Home


About us
PALM
PALM-4U
Installation
Release notes
Documentation
Getting Help
Gallery
Developers area

source: palm/trunk/SCRIPTS/palmrun @ 2479

Last change on this file since 2479 was 2479, checked in by raasch, 7 years ago

option -A for project account added to palmrun
  • Property svn:executable set to *
  • Property svn:keywords set to Id
File size: 85.0 KB
Line 
1#!/bin/bash
2
3# palmrun - script for running PALM jobs
4
5#--------------------------------------------------------------------------------#
6# This file is part of PALM.
7#
8# PALM is free software: you can redistribute it and/or modify it under the terms
9# of the GNU General Public License as published by the Free Software Foundation,
10# either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
11#
12# PALM is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
13# WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR
14# A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
15#
16# You should have received a copy of the GNU General Public License along with
17# PALM. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
18#
19# Copyright 2017  Leibniz Universitaet Hannover
20#--------------------------------------------------------------------------------#
21#
22# Current revisions:
23# ------------------
24#
25#
26# Former revisions:
27# -----------------
28# $Id: palmrun 2479 2017-09-19 06:12:16Z raasch $
29# option -A (project account number) added
30#
31# 2422 2017-09-08 08:25:41Z raasch
32# initial revision
33#
34#--------------------------------------------------------------------------------#
35# palmrun - script for running PALM jobs on local and remote hosts
36#--------------------------------------------------------------------------------#
37
38
39 
40    # DECLARATION OF VARIABLES AND THEIR DEFAULT VALUES
41
42 set +o allexport    # SUPPRESS EXPORT OF ALL VARIABLES, SINCE IN THE PAST THIS
43                     # LEAD TO PROBLEMS IN ROUTINES CALLED BY PALMRUN
44                     # (TOO MANY ARGUMENTS - PROBLEM)
45 set +o noclobber    # EXISTING FILES ARE ALLOWED TO BE OVERWRITTEN
46
47 typeset -i  ibd=0 ibdt=0 iec=0 iic=0 iin=0 ioc=0 iout=0
48 typeset -x -i  memory=0   # HAS TO BE EXPORTED HERE, OTHERWISE AN UNKNOWN SIDE
49                           # SIDE EFFECT MAY CAUSE DATA LOSS WHEN GETOPTS IS READING THE
50                           # SCRIPT-OPTION ARGUMENTS
51 typeset -i  cores cputime cpu_hours cpu_minutes cpu_seconds i ii iia iii iio
52 typeset -i  icycle inode ival maxcycle mpi_tasks
53 typeset -i  nodes remaining_cores run_number tasks_per_node threads_per_task
54
55 activation_string_list=""
56 AddFilenames=""
57 combine_plot_fields=true
58 compiler_name=""
59 compiler_name_ser=""
60 compiler_options=""
61 cores=""
62 cores_atmos=0
63 cores_ocean=0
64 coupled_dist=""
65 cpp_options=""
66 cpumax=0
67 create_jobfile_only=false
68 delete_temporary_catalog=true
69 create_batch_job=false
70 create_remote_batch_job=false
71 dashes="  ----------------------------------------------------------------------------"
72 defaultqueue=""
73 do_compile=true
74 do_trace=false
75 executable=""
76 execute_command=""
77 execution_error=false
78 fileconnection_file=.palm.iofiles
79 fname=test
80 global_revision=""
81 host_identifier="default"
82 hostfile=""
83 hp=""
84 keep_data_from_previous_run=false
85 link_local_input=false
86 link_local_output=false
87 linker_options=""
88 local_jobcatalog=""
89 locat=normal
90 makefile=""
91 max_par_io_str=""
92 prc=$0
93 while [[ $(echo $prc | grep -c "/") != 0 ]]
94 do
95    prc=`echo $prc | cut -f2- -d"/"`
96 done
97 module_calls=""
98 palmrun_script_name=$prc
99 openmp=false
100 project_account=""
101 queue=none
102 restart_run=false
103 return_address=""
104 remote_jobcatalog=""
105 remote_username=""
106 running_in_batch_mode=false
107 run_coupled_model=false
108 run_id=""
109 silent=false
110 source_list=""
111 source_path=""
112 tasks_per_node=""
113 threads_per_task=1
114 tmpcreate=false
115 transfer_problems=false
116 user_source_path=""
117 use_openmp=false
118 version="palmrun  1.0 Rev$Rev: 2303 $"
119 working_directory=`pwd`
120 write_binary=""
121 TOPT=""
122
123
124    # ERROR HANDLING IN CASE OF EXIT
125 trap 'if [[ $locat != normal  &&  $locat != control_c ]]
126       then
127
128              # CARRY OUT ERROR-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE (EC:)
129          (( i = 0 ))
130          while (( i < iec ))
131          do
132             (( i = i + 1 ))
133             printf "\n  *** Execution of ERROR-command:\n"
134             printf "  >>> ${err_command[$i]}\n"
135             eval  ${err_command[$i]}
136          done
137          [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  (cd; rm -rf $TEMPDIR)
138          printf "\n\n+++ palmrun killed \n\n"
139       elif [[ $locat != control_c ]]
140       then
141          printf "\n\n --> palmrun finished\n\n"
142          if [[ $running_on_remote = true ]]
143          then
144             printf "     Bye, bye $remote_username !!\n\n"
145          else
146             printf "     Bye, bye $local_username !!\n\n"
147          fi
148       fi' exit
149
150
151    # ACTIONS IN CASE OF TERMINAL-BREAK (CONTROL-C):
152 trap 'cd; rm -rf $TEMPDIR
153       printf "\n+++ palmrun killed by \"^C\" \n\n"
154       locat=control_c
155       exit
156      ' 2
157
158
159    # READ SHELLSCRIPT-OPTIONS AND REBUILD THE PALMRUN-COMMAND STRING (prc),
160    # WHICH WILL BE USED TO START RESTART-JOBS
161 while  getopts  :a:A:bBCd:FG:h:jkm:M:O:q:r:R:s:t:T:u:U:vw:xX:yY:Z option
162 do
163   case  $option  in
164       (a)   activation_string_list=$OPTARG; prc="$prc -a'$OPTARG'";;
165       (A)   project_account=$OPTARG; prc="$prc -A'$OPTARG'";;
166       (b)   create_batch_job=true; prc="$prc -b";;
167       (B)   delete_temporary_catalog=false; prc="$prc -B";;
168       (C)   restart_run=true; prc="$prc -C";;
169       (d)   fname=$OPTARG; prc="$prc -d$OPTARG";;
170       (F)   create_jobfile_only=true;;
171       (G)   global_revision=$OPTARG; prc="$prc -G'$OPTARG'";;
172       (h)   host_identifier=$OPTARG; prc="$prc -h$OPTARG";;
173       (j)   running_in_batch_mode=true;;
174       (k)   keep_data_from_previous_run=true; prc="$prc -k";;
175       (m)   memory=$OPTARG; prc="$prc -m$OPTARG";;
176       (M)   makefile=$OPTARG; prc="$prc -M$OPTARG";;
177       (O)   use_openmp=true; threads_per_task=$OPTARG; prc="$prc -O$OPTARG";;
178       (q)   queue=$OPTARG; prc="$prc -q$OPTARG";;
179       (r)   run_id=$OPTARG;;
180       (R)   return_address=$OPTARG;;
181       (s)   source_list=$OPTARG;;
182       (t)   cpumax=$OPTARG; prc="$prc -t$OPTARG";;
183       (T)   palmrun_tasks_per_node=$OPTARG; prc="$prc -T$OPTARG";;
184       (u)   remote_username=$OPTARG; prc="$prc -u$OPTARG";;
185       (U)   return_username=$OPTARG; prc="$prc -U$OPTARG";;
186       (v)   silent=true; prc="$prc -v";;
187       (w)   max_par_io_str=$OPTARG; prc="$prc -w$OPTARG";;
188       (x)   do_trace=true;set -x; prc="$prc -x";;
189       (X)   cores=$OPTARG; prc="$prc -X$OPTARG";;
190       (y)   ocean_file_appendix=true; prc="$prc -y";;
191       (Y)   run_coupled_model=true; coupled_dist=$OPTARG; prc="$prc -Y'$OPTARG'";;
192       (Z)   combine_plot_fields=false; prc="$prc -Z";;
193       (\?)  printf "\n  +++ unknown option $OPTARG \n"
194             printf "\n  --> type \"$0 ?\" for available options \n"
195             locat=parameter;exit;;
196   esac
197 done
198
199
200    # SKIP GIVEN OPTIONS TO READ POSITIONAL PARAMETER, IF GIVEN
201    # CURRENTLY ONLY PARAMETER ? (TO OUTPUT A SHORT COMMAND INFO) IS ALLOWED
202 (( to_shift = $OPTIND - 1 ))
203 shift $to_shift
204
205    # PRINT SHORT DESCRIPTION OF PALMRUN OPTIONS
206 if [[ "$1" = "?" ]]
207 then
208   (printf "\n  *** Description of available palmrun options:\n"
209    printf "\n      Option  Description                              Default-Value"
210    printf "\n        -a    activation string list                   \"\" "
211    printf "\n        -A    project account number                   ---"
212    printf "\n        -b    batch-job on local machine               ---"
213    printf "\n        -B    do not delete temporary directory at end ---"
214    printf "\n        -d    base name of files attached to program   test"
215    printf "\n        -F    create batch job file only               ---"
216    printf "\n        -h    host identifier                          \"default\" "
217    printf "\n        -k    keep data from previous run"
218    printf "\n        -m    memory demand in MB (batch-jobs)         0 MB"
219    printf "\n        -M    Makefile name                            Makefile"
220    printf "\n        -O    threads per openMP task                  ---"
221    printf "\n        -q    queue                                    \"$queue\" "
222    printf "\n        -s    filenames of routines to be compiled     \"\" "
223    printf "\n              must end with .f, .f90, .F, or .c !"
224    printf "\n              use \"..\" for more than one file and wildcards"
225    printf "\n              -s LM compiles all locally modified files"
226    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds (batch)      0"
227    printf "\n        -T    tasks per node                           ---"
228    printf "\n        -u    username on remote machine               \"\" "
229    printf "\n        -v    no prompt for confirmation               ---"
230    printf "\n        -w    maximum parallel io streams              as given by -X"
231    printf "\n        -x    tracing of palmrun for debug purposes    ---"
232    printf "\n        -X    # of processors (on parallel machines)   1"
233    printf "\n        -y    add appendix \"_O\" to all local output"
234    printf "\n              files (ocean precursor runs followed by"
235    printf "\n              coupled atmosphere-ocean runs)           ---"
236    printf "\n        -Y    run coupled model, \"#1 #2\" with" 
237    printf "\n              #1 atmosphere and #2 ocean processors    \"#/2 #/2\" depending on -X"
238    printf "\n        -Z    skip combine_plot_fields at the end of      "
239    printf "\n              the simulation                           ---"
240    printf "\n "
241    printf "\n      Possible values of positional parameter <modus>:"
242    printf "\n        \"?\"       -  this outline \n\n") | more
243    exit
244 elif [[ "$1" != "" ]]
245 then
246    printf "\n  +++ positional parameter $1 unknown \n"
247    locat=parameter; exit
248 fi
249
250
251
252    # SHORT STARTING MESSAGE
253 printf "\n*** $version "
254 printf "\n    will be executed.     Please wait ..."
255
256
257    # BUILD THE CONFIGURATION-FILE NAME
258 config_file=.palm.config.$host_identifier
259
260
261    # CHECK, IF CONFIGURATION FILE EXISTS
262 if [[ ! -f $config_file ]]
263 then
264    printf "\n\n  +++ configuration file: "
265    printf "\n           $config_file"
266    printf "\n      does not exist"
267    locat=connect; exit 
268 fi
269
270
271    # CHECK, IF FILE CONNECTION FILE EXISTS
272 if [[ ! -f $fileconnection_file ]]
273 then
274    printf "\n\n  +++ file connection file: "
275    printf "\n           $fileconnection_file"
276    printf "\n      does not exist"
277    locat=connect; exit 
278 fi
279
280
281    # CHECK, IF THE ACTIVATION_STRING_LIST HAS BEEN GIVEN
282 if [[ "$activation_string_list" = "" ]]
283 then
284    printf "\n\n  +++ no activation string list given: "
285    printf "\n        please set palmrun option \"-a\" "
286    locat=palmrun_option; exit 
287 fi
288
289
290    # SET VARIABLE TO ACTIVATE PALM BINARY OUTPUT FOR RESTARTS
291 if [[ $(echo $activation_string_list | grep -c "restart") != 0 ]]
292 then
293    write_binary=true
294 else
295    write_binary=false
296 fi
297
298
299    # READ AND EVALUATE THE CONFIGURATION-FILE
300 [[ $silent = false ]]  &&  printf "\n\n    Reading the configuration file... "
301
302    # READ VARIABLE SETTINGS FROM CONFIG FILE LINE BY LINE
303 while  read line
304 do
305
306       # FIRST REPLACE ENVIRONMENT-VARIABLES BY THEIR RESPECTIVE VALUES
307    eval  line=\"$line\"
308
309
310       # INTERPRET THE LINE
311    if [[ "$(echo $line)" = "" ]]
312    then
313
314          # EMPTY LINE, NO ACTION
315       continue
316
317    elif [[ "$(echo $line | cut -c1)"  =  "#" ]]
318    then
319
320          # LINE IS A COMMENT LINE
321       continue
322
323    elif [[ "$(echo $line | cut -c1)"  =  "%" ]]
324    then
325
326          # LINE DEFINES AN ENVIRONMENT-VARIABLE
327       var=`echo $line | cut -d" " -s -f1 | cut -c2-`
328       value=`echo $line | cut -d" " -s -f2-`
329
330
331          # VALUE FROM THE CONFIGURATION-FILE IS ASSIGNED TO THE
332          # ENVIRONMENT-VARIABLE, BUT ONLY IF NO VALUE HAS BEEN ALREADY
333          # ASSIGNED WITHIN THIS SCRIPT (E.G. BY SCRIPT-OPTIONS).
334          # NON-ASSIGNED VARIABLES HAVE VALUE "" OR 0 (IN CASE OF INTEGER).
335          # HENCE THE GENERAL RULE IS: SCRIPT-OPTION OVERWRITES THE
336          # CONFIGURATION-FILE.
337       if [[ "$(eval echo \$$var)" = ""  ||  "$(eval echo \$$var)" = "0" ]]
338       then
339          eval  export  $var="\$value"
340
341             # TERMINAL OUTPUT OF ENVIRONMENT-VARIABLES, IF TRACEBACK IS SWITCHED on
342          if [[ $do_trace = true ]]
343          then
344             printf "\n*** ENVIRONMENT-VARIABLE $var = $value"
345          fi
346       fi
347
348    elif [[ "$(echo $line | cut -c1-3)" = "BD:" ]]
349    then
350
351          # LINE DEFINES BATCH-DIRECTIVE
352       (( ibd = ibd + 1 ))
353       line=$(echo $line | cut -c4-)
354       batch_directive[$ibd]="$line"
355
356    elif [[ "$(echo $line | cut -c1-4)" = "BDT:" ]]
357    then
358
359          # LINE DEFINES BATCH-DIRECTIVE FOR SENDING BACK THE JOBFILE FROM A
360          # REMOTE TO A LOCAL HOST
361       (( ibdt = ibdt + 1 ))
362       line=$(echo $line | cut -c5-)
363       batch_directive_transfer[$ibdt]="$line"
364
365    elif [[ "$(echo $line | cut -c1-3)" = "EC:" ]]
366    then
367
368          # LINE DEFINES ERROR-COMMAND
369       (( iec = iec + 1 ))
370       line=$(echo $line | cut -c4-)
371       err_command[$iec]="$line"
372
373    elif [[ "$(echo $line | cut -c1-3)" = "IC:" ]]
374    then
375
376          # LINE DEFINES INPUT-COMMAND
377       (( iic = iic + 1 ))
378       line=$(echo $line | cut -c4-)
379       in_command[$iic]="$line"
380
381    elif [[ "$(echo $line | cut -c1-3)" = "OC:" ]]
382    then
383
384          # LINE DEFINES OUTPUT-COMMAND
385       (( ioc = ioc + 1 ))
386       line=$(echo $line | cut -c4-)
387       out_command[$ioc]="$line"
388
389    else
390
391          # SKIP ALL OTHER LINES
392       continue
393
394    fi
395
396 done < $config_file
397
398
399    # CHECK SETTING OF REQUIRED PARAMETERS
400 if [[ "$compiler_name" = "" ]]
401 then
402    printf "\n  +++ no compiler name found in $config_file"
403    printf "\n      Please add line \"compiler_name ...\" to that file."
404    locat=config_file; exit
405 fi
406 if [[ "$compiler_name_ser" = "" ]]
407 then
408    printf "\n  +++ no compiler name for non-paralle compilation found in $config_file"
409    printf "\n      Please add line \"compiler_name_ser ...\" to that file."
410    locat=config_file; exit
411 fi
412 if [[ "$compiler_options" = "" ]]
413 then
414    printf "\n  +++ no compiler options found in $config_file"
415    printf "\n      Please add line \"compiler_options ...\" to that file."
416    locat=config_file; exit
417 fi
418 if [[ "$linker_options" = "" ]]
419 then
420    printf "\n  +++ no linker options found in $config_file"
421    printf "\n      Please add line \"linker_options ...\" to that file."
422    locat=config_file; exit
423 fi
424 if [[ "$execute_command" = "" ]]
425 then
426    printf "\n  +++ no execute command found in $config_file"
427    printf "\n      Please add line \"execute_command ...\" to that file."
428    locat=config_file; exit
429 fi
430
431 if [[ "$hostfile" != "" ]]
432 then
433    if [[ $hostfile != auto  &&  ! -f $hostfile ]]
434    then
435       printf "\n  +++ no hostfile \"$hostfile\" found"
436       printf "\n      Please check line \"hostfile ...\" in $config_file"
437       locat=config_file; exit   
438    fi
439 fi
440
441
442    # DETERMINE THE CALL STATUS
443 if [[ "$return_address" != "" ]]
444 then
445 
446       # I AM RUNNING ON A REMOTE HOST, WHICH ALSO MEANS THAT I AM RUNNING IN
447       # BATCH MODE AND ...
448    running_on_remote=true
449 
450 else
451
452       # I HAVE BEEN CALLED INTERACTIVELY ON THIS HOST
453     if [[ "$remote_ip" != "" ]]
454     then
455
456           # I HAVE TO CREATE A BATCH JOB TO RUN PALM ON THE REMOTE HOST
457        create_remote_batch_job=true
458
459     fi
460     running_on_remote=false
461 fi
462
463
464
465    # READ AND EVALUATE THE I/O-FILE LIST
466 [[ $silent = false ]]  &&  printf "\n    Reading the I/O files... "
467
468    # READ THE FILE CONNECTION FILE LINE BY LINE
469 while  read line
470 do
471
472       # FIRST REPLACE ENVIRONMENT-VARIABLES BY THEIR RESPECTIVE VALUES
473    eval  line=\"$line\"
474
475
476       # INTERPRET THE LINE
477    if [[ "$(echo $line)" = "" ]]
478    then
479          # EMPTY LINE, NO ACTION
480       continue
481
482    elif [[ "$(echo $line | cut -c1)"  =  "#" ]]
483    then
484
485          # LINE IS A COMMENT LINE
486       true
487
488    else
489
490          # LINE DEFINES FILE CONNECTION. READ THE FILE ATTRIBUTES.
491          # s2a: in/out - field
492          # s2b: loc    - field (optional)
493          # s2c: tr/ar  - field (optional)
494       s1=`echo $line | cut -d" " -f1`
495       s2=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
496       s2a=$(echo $s2 | cut -d":" -f1)
497       if [[ $(echo $s2 | grep -c ":") = 0 ]]
498       then
499          s2b=""
500          s2c=""
501       else
502          s2b=`echo $s2 | cut -d":" -f2 | sed 's/:/ /g'`
503          s2c=`echo $s2 | cut -d":" -s -f3 | sed 's/:/ /g'`
504       fi
505       s3=`echo $line | cut -d" " -f3`
506       s4=`echo $line | cut -d" " -s -f4`
507       s5=`echo $line | cut -d" " -s -f5`
508       s6=`echo $line | cut -d" " -s -f6`
509
510       
511          # STORE FILE CONNECTION, IF ACTIVATED BY ACTIVATION-STRING FROM
512          # INPUT- OR OUTPUT-LIST.
513          # VARIABLE S3 MAY CONTAIN A LIST OF ACTIVATION STRINGS (FIELD-SEPERATOR ":").
514          # IF EXECUTION IS SCHEDULED FOR A REMOTE-MACHINE AND THE FILE IS ONLY
515          # LOCALLY REQUIRED ON THAT MACHINE (I.E. s2b = loc), THE FILE CONNECTION
516          # IS NOT CHECKED AND STORED.
517       IFSALT="$IFS"; IFS="$IFS:"
518       if [[ "$s2a" = in  &&  ! ( $create_remote_batch_job = true  &&  ( "$s2b" = loc  ||  "$s2b" = locopt ) ) ]]
519       then
520          found=false
521          for  actual  in  $activation_string_list
522          do
523             for  formal  in  $s3
524             do
525                [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-" ]]  &&  found=true
526             done
527          done
528          if [[ $found = true ]]
529          then
530             (( iin = iin + 1 ))
531             localin[$iin]=$s1; transin[$iin]=$s2b; actionin[$iin]=$s2c;
532             typein[$iin]=$s3; pathin[$iin]=$s4; endin[$iin]=$s5;
533             extin[$iin]=$s6
534          fi
535       elif [[ "$s2a" = out  &&  ! ( $create_remote_batch_job = true  &&  "$s2b" = loc ) ]]
536       then
537          found=false
538          for  actual  in  $activation_string_list
539          do
540             for  formal  in  $s3 
541             do
542                [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-"  ]]  &&  found=true
543             done
544          done
545          if [[ $found = true ]]
546          then
547             (( iout = iout + 1 ))
548             localout[$iout]=$s1; actionout[$iout]=$s2c; typeout[$iout]=$s3;
549             pathout[$iout]=$s4; endout[$iout]=$s5; extout[$iout]=$s6
550          fi
551       elif [[ "$s2a" != in  &&  "$s2a" != out ]]
552       then
553          printf "\n  +++ I/O-attribute in configuration file $config_file has the invalid"
554          printf "\n      value \"$s2\". Only \"in\" and \"out\" are allowed!"
555          locat=connect; exit
556       fi
557       IFS="$IFSALT"
558    fi
559
560 done < $fileconnection_file
561
562
563
564      # EVALUATE MODEL COUPLING FEATURES (OPTION -Y)
565 if [[ $run_coupled_model = true ]] 
566 then
567
568    cores_atmos=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f1`
569    cores_ocean=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f2`
570
571    if (( $cores_ocean + $cores_atmos != $cores ))
572    then
573
574       printf "\n  +++ number of processors does not fit to specification by \"-Y\"."
575       printf "\n      PEs (total)     : $cores"
576       printf "\n      PEs (atmosphere): $cores_atmos"
577       printf "\n      PEs (ocean)     : $cores_ocean"
578       locat=coupling; exit
579
580    fi
581
582 fi
583
584
585    # SAVE VALUES OF PALMRUN-OPTIONS IN ORDER TO OVERWRITE
586    # THOSE VALUES GIVEN IN THE CONFIGURATION-FILE
587 palmrun_memory=$memory
588 palmrun_cpumax=$cpumax
589 palmrun_cores=$cores
590
591
592    # VALUES OF PALMRUN-OPTIONS OVERWRITE THOSE FROM THE CONFIGURATION-FILE
593 [[ $palmrun_memory     != 0   ]]  &&  memory=$palmrun_memory
594 [[ $palmrun_cpumax     != 0   ]]  &&  cpumax=$palmrun_cpumax
595 [[ "$palmrun_cores" != ""  ]]  &&  cores=$palmrun_cores
596 [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  maximum_parallel_io_streams=$max_par_io_str
597 [[ "$palmrun_tasks_per_node" != "" ]]  &&  tasks_per_node=$palmrun_tasks_per_node
598
599
600
601    # IF I AM IN BATCH MODE, CHECK IF EXECUTABLE AND OTHER REQUIRED FILES
602    # HAVE BEEN GENERATED BY PALMBUILD AND STORED IN THE SOURCES_FOR_RUN_...
603    # FOLDER
604 if [[ $running_in_batch_mode = true ]]
605 then
606 
607    if [[ ! -d ${fast_io_catalog}/SOURCES_FOR_RUN_$fname ]]
608    then
609       printf "\n  +++ directory ${fast_io_catalog}/SOURCES_FOR_RUN_$fname is missing"
610       printf "\n      Please check the output of the palmrun-call"
611       printf "\n      that you did on your local host."
612       locat=SOURCES_FOR_RUN; exit
613    fi
614
615 else
616
617       # CREATE THE SOURCES_FOR_RUN_... FOLDER, BUT NOT IF I AM PART OF AN
618       # AUTOMATIC RESTART RUN
619       # AUTOMATIC RESTART RUNS JUST ACCESS THE DIRECTORY CREATED BY THE INITIAL RUN
620    if [[ $restart_run = false ]]
621    then
622
623          # COLLECT FILES TO BE COMPILED IN THE SOURCES_FOR_RUN_... FOLDER ON
624          # THE LOCAL HOST
625       if [[ ! -d $source_path ]]
626       then
627          printf "\n\n  +++ source path \"$source_path\" on local host"
628          printf "\n      \"$(hostname)\" does not exist"
629          locat=source_path; exit
630       fi
631
632       rm -rf   SOURCES_FOR_RUN_$fname
633       mkdir -p SOURCES_FOR_RUN_$fname
634
635       if [[ "$source_list" = LM ]]
636       then
637
638             # DETERMINE MODIFIED FILES OF THE SVN WORKING COPY
639          source_list=""
640          cd  $source_path
641
642
643             # CHECK, IF DIRECTORY IS UNDER SVN CONTROL
644          if [[ ! -d .svn ]]
645          then
646             printf "\n\n  +++ source directory"
647             printf "\n         \"$source_path\" "
648             printf "\n         is not under control of \"subversion\"."
649             printf "\n         Please do not use palmmrun-option \"-s LM\"\n"
650          fi
651
652
653             # LIST ALL MODIFIED SOURCE CODE FILES
654          Filenames=""
655          svn status  >  tmp_svnstatus
656          while  read line
657          do
658             firstc=`echo $line | cut -c1`
659             if [[ $firstc = M  ||  $firstc = "?" ]]
660             then
661                Name=`echo "$line" | cut -c8-`
662                extension=`echo $Name | cut -d. -f2`
663                if [[ "$extension" = f90 || "$extension" = F90 || "$extension" = f || "$extension" = F || "$extension" = c ]]
664                then
665                   Filenames="$Filenames "$Name
666                fi
667             fi
668          done < tmp_svnstatus
669          rm -rf  tmp_svnstatus
670
671
672             # COPY FILES TO SOURCES_FOR_RUN_...
673          for  filename  in  $Filenames
674          do
675             cp  $filename  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
676             source_list=$source_list"$filename "
677          done
678
679          cd -  > /dev/null
680
681
682          # COPY FILES GIVEN BY OPTION -s TO DIRECTORY SOURCES_FOR_RUN_...
683       elif [[ "$source_list" != "" ]]
684       then
685
686          cd  $source_path
687
688          for  filename  in  $source_list
689          do
690
691                # SOURCE CODE FILE IS NOT ALLOWED TO INCLUDE PATH
692             if [[ $(echo $filename | grep -c "/") != 0 ]]
693             then
694                printf "\n  +++ source code file:  $filename"
695                printf "\n      must not contain (\"/\") "
696                locat=source; exit
697             fi
698
699             if [[ ! -f $filename ]]
700             then
701                printf "\n  +++ source code file:  $filename"
702                printf "\n      does not exist"
703                locat=source; exit
704             else
705                cp  $filename  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
706             fi
707
708          done
709
710          cd -  > /dev/null
711
712       fi
713
714          # CHECK, IF MAKEFILE EXISTS AND COPY IT TO THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY
715       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
716       if [[ ! -f $makefile ]]
717       then
718          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
719          locat=make; exit
720       else
721          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
722       fi
723
724
725          # COPY FILES FROM OPTIONAL SOURCE PATH GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
726       if [[ "$user_source_path" != "" ]]
727       then
728
729             # DOES THE DIRECTORY EXIST?
730          if [[ ! -d $user_source_path ]]
731          then
732
733             printf "\n\n  *** INFORMATIVE: additional source code directory"
734             printf "\n      \"$user_source_path\" "
735             printf "\n      does not exist or is not a directory."
736             printf "\n      No source code will be used from this directory!\n"
737             user_source_path=""
738             if [[ $silent == false ]]
739             then
740                sleep 2
741             fi
742
743          else
744
745             cd $user_source_path
746             found=false
747
748             Names=$(ls -1 *.f90 2>&1)
749             [[ $(echo $Names | grep -c '*.f90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$Names"
750             Names=$(ls -1 *.F90 2>&1)
751             [[ $(echo $Names | grep -c '*.F90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
752             Names=$(ls -1 *.F 2>&1)
753             [[ $(echo $Names | grep -c '*.F') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
754             Names=$(ls -1 *.f 2>&1)
755             [[ $(echo $Names | grep -c '*.f') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
756             Names=$(ls -1 *.c 2>&1)
757             [[ $(echo $Names | grep -c '*.c') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
758
759             cd -  > /dev/null
760             cd  SOURCES_FOR_RUN_$fname
761
762                # COPY MAKEFILE IF EXISTING
763             if [[ -f $user_source_path/Makefile ]]
764             then
765                printf "\n\n  *** user Makefile from directory"
766                printf "\n      \"$user_source_path\" is used \n"
767                if [[ $silent == false ]]
768                then
769                   sleep 1
770                fi
771                cp  $user_source_path/Makefile  .
772             fi
773
774             for  filename  in  $AddFilenames
775             do
776                if [[ -f $filename ]]
777                then
778                   printf "\n  +++ source code file \"$filename\" found in additional"
779                   printf "\n      source code directory \"$user_source_path\" "
780                   printf "\n      but was also given with option \"-s\" which means that it should be taken"
781                   printf "\n      from directory \"$source_path\"."
782                   locat=source; exit
783                fi
784
785                cp  $user_source_path/$filename  .
786                source_list="$source_list $filename"
787
788                   # CHECK IF FILE IS CONTAINED IN MAKEFILE
789                if [[ $(grep -c $filename Makefile) = 0 ]]
790                then
791                   printf "\n\n  +++ user file \"$filename\" "
792                   printf "\n      is not listed in Makefile \n"
793                   locat=source; exit
794                else
795
796                   if [[ $found = false ]]
797                   then
798                      found=true
799                      printf "\n\n  *** following user file(s) added to the"
800                      printf " files to be translated:\n      "
801                   fi
802                   printf "$filename  "
803                   if [[ $silent == false ]]
804                   then
805                      sleep 0.5
806                   fi
807
808                fi
809             done
810             [[ $found = true ]]  &&  printf "\n"
811             cd -  > /dev/null
812          fi
813       fi
814
815          # COPY CONFIGURATION FILES
816       cp  $config_file  SOURCES_FOR_RUN_$fname
817       cp  $fileconnection_file  SOURCES_FOR_RUN_$fname
818
819          # COPY SHELLSCRIPTS
820       cp  ${source_path}/../SCRIPTS/palmrun    SOURCES_FOR_RUN_$fname
821       cp  ${source_path}/../SCRIPTS/batch_scp  SOURCES_FOR_RUN_$fname
822
823    fi
824
825 fi
826
827    # GET THE GLOBAL REVISION-NUMBER OF THE SVN-REPOSITORY
828    # (HANDED OVER TO RESTART-RUNS USING OPTION -G)
829 if [[ "$global_revision" = "" ]]
830 then
831    global_revision=`svnversion $source_path  2>/dev/null`
832    global_revision="Rev: $global_revision"
833 fi
834
835
836    # IN CASE OF PARALLEL EXECUTION, CHECK SOME SPECIFICATIONS CONCERNING PROCESSOR NUMBERS
837 if [[ -n $cores ]]
838 then
839
840       # CHECK, IF THE NUMBER OF CORES PER NODE HAS BEEN GIVEN UND IF IT IS AN
841       # INTEGRAL DIVISOR OF THE TOTAL NUMBER OF CORES GIVEN BY OPTION -X
842    if [[ "$tasks_per_node" = "" ]]
843    then
844       printf "\n"
845       printf "\n  +++ option \"-T\" (tasks per node) is missing"
846       printf "\n      set -T option or define tasks_per_node in the config file"
847       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
848    fi
849
850    if (( cores < tasks_per_node ))
851    then
852       printf "\n"
853       printf "\n  +++ tasks per node (-T) cannot exceed total number of cores (-X)"
854       printf "\n      given values: -T $tasks_per_node  -X $cores"
855       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
856    fi
857
858    (( nodes = cores / ( tasks_per_node * threads_per_task ) ))
859    (( mpi_tasks = cores / threads_per_task ))
860    [[ $mpi_tasks = 0 ]]  &&  (( mpi_tasks = 1 ))
861    (( ii = cores / tasks_per_node ))
862    (( remaining_cores =  cores - ii * tasks_per_node ))
863    if (( remaining_cores > 0 ))
864    then
865       printf "\n"
866       printf "\n  +++ WARNING: tasks per node (option \"-T\") is not an integral"
867       printf "\n      divisor of the total number of cores (option \"-X\")"
868       printf "\n      values of this palmrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $cores\""
869       printf "\n      One of the nodes is filled with $remaining_cores instead of $tasks_per_node tasks"
870       (( nodes = nodes + 1 ))
871    fi
872
873       # SET THE TOTAL NUMBER OF NODES, REQUIRED FOR THE SUBJOB-COMMAND (SEE FURTHER BELOW)
874    if [[ "$tasks_per_node" != "" ]]
875    then
876       TOPT="-T $tasks_per_node"
877    fi
878
879 fi
880
881
882    # SET DEFAULT VALUE FOR THE MAXIMUM NUMBER OF PARALLEL IO STREAMS
883 if [[ "$maximum_parallel_io_streams" = "" ]]
884 then
885    maximum_parallel_io_streams=$cores
886 fi
887
888
889    # SET PORT NUMBER OPTION FOR CALLS OF SSH/SCP AND batch_scp SCRIPT
890 if [[ "$scp_port" != "" ]]
891 then
892    PORTOPT="-P $scp_port"
893    SSH_PORTOPT="-p $scp_port"
894 fi
895
896
897    # DETERMINE THE SSH-OPTION IN CASE THAT AN SSH-KEY IS EXPLICITLY GIVEN IN THE
898    # CONFIG-FILE
899 if [[ "$ssh_key" != "" ]]
900 then
901    ssh_key="-i $HOME/.ssh/$ssh_key"
902 fi
903
904
905    # SET QUEUE, IF NOT GIVEN
906 if [[ $create_batch_job = true  ||  $create_remote_batch_job = true ]]
907 then
908
909    if [[ $queue = none  &&  "$defaultqueue" = "" ]]
910    then
911       printf "\n"
912       printf "\n  +++ no default queue given in configuration file and no queue"
913       printf "\n      given with option -q"
914    fi
915    if [[ $queue = none ]]
916    then
917       queue=$defaultqueue
918    fi
919
920 fi
921
922
923    # GENERATE FULL FILENAMES OF INPUT-FILES, INCLUDING THEIR PATH
924    # CHECK, IF INPUT-FILES EXIST, AND DETERMINE HIGHEST CYCLE NUMBER (IF CYCLES EXIST)
925 (( i = 0 ))
926 while (( i < iin ))
927 do
928    (( i = i + 1 ))
929    (( maxcycle = 0 ))
930
931       # GENERATE PATH AND FULL FILE NAME (then-BRANCH: FIXED FULL NAME IS GIVEN, I.E. THE
932       # FILE IDENTIFIER IS NOT PART OF THE FILENAME))
933    if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
934    then
935       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${endin[$i]}  # EVALUATE REMOTE-PATH ON THE REMOTE
936                                                    # HOST ONLY
937       eval filename=${pathin[$i]}/${endin[$i]}
938    else
939       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${fname}${endin[$i]}  # EVALUATE REMOTE-PATH ON THE REMOTE
940                                                             # HOST ONLY
941       eval filename=${pathin[$i]}/${fname}${endin[$i]}
942    fi
943    eval pathname=${pathin[$i]}
944
945       # CHECK IF FILE EXISTS
946    if ! ls $filename* 1>/dev/null 2>&1
947    then
948
949          # FILES WITH ATTRIBUTE locopt ARE OPTIONAL. NO ABORT, IF THEY DO NOT EXIST.
950       if [[ "${transin[$i]}" != "locopt" ]]
951       then
952          printf "\n\n  +++ INPUT-file: "
953          if [[ "${extin[$i]}" = ""  ||  "${extin[$i]}" = " " ]]
954          then
955             printf "\n           $filename"
956          else
957             printf "\n           $filename.${extin[$i]}"
958          fi
959          printf "\n      does not exist\n"
960          locat=input; exit
961       else
962          transin[$i]="unavailable"
963       fi
964    else
965
966          # DETERMINE THE FILE'S CYCLE NUMBER
967       ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
968       ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
969       while  read line
970       do
971              # filename without path (i.e. after the last "/")
972           basefilename=$(basename ${line})
973
974              # check if there is an extension
975           extension=${basefilename##*.}
976           if [[ "$extension" = "$extin[$i]" ]]
977           then
978              basefilename=${basefilename&.*}
979           fi
980
981              # check for an existing cycle number
982           cycle=${basefilename##*.}
983           if [[ $cycle =~ ^-?[0-9]+$ ]]
984           then
985              (( icycle = $cycle ))
986           else
987              (( icycle = 0 ))
988           fi
989
990           if (( icycle > maxcycle ))
991           then
992              (( maxcycle = icycle ))
993           fi
994
995       done <filelist
996       rm filelist
997
998          # APPEND CYCLE NUMBER TO FILENAME
999       if (( maxcycle > 0 ))
1000       then
1001          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1002          then
1003             filename=${filename}.$maxcycle.${extin[$i]}
1004          else
1005             filename=${filename}.$maxcycle
1006          fi
1007       else
1008          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1009          then
1010             filename=${filename}.${extin[$i]}
1011          fi
1012       fi
1013       
1014          # STORE FILENAME WITHOUT PATH BUT WITH CYCLE NUMBER,
1015          # IS LATER USED FOR TRANSFERRING FILES WIHIN THE JOB (SEE END OF FILE)
1016       absnamein[$i]=$filename
1017       if (( maxcycle > 0 ))
1018       then
1019          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1020          then
1021             frelin[$i]=${endin[$i]}.$maxcycle
1022          else
1023             frelin[$i]=${fname}${endin[$i]}.$maxcycle
1024          fi
1025       else
1026          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1027          then
1028             frelin[$i]=${endin[$i]}
1029          else
1030             frelin[$i]=${fname}${endin[$i]}
1031          fi
1032       fi
1033
1034    fi
1035 done
1036
1037   
1038    # GENERATE FULL FILENAMES OF OUTPUT-FILES (WITHOUT $ OR ~),
1039    # CHECK, IF OUTPUT-FILES EXIST, AND DETERMINE HIGHEST CYCLE NUMBER (IF CYCLES EXIST),
1040    # OR, IN CASE THAT FILE DOES NOT EXIST, CHECK, IF IT CAN BE CREATED 
1041    # THESE ACTIONS ARE NOT CARRIED OUT, IF FILES SHALL BE TRASFERRED FROM THE REMOTE TO
1042    # THE LOCAL HOST (BECAUSE THEIR IS NO DIRECT ACCESS TO THE LOCAL DIRECTORIES FROM THE
1043    # REMOTE HOST)
1044 (( i = 0 ))
1045 while (( i < iout ))
1046 do
1047    (( i = i + 1 ))
1048    if [[ ! ( $running_on_remote = true  &&  ( "${actionout[$i]}" = tr || "${actionout[$i]}" = tra || "${actionout[$i]}" = trpe ) ) ]]
1049    then
1050       if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
1051       then
1052          actionout[$i]=""
1053       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe ]]
1054       then
1055          actionout[$i]=pe
1056       elif [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
1057       then
1058          actionout[$i]=a
1059       fi
1060       (( maxcycle = 0 ))
1061       eval filename=${pathout[$i]}/${fname}${endout[$i]}
1062       eval catalogname=${pathout[$i]}
1063       if ! ls $filename* 1>/dev/null 2>&1
1064       then
1065     
1066             # IF OUTPUT-FILE DOES NOT EXIST CHECK, IF IT CAN BE CREATED
1067          if  cat /dev/null > $filename 
1068          then
1069             rm  $filename
1070          else
1071
1072                # CHECK, IF THE DIRECTORY WHERE FILE SHALL BE COPIED TO EXISTS
1073                # IF IT DOES NOT EXIST, TRY TO CREATE IT
1074             if [[ ! -d $catalogname ]]
1075             then
1076                if  mkdir -p  $catalogname
1077                then
1078                   printf "\n\n  *** directory:"
1079                   printf "\n           $catalogname"
1080                   printf "\n      was created\n"
1081                else
1082                   printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1083                   printf "\n           $filename"
1084                   printf "\n      cannot be created, because directory does not exist"
1085                   printf "\n      and cannot be created either"
1086                   printf "\n"
1087                   locat=output  ; exit
1088                fi 2>/dev/null
1089             else
1090                printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1091                printf "\n           $filename"
1092                printf "\n      cannot be created, although directory exists"
1093                printf "\n"
1094                locat=output  ; exit
1095             fi
1096          fi 2>/dev/null
1097       else
1098
1099             # DETERMINE THE CYCLE NUMBER
1100          ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1101          ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1102          while  read line
1103          do
1104
1105                # filename without path (i.e. after the last "/")
1106             basefilename=$(basename ${line})
1107
1108                # check if there is an extension
1109             extension=${basefilename##*.}
1110             if [[ "$extension" = "${extout[$i]}" ]]
1111             then
1112                basefilename=${basefilename%.*}
1113             fi
1114
1115                # check for an existing cycle number
1116             cycle=${basefilename##*.}
1117             if [[ $cycle =~ ^-?[0-9]+$ ]]
1118             then
1119                (( icycle = $cycle + 1 ))
1120             else
1121                (( icycle = 1 ))
1122             fi
1123
1124             if (( icycle > maxcycle ))
1125             then
1126                (( maxcycle = icycle ))
1127             fi
1128
1129          done <filelist
1130          rm filelist
1131       fi
1132
1133          # APPEND CYCLE NUMBER TO FILENAME AND CHECK, IF FILE CAN BE CREATED
1134          # IN CASE OF FILE-APPEND, FILE MUST BE APPENDED TO THE ONE WITH HIGHEST CYCLE NUMBER
1135       if [[ "${actionout[$i]}" != a ]]
1136       then
1137          if (( maxcycle > 0 ))
1138          then
1139             filename_tmp=${filename}.$maxcycle
1140             if  cat /dev/null > $filename_tmp 
1141             then
1142                rm  $filename_tmp
1143             else
1144                printf "\n  +++ OUTPUT-file:"
1145                printf "\n           $filename_tmp"
1146                printf "\n      cannot be created"
1147                locat=output  ; exit
1148             fi
1149          fi
1150       else
1151          (( maxcycle = maxcycle - 1 ))
1152       fi
1153       
1154       (( cycnum[$i] = maxcycle ))
1155       pathout[$i]=$filename
1156
1157    fi
1158 done
1159
1160
1161    # DETERMINE THE NAME OF PALMRUN'S TEMPORARY WORKING DIRECTORY
1162 if [[ $running_in_batch_mode = false ]]
1163 then
1164    run_id=$RANDOM
1165    job_id=${fname}.$run_id
1166
1167    TEMPDIR=$fast_io_catalog/$job_id
1168 fi
1169
1170
1171    # CHECK SETTINGS REQUIRED FOR BATCH JOBS
1172 if [[ $create_batch_job = true  ||  $create_remote_batch_job = true ]]
1173 then
1174
1175       # CHECK, IF JOB DIRECTIVES HAVE BEEN GIVEN IN CONFIGURATION FILE
1176    if [[ $ibd = 0 ]]
1177    then
1178       printf "\n"
1179       printf "\n  +++ no batch directives found in configuration file"
1180       locat=config_file_batch_directives; (( iec = 0 )); exit
1181    fi
1182
1183       # CHECK IF CPUTIME IS GIVEN FOR JOB
1184    done=false
1185    cputime=$cpumax
1186    while [[ $done = false ]]
1187    do
1188       if (( cputime == 0 ))
1189       then
1190          printf "\n  +++ cpu-time is undefined"
1191          printf "\n  >>> Please type CPU-time in seconds as INTEGER:"
1192          printf "\n  >>> "
1193          read  cputime   1>/dev/null  2>&1
1194       else
1195          done=true
1196       fi
1197    done
1198    cpumax=$cputime
1199
1200       # CHECK THE MEMORY DEMAND
1201    done=false
1202    while [[ $done = false ]]
1203    do
1204       if (( memory == 0 ))
1205       then
1206          printf "\n  +++ memory demand is undefined"
1207          printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
1208          printf "\n  >>> "
1209          read  memory  1>/dev/null  2>&1
1210       else
1211          done=true
1212       fi
1213    done
1214
1215       # IN CASE OF REMOTE-JOBS CHECK, IF A USERNAME FOR THE REMOTE HOST IS GIVEN
1216    if [[ $create_remote_batch_job = true  &&  -z $remote_username ]]
1217    then
1218       while [[ -z $remote_username ]]
1219       do
1220          printf "\n  +++ username on remote host with IP \"$remote_ip\" is undefined"
1221          printf "\n  >>> Please type username:"
1222          printf "\n  >>> "
1223          read  remote_username
1224       done
1225    fi
1226
1227 else
1228
1229    if [[ $running_in_batch_mode = false ]]
1230    then
1231       cputime=10000000  # NO LIMT FOR INTERACTIVE RUNS
1232       cpumax=$cputime
1233    else
1234       cputime=$cpumax
1235    fi
1236
1237 fi
1238
1239
1240    # CALCULATE HOURS/MINUTES/SECONDS, E.G. FOR BATCH-DIRECTIVES
1241 (( cpu_hours  = cputime / 3600 ))
1242 (( resttime = cputime - cpu_hours * 3600 ))
1243 (( cpu_minutes  = resttime / 60 ))
1244 (( cpu_seconds = resttime - cpu_minutes * 60 ))
1245 timestring=${cpu_hours}:${cpu_minutes}:${cpu_seconds}
1246
1247
1248    # OUTPUT OF THE PALMRUN-HEADER
1249 calltime=$(date)
1250 printf "\n"
1251 printf "#------------------------------------------------------------------------# \n"
1252 printf "| %-35s%35s | \n" "$version" "$calltime"
1253 printf "|                                                                        | \n"
1254 column1="called on:"; column2=$(hostname)
1255 printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1256 if [[ $create_remote_batch_job = true ]]
1257 then
1258    column1="execution on:"; column2="$host_identifier (username: $remote_username)"
1259 else
1260    if [[ $running_on_remote = true ]]
1261    then
1262       column1="execution on:"; column2="$host_identifier (IP:$remote_ip)"
1263    else
1264       column1="execution on:"; column2="$host_identifier (IP:$local_ip)"
1265    fi
1266 fi
1267 printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1268
1269 column1="running in:"
1270 if [[ $running_in_batch_mode = true ]]
1271 then
1272    column2="batch job mode"
1273 else
1274    if [[ $create_batch_job = true  ||  $create_remote_batch_job = true ]]
1275    then
1276       column2="job creation mode"
1277    else
1278       column2="interactive run mode"
1279    fi
1280 fi
1281 printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1282
1283 if  [[ $running_in_batch_mode = true  ||  $create_batch_job = true  ||  $create_remote_batch_job = true ]]
1284 then
1285    if [[ "$project_account" !="" ]]
1286    then
1287       column1="project account number:"
1288       column2="$project_account"
1289       printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1290    fi
1291 fi
1292
1293 if [[ -n $cores ]]
1294 then
1295    if [[ $run_coupled_model = false ]]
1296    then
1297       column1="number of cores:"; column2=$cores
1298    else
1299       column1="number of cores:"; column2="$cores  (atmosphere: $cores_atmos, ocean: $cores_ocean)"
1300    fi
1301    printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1302 fi
1303 if [[ -n $tasks_per_node ]]
1304 then
1305    column1="tasks per node:"; column2="$tasks_per_node (number of nodes: $nodes)"
1306    printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1307    if (( remaining_cores > 0 ))
1308    then
1309       column1=" "; column2="one of the nodes only filled with $remaining_cores tasks"
1310       printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1311    fi
1312 fi
1313 if [[ $maximum_parallel_io_streams != $cores ]]
1314 then
1315    column1="max par io streams:"; column2="$maximum_parallel_io_streams"
1316    printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1317 fi
1318 if [[ $use_openmp = true ]]
1319 then
1320    column1="threads per task:"; column2="$threads_per_task"
1321    printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1322 fi
1323 if [[ $create_batch_job = true  ||  $create_remote_batch_job = true  ||  $running_in_batch_mode = true ]]
1324 then
1325    column1="job cpu time (h:m:s):"; column2="$timestring"
1326    printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1327 fi
1328 printf "|                                                                        | \n"
1329 if [[ "$source_list" != "" ]]
1330 then
1331    if [[ "$make_options" != "" ]]
1332    then
1333       column1="make options:"; column2=$(echo "$make_options" | cut -c-45)
1334       printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1335       line=$(echo "$make_options" | cut -c46-)
1336       while [[ "$line" != "" ]]
1337       do
1338          column1=""
1339          column2=$(echo "$line" | cut -c-45)
1340          printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1341          line=$(echo "$line" | cut -c46-)
1342       done
1343    fi
1344 fi
1345
1346 column1="cpp directives:"; column2=$(echo "$cpp_options" | cut -c-45)
1347 printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1348 line=$(echo "$cpp_options" | cut -c46-)
1349 while [[ "$line" != "" ]]
1350 do
1351    column1=""
1352    column2=$(echo "$line" | cut -c-45)
1353    printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1354    line=$(echo "$line" | cut -c46-)
1355 done
1356
1357 column1="compiler options:"; column2=$(echo "$compiler_options" | cut -c-45)
1358 printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1359 line=$(echo "$compiler_options" | cut -c46-)
1360 while [[ "$line" != "" ]]
1361 do
1362    column1=""
1363    column2=$(echo "$line" | cut -c-45)
1364    printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1365    line=$(echo "$line" | cut -c46-)
1366 done
1367
1368 column1="linker options:"; column2=$(echo "$linker_options" | cut -c-45)
1369 printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1370 line=$(echo "$linker_options" | cut -c46-)
1371 while [[ "$line" != "" ]]
1372 do
1373    column1=""
1374    column2=$(echo "$line" | cut -c-45)
1375    printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1376    line=$(echo "$line" | cut -c46-)
1377 done
1378
1379 if [[ "$login_init_cmd" != "" ]]
1380 then
1381    column1="login init commands:"; column2=$(echo "$login_init_cmd" | cut -c-45)
1382    printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1383    line=$(echo "$login_init_cmd" | cut -c46-)
1384    while [[ "$line" != "" ]]
1385    do
1386       column1=""
1387       column2=$(echo "$line" | cut -c-45)
1388       printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1389       line=$(echo "$line" | cut -c46-)
1390    done
1391 fi
1392
1393 if [[ "$module_commands" != "" ]]
1394 then
1395    column1="module commands:"; column2=$(echo "$module_commands" | cut -c-45)
1396    printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1397    line=$(echo "$module_commands" | cut -c46-)
1398    while [[ "$line" != "" ]]
1399    do
1400       column1=""
1401       column2=$(echo "$line" | cut -c-45)
1402       printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1403       line=$(echo "$line" | cut -c46-)
1404    done
1405 fi
1406 printf "|                                                                        | \n"
1407 column1="base name of files:"; column2=$fname
1408 printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1409 column1="activation string list:"; column2=$(echo $activation_string_list)
1410 printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1411
1412 if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
1413 then
1414    printf "| %-35s%-35s | \n" "suffix \"_O\" is added to local files" " "
1415 fi
1416
1417 if [[ $create_batch_job = true  ||  "$LOADLBATCH" = yes ]]
1418 then
1419    column1="memory demand / PE":; column2="$memory MB"
1420    printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1421    column1=CPU-time:; column2="$cpu_hours:$cpu_minutes:$cpu_seconds"
1422    printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1423 fi
1424
1425 if [[ "$source_list" != "" ]]
1426 then
1427    printf "|                                                                        | \n"
1428    printf "| Files to be compiled:                                                  | \n"
1429    line=$source_list
1430    while [[ "$line" != "" ]]
1431    do
1432       linestart=$(echo $line | cut -c-70)
1433       printf "| %-70s | \n" "$linestart"
1434       line=$(echo "$line" | cut -c71-)
1435    done
1436 fi
1437 printf "#------------------------------------------------------------------------#"
1438
1439
1440
1441    # OUTPUT OF FILE CONNECTIONS IN CASE OF TRACEBACK
1442 if [[ $do_trace = true ]]
1443 then
1444    (( i = 0 ))
1445    while (( i < iin ))
1446    do
1447       (( i = i + 1 ))
1448       if (( i == 1 ))
1449       then
1450          printf "\n\n >>> INPUT-file assignments:\n"
1451       fi
1452       printf "\n     ${localin[$i]} :  ${absnamein[$i]}"
1453    done
1454    (( i = 0 ))
1455    while (( i < iout ))
1456    do
1457       (( i = i + 1 ))
1458       if (( i == 1 ))
1459       then
1460          printf "\n\n >>> OUTPUT-file assignments:\n"
1461       fi
1462       printf "\n     ${localout[$i]} :  ${pathout[$i]}"
1463    done
1464    (( i = 0 ))
1465    while (( i < iic ))
1466    do
1467       (( i = i + 1 ))
1468       if (( i == 1 ))
1469       then
1470          printf "\n\n >>> INPUT-commands:\n"
1471       fi
1472       printf "\n     ${in_command[$i]}" 
1473    done
1474    (( i = 0 ))
1475    while (( i < ioc ))
1476    do
1477       (( i = i + 1 ))
1478       if (( i == 1 ))
1479       then
1480          printf "\n\n >>> OUTPUT-commands:\n"
1481       fi
1482       printf "\n     ${out_command[$i]}" 
1483    done
1484 fi
1485
1486    # QUERY FOR CONTINUE
1487 if [[ $silent = false  &&  $running_in_batch_mode = false ]]
1488 then
1489    antwort=dummy
1490    printf "\n\n"
1491    printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
1492    while  read antwort
1493    do
1494       if [[ "$antwort" != y  &&  "$antwort" != Y  &&  "$antwort" != n  &&  "$antwort" != N ]]
1495       then
1496          printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
1497       else
1498          break
1499       fi
1500    done
1501    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
1502    then
1503       locat=user_abort; (( iec = 0 )); exit
1504    fi
1505    if [[ $create_batch_job = true  ||  $create_remote_batch_job = true ]]
1506    then
1507       printf " ***  batch-job will be created and submitted"
1508    else
1509       printf " ***  PALMRUN will now continue to execute on this machine"
1510    fi
1511 fi
1512
1513 
1514
1515    # PROVIDE FILES TO EXECUTE PALM AND CREATE THE EXECUTABLE
1516 if [[ $restart_run = false  &&  $running_in_batch_mode = false ]]
1517 then
1518
1519    if [[ $create_batch_job = true  ||  $create_remote_batch_job  = true ]]
1520    then
1521       printf "\n\n  *** creating executable and other sources for the remote host"
1522    else
1523       printf "\n\n  *** creating executable and other sources for the local host"
1524    fi
1525
1526       # FIRST CHECK, IF A MAKE DEPOSITORY EXISTS, AND IF NOT, ASK THE USER IF
1527       # IT SHALL BE CREATED
1528    ask_for_make_depository=false
1529    if [[ $create_remote_batch_job = true ]]
1530    then
1531
1532       line=`grep %base_directory $config_file`
1533       make_depository=`echo $line | cut -d" " -s -f2`/MAKE_DEPOSITORY_${host_identifier}
1534       echo "make_depository=$make_depository"
1535       echo  "[[ ! -d ${make_depository} ]]  &&  echo depository not found" | ssh  -q  $ssh_key  ${remote_username}@${remote_ip} 2>&1  | tee ${host_identifier}_last_make_protokoll
1536
1537       if [[ $(grep -c "depository not found" ${host_identifier}_last_make_protokoll) != 0 ]]
1538       then
1539          printf "\n\n  +++ make depository \"${make_depository}\""
1540          printf "\n      on remote host not found!"
1541          ask_for_make_depository=true
1542       fi
1543       rm ${host_identifier}_last_make_protokoll
1544
1545    else
1546
1547          # CHECK FOR MAKE_DEPOSITORY ON THE LOCAL HOST
1548       make_depository=${base_directory}/MAKE_DEPOSITORY_${host_identifier}
1549       if [[ ! -d ${make_depository} ]]
1550       then
1551          printf "\n\n  +++ make depository \"${make_depository}\""
1552          printf "\n      on local host not found!"
1553          ask_for_make_depository=true
1554       fi
1555
1556    fi
1557
1558    if [[ $ask_for_make_depository = true ]]
1559    then
1560
1561       antwort=dummy
1562       printf "\n\n"
1563       printf "  >>> Create a new one (y/n) ?  "
1564       while  read antwort
1565       do
1566          if [[ "$antwort" != y  &&  "$antwort" != Y  &&  "$antwort" != n  &&  "$antwort" != N ]]
1567          then
1568             printf "  >>> Create a new one (y/n) ?  "
1569          else
1570             break
1571          fi
1572       done
1573       if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
1574       then
1575          locat=user_abort; (( iec = 0 )); exit
1576       fi
1577
1578       palmbuild  -v  -h $host_identifier
1579
1580       if [[ $? != 0 ]]
1581       then
1582   
1583              # ABORT IN CASE OF COMPILATION PROBLEMS
1584          printf "\n  +++ error while compiling for the MAKE_DEPOSITORY"
1585          locat=make_depository
1586          exit
1587       else
1588          echo "  *** now continue with creating executable and other sources"
1589       fi
1590
1591    fi
1592
1593    palmbuild  -v  -h $host_identifier  -d $fname
1594
1595    if [[ $? != 0 ]]
1596    then
1597
1598           # ABORT IN CASE OF COMPILATION PROBLEMS
1599       printf "\n  +++ error while creating executable and/or other sources"
1600       locat=execution
1601       rm -rf  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1602       exit
1603
1604    else
1605
1606       printf "\n$dashes\n  *** executable and other sources created\n"
1607       rm -rf  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1608
1609    fi
1610
1611 fi
1612
1613
1614    # NOW PERFORM THOSE ACTIONS REQUIRED TO EXECUTE THE PROGRAM (PALM) ON THIS MACHINE
1615    # (COMPILING/LINKING, EXECUTING, COPYING I/O FILES)
1616 if [[ $create_batch_job = false  &&  $create_remote_batch_job = false ]]
1617 then
1618
1619       # CHANGE TO THE TEMPORARY WORKING DIRECTORY
1620    if [[ $running_in_batch_mode = false ]]
1621    then
1622          # CREATE THE DIRECTORY AND COPY FILES FROM SOURCES_FOR_RUN_... TO THAT
1623          # FOLDER
1624       mkdir -p  $TEMPDIR
1625       chmod  go+rx  $TEMPDIR
1626       tmpcreate=true
1627       cd  $TEMPDIR
1628       cp  $fast_io_catalog/SOURCES_FOR_RUN_$fname/{*,.[!.]*}  $TEMPDIR
1629       printf "\n  *** changed to temporary directory: $TEMPDIR"
1630
1631    else
1632
1633          # IN BATCH MODE PALMRUN IS CALLED FROM TEMPDIR
1634       printf "\n  *** running in temporary directory: $TEMPDIR"
1635
1636    fi
1637
1638
1639       # PROVIDE THE INPUT FILES
1640       # LOOP OVER ALL ACTIVATED FILES (LISTED IN THE CONFIGURATION FILE)
1641    (( i = 0 ))
1642    while (( i < iin ))
1643    do
1644       (( i = i + 1 ))
1645       if (( i == 1 ))
1646       then
1647          printf "\n\n  *** providing INPUT-files:\n$dashes"
1648       fi
1649
1650
1651          # SKIP OPTIONAL FILES, IF THEY DO NOT EXIST
1652       if [[ "${transin[$i]}" = unavailable ]]
1653       then
1654          if [[ "${extin[$i]}" = ""  ||  "${extin[$i]}" = " " ]]
1655          then
1656             printf "\n  *** INFORMATIVE: input file \"${pathin[$i]}/${fname}${endin[$i]}\" "
1657             printf "\n                   is not available!"
1658          else
1659             printf "\n  *** INFORMATIVE: input file \"${pathin[$i]}/${fname}${endin[$i]}.${extin[$i]}\" "
1660             printf "\n                   is not available!"
1661          fi
1662          continue
1663       fi
1664
1665          # CHECK FOR SINGLE FILE (SERIAL RUN) OR DIRECTORY (ONE FILE PER CORE FOR PARELLEL EXECUTION)
1666       files_for_cores=false; filetype=file
1667       if [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  -n $cores ]]
1668       then
1669          files_for_cores=true; filetype=files
1670          actionin[$i]=""
1671       elif [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  ! -n $cores ]]
1672       then
1673          actionin[$i]=""
1674       elif [[ "${actionin[$i]}" = lnpe  &&  -n $cores ]]
1675       then
1676          files_for_cores=true; filetype=files
1677          actionin[$i]="ln"
1678       elif [[ "${actionin[$i]}" = lnpe  &&  ! -n $cores ]]
1679       then
1680          actionin[$i]="ln"
1681       fi
1682
1683       if [[ $files_for_cores = true ]]
1684       then
1685          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}/....  to  ${localin[$i]}"
1686       else
1687          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}  to  ${localin[$i]}"
1688       fi
1689
1690          # INPUT-FILES TO BE LINKED
1691       if [[ "${actionin[$i]}" = ln ]]
1692       then
1693
1694          printf "\n      $filetype will be linked"
1695          if [[ $files_for_cores = false ]]
1696          then
1697             if [[ -f "${absnamein[$i]}" ]]
1698             then
1699                ln  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
1700                got_tmp[$i]=true
1701             fi
1702          else
1703             if [[ -d "${absnamein[$i]}" ]]
1704             then
1705                mkdir -p ${localin[$i]}
1706                cd ${absnamein[$i]}
1707                for file in $(ls *)
1708                do
1709                   ln $file $TEMPDIR/${localin[$i]}
1710                done >|/dev/null 2>&1
1711                cd $TEMPDIR
1712             fi
1713
1714                # IF "ln -f" HAS FAILED DO A NORMAL COPY "cp -r"
1715             if [[ ! -f "${localin[$i]}/_000000" ]]
1716             then
1717                printf "\n  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)"
1718                cp -r  ${absnamein[$i]}/*  ${localin[$i]}
1719             fi
1720
1721             got_tmp[$i]=true
1722          fi
1723       fi
1724
1725          # FILE IS STORED IN THE RESPECTIVE DIRECTORY GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
1726       if [[ "${actionin[$i]}" = ""  ||  "${actionin[$i]}" = "di"  ||  "${actionin[$i]}" = "npe" ]]
1727       then
1728
1729          if [[ "${actionin[$i]}" = "npe"  &&  -n $cores ]]
1730          then
1731
1732                # FILE COPIES ARE PROVIDED FOR ALL CORES
1733                # EACH FILE GETS A UNIQUE FILENAME WITH A FOUR DIGIT NUMBER
1734             printf "\n      file will be provided for $cores processors"
1735             mkdir -p ${localin[$i]}
1736             ival=$cores
1737             (( ii = 0 ))
1738             while (( ii <= ival-1 ))
1739             do
1740                if (( ii < 10 ))
1741                then
1742                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_000$ii
1743                elif (( ii < 100 ))
1744                then
1745                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_00$ii
1746                elif (( ii < 1000 ))
1747                then
1748                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_0$ii
1749                else
1750                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_$ii
1751                fi
1752                (( ii = ii + 1 ))
1753             done
1754
1755          else
1756
1757             if [[ $files_for_cores = true ]]
1758             then
1759
1760                   # PROVIDE FILES FOR EACH CORE
1761                   # FIRST CREATE THE LOCAL DIRECTORY, THEN COPY FILES
1762                   # FROM THE PERMANENT DIRECTORY BY LINKING THEM TO THE LOCAL ONE
1763                printf "\n      providing $cores files for the respective cores"
1764                mkdir -p ${localin[$i]}
1765                        if [[ $link_local_input = true ]]
1766                              then
1767                                 printf "      files will be linked\n"
1768                                 cd ${absnamein[$i]}
1769                                 for file in $(ls *)
1770                                 do
1771                                    ln -f $file  ${localin[$i]}
1772                                 done
1773                                 cd $TEMPDIR
1774                              fi
1775
1776                   # IF "ln -f" FAILED OR IF "$link_local_input = false" DO A NORMAL "cp -r"
1777                              if [[ ! -f "${localin[$i]}/_000000" ]]
1778                              then
1779                                 if [[ $link_local_input = true ]]
1780                                        then
1781                                        printf "\n  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)"
1782                                 fi
1783                                 cp -r  ${absnamein[$i]}/*  ${localin[$i]}
1784                              fi
1785
1786             else
1787
1788                   # PROVIDE FILE FOR RUNS ON A SINGLE CORE
1789                        if [[ $link_local_input = true ]]
1790                        then
1791                                 printf "      file will be linked\n"
1792                                 ln -f  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
1793                        fi
1794                                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp"
1795                        if [[ ! -f "${localin[$i]}" ]]
1796                then
1797                                 if [[ $link_local_input = true ]]
1798                          then
1799                      printf "\n  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)"
1800                                 fi
1801                                 cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
1802                fi
1803             fi
1804          fi
1805       fi
1806
1807    done
1808    if (( i != 0 ))
1809    then
1810       printf "\n$dashes\n  *** all INPUT-files provided \n"
1811    fi
1812
1813
1814       # EXECUTE INPUT-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
1815    (( i = 0 ))
1816    while (( i < iic ))
1817    do
1818       (( i = i + 1 ))
1819       if (( i == 1 ))
1820       then
1821          printf "\n\n  *** execution of INPUT-commands:\n$dashes"
1822       fi
1823       printf "\n  >>> ${in_command[$i]}"
1824       eval  ${in_command[$i]}
1825       if (( i == iic ))
1826       then
1827          printf "\n$dashes\n"
1828       fi
1829    done
1830
1831
1832       # CREATE THE NAMELIST-FILE WITH VALUES OF ENVIRONMENT-VARIABLES REQUIRED BY PALM
1833       # (FILE ENVPAR WILL BE READ BY PALM)
1834    cat  >  ENVPAR  <<  EOF
1835 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$host_identifier',
1836          write_binary = .${write_binary}., tasks_per_node = $tasks_per_node,
1837          maximum_parallel_io_streams = $maximum_parallel_io_streams,
1838          maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
1839          revision = '$global_revision',
1840          batch_job = .${running_in_batch_mode}. /
1841
1842EOF
1843
1844
1845       # STARTING THE EXECUTABLE
1846    printf "\n\n  *** execution starts in directory\n      \"`pwd`\"\n$dashes\n"
1847    PATH=$PATH:$TEMPDIR
1848
1849
1850       # REPLACE PARAMETERS IN THE EXECUTION COMMAND WITH REAL VALUES
1851    line=`echo  "${execute_command}" | sed 's/{{MPI_TASKS}}/$mpi_tasks/g' | sed 's/{{TASKS_PER_NODE}}/$tasks_per_node/g'`
1852    line2=`echo  "${execute_command}" | sed 's/{{MPI_TASKS}}/1/g' | sed 's/{{TASKS_PER_NODE}}/1/g' | sed 's/palm/combine_plot_fields.x/g'`
1853    eval line=\"$line\"
1854    execute_command="$line"
1855
1856
1857       # EXECUTION COMMAND FOR COMBINE_PLOT_FIELDS
1858    eval line2=\"$line2\"
1859    execute_command_for_combine="$line2"
1860
1861
1862       # PROVIDE A HOSTFILE, IF REQUIRED
1863    if [[ "$hostfile" != "" ]]
1864    then
1865
1866       if [[ $hostfile = auto ]]
1867       then
1868             # CREATE A NEW HOSTFILE
1869          (( ii = 1 ))
1870          while (( ii <= cores / threads_per_task ))
1871          do
1872             echo  $(hostname)  >>  hostfile
1873             (( ii = ii + 1 ))
1874          done
1875          if (( cores / threads_per_task == 0 ))
1876          then
1877             echo  $(hostname)  >>  hostfile
1878          fi
1879       
1880       else
1881          cp  $hostfile  hostfile
1882       fi
1883       eval line=\"`head -n $ii  hostfile`\"
1884       printf "\n  *** running on: $line"
1885    fi
1886
1887
1888
1889       # SET THE NUMBER OF OPENMP-THREADS
1890    if [[ $use_openmp = true ]]
1891    then
1892       export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
1893       printf "\n  *** number of OpenMP threads per MPI-task: $OMP_NUM_THREADS"
1894    else
1895       export OMP_NUM_THREADS=1
1896    fi
1897
1898
1899       # PROVIDE DATA FOR
1900    if [[ $run_coupled_model = false ]]
1901    then
1902       if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
1903       then
1904          echo "precursor_ocean"  >  coupling_steering
1905       else
1906          echo "precursor_atmos"  >  coupling_steering
1907      fi
1908    else
1909       (( iia = $cores_atmos / $threads_per_task ))
1910       (( iio = $cores_ocean / $threads_per_task ))
1911       printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
1912       printf "\n\n"
1913       echo "coupled_run $iia $iio"  >  coupling_steering
1914    fi
1915
1916    printf "\n  *** execute command:"
1917    printf "\n      \"$execute_command\" \n\n"
1918
1919    $execute_command  <  coupling_steering
1920
1921    if [[ $? != 0 ]]
1922    then
1923
1924           # ABORT IN CASE OF RUNTIME ERRORS
1925       printf "\n  +++ runtime error occured"
1926       locat=execution
1927       exit
1928
1929    else
1930
1931       printf "\n$dashes\n  *** execution finished \n"
1932
1933    fi
1934
1935
1936       # CALL OF combine_plot_fields IN ORDER TO MERGE SINGLE FILES WRITTEN
1937       # BY EACH CORE INTO ONE FILE
1938   if [[ ! -f combine_plot_fields.x ]]
1939   then
1940
1941      printf "\n\n\n  +++ WARNING: no combine_plot_fields found"
1942      printf "\n      2d- and/or 3d-data may be incomplete!"
1943      printf "\n      Your previous palmbuild may have failed. Please check.\n"
1944
1945   elif [[ "$combine_plot_fields" == true ]]
1946   then
1947
1948      printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"$execute_command_for_combine\" ..."
1949      $execute_command_for_combine
1950
1951   else
1952
1953         # TEMPORARY SOLUTION TO SKIP combine_plot_fields. THIS IS REQUIRED IN CASE OF HUGE AMOUNT OF
1954         # DATA OUTPUT. TO DO: EXTEND THIS BRANCH BY CREATING A BATCH JOB for combine_plot_fields.
1955         # ??? koennen wir das streichen ???
1956      printf "\n\n\n *** post-processing: skipping combine_plot_fields (-Z option set) ..."
1957   fi
1958
1959
1960
1961       # EXECUTE OUTPUT-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
1962    (( i = 0 ))
1963    while (( i < ioc ))
1964    do
1965       (( i = i + 1 ))
1966       if (( i == 1 ))
1967       then
1968          printf "\n\n  *** execution of OUTPUT-commands:\n$dashes"
1969       fi
1970       printf "\n  >>> ${out_command[$i]}"
1971       eval  ${out_command[$i]}
1972       if (( i == ioc ))
1973       then
1974          printf "\n$dashes\n"
1975       fi
1976    done
1977
1978
1979       # IN TRACE-MODE PRINT CONTENTS OF THE CURRENT (TEMPORARY) WORKING DIRECTORY
1980    if [[ $do_trace = true ]]
1981    then
1982       printf "\n\n"
1983       ls -al
1984    fi
1985   
1986
1987       # COPY LOCAL OUTPUT-FILES TO THEIR PERMANENT DESTINATIONS
1988    (( i = 0 ))
1989    while (( i < iout ))
1990    do
1991       (( i = i + 1 ))
1992       if (( i == 1 ))
1993       then
1994          printf "\n\n  *** saving OUTPUT-files:"
1995
1996             # GET RUN NUMBER ASSIGNED BY PALM
1997          if [[ -f RUN_NUMBER ]]
1998          then
1999              read  run_number  <  RUN_NUMBER
2000              printf "\n  *** PALM generated run_number = "$run_number" will be used as unified cycle number for all output files"
2001              usecycle_option="-U $run_number"
2002          else
2003              run_number=0
2004              usecycle_option=""
2005          fi
2006          if [[ $running_on_remote = true  &&  "$remote_loginnode" != "" ]]
2007          then
2008             printf "\n  *** in case of SCP transfers to local host"
2009             printf "\n      they will be done via remote login-node \"$remote_loginnode\" "
2010          fi
2011          printf "\n$dashes"
2012       fi
2013
2014          # ADD CYCLE NUMBER TO FILENAME
2015       if [[ ! ( $running_on_remote = true  &&  ( "${actionout[$i]}" = tr || "${actionout[$i]}" = tra || "${actionout[$i]}" = trpe ) ) ]]
2016       then
2017
2018              # IN APPEND MODE, FILES KEEP THEIR CURRENT CYCLE NUMBER
2019          if [[ "${actionout[$i]}" != "a" ]]
2020          then
2021                # SET RUN NUMBER AS CYCLE NUMBER, IF THERE IS NOT A CONFLICT
2022                # WITH AN EXISTING CYCLE NUMBER
2023             if (( run_number >= cycnum[$i] ))
2024             then
2025                (( cycnum[$i] = run_number ))
2026             else
2027                if (( run_number > 0 ))
2028                then
2029                   printf "\n  --- INFORMATIVE: The following file cannot get a unified cycle number"
2030                fi
2031             fi
2032          fi
2033          if (( cycnum[$i] > 0 ))
2034          then
2035             pathout[$i]=${pathout[$i]}.${cycnum[$i]}
2036          fi
2037       fi           
2038
2039          # CHECK FOR SINGLE FILE (SERIAL RUN) OR DIRECTORY (ONE FILE PER CORE FOR PARELLEL EXECUTION)
2040       files_for_cores=false; filetype=file
2041       link_local_output=false
2042       if [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  -n $cores ]]
2043       then
2044          files_for_cores=true; filetype=directory
2045          actionout[$i]=""
2046       elif [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  ! -n $cores ]]
2047       then
2048          actionout[$i]=""
2049       elif [[ "${actionout[$i]}" = lnpe  &&  -n $cores ]]
2050       then
2051          files_for_cores=true; filetype=directory
2052          link_local_output=true
2053          actionout[$i]=""
2054       elif [[ "${actionout[$i]}" = lnpe  &&  ! -n $cores ]]
2055       then
2056          link_local_output
2057          actionout[$i]=""
2058       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  -n $cores ]]
2059       then
2060          files_for_cores=true; filetype=directory
2061          actionout[$i]="tr"
2062       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  ! -n $cores ]]
2063       then
2064          actionout[$i]="tr"
2065       fi
2066
2067       if [[ ! -f ${localout[$i]}  &&  $files_for_cores = false ]]
2068       then
2069          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}  does not exist\n"
2070       elif [[ ! -d ${localout[$i]}  &&  $files_for_cores = true ]]
2071       then
2072          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}/....  does not exist\n"
2073       else
2074
2075
2076             # COPY VIA SCP TO LOCAL HOST (ALWAYS IN BINARY MODE USING batch_scp option -m)
2077             # IF TARGET DIRECTORY DOES NOT EXISTS, TRY TO CREATE IT
2078          if [[ "${actionout[$i]}" = tr  ||  "${actionout[$i]}" = tra ]]
2079          then
2080             if [[ $running_on_remote = true ]]
2081             then
2082
2083                   # SET OPTIONS FOR TRANSFER
2084                if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
2085                then
2086                   if [[ $files_for_cores = false ]]
2087                   then
2088                      catalog_option=""
2089                      catalog_string=""
2090                   else
2091                      catalog_option="-c"
2092                      catalog_string="/"
2093                   fi
2094                   append_option=""
2095                   append_string=""
2096                else
2097                   append_option="-A"
2098                   append_string="append"
2099                fi
2100
2101                transfer_failed=false
2102                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$catalog_string  $append_string by SCP to"
2103                printf "\n              ${pathout[$i]}/${host_identifier}_${fname}${endout[$i]}$catalog_string\n"
2104
2105                   # TRANSFER VIA SCP
2106                if [[ "$remote_loginnode" != "" ]]
2107                then
2108                   echo "cd $TEMPDIR; ${fast_io_catalog}/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/batch_scp $PORTOPT $catalog_option $append_option -b -m $usecycle_option -u $local_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${host_identifier}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  |  ssh -q $remote_username@$remote_loginnode
2109                else
2110                   batch_scp $PORTOPT $catalog_option $append_option -b -m $usecycle_option -u $local_username $return_address  ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${host_identifier}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
2111                fi
2112                [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
2113
2114
2115                   # IF TRANSFER FAILED, CREATE BACKUP COPY ON THIS MACHINE
2116                if [[ $transfer_failed = true ]]
2117                then
2118                   printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on this host under:\n"
2119                   printf "      ${pathout[$i]}/${host_identifier}_${fname}${endout[$i]}_$run_id\n"
2120
2121                      # FIRST CHECK, IF DIRECTORY EXISTS, AND CREATE IT, IF NECESSARY
2122                   eval  local_catalog=${pathout[$i]}
2123                   if [[ ! -d $local_catalog ]]
2124                   then
2125                      printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
2126                      printf "      $local_catalog \n"
2127                      mkdir -p  $local_catalog
2128                   fi
2129                   eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${host_identifier}_${fname}${endout[$i]}_$run_id
2130                   transfer_problems=true
2131                fi
2132
2133             else
2134
2135                   # UNSET actionout. DUE TO THIS SETTING, FILE WILL LATER JUST
2136                   # BE COPIED OR APPENDED ON THIS MACHINE
2137                if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
2138                then
2139                   actionout[$i]=""
2140                else
2141                   actionout[$i]="a"
2142                fi
2143             fi
2144          fi
2145
2146
2147             # APPEND ON THIS MACHINE
2148          if [[ "${actionout[$i]}" = "a" ]]
2149          then
2150             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
2151             then
2152                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to"
2153                printf "\n              ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
2154                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
2155             else
2156                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to"
2157                printf "\n              ${pathout[$i]}\n"
2158                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}
2159             fi
2160          fi
2161
2162             # COPY ON THIS MACHINE
2163             # COPY HAS TO BE USED, BECAUSE MOVE DOES NOT WORK IF FILE-ORIGIN AND TARGET ARE
2164             # ON DIFFERENT FILE-SYSTEMS
2165          if [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_cores = false ]]
2166          then
2167
2168                # COPY IN CASE OF RUNS ON SINGLE CORES
2169             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
2170             then
2171                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
2172                printf "\n              ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
2173                              if [[ $link_local_output = true ]]
2174                              then
2175                                 printf "      file will be linked\n"
2176                                 ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
2177                              fi
2178                                 # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
2179                              if [[ ! -f "${pathout[$i]}.${extout[$i]}" ]]
2180                then
2181                                 if [[ $link_local_output = true ]]
2182                          then
2183                      printf "  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)\n"
2184                                 fi
2185                                 cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
2186                              else
2187                   printf "+++ no copy because file ${pathout[$i]}.${extout[$i]} exists\n"
2188                fi
2189             else
2190                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
2191                printf "\n              ${pathout[$i]}\n"
2192                              if [[ $link_local_output = true ]]
2193                              then
2194                                 printf "      file will be linked\n"
2195                                 ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
2196                              fi
2197                                 # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
2198                        if [[ ! -f "${pathout[$i]}" ]]
2199                then
2200                                 if [[ $link_local_output = true ]]
2201                          then
2202                      printf "  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)\n"
2203                                 fi
2204                                 cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
2205                              else
2206                                 printf "+++ no copy because file ${pathout[$i]} exists\n"
2207                fi
2208             fi
2209
2210          elif [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_cores = true ]]
2211          then
2212
2213                # FILES FROM THE DIFFERENT CORES ARE MOVED WITH ln-COMMAND TO THE PERMANENT DIRECTORY
2214                # AS A FIRST STEP, THE PERMANENT DIRECTORY IS CREATED
2215             printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to"
2216             printf "\n              ${pathout[$i]}\n"
2217                    if [[ $link_local_output = true ]]
2218                    then
2219                              printf "      files will be linked\n"
2220                              mkdir -p ${pathout[$i]}
2221                              cd ${localout[$i]}
2222                              for file in $(ls *)
2223                              do
2224                                 ln -f $file  ${pathout[$i]}
2225                              done >|/dev/null 2>&1
2226                              cd $TEMPDIR
2227                    fi
2228
2229                # IF "ln -f" HAS FAILED OR IF "$link_local_output = false" DO A NORMAL COPY "cp -r"
2230                    if [[ ! -f "${pathout[$i]}/_000000" ]]
2231             then
2232                              if [[ $link_local_output = true ]]
2233                              then
2234                   printf "  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)\n"
2235                              fi
2236                              cp -r  ${localout[$i]}/*  ${pathout[$i]}
2237             fi
2238
2239          fi
2240       fi
2241    done
2242
2243    if (( i != 0 ))
2244    then
2245       if [[ $transfer_problems = true ]]
2246       then
2247          printf "\n$dashes\n  *** OUTPUT-files saved"
2248          printf "\n  +++ WARNING: some data transfers failed! \n"
2249       else
2250          printf "\n$dashes\n  *** all OUTPUT-files saved \n"
2251       fi
2252    fi
2253
2254
2255       # IF REQUIRED, START A RESTART-JOB
2256       # FILE CONTINUE_RUN MUST HAVE BEEN CREATED BY THE EXECUTABLE (PALM)
2257    if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
2258    then
2259
2260          # ADD RESTART-OPTIONS TO THE PALMRUN-CALL (IF THEY ARE NOT USED ALREADY):
2261          # -C TELLS PALMRUN THAT IT IS A RESTART-RUN
2262          # -v SILENT MODE WITHOUT INTERACTIVE QUERIES
2263          # -b START A BATCH JOB
2264       [[ $(echo $prc | grep -c "\-C") = 0 ]]  &&  prc="$prc -C"
2265       [[ $(echo $prc | grep -c "\-v") = 0 ]]  &&  prc="$prc -v"
2266       [[ $(echo $prc | grep -c "\-b") = 0 ]]  &&  prc="$prc -b"
2267
2268
2269          # REPLACE THE HASH IN THE ACTIVATION STRINGS (GIVEN WITH OPTION -a)
2270          # SO THAT RESTARTS ACCESS DIFFERENT FILES THAN THE INITIAL RUN
2271       if [[ $(echo $prc | grep -c "#") != 0 ]]
2272       then
2273          prc=`echo $prc | sed 's/#/r/g'`
2274       fi
2275
2276
2277          # START THE RESTART-JOB
2278       printf "\n\n  *** initiating restart-run on \"$local_ip\" using command:\n"
2279       echo "      $prc"
2280       printf "\n$dashes\n"
2281       if [[ $running_on_remote = true ]]
2282       then
2283
2284          echo "*** ssh will be used to initiate restart-runs!"
2285          echo "    return_address=\"$return_address\" "
2286          echo "    return_username=\"$local_username\" "
2287
2288          if [[ "$remote_loginnode" != "" ]]
2289          then
2290             echo "echo \" PATH=\\\$PATH:$LOCAL_PALMRUN_PATH; cd $LOCAL_PWD; $prc\" |  ssh -q $SSH_PORTOPT  $local_username@$return_address  " |  ssh -q $remote_username@$remote_loginnode
2291          else
2292             echo \" PATH=\\\$PATH:$LOCAL_PALMRUN_PATH; cd $LOCAL_PWD; $prc\" |  ssh -q $SSH_PORTOPT  $local_username@$return_address
2293          fi
2294
2295             # WAIT TO ALLOW THE RESTART-JOB TO BE QUEUED, BEFORE THE CURRENT JOB IS FINISHED
2296          sleep 30
2297
2298       else
2299
2300             # START THE RESTART JOB ON THE LOCAL HOST
2301          eval  $prc                # THE ' MUST BE EVALUATED
2302          cd -  > /dev/null
2303
2304       fi
2305       printf "\n$dashes\n  *** restart-run initiated \n"
2306
2307
2308          # DELETE INPUT-(RESTART)FILES, WHICH HAVE BEEN FETCHED FROM THE TEMPORARY DATA
2309          # DIRECTORY, BACAUSE THEY ARE NOT REQUIRED BY THE RESTART-JOB.
2310          # THIS IS DONE IN ORDER TO AVOID EXCEEDING DISC QUOTAS OR DISC SPACE (RESTART-FILES
2311          # MAY BE VERY HUGE)
2312       (( i = 0 ))
2313       while (( i < iin ))
2314       do
2315          (( i = i + 1 ))
2316          if [[ "${got_tmp[$i]}" = true   &&  $keep_data_from_previous_run = false ]]
2317          then
2318             rm -r  ${absnamein[$i]}
2319          fi
2320       done
2321
2322    fi
2323
2324
2325       # ALL ACTIONS FINISHED, TEMPORARY WORKING-DIRECTORY CAN BE DELETED
2326    cd  $HOME
2327    [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
2328
2329
2330 else
2331
2332
2333       # PREPARING ACTIONS,
2334       # IF A BATCH-JOB IS TO BE GENERATED AND TO BE STARTED ON A LOCAL OR REMOTE-MACHINE
2335
2336       # BUILD THE PALMRUN-COMMAND TO BE CALLED IN THE BATCH-JOB
2337    palmrun_com="$palmrun_script_name -d $fname -h $host_identifier -m $memory -t $cpumax -q $queue -r $run_id -U $local_username"
2338    [[ "$activation_string_list" != "" ]]  &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -a \"$activation_string_list\""
2339    [[ "$global_revision" != "" ]]  &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -G \"$global_revision\""
2340    [[ $keep_data_from_previous_run = true ]]  &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -k"
2341    [[ $do_trace = true ]]        &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -x"
2342    [[ "$cores" != "" ]]       &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -X $cores"
2343    [[ $use_openmp = true ]]  &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -O $threads_per_task"
2344    [[ "$tasks_per_node" != "" ]]  &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -T $tasks_per_node"
2345    [[ $delete_temporary_catalog = false ]]  &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -B"
2346    [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]  &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -y"
2347    [[ $run_coupled_model = true ]]  &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -Y \"$coupled_dist\""
2348    [[ "$combine_plot_fields" = false ]]  &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -Z"
2349    [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -w $max_par_io_str"
2350    [[ "$project_account" != "" ]]  &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -A $project_account"
2351    if [[ $create_remote_batch_job = true ]]
2352    then
2353       palmrun_com=${palmrun_com}" -j -u $remote_username -R $local_ip"
2354       if [[ $do_trace = true ]]
2355       then
2356          printf "\n *** PALMRUN-command on remote host:\n     $palmrun_com \n"
2357       fi
2358    elif [[ $create_batch_job = true ]]
2359    then
2360       palmrun_com=${palmrun_com}" -j"
2361       if [[ $do_trace = true ]]
2362       then
2363          printf "\n *** PALMRUN-command on local host:\n     $palmrun_com \n"
2364       fi
2365    fi
2366
2367
2368       # DETERMINE THE FULL PATHS FOR THE JOB PROTOCOL FILES ON THE LOCAL AND
2369       # REMOTE HOST
2370    job_protocol_file_local=${local_jobcatalog}/${host_identifier}_${job_id}
2371    job_protocol_file=$job_protocol_file_local
2372    if [[ $create_remote_batch_job = true ]]
2373    then
2374       job_protocol_file_remote=${remote_jobcatalog}/${host_identifier}_${job_id}
2375       job_protocol_file=$job_protocol_file_remote
2376       job_transfer_protocol_file=${remote_jobcatalog}/last_job_transfer_protocol
2377       scpjob_file=${remote_jobcatalog}/scpjob.$run_id
2378    fi
2379
2380
2381       # BUILD THE JOB-SCRIPTS ON FILE jobfile
2382    jobfile=jobfile.$run_id
2383
2384
2385       # FIRST CREATE THE BATCH DIRECTIVES
2386    (( i = 0 ))
2387    while (( i < ibd ))
2388    do
2389       (( i = i + 1 ))
2390       line=`echo  "${batch_directive[$i]}" | sed 's/{{JOB_ID}}/$job_id/g' | sed 's/{{JOBFILE}}/$job_protocol_file/g' | sed 's/{{CPU_HOURS}}/$cpu_hours/g' | sed 's/{{CPU_MINUTES}}/$cpu_minutes/g' | sed 's/{{CPU_SECONDS}}/$cpu_seconds/g' | sed 's/{{NODES}}/$nodes/g' | sed 's/{{CORES}}/$cores/g' | sed 's/{{TASKS_PER_NODE}}/$tasks_per_node/g' | sed 's/{{HOST_IDENTIFIER}}/${host_identifier}/g' | sed 's/{{FNAME}}/$fname/g' | sed 's/{{QUEUE}}/$queue/g' | sed 's/{{MEMORY}}/$memory/g' | sed 's/{{PROJECT_ACCOUNT}}/$project_account/g'`
2391       eval line=\"$line\"
2392       echo  "$line"                               >>  $jobfile
2393    done
2394    echo " "                                       >>  $jobfile
2395
2396
2397       # FOR BATCH JOBS ON REMOTE HOSTS, ADD THE JOBFILE TO SEND BACK THE JOB
2398       # PROTOCOL
2399    if [[ $create_remote_batch_job = true ]]
2400    then
2401       echo "set +vx"                              >>  $jobfile
2402       echo "trap '"                               >>  $jobfile
2403       echo "set +vx"                              >>  $jobfile
2404       echo "cd ${remote_jobcatalog}"              >>  $jobfile
2405       echo "cat >  scpjob.$run_id << %%END%%"     >>  $jobfile
2406
2407          # ADD THE BATCH DIRECTIVES
2408       (( i = 0 ))
2409       while (( i < ibdt ))
2410       do
2411          (( i = i + 1 ))
2412          line=`echo  "${batch_directive_transfer[$i]}" | sed 's/{{JOB_ID}}/$job_id/g' | sed 's/{{JOBFILE}}/$job_protocol_file/g' | sed 's/{{JOB_TRANSFER_PROTOCOL_FILE}}/$job_transfer_protocol_file/g' | sed 's/{{CPU_HOURS}}/$cpu_hours/g' | sed 's/{{CPU_MINUTES}}/$cpu_minutes/g' | sed 's/{{CPU_SECONDS}}/$cpu_seconds/g' | sed 's/{{NODES}}/$nodes/g' | sed 's/{{TASKS_PER_NODE}}/$tasks_per_node/g' | sed 's/{{HOST_IDENTIFIER}}/${host_identifier}/g' | sed 's/{{FNAME}}/$fname/g' | sed 's/{{PROJECT_ACCOUNT}}/$project_account/g'`
2413          eval line=\"$line\"
2414          echo  "$line"                            >>  $jobfile
2415       done
2416       echo " "                                    >>  $jobfile
2417
2418       echo "set -x"                               >>  $jobfile
2419       echo "${fast_io_catalog}/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_username $local_ip  $job_protocol_file_remote  \"$local_jobcatalog\"  ${host_identifier}_${fname}"  >>  $jobfile
2420       echo "%%END%%"                              >>  $jobfile
2421       echo "echo \" *** submitting job for transfering the job protocol file to $local_ip\" "  >>  $jobfile
2422       echo "$submit_command  $scpjob_file"        >>  $jobfile
2423       echo "rm $scpjob_file"                      >>  $jobfile
2424       echo "rm -rf $job_transfer_protocol_file"   >>  $jobfile
2425       echo "set -x"                               >>  $jobfile
2426       echo "     ' exit"                          >>  $jobfile
2427    fi
2428
2429
2430       # ACTIVATE ERROR-TRACEBACK
2431    if [[ $do_trace = true ]]
2432    then
2433       echo  "set -x"                                    >>  $jobfile
2434    else
2435       echo  "set +vx"                                   >>  $jobfile
2436    fi
2437
2438
2439       # INITIALIZE THE ENVIRONMENT AND LOAD MODULES
2440    if [[ "$login_init_cmd" != "" ]]
2441    then
2442       echo  "$login_init_cmd"        >>  $jobfile
2443    fi
2444    if [[ "$module_commands" != "" ]]
2445    then
2446       echo  "$module_commands"     >>  $jobfile
2447    fi
2448
2449
2450       # CREATE TEMPORARY DIRECTORY AND SWITCH TO IT
2451    echo  "mkdir  $TEMPDIR"              >>  $jobfile
2452    echo  "cd  $TEMPDIR"                 >>  $jobfile
2453    echo  "export TEMPDIR=$TEMPDIR"      >>  $jobfile
2454    echo  "cp  $fast_io_catalog/SOURCES_FOR_RUN_$fname/{*,.[!.]*}  ."  >>  $jobfile
2455    echo  "export PATH=.:\$PATH"         >>  $jobfile
2456    echo  "export execute_palmrun=true"  >>  $jobfile
2457
2458
2459       # GET REQUIRED INPUT-FILES BY SCP OR BY SENDING THEM WITH THE JOB AS HERE-DOCUMENT
2460       # PUT THESE FILES INTO THE USER'S RESPECTIVE PERMANENT DIRECTORIES ON THE REMOTE-HOST
2461       # IF THE DIRECTORIES DO NOT EXIST, TRY TO CREATE THEM
2462    if [[ $create_remote_batch_job = true ]]
2463    then
2464       (( i = 0 ))
2465       while (( i < iin ))
2466       do
2467          (( i = i + 1 ))
2468          echo  "[[ ! -d ${pathin[$i]} ]]  &&  mkdir -p  ${pathin[$i]}"  >>  $jobfile
2469          if [[ "${transin[$i]}" = job ]]
2470          then
2471             echo  "cat > ${remotepathin[$i]} <<\"%END%\""    >>  $jobfile
2472             eval cat   ${pathin[$i]}/${frelin[$i]}           >>  $jobfile
2473             echo  " "                                        >>  $jobfile
2474             echo  "%END%"                                    >>  $jobfile
2475          else
2476             echo  "batch_scp $PORTOPT -b -o -g -s -u $local_username $return_address ${remotepathin[$i]} \"${pathin[$i]}\" ${frelin[$i]}" >>  $jobfile
2477          fi
2478
2479             # CHECK, IF FILE COULD BE CREATED
2480          echo  "if [[ \$? = 1 ]]"                    >>  $jobfile
2481          echo  "then"                                >>  $jobfile
2482          echo  "   echo \" \" "                      >>  $jobfile
2483          echo  "   echo \"+++ file ${remotepathin[$i]} could not be created\" "   >>  $jobfile
2484          echo  "   echo \"    please check, if directory exists on $host_identifier!\" "  >>  $jobfile
2485          echo  "   echo \"+++ PALMRUN will not be continued\" "  >>  $jobfile
2486          echo  "   execute_palmrun=false"            >>  $jobfile
2487          echo  "fi"                                  >>  $jobfile
2488       done
2489    fi
2490
2491
2492       # PROVIDE NAME OF THE CURRENT WORKING-DIRECTORY ON THE LOCAL MACHINE (FROM WHERE THE JOB IS
2493       # STARTED) BY SETTING AN ENVIRONMENT-VARIABLE. THIS INFORMATION IS USED IN THE JOB BY PALMRUN
2494       # IN CASE THAT RESTART-RUNS HAVE TO BE GENERATED
2495    echo  "LOCAL_PWD=$working_directory"                >>  $jobfile
2496    echo  "export LOCAL_PWD"                            >>  $jobfile
2497
2498
2499       # PROVIDE THE PATH OF THE LOCAL PALMRUN-SCRIPT FOR THE SAME REASON
2500    echo  "LOCAL_PALMRUN_PATH=${source_path}/../SCRIPTS"   >>  $jobfile
2501    echo  "export LOCAL_PALMRUN_PATH"                      >>  $jobfile
2502
2503
2504       # CALL PALMRUN WITHIN THE JOB
2505       # AS FINAL ACTION, REMOVE THE TEMPORARY DIRECTORY CREATED AT THE BEGINNING OF THE JOB
2506    echo  "set -x"                                              >>  $jobfile
2507    echo  "[[ \$execute_palmrun = true ]]  &&  $palmrun_com"    >>  $jobfile
2508
2509
2510       # TRANSFER JOBFILE TO THE TARGET HOST
2511    if [[ $create_jobfile_only = false ]]
2512    then
2513
2514       if [[ $create_remote_batch_job = true ]]
2515       then
2516
2517          echo " "
2518          echo "  *** transfer of job to remote host via scp"
2519          if [[ $do_trace = true ]]
2520          then
2521             echo "     scp $ssh_key $PORTOPT $jobfile ${remote_username}@${remote_ip}:${remote_jobcatalog}/${host_identifier}_${job_id}"
2522          fi
2523          scp $ssh_key $PORTOPT $jobfile ${remote_username}@${remote_ip}:${remote_jobcatalog}/${host_identifier}_${job_id}
2524
2525          echo " "
2526          echo "  *** submit the job (output of submit command, e.g. the job-id, may follow)"
2527          if [[ $do_trace = true ]]
2528          then
2529             echo "     cd $remote_jobcatalog; $submit_command ${host_identifier}_${job_id}; rm ${host_identifier}_${job_id}  |  ssh  -q  $ssh_key $SSH_PORTOPT  ${remote_username}@${remote_ip}  2>&1"
2530          fi
2531          echo "cd $remote_jobcatalog; $submit_command ${host_identifier}_${job_id}; rm ${host_identifier}_${job_id}"  |  ssh  -q  $ssh_key $SSH_PORTOPT  ${remote_username}@${remote_ip}  2>&1
2532
2533       elif [[ $create_batch_job = true ]]
2534       then
2535
2536          eval  local_jobcatalog=$local_jobcatalog
2537          cp  $jobfile  ${local_jobcatalog}/${host_identifier}_${job_id}
2538          cd $local_jobcatalog
2539          echo " "
2540          echo " *** submit the job"
2541          if [[ $do_trace = true ]]
2542          then
2543             echo "$submit_command ${host_identifier}_${job_id}"
2544          fi
2545          $submit_command ${host_identifier}_${job_id}
2546          rm ${host_identifier}_${job_id}
2547          cd -  > /dev/null
2548
2549       fi
2550
2551       rm -rf  $jobfile
2552
2553    else
2554
2555       printf "\n *** jobfile created under name \"$jobfile\" "
2556       printf "\n     no batch-job has been sent!"
2557
2558    fi
2559
2560 fi  # END OF REMOTE-PART
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               
  | Impressum | ©Leibniz Universität Hannover |