Home


About us
PALM
PALM-4U
Installation
Release notes
Documentation
Getting Help
Gallery
Developers area

Ignore:
Timestamp:
Jan 25, 2012 11:53:51 AM (12 years ago)
Author:
maronga
Message:

new utility check_namelist_files implemented

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • palm/trunk/SCRIPTS/mrun

    r759 r807  
    234234     # 15/09/11 - Siggi  - new option -w tp set the maximum number of parallel
    235235     #                     io streams, option -T is obligatory from now on
     236     # 25/01/12 - BjornM - a namelist file check prior to the model run has
     237     #                     been implemented (check_namelist_files).
     238     #                     New option -z can be used to skip the check
    236239
    237240 
    … …  
    248251 archive_save=true
    249252 archive_system=none
     253 check_namelist_files=true
    250254 compiler_name=""
    251255 cond1=""
    … …  
    311315 package_list=""
    312316 punkte="..........................................................."
     317 p3d_suffix=""
    313318 queue=none
    314319 read_from_config=""
    … …  
    449454    # BEI TERMINAL-BREAK:
    450455 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
     456       rm -rf  $working_directory/tmp_check_namelist_files
    451457       [[ $tmpcreate = true ]]  &&  (cd; rm -rf $TEMPDIR)
    452458       if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
    … …  
    479485    # SHELLSCRIPT-OPTIONEN EINLESEN UND KOMMANDO NEU ZUSAMMENSETZEN, FALLS ES
    480486    # FUER FOLGEJOBS BENOETIGT WIRD
    481  while  getopts  :a:AbBc:Cd:D:Fg:G:h:H:i:IkK:m:M:n:o:O:p:P:q:r:R:s:St:T:u:U:vw:xX:yY: option
     487 while  getopts  :a:AbBc:Cd:D:Fg:G:h:H:i:IkK:m:M:n:o:O:p:P:q:r:R:s:St:T:u:U:vw:xX:yY:z option
    482488 do
    483489   case  $option  in
    … …  
    521527       (y)   ocean_file_appendix=true; mc="$mc -y";;
    522528       (Y)   run_coupled_model=true; coupled_dist=$OPTARG; mc="$mc -Y'$OPTARG'";;
     529       (z)   check_namelist_files=false; mc="$mc -z";;
    523530       (\?)  printf "\n  +++ unknown option $OPTARG \n"
    524531             printf "\n  --> type \"$0 ?\" for available options \n"
    … …  
    23942401    fi
    23952402 fi
    2396  
    2397 
    2398 
    2399 
    2400      # FALLS AUF DIESER MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL, WERDEN JETZT ENTSPRE-
    2401      # CHENDE AKTIONEN DURCHGEFUEHRT
     2403
     2404#### PERFORM PARAMETER FILE CHECK (COUPLED RUNS ARE NOT SUPPORTED YET)
     2405 if [[ $check_namelist_files == true && $fromhost == $localhost && $run_coupled_model == false ]]
     2406 then
     2407    if [[ $ocean_file_appendix == true ]]
     2408    then
     2409       d3par_string="d3o#"
     2410       d3fpar_string="d3of"
     2411    else
     2412       d3par_string="d3#"
     2413       d3fpar_string="d3f"
     2414    fi
     2415
     2416    tmp_check=${working_directory}/tmp_check
     2417
     2418#   GET PARAMETER FILE SUFFIX (USUALLY "_P3D")
     2419    line=""
     2420    found=false
     2421    grep  "$d3par_string" $config_file | grep "PARIN"  >  $tmp_check
     2422    while read line1
     2423    do
     2424       line="$line1"
     2425       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
     2426       then
     2427             # EVENTUELLE DOPPELPUNKTE AUS OPTIONSSTRING ENTFERNEN
     2428          p3d_suffix=`echo $line | tr -s " " | cut -d" " -s -f5`
     2429          found=true
     2430       fi
     2431    done < $tmp_check
     2432
     2433    if [[ $found = false ]]
     2434    then
     2435       printf "\n  +++ no PARIN list entry found for $d3par_string in the configuration file."
     2436
     2437       locat=check_namelist; exit
     2438    fi
     2439
     2440#   GET RESTART PARAMETER FILE SUFFIX (USUALLY "_P3DF"). THIS FILE MIGHT IS
     2441#   NOT NECESSARILY REQUIRED
     2442    line=""
     2443    found=false
     2444    grep  "d3f" $config_file | grep "PARIN"  >  $tmp_check
     2445    while read line1
     2446    do
     2447       line="$line1"
     2448       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
     2449       then
     2450          p3df_suffix=`echo $line | tr -s " " | cut -d" " -s -f5`
     2451          found=true
     2452       fi
     2453    done < $tmp_check
     2454
     2455    if [[ $found = false ]]
     2456    then
     2457       printf "\n  +++ no PARIN list entry found for d3f in the configuration file."
     2458    fi
     2459
     2460    rm -rf ${working_directory}/tmp_check
     2461
     2462#   DEFINE VARIABLES FOR FREQUENTLY USED DIRECTORIES
     2463    check_depository="${working_directory}/trunk/UTIL"
     2464    check_sources="${working_directory}/tmp_check_namelist_files"
     2465
     2466#   CHECK IF THE A P3DF FILE MUST BE CHECKED
     2467    for  item  in  $input_list
     2468    do
     2469       if [[ "$item" == "restart" || "$item" == d3f || "$item" == d3of ]]
     2470       then
     2471          check_restart=1
     2472       else
     2473          check_restart=0
     2474       fi
     2475    done
     2476
     2477#   ERROR IF NO PARAMETER FILE WAS FOUND, OTHERWISE PROCEED
     2478    if [[ ! -f $working_directory/JOBS/$fname/INPUT/${fname}${p3d_suffix} ]]
     2479    then
     2480       printf "\n\n  +++ ERROR: parameter file (${fname}${p3d_suffix}) not found."
     2481       locat=check_namelist; exit
     2482    fi
     2483   
     2484#   CHECK IF THE RESTART PARAMETER FILE EXISTS (IF NECESSARY)
     2485    if  [[ $check_restart == 1 ]]
     2486    then
     2487       if [[ ! -f $working_directory/JOBS/$fname/INPUT/${fname}${p3df_suffix} ]]
     2488       then
     2489          printf "\n\n  +++ WARNING: restart parameter file (${fname}${p3df_suffix}) is missing." 
     2490          check_restart=0
     2491          answer=dummy
     2492          printf "\n\n"
     2493
     2494          while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
     2495          do
     2496             printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
     2497             read  answer
     2498          done
     2499          if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
     2500          then
     2501             printf "\n  +++ Aborting...."
     2502             locat=normal; exit
     2503          fi
     2504       else
     2505          check_restart=1
     2506       fi
     2507    fi
     2508
     2509#   CREATE TEMPORARY SOURCES_FOR_CHECK PATH
     2510    mkdir $check_sources
     2511    cd $check_sources
     2512
     2513#   CHECK FOR USER CODE, OTHERWISE USE THE PRECOMPILED CHECK_NAMELIST_FILES.X
     2514    if [[ -d $working_directory/USER_CODE/$fname ]]
     2515    then
     2516       printf "\n\n  *** copying files from $check_depository"
     2517       cp $check_depository/check_namelist_files.tar ./
     2518
     2519       printf "\n\n  *** untar of makefile and source files in $check_sources"
     2520       tar -xf check_namelist_files.tar  >  /dev/null  2>&1
     2521
     2522       printf "\n\n  *** adding user code."
     2523       cp $working_directory/USER_CODE/$fname/* ./
     2524       touch check_namelist_files.f90
     2525
     2526#      GET COMPILER OPTIONS AND PERFORM MAKE
     2527       printf "\n\n  *** compiling code if necessary...\n"
     2528       copts_check="-cpp -D_parallel -D__check"
     2529       make -f Makefile_check F90=$compiler_name_ser  COPT="$copts_check"
     2530
     2531#      GET MAKE OUTPUT
     2532       if [[ $? != 0 ]]
     2533       then
     2534          rm -rf  $check_sources
     2535          locat=check_namelist; exit
     2536       fi
     2537    else
     2538       cp $PALM_BIN/check_namelist_files.x ./
     2539    fi
     2540
     2541    cp $working_directory/JOBS/$fname/INPUT/${fname}${p3d_suffix} ./PARIN
     2542    if [[ $check_restart == 1 ]]
     2543    then
     2544       cp $working_directory/JOBS/$fname/INPUT/${fname}${p3df_suffix} ./PARINF   
     2545    fi
     2546
     2547#   CREATE ENVPAR FILE, WHICH IS NEEDED BY CHECK_NAMELIST_FILES.X
     2548    cat  >  ENVPAR  <<  %%END%%
     2549 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$localhost',
     2550            write_binary = '$write_binary', tasks_per_node = $tasks_per_node,
     2551            maximum_parallel_io_streams = $maximum_parallel_io_streams,
     2552            maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
     2553            revision = '$global_revision',
     2554            local_dvrserver_running = $local_dvrserver_running /
     2555
     2556%%END%%
     2557
     2558#   SAFETY CHECK: ONLY PROCEED IF THE PARAMETER CHECK PROGRAM WAS PROPERLY COMPILED
     2559    if [[ ! -f check_namelist_files.x ]] then
     2560       printf "\n  +++ WARNING: check_namelist_files.x not found."
     2561       answer=dummy
     2562       printf "\n\n"
     2563       while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
     2564       do
     2565          printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
     2566          read  answer
     2567       done
     2568       if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
     2569       then
     2570          printf "\n  +++ Aborting..."
     2571          rm -rf  $check_sources
     2572          locat=normal; exit
     2573       else
     2574          printf "\n  *** Skipping parameter file check."
     2575       fi       
     2576    else
     2577#      STARTING THE PARAMETER FILE CHECK
     2578       printf "\n\n  *** starting parameter file check..."
     2579
     2580#      CHECKING THE P3D FILE
     2581       printf "\n\n      (1) checking $fname$p3d_suffix" 
     2582       echo "$numprocs 0" > VARIN
     2583       errors=`./check_namelist_files.x < VARIN 2>&1`
     2584
     2585       check_error=false
     2586       if [[ "$errors" == "" ]]
     2587       then
     2588          printf " --> o.k."
     2589       else
     2590          printf " --> failed."
     2591          check_error=true
     2592          printf "\n\n  $errors"
     2593       fi
     2594
     2595#      CHECKING THE PD3F FILE IF NECESSARY
     2596       if [[ $check_restart == 1 && $check_error == false ]]
     2597       then
     2598          printf "\n\n      (2) checking $fname$p3df_suffix" 
     2599
     2600#         FIRST CHECK IF INITIALIZING_ACTIONS="READ_RESTART_DATA" IS SET IN &INIPAR LIST
     2601          found=false
     2602          cat PARINF|while read line
     2603          do
     2604             line=$(echo $line|sed 's/ //g')
     2605             if [[ $line == *"&inipar"* ]]
     2606             then
     2607                start_search=true
     2608             fi
     2609
     2610             if [[ $start_search == true ]]
     2611             then
     2612                if [[ $line == *"initializing_actions='read_restart_data'"* ]]
     2613                then
     2614                   found=true
     2615                   break
     2616                fi
     2617             fi
     2618
     2619             if [[ $line == *"/"* ]]
     2620             then
     2621                start_search=false
     2622             fi
     2623
     2624          done
     2625
     2626          if [[ $found = false ]]
     2627          then
     2628             printf "\n\n  +++ ERROR: initializing_actions = 'read_restart_data' not found"
     2629             printf "\n      in &inipar list in $fname$p3df_suffix."
     2630             rm -rf  $check_sources
     2631             locat=check_namelist; exit
     2632          fi
     2633
     2634          echo "$numprocs 1" > VARIN
     2635          errors=`./check_namelist_files.x < VARIN 2>&1`
     2636
     2637          if [[ "$errors" == "" ]]
     2638          then
     2639             printf " --> o.k."
     2640          else
     2641             printf " --> failed."
     2642             check_error=true
     2643             printf "\n\n  $errors"
     2644          fi
     2645       fi
     2646   
     2647#      REPORT ERRORS AND CONTINUE/EXIT
     2648       if [[ $check_error == true ]]
     2649       then
     2650          printf "\n  +++ errors found in the parameter file!\n"
     2651          answer=dummy
     2652          printf "\n\n"
     2653
     2654          while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
     2655          do
     2656          printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
     2657          read  answer
     2658          done
     2659
     2660          if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
     2661          then
     2662             printf "\n  +++ Aborting..."
     2663             rm -rf  $check_sources
     2664             locat=normal; exit
     2665          fi
     2666        else
     2667          printf "\n\n  *** parameter file(s) seem(s) to be o.k.\n"
     2668        fi
     2669        rm -rf $check_sources
     2670    fi
     2671 else
     2672    printf "\n\n  +++ skipping parameter file check\n"
     2673 fi
     2674
     2675 cd $working_directory
     2676
     2677    # FALLS AUF DIESER MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL, WERDEN JETZT ENTSPRE-
     2678    # CHENDE AKTIONEN DURCHGEFUEHRT
    24022679 if [[ $do_batch = false ]]
    24032680 then
    … …  
    25882865          [[ "$module_calls" != "" ]]  &&  eval $module_calls
    25892866          make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
     2867
    25902868       fi
    25912869
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               
  | Impressum | ©Leibniz Universität Hannover |