Home


About us
PALM
PALM-4U
Installation
Release notes
Documentation
Getting Help
Gallery
Developers area

source: palm/trunk/SCRIPTS/palmrun @ 2405

Last change on this file since 2405 was 2405, checked in by raasch, 7 years ago

bugfix for palmrun, some default config files for new scripts added
  • Property svn:executable set to *
  • Property svn:keywords set to Id
File size: 82.2 KB
Line 
1#!/bin/bash
2
3# palmrun - script for running PALM jobs
4
5#--------------------------------------------------------------------------------#
6# This file is part of PALM.
7#
8# PALM is free software: you can redistribute it and/or modify it under the terms
9# of the GNU General Public License as published by the Free Software Foundation,
10# either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
11#
12# PALM is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
13# WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR
14# A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
15#
16# You should have received a copy of the GNU General Public License along with
17# PALM. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
18#
19# Copyright 2017  Leibniz Universitaet Hannover
20#--------------------------------------------------------------------------------#
21#
22# Current revisions:
23# ------------------
24# initial revision
25#
26# Former revisions:
27# -----------------
28# $Id: palmrun 2405 2017-09-05 11:17:46Z raasch $
29#
30#
31#--------------------------------------------------------------------------------#
32# palmrun - script for running PALM jobs on local and remote hosts
33#--------------------------------------------------------------------------------#
34
35
36 
37    # DECLARATION OF VARIABLES AND THEIR DEFAULT VALUES
38
39 set +o allexport    # SUPPRESS EXPORT OF ALL VARIABLES, SINCE IN THE PAST THIS
40                     # LEAD TO PROBLEMS IN ROUTINES CALLED BY PALMRUN
41                     # (TOO MANY ARGUMENTS - PROBLEM)
42 set +o noclobber    # EXISTING FILES ARE ALLOWED TO BE OVERWRITTEN
43
44 typeset -i  ibd=0 ibdt=0 iec=0 iic=0 iin=0 ioc=0 iout=0
45 typeset -x -i  memory=0   # HAS TO BE EXPORTED HERE, OTHERWISE AN UNKNOWN SIDE
46                           # SIDE EFFECT MAY CAUSE DATA LOSS WHEN GETOPTS IS READING THE
47                           # SCRIPT-OPTION ARGUMENTS
48 typeset -i  cores cputime cpu_hours cpu_minutes cpu_seconds i ii iia iii iio
49 typeset -i  icycle inode ival maxcycle mpi_tasks
50 typeset -i  nodes remaining_cores run_number tasks_per_node threads_per_task
51
52 activation_string_list=""
53 AddFilenames=""
54 combine_plot_fields=true
55 compiler_name=""
56 compiler_name_ser=""
57 compiler_options=""
58 config_file=""
59 cores=""
60 cores_atmos=0
61 cores_ocean=0
62 coupled_dist=""
63 cpp_options=""
64 cpumax=0
65 create_jobfile_only=false
66 delete_temporary_catalog=true
67 create_batch_job=false
68 create_remote_batch_job=false
69 dashes="  ----------------------------------------------------------------------------"
70 defaultqueue=""
71 do_compile=true
72 do_trace=false
73 executable=""
74 execute_command=""
75 execution_error=false
76 fileconnection_file=.palm.iofiles
77 fname=test
78 global_revision=""
79 host="default"
80 hostfile=""
81 hp=""
82 keep_data_from_previous_run=false
83 link_local_input=false
84 link_local_output=false
85 linker_options=""
86 local_jobcatalog=""
87 locat=normal
88 makefile=""
89 max_par_io_str=""
90 prc=$0
91 while [[ $(echo $prc | grep -c "/") != 0 ]]
92 do
93    prc=`echo $prc | cut -f2- -d"/"`
94 done
95 module_calls=""
96 palmrun_script_name=$prc
97 openmp=false
98 queue=none
99 restart_run=false
100 return_address=""
101 remote_jobcatalog=""
102 remote_username=""
103 running_in_batch_mode=false
104 run_coupled_model=false
105 run_id=""
106 silent=false
107 source_list=""
108 source_path=""
109 tasks_per_node=""
110 threads_per_task=1
111 tmpcreate=false
112 transfer_problems=false
113 user_source_path=""
114 use_openmp=false
115 version="palmrun  0.9 Rev$Rev: 2303 $"
116 working_directory=`pwd`
117 write_binary=""
118 TOPT=""
119
120
121    # ERROR HANDLING IN CASE OF EXIT
122 trap 'if [[ $locat != normal  &&  $locat != control_c ]]
123       then
124
125              # CARRY OUT ERROR-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE (EC:)
126          (( i = 0 ))
127          while (( i < iec ))
128          do
129             (( i = i + 1 ))
130             printf "\n  *** Execution of ERROR-command:\n"
131             printf "  >>> ${err_command[$i]}\n"
132             eval  ${err_command[$i]}
133          done
134          [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  (cd; rm -rf $TEMPDIR)
135          printf "\n\n+++ palmrun killed \n\n"
136       elif [[ $locat != control_c ]]
137       then
138          printf "\n\n --> palmrun finished\n\n"
139          if [[ $running_on_remote = true ]]
140          then
141             printf "     Bye, bye $remote_username !!\n\n"
142          else
143             printf "     Bye, bye $local_username !!\n\n"
144          fi
145       fi' exit
146
147
148    # ACTIONS IN CASE OF TERMINAL-BREAK (CONTROL-C):
149 trap 'cd; rm -rf $TEMPDIR
150       printf "\n+++ palmrun killed by \"^C\" \n\n"
151       locat=control_c
152       exit
153      ' 2
154
155
156    # CHECK IF THE PATH FOR THE PALM BINARIES (SCRIPTS+UTILITY-PROGRAMS) HAS
157    # BEEN SET
158 if [[ "$PALM_BIN" = "" ]]
159 then
160    printf "\n  +++ environment variable PALM_BIN has not been set"
161    printf "\n      please set it to the directory where the PALM scripts are located"
162    locat=palm_bin; exit
163 fi
164 export PATH=$PALM_BIN:$PATH
165
166
167
168    # READ SHELLSCRIPT-OPTIONS AND REBUILD THE PALMRUN-COMMAND STRING (prc),
169    # WHICH WILL BE USED TO START RESTART-JOBS
170 while  getopts  :a:bBc:Cd:FG:h:jkm:M:O:q:r:R:s:t:T:u:U:vw:xX:yY:Z option
171 do
172   case  $option  in
173       (a)   activation_string_list=$OPTARG; prc="$prc -a'$OPTARG'";;
174       (b)   create_batch_job=true; prc="$prc -b";;
175       (B)   delete_temporary_catalog=false; prc="$prc -B";;
176       (c)   config_file=$OPTARG; prc="$prc -c$OPTARG";;
177       (C)   restart_run=true; prc="$prc -C";;
178       (d)   fname=$OPTARG; prc="$prc -d$OPTARG";;
179       (F)   create_jobfile_only=true;;
180       (G)   global_revision=$OPTARG; prc="$prc -G'$OPTARG'";;
181       (h)   host=$OPTARG; prc="$prc -h$OPTARG";;
182       (j)   running_in_batch_mode=true;;
183       (k)   keep_data_from_previous_run=true; prc="$prc -k";;
184       (m)   memory=$OPTARG; prc="$prc -m$OPTARG";;
185       (M)   makefile=$OPTARG; prc="$prc -M$OPTARG";;
186       (O)   use_openmp=true; threads_per_task=$OPTARG; prc="$prc -O$OPTARG";;
187       (q)   queue=$OPTARG; prc="$prc -q$OPTARG";;
188       (r)   run_id=$OPTARG;;
189       (R)   return_address=$OPTARG;;
190       (s)   source_list=$OPTARG;;
191       (t)   cpumax=$OPTARG; prc="$prc -t$OPTARG";;
192       (T)   palmrun_tasks_per_node=$OPTARG; prc="$prc -T$OPTARG";;
193       (u)   remote_username=$OPTARG; prc="$prc -u$OPTARG";;
194       (U)   return_username=$OPTARG; prc="$prc -U$OPTARG";;
195       (v)   silent=true; prc="$prc -v";;
196       (w)   max_par_io_str=$OPTARG; prc="$prc -w$OPTARG";;
197       (x)   do_trace=true;set -x; prc="$prc -x";;
198       (X)   cores=$OPTARG; prc="$prc -X$OPTARG";;
199       (y)   ocean_file_appendix=true; prc="$prc -y";;
200       (Y)   run_coupled_model=true; coupled_dist=$OPTARG; prc="$prc -Y'$OPTARG'";;
201       (Z)   combine_plot_fields=false; prc="$prc -Z";;
202       (\?)  printf "\n  +++ unknown option $OPTARG \n"
203             printf "\n  --> type \"$0 ?\" for available options \n"
204             locat=parameter;exit;;
205   esac
206 done
207
208
209    # SKIP GIVEN OPTIONS TO READ POSITIONAL PARAMETER, IF GIVEN
210    # CURRENTLY ONLY PARAMETER ? (TO OUTPUT A SHORT COMMAND INFO) IS ALLOWED
211 (( to_shift = $OPTIND - 1 ))
212 shift $to_shift
213
214    # PRINT SHORT DESCRIPTION OF PALMRUN OPTIONS
215 if [[ "$1" = "?" ]]
216 then
217   (printf "\n  *** Description of available palmrun options:\n"
218    printf "\n      Option  Description                              Default-Value"
219    printf "\n        -a    activation string list                   \"\" "
220    printf "\n        -b    batch-job on local machine               ---"
221    printf "\n        -B    do not delete temporary directory at end ---"
222    printf "\n        -c    configuration file                       .palm.config.default"
223    printf "\n        -d    base name of files attached to program   test"
224    printf "\n        -F    create batch job file only               ---"
225    printf "\n        -h    execution host                           \"default\" "
226    printf "\n        -k    keep data from previous run"
227    printf "\n        -m    memory demand in MB (batch-jobs)         0 MB"
228    printf "\n        -M    Makefile name                            Makefile"
229    printf "\n        -O    threads per openMP task                  ---"
230    printf "\n        -q    queue                                    \"$queue\" "
231    printf "\n        -s    filenames of routines to be compiled     \"\" "
232    printf "\n              must end with .f, .f90, .F, or .c !"
233    printf "\n              use \"..\" for more than one file and wildcards"
234    printf "\n              -s LM compiles all locally modified files"
235    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds (batch)      0"
236    printf "\n        -T    tasks per node                           ---"
237    printf "\n        -u    username on remote machine               \"\" "
238    printf "\n        -v    no prompt for confirmation               ---"
239    printf "\n        -w    maximum parallel io streams              as given by -X"
240    printf "\n        -x    tracing of palmrun for debug purposes    ---"
241    printf "\n        -X    # of processors (on parallel machines)   1"
242    printf "\n        -y    add appendix \"_O\" to all local output"
243    printf "\n              files (ocean precursor runs followed by"
244    printf "\n              coupled atmosphere-ocean runs)           ---"
245    printf "\n        -Y    run coupled model, \"#1 #2\" with" 
246    printf "\n              #1 atmosphere and #2 ocean processors    \"#/2 #/2\" depending on -X"
247    printf "\n        -Z    skip combine_plot_fields at the end of      "
248    printf "\n              the simulation                           ---"
249    printf "\n "
250    printf "\n      Possible values of positional parameter <modus>:"
251    printf "\n        \"?\"       -  this outline \n\n") | more
252    exit
253 elif [[ "$1" != "" ]]
254 then
255    printf "\n  +++ positional parameter $1 unknown \n"
256    locat=parameter; exit
257 fi
258
259
260
261    # SHORT STARTING MESSAGE
262 printf "\n*** $version "
263 printf "\n    will be executed.     Please wait ..."
264
265
266    # BUILD THE CONFIGURATION-FILE NAME
267 if [[ "$config_file" = "" ]]
268 then
269    config_file=.palm.config.$host
270 fi
271
272
273    # CHECK, IF CONFIGURATION FILE EXISTS
274 if [[ ! -f $config_file ]]
275 then
276    printf "\n\n  +++ configuration file: "
277    printf "\n           $config_file"
278    printf "\n      does not exist"
279    locat=connect; exit 
280 fi
281
282
283    # CHECK, IF FILE CONNECTION FILE EXISTS
284 if [[ ! -f $fileconnection_file ]]
285 then
286    printf "\n\n  +++ file connection file: "
287    printf "\n           $fileconnection_file"
288    printf "\n      does not exist"
289    locat=connect; exit 
290 fi
291
292
293    # CHECK, IF THE ACTIVATION_STRING_LIST HAS BEEN GIVEN
294 if [[ "$activation_string_list" = "" ]]
295 then
296    printf "\n\n  +++ no activation string list given: "
297    printf "\n        please set palmrun option \"-a\" "
298    locat=palmrun_option; exit 
299 fi
300
301
302    # SET VARIABLE TO ACTIVATE PALM BINARY OUTPUT FOR RESTARTS
303 if [[ $(echo $activation_string_list | grep -c "restart") != 0 ]]
304 then
305    write_binary=true
306 else
307    write_binary=false
308 fi
309
310
311    # READ AND EVALUATE THE CONFIGURATION-FILE
312 [[ $silent = false ]]  &&  printf "\n\n    Reading the configuration file... "
313
314    # READ VARIABLE SETTINGS FROM CONFIG FILE LINE BY LINE
315 while  read line
316 do
317
318       # FIRST REPLACE ENVIRONMENT-VARIABLES BY THEIR RESPECTIVE VALUES
319    eval  line=\"$line\"
320
321
322       # INTERPRET THE LINE
323    if [[ "$(echo $line)" = "" ]]
324    then
325
326          # EMPTY LINE, NO ACTION
327       continue
328
329    elif [[ "$(echo $line | cut -c1)"  =  "#" ]]
330    then
331
332          # LINE IS A COMMENT LINE
333       continue
334
335    elif [[ "$(echo $line | cut -c1)"  =  "%" ]]
336    then
337
338          # LINE DEFINES AN ENVIRONMENT-VARIABLE
339       var=`echo $line | cut -d" " -s -f1 | cut -c2-`
340       value=`echo $line | cut -d" " -s -f2-`
341
342
343          # VALUE FROM THE CONFIGURATION-FILE IS ASSIGNED TO THE
344          # ENVIRONMENT-VARIABLE, BUT ONLY IF NO VALUE HAS BEEN ALREADY
345          # ASSIGNED WITHIN THIS SCRIPT (E.G. BY SCRIPT-OPTIONS).
346          # NON-ASSIGNED VARIABLES HAVE VALUE "" OR 0 (IN CASE OF INTEGER).
347          # HENCE THE GENERAL RULE IS: SCRIPT-OPTION OVERWRITES THE
348          # CONFIGURATION-FILE.
349       if [[ "$(eval echo \$$var)" = ""  ||  "$(eval echo \$$var)" = "0" ]]
350       then
351          eval  export  $var="\$value"
352
353             # TERMINAL OUTPUT OF ENVIRONMENT-VARIABLES, IF TRACEBACK IS SWITCHED on
354          if [[ $do_trace = true ]]
355          then
356             printf "\n*** ENVIRONMENT-VARIABLE $var = $value"
357          fi
358       fi
359
360    elif [[ "$(echo $line | cut -c1-3)" = "BD:" ]]
361    then
362
363          # LINE DEFINES BATCH-DIRECTIVE
364       (( ibd = ibd + 1 ))
365       line=$(echo $line | cut -c4-)
366       batch_directive[$ibd]="$line"
367
368    elif [[ "$(echo $line | cut -c1-4)" = "BDT:" ]]
369    then
370
371          # LINE DEFINES BATCH-DIRECTIVE FOR SENDING BACK THE JOBFILE FROM A
372          # REMOTE TO A LOCAL HOST
373       (( ibdt = ibdt + 1 ))
374       line=$(echo $line | cut -c5-)
375       batch_directive_transfer[$ibdt]="$line"
376
377    elif [[ "$(echo $line | cut -c1-3)" = "EC:" ]]
378    then
379
380          # LINE DEFINES ERROR-COMMAND
381       (( iec = iec + 1 ))
382       line=$(echo $line | cut -c4-)
383       err_command[$iec]="$line"
384
385    elif [[ "$(echo $line | cut -c1-3)" = "IC:" ]]
386    then
387
388          # LINE DEFINES INPUT-COMMAND
389       (( iic = iic + 1 ))
390       line=$(echo $line | cut -c4-)
391       in_command[$iic]="$line"
392
393    elif [[ "$(echo $line | cut -c1-3)" = "OC:" ]]
394    then
395
396          # LINE DEFINES OUTPUT-COMMAND
397       (( ioc = ioc + 1 ))
398       line=$(echo $line | cut -c4-)
399       out_command[$ioc]="$line"
400
401    else
402
403          # SKIP ALL OTHER LINES
404       continue
405
406    fi
407
408 done < $config_file
409
410
411    # CHECK SETTING OF REQUIRED PARAMETERS
412 if [[ "$compiler_name" = "" ]]
413 then
414    printf "\n  +++ no compiler name found in $config_file"
415    printf "\n      Please add line \"compiler_name ...\" to that file."
416    locat=config_file; exit
417 fi
418 if [[ "$compiler_name_ser" = "" ]]
419 then
420    printf "\n  +++ no compiler name for non-paralle compilation found in $config_file"
421    printf "\n      Please add line \"compiler_name_ser ...\" to that file."
422    locat=config_file; exit
423 fi
424 if [[ "$compiler_options" = "" ]]
425 then
426    printf "\n  +++ no compiler options found in $config_file"
427    printf "\n      Please add line \"compiler_options ...\" to that file."
428    locat=config_file; exit
429 fi
430 if [[ "$linker_options" = "" ]]
431 then
432    printf "\n  +++ no linker options found in $config_file"
433    printf "\n      Please add line \"linker_options ...\" to that file."
434    locat=config_file; exit
435 fi
436 if [[ "$execute_command" = "" ]]
437 then
438    printf "\n  +++ no execute command found in $config_file"
439    printf "\n      Please add line \"execute_command ...\" to that file."
440    locat=config_file; exit
441 fi
442
443 if [[ "$hostfile" != "" ]]
444 then
445    if [[ $hostfile != auto  &&  ! -f $hostfile ]]
446    then
447       printf "\n  +++ no hostfile \"$hostfile\" found"
448       printf "\n      Please check line \"hostfile ...\" in $config_file"
449       locat=config_file; exit   
450    fi
451 fi
452
453
454    # DETERMINE THE CALL STATUS
455 if [[ "$return_address" != "" ]]
456 then
457 
458       # I AM RUNNING ON A REMOTE HOST, WHICH ALSO MEANS THAT I AM RUNNING IN
459       # BATCH MODE AND ...
460    running_on_remote=true
461    host_name=$remote_hostname
462 
463 else
464
465       # I HAVE BEEN CALLED INTERACTIVELY ON THIS HOST
466     if [[ "$remote_ip" != "" ]]
467     then
468
469           # I HAVE TO CREATE A BATCH JOB TO RUN PALM ON THE REMOTE HOST
470        create_remote_batch_job=true
471
472     fi
473     host_name=$local_hostname
474     running_on_remote=false
475 fi
476
477
478
479    # READ AND EVALUATE THE I/O-FILE LIST
480 [[ $silent = false ]]  &&  printf "\n    Reading the I/O files... "
481
482    # READ THE FILE CONNECTION FILE LINE BY LINE
483 while  read line
484 do
485
486       # FIRST REPLACE ENVIRONMENT-VARIABLES BY THEIR RESPECTIVE VALUES
487    eval  line=\"$line\"
488
489
490       # INTERPRET THE LINE
491    if [[ "$(echo $line)" = "" ]]
492    then
493          # EMPTY LINE, NO ACTION
494       continue
495
496    elif [[ "$(echo $line | cut -c1)"  =  "#" ]]
497    then
498
499          # LINE IS A COMMENT LINE
500       true
501
502    else
503
504          # LINE DEFINES FILE CONNECTION. READ THE FILE ATTRIBUTES.
505          # s2a: in/out - field
506          # s2b: loc    - field (optional)
507          # s2c: tr/ar  - field (optional)
508       s1=`echo $line | cut -d" " -f1`
509       s2=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
510       s2a=$(echo $s2 | cut -d":" -f1)
511       if [[ $(echo $s2 | grep -c ":") = 0 ]]
512       then
513          s2b=""
514          s2c=""
515       else
516          s2b=`echo $s2 | cut -d":" -f2 | sed 's/:/ /g'`
517          s2c=`echo $s2 | cut -d":" -s -f3 | sed 's/:/ /g'`
518       fi
519       s3=`echo $line | cut -d" " -f3`
520       s4=`echo $line | cut -d" " -s -f4`
521       s5=`echo $line | cut -d" " -s -f5`
522       s6=`echo $line | cut -d" " -s -f6`
523
524       
525          # STORE FILE CONNECTION, IF ACTIVATED BY ACTIVATION-STRING FROM
526          # INPUT- OR OUTPUT-LIST.
527          # VARIABLE S3 MAY CONTAIN A LIST OF ACTIVATION STRINGS (FIELD-SEPERATOR ":").
528          # IF EXECUTION IS SCHEDULED FOR A REMOTE-MACHINE AND THE FILE IS ONLY
529          # LOCALLY REQUIRED ON THAT MACHINE (I.E. s2b = loc), THE FILE CONNECTION
530          # IS NOT CHECKED AND STORED.
531       IFSALT="$IFS"; IFS="$IFS:"
532       if [[ "$s2a" = in  &&  ! ( $create_remote_batch_job = true  &&  ( "$s2b" = loc  ||  "$s2b" = locopt ) ) ]]
533       then
534          found=false
535          for  actual  in  $activation_string_list
536          do
537             for  formal  in  $s3
538             do
539                [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-" ]]  &&  found=true
540             done
541          done
542          if [[ $found = true ]]
543          then
544             (( iin = iin + 1 ))
545             localin[$iin]=$s1; transin[$iin]=$s2b; actionin[$iin]=$s2c;
546             typein[$iin]=$s3; pathin[$iin]=$s4; endin[$iin]=$s5;
547             extin[$iin]=$s6
548          fi
549       elif [[ "$s2a" = out  &&  ! ( $create_remote_batch_job = true  &&  "$s2b" = loc ) ]]
550       then
551          found=false
552          for  actual  in  $activation_string_list
553          do
554             for  formal  in  $s3 
555             do
556                [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-"  ]]  &&  found=true
557             done
558          done
559          if [[ $found = true ]]
560          then
561             (( iout = iout + 1 ))
562             localout[$iout]=$s1; actionout[$iout]=$s2c; typeout[$iout]=$s3;
563             pathout[$iout]=$s4; endout[$iout]=$s5; extout[$iout]=$s6
564          fi
565       elif [[ "$s2a" != in  &&  "$s2a" != out ]]
566       then
567          printf "\n  +++ I/O-attribute in configuration file $config_file has the invalid"
568          printf "\n      value \"$s2\". Only \"in\" and \"out\" are allowed!"
569          locat=connect; exit
570       fi
571       IFS="$IFSALT"
572    fi
573
574 done < $fileconnection_file
575
576
577
578      # EVALUATE MODEL COUPLING FEATURES (OPTION -Y)
579 if [[ $run_coupled_model = true ]] 
580 then
581
582    cores_atmos=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f1`
583    cores_ocean=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f2`
584
585    if (( $cores_ocean + $cores_atmos != $cores ))
586    then
587
588       printf "\n  +++ number of processors does not fit to specification by \"-Y\"."
589       printf "\n      PEs (total)     : $cores"
590       printf "\n      PEs (atmosphere): $cores_atmos"
591       printf "\n      PEs (ocean)     : $cores_ocean"
592       locat=coupling; exit
593
594    fi
595
596 fi
597
598
599    # SAVE VALUES OF PALMRUN-OPTIONS IN ORDER TO OVERWRITE
600    # THOSE VALUES GIVEN IN THE CONFIGURATION-FILE
601 palmrun_memory=$memory
602 palmrun_cpumax=$cpumax
603 palmrun_cores=$cores
604
605
606    # VALUES OF PALMRUN-OPTIONS OVERWRITE THOSE FROM THE CONFIGURATION-FILE
607 [[ $palmrun_memory     != 0   ]]  &&  memory=$palmrun_memory
608 [[ $palmrun_cpumax     != 0   ]]  &&  cpumax=$palmrun_cpumax
609 [[ "$palmrun_cores" != ""  ]]  &&  cores=$palmrun_cores
610 [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  maximum_parallel_io_streams=$max_par_io_str
611 [[ "$palmrun_tasks_per_node" != "" ]]  &&  tasks_per_node=$palmrun_tasks_per_node
612
613
614
615    # IF I AM IN BATCH MODE, CHECK IF EXECUTABLE AND OTHER REQUIRED FILES
616    # HAVE BEEN GENERATED BY PALMBUILD AND STORED IN THE SOURCES_FOR_RUN_...
617    # FOLDER
618 if [[ $running_in_batch_mode = true ]]
619 then
620 
621    if [[ ! -d ${fast_io_catalog}/SOURCES_FOR_RUN_$fname ]]
622    then
623       printf "\n  +++ directory ${fast_io_catalog}/SOURCES_FOR_RUN_$fname is missing"
624       printf "\n      Please check the output of the palmrun-call"
625       printf "\n      that you did on your local host."
626       locat=SOURCES_FOR_RUN; exit
627    fi
628
629 else
630
631       # CREATE THE SOURCES_FOR_RUN_... FOLDER, BUT NOT IF I AM PART OF AN
632       # AUTOMATIC RESTART RUN
633       # AUTOMATIC RESTART RUNS JUST ACCESS THE DIRECTORY CREATED BY THE INITIAL RUN
634    if [[ $restart_run = false ]]
635    then
636
637          # COLLECT FILES TO BE COMPILED IN THE SOURCES_FOR_RUN_... FOLDER ON
638          # THE LOCAL HOST
639       if [[ ! -d $source_path ]]
640       then
641          printf "\n\n  +++ source path \"$source_path\" on local host"
642          printf "\n      \"$(hostname)\" does not exist"
643          locat=source_path; exit
644       fi
645
646       rm -rf   SOURCES_FOR_RUN_$fname
647       mkdir -p SOURCES_FOR_RUN_$fname
648
649       if [[ "$source_list" = LM ]]
650       then
651
652             # DETERMINE MODIFIED FILES OF THE SVN WORKING COPY
653          source_list=""
654          cd  $source_path
655
656
657             # CHECK, IF DIRECTORY IS UNDER SVN CONTROL
658          if [[ ! -d .svn ]]
659          then
660             printf "\n\n  +++ source directory"
661             printf "\n         \"$source_path\" "
662             printf "\n         is not under control of \"subversion\"."
663             printf "\n         Please do not use palmmrun-option \"-s LM\"\n"
664          fi
665
666
667             # LIST ALL MODIFIED SOURCE CODE FILES
668          Filenames=""
669          svn status  >  tmp_svnstatus
670          while  read line
671          do
672             firstc=`echo $line | cut -c1`
673             if [[ $firstc = M  ||  $firstc = "?" ]]
674             then
675                Name=`echo "$line" | cut -c8-`
676                extension=`echo $Name | cut -d. -f2`
677                if [[ "$extension" = f90 || "$extension" = F90 || "$extension" = f || "$extension" = F || "$extension" = c ]]
678                then
679                   Filenames="$Filenames "$Name
680                fi
681             fi
682          done < tmp_svnstatus
683          rm -rf  tmp_svnstatus
684
685
686             # COPY FILES TO SOURCES_FOR_RUN_...
687          for  filename  in  $Filenames
688          do
689             cp  $filename  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
690             source_list=$source_list"$filename "
691          done
692
693          cd -  > /dev/null
694
695
696          # COPY FILES GIVEN BY OPTION -s TO DIRECTORY SOURCES_FOR_RUN_...
697       elif [[ "$source_list" != "" ]]
698       then
699
700          cd  $source_path
701
702          for  filename  in  $source_list
703          do
704
705                # SOURCE CODE FILE IS NOT ALLOWED TO INCLUDE PATH
706             if [[ $(echo $filename | grep -c "/") != 0 ]]
707             then
708                printf "\n  +++ source code file:  $filename"
709                printf "\n      must not contain (\"/\") "
710                locat=source; exit
711             fi
712
713             if [[ ! -f $filename ]]
714             then
715                printf "\n  +++ source code file:  $filename"
716                printf "\n      does not exist"
717                locat=source; exit
718             else
719                cp  $filename  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
720             fi
721
722          done
723
724          cd -  > /dev/null
725
726       fi
727
728          # CHECK, IF MAKEFILE EXISTS AND COPY IT TO THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY
729       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
730       if [[ ! -f $makefile ]]
731       then
732          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
733          locat=make; exit
734       else
735          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
736       fi
737
738
739          # COPY FILES FROM OPTIONAL SOURCE PATH GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
740       if [[ "$user_source_path" != "" ]]
741       then
742
743             # DOES THE DIRECTORY EXIST?
744          if [[ ! -d $user_source_path ]]
745          then
746
747             printf "\n\n  *** INFORMATIVE: additional source code directory"
748             printf "\n      \"$user_source_path\" "
749             printf "\n      does not exist or is not a directory."
750             printf "\n      No source code will be used from this directory!\n"
751             user_source_path=""
752             if [[ $silent == false ]]
753             then
754                sleep 2
755             fi
756
757          else
758
759             cd $user_source_path
760             found=false
761
762             Names=$(ls -1 *.f90 2>&1)
763             [[ $(echo $Names | grep -c '*.f90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$Names"
764             Names=$(ls -1 *.F90 2>&1)
765             [[ $(echo $Names | grep -c '*.F90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
766             Names=$(ls -1 *.F 2>&1)
767             [[ $(echo $Names | grep -c '*.F') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
768             Names=$(ls -1 *.f 2>&1)
769             [[ $(echo $Names | grep -c '*.f') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
770             Names=$(ls -1 *.c 2>&1)
771             [[ $(echo $Names | grep -c '*.c') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
772
773             cd -  > /dev/null
774             cd  SOURCES_FOR_RUN_$fname
775
776                # COPY MAKEFILE IF EXISTING
777             if [[ -f $user_source_path/Makefile ]]
778             then
779                printf "\n\n  *** user Makefile from directory"
780                printf "\n      \"$user_source_path\" is used \n"
781                if [[ $silent == false ]]
782                then
783                   sleep 1
784                fi
785                cp  $user_source_path/Makefile  .
786             fi
787
788             for  filename  in  $AddFilenames
789             do
790                if [[ -f $filename ]]
791                then
792                   printf "\n  +++ source code file \"$filename\" found in additional"
793                   printf "\n      source code directory \"$user_source_path\" "
794                   printf "\n      but was also given with option \"-s\" which means that it should be taken"
795                   printf "\n      from directory \"$source_path\"."
796                   locat=source; exit
797                fi
798
799                cp  $user_source_path/$filename  .
800                source_list="$source_list $filename"
801
802                   # CHECK IF FILE IS CONTAINED IN MAKEFILE
803                if [[ $(grep -c $filename Makefile) = 0 ]]
804                then
805                   printf "\n\n  +++ user file \"$filename\" "
806                   printf "\n      is not listed in Makefile \n"
807                   locat=source; exit
808                else
809
810                   if [[ $found = false ]]
811                   then
812                      found=true
813                      printf "\n\n  *** following user file(s) added to the"
814                      printf " files to be translated:\n      "
815                   fi
816                   printf "$filename  "
817                   if [[ $silent == false ]]
818                   then
819                      sleep 0.5
820                   fi
821
822                fi
823             done
824             [[ $found = true ]]  &&  printf "\n"
825             cd -  > /dev/null
826          fi
827       fi
828
829          # COPY CONFIGURATION FILES
830       cp  $config_file  SOURCES_FOR_RUN_$fname
831       cp  $fileconnection_file  SOURCES_FOR_RUN_$fname
832
833          # COPY SHELLSCRIPTS
834       cp  ${source_path}/../SCRIPTS/palmrun    SOURCES_FOR_RUN_$fname
835       cp  ${source_path}/../SCRIPTS/batch_scp  SOURCES_FOR_RUN_$fname
836
837    fi
838
839 fi
840
841    # GET THE GLOBAL REVISION-NUMBER OF THE SVN-REPOSITORY
842    # (HANDED OVER TO RESTART-RUNS USING OPTION -G)
843 if [[ "$global_revision" = "" ]]
844 then
845    global_revision=`svnversion $source_path  2>/dev/null`
846    global_revision="Rev: $global_revision"
847 fi
848
849
850    # IN CASE OF PARALLEL EXECUTION, CHECK SOME SPECIFICATIONS CONCERNING PROCESSOR NUMBERS
851 if [[ -n $cores ]]
852 then
853
854       # CHECK, IF THE NUMBER OF CORES PER NODE HAS BEEN GIVEN UND IF IT IS AN
855       # INTEGRAL DIVISOR OF THE TOTAL NUMBER OF CORES GIVEN BY OPTION -X
856    if [[ "$tasks_per_node" = "" ]]
857    then
858       printf "\n"
859       printf "\n  +++ option \"-T\" (tasks per node) is missing"
860       printf "\n      set -T option or define tasks_per_node in the config file"
861       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
862    fi
863
864    if (( cores < tasks_per_node ))
865    then
866       printf "\n"
867       printf "\n  +++ tasks per node (-T) cannot exceed total number of cores (-X)"
868       printf "\n      given values: -T $tasks_per_node  -X $cores"
869       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
870    fi
871
872    (( nodes = cores / ( tasks_per_node * threads_per_task ) ))
873    (( mpi_tasks = cores / threads_per_task ))
874    [[ $mpi_tasks = 0 ]]  &&  (( mpi_tasks = 1 ))
875    (( ii = cores / tasks_per_node ))
876    (( remaining_cores =  cores - ii * tasks_per_node ))
877    if (( remaining_cores > 0 ))
878    then
879       printf "\n"
880       printf "\n  +++ WARNING: tasks per node (option \"-T\") is not an integral"
881       printf "\n      divisor of the total number of cores (option \"-X\")"
882       printf "\n      values of this palmrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $cores\""
883       printf "\n      One of the nodes is filled with $remaining_cores instead of $tasks_per_node tasks"
884       (( nodes = nodes + 1 ))
885    fi
886
887       # SET THE TOTAL NUMBER OF NODES, REQUIRED FOR THE SUBJOB-COMMAND (SEE FURTHER BELOW)
888    if [[ "$tasks_per_node" != "" ]]
889    then
890       TOPT="-T $tasks_per_node"
891    fi
892
893 fi
894
895
896    # SET DEFAULT VALUE FOR THE MAXIMUM NUMBER OF PARALLEL IO STREAMS
897 if [[ "$maximum_parallel_io_streams" = "" ]]
898 then
899    maximum_parallel_io_streams=$cores
900 fi
901
902
903    # SET PORT NUMBER OPTION FOR CALLS OF SSH/SCP AND batch_scp SCRIPT
904 if [[ "$scp_port" != "" ]]
905 then
906    PORTOPT="-P $scp_port"
907    SSH_PORTOPT="-p $scp_port"
908 fi
909
910
911    # DETERMINE THE SSH-OPTION IN CASE THAT AN SSH-KEY IS EXPLICITLY GIVEN IN THE
912    # CONFIG-FILE
913 if [[ "$ssh_key" != "" ]]
914 then
915    ssh_key="-i $HOME/.ssh/$ssh_key"
916 fi
917
918
919    # SET QUEUE, IF NOT GIVEN
920 if [[ $create_batch_job = true  ||  $create_remote_batch_job = true ]]
921 then
922
923    if [[ $queue = none  &&  "$defaultqueue" = "" ]]
924    then
925       printf "\n"
926       printf "\n  +++ no default queue given in configuration file and no queue"
927       printf "\n      given with option -q"
928    fi
929    if [[ $queue = none ]]
930    then
931       queue=$defaultqueue
932    fi
933
934 fi
935
936
937    # GENERATE FULL FILENAMES OF INPUT-FILES, INCLUDING THEIR PATH
938    # CHECK, IF INPUT-FILES EXIST, AND DETERMINE HIGHEST CYCLE NUMBER (IF CYCLES EXIST)
939 (( i = 0 ))
940 while (( i < iin ))
941 do
942    (( i = i + 1 ))
943    (( maxcycle = 0 ))
944
945       # GENERATE PATH AND FULL FILE NAME (then-BRANCH: FIXED FULL NAME IS GIVEN, I.E. THE
946       # FILE IDENTIFIER IS NOT PART OF THE FILENAME))
947    if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
948    then
949       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${endin[$i]}  # EVALUATE REMOTE-PATH ON THE REMOTE
950                                                    # HOST ONLY
951       eval filename=${pathin[$i]}/${endin[$i]}
952    else
953       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${fname}${endin[$i]}  # EVALUATE REMOTE-PATH ON THE REMOTE
954                                                             # HOST ONLY
955       eval filename=${pathin[$i]}/${fname}${endin[$i]}
956    fi
957    eval pathname=${pathin[$i]}
958
959       # CHECK IF FILE EXISTS
960    if ! ls $filename* 1>/dev/null 2>&1
961    then
962
963          # FILES WITH ATTRIBUTE locopt ARE OPTIONAL. NO ABORT, IF THEY DO NOT EXIST.
964       if [[ "${transin[$i]}" != "locopt" ]]
965       then
966          printf "\n\n  +++ INPUT-file: "
967          if [[ "${extin[$i]}" = ""  ||  "${extin[$i]}" = " " ]]
968          then
969             printf "\n           $filename"
970          else
971             printf "\n           $filename.${extin[$i]}"
972          fi
973          printf "\n      does not exist\n"
974          locat=input; exit
975       else
976          transin[$i]="unavailable"
977       fi
978    else
979
980          # DETERMINE THE FILE'S CYCLE NUMBER
981       ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
982       ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
983       while  read line
984       do
985              # filename without path (i.e. after the last "/")
986           basefilename=$(basename ${line})
987
988              # check if there is an extension
989           extension=${basefilename##*.}
990           if [[ "$extension" = "$extin[$i]" ]]
991           then
992              basefilename=${basefilename&.*}
993           fi
994
995              # check for an existing cycle number
996           cycle=${basefilename##*.}
997           if [[ $cycle =~ ^-?[0-9]+$ ]]
998           then
999              (( icycle = $cycle ))
1000           else
1001              (( icycle = 0 ))
1002           fi
1003
1004           if (( icycle > maxcycle ))
1005           then
1006              (( maxcycle = icycle ))
1007           fi
1008
1009       done <filelist
1010       rm filelist
1011
1012          # APPEND CYCLE NUMBER TO FILENAME
1013       if (( maxcycle > 0 ))
1014       then
1015          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1016          then
1017             filename=${filename}.$maxcycle.${extin[$i]}
1018          else
1019             filename=${filename}.$maxcycle
1020          fi
1021       else
1022          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1023          then
1024             filename=${filename}.${extin[$i]}
1025          fi
1026       fi
1027       
1028          # STORE FILENAME WITHOUT PATH BUT WITH CYCLE NUMBER,
1029          # IS LATER USED FOR TRANSFERRING FILES WIHIN THE JOB (SEE END OF FILE)
1030       absnamein[$i]=$filename
1031       if (( maxcycle > 0 ))
1032       then
1033          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1034          then
1035             frelin[$i]=${endin[$i]}.$maxcycle
1036          else
1037             frelin[$i]=${fname}${endin[$i]}.$maxcycle
1038          fi
1039       else
1040          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1041          then
1042             frelin[$i]=${endin[$i]}
1043          else
1044             frelin[$i]=${fname}${endin[$i]}
1045          fi
1046       fi
1047
1048    fi
1049 done
1050
1051   
1052    # GENERATE FULL FILENAMES OF OUTPUT-FILES (WITHOUT $ OR ~),
1053    # CHECK, IF OUTPUT-FILES EXIST, AND DETERMINE HIGHEST CYCLE NUMBER (IF CYCLES EXIST),
1054    # OR, IN CASE THAT FILE DOES NOT EXIST, CHECK, IF IT CAN BE CREATED 
1055    # THESE ACTIONS ARE NOT CARRIED OUT, IF FILES SHALL BE TRASFERRED FROM THE REMOTE TO
1056    # THE LOCAL HOST (BECAUSE THEIR IS NO DIRECT ACCESS TO THE LOCAL DIRECTORIES FROM THE
1057    # REMOTE HOST)
1058 (( i = 0 ))
1059 while (( i < iout ))
1060 do
1061    (( i = i + 1 ))
1062    if [[ ! ( $running_on_remote = true  &&  ( "${actionout[$i]}" = tr || "${actionout[$i]}" = tra || "${actionout[$i]}" = trpe ) ) ]]
1063    then
1064       if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
1065       then
1066          actionout[$i]=""
1067       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe ]]
1068       then
1069          actionout[$i]=pe
1070       elif [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
1071       then
1072          actionout[$i]=a
1073       fi
1074       (( maxcycle = 0 ))
1075       eval filename=${pathout[$i]}/${fname}${endout[$i]}
1076       eval catalogname=${pathout[$i]}
1077       if ! ls $filename* 1>/dev/null 2>&1
1078       then
1079     
1080             # IF OUTPUT-FILE DOES NOT EXIST CHECK, IF IT CAN BE CREATED
1081          if  cat /dev/null > $filename 
1082          then
1083             rm  $filename
1084          else
1085
1086                # CHECK, IF THE DIRECTORY WHERE FILE SHALL BE COPIED TO EXISTS
1087                # IF IT DOES NOT EXIST, TRY TO CREATE IT
1088             if [[ ! -d $catalogname ]]
1089             then
1090                if  mkdir -p  $catalogname
1091                then
1092                   printf "\n\n  *** directory:"
1093                   printf "\n           $catalogname"
1094                   printf "\n      was created\n"
1095                else
1096                   printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1097                   printf "\n           $filename"
1098                   printf "\n      cannot be created, because directory does not exist"
1099                   printf "\n      and cannot be created either"
1100                   printf "\n"
1101                   locat=output  ; exit
1102                fi 2>/dev/null
1103             else
1104                printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1105                printf "\n           $filename"
1106                printf "\n      cannot be created, although directory exists"
1107                printf "\n"
1108                locat=output  ; exit
1109             fi
1110          fi 2>/dev/null
1111       else
1112
1113             # DETERMINE THE CYCLE NUMBER
1114          ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1115          ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1116          while  read line
1117          do
1118
1119                # filename without path (i.e. after the last "/")
1120             basefilename=$(basename ${line})
1121
1122                # check if there is an extension
1123             extension=${basefilename##*.}
1124             if [[ "$extension" = "${extout[$i]}" ]]
1125             then
1126                basefilename=${basefilename%.*}
1127             fi
1128
1129                # check for an existing cycle number
1130             cycle=${basefilename##*.}
1131             if [[ $cycle =~ ^-?[0-9]+$ ]]
1132             then
1133                (( icycle = $cycle + 1 ))
1134             else
1135                (( icycle = 1 ))
1136             fi
1137
1138             if (( icycle > maxcycle ))
1139             then
1140                (( maxcycle = icycle ))
1141             fi
1142
1143          done <filelist
1144          rm filelist
1145       fi
1146
1147          # APPEND CYCLE NUMBER TO FILENAME AND CHECK, IF FILE CAN BE CREATED
1148          # IN CASE OF FILE-APPEND, FILE MUST BE APPENDED TO THE ONE WITH HIGHEST CYCLE NUMBER
1149       if [[ "${actionout[$i]}" != a ]]
1150       then
1151          if (( maxcycle > 0 ))
1152          then
1153             filename_tmp=${filename}.$maxcycle
1154             if  cat /dev/null > $filename_tmp 
1155             then
1156                rm  $filename_tmp
1157             else
1158                printf "\n  +++ OUTPUT-file:"
1159                printf "\n           $filename_tmp"
1160                printf "\n      cannot be created"
1161                locat=output  ; exit
1162             fi
1163          fi
1164       else
1165          (( maxcycle = maxcycle - 1 ))
1166       fi
1167       
1168       (( cycnum[$i] = maxcycle ))
1169       pathout[$i]=$filename
1170
1171    fi
1172 done
1173
1174
1175    # DETERMINE THE NAME OF PALMRUN'S TEMPORARY WORKING DIRECTORY
1176 if [[ $running_in_batch_mode = false ]]
1177 then
1178    run_id=$RANDOM
1179    job_id=${fname}.$run_id
1180
1181    TEMPDIR=$fast_io_catalog/$job_id
1182 fi
1183
1184
1185    # CHECK SETTINGS REQUIRED FOR BATCH JOBS
1186 if [[ $create_batch_job = true  ||  $create_remote_batch_job = true ]]
1187 then
1188
1189       # CHECK, IF JOB DIRECTIVES HAVE BEEN GIVEN IN CONFIGURATION FILE
1190    if [[ $ibd = 0 ]]
1191    then
1192       printf "\n"
1193       printf "\n  +++ no batch directives found in configuration file"
1194       locat=config_file_batch_directives; (( iec = 0 )); exit
1195    fi
1196
1197       # CHECK IF CPUTIME IS GIVEN FOR JOB
1198    done=false
1199    cputime=$cpumax
1200    while [[ $done = false ]]
1201    do
1202       if (( cputime == 0 ))
1203       then
1204          printf "\n  +++ cpu-time is undefined"
1205          printf "\n  >>> Please type CPU-time in seconds as INTEGER:"
1206          printf "\n  >>> "
1207          read  cputime   1>/dev/null  2>&1
1208       else
1209          done=true
1210       fi
1211    done
1212
1213       # CHECK THE MEMORY DEMAND
1214    done=false
1215    while [[ $done = false ]]
1216    do
1217       if (( memory == 0 ))
1218       then
1219          printf "\n  +++ memory demand is undefined"
1220          printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
1221          printf "\n  >>> "
1222          read  memory  1>/dev/null  2>&1
1223       else
1224          done=true
1225       fi
1226    done
1227
1228       # IN CASE OF REMOTE-JOBS CHECK, IF A USERNAME FOR THE REMOTE HOST IS GIVEN
1229    if [[ $create_remote_batch_job = true  &&  -z $remote_username ]]
1230    then
1231       while [[ -z $remote_username ]]
1232       do
1233          printf "\n  +++ username on remote host \"$remote_ip\" is undefined"
1234          printf "\n  >>> Please type username:"
1235          printf "\n  >>> "
1236          read  remote_username
1237       done
1238    fi
1239
1240 else
1241
1242    cputime=10000000  # NO LIMT FOR INTERACTIVE RUNS
1243
1244 fi
1245 cpumax=$cputime
1246
1247
1248    # CALCULATE HOURS/MINUTES/SECONDS, E.G. FOR BATCH-DIRECTIVES
1249 (( cpu_hours  = cputime / 3600 ))
1250 (( resttime = cputime - cpu_hours * 3600 ))
1251 (( cpu_minutes  = resttime / 60 ))
1252 (( cpu_seconds = resttime - cpu_minutes * 60 ))
1253 timestring=${cpu_hours}:${cpu_minutes}:${cpu_seconds}
1254
1255
1256    # OUTPUT OF THE PALMRUN-HEADER
1257 calltime=$(date)
1258 printf "\n"
1259 printf "#------------------------------------------------------------------------# \n"
1260 printf "| %-35s%35s | \n" "$version" "$calltime"
1261 printf "|                                                                        | \n"
1262 column1="called on:"; column2=$(hostname)
1263 printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1264 if [[ $create_remote_batch_job = true ]]
1265 then
1266    column1="execution on:"; column2="$remote_hostname (username: $remote_username)"
1267 else
1268    if [[ $running_on_remote = true ]]
1269    then
1270       column1="execution on:"; column2="$remote_hostname"
1271    else
1272       column1="execution on:"; column2="$local_hostname"
1273    fi
1274 fi
1275 printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1276
1277 column1="running in:"
1278 if [[ $running_in_batch_mode = true ]]
1279 then
1280    column2="batch job mode"
1281 else
1282    if [[ $create_batch_job = true  ||  $create_remote_batch_job = true ]]
1283    then
1284       column2="job creation mode"
1285    else
1286       column2="interactive run mode"
1287    fi
1288 fi
1289 printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1290
1291 if [[ -n $cores ]]
1292 then
1293    if [[ $run_coupled_model = false ]]
1294    then
1295       column1="number of cores:"; column2=$cores
1296    else
1297       column1="number of cores:"; column2="$cores  (atmosphere: $cores_atmos, ocean: $cores_ocean)"
1298    fi
1299    printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1300 fi
1301 if [[ -n $tasks_per_node ]]
1302 then
1303    column1="tasks per node:"; column2="$tasks_per_node (number of nodes: $nodes)"
1304    printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1305    if (( remaining_cores > 0 ))
1306    then
1307       column1=" "; column2="one of the nodes only filled with $remaining_cores tasks"
1308       printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1309    fi
1310 fi
1311 if [[ $maximum_parallel_io_streams != $cores ]]
1312 then
1313    column1="max par io streams:"; column2="$maximum_parallel_io_streams"
1314    printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1315 fi
1316 if [[ $use_openmp = true ]]
1317 then
1318    column1="threads per task:"; column2="$threads_per_task"
1319    printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1320 fi
1321 if [[ $create_batch_job = true  ||  $create_remote_batch_job = true  ||  $running_in_batch_mode = true ]]
1322 then
1323    column1="job cpu time (h:m:s):"; column2="$timestring"
1324    printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1325 fi
1326 printf "|                                                                        | \n"
1327 if [[ "$source_list" != "" ]]
1328 then
1329    if [[ "$make_options" != "" ]]
1330    then
1331       column1="make options:"; column2=$(echo "$make_options" | cut -c-45)
1332       printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1333       line=$(echo "$make_options" | cut -c46-)
1334       while [[ "$line" != "" ]]
1335       do
1336          column1=""
1337          column2=$(echo "$line" | cut -c-45)
1338          printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1339          line=$(echo "$line" | cut -c46-)
1340       done
1341    fi
1342 fi
1343
1344 column1="cpp directives:"; column2=$(echo "$cpp_options" | cut -c-45)
1345 printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1346 line=$(echo "$cpp_options" | cut -c46-)
1347 while [[ "$line" != "" ]]
1348 do
1349    column1=""
1350    column2=$(echo "$line" | cut -c-45)
1351    printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1352    line=$(echo "$line" | cut -c46-)
1353 done
1354
1355 column1="compiler options:"; column2=$(echo "$compiler_options" | cut -c-45)
1356 printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1357 line=$(echo "$compiler_options" | cut -c46-)
1358 while [[ "$line" != "" ]]
1359 do
1360    column1=""
1361    column2=$(echo "$line" | cut -c-45)
1362    printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1363    line=$(echo "$line" | cut -c46-)
1364 done
1365
1366 column1="linker options:"; column2=$(echo "$linker_options" | cut -c-45)
1367 printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1368 line=$(echo "$linker_options" | cut -c46-)
1369 while [[ "$line" != "" ]]
1370 do
1371    column1=""
1372    column2=$(echo "$line" | cut -c-45)
1373    printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1374    line=$(echo "$line" | cut -c46-)
1375 done
1376
1377 if [[ "$login_init_cmd" != "" ]]
1378 then
1379    column1="login init commands:"; column2=$(echo "$login_init_cmd" | cut -c-45)
1380    printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1381    line=$(echo "$login_init_cmd" | cut -c46-)
1382    while [[ "$line" != "" ]]
1383    do
1384       column1=""
1385       column2=$(echo "$line" | cut -c-45)
1386       printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1387       line=$(echo "$line" | cut -c46-)
1388    done
1389 fi
1390
1391 if [[ "$module_commands" != "" ]]
1392 then
1393    column1="module commands:"; column2=$(echo "$module_commands" | cut -c-45)
1394    printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1395    line=$(echo "$module_commands" | cut -c46-)
1396    while [[ "$line" != "" ]]
1397    do
1398       column1=""
1399       column2=$(echo "$line" | cut -c-45)
1400       printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1401       line=$(echo "$line" | cut -c46-)
1402    done
1403 fi
1404 printf "|                                                                        | \n"
1405 column1="base name of files:"; column2=$fname
1406 printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1407 column1="activation string list:"; column2=$(echo $activation_string_list)
1408 printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1409
1410 if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
1411 then
1412    printf "| %-35s%-35s | \n" "suffix \"_O\" is added to local files" " "
1413 fi
1414
1415 if [[ $create_batch_job = true  ||  "$LOADLBATCH" = yes ]]
1416 then
1417    column1="memory demand / PE":; column2="$memory MB"
1418    printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1419    column1=CPU-time:; column2="$cpu_hours:$cpu_minutes:$cpu_seconds"
1420    printf "| %-25s%-45s | \n" "$column1" "$column2"
1421 fi
1422
1423 if [[ "$source_list" != "" ]]
1424 then
1425    printf "|                                                                        | \n"
1426    printf "| Files to be compiled:                                                  | \n"
1427    line=$source_list
1428    while [[ "$line" != "" ]]
1429    do
1430       linestart=$(echo $line | cut -c-70)
1431       printf "| %-70s | \n" "$linestart"
1432       line=$(echo "$line" | cut -c71-)
1433    done
1434 fi
1435 printf "#------------------------------------------------------------------------#"
1436
1437
1438
1439    # OUTPUT OF FILE CONNECTIONS IN CASE OF TRACEBACK
1440 if [[ $do_trace = true ]]
1441 then
1442    (( i = 0 ))
1443    while (( i < iin ))
1444    do
1445       (( i = i + 1 ))
1446       if (( i == 1 ))
1447       then
1448          printf "\n\n >>> INPUT-file assignments:\n"
1449       fi
1450       printf "\n     ${localin[$i]} :  ${absnamein[$i]}"
1451    done
1452    (( i = 0 ))
1453    while (( i < iout ))
1454    do
1455       (( i = i + 1 ))
1456       if (( i == 1 ))
1457       then
1458          printf "\n\n >>> OUTPUT-file assignments:\n"
1459       fi
1460       printf "\n     ${localout[$i]} :  ${pathout[$i]}"
1461    done
1462    (( i = 0 ))
1463    while (( i < iic ))
1464    do
1465       (( i = i + 1 ))
1466       if (( i == 1 ))
1467       then
1468          printf "\n\n >>> INPUT-commands:\n"
1469       fi
1470       printf "\n     ${in_command[$i]}" 
1471    done
1472    (( i = 0 ))
1473    while (( i < ioc ))
1474    do
1475       (( i = i + 1 ))
1476       if (( i == 1 ))
1477       then
1478          printf "\n\n >>> OUTPUT-commands:\n"
1479       fi
1480       printf "\n     ${out_command[$i]}" 
1481    done
1482 fi
1483
1484    # QUERY FOR CONTINUE
1485 if [[ $silent = false  &&  $running_in_batch_mode = false ]]
1486 then
1487    antwort=dummy
1488    printf "\n\n"
1489    printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
1490    while  read antwort
1491    do
1492       if [[ "$antwort" != y  &&  "$antwort" != Y  &&  "$antwort" != n  &&  "$antwort" != N ]]
1493       then
1494          printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
1495       else
1496          break
1497       fi
1498    done
1499    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
1500    then
1501       locat=user_abort; (( iec = 0 )); exit
1502    fi
1503    if [[ $create_batch_job = true  ||  $create_remote_batch_job = true ]]
1504    then
1505       printf " ***  batch-job will be created and submitted"
1506    else
1507       printf " ***  PALMRUN will now continue to execute on this machine"
1508    fi
1509 fi
1510
1511 
1512
1513    # PROVIDE FILES TO EXECUTE PALM AND CREATE THE EXECUTABLE
1514 if [[ $restart_run = false  &&  $running_in_batch_mode = false ]]
1515 then
1516
1517    if [[ $create_batch_job = true  ||  $create_remote_batch_job  = true ]]
1518    then
1519       printf "\n\n  *** creating executable and other sources for the remote host"
1520    else
1521       printf "\n\n  *** creating executable and other sources for the local host"
1522    fi
1523
1524    palmbuild  -v  -h $host  -d $fname
1525    rm -rf  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1526
1527    if [[ $? != 0 ]]
1528    then
1529
1530           # ABORT IN CASE OF COMPILATION PROBLEMS
1531       printf "\n  +++ error while creating executable and/or other sources"
1532       locat=execution
1533       exit
1534
1535    else
1536
1537       printf "\n$dashes\n  *** executable and other sources created\n"
1538
1539    fi
1540
1541 fi
1542
1543
1544    # NOW PERFORM THOSE ACTIONS REQUIRED TO EXECUTE THE PROGRAM (PALM) ON THIS MACHINE
1545    # (COMPILING/LINKING, EXECUTING, COPYING I/O FILES)
1546 if [[ $create_batch_job = false  &&  $create_remote_batch_job = false ]]
1547 then
1548
1549       # CHANGE TO THE TEMPORARY WORKING DIRECTORY
1550    if [[ $running_in_batch_mode = false ]]
1551    then
1552          # CREATE THE DIRECTORY AND COPY FILES FROM SOURCES_FOR_RUN_... TO THAT
1553          # FOLDER
1554       mkdir -p  $TEMPDIR
1555       chmod  go+rx  $TEMPDIR
1556       tmpcreate=true
1557       cd  $TEMPDIR
1558       cp  $fast_io_catalog/SOURCES_FOR_RUN_$fname/{*,.[!.]*}  $TEMPDIR
1559       printf "\n  *** changed to temporary directory: $TEMPDIR"
1560
1561    else
1562
1563          # IN BATCH MODE PALMRUN IS CALLED FROM TEMPDIR
1564       printf "\n  *** running in temporary directory: $TEMPDIR"
1565
1566    fi
1567
1568
1569       # PROVIDE THE INPUT FILES
1570       # LOOP OVER ALL ACTIVATED FILES (LISTED IN THE CONFIGURATION FILE)
1571    (( i = 0 ))
1572    while (( i < iin ))
1573    do
1574       (( i = i + 1 ))
1575       if (( i == 1 ))
1576       then
1577          printf "\n\n  *** providing INPUT-files:\n$dashes"
1578       fi
1579
1580
1581          # SKIP OPTIONAL FILES, IF THEY DO NOT EXIST
1582       if [[ "${transin[$i]}" = unavailable ]]
1583       then
1584          if [[ "${extin[$i]}" = ""  ||  "${extin[$i]}" = " " ]]
1585          then
1586             printf "\n  *** INFORMATIVE: input file \"${pathin[$i]}/${fname}${endin[$i]}\" "
1587             printf "\n                   is not available!"
1588          else
1589             printf "\n  *** INFORMATIVE: input file \"${pathin[$i]}/${fname}${endin[$i]}.${extin[$i]}\" "
1590             printf "\n                   is not available!"
1591          fi
1592          continue
1593       fi
1594
1595          # CHECK FOR SINGLE FILE (SERIAL RUN) OR DIRECTORY (ONE FILE PER CORE FOR PARELLEL EXECUTION)
1596       files_for_cores=false; filetype=file
1597       if [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  -n $cores ]]
1598       then
1599          files_for_cores=true; filetype=files
1600          actionin[$i]=""
1601       elif [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  ! -n $cores ]]
1602       then
1603          actionin[$i]=""
1604       elif [[ "${actionin[$i]}" = lnpe  &&  -n $cores ]]
1605       then
1606          files_for_cores=true; filetype=files
1607          actionin[$i]="ln"
1608       elif [[ "${actionin[$i]}" = lnpe  &&  ! -n $cores ]]
1609       then
1610          actionin[$i]="ln"
1611       fi
1612
1613       if [[ $files_for_cores = true ]]
1614       then
1615          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}/....  to  ${localin[$i]}"
1616       else
1617          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}  to  ${localin[$i]}"
1618       fi
1619
1620          # INPUT-FILES TO BE LINKED
1621       if [[ "${actionin[$i]}" = ln ]]
1622       then
1623
1624          printf "\n      $filetype will be linked"
1625          if [[ $files_for_cores = false ]]
1626          then
1627             if [[ -f "${absnamein[$i]}" ]]
1628             then
1629                ln  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
1630                got_tmp[$i]=true
1631             fi
1632          else
1633             if [[ -d "${absnamein[$i]}" ]]
1634             then
1635                mkdir -p ${localin[$i]}
1636                cd ${absnamein[$i]}
1637                for file in $(ls *)
1638                do
1639                   ln $file $TEMPDIR/${localin[$i]}
1640                done >|/dev/null 2>&1
1641                cd $TEMPDIR
1642             fi
1643
1644                # IF "ln -f" HAS FAILED DO A NORMAL COPY "cp -r"
1645             if [[ ! -f "${localin[$i]}/_000000" ]]
1646             then
1647                printf "\n  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)"
1648                cp -r  ${absnamein[$i]}/*  ${localin[$i]}
1649             fi
1650
1651             got_tmp[$i]=true
1652          fi
1653       fi
1654
1655          # FILE IS STORED IN THE RESPECTIVE DIRECTORY GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
1656       if [[ "${actionin[$i]}" = ""  ||  "${actionin[$i]}" = "di"  ||  "${actionin[$i]}" = "npe" ]]
1657       then
1658
1659          if [[ "${actionin[$i]}" = "npe"  &&  -n $cores ]]
1660          then
1661
1662                # FILE COPIES ARE PROVIDED FOR ALL CORES
1663                # EACH FILE GETS A UNIQUE FILENAME WITH A FOUR DIGIT NUMBER
1664             printf "\n      file will be provided for $cores processors"
1665             mkdir -p ${localin[$i]}
1666             ival=$cores
1667             (( ii = 0 ))
1668             while (( ii <= ival-1 ))
1669             do
1670                if (( ii < 10 ))
1671                then
1672                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_000$ii
1673                elif (( ii < 100 ))
1674                then
1675                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_00$ii
1676                elif (( ii < 1000 ))
1677                then
1678                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_0$ii
1679                else
1680                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_$ii
1681                fi
1682                (( ii = ii + 1 ))
1683             done
1684
1685          else
1686
1687             if [[ $files_for_cores = true ]]
1688             then
1689
1690                   # PROVIDE FILES FOR EACH CORE
1691                   # FIRST CREATE THE LOCAL DIRECTORY, THEN COPY FILES
1692                   # FROM THE PERMANENT DIRECTORY BY LINKING THEM TO THE LOCAL ONE
1693                printf "\n      providing $cores files for the respective cores"
1694                mkdir -p ${localin[$i]}
1695                        if [[ $link_local_input = true ]]
1696                              then
1697                                 printf "      files will be linked\n"
1698                                 cd ${absnamein[$i]}
1699                                 for file in $(ls *)
1700                                 do
1701                                    ln -f $file  ${localin[$i]}
1702                                 done
1703                                 cd $TEMPDIR
1704                              fi
1705
1706                   # IF "ln -f" FAILED OR IF "$link_local_input = false" DO A NORMAL "cp -r"
1707                              if [[ ! -f "${localin[$i]}/_000000" ]]
1708                              then
1709                                 if [[ $link_local_input = true ]]
1710                                        then
1711                                        printf "\n  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)"
1712                                 fi
1713                                 cp -r  ${absnamein[$i]}/*  ${localin[$i]}
1714                              fi
1715
1716             else
1717
1718                   # PROVIDE FILE FOR RUNS ON A SINGLE CORE
1719                        if [[ $link_local_input = true ]]
1720                        then
1721                                 printf "      file will be linked\n"
1722                                 ln -f  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
1723                        fi
1724                                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp"
1725                        if [[ ! -f "${localin[$i]}" ]]
1726                then
1727                                 if [[ $link_local_input = true ]]
1728                          then
1729                      printf "\n  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)"
1730                                 fi
1731                                 cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
1732                fi
1733             fi
1734          fi
1735       fi
1736
1737    done
1738    if (( i != 0 ))
1739    then
1740       printf "\n$dashes\n  *** all INPUT-files provided \n"
1741    fi
1742
1743
1744       # EXECUTE INPUT-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
1745    (( i = 0 ))
1746    while (( i < iic ))
1747    do
1748       (( i = i + 1 ))
1749       if (( i == 1 ))
1750       then
1751          printf "\n\n  *** execution of INPUT-commands:\n$dashes"
1752       fi
1753       printf "\n  >>> ${in_command[$i]}"
1754       eval  ${in_command[$i]}
1755       if (( i == iic ))
1756       then
1757          printf "\n$dashes\n"
1758       fi
1759    done
1760
1761
1762       # CREATE THE NAMELIST-FILE WITH VALUES OF ENVIRONMENT-VARIABLES REQUIRED BY PALM
1763       # (FILE ENVPAR WILL BE READ BY PALM)
1764    cat  >  ENVPAR  <<  EOF
1765 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$host',
1766          write_binary = .${write_binary}., tasks_per_node = $tasks_per_node,
1767          maximum_parallel_io_streams = $maximum_parallel_io_streams,
1768          maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
1769          revision = '$global_revision',
1770          batch_job = .${running_in_batch_mode}. /
1771
1772EOF
1773
1774
1775       # STARTING THE EXECUTABLE
1776    printf "\n\n  *** execution starts in directory\n      \"`pwd`\"\n$dashes\n"
1777    PATH=$PATH:$TEMPDIR
1778
1779
1780       # REPLACE PARAMETERS IN THE EXECUTION COMMAND WITH REAL VALUES
1781    line=`echo  "${execute_command}" | sed 's/{{MPI_TASKS}}/$mpi_tasks/g' | sed 's/{{TASKS_PER_NODE}}/$tasks_per_node/g'`
1782    line2=`echo  "${execute_command}" | sed 's/{{MPI_TASKS}}/1/g' | sed 's/{{TASKS_PER_NODE}}/1/g' | sed 's/palm/combine_plot_fields.x/g'`
1783    eval line=\"$line\"
1784    execute_command="$line"
1785
1786
1787       # EXECUTION COMMAND FOR COMBINE_PLOT_FIELDS
1788    eval line2=\"$line2\"
1789    execute_command_for_combine="$line2"
1790
1791
1792       # PROVIDE A HOSTFILE, IF REQUIRED
1793    if [[ "$hostfile" != "" ]]
1794    then
1795
1796       if [[ $hostfile = auto ]]
1797       then
1798             # CREATE A NEW HOSTFILE
1799          (( ii = 1 ))
1800          while (( ii <= cores / threads_per_task ))
1801          do
1802             echo  $(hostname)  >>  hostfile
1803             (( ii = ii + 1 ))
1804          done
1805          if (( cores / threads_per_task == 0 ))
1806          then
1807             echo  $(hostname)  >>  hostfile
1808          fi
1809       
1810       else
1811          cp  $hostfile  hostfile
1812       fi
1813       eval line=\"`head -n $ii  hostfile`\"
1814       printf "\n  *** running on: $line"
1815    fi
1816
1817
1818
1819       # SET THE NUMBER OF OPENMP-THREADS
1820    if [[ $use_openmp = true ]]
1821    then
1822       export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
1823       printf "\n  *** number of OpenMP threads per MPI-task: $OMP_NUM_THREADS"
1824    else
1825       export OMP_NUM_THREADS=1
1826    fi
1827
1828
1829       # PROVIDE DATA FOR
1830    if [[ $run_coupled_model = false ]]
1831    then
1832       if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
1833       then
1834          echo "precursor_ocean"  >  coupling_steering
1835       else
1836          echo "precursor_atmos"  >  coupling_steering
1837      fi
1838    else
1839       (( iia = $cores_atmos / $threads_per_task ))
1840       (( iio = $cores_ocean / $threads_per_task ))
1841       printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
1842       printf "\n\n"
1843       echo "coupled_run $iia $iio"  >  coupling_steering
1844    fi
1845
1846    printf "\n  *** execute command:"
1847    printf "\n      \"$execute_command\" \n\n"
1848
1849    $execute_command  <  coupling_steering
1850
1851    if [[ $? != 0 ]]
1852    then
1853
1854           # ABORT IN CASE OF RUNTIME ERRORS
1855       printf "\n  +++ runtime error occured"
1856       locat=execution
1857       exit
1858
1859    else
1860
1861       printf "\n$dashes\n  *** execution finished \n"
1862
1863    fi
1864
1865
1866       # CALL OF combine_plot_fields IN ORDER TO MERGE SINGLE FILES WRITTEN
1867       # BY EACH CORE INTO ONE FILE
1868   if [[ ! -f combine_plot_fields.x ]]
1869   then
1870
1871      printf "\n\n\n  +++ WARNING: no combine_plot_fields found"
1872      printf "\n      2d- and/or 3d-data may be incomplete!"
1873      printf "\n      Your previous palmbuild may have failed. Please check.\n"
1874
1875   elif [[ "$combine_plot_fields" == true ]]
1876   then
1877
1878      printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"$execute_command_for_combine\" ..."
1879      $execute_command_for_combine
1880
1881   else
1882
1883         # TEMPORARY SOLUTION TO SKIP combine_plot_fields. THIS IS REQUIRED IN CASE OF HUGE AMOUNT OF
1884         # DATA OUTPUT. TO DO: EXTEND THIS BRANCH BY CREATING A BATCH JOB for combine_plot_fields.
1885         # ??? koennen wir das streichen ???
1886      printf "\n\n\n *** post-processing: skipping combine_plot_fields (-Z option set) ..."
1887   fi
1888
1889
1890
1891       # EXECUTE OUTPUT-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
1892    (( i = 0 ))
1893    while (( i < ioc ))
1894    do
1895       (( i = i + 1 ))
1896       if (( i == 1 ))
1897       then
1898          printf "\n\n  *** execution of OUTPUT-commands:\n$dashes"
1899       fi
1900       printf "\n  >>> ${out_command[$i]}"
1901       eval  ${out_command[$i]}
1902       if (( i == ioc ))
1903       then
1904          printf "\n$dashes\n"
1905       fi
1906    done
1907
1908
1909       # IN TRACE-MODE PRINT CONTENTS OF THE CURRENT (TEMPORARY) WORKING DIRECTORY
1910    if [[ $do_trace = true ]]
1911    then
1912       printf "\n\n"
1913       ls -al
1914    fi
1915   
1916
1917       # COPY LOCAL OUTPUT-FILES TO THEIR PERMANENT DESTINATIONS
1918    (( i = 0 ))
1919    while (( i < iout ))
1920    do
1921       (( i = i + 1 ))
1922       if (( i == 1 ))
1923       then
1924          printf "\n\n  *** saving OUTPUT-files:"
1925
1926             # GET RUN NUMBER ASSIGNED BY PALM
1927          if [[ -f RUN_NUMBER ]]
1928          then
1929              read  run_number  <  RUN_NUMBER
1930              printf "\n  *** PALM generated run_number = "$run_number" will be used as unified cycle number for all output files"
1931              usecycle_option="-U $run_number"
1932          else
1933              run_number=0
1934              usecycle_option=""
1935          fi
1936          if [[ $running_on_remote = true  &&  "$remote_loginnode" != "" ]]
1937          then
1938             printf "\n  *** in case of SCP transfers to local host"
1939             printf "\n      they will be done via remote login-node \"$remote_loginnode\" "
1940          fi
1941          printf "\n$dashes"
1942       fi
1943
1944          # ADD CYCLE NUMBER TO FILENAME
1945       if [[ ! ( $running_on_remote = true  &&  ( "${actionout[$i]}" = tr || "${actionout[$i]}" = tra || "${actionout[$i]}" = trpe ) ) ]]
1946       then
1947
1948              # IN APPEND MODE, FILES KEEP THEIR CURRENT CYCLE NUMBER
1949          if [[ "${actionout[$i]}" != "a" ]]
1950          then
1951                # SET RUN NUMBER AS CYCLE NUMBER, IF THERE IS NOT A CONFLICT
1952                # WITH AN EXISTING CYCLE NUMBER
1953             if (( run_number >= cycnum[$i] ))
1954             then
1955                (( cycnum[$i] = run_number ))
1956             else
1957                if (( run_number > 0 ))
1958                then
1959                   printf "\n  --- INFORMATIVE: The following file cannot get a unified cycle number"
1960                fi
1961             fi
1962          fi
1963          if (( cycnum[$i] > 0 ))
1964          then
1965             pathout[$i]=${pathout[$i]}.${cycnum[$i]}
1966          fi
1967       fi           
1968
1969          # CHECK FOR SINGLE FILE (SERIAL RUN) OR DIRECTORY (ONE FILE PER CORE FOR PARELLEL EXECUTION)
1970       files_for_cores=false; filetype=file
1971       link_local_output=false
1972       if [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  -n $cores ]]
1973       then
1974          files_for_cores=true; filetype=directory
1975          actionout[$i]=""
1976       elif [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  ! -n $cores ]]
1977       then
1978          actionout[$i]=""
1979       elif [[ "${actionout[$i]}" = lnpe  &&  -n $cores ]]
1980       then
1981          files_for_cores=true; filetype=directory
1982          link_local_output=true
1983          actionout[$i]=""
1984       elif [[ "${actionout[$i]}" = lnpe  &&  ! -n $cores ]]
1985       then
1986          link_local_output
1987          actionout[$i]=""
1988       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  -n $cores ]]
1989       then
1990          files_for_cores=true; filetype=directory
1991          actionout[$i]="tr"
1992       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  ! -n $cores ]]
1993       then
1994          actionout[$i]="tr"
1995       fi
1996
1997       if [[ ! -f ${localout[$i]}  &&  $files_for_cores = false ]]
1998       then
1999          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}  does not exist\n"
2000       elif [[ ! -d ${localout[$i]}  &&  $files_for_cores = true ]]
2001       then
2002          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}/....  does not exist\n"
2003       else
2004
2005
2006             # COPY VIA SCP TO LOCAL HOST (ALWAYS IN BINARY MODE USING batch_scp option -m)
2007             # IF TARGET DIRECTORY DOES NOT EXISTS, TRY TO CREATE IT
2008          if [[ "${actionout[$i]}" = tr  ||  "${actionout[$i]}" = tra ]]
2009          then
2010             if [[ $running_on_remote = true ]]
2011             then
2012
2013                   # SET OPTIONS FOR TRANSFER
2014                if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
2015                then
2016                   if [[ $files_for_cores = false ]]
2017                   then
2018                      catalog_option=""
2019                      catalog_string=""
2020                   else
2021                      catalog_option="-c"
2022                      catalog_string="/"
2023                   fi
2024                   append_option=""
2025                   append_string=""
2026                else
2027                   append_option="-A"
2028                   append_string="append"
2029                fi
2030
2031                transfer_failed=false
2032                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$catalog_string  $append_string by SCP to"
2033                printf "\n              ${pathout[$i]}/${remote_hostname}_${fname}${endout[$i]}$catalog_string\n"
2034
2035                   # TRANSFER VIA SCP
2036                if [[ "$remote_loginnode" != "" ]]
2037                then
2038                   echo "cd $TEMPDIR; ${fast_io_catalog}/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/batch_scp $PORTOPT $catalog_option $append_option -b -m $usecycle_option -u $local_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${remote_hostname}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  |  ssh -q $remote_username@$remote_loginnode
2039                else
2040                   batch_scp $PORTOPT $catalog_option $append_option -b -m $usecycle_option -u $local_username $return_address  ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${remote_hostname}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
2041                fi
2042                [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
2043
2044
2045                   # IF TRANSFER FAILED, CREATE BACKUP COPY ON THIS MACHINE
2046                if [[ $transfer_failed = true ]]
2047                then
2048                   printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on this host under:\n"
2049                   printf "      ${pathout[$i]}/${remote_hostname}_${fname}${endout[$i]}_$run_id\n"
2050
2051                      # FIRST CHECK, IF DIRECTORY EXISTS, AND CREATE IT, IF NECESSARY
2052                   eval  local_catalog=${pathout[$i]}
2053                   if [[ ! -d $local_catalog ]]
2054                   then
2055                      printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
2056                      printf "      $local_catalog \n"
2057                      mkdir -p  $local_catalog
2058                   fi
2059                   eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${remote_hostname}_${fname}${endout[$i]}_$run_id
2060                   transfer_problems=true
2061                fi
2062
2063             else
2064
2065                   # UNSET actionout. DUE TO THIS SETTING, FILE WILL LATER JUST
2066                   # BE COPIED OR APPENDED ON THIS MACHINE
2067                if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
2068                then
2069                   actionout[$i]=""
2070                else
2071                   actionout[$i]="a"
2072                fi
2073             fi
2074          fi
2075
2076
2077             # APPEND ON THIS MACHINE
2078          if [[ "${actionout[$i]}" = "a" ]]
2079          then
2080             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
2081             then
2082                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to"
2083                printf "\n              ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
2084                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
2085             else
2086                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to"
2087                printf "\n              ${pathout[$i]}\n"
2088                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}
2089             fi
2090          fi
2091
2092             # COPY ON THIS MACHINE
2093             # COPY HAS TO BE USED, BECAUSE MOVE DOES NOT WORK IF FILE-ORIGIN AND TARGET ARE
2094             # ON DIFFERENT FILE-SYSTEMS
2095          if [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_cores = false ]]
2096          then
2097
2098                # COPY IN CASE OF RUNS ON SINGLE CORES
2099             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
2100             then
2101                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
2102                printf "\n              ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
2103                              if [[ $link_local_output = true ]]
2104                              then
2105                                 printf "      file will be linked\n"
2106                                 ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
2107                              fi
2108                                 # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
2109                              if [[ ! -f "${pathout[$i]}.${extout[$i]}" ]]
2110                then
2111                                 if [[ $link_local_output = true ]]
2112                          then
2113                      printf "  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)\n"
2114                                 fi
2115                                 cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
2116                              else
2117                   printf "+++ no copy because file ${pathout[$i]}.${extout[$i]} exists\n"
2118                fi
2119             else
2120                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
2121                printf "\n              ${pathout[$i]}\n"
2122                              if [[ $link_local_output = true ]]
2123                              then
2124                                 printf "      file will be linked\n"
2125                                 ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
2126                              fi
2127                                 # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
2128                        if [[ ! -f "${pathout[$i]}" ]]
2129                then
2130                                 if [[ $link_local_output = true ]]
2131                          then
2132                      printf "  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)\n"
2133                                 fi
2134                                 cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
2135                              else
2136                                 printf "+++ no copy because file ${pathout[$i]} exists\n"
2137                fi
2138             fi
2139
2140          elif [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_cores = true ]]
2141          then
2142
2143                # FILES FROM THE DIFFERENT CORES ARE MOVED WITH ln-COMMAND TO THE PERMANENT DIRECTORY
2144                # AS A FIRST STEP, THE PERMANENT DIRECTORY IS CREATED
2145             printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to"
2146             printf "\n              ${pathout[$i]}\n"
2147                    if [[ $link_local_output = true ]]
2148                    then
2149                              printf "      files will be linked\n"
2150                              mkdir -p ${pathout[$i]}
2151                              cd ${localout[$i]}
2152                              for file in $(ls *)
2153                              do
2154                                 ln -f $file  ${pathout[$i]}
2155                              done >|/dev/null 2>&1
2156                              cd $TEMPDIR
2157                    fi
2158
2159                # IF "ln -f" HAS FAILED OR IF "$link_local_output = false" DO A NORMAL COPY "cp -r"
2160                    if [[ ! -f "${pathout[$i]}/_000000" ]]
2161             then
2162                              if [[ $link_local_output = true ]]
2163                              then
2164                   printf "  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)\n"
2165                              fi
2166                              cp -r  ${localout[$i]}/*  ${pathout[$i]}
2167             fi
2168
2169          fi
2170       fi
2171    done
2172
2173    if (( i != 0 ))
2174    then
2175       if [[ $transfer_problems = true ]]
2176       then
2177          printf "\n$dashes\n  *** OUTPUT-files saved"
2178          printf "\n  +++ WARNING: some data transfers failed! \n"
2179       else
2180          printf "\n$dashes\n  *** all OUTPUT-files saved \n"
2181       fi
2182    fi
2183
2184
2185       # IF REQUIRED, START A RESTART-JOB
2186       # FILE CONTINUE_RUN MUST HAVE BEEN CREATED BY THE EXECUTABLE (PALM)
2187    if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
2188    then
2189
2190          # ADD RESTART-OPTIONS TO THE PALMRUN-CALL (IF THEY ARE NOT USED ALREADY):
2191          # -C TELLS PALMRUN THAT IT IS A RESTART-RUN
2192          # -v SILENT MODE WITHOUT INTERACTIVE QUERIES
2193          # -b START A BATCH JOB
2194       [[ $(echo $prc | grep -c "\-C") = 0 ]]  &&  prc="$prc -C"
2195       [[ $(echo $prc | grep -c "\-v") = 0 ]]  &&  prc="$prc -v"
2196       [[ $(echo $prc | grep -c "\-b") = 0 ]]  &&  prc="$prc -b"
2197
2198
2199          # REPLACE THE HASH IN THE ACTIVATION STRINGS (GIVEN WITH OPTION -a)
2200          # SO THAT RESTARTS ACCESS DIFFERENT FILES THAN THE INITIAL RUN
2201       if [[ $(echo $prc | grep -c "#") != 0 ]]
2202       then
2203          prc=`echo $prc | sed 's/#/r/g'`
2204       fi
2205
2206
2207          # START THE RESTART-JOB
2208       printf "\n\n  *** initiating restart-run on \"$local_ip\" using command:\n"
2209       echo "      $prc"
2210       printf "\n$dashes\n"
2211       if [[ $running_on_remote = true ]]
2212       then
2213
2214          echo "*** ssh will be used to initiate restart-runs!"
2215          echo "    return_address=\"$return_address\" "
2216          echo "    return_username=\"$local_username\" "
2217
2218          if [[ "$remote_loginnode" != "" ]]
2219          then
2220             echo "echo \" PATH=\\\$PATH:$LOCAL_PALMRUN_PATH; export PALM_BIN=$LOCAL_PALMRUN_PATH; cd $LOCAL_PWD; $prc\" |  ssh -q $SSH_PORTOPT  $local_username@$return_address  " |  ssh -q $remote_username@$remote_loginnode
2221          else
2222             echo \" PATH=\\\$PATH:$LOCAL_PALMRUN_PATH; export PALM_BIN=$LOCAL_PALMRUN_PATH; cd $LOCAL_PWD; $prc\" |  ssh -q $SSH_PORTOPT  $local_username@$return_address
2223          fi
2224
2225             # WAIT TO ALLOW THE RESTART-JOB TO BE QUEUED, BEFORE THE CURRENT JOB IS FINISHED
2226          sleep 30
2227
2228       else
2229
2230             # START THE RESTART JOB ON THE LOCAL HOST
2231          eval  $prc                # THE ' MUST BE EVALUATED
2232          cd -  > /dev/null
2233
2234       fi
2235       printf "\n$dashes\n  *** restart-run initiated \n"
2236
2237
2238          # DELETE INPUT-(RESTART)FILES, WHICH HAVE BEEN FETCHED FROM THE TEMPORARY DATA
2239          # DIRECTORY, BACAUSE THEY ARE NOT REQUIRED BY THE RESTART-JOB.
2240          # THIS IS DONE IN ORDER TO AVOID EXCEEDING DISC QUOTAS OR DISC SPACE (RESTART-FILES
2241          # MAY BE VERY HUGE)
2242       (( i = 0 ))
2243       while (( i < iin ))
2244       do
2245          (( i = i + 1 ))
2246          if [[ "${got_tmp[$i]}" = true   &&  $keep_data_from_previous_run = false ]]
2247          then
2248             rm -r  ${absnamein[$i]}
2249          fi
2250       done
2251
2252    fi
2253
2254
2255       # ALL ACTIONS FINISHED, TEMPORARY WORKING-DIRECTORY CAN BE DELETED
2256    cd  $HOME
2257    [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
2258
2259
2260 else
2261
2262
2263       # PREPARING ACTIONS,
2264       # IF A BATCH-JOB IS TO BE GENERATED AND TO BE STARTED ON A LOCAL OR REMOTE-MACHINE
2265
2266       # BUILD THE PALMRUN-COMMAND TO BE CALLED IN THE BATCH-JOB
2267    palmrun_com="$palmrun_script_name -c $config_file -d $fname -h $host -m $memory -t $cpumax -q $queue -r $run_id -U $local_username"
2268    [[ "$activation_string_list" != "" ]]  &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -a \"$activation_string_list\""
2269    [[ "$global_revision" != "" ]]  &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -G \"$global_revision\""
2270    [[ $keep_data_from_previous_run = true ]]  &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -k"
2271    [[ $do_trace = true ]]        &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -x"
2272    [[ "$cores" != "" ]]       &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -X $cores"
2273    [[ $use_openmp = true ]]  &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -O $threads_per_task"
2274    [[ "$tasks_per_node" != "" ]]  &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -T $tasks_per_node"
2275    [[ $delete_temporary_catalog = false ]]  &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -B"
2276    [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]  &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -y"
2277    [[ $run_coupled_model = true ]]  &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -Y \"$coupled_dist\""
2278    [[ "$combine_plot_fields" = false ]]  &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -Z"
2279    [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  palmrun_com=${palmrun_com}" -w $max_par_io_str"
2280    if [[ $create_remote_batch_job = true ]]
2281    then
2282       palmrun_com=${palmrun_com}" -j -u $remote_username -R $local_ip"
2283       printf "\n *** PALMRUN-command on remote host:\n     $palmrun_com \n"
2284    elif [[ $create_batch_job = true ]]
2285    then
2286       palmrun_com=${palmrun_com}" -j"
2287       printf "\n *** PALMRUN-command on local host:\n     $palmrun_com \n"
2288    fi
2289
2290
2291       # DETERMINE THE FULL PATHS FOR THE JOB PROTOCOL FILES ON THE LOCAL AND
2292       # REMOTE HOST
2293    job_protocol_file_local=${local_jobcatalog}/${host}_${job_id}
2294    job_protocol_file=$job_protocol_file_local
2295    if [[ $create_remote_batch_job = true ]]
2296    then
2297       job_protocol_file_remote=${remote_jobcatalog}/${host}_${job_id}
2298       job_protocol_file=$job_protocol_file_remote
2299       job_transfer_protocol_file=${remote_jobcatalog}/last_job_transfer_protocol
2300       scpjob_file=${remote_jobcatalog}/scpjob.$run_id
2301    fi
2302
2303
2304       # BUILD THE JOB-SCRIPTS ON FILE jobfile
2305    jobfile=jobfile.$run_id
2306
2307
2308       # FIRST CREATE THE BATCH DIRECTIVES
2309    (( i = 0 ))
2310    while (( i < ibd ))
2311    do
2312       (( i = i + 1 ))
2313       line=`echo  "${batch_directive[$i]}" | sed 's/{{JOB_ID}}/$job_id/g' | sed 's/{{JOBFILE}}/$job_protocol_file/g' | sed 's/{{CPU_HOURS}}/$cpu_hours/g' | sed 's/{{CPU_MINUTES}}/$cpu_minutes/g' | sed 's/{{CPU_SECONDS}}/$cpu_seconds/g' | sed 's/{{NODES}}/$nodes/g' | sed 's/{{CORES}}/$cores/g' | sed 's/{{TASKS_PER_NODE}}/$tasks_per_node/g' | sed 's/{{LOCAL_HOSTNAME}}/${local_hostname}/g' | sed 's/{{HOST}}/${host}/g' | sed 's/{{FNAME}}/$fname/g' | sed 's/{{QUEUE}}/$queue/g' | sed 's/{{MEMORY}}/$memory/g'`
2314       eval line=\"$line\"
2315       echo  "$line"                               >>  $jobfile
2316    done
2317    echo " "                                       >>  $jobfile
2318
2319
2320       # FOR BATCH JOBS ON REMOTE HOSTS, ADD THE JOBFILE TO SEND BACK THE JOB
2321       # PROTOCOL
2322    if [[ $create_remote_batch_job = true ]]
2323    then
2324       echo "set +vx"                              >>  $jobfile
2325       echo "trap '"                               >>  $jobfile
2326       echo "set +vx"                              >>  $jobfile
2327       echo "cd ${remote_jobcatalog}"              >>  $jobfile
2328       echo "cat >  scpjob.$run_id << %%END%%"     >>  $jobfile
2329
2330          # ADD THE BATCH DIRECTIVES
2331       (( i = 0 ))
2332       while (( i < ibdt ))
2333       do
2334          (( i = i + 1 ))
2335          line=`echo  "${batch_directive_transfer[$i]}" | sed 's/{{JOB_ID}}/$job_id/g' | sed 's/{{JOBFILE}}/$job_protocol_file/g' | sed 's/{{JOB_TRANSFER_PROTOCOL_FILE}}/$job_transfer_protocol_file/g' | sed 's/{{CPU_HOURS}}/$cpu_hours/g' | sed 's/{{CPU_MINUTES}}/$cpu_minutes/g' | sed 's/{{CPU_SECONDS}}/$cpu_seconds/g' | sed 's/{{NODES}}/$nodes/g' | sed 's/{{TASKS_PER_NODE}}/$tasks_per_node/g' | sed 's/{{LOCAL_HOSTNAME}}/${local_hostname}/g' | sed 's/{{HOST}}/${host}/g' | sed 's/{{FNAME}}/$fname/g'`
2336          eval line=\"$line\"
2337          echo  "$line"                            >>  $jobfile
2338       done
2339       echo " "                                    >>  $jobfile
2340
2341       echo "set -x"                               >>  $jobfile
2342       echo "${fast_io_catalog}/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_username $local_ip  $job_protocol_file_remote  \"$local_jobcatalog\"  ${host}_${fname}"  >>  $jobfile
2343       echo "%%END%%"                              >>  $jobfile
2344       echo "echo \" *** submitting job for transfering the job protocol file to $local_ip\" "  >>  $jobfile
2345       echo "$submit_command  $scpjob_file"        >>  $jobfile
2346       echo "rm $scpjob_file"                      >>  $jobfile
2347       echo "rm -rf $job_transfer_protocol_file"   >>  $jobfile
2348       echo "set -x"                               >>  $jobfile
2349       echo "     ' exit"                          >>  $jobfile
2350    fi
2351
2352
2353       # ACTIVATE ERROR-TRACEBACK
2354    if [[ $do_trace = true ]]
2355    then
2356       echo  "set -x"                                    >>  $jobfile
2357    else
2358       echo  "set +vx"                                   >>  $jobfile
2359    fi
2360
2361
2362       # INITIALIZE THE ENVIRONMENT AND LOAD MODULES
2363    if [[ "$login_init_cmd" != "" ]]
2364    then
2365       echo  "$login_init_cmd"        >>  $jobfile
2366    fi
2367    if [[ "$module_commands" != "" ]]
2368    then
2369       echo  "$module_commands"     >>  $jobfile
2370    fi
2371
2372
2373       # CREATE TEMPORARY DIRECTORY AND SWITCH TO IT
2374    echo  "mkdir  $TEMPDIR"              >>  $jobfile
2375    echo  "cd  $TEMPDIR"                 >>  $jobfile
2376    echo  "export TEMPDIR=$TEMPDIR"      >>  $jobfile
2377    echo  "cp  $fast_io_catalog/SOURCES_FOR_RUN_$fname/{*,.[!.]*}  ."  >>  $jobfile
2378    echo  "export PATH=.:\$PATH"         >>  $jobfile
2379    echo  "export execute_palmrun=true"  >>  $jobfile
2380
2381
2382       # GET REQUIRED INPUT-FILES BY SCP OR BY SENDING THEM WITH THE JOB AS HERE-DOCUMENT
2383       # PUT THESE FILES INTO THE USER'S RESPECTIVE PERMANENT DIRECTORIES ON THE REMOTE-HOST
2384       # IF THE DIRECTORIES DO NOT EXIST, TRY TO CREATE THEM
2385    if [[ $create_remote_batch_job = true ]]
2386    then
2387       (( i = 0 ))
2388       while (( i < iin ))
2389       do
2390          (( i = i + 1 ))
2391          echo  "[[ ! -d ${pathin[$i]} ]]  &&  mkdir -p  ${pathin[$i]}"  >>  $jobfile
2392          if [[ "${transin[$i]}" = job ]]
2393          then
2394             echo  "cat > ${remotepathin[$i]} <<\"%END%\""    >>  $jobfile
2395             eval cat   ${pathin[$i]}/${frelin[$i]}           >>  $jobfile
2396             echo  " "                                        >>  $jobfile
2397             echo  "%END%"                                    >>  $jobfile
2398          else
2399             echo  "batch_scp $PORTOPT -b -o -g -s -u $local_username $return_address ${remotepathin[$i]} \"${pathin[$i]}\" ${frelin[$i]}" >>  $jobfile
2400          fi
2401
2402             # CHECK, IF FILE COULD BE CREATED
2403          echo  "if [[ \$? = 1 ]]"                    >>  $jobfile
2404          echo  "then"                                >>  $jobfile
2405          echo  "   echo \" \" "                      >>  $jobfile
2406          echo  "   echo \"+++ file ${remotepathin[$i]} could not be created\" "   >>  $jobfile
2407          echo  "   echo \"    please check, if directory exists on $host!\" "  >>  $jobfile
2408          echo  "   echo \"+++ PALMRUN will not be continued\" "  >>  $jobfile
2409          echo  "   execute_palmrun=false"            >>  $jobfile
2410          echo  "fi"                                  >>  $jobfile
2411       done
2412    fi
2413
2414
2415       # PROVIDE NAME OF THE CURRENT WORKING-DIRECTORY ON THE LOCAL MACHINE (FROM WHERE THE JOB IS
2416       # STARTED) BY SETTING AN ENVIRONMENT-VARIABLE. THIS INFORMATION IS USED IN THE JOB BY PALMRUN
2417       # IN CASE THAT RESTART-RUNS HAVE TO BE GENERATED
2418    echo  "LOCAL_PWD=$working_directory"                >>  $jobfile
2419    echo  "export LOCAL_PWD"                            >>  $jobfile
2420
2421
2422       # PROVIDE THE PATH OF THE LOCAL PALMRUN-SCRIPT FOR THE SAME REASON
2423    echo  "LOCAL_PALMRUN_PATH=$PALM_BIN"                   >>  $jobfile
2424    echo  "export LOCAL_PALMRUN_PATH"                      >>  $jobfile
2425
2426
2427       # CALL PALMRUN WITHIN THE JOB
2428       # AS FINAL ACTION, REMOVE THE TEMPORARY DIRECTORY CREATED AT THE BEGINNING OF THE JOB
2429    echo  "set -x"                                              >>  $jobfile
2430    echo  "[[ \$execute_palmrun = true ]]  &&  $palmrun_com"    >>  $jobfile
2431
2432
2433       # TRANSFER JOBFILE TO THE TARGET HOST
2434    if [[ $create_jobfile_only = false ]]
2435    then
2436
2437       if [[ $create_remote_batch_job = true ]]
2438       then
2439
2440          echo " *** transfer of job to remote host via scp"
2441          echo "     scp $ssh_key $PORTOPT $jobfile ${remote_username}@${remote_ip}:${remote_jobcatalog}/${host}_${job_id}"
2442          scp $ssh_key $PORTOPT $jobfile ${remote_username}@${remote_ip}:${remote_jobcatalog}/${host}_${job_id}
2443
2444          echo " "
2445          echo " *** submit the job"
2446          echo "     cd $remote_jobcatalog; $submit_command ${host}_${job_id}; rm ${host}_${job_id}  |  ssh  -q  $ssh_key $SSH_PORTOPT  ${remote_username}@${remote_ip}  2>&1"
2447          echo "cd $remote_jobcatalog; $submit_command ${host}_${job_id}; rm ${host}_${job_id}"  |  ssh  -q  $ssh_key $SSH_PORTOPT  ${remote_username}@${remote_ip}  2>&1
2448
2449       elif [[ $create_batch_job = true ]]
2450       then
2451
2452          eval  local_jobcatalog=$local_jobcatalog
2453          cp  $jobfile  ${local_jobcatalog}/${host}_${job_id}
2454          cd $local_jobcatalog
2455          echo " "
2456          echo "--- submit the job"
2457          echo "$submit_command ${host}_${job_id}"
2458          $submit_command ${host}_${job_id}
2459          rm ${host}_${job_id}
2460          cd -  > /dev/null
2461
2462       fi
2463
2464       rm -rf  $jobfile
2465
2466    else
2467
2468       printf "\n *** jobfile created under name \"$jobfile\" "
2469       printf "\n     no batch-job has been sent!"
2470
2471    fi
2472
2473 fi  # END OF REMOTE-PART
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               
  | Impressum | ©Leibniz Universität Hannover |