source: palm/trunk/SCRIPTS/mrun @ 2290

Last change on this file since 2290 was 2290, checked in by raasch, 4 years ago

further test output removed

  • Property svn:keywords set to Id Rev
File size: 142.4 KB
Line 
1#!/bin/bash
2
3# mrun - script for running PALM jobs
4
5#--------------------------------------------------------------------------------#
6# This file is part of PALM.
7#
8# PALM is free software: you can redistribute it and/or modify it under the terms
9# of the GNU General Public License as published by the Free Software Foundation,
10# either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
11#
12# PALM is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
13# WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR
14# A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
15#
16# You should have received a copy of the GNU General Public License along with
17# PALM. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
18#
19# Copyright 1997-2015  Leibniz Universitaet Hannover
20#--------------------------------------------------------------------------------#
21#
22# Current revisions:
23# ------------------
24#
25#
26# Former revisions:
27# -----------------
28# $Id: mrun 2290 2017-06-19 11:03:06Z raasch $
29# further test output removed
30#
31# 2286 2017-06-15 13:31:57Z raasch
32# test output for cycle number removed
33#
34# 2268 2017-06-09 10:34:09Z raasch
35# bugfix for calculating cycle numbers for output files in r2261
36#
37# 2262 2017-06-08 14:52:23Z raasch
38# bugfix for r2261
39#
40# 2261 2017-06-08 14:25:57Z raasch
41# unified cycle numbers for output files are used,
42# paths and filenames are allowed to contain arbitrary numbers of dots ".",
43# creation of file OUTPUT_FILE_CONNECTIONS removed,
44# archive feature completely removed from the script,
45# nech related parts completely removed
46#
47# 2257 2017-06-07 14:07:05Z witha
48# adjustments for lceddy, removed lcflow-specific code
49#
50# 2186 2017-03-21 05:36:31Z raasch
51#
52# 2185 2017-03-21 05:09:29Z raasch
53# adjustment for lykyo*-hosts (PJM_ENVIRONMENT defines BATCH)
54#
55# 2148 2017-02-09 16:56:42Z scharf
56# changed allocation of resources for lcbullhh in srun command
57#
58# 2141 2017-02-06 10:19:32Z gronemeier
59# made check for existing files language independent
60#
61# 1944 2016-06-15 06:29:00Z raasch
62# adjustments for using HLRN ssh-keys
63#
64# 1940 2016-06-14 05:15:20Z raasch $
65# adjustments for lckiaps
66#
67# 1866 2016-04-15 06:50:59Z raasch
68# adjusted for lcocean
69#
70# 1841 2016-04-07 19:14:06Z raasch
71# script now running under bash
72#
73# 1804 2016-04-05 16:30:18Z maronga
74# test: implementing an execute mechanism where the execute command is given in the
75# configuration file
76# ROPTS removed from execution commands
77# Warnings about missing optional files or user code changed to informative messages
78# Removed parameter file check
79#
80# 1755 2016-02-22 13:53:39Z maronga
81# Minor bugfix to last commit
82#
83# 1753 2016-02-22 13:49:49Z maronga
84# Bugfix: use random job number when PBS job nummer retrieval fails on lccray*
85#
86# 1622 2015-07-20 06:21:36Z heinze
87# bugfix for Mistral (lcbullhh)
88#
89# 1621 2015-07-17 11:39:33Z heinze
90# adjustments for Mistral at DKRZ Hamburg (lcbullhh)
91#
92# 1609 2015-07-03 15:37:58Z maronga
93# Modified the random number of the temporary working directory to match the
94# queuing system number on HLRN-III (lccray*).
95#
96# 1604 2015-06-23 15:48:03Z suehring
97# Enable coupled runs for lcmuk
98#
99# 1598 2015-05-29 06:45:40Z raasch
100# bugfix for creating hostfile and total number of MPI tasks if run in openmp-mode on one node
101#
102# 1549 2015-01-30 14:26:16Z suehring
103# Enable interactive debug sessions with allinea debugger
104#
105# 1547 2015-01-29 15:09:12Z witha
106# adjustments for ForWind computing cluster (lcflow)
107#
108# 1491 2014-11-12 08:12:57Z heinze
109# correct setting of batch_job allowed for ibm-machines
110#
111# 1468 2014-09-24 14:06:57Z maronga
112# Typo removed (addres->address)
113# Bugfix: returning files to IMUK via ssh did not work for lccrayh and lcycrayb
114# Added support for restart runs (remote) for lcxe6
115#
116# 1442 2014-07-28 07:09:10Z raasch
117# default queues for HLRN-III (lccrayb/lccrayh) defined
118#
119# 1422 2014-07-02 10:01:25Z kanani
120# automatic restarts enabled for lccrayb,
121# adjustment of path to compilervars.sh at IMUK (see automatic restarts)
122#
123# 1420 2014-06-10 06:24:14Z raasch
124# -j1 option added to aprung command for lccrayf (CSC)
125#
126# 1402 2014-05-09 14:25:13Z raasch
127# batch_job added to envpar-NAMELIST
128#
129# 1357 2014-04-11 15:02:03Z witha
130# adjustments for lccrayh (automatic restarts on lccrayh outside of IMUK are now
131# possible)
132#
133# 1320 2014-03-20 08:40:49Z raasch
134# check namelist file set false by default
135#
136# 1304 2014-03-12 10:29:42Z raasch
137# ulimit option changed from -Ss to -s
138#
139# bugfix: missing "fi" in r1289
140#
141# 1289 2014-03-04 07:12:34Z raasch
142# comments translated to English
143# necriam-, fimm-, ibmy-, and sgi-specific code removed
144# export of variables for palm and interpret_config removed
145#
146# 1281 2014-02-01 07:55:49Z raasch
147# rsync-copy restricted to Cray machines, since command is unavailable on some
148# other systems
149#
150# 1279 2014-01-28 12:10:14Z raasch
151# tasks_per_node must not be an integral divisor of numprocs any more. This was done
152# in order to remove annoying restrictions concerning the number of processors which
153# appear on machines with larger nodes (e.g. containing 24 cores). Now without this
154# restriction, one of the nodes will be filled with less than the given number of
155# tasks per node. A respective warning is given.
156#
157# 1274 2014-01-09 13:14:54Z heinze
158# adjustments for lccrayh
159#
160# 1272 2014-01-08 10:19:32Z witha
161# small adjustment for lcflow
162#
163# 1270 2013-12-16 11:05:01Z fricke
164# call of combine_plot_fields adjusted for lccrayb/lccrayh
165#
166# 1255 2013-11-07 14:43:35Z raasch
167# further adjustments for lccrayb remote access
168#
169# 1241 2013-10-30 11:36:58Z heinze
170# Enable use of nudging input and input of large scale forcing from
171# external files
172#
173# 1229 2013-09-20 06:55:19Z raasch
174# further adjustments for lccrayb
175#
176# 1224 2013-09-16 07:27:23Z raasch
177# first adjustments for lccrayb
178#
179# 1210 2013-08-14 10:58:20Z raasch
180# fftw support added
181#
182# 1201 2013-07-10 16:17:59Z witha
183# adjustments for Forwind cluster (lcflow)
184#
185# 1199 2013-07-05 14:52:22Z raasch
186# adjustments for CSC Helsinki (lccrayf),
187# executables for batch jobs can be created in advance, in order to avoid calling
188# the compiler within the batch job (only works if batch jobs are submitted on
189# local host)
190#
191# 1190 2013-06-25 09:39:21Z heinze
192# enable use of automatic restarts for ibmh
193# use of cluster/express queue enabled (ibmh)
194#
195# 1124 2013-04-09 15:46:52Z raasch
196# variable "memory" is exported via typeset option -x, because otherwise an unknown
197# side effect may lead to data loss while getopts is reading the script-option arguments
198#
199# 1122 2013-04-09 08:37:16Z heinze
200# Bugfix: change type of variable last_char
201#
202# 1119 2013-04-05 15:11:19Z raasch
203# Bugfix for setting -T option for subjob
204#
205# 1108 2013-03-05 07:03:32Z raasch
206# bugfix for coupled runs on lckyut/lckyuh
207#
208# 1106 2013-03-04 05:31:38Z raasch
209# --stdin argument for mpiexec on lckyuh
210# -y and -Y settings output to header
211#
212# 1103 2013-02-20 02:15:53Z raasch
213# default script runs again under ksh, because of unsolved problems with read
214# from stdin: when bash script is called from a ksh, message "read error: 0:
215# Resource temporarily unavailable" appears and script does not stop,
216# further bash compatibility adjustments,
217# shebang line replaced by /bin/bash when running jobs on lckyuh; no restarts
218# on lckyuh, but mrun does not terminate and issues a warning instead
219#
220# 1101 2013-02-17 10:20:21Z raasch
221# script now running under bash instead of ksh, which required small adjustments
222# (output formatting with printf instead "typeset -L/-R", print replaced by echo,
223# read from stdin),
224# cross compilername on lckyuh compute nodes replaced by real compiler name
225#
226# 1099 2013-02-10 01:47:43Z raasch
227# adjustments for Kyushu-University computing center (lckyuh - hayaka)
228# and for Forwind cluster (lcflow)
229# small further adjustments for lckyut
230#
231# 1094 2013-02-03 01:52:12Z raasch
232# explicit ssh/scp port can be set in config file with environment variable
233# scp_port.  This port is handled to all ssh/scp/batch_scp calls.
234# decalpha parts (yonsei) removed
235#
236# 2013-02-02 07:06:13Z raasch
237# adjustments for Kyushu-University computing center (lckyut - tatara)
238#
239# 1083 2013-01-04 10:22:09Z maronga
240# bugfix in parameter file check (read %cpp_options was missing)
241#
242# 1069 2012-11-28 16:18:43Z maronga
243# bugfix: coupling mode was always set to mpi2, typos removed
244#
245# 1058 2012-11-21 07:00:35Z raasch
246# Intel inspector (inspxe) is given the number of PEs instead of the number of
247# nodes
248#
249# 1046 2012-11-09 14:38:45Z maronga
250# code put under GPL (PALM 3.9)
251#
252# 21/03/94 - Siggi - first version finished
253# 03/03/94 - Siggi - script development started
254#
255#--------------------------------------------------------------------------------#
256# mrun - script for running PALM jobs
257#--------------------------------------------------------------------------------#
258
259
260 
261    # DECLARATION OF VARIABLES AND THEIR DEFUALT VALUES
262
263 set +o allexport    # SUPPRESS EXPORT OF ALL VARIABLES, SINCE IN THE PAST THIS
264                     # LES TO PROBLEMS IN ROUTINES CALLED BY MRUN
265                     # (TOO MANY ARGUMENTS - PROBLEM)
266 set +o noclobber    # EXISTING FILES ARE ALLOWED TO BE OVERWRITTEN
267
268 AddFilenames=""
269 additional_conditions=""
270 add_source_path=""
271 afname=""
272 check_namelist_files=false
273 combine_plot_fields=true
274 compiler_name=""
275 cond1=""
276 cond2="" 
277 config_file=.mrun.config
278 coupled_dist=""
279 coupled_mode="mpi1"
280 cpp_opts=""
281 cpp_options=""
282 cpumax=0
283 cpurest=0
284 create_executable_for_batch=false
285 delete_temporary_catalog=true
286 do_batch=false
287 do_compile=true
288 do_remote=false
289 do_stagein=true
290 do_stageout=true
291 do_trace=false
292 email_notification="none"
293 exclude=""
294 executable=""
295 execute_command="none"
296 execution_error=false
297 fftw_inc=""
298 fftw_lib=""
299 fftw_support=false
300  fname=test
301 fromhost=""
302 global_revision=""
303 group_number=none
304 host=""
305 host_file=""
306 hp=""
307 input_list=""
308 interpreted_config_file=""
309 job_catalog="~/job_queue"
310 job_on_file=""
311 keep_data_from_previous_run=false
312 link_local_input=false
313 link_local_output=false
314 localhost_realname=$(hostname)
315 local_dvrserver_running=.FALSE.
316 locat=normal
317 mainprog=""
318 makefile=""
319 max_par_io_str=""
320 mc=$0
321 while [[ $(echo $mc | grep -c "/") != 0 ]]
322 do
323    mc=`echo $mc | cut -f2- -d"/"`
324 done
325 module_calls=""
326 mrun_script_name=$mc
327 netcdf_inc=""
328 netcdf_lib=""
329 netcdf_support=false
330 node_usage=default
331 numprocs=""
332 numprocs_atmos=0
333 numprocs_ocean=0
334 OOPT=""
335 openmp=false
336 output_list=""
337 package_list=""
338 queue=none
339 read_from_config=""
340 restart_run=false
341 if [[ `hostname` = rte10 ]]
342 then
343    return_address=133.5.185.60
344    echo "+++ WARNING: fixed return_address = $return_address is used !!!!!"
345 elif [[ `hostname` = climate0 ]]
346 then
347    return_address=165.132.26.68
348    echo "+++ WARNING: fixed return_address = $return_address is used !!!!!"
349 elif [[ `hostname` = "schultzl-Latitude-E6540" ]]
350 then
351    return_address="schultzl-Latitude-E6540"
352    echo "+++ WARNING: fixed return_address = $return_address is used !!!!!"
353 elif [[ `hostname` = urban00 ]]
354 then
355    return_address=147.46.30.151
356    echo "+++ WARNING: fixed return_address = $return_address is used !!!!!"
357 else
358    return_address=$(nslookup `hostname` 2>&1 | grep "Address:" | tail -1 | awk '{print $2}')
359 fi
360 return_password=""
361 return_username=$LOGNAME
362 remotecall=false
363 remote_username=""
364 run_coupled_model=false
365 run_mode=""
366 dashes="  ----------------------------------------------------------------------------"
367 silent=false
368 source_list=""
369 source_path=SOURCE
370 tasks_per_node=""
371 threads_per_task=1
372 tmpcreate=false
373 tmp_data_catalog=""
374 transfer_problems=false
375 usern=$LOGNAME
376 use_openmp=false
377 version="MRUN  2.1 Rev$Rev: 2290 $"
378 working_directory=`pwd`
379 TOPT=""
380 XOPT=""
381 zeit=$( date | cut -c 12-19 )
382
383 typeset -i  iec=0 iic=0 iin=0 ioc=0 iout=0 stagein_anz=0 stageout_anz=0
384 typeset -x -i  memory=0   # HAS TO BE EXPORTED HERE, OTHERWISE AN UNKNOWN SIDE
385                           # SIDE EFFECT MAY CAUSE DATA LOSS WHEN GETOPTS IS READING THE
386                           # SCRIPT-OPTION ARGUMENTS
387 typeset -i  cputime i ii iia iii iio icycle inode ival jobges jobsek last_char_int maxcycle minuten nodes pes remaining_pes run_number sekunden tp1
388
389    # ERROR HANDLING IN CASE OF EXIT
390 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
391       if [[ $locat != normal  &&  $locat != control_c ]]
392       then
393
394              # CARRY OUT ERROR-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE (EC:)
395          (( i = 0 ))
396          while (( i < iec ))
397          do
398             (( i = i + 1 ))
399             printf "\n  *** Execution of ERROR-command:\n"
400             printf "  >>> ${err_command[$i]}\n"
401             eval  ${err_command[$i]}
402          done
403          if [[ -n $interpreted_config_file ]]
404          then
405             rm -rf  $interpreted_config_file
406          fi
407          if [[ -n .mrun_environment ]]
408          then
409             rm -rf  .mrun_environment
410          fi
411          if [[ $tmpcreate = true ]]
412          then
413#              printf "\n  *** Contents of \"$TEMPDIR\":\n"
414#              ls -al; cd
415             [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
416          fi
417          if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
418          then
419             echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
420             kill $dvrserver_id
421          fi
422          if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
423          then
424             rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
425          fi
426          printf "\n\n+++ MRUN killed \n\n"
427       elif [[ $locat != control_c ]]
428       then
429          printf "\n\n --> all actions finished\n\n"
430          printf "     Bye, bye $usern !!\n\n"
431       fi' exit
432
433
434    # ACTIONS IN CASE OF TERMINAL-BREAK (CONTROL-C):
435 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
436       rm -rf  $working_directory/tmp_check_namelist_files
437       [[ $tmpcreate = true ]]  &&  (cd; rm -rf $TEMPDIR)
438       if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
439       then
440          rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
441       fi
442       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
443       then
444          echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
445          kill $dvrserver_id
446       fi
447       printf "\n+++ MRUN killed by \"^C\" \n\n"
448       locat=control_c
449       exit
450      ' 2
451
452
453    # CHECK IF THE PATH FOR THE PALM BINARIES (SCRIPTS+UTILITY-PROGRAMS) HAS
454    # BEEN SET
455 if [[ "$PALM_BIN" = "" ]]
456 then
457    printf "\n  +++ environment variable PALM_BIN has not been set"
458    printf "\n      please set it to the directory where the PALM scripts are located"
459    locat=palm_bin; exit
460 fi
461 export PATH=$PALM_BIN:$PATH
462
463
464
465    # READ SHELLSCRIPT-OPTIONS AND REBUILD THE MRUN-COMMAND STRING (MC),
466    # WHICH WILL BE USED TO START RESTART-JOBS
467 while  getopts  :a:bBc:Cd:D:Fg:G:h:H:i:kK:m:M:n:o:O:p:P:q:r:R:s:St:T:u:U:vw:xX:yY:zZ option
468 do
469   case  $option  in
470       (a)   afname=$OPTARG;;
471       (b)   do_batch=true; mc="$mc -b";;
472       (B)   delete_temporary_catalog=false; mc="$mc -B";;
473       (c)   config_file=$OPTARG; mc="$mc -c$OPTARG";;
474       (C)   restart_run=true; mc="$mc -C";;
475       (d)   fname=$OPTARG; mc="$mc -d$OPTARG";;
476       (F)   job_on_file="-D"; mc="$mc -F";;
477       (g)   group_number=$OPTARG; mc="$mc -g$OPTARG";;
478       (G)   global_revision=$OPTARG; mc="$mc -G'$OPTARG'";;
479       (h)   host=$OPTARG; mc="$mc -h$OPTARG";;
480       (H)   fromhost=$OPTARG; mc="$mc -H$OPTARG";;
481       (i)   input_list=$OPTARG; mc="$mc -i'$OPTARG'";;
482       (k)   keep_data_from_previous_run=true; mc="$mc -k";;
483       (K)   additional_conditions="$OPTARG"; mc="$mc -K'$OPTARG'";;
484       (m)   memory=$OPTARG; mc="$mc -m$OPTARG";;
485       (M)   makefile=$OPTARG; mc="$mc -M$OPTARG";;
486       (n)   node_usage=$OPTARG; mc="$mc -n$OPTARG";; 
487       (o)   output_list=$OPTARG; mc="$mc -o'$OPTARG'";;
488       (O)   use_openmp=true; threads_per_task=$OPTARG; mc="$mc -O$OPTARG";;
489       (p)   package_list=$OPTARG; mc="$mc -p'$OPTARG'";;
490       (P)   return_password=$OPTARG; mc="$mc -P$OPTARG";;
491       (q)   queue=$OPTARG; mc="$mc -q$OPTARG";;
492       (r)   run_mode=$OPTARG; mc="$mc -r'$OPTARG'";;
493       (R)   remotecall=true;return_address=$OPTARG; mc="$mc -R$OPTARG";;
494       (s)   source_list=$OPTARG; mc="$mc -s'$OPTARG'";;
495       (S)   read_from_config=false; mc="$mc -S";;
496       (t)   cpumax=$OPTARG; mc="$mc -t$OPTARG";;
497       (T)   mrun_tasks_per_node=$OPTARG; mc="$mc -T$OPTARG";;
498       (u)   remote_username=$OPTARG; mc="$mc -u$OPTARG";;
499       (U)   return_username=$OPTARG; mc="$mc -U$OPTARG";;
500       (v)   silent=true; mc="$mc -v";;
501       (w)   max_par_io_str=$OPTARG; mc="$mc -w$OPTARG";;
502       (x)   do_trace=true;set -x; mc="$mc -x";;
503       (X)   numprocs=$OPTARG; mc="$mc -X$OPTARG";;
504       (y)   ocean_file_appendix=true; mc="$mc -y";;
505       (Y)   run_coupled_model=true; coupled_dist=$OPTARG; mc="$mc -Y'$OPTARG'";;
506       (z)   check_namelist_files=false; mc="$mc -z";;
507       (Z)   combine_plot_fields=false; mc="$mc -Z";;
508       (\?)  printf "\n  +++ unknown option $OPTARG \n"
509             printf "\n  --> type \"$0 ?\" for available options \n"
510             locat=parameter;exit;;
511   esac
512 done
513
514
515    # SKIP GIVEN OPTIONS TO READ POSITIONAL PARAMETER, IF GIVEN
516    # CURRENTLY ONLY PARAMETER ? (TO OUTPUT A SHORT COMMAND INFO) IS ALLOWED
517 (( to_shift = $OPTIND - 1 ))
518 shift $to_shift
519
520    # PRINT SHORT DESCRIPTION OF MRUN OPTIONS
521 if [[ "$1" = "?" ]]
522 then
523   (printf "\n  *** mrun can be called as follows:\n"
524    printf "\n      $mrun_script_name  -b -c.. -d.. -D.. -f.. -F -h.. -i.. -I -K.. -m.. -o.. -p.. -r.. -R -s.. -t.. -T.. -v -x -X.. -y -Y.. -Z <modus> \n"
525    printf "\n      Description of available options:\n"
526    printf "\n      Option  Description                              Default-Value"
527    printf "\n        -a    base name of input files                 equiv. -d"
528    printf "\n        -b    batch-job on local machine               ---"
529    printf "\n        -B    do not delete temporary directory at end ---"
530    printf "\n        -c    configuration file                       .mrun.config"
531    printf "\n        -d    base name of files attached to program   test"
532    printf "\n        -D    preprocessor(cpp)-directives             \"\" "
533    printf "\n        -F    create remote job file only              ---"
534    printf "\n        -h    execution host                           $localhost_realname"
535    printf "\n        -i    INPUT control list                       \"\" "
536    printf "\n        -k    keep data from previous run"
537    printf "\n        -K    additional conditions for controling"
538    printf "\n              usage of conditional code and"
539    printf "\n              env-variables in configuration file      \"\" "
540    printf "\n        -m    memory demand in MB (batch-jobs)         0 MB"
541    printf "\n        -M    Makefile name                            Makefile"
542    printf "\n        -n    node usage (shared/not_shared)           depending on -h"
543    printf "\n        -o    OUTPUT control list                      \"\" "
544    printf "\n        -O    threads per openMP task                  ---"
545    printf "\n        -p    software package list                    \"\" "
546    printf "\n        -q    queue                                    \"$queue\" "
547    printf "\n        -r    run control list (combines -i -o)        \"\" "
548    printf "\n        -s    filenames of routines to be compiled     \"\" "
549    printf "\n              must end with .f, .f90, .F, or .c !"
550    printf "\n              use \"..\" for more than one file and wildcards"
551    printf "\n              -s LM compiles all locally modified files"
552    printf "\n        -S    config file interpreted by shellscript   ---"
553    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds (batch)      0"
554    printf "\n        -T    tasks per node                           depending on -h"
555    printf "\n        -u    username on remote machine               \"\" "
556    printf "\n        -v    no prompt for confirmation               ---"
557    printf "\n        -w    maximum parallel io streams              as given by -X"
558    printf "\n        -x    tracing of mrun for debug purposes       ---"
559    printf "\n        -X    # of processors (on parallel machines)   1"
560    printf "\n        -y    add appendix \"_O\" to all local output"
561    printf "\n              files (ocean precursor runs followed by"
562    printf "\n              coupled atmosphere-ocean runs)           ---"
563    printf "\n        -Y    run coupled model, \"#1 #2\" with" 
564    printf "\n              #1 atmosphere and #2 ocean processors    \"#/2 #/2\" depending on -X"
565    printf "\n        -Z    skip combine_plot_fields at the end of      "
566    printf "\n              the simulation                           ---"
567    printf "\n "
568    printf "\n      Possible values of positional parameter <modus>:"
569    printf "\n        \"?\"       -  this outline \n\n") | more
570    exit
571 elif [[ "$1" != "" ]]
572 then
573    printf "\n  +++ positional parameter $1 unknown \n"
574    locat=parameter; exit
575 fi
576
577
578
579    # SHORT STARTING MESSAGE
580 printf "\n*** $version "
581 printf "\n    will be executed.     Please wait ..."
582
583
584
585    # CHECK, IF CONFIGURATION FILE EXISTS
586 if [[ ! -f $config_file ]]
587 then
588    printf "\n\n  +++ configuration file: "
589    printf "\n           $config_file"
590    printf "\n      does not exist"
591    locat=connect; exit 
592 fi
593
594
595    # DETERMINE THE HOST-IDENTIFIER (localhost) FROM THE CONFIGURATION FILE
596 line=""
597 grep  "%host_identifier"  $config_file  >  tmp_mrun
598 while read line
599 do
600    if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
601    then
602       HOSTNAME=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
603       host_identifier=`echo $line | cut -d" " -s -f3`
604       if [[ $localhost_realname = $HOSTNAME ]]
605       then
606          localhost=$host_identifier
607          break
608       fi
609    fi
610 done < tmp_mrun
611
612 if [[ "$localhost" = "" ]]
613 then
614    printf "\n\n  +++ no host identifier found in configuration file \"$config_file\""
615    printf "\n      for local host \"$localhost_realname\"."
616    printf "\n      Please add line"
617    printf "\n      \"\%host_identifier $localhost_realname <identifier>\""
618    printf "\n      to the configuration file."
619    locat=localhost; exit
620 fi
621
622
623    # ??? THIS SHOULD BE DECRIBED IN THE MRUN DOCUMENTATION ???
624    # SET BASENAME OF THE INPUT-FILES TO THE GENERAL BASENAME (GIVEN BY OPTION -d),
625    # IF IT HAS NOT BEEN SET BY THE USER DIFFERENTLY (USING OPTION -a)
626 [[ "$afname" = "" ]]  &&  afname=$fname
627
628
629    # ADD RUN-FILE ACTIVATION STRINGS (GIVEN BY OPTION -r) TO THE
630    # RESPECTIVE LISTS FOR ACTIVATING THE INPUT/OUTPUT FILE CONNECTION
631    # STATEMENTS IN THE CONFIGURATION FILE
632 if [[ "$run_mode" != "" ]]
633 then
634    input_list="$input_list $run_mode"
635    output_list="$output_list $run_mode"
636 fi
637
638
639    # ??? is this (and the respective option -H) really required ???
640    # STORE HOSTNAME, FROM WHICH THE JOB IS STARTED,
641    # BUT ONLY IF IT HASN'T BEEN ALREADY SET BY OPTION -H
642    # (MRUN IS AUTOMATICALLY SETTING THIS OPTION IN THE MRUN-CALLS WITHIN
643    # THOSE BATCH-JOBS, WHICH ARE CREATED BY MRUN ITSELF)
644 if [[ "$fromhost" = "" ]]
645 then
646    fromhost=$localhost
647 fi
648
649
650    # CHECK, IF EXECUTION SHALL TO BE DONE ON THE REMOTE-MACHINE.
651    # VALUE OF do_remote IS IMPORTANT FOR THE FILE CONNECTIONS.
652    # IN CASE OF EXECUTION ON A REMOTE-MACHINE, A BATCH-JOB HAS
653    # TO BE SUBMITTED (I.E. do_batch=true)
654 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
655 then
656    do_batch=true
657    do_remote=true
658    case  $host  in
659        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|lcbullhh|lccrayb|lccrayh|lccrayf|lceddy|lckyoto|lcocean|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb)  true;;
660        (*)  printf "\n"
661             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
662             printf "\n      is not available"
663             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
664    esac
665 else
666    host=$localhost
667 fi
668
669
670     # EVALUATE ADDITIONAL CONDITIONS GIVEN BY OPTION -K
671 if [[ -n $additional_conditions ]]
672 then
673    cond1=`echo $additional_conditions | cut -d" " -f1`
674    cond2=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f2`
675    dummy=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f3`
676    if [[ -n $dummy ]]
677    then
678       printf "\n  +++ more than 2 additional conditions given for Option \"-K\""
679       locat=options; exit
680    fi
681    block=_$cond1
682    [[ -n $cond2 ]]  &&  block=${block}_$cond2
683 fi
684
685
686      # EVALUATE MODEL COUPLING FEATURES (OPTION -Y) AND DETERMINE coupled_mode
687 if [[ $run_coupled_model = true ]] 
688 then
689
690    numprocs_atmos=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f1`
691    numprocs_ocean=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f2`
692
693    if (( $numprocs_ocean + $numprocs_atmos != $numprocs ))
694    then
695
696       printf "\n  +++ number of processors does not fit to specification by \"-Y\"."
697       printf "\n      PEs (total)     : $numprocs"
698       printf "\n      PEs (atmosphere): $numprocs_atmos"
699       printf "\n      PEs (ocean)     : $numprocs_ocean"
700       locat=coupling; exit
701
702    fi
703
704
705       # GET coupled_mode FROM THE CONFIG FILE
706    line=""
707    grep  "%cpp_options.*-D__mpi2.*$host" $config_file  >  tmp_mrun
708    while read line
709    do
710       echo line=\"$line\"
711       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" &&  $(echo $line | cut -d" " -s -f4) = $cond1 && $(echo $line | cut -d" " -s -f5)  = $cond2 ]]
712       then
713          coupled_mode="mpi2"
714       fi
715    done < tmp_mrun
716
717 fi
718
719    # SAVE VALUES OF MRUN-OPTIONS SICHERN IN ORDER TO OVERWRITE
720    # THOSE VALUES GIVEN IN THE CONFIGURATION-FILE
721 mrun_memory=$memory
722 mrun_group_number=$group_number
723 mrun_cpumax=$cpumax
724 mrun_numprocs=$numprocs
725
726
727    # READ AND EVALUATE THE CONFIGURATION-FILE FROM WITHIN THIS SHELLSCRIPT
728    # (OPTION -S). THE DEFAULT IS USING THE ROUTINE <<<<
729 if [[ "$read_from_config" = false ]]
730 then
731    [[ $silent = false ]]  &&  printf "\n    Reading the configuration file... "
732
733       # READ THE CONFIGURATION FILE LINE BY LINE
734    while  read zeile
735    do
736        [[ $silent = false ]]  &&  printf "."
737
738
739          # FIRST REPLACE ENVIRONMENT-VARIABLES BY THEIR RESPECTIVE VALUES
740       eval  zeile=\"$zeile\"
741
742
743          # INTERPRET THE LINE
744       if [[ "$(echo $zeile)" = "" ]]
745       then
746             # EMPTY LINE, NO ACTION
747          continue
748
749       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "#" ]]
750       then
751
752             # LINE IS A COMMENT LINE
753          true
754
755       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "%" ]]
756       then
757
758             # LINE DEFINES AN ENVIRONMENT-VARIABLE
759          zeile=$(echo $zeile | cut -c2-)
760          var=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
761          value=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
762          for_host=`echo $zeile | cut -d" " -s -f3`
763          for_cond1=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
764          for_cond2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
765
766          if [[ "$for_host" = ""  ||  ( "$for_host" = $host  &&  "$for_cond1" = "$cond1"  &&  "$for_cond2" = "$cond2" )  ||  $(echo "$input_list$output_list"|grep -c "$for_host") != 0 ]]
767          then
768
769                # REPLACE ":" BY " " IN COMPILER- CPP- OR LINKER-OPTIONS,
770                # "::" IS REPLACED BY ":".
771             value=`echo $value | sed 's/::/%DUM%/g' | sed 's/:/ /g' | sed 's/%DUM%/:/g'`
772
773
774                # VALUE FROM THE CONFIGURATION-FILE IS ASSIGNED TO THE
775                # ENVIRONMENT-VARIABLE, BUT ONLY IF NO VALUE HAS BEEN ALREADY
776                # ASSIGNED WITHIN THIS SCRIPT (E.G. BY SCRIPT-OPTIONS).
777                # NON-ASSIGNED VARIABLES HAVE VALUE "" OR 0 (IN CASE OF INTEGER).
778                # HENCE THE GENERAL RULE IS: SCRIPT-OPTION OVERWRITES THE
779                # CONFIGURATION-FILE.
780             if [[ "$(eval echo \$$var)" = ""  ||  "$(eval echo \$$var)" = "0" ]]
781             then
782                eval  $var=\$value
783
784                   # TERMINAL OUTPUT OF ENVIRONMENT-VARIABLES, IF TRACEBACK IS SWITCHED on
785                if [[ $do_trace = true ]]
786                then
787                   printf "\n*** ENVIRONMENT-VARIABLE $var = $value"
788                fi
789             fi
790
791                # IF AN ENVIRONMENT-VARIABLE DETERMINES THE HOST, THEN EVALUATE IT IMMEDIATELY:
792                # VALUE OF do-remote IS REQUIRED FOR THE FILE CONNECTIONS (COPY OF I/O FILES).
793                # IF EXECUTION IS SCHEDULED FOR A REMOTE-MASCHINE, A BATCH-JOB
794                # MUST HAVE TO BE STARTED
795             if [[ $var = host ]]
796             then
797                if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
798                then
799                   do_batch=true
800                   do_remote=true
801                   case  $host  in
802                       (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|lcbullhh|lccrayb|lccrayh|lccrayf|lceddy|lckyoto|lcocean|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb)  true;;
803                       (*)  printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
804                            printf "\n      is not available"
805                            locat=nqs; exit;;
806                   esac
807                else
808                   host=$localhost
809                fi
810             fi
811
812                # USER-DEFINED ENVIRONMENT VARIABLES MUST BE EXPORTED,
813                # BECAUSE THEY MAY BE REQUIRED IN OTHER SCRIPTS CALLED
814                # BY MRUN (E.G. subjob)
815             export  $var
816          fi
817
818
819
820
821       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "EC:" ]]
822       then
823
824             # LINE DEFINES ERROR-COMMAND
825          (( iec = iec + 1 ))
826          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
827          err_command[$iec]="$zeile"
828
829       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "IC:" ]]
830       then
831
832             # LINE DEFINES INPUT-COMMAND
833          (( iic = iic + 1 ))
834          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
835          in_command[$iic]="$zeile"
836
837       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "OC:" ]]
838       then
839
840             # LINE DEFINES OUTPUT-COMMAND
841          (( ioc = ioc + 1 ))
842          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
843          out_command[$ioc]="$zeile"
844
845       else
846
847             # LINE DEFINES FILE CONNECTION. READ THE FILE ATTRIBUTES.
848             # s2a: in/out - field
849             # s2b: loc    - field (optional)
850             # s2c: tr/ar  - field (optional)
851          s1=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
852          s2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
853          s2a=$(echo $s2 | cut -d":" -f1)
854          if [[ $(echo $s2 | grep -c ":") = 0 ]]
855          then
856             s2b=""
857             s2c=""
858          else
859             s2b=`echo $s2 | cut -d":" -f2 | sed 's/:/ /g'`
860             s2c=`echo $s2 | cut -d":" -s -f3 | sed 's/:/ /g'`
861          fi
862          s3=`echo $zeile | cut -d" " -f3`
863          s4=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
864          s5=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
865          s6=`echo $zeile | cut -d" " -s -f6`
866
867       
868             # STORE FILE CONNECTION, IF ACTIVATED BY ACTIVATION-STRING FROM
869             # INPUT- OR OUTPUT-LIST.
870             # VARIABLE S3 MAY CONTAIN A LIST OF ACTIVATION STRINGS (FIELD-SEPERATOR ":").
871             # IF EXECUTION IS SCHEDULED FOR A REMOTE-MACHINE AND THE FILE IS ONLY
872             # LOCALLY REQUIRED ON THAT MACHINE (I.E. s2b = loc), THE FILE CONNECTION
873             # IS NOT CHECKED AND STORED.
874          IFSALT="$IFS"; IFS="$IFS:"
875          if [[ "$s2a" = in  &&  ! ( $do_remote = true  &&  ( "$s2b" = loc  ||  "$s2b" = locopt ) ) ]]
876          then
877             found=false
878             for  actual  in  $input_list
879             do
880                for  formal  in  $s3
881                do
882                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-" ]]  &&  found=true
883                done
884             done
885             if [[ $found = true ]]
886             then
887                (( iin = iin + 1 ))
888                localin[$iin]=$s1; transin[$iin]=$s2b; actionin[$iin]=$s2c;
889                typein[$iin]=$s3; pathin[$iin]=$s4; endin[$iin]=$s5;
890                extin[$iin]=$s6
891             fi
892          elif [[ "$s2a" = out  &&  ! ( $do_remote = true  &&  "$s2b" = loc ) ]]
893          then
894             found=false
895             for  actual  in  $output_list
896             do
897                for  formal  in  $s3 
898                do
899                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-"  ]]  &&  found=true
900                done
901             done
902             if [[ $found = true ]]
903             then
904                (( iout = iout + 1 ))
905                localout[$iout]=$s1; actionout[$iout]=$s2c; typeout[$iout]=$s3;
906                pathout[$iout]=$s4; endout[$iout]=$s5; extout[$iout]=$s6
907             fi
908          elif [[ "$s2a" != in  &&  "$s2a" != out ]]
909          then
910             printf "\n  +++ I/O-attribute in configuration file $config_file has the invalid"
911             printf "\n      value \"$s2\". Only \"in\" and \"out\" are allowed!"
912             locat=connect; exit
913          fi
914          IFS="$IFSALT"
915       fi
916    done < $config_file
917
918 else
919
920       # EVALUATE THE CONFIGURATION-FILE BY FORTRAN-PROGRAM
921    [[ $silent = false ]]  &&  printf "..."
922    interpreted_config_file=.icf.$RANDOM
923
924
925
926       # PROVIDE VALUES OF ENVIRONMENT-VARIABLE FOR interpret_config VIA NAMELIST-FILE
927    cat  >  .mrun_environment  <<  EOF
928 &mrun_environment  cond1 = '$cond1', cond2 = '$cond2',
929                    config_file = '$config_file', do_remote = '$do_remote',
930                    do_trace = '$do_trace', host = '$host',
931                    input_list = '$input_list', icf = '$interpreted_config_file',
932                    localhost = '$localhost', output_list = '$output_list' /
933
934EOF
935
936    if [[ "$host" != $localhost ]]
937    then
938
939          # REMOTE JOB FROM LOCAL HOST: JUST TAKE THE FIRST EXECUTABLE FOUND
940       interpret_config_executable=`ls -1 ${PALM_BIN}/interpret_config*.x 2>/dev/null`
941       if [[ $? != 0 ]]
942       then
943          printf "\n\n  +++ no interpret_config found"
944          printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this host"
945          locat=interpret_config; exit
946       fi
947       interpret_config_executable=`echo $interpret_config_executable | cut -d" " -f1`
948       $interpret_config_executable
949
950    else
951
952          # CHECK, IF THERE IS AN EXECUTABLE FOR THE BLOCK
953       if [[ ! -f ${PALM_BIN}/interpret_config${block}.x ]]
954       then
955          printf "\n\n  +++ no interpret_config found for given block \"$cond1 $cond2\""
956          printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this block"
957          locat=interpret_config; exit
958       else
959          interpret_config${block}.x
960       fi
961
962    fi
963    rm .mrun_environment
964
965
966       # EXECUTE SHELL-COMMANDS GENERATED BY interpret_config WITHIN THIS SHELL
967    chmod  u+x  $interpreted_config_file
968    export PATH=$PATH:.
969    . $interpreted_config_file
970    rm  $interpreted_config_file
971
972 fi
973
974
975    # VALUES OF MRUN-OPTIONS OVERWRITE THOSE FROM THE CONFIGURATION-FILE
976 [[ $mrun_memory     != 0   ]]  &&  memory=$mrun_memory
977 [[ "$mrun_group_number" != "none" ]]  &&  group_number=$mrun_group_number
978 [[ $mrun_cpumax     != 0   ]]  &&  cpumax=$mrun_cpumax
979 [[ "$mrun_numprocs" != ""  ]]  &&  numprocs=$mrun_numprocs
980 [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  maximum_parallel_io_streams=$max_par_io_str
981 [[ "$mrun_tasks_per_node" != "" ]]  &&  tasks_per_node=$mrun_tasks_per_node
982
983
984    # ON THE LOCAL MACHINE, DETERMINE (FROM THE CONFIGURATION-FILE) THE PATH
985    # FOR SOURCE-FILES TO BE COMPILED.
986    # IN A BATCH-JOB, SOURCES (ROUTINES TO BE COMPILED) ARE COMPLETE ALREADY.
987    # BEFORE MRUN IS CALLED IN THE JOB, SOURCES_COMPLETE = true IS ASSIGNED (SEE FURTHER BELOW).
988 if [[ "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
989 then
990
991       # FIRST CHECK, IF A GLOBAL SOURCE PATH (TO BE USED FOR ALL HOSTS)
992       # HAS BEEN DEFINED
993    source_path=""
994    line=""
995    grep "%source_path" $config_file  >  tmp_mrun
996    while read line
997    do
998       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
999       then
1000          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -f3)" = "" ]]
1001          then
1002             global_source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
1003          fi
1004       fi
1005    done  <  tmp_mrun
1006
1007    line=""
1008    found=false
1009    grep  " $localhost" $config_file | grep "%source_path"  >  tmp_mrun
1010    while read line
1011    do
1012       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
1013       then
1014          if [[ $found = true ]]
1015          then
1016             printf "\n\n  +++ more than one source path found in configuration file"
1017             printf "\n      for local host \"$localhost\" "
1018             locat=source_path; exit
1019          fi
1020          source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
1021          found=true
1022       fi
1023    done  <  tmp_mrun
1024    rm  tmp_mrun
1025
1026    if [[ "$source_path" = "" ]]
1027    then
1028       if [[ "$global_source_path" != "" ]]
1029       then
1030          source_path=$global_source_path
1031       else
1032          printf "\n\n  +++ no source path found in configuration file"
1033          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
1034          locat=source_path; exit
1035       fi
1036    fi
1037    eval source_path=$source_path
1038
1039    if [[ ! -d $source_path ]]
1040    then
1041       printf "\n\n  +++ source path \"$source_path\" on local host"
1042       printf "\n      \"$localhost\" does not exist"
1043       locat=source_path; exit
1044    fi
1045
1046 fi
1047
1048
1049    # GET THE GLOBAL REVISION-NUMBER OF THE SVN-REPOSITORY
1050    # (HANDED OVER TO RESTART-RUNS USING OPTION -G)
1051 if [[ "$global_revision" = ""  &&  $host != "ibmkisti" ]]
1052 then
1053    global_revision=`svnversion $source_path  2>/dev/null`
1054    global_revision="Rev: $global_revision"
1055 fi
1056
1057
1058    # ??? das darf doch eigentlich garnicht passieren, weil optionen config-datei uebersteuern ???
1059    # CHECK AGAIN, IF EXECUTION SHALL BE DONE ON A REMOTE-HOST (BATCH-JOB).
1060    # (HOST MAY HAVE CHANGED DUE TO SETTINGS IN THE CONFIGURATION-FILE)
1061 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
1062 then
1063    do_batch=true
1064    do_remote=true
1065    case  $host  in
1066        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|lcbullhh|lccrayb|lccrayh|lccrayf|lceddy|lckyoto|lcocean|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb)  true;;
1067        (*)  printf "\n"
1068             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
1069             printf "\n      is not available"
1070             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
1071    esac
1072 else
1073    host=$localhost
1074 fi
1075
1076
1077
1078    # IN CASE OF PARALLEL EXECUTION, CHECK SOME SPECIFICATIONS CONCERNING PROCESSOR NUMBERS
1079 if [[ "$cond1" = parallel  ||  "$cond2" = parallel ]]
1080 then
1081
1082       # CHECK, IF NUMBER OF CORES TO BE USED HAS BEEN GIVEN
1083    if [[ ! -n $numprocs ]]
1084    then
1085       printf "\n"
1086       printf "\n  +++ option \"-K parallel\" requires additional specification"
1087       printf "\n      of the number of processors to be used by"
1088       printf "\n      mrun-option \"-X\" or by environment-variable"
1089       printf "\n      \"numprocs\" in the configuration file"
1090       locat=numprocs; (( iec = 0 )); exit 
1091    fi
1092
1093       # CHECK, IF THE NUMBER OF CORES PER NODE HAS BEEN GIVEN UND IF IT IS AN
1094       # INTEGRAL DIVISOR OF THE TOTAL NUMBER OF CORES GIVEN BY OPTION -X
1095    if [[ "$tasks_per_node" = ""  &&  $host != lcxt5m ]]
1096    then
1097       printf "\n"
1098       printf "\n  +++ option \"-T\" (tasks per node) is missing"
1099       printf "\n      set -T option or define tasks_per_node in the config file"
1100       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1101    fi
1102
1103    if (( numprocs < tasks_per_node ))
1104    then
1105       printf "\n"
1106       printf "\n  +++ tasks per node (-T) cannot exceed total number of processors (-X)"
1107       printf "\n      given values: -T $tasks_per_node  -X $numprocs"
1108       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1109    fi
1110
1111    if [[ $host != lcxt5m ]]
1112    then
1113       (( nodes = numprocs / ( tasks_per_node * threads_per_task ) ))
1114       (( ival = $tasks_per_node ))
1115       (( pes = numprocs ))
1116       (( ii = pes / ival ))
1117       (( remaining_pes =  pes - ii * ival ))
1118       if (( remaining_pes > 0 ))
1119       then
1120          printf "\n"
1121          printf "\n  +++ WARNING: tasks per node (option \"-T\") is not an integral"
1122          printf "\n      divisor of the total number of processors (option \"-X\")"
1123          printf "\n      values of this mrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $numprocs\""
1124          printf "\n      One of the nodes is filled with $remaining_pes instead of $tasks_per_node tasks"
1125          (( nodes = nodes + 1 ))
1126       fi
1127    fi
1128
1129
1130       # SETTINGS FOR SUBJOB-COMMAND
1131    OOPT="-O $threads_per_task"
1132
1133       # SET THE TOTAL NUMBER OF NODES, REQUIRED FOR THE SUBJOB-COMMAND (SEE FURTHER BELOW)
1134    if [[ "$tasks_per_node" != "" ]]
1135    then
1136       TOPT="-T $tasks_per_node"
1137    fi
1138
1139       # CHECK node_usage FOR ALLOWED VALUES AND SET DEFAULT VALUE, IF NECESSARY
1140    if [[ $node_usage = default ]]
1141    then
1142       if [[ $host = ibms ]]
1143       then
1144          node_usage=shared
1145       else
1146          node_usage=not_shared
1147       fi
1148    fi
1149
1150    if [[ $node_usage != shared  &&  $node_usage != not_shared  &&  $node_usage != singlejob  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla" ]]
1151    then
1152       printf "\n"
1153       printf "\n  +++ node usage (option \"-n\") is only allowed to be set"
1154       printf "\n      \"shared\" or \"not_shared\""
1155       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1156    fi
1157
1158 fi
1159
1160    # CHECK IF HOSTFILE EXISTS
1161 if [[ -n $hostfile ]]
1162 then
1163    if [[ ! -f $hostfile ]]
1164    then
1165       printf "\n"
1166       printf "\n  +++ hostfile \"$hostfile\" does not exist"
1167       locat=hostfile; exit
1168    fi
1169 fi
1170
1171
1172    # SET DEFAULT VALUE FOR THE MAXIMUM NUMBER OF PARALLEL IO STREAMS
1173 if [[ "$maximum_parallel_io_streams" = "" ]]
1174 then
1175    maximum_parallel_io_streams=$numprocs
1176 fi
1177
1178
1179    # SET PORT NUMBER OPTION FOR CALLS OF SSH/SCP, subjob AND batch_scp SCRIPTS
1180 if [[ "$scp_port" != "" ]]
1181 then
1182    PORTOPT="-P $scp_port"
1183    SSH_PORTOPT="-p $scp_port"
1184 fi
1185
1186
1187    # DETERMINE THE SSH-OPTION IN CASE THAT AN SSH-KEY IS EXPLICITLY GIVEN IN THE
1188    # CONFIG-FILE
1189 if [[ "$ssh_key" != "" ]]
1190 then
1191    ssh_key="-i $HOME/.ssh/$ssh_key"
1192 fi
1193
1194
1195    # SET DEFAULT-QUEUE, IF NOT GIVEN
1196 if [[ $queue = none ]]
1197 then
1198    case  $host  in
1199        (ibmh)       queue=cluster;;
1200        (ibmkisti)   queue=class.32plus;;
1201        (lcbullhh)   queue=compute;;
1202        (lccrayb)    queue=mpp1q;;
1203        (lccrayh)    queue=mpp1q;;
1204        (lckiaps)    queue=normal;;
1205        (lckyoto)    queue=ph;;
1206        (lckyuh)     queue=fx-single;;
1207        (lckyut)     queue=cx-single;;
1208        (lctit)      queue=S;;
1209        (unics)      queue=unics;;
1210    esac
1211 fi
1212
1213
1214    # GENERATE FULL FILENAMES OF INPUT-FILES, INCLUDING THEIR PATH
1215    # CHECK, IF INPUT-FILES EXIST, AND DETERMINE HIGHEST CYCLE NUMBER (IF CYCLES EXIST)
1216 (( i = 0 ))
1217 while (( i < iin ))
1218 do
1219    (( i = i + 1 ))
1220    (( maxcycle = 0 ))
1221
1222       # GENERATE PATH AND FULL FILE NAME (then-BRANCH: FIXED FULL NAME IS GIVEN, I.E. THE
1223       # FILE IDENTIFIER IS NOT PART OF THE FILENAME))
1224    if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1225    then
1226       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${endin[$i]}  # EVALUATE REMOTE-PATH ON THE REMOTE
1227                                                    # HOST ONLY
1228       eval filename=${pathin[$i]}/${endin[$i]}
1229    else
1230       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}  # EVALUATE REMOTE-PATH ON THE REMOTE
1231                                                             # HOST ONLY
1232       eval filename=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}
1233    fi
1234    eval pathname=${pathin[$i]}
1235
1236       # CHECK IF FILE EXISTS
1237    if ! ls $filename* 1>/dev/null 2>&1
1238    then
1239
1240          # FILES WITH ATTRIBUTE locopt ARE OPTIONAL. NO ABORT, IF THEY DO NOT EXIST.
1241       if [[ "${transin[$i]}" != "locopt" ]]
1242       then
1243          printf "\n\n  +++ INPUT-file: "
1244          if [[ "${extin[$i]}" = ""  ||  "${extin[$i]}" = " " ]]
1245          then
1246             printf "\n           $filename"
1247          else
1248             printf "\n           $filename.${extin[$i]}"
1249          fi
1250          printf "\n      does not exist\n"
1251          locat=input; exit
1252       else
1253          transin[$i]="unavailable"
1254       fi
1255    else
1256
1257          # DETERMINE THE FILE'S CYCLE NUMBER
1258       ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1259       ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1260       while  read zeile
1261       do
1262              # filename without path (i.e. after the last "/")
1263           basefilename=$(basename ${zeile})
1264
1265              # check if there is an extension
1266           extension=${basefilename##*.}
1267           if [[ "$extension" = "$extin[$i]" ]]
1268           then
1269              basefilename=${basefilename&.*}
1270           fi
1271
1272              # check for an existing cycle number
1273           cycle=${basefilename##*.}
1274           if [[ $cycle =~ ^-?[0-9]+$ ]]
1275           then
1276              (( icycle = $cycle ))
1277           else
1278              (( icycle = 0 ))
1279           fi
1280
1281           if (( icycle > maxcycle ))
1282           then
1283              (( maxcycle = icycle ))
1284           fi
1285
1286#          cycle=$(echo $zeile | cut -f2 -d".")
1287#          if [[ "$cycle" = "$zeile" ]]
1288#          then
1289#             (( icycle = 0 ))
1290#          elif [[ "$cycle" = "${extin[$i]}" ]]
1291#          then
1292#             (( icycle = 0 ))
1293#          else
1294#             (( icycle = $cycle ))
1295#          fi
1296#          if (( icycle > maxcycle ))
1297#          then
1298#             (( maxcycle = icycle ))
1299#          fi
1300       done <filelist
1301       rm filelist
1302
1303          # APPEND CYCLE NUMBER TO FILENAME
1304       if (( maxcycle > 0 ))
1305       then
1306          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1307          then
1308             filename=${filename}.$maxcycle.${extin[$i]}
1309          else
1310             filename=${filename}.$maxcycle
1311          fi
1312       else
1313          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1314          then
1315             filename=${filename}.${extin[$i]}
1316          fi
1317       fi
1318       
1319          # STORE FILENAME WITHOUT PATH BUT WITH CYCLE NUMBER,
1320          # IS LATER USED FOR TRANSFERRING FILES WIHIN THE JOB (SEE END OF FILE)
1321       absnamein[$i]=$filename
1322       if (( maxcycle > 0 ))
1323       then
1324          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1325          then
1326             frelin[$i]=${endin[$i]}.$maxcycle
1327          else
1328             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}.$maxcycle
1329          fi
1330       else
1331          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1332          then
1333             frelin[$i]=${endin[$i]}
1334          else
1335             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}
1336          fi
1337       fi
1338
1339    fi
1340 done
1341   
1342    # GENERATE FULL FILENAMES OF OUTPUT-FILES (WITHOUT $ OR ~),
1343    # CHECK, IF OUTPUT-FILES EXIST, AND DETERMINE HIGHEST CYCLE NUMBER (IF CYCLES EXIST),
1344    # OR, IN CASE THAT FILE DOES NOT EXIST, CHECK, IF IT CAN BE CREATED 
1345    # THESE ACTIONS ARE NOT CARRIED OUT, IF FILES SHALL BE TRASFERRED FROM THE REMOTE TO
1346    # THE LOCAL HOST (BECAUSE THEIR IS NO DIRECT ACCESS TO THE LOCAL DIRECTORIES FROM THE
1347    # REMOTE HOST)
1348 (( i = 0 ))
1349 while (( i < iout ))
1350 do
1351    (( i = i + 1 ))
1352    if [[ ! ( $fromhost != $localhost  &&  ( "${actionout[$i]}" = tr || "${actionout[$i]}" = tra || "${actionout[$i]}" = trpe ) ) ]]
1353    then
1354       if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
1355       then
1356          actionout[$i]=""
1357       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe ]]
1358       then
1359          actionout[$i]=pe
1360       elif [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
1361       then
1362          actionout[$i]=a
1363       fi
1364       (( maxcycle = 0 ))
1365       eval filename=${pathout[$i]}/${fname}${endout[$i]}
1366       eval catalogname=${pathout[$i]}
1367       if ! ls $filename* 1>/dev/null 2>&1
1368       then
1369     
1370             # IF OUTPUT-FILE DOES NOT EXIST CHECK, IF IT CAN BE CREATED
1371          if  cat /dev/null > $filename 
1372          then
1373             rm  $filename
1374          else
1375
1376                # CHECK, IF THE DIRECTORY WHERE FILE SHALL BE COPIED TO EXISTS
1377                # IF IT DOES NOT EXIST, TRY TO CREATE IT
1378             if [[ ! -d $catalogname ]]
1379             then
1380                if  mkdir -p  $catalogname
1381                then
1382                   printf "\n\n  *** directory:"
1383                   printf "\n           $catalogname"
1384                   printf "\n      was created\n"
1385                else
1386                   printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1387                   printf "\n           $filename"
1388                   printf "\n      cannot be created, because directory does not exist"
1389                   printf "\n      and cannot be created either"
1390                   printf "\n"
1391                   locat=output  ; exit
1392                fi 2>/dev/null
1393             else
1394                printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1395                printf "\n           $filename"
1396                printf "\n      cannot be created, although directory exists"
1397                printf "\n"
1398                locat=output  ; exit
1399             fi
1400          fi 2>/dev/null
1401       else
1402
1403             # DETERMINE THE CYCLE NUMBER
1404          ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1405          ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1406          while  read zeile
1407          do
1408
1409                # filename without path (i.e. after the last "/")
1410             basefilename=$(basename ${zeile})
1411
1412                # check if there is an extension
1413             extension=${basefilename##*.}
1414             if [[ "$extension" = "${extout[$i]}" ]]
1415             then
1416                basefilename=${basefilename%.*}
1417             fi
1418
1419                # check for an existing cycle number
1420             cycle=${basefilename##*.}
1421             if [[ $cycle =~ ^-?[0-9]+$ ]]
1422             then
1423                (( icycle = $cycle + 1 ))
1424             else
1425                (( icycle = 1 ))
1426             fi
1427
1428             if (( icycle > maxcycle ))
1429             then
1430                (( maxcycle = icycle ))
1431             fi
1432
1433          done <filelist
1434          rm filelist
1435       fi
1436
1437          # APPEND CYCLE NUMBER TO FILENAME AND CHECK, IF FILE CAN BE CREATED
1438          # IN CASE OF FILE-APPEND, FILE MUST BE APPENDED TO THE ONE WITH HIGHEST CYCLE NUMBER
1439       if [[ "${actionout[$i]}" != a ]]
1440       then
1441          if (( maxcycle > 0 ))
1442          then
1443             filename_tmp=${filename}.$maxcycle
1444             if  cat /dev/null > $filename_tmp 
1445             then
1446                rm  $filename_tmp
1447             else
1448                printf "\n  +++ OUTPUT-file:"
1449                printf "\n           $filename_tmp"
1450                printf "\n      cannot be created"
1451                locat=output  ; exit
1452             fi
1453          fi
1454       else
1455          (( maxcycle = maxcycle - 1 ))
1456       fi
1457       
1458       (( cycnum[$i] = maxcycle ))
1459       pathout[$i]=$filename
1460
1461    fi
1462 done
1463
1464
1465     # THE DVR-PACKAGE REQUIRES ITS OWN LIBRARY
1466 if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
1467 then
1468    if [[ "$dvr_inc" = "" ]]
1469    then
1470       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_inc\" given in configuration file"
1471       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1472       locat=dvr; exit
1473    fi
1474    if [[ "$dvr_lib" = "" ]]
1475    then
1476       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_lib\" given in configuration file"
1477       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1478       locat=dvr; exit
1479    fi
1480 fi
1481
1482
1483     # CHECK, WETHER A MAIN PROGRAM OR AN EXECUTABLE HAVE BEEN DECLARED.
1484     # EXECUTABLES DO NOT NEED TO BE COMPILED.
1485 if [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" = "" ]]
1486 then
1487    printf "\n  +++ neither main program nor executable defined"
1488    locat=source; exit
1489 elif [[ "$mainprog" != ""  &&  "$executable" != "" ]]
1490 then
1491    printf "\n  +++ main program as well as executable defined"
1492    locat=source; exit
1493 elif [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" != "" ]]
1494 then
1495    do_compile=false
1496 fi
1497
1498
1499    # CREATE SOURCE-DIRECTORY TO COLLECT ROUTINES TO BE COMPILED.
1500    # LATER THE MRUN-SCRIPT AND CONFIGURATION-FILE WILL ALSO BE COPIED TO THIS DIRECTORY.
1501 if [[ $restart_run != true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1502 then
1503    rm -rf  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1504    mkdir   SOURCES_FOR_RUN_$fname
1505 fi
1506
1507
1508    # COLLECT ALL ROUTINES TO BE COMPILED
1509    # THIS IS NOT REQUIRED WITHIN BATCH-JOBS, BECAUSE ROUTINES HAVE ALREADY BEEN COLLECTED
1510    # BY THE MRUN-CALL WHICH CREATED THE BATCH-JOB.
1511 if [[ $do_compile = true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1512 then
1513
1514    [[ "$source_list" = LM ]]  &&  source_list=LOCALLY_MODIFIED
1515
1516    if [[ "$source_list" = LOCALLY_MODIFIED ]]
1517    then
1518
1519          # DETERMINE MODIFIED FILES OF THE SVN WORKING COPY
1520       source_list=""
1521       cd  $source_path
1522
1523
1524          # CHECK, IF DIRECTORY IS UNDER SVN CONTROL
1525       if [[ ! -d .svn ]]
1526       then
1527          printf "\n\n  +++ source directory"
1528          printf "\n         \"$source_path\" "
1529          printf "\n         is not under control of \"subversion\"."
1530          printf "\n         Please do not use mrun-option \"-s LOCALLY_MODIFIED\"\n"
1531       fi
1532
1533
1534          # LIST ALL MODIFIED SOURCE CODE FILES
1535       Filenames=""
1536       svn status  >  tmp_mrun
1537       while  read line
1538       do
1539          firstc=`echo $line | cut -c1`
1540          if [[ $firstc = M  ||  $firstc = "?" ]]
1541          then
1542             Name=`echo "$line" | cut -c8-`
1543             extension=`echo $Name | cut -d. -f2`
1544             if [[ "$extension" = f90 || "$extension" = F90 || "$extension" = f || "$extension" = F || "$extension" = c ]]
1545             then
1546                Filenames="$Filenames "$Name
1547             fi
1548          fi
1549       done < tmp_mrun
1550
1551
1552          # COPY FILES TO SOURCES_FOR_RUN_...
1553       for  dateiname  in  $Filenames
1554       do
1555          cp  $dateiname  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1556          source_list=$source_list"$dateiname "
1557       done
1558
1559       cd -  > /dev/null
1560
1561
1562       # COPY FILES GIVEN BY OPTION -s TO DIRECTORY SOURCES_FOR_RUN_...
1563       # AUTOMATIC RESTART RUNS JUST ACCESS THE DIRECTORY CREATED BY THE INITIAL RUN
1564    elif [[ "$source_list" != ""  &&  $restart_run != true ]]
1565    then
1566
1567       cd  $source_path
1568
1569       for  filename  in  $source_list
1570       do
1571
1572             # SOURCE CODE FILE IS NOT ALLOWED TO INCLUDE PATH
1573          if [[ $(echo $filename | grep -c "/") != 0 ]]
1574          then
1575             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1576             printf "\n      must not contain (\"/\") "
1577             locat=source; exit
1578          fi
1579
1580          if [[ ! -f $filename ]]
1581          then
1582             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1583             printf "\n      does not exist"
1584             locat=source; exit
1585          else
1586             cp  $filename  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1587          fi
1588
1589       done
1590
1591       cd -  > /dev/null
1592
1593    fi
1594
1595
1596       # CHECK, IF A MAIN PROGRAM EXISTS AND IF IT IS PART OF THE LIST OF FILES
1597       # TO BE COMPILED. IF NOT, ADD IT TO THE LIST.
1598    if [[ $restart_run != true ]]
1599    then
1600
1601       if [[ ! -f "$source_path/$mainprog" ]]
1602       then
1603          printf "\n\n  +++ main program:  $mainprog"
1604          printf "\n      does not exist in source directory"
1605          printf "\n      \"$source_path\"\n"
1606          locat=source; exit
1607       else
1608          if [[ $(echo $source_list | grep -c $mainprog) = 0 ]]
1609          then
1610             cp  $source_path/$mainprog  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1611             source_list=${mainprog}" $source_list"
1612          fi
1613       fi
1614    fi
1615
1616
1617       # CHECK, IF MAKEFILE EXISTS AND COPY IT TO THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY
1618       # NOT REQUIRED FOR RESTART RUNS, SOURCES_FOR_RUN... HAS BEEN CREATED BY THE INITIAL RUN
1619    if [[ "$restart_run" != true ]]
1620    then
1621       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
1622       if [[ ! -f $makefile ]]
1623       then
1624          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
1625          locat=make; exit
1626       else
1627          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
1628       fi
1629    fi
1630
1631
1632       # COPY FILES FROM OPTIONAL SOURCE PATH GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
1633    if [[ $restart_run != true  &&  "$add_source_path" != "" ]]
1634    then
1635
1636          # DOES THE DIRECTORY EXIST?
1637       if [[ ! -d $add_source_path ]]
1638       then
1639          printf "\n\n  *** INFORMATIVE: additional source code directory"
1640          printf "\n      \"$add_source_path\" "
1641          printf "\n      does not exist or is not a directory."
1642          printf "\n      No source code will be used from this directory!\n"
1643          add_source_path=""
1644          if [[ $silent == false ]]
1645          then
1646             sleep 3
1647          fi
1648       else
1649
1650          cd $add_source_path
1651          found=false
1652
1653          Names=$(ls -1 *.f90 2>&1)
1654          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$Names"
1655          Names=$(ls -1 *.F90 2>&1)
1656          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1657          Names=$(ls -1 *.F 2>&1)
1658          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1659          Names=$(ls -1 *.f 2>&1)
1660          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1661          Names=$(ls -1 *.c 2>&1)
1662          [[ $(echo $Names | grep -c '*.c') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1663
1664          cd -  > /dev/null
1665          cd  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1666
1667             # COPY MAKEFILE IF EXISTING
1668          if [[ -f $add_source_path/Makefile ]]
1669          then
1670             printf "\n\n  *** user Makefile from directory"
1671             printf "\n      \"$add_source_path\" is used \n"
1672             if [[ $silent == false ]]
1673             then
1674                sleep 1
1675             fi
1676             cp  $add_source_path/Makefile  .
1677          fi
1678
1679          for  dateiname  in  $AddFilenames
1680          do
1681             if [[ -f $dateiname ]]
1682             then
1683                printf "\n  +++ source code file \"$dateiname\" found in additional"
1684                printf "\n      source code directory \"$add_source_path\" "
1685                printf "\n      but was also given with option \"-s\" which means that it should be taken"
1686                printf "\n      from directory \"$source_path\"."
1687                locat=source; exit
1688             fi
1689
1690             cp  $add_source_path/$dateiname  .
1691             source_list="$source_list $dateiname"
1692
1693                # CHECK IF FILE IS CONTAINED IN MAKEFILE
1694             if [[ $(grep -c $dateiname Makefile) = 0 ]]
1695             then
1696                printf "\n\n  +++ user file \"$dateiname\" "
1697                printf "\n      is not listed in Makefile \n"
1698                locat=source; exit
1699             else
1700
1701                if [[ $found = false ]]
1702                then
1703                   found=true
1704                   printf "\n\n  *** following user file(s) added to the"
1705                   printf " files to be translated:\n      "
1706                fi
1707                printf "$dateiname  "
1708                if [[ $silent == false ]]
1709                then
1710                   sleep 0.5
1711                fi
1712
1713             fi
1714          done
1715          [[ $found = true ]]  &&  printf "\n"
1716          cd -  > /dev/null
1717       fi
1718    fi
1719
1720
1721       # ADD ALL ROUTINES BELONGING TO SOFTWARE PACKAGES (GIVEN BY OPTION -p)
1722       # TO THE LIST OF FILES TO BE COMPILED
1723    if [[ $restart_run != true  &&  -n $package_list ]]
1724    then
1725
1726       cd  $source_path
1727
1728       for  package  in  $package_list
1729       do
1730
1731          [[ $package = "dvrp_graphics+1PE" ]]  &&  package=dvrp_graphics
1732
1733             # DETERMINE FILES BELONGING TO THE PACKAGE
1734             # ERROR MESSAGE ARE REDIRECTED TO /dev/null, BECAUSE WILDCARD (*) ALSO GIVES
1735             # THE NAME OF THE DIRECTORY
1736          package_source_list=`grep "defined( __$package " * 2>/dev/null | cut -f1 -d:`
1737
1738
1739             # ADD THESE FILES TO THE LIST OF FILES TO BE COMPILED,
1740             # IF THEY ARE NOT ALREADY PART OF THE LIST
1741          for  source_list_name  in  $package_source_list
1742          do
1743             if [[ $(echo $source_list | grep -c $source_list_name) = 0 ]]
1744             then
1745
1746                    # ONLY TAKE FILES WITH VALID SUFFIX
1747                ending=`echo $source_list_name | cut -f2 -d.`
1748                if [[ "$ending" = f90  ||  "$ending" = F90  ||  "$ending" = f  ||  "$ending" = F  ||  "$ending" = c ]]
1749                then
1750                   cp  $source_list_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1751                   source_list="$source_list $source_list_name"
1752                fi
1753             fi
1754          done
1755       done
1756
1757       cd -  > /dev/null
1758    fi
1759
1760 fi  # do_compile=true
1761
1762
1763    # IF SOURCE CODE IS TO BE COMPILED, DO SOME MORE CHECKS
1764    # AND SET PRE-PROCESSOR DIRECTIVES
1765 if [[ $do_compile = true  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
1766 then
1767
1768       # SET PREPROCESSOR-DIRECTIVES TO SELECT OPERATING SYSTEM SPECIFIC CODE
1769    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1770    then
1771       cpp_options="${cpp_options},-D__ibm=__ibm"
1772    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = nec ]]
1773    then
1774       cpp_options="$cpp_options -D__nec"
1775    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-2) = lc ]]
1776    then
1777       cpp_options="$cpp_options -D__lc"
1778    else
1779       cpp_options="$cpp_options -D__$localhost"
1780    fi
1781
1782       # SET DIRECTIVES GIVEN BY OPTION -K (E.G. parallel)
1783    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1784    then
1785       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond1=__$cond1"
1786       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond2=__$cond2"
1787    else
1788       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond1"
1789       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond2"
1790    fi
1791
1792       # SET DIRECTIVES FOR ACTIVATING SOFTWARE-PACKAGES (OPTION -p)
1793    if [[ -n $package_list ]]
1794    then
1795       for  package  in  $package_list
1796       do
1797          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1798          then
1799             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1800             then
1801                cpp_options="${cpp_options},-D__$package=__$package"
1802             else
1803                cpp_options="${cpp_options},-D__dvrp_graphics=__dvrp_graphics"
1804                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1805             fi
1806          else
1807             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1808             then
1809                cpp_options="$cpp_options -D__$package"
1810             else
1811                cpp_options="$cpp_options -D__dvrp_graphics"
1812                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1813             fi
1814          fi
1815       done
1816    fi
1817
1818       # SET DIRECTIVES GIVEN BY OPTION -D
1819    if [[ -n $cpp_opts ]]
1820    then
1821       for  popts  in  $cpp_opts
1822       do
1823          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1824          then
1825             cpp_options="${cpp_options},-D__$popts=__$popts"
1826          else
1827             cpp_options="$cpp_options -D__$popts"
1828          fi
1829       done
1830    fi
1831
1832 else
1833
1834
1835       # FOR LOCAL RUNS CHECK AGAIN, IF EXECUTABLE EXISTS
1836    if [[ $do_remote = false ]]
1837    then
1838       if [[ ! -f $executable ]]
1839       then
1840          printf "\n  +++ executable file:  $executable"
1841          printf "\n      does not exist"
1842          locat=executable; exit
1843       fi
1844    fi
1845 fi
1846
1847
1848    # DETERMINE THE JOB MODE
1849 if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1850 then
1851    if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
1852    then
1853       batch_job=.TRUE.
1854       jobmo=BATCH
1855    else
1856       batch_job=.FALSE.
1857       jobmo=INTERACTIVE
1858    fi 
1859 else
1860    if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH  ||  "$PJM_ENVIRONMENT" = BATCH ]]
1861    then
1862       batch_job=.TRUE.
1863       jobmo=BATCH
1864    else
1865       batch_job=.FALSE.
1866       jobmo=INTERACTIVE
1867    fi
1868 fi
1869
1870    # NO INTERACTIVE RUNS ALLOWED ON LCTIT
1871 if [[ $host = lctit  &&  $jobmo = INTERACTIVE  &&  $do_batch = false ]]
1872 then
1873    printf "\n  +++ no interactive runs allowed on host \"$host\" "
1874    printf "\n      please submit batch job using mrun option \"-b\" \n"
1875    locat=normal; exit
1876 fi
1877
1878
1879    # CHECK, IF USER DEFINED A COMPILER
1880 if [[ "$compiler_name" = "" ]]
1881 then
1882
1883    printf "\n  +++ no compiler specified for \"$host $cond1 $cond2\""
1884    locat=compiler_name; exit
1885
1886 fi
1887
1888
1889    # DETERMINE THE NAME OF MRUN'S TEMPORARY WORKING DIRECTORY
1890
1891    # ON HLRN-III, USE THE QUEUING NAME. OTHERWISE USE USERNAME AND RANDOM NUMBER
1892 if [[ $do_batch = false && $(echo $host | cut -c1-6) = lccray ]]
1893 then
1894    kennung=$(checkjob $PBS_JOBID | grep Reservation | cut -d" " -s -f2 | cut -d"." -s -f2 | sed "s/['\"]//g")
1895    if [[ "$kennung" = "" ]]
1896    then
1897       kennung=$RANDOM
1898    fi
1899 else
1900    kennung=$RANDOM
1901 fi
1902
1903 if [[ "$tmp_user_catalog" = "" ]]
1904 then
1905    if [[ $localhost = ibmh ]]
1906    then
1907       tmp_user_catalog=$SCRATCH
1908    else
1909       tmp_user_catalog=/tmp
1910    fi
1911 fi
1912 TEMPDIR=$tmp_user_catalog/${usern}.$kennung
1913
1914
1915    # DETERMINE THE NAME OF THE DIRECTORY WHICH IS USED TO TEMPORARILY STORE DATA FOR RESTART RUNS
1916 if [[ "$tmp_data_catalog" = "" ]]
1917 then
1918    tmp_data_catalog=/tmp/mrun_restart_data
1919 fi
1920
1921
1922    # IN CASE OF LOCAL RUNS REPLACE ENVIRONMENT VARIABLES BY THEIR VALUES
1923 if [[ $do_remote = false  &&  $do_compile = true  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
1924 then
1925    eval  fopts=\"$fopts\"
1926    eval  lopts=\"$lopts\"
1927 fi
1928
1929
1930    # DETERMINE COMPILE- AND LINK-OPTIONS
1931 fopts="$fopts $netcdf_inc $fftw_inc $dvr_inc"
1932 lopts="$lopts $netcdf_lib $fftw_lib $dvr_lib"
1933 XOPT="-X $numprocs"
1934
1935
1936    # CHECK THE CPU-LIMIT. IT MUST BE GIVEN FOR BATCH-JOBS AND IS COMMUNICATED TO THE
1937    # EXECUTABLE VIA NAMELIST-PARAMETER cputime
1938 done=false
1939 while [[ $done = false ]]
1940 do
1941    cputime=$cpumax
1942    if (( $cputime == 0 ))
1943    then
1944       if [[ $do_batch = true ]]
1945       then
1946          printf "\n  +++ cpu-time is undefined"
1947          printf "\n  >>> Please type CPU-time in seconds as INTEGER:"
1948          printf "\n  >>> "
1949          read  cputime  1>/dev/null  2>&1
1950       else
1951          cputime=10000000   # NO CPU LIMIT FOR INTERACTIVE RUNS
1952       fi
1953    else
1954       done=true
1955    fi
1956    cpumax=$cputime
1957 done
1958
1959 (( minuten = cputime / 60 ))
1960 (( sekunden = cputime - minuten * 60 ))
1961
1962
1963    # CHECK THE MEMORY DEMAND
1964 if [[ $do_batch = true ]]
1965 then
1966    done=false
1967    while [[ $done = false ]]
1968    do
1969       if (( memory == 0 ))
1970       then
1971          printf "\n  +++ memory demand is undefined"
1972          printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
1973          printf "\n  >>> "
1974          read  memory  1>/dev/null  2>&1
1975       else
1976          done=true
1977       fi
1978    done
1979 fi
1980
1981
1982    # IN CASE OF REMOTE-JOBS CHECK, IF A USERNAME FOR THE REMOTE HOST IS GIVEN
1983 if [[ $do_remote = true  &&  -z $remote_username ]]
1984 then
1985    while [[ -z $remote_username ]]
1986    do
1987       printf "\n  +++ username on remote host \"$host\" is undefined"
1988       printf "\n  >>> Please type username:"
1989       printf "\n  >>> "
1990       read  remote_username
1991    done
1992    mc="$mc -u$remote_username"
1993 fi
1994
1995    # CHECK FOR INITIAL COMMANDS AFTER LOGIN
1996 if [[ "$login_init_cmd" != "" ]]
1997 then
1998    export init_cmds="${login_init_cmd};"
1999 fi
2000
2001
2002    # SET THE MODULE-LOAD COMMAD AND EXPORT IT FOR subjob
2003 if [[ "$modules" != "" ]]
2004 then
2005    if [[ $host = lctit ]]
2006    then
2007       export module_calls=". $modules"
2008    else
2009       export module_calls="module load ${modules};"
2010    fi
2011 fi
2012
2013    # OUTPUT OF THE MRUN-HEADER
2014 calltime=$(date)
2015 printf "\n"
2016 printf "#------------------------------------------------------------------------# \n"
2017 printf "| %-35s%35s | \n" "$version" "$calltime"
2018 printf "|                                                                        | \n"
2019 spalte1="called on:"; spalte2=$localhost_realname
2020 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2021 if [[ $do_remote = true ]]
2022 then
2023    spalte1="execution on:"; spalte2="$host (username: $remote_username)"
2024 else
2025    spalte1="execution on:"; spalte2="$host ($localhost_realname)"
2026 fi
2027 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2028 if [[ -n $numprocs ]]
2029 then
2030    if [[ $run_coupled_model = false ]]
2031    then
2032       spalte1="number of PEs:"; spalte2=$numprocs
2033    else
2034       spalte1="number of PEs:"; spalte2="$numprocs  (atmosphere: $numprocs_atmos, ocean: $numprocs_ocean)"
2035    fi
2036    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2037 fi
2038 if [[ -n $tasks_per_node ]]
2039 then
2040    spalte1="tasks per node:"; spalte2="$tasks_per_node (number of nodes: $nodes)"
2041    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2042    if (( remaining_pes > 0 ))
2043    then
2044       spalte1=" "; spalte2="one of the nodes only filled with $remaining_pes tasks"
2045       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2046    fi
2047 fi
2048 if [[ $maximum_parallel_io_streams != $numprocs ]]
2049 then
2050    spalte1="max par io streams:"; spalte2="$maximum_parallel_io_streams"
2051    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2052 fi
2053 if [[ $use_openmp = true ]]
2054 then
2055    spalte1="threads per task:"; spalte2="$threads_per_task"
2056    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2057 fi
2058 printf "|                                                                        | \n"
2059 if [[ $do_compile = true ]]
2060 then
2061    if [[ "$mopts" != "" ]]
2062    then
2063       spalte1="make options:"; spalte2=$(echo "$mopts" | cut -c-45)
2064       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2065       zeile=$(echo "$mopts" | cut -c46-)
2066       while [[ "$zeile" != "" ]]
2067       do
2068          spalte1=""
2069          spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2070          printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2071          zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2072       done
2073    fi
2074
2075    spalte1="cpp directives:"; spalte2=$(echo "$cpp_options" | cut -c-45)
2076    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2077    zeile=$(echo "$cpp_options" | cut -c46-)
2078    while [[ "$zeile" != "" ]]
2079    do
2080       spalte1=""
2081       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2082       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2083       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2084    done
2085
2086    spalte1="compiler options:"; spalte2=$(echo "$fopts" | cut -c-45)
2087    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2088    zeile=$(echo "$fopts" | cut -c46-)
2089    while [[ "$zeile" != "" ]]
2090    do
2091       spalte1=""
2092       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2093       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2094       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2095    done
2096
2097    spalte1="linker options:"; spalte2=$(echo "$lopts" | cut -c-45)
2098    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2099    zeile=$(echo "$lopts" | cut -c46-)
2100    while [[ "$zeile" != "" ]]
2101    do
2102       spalte1=""
2103       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2104       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2105       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2106    done
2107
2108    spalte1="modules to be load:"; spalte2=$(echo "$modules" | cut -c-45)
2109    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2110    zeile=$(echo "$modules" | cut -c46-)
2111    while [[ "$zeile" != "" ]]
2112    do
2113       spalte1=""
2114       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2115       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2116       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2117    done
2118
2119    spalte1="main program:"; spalte2=$mainprog
2120    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2121 else
2122    spalte1=executable:; spalte2=$executable
2123    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2124 fi
2125 printf "|                                                                        | \n"
2126 spalte1="base name of files:"; spalte2=$fname
2127 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2128 if [[ $fname != $afname ]]
2129 then
2130    spalte1="base name of input files:"; spalte2=$afname
2131    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2132 fi
2133 spalte1="INPUT control list:"; spalte2=$(echo $input_list)
2134 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2135 spalte1="OUTPUT control list:"; spalte2=$(echo $output_list)
2136 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2137
2138 if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
2139 then
2140    printf "| %-35s%-35s | \n" "suffix \"_O\" is added to local files" " "
2141 fi
2142
2143 if [[ $do_batch = true  ||  "$LOADLBATCH" = yes ]]
2144 then
2145    spalte1="memory demand / PE":; spalte2="$memory MB"
2146    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2147    spalte1=CPU-time:; spalte2="$minuten:$sekunden"
2148    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2149 fi
2150
2151 if [[ $do_compile = true ]]
2152 then
2153    printf "|                                                                        | \n"
2154    printf "| Files to be compiled:                                                  | \n"
2155    zeile=$source_list
2156    while [[ "$zeile" != "" ]]
2157    do
2158       linestart=$(echo $zeile | cut -c-70)
2159       printf "| %-70s | \n" "$linestart"
2160       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c71-)
2161    done
2162 fi
2163 printf "#------------------------------------------------------------------------#"
2164
2165
2166
2167    # OUTPUT OF FILE CONNECTIONS IN CASE OF TRACEBACK
2168 if [[ $do_trace = true ]]
2169 then
2170    (( i = 0 ))
2171    while (( i < iin ))
2172    do
2173       (( i = i + 1 ))
2174       if (( i == 1 ))
2175       then
2176          printf "\n\n >>> INPUT-file assignments:\n"
2177       fi
2178       printf "\n     ${localin[$i]} :  ${absnamein[$i]}"
2179    done
2180    (( i = 0 ))
2181    while (( i < iout ))
2182    do
2183       (( i = i + 1 ))
2184       if (( i == 1 ))
2185       then
2186          printf "\n\n >>> OUTPUT-file assignments:\n"
2187       fi
2188       printf "\n     ${localout[$i]} :  ${pathout[$i]}"
2189    done
2190    (( i = 0 ))
2191    while (( i < iic ))
2192    do
2193       (( i = i + 1 ))
2194       if (( i == 1 ))
2195       then
2196          printf "\n\n >>> INPUT-commands:\n"
2197       fi
2198       printf "\n     ${in_command[$i]}" 
2199    done
2200    (( i = 0 ))
2201    while (( i < ioc ))
2202    do
2203       (( i = i + 1 ))
2204       if (( i == 1 ))
2205       then
2206          printf "\n\n >>> OUTPUT-commands:\n"
2207       fi
2208       printf "\n     ${out_command[$i]}" 
2209    done
2210 fi
2211
2212    # QUERY FOR CONTINUE (ON LOCAL MACHINES ONLY)
2213 if [[ $remotecall = false  &&  $silent = false  &&  $jobmo != BATCH ]]
2214 then
2215    antwort=dummy
2216    printf "\n\n"
2217    printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2218    while  read antwort
2219    do
2220       if [[ "$antwort" != y  &&  "$antwort" != Y  &&  "$antwort" != n  &&  "$antwort" != N ]]
2221       then
2222          printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2223       else
2224          break
2225       fi
2226    done
2227    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
2228    then
2229       locat=user_abort; (( iec = 0 )); exit
2230    fi
2231    if [[ $do_batch = true ]]
2232    then
2233       printf " >>> batch-job will be created and submitted"
2234    else
2235       printf " >>> MRUN will now continue to execute on this machine"
2236    fi
2237 fi
2238
2239 
2240    # DETERMINE PATH FOR MAKE DEPOSITORY
2241 if [[ $do_batch = false  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
2242 then
2243
2244    line=""
2245    grep "%depository_path" $config_file  >  tmp_mrun
2246    while read line
2247    do
2248       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2249       then
2250          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f3)" = "" ]]
2251          then
2252             global_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2253          fi
2254       fi
2255    done < tmp_mrun
2256
2257    line=""
2258    grep  " $localhost" $config_file | grep "%depository_path"  >  tmp_mrun
2259    while read line
2260    do
2261       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2262       then
2263          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f4)" = "$cond1"  &&  "$(echo $line | cut -d" " -s -f5)" = "$cond2" ]]
2264          then
2265             local_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2266          fi
2267       fi
2268    done < tmp_mrun
2269
2270    if [[ "$local_depository_path" = "" ]]
2271    then
2272       if [[ "$global_depository_path" != "" ]]
2273       then
2274          local_depository_path=$global_depository_path
2275       else
2276          printf "\n\n  +++ no depository path found in configuration file"
2277          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
2278          printf "\n      please set \"\%depository_path\" in configuration file\n"
2279          locat=config_file; exit
2280       fi
2281    fi
2282    eval local_depository_path=$local_depository_path
2283    [[ "$cond1" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond1
2284    [[ "$cond2" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond2
2285
2286
2287    basename=`echo $mainprog | cut -f1 -d"."`
2288    eval make_depository=${local_depository_path}/${basename}_current_version.tar
2289    if [[ ! -f $make_depository ]]
2290    then
2291       printf "\n"
2292       printf "\n  *** WARNING: make depository \"$make_depository\" not found"
2293       printf "\n               \"make\" will fail, if the Makefile or other source files are missing\n"
2294    fi
2295
2296 fi
2297
2298
2299    # NOW PERFORM THOSE ACTIONS REQUIRED TO EXECUTE THE PROGRAM (PALM) ON THIS MACHINE
2300    # (COMPILING/LINKING, EXECUTING, COPYING I/O FILES)
2301 if [[ $do_batch = false ]]
2302 then
2303
2304
2305       # CREATE THE TEMPORARY WORKING DIRECTORY
2306    mkdir -p  $TEMPDIR
2307    chmod  go+rx  $TEMPDIR
2308    tmpcreate=true
2309
2310
2311       # COPY EITHER THE COMPLETE SOURCE CODE FILES TO BE COMPILED OR THE EXECUTABLE
2312       # INTO THE TEMPORARY WORKING DIRECTORY
2313    if [[ $do_compile = true ]]
2314    then
2315
2316       TEMPDIR_COMPILE=$TEMPDIR
2317
2318       cp  $make_depository  $TEMPDIR_COMPILE
2319       cd  $TEMPDIR_COMPILE
2320       tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
2321       cd -  > /dev/null
2322
2323          # DUE TO UNKNOWN REASONS, COPY WITH cp COMMAND CREATES CORRUPT
2324          # FILES ON CRAY XC30 SYSTEMS (HLRN III), rsync IS USED INSTEAD
2325       if [[ $(echo $host | cut -c1-6) = lccray ]]
2326       then
2327          rsync -av -t  SOURCES_FOR_RUN_$fname/*  $TEMPDIR_COMPILE  >  /dev/null
2328       else
2329          cp  SOURCES_FOR_RUN_$fname/*  $TEMPDIR_COMPILE  >  /dev/null
2330       fi
2331
2332    else
2333
2334       cp  $executable   ${TEMPDIR}/a.out
2335
2336    fi
2337
2338
2339       # CHANGE TO THE TEMPORARY WORKING DIRECTORY
2340    cd  $TEMPDIR
2341    printf "\n  *** changed to temporary directory: $TEMPDIR"
2342
2343
2344       # IF REQUIRED, START WITH COMPILING
2345    if [[ $do_compile = true ]]
2346    then
2347
2348
2349       if [[ -f a.out ]]
2350       then
2351
2352             # EXECUTABLE WAS CREATED DURING INTERACTIVE CALL OF MRUN
2353          printf "\n\n\n  *** executable a.out found"
2354          printf "\n      no compilation required \n"
2355
2356       else
2357
2358             # COMPILING WITH MAKE (ON NEC COMPILER IS CALLED ON HOST CROSS)
2359          printf "\n\n\n  *** compilation starts \n$dashes\n"
2360          printf "  *** compilation with make using following options:\n"
2361          printf "      make depository:          $make_depository"
2362          if [[ "$mopts" != "" ]]
2363          then
2364             printf "      make options:             $mopts\n"
2365          fi
2366          printf "      compilername:             $compiler_name\n"
2367          printf "      compiler options:         $fopts\n"
2368          printf "      preprocessor directives:  $cpp_options \n"
2369          printf "      linker options:           $lopts \n"
2370          if [[ "$modules" != "" ]]
2371          then
2372             printf "      modules to be load:       $modules \n"
2373          fi
2374          printf "      source code files:        $source_list \n"
2375
2376          if [[ $localhost = ibmh ]]
2377          then
2378             printf "      compiler is called via ssh on \"plogin1\" \n"
2379             ssh  $SSH_PORTOPT  plogin1  -l $usern  "$init_cmds export PATH=/sw/ibm/xlf/13.1.0.8/usr/bin:$PATH; $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2380             [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2381             continue   # STATUS=1, IF a.out EXISTS
2382          elif [[ $localhost = lcocean ]]
2383          then 
2384             printf "      compiler is called via ssh on \"ocean\" \n"
2385             echo $PWD
2386             ssh  $SSH_PORTOPT  ocean  -l $usern  "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2387             [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2388            continue   # STATUS=1, IF a.out EXISTS
2389          elif [[ $localhost = lcbullhh  ||  $localhost = lccrayb  ||  $localhost = lccrayf ||  $localhost = lccrayh ]]
2390          then
2391             make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2392          elif [[ $localhost = lceddy ]]
2393          then
2394             which mpifc
2395             make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2396          else
2397             [[ "$init_cmds" != "" ]]  &&  eval $init_cmds
2398             [[ "$module_calls" != "" ]]  &&  eval $module_calls
2399             make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2400          fi
2401
2402          if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
2403          then
2404             printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
2405             locat=compile
2406
2407             exit
2408          else
2409             printf "$dashes\n  *** compilation finished \n"
2410          fi
2411
2412       fi
2413
2414    fi
2415
2416
2417       # PROVIDE THE INPUT FILES
2418       # LOOP OVER ALL ACTIVATED FILES (LISTED IN THE CONFIGURATION FILE)
2419    (( i = 0 ))
2420    while (( i < iin ))
2421    do
2422       (( i = i + 1 ))
2423       if (( i == 1 ))
2424       then
2425          printf "\n\n  *** providing INPUT-files:\n$dashes"
2426       fi
2427
2428
2429          # SKIP OPTIONAL FILES, IF THEY DO NOT EXIST
2430       if [[ "${transin[$i]}" = unavailable ]]
2431       then
2432          if [[ "${extin[$i]}" = ""  ||  "${extin[$i]}" = " " ]]
2433          then
2434             printf "\n  *** INFORMATIVE: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}\" "
2435             printf "\n                   is not available!"
2436          else
2437             printf "\n  *** INFORMATIVE: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}.${extin[$i]}\" "
2438             printf "\n                   is not available!"
2439          fi
2440          continue
2441       fi
2442
2443          # CHECK FOR SINGLE FILE (SERIAL RUN) OR DIRECTORY (ONE FILE PER CORE FOR PARELLEL EXECUTION)
2444       files_for_pes=false; datentyp=file
2445       if [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
2446       then
2447          files_for_pes=true; datentyp=files
2448          actionin[$i]=""
2449       elif [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
2450       then
2451          actionin[$i]=""
2452       elif [[ "${actionin[$i]}" = lnpe  &&  -n $numprocs ]]
2453       then
2454          files_for_pes=true; datentyp=files
2455          actionin[$i]="ln"
2456       elif [[ "${actionin[$i]}" = lnpe  &&  ! -n $numprocs ]]
2457       then
2458          actionin[$i]="ln"
2459       fi
2460
2461       if [[ $files_for_pes = true ]]
2462       then
2463          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}/....  to  ${localin[$i]}"
2464       else
2465          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}  to  ${localin[$i]}"
2466       fi
2467
2468          # INPUT-FILES TO BE LINKED
2469       if [[ "${actionin[$i]}" = ln ]]
2470       then
2471
2472          printf "\n      $datentyp will be linked"
2473          if [[ $files_for_pes = false ]]
2474          then
2475             if [[ -f "${absnamein[$i]}" ]]
2476             then
2477                ln  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
2478                got_tmp[$i]=true
2479             fi
2480          else
2481             if [[ -d "${absnamein[$i]}" ]]
2482             then
2483                mkdir  ${localin[$i]}
2484                cd ${absnamein[$i]}
2485                for file in $(ls *)
2486                do
2487                   ln $file $TEMPDIR/${localin[$i]}
2488                done >|/dev/null 2>&1
2489                cd $TEMPDIR
2490             fi
2491
2492                # IF "ln -f" HAS FAILED DO A NORMAL COPY "cp -r"
2493             if [[ ! -f "${localin[$i]}/_000000" ]]
2494             then
2495                printf "\n  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)"
2496                cp -r  ${absnamein[$i]}/*  ${localin[$i]}
2497             fi
2498
2499             got_tmp[$i]=true
2500          fi
2501       fi
2502
2503          # FILE IS STORED IN THE RESPECTIVE DIRECTORY GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
2504       if [[ "${actionin[$i]}" = ""  ||  "${actionin[$i]}" = "di"  ||  "${actionin[$i]}" = "npe" ]]
2505       then
2506
2507          if [[ "${actionin[$i]}" = "npe"  &&  -n $numprocs ]]
2508          then
2509
2510                # FILE COPIES ARE PROVIDED FOR ALL CORES
2511                # EACH FILE GETS A UNIQUE FILENAME WITH A FOUR DIGIT NUMBER
2512             printf "\n      file will be provided for $numprocs processors"
2513             mkdir  ${localin[$i]}
2514             ival=$numprocs
2515             (( ii = 0 ))
2516             while (( ii <= ival-1 ))
2517             do
2518                if (( ii < 10 ))
2519                then
2520                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_000$ii
2521                elif (( ii < 100 ))
2522                then
2523                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_00$ii
2524                elif (( ii < 1000 ))
2525                then
2526                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_0$ii
2527                else
2528                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_$ii
2529                fi
2530                (( ii = ii + 1 ))
2531             done
2532
2533          else
2534
2535             if [[ $files_for_pes = true ]]
2536             then
2537
2538                   # PROVIDE FILES FOR EACH CORE
2539                   # FIRST CREATE THE LOCAL DIRECTORY, THEN COPY FILES
2540                   # FROM THE PERMANENT DIRECTORY BY LINKING THEM TO THE LOCAL ONE
2541                printf "\n      providing $numprocs files for the respective processors"
2542                mkdir  ${localin[$i]}
2543                        if [[ $link_local_input = true ]]
2544                              then
2545                                 printf "      files will be linked\n"
2546                                 cd ${absnamein[$i]}
2547                                 for file in $(ls *)
2548                                 do
2549                                    ln -f $file  ${localin[$i]}
2550                                 done
2551                                 cd $TEMPDIR
2552                              fi
2553
2554                   # IF "ln -f" FAILED OR IF "$link_local_input = false" DO A NORMAL "cp -r"
2555                              if [[ ! -f "${localin[$i]}/_000000" ]]
2556                              then
2557                                 if [[ $link_local_input = true ]]
2558                                        then
2559                                        printf "\n  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)"
2560                                 fi
2561                                 cp -r  ${absnamein[$i]}/*  ${localin[$i]}
2562                              fi
2563
2564             else
2565
2566                   # PROVIDE FILE FOR RUNS ON A SINGLE CORE
2567                        if [[ $link_local_input = true ]]
2568                        then
2569                                 printf "      file will be linked\n"
2570                                 ln -f  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
2571                        fi
2572                                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp"
2573                        if [[ ! -f "${localin[$i]}" ]]
2574                then
2575                                 if [[ $link_local_input = true ]]
2576                          then
2577                      printf "\n  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)"
2578                                 fi
2579                                 cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
2580                fi
2581             fi
2582          fi
2583       fi
2584
2585    done
2586    if (( i != 0 ))
2587    then
2588       printf "\n$dashes\n  *** all INPUT-files provided \n"
2589    fi
2590
2591
2592       # EXECUTE INPUT-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
2593    (( i = 0 ))
2594    while (( i < iic ))
2595    do
2596       (( i = i + 1 ))
2597       if (( i == 1 ))
2598       then
2599          printf "\n\n  *** execution of INPUT-commands:\n$dashes"
2600       fi
2601       printf "\n  >>> ${in_command[$i]}"
2602       eval  ${in_command[$i]}
2603       if (( i == iic ))
2604       then
2605          printf "\n$dashes\n"
2606       fi
2607    done
2608
2609
2610       # SET THE REMAINING CPU-TIME
2611    cpurest=${cpumax}.
2612
2613
2614       # START DVR STREAMING SERVER
2615    if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
2616    then
2617       if [[ "$dvr_server" != "" ]]
2618       then
2619
2620          printf "\n\n  *** preparing the dvr streaming server configuration file"
2621
2622             # CHECK, IF A DVR SERVER IS ALREADY RUNNING
2623          running_dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config | grep -v grep) | cut -d" " -f2`
2624          if [[ "$running_dvrserver_id" != "" ]]
2625          then
2626
2627             printf "\n\n  +++ WARNING: A dvr server with id=$running_dvrserver_id is already running!"
2628             printf "\n      This server is used instead starting a new one!"
2629             printf "\n      If required, script \"process_dvr_output\" has to be run manually."
2630
2631          else
2632
2633                # COPY CONFIGURATION FILE FOR STREAMING SERVER FROM REPOSITORY TO HERE
2634             if [[ -f ${PALM_BIN}/.dvrserver.config ]]
2635             then
2636                cp  ${PALM_BIN}/.dvrserver.config  .
2637
2638                   # ENTERING THE BASEDIR, UID AND GID INTO THIS FILE
2639                user_id=`id -u`
2640                group_id=`id -g`
2641
2642                   # "&" IS REQUIRED AS A SEPERATOR, BECAUSE TEMPDIR CONTAINS "/"
2643                sed "s&<replace by dvr data directory>&${TEMPDIR}&g" .dvrserver.config > .dvrserver.1
2644                sed "s/<replace by user id>/$user_id/g"    .dvrserver.1 > .dvrserver.2
2645                sed "s/<replace by group id>/$group_id/g"  .dvrserver.2 > .dvrserver.3
2646                mv  .dvrserver.3  .dvrserver.config
2647                rm  .dvrserver.1  .dvrserver.2
2648
2649                   # START DVR SERVER IN BACKGROUND, GET HIS ID AND PRINT ON TERMINAL
2650                $dvr_server  .dvrserver.config  >>  DVR_LOGFILE  2>&1  &
2651                dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config) | cut -d" " -f2`
2652                printf "\n  *** streaming server with id=$dvrserver_id is started in background"
2653                local_dvrserver_running=.TRUE.
2654             else
2655                printf "\n  +++ missing file \".dvrserver.config\" in directory:"
2656                printf "\n      \"$PALM_BIN\" "
2657                locat=dvr
2658                exit
2659             fi
2660
2661          fi
2662
2663       else
2664          printf "\n\n  --- INFORMATIVE: no dvr streaming server will be started"
2665       fi
2666    fi
2667
2668
2669       # CREATE THE NAMELIST-FILE WITH VALUES OF ENVIRONMENT-VARIABLES REQUIRED BY PALM
2670       # (FILE ENVPAR WILL BE READ BY PALM)
2671    cat  >  ENVPAR  <<  EOF
2672 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$localhost',
2673          write_binary = '$write_binary', tasks_per_node = $tasks_per_node,
2674          maximum_parallel_io_streams = $maximum_parallel_io_streams,
2675          maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
2676          revision = '$global_revision',
2677          local_dvrserver_running = $local_dvrserver_running,
2678          batch_job = $batch_job /
2679
2680EOF
2681
2682
2683       # STARTING THE EXECUTABLE
2684    printf "\n\n  *** execution starts in directory\n      \"`pwd`\"\n$dashes\n"
2685    PATH=$PATH:$TEMPDIR
2686
2687
2688    if [[ $execute_command != "none" ]]
2689    then
2690
2691        printf "\n  +++ branch still not realized"
2692        locat=execution
2693        exit
2694
2695    else
2696
2697          # MPI DEBUG OPTION (ARGUMENT CHECKING, SLOWS DOWN EXECUTION DUE TO INCREASED LATENCY)
2698       if [[ "$mpi_debug" = true ]]
2699       then
2700          export MPI_CHECK_ARGS=1
2701          printf "\n  +++ MPI_CHECK_ARGS=$MPI_CHECK_ARGS"
2702       fi
2703
2704       if [[ "$totalview" = true ]]
2705       then
2706          printf "\n *** totalview debugger will be used"
2707          tv_opt="-tv"
2708       else
2709          tv_opt=""
2710       fi
2711
2712       if [[ "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ]]
2713       then
2714
2715             #Interactive ALLINEA DEBUG seesion
2716          if [[ "$ENVIRONMENT" != BATCH ]]
2717          then
2718             if [[ $host = lccrayb || $host = lccrayh ]]
2719             then
2720                if [[ "$allinea" = true ]]
2721                then
2722                   echo "--- aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  < runfile_atmos"
2723
2724                   ddt  aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out
2725                   wait
2726                fi         
2727             fi
2728          fi
2729
2730          if [[ $localhost = ibmh ]]
2731          then
2732
2733                # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
2734             export MP_SHARED_MEMORY=yes
2735             export AIXTHREADS_SCOPE=S
2736             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
2737             export AUTHSTATE=files
2738             export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
2739
2740                # FOLLOWING OPTIONS ARE MANDATORY FOR TOTALVIEW
2741             export MP_ADAPTER_USE=shared
2742             export MP_CPU_USE=multiple
2743             export MP_TIMEOUT=1200
2744
2745             unset  MP_TASK_AFFINITY
2746
2747             if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
2748             then
2749                totalview   poe  a.out
2750             else
2751                echo totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1
2752                export TVDSVRLAUNCHCMD=ssh
2753                totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1
2754             fi
2755
2756          fi  # END DEBUG MODE
2757
2758       else
2759
2760             # NORMAL EXECUTION
2761          if [[ -n $numprocs ]]
2762          then
2763
2764                # RUNNING THE PROGRAM ON PARALLEL MACHINES
2765             if [[ $(echo $host | cut -c1-3) = ibm ]]
2766             then
2767
2768                   # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
2769                if [[ $host != ibmh  &&  $host != ibmkisti ]]
2770                then
2771                   export MP_SHARED_MEMORY=yes
2772                   export AIXTHREAD_SCOPE=S
2773                   export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
2774                   export XLSMPOPTS="spins=0:yields=0:stack=20000000"
2775                   export AUTHSTATE=files
2776                   export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
2777                   #  export MP_PRINTENV=yes
2778
2779                      # TUNING-VARIABLES TO IMPROVE COMMUNICATION SPEED
2780                      # DO NOT SHOW SIGNIFICANT EFFECTS (SEP 04, FEDERATION-SWITCH)
2781                   export MP_WAIT_MODE=poll
2782                   [[ $node_usage = not_shared ]]  &&  export MP_SINGLE_THREAD=yes
2783                fi
2784
2785                if [[ $host = ibmkisti ]]
2786                then
2787                   export LANG=en_US
2788                   export MP_SHARED_MEMORY=yes
2789                   if [[ $threads_per_task = 1 ]]
2790                   then
2791                      export MP_SINGLE_THREAD=yes
2792                      export MEMORY_AFFINITY=MCM
2793                   else
2794                      export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
2795                   fi
2796                fi
2797
2798                if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
2799                then
2800                   printf "\n--- Control: OMP_NUM_THREADS = \"$OMP_NUM_THREADS\" \n"
2801                   if [[ "$cond1" = hpmcount  ||  "$cond2" = hpmcount ]]
2802                   then
2803                      /opt/optibm/HPM_2_4_1/bin/hpmcount  a.out
2804                   else
2805                      if [[ $run_coupled_model = false ]]
2806                      then
2807                         if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
2808                         then
2809                            echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
2810                         else
2811                            echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
2812                         fi
2813                      else
2814                         (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
2815                         (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
2816                         printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
2817                         printf "\n      using $coupled_mode coupling"
2818                         printf "\n\n"
2819                         echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
2820                      fi
2821                      poe ./a.out  <  runfile_atmos
2822                   fi
2823                else
2824                   if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibms ]]
2825                   then
2826                      poe  a.out  -procs $numprocs  -nodes 1  -rmpool 0
2827                   elif [[ $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku ]]
2828                   then
2829                      if [[ -f $hostfile ]]
2830                      then
2831                         cp  $hostfile  hostfile
2832                      else
2833                         (( ii = 1 ))
2834                         while (( ii <= $numprocs ))
2835                         do
2836                            echo  $localhost_realname  >>  hostfile
2837                            (( ii = ii + 1 ))
2838                         done
2839                      fi
2840                      export MP_HOSTFILE=hostfile
2841                      if [[ $run_coupled_model = false ]]
2842                      then
2843                         if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
2844                         then
2845                            echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
2846                         else
2847                            echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
2848                         fi
2849                      else
2850                         (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
2851                         (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
2852                         printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
2853                         printf "\n      using $coupled_mode coupling"
2854                         printf "\n\n"
2855                         echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
2856                      fi
2857
2858                      poe  ./a.out  -procs $numprocs  <  runfile_atmos
2859
2860                   else
2861                      if [[ "$host_file" = "" ]]
2862                      then
2863                         printf "\n  +++ no hostfile given in configuration file"
2864                         locat=config_file
2865                         exit
2866                      else
2867                         eval host_file=$host_file
2868                      fi
2869                      export MP_HOSTFILE=$host_file
2870                      poe  a.out  -procs $numprocs  -tasks_per_node $numprocs
2871                   fi
2872                fi
2873
2874             elif [[ $(echo $host | cut -c1-2) = lc  &&  $host != lckyoto &&  $host != lctit ]]
2875             then
2876
2877                   # COPY HOSTFILE FROM SOURCE DIRECTORY OR CREATE IT, IF IT
2878                   # DOES NOT EXIST
2879                if [[  $host != lcbullhh  && $host != lccrayb  &&  $host != lccrayf  && $host != lccrayh  &&  $host != lckyuh  &&  $host != lckyut  &&  $host != lcocean &&  $host != lceddy ]]
2880                then
2881                   if [[ -f $hostfile ]]
2882                   then
2883                      cp  $hostfile  hostfile
2884                      (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
2885                      [[ $ii = 0 ]]  &&  (( ii = 1 ))
2886                   else
2887                      (( ii = 1 ))
2888                      while (( ii <= $numprocs / $threads_per_task ))
2889                      do
2890                         echo  $localhost_realname  >>  hostfile
2891                         (( ii = ii + 1 ))
2892                      done
2893                      if (( $numprocs / $threads_per_task == 0 ))
2894                      then
2895                         echo  $localhost_realname  >>  hostfile
2896                      fi
2897                   fi
2898                   eval zeile=\"`head -n $ii  hostfile`\"
2899                   printf "\n  *** running on: $zeile"
2900                fi
2901
2902                (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
2903                [[ $ii = 0 ]]  &&  (( ii = 1 ))
2904                export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
2905
2906                if [[ $threads_per_task != 1 ]]
2907                then
2908                      # INCREASE STACK SIZE TO UNLIMITED, BECAUSE OTHERWISE LARGE RUNS
2909                      # MAY ABORT
2910                   ulimit -s unlimited
2911                   printf "\n      threads per task: $threads_per_task  stacksize: unlimited"
2912                fi
2913                if [[ $run_coupled_model = false ]]
2914                then
2915                   if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
2916                   then
2917                      echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
2918                   else
2919                      echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
2920                   fi
2921                   printf "\n\n"
2922
2923                   if [[ $host = lccrayb || $host = lccrayh ]]
2924                   then
2925                       echo "--- aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  <  runfile_atmos"
2926                       aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  <  runfile_atmos
2927                   elif [[ $host = lcbullhh ]]
2928                   then
2929                      export OMPI_MCA_pml=cm
2930                      export OMPI_MCA_mtl=mxm
2931                      export OMPI_MCA_coll=^ghc
2932                      export OMPI_MCA_mtl_mxm_np=0
2933                      export MXM_RDMA_PORTS=mlx5_0:1
2934                      export MXM_LOG_LEVEL=ERROR
2935                      export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
2936                      export KMP_AFFINITY=verbose,granularity=core,compact,1
2937                      export KMP_STACKSIZE=64m
2938
2939                      srun  -n $ii --ntasks-per-node=$tasks_per_node ./a.out  <  runfile_atmos
2940
2941                   elif [[ $host = lccrayf ]]
2942                   then
2943                       aprun  -j1  -n $ii  -N $tasks_per_node  -m ${memory}M  a.out  <  runfile_atmos
2944                   elif [[ $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
2945                   then
2946                    aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  <  runfile_atmos
2947                   elif [[ $host = lceddy ]]
2948                   then
2949                      echo $ii
2950                      echo $tasks_per_node
2951                      echo $nodes
2952                      mpirun -n $ii a.out  <  runfile_atmos
2953                   elif [[ $host = lcocean ]]
2954                   then
2955                      mpirun a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
2956                   elif [[ $host = lcsb ]]
2957                   then
2958                      mpirun_rsh -hostfile $PBS_NODEFILE -np `cat $PBS_NODEFILE | wc -l` a.out  < runfile_atmos
2959
2960                   elif [[ $host = lckiaps ]]
2961                   then
2962                      mpirun -np $ii  -machinefile $PBS_NODEFILE  ./a.out  <  runfile_atmos
2963                   elif [[ $host = lckyu* ]]
2964                   then
2965                      mpiexec -n $ii --stdin runfile_atmos  ./a.out
2966                   else
2967                      mpiexec  -machinefile hostfile  -n $ii  a.out  <  runfile_atmos
2968                   fi
2969
2970                else
2971
2972                       # CURRENTLY THERE IS NO FULL MPI-2 SUPPORT ON ICE AND XT4
2973                   (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
2974                   (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
2975                   printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
2976                   printf "\n      using $coupled_mode coupling"
2977                   printf "\n\n"
2978
2979                   if [[ $coupled_mode = "mpi2" ]]
2980                   then
2981                      echo "atmosphere_to_ocean $iia $iio"  >  runfile_atmos
2982                      echo "ocean_to_atmosphere $iia $iio"  >  runfile_ocean
2983
2984                      if [[ $host = lccrayf  ||  $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
2985                      then
2986
2987                         aprun  -n $iia  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  &
2988                         aprun  -n $iio  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_ocean  &
2989
2990                      else
2991                             # WORKAROUND BECAUSE mpiexec WITH -env option IS NOT AVAILABLE ON SOME SYSTEMS
2992                          mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  a.out  <  runfile_atmos &
2993                          mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  a.out  <  runfile_ocean &
2994#                          mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  -env coupling_mode atmosphere_to_ocean  a.out  &
2995#                          mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  -env coupling_mode ocean_to_atmosphere  a.out  &
2996                      fi
2997                      wait
2998
2999                   else
3000
3001                      echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3002
3003                      if [[ $host = lccrayf  ||  $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3004                      then
3005
3006                         aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos
3007
3008                      elif [[ $host = lck || $host = lckordi ]]
3009                      then
3010
3011                         mpiexec -n $ii  ./a.out  <  runfile_atmos  &
3012
3013                      elif [[ $host = lckyu* ]]
3014                      then
3015
3016                         mpiexec -n $ii --stdin runfile_atmos  ./a.out
3017
3018                      elif [[ $host = lcmuk ]] 
3019                      then
3020
3021                         mpiexec  -machinefile hostfile  -n $ii  a.out  <  runfile_atmos
3022
3023                      fi
3024                      wait
3025                   fi
3026
3027                fi
3028
3029             elif [[ $host = lckyoto ]]
3030             then
3031                set -xv
3032                export P4_RSHCOMMAND=plesh
3033                echo "     P4_RSHCOMMAND = $P4_RSHCOMMAND"
3034                if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
3035                then
3036                   if [[ "$cond2" = fujitsu ]]
3037                   then
3038                      mpiexec  -n $numprocs  ./a.out  # for fujitsu-compiler
3039                   elif [[ "cond2" = pgi ]]
3040                   then
3041                      mpirun  -np $numprocs  -machinefile ${QSUB_NODEINF}  ./a.out
3042                   else
3043                      mpirun_rsh -np $numprocs -hostfile ${QSUB_NODEINF} MV2_USE_SRQ=0 ./a.out  ||  /bin/true
3044                   fi
3045                else
3046                   if [[ "$cond2" = "" ]]
3047                   then
3048                      mpiruni_rsh -np $numprocs ./a.out  # for intel
3049                   else
3050                      mpirun  -np $numprocs  ./a.out
3051                   fi
3052                fi
3053                set +xv
3054
3055             elif [[ $host = lctit ]]
3056             then
3057                export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3058                echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3059                if [[ "$threads_per_task" != 1 ]]
3060                then
3061                   export MV2_ENABLE_AFFINITY=0
3062                fi
3063                echo "----- PBS_NODEFILE content:"
3064                cat $PBS_NODEFILE
3065                echo "-----"
3066                (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3067                echo "mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE ./a.out"
3068                mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE  ./a.out
3069
3070             else
3071                mpprun  -n $numprocs  a.out
3072             fi
3073          else
3074             a.out
3075          fi
3076
3077       fi  # end normal (non-debug) execution
3078
3079    fi  # end explicit execute_command or host-specific execute actions
3080
3081    if [[ $? != 0 ]]
3082    then
3083
3084          # ABORT IN CASE OF RUNTIME ERRORS
3085       printf "\n  +++ runtime error occured"
3086       locat=execution
3087       exit
3088
3089    else
3090
3091       printf "\n$dashes\n  *** execution finished \n"
3092
3093          # STOP THE DVR STREAMING SERVER AND PROCESS THE DVR OUTPUT IN ORDER
3094          # TO CREAT DVRS- AND HTML-FILES CONTAINING ALL STREAMS
3095       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
3096       then
3097          kill $dvrserver_id
3098          printf "\n  *** dvr server with id=$dvrserver_id has been stopped"
3099
3100             # IF THERE IS A DIRECTORY, DATA HAVE BEEN OUTPUT BY THE
3101             # STREAMING SERVER. OTHERWISE, USER HAS CHOSEN dvrp_output=local
3102          if [[ -d DATA_DVR ]]
3103          then
3104
3105                # ADD THE CURRENT DVR CONFIGURATION FILE TO THE DVR OUTPUT
3106                # DIRECTORY
3107             cp  .dvrserver.config  DATA_DVR
3108
3109                # PROCESS THE DVR OUTPUT (OPTION -s FOR GENERATING
3110                # SEQUENCE MODE DATA TOO)
3111             process_dvr_output  -d DATA_DVR  -f $fname  -s
3112
3113          else
3114
3115                # PROCESS THE LOCAL OUTPUT
3116             process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3117
3118          fi
3119
3120       elif [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
3121       then
3122
3123             # PROCESS DVR OUTPUT GENERATD IN LOCAL MODE (dvrp_output=local)
3124          process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3125
3126       fi
3127    fi
3128
3129
3130
3131       # CALL OF combine_plot_fields IN ORDER TO MERGE SINGLE FILES WRITTEN
3132       # BY EACH CORE INTO ONE FILE
3133   if [[ ! -f ${PALM_BIN}/combine_plot_fields${block}.x ]]
3134   then
3135      printf "\n\n\n  +++ WARNING: no combine_plot_fields found for given block \"$cond1 $cond2\""
3136      printf "\n      2d- and/or 3d-data may be incomplete!"
3137      printf "\n      Run \"mbuild -u -h $localhost\" to generate utilities for this block.\n"
3138   elif [[ "$combine_plot_fields" == true ]]
3139   then
3140      if [[ $localhost = lccrayh  ||  $localhost = lccrayb ]]
3141      then
3142         printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"aprun  -n 1  -N 1 combine_plot_fields${block}.x\" ..."
3143         aprun  -n 1  -N 1 combine_plot_fields${block}.x
3144      else
3145         printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"combine_plot_fields${block}.x\" ..."
3146         combine_plot_fields${block}.x
3147      fi
3148   else
3149
3150         # TEMPORARY SOLUTION TO SKIP combine_plot_fields. THIS IS REQUIRED IN CASE OF HUGE AMOUNT OF
3151         # DATA OUTPUT. TO DO: EXTEND THIS BRANCH BY CREATING A BATCH JOB for combine_plot_fields.
3152         # ??? koennen wir das streichen ???
3153      printf "\n\n\n *** post-processing: skipping combine_plot_fields (-Z option set) ..."
3154   fi
3155
3156
3157
3158       # EXECUTE OUTPUT-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
3159    (( i = 0 ))
3160    while (( i < ioc ))
3161    do
3162       (( i = i + 1 ))
3163       if (( i == 1 ))
3164       then
3165          printf "\n\n  *** execution of OUTPUT-commands:\n$dashes"
3166       fi
3167       printf "\n  >>> ${out_command[$i]}"
3168       eval  ${out_command[$i]}
3169       if (( i == ioc ))
3170       then
3171          printf "\n$dashes\n"
3172       fi
3173    done
3174
3175
3176       # IN TRACE-MODE PRINT CONTENTS OF THE CURRENT (TEMPORARY) WORKING DIRECTORY
3177    if [[ $do_trace = true ]]
3178    then
3179       printf "\n\n"
3180       ls -al
3181    fi
3182   
3183
3184       # COPY LOCAL OUTPUT-FILES TO THEIR PERMANENT DESTINATIONS
3185    (( i = 0 ))
3186    while (( i < iout ))
3187    do
3188       (( i = i + 1 ))
3189       if (( i == 1 ))
3190       then
3191          printf "\n\n  *** saving OUTPUT-files:"
3192
3193             # GET RUN NUMBER ASSIGNED BY PALM
3194          if [[ -f RUN_NUMBER ]]
3195          then
3196              read  run_number  <  RUN_NUMBER
3197              printf "\n  *** PALM generated run_number = "$run_number" will be used as unified cycle number for all output files"
3198              usecycle_option="-U $run_number"
3199          else
3200              run_number=0
3201              usecycle_option=""
3202          fi
3203          printf "\n$dashes"
3204       fi
3205
3206          # ADD CYCLE NUMBER TO FILENAME
3207       if [[ ! ( $fromhost != $localhost  &&  ( "${actionout[$i]}" = tr || "${actionout[$i]}" = tra || "${actionout[$i]}" = trpe ) ) ]]
3208       then
3209
3210              # IN APPEND MODE, FILES KEEP THEIR CURRENT CYCLE NUMBER
3211          if [[ "${actionout[$i]}" != "a" ]]
3212          then
3213                # SET RUN NUMBER AS CYCLE NUMBER, IF THERE IS NOT A CONFLICT
3214                # WITH AN EXISTING CYCLE NUMBER
3215             if (( run_number >= cycnum[$i] ))
3216             then
3217                (( cycnum[$i] = run_number ))
3218             else
3219                if (( run_number > 0 ))
3220                then
3221                   printf "\n  --- INFORMATIVE: The following file cannot get a unified cycle number"
3222                fi
3223             fi
3224          fi
3225          if (( cycnum[$i] > 0 ))
3226          then
3227             pathout[$i]=${pathout[$i]}.${cycnum[$i]}
3228          fi
3229       fi           
3230
3231          # CHECK FOR SINGLE FILE (SERIAL RUN) OR DIRECTORY (ONE FILE PER CORE FOR PARELLEL EXECUTION)
3232       files_for_pes=false; filetyp=file
3233       link_local_output=false
3234       if [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
3235       then
3236          files_for_pes=true; filetyp=directory
3237          actionout[$i]=""
3238       elif [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
3239       then
3240          actionout[$i]=""
3241       elif [[ "${actionout[$i]}" = lnpe  &&  -n $numprocs ]]
3242       then
3243          files_for_pes=true; filetyp=directory
3244          link_local_output=true
3245          actionout[$i]=""
3246       elif [[ "${actionout[$i]}" = lnpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3247       then
3248          link_local_output
3249          actionout[$i]=""
3250       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  -n $numprocs ]]
3251       then
3252          files_for_pes=true; filetyp=directory
3253          actionout[$i]="tr"
3254       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3255       then
3256          actionout[$i]="tr"
3257       fi
3258
3259       if [[ ! -f ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = false ]]
3260       then
3261          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}  does not exist\n"
3262       elif [[ ! -d ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = true ]]
3263       then
3264          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}/....  does not exist\n"
3265       else
3266
3267
3268             # COPY VIA SCP TO LOCAL HOST (ALWAYS IN BINARY MODE USING batch_scp option -m)
3269             # IF TARGET DIRECTORY DOES NOT EXISTS, TRY TO CREATE IT
3270          if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
3271          then
3272             if [[ $localhost != $fromhost ]]
3273             then
3274                if [[ $files_for_pes = false ]]
3275                then
3276                   cps=""
3277                   cst=""
3278                else
3279                   cps=-c
3280                   cst="/"
3281                fi
3282
3283                transfer_failed=false
3284                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP to"
3285                printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst\n"
3286                if [[ $localhost = lccrayb ]]
3287                then
3288                   ssh $usern@blogin1 ". \\$HOME/.bashrc; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m $usecycle_option -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3289                elif [[ $localhost = lccrayh ]]
3290                then
3291                   ssh $usern@hlogin1 ". \\$HOME/.bashrc; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m $usecycle_option -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3292                elif [[ $localhost = lcbullhh ]]
3293                then
3294                   ssh $usern@mlogin101 ". \\$HOME/.bashrc; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m $usecycle_option -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3295                elif [[ $localhost = lcxe6 ]]
3296                then
3297                   ssh $usern@hexagon ". \\$HOME/.bashrc; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m $usecycle_option -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3298                else
3299                   batch_scp $PORTOPT $cps -b -m $usecycle_option -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
3300                fi
3301                [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
3302
3303                   # IF TRANSFER FAILED, CREATE BACKUP COPY ON THIS MACHINE
3304                if [[ $transfer_failed = true ]]
3305                then
3306                   printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on this host under:\n"
3307                   printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
3308
3309                      # FIRST CHECK, IF DIRECTORY EXISTS, AND CREATE IT, IF NECESSARY
3310                   eval  local_catalog=${pathout[$i]}
3311                   if [[ ! -d $local_catalog ]]
3312                   then
3313                      printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
3314                      printf "      $local_catalog \n"
3315                      mkdir -p  $local_catalog
3316                   fi
3317                   eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
3318                   transfer_problems=true
3319                fi
3320
3321             else
3322
3323                   # UNSET actionout. DUE TO THIS SETTING, FILE WILL LATER JUST BE COPIED ON THIS MACHINE
3324                actionout[$i]=""
3325             fi
3326          fi
3327
3328
3329             # APPEND VIA SCP TO LOCAL HOST (ALWAYS IN BINARY MODE USING batch_scp option -m)
3330             # IF TARGET DIRECTORY DOES NOT EXISTS, TRY TO CREATE IT
3331          if [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
3332          then
3333             if [[ $localhost != $fromhost ]]
3334             then
3335                if [[ $localhost = ibmh ]]
3336                then
3337
3338                      # TRANSFER IN SEPERATE JOB
3339                      # FIRST COPY FILE TO TEMPORY DATA DIRECTORY
3340                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
3341                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
3342                   ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3343
3344                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
3345                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
3346
3347                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP in seperate job to"
3348                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}"
3349                   printf "\n              or higher cycle\n"
3350                   echo "batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_address  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
3351
3352                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
3353
3354                   if [[ $LOGNAME = b323013 ]]
3355                   then
3356                      subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3357                   else
3358                      subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3359                   fi
3360
3361                else
3362
3363                      # TRANSFER WITHIN THIS JOB
3364                   transfer_failed=false
3365                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP to"
3366                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n"
3367                   if [[ $localhost = lccrayb ]]
3368                   then
3369                      ssh $usern@blogin1 ". \\$HOME/.bashrc; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3370                   elif [[ $localhost = lccrayh ]]
3371                   then
3372                      ssh $usern@hlogin1 ". \\$HOME/.bashrc; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3373                   elif [[ $localhost = lcxe6 ]]
3374                   then
3375                      ssh $usern@hexagon ". \\$HOME/.bashrc; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3376                   else
3377                      batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username  $return_address ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
3378                   fi
3379                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
3380
3381                      # IF TRANSFER FAILED, CREATE BACKUP COPY ON THIS MACHINE
3382                   if [[ $transfer_failed = true ]]
3383                   then
3384                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on this host under:\n"
3385                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
3386
3387                         # FIRST CHECK, IF DIRECTORY EXISTS, AND CREATE IT, IF NECESSARY
3388                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
3389                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
3390                      then
3391                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
3392                         printf "      $local_catalog \n"
3393                         mkdir -p  $local_catalog
3394                      fi
3395
3396                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
3397                      transfer_problems=true
3398                   fi
3399                fi
3400             else
3401
3402                   # RESET actionout. DUE TO THIS SETTING, FILE WILL LATER JUST BE APPENDED ON THIS MACHINE
3403                actionout[$i]=a
3404             fi
3405          fi
3406
3407
3408             # APPEND ON THIS MACHINE
3409          if [[ "${actionout[$i]}" = "a" ]]
3410          then
3411             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
3412             then
3413                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
3414                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
3415             else
3416                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}\n"
3417                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}
3418             fi
3419          fi
3420
3421             # COPY ON THIS MACHINE
3422             # COPY HAS TO BE USED, BECAUSE MOVE DOES NOT WORK IF FILE-ORIGIN AND TARGET ARE
3423             # ON DIFFERENT FILE-SYSTEMS
3424          if [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = false ]]
3425          then
3426
3427                # COPY IN CASE OF RUNS ON SINGLE CORES
3428             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
3429             then
3430                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
3431                              if [[ $link_local_output = true ]]
3432                              then
3433                                 printf "      file will be linked\n"
3434                                 ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
3435                              fi
3436                                 # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
3437                              if [[ ! -f "${pathout[$i]}.${extout[$i]}" ]]
3438                then
3439                                 if [[ $link_local_output = true ]]
3440                          then
3441                      printf "  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)\n"
3442                                 fi
3443                                 cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
3444                              else
3445                   printf "+++ no copy because file ${pathout[$i]}.${extout[$i]} exists\n"
3446                fi
3447             else
3448                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}\n"
3449                              if [[ $link_local_output = true ]]
3450                              then
3451                                 printf "      file will be linked\n"
3452                                 ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
3453                              fi
3454                                 # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
3455                        if [[ ! -f "${pathout[$i]}" ]]
3456                then
3457                                 if [[ $link_local_output = true ]]
3458                          then
3459                      printf "  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)\n"
3460                                 fi
3461                                 cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
3462                              else
3463                                 printf "+++ no copy because file ${pathout[$i]} exists\n"
3464                fi
3465             fi
3466
3467          elif [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = true ]]
3468          then
3469
3470                # FILES FROM THE DIFFERENT CORES ARE MOVED WITH ln-COMMAND TO THE PERMANENT DIRECTORY
3471                # AS A FIRST STEP, THE PERMANENT DIRECTORY IS CREATED
3472             printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to  ${pathout[$i]}\n"
3473                    if [[ $link_local_output = true ]]
3474                    then
3475                              printf "      files will be linked\n"
3476                              mkdir  ${pathout[$i]}
3477                              cd ${localout[$i]}
3478                              for file in $(ls *)
3479                              do
3480                                 ln -f $file  ${pathout[$i]}
3481                              done >|/dev/null 2>&1
3482                              cd $TEMPDIR
3483                    fi
3484
3485                # IF "ln -f" HAS FAILED OR IF "$link_local_output = false" DO A NORMAL COPY "cp -r"
3486                    if [[ ! -f "${pathout[$i]}/_000000" ]]
3487             then
3488                              if [[ $link_local_output = true ]]
3489                              then
3490                   printf "  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)\n"
3491                              fi
3492                              cp -r  ${localout[$i]}/*  ${pathout[$i]}
3493             fi
3494
3495          fi
3496       fi
3497    done
3498    if (( i != 0 ))
3499    then
3500       if [[ $transfer_problems = true ]]
3501       then
3502          printf "\n$dashes\n  *** OUTPUT-files saved"
3503          printf "\n  +++ WARNING: some data transfers failed! \n"
3504       else
3505          printf "\n$dashes\n  *** all OUTPUT-files saved \n"
3506       fi
3507    fi
3508
3509
3510       # IF REQUIRED, START A RESTART-JOB
3511       # FILE CONTINUE_RUN MUST HAVE BEEN CREATED BY THE EXECUTABLE (PALM)
3512    if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
3513    then
3514
3515          # ADD RESTART-OPTIONS TO THE MRUN-CALL (IF THEY ARE NOT USED ALREADY):
3516          # -C TELLS MRUN THAT IT IS A RESTART-RUN
3517          # -v SILENT MODE WITHOUT INTERACTIVE QUERIES
3518          # -n BATCH-MODE (IMPORTANT ONLY IN CASE OF BATCH JOBS ON THE LOCAL MACHINE)
3519       [[ $(echo $mc | grep -c "\-C") = 0 ]]  &&  mc="$mc -C"
3520       [[ $(echo $mc | grep -c "\-v") = 0 ]]  &&  mc="$mc -v"
3521       [[ $(echo $mc | grep -c "\-b") = 0 ]]  &&  mc="$mc -b"
3522       if [[ $(echo $mc | grep -c "#") != 0 ]]
3523       then
3524          mc=`echo $mc | sed 's/#/f/g'`
3525       fi
3526
3527
3528          # START THE RESTART-JOB
3529       printf "\n\n  *** initiating restart-run on \"$return_address\" using command:\n"
3530       echo "      $mc"
3531       printf "\n$dashes\n"
3532       if [[ $localhost != $fromhost ]]
3533       then
3534
3535          if [[ $localhost = lcbullhh  ||  $localhost = lccrayb  ||  $localhost = lccrayh  ||  $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku  ||  $localhost = ibms  ||  $localhost = lceddy  ||  $localhost = lckyu*  ||  $localhost = lcxe6 ]]
3536          then
3537             echo "*** ssh will be used to initiate restart-runs!"
3538             echo "    return_address=\"$return_address\" "
3539             echo "    return_username=\"$return_username\" "
3540             if [[ $(echo $return_address | grep -c "130.75.105") = 1 ]]
3541             then
3542                if [[ $localhost = ibmh ]]
3543                then
3544                   ssh $SSH_PORTOPT $usern@136.172.40.15 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
3545                elif [[ $localhost = lcbullhh ]]
3546                then
3547                   ssh $SSH_PORTOPT $usern@mlogin101 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
3548                elif [[ $localhost = lccrayb ]]
3549                then
3550                   ssh $usern@blogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH; export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
3551                elif [[ $localhost = lccrayh ]]
3552                then
3553                   ssh $usern@hlogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH; export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
3554                elif [[ $localhost = lcxe6 ]]
3555                then
3556                   ssh $usern@hexagon "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH; export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
3557                else
3558                   ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username ". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
3559                fi
3560             else
3561                if [[ $localhost = ibmkisti ]]
3562                then
3563                   ssh $SSH_PORTOPT $usern@gaiad "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
3564                elif [[ $localhost = lceddy ]]
3565                then
3566                   /usr/bin/ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
3567                elif [[ $localhost = lcocean ]]
3568                then
3569                   /usr/bin/ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
3570                elif [[ $localhost = lccrayb ]]
3571                then
3572                   ssh $usern@blogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
3573                elif [[ $localhost = lccrayh ]]
3574                then
3575                   ssh $usern@hlogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
3576                else
3577                   ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
3578                fi
3579             fi
3580          else
3581             printf "\n  +++ no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
3582             locat=restart; exit
3583          fi
3584
3585             # WAIT TO ALLOW THE RESTART-JOB TO BE QUEUED, BEFORE THE CURRENT JOB IS FINISHED
3586          if [[ $queue = special1q ]]
3587          then
3588             sleep 120
3589          else
3590             sleep 30
3591          fi
3592
3593       else
3594
3595             # JOBS RUNNING (AND STARTED) ON THE LOCAL MACHINE CAN DIRECTLY CALL MRUN (WITHOUT
3596             # USING SSH)
3597          cd $LOCAL_PWD
3598          if [[ $localhost = lckyuh ]]
3599          then
3600             printf "\n  +++ WARNING: no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
3601             printf "\n               please restart job manually using command:\n"
3602             printf "\n               \"$mc\" "
3603          else
3604             eval  $mc                # THE ' MUST BE EVALUATED
3605          fi
3606          cd -  > /dev/null
3607       fi
3608       if [[ $localhost = lckyuh ]]
3609       then
3610          printf "\n$dashes\n  *** restart-run to be initiated manually\n"
3611       else
3612          printf "\n$dashes\n  *** restart-run initiated \n"
3613       fi
3614
3615
3616          # DELETE INPUT-(RESTART)FILES, WHICH HAVE BEEN FETCHED FROM THE TEMPORARY DATA
3617          # DIRECTORY, BACAUSE THEY ARE NOT REQUIRED BY THE RESTART-JOB.
3618          # THIS IS DONE IN ORDER TO AVOID EXCEEDING DISC QUOTAS OR DISC SPACE (RESTART-FILES
3619          # MAY BE VERY HUGE)
3620       (( i = 0 ))
3621       while (( i < iin ))
3622       do
3623          (( i = i + 1 ))
3624          if [[ "${got_tmp[$i]}" = true   &&  $keep_data_from_previous_run = false ]]
3625          then
3626             rm -r  ${absnamein[$i]}
3627          fi
3628       done
3629
3630    fi
3631
3632
3633   
3634       # SEND EMAIL NOTIFICATION ABOUT THE FINISHED RUN
3635    if [[ "$email_notification" != "none" ]]
3636    then
3637
3638       if [[ $localhost != $fromhost ]]
3639       then
3640          if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
3641          then
3642             echo "PALM restart run necessary"        >   email_text
3643             echo "description header of actual run:" >>  email_text
3644             cat  CONTINUE_RUN                        >>  email_text
3645             echo "mrun-command to restart:"          >>  email_text
3646             echo "$mc"                               >>  email_text
3647          else
3648             echo "PALM run with base filename \"$fname\" on host \"$localhost\" finished"  >  email_text
3649          fi
3650          mail  $email_notification  <  email_text
3651          printf "\n  *** email notification sent to \"$email_notification\" "
3652       fi
3653    fi
3654
3655
3656
3657       # ALL ACTIONS FINISHED, TEMPORARY WORKING-DIRECTORY CAN BE DELETED
3658    cd  $HOME
3659    [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
3660
3661 else
3662
3663       # PREPARING ACTIONS,
3664       # IF A BATCH-JOB IS TO BE GENERATED AND STARTED ON A REMOTE-MACHINE GERECHNET
3665
3666       # BUILD THE MRUN-COMMAND TO BE CALLED IN THE BATCH-JOB ON THE REMOTE-MACHINE
3667    mrun_com="$mrun_script_name -a $afname -c $config_file -d $fname -h $host -H $fromhost -m $memory -t $cpumax -q $queue -R $return_address -U $return_username -u $remote_username"
3668    [[ "$cpp_opts" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -D \"$cpp_opts\""
3669    [[ "$global_revision" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -G \"$global_revision\""
3670    [[ $group_number != none ]]   &&  mrun_com=${mrun_com}" -g $group_number"
3671    [[ $do_compile = true ]]      &&  mrun_com=${mrun_com}" -s \"$source_list\""
3672    [[ "$input_list" != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -i \"$input_list\""
3673    [[ $keep_data_from_previous_run = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -k"
3674    [[ "$additional_conditions" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -K \"$additional_conditions\""
3675    [[ "$output_list" != "" ]]    &&  mrun_com=${mrun_com}" -o \"$output_list\""
3676    [[ "$read_from_config" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -S"
3677    [[ $do_trace = true ]]        &&  mrun_com=${mrun_com}" -x"
3678    [[ "$numprocs" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -X $numprocs"
3679    if [[ $use_openmp = true ]]
3680    then
3681       mrun_com=${mrun_com}" -O $threads_per_task"
3682    fi
3683    [[ "$tasks_per_node" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -T $tasks_per_node"
3684    [[ $package_list != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -p \"$package_list\""
3685    [[ $return_password != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -P $return_password"
3686    [[ $delete_temporary_catalog = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -B"
3687    [[ $node_usage != default  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla"  &&  $node_usage != novice ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -n $node_usage"
3688    [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -y"
3689    [[ $run_coupled_model = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Y \"$coupled_dist\""
3690    [[ "$check_namelist_files" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -z"
3691    [[ "$combine_plot_fields" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Z"
3692    [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -w $max_par_io_str"
3693    if [[ $do_remote = true ]]
3694    then
3695       printf "\n>>>> MRUN-command on execution host:\n>>>> $mrun_com \n"
3696    fi
3697
3698
3699       # CREATE EXECUTABLE FOR BATCH JOB
3700    if [[ $create_executable_for_batch = true  &&  $restart_run != true ]]
3701    then
3702
3703       printf "\n  *** creating the executable for batch job\n"
3704
3705          # METHOD ONLY WORKS FOR BATCH JOBS ON LOCAL HOSTS
3706       if [[ $host != $localhost ]]
3707       then
3708          printf "\n  +++ creation of executables is only allowed for batch jobs on local hosts."
3709          printf "\n      Please set create_executable_for_batch = false in the config-file.\n"
3710          locat=create_executable; exit
3711       fi
3712
3713       mkdir  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
3714       cd  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
3715
3716       cp  $make_depository  .
3717       tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
3718       cp  ../*  .   >  /dev/null  2>&1
3719
3720       make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
3721
3722       if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
3723       then
3724          printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
3725          locat=compile
3726          exit
3727       fi
3728
3729       mv  a.out  ..
3730       cd -  >  /dev/null  2>&1
3731       rm -rf  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
3732
3733       printf "  *** executable created in \"$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}\"\n "
3734
3735    fi
3736
3737
3738       # BUILD THE JOB-SCRIPTS ON FILE jobfile
3739    jobfile=jobfile.$RANDOM
3740
3741
3742       # CREATE TEMPORARY DIRECTORY AND SWITCH TO IT
3743    echo  "mkdir  $TEMPDIR"      >>  $jobfile
3744    echo  "cd  $TEMPDIR"         >>  $jobfile
3745
3746
3747       # ACTIVATE ERROR-TRACEBACK
3748    if [[ $do_trace = true ]]
3749    then
3750       echo  "set -x"                                    >>  $jobfile
3751    else
3752       echo  "set +vx"                                   >>  $jobfile
3753    fi
3754
3755
3756       # INITIALIZE THE ENVIRONMENT AND LOAD MODULES
3757    if [[ "$init_cmds" != "" ]]
3758    then
3759       echo  "$init_cmds"        >>  $jobfile
3760    fi
3761    if [[ "$module_calls" != "" ]]
3762    then
3763       echo  "$module_calls"     >>  $jobfile
3764    fi
3765
3766
3767       # PROVIDE SOURCE-CODE FILES, MRUN-SCRIPT AND CONFIGURATION-FILE FOR THE JOB
3768       # then-CLAUSE: FILES ARE COLLECTED IN THE SOURCES_FOR_RUN_... DIRECTORY ON THE LOCAL HOST,
3769       #              WHICH IS THEN FETCHED FROM THE BATCH-JOB BY USING cp/scp
3770       #              THE SOURCE-CODE FILES ALREADY EXIST IN THIS DIRECTORY
3771       # else-CLAUSE: FILE-CONTENTS ARE PUT INTO THE JOB-FILE AS HERE-DOCUMENTS
3772       #              THIS MAY CREATE A QUITE LARGE JOB-FILE, WHICH CAN CAUSE PROBLEMS WITH SOME
3773       #              QUEUEING-SYSTEMS
3774    if [[ $host = ibmkisti  ||  $host = lcbullhh  ||  $host = lccrayb  ||  $host = lccrayf  ||  $host = lccrayh  ||  $host = lcocean ]]
3775    then
3776
3777          # COPY CONFIGURATION-FILE AND MRUN-SCRIPT INTO THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY
3778       if [[ $restart_run != true ]]
3779       then
3780          cp  $config_file  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
3781          cp  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
3782       fi
3783
3784          # COPY THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY FROM THE LOCAL HOST TO THE JOB VIA scp
3785          # (then-CLAUSE: JOBS ON THE LOCAL HOST CAN JUST USE cp)
3786       echo  "set -x"  >>  $jobfile
3787       if [[ $host = $localhost ]]
3788       then
3789             # DUE TO UNKNOWN REASONS, COPY WITH cp COMMAND CREATES CORRUPT
3790             # FILES ON CRAY XC30 SYSTEMS (CSC HELSINKI), rsync IS USED INSTEAD
3791          if [[ $(echo $host | cut -c1-6) = lccray ]]
3792          then
3793             echo  "rsync -av -t  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname  ."  >>  $jobfile
3794          else
3795             echo  "cp -r  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname  ."  >>  $jobfile
3796          fi
3797
3798       else
3799          if [[ $host = ibmkisti ]]
3800          then
3801                # ON KISTI'S IBM FIREWALL IS ONLY OPENED ON INTERACTIVE NODE
3802             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
3803             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@gaiad \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
3804         elif [[ $host = lcbullhh ]]
3805          then
3806             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
3807             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@mlogin101 \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
3808
3809          elif [[ $host = lccrayb ]]
3810          then
3811             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
3812             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@blogin1 \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
3813          elif [[ $host = lccrayh ]]
3814          then
3815             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
3816             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@hlogin1 \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
3817
3818          else
3819             echo  "scp $PORTOPT -r $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname ."  >>  $jobfile
3820          fi
3821       fi
3822       echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                      >>  $jobfile
3823
3824          # MOVE MRUN-SCRIPT AND CONFIGURATION-FILE FROM THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY TO THE
3825          # WORKING DIRECTORY OF THE JOB
3826       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$config_file  . "       >>  $jobfile
3827       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$mrun_script_name  . "  >>  $jobfile
3828       echo  "chmod u+rwx  $mrun_script_name"                    >>  $jobfile
3829       echo  "execute_mrun=true"                                 >>  $jobfile
3830       echo  " "                                                 >>  $jobfile
3831
3832    else
3833
3834          # PROVIDE SOURCE-CODE FILES AND MAKEFILE AS HERE DOCUMENT
3835       if [[ $do_compile = true ]]
3836       then
3837
3838          source_catalog=SOURCES_FOR_RUN_$fname
3839
3840              # CREATE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY TO STORE THE SOURCE CODE FILES AND THE MAKEFILE
3841          echo  "mkdir  SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
3842          echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                 >>  $jobfile
3843          echo  "cd     SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
3844
3845          for  filename  in  $source_list
3846          do
3847                # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
3848             echo  "cat > $filename << \"%END%\""              >>  $jobfile
3849             cat   $source_catalog/$filename                   >>  $jobfile
3850             echo  " "                                         >>  $jobfile
3851             echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
3852             echo  " "                                         >>  $jobfile
3853          done
3854
3855             # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
3856          echo  "cat > Makefile << \"%END%\""               >>  $jobfile
3857          cat   $source_catalog/Makefile                    >>  $jobfile
3858          echo  " "                                         >>  $jobfile
3859          echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
3860          echo  " "                                         >>  $jobfile
3861
3862          echo  "cd -  > /dev/null"                         >>  $jobfile
3863
3864       fi
3865
3866
3867          # PROVIDE THE CONFIGURATION-FILE AS HERE-DOCUMENT
3868          # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
3869          # LINES WITH #$ IN THE CONFIGURATION-FILE, COMING FROM THE SVN KEYWORD SUBSTITUTION,
3870          # ARE REMOVED FROM THE FILE IN ORDER TO AVOID PROBLEMS WITH THE SGE BATCH SYSTEM
3871       echo  "cat > $config_file << \"%END%\""      >>  $jobfile
3872       if [[ $host = lckyuh ]]
3873       then
3874             # NO CROSS-COMPILER ON COMPUTE NODE
3875          sed  's/frtpx/frt/g'  $config_file        >>  $jobfile
3876       else
3877          sed 's/#$.*//g'   $config_file            >>  $jobfile
3878       fi
3879       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
3880       echo  " "                                    >>  $jobfile
3881
3882
3883          # PROVIDE THE MRUN-SCRIPTS AS HERE-DOCUMENT
3884          # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
3885       echo  "cat > $mrun_script_name <<\"%END%\""  >>  $jobfile
3886       if [[ $host = lckyuh ]]
3887       then
3888          sed 's/\/bin\/ksh/\/bin\/bash/g' ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  >>  $jobfile
3889       else
3890          cat  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name        >>  $jobfile
3891       fi
3892       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
3893       echo  "chmod u+x $mrun_script_name"          >>  $jobfile
3894       echo  "execute_mrun=true"                    >>  $jobfile
3895       echo  " "                                    >>  $jobfile
3896
3897    fi
3898
3899
3900       # GET REQUIRED INPUT-FILES BY SCP OR BY SENDING THEM WITH THE JOB AS HERE-DOCUMENT
3901       # PUT THESE FILES INTO THE USER'S RESPECTIVE PERMANENT DIRECTORIES ON THE REMOTE-HOST
3902       # IF THE DIRECTORIES DO NOT EXIST, TRY TO CREATE THEM
3903    if [[ $do_remote = true ]]
3904    then
3905       (( i = 0 ))
3906       while (( i < iin ))
3907       do
3908          (( i = i + 1 ))
3909          echo  "[[ ! -d ${pathin[$i]} ]]  &&  mkdir -p  ${pathin[$i]}"  >>  $jobfile
3910          if [[ "${transin[$i]}" = job ]]
3911          then
3912             echo  "cat > ${remotepathin[$i]} <<\"%END%\""    >>  $jobfile
3913             eval cat   ${pathin[$i]}/${frelin[$i]}           >>  $jobfile
3914             echo  " "                                        >>  $jobfile
3915             echo  "%END%"                                    >>  $jobfile
3916          else
3917             echo  "batch_scp $PORTOPT -b -o -g -s -u $return_username $return_address ${remotepathin[$i]} \"${pathin[$i]}\" ${frelin[$i]}" >>  $jobfile
3918          fi
3919
3920             # CHECK, IF FILE COULD BE CREATED
3921          echo  "if [[ \$? = 1 ]]"                    >>  $jobfile
3922          echo  "then"                                >>  $jobfile
3923          echo  "   echo \" \" "                      >>  $jobfile
3924          echo  "   echo \"+++ file ${remotepathin[$i]} could not be created\" "   >>  $jobfile
3925          echo  "   echo \"    please check, if directory exists on $host!\" "  >>  $jobfile
3926          echo  "   echo \"+++ MRUN will not be continued\" "  >>  $jobfile
3927          echo  "   execute_mrun=false"               >>  $jobfile
3928          echo  "fi"                                  >>  $jobfile
3929       done
3930    fi
3931
3932       # PROVIDE NAME OF THE CURRENT WORKING-DIRECTORY ON THE LOCAL MACHINE (FROM WHERE THE JOB IS
3933       # STARTED) BY SETTING AN ENVIRONMENT-VARIABLE. THIS INFORMATION IS USED IN THE JOB BY MRUN
3934       # IN CASE THAT RESTART-RUNS HAVE TO BE GENERATED
3935    echo  "LOCAL_PWD=$working_directory"                >>  $jobfile
3936    echo  "export LOCAL_PWD"                            >>  $jobfile
3937
3938       # PROVIDE THE PATH OF THE LOCAL MRUN-SCRIPT FOR THE SAME REASON
3939    echo  "LOCAL_MRUN_PATH=$PALM_BIN"                   >>  $jobfile
3940    echo  "export LOCAL_MRUN_PATH"                      >>  $jobfile
3941
3942       # lceddy ALSO REQUIRES TO PROVIDE PATH FOR THE PALM-SCRIPTS
3943    if [[ $host = lceddy  ||  $localhost = lceddy ]]
3944    then
3945       echo  "export PALM_BIN=$PALM_BIN" | sed -e 's:'$HOME':$HOME:'   >>  $jobfile
3946       echo  "export PATH=\$PATH:\$PALM_BIN"              >>  $jobfile
3947    fi
3948
3949       # CALL MRUN WITHIN THE JOB (SETTING QUEUE IS A WORKAROUND FOR ibmkisti)
3950       # AS FINAL ACTION, REMOVE THE TEMPORARY DIRECTORY CREATED AT THE BEGINNING OF THE JOB
3951    echo  "set -x"                                        >>  $jobfile
3952    echo  "queue=$queue"                                  >>  $jobfile
3953    echo  "[[ \$execute_mrun = true ]]  &&  ./$mrun_com"  >>  $jobfile
3954    echo  'ls -al; echo `pwd`'                            >>  $jobfile
3955    echo  "cd \$HOME"                                     >>  $jobfile
3956    echo  "rm -rf  $TEMPDIR"                              >>  $jobfile
3957
3958
3959
3960
3961       # START THE JOB USING SUBJOB-COMMAND
3962    if [[ $silent = false ]]
3963    then
3964       printf "\n     "
3965    else
3966       printf "\n\n"
3967    fi
3968
3969    subjob  $job_on_file  -h $host  -u $remote_username -g $group_number -q $queue  -m $memory  -N $node_usage -t $cpumax  $XOPT  $TOPT  $OOPT  -n $fname  -v  -c $job_catalog  -e $email_notification  $PORTOPT  $jobfile
3970    rm -rf  $jobfile
3971
3972
3973 fi  # END OF REMOTE-PART
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.