Home


About us
PALM
PALM-4U
Installation
Release notes
Documentation
Getting Help
Gallery
Developers area

Ignore:
Timestamp:
Jun 7, 2017 2:07:05 PM (7 years ago)
Author:
witha
Message:

Bugfix in PALM-WTM, modifications for lceddy

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • palm/trunk/SCRIPTS/subjob

    r2188 r2257  
    2828# -----------------
    2929# $Id$
     30# adjustments for lceddy, removed lcflow-specific code
     31#
     32# 2188 2017-03-21 06:42:42Z raasch
    3033#
    3134# 2187 2017-03-21 06:41:25Z raasch
    … …  
    230233     (cs*)                   local_address=136.172.44.131; local_host=nech;;
    231234     (elephanta)             local_address=130.75.105.6;   local_host=lcmuk;;
    232      (flow01)                local_address=10.141.255.71;  local_host=lcflow;;
    233      (flow02)                local_address=10.141.255.72;  local_host=lcflow;;
     235     (hpcl*)                 local_address=eddy.hpc.uni-oldenburg.de; local_host=lceddy;;
     236     (cfd*)                  local_address=eddy.hpc.uni-oldenburg.de; local_host=lceddy;;
    234237     (node*)                 local_address=165.132.26.61   local_host=lck;;
    235238   #  (node*)                 local_address=210.219.61.8    local_host=lckordi;;
    … …  
    404407        (lccrayh) queue=mpp1testq; remote_address=130.75.4.1; submcom="/opt/moab/default/bin/msub -E";;
    405408        (lccrayf) queue=small; remote_address=86.50.166.21; submcom=/opt/slurm/default/bin/sbatch;;
    406         (lcflow)  remote_address=10.140.1.72; submcom=qsub;;
     409        (lceddy)  remote_address=eddy.hpc.uni-oldenburg.de; submcom=sbatch;;
    407410        (lckyoto) remote_address=133.3.51.11; submcom=/thin/local/bin/qsub;;
    408411        (lck)     remote_address=165.132.26.61; submcom=/usr/torque/bin/qsub;;
    … …  
    466469                     (*)                                     error=true;;
    467470                 esac;;
    468         (lcflow) case  $ndq  in
    469                      (cfd_lom_long.q|cfd_him_long.q|cfd_lom_serl.q|cfd_lom_shrt.q|cfd_him_shrt.q|cfd_ivy_shrt.q)  error=false;;
     471        (lceddy) case  $ndq  in
     472                     (eddy.p|cfdh.p|cfdl.p|carl.p|mpcs.p|mpcl.p|mpcb.p|all_nodes.p)  error=false;;
    470473                     (*)                                     error=true;;
    471474                 esac;;
    … …  
    924927    fi
    925928
    926  elif [[ $remote_host = lcflow ]]
    927  then
    928     if [[ $numprocs != 0 ]]
    929     then
    930       pe_set="#$ -pe impi $numprocs"
    931     else
    932       pe_set="#$ -pe impi 1"
    933     fi
    934     if [[ $queue = default ]]
    935     then
    936       queue_set=""
    937     else
    938       queue_set="#$ -q $queue"
    939     fi
    940     [[ "$disc_space" = "" ]]  &&  disc_space=50
    941 
    942        cat > $job_to_send << %%END%%
     929
     930
     931 elif [[ $remote_host = lceddy ]]
     932 then
     933    cat > $job_to_send << %%END%%
    943934#!/bin/bash
    944 #$ -S /bin/bash
    945 #$ -N $job_name
    946 #$ -cwd
    947 #$ -l h_rt=$timestring
    948 #$ -l h_vmem=${memory}M
    949 #$ -o $remote_dayfile
    950 #$ -j y
    951 $pe_set
    952 #$ -R y
    953 #$ -l h_fsize=${disc_space}G
    954 $queue_set
     935#SBATCH -J $job_name
     936#SBATCH -t $timestring
     937#SBATCH -n $numprocs
     938#SBATCH -N $nodes
     939#SBATCH --cpus-per-task 1
     940#SBATCH -p $queue
     941#SBATCH -o $remote_dayfile
     942#SBATCH -e $remote_dayfile
     943#SBATCH --mem-per-cpu $memory
     944#SBATCH --exclusive
     945
     946module load PALMDependencies/.gcc
     947
     948$init_cmds
     949$module_calls
    955950
    956951%%END%%
    … …  
    12881283    echo "trap '"                               >>  $job_to_send
    12891284    echo "set +vx"                              >>  $job_to_send
    1290     if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm  ||  $remote_host = lcbullhh  ||  $remote_host = lccrayb  ||  $remote_host = lccrayh  ||  $(echo $remote_host | cut -c1-3) = nec  ||  $remote_host = lcflow  ||  $remote_host = lckiaps  ||  $remote_host = lckyu* || $remote_host = lcxe6  ||  $remote_host = lcocean ]]
     1285    if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm  ||  $remote_host = lcbullhh  ||  $remote_host = lccrayb  ||  $remote_host = lccrayh  ||  $(echo $remote_host | cut -c1-3) = nec  ||  $remote_host = lckiaps  ||  $remote_host = lckyu* || $remote_host = lcxe6  ||  $remote_host = lcocean ]]
    12911286    then
    12921287       if [[ $remote_host = ibmh ]]
    … …  
    14611456          echo "rm -f scpjob.${identifier}.tmp"                             >>  $job_to_send         
    14621457
    1463        elif [[ $remote_host = lcflow ]]
    1464        then
    1465           echo "cat > scpjob.${identifier}.tmp << %%END%%"                  >>  $job_to_send
    1466           echo "#!/bin/bash"                                             >>  $job_to_send
    1467           echo "SGEPREFIX -S /bin/bash"                                  >>  $job_to_send
    1468           echo "SGEPREFIX -N transfer_$job_name"                         >>  $job_to_send
    1469           echo "SGEPREFIX -cwd"                                          >>  $job_to_send
    1470           echo "SGEPREFIX -l h_rt=01:00:00"                              >>  $job_to_send
    1471           echo "SGEPREFIX -l h_vmem=500M"                                >>  $job_to_send
    1472           echo "SGEPREFIX -j y"                                          >>  $job_to_send
    1473           echo "SGEPREFIX -o ${local_host}_${job_name}_scpjob_$identifier"  >>  $job_to_send
    1474           echo " "                                                       >>  $job_to_send
    1475           echo "set -x"                                                  >>  $job_to_send
    1476           echo "export PALM_BIN=$PALM_BIN" | sed -e 's:'$HOME':$HOME:'   >>  $job_to_send
    1477           echo "export PATH=\$PATH:\$PALM_BIN"                           >>  $job_to_send
    1478           echo ""                                 >>  $job_to_send         
    1479           echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_address  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
    1480           echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
    1481           echo "rm -f scpjob.${identifier}"                                 >>  $job_to_send         
    1482           echo "%%END%%"                                                 >>  $job_to_send
    1483           echo "sed -e 's/SGEPREFIX/#$/g' scpjob.${identifier}.tmp > scpjob.${identifier}" >>  $job_to_send         
    1484           echo "rm -f scpjob.${identifier}.tmp"                             >>  $job_to_send         
    14851458       elif [[ $remote_host = lcxe6 ]]
    14861459       then
    … …  
    15491522          echo "scp $PORTOPT scpjob.$identifier  ${remote_username}@${remote_address}:job_queue"           >>  $job_to_send
    15501523          echo "ssh $SSH_PORTOPT ${remote_username}@${remote_address}  \"cd job_queue; $submcom scpjob.$identifier; rm scpjob.$identifier\" "  >>  $job_to_send
    1551        elif [[ $remote_host = lcflow  ||  $remote_host = lcocean ]]
     1524       elif [[ $remote_host = lcocean ]]
    15521525       then
    15531526          echo "mv  scpjob.$identifier  $job_catalog"           >>  $job_to_send
    … …  
    15851558
    15861559    # REMOVE JOB-FILE
    1587  if [[ $remote_host = lctit  ||  $remote_host = ibmku  ||  $remote_host = lcflow ]]
     1560 if [[ $remote_host = lctit  ||  $remote_host = ibmku ]]
    15881561 then
    15891562    echo " "                               >>  $job_to_send
    … …  
    16381611       then
    16391612          ssh  $SSH_PORTOPT $remote_address  -l $remote_user  "cd $job_catalog; $submcom $job_on_remhost"
    1640        elif [[ $remote_host = lcflow ]]
    1641        then
    1642           /usr/bin/ssh  $SSH_PORTOPT $remote_address  -l $remote_user  "$init_cmds $module_calls cd $job_catalog; $submcom $job_on_remhost"
    16431613       else
    16441614          ssh  $ssh_key  $SSH_PORTOPT $remote_address  -l $remote_user  "cd $job_catalog; $submcom $job_on_remhost; rm $job_on_remhost"
    … …  
    16481618    else
    16491619       cd  $job_catalog
    1650        if [[ $(echo $local_host | cut -c1-3) = ibm  ||  $(echo $local_host | cut -c1-6) = lccray ]]
     1620       if [[ $(echo $local_host | cut -c1-3) = ibm  ||  $(echo $local_host | cut -c1-6) = lccray || $local_host = lceddy ]]
    16511621       then
    16521622          eval  $submcom  $job_on_remhost
    … …  
    16731643       fi
    16741644
    1675           # JOBFILE MUST NOT BE DELETED ON lctit/ibmku/lcflow. THIS WILL BE DONE
     1645          # JOBFILE MUST NOT BE DELETED ON lctit/ibmku. THIS WILL BE DONE
    16761646          # AT THE END OF THE JOB
    1677        if [[ $local_host != lctit  &&  $local_host != ibmku  &&  $local_host != lcflow ]]
     1647       if [[ $local_host != lctit  &&  $local_host != ibmku ]]
    16781648       then
    16791649          rm  $job_on_remhost
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               
  | Impressum | ©Leibniz Universität Hannover |