then
4461          if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4462          then
4463             echo "PALM restart run necessary"        >   email_text
4464             echo "description header of actual run:" >>  email_text
4465             cat  CONTINUE_RUN                        >>  email_text
4466             echo "mrun-command to restart:"          >>  email_text
4467             echo "$mc"                               >>  email_text
4468          else
4469             echo "PALM run with base filename \"$fname\" on host \"$localhost\" finished"  >  email_text
4470          fi
4471          mail  $email_notification  <  email_text
4472          printf "\n  *** email notification sent to \"$email_notification\" "
4473       fi
4474    fi
4475
4476
4477
4478       # ALL ACTIONS FINISHED, TEMPORARY WORKING-DIRECTORY CAN BE DELETED
4479    cd  $HOME
4480    [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
4481
4482 else
4483
4484
4485       # PREPARING ACTIONS,
4486       # IF A BATCH-JOB IS TO BE GENERATED AND STARTED ON A REMOTE-MACHINE GERECHNET
4487
4488       # BUILD THE MRUN-COMMAND TO BE CALLED IN THE BATCH-JOB ON THE REMOTE-MACHINE
4489    mrun_com="$mrun_script_name -a $afname -c $config_file -d $fname -h $host -H $fromhost -m $memory -t $cpumax -q $queue -R $return_addres -U $return_username -u $remote_username"
4490    [[ "$cpp_opts" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -D \"$cpp_opts\""
4491    [[ "$global_revision" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -G \"$global_revision\""
4492    [[ $group_number != none ]]   &&  mrun_com=${mrun_com}" -g $group_number"
4493    [[ $do_compile = true ]]      &&  mrun_com=${mrun_com}" -s \"$source_list\""
4494    [[ "$input_list" != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -i \"$input_list\""
4495    [[ $ignore_archive_error = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -I"
4496    [[ $keep_data_from_previous_run = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -k"
4497    [[ "$additional_conditions" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -K \"$additional_conditions\""
4498    [[ "$output_list" != "" ]]    &&  mrun_com=${mrun_com}" -o \"$output_list\""
4499    [[ "$read_from_config" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -S"
4500    [[ $do_trace = true ]]        &&  mrun_com=${mrun_com}" -x"
4501    [[ "$numprocs" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -X $numprocs"
4502    if [[ $use_openmp = true ]]
4503    then
4504       mrun_com=${mrun_com}" -O $threads_per_task"
4505    fi
4506    [[ "$tasks_per_node" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -T $tasks_per_node"
4507    [[ $store_on_archive_system = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -A"
4508    [[ $package_list != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -p \"$package_list\""
4509    [[ $return_password != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -P $return_password"
4510    [[ $delete_temporary_catalog = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -B"
4511    [[ $node_usage != default  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla"  &&  $node_usage != novice ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -n $node_usage"
4512    [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -y"
4513    [[ $run_coupled_model = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Y \"$coupled_dist\""
4514    [[ "$check_namelist_files" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -z"
4515    [[ "$combine_plot_fields" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Z"
4516    [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -w $max_par_io_str"
4517    if [[ $do_remote = true ]]
4518    then
4519       printf "\n>>>> MRUN-command on execution host:\n>>>> $mrun_com \n"
4520    fi
4521
4522
4523       # CREATE EXECUTABLE FOR BATCH JOB
4524    if [[ $create_executable_for_batch = true  &&  $restart_run != true ]]
4525    then
4526
4527       printf "\n  *** creating the executable for batch job\n"
4528
4529          # METHOD ONLY WORKS FOR BATCH JOBS ON LOCAL HOSTS
4530       if [[ $host != $localhost ]]
4531       then
4532          printf "\n  +++ creation of executables is only allowed for batch jobs on local hosts."
4533          printf "\n      Please set create_executable_for_batch = false in the config-file.\n"
4534          locat=create_executable; exit
4535       fi
4536
4537       mkdir  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
4538       cd  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
4539
4540       cp  $make_depository  .
4541       tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
4542       cp  ../*  .   >  /dev/null  2>&1
4543
4544       make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
4545
4546       if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
4547       then
4548          printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
4549          locat=compile
4550          exit
4551       fi
4552
4553       mv  a.out  ..
4554       cd -  >  /dev/null  2>&1
4555       rm -rf  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
4556
4557       printf "  *** executable created in \"$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}\"\n "
4558
4559    fi
4560
4561
4562       # BUILD THE JOB-SCRIPTS ON FILE jobfile
4563    jobfile=jobfile.$RANDOM
4564
4565
4566       # CREATE TEMPORARY DIRECTORY AND SWITCH TO IT
4567    echo  "mkdir  $TEMPDIR"      >>  $jobfile
4568    echo  "cd  $TEMPDIR"         >>  $jobfile
4569
4570
4571       # ACTIVATE ERROR-TRACEBACK
4572    if [[ $do_trace = true ]]
4573    then
4574       echo  "set -x"                                    >>  $jobfile
4575    else
4576       echo  "set +vx"                                   >>  $jobfile
4577    fi
4578
4579
4580       # INITIALIZE THE ENVIRONMENT AND LOAD MODULES
4581    if [[ "$init_cmds" != "" ]]
4582    then
4583       echo  "$init_cmds"        >>  $jobfile
4584    fi
4585    if [[ "$module_calls" != "" ]]
4586    then
4587       echo  "$module_calls"     >>  $jobfile
4588    fi
4589
4590
4591       # PROVIDE SOURCE-CODE FILES, MRUN-SCRIPT AND CONFIGURATION-FILE FOR THE JOB
4592       # then-CLAUSE: FILES ARE COLLECTED IN THE SOURCES_FOR_RUN_... DIRECTORY ON THE LOCAL HOST,
4593       #              WHICH IS THEN FETCHED FROM THE BATCH-JOB BY USING cp/scp
4594       #              THE SOURCE-CODE FILES ALREADY EXIST IN THIS DIRECTORY
4595       # else-CLAUSE: FILE-CONTENTS ARE PUT INTO THE JOB-FILE AS HERE-DOCUMENTS
4596       #              THIS MAY CREATE A QUITE LARGE JOB-FILE, WHICH CAN CAUSE PROBLEMS WITH SOME
4597       #              QUEUEING-SYSTEMS
4598    if [[ $host = ibmkisti  ||  $host = lccrayb  ||  $host = lccrayf  ||  $host = lccrayh ]]
4599    then
4600
4601          # COPY CONFIGURATION-FILE AND MRUN-SCRIPT INTO THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY
4602       if [[ $restart_run != true ]]
4603       then
4604          cp  $config_file  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4605          cp  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4606       fi
4607
4608          # COPY THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY FROM THE LOCAL HOST TO THE JOB VIA scp
4609          # (then-CLAUSE: JOBS ON THE LOCAL HOST CAN JUST USE cp)
4610       echo  "set -x"  >>  $jobfile
4611       if [[ $host = $localhost ]]
4612       then
4613
4614             # DUE TO UNKNOWN REASONS, COPY WITH cp COMMAND CREATES CORRUPT
4615             # FILES ON CRAY XC30 SYSTEMS (CSC HELSINKI), rsync IS USED INSTEAD
4616          if [[ $(echo $host | cut -c1-6) = lccray ]]
4617          then
4618             echo  "rsync -av -t  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname  ."  >>  $jobfile
4619          else
4620             echo  "cp -r  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname  ."  >>  $jobfile
4621          fi
4622
4623       else
4624          if [[ $host = ibmkisti ]]
4625          then
4626                # ON KISTI'S IBM FIREWALL IS ONLY OPENED ON INTERACTIVE NODE
4627             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
4628             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@gaiad \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
4629          elif [[ $host = lccrayb ]]
4630          then
4631             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
4632             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@blogin1 \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
4633          elif [[ $host = lccrayh ]]
4634          then
4635             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
4636             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@hlogin1 \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
4637
4638          else
4639             echo  "scp $PORTOPT -r $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname ."  >>  $jobfile
4640          fi
4641       fi
4642       echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                      >>  $jobfile
4643
4644          # MOVE MRUN-SCRIPT AND CONFIGURATION-FILE FROM THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY TO THE
4645          # WORKING DIRECTORY OF THE JOB
4646       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$config_file  . "       >>  $jobfile
4647       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$mrun_script_name  . "  >>  $jobfile
4648       echo  "chmod u+rwx  $mrun_script_name"                    >>  $jobfile
4649       echo  "execute_mrun=true"                                 >>  $jobfile
4650       echo  " "                                                 >>  $jobfile
4651
4652    else
4653
4654          # PROVIDE SOURCE-CODE FILES AND MAKEFILE AS HERE DOCUMENT
4655       if [[ $do_compile = true ]]
4656       then
4657
4658          source_catalog=SOURCES_FOR_RUN_$fname
4659
4660              # CREATE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY TO STORE THE SOURCE CODE FILES AND THE MAKEFILE
4661          echo  "mkdir  SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4662          echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                 >>  $jobfile
4663          echo  "cd     SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4664
4665          for  filename  in  $source_list
4666          do
4667                # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
4668             echo  "cat > $filename << \"%END%\""              >>  $jobfile
4669             cat   $source_catalog/$filename                   >>  $jobfile
4670             echo  " "                                         >>  $jobfile
4671             echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4672             echo  " "                                         >>  $jobfile
4673          done
4674
4675             # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
4676          echo  "cat > Makefile << \"%END%\""               >>  $jobfile
4677          cat   $source_catalog/Makefile                    >>  $jobfile
4678          echo  " "                                         >>  $jobfile
4679          echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4680          echo  " "                                         >>  $jobfile
4681
4682          echo  "cd -  > /dev/null"                         >>  $jobfile
4683
4684       fi
4685
4686
4687          # PROVIDE THE CONFIGURATION-FILE AS HERE-DOCUMENT
4688          # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
4689          # LINES WITH #$ IN THE CONFIGURATION-FILE, COMING FROM THE SVN KEYWORD SUBSTITUTION,
4690          # ARE REMOVED FROM THE FILE IN ORDER TO AVOID PROBLEMS WITH THE SGE BATCH SYSTEM
4691       echo  "cat > $config_file << \"%END%\""      >>  $jobfile
4692       if [[ $host = lckyuh ]]
4693       then
4694             # NO CROSS-COMPILER ON COMPUTE NODE
4695          sed  's/frtpx/frt/g'  $config_file        >>  $jobfile
4696       else
4697          sed 's/#$.*//g'   $config_file            >>  $jobfile
4698       fi
4699       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
4700       echo  " "                                    >>  $jobfile
4701
4702
4703          # PROVIDE THE MRUN-SCRIPTS AS HERE-DOCUMENT
4704          # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
4705       echo  "cat > $mrun_script_name <<\"%END%\""  >>  $jobfile
4706       if [[ $host = lckyuh ]]
4707       then
4708          sed 's/\/bin\/ksh/\/bin\/bash/g' ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  >>  $jobfile
4709       else
4710          cat  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name        >>  $jobfile
4711       fi
4712       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
4713       echo  "chmod u+x $mrun_script_name"          >>  $jobfile
4714       echo  "execute_mrun=true"                    >>  $jobfile
4715       echo  " "                                    >>  $jobfile
4716
4717    fi
4718
4719
4720       # GET REQUIRED INPUT-FILES BY SCP OR BY SENDING THEM WITH THE JOB AS HERE-DOCUMENT
4721       # PUT THESE FILES INTO THE USER'S RESPECTIVE PERMANENT DIRECTORIES ON THE REMOTE-HOST
4722       # IF THE DIRECTORIES DO NOT EXIST, TRY TO CREATE THEM
4723    if [[ $do_remote = true ]]
4724    then
4725       (( i = 0 ))
4726       while (( i < iin ))
4727       do
4728          (( i = i + 1 ))
4729          echo  "[[ ! -d ${pathin[$i]} ]]  &&  mkdir -p  ${pathin[$i]}"  >>  $jobfile
4730          if [[ "${transin[$i]}" = job ]]
4731          then
4732             echo  "cat > ${remotepathin[$i]} <<\"%END%\""    >>  $jobfile
4733             eval cat   ${pathin[$i]}/${frelin[$i]}           >>  $jobfile
4734             echo  " "                                        >>  $jobfile
4735             echo  "%END%"                                    >>  $jobfile
4736          else
4737             echo  "batch_scp $PORTOPT -b -o -g -s -u $return_username $return_addres ${remotepathin[$i]} \"${pathin[$i]}\" ${frelin[$i]}" >>  $jobfile
4738          fi
4739
4740             # CHECK, IF FILE COULD BE CREATED
4741          echo  "if [[ \$? = 1 ]]"                    >>  $jobfile
4742          echo  "then"                                >>  $jobfile
4743          echo  "   echo \" \" "                      >>  $jobfile
4744          echo  "   echo \"+++ file ${remotepathin[$i]} could not be created\" "   >>  $jobfile
4745          echo  "   echo \"    please check, if directory exists on $host!\" "  >>  $jobfile
4746          echo  "   echo \"+++ MRUN will not be continued\" "  >>  $jobfile
4747          echo  "   execute_mrun=false"               >>  $jobfile
4748          echo  "fi"                                  >>  $jobfile
4749       done
4750    fi
4751
4752       # PROVIDE NAME OF THE CURRENT WORKING-DIRECTORY ON THE LOCAL MACHINE (FROM WHERE THE JOB IS
4753       # STARTED) BY SETTING AN ENVIRONMENT-VARIABLE. THIS INFORMATION IS USED IN THE JOB BY MRUN
4754       # IN CASE THAT RESTART-RUNS HAVE TO BE GENERATED
4755    echo  "LOCAL_PWD=$working_directory"                >>  $jobfile
4756    echo  "export LOCAL_PWD"                            >>  $jobfile
4757
4758       # PROVIDE THE PATH OF THE LOCAL MRUN-SCRIPT FOR THE SAME REASON
4759    echo  "LOCAL_MRUN_PATH=$PALM_BIN"                   >>  $jobfile
4760    echo  "export LOCAL_MRUN_PATH"                      >>  $jobfile
4761
4762       # lcflow ALSO REQUIRES TO PROVIDE PATH FOR THE PALM-SCRIPTS
4763    if [[ $host = lcflow  ||  $localhost = lcflow ]]
4764    then
4765       echo  "export PALM_BIN=$PALM_BIN" | sed -e 's:'$HOME':$HOME:'   >>  $jobfile
4766       echo  "export PATH=\$PATH:\$PALM_BIN"              >>  $jobfile
4767    fi
4768
4769       # CALL MRUN WITHIN THE JOB (SETTING QUEUE IS A WORKAROUND FOR ibmkisti)
4770       # AS FINAL ACTION, REMOVE THE TEMPORARY DIRECTORY CREATED AT THE BEGINNING OF THE JOB
4771    echo  "set -x"                                        >>  $jobfile
4772    echo  "queue=$queue"                                  >>  $jobfile
4773    echo  "[[ \$execute_mrun = true ]]  &&  ./$mrun_com"  >>  $jobfile
4774    echo  'ls -al; echo `pwd`'                            >>  $jobfile
4775    echo  "cd \$HOME"                                     >>  $jobfile
4776    echo  "rm -rf  $TEMPDIR"                              >>  $jobfile
4777
4778
4779
4780
4781       # START THE JOB USING SUBJOB-COMMAND
4782    if [[ $silent = false ]]
4783    then
4784       printf "\n     "
4785    else
4786       printf "\n\n"
4787    fi
4788
4789    subjob  $job_on_file  -h $host  -u $remote_username -g $group_number -q $queue  -m $memory  -N $node_usage -t $cpumax  $XOPT  $TOPT  $OOPT  -n $fname  -v  -c $job_catalog  -e $email_notification  $PORTOPT  $jobfile
4790    rm -rf  $jobfile
4791
4792
4793 fi  # END OF REMOTE-PART
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.