Ignore:
Timestamp:
Mar 29, 2019 11:38:44 AM (2 years ago)
Author:
suehring
Message:

In VTK postprocessor add suffix to indicate average data in VTK files

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • palm/trunk/UTIL/surface_output_processing/surface_output_to_vtk.f90

    r3805 r3841  
    2525! -----------------
    2626! $Id$
     27! Add suffix to VTK output to indicate average data
     28!
     29! 3805 2019-03-20 15:26:35Z raasch
    2730! output format adjusted
    2831!
     
    143146!> Output is distinguished between instantaneous and time-averaged data.
    144147!------------------------------------------------------------------------------!
    145  PROGRAM surface_output_to_vtk
     148 PROGRAM surface_output_to_vtk_netcdf
    146149 
    147150    USE, INTRINSIC ::  ISO_C_BINDING
     151   
     152#if defined( __netcdf ) 
     153    USE NETCDF
     154#endif
    148155 
    149156    USE posix_interface,                                                       &
     
    171178    INTEGER, PARAMETER ::  OFFSET_KIND = C_SIZE_T !< unsigned integer for the C-interface
    172179
    173     INTEGER(iwp) ::  cycle_number                 !< cycle number
     180    INTEGER(iwp) ::  cycle_number = 0             !< cycle number
    174181    INTEGER(iwp) ::  f                            !< running index over all binary files
    175182    INTEGER(iwp) ::  file_id_in = 18              !< file unit for input binaray file   
     
    189196   
    190197    LOGICAL ::  convert_average_data = .FALSE.          !< namelist parameter to decide whether average or instantaneous data should be converted
     198    LOGICAL ::  convert_to_netcdf    = .FALSE.          !< namelist parameter indicating that binary data is also converted to NetCDF files
    191199    LOGICAL, DIMENSION(:), ALLOCATABLE      ::  eof     !< flag indicating that end of binary file is reached
    192200   
     
    217225!-- VTK format.
    218226    OPEN ( file_id_out_header, FILE = 'HEADER', STATUS = 'REPLACE',            &
    219            FORM = 'FORMATTED' ) 
     227           FORM = 'FORMATTED' )
    220228!
    221229!-- READ grid setup, i.e. the number and position of vertices and surface elements
     
    223231!-- header information of the VTK file.
    224232!-- Note, PARAVIEW expects one VTK file for each variable and each timestep.
    225 !-- Hence, header information needs to be duplicated multiple times, which will be
    226 !-- be done later in a bash script.
     233!-- Hence, header information needs to be duplicated multiple times.
    227234!-- Moreover, Paraview expects consecutive vertex and polygon data, which are
    228235!-- all distributed over the binaray files. Hence, first read vertex data from
     
    245252       READ ( file_id_in )  ns(f)
    246253       READ ( file_id_in )  ns_total
    247 
     254!
     255!--    If binary surface dater shall be converted into NetCDF, create the file.
     256!--    Only for first call.
     257       IF ( convert_to_netcdf  .AND.  f == 0 )  THEN
     258          CALL surface_output_create_netcdf_file
     259       ENDIF
    248260!
    249261!--    Allocate arrays where all the surfaces and vertices will be stored.
    250262       ALLOCATE( points(3,1:npoints(f))   )
    251        
    252263!
    253264!--    Read polygon data and store them in a temporary file.
     
    404415             ENDIF             
    405416!
    406 !--          Copy HEADER file
    407              CALL system('cp HEADER ' // TRIM( path ) // TRIM( char_dum ) //   &
    408                                       's_' // TRIM( variable_name ) // '.vtk')
    409 !--          Open VTK file.
    410              OPEN ( file_id_out, FILE = TRIM( path ) // TRIM( char_dum ) //    &
    411                     's_' // TRIM( variable_name ) // '.vtk', FORM='FORMATTED', &
    412                     POSITION = 'APPEND' )           
     417!--          Copy HEADER file and open VTK file
     418             IF ( convert_average_data )  THEN
     419                CALL system('cp HEADER ' //                                    &
     420                            TRIM( path ) // TRIM( char_dum ) //                &
     421                            '_AV_' // 's_' // TRIM( variable_name ) // '.vtk' )
     422                           
     423                OPEN ( file_id_out, FILE = TRIM( path ) // TRIM( char_dum ) // &
     424                       '_AV_' // 's_' // TRIM( variable_name ) // '.vtk',      &
     425                       FORM='FORMATTED', POSITION = 'APPEND' ) 
     426             ELSE
     427                CALL system('cp HEADER ' //                                    &
     428                            TRIM( path ) // TRIM( char_dum ) //                &
     429                            's_' // TRIM( variable_name ) // '.vtk' )
     430                           
     431                OPEN ( file_id_out, FILE = TRIM( path ) // TRIM( char_dum ) // &
     432                       's_' // TRIM( variable_name ) // '.vtk',                &
     433                       FORM='FORMATTED', POSITION = 'APPEND' ) 
     434             ENDIF
     435
    413436          ENDIF
    414437!
     
    459482       INTEGER(iwp) ::  file_id_parin = 90
    460483       
    461        NAMELIST /surface_output/  convert_average_data, cycle_number, num_pe,  &
    462                                   path, run
     484       NAMELIST /surface_output/  convert_average_data, convert_to_netcdf,     &
     485                                  cycle_number, num_pe, path, run
    463486
    464487!
     
    534557    END SUBROUTINE surface_output_create_file_string
    535558   
    536  END PROGRAM surface_output_to_vtk
    537 
    538 
    539 
     559   
     560!------------------------------------------------------------------------------!
     561! Description:
     562! ------------
     563!> This subroutine creates the NetCDF file and defines the dimensions
     564!------------------------------------------------------------------------------!
     565    SUBROUTINE surface_output_create_netcdf_file
     566       
     567       IMPLICIT NONE
     568       
     569       
     570       CHARACTER(LEN=5)   ::  char_cycle = ''
     571       CHARACTER(LEN=200) ::  nc_filename
     572       
     573!
     574!--    Create substring for the cycle number.
     575       IF ( cycle_number /= 0 )  THEN
     576          IF ( cycle_number < 10 )  THEN
     577             WRITE( char_cycle, '(I1)')  cycle_number
     578             char_cycle = '.00' // TRIM( char_cycle ) // '.'
     579          ELSEIF ( cycle_number < 100 )  THEN
     580             WRITE( char_cycle, '(I2)')  cycle_number
     581             char_cycle = '.0' // TRIM( char_cycle ) // '.'
     582          ELSEIF ( cycle_number < 1000 )  THEN
     583             WRITE( char_cycle, '(I3)')  cycle_number
     584             char_cycle = '.' // TRIM( char_cycle ) // '.'
     585          ENDIF
     586       ELSE
     587          char_cycle = '.'
     588       ENDIF
     589#if defined( __netcdf ) 
     590!
     591!-     Create file
     592       nc_filename = TRIM( path ) // TRIM(run) // '_surf' //                   &
     593                     TRIM( char_cycle ) // 'nc'
     594                     
     595       status_nc = NF90_CREATE( nc_filename, IOR( NF90_CLOBBER, NF90_NETCDF4 ),&
     596                                nc_id )
     597       CALL handle_error( 'create netcdf file' )
     598!
     599!--    Define dimensions
     600       status_nc = NF90_DEF_DIM( nc_id, 'xs', ns_total, id_xs )
     601       CALL handle_error( 'define dimension xs' )
     602       status_nc = NF90_DEF_DIM( nc_id, 'ys', ns_total, id_ys )
     603       CALL handle_error( 'define dimension ys' )
     604       status_nc = NF90_DEF_DIM( nc_id, 'zs', ns_total, id_zs )
     605       CALL handle_error( 'define dimension zs' )
     606       status_nc = NF90_DEF_DIM( nc_id, 'azimuth', ns_total, id_az )
     607       CALL handle_error( 'define dimension azimuth' )
     608       status_nc = NF90_DEF_DIM( nc_id, 'zenith',  ns_total, id_ze )
     609       CALL handle_error( 'define dimension zenith' )
     610       status_nc = NF90_DEF_DIM( nc_id, 'time',  NF90_UNLIMITED, id_time )
     611       CALL handle_error( 'define dimension time' )
     612!
     613!--    Define dimension variables
     614       status_nc = NF90_DEF_VAR( nc_id, 'xs', NF90_FLOAT,                      &
     615                                 (/ id_xs /), id_var_xs )
     616       CALL handle_error( 'define variable xs' )
     617       status_nc = NF90_DEF_VAR( nc_id, 'ys', NF90_FLOAT,                      &
     618                                 (/ id_ys /), id_var_ys )
     619       CALL handle_error( 'define variable ys' )
     620       status_nc = NF90_DEF_VAR( nc_id, 'zs', NF90_FLOAT,                      &
     621                                 (/ id_zs /), id_var_zs )
     622       CALL handle_error( 'define variable zs' )
     623       status_nc = NF90_DEF_VAR( nc_id, 'azimuth', NF90_FLOAT,                 &
     624                                 (/ id_az /), id_var_az )
     625       CALL handle_error( 'define variable azimuth' )         
     626       status_nc = NF90_DEF_VAR( nc_id, 'zenith', NF90_FLOAT,                  &
     627                                 (/ id_ze /), id_var_ze )
     628       CALL handle_error( 'define variable zenith' )                         
     629       status_nc = NF90_DEF_VAR( nc_id, 'time', NF90_FLOAT,                    &
     630                                 (/ id_time /), id_var_time )
     631       CALL handle_error( 'define variable time' )
     632#endif       
     633    END SUBROUTINE surface_output_create_netcdf_file
     634   
     635   
     636!------------------------------------------------------------------------------!
     637! Description:
     638! ------------
     639!>  Output of NetCDF error code
     640!------------------------------------------------------------------------------!   
     641    SUBROUTINE handle_error( action )
     642
     643       IMPLICIT NONE
     644
     645       CHARACTER(LEN=*) ::  action
     646       
     647#if defined( __netcdf )       
     648       IF ( status_nc /= NF90_NOERR )  THEN
     649          PRINT*, TRIM( NF90_STRERROR( status_nc ) ) // ' -- ' // action
     650          STOP
     651       ENDIF
     652#endif
     653
     654    END SUBROUTINE handle_error
     655   
     656 END PROGRAM surface_output_to_vtk_netcdf
     657
     658
     659
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.