source: palm/trunk/SCRIPTS/mrun @ 2295

Last change on this file since 2295 was 2295, checked in by raasch, 4 years ago

script adjustments for using lcgeohu, cpp_opts removed

  • Property svn:keywords set to Id Rev
File size: 143.1 KB
Line 
1#!/bin/bash
2
3# mrun - script for running PALM jobs
4
5#--------------------------------------------------------------------------------#
6# This file is part of PALM.
7#
8# PALM is free software: you can redistribute it and/or modify it under the terms
9# of the GNU General Public License as published by the Free Software Foundation,
10# either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
11#
12# PALM is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
13# WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR
14# A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
15#
16# You should have received a copy of the GNU General Public License along with
17# PALM. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
18#
19# Copyright 1997-2015  Leibniz Universitaet Hannover
20#--------------------------------------------------------------------------------#
21#
22# Current revisions:
23# ------------------
24#
25#
26# Former revisions:
27# -----------------
28# $Id: mrun 2295 2017-06-27 14:25:52Z raasch $
29# adjustments for using lcgeohu (cirrus @ HUB)
30# cpp_opts removed
31#
32# 2290 2017-06-19 11:03:06Z raasch
33# further test output removed
34#
35# 2286 2017-06-15 13:31:57Z raasch
36# test output for cycle number removed
37#
38# 2268 2017-06-09 10:34:09Z raasch
39# bugfix for calculating cycle numbers for output files in r2261
40#
41# 2262 2017-06-08 14:52:23Z raasch
42# bugfix for r2261
43#
44# 2261 2017-06-08 14:25:57Z raasch
45# unified cycle numbers for output files are used,
46# paths and filenames are allowed to contain arbitrary numbers of dots ".",
47# creation of file OUTPUT_FILE_CONNECTIONS removed,
48# archive feature completely removed from the script,
49# nech related parts completely removed
50#
51# 2257 2017-06-07 14:07:05Z witha
52# adjustments for lceddy, removed lcflow-specific code
53#
54# 2186 2017-03-21 05:36:31Z raasch
55#
56# 2185 2017-03-21 05:09:29Z raasch
57# adjustment for lykyo*-hosts (PJM_ENVIRONMENT defines BATCH)
58#
59# 2148 2017-02-09 16:56:42Z scharf
60# changed allocation of resources for lcbullhh in srun command
61#
62# 2141 2017-02-06 10:19:32Z gronemeier
63# made check for existing files language independent
64#
65# 1944 2016-06-15 06:29:00Z raasch
66# adjustments for using HLRN ssh-keys
67#
68# 1940 2016-06-14 05:15:20Z raasch $
69# adjustments for lckiaps
70#
71# 1866 2016-04-15 06:50:59Z raasch
72# adjusted for lcocean
73#
74# 1841 2016-04-07 19:14:06Z raasch
75# script now running under bash
76#
77# 1804 2016-04-05 16:30:18Z maronga
78# test: implementing an execute mechanism where the execute command is given in the
79# configuration file
80# ROPTS removed from execution commands
81# Warnings about missing optional files or user code changed to informative messages
82# Removed parameter file check
83#
84# 1755 2016-02-22 13:53:39Z maronga
85# Minor bugfix to last commit
86#
87# 1753 2016-02-22 13:49:49Z maronga
88# Bugfix: use random job number when PBS job nummer retrieval fails on lccray*
89#
90# 1622 2015-07-20 06:21:36Z heinze
91# bugfix for Mistral (lcbullhh)
92#
93# 1621 2015-07-17 11:39:33Z heinze
94# adjustments for Mistral at DKRZ Hamburg (lcbullhh)
95#
96# 1609 2015-07-03 15:37:58Z maronga
97# Modified the random number of the temporary working directory to match the
98# queuing system number on HLRN-III (lccray*).
99#
100# 1604 2015-06-23 15:48:03Z suehring
101# Enable coupled runs for lcmuk
102#
103# 1598 2015-05-29 06:45:40Z raasch
104# bugfix for creating hostfile and total number of MPI tasks if run in openmp-mode on one node
105#
106# 1549 2015-01-30 14:26:16Z suehring
107# Enable interactive debug sessions with allinea debugger
108#
109# 1547 2015-01-29 15:09:12Z witha
110# adjustments for ForWind computing cluster (lcflow)
111#
112# 1491 2014-11-12 08:12:57Z heinze
113# correct setting of batch_job allowed for ibm-machines
114#
115# 1468 2014-09-24 14:06:57Z maronga
116# Typo removed (addres->address)
117# Bugfix: returning files to IMUK via ssh did not work for lccrayh and lcycrayb
118# Added support for restart runs (remote) for lcxe6
119#
120# 1442 2014-07-28 07:09:10Z raasch
121# default queues for HLRN-III (lccrayb/lccrayh) defined
122#
123# 1422 2014-07-02 10:01:25Z kanani
124# automatic restarts enabled for lccrayb,
125# adjustment of path to compilervars.sh at IMUK (see automatic restarts)
126#
127# 1420 2014-06-10 06:24:14Z raasch
128# -j1 option added to aprung command for lccrayf (CSC)
129#
130# 1402 2014-05-09 14:25:13Z raasch
131# batch_job added to envpar-NAMELIST
132#
133# 1357 2014-04-11 15:02:03Z witha
134# adjustments for lccrayh (automatic restarts on lccrayh outside of IMUK are now
135# possible)
136#
137# 1320 2014-03-20 08:40:49Z raasch
138# check namelist file set false by default
139#
140# 1304 2014-03-12 10:29:42Z raasch
141# ulimit option changed from -Ss to -s
142#
143# bugfix: missing "fi" in r1289
144#
145# 1289 2014-03-04 07:12:34Z raasch
146# comments translated to English
147# necriam-, fimm-, ibmy-, and sgi-specific code removed
148# export of variables for palm and interpret_config removed
149#
150# 1281 2014-02-01 07:55:49Z raasch
151# rsync-copy restricted to Cray machines, since command is unavailable on some
152# other systems
153#
154# 1279 2014-01-28 12:10:14Z raasch
155# tasks_per_node must not be an integral divisor of numprocs any more. This was done
156# in order to remove annoying restrictions concerning the number of processors which
157# appear on machines with larger nodes (e.g. containing 24 cores). Now without this
158# restriction, one of the nodes will be filled with less than the given number of
159# tasks per node. A respective warning is given.
160#
161# 1274 2014-01-09 13:14:54Z heinze
162# adjustments for lccrayh
163#
164# 1272 2014-01-08 10:19:32Z witha
165# small adjustment for lcflow
166#
167# 1270 2013-12-16 11:05:01Z fricke
168# call of combine_plot_fields adjusted for lccrayb/lccrayh
169#
170# 1255 2013-11-07 14:43:35Z raasch
171# further adjustments for lccrayb remote access
172#
173# 1241 2013-10-30 11:36:58Z heinze
174# Enable use of nudging input and input of large scale forcing from
175# external files
176#
177# 1229 2013-09-20 06:55:19Z raasch
178# further adjustments for lccrayb
179#
180# 1224 2013-09-16 07:27:23Z raasch
181# first adjustments for lccrayb
182#
183# 1210 2013-08-14 10:58:20Z raasch
184# fftw support added
185#
186# 1201 2013-07-10 16:17:59Z witha
187# adjustments for Forwind cluster (lcflow)
188#
189# 1199 2013-07-05 14:52:22Z raasch
190# adjustments for CSC Helsinki (lccrayf),
191# executables for batch jobs can be created in advance, in order to avoid calling
192# the compiler within the batch job (only works if batch jobs are submitted on
193# local host)
194#
195# 1190 2013-06-25 09:39:21Z heinze
196# enable use of automatic restarts for ibmh
197# use of cluster/express queue enabled (ibmh)
198#
199# 1124 2013-04-09 15:46:52Z raasch
200# variable "memory" is exported via typeset option -x, because otherwise an unknown
201# side effect may lead to data loss while getopts is reading the script-option arguments
202#
203# 1122 2013-04-09 08:37:16Z heinze
204# Bugfix: change type of variable last_char
205#
206# 1119 2013-04-05 15:11:19Z raasch
207# Bugfix for setting -T option for subjob
208#
209# 1108 2013-03-05 07:03:32Z raasch
210# bugfix for coupled runs on lckyut/lckyuh
211#
212# 1106 2013-03-04 05:31:38Z raasch
213# --stdin argument for mpiexec on lckyuh
214# -y and -Y settings output to header
215#
216# 1103 2013-02-20 02:15:53Z raasch
217# default script runs again under ksh, because of unsolved problems with read
218# from stdin: when bash script is called from a ksh, message "read error: 0:
219# Resource temporarily unavailable" appears and script does not stop,
220# further bash compatibility adjustments,
221# shebang line replaced by /bin/bash when running jobs on lckyuh; no restarts
222# on lckyuh, but mrun does not terminate and issues a warning instead
223#
224# 1101 2013-02-17 10:20:21Z raasch
225# script now running under bash instead of ksh, which required small adjustments
226# (output formatting with printf instead "typeset -L/-R", print replaced by echo,
227# read from stdin),
228# cross compilername on lckyuh compute nodes replaced by real compiler name
229#
230# 1099 2013-02-10 01:47:43Z raasch
231# adjustments for Kyushu-University computing center (lckyuh - hayaka)
232# and for Forwind cluster (lcflow)
233# small further adjustments for lckyut
234#
235# 1094 2013-02-03 01:52:12Z raasch
236# explicit ssh/scp port can be set in config file with environment variable
237# scp_port.  This port is handled to all ssh/scp/batch_scp calls.
238# decalpha parts (yonsei) removed
239#
240# 2013-02-02 07:06:13Z raasch
241# adjustments for Kyushu-University computing center (lckyut - tatara)
242#
243# 1083 2013-01-04 10:22:09Z maronga
244# bugfix in parameter file check (read %cpp_options was missing)
245#
246# 1069 2012-11-28 16:18:43Z maronga
247# bugfix: coupling mode was always set to mpi2, typos removed
248#
249# 1058 2012-11-21 07:00:35Z raasch
250# Intel inspector (inspxe) is given the number of PEs instead of the number of
251# nodes
252#
253# 1046 2012-11-09 14:38:45Z maronga
254# code put under GPL (PALM 3.9)
255#
256# 21/03/94 - Siggi - first version finished
257# 03/03/94 - Siggi - script development started
258#
259#--------------------------------------------------------------------------------#
260# mrun - script for running PALM jobs
261#--------------------------------------------------------------------------------#
262
263
264 
265    # DECLARATION OF VARIABLES AND THEIR DEFUALT VALUES
266
267 set +o allexport    # SUPPRESS EXPORT OF ALL VARIABLES, SINCE IN THE PAST THIS
268                     # LES TO PROBLEMS IN ROUTINES CALLED BY MRUN
269                     # (TOO MANY ARGUMENTS - PROBLEM)
270 set +o noclobber    # EXISTING FILES ARE ALLOWED TO BE OVERWRITTEN
271
272 AddFilenames=""
273 additional_conditions=""
274 add_source_path=""
275 afname=""
276 check_namelist_files=false
277 combine_plot_fields=true
278 compiler_name=""
279 cond1=""
280 cond2="" 
281 config_file=.mrun.config
282 coupled_dist=""
283 coupled_mode="mpi1"
284 cpp_options=""
285 cpumax=0
286 cpurest=0
287 create_executable_for_batch=false
288 delete_temporary_catalog=true
289 do_batch=false
290 do_compile=true
291 do_remote=false
292 do_stagein=true
293 do_stageout=true
294 do_trace=false
295 email_notification="none"
296 exclude=""
297 executable=""
298 execute_command="none"
299 execution_error=false
300 fftw_inc=""
301 fftw_lib=""
302 fftw_support=false
303  fname=test
304 fromhost=""
305 global_revision=""
306 group_number=none
307 host=""
308 host_file=""
309 hp=""
310 input_list=""
311 interpreted_config_file=""
312 job_catalog="~/job_queue"
313 job_on_file=""
314 keep_data_from_previous_run=false
315 link_local_input=false
316 link_local_output=false
317 localhost_realname=$(hostname)
318 local_dvrserver_running=.FALSE.
319 locat=normal
320 mainprog=""
321 makefile=""
322 max_par_io_str=""
323 mc=$0
324 while [[ $(echo $mc | grep -c "/") != 0 ]]
325 do
326    mc=`echo $mc | cut -f2- -d"/"`
327 done
328 module_calls=""
329 mrun_script_name=$mc
330 netcdf_inc=""
331 netcdf_lib=""
332 netcdf_support=false
333 node_usage=default
334 numprocs=""
335 numprocs_atmos=0
336 numprocs_ocean=0
337 OOPT=""
338 openmp=false
339 output_list=""
340 package_list=""
341 queue=none
342 read_from_config=""
343 restart_run=false
344 if [[ `hostname` = rte10 ]]
345 then
346    return_address=133.5.185.60
347    echo "+++ WARNING: fixed return_address = $return_address is used !!!!!"
348 elif [[ `hostname` = climate0 ]]
349 then
350    return_address=165.132.26.68
351    echo "+++ WARNING: fixed return_address = $return_address is used !!!!!"
352 elif [[ `hostname` = "schultzl-Latitude-E6540" ]]
353 then
354    return_address="schultzl-Latitude-E6540"
355    echo "+++ WARNING: fixed return_address = $return_address is used !!!!!"
356 elif [[ `hostname` = urban00 ]]
357 then
358    return_address=147.46.30.151
359    echo "+++ WARNING: fixed return_address = $return_address is used !!!!!"
360 else
361    return_address=$(nslookup `hostname` 2>&1 | grep "Address:" | tail -1 | awk '{print $2}')
362 fi
363 return_password=""
364 return_username=$LOGNAME
365 remotecall=false
366 remote_username=""
367 run_coupled_model=false
368 run_mode=""
369 dashes="  ----------------------------------------------------------------------------"
370 silent=false
371 source_list=""
372 source_path=SOURCE
373 tasks_per_node=""
374 threads_per_task=1
375 tmpcreate=false
376 tmp_data_catalog=""
377 transfer_problems=false
378 usern=$LOGNAME
379 use_openmp=false
380 version="MRUN  2.1 Rev$Rev: 2295 $"
381 working_directory=`pwd`
382 TOPT=""
383 XOPT=""
384 zeit=$( date | cut -c 12-19 )
385
386 typeset -i  iec=0 iic=0 iin=0 ioc=0 iout=0 stagein_anz=0 stageout_anz=0
387 typeset -x -i  memory=0   # HAS TO BE EXPORTED HERE, OTHERWISE AN UNKNOWN SIDE
388                           # SIDE EFFECT MAY CAUSE DATA LOSS WHEN GETOPTS IS READING THE
389                           # SCRIPT-OPTION ARGUMENTS
390 typeset -i  cputime i ii iia iii iio icycle inode ival jobges jobsek last_char_int maxcycle minuten nodes pes remaining_pes run_number sekunden tp1
391
392    # ERROR HANDLING IN CASE OF EXIT
393 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
394       if [[ $locat != normal  &&  $locat != control_c ]]
395       then
396
397              # CARRY OUT ERROR-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE (EC:)
398          (( i = 0 ))
399          while (( i < iec ))
400          do
401             (( i = i + 1 ))
402             printf "\n  *** Execution of ERROR-command:\n"
403             printf "  >>> ${err_command[$i]}\n"
404             eval  ${err_command[$i]}
405          done
406          if [[ -n $interpreted_config_file ]]
407          then
408             rm -rf  $interpreted_config_file
409          fi
410          if [[ -n .mrun_environment ]]
411          then
412             rm -rf  .mrun_environment
413          fi
414          if [[ $tmpcreate = true ]]
415          then
416#              printf "\n  *** Contents of \"$TEMPDIR\":\n"
417#              ls -al; cd
418             [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
419          fi
420          if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
421          then
422             echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
423             kill $dvrserver_id
424          fi
425          if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
426          then
427             rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
428          fi
429          printf "\n\n+++ MRUN killed \n\n"
430       elif [[ $locat != control_c ]]
431       then
432          printf "\n\n --> all actions finished\n\n"
433          printf "     Bye, bye $usern !!\n\n"
434       fi' exit
435
436
437    # ACTIONS IN CASE OF TERMINAL-BREAK (CONTROL-C):
438 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
439       rm -rf  $working_directory/tmp_check_namelist_files
440       [[ $tmpcreate = true ]]  &&  (cd; rm -rf $TEMPDIR)
441       if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
442       then
443          rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
444       fi
445       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
446       then
447          echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
448          kill $dvrserver_id
449       fi
450       printf "\n+++ MRUN killed by \"^C\" \n\n"
451       locat=control_c
452       exit
453      ' 2
454
455
456    # CHECK IF THE PATH FOR THE PALM BINARIES (SCRIPTS+UTILITY-PROGRAMS) HAS
457    # BEEN SET
458 if [[ "$PALM_BIN" = "" ]]
459 then
460    printf "\n  +++ environment variable PALM_BIN has not been set"
461    printf "\n      please set it to the directory where the PALM scripts are located"
462    locat=palm_bin; exit
463 fi
464 export PATH=$PALM_BIN:$PATH
465
466
467
468    # READ SHELLSCRIPT-OPTIONS AND REBUILD THE MRUN-COMMAND STRING (MC),
469    # WHICH WILL BE USED TO START RESTART-JOBS
470 while  getopts  :a:bBc:Cd:Fg:G:h:H:i:kK:m:M:n:o:O:p:P:q:r:R:s:St:T:u:U:vw:xX:yY:zZ option
471 do
472   case  $option  in
473       (a)   afname=$OPTARG;;
474       (b)   do_batch=true; mc="$mc -b";;
475       (B)   delete_temporary_catalog=false; mc="$mc -B";;
476       (c)   config_file=$OPTARG; mc="$mc -c$OPTARG";;
477       (C)   restart_run=true; mc="$mc -C";;
478       (d)   fname=$OPTARG; mc="$mc -d$OPTARG";;
479       (F)   job_on_file="-D"; mc="$mc -F";;
480       (g)   group_number=$OPTARG; mc="$mc -g$OPTARG";;
481       (G)   global_revision=$OPTARG; mc="$mc -G'$OPTARG'";;
482       (h)   host=$OPTARG; mc="$mc -h$OPTARG";;
483       (H)   fromhost=$OPTARG; mc="$mc -H$OPTARG";;
484       (i)   input_list=$OPTARG; mc="$mc -i'$OPTARG'";;
485       (k)   keep_data_from_previous_run=true; mc="$mc -k";;
486       (K)   additional_conditions="$OPTARG"; mc="$mc -K'$OPTARG'";;
487       (m)   memory=$OPTARG; mc="$mc -m$OPTARG";;
488       (M)   makefile=$OPTARG; mc="$mc -M$OPTARG";;
489       (n)   node_usage=$OPTARG; mc="$mc -n$OPTARG";; 
490       (o)   output_list=$OPTARG; mc="$mc -o'$OPTARG'";;
491       (O)   use_openmp=true; threads_per_task=$OPTARG; mc="$mc -O$OPTARG";;
492       (p)   package_list=$OPTARG; mc="$mc -p'$OPTARG'";;
493       (P)   return_password=$OPTARG; mc="$mc -P$OPTARG";;
494       (q)   queue=$OPTARG; mc="$mc -q$OPTARG";;
495       (r)   run_mode=$OPTARG; mc="$mc -r'$OPTARG'";;
496       (R)   remotecall=true;return_address=$OPTARG; mc="$mc -R$OPTARG";;
497       (s)   source_list=$OPTARG; mc="$mc -s'$OPTARG'";;
498       (S)   read_from_config=false; mc="$mc -S";;
499       (t)   cpumax=$OPTARG; mc="$mc -t$OPTARG";;
500       (T)   mrun_tasks_per_node=$OPTARG; mc="$mc -T$OPTARG";;
501       (u)   remote_username=$OPTARG; mc="$mc -u$OPTARG";;
502       (U)   return_username=$OPTARG; mc="$mc -U$OPTARG";;
503       (v)   silent=true; mc="$mc -v";;
504       (w)   max_par_io_str=$OPTARG; mc="$mc -w$OPTARG";;
505       (x)   do_trace=true;set -x; mc="$mc -x";;
506       (X)   numprocs=$OPTARG; mc="$mc -X$OPTARG";;
507       (y)   ocean_file_appendix=true; mc="$mc -y";;
508       (Y)   run_coupled_model=true; coupled_dist=$OPTARG; mc="$mc -Y'$OPTARG'";;
509       (z)   check_namelist_files=false; mc="$mc -z";;
510       (Z)   combine_plot_fields=false; mc="$mc -Z";;
511       (\?)  printf "\n  +++ unknown option $OPTARG \n"
512             printf "\n  --> type \"$0 ?\" for available options \n"
513             locat=parameter;exit;;
514   esac
515 done
516
517
518    # SKIP GIVEN OPTIONS TO READ POSITIONAL PARAMETER, IF GIVEN
519    # CURRENTLY ONLY PARAMETER ? (TO OUTPUT A SHORT COMMAND INFO) IS ALLOWED
520 (( to_shift = $OPTIND - 1 ))
521 shift $to_shift
522
523    # PRINT SHORT DESCRIPTION OF MRUN OPTIONS
524 if [[ "$1" = "?" ]]
525 then
526   (printf "\n  *** mrun can be called as follows:\n"
527    printf "\n      $mrun_script_name  -b -c.. -d.. -f.. -F -h.. -i.. -I -K.. -m.. -o.. -p.. -r.. -R -s.. -t.. -T.. -v -x -X.. -y -Y.. -Z <modus> \n"
528    printf "\n      Description of available options:\n"
529    printf "\n      Option  Description                              Default-Value"
530    printf "\n        -a    base name of input files                 equiv. -d"
531    printf "\n        -b    batch-job on local machine               ---"
532    printf "\n        -B    do not delete temporary directory at end ---"
533    printf "\n        -c    configuration file                       .mrun.config"
534    printf "\n        -d    base name of files attached to program   test"
535    printf "\n        -F    create remote job file only              ---"
536    printf "\n        -h    execution host                           $localhost_realname"
537    printf "\n        -i    INPUT control list                       \"\" "
538    printf "\n        -k    keep data from previous run"
539    printf "\n        -K    additional conditions for controling"
540    printf "\n              usage of conditional code and"
541    printf "\n              env-variables in configuration file      \"\" "
542    printf "\n        -m    memory demand in MB (batch-jobs)         0 MB"
543    printf "\n        -M    Makefile name                            Makefile"
544    printf "\n        -n    node usage (shared/not_shared)           depending on -h"
545    printf "\n        -o    OUTPUT control list                      \"\" "
546    printf "\n        -O    threads per openMP task                  ---"
547    printf "\n        -p    software package list                    \"\" "
548    printf "\n        -q    queue                                    \"$queue\" "
549    printf "\n        -r    run control list (combines -i -o)        \"\" "
550    printf "\n        -s    filenames of routines to be compiled     \"\" "
551    printf "\n              must end with .f, .f90, .F, or .c !"
552    printf "\n              use \"..\" for more than one file and wildcards"
553    printf "\n              -s LM compiles all locally modified files"
554    printf "\n        -S    config file interpreted by shellscript   ---"
555    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds (batch)      0"
556    printf "\n        -T    tasks per node                           depending on -h"
557    printf "\n        -u    username on remote machine               \"\" "
558    printf "\n        -v    no prompt for confirmation               ---"
559    printf "\n        -w    maximum parallel io streams              as given by -X"
560    printf "\n        -x    tracing of mrun for debug purposes       ---"
561    printf "\n        -X    # of processors (on parallel machines)   1"
562    printf "\n        -y    add appendix \"_O\" to all local output"
563    printf "\n              files (ocean precursor runs followed by"
564    printf "\n              coupled atmosphere-ocean runs)           ---"
565    printf "\n        -Y    run coupled model, \"#1 #2\" with" 
566    printf "\n              #1 atmosphere and #2 ocean processors    \"#/2 #/2\" depending on -X"
567    printf "\n        -Z    skip combine_plot_fields at the end of      "
568    printf "\n              the simulation                           ---"
569    printf "\n "
570    printf "\n      Possible values of positional parameter <modus>:"
571    printf "\n        \"?\"       -  this outline \n\n") | more
572    exit
573 elif [[ "$1" != "" ]]
574 then
575    printf "\n  +++ positional parameter $1 unknown \n"
576    locat=parameter; exit
577 fi
578
579
580
581    # SHORT STARTING MESSAGE
582 printf "\n*** $version "
583 printf "\n    will be executed.     Please wait ..."
584
585
586
587    # CHECK, IF CONFIGURATION FILE EXISTS
588 if [[ ! -f $config_file ]]
589 then
590    printf "\n\n  +++ configuration file: "
591    printf "\n           $config_file"
592    printf "\n      does not exist"
593    locat=connect; exit 
594 fi
595
596
597    # DETERMINE THE HOST-IDENTIFIER (localhost) FROM THE CONFIGURATION FILE
598 line=""
599 grep  "%host_identifier"  $config_file  >  tmp_mrun
600 while read line
601 do
602    if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
603    then
604       HOSTNAME=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
605       host_identifier=`echo $line | cut -d" " -s -f3`
606       if [[ $localhost_realname = $HOSTNAME ]]
607       then
608          localhost=$host_identifier
609          break
610       fi
611    fi
612 done < tmp_mrun
613
614 if [[ "$localhost" = "" ]]
615 then
616    printf "\n\n  +++ no host identifier found in configuration file \"$config_file\""
617    printf "\n      for local host \"$localhost_realname\"."
618    printf "\n      Please add line"
619    printf "\n      \"\%host_identifier $localhost_realname <identifier>\""
620    printf "\n      to the configuration file."
621    locat=localhost; exit
622 fi
623
624
625    # ??? THIS SHOULD BE DECRIBED IN THE MRUN DOCUMENTATION ???
626    # SET BASENAME OF THE INPUT-FILES TO THE GENERAL BASENAME (GIVEN BY OPTION -d),
627    # IF IT HAS NOT BEEN SET BY THE USER DIFFERENTLY (USING OPTION -a)
628 [[ "$afname" = "" ]]  &&  afname=$fname
629
630
631    # ADD RUN-FILE ACTIVATION STRINGS (GIVEN BY OPTION -r) TO THE
632    # RESPECTIVE LISTS FOR ACTIVATING THE INPUT/OUTPUT FILE CONNECTION
633    # STATEMENTS IN THE CONFIGURATION FILE
634 if [[ "$run_mode" != "" ]]
635 then
636    input_list="$input_list $run_mode"
637    output_list="$output_list $run_mode"
638 fi
639
640
641    # ??? is this (and the respective option -H) really required ???
642    # STORE HOSTNAME, FROM WHICH THE JOB IS STARTED,
643    # BUT ONLY IF IT HASN'T BEEN ALREADY SET BY OPTION -H
644    # (MRUN IS AUTOMATICALLY SETTING THIS OPTION IN THE MRUN-CALLS WITHIN
645    # THOSE BATCH-JOBS, WHICH ARE CREATED BY MRUN ITSELF)
646 if [[ "$fromhost" = "" ]]
647 then
648    fromhost=$localhost
649 fi
650
651
652    # CHECK, IF EXECUTION SHALL TO BE DONE ON THE REMOTE-MACHINE.
653    # VALUE OF do_remote IS IMPORTANT FOR THE FILE CONNECTIONS.
654    # IN CASE OF EXECUTION ON A REMOTE-MACHINE, A BATCH-JOB HAS
655    # TO BE SUBMITTED (I.E. do_batch=true)
656 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
657 then
658    do_batch=true
659    do_remote=true
660    case  $host  in
661        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|lcbullhh|lccrayb|lccrayh|lccrayf|lceddy|lckyoto|lcocean|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb|lcgeohu)  true;;
662        (*)  printf "\n"
663             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
664             printf "\n      is not available"
665             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
666    esac
667 else
668    host=$localhost
669 fi
670
671
672     # EVALUATE ADDITIONAL CONDITIONS GIVEN BY OPTION -K
673 if [[ -n $additional_conditions ]]
674 then
675    cond1=`echo $additional_conditions | cut -d" " -f1`
676    cond2=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f2`
677    dummy=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f3`
678    if [[ -n $dummy ]]
679    then
680       printf "\n  +++ more than 2 additional conditions given for Option \"-K\""
681       locat=options; exit
682    fi
683    block=_$cond1
684    [[ -n $cond2 ]]  &&  block=${block}_$cond2
685 fi
686
687
688      # EVALUATE MODEL COUPLING FEATURES (OPTION -Y) AND DETERMINE coupled_mode
689 if [[ $run_coupled_model = true ]] 
690 then
691
692    numprocs_atmos=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f1`
693    numprocs_ocean=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f2`
694
695    if (( $numprocs_ocean + $numprocs_atmos != $numprocs ))
696    then
697
698       printf "\n  +++ number of processors does not fit to specification by \"-Y\"."
699       printf "\n      PEs (total)     : $numprocs"
700       printf "\n      PEs (atmosphere): $numprocs_atmos"
701       printf "\n      PEs (ocean)     : $numprocs_ocean"
702       locat=coupling; exit
703
704    fi
705
706
707       # GET coupled_mode FROM THE CONFIG FILE
708    line=""
709    grep  "%cpp_options.*-D__mpi2.*$host" $config_file  >  tmp_mrun
710    while read line
711    do
712       echo line=\"$line\"
713       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" &&  $(echo $line | cut -d" " -s -f4) = $cond1 && $(echo $line | cut -d" " -s -f5)  = $cond2 ]]
714       then
715          coupled_mode="mpi2"
716       fi
717    done < tmp_mrun
718
719 fi
720
721    # SAVE VALUES OF MRUN-OPTIONS SICHERN IN ORDER TO OVERWRITE
722    # THOSE VALUES GIVEN IN THE CONFIGURATION-FILE
723 mrun_memory=$memory
724 mrun_group_number=$group_number
725 mrun_cpumax=$cpumax
726 mrun_numprocs=$numprocs
727
728
729    # READ AND EVALUATE THE CONFIGURATION-FILE FROM WITHIN THIS SHELLSCRIPT
730    # (OPTION -S). THE DEFAULT IS USING THE ROUTINE <<<<
731 if [[ "$read_from_config" = false ]]
732 then
733    [[ $silent = false ]]  &&  printf "\n    Reading the configuration file... "
734
735       # READ THE CONFIGURATION FILE LINE BY LINE
736    while  read zeile
737    do
738        [[ $silent = false ]]  &&  printf "."
739
740
741          # FIRST REPLACE ENVIRONMENT-VARIABLES BY THEIR RESPECTIVE VALUES
742       eval  zeile=\"$zeile\"
743
744
745          # INTERPRET THE LINE
746       if [[ "$(echo $zeile)" = "" ]]
747       then
748             # EMPTY LINE, NO ACTION
749          continue
750
751       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "#" ]]
752       then
753
754             # LINE IS A COMMENT LINE
755          true
756
757       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "%" ]]
758       then
759
760             # LINE DEFINES AN ENVIRONMENT-VARIABLE
761          zeile=$(echo $zeile | cut -c2-)
762          var=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
763          value=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
764          for_host=`echo $zeile | cut -d" " -s -f3`
765          for_cond1=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
766          for_cond2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
767
768          if [[ "$for_host" = ""  ||  ( "$for_host" = $host  &&  "$for_cond1" = "$cond1"  &&  "$for_cond2" = "$cond2" )  ||  $(echo "$input_list$output_list"|grep -c "$for_host") != 0 ]]
769          then
770
771                # REPLACE ":" BY " " IN COMPILER- CPP- OR LINKER-OPTIONS,
772                # "::" IS REPLACED BY ":".
773             value=`echo $value | sed 's/::/%DUM%/g' | sed 's/:/ /g' | sed 's/%DUM%/:/g'`
774
775
776                # VALUE FROM THE CONFIGURATION-FILE IS ASSIGNED TO THE
777                # ENVIRONMENT-VARIABLE, BUT ONLY IF NO VALUE HAS BEEN ALREADY
778                # ASSIGNED WITHIN THIS SCRIPT (E.G. BY SCRIPT-OPTIONS).
779                # NON-ASSIGNED VARIABLES HAVE VALUE "" OR 0 (IN CASE OF INTEGER).
780                # HENCE THE GENERAL RULE IS: SCRIPT-OPTION OVERWRITES THE
781                # CONFIGURATION-FILE.
782             if [[ "$(eval echo \$$var)" = ""  ||  "$(eval echo \$$var)" = "0" ]]
783             then
784                eval  $var=\$value
785
786                   # TERMINAL OUTPUT OF ENVIRONMENT-VARIABLES, IF TRACEBACK IS SWITCHED on
787                if [[ $do_trace = true ]]
788                then
789                   printf "\n*** ENVIRONMENT-VARIABLE $var = $value"
790                fi
791             fi
792
793                # IF AN ENVIRONMENT-VARIABLE DETERMINES THE HOST, THEN EVALUATE IT IMMEDIATELY:
794                # VALUE OF do-remote IS REQUIRED FOR THE FILE CONNECTIONS (COPY OF I/O FILES).
795                # IF EXECUTION IS SCHEDULED FOR A REMOTE-MASCHINE, A BATCH-JOB
796                # MUST HAVE TO BE STARTED
797             if [[ $var = host ]]
798             then
799                if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
800                then
801                   do_batch=true
802                   do_remote=true
803                   case  $host  in
804                       (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|lcbullhh|lccrayb|lccrayh|lccrayf|lceddy|lckyoto|lcocean|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb|lcgeohu)  true;;
805                       (*)  printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
806                            printf "\n      is not available"
807                            locat=nqs; exit;;
808                   esac
809                else
810                   host=$localhost
811                fi
812             fi
813
814                # USER-DEFINED ENVIRONMENT VARIABLES MUST BE EXPORTED,
815                # BECAUSE THEY MAY BE REQUIRED IN OTHER SCRIPTS CALLED
816                # BY MRUN (E.G. subjob)
817             export  $var
818          fi
819
820
821
822
823       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "EC:" ]]
824       then
825
826             # LINE DEFINES ERROR-COMMAND
827          (( iec = iec + 1 ))
828          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
829          err_command[$iec]="$zeile"
830
831       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "IC:" ]]
832       then
833
834             # LINE DEFINES INPUT-COMMAND
835          (( iic = iic + 1 ))
836          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
837          in_command[$iic]="$zeile"
838
839       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "OC:" ]]
840       then
841
842             # LINE DEFINES OUTPUT-COMMAND
843          (( ioc = ioc + 1 ))
844          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
845          out_command[$ioc]="$zeile"
846
847       else
848
849             # LINE DEFINES FILE CONNECTION. READ THE FILE ATTRIBUTES.
850             # s2a: in/out - field
851             # s2b: loc    - field (optional)
852             # s2c: tr/ar  - field (optional)
853          s1=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
854          s2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
855          s2a=$(echo $s2 | cut -d":" -f1)
856          if [[ $(echo $s2 | grep -c ":") = 0 ]]
857          then
858             s2b=""
859             s2c=""
860          else
861             s2b=`echo $s2 | cut -d":" -f2 | sed 's/:/ /g'`
862             s2c=`echo $s2 | cut -d":" -s -f3 | sed 's/:/ /g'`
863          fi
864          s3=`echo $zeile | cut -d" " -f3`
865          s4=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
866          s5=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
867          s6=`echo $zeile | cut -d" " -s -f6`
868
869       
870             # STORE FILE CONNECTION, IF ACTIVATED BY ACTIVATION-STRING FROM
871             # INPUT- OR OUTPUT-LIST.
872             # VARIABLE S3 MAY CONTAIN A LIST OF ACTIVATION STRINGS (FIELD-SEPERATOR ":").
873             # IF EXECUTION IS SCHEDULED FOR A REMOTE-MACHINE AND THE FILE IS ONLY
874             # LOCALLY REQUIRED ON THAT MACHINE (I.E. s2b = loc), THE FILE CONNECTION
875             # IS NOT CHECKED AND STORED.
876          IFSALT="$IFS"; IFS="$IFS:"
877          if [[ "$s2a" = in  &&  ! ( $do_remote = true  &&  ( "$s2b" = loc  ||  "$s2b" = locopt ) ) ]]
878          then
879             found=false
880             for  actual  in  $input_list
881             do
882                for  formal  in  $s3
883                do
884                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-" ]]  &&  found=true
885                done
886             done
887             if [[ $found = true ]]
888             then
889                (( iin = iin + 1 ))
890                localin[$iin]=$s1; transin[$iin]=$s2b; actionin[$iin]=$s2c;
891                typein[$iin]=$s3; pathin[$iin]=$s4; endin[$iin]=$s5;
892                extin[$iin]=$s6
893             fi
894          elif [[ "$s2a" = out  &&  ! ( $do_remote = true  &&  "$s2b" = loc ) ]]
895          then
896             found=false
897             for  actual  in  $output_list
898             do
899                for  formal  in  $s3 
900                do
901                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-"  ]]  &&  found=true
902                done
903             done
904             if [[ $found = true ]]
905             then
906                (( iout = iout + 1 ))
907                localout[$iout]=$s1; actionout[$iout]=$s2c; typeout[$iout]=$s3;
908                pathout[$iout]=$s4; endout[$iout]=$s5; extout[$iout]=$s6
909             fi
910          elif [[ "$s2a" != in  &&  "$s2a" != out ]]
911          then
912             printf "\n  +++ I/O-attribute in configuration file $config_file has the invalid"
913             printf "\n      value \"$s2\". Only \"in\" and \"out\" are allowed!"
914             locat=connect; exit
915          fi
916          IFS="$IFSALT"
917       fi
918    done < $config_file
919
920 else
921
922       # EVALUATE THE CONFIGURATION-FILE BY FORTRAN-PROGRAM
923    [[ $silent = false ]]  &&  printf "..."
924    interpreted_config_file=.icf.$RANDOM
925
926
927
928       # PROVIDE VALUES OF ENVIRONMENT-VARIABLE FOR interpret_config VIA NAMELIST-FILE
929    cat  >  .mrun_environment  <<  EOF
930 &mrun_environment  cond1 = '$cond1', cond2 = '$cond2',
931                    config_file = '$config_file', do_remote = '$do_remote',
932                    do_trace = '$do_trace', host = '$host',
933                    input_list = '$input_list', icf = '$interpreted_config_file',
934                    localhost = '$localhost', output_list = '$output_list' /
935
936EOF
937
938    if [[ "$host" != $localhost ]]
939    then
940
941          # REMOTE JOB FROM LOCAL HOST: JUST TAKE THE FIRST EXECUTABLE FOUND
942       interpret_config_executable=`ls -1 ${PALM_BIN}/interpret_config*.x 2>/dev/null`
943       if [[ $? != 0 ]]
944       then
945          printf "\n\n  +++ no interpret_config found"
946          printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this host"
947          locat=interpret_config; exit
948       fi
949       interpret_config_executable=`echo $interpret_config_executable | cut -d" " -f1`
950       $interpret_config_executable
951
952    else
953
954          # CHECK, IF THERE IS AN EXECUTABLE FOR THE BLOCK
955       if [[ ! -f ${PALM_BIN}/interpret_config${block}.x ]]
956       then
957          printf "\n\n  +++ no interpret_config found for given block \"$cond1 $cond2\""
958          printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this block"
959          locat=interpret_config; exit
960       else
961          interpret_config${block}.x
962       fi
963
964    fi
965    rm .mrun_environment
966
967
968       # EXECUTE SHELL-COMMANDS GENERATED BY interpret_config WITHIN THIS SHELL
969    chmod  u+x  $interpreted_config_file
970    export PATH=$PATH:.
971    . $interpreted_config_file
972    rm  $interpreted_config_file
973
974 fi
975
976
977    # VALUES OF MRUN-OPTIONS OVERWRITE THOSE FROM THE CONFIGURATION-FILE
978 [[ $mrun_memory     != 0   ]]  &&  memory=$mrun_memory
979 [[ "$mrun_group_number" != "none" ]]  &&  group_number=$mrun_group_number
980 [[ $mrun_cpumax     != 0   ]]  &&  cpumax=$mrun_cpumax
981 [[ "$mrun_numprocs" != ""  ]]  &&  numprocs=$mrun_numprocs
982 [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  maximum_parallel_io_streams=$max_par_io_str
983 [[ "$mrun_tasks_per_node" != "" ]]  &&  tasks_per_node=$mrun_tasks_per_node
984
985
986    # ON THE LOCAL MACHINE, DETERMINE (FROM THE CONFIGURATION-FILE) THE PATH
987    # FOR SOURCE-FILES TO BE COMPILED.
988    # IN A BATCH-JOB, SOURCES (ROUTINES TO BE COMPILED) ARE COMPLETE ALREADY.
989    # BEFORE MRUN IS CALLED IN THE JOB, SOURCES_COMPLETE = true IS ASSIGNED (SEE FURTHER BELOW).
990 if [[ "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
991 then
992
993       # FIRST CHECK, IF A GLOBAL SOURCE PATH (TO BE USED FOR ALL HOSTS)
994       # HAS BEEN DEFINED
995    source_path=""
996    line=""
997    grep "%source_path" $config_file  >  tmp_mrun
998    while read line
999    do
1000       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
1001       then
1002          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -f3)" = "" ]]
1003          then
1004             global_source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
1005          fi
1006       fi
1007    done  <  tmp_mrun
1008
1009    line=""
1010    found=false
1011    grep  " $localhost" $config_file | grep "%source_path"  >  tmp_mrun
1012    while read line
1013    do
1014       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
1015       then
1016          if [[ $found = true ]]
1017          then
1018             printf "\n\n  +++ more than one source path found in configuration file"
1019             printf "\n      for local host \"$localhost\" "
1020             locat=source_path; exit
1021          fi
1022          source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
1023          found=true
1024       fi
1025    done  <  tmp_mrun
1026    rm  tmp_mrun
1027
1028    if [[ "$source_path" = "" ]]
1029    then
1030       if [[ "$global_source_path" != "" ]]
1031       then
1032          source_path=$global_source_path
1033       else
1034          printf "\n\n  +++ no source path found in configuration file"
1035          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
1036          locat=source_path; exit
1037       fi
1038    fi
1039    eval source_path=$source_path
1040
1041    if [[ ! -d $source_path ]]
1042    then
1043       printf "\n\n  +++ source path \"$source_path\" on local host"
1044       printf "\n      \"$localhost\" does not exist"
1045       locat=source_path; exit
1046    fi
1047
1048 fi
1049
1050
1051    # GET THE GLOBAL REVISION-NUMBER OF THE SVN-REPOSITORY
1052    # (HANDED OVER TO RESTART-RUNS USING OPTION -G)
1053 if [[ "$global_revision" = ""  &&  $host != "ibmkisti" ]]
1054 then
1055    global_revision=`svnversion $source_path  2>/dev/null`
1056    global_revision="Rev: $global_revision"
1057 fi
1058
1059
1060    # ??? das darf doch eigentlich garnicht passieren, weil optionen config-datei uebersteuern ???
1061    # CHECK AGAIN, IF EXECUTION SHALL BE DONE ON A REMOTE-HOST (BATCH-JOB).
1062    # (HOST MAY HAVE CHANGED DUE TO SETTINGS IN THE CONFIGURATION-FILE)
1063 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
1064 then
1065    do_batch=true
1066    do_remote=true
1067    case  $host  in
1068        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|lcbullhh|lccrayb|lccrayh|lccrayf|lceddy|lckyoto|lcocean|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb|lcgeohu)  true;;
1069        (*)  printf "\n"
1070             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
1071             printf "\n      is not available"
1072             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
1073    esac
1074 else
1075    host=$localhost
1076 fi
1077
1078
1079
1080    # IN CASE OF PARALLEL EXECUTION, CHECK SOME SPECIFICATIONS CONCERNING PROCESSOR NUMBERS
1081 if [[ "$cond1" = parallel  ||  "$cond2" = parallel ]]
1082 then
1083
1084       # CHECK, IF NUMBER OF CORES TO BE USED HAS BEEN GIVEN
1085    if [[ ! -n $numprocs ]]
1086    then
1087       printf "\n"
1088       printf "\n  +++ option \"-K parallel\" requires additional specification"
1089       printf "\n      of the number of processors to be used by"
1090       printf "\n      mrun-option \"-X\" or by environment-variable"
1091       printf "\n      \"numprocs\" in the configuration file"
1092       locat=numprocs; (( iec = 0 )); exit 
1093    fi
1094
1095       # CHECK, IF THE NUMBER OF CORES PER NODE HAS BEEN GIVEN UND IF IT IS AN
1096       # INTEGRAL DIVISOR OF THE TOTAL NUMBER OF CORES GIVEN BY OPTION -X
1097    if [[ "$tasks_per_node" = ""  &&  $host != lcxt5m ]]
1098    then
1099       printf "\n"
1100       printf "\n  +++ option \"-T\" (tasks per node) is missing"
1101       printf "\n      set -T option or define tasks_per_node in the config file"
1102       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1103    fi
1104
1105    if (( numprocs < tasks_per_node ))
1106    then
1107       printf "\n"
1108       printf "\n  +++ tasks per node (-T) cannot exceed total number of processors (-X)"
1109       printf "\n      given values: -T $tasks_per_node  -X $numprocs"
1110       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1111    fi
1112
1113    if [[ $host != lcxt5m ]]
1114    then
1115       (( nodes = numprocs / ( tasks_per_node * threads_per_task ) ))
1116       (( ival = $tasks_per_node ))
1117       (( pes = numprocs ))
1118       (( ii = pes / ival ))
1119       (( remaining_pes =  pes - ii * ival ))
1120       if (( remaining_pes > 0 ))
1121       then
1122          printf "\n"
1123          printf "\n  +++ WARNING: tasks per node (option \"-T\") is not an integral"
1124          printf "\n      divisor of the total number of processors (option \"-X\")"
1125          printf "\n      values of this mrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $numprocs\""
1126          printf "\n      One of the nodes is filled with $remaining_pes instead of $tasks_per_node tasks"
1127          (( nodes = nodes + 1 ))
1128       fi
1129    fi
1130
1131
1132       # SETTINGS FOR SUBJOB-COMMAND
1133    OOPT="-O $threads_per_task"
1134
1135       # SET THE TOTAL NUMBER OF NODES, REQUIRED FOR THE SUBJOB-COMMAND (SEE FURTHER BELOW)
1136    if [[ "$tasks_per_node" != "" ]]
1137    then
1138       TOPT="-T $tasks_per_node"
1139    fi
1140
1141       # CHECK node_usage FOR ALLOWED VALUES AND SET DEFAULT VALUE, IF NECESSARY
1142    if [[ $node_usage = default ]]
1143    then
1144       if [[ $host = ibms ]]
1145       then
1146          node_usage=shared
1147       else
1148          node_usage=not_shared
1149       fi
1150    fi
1151
1152    if [[ $node_usage != shared  &&  $node_usage != not_shared  &&  $node_usage != singlejob  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla" ]]
1153    then
1154       printf "\n"
1155       printf "\n  +++ node usage (option \"-n\") is only allowed to be set"
1156       printf "\n      \"shared\" or \"not_shared\""
1157       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1158    fi
1159
1160 fi
1161
1162    # CHECK IF HOSTFILE EXISTS
1163 if [[ -n $hostfile ]]
1164 then
1165    if [[ ! -f $hostfile ]]
1166    then
1167       printf "\n"
1168       printf "\n  +++ hostfile \"$hostfile\" does not exist"
1169       locat=hostfile; exit
1170    fi
1171 fi
1172
1173
1174    # SET DEFAULT VALUE FOR THE MAXIMUM NUMBER OF PARALLEL IO STREAMS
1175 if [[ "$maximum_parallel_io_streams" = "" ]]
1176 then
1177    maximum_parallel_io_streams=$numprocs
1178 fi
1179
1180
1181    # SET PORT NUMBER OPTION FOR CALLS OF SSH/SCP, subjob AND batch_scp SCRIPTS
1182 if [[ "$scp_port" != "" ]]
1183 then
1184    PORTOPT="-P $scp_port"
1185    SSH_PORTOPT="-p $scp_port"
1186 fi
1187
1188
1189    # DETERMINE THE SSH-OPTION IN CASE THAT AN SSH-KEY IS EXPLICITLY GIVEN IN THE
1190    # CONFIG-FILE
1191 if [[ "$ssh_key" != "" ]]
1192 then
1193    ssh_key="-i $HOME/.ssh/$ssh_key"
1194 fi
1195
1196
1197    # SET DEFAULT-QUEUE, IF NOT GIVEN
1198 if [[ $queue = none ]]
1199 then
1200    case  $host  in
1201        (ibmh)       queue=cluster;;
1202        (ibmkisti)   queue=class.32plus;;
1203        (lcbullhh)   queue=compute;;
1204        (lccrayb)    queue=mpp1q;;
1205        (lccrayh)    queue=mpp1q;;
1206        (lcgeohu)    queue=short;;
1207        (lckiaps)    queue=normal;;
1208        (lckyoto)    queue=ph;;
1209        (lckyuh)     queue=fx-single;;
1210        (lckyut)     queue=cx-single;;
1211        (lctit)      queue=S;;
1212        (unics)      queue=unics;;
1213    esac
1214 fi
1215
1216
1217    # GENERATE FULL FILENAMES OF INPUT-FILES, INCLUDING THEIR PATH
1218    # CHECK, IF INPUT-FILES EXIST, AND DETERMINE HIGHEST CYCLE NUMBER (IF CYCLES EXIST)
1219 (( i = 0 ))
1220 while (( i < iin ))
1221 do
1222    (( i = i + 1 ))
1223    (( maxcycle = 0 ))
1224
1225       # GENERATE PATH AND FULL FILE NAME (then-BRANCH: FIXED FULL NAME IS GIVEN, I.E. THE
1226       # FILE IDENTIFIER IS NOT PART OF THE FILENAME))
1227    if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1228    then
1229       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${endin[$i]}  # EVALUATE REMOTE-PATH ON THE REMOTE
1230                                                    # HOST ONLY
1231       eval filename=${pathin[$i]}/${endin[$i]}
1232    else
1233       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}  # EVALUATE REMOTE-PATH ON THE REMOTE
1234                                                             # HOST ONLY
1235       eval filename=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}
1236    fi
1237    eval pathname=${pathin[$i]}
1238
1239       # CHECK IF FILE EXISTS
1240    if ! ls $filename* 1>/dev/null 2>&1
1241    then
1242
1243          # FILES WITH ATTRIBUTE locopt ARE OPTIONAL. NO ABORT, IF THEY DO NOT EXIST.
1244       if [[ "${transin[$i]}" != "locopt" ]]
1245       then
1246          printf "\n\n  +++ INPUT-file: "
1247          if [[ "${extin[$i]}" = ""  ||  "${extin[$i]}" = " " ]]
1248          then
1249             printf "\n           $filename"
1250          else
1251             printf "\n           $filename.${extin[$i]}"
1252          fi
1253          printf "\n      does not exist\n"
1254          locat=input; exit
1255       else
1256          transin[$i]="unavailable"
1257       fi
1258    else
1259
1260          # DETERMINE THE FILE'S CYCLE NUMBER
1261       ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1262       ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1263       while  read zeile
1264       do
1265              # filename without path (i.e. after the last "/")
1266           basefilename=$(basename ${zeile})
1267
1268              # check if there is an extension
1269           extension=${basefilename##*.}
1270           if [[ "$extension" = "$extin[$i]" ]]
1271           then
1272              basefilename=${basefilename&.*}
1273           fi
1274
1275              # check for an existing cycle number
1276           cycle=${basefilename##*.}
1277           if [[ $cycle =~ ^-?[0-9]+$ ]]
1278           then
1279              (( icycle = $cycle ))
1280           else
1281              (( icycle = 0 ))
1282           fi
1283
1284           if (( icycle > maxcycle ))
1285           then
1286              (( maxcycle = icycle ))
1287           fi
1288
1289#          cycle=$(echo $zeile | cut -f2 -d".")
1290#          if [[ "$cycle" = "$zeile" ]]
1291#          then
1292#             (( icycle = 0 ))
1293#          elif [[ "$cycle" = "${extin[$i]}" ]]
1294#          then
1295#             (( icycle = 0 ))
1296#          else
1297#             (( icycle = $cycle ))
1298#          fi
1299#          if (( icycle > maxcycle ))
1300#          then
1301#             (( maxcycle = icycle ))
1302#          fi
1303       done <filelist
1304       rm filelist
1305
1306          # APPEND CYCLE NUMBER TO FILENAME
1307       if (( maxcycle > 0 ))
1308       then
1309          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1310          then
1311             filename=${filename}.$maxcycle.${extin[$i]}
1312          else
1313             filename=${filename}.$maxcycle
1314          fi
1315       else
1316          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1317          then
1318             filename=${filename}.${extin[$i]}
1319          fi
1320       fi
1321       
1322          # STORE FILENAME WITHOUT PATH BUT WITH CYCLE NUMBER,
1323          # IS LATER USED FOR TRANSFERRING FILES WIHIN THE JOB (SEE END OF FILE)
1324       absnamein[$i]=$filename
1325       if (( maxcycle > 0 ))
1326       then
1327          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1328          then
1329             frelin[$i]=${endin[$i]}.$maxcycle
1330          else
1331             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}.$maxcycle
1332          fi
1333       else
1334          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1335          then
1336             frelin[$i]=${endin[$i]}
1337          else
1338             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}
1339          fi
1340       fi
1341
1342    fi
1343 done
1344   
1345    # GENERATE FULL FILENAMES OF OUTPUT-FILES (WITHOUT $ OR ~),
1346    # CHECK, IF OUTPUT-FILES EXIST, AND DETERMINE HIGHEST CYCLE NUMBER (IF CYCLES EXIST),
1347    # OR, IN CASE THAT FILE DOES NOT EXIST, CHECK, IF IT CAN BE CREATED 
1348    # THESE ACTIONS ARE NOT CARRIED OUT, IF FILES SHALL BE TRASFERRED FROM THE REMOTE TO
1349    # THE LOCAL HOST (BECAUSE THEIR IS NO DIRECT ACCESS TO THE LOCAL DIRECTORIES FROM THE
1350    # REMOTE HOST)
1351 (( i = 0 ))
1352 while (( i < iout ))
1353 do
1354    (( i = i + 1 ))
1355    if [[ ! ( $fromhost != $localhost  &&  ( "${actionout[$i]}" = tr || "${actionout[$i]}" = tra || "${actionout[$i]}" = trpe ) ) ]]
1356    then
1357       if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
1358       then
1359          actionout[$i]=""
1360       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe ]]
1361       then
1362          actionout[$i]=pe
1363       elif [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
1364       then
1365          actionout[$i]=a
1366       fi
1367       (( maxcycle = 0 ))
1368       eval filename=${pathout[$i]}/${fname}${endout[$i]}
1369       eval catalogname=${pathout[$i]}
1370       if ! ls $filename* 1>/dev/null 2>&1
1371       then
1372     
1373             # IF OUTPUT-FILE DOES NOT EXIST CHECK, IF IT CAN BE CREATED
1374          if  cat /dev/null > $filename 
1375          then
1376             rm  $filename
1377          else
1378
1379                # CHECK, IF THE DIRECTORY WHERE FILE SHALL BE COPIED TO EXISTS
1380                # IF IT DOES NOT EXIST, TRY TO CREATE IT
1381             if [[ ! -d $catalogname ]]
1382             then
1383                if  mkdir -p  $catalogname
1384                then
1385                   printf "\n\n  *** directory:"
1386                   printf "\n           $catalogname"
1387                   printf "\n      was created\n"
1388                else
1389                   printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1390                   printf "\n           $filename"
1391                   printf "\n      cannot be created, because directory does not exist"
1392                   printf "\n      and cannot be created either"
1393                   printf "\n"
1394                   locat=output  ; exit
1395                fi 2>/dev/null
1396             else
1397                printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1398                printf "\n           $filename"
1399                printf "\n      cannot be created, although directory exists"
1400                printf "\n"
1401                locat=output  ; exit
1402             fi
1403          fi 2>/dev/null
1404       else
1405
1406             # DETERMINE THE CYCLE NUMBER
1407          ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1408          ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1409          while  read zeile
1410          do
1411
1412                # filename without path (i.e. after the last "/")
1413             basefilename=$(basename ${zeile})
1414
1415                # check if there is an extension
1416             extension=${basefilename##*.}
1417             if [[ "$extension" = "${extout[$i]}" ]]
1418             then
1419                basefilename=${basefilename%.*}
1420             fi
1421
1422                # check for an existing cycle number
1423             cycle=${basefilename##*.}
1424             if [[ $cycle =~ ^-?[0-9]+$ ]]
1425             then
1426                (( icycle = $cycle + 1 ))
1427             else
1428                (( icycle = 1 ))
1429             fi
1430
1431             if (( icycle > maxcycle ))
1432             then
1433                (( maxcycle = icycle ))
1434             fi
1435
1436          done <filelist
1437          rm filelist
1438       fi
1439
1440          # APPEND CYCLE NUMBER TO FILENAME AND CHECK, IF FILE CAN BE CREATED
1441          # IN CASE OF FILE-APPEND, FILE MUST BE APPENDED TO THE ONE WITH HIGHEST CYCLE NUMBER
1442       if [[ "${actionout[$i]}" != a ]]
1443       then
1444          if (( maxcycle > 0 ))
1445          then
1446             filename_tmp=${filename}.$maxcycle
1447             if  cat /dev/null > $filename_tmp 
1448             then
1449                rm  $filename_tmp
1450             else
1451                printf "\n  +++ OUTPUT-file:"
1452                printf "\n           $filename_tmp"
1453                printf "\n      cannot be created"
1454                locat=output  ; exit
1455             fi
1456          fi
1457       else
1458          (( maxcycle = maxcycle - 1 ))
1459       fi
1460       
1461       (( cycnum[$i] = maxcycle ))
1462       pathout[$i]=$filename
1463
1464    fi
1465 done
1466
1467
1468     # THE DVR-PACKAGE REQUIRES ITS OWN LIBRARY
1469 if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
1470 then
1471    if [[ "$dvr_inc" = "" ]]
1472    then
1473       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_inc\" given in configuration file"
1474       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1475       locat=dvr; exit
1476    fi
1477    if [[ "$dvr_lib" = "" ]]
1478    then
1479       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_lib\" given in configuration file"
1480       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1481       locat=dvr; exit
1482    fi
1483 fi
1484
1485
1486     # CHECK, WETHER A MAIN PROGRAM OR AN EXECUTABLE HAVE BEEN DECLARED.
1487     # EXECUTABLES DO NOT NEED TO BE COMPILED.
1488 if [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" = "" ]]
1489 then
1490    printf "\n  +++ neither main program nor executable defined"
1491    locat=source; exit
1492 elif [[ "$mainprog" != ""  &&  "$executable" != "" ]]
1493 then
1494    printf "\n  +++ main program as well as executable defined"
1495    locat=source; exit
1496 elif [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" != "" ]]
1497 then
1498    do_compile=false
1499 fi
1500
1501
1502    # CREATE SOURCE-DIRECTORY TO COLLECT ROUTINES TO BE COMPILED.
1503    # LATER THE MRUN-SCRIPT AND CONFIGURATION-FILE WILL ALSO BE COPIED TO THIS DIRECTORY.
1504 if [[ $restart_run != true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1505 then
1506    rm -rf  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1507    mkdir   SOURCES_FOR_RUN_$fname
1508 fi
1509
1510
1511    # COLLECT ALL ROUTINES TO BE COMPILED
1512    # THIS IS NOT REQUIRED WITHIN BATCH-JOBS, BECAUSE ROUTINES HAVE ALREADY BEEN COLLECTED
1513    # BY THE MRUN-CALL WHICH CREATED THE BATCH-JOB.
1514 if [[ $do_compile = true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1515 then
1516
1517    [[ "$source_list" = LM ]]  &&  source_list=LOCALLY_MODIFIED
1518
1519    if [[ "$source_list" = LOCALLY_MODIFIED ]]
1520    then
1521
1522          # DETERMINE MODIFIED FILES OF THE SVN WORKING COPY
1523       source_list=""
1524       cd  $source_path
1525
1526
1527          # CHECK, IF DIRECTORY IS UNDER SVN CONTROL
1528       if [[ ! -d .svn ]]
1529       then
1530          printf "\n\n  +++ source directory"
1531          printf "\n         \"$source_path\" "
1532          printf "\n         is not under control of \"subversion\"."
1533          printf "\n         Please do not use mrun-option \"-s LOCALLY_MODIFIED\"\n"
1534       fi
1535
1536
1537          # LIST ALL MODIFIED SOURCE CODE FILES
1538       Filenames=""
1539       svn status  >  tmp_mrun
1540       while  read line
1541       do
1542          firstc=`echo $line | cut -c1`
1543          if [[ $firstc = M  ||  $firstc = "?" ]]
1544          then
1545             Name=`echo "$line" | cut -c8-`
1546             extension=`echo $Name | cut -d. -f2`
1547             if [[ "$extension" = f90 || "$extension" = F90 || "$extension" = f || "$extension" = F || "$extension" = c ]]
1548             then
1549                Filenames="$Filenames "$Name
1550             fi
1551          fi
1552       done < tmp_mrun
1553
1554
1555          # COPY FILES TO SOURCES_FOR_RUN_...
1556       for  dateiname  in  $Filenames
1557       do
1558          cp  $dateiname  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1559          source_list=$source_list"$dateiname "
1560       done
1561
1562       cd -  > /dev/null
1563
1564
1565       # COPY FILES GIVEN BY OPTION -s TO DIRECTORY SOURCES_FOR_RUN_...
1566       # AUTOMATIC RESTART RUNS JUST ACCESS THE DIRECTORY CREATED BY THE INITIAL RUN
1567    elif [[ "$source_list" != ""  &&  $restart_run != true ]]
1568    then
1569
1570       cd  $source_path
1571
1572       for  filename  in  $source_list
1573       do
1574
1575             # SOURCE CODE FILE IS NOT ALLOWED TO INCLUDE PATH
1576          if [[ $(echo $filename | grep -c "/") != 0 ]]
1577          then
1578             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1579             printf "\n      must not contain (\"/\") "
1580             locat=source; exit
1581          fi
1582
1583          if [[ ! -f $filename ]]
1584          then
1585             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1586             printf "\n      does not exist"
1587             locat=source; exit
1588          else
1589             cp  $filename  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1590          fi
1591
1592       done
1593
1594       cd -  > /dev/null
1595
1596    fi
1597
1598
1599       # CHECK, IF A MAIN PROGRAM EXISTS AND IF IT IS PART OF THE LIST OF FILES
1600       # TO BE COMPILED. IF NOT, ADD IT TO THE LIST.
1601    if [[ $restart_run != true ]]
1602    then
1603
1604       if [[ ! -f "$source_path/$mainprog" ]]
1605       then
1606          printf "\n\n  +++ main program:  $mainprog"
1607          printf "\n      does not exist in source directory"
1608          printf "\n      \"$source_path\"\n"
1609          locat=source; exit
1610       else
1611          if [[ $(echo $source_list | grep -c $mainprog) = 0 ]]
1612          then
1613             cp  $source_path/$mainprog  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1614             source_list=${mainprog}" $source_list"
1615          fi
1616       fi
1617    fi
1618
1619
1620       # CHECK, IF MAKEFILE EXISTS AND COPY IT TO THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY
1621       # NOT REQUIRED FOR RESTART RUNS, SOURCES_FOR_RUN... HAS BEEN CREATED BY THE INITIAL RUN
1622    if [[ "$restart_run" != true ]]
1623    then
1624       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
1625       if [[ ! -f $makefile ]]
1626       then
1627          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
1628          locat=make; exit
1629       else
1630          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
1631       fi
1632    fi
1633
1634
1635       # COPY FILES FROM OPTIONAL SOURCE PATH GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
1636    if [[ $restart_run != true  &&  "$add_source_path" != "" ]]
1637    then
1638
1639          # DOES THE DIRECTORY EXIST?
1640       if [[ ! -d $add_source_path ]]
1641       then
1642          printf "\n\n  *** INFORMATIVE: additional source code directory"
1643          printf "\n      \"$add_source_path\" "
1644          printf "\n      does not exist or is not a directory."
1645          printf "\n      No source code will be used from this directory!\n"
1646          add_source_path=""
1647          if [[ $silent == false ]]
1648          then
1649             sleep 3
1650          fi
1651       else
1652
1653          cd $add_source_path
1654          found=false
1655
1656          Names=$(ls -1 *.f90 2>&1)
1657          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$Names"
1658          Names=$(ls -1 *.F90 2>&1)
1659          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1660          Names=$(ls -1 *.F 2>&1)
1661          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1662          Names=$(ls -1 *.f 2>&1)
1663          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1664          Names=$(ls -1 *.c 2>&1)
1665          [[ $(echo $Names | grep -c '*.c') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1666
1667          cd -  > /dev/null
1668          cd  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1669
1670             # COPY MAKEFILE IF EXISTING
1671          if [[ -f $add_source_path/Makefile ]]
1672          then
1673             printf "\n\n  *** user Makefile from directory"
1674             printf "\n      \"$add_source_path\" is used \n"
1675             if [[ $silent == false ]]
1676             then
1677                sleep 1
1678             fi
1679             cp  $add_source_path/Makefile  .
1680          fi
1681
1682          for  dateiname  in  $AddFilenames
1683          do
1684             if [[ -f $dateiname ]]
1685             then
1686                printf "\n  +++ source code file \"$dateiname\" found in additional"
1687                printf "\n      source code directory \"$add_source_path\" "
1688                printf "\n      but was also given with option \"-s\" which means that it should be taken"
1689                printf "\n      from directory \"$source_path\"."
1690                locat=source; exit
1691             fi
1692
1693             cp  $add_source_path/$dateiname  .
1694             source_list="$source_list $dateiname"
1695
1696                # CHECK IF FILE IS CONTAINED IN MAKEFILE
1697             if [[ $(grep -c $dateiname Makefile) = 0 ]]
1698             then
1699                printf "\n\n  +++ user file \"$dateiname\" "
1700                printf "\n      is not listed in Makefile \n"
1701                locat=source; exit
1702             else
1703
1704                if [[ $found = false ]]
1705                then
1706                   found=true
1707                   printf "\n\n  *** following user file(s) added to the"
1708                   printf " files to be translated:\n      "
1709                fi
1710                printf "$dateiname  "
1711                if [[ $silent == false ]]
1712                then
1713                   sleep 0.5
1714                fi
1715
1716             fi
1717          done
1718          [[ $found = true ]]  &&  printf "\n"
1719          cd -  > /dev/null
1720       fi
1721    fi
1722
1723
1724       # ADD ALL ROUTINES BELONGING TO SOFTWARE PACKAGES (GIVEN BY OPTION -p)
1725       # TO THE LIST OF FILES TO BE COMPILED
1726    if [[ $restart_run != true  &&  -n $package_list ]]
1727    then
1728
1729       cd  $source_path
1730
1731       for  package  in  $package_list
1732       do
1733
1734          [[ $package = "dvrp_graphics+1PE" ]]  &&  package=dvrp_graphics
1735
1736             # DETERMINE FILES BELONGING TO THE PACKAGE
1737             # ERROR MESSAGE ARE REDIRECTED TO /dev/null, BECAUSE WILDCARD (*) ALSO GIVES
1738             # THE NAME OF THE DIRECTORY
1739          package_source_list=`grep "defined( __$package " * 2>/dev/null | cut -f1 -d:`
1740
1741
1742             # ADD THESE FILES TO THE LIST OF FILES TO BE COMPILED,
1743             # IF THEY ARE NOT ALREADY PART OF THE LIST
1744          for  source_list_name  in  $package_source_list
1745          do
1746             if [[ $(echo $source_list | grep -c $source_list_name) = 0 ]]
1747             then
1748
1749                    # ONLY TAKE FILES WITH VALID SUFFIX
1750                ending=`echo $source_list_name | cut -f2 -d.`
1751                if [[ "$ending" = f90  ||  "$ending" = F90  ||  "$ending" = f  ||  "$ending" = F  ||  "$ending" = c ]]
1752                then
1753                   cp  $source_list_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1754                   source_list="$source_list $source_list_name"
1755                fi
1756             fi
1757          done
1758       done
1759
1760       cd -  > /dev/null
1761    fi
1762
1763 fi  # do_compile=true
1764
1765
1766    # IF SOURCE CODE IS TO BE COMPILED, DO SOME MORE CHECKS
1767    # AND SET PRE-PROCESSOR DIRECTIVES
1768 if [[ $do_compile = true  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
1769 then
1770
1771       # SET PREPROCESSOR-DIRECTIVES TO SELECT OPERATING SYSTEM SPECIFIC CODE
1772    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1773    then
1774       cpp_options="${cpp_options},-D__ibm=__ibm"
1775    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = nec ]]
1776    then
1777       cpp_options="$cpp_options -D__nec"
1778    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-2) = lc ]]
1779    then
1780       cpp_options="$cpp_options -D__lc"
1781    else
1782       cpp_options="$cpp_options -D__$localhost"
1783    fi
1784
1785       # SET DIRECTIVES GIVEN BY OPTION -K (E.G. parallel)
1786    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1787    then
1788       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond1=__$cond1"
1789       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond2=__$cond2"
1790    else
1791       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond1"
1792       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond2"
1793    fi
1794
1795       # SET DIRECTIVES FOR ACTIVATING SOFTWARE-PACKAGES (OPTION -p)
1796    if [[ -n $package_list ]]
1797    then
1798       for  package  in  $package_list
1799       do
1800          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1801          then
1802             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1803             then
1804                cpp_options="${cpp_options},-D__$package=__$package"
1805             else
1806                cpp_options="${cpp_options},-D__dvrp_graphics=__dvrp_graphics"
1807                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1808             fi
1809          else
1810             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1811             then
1812                cpp_options="$cpp_options -D__$package"
1813             else
1814                cpp_options="$cpp_options -D__dvrp_graphics"
1815                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1816             fi
1817          fi
1818       done
1819    fi
1820
1821 else
1822
1823
1824       # FOR LOCAL RUNS CHECK AGAIN, IF EXECUTABLE EXISTS
1825    if [[ $do_remote = false ]]
1826    then
1827       if [[ ! -f $executable ]]
1828       then
1829          printf "\n  +++ executable file:  $executable"
1830          printf "\n      does not exist"
1831          locat=executable; exit
1832       fi
1833    fi
1834 fi
1835
1836
1837    # DETERMINE THE JOB MODE
1838 if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1839 then
1840    if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
1841    then
1842       batch_job=.TRUE.
1843       jobmo=BATCH
1844    else
1845       batch_job=.FALSE.
1846       jobmo=INTERACTIVE
1847    fi 
1848 else
1849    if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH  ||  "$PJM_ENVIRONMENT" = BATCH ]]
1850    then
1851       batch_job=.TRUE.
1852       jobmo=BATCH
1853    else
1854       batch_job=.FALSE.
1855       jobmo=INTERACTIVE
1856    fi
1857 fi
1858
1859    # NO INTERACTIVE RUNS ALLOWED ON LCTIT
1860 if [[ $host = lctit  &&  $jobmo = INTERACTIVE  &&  $do_batch = false ]]
1861 then
1862    printf "\n  +++ no interactive runs allowed on host \"$host\" "
1863    printf "\n      please submit batch job using mrun option \"-b\" \n"
1864    locat=normal; exit
1865 fi
1866
1867
1868    # CHECK, IF USER DEFINED A COMPILER
1869 if [[ "$compiler_name" = "" ]]
1870 then
1871
1872    printf "\n  +++ no compiler specified for \"$host $cond1 $cond2\""
1873    locat=compiler_name; exit
1874
1875 fi
1876
1877
1878    # DETERMINE THE NAME OF MRUN'S TEMPORARY WORKING DIRECTORY
1879
1880    # ON HLRN-III, USE THE QUEUING NAME. OTHERWISE USE USERNAME AND RANDOM NUMBER
1881 if [[ $do_batch = false && $(echo $host | cut -c1-6) = lccray ]]
1882 then
1883    kennung=$(checkjob $PBS_JOBID | grep Reservation | cut -d" " -s -f2 | cut -d"." -s -f2 | sed "s/['\"]//g")
1884    if [[ "$kennung" = "" ]]
1885    then
1886       kennung=$RANDOM
1887    fi
1888 else
1889    kennung=$RANDOM
1890 fi
1891
1892 if [[ "$tmp_user_catalog" = "" ]]
1893 then
1894    if [[ $localhost = ibmh ]]
1895    then
1896       tmp_user_catalog=$SCRATCH
1897    else
1898       tmp_user_catalog=/tmp
1899    fi
1900 fi
1901 TEMPDIR=$tmp_user_catalog/${usern}.$kennung
1902
1903
1904    # DETERMINE THE NAME OF THE DIRECTORY WHICH IS USED TO TEMPORARILY STORE DATA FOR RESTART RUNS
1905 if [[ "$tmp_data_catalog" = "" ]]
1906 then
1907    tmp_data_catalog=/tmp/mrun_restart_data
1908 fi
1909
1910
1911    # IN CASE OF LOCAL RUNS REPLACE ENVIRONMENT VARIABLES BY THEIR VALUES
1912 if [[ $do_remote = false  &&  $do_compile = true  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
1913 then
1914    eval  fopts=\"$fopts\"
1915    eval  lopts=\"$lopts\"
1916 fi
1917
1918
1919    # DETERMINE COMPILE- AND LINK-OPTIONS
1920 fopts="$fopts $netcdf_inc $fftw_inc $dvr_inc"
1921 lopts="$lopts $netcdf_lib $fftw_lib $dvr_lib"
1922 XOPT="-X $numprocs"
1923
1924
1925    # CHECK THE CPU-LIMIT. IT MUST BE GIVEN FOR BATCH-JOBS AND IS COMMUNICATED TO THE
1926    # EXECUTABLE VIA NAMELIST-PARAMETER cputime
1927 done=false
1928 while [[ $done = false ]]
1929 do
1930    cputime=$cpumax
1931    if (( $cputime == 0 ))
1932    then
1933       if [[ $do_batch = true ]]
1934       then
1935          printf "\n  +++ cpu-time is undefined"
1936          printf "\n  >>> Please type CPU-time in seconds as INTEGER:"
1937          printf "\n  >>> "
1938          read  cputime  1>/dev/null  2>&1
1939       else
1940          cputime=10000000   # NO CPU LIMIT FOR INTERACTIVE RUNS
1941       fi
1942    else
1943       done=true
1944    fi
1945    cpumax=$cputime
1946 done
1947
1948 (( minuten = cputime / 60 ))
1949 (( sekunden = cputime - minuten * 60 ))
1950
1951
1952    # CHECK THE MEMORY DEMAND
1953 if [[ $do_batch = true ]]
1954 then
1955    done=false
1956    while [[ $done = false ]]
1957    do
1958       if (( memory == 0 ))
1959       then
1960          printf "\n  +++ memory demand is undefined"
1961          printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
1962          printf "\n  >>> "
1963          read  memory  1>/dev/null  2>&1
1964       else
1965          done=true
1966       fi
1967    done
1968 fi
1969
1970
1971    # IN CASE OF REMOTE-JOBS CHECK, IF A USERNAME FOR THE REMOTE HOST IS GIVEN
1972 if [[ $do_remote = true  &&  -z $remote_username ]]
1973 then
1974    while [[ -z $remote_username ]]
1975    do
1976       printf "\n  +++ username on remote host \"$host\" is undefined"
1977       printf "\n  >>> Please type username:"
1978       printf "\n  >>> "
1979       read  remote_username
1980    done
1981    mc="$mc -u$remote_username"
1982 fi
1983
1984    # CHECK FOR INITIAL COMMANDS AFTER LOGIN
1985 if [[ "$login_init_cmd" != "" ]]
1986 then
1987    export init_cmds="${login_init_cmd};"
1988 fi
1989
1990
1991    # SET THE MODULE-LOAD COMMAD AND EXPORT IT FOR subjob
1992 if [[ "$modules" != "" ]]
1993 then
1994    if [[ $host = lctit ]]
1995    then
1996       export module_calls=". $modules"
1997    else
1998       export module_calls="module load ${modules};"
1999    fi
2000 fi
2001
2002    # OUTPUT OF THE MRUN-HEADER
2003 calltime=$(date)
2004 printf "\n"
2005 printf "#------------------------------------------------------------------------# \n"
2006 printf "| %-35s%35s | \n" "$version" "$calltime"
2007 printf "|                                                                        | \n"
2008 spalte1="called on:"; spalte2=$localhost_realname
2009 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2010 if [[ $do_remote = true ]]
2011 then
2012    spalte1="execution on:"; spalte2="$host (username: $remote_username)"
2013 else
2014    spalte1="execution on:"; spalte2="$host ($localhost_realname)"
2015 fi
2016 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2017 if [[ -n $numprocs ]]
2018 then
2019    if [[ $run_coupled_model = false ]]
2020    then
2021       spalte1="number of PEs:"; spalte2=$numprocs
2022    else
2023       spalte1="number of PEs:"; spalte2="$numprocs  (atmosphere: $numprocs_atmos, ocean: $numprocs_ocean)"
2024    fi
2025    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2026 fi
2027 if [[ -n $tasks_per_node ]]
2028 then
2029    spalte1="tasks per node:"; spalte2="$tasks_per_node (number of nodes: $nodes)"
2030    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2031    if (( remaining_pes > 0 ))
2032    then
2033       spalte1=" "; spalte2="one of the nodes only filled with $remaining_pes tasks"
2034       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2035    fi
2036 fi
2037 if [[ $maximum_parallel_io_streams != $numprocs ]]
2038 then
2039    spalte1="max par io streams:"; spalte2="$maximum_parallel_io_streams"
2040    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2041 fi
2042 if [[ $use_openmp = true ]]
2043 then
2044    spalte1="threads per task:"; spalte2="$threads_per_task"
2045    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2046 fi
2047 printf "|                                                                        | \n"
2048 if [[ $do_compile = true ]]
2049 then
2050    if [[ "$mopts" != "" ]]
2051    then
2052       spalte1="make options:"; spalte2=$(echo "$mopts" | cut -c-45)
2053       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2054       zeile=$(echo "$mopts" | cut -c46-)
2055       while [[ "$zeile" != "" ]]
2056       do
2057          spalte1=""
2058          spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2059          printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2060          zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2061       done
2062    fi
2063
2064    spalte1="cpp directives:"; spalte2=$(echo "$cpp_options" | cut -c-45)
2065    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2066    zeile=$(echo "$cpp_options" | cut -c46-)
2067    while [[ "$zeile" != "" ]]
2068    do
2069       spalte1=""
2070       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2071       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2072       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2073    done
2074
2075    spalte1="compiler options:"; spalte2=$(echo "$fopts" | cut -c-45)
2076    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2077    zeile=$(echo "$fopts" | cut -c46-)
2078    while [[ "$zeile" != "" ]]
2079    do
2080       spalte1=""
2081       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2082       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2083       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2084    done
2085
2086    spalte1="linker options:"; spalte2=$(echo "$lopts" | cut -c-45)
2087    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2088    zeile=$(echo "$lopts" | cut -c46-)
2089    while [[ "$zeile" != "" ]]
2090    do
2091       spalte1=""
2092       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2093       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2094       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2095    done
2096
2097    spalte1="modules to be load:"; spalte2=$(echo "$modules" | cut -c-45)
2098    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2099    zeile=$(echo "$modules" | cut -c46-)
2100    while [[ "$zeile" != "" ]]
2101    do
2102       spalte1=""
2103       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2104       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2105       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2106    done
2107
2108    spalte1="main program:"; spalte2=$mainprog
2109    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2110 else
2111    spalte1=executable:; spalte2=$executable
2112    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2113 fi
2114 printf "|                                                                        | \n"
2115 spalte1="base name of files:"; spalte2=$fname
2116 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2117 if [[ $fname != $afname ]]
2118 then
2119    spalte1="base name of input files:"; spalte2=$afname
2120    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2121 fi
2122 spalte1="INPUT control list:"; spalte2=$(echo $input_list)
2123 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2124 spalte1="OUTPUT control list:"; spalte2=$(echo $output_list)
2125 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2126
2127 if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
2128 then
2129    printf "| %-35s%-35s | \n" "suffix \"_O\" is added to local files" " "
2130 fi
2131
2132 if [[ $do_batch = true  ||  "$LOADLBATCH" = yes ]]
2133 then
2134    spalte1="memory demand / PE":; spalte2="$memory MB"
2135    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2136    spalte1=CPU-time:; spalte2="$minuten:$sekunden"
2137    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2138 fi
2139
2140 if [[ $do_compile = true ]]
2141 then
2142    printf "|                                                                        | \n"
2143    printf "| Files to be compiled:                                                  | \n"
2144    zeile=$source_list
2145    while [[ "$zeile" != "" ]]
2146    do
2147       linestart=$(echo $zeile | cut -c-70)
2148       printf "| %-70s | \n" "$linestart"
2149       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c71-)
2150    done
2151 fi
2152 printf "#------------------------------------------------------------------------#"
2153
2154
2155
2156    # OUTPUT OF FILE CONNECTIONS IN CASE OF TRACEBACK
2157 if [[ $do_trace = true ]]
2158 then
2159    (( i = 0 ))
2160    while (( i < iin ))
2161    do
2162       (( i = i + 1 ))
2163       if (( i == 1 ))
2164       then
2165          printf "\n\n >>> INPUT-file assignments:\n"
2166       fi
2167       printf "\n     ${localin[$i]} :  ${absnamein[$i]}"
2168    done
2169    (( i = 0 ))
2170    while (( i < iout ))
2171    do
2172       (( i = i + 1 ))
2173       if (( i == 1 ))
2174       then
2175          printf "\n\n >>> OUTPUT-file assignments:\n"
2176       fi
2177       printf "\n     ${localout[$i]} :  ${pathout[$i]}"
2178    done
2179    (( i = 0 ))
2180    while (( i < iic ))
2181    do
2182       (( i = i + 1 ))
2183       if (( i == 1 ))
2184       then
2185          printf "\n\n >>> INPUT-commands:\n"
2186       fi
2187       printf "\n     ${in_command[$i]}" 
2188    done
2189    (( i = 0 ))
2190    while (( i < ioc ))
2191    do
2192       (( i = i + 1 ))
2193       if (( i == 1 ))
2194       then
2195          printf "\n\n >>> OUTPUT-commands:\n"
2196       fi
2197       printf "\n     ${out_command[$i]}" 
2198    done
2199 fi
2200
2201    # QUERY FOR CONTINUE (ON LOCAL MACHINES ONLY)
2202 if [[ $remotecall = false  &&  $silent = false  &&  $jobmo != BATCH ]]
2203 then
2204    antwort=dummy
2205    printf "\n\n"
2206    printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2207    while  read antwort
2208    do
2209       if [[ "$antwort" != y  &&  "$antwort" != Y  &&  "$antwort" != n  &&  "$antwort" != N ]]
2210       then
2211          printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2212       else
2213          break
2214       fi
2215    done
2216    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
2217    then
2218       locat=user_abort; (( iec = 0 )); exit
2219    fi
2220    if [[ $do_batch = true ]]
2221    then
2222       printf " >>> batch-job will be created and submitted"
2223    else
2224       printf " >>> MRUN will now continue to execute on this machine"
2225    fi
2226 fi
2227
2228 
2229    # DETERMINE PATH FOR MAKE DEPOSITORY
2230 if [[ $do_batch = false  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
2231 then
2232
2233    line=""
2234    grep "%depository_path" $config_file  >  tmp_mrun
2235    while read line
2236    do
2237       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2238       then
2239          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f3)" = "" ]]
2240          then
2241             global_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2242          fi
2243       fi
2244    done < tmp_mrun
2245
2246    line=""
2247    grep  " $localhost" $config_file | grep "%depository_path"  >  tmp_mrun
2248    while read line
2249    do
2250       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2251       then
2252          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f4)" = "$cond1"  &&  "$(echo $line | cut -d" " -s -f5)" = "$cond2" ]]
2253          then
2254             local_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2255          fi
2256       fi
2257    done < tmp_mrun
2258
2259    if [[ "$local_depository_path" = "" ]]
2260    then
2261       if [[ "$global_depository_path" != "" ]]
2262       then
2263          local_depository_path=$global_depository_path
2264       else
2265          printf "\n\n  +++ no depository path found in configuration file"
2266          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
2267          printf "\n      please set \"\%depository_path\" in configuration file\n"
2268          locat=config_file; exit
2269       fi
2270    fi
2271    eval local_depository_path=$local_depository_path
2272    [[ "$cond1" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond1
2273    [[ "$cond2" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond2
2274
2275
2276    basename=`echo $mainprog | cut -f1 -d"."`
2277    eval make_depository=${local_depository_path}/${basename}_current_version.tar
2278    if [[ ! -f $make_depository ]]
2279    then
2280       printf "\n"
2281       printf "\n  *** WARNING: make depository \"$make_depository\" not found"
2282       printf "\n               \"make\" will fail, if the Makefile or other source files are missing\n"
2283    fi
2284
2285 fi
2286
2287
2288    # NOW PERFORM THOSE ACTIONS REQUIRED TO EXECUTE THE PROGRAM (PALM) ON THIS MACHINE
2289    # (COMPILING/LINKING, EXECUTING, COPYING I/O FILES)
2290 if [[ $do_batch = false ]]
2291 then
2292
2293
2294       # CREATE THE TEMPORARY WORKING DIRECTORY
2295    mkdir -p  $TEMPDIR
2296    chmod  go+rx  $TEMPDIR
2297    tmpcreate=true
2298
2299
2300       # COPY EITHER THE COMPLETE SOURCE CODE FILES TO BE COMPILED OR THE EXECUTABLE
2301       # INTO THE TEMPORARY WORKING DIRECTORY
2302    if [[ $do_compile = true ]]
2303    then
2304
2305       TEMPDIR_COMPILE=$TEMPDIR
2306
2307       cp  $make_depository  $TEMPDIR_COMPILE
2308       cd  $TEMPDIR_COMPILE
2309       tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
2310       cd -  > /dev/null
2311
2312          # DUE TO UNKNOWN REASONS, COPY WITH cp COMMAND CREATES CORRUPT
2313          # FILES ON CRAY XC30 SYSTEMS (HLRN III), rsync IS USED INSTEAD
2314       if [[ $(echo $host | cut -c1-6) = lccray ]]
2315       then
2316          rsync -av -t  SOURCES_FOR_RUN_$fname/*  $TEMPDIR_COMPILE  >  /dev/null
2317       else
2318          cp  SOURCES_FOR_RUN_$fname/*  $TEMPDIR_COMPILE  >  /dev/null
2319       fi
2320
2321    else
2322
2323       cp  $executable   ${TEMPDIR}/a.out
2324
2325    fi
2326
2327
2328       # CHANGE TO THE TEMPORARY WORKING DIRECTORY
2329    cd  $TEMPDIR
2330    printf "\n  *** changed to temporary directory: $TEMPDIR"
2331
2332
2333       # IF REQUIRED, START WITH COMPILING
2334    if [[ $do_compile = true ]]
2335    then
2336
2337
2338       if [[ -f a.out ]]
2339       then
2340
2341             # EXECUTABLE WAS CREATED DURING INTERACTIVE CALL OF MRUN
2342          printf "\n\n\n  *** executable a.out found"
2343          printf "\n      no compilation required \n"
2344
2345       else
2346
2347             # COMPILING WITH MAKE (ON NEC COMPILER IS CALLED ON HOST CROSS)
2348          printf "\n\n\n  *** compilation starts \n$dashes\n"
2349          printf "  *** compilation with make using following options:\n"
2350          printf "      make depository:          $make_depository"
2351          if [[ "$mopts" != "" ]]
2352          then
2353             printf "      make options:             $mopts\n"
2354          fi
2355          printf "      compilername:             $compiler_name\n"
2356          printf "      compiler options:         $fopts\n"
2357          printf "      preprocessor directives:  $cpp_options \n"
2358          printf "      linker options:           $lopts \n"
2359          if [[ "$modules" != "" ]]
2360          then
2361             printf "      modules to be load:       $modules \n"
2362          fi
2363          printf "      source code files:        $source_list \n"
2364
2365          if [[ $localhost = ibmh ]]
2366          then
2367             printf "      compiler is called via ssh on \"plogin1\" \n"
2368             ssh  $SSH_PORTOPT  plogin1  -l $usern  "$init_cmds export PATH=/sw/ibm/xlf/13.1.0.8/usr/bin:$PATH; $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2369             [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2370             continue   # STATUS=1, IF a.out EXISTS
2371          elif [[ $localhost = lcocean ]]
2372          then 
2373             printf "      compiler is called via ssh on \"ocean\" \n"
2374             echo $PWD
2375             ssh  $SSH_PORTOPT  ocean  -l $usern  "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2376             [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2377            continue   # STATUS=1, IF a.out EXISTS
2378          elif [[ $localhost = lcbullhh  ||  $localhost = lccrayb  ||  $localhost = lccrayf ||  $localhost = lccrayh ]]
2379          then
2380             make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2381          elif [[ $localhost = lceddy ]]
2382          then
2383             which mpifc
2384             make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2385          elif [[ $localhost = lcgeohu ]]
2386          then 
2387             printf "      compiler is called via ssh on \"cirrus\" \n"
2388             ssh  $SSH_PORTOPT  cirrus.geo.hu-berlin.de -l $usern "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out F90=$compiler_name COPT=\"$cpp_options\" F90FLAGS=\"$fopts\" LDFLAGS=\"$lopts\" "
2389#             this check did not work. Although a.out exists, it sets compile_error to true!
2390#             [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2391             continue   # STATUS=1, IF a.out EXISTS
2392          else
2393             [[ "$init_cmds" != "" ]]  &&  eval $init_cmds
2394             [[ "$module_calls" != "" ]]  &&  eval $module_calls
2395             make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2396          fi
2397
2398          if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
2399          then
2400             printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
2401             locat=compile
2402
2403             exit
2404          else
2405             printf "$dashes\n  *** compilation finished \n"
2406          fi
2407
2408       fi
2409
2410    fi
2411
2412
2413       # PROVIDE THE INPUT FILES
2414       # LOOP OVER ALL ACTIVATED FILES (LISTED IN THE CONFIGURATION FILE)
2415    (( i = 0 ))
2416    while (( i < iin ))
2417    do
2418       (( i = i + 1 ))
2419       if (( i == 1 ))
2420       then
2421          printf "\n\n  *** providing INPUT-files:\n$dashes"
2422       fi
2423
2424
2425          # SKIP OPTIONAL FILES, IF THEY DO NOT EXIST
2426       if [[ "${transin[$i]}" = unavailable ]]
2427       then
2428          if [[ "${extin[$i]}" = ""  ||  "${extin[$i]}" = " " ]]
2429          then
2430             printf "\n  *** INFORMATIVE: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}\" "
2431             printf "\n                   is not available!"
2432          else
2433             printf "\n  *** INFORMATIVE: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}.${extin[$i]}\" "
2434             printf "\n                   is not available!"
2435          fi
2436          continue
2437       fi
2438
2439          # CHECK FOR SINGLE FILE (SERIAL RUN) OR DIRECTORY (ONE FILE PER CORE FOR PARELLEL EXECUTION)
2440       files_for_pes=false; datentyp=file
2441       if [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
2442       then
2443          files_for_pes=true; datentyp=files
2444          actionin[$i]=""
2445       elif [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
2446       then
2447          actionin[$i]=""
2448       elif [[ "${actionin[$i]}" = lnpe  &&  -n $numprocs ]]
2449       then
2450          files_for_pes=true; datentyp=files
2451          actionin[$i]="ln"
2452       elif [[ "${actionin[$i]}" = lnpe  &&  ! -n $numprocs ]]
2453       then
2454          actionin[$i]="ln"
2455       fi
2456
2457       if [[ $files_for_pes = true ]]
2458       then
2459          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}/....  to  ${localin[$i]}"
2460       else
2461          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}  to  ${localin[$i]}"
2462       fi
2463
2464          # INPUT-FILES TO BE LINKED
2465       if [[ "${actionin[$i]}" = ln ]]
2466       then
2467
2468          printf "\n      $datentyp will be linked"
2469          if [[ $files_for_pes = false ]]
2470          then
2471             if [[ -f "${absnamein[$i]}" ]]
2472             then
2473                ln  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
2474                got_tmp[$i]=true
2475             fi
2476          else
2477             if [[ -d "${absnamein[$i]}" ]]
2478             then
2479                mkdir  ${localin[$i]}
2480                cd ${absnamein[$i]}
2481                for file in $(ls *)
2482                do
2483                   ln $file $TEMPDIR/${localin[$i]}
2484                done >|/dev/null 2>&1
2485                cd $TEMPDIR
2486             fi
2487
2488                # IF "ln -f" HAS FAILED DO A NORMAL COPY "cp -r"
2489             if [[ ! -f "${localin[$i]}/_000000" ]]
2490             then
2491                printf "\n  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)"
2492                cp -r  ${absnamein[$i]}/*  ${localin[$i]}
2493             fi
2494
2495             got_tmp[$i]=true
2496          fi
2497       fi
2498
2499          # FILE IS STORED IN THE RESPECTIVE DIRECTORY GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
2500       if [[ "${actionin[$i]}" = ""  ||  "${actionin[$i]}" = "di"  ||  "${actionin[$i]}" = "npe" ]]
2501       then
2502
2503          if [[ "${actionin[$i]}" = "npe"  &&  -n $numprocs ]]
2504          then
2505
2506                # FILE COPIES ARE PROVIDED FOR ALL CORES
2507                # EACH FILE GETS A UNIQUE FILENAME WITH A FOUR DIGIT NUMBER
2508             printf "\n      file will be provided for $numprocs processors"
2509             mkdir  ${localin[$i]}
2510             ival=$numprocs
2511             (( ii = 0 ))
2512             while (( ii <= ival-1 ))
2513             do
2514                if (( ii < 10 ))
2515                then
2516                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_000$ii
2517                elif (( ii < 100 ))
2518                then
2519                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_00$ii
2520                elif (( ii < 1000 ))
2521                then
2522                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_0$ii
2523                else
2524                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_$ii
2525                fi
2526                (( ii = ii + 1 ))
2527             done
2528
2529          else
2530
2531             if [[ $files_for_pes = true ]]
2532             then
2533
2534                   # PROVIDE FILES FOR EACH CORE
2535                   # FIRST CREATE THE LOCAL DIRECTORY, THEN COPY FILES
2536                   # FROM THE PERMANENT DIRECTORY BY LINKING THEM TO THE LOCAL ONE
2537                printf "\n      providing $numprocs files for the respective processors"
2538                mkdir  ${localin[$i]}
2539                        if [[ $link_local_input = true ]]
2540                              then
2541                                 printf "      files will be linked\n"
2542                                 cd ${absnamein[$i]}
2543                                 for file in $(ls *)
2544                                 do
2545                                    ln -f $file  ${localin[$i]}
2546                                 done
2547                                 cd $TEMPDIR
2548                              fi
2549
2550                   # IF "ln -f" FAILED OR IF "$link_local_input = false" DO A NORMAL "cp -r"
2551                              if [[ ! -f "${localin[$i]}/_000000" ]]
2552                              then
2553                                 if [[ $link_local_input = true ]]
2554                                        then
2555                                        printf "\n  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)"
2556                                 fi
2557                                 cp -r  ${absnamein[$i]}/*  ${localin[$i]}
2558                              fi
2559
2560             else
2561
2562                   # PROVIDE FILE FOR RUNS ON A SINGLE CORE
2563                        if [[ $link_local_input = true ]]
2564                        then
2565                                 printf "      file will be linked\n"
2566                                 ln -f  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
2567                        fi
2568                                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp"
2569                        if [[ ! -f "${localin[$i]}" ]]
2570                then
2571                                 if [[ $link_local_input = true ]]
2572                          then
2573                      printf "\n  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)"
2574                                 fi
2575                                 cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
2576                fi
2577             fi
2578          fi
2579       fi
2580
2581    done
2582    if (( i != 0 ))
2583    then
2584       printf "\n$dashes\n  *** all INPUT-files provided \n"
2585    fi
2586
2587
2588       # EXECUTE INPUT-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
2589    (( i = 0 ))
2590    while (( i < iic ))
2591    do
2592       (( i = i + 1 ))
2593       if (( i == 1 ))
2594       then
2595          printf "\n\n  *** execution of INPUT-commands:\n$dashes"
2596       fi
2597       printf "\n  >>> ${in_command[$i]}"
2598       eval  ${in_command[$i]}
2599       if (( i == iic ))
2600       then
2601          printf "\n$dashes\n"
2602       fi
2603    done
2604
2605
2606       # SET THE REMAINING CPU-TIME
2607    cpurest=${cpumax}.
2608
2609
2610       # START DVR STREAMING SERVER
2611    if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
2612    then
2613       if [[ "$dvr_server" != "" ]]
2614       then
2615
2616          printf "\n\n  *** preparing the dvr streaming server configuration file"
2617
2618             # CHECK, IF A DVR SERVER IS ALREADY RUNNING
2619          running_dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config | grep -v grep) | cut -d" " -f2`
2620          if [[ "$running_dvrserver_id" != "" ]]
2621          then
2622
2623             printf "\n\n  +++ WARNING: A dvr server with id=$running_dvrserver_id is already running!"
2624             printf "\n      This server is used instead starting a new one!"
2625             printf "\n      If required, script \"process_dvr_output\" has to be run manually."
2626
2627          else
2628
2629                # COPY CONFIGURATION FILE FOR STREAMING SERVER FROM REPOSITORY TO HERE
2630             if [[ -f ${PALM_BIN}/.dvrserver.config ]]
2631             then
2632                cp  ${PALM_BIN}/.dvrserver.config  .
2633
2634                   # ENTERING THE BASEDIR, UID AND GID INTO THIS FILE
2635                user_id=`id -u`
2636                group_id=`id -g`
2637
2638                   # "&" IS REQUIRED AS A SEPERATOR, BECAUSE TEMPDIR CONTAINS "/"
2639                sed "s&<replace by dvr data directory>&${TEMPDIR}&g" .dvrserver.config > .dvrserver.1
2640                sed "s/<replace by user id>/$user_id/g"    .dvrserver.1 > .dvrserver.2
2641                sed "s/<replace by group id>/$group_id/g"  .dvrserver.2 > .dvrserver.3
2642                mv  .dvrserver.3  .dvrserver.config
2643                rm  .dvrserver.1  .dvrserver.2
2644
2645                   # START DVR SERVER IN BACKGROUND, GET HIS ID AND PRINT ON TERMINAL
2646                $dvr_server  .dvrserver.config  >>  DVR_LOGFILE  2>&1  &
2647                dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config) | cut -d" " -f2`
2648                printf "\n  *** streaming server with id=$dvrserver_id is started in background"
2649                local_dvrserver_running=.TRUE.
2650             else
2651                printf "\n  +++ missing file \".dvrserver.config\" in directory:"
2652                printf "\n      \"$PALM_BIN\" "
2653                locat=dvr
2654                exit
2655             fi
2656
2657          fi
2658
2659       else
2660          printf "\n\n  --- INFORMATIVE: no dvr streaming server will be started"
2661       fi
2662    fi
2663
2664
2665       # CREATE THE NAMELIST-FILE WITH VALUES OF ENVIRONMENT-VARIABLES REQUIRED BY PALM
2666       # (FILE ENVPAR WILL BE READ BY PALM)
2667    cat  >  ENVPAR  <<  EOF
2668 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$localhost',
2669          write_binary = '$write_binary', tasks_per_node = $tasks_per_node,
2670          maximum_parallel_io_streams = $maximum_parallel_io_streams,
2671          maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
2672          revision = '$global_revision',
2673          local_dvrserver_running = $local_dvrserver_running,
2674          batch_job = $batch_job /
2675
2676EOF
2677
2678
2679       # STARTING THE EXECUTABLE
2680    printf "\n\n  *** execution starts in directory\n      \"`pwd`\"\n$dashes\n"
2681    PATH=$PATH:$TEMPDIR
2682
2683
2684    if [[ $execute_command != "none" ]]
2685    then
2686
2687        printf "\n  +++ branch still not realized"
2688        locat=execution
2689        exit
2690
2691    else
2692
2693          # MPI DEBUG OPTION (ARGUMENT CHECKING, SLOWS DOWN EXECUTION DUE TO INCREASED LATENCY)
2694       if [[ "$mpi_debug" = true ]]
2695       then
2696          export MPI_CHECK_ARGS=1
2697          printf "\n  +++ MPI_CHECK_ARGS=$MPI_CHECK_ARGS"
2698       fi
2699
2700       if [[ "$totalview" = true ]]
2701       then
2702          printf "\n *** totalview debugger will be used"
2703          tv_opt="-tv"
2704       else
2705          tv_opt=""
2706       fi
2707
2708       if [[ "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ]]
2709       then
2710
2711             #Interactive ALLINEA DEBUG seesion
2712          if [[ "$ENVIRONMENT" != BATCH ]]
2713          then
2714             if [[ $host = lccrayb || $host = lccrayh ]]
2715             then
2716                if [[ "$allinea" = true ]]
2717                then
2718                   echo "--- aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  < runfile_atmos"
2719
2720                   ddt  aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out
2721                   wait
2722                fi         
2723             fi
2724          fi
2725
2726          if [[ $localhost = ibmh ]]
2727          then
2728
2729                # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
2730             export MP_SHARED_MEMORY=yes
2731             export AIXTHREADS_SCOPE=S
2732             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
2733             export AUTHSTATE=files
2734             export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
2735
2736                # FOLLOWING OPTIONS ARE MANDATORY FOR TOTALVIEW
2737             export MP_ADAPTER_USE=shared
2738             export MP_CPU_USE=multiple
2739             export MP_TIMEOUT=1200
2740
2741             unset  MP_TASK_AFFINITY
2742
2743             if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
2744             then
2745                totalview   poe  a.out
2746             else
2747                echo totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1
2748                export TVDSVRLAUNCHCMD=ssh
2749                totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1
2750             fi
2751
2752          fi  # END DEBUG MODE
2753
2754       else
2755
2756             # NORMAL EXECUTION
2757          if [[ -n $numprocs ]]
2758          then
2759
2760                # RUNNING THE PROGRAM ON PARALLEL MACHINES
2761             if [[ $(echo $host | cut -c1-3) = ibm ]]
2762             then
2763
2764                   # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
2765                if [[ $host != ibmh  &&  $host != ibmkisti ]]
2766                then
2767                   export MP_SHARED_MEMORY=yes
2768                   export AIXTHREAD_SCOPE=S
2769                   export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
2770                   export XLSMPOPTS="spins=0:yields=0:stack=20000000"
2771                   export AUTHSTATE=files
2772                   export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
2773                   #  export MP_PRINTENV=yes
2774
2775                      # TUNING-VARIABLES TO IMPROVE COMMUNICATION SPEED
2776                      # DO NOT SHOW SIGNIFICANT EFFECTS (SEP 04, FEDERATION-SWITCH)
2777                   export MP_WAIT_MODE=poll
2778                   [[ $node_usage = not_shared ]]  &&  export MP_SINGLE_THREAD=yes
2779                fi
2780
2781                if [[ $host = ibmkisti ]]
2782                then
2783                   export LANG=en_US
2784                   export MP_SHARED_MEMORY=yes
2785                   if [[ $threads_per_task = 1 ]]
2786                   then
2787                      export MP_SINGLE_THREAD=yes
2788                      export MEMORY_AFFINITY=MCM
2789                   else
2790                      export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
2791                   fi
2792                fi
2793
2794                if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
2795                then
2796                   printf "\n--- Control: OMP_NUM_THREADS = \"$OMP_NUM_THREADS\" \n"
2797                   if [[ "$cond1" = hpmcount  ||  "$cond2" = hpmcount ]]
2798                   then
2799                      /opt/optibm/HPM_2_4_1/bin/hpmcount  a.out
2800                   else
2801                      if [[ $run_coupled_model = false ]]
2802                      then
2803                         if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
2804                         then
2805                            echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
2806                         else
2807                            echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
2808                         fi
2809                      else
2810                         (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
2811                         (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
2812                         printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
2813                         printf "\n      using $coupled_mode coupling"
2814                         printf "\n\n"
2815                         echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
2816                      fi
2817                      poe ./a.out  <  runfile_atmos
2818                   fi
2819                else
2820                   if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibms ]]
2821                   then
2822                      poe  a.out  -procs $numprocs  -nodes 1  -rmpool 0
2823                   elif [[ $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku ]]
2824                   then
2825                      if [[ -f $hostfile ]]
2826                      then
2827                         cp  $hostfile  hostfile
2828                      else
2829                         (( ii = 1 ))
2830                         while (( ii <= $numprocs ))
2831                         do
2832                            echo  $localhost_realname  >>  hostfile
2833                            (( ii = ii + 1 ))
2834                         done
2835                      fi
2836                      export MP_HOSTFILE=hostfile
2837                      if [[ $run_coupled_model = false ]]
2838                      then
2839                         if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
2840                         then
2841                            echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
2842                         else
2843                            echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
2844                         fi
2845                      else
2846                         (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
2847                         (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
2848                         printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
2849                         printf "\n      using $coupled_mode coupling"
2850                         printf "\n\n"
2851                         echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
2852                      fi
2853
2854                      poe  ./a.out  -procs $numprocs  <  runfile_atmos
2855
2856                   else
2857                      if [[ "$host_file" = "" ]]
2858                      then
2859                         printf "\n  +++ no hostfile given in configuration file"
2860                         locat=config_file
2861                         exit
2862                      else
2863                         eval host_file=$host_file
2864                      fi
2865                      export MP_HOSTFILE=$host_file
2866                      poe  a.out  -procs $numprocs  -tasks_per_node $numprocs
2867                   fi
2868                fi
2869
2870             elif [[ $(echo $host | cut -c1-2) = lc  &&  $host != lckyoto &&  $host != lctit ]]
2871             then
2872
2873                   # COPY HOSTFILE FROM SOURCE DIRECTORY OR CREATE IT, IF IT
2874                   # DOES NOT EXIST
2875                if [[  $host != lcbullhh  && $host != lccrayb  &&  $host != lccrayf  && $host != lccrayh  &&  $host != lckyuh  &&  $host != lckyut  &&  $host != lcocean &&  $host != lceddy ]]
2876                then
2877                   if [[ -f $hostfile ]]
2878                   then
2879                      cp  $hostfile  hostfile
2880                      (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
2881                      [[ $ii = 0 ]]  &&  (( ii = 1 ))
2882                   else
2883                      (( ii = 1 ))
2884                      while (( ii <= $numprocs / $threads_per_task ))
2885                      do
2886                         echo  $localhost_realname  >>  hostfile
2887                         (( ii = ii + 1 ))
2888                      done
2889                      if (( $numprocs / $threads_per_task == 0 ))
2890                      then
2891                         echo  $localhost_realname  >>  hostfile
2892                      fi
2893                   fi
2894                   eval zeile=\"`head -n $ii  hostfile`\"
2895                   printf "\n  *** running on: $zeile"
2896                fi
2897
2898                (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
2899                [[ $ii = 0 ]]  &&  (( ii = 1 ))
2900                export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
2901
2902                if [[ $threads_per_task != 1 ]]
2903                then
2904                      # INCREASE STACK SIZE TO UNLIMITED, BECAUSE OTHERWISE LARGE RUNS
2905                      # MAY ABORT
2906                   ulimit -s unlimited
2907                   printf "\n      threads per task: $threads_per_task  stacksize: unlimited"
2908                fi
2909                if [[ $run_coupled_model = false ]]
2910                then
2911                   if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
2912                   then
2913                      echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
2914                   else
2915                      echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
2916                   fi
2917                   printf "\n\n"
2918
2919                   if [[ $host = lccrayb || $host = lccrayh ]]
2920                   then
2921                       echo "--- aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  <  runfile_atmos"
2922                       aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  <  runfile_atmos
2923                   elif [[ $host = lcbullhh ]]
2924                   then
2925                      export OMPI_MCA_pml=cm
2926                      export OMPI_MCA_mtl=mxm
2927                      export OMPI_MCA_coll=^ghc
2928                      export OMPI_MCA_mtl_mxm_np=0
2929                      export MXM_RDMA_PORTS=mlx5_0:1
2930                      export MXM_LOG_LEVEL=ERROR
2931                      export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
2932                      export KMP_AFFINITY=verbose,granularity=core,compact,1
2933                      export KMP_STACKSIZE=64m
2934
2935                      srun  -n $ii --ntasks-per-node=$tasks_per_node ./a.out  <  runfile_atmos
2936
2937                   elif [[ $host = lccrayf ]]
2938                   then
2939                       aprun  -j1  -n $ii  -N $tasks_per_node  -m ${memory}M  a.out  <  runfile_atmos
2940                   elif [[ $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
2941                   then
2942                    aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  <  runfile_atmos
2943                   elif [[ $host = lceddy ]]
2944                   then
2945                      echo $ii
2946                      echo $tasks_per_node
2947                      echo $nodes
2948                      mpirun -n $ii a.out  <  runfile_atmos
2949                   elif [[ $host = lcgeohu ]]
2950                   then
2951                       srun -n $ii a.out  <  runfile_atmos
2952                   elif [[ $host = lcocean ]]
2953                   then
2954                      mpirun a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
2955                   elif [[ $host = lcsb ]]
2956                   then
2957                      mpirun_rsh -hostfile $PBS_NODEFILE -np `cat $PBS_NODEFILE | wc -l` a.out  < runfile_atmos
2958
2959                   elif [[ $host = lckiaps ]]
2960                   then
2961                      mpirun -np $ii  -machinefile $PBS_NODEFILE  ./a.out  <  runfile_atmos
2962                   elif [[ $host = lckyu* ]]
2963                   then
2964                      mpiexec -n $ii --stdin runfile_atmos  ./a.out
2965                   else
2966                      mpiexec  -machinefile hostfile  -n $ii  a.out  <  runfile_atmos
2967                   fi
2968
2969                else
2970
2971                       # CURRENTLY THERE IS NO FULL MPI-2 SUPPORT ON ICE AND XT4
2972                   (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
2973                   (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
2974                   printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
2975                   printf "\n      using $coupled_mode coupling"
2976                   printf "\n\n"
2977
2978                   if [[ $coupled_mode = "mpi2" ]]
2979                   then
2980                      echo "atmosphere_to_ocean $iia $iio"  >  runfile_atmos
2981                      echo "ocean_to_atmosphere $iia $iio"  >  runfile_ocean
2982
2983                      if [[ $host = lccrayf  ||  $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
2984                      then
2985
2986                         aprun  -n $iia  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  &
2987                         aprun  -n $iio  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_ocean  &
2988
2989                      else
2990                             # WORKAROUND BECAUSE mpiexec WITH -env option IS NOT AVAILABLE ON SOME SYSTEMS
2991                          mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  a.out  <  runfile_atmos &
2992                          mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  a.out  <  runfile_ocean &
2993#                          mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  -env coupling_mode atmosphere_to_ocean  a.out  &
2994#                          mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  -env coupling_mode ocean_to_atmosphere  a.out  &
2995                      fi
2996                      wait
2997
2998                   else
2999
3000                      echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3001
3002                      if [[ $host = lccrayf  ||  $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3003                      then
3004
3005                         aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos
3006
3007                      elif [[ $host = lck || $host = lckordi ]]
3008                      then
3009
3010                         mpiexec -n $ii  ./a.out  <  runfile_atmos  &
3011
3012                      elif [[ $host = lckyu* ]]
3013                      then
3014
3015                         mpiexec -n $ii --stdin runfile_atmos  ./a.out
3016
3017                      elif [[ $host = lcmuk ]] 
3018                      then
3019
3020                         mpiexec  -machinefile hostfile  -n $ii  a.out  <  runfile_atmos
3021
3022                      fi
3023                      wait
3024                   fi
3025
3026                fi
3027
3028             elif [[ $host = lckyoto ]]
3029             then
3030                set -xv
3031                export P4_RSHCOMMAND=plesh
3032                echo "     P4_RSHCOMMAND = $P4_RSHCOMMAND"
3033                if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
3034                then
3035                   if [[ "$cond2" = fujitsu ]]
3036                   then
3037                      mpiexec  -n $numprocs  ./a.out  # for fujitsu-compiler
3038                   elif [[ "cond2" = pgi ]]
3039                   then
3040                      mpirun  -np $numprocs  -machinefile ${QSUB_NODEINF}  ./a.out
3041                   else
3042                      mpirun_rsh -np $numprocs -hostfile ${QSUB_NODEINF} MV2_USE_SRQ=0 ./a.out  ||  /bin/true
3043                   fi
3044                else
3045                   if [[ "$cond2" = "" ]]
3046                   then
3047                      mpiruni_rsh -np $numprocs ./a.out  # for intel
3048                   else
3049                      mpirun  -np $numprocs  ./a.out
3050                   fi
3051                fi
3052                set +xv
3053
3054             elif [[ $host = lctit ]]
3055             then
3056                export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3057                echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3058                if [[ "$threads_per_task" != 1 ]]
3059                then
3060                   export MV2_ENABLE_AFFINITY=0
3061                fi
3062                echo "----- PBS_NODEFILE content:"
3063                cat $PBS_NODEFILE
3064                echo "-----"
3065                (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3066                echo "mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE ./a.out"
3067                mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE  ./a.out
3068
3069             else
3070                mpprun  -n $numprocs  a.out
3071             fi
3072          else
3073             a.out
3074          fi
3075
3076       fi  # end normal (non-debug) execution
3077
3078    fi  # end explicit execute_command or host-specific execute actions
3079
3080    if [[ $? != 0 ]]
3081    then
3082
3083          # ABORT IN CASE OF RUNTIME ERRORS
3084       printf "\n  +++ runtime error occured"
3085       locat=execution
3086       exit
3087
3088    else
3089
3090       printf "\n$dashes\n  *** execution finished \n"
3091
3092          # STOP THE DVR STREAMING SERVER AND PROCESS THE DVR OUTPUT IN ORDER
3093          # TO CREAT DVRS- AND HTML-FILES CONTAINING ALL STREAMS
3094       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
3095       then
3096          kill $dvrserver_id
3097          printf "\n  *** dvr server with id=$dvrserver_id has been stopped"
3098
3099             # IF THERE IS A DIRECTORY, DATA HAVE BEEN OUTPUT BY THE
3100             # STREAMING SERVER. OTHERWISE, USER HAS CHOSEN dvrp_output=local
3101          if [[ -d DATA_DVR ]]
3102          then
3103
3104                # ADD THE CURRENT DVR CONFIGURATION FILE TO THE DVR OUTPUT
3105                # DIRECTORY
3106             cp  .dvrserver.config  DATA_DVR
3107
3108                # PROCESS THE DVR OUTPUT (OPTION -s FOR GENERATING
3109                # SEQUENCE MODE DATA TOO)
3110             process_dvr_output  -d DATA_DVR  -f $fname  -s
3111
3112          else
3113
3114                # PROCESS THE LOCAL OUTPUT
3115             process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3116
3117          fi
3118
3119       elif [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
3120       then
3121
3122             # PROCESS DVR OUTPUT GENERATD IN LOCAL MODE (dvrp_output=local)
3123          process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3124
3125       fi
3126    fi
3127
3128
3129
3130       # CALL OF combine_plot_fields IN ORDER TO MERGE SINGLE FILES WRITTEN
3131       # BY EACH CORE INTO ONE FILE
3132   if [[ ! -f ${PALM_BIN}/combine_plot_fields${block}.x ]]
3133   then
3134      printf "\n\n\n  +++ WARNING: no combine_plot_fields found for given block \"$cond1 $cond2\""
3135      printf "\n      2d- and/or 3d-data may be incomplete!"
3136      printf "\n      Run \"mbuild -u -h $localhost\" to generate utilities for this block.\n"
3137   elif [[ "$combine_plot_fields" == true ]]
3138   then
3139      if [[ $localhost = lccrayh  ||  $localhost = lccrayb ]]
3140      then
3141         printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"aprun  -n 1  -N 1 combine_plot_fields${block}.x\" ..."
3142         aprun  -n 1  -N 1 combine_plot_fields${block}.x
3143      else
3144         printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"combine_plot_fields${block}.x\" ..."
3145         combine_plot_fields${block}.x
3146      fi
3147   else
3148
3149         # TEMPORARY SOLUTION TO SKIP combine_plot_fields. THIS IS REQUIRED IN CASE OF HUGE AMOUNT OF
3150         # DATA OUTPUT. TO DO: EXTEND THIS BRANCH BY CREATING A BATCH JOB for combine_plot_fields.
3151         # ??? koennen wir das streichen ???
3152      printf "\n\n\n *** post-processing: skipping combine_plot_fields (-Z option set) ..."
3153   fi
3154
3155
3156
3157       # EXECUTE OUTPUT-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
3158    (( i = 0 ))
3159    while (( i < ioc ))
3160    do
3161       (( i = i + 1 ))
3162       if (( i == 1 ))
3163       then
3164          printf "\n\n  *** execution of OUTPUT-commands:\n$dashes"
3165       fi
3166       printf "\n  >>> ${out_command[$i]}"
3167       eval  ${out_command[$i]}
3168       if (( i == ioc ))
3169       then
3170          printf "\n$dashes\n"
3171       fi
3172    done
3173
3174
3175       # IN TRACE-MODE PRINT CONTENTS OF THE CURRENT (TEMPORARY) WORKING DIRECTORY
3176    if [[ $do_trace = true ]]
3177    then
3178       printf "\n\n"
3179       ls -al
3180    fi
3181   
3182
3183       # COPY LOCAL OUTPUT-FILES TO THEIR PERMANENT DESTINATIONS
3184    (( i = 0 ))
3185    while (( i < iout ))
3186    do
3187       (( i = i + 1 ))
3188       if (( i == 1 ))
3189       then
3190          printf "\n\n  *** saving OUTPUT-files:"
3191
3192             # GET RUN NUMBER ASSIGNED BY PALM
3193          if [[ -f RUN_NUMBER ]]
3194          then
3195              read  run_number  <  RUN_NUMBER
3196              printf "\n  *** PALM generated run_number = "$run_number" will be used as unified cycle number for all output files"
3197              usecycle_option="-U $run_number"
3198          else
3199              run_number=0
3200              usecycle_option=""
3201          fi
3202          printf "\n$dashes"
3203       fi
3204
3205          # ADD CYCLE NUMBER TO FILENAME
3206       if [[ ! ( $fromhost != $localhost  &&  ( "${actionout[$i]}" = tr || "${actionout[$i]}" = tra || "${actionout[$i]}" = trpe ) ) ]]
3207       then
3208
3209              # IN APPEND MODE, FILES KEEP THEIR CURRENT CYCLE NUMBER
3210          if [[ "${actionout[$i]}" != "a" ]]
3211          then
3212                # SET RUN NUMBER AS CYCLE NUMBER, IF THERE IS NOT A CONFLICT
3213                # WITH AN EXISTING CYCLE NUMBER
3214             if (( run_number >= cycnum[$i] ))
3215             then
3216                (( cycnum[$i] = run_number ))
3217             else
3218                if (( run_number > 0 ))
3219                then
3220                   printf "\n  --- INFORMATIVE: The following file cannot get a unified cycle number"
3221                fi
3222             fi
3223          fi
3224          if (( cycnum[$i] > 0 ))
3225          then
3226             pathout[$i]=${pathout[$i]}.${cycnum[$i]}
3227          fi
3228       fi           
3229
3230          # CHECK FOR SINGLE FILE (SERIAL RUN) OR DIRECTORY (ONE FILE PER CORE FOR PARELLEL EXECUTION)
3231       files_for_pes=false; filetyp=file
3232       link_local_output=false
3233       if [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
3234       then
3235          files_for_pes=true; filetyp=directory
3236          actionout[$i]=""
3237       elif [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
3238       then
3239          actionout[$i]=""
3240       elif [[ "${actionout[$i]}" = lnpe  &&  -n $numprocs ]]
3241       then
3242          files_for_pes=true; filetyp=directory
3243          link_local_output=true
3244          actionout[$i]=""
3245       elif [[ "${actionout[$i]}" = lnpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3246       then
3247          link_local_output
3248          actionout[$i]=""
3249       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  -n $numprocs ]]
3250       then
3251          files_for_pes=true; filetyp=directory
3252          actionout[$i]="tr"
3253       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3254       then
3255          actionout[$i]="tr"
3256       fi
3257
3258       if [[ ! -f ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = false ]]
3259       then
3260          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}  does not exist\n"
3261       elif [[ ! -d ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = true ]]
3262       then
3263          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}/....  does not exist\n"
3264       else
3265
3266
3267             # COPY VIA SCP TO LOCAL HOST (ALWAYS IN BINARY MODE USING batch_scp option -m)
3268             # IF TARGET DIRECTORY DOES NOT EXISTS, TRY TO CREATE IT
3269          if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
3270          then
3271             if [[ $localhost != $fromhost ]]
3272             then
3273                if [[ $files_for_pes = false ]]
3274                then
3275                   cps=""
3276                   cst=""
3277                else
3278                   cps=-c
3279                   cst="/"
3280                fi
3281
3282                transfer_failed=false
3283                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP to"
3284                printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst\n"
3285                if [[ $localhost = lccrayb ]]
3286                then
3287                   ssh $usern@blogin1 ". \\$HOME/.bashrc; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m $usecycle_option -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3288                elif [[ $localhost = lccrayh ]]
3289                then
3290                   ssh $usern@hlogin1 ". \\$HOME/.bashrc; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m $usecycle_option -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3291                elif [[ $localhost = lcbullhh ]]
3292                then
3293                   ssh $usern@mlogin101 ". \\$HOME/.bashrc; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m $usecycle_option -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3294                elif [[ $localhost = lcxe6 ]]
3295                then
3296                   ssh $usern@hexagon ". \\$HOME/.bashrc; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m $usecycle_option -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3297                else
3298                   batch_scp $PORTOPT $cps -b -m $usecycle_option -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
3299                fi
3300                [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
3301
3302                   # IF TRANSFER FAILED, CREATE BACKUP COPY ON THIS MACHINE
3303                if [[ $transfer_failed = true ]]
3304                then
3305                   printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on this host under:\n"
3306                   printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
3307
3308                      # FIRST CHECK, IF DIRECTORY EXISTS, AND CREATE IT, IF NECESSARY
3309                   eval  local_catalog=${pathout[$i]}
3310                   if [[ ! -d $local_catalog ]]
3311                   then
3312                      printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
3313                      printf "      $local_catalog \n"
3314                      mkdir -p  $local_catalog
3315                   fi
3316                   eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
3317                   transfer_problems=true
3318                fi
3319
3320             else
3321
3322                   # UNSET actionout. DUE TO THIS SETTING, FILE WILL LATER JUST BE COPIED ON THIS MACHINE
3323                actionout[$i]=""
3324             fi
3325          fi
3326
3327
3328             # APPEND VIA SCP TO LOCAL HOST (ALWAYS IN BINARY MODE USING batch_scp option -m)
3329             # IF TARGET DIRECTORY DOES NOT EXISTS, TRY TO CREATE IT
3330          if [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
3331          then
3332             if [[ $localhost != $fromhost ]]
3333             then
3334                if [[ $localhost = ibmh ]]
3335                then
3336
3337                      # TRANSFER IN SEPERATE JOB
3338                      # FIRST COPY FILE TO TEMPORY DATA DIRECTORY
3339                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
3340                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
3341                   ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3342
3343                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
3344                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
3345
3346                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP in seperate job to"
3347                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}"
3348                   printf "\n              or higher cycle\n"
3349                   echo "batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_address  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
3350
3351                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
3352
3353                   if [[ $LOGNAME = b323013 ]]
3354                   then
3355                      subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3356                   else
3357                      subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3358                   fi
3359
3360                else
3361
3362                      # TRANSFER WITHIN THIS JOB
3363                   transfer_failed=false
3364                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP to"
3365                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n"
3366                   if [[ $localhost = lccrayb ]]
3367                   then
3368                      ssh $usern@blogin1 ". \\$HOME/.bashrc; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3369                   elif [[ $localhost = lccrayh ]]
3370                   then
3371                      ssh $usern@hlogin1 ". \\$HOME/.bashrc; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3372                   elif [[ $localhost = lcxe6 ]]
3373                   then
3374                      ssh $usern@hexagon ". \\$HOME/.bashrc; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3375                   else
3376                      batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username  $return_address ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
3377                   fi
3378                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
3379
3380                      # IF TRANSFER FAILED, CREATE BACKUP COPY ON THIS MACHINE
3381                   if [[ $transfer_failed = true ]]
3382                   then
3383                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on this host under:\n"
3384                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
3385
3386                         # FIRST CHECK, IF DIRECTORY EXISTS, AND CREATE IT, IF NECESSARY
3387                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
3388                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
3389                      then
3390                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
3391                         printf "      $local_catalog \n"
3392                         mkdir -p  $local_catalog
3393                      fi
3394
3395                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
3396                      transfer_problems=true
3397                   fi
3398                fi
3399             else
3400
3401                   # RESET actionout. DUE TO THIS SETTING, FILE WILL LATER JUST BE APPENDED ON THIS MACHINE
3402                actionout[$i]=a
3403             fi
3404          fi
3405
3406
3407             # APPEND ON THIS MACHINE
3408          if [[ "${actionout[$i]}" = "a" ]]
3409          then
3410             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
3411             then
3412                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
3413                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
3414             else
3415                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}\n"
3416                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}
3417             fi
3418          fi
3419
3420             # COPY ON THIS MACHINE
3421             # COPY HAS TO BE USED, BECAUSE MOVE DOES NOT WORK IF FILE-ORIGIN AND TARGET ARE
3422             # ON DIFFERENT FILE-SYSTEMS
3423          if [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = false ]]
3424          then
3425
3426                # COPY IN CASE OF RUNS ON SINGLE CORES
3427             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
3428             then
3429                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
3430                              if [[ $link_local_output = true ]]
3431                              then
3432                                 printf "      file will be linked\n"
3433                                 ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
3434                              fi
3435                                 # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
3436                              if [[ ! -f "${pathout[$i]}.${extout[$i]}" ]]
3437                then
3438                                 if [[ $link_local_output = true ]]
3439                          then
3440                      printf "  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)\n"
3441                                 fi
3442                                 cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
3443                              else
3444                   printf "+++ no copy because file ${pathout[$i]}.${extout[$i]} exists\n"
3445                fi
3446             else
3447                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}\n"
3448                              if [[ $link_local_output = true ]]
3449                              then
3450                                 printf "      file will be linked\n"
3451                                 ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
3452                              fi
3453                                 # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
3454                        if [[ ! -f "${pathout[$i]}" ]]
3455                then
3456                                 if [[ $link_local_output = true ]]
3457                          then
3458                      printf "  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)\n"
3459                                 fi
3460                                 cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
3461                              else
3462                                 printf "+++ no copy because file ${pathout[$i]} exists\n"
3463                fi
3464             fi
3465
3466          elif [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = true ]]
3467          then
3468
3469                # FILES FROM THE DIFFERENT CORES ARE MOVED WITH ln-COMMAND TO THE PERMANENT DIRECTORY
3470                # AS A FIRST STEP, THE PERMANENT DIRECTORY IS CREATED
3471             printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to  ${pathout[$i]}\n"
3472                    if [[ $link_local_output = true ]]
3473                    then
3474                              printf "      files will be linked\n"
3475                              mkdir  ${pathout[$i]}
3476                              cd ${localout[$i]}
3477                              for file in $(ls *)
3478                              do
3479                                 ln -f $file  ${pathout[$i]}
3480                              done >|/dev/null 2>&1
3481                              cd $TEMPDIR
3482                    fi
3483
3484                # IF "ln -f" HAS FAILED OR IF "$link_local_output = false" DO A NORMAL COPY "cp -r"
3485                    if [[ ! -f "${pathout[$i]}/_000000" ]]
3486             then
3487                              if [[ $link_local_output = true ]]
3488                              then
3489                   printf "  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)\n"
3490                              fi
3491                              cp -r  ${localout[$i]}/*  ${pathout[$i]}
3492             fi
3493
3494          fi
3495       fi
3496    done
3497    if (( i != 0 ))
3498    then
3499       if [[ $transfer_problems = true ]]
3500       then
3501          printf "\n$dashes\n  *** OUTPUT-files saved"
3502          printf "\n  +++ WARNING: some data transfers failed! \n"
3503       else
3504          printf "\n$dashes\n  *** all OUTPUT-files saved \n"
3505       fi
3506    fi
3507
3508
3509       # IF REQUIRED, START A RESTART-JOB
3510       # FILE CONTINUE_RUN MUST HAVE BEEN CREATED BY THE EXECUTABLE (PALM)
3511    if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
3512    then
3513
3514          # ADD RESTART-OPTIONS TO THE MRUN-CALL (IF THEY ARE NOT USED ALREADY):
3515          # -C TELLS MRUN THAT IT IS A RESTART-RUN
3516          # -v SILENT MODE WITHOUT INTERACTIVE QUERIES
3517          # -n BATCH-MODE (IMPORTANT ONLY IN CASE OF BATCH JOBS ON THE LOCAL MACHINE)
3518       [[ $(echo $mc | grep -c "\-C") = 0 ]]  &&  mc="$mc -C"
3519       [[ $(echo $mc | grep -c "\-v") = 0 ]]  &&  mc="$mc -v"
3520       [[ $(echo $mc | grep -c "\-b") = 0 ]]  &&  mc="$mc -b"
3521       if [[ $(echo $mc | grep -c "#") != 0 ]]
3522       then
3523          mc=`echo $mc | sed 's/#/f/g'`
3524       fi
3525
3526
3527          # START THE RESTART-JOB
3528       printf "\n\n  *** initiating restart-run on \"$return_address\" using command:\n"
3529       echo "      $mc"
3530       printf "\n$dashes\n"
3531       if [[ $localhost != $fromhost ]]
3532       then
3533
3534          if [[ $localhost = lcbullhh  ||  $localhost = lccrayb  ||  $localhost = lccrayh  ||  $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku  ||  $localhost = ibms  ||  $localhost = lceddy  ||  $localhost = lckyu*  ||  $localhost = lcxe6  ||  $localhost = lcgeohu ]]
3535          then
3536             echo "*** ssh will be used to initiate restart-runs!"
3537             echo "    return_address=\"$return_address\" "
3538             echo "    return_username=\"$return_username\" "
3539             if [[ $(echo $return_address | grep -c "130.75.105") = 1 ]]
3540             then
3541                if [[ $localhost = ibmh ]]
3542                then
3543                   ssh $SSH_PORTOPT $usern@136.172.40.15 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
3544                elif [[ $localhost = lcbullhh ]]
3545                then
3546                   ssh $SSH_PORTOPT $usern@mlogin101 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
3547                elif [[ $localhost = lccrayb ]]
3548                then
3549                   ssh $usern@blogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH; export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
3550                elif [[ $localhost = lccrayh ]]
3551                then
3552                   ssh $usern@hlogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH; export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
3553                elif [[ $localhost = lcxe6 ]]
3554                then
3555                   ssh $usern@hexagon "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH; export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
3556                else
3557                   ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username ". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
3558                fi
3559             else
3560                if [[ $localhost = ibmkisti ]]
3561                then
3562                   ssh $SSH_PORTOPT $usern@gaiad "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
3563                elif [[ $localhost = lceddy ]]
3564                then
3565                   /usr/bin/ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
3566                elif [[ $localhost = lcocean ]]
3567                then
3568                   /usr/bin/ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
3569                elif [[ $localhost = lccrayb ]]
3570                then
3571                   ssh $usern@blogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
3572                elif [[ $localhost = lccrayh ]]
3573                then
3574                   ssh $usern@hlogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
3575                elif [[ $localhost = lccgeohu ]]
3576                then
3577                   ssh $usern@cirrus.geo.hu-berlin.de "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
3578                else
3579                   ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
3580                fi
3581             fi
3582          else
3583             printf "\n  +++ no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
3584             locat=restart; exit
3585          fi
3586
3587             # WAIT TO ALLOW THE RESTART-JOB TO BE QUEUED, BEFORE THE CURRENT JOB IS FINISHED
3588          if [[ $queue = special1q ]]
3589          then
3590             sleep 120
3591          else
3592             sleep 30
3593          fi
3594
3595       else
3596
3597             # JOBS RUNNING (AND STARTED) ON THE LOCAL MACHINE CAN DIRECTLY CALL MRUN (WITHOUT
3598             # USING SSH)
3599          cd $LOCAL_PWD
3600          if [[ $localhost = lckyuh ]]
3601          then
3602             printf "\n  +++ WARNING: no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
3603             printf "\n               please restart job manually using command:\n"
3604             printf "\n               \"$mc\" "
3605          else
3606             eval  $mc                # THE ' MUST BE EVALUATED
3607          fi
3608          cd -  > /dev/null
3609       fi
3610       if [[ $localhost = lckyuh ]]
3611       then
3612          printf "\n$dashes\n  *** restart-run to be initiated manually\n"
3613       else
3614          printf "\n$dashes\n  *** restart-run initiated \n"
3615       fi
3616
3617
3618          # DELETE INPUT-(RESTART)FILES, WHICH HAVE BEEN FETCHED FROM THE TEMPORARY DATA
3619          # DIRECTORY, BACAUSE THEY ARE NOT REQUIRED BY THE RESTART-JOB.
3620          # THIS IS DONE IN ORDER TO AVOID EXCEEDING DISC QUOTAS OR DISC SPACE (RESTART-FILES
3621          # MAY BE VERY HUGE)
3622       (( i = 0 ))
3623       while (( i < iin ))
3624       do
3625          (( i = i + 1 ))
3626          if [[ "${got_tmp[$i]}" = true   &&  $keep_data_from_previous_run = false ]]
3627          then
3628             rm -r  ${absnamein[$i]}
3629          fi
3630       done
3631
3632    fi
3633
3634
3635   
3636       # SEND EMAIL NOTIFICATION ABOUT THE FINISHED RUN
3637    if [[ "$email_notification" != "none" ]]
3638    then
3639
3640       if [[ $localhost != $fromhost ]]
3641       then
3642          if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
3643          then
3644             echo "PALM restart run necessary"        >   email_text
3645             echo "description header of actual run:" >>  email_text
3646             cat  CONTINUE_RUN                        >>  email_text
3647             echo "mrun-command to restart:"          >>  email_text
3648             echo "$mc"                               >>  email_text
3649          else
3650             echo "PALM run with base filename \"$fname\" on host \"$localhost\" finished"  >  email_text
3651          fi
3652          mail  $email_notification  <  email_text
3653          printf "\n  *** email notification sent to \"$email_notification\" "
3654       fi
3655    fi
3656
3657
3658
3659       # ALL ACTIONS FINISHED, TEMPORARY WORKING-DIRECTORY CAN BE DELETED
3660    cd  $HOME
3661    [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
3662
3663 else
3664
3665       # PREPARING ACTIONS,
3666       # IF A BATCH-JOB IS TO BE GENERATED AND STARTED ON A REMOTE-MACHINE GERECHNET
3667
3668       # BUILD THE MRUN-COMMAND TO BE CALLED IN THE BATCH-JOB ON THE REMOTE-MACHINE
3669    mrun_com="$mrun_script_name -a $afname -c $config_file -d $fname -h $host -H $fromhost -m $memory -t $cpumax -q $queue -R $return_address -U $return_username -u $remote_username"
3670    [[ "$global_revision" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -G \"$global_revision\""
3671    [[ $group_number != none ]]   &&  mrun_com=${mrun_com}" -g $group_number"
3672    [[ $do_compile = true ]]      &&  mrun_com=${mrun_com}" -s \"$source_list\""
3673    [[ "$input_list" != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -i \"$input_list\""
3674    [[ $keep_data_from_previous_run = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -k"
3675    [[ "$additional_conditions" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -K \"$additional_conditions\""
3676    [[ "$output_list" != "" ]]    &&  mrun_com=${mrun_com}" -o \"$output_list\""
3677    [[ "$read_from_config" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -S"
3678    [[ $do_trace = true ]]        &&  mrun_com=${mrun_com}" -x"
3679    [[ "$numprocs" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -X $numprocs"
3680    if [[ $use_openmp = true ]]
3681    then
3682       mrun_com=${mrun_com}" -O $threads_per_task"
3683    fi
3684    [[ "$tasks_per_node" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -T $tasks_per_node"
3685    [[ $package_list != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -p \"$package_list\""
3686    [[ $return_password != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -P $return_password"
3687    [[ $delete_temporary_catalog = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -B"
3688    [[ $node_usage != default  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla"  &&  $node_usage != novice ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -n $node_usage"
3689    [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -y"
3690    [[ $run_coupled_model = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Y \"$coupled_dist\""
3691    [[ "$check_namelist_files" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -z"
3692    [[ "$combine_plot_fields" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Z"
3693    [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -w $max_par_io_str"
3694    if [[ $do_remote = true ]]
3695    then
3696       printf "\n>>>> MRUN-command on execution host:\n>>>> $mrun_com \n"
3697    fi
3698
3699
3700       # CREATE EXECUTABLE FOR BATCH JOB
3701    if [[ $create_executable_for_batch = true  &&  $restart_run != true ]]
3702    then
3703
3704       printf "\n  *** creating the executable for batch job\n"
3705
3706          # METHOD ONLY WORKS FOR BATCH JOBS ON LOCAL HOSTS
3707       if [[ $host != $localhost ]]
3708       then
3709          printf "\n  +++ creation of executables is only allowed for batch jobs on local hosts."
3710          printf "\n      Please set create_executable_for_batch = false in the config-file.\n"
3711          locat=create_executable; exit
3712       fi
3713
3714       mkdir  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
3715       cd  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
3716
3717       cp  $make_depository  .
3718       tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
3719       cp  ../*  .   >  /dev/null  2>&1
3720
3721       make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
3722
3723       if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
3724       then
3725          printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
3726          locat=compile
3727          exit
3728       fi
3729
3730       mv  a.out  ..
3731       cd -  >  /dev/null  2>&1
3732       rm -rf  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
3733
3734       printf "  *** executable created in \"$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}\"\n "
3735
3736    fi
3737
3738
3739       # BUILD THE JOB-SCRIPTS ON FILE jobfile
3740    jobfile=jobfile.$RANDOM
3741
3742
3743       # CREATE TEMPORARY DIRECTORY AND SWITCH TO IT
3744    echo  "mkdir  $TEMPDIR"      >>  $jobfile
3745    echo  "cd  $TEMPDIR"         >>  $jobfile
3746
3747
3748       # ACTIVATE ERROR-TRACEBACK
3749    if [[ $do_trace = true ]]
3750    then
3751       echo  "set -x"                                    >>  $jobfile
3752    else
3753       echo  "set +vx"                                   >>  $jobfile
3754    fi
3755
3756
3757       # INITIALIZE THE ENVIRONMENT AND LOAD MODULES
3758    if [[ "$init_cmds" != "" ]]
3759    then
3760       echo  "$init_cmds"        >>  $jobfile
3761    fi
3762    if [[ "$module_calls" != "" ]]
3763    then
3764       echo  "$module_calls"     >>  $jobfile
3765    fi
3766
3767
3768       # PROVIDE SOURCE-CODE FILES, MRUN-SCRIPT AND CONFIGURATION-FILE FOR THE JOB
3769       # then-CLAUSE: FILES ARE COLLECTED IN THE SOURCES_FOR_RUN_... DIRECTORY ON THE LOCAL HOST,
3770       #              WHICH IS THEN FETCHED FROM THE BATCH-JOB BY USING cp/scp
3771       #              THE SOURCE-CODE FILES ALREADY EXIST IN THIS DIRECTORY
3772       # else-CLAUSE: FILE-CONTENTS ARE PUT INTO THE JOB-FILE AS HERE-DOCUMENTS
3773       #              THIS MAY CREATE A QUITE LARGE JOB-FILE, WHICH CAN CAUSE PROBLEMS WITH SOME
3774       #              QUEUEING-SYSTEMS
3775    if [[ $host = ibmkisti  ||  $host = lcbullhh  ||  $host = lccrayb  ||  $host = lccrayf  ||  $host = lccrayh  ||  $host = lcocean  ||  $host = lcgeohu ]]
3776    then
3777
3778          # COPY CONFIGURATION-FILE AND MRUN-SCRIPT INTO THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY
3779       if [[ $restart_run != true ]]
3780       then
3781          cp  $config_file  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
3782          cp  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
3783       fi
3784
3785          # COPY THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY FROM THE LOCAL HOST TO THE JOB VIA scp
3786          # (then-CLAUSE: JOBS ON THE LOCAL HOST CAN JUST USE cp)
3787       echo  "set -x"  >>  $jobfile
3788       if [[ $host = $localhost ]]
3789       then
3790             # DUE TO UNKNOWN REASONS, COPY WITH cp COMMAND CREATES CORRUPT
3791             # FILES ON CRAY XC30 SYSTEMS (CSC HELSINKI), rsync IS USED INSTEAD
3792          if [[ $(echo $host | cut -c1-6) = lccray ]]
3793          then
3794             echo  "rsync -av -t  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname  ."  >>  $jobfile
3795          else
3796             echo  "cp -r  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname  ."  >>  $jobfile
3797          fi
3798
3799       else
3800          if [[ $host = ibmkisti ]]
3801          then
3802                # ON KISTI'S IBM FIREWALL IS ONLY OPENED ON INTERACTIVE NODE
3803             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
3804             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@gaiad \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
3805         elif [[ $host = lcbullhh ]]
3806          then
3807             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
3808             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@mlogin101 \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
3809
3810          elif [[ $host = lccrayb ]]
3811          then
3812             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
3813             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@blogin1 \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
3814          elif [[ $host = lccrayh ]]
3815          then
3816             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
3817             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@hlogin1 \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
3818
3819          else
3820             echo  "scp $PORTOPT -r $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname ."  >>  $jobfile
3821          fi
3822       fi
3823       echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                      >>  $jobfile
3824
3825          # MOVE MRUN-SCRIPT AND CONFIGURATION-FILE FROM THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY TO THE
3826          # WORKING DIRECTORY OF THE JOB
3827       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$config_file  . "       >>  $jobfile
3828       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$mrun_script_name  . "  >>  $jobfile
3829       echo  "chmod u+rwx  $mrun_script_name"                    >>  $jobfile
3830       echo  "execute_mrun=true"                                 >>  $jobfile
3831       echo  " "                                                 >>  $jobfile
3832
3833    else
3834
3835          # PROVIDE SOURCE-CODE FILES AND MAKEFILE AS HERE DOCUMENT
3836       if [[ $do_compile = true ]]
3837       then
3838
3839          source_catalog=SOURCES_FOR_RUN_$fname
3840
3841              # CREATE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY TO STORE THE SOURCE CODE FILES AND THE MAKEFILE
3842          echo  "mkdir  SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
3843          echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                 >>  $jobfile
3844          echo  "cd     SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
3845
3846          for  filename  in  $source_list
3847          do
3848                # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
3849             echo  "cat > $filename << \"%END%\""              >>  $jobfile
3850             cat   $source_catalog/$filename                   >>  $jobfile
3851             echo  " "                                         >>  $jobfile
3852             echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
3853             echo  " "                                         >>  $jobfile
3854          done
3855
3856             # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
3857          echo  "cat > Makefile << \"%END%\""               >>  $jobfile
3858          cat   $source_catalog/Makefile                    >>  $jobfile
3859          echo  " "                                         >>  $jobfile
3860          echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
3861          echo  " "                                         >>  $jobfile
3862
3863          echo  "cd -  > /dev/null"                         >>  $jobfile
3864
3865       fi
3866
3867
3868          # PROVIDE THE CONFIGURATION-FILE AS HERE-DOCUMENT
3869          # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
3870          # LINES WITH #$ IN THE CONFIGURATION-FILE, COMING FROM THE SVN KEYWORD SUBSTITUTION,
3871          # ARE REMOVED FROM THE FILE IN ORDER TO AVOID PROBLEMS WITH THE SGE BATCH SYSTEM
3872       echo  "cat > $config_file << \"%END%\""      >>  $jobfile
3873       if [[ $host = lckyuh ]]
3874       then
3875             # NO CROSS-COMPILER ON COMPUTE NODE
3876          sed  's/frtpx/frt/g'  $config_file        >>  $jobfile
3877       else
3878          sed 's/#$.*//g'   $config_file            >>  $jobfile
3879       fi
3880       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
3881       echo  " "                                    >>  $jobfile
3882
3883
3884          # PROVIDE THE MRUN-SCRIPTS AS HERE-DOCUMENT
3885          # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
3886       echo  "cat > $mrun_script_name <<\"%END%\""  >>  $jobfile
3887       if [[ $host = lckyuh ]]
3888       then
3889          sed 's/\/bin\/ksh/\/bin\/bash/g' ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  >>  $jobfile
3890       else
3891          cat  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name        >>  $jobfile
3892       fi
3893       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
3894       echo  "chmod u+x $mrun_script_name"          >>  $jobfile
3895       echo  "execute_mrun=true"                    >>  $jobfile
3896       echo  " "                                    >>  $jobfile
3897
3898    fi
3899
3900
3901       # GET REQUIRED INPUT-FILES BY SCP OR BY SENDING THEM WITH THE JOB AS HERE-DOCUMENT
3902       # PUT THESE FILES INTO THE USER'S RESPECTIVE PERMANENT DIRECTORIES ON THE REMOTE-HOST
3903       # IF THE DIRECTORIES DO NOT EXIST, TRY TO CREATE THEM
3904    if [[ $do_remote = true ]]
3905    then
3906       (( i = 0 ))
3907       while (( i < iin ))
3908       do
3909          (( i = i + 1 ))
3910          echo  "[[ ! -d ${pathin[$i]} ]]  &&  mkdir -p  ${pathin[$i]}"  >>  $jobfile
3911          if [[ "${transin[$i]}" = job ]]
3912          then
3913             echo  "cat > ${remotepathin[$i]} <<\"%END%\""    >>  $jobfile
3914             eval cat   ${pathin[$i]}/${frelin[$i]}           >>  $jobfile
3915             echo  " "                                        >>  $jobfile
3916             echo  "%END%"                                    >>  $jobfile
3917          else
3918             echo  "batch_scp $PORTOPT -b -o -g -s -u $return_username $return_address ${remotepathin[$i]} \"${pathin[$i]}\" ${frelin[$i]}" >>  $jobfile
3919          fi
3920
3921             # CHECK, IF FILE COULD BE CREATED
3922          echo  "if [[ \$? = 1 ]]"                    >>  $jobfile
3923          echo  "then"                                >>  $jobfile
3924          echo  "   echo \" \" "                      >>  $jobfile
3925          echo  "   echo \"+++ file ${remotepathin[$i]} could not be created\" "   >>  $jobfile
3926          echo  "   echo \"    please check, if directory exists on $host!\" "  >>  $jobfile
3927          echo  "   echo \"+++ MRUN will not be continued\" "  >>  $jobfile
3928          echo  "   execute_mrun=false"               >>  $jobfile
3929          echo  "fi"                                  >>  $jobfile
3930       done
3931    fi
3932
3933       # PROVIDE NAME OF THE CURRENT WORKING-DIRECTORY ON THE LOCAL MACHINE (FROM WHERE THE JOB IS
3934       # STARTED) BY SETTING AN ENVIRONMENT-VARIABLE. THIS INFORMATION IS USED IN THE JOB BY MRUN
3935       # IN CASE THAT RESTART-RUNS HAVE TO BE GENERATED
3936    echo  "LOCAL_PWD=$working_directory"                >>  $jobfile
3937    echo  "export LOCAL_PWD"                            >>  $jobfile
3938
3939       # PROVIDE THE PATH OF THE LOCAL MRUN-SCRIPT FOR THE SAME REASON
3940    echo  "LOCAL_MRUN_PATH=$PALM_BIN"                   >>  $jobfile
3941    echo  "export LOCAL_MRUN_PATH"                      >>  $jobfile
3942
3943       # lceddy ALSO REQUIRES TO PROVIDE PATH FOR THE PALM-SCRIPTS
3944    if [[ $host = lceddy  ||  $localhost = lceddy ]]
3945    then
3946       echo  "export PALM_BIN=$PALM_BIN" | sed -e 's:'$HOME':$HOME:'   >>  $jobfile
3947       echo  "export PATH=\$PATH:\$PALM_BIN"              >>  $jobfile
3948    fi
3949
3950       # CALL MRUN WITHIN THE JOB (SETTING QUEUE IS A WORKAROUND FOR ibmkisti)
3951       # AS FINAL ACTION, REMOVE THE TEMPORARY DIRECTORY CREATED AT THE BEGINNING OF THE JOB
3952    echo  "set -x"                                        >>  $jobfile
3953    echo  "queue=$queue"                                  >>  $jobfile
3954    echo  "[[ \$execute_mrun = true ]]  &&  ./$mrun_com"  >>  $jobfile
3955    echo  'ls -al; echo `pwd`'                            >>  $jobfile
3956    echo  "cd \$HOME"                                     >>  $jobfile
3957    echo  "rm -rf  $TEMPDIR"                              >>  $jobfile
3958
3959
3960
3961
3962       # START THE JOB USING SUBJOB-COMMAND
3963    if [[ $silent = false ]]
3964    then
3965       printf "\n     "
3966    else
3967       printf "\n\n"
3968    fi
3969
3970    subjob  $job_on_file  -h $host  -u $remote_username -g $group_number -q $queue  -m $memory  -N $node_usage -t $cpumax  $XOPT  $TOPT  $OOPT  -n $fname  -v  -c $job_catalog  -e $email_notification  $PORTOPT  $jobfile
3971    rm -rf  $jobfile
3972
3973
3974 fi  # END OF REMOTE-PART
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.