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Aug 27, 2008 2:34:51 PM (13 years ago)
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raasch
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further adjustments and bugfixes for SGI system

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  • palm/trunk/SCRIPTS/mrun

    r188 r191  
    11141114                     fi;;
    11151115        (ibmy)       queue=parallel;;
     1116        (lcsgib)     queue=bigq;;
     1117        (lcsgih)     queue=bigq;;
    11161118        (lctit)      queue=sla3;;
    11171119        (nech)       queue=none;;
     
    13871389
    13881390
     1391    # SOURCE-VERZEICHNIS ZUM AUFSAMMELN DER ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE
     1392    # ERZEUGEN. HIERHIN WERDEN SPAETER IM FALL VON BATCH-JOBS AUCH DAS MRUN-
     1393    # SCRIPTS SOWIE DIE KONFIGURATIONSDATEI KOPIERT
     1394 if [[ $restart_run != true ]]
     1395 then
     1396    rm -rf  SOURCES_FOR_RUN_$fname
     1397    mkdir   SOURCES_FOR_RUN_$fname
     1398 fi
     1399
     1400
    13891401    # ALLE ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE ZUSAMMENSAMMELN
    13901402    # BEI BATCH-JOBS IST DIES NICHT NOETIG, WEIL DIE PROGRAMMTEILE BEREITS DURCH
     
    13961408    [[ "$source_list" = LM ]]  &&  source_list=LOCALLY_MODIFIED
    13971409    [[ "$source_list" = WP ]]  &&  source_list=WRITE_PERMIT
    1398 
    1399     if [[ $restart_run != true ]]
    1400     then
    1401        rm -rf  SOURCES_FOR_RUN_$fname
    1402        mkdir   SOURCES_FOR_RUN_$fname
    1403     fi
    14041410
    14051411
     
    28332839                if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
    28342840                then
    2835 #                   mpirun -machinefile $PBS_NODEFILE -np $ii  a.out  $ROPTS
    2836                    ulimit -s 30000
    2837                    ulimit -a
    2838 #                   mpirun_rsh -hostfile $PBS_NODEFILE -np $ii  OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS  palm  $ROPTS
     2841                   ulimit -s 30000   # A too large stack size causes problems
    28392842                   export MV2_NUM_PORTS=2
    28402843#                   export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
     
    37673770
    37683771
    3769        # ABSPEICHERN DER QUELLTEXTE (NUR FALLS UEBERSETZT WERDEN SOLL)
    3770        # SOWIE GEGEBENENFALLS DES MAKEFILES
    3771     if [[ $do_compile = true ]]
    3772     then
    3773 
    3774        source_catalog=SOURCES_FOR_RUN_$fname
    3775 
    3776            # UNTERVERZEICHNIS FUER QUELLTEXTE UND MAKEFILE ANLEGEN
    3777            # MRUN WIRD DIESES VRZEICHNIS UEBER ENVIRONMENT VARIABLE
    3778            # MITGETEILT (UEBERSTEUERT ANGABE IN KONFIGURATIONSDATEI)
    3779        echo  "mkdir  SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
    3780        echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                 >>  $jobfile
    3781        echo  "cd     SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
    3782 
    3783        for  filename  in  $source_list
    3784        do
     3772       # BEREITSTELLUNG VON QUELLTEXTEN, MRUN-SCRIPTS UND KONFIGURATIONS-
     3773       # DATEI FUER DEN JOB
     3774    if [[ $( echo $host | cut -c1-5 ) = lcsgi ]]
     3775    then
     3776
     3777          # KONFIGURATIONSDATEI UND MRUN_SCRIPT IN DAS SOURCE-VERZEICHNIS
     3778          # KOPIEREN
     3779       if [[ $restart_run != true ]]
     3780       then
     3781          cp  $config_file  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
     3782          cp  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
     3783       fi
     3784
     3785          # SOURCE-VERZEICHNIS VOM LOKALEN RECHNER PER SCP TRANSFERIEREN
     3786          echo  "set -x"  >>  $jobfile
     3787          echo  "scp  -r  $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname ."  >>  $jobfile
     3788          # MRUN-SCRIPTS UND KONFIGURATIONSDATEI IN DAS AKTUELLE ARBEITS-
     3789          # VERZEICHNIS VERSCHIEBEN
     3790          echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$config_file  . "       >>  $jobfile
     3791          echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$mrun_script_name  . "  >>  $jobfile
     3792          echo  "execute_mrun=true"                                 >>  $jobfile
     3793          echo  " "                                                 >>  $jobfile
     3794
     3795    else
     3796
     3797          # ABSPEICHERN DER QUELLTEXTE (NUR FALLS UEBERSETZT WERDEN SOLL)
     3798          # SOWIE GEGEBENENFALLS DES MAKEFILES
     3799       if [[ $do_compile = true ]]
     3800       then
     3801
     3802          source_catalog=SOURCES_FOR_RUN_$fname
     3803
     3804              # UNTERVERZEICHNIS FUER QUELLTEXTE UND MAKEFILE ANLEGEN
     3805              # MRUN WIRD DIESES VRZEICHNIS UEBER ENVIRONMENT VARIABLE
     3806              # MITGETEILT (UEBERSTEUERT ANGABE IN KONFIGURATIONSDATEI)
     3807          echo  "mkdir  SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
     3808          echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                 >>  $jobfile
     3809          echo  "cd     SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
     3810
     3811          for  filename  in  $source_list
     3812          do
     3813                # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
     3814             echo  "cat > $filename << \"%END%\""              >>  $jobfile
     3815             cat   $source_catalog/$filename                   >>  $jobfile
     3816             echo  " "                                         >>  $jobfile
     3817             echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
     3818             echo  " "                                         >>  $jobfile
     3819          done
     3820
    37853821             # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
    3786           echo  "cat > $filename << \"%END%\""              >>  $jobfile
    3787           cat   $source_catalog/$filename                   >>  $jobfile
     3822          echo  "cat > Makefile << \"%END%\""               >>  $jobfile
     3823          cat   $source_catalog/Makefile                    >>  $jobfile
    37883824          echo  " "                                         >>  $jobfile
    37893825          echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
    37903826          echo  " "                                         >>  $jobfile
    3791        done
    3792 
     3827
     3828          echo  "cd -  > /dev/null"                         >>  $jobfile
     3829
     3830       fi
     3831
     3832
     3833          # ABSPEICHERN DER KONFIGURATIONSDATEI
    37933834          # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
    3794        echo  "cat > Makefile << \"%END%\""               >>  $jobfile
    3795        cat   $source_catalog/Makefile                    >>  $jobfile
    3796        echo  " "                                         >>  $jobfile
    3797        echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
    3798        echo  " "                                         >>  $jobfile
    3799 
    3800        echo  "cd -  > /dev/null"                         >>  $jobfile
    3801 
    3802     fi
    3803 
    3804 
    3805        # ABSPEICHERN DER KONFIGURATIONSDATEI
    3806        # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
    3807     echo  "cat > $config_file << \"%END%\""      >>  $jobfile
    3808     cat   $config_file                           >>  $jobfile
    3809     echo  "%END%"                                >>  $jobfile
    3810     echo  " "                                    >>  $jobfile
    3811 
    3812 
    3813        # ABSPEICHERN DER AKTUELLEN MRUN-VERSION
    3814        # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
    3815     echo  "cat > $mrun_script_name <<\"%END%\""  >>  $jobfile
    3816     cat   ${PALM_BIN}/$mrun_script_name          >>  $jobfile
    3817     echo  "%END%"                                >>  $jobfile
    3818     if [[ $host = lctit ]]
    3819     then
    3820        echo "sed 's/bin\/ksh/home2\/usr5\/mkanda\/pub\/ksh/' < $mrun_script_name > mrun_new" >>  $jobfile
    3821        echo "mv  mrun_new  $mrun_script_name"    >>  $jobfile
    3822     fi
    3823     echo  "chmod u+x $mrun_script_name"          >>  $jobfile
    3824     echo  "execute_mrun=true"                    >>  $jobfile
    3825     echo  " "                                    >>  $jobfile
     3835       echo  "cat > $config_file << \"%END%\""      >>  $jobfile
     3836       cat   $config_file                           >>  $jobfile
     3837       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
     3838       echo  " "                                    >>  $jobfile
     3839
     3840
     3841          # ABSPEICHERN DER AKTUELLEN MRUN-VERSION
     3842          # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
     3843       echo  "cat > $mrun_script_name <<\"%END%\""  >>  $jobfile
     3844       cat   ${PALM_BIN}/$mrun_script_name          >>  $jobfile
     3845       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
     3846       if [[ $host = lctit ]]
     3847       then
     3848          echo "sed 's/bin\/ksh/home2\/usr5\/mkanda\/pub\/ksh/' < $mrun_script_name > mrun_new" >>  $jobfile
     3849          echo "mv  mrun_new  $mrun_script_name"    >>  $jobfile
     3850       fi
     3851       echo  "chmod u+x $mrun_script_name"          >>  $jobfile
     3852       echo  "execute_mrun=true"                    >>  $jobfile
     3853       echo  " "                                    >>  $jobfile
     3854
     3855    fi
     3856
    38263857
    38273858       # EVTL. BENOETIGTE INPUT-DATEIEN PER FTP HOLEN ODER DEM JOB DIREKT
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.