Ignore:
Timestamp:
Aug 24, 2007 3:10:38 PM (14 years ago)
Author:
letzel
Message:
  • Improved coupler: evaporation - salinity-flux coupling for humidity = .T.,

avoid MPI hangs when coupled runs terminate, add DOC/app/chapter_3.8;

  • Optional calculation of km and kh from initial TKE e_init;
  • Default initialization of km,kh = 0.00001 for ocean = .T.;
  • Allow data_output_pr= q, wq, w"q", w*q* for humidity = .T.;
  • Bugfix: Rayleigh damping for ocean fixed.
File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • palm/trunk/UTIL/combine_plot_fields.f90

    r1 r108  
    44! Actual revisions:
    55! -----------------
    6 !
     6! loop for processing of output by coupled runs, id_string does not contain
     7! modus any longer
    78!
    89! Former revisions:
     
    5960!    -Mpreprocess -D__netcdf -I /home/usr5/mkanda/netcdf-3.6.1/src/f90 -r8
    6061!    -fast -L/home/usr5/mkanda/netcdf-3.6.1/src/libsrc -lnetcdf
     62! FIMM:
     63!    ifort combine...f90 -o combine...x
     64!    -axW -cpp -openmp -r8 -nbs -convert little_endian -D__netcdf
     65!    -I /local/netcdf/include -Vaxlib -L/local/netcdf/lib -lnetcdf
    6166!------------------------------------------------------------------------------!
    6267
     
    6974!
    7075!-- Local variables
    71     CHARACTER (LEN=2)    ::  modus
    72     CHARACTER (LEN=7)    ::  id_char
     76    CHARACTER (LEN=2)    ::  modus, model_string
     77    CHARACTER (LEN=4)    ::  id_string
    7378    CHARACTER (LEN=10)   ::  dimname, var_name
    7479    CHARACTER (LEN=40)   ::  filename
     
    7984
    8085    INTEGER ::  av, danz, i, id,             &
    81                 j, nc_stat, nxa, nxag, nxe, nxeg, nya,   &
     86                j, model, models, nc_stat, nxa, nxag, nxe, nxeg, nya,   &
    8287                nyag, nye, nyeg, nza, nzag, nze, nzeg, pos, time_step, xa, xe, &
    8388                ya, ye, za, ze
    8489
    85     INTEGER, DIMENSION(0:1) ::  current_level, current_var, fanz, id_set, id_var_time, num_var
     90    INTEGER, DIMENSION(0:1) ::  current_level, current_var, fanz, id_set, &
     91         id_var_time, num_var
    8692
    8793    INTEGER, DIMENSION(4) ::  id_dims_loc
     
    99105    REAL(spk), DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE ::  pf3d
    100106
    101 
    102 !
    103 !-- 2D-arrays for ISO2D
    104 !-- Main loop for the three different cross-sections, starting with xy-section
    105     modus = 'XY'
    106107    PRINT*, ''
    107     DO  WHILE ( modus == 'XY'  .OR.  modus == 'XZ'  .OR.  modus == 'YZ' )
    108 !
    109 !--    Check, if file from PE0 exists. If it does not exist, PALM did not
    110 !--    create any output for this cross-section.
    111        danz = 0
    112        WRITE (id_char,'(A2,''_'',I4.4)')  modus, danz
    113        INQUIRE ( FILE='PLOT2D_'//id_char, EXIST=found )
    114 !
    115 !--    Find out the number of files (equal to the number of PEs which
    116 !--    have been used in PALM) and open them
    117        DO  WHILE ( found )
    118 
    119           OPEN ( danz+110, FILE='PLOT2D_'//id_char, FORM='UNFORMATTED' )
    120           danz = danz + 1
    121           WRITE (id_char,'(A2,''_'',I4.4)')  modus, danz
    122           INQUIRE ( FILE='PLOT2D_'//id_char, EXIST=found )
     108    PRINT*, '*** combine_plot_fields ***'
     109    INQUIRE( FILE='COUPLING_PORT_OPENED', EXIST=found )
     110    IF ( found )  THEN
     111       models = 2
     112       PRINT*, '    coupled run'
     113    ELSE
     114       models = 1
     115       PRINT*, '    uncoupled run'
     116    ENDIF
     117    DO model = 1, models
     118       IF ( models == 2 )  THEN
     119          PRINT*, ''
     120          PRINT*, ''
     121          PRINT*, '*** combine_plot_fields ***'
     122          IF ( model == 2 )  THEN
     123             model_string = "_O"
     124             PRINT*, '    now combining ocean data'
     125             PRINT*, '    ========================'
     126          ELSE
     127             model_string = ""
     128             PRINT*, '    now combining atmosphere data'
     129             PRINT*, '    ============================='
     130          ENDIF
     131       ENDIF
     132!
     133!--    2D-arrays for ISO2D
     134!--    Main loop for the three different cross-sections, starting with
     135!--    xy-section
     136       modus = 'XY'
     137       PRINT*, ''
     138       DO  WHILE ( modus == 'XY'  .OR.  modus == 'XZ'  .OR.  modus == 'YZ' )
     139!
     140!--       Check, if file from PE0 exists. If it does not exist, PALM did not
     141!--       create any output for this cross-section.
     142          danz = 0
     143          WRITE (id_string,'(I4.4)')  danz
     144          INQUIRE ( &
     145               FILE='PLOT2D_'//modus//TRIM( model_string )//'_'//id_string, &
     146               EXIST=found )
     147!
     148!--       Find out the number of files (equal to the number of PEs which
     149!--       have been used in PALM) and open them
     150          DO  WHILE ( found )
     151
     152             OPEN ( danz+110, &
     153                  FILE='PLOT2D_'//modus//TRIM( model_string )//'_'//id_string, &
     154                  FORM='UNFORMATTED' )
     155             danz = danz + 1
     156             WRITE (id_string,'(I4.4)')  danz
     157             INQUIRE ( &
     158                  FILE='PLOT2D_'//modus//TRIM( model_string )//'_'//id_string, &
     159                  EXIST=found )
     160
     161          ENDDO
     162
     163!
     164!--       Inquire whether an iso2d parameter file exists
     165          INQUIRE( FILE='PLOT2D_'//modus//'_GLOBAL'//TRIM( model_string ), &
     166               EXIST=iso2d_output )
     167
     168!
     169!--       Inquire whether a NetCDF file exists
     170          INQUIRE( FILE='DATA_2D_'//modus//'_NETCDF'//TRIM( model_string ), &
     171               EXIST=netcdf_0 )
     172
     173!
     174!--       Inquire whether a NetCDF file for time-averaged data exists
     175          INQUIRE( FILE='DATA_2D_'//modus//'_AV_NETCDF'//TRIM( model_string ),&
     176               EXIST=netcdf_1 )
     177
     178          IF ( netcdf_0  .OR.  netcdf_1 )  THEN
     179             netcdf_output = .TRUE.
     180          ELSE
     181             netcdf_output = .FALSE.
     182          ENDIF
     183
     184!
     185!--       Info-output
     186          PRINT*, ''
     187          PRINT*, '*** combine_plot_fields ***'
     188#if defined( __netcdf )
     189          IF ( netcdf_output )  PRINT*, '    NetCDF output enabled'
     190#else
     191          IF ( netcdf_output )  THEN
     192             PRINT*, '--- Sorry, no NetCDF support on this host'
     193             netcdf_output = .FALSE.
     194          ENDIF
     195#endif
     196          IF ( danz /= 0 )  THEN
     197             PRINT*, '    ',modus,'-section:  ', danz, ' file(s) found'
     198          ELSE
     199             PRINT*, '    no ', modus, '-section data available'
     200          ENDIF
     201
     202          IF ( netcdf_output  .AND.  danz /= 0 )  THEN
     203#if defined( __netcdf )
     204             DO  av = 0, 1
     205
     206                IF ( av == 0  .AND.  .NOT.  netcdf_0 )  CYCLE
     207                IF ( av == 1  .AND.  .NOT.  netcdf_1 )  CYCLE
     208
     209!
     210!--             Open NetCDF dataset
     211                IF ( av == 0 )  THEN
     212                   filename = 'DATA_2D_'//modus//'_NETCDF' &
     213                        //TRIM( model_string )
     214                ELSE
     215                   filename = 'DATA_2D_'//modus//'_AV_NETCDF' &
     216                        //TRIM( model_string )
     217                ENDIF
     218                nc_stat = NF90_OPEN( filename, NF90_WRITE, id_set(av) )
     219                IF ( nc_stat /= NF90_NOERR )  CALL handle_netcdf_error( 1 )
     220
     221!
     222!--             Get the list of variables (order of variables corresponds with
     223!--             the order of data on the binary file)
     224                var_list(av) = ' '    ! GET_ATT does not assign trailing blanks
     225                nc_stat = NF90_GET_ATT( id_set(av), NF90_GLOBAL, 'VAR_LIST', &
     226                     var_list(av) )
     227                IF ( nc_stat /= NF90_NOERR )  CALL handle_netcdf_error( 2 )
     228
     229!
     230!--             Inquire id of the time coordinate variable
     231                nc_stat = NF90_INQ_VARID( id_set(av), 'time', id_var_time(av) )
     232                IF ( nc_stat /= NF90_NOERR )  CALL handle_netcdf_error( 3 )
     233
     234!
     235!--             Count number of variables; there is one more semicolon in the
     236!--             string than variable names
     237                num_var(av) = -1
     238                DO  i = 1, LEN( var_list(av) )
     239                   IF ( var_list(av)(i:i) == ';' )  num_var(av) = num_var(av) +1
     240                ENDDO
     241
     242!
     243!--             Extract the variable names from the list and inquire their
     244!--             NetCDF IDs
     245                pos = INDEX( var_list(av), ';' )
     246!
     247!--             Loop over all variables
     248                DO  i = 1, num_var(av)
     249
     250!
     251!--                Extract variable name from list
     252                   var_list(av) = var_list(av)(pos+1:)
     253                   pos = INDEX( var_list(av), ';' )
     254                   var_name = var_list(av)(1:pos-1)
     255
     256!
     257!--                Get variable ID from name
     258                   nc_stat = NF90_INQ_VARID( id_set(av), TRIM( var_name ), &
     259                        id_var(av,i) )
     260                   IF ( nc_stat /= NF90_NOERR )  CALL handle_netcdf_error( 4 )
     261
     262!
     263!--                Get number of x/y/z levels for that variable
     264                   nc_stat = NF90_INQUIRE_VARIABLE( id_set(av), id_var(av,i), &
     265                        dimids = id_dims_loc )
     266                   IF ( nc_stat /= NF90_NOERR )  CALL handle_netcdf_error( 5 )
     267                   id_dims(av,:) = id_dims_loc
     268
     269!
     270!--                Inquire dimension ID
     271                   DO  j = 1, 4
     272                      nc_stat = NF90_INQUIRE_DIMENSION( id_set(av), &
     273                           id_dims(av,j), dimname, levels(av,i) )
     274                      IF ( nc_stat /= NF90_NOERR ) CALL handle_netcdf_error( 6 )
     275
     276                      IF ( modus == 'XY' .AND. INDEX(dimname, 'z') /= 0 )  EXIT
     277                      IF ( modus == 'XZ' .AND. INDEX(dimname, 'y') /= 0 )  EXIT
     278                      IF ( modus == 'YZ' .AND. INDEX(dimname, 'x') /= 0 )  EXIT
     279                   ENDDO
     280
     281                ENDDO
     282
     283             ENDDO   ! av = 0, 1
     284
     285          ENDIF
     286#endif
     287
     288!
     289!--       Read the arrays, as long as the end of the file is reached
     290          fanz          =         0
     291          current_level =         1
     292          current_var   = 999999999
     293
     294          DO  WHILE ( danz /= 0 )
     295
     296!
     297!--          Loop over all files (reading data of the subdomains)
     298             DO  id = 0, danz-1
     299!
     300!--             File from PE0 contains special information at the beginning,
     301!--             concerning the lower and upper indices of the total-domain used
     302!--             in PALM (nxag, nxeg, nyag, nyeg) and the lower and upper indices
     303!--             of the array to be writte by this routine (nxa, nxe, nya,
     304!--             nye). Usually in the horizontal directions nxag=-1 and nxa=0
     305!--             while all other variables have the same value (i.e. nxeg=nxe).
     306!--             Allocate necessary arrays, open the output file and write
     307!--             the coordinate informations needed by ISO2D.
     308                IF ( id == 0  .AND.  fanz(0) == 0  .AND.  fanz(1) == 0 )  THEN
     309                   READ ( id+110 )  nxag, nxeg, nyag, nyeg
     310                   READ ( id+110 )  nxa, nxe, nya, nye
     311                   ALLOCATE ( eta(nya:nye), ho(nxa:nxe), hu(nxa:nxe), &
     312                        pf(nxag:nxeg,nyag:nyeg) )
     313                   READ ( id+110 )  dx, eta, hu, ho
     314
     315                   IF ( iso2d_output )  THEN
     316                      OPEN ( 2, FILE='PLOT2D_'//modus//TRIM( model_string ), &
     317                           FORM='UNFORMATTED' )
     318                      WRITE ( 2 )  dx, eta, hu, ho
     319                   ENDIF
     320                ENDIF
     321!
     322!--             Read output time
     323                IF ( netcdf_output  .AND.  id == 0 )  THEN
     324                   IF ( netcdf_1 )  THEN
     325                      READ ( id+110, END=998 )  simulated_time, time_step, av
     326                   ELSE
     327!
     328!--                   For compatibility with earlier PALM versions
     329                      READ ( id+110, END=998 )  simulated_time, time_step
     330                      av = 0
     331                   ENDIF
     332                ENDIF
     333!
     334!--             Read subdomain indices
     335                READ ( id+110, END=998 )  xa, xe, ya, ye
     336!
     337!--             IF the PE made no output (in case that no part of the
     338!--             cross-section is situated on this PE), indices have the
     339!--             value -1
     340                IF ( .NOT. ( xa == -1  .AND.  xe == -1  .AND. &
     341                             ya == -1  .AND.  ye == -1 ) )  THEN
     342!
     343!--                Read the subdomain grid-point values
     344                   READ ( id+110 )  pf(xa:xe,ya:ye)
     345                ENDIF
     346                IF ( id == 0 )  fanz(av) = fanz(av) + 1
     347
     348             ENDDO
     349!
     350!--          Write the data of the total domain cross-section
     351             IF ( iso2d_output )  WRITE ( 2 )  pf(nxa:nxe,nya:nye)
     352       
     353!
     354!--          Write same data in NetCDF format
     355             IF ( netcdf_output )  THEN
     356#if defined( __netcdf )
     357!
     358!--             Check if a new time step has begun; if yes write data to time
     359!--             axis
     360                IF ( current_var(av) > num_var(av) )  THEN
     361                   current_var(av) = 1
     362                   nc_stat = NF90_PUT_VAR( id_set(av), id_var_time(av), &
     363                        (/ simulated_time /),        &
     364                        start = (/ time_step /),     &
     365                        count = (/ 1 /) )
     366                   IF ( nc_stat /= NF90_NOERR ) CALL handle_netcdf_error( 7 )
     367                ENDIF
     368
     369!
     370!--             Now write the data; this is mode dependent
     371                SELECT CASE ( modus )
     372
     373                   CASE ( 'XY' )
     374                      nc_stat = NF90_PUT_VAR( id_set(av),                      &
     375                                           id_var(av,current_var(av)),         &
     376                                           pf(nxa:nxe,nya:nye),                &
     377                             start = (/ 1, 1, current_level(av), time_step /), &
     378                                      count = (/ nxe-nxa+1, nye-nya+1, 1, 1 /) )
     379                      IF ( nc_stat /= NF90_NOERR )  CALL handle_netcdf_error( 8)
     380                 
     381                   CASE ( 'XZ' )
     382                      nc_stat = NF90_PUT_VAR( id_set(av),                      &
     383                                           id_var(av,current_var(av)),         &
     384                                           pf(nxa:nxe,nya:nye),                &
     385                             start = (/ 1, current_level(av), 1, time_step /), &
     386                                      count = (/ nxe-nxa+1, 1, nye-nya+1, 1 /) )
     387                      IF ( nc_stat /= NF90_NOERR )  CALL handle_netcdf_error( 9)
     388
     389                   CASE ( 'YZ' )
     390                      nc_stat = NF90_PUT_VAR( id_set(av),                      &
     391                                           id_var(av,current_var(av)),         &
     392                                           pf(nxa:nxe,nya:nye),                &
     393                             start = (/ current_level(av), 1, 1, time_step /), &
     394                                      count = (/ 1, nxe-nxa+1, nye-nya+1, 1 /) )
     395                      IF ( nc_stat /= NF90_NOERR )  CALL handle_netcdf_error(10)
     396
     397                END SELECT
     398
     399!
     400!--             Data is written, check if max level is reached
     401                current_level(av) = current_level(av) + 1
     402                IF ( current_level(av) > levels(av,current_var(av)) )  THEN
     403                   current_level(av) = 1
     404                   current_var(av)   = current_var(av) + 1
     405                ENDIF
     406
     407             ENDIF
     408#endif
     409
     410          ENDDO
     411
     412998       IF ( danz /= 0 )  THEN
     413!
     414!--          Print the number of the arrays processed
     415             WRITE (*,'(16X,I4,A)')  fanz(0)+fanz(1), ' array(s) processed'
     416             IF ( fanz(1) /= 0 )  THEN
     417                WRITE (*,'(16X,I4,A)')  fanz(1), ' array(s) are time-averaged'
     418             ENDIF
     419
     420!
     421!--          Close all files and deallocate arrays
     422             DO  id = 0, danz-1
     423                CLOSE ( id+110 )
     424             ENDDO
     425             CLOSE ( 2 )
     426             DEALLOCATE ( eta, ho, hu, pf )
     427          ENDIF
     428
     429!
     430!--       Close the NetCDF file
     431          IF ( netcdf_output  .AND.  danz /= 0 )  THEN
     432#if defined( __netcdf )
     433             IF ( netcdf_0 )  THEN
     434                nc_stat = NF90_CLOSE( id_set(0) )
     435                IF ( nc_stat /= NF90_NOERR )  CALL handle_netcdf_error( 11 )
     436             ENDIF
     437             IF ( netcdf_1 )  THEN
     438                nc_stat = NF90_CLOSE( id_set(1) )
     439                IF ( nc_stat /= NF90_NOERR )  CALL handle_netcdf_error( 12 )
     440             ENDIF
     441#endif
     442          ENDIF
     443
     444!
     445!--       Choose the next cross-section
     446          SELECT CASE ( modus )
     447             CASE ( 'XY' )
     448                modus = 'XZ'
     449             CASE ( 'XZ' )
     450                modus = 'YZ'
     451             CASE ( 'YZ' )
     452                modus = 'no'
     453          END SELECT
    123454
    124455       ENDDO
    125456
    126 !
    127 !--    Inquire whether an iso2d parameter file exists
    128        INQUIRE( FILE='PLOT2D_' // modus // '_GLOBAL', EXIST=iso2d_output )
     457
     458!
     459!--    Combine the 3D-arrays
     460
     461!
     462!--    Inquire whether an avs fld file exists
     463       INQUIRE( FILE='PLOT3D_FLD'//TRIM( model_string ), EXIST=avs_output )
    129464
    130465!
    131466!--    Inquire whether a NetCDF file exists
    132        INQUIRE( FILE='DATA_2D_' // modus // '_NETCDF', EXIST=netcdf_0 )
     467       INQUIRE( FILE='DATA_3D_NETCDF'//TRIM( model_string ), EXIST=netcdf_0 )
    133468
    134469!
    135470!--    Inquire whether a NetCDF file for time-averaged data exists
    136        INQUIRE( FILE='DATA_2D_' // modus // '_AV_NETCDF', EXIST=netcdf_1 )
     471       INQUIRE( FILE='DATA_3D_AV_NETCDF'//TRIM( model_string ), EXIST=netcdf_1 )
    137472
    138473       IF ( netcdf_0  .OR.  netcdf_1 )  THEN
     
    143478
    144479!
     480!--    Check, if file from PE0 exists
     481       danz = 0
     482       WRITE (id_string,'(I4.4)')  danz
     483       INQUIRE ( &
     484            FILE='PLOT3D_DATA'//TRIM( model_string )//'_'//TRIM( id_string ),  &
     485            EXIST=found )
     486
     487!
     488!--    Combination only works, if data are not compressed. In that case,
     489!--    PALM created a flag file (PLOT3D_COMPRESSED)
     490       INQUIRE ( FILE='PLOT3D_COMPRESSED'//TRIM( model_string ), &
     491            EXIST=compressed )
     492
     493!
     494!--    Find out the number of files and open them
     495       DO  WHILE ( found  .AND.  .NOT. compressed )
     496
     497          OPEN ( danz+110, &
     498               FILE='PLOT3D_DATA'//TRIM( model_string )//'_'//TRIM(id_string), &
     499               FORM='UNFORMATTED')
     500          danz = danz + 1
     501          WRITE (id_string,'(I4.4)')  danz
     502          INQUIRE ( &
     503               FILE='PLOT3D_DATA'//TRIM( model_string )//'_'//TRIM(id_string), &
     504               EXIST=found )
     505
     506       ENDDO
     507
     508!
    145509!--    Info-output
    146        PRINT*, ''
     510       PRINT*, ' '
    147511       PRINT*, '*** combine_plot_fields ***'
    148512#if defined( __netcdf )
     
    155519#endif
    156520       IF ( danz /= 0 )  THEN
    157           PRINT*, '    ',modus,'-section:  ', danz, ' file(s) found'
     521          PRINT*, '    3D-data:     ', danz, ' file(s) found'
    158522       ELSE
    159           PRINT*, '    no ', modus, '-section data available'
     523          IF ( found .AND. compressed )  THEN
     524             PRINT*, '+++ no 3D-data processing, since data are compressed'
     525          ELSE
     526             PRINT*, '    no 3D-data file available'
     527          ENDIF
    160528       ENDIF
    161529
     
    170538!--          Open NetCDF dataset
    171539             IF ( av == 0 )  THEN
    172                 filename = 'DATA_2D_' // modus // '_NETCDF'
     540                filename = 'DATA_3D_NETCDF'//TRIM( model_string )
    173541             ELSE
    174                 filename = 'DATA_2D_' // modus // '_AV_NETCDF'
     542                filename = 'DATA_3D_AV_NETCDF'//TRIM( model_string )
    175543             ENDIF
    176544             nc_stat = NF90_OPEN( filename, NF90_WRITE, id_set(av) )
    177              IF ( nc_stat /= NF90_NOERR )  CALL handle_netcdf_error( 1 )
     545             IF ( nc_stat /= NF90_NOERR )  CALL handle_netcdf_error( 13 )
     546
    178547
    179548!
     
    182551             var_list(av) = ' '    ! GET_ATT does not assign trailing blanks
    183552             nc_stat = NF90_GET_ATT( id_set(av), NF90_GLOBAL, 'VAR_LIST', &
    184                                      var_list(av) )
    185              IF ( nc_stat /= NF90_NOERR )  CALL handle_netcdf_error( 2 )
     553                  var_list(av) )
     554             IF ( nc_stat /= NF90_NOERR )  CALL handle_netcdf_error( 14 )
    186555
    187556!
    188557!--          Inquire id of the time coordinate variable
    189558             nc_stat = NF90_INQ_VARID( id_set(av), 'time', id_var_time(av) )
    190              IF ( nc_stat /= NF90_NOERR )  CALL handle_netcdf_error( 3 )
     559             IF ( nc_stat /= NF90_NOERR )  CALL handle_netcdf_error( 15 )
    191560
    192561!
     
    199568
    200569!
    201 !--          Extract the variable names from the list and inquire their
    202 !--          NetCDF IDs
     570!--          Extract the variable names from the list and inquire their NetCDF
     571!--          IDs
    203572             pos = INDEX( var_list(av), ';' )
    204573!
     
    214583!
    215584!--             Get variable ID from name
     585!                print*, '*** find id for "',TRIM( var_name ),'" begin'
    216586                nc_stat = NF90_INQ_VARID( id_set(av), TRIM( var_name ), &
    217                                           id_var(av,i) )
    218                 IF ( nc_stat /= NF90_NOERR )  CALL handle_netcdf_error( 4 )
    219 
    220 !
    221 !--             Get number of x/y/z levels for that variable
    222                 nc_stat = NF90_INQUIRE_VARIABLE( id_set(av), id_var(av,i), &
    223                                                  dimids = id_dims_loc )
    224                 IF ( nc_stat /= NF90_NOERR )  CALL handle_netcdf_error( 5 )
    225                 id_dims(av,:) = id_dims_loc
    226 
    227 !
    228 !--             Inquire dimension ID
    229                 DO  j = 1, 4
    230                    nc_stat = NF90_INQUIRE_DIMENSION( id_set(av), id_dims(av,j),&
    231                                                      dimname, levels(av,i) )
    232                    IF ( nc_stat /= NF90_NOERR ) CALL handle_netcdf_error( 6 )
    233 
    234                    IF ( modus == 'XY' .AND. INDEX(dimname, 'z') /= 0 )  EXIT
    235                    IF ( modus == 'XZ' .AND. INDEX(dimname, 'y') /= 0 )  EXIT
    236                    IF ( modus == 'YZ' .AND. INDEX(dimname, 'x') /= 0 )  EXIT
    237                 ENDDO
     587                     id_var(av,i) )
     588                IF ( nc_stat /= NF90_NOERR )  CALL handle_netcdf_error( 16 )
     589!                print*, '*** find id for "',TRIM( var_name ),'" end'
    238590
    239591             ENDDO
    240592
    241           ENDDO   ! av = 0, 1
     593          ENDDO    ! av=0,1
    242594
    243595       ENDIF
     
    245597
    246598!
    247 !--    Read the arrays, as long as the end of the file is reached
    248        fanz          =         0
    249        current_level =         1
    250        current_var   = 999999999
    251 
     599!--    Read arrays, until the end of the file is reached
     600       current_var = 999999999
     601       fanz = 0
    252602       DO  WHILE ( danz /= 0 )
    253603
    254604!
    255 !--       Loop over all files (reading data of the subdomains)
     605!--       Loop over all files
    256606          DO  id = 0, danz-1
    257607!
    258608!--          File from PE0 contains special information at the beginning,
    259 !--          concerning the lower and upper indices of the total-domain used
    260 !--          in PALM (nxag, nxeg, nyag, nyeg) and the lower and upper
    261 !--          indices of the array to be writte by this routine (nxa, nxe, nya,
    262 !--          nye). Usually in the horizontal directions nxag=-1 and nxa=0
    263 !--          while all other variables have the same value (i.e. nxeg=nxe).
    264 !--          Allocate necessary arrays, open the output file and write
    265 !--          the coordinate informations needed by ISO2D.
     609!--          concerning the lower and upper indices of the total-domain used in
     610!--          PALM (nxag, nxeg, nyag, nyeg, nzag, nzeg) and the lower and upper
     611!--          indices of the array to be written by this routine (nxa, nxe, nya,
     612!--          nye, nza, nze). Usually nxag=-1 and nxa=0, nyag=-1 and nya=0,
     613!--          nzeg=nz and nze=nz_plot3d.
     614!--          Allocate necessary array and open the output file.
    266615             IF ( id == 0  .AND.  fanz(0) == 0  .AND.  fanz(1) == 0 )  THEN
    267                 READ ( id+110 )  nxag, nxeg, nyag, nyeg
    268                 READ ( id+110 )  nxa, nxe, nya, nye
    269                 ALLOCATE ( eta(nya:nye), ho(nxa:nxe), hu(nxa:nxe), &
    270                            pf(nxag:nxeg,nyag:nyeg) )
    271                 READ ( id+110 )  dx, eta, hu, ho
    272 
    273                 IF ( iso2d_output )  THEN
    274                    OPEN ( 2, FILE='PLOT2D_'//modus, FORM='UNFORMATTED' )
    275                    WRITE ( 2 )  dx, eta, hu, ho
     616                READ ( id+110 )  nxag, nxeg, nyag, nyeg, nzag, nzeg
     617                READ ( id+110 )  nxa, nxe, nya, nye, nza, nze
     618                ALLOCATE ( pf3d(nxag:nxeg,nyag:nyeg,nzag:nzeg) )
     619                IF ( avs_output )  THEN
     620                   OPEN ( 2, FILE='PLOT3D_DATA'//TRIM( model_string ), &
     621                        FORM='UNFORMATTED' )
    276622                ENDIF
    277623             ENDIF
     624
    278625!
    279626!--          Read output time
    280627             IF ( netcdf_output  .AND.  id == 0 )  THEN
    281628                IF ( netcdf_1 )  THEN
    282                    READ ( id+110, END=998 )  simulated_time, time_step, av
     629                   READ ( id+110, END=999 )  simulated_time, time_step, av
    283630                ELSE
    284631!
    285632!--                For compatibility with earlier PALM versions
    286                    READ ( id+110, END=998 )  simulated_time, time_step
     633                   READ ( id+110, END=999 )  simulated_time, time_step
    287634                   av = 0
    288635                ENDIF
    289636             ENDIF
    290 !
    291 !--          Read subdomain indices
    292              READ ( id+110, END=998 )  xa, xe, ya, ye
    293 !
    294 !--          IF the PE made no output (in case that no part of the
    295 !--          cross-section is situated on this PE), indices have the
    296 !--          value -1
    297              IF ( .NOT. ( xa == -1  .AND.  xe == -1  .AND. &
    298                           ya == -1  .AND.  ye == -1 ) )  THEN
    299 !
    300 !--              Read the subdomain grid-point values
    301                  READ ( id+110 )  pf(xa:xe,ya:ye)
    302              ENDIF
     637
     638!
     639!--          Read subdomain indices and grid point values
     640             READ ( id+110, END=999 )  xa, xe, ya, ye, za, ze
     641             READ ( id+110 )  pf3d(xa:xe,ya:ye,za:ze)
    303642             IF ( id == 0 )  fanz(av) = fanz(av) + 1
    304643
    305644          ENDDO
    306 !
    307 !--       Write the data of the total domain cross-section
    308           IF ( iso2d_output )  WRITE ( 2 )  pf(nxa:nxe,nya:nye)
     645
     646!
     647!--       Write data of the total domain
     648          IF ( avs_output )  WRITE ( 2 )  pf3d(nxa:nxe,nya:nye,nza:nze)
    309649       
    310650!
     
    317657                current_var(av) = 1
    318658                nc_stat = NF90_PUT_VAR( id_set(av), id_var_time(av), &
    319                                         (/ simulated_time /),        &
    320                                         start = (/ time_step /),     &
    321                                         count = (/ 1 /) )
    322                 IF ( nc_stat /= NF90_NOERR ) CALL handle_netcdf_error( 7 )
    323              ENDIF
    324 
    325 !
    326 !--          Now write the data; this is mode dependent
    327              SELECT CASE ( modus )
    328 
    329                 CASE ( 'XY' )
    330                    nc_stat = NF90_PUT_VAR( id_set(av),                         &
    331                                            id_var(av,current_var(av)),         &
    332                                            pf(nxa:nxe,nya:nye),                &
    333                              start = (/ 1, 1, current_level(av), time_step /), &
    334                                       count = (/ nxe-nxa+1, nye-nya+1, 1, 1 /) )
    335                    IF ( nc_stat /= NF90_NOERR )  CALL handle_netcdf_error( 8 )
    336                  
    337                 CASE ( 'XZ' )
    338                    nc_stat = NF90_PUT_VAR( id_set(av),                         &
    339                                            id_var(av,current_var(av)),         &
    340                                            pf(nxa:nxe,nya:nye),                &
    341                              start = (/ 1, current_level(av), 1, time_step /), &
    342                                       count = (/ nxe-nxa+1, 1, nye-nya+1, 1 /) )
    343                    IF ( nc_stat /= NF90_NOERR )  CALL handle_netcdf_error( 9 )
    344 
    345                 CASE ( 'YZ' )
    346                    nc_stat = NF90_PUT_VAR( id_set(av),                         &
    347                                            id_var(av,current_var(av)),         &
    348                                            pf(nxa:nxe,nya:nye),                &
    349                              start = (/ current_level(av), 1, 1, time_step /), &
    350                                       count = (/ 1, nxe-nxa+1, nye-nya+1, 1 /) )
    351                    IF ( nc_stat /= NF90_NOERR )  CALL handle_netcdf_error( 10 )
    352 
    353              END SELECT
    354 
    355 !
    356 !--          Data is written, check if max level is reached
    357              current_level(av) = current_level(av) + 1
    358              IF ( current_level(av) > levels(av,current_var(av)) )  THEN
    359                 current_level(av) = 1
    360                 current_var(av)   = current_var(av) + 1
    361              ENDIF
    362 
    363           ENDIF
    364 #endif
     659                                     (/ simulated_time /),&
     660                                     start = (/ time_step /), count = (/ 1 /) )
     661                IF ( nc_stat /= NF90_NOERR ) CALL handle_netcdf_error( 17 )
     662             ENDIF
     663
     664!
     665!--          Now write the data
     666             nc_stat = NF90_PUT_VAR( id_set(av), id_var(av,current_var(av)), &
     667                                  pf3d(nxa:nxe,nya:nye,nza:nze),      &
     668                                  start = (/ 1, 1, 1, time_step /),   &
     669                              count = (/ nxe-nxa+1, nye-nya+1, nze-nza+1, 1 /) )
     670             IF ( nc_stat /= NF90_NOERR )  CALL handle_netcdf_error( 18 )
     671
     672             current_var(av) = current_var(av) + 1
     673
     674#endif
     675          ENDIF
    365676
    366677       ENDDO
    367678
    368 998    IF ( danz /= 0 )  THEN
    369 !
    370 !--       Print the number of the arrays processed
     679999    IF ( danz /= 0 )  THEN
     680!
     681!--       Print the number of arrays processed
    371682          WRITE (*,'(16X,I4,A)')  fanz(0)+fanz(1), ' array(s) processed'
    372683          IF ( fanz(1) /= 0 )  THEN
    373684             WRITE (*,'(16X,I4,A)')  fanz(1), ' array(s) are time-averaged'
    374685          ENDIF
    375 
    376 !
    377 !--       Close all files and deallocate arrays
     686!
     687!--       Close all files and deallocate array
    378688          DO  id = 0, danz-1
    379689             CLOSE ( id+110 )
    380690          ENDDO
    381691          CLOSE ( 2 )
    382           DEALLOCATE ( eta, ho, hu, pf )
     692          DEALLOCATE ( pf3d )
     693!
     694!--       Close the NetCDF file
     695          IF ( netcdf_output )  THEN
     696#if defined( __netcdf )
     697             IF ( netcdf_0 )  THEN
     698                nc_stat = NF90_CLOSE( id_set(0) )
     699                IF ( nc_stat /= NF90_NOERR )  CALL handle_netcdf_error( 19 )
     700             ENDIF
     701             IF ( netcdf_1 )  THEN
     702                nc_stat = NF90_CLOSE( id_set(1) )
     703                IF ( nc_stat /= NF90_NOERR )  CALL handle_netcdf_error( 20 )
     704             ENDIF
     705#endif
     706          ENDIF
    383707       ENDIF
    384708
    385 !
    386 !--    Close the NetCDF file
    387        IF ( netcdf_output  .AND.  danz /= 0 )  THEN
    388 #if defined( __netcdf )
    389           IF ( netcdf_0 )  THEN
    390              nc_stat = NF90_CLOSE( id_set(0) )
    391              IF ( nc_stat /= NF90_NOERR )  CALL handle_netcdf_error( 11 )
    392           ENDIF
    393           IF ( netcdf_1 )  THEN
    394              nc_stat = NF90_CLOSE( id_set(1) )
    395              IF ( nc_stat /= NF90_NOERR )  CALL handle_netcdf_error( 12 )
    396           ENDIF
    397 #endif
    398        ENDIF
    399 
    400 !
    401 !--    Choose the next cross-section
    402        SELECT CASE ( modus )
    403           CASE ( 'XY' )
    404              modus = 'XZ'
    405           CASE ( 'XZ' )
    406              modus = 'YZ'
    407           CASE ( 'YZ' )
    408              modus = 'no'
    409        END SELECT
    410 
    411     ENDDO
    412 
    413 
    414 !
    415 !-- Combine the 3D-arrays
    416 
    417 !
    418 !-- Inquire whether an avs fld file exists
    419     INQUIRE( FILE='PLOT3D_FLD', EXIST=avs_output )
    420 
    421 !
    422 !-- Inquire whether a NetCDF file exists
    423     INQUIRE( FILE='DATA_3D_NETCDF', EXIST=netcdf_0 )
    424 
    425 !
    426 !-- Inquire whether a NetCDF file for time-averaged data exists
    427     INQUIRE( FILE='DATA_3D_AV_NETCDF', EXIST=netcdf_1 )
    428 
    429     IF ( netcdf_0  .OR.  netcdf_1 )  THEN
    430        netcdf_output = .TRUE.
    431     ELSE
    432        netcdf_output = .FALSE.
    433     ENDIF
    434 
    435 !
    436 !-- Check, if file from PE0 exists
    437     danz = 0
    438     WRITE (id_char,'(I4.4)')  danz
    439     INQUIRE ( FILE='PLOT3D_DATA_'//TRIM( id_char ), EXIST=found )
    440 
    441 !
    442 !-- Combination only works, if data are not compressed. In that case,
    443 !-- PALM created a flag file (PLOT3D_COMPRESSED)
    444     INQUIRE ( FILE='PLOT3D_COMPRESSED', EXIST=compressed )
    445 
    446 !
    447 !-- Find out the number of files and open them
    448     DO  WHILE ( found  .AND.  .NOT. compressed )
    449 
    450        OPEN ( danz+110, FILE='PLOT3D_DATA_'//TRIM( id_char ), &
    451               FORM='UNFORMATTED')
    452        danz = danz + 1
    453        WRITE (id_char,'(I4.4)')  danz
    454        INQUIRE ( FILE='PLOT3D_DATA_'//TRIM( id_char ), EXIST=found )
    455 
    456     ENDDO
    457 
    458 !
    459 !-- Info-output
    460     PRINT*, ' '
    461     PRINT*, '*** combine_plot_fields ***'
    462 #if defined( __netcdf )
    463        IF ( netcdf_output )  PRINT*, '    NetCDF output enabled'
    464 #else
    465        IF ( netcdf_output )  THEN
    466           PRINT*, '--- Sorry, no NetCDF support on this host'
    467           netcdf_output = .FALSE.
    468        ENDIF
    469 #endif
    470     IF ( danz /= 0 )  THEN
    471        PRINT*, '    3D-data:     ', danz, ' file(s) found'
    472     ELSE
    473        IF ( found .AND. compressed )  THEN
    474           PRINT*, '+++ no 3D-data processing, since data are compressed'
    475        ELSE
    476           PRINT*, '    no 3D-data file available'
    477        ENDIF
    478     ENDIF
    479 
    480     IF ( netcdf_output  .AND.  danz /= 0 )  THEN
    481 #if defined( __netcdf )
    482        DO  av = 0, 1
    483 
    484           IF ( av == 0  .AND.  .NOT.  netcdf_0 )  CYCLE
    485           IF ( av == 1  .AND.  .NOT.  netcdf_1 )  CYCLE
    486 
    487 !
    488 !--       Open NetCDF dataset
    489           IF ( av == 0 )  THEN
    490              filename = 'DATA_3D_NETCDF'
    491           ELSE
    492              filename = 'DATA_3D_AV_NETCDF'
    493           ENDIF
    494           nc_stat = NF90_OPEN( filename, NF90_WRITE, id_set(av) )
    495           IF ( nc_stat /= NF90_NOERR )  CALL handle_netcdf_error( 13 )
    496 
    497 
    498 !
    499 !--       Get the list of variables (order of variables corresponds with the
    500 !--       order of data on the binary file)
    501           var_list(av) = ' '    ! GET_ATT does not assign trailing blanks
    502           nc_stat = NF90_GET_ATT( id_set(av), NF90_GLOBAL, 'VAR_LIST', &
    503                                   var_list(av) )
    504           IF ( nc_stat /= NF90_NOERR )  CALL handle_netcdf_error( 14 )
    505 
    506 !
    507 !--       Inquire id of the time coordinate variable
    508           nc_stat = NF90_INQ_VARID( id_set(av), 'time', id_var_time(av) )
    509           IF ( nc_stat /= NF90_NOERR )  CALL handle_netcdf_error( 15 )
    510 
    511 !
    512 !--       Count number of variables; there is one more semicolon in the string
    513 !--       than variable names
    514           num_var(av) = -1
    515           DO  i = 1, LEN( var_list(av) )
    516              IF ( var_list(av)(i:i) == ';' )  num_var(av) = num_var(av) + 1
    517           ENDDO
    518 
    519 !
    520 !--       Extract the variable names from the list and inquire their NetCDF IDs
    521           pos = INDEX( var_list(av), ';' )
    522 !
    523 !--       Loop over all variables
    524           DO  i = 1, num_var(av)
    525 
    526 !
    527 !--          Extract variable name from list
    528              var_list(av) = var_list(av)(pos+1:)
    529              pos = INDEX( var_list(av), ';' )
    530              var_name = var_list(av)(1:pos-1)
    531 
    532 !
    533 !--          Get variable ID from name
    534 !             print*, '*** find id for "',TRIM( var_name ),'" begin'
    535              nc_stat = NF90_INQ_VARID( id_set(av), TRIM( var_name ), &
    536                                        id_var(av,i) )
    537              IF ( nc_stat /= NF90_NOERR )  CALL handle_netcdf_error( 16 )
    538 !             print*, '*** find id for "',TRIM( var_name ),'" end'
    539 
    540           ENDDO
    541 
    542        ENDDO    ! av=0,1
    543 
    544     ENDIF
    545 #endif
    546 
    547 !
    548 !-- Read arrays, until the end of the file is reached
    549     current_var = 999999999
    550     fanz = 0
    551     DO  WHILE ( danz /= 0 )
    552 
    553 !
    554 !--    Loop over all files
    555        DO  id = 0, danz-1
    556 !
    557 !--       File from PE0 contains special information at the beginning,
    558 !--       concerning the lower and upper indices of the total-domain used
    559 !--       in PALM (nxag, nxeg, nyag, nyeg, nzag, nzeg) and the lower and upper
    560 !--       indices of the array to be written by this routine (nxa, nxe, nya,
    561 !--       nye, nza, nze). Usually nxag=-1 and nxa=0, nyag=-1 and nya=0,
    562 !--       nzeg=nz and nze=nz_plot3d.
    563 !--       Allocate necessary array and open the output file.
    564           IF ( id == 0  .AND.  fanz(0) == 0  .AND.  fanz(1) == 0 )  THEN
    565              READ ( id+110 )  nxag, nxeg, nyag, nyeg, nzag, nzeg
    566              READ ( id+110 )  nxa, nxe, nya, nye, nza, nze
    567              ALLOCATE ( pf3d(nxag:nxeg,nyag:nyeg,nzag:nzeg) )
    568              IF ( avs_output )  THEN
    569                 OPEN ( 2, FILE='PLOT3D_DATA', FORM='UNFORMATTED' )
    570              ENDIF
    571           ENDIF
    572 
    573 !
    574 !--       Read output time
    575           IF ( netcdf_output  .AND.  id == 0 )  THEN
    576              IF ( netcdf_1 )  THEN
    577                 READ ( id+110, END=999 )  simulated_time, time_step, av
    578              ELSE
    579 !
    580 !--             For compatibility with earlier PALM versions
    581                 READ ( id+110, END=999 )  simulated_time, time_step
    582                 av = 0
    583              ENDIF
    584           ENDIF
    585 
    586 !
    587 !--       Read subdomain indices and grid point values
    588           READ ( id+110, END=999 )  xa, xe, ya, ye, za, ze
    589           READ ( id+110 )  pf3d(xa:xe,ya:ye,za:ze)
    590           IF ( id == 0 )  fanz(av) = fanz(av) + 1
    591 
    592        ENDDO
    593 
    594 !
    595 !--    Write data of the total domain
    596        IF ( avs_output )  WRITE ( 2 )  pf3d(nxa:nxe,nya:nye,nza:nze)
    597        
    598 !
    599 !--    Write same data in NetCDF format
    600        IF ( netcdf_output )  THEN
    601 #if defined( __netcdf )
    602 !
    603 !--       Check if a new time step has begun; if yes write data to time axis
    604           IF ( current_var(av) > num_var(av) )  THEN
    605              current_var(av) = 1
    606              nc_stat = NF90_PUT_VAR( id_set(av), id_var_time(av), &
    607                                      (/ simulated_time /),&
    608                                      start = (/ time_step /), count = (/ 1 /) )
    609              IF ( nc_stat /= NF90_NOERR ) CALL handle_netcdf_error( 17 )
    610           ENDIF
    611 
    612 !
    613 !--       Now write the data
    614           nc_stat = NF90_PUT_VAR( id_set(av), id_var(av,current_var(av)), &
    615                                   pf3d(nxa:nxe,nya:nye,nza:nze),      &
    616                                   start = (/ 1, 1, 1, time_step /),   &
    617                               count = (/ nxe-nxa+1, nye-nya+1, nze-nza+1, 1 /) )
    618           IF ( nc_stat /= NF90_NOERR )  CALL handle_netcdf_error( 18 )
    619 
    620           current_var(av) = current_var(av) + 1
    621 
    622 #endif
    623        ENDIF
    624 
    625     ENDDO
    626 
    627 999 IF ( danz /= 0 )  THEN
    628 !
    629 !--    Print the number of arrays processed
    630        WRITE (*,'(16X,I4,A)')  fanz(0)+fanz(1), ' array(s) processed'
    631        IF ( fanz(1) /= 0 )  THEN
    632           WRITE (*,'(16X,I4,A)')  fanz(1), ' array(s) are time-averaged'
    633        ENDIF
    634 !
    635 !--    Close all files and deallocate array
    636        DO  id = 0, danz-1
    637           CLOSE ( id+110 )
    638        ENDDO
    639        CLOSE ( 2 )
    640        DEALLOCATE ( pf3d )
    641 !
    642 !--    Close the NetCDF file
    643        IF ( netcdf_output )  THEN
    644 #if defined( __netcdf )
    645           IF ( netcdf_0 )  THEN
    646              nc_stat = NF90_CLOSE( id_set(0) )
    647              IF ( nc_stat /= NF90_NOERR )  CALL handle_netcdf_error( 19 )
    648           ENDIF
    649           IF ( netcdf_1 )  THEN
    650              nc_stat = NF90_CLOSE( id_set(1) )
    651              IF ( nc_stat /= NF90_NOERR )  CALL handle_netcdf_error( 20 )
    652           ENDIF
    653 #endif
    654        ENDIF
    655     ENDIF
     709    ENDDO  ! models
    656710
    657711
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.