source: palm/trunk/SCRIPTS/subjob @ 555

Last change on this file since 555 was 555, checked in by raasch, 11 years ago

New:
---

Changed:


Documentation for surface_heatflux in case of prandtl_layer = .F. improved.

bugfix for wrong netcdf/3.6.3 module on lcsgi (mbuild, mrun)

Errors:


Bugfix in if statement (disturb_heatflux)

Bugfix: in 2201 statement: closing " was missing (interpret_config)

Bugfix: default setting of nzb_local for flat topography (init_grid)

Bugfix: wrong dimension used for ts_value_l (user_statistics)

disturb_heatflux, init_grid, interpret_config, user_statistics

  • Property svn:keywords set to Id Rev
File size: 47.2 KB
Line 
1#!/bin/ksh
2# subjob - Plot-Shellskript         Version:  @(#)SUBJOB 1.0
3# $Id: subjob 555 2010-09-07 07:32:53Z raasch $
4
5     # Prozedur zum automatischen Generieren von Batch-Jobs, die unter NQS
6     # laufen sollen und deren Ergebnis (Dayfile) zum Job-generierenden
7     # Host zurueckgeschickt werden sollen
8
9
10     # letzte Aenderung:
11     # 29/06/94 - Siggi - Beginn mit Erstellung der Originalversion
12     # 08/07/94 - Siggi - Originalversion abgeschlossen (Version 1.0)
13     # 06/02/98 - Siggi - berte validiert
14     # 27/01/01 - Siggi - ground.yonsei.ac.kr validiert, Jobs zur T3E in Korea
15     #                    moeglich
16     # 08/02/01 - Siggi - alle subjob-Meldungen ins englische uebersetzt
17     # 25/05/02 - Siggi - Unterstuetzung des LoadLeveler
18     # 30/05/02 - Siggi - Validierung fuer ibm-Rechner in Seoul (nobel) sowie
19     #                    allgemeine Anpassungen fuer ibm-Rechner
20     # 15/10/02 - Siggi - Neue Default-Jobklasse (p_normal) fuer IBM in Seoul
21     #                    Ruecktransfer des Jobprotokolls fuer diese
22     #                    Maschine abgeschaltet
23     # 31/10/02 - Siggi - berni validiert
24     # 06/11/02 - Siggi - Neue Jobklassen auf ibmb und ibmh
25     # 08/11/02 - Siggi - quanero validiert
26     # 11/12/02 - Siggi - Notification fuer Transfer-Jobs abgeschaltet
27     # 23/01/03 - Siggi - hostname nobel changed to nobela
28     # 06/02/03 - Siggi - gregale validated
29     # 12/02/03 - Siggi - orkan and maestro validated
30     # 21/02/03 - Siggi - all nobel nodes in Seoul validated
31     # 12/03/03 - Siggi - nec at DKRZ validated
32     # 13/03/03 - Siggi - new nqs resource variable Memory
33     # 07/04/03 - Siggi - processor request option -c on nech needs tasks per
34     #                    node
35     # 11/04/03 - Siggi - network on ibms has attribute "shared"
36     # 31/07/03 - Siggi - nqs2 on nech implemented (provisional: -h nech2)
37     #                    cxxl added to ibmh
38     # 29/08/03 - Siggi - changes in job queues and communication system on
39     #                    ibms
40     # 24/10/03 - Siggi - using alternate hanni address 130.75.4.2
41     # 30/10/03 - Siggi - nech is not supported any more
42     # 10/11/03 - Siggi - nech2 renamed to nech
43     # 20/11/03 - Siggi - submit command on nech changed from qsub.test to qsub
44     # 29/03/04 - Siggi - ground not supported any more, gfdl3 validated
45     # 31/03/04 - Siggi - new option -N for node usage
46     # 12/04/04 - Siggi - scp2 instead of scp used for transfer from decalpha
47     #                    due to error in ssh installation (otherwise a prompt
48     #                    for the password appears)
49     # 23/07/04 - Siggi - changes due to the new berni configuration
50     #                    (federation switch)
51     # 01/09/04 - Gerald  new job-classes on hanni
52     # 08/09/04 - Siggi - hanni IP address changed to 130.75.4.10
53     # 23/11/04 - Siggi - new job class cdata on hanni and berni
54     # 03/12/04 - Siggi - notification on ibm switched of in case of
55     #                    delete_dayfile = true, node usage in cdev set to
56     #                    shared
57     # 16/02/05 - Gerald  hababai validated
58     # 29/03/05 - Micha - new job class channi on hanni
59     # 11/05/05 - Siggi - ConsumableMemory is now required as resource keyword
60     #                    on ibms
61     # 24/05/05 - Siggi - Default queue on ibms changed from p_normal_1.3 to
62     #                    p_normal
63     # 30/06/05 - Siggi - network changed for queue cdev from "us" to "ip"
64     # 12/07/05 - Siggi - in network.mpi on ibmh/ibmb "csss" changed to
65     #                    "sn_all", new job class cexp
66     # 08/09/05 - Siggi - IP-address of gfdl3 changed
67     # 31/10/05 - Siggi - new job class pp on hurricane, serial jobs on
68     #                    hurricane (with -X0)
69     # 01/11/05 - Siggi - missing queue for jobs submitted on nech (for nech)
70     #                    added
71     # 30/12/05 - Siggi - change of IP adresses in subnet 130.75.105
72     # 09/02/06 - Siggi - ibmy admitted
73     # 10/02/06 - Siggi - scp2 changed to /bin/scp on decalpha
74     # 13/04/06 - Siggi - ostria admitted
75     # 18/04/06 - Siggi - new option -O for OpenMP usage
76     # 24/05/06 - Siggi - lctit admitted, ftpjob renamed scpjob
77     # 25/07/06 - Siggi - gfdl5 (ibmy) admitted for submitting jobs
78     # 27/09/06 - Siggi - breg/hreg extended with berni/hanni
79     # 25/10/06 - Siggi - data_limit set to 1.76 GByte on hanni and berni
80     # 28/11/06 - Siggi - levanto admitted
81     # 13/02/07 - Siggi - hpmuk releated code removed
82     # 01/03/07 - Siggi - adjustments for RIAM machines gate and NEC-SX8 (n-sx)
83     # 12/04/07 - Siggi - option -f (filetransfer protocol) removed, scp only
84     # 27/07/07 - Siggi - autan admitted
85     # 03/08/07 - Marcus- lcfimm admitted
86     # 08/10/07 - Siggi - further job classes added for hanni (csoloh...)
87     # 15/10/07 - Siggi - preliminary adjustments for lctit based on Jin's
88     #                    suggestions
89     # 19/10/07 - Marcus- add new optional argument -g group_number
90     # 19/10/07 - Siggi - a ";" was missing in the last change done by Marcus
91     # 30/10/07 - Marcus- further adjustments for queues on lctit
92     # 15/05/08 - Siggi - adjustments for lcxt4 (Bergen Center for Computational
93     #                    Science)
94     # 14/07/08 - Siggi - adjustments for lcsgih
95     # 23/09/08 - Gerald- paesano admitted
96     # 02/10/08 - Siggi - PBS adjustments for lcxt4
97     # 02/03/09 - Siggi - Adjustments for new NEC-SX9 at RIAM
98     # 16/04/09 - Marcus- Adjustments for lcsgib and lcsgih
99     # 21/04/09 - Siggi - adjustments for new IBM at DKRZ, which is now ibmh
100     # 18/05/09 - Siggi - Settings for serial jobs on lcsgi changed
101     # 24/06/09 - BjornM- adjustments for lcxt4 (loading modules manually)
102     # 08/07/09 - Siggi - option -e added (email notification on lcsgih/b)
103     # 20/07/09 - Siggi - On lcsgi, jobs for returning the job protocol are
104     #                    now run on the data nodes (feature=data)
105     # 25/08/09 - BjornM- adapted for lck
106     # 26/08/09 - Marcus- caurus admitted; optional qos feature hiprio on lcsgi
107     # 03/09/09 - Siggi - PBS sgi feature directive only used if explicitly
108     #                    set in the config file by the user
109     # 16/10/09 - Carolin-adjustments for archiving on SGI-ICE of binary files;
110     #                    adding special1q
111     # 01/12/09 - BjornM- re-adjustments for lcxt4, added sno (130.75.105.113)
112     # 16/10/09 - Carolin-adding permq
113     # 01/02/10 - Siggi - adapted for lcxt5m and lckyoto (Fujitsu HX600)
114     # 03/02/10 - Siggi - bug in serial jobs removed
115     # 26/02/10 - BjornM- re-adjustments for lcxt4 (new modules, email
116     #                    notification)
117     # 01/03/10 - Siggi - loading of modules controlled by environment variable
118     #                    module_calls
119     # 17/08/10 - BjornM- re-adjustments for lcxt4 (location of qsub)
120     # 25/08/10 - BjornM- account geofysisk replaced by guest for lcxt4
121     # 25/08/10 - Siggi - new variable project_account in pbs-statements for
122     #                    lcxt4
123
124
125
126    # VARIABLENVEREINBARUNGEN + DEFAULTWERTE
127 delete_dayfile=false
128 email_notification=none
129 group_number=none
130 locat=normal
131 no_default_queue=none
132 no_submit=false
133 job_catalog="~/job_queue"
134 job_name=none
135 local_user=$LOGNAME
136 node_usage=shared
137 numprocs=0
138 punkte="..........................................................."
139 submcom=qsub
140 queue=default
141 remote_host=none
142 remote_user=""
143 verify=true
144
145 typeset  -i   cputime=0  memory=0  Memory=0  minuten  resttime  sekunden  stunden
146 typeset  -i   inumprocs  nodes=0  tasks_per_node=0  threads_per_task=1
147 typeset  -L20 spalte1
148 typeset  -R40 spalte2
149 typeset  -L60 spalte3
150
151
152
153    # FEHLERBEHANDLUNG
154    # BEI EXIT:
155 trap 'if [[ $locat != normal ]]
156       then
157          case  $locat  in
158             (option)  printf "\n  --> available optios can be displayed"
159                       printf " by typing:"
160                       printf "\n      \"subjob ?\" \n";;
161             (ftpcopy|parameter|scp|verify)  printf "\n";;
162             (*)       printf "\n  +++ unknown error"
163                       printf "\n      please inform S. Raasch!\n"
164          esac
165          [[ -f $job_to_send ]]  &&  rm  $job_to_send
166          printf "\n\n+++ SUBJOB killed \n\n"
167       fi' exit
168
169
170    # BEI TERMINAL-BREAK:
171 trap '[[ -f $job_to_send ]]  &&  rm  $job_to_send
172       printf "\n\n+++ SUBJOB killed \n\n"
173       exit
174      ' 2
175
176
177
178
179    # LOKALEN HOSTNAMEN FESTSTELLEN
180 local_host=$(hostname)
181
182
183
184    # HOSTSPEZIFISCHE VARIABLEN VEREINBAREN BZW. PRUEFEN, OB LOKALER HOST
185    # UEBERHAUPT ZULAESSIG IST
186 case  $local_host  in
187     (atmos)                 local_addres=172.20.25.35;   local_host=lcide;;
188     (autan)                 local_addres=130.75.105.57;  local_host=lcmuk;;
189     (bora)                  local_addres=130.75.105.103; local_host=lcmuk;;
190     (bd1)                   local_addres=130.73.232.64;  local_host=lcsgib;;
191     (bd2)                   local_addres=130.73.232.65;  local_host=lcsgib;;
192     (bd3)                   local_addres=130.73.232.66;  local_host=lcsgib;;
193     (bd4)                   local_addres=130.73.232.67;  local_host=lcsgib;;
194     (b01*|bicegate1)        local_addres=130.73.232.102; local_host=lcsgib;;
195     (bicegate2)             local_addres=130.73.232.103; local_host=lcsgib;;
196     (breg*-en0|berni*-en0)  local_addres=130.73.230.10;  local_host=ibmb;;
197     (breva)                 local_addres=130.75.105.98;  local_host=lcmuk;;
198     (bicegate2)             local_addres=130.73.232.103; local_host=lcsgib;;
199     (caurus)                local_addres=130.75.105.19;  local_host=lcmuk;;
200     (compute-*.local)       local_addres=172.20.4.2;     local_host=lcfimm;;
201     (cs*)                   local_addres=136.172.44.131; local_host=nech;;
202     (elephanta)             local_addres=130.75.105.6;   local_host=lcmuk;;
203     (fimm.bccs.uib.no)      local_addres=172.20.4.2;     local_host=lcfimm;;
204     (node*)                 local_addres=165.132.26.61   local_host=lck;;
205     (gallego)               local_addres=130.75.105.10;  local_host=lcmuk;;
206     (gfdl5)                 local_addres=165.132.26.58;  local_host=ibmy;;
207     (gfdl3.yonsei.ac.kr)    local_addres=165.132.26.56;  local_host=decalpha;;
208     (gregale)               local_addres=130.75.105.109; local_host=lcmuk;;
209     (hababai)               local_addres=130.75.105.108; local_host=lcmuk;;
210     (hexagon.bccs.uib.no)   local_addres=129.177.20.113; local_host=lcxt4;;
211     (hd1)                   local_addres=130.75.4.104;   local_host=lcsgih;;
212     (hd2)                   local_addres=130.75.4.105;   local_host=lcsgih;;
213     (hd3)                   local_addres=130.75.4.106;   local_host=lcsgih;;
214     (hd4)                   local_addres=130.75.4.107;   local_host=lcsgih;;
215     (h01*|hicegate1)        local_addres=130.75.4.102;   local_host=lcsgih;;
216     (hicegate2)             local_addres=130.75.4.103;   local_host=lcsgih;;
217     (hx*)                   local_addres=133.3.51.11;    local_host=lckyoto;;
218     (blizzard1)             local_addres=136.172.40.15;  local_host=ibmh;;
219     (irifi)                 local_addres=130.75.105.104; local_host=lcmuk;;
220     (sno)                   local_addres=130.75.105.113; local_host=lcmuk;;
221     (levanto)               local_addres=130.75.105.45;  local_host=lcmuk;;
222     (maestro)               local_addres=130.75.105.2;   local_host=lcmuk;;
223     (meteo-login*)          local_addres=193.166.211.144;local_host=lcxt5m;;
224     (nid*)                  local_addres=129.177.20.113; local_host=lcxt4;;
225     (nobel*)                local_addres=150.183.5.101;  local_host=ibms;;
226     (orkan)                 local_addres=130.75.105.3;   local_host=lcmuk;;
227     (ostria)                local_addres=130.75.105.106; local_host=lcmuk;;
228     (paesano)               local_addres=130.75.105.46;  local_host=lcmuk;;
229     (quanero)               local_addres=130.75.105.107; local_host=lcmuk;;
230     (scirocco)              local_addres=172.20.25.41;   local_host=lcmuk;;
231     (sun1|sun2)             local_addres=130.75.6.1;     local_host=unics;;
232     (sx-*)                  local_addres=172.16.1.131;   local_host=necriam;;
233     (r1*)                   local_addres=130.75.4.102;   local_host=lcsgih;;
234     (r2*)                   local_addres=130.73.232.102; local_host=lcsgib;;
235     (tgg*)                  local_addres=172.17.75.161;  local_host=lctit;;
236     (vorias)                local_addres=172.20.25.43;   local_host=lcmuk;;
237     (*)                     printf "\n  +++ \"$local_host\" unknown";
238                             printf "\n      please inform S. Raasch!";
239                             locat=parameter; exit;;
240 esac
241
242
243
244    # REMOTE HOST DEFAULTMAESSIG = LOCAL HOST SETZEN
245 remote_host=$local_host
246
247
248
249
250    # PROZEDUROPTIONEN EINLESEN
251 while  getopts  :c:dDe:g:h:m:n:N:O:q:t:T:u:vX:  option
252 do
253   case  $option  in
254       (c)   job_catalog=$OPTARG;;
255       (d)   delete_dayfile=true;;
256       (D)   no_submit=true;;
257       (e)   email_notification=$OPTARG;;
258       (g)   group_number=$OPTARG;;
259       (h)   remote_host=$OPTARG;;
260       (m)   memory=$OPTARG;;
261       (n)   job_name=$OPTARG;;
262       (N)   node_usage=$OPTARG;;
263       (O)   threads_per_task=$OPTARG;;
264       (q)   no_default_queue=$OPTARG;;
265       (t)   cputime=$OPTARG;;
266       (T)   tasks_per_node=$OPTARG;;
267       (u)   remote_user=$OPTARG;;
268       (v)   verify=false;;
269       (X)   numprocs=$OPTARG;;
270       (\?)  printf "\n  +++ Option $OPTARG unknown \n";
271             locat=option; exit;;
272   esac
273 done
274
275
276    # JOBDATEINAMEN ALS NAECHSTES ARGUMENT HOLEN
277 shift OPTIND-1; file_to_send=$1
278
279
280    # KURZE AUFRUFBESCHREIBUNG WIRD HIER AUSGEGEBEN
281 if [ "$1" = "?" ]
282 then
283   (printf "\n  *** subjob can be called as follows:\n"
284    printf "\n      subjob -c.. -d -D -h.. -m.. -q.. -t.. -u.. -v  <jobfile>\n"
285    printf "\n      Description of available options:\n"
286    printf "\n      Option  Description                         Default-Value"
287    printf "\n        -c    job-input- and output-catalog       ~/job_queue"
288    printf "\n        -d    no job-protocol will be created     ---"
289    printf "\n        -D    only the job-file will be created   ---"
290    printf "\n        -h    execution host, available hosts:    $remote_host"
291    printf "\n              ibm, ibmb, ibmh, ibms, ibmy, lcmuk,"
292    printf "\n              lctit, nech, necriam, unics"
293    printf "\n        -m    memory demand per process in MByte  ---"
294    printf "\n        -n    jobname                             <jobdatei>"
295    printf "\n        -O    threads per task (for OpenMP usage) 1"
296    printf "\n        -q    job-queue to be used                default"
297    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds         ---"
298    printf "\n        -T    tasks per node (on parallel hosts)  ---"
299    printf "\n        -u    username on execution host          from .netrc"
300    printf "\n        -v    no prompt for confirmation          ---"
301    printf "\n        -X    # of processors (on parallel hosts) 1"
302    printf "\n "
303    printf "\n      The only possible positional parameter is <jobfile>:"
304    printf "\n      The complete NQS-job must be provided here."
305    printf "\n      <jobfile>=? creates this outline\n\n") | more
306    exit
307 fi
308
309
310
311    # PRUEFEN, OB JOBDATEI ANGEGEBEN WURDE UND OB SIE AUCH EXISTIERT
312 if [[ "$file_to_send" = "" ]]
313 then
314    printf "\n  +++ job-file missing"
315    locat=parameter; exit
316 else
317    if [[ -f $file_to_send ]]
318    then
319       true
320    else
321       printf "\n  +++ job-file: "
322       printf "\n           $file_to_send"
323       printf "\n      does not exist"
324       locat=parameter; exit
325    fi
326 fi
327
328
329
330    # FALLS KEIN JOBNAME ANGEGEBEN WURDE, WIRD JOBNAME = JOBDATEINAME
331    # GESETZT. VORAUSSETZUNG: JOBDATEINAME BEINHALTET KEINE PFADE
332 if [[ $job_name = none ]]
333 then
334    job_name=$file_to_send
335 fi
336 if [[ $(echo $job_name | grep -c "/") != 0 ]]
337 then
338    printf "\n  +++ job-file name: "
339    printf "\n           $job_name"
340    printf "\n      must not contain \"/\"-characters"
341    locat=parameter; exit
342 fi
343
344
345
346
347    # HOSTSPEZIFISCHE GROESSEN VEREINBAREN BZW. ABBRUCH BEI UNZULAESSIGEM HOST
348    # ODER WENN HOST NICHT ANGEGEBEN WURDE
349 if [[ $remote_host = none ]]
350 then
351    printf "\n  +++ host missing"
352    locat=option; exit
353 else
354    case  $remote_host  in
355        (ibm)     queue=p690_standard; remote_addres=134.76.99.81; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
356        (ibmb)    queue=cpar; remote_addres=130.73.230.10; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
357        (ibmh)    queue=no_class; remote_addres=136.172.40.15; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
358        (ibms)    queue=p_normal; remote_addres=150.183.5.101; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
359        (ibmy)    queue=parallel; remote_addres=165.132.26.58; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
360        (lcfimm)  remote_addres=172.20.4.2; submcom=/opt/torque/bin/qsub;;
361        (lckyoto) remote_addres=133.3.51.11; submcom=/thin/local/bin/qsub;;
362        (lcsgib)  queue=smallq; remote_addres=130.73.232.104; submcom=/opt/moab/bin/msub;;
363        (lcsgih)  queue=smallq; remote_addres=130.75.4.101; submcom=/opt/moab/bin/msub;;
364        (lck)     remote_addres=165.132.26.61; submcom=/usr/torque/bin/qsub;;
365        (lctit)   queue=lctit; remote_addres=172.17.75.161; submcom=/n1ge/TITECH_GRID/tools/bin/n1ge;;
366        (lcxt4)   remote_addres=129.177.20.113; submcom=/opt/torque/2.4.9-snap.201005191035/bin/qsub;;
367        (lcxt5m)  remote_addres=193.166.211.144; submcom=/opt/pbs/10.1.0.91350/bin/qsub;;
368        (nech)    qsubmem=memsz_job; qsubtime=cputim_job; remote_addres=136.172.44.147; submcom="/usr/local/bin/qsub";;
369        (necriam) qsubmem=memsz_job; qsubtime=cputim_job; remote_addres=172.16.1.131; submcom="/usr/bin/nqsII/qsub";;
370        (vpp)     qsubmem=m; qsubtime=t; queue=vpp; remote_addres=130.75.4.130;;
371        (unics)   qsubmem=d; qsubtime=t; queue=unics; remote_addres=130.75.6.1;;
372        (*)       printf "\n  +++ hostname \"$remote_host\" not allowed";
373                  locat=parameter; exit;;
374    esac
375 fi
376
377
378    # EVTL. PRUEFEN, OB ANGEGEBENE QUEUE ZULAESSIG IST
379 if [[ $no_default_queue != none ]]
380 then
381    error=false
382    ndq=$no_default_queue
383    case  $remote_host  in
384        (ibm)    case  $ndq  in
385                     (p690_express|p690_standard|p690_long)  error=false;;
386                     (*)                                     error=true;;
387                 esac;;
388        (ibmb)   case  $ndq  in
389                     (cdata|cdev|cexp|c1|cshare|csolo|cspec) error=false;;
390                     (*)                                     error=true;;
391                 esac;;
392        (ibmh)   case  $ndq  in
393                     (no_class)  error=false;;
394                     (*)                                     error=true;;
395                 esac;;
396        (ibms)   case  $ndq  in
397                     (express|normal|p_express|p_normal|p_normal_1.3|p_normal_1.7|grand)     error=false;;
398                     (*)                                     error=true;;
399                 esac;;
400        (ibmy)   case  $ndq  in
401                     (parallel)                              error=false;;
402                     (*)                                     error=true;;
403                 esac;;
404        (lckyoto) case  $ndq  in
405                     (eh|ph)                                 error=false;;
406                     (*)                                     error=true;;
407                 esac;;
408        (lcsgib|lcsgih)   case  $ndq  in
409                     (testq|serialq|smallq|mediumq|bigq|workq|dataq|permq|special1q)       error=false;;
410                     (*)                                     error=true;;
411                 esac;;
412        (lctit)  case  $ndq  in
413                     (novice|sla1|sla2|sla3|RAM64GB|RAM128GB)    error=false;;
414                     (*)                                     error=true;;
415                 esac;;
416        (t3eb)   case  $ndq  in
417                     (berte|p50|p100|p392|forfree|p25himem)  error=false;;
418                     (*)    error=true;;
419                 esac;;
420        (necriam) case  $ndq  in
421                     (SP|SS|P6)  error=false;;
422                     (*)    error=true;;
423                 esac;;
424        (t3eh)   case  $ndq  in
425                     (para_t3e|em|k|l|lm|comp_t3e|c|p|ht)  error=false;;
426                     (*)    error=true;;
427                 esac;;
428        (t3ej2|t3ej5)  case  $ndq  in
429                     (low|normal|high)  error=false;;
430                     (*)    error=true;;
431                 esac;;
432        (t3es)  case  $ndq  in
433                     (batch|serial-4|pe4|p48|pe16|pe32|pe64|pe128)  error=false;;
434                     (*)    error=true;;
435                 esac;;
436        (unics)  case  $ndq  in
437                     (unics|ht)  error=false;;
438                     (*)         error=true;;
439                 esac;;
440    esac
441    if [[ $error = true ]]
442    then
443       printf "\n  +++ queue \"$no_default_queue\" on host \"$remote_host\" not allowed"
444       locat=parameter; exit
445    else
446       queue=$no_default_queue
447    fi
448 fi
449
450
451
452    # KNOTENNUTZUNG IN ENTWICKLERQUEUE MUSS SHARED SEIN
453 if [[ $node_usage != shared  &&  $queue = cdev ]]
454 then
455    node_usage=shared
456 fi
457
458
459
460    # PRUEFEN DER CPU-ZEIT, ZEIT NACH STUNDEN, MINUTEN UND SEKUNDEN
461    # AUFTEILEN
462 done=false
463 while [[ $done = false ]]
464 do
465    if (( $cputime <= 0 ))
466    then
467       printf "\n  +++ wrong cpu-time or cpu-time missing"
468       printf "\n  >>> Please type cpu-time in seconds as INTEGER:"
469       printf "\n  >>> "
470       read  cputime  1>/dev/null  2>&1
471    else
472       done=true
473    fi
474 done
475 if [[ $remote_host = nech ]]
476 then
477    if (( tasks_per_node != 0 ))
478    then
479       (( cputime = cputime * tasks_per_node ))
480    elif [[ $numprocs != 0 ]]
481    then
482       (( cputime = cputime * numprocs ))
483    fi
484 fi
485 (( stunden  = cputime / 3600 ))
486 (( resttime = cputime - stunden * 3600 ))
487 (( minuten  = resttime / 60 ))
488 (( sekunden = resttime - minuten * 60 ))
489 timestring=${stunden}:${minuten}:${sekunden}
490
491
492
493    # PRUEFEN DER KERNSPEICHERANFORDERUNG
494 done=false
495 while [[ $done = false ]]
496 do
497    if (( memory <= 0 ))
498    then
499       printf "\n  +++ wrong memory demand or memory demand missing"
500       printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
501       printf "\n  >>> "
502       read  memory  1>/dev/null  2>&1
503    else
504       done=true
505    fi
506 done
507
508 if [[ $remote_host = nech  ||  $remote_host = necriam ]]
509 then
510    if (( tasks_per_node != 0 ))
511    then
512       (( Memory = memory * tasks_per_node / 1000 ))
513    elif [[ $numprocs != 0 ]]
514    then
515       (( Memory = memory * numprocs / 1000 ))
516    else
517       (( Memory = memory / 1000 ))
518    fi
519 fi
520
521
522    # SPEICHERBERECHNUNG BEI OPENMP-NUTZUNG
523 if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
524 then
525    (( memory = memory * threads_per_task ))
526 fi
527
528
529    # BERECHNUNG DER ANZAHL DER ZU VERWENDENDEN KNOTEN
530 if (( tasks_per_node != 0 ))
531 then
532    if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-5) = lcsgi ]]
533    then
534       (( nodes = numprocs / tasks_per_node ))
535    else
536       (( nodes = numprocs / ( tasks_per_node * threads_per_task ) ))
537    fi
538 fi
539
540
541
542    # HEADER-AUSGABE
543 if [[ $verify = true ]]
544 then
545    printf "\n\n"
546    printf "#--------------------------------------------------------------# \n"
547    spalte1=SUBJOB;spalte2=$(date)
548    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
549    printf "|                                                              | \n"
550    printf "| values of parameters/options:                                | \n"
551    spalte1=local_host$punkte; spalte2=$punkte$local_host
552    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
553    spalte1=remote_host$punkte; spalte2=$punkte$remote_host
554    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
555    spalte1=queue$punkte; spalte2=$punkte$queue
556    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
557    spalte1=memory$punkte; spalte2="$punkte$memory mb"
558    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
559    spalte1=cputime$punkte; spalte2="$punkte$cputime sec"
560    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
561    spalte1=job_name$punkte; spalte2="$punkte$job_name"
562    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
563    printf "#--------------------------------------------------------------# \n\n"
564
565
566       # KONTROLLABFRAGE, OB ALLES O.K.
567    antwort="dummy"
568    while [[ $antwort != y  &&  $antwort != Y  &&  $antwort != n  &&  $antwort != N ]]
569    do
570       read antwort?" >>> continue (y/n) ? "
571    done
572    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
573    then
574       locat=verify; exit
575    fi
576    printf "\n"
577 fi
578
579
580
581    # ZUFALLSKENNUNG GENERIEREN UND JOBNAMEN AUF ZIELRECHNER BESTIMMEN
582 kennung=$RANDOM
583 job_on_remhost=${job_name}_${kennung}_$local_host
584 job_to_send=job_to_send_$kennung
585 if [[ $delete_dayfile = false ]]
586 then
587    remote_dayfile=${local_host}_${job_name}_result_$kennung
588    local_dayfile=${remote_host}_${job_name}
589 else
590    remote_dayfile=/dev/null
591    if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
592    then
593       notification='# @ notification = never'
594    fi
595 fi
596
597
598
599    # QSUB- ODER LL-KOMMANDOS BZW. SKRIPTE  GENERIEREN
600 if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm  &&  $numprocs != 0 ]]
601 then
602
603    if [[ $remote_host = ibmy ]]
604    then
605       consumable_memory=""
606    else
607       consumable_memory="ConsumableMemory($memory mb)"
608    fi
609
610    if [[ $remote_host = ibmh ]]
611    then
612       data_limit=""
613       network_to_use=""
614       class=""
615       environment=""
616    else
617       class="# @ class = $queue"
618       environment="# @ environment = OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task; MP_SHARED_MEMORY=yes"
619       if [[ $queue = cdev ]]
620       then
621          data_limit="# @ data_limit = 1.76gb"
622          network_to_use="# @ network.mpi = sn_all,shared,ip"
623       else
624          if [[ $remote_host = ibms ]]
625          then
626             network_to_use="# @ network.mpi = csss,shared,us"
627          elif [[ $remote_host = ibmy ]]
628          then
629             network_to_use=""
630          else
631             network_to_use="# @ network.mpi = sn_all,shared,us"
632             data_limit="# @ data_limit = 1.76gb"
633          fi
634       fi
635    fi
636
637    cat > $job_to_send << %%END%%
638#!/bin/ksh
639# @ shell = /bin/ksh
640
641# @ job_type = parallel
642# @ job_name = palm
643# @ wall_clock_limit = ${timestring},$timestring
644# @ resources = ConsumableCpus($threads_per_task) $consumable_memory
645# @ output = $remote_dayfile
646# @ error = $remote_dayfile
647# @ image_size = 50
648$class
649$environment
650$network_to_use
651$data_limit
652$notification
653
654%%END%%
655
656    if (( nodes > 0 ))
657    then
658
659       cat >> $job_to_send << %%END%%
660# @ node = $nodes
661# @ tasks_per_node = $tasks_per_node
662# @ node_usage = $node_usage
663# @ queue
664
665%%END%%
666
667    else
668
669       if [[ $remote_host != ibmy ]]
670       then
671
672          cat >> $job_to_send << %%END%%
673# @ blocking = unlimited
674# @ total_tasks = $numprocs
675# @ node_usage = $node_usage
676# @ queue
677
678%%END%%
679
680       else
681
682          cat >> $job_to_send << %%END%%
683# @ node = 1
684# @ total_tasks = $numprocs
685# @ queue
686
687%%END%%
688
689       fi
690
691    fi
692
693 elif [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm  &&  $numprocs = 0 ]]
694 then
695
696    cat > $job_to_send << %%END%%
697#!/bin/ksh
698
699# @ job_type = serial
700# @ node_usage = $node_usage
701# @ job_name = palm
702# @ wall_clock_limit = ${timestring},$timestring
703# @ resources = ConsumableCpus(1) ConsumableMemory(1 gb)
704# @ output = $remote_dayfile
705# @ error = $remote_dayfile
706$class
707$notification
708
709# @ queue
710
711%%END%%
712
713 elif [[ $remote_host = lcfimm ]]
714 then
715
716    if [[ $numprocs != 0 ]]
717    then
718       cat > $job_to_send << %%END%%
719#!/bin/ksh
720#PBS -N $job_name
721#PBS -A $project_account
722#PBS -l walltime=$timestring
723#PBS -l nodes=${nodes}:ppn=$tasks_per_node
724#PBS -l pmem=${memory}mb
725#PBS -m abe
726#PBS -o $remote_dayfile
727#PBS -j oe
728mpd &
729
730%%END%%
731
732    else
733       cat > $job_to_send << %%END%%
734#!/bin/ksh
735#PBS -N $job_name
736#PBS -A $project_account
737#PBS -l walltime=$timestring
738#PBS -l ncpus=1
739#PBS -l pmem=${memory}mb
740#PBS -m abe
741#PBS -o $remote_dayfile
742#PBS -j oe
743
744%%END%%
745
746    fi
747
748 elif [[ $remote_host = lck ]]
749 then
750
751    if [[ $numprocs != 0 ]]
752    then
753       cat > $job_to_send << %%END%%
754#!/bin/ksh
755#PBS -N $job_name
756#PBS -l walltime=$timestring
757#PBS -l ncpus=$numprocs
758#PBS -l pmem=${memory}mb
759#PBS -o $remote_dayfile
760#PBS -j oe
761
762mpd &
763
764%%END%%
765
766    else
767       cat > $job_to_send << %%END%%
768#!/bin/ksh
769#PBS -N $job_name
770#PBS -l walltime=$timestring
771#PBS -l ncpus=1
772#PBS -l pmem=${memory}mb
773#PBS -o $remote_dayfile
774#PBS -j oe
775
776%%END%%
777
778    fi
779
780 elif [[ $remote_host = lcsgih  ||  $remote_host = lcsgib ]]
781 then
782
783    if [[ "$sgi_feature" != "" ]]
784    then
785       feature_directive="#PBS -l feature=$sgi_feature"
786    else
787       feature_directive=""
788    fi
789   
790    if [[ $queue = dataq || $queue = permq ]]
791    then
792       feature_directive="#PBS -l feature=data"
793    fi
794
795    if [[ $queue = testq  ||  $queue = workq  ||  $queue = dataq  ||  $queue = permq ||  $queue = serialq  ||  $queue = special1q ]]
796    then
797       queue_directive="#PBS -q $queue"
798    else
799       queue_directive=""
800    fi
801
802    if [[ $email_notification = none ]]
803    then
804       email_directive=""
805    else
806       email_directive="#PBS -M $email_notification"
807    fi
808
809    if [[ $numprocs != 0 ]]
810    then
811       cat > $job_to_send << %%END%%
812#!/bin/bash
813#PBS -N $job_name
814#PBS -l walltime=$timestring
815#PBS -l nodes=$nodes:ppn=${tasks_per_node}
816#PBS -l naccesspolicy=$node_usage
817#PBS -o $remote_dayfile
818#PBS -j oe
819$feature_directive
820$queue_directive
821$email_directive
822
823. /usr/share/modules/init/bash
824$module_calls
825
826echo ld_library_path=\$LD_LIBRARY_PATH
827
828%%END%%
829
830    else
831       cat > $job_to_send << %%END%%
832#PBS -S /bin/bash
833#PBS -N $job_name
834#PBS -l walltime=$timestring
835#PBS -l ncpus=1
836#PBS -o $remote_dayfile
837#PBS -j oe
838$queue_directive
839$email_directive
840
841. /usr/share/modules/init/bash
842$module_calls
843
844%%END%%
845
846    fi
847
848 elif [[ $remote_host = lcxt4 ]]
849 then
850
851    if [[ $numprocs != 0 ]]
852    then
853       cat > $job_to_send << %%END%%
854#!/bin/ksh
855#PBS -S /bin/ksh
856#PBS -N $job_name
857#PBS -A $project_account
858#PBS -j oe
859#PBS -l walltime=$timestring
860#PBS -l mppwidth=${numprocs}
861#PBS -l mppnppn=${tasks_per_node}
862#PBS -m abe
863#PBS -o $remote_dayfile
864$email_directive
865
866. /opt/modules/default/init/ksh
867$module_calls
868
869%%END%%
870
871    else
872       cat > $job_to_send << %%END%%
873#!/bin/ksh
874#PBS -S /bin/ksh
875#PBS -N $job_name
876#PBS -A $project_account
877#PBS -j oe
878#PBS -l walltime=$timestring
879#PBS -l ncpus=1
880#PBS -l pmem=${memory}mb
881#PBS -m abe
882$email_directive
883#PBS -o $remote_dayfile
884
885. /opt/modules/default/init/ksh
886$module_calls
887
888%%END%%
889
890    fi
891
892 elif [[ $remote_host = lckyoto ]]
893 then
894
895       cat > $job_to_send << %%END%%
896#!/bin/ksh
897# @\$-o $remote_dayfile
898# @\$-eo -oi
899# @\$-lP 16
900# @\$-lp 1   
901# @\$-lm 28gb  -llm unlimited -ls unlimited
902# @\$-q $queue
903# @\$-Pvn abs_pack
904##for intel? @\$-Pvn abs_unpack -Pvs unpack -Pvc unpack
905#. /thin/local/etc/setprofile/intel-11.0.sh
906#. /thin/local/etc/setprofile/mvapich2-1.4+intel-11.0.sh
907. ~/.myprofile
908#. /home2/t/t51254/palm/current_version/myprofile
909#. /thin/apps/pgi/mpi.sh
910#
911env
912#
913set -x
914
915%%END%%
916
917 elif [[ $remote_host = lcxt5m ]]
918 then
919
920    if [[ $numprocs != 0 ]]
921    then
922       cat > $job_to_send << %%END%%
923#!/bin/ksh
924#PBS -S /bin/ksh
925#PBS -N $job_name
926#PBS -j oe
927#PBS -l walltime=$timestring
928#PBS -l mppwidth=${numprocs}
929#PBS -l mppnppn=${tasks_per_node}
930#PBS -m abe
931#PBS -o $remote_dayfile
932
933. /opt/modules/default/init/ksh
934$module_calls
935
936%%END%%
937
938    else
939       cat > $job_to_send << %%END%%
940#!/bin/ksh
941#PBS -S /bin/ksh
942#PBS -N $job_name
943#PBS -j oe
944#PBS -l walltime=$timestring
945#PBS -l ncpus=1
946#PBS -l pmem=${memory}mb
947#PBS -m abe
948#PBS -o $remote_dayfile
949
950. /opt/modules/default/init/ksh
951$module_calls
952
953%%END%%
954
955    fi
956
957 elif [[ $remote_host = nech ]]
958 then
959
960    if (( nodes > 1 ))
961    then
962       cat > $job_to_send << %%END%%
963#!/bin/ksh
964#PBS -l cpunum_prc=$tasks_per_node,cputim_job=$cputime
965#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb
966#PBS -b $nodes
967#PBS -o $remote_dayfile
968#PBS -N palm
969#PBS -j o
970#PBS -T mpisx
971
972%%END%%
973
974    elif [[ $numprocs != 0 ]]
975    then
976       cat > $job_to_send << %%END%%
977#!/bin/ksh
978#PBS -l cpunum_prc=$tasks_per_node,cputim_job=$cputime
979#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb
980#PBS -o $remote_dayfile
981#PBS -N palm
982#PBS -j o
983
984%%END%%
985
986    else
987       cat > $job_to_send << %%END%%
988#!/bin/ksh
989#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb,${qsubtime}=$cputime
990#PBS -o $remote_dayfile
991#PBS -j o
992
993%%END%%
994
995    fi
996
997 elif [[ $remote_host = necriam ]]
998 then
999
1000    if (( nodes > 1 ))
1001    then
1002       cat > $job_to_send << %%END%%
1003#!/bin/ksh
1004#PBS -b $nodes
1005#PBS -o $remote_dayfile
1006#PBS -N $job_name
1007#PBS -j o
1008#PBS -v MPIPROGINV=YES
1009
1010%%END%%
1011
1012    elif [[ $numprocs != 0 ]]
1013    then
1014       cat > $job_to_send << %%END%%
1015#!/bin/ksh
1016#PBS -q ${queue}
1017#PBS -o $remote_dayfile
1018#PBS -N $job_name
1019#PBS -j o
1020#PBS -v MPIPROGINV=YES
1021
1022%%END%%
1023
1024    else
1025       cat > $job_to_send << %%END%%
1026#!/bin/ksh
1027#PBS -o $remote_dayfile
1028#PBS -j o
1029
1030%%END%%
1031
1032    fi
1033
1034 elif [[ $remote_host = lctit ]]
1035 then
1036    cat > $job_to_send << %%END%%
1037#!/bin/bash
1038#$ -S /bin/bash
1039cd $job_catalog
1040export PATH=$PALM_BIN:\$PATH
1041echo \$PATH
1042
1043%%END%%
1044
1045       # OPTIONEN FUER SUBMIT-KOMMANDO ZUSAMMENSTELLEN
1046  #  submcom="$submcom  -N $job_name  -sgeout $remote_dayfile  -q default"
1047    submcom="$submcom -g $group_number -N $job_name -rt 4320 -sgeout $remote_dayfile  -q $node_usage "
1048
1049 else
1050
1051    cat > $job_to_send << %%END%%
1052# @\$-q ${queue}
1053# @\$-l${qsubtime} $timestring
1054# @\$-l${qsubmem} ${memory}mb
1055# @\$-o $remote_dayfile
1056# @\$-eo
1057
1058%%END%%
1059
1060 fi
1061
1062
1063    # BEI RECHNUNG AUF REMOTE-MASCHINEN RUECKTRANSFER DES DAYFILES PER TRAP
1064    # BEI EXIT VERANLASSEN
1065    # VEKTORRECHNER MUSS EIGENEN JOB STARTEN, DA DORT NOHUP NICHT FUNKTIONIERT
1066    # AUF IBM IN SEOUL IST RUECKTRANSFER ZUR ZEIT GENERELL NICHT MOEGLICH
1067 if [[ $delete_dayfile = false  &&  $remote_host != $local_host ]]
1068 then
1069    echo "set +vx"                              >>  $job_to_send
1070    echo "trap '"                               >>  $job_to_send
1071    echo "set +vx"                              >>  $job_to_send
1072    if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm  ||  $(echo $remote_host | cut -c1-5) = lcsgi  ||  $(echo $remote_host | cut -c1-3) = nec  ||  $remote_host = lctit ]]
1073    then
1074       if [[ $remote_host = ibmb  ||  $remote_host = ibmh ]]
1075       then
1076          return_queue=c1
1077       elif [[ $remote_host = ibms ]]
1078       then
1079          return_queue=p_normal
1080       elif [[ $remote_host = ibmy ]]
1081       then
1082          return_queue=serial
1083       elif [[ $remote_host = lcsgih  ||  $remote_host = lcsgib ]]
1084       then
1085          return_queue=serialq
1086       elif [[ $remote_host = lctit ]]
1087       then
1088          return_queue=sla3
1089       elif [[ $remote_host = necriam ]]
1090       then
1091          return_queue=SP
1092       else
1093          return_queue=unknown
1094       fi
1095
1096       if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
1097       then
1098
1099          echo "echo \"#!/bin/ksh\" >> scpjob.$kennung"               >>  $job_to_send
1100          echo "echo \"# @ job_type = serial\" >> scpjob.$kennung"    >>  $job_to_send
1101          echo "echo \"# @ job_name = transfer\" >> scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
1102          echo "echo \"# @ resources = ConsumableCpus(1) ConsumableMemory(1 gb)\" >> scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
1103          echo "echo \"# @ wall_clock_limit = 00:10:00,00:10:00\" >> scpjob.$kennung "  >>  $job_to_send
1104          echo "echo \"# @ output = job_queue/last_job_transfer_protocol\" >> scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
1105          echo "echo \"# @ error = job_queue/last_job_transfer_protocol\" >> scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
1106          if [[ $host != "ibmh" ]]
1107          then
1108             echo "echo \"# @ class = $return_queue\" >> scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
1109          fi
1110          echo "echo \"# @ image_size = 10\" >> scpjob.$kennung"      >>  $job_to_send
1111          echo "echo \"# @ notification = never\" >> scpjob.$kennung" >>  $job_to_send
1112
1113          echo "echo \"# @ queue\" >> scpjob.$kennung"                >>  $job_to_send
1114          echo "echo \" \" >> scpjob.$kennung"                        >>  $job_to_send
1115
1116          echo "echo \"set -x\" >> scpjob.$kennung"                   >>  $job_to_send
1117          echo "echo \"batch_scp  -d  -w 10  -u $local_user  $local_addres  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \\\"$job_catalog\\\"  $local_dayfile\" >> scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
1118          echo "echo \"exit\" >> scpjob.$kennung"                     >>  $job_to_send
1119
1120       elif [[ $remote_host = nech ]]
1121       then
1122          echo "cd /pf/b/${remote_user}/job_queue" >>  $job_to_send
1123          echo "cat > scpjob.$kennung << %%END%%"  >>  $job_to_send
1124          echo "#PBS -l ${qsubmem}=1GB,${qsubtime}=100"  >>  $job_to_send
1125          echo "#PBS -o last_job_transfer_protocol"      >>  $job_to_send
1126          echo "#PBS -j o"                         >>  $job_to_send
1127          echo " "                                 >>  $job_to_send
1128          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
1129          echo "cd /pf/b/${remote_user}/job_queue" >>  $job_to_send
1130          echo "batch_scp  -d  -w 10  -u $local_user $local_addres  $remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1131          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1132          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
1133
1134       elif [[ $remote_host = necriam ]]
1135       then
1136          echo "cat > scpjob.$kennung << %%END%%"  >>  $job_to_send
1137          echo "#PBS -q $return_queue"             >>  $job_to_send
1138          echo "#PBS -o last_job_transfer_protocol"      >>  $job_to_send
1139          echo "#PBS -j o"                         >>  $job_to_send
1140          echo " "                                 >>  $job_to_send
1141          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
1142          echo "batch_scp  -d  -w 10  -u $local_user $local_addres  $remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1143          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1144          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
1145
1146       elif [[ $(echo $remote_host | cut -c1-5) = lcsgi ]]
1147       then
1148          echo "cat > scpjob.$kennung << %%END%%"  >>  $job_to_send
1149          echo "#!/bin/bash"                             >>  $job_to_send
1150          echo "#PBS -N job_protocol_transfer"           >>  $job_to_send
1151          echo "#PBS -l walltime=00:30:00"               >>  $job_to_send
1152          echo "#PBS -l nodes=1:ppn=1"                   >>  $job_to_send
1153          echo "#PBS -l feature=data"                    >>  $job_to_send
1154          echo "#PBS -o \$HOME/job_queue/last_job_transfer_protocol"      >>  $job_to_send
1155          echo "#PBS -j oe"                        >>  $job_to_send
1156          echo " "                                 >>  $job_to_send
1157          echo ". /usr/share/modules/init/bash"    >>  $job_to_send
1158          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
1159          echo "batch_scp  -d  -w 10  -u $local_user $local_addres  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1160          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1161          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
1162
1163       elif [[ $remote_host = lctit ]]
1164       then
1165          echo "cat > scpjob.$kennung << %%END%%"          >>  $job_to_send
1166          echo "set -x"                                    >>  $job_to_send
1167          echo "PATH=\$PATH:$job_catalog/../pub"           >>  $job_to_send
1168          echo "cd $job_catalog"                           >>  $job_to_send
1169          echo "batch_scp  -d  -w 10  -u $local_user $local_addres  $remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1170          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1171          echo "%%END%%"                                   >>  $job_to_send
1172
1173       else
1174
1175          echo "cat > scpjob.$kennung << %%END%%"  >>  $job_to_send
1176          echo "# @\\\$-q $return_queue"           >>  $job_to_send
1177          echo "# @\\\$-l${qsubtime} 10"           >>  $job_to_send
1178          echo "# @\\\$-l${qsubmem} 10mb"          >>  $job_to_send
1179          if [[ $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5  ||  $remote_host = t3es ]]
1180          then
1181             echo "# @\$-l mpp_p=0"                >>  $job_to_send
1182          fi
1183          echo '# @\$-lF 10mb'                     >>  $job_to_send
1184#          echo '# @\$-o /dev/null'                 >>  $job_to_send
1185          echo '# @\$-o job_queue/last_job_transfer_protocol'    >>  $job_to_send
1186          echo '# @\\\$-eo'                          >>  $job_to_send
1187          echo " "                                 >>  $job_to_send
1188          if [[ $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5 ]]
1189          then
1190             echo "set +vx"                        >>  $job_to_send
1191             echo ". .profile"                     >>  $job_to_send
1192          fi
1193          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
1194          echo "batch_scp  -d  -w 10  -u $local_user $local_addres  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile  >  /dev/null"  >>  $job_to_send
1195          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1196          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
1197       fi
1198
1199       if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
1200       then
1201          echo "llsubmit  scpjob.$kennung"      >>  $job_to_send
1202       elif [[ $(echo $remote_host | cut -c1-5) = lcsgi ]]
1203       then
1204          echo "chmod  u+x  scpjob.$kennung"    >>  $job_to_send
1205          echo "msub  scpjob.$kennung"          >>  $job_to_send
1206       elif [[ $remote_host = lctit ]]
1207       then
1208          echo "chmod  u+x  scpjob.$kennung"    >>  $job_to_send
1209          echo "rm -rf ${job_catalog}/last_job_transfer_protocol"  >>  $job_to_send
1210          echo "n1ge  -N jobtransfer  -q $return_queue  -sgeout ${job_catalog}/last_job_transfer_protocol  scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
1211          echo "sleep 10"                       >>  $job_to_send
1212       elif [[ $remote_host = t3eb  ||  $remote_host = t3eh  ||  $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5 ]]
1213       then
1214          echo "qsub -J n  scpjob.$kennung"     >>  $job_to_send
1215       elif [[ $remote_host = t3es ]]
1216       then
1217          echo "qsub -J n  -s /bin/ksh  scpjob.$kennung"     >>  $job_to_send
1218       else
1219          echo "qsub  scpjob.$kennung"          >>  $job_to_send
1220       fi
1221       echo "rm  scpjob.$kennung"               >>  $job_to_send
1222       if [[ $remote_host = nech ]]
1223       then
1224          echo "cd -"                           >>  $job_to_send
1225       fi
1226    else
1227#       echo "ftpcopy  -d  $local_addres  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1228       echo "nohup  ftpcopy  -d  -w 15  $local_addres  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile  >  /dev/null  &"  >>  $job_to_send
1229    fi
1230    echo "set -x"                               >>  $job_to_send
1231    echo "     ' exit"                          >>  $job_to_send
1232    echo "set -x"                               >>  $job_to_send
1233 fi
1234
1235
1236
1237    # EIGENTLICHE JOB-DATEI AN QSUB-KOMMANDOS ANHAENGEN
1238 cat  $file_to_send  >>  $job_to_send
1239
1240 if [[ $remote_host = ibm ]]
1241 then
1242    echo " "         >>  $job_to_send
1243    echo "exit"      >>  $job_to_send
1244 fi
1245 if [[ $remote_host = lctit ]]
1246 then
1247    echo " "                               >>  $job_to_send
1248    echo "rm ~/job_queue/$job_on_remhost"  >>  $job_to_send
1249 fi
1250
1251
1252
1253    # USER-NAME AUF ZIELRECHNER AUS .NETRC-DATEI ERMITTELN
1254 if [[ -z $remote_user ]]
1255 then
1256    if [[ $remote_host = t3eb  ||  $remote_host = t3eh  ||  $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5  ||  $remote_host = t3es  ||  $remote_host = vpp ]]
1257    then
1258       grep  $remote_addres  ~/.netrc | read dum dum dum remote_user dum dum
1259    fi
1260 fi
1261
1262
1263
1264    # JOB AUF ZIELRECHNER TRANSFERIEREN BZW. INS JOBVERZEICHNIS KOPIEREN
1265 if [[ $no_submit = false ]]
1266 then
1267    if [[ $remote_host != $local_host ]]
1268    then
1269       [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n >>> transfering job to \"$remote_host\"..."
1270       if [[ $remote_host = ibms  ||  $remote_host = ibmy ]]    # ssh on ibms cannot handle "~/"
1271       then
1272          job_catalog_save=$job_catalog
1273          job_catalog=job_queue
1274       elif [[ $remote_host = nech ]]
1275       then
1276          job_catalog_save=$job_catalog
1277          job_catalog=/hpf/b/${remote_user}/job_queue
1278       fi
1279       if [[ $local_host = decalpha ]]
1280       then
1281             # VERWENDUNG VON SCP AUF DECALPHA FRAGT FEHLERHAFTERWEISE
1282             # PASSWORT AB
1283          /bin/scp  $job_to_send  ${remote_user}@${remote_addres}:${job_catalog}/$job_on_remhost
1284       elif [[ $remote_host = nech ]]
1285       then
1286             # DATEIEN KOENNEN NUR UEBER DEN ARCHIVE-SERVER DES DKRZ
1287             # TRANSFERIERT WERDEN
1288          scp  $job_to_send  ${remote_user}@136.172.44.205:${job_catalog}/$job_on_remhost
1289       else
1290          scp  $job_to_send  ${remote_user}@${remote_addres}:${job_catalog}/$job_on_remhost
1291       fi
1292       if [[ $? = 1 ]]
1293       then
1294          locat=scp; exit
1295       fi
1296       if [[ $remote_host = ibms ]]
1297       then
1298          job_catalog=$job_catalog_save
1299       fi
1300       [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n >>> finished\n"
1301    else
1302       eval  job_catalog=$job_catalog
1303       cp  $job_to_send  ${job_catalog}/$job_on_remhost
1304    fi
1305
1306
1307
1308       # NQS- BZW. LOADLEVELER-JOB STARTEN
1309    if [[ $remote_host != $local_host ]]
1310    then
1311       [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n >>> submitting job using \"qsub\"...\n"
1312       if [[ $remote_host != lctit ]]
1313       then
1314          if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-5) = lcsgi  &&  $prio = true ]]
1315          then
1316             printf "\n >>> submit with HLRN qos-feature hiprio...\n"
1317             ssh  $remote_addres  -l $remote_user  "cd $job_catalog; $submcom -l qos=hiprio $job_on_remhost; rm $job_on_remhost"
1318          else
1319             ssh  $remote_addres  -l $remote_user  "cd $job_catalog; $submcom $job_on_remhost; rm $job_on_remhost"
1320          fi
1321       else
1322             # TIT ERLAUBT NUR DIE AUSFï¿œHRUNG GANZ BESTIMMTER KOMMANDOS
1323             # MIT SSH, DESHALB AUFRUF PER PIPE
1324             # UEBERGANGSWEISE CHECK, OB N1GE ENVIRONMENT WIRKLICH VERFUEGBAR
1325          print  "cd $job_catalog; chmod u+x $job_on_remhost"  |  ssh  $remote_addres  -l $remote_user  > /dev/null  2>&1 
1326          echo "first try" > send_protocol
1327          while [[ $(cat send_protocol | grep -c "Forwarding to N1GE") = 0 ]]
1328          do
1329             if [[ $(cat send_protocol | grep -c "first try") = 1 ]]
1330             then
1331                printf "\n trying to submit job to TIT cluster..."
1332             else
1333                printf "\n +++ failed ... trying to submit again ..."
1334             fi
1335             print  "cd $job_catalog; $submcom $job_on_remhost"  |  ssh  $remote_addres  -l $remote_user  >  send_protocol  2>&1 
1336             cat send_protocol
1337          done
1338          sleep 10
1339          print  "cd $job_catalog;  rm $job_on_remhost"  |  ssh  $remote_addres  -l $remote_user  > /dev/null  2>&1 
1340          echo "$submcom  $job_on_remhost"
1341          rm  send_protocol
1342       fi
1343
1344       [[ $verify = true ]]  &&  printf " >>> o.k.\n"
1345    else
1346       cd  $job_catalog
1347       if [[ $(echo $local_host | cut -c1-5) = lcsgi  ||  $(echo $local_host | cut -c1-3) = ibm ]]
1348       then
1349          eval  $submcom  $job_on_remhost
1350       elif [[  $local_host = lcfimm  ||  $local_host = lctit  ||  $localhost = lcxt4 || $localhost = lck ]]
1351       then
1352          eval  $submcom  $job_on_remhost
1353          echo "$submcom  $job_on_remhost"
1354          chmod  u+x  $job_on_remhost
1355
1356       elif [[ $local_host = nech ]]
1357       then
1358          if [[ $queue = default ]]
1359          then
1360             eval  $submcom  $job_on_remhost 
1361          else
1362             eval  $submcom  -q $queue  $job_on_remhost 
1363          fi
1364       else
1365          qsub  $job_on_remhost
1366       fi
1367          # JOBFILE DARF AUF LCTIT NICHT GELOESCHT WERDEN!! GESCHIEHT ERST AM JOBENDE
1368       [[ $local_host != lctit ]]  &&  rm  $job_on_remhost
1369       cd  -  > /dev/null
1370    fi
1371 fi
1372
1373
1374
1375    # ABSCHLUSSARBEITEN
1376
1377 if [[ $no_submit = false ]]
1378 then
1379    rm  $job_to_send
1380 fi
1381 [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n\n *** SUBJOB finished \n\n"
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.