source: palm/trunk/SOURCE/data_output_3d.f90 @ 2705

Last change on this file since 2705 was 2696, checked in by kanani, 7 years ago

Merge of branch palm4u into trunk

  • Property svn:keywords set to Id
File size: 26.9 KB
RevLine 
[1682]1!> @file data_output_3d.f90
[2000]2!------------------------------------------------------------------------------!
[2696]3! This file is part of the PALM model system.
[1036]4!
[2000]5! PALM is free software: you can redistribute it and/or modify it under the
6! terms of the GNU General Public License as published by the Free Software
7! Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later
8! version.
[1036]9!
10! PALM is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
11! WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR
12! A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
13!
14! You should have received a copy of the GNU General Public License along with
15! PALM. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
16!
[2101]17! Copyright 1997-2017 Leibniz Universitaet Hannover
[2000]18!------------------------------------------------------------------------------!
[1036]19!
[254]20! Current revisions:
[1106]21! ------------------
[1961]22!
[2233]23!
[1552]24! Former revisions:
25! -----------------
26! $Id: data_output_3d.f90 2696 2017-12-14 17:12:51Z maronga $
[2696]27! Implementation of turbulence_closure_mod (TG)
28! Implementation of chemistry module (FK)
29! Set fill values at topography grid points or e.g. non-natural-type surface
30! in case of LSM output (MS)
31!
32! 2512 2017-10-04 08:26:59Z raasch
[2512]33! upper bounds of 3d output changed from nx+1,ny+1 to nx,ny
34! no output of ghost layer data
35!
36! 2292 2017-06-20 09:51:42Z schwenkel
[2292]37! Implementation of new microphysic scheme: cloud_scheme = 'morrison'
38! includes two more prognostic equations for cloud drop concentration (nc) 
39! and cloud water content (qc).
40!
41! 2233 2017-05-30 18:08:54Z suehring
[1552]42!
[2233]43! 2232 2017-05-30 17:47:52Z suehring
44! Adjustments to new topography concept
45!
[2210]46! 2209 2017-04-19 09:34:46Z kanani
47! Added plant canopy model output
48!
[2032]49! 2031 2016-10-21 15:11:58Z knoop
50! renamed variable rho to rho_ocean and rho_av to rho_ocean_av
51!
[2012]52! 2011 2016-09-19 17:29:57Z kanani
53! Flag urban_surface is now defined in module control_parameters,
54! changed prefix for urban surface model output to "usm_",
55! introduced control parameter varnamelength for LEN of trimvar.
56!
[2008]57! 2007 2016-08-24 15:47:17Z kanani
58! Added support for new urban surface model (temporary modifications of
59! SELECT CASE ( ) necessary, see variable trimvar)
60!
[2001]61! 2000 2016-08-20 18:09:15Z knoop
62! Forced header and separation lines into 80 columns
63!
[1981]64! 1980 2016-07-29 15:51:57Z suehring
65! Bugfix, in order to steer user-defined output, setting flag found explicitly
66! to .F.
67!
[1977]68! 1976 2016-07-27 13:28:04Z maronga
69! Output of radiation quantities is now done directly in the respective module
70!
[1973]71! 1972 2016-07-26 07:52:02Z maronga
72! Output of land surface quantities is now done directly in the respective module.
73! Unnecessary directive __parallel removed.
74!
[1961]75! 1960 2016-07-12 16:34:24Z suehring
76! Scalar surface flux added
77!
[1851]78! 1849 2016-04-08 11:33:18Z hoffmann
79! prr moved to arrays_3d
80!
[1823]81! 1822 2016-04-07 07:49:42Z hoffmann
82! prr vertical dimensions set to nzb_do to nzt_do. Unused variables deleted.
83!
[1809]84! 1808 2016-04-05 19:44:00Z raasch
85! test output removed
86!
[1784]87! 1783 2016-03-06 18:36:17Z raasch
88! name change of netcdf routines and module + related changes
89!
[1746]90! 1745 2016-02-05 13:06:51Z gronemeier
91! Bugfix: test if time axis limit exceeds moved to point after call of check_open
92!
[1692]93! 1691 2015-10-26 16:17:44Z maronga
94! Added output of radiative heating rates for RRTMG
95!
[1683]96! 1682 2015-10-07 23:56:08Z knoop
97! Code annotations made doxygen readable
98!
[1586]99! 1585 2015-04-30 07:05:52Z maronga
100! Added support for RRTMG
101!
[1552]102! 1551 2015-03-03 14:18:16Z maronga
[1551]103! Added suppport for land surface model and radiation model output. In the course
104! of this action, the limits for vertical loops have been changed (from nzb and
105! nzt+1 to nzb_do and nzt_do, respectively in order to allow soil model output).
106! Moreover, a new vertical grid zs was introduced.
[1329]107!
[1360]108! 1359 2014-04-11 17:15:14Z hoffmann
109! New particle structure integrated.
110!
[1354]111! 1353 2014-04-08 15:21:23Z heinze
112! REAL constants provided with KIND-attribute
113!
[1329]114! 1327 2014-03-21 11:00:16Z raasch
115! parts concerning avs output removed,
116! -netcdf output queries
117!
[1321]118! 1320 2014-03-20 08:40:49Z raasch
[1320]119! ONLY-attribute added to USE-statements,
120! kind-parameters added to all INTEGER and REAL declaration statements,
121! kinds are defined in new module kinds,
122! old module precision_kind is removed,
123! revision history before 2012 removed,
124! comment fields (!:) to be used for variable explanations added to
125! all variable declaration statements
[674]126!
[1319]127! 1318 2014-03-17 13:35:16Z raasch
128! barrier argument removed from cpu_log,
129! module interfaces removed
130!
[1309]131! 1308 2014-03-13 14:58:42Z fricke
132! Check, if the limit of the time dimension is exceeded for parallel output
133! To increase the performance for parallel output, the following is done:
134! - Update of time axis is only done by PE0
135!
[1245]136! 1244 2013-10-31 08:16:56Z raasch
137! Bugfix for index bounds in case of 3d-parallel output
138!
[1116]139! 1115 2013-03-26 18:16:16Z hoffmann
140! ql is calculated by calc_liquid_water_content
141!
[1107]142! 1106 2013-03-04 05:31:38Z raasch
143! array_kind renamed precision_kind
144!
[1077]145! 1076 2012-12-05 08:30:18Z hoffmann
146! Bugfix in output of ql
147!
[1054]148! 1053 2012-11-13 17:11:03Z hoffmann
149! +nr, qr, prr, qc and averaged quantities
150!
[1037]151! 1036 2012-10-22 13:43:42Z raasch
152! code put under GPL (PALM 3.9)
153!
[1035]154! 1031 2012-10-19 14:35:30Z raasch
155! netCDF4 without parallel file support implemented
156!
[1008]157! 1007 2012-09-19 14:30:36Z franke
158! Bugfix: missing calculation of ql_vp added
159!
[1]160! Revision 1.1  1997/09/03 06:29:36  raasch
161! Initial revision
162!
163!
164! Description:
165! ------------
[1682]166!> Output of the 3D-arrays in netCDF and/or AVS format.
[1]167!------------------------------------------------------------------------------!
[1682]168 SUBROUTINE data_output_3d( av )
169 
[1]170
[1320]171    USE arrays_3d,                                                             &
[2292]172        ONLY:  e, nc, nr, p, pt, prr, q, qc, ql, ql_c, ql_v, qr, rho_ocean, s, &
173               sa, tend, u, v, vpt, w
[1320]174       
[1]175    USE averaging
[1320]176       
[2696]177#if defined( __chem )
178    USE chemistry_model_mod,                                                   &
179        ONLY:  chem_data_output_3d
180#endif       
181
[1320]182    USE cloud_parameters,                                                      &
[1849]183        ONLY:  l_d_cp, pt_d_t
[1320]184       
185    USE control_parameters,                                                    &
[2696]186        ONLY:  air_chemistry, cloud_physics, do3d, do3d_no, do3d_time_count,   &
187               io_blocks, io_group, land_surface, message_string,              &
188               ntdim_3d, nz_do3d,                                              &
[2232]189               psolver, simulated_time, time_since_reference_point,            &
190               urban_surface, varnamelength
[1320]191       
192    USE cpulog,                                                                &
193        ONLY:  log_point, cpu_log
194       
195    USE indices,                                                               &
[2696]196        ONLY:  nbgp, nx, nxl, nxr, ny, nyn, nys, nzb, wall_flags_0
[1320]197       
198    USE kinds
199   
[1551]200    USE land_surface_model_mod,                                                &
[2232]201        ONLY: lsm_data_output_3d, nzb_soil, nzt_soil
[1551]202
[1783]203#if defined( __netcdf )
204    USE NETCDF
205#endif
206
207    USE netcdf_interface,                                                      &
[2696]208        ONLY:  fill_value, id_set_3d, id_var_do3d, id_var_time_3d, nc_stat,    &
[1783]209               netcdf_data_format, netcdf_handle_error
[1320]210       
211    USE particle_attributes,                                                   &
[1359]212        ONLY:  grid_particles, number_of_particles, particles,                 &
213               particle_advection_start, prt_count
[1320]214       
[1]215    USE pegrid
216
[2209]217    USE plant_canopy_model_mod,                                                &
218        ONLY:  pcm_data_output_3d, plant_canopy
219       
[1585]220    USE radiation_model_mod,                                                   &
[2696]221        ONLY:  nzub, nzut, radiation, radiation_data_output_3d
[1585]222
[2696]223    USE turbulence_closure_mod,                                                &
224        ONLY:  tcm_data_output_3d
225
[2007]226    USE urban_surface_mod,                                                     &
[2696]227        ONLY:  usm_data_output_3d
[1585]228
[2007]229
[1]230    IMPLICIT NONE
231
[1682]232    INTEGER(iwp) ::  av        !<
[2696]233    INTEGER(iwp) ::  flag_nr   !< number of masking flag
[1682]234    INTEGER(iwp) ::  i         !<
235    INTEGER(iwp) ::  if        !<
236    INTEGER(iwp) ::  j         !<
237    INTEGER(iwp) ::  k         !<
238    INTEGER(iwp) ::  n         !<
239    INTEGER(iwp) ::  nzb_do    !< vertical lower limit for data output
240    INTEGER(iwp) ::  nzt_do    !< vertical upper limit for data output
[1]241
[1682]242    LOGICAL      ::  found     !<
243    LOGICAL      ::  resorted  !<
[1]244
[1682]245    REAL(wp)     ::  mean_r    !<
246    REAL(wp)     ::  s_r2      !<
247    REAL(wp)     ::  s_r3      !<
[1]248
[1682]249    REAL(sp), DIMENSION(:,:,:), ALLOCATABLE ::  local_pf  !<
[1]250
[1682]251    REAL(wp), DIMENSION(:,:,:), POINTER ::  to_be_resorted  !<
[1]252
[2011]253    CHARACTER (LEN=varnamelength) ::  trimvar  !< TRIM of output-variable string
[2007]254
[1]255!
256!-- Return, if nothing to output
257    IF ( do3d_no(av) == 0 )  RETURN
258
259    CALL cpu_log (log_point(14),'data_output_3d','start')
260
261!
262!-- Open output file.
[2512]263!-- For classic or 64bit netCDF output on more than one PE, each PE opens its
264!-- own file and writes the data of its subdomain in binary format. After the
265!-- run, these files are combined to one NetCDF file by combine_plot_fields.
[1031]266!-- For netCDF4/HDF5 output, data is written in parallel into one file.
[1327]267    IF ( netcdf_data_format < 5 )  THEN
268       CALL check_open( 30 )
269       IF ( myid == 0 )  CALL check_open( 106+av*10 )
[493]270    ELSE
[1327]271       CALL check_open( 106+av*10 )
[493]272    ENDIF
[1]273
274!
[1745]275!-- For parallel netcdf output the time axis must be limited. Return, if this
276!-- limit is exceeded. This could be the case, if the simulated time exceeds
277!-- the given end time by the length of the given output interval.
278    IF ( netcdf_data_format > 4 )  THEN
279       IF ( do3d_time_count(av) + 1 > ntdim_3d(av) )  THEN
280          WRITE ( message_string, * ) 'Output of 3d data is not given at t=',  &
281                                      simulated_time, '&because the maximum ', & 
282                                      'number of output time levels is ',      &
283                                      'exceeded.'
284          CALL message( 'data_output_3d', 'PA0387', 0, 1, 0, 6, 0 )
285          CALL cpu_log( log_point(14), 'data_output_3d', 'stop' )
286          RETURN
287       ENDIF
288    ENDIF
289
290!
[1031]291!-- Update the netCDF time axis
[1308]292!-- In case of parallel output, this is only done by PE0 to increase the
293!-- performance.
[1]294#if defined( __netcdf )
[1308]295    do3d_time_count(av) = do3d_time_count(av) + 1
296    IF ( myid == 0 )  THEN
[1327]297       nc_stat = NF90_PUT_VAR( id_set_3d(av), id_var_time_3d(av),           &
298                               (/ time_since_reference_point /),            &
299                               start = (/ do3d_time_count(av) /),           &
300                               count = (/ 1 /) )
[1783]301       CALL netcdf_handle_error( 'data_output_3d', 376 )
[1]302    ENDIF
303#endif
304
305!
306!-- Loop over all variables to be written.
307    if = 1
308
309    DO  WHILE ( do3d(av,if)(1:1) /= ' ' )
[2007]310
[1]311!
[2007]312!--    Temporary solution to account for data output within the new urban
313!--    surface model (urban_surface_mod.f90), see also SELECT CASE ( trimvar ).
[1]314!--    Store the array chosen on the temporary array.
[2007]315       trimvar = TRIM( do3d(av,if) )
[2011]316       IF ( urban_surface  .AND.  trimvar(1:4) == 'usm_' )  THEN
[2007]317          trimvar = 'usm_output'
318          resorted = .TRUE.
319          nzb_do   = nzub
320          nzt_do   = nzut
321       ELSE
322          resorted = .FALSE.
323          nzb_do   = nzb
324          nzt_do   = nz_do3d
325       ENDIF
[1551]326!
[1980]327!--    Set flag to steer output of radiation, land-surface, or user-defined
328!--    quantities
329       found = .FALSE.
330!
[1551]331!--    Allocate a temporary array with the desired output dimensions.
[2512]332       ALLOCATE( local_pf(nxl:nxr,nys:nyn,nzb_do:nzt_do) )
[2696]333!
334!--    Before each output, set array local_pf to fill value
335       local_pf = fill_value
336!
337!--    Set masking flag for topography for not resorted arrays
338       flag_nr = 0
[1551]339
[2007]340       SELECT CASE ( trimvar )
[1]341
342          CASE ( 'e' )
343             IF ( av == 0 )  THEN
344                to_be_resorted => e
345             ELSE
346                to_be_resorted => e_av
347             ENDIF
348
[771]349          CASE ( 'lpt' )
350             IF ( av == 0 )  THEN
351                to_be_resorted => pt
352             ELSE
353                to_be_resorted => lpt_av
354             ENDIF
355
[2292]356          CASE ( 'nc' )
357             IF ( av == 0 )  THEN
358                to_be_resorted => nc
359             ELSE
360                to_be_resorted => nc_av
361             ENDIF
362
[1053]363          CASE ( 'nr' )
364             IF ( av == 0 )  THEN
365                to_be_resorted => nr
366             ELSE
367                to_be_resorted => nr_av
368             ENDIF
369
[1]370          CASE ( 'p' )
371             IF ( av == 0 )  THEN
[727]372                IF ( psolver /= 'sor' )  CALL exchange_horiz( p, nbgp )
[1]373                to_be_resorted => p
374             ELSE
[727]375                IF ( psolver /= 'sor' )  CALL exchange_horiz( p_av, nbgp )
[1]376                to_be_resorted => p_av
377             ENDIF
378
379          CASE ( 'pc' )  ! particle concentration (requires ghostpoint exchange)
380             IF ( av == 0 )  THEN
[1359]381                IF ( simulated_time >= particle_advection_start )  THEN
382                   tend = prt_count
383                ELSE
384                   tend = 0.0_wp
385                ENDIF
[2512]386                DO  i = nxl, nxr
387                   DO  j = nys, nyn
[1551]388                      DO  k = nzb_do, nzt_do
[1]389                         local_pf(i,j,k) = tend(k,j,i)
390                      ENDDO
391                   ENDDO
392                ENDDO
393                resorted = .TRUE.
394             ELSE
395                to_be_resorted => pc_av
396             ENDIF
397
[1359]398          CASE ( 'pr' )  ! mean particle radius (effective radius)
[1]399             IF ( av == 0 )  THEN
[1359]400                IF ( simulated_time >= particle_advection_start )  THEN
401                   DO  i = nxl, nxr
402                      DO  j = nys, nyn
[1551]403                         DO  k = nzb_do, nzt_do
[1359]404                            number_of_particles = prt_count(k,j,i)
405                            IF (number_of_particles <= 0)  CYCLE
406                            particles => grid_particles(k,j,i)%particles(1:number_of_particles)
407                            s_r2 = 0.0_wp
408                            s_r3 = 0.0_wp
409                            DO  n = 1, number_of_particles
410                               IF ( particles(n)%particle_mask )  THEN
411                                  s_r2 = s_r2 + particles(n)%radius**2 * &
412                                         particles(n)%weight_factor
413                                  s_r3 = s_r3 + particles(n)%radius**3 * &
414                                         particles(n)%weight_factor
415                               ENDIF
416                            ENDDO
417                            IF ( s_r2 > 0.0_wp )  THEN
418                               mean_r = s_r3 / s_r2
419                            ELSE
420                               mean_r = 0.0_wp
421                            ENDIF
422                            tend(k,j,i) = mean_r
[1]423                         ENDDO
424                      ENDDO
425                   ENDDO
[1359]426                ELSE
427                   tend = 0.0_wp
428                ENDIF
[2512]429                DO  i = nxl, nxr
430                   DO  j = nys, nyn
[1551]431                      DO  k = nzb_do, nzt_do
[1]432                         local_pf(i,j,k) = tend(k,j,i)
433                      ENDDO
434                   ENDDO
435                ENDDO
436                resorted = .TRUE.
437             ELSE
438                to_be_resorted => pr_av
439             ENDIF
440
[1053]441          CASE ( 'prr' )
442             IF ( av == 0 )  THEN
[2512]443                DO  i = nxl, nxr
444                   DO  j = nys, nyn
[1822]445                      DO  k = nzb_do, nzt_do
[1053]446                         local_pf(i,j,k) = prr(k,j,i)
447                      ENDDO
448                   ENDDO
449                ENDDO
450             ELSE
[2512]451                DO  i = nxl, nxr
452                   DO  j = nys, nyn
[1822]453                      DO  k = nzb_do, nzt_do
[1053]454                         local_pf(i,j,k) = prr_av(k,j,i)
455                      ENDDO
456                   ENDDO
457                ENDDO
458             ENDIF
459             resorted = .TRUE.
460
[1]461          CASE ( 'pt' )
462             IF ( av == 0 )  THEN
463                IF ( .NOT. cloud_physics ) THEN
464                   to_be_resorted => pt
465                ELSE
[2512]466                   DO  i = nxl, nxr
467                      DO  j = nys, nyn
[1551]468                         DO  k = nzb_do, nzt_do
[1320]469                            local_pf(i,j,k) = pt(k,j,i) + l_d_cp *             &
470                                                          pt_d_t(k) *          &
[1]471                                                          ql(k,j,i)
472                         ENDDO
473                      ENDDO
474                   ENDDO
475                   resorted = .TRUE.
476                ENDIF
477             ELSE
478                to_be_resorted => pt_av
479             ENDIF
480
481          CASE ( 'q' )
482             IF ( av == 0 )  THEN
483                to_be_resorted => q
484             ELSE
485                to_be_resorted => q_av
486             ENDIF
[691]487
[1053]488          CASE ( 'qc' )
[1]489             IF ( av == 0 )  THEN
[1115]490                to_be_resorted => qc
[1]491             ELSE
[1115]492                to_be_resorted => qc_av
[1]493             ENDIF
494
[1053]495          CASE ( 'ql' )
496             IF ( av == 0 )  THEN
[1115]497                to_be_resorted => ql
[1053]498             ELSE
[1115]499                to_be_resorted => ql_av
[1053]500             ENDIF
501
[1]502          CASE ( 'ql_c' )
503             IF ( av == 0 )  THEN
504                to_be_resorted => ql_c
505             ELSE
506                to_be_resorted => ql_c_av
507             ENDIF
508
509          CASE ( 'ql_v' )
510             IF ( av == 0 )  THEN
511                to_be_resorted => ql_v
512             ELSE
513                to_be_resorted => ql_v_av
514             ENDIF
515
516          CASE ( 'ql_vp' )
517             IF ( av == 0 )  THEN
[1359]518                IF ( simulated_time >= particle_advection_start )  THEN
519                   DO  i = nxl, nxr
520                      DO  j = nys, nyn
[1551]521                         DO  k = nzb_do, nzt_do
[1359]522                            number_of_particles = prt_count(k,j,i)
523                            IF (number_of_particles <= 0)  CYCLE
524                            particles => grid_particles(k,j,i)%particles(1:number_of_particles)
525                            DO  n = 1, number_of_particles
526                               IF ( particles(n)%particle_mask )  THEN
527                                  tend(k,j,i) =  tend(k,j,i) +                 &
528                                                 particles(n)%weight_factor /  &
529                                                 prt_count(k,j,i)
530                               ENDIF
531                            ENDDO
[1007]532                         ENDDO
533                      ENDDO
534                   ENDDO
[1359]535                ELSE
536                   tend = 0.0_wp
537                ENDIF
[2512]538                DO  i = nxl, nxr
539                   DO  j = nys, nyn
[1551]540                      DO  k = nzb_do, nzt_do
[1007]541                         local_pf(i,j,k) = tend(k,j,i)
542                      ENDDO
543                   ENDDO
544                ENDDO
545                resorted = .TRUE.
[1]546             ELSE
547                to_be_resorted => ql_vp_av
548             ENDIF
549
[1053]550          CASE ( 'qr' )
551             IF ( av == 0 )  THEN
552                to_be_resorted => qr
553             ELSE
554                to_be_resorted => qr_av
555             ENDIF
556
[1]557          CASE ( 'qv' )
558             IF ( av == 0 )  THEN
[2512]559                DO  i = nxl, nxr
560                   DO  j = nys, nyn
[1551]561                      DO  k = nzb_do, nzt_do
[1]562                         local_pf(i,j,k) = q(k,j,i) - ql(k,j,i)
563                      ENDDO
564                   ENDDO
565                ENDDO
566                resorted = .TRUE.
567             ELSE
568                to_be_resorted => qv_av
569             ENDIF
570
[2031]571          CASE ( 'rho_ocean' )
[96]572             IF ( av == 0 )  THEN
[2031]573                to_be_resorted => rho_ocean
[96]574             ELSE
[2031]575                to_be_resorted => rho_ocean_av
[96]576             ENDIF
[691]577
[1]578          CASE ( 's' )
579             IF ( av == 0 )  THEN
[1960]580                to_be_resorted => s
[1]581             ELSE
[355]582                to_be_resorted => s_av
[1]583             ENDIF
[691]584
[96]585          CASE ( 'sa' )
586             IF ( av == 0 )  THEN
587                to_be_resorted => sa
588             ELSE
589                to_be_resorted => sa_av
590             ENDIF
[691]591
[1]592          CASE ( 'u' )
[2696]593             flag_nr = 1
[1]594             IF ( av == 0 )  THEN
595                to_be_resorted => u
596             ELSE
597                to_be_resorted => u_av
598             ENDIF
599
600          CASE ( 'v' )
[2696]601             flag_nr = 2
[1]602             IF ( av == 0 )  THEN
603                to_be_resorted => v
604             ELSE
605                to_be_resorted => v_av
606             ENDIF
607
608          CASE ( 'vpt' )
609             IF ( av == 0 )  THEN
610                to_be_resorted => vpt
611             ELSE
612                to_be_resorted => vpt_av
613             ENDIF
614
615          CASE ( 'w' )
[2696]616             flag_nr = 3
[1]617             IF ( av == 0 )  THEN
618                to_be_resorted => w
619             ELSE
620                to_be_resorted => w_av
621             ENDIF
[2007]622!             
623!--       Block of urban surface model outputs   
624          CASE ( 'usm_output' )
625             CALL usm_data_output_3d( av, do3d(av,if), found, local_pf,     &
626                                         nzb_do, nzt_do )
[1]627
628          CASE DEFAULT
[1972]629
[1]630!
[1972]631!--          Land surface quantity
632             IF ( land_surface )  THEN
633!
634!--             For soil model quantities, it is required to re-allocate local_pf
635                nzb_do = nzb_soil
636                nzt_do = nzt_soil
637
638                DEALLOCATE ( local_pf )
[2512]639                ALLOCATE( local_pf(nxl:nxr,nys:nyn,nzb_do:nzt_do) )
[2696]640                local_pf = fill_value
[1972]641
642                CALL lsm_data_output_3d( av, do3d(av,if), found, local_pf )
643                resorted = .TRUE.
[1976]644
645!
646!--             If no soil model variable was found, re-allocate local_pf
647                IF ( .NOT. found )  THEN
648                   nzb_do = nzb
649                   nzt_do = nz_do3d
650
651                   DEALLOCATE ( local_pf )
[2512]652                   ALLOCATE( local_pf(nxl:nxr,nys:nyn,nzb_do:nzt_do) )                 
[1976]653                ENDIF
654
[1972]655             ENDIF
656
[2696]657             IF ( .NOT. found )  THEN
658                CALL tcm_data_output_3d( av, do3d(av,if), found, local_pf )
659                resorted = .TRUE.
660             ENDIF
661
[1972]662!
[1976]663!--          Radiation quantity
664             IF ( .NOT. found  .AND.  radiation )  THEN
665                CALL radiation_data_output_3d( av, do3d(av,if), found,         &
666                                               local_pf )
667                resorted = .TRUE.
668             ENDIF
669
670!
[2696]671!--          Chemistry model output
672#if defined( __chem )
673             IF ( .NOT. found  .AND.  air_chemistry )  THEN
674                CALL chem_data_output_3d( av, do3d(av,if), found,              &
675                                          local_pf )
676                resorted = .TRUE.
677             ENDIF
678#endif
679
680!
[2209]681!--          Plant canopy model output
682             IF ( .NOT. found  .AND.  plant_canopy )  THEN
[2696]683                CALL pcm_data_output_3d( av, do3d(av,if), found, local_pf,     &
684                                         fill_value )
[2209]685                resorted = .TRUE.
686             ENDIF
687
688!
[1]689!--          User defined quantity
[1972]690             IF ( .NOT. found )  THEN
691                CALL user_data_output_3d( av, do3d(av,if), found, local_pf,    &
692                                          nzb_do, nzt_do )
693                resorted = .TRUE.
694             ENDIF
[1]695
[254]696             IF ( .NOT. found )  THEN
[1320]697                message_string =  'no output available for: ' //               &
[274]698                                  TRIM( do3d(av,if) )
[254]699                CALL message( 'data_output_3d', 'PA0182', 0, 0, 0, 6, 0 )
[1]700             ENDIF
701
702       END SELECT
703
704!
705!--    Resort the array to be output, if not done above
706       IF ( .NOT. resorted )  THEN
[2512]707          DO  i = nxl, nxr
708             DO  j = nys, nyn
[1551]709                DO  k = nzb_do, nzt_do
[2696]710                   local_pf(i,j,k) = MERGE(                                    &
711                                      to_be_resorted(k,j,i),                   &
712                                      REAL( fill_value, KIND = wp ),           &
713                                      BTEST( wall_flags_0(k,j,i), flag_nr ) )
[1]714                ENDDO
715             ENDDO
716          ENDDO
717       ENDIF
718
719!
[1327]720!--    Output of the 3D-array
721#if defined( __parallel )
722       IF ( netcdf_data_format < 5 )  THEN
[1]723!
[1327]724!--       Non-parallel netCDF output. Data is output in parallel in
725!--       FORTRAN binary format here, and later collected into one file by
726!--       combine_plot_fields
727          IF ( myid == 0 )  THEN
728             WRITE ( 30 )  time_since_reference_point,                   &
729                           do3d_time_count(av), av
[1]730          ENDIF
[1327]731          DO  i = 0, io_blocks-1
732             IF ( i == io_group )  THEN
[2512]733                WRITE ( 30 )  nxl, nxr, nys, nyn, nzb_do, nzt_do
[1551]734                WRITE ( 30 )  local_pf(:,:,nzb_do:nzt_do)
[1327]735             ENDIF
[1972]736
[1327]737             CALL MPI_BARRIER( comm2d, ierr )
[1972]738
[1327]739          ENDDO
[559]740
[1327]741       ELSE
[646]742#if defined( __netcdf )
[493]743!
[1327]744!--       Parallel output in netCDF4/HDF5 format.
[2512]745!          IF ( nxr == nx  .AND.  nyn /= ny )  THEN
746!             nc_stat = NF90_PUT_VAR( id_set_3d(av), id_var_do3d(av,if),  &
747!                               local_pf(nxl:nxr+1,nys:nyn,nzb_do:nzt_do),    &
748!                start = (/ nxl+1, nys+1, nzb_do+1, do3d_time_count(av) /),  &
749!                count = (/ nxr-nxl+2, nyn-nys+1, nzt_do-nzb_do+1, 1 /) )
750!          ELSEIF ( nxr /= nx  .AND.  nyn == ny )  THEN
751!             nc_stat = NF90_PUT_VAR( id_set_3d(av), id_var_do3d(av,if),  &
752!                               local_pf(nxl:nxr,nys:nyn+1,nzb_do:nzt_do),    &
753!                start = (/ nxl+1, nys+1, nzb_do+1, do3d_time_count(av) /),  &
754!                count = (/ nxr-nxl+1, nyn-nys+2, nzt_do-nzb_do+1, 1 /) )
755!          ELSEIF ( nxr == nx  .AND.  nyn == ny )  THEN
756!             nc_stat = NF90_PUT_VAR( id_set_3d(av), id_var_do3d(av,if),  &
757!                             local_pf(nxl:nxr+1,nys:nyn+1,nzb_do:nzt_do  ),  &
758!                start = (/ nxl+1, nys+1, nzb_do+1, do3d_time_count(av) /),  &
759!                count = (/ nxr-nxl+2, nyn-nys+2, nzt_do-nzb_do+1, 1 /) )
760!          ELSE
[1327]761             nc_stat = NF90_PUT_VAR( id_set_3d(av), id_var_do3d(av,if),  &
[1551]762                                 local_pf(nxl:nxr,nys:nyn,nzb_do:nzt_do),    &
763                start = (/ nxl+1, nys+1, nzb_do+1, do3d_time_count(av) /),  &
764                count = (/ nxr-nxl+1, nyn-nys+1, nzt_do-nzb_do+1, 1 /) )
[2512]765!          ENDIF
[1783]766          CALL netcdf_handle_error( 'data_output_3d', 386 )
[646]767#endif
[1327]768       ENDIF
[1]769#else
770#if defined( __netcdf )
[1327]771       nc_stat = NF90_PUT_VAR( id_set_3d(av), id_var_do3d(av,if),        &
[1551]772                         local_pf(nxl:nxr+1,nys:nyn+1,nzb_do:nzt_do),        &
[1327]773                         start = (/ 1, 1, 1, do3d_time_count(av) /),     &
[2512]774                         count = (/ nx+1, ny+1, nzt_do-nzb_do+1, 1 /) )
[1783]775       CALL netcdf_handle_error( 'data_output_3d', 446 )
[1]776#endif
777#endif
778
779       if = if + 1
780
781!
[1551]782!--    Deallocate temporary array
783       DEALLOCATE ( local_pf )
[1]784
[1551]785    ENDDO
[1]786
[1318]787    CALL cpu_log( log_point(14), 'data_output_3d', 'stop' )
[1]788
789!
790!-- Formats.
[1320]7913300 FORMAT ('variable ',I4,'  file=',A,'  filetype=unformatted  skip=',I12/   &
[1]792             'label = ',A,A)
793
794 END SUBROUTINE data_output_3d
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.