source: palm/trunk/SCRIPTS/mrun @ 2257

Last change on this file since 2257 was 2257, checked in by witha, 4 years ago

Bugfix in PALM-WTM, modifications for lceddy

  • Property svn:keywords set to Id Rev
File size: 169.6 KB
Line 
1#!/bin/bash
2
3# mrun - script for running PALM jobs
4
5#--------------------------------------------------------------------------------#
6# This file is part of PALM.
7#
8# PALM is free software: you can redistribute it and/or modify it under the terms
9# of the GNU General Public License as published by the Free Software Foundation,
10# either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
11#
12# PALM is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
13# WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR
14# A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
15#
16# You should have received a copy of the GNU General Public License along with
17# PALM. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
18#
19# Copyright 1997-2015  Leibniz Universitaet Hannover
20#--------------------------------------------------------------------------------#
21#
22# Current revisions:
23# ------------------
24#
25#
26# Former revisions:
27# -----------------
28# $Id: mrun 2257 2017-06-07 14:07:05Z witha $
29# adjustments for lceddy, removed lcflow-specific code
30#
31# 2186 2017-03-21 05:36:31Z raasch
32#
33# 2185 2017-03-21 05:09:29Z raasch
34# adjustment for lykyo*-hosts (PJM_ENVIRONMENT defines BATCH)
35#
36# 2148 2017-02-09 16:56:42Z scharf
37# changed allocation of resources for lcbullhh in srun command
38#
39# 2141 2017-02-06 10:19:32Z gronemeier
40# made check for existing files language independent
41#
42# 1944 2016-06-15 06:29:00Z raasch
43# adjustments for using HLRN ssh-keys
44#
45# 1940 2016-06-14 05:15:20Z raasch $
46# adjustments for lckiaps
47#
48# 1866 2016-04-15 06:50:59Z raasch
49# adjusted for lcocean
50#
51# 1841 2016-04-07 19:14:06Z raasch
52# script now running under bash
53#
54# 1804 2016-04-05 16:30:18Z maronga
55# test: implementing an execute mechanism where the execute command is given in the
56# configuration file
57# ROPTS removed from execution commands
58# Warnings about missing optional files or user code changed to informative messages
59# Removed parameter file check
60#
61# 1755 2016-02-22 13:53:39Z maronga
62# Minor bugfix to last commit
63#
64# 1753 2016-02-22 13:49:49Z maronga
65# Bugfix: use random job number when PBS job nummer retrieval fails on lccray*
66#
67# 1622 2015-07-20 06:21:36Z heinze
68# bugfix for Mistral (lcbullhh)
69#
70# 1621 2015-07-17 11:39:33Z heinze
71# adjustments for Mistral at DKRZ Hamburg (lcbullhh)
72#
73# 1609 2015-07-03 15:37:58Z maronga
74# Modified the random number of the temporary working directory to match the
75# queuing system number on HLRN-III (lccray*).
76#
77# 1604 2015-06-23 15:48:03Z suehring
78# Enable coupled runs for lcmuk
79#
80# 1598 2015-05-29 06:45:40Z raasch
81# bugfix for creating hostfile and total number of MPI tasks if run in openmp-mode on one node
82#
83# 1549 2015-01-30 14:26:16Z suehring
84# Enable interactive debug sessions with allinea debugger
85#
86# 1547 2015-01-29 15:09:12Z witha
87# adjustments for ForWind computing cluster (lcflow)
88#
89# 1491 2014-11-12 08:12:57Z heinze
90# correct setting of batch_job allowed for ibm-machines
91#
92# 1468 2014-09-24 14:06:57Z maronga
93# Typo removed (addres->address)
94# Bugfix: returning files to IMUK via ssh did not work for lccrayh and lcycrayb
95# Added support for restart runs (remote) for lcxe6
96#
97# 1442 2014-07-28 07:09:10Z raasch
98# default queues for HLRN-III (lccrayb/lccrayh) defined
99#
100# 1422 2014-07-02 10:01:25Z kanani
101# automatic restarts enabled for lccrayb,
102# adjustment of path to compilervars.sh at IMUK (see automatic restarts)
103#
104# 1420 2014-06-10 06:24:14Z raasch
105# -j1 option added to aprung command for lccrayf (CSC)
106#
107# 1402 2014-05-09 14:25:13Z raasch
108# batch_job added to envpar-NAMELIST
109#
110# 1357 2014-04-11 15:02:03Z witha
111# adjustments for lccrayh (automatic restarts on lccrayh outside of IMUK are now
112# possible)
113#
114# 1320 2014-03-20 08:40:49Z raasch
115# check namelist file set false by default
116#
117# 1304 2014-03-12 10:29:42Z raasch
118# ulimit option changed from -Ss to -s
119#
120# bugfix: missing "fi" in r1289
121#
122# 1289 2014-03-04 07:12:34Z raasch
123# comments translated to English
124# necriam-, fimm-, ibmy-, and sgi-specific code removed
125# export of variables for palm and interpret_config removed
126#
127# 1281 2014-02-01 07:55:49Z raasch
128# rsync-copy restricted to Cray machines, since command is unavailable on some
129# other systems
130#
131# 1279 2014-01-28 12:10:14Z raasch
132# tasks_per_node must not be an integral divisor of numprocs any more. This was done
133# in order to remove annoying restrictions concerning the number of processors which
134# appear on machines with larger nodes (e.g. containing 24 cores). Now without this
135# restriction, one of the nodes will be filled with less than the given number of
136# tasks per node. A respective warning is given.
137#
138# 1274 2014-01-09 13:14:54Z heinze
139# adjustments for lccrayh
140#
141# 1272 2014-01-08 10:19:32Z witha
142# small adjustment for lcflow
143#
144# 1270 2013-12-16 11:05:01Z fricke
145# call of combine_plot_fields adjusted for lccrayb/lccrayh
146#
147# 1255 2013-11-07 14:43:35Z raasch
148# further adjustments for lccrayb remote access
149#
150# 1241 2013-10-30 11:36:58Z heinze
151# Enable use of nudging input and input of large scale forcing from
152# external files
153#
154# 1229 2013-09-20 06:55:19Z raasch
155# further adjustments for lccrayb
156#
157# 1224 2013-09-16 07:27:23Z raasch
158# first adjustments for lccrayb
159#
160# 1210 2013-08-14 10:58:20Z raasch
161# fftw support added
162#
163# 1201 2013-07-10 16:17:59Z witha
164# adjustments for Forwind cluster (lcflow)
165#
166# 1199 2013-07-05 14:52:22Z raasch
167# adjustments for CSC Helsinki (lccrayf),
168# executables for batch jobs can be created in advance, in order to avoid calling
169# the compiler within the batch job (only works if batch jobs are submitted on
170# local host)
171#
172# 1190 2013-06-25 09:39:21Z heinze
173# enable use of automatic restarts for ibmh
174# use of cluster/express queue enabled (ibmh)
175#
176# 1124 2013-04-09 15:46:52Z raasch
177# variable "memory" is exported via typeset option -x, because otherwise an unknown
178# side effect may lead to data loss while getopts is reading the script-option arguments
179#
180# 1122 2013-04-09 08:37:16Z heinze
181# Bugfix: change type of variable last_char
182#
183# 1119 2013-04-05 15:11:19Z raasch
184# Bugfix for setting -T option for subjob
185#
186# 1108 2013-03-05 07:03:32Z raasch
187# bugfix for coupled runs on lckyut/lckyuh
188#
189# 1106 2013-03-04 05:31:38Z raasch
190# --stdin argument for mpiexec on lckyuh
191# -y and -Y settings output to header
192#
193# 1103 2013-02-20 02:15:53Z raasch
194# default script runs again under ksh, because of unsolved problems with read
195# from stdin: when bash script is called from a ksh, message "read error: 0:
196# Resource temporarily unavailable" appears and script does not stop,
197# further bash compatibility adjustments,
198# shebang line replaced by /bin/bash when running jobs on lckyuh; no restarts
199# on lckyuh, but mrun does not terminate and issues a warning instead
200#
201# 1101 2013-02-17 10:20:21Z raasch
202# script now running under bash instead of ksh, which required small adjustments
203# (output formatting with printf instead "typeset -L/-R", print replaced by echo,
204# read from stdin),
205# cross compilername on lckyuh compute nodes replaced by real compiler name
206#
207# 1099 2013-02-10 01:47:43Z raasch
208# adjustments for Kyushu-University computing center (lckyuh - hayaka)
209# and for Forwind cluster (lcflow)
210# small further adjustments for lckyut
211#
212# 1094 2013-02-03 01:52:12Z raasch
213# explicit ssh/scp port can be set in config file with environment variable
214# scp_port.  This port is handled to all ssh/scp/batch_scp calls.
215# decalpha parts (yonsei) removed
216#
217# 2013-02-02 07:06:13Z raasch
218# adjustments for Kyushu-University computing center (lckyut - tatara)
219#
220# 1083 2013-01-04 10:22:09Z maronga
221# bugfix in parameter file check (read %cpp_options was missing)
222#
223# 1069 2012-11-28 16:18:43Z maronga
224# bugfix: coupling mode was always set to mpi2, typos removed
225#
226# 1058 2012-11-21 07:00:35Z raasch
227# Intel inspector (inspxe) is given the number of PEs instead of the number of
228# nodes
229#
230# 1046 2012-11-09 14:38:45Z maronga
231# code put under GPL (PALM 3.9)
232#
233# 21/03/94 - Siggi - first version finished
234# 03/03/94 - Siggi - script development started
235#
236#--------------------------------------------------------------------------------#
237# mrun - script for running PALM jobs
238#--------------------------------------------------------------------------------#
239
240
241 
242    # DECLARATION OF VARIABLES AND THEIR DEFUALT VALUES
243
244 set +o allexport    # SUPPRESS EXPORT OF ALL VARIABLES, SINCE IN THE PAST THIS
245                     # LES TO PROBLEMS IN ROUTINES CALLED BY MRUN
246                     # (TOO MANY ARGUMENTS - PROBLEM)
247 set +o noclobber    # EXISTING FILES ARE ALLOWED TO BE OVERWRITTEN
248
249 AddFilenames=""
250 additional_conditions=""
251 add_source_path=""
252 afname=""
253 archive_save=true
254 archive_system=none
255 check_namelist_files=false
256 combine_plot_fields=true
257 compiler_name=""
258 cond1=""
259 cond2="" 
260 config_file=.mrun.config
261 coupled_dist=""
262 coupled_mode="mpi1"
263 cpp_opts=""
264 cpp_options=""
265 cpumax=0
266 cpurest=0
267 create_executable_for_batch=false
268 delete_temporary_catalog=true
269 do_batch=false
270 do_compile=true
271 do_remote=false
272 do_stagein=true
273 do_stageout=true
274 do_trace=false
275 email_notification="none"
276 exclude=""
277 executable=""
278 execute_command="none"
279 execution_error=false
280 fftw_inc=""
281 fftw_lib=""
282 fftw_support=false
283  fname=test
284 fromhost=""
285 global_revision=""
286 group_number=none
287 host=""
288 host_file=""
289 hp=""
290 ignore_archive_error=false
291 input_list=""
292 interpreted_config_file=""
293 job_catalog="~/job_queue"
294 job_on_file=""
295 keep_data_from_previous_run=false
296 link_local_input=false
297 link_local_output=false
298 localhost_realname=$(hostname)
299 local_dvrserver_running=.FALSE.
300 locat=normal
301 mainprog=""
302 makefile=""
303 max_par_io_str=""
304 mc=$0
305 while [[ $(echo $mc | grep -c "/") != 0 ]]
306 do
307    mc=`echo $mc | cut -f2- -d"/"`
308 done
309 module_calls=""
310 mrun_script_name=$mc
311 netcdf_inc=""
312 netcdf_lib=""
313 netcdf_support=false
314 node_usage=default
315 numprocs=""
316 numprocs_atmos=0
317 numprocs_ocean=0
318 OOPT=""
319 openmp=false
320 output_list=""
321 package_list=""
322 queue=none
323 read_from_config=""
324 restart_run=false
325 if [[ `hostname` = rte10 ]]
326 then
327    return_address=133.5.185.60
328    echo "+++ WARNING: fixed return_address = $return_address is used !!!!!"
329 elif [[ `hostname` = climate0 ]]
330 then
331    return_address=165.132.26.68
332    echo "+++ WARNING: fixed return_address = $return_address is used !!!!!"
333 elif [[ `hostname` = "schultzl-Latitude-E6540" ]]
334 then
335    return_address="schultzl-Latitude-E6540"
336    echo "+++ WARNING: fixed return_address = $return_address is used !!!!!"
337 elif [[ `hostname` = urban00 ]]
338 then
339    return_address=147.46.30.151
340    echo "+++ WARNING: fixed return_address = $return_address is used !!!!!"
341 else
342    return_address=$(nslookup `hostname` 2>&1 | grep "Address:" | tail -1 | awk '{print $2}')
343 fi
344 return_password=""
345 return_username=$LOGNAME
346 remotecall=false
347 remote_username=""
348 run_coupled_model=false
349 run_mode=""
350 store_on_archive_system=false
351 dashes="  ----------------------------------------------------------------------------"
352 silent=false
353 source_list=""
354 source_path=SOURCE
355 tasks_per_node=""
356 threads_per_task=1
357 tmpcreate=false
358 tmp_data_catalog=""
359 transfer_problems=false
360 usern=$LOGNAME
361 use_openmp=false
362 version="MRUN  2.1 Rev$Rev: 2257 $"
363 working_directory=`pwd`
364 TOPT=""
365 XOPT=""
366 zeit=$( date | cut -c 12-19 )
367
368 typeset -i  iec=0 iic=0 iin=0 ioc=0 iout=0 stagein_anz=0 stageout_anz=0
369 typeset -x -i  memory=0   # HAS TO BE EXPORTED HERE, OTHERWISE AN UNKNOWN SIDE
370                           # SIDE EFFECT MAY CAUSE DATA LOSS WHEN GETOPTS IS READING THE
371                           # SCRIPT-OPTION ARGUMENTS
372 typeset -i  cputime i ii iia iii iio icycle inode ival jobges jobsek last_char_int maxcycle minuten nodes pes remaining_pes sekunden tp1
373
374    # ERROR HANDLING IN CASE OF EXIT
375 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
376       if [[ $locat != normal  &&  $locat != control_c ]]
377       then
378
379              # CARRY OUT ERROR-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE (EC:)
380          (( i = 0 ))
381          while (( i < iec ))
382          do
383             (( i = i + 1 ))
384             printf "\n  *** Execution of ERROR-command:\n"
385             printf "  >>> ${err_command[$i]}\n"
386             eval  ${err_command[$i]}
387          done
388          if [[ -n $interpreted_config_file ]]
389          then
390             rm -rf  $interpreted_config_file
391          fi
392          if [[ -n .mrun_environment ]]
393          then
394             rm -rf  .mrun_environment
395          fi
396          if [[ $tmpcreate = true ]]
397          then
398#              printf "\n  *** Contents of \"$TEMPDIR\":\n"
399#              ls -al; cd
400             [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
401          fi
402          if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
403          then
404             echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
405             kill $dvrserver_id
406          fi
407          if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
408          then
409             rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
410          fi
411          printf "\n\n+++ MRUN killed \n\n"
412       elif [[ $locat != control_c ]]
413       then
414          printf "\n\n --> all actions finished\n\n"
415          printf "     Bye, bye $usern !!\n\n"
416       fi' exit
417
418
419    # ACTIONS IN CASE OF TERMINAL-BREAK (CONTROL-C):
420 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
421       rm -rf  $working_directory/tmp_check_namelist_files
422       [[ $tmpcreate = true ]]  &&  (cd; rm -rf $TEMPDIR)
423       if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
424       then
425          rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
426       fi
427       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
428       then
429          echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
430          kill $dvrserver_id
431       fi
432       printf "\n+++ MRUN killed by \"^C\" \n\n"
433       locat=control_c
434       exit
435      ' 2
436
437
438    # CHECK IF THE PATH FOR THE PALM BINARIES (SCRIPTS+UTILITY-PROGRAMS) HAS
439    # BEEN SET
440 if [[ "$PALM_BIN" = "" ]]
441 then
442    printf "\n  +++ environment variable PALM_BIN has not been set"
443    printf "\n      please set it to the directory where the PALM scripts are located"
444    locat=palm_bin; exit
445 fi
446 export PATH=$PALM_BIN:$PATH
447
448
449
450    # READ SHELLSCRIPT-OPTIONS AND REBUILD THE MRUN-COMMAND STRING (MC),
451    # WHICH WILL BE USED TO START RESTART-JOBS
452 while  getopts  :a:AbBc:Cd:D:Fg:G:h:H:i:IkK:m:M:n:o:O:p:P:q:r:R:s:St:T:u:U:vw:xX:yY:zZ option
453 do
454   case  $option  in
455       (a)   afname=$OPTARG;;
456       (A)   store_on_archive_system=true; mc="$mc -A";;
457       (b)   do_batch=true; mc="$mc -b";;
458       (B)   delete_temporary_catalog=false; mc="$mc -B";;
459       (c)   config_file=$OPTARG; mc="$mc -c$OPTARG";;
460       (C)   restart_run=true; mc="$mc -C";;
461       (d)   fname=$OPTARG; mc="$mc -d$OPTARG";;
462#        (D)   cpp_opts="$cpp_opts $OPTARG"; mc="$mc -D'$OPTARG'";;
463       (F)   job_on_file="-D"; mc="$mc -F";;
464       (g)   group_number=$OPTARG; mc="$mc -g$OPTARG";;
465       (G)   global_revision=$OPTARG; mc="$mc -G'$OPTARG'";;
466       (h)   host=$OPTARG; mc="$mc -h$OPTARG";;
467       (H)   fromhost=$OPTARG; mc="$mc -H$OPTARG";;
468       (i)   input_list=$OPTARG; mc="$mc -i'$OPTARG'";;
469       (I)   ignore_archive_error=true; mc="$mc -I";;
470       (k)   keep_data_from_previous_run=true; mc="$mc -k";;
471       (K)   additional_conditions="$OPTARG"; mc="$mc -K'$OPTARG'";;
472       (m)   memory=$OPTARG; mc="$mc -m$OPTARG";;
473       (M)   makefile=$OPTARG; mc="$mc -M$OPTARG";;
474       (n)   node_usage=$OPTARG; mc="$mc -n$OPTARG";; 
475       (o)   output_list=$OPTARG; mc="$mc -o'$OPTARG'";;
476       (O)   use_openmp=true; threads_per_task=$OPTARG; mc="$mc -O$OPTARG";;
477       (p)   package_list=$OPTARG; mc="$mc -p'$OPTARG'";;
478       (P)   return_password=$OPTARG; mc="$mc -P$OPTARG";;
479       (q)   queue=$OPTARG; mc="$mc -q$OPTARG";;
480       (r)   run_mode=$OPTARG; mc="$mc -r'$OPTARG'";;
481       (R)   remotecall=true;return_address=$OPTARG; mc="$mc -R$OPTARG";;
482       (s)   source_list=$OPTARG; mc="$mc -s'$OPTARG'";;
483       (S)   read_from_config=false; mc="$mc -S";;
484       (t)   cpumax=$OPTARG; mc="$mc -t$OPTARG";;
485       (T)   mrun_tasks_per_node=$OPTARG; mc="$mc -T$OPTARG";;
486       (u)   remote_username=$OPTARG; mc="$mc -u$OPTARG";;
487       (U)   return_username=$OPTARG; mc="$mc -U$OPTARG";;
488       (v)   silent=true; mc="$mc -v";;
489       (w)   max_par_io_str=$OPTARG; mc="$mc -w$OPTARG";;
490       (x)   do_trace=true;set -x; mc="$mc -x";;
491       (X)   numprocs=$OPTARG; mc="$mc -X$OPTARG";;
492       (y)   ocean_file_appendix=true; mc="$mc -y";;
493       (Y)   run_coupled_model=true; coupled_dist=$OPTARG; mc="$mc -Y'$OPTARG'";;
494       (z)   check_namelist_files=false; mc="$mc -z";;
495       (Z)   combine_plot_fields=false; mc="$mc -Z";;
496       (\?)  printf "\n  +++ unknown option $OPTARG \n"
497             printf "\n  --> type \"$0 ?\" for available options \n"
498             locat=parameter;exit;;
499   esac
500 done
501
502
503    # SKIP GIVEN OPTIONS TO READ POSITIONAL PARAMETER, IF GIVEN
504    # CURRENTLY ONLY PARAMETER ? (TO OUTPUT A SHORT COMMAND INFO) IS ALLOWED
505 (( to_shift = $OPTIND - 1 ))
506 shift $to_shift
507
508    # PRINT SHORT DESCRIPTION OF MRUN OPTIONS
509 if [[ "$1" = "?" ]]
510 then
511   (printf "\n  *** mrun can be called as follows:\n"
512    printf "\n      $mrun_script_name  -b -c.. -d.. -D.. -f.. -F -h.. -i.. -I -K.. -m.. -o.. -p.. -r.. -R -s.. -t.. -T.. -v -x -X.. -y -Y.. -Z <modus> \n"
513    printf "\n      Description of available options:\n"
514    printf "\n      Option  Description                              Default-Value"
515    printf "\n        -a    base name of input files                 equiv. -d"
516    printf "\n        -A    archiving when using file-attribute fl"
517    printf "\n        -b    batch-job on local machine               ---"
518    printf "\n        -B    do not delete temporary directory at end ---"
519    printf "\n        -c    configuration file                       .mrun.config"
520    printf "\n        -d    base name of files attached to program   test"
521    printf "\n        -D    preprocessor(cpp)-directives             \"\" "
522    printf "\n        -F    create remote job file only              ---"
523    printf "\n        -h    execution host                           $localhost_realname"
524    printf "\n        -i    INPUT control list                       \"\" "
525    printf "\n        -I    archiving errors of previous batch-jobs"
526    printf "\n              will be ignored"
527    printf "\n        -k    keep data from previous run"
528    printf "\n        -K    additional conditions for controling"
529    printf "\n              usage of conditional code and"
530    printf "\n              env-variables in configuration file      \"\" "
531    printf "\n        -m    memory demand in MB (batch-jobs)         0 MB"
532    printf "\n        -M    Makefile name                            Makefile"
533    printf "\n        -n    node usage (shared/not_shared)           depending on -h"
534    printf "\n        -o    OUTPUT control list                      \"\" "
535    printf "\n        -O    threads per openMP task                  ---"
536    printf "\n        -p    software package list                    \"\" "
537    printf "\n        -q    queue                                    \"$queue\" "
538    printf "\n        -r    run control list (combines -i -o)        \"\" "
539    printf "\n        -s    filenames of routines to be compiled     \"\" "
540    printf "\n              must end with .f, .f90, .F, or .c !"
541    printf "\n              use \"..\" for more than one file and wildcards"
542    printf "\n              -s LM compiles all locally modified files"
543    printf "\n        -S    config file interpreted by shellscript   ---"
544    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds (batch)      0"
545    printf "\n        -T    tasks per node                           depending on -h"
546    printf "\n        -u    username on remote machine               \"\" "
547    printf "\n        -v    no prompt for confirmation               ---"
548    printf "\n        -w    maximum parallel io streams              as given by -X"
549    printf "\n        -x    tracing of mrun for debug purposes       ---"
550    printf "\n        -X    # of processors (on parallel machines)   1"
551    printf "\n        -y    add appendix \"_O\" to all local output"
552    printf "\n              files (ocean precursor runs followed by"
553    printf "\n              coupled atmosphere-ocean runs)           ---"
554    printf "\n        -Y    run coupled model, \"#1 #2\" with" 
555    printf "\n              #1 atmosphere and #2 ocean processors    \"#/2 #/2\" depending on -X"
556    printf "\n        -Z    skip combine_plot_fields at the end of      "
557    printf "\n              the simulation                           ---"
558    printf "\n "
559    printf "\n      Possible values of positional parameter <modus>:"
560    printf "\n        \"?\"       -  this outline \n\n") | more
561    exit
562 elif [[ "$1" != "" ]]
563 then
564    printf "\n  +++ positional parameter $1 unknown \n"
565    locat=parameter; exit
566 fi
567
568
569
570    # SHORT STARTING MESSAGE
571 printf "\n*** $version "
572 printf "\n    will be executed.     Please wait ..."
573
574
575
576    # CHECK, IF CONFIGURATION FILE EXISTS
577 if [[ ! -f $config_file ]]
578 then
579    printf "\n\n  +++ configuration file: "
580    printf "\n           $config_file"
581    printf "\n      does not exist"
582    locat=connect; exit 
583 fi
584
585
586    # DETERMINE THE HOST-IDENTIFIER (localhost) FROM THE CONFIGURATION FILE
587 line=""
588 grep  "%host_identifier"  $config_file  >  tmp_mrun
589 while read line
590 do
591    if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
592    then
593       HOSTNAME=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
594       host_identifier=`echo $line | cut -d" " -s -f3`
595       if [[ $localhost_realname = $HOSTNAME ]]
596       then
597          localhost=$host_identifier
598          break
599       fi
600    fi
601 done < tmp_mrun
602
603 if [[ "$localhost" = "" ]]
604 then
605    printf "\n\n  +++ no host identifier found in configuration file \"$config_file\""
606    printf "\n      for local host \"$localhost_realname\"."
607    printf "\n      Please add line"
608    printf "\n      \"\%host_identifier $localhost_realname <identifier>\""
609    printf "\n      to the configuration file."
610    locat=localhost; exit
611 fi
612
613
614    # SET HOST-SPECIFIC VARIABLES
615 case  $localhost_realname  in
616     (r1*|r2*|h01*|b01*)     archive_system=tivoli;;
617     (cs*)                   archive_system=ut;;
618 esac
619
620
621    # ??? THIS SHOULD BE DECRIBED IN THE MRUN DOCUMENTATION ???
622    # SET BASENAME OF THE INPUT-FILES TO THE GENERAL BASENAME (GIVEN BY OPTION -d),
623    # IF IT HAS NOT BEEN SET BY THE USER DIFFERENTLY (USING OPTION -a)
624 [[ "$afname" = "" ]]  &&  afname=$fname
625
626
627    # ADD RUN-FILE ACTIVATION STRINGS (GIVEN BY OPTION -r) TO THE
628    # RESPECTIVE LISTS FOR ACTIVATING THE INPUT/OUTPUT FILE CONNECTION
629    # STATEMENTS IN THE CONFIGURATION FILE
630 if [[ "$run_mode" != "" ]]
631 then
632    input_list="$input_list $run_mode"
633    output_list="$output_list $run_mode"
634 fi
635
636
637    # ??? is this (and the respective option -H) really required ???
638    # STORE HOSTNAME, FROM WHICH THE JOB IS STARTED,
639    # BUT ONLY IF IT HASN'T BEEN ALREADY SET BY OPTION -H
640    # (MRUN IS AUTOMATICALLY SETTING THIS OPTION IN THE MRUN-CALLS WITHIN
641    # THOSE BATCH-JOBS, WHICH ARE CREATED BY MRUN ITSELF)
642 if [[ "$fromhost" = "" ]]
643 then
644    fromhost=$localhost
645 fi
646
647
648    # CHECK, IF EXECUTION SHALL TO BE DONE ON THE REMOTE-MACHINE.
649    # VALUE OF do_remote IS IMPORTANT FOR THE FILE CONNECTIONS.
650    # IN CASE OF EXECUTION ON A REMOTE-MACHINE, A BATCH-JOB HAS
651    # TO BE SUBMITTED (I.E. do_batch=true)
652 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
653 then
654    do_batch=true
655    do_remote=true
656    case  $host  in
657        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|nech|lcbullhh|lccrayb|lccrayh|lccrayf|lceddy|lckyoto|lcocean|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb)  true;;
658        (*)  printf "\n"
659             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
660             printf "\n      is not available"
661             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
662    esac
663 else
664    host=$localhost
665 fi
666
667
668     # EVALUATE ADDITIONAL CONDITIONS GIVEN BY OPTION -K
669 if [[ -n $additional_conditions ]]
670 then
671    cond1=`echo $additional_conditions | cut -d" " -f1`
672    cond2=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f2`
673    dummy=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f3`
674    if [[ -n $dummy ]]
675    then
676       printf "\n  +++ more than 2 additional conditions given for Option \"-K\""
677       locat=options; exit
678    fi
679    block=_$cond1
680    [[ -n $cond2 ]]  &&  block=${block}_$cond2
681 fi
682
683
684      # EVALUATE MODEL COUPLING FEATURES (OPTION -Y) AND DETERMINE coupled_mode
685 if [[ $run_coupled_model = true ]] 
686 then
687
688    numprocs_atmos=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f1`
689    numprocs_ocean=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f2`
690
691    if (( $numprocs_ocean + $numprocs_atmos != $numprocs ))
692    then
693
694       printf "\n  +++ number of processors does not fit to specification by \"-Y\"."
695       printf "\n      PEs (total)     : $numprocs"
696       printf "\n      PEs (atmosphere): $numprocs_atmos"
697       printf "\n      PEs (ocean)     : $numprocs_ocean"
698       locat=coupling; exit
699
700    fi
701
702
703       # GET coupled_mode FROM THE CONFIG FILE
704    line=""
705    grep  "%cpp_options.*-D__mpi2.*$host" $config_file  >  tmp_mrun
706    while read line
707    do
708       echo line=\"$line\"
709       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" &&  $(echo $line | cut -d" " -s -f4) = $cond1 && $(echo $line | cut -d" " -s -f5)  = $cond2 ]]
710       then
711          coupled_mode="mpi2"
712       fi
713    done < tmp_mrun
714
715 fi
716
717    # CHECK, IF FILE-ARCHIVING HAS FAILED IN PREVIOUS JOB (OF A JOB-CHAIN)
718 if [[ -f ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname ]]
719 then
720    if [[ $ignore_archive_error = false ]]
721    then
722       printf "\n  +++ data archiving of previous run failed"
723       printf "\n      see directory \~/job_queue on remote machine"
724       locat=archive; exit
725    else
726       printf "\n  +++ warning: data archiving in a previous run failed"
727       printf "\n      MRUN continues, trying to get backup copy"
728    fi
729 fi
730
731
732    # SAVE VALUES OF MRUN-OPTIONS SICHERN IN ORDER TO OVERWRITE
733    # THOSE VALUES GIVEN IN THE CONFIGURATION-FILE
734 mrun_memory=$memory
735 mrun_group_number=$group_number
736 mrun_cpumax=$cpumax
737 mrun_numprocs=$numprocs
738
739
740    # READ AND EVALUATE THE CONFIGURATION-FILE FROM WITHIN THIS SHELLSCRIPT
741    # (OPTION -S). THE DEFAULT IS USING THE ROUTINE <<<<
742 if [[ "$read_from_config" = false ]]
743 then
744    [[ $silent = false ]]  &&  printf "\n    Reading the configuration file... "
745
746       # READ THE CONFIGURATION FILE LINE BY LINE
747    while  read zeile
748    do
749        [[ $silent = false ]]  &&  printf "."
750
751
752          # FIRST REPLACE ENVIRONMENT-VARIABLES BY THEIR RESPECTIVE VALUES
753       eval  zeile=\"$zeile\"
754
755
756          # INTERPRET THE LINE
757       if [[ "$(echo $zeile)" = "" ]]
758       then
759             # EMPTY LINE, NO ACTION
760          continue
761
762       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "#" ]]
763       then
764
765             # LINE IS A COMMENT LINE
766          true
767
768       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "%" ]]
769       then
770
771             # LINE DEFINES AN ENVIRONMENT-VARIABLE
772          zeile=$(echo $zeile | cut -c2-)
773          var=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
774          value=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
775          for_host=`echo $zeile | cut -d" " -s -f3`
776          for_cond1=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
777          for_cond2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
778
779          if [[ "$for_host" = ""  ||  ( "$for_host" = $host  &&  "$for_cond1" = "$cond1"  &&  "$for_cond2" = "$cond2" )  ||  $(echo "$input_list$output_list"|grep -c "$for_host") != 0 ]]
780          then
781
782                # REPLACE ":" BY " " IN COMPILER- CPP- OR LINKER-OPTIONS,
783                # "::" IS REPLACED BY ":".
784             value=`echo $value | sed 's/::/%DUM%/g' | sed 's/:/ /g' | sed 's/%DUM%/:/g'`
785
786
787                # VALUE FROM THE CONFIGURATION-FILE IS ASSIGNED TO THE
788                # ENVIRONMENT-VARIABLE, BUT ONLY IF NO VALUE HAS BEEN ALREADY
789                # ASSIGNED WITHIN THIS SCRIPT (E.G. BY SCRIPT-OPTIONS).
790                # NON-ASSIGNED VARIABLES HAVE VALUE "" OR 0 (IN CASE OF INTEGER).
791                # HENCE THE GENERAL RULE IS: SCRIPT-OPTION OVERWRITES THE
792                # CONFIGURATION-FILE.
793             if [[ "$(eval echo \$$var)" = ""  ||  "$(eval echo \$$var)" = "0" ]]
794             then
795                eval  $var=\$value
796
797                   # TERMINAL OUTPUT OF ENVIRONMENT-VARIABLES, IF TRACEBACK IS SWITCHED on
798                if [[ $do_trace = true ]]
799                then
800                   printf "\n*** ENVIRONMENT-VARIABLE $var = $value"
801                fi
802             fi
803
804                # IF AN ENVIRONMENT-VARIABLE DETERMINES THE HOST, THEN EVALUATE IT IMMEDIATELY:
805                # VALUE OF do-remote IS REQUIRED FOR THE FILE CONNECTIONS (COPY OF I/O FILES).
806                # IF EXECUTION IS SCHEDULED FOR A REMOTE-MASCHINE, A BATCH-JOB
807                # MUST HAVE TO BE STARTED
808             if [[ $var = host ]]
809             then
810                if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
811                then
812                   do_batch=true
813                   do_remote=true
814                   case  $host  in
815                       (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|lcbullhh|lccrayb|lccrayh|lccrayf|lceddy|lckyoto|lcocean|nech|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb)  true;;
816                       (*)  printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
817                            printf "\n      is not available"
818                            locat=nqs; exit;;
819                   esac
820                else
821                   host=$localhost
822                fi
823             fi
824
825                # USER-DEFINED ENVIRONMENT VARIABLES MUST BE EXPORTED,
826                # BECAUSE THEY MAY BE REQUIRED IN OTHER SCRIPTS CALLED
827                # BY MRUN (E.G. subjob)
828             export  $var
829          fi
830
831
832
833
834       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "EC:" ]]
835       then
836
837             # LINE DEFINES ERROR-COMMAND
838          (( iec = iec + 1 ))
839          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
840          err_command[$iec]="$zeile"
841
842       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "IC:" ]]
843       then
844
845             # LINE DEFINES INPUT-COMMAND
846          (( iic = iic + 1 ))
847          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
848          in_command[$iic]="$zeile"
849
850       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "OC:" ]]
851       then
852
853             # LINE DEFINES OUTPUT-COMMAND
854          (( ioc = ioc + 1 ))
855          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
856          out_command[$ioc]="$zeile"
857
858       else
859
860             # LINE DEFINES FILE CONNECTION. READ THE FILE ATTRIBUTES.
861             # s2a: in/out - field
862             # s2b: loc    - field (optional)
863             # s2c: tr/ar  - field (optional)
864          s1=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
865          s2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
866          s2a=$(echo $s2 | cut -d":" -f1)
867          if [[ $(echo $s2 | grep -c ":") = 0 ]]
868          then
869             s2b=""
870             s2c=""
871          else
872             s2b=`echo $s2 | cut -d":" -f2 | sed 's/:/ /g'`
873             s2c=`echo $s2 | cut -d":" -s -f3 | sed 's/:/ /g'`
874          fi
875          s3=`echo $zeile | cut -d" " -f3`
876          s4=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
877          s5=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
878          s6=`echo $zeile | cut -d" " -s -f6`
879
880       
881             # STORE FILE CONNECTION, IF ACTIVATED BY ACTIVATION-STRING FROM
882             # INPUT- OR OUTPUT-LIST.
883             # VARIABLE S3 MAY CONTAIN A LIST OF ACTIVATION STRINGS (FIELD-SEPERATOR ":").
884             # IF EXECUTION IS SCHEDULED FOR A REMOTE-MACHINE AND THE FILE IS ONLY
885             # LOCALLY REQUIRED ON THAT MACHINE (I.E. s2b = loc), THE FILE CONNECTION
886             # IS NOT CHECKED AND STORED.
887          IFSALT="$IFS"; IFS="$IFS:"
888          if [[ "$s2a" = in  &&  ! ( $do_remote = true  &&  ( "$s2b" = loc  ||  "$s2b" = locopt ) ) ]]
889          then
890             found=false
891             for  actual  in  $input_list
892             do
893                for  formal  in  $s3
894                do
895                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-" ]]  &&  found=true
896                done
897             done
898             if [[ $found = true ]]
899             then
900                (( iin = iin + 1 ))
901                localin[$iin]=$s1; transin[$iin]=$s2b; actionin[$iin]=$s2c;
902                typein[$iin]=$s3; pathin[$iin]=$s4; endin[$iin]=$s5;
903                extin[$iin]=$s6
904             fi
905          elif [[ "$s2a" = out  &&  ! ( $do_remote = true  &&  "$s2b" = loc ) ]]
906          then
907             found=false
908             for  actual  in  $output_list
909             do
910                for  formal  in  $s3 
911                do
912                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-"  ]]  &&  found=true
913                done
914             done
915             if [[ $found = true ]]
916             then
917                (( iout = iout + 1 ))
918                localout[$iout]=$s1; actionout[$iout]=$s2c; typeout[$iout]=$s3;
919                pathout[$iout]=$s4; endout[$iout]=$s5; extout[$iout]=$s6
920             fi
921          elif [[ "$s2a" != in  &&  "$s2a" != out ]]
922          then
923             printf "\n  +++ I/O-attribute in configuration file $config_file has the invalid"
924             printf "\n      value \"$s2\". Only \"in\" and \"out\" are allowed!"
925             locat=connect; exit
926          fi
927          IFS="$IFSALT"
928       fi
929    done < $config_file
930
931 else
932
933       # EVALUATE THE CONFIGURATION-FILE BY FORTRAN-PROGRAM
934    [[ $silent = false ]]  &&  printf "..."
935    interpreted_config_file=.icf.$RANDOM
936
937
938
939       # PROVIDE VALUES OF ENVIRONMENT-VARIABLE FOR interpret_config VIA NAMELIST-FILE
940    cat  >  .mrun_environment  <<  %%END%%
941 &mrun_environment  cond1 = '$cond1', cond2 = '$cond2',
942                    config_file = '$config_file', do_remote = '$do_remote',
943                    do_trace = '$do_trace', host = '$host',
944                    input_list = '$input_list', icf = '$interpreted_config_file',
945                    localhost = '$localhost', output_list = '$output_list' /
946
947%%END%%
948
949    if [[ "$host" != $localhost ]]
950    then
951
952          # REMOTE JOB FROM LOCAL HOST: JUST TAKE THE FIRST EXECUTABLE FOUND
953       interpret_config_executable=`ls -1 ${PALM_BIN}/interpret_config*.x 2>/dev/null`
954       if [[ $? != 0 ]]
955       then
956          printf "\n\n  +++ no interpret_config found"
957          printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this host"
958          locat=interpret_config; exit
959       fi
960       interpret_config_executable=`echo $interpret_config_executable | cut -d" " -f1`
961       $interpret_config_executable
962
963    else
964
965          # CHECK, IF THERE IS AN EXECUTABLE FOR THE BLOCK
966       if [[ ! -f ${PALM_BIN}/interpret_config${block}.x ]]
967       then
968          printf "\n\n  +++ no interpret_config found for given block \"$cond1 $cond2\""
969          printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this block"
970          locat=interpret_config; exit
971       else
972          interpret_config${block}.x
973       fi
974
975    fi
976    rm .mrun_environment
977
978
979       # EXECUTE SHELL-COMMANDS GENERATED BY interpret_config WITHIN THIS SHELL
980    chmod  u+x  $interpreted_config_file
981    export PATH=$PATH:.
982    . $interpreted_config_file
983    rm  $interpreted_config_file
984
985 fi
986
987
988    # VALUES OF MRUN-OPTIONS OVERWRITE THOSE FROM THE CONFIGURATION-FILE
989 [[ $mrun_memory     != 0   ]]  &&  memory=$mrun_memory
990 [[ "$mrun_group_number" != "none" ]]  &&  group_number=$mrun_group_number
991 [[ $mrun_cpumax     != 0   ]]  &&  cpumax=$mrun_cpumax
992 [[ "$mrun_numprocs" != ""  ]]  &&  numprocs=$mrun_numprocs
993 [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  maximum_parallel_io_streams=$max_par_io_str
994 [[ "$mrun_tasks_per_node" != "" ]]  &&  tasks_per_node=$mrun_tasks_per_node
995
996
997    # ON THE LOCAL MACHINE, DETERMINE (FROM THE CONFIGURATION-FILE) THE PATH
998    # FOR SOURCE-FILES TO BE COMPILED.
999    # IN A BATCH-JOB, SOURCES (ROUTINES TO BE COMPILED) ARE COMPLETE ALREADY.
1000    # BEFORE MRUN IS CALLED IN THE JOB, SOURCES_COMPLETE = true IS ASSIGNED (SEE FURTHER BELOW).
1001 if [[ "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1002 then
1003
1004       # FIRST CHECK, IF A GLOBAL SOURCE PATH (TO BE USED FOR ALL HOSTS)
1005       # HAS BEEN DEFINED
1006    source_path=""
1007    line=""
1008    grep "%source_path" $config_file  >  tmp_mrun
1009    while read line
1010    do
1011       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
1012       then
1013          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -f3)" = "" ]]
1014          then
1015             global_source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
1016          fi
1017       fi
1018    done  <  tmp_mrun
1019
1020    line=""
1021    found=false
1022    grep  " $localhost" $config_file | grep "%source_path"  >  tmp_mrun
1023    while read line
1024    do
1025       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
1026       then
1027          if [[ $found = true ]]
1028          then
1029             printf "\n\n  +++ more than one source path found in configuration file"
1030             printf "\n      for local host \"$localhost\" "
1031             locat=source_path; exit
1032          fi
1033          source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
1034          found=true
1035       fi
1036    done  <  tmp_mrun
1037    rm  tmp_mrun
1038
1039    if [[ "$source_path" = "" ]]
1040    then
1041       if [[ "$global_source_path" != "" ]]
1042       then
1043          source_path=$global_source_path
1044       else
1045          printf "\n\n  +++ no source path found in configuration file"
1046          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
1047          locat=source_path; exit
1048       fi
1049    fi
1050    eval source_path=$source_path
1051
1052    if [[ ! -d $source_path ]]
1053    then
1054       printf "\n\n  +++ source path \"$source_path\" on local host"
1055       printf "\n      \"$localhost\" does not exist"
1056       locat=source_path; exit
1057    fi
1058
1059 fi
1060
1061
1062    # GET THE GLOBAL REVISION-NUMBER OF THE SVN-REPOSITORY
1063    # (HANDED OVER TO RESTART-RUNS USING OPTION -G)
1064 if [[ "$global_revision" = ""  &&  $host != "ibmkisti" ]]
1065 then
1066    global_revision=`svnversion $source_path  2>/dev/null`
1067    global_revision="Rev: $global_revision"
1068 fi
1069
1070
1071    # ??? das darf doch eigentlich garnicht passieren, weil optionen config-datei uebersteuern ???
1072    # CHECK AGAIN, IF EXECUTION SHALL BE DONE ON A REMOTE-HOST (BATCH-JOB).
1073    # (HOST MAY HAVE CHANGED DUE TO SETTINGS IN THE CONFIGURATION-FILE)
1074 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
1075 then
1076    do_batch=true
1077    do_remote=true
1078    case  $host  in
1079        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|lcbullhh|lccrayb|lccrayh|lccrayf|lceddy|lckyoto|lcocean|nech|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb)  true;;
1080        (*)  printf "\n"
1081             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
1082             printf "\n      is not available"
1083             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
1084    esac
1085 else
1086    host=$localhost
1087 fi
1088
1089
1090
1091    # IN CASE OF PARALLEL EXECUTION, CHECK SOME SPECIFICATIONS CONCERNING PROCESSOR NUMBERS
1092 if [[ "$cond1" = parallel  ||  "$cond2" = parallel ]]
1093 then
1094
1095       # CHECK, IF NUMBER OF CORES TO BE USED HAS BEEN GIVEN
1096    if [[ ! -n $numprocs ]]
1097    then
1098       printf "\n"
1099       printf "\n  +++ option \"-K parallel\" requires additional specification"
1100       printf "\n      of the number of processors to be used by"
1101       printf "\n      mrun-option \"-X\" or by environment-variable"
1102       printf "\n      \"numprocs\" in the configuration file"
1103       locat=numprocs; (( iec = 0 )); exit 
1104    fi
1105
1106       # CHECK, IF THE NUMBER OF CORES PER NODE HAS BEEN GIVEN UND IF IT IS AN
1107       # INTEGRAL DIVISOR OF THE TOTAL NUMBER OF CORES GIVEN BY OPTION -X
1108    if [[ "$tasks_per_node" = ""  &&  $host != lcxt5m ]]
1109    then
1110       printf "\n"
1111       printf "\n  +++ option \"-T\" (tasks per node) is missing"
1112       printf "\n      set -T option or define tasks_per_node in the config file"
1113       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1114    fi
1115
1116    if (( numprocs < tasks_per_node ))
1117    then
1118       printf "\n"
1119       printf "\n  +++ tasks per node (-T) cannot exceed total number of processors (-X)"
1120       printf "\n      given values: -T $tasks_per_node  -X $numprocs"
1121       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1122    fi
1123
1124    if [[ $host != lcxt5m ]]
1125    then
1126       (( nodes = numprocs / ( tasks_per_node * threads_per_task ) ))
1127       (( ival = $tasks_per_node ))
1128       (( pes = numprocs ))
1129       (( ii = pes / ival ))
1130       (( remaining_pes =  pes - ii * ival ))
1131       if (( remaining_pes > 0 ))
1132       then
1133          printf "\n"
1134          printf "\n  +++ WARNING: tasks per node (option \"-T\") is not an integral"
1135          printf "\n      divisor of the total number of processors (option \"-X\")"
1136          printf "\n      values of this mrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $numprocs\""
1137          printf "\n      One of the nodes is filled with $remaining_pes instead of $tasks_per_node tasks"
1138          (( nodes = nodes + 1 ))
1139       fi
1140    fi
1141
1142
1143       # SETTINGS FOR SUBJOB-COMMAND
1144    OOPT="-O $threads_per_task"
1145
1146       # SET THE TOTAL NUMBER OF NODES, REQUIRED FOR THE SUBJOB-COMMAND (SEE FURTHER BELOW)
1147    if [[ "$tasks_per_node" != "" ]]
1148    then
1149       TOPT="-T $tasks_per_node"
1150    fi
1151
1152       # CHECK node_usage FOR ALLOWED VALUES AND SET DEFAULT VALUE, IF NECESSARY
1153    if [[ $node_usage = default ]]
1154    then
1155       if [[ $host = ibms ]]
1156       then
1157          node_usage=shared
1158       else
1159          node_usage=not_shared
1160       fi
1161    fi
1162
1163    if [[ $node_usage != shared  &&  $node_usage != not_shared  &&  $node_usage != singlejob  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla" ]]
1164    then
1165       printf "\n"
1166       printf "\n  +++ node usage (option \"-n\") is only allowed to be set"
1167       printf "\n      \"shared\" or \"not_shared\""
1168       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1169    fi
1170
1171 fi
1172
1173    # CHECK IF HOSTFILE EXISTS
1174 if [[ -n $hostfile ]]
1175 then
1176    if [[ ! -f $hostfile ]]
1177    then
1178       printf "\n"
1179       printf "\n  +++ hostfile \"$hostfile\" does not exist"
1180       locat=hostfile; exit
1181    fi
1182 fi
1183
1184
1185    # SET DEFAULT VALUE FOR THE MAXIMUM NUMBER OF PARALLEL IO STREAMS
1186 if [[ "$maximum_parallel_io_streams" = "" ]]
1187 then
1188    maximum_parallel_io_streams=$numprocs
1189 fi
1190
1191
1192    # SET PORT NUMBER OPTION FOR CALLS OF SSH/SCP, subjob AND batch_scp SCRIPTS
1193 if [[ "$scp_port" != "" ]]
1194 then
1195    PORTOPT="-P $scp_port"
1196    SSH_PORTOPT="-p $scp_port"
1197 fi
1198
1199
1200    # DETERMINE THE SSH-OPTION IN CASE THAT AN SSH-KEY IS EXPLICITLY GIVEN IN THE
1201    # CONFIG-FILE
1202 if [[ "$ssh_key" != "" ]]
1203 then
1204    ssh_key="-i $HOME/.ssh/$ssh_key"
1205 fi
1206
1207
1208    # SET DEFAULT-QUEUE, IF NOT GIVEN
1209 if [[ $queue = none ]]
1210 then
1211    case  $host  in
1212        (ibmh)       queue=cluster;;
1213        (ibmkisti)   queue=class.32plus;;
1214        (lcbullhh)   queue=compute;;
1215        (lccrayb)    queue=mpp1q;;
1216        (lccrayh)    queue=mpp1q;;
1217        (lckiaps)    queue=normal;;
1218        (lckyoto)    queue=ph;;
1219        (lckyuh)     queue=fx-single;;
1220        (lckyut)     queue=cx-single;;
1221        (lctit)      queue=S;;
1222        (nech)       queue=none;;
1223        (unics)      queue=unics;;
1224    esac
1225 fi
1226
1227
1228    # GENERATE FULL FILENAMES OF INPUT-FILES, INCLUDING THEIR PATH
1229    # CHECK, IF INPUT-FILES EXIST, AND DETERMINE HIGHEST CYCLE NUMBER (IF CYCLES EXIST)
1230 (( i = 0 ))
1231 while (( i < iin ))
1232 do
1233    (( i = i + 1 ))
1234    (( maxcycle = 0 ))
1235
1236       # GENERATE PATH AND FULL FILE NAME (then-BRANCH: FIXED FULL NAME IS GIVEN, I.E. THE
1237       # FILE IDENTIFIER IS NOT PART OF THE FILENAME))
1238    if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1239    then
1240       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${endin[$i]}  # EVALUATE REMOTE-PATH ON THE REMOTE
1241                                                    # HOST ONLY
1242       eval filename=${pathin[$i]}/${endin[$i]}
1243    else
1244       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}  # EVALUATE REMOTE-PATH ON THE REMOTE
1245                                                             # HOST ONLY
1246       eval filename=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}
1247    fi
1248    eval pathname=${pathin[$i]}
1249
1250       # CHECK IF FILE EXISTS
1251    if ! ls $filename* 1>/dev/null 2>&1
1252    then
1253
1254          # FILES WITH ATTRIBUTE locopt ARE OPTIONAL. NO ABORT, IF THEY DO NOT EXIST.
1255       if [[ "${transin[$i]}" != "locopt" ]]
1256       then
1257          printf "\n\n  +++ INPUT-file: "
1258          if [[ "${extin[$i]}" = "" ]]
1259          then
1260             printf "\n           $filename"
1261          else
1262             printf "\n           $filename.${extin[$i]}"
1263          fi
1264          printf "\n      does not exist\n"
1265          locat=input; exit
1266       else
1267          transin[$i]="unavailable"
1268       fi
1269    else
1270
1271          # DETERMINE THE FILE'S CYCLE NUMBER
1272       ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1273       ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1274       while  read zeile
1275       do
1276          cycle=$(echo $zeile | cut -f2 -d".")
1277          if [[ "$cycle" = "$zeile" ]]
1278          then
1279             (( icycle = 0 ))
1280          elif [[ "$cycle" = "${extin[$i]}" ]]
1281          then
1282             (( icycle = 0 ))
1283          else
1284             (( icycle = $cycle ))
1285          fi
1286          if (( icycle > maxcycle ))
1287          then
1288             (( maxcycle = icycle ))
1289             file_to_be_used=$zeile
1290          fi
1291       done <filelist
1292       rm filelist
1293
1294          # APPEND CYCLE NUMBER TO FILENAME
1295       if (( maxcycle > 0 ))
1296       then
1297          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1298          then
1299             filename=${filename}.$maxcycle.${extin[$i]}
1300          else
1301             filename=${filename}.$maxcycle
1302          fi
1303       else
1304          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1305          then
1306             filename=${filename}.${extin[$i]}
1307          fi
1308       fi
1309       
1310          # STORE FILENAME WITHOUT PATH BUT WITH CYCLE NUMBER,
1311          # BECAUSE IT MIGHT BE REQUIRED LATER TO RESTORE THE FILE FROM AN ARCHIVE-SYSTEM
1312       absnamein[$i]=$filename
1313       if (( maxcycle > 0 ))
1314       then
1315          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1316          then
1317             frelin[$i]=${endin[$i]}.$maxcycle
1318          else
1319             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}.$maxcycle
1320          fi
1321       else
1322          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1323          then
1324             frelin[$i]=${endin[$i]}
1325          else
1326             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}
1327          fi
1328       fi
1329
1330    fi
1331 done
1332   
1333    # GENERATE FULL FILENAMES OF OUTPUT-FILES (WITHOUT $ OR ~),
1334    # CHECK, IF OUTPUT-FILES EXIST, AND DETERMINE HIGHEST CYCLE NUMBER (IF CYCLES EXIST),
1335    # OR, IN CASE THAT FILE DOES NOT EXIST, CHECK, IF IT CAN BE CREATED 
1336    # THESE ACTIONS ARE NOT CARRIED OUT, IF FILES SHALL BE TRASFERRED FROM THE REMOTE TO
1337    # THE LOCAL HOST (BECAUSE THEIR IS NO DIRECT ACCESS TO THE LOCAL DIRECTORIES FROM THE
1338    # REMOTE HOST)
1339 (( i = 0 ))
1340 while (( i < iout ))
1341 do
1342    (( i = i + 1 ))
1343    if [[ ! ( $fromhost != $localhost  &&  ( "${actionout[$i]}" = tr || "${actionout[$i]}" = tra || "${actionout[$i]}" = trpe ) ) ]]
1344    then
1345       if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
1346       then
1347          actionout[$i]=""
1348       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe ]]
1349       then
1350          actionout[$i]=pe
1351       elif [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
1352       then
1353          actionout[$i]=a
1354       fi
1355       (( maxcycle = 0 ))
1356       eval filename=${pathout[$i]}/${fname}${endout[$i]}
1357       eval catalogname=${pathout[$i]}
1358       if ! ls $filename* 1>/dev/null 2>&1
1359       then
1360     
1361             # IF OUTPUT-FILE DOES NOT EXIST CHECK, IF IT CAN BE CREATED
1362          if  cat /dev/null > $filename 
1363          then
1364             rm  $filename
1365          else
1366
1367                # CHECK, IF THE DIRECTORY WHERE FILE SHALL BE COPIED TO EXISTS
1368                # IF IT DOES NOT EXIST, TRY TO CREATE IT
1369             if [[ ! -d $catalogname ]]
1370             then
1371                if  mkdir -p  $catalogname
1372                then
1373                   printf "\n\n  *** directory:"
1374                   printf "\n           $catalogname"
1375                   printf "\n      was created\n"
1376                else
1377                   printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1378                   printf "\n           $filename"
1379                   printf "\n      cannot be created, because directory does not exist"
1380                   printf "\n      and cannot be created either"
1381                   printf "\n"
1382                   locat=output  ; exit
1383                fi 2>/dev/null
1384             else
1385                printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1386                printf "\n           $filename"
1387                printf "\n      cannot be created, although directory exists"
1388                printf "\n"
1389                locat=output  ; exit
1390             fi
1391          fi 2>/dev/null
1392       else
1393
1394             # DETERMINE THE CYCLE NUMBER
1395          ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1396          ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1397          while  read zeile
1398          do
1399             cycle=$(echo $zeile | cut -f2 -d".")
1400             if [[ "$cycle" = "$zeile"  ||  "$cycle" = ${extout[$i]} ]]
1401             then
1402                (( icycle = 1 ))
1403             else
1404                (( icycle = $cycle + 1 ))
1405             fi
1406             if (( icycle > maxcycle ))
1407             then
1408                (( maxcycle = icycle ))
1409             fi
1410          done <filelist
1411          rm filelist
1412       fi
1413
1414          # APPEND CYCLE NUMBER TO FILENAME AND CHECK, IF FILE CAN BE CREATED
1415          # IN CASE OF FILE-APPEND, FILE MUST BE APPENDED TO THE ONE WITH HIGHEST CYCLE NUMBER
1416       if [[ "${actionout[$i]}" != a ]]
1417       then
1418          if (( maxcycle > 0 ))
1419          then
1420             filename=${filename}.$maxcycle
1421             if  cat /dev/null > $filename 
1422             then
1423                rm  $filename
1424             else
1425                printf "\n  +++ OUTPUT-file:"
1426                printf "\n           $filename"
1427                printf "\n      cannot be created"
1428                locat=output  ; exit
1429             fi
1430          fi
1431       else
1432          (( maxcycle = maxcycle - 1 ))
1433          if (( maxcycle > 0 ))
1434          then
1435             filename=${filename}.$maxcycle
1436          fi
1437       fi
1438       
1439          # STORE FILENAME WITHOUT PATH BUT WITH CYCLE NUMBER,
1440          # BECAUSE IT MIGHT BE REQUIRED LATER TO STORE THE FILE ON AN ARCHIVE-SYSTEM
1441          # OR TO PUT THIS FILENAME ON FILE OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
1442       pathout[$i]=$filename
1443       if (( maxcycle > 0 ))
1444       then
1445          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}.$maxcycle
1446       else
1447          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}
1448       fi
1449
1450    fi
1451 done
1452
1453
1454     # THE DVR-PACKAGE REQUIRES ITS OWN LIBRARY
1455 if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
1456 then
1457    if [[ "$dvr_inc" = "" ]]
1458    then
1459       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_inc\" given in configuration file"
1460       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1461       locat=dvr; exit
1462    fi
1463    if [[ "$dvr_lib" = "" ]]
1464    then
1465       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_lib\" given in configuration file"
1466       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1467       locat=dvr; exit
1468    fi
1469 fi
1470
1471
1472     # CHECK, WETHER A MAIN PROGRAM OR AN EXECUTABLE HAVE BEEN DECLARED.
1473     # EXECUTABLES DO NOT NEED TO BE COMPILED.
1474 if [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" = "" ]]
1475 then
1476    printf "\n  +++ neither main program nor executable defined"
1477    locat=source; exit
1478 elif [[ "$mainprog" != ""  &&  "$executable" != "" ]]
1479 then
1480    printf "\n  +++ main program as well as executable defined"
1481    locat=source; exit
1482 elif [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" != "" ]]
1483 then
1484    do_compile=false
1485 fi
1486
1487
1488    # CREATE SOURCE-DIRECTORY TO COLLECT ROUTINES TO BE COMPILED.
1489    # LATER THE MRUN-SCRIPT AND CONFIGURATION-FILE WILL ALSO BE COPIED TO THIS DIRECTORY.
1490 if [[ $restart_run != true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1491 then
1492    rm -rf  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1493    mkdir   SOURCES_FOR_RUN_$fname
1494 fi
1495
1496
1497    # COLLECT ALL ROUTINES TO BE COMPILED
1498    # THIS IS NOT REQUIRED WITHIN BATCH-JOBS, BECAUSE ROUTINES HAVE ALREADY BEEN COLLECTED
1499    # BY THE MRUN-CALL WHICH CREATED THE BATCH-JOB.
1500 if [[ $do_compile = true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1501 then
1502
1503    [[ "$source_list" = LM ]]  &&  source_list=LOCALLY_MODIFIED
1504
1505    if [[ "$source_list" = LOCALLY_MODIFIED ]]
1506    then
1507
1508          # DETERMINE MODIFIED FILES OF THE SVN WORKING COPY
1509       source_list=""
1510       cd  $source_path
1511
1512
1513          # CHECK, IF DIRECTORY IS UNDER SVN CONTROL
1514       if [[ ! -d .svn ]]
1515       then
1516          printf "\n\n  +++ source directory"
1517          printf "\n         \"$source_path\" "
1518          printf "\n         is not under control of \"subversion\"."
1519          printf "\n         Please do not use mrun-option \"-s LOCALLY_MODIFIED\"\n"
1520       fi
1521
1522
1523          # LIST ALL MODIFIED SOURCE CODE FILES
1524       Filenames=""
1525       svn status  >  tmp_mrun
1526       while  read line
1527       do
1528          firstc=`echo $line | cut -c1`
1529          if [[ $firstc = M  ||  $firstc = "?" ]]
1530          then
1531             Name=`echo "$line" | cut -c8-`
1532             extension=`echo $Name | cut -d. -f2`
1533             if [[ "$extension" = f90 || "$extension" = F90 || "$extension" = f || "$extension" = F || "$extension" = c ]]
1534             then
1535                Filenames="$Filenames "$Name
1536             fi
1537          fi
1538       done < tmp_mrun
1539
1540
1541          # COPY FILES TO SOURCES_FOR_RUN_...
1542       for  dateiname  in  $Filenames
1543       do
1544          cp  $dateiname  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1545          source_list=$source_list"$dateiname "
1546       done
1547
1548       cd -  > /dev/null
1549
1550
1551       # COPY FILES GIVEN BY OPTION -s TO DIRECTORY SOURCES_FOR_RUN_...
1552       # AUTOMATIC RESTART RUNS JUST ACCESS THE DIRECTORY CREATED BY THE INITIAL RUN
1553    elif [[ "$source_list" != ""  &&  $restart_run != true ]]
1554    then
1555
1556       cd  $source_path
1557
1558       for  filename  in  $source_list
1559       do
1560
1561             # SOURCE CODE FILE IS NOT ALLOWED TO INCLUDE PATH
1562          if [[ $(echo $filename | grep -c "/") != 0 ]]
1563          then
1564             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1565             printf "\n      must not contain (\"/\") "
1566             locat=source; exit
1567          fi
1568
1569          if [[ ! -f $filename ]]
1570          then
1571             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1572             printf "\n      does not exist"
1573             locat=source; exit
1574          else
1575             cp  $filename  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1576          fi
1577
1578       done
1579
1580       cd -  > /dev/null
1581
1582    fi
1583
1584
1585       # CHECK, IF A MAIN PROGRAM EXISTS AND IF IT IS PART OF THE LIST OF FILES
1586       # TO BE COMPILED. IF NOT, ADD IT TO THE LIST.
1587    if [[ $restart_run != true ]]
1588    then
1589
1590       if [[ ! -f "$source_path/$mainprog" ]]
1591       then
1592          printf "\n\n  +++ main program:  $mainprog"
1593          printf "\n      does not exist in source directory"
1594          printf "\n      \"$source_path\"\n"
1595          locat=source; exit
1596       else
1597          if [[ $(echo $source_list | grep -c $mainprog) = 0 ]]
1598          then
1599             cp  $source_path/$mainprog  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1600             source_list=${mainprog}" $source_list"
1601          fi
1602       fi
1603    fi
1604
1605
1606       # CHECK, IF MAKEFILE EXISTS AND COPY IT TO THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY
1607       # NOT REQUIRED FOR RESTART RUNS, SOURCES_FOR_RUN... HAS BEEN CREATED BY THE INITIAL RUN
1608    if [[ "$restart_run" != true ]]
1609    then
1610       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
1611       if [[ ! -f $makefile ]]
1612       then
1613          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
1614          locat=make; exit
1615       else
1616          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
1617       fi
1618    fi
1619
1620
1621       # COPY FILES FROM OPTIONAL SOURCE PATH GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
1622    if [[ $restart_run != true  &&  "$add_source_path" != "" ]]
1623    then
1624
1625          # DOES THE DIRECTORY EXIST?
1626       if [[ ! -d $add_source_path ]]
1627       then
1628          printf "\n\n  *** INFORMATIVE: additional source code directory"
1629          printf "\n      \"$add_source_path\" "
1630          printf "\n      does not exist or is not a directory."
1631          printf "\n      No source code will be used from this directory!\n"
1632          add_source_path=""
1633          if [[ $silent == false ]]
1634          then
1635             sleep 3
1636          fi
1637       else
1638
1639          cd $add_source_path
1640          found=false
1641
1642          Names=$(ls -1 *.f90 2>&1)
1643          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$Names"
1644          Names=$(ls -1 *.F90 2>&1)
1645          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1646          Names=$(ls -1 *.F 2>&1)
1647          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1648          Names=$(ls -1 *.f 2>&1)
1649          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1650          Names=$(ls -1 *.c 2>&1)
1651          [[ $(echo $Names | grep -c '*.c') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1652
1653          cd -  > /dev/null
1654          cd  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1655
1656             # COPY MAKEFILE IF EXISTING
1657          if [[ -f $add_source_path/Makefile ]]
1658          then
1659             printf "\n\n  *** user Makefile from directory"
1660             printf "\n      \"$add_source_path\" is used \n"
1661             if [[ $silent == false ]]
1662             then
1663                sleep 1
1664             fi
1665             cp  $add_source_path/Makefile  .
1666          fi
1667
1668          for  dateiname  in  $AddFilenames
1669          do
1670             if [[ -f $dateiname ]]
1671             then
1672                printf "\n  +++ source code file \"$dateiname\" found in additional"
1673                printf "\n      source code directory \"$add_source_path\" "
1674                printf "\n      but was also given with option \"-s\" which means that it should be taken"
1675                printf "\n      from directory \"$source_path\"."
1676                locat=source; exit
1677             fi
1678
1679             cp  $add_source_path/$dateiname  .
1680             source_list="$source_list $dateiname"
1681
1682                # CHECK IF FILE IS CONTAINED IN MAKEFILE
1683             if [[ $(grep -c $dateiname Makefile) = 0 ]]
1684             then
1685                printf "\n\n  +++ user file \"$dateiname\" "
1686                printf "\n      is not listed in Makefile \n"
1687                locat=source; exit
1688             else
1689
1690                if [[ $found = false ]]
1691                then
1692                   found=true
1693                   printf "\n\n  *** following user file(s) added to the"
1694                   printf " files to be translated:\n      "
1695                fi
1696                printf "$dateiname  "
1697                if [[ $silent == false ]]
1698                then
1699                   sleep 0.5
1700                fi
1701
1702             fi
1703          done
1704          [[ $found = true ]]  &&  printf "\n"
1705          cd -  > /dev/null
1706       fi
1707    fi
1708
1709
1710       # ADD ALL ROUTINES BELONGING TO SOFTWARE PACKAGES (GIVEN BY OPTION -p)
1711       # TO THE LIST OF FILES TO BE COMPILED
1712    if [[ $restart_run != true  &&  -n $package_list ]]
1713    then
1714
1715       cd  $source_path
1716
1717       for  package  in  $package_list
1718       do
1719
1720          [[ $package = "dvrp_graphics+1PE" ]]  &&  package=dvrp_graphics
1721
1722             # DETERMINE FILES BELONGING TO THE PACKAGE
1723             # ERROR MESSAGE ARE REDIRECTED TO /dev/null, BECAUSE WILDCARD (*) ALSO GIVES
1724             # THE NAME OF THE DIRECTORY
1725          package_source_list=`grep "defined( __$package " * 2>/dev/null | cut -f1 -d:`
1726
1727
1728             # ADD THESE FILES TO THE LIST OF FILES TO BE COMPILED,
1729             # IF THEY ARE NOT ALREADY PART OF THE LIST
1730          for  source_list_name  in  $package_source_list
1731          do
1732             if [[ $(echo $source_list | grep -c $source_list_name) = 0 ]]
1733             then
1734
1735                    # ONLY TAKE FILES WITH VALID SUFFIX
1736                ending=`echo $source_list_name | cut -f2 -d.`
1737                if [[ "$ending" = f90  ||  "$ending" = F90  ||  "$ending" = f  ||  "$ending" = F  ||  "$ending" = c ]]
1738                then
1739                   cp  $source_list_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1740                   source_list="$source_list $source_list_name"
1741                fi
1742             fi
1743          done
1744       done
1745
1746       cd -  > /dev/null
1747    fi
1748
1749 fi  # do_compile=true
1750
1751
1752    # IF SOURCE CODE IS TO BE COMPILED, DO SOME MORE CHECKS
1753    # AND SET PRE-PROCESSOR DIRECTIVES
1754 if [[ $do_compile = true  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
1755 then
1756
1757       # SET PREPROCESSOR-DIRECTIVES TO SELECT OPERATING SYSTEM SPECIFIC CODE
1758    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1759    then
1760       cpp_options="${cpp_options},-D__ibm=__ibm"
1761    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = nec ]]
1762    then
1763       cpp_options="$cpp_options -D__nec"
1764    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-2) = lc ]]
1765    then
1766       cpp_options="$cpp_options -D__lc"
1767    else
1768       cpp_options="$cpp_options -D__$localhost"
1769    fi
1770
1771       # SET DIRECTIVES GIVEN BY OPTION -K (E.G. parallel)
1772    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1773    then
1774       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond1=__$cond1"
1775       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond2=__$cond2"
1776    else
1777       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond1"
1778       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond2"
1779    fi
1780
1781       # SET DIRECTIVES FOR ACTIVATING SOFTWARE-PACKAGES (OPTION -p)
1782    if [[ -n $package_list ]]
1783    then
1784       for  package  in  $package_list
1785       do
1786          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1787          then
1788             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1789             then
1790                cpp_options="${cpp_options},-D__$package=__$package"
1791             else
1792                cpp_options="${cpp_options},-D__dvrp_graphics=__dvrp_graphics"
1793                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1794             fi
1795          else
1796             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1797             then
1798                cpp_options="$cpp_options -D__$package"
1799             else
1800                cpp_options="$cpp_options -D__dvrp_graphics"
1801                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1802             fi
1803          fi
1804       done
1805    fi
1806
1807       # SET DIRECTIVES GIVEN BY OPTION -D
1808    if [[ -n $cpp_opts ]]
1809    then
1810       for  popts  in  $cpp_opts
1811       do
1812          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1813          then
1814             cpp_options="${cpp_options},-D__$popts=__$popts"
1815          else
1816             cpp_options="$cpp_options -D__$popts"
1817          fi
1818       done
1819    fi
1820
1821 else
1822
1823
1824       # FOR LOCAL RUNS CHECK AGAIN, IF EXECUTABLE EXISTS
1825    if [[ $do_remote = false ]]
1826    then
1827       if [[ ! -f $executable ]]
1828       then
1829          printf "\n  +++ executable file:  $executable"
1830          printf "\n      does not exist"
1831          locat=executable; exit
1832       fi
1833    fi
1834 fi
1835
1836
1837    # DETERMINE THE JOB MODE
1838 if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1839 then
1840    if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
1841    then
1842       batch_job=.TRUE.
1843       jobmo=BATCH
1844    else
1845       batch_job=.FALSE.
1846       jobmo=INTERACTIVE
1847    fi 
1848 else
1849    if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH  ||  "$PJM_ENVIRONMENT" = BATCH ]]
1850    then
1851       batch_job=.TRUE.
1852       jobmo=BATCH
1853    else
1854       batch_job=.FALSE.
1855       jobmo=INTERACTIVE
1856    fi
1857 fi
1858
1859    # NO INTERACTIVE RUNS ALLOWED ON LCTIT
1860 if [[ $host = lctit  &&  $jobmo = INTERACTIVE  &&  $do_batch = false ]]
1861 then
1862    printf "\n  +++ no interactive runs allowed on host \"$host\" "
1863    printf "\n      please submit batch job using mrun option \"-b\" \n"
1864    locat=normal; exit
1865 fi
1866
1867
1868    # CHECK, IF USER DEFINED A COMPILER
1869 if [[ "$compiler_name" = "" ]]
1870 then
1871
1872    printf "\n  +++ no compiler specified for \"$host $cond1 $cond2\""
1873    locat=compiler_name; exit
1874
1875 fi
1876
1877
1878    # DETERMINE THE NAME OF MRUN'S TEMPORARY WORKING DIRECTORY
1879
1880    # ON HLRN-III, USE THE QUEUING NAME. OTHERWISE USE USERNAME AND RANDOM NUMBER
1881 if [[ $do_batch = false && $(echo $host | cut -c1-6) = lccray ]]
1882 then
1883    kennung=$(checkjob $PBS_JOBID | grep Reservation | cut -d" " -s -f2 | cut -d"." -s -f2 | sed "s/['\"]//g")
1884    if [[ "$kennung" = "" ]]
1885    then
1886       kennung=$RANDOM
1887    fi
1888 else
1889    kennung=$RANDOM
1890 fi
1891
1892 if [[ "$tmp_user_catalog" = "" ]]
1893 then
1894    if [[ $localhost = ibmh ]]
1895    then
1896       tmp_user_catalog=$SCRATCH
1897    elif [[ $localhost = nech ]]
1898    then
1899       tmp_user_catalog=$WRKSHR
1900    else
1901       tmp_user_catalog=/tmp
1902    fi
1903 fi
1904 TEMPDIR=$tmp_user_catalog/${usern}.$kennung
1905
1906
1907    # DETERMINE THE NAME OF THE DIRECTORY WHICH IS USED TO TEMPORARILY STORE DATA FOR RESTART RUNS
1908 if [[ "$tmp_data_catalog" = "" ]]
1909 then
1910    if [[ $localhost = nech ]]
1911    then
1912       tmp_data_catalog=$WRKSHR/mrun_restart_data
1913    else
1914       tmp_data_catalog=/tmp/mrun_restart_data
1915    fi
1916 fi
1917
1918
1919    # IN CASE OF LOCAL RUNS REPLACE ENVIRONMENT VARIABLES BY THEIR VALUES
1920 if [[ $do_remote = false  &&  $do_compile = true  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
1921 then
1922    eval  fopts=\"$fopts\"
1923    eval  lopts=\"$lopts\"
1924 fi
1925
1926
1927    # DETERMINE COMPILE- AND LINK-OPTIONS
1928 fopts="$fopts $netcdf_inc $fftw_inc $dvr_inc"
1929 lopts="$lopts $netcdf_lib $fftw_lib $dvr_lib"
1930 XOPT="-X $numprocs"
1931
1932
1933    # CHECK THE CPU-LIMIT. IT MUST BE GIVEN FOR BATCH-JOBS AND IS COMMUNICATED TO THE
1934    # EXECUTABLE VIA NAMELIST-PARAMETER cputime
1935 done=false
1936 while [[ $done = false ]]
1937 do
1938    cputime=$cpumax
1939    if (( $cputime == 0 ))
1940    then
1941       if [[ $do_batch = true ]]
1942       then
1943          printf "\n  +++ cpu-time is undefined"
1944          printf "\n  >>> Please type CPU-time in seconds as INTEGER:"
1945          printf "\n  >>> "
1946          read  cputime  1>/dev/null  2>&1
1947       else
1948          cputime=10000000   # NO CPU LIMIT FOR INTERACTIVE RUNS
1949       fi
1950    else
1951       done=true
1952    fi
1953    cpumax=$cputime
1954 done
1955
1956 (( minuten = cputime / 60 ))
1957 (( sekunden = cputime - minuten * 60 ))
1958
1959
1960    # CHECK THE MEMORY DEMAND
1961 if [[ $do_batch = true ]]
1962 then
1963    done=false
1964    while [[ $done = false ]]
1965    do
1966       if (( memory == 0 ))
1967       then
1968          printf "\n  +++ memory demand is undefined"
1969          printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
1970          printf "\n  >>> "
1971          read  memory  1>/dev/null  2>&1
1972       else
1973          done=true
1974       fi
1975    done
1976 fi
1977
1978
1979    # IN CASE OF REMOTE-JOBS CHECK, IF A USERNAME FOR THE REMOTE HOST IS GIVEN
1980 if [[ $do_remote = true  &&  -z $remote_username ]]
1981 then
1982    while [[ -z $remote_username ]]
1983    do
1984       printf "\n  +++ username on remote host \"$host\" is undefined"
1985       printf "\n  >>> Please type username:"
1986       printf "\n  >>> "
1987       read  remote_username
1988    done
1989    mc="$mc -u$remote_username"
1990 fi
1991
1992    # CHECK FOR INITIAL COMMANDS AFTER LOGIN
1993 if [[ "$login_init_cmd" != "" ]]
1994 then
1995    export init_cmds="${login_init_cmd};"
1996 fi
1997
1998
1999    # SET THE MODULE-LOAD COMMAD AND EXPORT IT FOR subjob
2000 if [[ "$modules" != "" ]]
2001 then
2002    if [[ $host = lctit ]]
2003    then
2004       export module_calls=". $modules"
2005    else
2006       export module_calls="module load ${modules};"
2007    fi
2008 fi
2009
2010    # OUTPUT OF THE MRUN-HEADER
2011 calltime=$(date)
2012 printf "\n"
2013 printf "#------------------------------------------------------------------------# \n"
2014 printf "| %-35s%35s | \n" "$version" "$calltime"
2015 printf "|                                                                        | \n"
2016 spalte1="called on:"; spalte2=$localhost_realname
2017 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2018 if [[ $do_remote = true ]]
2019 then
2020    spalte1="execution on:"; spalte2="$host (username: $remote_username)"
2021 else
2022    spalte1="execution on:"; spalte2="$host ($localhost_realname)"
2023 fi
2024 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2025 if [[ -n $numprocs ]]
2026 then
2027    if [[ $run_coupled_model = false ]]
2028    then
2029       spalte1="number of PEs:"; spalte2=$numprocs
2030    else
2031       spalte1="number of PEs:"; spalte2="$numprocs  (atmosphere: $numprocs_atmos, ocean: $numprocs_ocean)"
2032    fi
2033    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2034 fi
2035 if [[ -n $tasks_per_node ]]
2036 then
2037    spalte1="tasks per node:"; spalte2="$tasks_per_node (number of nodes: $nodes)"
2038    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2039    if (( remaining_pes > 0 ))
2040    then
2041       spalte1=" "; spalte2="one of the nodes only filled with $remaining_pes tasks"
2042       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2043    fi
2044 fi
2045 if [[ $maximum_parallel_io_streams != $numprocs ]]
2046 then
2047    spalte1="max par io streams:"; spalte2="$maximum_parallel_io_streams"
2048    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2049 fi
2050 if [[ $use_openmp = true ]]
2051 then
2052    spalte1="threads per task:"; spalte2="$threads_per_task"
2053    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2054 fi
2055 printf "|                                                                        | \n"
2056 if [[ $do_compile = true ]]
2057 then
2058    if [[ "$mopts" != "" ]]
2059    then
2060       spalte1="make options:"; spalte2=$(echo "$mopts" | cut -c-45)
2061       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2062       zeile=$(echo "$mopts" | cut -c46-)
2063       while [[ "$zeile" != "" ]]
2064       do
2065          spalte1=""
2066          spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2067          printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2068          zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2069       done
2070    fi
2071
2072    spalte1="cpp directives:"; spalte2=$(echo "$cpp_options" | cut -c-45)
2073    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2074    zeile=$(echo "$cpp_options" | cut -c46-)
2075    while [[ "$zeile" != "" ]]
2076    do
2077       spalte1=""
2078       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2079       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2080       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2081    done
2082
2083    spalte1="compiler options:"; spalte2=$(echo "$fopts" | cut -c-45)
2084    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2085    zeile=$(echo "$fopts" | cut -c46-)
2086    while [[ "$zeile" != "" ]]
2087    do
2088       spalte1=""
2089       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2090       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2091       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2092    done
2093
2094    spalte1="linker options:"; spalte2=$(echo "$lopts" | cut -c-45)
2095    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2096    zeile=$(echo "$lopts" | cut -c46-)
2097    while [[ "$zeile" != "" ]]
2098    do
2099       spalte1=""
2100       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2101       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2102       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2103    done
2104
2105    spalte1="modules to be load:"; spalte2=$(echo "$modules" | cut -c-45)
2106    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2107    zeile=$(echo "$modules" | cut -c46-)
2108    while [[ "$zeile" != "" ]]
2109    do
2110       spalte1=""
2111       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2112       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2113       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2114    done
2115
2116    spalte1="main program:"; spalte2=$mainprog
2117    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2118 else
2119    spalte1=executable:; spalte2=$executable
2120    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2121 fi
2122 printf "|                                                                        | \n"
2123 spalte1="base name of files:"; spalte2=$fname
2124 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2125 if [[ $fname != $afname ]]
2126 then
2127    spalte1="base name of input files:"; spalte2=$afname
2128    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2129 fi
2130 spalte1="INPUT control list:"; spalte2=$(echo $input_list)
2131 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2132 spalte1="OUTPUT control list:"; spalte2=$(echo $output_list)
2133 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2134
2135 if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
2136 then
2137    printf "| %-35s%-35s | \n" "suffix \"_O\" is added to local files" " "
2138 fi
2139
2140 if [[ $do_batch = true  ||  "$LOADLBATCH" = yes ]]
2141 then
2142    spalte1="memory demand / PE":; spalte2="$memory MB"
2143    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2144    spalte1=CPU-time:; spalte2="$minuten:$sekunden"
2145    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2146 fi
2147
2148 if [[ $do_compile = true ]]
2149 then
2150    printf "|                                                                        | \n"
2151    printf "| Files to be compiled:                                                  | \n"
2152    zeile=$source_list
2153    while [[ "$zeile" != "" ]]
2154    do
2155       linestart=$(echo $zeile | cut -c-70)
2156       printf "| %-70s | \n" "$linestart"
2157       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c71-)
2158    done
2159 fi
2160 printf "#------------------------------------------------------------------------#"
2161
2162
2163
2164    # OUTPUT OF FILE CONNECTIONS IN CASE OF TRACEBACK
2165 if [[ $do_trace = true ]]
2166 then
2167    (( i = 0 ))
2168    while (( i < iin ))
2169    do
2170       (( i = i + 1 ))
2171       if (( i == 1 ))
2172       then
2173          printf "\n\n >>> INPUT-file assignments:\n"
2174       fi
2175       printf "\n     ${localin[$i]} :  ${absnamein[$i]}"
2176    done
2177    (( i = 0 ))
2178    while (( i < iout ))
2179    do
2180       (( i = i + 1 ))
2181       if (( i == 1 ))
2182       then
2183          printf "\n\n >>> OUTPUT-file assignments:\n"
2184       fi
2185       printf "\n     ${localout[$i]} :  ${pathout[$i]}"
2186    done
2187    (( i = 0 ))
2188    while (( i < iic ))
2189    do
2190       (( i = i + 1 ))
2191       if (( i == 1 ))
2192       then
2193          printf "\n\n >>> INPUT-commands:\n"
2194       fi
2195       printf "\n     ${in_command[$i]}" 
2196    done
2197    (( i = 0 ))
2198    while (( i < ioc ))
2199    do
2200       (( i = i + 1 ))
2201       if (( i == 1 ))
2202       then
2203          printf "\n\n >>> OUTPUT-commands:\n"
2204       fi
2205       printf "\n     ${out_command[$i]}" 
2206    done
2207 fi
2208
2209    # QUERY FOR CONTINUE (ON LOCAL MACHINES ONLY)
2210 if [[ $remotecall = false  &&  $silent = false  &&  $jobmo != BATCH ]]
2211 then
2212    antwort=dummy
2213    printf "\n\n"
2214    printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2215    while  read antwort
2216    do
2217       if [[ "$antwort" != y  &&  "$antwort" != Y  &&  "$antwort" != n  &&  "$antwort" != N ]]
2218       then
2219          printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2220       else
2221          break
2222       fi
2223    done
2224    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
2225    then
2226       locat=user_abort; (( iec = 0 )); exit
2227    fi
2228    if [[ $do_batch = true ]]
2229    then
2230       printf " >>> batch-job will be created and submitted"
2231    else
2232       printf " >>> MRUN will now continue to execute on this machine"
2233    fi
2234 fi
2235
2236 
2237    # DETERMINE PATH FOR MAKE DEPOSITORY
2238 if [[ $do_batch = false  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
2239 then
2240
2241    line=""
2242    grep "%depository_path" $config_file  >  tmp_mrun
2243    while read line
2244    do
2245       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2246       then
2247          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f3)" = "" ]]
2248          then
2249             global_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2250          fi
2251       fi
2252    done < tmp_mrun
2253
2254    line=""
2255    grep  " $localhost" $config_file | grep "%depository_path"  >  tmp_mrun
2256    while read line
2257    do
2258       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2259       then
2260          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f4)" = "$cond1"  &&  "$(echo $line | cut -d" " -s -f5)" = "$cond2" ]]
2261          then
2262             local_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2263          fi
2264       fi
2265    done < tmp_mrun
2266
2267    if [[ "$local_depository_path" = "" ]]
2268    then
2269       if [[ "$global_depository_path" != "" ]]
2270       then
2271          local_depository_path=$global_depository_path
2272       else
2273          printf "\n\n  +++ no depository path found in configuration file"
2274          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
2275          printf "\n      please set \"\%depository_path\" in configuration file\n"
2276          locat=config_file; exit
2277       fi
2278    fi
2279    eval local_depository_path=$local_depository_path
2280    [[ "$cond1" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond1
2281    [[ "$cond2" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond2
2282
2283
2284    basename=`echo $mainprog | cut -f1 -d"."`
2285    eval make_depository=${local_depository_path}/${basename}_current_version.tar
2286    if [[ ! -f $make_depository ]]
2287    then
2288       printf "\n"
2289       printf "\n  *** WARNING: make depository \"$make_depository\" not found"
2290       printf "\n               \"make\" will fail, if the Makefile or other source files are missing\n"
2291    fi
2292
2293 fi
2294
2295
2296    # NOW PERFORM THOSE ACTIONS REQUIRED TO EXECUTE THE PROGRAM (PALM) ON THIS MACHINE
2297    # (COMPILING/LINKING, EXECUTING, COPYING I/O FILES)
2298 if [[ $do_batch = false ]]
2299 then
2300
2301
2302       # CREATE THE TEMPORARY WORKING DIRECTORY
2303    mkdir -p  $TEMPDIR
2304    chmod  go+rx  $TEMPDIR
2305    tmpcreate=true
2306
2307
2308       # COPY EITHER THE COMPLETE SOURCE CODE FILES TO BE COMPILED OR THE EXECUTABLE
2309       # INTO THE TEMPORARY WORKING DIRECTORY
2310    if [[ $do_compile = true ]]
2311    then
2312
2313          # ON NEC, COMPILATION IS DONE ON HOST CROSS VIA CROSS COMPILING
2314          # CREATE A TEMPORARY DIRECTORY ON THAT MACHINE (HOME MOUNTED VIA NFS)
2315       if [[ $localhost = nech ]]
2316       then
2317          TEMPDIR_COMPILE=$HOME/work/${usern}.$kennung
2318          if  mkdir -p  $TEMPDIR_COMPILE
2319          then
2320             printf "\n  *** \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2321             printf "\n      is generated as temporary directory for cross compiling\n"
2322          else
2323             printf "\n  +++ creating directory \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2324             printf "\n      needed for cross compilation failed"
2325             locat=compile
2326             exit
2327          fi
2328       else
2329          TEMPDIR_COMPILE=$TEMPDIR
2330       fi
2331
2332       cp  $make_depository  $TEMPDIR_COMPILE
2333       cd  $TEMPDIR_COMPILE
2334       tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
2335       cd -  > /dev/null
2336
2337          # DUE TO UNKNOWN REASONS, COPY WITH cp COMMAND CREATES CORRUPT
2338          # FILES ON CRAY XC30 SYSTEMS (HLRN III), rsync IS USED INSTEAD
2339       if [[ $(echo $host | cut -c1-6) = lccray ]]
2340       then
2341          rsync -av -t  SOURCES_FOR_RUN_$fname/*  $TEMPDIR_COMPILE  >  /dev/null
2342       else
2343          cp  SOURCES_FOR_RUN_$fname/*  $TEMPDIR_COMPILE  >  /dev/null
2344       fi
2345
2346    else
2347
2348       cp  $executable   ${TEMPDIR}/a.out
2349
2350    fi
2351
2352
2353       # CHANGE TO THE TEMPORARY WORKING DIRECTORY
2354    cd  $TEMPDIR
2355    printf "\n  *** changed to temporary directory: $TEMPDIR"
2356
2357
2358       # THE FOLLOWING IS REQUIRED FPR AVS-OUTPUT WITH PALM  ??? REMOVE ???
2359       # WRITE INFORMATIONS ABOUT THE OUTPUT-FILE CONNECTIONS TO A TEMPORARY FILE
2360       # THIS FILE CAN LATER BE READ FROM USER-DEFINED CODE TO DETERMINE THE
2361       # RELATION BETWEEN THE LOCAL TEMPORARY AND PERMANENT FILE NAMES
2362    (( i = 0 ))
2363    while (( i < iout ))
2364    do
2365       (( i = i + 1 ))
2366       if [[ "${actionout[$i]}" = tr  ||  "${actionout[$i]}" = tra  ||  "${actionout[$i]}" = trpe ]]
2367       then
2368          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2369       else
2370          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${frelout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2371       fi
2372    done
2373
2374
2375       # IF REQUIRED, START WITH COMPILING
2376    if [[ $do_compile = true ]]
2377    then
2378
2379
2380       if [[ -f a.out ]]
2381       then
2382
2383             # EXECUTABLE WAS CREATED DURING INTERACTIVE CALL OF MRUN
2384          printf "\n\n\n  *** executable a.out found"
2385          printf "\n      no compilation required \n"
2386
2387       else
2388
2389             # COMPILING WITH MAKE (ON NEC COMPILER IS CALLED ON HOST CROSS)
2390          printf "\n\n\n  *** compilation starts \n$dashes\n"
2391          printf "  *** compilation with make using following options:\n"
2392          printf "      make depository:          $make_depository"
2393          if [[ "$mopts" != "" ]]
2394          then
2395             printf "      make options:             $mopts\n"
2396          fi
2397          printf "      compilername:             $compiler_name\n"
2398          printf "      compiler options:         $fopts\n"
2399          printf "      preprocessor directives:  $cpp_options \n"
2400          printf "      linker options:           $lopts \n"
2401          if [[ "$modules" != "" ]]
2402          then
2403             printf "      modules to be load:       $modules \n"
2404          fi
2405          printf "      source code files:        $source_list \n"
2406
2407          if [[ $localhost = nech ]]
2408          then
2409             ssh  $SSH_PORTOPT  136.172.44.192 -l $usern "$init_cmds $module_calls cd \$HOME/work/${usern}.$kennung; sxmake $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2410             cp  $TEMPDIR_COMPILE/a.out  .
2411             [[ $? != 0 ]]  &&  compile_error=true
2412             rm -rf  $TEMPDIR_COMPILE
2413          elif [[ $localhost = ibmh ]]
2414          then
2415             printf "      compiler is called via ssh on \"plogin1\" \n"
2416             ssh  $SSH_PORTOPT  plogin1  -l $usern  "$init_cmds export PATH=/sw/ibm/xlf/13.1.0.8/usr/bin:$PATH; $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2417             [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2418             continue   # STATUS=1, IF a.out EXISTS
2419          elif [[ $localhost = lcocean ]]
2420          then 
2421             printf "      compiler is called via ssh on \"ocean\" \n"
2422             echo $PWD
2423             ssh  $SSH_PORTOPT  ocean  -l $usern  "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2424             [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2425            continue   # STATUS=1, IF a.out EXISTS
2426          elif [[ $localhost = lcbullhh  ||  $localhost = lccrayb  ||  $localhost = lccrayf ||  $localhost = lccrayh ]]
2427          then
2428             make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2429          elif [[ $localhost = lceddy ]]
2430          then
2431             which mpifc
2432             make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2433          else
2434             [[ "$init_cmds" != "" ]]  &&  eval $init_cmds
2435             [[ "$module_calls" != "" ]]  &&  eval $module_calls
2436             make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2437          fi
2438
2439          if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
2440          then
2441             printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
2442             locat=compile
2443
2444             exit
2445          else
2446             printf "$dashes\n  *** compilation finished \n"
2447          fi
2448
2449       fi
2450
2451    fi
2452
2453
2454       # PROVIDE THE INPUT FILES
2455       # LOOP OVER ALL ACTIVATED FILES (LISTED IN THE CONFIGURATION FILE)
2456    (( i = 0 ))
2457    while (( i < iin ))
2458    do
2459       (( i = i + 1 ))
2460       if (( i == 1 ))
2461       then
2462          printf "\n\n  *** providing INPUT-files:\n$dashes"
2463       fi
2464
2465
2466          # SKIP OPTIONAL FILES, IF THEY DO NOT EXIST
2467       if [[ "${transin[$i]}" = unavailable ]]
2468       then
2469          if [[ "${extin[$i]}" = ""  ||  "${extin[$i]}" = " " ]]
2470          then
2471             printf "\n  *** INFORMATIVE: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}\" "
2472             printf "\n                   is not available!"
2473          else
2474             printf "\n  *** INFORMATIVE: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}.${extin[$i]}\" "
2475             printf "\n                   is not available!"
2476          fi
2477          continue
2478       fi
2479
2480          # CHECK FOR SINGLE FILE (SERIAL RUN) OR DIRECTORY (ONE FILE PER CORE FOR PARELLEL EXECUTION)
2481       files_for_pes=false; datentyp=file
2482       if [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
2483       then
2484          files_for_pes=true; datentyp=directory
2485          actionin[$i]=""
2486       elif [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
2487       then
2488          actionin[$i]=""
2489       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
2490       then
2491          files_for_pes=true; datentyp=directory
2492          actionin[$i]="ar"
2493       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
2494       then
2495          actionin[$i]="ar"
2496       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
2497       then
2498          files_for_pes=true; datentyp=directory
2499          actionin[$i]="fl"
2500       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
2501       then
2502          actionin[$i]="fl"
2503       fi
2504
2505       if [[ $files_for_pes = true ]]
2506       then
2507          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}/....  to  ${localin[$i]}"
2508       else
2509          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}  to  ${localin[$i]}"
2510       fi
2511
2512          # INPUT-FILE FOR A RESTART RUN.
2513          # CHECK, IF THIS FILE STILL EXISTS ON THE TEMPORARY DATA DIRECTORY.
2514          # IF NOT, TRY TO GET IT FROM THE ARCHIVE SYSTEM
2515       if [[ "${actionin[$i]}" = fl ]]
2516       then
2517          printf "\n      $datentyp will be fetched from temporary directory \"${tmp_data_catalog}\" !"
2518          if [[ $files_for_pes = false ]]
2519          then
2520             if [[ -f "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
2521             then
2522                ln  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2523                got_tmp[$i]=true
2524             elif [[ -f "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
2525             then
2526                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
2527                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
2528                cp  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2529             else
2530                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
2531                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
2532                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
2533                actionin[$i]=ar
2534             fi
2535          else
2536             if [[ -d "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
2537             then
2538                mkdir  ${localin[$i]}
2539                cd $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2540                for file in $(ls *)
2541                do
2542                   ln $file $TEMPDIR/${localin[$i]}
2543                done
2544                cd $TEMPDIR
2545                got_tmp[$i]=true
2546             elif [[ -d "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
2547             then
2548                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
2549                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
2550                cp -r  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2551             else
2552                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
2553                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
2554                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
2555                actionin[$i]=ar
2556             fi
2557          fi
2558       fi
2559
2560
2561          # FILE IS STORED ON THE ARCHIVE SYSTEM
2562       if [[ "${actionin[$i]}" = ar ]]
2563       then
2564
2565          if [[ $files_for_pes = false ]]
2566          then
2567             printf "\n      file will be restored from archive-system ($archive_system)!"
2568          else
2569             printf "\n      directory will be restored from archive-system ($archive_system)!"
2570          fi
2571
2572          file_restored=false
2573
2574          if [[ $archive_system = asterix ]]
2575          then
2576             do_stagein=true
2577             (( stagein_anz = 0 ))
2578             while [[ $do_stagein = true ]]
2579             do
2580                if [[ $files_for_pes = false ]]
2581                then
2582                   stagein  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
2583                else
2584                   stagein  -t  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
2585                fi
2586                cat  STAGEIN_OUTPUT
2587                if [[ $(grep -c "st.msg:i24"  STAGEIN_OUTPUT) != 0 ]]
2588                then
2589                   file_restored=true
2590                   do_stagein=false
2591                else
2592                   (( stagein_anz = stagein_anz + 1 ))
2593                   if (( stagein_anz == 10 ))
2594                   then
2595                      printf "\n  +++ stagein stoped after 10 tries"
2596                      locat=stage
2597                      exit
2598                   fi
2599                   printf "\n  +++ restoring from archive failed, trying again:"
2600                   sleep 900
2601                fi
2602             done
2603          elif [[ $archive_system = DMF ]]
2604          then
2605             if [[ $files_for_pes = false ]]
2606             then
2607                printf "\n  +++ restoring of single files impossible with $archive_system !\n"
2608                locat=DMF
2609                exit
2610             else
2611                find  $ARCHIVE/${frelin[$i]}  -type m  -print  |  dmget
2612                cp  -r $ARCHIVE/${frelin[$i]}  $PWD
2613                file_restored=true
2614             fi
2615          elif [[ $archive_system = tivoli ]]
2616          then
2617             if [[ $files_for_pes = false ]]
2618             then
2619                ssh  $SSH_PORTOPT  $usern@bicedata.hlrn.de  "cp  $PERM/${frelin[$i]}  $PWD"
2620             else
2621                (( inode = 0 ))
2622                while (( inode < nodes ))
2623                do
2624                   ssh  $SSH_PORTOPT  $usern@bicedata.hlrn.de  "cd $PWD; tar  xf  $PERM/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar"
2625                   (( inode = inode + 1 ))
2626                done
2627             fi
2628             file_restored=true
2629          elif [[ $archive_system = ut ]]
2630          then
2631             if [[ $files_for_pes = false ]]
2632             then
2633                cp  $UT/${frelin[$i]}  .
2634             else
2635                (( inode = 0 ))
2636                while (( inode < nodes ))
2637                do
2638                   tar  xf  $UT/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar
2639                   (( inode = inode + 1 ))
2640                done
2641             fi
2642             file_restored=true
2643          else
2644             printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"   restore impossible!"
2645             locat=rearchive
2646             exit
2647          fi
2648
2649          if [[ $file_restored = true ]]
2650          then
2651
2652                # PUT FILE ON THE TEMPORARY DATA DIRECTORY TOO.
2653                # THIS WILL MAKE FILE ACCESS EASIER FOR LATER RUNS
2654             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog; chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
2655             if [[ $files_for_pes = false ]]
2656             then
2657                ln  -f  ${frelin[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2658             else
2659                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2660                ln  -f  ${frelin[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2661             fi
2662             got_tmp[$i]=true
2663
2664                # PROVIDE THE FILE UNDER ITS LOCAL NAME
2665             mv  ${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2666
2667          fi
2668       fi
2669
2670
2671          # FILE IS STORED IN THE RESPECTIVE DIRECTORY GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
2672       if [[ "${actionin[$i]}" = ""  ||  "${actionin[$i]}" = "di"  ||  "${actionin[$i]}" = "npe" ]]
2673       then
2674
2675          if [[ "${actionin[$i]}" = "npe"  &&  -n $numprocs ]]
2676          then
2677
2678                # FILE COPIES ARE PROVIDED FOR ALL CORES
2679                # EACH FILE GETS A UNIQUE FILENAME WITH A FOUR DIGIT NUMBER
2680             printf "\n      file will be provided for $numprocs processors"
2681             mkdir  ${localin[$i]}
2682             ival=$numprocs
2683             (( ii = 0 ))
2684             while (( ii <= ival-1 ))
2685             do
2686                if (( ii < 10 ))
2687                then
2688                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_000$ii
2689                elif (( ii < 100 ))
2690                then
2691                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_00$ii
2692                elif (( ii < 1000 ))
2693                then
2694                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_0$ii
2695                else
2696                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_$ii
2697                fi
2698                (( ii = ii + 1 ))
2699             done
2700
2701          else
2702
2703             if [[ $files_for_pes = true ]]
2704             then
2705
2706                   # PROVIDE FILES FOR EACH CORE
2707                   # FIRST CREATE THE LOCAL DIRECTORY, THEN COPY FILES
2708                   # FROM THE PERMANENT DIRECTORY BY LINKING THEM TO THE LOCAL ONE
2709                printf "\n      providing $numprocs files for the respective processors"
2710                mkdir  ${localin[$i]}
2711                if [[ $link_local_input = true ]]
2712                    then
2713                    printf "      using ln -f\n"
2714                    cd ${absnamein[$i]}
2715                    for file in $(ls *)
2716                      do
2717                      ln -f $file  ${localin[$i]}
2718                    done
2719                    cd $TEMPDIR
2720                fi
2721
2722                   # IF "ln -f" FAILED OR IF "$link_local_input = false" DO A NORMAL "cp -r"
2723                if [[ ! -f "${localin[$i]}/_0000" ]]
2724                    then
2725                    if [[ $link_local_input = true ]]
2726                        then
2727                        printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
2728                    fi
2729                    cp -r  ${absnamein[$i]}/*  ${localin[$i]}
2730                fi
2731
2732             else
2733
2734                   # PROVIDE FILE FOR RUNS ON A SINGLE CORE
2735                if [[ $link_local_input = true ]]
2736                then
2737                    printf "      using ln -f\n"
2738                    ln -f  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
2739                fi
2740                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp"
2741                if [[ ! -f "${localin[$i]}" ]]
2742                then
2743                    if [[ $link_local_input = true ]]
2744                    then
2745                        printf "      ln failed, using cp...\n"
2746                    fi
2747                    cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
2748                fi
2749             fi
2750          fi
2751       fi
2752
2753    done
2754    if (( i != 0 ))
2755    then
2756       printf "\n$dashes\n  *** all INPUT-files provided \n"
2757    fi
2758
2759
2760       # EXECUTE INPUT-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
2761    (( i = 0 ))
2762    while (( i < iic ))
2763    do
2764       (( i = i + 1 ))
2765       if (( i == 1 ))
2766       then
2767          printf "\n\n  *** execution of INPUT-commands:\n$dashes"
2768       fi
2769       printf "\n  >>> ${in_command[$i]}"
2770       eval  ${in_command[$i]}
2771       if (( i == iic ))
2772       then
2773          printf "\n$dashes\n"
2774       fi
2775    done
2776
2777
2778       # SET THE REMAINING CPU-TIME
2779    cpurest=${cpumax}.
2780
2781
2782       # START DVR STREAMING SERVER
2783    if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
2784    then
2785       if [[ "$dvr_server" != "" ]]
2786       then
2787
2788          printf "\n\n  *** preparing the dvr streaming server configuration file"
2789
2790             # CHECK, IF A DVR SERVER IS ALREADY RUNNING
2791          running_dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config | grep -v grep) | cut -d" " -f2`
2792          if [[ "$running_dvrserver_id" != "" ]]
2793          then
2794
2795             printf "\n\n  +++ WARNING: A dvr server with id=$running_dvrserver_id is already running!"
2796             printf "\n      This server is used instead starting a new one!"
2797             printf "\n      If required, script \"process_dvr_output\" has to be run manually."
2798
2799          else
2800
2801                # COPY CONFIGURATION FILE FOR STREAMING SERVER FROM REPOSITORY TO HERE
2802             if [[ -f ${PALM_BIN}/.dvrserver.config ]]
2803             then
2804                cp  ${PALM_BIN}/.dvrserver.config  .
2805
2806                   # ENTERING THE BASEDIR, UID AND GID INTO THIS FILE
2807                user_id=`id -u`
2808                group_id=`id -g`
2809
2810                   # "&" IS REQUIRED AS A SEPERATOR, BECAUSE TEMPDIR CONTAINS "/"
2811                sed "s&<replace by dvr data directory>&${TEMPDIR}&g" .dvrserver.config > .dvrserver.1
2812                sed "s/<replace by user id>/$user_id/g"    .dvrserver.1 > .dvrserver.2
2813                sed "s/<replace by group id>/$group_id/g"  .dvrserver.2 > .dvrserver.3
2814                mv  .dvrserver.3  .dvrserver.config
2815                rm  .dvrserver.1  .dvrserver.2
2816
2817                   # START DVR SERVER IN BACKGROUND, GET HIS ID AND PRINT ON TERMINAL
2818                $dvr_server  .dvrserver.config  >>  DVR_LOGFILE  2>&1  &
2819                dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config) | cut -d" " -f2`
2820                printf "\n  *** streaming server with id=$dvrserver_id is started in background"
2821                local_dvrserver_running=.TRUE.
2822             else
2823                printf "\n  +++ missing file \".dvrserver.config\" in directory:"
2824                printf "\n      \"$PALM_BIN\" "
2825                locat=dvr
2826                exit
2827             fi
2828
2829          fi
2830
2831       else
2832          printf "\n\n  --- INFORMATIVE: no dvr streaming server will be started"
2833       fi
2834    fi
2835
2836
2837       # CREATE THE NAMELIST-FILE WITH VALUES OF ENVIRONMENT-VARIABLES REQUIRED BY PALM
2838       # (FILE ENVPAR WILL BE READ BY PALM)
2839    cat  >  ENVPAR  <<  %%END%%
2840 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$localhost',
2841          write_binary = '$write_binary', tasks_per_node = $tasks_per_node,
2842          maximum_parallel_io_streams = $maximum_parallel_io_streams,
2843          maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
2844          revision = '$global_revision',
2845          local_dvrserver_running = $local_dvrserver_running,
2846          batch_job = $batch_job /
2847
2848%%END%%
2849
2850
2851       # STARTING THE EXECUTABLE
2852    printf "\n\n  *** execution starts in directory\n      \"`pwd`\"\n$dashes\n"
2853    PATH=$PATH:$TEMPDIR
2854
2855
2856    if [[ $execute_command != "none" ]]
2857    then
2858
2859        printf "\n  +++ branch still not realized"
2860        locat=execution
2861        exit
2862
2863    else
2864
2865          # MPI DEBUG OPTION (ARGUMENT CHECKING, SLOWS DOWN EXECUTION DUE TO INCREASED LATENCY)
2866       if [[ "$mpi_debug" = true ]]
2867       then
2868          export MPI_CHECK_ARGS=1
2869          printf "\n  +++ MPI_CHECK_ARGS=$MPI_CHECK_ARGS"
2870       fi
2871
2872       if [[ "$totalview" = true ]]
2873       then
2874          printf "\n *** totalview debugger will be used"
2875          tv_opt="-tv"
2876       else
2877          tv_opt=""
2878       fi
2879
2880       if [[ "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ]]
2881       then
2882
2883             #Interactive ALLINEA DEBUG seesion
2884          if [[ "$ENVIRONMENT" != BATCH ]]
2885          then
2886             if [[ $host = lccrayb || $host = lccrayh ]]
2887             then
2888                if [[ "$allinea" = true ]]
2889                then
2890                   echo "--- aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  < runfile_atmos"
2891
2892                   ddt  aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out
2893                   wait
2894                fi         
2895             fi
2896          fi
2897
2898          if [[ $localhost = ibmh ]]
2899          then
2900
2901                # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
2902             export MP_SHARED_MEMORY=yes
2903             export AIXTHREADS_SCOPE=S
2904             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
2905             export AUTHSTATE=files
2906             export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
2907
2908                # FOLLOWING OPTIONS ARE MANDATORY FOR TOTALVIEW
2909             export MP_ADAPTER_USE=shared
2910             export MP_CPU_USE=multiple
2911             export MP_TIMEOUT=1200
2912
2913             unset  MP_TASK_AFFINITY
2914
2915             if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
2916             then
2917                totalview   poe  a.out
2918             else
2919                echo totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1
2920                export TVDSVRLAUNCHCMD=ssh
2921                totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1
2922             fi
2923
2924          fi  # END DEBUG MODE
2925
2926       else
2927
2928             # NORMAL EXECUTION
2929          if [[ -n $numprocs ]]
2930          then
2931
2932                # RUNNING THE PROGRAM ON PARALLEL MACHINES
2933             if [[ $(echo $host | cut -c1-3) = ibm ]]
2934             then
2935
2936                   # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
2937                if [[ $host != ibmh  &&  $host != ibmkisti ]]
2938                then
2939                   export MP_SHARED_MEMORY=yes
2940                   export AIXTHREAD_SCOPE=S
2941                   export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
2942                   export XLSMPOPTS="spins=0:yields=0:stack=20000000"
2943                   export AUTHSTATE=files
2944                   export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
2945                   #  export MP_PRINTENV=yes
2946
2947                      # TUNING-VARIABLES TO IMPROVE COMMUNICATION SPEED
2948                      # DO NOT SHOW SIGNIFICANT EFFECTS (SEP 04, FEDERATION-SWITCH)
2949                   export MP_WAIT_MODE=poll
2950                   [[ $node_usage = not_shared ]]  &&  export MP_SINGLE_THREAD=yes
2951                fi
2952
2953                if [[ $host = ibmkisti ]]
2954                then
2955                   export LANG=en_US
2956                   export MP_SHARED_MEMORY=yes
2957                   if [[ $threads_per_task = 1 ]]
2958                   then
2959                      export MP_SINGLE_THREAD=yes
2960                      export MEMORY_AFFINITY=MCM
2961                   else
2962                      export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
2963                   fi
2964                fi
2965
2966                if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
2967                then
2968                   printf "\n--- Control: OMP_NUM_THREADS = \"$OMP_NUM_THREADS\" \n"
2969                   if [[ "$cond1" = hpmcount  ||  "$cond2" = hpmcount ]]
2970                   then
2971                      /opt/optibm/HPM_2_4_1/bin/hpmcount  a.out
2972                   else
2973                      if [[ $run_coupled_model = false ]]
2974                      then
2975                         if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
2976                         then
2977                            echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
2978                         else
2979                            echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
2980                         fi
2981                      else
2982                         (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
2983                         (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
2984                         printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
2985                         printf "\n      using $coupled_mode coupling"
2986                         printf "\n\n"
2987                         echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
2988                      fi
2989                      poe ./a.out  <  runfile_atmos
2990                   fi
2991                else
2992                   if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibms ]]
2993                   then
2994                      poe  a.out  -procs $numprocs  -nodes 1  -rmpool 0
2995                   elif [[ $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku ]]
2996                   then
2997                      if [[ -f $hostfile ]]
2998                      then
2999                         cp  $hostfile  hostfile
3000                      else
3001                         (( ii = 1 ))
3002                         while (( ii <= $numprocs ))
3003                         do
3004                            echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3005                            (( ii = ii + 1 ))
3006                         done
3007                      fi
3008                      export MP_HOSTFILE=hostfile
3009                      if [[ $run_coupled_model = false ]]
3010                      then
3011                         if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3012                         then
3013                            echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3014                         else
3015                            echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3016                         fi
3017                      else
3018                         (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3019                         (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3020                         printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3021                         printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3022                         printf "\n\n"
3023                         echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3024                      fi
3025
3026                      poe  ./a.out  -procs $numprocs  <  runfile_atmos
3027
3028                   else
3029                      if [[ "$host_file" = "" ]]
3030                      then
3031                         printf "\n  +++ no hostfile given in configuration file"
3032                         locat=config_file
3033                         exit
3034                      else
3035                         eval host_file=$host_file
3036                      fi
3037                      export MP_HOSTFILE=$host_file
3038                      poe  a.out  -procs $numprocs  -tasks_per_node $numprocs
3039                   fi
3040                fi
3041
3042             elif [[ $host = nech ]]  # running on NEC machines
3043             then
3044
3045                (( ii = nodes ))
3046                if [[ $ii = 1 ]]
3047                then
3048                   export F_ERRCNT=0        # acceptable number of errors before program is stopped
3049                   export MPIPROGINF=YES
3050                   #  export F_TRACE=YES|FMT1|FMT2  # output of ftrace informations to job protocol
3051                   echo "*** execution on single node with mpirun"
3052                   mpirun  -np $numprocs  ./a.out
3053                else
3054                   (( i = 0 ))
3055                   while (( i < ii ))
3056                   do
3057                      echo "-h $i  -p $tasks_per_node  -e ./mpi_exec_shell"  >>  multinode_config
3058                      (( i = i + 1 ))
3059                   done
3060
3061                   echo "#!/bin/sh"                         >   mpi_exec_shell
3062                   echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3063                   echo "set -u"                            >>  mpi_exec_shell
3064                   echo "F_ERRCNT=0"                        >>  mpi_exec_shell
3065                   echo "MPIPROGINV=YES"                    >>  mpi_exec_shell
3066                   echo "OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task" >>  mpi_exec_shell
3067                   echo "cpurest=$cpurest"                  >>  mpi_exec_shell
3068                   echo "fname=$fname"                      >>  mpi_exec_shell
3069                   echo "localhost=$localhost"              >>  mpi_exec_shell
3070                   echo "return_address=$return_address"    >>  mpi_exec_shell
3071                   echo "return_username=$return_username"  >>  mpi_exec_shell
3072                   echo "tasks_per_node=$tasks_per_node"    >>  mpi_exec_shell
3073                   echo "write_binary=$write_binary"        >>  mpi_exec_shell
3074                   echo "use_seperate_pe_for_dvrp_output=$use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3075                   echo "  "                                >>  mpi_exec_shell
3076                   echo "export F_ERRCNT"                   >>  mpi_exec_shell
3077                   echo "export MPIPROGINV"                 >>  mpi_exec_shell
3078                   echo "export OMP_NUM_THREADS"            >>  mpi_exec_shell
3079                   echo "export cpurest"                    >>  mpi_exec_shell
3080                   echo "export fname"                      >>  mpi_exec_shell
3081                   echo "export localhost"                  >>  mpi_exec_shell
3082                   echo "export return_address"             >>  mpi_exec_shell
3083                   echo "export return_username"            >>  mpi_exec_shell
3084                   echo "export tasks_per_node"             >>  mpi_exec_shell
3085                   echo "export write_binary"               >>  mpi_exec_shell
3086                   echo "export use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3087                   echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3088                   echo "exec  ./a.out"                     >>  mpi_exec_shell
3089
3090                   chmod u+x  mpi_exec_shell
3091                   export MPIPROGINF=YES
3092                   mpirun  -f multinode_config  &
3093                   wait
3094
3095                fi
3096
3097             elif [[ $(echo $host | cut -c1-2) = lc  &&  $host != lckyoto &&  $host != lctit ]]
3098             then
3099
3100                   # COPY HOSTFILE FROM SOURCE DIRECTORY OR CREATE IT, IF IT
3101                   # DOES NOT EXIST
3102                if [[  $host != lcbullhh  && $host != lccrayb  &&  $host != lccrayf  && $host != lccrayh  &&  $host != lckyuh  &&  $host != lckyut  &&  $host != lcocean &&  $host != lceddy ]]
3103                then
3104                   if [[ -f $hostfile ]]
3105                   then
3106                      cp  $hostfile  hostfile
3107                      (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3108                      [[ $ii = 0 ]]  &&  (( ii = 1 ))
3109                   else
3110                      (( ii = 1 ))
3111                      while (( ii <= $numprocs / $threads_per_task ))
3112                      do
3113                         echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3114                         (( ii = ii + 1 ))
3115                      done
3116                      if (( $numprocs / $threads_per_task == 0 ))
3117                      then
3118                         echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3119                      fi
3120                   fi
3121                   eval zeile=\"`head -n $ii  hostfile`\"
3122                   printf "\n  *** running on: $zeile"
3123                fi
3124
3125                (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3126                [[ $ii = 0 ]]  &&  (( ii = 1 ))
3127                export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3128
3129                if [[ $threads_per_task != 1 ]]
3130                then
3131                      # INCREASE STACK SIZE TO UNLIMITED, BECAUSE OTHERWISE LARGE RUNS
3132                      # MAY ABORT
3133                   ulimit -s unlimited
3134                   printf "\n      threads per task: $threads_per_task  stacksize: unlimited"
3135                fi
3136                if [[ $run_coupled_model = false ]]
3137                then
3138                   if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3139                   then
3140                      echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3141                   else
3142                      echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3143                   fi
3144                   printf "\n\n"
3145
3146                   if [[ $host = lccrayb || $host = lccrayh ]]
3147                   then
3148                       echo "--- aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  <  runfile_atmos"
3149                       aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  <  runfile_atmos
3150                   elif [[ $host = lcbullhh ]]
3151                   then
3152                      export OMPI_MCA_pml=cm
3153                      export OMPI_MCA_mtl=mxm
3154                      export OMPI_MCA_coll=^ghc
3155                      export OMPI_MCA_mtl_mxm_np=0
3156                      export MXM_RDMA_PORTS=mlx5_0:1
3157                      export MXM_LOG_LEVEL=ERROR
3158                      export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3159                      export KMP_AFFINITY=verbose,granularity=core,compact,1
3160                      export KMP_STACKSIZE=64m
3161
3162                      srun  -n $ii --ntasks-per-node=$tasks_per_node ./a.out  <  runfile_atmos
3163
3164                   elif [[ $host = lccrayf ]]
3165                   then
3166                       aprun  -j1  -n $ii  -N $tasks_per_node  -m ${memory}M  a.out  <  runfile_atmos
3167                   elif [[ $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3168                   then
3169                    aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  <  runfile_atmos
3170                   elif [[ $host = lceddy ]]
3171                   then
3172                      echo $ii
3173                      echo $tasks_per_node
3174                      echo $nodes
3175                      mpirun -n $ii a.out  <  runfile_atmos
3176                   elif [[ $host = lcocean ]]
3177                   then
3178                      mpirun a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3179                   elif [[ $host = lcsb ]]
3180                   then
3181                      mpirun_rsh -hostfile $PBS_NODEFILE -np `cat $PBS_NODEFILE | wc -l` a.out  < runfile_atmos
3182
3183                   elif [[ $host = lckiaps ]]
3184                   then
3185                      mpirun -np $ii  -machinefile $PBS_NODEFILE  ./a.out  <  runfile_atmos
3186                   elif [[ $host = lckyu* ]]
3187                   then
3188                      mpiexec -n $ii --stdin runfile_atmos  ./a.out
3189                   else
3190                      mpiexec  -machinefile hostfile  -n $ii  a.out  <  runfile_atmos
3191                   fi
3192
3193                else
3194
3195                       # CURRENTLY THERE IS NO FULL MPI-2 SUPPORT ON ICE AND XT4
3196                   (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3197                   (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3198                   printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3199                   printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3200                   printf "\n\n"
3201
3202                   if [[ $coupled_mode = "mpi2" ]]
3203                   then
3204                      echo "atmosphere_to_ocean $iia $iio"  >  runfile_atmos
3205                      echo "ocean_to_atmosphere $iia $iio"  >  runfile_ocean
3206
3207                      if [[ $host = lccrayf  ||  $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3208                      then
3209
3210                         aprun  -n $iia  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  &
3211                         aprun  -n $iio  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_ocean  &
3212
3213                      else
3214                             # WORKAROUND BECAUSE mpiexec WITH -env option IS NOT AVAILABLE ON SOME SYSTEMS
3215                          mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  a.out  <  runfile_atmos &
3216                          mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  a.out  <  runfile_ocean &
3217#                          mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  -env coupling_mode atmosphere_to_ocean  a.out  &
3218#                          mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  -env coupling_mode ocean_to_atmosphere  a.out  &
3219                      fi
3220                      wait
3221
3222                   else
3223
3224                      echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3225
3226                      if [[ $host = lccrayf  ||  $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3227                      then
3228
3229                         aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos
3230
3231                      elif [[ $host = lck || $host = lckordi ]]
3232                      then
3233
3234                         mpiexec -n $ii  ./a.out  <  runfile_atmos  &
3235
3236                      elif [[ $host = lckyu* ]]
3237                      then
3238
3239                         mpiexec -n $ii --stdin runfile_atmos  ./a.out
3240
3241                      elif [[ $host = lcmuk ]] 
3242                      then
3243
3244                         mpiexec  -machinefile hostfile  -n $ii  a.out  <  runfile_atmos
3245
3246                      fi
3247                      wait
3248                   fi
3249
3250                fi
3251
3252             elif [[ $host = lckyoto ]]
3253             then
3254                set -xv
3255                export P4_RSHCOMMAND=plesh
3256                echo "     P4_RSHCOMMAND = $P4_RSHCOMMAND"
3257                if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
3258                then
3259                   if [[ "$cond2" = fujitsu ]]
3260                   then
3261                      mpiexec  -n $numprocs  ./a.out  # for fujitsu-compiler
3262                   elif [[ "cond2" = pgi ]]
3263                   then
3264                      mpirun  -np $numprocs  -machinefile ${QSUB_NODEINF}  ./a.out
3265                   else
3266                      mpirun_rsh -np $numprocs -hostfile ${QSUB_NODEINF} MV2_USE_SRQ=0 ./a.out  ||  /bin/true
3267                   fi
3268                else
3269                   if [[ "$cond2" = "" ]]
3270                   then
3271                      mpiruni_rsh -np $numprocs ./a.out  # for intel
3272                   else
3273                      mpirun  -np $numprocs  ./a.out
3274                   fi
3275                fi
3276                set +xv
3277
3278             elif [[ $host = lctit ]]
3279             then
3280                export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3281                echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3282                if [[ "$threads_per_task" != 1 ]]
3283                then
3284                   export MV2_ENABLE_AFFINITY=0
3285                fi
3286                echo "----- PBS_NODEFILE content:"
3287                cat $PBS_NODEFILE
3288                echo "-----"
3289                (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3290                echo "mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE ./a.out"
3291                mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE  ./a.out
3292
3293             else
3294                mpprun  -n $numprocs  a.out
3295             fi
3296          else
3297             a.out
3298          fi
3299
3300       fi  # end normal (non-debug) execution
3301
3302    fi  # end explicit execute_command or host-specific execute actions
3303
3304    if [[ $? != 0 ]]
3305    then
3306
3307          # ABORT IN CASE OF RUNTIME ERRORS
3308       printf "\n  +++ runtime error occured"
3309       locat=execution
3310       exit
3311
3312    else
3313
3314       printf "\n$dashes\n  *** execution finished \n"
3315
3316          # STOP THE DVR STREAMING SERVER AND PROCESS THE DVR OUTPUT IN ORDER
3317          # TO CREAT DVRS- AND HTML-FILES CONTAINING ALL STREAMS
3318       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
3319       then
3320          kill $dvrserver_id
3321          printf "\n  *** dvr server with id=$dvrserver_id has been stopped"
3322
3323             # IF THERE IS A DIRECTORY, DATA HAVE BEEN OUTPUT BY THE
3324             # STREAMING SERVER. OTHERWISE, USER HAS CHOSEN dvrp_output=local
3325          if [[ -d DATA_DVR ]]
3326          then
3327
3328                # ADD THE CURRENT DVR CONFIGURATION FILE TO THE DVR OUTPUT
3329                # DIRECTORY
3330             cp  .dvrserver.config  DATA_DVR
3331
3332                # PROCESS THE DVR OUTPUT (OPTION -s FOR GENERATING
3333                # SEQUENCE MODE DATA TOO)
3334             process_dvr_output  -d DATA_DVR  -f $fname  -s
3335
3336          else
3337
3338                # PROCESS THE LOCAL OUTPUT
3339             process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3340
3341          fi
3342
3343       elif [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
3344       then
3345
3346             # PROCESS DVR OUTPUT GENERATD IN LOCAL MODE (dvrp_output=local)
3347          process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3348
3349       fi
3350    fi
3351
3352
3353
3354       # CALL OF combine_plot_fields IN ORDER TO MERGE SINGLE FILES WRITTEN
3355       # BY EACH CORE INTO ONE FILE
3356   if [[ ! -f ${PALM_BIN}/combine_plot_fields${block}.x ]]
3357   then
3358      printf "\n\n\n  +++ WARNING: no combine_plot_fields found for given block \"$cond1 $cond2\""
3359      printf "\n      2d- and/or 3d-data may be incomplete!"
3360      printf "\n      Run \"mbuild -u -h $localhost\" to generate utilities for this block.\n"
3361   elif [[ "$combine_plot_fields" == true ]]
3362   then
3363      if [[ $localhost = lccrayh  ||  $localhost = lccrayb ]]
3364      then
3365         printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"aprun  -n 1  -N 1 combine_plot_fields${block}.x\" ..."
3366         aprun  -n 1  -N 1 combine_plot_fields${block}.x
3367      else
3368         printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"combine_plot_fields${block}.x\" ..."
3369         combine_plot_fields${block}.x
3370      fi
3371   else
3372
3373         # TEMPORARY SOLUTION TO SKIP combine_plot_fields. THIS IS REQUIRED IN CASE OF HUGE AMOUNT OF
3374         # DATA OUTPUT. TO DO: EXTEND THIS BRANCH BY CREATING A BATCH JOB for combine_plot_fields.
3375         # ??? koennen wir das streichen ???
3376      printf "\n\n\n *** post-processing: skipping combine_plot_fields (-Z option set) ..."
3377   fi
3378
3379
3380
3381       # EXECUTE OUTPUT-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
3382    (( i = 0 ))
3383    while (( i < ioc ))
3384    do
3385       (( i = i + 1 ))
3386       if (( i == 1 ))
3387       then
3388          printf "\n\n  *** execution of OUTPUT-commands:\n$dashes"
3389       fi
3390       printf "\n  >>> ${out_command[$i]}"
3391       eval  ${out_command[$i]}
3392       if (( i == ioc ))
3393       then
3394          printf "\n$dashes\n"
3395       fi
3396    done
3397
3398
3399       # IN TRACE-MODE PRINT CONTENTS OF THE CURRENT (TEMPORARY) WORKING DIRECTORY
3400    if [[ $do_trace = true ]]
3401    then
3402       printf "\n\n"
3403       ls -al
3404    fi
3405
3406
3407
3408       # COPY LOCAL OUTPUT-FILES TO THEIR PERMANENT DESTINATIONS
3409    (( i = 0 ))
3410    while (( i < iout ))
3411    do
3412       (( i = i + 1 ))
3413       if (( i == 1 ))
3414       then
3415          printf "\n\n  *** saving OUTPUT-files:\n$dashes"
3416       fi
3417
3418          # CHECK FOR SINGLE FILE (SERIAL RUN) OR DIRECTORY (ONE FILE PER CORE FOR PARELLEL EXECUTION)
3419       files_for_pes=false; filetyp=file
3420       if [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
3421       then
3422          files_for_pes=true; filetyp=directory
3423          actionout[$i]=""
3424       elif [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
3425       then
3426          actionout[$i]=""
3427       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
3428       then
3429          files_for_pes=true; filetyp=directory
3430          actionout[$i]="ar"
3431       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3432       then
3433          actionout[$i]="ar"
3434       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
3435       then
3436          files_for_pes=true; filetyp=directory
3437          actionout[$i]="fl"
3438       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3439       then
3440          actionout[$i]="fl"
3441       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  -n $numprocs ]]
3442       then
3443          files_for_pes=true; filetyp=directory
3444          actionout[$i]="tr"
3445       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3446       then
3447          actionout[$i]="tr"
3448       fi
3449
3450       if [[ ! -f ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = false ]]
3451       then
3452          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}  does not exist\n"
3453       elif [[ ! -d ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = true ]]
3454       then
3455          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}/....  does not exist\n"
3456       else
3457
3458
3459             # COPY VIA SCP TO LOCAL HOST (ALWAYS IN BINARY MODE USING batch_scp option -m)
3460             # IF TARGET DIRECTORY DOES NOT EXISTS, TRY TO CREATE IT
3461          if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
3462          then
3463             if [[ $localhost != $fromhost ]]
3464             then
3465                if [[ $files_for_pes = false ]]
3466                then
3467                   cps=""
3468                   cst=""
3469                else
3470                   cps=-c
3471                   cst="/"
3472                fi
3473                if [[ $localhost = nech ]]
3474                then
3475
3476                      # TRANSFER IN SEPERATE JOB
3477                      # FIRST COPY FILE TO TEMPORY DATA DIRECTORY
3478                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
3479                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
3480                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3481                   then
3482                      ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3483                   else
3484                      mkdir  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3485                      ln  ${localout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3486                   fi
3487
3488                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
3489                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
3490
3491                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP in seperate job to"
3492                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst"
3493                   printf "\n              or higher cycle\n"
3494                   echo "batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_address  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
3495
3496                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
3497
3498                   if [[ $localhost = nech ]]
3499                   then
3500                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3501                   else
3502                      if [[ "$LOGNAME" = b323013 ]]
3503                      then
3504                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3505                      else
3506                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3507                      fi
3508                   fi
3509
3510                else
3511
3512                      # TRANSFER WITHIN THIS JOB
3513                   transfer_failed=false
3514                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP to"
3515                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst\n"
3516                   if [[ $localhost = lccrayb ]]
3517                   then
3518                      ssh $usern@blogin1 ". \\$HOME/.profile; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3519                   elif [[ $localhost = lccrayh ]]
3520                   then
3521                      ssh $usern@hlogin1 ". \\$HOME/.profile; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3522                   elif [[ $localhost = lcbullhh ]]
3523                   then
3524                      ssh $usern@mlogin101 ". \\$HOME/.profile; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3525                   elif [[ $localhost = lcxe6 ]]
3526                   then
3527                      ssh $usern@hexagon ". \\$HOME/.profile; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3528                   else
3529                      batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
3530                   fi
3531                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
3532
3533                      # IF TRANSFER FAILED, CREATE BACKUP COPY ON THIS MACHINE
3534                   if [[ $transfer_failed = true ]]
3535                   then
3536                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on this host under:\n"
3537                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
3538
3539                         # FIRST CHECK, IF DIRECTORY EXISTS, AND CREATE IT, IF NECESSARY
3540                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
3541                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
3542                      then
3543                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
3544                         printf "      $local_catalog \n"
3545                         mkdir -p  $local_catalog
3546                      fi
3547                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
3548                      transfer_problems=true
3549                   fi
3550                fi
3551             else
3552
3553                   # UNSET actionout. DUE TO THIS SETTING, FILE WILL LATER JUST BE COPIED ON THIS MACHINE
3554                actionout[$i]=""
3555             fi
3556          fi
3557
3558
3559             # APPEND VIA SCP TO LOCAL HOST (ALWAYS IN BINARY MODE USING batch_scp option -m)
3560             # IF TARGET DIRECTORY DOES NOT EXISTS, TRY TO CREATE IT
3561          if [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
3562          then
3563             if [[ $localhost != $fromhost ]]
3564             then
3565                if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = nech ]]
3566                then
3567
3568                      # TRANSFER IN SEPERATE JOB
3569                      # FIRST COPY FILE TO TEMPORY DATA DIRECTORY
3570                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
3571                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
3572                   ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3573
3574                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
3575                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
3576
3577                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP in seperate job to"
3578                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}"
3579                   printf "\n              or higher cycle\n"
3580                   echo "batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_address  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
3581
3582                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
3583
3584                   if [[ $localhost = nech ]]
3585                   then
3586                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3587                   else
3588                      if [[ $LOGNAME = b323013 ]]
3589                      then
3590                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3591                      else
3592                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3593                      fi
3594                   fi
3595
3596                else
3597
3598                      # TRANSFER WITHIN THIS JOB
3599                   transfer_failed=false
3600                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP to"
3601                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n"
3602                   if [[ $localhost = lccrayb ]]
3603                   then
3604                      ssh $usern@blogin1 ". \\$HOME/.profile; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3605                   elif [[ $localhost = lccrayh ]]
3606                   then
3607                      ssh $usern@hlogin1 ". \\$HOME/.profile; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3608                   elif [[ $localhost = lcxe6 ]]
3609                   then
3610                      ssh $usern@hexagon ". \\$HOME/.profile; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3611                   else
3612                      batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username  $return_address ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
3613                   fi
3614                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
3615
3616                      # IF TRANSFER FAILED, CREATE BACKUP COPY ON THIS MACHINE
3617                   if [[ $transfer_failed = true ]]
3618                   then
3619                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on this host under:\n"
3620                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
3621
3622                         # FIRST CHECK, IF DIRECTORY EXISTS, AND CREATE IT, IF NECESSARY
3623                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
3624                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
3625                      then
3626                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
3627                         printf "      $local_catalog \n"
3628                         mkdir -p  $local_catalog
3629                      fi
3630
3631                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
3632                      transfer_problems=true
3633                   fi
3634                fi
3635             else
3636
3637                   # RESET actionout. DUE TO THIS SETTING, FILE WILL LATER JUST BE APPENDED ON THIS MACHINE
3638                actionout[$i]=a
3639             fi
3640          fi
3641
3642
3643             # OUTPUT-FILE FOR A RESTART-RUN.
3644             # FILE IS MOVED TO THE TEMPORARY DATA DIRECTORY USING link COMMAND.
3645             # OPTION -f IS USED TO OVERWRITE EXISTING FILES.
3646             # AS LAST ACTION, ARCHIVING IS INITIATED.
3647          if [[ "${actionout[$i]}" = fl ]]
3648          then
3649             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
3650             chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
3651             if [[ $files_for_pes = false ]]
3652             then
3653                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
3654                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
3655                ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3656             else
3657                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/....  to"
3658                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
3659                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3660                cd ${localout[$i]}
3661                for file in $(ls *)
3662                do
3663                   ln -f $file $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3664                done
3665                cd $TEMPDIR
3666             fi
3667
3668
3669                # CREATE AND SUBMIT ARCHIVING-JOB
3670             if [[ $store_on_archive_system = true ]]
3671             then
3672
3673                if [[ $archive_system = asterix ]]
3674                then
3675                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
3676                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3677                   then
3678                      echo "stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
3679                   else
3680                      echo "stageout -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
3681                   fi
3682                   echo "cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"               >> archive_${frelout[$i]}
3683                   echo "if [[ \$(grep -c \"st.msg:150\"  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung) != 0 ]]" >> archive_${frelout[$i]}
3684                   echo "then"                                       >> archive_${frelout[$i]}
3685                   echo "   do_stageout=false"                       >> archive_${frelout[$i]}
3686                   echo "else"                                       >> archive_${frelout[$i]}
3687                   echo "   echo \"  +++ $filetyp ${frelout[$i]}  could not be stored on archive-system\" " >> archive_${frelout[$i]}
3688                   echo "   cat  /dev/null  >  ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname" >> archive_${frelout[$i]}
3689                   echo "   cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung  >  ~/job_queue/archive_${frelout[$i]}_error" >> archive_${frelout[$i]}
3690                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} will be copied to \$WORK as backup\" " >> archive_${frelout[$i]}
3691                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3692                   then
3693                      echo "   cp   ${frelout[$i]}  \$WORK"                    >> archive_${frelout[$i]}
3694                   else
3695                      echo "   cp -r  ${frelout[$i]}  \$WORK/${frelout[$i]}"   >> archive_${frelout[$i]}
3696                   fi
3697                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} saved\" " >> archive_${frelout[$i]}
3698                   echo "fi"                                         >> archive_${frelout[$i]}
3699                   echo "rm  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"              >> archive_${frelout[$i]}
3700                elif [[ $archive_system = DMF ]]
3701                then
3702                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
3703                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3704                   then
3705                      printf "\n  +++ archiving of single files impossible with $archive_system !\n"
3706                      locat=DMF
3707                      exit
3708                   else
3709                         # ??? nicht benötigte Archiv-Systeme entfernen ???
3710                         # FUER RECHNER IN JUELICH. DORT KOENNTEN AUCH
3711                         # EINZELNE DATEIEN GESICHERT WERDEN (SPAETER KORR.)
3712                      echo "rm -rf  \$ARCHIVE/${frelout[$i]}"     >> archive_${frelout[$i]}
3713                      echo "cp -r  ${frelout[$i]}  \$ARCHIVE"     >> archive_${frelout[$i]}
3714                   fi
3715                elif [[ $archive_system = tivoli ]]
3716                then
3717                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
3718                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3719                   then
3720                         # REMOVE EXISTING OLD FILES FROM THE ARCHIVE
3721                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
3722                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
3723                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3724                   else
3725
3726                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
3727                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
3728                      echo "[[ ! -d \$PERM/${frelout[$i]} ]] && mkdir $PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3729                      cd  $tmp_data_catalog
3730                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
3731                      cd -  > /dev/null
3732                      (( inode = 0 ))
3733                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
3734                      while (( inode < nodes ))
3735                      do
3736                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
3737                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
3738                         echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
3739                         (( inode = inode + 1 ))
3740                      done
3741                   fi
3742                elif [[ $archive_system = ut ]]
3743                then
3744                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
3745                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3746                   then
3747                         # REMOVE EXISTING OLD FILES FROM THE ARCHIVE
3748                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
3749                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
3750                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3751                   else
3752
3753                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
3754                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
3755                      echo "[[ ! -d \$UT/${frelout[$i]} ]] && mkdir $UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3756                      cd  $tmp_data_catalog
3757                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
3758                      cd -  > /dev/null
3759                      (( inode = 0 ))
3760                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
3761                      while (( inode < nodes ))
3762                      do
3763                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
3764                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
3765                         echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
3766                         (( inode = inode + 1 ))
3767                      done
3768                   fi
3769                elif [[ $archive_system = none ]]
3770                then
3771                   printf "              +++ archiving on $localhost not available!\n"
3772                fi
3773
3774                if [[ $archive_system != none ]]
3775                then
3776                   if [[ $localhost = nech ]]
3777                   then
3778                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
3779                   fi
3780                   printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
3781                fi
3782             else
3783                printf "              +++ caution: option -A is switched off. No archiving on $archive_system!\n"
3784             fi
3785
3786
3787                # CREATE AN EMPTY DIRECTORY IN THE USERS PERMANENT DIRECTORY,
3788                # IN ORDER TO NOTE THE RESPECTIVE CYCLE NUMBER ON THE ARCHIVE SYSTEM
3789                # RESTART-JOBS ARE USING THESE EMPTY-DIRECTORIES TO GET THE CURRENT HIGHEST
3790                # CYCLE NUMBER ON THE ARCHIVE SYSTEM (IN CASE THAT INFORMATIONS ARE DIFFICULT TO
3791                # TO ACCESS FROM THE ARCHIVE-SYSTEM DIRECTLY))
3792             if [[ $files_for_pes = false ]]
3793             then
3794                cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
3795             else
3796                mkdir -p  ${pathout[$i]}
3797             fi
3798
3799          fi
3800
3801
3802             # COPY FROM THIS HOST TO THE ARCHIVE-SYSTEM
3803             # IF ANY ARCHIVING FAILS, AN ERROR-FLAG-FILE IS SET
3804             # THIS FILE REMAINS TO BE SET, EVEN IF ARCHIVING OF FURTHER FILES IS SUCCESSFULL
3805          if [[ "${actionout[$i]}" = ar ]]
3806          then
3807             if [[ $files_for_pes = false ]]
3808             then
3809                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
3810                printf "\n              ${pathout[$i]}"
3811                printf "\n              File will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
3812             else
3813                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to"
3814                printf "\n              ${pathout[$i]}"
3815                printf "\n              Directory will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
3816             fi
3817             mv  ${localout[$i]}  ${frelout[$i]}
3818
3819             file_saved=false
3820
3821             if [[ $archive_system = asterix ]]
3822             then
3823                do_stageout=true
3824                (( stageout_anz = 0 ))
3825                while [[ $do_stageout = true ]]
3826                do
3827                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3828                   then
3829                      stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
3830                   else
3831                      stageout  -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
3832                   fi
3833                   cat  STAGE_OUTPUT
3834                   if [[ $(grep -c "st.msg:150"  STAGE_OUTPUT) != 0 ]]
3835                   then
3836                      file_saved=true
3837                      do_stageout=false
3838                   else
3839                      if [[ $files_for_pes = false ]]
3840                      then
3841                         printf "\n  +++ file ${frelout[$i]}  could not be saved on archive-system"
3842                      else
3843                         printf "\n  +++ directory ${frelout[$i]} could not be saved on archive-system"
3844                      fi
3845                      (( stageout_anz = stageout_anz + 1 ))
3846                      if (( stageout_anz == 10 ))
3847                      then
3848                         printf "\n  +++ stoped after 10 unsuccessful tries!"
3849                         archive_save=false
3850                         do_stageout=false
3851                      else
3852                         printf "\n  *** new try to store on archive after 15 min:"
3853                         sleep 900
3854                      fi
3855                   fi
3856                done
3857             elif [[ $archive_system = DMF ]]
3858             then
3859                if [[ $files_for_pes = false ]]
3860                then
3861                   printf "\n  +++ archiving of single files impossible on $archive_system!\n"
3862                   locat=DMF
3863                   exit
3864                else
3865                   rm -rf  $ARCHIVE/${frelout[$i]}
3866                   cp -r  ${frelout[$i]}  $ARCHIVE
3867                fi
3868                file_saved=true
3869             elif [[ $archive_system = tivoli ]]
3870             then
3871                   # ARCHIVING ONLY POSSIBLE VIA BATCH-JOB
3872                   # IN THE MEANTIME, FILE IS STORED IN THE TEMPORARY DATA DIRECTORY,
3873                   # BECAUSE MRUN'S CURRENT TEMPORARY WORKING DIRECTORY MAY ALREADY BE DELETED
3874                   # WHEN THE ARCHIVE-JOB IS EXECUTED
3875                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
3876                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
3877                if [[ $files_for_pes = false ]]
3878                then
3879                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3880                else
3881                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3882                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3883                fi
3884
3885                   # GENERATE AND SUBMIT BATCH-JOB
3886                   # FILE HAS TO BE DELETED FROM THE TEMPORARY DATA DIRECTORY
3887                   # DELETE OLD EXISTING FILES FROM THE ARCHIVE
3888                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
3889                if [[ $files_for_pes = false ]]
3890                then
3891                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
3892                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3893                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
3894                else
3895                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
3896                   echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3897                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
3898                fi
3899
3900                subjob  -v  -d  -q cdata  -X 0  -m 1000  -t 43200  -c $job_catalog  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
3901                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
3902                file_saved=true
3903
3904             elif [[ $archive_system = ut ]]
3905             then
3906                   # ARCHIVING ONLY POSSIBLE VIA BATCH-JOB
3907                   # IN THE MEANTIME, FILE IS STORED IN THE TEMPORARY DATA DIRECTORY,
3908                   # BECAUSE MRUN'S CURRENT TEMPORARY WORKING DIRECTORY MAY ALREADY BE DELETED
3909                   # WHEN THE ARCHIVE-JOB IS EXECUTED
3910                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
3911                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
3912                if [[ $files_for_pes = false ]]
3913                then
3914                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3915                else
3916                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3917                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3918                fi
3919
3920                   # GENERATE AND SUBMIT BATCH-JOB
3921                   # FILE HAS TO BE DELETED FROM THE TEMPORARY DATA DIRECTORY
3922                   # DELETE OLD EXISTING FILES FROM THE ARCHIVE
3923                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
3924                if [[ $files_for_pes = false ]]
3925                then
3926                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
3927                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3928                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
3929                else
3930                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
3931                   echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3932                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
3933                fi
3934
3935                subjob  -v  -c /pf/b/$usern/job_queue  -d  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
3936                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
3937                file_saved=true
3938
3939             else
3940                printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"  archiving impossible!"
3941                archive_save=false
3942             fi
3943
3944                # CREATE EMPTY FLAG-FILE OR -DIRECTORY
3945                # IN ORDER TO NOTE THE RESPECTIVE CYCLE NUMBER ON THE ARCHIVE SYSTEM
3946                # RESTART-JOBS ARE USING THESE EMPTY-DIRECTORIES TO GET THE CURRENT HIGHEST
3947                # CYCLE NUMBER ON THE ARCHIVE SYSTEM (IN CASE THAT INFORMATIONS ARE DIFFICULT TO
3948                # TO ACCESS FROM THE ARCHIVE-SYSTEM DIRECTLY))
3949             if [[ $file_saved = true ]]
3950             then
3951                if [[ $files_for_pes = false ]]
3952                then
3953                   cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
3954                else
3955                   mkdir -p  ${pathout[$i]}
3956                fi
3957             fi
3958
3959          fi
3960
3961             # APPEND ON THIS MACHINE
3962          if [[ "${actionout[$i]}" = "a" ]]
3963          then
3964             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
3965             then
3966                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
3967                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
3968             else
3969                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}\n"
3970                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}
3971             fi
3972          fi
3973
3974             # COPY ON THIS MACHINE
3975             # COPY HAS TO BE USED, BECAUSE MOVE DOES NOT WORK IF FILE-ORIGIN AND TARGET ARE
3976             # ON DIFFERENT FILE-SYSTEMS
3977          if [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = false ]]
3978          then
3979
3980                # COPY IN CASE OF RUNS ON SINGLE CORES
3981             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
3982             then
3983                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
3984                if [[ $link_local_output = true ]]
3985                then
3986                    printf "      using ln -f\n"
3987                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
3988                fi
3989                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
3990                if [[ ! -f "${pathout[$i]}.${extout[$i]}" ]]
3991                then
3992                    if [[ $link_local_output = true ]]
3993                    then
3994                        printf "      ln failed, using cp...\n"
3995                    fi
3996                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
3997                fi
3998             else
3999                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}\n"
4000                if [[ $link_local_output = true ]]
4001                then
4002                    printf "      using ln -f\n"
4003                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4004                fi
4005                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
4006                if [[ ! -f "${pathout[$i]}" ]]
4007                then
4008                    if [[ $link_local_output = true ]]
4009                    then
4010                        printf "      ln failed, using cp...\n"
4011                    fi
4012                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4013                fi
4014             fi
4015
4016          elif [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = true ]]
4017          then
4018
4019                # FILES FROM THE DIFFERENT CORES ARE MOVED WITH ln-COMMAND TO THE PERMANENT DIRECTORY
4020                # AS A FIRST STEP, THE PERMANENT DIRECTORY IS CREATED
4021             printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to  ${pathout[$i]}\n"
4022             if [[ $link_local_output = true ]]
4023             then
4024                 printf "      using ln -f\n"
4025                 mkdir  ${pathout[$i]}
4026                 cd ${localout[$i]}
4027                 for file in $(ls *)
4028                 do
4029                   ln -f $file  ${pathout[$i]}
4030                 done
4031                 cd $TEMPDIR
4032             fi
4033
4034                # IF "ln -f" HAS FAILED OR IF "$link_local_output = false" DO A NORMAL COPY "cp -r"
4035             if [[ ! -f "${pathout[$i]}/_0000" ]]
4036             then
4037                 if [[ $link_local_output = true ]]
4038                 then
4039                     printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
4040                 fi
4041                 cp -r  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4042             fi
4043
4044          fi
4045       fi
4046    done
4047    if (( i != 0 ))
4048    then
4049       if [[ $transfer_problems = true ]]
4050       then
4051          printf "\n$dashes\n  *** OUTPUT-files saved"
4052          printf "\n  +++ WARNING: some data transfers failed! \n"
4053       else
4054          printf "\n$dashes\n  *** all OUTPUT-files saved \n"
4055       fi
4056    fi
4057
4058
4059       # IF REQUIRED, START A RESTART-JOB
4060       # FILE CONTINUE_RUN MUST HAVE BEEN CREATED BY THE EXECUTABLE (PALM)
4061    if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4062    then
4063
4064       if [[ $archive_save = true ]]
4065       then
4066
4067             # ADD RESTART-OPTIONS TO THE MRUN-CALL (IF THEY ARE NOT USED ALREADY):
4068             # -C TELLS MRUN THAT IT IS A RESTART-RUN
4069             # -v SILENT MODE WITHOUT INTERACTIVE QUERIES
4070             # -n BATCH-MODE (IMPORTANT ONLY IN CASE OF BATCH JOBS ON THE LOCAL MACHINE)
4071          [[ $(echo $mc | grep -c "\-C") = 0 ]]  &&  mc="$mc -C"
4072          [[ $(echo $mc | grep -c "\-v") = 0 ]]  &&  mc="$mc -v"
4073          [[ $(echo $mc | grep -c "\-b") = 0 ]]  &&  mc="$mc -b"
4074          if [[ $(echo $mc | grep -c "#") != 0 ]]
4075          then
4076             mc=`echo $mc | sed 's/#/f/g'`
4077          fi
4078
4079
4080             # START THE RESTART-JOB
4081          printf "\n\n  *** initiating restart-run on \"$return_address\" using command:\n"
4082          echo "      $mc"
4083          printf "\n$dashes\n"
4084          if [[ $localhost != $fromhost ]]
4085          then
4086
4087             if [[ $localhost = lcbullhh  ||  $localhost = lccrayb  ||  $localhost = lccrayh  ||  $localhost = nech  ||  $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku  ||  $localhost = ibms  ||  $localhost = lceddy  ||  $localhost = lckyu*  ||  $localhost = lcxe6 ]]
4088             then
4089                echo "*** ssh will be used to initiate restart-runs!"
4090                echo "    return_address=\"$return_address\" "
4091                echo "    return_username=\"$return_username\" "
4092                if [[ $(echo $return_address | grep -c "130.75.105") = 1 ]]
4093                then
4094                   if [[ $localhost = ibmh ]]
4095                   then
4096                      ssh $SSH_PORTOPT $usern@136.172.40.15 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4097                   elif [[ $localhost = lcbullhh ]]
4098                   then
4099                      ssh $SSH_PORTOPT $usern@mlogin101 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4100                   elif [[ $localhost = lccrayb ]]
4101                   then
4102                      ssh $usern@blogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH; export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4103                   elif [[ $localhost = lccrayh ]]
4104                   then
4105                      ssh $usern@hlogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH; export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4106                   elif [[ $localhost = lcxe6 ]]
4107                   then
4108                      ssh $usern@hexagon "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH; export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4109                   else
4110                      ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username ". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4111                   fi
4112                else
4113                   if [[ $localhost = ibmkisti ]]
4114                   then
4115                      ssh $SSH_PORTOPT $usern@gaiad "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4116                   elif [[ $localhost = lceddy ]]
4117                   then
4118                      /usr/bin/ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4119                   elif [[ $localhost = lcocean ]]
4120                   then
4121                      /usr/bin/ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4122                   elif [[ $localhost = lccrayb ]]
4123                   then
4124                      ssh $usern@blogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4125                   elif [[ $localhost = lccrayh ]]
4126                   then
4127                      ssh $usern@hlogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4128                   else
4129                      ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4130                   fi
4131                fi
4132             else
4133                printf "\n  +++ no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
4134                locat=restart; exit
4135             fi
4136
4137                # WAIT TO ALLOW THE RESTART-JOB TO BE QUEUED, BEFORE THE CURRENT JOB IS FINISHED
4138             if [[ $queue = special1q ]]
4139             then
4140                sleep 120
4141             else
4142                sleep 30
4143             fi
4144
4145          else
4146
4147                # JOBS RUNNING (AND STARTED) ON THE LOCAL MACHINE CAN DIRECTLY CALL MRUN (WITHOUT
4148                # USING SSH)
4149             cd $LOCAL_PWD
4150             if [[ $localhost = lckyuh ]]
4151             then
4152                printf "\n  +++ WARNING: no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
4153                printf "\n               please restart job manually using command:\n"
4154                printf "\n               \"$mc\" "
4155             else
4156                eval  $mc                # THE ' MUST BE EVALUATED
4157             fi
4158             cd -  > /dev/null
4159          fi
4160          if [[ $localhost = lckyuh ]]
4161          then
4162             printf "\n$dashes\n  *** restart-run to be initiated manually\n"
4163          else
4164             printf "\n$dashes\n  *** restart-run initiated \n"
4165          fi
4166
4167
4168             # DELETE INPUT-(RESTART)FILES, WHICH HAVE BEEN FETCHED FROM THE TEMPORARY DATA
4169             # DIRECTORY, BACAUSE THEY ARE NOT REQUIRED BY THE RESTART-JOB.
4170             # THIS IS DONE IN ORDER TO AVOID EXCEEDING DISC QUOTAS OR DISC SPACE (RESTART-FILES
4171             # MAY BE VERY HUGE)
4172          (( i = 0 ))
4173          while (( i < iin ))
4174          do
4175             (( i = i + 1 ))
4176             if [[ "${got_tmp[$i]}" = true   &&  $keep_data_from_previous_run = false ]]
4177             then
4178                rm -r  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
4179             fi
4180          done
4181
4182       else
4183
4184          printf "\n  +++ no restart-run possible, since errors occured"
4185          printf "\n      during the archive process"
4186       fi
4187
4188    fi
4189
4190
4191   
4192       # SEND EMAIL NOTIFICATION ABOUT THE FINISHED RUN
4193    if [[ "$email_notification" != "none" ]]
4194    then
4195
4196       if [[ $localhost != $fromhost ]]
4197       then
4198          if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4199          then
4200             echo "PALM restart run necessary"        >   email_text
4201             echo "description header of actual run:" >>  email_text
4202             cat  CONTINUE_RUN                        >>  email_text
4203             echo "mrun-command to restart:"          >>  email_text
4204             echo "$mc"                               >>  email_text
4205          else
4206             echo "PALM run with base filename \"$fname\" on host \"$localhost\" finished"  >  email_text
4207          fi
4208          mail  $email_notification  <  email_text
4209          printf "\n  *** email notification sent to \"$email_notification\" "
4210       fi
4211    fi
4212
4213
4214
4215       # ALL ACTIONS FINISHED, TEMPORARY WORKING-DIRECTORY CAN BE DELETED
4216    cd  $HOME
4217    [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
4218
4219 else
4220
4221       # PREPARING ACTIONS,
4222       # IF A BATCH-JOB IS TO BE GENERATED AND STARTED ON A REMOTE-MACHINE GERECHNET
4223
4224       # BUILD THE MRUN-COMMAND TO BE CALLED IN THE BATCH-JOB ON THE REMOTE-MACHINE
4225    mrun_com="$mrun_script_name -a $afname -c $config_file -d $fname -h $host -H $fromhost -m $memory -t $cpumax -q $queue -R $return_address -U $return_username -u $remote_username"
4226    [[ "$cpp_opts" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -D \"$cpp_opts\""
4227    [[ "$global_revision" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -G \"$global_revision\""
4228    [[ $group_number != none ]]   &&  mrun_com=${mrun_com}" -g $group_number"
4229    [[ $do_compile = true ]]      &&  mrun_com=${mrun_com}" -s \"$source_list\""
4230    [[ "$input_list" != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -i \"$input_list\""
4231    [[ $ignore_archive_error = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -I"
4232    [[ $keep_data_from_previous_run = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -k"
4233    [[ "$additional_conditions" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -K \"$additional_conditions\""
4234    [[ "$output_list" != "" ]]    &&  mrun_com=${mrun_com}" -o \"$output_list\""
4235    [[ "$read_from_config" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -S"
4236    [[ $do_trace = true ]]        &&  mrun_com=${mrun_com}" -x"
4237    [[ "$numprocs" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -X $numprocs"
4238    if [[ $use_openmp = true ]]
4239    then
4240       mrun_com=${mrun_com}" -O $threads_per_task"
4241    fi
4242    [[ "$tasks_per_node" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -T $tasks_per_node"
4243    [[ $store_on_archive_system = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -A"
4244    [[ $package_list != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -p \"$package_list\""
4245    [[ $return_password != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -P $return_password"
4246    [[ $delete_temporary_catalog = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -B"
4247    [[ $node_usage != default  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla"  &&  $node_usage != novice ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -n $node_usage"
4248    [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -y"
4249    [[ $run_coupled_model = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Y \"$coupled_dist\""
4250    [[ "$check_namelist_files" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -z"
4251    [[ "$combine_plot_fields" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Z"
4252    [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -w $max_par_io_str"
4253    if [[ $do_remote = true ]]
4254    then
4255       printf "\n>>>> MRUN-command on execution host:\n>>>> $mrun_com \n"
4256    fi
4257
4258
4259       # CREATE EXECUTABLE FOR BATCH JOB
4260    if [[ $create_executable_for_batch = true  &&  $restart_run != true ]]
4261    then
4262
4263       printf "\n  *** creating the executable for batch job\n"
4264
4265          # METHOD ONLY WORKS FOR BATCH JOBS ON LOCAL HOSTS
4266       if [[ $host != $localhost ]]
4267       then
4268          printf "\n  +++ creation of executables is only allowed for batch jobs on local hosts."
4269          printf "\n      Please set create_executable_for_batch = false in the config-file.\n"
4270          locat=create_executable; exit
4271       fi
4272
4273       mkdir  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
4274       cd  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
4275
4276       cp  $make_depository  .
4277       tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
4278       cp  ../*  .   >  /dev/null  2>&1
4279
4280       make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
4281
4282       if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
4283       then
4284          printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
4285          locat=compile
4286          exit
4287       fi
4288
4289       mv  a.out  ..
4290       cd -  >  /dev/null  2>&1
4291       rm -rf  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
4292
4293       printf "  *** executable created in \"$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}\"\n "
4294
4295    fi
4296
4297
4298       # BUILD THE JOB-SCRIPTS ON FILE jobfile
4299    jobfile=jobfile.$RANDOM
4300
4301
4302       # CREATE TEMPORARY DIRECTORY AND SWITCH TO IT
4303    echo  "mkdir  $TEMPDIR"      >>  $jobfile
4304    echo  "cd  $TEMPDIR"         >>  $jobfile
4305
4306
4307       # ACTIVATE ERROR-TRACEBACK
4308    if [[ $do_trace = true ]]
4309    then
4310       echo  "set -x"                                    >>  $jobfile
4311    else
4312       echo  "set +vx"                                   >>  $jobfile
4313    fi
4314
4315
4316       # INITIALIZE THE ENVIRONMENT AND LOAD MODULES
4317    if [[ "$init_cmds" != "" ]]
4318    then
4319       echo  "$init_cmds"        >>  $jobfile
4320    fi
4321    if [[ "$module_calls" != "" ]]
4322    then
4323       echo  "$module_calls"     >>  $jobfile
4324    fi
4325
4326
4327       # PROVIDE SOURCE-CODE FILES, MRUN-SCRIPT AND CONFIGURATION-FILE FOR THE JOB
4328       # then-CLAUSE: FILES ARE COLLECTED IN THE SOURCES_FOR_RUN_... DIRECTORY ON THE LOCAL HOST,
4329       #              WHICH IS THEN FETCHED FROM THE BATCH-JOB BY USING cp/scp
4330       #              THE SOURCE-CODE FILES ALREADY EXIST IN THIS DIRECTORY
4331       # else-CLAUSE: FILE-CONTENTS ARE PUT INTO THE JOB-FILE AS HERE-DOCUMENTS
4332       #              THIS MAY CREATE A QUITE LARGE JOB-FILE, WHICH CAN CAUSE PROBLEMS WITH SOME
4333       #              QUEUEING-SYSTEMS
4334    if [[ $host = ibmkisti  ||  $host = lcbullhh  ||  $host = lccrayb  ||  $host = lccrayf  ||  $host = lccrayh  ||  $host = lcocean ]]
4335    then
4336
4337          # COPY CONFIGURATION-FILE AND MRUN-SCRIPT INTO THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY
4338       if [[ $restart_run != true ]]
4339       then
4340          cp  $config_file  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4341          cp  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4342       fi
4343
4344          # COPY THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY FROM THE LOCAL HOST TO THE JOB VIA scp
4345          # (then-CLAUSE: JOBS ON THE LOCAL HOST CAN JUST USE cp)
4346       echo  "set -x"  >>  $jobfile
4347       if [[ $host = $localhost ]]
4348       then
4349             # DUE TO UNKNOWN REASONS, COPY WITH cp COMMAND CREATES CORRUPT
4350             # FILES ON CRAY XC30 SYSTEMS (CSC HELSINKI), rsync IS USED INSTEAD
4351          if [[ $(echo $host | cut -c1-6) = lccray ]]
4352          then
4353             echo  "rsync -av -t  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname  ."  >>  $jobfile
4354          else
4355             echo  "cp -r  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname  ."  >>  $jobfile
4356          fi
4357
4358       else
4359          if [[ $host = ibmkisti ]]
4360          then
4361                # ON KISTI'S IBM FIREWALL IS ONLY OPENED ON INTERACTIVE NODE
4362             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
4363             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@gaiad \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
4364         elif [[ $host = lcbullhh ]]
4365          then
4366             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
4367             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@mlogin101 \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
4368
4369          elif [[ $host = lccrayb ]]
4370          then
4371             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
4372             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@blogin1 \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
4373          elif [[ $host = lccrayh ]]
4374          then
4375             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
4376             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@hlogin1 \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
4377
4378          else
4379             echo  "scp $PORTOPT -r $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname ."  >>  $jobfile
4380          fi
4381       fi
4382       echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                      >>  $jobfile
4383
4384          # MOVE MRUN-SCRIPT AND CONFIGURATION-FILE FROM THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY TO THE
4385          # WORKING DIRECTORY OF THE JOB
4386       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$config_file  . "       >>  $jobfile
4387       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$mrun_script_name  . "  >>  $jobfile
4388       echo  "chmod u+rwx  $mrun_script_name"                    >>  $jobfile
4389       echo  "execute_mrun=true"                                 >>  $jobfile
4390       echo  " "                                                 >>  $jobfile
4391
4392    else
4393
4394          # PROVIDE SOURCE-CODE FILES AND MAKEFILE AS HERE DOCUMENT
4395       if [[ $do_compile = true ]]
4396       then
4397
4398          source_catalog=SOURCES_FOR_RUN_$fname
4399
4400              # CREATE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY TO STORE THE SOURCE CODE FILES AND THE MAKEFILE
4401          echo  "mkdir  SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4402          echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                 >>  $jobfile
4403          echo  "cd     SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4404
4405          for  filename  in  $source_list
4406          do
4407                # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
4408             echo  "cat > $filename << \"%END%\""              >>  $jobfile
4409             cat   $source_catalog/$filename                   >>  $jobfile
4410             echo  " "                                         >>  $jobfile
4411             echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4412             echo  " "                                         >>  $jobfile
4413          done
4414
4415             # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
4416          echo  "cat > Makefile << \"%END%\""               >>  $jobfile
4417          cat   $source_catalog/Makefile                    >>  $jobfile
4418          echo  " "                                         >>  $jobfile
4419          echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4420          echo  " "                                         >>  $jobfile
4421
4422          echo  "cd -  > /dev/null"                         >>  $jobfile
4423
4424       fi
4425
4426
4427          # PROVIDE THE CONFIGURATION-FILE AS HERE-DOCUMENT
4428          # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
4429          # LINES WITH #$ IN THE CONFIGURATION-FILE, COMING FROM THE SVN KEYWORD SUBSTITUTION,
4430          # ARE REMOVED FROM THE FILE IN ORDER TO AVOID PROBLEMS WITH THE SGE BATCH SYSTEM
4431       echo  "cat > $config_file << \"%END%\""      >>  $jobfile
4432       if [[ $host = lckyuh ]]
4433       then
4434             # NO CROSS-COMPILER ON COMPUTE NODE
4435          sed  's/frtpx/frt/g'  $config_file        >>  $jobfile
4436       else
4437          sed 's/#$.*//g'   $config_file            >>  $jobfile
4438       fi
4439       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
4440       echo  " "                                    >>  $jobfile
4441
4442
4443          # PROVIDE THE MRUN-SCRIPTS AS HERE-DOCUMENT
4444          # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
4445       echo  "cat > $mrun_script_name <<\"%END%\""  >>  $jobfile
4446       if [[ $host = lckyuh ]]
4447       then
4448          sed 's/\/bin\/ksh/\/bin\/bash/g' ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  >>  $jobfile
4449       else
4450          cat  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name        >>  $jobfile
4451       fi
4452       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
4453       echo  "chmod u+x $mrun_script_name"          >>  $jobfile
4454       echo  "execute_mrun=true"                    >>  $jobfile
4455       echo  " "                                    >>  $jobfile
4456
4457    fi
4458
4459
4460       # GET REQUIRED INPUT-FILES BY SCP OR BY SENDING THEM WITH THE JOB AS HERE-DOCUMENT
4461       # PUT THESE FILES INTO THE USER'S RESPECTIVE PERMANENT DIRECTORIES ON THE REMOTE-HOST
4462       # IF THE DIRECTORIES DO NOT EXIST, TRY TO CREATE THEM
4463    if [[ $do_remote = true ]]
4464    then
4465       (( i = 0 ))
4466       while (( i < iin ))
4467       do
4468          (( i = i + 1 ))
4469          echo  "[[ ! -d ${pathin[$i]} ]]  &&  mkdir -p  ${pathin[$i]}"  >>  $jobfile
4470          if [[ "${transin[$i]}" = job ]]
4471          then
4472             echo  "cat > ${remotepathin[$i]} <<\"%END%\""    >>  $jobfile
4473             eval cat   ${pathin[$i]}/${frelin[$i]}           >>  $jobfile
4474             echo  " "                                        >>  $jobfile
4475             echo  "%END%"                                    >>  $jobfile
4476          else
4477             echo  "batch_scp $PORTOPT -b -o -g -s -u $return_username $return_address ${remotepathin[$i]} \"${pathin[$i]}\" ${frelin[$i]}" >>  $jobfile
4478          fi
4479
4480             # CHECK, IF FILE COULD BE CREATED
4481          echo  "if [[ \$? = 1 ]]"                    >>  $jobfile
4482          echo  "then"                                >>  $jobfile
4483          echo  "   echo \" \" "                      >>  $jobfile
4484          echo  "   echo \"+++ file ${remotepathin[$i]} could not be created\" "   >>  $jobfile
4485          echo  "   echo \"    please check, if directory exists on $host!\" "  >>  $jobfile
4486          echo  "   echo \"+++ MRUN will not be continued\" "  >>  $jobfile
4487          echo  "   execute_mrun=false"               >>  $jobfile
4488          echo  "fi"                                  >>  $jobfile
4489       done
4490    fi
4491
4492       # PROVIDE NAME OF THE CURRENT WORKING-DIRECTORY ON THE LOCAL MACHINE (FROM WHERE THE JOB IS
4493       # STARTED) BY SETTING AN ENVIRONMENT-VARIABLE. THIS INFORMATION IS USED IN THE JOB BY MRUN
4494       # IN CASE THAT RESTART-RUNS HAVE TO BE GENERATED
4495    echo  "LOCAL_PWD=$working_directory"                >>  $jobfile
4496    echo  "export LOCAL_PWD"                            >>  $jobfile
4497
4498       # PROVIDE THE PATH OF THE LOCAL MRUN-SCRIPT FOR THE SAME REASON
4499    echo  "LOCAL_MRUN_PATH=$PALM_BIN"                   >>  $jobfile
4500    echo  "export LOCAL_MRUN_PATH"                      >>  $jobfile
4501
4502       # lceddy ALSO REQUIRES TO PROVIDE PATH FOR THE PALM-SCRIPTS
4503    if [[ $host = lceddy  ||  $localhost = lceddy ]]
4504    then
4505       echo  "export PALM_BIN=$PALM_BIN" | sed -e 's:'$HOME':$HOME:'   >>  $jobfile
4506       echo  "export PATH=\$PATH:\$PALM_BIN"              >>  $jobfile
4507    fi
4508
4509       # CALL MRUN WITHIN THE JOB (SETTING QUEUE IS A WORKAROUND FOR ibmkisti)
4510       # AS FINAL ACTION, REMOVE THE TEMPORARY DIRECTORY CREATED AT THE BEGINNING OF THE JOB
4511    echo  "set -x"                                        >>  $jobfile
4512    echo  "queue=$queue"                                  >>  $jobfile
4513    echo  "[[ \$execute_mrun = true ]]  &&  ./$mrun_com"  >>  $jobfile
4514    echo  'ls -al; echo `pwd`'                            >>  $jobfile
4515    echo  "cd \$HOME"                                     >>  $jobfile
4516    echo  "rm -rf  $TEMPDIR"                              >>  $jobfile
4517
4518
4519
4520
4521       # START THE JOB USING SUBJOB-COMMAND
4522    if [[ $silent = false ]]
4523    then
4524       printf "\n     "
4525    else
4526       printf "\n\n"
4527    fi
4528
4529    subjob  $job_on_file  -h $host  -u $remote_username -g $group_number -q $queue  -m $memory  -N $node_usage -t $cpumax  $XOPT  $TOPT  $OOPT  -n $fname  -v  -c $job_catalog  -e $email_notification  $PORTOPT  $jobfile
4530    rm -rf  $jobfile
4531
4532
4533 fi  # END OF REMOTE-PART
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.