Ignore:
Timestamp:
Aug 5, 2019 12:24:51 PM (2 years ago)
Author:
gronemeier
Message:

changes in data-output module (data_output_binary_module, data_output_module, data_output_netcdf4_module, binary_to_netcdf):

  • renaming of variables
  • changes to formatting and layout
  • update routine descriptions
File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • palm/trunk/UTIL/binary_to_netcdf.f90

    r4123 r4141  
    4949
    5050   !-- Set kinds to be used as defaults
    51    INTEGER, PARAMETER ::   wp = 8  !< default real kind
    52    INTEGER, PARAMETER ::  iwp = 4  !< default integer kind
     51   INTEGER, PARAMETER ::  iwp = 4  !< default integer kind for output-variable values
     52   INTEGER, PARAMETER ::  wp  = 8  !< default real kind for output-variable values
    5353
    5454   INTEGER, PARAMETER ::  charlen_internal = 1000  !< length of strings within this program
     
    5959      CHARACTER(LEN=charlen_internal) ::  name          !< name of attribute
    6060      CHARACTER(LEN=charlen_internal) ::  value_char    !< character value
    61       INTEGER(iwp)                    ::  var_id        !< id of variable to which the attribute belongs to
     61      INTEGER                         ::  variable_id   !< id of variable to which the attribute belongs to
    6262      INTEGER(KIND=1)                 ::  value_int8    !< 8bit integer value
    6363      INTEGER(KIND=2)                 ::  value_int16   !< 16bit integer value
     
    7070      CHARACTER(LEN=charlen_internal) ::  data_type  !< data type of dimension
    7171      CHARACTER(LEN=charlen_internal) ::  name       !< dimension name
    72       INTEGER(iwp)                    ::  id         !< dimension id within file
    73       INTEGER(iwp)                    ::  length     !< length of dimension
     72      INTEGER                         ::  id         !< dimension id within file
     73      INTEGER                         ::  length     !< length of dimension
    7474   END TYPE dimension_type
    7575
    7676   TYPE variable_type
    77       CHARACTER(LEN=charlen_internal) ::  data_type  !< data type of variable
    78       CHARACTER(LEN=charlen_internal) ::  name       !< variable name
    79       INTEGER(iwp)                    ::  id         !< variable id within file
    80       INTEGER(iwp), DIMENSION(:), ALLOCATABLE ::  dimension_ids  !< list of dimension ids used by variable
     77      CHARACTER(LEN=charlen_internal)    ::  data_type      !< data type of variable
     78      CHARACTER(LEN=charlen_internal)    ::  name           !< variable name
     79      INTEGER                            ::  id             !< variable id within file
     80      INTEGER, DIMENSION(:), ALLOCATABLE ::  dimension_ids  !< list of dimension ids used by variable
    8181   END TYPE variable_type
    8282
     
    9292      config_file_list_name = 'BINARY_CONFIG_LIST'  !< file containing list of binary config files of each output group
    9393
    94    INTEGER(iwp) ::  charlen            !< length of characters (strings) in binary file
    95    INTEGER(iwp) ::  dom_global_id      !< global ID within a single file defined by DOM
    96    INTEGER      ::  dom_master_rank    !< master MPI rank in DOM (rank which wrote additional information in DOM)
    97    INTEGER      ::  dom_nrank          !< number of MPI ranks used by DOM
    98    INTEGER(iwp) ::  file_index         !< loop index to loop over files
    99    INTEGER      ::  group              !< loop index to loop over groups
    100    INTEGER(iwp) ::  nc_file_id         !< ID of netcdf output file
    101    INTEGER(iwp) ::  nfiles             !< number of output files defined in config file
    102    INTEGER      ::  ngroup             !< number of output-file groups
    103    INTEGER      ::  return_value       !< return value
    104    INTEGER      ::  your_return_value  !< returned value of called routine
     94   INTEGER ::  charlen            !< length of characters (strings) in binary file
     95   INTEGER ::  dom_global_id      !< global ID within a single file defined by DOM
     96   INTEGER ::  dom_master_rank    !< master MPI rank in DOM (rank which wrote additional information in DOM)
     97   INTEGER ::  dom_nranks         !< number of MPI ranks used by DOM
     98   INTEGER ::  file_index         !< loop index to loop over files
     99   INTEGER ::  group              !< loop index to loop over groups
     100   INTEGER ::  nc_file_id         !< ID of netcdf output file
     101   INTEGER ::  nfiles             !< number of output files defined in config file
     102   INTEGER ::  ngroups            !< number of output-file groups
     103   INTEGER ::  return_value       !< return value
     104   INTEGER ::  your_return_value  !< returned value of called routine
    105105
    106106   INTEGER(KIND=1) ::  dummy_int8   !< dummy variable used for reading
    107107   INTEGER(KIND=2) ::  dummy_int16  !< dummy variable used for reading
    108108   INTEGER(KIND=4) ::  dummy_int32  !< dummy variable used for reading
    109    INTEGER(iwp)    ::  dummy_intwp  !< dummy variable used for reading
     109   INTEGER         ::  dummy_int    !< dummy variable used for reading
    110110
    111111   INTEGER, PARAMETER ::  bin_file_unit = 12          !< Fortran unit of binary file
     
    113113   INTEGER, PARAMETER ::  config_file_list_unit = 10  !< Fortran unit of file containing config-file list
    114114
    115    INTEGER, DIMENSION(:), ALLOCATABLE ::  dim_id_netcdf  !< mapped dimension id within NetCDF file:
    116                                                          !> dimension_list(i)%id and dim_id_netcdf(dimension_list(i)%id)
     115   INTEGER, DIMENSION(:), ALLOCATABLE ::  dimension_id_netcdf  !< mapped dimension id within NetCDF file:
     116                                                         !> dimension_list(i)%id and dimension_id_netcdf(dimension_list(i)%id)
    117117                                                         !> reference the same dimension
    118    INTEGER, DIMENSION(:), ALLOCATABLE ::  var_id_netcdf  !< mapped variable id within NetCDF file:
    119                                                          !> variable_list(i)%id and var_id_netcdf(variable_list(i)%id)
     118   INTEGER, DIMENSION(:), ALLOCATABLE ::  variable_id_netcdf  !< mapped variable id within NetCDF file:
     119                                                         !> variable_list(i)%id and variable_id_netcdf(variable_list(i)%id)
    120120                                                         !> reference the same variable
    121121
     
    139139
    140140      !-- Go through each group of output files (all marked by same file suffix)
    141       DO  group = 1, ngroup
     141      DO  group = 1, ngroups
    142142
    143143         CALL internal_message( 'info', 'Start converting ' // TRIM( group_names(group) ) // &
     
    160160
    161161               IF ( your_return_value == 0 )  THEN
    162                   CALL convert_data_to_netcdf( TRIM( filename_list(file_index) ), your_return_value )
     162                  CALL convert_data_to_netcdf( TRIM( filename_list(file_index) ), &
     163                                               your_return_value )
    163164               ELSE
    164165                  return_value = your_return_value
     
    228229
    229230      !-- Count the configuration files
    230       ngroup = 0
     231      ngroups = 0
    231232      DO WHILE ( io_stat == 0 )
    232233         READ( config_file_list_unit, '(A)', IOSTAT=io_stat )  file_name
    233          IF ( io_stat == 0 )  ngroup = ngroup + 1
     234         IF ( io_stat == 0 )  ngroups = ngroups + 1
    234235      ENDDO
    235236      REWIND( config_file_list_unit )
    236237
    237       IF ( ngroup /= 0 )  THEN
    238 
    239          ALLOCATE( group_names(ngroup) )
     238      IF ( ngroups /= 0 )  THEN
     239
     240         ALLOCATE( group_names(ngroups) )
    240241
    241242         !-- Extract the group names
    242          DO  i = 1, ngroup
     243         DO  i = 1, ngroups
    243244            READ( config_file_list_unit, '(A)', IOSTAT=io_stat )  file_name
    244245            IF ( INDEX( TRIM( file_name ), config_file_name_base ) == 1 )  THEN
     
    284285   CHARACTER(LEN=charlen_internal), DIMENSION(:), ALLOCATABLE ::  filename_list_tmp  !< temporary list of file names
    285286
    286    INTEGER(iwp)         ::  filename_prefix_length  !< length of string containing the filname prefix
     287   INTEGER              ::  filename_prefix_length  !< length of string containing the filname prefix
    287288   INTEGER              ::  io_stat                 !< status of Fortran I/O operations
    288289   INTEGER, INTENT(OUT) ::  return_value            !< return value of routine
     
    298299   IF ( io_stat /= 0 )  THEN
    299300      return_value = 1
    300       CALL internal_message( 'error', &
    301               routine_name // ': error while opening configuration file "' // &
    302               TRIM( config_file_name ) // '"' )
     301      CALL internal_message( 'error', routine_name // &
     302                            ': error while opening configuration file "' // &
     303                             TRIM( config_file_name ) // '"' )
    303304   ENDIF
    304305
    305306   IF ( return_value == 0 )  THEN
    306307
    307       READ( config_file_unit ) dom_nrank
    308 
    309       IF ( dom_nrank > 1000000 )  THEN
    310          dom_nrank = 1000000
     308      READ( config_file_unit ) dom_nranks
     309
     310      IF ( dom_nranks > 1000000 )  THEN
     311         dom_nranks = 1000000
    311312         CALL internal_message( 'info', routine_name // &
    312313                 ': number of MPI ranks used in PALM is greater than the maximum ' // &
     
    357358            return_value = 1
    358359            CALL internal_message( 'error', routine_name // &
    359                                             ': error while reading file names from config' )
     360                                   ': error while reading file names from config' )
    360361            EXIT
    361362         ENDIF
     
    377378
    378379   CHARACTER(LEN=2*charlen)             ::  bin_filename       !< name of binary file which to read
    379    CHARACTER(LEN=*        ), INTENT(IN) ::  bin_filename_body  !< body of binary filename which to read
     380   CHARACTER(LEN=*),        INTENT(IN) ::  bin_filename_body  !< body of binary filename which to read
    380381   CHARACTER(LEN=charlen  )             ::  read_string        !< string read from file
    381382
     
    387388   INTEGER              ::  n_dimensions       !< number of dimensions in file
    388389   INTEGER              ::  n_variables        !< number of variables in file
    389    INTEGER(iwp)         ::  var_ndim           !< number of dimensions of a variable
     390   INTEGER              ::  variable_ndims     !< number of dimensions of a variable
    390391   INTEGER, INTENT(OUT) ::  return_value       !< return value
    391392
     
    408409   IF ( io_stat == 0 )  THEN
    409410
    410       READ( bin_file_unit ) dummy_intwp
    411       READ( bin_file_unit ) dummy_intwp
    412       READ( bin_file_unit ) read_string
     411      READ( bin_file_unit ) dummy_int    ! charlen
     412      READ( bin_file_unit ) dummy_int    ! file_id
     413      READ( bin_file_unit ) read_string  ! filename
    413414
    414415   ELSE
     
    475476            READ( bin_file_unit ) read_string
    476477            variable_list(n_variables)%data_type = read_string
    477             READ( bin_file_unit ) var_ndim
    478             ALLOCATE( variable_list(n_variables)%dimension_ids(1:var_ndim) )
    479             READ( bin_file_unit )  ( variable_list(n_variables)%dimension_ids(i), i = 1, var_ndim )
     478            READ( bin_file_unit ) variable_ndims
     479            ALLOCATE( variable_list(n_variables)%dimension_ids(1:variable_ndims) )
     480            READ( bin_file_unit ) &
     481               ( variable_list(n_variables)%dimension_ids(i), i = 1, variable_ndims )
    480482
    481483         CASE ( 'attribute' )
     
    496498
    497499            !-- Read attribute
    498             READ( bin_file_unit ) attribute_list(n_attributes)%var_id
     500            READ( bin_file_unit ) attribute_list(n_attributes)%variable_id
    499501            READ( bin_file_unit ) read_string
    500502            attribute_list(n_attributes)%name = read_string
     
    559561   CHARACTER(LEN=*), PARAMETER  ::  routine_name = 'define_netcdf_files'  !< routine name
    560562
    561    INTEGER              ::  i              !< loop index
    562    INTEGER              ::  j              !< loop index
    563    INTEGER              ::  nc_data_type   !< netcdf data type of output variable
    564    INTEGER              ::  nc_dim_length  !< length of dimension in netcdf file
    565    INTEGER              ::  nc_stat        !< return value of Netcdf calls
    566    INTEGER, INTENT(OUT) ::  return_value   !< return value
    567 
    568    INTEGER(iwp), DIMENSION(:), ALLOCATABLE ::  var_dim_id  !< list of dimension ids of a variable
     563   INTEGER              ::  i                    !< loop index
     564   INTEGER              ::  j                    !< loop index
     565   INTEGER              ::  nc_data_type         !< netcdf data type of output variable
     566   INTEGER              ::  nc_dimension_length  !< length of dimension in netcdf file
     567   INTEGER              ::  nc_stat              !< return value of Netcdf calls
     568   INTEGER, INTENT(OUT) ::  return_value         !< return value
     569
     570   INTEGER, DIMENSION(:), ALLOCATABLE ::  dimension_ids  !< list of dimension ids of a variable
    569571
    570572
     
    581583
    582584      !-- Define dimensions in NetCDF file
    583       ALLOCATE( dim_id_netcdf(1:MAXVAL(dimension_list(:)%id)) )
     585      ALLOCATE( dimension_id_netcdf(1:MAXVAL(dimension_list(:)%id)) )
    584586
    585587      DO  i = 1, SIZE( dimension_list )
    586588
    587589         IF ( dimension_list(i)%length < 0 )  THEN
    588             nc_dim_length = NF90_UNLIMITED
     590            nc_dimension_length = NF90_UNLIMITED
    589591         ELSE
    590             nc_dim_length = dimension_list(i)%length
     592            nc_dimension_length = dimension_list(i)%length
    591593         ENDIF
    592594
    593          nc_stat =  NF90_DEF_DIM( nc_file_id, dimension_list(i)%name, nc_dim_length, &
    594                                   dim_id_netcdf(dimension_list(i)%id) )
     595         nc_stat =  NF90_DEF_DIM( nc_file_id, dimension_list(i)%name, nc_dimension_length, &
     596                                  dimension_id_netcdf(dimension_list(i)%id) )
    595597
    596598         IF ( nc_stat /= NF90_NOERR )  THEN
     
    609611
    610612      !-- Create vector to map variable IDs from binary file to those within netcdf file
    611       ALLOCATE( var_id_netcdf(MIN( MINVAL(attribute_list(:)%var_id),   &
    612                                    MINVAL(variable_list(:)%id) )     : &
    613                               MAX( MAXVAL(attribute_list(:)%var_id),   &
    614                                    MAXVAL(variable_list(:)%id) )     ) )
     613      ALLOCATE( variable_id_netcdf(MIN( MINVAL( attribute_list(:)%variable_id ), &
     614                                        MINVAL( variable_list(:)%id ) )          &
     615                                   :                                             &
     616                                   MAX( MAXVAL( attribute_list(:)%variable_id ), &
     617                                        MAXVAL( variable_list(:)%id ) )     ) )
    615618
    616619      !-- Map global id from binary file to that of the netcdf file
    617       var_id_netcdf(dom_global_id) = NF90_GLOBAL
     620      variable_id_netcdf(dom_global_id) = NF90_GLOBAL
    618621
    619622      !-- Define variables in NetCDF file
     
    651654         IF ( return_value == 0 )  THEN
    652655
    653             ALLOCATE( var_dim_id(1:SIZE( variable_list(i)%dimension_ids )) )
     656            ALLOCATE( dimension_ids(1:SIZE( variable_list(i)%dimension_ids )) )
    654657
    655658            DO  j = 1, SIZE( variable_list(i)%dimension_ids )
    656659
    657                var_dim_id(j) = dim_id_netcdf(variable_list(i)%dimension_ids(j))
     660               dimension_ids(j) = dimension_id_netcdf(variable_list(i)%dimension_ids(j))
    658661
    659662            ENDDO
    660663
    661664            nc_stat =  NF90_DEF_VAR( nc_file_id, variable_list(i)%name, nc_data_type, &
    662                                      var_dim_id, var_id_netcdf(variable_list(i)%id) )
     665                                     dimension_ids, variable_id_netcdf(variable_list(i)%id) )
    663666            IF ( nc_stat /= NF90_NOERR )  THEN
    664667               return_value = 1
     
    668671            ENDIF
    669672
    670             DEALLOCATE( var_dim_id )
     673            DEALLOCATE( dimension_ids )
    671674
    672675         ENDIF
     
    686689
    687690            CASE ( 'char' )
    688                nc_stat = NF90_PUT_ATT( nc_file_id,                              &
    689                                        var_id_netcdf(attribute_list(i)%var_id), &
    690                                        TRIM(attribute_list(i)%name),            &
     691               nc_stat = NF90_PUT_ATT( nc_file_id,                                        &
     692                                       variable_id_netcdf(attribute_list(i)%variable_id), &
     693                                       TRIM(attribute_list(i)%name),                      &
    691694                                       TRIM(attribute_list(i)%value_char) )
    692695
    693696            CASE ( 'int8' )
    694                nc_stat = NF90_PUT_ATT( nc_file_id,                              &
    695                                        var_id_netcdf(attribute_list(i)%var_id), &
    696                                        TRIM(attribute_list(i)%name),            &
     697               nc_stat = NF90_PUT_ATT( nc_file_id,                                        &
     698                                       variable_id_netcdf(attribute_list(i)%variable_id), &
     699                                       TRIM(attribute_list(i)%name),                      &
    697700                                       attribute_list(i)%value_int8 )
    698701
    699702            CASE ( 'int16' )
    700                nc_stat = NF90_PUT_ATT( nc_file_id,                              &
    701                                        var_id_netcdf(attribute_list(i)%var_id), &
    702                                        TRIM(attribute_list(i)%name),            &
     703               nc_stat = NF90_PUT_ATT( nc_file_id,                                        &
     704                                       variable_id_netcdf(attribute_list(i)%variable_id), &
     705                                       TRIM(attribute_list(i)%name),                      &
    703706                                       attribute_list(i)%value_int16 )
    704707
    705708            CASE ( 'int32' )
    706                nc_stat = NF90_PUT_ATT( nc_file_id,                              &
    707                                        var_id_netcdf(attribute_list(i)%var_id), &
    708                                        TRIM(attribute_list(i)%name),            &
     709               nc_stat = NF90_PUT_ATT( nc_file_id,                                        &
     710                                       variable_id_netcdf(attribute_list(i)%variable_id), &
     711                                       TRIM(attribute_list(i)%name),                      &
    709712                                       attribute_list(i)%value_int32 )
    710713
    711714            CASE ( 'real32' )
    712                nc_stat = NF90_PUT_ATT( nc_file_id,                              &
    713                                        var_id_netcdf(attribute_list(i)%var_id), &
    714                                        TRIM(attribute_list(i)%name),            &
     715               nc_stat = NF90_PUT_ATT( nc_file_id,                                        &
     716                                       variable_id_netcdf(attribute_list(i)%variable_id), &
     717                                       TRIM(attribute_list(i)%name),                      &
    715718                                       attribute_list(i)%value_real32 )
    716719
    717720            CASE ( 'real64' )
    718                nc_stat = NF90_PUT_ATT( nc_file_id,                              &
    719                                        var_id_netcdf(attribute_list(i)%var_id), &
    720                                        TRIM(attribute_list(i)%name),            &
     721               nc_stat = NF90_PUT_ATT( nc_file_id,                                        &
     722                                       variable_id_netcdf(attribute_list(i)%variable_id), &
     723                                       TRIM(attribute_list(i)%name),                      &
    721724                                       attribute_list(i)%value_real64 )
    722725
    723726            CASE DEFAULT
    724727               return_value = 1
    725                CALL internal_message( 'error', routine_name // &
     728               CALL internal_message( 'error', routine_name //                   &
    726729                       ': data type "' // TRIM( attribute_list(i)%data_type ) // &
    727730                       '" of attribute "' // TRIM( attribute_list(i)%name ) //   &
     
    733736         IF ( nc_stat /= NF90_NOERR )  THEN
    734737            return_value = 1
    735             CALL internal_message( 'error', routine_name // &
    736                     ': attribute "' // TRIM( attribute_list(i)%name ) //   &
     738            CALL internal_message( 'error', routine_name //              &
     739                    ': attribute "' // TRIM( attribute_list(i)%name ) // &
    737740                    '": NF90_PUT_ATT error: ' // TRIM( NF90_STRERROR( nc_stat ) ) )
    738741            EXIT
     
    750753      return_value = 1
    751754      CALL internal_message( 'error', routine_name // &
    752               ': NF90_ENDDEF error: ' // TRIM( NF90_STRERROR( nc_stat ) ) )
     755                             ': NF90_ENDDEF error: ' // TRIM( NF90_STRERROR( nc_stat ) ) )
    753756   ENDIF
    754757
     
    772775   INTEGER              ::  i             !< loop file_index
    773776   INTEGER              ::  io_stat       !< status of Fortran I/O operations
    774    INTEGER              ::  pe_id         !< loop index for loop over PE files
    775    INTEGER              ::  n_dim         !< number of dimensions of a variable
     777   INTEGER              ::  rank          !< loop index for loop over rank files
     778   INTEGER              ::  n_dimensions  !< number of dimensions of a variable
    776779   INTEGER              ::  nc_stat       !< return value of Netcdf calls
    777780   INTEGER, INTENT(OUT) ::  return_value  !< return value
    778    INTEGER(iwp)         ::  var_id        !< variable id read from binary file
    779 
    780    INTEGER(iwp), DIMENSION(:), ALLOCATABLE ::  start_positions           !< start position of data per dimension
    781    INTEGER(iwp), DIMENSION(:), ALLOCATABLE ::  data_count_per_dimension  !< data count of variable per dimension
    782    INTEGER(iwp), DIMENSION(:), ALLOCATABLE ::  bounds_start              !< lower bounds of variable
    783    INTEGER(iwp), DIMENSION(:), ALLOCATABLE ::  bounds_origin             !< lower bounds of dimensions in output file
     781   INTEGER              ::  variable_id   !< variable id read from binary file
     782
     783   INTEGER, DIMENSION(:), ALLOCATABLE ::  start_positions           !< start position of data per dimension
     784   INTEGER, DIMENSION(:), ALLOCATABLE ::  data_count_per_dimension  !< data count of variable per dimension
     785   INTEGER, DIMENSION(:), ALLOCATABLE ::  bounds_start              !< lower bounds of variable
     786   INTEGER, DIMENSION(:), ALLOCATABLE ::  bounds_origin             !< lower bounds of dimensions in output file
    784787
    785788   INTEGER(KIND=1), DIMENSION(:), ALLOCATABLE ::  values_int8   !< variable values
     
    797800   return_value = 0
    798801
    799    !-- Open binary files of every possible PE
    800    DO  pe_id = 0, dom_nrank - 1
     802   !-- Open binary files of every possible MPI rank
     803   DO  rank = 0, dom_nranks - 1
    801804
    802805      WRITE( bin_filename, '(A, I6.6)' ) &
    803          TRIM( filename_prefix ) // TRIM( bin_filename_body ) // '_', pe_id
     806         TRIM( filename_prefix ) // TRIM( bin_filename_body ) // '_', rank
    804807
    805808      INQUIRE( FILE=bin_filename, EXIST=file_exists )
     
    846849         DO WHILE ( io_stat == 0  .AND.  return_value == 0 )
    847850
    848             READ( bin_file_unit, IOSTAT=io_stat ) var_id
     851            READ( bin_file_unit, IOSTAT=io_stat ) variable_id
    849852            IF ( io_stat < 0 )  EXIT  ! End-of-file
    850853
    851854            DO  i = LBOUND( variable_list, DIM=1 ), UBOUND( variable_list, DIM=1 )
    852                IF ( var_id == variable_list(i)%id )  THEN
    853                   n_dim = SIZE( variable_list(i)%dimension_ids )
     855               IF ( variable_id == variable_list(i)%id )  THEN
     856                  n_dimensions = SIZE( variable_list(i)%dimension_ids )
    854857                  variable_name = variable_list(i)%name
    855858
    856859                  CALL internal_message( 'debug', routine_name // ': read variable "' // &
    857860                                         TRIM( variable_name ) // '"' )
    858                   WRITE( temp_string, * ) n_dim
     861                  WRITE( temp_string, * ) n_dimensions
    859862                  CALL internal_message( 'debug', routine_name // &
    860                                          ':  n_dim = ' // TRIM( temp_string ) )
     863                                         ':  n_dimensions = ' // TRIM( temp_string ) )
    861864
    862865                  EXIT
     
    864867            ENDDO
    865868
    866             ALLOCATE( bounds_start(1:n_dim) )
    867             ALLOCATE( bounds_origin(1:n_dim) )
    868             ALLOCATE( start_positions(1:n_dim) )
    869             ALLOCATE( data_count_per_dimension(1:n_dim) )
    870 
    871             READ( bin_file_unit ) ( bounds_start(i), i = 1, n_dim )
    872             READ( bin_file_unit ) ( data_count_per_dimension(i), i = 1, n_dim )
    873             READ( bin_file_unit ) ( bounds_origin(i), i = 1, n_dim )
     869            ALLOCATE( bounds_start(1:n_dimensions) )
     870            ALLOCATE( bounds_origin(1:n_dimensions) )
     871            ALLOCATE( start_positions(1:n_dimensions) )
     872            ALLOCATE( data_count_per_dimension(1:n_dimensions) )
     873
     874            READ( bin_file_unit ) ( bounds_start(i), i = 1, n_dimensions )
     875            READ( bin_file_unit ) ( data_count_per_dimension(i), i = 1, n_dimensions )
     876            READ( bin_file_unit ) ( bounds_origin(i), i = 1, n_dimensions )
    874877
    875878            WRITE( temp_string, * ) bounds_start
     
    885888            data_count = 1
    886889
    887             DO  i = 1, n_dim
     890            DO  i = 1, n_dimensions
    888891               data_count = data_count * data_count_per_dimension(i)
    889892               start_positions(i) = bounds_start(i) - bounds_origin(i) + 1
     
    900903                  READ( bin_file_unit ) ( values_int8(i), i = 1, data_count )
    901904
    902                   nc_stat = NF90_PUT_VAR( nc_file_id, var_id_netcdf(var_id), values_int8, &
     905                  nc_stat = NF90_PUT_VAR( nc_file_id, variable_id_netcdf(variable_id), &
     906                               values_int8,                                            &
    903907                               start = start_positions, count = data_count_per_dimension )
    904908
     
    910914                  READ( bin_file_unit ) ( values_int16(i), i = 1, data_count )
    911915
    912                   nc_stat = NF90_PUT_VAR( nc_file_id, var_id_netcdf(var_id), values_int16, &
     916                  nc_stat = NF90_PUT_VAR( nc_file_id, variable_id_netcdf(variable_id), &
     917                               values_int16,                                           &
    913918                               start = start_positions, count = data_count_per_dimension )
    914919
     
    920925                  READ( bin_file_unit ) ( values_int32(i), i = 1, data_count )
    921926
    922                   nc_stat = NF90_PUT_VAR( nc_file_id, var_id_netcdf(var_id), values_int32, &
     927                  nc_stat = NF90_PUT_VAR( nc_file_id, variable_id_netcdf(variable_id), &
     928                               values_int32,                                           &
    923929                               start = start_positions, count = data_count_per_dimension )
    924930
     
    930936                  READ( bin_file_unit ) ( values_intwp(i), i = 1, data_count )
    931937
    932                   nc_stat = NF90_PUT_VAR( nc_file_id, var_id_netcdf(var_id), values_intwp, &
     938                  nc_stat = NF90_PUT_VAR( nc_file_id, variable_id_netcdf(variable_id), &
     939                               values_intwp,                                          &
    933940                               start = start_positions, count = data_count_per_dimension )
    934941
     
    940947                  READ( bin_file_unit ) ( values_real32(i), i = 1, data_count )
    941948
    942                   nc_stat = NF90_PUT_VAR( nc_file_id, var_id_netcdf(var_id), values_real32, &
     949                  nc_stat = NF90_PUT_VAR( nc_file_id, variable_id_netcdf(variable_id), &
     950                               values_real32,                                          &
    943951                               start = start_positions, count = data_count_per_dimension )
    944952
     
    950958                  READ( bin_file_unit ) ( values_real64(i), i = 1, data_count )
    951959
    952                   nc_stat = NF90_PUT_VAR( nc_file_id, var_id_netcdf(var_id), values_real64, &
     960                  nc_stat = NF90_PUT_VAR( nc_file_id, variable_id_netcdf(variable_id), &
     961                               values_real64,                                          &
    953962                               start = start_positions, count = data_count_per_dimension )
    954963
     
    960969                  READ( bin_file_unit ) ( values_realwp(i), i = 1, data_count )
    961970
    962                   nc_stat = NF90_PUT_VAR( nc_file_id, var_id_netcdf(var_id), values_realwp, &
     971                  nc_stat = NF90_PUT_VAR( nc_file_id, variable_id_netcdf(variable_id), &
     972                               values_realwp,                                          &
    963973                               start = start_positions, count = data_count_per_dimension )
    964974
     
    9971007
    9981008   !-- Deallocate fields for next file
    999    IF ( ALLOCATED( variable_list ) )  DEALLOCATE( variable_list )
    1000    IF ( ALLOCATED( dim_id_netcdf ) )  DEALLOCATE( dim_id_netcdf )
    1001    IF ( ALLOCATED( var_id_netcdf ) )  DEALLOCATE( var_id_netcdf )
     1009   IF ( ALLOCATED( variable_list       ) )  DEALLOCATE( variable_list )
     1010   IF ( ALLOCATED( dimension_id_netcdf ) )  DEALLOCATE( dimension_id_netcdf )
     1011   IF ( ALLOCATED( variable_id_netcdf  ) )  DEALLOCATE( variable_id_netcdf )
    10021012
    10031013END SUBROUTINE convert_data_to_netcdf
     
    10101020SUBROUTINE internal_message( level, string )
    10111021
    1012    CHARACTER(LEN=*), INTENT(IN) :: level  !< message importance level
    1013    CHARACTER(LEN=*), INTENT(IN) :: string !< message string
     1022   CHARACTER(LEN=*), INTENT(IN) :: level   !< message importance level
     1023   CHARACTER(LEN=*), INTENT(IN) :: string  !< message string
    10141024
    10151025   IF ( TRIM( level ) == 'error' )  THEN
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.