source: palm/trunk/SCRIPTS/palmrun @ 2480

Last change on this file since 2480 was 2480, checked in by maronga, 4 years ago

added support for specifying project account in PBS

  • Property svn:executable set to *
  • Property svn:keywords set to Id
File size: 85.1 KB
Line 
1#!/bin/bash
2
3# palmrun - script for running PALM jobs
4
5#--------------------------------------------------------------------------------#
6# This file is part of PALM.
7#
8# PALM is free software: you can redistribute it and/or modify it under the terms
9# of the GNU General Public License as published by the Free Software Foundation,
10# either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
11#
12# PALM is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
13# WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR
14# A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
15#
16# You should have received a copy of the GNU General Public License along with
17# PALM. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
18#
19# Copyright 2017  Leibniz Universitaet Hannover
20#--------------------------------------------------------------------------------#
21#
22# Current revisions:
23# ------------------
24#
25#
26# Former revisions:
27# -----------------
28# $Id: palmrun 2480 2017-09-19 06:24:14Z maronga $
29# bugfix for last revision
30#
31# 2479 2017-09-19 06:12:16Z raasch
32# option -A (project account number) added
33#
34# 2422 2017-09-08 08:25:41Z raasch
35# initial revision
36#
37#--------------------------------------------------------------------------------#
38# palmrun - script for running PALM jobs on local and remote hosts
39#--------------------------------------------------------------------------------#
40
41
42 
43    # DECLARATION OF VARIABLES AND THEIR DEFAULT VALUES
44
45 set +o allexport    # SUPPRESS EXPORT OF ALL VARIABLES, SINCE IN THE PAST THIS
46                     # LEAD TO PROBLEMS IN ROUTINES CALLED BY PALMRUN
47                     # (TOO MANY ARGUMENTS - PROBLEM)
48 set +o noclobber    # EXISTING FILES ARE ALLOWED TO BE OVERWRITTEN
49
50 typeset -i  ibd=0 ibdt=0 iec=0 iic=0 iin=0 ioc=0 iout=0
51 typeset -x -i  memory=0   # HAS TO BE EXPORTED HERE, OTHERWISE AN UNKNOWN SIDE
52                           # SIDE EFFECT MAY CAUSE DATA LOSS WHEN GETOPTS IS READING THE
53                           # SCRIPT-OPTION ARGUMENTS
54 typeset -i  cores cputime cpu_hours cpu_minutes cpu_seconds i ii iia iii iio
55 typeset -i  icycle inode ival maxcycle mpi_tasks
56 typeset -i  nodes remaining_cores run_number tasks_per_node threads_per_task
57
58 activation_string_list=""
59 AddFilenames=""
60 combine_plot_fields=true
61 compiler_name=""
62 compiler_name_ser=""
63 compiler_options=""
64 cores=""
65 cores_atmos=0
66 cores_ocean=0
67 coupled_dist=""
68 cpp_options=""
69 cpumax=0
70 create_jobfile_only=false
71 delete_temporary_catalog=true
72 create_batch_job=false
73 create_remote_batch_job=false
74 dashes="  ----------------------------------------------------------------------------"
75 defaultqueue=""
76 do_compile=true
77 do_trace=false
78 executable=""
79 execute_command=""
80 execution_error=false
81 fileconnection_file=.palm.iofiles
82 fname=test
83 global_revision=""
84 host_identifier="default"
85 hostfile=""
86 hp=""
87 keep_data_from_previous_run=false
88 link_local_input=false
89 link_local_output=false
90 linker_options=""
91 local_jobcatalog=""
92 locat=normal
93 makefile=""
94 max_par_io_str=""
95 prc=$0
96 while [[ $(echo $prc | grep -c "/") != 0 ]]
97 do
98    prc=`echo $prc | cut -f2- -d"/"`
99 done
100 module_calls=""
101 palmrun_script_name=$prc
102 openmp=false
103 project_account=""
104 queue=none
105 restart_run=false
106 return_address=""
107 remote_jobcatalog=""
108 remote_username=""
109 running_in_batch_mode=false
110 run_coupled_model=false
111 run_id=""
112 silent=false
113 source_list=""
114 source_path=""
115 tasks_per_node=""
116 threads_per_task=1
117 tmpcreate=false
118 transfer_problems=false
119 user_source_path=""
120 use_openmp=false
121 version="palmrun  1.0 Rev$Rev: 2303 $"
122 working_directory=`pwd`
123 write_binary=""
124 TOPT=""
125
126
127    # ERROR HANDLING IN CASE OF EXIT
128 trap 'if [[ $locat != normal  &&  $locat != control_c ]]
129       then
130
131              # CARRY OUT ERROR-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE (EC:)
132          (( i = 0 ))
133          while (( i < iec ))
134          do
135             (( i = i + 1 ))
136             printf "\n  *** Execution of ERROR-command:\n"
137             printf "  >>> ${err_command[$i]}\n"
138             eval  ${err_command[$i]}
139          done
140          [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  (cd; rm -rf $TEMPDIR)
141          printf "\n\n+++ palmrun killed \n\n"
142       elif [[ $locat != control_c ]]
143       then
144          printf "\n\n --> palmrun finished\n\n"
145          if [[ $running_on_remote = true ]]
146          then
147             printf "     Bye, bye $remote_username !!\n\n"
148          else
149             printf "     Bye, bye $local_username !!\n\n"
150          fi
151       fi' exit
152
153
154    # ACTIONS IN CASE OF TERMINAL-BREAK (CONTROL-C):
155 trap 'cd; rm -rf $TEMPDIR
156       printf "\n+++ palmrun killed by \"^C\" \n\n"
157       locat=control_c
158       exit
159      ' 2
160
161
162    # READ SHELLSCRIPT-OPTIONS AND REBUILD THE PALMRUN-COMMAND STRING (prc),
163    # WHICH WILL BE USED TO START RESTART-JOBS
164 while  getopts  :a:A:bBCd:FG:h:jkm:M:O:q:r:R:s:t:T:u:U:vw:xX:yY:Z option
165 do
166   case  $option  in
167       (a)   activation_string_list=$OPTARG; prc="$prc -a'$OPTARG'";;
168       (A)   project_account=$OPTARG; prc="$prc -A'$OPTARG'";;
169       (b)   create_batch_job=true; prc="$prc -b";;
170       (B)   delete_temporary_catalog=false; prc="$prc -B";;
171       (C)   restart_run=true; prc="$prc -C";;
172       (d)   fname=$OPTARG; prc="$prc -d$OPTARG";;
173       (F)   create_jobfile_only=true;;
174       (G)   global_revision=$OPTARG; prc="$prc -G'$OPTARG'";;
175       (h)   host_identifier=$OPTARG; prc="$prc -h$OPTARG";;
176       (j)   running_in_batch_mode=true;;
177       (k)   keep_data_from_previous_run=true; prc="$prc -k";;
178       (m)   memory=$OPTARG; prc="$prc -m$OPTARG";;
179       (M)   makefile=$OPTARG; prc="$prc -M$OPTARG";;
180       (O)   use_openmp=true; threads_per_task=$OPTARG; prc="$prc -O$OPTARG";;
181       (q)   queue=$OPTARG; prc="$prc -q$OPTARG";;
182       (r)   run_id=$OPTARG;;
183       (R)   return_address=$OPTARG;;
184       (s)   source_list=$OPTARG;;
185       (t)   cpumax=$OPTARG; prc="$prc -t$OPTARG";;
186       (T)   palmrun_tasks_per_node=$OPTARG; prc="$prc -T$OPTARG";;
187       (u)   remote_username=$OPTARG; prc="$prc -u$OPTARG";;
188       (U)   return_username=$OPTARG; prc="$prc -U$OPTARG";;
189       (v)   silent=true; prc="$prc -v";;
190       (w)   max_par_io_str=$OPTARG; prc="$prc -w$OPTARG";;
191       (x)   do_trace=true;set -x; prc="$prc -x";;
192       (X)   cores=$OPTARG; prc="$prc -X$OPTARG";;
193       (y)   ocean_file_appendix=true; prc="$prc -y";;
194       (Y)   run_coupled_model=true; coupled_dist=$OPTARG; prc="$prc -Y'$OPTARG'";;
195       (Z)   combine_plot_fields=false; prc="$prc -Z";;
196       (\?)  printf "\n  +++ unknown option $OPTARG \n"
197             printf "\n  --> type \"$0 ?\" for available options \n"
198             locat=parameter;exit;;
199   esac
200 done
201
202
203    # SKIP GIVEN OPTIONS TO READ POSITIONAL PARAMETER, IF GIVEN
204    # CURRENTLY ONLY PARAMETER ? (TO OUTPUT A SHORT COMMAND INFO) IS ALLOWED
205 (( to_shift = $OPTIND - 1 ))
206 shift $to_shift
207
208    # PRINT SHORT DESCRIPTION OF PALMRUN OPTIONS
209 if [[ "$1" = "?" ]]
210 then
211   (printf "\n  *** Description of available palmrun options:\n"
212    printf "\n      Option  Description                              Default-Value"
213    printf "\n        -a    activation string list                   \"\" "
214    printf "\n        -A    project account number                   ---"
215    printf "\n        -b    batch-job on local machine               ---"
216    printf "\n        -B    do not delete temporary directory at end ---"
217    printf "\n        -d    base name of files attached to program   test"
218    printf "\n        -F    create batch job file only               ---"
219    printf "\n        -h    host identifier                          \"default\" "
220    printf "\n        -k    keep data from previous run"
221    printf "\n        -m    memory demand in MB (batch-jobs)         0 MB"
222    printf "\n        -M    Makefile name                            Makefile"
223    printf "\n        -O    threads per openMP task                  ---"
224    printf "\n        -q    queue                                    \"$queue\" "
225    printf "\n        -s    filenames of routines to be compiled     \"\" "
226    printf "\n              must end with .f, .f90, .F, or .c !"
227    printf "\n              use \"..\" for more than one file and wildcards"
228    printf "\n              -s LM compiles all locally modified files"
229    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds (batch)      0"
230    printf "\n        -T    tasks per node                           ---"
231    printf "\n        -u    username on remote machine               \"\" "
232    printf "\n        -v    no prompt for confirmation               ---"
233    printf "\n        -w    maximum parallel io streams              as given by -X"
234    printf "\n        -x    tracing of palmrun for debug purposes    ---"
235    printf "\n        -X    # of processors (on parallel machines)   1"
236    printf "\n        -y    add appendix \"_O\" to all local output"
237    printf "\n              files (ocean precursor runs followed by"
238    printf "\n              coupled atmosphere-ocean runs)           ---"
239    printf "\n        -Y    run coupled model, \"#1 #2\" with" 
240    printf "\n              #1 atmosphere and #2 ocean processors    \"#/2 #/2\" depending on -X"
241    printf "\n        -Z    skip combine_plot_fields at the end of      "
242    printf "\n              the simulation                           ---"
243    printf "\n "
244    printf "\n      Possible values of positional parameter <modus>:"
245    printf "\n        \"?\"       -  this outline \n\n") | more
246    exit
247 elif [[ "$1" != "" ]]
248 then
249    printf "\n  +++ positional parameter $1 unknown \n"
250    locat=parameter; exit
251 fi
252
253
254
255    # SHORT STARTING MESSAGE
256 printf "\n*** $version "
257 printf "\n    will be executed.     Please wait ..."
258
259
260    # BUILD THE CONFIGURATION-FILE NAME
261 config_file=.palm.config.$host_identifier
262
263
264    # CHECK, IF CONFIGURATION FILE EXISTS
265 if [[ ! -f $config_file ]]
266 then
267    printf "\n\n  +++ configuration file: "
268    printf "\n           $config_file"
269    printf "\n      does not exist"
270    locat=connect; exit 
271 fi
272
273
274    # CHECK, IF FILE CONNECTION FILE EXISTS
275 if [[ ! -f $fileconnection_file ]]
276 then
277    printf "\n\n  +++ file connection file: "
278    printf "\n           $fileconnection_file"
279    printf "\n      does not exist"
280    locat=connect; exit 
281 fi
282
283
284    # CHECK, IF THE ACTIVATION_STRING_LIST HAS BEEN GIVEN
285 if [[ "$activation_string_list" = "" ]]
286 then
287    printf "\n\n  +++ no activation string list given: "
288    printf "\n        please set palmrun option \"-a\" "
289    locat=palmrun_option; exit 
290 fi
291
292
293    # SET VARIABLE TO ACTIVATE PALM BINARY OUTPUT FOR RESTARTS
294 if [[ $(echo $activation_string_list | grep -c "restart") != 0 ]]
295 then
296    write_binary=true
297 else
298    write_binary=false
299 fi
300
301
302    # READ AND EVALUATE THE CONFIGURATION-FILE
303 [[ $silent = false ]]  &&  printf "\n\n    Reading the configuration file... "
304
305    # READ VARIABLE SETTINGS FROM CONFIG FILE LINE BY LINE
306 while  read line
307 do
308
309       # FIRST REPLACE ENVIRONMENT-VARIABLES BY THEIR RESPECTIVE VALUES
310    eval  line=\"$line\"
311
312
313       # INTERPRET THE LINE
314    if [[ "$(echo $line)" = "" ]]
315    then
316
317          # EMPTY LINE, NO ACTION
318       continue
319
320    elif [[ "$(echo $line | cut -c1)"  =  "#" ]]
321    then
322
323          # LINE IS A COMMENT LINE
324       continue
325
326    elif [[ "$(echo $line | cut -c1)"  =  "%" ]]
327    then
328
329          # LINE DEFINES AN ENVIRONMENT-VARIABLE
330       var=`echo $line | cut -d" " -s -f1 | cut -c2-`
331       value=`echo $line | cut -d" " -s -f2-`
332
333
334          # VALUE FROM THE CONFIGURATION-FILE IS ASSIGNED TO THE
335          # ENVIRONMENT-VARIABLE, BUT ONLY IF NO VALUE HAS BEEN ALREADY
336          # ASSIGNED WITHIN THIS SCRIPT (E.G. BY SCRIPT-OPTIONS).
337          # NON-ASSIGNED VARIABLES HAVE VALUE "" OR 0 (IN CASE OF INTEGER).
338          # HENCE THE GENERAL RULE IS: SCRIPT-OPTION OVERWRITES THE
339          # CONFIGURATION-FILE.
340       if [[ "$(eval echo \$$var)" = ""  ||  "$(eval echo \$$var)" = "0" ]]
341       then
342          eval  export  $var="\$value"
343
344             # TERMINAL OUTPUT OF ENVIRONMENT-VARIABLES, IF TRACEBACK IS SWITCHED on
345          if [[ $do_trace = true ]]
346          then
347             printf "\n*** ENVIRONMENT-VARIABLE $var = $value"
348          fi
349       fi
350
351    elif [[ "$(echo $line | cut -c1-3)" = "BD:" ]]
352    then
353
354          # LINE DEFINES BATCH-DIRECTIVE
355       (( ibd = ibd + 1 ))
356       line=$(echo $line | cut -c4-)
357       batch_directive[$ibd]="$line"
358
359    elif [[ "$(echo $line | cut -c1-4)" = "BDT:" ]]
360    then
361
362          # LINE DEFINES BATCH-DIRECTIVE FOR SENDING BACK THE JOBFILE FROM A
363          # REMOTE TO A LOCAL HOST
364       (( ibdt = ibdt + 1 ))
365       line=$(echo $line | cut -c5-)
366       batch_directive_transfer[$ibdt]="$line"
367
368    elif [[ "$(echo $line | cut -c1-3)" = "EC:" ]]
369    then
370
371          # LINE DEFINES ERROR-COMMAND
372       (( iec = iec + 1 ))
373       line=$(echo $line | cut -c4-)
374       err_command[$iec]="$line"
375
376    elif [[ "$(echo $line | cut -c1-3)" = "IC:" ]]
377    then
378
379          # LINE DEFINES INPUT-COMMAND
380       (( iic = iic + 1 ))
381       line=$(echo $line | cut -c4-)
382       in_command[$iic]="$line"
383
384    elif [[ "$(echo $line | cut -c1-3)" = "OC:" ]]
385    then
386
387          # LINE DEFINES OUTPUT-COMMAND
388       (( ioc = ioc + 1 ))
389       line=$(echo $line | cut -c4-)
390       out_command[$ioc]="$line"
391
392    else
393
394          # SKIP ALL OTHER LINES
395       continue
396
397    fi
398
399 done < $config_file
400
401
402    # CHECK SETTING OF REQUIRED PARAMETERS
403 if [[ "$compiler_name" = "" ]]
404 then
405    printf "\n  +++ no compiler name found in $config_file"
406    printf "\n      Please add line \"compiler_name ...\" to that file."
407    locat=config_file; exit
408 fi
409 if [[ "$compiler_name_ser" = "" ]]
410 then
411    printf "\n  +++ no compiler name for non-paralle compilation found in $config_file"
412    printf "\n      Please add line \"compiler_name_ser ...\" to that file."
413    locat=config_file; exit
414 fi
415 if [[ "$compiler_options" = "" ]]
416 then
417    printf "\n  +++ no compiler options found in $config_file"
418    printf "\n      Please add line \"compiler_options ...\" to that file."
419    locat=config_file; exit
420 fi
421 if [[ "$linker_options" = "" ]]
422 then
423    printf "\n  +++ no linker options found in $config_file"
424    printf "\n      Please add line \"linker_options ...\" to that file."
425    locat=config_file; exit
426 fi
427 if [[ "$execute_command" = "" ]]
428 then
429    printf "\n  +++ no execute command found in $config_file"
430    printf "\n      Please add line \"execute_command ...\" to that file."
431    locat=config_file; exit
432 fi
433
434 if [[ "$hostfile" != "" ]]
435 then
436    if [[ $hostfile != auto  &&  ! -f $hostfile ]]
437    then
438       printf "\n  +++ no hostfile \"$hostfile\" found"
439       printf "\n      Please check line \"hostfile ...\" in $config_file"
440       locat=config_file; exit   
441    fi
442 fi
443
444
445    # DETERMINE THE CALL STATUS
446 if [[ "$return_address" != "" ]]
447 then
448 
449       # I AM RUNNING ON A REMOTE HOST, WHICH ALSO MEANS THAT I AM RUNNING IN
450       # BATCH MODE AND ...
451    running_on_remote=true
452 
453 else
454
455       # I HAVE BEEN CALLED INTERACTIVELY ON THIS HOST
456     if [[ "$remote_ip" != "" ]]
457     then
458
459           # I HAVE TO CREATE A BATCH JOB TO RUN PALM ON THE REMOTE HOST
460        create_remote_batch_job=true
461
462     fi
463     running_on_remote=false
464 fi
465
466
467
468    # READ AND EVALUATE THE I/O-FILE LIST
469 [[ $silent = false ]]  &&  printf "\n    Reading the I/O files... "
470
471    # READ THE FILE CONNECTION FILE LINE BY LINE
472 while  read line
473 do
474
475       # FIRST REPLACE ENVIRONMENT-VARIABLES BY THEIR RESPECTIVE VALUES
476    eval  line=\"$line\"
477
478
479       # INTERPRET THE LINE
480    if [[ "$(echo $line)" = "" ]]
481    then
482          # EMPTY LINE, NO ACTION
483       continue
484
485    elif [[ "$(echo $line | cut -c1)"  =  "#" ]]
486    then
487
488          # LINE IS A COMMENT LINE
489       true
490
491    else
492
493          # LINE DEFINES FILE CONNECTION. READ THE FILE ATTRIBUTES.
494          # s2a: in/out - field
495          # s2b: loc    - field (optional)
496          # s2c: tr/ar  - field (optional)
497       s1=`echo $line | cut -d" " -f1`
498       s2=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
499       s2a=$(echo $s2 | cut -d":" -f1)
500       if [[ $(echo $s2 | grep -c ":") = 0 ]]
501       then
502          s2b=""
503          s2c=""
504       else
505          s2b=`echo $s2 | cut -d":" -f2 | sed 's/:/ /g'`
506          s2c=`echo $s2 | cut -d":" -s -f3 | sed 's/:/ /g'`
507       fi
508       s3=`echo $line | cut -d" " -f3`
509       s4=`echo $line | cut -d" " -s -f4`
510       s5=`echo $line | cut -d" " -s -f5`
511       s6=`echo $line | cut -d" " -s -f6`
512
513       
514          # STORE FILE CONNECTION, IF ACTIVATED BY ACTIVATION-STRING FROM
515          # INPUT- OR OUTPUT-LIST.
516          # VARIABLE S3 MAY CONTAIN A LIST OF ACTIVATION STRINGS (FIELD-SEPERATOR ":").
517          # IF EXECUTION IS SCHEDULED FOR A REMOTE-MACHINE AND THE FILE IS ONLY
518          # LOCALLY REQUIRED ON THAT MACHINE (I.E. s2b = loc), THE FILE CONNECTION
519          # IS NOT CHECKED AND STORED.
520       IFSALT="$IFS"; IFS="$IFS:"
521       if [[ "$s2a" = in  &&  ! ( $create_remote_batch_job = true  &&  ( "$s2b" = loc  ||  "$s2b" = locopt ) ) ]]
522       then
523          found=false
524          for  actual  in  $activation_string_list
525          do
526             for  formal  in  $s3
527             do
528                [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-" ]]  &&  found=true
529             done
530          done
531          if [[ $found = true ]]
532          then
533             (( iin = iin + 1 ))
534             localin[$iin]=$s1; transin[$iin]=$s2b; actionin[$iin]=$s2c;
535             typein[$iin]=$s3; pathin[$iin]=$s4; endin[$iin]=$s5;
536             extin[$iin]=$s6
537          fi
538       elif [[ "$s2a" = out  &&  ! ( $create_remote_batch_job = true  &&  "$s2b" = loc ) ]]
539       then
540          found=false
541          for  actual  in  $activation_string_list
542          do
543             for  formal  in  $s3 
544             do
545                [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-"  ]]  &&  found=true
546             done
547          done
548          if [[ $found = true ]]
549          then
550             (( iout = iout + 1 ))
551             localout[$iout]=$s1; actionout[$iout]=$s2c; typeout[$iout]=$s3;
552             pathout[$iout]=$s4; endout[$iout]=$s5; extout[$iout]=$s6
553          fi
554       elif [[ "$s2a" != in  &&  "$s2a" != out ]]
555       then
556          printf "\n  +++ I/O-attribute in configuration file $config_file has the invalid"
557          printf "\n      value \"$s2\". Only \"in\" and \"out\" are allowed!"
558          locat=connect; exit
559       fi
560       IFS="$IFSALT"
561    fi
562
563 done < $fileconnection_file
564
565
566
567      # EVALUATE MODEL COUPLING FEATURES (OPTION -Y)
568 if [[ $run_coupled_model = true ]] 
569 then
570
571    cores_atmos=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f1`
572    cores_ocean=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f2`
573
574    if (( $cores_ocean + $cores_atmos != $cores ))
575    then
576
577       printf "\n  +++ number of processors does not fit to specification by \"-Y\"."
578       printf "\n      PEs (total)     : $cores"
579       printf "\n      PEs (atmosphere): $cores_atmos"
580       printf "\n      PEs (ocean)     : $cores_ocean"
581       locat=coupling; exit
582
583    fi
584
585 fi
586
587
588    # SAVE VALUES OF PALMRUN-OPTIONS IN ORDER TO OVERWRITE
589    # THOSE VALUES GIVEN IN THE CONFIGURATION-FILE
590 palmrun_memory=$memory
591 palmrun_cpumax=$cpumax
592 palmrun_cores=$cores
593
594
595    # VALUES OF PALMRUN-OPTIONS OVERWRITE THOSE FROM THE CONFIGURATION-FILE
596 [[ $palmrun_memory     != 0   ]]  &&  memory=$palmrun_memory
597 [[ $palmrun_cpumax     != 0   ]]  &&  cpumax=$palmrun_cpumax
598 [[ "$palmrun_cores" != ""  ]]  &&  cores=$palmrun_cores
599 [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  maximum_parallel_io_streams=$max_par_io_str
600 [[ "$palmrun_tasks_per_node" != "" ]]  &&  tasks_per_node=$palmrun_tasks_per_node
601
602
603
604    # IF I AM IN BATCH MODE, CHECK IF EXECUTABLE AND OTHER REQUIRED FILES
605    # HAVE BEEN GENERATED BY PALMBUILD AND STORED IN THE SOURCES_FOR_RUN_...
606    # FOLDER
607 if [[ $running_in_batch_mode = true ]]
608 then
609 
610    if [[ ! -d ${fast_io_catalog}/SOURCES_FOR_RUN_$fname ]]
611    then
612       printf "\n  +++ directory ${fast_io_catalog}/SOURCES_FOR_RUN_$fname is missing"
613       printf "\n      Please check the output of the palmrun-call"
614       printf "\n      that you did on your local host."
615       locat=SOURCES_FOR_RUN; exit
616    fi
617
618 else
619
620       # CREATE THE SOURCES_FOR_RUN_... FOLDER, BUT NOT IF I AM PART OF AN
621       # AUTOMATIC RESTART RUN
622       # AUTOMATIC RESTART RUNS JUST ACCESS THE DIRECTORY CREATED BY THE INITIAL RUN
623    if [[ $restart_run = false ]]
624    then
625
626          # COLLECT FILES TO BE COMPILED IN THE SOURCES_FOR_RUN_... FOLDER ON
627          # THE LOCAL HOST
628       if [[ ! -d $source_path ]]
629       then
630          printf "\n\n  +++ source path \"$source_path\" on local host"
631          printf "\n      \"$(hostname)\" does not exist"
632          locat=source_path; exit
633       fi
634
635       rm -rf   SOURCES_FOR_RUN_$fname
636       mkdir -p SOURCES_FOR_RUN_$fname
637
638       if [[ "$source_list" = LM ]]
639       then
640
641             # DETERMINE MODIFIED FILES OF THE SVN WORKING COPY
642          source_list=""
643          cd  $source_path
644
645
646             # CHECK, IF DIRECTORY IS UNDER SVN CONTROL
647          if [[ ! -d .svn ]]
648          then
649             printf "\n\n  +++ source directory"
650             printf "\n         \"$source_path\" "
651             printf "\n         is not under control of \"subversion\"."
652             printf "\n         Please do not use palmmrun-option \"-s LM\"\n"
653          fi
654
655
656             # LIST ALL MODIFIED SOURCE CODE FILES
657          Filenames=""
658          svn status  >  tmp_svnstatus
659          while  read line
660          do
661             firstc=`echo $line | cut -c1`
662             if [[ $firstc = M  ||  $firstc = "?" ]]
663             then
664                Name=`echo "$line" | cut -c8-`
665                extension=`echo $Name | cut -d. -f2`
666                if [[ "$extension" = f90 || "$extension" = F90 || "$extension" = f || "$extension" = F || "$extension" = c ]]
667                then
668                   Filenames="$Filenames "$Name
669                fi
670             fi
671          done < tmp_svnstatus
672          rm -rf  tmp_svnstatus
673
674
675             # COPY FILES TO SOURCES_FOR_RUN_...
676          for  filename  in  $Filenames
677          do
678             cp  $filename  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
679             source_list=$source_list"$filename "
680          done
681
682          cd -  > /dev/null
683
684
685          # COPY FILES GIVEN BY OPTION -s TO DIRECTORY SOURCES_FOR_RUN_...
686       elif [[ "$source_list" != "" ]]
687       then
688
689          cd  $source_path
690
691          for  filename  in  $source_list
692          do
693
694                # SOURCE CODE FILE IS NOT ALLOWED TO INCLUDE PATH
695             if [[ $(echo $filename | grep -c "/") != 0 ]]
696             then
697                printf "\n  +++ source code file:  $filename"
698                printf "\n      must not contain (\"/\") "
699                locat=source; exit
700             fi
701
702             if [[ ! -f $filename ]]
703             then
704                printf "\n  +++ source code file:  $filename"
705                printf "\n      does not exist"
706                locat=source; exit
707             else
708                cp  $filename  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
709             fi
710
711          done
712
713          cd -  > /dev/null
714
715       fi
716
717          # CHECK, IF MAKEFILE EXISTS AND COPY IT TO THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY
718       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
719       if [[ ! -f $makefile ]]
720       then
721          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
722          locat=make; exit
723       else
724          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
725       fi
726
727
728          # COPY FILES FROM OPTIONAL SOURCE PATH GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
729       if [[ "$user_source_path" != "" ]]
730       then
731
732             # DOES THE DIRECTORY EXIST?
733          if [[ ! -d $user_source_path ]]
734          then
735
736             printf "\n\n  *** INFORMATIVE: additional source code directory"
737             printf "\n      \"$user_source_path\" "
738             printf "\n      does not exist or is not a directory."
739             printf "\n      No source code will be used from this directory!\n"
740             user_source_path=""
741             if [[ $silent == false ]]
742             then
743                sleep 2
744             fi
745
746          else
747
748             cd $user_source_path
749             found=false
750
751             Names=$(ls -1 *.f90 2>&1)
752             [[ $(echo $Names | grep -c '*.f90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$Names"
753             Names=$(ls -1 *.F90 2>&1)
754             [[ $(echo $Names | grep -c '*.F90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
755             Names=$(ls -1 *.F 2>&1)
756             [[ $(echo $Names | grep -c '*.F') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
757             Names=$(ls -1 *.f 2>&1)
758             [[ $(echo $Names | grep -c '*.f') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
759             Names=$(ls -1 *.c 2>&1)
760             [[ $(echo $Names | grep -c '*.c') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
761
762             cd -  > /dev/null
763             cd  SOURCES_FOR_RUN_$fname
764
765                # COPY MAKEFILE IF EXISTING
766             if [[ -f $user_source_path/Makefile ]]
767             then
768                printf "\n\n  *** user Makefile from directory"
769                printf "\n      \"$user_source_path\" is used \n"
770                if [[ $silent == false ]]
771                then
772                   sleep 1
773                fi
774                cp  $user_source_path/Makefile  .
775             fi
776
777             for  filename  in  $AddFilenames
778             do
779                if [[ -f $filename ]]
780                then
781                   printf "\n  +++ source code file \"$filename\" found in additional"
782                   printf "\n      source code directory \"$user_source_path\" "
783                   printf "\n      but was also given with option \"-s\" which means that it should be taken"
784                   printf "\n      from directory \"$source_path\"."
785                   locat=source; exit
786                fi
787
788                cp  $user_source_path/$filename  .
789                source_list="$source_list $filename"
790
791                   # CHECK IF FILE IS CONTAINED IN MAKEFILE
792                if [[ $(grep -c $filename Makefile) = 0 ]]
793                then
794                   printf "\n\n  +++ user file \"$filename\" "
795                   printf "\n      is not listed in Makefile \n"
796                   locat=source; exit
797                else
798
799                   if [[ $found = false ]]
800                   then
801                      found=true
802                      printf "\n\n  *** following user file(s) added to the"
803                      printf " files to be translated:\n      "
804                   fi
805                   printf "$filename  "
806                   if [[ $silent == false ]]
807                   then
808                      sleep 0.5
809                   fi
810
811                fi
812             done
813             [[ $found = true ]]  &&  printf "\n"
814             cd -  > /dev/null
815          fi
816       fi
817
818          # COPY CONFIGURATION FILES
819       cp  $config_file  SOURCES_FOR_RUN_$fname
820       cp  $fileconnection_file  SOURCES_FOR_RUN_$fname
821
822          # COPY SHELLSCRIPTS
823       cp  ${source_path}/../SCRIPTS/palmrun    SOURCES_FOR_RUN_$fname
824       cp  ${source_path}/../SCRIPTS/batch_scp  SOURCES_FOR_RUN_$fname
825
826    fi
827
828 fi
829
830    # GET THE GLOBAL REVISION-NUMBER OF THE SVN-REPOSITORY
831    # (HANDED OVER TO RESTART-RUNS USING OPTION -G)
832 if [[ "$global_revision" = "" ]]
833 then
834    global_revision=`svnversion $source_path  2>/dev/null`
835    global_revision="Rev: $global_revision"
836 fi
837
838
839    # IN CASE OF PARALLEL EXECUTION, CHECK SOME SPECIFICATIONS CONCERNING PROCESSOR NUMBERS
840 if [[ -n $cores ]]
841 then
842
843       # CHECK, IF THE NUMBER OF CORES PER NODE HAS BEEN GIVEN UND IF IT IS AN
844       # INTEGRAL DIVISOR OF THE TOTAL NUMBER OF CORES GIVEN BY OPTION -X
845    if [[ "$tasks_per_node" = "" ]]
846    then
847       printf "\n"
848       printf "\n  +++ option \"-T\" (tasks per node) is missing"
849       printf "\n      set -T option or define tasks_per_node in the config file"
850       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
851    fi
852
853    if (( cores < tasks_per_node ))
854    then
855       printf "\n"
856       printf "\n  +++ tasks per node (-T) cannot exceed total number of cores (-X)"
857       printf "\n      given values: -T $tasks_per_node  -X $cores"
858       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
859    fi
860
861    (( nodes = cores / ( tasks_per_node * threads_per_task ) ))
862    (( mpi_tasks = cores / threads_per_task ))
863    [[ $mpi_tasks = 0 ]]  &&  (( mpi_tasks = 1 ))
864    (( ii = cores / tasks_per_node ))
865    (( remaining_cores =  cores - ii * tasks_per_node ))
866    if (( remaining_cores > 0 ))
867    then
868       printf "\n"
869       printf "\n  +++ WARNING: tasks per node (option \"-T\") is not an integral"
870       printf "\n      divisor of the total number of cores (option \"-X\")"
871       printf "\n      values of this palmrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $cores\""
872       printf "\n      One of the nodes is filled with $remaining_cores instead of $tasks_per_node tasks"
873       (( nodes = nodes + 1 ))
874    fi
875
876       # SET THE TOTAL NUMBER OF NODES, REQUIRED FOR THE SUBJOB-COMMAND (SEE FURTHER BELOW)
877    if [[ "$tasks_per_node" != "" ]]
878    then
879       TOPT="-T $tasks_per_node"
880    fi
881
882 fi
883
884
885    # SET DEFAULT VALUE FOR THE MAXIMUM NUMBER OF PARALLEL IO STREAMS
886 if [[ "$maximum_parallel_io_streams" = "" ]]
887 then
888    maximum_parallel_io_streams=$cores
889 fi
890
891
892    # SET PORT NUMBER OPTION FOR CALLS OF SSH/SCP AND batch_scp SCRIPT
893 if [[ "$scp_port" != "" ]]
894 then
895    PORTOPT="-P $scp_port"
896    SSH_PORTOPT="-p $scp_port"
897 fi
898
899
900    # DETERMINE THE SSH-OPTION IN CASE THAT AN SSH-KEY IS EXPLICITLY GIVEN IN THE
901    # CONFIG-FILE
902 if [[ "$ssh_key" != "" ]]
903 then
904    ssh_key="-i $HOME/.ssh/$ssh_key"
905 fi
906
907
908    # SET QUEUE, IF NOT GIVEN
909 if [[ $create_batch_job = true  ||  $create_remote_batch_job = true ]]
910 then
911
912    if [[ $queue = none  &&  "$defaultqueue" = "" ]]
913    then
914       printf "\n"
915       printf "\n  +++ no default queue given in configuration file and no queue"
916       printf "\n      given with option -q"
917    fi
918    if [[ $queue = none ]]
919    then
920       queue=$defaultqueue
921    fi
922
923 fi
924
925
926    # GENERATE FULL FILENAMES OF INPUT-FILES, INCLUDING THEIR PATH
927    # CHECK, IF INPUT-FILES EXIST, AND DETERMINE HIGHEST CYCLE NUMBER (IF CYCLES EXIST)
928 (( i = 0 ))
929 while (( i < iin ))
930 do
931    (( i = i + 1 ))
932    (( maxcycle = 0 ))
933
934       # GENERATE PATH AND FULL FILE NAME (then-BRANCH: FIXED FULL NAME IS GIVEN, I.E. THE
935       # FILE IDENTIFIER IS NOT PART OF THE FILENAME))
936    if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
937    then
938       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${endin[$i]}  # EVALUATE REMOTE-PATH ON THE REMOTE
939                                                    # HOST ONLY
940       eval filename=${pathin[$i]}/${endin[$i]}
941    else
942       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${fname}${endin[$i]}  # EVALUATE REMOTE-PATH ON THE REMOTE
943                                                             # HOST ONLY
944       eval filename=${pathin[$i]}/${fname}${endin[$i]}
945    fi
946    eval pathname=${pathin[$i]}
947
948       # CHECK IF FILE EXISTS
949    if ! ls $filename* 1>/dev/null 2>&1
950    then
951
952          # FILES WITH ATTRIBUTE locopt ARE OPTIONAL. NO ABORT, IF THEY DO NOT EXIST.
953       if [[ "${transin[$i]}" != "locopt" ]]
954       then
955          printf "\n\n  +++ INPUT-file: "
956          if [[ "${extin[$i]}" = ""  ||  "${extin[$i]}" = " " ]]
957          then
958             printf "\n           $filename"
959          else
960             printf "\n           $filename.${extin[$i]}"
961          fi
962          printf "\n      does not exist\n"
963          locat=input; exit
964       else
965          transin[$i]="unavailable"
966       fi
967    else
968
969          # DETERMINE THE FILE'S CYCLE NUMBER
970       ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
971       ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
972       while  read line
973       do
974              # filename without path (i.e. after the last "/")
975           basefilename=$(basename ${line})
976
977              # check if there is an extension
978           extension=${basefilename##*.}
979           if [[ "$extension" = "$extin[$i]" ]]
980           then
981              basefilename=${basefilename&.*}
982           fi
983
984              # check for an existing cycle number
985           cycle=${basefilename##*.}
986           if [[ $cycle =~ ^-?[0-9]+$ ]]
987           then
988              (( icycle = $cycle ))
989           else
990              (( icycle = 0 ))
991           fi
992
993           if (( icycle > maxcycle ))
994           then
995              (( maxcycle = icycle ))
996           fi
997
998       done <filelist
999       rm filelist
1000
1001          # APPEND CYCLE NUMBER TO FILENAME
1002       if (( maxcycle > 0 ))
1003       then
1004          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1005          then
1006             filename=${filename}.$maxcycle.${extin[$i]}
1007          else
1008             filename=${filename}.$maxcycle
1009          fi
1010       else
1011          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1012          then
1013             filename=${filename}.${extin[$i]}
1014          fi
1015       fi
1016       
1017          # STORE FILENAME WITHOUT PATH BUT WITH CYCLE NUMBER,
1018          # IS LATER USED FOR TRANSFERRING FILES WIHIN THE JOB (SEE END OF FILE)
1019       absnamein[$i]=$filename
1020       if (( maxcycle > 0 ))
1021       then
1022          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1023          then
1024             frelin[$i]=${endin[$i]}.$maxcycle
1025          else
1026             frelin[$i]=${fname}${endin[$i]}.$maxcycle
1027          fi
1028       else
1029          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1030          then
1031             frelin[$i]=${endin[$i]}
1032          else
1033             frelin[$i]=${fname}${endin[$i]}
1034          fi
1035       fi
1036
1037    fi
1038 done
1039
1040   
1041    # GENERATE FULL FILENAMES OF OUTPUT-FILES (WITHOUT $ OR ~),
1042    # CHECK, IF OUTPUT-FILES EXIST, AND DETERMINE HIGHEST CYCLE NUMBER (IF CYCLES EXIST),
1043    # OR, IN CASE THAT FILE DOES NOT EXIST, CHECK, IF IT CAN BE CREATED 
1044    # THESE ACTIONS ARE NOT CARRIED OUT, IF FILES SHALL BE TRASFERRED FROM THE REMOTE TO
1045    # THE LOCAL HOST (BECAUSE THEIR IS NO DIRECT ACCESS TO THE LOCAL DIRECTORIES FROM THE
1046    # REMOTE HOST)
1047 (( i = 0 ))
1048 while (( i < iout ))
1049 do
1050    (( i = i + 1 ))
1051    if [[ ! ( $running_on_remote = true  &&  ( "${actionout[$i]}" = tr || "${actionout[$i]}" = tra || "${actionout[$i]}" = trpe ) ) ]]
1052    then
1053       if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
1054       then
1055          actionout[$i]=""
1056       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe ]]
1057       then
1058          actionout[$i]=pe
1059       elif [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
1060       then
1061          actionout[$i]=a
1062       fi
1063       (( maxcycle = 0 ))
1064       eval filename=${pathout[$i]}/${fname}${endout[$i]}
1065       eval catalogname=${pathout[$i]}
1066       if ! ls $filename* 1>/dev/null 2>&1
1067       then
1068     
1069             # IF OUTPUT-FILE DOES NOT EXIST CHECK, IF IT CAN BE CREATED
1070          if  cat /dev/null > $filename 
1071          then
1072             rm  $filename
1073          else
1074
1075                # CHECK, IF THE DIRECTORY WHERE FILE SHALL BE COPIED TO EXISTS
1076                # IF IT DOES NOT EXIST, TRY TO CREATE IT
1077             if [[ ! -d $catalogname ]]
1078             then
1079                if  mkdir -p  $catalogname
1080                then
1081                   printf "\n\n  *** directory:"
1082                   printf "\n           $catalogname"
1083                   printf "\n      was created\n"
1084                else
1085                   printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1086                   printf "\n           $filename"
1087                   printf "\n      cannot be created, because directory does not exist"
1088                   printf "\n      and cannot be created either"
1089                   printf "\n"
1090                   locat=output  ; exit
1091                fi 2>/dev/null
1092             else
1093                printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1094                printf "\n           $filename"
1095                printf "\n      cannot be created, although directory exists"
1096                printf "\n"
1097                locat=output  ; exit
1098             fi
1099          fi 2>/dev/null
1100       else
1101
1102             # DETERMINE THE CYCLE NUMBER
1103          ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1104          ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1105          while  read line
1106          do
1107
1108                # filename without path (i.e. after the last "/")
1109             basefilename=$(basename ${line})
1110
1111                # check if there is an extension
1112             extension=${basefilename##*.}
1113             if [[ "$extension" = "${extout[$i]}" ]]
1114             then
1115                basefilename=${basefilename%.*}
1116             fi
1117
1118                # check for an existing cycle number
1119             cycle=${basefilename##*.}
1120             if [[ $cycle =~ ^-?[0-9]+$ ]]
1121             then
1122                (( icycle = $cycle + 1 ))
1123             else
1124                (( icycle = 1 ))
1125             fi
1126
1127             if (( icycle > maxcycle ))
1128             then
1129                (( maxcycle = icycle ))
1130             fi
1131
1132          done <filelist
1133          rm filelist
1134       fi
1135
1136          # APPEND CYCLE NUMBER TO FILENAME AND CHECK, IF FILE CAN BE CREATED
1137          # IN CASE OF FILE-APPEND, FILE MUST BE APPENDED TO THE ONE WITH HIGHEST CYCLE NUMBER
1138       if [[ "${actionout[$i]}" != a ]]
1139       then
1140          if (( maxcycle > 0 ))
1141          then
1142             filename_tmp=${filename}.$maxcycle
1143             if  cat /dev/null > $filename_tmp 
1144             then
1145                rm  $filename_tmp
1146             else
1147                printf "\n  +++ OUTPUT-file:"
1148                printf "\n           $filename_tmp"
1149                printf "\n      cannot be created"
1150                locat=output  ; exit
1151             fi
1152          fi
1153       else
1154          (( maxcycle = maxcycle - 1 ))
1155       fi
1156       
1157       (( cycnum[$i] = maxcycle ))
1158       pathout[$i]=$filename
1159
1160    fi
1161 done
1162
1163
1164    # DETERMINE THE NAME OF PALMRUN'S TEMPORARY WORKING DIRECTORY
1165 if [[ $running_in_batch_mode = false ]]
1166 then
1167    run_id=$RANDOM
1168    job_id=${fname}.$run_id
1169
1170    TEMPDIR=$fast_io_catalog/$job_id
1171 fi
1172
1173
1174    # CHECK SETTINGS REQUIRED FOR BATCH JOBS
1175 if [[ $create_batch_job = true  ||  $create_remote_batch_job = true ]]
1176 then
1177
1178       # CHECK, IF JOB DIRECTIVES HAVE BEEN GIVEN IN CONFIGURATION FILE
1179    if [[ $ibd = 0 ]]
1180    then
1181       printf "\n"
1182       printf "\n  +++ no batch directives found in configuration file"
1183       locat=config_file_batch_directives; (( iec = 0 )); exit 
1184    fi
1185
1186       # CHECK IF CPUTIME IS GIVEN FOR JOB
1187    done=false
1188    cputime=$cpumax
1189    while [[ $done = false ]]
1190    do
1191       if (( cputime == 0 ))
1192       then
1193          printf "\n  +++ cpu-time is undefined"
1194          printf "\n  >>> Please type CPU-time in seconds as INTEGER:"
1195          printf "\n  >>> "
1196          read  cputime   1>/dev/null  2>&1
1197       else
1198          done=true
1199       fi
1200    done
1201    cpumax=$cputime
1202
1203       # CHECK THE MEMORY DEMAND
1204    done=false
1205    while [[ $done = false ]]
1206    do
1207       if (( memory == 0 ))
1208       then
1209          printf "\n  +++ memory demand is undefined"
1210          printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
1211          printf "\n  >>> "
1212          read  memory  1>/dev/null  2>&1
1213       else
1214          done=true
1215       fi
1216    done
1217
1218       # IN CASE OF REMOTE-JOBS CHECK, IF A USERNAME FOR THE REMOTE HOST IS GIVEN
1219    if [[ $create_remote_batch_job = true  &&  -z $remote_username ]]
1220    then
1221       while [[ -z $remote_username ]]
1222       do
1223          printf "\n  +++ username on remote host with IP \"$remote_ip\" is undefined"
1224          printf "\n  >>> Please type username:"
1225          printf "\n  >>> "
1226          read  remote_username
1227       done
1228    fi
1229
1230 else
1231
1232    if [[ $running_in_batch_mode = false ]]
1233    then
1234       cputime=10000000  # NO LIMT FOR INTERACTIVE RUNS
1235       cpumax=$cputime
1236    else
1237       cputime=$cpumax
1238    fi
1239
1240 fi
1241
1242
1243    # CALCULATE HOURS/MINUTES/SECONDS, E.G. FOR BATCH-DIRECTIVES
1244 (( cpu_hours  = cputime / 3600 ))
1245 (( resttime = cputime - cpu_hours * 3600 ))
1246 (( cpu_minutes  = resttime / 60 ))
1247 (( cpu_seconds = resttime - cpu_minutes * 60 ))
1248 timestring=${cpu_hours}:${cpu_minutes}:${cpu_seconds}
1249
1250
1251    # OUTPUT OF THE PALMRUN-HEADER
1252 calltime=$(date)
1253 printf "\n"
1254 printf "#------------------------------------------------------------------------# \n"
1255 printf "| %-35s%35s | \n" "$version" "$calltime"
1256 printf "|                                                                        | \n"
1257 column1="called on:"; column2=$(hostname)
1258 printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1259 if [[ $create_remote_batch_job = true ]]
1260 then
1261    column1="execution on:"; column2="$host_identifier (username: $remote_username)"
1262 else
1263    if [[ $running_on_remote = true ]]
1264    then
1265       column1="execution on:"; column2="$host_identifier (IP:$remote_ip)"
1266    else
1267       column1="execution on:"; column2="$host_identifier (IP:$local_ip)"
1268    fi
1269 fi
1270 printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1271
1272 column1="running in:"
1273 if [[ $running_in_batch_mode = true ]]
1274 then
1275    column2="batch job mode"
1276 else
1277    if [[ $create_batch_job = true  ||  $create_remote_batch_job = true ]]
1278    then
1279       column2="job creation mode"
1280    else
1281       column2="interactive run mode"
1282    fi
1283 fi
1284 printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1285
1286 if  [[ $running_in_batch_mode = true  ||  $create_batch_job = true  ||  $create_remote_batch_job = true ]]
1287 then
1288    if [[ "$project_account" != "" ]]
1289    then
1290       column1="project account number:"
1291       column2="$project_account"
1292       printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1293    fi
1294 fi
1295
1296 if [[ -n $cores ]]
1297 then
1298    if [[ $run_coupled_model = false ]]
1299    then
1300       column1="number of cores:"; column2=$cores
1301    else
1302       column1="number of cores:"; column2="$cores  (atmosphere: $cores_atmos, ocean: $cores_ocean)"
1303    fi
1304    printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1305 fi
1306 if [[ -n $tasks_per_node ]]
1307 then
1308    column1="tasks per node:"; column2="$tasks_per_node (number of nodes: $nodes)"
1309    printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1310    if (( remaining_cores > 0 ))
1311    then
1312       column1=" "; column2="one of the nodes only filled with $remaining_cores tasks"
1313       printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1314    fi
1315 fi
1316 if [[ $maximum_parallel_io_streams != $cores ]]
1317 then
1318    column1="max par io streams:"; column2="$maximum_parallel_io_streams"
1319    printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1320 fi
1321 if [[ $use_openmp = true ]]
1322 then
1323    column1="threads per task:"; column2="$threads_per_task"
1324    printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1325 fi
1326 if [[ $create_batch_job = true  ||  $create_remote_batch_job = true  ||  $running_in_batch_mode = true ]]
1327 then
1328    column1="job cpu time (h:m:s):"; column2="$timestring"
1329    printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1330 fi
1331 printf "|                                                                        | \n"
1332 if [[ "$source_list" != "" ]]
1333 then
1334    if [[ "$make_options" != "" ]]
1335    then
1336       column1="make options:"; column2=$(echo "$make_options" | cut -c-45)
1337       printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1338       line=$(echo "$make_options" | cut -c46-)
1339       while [[ "$line" != "" ]]
1340       do
1341          column1=""
1342          column2=$(echo "$line" | cut -c-45)
1343          printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1344          line=$(echo "$line" | cut -c46-)
1345       done
1346    fi
1347 fi
1348
1349 column1="cpp directives:"; column2=$(echo "$cpp_options" | cut -c-45)
1350 printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1351 line=$(echo "$cpp_options" | cut -c46-)
1352 while [[ "$line" != "" ]]
1353 do
1354    column1=""
1355    column2=$(echo "$line" | cut -c-45)
1356    printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1357    line=$(echo "$line" | cut -c46-)
1358 done
1359
1360 column1="compiler options:"; column2=$(echo "$compiler_options" | cut -c-45)
1361 printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1362 line=$(echo "$compiler_options" | cut -c46-)
1363 while [[ "$line" != "" ]]
1364 do
1365    column1=""
1366    column2=$(echo "$line" | cut -c-45)
1367    printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1368    line=$(echo "$line" | cut -c46-)
1369 done
1370
1371 column1="linker options:"; column2=$(echo "$linker_options" | cut -c-45)
1372 printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1373 line=$(echo "$linker_options" | cut -c46-)
1374 while [[ "$line" != "" ]]
1375 do
1376    column1=""
1377    column2=$(echo "$line" | cut -c-45)
1378    printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1379    line=$(echo "$line" | cut -c46-)
1380 done
1381
1382 if [[ "$login_init_cmd" != "" ]]
1383 then
1384    column1="login init commands:"; column2=$(echo "$login_init_cmd" | cut -c-45)
1385    printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1386    line=$(echo "$login_init_cmd" | cut -c46-)
1387    while [[ "$line" != "" ]]
1388    do
1389       column1=""
1390       column2=$(echo "$line" | cut -c-45)
1391       printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1392       line=$(echo "$line" | cut -c46-)
1393    done
1394 fi
1395
1396 if [[ "$module_commands" != "" ]]
1397 then
1398    column1="module commands:"; column2=$(echo "$module_commands" | cut -c-45)
1399    printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1400    line=$(echo "$module_commands" | cut -c46-)
1401    while [[ "$line" != "" ]]
1402    do
1403       column1=""
1404       column2=$(echo "$line" | cut -c-45)
1405       printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1406       line=$(echo "$line" | cut -c46-)
1407    done
1408 fi
1409 printf "|                                                                        | \n"
1410 column1="base name of files:"; column2=$fname
1411 printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1412 column1="activation string list:"; column2=$(echo $activation_string_list)
1413 printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1414
1415 if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
1416 then
1417    printf "| %-35s%-35s | \n" "suffix \"_O\" is added to local files" " "
1418 fi
1419
1420 if [[ $create_batch_job = true  ||  "$LOADLBATCH" = yes ]]
1421 then
1422    column1="memory demand / PE":; column2="$memory MB"
1423    printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1424    column1=CPU-time:; column2="$cpu_hours:$cpu_minutes:$cpu_seconds"
1425    printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1426 fi
1427
1428 if [[ "$source_list" != "" ]]
1429 then
1430    printf "|                                                                        | \n"
1431    printf "| Files to be compiled:                                                  | \n"
1432    line=$source_list
1433    while [[ "$line" != "" ]]
1434    do
1435       linestart=$(echo $line | cut -c-70)
1436       printf "| %-70s | \n" "$linestart"
1437       line=$(echo "$line" | cut -c71-)
1438    done
1439 fi
1440 printf "#------------------------------------------------------------------------#"
1441
1442
1443
1444    # OUTPUT OF FILE CONNECTIONS IN CASE OF TRACEBACK
1445 if [[ $do_trace = true ]]
1446 then
1447    (( i = 0 ))
1448    while (( i < iin ))
1449    do
1450       (( i = i + 1 ))
1451       if (( i == 1 ))
1452       then
1453          printf "\n\n >>> INPUT-file assignments:\n"
1454       fi
1455       printf "\n     ${localin[$i]} :  ${absnamein[$i]}"
1456    done
1457    (( i = 0 ))
1458    while (( i < iout ))
1459    do
1460       (( i = i + 1 ))
1461       if (( i == 1 ))
1462       then
1463          printf "\n\n >>> OUTPUT-file assignments:\n"
1464       fi
1465       printf "\n     ${localout[$i]} :  ${pathout[$i]}"
1466    done
1467    (( i = 0 ))
1468    while (( i < iic ))
1469    do
1470       (( i = i + 1 ))
1471       if (( i == 1 ))
1472       then
1473          printf "\n\n >>> INPUT-commands:\n"
1474       fi
1475       printf "\n     ${in_command[$i]}" 
1476    done
1477    (( i = 0 ))
1478    while (( i < ioc ))
1479    do
1480       (( i = i + 1 ))
1481       if (( i == 1 ))
1482       then
1483          printf "\n\n >>> OUTPUT-commands:\n"
1484       fi
1485       printf "\n     ${out_command[$i]}" 
1486    done
1487 fi
1488
1489    # QUERY FOR CONTINUE
1490 if [[ $silent = false  &&  $running_in_batch_mode = false ]]
1491 then
1492    antwort=dummy
1493    printf "\n\n"
1494    printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
1495    while  read antwort
1496    do
1497       if [[ "$antwort" != y  &&  "$antwort" != Y  &&  "$antwort" != n  &&  "$antwort" != N ]]
1498       then
1499          printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
1500       else
1501          break
1502       fi
1503    done
1504    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
1505    then
1506       locat=user_abort; (( iec = 0 )); exit
1507    fi
1508    if [[ $create_batch_job = true  ||  $create_remote_batch_job = true ]]
1509    then
1510       printf " ***  batch-job will be created and submitted"
1511    else
1512       printf " ***  PALMRUN will now continue to execute on this machine"
1513    fi
1514 fi
1515
1516 
1517
1518    # PROVIDE FILES TO EXECUTE PALM AND CREATE THE EXECUTABLE
1519 if [[ $restart_run = false  &&  $running_in_batch_mode = false ]]
1520 then
1521
1522    if [[ $create_batch_job = true  ||  $create_remote_batch_job  = true ]]
1523    then
1524       printf "\n\n  *** creating executable and other sources for the remote host"
1525    else
1526       printf "\n\n  *** creating executable and other sources for the local host"
1527    fi
1528
1529       # FIRST CHECK, IF A MAKE DEPOSITORY EXISTS, AND IF NOT, ASK THE USER IF
1530       # IT SHALL BE CREATED
1531    ask_for_make_depository=false
1532    if [[ $create_remote_batch_job = true ]]
1533    then
1534
1535       line=`grep %base_directory $config_file`
1536       make_depository=`echo $line | cut -d" " -s -f2`/MAKE_DEPOSITORY_${host_identifier}
1537       echo "make_depository=$make_depository"
1538       echo  "[[ ! -d ${make_depository} ]]  &&  echo depository not found" | ssh  -q  $ssh_key  ${remote_username}@${remote_ip} 2>&1  | tee ${host_identifier}_last_make_protokoll
1539
1540       if [[ $(grep -c "depository not found" ${host_identifier}_last_make_protokoll) != 0 ]]
1541       then
1542          printf "\n\n  +++ make depository \"${make_depository}\""
1543          printf "\n      on remote host not found!"
1544          ask_for_make_depository=true
1545       fi
1546       rm ${host_identifier}_last_make_protokoll
1547
1548    else
1549
1550          # CHECK FOR MAKE_DEPOSITORY ON THE LOCAL HOST
1551       make_depository=${base_directory}/MAKE_DEPOSITORY_${host_identifier}
1552       if [[ ! -d ${make_depository} ]]
1553       then
1554          printf "\n\n  +++ make depository \"${make_depository}\""
1555          printf "\n      on local host not found!"
1556          ask_for_make_depository=true
1557       fi
1558
1559    fi
1560
1561    if [[ $ask_for_make_depository = true ]]
1562    then
1563
1564       antwort=dummy
1565       printf "\n\n"
1566       printf "  >>> Create a new one (y/n) ?  "
1567       while  read antwort
1568       do
1569          if [[ "$antwort" != y  &&  "$antwort" != Y  &&  "$antwort" != n  &&  "$antwort" != N ]]
1570          then
1571             printf "  >>> Create a new one (y/n) ?  "
1572          else
1573             break
1574          fi
1575       done
1576       if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
1577       then
1578          locat=user_abort; (( iec = 0 )); exit
1579       fi
1580
1581       palmbuild  -v  -h $host_identifier
1582
1583       if [[ $? != 0 ]]
1584       then
1585   
1586              # ABORT IN CASE OF COMPILATION PROBLEMS
1587          printf "\n  +++ error while compiling for the MAKE_DEPOSITORY"
1588          locat=make_depository
1589          exit
1590       else
1591          echo "  *** now continue with creating executable and other sources"
1592       fi
1593
1594    fi
1595
1596    palmbuild  -v  -h $host_identifier  -d $fname
1597
1598    if [[ $? != 0 ]]
1599    then
1600
1601           # ABORT IN CASE OF COMPILATION PROBLEMS
1602       printf "\n  +++ error while creating executable and/or other sources"
1603       locat=execution
1604       rm -rf  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1605       exit
1606
1607    else
1608
1609       printf "\n$dashes\n  *** executable and other sources created\n"
1610       rm -rf  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1611
1612    fi
1613
1614 fi
1615
1616
1617    # NOW PERFORM THOSE ACTIONS REQUIRED TO EXECUTE THE PROGRAM (PALM) ON THIS MACHINE
1618    # (COMPILING/LINKING, EXECUTING, COPYING I/O FILES)
1619 if [[ $create_batch_job = false  &&  $create_remote_batch_job = false ]]
1620 then
1621
1622       # CHANGE TO THE TEMPORARY WORKING DIRECTORY
1623    if [[ $running_in_batch_mode = false ]]
1624    then
1625          # CREATE THE DIRECTORY AND COPY FILES FROM SOURCES_FOR_RUN_... TO THAT
1626          # FOLDER
1627       mkdir -p  $TEMPDIR
1628       chmod  go+rx  $TEMPDIR
1629       tmpcreate=true
1630       cd  $TEMPDIR
1631       cp  $fast_io_catalog/SOURCES_FOR_RUN_$fname/{*,.[!.]*}  $TEMPDIR
1632       printf "\n  *** changed to temporary directory: $TEMPDIR"
1633
1634    else
1635
1636          # IN BATCH MODE PALMRUN IS CALLED FROM TEMPDIR
1637       printf "\n  *** running in temporary directory: $TEMPDIR"
1638
1639    fi
1640
1641
1642       # PROVIDE THE INPUT FILES
1643       # LOOP OVER ALL ACTIVATED FILES (LISTED IN THE CONFIGURATION FILE)
1644    (( i = 0 ))
1645    while (( i < iin ))
1646    do
1647       (( i = i + 1 ))
1648       if (( i == 1 ))
1649       then
1650          printf "\n\n  *** providing INPUT-files:\n$dashes"
1651       fi
1652
1653
1654          # SKIP OPTIONAL FILES, IF THEY DO NOT EXIST
1655       if [[ "${transin[$i]}" = unavailable ]]
1656       then
1657          if [[ "${extin[$i]}" = ""  ||  "${extin[$i]}" = " " ]]
1658          then
1659             printf "\n  *** INFORMATIVE: input file \"${pathin[$i]}/${fname}${endin[$i]}\" "
1660             printf "\n                   is not available!"
1661          else
1662             printf "\n  *** INFORMATIVE: input file \"${pathin[$i]}/${fname}${endin[$i]}.${extin[$i]}\" "
1663             printf "\n                   is not available!"
1664          fi
1665          continue
1666       fi
1667
1668          # CHECK FOR SINGLE FILE (SERIAL RUN) OR DIRECTORY (ONE FILE PER CORE FOR PARELLEL EXECUTION)
1669       files_for_cores=false; filetype=file
1670       if [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  -n $cores ]]
1671       then
1672          files_for_cores=true; filetype=files
1673          actionin[$i]=""
1674       elif [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  ! -n $cores ]]
1675       then
1676          actionin[$i]=""
1677       elif [[ "${actionin[$i]}" = lnpe  &&  -n $cores ]]
1678       then
1679          files_for_cores=true; filetype=files
1680          actionin[$i]="ln"
1681       elif [[ "${actionin[$i]}" = lnpe  &&  ! -n $cores ]]
1682       then
1683          actionin[$i]="ln"
1684       fi
1685
1686       if [[ $files_for_cores = true ]]
1687       then
1688          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}/....  to  ${localin[$i]}"
1689       else
1690          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}  to  ${localin[$i]}"
1691       fi
1692
1693          # INPUT-FILES TO BE LINKED
1694       if [[ "${actionin[$i]}" = ln ]]
1695       then
1696
1697          printf "\n      $filetype will be linked"
1698          if [[ $files_for_cores = false ]]
1699          then
1700             if [[ -f "${absnamein[$i]}" ]]
1701             then
1702                ln  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
1703                got_tmp[$i]=true
1704             fi
1705          else
1706             if [[ -d "${absnamein[$i]}" ]]
1707             then
1708                mkdir -p ${localin[$i]}
1709                cd ${absnamein[$i]}
1710                for file in $(ls *)
1711                do
1712                   ln $file $TEMPDIR/${localin[$i]}
1713                done >|/dev/null 2>&1
1714                cd $TEMPDIR
1715             fi
1716
1717                # IF "ln -f" HAS FAILED DO A NORMAL COPY "cp -r"
1718             if [[ ! -f "${localin[$i]}/_000000" ]]
1719             then
1720                printf "\n  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)"
1721                cp -r  ${absnamein[$i]}/*  ${localin[$i]}
1722             fi
1723
1724             got_tmp[$i]=true
1725          fi
1726       fi
1727
1728          # FILE IS STORED IN THE RESPECTIVE DIRECTORY GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
1729       if [[ "${actionin[$i]}" = ""  ||  "${actionin[$i]}" = "di"  ||  "${actionin[$i]}" = "npe" ]]
1730       then
1731
1732          if [[ "${actionin[$i]}" = "npe"  &&  -n $cores ]]
1733          then
1734
1735                # FILE COPIES ARE PROVIDED FOR ALL CORES
1736                # EACH FILE GETS A UNIQUE FILENAME WITH A FOUR DIGIT NUMBER
1737             printf "\n      file will be provided for $cores processors"
1738             mkdir -p ${localin[$i]}
1739             ival=$cores
1740             (( ii = 0 ))
1741             while (( ii <= ival-1 ))
1742             do
1743                if (( ii < 10 ))
1744                then
1745                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_000$ii
1746                elif (( ii < 100 ))
1747                then
1748                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_00$ii
1749                elif (( ii < 1000 ))
1750                then
1751                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_0$ii
1752                else
1753                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_$ii
1754                fi
1755                (( ii = ii + 1 ))
1756             done
1757
1758          else
1759
1760             if [[ $files_for_cores = true ]]
1761             then
1762
1763                   # PROVIDE FILES FOR EACH CORE
1764                   # FIRST CREATE THE LOCAL DIRECTORY, THEN COPY FILES
1765                   # FROM THE PERMANENT DIRECTORY BY LINKING THEM TO THE LOCAL ONE
1766                printf "\n      providing $cores files for the respective cores"
1767                mkdir -p ${localin[$i]}
1768                        if [[ $link_local_input = true ]]
1769                              then
1770                                 printf "      files will be linked\n"
1771                                 cd ${absnamein[$i]}
1772                                 for file in $(ls *)
1773                                 do
1774                                    ln -f $file  ${localin[$i]}
1775                                 done
1776                                 cd $TEMPDIR
1777                              fi
1778
1779                   # IF "ln -f" FAILED OR IF "$link_local_input = false" DO A NORMAL "cp -r"
1780                              if [[ ! -f "${localin[$i]}/_000000" ]]
1781                              then
1782                                 if [[ $link_local_input = true ]]
1783                                        then
1784                                        printf "\n  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)"
1785                                 fi
1786                                 cp -r  ${absnamein[$i]}/*  ${localin[$i]}
1787                              fi
1788
1789             else
1790
1791                   # PROVIDE FILE FOR RUNS ON A SINGLE CORE
1792                        if [[ $link_local_input = true ]]
1793                        then
1794                                 printf "      file will be linked\n"
1795                                 ln -f  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
1796                        fi
1797                                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp"
1798                        if [[ ! -f "${localin[$i]}" ]]
1799                then
1800                                 if [[ $link_local_input = true ]]
1801                          then
1802                      printf "\n  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)"
1803                                 fi
1804                                 cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
1805                fi
1806             fi
1807          fi
1808       fi
1809
1810    done
1811    if (( i != 0 ))
1812    then
1813       printf "\n$dashes\n  *** all INPUT-files provided \n"
1814    fi
1815
1816
1817       # EXECUTE INPUT-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
1818    (( i = 0 ))
1819    while (( i < iic ))
1820    do
1821       (( i = i + 1 ))
1822       if (( i == 1 ))
1823       then
1824          printf "\n\n  *** execution of INPUT-commands:\n$dashes"
1825       fi
1826       printf "\n  >>> ${in_command[$i]}"
1827       eval  ${in_command[$i]}
1828       if (( i == iic ))
1829       then
1830          printf "\n$dashes\n"
1831       fi
1832    done
1833
1834
1835       # CREATE THE NAMELIST-FILE WITH VALUES OF ENVIRONMENT-VARIABLES REQUIRED BY PALM
1836       # (FILE ENVPAR WILL BE READ BY PALM)
1837    cat  >  ENVPAR  <<  EOF
1838 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$host_identifier',
1839          write_binary = .${write_binary}., tasks_per_node = $tasks_per_node,
1840          maximum_parallel_io_streams = $maximum_parallel_io_streams,
1841          maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
1842          revision = '$global_revision',
1843          batch_job = .${running_in_batch_mode}. /
1844
1845EOF
1846
1847
1848       # STARTING THE EXECUTABLE
1849    printf "\n\n  *** execution starts in directory\n      \"`pwd`\"\n$dashes\n"
1850    PATH=$PATH:$TEMPDIR
1851
1852
1853       # REPLACE PARAMETERS IN THE EXECUTION COMMAND WITH REAL VALUES
1854    line=`echo  "${execute_command}" | sed 's/{{MPI_TASKS}}/$mpi_tasks/g' | sed 's/{{TASKS_PER_NODE}}/$tasks_per_node/g'`
1855    line2=`echo  "${execute_command}" | sed 's/{{MPI_TASKS}}/1/g' | sed 's/{{TASKS_PER_NODE}}/1/g' | sed 's/palm/combine_plot_fields.x/g'`
1856    eval line=\"$line\"
1857    execute_command="$line"
1858
1859
1860       # EXECUTION COMMAND FOR COMBINE_PLOT_FIELDS
1861    eval line2=\"$line2\"
1862    execute_command_for_combine="$line2"
1863
1864
1865       # PROVIDE A HOSTFILE, IF REQUIRED
1866    if [[ "$hostfile" != "" ]]
1867    then
1868
1869       if [[ $hostfile = auto ]]
1870       then
1871             # CREATE A NEW HOSTFILE
1872          (( ii = 1 ))
1873          while (( ii <= cores / threads_per_task ))
1874          do
1875             echo  $(hostname)  >>  hostfile
1876             (( ii = ii + 1 ))
1877          done
1878          if (( cores / threads_per_task == 0 ))
1879          then
1880             echo  $(hostname)  >>  hostfile
1881          fi
1882       
1883       else
1884          cp  $hostfile  hostfile
1885       fi
1886       eval line=\"`head -n $ii  hostfile`\"
1887       printf "\n  *** running on: $line"
1888    fi
1889
1890
1891
1892       # SET THE NUMBER OF OPENMP-THREADS
1893    if [[ $use_openmp = true ]]
1894    then
1895       export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
1896       printf "\n  *** number of OpenMP threads per MPI-task: $OMP_NUM_THREADS"
1897    else
1898       export OMP_NUM_THREADS=1
1899    fi
1900
1901
1902       # PROVIDE DATA FOR
1903    if [[ $run_coupled_model = false ]]
1904    then
1905       if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
1906       then
1907          echo "precursor_ocean"  >  coupling_steering
1908       else
1909          echo "precursor_atmos"  >  coupling_steering
1910      fi
1911    else
1912       (( iia = $cores_atmos / $threads_per_task ))
1913       (( iio = $cores_ocean / $threads_per_task ))
1914       printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
1915       printf "\n\n"
1916       echo "coupled_run $iia $iio"  >  coupling_steering
1917    fi
1918
1919    printf "\n  *** execute command:"
1920    printf "\n      \"$execute_command\" \n\n"
1921
1922    $execute_command  <  coupling_steering
1923
1924    if [[ $? != 0 ]]
1925    then
1926
1927           # ABORT IN CASE OF RUNTIME ERRORS
1928       printf "\n  +++ runtime error occured"
1929       locat=execution
1930       exit
1931
1932    else
1933
1934       printf "\n$dashes\n  *** execution finished \n"
1935
1936    fi
1937
1938
1939       # CALL OF combine_plot_fields IN ORDER TO MERGE SINGLE FILES WRITTEN
1940       # BY EACH CORE INTO ONE FILE
1941   if [[ ! -f combine_plot_fields.x ]]
1942   then
1943
1944      printf "\n\n\n  +++ WARNING: no combine_plot_fields found"
1945      printf "\n      2d- and/or 3d-data may be incomplete!"
1946      printf "\n      Your previous palmbuild may have failed. Please check.\n"
1947
1948   elif [[ "$combine_plot_fields" == true ]]
1949   then
1950
1951      printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"$execute_command_for_combine\" ..."
1952      $execute_command_for_combine
1953
1954   else
1955
1956         # TEMPORARY SOLUTION TO SKIP combine_plot_fields. THIS IS REQUIRED IN CASE OF HUGE AMOUNT OF
1957         # DATA OUTPUT. TO DO: EXTEND THIS BRANCH BY CREATING A BATCH JOB for combine_plot_fields.
1958         # ??? koennen wir das streichen ???
1959      printf "\n\n\n *** post-processing: skipping combine_plot_fields (-Z option set) ..."
1960   fi
1961
1962
1963
1964       # EXECUTE OUTPUT-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
1965    (( i = 0 ))
1966    while (( i < ioc ))
1967    do
1968       (( i = i + 1 ))
1969       if (( i == 1 ))
1970       then
1971          printf "\n\n  *** execution of OUTPUT-commands:\n$dashes"
1972       fi
1973       printf "\n  >>> ${out_command[$i]}"
1974       eval  ${out_command[$i]}
1975       if (( i == ioc ))
1976       then
1977          printf "\n$dashes\n"
1978       fi
1979    done
1980
1981
1982       # IN TRACE-MODE PRINT CONTENTS OF THE CURRENT (TEMPORARY) WORKING DIRECTORY
1983    if [[ $do_trace = true ]]
1984    then
1985       printf "\n\n"
1986       ls -al
1987    fi
1988   
1989
1990       # COPY LOCAL OUTPUT-FILES TO THEIR PERMANENT DESTINATIONS
1991    (( i = 0 ))
1992    while (( i < iout ))
1993    do
1994       (( i = i + 1 ))
1995       if (( i == 1 ))
1996       then
1997          printf "\n\n  *** saving OUTPUT-files:"
1998
1999             # GET RUN NUMBER ASSIGNED BY PALM
2000          if [[ -f RUN_NUMBER ]]
2001          then
2002              read  run_number  <  RUN_NUMBER
2003              printf "\n  *** PALM generated run_number = "$run_number" will be used as unified cycle number for all output files"
2004              usecycle_option="-U $run_number"
2005          else
2006              run_number=0
2007              usecycle_option=""
2008          fi
2009          if [[ $running_on_remote = true  &&  "$remote_loginnode" != "" ]]
2010          then
2011             printf "\n  *** in case of SCP transfers to local host"
2012             printf "\n      they will be done via remote login-node \"$remote_loginnode\" "
2013          fi
2014          printf "\n$dashes"
2015       fi
2016
2017          # ADD CYCLE NUMBER TO FILENAME
2018       if [[ ! ( $running_on_remote = true  &&  ( "${actionout[$i]}" = tr || "${actionout[$i]}" = tra || "${actionout[$i]}" = trpe ) ) ]]
2019       then
2020
2021              # IN APPEND MODE, FILES KEEP THEIR CURRENT CYCLE NUMBER
2022          if [[ "${actionout[$i]}" != "a" ]]
2023          then
2024                # SET RUN NUMBER AS CYCLE NUMBER, IF THERE IS NOT A CONFLICT
2025                # WITH AN EXISTING CYCLE NUMBER
2026             if (( run_number >= cycnum[$i] ))
2027             then
2028                (( cycnum[$i] = run_number ))
2029             else
2030                if (( run_number > 0 ))
2031                then
2032                   printf "\n  --- INFORMATIVE: The following file cannot get a unified cycle number"
2033                fi
2034             fi
2035          fi
2036          if (( cycnum[$i] > 0 ))
2037          then
2038             pathout[$i]=${pathout[$i]}.${cycnum[$i]}
2039          fi
2040       fi           
2041
2042          # CHECK FOR SINGLE FILE (SERIAL RUN) OR DIRECTORY (ONE FILE PER CORE FOR PARELLEL EXECUTION)
2043       files_for_cores=false; filetype=file
2044       link_local_output=false
2045       if [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  -n $cores ]]
2046       then
2047          files_for_cores=true; filetype=directory
2048          actionout[$i]=""
2049       elif [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  ! -n $cores ]]
2050       then
2051          actionout[$i]=""
2052       elif [[ "${actionout[$i]}" = lnpe  &&  -n $cores ]]
2053       then
2054          files_for_cores=true; filetype=directory
2055          link_local_output=true
2056          actionout[$i]=""
2057       elif [[ "${actionout[$i]}" = lnpe  &&  ! -n $cores ]]
2058       then
2059          link_local_output
2060          actionout[$i]=""
2061       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  -n $cores ]]
2062       then
2063          files_for_cores=true; filetype=directory
2064          actionout[$i]="tr"
2065       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  ! -n $cores ]]
2066       then
2067          actionout[$i]="tr"
2068       fi
2069
2070       if [[ ! -f ${localout[$i]}  &&  $files_for_cores = false ]]
2071       then
2072          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}  does not exist\n"
2073       elif [[ ! -d ${localout[$i]}  &&  $files_for_cores = true ]]
2074       then
2075          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}/....  does not exist\n"
2076       else
2077
2078
2079             # COPY VIA SCP TO LOCAL HOST (ALWAYS IN BINARY MODE USING batch_scp option -m)
2080             # IF TARGET DIRECTORY DOES NOT EXISTS, TRY TO CREATE IT
2081          if [[ "${actionout[$i]}" = tr  ||  "${actionout[$i]}" = tra ]]
2082          then
2083             if [[ $running_on_remote = true ]]
2084             then
2085
2086                   # SET OPTIONS FOR TRANSFER
2087                if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
2088                then
2089                   if [[ $files_for_cores = false ]]
2090                   then
2091                      catalog_option=""
2092                      catalog_string=""
2093                   else
2094                      catalog_option="-c"
2095                      catalog_string="/"
2096                   fi
2097                   append_option=""
2098                   append_string=""
2099                else
2100                   append_option="-A"
2101                   append_string="append"
2102                fi
2103
2104                transfer_failed=false
2105                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$catalog_string  $append_string by SCP to"
2106                printf "\n              ${pathout[$i]}/${host_identifier}_${fname}${endout[$i]}$catalog_string\n"
2107
2108                   # TRANSFER VIA SCP
2109                if [[ "$remote_loginnode" != "" ]]
2110                then
2111                   echo "cd $TEMPDIR; ${fast_io_catalog}/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/batch_scp $PORTOPT $catalog_option $append_option -b -m $usecycle_option -u $local_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${host_identifier}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  |  ssh -q $remote_username@$remote_loginnode
2112                else
2113                   batch_scp $PORTOPT $catalog_option $append_option -b -m $usecycle_option -u $local_username $return_address  ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${host_identifier}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
2114                fi
2115                [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
2116
2117
2118                   # IF TRANSFER FAILED, CREATE BACKUP COPY ON THIS MACHINE
2119                if [[ $transfer_failed = true ]]
2120                then
2121                   printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on this host under:\n"
2122                   printf "      ${pathout[$i]}/${host_identifier}_${fname}${endout[$i]}_$run_id\n"
2123
2124                      # FIRST CHECK, IF DIRECTORY EXISTS, AND CREATE IT, IF NECESSARY
2125                   eval  local_catalog=${pathout[$i]}
2126                   if [[ ! -d $local_catalog ]]
2127                   then
2128                      printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
2129                      printf "      $local_catalog \n"
2130                      mkdir -p  $local_catalog
2131                   fi
2132                   eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${host_identifier}_${fname}${endout[$i]}_$run_id
2133                   transfer_problems=true
2134                fi
2135
2136             else
2137
2138                   # UNSET actionout. DUE TO THIS SETTING, FILE WILL LATER JUST
2139                   # BE COPIED OR APPENDED ON THIS MACHINE
2140                if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
2141                then
2142                   actionout[$i]=""
2143                else
2144                   actionout[$i]="a"
2145                fi
2146             fi
2147          fi
2148
2149
2150             # APPEND ON THIS MACHINE
2151          if [[ "${actionout[$i]}" = "a" ]]
2152          then
2153             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
2154             then
2155                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to"
2156                printf "\n              ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
2157                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
2158             else
2159                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to"
2160                printf "\n              ${pathout[$i]}\n"
2161                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}
2162             fi
2163          fi
2164
2165             # COPY ON THIS MACHINE
2166             # COPY HAS TO BE USED, BECAUSE MOVE DOES NOT WORK IF FILE-ORIGIN AND TARGET ARE
2167             # ON DIFFERENT FILE-SYSTEMS
2168          if [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_cores = false ]]
2169          then
2170
2171                # COPY IN CASE OF RUNS ON SINGLE CORES
2172             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
2173             then
2174                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
2175                printf "\n              ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
2176                              if [[ $link_local_output = true ]]
2177                              then
2178                                 printf "      file will be linked\n"
2179                                 ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
2180                              fi
2181                                 # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
2182                              if [[ ! -f "${pathout[$i]}.${extout[$i]}" ]]
2183                then
2184                                 if [[ $link_local_output = true ]]
2185                          then
2186                      printf "  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)\n"
2187                                 fi
2188                                 cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
2189                              else
2190                   printf "+++ no copy because file ${pathout[$i]}.${extout[$i]} exists\n"
2191                fi
2192             else
2193                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
2194                printf "\n              ${pathout[$i]}\n"
2195                              if [[ $link_local_output = true ]]
2196                              then
2197                                 printf "      file will be linked\n"
2198                                 ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
2199                              fi
2200                                 # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
2201                        if [[ ! -f "${pathout[$i]}" ]]
2202                then
2203                                 if [[ $link_local_output = true ]]
2204                          then
2205                      printf "  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)\n"
2206                                 fi
2207                                 cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
2208                              else
2209                                 printf "+++ no copy because file ${pathout[$i]} exists\n"
2210                fi
2211             fi
2212
2213          elif [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_cores = true ]]
2214          then
2215
2216                # FILES FROM THE DIFFERENT CORES ARE MOVED WITH ln-COMMAND TO THE PERMANENT DIRECTORY
2217                # AS A FIRST STEP, THE PERMANENT DIRECTORY IS CREATED
2218             printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to"
2219             printf "\n              ${pathout[$i]}\n"
2220                    if [[ $link_local_output = true ]]
2221                    then
2222                              printf "      files will be linked\n"
2223                              mkdir -p ${pathout[$i]}
2224                              cd ${localout[$i]}
2225                              for file in $(ls *)
2226                              do
2227                                 ln -f $file  ${pathout[$i]}
2228                              done >|/dev/null 2>&1
2229                              cd $TEMPDIR
2230                    fi
2231
2232                # IF "ln -f" HAS FAILED OR IF "$link_local_output = false" DO A NORMAL COPY "cp -r"
2233                    if [[ ! -f "${pathout[$i]}/_000000" ]]
2234             then
2235                              if [[ $link_local_output = true ]]
2236                              then
2237                   printf "  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)\n"
2238                              fi
2239                              cp -r  ${localout[$i]}/*  ${pathout[$i]}
2240             fi
2241
2242          fi
2243       fi
2244    done
2245
2246    if (( i != 0 ))
2247    then
2248       if [[ $transfer_problems = true ]]
2249       then
2250          printf "\n$dashes\n  *** OUTPUT-files saved"
2251          printf "\n  +++ WARNING: some data transfers failed! \n"
2252       else
2253          printf "\n$dashes\n  *** all OUTPUT-files saved \n"
2254       fi
2255    fi
2256
2257
2258       # IF REQUIRED, START A RESTART-JOB
2259       # FILE CONTINUE_RUN MUST HAVE BEEN CREATED BY THE EXECUTABLE (PALM)
2260    if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
2261    then
2262
2263          # ADD RESTART-OPTIONS TO THE PALMRUN-CALL (IF THEY ARE NOT USED ALREADY):
2264          # -C TELLS PALMRUN THAT IT IS A RESTART-RUN
2265          # -v SILENT MODE WITHOUT INTERACTIVE QUERIES
2266          # -b START A BATCH JOB
2267       [[ $(echo $prc | grep -c "\-C") = 0 ]]  &&  prc="$prc -C"
2268       [[ $(echo $prc | grep -c "\-v") = 0 ]]  &&  prc="$prc -v"
2269       [[ $(echo $prc | grep -c "\-b") = 0 ]]  &&  prc="$prc -b"
2270
2271
2272          # REPLACE THE HASH IN THE ACTIVATION STRINGS (GIVEN WITH OPTION -a)
2273          # SO THAT RESTARTS ACCESS DIFFERENT FILES THAN THE INITIAL RUN
2274       if [[ $(echo $prc | grep -c "#") != 0 ]]
2275       then
2276          prc=`echo $prc | sed 's/#/r/g'`
2277       fi
2278
2279
2280          # START THE RESTART-JOB
2281       printf "\n\n  *** initiating restart-run on \"$local_ip\" using command:\n"
2282       echo "      $prc"
2283       printf "\n$dashes\n"
2284       if [[ $running_on_remote = true ]]
2285       then
2286
2287          echo "*** ssh will be used to initiate restart-runs!"
2288          echo "    return_address=\"$return_address\" "
2289          echo "    return_username=\"$local_username\" "
2290
2291          if [[ "$remote_loginnode" != "" ]]
2292          then
2293             echo "echo \" PATH=\\\$PATH:$LOCAL_PALMRUN_PATH; cd $LOCAL_PWD; $prc\" |  ssh -q $SSH_PORTOPT  $local_username@$return_address  " |  ssh -q $remote_username@$remote_loginnode
2294          else
2295             echo \" PATH=\\\$PATH:$LOCAL_PALMRUN_PATH; cd $LOCAL_PWD; $prc\" |  ssh -q $SSH_PORTOPT  $local_username@$return_address
2296          fi
2297
2298             # WAIT TO ALLOW THE RESTART-JOB TO BE QUEUED, BEFORE THE CURRENT JOB IS FINISHED
2299          sleep 30
2300
2301       else
2302
2303             # START THE RESTART JOB ON THE LOCAL HOST
2304          eval  $prc                # THE ' MUST BE EVALUATED
2305          cd -  > /dev/null
2306
2307       fi
2308       printf "\n$dashes\n  *** restart-run initiated \n"
2309
2310
2311          # DELETE INPUT-(RESTART)FILES, WHICH HAVE BEEN FETCHED FROM THE TEMPORARY DATA
2312          # DIRECTORY, BACAUSE THEY ARE NOT REQUIRED BY THE RESTART-JOB.
2313          # THIS IS DONE IN ORDER TO AVOID EXCEEDING DISC QUOTAS OR DISC SPACE (RESTART-FILES
2314          # MAY BE VERY HUGE)
2315       (( i = 0 ))
2316       while (( i < iin ))
2317       do
2318          (( i = i + 1 ))
2319          if [[ "${got_tmp[$i]}" = true   &&  $keep_data_from_previous_run = false ]]
2320          then
2321             rm -r  ${absnamein[$i]}
2322          fi
2323       done
2324
2325    fi
2326
2327
2328       # ALL ACTIONS FINISHED, TEMPORARY WORKING-DIRECTORY CAN BE DELETED
2329    cd  $HOME
2330    [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
2331
2332
2333 else
2334
2335
2336       # PREPARING ACTIONS,
2337       # IF A BATCH-JOB IS TO BE GENERATED AND TO BE STARTED ON A LOCAL OR REMOTE-MACHINE
2338
2339       # BUILD THE PALMRUN-COMMAND TO BE CALLED IN THE BATCH-JOB
2340    palmrun_com="$palmrun_script_name -d $fname -h $host_identifier -m $memory -t $cpumax -q $queue -r $run_id -U $local_username"
2341    [[ "$activation_string_list" != "" ]]  &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -a \"$activation_string_list\""
2342    [[ "$global_revision" != "" ]]  &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -G \"$global_revision\""
2343    [[ $keep_data_from_previous_run = true ]]  &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -k"
2344    [[ $do_trace = true ]]        &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -x"
2345    [[ "$cores" != "" ]]       &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -X $cores"
2346    [[ $use_openmp = true ]]  &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -O $threads_per_task"
2347    [[ "$tasks_per_node" != "" ]]  &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -T $tasks_per_node"
2348    [[ $delete_temporary_catalog = false ]]  &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -B"
2349    [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]  &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -y"
2350    [[ $run_coupled_model = true ]]  &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -Y \"$coupled_dist\""
2351    [[ "$combine_plot_fields" = false ]]  &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -Z"
2352    [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -w $max_par_io_str"
2353    [[ "$project_account" != "" ]]  &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -A $project_account"
2354    if [[ $create_remote_batch_job = true ]]
2355    then
2356       palmrun_com=${palmrun_com}" -j -u $remote_username -R $local_ip"
2357       if [[ $do_trace = true ]]
2358       then
2359          printf "\n *** PALMRUN-command on remote host:\n     $palmrun_com \n"
2360       fi
2361    elif [[ $create_batch_job = true ]]
2362    then
2363       palmrun_com=${palmrun_com}" -j"
2364       if [[ $do_trace = true ]]
2365       then
2366          printf "\n *** PALMRUN-command on local host:\n     $palmrun_com \n"
2367       fi
2368    fi
2369
2370
2371       # DETERMINE THE FULL PATHS FOR THE JOB PROTOCOL FILES ON THE LOCAL AND
2372       # REMOTE HOST
2373    job_protocol_file_local=${local_jobcatalog}/${host_identifier}_${job_id}
2374    job_protocol_file=$job_protocol_file_local
2375    if [[ $create_remote_batch_job = true ]]
2376    then
2377       job_protocol_file_remote=${remote_jobcatalog}/${host_identifier}_${job_id}
2378       job_protocol_file=$job_protocol_file_remote
2379       job_transfer_protocol_file=${remote_jobcatalog}/last_job_transfer_protocol
2380       scpjob_file=${remote_jobcatalog}/scpjob.$run_id
2381    fi
2382
2383
2384       # BUILD THE JOB-SCRIPTS ON FILE jobfile
2385    jobfile=jobfile.$run_id
2386
2387
2388       # FIRST CREATE THE BATCH DIRECTIVES
2389    (( i = 0 ))
2390    while (( i < ibd ))
2391    do
2392       (( i = i + 1 ))
2393       line=`echo  "${batch_directive[$i]}" | sed 's/{{JOB_ID}}/$job_id/g' | sed 's/{{JOBFILE}}/$job_protocol_file/g' | sed 's/{{CPU_HOURS}}/$cpu_hours/g' | sed 's/{{CPU_MINUTES}}/$cpu_minutes/g' | sed 's/{{CPU_SECONDS}}/$cpu_seconds/g' | sed 's/{{NODES}}/$nodes/g' | sed 's/{{CORES}}/$cores/g' | sed 's/{{TASKS_PER_NODE}}/$tasks_per_node/g' | sed 's/{{HOST_IDENTIFIER}}/${host_identifier}/g' | sed 's/{{FNAME}}/$fname/g' | sed 's/{{QUEUE}}/$queue/g' | sed 's/{{MEMORY}}/$memory/g' | sed 's/{{PROJECT_ACCOUNT}}/$project_account/g'`
2394       eval line=\"$line\"
2395       echo  "$line"                               >>  $jobfile
2396    done
2397    echo " "                                       >>  $jobfile
2398
2399
2400       # FOR BATCH JOBS ON REMOTE HOSTS, ADD THE JOBFILE TO SEND BACK THE JOB
2401       # PROTOCOL
2402    if [[ $create_remote_batch_job = true ]]
2403    then
2404       echo "set +vx"                              >>  $jobfile
2405       echo "trap '"                               >>  $jobfile
2406       echo "set +vx"                              >>  $jobfile
2407       echo "cd ${remote_jobcatalog}"              >>  $jobfile
2408       echo "cat >  scpjob.$run_id << %%END%%"     >>  $jobfile
2409
2410          # ADD THE BATCH DIRECTIVES
2411       (( i = 0 ))
2412       while (( i < ibdt ))
2413       do
2414          (( i = i + 1 ))
2415          line=`echo  "${batch_directive_transfer[$i]}" | sed 's/{{JOB_ID}}/$job_id/g' | sed 's/{{JOBFILE}}/$job_protocol_file/g' | sed 's/{{JOB_TRANSFER_PROTOCOL_FILE}}/$job_transfer_protocol_file/g' | sed 's/{{CPU_HOURS}}/$cpu_hours/g' | sed 's/{{CPU_MINUTES}}/$cpu_minutes/g' | sed 's/{{CPU_SECONDS}}/$cpu_seconds/g' | sed 's/{{NODES}}/$nodes/g' | sed 's/{{TASKS_PER_NODE}}/$tasks_per_node/g' | sed 's/{{HOST_IDENTIFIER}}/${host_identifier}/g' | sed 's/{{FNAME}}/$fname/g' | sed 's/{{PROJECT_ACCOUNT}}/$project_account/g'`
2416          eval line=\"$line\"
2417          echo  "$line"                            >>  $jobfile
2418       done
2419       echo " "                                    >>  $jobfile
2420
2421       echo "set -x"                               >>  $jobfile
2422       echo "${fast_io_catalog}/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_username $local_ip  $job_protocol_file_remote  \"$local_jobcatalog\"  ${host_identifier}_${fname}"  >>  $jobfile
2423       echo "%%END%%"                              >>  $jobfile
2424       echo "echo \" *** submitting job for transfering the job protocol file to $local_ip\" "  >>  $jobfile
2425       echo "$submit_command  $scpjob_file"        >>  $jobfile
2426       echo "rm $scpjob_file"                      >>  $jobfile
2427       echo "rm -rf $job_transfer_protocol_file"   >>  $jobfile
2428       echo "set -x"                               >>  $jobfile
2429       echo "     ' exit"                          >>  $jobfile
2430    fi
2431
2432
2433       # ACTIVATE ERROR-TRACEBACK
2434    if [[ $do_trace = true ]]
2435    then
2436       echo  "set -x"                                    >>  $jobfile
2437    else
2438       echo  "set +vx"                                   >>  $jobfile
2439    fi
2440
2441
2442       # INITIALIZE THE ENVIRONMENT AND LOAD MODULES
2443    if [[ "$login_init_cmd" != "" ]]
2444    then
2445       echo  "$login_init_cmd"        >>  $jobfile
2446    fi
2447    if [[ "$module_commands" != "" ]]
2448    then
2449       echo  "$module_commands"     >>  $jobfile
2450    fi
2451
2452
2453       # CREATE TEMPORARY DIRECTORY AND SWITCH TO IT
2454    echo  "mkdir  $TEMPDIR"              >>  $jobfile
2455    echo  "cd  $TEMPDIR"                 >>  $jobfile
2456    echo  "export TEMPDIR=$TEMPDIR"      >>  $jobfile
2457    echo  "cp  $fast_io_catalog/SOURCES_FOR_RUN_$fname/{*,.[!.]*}  ."  >>  $jobfile
2458    echo  "export PATH=.:\$PATH"         >>  $jobfile
2459    echo  "export execute_palmrun=true"  >>  $jobfile
2460
2461
2462       # GET REQUIRED INPUT-FILES BY SCP OR BY SENDING THEM WITH THE JOB AS HERE-DOCUMENT
2463       # PUT THESE FILES INTO THE USER'S RESPECTIVE PERMANENT DIRECTORIES ON THE REMOTE-HOST
2464       # IF THE DIRECTORIES DO NOT EXIST, TRY TO CREATE THEM
2465    if [[ $create_remote_batch_job = true ]]
2466    then
2467       (( i = 0 ))
2468       while (( i < iin ))
2469       do
2470          (( i = i + 1 ))
2471          echo  "[[ ! -d ${pathin[$i]} ]]  &&  mkdir -p  ${pathin[$i]}"  >>  $jobfile
2472          if [[ "${transin[$i]}" = job ]]
2473          then
2474             echo  "cat > ${remotepathin[$i]} <<\"%END%\""    >>  $jobfile
2475             eval cat   ${pathin[$i]}/${frelin[$i]}           >>  $jobfile
2476             echo  " "                                        >>  $jobfile
2477             echo  "%END%"                                    >>  $jobfile
2478          else
2479             echo  "batch_scp $PORTOPT -b -o -g -s -u $local_username $return_address ${remotepathin[$i]} \"${pathin[$i]}\" ${frelin[$i]}" >>  $jobfile
2480          fi
2481
2482             # CHECK, IF FILE COULD BE CREATED
2483          echo  "if [[ \$? = 1 ]]"                    >>  $jobfile
2484          echo  "then"                                >>  $jobfile
2485          echo  "   echo \" \" "                      >>  $jobfile
2486          echo  "   echo \"+++ file ${remotepathin[$i]} could not be created\" "   >>  $jobfile
2487          echo  "   echo \"    please check, if directory exists on $host_identifier!\" "  >>  $jobfile
2488          echo  "   echo \"+++ PALMRUN will not be continued\" "  >>  $jobfile
2489          echo  "   execute_palmrun=false"            >>  $jobfile
2490          echo  "fi"                                  >>  $jobfile
2491       done
2492    fi
2493
2494
2495       # PROVIDE NAME OF THE CURRENT WORKING-DIRECTORY ON THE LOCAL MACHINE (FROM WHERE THE JOB IS
2496       # STARTED) BY SETTING AN ENVIRONMENT-VARIABLE. THIS INFORMATION IS USED IN THE JOB BY PALMRUN
2497       # IN CASE THAT RESTART-RUNS HAVE TO BE GENERATED
2498    echo  "LOCAL_PWD=$working_directory"                >>  $jobfile
2499    echo  "export LOCAL_PWD"                            >>  $jobfile
2500
2501
2502       # PROVIDE THE PATH OF THE LOCAL PALMRUN-SCRIPT FOR THE SAME REASON
2503    echo  "LOCAL_PALMRUN_PATH=${source_path}/../SCRIPTS"   >>  $jobfile
2504    echo  "export LOCAL_PALMRUN_PATH"                      >>  $jobfile
2505
2506
2507       # CALL PALMRUN WITHIN THE JOB
2508       # AS FINAL ACTION, REMOVE THE TEMPORARY DIRECTORY CREATED AT THE BEGINNING OF THE JOB
2509    echo  "set -x"                                              >>  $jobfile
2510    echo  "[[ \$execute_palmrun = true ]]  &&  $palmrun_com"    >>  $jobfile
2511
2512
2513       # TRANSFER JOBFILE TO THE TARGET HOST
2514    if [[ $create_jobfile_only = false ]]
2515    then
2516
2517       if [[ $create_remote_batch_job = true ]]
2518       then
2519
2520          echo " "
2521          echo "  *** transfer of job to remote host via scp"
2522          if [[ $do_trace = true ]]
2523          then
2524             echo "     scp $ssh_key $PORTOPT $jobfile ${remote_username}@${remote_ip}:${remote_jobcatalog}/${host_identifier}_${job_id}"
2525          fi
2526          scp $ssh_key $PORTOPT $jobfile ${remote_username}@${remote_ip}:${remote_jobcatalog}/${host_identifier}_${job_id}
2527
2528          echo " "
2529          echo "  *** submit the job (output of submit command, e.g. the job-id, may follow)"
2530          if [[ $do_trace = true ]]
2531          then
2532             echo "     cd $remote_jobcatalog; $submit_command ${host_identifier}_${job_id}; rm ${host_identifier}_${job_id}  |  ssh  -q  $ssh_key $SSH_PORTOPT  ${remote_username}@${remote_ip}  2>&1"
2533          fi
2534          echo "cd $remote_jobcatalog; $submit_command ${host_identifier}_${job_id}; rm ${host_identifier}_${job_id}"  |  ssh  -q  $ssh_key $SSH_PORTOPT  ${remote_username}@${remote_ip}  2>&1
2535
2536       elif [[ $create_batch_job = true ]]
2537       then
2538
2539          eval  local_jobcatalog=$local_jobcatalog
2540          cp  $jobfile  ${local_jobcatalog}/${host_identifier}_${job_id}
2541          cd $local_jobcatalog
2542          echo " "
2543          echo " *** submit the job"
2544          if [[ $do_trace = true ]]
2545          then
2546             echo "$submit_command ${host_identifier}_${job_id}"
2547          fi
2548          $submit_command ${host_identifier}_${job_id}
2549          rm ${host_identifier}_${job_id}
2550          cd -  > /dev/null
2551
2552       fi
2553
2554       rm -rf  $jobfile
2555
2556    else
2557
2558       printf "\n *** jobfile created under name \"$jobfile\" "
2559       printf "\n     no batch-job has been sent!"
2560
2561    fi
2562
2563 fi  # END OF REMOTE-PART
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.