Changeset 246


Ignore:
Timestamp:
Feb 27, 2009 11:42:39 AM (13 years ago)
Author:
raasch
Message:

further changes for dvrp clipping

Location:
palm/trunk
Files:
1 added
6 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • palm/trunk/DOC/app/chapter_4.1.html

    r241 r246  
    22102210yields the free-slip condition with u(k=0) = u(k=1) and v(k=0) =
    22112211v(k=1).
    2212 With Prandtl - layer switched on, the free-slip condition is not
     2212With Prandtl - layer switched on (see <a href="#prandtl_layer">prandtl_layer</a>), the free-slip condition is not
    22132213allowed (otherwise the run will be terminated)<font color="#000000">.</font></p>
    22142214
     
    33233323     
    33243324     
    3325       <ul><p>The target volume flow&nbsp;is calculated at t=0 from the initial profiles of u and v.&nbsp;This setting is only allowed for&nbsp;cyclic lateral boundary conditions (<a href="chapter_4.1.html#bc_lr">bc_lr</a> = <span style="font-style: italic;">'cyclic'</span> and <a href="chapter_4.1.html#bc_ns">bc_ns</a> = <span style="font-style: italic;">'cyclic'</span>).</p></ul>
     3325      <ul><p>The
     3326target volume flow&nbsp;is calculated at t=0 from the initial profiles
     3327of u and v.&nbsp;This setting is only allowed for&nbsp;cyclic lateral
     3328boundary conditions (<a href="chapter_4.1.html#bc_lr">bc_lr</a> = <span style="font-style: italic;">'cyclic'</span> and <a href="chapter_4.1.html#bc_ns">bc_ns</a> = <span style="font-style: italic;">'cyclic'</span>).</p></ul>
    33263329
    33273330
     
    33523355     
    33533356     
    3354       <ul><p>The target volume flow&nbsp;is&nbsp;calculated at every timestep from the inflow profile of&nbsp;u or v, respectively. This setting&nbsp;is only allowed for&nbsp;non-cyclic lateral boundary conditions (<a href="chapter_4.1.html#bc_lr">bc_lr</a> /= <span style="font-style: italic;">'cyclic'</span> or <a href="chapter_4.1.html#bc_ns">bc_ns</a> /= <span style="font-style: italic;">'cyclic'</span>).</p></ul>
     3357      <ul><p>The
     3358target volume flow&nbsp;is&nbsp;calculated at every timestep from the
     3359inflow profile of&nbsp;u or v, respectively. This setting&nbsp;is only
     3360allowed for&nbsp;non-cyclic lateral boundary conditions (<a href="chapter_4.1.html#bc_lr">bc_lr</a> /= <span style="font-style: italic;">'cyclic'</span> or <a href="chapter_4.1.html#bc_ns">bc_ns</a> /= <span style="font-style: italic;">'cyclic'</span>).</p></ul>
    33553361
    33563362
  • palm/trunk/SCRIPTS/.mrun.config.default

    r206 r246  
    1212# Enter your own host below by adding another line containing in the second
    1313# column your hostname (as provided by the unix command "hostname") and in the
    14 # third column the host identifier. Depending on your system, the first
    15 # characters of the host identifier should be "lc" (Linux cluster), "ibm"
     14# third column the host identifier. Depending on your operating system, the
     15# first characters of the host identifier should be "lc" (Linux cluster), "ibm"
    1616# (IBM-AIX), or "nec" (NEC-SX), respectively.
    17 %host_identifier   service100  lcsgih
    18 %host_identifier   r1*         lcsgih
    19 %host_identifier   h01*        lcsgih
    20 %host_identifier   r2*         lcsgib
    21 %host_identifier   b01*        lcsgib
    22 %host_identifier   bora        lcmuk
    23 %host_identifier   cs*         nech
    24 %host_identifier   hreg*-en0   ibmh
    25 %host_identifier   hanni*-en0  ibmh
    26 %host_identifier   breg*-en0   ibmb
    27 %host_identifier   berni*-en0  ibmb
    28 %host_identifier   tgg*        lctit
    2917#
    30 #%remote_username   <replace by your linux cluster username>     lcmuk parallel
    31 %tmp_user_catalog  /tmp                                          lcmuk parallel
    32 %compiler_name     mpif90                                        lcmuk parallel
    33 %compiler_name_ser ifort                                         lcmuk parallel
    34 %cpp_options       -D__mpi2:-DMPI_REAL=MPI_DOUBLE_PRECISION:-DMPI_2REAL=MPI_2DOUBLE_PRECISION:-D__netcdf:-D__netcdf_64bit:-D__intel_openmp_bug   lcmuk parallel
    35 %netcdf_inc        -I:/muksoft_64/packages/netcdf/3.6.2/include            lcmuk parallel
    36 %netcdf_lib        -L/muksoft_64/packages/netcdf/3.6.2/lib:-lnetcdf        lcmuk parallel
    37 %fopts             -axW:-cpp:-openmp:-r8:-nbs:-convert:little_endian:-I:/muksoft/packages/mpich2/2.1.0.4/include     lcmuk parallel
    38 %lopts             -axW:-cpp:-openmp:-r8:-nbs:-Vaxlib:-L:/muksoft/packages/mpich2/2.1.0.4/lib                    lcmuk parallel
    39 #%hostfile          $base_directory/.hostfile                    lcmuk parallel
     18# The next line is just an example. Add your own line below or replace this line.
     19%host_identifier   myhostname  lcmy
    4020#
    41 #%remote_username  <replace by your linux cluster username>      lcmuk
    42 %tmp_user_catalog  /tmp                                          lcmuk
    43 %compiler_name     ifort                                         lcmuk
    44 %fopts             -axW:-cpp:-r8:-nbs:-convert:little:endian     lcmuk
    45 %lopts             -axW:-cpp:-r8:-nbs:-Vaxlib                    lcmuk
    4621#
    47 #%remote_username  <replace by your linux cluster username>      lcmuk trace
    48 %tmp_user_catalog  /tmp                                          lcmuk trace
    49 %compiler_name     ifort                                         lcmuk trace
    50 %fopts             -axW:-cpp:-g:-CB:-inline_debug_info:-r8:-nbs:-convert:little:endian     lcmuk trace
    51 %lopts             -axW:-cpp:-g:-CB:-inline_debug_info:-r8:-nbs:-Vaxlib                    lcmuk trace
     22# The next block contains all informations for compiling the PALM code
     23# and for generating and running the PALM executable using MPI. Replace all
     24# required paths (given in <>) by the respective paths valid on your host.
     25# Also replace <hi> by your host identifier (see above) in each line!
     26# Compilernames, cpp-options and compiler-options are assuming
     27# an Intel-Compiler and mpich2 on this host! Please change
     28# appropriately, if you are using a different compiler / MPI-Version.
    5229#
    53 %sgi_feature       ice                                        lcsgih parallel
    54 #%remote_username   <replace by your HLRN username>            lcsgih parallel
    55 %compiler_name     ifort                                      lcsgih parallel
    56 %compiler_name_ser ifort                                      lcsgih parallel
    57 %cpp_options       -DMPI_REAL=MPI_DOUBLE_PRECISION:-DMPI_2REAL=MPI_2DOUBLE_PRECISION:-D__netcdf:-D__netcdf_64bit   lcsgih parallel
    58 %netcdf_inc        -I:/sw/dataformats/netcdf/3.6.2/include          lcsgih parallel
    59 %netcdf_lib        -L/sw/dataformats/netcdf/3.6.2/lib:-lnetcdf:-lnetcdff      lcsgih parallel
    60 %fopts             -g:-w:-xT:-O3:-cpp:-openmp:-r8:-ftz:-fno-alias:-no-prec-div:-no-prec-sqrt:-ip:-nbs:-convert:little_endian  lcsgih parallel
    61 %lopts             -g:-w:-xT:-O3:-cpp:-openmp:-r8:-ftz:-fno-alias:-no-prec-div:-no-prec-sqrt:-ip:-nbs:-Vaxlib:-i-dynamic:-lmpi   lcsgih parallel
    62 #%tmp_data_catalog  /gfs1/work/<replace by your HLRN username>/palm_restart_data      lcsgih parallel
    63 #%tmp_user_catalog  /gfs1/tmp/<replace by your HLRN username>                         lcsgih parallel
    64 #
    65 %sgi_feature       ice                                        lcsgih parallel debug
    66 #%remote_username   <replace by your HLRN username>            lcsgih parallel debug
    67 %compiler_name     ifort                                      lcsgih parallel debug
    68 %compiler_name_ser ifort                                      lcsgih parallel debug
    69 %cpp_options       -DMPI_REAL=MPI_DOUBLE_PRECISION:-DMPI_2REAL=MPI_2DOUBLE_PRECISION:-D__netcdf:-D__netcdf_64bit   lcsgih parallel debug
    70 %netcdf_inc        -I:/sw/dataformats/netcdf/3.6.2/include          lcsgih parallel debug
    71 %netcdf_lib        -L/sw/dataformats/netcdf/3.6.2/lib:-lnetcdf:-lnetcdff      lcsgih parallel debug
    72 %fopts             -C:-fpe0:-debug:-traceback:-g:-w:-xT:-O0:-cpp:-r8:-ftz:-fno-alias:-no-prec-div:-no-prec-sqrt:-ip:-nbs:-convert:little_endian  lcsgih parallel debug
    73 %lopts             -C:-fpe0:-debug:-traceback:-g:-w:-xT:-O0:-cpp:-r8:-ftz:-fno-alias:-no-prec-div:-no-prec-sqrt:-ip:-nbs:-Vaxlib:-lmpi           lcsgih parallel debug
    74 #%tmp_data_catalog  /gfs1/work/<replace by your HLRN username>/palm_restart_data      lcsgih parallel debug
    75 #%tmp_user_catalog  /gfs1/tmp/<replace by your HLRN username>                         lcsgih parallel debug
    76 #
    77 #%remote_username   <replace by your tsubame username>              lctit parallel
    78 #%tmp_user_catalog  /work/<replace by your tsubame username>                    lctit parallel
    79 #%tmp_data_catalog  /work/<replace by your tsubame username>/palm_restart_data  lctit parallel
    80 %cpp_options       -Mpreprocess:-DMPI_REAL=MPI_DOUBLE_PRECISION:-DMPI_2REAL=MPI_2DOUBLE_PRECISION:-D__netcdf  lctit parallel
    81 %netcdf_inc        -I:/home2/usr5/mkanda/netcdf-3.6.2/include      lctit parallel
    82 %netcdf_lib        -L/home2/usr5/mkanda/netcdf-3.6.2/lib:-lnetcdf  lctit parallel
    83 %compiler_name_ser pgf95                                           lctit parallel
    84 %compiler_name     mpif90                                          lctit parallel
    85 %fopts             -r8:-fast:-fastsse                              lctit parallel
    86 %lopts             -r8:-fast:-fastsse                              lctit parallel
    87 #
    88 #%remote_username   <replace by your HLRN username>           ibmh parallel
    89 %compiler_name     mpxlf95_r                                  ibmh parallel
    90 %compiler_name_ser xlf95                                      ibmh parallel
    91 %cpp_options       -qsuffix=cpp=f90:-WF,-DMPI_REAL=MPI_DOUBLE_PRECISION,-D__netcdf=__netcdf,-D__netcdf_64bit=__netcdf_64bit  ibmh parallel
    92 %dvrp_inc          -I/home/h/nikevita/lib_stable/optimize     ibmh parallel
    93 %dvrp_lib          -L/home/h/nikevita/lib_stable/optimize:-lDVRP2:-lftp  ibmh parallel
    94 %netcdf_inc        -I:/aws/dataformats/netcdf-3.6.0-p1/64-32/include-64 ibmh parallel
    95 %netcdf_lib        -L/aws/dataformats/netcdf-3.6.0-p1/64-32/lib:-lnetcdf        ibmh parallel
    96 %fopts             -O3:-g:-qfloat=nomaf:-qrealsize=8:-Q:-q64:-qmaxmem=-1:-qtune=pwr4:-qarch=pwr4:-qnosave:-qnoescape    ibmh parallel
    97 %lopts             -O3:-g:-qfloat=nomaf:-qrealsize=8:-Q:-q64:-qmaxmem=-1:-qtune=pwr4:-qarch=pwr4:-qnosave:-qnoescape:-lesslsmp   ibmh parallel
    98 %memory            1630                                       ibmh parallel
    99 %cpumax            1000                                       ibmh parallel
    100 %numprocs          4                                          ibmh parallel
    101 #%tmp_data_catalog  /fastfs/work/<replace by your HLRN username>/palm_restart_data    ibmh parallel
    102 #%email_notification  <replace by your email addres>          ibmh parallel
    103 #
    104 #%remote_username   <replace by your HLRN username>           ibmh parallel debug
    105 %compiler_name     mpxlf95_r                                  ibmh parallel debug
    106 %compiler_name_ser xlf95                                      ibmh parallel debug
    107 %cpp_options       -qsuffix=cpp=f90:-WF,-DMPI_REAL=MPI_DOUBLE_PRECISION,-D__netcdf=__netcdf,-D__netcdf_64bit=__netcdf_64bit  ibmh parallel debug
    108 %netcdf_inc        -I:/aws/dataformats/netcdf-3.6.0-p1/64-32/include-64 ibmh parallel debug
    109 %netcdf_lib        -L/aws/dataformats/netcdf-3.6.0-p1/64-32/lib:-lnetcdf        ibmh parallel debug
    110 %fopts             -qnoopt:-g:-C:-qinitauto=FFFFFFFF:-qrealsize=8:-Q:-q64:-qmaxmem=-1:-qnosave:-qnoescape:-qflttrap=overflow::zerodivide::invalid::enable:-qsigtrap    ibmh parallel debug
    111 %lopts             -qnoopt:-g:-C:-qinitauto=FFFFFFFF:-qrealsize=8:-Q:-q64:-qmaxmem=-1:-qnosave:-qnoescape:-qflttrap=overflow::zerodivide::invalid::enable:-qsigtrap:-lesslsmp  ibmh parallel debug
    112 %memory            1000                                       ibmh parallel debug
    113 %cpumax            1000                                       ibmh parallel debug
    114 %numprocs          4                                          ibmh parallel debug
    115 #%tmp_data_catalog  /fastfs/work/<replace by your HLRN username>/palm_restart_data    ibmh parallel debug
    116 #
    117 #%remote_username   <replace by your HLRN username>           ibmb parallel
    118 %compiler_name     mpxlf95_r                                  ibmb parallel
    119 %compiler_name_ser xlf95                                      ibmb parallel
    120 %cpp_options       -qsuffix=cpp=f90:-WF,-DMPI_REAL=MPI_DOUBLE_PRECISION,-D__netcdf=__netcdf,-D__netcdf_64bit=__netcdf_64bit  ibmb parallel
    121 %netcdf_inc        -I:/aws/dataformats/netcdf-3.6.0-p1/64-32/include-64 ibmb parallel
    122 %netcdf_lib        -L/aws/dataformats/netcdf-3.6.0-p1/64-32/lib:-lnetcdf        ibmb parallel
    123 %fopts             -O3:-g:-qfloat=nomaf:-qrealsize=8:-Q:-q64:-qmaxmem=-1:-qtune=pwr4:-qarch=pwr4:-qnosave:-qnoescape    ibmb parallel
    124 %lopts             -O3:-g:-qfloat=nomaf:-qrealsize=8:-Q:-q64:-qmaxmem=-1:-qtune=pwr4:-qarch=pwr4:-qnosave:-qnoescape:-lesslsmp  ibmb parallel
    125 %memory            1630                                       ibmb parallel
    126 %cpumax            1000                                       ibmb parallel
    127 %numprocs          4                                          ibmb parallel
    128 #%tmp_data_catalog  /fastfs/work/<replace by your HLRN username>/palm_restart_data    ibmb parallel
    129 #
    130 #%remote_username   <replace by your DKRZ username>           nech parallel
    131 %compiler_name     sxmpif90                                   nech parallel
    132 %compiler_name_ser sxf90                                      nech parallel
    133 %cpp_options       -Ep:-DMPI_REAL=MPI_REAL8:-DMPI_2REAL=MPI_2REAL8:-DSCFFT=DZFFT:-DCSFFT=ZDFFT:-D__netcdf:-D__netcdf_64bit  nech parallel
    134 %netcdf_inc        -I:/pool/SX-6/netcdf/netcdf-3.6.0-p1/include  nech parallel
    135 %netcdf_lib        -L/pool/SX-6/netcdf/netcdf-3.6.0-p1/lib:-lnetcdf  nech parallel
    136 %fopts             -C:hopt:-Wf:\'-init:stack=nan:-init:heap=nan:-A:idbl4:-pvctl:fullmsg\':-ftrace:-P:stack:-pi:auto:-pi:line=1000  nech parallel
    137 %lopts             -C:hopt:-Wf:\'-init:stack=nan:-init:heap=nan:-A:idbl4\':-ftrace:-P:stack:-pi:auto:-pi:line=1000:-L/SX/opt/MathKeisan/MK1_6/lib/:-l:fft  nech parallel
    138 %memory            4000                                       nech parallel
    139 %cpumax            1000                                       nech parallel
    140 %numprocs          4                                          nech parallel
    141 %tmp_data_catalog  $WRKSHR/palm_restart_data                  nech parallel
    142 #%email_notification  <replace by your email addres>          nech parallel
    143 #
    144 #%remote_username   <replace by your NEC-username>             neck parallel
    145 %compiler_name     sxmpif90                                   neck parallel
    146 %compiler_name_ser sxf90                                      neck parallel
    147 %cpp_options       -Ep:-DMPI_REAL=MPI_REAL8:-DMPI_2REAL=MPI_2REAL8:-DSCFFT=DZFFT:-DCSFFT=ZDFFT:-D__netcdf:-D__netcdf_64bit  neck parallel
    148 %netcdf_inc        -I:/home/DSRC/NC/tatuyama/pub/netcdf-3.6.0-p1/include  neck parallel
    149 %netcdf_lib        -L/home/DSRC/NC/tatuyama/pub/netcdf-3.6.0-p1/lib:-lnetcdf  neck parallel
    150 %dvrp_inc          -I/home/DSRC/NC/tatuyama/pub/dvrp          neck parallel
    151 %dvrp_lib          -L/home/DSRC/NC/tatuyama/pub/dvrp:-lDVRP2:-lftp  neck parallel
    152 %fopts             -C:hopt:-Wf:\'-init:stack=nan:-init:heap=nan:-A:idbl4:-pvctl:fullmsg\':-ftrace:-P:stack:-pi:auto:-pi:line=1000  neck parallel
    153 %lopts             -C:hopt:-Wf:\'-init:stack=nan:-init:heap=nan:-A:idbl4\':-ftrace:-P:stack:-pi:auto:-pi:line=1000:-L/SX/opt/MathKeisan/MK1_6/lib/:-l:fft  neck parallel
    154 %memory            4000                                       neck parallel
    155 %cpumax            1000                                       neck parallel
    156 %numprocs          4                                          neck parallel
    157 #%tmp_user_catalog  <replace by your temporary directory>     neck parallel
    158 #%tmp_data_catalog  <replace by your temp. dir.>/palm_restart_data   neck parallel
    159 #
    160 %source_path       $base_directory/SOURCE                     ibmy parallel
    161 %compiler_name     mpxlf95_r                                  ibmy parallel
    162 %compiler_name_ser xlf95                                      ibmy parallel
    163 %fopts             -O3:-g:-qrealsize=8:-Q:-q64:-qmaxmem=-1:-qtune=pwr4:-qarch=pwr4:-qnosave:-qnoescape    ibmy parallel
    164 %lopts             -O3:-g:-qrealsize=8:-Q:-q64:-qmaxmem=-1:-qtune=pwr4:-qarch=pwr4:-qnosave:-qnoescape    ibmy parallel
    165 %memory            1000                                       ibmy parallel
    166 %cpumax            1000                                       ibmy parallel
    167 %numprocs          4                                          ibmy parallel
    168 %remote_username   raasch                                     ibmy parallel
    169 %tmp_data_catalog  /usr1/users/raasch/work                    ibmy parallel
    170 %tmp_user_catalog  /usr1/users/raasch/work                    ibmy parallel
    171 %email_notification  raasch@muk.uni-hannover.de               ibmy parallel
    172 #
    173 %compiler_name     mpxlf95_r                                  ibmy parallel trace
    174 %compiler_name_ser xlf95                                      ibmy parallel trace
    175 %cpp_options       -Ep:-DMPI_REAL=MPI_REAL8:-DMPI_2REAL=MPI_2REAL8:-DSCFFT=DZFFT:-DCSFFT=ZDFFT:-D__netcdf:-D__netcdf_64bit  nech parallel
    176 %fopts             -qnoopt:-g:-C:-qinitauto=FFFFFFFF:-qrealsize=8:-Q:-q64:-qmaxmem=-1:-qnosave:-qnoescape:-qflttrap=overflow::zerodivide::invalid::enable:-qsigtrap  ibmy parallel trace
    177 %lopts             -qnoopt:-g:-C:-qinitauto=FFFFFFFF:-qrealsize=8:-Q:-q64:-qmaxmem=-1:-qnosave:-qnoescape:-qflttrap=overflow::zerodivide::invalid::enable:-qsigtrap  ibmy parallel trace
    178 %memory            1000                                       ibmy parallel trace
    179 %cpumax            1000                                       ibmy parallel trace
    180 %numprocs          4                                          ibmy parallel trace
    181 %remote_username   raasch                                     ibmy parallel trace
    182 %tmp_data_catalog  /usr1/users/raasch/work                    ibmy parallel trace
    183 %tmp_user_catalog  /usr1/users/raasch/work                    ibmy parallel trace
    184 %email_notification  raasch@muk.uni-hannover.de               ibmy parallel trace
     30%tmp_user_catalog  /tmp                                          <hi> parallel
     31%compiler_name     mpif90                                        <hi> parallel
     32%compiler_name_ser ifort                                         <hi> parallel
     33%cpp_options       -D__mpi2:-DMPI_REAL=MPI_DOUBLE_PRECISION:-DMPI_2REAL=MPI_2DOUBLE_PRECISION:-D__netcdf:-D__netcdf_64bit:-D__intel_openmp_bug   <hi> parallel
     34%netcdf_inc        -I:<replace by netcdf include path>           <hi> parallel
     35%netcdf_lib        -L<replace by netcdf library path>:-lnetcdf   <hi> parallel
     36%fopts             -axW:-cpp:-openmp:-r8:-nbs:-convert:little_endian:-I:<replace by mpi include path>   <hi> parallel
     37%lopts             -axW:-cpp:-openmp:-r8:-nbs:-Vaxlib:-L:<replace by mpi library path>                  <hi> parallel
     38# if you want to use your own hostfile, uncomment next line
     39#%hostfile          $base_directory/.hostfile                    <hi> parallel
     40# if you want this host to be used as a remote host, uncomment next line
     41#%remote_username   <replace by your username on this host>      <hi> parallel
    18542#
    18643%write_binary                true                             restart
     
    18946# INPUT-commands, executed before running PALM - lines must start with "IC:"
    19047#----------------------------------------------------------------------------
    191 #IC:[[ \$( echo \$localhost | cut -c1-3 ) = t3e ]]  &&  assign -F cachea:512:1:1 f:BININ
     48#IC:
    19249#
    19350#----------------------------------------------------------------------------
    19451# ERROR-commands - executed when program terminates abnormally
    19552#----------------------------------------------------------------------------
    196 EC:[[ \$locat = compile && ( \$( echo \$localhost | cut -c1-3 ) = t3e ) ]]  &&  cat  cflist.out
    19753EC:[[ \$locat = execution ]]  &&  cat  RUN_CONTROL
    198 EC:[[ \$locat = execution ]]  &&  cat  PARTICLE_INFOS/*
    199 EC:[[ \$( echo \$localhost | cut -c1-3 ) = t3e ]]  &&  ls -al
    200 EC:[[ \$( echo \$localhost | cut -c1-3 ) = ibm ]]  &&  ls -al
     54EC:pwd; ls -al
    20155#
    20256#----------------------------------------------------------------------------
     
    20458#----------------------------------------------------------------------------
    20559#
    206 OC:[[ -f CPU_MEASURES/_0000 ]]  &&  cat  CPU_MEASURES/* >> CPU_MEASURE_ALL
    20760# Combine 1D- and 3D-profile output (these files are not usable for plotting)
    20861OC:[[ -f LIST_PROFIL_1D     ]]  &&  cat  LIST_PROFIL_1D  >>  LIST_PROFILE
     
    21265OC:[[ -f PARTICLE_INFOS/_0000 ]]  &&  cat  PARTICLE_INFOS/* >> PARTICLE_INFO
    21366#
    214 # Extend number of files to be opened simultaneously (sometimes necessary
    215 # for combine_plot_fields
    216 #OC:[[ \$( echo \$localhost | cut -c1-3 ) = t3e ]]  &&  limit -v -f 255 -p 0
    217 #
    218 # Combine the 2D- and 3D-plot-data of the subdomains (one file per PE) to
    219 # one file respectively
    220 OC:[[ \$( echo \$localhost | cut -c1-3 ) = t3e ]]  &&  combine_plot_fields.x
    221 OC:[[ \$( echo \$localhost | cut -c1-3 ) = ibm ]]  &&  combine_plot_fields.x
    222 OC:[[ \$( echo \$localhost | cut -c1-3 ) = nec ]]  &&  combine_plot_fields.x
    223 OC:[[ \$( echo \$localhost | cut -c1-3 ) = dec ]]  &&  combine_plot_fields.x
    224 OC:[[ \$( echo \$localhost | cut -c1-2 ) = lc  ]]  &&  combine_plot_fields.x
    225 #
    226 # Combine parameter files necessary for plot software (iso2d + AVS)
    227 OC:[[ -f PLOT2D_XY_GLOBAL   ]]  &&  cat  PLOT2D_XY_LOCAL >> PLOT2D_XY_GLOBAL
    228 OC:[[ -f PLOT2D_XZ_GLOBAL   ]]  &&  cat  PLOT2D_XZ_LOCAL >> PLOT2D_XZ_GLOBAL
    229 OC:[[ -f PLOT2D_YZ_GLOBAL   ]]  &&  cat  PLOT2D_YZ_LOCAL >> PLOT2D_YZ_GLOBAL
    230 OC:[[ -f PLOT3D_FLD         ]]  &&  cat  PLOT3D_FLD_COOR >> PLOT3D_FLD
    231 #
    232 # tar all 3D-plot-data files in case that compressed output is switched on
    233 OC:[[ -f PLOT3D_COMPRESSED  ]]  &&  tar cf  PLOT3D_DATA  PLOT3D_DATA_*
     67# Collect plot data (2d/3d) into one file
     68OC:combine_plot_fields.x
    23469#
    23570#----------------------------------------------------------------------------
     
    26499CPU_MEASURES      out:loc:tr   d3#     $base_data/$fname/MONITORING  _cpu
    265100CPU_MEASURES      out:loc:tra  d3f     $base_data/$fname/MONITORING  _cpu
    266 DVRP_LOG          out:loc:tr   dv#     $base_data/$fname/MONITORING  _dvrp_log
    267 DVRP_LOG          out:loc:tra  dvf     $base_data/$fname/MONITORING  _dvrp_log
    268 PARTICLE_INFO     out:loc:tr   pt#     $base_data/$fname/MONITORING  _prt_info
    269 PARTICLE_INFO     out:loc:tra  ptf     $base_data/$fname/MONITORING  _prt_info
    270101#
    271102DATA_1D_PR_NETCDF    out:loc:tr   pr#:prf   $base_data/$fname/OUTPUT  _pr     nc
    272 #DATA_1D_PR_NETCDF    out:loc      pr#:prf   $base_data/$fname/OUTPUT  _pr     nc
    273103DATA_1D_SP_NETCDF    out:loc:tr   sp#:spf   $base_data/$fname/OUTPUT  _sp     nc
    274104DATA_1D_TS_NETCDF    out:loc:tr   ts#:tsf   $base_data/$fname/OUTPUT  _ts     nc
     
    285115DATA_PRT_NETCDF      out:loc:trpe prt#:prtf $base_data/$fname/OUTPUT  _prt    nc
    286116#
    287 PLOT3D_FLD        out:loc:tr   avs     $base_data/$fname/OUTPUT      _fld  fld
    288 PLOT3D_COOR       out:loc:tr   avs     $base_data/$fname/OUTPUT      _avscor
    289 PLOT3D_DATA       out:loc:tr   avs     $base_data/$fname/OUTPUT      _avs
    290 PARTICLE_DATA     out:loc:flpe prt#:prtf $base_data/$fname/OUTPUT    _prt_dat
     117DVRP_LOG          out:loc:tr   dv#       $base_data/$fname/MONITORING  _dvrp_log
     118DVRP_LOG          out:loc:tra  dvf       $base_data/$fname/MONITORING  _dvrp_log
     119PARTICLE_INFO     out:loc:tr   pt#       $base_data/$fname/MONITORING  _prt_info
     120PARTICLE_INFO     out:loc:tra  ptf       $base_data/$fname/MONITORING  _prt_info
     121PARTICLE_DATA     out:loc:flpe prt#:prtf $base_data/$fname/OUTPUT      _prt_dat
    291122
  • palm/trunk/SCRIPTS/mrun

    r223 r246  
    168168     # 13/01/09 - Siggi  - totalview on hice/bice can be used in debug mode
    169169     #                     using environment variable totalview
     170     # 25/02/09 - Siggi  - cputime-option (-t) is allowed to be omitted for
     171     #                     interactive runs
    170172
    171173
     
    253255    echo "+++ WARNING: return_addres changed to $return_addres !!!!!"
    254256 fi
    255 # if [[ $return_addres = 210.117.65.1 ]]
    256 # if [[ $(nslookup `hostname` 2>&1 | grep -c 210.117.65.1) = 1 ]]
    257 # then
    258 #    [[ $localhost_realname = gfdl3.yonsei.ac.kr ]]  &&  return_addres=165.132.26.56
    259 # fi
    260257 return_password=""
    261258 return_username=$LOGNAME
     
    19731970    if (( $cputime == 0 ))
    19741971    then
    1975        printf "\n  +++ cpu-time is undefined"
    1976        printf "\n  >>> Please type CPU-time in seconds as INTEGER:"
    1977        printf "\n  >>> "
    1978        read  cputime  1>/dev/null  2>&1
     1972       if [[ $do_batch = true ]]
     1973       then
     1974          printf "\n  +++ cpu-time is undefined"
     1975          printf "\n  >>> Please type CPU-time in seconds as INTEGER:"
     1976          printf "\n  >>> "
     1977          read  cputime  1>/dev/null  2>&1
     1978       else
     1979          cputime=10000000   # NO CPU LIMIT FOR INTERACTIVE RUNS
     1980       fi
    19791981    else
    19801982       done=true
     
    30113013             (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
    30123014             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
    3013              echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
     3015#             echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
    30143016             if [[ $threads_per_task != 1 ]]
    30153017             then
  • palm/trunk/SOURCE/CURRENT_MODIFICATIONS

    r241 r246  
    11New:
    22---
     3Clipping of dvrp output implemented. (init_dvrp, data_output_dvrp,
     4user_data_output_dvrp)
    35
    46Polygon reduction for topography and ground plate isosurface. Reduction level
     
    1517write_var_list)
    1618
    17 check_parameters, init_dvrp, init_grid, init_3d_model, header, modules, package_parin, parin, prognostic_equations, read_var_list, user_check_parameters, user_header, user_init_grid, write_var_list
     19check_parameters, data_output_dvrp, init_dvrp, init_grid, init_3d_model, header, modules, package_parin, parin, prognostic_equations, read_var_list, user_check_parameters, user_data_output_dvrp, user_header, user_init_grid, write_var_list
    1820
    1921
  • palm/trunk/SOURCE/data_output_dvrp.f90

    r242 r246  
    7474    USE cloud_parameters
    7575    USE constants
     76    USE control_parameters
    7677    USE cpulog
    7778    USE DVRP
     
    8384    USE particle_attributes
    8485    USE pegrid
    85     USE control_parameters
    8686
    8787    IMPLICIT NONE
     
    165165!--       If clipping is active and if this subdomain is clipped, find out the
    166166!--       number of particles and tails to be plotted; otherwise, all
    167 !--       particles/tails are plotted
     167!--       particles/tails are plotted. dvrp_mask is used to mark the partikles.
    168168          IF ( .NOT. use_particle_tails )  THEN
    169169             ALLOCATE( dvrp_mask(number_of_particles) )
     
    299299!
    300300!--       Create an intermediate array, properly dimensioned for plot-output
    301           ALLOCATE( local_pf(nxl:nxr+1,nys:nyn+1,nzb:nz_do3d) )
     301          ALLOCATE( local_pf(nxl_dvrp:nxr_dvrp+1,nys_dvrp:nyn_dvrp+1, &
     302                             nzb:nz_do3d) )
    302303
    303304!
    304305!--       Move original array to intermediate array
    305           SELECT CASE ( output_variable )
    306 
    307              CASE ( 'u', 'u_xy', 'u_xz', 'u_yz' )
    308                 DO  i = nxl, nxr+1
    309                    DO  j = nys, nyn+1
    310                       DO  k = nzb, nz_do3d
    311                          local_pf(i,j,k) = u(k,j,i)
    312                       ENDDO
    313                    ENDDO
    314                 ENDDO
    315 !
    316 !--             Replace mirrored values at lower surface by real surface values
    317                 IF ( output_variable == 'u_xz'  .OR. &
    318                      output_variable == 'u_yz' )  THEN
    319                    IF ( ibc_uv_b == 0 )  local_pf(:,:,nzb) = 0.0
    320                 ENDIF
    321 
    322 
    323              CASE ( 'v', 'v_xy', 'v_xz', 'v_yz' )
    324                 DO  i = nxl, nxr+1
    325                    DO  j = nys, nyn+1
    326                       DO  k = nzb, nz_do3d
    327                          local_pf(i,j,k) = v(k,j,i)
    328                       ENDDO
    329                    ENDDO
    330                 ENDDO
    331 !
    332 !--             Replace mirrored values at lower surface by real surface values
    333                 IF ( output_variable == 'v_xz'  .OR. &
    334                      output_variable == 'v_yz' )  THEN
    335                    IF ( ibc_uv_b == 0 )  local_pf(:,:,nzb) = 0.0
    336                 ENDIF
    337 
    338              CASE ( 'w', 'w_xy', 'w_xz', 'w_yz' )
    339                 DO  i = nxl, nxr+1
    340                    DO  j = nys, nyn+1
    341                       DO  k = nzb, nz_do3d
    342                          local_pf(i,j,k) = w(k,j,i)
    343                       ENDDO
    344                    ENDDO
    345                 ENDDO
     306          IF ( dvrp_overlap )  THEN
     307
     308             SELECT CASE ( output_variable )
     309
     310                CASE ( 'u', 'u_xy', 'u_xz', 'u_yz' )
     311                   DO  i = nxl_dvrp, nxr_dvrp+1
     312                      DO  j = nys_dvrp, nyn_dvrp+1
     313                         DO  k = nzb, nz_do3d
     314                            local_pf(i,j,k) = u(k,j,i)
     315                         ENDDO
     316                      ENDDO
     317                   ENDDO
     318!
     319!--                Replace mirrored values at lower surface by real surface
     320!--                values
     321                   IF ( output_variable == 'u_xz'  .OR. &
     322                        output_variable == 'u_yz' )  THEN
     323                      IF ( ibc_uv_b == 0 )  local_pf(:,:,nzb) = 0.0
     324                   ENDIF
     325
     326
     327                CASE ( 'v', 'v_xy', 'v_xz', 'v_yz' )
     328                   DO  i = nxl_dvrp, nxr_dvrp+1
     329                      DO  j = nys_dvrp, nyn_dvrp+1
     330                         DO  k = nzb, nz_do3d
     331                            local_pf(i,j,k) = v(k,j,i)
     332                         ENDDO
     333                      ENDDO
     334                   ENDDO
     335!
     336!--                Replace mirrored values at lower surface by real surface
     337!--                values
     338                   IF ( output_variable == 'v_xz'  .OR. &
     339                        output_variable == 'v_yz' )  THEN
     340                      IF ( ibc_uv_b == 0 )  local_pf(:,:,nzb) = 0.0
     341                   ENDIF
     342
     343                CASE ( 'w', 'w_xy', 'w_xz', 'w_yz' )
     344                   DO  i = nxl_dvrp, nxr_dvrp+1
     345                      DO  j = nys_dvrp, nyn_dvrp+1
     346                         DO  k = nzb, nz_do3d
     347                            local_pf(i,j,k) = w(k,j,i)
     348                         ENDDO
     349                      ENDDO
     350                   ENDDO
    346351! Averaging for Langmuir circulation
    347 !                DO  k = nzb, nz_do3d
    348 !                   DO  j = nys+1, nyn
    349 !                      DO  i = nxl, nxr+1
    350 !                         local_pf(i,j,k) = 0.25 * local_pf(i,j-1,k) + &
    351 !                                           0.50 * local_pf(i,j,k)   + &
    352 !                                           0.25 * local_pf(i,j+1,k)
     352!                   DO  k = nzb, nz_do3d
     353!                      DO  j = nys_dvrp+1, nyn_dvrp
     354!                         DO  i = nxl_dvrp, nxr_dvrp+1
     355!                            local_pf(i,j,k) = 0.25 * local_pf(i,j-1,k) + &
     356!                                              0.50 * local_pf(i,j,k)   + &
     357!                                              0.25 * local_pf(i,j+1,k)
     358!                         ENDDO
    353359!                      ENDDO
    354360!                   ENDDO
    355 !                ENDDO
    356 
    357              CASE ( 'p', 'p_xy', 'p_xz', 'p_yz' )
    358                 DO  i = nxl, nxr+1
    359                    DO  j = nys, nyn+1
    360                       DO  k = nzb, nz_do3d
    361                          local_pf(i,j,k) = p(k,j,i)
    362                       ENDDO
    363                    ENDDO
    364                 ENDDO
    365 
    366              CASE ( 'pt', 'pt_xy', 'pt_xz', 'pt_yz' )
    367                 IF ( .NOT. cloud_physics ) THEN
    368                    DO  i = nxl, nxr+1
    369                       DO  j = nys, nyn+1
     361
     362                CASE ( 'p', 'p_xy', 'p_xz', 'p_yz' )
     363                   DO  i = nxl_dvrp, nxr_dvrp+1
     364                      DO  j = nys_dvrp, nyn_dvrp+1
    370365                         DO  k = nzb, nz_do3d
    371                             local_pf(i,j,k) = pt(k,j,i)
    372                          ENDDO
    373                       ENDDO
    374                    ENDDO
    375                 ELSE
    376                    DO  i = nxl, nxr+1
    377                       DO  j = nys, nyn+1
    378                          DO  k = nzb, nz_do3d
    379                             local_pf(i,j,k) = pt(k,j,i) + l_d_cp * pt_d_t(k) * &
    380                                                           ql(k,j,i)
    381                          ENDDO
    382                       ENDDO
    383                    ENDDO
    384                 ENDIF
    385 
    386              CASE ( 'q', 'q_xy', 'q_xz', 'q_yz' )
    387                 IF ( humidity  .OR.  passive_scalar )  THEN
    388                    DO  i = nxl, nxr+1
    389                       DO  j = nys, nyn+1
    390                          DO  k = nzb, nz_do3d
    391                             local_pf(i,j,k) = q(k,j,i)
    392                          ENDDO
    393                       ENDDO
    394                    ENDDO           
    395                 ELSE
    396                    IF ( myid == 0 )  THEN
    397                       PRINT*, '+++ data_output_dvrp: if humidity/passive_scalar = ', &
    398                               'FALSE output of ', output_variable,            &
    399                               'is not provided'
     366                            local_pf(i,j,k) = p(k,j,i)
     367                         ENDDO
     368                      ENDDO
     369                   ENDDO
     370
     371                CASE ( 'pt', 'pt_xy', 'pt_xz', 'pt_yz' )
     372                   IF ( .NOT. cloud_physics ) THEN
     373                      DO  i = nxl_dvrp, nxr_dvrp+1
     374                         DO  j = nys_dvrp, nyn_dvrp+1
     375                            DO  k = nzb, nz_do3d
     376                               local_pf(i,j,k) = pt(k,j,i)
     377                            ENDDO
     378                         ENDDO
     379                      ENDDO
     380                   ELSE
     381                      DO  i = nxl_dvrp, nxr_dvrp+1
     382                         DO  j = nys_dvrp, nyn_dvrp+1
     383                            DO  k = nzb, nz_do3d
     384                               local_pf(i,j,k) = pt(k,j,i) + l_d_cp * &
     385                                                 pt_d_t(k) * ql(k,j,i)
     386                            ENDDO
     387                         ENDDO
     388                      ENDDO
    400389                   ENDIF
    401                 ENDIF
     390
     391                CASE ( 'q', 'q_xy', 'q_xz', 'q_yz' )
     392                   IF ( humidity  .OR.  passive_scalar )  THEN
     393                      DO  i = nxl_dvrp, nxr_dvrp+1
     394                         DO  j = nys_dvrp, nyn_dvrp+1
     395                            DO  k = nzb, nz_do3d
     396                               local_pf(i,j,k) = q(k,j,i)
     397                            ENDDO
     398                         ENDDO
     399                      ENDDO           
     400                   ELSE
     401                      IF ( myid == 0 )  THEN
     402                         PRINT*, '+++ data_output_dvrp: if humidity/passive_scalar = ', &
     403                                 'FALSE output of ', output_variable,            &
     404                                 'is not provided'
     405                      ENDIF
     406                   ENDIF
    402407             
    403              CASE ( 'ql', 'ql_xy', 'ql_xz', 'ql_yz' )
    404                 IF ( cloud_physics  .OR.  cloud_droplets )  THEN
    405                    DO  i = nxl, nxr+1
    406                       DO  j = nys, nyn+1
    407                          DO  k = nzb, nz_do3d
    408                             local_pf(i,j,k) = ql(k,j,i)
    409                          ENDDO
    410                       ENDDO
    411                    ENDDO
    412                 ELSE
    413                    IF ( myid == 0 ) THEN
    414                       PRINT*, '+++ data_output_dvrp: if cloud_physics = FALSE ', &
    415                               'output of ', output_variable, 'is not provided'
     408                CASE ( 'ql', 'ql_xy', 'ql_xz', 'ql_yz' )
     409                   IF ( cloud_physics  .OR.  cloud_droplets )  THEN
     410                      DO  i = nxl_dvrp, nxr_dvrp+1
     411                         DO  j = nys_dvrp, nyn_dvrp+1
     412                            DO  k = nzb, nz_do3d
     413                               local_pf(i,j,k) = ql(k,j,i)
     414                            ENDDO
     415                         ENDDO
     416                      ENDDO
     417                   ELSE
     418                      IF ( myid == 0 ) THEN
     419                         PRINT*, '+++ data_output_dvrp: if cloud_physics = FALSE ', &
     420                                 'output of ', output_variable, 'is not provided'
     421                      ENDIF
    416422                   ENDIF
    417                 ENDIF
    418 
    419              CASE ( 'u*_xy' )
    420                 DO  i = nxl, nxr+1
    421                    DO  j = nys, nyn+1
    422                       local_pf(i,j,nzb+1) = us(j,i)
    423                    ENDDO
    424                 ENDDO
    425                 slicer_position = zu(nzb+1)
    426 
    427              CASE ( 't*_xy' )
    428                 DO  i = nxl, nxr+1
    429                    DO  j = nys, nyn+1
    430                       local_pf(i,j,nzb+1) = ts(j,i)
    431                    ENDDO
    432                 ENDDO
    433                 slicer_position = zu(nzb+1)
    434 
    435 
    436              CASE DEFAULT
    437 !
    438 !--             The DEFAULT case is reached either if output_variable contains
    439 !--             unsupported variable or if the user has coded a special case in
    440 !--             the user interface. There, the subroutine user_data_output_dvrp
    441 !--             checks which of these two conditions applies.
    442                 CALL user_data_output_dvrp( output_variable, local_pf )
    443 
    444 
    445           END SELECT
    446 
     423
     424                CASE ( 'u*_xy' )
     425                   DO  i = nxl_dvrp, nxr_dvrp+1
     426                      DO  j = nys_dvrp, nyn_dvrp+1
     427                         local_pf(i,j,nzb+1) = us(j,i)
     428                      ENDDO
     429                   ENDDO
     430                   slicer_position = zu(nzb+1)
     431
     432                CASE ( 't*_xy' )
     433                   DO  i = nxl_dvrp, nxr_dvrp+1
     434                      DO  j = nys_dvrp, nyn_dvrp+1
     435                         local_pf(i,j,nzb+1) = ts(j,i)
     436                      ENDDO
     437                   ENDDO
     438                   slicer_position = zu(nzb+1)
     439
     440
     441                CASE DEFAULT
     442!
     443!--                The DEFAULT case is reached either if output_variable
     444!--                contains unsupported variable or if the user has coded a
     445!--                special case in the user interface. There, the subroutine
     446!--                user_data_output_dvrp checks which of these two conditions
     447!--                applies.
     448                   CALL user_data_output_dvrp( output_variable, local_pf )
     449
     450
     451             END SELECT
     452
     453          ENDIF
    447454
    448455          IF ( mode_dvrp(m)(1:10) == 'isosurface' )  THEN
     
    489496             CALL DVRP_THRESHOLD( -(m-1)-1, tmp_c_alpha )
    490497
    491              tmp_th = threshold(tv)
     498             IF ( dvrp_overlap )  THEN
     499                tmp_th = threshold(tv)
     500             ELSE
     501                tmp_th = 1.0   ! nothing is plotted because array values are 0
     502             ENDIF
     503
    492504             CALL DVRP_THRESHOLD( m-1, tmp_th )
    493505             CALL DVRP_VISUALIZE( m-1, 21, dvrp_filecount )
  • palm/trunk/SOURCE/user_data_output_dvrp.f90

    r226 r246  
    44! Actual revisions:
    55! -----------------
    6 !
     6! Clipping implemented
    77!
    88! Former revisions:
     
    1919
    2020    USE control_parameters
     21    USE dvrp_variables
    2122    USE indices
    2223    USE pegrid
     
    2930    INTEGER ::  i, j, k
    3031
    31     REAL, DIMENSION(nxl:nxr+1,nys:nyn+1,nzb:nz_do3d) ::  local_pf
     32    REAL, DIMENSION(nxl_dvrp:nxr_dvrp+1,nys_dvrp:nyn_dvrp+1,nzb:nz_do3d) ::  &
     33                                                                       local_pf
    3234
    3335!
     
    4244!!--       Here the user can add user_defined output quantities.
    4345!!--       Uncomment and extend the following lines, if necessary.
    44 !          DO  i = nxl, nxr+1
    45 !             DO  j = nys, nyn+1
     46!          DO  i = nxl_dvrp, nxr_dvrp+1
     47!             DO  j = nys_dvrp, nyn_dvrp+1
    4648!                DO  k = nzb, nz_do3d
    4749!                   local_pf(i,j,k) = u2(k,j,i)
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.