source: palm/trunk/SCRIPTS/palmrun @ 2410

Last change on this file since 2410 was 2410, checked in by Giersch, 5 years ago

Revise error message PA0462 and change lclocal to lcmuk in testsuite

  • Property svn:executable set to *
  • Property svn:keywords set to Id
File size: 82.2 KB
Line 
1#!/bin/bash
2
3# palmrun - script for running PALM jobs
4
5#--------------------------------------------------------------------------------#
6# This file is part of PALM.
7#
8# PALM is free software: you can redistribute it and/or modify it under the terms
9# of the GNU General Public License as published by the Free Software Foundation,
10# either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
11#
12# PALM is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
13# WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR
14# A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
15#
16# You should have received a copy of the GNU General Public License along with
17# PALM. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
18#
19# Copyright 2017  Leibniz Universitaet Hannover
20#--------------------------------------------------------------------------------#
21#
22# Current revisions:
23# ------------------
24#
25#
26# Former revisions:
27# -----------------
28# $Id: palmrun 2410 2017-09-06 08:16:30Z Giersch $
29# initial revision
30#
31# 2405 2017-09-05 11:17:46Z raasch
32#
33#
34#--------------------------------------------------------------------------------#
35# palmrun - script for running PALM jobs on local and remote hosts
36#--------------------------------------------------------------------------------#
37
38
39 
40    # DECLARATION OF VARIABLES AND THEIR DEFAULT VALUES
41
42 set +o allexport    # SUPPRESS EXPORT OF ALL VARIABLES, SINCE IN THE PAST THIS
43                     # LEAD TO PROBLEMS IN ROUTINES CALLED BY PALMRUN
44                     # (TOO MANY ARGUMENTS - PROBLEM)
45 set +o noclobber    # EXISTING FILES ARE ALLOWED TO BE OVERWRITTEN
46
47 typeset -i  ibd=0 ibdt=0 iec=0 iic=0 iin=0 ioc=0 iout=0
48 typeset -x -i  memory=0   # HAS TO BE EXPORTED HERE, OTHERWISE AN UNKNOWN SIDE
49                           # SIDE EFFECT MAY CAUSE DATA LOSS WHEN GETOPTS IS READING THE
50                           # SCRIPT-OPTION ARGUMENTS
51 typeset -i  cores cputime cpu_hours cpu_minutes cpu_seconds i ii iia iii iio
52 typeset -i  icycle inode ival maxcycle mpi_tasks
53 typeset -i  nodes remaining_cores run_number tasks_per_node threads_per_task
54
55 activation_string_list=""
56 AddFilenames=""
57 combine_plot_fields=true
58 compiler_name=""
59 compiler_name_ser=""
60 compiler_options=""
61 config_file=""
62 cores=""
63 cores_atmos=0
64 cores_ocean=0
65 coupled_dist=""
66 cpp_options=""
67 cpumax=0
68 create_jobfile_only=false
69 delete_temporary_catalog=true
70 create_batch_job=false
71 create_remote_batch_job=false
72 dashes="  ----------------------------------------------------------------------------"
73 defaultqueue=""
74 do_compile=true
75 do_trace=false
76 executable=""
77 execute_command=""
78 execution_error=false
79 fileconnection_file=.palm.iofiles
80 fname=test
81 global_revision=""
82 host="default"
83 hostfile=""
84 hp=""
85 keep_data_from_previous_run=false
86 link_local_input=false
87 link_local_output=false
88 linker_options=""
89 local_jobcatalog=""
90 locat=normal
91 makefile=""
92 max_par_io_str=""
93 prc=$0
94 while [[ $(echo $prc | grep -c "/") != 0 ]]
95 do
96    prc=`echo $prc | cut -f2- -d"/"`
97 done
98 module_calls=""
99 palmrun_script_name=$prc
100 openmp=false
101 queue=none
102 restart_run=false
103 return_address=""
104 remote_jobcatalog=""
105 remote_username=""
106 running_in_batch_mode=false
107 run_coupled_model=false
108 run_id=""
109 silent=false
110 source_list=""
111 source_path=""
112 tasks_per_node=""
113 threads_per_task=1
114 tmpcreate=false
115 transfer_problems=false
116 user_source_path=""
117 use_openmp=false
118 version="palmrun  0.9 Rev$Rev: 2303 $"
119 working_directory=`pwd`
120 write_binary=""
121 TOPT=""
122
123
124    # ERROR HANDLING IN CASE OF EXIT
125 trap 'if [[ $locat != normal  &&  $locat != control_c ]]
126       then
127
128              # CARRY OUT ERROR-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE (EC:)
129          (( i = 0 ))
130          while (( i < iec ))
131          do
132             (( i = i + 1 ))
133             printf "\n  *** Execution of ERROR-command:\n"
134             printf "  >>> ${err_command[$i]}\n"
135             eval  ${err_command[$i]}
136          done
137          [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  (cd; rm -rf $TEMPDIR)
138          printf "\n\n+++ palmrun killed \n\n"
139       elif [[ $locat != control_c ]]
140       then
141          printf "\n\n --> palmrun finished\n\n"
142          if [[ $running_on_remote = true ]]
143          then
144             printf "     Bye, bye $remote_username !!\n\n"
145          else
146             printf "     Bye, bye $local_username !!\n\n"
147          fi
148       fi' exit
149
150
151    # ACTIONS IN CASE OF TERMINAL-BREAK (CONTROL-C):
152 trap 'cd; rm -rf $TEMPDIR
153       printf "\n+++ palmrun killed by \"^C\" \n\n"
154       locat=control_c
155       exit
156      ' 2
157
158
159    # CHECK IF THE PATH FOR THE PALM BINARIES (SCRIPTS+UTILITY-PROGRAMS) HAS
160    # BEEN SET
161 if [[ "$PALM_BIN" = "" ]]
162 then
163    printf "\n  +++ environment variable PALM_BIN has not been set"
164    printf "\n      please set it to the directory where the PALM scripts are located"
165    locat=palm_bin; exit
166 fi
167 export PATH=$PALM_BIN:$PATH
168
169
170
171    # READ SHELLSCRIPT-OPTIONS AND REBUILD THE PALMRUN-COMMAND STRING (prc),
172    # WHICH WILL BE USED TO START RESTART-JOBS
173 while  getopts  :a:bBc:Cd:FG:h:jkm:M:O:q:r:R:s:t:T:u:U:vw:xX:yY:Z option
174 do
175   case  $option  in
176       (a)   activation_string_list=$OPTARG; prc="$prc -a'$OPTARG'";;
177       (b)   create_batch_job=true; prc="$prc -b";;
178       (B)   delete_temporary_catalog=false; prc="$prc -B";;
179       (c)   config_file=$OPTARG; prc="$prc -c$OPTARG";;
180       (C)   restart_run=true; prc="$prc -C";;
181       (d)   fname=$OPTARG; prc="$prc -d$OPTARG";;
182       (F)   create_jobfile_only=true;;
183       (G)   global_revision=$OPTARG; prc="$prc -G'$OPTARG'";;
184       (h)   host=$OPTARG; prc="$prc -h$OPTARG";;
185       (j)   running_in_batch_mode=true;;
186       (k)   keep_data_from_previous_run=true; prc="$prc -k";;
187       (m)   memory=$OPTARG; prc="$prc -m$OPTARG";;
188       (M)   makefile=$OPTARG; prc="$prc -M$OPTARG";;
189       (O)   use_openmp=true; threads_per_task=$OPTARG; prc="$prc -O$OPTARG";;
190       (q)   queue=$OPTARG; prc="$prc -q$OPTARG";;
191       (r)   run_id=$OPTARG;;
192       (R)   return_address=$OPTARG;;
193       (s)   source_list=$OPTARG;;
194       (t)   cpumax=$OPTARG; prc="$prc -t$OPTARG";;
195       (T)   palmrun_tasks_per_node=$OPTARG; prc="$prc -T$OPTARG";;
196       (u)   remote_username=$OPTARG; prc="$prc -u$OPTARG";;
197       (U)   return_username=$OPTARG; prc="$prc -U$OPTARG";;
198       (v)   silent=true; prc="$prc -v";;
199       (w)   max_par_io_str=$OPTARG; prc="$prc -w$OPTARG";;
200       (x)   do_trace=true;set -x; prc="$prc -x";;
201       (X)   cores=$OPTARG; prc="$prc -X$OPTARG";;
202       (y)   ocean_file_appendix=true; prc="$prc -y";;
203       (Y)   run_coupled_model=true; coupled_dist=$OPTARG; prc="$prc -Y'$OPTARG'";;
204       (Z)   combine_plot_fields=false; prc="$prc -Z";;
205       (\?)  printf "\n  +++ unknown option $OPTARG \n"
206             printf "\n  --> type \"$0 ?\" for available options \n"
207             locat=parameter;exit;;
208   esac
209 done
210
211
212    # SKIP GIVEN OPTIONS TO READ POSITIONAL PARAMETER, IF GIVEN
213    # CURRENTLY ONLY PARAMETER ? (TO OUTPUT A SHORT COMMAND INFO) IS ALLOWED
214 (( to_shift = $OPTIND - 1 ))
215 shift $to_shift
216
217    # PRINT SHORT DESCRIPTION OF PALMRUN OPTIONS
218 if [[ "$1" = "?" ]]
219 then
220   (printf "\n  *** Description of available palmrun options:\n"
221    printf "\n      Option  Description                              Default-Value"
222    printf "\n        -a    activation string list                   \"\" "
223    printf "\n        -b    batch-job on local machine               ---"
224    printf "\n        -B    do not delete temporary directory at end ---"
225    printf "\n        -c    configuration file                       .palm.config.default"
226    printf "\n        -d    base name of files attached to program   test"
227    printf "\n        -F    create batch job file only               ---"
228    printf "\n        -h    execution host                           \"default\" "
229    printf "\n        -k    keep data from previous run"
230    printf "\n        -m    memory demand in MB (batch-jobs)         0 MB"
231    printf "\n        -M    Makefile name                            Makefile"
232    printf "\n        -O    threads per openMP task                  ---"
233    printf "\n        -q    queue                                    \"$queue\" "
234    printf "\n        -s    filenames of routines to be compiled     \"\" "
235    printf "\n              must end with .f, .f90, .F, or .c !"
236    printf "\n              use \"..\" for more than one file and wildcards"
237    printf "\n              -s LM compiles all locally modified files"
238    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds (batch)      0"
239    printf "\n        -T    tasks per node                           ---"
240    printf "\n        -u    username on remote machine               \"\" "
241    printf "\n        -v    no prompt for confirmation               ---"
242    printf "\n        -w    maximum parallel io streams              as given by -X"
243    printf "\n        -x    tracing of palmrun for debug purposes    ---"
244    printf "\n        -X    # of processors (on parallel machines)   1"
245    printf "\n        -y    add appendix \"_O\" to all local output"
246    printf "\n              files (ocean precursor runs followed by"
247    printf "\n              coupled atmosphere-ocean runs)           ---"
248    printf "\n        -Y    run coupled model, \"#1 #2\" with" 
249    printf "\n              #1 atmosphere and #2 ocean processors    \"#/2 #/2\" depending on -X"
250    printf "\n        -Z    skip combine_plot_fields at the end of      "
251    printf "\n              the simulation                           ---"
252    printf "\n "
253    printf "\n      Possible values of positional parameter <modus>:"
254    printf "\n        \"?\"       -  this outline \n\n") | more
255    exit
256 elif [[ "$1" != "" ]]
257 then
258    printf "\n  +++ positional parameter $1 unknown \n"
259    locat=parameter; exit
260 fi
261
262
263
264    # SHORT STARTING MESSAGE
265 printf "\n*** $version "
266 printf "\n    will be executed.     Please wait ..."
267
268
269    # BUILD THE CONFIGURATION-FILE NAME
270 if [[ "$config_file" = "" ]]
271 then
272    config_file=.palm.config.$host
273 fi
274
275
276    # CHECK, IF CONFIGURATION FILE EXISTS
277 if [[ ! -f $config_file ]]
278 then
279    printf "\n\n  +++ configuration file: "
280    printf "\n           $config_file"
281    printf "\n      does not exist"
282    locat=connect; exit 
283 fi
284
285
286    # CHECK, IF FILE CONNECTION FILE EXISTS
287 if [[ ! -f $fileconnection_file ]]
288 then
289    printf "\n\n  +++ file connection file: "
290    printf "\n           $fileconnection_file"
291    printf "\n      does not exist"
292    locat=connect; exit 
293 fi
294
295
296    # CHECK, IF THE ACTIVATION_STRING_LIST HAS BEEN GIVEN
297 if [[ "$activation_string_list" = "" ]]
298 then
299    printf "\n\n  +++ no activation string list given: "
300    printf "\n        please set palmrun option \"-a\" "
301    locat=palmrun_option; exit 
302 fi
303
304
305    # SET VARIABLE TO ACTIVATE PALM BINARY OUTPUT FOR RESTARTS
306 if [[ $(echo $activation_string_list | grep -c "restart") != 0 ]]
307 then
308    write_binary=true
309 else
310    write_binary=false
311 fi
312
313
314    # READ AND EVALUATE THE CONFIGURATION-FILE
315 [[ $silent = false ]]  &&  printf "\n\n    Reading the configuration file... "
316
317    # READ VARIABLE SETTINGS FROM CONFIG FILE LINE BY LINE
318 while  read line
319 do
320
321       # FIRST REPLACE ENVIRONMENT-VARIABLES BY THEIR RESPECTIVE VALUES
322    eval  line=\"$line\"
323
324
325       # INTERPRET THE LINE
326    if [[ "$(echo $line)" = "" ]]
327    then
328
329          # EMPTY LINE, NO ACTION
330       continue
331
332    elif [[ "$(echo $line | cut -c1)"  =  "#" ]]
333    then
334
335          # LINE IS A COMMENT LINE
336       continue
337
338    elif [[ "$(echo $line | cut -c1)"  =  "%" ]]
339    then
340
341          # LINE DEFINES AN ENVIRONMENT-VARIABLE
342       var=`echo $line | cut -d" " -s -f1 | cut -c2-`
343       value=`echo $line | cut -d" " -s -f2-`
344
345
346          # VALUE FROM THE CONFIGURATION-FILE IS ASSIGNED TO THE
347          # ENVIRONMENT-VARIABLE, BUT ONLY IF NO VALUE HAS BEEN ALREADY
348          # ASSIGNED WITHIN THIS SCRIPT (E.G. BY SCRIPT-OPTIONS).
349          # NON-ASSIGNED VARIABLES HAVE VALUE "" OR 0 (IN CASE OF INTEGER).
350          # HENCE THE GENERAL RULE IS: SCRIPT-OPTION OVERWRITES THE
351          # CONFIGURATION-FILE.
352       if [[ "$(eval echo \$$var)" = ""  ||  "$(eval echo \$$var)" = "0" ]]
353       then
354          eval  export  $var="\$value"
355
356             # TERMINAL OUTPUT OF ENVIRONMENT-VARIABLES, IF TRACEBACK IS SWITCHED on
357          if [[ $do_trace = true ]]
358          then
359             printf "\n*** ENVIRONMENT-VARIABLE $var = $value"
360          fi
361       fi
362
363    elif [[ "$(echo $line | cut -c1-3)" = "BD:" ]]
364    then
365
366          # LINE DEFINES BATCH-DIRECTIVE
367       (( ibd = ibd + 1 ))
368       line=$(echo $line | cut -c4-)
369       batch_directive[$ibd]="$line"
370
371    elif [[ "$(echo $line | cut -c1-4)" = "BDT:" ]]
372    then
373
374          # LINE DEFINES BATCH-DIRECTIVE FOR SENDING BACK THE JOBFILE FROM A
375          # REMOTE TO A LOCAL HOST
376       (( ibdt = ibdt + 1 ))
377       line=$(echo $line | cut -c5-)
378       batch_directive_transfer[$ibdt]="$line"
379
380    elif [[ "$(echo $line | cut -c1-3)" = "EC:" ]]
381    then
382
383          # LINE DEFINES ERROR-COMMAND
384       (( iec = iec + 1 ))
385       line=$(echo $line | cut -c4-)
386       err_command[$iec]="$line"
387
388    elif [[ "$(echo $line | cut -c1-3)" = "IC:" ]]
389    then
390
391          # LINE DEFINES INPUT-COMMAND
392       (( iic = iic + 1 ))
393       line=$(echo $line | cut -c4-)
394       in_command[$iic]="$line"
395
396    elif [[ "$(echo $line | cut -c1-3)" = "OC:" ]]
397    then
398
399          # LINE DEFINES OUTPUT-COMMAND
400       (( ioc = ioc + 1 ))
401       line=$(echo $line | cut -c4-)
402       out_command[$ioc]="$line"
403
404    else
405
406          # SKIP ALL OTHER LINES
407       continue
408
409    fi
410
411 done < $config_file
412
413
414    # CHECK SETTING OF REQUIRED PARAMETERS
415 if [[ "$compiler_name" = "" ]]
416 then
417    printf "\n  +++ no compiler name found in $config_file"
418    printf "\n      Please add line \"compiler_name ...\" to that file."
419    locat=config_file; exit
420 fi
421 if [[ "$compiler_name_ser" = "" ]]
422 then
423    printf "\n  +++ no compiler name for non-paralle compilation found in $config_file"
424    printf "\n      Please add line \"compiler_name_ser ...\" to that file."
425    locat=config_file; exit
426 fi
427 if [[ "$compiler_options" = "" ]]
428 then
429    printf "\n  +++ no compiler options found in $config_file"
430    printf "\n      Please add line \"compiler_options ...\" to that file."
431    locat=config_file; exit
432 fi
433 if [[ "$linker_options" = "" ]]
434 then
435    printf "\n  +++ no linker options found in $config_file"
436    printf "\n      Please add line \"linker_options ...\" to that file."
437    locat=config_file; exit
438 fi
439 if [[ "$execute_command" = "" ]]
440 then
441    printf "\n  +++ no execute command found in $config_file"
442    printf "\n      Please add line \"execute_command ...\" to that file."
443    locat=config_file; exit
444 fi
445
446 if [[ "$hostfile" != "" ]]
447 then
448    if [[ $hostfile != auto  &&  ! -f $hostfile ]]
449    then
450       printf "\n  +++ no hostfile \"$hostfile\" found"
451       printf "\n      Please check line \"hostfile ...\" in $config_file"
452       locat=config_file; exit   
453    fi
454 fi
455
456
457    # DETERMINE THE CALL STATUS
458 if [[ "$return_address" != "" ]]
459 then
460 
461       # I AM RUNNING ON A REMOTE HOST, WHICH ALSO MEANS THAT I AM RUNNING IN
462       # BATCH MODE AND ...
463    running_on_remote=true
464    host_name=$remote_hostname
465 
466 else
467
468       # I HAVE BEEN CALLED INTERACTIVELY ON THIS HOST
469     if [[ "$remote_ip" != "" ]]
470     then
471
472           # I HAVE TO CREATE A BATCH JOB TO RUN PALM ON THE REMOTE HOST
473        create_remote_batch_job=true
474
475     fi
476     host_name=$local_hostname
477     running_on_remote=false
478 fi
479
480
481
482    # READ AND EVALUATE THE I/O-FILE LIST
483 [[ $silent = false ]]  &&  printf "\n    Reading the I/O files... "
484
485    # READ THE FILE CONNECTION FILE LINE BY LINE
486 while  read line
487 do
488
489       # FIRST REPLACE ENVIRONMENT-VARIABLES BY THEIR RESPECTIVE VALUES
490    eval  line=\"$line\"
491
492
493       # INTERPRET THE LINE
494    if [[ "$(echo $line)" = "" ]]
495    then
496          # EMPTY LINE, NO ACTION
497       continue
498
499    elif [[ "$(echo $line | cut -c1)"  =  "#" ]]
500    then
501
502          # LINE IS A COMMENT LINE
503       true
504
505    else
506
507          # LINE DEFINES FILE CONNECTION. READ THE FILE ATTRIBUTES.
508          # s2a: in/out - field
509          # s2b: loc    - field (optional)
510          # s2c: tr/ar  - field (optional)
511       s1=`echo $line | cut -d" " -f1`
512       s2=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
513       s2a=$(echo $s2 | cut -d":" -f1)
514       if [[ $(echo $s2 | grep -c ":") = 0 ]]
515       then
516          s2b=""
517          s2c=""
518       else
519          s2b=`echo $s2 | cut -d":" -f2 | sed 's/:/ /g'`
520          s2c=`echo $s2 | cut -d":" -s -f3 | sed 's/:/ /g'`
521       fi
522       s3=`echo $line | cut -d" " -f3`
523       s4=`echo $line | cut -d" " -s -f4`
524       s5=`echo $line | cut -d" " -s -f5`
525       s6=`echo $line | cut -d" " -s -f6`
526
527       
528          # STORE FILE CONNECTION, IF ACTIVATED BY ACTIVATION-STRING FROM
529          # INPUT- OR OUTPUT-LIST.
530          # VARIABLE S3 MAY CONTAIN A LIST OF ACTIVATION STRINGS (FIELD-SEPERATOR ":").
531          # IF EXECUTION IS SCHEDULED FOR A REMOTE-MACHINE AND THE FILE IS ONLY
532          # LOCALLY REQUIRED ON THAT MACHINE (I.E. s2b = loc), THE FILE CONNECTION
533          # IS NOT CHECKED AND STORED.
534       IFSALT="$IFS"; IFS="$IFS:"
535       if [[ "$s2a" = in  &&  ! ( $create_remote_batch_job = true  &&  ( "$s2b" = loc  ||  "$s2b" = locopt ) ) ]]
536       then
537          found=false
538          for  actual  in  $activation_string_list
539          do
540             for  formal  in  $s3
541             do
542                [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-" ]]  &&  found=true
543             done
544          done
545          if [[ $found = true ]]
546          then
547             (( iin = iin + 1 ))
548             localin[$iin]=$s1; transin[$iin]=$s2b; actionin[$iin]=$s2c;
549             typein[$iin]=$s3; pathin[$iin]=$s4; endin[$iin]=$s5;
550             extin[$iin]=$s6
551          fi
552       elif [[ "$s2a" = out  &&  ! ( $create_remote_batch_job = true  &&  "$s2b" = loc ) ]]
553       then
554          found=false
555          for  actual  in  $activation_string_list
556          do
557             for  formal  in  $s3 
558             do
559                [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-"  ]]  &&  found=true
560             done
561          done
562          if [[ $found = true ]]
563          then
564             (( iout = iout + 1 ))
565             localout[$iout]=$s1; actionout[$iout]=$s2c; typeout[$iout]=$s3;
566             pathout[$iout]=$s4; endout[$iout]=$s5; extout[$iout]=$s6
567          fi
568       elif [[ "$s2a" != in  &&  "$s2a" != out ]]
569       then
570          printf "\n  +++ I/O-attribute in configuration file $config_file has the invalid"
571          printf "\n      value \"$s2\". Only \"in\" and \"out\" are allowed!"
572          locat=connect; exit
573       fi
574       IFS="$IFSALT"
575    fi
576
577 done < $fileconnection_file
578
579
580
581      # EVALUATE MODEL COUPLING FEATURES (OPTION -Y)
582 if [[ $run_coupled_model = true ]] 
583 then
584
585    cores_atmos=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f1`
586    cores_ocean=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f2`
587
588    if (( $cores_ocean + $cores_atmos != $cores ))
589    then
590
591       printf "\n  +++ number of processors does not fit to specification by \"-Y\"."
592       printf "\n      PEs (total)     : $cores"
593       printf "\n      PEs (atmosphere): $cores_atmos"
594       printf "\n      PEs (ocean)     : $cores_ocean"
595       locat=coupling; exit
596
597    fi
598
599 fi
600
601
602    # SAVE VALUES OF PALMRUN-OPTIONS IN ORDER TO OVERWRITE
603    # THOSE VALUES GIVEN IN THE CONFIGURATION-FILE
604 palmrun_memory=$memory
605 palmrun_cpumax=$cpumax
606 palmrun_cores=$cores
607
608
609    # VALUES OF PALMRUN-OPTIONS OVERWRITE THOSE FROM THE CONFIGURATION-FILE
610 [[ $palmrun_memory     != 0   ]]  &&  memory=$palmrun_memory
611 [[ $palmrun_cpumax     != 0   ]]  &&  cpumax=$palmrun_cpumax
612 [[ "$palmrun_cores" != ""  ]]  &&  cores=$palmrun_cores
613 [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  maximum_parallel_io_streams=$max_par_io_str
614 [[ "$palmrun_tasks_per_node" != "" ]]  &&  tasks_per_node=$palmrun_tasks_per_node
615
616
617
618    # IF I AM IN BATCH MODE, CHECK IF EXECUTABLE AND OTHER REQUIRED FILES
619    # HAVE BEEN GENERATED BY PALMBUILD AND STORED IN THE SOURCES_FOR_RUN_...
620    # FOLDER
621 if [[ $running_in_batch_mode = true ]]
622 then
623 
624    if [[ ! -d ${fast_io_catalog}/SOURCES_FOR_RUN_$fname ]]
625    then
626       printf "\n  +++ directory ${fast_io_catalog}/SOURCES_FOR_RUN_$fname is missing"
627       printf "\n      Please check the output of the palmrun-call"
628       printf "\n      that you did on your local host."
629       locat=SOURCES_FOR_RUN; exit
630    fi
631
632 else
633
634       # CREATE THE SOURCES_FOR_RUN_... FOLDER, BUT NOT IF I AM PART OF AN
635       # AUTOMATIC RESTART RUN
636       # AUTOMATIC RESTART RUNS JUST ACCESS THE DIRECTORY CREATED BY THE INITIAL RUN
637    if [[ $restart_run = false ]]
638    then
639
640          # COLLECT FILES TO BE COMPILED IN THE SOURCES_FOR_RUN_... FOLDER ON
641          # THE LOCAL HOST
642       if [[ ! -d $source_path ]]
643       then
644          printf "\n\n  +++ source path \"$source_path\" on local host"
645          printf "\n      \"$(hostname)\" does not exist"
646          locat=source_path; exit
647       fi
648
649       rm -rf   SOURCES_FOR_RUN_$fname
650       mkdir -p SOURCES_FOR_RUN_$fname
651
652       if [[ "$source_list" = LM ]]
653       then
654
655             # DETERMINE MODIFIED FILES OF THE SVN WORKING COPY
656          source_list=""
657          cd  $source_path
658
659
660             # CHECK, IF DIRECTORY IS UNDER SVN CONTROL
661          if [[ ! -d .svn ]]
662          then
663             printf "\n\n  +++ source directory"
664             printf "\n         \"$source_path\" "
665             printf "\n         is not under control of \"subversion\"."
666             printf "\n         Please do not use palmmrun-option \"-s LM\"\n"
667          fi
668
669
670             # LIST ALL MODIFIED SOURCE CODE FILES
671          Filenames=""
672          svn status  >  tmp_svnstatus
673          while  read line
674          do
675             firstc=`echo $line | cut -c1`
676             if [[ $firstc = M  ||  $firstc = "?" ]]
677             then
678                Name=`echo "$line" | cut -c8-`
679                extension=`echo $Name | cut -d. -f2`
680                if [[ "$extension" = f90 || "$extension" = F90 || "$extension" = f || "$extension" = F || "$extension" = c ]]
681                then
682                   Filenames="$Filenames "$Name
683                fi
684             fi
685          done < tmp_svnstatus
686          rm -rf  tmp_svnstatus
687
688
689             # COPY FILES TO SOURCES_FOR_RUN_...
690          for  filename  in  $Filenames
691          do
692             cp  $filename  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
693             source_list=$source_list"$filename "
694          done
695
696          cd -  > /dev/null
697
698
699          # COPY FILES GIVEN BY OPTION -s TO DIRECTORY SOURCES_FOR_RUN_...
700       elif [[ "$source_list" != "" ]]
701       then
702
703          cd  $source_path
704
705          for  filename  in  $source_list
706          do
707
708                # SOURCE CODE FILE IS NOT ALLOWED TO INCLUDE PATH
709             if [[ $(echo $filename | grep -c "/") != 0 ]]
710             then
711                printf "\n  +++ source code file:  $filename"
712                printf "\n      must not contain (\"/\") "
713                locat=source; exit
714             fi
715
716             if [[ ! -f $filename ]]
717             then
718                printf "\n  +++ source code file:  $filename"
719                printf "\n      does not exist"
720                locat=source; exit
721             else
722                cp  $filename  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
723             fi
724
725          done
726
727          cd -  > /dev/null
728
729       fi
730
731          # CHECK, IF MAKEFILE EXISTS AND COPY IT TO THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY
732       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
733       if [[ ! -f $makefile ]]
734       then
735          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
736          locat=make; exit
737       else
738          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
739       fi
740
741
742          # COPY FILES FROM OPTIONAL SOURCE PATH GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
743       if [[ "$user_source_path" != "" ]]
744       then
745
746             # DOES THE DIRECTORY EXIST?
747          if [[ ! -d $user_source_path ]]
748          then
749
750             printf "\n\n  *** INFORMATIVE: additional source code directory"
751             printf "\n      \"$user_source_path\" "
752             printf "\n      does not exist or is not a directory."
753             printf "\n      No source code will be used from this directory!\n"
754             user_source_path=""
755             if [[ $silent == false ]]
756             then
757                sleep 2
758             fi
759
760          else
761
762             cd $user_source_path
763             found=false
764
765             Names=$(ls -1 *.f90 2>&1)
766             [[ $(echo $Names | grep -c '*.f90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$Names"
767             Names=$(ls -1 *.F90 2>&1)
768             [[ $(echo $Names | grep -c '*.F90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
769             Names=$(ls -1 *.F 2>&1)
770             [[ $(echo $Names | grep -c '*.F') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
771             Names=$(ls -1 *.f 2>&1)
772             [[ $(echo $Names | grep -c '*.f') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
773             Names=$(ls -1 *.c 2>&1)
774             [[ $(echo $Names | grep -c '*.c') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
775
776             cd -  > /dev/null
777             cd  SOURCES_FOR_RUN_$fname
778
779                # COPY MAKEFILE IF EXISTING
780             if [[ -f $user_source_path/Makefile ]]
781             then
782                printf "\n\n  *** user Makefile from directory"
783                printf "\n      \"$user_source_path\" is used \n"
784                if [[ $silent == false ]]
785                then
786                   sleep 1
787                fi
788                cp  $user_source_path/Makefile  .
789             fi
790
791             for  filename  in  $AddFilenames
792             do
793                if [[ -f $filename ]]
794                then
795                   printf "\n  +++ source code file \"$filename\" found in additional"
796                   printf "\n      source code directory \"$user_source_path\" "
797                   printf "\n      but was also given with option \"-s\" which means that it should be taken"
798                   printf "\n      from directory \"$source_path\"."
799                   locat=source; exit
800                fi
801
802                cp  $user_source_path/$filename  .
803                source_list="$source_list $filename"
804
805                   # CHECK IF FILE IS CONTAINED IN MAKEFILE
806                if [[ $(grep -c $filename Makefile) = 0 ]]
807                then
808                   printf "\n\n  +++ user file \"$filename\" "
809                   printf "\n      is not listed in Makefile \n"
810                   locat=source; exit
811                else
812
813                   if [[ $found = false ]]
814                   then
815                      found=true
816                      printf "\n\n  *** following user file(s) added to the"
817                      printf " files to be translated:\n      "
818                   fi
819                   printf "$filename  "
820                   if [[ $silent == false ]]
821                   then
822                      sleep 0.5
823                   fi
824
825                fi
826             done
827             [[ $found = true ]]  &&  printf "\n"
828             cd -  > /dev/null
829          fi
830       fi
831
832          # COPY CONFIGURATION FILES
833       cp  $config_file  SOURCES_FOR_RUN_$fname
834       cp  $fileconnection_file  SOURCES_FOR_RUN_$fname
835
836          # COPY SHELLSCRIPTS
837       cp  ${source_path}/../SCRIPTS/palmrun    SOURCES_FOR_RUN_$fname
838       cp  ${source_path}/../SCRIPTS/batch_scp  SOURCES_FOR_RUN_$fname
839
840    fi
841
842 fi
843
844    # GET THE GLOBAL REVISION-NUMBER OF THE SVN-REPOSITORY
845    # (HANDED OVER TO RESTART-RUNS USING OPTION -G)
846 if [[ "$global_revision" = "" ]]
847 then
848    global_revision=`svnversion $source_path  2>/dev/null`
849    global_revision="Rev: $global_revision"
850 fi
851
852
853    # IN CASE OF PARALLEL EXECUTION, CHECK SOME SPECIFICATIONS CONCERNING PROCESSOR NUMBERS
854 if [[ -n $cores ]]
855 then
856
857       # CHECK, IF THE NUMBER OF CORES PER NODE HAS BEEN GIVEN UND IF IT IS AN
858       # INTEGRAL DIVISOR OF THE TOTAL NUMBER OF CORES GIVEN BY OPTION -X
859    if [[ "$tasks_per_node" = "" ]]
860    then
861       printf "\n"
862       printf "\n  +++ option \"-T\" (tasks per node) is missing"
863       printf "\n      set -T option or define tasks_per_node in the config file"
864       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
865    fi
866
867    if (( cores < tasks_per_node ))
868    then
869       printf "\n"
870       printf "\n  +++ tasks per node (-T) cannot exceed total number of cores (-X)"
871       printf "\n      given values: -T $tasks_per_node  -X $cores"
872       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
873    fi
874
875    (( nodes = cores / ( tasks_per_node * threads_per_task ) ))
876    (( mpi_tasks = cores / threads_per_task ))
877    [[ $mpi_tasks = 0 ]]  &&  (( mpi_tasks = 1 ))
878    (( ii = cores / tasks_per_node ))
879    (( remaining_cores =  cores - ii * tasks_per_node ))
880    if (( remaining_cores > 0 ))
881    then
882       printf "\n"
883       printf "\n  +++ WARNING: tasks per node (option \"-T\") is not an integral"
884       printf "\n      divisor of the total number of cores (option \"-X\")"
885       printf "\n      values of this palmrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $cores\""
886       printf "\n      One of the nodes is filled with $remaining_cores instead of $tasks_per_node tasks"
887       (( nodes = nodes + 1 ))
888    fi
889
890       # SET THE TOTAL NUMBER OF NODES, REQUIRED FOR THE SUBJOB-COMMAND (SEE FURTHER BELOW)
891    if [[ "$tasks_per_node" != "" ]]
892    then
893       TOPT="-T $tasks_per_node"
894    fi
895
896 fi
897
898
899    # SET DEFAULT VALUE FOR THE MAXIMUM NUMBER OF PARALLEL IO STREAMS
900 if [[ "$maximum_parallel_io_streams" = "" ]]
901 then
902    maximum_parallel_io_streams=$cores
903 fi
904
905
906    # SET PORT NUMBER OPTION FOR CALLS OF SSH/SCP AND batch_scp SCRIPT
907 if [[ "$scp_port" != "" ]]
908 then
909    PORTOPT="-P $scp_port"
910    SSH_PORTOPT="-p $scp_port"
911 fi
912
913
914    # DETERMINE THE SSH-OPTION IN CASE THAT AN SSH-KEY IS EXPLICITLY GIVEN IN THE
915    # CONFIG-FILE
916 if [[ "$ssh_key" != "" ]]
917 then
918    ssh_key="-i $HOME/.ssh/$ssh_key"
919 fi
920
921
922    # SET QUEUE, IF NOT GIVEN
923 if [[ $create_batch_job = true  ||  $create_remote_batch_job = true ]]
924 then
925
926    if [[ $queue = none  &&  "$defaultqueue" = "" ]]
927    then
928       printf "\n"
929       printf "\n  +++ no default queue given in configuration file and no queue"
930       printf "\n      given with option -q"
931    fi
932    if [[ $queue = none ]]
933    then
934       queue=$defaultqueue
935    fi
936
937 fi
938
939
940    # GENERATE FULL FILENAMES OF INPUT-FILES, INCLUDING THEIR PATH
941    # CHECK, IF INPUT-FILES EXIST, AND DETERMINE HIGHEST CYCLE NUMBER (IF CYCLES EXIST)
942 (( i = 0 ))
943 while (( i < iin ))
944 do
945    (( i = i + 1 ))
946    (( maxcycle = 0 ))
947
948       # GENERATE PATH AND FULL FILE NAME (then-BRANCH: FIXED FULL NAME IS GIVEN, I.E. THE
949       # FILE IDENTIFIER IS NOT PART OF THE FILENAME))
950    if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
951    then
952       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${endin[$i]}  # EVALUATE REMOTE-PATH ON THE REMOTE
953                                                    # HOST ONLY
954       eval filename=${pathin[$i]}/${endin[$i]}
955    else
956       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${fname}${endin[$i]}  # EVALUATE REMOTE-PATH ON THE REMOTE
957                                                             # HOST ONLY
958       eval filename=${pathin[$i]}/${fname}${endin[$i]}
959    fi
960    eval pathname=${pathin[$i]}
961
962       # CHECK IF FILE EXISTS
963    if ! ls $filename* 1>/dev/null 2>&1
964    then
965
966          # FILES WITH ATTRIBUTE locopt ARE OPTIONAL. NO ABORT, IF THEY DO NOT EXIST.
967       if [[ "${transin[$i]}" != "locopt" ]]
968       then
969          printf "\n\n  +++ INPUT-file: "
970          if [[ "${extin[$i]}" = ""  ||  "${extin[$i]}" = " " ]]
971          then
972             printf "\n           $filename"
973          else
974             printf "\n           $filename.${extin[$i]}"
975          fi
976          printf "\n      does not exist\n"
977          locat=input; exit
978       else
979          transin[$i]="unavailable"
980       fi
981    else
982
983          # DETERMINE THE FILE'S CYCLE NUMBER
984       ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
985       ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
986       while  read line
987       do
988              # filename without path (i.e. after the last "/")
989           basefilename=$(basename ${line})
990
991              # check if there is an extension
992           extension=${basefilename##*.}
993           if [[ "$extension" = "$extin[$i]" ]]
994           then
995              basefilename=${basefilename&.*}
996           fi
997
998              # check for an existing cycle number
999           cycle=${basefilename##*.}
1000           if [[ $cycle =~ ^-?[0-9]+$ ]]
1001           then
1002              (( icycle = $cycle ))
1003           else
1004              (( icycle = 0 ))
1005           fi
1006
1007           if (( icycle > maxcycle ))
1008           then
1009              (( maxcycle = icycle ))
1010           fi
1011
1012       done <filelist
1013       rm filelist
1014
1015          # APPEND CYCLE NUMBER TO FILENAME
1016       if (( maxcycle > 0 ))
1017       then
1018          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1019          then
1020             filename=${filename}.$maxcycle.${extin[$i]}
1021          else
1022             filename=${filename}.$maxcycle
1023          fi
1024       else
1025          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1026          then
1027             filename=${filename}.${extin[$i]}
1028          fi
1029       fi
1030       
1031          # STORE FILENAME WITHOUT PATH BUT WITH CYCLE NUMBER,
1032          # IS LATER USED FOR TRANSFERRING FILES WIHIN THE JOB (SEE END OF FILE)
1033       absnamein[$i]=$filename
1034       if (( maxcycle > 0 ))
1035       then
1036          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1037          then
1038             frelin[$i]=${endin[$i]}.$maxcycle
1039          else
1040             frelin[$i]=${fname}${endin[$i]}.$maxcycle
1041          fi
1042       else
1043          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1044          then
1045             frelin[$i]=${endin[$i]}
1046          else
1047             frelin[$i]=${fname}${endin[$i]}
1048          fi
1049       fi
1050
1051    fi
1052 done
1053
1054   
1055    # GENERATE FULL FILENAMES OF OUTPUT-FILES (WITHOUT $ OR ~),
1056    # CHECK, IF OUTPUT-FILES EXIST, AND DETERMINE HIGHEST CYCLE NUMBER (IF CYCLES EXIST),
1057    # OR, IN CASE THAT FILE DOES NOT EXIST, CHECK, IF IT CAN BE CREATED 
1058    # THESE ACTIONS ARE NOT CARRIED OUT, IF FILES SHALL BE TRASFERRED FROM THE REMOTE TO
1059    # THE LOCAL HOST (BECAUSE THEIR IS NO DIRECT ACCESS TO THE LOCAL DIRECTORIES FROM THE
1060    # REMOTE HOST)
1061 (( i = 0 ))
1062 while (( i < iout ))
1063 do
1064    (( i = i + 1 ))
1065    if [[ ! ( $running_on_remote = true  &&  ( "${actionout[$i]}" = tr || "${actionout[$i]}" = tra || "${actionout[$i]}" = trpe ) ) ]]
1066    then
1067       if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
1068       then
1069          actionout[$i]=""
1070       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe ]]
1071       then
1072          actionout[$i]=pe
1073       elif [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
1074       then
1075          actionout[$i]=a
1076       fi
1077       (( maxcycle = 0 ))
1078       eval filename=${pathout[$i]}/${fname}${endout[$i]}
1079       eval catalogname=${pathout[$i]}
1080       if ! ls $filename* 1>/dev/null 2>&1
1081       then
1082     
1083             # IF OUTPUT-FILE DOES NOT EXIST CHECK, IF IT CAN BE CREATED
1084          if  cat /dev/null > $filename 
1085          then
1086             rm  $filename
1087          else
1088
1089                # CHECK, IF THE DIRECTORY WHERE FILE SHALL BE COPIED TO EXISTS
1090                # IF IT DOES NOT EXIST, TRY TO CREATE IT
1091             if [[ ! -d $catalogname ]]
1092             then
1093                if  mkdir -p  $catalogname
1094                then
1095                   printf "\n\n  *** directory:"
1096                   printf "\n           $catalogname"
1097                   printf "\n      was created\n"
1098                else
1099                   printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1100                   printf "\n           $filename"
1101                   printf "\n      cannot be created, because directory does not exist"
1102                   printf "\n      and cannot be created either"
1103                   printf "\n"
1104                   locat=output  ; exit
1105                fi 2>/dev/null
1106             else
1107                printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1108                printf "\n           $filename"
1109                printf "\n      cannot be created, although directory exists"
1110                printf "\n"
1111                locat=output  ; exit
1112             fi
1113          fi 2>/dev/null
1114       else
1115
1116             # DETERMINE THE CYCLE NUMBER
1117          ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1118          ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1119          while  read line
1120          do
1121
1122                # filename without path (i.e. after the last "/")
1123             basefilename=$(basename ${line})
1124
1125                # check if there is an extension
1126             extension=${basefilename##*.}
1127             if [[ "$extension" = "${extout[$i]}" ]]
1128             then
1129                basefilename=${basefilename%.*}
1130             fi
1131
1132                # check for an existing cycle number
1133             cycle=${basefilename##*.}
1134             if [[ $cycle =~ ^-?[0-9]+$ ]]
1135             then
1136                (( icycle = $cycle + 1 ))
1137             else
1138                (( icycle = 1 ))
1139             fi
1140
1141             if (( icycle > maxcycle ))
1142             then
1143                (( maxcycle = icycle ))
1144             fi
1145
1146          done <filelist
1147          rm filelist
1148       fi
1149
1150          # APPEND CYCLE NUMBER TO FILENAME AND CHECK, IF FILE CAN BE CREATED
1151          # IN CASE OF FILE-APPEND, FILE MUST BE APPENDED TO THE ONE WITH HIGHEST CYCLE NUMBER
1152       if [[ "${actionout[$i]}" != a ]]
1153       then
1154          if (( maxcycle > 0 ))
1155          then
1156             filename_tmp=${filename}.$maxcycle
1157             if  cat /dev/null > $filename_tmp 
1158             then
1159                rm  $filename_tmp
1160             else
1161                printf "\n  +++ OUTPUT-file:"
1162                printf "\n           $filename_tmp"
1163                printf "\n      cannot be created"
1164                locat=output  ; exit
1165             fi
1166          fi
1167       else
1168          (( maxcycle = maxcycle - 1 ))
1169       fi
1170       
1171       (( cycnum[$i] = maxcycle ))
1172       pathout[$i]=$filename
1173
1174    fi
1175 done
1176
1177
1178    # DETERMINE THE NAME OF PALMRUN'S TEMPORARY WORKING DIRECTORY
1179 if [[ $running_in_batch_mode = false ]]
1180 then
1181    run_id=$RANDOM
1182    job_id=${fname}.$run_id
1183
1184    TEMPDIR=$fast_io_catalog/$job_id
1185 fi
1186
1187
1188    # CHECK SETTINGS REQUIRED FOR BATCH JOBS
1189 if [[ $create_batch_job = true  ||  $create_remote_batch_job = true ]]
1190 then
1191
1192       # CHECK, IF JOB DIRECTIVES HAVE BEEN GIVEN IN CONFIGURATION FILE
1193    if [[ $ibd = 0 ]]
1194    then
1195       printf "\n"
1196       printf "\n  +++ no batch directives found in configuration file"
1197       locat=config_file_batch_directives; (( iec = 0 )); exit
1198    fi
1199
1200       # CHECK IF CPUTIME IS GIVEN FOR JOB
1201    done=false
1202    cputime=$cpumax
1203    while [[ $done = false ]]
1204    do
1205       if (( cputime == 0 ))
1206       then
1207          printf "\n  +++ cpu-time is undefined"
1208          printf "\n  >>> Please type CPU-time in seconds as INTEGER:"
1209          printf "\n  >>> "
1210          read  cputime   1>/dev/null  2>&1
1211       else
1212          done=true
1213       fi
1214    done
1215
1216       # CHECK THE MEMORY DEMAND
1217    done=false
1218    while [[ $done = false ]]
1219    do
1220       if (( memory == 0 ))
1221       then
1222          printf "\n  +++ memory demand is undefined"
1223          printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
1224          printf "\n  >>> "
1225          read  memory  1>/dev/null  2>&1
1226       else
1227          done=true
1228       fi
1229    done
1230
1231       # IN CASE OF REMOTE-JOBS CHECK, IF A USERNAME FOR THE REMOTE HOST IS GIVEN
1232    if [[ $create_remote_batch_job = true  &&  -z $remote_username ]]
1233    then
1234       while [[ -z $remote_username ]]
1235       do
1236          printf "\n  +++ username on remote host \"$remote_ip\" is undefined"
1237          printf "\n  >>> Please type username:"
1238          printf "\n  >>> "
1239          read  remote_username
1240       done
1241    fi
1242
1243 else
1244
1245    cputime=10000000  # NO LIMT FOR INTERACTIVE RUNS
1246
1247 fi
1248 cpumax=$cputime
1249
1250
1251    # CALCULATE HOURS/MINUTES/SECONDS, E.G. FOR BATCH-DIRECTIVES
1252 (( cpu_hours  = cputime / 3600 ))
1253 (( resttime = cputime - cpu_hours * 3600 ))
1254 (( cpu_minutes  = resttime / 60 ))
1255 (( cpu_seconds = resttime - cpu_minutes * 60 ))
1256 timestring=${cpu_hours}:${cpu_minutes}:${cpu_seconds}
1257
1258
1259    # OUTPUT OF THE PALMRUN-HEADER
1260 calltime=$(date)
1261 printf "\n"
1262 printf "#------------------------------------------------------------------------# \n"
1263 printf "| %-35s%35s | \n" "$version" "$calltime"
1264 printf "|                                                                        | \n"
1265 column1="called on:"; column2=$(hostname)
1266 printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1267 if [[ $create_remote_batch_job = true ]]
1268 then
1269    column1="execution on:"; column2="$remote_hostname (username: $remote_username)"
1270 else
1271    if [[ $running_on_remote = true ]]
1272    then
1273       column1="execution on:"; column2="$remote_hostname"
1274    else
1275       column1="execution on:"; column2="$local_hostname"
1276    fi
1277 fi
1278 printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1279
1280 column1="running in:"
1281 if [[ $running_in_batch_mode = true ]]
1282 then
1283    column2="batch job mode"
1284 else
1285    if [[ $create_batch_job = true  ||  $create_remote_batch_job = true ]]
1286    then
1287       column2="job creation mode"
1288    else
1289       column2="interactive run mode"
1290    fi
1291 fi
1292 printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1293
1294 if [[ -n $cores ]]
1295 then
1296    if [[ $run_coupled_model = false ]]
1297    then
1298       column1="number of cores:"; column2=$cores
1299    else
1300       column1="number of cores:"; column2="$cores  (atmosphere: $cores_atmos, ocean: $cores_ocean)"
1301    fi
1302    printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1303 fi
1304 if [[ -n $tasks_per_node ]]
1305 then
1306    column1="tasks per node:"; column2="$tasks_per_node (number of nodes: $nodes)"
1307    printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1308    if (( remaining_cores > 0 ))
1309    then
1310       column1=" "; column2="one of the nodes only filled with $remaining_cores tasks"
1311       printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1312    fi
1313 fi
1314 if [[ $maximum_parallel_io_streams != $cores ]]
1315 then
1316    column1="max par io streams:"; column2="$maximum_parallel_io_streams"
1317    printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1318 fi
1319 if [[ $use_openmp = true ]]
1320 then
1321    column1="threads per task:"; column2="$threads_per_task"
1322    printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1323 fi
1324 if [[ $create_batch_job = true  ||  $create_remote_batch_job = true  ||  $running_in_batch_mode = true ]]
1325 then
1326    column1="job cpu time (h:m:s):"; column2="$timestring"
1327    printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1328 fi
1329 printf "|                                                                        | \n"
1330 if [[ "$source_list" != "" ]]
1331 then
1332    if [[ "$make_options" != "" ]]
1333    then
1334       column1="make options:"; column2=$(echo "$make_options" | cut -c-45)
1335       printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1336       line=$(echo "$make_options" | cut -c46-)
1337       while [[ "$line" != "" ]]
1338       do
1339          column1=""
1340          column2=$(echo "$line" | cut -c-45)
1341          printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1342          line=$(echo "$line" | cut -c46-)
1343       done
1344    fi
1345 fi
1346
1347 column1="cpp directives:"; column2=$(echo "$cpp_options" | cut -c-45)
1348 printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1349 line=$(echo "$cpp_options" | cut -c46-)
1350 while [[ "$line" != "" ]]
1351 do
1352    column1=""
1353    column2=$(echo "$line" | cut -c-45)
1354    printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1355    line=$(echo "$line" | cut -c46-)
1356 done
1357
1358 column1="compiler options:"; column2=$(echo "$compiler_options" | cut -c-45)
1359 printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1360 line=$(echo "$compiler_options" | cut -c46-)
1361 while [[ "$line" != "" ]]
1362 do
1363    column1=""
1364    column2=$(echo "$line" | cut -c-45)
1365    printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1366    line=$(echo "$line" | cut -c46-)
1367 done
1368
1369 column1="linker options:"; column2=$(echo "$linker_options" | cut -c-45)
1370 printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1371 line=$(echo "$linker_options" | cut -c46-)
1372 while [[ "$line" != "" ]]
1373 do
1374    column1=""
1375    column2=$(echo "$line" | cut -c-45)
1376    printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1377    line=$(echo "$line" | cut -c46-)
1378 done
1379
1380 if [[ "$login_init_cmd" != "" ]]
1381 then
1382    column1="login init commands:"; column2=$(echo "$login_init_cmd" | cut -c-45)
1383    printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1384    line=$(echo "$login_init_cmd" | cut -c46-)
1385    while [[ "$line" != "" ]]
1386    do
1387       column1=""
1388       column2=$(echo "$line" | cut -c-45)
1389       printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1390       line=$(echo "$line" | cut -c46-)
1391    done
1392 fi
1393
1394 if [[ "$module_commands" != "" ]]
1395 then
1396    column1="module commands:"; column2=$(echo "$module_commands" | cut -c-45)
1397    printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1398    line=$(echo "$module_commands" | cut -c46-)
1399    while [[ "$line" != "" ]]
1400    do
1401       column1=""
1402       column2=$(echo "$line" | cut -c-45)
1403       printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1404       line=$(echo "$line" | cut -c46-)
1405    done
1406 fi
1407 printf "|                                                                        | \n"
1408 column1="base name of files:"; column2=$fname
1409 printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1410 column1="activation string list:"; column2=$(echo $activation_string_list)
1411 printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1412
1413 if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
1414 then
1415    printf "| %-35s%-35s | \n" "suffix \"_O\" is added to local files" " "
1416 fi
1417
1418 if [[ $create_batch_job = true  ||  "$LOADLBATCH" = yes ]]
1419 then
1420    column1="memory demand / PE":; column2="$memory MB"
1421    printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1422    column1=CPU-time:; column2="$cpu_hours:$cpu_minutes:$cpu_seconds"
1423    printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1424 fi
1425
1426 if [[ "$source_list" != "" ]]
1427 then
1428    printf "|                                                                        | \n"
1429    printf "| Files to be compiled:                                                  | \n"
1430    line=$source_list
1431    while [[ "$line" != "" ]]
1432    do
1433       linestart=$(echo $line | cut -c-70)
1434       printf "| %-70s | \n" "$linestart"
1435       line=$(echo "$line" | cut -c71-)
1436    done
1437 fi
1438 printf "#------------------------------------------------------------------------#"
1439
1440
1441
1442    # OUTPUT OF FILE CONNECTIONS IN CASE OF TRACEBACK
1443 if [[ $do_trace = true ]]
1444 then
1445    (( i = 0 ))
1446    while (( i < iin ))
1447    do
1448       (( i = i + 1 ))
1449       if (( i == 1 ))
1450       then
1451          printf "\n\n >>> INPUT-file assignments:\n"
1452       fi
1453       printf "\n     ${localin[$i]} :  ${absnamein[$i]}"
1454    done
1455    (( i = 0 ))
1456    while (( i < iout ))
1457    do
1458       (( i = i + 1 ))
1459       if (( i == 1 ))
1460       then
1461          printf "\n\n >>> OUTPUT-file assignments:\n"
1462       fi
1463       printf "\n     ${localout[$i]} :  ${pathout[$i]}"
1464    done
1465    (( i = 0 ))
1466    while (( i < iic ))
1467    do
1468       (( i = i + 1 ))
1469       if (( i == 1 ))
1470       then
1471          printf "\n\n >>> INPUT-commands:\n"
1472       fi
1473       printf "\n     ${in_command[$i]}" 
1474    done
1475    (( i = 0 ))
1476    while (( i < ioc ))
1477    do
1478       (( i = i + 1 ))
1479       if (( i == 1 ))
1480       then
1481          printf "\n\n >>> OUTPUT-commands:\n"
1482       fi
1483       printf "\n     ${out_command[$i]}" 
1484    done
1485 fi
1486
1487    # QUERY FOR CONTINUE
1488 if [[ $silent = false  &&  $running_in_batch_mode = false ]]
1489 then
1490    antwort=dummy
1491    printf "\n\n"
1492    printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
1493    while  read antwort
1494    do
1495       if [[ "$antwort" != y  &&  "$antwort" != Y  &&  "$antwort" != n  &&  "$antwort" != N ]]
1496       then
1497          printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
1498       else
1499          break
1500       fi
1501    done
1502    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
1503    then
1504       locat=user_abort; (( iec = 0 )); exit
1505    fi
1506    if [[ $create_batch_job = true  ||  $create_remote_batch_job = true ]]
1507    then
1508       printf " ***  batch-job will be created and submitted"
1509    else
1510       printf " ***  PALMRUN will now continue to execute on this machine"
1511    fi
1512 fi
1513
1514 
1515
1516    # PROVIDE FILES TO EXECUTE PALM AND CREATE THE EXECUTABLE
1517 if [[ $restart_run = false  &&  $running_in_batch_mode = false ]]
1518 then
1519
1520    if [[ $create_batch_job = true  ||  $create_remote_batch_job  = true ]]
1521    then
1522       printf "\n\n  *** creating executable and other sources for the remote host"
1523    else
1524       printf "\n\n  *** creating executable and other sources for the local host"
1525    fi
1526
1527    palmbuild  -v  -h $host  -d $fname
1528    rm -rf  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1529
1530    if [[ $? != 0 ]]
1531    then
1532
1533           # ABORT IN CASE OF COMPILATION PROBLEMS
1534       printf "\n  +++ error while creating executable and/or other sources"
1535       locat=execution
1536       exit
1537
1538    else
1539
1540       printf "\n$dashes\n  *** executable and other sources created\n"
1541
1542    fi
1543
1544 fi
1545
1546
1547    # NOW PERFORM THOSE ACTIONS REQUIRED TO EXECUTE THE PROGRAM (PALM) ON THIS MACHINE
1548    # (COMPILING/LINKING, EXECUTING, COPYING I/O FILES)
1549 if [[ $create_batch_job = false  &&  $create_remote_batch_job = false ]]
1550 then
1551
1552       # CHANGE TO THE TEMPORARY WORKING DIRECTORY
1553    if [[ $running_in_batch_mode = false ]]
1554    then
1555          # CREATE THE DIRECTORY AND COPY FILES FROM SOURCES_FOR_RUN_... TO THAT
1556          # FOLDER
1557       mkdir -p  $TEMPDIR
1558       chmod  go+rx  $TEMPDIR
1559       tmpcreate=true
1560       cd  $TEMPDIR
1561       cp  $fast_io_catalog/SOURCES_FOR_RUN_$fname/{*,.[!.]*}  $TEMPDIR
1562       printf "\n  *** changed to temporary directory: $TEMPDIR"
1563
1564    else
1565
1566          # IN BATCH MODE PALMRUN IS CALLED FROM TEMPDIR
1567       printf "\n  *** running in temporary directory: $TEMPDIR"
1568
1569    fi
1570
1571
1572       # PROVIDE THE INPUT FILES
1573       # LOOP OVER ALL ACTIVATED FILES (LISTED IN THE CONFIGURATION FILE)
1574    (( i = 0 ))
1575    while (( i < iin ))
1576    do
1577       (( i = i + 1 ))
1578       if (( i == 1 ))
1579       then
1580          printf "\n\n  *** providing INPUT-files:\n$dashes"
1581       fi
1582
1583
1584          # SKIP OPTIONAL FILES, IF THEY DO NOT EXIST
1585       if [[ "${transin[$i]}" = unavailable ]]
1586       then
1587          if [[ "${extin[$i]}" = ""  ||  "${extin[$i]}" = " " ]]
1588          then
1589             printf "\n  *** INFORMATIVE: input file \"${pathin[$i]}/${fname}${endin[$i]}\" "
1590             printf "\n                   is not available!"
1591          else
1592             printf "\n  *** INFORMATIVE: input file \"${pathin[$i]}/${fname}${endin[$i]}.${extin[$i]}\" "
1593             printf "\n                   is not available!"
1594          fi
1595          continue
1596       fi
1597
1598          # CHECK FOR SINGLE FILE (SERIAL RUN) OR DIRECTORY (ONE FILE PER CORE FOR PARELLEL EXECUTION)
1599       files_for_cores=false; filetype=file
1600       if [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  -n $cores ]]
1601       then
1602          files_for_cores=true; filetype=files
1603          actionin[$i]=""
1604       elif [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  ! -n $cores ]]
1605       then
1606          actionin[$i]=""
1607       elif [[ "${actionin[$i]}" = lnpe  &&  -n $cores ]]
1608       then
1609          files_for_cores=true; filetype=files
1610          actionin[$i]="ln"
1611       elif [[ "${actionin[$i]}" = lnpe  &&  ! -n $cores ]]
1612       then
1613          actionin[$i]="ln"
1614       fi
1615
1616       if [[ $files_for_cores = true ]]
1617       then
1618          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}/....  to  ${localin[$i]}"
1619       else
1620          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}  to  ${localin[$i]}"
1621       fi
1622
1623          # INPUT-FILES TO BE LINKED
1624       if [[ "${actionin[$i]}" = ln ]]
1625       then
1626
1627          printf "\n      $filetype will be linked"
1628          if [[ $files_for_cores = false ]]
1629          then
1630             if [[ -f "${absnamein[$i]}" ]]
1631             then
1632                ln  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
1633                got_tmp[$i]=true
1634             fi
1635          else
1636             if [[ -d "${absnamein[$i]}" ]]
1637             then
1638                mkdir -p ${localin[$i]}
1639                cd ${absnamein[$i]}
1640                for file in $(ls *)
1641                do
1642                   ln $file $TEMPDIR/${localin[$i]}
1643                done >|/dev/null 2>&1
1644                cd $TEMPDIR
1645             fi
1646
1647                # IF "ln -f" HAS FAILED DO A NORMAL COPY "cp -r"
1648             if [[ ! -f "${localin[$i]}/_000000" ]]
1649             then
1650                printf "\n  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)"
1651                cp -r  ${absnamein[$i]}/*  ${localin[$i]}
1652             fi
1653
1654             got_tmp[$i]=true
1655          fi
1656       fi
1657
1658          # FILE IS STORED IN THE RESPECTIVE DIRECTORY GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
1659       if [[ "${actionin[$i]}" = ""  ||  "${actionin[$i]}" = "di"  ||  "${actionin[$i]}" = "npe" ]]
1660       then
1661
1662          if [[ "${actionin[$i]}" = "npe"  &&  -n $cores ]]
1663          then
1664
1665                # FILE COPIES ARE PROVIDED FOR ALL CORES
1666                # EACH FILE GETS A UNIQUE FILENAME WITH A FOUR DIGIT NUMBER
1667             printf "\n      file will be provided for $cores processors"
1668             mkdir -p ${localin[$i]}
1669             ival=$cores
1670             (( ii = 0 ))
1671             while (( ii <= ival-1 ))
1672             do
1673                if (( ii < 10 ))
1674                then
1675                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_000$ii
1676                elif (( ii < 100 ))
1677                then
1678                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_00$ii
1679                elif (( ii < 1000 ))
1680                then
1681                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_0$ii
1682                else
1683                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_$ii
1684                fi
1685                (( ii = ii + 1 ))
1686             done
1687
1688          else
1689
1690             if [[ $files_for_cores = true ]]
1691             then
1692
1693                   # PROVIDE FILES FOR EACH CORE
1694                   # FIRST CREATE THE LOCAL DIRECTORY, THEN COPY FILES
1695                   # FROM THE PERMANENT DIRECTORY BY LINKING THEM TO THE LOCAL ONE
1696                printf "\n      providing $cores files for the respective cores"
1697                mkdir -p ${localin[$i]}
1698                        if [[ $link_local_input = true ]]
1699                              then
1700                                 printf "      files will be linked\n"
1701                                 cd ${absnamein[$i]}
1702                                 for file in $(ls *)
1703                                 do
1704                                    ln -f $file  ${localin[$i]}
1705                                 done
1706                                 cd $TEMPDIR
1707                              fi
1708
1709                   # IF "ln -f" FAILED OR IF "$link_local_input = false" DO A NORMAL "cp -r"
1710                              if [[ ! -f "${localin[$i]}/_000000" ]]
1711                              then
1712                                 if [[ $link_local_input = true ]]
1713                                        then
1714                                        printf "\n  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)"
1715                                 fi
1716                                 cp -r  ${absnamein[$i]}/*  ${localin[$i]}
1717                              fi
1718
1719             else
1720
1721                   # PROVIDE FILE FOR RUNS ON A SINGLE CORE
1722                        if [[ $link_local_input = true ]]
1723                        then
1724                                 printf "      file will be linked\n"
1725                                 ln -f  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
1726                        fi
1727                                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp"
1728                        if [[ ! -f "${localin[$i]}" ]]
1729                then
1730                                 if [[ $link_local_input = true ]]
1731                          then
1732                      printf "\n  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)"
1733                                 fi
1734                                 cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
1735                fi
1736             fi
1737          fi
1738       fi
1739
1740    done
1741    if (( i != 0 ))
1742    then
1743       printf "\n$dashes\n  *** all INPUT-files provided \n"
1744    fi
1745
1746
1747       # EXECUTE INPUT-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
1748    (( i = 0 ))
1749    while (( i < iic ))
1750    do
1751       (( i = i + 1 ))
1752       if (( i == 1 ))
1753       then
1754          printf "\n\n  *** execution of INPUT-commands:\n$dashes"
1755       fi
1756       printf "\n  >>> ${in_command[$i]}"
1757       eval  ${in_command[$i]}
1758       if (( i == iic ))
1759       then
1760          printf "\n$dashes\n"
1761       fi
1762    done
1763
1764
1765       # CREATE THE NAMELIST-FILE WITH VALUES OF ENVIRONMENT-VARIABLES REQUIRED BY PALM
1766       # (FILE ENVPAR WILL BE READ BY PALM)
1767    cat  >  ENVPAR  <<  EOF
1768 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$host',
1769          write_binary = .${write_binary}., tasks_per_node = $tasks_per_node,
1770          maximum_parallel_io_streams = $maximum_parallel_io_streams,
1771          maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
1772          revision = '$global_revision',
1773          batch_job = .${running_in_batch_mode}. /
1774
1775EOF
1776
1777
1778       # STARTING THE EXECUTABLE
1779    printf "\n\n  *** execution starts in directory\n      \"`pwd`\"\n$dashes\n"
1780    PATH=$PATH:$TEMPDIR
1781
1782
1783       # REPLACE PARAMETERS IN THE EXECUTION COMMAND WITH REAL VALUES
1784    line=`echo  "${execute_command}" | sed 's/{{MPI_TASKS}}/$mpi_tasks/g' | sed 's/{{TASKS_PER_NODE}}/$tasks_per_node/g'`
1785    line2=`echo  "${execute_command}" | sed 's/{{MPI_TASKS}}/1/g' | sed 's/{{TASKS_PER_NODE}}/1/g' | sed 's/palm/combine_plot_fields.x/g'`
1786    eval line=\"$line\"
1787    execute_command="$line"
1788
1789
1790       # EXECUTION COMMAND FOR COMBINE_PLOT_FIELDS
1791    eval line2=\"$line2\"
1792    execute_command_for_combine="$line2"
1793
1794
1795       # PROVIDE A HOSTFILE, IF REQUIRED
1796    if [[ "$hostfile" != "" ]]
1797    then
1798
1799       if [[ $hostfile = auto ]]
1800       then
1801             # CREATE A NEW HOSTFILE
1802          (( ii = 1 ))
1803          while (( ii <= cores / threads_per_task ))
1804          do
1805             echo  $(hostname)  >>  hostfile
1806             (( ii = ii + 1 ))
1807          done
1808          if (( cores / threads_per_task == 0 ))
1809          then
1810             echo  $(hostname)  >>  hostfile
1811          fi
1812       
1813       else
1814          cp  $hostfile  hostfile
1815       fi
1816       eval line=\"`head -n $ii  hostfile`\"
1817       printf "\n  *** running on: $line"
1818    fi
1819
1820
1821
1822       # SET THE NUMBER OF OPENMP-THREADS
1823    if [[ $use_openmp = true ]]
1824    then
1825       export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
1826       printf "\n  *** number of OpenMP threads per MPI-task: $OMP_NUM_THREADS"
1827    else
1828       export OMP_NUM_THREADS=1
1829    fi
1830
1831
1832       # PROVIDE DATA FOR
1833    if [[ $run_coupled_model = false ]]
1834    then
1835       if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
1836       then
1837          echo "precursor_ocean"  >  coupling_steering
1838       else
1839          echo "precursor_atmos"  >  coupling_steering
1840      fi
1841    else
1842       (( iia = $cores_atmos / $threads_per_task ))
1843       (( iio = $cores_ocean / $threads_per_task ))
1844       printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
1845       printf "\n\n"
1846       echo "coupled_run $iia $iio"  >  coupling_steering
1847    fi
1848
1849    printf "\n  *** execute command:"
1850    printf "\n      \"$execute_command\" \n\n"
1851
1852    $execute_command  <  coupling_steering
1853
1854    if [[ $? != 0 ]]
1855    then
1856
1857           # ABORT IN CASE OF RUNTIME ERRORS
1858       printf "\n  +++ runtime error occured"
1859       locat=execution
1860       exit
1861
1862    else
1863
1864       printf "\n$dashes\n  *** execution finished \n"
1865
1866    fi
1867
1868
1869       # CALL OF combine_plot_fields IN ORDER TO MERGE SINGLE FILES WRITTEN
1870       # BY EACH CORE INTO ONE FILE
1871   if [[ ! -f combine_plot_fields.x ]]
1872   then
1873
1874      printf "\n\n\n  +++ WARNING: no combine_plot_fields found"
1875      printf "\n      2d- and/or 3d-data may be incomplete!"
1876      printf "\n      Your previous palmbuild may have failed. Please check.\n"
1877
1878   elif [[ "$combine_plot_fields" == true ]]
1879   then
1880
1881      printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"$execute_command_for_combine\" ..."
1882      $execute_command_for_combine
1883
1884   else
1885
1886         # TEMPORARY SOLUTION TO SKIP combine_plot_fields. THIS IS REQUIRED IN CASE OF HUGE AMOUNT OF
1887         # DATA OUTPUT. TO DO: EXTEND THIS BRANCH BY CREATING A BATCH JOB for combine_plot_fields.
1888         # ??? koennen wir das streichen ???
1889      printf "\n\n\n *** post-processing: skipping combine_plot_fields (-Z option set) ..."
1890   fi
1891
1892
1893
1894       # EXECUTE OUTPUT-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
1895    (( i = 0 ))
1896    while (( i < ioc ))
1897    do
1898       (( i = i + 1 ))
1899       if (( i == 1 ))
1900       then
1901          printf "\n\n  *** execution of OUTPUT-commands:\n$dashes"
1902       fi
1903       printf "\n  >>> ${out_command[$i]}"
1904       eval  ${out_command[$i]}
1905       if (( i == ioc ))
1906       then
1907          printf "\n$dashes\n"
1908       fi
1909    done
1910
1911
1912       # IN TRACE-MODE PRINT CONTENTS OF THE CURRENT (TEMPORARY) WORKING DIRECTORY
1913    if [[ $do_trace = true ]]
1914    then
1915       printf "\n\n"
1916       ls -al
1917    fi
1918   
1919
1920       # COPY LOCAL OUTPUT-FILES TO THEIR PERMANENT DESTINATIONS
1921    (( i = 0 ))
1922    while (( i < iout ))
1923    do
1924       (( i = i + 1 ))
1925       if (( i == 1 ))
1926       then
1927          printf "\n\n  *** saving OUTPUT-files:"
1928
1929             # GET RUN NUMBER ASSIGNED BY PALM
1930          if [[ -f RUN_NUMBER ]]
1931          then
1932              read  run_number  <  RUN_NUMBER
1933              printf "\n  *** PALM generated run_number = "$run_number" will be used as unified cycle number for all output files"
1934              usecycle_option="-U $run_number"
1935          else
1936              run_number=0
1937              usecycle_option=""
1938          fi
1939          if [[ $running_on_remote = true  &&  "$remote_loginnode" != "" ]]
1940          then
1941             printf "\n  *** in case of SCP transfers to local host"
1942             printf "\n      they will be done via remote login-node \"$remote_loginnode\" "
1943          fi
1944          printf "\n$dashes"
1945       fi
1946
1947          # ADD CYCLE NUMBER TO FILENAME
1948       if [[ ! ( $running_on_remote = true  &&  ( "${actionout[$i]}" = tr || "${actionout[$i]}" = tra || "${actionout[$i]}" = trpe ) ) ]]
1949       then
1950
1951              # IN APPEND MODE, FILES KEEP THEIR CURRENT CYCLE NUMBER
1952          if [[ "${actionout[$i]}" != "a" ]]
1953          then
1954                # SET RUN NUMBER AS CYCLE NUMBER, IF THERE IS NOT A CONFLICT
1955                # WITH AN EXISTING CYCLE NUMBER
1956             if (( run_number >= cycnum[$i] ))
1957             then
1958                (( cycnum[$i] = run_number ))
1959             else
1960                if (( run_number > 0 ))
1961                then
1962                   printf "\n  --- INFORMATIVE: The following file cannot get a unified cycle number"
1963                fi
1964             fi
1965          fi
1966          if (( cycnum[$i] > 0 ))
1967          then
1968             pathout[$i]=${pathout[$i]}.${cycnum[$i]}
1969          fi
1970       fi           
1971
1972          # CHECK FOR SINGLE FILE (SERIAL RUN) OR DIRECTORY (ONE FILE PER CORE FOR PARELLEL EXECUTION)
1973       files_for_cores=false; filetype=file
1974       link_local_output=false
1975       if [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  -n $cores ]]
1976       then
1977          files_for_cores=true; filetype=directory
1978          actionout[$i]=""
1979       elif [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  ! -n $cores ]]
1980       then
1981          actionout[$i]=""
1982       elif [[ "${actionout[$i]}" = lnpe  &&  -n $cores ]]
1983       then
1984          files_for_cores=true; filetype=directory
1985          link_local_output=true
1986          actionout[$i]=""
1987       elif [[ "${actionout[$i]}" = lnpe  &&  ! -n $cores ]]
1988       then
1989          link_local_output
1990          actionout[$i]=""
1991       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  -n $cores ]]
1992       then
1993          files_for_cores=true; filetype=directory
1994          actionout[$i]="tr"
1995       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  ! -n $cores ]]
1996       then
1997          actionout[$i]="tr"
1998       fi
1999
2000       if [[ ! -f ${localout[$i]}  &&  $files_for_cores = false ]]
2001       then
2002          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}  does not exist\n"
2003       elif [[ ! -d ${localout[$i]}  &&  $files_for_cores = true ]]
2004       then
2005          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}/....  does not exist\n"
2006       else
2007
2008
2009             # COPY VIA SCP TO LOCAL HOST (ALWAYS IN BINARY MODE USING batch_scp option -m)
2010             # IF TARGET DIRECTORY DOES NOT EXISTS, TRY TO CREATE IT
2011          if [[ "${actionout[$i]}" = tr  ||  "${actionout[$i]}" = tra ]]
2012          then
2013             if [[ $running_on_remote = true ]]
2014             then
2015
2016                   # SET OPTIONS FOR TRANSFER
2017                if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
2018                then
2019                   if [[ $files_for_cores = false ]]
2020                   then
2021                      catalog_option=""
2022                      catalog_string=""
2023                   else
2024                      catalog_option="-c"
2025                      catalog_string="/"
2026                   fi
2027                   append_option=""
2028                   append_string=""
2029                else
2030                   append_option="-A"
2031                   append_string="append"
2032                fi
2033
2034                transfer_failed=false
2035                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$catalog_string  $append_string by SCP to"
2036                printf "\n              ${pathout[$i]}/${remote_hostname}_${fname}${endout[$i]}$catalog_string\n"
2037
2038                   # TRANSFER VIA SCP
2039                if [[ "$remote_loginnode" != "" ]]
2040                then
2041                   echo "cd $TEMPDIR; ${fast_io_catalog}/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/batch_scp $PORTOPT $catalog_option $append_option -b -m $usecycle_option -u $local_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${remote_hostname}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  |  ssh -q $remote_username@$remote_loginnode
2042                else
2043                   batch_scp $PORTOPT $catalog_option $append_option -b -m $usecycle_option -u $local_username $return_address  ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${remote_hostname}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
2044                fi
2045                [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
2046
2047
2048                   # IF TRANSFER FAILED, CREATE BACKUP COPY ON THIS MACHINE
2049                if [[ $transfer_failed = true ]]
2050                then
2051                   printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on this host under:\n"
2052                   printf "      ${pathout[$i]}/${remote_hostname}_${fname}${endout[$i]}_$run_id\n"
2053
2054                      # FIRST CHECK, IF DIRECTORY EXISTS, AND CREATE IT, IF NECESSARY
2055                   eval  local_catalog=${pathout[$i]}
2056                   if [[ ! -d $local_catalog ]]
2057                   then
2058                      printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
2059                      printf "      $local_catalog \n"
2060                      mkdir -p  $local_catalog
2061                   fi
2062                   eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${remote_hostname}_${fname}${endout[$i]}_$run_id
2063                   transfer_problems=true
2064                fi
2065
2066             else
2067
2068                   # UNSET actionout. DUE TO THIS SETTING, FILE WILL LATER JUST
2069                   # BE COPIED OR APPENDED ON THIS MACHINE
2070                if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
2071                then
2072                   actionout[$i]=""
2073                else
2074                   actionout[$i]="a"
2075                fi
2076             fi
2077          fi
2078
2079
2080             # APPEND ON THIS MACHINE
2081          if [[ "${actionout[$i]}" = "a" ]]
2082          then
2083             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
2084             then
2085                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to"
2086                printf "\n              ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
2087                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
2088             else
2089                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to"
2090                printf "\n              ${pathout[$i]}\n"
2091                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}
2092             fi
2093          fi
2094
2095             # COPY ON THIS MACHINE
2096             # COPY HAS TO BE USED, BECAUSE MOVE DOES NOT WORK IF FILE-ORIGIN AND TARGET ARE
2097             # ON DIFFERENT FILE-SYSTEMS
2098          if [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_cores = false ]]
2099          then
2100
2101                # COPY IN CASE OF RUNS ON SINGLE CORES
2102             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
2103             then
2104                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
2105                printf "\n              ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
2106                              if [[ $link_local_output = true ]]
2107                              then
2108                                 printf "      file will be linked\n"
2109                                 ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
2110                              fi
2111                                 # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
2112                              if [[ ! -f "${pathout[$i]}.${extout[$i]}" ]]
2113                then
2114                                 if [[ $link_local_output = true ]]
2115                          then
2116                      printf "  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)\n"
2117                                 fi
2118                                 cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
2119                              else
2120                   printf "+++ no copy because file ${pathout[$i]}.${extout[$i]} exists\n"
2121                fi
2122             else
2123                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
2124                printf "\n              ${pathout[$i]}\n"
2125                              if [[ $link_local_output = true ]]
2126                              then
2127                                 printf "      file will be linked\n"
2128                                 ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
2129                              fi
2130                                 # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
2131                        if [[ ! -f "${pathout[$i]}" ]]
2132                then
2133                                 if [[ $link_local_output = true ]]
2134                          then
2135                      printf "  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)\n"
2136                                 fi
2137                                 cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
2138                              else
2139                                 printf "+++ no copy because file ${pathout[$i]} exists\n"
2140                fi
2141             fi
2142
2143          elif [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_cores = true ]]
2144          then
2145
2146                # FILES FROM THE DIFFERENT CORES ARE MOVED WITH ln-COMMAND TO THE PERMANENT DIRECTORY
2147                # AS A FIRST STEP, THE PERMANENT DIRECTORY IS CREATED
2148             printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to"
2149             printf "\n              ${pathout[$i]}\n"
2150                    if [[ $link_local_output = true ]]
2151                    then
2152                              printf "      files will be linked\n"
2153                              mkdir -p ${pathout[$i]}
2154                              cd ${localout[$i]}
2155                              for file in $(ls *)
2156                              do
2157                                 ln -f $file  ${pathout[$i]}
2158                              done >|/dev/null 2>&1
2159                              cd $TEMPDIR
2160                    fi
2161
2162                # IF "ln -f" HAS FAILED OR IF "$link_local_output = false" DO A NORMAL COPY "cp -r"
2163                    if [[ ! -f "${pathout[$i]}/_000000" ]]
2164             then
2165                              if [[ $link_local_output = true ]]
2166                              then
2167                   printf "  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)\n"
2168                              fi
2169                              cp -r  ${localout[$i]}/*  ${pathout[$i]}
2170             fi
2171
2172          fi
2173       fi
2174    done
2175
2176    if (( i != 0 ))
2177    then
2178       if [[ $transfer_problems = true ]]
2179       then
2180          printf "\n$dashes\n  *** OUTPUT-files saved"
2181          printf "\n  +++ WARNING: some data transfers failed! \n"
2182       else
2183          printf "\n$dashes\n  *** all OUTPUT-files saved \n"
2184       fi
2185    fi
2186
2187
2188       # IF REQUIRED, START A RESTART-JOB
2189       # FILE CONTINUE_RUN MUST HAVE BEEN CREATED BY THE EXECUTABLE (PALM)
2190    if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
2191    then
2192
2193          # ADD RESTART-OPTIONS TO THE PALMRUN-CALL (IF THEY ARE NOT USED ALREADY):
2194          # -C TELLS PALMRUN THAT IT IS A RESTART-RUN
2195          # -v SILENT MODE WITHOUT INTERACTIVE QUERIES
2196          # -b START A BATCH JOB
2197       [[ $(echo $prc | grep -c "\-C") = 0 ]]  &&  prc="$prc -C"
2198       [[ $(echo $prc | grep -c "\-v") = 0 ]]  &&  prc="$prc -v"
2199       [[ $(echo $prc | grep -c "\-b") = 0 ]]  &&  prc="$prc -b"
2200
2201
2202          # REPLACE THE HASH IN THE ACTIVATION STRINGS (GIVEN WITH OPTION -a)
2203          # SO THAT RESTARTS ACCESS DIFFERENT FILES THAN THE INITIAL RUN
2204       if [[ $(echo $prc | grep -c "#") != 0 ]]
2205       then
2206          prc=`echo $prc | sed 's/#/r/g'`
2207       fi
2208
2209
2210          # START THE RESTART-JOB
2211       printf "\n\n  *** initiating restart-run on \"$local_ip\" using command:\n"
2212       echo "      $prc"
2213       printf "\n$dashes\n"
2214       if [[ $running_on_remote = true ]]
2215       then
2216
2217          echo "*** ssh will be used to initiate restart-runs!"
2218          echo "    return_address=\"$return_address\" "
2219          echo "    return_username=\"$local_username\" "
2220
2221          if [[ "$remote_loginnode" != "" ]]
2222          then
2223             echo "echo \" PATH=\\\$PATH:$LOCAL_PALMRUN_PATH; export PALM_BIN=$LOCAL_PALMRUN_PATH; cd $LOCAL_PWD; $prc\" |  ssh -q $SSH_PORTOPT  $local_username@$return_address  " |  ssh -q $remote_username@$remote_loginnode
2224          else
2225             echo \" PATH=\\\$PATH:$LOCAL_PALMRUN_PATH; export PALM_BIN=$LOCAL_PALMRUN_PATH; cd $LOCAL_PWD; $prc\" |  ssh -q $SSH_PORTOPT  $local_username@$return_address
2226          fi
2227
2228             # WAIT TO ALLOW THE RESTART-JOB TO BE QUEUED, BEFORE THE CURRENT JOB IS FINISHED
2229          sleep 30
2230
2231       else
2232
2233             # START THE RESTART JOB ON THE LOCAL HOST
2234          eval  $prc                # THE ' MUST BE EVALUATED
2235          cd -  > /dev/null
2236
2237       fi
2238       printf "\n$dashes\n  *** restart-run initiated \n"
2239
2240
2241          # DELETE INPUT-(RESTART)FILES, WHICH HAVE BEEN FETCHED FROM THE TEMPORARY DATA
2242          # DIRECTORY, BACAUSE THEY ARE NOT REQUIRED BY THE RESTART-JOB.
2243          # THIS IS DONE IN ORDER TO AVOID EXCEEDING DISC QUOTAS OR DISC SPACE (RESTART-FILES
2244          # MAY BE VERY HUGE)
2245       (( i = 0 ))
2246       while (( i < iin ))
2247       do
2248          (( i = i + 1 ))
2249          if [[ "${got_tmp[$i]}" = true   &&  $keep_data_from_previous_run = false ]]
2250          then
2251             rm -r  ${absnamein[$i]}
2252          fi
2253       done
2254
2255    fi
2256
2257
2258       # ALL ACTIONS FINISHED, TEMPORARY WORKING-DIRECTORY CAN BE DELETED
2259    cd  $HOME
2260    [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
2261
2262
2263 else
2264
2265
2266       # PREPARING ACTIONS,
2267       # IF A BATCH-JOB IS TO BE GENERATED AND TO BE STARTED ON A LOCAL OR REMOTE-MACHINE
2268
2269       # BUILD THE PALMRUN-COMMAND TO BE CALLED IN THE BATCH-JOB
2270    palmrun_com="$palmrun_script_name -c $config_file -d $fname -h $host -m $memory -t $cpumax -q $queue -r $run_id -U $local_username"
2271    [[ "$activation_string_list" != "" ]]  &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -a \"$activation_string_list\""
2272    [[ "$global_revision" != "" ]]  &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -G \"$global_revision\""
2273    [[ $keep_data_from_previous_run = true ]]  &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -k"
2274    [[ $do_trace = true ]]        &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -x"
2275    [[ "$cores" != "" ]]       &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -X $cores"
2276    [[ $use_openmp = true ]]  &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -O $threads_per_task"
2277    [[ "$tasks_per_node" != "" ]]  &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -T $tasks_per_node"
2278    [[ $delete_temporary_catalog = false ]]  &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -B"
2279    [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]  &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -y"
2280    [[ $run_coupled_model = true ]]  &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -Y \"$coupled_dist\""
2281    [[ "$combine_plot_fields" = false ]]  &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -Z"
2282    [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -w $max_par_io_str"
2283    if [[ $create_remote_batch_job = true ]]
2284    then
2285       palmrun_com=${palmrun_com}" -j -u $remote_username -R $local_ip"
2286       printf "\n *** PALMRUN-command on remote host:\n     $palmrun_com \n"
2287    elif [[ $create_batch_job = true ]]
2288    then
2289       palmrun_com=${palmrun_com}" -j"
2290       printf "\n *** PALMRUN-command on local host:\n     $palmrun_com \n"
2291    fi
2292
2293
2294       # DETERMINE THE FULL PATHS FOR THE JOB PROTOCOL FILES ON THE LOCAL AND
2295       # REMOTE HOST
2296    job_protocol_file_local=${local_jobcatalog}/${host}_${job_id}
2297    job_protocol_file=$job_protocol_file_local
2298    if [[ $create_remote_batch_job = true ]]
2299    then
2300       job_protocol_file_remote=${remote_jobcatalog}/${host}_${job_id}
2301       job_protocol_file=$job_protocol_file_remote
2302       job_transfer_protocol_file=${remote_jobcatalog}/last_job_transfer_protocol
2303       scpjob_file=${remote_jobcatalog}/scpjob.$run_id
2304    fi
2305
2306
2307       # BUILD THE JOB-SCRIPTS ON FILE jobfile
2308    jobfile=jobfile.$run_id
2309
2310
2311       # FIRST CREATE THE BATCH DIRECTIVES
2312    (( i = 0 ))
2313    while (( i < ibd ))
2314    do
2315       (( i = i + 1 ))
2316       line=`echo  "${batch_directive[$i]}" | sed 's/{{JOB_ID}}/$job_id/g' | sed 's/{{JOBFILE}}/$job_protocol_file/g' | sed 's/{{CPU_HOURS}}/$cpu_hours/g' | sed 's/{{CPU_MINUTES}}/$cpu_minutes/g' | sed 's/{{CPU_SECONDS}}/$cpu_seconds/g' | sed 's/{{NODES}}/$nodes/g' | sed 's/{{CORES}}/$cores/g' | sed 's/{{TASKS_PER_NODE}}/$tasks_per_node/g' | sed 's/{{LOCAL_HOSTNAME}}/${local_hostname}/g' | sed 's/{{HOST}}/${host}/g' | sed 's/{{FNAME}}/$fname/g' | sed 's/{{QUEUE}}/$queue/g' | sed 's/{{MEMORY}}/$memory/g'`
2317       eval line=\"$line\"
2318       echo  "$line"                               >>  $jobfile
2319    done
2320    echo " "                                       >>  $jobfile
2321
2322
2323       # FOR BATCH JOBS ON REMOTE HOSTS, ADD THE JOBFILE TO SEND BACK THE JOB
2324       # PROTOCOL
2325    if [[ $create_remote_batch_job = true ]]
2326    then
2327       echo "set +vx"                              >>  $jobfile
2328       echo "trap '"                               >>  $jobfile
2329       echo "set +vx"                              >>  $jobfile
2330       echo "cd ${remote_jobcatalog}"              >>  $jobfile
2331       echo "cat >  scpjob.$run_id << %%END%%"     >>  $jobfile
2332
2333          # ADD THE BATCH DIRECTIVES
2334       (( i = 0 ))
2335       while (( i < ibdt ))
2336       do
2337          (( i = i + 1 ))
2338          line=`echo  "${batch_directive_transfer[$i]}" | sed 's/{{JOB_ID}}/$job_id/g' | sed 's/{{JOBFILE}}/$job_protocol_file/g' | sed 's/{{JOB_TRANSFER_PROTOCOL_FILE}}/$job_transfer_protocol_file/g' | sed 's/{{CPU_HOURS}}/$cpu_hours/g' | sed 's/{{CPU_MINUTES}}/$cpu_minutes/g' | sed 's/{{CPU_SECONDS}}/$cpu_seconds/g' | sed 's/{{NODES}}/$nodes/g' | sed 's/{{TASKS_PER_NODE}}/$tasks_per_node/g' | sed 's/{{LOCAL_HOSTNAME}}/${local_hostname}/g' | sed 's/{{HOST}}/${host}/g' | sed 's/{{FNAME}}/$fname/g'`
2339          eval line=\"$line\"
2340          echo  "$line"                            >>  $jobfile
2341       done
2342       echo " "                                    >>  $jobfile
2343
2344       echo "set -x"                               >>  $jobfile
2345       echo "${fast_io_catalog}/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_username $local_ip  $job_protocol_file_remote  \"$local_jobcatalog\"  ${host}_${fname}"  >>  $jobfile
2346       echo "%%END%%"                              >>  $jobfile
2347       echo "echo \" *** submitting job for transfering the job protocol file to $local_ip\" "  >>  $jobfile
2348       echo "$submit_command  $scpjob_file"        >>  $jobfile
2349       echo "rm $scpjob_file"                      >>  $jobfile
2350       echo "rm -rf $job_transfer_protocol_file"   >>  $jobfile
2351       echo "set -x"                               >>  $jobfile
2352       echo "     ' exit"                          >>  $jobfile
2353    fi
2354
2355
2356       # ACTIVATE ERROR-TRACEBACK
2357    if [[ $do_trace = true ]]
2358    then
2359       echo  "set -x"                                    >>  $jobfile
2360    else
2361       echo  "set +vx"                                   >>  $jobfile
2362    fi
2363
2364
2365       # INITIALIZE THE ENVIRONMENT AND LOAD MODULES
2366    if [[ "$login_init_cmd" != "" ]]
2367    then
2368       echo  "$login_init_cmd"        >>  $jobfile
2369    fi
2370    if [[ "$module_commands" != "" ]]
2371    then
2372       echo  "$module_commands"     >>  $jobfile
2373    fi
2374
2375
2376       # CREATE TEMPORARY DIRECTORY AND SWITCH TO IT
2377    echo  "mkdir  $TEMPDIR"              >>  $jobfile
2378    echo  "cd  $TEMPDIR"                 >>  $jobfile
2379    echo  "export TEMPDIR=$TEMPDIR"      >>  $jobfile
2380    echo  "cp  $fast_io_catalog/SOURCES_FOR_RUN_$fname/{*,.[!.]*}  ."  >>  $jobfile
2381    echo  "export PATH=.:\$PATH"         >>  $jobfile
2382    echo  "export execute_palmrun=true"  >>  $jobfile
2383
2384
2385       # GET REQUIRED INPUT-FILES BY SCP OR BY SENDING THEM WITH THE JOB AS HERE-DOCUMENT
2386       # PUT THESE FILES INTO THE USER'S RESPECTIVE PERMANENT DIRECTORIES ON THE REMOTE-HOST
2387       # IF THE DIRECTORIES DO NOT EXIST, TRY TO CREATE THEM
2388    if [[ $create_remote_batch_job = true ]]
2389    then
2390       (( i = 0 ))
2391       while (( i < iin ))
2392       do
2393          (( i = i + 1 ))
2394          echo  "[[ ! -d ${pathin[$i]} ]]  &&  mkdir -p  ${pathin[$i]}"  >>  $jobfile
2395          if [[ "${transin[$i]}" = job ]]
2396          then
2397             echo  "cat > ${remotepathin[$i]} <<\"%END%\""    >>  $jobfile
2398             eval cat   ${pathin[$i]}/${frelin[$i]}           >>  $jobfile
2399             echo  " "                                        >>  $jobfile
2400             echo  "%END%"                                    >>  $jobfile
2401          else
2402             echo  "batch_scp $PORTOPT -b -o -g -s -u $local_username $return_address ${remotepathin[$i]} \"${pathin[$i]}\" ${frelin[$i]}" >>  $jobfile
2403          fi
2404
2405             # CHECK, IF FILE COULD BE CREATED
2406          echo  "if [[ \$? = 1 ]]"                    >>  $jobfile
2407          echo  "then"                                >>  $jobfile
2408          echo  "   echo \" \" "                      >>  $jobfile
2409          echo  "   echo \"+++ file ${remotepathin[$i]} could not be created\" "   >>  $jobfile
2410          echo  "   echo \"    please check, if directory exists on $host!\" "  >>  $jobfile
2411          echo  "   echo \"+++ PALMRUN will not be continued\" "  >>  $jobfile
2412          echo  "   execute_palmrun=false"            >>  $jobfile
2413          echo  "fi"                                  >>  $jobfile
2414       done
2415    fi
2416
2417
2418       # PROVIDE NAME OF THE CURRENT WORKING-DIRECTORY ON THE LOCAL MACHINE (FROM WHERE THE JOB IS
2419       # STARTED) BY SETTING AN ENVIRONMENT-VARIABLE. THIS INFORMATION IS USED IN THE JOB BY PALMRUN
2420       # IN CASE THAT RESTART-RUNS HAVE TO BE GENERATED
2421    echo  "LOCAL_PWD=$working_directory"                >>  $jobfile
2422    echo  "export LOCAL_PWD"                            >>  $jobfile
2423
2424
2425       # PROVIDE THE PATH OF THE LOCAL PALMRUN-SCRIPT FOR THE SAME REASON
2426    echo  "LOCAL_PALMRUN_PATH=$PALM_BIN"                   >>  $jobfile
2427    echo  "export LOCAL_PALMRUN_PATH"                      >>  $jobfile
2428
2429
2430       # CALL PALMRUN WITHIN THE JOB
2431       # AS FINAL ACTION, REMOVE THE TEMPORARY DIRECTORY CREATED AT THE BEGINNING OF THE JOB
2432    echo  "set -x"                                              >>  $jobfile
2433    echo  "[[ \$execute_palmrun = true ]]  &&  $palmrun_com"    >>  $jobfile
2434
2435
2436       # TRANSFER JOBFILE TO THE TARGET HOST
2437    if [[ $create_jobfile_only = false ]]
2438    then
2439
2440       if [[ $create_remote_batch_job = true ]]
2441       then
2442
2443          echo " *** transfer of job to remote host via scp"
2444          echo "     scp $ssh_key $PORTOPT $jobfile ${remote_username}@${remote_ip}:${remote_jobcatalog}/${host}_${job_id}"
2445          scp $ssh_key $PORTOPT $jobfile ${remote_username}@${remote_ip}:${remote_jobcatalog}/${host}_${job_id}
2446
2447          echo " "
2448          echo " *** submit the job"
2449          echo "     cd $remote_jobcatalog; $submit_command ${host}_${job_id}; rm ${host}_${job_id}  |  ssh  -q  $ssh_key $SSH_PORTOPT  ${remote_username}@${remote_ip}  2>&1"
2450          echo "cd $remote_jobcatalog; $submit_command ${host}_${job_id}; rm ${host}_${job_id}"  |  ssh  -q  $ssh_key $SSH_PORTOPT  ${remote_username}@${remote_ip}  2>&1
2451
2452       elif [[ $create_batch_job = true ]]
2453       then
2454
2455          eval  local_jobcatalog=$local_jobcatalog
2456          cp  $jobfile  ${local_jobcatalog}/${host}_${job_id}
2457          cd $local_jobcatalog
2458          echo " "
2459          echo "--- submit the job"
2460          echo "$submit_command ${host}_${job_id}"
2461          $submit_command ${host}_${job_id}
2462          rm ${host}_${job_id}
2463          cd -  > /dev/null
2464
2465       fi
2466
2467       rm -rf  $jobfile
2468
2469    else
2470
2471       printf "\n *** jobfile created under name \"$jobfile\" "
2472       printf "\n     no batch-job has been sent!"
2473
2474    fi
2475
2476 fi  # END OF REMOTE-PART
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.