source: palm/trunk/SCRIPTS/mrun @ 696

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adjustments for openmp usage on ibmkisti (mrun, subjob); OpenMP-bugfixes: work_fftx removed from PRIVATE clauses in fftx_tr_xy and tr_yx_fftx (poisfft); Bugfix: Summation of Wicker-Skamarock scheme fluxes and variances for all threads (flow_statistics)

  • Property svn:keywords set to Id Rev
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Line 
1#!/bin/ksh
2# mrun - script for running PALM jobs
3# $Id: mrun 696 2011-03-18 07:03:49Z raasch $
4
5     # Procedure for interactive/batch PALM runs (initial runs and automatic
6     # restart runs)
7
8     # Last changes:
9     # 03/03/94 - Siggi - Entwicklungsbeginn
10     # 21/03/94 - Siggi - Entwicklungsabschluss (Version 1.0)
11     # 09/12/94 - Siggi - allexport unterbunden; statt dessen werden jetzt ein-
12     #                    zelne Variable exportiert. Dies ist noetig, weil an-
13     #                    sonsten irgendein Speicher ueberlaeuft und von mrun
14     #                    aufgerufene Programme (z.B. stageout) mit Fehlern
15     #                    abbrechen (too many arguments)
16     # 20/06/95 - Siggi - noclobber muss explizit abgeschaltet, da jetzt
17     #                    defaultmaessig im RRZN-Profile eingeschaltet
18     # 10/06/97 - Siggi - Zusaetzliche Option -C bei cpp, damit // nicht
19     #                    wegfallen
20     # 25/04/00 - Siggi - Version 1.5
21     #                    remote_addres und remote_user in return_addres bzw.
22     #                    return_username umbenannt, return_username wird dem
23     #                    mrun-Aufruf im Job ueber Option -U mitgegeben.
24     #                    Neue Variable remote_username, die beim interaktiven
25     #                    mrun-Aufruf zwingend ueber die neue Option -u oder
26     #                    in der Konfigurationsdatei angegeben werden muss.
27     # 08/02/01 - Siggi - Alle mrun-Meldungen ins englische uebersetzt,
28     #                    Version 1.7
29     # 05/05/02 - Siggi - Uebersetzungen mittels make-Mechanismus moeglich
30     # 21/11/02 - Siggi - ENV-Variable XLFRTEOPTS wird vor Ausfuehrung auf
31     #                    IBM gesetzt, um Record-Laenge der NAMELIST-Dateien,
32     #                    zu bestimmen; Praeprozessoroptionen haben nun alle
33     #                    die Form -Dtext=text, weil auf IBM sonst text durch
34     #                    die leere Zeichenkette ersetzt wird
35     # 01/08/03 - Siggi  - Test of implementing dvrp+1PE on ibm
36     # 07/01/04 - Siggi  - additional preprocessor directive for ibm included
37     #                     (-D$OMP=OMP) in order to avoid problems with
38     #                     OMP_NUM_THREADS
39     # 04/01/05 - Siggi  - archiving on hanni and berni is done in separate
40     #                     tar files, one for each node used
41     # 07/01/04 - Siggi  - old code for t3e, vpp and hpcs eliminated
42     # 09/01/05 - Siggi  - workaround for getting the IP address on gfdl3
43     # 17/01/05 - Siggi  - job for data transfer to local machine now within
44     #                     job class c1 (HLRN)
45     # 27/01/05 - Siggi  - IP address workaround for gfdl3 removed
46     # 28/01/05 - Siggi  - tar-filenames on $PERM (HLRN) now include the
47     #                     base filename and cycle number
48     # 16/02/05 - Gerald - hababai validated
49     # 14/03/05 - Siggi  - abort on NEC after first runtime error (F_ERRCNT)
50     # 29/03/05 - Marcus - berni*-en0 validated
51     # 21/04/05 - Siggi  - transfer-job-protocol for avs-data is no more stored
52     # 24/04/05 - Siggi  - netcdf support on lcmuk
53     # 25/04/05 - Siggi  - netcdf support on gfld3 (decalpha)
54     # 11/05/05 - Siggi  - files with non-numeric extensions (.xxx after cycle
55     #                     number) can now be used within interactive runs
56     # 12/05/05 - Siggi  - netcdf support on ibm
57     # 13/05/05 - Siggi  - error in tar-filenames on $PERM (HLRN) removed
58     # 18/05/05 - Siggi  - netcdf support on nec
59     # 24/05/05 - Siggi  - netcdf support on ibms
60     # 14/06/05 - Siggi  - sleep interval after submit of restart job increased
61     #                     to 30 seconds
62     # 28/06/05 - Siggi  - bora adjusted to new intel compiler (LD_LIBRARY_
63     #                     PATH is temporarily set)
64     # 07/09/05 - Siggi  - setting of MP_EAGER_LIMIT switched off because it
65     #                     caused warnings in the job protocol
66     # 20/10/05 - Siggi  - update of netcdf-version on decalpha (gfdl3)
67     # 25/10/05 - Siggi  - error in listing files for getting the cycle number
68     #                     removed
69     # 26/10/05 - Siggi  - new paths for dvrp-library, transfer of catalogs
70     #                     realized by file attribute trpe
71     # 28/10/05 - Siggi  - if existing, the file extension is output in case
72     #                     of missing input file - no job abort in case of
73     #                     missing input files with file extensions
74     #                     (preliminary solution)
75     # 31/10/05 - Siggi  - data transfer from nech now within seperate job
76     # 04/11/05 - Siggi  - netcdf 3.6.0-p1 on ibmh/ibmb
77     # 07/12/05 - Siggi  - gallego and elephanta admitted
78     # 30/12/05 - Siggi  - gfdl5 (ibmy) admitted
79     # 10/01/06 - Siggi  - cpp directive for NetCDF 64bit support
80     # 20/01/06 - Siggi  - cpp directive for ibmy
81     # 09/02/06 - Siggi  - ibmy admitted for batch mode
82     # 13/04/06 - Siggi  - ostria admitted
83     # 18/04/06 - Siggi  - usage of OpenMP implemented (additional option -O)
84     # 10/05/06 - Siggi  - environment variable XLSMPOPTS set on IBM for
85     #                     optimization of OpenMP runs (option stacksize is
86     #                     necessary for large gridpoint numbers because
87     #                     otherwise a segmentation fault occurs)
88     # 23/05/05 - Siggi  - lctit (SUN Fire X4600) admitted
89     # 21/08/06 - Siggi  - standard mrun path on scirocco is as on bora
90     # 23/08/06 - Siggi  - netcdf support for scirocco (notebook)
91     # 20/09/06 - Marcus - add DVRP library on nech
92     # 24/10/06 - Siggi  - Environment variables for PALM steering are written
93     #                     on local NAMELIST file ENVPAR
94     # 24/11/06 - Siggi  - levanto admitted, maestro switched to ifc 9.1
95     # 28/11/06 - Siggi  - call to interpret_config.x_levanto because of SuSe 10
96     # 06/02/07 - Siggi  - add DVRP library on lcmuk
97     # 07/02/07 - Siggi  - revision of source code handling, source code is
98     #                     now expected in directory given by source_path and
99     #                     not in the current working directory, source code
100     #                     files provided in add_source_path are allways
101     #                     compiled, source code to be compiled is allways
102     #                     sampled in SOURCES_FOR_RUN_$fname which is a
103     #                     subdirectory of the current working directory,
104     #                     -s TEST  changed to  -s WRITE_PERMIT  or -s WP,
105     #                     adapted for RIAM (neck)
106     #                     bugfix for cycle number of output file (extout)
107     #                     all hpmuk-related code removed
108     # 14/02/07 - Siggi  - dvrp support for neck added
109     # 28/02/07 - Siggi  - empty lines in configuration file are accepted
110     #                     mrun_path replaced by PALM_BIN,
111     #                     all machines are calling interpret_config.x
112     # 14/03/07 - Siggi  - fimm admitted, revision number added to terminal
113     #                     output
114     # 16/03/07 - Siggi  - adjustments for lctit
115     # 29/03/07 - Siggi  - global revision transfered to batch job by new
116     #                     option -G
117     # 30/03/07 - Siggi  - compilation "by hand" removed, cpp-directives/options
118     #                     + netcdf/dvrp-options are read from configuration
119     #                     file, host identifier (local_host) is read from
120     #                     config file, code related to ftp filetransfer
121     #                     removed (incl. option -f)
122     # 19/06/07 - Siggi  - time limit for cdata jobs increased
123     # 25/07/07 - Siggi  - two sets of executables can be started on lcmuk,
124     #                     if new option -Y (coupling) is given,
125     #                     output of executables to aout_output removed,
126     #                     messages are immediately written to stdout instead
127     # 03/08/07 - Marcus - add XOPT="-X $numprocs" for lcfimm
128     # 09/08/07 - Marcus - workaround on lcfimm to propagate environment
129     #                     variables out to the nodes in coupled mode -disabled-
130     # 13/08/07 - Marcus - start local restart jobs per ssh on lcfimm
131     # 28/08/07 - Marcus - completely remove workaround on lcfimm to propagate
132     #                     environment variables out to the nodes in coupled mode
133     # 15/10/07 - Siggi  - Preliminary adjustments for lctit, based on Jin's
134     #                     suggestions
135     # 19/10/07 - Marcus - further adjustments for lctit: add new optional
136     #                     argument -g group_number, admit all sla* node_usage
137     #                     queues
138     # 30/10/07 - Marcus - further adjustments for queues on lctit
139     # 14/02/08 - Bjoern - link of restart files with long file name possible
140     # 28/02/08 - Marcus - If environment variable link_local_output is set to
141     #                     true, mrun tries "ln -f" on local output and resorts
142     #                     to "cp" or "cp -r" on error
143     # 15/04/08 - Siggi  - argument -c introduced to most of the subjob calls,
144     #                     which allows the user to choose his own job catalog
145     #                     by setting job_catalog in the configuration file
146     #                     (default is ~/job_queue),
147     #                     workaround for mpiexec with -env option,
148     #                     adjustments for lcxt4 (Bergen Center for Computational
149     #                     Science)
150     # 22/05/08 - Marcus - If environment variable link_local_input is set to
151     #                     true, mrun tries "ln -f" on local input and resorts
152     #                     to "cp" or "cp -r" on error
153     # 27/05/08 - Siggi  - PATH is set to PALM_BIN everywhere (missing so far)
154     # 14/07/08 - Siggi  - adjustments for lcsgih
155     # 08/08/08 - Marcus - typo removed in lcxt4 branch
156     # 17/09/08 - Siggi  - restart mechanism adjusted for lcsgi
157     # 02/10/08 - BjornM - argument "-Y" modified, adjustments for coupled runs
158     # 21/10/08 - Siggi  - bugfix for the case that -K has more than one
159     #                     argument
160     # 08/11/08 - Siggi  - bugfix for depository path settings in configuration
161     #                     file
162     # 11/11/08 - Siggi  - rules for using user code files changed: user
163     #                     code splitted into one file per subroutine,
164     #                     user can provide his/her own makefile, only
165     #                     default source-code filenames are allowed
166     # 14/11/08 - Siggi  - cond1 and cond2 are part of the depository name
167     # 08/01/09 - Siggi  - mpi module on sgi machines to be used can be set
168     #                     with environment variable mpilib
169     # 13/01/09 - Siggi  - totalview on hice/bice can be used in debug mode
170     #                     using environment variable totalview
171     # 25/02/09 - Siggi  - cputime-option (-t) is allowed to be omitted for
172     #                     interactive runs
173     # 05/03/09 - Siggi  - adjustments for new NEC-SX9 at RIAM (necriam)
174     # 16/03/09 - Siggi  - dvrp_lib, dvrp_inc replaced by dvr_lib, dvr_inc,
175     #                     dvr streaming server is automatically started using
176     #                     new variable dvr_server and a configuration file
177     #                     .dvrserver.config,
178     #                     processing of dvr output files using new script
179     #                     process_dvr_output implemented, in order to make
180     #                     dvr application more user friendly
181     # 20/03/09 - Marcus - update of n1ge command for lctit
182     # 16/04/09 - Siggi  - new option -y for precursor (uncoupled) ocean runs
183     #                     to be followed by a coupled atmosphere-ocean run
184     # 21/04/09 - Siggi  - adjustments for new IBM at DKRZ, which is now ibmh
185     # 24/06/09 - BjornM - adjustments for coupled/precursor runs on ibmy
186     # 08/07/09 - Siggi  - default value for email_notification is none,
187     #                     option -e added to subjob
188     # 19/08/09 - Marcus - MPI debug option
189     # 21/08/09 - Marcus - totalview on hice/bice also available for mvapich2
190     # 25/08/09 - BjornM - adpated for lck
191     # 26/08/09 - Siggi  - additional environment variables for mpt on ice2
192     # 26/08/09 - Marcus - adjustment for ice2 on lcsgib
193     # 29/09/09 - Siggi  - default value for archiving is false, option "-A"
194     #                     switches on archiving, archiving on SGI-ICE enabled
195     # 16/10/09 - Carolin- adjustments for archiving on SGI-ICE of binary files;
196     #                     adjustment for special1q
197     # 18/12/09 - Carolin- modification of archiving (permq)
198     # 01/02/10 - Siggi  - adapted for lcxt5m and lckyoto (Fujitsu HX600)
199     # 03/02/10 - Siggi  - make options (mopts) to be set by configuration file
200     #                     implemented
201     # 08/02/10 - Siggi  - loading of modules now controlled via configuration
202     #                     file (modules)
203     # 02/03/10 - Siggi  - for each block in the configuration file, separate
204     #                     utility programs are used, combine_plot_fields is
205     #                     directly called and must not be given by an output
206     #                     command in the configuration file any more
207     # 15/06/10 - Rieke  - ssh from compute nodes to login nodes on hosts
208     #                     lcsgih/lcsgib is done using the names
209     #                     hicegate0/bicegate0 instead of the IP addresses
210     # 17/08/10 - BjornM - adjustments for interactive runs on lcxt4
211     # 07/09/10 - Siggi  - bugfix for wrong netcdf/3.6.3 module on lcsgi
212     # 08/12/10 - Siggi  - new handling of openmp/hybrid runs, option -O
213     #                     has now argument threads_per_task
214     #                     adjustments for Kyushu Univ. (lcrte, ibmku)
215     # 14/12/10 - Siggi  - adjustments for new Tsubame system at Tokyo
216     #                     institute of technology (lctit)
217     # 23/12/10 - Micha  - different number of processors in ocean and atmosphere
218     #                     is now allowed
219     # 02/02/10 - Siggi  - further adjustments on Tsubame and concerning openMP
220     #                     usage
221     # 09/03/10 - Siggi  - adjustments for ibmkisti, mpt bugfix for netCDF4
222     #                     usage, totalview usage extended
223     # 17/03/11 - Siggi -  adjustments for openmp usage on ibmkisti
224
225
226
227 
228    # VARIABLENVEREINBARUNGEN + DEFAULTWERTE
229
230 set +o allexport    # SICHERHEITSHALBER UNTERBINDEN, DA SONST EVTL. STAGEOUT
231                     # NICHT LAUEFT (TOO MANY ARGUMENTS - PROBLEM)
232 set +o noclobber    # EXISTIERENDE DATEIEN DUERFEN UEBERSCHRIEBEN WERDEN
233
234 AddFilenames=""
235 additional_conditions=""
236 add_source_path=""
237 afname=""
238 archive_save=true
239 archive_system=none
240 compiler_name=""
241 cond1=""
242 cond2="" 
243 config_file=.mrun.config
244 coupled_dist=""
245 coupled_mode="mpi1"
246 cpp_opts=""
247 cpp_options=""
248 cpumax=0
249 cpurest=0
250 delete_temporary_catalog=true
251 do_batch=false
252 do_compile=true
253 do_remote=false
254 do_stagein=true
255 do_stageout=true
256 do_trace=false
257 email_notification="none"
258 exclude=""
259 executable=""
260 execution_error=false
261 fimm=false
262 fname=test
263 fromhost=""
264 global_revision=""
265 group_number=none
266 host=""
267 host_file=""
268 hp=""
269 ignore_archive_error=false
270 input_list=""
271 interpreted_config_file=""
272 job_catalog="~/job_queue"
273 job_on_file=""
274 keep_data_from_previous_run=false
275 link_local_input=false
276 link_local_output=false
277 localhost_realname=$(hostname)
278 local_compile=false
279 local_dvrserver_running=.FALSE.
280 locat=normal
281 mainprog=""
282 makefile=""
283 mc=$0
284 while [[ $(echo $mc | grep -c "/") != 0 ]]
285 do
286    mc=`echo $mc | cut -f2- -d"/"`
287 done
288 module_calls=""
289 mrun_script_name=$mc
290 netcdf_inc=""
291 netcdf_lib=""
292 netcdf_support=false
293 node_usage=default
294 numprocs=""
295 numprocs_atmos=0
296 numprocs_ocean=0
297 OOPT=""
298 openmp=false
299 output_list=""
300 package_list=""
301 punkte="..........................................................."
302 queue=none
303 read_from_config=""
304 restart_run=false
305 if [[ `hostname` = rte10 ]]
306 then
307   return_addres=133.5.185.60
308   echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
309 elif [[ `hostname` = climate0 ]]
310 then
311   return_addres=165.132.26.68
312   echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
313 else
314    return_addres=$(nslookup `hostname` 2>&1 | grep "Address:" | tail -1 | awk '{print $2}')
315 fi
316 return_password=""
317 return_username=$LOGNAME
318 remotecall=false
319 remote_username=""
320 run_coupled_model=false
321 run_mode=""
322 scirocco=false
323 store_on_archive_system=false
324 striche="  ----------------------------------------------------------------------------"
325 silent=false
326 source_list=""
327 source_path=SOURCE
328 tasks_per_node=""
329 threads_per_task=1
330 tmpcreate=false
331 tmp_data_catalog=""
332 transfer_problems=false
333 usern=$LOGNAME
334 use_openmp=false
335 working_directory=`pwd`
336 TOPT=""
337 XOPT=""
338 zeit=$( date | cut -c 12-19 )
339
340 typeset -i  iec=0 iic=0 iin=0 ioc=0 iout=0 memory=0 stagein_anz=0 stageout_anz=0
341 typeset -i  cputime i ii iia iii iio icycle inode ival jobges jobsek maxcycle minuten nodes pes sekunden tp1
342
343 typeset  -R30 calltime
344 typeset  -L20 spalte1
345 typeset  -L40 spalte2
346 typeset  -L60 spalte3
347 typeset  -L35 string1=`date`
348 typeset  -L12 string2=$usern
349 typeset  -L12 string3=$localhost_realname
350 typeset  -L12 string4
351 typeset  -L12 string5
352 typeset  -L30 version="MRUN  2.0 Rev$Rev: 696 $"
353
354
355
356    # EINZELNE VARIABLE FUER HAUPTPROGRAMM EXPORTIEREN
357 export  cpurest fname host localhost return_addres return_username remotecall tasks_per_node
358
359    # FOLGENDE VARIABLEN MUESSEN FUER DIE INTERPRETATION DER KONFIGURATIONSDATEI
360    # EXPORTIERT WERDEN
361 export  afname config_file cpp_opts cpumax do_batch do_trace fname fromhost
362 export  group_number input_list memory numprocs output_list queue run_mode
363
364
365 
366    # FEHLERBEHANDLUNG
367    # BEI EXIT:
368 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
369       if [[ $locat != localhost ]]
370       then
371#          if [[ ! -f ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik ]]
372#          then
373#             cat  >  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik  <<  %STATEND%
374#MRUN-calls on $localhost
375#
376#date and time                      user        localhost   remotehost  termination mrun-command
377#--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
378#%STATEND%
379#             chmod  666  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
380#          fi
381#
382#             # EINTRAG IN DIE STATISTIK-DATEI
383#          string4=$host
384#          string5=$locat
385#          if [[ "$job_on_file" = ""  &&  $locat != control_c  &&  $locat != user_abort ]]
386#          then
387#             if [[ $do_batch = true ]]
388#             then
389#                printf "$string1$string2$string3$string4$string5$mrun_com \n"  >>  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
390#             else
391#                printf "$string1$string2$string3$string4$string5$mc \n"  >>  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
392#             fi
393#          fi
394          echo " " > /dev/null
395       fi
396
397       if [[ $locat != normal  &&  $locat != control_c  &&  $locat != local_compile ]]
398       then
399
400              # EVENTUELLE ERROR-KOMMANDOS ABARBEITEN
401          (( i = 0 ))
402          while (( i < iec ))
403          do
404             (( i = i + 1 ))
405             printf "\n  *** Execution of ERROR-command:\n"
406             printf "  >>> ${err_command[$i]}\n"
407             eval  ${err_command[$i]}
408          done
409          if [[ -n $interpreted_config_file ]]  then
410             rm -rf  $interpreted_config_file
411          fi
412          if [[ -n .mrun_environment ]]  then
413             rm -rf  .mrun_environment
414          fi
415          if [[ $tmpcreate = true ]]
416          then
417             printf "\n  *** Contents of \"$TEMPDIR\":\n"
418             ls -al; cd
419             [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
420          fi
421          if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
422          then
423             echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
424             kill $dvrserver_id
425          fi
426          if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
427          then
428             rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
429          fi
430          printf "\n\n+++ MRUN killed \n\n"
431       elif [[ $locat != control_c ]]
432       then
433          printf "\n\n --> all actions finished\n\n"
434          printf "     Bye, bye $usern !!\n\n"
435       fi' exit
436
437
438    # BEI TERMINAL-BREAK:
439 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
440       [[ $tmpcreate = true ]]  &&  (cd; rm -rf $TEMPDIR)
441       if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
442       then
443          rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
444       fi
445       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
446       then
447          echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
448          kill $dvrserver_id
449       fi
450       printf "\n+++ MRUN killed by \"^C\" \n\n"
451       locat=control_c
452       exit
453      ' 2
454
455
456    # CHECK IF THE PATH FOR THE PALM BINARIES (SCRIPTS+UTILITY-PROGRAMS) HAS
457    # BEEN SET
458 if [[ "$PALM_BIN" = "" ]]
459 then
460    printf "\n  +++ environment variable PALM_BIN has not been set"
461    printf "\n      please set it to the directory where the PALM scripts are located"
462    locat=palm_bin; exit
463 fi
464 export PATH=$PALM_BIN:$PATH
465
466
467
468    # SHELLSCRIPT-OPTIONEN EINLESEN UND KOMMANDO NEU ZUSAMMENSETZEN, FALLS ES
469    # FUER FOLGEJOBS BENOETIGT WIRD
470 while  getopts  :a:AbBc:Cd:D:Fg:G:h:H:i:IkK:m:M:n:o:O:p:P:q:r:R:s:St:T:u:U:vxX:yY: option
471 do
472   case  $option  in
473       (a)   afname=$OPTARG;;
474       (A)   store_on_archive_system=true; mc="$mc -A";;
475       (b)   do_batch=true; mc="$mc -b";;
476       (B)   delete_temporary_catalog=false; mc="$mc -B";;
477       (c)   config_file=$OPTARG; mc="$mc -c$OPTARG";;
478       (C)   restart_run=true; mc="$mc -C";;
479       (d)   fname=$OPTARG; mc="$mc -d$OPTARG";;
480       (D)   cpp_opts="$cpp_opts $OPTARG"; mc="$mc -D'$OPTARG'";;
481       (F)   job_on_file="-D"; mc="$mc -F";;
482       (g)   group_number=$OPTARG; mc="$mc -g$OPTARG";;
483       (G)   global_revision=$OPTARG; mc="$mc -G'$OPTARG'";;
484       (h)   host=$OPTARG; mc="$mc -h$OPTARG";;
485       (H)   fromhost=$OPTARG; mc="$mc -H$OPTARG";;
486       (i)   input_list=$OPTARG; mc="$mc -i'$OPTARG'";;
487       (I)   ignore_archive_error=true; mc="$mc -I";;
488       (k)   keep_data_from_previous_run=true; mc="$mc -k";;
489       (K)   additional_conditions="$OPTARG"; mc="$mc -K'$OPTARG'";;
490       (m)   memory=$OPTARG; mc="$mc -m$OPTARG";;
491       (M)   makefile=$OPTARG; mc="$mc -M$OPTARG";;
492       (n)   node_usage=$OPTARG; mc="$mc -n$OPTARG";; 
493       (o)   output_list=$OPTARG; mc="$mc -o'$OPTARG'";;
494       (O)   use_openmp=true; threads_per_task=$OPTARG; mc="$mc -O$OPTARG";;
495       (p)   package_list=$OPTARG; mc="$mc -p'$OPTARG'";;
496       (P)   return_password=$OPTARG; mc="$mc -P$OPTARG";;
497       (q)   queue=$OPTARG; mc="$mc -q$OPTARG";;
498       (r)   run_mode=$OPTARG; mc="$mc -r'$OPTARG'";;
499       (R)   remotecall=true;return_addres=$OPTARG; mc="$mc -R$OPTARG";;
500       (s)   source_list=$OPTARG; mc="$mc -s'$OPTARG'";;
501       (S)   read_from_config=false; mc="$mc -S";;
502       (t)   cpumax=$OPTARG; mc="$mc -t$OPTARG";;
503       (T)   tasks_per_node=$OPTARG; mc="$mc -T$OPTARG";;
504       (u)   remote_username=$OPTARG; mc="$mc -u$OPTARG";;
505       (U)   return_username=$OPTARG; mc="$mc -U$OPTARG";;
506       (v)   silent=true; mc="$mc -v";;
507       (x)   do_trace=true;set -x; mc="$mc -x";;
508       (X)   numprocs=$OPTARG; mc="$mc -X$OPTARG";;
509       (y)   ocean_file_appendix=true; mc="$mc -y";;
510       (Y)   run_coupled_model=true; coupled_dist=$OPTARG; mc="$mc -Y'$OPTARG'";;
511       (\?)  printf "\n  +++ unknown option $OPTARG \n"
512             printf "\n  --> type \"$0 ?\" for available options \n"
513             locat=parameter;exit;;
514   esac
515 done
516
517
518    # EVTL. POSITIONSPARAMETER EINLESEN
519    # ZUR ZEIT GIBT ES NUR DEN PARAMETER ? (=KURZINFO)
520 shift OPTIND-1
521
522
523    # KURZE AUFRUFBESCHREIBUNG WIRD HIER AUSGEGEBEN
524 if [[ "$1" = "?" ]]
525 then
526   (printf "\n  *** mrun can be called as follows:\n"
527    printf "\n      $mrun_script_name  -b -c.. -d.. -D.. -f.. -F -h.. -i.. -I -K.. -m.. -o.. -p.. -r.. -R -s.. -t.. -T.. -v -x -X.. -y -Y.. <modus>\n"
528    printf "\n      Description of available options:\n"
529    printf "\n      Option  Description                              Default-Value"
530    printf "\n        -a    base name of input files                 equiv. -d"
531    printf "\n        -A    archiving when using file-attribute fl"
532    printf "\n        -b    batch-job on local machine               ---"
533    printf "\n        -B    do not delete temporary directory at end ---"
534    printf "\n        -c    configuration file                       .mrun.config"
535    printf "\n        -d    base name of files attached to program   test"
536    printf "\n        -D    preprocessor(cpp)-directives             \"\" "
537    printf "\n        -F    create remote job file only              ---"
538    printf "\n        -h    execution host                           $localhost_realname"
539    printf "\n        -i    INPUT control list                       \"\" "
540    printf "\n        -I    archiving errors of previous batch-jobs"
541    printf "\n              will be ignored"
542    printf "\n        -k    keep data from previous run"
543    printf "\n        -K    additional conditions for controling"
544    printf "\n              usage of conditional code and"
545    printf "\n              env-variables in configuration file      \"\" "
546    printf "\n        -m    memory demand in MB (batch-jobs)         0 MB"
547    printf "\n        -M    Makefile name                            Makefile"
548    printf "\n        -n    node usage (shared/not_shared)           depending on -h"
549    printf "\n        -o    OUTPUT control list                      \"\" "
550    printf "\n        -O    use OpenMP                               ---"
551    printf "\n        -p    software package list                    \"\" "
552    printf "\n        -q    queue                                    \"$queue\" "
553    printf "\n        -r    run control list (combines -i -o)        \"\" "
554    printf "\n        -s    filenames of routines to be compiled     \"\" "
555    printf "\n              must end with .f, .f90, .F, or .c !"
556    printf "\n              use \"..\" for more than one file and wildcards"
557    printf "\n              -s TEST compiles all files with w-permit"
558    printf "\n        -S    config file interpreted by shellscript   ---"
559    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds (batch)      0"
560    printf "\n        -T    tasks per node                           depending on -h"
561    printf "\n        -u    username on remote machine               \"\" "
562    printf "\n        -v    no prompt for confirmation               ---"
563    printf "\n        -x    tracing of mrun for debug purposes       ---"
564    printf "\n        -X    # of processors (on parallel machines)   1"
565    printf "\n        -y    add appendix \"_O\" to all local output"
566    printf "\n              files (ocean precursor runs followed by"
567    printf "\n              coupled atmosphere-ocean runs)           ---"
568    printf "\n        -Y    run coupled model, \"#1 #2\" with" 
569    printf "\n              #1 atmosphere and #2 ocean processors    \"#/2 #/2\" depending on -X"
570    printf "\n "
571    printf "\n      Possible values of positional parameter <modus>:"
572    printf "\n        \"?\"       -  this outline \n\n") | more
573    exit
574 elif [[ "$1" != "" ]]
575 then
576    printf "\n  +++ positional parameter $1 unknown \n"
577    locat=parameter; exit
578 fi
579
580
581
582    # KURZE STARTMELDUNG
583 printf "\n*** $version "
584 printf "\n    will be executed.     Please wait ..."
585
586
587
588    # PRUEFEN, OB KONFIGURATIONS-DATEI VORHANDEN
589 if [[ ! -f $config_file ]]
590 then
591    printf "\n\n  +++ configuration file: "
592    printf "\n           $config_file"
593    printf "\n      does not exist"
594    locat=connect; exit 
595 fi
596
597
598    # HOST-IDENTIFIER (local_host) AUS KONFIGURATIONSDATEI BESTIMMEN
599 line=""
600 grep  "%host_identifier"  $config_file  >  tmp_mrun
601 while read line
602 do
603    if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
604    then
605       HOSTNAME=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
606       host_identifier=`echo $line | cut -d" " -s -f3`
607       if [[ $localhost_realname = $HOSTNAME ]]
608       then
609          localhost=$host_identifier
610          break
611       fi
612    fi
613 done < tmp_mrun
614
615 if [[ "$localhost" = "" ]]
616 then
617    printf "\n\n  +++ no host identifier found in configuration file \"$config_file\""
618    printf "\n      for local host \"$localhost_realname\"."
619    printf "\n      Please add line"
620    printf "\n      \"\%host_identifier $localhost_realname <identifier>\""
621    printf "\n      to the configuration file."
622    locat=localhost; exit
623 fi
624
625
626    # HOSTSPEZIFISCHE VARIABLEN SETZEN
627 case  $localhost_realname  in
628     (r1*|r2*|h01*|b01*)     archive_system=tivoli;;
629     (cs*)                   archive_system=ut;;
630     (fimm.bccs.uib.no)      fimm=true;;
631     (gate|n-sx)             PATH=$PALM_BIN:$PATH:/usr/bin/nqsII;;
632     (scirocco)              scirocco=true;;
633 esac
634
635
636 
637    # BASISNAME DER INPUT-DATEIEN GLEICH ALLGEMEINEM BASISNAMEN SETZEN,
638    # WENN NICHT VOM BENUTZER ANDERS BESTIMMT
639 [[ "$afname" = "" ]]  &&  afname=$fname
640
641
642    # EVTL. RUN-MODUS DEN I/O-LISTEN HINZUFUEGEN
643 if [[ "$run_mode" != "" ]]
644 then
645    input_list="$input_list $run_mode"
646    output_list="$output_list $run_mode"
647 fi
648
649
650    # RECHNERNAMEN ABSPEICHERN, VON DEM AUS JOB GESTARTET WIRD,
651    # ALLERDINGS NUR DANN, WENN NICHT PER OPTION -H BEREITS EIN WERT
652    # ZUGEWIESEN WURDE (MRUN MACHT DIES IMMER, WENN ES SELBST BATCH-JOBS
653    # STARTET)
654 if [[ "$fromhost" = "" ]]
655 then
656    fromhost=$localhost
657 fi
658
659
660     # PRUEFEN, OB MRUN NUR TESTWEISE AUF DER LOKALEN MASCHINE KOMPILIEREN SOLL
661 if [[ "$source_list" = LOCAL_COMPILE_TEST ]]
662 then
663    source_list=TEST
664    local_compile=true
665    host=$localhost
666 fi
667   
668
669    # PRUEFEN, OB AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL
670    # WERT VON do_remote WIRD FUER DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT.
671    # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
672    # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
673 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
674 then
675    do_batch=true
676    do_remote=true
677    case  $host  in
678        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|ibmy|nech|necriam|lckyoto|lcsgib|lcsgih|unics|lcxt4|lcxt5m|lck)  true;;
679        (*)  printf "\n"
680             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
681             printf "\n      is not available"
682             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
683    esac
684 else
685    host=$localhost
686 fi
687
688
689     # ZUSATZBEDINGUNGEN (OPTION -K) AUSWERTEN
690 if [[ -n $additional_conditions ]]
691 then
692#    echo $additional_conditions | cut -d" " -f1-3 | read  cond1  cond2  dummy
693    cond1=`echo $additional_conditions | cut -d" " -f1`
694    cond2=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f2`
695    dummy=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f3`
696    if [[ -n $dummy ]]
697    then
698       printf "\n  +++ more than 2 additional conditions given for Option \"-K\""
699       locat=options; exit
700    fi
701    block=_$cond1
702    [[ -n $cond2 ]]  &&  block=${block}_$cond2
703 fi
704
705
706      # KOPPLUNGSEIGENSCHAFTEN (-Y) AUSWERTEN UND coupled_mode BESTIMMEN
707 if [[ $run_coupled_model = true ]] 
708 then
709
710    if  [[ -n $coupled_dist ]]
711    then
712
713       numprocs_atmos=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f1`
714       numprocs_ocean=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f2`
715
716       if (( $numprocs_ocean + $numprocs_atmos != $numprocs ))
717       then
718
719          printf "\n  +++ number of processors does not fit to specification by \"-Y\"."
720          printf "\n      PEs (total)     : $numprocs"
721          printf "\n      PEs (atmosphere): $numprocs_atmos"
722          printf "\n      PEs (ocean)     : $numprocs_ocean"
723          locat=coupling; exit
724
725       fi
726
727    else
728
729       (( numprocs_ocean = $numprocs / 2 ))
730       (( numprocs_atmos = $numprocs / 2 ))
731
732    fi
733    coupled_dist=`echo "$numprocs_atmos $numprocs_ocean"`
734
735       # GET coupled_mode FROM THE CONFIG FILE
736    line=""
737    grep  "%cpp_options.*-D__mpi2.*$host" $config_file  >  tmp_mrun
738    while read line
739    do
740       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" &&  ( $(echo $line | cut -d" " -s -f4) = $cond1 || $(echo $line | cut -d" " -s -f4)  = $cond2 ) ]]
741       then
742          coupled_mode="mpi2"
743       fi
744    done < tmp_mrun
745
746 fi
747
748
749    # PRUEFEN, OB EVTL. BEI VORHERGEHENDEM LAUF (KETTENJOB) EINE
750    # ARCHIVIERUNG FEHLGESCHLAGEN IST
751 if [[ -f ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname ]]
752 then
753    if [[ $ignore_archive_error = false ]]
754    then
755       printf "\n  +++ data archiving of previous run failed"
756       printf "\n      see directory \~/job_queue on remote machine"
757       locat=archive; exit
758    else
759       printf "\n  +++ warning: data archiving in a previous run failed"
760       printf "\n      MRUN continues, trying to get backup copy"
761    fi
762 fi
763
764
765
766    # LESEN UND INTERPRETIEREN DER KONFIGURATIONS-DATEI VOM SHELLSCRIPT AUS
767    # VORUEBERGEHEND ZWINGEND AUF LINUX-RECHNERN
768 if [[ "$read_from_config" = false ]]
769 then
770
771    [[ $silent = false ]]  &&  printf "\n    Reading the configuration file... "
772    while  read zeile
773    do
774        [[ $silent = false ]]  &&  printf "."
775
776
777          # ZUERST EVENTUELL VORKOMMENDE ENVIRONMENT-VARIABLEN DURCH IHRE WERTE
778          # ERSETZEN
779       eval  zeile=\"$zeile\"
780
781
782          # INTERPRETATION DER ZEILE
783       if [[ "$(echo $zeile)" = "" ]]
784       then
785             # LEERZEILE, KEINE AKTION
786          continue
787
788       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "#" ]]
789       then
790
791             # ZEILE IST KOMMENTARZEILE
792          true
793
794       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "%" ]]
795       then
796
797             # ZEILE DEFINIERT ENVIRONMENT-VARIABLE
798          zeile=$(echo $zeile | cut -c2-)
799#          echo $zeile | cut -d" " -f1-5 | read  var  value  for_host  for_cond1  for_cond2
800          var=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
801          value=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
802          for_host=`echo $zeile | cut -d" " -s -f3`
803          for_cond1=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
804          for_cond2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
805
806          if [[ "$for_host" = ""  ||  ( "$for_host" = $host  &&  "$for_cond1" = "$cond1"  &&  "$for_cond2" = "$cond2" )  ||  $(echo "$input_list$output_list"|grep -c "$for_host") != 0 ]]
807          then
808
809                # BEI COMPILER- CPP- ODER LINKEROPTIONEN EVTL ":" DURCH " "
810                # ERSETZEN. "::" WIRD DURCH ":" ERSETZT.
811             value=`echo $value | sed 's/::/%DUM%/g' | sed 's/:/ /g' | sed 's/%DUM%/:/g'`
812
813
814                # ENVIRONMENT-VARIABLE WIRD WERT AUS KONFIGURATIONSDATEI
815                # ZUGEWIESEN, WENN SIE SELBST NOCH KEINEN WERT UEBER DIE
816                # ENTSPRECHENDE SCRIPT-OPTION ERHALTEN HAT. SOLCHE
817                # VARIABLEN HAETTEN DANN DEN WERT "" ODER IM INTEGER-FALL DEN
818                # WERT 0.  ALLGEMEINE REGEL ALSO: SCRIPT-OPTION GEHT UEBER
819                # KONFIGURATIONSDATEI
820             if [[ "$(eval echo \$$var)" = ""  ||  "$(eval echo \$$var)" = "0" ]]
821             then
822                eval  $var=\$value
823
824                   # EVTL. BILDSCHIRMAUSGABEN DER ENVIRONMENT-VARIABLEN
825                if [[ $do_trace = true ]]
826                then
827                   printf "\n*** ENVIRONMENT-VARIABLE $var = $value"
828                fi
829             fi
830
831                # WENN ENVIRONMENT-VARIABLE HOST VEREINBART, DANN SOFORT AUSWERTEN
832                # WERT VON do-remote WIRD BEI DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT
833                # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
834                # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
835             if [[ $var = host ]]
836             then
837                if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
838                then
839                   do_batch=true
840                   do_remote=true
841                   case  $host  in
842                       (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|ibmy|lckyoto|lcsgib|lcsgih|nech|necriam|unics|lcxt4|lcxt5m|lck)  true;;
843                       (*)  printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
844                            printf "\n      is not available"
845                            locat=nqs; exit;;
846                   esac
847                else
848                   host=$localhost
849                fi
850             fi
851
852                # VOM BENUTZER DEFINIERTE ENVIRONMENT VARIABLEN MUESSEN PRINZIPIELL
853                # EXPORTIERT WERDEN, DA SIE VIELLEICHT IN WEITER UNTEN AUFZURUFEN-
854                # DEN PROGRAMMEN BENOETIGT WERDEN
855             export  $var
856          fi
857
858
859
860
861       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "EC:" ]]
862       then
863
864             # ZEILE DEFINIERT ERROR-KOMMANDO
865          (( iec = iec + 1 ))
866          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
867          err_command[$iec]="$zeile"
868
869       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "IC:" ]]
870       then
871
872             # ZEILE DEFINIERT INPUT-KOMMANDO
873          (( iic = iic + 1 ))
874          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
875          in_command[$iic]="$zeile"
876
877       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "OC:" ]]
878       then
879
880             # ZEILE DEFINIERT OUTPUT-KOMMANDO
881          (( ioc = ioc + 1 ))
882          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
883          out_command[$ioc]="$zeile"
884
885       else
886
887             # ZEILE DEFINIERT DATEIVERBINDUNG. EINLESEN DER DATEIEIGENSCHAFTEN
888             # s2a: in/out - Feld
889             # s2b: loc    - Feld (optional)
890             # s2c: tr/ar  - Feld (optional)
891#          echo $zeile | cut -d" " -f1-2 | read  s1  s2
892          s1=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
893          s2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
894          s2a=$(echo $s2 | cut -d":" -f1)
895          if [[ $(echo $s2 | grep -c ":") = 0 ]]
896          then
897             s2b=""
898             s2c=""
899          else
900#             echo $s2 | cut -d":" -f2-3 | sed 's/:/ /g' | read  s2b  s2c
901             s2b=`echo $s2 | cut -d":" -f2 | sed 's/:/ /g'`
902             s2c=`echo $s2 | cut -d":" -s -f3 | sed 's/:/ /g'`
903          fi
904#          echo $zeile | cut -d" " -f3-6 | read  s3  s4  s5  s6
905          s3=`echo $zeile | cut -d" " -f3`
906          s4=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
907          s5=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
908          s6=`echo $zeile | cut -d" " -s -f6`
909
910       
911             # ABSPEICHERN DER DATEIVERBINDUNG, FALLS IN INPUT- ODER OUTPUT-LIST
912             # VERMERKT. VARIABLE S3 KANN AUCH LISTE ENTHALTEN (FELDTRENNER ":")
913             # DATEIVERBINDUNG WIRD DANN NICHT ABGESPEICHERT UND GEPRUEFT, WENN
914             # PROGRAMMLAUF AUF REMOTE-MASCHINE ERFOLGT UND DATEI NUR LOKAL VOR-
915             # HANDEN SEIN MUSS (D.H. s2b = loc)
916          IFSALT="$IFS"; IFS="$IFS:"
917          if [[ "$s2a" = in  &&  ! ( $do_remote = true  &&  ( "$s2b" = loc  ||  "$s2b" = locopt ) ) ]]
918          then
919             found=false
920             for  actual  in  $input_list
921             do
922                for  formal  in  $s3
923                do
924                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-" ]]  &&  found=true
925                done
926             done
927             if [[ $found = true ]]
928             then
929                (( iin = iin + 1 ))
930                localin[$iin]=$s1; transin[$iin]=$s2b; actionin[$iin]=$s2c;
931                typein[$iin]=$s3; pathin[$iin]=$s4; endin[$iin]=$s5;
932                extin[$iin]=$s6
933             fi
934          elif [[ "$s2a" = out  &&  ! ( $do_remote = true  &&  "$s2b" = loc ) ]]
935          then
936             found=false
937             for  actual  in  $output_list
938             do
939                for  formal  in  $s3 
940                do
941                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-"  ]]  &&  found=true
942                done
943             done
944             if [[ $found = true ]]
945             then
946                (( iout = iout + 1 ))
947                localout[$iout]=$s1; actionout[$iout]=$s2c; typeout[$iout]=$s3;
948                pathout[$iout]=$s4; endout[$iout]=$s5; extout[$iout]=$s6
949             fi
950          elif [[ "$s2a" != in  &&  "$s2a" != out ]]
951          then
952             printf "\n  +++ I/O-attribute in configuration file $config_file has the invalid"
953             printf "\n      value \"$s2\". Only \"in\" and \"out\" are allowed!"
954             locat=connect; exit
955          fi
956          IFS="$IFSALT"
957       fi
958    done < $config_file
959
960 else
961
962
963       # INTERPRETATION DER KONFIGURATIONSDATEI MITTELS FORTRAN 90 - PROGRAMM
964    [[ $silent = false ]]  &&  printf "..."
965    export  cond1 cond2 config_file do_remote do_trace input_list localhost output_list
966    export  interpreted_config_file=.icf.$RANDOM
967
968
969
970       # ENVIRONMENT-VARIABLEN FUER INTERPRET_CONFIG UEBER NAMELIST_DATEI ZUR
971       # VERFUEGUNG STELLEN
972    cat  >  .mrun_environment  <<  %%END%%
973 &mrun_environment  cond1 = '$cond1', cond2 = '$cond2',
974                    config_file = '$config_file', do_remote = '$do_remote',
975                    do_trace = '$do_trace', host = '$host',
976                    input_list = '$input_list', icf = '$interpreted_config_file',
977                    localhost = '$localhost', output_list = '$output_list' /
978
979%%END%%
980
981       # WERTE VON MRUN-OPTIONEN SICHERN UND DAMIT GEGEBENENFALLS SPAETER DIE
982       # IN DER KONFIGURAIONSDATEI ANGEGEBENEN WERTE UEBERSTEUERN
983    mrun_memory=$memory
984    mrun_group_number=$group_number
985    mrun_cpumax=$cpumax
986    mrun_numprocs=$numprocs
987
988    if [[ $localhost_realname = "sx-fep" ]]
989    then
990       /home/COAR/NC/raasch/pub/interpret_config_necriam.x
991    else
992
993       if [[ "$host" != $localhost ]]
994       then
995
996             # REMOTE JOB FROM LOCAL HOST: JUST TAKE THE FIRST EXECUTABLE FOUND
997          interpret_config_executable=`ls -1 ${PALM_BIN}/interpret_config*.x 2>/dev/null`
998          if [[ $? != 0 ]]
999          then
1000             printf "\n\n  +++ no interpret_config found"
1001             printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this host"
1002             locat=interpret_config; exit
1003          fi
1004          interpret_config_executable=`echo $interpret_config_executable | cut -d" " -f1`
1005          $interpret_config_executable
1006
1007       else
1008
1009             # CHECK, IF THERE IS AN EXECUTABLE FOR THE BLOCK
1010          if [[ ! -f ${PALM_BIN}/interpret_config${block}.x ]]
1011          then
1012             printf "\n\n  +++ no interpret_config found for given block \"$cond1 $cond2\""
1013             printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this block"
1014             locat=interpret_config; exit
1015          else
1016             interpret_config${block}.x
1017          fi
1018
1019       fi
1020    fi
1021    rm .mrun_environment
1022
1023
1024       # AUSFUEHRUNG DER GENERIERTEN SHELL-KOMMANDOS IN DIESER SHELL
1025    chmod  u+x  $interpreted_config_file
1026    export PATH=$PATH:.
1027    . $interpreted_config_file
1028    rm  $interpreted_config_file
1029
1030
1031       # OPTIONSWERTE UEBERSTEUERN KONFIGURATIONSDATEI
1032    [[ $mrun_memory     != 0  ]]  &&  memory=$mrun_memory
1033    [[ "$mrun_group_number" != "none" ]]  &&  group_number=$mrun_group_number
1034    [[ $mrun_cpumax     != 0  ]]  &&  cpumax=$mrun_cpumax
1035    [[ "$mrun_numprocs" != "" ]]  &&  numprocs=$mrun_numprocs
1036
1037 fi
1038
1039
1040    # QUELLTEXTVERZEICHNIS AUF LOKALER MASCHINE AUS KONFIGURATIONSDATEI
1041    # BESTIMMEN (WUERDE SONST EVTL. DAS VERZEICHNIS DES JEWEILS UNTER -h
1042    # ANGEGEBENEN REMOTE-RECHNERS SEIN)
1043    # BEI BATCH-JOBS SIND DIE ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE SCHON KOMPLETT
1044 if [[ "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1045 then
1046
1047       # ZUERST PRUEFEN, OB EIN GLOBALER QUELLTEXTPFAD FUER ALLE RECHNER
1048       # VEREINBART WURDE
1049    source_path=""
1050    line=""
1051    grep "%source_path" $config_file  >  tmp_mrun
1052    while read line
1053    do
1054       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
1055       then
1056          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -f3)" = "" ]]
1057          then
1058             global_source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
1059          fi
1060       fi
1061    done  <  tmp_mrun
1062
1063    line=""
1064    found=false
1065    grep  " $localhost" $config_file | grep "%source_path"  >  tmp_mrun
1066    while read line
1067    do
1068       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
1069       then
1070          if [[ $found = true ]]
1071          then
1072             printf "\n\n  +++ more than one source path found in configuration file"
1073             printf "\n      for local host \"$localhost\" "
1074             locat=source_path; exit
1075          fi
1076          source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
1077          found=true
1078       fi
1079    done  <  tmp_mrun
1080    rm  tmp_mrun
1081
1082    if [[ "$source_path" = "" ]]
1083    then
1084       if [[ "$global_source_path" != "" ]]
1085       then
1086          source_path=$global_source_path
1087       else
1088          printf "\n\n  +++ no source path found in configuration file"
1089          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
1090          locat=source_path; exit
1091       fi
1092    fi
1093    eval source_path=$source_path
1094
1095    if [[ ! -d $source_path ]]
1096    then
1097       printf "\n\n  +++ source path \"$source_path\" on local host"
1098       printf "\n      \"$localhost\" does not exist"
1099       locat=source_path; exit
1100    fi
1101
1102 fi
1103
1104
1105    # GLOBALE REVISIONSNUMMER ERMITTELN (FORTSETZUNGSLAEUFEN WIRD DIESE
1106    # DURCH OPTION -G MITGETEILT)
1107 if [[ "$global_revision" = ""   &&  $host != "ibmkisti" ]]
1108 then
1109    global_revision=`svnversion $source_path  2>/dev/null`
1110    global_revision="Rev: $global_revision"
1111 fi
1112
1113
1114    # NOCHMAL PRUEFEN, OB AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL
1115    # (HOST KANN IN KONFIGURATIONSDATEI ANDERS FESTGELEGT WORDEN SEIN)
1116    # WERT VON do_remote WIRD FUER DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT.
1117    # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
1118    # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
1119 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
1120 then
1121    do_batch=true
1122    do_remote=true
1123    case  $host  in
1124        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|ibmy|lckyoto|lcsgib|lcsgih|nech|necriam|unics|lcxt4|lcxt5m|lck)  true;;
1125        (*)  printf "\n"
1126             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
1127             printf "\n      is not available"
1128             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
1129    esac
1130 else
1131    host=$localhost
1132 fi
1133
1134
1135    # PRUEFUNG EINIGER PROZESSORZAHLANGABEN BEI RECHNUNGEN AUF PARALLELRECHNERN
1136 if [[ "$cond1" = parallel  ||  "$cond2" = parallel ]]
1137 then
1138
1139       # PRUEFEN, OB DIE ANZAHL DER ZU VERWENDENDEN PES ANGEGEBEN WURDE
1140    if [[ ! -n $numprocs ]]
1141    then
1142       printf "\n"
1143       printf "\n  +++ option \"-K parallel\" requires additional specification"
1144       printf "\n      of the number of processors to be used by"
1145       printf "\n      mrun-option \"-X\" or by environment-variable"
1146       printf "\n      \"numprocs\" in the configuration file"
1147       locat=numprocs; (( iec = 0 )); exit 
1148    fi
1149
1150       # PRUEFEN, OB DIE PROZESSORANZAHL PRO KNOTEN ANGEGEBEN WURDE (GGF.
1151       # DEFAULT-WERT SETZEN) UND OB SIE EIN GANZZAHLIGER TEILER DER
1152       # GESAMTPROZESSORANZAHL IST
1153    if [[ $host = nech  ||  $host = necriam  ||  $host = ibmh  ||  $host = ibmkisti  ||  $host = ibms ]]
1154    then
1155       [[ "$tasks_per_node" = "" ]]  &&  tasks_per_node=6
1156       (( ival = $tasks_per_node ))
1157       (( pes = numprocs ))
1158#       if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics+1PE) = 1 ]]
1159#       then
1160#          (( pes = pes - 1 ))
1161#       fi
1162       (( ii = pes / ival ))
1163       if (( pes - ii * ival > 0 ))
1164       then
1165          printf "\n"
1166          printf "\n  +++ tasks per node (option \"-T\") must be an integral"
1167          printf "\n      divisor of the total number of processors (option \"-X\")"
1168          printf "\n      values of this mrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $numprocs\""
1169          locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1170       fi
1171    fi
1172
1173       # IBMY HAT NUR EINEN KNOTEN
1174    if [[ $host = ibmy ]]
1175    then
1176       if [[ "$tasks_per_node" != ""  &&  "$tasks_per_node" != "$numprocs" ]]
1177       then
1178          printf "\n"
1179          printf "\n  +++ on ibmy, tasks per node (option \"-T\") must be equal to the"
1180          printf "\n      total number of processors (option \"-X\")"
1181          printf "\n      values of this mrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $numprocs\""
1182          locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1183       fi
1184    fi
1185
1186       # FALLS OPENMP PARALLELISIERUNG VERWENDET WERDEN SOLL, ANZAHL VON THREADS
1187       # SETZEN UND ZAHL DER TASKS PRO KNOTEN AUF 1 SETZEN
1188#    if [[ $use_openmp = true ]]
1189#    then
1190#       threads_per_task=$tasks_per_node
1191#       tasks_per_node=1
1192#    fi
1193
1194       # SETTINGS FOR SUBJOB-COMMAND
1195    TOPT="-T $tasks_per_node"
1196    OOPT="-O $threads_per_task"
1197
1198       # GESAMTZAHL DER KNOTEN BESTIMMEN
1199    if [[ "$tasks_per_node" != "" ]]
1200    then
1201       (( nodes = numprocs / ( tasks_per_node * threads_per_task ) ))
1202    fi
1203
1204       # PRUEFEN, OB NODE USAGE EINEN ERLAUBTEN WERT HAT BZW. DEN DEFAULT
1205       # SETZEN
1206    if [[ $node_usage = default ]]
1207    then
1208       if [[ $host = ibms ]]
1209       then
1210          node_usage=shared
1211       elif [[ $(echo $host | cut -c1-5) = lcsgi ]]
1212       then
1213          node_usage=singlejob
1214       else
1215          node_usage=not_shared
1216       fi
1217    fi
1218
1219    if [[ $node_usage != shared  &&  $node_usage != not_shared  &&  $node_usage != singlejob  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla" ]]
1220    then
1221       printf "\n"
1222       printf "\n  +++ node usage (option \"-n\") is only allowed to be set"
1223       printf "\n      \"shared\" or \"not_shared\""
1224       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1225    fi
1226
1227 fi
1228
1229    # PRUEFEN, OB HOSTFILE EXISTIERT
1230 if [[ -n $hostfile ]]
1231 then
1232    if [[ ! -f $hostfile ]]
1233    then
1234       printf "\n"
1235       printf "\n  +++ hostfile \"$hostfile\" does not exist"
1236       locat=hostfile; exit
1237    fi
1238 fi
1239
1240    # PRUEFEN, OB RHOSTS DATEI EXISTIERT. GEGEBENENFALLS ANLEGEN BZW. ERWEITERN
1241 if [[ $host = ibmy  &&  $do_remote = false ]]
1242 then
1243    if [[ ! -f $HOME/.rhosts ]]
1244    then
1245       echo  "gfdl5.yonsei.ac.kr"  >  $HOME/.rhosts
1246       printf "\n\n  *** file:"
1247       printf "\n           $HOME/.rhosts"
1248       printf "\n      was created\n"
1249    fi
1250    if [[ $(grep -c gfdl5.yonsei.ac.kr $HOME/.rhosts) = 0 ]]
1251    then
1252       echo  "gfdl5.yonsei.ac.kr"  >>  $HOME/.rhosts
1253       printf "\n\n  *** file:"
1254       printf "\n           $HOME/.rhosts"
1255       printf "\n      was extended by the name of the current host\n"
1256    fi
1257 fi
1258
1259
1260
1261    # FALLS NICHT VORGEGEBEN, DEFAULT-QUEUE AUF DER ZIELMASCHINE FESTLEGEN
1262 if [[ $queue = none ]]
1263 then
1264    case  $host  in
1265        (ibmh)       queue=no_class;;
1266        (ibmkisti)   queue=class.32plus;;
1267        (ibmy)       queue=parallel;;
1268        (lckyoto)    queue=ph;;
1269        (lcsgib)     queue=bigq;;
1270        (lcsgih)     queue=bigq;;
1271        (lctit)      queue=S;;
1272        (nech)       queue=none;;
1273        (necriam)    queue=SP;;
1274        (unics)      queue=unics;;
1275    esac
1276 fi
1277
1278
1279    # VOLLSTAENDIGE DATEINAMEN DER INPUT-FILES BILDEN,
1280    # INPUT-DATEIEN AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND EVTL. HOECHSTE ZYKLUSNUMMER
1281    # ERMITTELN
1282 (( i = 0 ))
1283 while (( i < iin ))
1284 do
1285    (( i = i + 1 ))
1286    (( maxcycle = 0 ))
1287
1288       # NAMENSBILDUNG (EVTL. IST FESTER DATEINAME VORGEGEBEN)
1289    if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1290    then
1291       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${endin[$i]}  # REMOTE-PFAD ERST AUF
1292                                                    # REM-MASCHINE AUSWERTEN
1293       eval filename=${pathin[$i]}/${endin[$i]}
1294    else
1295       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}  # REMOTE-PFAD ERST AUF
1296                                                             # REM-MASCHINE AUSWERTEN
1297       eval filename=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}
1298    fi
1299
1300       # PRUEFEN AUF VORHANDENSEIN
1301    if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1302          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1303          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1304    then
1305          # DATEIEN MIT EXTENSION (Z.B. NC) MUESSEN NICHT ZWINGEND VORHANDEN
1306          # SEIN, DESHALB IN SOLCHEN FAELLEN KEIN ABBRUCH. DIES IST NUR EINE
1307          # VORUEBERGEHENDE LOESUNG (OKT 05). NICHT ZWINGEND BENOETIGTE
1308          # EINGABEDATEIEN SOLLTEN EINE SPEZIELLE OPTION IN DER DATEI-
1309          # VERBINDUNGSANWEISUNG BEKOMMEN (Z.B. inopt?)
1310       if [[ "${transin[$i]}" != "locopt" ]]
1311       then
1312          printf "\n\n  +++ INPUT-file: "
1313          if [[ "${extin[$i]}" = "" ]]
1314          then
1315             printf "\n           $filename"
1316          else
1317             printf "\n           $filename.${extin[$i]}"
1318          fi
1319          printf "\n      does not exist\n"
1320          locat=input; exit
1321       else
1322          transin[$i]="unavailable"
1323       fi
1324    else
1325
1326          # ZYKLUSNUMMER FESTSTELLEN
1327       ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1328       ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1329       while  read zeile
1330       do
1331          cycle=$(print $zeile | cut -f2 -d".")
1332          if [[ "$cycle" = "$zeile" ]]
1333          then
1334             (( icycle = 0 ))
1335          elif [[ "$cycle" = "${extin[$i]}" ]]
1336          then
1337             (( icycle = 0 ))
1338          else
1339             (( icycle = $cycle ))
1340          fi
1341          if (( icycle > maxcycle ))
1342          then
1343             (( maxcycle = icycle ))
1344             file_to_be_used=$zeile
1345          fi
1346       done <filelist
1347       rm filelist
1348
1349          # EVTL. ZYKLUSNUMMER AN DATEINAMEN ANFUEGEN
1350       if (( maxcycle > 0 ))
1351       then
1352          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1353          then
1354             filename=${filename}.$maxcycle.${extin[$i]}
1355          else
1356             filename=${filename}.$maxcycle
1357          fi
1358       else
1359          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1360          then
1361             filename=${filename}.${extin[$i]}
1362          fi
1363       fi
1364       
1365          # DATEINAMEN OHNE PFAD ABER MIT ZYKLUSNUMMER ABSPEICHERN,
1366          # DA SPAETER BEI RUECKSPEICHERN VOM ARCHIVSYSTEM EVTL. BENOETIGT
1367       absnamein[$i]=$filename
1368       if (( maxcycle > 0 ))
1369       then
1370          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1371          then
1372             frelin[$i]=${endin[$i]}.$maxcycle
1373          else
1374             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}.$maxcycle
1375          fi
1376       else
1377          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1378          then
1379             frelin[$i]=${endin[$i]}
1380          else
1381             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}
1382          fi
1383       fi
1384
1385    fi
1386 done
1387       
1388
1389    # VOLLSTAENDIGE DATEINAMEN (OHNE $ ODER ~) DER OUTPUT-FILES BILDEN,
1390    # OUTPUT-DATEIEN AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND EVTL. HOECHSTE ZYKLUSNUMMER
1391    # ERMITTELN ODER, FALLS NICHT VORHANDEN, PRUEFEN, OB SIE SICH ANLEGEN LASSEN
1392    # DIESE AKTIONEN FINDEN NICHT STATT, WENN PROGRAMM AUF REMOTE-MASCHINE
1393    # RECHNET UND DATEI ANSCHLIESSEND TRANSFERIERT WERDEN SOLL!
1394 (( i = 0 ))
1395 while (( i < iout ))
1396 do
1397    (( i = i + 1 ))
1398    if [[ ! ( $fromhost != $localhost  &&  ( "${actionout[$i]}" = tr || "${actionout[$i]}" = tra || "${actionout[$i]}" = trpe ) ) ]]
1399    then
1400       if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
1401       then
1402          actionout[$i]=""
1403       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe ]]
1404       then
1405          actionout[$i]=pe
1406       elif [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
1407       then
1408          actionout[$i]=a
1409       fi
1410       (( maxcycle = 0 ))
1411       eval filename=${pathout[$i]}/${fname}${endout[$i]}
1412       eval catalogname=${pathout[$i]}
1413       if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1414             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1415             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1416       then
1417     
1418             # OUTPUT-DATEI NICHT VORHANDEN. PRUEFEN, OB ANLEGEN MOEGLICH.
1419          if  cat /dev/null > $filename 
1420          then
1421             rm  $filename
1422          else
1423
1424                # PRUEFEN, OB KATALOG VORHANDEN UND EVTL. DIESEN ANLEGEN
1425             if [[ ! -d $catalogname ]]
1426             then
1427                if  mkdir -p  $catalogname
1428                then
1429                   printf "\n\n  *** directory:"
1430                   printf "\n           $catalogname"
1431                   printf "\n      was created\n"
1432                else
1433                   printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1434                   printf "\n           $filename"
1435                   printf "\n      cannot be created, because directory does not exist"
1436                   printf "\n      and cannot be created either"
1437                   printf "\n"
1438                   locat=output  ; exit
1439                fi 2>/dev/null
1440             else
1441                printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1442                printf "\n           $filename"
1443                printf "\n      cannot be created, although directory exists"
1444                printf "\n"
1445                locat=output  ; exit
1446             fi
1447          fi 2>/dev/null
1448       else
1449
1450             # ZYKLUSNUMMER FESTSTELLEN
1451          ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1452          ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1453          while  read zeile
1454          do
1455             cycle=$(print $zeile | cut -f2 -d".")
1456             if [[ "$cycle" = "$zeile"  ||  "$cycle" = ${extout[$i]} ]]
1457             then
1458                (( icycle = 1 ))
1459             else
1460                (( icycle = $cycle + 1 ))
1461             fi
1462             if (( icycle > maxcycle ))
1463             then
1464                (( maxcycle = icycle ))
1465             fi
1466          done <filelist
1467          rm filelist
1468       fi
1469
1470          # EVTL. ZYKLUSNUMMER AN DATEINAMEN ANFUEGEN UND PRUEFEN, OB SICH
1471          # DATEI AUCH WIRKLICH ANLEGEN LAESST. IM APPEND-FALL MUSS AN DEN
1472          # HOECHSTEN VORHANDENEN ZYKLUS-ANGEHAENGT WERDEN. ANLAGEPRUEFUNG
1473          # IST DANN NATUERLICH NICHT ZULAESSIG BZW. MOEGLICH
1474       if [[ "${actionout[$i]}" != a ]]
1475       then
1476          if (( maxcycle > 0 ))
1477          then
1478             filename=${filename}.$maxcycle
1479             if  cat /dev/null > $filename 
1480             then
1481                rm  $filename
1482             else
1483                printf "\n  +++ OUTPUT-file:"
1484                printf "\n           $filename"
1485                printf "\n      cannot be created"
1486                locat=output  ; exit
1487             fi
1488          fi
1489       else
1490          (( maxcycle = maxcycle - 1 ))
1491          if (( maxcycle > 0 ))
1492          then
1493             filename=${filename}.$maxcycle
1494          fi
1495       fi
1496       
1497          # DATEINAMEN OHNE PFAD ABER MIT ZYKLUSNUMMER ABSPEICHERN,
1498          # DA SPAETER BEI ABLAGE AUF ARCHIVSYSTEM BZW. FUER
1499          # DATEI OUTPUT_FILE_CONNECTIONS EVTL. BENOETIGT
1500       pathout[$i]=$filename
1501       if (( maxcycle > 0 ))
1502       then
1503          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}.$maxcycle
1504       else
1505          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}
1506       fi
1507
1508    fi
1509 done
1510
1511
1512     # DAS DVR-PAKET ERFORDERT EINE ENTSPRECHENDE BIBLIOTHEK
1513 if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
1514 then
1515    if [[ "$dvr_inc" = "" ]]
1516    then
1517       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_inc\" given in configuration file"
1518       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1519       locat=dvr; exit
1520    fi
1521    if [[ "$dvr_lib" = "" ]]
1522    then
1523       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_lib\" given in configuration file"
1524       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1525       locat=dvr; exit
1526    fi
1527 fi
1528
1529
1530     # PRUEFEN, OB ENTWEDER HAUPTPROGRAMM ODER NUR EIN AUSFUEHRBARES
1531     # PROGRAMM VEREINBART WURDE (IN DIESEM FALL BRAUCHT IM WEITEREN NICHT
1532     # UEBERSETZT ZU WERDEN)
1533 if [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" = "" ]]
1534 then
1535    printf "\n  +++ neither main program nor executable defined"
1536    locat=source; exit
1537 elif [[ "$mainprog" != ""  &&  "$executable" != "" ]]
1538 then
1539    printf "\n  +++ main program as well as executable defined"
1540    locat=source; exit
1541 elif [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" != "" ]]
1542 then
1543    do_compile=false
1544 fi
1545
1546
1547    # SOURCE-VERZEICHNIS ZUM AUFSAMMELN DER ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE
1548    # ERZEUGEN. HIERHIN WERDEN SPAETER IM FALL VON BATCH-JOBS AUCH DAS MRUN-
1549    # SCRIPTS SOWIE DIE KONFIGURATIONSDATEI KOPIERT
1550 if [[ $restart_run != true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1551 then
1552    rm -rf  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1553    mkdir   SOURCES_FOR_RUN_$fname
1554 fi
1555
1556
1557    # ALLE ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE ZUSAMMENSAMMELN
1558    # BEI BATCH-JOBS IST DIES NICHT NOETIG, WEIL DIE PROGRAMMTEILE BEREITS DURCH
1559    # DEN MRUN-AUFRUF ERMITTELT SIND, DER DEN BATCH-JOB GENERIERT HAT, UND
1560    # IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN_... ABGELEGT SIND
1561 if [[ $do_compile = true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1562 then
1563
1564    [[ "$source_list" = LM ]]  &&  source_list=LOCALLY_MODIFIED
1565    [[ "$source_list" = WP ]]  &&  source_list=WRITE_PERMIT
1566
1567
1568       # EVTL. ZU UEBERSETZENDE PROGRAMMTEILE DADURCH BESTIMMEN, DASS GEPRUEFT
1569       # WIRD, WELCHE DATEIEN WRITE-PERMIT BESITZEN (DATEIEN SOLLTEN DESHALB
1570       # UNTER RCS-KONTROLLE STEHEN). MIT DER VARIABLEN EXCLUDE KOENNEN
1571       # BESTIMMTE DATEIEN GRUNDSAETZLICH VON DER UEBERSETZUNG AUSGESCHLOSSEN
1572       # WERDEN. DIES IST NUR BEI MANUELLEM START VON MRUN DURCH DEN BENUTZER
1573       # MOEGLICH, DA BEI AUTOMATISCHEN RESTARTS TEST DURCH DIE TATSAECHLICH
1574       # ZU UBERSETZENDEN DATEIEN ERSETZT IST.
1575       # ALLE ERMITTELTEN DATEIEN WERDEN IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN_...
1576       # GESAMMELT
1577    if [[ "$source_list" = WRITE_PERMIT ]]
1578    then
1579
1580       source_list=""
1581       cd  $source_path
1582
1583
1584          # ALLE MOEGLICHEN QUELLCODEDATEIEN AUFLISTEN
1585       Names=$(ls -1 *.f90 2>&1)
1586       [[ $(echo $Names | grep -c '*.f90') = 0 ]]  &&  Filenames="$Names"
1587       Names=$(ls -1 *.F90 2>&1)
1588       [[ $(echo $Names | grep -c '*.F90') = 0 ]]  &&  Filenames="$Filenames $Names"
1589       Names=$(ls -1 *.F 2>&1)
1590       [[ $(echo $Names | grep -c '*.F') = 0   ]]  &&  Filenames="$Filenames $Names"
1591       Names=$(ls -1 *.f 2>&1)
1592       [[ $(echo $Names | grep -c '*.f') = 0   ]]  &&  Filenames="$Filenames $Names"
1593       Names=$(ls -1 *.c 2>&1)
1594       [[ $(echo $Names | grep -c '*.c') = 0   ]]  &&  Filenames="$Filenames $Names"
1595
1596
1597          # DATEIEN MIT WRITE-PERMIT NACH SOURCES_FOR_RUN_... KOPIEREN
1598       for  dateiname  in  $Filenames
1599       do
1600          if [[ -w $dateiname ]]
1601          then
1602             if [[ "$exclude" = ""  ||  $(echo $exclude | grep -c $dateiname) = 0 ]]
1603             then
1604                cp  $dateiname  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1605                source_list=$source_list"$dateiname "
1606             fi
1607          fi
1608       done
1609
1610       cd -  > /dev/null
1611
1612
1613    elif [[ "$source_list" = LOCALLY_MODIFIED ]]
1614    then
1615
1616          # MODIFIZIERTE DATEIEN DER SVN-ARBEITSKOPIE BESTIMMEN
1617       source_list=""
1618       cd  $source_path
1619
1620
1621          # PRUEFEN, OB VERZEICHNIS UEBERHAUPT UNTER SVN-KONTROLLE STEHT
1622       if [[ ! -d .svn ]]
1623       then
1624          printf "\n\n  +++ source directory"
1625          printf "\n         \"$source_path\" "
1626          printf "\n         is not under control of \"subversion\"."
1627          printf "\n         Please do not use mrun-option \"-s LOCALLY_MODIFIED\"\n"
1628       fi
1629
1630
1631          # ALLE MODIFIZIERTEN QUELLCODEDATEIEN AUFLISTEN
1632       Filenames=""
1633       svn status  >  tmp_mrun
1634       while  read line
1635       do
1636          firstc=`echo $line | cut -c1`
1637          if [[ $firstc = M  ||  $firstc = "?" ]]
1638          then
1639             Name=`echo "$line" | cut -c8-`
1640             extension=`echo $Name | cut -d. -f2`
1641             if [[ "$extension" = f90 || "$extension" = F90 || "$extension" = f || "$extension" = F || "$extension" = c ]]
1642             then
1643                Filenames="$Filenames "$Name
1644             fi
1645          fi
1646       done < tmp_mrun
1647
1648
1649          # DATEIEN NACH SOURCES_FOR_RUN_... KOPIEREN
1650       for  dateiname  in  $Filenames
1651       do
1652          cp  $dateiname  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1653          source_list=$source_list"$dateiname "
1654       done
1655
1656       cd -  > /dev/null
1657
1658
1659       # MITTELS OPTION -s ANGEGEBENE DATEIEN NACH SOURCES_FOR_RUN_... KOPIEREN
1660       # BEI AUTOMATISCHEN FORTSETZUNGSLAEUFEN SIND DORT SCHON ALLE DATEIEN
1661       # VORHANDEN
1662    elif [[ "$source_list" != ""  &&  $restart_run != true ]]
1663    then
1664
1665       cd  $source_path
1666
1667       for  filename  in  $source_list
1668       do
1669
1670             # QUELLTEXT-DATEI DARF KEINE PFADE BEINHALTEN
1671          if [[ $(print $filename | grep -c "/") != 0 ]]
1672          then
1673             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1674             printf "\n      must not contain (\"/\") "
1675             locat=source; exit
1676          fi
1677
1678          if [[ ! -f $filename ]]
1679          then
1680             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1681             printf "\n      does not exist"
1682             locat=source; exit
1683          else
1684             cp  $filename  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1685          fi
1686
1687       done
1688
1689       cd -  > /dev/null
1690
1691    fi
1692
1693
1694       # PRUEFEN, OB ENTWEDER HAUPTPROGRAMM VORHANDEN UND ES EVTL. IN DER
1695       # LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE MIT ENTHALTEN IST (WENN
1696       # NICHT, WIRD ES DIESER LISTE HINZUGEFUEGT)
1697    if [[ $restart_run != true ]]
1698    then
1699
1700       if [[ ! -f "$source_path/$mainprog" ]]
1701       then
1702          printf "\n\n  +++ main program:  $mainprog"
1703          printf "\n      does not exist in source directory"
1704          printf "\n      \"$source_path\"\n"
1705          locat=source; exit
1706       else
1707          if [[ $(echo $source_list | grep -c $mainprog) = 0 ]]
1708          then
1709             cp  $source_path/$mainprog  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1710             source_list=${mainprog}" $source_list"
1711          fi
1712       fi
1713    fi
1714
1715
1716       # MAKEFILE AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND KOPIEREN
1717       # BEI RESTART-LAEUFEN LIEGT ES SCHON IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN...
1718    if [[ "$restart_run" != true ]]
1719    then
1720       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
1721       if [[ ! -f $makefile ]]
1722       then
1723          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
1724          locat=make; exit
1725       else
1726          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
1727       fi
1728    fi
1729
1730
1731       # DATEIEN AUS ZUSAETZLICHEM QUELLVERZEICHNIS HINZUFUEGEN
1732    if [[ $restart_run != true  &&  "$add_source_path" != "" ]]
1733    then
1734
1735          # GIBT ES DAS VERZEICHNIS UEBERHAUPT?
1736       if [[ ! -d $add_source_path ]]
1737       then
1738          printf "\n\n  +++ WARNING: additional source code directory"
1739          printf "\n      \"$add_source_path\" "
1740          printf "\n      does not exist or is not a directory."
1741          printf "\n      No source code will be used from this directory!\n"
1742          add_source_path=""
1743          sleep 3
1744       else
1745
1746          cd $add_source_path
1747          found=false
1748
1749          Names=$(ls -1 *.f90 2>&1)
1750          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$Names"
1751          Names=$(ls -1 *.F90 2>&1)
1752          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1753          Names=$(ls -1 *.F 2>&1)
1754          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1755          Names=$(ls -1 *.f 2>&1)
1756          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1757          Names=$(ls -1 *.c 2>&1)
1758          [[ $(echo $Names | grep -c '*.c') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1759
1760          cd -  > /dev/null
1761          cd  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1762
1763             # COPY MAKEFILE IF EXISTING
1764          if [[ -f $add_source_path/Makefile ]]
1765          then
1766             printf "\n\n  *** user Makefile from directory"
1767             printf "\n      \"$add_source_path\" is used \n"
1768             sleep 1
1769             cp  $add_source_path/Makefile  .
1770          fi
1771
1772          for  dateiname  in  $AddFilenames
1773          do
1774             if [[ -f $dateiname ]]
1775             then
1776                printf "\n  +++ source code file \"$dateiname\" found in additional"
1777                printf "\n      source code directory \"$add_source_path\" "
1778                printf "\n      but was also given with option \"-s\" which means that it should be taken"
1779                printf "\n      from directory \"$source_path\"."
1780                locat=source; exit
1781             fi
1782
1783             cp  $add_source_path/$dateiname  .
1784             source_list="$source_list $dateiname"
1785
1786                # CHECK IF FILE IS CONTAINED IN MAKEFILE
1787             if [[ $(grep -c $dateiname Makefile) = 0 ]]
1788             then
1789                printf "\n\n  +++ user file \"$dateiname\" "
1790                printf "\n      is not listed in Makefile \n"
1791                locat=source; exit
1792             else
1793
1794                # Default User-Interface von der Liste entfernen, falls Datei
1795                # ein User-Interface enthaelt
1796#             if [[ $( cat $dateiname | grep -c "END SUBROUTINE user_parin" ) != 0 ]]
1797#             then
1798#                if [[ $dateiname != user_interface.f90  &&  -f user_interface.f90 ]]
1799#                then
1800#                   rm -rf  user_interface.f90
1801#                   source_list=`echo $source_list | sed -e 's/user_interface.f90//'`
1802#                   printf "\n\n  *** default \"user_interface.f90\" removed from the files to be translated"
1803#                   printf "\n      since a user-interface is found in file"
1804#                   printf "\n      \"$add_source_path/$dateiname\" \n"
1805#                   sleep 3
1806#                else
1807                if [[ $found = false ]]
1808                then
1809                   found=true
1810                   printf "\n\n  *** following user file(s) added to the"
1811                   printf " files to be translated:\n      "
1812                fi
1813                printf "$dateiname  "
1814                sleep 0.5
1815             fi
1816          done
1817          [[ $found = true ]]  &&  printf "\n"
1818          cd -  > /dev/null
1819       fi
1820    fi
1821
1822
1823       # ALLE UNTERPROGRAMME, DIE ZU VEREINBARTEN SOFTWAREPAKETEN GEHOEREN,
1824       # DER LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN DATEIEN HINZUFUEGEN
1825    if [[ $restart_run != true  &&  -n $package_list ]]
1826    then
1827
1828       cd  $source_path
1829
1830       for  package  in  $package_list
1831       do
1832
1833          [[ $package = "dvrp_graphics+1PE" ]]  &&  package=dvrp_graphics
1834
1835             # ERMITTELE ALLE DATEIEN, DIE ZUM PAKET GEHOEREN
1836             # FEHLERMELDUNGEN WERDEN ABGEFANGEN, DA * AUCH VERZEICHNISSNAMEN
1837             # LIEFERT
1838          package_source_list=`grep "defined( __$package " * 2>/dev/null | cut -f1 -d:`
1839
1840
1841             # FUEGE DIESE DATEIEN DER LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN DATEIEN
1842             # HINZU, FALLS SIE NOCH NICHT DAZUGEHOEREN
1843          for  source_list_name  in  $package_source_list
1844          do
1845             if [[ $(echo $source_list | grep -c $source_list_name) = 0 ]]
1846             then
1847
1848                    # NUR DATEIEN MIT GUELTIGEN ENDUNGEN VERWENDEN
1849                ending=`echo $source_list_name | cut -f2 -d.`
1850                if [[ "$ending" = f90  ||  "$ending" = F90  ||  "$ending" = f  ||  "$ending" = F  ||  "$ending" = c ]]
1851                then
1852                   cp  $source_list_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1853                   source_list="$source_list $source_list_name"
1854                fi
1855             fi
1856          done
1857       done
1858
1859       cd -  > /dev/null
1860    fi
1861
1862
1863       # MAKEFILE AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND KOPIEREN
1864       # BEI RESTART-LAEUFEN LIEGT ES SCHON IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN...
1865#    if [[ "$restart_run" != true ]]
1866#    then
1867#       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
1868#       if [[ ! -f $makefile ]]
1869#       then
1870#          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
1871#          locat=make; exit
1872#       else
1873#          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
1874#       fi
1875#    fi
1876
1877 fi  # do_compile=true
1878
1879
1880    # FALLS PROGRAMMTEILE UEBERSETZT WERDEN SOLLEN, FOLGEN JETZT EINIGE
1881    # UEBERPRUEFUNGEN UND DAS SETZEN DER PRAEPROZESSOR-DIREKTIVEN
1882 if [[ $do_compile = true ]]
1883 then
1884
1885       # PRAEPROZESSOR-DIREKTIVEN ZUM SELEKTIVEN AUSWAEHLEN VON CODETEILEN
1886       # ZUSAMMENSETZEN
1887       # DIREKTIVEN ZUM AKTIVIEREN VON RECHNERSPEZIFISCHEM CODE
1888    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1889    then
1890       cpp_options="${cpp_options},-D__ibm=__ibm"
1891    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = nec ]]
1892    then
1893       cpp_options="$cpp_options -D__nec"
1894    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-2) = lc ]]
1895    then
1896       cpp_options="$cpp_options -D__lc"
1897    else
1898       cpp_options="$cpp_options -D__$localhost"
1899    fi
1900
1901       # DIREKTIVEN DIE DURCH OPTION -K BESTIMMT WERDEN (Z.B. PARALLEL)
1902    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1903    then
1904       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond1=__$cond1"
1905       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond2=__$cond2"
1906    else
1907       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond1"
1908       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond2"
1909    fi
1910
1911       # DIREKTIVEN DIE SOFTWAREPAKETE AKTIVIEREN (OPTION -p)
1912    if [[ -n $package_list ]]
1913    then
1914       for  package  in  $package_list
1915       do
1916          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1917          then
1918             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1919             then
1920                cpp_options="${cpp_options},-D__$package=__$package"
1921             else
1922                cpp_options="${cpp_options},-D__dvrp_graphics=__dvrp_graphics"
1923                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1924             fi
1925          else
1926             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1927             then
1928                cpp_options="$cpp_options -D__$package"
1929             else
1930                cpp_options="$cpp_options -D__dvrp_graphics"
1931                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1932             fi
1933          fi
1934       done
1935    fi
1936
1937       # DIREKTIVEN DIE DURCH OPTION -D FESTGELEGT SIND
1938    if [[ -n $cpp_opts ]]
1939    then
1940       for  popts  in  $cpp_opts
1941       do
1942          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1943          then
1944             cpp_options="${cpp_options},-D__$popts=__$popts"
1945          else
1946             cpp_options="$cpp_options -D__$popts"
1947          fi
1948       done
1949    fi
1950
1951 else
1952
1953
1954       # BEI LOKALEN RECHNUNGEN PRUEFEN, OB EXECUTABLE VORHANDEN
1955    if [[ $do_remote = false ]]
1956    then
1957       if [[ ! -f $executable ]]
1958       then
1959          printf "\n  +++ executable file:  $executable"
1960          printf "\n      does not exist"
1961          locat=executable; exit
1962       fi
1963    fi
1964 fi
1965
1966
1967    # JOBMODUS FESTSTELLEN
1968 if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
1969 then
1970    jobmo=BATCH
1971 else
1972    jobmo=INTERACTIVE
1973 fi
1974
1975
1976    # no interactive runs on lctit
1977 if [[ $host = lctit  &&  $jobmo = INTERACTIVE  &&  $do_batch = false ]]
1978 then
1979    printf "\n  +++ no interactive runs allowed on host \"$host\" "
1980    printf "\n      please submit batch job using mrun option \"-b\" \n"
1981    locat=normal; exit
1982 fi
1983
1984
1985    # HOSTSPEZIFISCHE DEFAULT-COMPILER SETZEN, FALLS NICHT BEREITS
1986    # DURCH BENUTZER ANDERWEITIG VEREINBART
1987 if [[ "$compiler_name" = "" ]]
1988 then
1989
1990    printf "\n  +++ no compiler specified for \"$host $cond1 $cond2\""
1991    locat=compiler_name; exit
1992
1993 fi
1994
1995
1996    # COMPILER AUF RIAMS NEC UEBERSCHREIBEN
1997 [[ $localhost = necriam ]]  &&  compiler_name=mpif90
1998
1999
2000
2001    # TEMPORAEREN KATALOGNAMEN BESTIMMEN
2002 kennung=$RANDOM
2003 if [[ "$tmp_user_catalog" = "" ]]
2004 then
2005    if [[ $localhost = ibmh ]]
2006    then
2007       tmp_user_catalog=$SCRATCH
2008    elif [[ $localhost = nech ]]
2009    then
2010       tmp_user_catalog=$WRKSHR
2011    else
2012       tmp_user_catalog=/tmp
2013    fi
2014 fi
2015 TEMPDIR=$tmp_user_catalog/${usern}.$kennung
2016
2017
2018    # KATALOGNAMEN FUER ZWISCHENSPEICHERUNG VON FORTSETZUNGSLAUFDATEIEN
2019    # BESTIMMEN
2020 if [[ "$tmp_data_catalog" = "" ]]
2021 then
2022    if [[ $localhost = nech ]]
2023    then
2024       tmp_data_catalog=$WRKSHR/mrun_restart_data
2025    else
2026       tmp_data_catalog=/tmp/mrun_restart_data
2027    fi
2028 fi
2029
2030
2031    # EVENTUELL BEI LOKALEN RECHNUNGEN $-ZEICHEN IN ENVIRONMENT-VARIABLEN
2032    # ERSETZEN
2033 if [[ $do_remote = false  &&  $do_compile = true ]]
2034 then
2035    eval  fopts=\"$fopts\"
2036    eval  lopts=\"$lopts\"
2037 fi
2038
2039
2040
2041    # COMPILE- UND LINK-OPTIONEN BESTIMMEN
2042 fopts="$fopts $netcdf_inc $dvr_inc"
2043 lopts="$lopts $netcdf_lib $dvr_lib"
2044 ROPTS="$ropts"
2045 if [[ ( $(echo $host | cut -c1-3) = nec  ||  $(echo $host | cut -c1-3) = ibm  ||  $host = lckyoto  ||  $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib  ||  $host = lctit  ||  $host = lcfimm  ||  $host = lcxt4 ||  $host = lcxt5m || $host = lck )  &&  -n $numprocs ]]
2046 then
2047    XOPT="-X $numprocs"
2048 fi
2049
2050
2051
2052    # PRUEFEN DER CPU-ZEIT. (CPUMAX WIRD ALS ENV-VARIABLE VOM HAUTPRO-
2053    # GRAMM BENOETIGT
2054 done=false
2055 while [[ $done = false ]]
2056 do
2057    cputime=$cpumax
2058    if (( $cputime == 0 ))
2059    then
2060       if [[ $do_batch = true ]]
2061       then
2062          printf "\n  +++ cpu-time is undefined"
2063          printf "\n  >>> Please type CPU-time in seconds as INTEGER:"
2064          printf "\n  >>> "
2065          read  cputime  1>/dev/null  2>&1
2066       else
2067          cputime=10000000   # NO CPU LIMIT FOR INTERACTIVE RUNS
2068       fi
2069    else
2070       done=true
2071    fi
2072    cpumax=$cputime
2073 done
2074
2075 (( minuten = cputime / 60 ))
2076 (( sekunden = cputime - minuten * 60 ))
2077
2078
2079    # PRUEFEN DER KERNSPEICHERANFORDERUNG
2080 if [[ $do_batch = true ]]
2081 then
2082    done=false
2083    while [[ $done = false ]]
2084    do
2085       if (( memory == 0 ))
2086       then
2087          printf "\n  +++ memory demand is undefined"
2088          printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
2089          printf "\n  >>> "
2090          read  memory  1>/dev/null  2>&1
2091       else
2092          done=true
2093       fi
2094    done
2095 fi
2096
2097
2098    # PRUEFEN, OB FUER REMOTE-RECHNUNGEN EIN BENUTZERNAME ANGEGEBEN WURDE
2099 if [[ $do_remote = true  &&  -z $remote_username ]]
2100 then
2101    while [[ -z $remote_username ]]
2102    do
2103       printf "\n  +++ username on remote host \"$host\" is undefined"
2104       printf "\n  >>> Please type username:"
2105       printf "\n  >>> "
2106       read  remote_username
2107    done
2108    mc="$mc -u$remote_username"
2109 fi
2110
2111
2112    # set module load command and export for subjob
2113 if [[ "$modules" != "" ]]
2114 then
2115    if [[ $host = lctit ]]
2116    then
2117       export module_calls=". $modules"
2118    else
2119       export module_calls="module load ${modules};"
2120    fi
2121 fi
2122
2123    # bugfix for wrong netcdf module and for netCDF4 usage in case of mpt
2124 if [[ $host = lcsgib  ||  $host = lcsgih ]]
2125 then
2126    if [[ $(echo $module_calls | grep -c netcdf/3.6.3-intel) != 0 ]]
2127    then
2128       export module_calls="$module_calls export LD_LIBRARY_PATH=/sw/dataformats/netcdf/3.6.3-intel/lib:\$LD_LIBRARY_PATH;"
2129    fi
2130    if [[ $(echo $module_calls | grep -c mpt) != 0 ]]
2131    then
2132       export module_calls="$module_calls export LD_LIBRARY_PATH=/sw/sgi/mpt/2011-02-07/lib:\$LD_LIBRARY_PATH;"
2133       echo "*** module_calls = $module_calls"
2134    fi
2135 fi
2136
2137
2138    # SET DEFAULT VALUE FOR MPI MODULE TO BE USED ON SGI-ALTIX
2139 if [[ $host = lcsgib  ||  $host = lcsgih ]]
2140 then
2141    if [[ $(echo $modules | grep -c mpt ) != 0 ]]
2142    then
2143       mpilib=mpt
2144    elif [[ $(echo $modules | grep -c mvapich ) != 0 ]]
2145    then
2146       mpilib=mvapich
2147    fi
2148 fi
2149
2150
2151
2152###########################################################################
2153# HEADER-AUSGABE
2154###########################################################################
2155
2156
2157 calltime=$(date)
2158 printf "\n"
2159# [[ $silent = false ]]  &&  clear
2160 printf "#--------------------------------------------------------------# \n"
2161 printf "| $version$calltime | \n"
2162 printf "|                                                              | \n"
2163 spalte1="called on:"; spalte2=$localhost_realname
2164 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2165 if [[ $local_compile = false ]]
2166 then
2167    if [[ $do_remote = true ]]
2168    then
2169       spalte1="execution on:"; spalte2="$host (username: $remote_username)"
2170    else
2171       spalte1="execution on:"; spalte2="$host ($localhost_realname)"
2172    fi
2173 else
2174    spalte1="compiling test only!"; spalte2=""
2175 fi
2176 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2177 if [[ -n $numprocs ]]
2178 then
2179    spalte1="number of PEs:"; spalte2=$numprocs
2180    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2181 fi
2182 if [[ -n $tasks_per_node ]]
2183 then
2184    spalte1="tasks per node:"; spalte2="$tasks_per_node (number of nodes: $nodes)"
2185    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2186 fi
2187 if [[ $use_openmp = true ]]
2188 then
2189    spalte1="threads per task:"; spalte2="$threads_per_task"
2190    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2191 fi
2192 printf "|                                                              | \n"
2193 if [[ $do_compile = true ]]
2194 then
2195    if [[ "$mopts" != "" ]]
2196    then
2197       spalte1="make options:"; spalte2=$mopts
2198       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2199       zeile=$(echo "$mopts" | cut -c41-)
2200       while [[ "$zeile" != "" ]]
2201       do
2202          spalte1=""
2203          spalte2=$zeile
2204          printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2205          zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2206       done
2207    fi
2208
2209    spalte1="cpp directives:"; spalte2=$cpp_options
2210    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2211    zeile=$(echo "$cpp_options" | cut -c41-)
2212    while [[ "$zeile" != "" ]]
2213    do
2214       spalte1=""
2215       spalte2=$zeile
2216       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2217       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2218    done
2219
2220    spalte1="compiler options:"; spalte2="$fopts"
2221    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2222    zeile=$(echo "$fopts" | cut -c41-)
2223    while [[ "$zeile" != "" ]]
2224    do
2225       spalte1=""
2226       spalte2=$zeile
2227       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2228       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2229    done
2230
2231    spalte1="linker options:"; spalte2=$lopts
2232    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2233    zeile=$(echo "$lopts" | cut -c41-)
2234    while [[ "$zeile" != "" ]]
2235    do
2236       spalte1=""
2237       spalte2=$zeile
2238       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2239       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2240    done
2241
2242    spalte1="modules to be load:"; spalte2=$modules
2243    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2244    zeile=$(echo "$modules" | cut -c41-)
2245    while [[ "$zeile" != "" ]]
2246    do
2247       spalte1=""
2248       spalte2=$zeile
2249       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2250       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2251    done
2252
2253    spalte1="main program":; spalte2=$mainprog
2254    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2255 else
2256    spalte1=executable:; spalte2=$executable
2257    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2258 fi
2259 printf "|                                                              | \n"
2260 spalte1="base name of files":; spalte2=$fname
2261 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2262 if [[ $fname != $afname ]]
2263 then
2264    spalte1="base name of input files":; spalte2=$afname
2265    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2266 fi
2267 spalte1="INPUT control list":; spalte2=$input_list
2268 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2269 spalte1="OUTPUT control list":; spalte2=$output_list
2270 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2271
2272 if [[ $do_batch = true  ||  "$LOADLBATCH" = yes ]]
2273 then
2274    spalte1="memory demand / PE":; spalte2="$memory MB"
2275    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2276    spalte1=CPU-time:; spalte2="$minuten:$sekunden"
2277    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2278 fi
2279
2280 if [[ $do_compile = true ]]
2281 then
2282    printf "|                                                              | \n"
2283    printf "| Files to be compiled:                                        | \n"
2284    zeile=$source_list
2285    while [[ "$zeile" != "" ]]
2286    do
2287       spalte3=$zeile
2288       printf "| $spalte3 | \n"
2289       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c61-)
2290    done
2291 fi
2292 printf "#--------------------------------------------------------------#"
2293
2294
2295
2296    # BEDINGTE AUSGABE DER DATEIVERBINDUNGEN
2297 if [[ $do_trace = true ]]
2298 then
2299    (( i = 0 ))
2300    while (( i < iin ))
2301    do
2302       (( i = i + 1 ))
2303       if (( i == 1 ))
2304       then
2305          printf "\n\n >>> INPUT-file assignments:\n"
2306       fi
2307       printf "\n     ${localin[$i]} :  ${absnamein[$i]}"
2308    done
2309    (( i = 0 ))
2310    while (( i < iout ))
2311    do
2312       (( i = i + 1 ))
2313       if (( i == 1 ))
2314       then
2315          printf "\n\n >>> OUTPUT-file assignments:\n"
2316       fi
2317       printf "\n     ${localout[$i]} :  ${pathout[$i]}"
2318    done
2319    (( i = 0 ))
2320    while (( i < iic ))
2321    do
2322       (( i = i + 1 ))
2323       if (( i == 1 ))
2324       then
2325          printf "\n\n >>> INPUT-commands:\n"
2326       fi
2327       printf "\n     ${in_command[$i]}" 
2328    done
2329    (( i = 0 ))
2330    while (( i < ioc ))
2331    do
2332       (( i = i + 1 ))
2333       if (( i == 1 ))
2334       then
2335          printf "\n\n >>> OUTPUT-commands:\n"
2336       fi
2337       printf "\n     ${out_command[$i]}" 
2338    done
2339 fi
2340
2341
2342    # ABFRAGEN BEI AUFRUF AUF LOKALER MASCHINE
2343 if [[ $remotecall = false  &&  $silent = false  &&  $jobmo != BATCH ]]
2344 then
2345    antwort=dummy
2346    printf "\n\n"
2347    while [[ "$antwort" != y  &&  "$antwort" != Y  &&  "$antwort" != n  &&  "$antwort" != N ]]
2348    do
2349       printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2350       read  antwort
2351    done
2352    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
2353    then
2354       locat=user_abort; (( iec = 0 )); exit
2355    fi
2356    if [[ $do_batch = true ]]
2357    then
2358       printf " >>> batch-job will be created and submitted"
2359    else
2360       if [[ $local_compile = false ]]
2361       then
2362          printf " >>> MRUN will now continue to execute on this machine"
2363       else
2364          printf " >>> a test compilation will now be carried out on this machine"
2365       fi
2366    fi
2367 fi
2368 
2369
2370
2371
2372     # FALLS AUF DIESER MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL, WERDEN JETZT ENTSPRE-
2373     # CHENDE AKTIONEN DURCHGEFUEHRT
2374 if [[ $do_batch = false ]]
2375 then
2376
2377
2378       # TEMPORAEREN KATALOG ERZEUGEN
2379    mkdir -p  $TEMPDIR
2380    chmod  go+rx  $TEMPDIR
2381    tmpcreate=true
2382
2383       # set striping on lustre file system
2384#    if [[ $localhost = lcsgih ]]
2385#    then
2386#       lfs setstripe -s 8192k -c 16  $TEMPDIR
2387#       lfs getstripe $TEMPDIR
2388#    fi
2389
2390
2391       # SAEMTLICHE QUELLTEXT-DATEIEN BZW. AUSFUEHRBARES PROGRAMM IN
2392       # TEMPORAERES VERZEICHNIS KOPIEREN
2393    if [[ $do_compile = true ]]
2394    then
2395
2396          # ON NEC, COMPILATION IS DONE ON HOST CROSS VIA CROSS COMPILING
2397          # CREATE A TEMPORARY DIRECTORY ON THAT MACHINE (HOME MOUNTED VIA NFS)
2398       if [[ $localhost = nech ]]
2399       then
2400          TEMPDIR_COMPILE=$HOME/work/${usern}.$kennung
2401          if  mkdir -p  $TEMPDIR_COMPILE
2402          then
2403             printf "\n  *** \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2404             printf "\n      is generated as temporary directory for cross compiling\n"
2405          else
2406             printf "\n  +++ creating directory \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2407             printf "\n      needed for cross compilation failed"
2408             locat=compile
2409             exit
2410          fi
2411       else
2412          TEMPDIR_COMPILE=$TEMPDIR
2413       fi
2414
2415
2416          # PFADNAMEN FUER DAS MAKE-DEPOSITORY ERMITTELN
2417       line=""
2418       grep "%depository_path" $config_file  >  tmp_mrun
2419       while read line
2420       do
2421          if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2422          then
2423             if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f3)" = "" ]]
2424             then
2425                global_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2426             fi
2427          fi
2428       done < tmp_mrun
2429
2430       line=""
2431       grep  " $localhost" $config_file | grep "%depository_path"  >  tmp_mrun
2432       while read line
2433       do
2434          if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2435          then
2436             if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f4)" = "$cond1"  &&  "$(echo $line | cut -d" " -s -f5)" = "$cond2" ]]
2437             then
2438                local_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2439             fi
2440          fi
2441       done < tmp_mrun
2442
2443       if [[ "$local_depository_path" = "" ]]
2444       then
2445          if [[ "$global_depository_path" != "" ]]
2446          then
2447             local_depository_path=$global_depository_path
2448          else
2449             printf "\n\n  +++ no depository path found in configuration file"
2450             printf "\n      for local host \"$localhost\" "
2451             printf "\n      please set \"\%depository_path\" in configuration file\n"
2452             locat=config_file; exit
2453          fi
2454       fi
2455       eval local_depository_path=$local_depository_path
2456       [[ "$cond1" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond1
2457       [[ "$cond2" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond2
2458
2459
2460       basename=`print $mainprog | cut -f1 -d"."`
2461       eval make_depository=${local_depository_path}/${basename}_current_version.tar
2462       if [[ ! -f $make_depository ]]
2463       then
2464          printf "\n"
2465          printf "\n  *** WARNING: make depository \"$make_depository\" not found"
2466          printf "\n               \"make\" will fail, if the Makefile or other source files are missing\n"
2467       else
2468          cp  $make_depository  $TEMPDIR_COMPILE
2469          cd  $TEMPDIR_COMPILE
2470          tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
2471          cd -  > /dev/null
2472       fi
2473
2474       cp  SOURCES_FOR_RUN_$fname/*  $TEMPDIR_COMPILE
2475
2476    else
2477
2478       cp  $executable   ${TEMPDIR}/a.out
2479
2480    fi
2481
2482
2483       # WECHSEL IN TEMPORAEREN KATALOG
2484    cd  $TEMPDIR
2485    printf "\n  *** changed to temporary directory: $TEMPDIR"
2486
2487
2488       # OUTPUT-DATEI-VERBINDUNGEN AUF TEMPORAERER DATEI ABLEGEN
2489       # DIESE DATEI KANN VON SPAETER AUFZURUFENDEN BENUTZERPROZEDUREN GELESEN
2490       # WERDEN, UM ZU LOKALEN DATEINAMEN GEHOERENDE PERMANENTE NAMEN ZU
2491       # ERMITTELN
2492    (( i = 0 ))
2493    while (( i < iout ))
2494    do
2495       (( i = i + 1 ))
2496       if [[ "${actionout[$i]}" = tr  ||  "${actionout[$i]}" = tra  ||  "${actionout[$i]}" = trpe ]]
2497       then
2498          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2499       else
2500          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${frelout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2501       fi
2502    done
2503
2504
2505       # EVTL. UEBERSETZUNGSAKTIONEN STARTEN
2506    if [[ $do_compile = true ]]
2507    then
2508
2509
2510          # COMPILING WITH MAKE (ON NEC COMPILER IS CALLED ON HOST CROSS)
2511       printf "\n\n\n  *** compilation starts \n$striche\n"
2512       printf "  *** compilation with make using following options:\n"
2513       printf "      make depository:          $make_depository"
2514       if [[ "$mopts" != "" ]]
2515       then
2516          printf "      make options:             $mopts\n"
2517       fi
2518       printf "      compilername:             $compiler_name\n"
2519       printf "      compiler options:         $fopts\n"
2520       printf "      preprocessor directives:  $cpp_options \n"
2521       printf "      linker options:           $lopts \n"
2522       if [[ "$modules" != "" ]]
2523       then
2524          printf "      modules to be load:       $modules \n"
2525       fi
2526       printf "      source code files:        $source_list \n"
2527
2528       if [[ $localhost = nech ]]
2529       then
2530          ssh  136.172.44.192 -l $usern ". /SX/opt/etc/initsx.sh; $module_calls cd \$HOME/work/${usern}.$kennung; sxmake $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2531          cp  $TEMPDIR_COMPILE/a.out  .
2532          [[ $? != 0 ]]  &&  compile_error=true
2533          rm -rf  $TEMPDIR_COMPILE
2534       elif [[ $localhost = ibmh ]]
2535       then
2536          printf "      compiler is called via ssh on \"plogin1\" \n"
2537          ssh  plogin1  -l $usern  "export PATH=/sw/ibm/xlf/12.1.0.3/usr/bin:$PATH; $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2538          [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2539          continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2540       elif [[ $localhost = lcsgib ]]
2541       then
2542          printf "      compiler is called via ssh on \"bicegate0\" \n"
2543          ssh  bicegate0  -l $usern  ". /usr/share/modules/init/bash; $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2544          [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2545          continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2546       elif [[ $localhost = lcsgih ]]
2547       then
2548          printf "      compiler is called via ssh on \"hicegate0\" \n"
2549          ssh  hicegate0    -l $usern  ". /usr/share/modules/init/bash; $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" 2>&1 "
2550          [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2551          continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2552       else
2553          [[ $localhost = lcxt4 ]]  &&  . /opt/modules/default/init/ksh
2554          [[ "$module_calls" != "" ]]  &&  eval $module_calls
2555          make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2556       fi
2557
2558       if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
2559       then
2560          printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
2561          locat=compile
2562
2563  # WORKAROUND: REMOVE IF CONSTRUCT LATER, BUT KEEP THE EXIT!
2564#          if [[ $localhost != lcsgib  &&  $localhost != lcsgih ]]
2565#          then
2566             exit
2567#          else
2568#             locat=normal
2569#          fi
2570       else
2571          printf "$striche\n  *** compilation finished \n"
2572       fi
2573    fi
2574
2575
2576       # FALLS NUR TESTWEISE KOMPILIERT WERDEN SOLLTE, IST MRUN JETZT FERTIG
2577    if [[ $local_compile = true ]]
2578    then
2579       cd  $HOME
2580       rm -rf $TEMPDIR
2581       locat=local_compile; exit
2582    fi
2583
2584
2585       # BEREITSTELLEN DER INPUT-DATEIEN
2586       # SCHLEIFE UEBER ALLE VOM BENUTZER ANGEGEBENEN DATEIEN
2587    (( i = 0 ))
2588    while (( i < iin ))
2589    do
2590       (( i = i + 1 ))
2591       if (( i == 1 ))
2592       then
2593          printf "\n\n  *** providing INPUT-files:\n$striche"
2594       fi
2595
2596
2597          # OPTIONALE DATEIEN BEI NICHTVORHANDENSEIN UEBERGEHEN
2598       if [[ "${transin[$i]}" = unavailable ]]
2599       then
2600          if [[ "${extin[$i]}" = ""  ||  "${extin[$i]}" = " " ]]
2601          then
2602             printf "\n  +++ WARNING: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}\" "
2603             printf "\n               is not available!"
2604          else
2605             printf "\n  +++ WARNING: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}.${extin[$i]}\" "
2606             printf "\n               is not available!"
2607          fi
2608          continue
2609       fi
2610
2611          # PRUEFEN, OB EINZELDATEI ODER DATEI PRO PROZESSOR
2612       files_for_pes=false; datentyp=file
2613       if [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
2614       then
2615          files_for_pes=true; datentyp=directory
2616          actionin[$i]=""
2617       elif [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
2618       then
2619          actionin[$i]=""
2620       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
2621       then
2622          files_for_pes=true; datentyp=directory
2623          actionin[$i]="ar"
2624       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
2625       then
2626          actionin[$i]="ar"
2627       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
2628       then
2629          files_for_pes=true; datentyp=directory
2630          actionin[$i]="fl"
2631       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
2632       then
2633          actionin[$i]="fl"
2634       fi
2635
2636       if [[ $files_for_pes = true ]]
2637       then
2638          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}/....  to  ${localin[$i]}"
2639       else
2640          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}  to  ${localin[$i]}"
2641       fi
2642
2643          # INPUT-DATEI FUER EINEN FORTSETZUNGSLAUF. ES WIRD GEPRUEFT,
2644          # OB DIESE DATEI NOCH AUF DEM TEMPORAEREN DATENKATALOG VORHANDEN
2645          # IST. FALLS NICHT, WIRD VERSUCHT, SIE ANSCHLIESSEND VOM ARCHIV-
2646          # SERVER ZU HOLEN
2647       if [[ "${actionin[$i]}" = fl ]]
2648       then
2649          printf "\n      $datentyp will be fetched from temporary directory \"${tmp_data_catalog}\" !"
2650          if [[ $files_for_pes = false ]]
2651          then
2652             if [[ -f "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
2653             then
2654                ln  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2655                got_tmp[$i]=true
2656             elif [[ -f "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
2657             then
2658                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
2659                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
2660                cp  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2661             else
2662                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
2663                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
2664                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
2665                actionin[$i]=ar
2666             fi
2667          else
2668             if [[ -d "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
2669             then
2670                mkdir  ${localin[$i]}
2671                cd $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2672                for file in $(ls *)
2673                do
2674                   ln $file $TEMPDIR/${localin[$i]}
2675                done
2676                cd $TEMPDIR
2677                got_tmp[$i]=true
2678             elif [[ -d "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
2679             then
2680                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
2681                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
2682                cp -r  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2683             else
2684                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
2685                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
2686                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
2687                actionin[$i]=ar
2688             fi
2689          fi
2690       fi
2691
2692
2693          # DATEI LIEGT AUF ARCHIV-SERVER
2694       if [[ "${actionin[$i]}" = ar ]]
2695       then
2696
2697          if [[ $files_for_pes = false ]]
2698          then
2699             printf "\n      file will be restored from archive-system ($archive_system)!"
2700          else
2701             printf "\n      directory will be restored from archive-system ($archive_system)!"
2702          fi
2703
2704          file_restored=false
2705
2706          if [[ $archive_system = asterix ]]
2707          then
2708             do_stagein=true
2709             (( stagein_anz = 0 ))
2710             while [[ $do_stagein = true ]]
2711             do
2712                if [[ $files_for_pes = false ]]
2713                then
2714                   stagein  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
2715                else
2716                   stagein  -t  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
2717                fi
2718                cat  STAGEIN_OUTPUT
2719                if [[ $(grep -c "st.msg:i24"  STAGEIN_OUTPUT) != 0 ]]
2720                then
2721                   file_restored=true
2722                   do_stagein=false
2723                else
2724                   (( stagein_anz = stagein_anz + 1 ))
2725                   if (( stagein_anz == 10 ))
2726                   then
2727                      printf "\n  +++ stagein stoped after 10 tries"
2728                      locat=stage
2729                      exit
2730                   fi
2731                   printf "\n  +++ restoring from archive failed, trying again:"
2732                   sleep 900
2733                fi
2734             done
2735          elif [[ $archive_system = DMF ]]
2736          then
2737             if [[ $files_for_pes = false ]]
2738             then
2739                printf "\n  +++ restoring of single files impossible with $archive_system !\n"
2740                locat=DMF
2741                exit
2742             else
2743                find  $ARCHIVE/${frelin[$i]}  -type m  -print  |  dmget
2744                cp  -r $ARCHIVE/${frelin[$i]}  $PWD
2745                file_restored=true
2746             fi
2747          elif [[ $archive_system = tivoli ]]
2748          then
2749             if [[ $files_for_pes = false ]]
2750             then
2751                if [[ $localhost = lcsgih ]]
2752                then
2753                   ssh  $usern@hicedata.hlrn.de  "cp  $PERM/${frelin[$i]}  $PWD"
2754                else
2755                   ssh  $usern@bicedata.hlrn.de  "cp  $PERM/${frelin[$i]}  $PWD"
2756                fi
2757             else
2758                (( inode = 0 ))
2759                while (( inode < nodes ))
2760                do
2761                   if [[ $localhost = lcsgih ]]
2762                   then
2763                      ssh  $usern@hicedata.hlrn.de  "cd $PWD; tar  xf  $PERM/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar"
2764                   else
2765                      ssh  $usern@bicedata.hlrn.de  "cd $PWD; tar  xf  $PERM/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar"
2766                   fi
2767                   (( inode = inode + 1 ))
2768                done
2769             fi
2770             file_restored=true
2771          elif [[ $archive_system = ut ]]
2772          then
2773             if [[ $files_for_pes = false ]]
2774             then
2775                cp  $UT/${frelin[$i]}  .
2776             else
2777                (( inode = 0 ))
2778                while (( inode < nodes ))
2779                do
2780                   tar  xf  $UT/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar
2781                   (( inode = inode + 1 ))
2782                done
2783             fi
2784             file_restored=true
2785          else
2786             printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"   restore impossible!"
2787             locat=rearchive
2788             exit
2789          fi
2790
2791          if [[ $file_restored = true ]]
2792          then
2793
2794                # DATEI AUCH AUF TEMPORAERES DATENVERZEICHNIS LEGEN, DAMIT
2795                # SIE BEI WEITEREN ZUGRIFFEN NOCH VORHANDEN IST
2796             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog; chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
2797             if [[ $files_for_pes = false ]]
2798             then
2799                ln  -f  ${frelin[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2800             else
2801                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2802                ln  -f  ${frelin[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2803             fi
2804             got_tmp[$i]=true
2805
2806                # DATEI UNTER LOKALEM NAMEN ZUR VERFUEGUNG STELLEN
2807             mv  ${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2808
2809          fi
2810       fi
2811
2812
2813          # DATEI LIEGT IM VOM BENUTZER ANGEGEBENEN VERZEICHNIS
2814       if [[ "${actionin[$i]}" = ""  ||  "${actionin[$i]}" = "di"  ||  "${actionin[$i]}" = "npe" ]]
2815       then
2816
2817          if [[ "${actionin[$i]}" = "npe"  &&  -n $numprocs ]]
2818          then
2819
2820                # DATEI WIRD FUER DIE PROZESSOREN EINES PARALLERECHNERS BEREITGESTELLT
2821             printf "\n      file will be provided for $numprocs processors"
2822             mkdir  ${localin[$i]}
2823             ival=$numprocs
2824             (( ii = 0 ))
2825             while (( ii <= ival-1 ))
2826             do
2827                if (( ii < 10 ))
2828                then
2829                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_000$ii
2830                elif (( ii < 100 ))
2831                then
2832                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_00$ii
2833                elif (( ii < 1000 ))
2834                then
2835                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_0$ii
2836                else
2837                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_$ii
2838                fi
2839                (( ii = ii + 1 ))
2840             done
2841
2842          else
2843
2844             if [[ $files_for_pes = true ]]
2845             then
2846
2847                   # DIE DEN PROZESSOREN EINES PARALLELRECHNERS ZUGEHOERIGEN
2848                   # DATEIEN WERDEN BEREITGESTELLT, INDEM ZUERST DER GESAMTE
2849                   # KATALOGINHALT KOPIERT UND DANN DIE EINZELNEN DATEIEN
2850                   # PER MOVE UMBENANNT WERDEN
2851                printf "\n      providing $numprocs files for the respective processors"
2852                mkdir  ${localin[$i]}
2853                if [[ $link_local_input = true ]]
2854                    then
2855                    printf "      using ln -f\n"
2856                    cd ${absnamein[$i]}
2857                    for file in $(ls *)
2858                      do
2859                      ln -f $file  ${localin[$i]}
2860                    done
2861                    cd $TEMPDIR
2862                fi
2863                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp -r"
2864                if [[ ! -f "${localin[$i]}/_0000" ]]
2865                    then
2866                    if [[ $link_local_input = true ]]
2867                        then
2868                        printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
2869                    fi
2870                    cp -r  ${absnamein[$i]}/*  ${localin[$i]}
2871                fi
2872
2873             else
2874                   # BEREITSTELLUNG AUF EINPROZESSORRECHNERN
2875                if [[ $link_local_input = true ]]
2876                then
2877                    printf "      using ln -f\n"
2878                    ln -f  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
2879                fi
2880                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp"
2881                if [[ ! -f "${localin[$i]}" ]]
2882                then
2883                    if [[ $link_local_input = true ]]
2884                    then
2885                        printf "      ln failed, using cp...\n"
2886                    fi
2887                    cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
2888                fi
2889             fi
2890          fi
2891       fi
2892
2893    done
2894    if (( i != 0 ))
2895    then
2896       printf "\n$striche\n  *** all INPUT-files provided \n"
2897    fi
2898
2899
2900       # EVENTUELLE INPUT-KOMMANDOS ABARBEITEN
2901    (( i = 0 ))
2902    while (( i < iic ))
2903    do
2904       (( i = i + 1 ))
2905       if (( i == 1 ))
2906       then
2907          printf "\n\n  *** execution of INPUT-commands:\n$striche"
2908       fi
2909       printf "\n  >>> ${in_command[$i]}"
2910       eval  ${in_command[$i]}
2911       if (( i == iic ))
2912       then
2913          printf "\n$striche\n"
2914       fi
2915    done
2916
2917
2918       # VERBLEIBENDE CPU-ZEIT BERECHNEN
2919    cpurest=${cpumax}.
2920
2921
2922       # START DVR STREAMING SERVER
2923    if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
2924    then
2925       if [[ "$dvr_server" != "" ]]
2926       then
2927
2928          printf "\n\n  *** preparing the dvr streaming server configuration file"
2929
2930             # Check, if a dvr server is already running
2931          running_dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config | grep -v grep) | cut -d" " -f2`
2932          if [[ "$running_dvrserver_id" != "" ]]
2933          then
2934
2935             printf "\n\n  +++ WARNING: A dvr server with id=$running_dvrserver_id is already running!"
2936             printf "\n      This server is used instead starting a new one!"
2937             printf "\n      If required, script \"process_dvr_output\" has to be run manually."
2938
2939          else
2940
2941                # COPY CONFIGURATION FILE FOR STREAMING SERVER FROM REPOSITORY TO HERE
2942             if [[ -f ${PALM_BIN}/.dvrserver.config ]]
2943             then
2944                cp  ${PALM_BIN}/.dvrserver.config  .
2945
2946                   # Entering the BASEDIR, UID and GID into this file
2947                user_id=`id -u`
2948                group_id=`id -g`
2949                   # & is needed as seperator, because TEMPDIR contains /
2950                sed "s&<replace by dvr data directory>&${TEMPDIR}&g" .dvrserver.config > .dvrserver.1
2951                sed "s/<replace by user id>/$user_id/g"    .dvrserver.1 > .dvrserver.2
2952                sed "s/<replace by group id>/$group_id/g"  .dvrserver.2 > .dvrserver.3
2953                mv  .dvrserver.3  .dvrserver.config
2954                rm  .dvrserver.1  .dvrserver.2
2955
2956                   # Start dvr server in background, get his id and print on terminal
2957                $dvr_server  .dvrserver.config  >>  DVR_LOGFILE  2>&1  &
2958                dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config) | cut -d" " -f2`
2959                printf "\n  *** streaming server with id=$dvrserver_id is started in background"
2960                local_dvrserver_running=.TRUE.
2961             else
2962                printf "\n  +++ missing file \".dvrserver.config\" in directory:"
2963                printf "\n      \"$PALM_BIN\" "
2964                locat=dvr
2965                exit
2966             fi
2967
2968          fi
2969
2970       else
2971          printf "\n\n  --- INFORMATIVE: no dvr streaming server will be started"
2972       fi
2973    fi
2974
2975
2976       # NAMELIST-DATEI MIT WERTEN VON ENVIRONMENT-VARIABLEN ERZEUGEN (ZU
2977       # LESEN VON PALM)
2978    cat  >  ENVPAR  <<  %%END%%
2979 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$localhost',
2980          write_binary = '$write_binary', tasks_per_node = $tasks_per_node,
2981          maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
2982          revision = '$global_revision',
2983          local_dvrserver_running = $local_dvrserver_running /
2984
2985%%END%%
2986
2987
2988       # PROGRAMMSTART
2989    printf "\n\n  *** execution starts in directory\n      \"`pwd`\"\n$striche\n"
2990    PATH=$PATH:$TEMPDIR
2991
2992       # MPI debug option (argument checking, slows down execution due to increased latency)
2993    if [[ "$mpi_debug" = true ]]
2994    then
2995       export MPI_CHECK_ARGS=1
2996       printf "\n  +++ MPI_CHECK_ARGS=$MPI_CHECK_ARGS"
2997    fi
2998
2999    if [[ "$totalview" = true ]]
3000    then
3001       printf "\n *** totalview debugger will be used"
3002       tv_opt="-tv"
3003    else
3004       tv_opt=""
3005    fi
3006
3007    if [[ "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ]]
3008    then
3009       if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
3010       then
3011          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-5) != lcsgi ]]
3012          then
3013             printf "\n  +++ debug is allowed in interactive mode only"
3014             locat=debug
3015             exit
3016          fi
3017       fi
3018       if [[ $localhost = decalpha ]]
3019       then
3020          dxladebug  a.out
3021       elif [[ $localhost = ibmh ]]
3022       then
3023
3024             # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
3025          export MP_SHARED_MEMORY=yes
3026          export AIXTHREADS_SCOPE=S
3027          export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3028          export AUTHSTATE=files
3029          export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
3030
3031             # FOLLOWING OPTIONS ARE MANDATORY FOR TOTALVIEW
3032          export MP_ADAPTER_USE=shared
3033          export MP_CPU_USE=multiple
3034          export MP_TIMEOUT=1200
3035
3036          unset  MP_TASK_AFFINITY
3037
3038             # SO FAR, TOTALVIEW NEEDS HOSTFILE MECHANISM FOR EXECUTION
3039          #(( ii = 1 ))
3040          #while (( ii <= $numprocs ))
3041          #do
3042          #   echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3043          #   (( ii = ii + 1 ))
3044          #done
3045          #export MP_HOSTFILE=hostfile
3046
3047          if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
3048          then
3049             totalview   poe  a.out  $ROPTS
3050          else
3051             echo totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1   $ROPTS
3052             export TVDSVRLAUNCHCMD=ssh
3053             totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1   $ROPTS
3054          fi
3055       elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-5) = lcsgi ]]
3056       then
3057             # CURRENTLY NO DEBUGGER ON LCSGI
3058          if [[ $run_coupled_model = true ]]
3059          then
3060             printf "\n  +++ no debug in coupled mode available on \"$localhost\" "
3061             locat=debug
3062             exit
3063          else
3064             echo "no_coupling"  >  runfile_atmos
3065          fi
3066          (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3067          export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3068          echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3069          if [[ $threads_per_task != 1 ]]
3070          then
3071             printf "\n      threads per task: $threads_per_task"
3072          fi
3073          printf "\n\n"
3074          if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3075          then
3076#             export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
3077             if [[ "$totalview" = true ]]
3078             then
3079                printf "\n     running totalview debugger"
3080                mpiexec_mpt $tv_opt -n $ii   ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3081             else
3082                mpiexec_mpt -np $ii   ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3083             fi
3084          elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3085          then
3086#             ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
3087#             export MV2_NUM_PORTS=2
3088#             export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
3089             if [[ "$totalview" = true ]]
3090             then
3091                printf "\n     running totalview debugger"
3092                mpiexec $tv_opt ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3093             else
3094                mpiexec    ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3095             fi
3096          fi
3097       else 
3098          printf "\n  +++ no debug available on \"$localhost\" "
3099          printf "\n      or not implemented in mrun so far"
3100          locat=debug
3101          exit
3102       fi
3103
3104       # end debug mode
3105    else
3106
3107          # normal execution
3108       if [[ -n $numprocs ]]
3109       then
3110             # RUNNING THE PROGRAM ON PARALLEL MACHINES
3111          if [[ $(echo $host | cut -c1-3) = ibm ]]
3112          then
3113                # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
3114             if [[ $host != ibmh  &&  $host != ibmkisti ]]
3115             then
3116                export MP_SHARED_MEMORY=yes
3117                export AIXTHREAD_SCOPE=S
3118                export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3119                export XLSMPOPTS="spins=0:yields=0:stack=20000000"
3120                export AUTHSTATE=files
3121                export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
3122                #  export MP_PRINTENV=yes
3123
3124                   # TUNING-VARIABLEN ZUR VERBESSERUNG DER KOMMUNIKATION
3125                   # ZEIGEN ABER DERZEIT (SEP 04, FEDERATION) KAUM WIRKUNG
3126                export MP_WAIT_MODE=poll
3127                [[ $node_usage = not_shared ]]  &&  export MP_SINGLE_THREAD=yes
3128             fi
3129
3130             if [[ $host = ibmkisti ]]
3131             then
3132                export LANG=en_US
3133                export MP_SHARED_MEMORY=yes
3134                if [[ $threads_per_task = 1 ]]
3135                then
3136                   export MP_SINGLE_THREAD=yes
3137                   export MEMORY_AFFINITY=MCM
3138                else
3139                   export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3140                fi
3141             fi
3142
3143             if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
3144             then
3145                printf "\n--- Control: OMP_NUM_THREADS = \"$OMP_NUM_THREADS\" \n"
3146                if [[ "$cond1" = hpmcount  ||  "$cond2" = hpmcount ]]
3147                then
3148                   /opt/optibm/HPM_2_4_1/bin/hpmcount  a.out  $ROPTS
3149                else
3150                   if [[ $run_coupled_model = false ]]
3151                   then
3152                      if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3153                      then
3154                         echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3155                      else
3156                         echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3157                      fi
3158                   else
3159                      (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3160                      (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3161                      printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3162                      printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3163                      printf "\n\n"
3164                      echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3165                   fi
3166                   poe ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3167                fi
3168             else
3169                if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibms ]]
3170                then
3171                   poe  a.out  -procs $numprocs  -nodes 1  -rmpool 0  $ROPTS
3172                elif [[ $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku  ||  $localhost = ibmy ]]
3173                then
3174                   if [[ -f $hostfile ]]
3175                   then
3176                      cp  $hostfile  hostfile
3177                   else
3178                      (( ii = 1 ))
3179                      while (( ii <= $numprocs ))
3180                      do
3181                         echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3182                         (( ii = ii + 1 ))
3183                      done
3184                   fi
3185                   export MP_HOSTFILE=hostfile
3186                   if [[ $run_coupled_model = false ]]
3187                   then
3188                      if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3189                      then
3190                         echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3191                      else
3192                         echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3193                      fi
3194                   else
3195                      (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3196                      (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3197                      printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3198                      printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3199                      printf "\n\n"
3200                      echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3201                   fi
3202                   if [[ $localhost = ibmy ]]
3203                   then
3204                      ./a.out  -procs $tasks_per_node  $ROPTS  <  runfile_atmos
3205                   else
3206                      poe  ./a.out  -procs $numprocs $ROPTS  <  runfile_atmos
3207                   fi
3208
3209                else
3210                   if [[ "$host_file" = "" ]]
3211                   then
3212                      printf "\n  +++ no hostfile given in configuration file"
3213                      locat=config_file
3214                      exit
3215                   else
3216                      eval host_file=$host_file
3217                   fi
3218                   export MP_HOSTFILE=$host_file
3219                   poe  a.out  -procs $numprocs  -tasks_per_node $numprocs  $ROPTS
3220                fi
3221             fi
3222          elif [[ $host = nech  ||  $host = necriam ]]
3223          then
3224             (( ii = nodes ))
3225             if [[ $ii = 1 ]]
3226             then
3227                export F_ERRCNT=0        # acceptable number of errors before program is stopped
3228                export MPIPROGINF=YES
3229                #  export F_TRACE=YES|FMT1|FMT2  # output of ftrace informations to job protocol
3230                echo "*** execution on single node with mpirun"
3231                mpirun  -np $numprocs  ./a.out  $ROPTS
3232             else
3233                (( i = 0 ))
3234                while (( i < ii ))
3235                do
3236                   echo "-h $i  -p $tasks_per_node  -e ./mpi_exec_shell"  >>  multinode_config
3237                   (( i = i + 1 ))
3238                done
3239
3240                echo "#!/bin/sh"                         >   mpi_exec_shell
3241                echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3242                echo "set -u"                            >>  mpi_exec_shell
3243                echo "F_ERRCNT=0"                        >>  mpi_exec_shell
3244                echo "MPIPROGINV=YES"                    >>  mpi_exec_shell
3245                echo "OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task" >>  mpi_exec_shell
3246                echo "cpurest=$cpurest"                  >>  mpi_exec_shell
3247                echo "fname=$fname"                      >>  mpi_exec_shell
3248                echo "localhost=$localhost"              >>  mpi_exec_shell
3249                echo "return_addres=$return_addres"      >>  mpi_exec_shell
3250                echo "return_username=$return_username"  >>  mpi_exec_shell
3251                echo "tasks_per_node=$tasks_per_node"    >>  mpi_exec_shell
3252                echo "write_binary=$write_binary"        >>  mpi_exec_shell
3253                echo "use_seperate_pe_for_dvrp_output=$use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3254                echo "  "                                >>  mpi_exec_shell
3255                echo "export F_ERRCNT"                   >>  mpi_exec_shell
3256                echo "export MPIPROGINV"                 >>  mpi_exec_shell
3257                echo "export OMP_NUM_THREADS"            >>  mpi_exec_shell
3258                echo "export cpurest"                    >>  mpi_exec_shell
3259                echo "export fname"                      >>  mpi_exec_shell
3260                echo "export localhost"                  >>  mpi_exec_shell
3261                echo "export return_addres"              >>  mpi_exec_shell
3262                echo "export return_username"            >>  mpi_exec_shell
3263                echo "export tasks_per_node"             >>  mpi_exec_shell
3264                echo "export write_binary"               >>  mpi_exec_shell
3265                echo "export use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3266                echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3267                echo "exec  ./a.out"                     >>  mpi_exec_shell
3268
3269                chmod u+x  mpi_exec_shell
3270                export MPIPROGINF=YES
3271                mpirun  -f multinode_config  &
3272                wait
3273
3274             fi
3275          elif [[ $(echo $host | cut -c1-2) = lc  &&  $host != lckyoto &&  $host != lctit ]]
3276          then
3277
3278                # COPY HOSTFILE FROM SOURCE DIRECTORY OR CREATE IT, IF IT
3279                # DOES NOT EXIST
3280             if [[ $host != lcsgih  &&  $host != lcsgib ]]
3281             then
3282                if [[ -f $hostfile ]]
3283                then
3284                   cp  $hostfile  hostfile
3285                else
3286                   (( ii = 1 ))
3287                   while (( ii <= $numprocs / $threads_per_task ))
3288                   do
3289                      echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3290                      (( ii = ii + 1 ))
3291                   done
3292                fi
3293                eval zeile=\"`head -n $ii  hostfile`\"
3294                printf "\n  *** running on: $zeile"
3295             fi
3296
3297             (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3298             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3299             # echo "*** OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3300             if [[ $threads_per_task != 1 ]]
3301             then
3302                   # increase stack size to unlimited, because large runs
3303                   # may abort otherwise
3304                ulimit -Ss unlimited
3305                printf "\n      threads per task: $threads_per_task  stacksize: unlimited"
3306             fi
3307             if [[ $run_coupled_model = false ]]
3308             then
3309                if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3310                then
3311                   echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3312                else
3313                   echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3314                fi
3315                printf "\n\n"
3316                if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3317                then
3318                   if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3319                   then
3320                          # MPI_DSM_DISTRIBUTE not necessary when MPI_DSM_CPULIST is set
3321                          # export MPI_DSM_DISTRIBUTE=1
3322                          # MPI_DSM_CPULIST: pin MPI processes to cores
3323                      if [[ $use_openmp = false ]]
3324                      then
3325                         if [[ "$sgi_feature" = ice2 ]]
3326                         then
3327                            export MPI_DSM_CPULIST="0,4,1,5,2,6,3,7:allhosts"
3328                         else
3329                            export MPI_DSM_CPULIST="0,1,4,5,2,3,6,7:allhosts"
3330                         fi
3331                      else
3332                         unset MPI_DSM_CPULIST
3333                      fi
3334                          # MPI_IB_RAILS: use both IB rails on ICE2
3335                      export MPI_BUFS_PER_HOST=512
3336                      export MPI_IB_RAILS=2
3337                          # NECESSARY, IF MORE THAN 4096 PEs ARE USED
3338                      export MPI_CONNECTIONS_THRESHOLD=8192
3339                      echo "*** MPI_DSM_CPULIST=$MPI_DSM_CPULIST"
3340                      export MPI_TYPE_DEPTH=20
3341                      echo "*** MPI_TYPE_DEPTH=$MPI_TYPE_DEPTH"
3342                      export MPI_GROUP_MAX=64
3343                      echo "*** MPI_GROUP_MAX=$MPI_GROUP_MAX"
3344                      if [[ $use_openmp = true ]]
3345                      then
3346                         echo " mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos"
3347                         mpiexec -npernode $tasks_per_node $tv_opt ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3348                      else
3349                         mpiexec_mpt -np $ii $tv_opt  ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3350                      fi
3351
3352                          # next is test for openmp usage
3353                  #     echo "mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos"
3354                  #     mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3355                   elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3356                   then
3357                      export MV2_NUM_PORTS=2
3358                      #  The default setting of MV2_CPU_MAPPING gives best results
3359                      # export MV2_ENABLE_AFFINITY=1
3360                      #  export MV2_CPU_MAPPING=0,1,4,5,2,3,6,7
3361               #       if [[ "$sgi_feature" = ice2 ]]
3362               #       then
3363               #          export MV2_CPU_MAPPING=0,4,1,5,2,6,3,7
3364               #       else
3365               #          export MV2_CPU_MAPPING=0,1,4,5,2,3,6,7
3366               #       fi
3367                      if [[ $use_openmp = true ]]
3368                      then
3369                         unset MV2_CPU_MAPPING
3370                         export MV2_ENABLE_AFFINITY=0
3371                      fi
3372                      echo "*** MV2_CPU_MAPPING=$MV2_CPU_MAPPING"
3373                      echo "*** MV2_ENABLE_AFFINITY=$MV2_ENABLE_AFFINITY"
3374                      if [[ $use_openmp = true ]]
3375                      then
3376                         echo " mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos"
3377                         mpiexec -npernode $tasks_per_node $tv_opt ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3378                      else
3379                         mpiexec -np $ii $tv_opt ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3380                      fi
3381                   fi
3382                elif [[ $host = lcxt4  ||  $host = lcxt5m ]]
3383                then
3384                    aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3385                else
3386                   mpiexec  -machinefile hostfile  -n $ii  a.out  < runfile_atmos  $ROPTS
3387                fi
3388             else
3389
3390                    # currently there is no full MPI-2 support on ICE and XT4
3391                (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3392                (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3393                printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3394                printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3395                printf "\n\n"
3396
3397                if [[ $coupled_mode = "mpi2" ]]
3398                then
3399                   echo "atmosphere_to_ocean $iia $iio"  >  runfile_atmos
3400                   echo "ocean_to_atmosphere $iia $iio"  >  runfile_ocean
3401                   if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3402                   then
3403
3404                      if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3405                      then
3406#                         export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
3407                         mpiexec_mpt -np $iia  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3408                         mpiexec_mpt -np $iio  ./a.out  $ROPTS < runfile_ocean &
3409                      elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3410                      then
3411#                         ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
3412#                         export MV2_NUM_PORTS=2
3413#                         export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
3414                         mpiexec -n $iia  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3415                         mpiexec -n $iio  ./a.out  $ROPTS < runfile_ocean &
3416                      fi
3417
3418                   elif [[ $host = lcxt4  ||  $host = lcxt5m ]]
3419                   then
3420
3421                      aprun  -n $iia  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  $ROPTS  &
3422                      aprun  -n $iio  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_ocean  $ROPTS  &
3423
3424                   else
3425                          # WORKAROUND BECAUSE mpiexec WITH -env option IS NOT AVAILABLE ON SOME SYSTEMS
3426                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos &
3427                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  a.out  $ROPTS  <  runfile_ocean &
3428#                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  -env coupling_mode atmosphere_to_ocean  a.out  $ROPTS  &
3429#                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  -env coupling_mode ocean_to_atmosphere  a.out  $ROPTS  &
3430                   fi
3431                   wait
3432
3433                else
3434
3435                   echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3436                   if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3437                   then
3438
3439                      if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3440                      then
3441#                         export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
3442                         mpiexec_mpt -np $ii  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos
3443                      elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3444                      then
3445#                         ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
3446#                         export MV2_NUM_PORTS=2
3447#                         export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
3448                         mpiexec  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos
3449                      fi
3450
3451                   elif [[ $host = lcxt4  ||  $host = lcxt5m ]]
3452                   then
3453
3454                      aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  $ROPTS
3455
3456                   elif [[ $host = lck ]]
3457                   then
3458                         mpiexec -n $ii  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3459                   fi
3460                   wait
3461                fi
3462
3463             fi
3464          elif [[ $host = decalpha ]]
3465          then
3466             dmpirun  -np $numprocs  a.out  $ROPTS
3467          elif [[ $host = lckyoto ]]
3468          then
3469             set -xv
3470             export P4_RSHCOMMAND=plesh
3471             echo "     P4_RSHCOMMAND = $P4_RSHCOMMAND"
3472             if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
3473             then
3474                if [[ "$cond2" = fujitsu ]]
3475                then
3476                   mpiexec  -n $numprocs  ./a.out  $ROPTS  # for fujitsu-compiler
3477                elif [[ "cond2" = pgi ]]
3478                then
3479                   mpirun  -np $numprocs  -machinefile ${QSUB_NODEINF}  ./a.out  $ROPTS
3480                else
3481                   mpirun_rsh -np $numprocs -hostfile ${QSUB_NODEINF} MV2_USE_SRQ=0 ./a.out ${ROPTS} || /bin/true
3482                fi
3483             else
3484                if [[ "$cond2" = "" ]]
3485                then
3486                   mpiruni_rsh -np $numprocs ./a.out  $ROPTS  # for intel
3487                else
3488                   mpirun  -np $numprocs  ./a.out  $ROPTS
3489                fi
3490             fi
3491             set +xv
3492          elif [[ $host = lctit ]]
3493          then
3494             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3495             echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3496             if [[ "$threads_per_task" != 1 ]]
3497             then
3498                export MV2_ENABLE_AFFINITY=0
3499             fi
3500             echo "----- PBS_NODEFILE content:"
3501             cat $PBS_NODEFILE
3502             echo "-----"
3503             (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3504             echo "mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE ./a.out  $ROPTS"
3505             mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE ./a.out  $ROPTS
3506          else
3507             mpprun  -n $numprocs  a.out  $ROPTS
3508          fi
3509          [[ $? != 0 ]]  &&  execution_error=true
3510
3511
3512             # PERFORMANCE-AUSWERTUNG MIT APPRENTICE
3513          if [[ "$cond1" = apprentice  ||  "$cond2" = apprentice ]]
3514          then
3515             apprentice
3516          fi
3517       else
3518          a.out  $ROPTS
3519       fi
3520    fi
3521    if [[ $? != 0  ||  $execution_error = true ]]
3522    then
3523
3524          # ABBRUCH BEI LAUFZEITFEHLER
3525#       [[ ! ( "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ) ]]  &&  cat  aout_output*
3526       printf "\n  +++ runtime error occured"
3527       locat=execution
3528       exit
3529    else
3530#       [[ ! ( "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ) ]]  &&  cat  aout_output*
3531       printf "\n$striche\n  *** execution finished \n"
3532
3533          # Stop the dvr streaming server and process the dvr output in order
3534          # to create dvrs- and html-files containing all streams
3535       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
3536       then
3537          kill $dvrserver_id
3538          printf "\n  *** dvr server with id=$dvrserver_id has been stopped"
3539
3540             # If there is a directory, data have been output by the
3541             # streaming server. Otherwise, user has chosen dvrp_output=local
3542          if [[ -d DATA_DVR ]]
3543          then
3544
3545                # Add the current dvr configuration file to the dvr output
3546                # directory
3547             cp  .dvrserver.config  DATA_DVR
3548
3549                # Process the dvr output (option -s for also generating
3550                # sequence mode data)
3551             process_dvr_output  -d DATA_DVR  -f $fname  -s
3552
3553          else
3554
3555                # Process the local output
3556             process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3557
3558          fi
3559
3560       elif [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
3561       then
3562
3563             # Process dvr output generated in local mode (dvrp_output=local)
3564          process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3565
3566       fi
3567    fi
3568
3569
3570
3571       # Call of combine_plot_fields in order to merge single files written
3572       # by each PE into one file.
3573    if [[ ! -f ${PALM_BIN}/combine_plot_fields${block}.x ]]
3574    then
3575       printf "\n\n\n  +++ WARNING: no combine_plot_fields found for given block \"$cond1 $cond2\""
3576       printf "\n      2d- and/or 3d-data may be incomplete!"
3577       printf "\n      Run \"mbuild -u -h $localhost\" to generate utilities for this block.\n"
3578    else
3579       printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"combine_plot_fields${block}.x\" ..."
3580       combine_plot_fields${block}.x
3581    fi
3582
3583
3584
3585       # EVENTUELLE OUTPUT-KOMMANDOS ABARBEITEN
3586    (( i = 0 ))
3587    while (( i < ioc ))
3588    do
3589       (( i = i + 1 ))
3590       if (( i == 1 ))
3591       then
3592          printf "\n\n  *** execution of OUTPUT-commands:\n$striche"
3593       fi
3594       printf "\n  >>> ${out_command[$i]}"
3595       eval  ${out_command[$i]}
3596       if (( i == ioc ))
3597       then
3598          printf "\n$striche\n"
3599       fi
3600    done
3601
3602
3603       # EVTL. INHALT DES AKTUELLEN VERZEICHNISSES AUSGEBEN
3604    if [[ $do_trace = true ]]
3605    then
3606       printf "\n\n"
3607       ls -al
3608    fi
3609
3610
3611
3612       # OUTPUT-DATEIEN AN IHRE ZIELORTE KOPIEREN
3613    (( i = 0 ))
3614    while (( i < iout ))
3615    do
3616       (( i = i + 1 ))
3617       if (( i == 1 ))
3618       then
3619          printf "\n\n  *** saving OUTPUT-files:\n$striche"
3620       fi
3621
3622          # PRUEFEN, OB EINZELDATEI ODER DATEI PRO PROZESSOR
3623       files_for_pes=false; filetyp=file
3624       if [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
3625       then
3626          files_for_pes=true; filetyp=directory
3627          actionout[$i]=""
3628       elif [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
3629       then
3630          actionout[$i]=""
3631       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
3632       then
3633          files_for_pes=true; filetyp=directory
3634          actionout[$i]="ar"
3635       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3636       then
3637          actionout[$i]="ar"
3638       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
3639       then
3640          files_for_pes=true; filetyp=directory
3641          actionout[$i]="fl"
3642       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3643       then
3644          actionout[$i]="fl"
3645       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  -n $numprocs ]]
3646       then
3647          files_for_pes=true; filetyp=directory
3648          actionout[$i]="tr"
3649       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3650       then
3651          actionout[$i]="tr"
3652       fi
3653
3654       if [[ ! -f ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = false ]]
3655       then
3656          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}  does not exist\n"
3657       elif [[ ! -d ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = true ]]
3658       then
3659          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}/....  does not exist\n"
3660       else
3661
3662
3663             # KOPIEREN PER FTP/SCP (IMMER IM BINAERMODUS, -M: FALLS ZIELKATALOG
3664             # NICHT VORHANDEN, WIRD VERSUCHT, IHN ANZULEGEN), ABER NUR BEI
3665             # REMOTE-RECHNUNGEN
3666          if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
3667          then
3668             if [[ $localhost != $fromhost ]]
3669             then
3670                if [[ $files_for_pes = false ]]
3671                then
3672                   cps=""
3673                   cst=""
3674                else
3675                   cps=-c
3676                   cst="/"
3677                fi
3678                if [[ $localhost = nech ]]
3679                then
3680
3681                      # TRANSFER IN EIGENSTAENDIGEM JOB
3682                      # ZUERST KOPIE DER DATEI INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
3683                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
3684                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
3685                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3686                   then
3687                      ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3688                   else
3689                      mkdir  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3690                      ln  ${localout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3691                   fi
3692
3693                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
3694                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
3695
3696                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP in seperate job to"
3697                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst"
3698                   printf "\n              or higher cycle\n"
3699                   echo "batch_scp $cps -b -m -u $return_username $return_addres  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
3700
3701                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
3702
3703                   if [[ $localhost = nech ]]
3704                   then
3705                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  transfer_${localout[$i]}
3706                   else
3707                      if [[ "$LOGNAME" = b323013 ]]
3708                      then
3709                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  transfer_${localout[$i]}
3710                      else
3711                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  transfer_${localout[$i]}
3712                      fi
3713                   fi
3714
3715                else
3716
3717                      # TRANSFER INNERHALB DIESES JOBS
3718                   transfer_failed=false
3719                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP to"
3720                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst\n"
3721                   batch_scp $cps -b -m -u $return_username $return_addres  ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
3722                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
3723
3724                      # BEI FEHLGESCHLAGENEM TRANSFER SICHERUNGSKOPIE AUF
3725                      # LOKALER MASCHINE ANLEGEN
3726                   if [[ $transfer_failed = true ]]
3727                   then
3728                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on the local host under:\n"
3729                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
3730
3731                         # ERSTMAL PRUEFEN, OB VERZEICHNIS EXISTIERT. GEGEBENENFALLS
3732                         # ANLEGEN.
3733                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
3734                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
3735                      then
3736                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
3737                         printf "      $local_catalog \n"
3738                         mkdir -p  $local_catalog
3739                      fi
3740                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
3741                      transfer_problems=true
3742                   fi
3743                fi
3744             else
3745
3746                   # WERTZUWEISUNG, SO DASS WEITER UNTEN NUR KOPIERT WIRD
3747                actionout[$i]=""
3748             fi
3749          fi
3750
3751
3752             # APPEND PER FTP/SCP (IMMER IM BINAERMODUS, -M: FALLS ZIELKATALOG
3753             # NICHT VORHANDEN, WIRD VERSUCHT, IHN ANZULEGEN), ABER NUR BEI
3754             # REMOTE-RECHNUNGEN
3755          if [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
3756          then
3757             if [[ $localhost != $fromhost ]]
3758             then
3759                if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = nech ]]
3760                then
3761
3762                      # TRANSFER IN EIGENSTAENDIGEM JOB
3763                      # ZUERST KOPIE DER DATEI INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
3764                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
3765                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
3766                   ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3767
3768                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
3769                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
3770
3771                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP in seperate job to"
3772                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}"
3773                   printf "\n              or higher cycle\n"
3774                   echo "batch_scp -A -b -m -u $return_username $return_addres  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
3775
3776                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
3777
3778                   if [[ $localhost = nech ]]
3779                   then
3780                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  transfer_${localout[$i]}
3781                   else
3782                      if [[ $LOGNAME = b323013 ]]
3783                      then
3784                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  transfer_${localout[$i]}
3785                      else
3786                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  transfer_${localout[$i]}
3787                      fi
3788                   fi
3789
3790                else
3791
3792                      # TRANSFER INNERHALB DIESES JOBS
3793                   transfer_failed=false
3794                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP to"
3795                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n"
3796                   batch_scp -A -b -m -u $return_username  $return_addres ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
3797                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
3798
3799                      # BEI FEHLGESCHLAGENEM TRANSFER SICHERUNGSKOPIE AUF
3800                      # LOKALER MASCHINE ANLEGEN
3801                   if [[ $transfer_failed = true ]]
3802                   then
3803                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on the local host under:\n"
3804                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
3805
3806                         # ERSTMAL PRUEFEN, OB VERZEICHNIS EXISTIERT. GEGEBENENFALLS
3807                         # ANLEGEN
3808                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
3809                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
3810                      then
3811                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
3812                         printf "      $local_catalog \n"
3813                         mkdir -p  $local_catalog
3814                      fi
3815
3816                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
3817                      transfer_problems=true
3818                   fi
3819                fi
3820             else
3821
3822                   # WERTZUWEISUNG, SO DASS WEITER UNTEN NUR APPEND AUF
3823                   # LOKALER MASCHINE DURCHGEFUEHRT WIRD
3824                actionout[$i]=a
3825             fi
3826          fi
3827
3828
3829             # OUTPUT-DATEI FUER EINEN FORTSETZUNGSLAUF. DATEI WIRD PER
3830             # LINK AUF DEN TEMPORAEREN DATENKATALOG GELEGT. OPTION -f WIRD
3831             # VERWENDET, FALLS DORT NOCH EINE DATEI GLEICHEN NAMENS VORHANDEN
3832             # SEIN SOLLTE. ANSCHLIESSEND WIRD SEINE ARCHIVIERUNG ANGESTOSSEN
3833          if [[ "${actionout[$i]}" = fl ]]
3834          then
3835             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
3836             chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
3837             if [[ $files_for_pes = false ]]
3838             then
3839                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
3840                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
3841                ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3842             else
3843                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/....  to"
3844                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
3845                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3846                cd ${localout[$i]}
3847                for file in $(ls *)
3848                do
3849                   ln -f $file $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3850                done
3851                cd $TEMPDIR
3852             fi
3853
3854
3855                # ARCHIVIERUNGSJOB WIRD ERZEUGT UND ABGESCHICKT
3856             if [[ $store_on_archive_system = true ]]
3857             then
3858
3859                if [[ $archive_system = asterix ]]
3860                then
3861                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
3862                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3863                   then
3864                      echo "stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
3865                   else
3866                      echo "stageout -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
3867                   fi
3868                   echo "cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"               >> archive_${frelout[$i]}
3869                   echo "if [[ \$(grep -c \"st.msg:150\"  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung) != 0 ]]" >> archive_${frelout[$i]}
3870                   echo "then"                                       >> archive_${frelout[$i]}
3871                   echo "   do_stageout=false"                       >> archive_${frelout[$i]}
3872                   echo "else"                                       >> archive_${frelout[$i]}
3873                   echo "   echo \"  +++ $filetyp ${frelout[$i]}  could not be stored on archive-system\" " >> archive_${frelout[$i]}
3874                   echo "   cat  /dev/null  >  ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname" >> archive_${frelout[$i]}
3875                   echo "   cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung  >  ~/job_queue/archive_${frelout[$i]}_error" >> archive_${frelout[$i]}
3876                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} will be copied to \$WORK as backup\" " >> archive_${frelout[$i]}
3877                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3878                   then
3879                      echo "   cp   ${frelout[$i]}  \$WORK"                    >> archive_${frelout[$i]}
3880                   else
3881                      echo "   cp -r  ${frelout[$i]}  \$WORK/${frelout[$i]}"   >> archive_${frelout[$i]}
3882                   fi
3883                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} saved\" " >> archive_${frelout[$i]}
3884                   echo "fi"                                         >> archive_${frelout[$i]}
3885                   echo "rm  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"              >> archive_${frelout[$i]}
3886                elif [[ $archive_system = DMF ]]
3887                then
3888                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
3889                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3890                   then
3891                      printf "\n  +++ archiving of single files impossible with $archive_system !\n"
3892                      locat=DMF
3893                      exit
3894                   else
3895                         # FUER RECHNER IN JUELICH. DORT KOENNTEN AUCH
3896                         # EINZELNE DATEIEN GESICHERT WERDEN (SPAETER KORR.)
3897                      echo "rm -rf  \$ARCHIVE/${frelout[$i]}"     >> archive_${frelout[$i]}
3898                      echo "cp -r  ${frelout[$i]}  \$ARCHIVE"     >> archive_${frelout[$i]}
3899                   fi
3900                elif [[ $archive_system = tivoli ]]
3901                then
3902                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
3903                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3904                   then
3905                         # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
3906                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
3907                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
3908                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3909                   else
3910
3911                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
3912                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
3913                      echo "[[ ! -d \$PERM/${frelout[$i]} ]] && mkdir $PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3914                      cd  $tmp_data_catalog
3915                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
3916                      cd -  > /dev/null
3917                      (( inode = 0 ))
3918                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
3919                      while (( inode < nodes ))
3920                      do
3921#                         echo "*** all_files = \"$all_files\" "
3922                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
3923                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
3924#                         echo "*** tasks_per_node = \"$tasks_per_node\" "
3925#                         echo "*** files = \"$files\" "
3926#                         echo "*** all_files = \"$all_files\" "
3927                        echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
3928                        ### echo "tar  cvf ${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
3929                        ### echo "cp ${frelout[$i]}.node_$inode.tar \$PERM/${frelout[$i]}/"   >> archive_${frelout[$i]}
3930                         ###echo "rm ${frelout[$i]}.node_$inode.tar"   >> archive_${frelout[$i]}
3931#                         echo "dsmc incremental  \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar" >> archive_${frelout[$i]}
3932#                         echo "dsmmigrate \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar"        >> archive_${frelout[$i]}
3933                         (( inode = inode + 1 ))
3934                      done
3935#                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
3936#                      echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3937                   fi
3938                elif [[ $archive_system = ut ]]
3939                then
3940                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
3941                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3942                   then
3943                         # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
3944                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
3945                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
3946                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3947                   else
3948
3949                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
3950                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
3951                      echo "[[ ! -d \$UT/${frelout[$i]} ]] && mkdir $UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3952                      cd  $tmp_data_catalog
3953                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
3954                      cd -  > /dev/null
3955                      (( inode = 0 ))
3956                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
3957                      while (( inode < nodes ))
3958                      do
3959                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
3960                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
3961                         echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
3962                         (( inode = inode + 1 ))
3963                      done
3964                   fi
3965                elif [[ $archive_system = none ]]
3966                then
3967                   printf "              +++ archiving on $localhost not available!\n"
3968                fi
3969
3970                if [[ $archive_system != none ]]
3971                then
3972                   if [[ $localhost = lcsgih  ||  $localhost = lcsgib ]]
3973                   then
3974#                      subjob  -d  -v  -q cdata  -X 0  -m 1000  -t 43200  -c $job_catalog  archive_${frelout[$i]}
3975                      subjob   -v  -q permq  -X 1 -T 1  -m 1000  -t 172800  -c $job_catalog  archive_${frelout[$i]}
3976                   elif [[ $localhost = nech ]]
3977                   then
3978                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  archive_${frelout[$i]}
3979                   fi
3980                   printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
3981                fi
3982             else
3983                printf "              +++ caution: option -A is switched off. No archiving on $archive_system!\n"
3984             fi
3985
3986
3987                # LEERDATEI IM BENUTZERVERZEICHNIS ANLEGEN, DAMIT BEKANNT IST,
3988                # WIE DIE HOECHSTE ZYKLUSNUMMER AUF DEM ARCHIV-SYSTEM LAUTET
3989             if [[ $files_for_pes = false ]]
3990             then
3991                cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
3992             else
3993                mkdir -p  ${pathout[$i]}
3994             fi
3995
3996          fi
3997
3998
3999             # KOPIEREN AUF LOKALER MASCHINE ZUM ARCHIV-SYSTEM
4000             # AUSSERDEM MUSS LEERDATEI ANGELEGT WERDEN, DAMIT BEKANNT IST,
4001             # WIE DIE HOECHSTE ZYKLUSNUMMER AUF DEM ARCHIV-SYSTEM LAUTET
4002             # FALLS IRGENDEINE (VON MEHREREN) ARCHIVIERUNGEN SCHIEF GEHT,
4003             # WIRD FLAG GESETZT UND BLEIBT AUCH BEI WEITEREN ORDNUNGS-
4004             # GEMAESSEN ARCHIVIERUNGEN GESETZT
4005          if [[ "${actionout[$i]}" = ar ]]
4006          then
4007             if [[ $files_for_pes = false ]]
4008             then
4009                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
4010                printf "\n              ${pathout[$i]}"
4011                printf "\n              File will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
4012             else
4013                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to"
4014                printf "\n              ${pathout[$i]}"
4015                printf "\n              Directory will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
4016             fi
4017             mv  ${localout[$i]}  ${frelout[$i]}
4018
4019             file_saved=false
4020
4021             if [[ $archive_system = asterix ]]
4022             then
4023                do_stageout=true
4024                (( stageout_anz = 0 ))
4025                while [[ $do_stageout = true ]]
4026                do
4027                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4028                   then
4029                      stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
4030                   else
4031                      stageout  -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
4032                   fi
4033                   cat  STAGE_OUTPUT
4034                   if [[ $(grep -c "st.msg:150"  STAGE_OUTPUT) != 0 ]]
4035                   then
4036                      file_saved=true
4037                      do_stageout=false
4038                   else
4039                      if [[ $files_for_pes = false ]]
4040                      then
4041                         printf "\n  +++ file ${frelout[$i]}  could not be saved on archive-system"
4042                      else
4043                         printf "\n  +++ directory ${frelout[$i]} could not be saved on archive-system"
4044                      fi
4045                      (( stageout_anz = stageout_anz + 1 ))
4046                      if (( stageout_anz == 10 ))
4047                      then
4048                         printf "\n  +++ stoped after 10 unsuccessful tries!"
4049                         archive_save=false
4050                         do_stageout=false
4051                      else
4052                         printf "\n  *** new try to store on archive after 15 min:"
4053                         sleep 900
4054                      fi
4055                   fi
4056                done
4057             elif [[ $archive_system = DMF ]]
4058             then
4059                if [[ $files_for_pes = false ]]
4060                then
4061                   printf "\n  +++ archiving of single files impossible on $archive_system!\n"
4062                   locat=DMF
4063                   exit
4064                else
4065                   rm -rf  $ARCHIVE/${frelout[$i]}
4066                   cp -r  ${frelout[$i]}  $ARCHIVE
4067                fi
4068                file_saved=true
4069             elif [[ $archive_system = tivoli ]]
4070             then
4071                   # ARCHIVIERUNG NUR PER BATCH-JOB MOEGLICH
4072                   # DATEI MUSS ZWISCHENZEITLICH INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4073                   # GELEGT WERDEN
4074                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4075                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4076                if [[ $files_for_pes = false ]]
4077                then
4078                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4079                else
4080                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4081                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4082                fi
4083
4084                   # BATCH JOB GENERIEREN UND ABSCHICKEN; DATEI MUSS WIEDER
4085                   # AUS TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS ENTFERNT WERDEN
4086                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
4087                if [[ $files_for_pes = false ]]
4088                then
4089                      # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4090                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4091                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4092                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
4093                else
4094                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4095                   echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4096                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
4097                fi
4098
4099                subjob  -v  -d  -q cdata  -X 0  -m 1000  -t 43200  -c $job_catalog  archive_${frelout[$i]}
4100                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4101                file_saved=true
4102
4103             elif [[ $archive_system = ut ]]
4104             then
4105                   # ARCHIVIERUNG NUR PER BATCH-JOB MOEGLICH
4106                   # DATEI MUSS ZWISCHENZEITLICH INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4107                   # GELEGT WERDEN
4108                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4109                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4110                if [[ $files_for_pes = false ]]
4111                then
4112                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4113                else
4114                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4115                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4116                fi
4117
4118                   # BATCH JOB GENERIEREN UND ABSCHICKEN; DATEI MUSS WIEDER
4119                   # AUS TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS ENTFERNT WERDEN
4120                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
4121                if [[ $files_for_pes = false ]]
4122                then
4123                      # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4124                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4125                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4126                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
4127                else
4128                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4129                   echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4130                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
4131                fi
4132
4133                subjob  -v  -c /pf/b/$usern/job_queue  -d  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  archive_${frelout[$i]}
4134                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4135                file_saved=true
4136
4137             else
4138                printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"  archiving impossible!"
4139                archive_save=false
4140             fi
4141             if [[ $file_saved = true ]]
4142             then
4143                if [[ $files_for_pes = false ]]
4144                then
4145                   cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
4146                else
4147                   mkdir -p  ${pathout[$i]}
4148                fi
4149             fi
4150          fi
4151
4152             # APPEND AUF LOKALER MASCHINE
4153          if [[ "${actionout[$i]}" = "a" ]]
4154          then
4155             printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}\n"
4156             cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}
4157          fi
4158
4159             # KOPIEREN AUF LOKALER MASCHINE
4160             # ES MUSS KOPIERT WERDEN, DA MOVE NICHT UEBER FILESYSTEM HINAUS MOEGLICH
4161          if [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = false ]]
4162          then
4163
4164                # KOPIEREN AUF EINPROZESSORMASCHINE
4165             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
4166             then
4167                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
4168                if [[ $link_local_output = true ]]
4169                then
4170                    printf "      using ln -f\n"
4171                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4172                fi
4173                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
4174                if [[ ! -f "${pathout[$i]}.${extout[$i]}" ]]
4175                then
4176                    if [[ $link_local_output = true ]]
4177                    then
4178                        printf "      ln failed, using cp...\n"
4179                    fi
4180                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4181                fi
4182             else
4183                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}\n"
4184                if [[ $link_local_output = true ]]
4185                then
4186                    printf "      using ln -f\n"
4187                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4188                fi
4189                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
4190                if [[ ! -f "${pathout[$i]}" ]]
4191                then
4192                    if [[ $link_local_output = true ]]
4193                    then
4194                        printf "      ln failed, using cp...\n"
4195                    fi
4196                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4197                fi
4198             fi
4199
4200          elif [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = true ]]
4201          then
4202
4203                # DIE DEN PROZESSOREN EINES PARALLELRECHNERS ZUGEHOERIGEN
4204                # DATEIEN WERDEN ERST IN EINEM KATALOG GESAMMELT UND DIESER
4205                # WIRD DANN KOPIERT
4206                # PER MOVE UMBENANNT WERDEN
4207             printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to  ${pathout[$i]}\n"
4208             if [[ $link_local_output = true ]]
4209             then
4210                 printf "      using ln -f\n"
4211                 mkdir  ${pathout[$i]}
4212                 cd ${localout[$i]}
4213                 for file in $(ls *)
4214                 do
4215                   ln -f $file  ${pathout[$i]}
4216                 done
4217                 cd $TEMPDIR
4218             fi
4219             # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp -r"
4220             if [[ ! -f "${pathout[$i]}/_0000" ]]
4221             then
4222                 if [[ $link_local_output = true ]]
4223                 then
4224                     printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
4225                 fi
4226                 cp -r  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4227             fi
4228
4229          fi
4230       fi
4231    done
4232    if (( i != 0 ))
4233    then
4234       if [[ $transfer_problems = true ]]
4235       then
4236          printf "\n$striche\n  *** OUTPUT-files saved"
4237          printf "\n  +++ WARNING: some data transfers failed! \n"
4238       else
4239          printf "\n$striche\n  *** all OUTPUT-files saved \n"
4240       fi
4241    fi
4242
4243
4244       # EVENTUELL FOLGEJOB STARTEN
4245       # DATEI CONTINUE_RUN MUSS VOM BENUTZERPROGRAMM AUS ERZEUGT WERDEN
4246    if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4247    then
4248
4249       if [[ $archive_save = true ]]
4250       then
4251
4252             # ZUERST IN MRUN-AUFRUF OPTIONEN FUER FORTSETZUNGSLAUF, FUER
4253             # STILLES ABARBEITEN (OHNE INTERAKTIVE RUECKFAGEN) UND FUER
4254             # BATCH-BETRIEB (NUR WICHTIG, FALLS BATCH AUF LOKALER MASCHINE
4255             # DURCHGEFUEHRT WERDEN SOLL) EINFUEGEN, FALLS NICHT BEREITS VOR-
4256             # HANDEN
4257          [[ $(echo $mc | grep -c "\-C") = 0 ]]  &&  mc="$mc -C"
4258          [[ $(echo $mc | grep -c "\-v") = 0 ]]  &&  mc="$mc -v"
4259          [[ $(echo $mc | grep -c "\-b") = 0 ]]  &&  mc="$mc -b"
4260          if [[ $(echo $mc | grep -c "#") != 0 ]]
4261          then
4262             mc=`echo $mc | sed 's/#/f/g'`
4263          fi
4264
4265
4266             # JOB STARTEN
4267          printf "\n\n  *** initiating restart-run on \"$return_addres\" using command:\n"
4268          echo "      $mc"
4269          printf "\n$striche\n"
4270          if [[ $localhost != $fromhost ]]
4271          then
4272
4273             if [[ $localhost = lcsgih  ||  $localhost = lcsgib  ||  $localhost = nech  ||  $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku  ||  $localhost = ibms ]]
4274             then
4275                echo "*** ssh will be used to initiate restart-runs!"
4276                echo "    return_addres=\"$return_addres\" "
4277                echo "    return_username=\"$return_username\" "
4278                if [[ $(echo $return_addres | grep -c "130.75.105") = 1 ]]
4279                then
4280                   ssh $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export LD_LIBRARY_PATH=\$LD_LIBRARY_PATH:/muksoft/packages/intel/Compiler/11.0/083/lib/intel64/;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4281                else
4282                   if [[ $localhost = ibmkisti ]]
4283                   then
4284                      ssh $usern@gaiad "ssh $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4285                   else
4286                      ssh $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4287                   fi
4288                fi
4289             else
4290                printf "\n  +++ no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
4291                locat=restart; exit
4292             fi
4293
4294                # WARTEN, DAMIT SICH RESTART JOB IN QUEUE EINREIHEN KANN, BEVOR
4295                # DER AKTUELLE JOB ENDET
4296             if [[ $queue = special1q ]]
4297             then
4298                sleep 120
4299             else
4300                sleep 30
4301             fi
4302
4303          else
4304
4305                # BEI RECHNUNGEN AUF LOKALER MASCHINE KANN MRUN DIREKT AUFGE-
4306                # RUFEN WERDEN, AUSSER AUF lcfimm
4307             cd $LOCAL_PWD
4308             if [[ $localhost = lcfimm ]]
4309             then
4310                ssh $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc " 
4311             else
4312                eval  $mc                # ' MUESSEN AUSGEWERTET WERDEN
4313             fi
4314             cd -  > /dev/null
4315          fi
4316          printf "\n$striche\n  *** restart-run initiated \n"
4317
4318
4319             # EVENTUELL INPUT-DATEIEN, DIE VON TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS
4320             # GEHOLT WORDEN SIND, LOESCHEN
4321          (( i = 0 ))
4322          while (( i < iin ))
4323          do
4324             (( i = i + 1 ))
4325             if [[ "${got_tmp[$i]}" = true   &&  $keep_data_from_previous_run = false ]]
4326             then
4327                rm -r  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
4328             fi
4329          done
4330
4331       else
4332
4333          printf "\n  +++ no restart-run possible, since errors occured"
4334          printf "\n      during the archive process"
4335       fi
4336
4337    fi
4338
4339
4340   
4341       # EVTL. EMAIL-BENACHRICHTIGUNG UEBER ABGESCHLOSSENEN LAUF
4342    if [[ "$email_notification" != "none" ]]
4343    then
4344
4345       if [[ $localhost != $fromhost ]]
4346       then
4347          if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4348          then
4349             echo "PALM restart run necessary"        >   email_text
4350             echo "description header of actual run:" >>  email_text
4351             cat  CONTINUE_RUN                        >>  email_text
4352             echo "mrun-command to restart:"          >>  email_text
4353             echo "$mc"                               >>  email_text
4354          else
4355             echo "PALM run with base filename \"$fname\" on host \"$localhost\" finished"  >  email_text
4356          fi
4357          mail  $email_notification  <  email_text
4358          printf "\n  *** email notification sent to \"$email_notification\" "
4359       fi
4360    fi
4361
4362
4363
4364       # ALLE ARBEITEN BEENDET. TEMPORAERER KATALOG KANN GELOESCHT WERDEN
4365    cd  $HOME
4366    [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
4367
4368 else
4369
4370
4371       # FALLS AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL, WERDEN JETZT ENTSPRE-
4372       # CHENDE AKTIONEN DURCHGEFUEHRT
4373
4374       # MRUN-BEFEHL FUER REMOTE-MASCHINE ZUSAMMENSTELLEN
4375    mrun_com="$mrun_script_name -a $afname -c $config_file -d $fname -h $host -H $fromhost -m $memory -t $cpumax -q \$queue -R $return_addres -U $return_username -u $remote_username"
4376    [[ "$cpp_opts" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -D \"$cpp_opts\""
4377    [[ "$global_revision" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -G \"$global_revision\""
4378    [[ $group_number != none ]]   &&  mrun_com=${mrun_com}" -g $group_number"
4379    [[ $do_compile = true ]]      &&  mrun_com=${mrun_com}" -s \"$source_list\""
4380    [[ "$input_list" != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -i \"$input_list\""
4381    [[ $ignore_archive_error = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -I"
4382    [[ $keep_data_from_previous_run = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -k"
4383    [[ "$additional_conditions" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -K \"$additional_conditions\""
4384#    [[ "$makefile" != "$source_path/Makefile" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -M \"$makefile\""
4385    [[ "$output_list" != "" ]]    &&  mrun_com=${mrun_com}" -o \"$output_list\""
4386    [[ "$read_from_config" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -S"
4387    [[ $do_trace = true ]]        &&  mrun_com=${mrun_com}" -x"
4388    [[ "$numprocs" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -X $numprocs"
4389    if [[ $use_openmp = true ]]
4390    then
4391       mrun_com=${mrun_com}" -O $threads_per_task"
4392    fi
4393    [[ "$tasks_per_node" != "" ]] &&  mrun_com=${mrun_com}" -T $tasks_per_node"
4394    [[ $store_on_archive_system = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -A"
4395    [[ $package_list != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -p \"$package_list\""
4396    [[ $return_password != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -P $return_password"
4397    [[ $delete_temporary_catalog = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -B"
4398    [[ $node_usage != default  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla"  &&  $node_usage != novice ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -n $node_usage"
4399    [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -y"
4400    [[ $run_coupled_model = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Y \"$coupled_dist\""
4401    if [[ $do_remote = true ]]
4402    then
4403       printf "\n>>>> MRUN-command on execution host:\n>>>> $mrun_com \n"
4404    fi
4405
4406
4407       # ZUSAMMENSTELLUNG DES JOBSCRIPTS AUF DATEI jobfile
4408    jobfile=jobfile.$RANDOM
4409
4410
4411       # TEMPORAERES VERZEICHNIS GENERIEREN UND NACH DORT WECHSELN
4412    echo  "mkdir  $TEMPDIR"      >>  $jobfile
4413    echo  "cd  $TEMPDIR"         >>  $jobfile
4414
4415
4416       # EVENTUELL FEHLERVERFOLGUNG AKTIVIEREN
4417    if [[ $do_trace = true ]]
4418    then
4419       echo  "set -x"                                    >>  $jobfile
4420    else
4421       echo  "set +vx"                                   >>  $jobfile
4422    fi
4423
4424
4425       # BEREITSTELLUNG VON QUELLTEXTEN, MRUN-SCRIPTS UND KONFIGURATIONS-
4426       # DATEI FUER DEN JOB
4427    if [[ $( echo $host | cut -c1-5 ) = lcsgi  ||  $host = ibmkisti ]]
4428    then
4429
4430          # KONFIGURATIONSDATEI UND MRUN_SCRIPT IN DAS SOURCE-VERZEICHNIS
4431          # KOPIEREN
4432       if [[ $restart_run != true ]]
4433       then
4434          cp  $config_file  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4435          cp  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4436       fi
4437
4438          # SOURCE-VERZEICHNIS VOM LOKALEN RECHNER PER SCP TRANSFERIEREN
4439          # (BEI JOBS AUF LOKALEM RECHNER REICHT CP)
4440       echo  "set -x"  >>  $jobfile
4441       if [[ $host = $localhost ]]
4442       then
4443          echo  "cp  -r  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname ."  >>  $jobfile
4444       else
4445          if [[ $host != ibmkisti ]]
4446          then
4447             echo  "scp  -r  $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname ."  >>  $jobfile
4448          else
4449                # on KISTI's IBM firewall is only opened on interactive node
4450             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
4451             echo  "ssh $remote_username@gaiad \"cd \$localdir; scp  -r  $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
4452          fi
4453       fi
4454       echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                      >>  $jobfile
4455
4456          # QUELLTEXTE, MRUN-SCRIPT UND KONFIGURATIONSDATEI IN DAS AKTUELLE
4457          # ARBEITSVERZEICHNIS VERSCHIEBEN
4458       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$config_file  . "       >>  $jobfile
4459       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$mrun_script_name  . "  >>  $jobfile
4460       echo  "execute_mrun=true"                                 >>  $jobfile
4461       echo  " "                                                 >>  $jobfile
4462
4463    else
4464
4465          # ABSPEICHERN DER QUELLTEXTE (NUR FALLS UEBERSETZT WERDEN SOLL)
4466          # SOWIE GEGEBENENFALLS DES MAKEFILES
4467       if [[ $do_compile = true ]]
4468       then
4469
4470          source_catalog=SOURCES_FOR_RUN_$fname
4471
4472              # UNTERVERZEICHNIS FUER QUELLTEXTE UND MAKEFILE ANLEGEN
4473              # MRUN WIRD DIESES VRZEICHNIS UEBER ENVIRONMENT VARIABLE
4474              # MITGETEILT (UEBERSTEUERT ANGABE IN KONFIGURATIONSDATEI)
4475          echo  "mkdir  SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4476          echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                 >>  $jobfile
4477          echo  "cd     SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4478
4479          for  filename  in  $source_list
4480          do
4481                # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4482             echo  "cat > $filename << \"%END%\""              >>  $jobfile
4483             cat   $source_catalog/$filename                   >>  $jobfile
4484             echo  " "                                         >>  $jobfile
4485             echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4486             echo  " "                                         >>  $jobfile
4487          done
4488
4489             # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4490          echo  "cat > Makefile << \"%END%\""               >>  $jobfile
4491          cat   $source_catalog/Makefile                    >>  $jobfile
4492          echo  " "                                         >>  $jobfile
4493          echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4494          echo  " "                                         >>  $jobfile
4495
4496          echo  "cd -  > /dev/null"                         >>  $jobfile
4497
4498       fi
4499
4500
4501          # ABSPEICHERN DER KONFIGURATIONSDATEI
4502          # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4503       echo  "cat > $config_file << \"%END%\""      >>  $jobfile
4504       cat   $config_file                           >>  $jobfile
4505       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
4506       echo  " "                                    >>  $jobfile
4507
4508
4509          # ABSPEICHERN DER AKTUELLEN MRUN-VERSION
4510          # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4511       echo  "cat > $mrun_script_name <<\"%END%\""    >>  $jobfile
4512       cat   ${PALM_BIN}/$mrun_script_name            >>  $jobfile
4513       echo  "%END%"                                  >>  $jobfile
4514       echo  "chmod u+x $mrun_script_name"          >>  $jobfile
4515       echo  "execute_mrun=true"                    >>  $jobfile
4516       echo  " "                                    >>  $jobfile
4517
4518    fi
4519
4520
4521       # EVTL. BENOETIGTE INPUT-DATEIEN PER FTP HOLEN ODER DEM JOB DIREKT
4522       # MITGEBEN UND AUF DEM REMOTE-RECHNER IM BENUTZERVERZEICHNIS ABLEGEN
4523       # FALLS DIESES NICHT EXISTIERT, WIRD VERSUCHT, DAS JEWEILS LETZTE
4524       # UNTERVERZEICHNIS DES PFADNAMENS ANZULEGEN
4525    if [[ $do_remote = true ]]
4526    then
4527       (( i = 0 ))
4528       while (( i < iin ))
4529       do
4530          (( i = i + 1 ))
4531          echo  "[[ ! -d ${pathin[$i]} ]]  &&  mkdir -p  ${pathin[$i]}"  >>  $jobfile
4532          if [[ "${transin[$i]}" = job ]]
4533          then
4534             echo  "cat > ${remotepathin[$i]} <<\"%END%\""    >>  $jobfile
4535             eval cat   ${pathin[$i]}/${frelin[$i]}           >>  $jobfile
4536             echo  " "                                        >>  $jobfile
4537             echo  "%END%"                                    >>  $jobfile
4538          else
4539             echo  "batch_scp -b -o -g -s -u $return_username $return_addres ${remotepathin[$i]} \"${pathin[$i]}\" ${frelin[$i]}" >>  $jobfile
4540          fi
4541
4542             # UEBERPRUEFEN, OB DATEI ANGELEGT WERDEN KONNTE
4543          echo  "if [[ \$? = 1 ]]"                    >>  $jobfile
4544          echo  "then"                                >>  $jobfile
4545          echo  "   echo \" \" "                      >>  $jobfile
4546          echo  "   echo \"+++ file ${remotepathin[$i]} could not be created\" "   >>  $jobfile
4547          echo  "   echo \"    please check, if directory exists on $host!\" "  >>  $jobfile
4548          echo  "   echo \"+++ MRUN will not be continued\" "  >>  $jobfile
4549          echo  "   execute_mrun=false"               >>  $jobfile
4550          echo  "fi"                                  >>  $jobfile
4551       done
4552    fi
4553
4554       # ARBEITSKATALOG AUF DER LOKALEN MASCHINE FUER EVENTUELLE
4555       # FORTSETZUNGSLAUEFE PER ENV-VARIABLE UEBERGEBEN
4556    echo  "LOCAL_PWD=$working_directory"                >>  $jobfile
4557    echo  "export LOCAL_PWD"                            >>  $jobfile
4558
4559       # EBENSO LOKALEN MRUN-KATALOG UEBERGEBEN
4560    echo  "LOCAL_MRUN_PATH=$PALM_BIN"                   >>  $jobfile
4561    echo  "export LOCAL_MRUN_PATH"                      >>  $jobfile
4562
4563       # WORKAROUND FUER RIAM-NEC-JOBS WEGEN PROFILE-SCHWIERIGKEITEN
4564    if [[ $localhost_realname = "gate"  ||  $localhost = lctit ]]
4565    then
4566       echo  "export PALM_BIN=$PALM_BIN"                >>  $jobfile
4567    fi
4568
4569       # MRUN AUF ZIELRECHNER AUFRUFEN (queue is workaround for ibmkisti)
4570    echo  "set -x"                                      >>  $jobfile
4571    echo  "queue=$queue"                                >>  $jobfile
4572    echo  "[[ \$execute_mrun = true ]]  &&  ./$mrun_com"  >>  $jobfile
4573
4574    echo  'ls -al; echo `pwd`'                          >>  $jobfile
4575    echo  "cd \$HOME"                                   >>  $jobfile
4576    echo  "rm -rf  $TEMPDIR"                            >>  $jobfile
4577
4578
4579
4580
4581       # JOB PER SUBJOB STARTEN
4582    if [[ $silent = false ]]
4583    then
4584       printf "\n     "
4585    else
4586       printf "\n\n"
4587    fi
4588
4589    subjob  $job_on_file  -h $host  -u $remote_username -g $group_number -q $queue  -m $memory  -N $node_usage -t $cpumax  $XOPT  $TOPT  $OOPT  -n $fname  -v  -c $job_catalog  -e $email_notification  $jobfile
4590    rm -rf  $jobfile
4591
4592
4593 fi  # ENDE REMOTE-TEIL
4594
4595
4596
4597     # ENDE DER PROZEDUR
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.