source: palm/trunk/SCRIPTS/mrun @ 2186

Last change on this file since 2186 was 2186, checked in by raasch, 5 years ago

last commit documented

  • Property svn:keywords set to Id Rev
File size: 169.8 KB
Line 
1#!/bin/bash
2
3# mrun - script for running PALM jobs
4
5#--------------------------------------------------------------------------------#
6# This file is part of PALM.
7#
8# PALM is free software: you can redistribute it and/or modify it under the terms
9# of the GNU General Public License as published by the Free Software Foundation,
10# either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
11#
12# PALM is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
13# WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR
14# A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
15#
16# You should have received a copy of the GNU General Public License along with
17# PALM. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
18#
19# Copyright 1997-2015  Leibniz Universitaet Hannover
20#--------------------------------------------------------------------------------#
21#
22# Current revisions:
23# ------------------
24#
25#
26# Former revisions:
27# -----------------
28# $Id: mrun 2186 2017-03-21 05:36:31Z raasch $
29#
30# 2185 2017-03-21 05:09:29Z raasch
31# adjustment for lykyo*-hosts (PJM_ENVIRONMENT defines BATCH)
32#
33# 2148 2017-02-09 16:56:42Z scharf
34# changed allocation of resources for lcbullhh in srun command
35#
36# 2141 2017-02-06 10:19:32Z gronemeier
37# made check for existing files language independent
38#
39# 1944 2016-06-15 06:29:00Z raasch
40# adjustments for using HLRN ssh-keys
41#
42# 1940 2016-06-14 05:15:20Z raasch $
43# adjustments for lckiaps
44#
45# 1866 2016-04-15 06:50:59Z raasch
46# adjusted for lcocean
47#
48# 1841 2016-04-07 19:14:06Z raasch
49# script now running under bash
50#
51# 1804 2016-04-05 16:30:18Z maronga
52# test: implementing an execute mechanism where the execute command is given in the
53# configuration file
54# ROPTS removed from execution commands
55# Warnings about missing optional files or user code changed to informative messages
56# Removed parameter file check
57#
58# 1755 2016-02-22 13:53:39Z maronga
59# Minor bugfix to last commit
60#
61# 1753 2016-02-22 13:49:49Z maronga
62# Bugfix: use random job number when PBS job nummer retrieval fails on lccray*
63#
64# 1622 2015-07-20 06:21:36Z heinze
65# bugfix for Mistral (lcbullhh)
66#
67# 1621 2015-07-17 11:39:33Z heinze
68# adjustments for Mistral at DKRZ Hamburg (lcbullhh)
69#
70# 1609 2015-07-03 15:37:58Z maronga
71# Modified the random number of the temporary working directory to match the
72# queuing system number on HLRN-III (lccray*).
73#
74# 1604 2015-06-23 15:48:03Z suehring
75# Enable coupled runs for lcmuk
76#
77# 1598 2015-05-29 06:45:40Z raasch
78# bugfix for creating hostfile and total number of MPI tasks if run in openmp-mode on one node
79#
80# 1549 2015-01-30 14:26:16Z suehring
81# Enable interactive debug sessions with allinea debugger
82#
83# 1547 2015-01-29 15:09:12Z witha
84# adjustments for ForWind computing cluster (lcflow)
85#
86# 1491 2014-11-12 08:12:57Z heinze
87# correct setting of batch_job allowed for ibm-machines
88#
89# 1468 2014-09-24 14:06:57Z maronga
90# Typo removed (addres->address)
91# Bugfix: returning files to IMUK via ssh did not work for lccrayh and lcycrayb
92# Added support for restart runs (remote) for lcxe6
93#
94# 1442 2014-07-28 07:09:10Z raasch
95# default queues for HLRN-III (lccrayb/lccrayh) defined
96#
97# 1422 2014-07-02 10:01:25Z kanani
98# automatic restarts enabled for lccrayb,
99# adjustment of path to compilervars.sh at IMUK (see automatic restarts)
100#
101# 1420 2014-06-10 06:24:14Z raasch
102# -j1 option added to aprung command for lccrayf (CSC)
103#
104# 1402 2014-05-09 14:25:13Z raasch
105# batch_job added to envpar-NAMELIST
106#
107# 1357 2014-04-11 15:02:03Z witha
108# adjustments for lccrayh (automatic restarts on lccrayh outside of IMUK are now
109# possible)
110#
111# 1320 2014-03-20 08:40:49Z raasch
112# check namelist file set false by default
113#
114# 1304 2014-03-12 10:29:42Z raasch
115# ulimit option changed from -Ss to -s
116#
117# bugfix: missing "fi" in r1289
118#
119# 1289 2014-03-04 07:12:34Z raasch
120# comments translated to English
121# necriam-, fimm-, ibmy-, and sgi-specific code removed
122# export of variables for palm and interpret_config removed
123#
124# 1281 2014-02-01 07:55:49Z raasch
125# rsync-copy restricted to Cray machines, since command is unavailable on some
126# other systems
127#
128# 1279 2014-01-28 12:10:14Z raasch
129# tasks_per_node must not be an integral divisor of numprocs any more. This was done
130# in order to remove annoying restrictions concerning the number of processors which
131# appear on machines with larger nodes (e.g. containing 24 cores). Now without this
132# restriction, one of the nodes will be filled with less than the given number of
133# tasks per node. A respective warning is given.
134#
135# 1274 2014-01-09 13:14:54Z heinze
136# adjustments for lccrayh
137#
138# 1272 2014-01-08 10:19:32Z witha
139# small adjustment for lcflow
140#
141# 1270 2013-12-16 11:05:01Z fricke
142# call of combine_plot_fields adjusted for lccrayb/lccrayh
143#
144# 1255 2013-11-07 14:43:35Z raasch
145# further adjustments for lccrayb remote access
146#
147# 1241 2013-10-30 11:36:58Z heinze
148# Enable use of nudging input and input of large scale forcing from
149# external files
150#
151# 1229 2013-09-20 06:55:19Z raasch
152# further adjustments for lccrayb
153#
154# 1224 2013-09-16 07:27:23Z raasch
155# first adjustments for lccrayb
156#
157# 1210 2013-08-14 10:58:20Z raasch
158# fftw support added
159#
160# 1201 2013-07-10 16:17:59Z witha
161# adjustments for Forwind cluster (lcflow)
162#
163# 1199 2013-07-05 14:52:22Z raasch
164# adjustments for CSC Helsinki (lccrayf),
165# executables for batch jobs can be created in advance, in order to avoid calling
166# the compiler within the batch job (only works if batch jobs are submitted on
167# local host)
168#
169# 1190 2013-06-25 09:39:21Z heinze
170# enable use of automatic restarts for ibmh
171# use of cluster/express queue enabled (ibmh)
172#
173# 1124 2013-04-09 15:46:52Z raasch
174# variable "memory" is exported via typeset option -x, because otherwise an unknown
175# side effect may lead to data loss while getopts is reading the script-option arguments
176#
177# 1122 2013-04-09 08:37:16Z heinze
178# Bugfix: change type of variable last_char
179#
180# 1119 2013-04-05 15:11:19Z raasch
181# Bugfix for setting -T option for subjob
182#
183# 1108 2013-03-05 07:03:32Z raasch
184# bugfix for coupled runs on lckyut/lckyuh
185#
186# 1106 2013-03-04 05:31:38Z raasch
187# --stdin argument for mpiexec on lckyuh
188# -y and -Y settings output to header
189#
190# 1103 2013-02-20 02:15:53Z raasch
191# default script runs again under ksh, because of unsolved problems with read
192# from stdin: when bash script is called from a ksh, message "read error: 0:
193# Resource temporarily unavailable" appears and script does not stop,
194# further bash compatibility adjustments,
195# shebang line replaced by /bin/bash when running jobs on lckyuh; no restarts
196# on lckyuh, but mrun does not terminate and issues a warning instead
197#
198# 1101 2013-02-17 10:20:21Z raasch
199# script now running under bash instead of ksh, which required small adjustments
200# (output formatting with printf instead "typeset -L/-R", print replaced by echo,
201# read from stdin),
202# cross compilername on lckyuh compute nodes replaced by real compiler name
203#
204# 1099 2013-02-10 01:47:43Z raasch
205# adjustments for Kyushu-University computing center (lckyuh - hayaka)
206# and for Forwind cluster (lcflow)
207# small further adjustments for lckyut
208#
209# 1094 2013-02-03 01:52:12Z raasch
210# explicit ssh/scp port can be set in config file with environment variable
211# scp_port.  This port is handled to all ssh/scp/batch_scp calls.
212# decalpha parts (yonsei) removed
213#
214# 2013-02-02 07:06:13Z raasch
215# adjustments for Kyushu-University computing center (lckyut - tatara)
216#
217# 1083 2013-01-04 10:22:09Z maronga
218# bugfix in parameter file check (read %cpp_options was missing)
219#
220# 1069 2012-11-28 16:18:43Z maronga
221# bugfix: coupling mode was always set to mpi2, typos removed
222#
223# 1058 2012-11-21 07:00:35Z raasch
224# Intel inspector (inspxe) is given the number of PEs instead of the number of
225# nodes
226#
227# 1046 2012-11-09 14:38:45Z maronga
228# code put under GPL (PALM 3.9)
229#
230# 21/03/94 - Siggi - first version finished
231# 03/03/94 - Siggi - script development started
232#
233#--------------------------------------------------------------------------------#
234# mrun - script for running PALM jobs
235#--------------------------------------------------------------------------------#
236
237
238 
239    # DECLARATION OF VARIABLES AND THEIR DEFUALT VALUES
240
241 set +o allexport    # SUPPRESS EXPORT OF ALL VARIABLES, SINCE IN THE PAST THIS
242                     # LES TO PROBLEMS IN ROUTINES CALLED BY MRUN
243                     # (TOO MANY ARGUMENTS - PROBLEM)
244 set +o noclobber    # EXISTING FILES ARE ALLOWED TO BE OVERWRITTEN
245
246 AddFilenames=""
247 additional_conditions=""
248 add_source_path=""
249 afname=""
250 archive_save=true
251 archive_system=none
252 check_namelist_files=false
253 combine_plot_fields=true
254 compiler_name=""
255 cond1=""
256 cond2="" 
257 config_file=.mrun.config
258 coupled_dist=""
259 coupled_mode="mpi1"
260 cpp_opts=""
261 cpp_options=""
262 cpumax=0
263 cpurest=0
264 create_executable_for_batch=false
265 delete_temporary_catalog=true
266 do_batch=false
267 do_compile=true
268 do_remote=false
269 do_stagein=true
270 do_stageout=true
271 do_trace=false
272 email_notification="none"
273 exclude=""
274 executable=""
275 execute_command="none"
276 execution_error=false
277 fftw_inc=""
278 fftw_lib=""
279 fftw_support=false
280  fname=test
281 fromhost=""
282 global_revision=""
283 group_number=none
284 host=""
285 host_file=""
286 hp=""
287 ignore_archive_error=false
288 input_list=""
289 interpreted_config_file=""
290 job_catalog="~/job_queue"
291 job_on_file=""
292 keep_data_from_previous_run=false
293 link_local_input=false
294 link_local_output=false
295 localhost_realname=$(hostname)
296 local_dvrserver_running=.FALSE.
297 locat=normal
298 mainprog=""
299 makefile=""
300 max_par_io_str=""
301 mc=$0
302 while [[ $(echo $mc | grep -c "/") != 0 ]]
303 do
304    mc=`echo $mc | cut -f2- -d"/"`
305 done
306 module_calls=""
307 mrun_script_name=$mc
308 netcdf_inc=""
309 netcdf_lib=""
310 netcdf_support=false
311 node_usage=default
312 numprocs=""
313 numprocs_atmos=0
314 numprocs_ocean=0
315 OOPT=""
316 openmp=false
317 output_list=""
318 package_list=""
319 queue=none
320 read_from_config=""
321 restart_run=false
322 if [[ `hostname` = rte10 ]]
323 then
324    return_address=133.5.185.60
325    echo "+++ WARNING: fixed return_address = $return_address is used !!!!!"
326 elif [[ `hostname` = climate0 ]]
327 then
328    return_address=165.132.26.68
329    echo "+++ WARNING: fixed return_address = $return_address is used !!!!!"
330 elif [[ `hostname` = "schultzl-Latitude-E6540" ]]
331 then
332    return_address="schultzl-Latitude-E6540"
333    echo "+++ WARNING: fixed return_address = $return_address is used !!!!!"
334 elif [[ `hostname` = urban00 ]]
335 then
336    return_address=147.46.30.151
337    echo "+++ WARNING: fixed return_address = $return_address is used !!!!!"
338 else
339    return_address=$(nslookup `hostname` 2>&1 | grep "Address:" | tail -1 | awk '{print $2}')
340 fi
341 return_password=""
342 return_username=$LOGNAME
343 remotecall=false
344 remote_username=""
345 run_coupled_model=false
346 run_mode=""
347 store_on_archive_system=false
348 dashes="  ----------------------------------------------------------------------------"
349 silent=false
350 source_list=""
351 source_path=SOURCE
352 tasks_per_node=""
353 threads_per_task=1
354 tmpcreate=false
355 tmp_data_catalog=""
356 transfer_problems=false
357 usern=$LOGNAME
358 use_openmp=false
359 version="MRUN  2.1 Rev$Rev: 2186 $"
360 working_directory=`pwd`
361 TOPT=""
362 XOPT=""
363 zeit=$( date | cut -c 12-19 )
364
365 typeset -i  iec=0 iic=0 iin=0 ioc=0 iout=0 stagein_anz=0 stageout_anz=0
366 typeset -x -i  memory=0   # HAS TO BE EXPORTED HERE, OTHERWISE AN UNKNOWN SIDE
367                           # SIDE EFFECT MAY CAUSE DATA LOSS WHEN GETOPTS IS READING THE
368                           # SCRIPT-OPTION ARGUMENTS
369 typeset -i  cputime i ii iia iii iio icycle inode ival jobges jobsek last_char_int maxcycle minuten nodes pes remaining_pes sekunden tp1
370
371    # ERROR HANDLING IN CASE OF EXIT
372 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
373       if [[ $locat != normal  &&  $locat != control_c ]]
374       then
375
376              # CARRY OUT ERROR-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE (EC:)
377          (( i = 0 ))
378          while (( i < iec ))
379          do
380             (( i = i + 1 ))
381             printf "\n  *** Execution of ERROR-command:\n"
382             printf "  >>> ${err_command[$i]}\n"
383             eval  ${err_command[$i]}
384          done
385          if [[ -n $interpreted_config_file ]]
386          then
387             rm -rf  $interpreted_config_file
388          fi
389          if [[ -n .mrun_environment ]]
390          then
391             rm -rf  .mrun_environment
392          fi
393          if [[ $tmpcreate = true ]]
394          then
395#              printf "\n  *** Contents of \"$TEMPDIR\":\n"
396#              ls -al; cd
397             [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
398          fi
399          if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
400          then
401             echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
402             kill $dvrserver_id
403          fi
404          if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
405          then
406             rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
407          fi
408          printf "\n\n+++ MRUN killed \n\n"
409       elif [[ $locat != control_c ]]
410       then
411          printf "\n\n --> all actions finished\n\n"
412          printf "     Bye, bye $usern !!\n\n"
413       fi' exit
414
415
416    # ACTIONS IN CASE OF TERMINAL-BREAK (CONTROL-C):
417 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
418       rm -rf  $working_directory/tmp_check_namelist_files
419       [[ $tmpcreate = true ]]  &&  (cd; rm -rf $TEMPDIR)
420       if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
421       then
422          rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
423       fi
424       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
425       then
426          echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
427          kill $dvrserver_id
428       fi
429       printf "\n+++ MRUN killed by \"^C\" \n\n"
430       locat=control_c
431       exit
432      ' 2
433
434
435    # CHECK IF THE PATH FOR THE PALM BINARIES (SCRIPTS+UTILITY-PROGRAMS) HAS
436    # BEEN SET
437 if [[ "$PALM_BIN" = "" ]]
438 then
439    printf "\n  +++ environment variable PALM_BIN has not been set"
440    printf "\n      please set it to the directory where the PALM scripts are located"
441    locat=palm_bin; exit
442 fi
443 export PATH=$PALM_BIN:$PATH
444
445
446
447    # READ SHELLSCRIPT-OPTIONS AND REBUILD THE MRUN-COMMAND STRING (MC),
448    # WHICH WILL BE USED TO START RESTART-JOBS
449 while  getopts  :a:AbBc:Cd:D:Fg:G:h:H:i:IkK:m:M:n:o:O:p:P:q:r:R:s:St:T:u:U:vw:xX:yY:zZ option
450 do
451   case  $option  in
452       (a)   afname=$OPTARG;;
453       (A)   store_on_archive_system=true; mc="$mc -A";;
454       (b)   do_batch=true; mc="$mc -b";;
455       (B)   delete_temporary_catalog=false; mc="$mc -B";;
456       (c)   config_file=$OPTARG; mc="$mc -c$OPTARG";;
457       (C)   restart_run=true; mc="$mc -C";;
458       (d)   fname=$OPTARG; mc="$mc -d$OPTARG";;
459#        (D)   cpp_opts="$cpp_opts $OPTARG"; mc="$mc -D'$OPTARG'";;
460       (F)   job_on_file="-D"; mc="$mc -F";;
461       (g)   group_number=$OPTARG; mc="$mc -g$OPTARG";;
462       (G)   global_revision=$OPTARG; mc="$mc -G'$OPTARG'";;
463       (h)   host=$OPTARG; mc="$mc -h$OPTARG";;
464       (H)   fromhost=$OPTARG; mc="$mc -H$OPTARG";;
465       (i)   input_list=$OPTARG; mc="$mc -i'$OPTARG'";;
466       (I)   ignore_archive_error=true; mc="$mc -I";;
467       (k)   keep_data_from_previous_run=true; mc="$mc -k";;
468       (K)   additional_conditions="$OPTARG"; mc="$mc -K'$OPTARG'";;
469       (m)   memory=$OPTARG; mc="$mc -m$OPTARG";;
470       (M)   makefile=$OPTARG; mc="$mc -M$OPTARG";;
471       (n)   node_usage=$OPTARG; mc="$mc -n$OPTARG";; 
472       (o)   output_list=$OPTARG; mc="$mc -o'$OPTARG'";;
473       (O)   use_openmp=true; threads_per_task=$OPTARG; mc="$mc -O$OPTARG";;
474       (p)   package_list=$OPTARG; mc="$mc -p'$OPTARG'";;
475       (P)   return_password=$OPTARG; mc="$mc -P$OPTARG";;
476       (q)   queue=$OPTARG; mc="$mc -q$OPTARG";;
477       (r)   run_mode=$OPTARG; mc="$mc -r'$OPTARG'";;
478       (R)   remotecall=true;return_address=$OPTARG; mc="$mc -R$OPTARG";;
479       (s)   source_list=$OPTARG; mc="$mc -s'$OPTARG'";;
480       (S)   read_from_config=false; mc="$mc -S";;
481       (t)   cpumax=$OPTARG; mc="$mc -t$OPTARG";;
482       (T)   mrun_tasks_per_node=$OPTARG; mc="$mc -T$OPTARG";;
483       (u)   remote_username=$OPTARG; mc="$mc -u$OPTARG";;
484       (U)   return_username=$OPTARG; mc="$mc -U$OPTARG";;
485       (v)   silent=true; mc="$mc -v";;
486       (w)   max_par_io_str=$OPTARG; mc="$mc -w$OPTARG";;
487       (x)   do_trace=true;set -x; mc="$mc -x";;
488       (X)   numprocs=$OPTARG; mc="$mc -X$OPTARG";;
489       (y)   ocean_file_appendix=true; mc="$mc -y";;
490       (Y)   run_coupled_model=true; coupled_dist=$OPTARG; mc="$mc -Y'$OPTARG'";;
491       (z)   check_namelist_files=false; mc="$mc -z";;
492       (Z)   combine_plot_fields=false; mc="$mc -Z";;
493       (\?)  printf "\n  +++ unknown option $OPTARG \n"
494             printf "\n  --> type \"$0 ?\" for available options \n"
495             locat=parameter;exit;;
496   esac
497 done
498
499
500    # SKIP GIVEN OPTIONS TO READ POSITIONAL PARAMETER, IF GIVEN
501    # CURRENTLY ONLY PARAMETER ? (TO OUTPUT A SHORT COMMAND INFO) IS ALLOWED
502 (( to_shift = $OPTIND - 1 ))
503 shift $to_shift
504
505    # PRINT SHORT DESCRIPTION OF MRUN OPTIONS
506 if [[ "$1" = "?" ]]
507 then
508   (printf "\n  *** mrun can be called as follows:\n"
509    printf "\n      $mrun_script_name  -b -c.. -d.. -D.. -f.. -F -h.. -i.. -I -K.. -m.. -o.. -p.. -r.. -R -s.. -t.. -T.. -v -x -X.. -y -Y.. -Z <modus> \n"
510    printf "\n      Description of available options:\n"
511    printf "\n      Option  Description                              Default-Value"
512    printf "\n        -a    base name of input files                 equiv. -d"
513    printf "\n        -A    archiving when using file-attribute fl"
514    printf "\n        -b    batch-job on local machine               ---"
515    printf "\n        -B    do not delete temporary directory at end ---"
516    printf "\n        -c    configuration file                       .mrun.config"
517    printf "\n        -d    base name of files attached to program   test"
518    printf "\n        -D    preprocessor(cpp)-directives             \"\" "
519    printf "\n        -F    create remote job file only              ---"
520    printf "\n        -h    execution host                           $localhost_realname"
521    printf "\n        -i    INPUT control list                       \"\" "
522    printf "\n        -I    archiving errors of previous batch-jobs"
523    printf "\n              will be ignored"
524    printf "\n        -k    keep data from previous run"
525    printf "\n        -K    additional conditions for controling"
526    printf "\n              usage of conditional code and"
527    printf "\n              env-variables in configuration file      \"\" "
528    printf "\n        -m    memory demand in MB (batch-jobs)         0 MB"
529    printf "\n        -M    Makefile name                            Makefile"
530    printf "\n        -n    node usage (shared/not_shared)           depending on -h"
531    printf "\n        -o    OUTPUT control list                      \"\" "
532    printf "\n        -O    threads per openMP task                  ---"
533    printf "\n        -p    software package list                    \"\" "
534    printf "\n        -q    queue                                    \"$queue\" "
535    printf "\n        -r    run control list (combines -i -o)        \"\" "
536    printf "\n        -s    filenames of routines to be compiled     \"\" "
537    printf "\n              must end with .f, .f90, .F, or .c !"
538    printf "\n              use \"..\" for more than one file and wildcards"
539    printf "\n              -s LM compiles all locally modified files"
540    printf "\n        -S    config file interpreted by shellscript   ---"
541    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds (batch)      0"
542    printf "\n        -T    tasks per node                           depending on -h"
543    printf "\n        -u    username on remote machine               \"\" "
544    printf "\n        -v    no prompt for confirmation               ---"
545    printf "\n        -w    maximum parallel io streams              as given by -X"
546    printf "\n        -x    tracing of mrun for debug purposes       ---"
547    printf "\n        -X    # of processors (on parallel machines)   1"
548    printf "\n        -y    add appendix \"_O\" to all local output"
549    printf "\n              files (ocean precursor runs followed by"
550    printf "\n              coupled atmosphere-ocean runs)           ---"
551    printf "\n        -Y    run coupled model, \"#1 #2\" with" 
552    printf "\n              #1 atmosphere and #2 ocean processors    \"#/2 #/2\" depending on -X"
553    printf "\n        -Z    skip combine_plot_fields at the end of      "
554    printf "\n              the simulation                           ---"
555    printf "\n "
556    printf "\n      Possible values of positional parameter <modus>:"
557    printf "\n        \"?\"       -  this outline \n\n") | more
558    exit
559 elif [[ "$1" != "" ]]
560 then
561    printf "\n  +++ positional parameter $1 unknown \n"
562    locat=parameter; exit
563 fi
564
565
566
567    # SHORT STARTING MESSAGE
568 printf "\n*** $version "
569 printf "\n    will be executed.     Please wait ..."
570
571
572
573    # CHECK, IF CONFIGURATION FILE EXISTS
574 if [[ ! -f $config_file ]]
575 then
576    printf "\n\n  +++ configuration file: "
577    printf "\n           $config_file"
578    printf "\n      does not exist"
579    locat=connect; exit 
580 fi
581
582
583    # DETERMINE THE HOST-IDENTIFIER (localhost) FROM THE CONFIGURATION FILE
584 line=""
585 grep  "%host_identifier"  $config_file  >  tmp_mrun
586 while read line
587 do
588    if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
589    then
590       HOSTNAME=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
591       host_identifier=`echo $line | cut -d" " -s -f3`
592       if [[ $localhost_realname = $HOSTNAME ]]
593       then
594          localhost=$host_identifier
595          break
596       fi
597    fi
598 done < tmp_mrun
599
600 if [[ "$localhost" = "" ]]
601 then
602    printf "\n\n  +++ no host identifier found in configuration file \"$config_file\""
603    printf "\n      for local host \"$localhost_realname\"."
604    printf "\n      Please add line"
605    printf "\n      \"\%host_identifier $localhost_realname <identifier>\""
606    printf "\n      to the configuration file."
607    locat=localhost; exit
608 fi
609
610
611    # SET HOST-SPECIFIC VARIABLES
612 case  $localhost_realname  in
613     (r1*|r2*|h01*|b01*)     archive_system=tivoli;;
614     (cs*)                   archive_system=ut;;
615 esac
616
617
618    # ??? THIS SHOULD BE DECRIBED IN THE MRUN DOCUMENTATION ???
619    # SET BASENAME OF THE INPUT-FILES TO THE GENERAL BASENAME (GIVEN BY OPTION -d),
620    # IF IT HAS NOT BEEN SET BY THE USER DIFFERENTLY (USING OPTION -a)
621 [[ "$afname" = "" ]]  &&  afname=$fname
622
623
624    # ADD RUN-FILE ACTIVATION STRINGS (GIVEN BY OPTION -r) TO THE
625    # RESPECTIVE LISTS FOR ACTIVATING THE INPUT/OUTPUT FILE CONNECTION
626    # STATEMENTS IN THE CONFIGURATION FILE
627 if [[ "$run_mode" != "" ]]
628 then
629    input_list="$input_list $run_mode"
630    output_list="$output_list $run_mode"
631 fi
632
633
634    # ??? is this (and the respective option -H) really required ???
635    # STORE HOSTNAME, FROM WHICH THE JOB IS STARTED,
636    # BUT ONLY IF IT HASN'T BEEN ALREADY SET BY OPTION -H
637    # (MRUN IS AUTOMATICALLY SETTING THIS OPTION IN THE MRUN-CALLS WITHIN
638    # THOSE BATCH-JOBS, WHICH ARE CREATED BY MRUN ITSELF)
639 if [[ "$fromhost" = "" ]]
640 then
641    fromhost=$localhost
642 fi
643
644
645    # CHECK, IF EXECUTION SHALL TO BE DONE ON THE REMOTE-MACHINE.
646    # VALUE OF do_remote IS IMPORTANT FOR THE FILE CONNECTIONS.
647    # IN CASE OF EXECUTION ON A REMOTE-MACHINE, A BATCH-JOB HAS
648    # TO BE SUBMITTED (I.E. do_batch=true)
649 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
650 then
651    do_batch=true
652    do_remote=true
653    case  $host  in
654        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|nech|lcbullhh|lccrayb|lccrayh|lccrayf|lcflow|lckyoto|lcocean|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb)  true;;
655        (*)  printf "\n"
656             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
657             printf "\n      is not available"
658             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
659    esac
660 else
661    host=$localhost
662 fi
663
664
665     # EVALUATE ADDITIONAL CONDITIONS GIVEN BY OPTION -K
666 if [[ -n $additional_conditions ]]
667 then
668    cond1=`echo $additional_conditions | cut -d" " -f1`
669    cond2=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f2`
670    dummy=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f3`
671    if [[ -n $dummy ]]
672    then
673       printf "\n  +++ more than 2 additional conditions given for Option \"-K\""
674       locat=options; exit
675    fi
676    block=_$cond1
677    [[ -n $cond2 ]]  &&  block=${block}_$cond2
678 fi
679
680
681      # EVALUATE MODEL COUPLING FEATURES (OPTION -Y) AND DETERMINE coupled_mode
682 if [[ $run_coupled_model = true ]] 
683 then
684
685    numprocs_atmos=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f1`
686    numprocs_ocean=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f2`
687
688    if (( $numprocs_ocean + $numprocs_atmos != $numprocs ))
689    then
690
691       printf "\n  +++ number of processors does not fit to specification by \"-Y\"."
692       printf "\n      PEs (total)     : $numprocs"
693       printf "\n      PEs (atmosphere): $numprocs_atmos"
694       printf "\n      PEs (ocean)     : $numprocs_ocean"
695       locat=coupling; exit
696
697    fi
698
699
700       # GET coupled_mode FROM THE CONFIG FILE
701    line=""
702    grep  "%cpp_options.*-D__mpi2.*$host" $config_file  >  tmp_mrun
703    while read line
704    do
705       echo line=\"$line\"
706       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" &&  $(echo $line | cut -d" " -s -f4) = $cond1 && $(echo $line | cut -d" " -s -f5)  = $cond2 ]]
707       then
708          coupled_mode="mpi2"
709       fi
710    done < tmp_mrun
711
712 fi
713
714    # CHECK, IF FILE-ARCHIVING HAS FAILED IN PREVIOUS JOB (OF A JOB-CHAIN)
715 if [[ -f ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname ]]
716 then
717    if [[ $ignore_archive_error = false ]]
718    then
719       printf "\n  +++ data archiving of previous run failed"
720       printf "\n      see directory \~/job_queue on remote machine"
721       locat=archive; exit
722    else
723       printf "\n  +++ warning: data archiving in a previous run failed"
724       printf "\n      MRUN continues, trying to get backup copy"
725    fi
726 fi
727
728
729    # SAVE VALUES OF MRUN-OPTIONS SICHERN IN ORDER TO OVERWRITE
730    # THOSE VALUES GIVEN IN THE CONFIGURATION-FILE
731 mrun_memory=$memory
732 mrun_group_number=$group_number
733 mrun_cpumax=$cpumax
734 mrun_numprocs=$numprocs
735
736
737    # READ AND EVALUATE THE CONFIGURATION-FILE FROM WITHIN THIS SHELLSCRIPT
738    # (OPTION -S). THE DEFAULT IS USING THE ROUTINE <<<<
739 if [[ "$read_from_config" = false ]]
740 then
741    [[ $silent = false ]]  &&  printf "\n    Reading the configuration file... "
742
743       # READ THE CONFIGURATION FILE LINE BY LINE
744    while  read zeile
745    do
746        [[ $silent = false ]]  &&  printf "."
747
748
749          # FIRST REPLACE ENVIRONMENT-VARIABLES BY THEIR RESPECTIVE VALUES
750       eval  zeile=\"$zeile\"
751
752
753          # INTERPRET THE LINE
754       if [[ "$(echo $zeile)" = "" ]]
755       then
756             # EMPTY LINE, NO ACTION
757          continue
758
759       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "#" ]]
760       then
761
762             # LINE IS A COMMENT LINE
763          true
764
765       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "%" ]]
766       then
767
768             # LINE DEFINES AN ENVIRONMENT-VARIABLE
769          zeile=$(echo $zeile | cut -c2-)
770          var=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
771          value=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
772          for_host=`echo $zeile | cut -d" " -s -f3`
773          for_cond1=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
774          for_cond2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
775
776          if [[ "$for_host" = ""  ||  ( "$for_host" = $host  &&  "$for_cond1" = "$cond1"  &&  "$for_cond2" = "$cond2" )  ||  $(echo "$input_list$output_list"|grep -c "$for_host") != 0 ]]
777          then
778
779                # REPLACE ":" BY " " IN COMPILER- CPP- OR LINKER-OPTIONS,
780                # "::" IS REPLACED BY ":".
781             value=`echo $value | sed 's/::/%DUM%/g' | sed 's/:/ /g' | sed 's/%DUM%/:/g'`
782
783
784                # VALUE FROM THE CONFIGURATION-FILE IS ASSIGNED TO THE
785                # ENVIRONMENT-VARIABLE, BUT ONLY IF NO VALUE HAS BEEN ALREADY
786                # ASSIGNED WITHIN THIS SCRIPT (E.G. BY SCRIPT-OPTIONS).
787                # NON-ASSIGNED VARIABLES HAVE VALUE "" OR 0 (IN CASE OF INTEGER).
788                # HENCE THE GENERAL RULE IS: SCRIPT-OPTION OVERWRITES THE
789                # CONFIGURATION-FILE.
790             if [[ "$(eval echo \$$var)" = ""  ||  "$(eval echo \$$var)" = "0" ]]
791             then
792                eval  $var=\$value
793
794                   # TERMINAL OUTPUT OF ENVIRONMENT-VARIABLES, IF TRACEBACK IS SWITCHED on
795                if [[ $do_trace = true ]]
796                then
797                   printf "\n*** ENVIRONMENT-VARIABLE $var = $value"
798                fi
799             fi
800
801                # IF AN ENVIRONMENT-VARIABLE DETERMINES THE HOST, THEN EVALUATE IT IMMEDIATELY:
802                # VALUE OF do-remote IS REQUIRED FOR THE FILE CONNECTIONS (COPY OF I/O FILES).
803                # IF EXECUTION IS SCHEDULED FOR A REMOTE-MASCHINE, A BATCH-JOB
804                # MUST HAVE TO BE STARTED
805             if [[ $var = host ]]
806             then
807                if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
808                then
809                   do_batch=true
810                   do_remote=true
811                   case  $host  in
812                       (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|lcbullhh|lccrayb|lccrayh|lccrayf|lcflow|lckyoto|lcocean|nech|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb)  true;;
813                       (*)  printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
814                            printf "\n      is not available"
815                            locat=nqs; exit;;
816                   esac
817                else
818                   host=$localhost
819                fi
820             fi
821
822                # USER-DEFINED ENVIRONMENT VARIABLES MUST BE EXPORTED,
823                # BECAUSE THEY MAY BE REQUIRED IN OTHER SCRIPTS CALLED
824                # BY MRUN (E.G. subjob)
825             export  $var
826          fi
827
828
829
830
831       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "EC:" ]]
832       then
833
834             # LINE DEFINES ERROR-COMMAND
835          (( iec = iec + 1 ))
836          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
837          err_command[$iec]="$zeile"
838
839       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "IC:" ]]
840       then
841
842             # LINE DEFINES INPUT-COMMAND
843          (( iic = iic + 1 ))
844          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
845          in_command[$iic]="$zeile"
846
847       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "OC:" ]]
848       then
849
850             # LINE DEFINES OUTPUT-COMMAND
851          (( ioc = ioc + 1 ))
852          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
853          out_command[$ioc]="$zeile"
854
855       else
856
857             # LINE DEFINES FILE CONNECTION. READ THE FILE ATTRIBUTES.
858             # s2a: in/out - field
859             # s2b: loc    - field (optional)
860             # s2c: tr/ar  - field (optional)
861          s1=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
862          s2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
863          s2a=$(echo $s2 | cut -d":" -f1)
864          if [[ $(echo $s2 | grep -c ":") = 0 ]]
865          then
866             s2b=""
867             s2c=""
868          else
869             s2b=`echo $s2 | cut -d":" -f2 | sed 's/:/ /g'`
870             s2c=`echo $s2 | cut -d":" -s -f3 | sed 's/:/ /g'`
871          fi
872          s3=`echo $zeile | cut -d" " -f3`
873          s4=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
874          s5=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
875          s6=`echo $zeile | cut -d" " -s -f6`
876
877       
878             # STORE FILE CONNECTION, IF ACTIVATED BY ACTIVATION-STRING FROM
879             # INPUT- OR OUTPUT-LIST.
880             # VARIABLE S3 MAY CONTAIN A LIST OF ACTIVATION STRINGS (FIELD-SEPERATOR ":").
881             # IF EXECUTION IS SCHEDULED FOR A REMOTE-MACHINE AND THE FILE IS ONLY
882             # LOCALLY REQUIRED ON THAT MACHINE (I.E. s2b = loc), THE FILE CONNECTION
883             # IS NOT CHECKED AND STORED.
884          IFSALT="$IFS"; IFS="$IFS:"
885          if [[ "$s2a" = in  &&  ! ( $do_remote = true  &&  ( "$s2b" = loc  ||  "$s2b" = locopt ) ) ]]
886          then
887             found=false
888             for  actual  in  $input_list
889             do
890                for  formal  in  $s3
891                do
892                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-" ]]  &&  found=true
893                done
894             done
895             if [[ $found = true ]]
896             then
897                (( iin = iin + 1 ))
898                localin[$iin]=$s1; transin[$iin]=$s2b; actionin[$iin]=$s2c;
899                typein[$iin]=$s3; pathin[$iin]=$s4; endin[$iin]=$s5;
900                extin[$iin]=$s6
901             fi
902          elif [[ "$s2a" = out  &&  ! ( $do_remote = true  &&  "$s2b" = loc ) ]]
903          then
904             found=false
905             for  actual  in  $output_list
906             do
907                for  formal  in  $s3 
908                do
909                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-"  ]]  &&  found=true
910                done
911             done
912             if [[ $found = true ]]
913             then
914                (( iout = iout + 1 ))
915                localout[$iout]=$s1; actionout[$iout]=$s2c; typeout[$iout]=$s3;
916                pathout[$iout]=$s4; endout[$iout]=$s5; extout[$iout]=$s6
917             fi
918          elif [[ "$s2a" != in  &&  "$s2a" != out ]]
919          then
920             printf "\n  +++ I/O-attribute in configuration file $config_file has the invalid"
921             printf "\n      value \"$s2\". Only \"in\" and \"out\" are allowed!"
922             locat=connect; exit
923          fi
924          IFS="$IFSALT"
925       fi
926    done < $config_file
927
928 else
929
930       # EVALUATE THE CONFIGURATION-FILE BY FORTRAN-PROGRAM
931    [[ $silent = false ]]  &&  printf "..."
932    interpreted_config_file=.icf.$RANDOM
933
934
935
936       # PROVIDE VALUES OF ENVIRONMENT-VARIABLE FOR interpret_config VIA NAMELIST-FILE
937    cat  >  .mrun_environment  <<  %%END%%
938 &mrun_environment  cond1 = '$cond1', cond2 = '$cond2',
939                    config_file = '$config_file', do_remote = '$do_remote',
940                    do_trace = '$do_trace', host = '$host',
941                    input_list = '$input_list', icf = '$interpreted_config_file',
942                    localhost = '$localhost', output_list = '$output_list' /
943
944%%END%%
945
946    if [[ "$host" != $localhost ]]
947    then
948
949          # REMOTE JOB FROM LOCAL HOST: JUST TAKE THE FIRST EXECUTABLE FOUND
950       interpret_config_executable=`ls -1 ${PALM_BIN}/interpret_config*.x 2>/dev/null`
951       if [[ $? != 0 ]]
952       then
953          printf "\n\n  +++ no interpret_config found"
954          printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this host"
955          locat=interpret_config; exit
956       fi
957       interpret_config_executable=`echo $interpret_config_executable | cut -d" " -f1`
958       $interpret_config_executable
959
960    else
961
962          # CHECK, IF THERE IS AN EXECUTABLE FOR THE BLOCK
963       if [[ ! -f ${PALM_BIN}/interpret_config${block}.x ]]
964       then
965          printf "\n\n  +++ no interpret_config found for given block \"$cond1 $cond2\""
966          printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this block"
967          locat=interpret_config; exit
968       else
969          interpret_config${block}.x
970       fi
971
972    fi
973    rm .mrun_environment
974
975
976       # EXECUTE SHELL-COMMANDS GENERATED BY interpret_config WITHIN THIS SHELL
977    chmod  u+x  $interpreted_config_file
978    export PATH=$PATH:.
979    . $interpreted_config_file
980    rm  $interpreted_config_file
981
982 fi
983
984
985    # VALUES OF MRUN-OPTIONS OVERWRITE THOSE FROM THE CONFIGURATION-FILE
986 [[ $mrun_memory     != 0   ]]  &&  memory=$mrun_memory
987 [[ "$mrun_group_number" != "none" ]]  &&  group_number=$mrun_group_number
988 [[ $mrun_cpumax     != 0   ]]  &&  cpumax=$mrun_cpumax
989 [[ "$mrun_numprocs" != ""  ]]  &&  numprocs=$mrun_numprocs
990 [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  maximum_parallel_io_streams=$max_par_io_str
991 [[ "$mrun_tasks_per_node" != "" ]]  &&  tasks_per_node=$mrun_tasks_per_node
992
993
994    # ON THE LOCAL MACHINE, DETERMINE (FROM THE CONFIGURATION-FILE) THE PATH
995    # FOR SOURCE-FILES TO BE COMPILED.
996    # IN A BATCH-JOB, SOURCES (ROUTINES TO BE COMPILED) ARE COMPLETE ALREADY.
997    # BEFORE MRUN IS CALLED IN THE JOB, SOURCES_COMPLETE = true IS ASSIGNED (SEE FURTHER BELOW).
998 if [[ "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
999 then
1000
1001       # FIRST CHECK, IF A GLOBAL SOURCE PATH (TO BE USED FOR ALL HOSTS)
1002       # HAS BEEN DEFINED
1003    source_path=""
1004    line=""
1005    grep "%source_path" $config_file  >  tmp_mrun
1006    while read line
1007    do
1008       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
1009       then
1010          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -f3)" = "" ]]
1011          then
1012             global_source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
1013          fi
1014       fi
1015    done  <  tmp_mrun
1016
1017    line=""
1018    found=false
1019    grep  " $localhost" $config_file | grep "%source_path"  >  tmp_mrun
1020    while read line
1021    do
1022       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
1023       then
1024          if [[ $found = true ]]
1025          then
1026             printf "\n\n  +++ more than one source path found in configuration file"
1027             printf "\n      for local host \"$localhost\" "
1028             locat=source_path; exit
1029          fi
1030          source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
1031          found=true
1032       fi
1033    done  <  tmp_mrun
1034    rm  tmp_mrun
1035
1036    if [[ "$source_path" = "" ]]
1037    then
1038       if [[ "$global_source_path" != "" ]]
1039       then
1040          source_path=$global_source_path
1041       else
1042          printf "\n\n  +++ no source path found in configuration file"
1043          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
1044          locat=source_path; exit
1045       fi
1046    fi
1047    eval source_path=$source_path
1048
1049    if [[ ! -d $source_path ]]
1050    then
1051       printf "\n\n  +++ source path \"$source_path\" on local host"
1052       printf "\n      \"$localhost\" does not exist"
1053       locat=source_path; exit
1054    fi
1055
1056 fi
1057
1058
1059    # GET THE GLOBAL REVISION-NUMBER OF THE SVN-REPOSITORY
1060    # (HANDED OVER TO RESTART-RUNS USING OPTION -G)
1061 if [[ "$global_revision" = ""  &&  $host != "ibmkisti" ]]
1062 then
1063    global_revision=`svnversion $source_path  2>/dev/null`
1064    global_revision="Rev: $global_revision"
1065 fi
1066
1067
1068    # ??? das darf doch eigentlich garnicht passieren, weil optionen config-datei uebersteuern ???
1069    # CHECK AGAIN, IF EXECUTION SHALL BE DONE ON A REMOTE-HOST (BATCH-JOB).
1070    # (HOST MAY HAVE CHANGED DUE TO SETTINGS IN THE CONFIGURATION-FILE)
1071 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
1072 then
1073    do_batch=true
1074    do_remote=true
1075    case  $host  in
1076        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|lcbullhh|lccrayb|lccrayh|lccrayf|lcflow|lckyoto|lcocean|nech|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb)  true;;
1077        (*)  printf "\n"
1078             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
1079             printf "\n      is not available"
1080             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
1081    esac
1082 else
1083    host=$localhost
1084 fi
1085
1086
1087
1088    # IN CASE OF PARALLEL EXECUTION, CHECK SOME SPECIFICATIONS CONCERNING PROCESSOR NUMBERS
1089 if [[ "$cond1" = parallel  ||  "$cond2" = parallel ]]
1090 then
1091
1092       # CHECK, IF NUMBER OF CORES TO BE USED HAS BEEN GIVEN
1093    if [[ ! -n $numprocs ]]
1094    then
1095       printf "\n"
1096       printf "\n  +++ option \"-K parallel\" requires additional specification"
1097       printf "\n      of the number of processors to be used by"
1098       printf "\n      mrun-option \"-X\" or by environment-variable"
1099       printf "\n      \"numprocs\" in the configuration file"
1100       locat=numprocs; (( iec = 0 )); exit 
1101    fi
1102
1103       # CHECK, IF THE NUMBER OF CORES PER NODE HAS BEEN GIVEN UND IF IT IS AN
1104       # INTEGRAL DIVISOR OF THE TOTAL NUMBER OF CORES GIVEN BY OPTION -X
1105    if [[ "$tasks_per_node" = ""  &&  $host != lcflow  &&  $host != lcxt5m ]]
1106    then
1107       printf "\n"
1108       printf "\n  +++ option \"-T\" (tasks per node) is missing"
1109       printf "\n      set -T option or define tasks_per_node in the config file"
1110       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1111    fi
1112
1113    if (( numprocs < tasks_per_node ))
1114    then
1115       printf "\n"
1116       printf "\n  +++ tasks per node (-T) cannot exceed total number of processors (-X)"
1117       printf "\n      given values: -T $tasks_per_node  -X $numprocs"
1118       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1119    fi
1120
1121    if [[ $host != lcflow  &&  $host != lcxt5m ]]
1122    then
1123       (( nodes = numprocs / ( tasks_per_node * threads_per_task ) ))
1124       (( ival = $tasks_per_node ))
1125       (( pes = numprocs ))
1126       (( ii = pes / ival ))
1127       (( remaining_pes =  pes - ii * ival ))
1128       if (( remaining_pes > 0 ))
1129       then
1130          printf "\n"
1131          printf "\n  +++ WARNING: tasks per node (option \"-T\") is not an integral"
1132          printf "\n      divisor of the total number of processors (option \"-X\")"
1133          printf "\n      values of this mrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $numprocs\""
1134          printf "\n      One of the nodes is filled with $remaining_pes instead of $tasks_per_node tasks"
1135          (( nodes = nodes + 1 ))
1136       fi
1137    fi
1138
1139
1140       # SETTINGS FOR SUBJOB-COMMAND
1141    OOPT="-O $threads_per_task"
1142
1143       # SET THE TOTAL NUMBER OF NODES, REQUIRED FOR THE SUBJOB-COMMAND (SEE FURTHER BELOW)
1144    if [[ "$tasks_per_node" != "" ]]
1145    then
1146       TOPT="-T $tasks_per_node"
1147    fi
1148
1149       # CHECK node_usage FOR ALLOWED VALUES AND SET DEFAULT VALUE, IF NECESSARY
1150    if [[ $node_usage = default ]]
1151    then
1152       if [[ $host = ibms ]]
1153       then
1154          node_usage=shared
1155       else
1156          node_usage=not_shared
1157       fi
1158    fi
1159
1160    if [[ $node_usage != shared  &&  $node_usage != not_shared  &&  $node_usage != singlejob  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla" ]]
1161    then
1162       printf "\n"
1163       printf "\n  +++ node usage (option \"-n\") is only allowed to be set"
1164       printf "\n      \"shared\" or \"not_shared\""
1165       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit 
1166    fi
1167
1168 fi
1169
1170    # CHECK IF HOSTFILE EXISTS
1171 if [[ -n $hostfile ]]
1172 then
1173    if [[ ! -f $hostfile ]]
1174    then
1175       printf "\n"
1176       printf "\n  +++ hostfile \"$hostfile\" does not exist"
1177       locat=hostfile; exit
1178    fi
1179 fi
1180
1181
1182    # SET DEFAULT VALUE FOR THE MAXIMUM NUMBER OF PARALLEL IO STREAMS
1183 if [[ "$maximum_parallel_io_streams" = "" ]]
1184 then
1185    maximum_parallel_io_streams=$numprocs
1186 fi
1187
1188
1189    # SET PORT NUMBER OPTION FOR CALLS OF SSH/SCP, subjob AND batch_scp SCRIPTS
1190 if [[ "$scp_port" != "" ]]
1191 then
1192    PORTOPT="-P $scp_port"
1193    SSH_PORTOPT="-p $scp_port"
1194 fi
1195
1196
1197    # DETERMINE THE SSH-OPTION IN CASE THAT AN SSH-KEY IS EXPLICITLY GIVEN IN THE
1198    # CONFIG-FILE
1199 if [[ "$ssh_key" != "" ]]
1200 then
1201    ssh_key="-i $HOME/.ssh/$ssh_key"
1202 fi
1203
1204
1205    # SET DEFAULT-QUEUE, IF NOT GIVEN
1206 if [[ $queue = none ]]
1207 then
1208    case  $host  in
1209        (ibmh)       queue=cluster;;
1210        (ibmkisti)   queue=class.32plus;;
1211        (lcbullhh)   queue=compute;;
1212        (lccrayb)    queue=mpp1q;;
1213        (lccrayh)    queue=mpp1q;;
1214        (lckiaps)    queue=normal;;
1215        (lckyoto)    queue=ph;;
1216        (lckyuh)     queue=fx-single;;
1217        (lckyut)     queue=cx-single;;
1218        (lctit)      queue=S;;
1219        (nech)       queue=none;;
1220        (unics)      queue=unics;;
1221    esac
1222 fi
1223
1224
1225    # GENERATE FULL FILENAMES OF INPUT-FILES, INCLUDING THEIR PATH
1226    # CHECK, IF INPUT-FILES EXIST, AND DETERMINE HIGHEST CYCLE NUMBER (IF CYCLES EXIST)
1227 (( i = 0 ))
1228 while (( i < iin ))
1229 do
1230    (( i = i + 1 ))
1231    (( maxcycle = 0 ))
1232
1233       # GENERATE PATH AND FULL FILE NAME (then-BRANCH: FIXED FULL NAME IS GIVEN, I.E. THE
1234       # FILE IDENTIFIER IS NOT PART OF THE FILENAME))
1235    if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1236    then
1237       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${endin[$i]}  # EVALUATE REMOTE-PATH ON THE REMOTE
1238                                                    # HOST ONLY
1239       eval filename=${pathin[$i]}/${endin[$i]}
1240    else
1241       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}  # EVALUATE REMOTE-PATH ON THE REMOTE
1242                                                             # HOST ONLY
1243       eval filename=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}
1244    fi
1245    eval pathname=${pathin[$i]}
1246
1247       # CHECK IF FILE EXISTS
1248    if ! ls $filename* 1>/dev/null 2>&1
1249    then
1250
1251          # FILES WITH ATTRIBUTE locopt ARE OPTIONAL. NO ABORT, IF THEY DO NOT EXIST.
1252       if [[ "${transin[$i]}" != "locopt" ]]
1253       then
1254          printf "\n\n  +++ INPUT-file: "
1255          if [[ "${extin[$i]}" = "" ]]
1256          then
1257             printf "\n           $filename"
1258          else
1259             printf "\n           $filename.${extin[$i]}"
1260          fi
1261          printf "\n      does not exist\n"
1262          locat=input; exit
1263       else
1264          transin[$i]="unavailable"
1265       fi
1266    else
1267
1268          # DETERMINE THE FILE'S CYCLE NUMBER
1269       ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1270       ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1271       while  read zeile
1272       do
1273          cycle=$(echo $zeile | cut -f2 -d".")
1274          if [[ "$cycle" = "$zeile" ]]
1275          then
1276             (( icycle = 0 ))
1277          elif [[ "$cycle" = "${extin[$i]}" ]]
1278          then
1279             (( icycle = 0 ))
1280          else
1281             (( icycle = $cycle ))
1282          fi
1283          if (( icycle > maxcycle ))
1284          then
1285             (( maxcycle = icycle ))
1286             file_to_be_used=$zeile
1287          fi
1288       done <filelist
1289       rm filelist
1290
1291          # APPEND CYCLE NUMBER TO FILENAME
1292       if (( maxcycle > 0 ))
1293       then
1294          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1295          then
1296             filename=${filename}.$maxcycle.${extin[$i]}
1297          else
1298             filename=${filename}.$maxcycle
1299          fi
1300       else
1301          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1302          then
1303             filename=${filename}.${extin[$i]}
1304          fi
1305       fi
1306       
1307          # STORE FILENAME WITHOUT PATH BUT WITH CYCLE NUMBER,
1308          # BECAUSE IT MIGHT BE REQUIRED LATER TO RESTORE THE FILE FROM AN ARCHIVE-SYSTEM
1309       absnamein[$i]=$filename
1310       if (( maxcycle > 0 ))
1311       then
1312          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1313          then
1314             frelin[$i]=${endin[$i]}.$maxcycle
1315          else
1316             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}.$maxcycle
1317          fi
1318       else
1319          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1320          then
1321             frelin[$i]=${endin[$i]}
1322          else
1323             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}
1324          fi
1325       fi
1326
1327    fi
1328 done
1329   
1330    # GENERATE FULL FILENAMES OF OUTPUT-FILES (WITHOUT $ OR ~),
1331    # CHECK, IF OUTPUT-FILES EXIST, AND DETERMINE HIGHEST CYCLE NUMBER (IF CYCLES EXIST),
1332    # OR, IN CASE THAT FILE DOES NOT EXIST, CHECK, IF IT CAN BE CREATED 
1333    # THESE ACTIONS ARE NOT CARRIED OUT, IF FILES SHALL BE TRASFERRED FROM THE REMOTE TO
1334    # THE LOCAL HOST (BECAUSE THEIR IS NO DIRECT ACCESS TO THE LOCAL DIRECTORIES FROM THE
1335    # REMOTE HOST)
1336 (( i = 0 ))
1337 while (( i < iout ))
1338 do
1339    (( i = i + 1 ))
1340    if [[ ! ( $fromhost != $localhost  &&  ( "${actionout[$i]}" = tr || "${actionout[$i]}" = tra || "${actionout[$i]}" = trpe ) ) ]]
1341    then
1342       if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
1343       then
1344          actionout[$i]=""
1345       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe ]]
1346       then
1347          actionout[$i]=pe
1348       elif [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
1349       then
1350          actionout[$i]=a
1351       fi
1352       (( maxcycle = 0 ))
1353       eval filename=${pathout[$i]}/${fname}${endout[$i]}
1354       eval catalogname=${pathout[$i]}
1355       if ! ls $filename* 1>/dev/null 2>&1
1356       then
1357     
1358             # IF OUTPUT-FILE DOES NOT EXIST CHECK, IF IT CAN BE CREATED
1359          if  cat /dev/null > $filename 
1360          then
1361             rm  $filename
1362          else
1363
1364                # CHECK, IF THE DIRECTORY WHERE FILE SHALL BE COPIED TO EXISTS
1365                # IF IT DOES NOT EXIST, TRY TO CREATE IT
1366             if [[ ! -d $catalogname ]]
1367             then
1368                if  mkdir -p  $catalogname
1369                then
1370                   printf "\n\n  *** directory:"
1371                   printf "\n           $catalogname"
1372                   printf "\n      was created\n"
1373                else
1374                   printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1375                   printf "\n           $filename"
1376                   printf "\n      cannot be created, because directory does not exist"
1377                   printf "\n      and cannot be created either"
1378                   printf "\n"
1379                   locat=output  ; exit
1380                fi 2>/dev/null
1381             else
1382                printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1383                printf "\n           $filename"
1384                printf "\n      cannot be created, although directory exists"
1385                printf "\n"
1386                locat=output  ; exit
1387             fi
1388          fi 2>/dev/null
1389       else
1390
1391             # DETERMINE THE CYCLE NUMBER
1392          ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1393          ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1394          while  read zeile
1395          do
1396             cycle=$(echo $zeile | cut -f2 -d".")
1397             if [[ "$cycle" = "$zeile"  ||  "$cycle" = ${extout[$i]} ]]
1398             then
1399                (( icycle = 1 ))
1400             else
1401                (( icycle = $cycle + 1 ))
1402             fi
1403             if (( icycle > maxcycle ))
1404             then
1405                (( maxcycle = icycle ))
1406             fi
1407          done <filelist
1408          rm filelist
1409       fi
1410
1411          # APPEND CYCLE NUMBER TO FILENAME AND CHECK, IF FILE CAN BE CREATED
1412          # IN CASE OF FILE-APPEND, FILE MUST BE APPENDED TO THE ONE WITH HIGHEST CYCLE NUMBER
1413       if [[ "${actionout[$i]}" != a ]]
1414       then
1415          if (( maxcycle > 0 ))
1416          then
1417             filename=${filename}.$maxcycle
1418             if  cat /dev/null > $filename 
1419             then
1420                rm  $filename
1421             else
1422                printf "\n  +++ OUTPUT-file:"
1423                printf "\n           $filename"
1424                printf "\n      cannot be created"
1425                locat=output  ; exit
1426             fi
1427          fi
1428       else
1429          (( maxcycle = maxcycle - 1 ))
1430          if (( maxcycle > 0 ))
1431          then
1432             filename=${filename}.$maxcycle
1433          fi
1434       fi
1435       
1436          # STORE FILENAME WITHOUT PATH BUT WITH CYCLE NUMBER,
1437          # BECAUSE IT MIGHT BE REQUIRED LATER TO STORE THE FILE ON AN ARCHIVE-SYSTEM
1438          # OR TO PUT THIS FILENAME ON FILE OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
1439       pathout[$i]=$filename
1440       if (( maxcycle > 0 ))
1441       then
1442          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}.$maxcycle
1443       else
1444          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}
1445       fi
1446
1447    fi
1448 done
1449
1450
1451     # THE DVR-PACKAGE REQUIRES ITS OWN LIBRARY
1452 if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
1453 then
1454    if [[ "$dvr_inc" = "" ]]
1455    then
1456       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_inc\" given in configuration file"
1457       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1458       locat=dvr; exit
1459    fi
1460    if [[ "$dvr_lib" = "" ]]
1461    then
1462       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_lib\" given in configuration file"
1463       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1464       locat=dvr; exit
1465    fi
1466 fi
1467
1468
1469     # CHECK, WETHER A MAIN PROGRAM OR AN EXECUTABLE HAVE BEEN DECLARED.
1470     # EXECUTABLES DO NOT NEED TO BE COMPILED.
1471 if [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" = "" ]]
1472 then
1473    printf "\n  +++ neither main program nor executable defined"
1474    locat=source; exit
1475 elif [[ "$mainprog" != ""  &&  "$executable" != "" ]]
1476 then
1477    printf "\n  +++ main program as well as executable defined"
1478    locat=source; exit
1479 elif [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" != "" ]]
1480 then
1481    do_compile=false
1482 fi
1483
1484
1485    # CREATE SOURCE-DIRECTORY TO COLLECT ROUTINES TO BE COMPILED.
1486    # LATER THE MRUN-SCRIPT AND CONFIGURATION-FILE WILL ALSO BE COPIED TO THIS DIRECTORY.
1487 if [[ $restart_run != true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1488 then
1489    rm -rf  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1490    mkdir   SOURCES_FOR_RUN_$fname
1491 fi
1492
1493
1494    # COLLECT ALL ROUTINES TO BE COMPILED
1495    # THIS IS NOT REQUIRED WITHIN BATCH-JOBS, BECAUSE ROUTINES HAVE ALREADY BEEN COLLECTED
1496    # BY THE MRUN-CALL WHICH CREATED THE BATCH-JOB.
1497 if [[ $do_compile = true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1498 then
1499
1500    [[ "$source_list" = LM ]]  &&  source_list=LOCALLY_MODIFIED
1501
1502    if [[ "$source_list" = LOCALLY_MODIFIED ]]
1503    then
1504
1505          # DETERMINE MODIFIED FILES OF THE SVN WORKING COPY
1506       source_list=""
1507       cd  $source_path
1508
1509
1510          # CHECK, IF DIRECTORY IS UNDER SVN CONTROL
1511       if [[ ! -d .svn ]]
1512       then
1513          printf "\n\n  +++ source directory"
1514          printf "\n         \"$source_path\" "
1515          printf "\n         is not under control of \"subversion\"."
1516          printf "\n         Please do not use mrun-option \"-s LOCALLY_MODIFIED\"\n"
1517       fi
1518
1519
1520          # LIST ALL MODIFIED SOURCE CODE FILES
1521       Filenames=""
1522       svn status  >  tmp_mrun
1523       while  read line
1524       do
1525          firstc=`echo $line | cut -c1`
1526          if [[ $firstc = M  ||  $firstc = "?" ]]
1527          then
1528             Name=`echo "$line" | cut -c8-`
1529             extension=`echo $Name | cut -d. -f2`
1530             if [[ "$extension" = f90 || "$extension" = F90 || "$extension" = f || "$extension" = F || "$extension" = c ]]
1531             then
1532                Filenames="$Filenames "$Name
1533             fi
1534          fi
1535       done < tmp_mrun
1536
1537
1538          # COPY FILES TO SOURCES_FOR_RUN_...
1539       for  dateiname  in  $Filenames
1540       do
1541          cp  $dateiname  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1542          source_list=$source_list"$dateiname "
1543       done
1544
1545       cd -  > /dev/null
1546
1547
1548       # COPY FILES GIVEN BY OPTION -s TO DIRECTORY SOURCES_FOR_RUN_...
1549       # AUTOMATIC RESTART RUNS JUST ACCESS THE DIRECTORY CREATED BY THE INITIAL RUN
1550    elif [[ "$source_list" != ""  &&  $restart_run != true ]]
1551    then
1552
1553       cd  $source_path
1554
1555       for  filename  in  $source_list
1556       do
1557
1558             # SOURCE CODE FILE IS NOT ALLOWED TO INCLUDE PATH
1559          if [[ $(echo $filename | grep -c "/") != 0 ]]
1560          then
1561             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1562             printf "\n      must not contain (\"/\") "
1563             locat=source; exit
1564          fi
1565
1566          if [[ ! -f $filename ]]
1567          then
1568             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1569             printf "\n      does not exist"
1570             locat=source; exit
1571          else
1572             cp  $filename  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1573          fi
1574
1575       done
1576
1577       cd -  > /dev/null
1578
1579    fi
1580
1581
1582       # CHECK, IF A MAIN PROGRAM EXISTS AND IF IT IS PART OF THE LIST OF FILES
1583       # TO BE COMPILED. IF NOT, ADD IT TO THE LIST.
1584    if [[ $restart_run != true ]]
1585    then
1586
1587       if [[ ! -f "$source_path/$mainprog" ]]
1588       then
1589          printf "\n\n  +++ main program:  $mainprog"
1590          printf "\n      does not exist in source directory"
1591          printf "\n      \"$source_path\"\n"
1592          locat=source; exit
1593       else
1594          if [[ $(echo $source_list | grep -c $mainprog) = 0 ]]
1595          then
1596             cp  $source_path/$mainprog  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1597             source_list=${mainprog}" $source_list"
1598          fi
1599       fi
1600    fi
1601
1602
1603       # CHECK, IF MAKEFILE EXISTS AND COPY IT TO THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY
1604       # NOT REQUIRED FOR RESTART RUNS, SOURCES_FOR_RUN... HAS BEEN CREATED BY THE INITIAL RUN
1605    if [[ "$restart_run" != true ]]
1606    then
1607       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
1608       if [[ ! -f $makefile ]]
1609       then
1610          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
1611          locat=make; exit
1612       else
1613          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
1614       fi
1615    fi
1616
1617
1618       # COPY FILES FROM OPTIONAL SOURCE PATH GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
1619    if [[ $restart_run != true  &&  "$add_source_path" != "" ]]
1620    then
1621
1622          # DOES THE DIRECTORY EXIST?
1623       if [[ ! -d $add_source_path ]]
1624       then
1625          printf "\n\n  *** INFORMATIVE: additional source code directory"
1626          printf "\n      \"$add_source_path\" "
1627          printf "\n      does not exist or is not a directory."
1628          printf "\n      No source code will be used from this directory!\n"
1629          add_source_path=""
1630          if [[ $silent == false ]]
1631          then
1632             sleep 3
1633          fi
1634       else
1635
1636          cd $add_source_path
1637          found=false
1638
1639          Names=$(ls -1 *.f90 2>&1)
1640          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$Names"
1641          Names=$(ls -1 *.F90 2>&1)
1642          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1643          Names=$(ls -1 *.F 2>&1)
1644          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1645          Names=$(ls -1 *.f 2>&1)
1646          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1647          Names=$(ls -1 *.c 2>&1)
1648          [[ $(echo $Names | grep -c '*.c') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1649
1650          cd -  > /dev/null
1651          cd  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1652
1653             # COPY MAKEFILE IF EXISTING
1654          if [[ -f $add_source_path/Makefile ]]
1655          then
1656             printf "\n\n  *** user Makefile from directory"
1657             printf "\n      \"$add_source_path\" is used \n"
1658             if [[ $silent == false ]]
1659             then
1660                sleep 1
1661             fi
1662             cp  $add_source_path/Makefile  .
1663          fi
1664
1665          for  dateiname  in  $AddFilenames
1666          do
1667             if [[ -f $dateiname ]]
1668             then
1669                printf "\n  +++ source code file \"$dateiname\" found in additional"
1670                printf "\n      source code directory \"$add_source_path\" "
1671                printf "\n      but was also given with option \"-s\" which means that it should be taken"
1672                printf "\n      from directory \"$source_path\"."
1673                locat=source; exit
1674             fi
1675
1676             cp  $add_source_path/$dateiname  .
1677             source_list="$source_list $dateiname"
1678
1679                # CHECK IF FILE IS CONTAINED IN MAKEFILE
1680             if [[ $(grep -c $dateiname Makefile) = 0 ]]
1681             then
1682                printf "\n\n  +++ user file \"$dateiname\" "
1683                printf "\n      is not listed in Makefile \n"
1684                locat=source; exit
1685             else
1686
1687                if [[ $found = false ]]
1688                then
1689                   found=true
1690                   printf "\n\n  *** following user file(s) added to the"
1691                   printf " files to be translated:\n      "
1692                fi
1693                printf "$dateiname  "
1694                if [[ $silent == false ]]
1695                then
1696                   sleep 0.5
1697                fi
1698
1699             fi
1700          done
1701          [[ $found = true ]]  &&  printf "\n"
1702          cd -  > /dev/null
1703       fi
1704    fi
1705
1706
1707       # ADD ALL ROUTINES BELONGING TO SOFTWARE PACKAGES (GIVEN BY OPTION -p)
1708       # TO THE LIST OF FILES TO BE COMPILED
1709    if [[ $restart_run != true  &&  -n $package_list ]]
1710    then
1711
1712       cd  $source_path
1713
1714       for  package  in  $package_list
1715       do
1716
1717          [[ $package = "dvrp_graphics+1PE" ]]  &&  package=dvrp_graphics
1718
1719             # DETERMINE FILES BELONGING TO THE PACKAGE
1720             # ERROR MESSAGE ARE REDIRECTED TO /dev/null, BECAUSE WILDCARD (*) ALSO GIVES
1721             # THE NAME OF THE DIRECTORY
1722          package_source_list=`grep "defined( __$package " * 2>/dev/null | cut -f1 -d:`
1723
1724
1725             # ADD THESE FILES TO THE LIST OF FILES TO BE COMPILED,
1726             # IF THEY ARE NOT ALREADY PART OF THE LIST
1727          for  source_list_name  in  $package_source_list
1728          do
1729             if [[ $(echo $source_list | grep -c $source_list_name) = 0 ]]
1730             then
1731
1732                    # ONLY TAKE FILES WITH VALID SUFFIX
1733                ending=`echo $source_list_name | cut -f2 -d.`
1734                if [[ "$ending" = f90  ||  "$ending" = F90  ||  "$ending" = f  ||  "$ending" = F  ||  "$ending" = c ]]
1735                then
1736                   cp  $source_list_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1737                   source_list="$source_list $source_list_name"
1738                fi
1739             fi
1740          done
1741       done
1742
1743       cd -  > /dev/null
1744    fi
1745
1746 fi  # do_compile=true
1747
1748
1749    # IF SOURCE CODE IS TO BE COMPILED, DO SOME MORE CHECKS
1750    # AND SET PRE-PROCESSOR DIRECTIVES
1751 if [[ $do_compile = true  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
1752 then
1753
1754       # SET PREPROCESSOR-DIRECTIVES TO SELECT OPERATING SYSTEM SPECIFIC CODE
1755    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1756    then
1757       cpp_options="${cpp_options},-D__ibm=__ibm"
1758    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = nec ]]
1759    then
1760       cpp_options="$cpp_options -D__nec"
1761    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-2) = lc ]]
1762    then
1763       cpp_options="$cpp_options -D__lc"
1764    else
1765       cpp_options="$cpp_options -D__$localhost"
1766    fi
1767
1768       # SET DIRECTIVES GIVEN BY OPTION -K (E.G. parallel)
1769    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1770    then
1771       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond1=__$cond1"
1772       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond2=__$cond2"
1773    else
1774       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond1"
1775       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond2"
1776    fi
1777
1778       # SET DIRECTIVES FOR ACTIVATING SOFTWARE-PACKAGES (OPTION -p)
1779    if [[ -n $package_list ]]
1780    then
1781       for  package  in  $package_list
1782       do
1783          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1784          then
1785             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1786             then
1787                cpp_options="${cpp_options},-D__$package=__$package"
1788             else
1789                cpp_options="${cpp_options},-D__dvrp_graphics=__dvrp_graphics"
1790                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1791             fi
1792          else
1793             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1794             then
1795                cpp_options="$cpp_options -D__$package"
1796             else
1797                cpp_options="$cpp_options -D__dvrp_graphics"
1798                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1799             fi
1800          fi
1801       done
1802    fi
1803
1804       # SET DIRECTIVES GIVEN BY OPTION -D
1805    if [[ -n $cpp_opts ]]
1806    then
1807       for  popts  in  $cpp_opts
1808       do
1809          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1810          then
1811             cpp_options="${cpp_options},-D__$popts=__$popts"
1812          else
1813             cpp_options="$cpp_options -D__$popts"
1814          fi
1815       done
1816    fi
1817
1818 else
1819
1820
1821       # FOR LOCAL RUNS CHECK AGAIN, IF EXECUTABLE EXISTS
1822    if [[ $do_remote = false ]]
1823    then
1824       if [[ ! -f $executable ]]
1825       then
1826          printf "\n  +++ executable file:  $executable"
1827          printf "\n      does not exist"
1828          locat=executable; exit
1829       fi
1830    fi
1831 fi
1832
1833
1834    # DETERMINE THE JOB MODE
1835 if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1836 then
1837    if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
1838    then
1839       batch_job=.TRUE.
1840       jobmo=BATCH
1841    else
1842       batch_job=.FALSE.
1843       jobmo=INTERACTIVE
1844    fi 
1845 else
1846    if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH  ||  "$PJM_ENVIRONMENT" = BATCH ]]
1847    then
1848       batch_job=.TRUE.
1849       jobmo=BATCH
1850    else
1851       batch_job=.FALSE.
1852       jobmo=INTERACTIVE
1853    fi
1854 fi
1855
1856    # NO INTERACTIVE RUNS ALLOWED ON LCTIT
1857 if [[ $host = lctit  &&  $jobmo = INTERACTIVE  &&  $do_batch = false ]]
1858 then
1859    printf "\n  +++ no interactive runs allowed on host \"$host\" "
1860    printf "\n      please submit batch job using mrun option \"-b\" \n"
1861    locat=normal; exit
1862 fi
1863
1864
1865    # CHECK, IF USER DEFINED A COMPILER
1866 if [[ "$compiler_name" = "" ]]
1867 then
1868
1869    printf "\n  +++ no compiler specified for \"$host $cond1 $cond2\""
1870    locat=compiler_name; exit
1871
1872 fi
1873
1874
1875    # DETERMINE THE NAME OF MRUN'S TEMPORARY WORKING DIRECTORY
1876
1877    # ON HLRN-III, USE THE QUEUING NAME. OTHERWISE USE USERNAME AND RANDOM NUMBER
1878 if [[ $do_batch = false && $(echo $host | cut -c1-6) = lccray ]]
1879 then
1880    kennung=$(checkjob $PBS_JOBID | grep Reservation | cut -d" " -s -f2 | cut -d"." -s -f2 | sed "s/['\"]//g")
1881    if [[ "$kennung" = "" ]]
1882    then
1883       kennung=$RANDOM
1884    fi
1885 else
1886    kennung=$RANDOM
1887 fi
1888
1889 if [[ "$tmp_user_catalog" = "" ]]
1890 then
1891    if [[ $localhost = ibmh ]]
1892    then
1893       tmp_user_catalog=$SCRATCH
1894    elif [[ $localhost = nech ]]
1895    then
1896       tmp_user_catalog=$WRKSHR
1897    else
1898       tmp_user_catalog=/tmp
1899    fi
1900 fi
1901 TEMPDIR=$tmp_user_catalog/${usern}.$kennung
1902
1903
1904    # DETERMINE THE NAME OF THE DIRECTORY WHICH IS USED TO TEMPORARILY STORE DATA FOR RESTART RUNS
1905 if [[ "$tmp_data_catalog" = "" ]]
1906 then
1907    if [[ $localhost = nech ]]
1908    then
1909       tmp_data_catalog=$WRKSHR/mrun_restart_data
1910    else
1911       tmp_data_catalog=/tmp/mrun_restart_data
1912    fi
1913 fi
1914
1915
1916    # IN CASE OF LOCAL RUNS REPLACE ENVIRONMENT VARIABLES BY THEIR VALUES
1917 if [[ $do_remote = false  &&  $do_compile = true  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
1918 then
1919    eval  fopts=\"$fopts\"
1920    eval  lopts=\"$lopts\"
1921 fi
1922
1923
1924    # DETERMINE COMPILE- AND LINK-OPTIONS
1925 fopts="$fopts $netcdf_inc $fftw_inc $dvr_inc"
1926 lopts="$lopts $netcdf_lib $fftw_lib $dvr_lib"
1927 XOPT="-X $numprocs"
1928
1929
1930    # CHECK THE CPU-LIMIT. IT MUST BE GIVEN FOR BATCH-JOBS AND IS COMMUNICATED TO THE
1931    # EXECUTABLE VIA NAMELIST-PARAMETER cputime
1932 done=false
1933 while [[ $done = false ]]
1934 do
1935    cputime=$cpumax
1936    if (( $cputime == 0 ))
1937    then
1938       if [[ $do_batch = true ]]
1939       then
1940          printf "\n  +++ cpu-time is undefined"
1941          printf "\n  >>> Please type CPU-time in seconds as INTEGER:"
1942          printf "\n  >>> "
1943          read  cputime  1>/dev/null  2>&1
1944       else
1945          cputime=10000000   # NO CPU LIMIT FOR INTERACTIVE RUNS
1946       fi
1947    else
1948       done=true
1949    fi
1950    cpumax=$cputime
1951 done
1952
1953 (( minuten = cputime / 60 ))
1954 (( sekunden = cputime - minuten * 60 ))
1955
1956
1957    # CHECK THE MEMORY DEMAND
1958 if [[ $do_batch = true ]]
1959 then
1960    done=false
1961    while [[ $done = false ]]
1962    do
1963       if (( memory == 0 ))
1964       then
1965          printf "\n  +++ memory demand is undefined"
1966          printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
1967          printf "\n  >>> "
1968          read  memory  1>/dev/null  2>&1
1969       else
1970          done=true
1971       fi
1972    done
1973 fi
1974
1975
1976    # IN CASE OF REMOTE-JOBS CHECK, IF A USERNAME FOR THE REMOTE HOST IS GIVEN
1977 if [[ $do_remote = true  &&  -z $remote_username ]]
1978 then
1979    while [[ -z $remote_username ]]
1980    do
1981       printf "\n  +++ username on remote host \"$host\" is undefined"
1982       printf "\n  >>> Please type username:"
1983       printf "\n  >>> "
1984       read  remote_username
1985    done
1986    mc="$mc -u$remote_username"
1987 fi
1988
1989    # CHECK FOR INITIAL COMMANDS AFTER LOGIN
1990 if [[ "$login_init_cmd" != "" ]]
1991 then
1992    export init_cmds="${login_init_cmd};"
1993 fi
1994
1995
1996    # SET THE MODULE-LOAD COMMAD AND EXPORT IT FOR subjob
1997 if [[ "$modules" != "" ]]
1998 then
1999    if [[ $host = lctit ]]
2000    then
2001       export module_calls=". $modules"
2002    else
2003       export module_calls="module load ${modules};"
2004    fi
2005 fi
2006
2007    # OUTPUT OF THE MRUN-HEADER
2008 calltime=$(date)
2009 printf "\n"
2010 printf "#------------------------------------------------------------------------# \n"
2011 printf "| %-35s%35s | \n" "$version" "$calltime"
2012 printf "|                                                                        | \n"
2013 spalte1="called on:"; spalte2=$localhost_realname
2014 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2015 if [[ $do_remote = true ]]
2016 then
2017    spalte1="execution on:"; spalte2="$host (username: $remote_username)"
2018 else
2019    spalte1="execution on:"; spalte2="$host ($localhost_realname)"
2020 fi
2021 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2022 if [[ -n $numprocs ]]
2023 then
2024    if [[ $run_coupled_model = false ]]
2025    then
2026       spalte1="number of PEs:"; spalte2=$numprocs
2027    else
2028       spalte1="number of PEs:"; spalte2="$numprocs  (atmosphere: $numprocs_atmos, ocean: $numprocs_ocean)"
2029    fi
2030    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2031 fi
2032 if [[ -n $tasks_per_node ]]
2033 then
2034    spalte1="tasks per node:"; spalte2="$tasks_per_node (number of nodes: $nodes)"
2035    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2036    if (( remaining_pes > 0 ))
2037    then
2038       spalte1=" "; spalte2="one of the nodes only filled with $remaining_pes tasks"
2039       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2040    fi
2041 fi
2042 if [[ $maximum_parallel_io_streams != $numprocs ]]
2043 then
2044    spalte1="max par io streams:"; spalte2="$maximum_parallel_io_streams"
2045    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2046 fi
2047 if [[ $use_openmp = true ]]
2048 then
2049    spalte1="threads per task:"; spalte2="$threads_per_task"
2050    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2051 fi
2052 printf "|                                                                        | \n"
2053 if [[ $do_compile = true ]]
2054 then
2055    if [[ "$mopts" != "" ]]
2056    then
2057       spalte1="make options:"; spalte2=$(echo "$mopts" | cut -c-45)
2058       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2059       zeile=$(echo "$mopts" | cut -c46-)
2060       while [[ "$zeile" != "" ]]
2061       do
2062          spalte1=""
2063          spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2064          printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2065          zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2066       done
2067    fi
2068
2069    spalte1="cpp directives:"; spalte2=$(echo "$cpp_options" | cut -c-45)
2070    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2071    zeile=$(echo "$cpp_options" | cut -c46-)
2072    while [[ "$zeile" != "" ]]
2073    do
2074       spalte1=""
2075       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2076       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2077       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2078    done
2079
2080    spalte1="compiler options:"; spalte2=$(echo "$fopts" | cut -c-45)
2081    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2082    zeile=$(echo "$fopts" | cut -c46-)
2083    while [[ "$zeile" != "" ]]
2084    do
2085       spalte1=""
2086       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2087       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2088       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2089    done
2090
2091    spalte1="linker options:"; spalte2=$(echo "$lopts" | cut -c-45)
2092    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2093    zeile=$(echo "$lopts" | cut -c46-)
2094    while [[ "$zeile" != "" ]]
2095    do
2096       spalte1=""
2097       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2098       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2099       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2100    done
2101
2102    spalte1="modules to be load:"; spalte2=$(echo "$modules" | cut -c-45)
2103    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2104    zeile=$(echo "$modules" | cut -c46-)
2105    while [[ "$zeile" != "" ]]
2106    do
2107       spalte1=""
2108       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2109       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2110       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2111    done
2112
2113    spalte1="main program:"; spalte2=$mainprog
2114    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2115 else
2116    spalte1=executable:; spalte2=$executable
2117    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2118 fi
2119 printf "|                                                                        | \n"
2120 spalte1="base name of files:"; spalte2=$fname
2121 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2122 if [[ $fname != $afname ]]
2123 then
2124    spalte1="base name of input files:"; spalte2=$afname
2125    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2126 fi
2127 spalte1="INPUT control list:"; spalte2=$(echo $input_list)
2128 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2129 spalte1="OUTPUT control list:"; spalte2=$(echo $output_list)
2130 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2131
2132 if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
2133 then
2134    printf "| %-35s%-35s | \n" "suffix \"_O\" is added to local files" " "
2135 fi
2136
2137 if [[ $do_batch = true  ||  "$LOADLBATCH" = yes ]]
2138 then
2139    spalte1="memory demand / PE":; spalte2="$memory MB"
2140    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2141    spalte1=CPU-time:; spalte2="$minuten:$sekunden"
2142    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2143 fi
2144
2145 if [[ $do_compile = true ]]
2146 then
2147    printf "|                                                                        | \n"
2148    printf "| Files to be compiled:                                                  | \n"
2149    zeile=$source_list
2150    while [[ "$zeile" != "" ]]
2151    do
2152       linestart=$(echo $zeile | cut -c-70)
2153       printf "| %-70s | \n" "$linestart"
2154       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c71-)
2155    done
2156 fi
2157 printf "#------------------------------------------------------------------------#"
2158
2159
2160
2161    # OUTPUT OF FILE CONNECTIONS IN CASE OF TRACEBACK
2162 if [[ $do_trace = true ]]
2163 then
2164    (( i = 0 ))
2165    while (( i < iin ))
2166    do
2167       (( i = i + 1 ))
2168       if (( i == 1 ))
2169       then
2170          printf "\n\n >>> INPUT-file assignments:\n"
2171       fi
2172       printf "\n     ${localin[$i]} :  ${absnamein[$i]}"
2173    done
2174    (( i = 0 ))
2175    while (( i < iout ))
2176    do
2177       (( i = i + 1 ))
2178       if (( i == 1 ))
2179       then
2180          printf "\n\n >>> OUTPUT-file assignments:\n"
2181       fi
2182       printf "\n     ${localout[$i]} :  ${pathout[$i]}"
2183    done
2184    (( i = 0 ))
2185    while (( i < iic ))
2186    do
2187       (( i = i + 1 ))
2188       if (( i == 1 ))
2189       then
2190          printf "\n\n >>> INPUT-commands:\n"
2191       fi
2192       printf "\n     ${in_command[$i]}" 
2193    done
2194    (( i = 0 ))
2195    while (( i < ioc ))
2196    do
2197       (( i = i + 1 ))
2198       if (( i == 1 ))
2199       then
2200          printf "\n\n >>> OUTPUT-commands:\n"
2201       fi
2202       printf "\n     ${out_command[$i]}" 
2203    done
2204 fi
2205
2206    # QUERY FOR CONTINUE (ON LOCAL MACHINES ONLY)
2207 if [[ $remotecall = false  &&  $silent = false  &&  $jobmo != BATCH ]]
2208 then
2209    antwort=dummy
2210    printf "\n\n"
2211    printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2212    while  read antwort
2213    do
2214       if [[ "$antwort" != y  &&  "$antwort" != Y  &&  "$antwort" != n  &&  "$antwort" != N ]]
2215       then
2216          printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2217       else
2218          break
2219       fi
2220    done
2221    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
2222    then
2223       locat=user_abort; (( iec = 0 )); exit
2224    fi
2225    if [[ $do_batch = true ]]
2226    then
2227       printf " >>> batch-job will be created and submitted"
2228    else
2229       printf " >>> MRUN will now continue to execute on this machine"
2230    fi
2231 fi
2232
2233 
2234    # DETERMINE PATH FOR MAKE DEPOSITORY
2235 if [[ $do_batch = false  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
2236 then
2237
2238    line=""
2239    grep "%depository_path" $config_file  >  tmp_mrun
2240    while read line
2241    do
2242       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2243       then
2244          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f3)" = "" ]]
2245          then
2246             global_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2247          fi
2248       fi
2249    done < tmp_mrun
2250
2251    line=""
2252    grep  " $localhost" $config_file | grep "%depository_path"  >  tmp_mrun
2253    while read line
2254    do
2255       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2256       then
2257          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f4)" = "$cond1"  &&  "$(echo $line | cut -d" " -s -f5)" = "$cond2" ]]
2258          then
2259             local_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2260          fi
2261       fi
2262    done < tmp_mrun
2263
2264    if [[ "$local_depository_path" = "" ]]
2265    then
2266       if [[ "$global_depository_path" != "" ]]
2267       then
2268          local_depository_path=$global_depository_path
2269       else
2270          printf "\n\n  +++ no depository path found in configuration file"
2271          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
2272          printf "\n      please set \"\%depository_path\" in configuration file\n"
2273          locat=config_file; exit
2274       fi
2275    fi
2276    eval local_depository_path=$local_depository_path
2277    [[ "$cond1" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond1
2278    [[ "$cond2" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond2
2279
2280
2281    basename=`echo $mainprog | cut -f1 -d"."`
2282    eval make_depository=${local_depository_path}/${basename}_current_version.tar
2283    if [[ ! -f $make_depository ]]
2284    then
2285       printf "\n"
2286       printf "\n  *** WARNING: make depository \"$make_depository\" not found"
2287       printf "\n               \"make\" will fail, if the Makefile or other source files are missing\n"
2288    fi
2289
2290 fi
2291
2292
2293    # NOW PERFORM THOSE ACTIONS REQUIRED TO EXECUTE THE PROGRAM (PALM) ON THIS MACHINE
2294    # (COMPILING/LINKING, EXECUTING, COPYING I/O FILES)
2295 if [[ $do_batch = false ]]
2296 then
2297
2298
2299       # CREATE THE TEMPORARY WORKING DIRECTORY
2300    mkdir -p  $TEMPDIR
2301    chmod  go+rx  $TEMPDIR
2302    tmpcreate=true
2303
2304
2305       # COPY EITHER THE COMPLETE SOURCE CODE FILES TO BE COMPILED OR THE EXECUTABLE
2306       # INTO THE TEMPORARY WORKING DIRECTORY
2307    if [[ $do_compile = true ]]
2308    then
2309
2310          # ON NEC, COMPILATION IS DONE ON HOST CROSS VIA CROSS COMPILING
2311          # CREATE A TEMPORARY DIRECTORY ON THAT MACHINE (HOME MOUNTED VIA NFS)
2312       if [[ $localhost = nech ]]
2313       then
2314          TEMPDIR_COMPILE=$HOME/work/${usern}.$kennung
2315          if  mkdir -p  $TEMPDIR_COMPILE
2316          then
2317             printf "\n  *** \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2318             printf "\n      is generated as temporary directory for cross compiling\n"
2319          else
2320             printf "\n  +++ creating directory \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2321             printf "\n      needed for cross compilation failed"
2322             locat=compile
2323             exit
2324          fi
2325       else
2326          TEMPDIR_COMPILE=$TEMPDIR
2327       fi
2328
2329       cp  $make_depository  $TEMPDIR_COMPILE
2330       cd  $TEMPDIR_COMPILE
2331       tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
2332       cd -  > /dev/null
2333
2334          # DUE TO UNKNOWN REASONS, COPY WITH cp COMMAND CREATES CORRUPT
2335          # FILES ON CRAY XC30 SYSTEMS (HLRN III), rsync IS USED INSTEAD
2336       if [[ $(echo $host | cut -c1-6) = lccray ]]
2337       then
2338          rsync -av -t  SOURCES_FOR_RUN_$fname/*  $TEMPDIR_COMPILE  >  /dev/null
2339       else
2340          cp  SOURCES_FOR_RUN_$fname/*  $TEMPDIR_COMPILE  >  /dev/null
2341       fi
2342
2343    else
2344
2345       cp  $executable   ${TEMPDIR}/a.out
2346
2347    fi
2348
2349
2350       # CHANGE TO THE TEMPORARY WORKING DIRECTORY
2351    cd  $TEMPDIR
2352    printf "\n  *** changed to temporary directory: $TEMPDIR"
2353
2354
2355       # THE FOLLOWING IS REQUIRED FPR AVS-OUTPUT WITH PALM  ??? REMOVE ???
2356       # WRITE INFORMATIONS ABOUT THE OUTPUT-FILE CONNECTIONS TO A TEMPORARY FILE
2357       # THIS FILE CAN LATER BE READ FROM USER-DEFINED CODE TO DETERMINE THE
2358       # RELATION BETWEEN THE LOCAL TEMPORARY AND PERMANENT FILE NAMES
2359    (( i = 0 ))
2360    while (( i < iout ))
2361    do
2362       (( i = i + 1 ))
2363       if [[ "${actionout[$i]}" = tr  ||  "${actionout[$i]}" = tra  ||  "${actionout[$i]}" = trpe ]]
2364       then
2365          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2366       else
2367          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${frelout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2368       fi
2369    done
2370
2371
2372       # IF REQUIRED, START WITH COMPILING
2373    if [[ $do_compile = true ]]
2374    then
2375
2376
2377       if [[ -f a.out ]]
2378       then
2379
2380             # EXECUTABLE WAS CREATED DURING INTERACTIVE CALL OF MRUN
2381          printf "\n\n\n  *** executable a.out found"
2382          printf "\n      no compilation required \n"
2383
2384       else
2385
2386             # COMPILING WITH MAKE (ON NEC COMPILER IS CALLED ON HOST CROSS)
2387          printf "\n\n\n  *** compilation starts \n$dashes\n"
2388          printf "  *** compilation with make using following options:\n"
2389          printf "      make depository:          $make_depository"
2390          if [[ "$mopts" != "" ]]
2391          then
2392             printf "      make options:             $mopts\n"
2393          fi
2394          printf "      compilername:             $compiler_name\n"
2395          printf "      compiler options:         $fopts\n"
2396          printf "      preprocessor directives:  $cpp_options \n"
2397          printf "      linker options:           $lopts \n"
2398          if [[ "$modules" != "" ]]
2399          then
2400             printf "      modules to be load:       $modules \n"
2401          fi
2402          printf "      source code files:        $source_list \n"
2403
2404          if [[ $localhost = nech ]]
2405          then
2406             ssh  $SSH_PORTOPT  136.172.44.192 -l $usern "$init_cmds $module_calls cd \$HOME/work/${usern}.$kennung; sxmake $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2407             cp  $TEMPDIR_COMPILE/a.out  .
2408             [[ $? != 0 ]]  &&  compile_error=true
2409             rm -rf  $TEMPDIR_COMPILE
2410          elif [[ $localhost = ibmh ]]
2411          then
2412             printf "      compiler is called via ssh on \"plogin1\" \n"
2413             ssh  $SSH_PORTOPT  plogin1  -l $usern  "$init_cmds export PATH=/sw/ibm/xlf/13.1.0.8/usr/bin:$PATH; $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2414             [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2415             continue   # STATUS=1, IF a.out EXISTS
2416          elif [[ $localhost = lcocean ]]
2417          then 
2418             printf "      compiler is called via ssh on \"ocean\" \n"
2419             echo $PWD
2420             ssh  $SSH_PORTOPT  ocean  -l $usern  "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2421             [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2422            continue   # STATUS=1, IF a.out EXISTS
2423          elif [[ $localhost = lcflow ]]
2424          then 
2425             printf "      compiler is called via ssh on \"flow\" \n"
2426             /usr/bin/ssh  $SSH_PORTOPT  flow02.hpc.uni-oldenburg.de -l $usern "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out F90=$compiler_name COPT=\"$cpp_options\" F90FLAGS=\"$fopts\" LDFLAGS=\"$lopts\" "
2427             check_for_file=`/usr/bin/ssh $SSH_PORTOPT flow02.hpc.uni-oldenburg.de -l $usern "ls $TEMPDIR/a.out 2> /dev/null"`
2428             [[ "$check_for_file" = "" ]]  &&  compile_error=true
2429             continue   # STATUS=1, IF a.out EXISTS
2430          elif [[ $localhost = lcbullhh  ||  $localhost = lccrayb  ||  $localhost = lccrayf ||  $localhost = lccrayh ]]
2431          then
2432             make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2433          else
2434             [[ "$init_cmds" != "" ]]  &&  eval $init_cmds
2435             [[ "$module_calls" != "" ]]  &&  eval $module_calls
2436             make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2437          fi
2438
2439          if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
2440          then
2441             printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
2442             locat=compile
2443
2444             exit
2445          else
2446             printf "$dashes\n  *** compilation finished \n"
2447          fi
2448
2449       fi
2450
2451    fi
2452
2453
2454       # PROVIDE THE INPUT FILES
2455       # LOOP OVER ALL ACTIVATED FILES (LISTED IN THE CONFIGURATION FILE)
2456    (( i = 0 ))
2457    while (( i < iin ))
2458    do
2459       (( i = i + 1 ))
2460       if (( i == 1 ))
2461       then
2462          printf "\n\n  *** providing INPUT-files:\n$dashes"
2463       fi
2464
2465
2466          # SKIP OPTIONAL FILES, IF THEY DO NOT EXIST
2467       if [[ "${transin[$i]}" = unavailable ]]
2468       then
2469          if [[ "${extin[$i]}" = ""  ||  "${extin[$i]}" = " " ]]
2470          then
2471             printf "\n  *** INFORMATIVE: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}\" "
2472             printf "\n                   is not available!"
2473          else
2474             printf "\n  *** INFORMATIVE: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}.${extin[$i]}\" "
2475             printf "\n                   is not available!"
2476          fi
2477          continue
2478       fi
2479
2480          # CHECK FOR SINGLE FILE (SERIAL RUN) OR DIRECTORY (ONE FILE PER CORE FOR PARELLEL EXECUTION)
2481       files_for_pes=false; datentyp=file
2482       if [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
2483       then
2484          files_for_pes=true; datentyp=directory
2485          actionin[$i]=""
2486       elif [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
2487       then
2488          actionin[$i]=""
2489       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
2490       then
2491          files_for_pes=true; datentyp=directory
2492          actionin[$i]="ar"
2493       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
2494       then
2495          actionin[$i]="ar"
2496       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
2497       then
2498          files_for_pes=true; datentyp=directory
2499          actionin[$i]="fl"
2500       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
2501       then
2502          actionin[$i]="fl"
2503       fi
2504
2505       if [[ $files_for_pes = true ]]
2506       then
2507          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}/....  to  ${localin[$i]}"
2508       else
2509          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}  to  ${localin[$i]}"
2510       fi
2511
2512          # INPUT-FILE FOR A RESTART RUN.
2513          # CHECK, IF THIS FILE STILL EXISTS ON THE TEMPORARY DATA DIRECTORY.
2514          # IF NOT, TRY TO GET IT FROM THE ARCHIVE SYSTEM
2515       if [[ "${actionin[$i]}" = fl ]]
2516       then
2517          printf "\n      $datentyp will be fetched from temporary directory \"${tmp_data_catalog}\" !"
2518          if [[ $files_for_pes = false ]]
2519          then
2520             if [[ -f "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
2521             then
2522                ln  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2523                got_tmp[$i]=true
2524             elif [[ -f "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
2525             then
2526                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
2527                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
2528                cp  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2529             else
2530                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
2531                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
2532                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
2533                actionin[$i]=ar
2534             fi
2535          else
2536             if [[ -d "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
2537             then
2538                mkdir  ${localin[$i]}
2539                cd $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2540                for file in $(ls *)
2541                do
2542                   ln $file $TEMPDIR/${localin[$i]}
2543                done
2544                cd $TEMPDIR
2545                got_tmp[$i]=true
2546             elif [[ -d "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
2547             then
2548                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
2549                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
2550                cp -r  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2551             else
2552                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
2553                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
2554                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
2555                actionin[$i]=ar
2556             fi
2557          fi
2558       fi
2559
2560
2561          # FILE IS STORED ON THE ARCHIVE SYSTEM
2562       if [[ "${actionin[$i]}" = ar ]]
2563       then
2564
2565          if [[ $files_for_pes = false ]]
2566          then
2567             printf "\n      file will be restored from archive-system ($archive_system)!"
2568          else
2569             printf "\n      directory will be restored from archive-system ($archive_system)!"
2570          fi
2571
2572          file_restored=false
2573
2574          if [[ $archive_system = asterix ]]
2575          then
2576             do_stagein=true
2577             (( stagein_anz = 0 ))
2578             while [[ $do_stagein = true ]]
2579             do
2580                if [[ $files_for_pes = false ]]
2581                then
2582                   stagein  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
2583                else
2584                   stagein  -t  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
2585                fi
2586                cat  STAGEIN_OUTPUT
2587                if [[ $(grep -c "st.msg:i24"  STAGEIN_OUTPUT) != 0 ]]
2588                then
2589                   file_restored=true
2590                   do_stagein=false
2591                else
2592                   (( stagein_anz = stagein_anz + 1 ))
2593                   if (( stagein_anz == 10 ))
2594                   then
2595                      printf "\n  +++ stagein stoped after 10 tries"
2596                      locat=stage
2597                      exit
2598                   fi
2599                   printf "\n  +++ restoring from archive failed, trying again:"
2600                   sleep 900
2601                fi
2602             done
2603          elif [[ $archive_system = DMF ]]
2604          then
2605             if [[ $files_for_pes = false ]]
2606             then
2607                printf "\n  +++ restoring of single files impossible with $archive_system !\n"
2608                locat=DMF
2609                exit
2610             else
2611                find  $ARCHIVE/${frelin[$i]}  -type m  -print  |  dmget
2612                cp  -r $ARCHIVE/${frelin[$i]}  $PWD
2613                file_restored=true
2614             fi
2615          elif [[ $archive_system = tivoli ]]
2616          then
2617             if [[ $files_for_pes = false ]]
2618             then
2619                ssh  $SSH_PORTOPT  $usern@bicedata.hlrn.de  "cp  $PERM/${frelin[$i]}  $PWD"
2620             else
2621                (( inode = 0 ))
2622                while (( inode < nodes ))
2623                do
2624                   ssh  $SSH_PORTOPT  $usern@bicedata.hlrn.de  "cd $PWD; tar  xf  $PERM/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar"
2625                   (( inode = inode + 1 ))
2626                done
2627             fi
2628             file_restored=true
2629          elif [[ $archive_system = ut ]]
2630          then
2631             if [[ $files_for_pes = false ]]
2632             then
2633                cp  $UT/${frelin[$i]}  .
2634             else
2635                (( inode = 0 ))
2636                while (( inode < nodes ))
2637                do
2638                   tar  xf  $UT/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar
2639                   (( inode = inode + 1 ))
2640                done
2641             fi
2642             file_restored=true
2643          else
2644             printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"   restore impossible!"
2645             locat=rearchive
2646             exit
2647          fi
2648
2649          if [[ $file_restored = true ]]
2650          then
2651
2652                # PUT FILE ON THE TEMPORARY DATA DIRECTORY TOO.
2653                # THIS WILL MAKE FILE ACCESS EASIER FOR LATER RUNS
2654             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog; chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
2655             if [[ $files_for_pes = false ]]
2656             then
2657                ln  -f  ${frelin[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2658             else
2659                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2660                ln  -f  ${frelin[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2661             fi
2662             got_tmp[$i]=true
2663
2664                # PROVIDE THE FILE UNDER ITS LOCAL NAME
2665             mv  ${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2666
2667          fi
2668       fi
2669
2670
2671          # FILE IS STORED IN THE RESPECTIVE DIRECTORY GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
2672       if [[ "${actionin[$i]}" = ""  ||  "${actionin[$i]}" = "di"  ||  "${actionin[$i]}" = "npe" ]]
2673       then
2674
2675          if [[ "${actionin[$i]}" = "npe"  &&  -n $numprocs ]]
2676          then
2677
2678                # FILE COPIES ARE PROVIDED FOR ALL CORES
2679                # EACH FILE GETS A UNIQUE FILENAME WITH A FOUR DIGIT NUMBER
2680             printf "\n      file will be provided for $numprocs processors"
2681             mkdir  ${localin[$i]}
2682             ival=$numprocs
2683             (( ii = 0 ))
2684             while (( ii <= ival-1 ))
2685             do
2686                if (( ii < 10 ))
2687                then
2688                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_000$ii
2689                elif (( ii < 100 ))
2690                then
2691                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_00$ii
2692                elif (( ii < 1000 ))
2693                then
2694                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_0$ii
2695                else
2696                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_$ii
2697                fi
2698                (( ii = ii + 1 ))
2699             done
2700
2701          else
2702
2703             if [[ $files_for_pes = true ]]
2704             then
2705
2706                   # PROVIDE FILES FOR EACH CORE
2707                   # FIRST CREATE THE LOCAL DIRECTORY, THEN COPY FILES
2708                   # FROM THE PERMANENT DIRECTORY BY LINKING THEM TO THE LOCAL ONE
2709                printf "\n      providing $numprocs files for the respective processors"
2710                mkdir  ${localin[$i]}
2711                if [[ $link_local_input = true ]]
2712                    then
2713                    printf "      using ln -f\n"
2714                    cd ${absnamein[$i]}
2715                    for file in $(ls *)
2716                      do
2717                      ln -f $file  ${localin[$i]}
2718                    done
2719                    cd $TEMPDIR
2720                fi
2721
2722                   # IF "ln -f" FAILED OR IF "$link_local_input = false" DO A NORMAL "cp -r"
2723                if [[ ! -f "${localin[$i]}/_0000" ]]
2724                    then
2725                    if [[ $link_local_input = true ]]
2726                        then
2727                        printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
2728                    fi
2729                    cp -r  ${absnamein[$i]}/*  ${localin[$i]}
2730                fi
2731
2732             else
2733
2734                   # PROVIDE FILE FOR RUNS ON A SINGLE CORE
2735                if [[ $link_local_input = true ]]
2736                then
2737                    printf "      using ln -f\n"
2738                    ln -f  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
2739                fi
2740                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp"
2741                if [[ ! -f "${localin[$i]}" ]]
2742                then
2743                    if [[ $link_local_input = true ]]
2744                    then
2745                        printf "      ln failed, using cp...\n"
2746                    fi
2747                    cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
2748                fi
2749             fi
2750          fi
2751       fi
2752
2753    done
2754    if (( i != 0 ))
2755    then
2756       printf "\n$dashes\n  *** all INPUT-files provided \n"
2757    fi
2758
2759
2760       # EXECUTE INPUT-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
2761    (( i = 0 ))
2762    while (( i < iic ))
2763    do
2764       (( i = i + 1 ))
2765       if (( i == 1 ))
2766       then
2767          printf "\n\n  *** execution of INPUT-commands:\n$dashes"
2768       fi
2769       printf "\n  >>> ${in_command[$i]}"
2770       eval  ${in_command[$i]}
2771       if (( i == iic ))
2772       then
2773          printf "\n$dashes\n"
2774       fi
2775    done
2776
2777
2778       # SET THE REMAINING CPU-TIME
2779    cpurest=${cpumax}.
2780
2781
2782       # START DVR STREAMING SERVER
2783    if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
2784    then
2785       if [[ "$dvr_server" != "" ]]
2786       then
2787
2788          printf "\n\n  *** preparing the dvr streaming server configuration file"
2789
2790             # CHECK, IF A DVR SERVER IS ALREADY RUNNING
2791          running_dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config | grep -v grep) | cut -d" " -f2`
2792          if [[ "$running_dvrserver_id" != "" ]]
2793          then
2794
2795             printf "\n\n  +++ WARNING: A dvr server with id=$running_dvrserver_id is already running!"
2796             printf "\n      This server is used instead starting a new one!"
2797             printf "\n      If required, script \"process_dvr_output\" has to be run manually."
2798
2799          else
2800
2801                # COPY CONFIGURATION FILE FOR STREAMING SERVER FROM REPOSITORY TO HERE
2802             if [[ -f ${PALM_BIN}/.dvrserver.config ]]
2803             then
2804                cp  ${PALM_BIN}/.dvrserver.config  .
2805
2806                   # ENTERING THE BASEDIR, UID AND GID INTO THIS FILE
2807                user_id=`id -u`
2808                group_id=`id -g`
2809
2810                   # "&" IS REQUIRED AS A SEPERATOR, BECAUSE TEMPDIR CONTAINS "/"
2811                sed "s&<replace by dvr data directory>&${TEMPDIR}&g" .dvrserver.config > .dvrserver.1
2812                sed "s/<replace by user id>/$user_id/g"    .dvrserver.1 > .dvrserver.2
2813                sed "s/<replace by group id>/$group_id/g"  .dvrserver.2 > .dvrserver.3
2814                mv  .dvrserver.3  .dvrserver.config
2815                rm  .dvrserver.1  .dvrserver.2
2816
2817                   # START DVR SERVER IN BACKGROUND, GET HIS ID AND PRINT ON TERMINAL
2818                $dvr_server  .dvrserver.config  >>  DVR_LOGFILE  2>&1  &
2819                dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config) | cut -d" " -f2`
2820                printf "\n  *** streaming server with id=$dvrserver_id is started in background"
2821                local_dvrserver_running=.TRUE.
2822             else
2823                printf "\n  +++ missing file \".dvrserver.config\" in directory:"
2824                printf "\n      \"$PALM_BIN\" "
2825                locat=dvr
2826                exit
2827             fi
2828
2829          fi
2830
2831       else
2832          printf "\n\n  --- INFORMATIVE: no dvr streaming server will be started"
2833       fi
2834    fi
2835
2836
2837       # CREATE THE NAMELIST-FILE WITH VALUES OF ENVIRONMENT-VARIABLES REQUIRED BY PALM
2838       # (FILE ENVPAR WILL BE READ BY PALM)
2839    cat  >  ENVPAR  <<  %%END%%
2840 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$localhost',
2841          write_binary = '$write_binary', tasks_per_node = $tasks_per_node,
2842          maximum_parallel_io_streams = $maximum_parallel_io_streams,
2843          maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
2844          revision = '$global_revision',
2845          local_dvrserver_running = $local_dvrserver_running,
2846          batch_job = $batch_job /
2847
2848%%END%%
2849
2850
2851       # STARTING THE EXECUTABLE
2852    printf "\n\n  *** execution starts in directory\n      \"`pwd`\"\n$dashes\n"
2853    PATH=$PATH:$TEMPDIR
2854
2855
2856    if [[ $execute_command != "none" ]]
2857    then
2858
2859        printf "\n  +++ branch still not realized"
2860        locat=execution
2861        exit
2862
2863    else
2864
2865          # MPI DEBUG OPTION (ARGUMENT CHECKING, SLOWS DOWN EXECUTION DUE TO INCREASED LATENCY)
2866       if [[ "$mpi_debug" = true ]]
2867       then
2868          export MPI_CHECK_ARGS=1
2869          printf "\n  +++ MPI_CHECK_ARGS=$MPI_CHECK_ARGS"
2870       fi
2871
2872       if [[ "$totalview" = true ]]
2873       then
2874          printf "\n *** totalview debugger will be used"
2875          tv_opt="-tv"
2876       else
2877          tv_opt=""
2878       fi
2879
2880       if [[ "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ]]
2881       then
2882
2883             #Interactive ALLINEA DEBUG seesion
2884          if [[ "$ENVIRONMENT" != BATCH ]]
2885          then
2886             if [[ $host = lccrayb || $host = lccrayh ]]
2887             then
2888                if [[ "$allinea" = true ]]
2889                then
2890                   echo "--- aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  < runfile_atmos"
2891
2892                   ddt  aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out
2893                   wait
2894                fi         
2895             fi
2896          fi
2897
2898          if [[ $localhost = ibmh ]]
2899          then
2900
2901                # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
2902             export MP_SHARED_MEMORY=yes
2903             export AIXTHREADS_SCOPE=S
2904             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
2905             export AUTHSTATE=files
2906             export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
2907
2908                # FOLLOWING OPTIONS ARE MANDATORY FOR TOTALVIEW
2909             export MP_ADAPTER_USE=shared
2910             export MP_CPU_USE=multiple
2911             export MP_TIMEOUT=1200
2912
2913             unset  MP_TASK_AFFINITY
2914
2915             if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
2916             then
2917                totalview   poe  a.out
2918             else
2919                echo totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1
2920                export TVDSVRLAUNCHCMD=ssh
2921                totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1
2922             fi
2923
2924          fi  # END DEBUG MODE
2925
2926       else
2927
2928             # NORMAL EXECUTION
2929          if [[ -n $numprocs ]]
2930          then
2931
2932                # RUNNING THE PROGRAM ON PARALLEL MACHINES
2933             if [[ $(echo $host | cut -c1-3) = ibm ]]
2934             then
2935
2936                   # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
2937                if [[ $host != ibmh  &&  $host != ibmkisti ]]
2938                then
2939                   export MP_SHARED_MEMORY=yes
2940                   export AIXTHREAD_SCOPE=S
2941                   export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
2942                   export XLSMPOPTS="spins=0:yields=0:stack=20000000"
2943                   export AUTHSTATE=files
2944                   export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
2945                   #  export MP_PRINTENV=yes
2946
2947                      # TUNING-VARIABLES TO IMPROVE COMMUNICATION SPEED
2948                      # DO NOT SHOW SIGNIFICANT EFFECTS (SEP 04, FEDERATION-SWITCH)
2949                   export MP_WAIT_MODE=poll
2950                   [[ $node_usage = not_shared ]]  &&  export MP_SINGLE_THREAD=yes
2951                fi
2952
2953                if [[ $host = ibmkisti ]]
2954                then
2955                   export LANG=en_US
2956                   export MP_SHARED_MEMORY=yes
2957                   if [[ $threads_per_task = 1 ]]
2958                   then
2959                      export MP_SINGLE_THREAD=yes
2960                      export MEMORY_AFFINITY=MCM
2961                   else
2962                      export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
2963                   fi
2964                fi
2965
2966                if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
2967                then
2968                   printf "\n--- Control: OMP_NUM_THREADS = \"$OMP_NUM_THREADS\" \n"
2969                   if [[ "$cond1" = hpmcount  ||  "$cond2" = hpmcount ]]
2970                   then
2971                      /opt/optibm/HPM_2_4_1/bin/hpmcount  a.out
2972                   else
2973                      if [[ $run_coupled_model = false ]]
2974                      then
2975                         if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
2976                         then
2977                            echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
2978                         else
2979                            echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
2980                         fi
2981                      else
2982                         (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
2983                         (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
2984                         printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
2985                         printf "\n      using $coupled_mode coupling"
2986                         printf "\n\n"
2987                         echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
2988                      fi
2989                      poe ./a.out  <  runfile_atmos
2990                   fi
2991                else
2992                   if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibms ]]
2993                   then
2994                      poe  a.out  -procs $numprocs  -nodes 1  -rmpool 0
2995                   elif [[ $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku ]]
2996                   then
2997                      if [[ -f $hostfile ]]
2998                      then
2999                         cp  $hostfile  hostfile
3000                      else
3001                         (( ii = 1 ))
3002                         while (( ii <= $numprocs ))
3003                         do
3004                            echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3005                            (( ii = ii + 1 ))
3006                         done
3007                      fi
3008                      export MP_HOSTFILE=hostfile
3009                      if [[ $run_coupled_model = false ]]
3010                      then
3011                         if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3012                         then
3013                            echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3014                         else
3015                            echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3016                         fi
3017                      else
3018                         (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3019                         (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3020                         printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3021                         printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3022                         printf "\n\n"
3023                         echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3024                      fi
3025
3026                      poe  ./a.out  -procs $numprocs  <  runfile_atmos
3027
3028                   else
3029                      if [[ "$host_file" = "" ]]
3030                      then
3031                         printf "\n  +++ no hostfile given in configuration file"
3032                         locat=config_file
3033                         exit
3034                      else
3035                         eval host_file=$host_file
3036                      fi
3037                      export MP_HOSTFILE=$host_file
3038                      poe  a.out  -procs $numprocs  -tasks_per_node $numprocs
3039                   fi
3040                fi
3041
3042             elif [[ $host = nech ]]  # running on NEC machines
3043             then
3044
3045                (( ii = nodes ))
3046                if [[ $ii = 1 ]]
3047                then
3048                   export F_ERRCNT=0        # acceptable number of errors before program is stopped
3049                   export MPIPROGINF=YES
3050                   #  export F_TRACE=YES|FMT1|FMT2  # output of ftrace informations to job protocol
3051                   echo "*** execution on single node with mpirun"
3052                   mpirun  -np $numprocs  ./a.out
3053                else
3054                   (( i = 0 ))
3055                   while (( i < ii ))
3056                   do
3057                      echo "-h $i  -p $tasks_per_node  -e ./mpi_exec_shell"  >>  multinode_config
3058                      (( i = i + 1 ))
3059                   done
3060
3061                   echo "#!/bin/sh"                         >   mpi_exec_shell
3062                   echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3063                   echo "set -u"                            >>  mpi_exec_shell
3064                   echo "F_ERRCNT=0"                        >>  mpi_exec_shell
3065                   echo "MPIPROGINV=YES"                    >>  mpi_exec_shell
3066                   echo "OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task" >>  mpi_exec_shell
3067                   echo "cpurest=$cpurest"                  >>  mpi_exec_shell
3068                   echo "fname=$fname"                      >>  mpi_exec_shell
3069                   echo "localhost=$localhost"              >>  mpi_exec_shell
3070                   echo "return_address=$return_address"    >>  mpi_exec_shell
3071                   echo "return_username=$return_username"  >>  mpi_exec_shell
3072                   echo "tasks_per_node=$tasks_per_node"    >>  mpi_exec_shell
3073                   echo "write_binary=$write_binary"        >>  mpi_exec_shell
3074                   echo "use_seperate_pe_for_dvrp_output=$use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3075                   echo "  "                                >>  mpi_exec_shell
3076                   echo "export F_ERRCNT"                   >>  mpi_exec_shell
3077                   echo "export MPIPROGINV"                 >>  mpi_exec_shell
3078                   echo "export OMP_NUM_THREADS"            >>  mpi_exec_shell
3079                   echo "export cpurest"                    >>  mpi_exec_shell
3080                   echo "export fname"                      >>  mpi_exec_shell
3081                   echo "export localhost"                  >>  mpi_exec_shell
3082                   echo "export return_address"             >>  mpi_exec_shell
3083                   echo "export return_username"            >>  mpi_exec_shell
3084                   echo "export tasks_per_node"             >>  mpi_exec_shell
3085                   echo "export write_binary"               >>  mpi_exec_shell
3086                   echo "export use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3087                   echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3088                   echo "exec  ./a.out"                     >>  mpi_exec_shell
3089
3090                   chmod u+x  mpi_exec_shell
3091                   export MPIPROGINF=YES
3092                   mpirun  -f multinode_config  &
3093                   wait
3094
3095                fi
3096
3097             elif [[ $(echo $host | cut -c1-2) = lc  &&  $host != lckyoto &&  $host != lctit ]]
3098             then
3099
3100                   # COPY HOSTFILE FROM SOURCE DIRECTORY OR CREATE IT, IF IT
3101                   # DOES NOT EXIST
3102                if [[  $host != lcbullhh  && $host != lccrayb  &&  $host != lccrayf  && $host != lccrayh  &&  $host != lckyuh  &&  $host != lckyut  &&  $host != lcocean ]]
3103                then
3104                   if [[ -f $hostfile ]]
3105                   then
3106                      cp  $hostfile  hostfile
3107                      (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3108                      [[ $ii = 0 ]]  &&  (( ii = 1 ))
3109                   else
3110                      (( ii = 1 ))
3111                      while (( ii <= $numprocs / $threads_per_task ))
3112                      do
3113                         echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3114                         (( ii = ii + 1 ))
3115                      done
3116                      if (( $numprocs / $threads_per_task == 0 ))
3117                      then
3118                         echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3119                      fi
3120                   fi
3121                   eval zeile=\"`head -n $ii  hostfile`\"
3122                   printf "\n  *** running on: $zeile"
3123                fi
3124
3125                (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3126                [[ $ii = 0 ]]  &&  (( ii = 1 ))
3127                export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3128
3129                if [[ $threads_per_task != 1 ]]
3130                then
3131                      # INCREASE STACK SIZE TO UNLIMITED, BECAUSE OTHERWISE LARGE RUNS
3132                      # MAY ABORT
3133                   ulimit -s unlimited
3134                   printf "\n      threads per task: $threads_per_task  stacksize: unlimited"
3135                fi
3136                if [[ $run_coupled_model = false ]]
3137                then
3138                   if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3139                   then
3140                      echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3141                   else
3142                      echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3143                   fi
3144                   printf "\n\n"
3145
3146                   if [[ $host = lccrayb || $host = lccrayh ]]
3147                   then
3148                       echo "--- aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  <  runfile_atmos"
3149                       aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  <  runfile_atmos
3150                   elif [[ $host = lcbullhh ]]
3151                   then
3152                      export OMPI_MCA_pml=cm
3153                      export OMPI_MCA_mtl=mxm
3154                      export OMPI_MCA_coll=^ghc
3155                      export OMPI_MCA_mtl_mxm_np=0
3156                      export MXM_RDMA_PORTS=mlx5_0:1
3157                      export MXM_LOG_LEVEL=ERROR
3158                      export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3159                      export KMP_AFFINITY=verbose,granularity=core,compact,1
3160                      export KMP_STACKSIZE=64m
3161
3162                      srun  -n $ii --ntasks-per-node=$tasks_per_node ./a.out  <  runfile_atmos
3163
3164                   elif [[ $host = lccrayf ]]
3165                   then
3166                       aprun  -j1  -n $ii  -N $tasks_per_node  -m ${memory}M  a.out  <  runfile_atmos
3167                   elif [[ $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3168                   then
3169                       aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  <  runfile_atmos
3170                   elif [[ $host = lcflow ]]
3171                   then
3172                      mpirun -np $ii a.out  < runfile_atmos
3173                   elif [[ $host = lcocean ]]
3174                   then
3175                      mpirun a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3176                   elif [[ $host = lcsb ]]
3177                   then
3178                      mpirun_rsh -hostfile $PBS_NODEFILE -np `cat $PBS_NODEFILE | wc -l` a.out  < runfile_atmos
3179                   elif [[ $host = lckiaps ]]
3180                   then
3181                      mpirun -np $ii  -machinefile $PBS_NODEFILE  ./a.out  <  runfile_atmos
3182                   elif [[ $host = lckyu* ]]
3183                   then
3184                      mpiexec -n $ii --stdin runfile_atmos  ./a.out
3185                   else
3186                      mpiexec  -machinefile hostfile  -n $ii  a.out  <  runfile_atmos
3187                   fi
3188
3189                else
3190
3191                       # CURRENTLY THERE IS NO FULL MPI-2 SUPPORT ON ICE AND XT4
3192                   (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3193                   (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3194                   printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3195                   printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3196                   printf "\n\n"
3197
3198                   if [[ $coupled_mode = "mpi2" ]]
3199                   then
3200                      echo "atmosphere_to_ocean $iia $iio"  >  runfile_atmos
3201                      echo "ocean_to_atmosphere $iia $iio"  >  runfile_ocean
3202
3203                      if [[ $host = lccrayf  ||  $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3204                      then
3205
3206                         aprun  -n $iia  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  &
3207                         aprun  -n $iio  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_ocean  &
3208
3209                      else
3210                             # WORKAROUND BECAUSE mpiexec WITH -env option IS NOT AVAILABLE ON SOME SYSTEMS
3211                          mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  a.out  <  runfile_atmos &
3212                          mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  a.out  <  runfile_ocean &
3213#                          mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  -env coupling_mode atmosphere_to_ocean  a.out  &
3214#                          mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  -env coupling_mode ocean_to_atmosphere  a.out  &
3215                      fi
3216                      wait
3217
3218                   else
3219
3220                      echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3221
3222                      if [[ $host = lccrayf  ||  $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3223                      then
3224
3225                         aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos
3226
3227                      elif [[ $host = lck || $host = lckordi ]]
3228                      then
3229
3230                         mpiexec -n $ii  ./a.out  <  runfile_atmos  &
3231
3232                      elif [[ $host = lckyu* ]]
3233                      then
3234
3235                         mpiexec -n $ii --stdin runfile_atmos  ./a.out
3236
3237                      elif [[ $host = lcmuk ]] 
3238                      then
3239
3240                         mpiexec  -machinefile hostfile  -n $ii  a.out  <  runfile_atmos
3241
3242                      fi
3243                      wait
3244                   fi
3245
3246                fi
3247
3248             elif [[ $host = lckyoto ]]
3249             then
3250                set -xv
3251                export P4_RSHCOMMAND=plesh
3252                echo "     P4_RSHCOMMAND = $P4_RSHCOMMAND"
3253                if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
3254                then
3255                   if [[ "$cond2" = fujitsu ]]
3256                   then
3257                      mpiexec  -n $numprocs  ./a.out  # for fujitsu-compiler
3258                   elif [[ "cond2" = pgi ]]
3259                   then
3260                      mpirun  -np $numprocs  -machinefile ${QSUB_NODEINF}  ./a.out
3261                   else
3262                      mpirun_rsh -np $numprocs -hostfile ${QSUB_NODEINF} MV2_USE_SRQ=0 ./a.out  ||  /bin/true
3263                   fi
3264                else
3265                   if [[ "$cond2" = "" ]]
3266                   then
3267                      mpiruni_rsh -np $numprocs ./a.out  # for intel
3268                   else
3269                      mpirun  -np $numprocs  ./a.out
3270                   fi
3271                fi
3272                set +xv
3273
3274             elif [[ $host = lctit ]]
3275             then
3276                export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3277                echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3278                if [[ "$threads_per_task" != 1 ]]
3279                then
3280                   export MV2_ENABLE_AFFINITY=0
3281                fi
3282                echo "----- PBS_NODEFILE content:"
3283                cat $PBS_NODEFILE
3284                echo "-----"
3285                (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3286                echo "mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE ./a.out"
3287                mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE  ./a.out
3288
3289             else
3290                mpprun  -n $numprocs  a.out
3291             fi
3292          else
3293             a.out
3294          fi
3295
3296       fi  # end normal (non-debug) execution
3297
3298    fi  # end explicit execute_command or host-specific execute actions
3299
3300    if [[ $? != 0 ]]
3301    then
3302
3303          # ABORT IN CASE OF RUNTIME ERRORS
3304       printf "\n  +++ runtime error occured"
3305       locat=execution
3306       exit
3307
3308    else
3309
3310       printf "\n$dashes\n  *** execution finished \n"
3311
3312          # STOP THE DVR STREAMING SERVER AND PROCESS THE DVR OUTPUT IN ORDER
3313          # TO CREAT DVRS- AND HTML-FILES CONTAINING ALL STREAMS
3314       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
3315       then
3316          kill $dvrserver_id
3317          printf "\n  *** dvr server with id=$dvrserver_id has been stopped"
3318
3319             # IF THERE IS A DIRECTORY, DATA HAVE BEEN OUTPUT BY THE
3320             # STREAMING SERVER. OTHERWISE, USER HAS CHOSEN dvrp_output=local
3321          if [[ -d DATA_DVR ]]
3322          then
3323
3324                # ADD THE CURRENT DVR CONFIGURATION FILE TO THE DVR OUTPUT
3325                # DIRECTORY
3326             cp  .dvrserver.config  DATA_DVR
3327
3328                # PROCESS THE DVR OUTPUT (OPTION -s FOR GENERATING
3329                # SEQUENCE MODE DATA TOO)
3330             process_dvr_output  -d DATA_DVR  -f $fname  -s
3331
3332          else
3333
3334                # PROCESS THE LOCAL OUTPUT
3335             process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3336
3337          fi
3338
3339       elif [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
3340       then
3341
3342             # PROCESS DVR OUTPUT GENERATD IN LOCAL MODE (dvrp_output=local)
3343          process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3344
3345       fi
3346    fi
3347
3348
3349
3350       # CALL OF combine_plot_fields IN ORDER TO MERGE SINGLE FILES WRITTEN
3351       # BY EACH CORE INTO ONE FILE
3352   if [[ ! -f ${PALM_BIN}/combine_plot_fields${block}.x ]]
3353   then
3354      printf "\n\n\n  +++ WARNING: no combine_plot_fields found for given block \"$cond1 $cond2\""
3355      printf "\n      2d- and/or 3d-data may be incomplete!"
3356      printf "\n      Run \"mbuild -u -h $localhost\" to generate utilities for this block.\n"
3357   elif [[ "$combine_plot_fields" == true ]]
3358   then
3359      if [[ $localhost = lccrayh  ||  $localhost = lccrayb ]]
3360      then
3361         printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"aprun  -n 1  -N 1 combine_plot_fields${block}.x\" ..."
3362         aprun  -n 1  -N 1 combine_plot_fields${block}.x
3363      else
3364         printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"combine_plot_fields${block}.x\" ..."
3365         combine_plot_fields${block}.x
3366      fi
3367   else
3368
3369         # TEMPORARY SOLUTION TO SKIP combine_plot_fields. THIS IS REQUIRED IN CASE OF HUGE AMOUNT OF
3370         # DATA OUTPUT. TO DO: EXTEND THIS BRANCH BY CREATING A BATCH JOB for combine_plot_fields.
3371         # ??? koennen wir das streichen ???
3372      printf "\n\n\n *** post-processing: skipping combine_plot_fields (-Z option set) ..."
3373   fi
3374
3375
3376
3377       # EXECUTE OUTPUT-COMMANDS GIVEN IN THE CONFIGURATION FILE
3378    (( i = 0 ))
3379    while (( i < ioc ))
3380    do
3381       (( i = i + 1 ))
3382       if (( i == 1 ))
3383       then
3384          printf "\n\n  *** execution of OUTPUT-commands:\n$dashes"
3385       fi
3386       printf "\n  >>> ${out_command[$i]}"
3387       eval  ${out_command[$i]}
3388       if (( i == ioc ))
3389       then
3390          printf "\n$dashes\n"
3391       fi
3392    done
3393
3394
3395       # IN TRACE-MODE PRINT CONTENTS OF THE CURRENT (TEMPORARY) WORKING DIRECTORY
3396    if [[ $do_trace = true ]]
3397    then
3398       printf "\n\n"
3399       ls -al
3400    fi
3401
3402
3403
3404       # COPY LOCAL OUTPUT-FILES TO THEIR PERMANENT DESTINATIONS
3405    (( i = 0 ))
3406    while (( i < iout ))
3407    do
3408       (( i = i + 1 ))
3409       if (( i == 1 ))
3410       then
3411          printf "\n\n  *** saving OUTPUT-files:\n$dashes"
3412       fi
3413
3414          # CHECK FOR SINGLE FILE (SERIAL RUN) OR DIRECTORY (ONE FILE PER CORE FOR PARELLEL EXECUTION)
3415       files_for_pes=false; filetyp=file
3416       if [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
3417       then
3418          files_for_pes=true; filetyp=directory
3419          actionout[$i]=""
3420       elif [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
3421       then
3422          actionout[$i]=""
3423       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
3424       then
3425          files_for_pes=true; filetyp=directory
3426          actionout[$i]="ar"
3427       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3428       then
3429          actionout[$i]="ar"
3430       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
3431       then
3432          files_for_pes=true; filetyp=directory
3433          actionout[$i]="fl"
3434       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3435       then
3436          actionout[$i]="fl"
3437       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  -n $numprocs ]]
3438       then
3439          files_for_pes=true; filetyp=directory
3440          actionout[$i]="tr"
3441       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3442       then
3443          actionout[$i]="tr"
3444       fi
3445
3446       if [[ ! -f ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = false ]]
3447       then
3448          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}  does not exist\n"
3449       elif [[ ! -d ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = true ]]
3450       then
3451          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}/....  does not exist\n"
3452       else
3453
3454
3455             # COPY VIA SCP TO LOCAL HOST (ALWAYS IN BINARY MODE USING batch_scp option -m)
3456             # IF TARGET DIRECTORY DOES NOT EXISTS, TRY TO CREATE IT
3457          if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
3458          then
3459             if [[ $localhost != $fromhost ]]
3460             then
3461                if [[ $files_for_pes = false ]]
3462                then
3463                   cps=""
3464                   cst=""
3465                else
3466                   cps=-c
3467                   cst="/"
3468                fi
3469                if [[ $localhost = nech ]]
3470                then
3471
3472                      # TRANSFER IN SEPERATE JOB
3473                      # FIRST COPY FILE TO TEMPORY DATA DIRECTORY
3474                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
3475                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
3476                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3477                   then
3478                      ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3479                   else
3480                      mkdir  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3481                      ln  ${localout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3482                   fi
3483
3484                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
3485                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
3486
3487                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP in seperate job to"
3488                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst"
3489                   printf "\n              or higher cycle\n"
3490                   echo "batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_address  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
3491
3492                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
3493
3494                   if [[ $localhost = nech ]]
3495                   then
3496                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3497                   else
3498                      if [[ "$LOGNAME" = b323013 ]]
3499                      then
3500                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3501                      else
3502                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3503                      fi
3504                   fi
3505
3506                else
3507
3508                      # TRANSFER WITHIN THIS JOB
3509                   transfer_failed=false
3510                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP to"
3511                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst\n"
3512                   if [[ $localhost = lccrayb ]]
3513                   then
3514                      ssh $usern@blogin1 ". \\$HOME/.profile; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3515                   elif [[ $localhost = lccrayh ]]
3516                   then
3517                      ssh $usern@hlogin1 ". \\$HOME/.profile; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3518                   elif [[ $localhost = lcbullhh ]]
3519                   then
3520                      ssh $usern@mlogin101 ". \\$HOME/.profile; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3521                   elif [[ $localhost = lcxe6 ]]
3522                   then
3523                      ssh $usern@hexagon ". \\$HOME/.profile; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3524                   else
3525                      batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
3526                   fi
3527                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
3528
3529                      # IF TRANSFER FAILED, CREATE BACKUP COPY ON THIS MACHINE
3530                   if [[ $transfer_failed = true ]]
3531                   then
3532                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on this host under:\n"
3533                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
3534
3535                         # FIRST CHECK, IF DIRECTORY EXISTS, AND CREATE IT, IF NECESSARY
3536                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
3537                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
3538                      then
3539                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
3540                         printf "      $local_catalog \n"
3541                         mkdir -p  $local_catalog
3542                      fi
3543                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
3544                      transfer_problems=true
3545                   fi
3546                fi
3547             else
3548
3549                   # UNSET actionout. DUE TO THIS SETTING, FILE WILL LATER JUST BE COPIED ON THIS MACHINE
3550                actionout[$i]=""
3551             fi
3552          fi
3553
3554
3555             # APPEND VIA SCP TO LOCAL HOST (ALWAYS IN BINARY MODE USING batch_scp option -m)
3556             # IF TARGET DIRECTORY DOES NOT EXISTS, TRY TO CREATE IT
3557          if [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
3558          then
3559             if [[ $localhost != $fromhost ]]
3560             then
3561                if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = nech ]]
3562                then
3563
3564                      # TRANSFER IN SEPERATE JOB
3565                      # FIRST COPY FILE TO TEMPORY DATA DIRECTORY
3566                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
3567                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
3568                   ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3569
3570                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
3571                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
3572
3573                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP in seperate job to"
3574                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}"
3575                   printf "\n              or higher cycle\n"
3576                   echo "batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_address  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
3577
3578                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
3579
3580                   if [[ $localhost = nech ]]
3581                   then
3582                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3583                   else
3584                      if [[ $LOGNAME = b323013 ]]
3585                      then
3586                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3587                      else
3588                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
3589                      fi
3590                   fi
3591
3592                else
3593
3594                      # TRANSFER WITHIN THIS JOB
3595                   transfer_failed=false
3596                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP to"
3597                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n"
3598                   if [[ $localhost = lccrayb ]]
3599                   then
3600                      ssh $usern@blogin1 ". \\$HOME/.profile; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3601                   elif [[ $localhost = lccrayh ]]
3602                   then
3603                      ssh $usern@hlogin1 ". \\$HOME/.profile; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3604                   elif [[ $localhost = lcxe6 ]]
3605                   then
3606                      ssh $usern@hexagon ". \\$HOME/.profile; cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_address  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
3607                   else
3608                      batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username  $return_address ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
3609                   fi
3610                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
3611
3612                      # IF TRANSFER FAILED, CREATE BACKUP COPY ON THIS MACHINE
3613                   if [[ $transfer_failed = true ]]
3614                   then
3615                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on this host under:\n"
3616                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
3617
3618                         # FIRST CHECK, IF DIRECTORY EXISTS, AND CREATE IT, IF NECESSARY
3619                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
3620                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
3621                      then
3622                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
3623                         printf "      $local_catalog \n"
3624                         mkdir -p  $local_catalog
3625                      fi
3626
3627                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
3628                      transfer_problems=true
3629                   fi
3630                fi
3631             else
3632
3633                   # RESET actionout. DUE TO THIS SETTING, FILE WILL LATER JUST BE APPENDED ON THIS MACHINE
3634                actionout[$i]=a
3635             fi
3636          fi
3637
3638
3639             # OUTPUT-FILE FOR A RESTART-RUN.
3640             # FILE IS MOVED TO THE TEMPORARY DATA DIRECTORY USING link COMMAND.
3641             # OPTION -f IS USED TO OVERWRITE EXISTING FILES.
3642             # AS LAST ACTION, ARCHIVING IS INITIATED.
3643          if [[ "${actionout[$i]}" = fl ]]
3644          then
3645             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
3646             chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
3647             if [[ $files_for_pes = false ]]
3648             then
3649                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
3650                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
3651                ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3652             else
3653                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/....  to"
3654                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
3655                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3656                cd ${localout[$i]}
3657                for file in $(ls *)
3658                do
3659                   ln -f $file $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3660                done
3661                cd $TEMPDIR
3662             fi
3663
3664
3665                # CREATE AND SUBMIT ARCHIVING-JOB
3666             if [[ $store_on_archive_system = true ]]
3667             then
3668
3669                if [[ $archive_system = asterix ]]
3670                then
3671                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
3672                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3673                   then
3674                      echo "stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
3675                   else
3676                      echo "stageout -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
3677                   fi
3678                   echo "cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"               >> archive_${frelout[$i]}
3679                   echo "if [[ \$(grep -c \"st.msg:150\"  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung) != 0 ]]" >> archive_${frelout[$i]}
3680                   echo "then"                                       >> archive_${frelout[$i]}
3681                   echo "   do_stageout=false"                       >> archive_${frelout[$i]}
3682                   echo "else"                                       >> archive_${frelout[$i]}
3683                   echo "   echo \"  +++ $filetyp ${frelout[$i]}  could not be stored on archive-system\" " >> archive_${frelout[$i]}
3684                   echo "   cat  /dev/null  >  ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname" >> archive_${frelout[$i]}
3685                   echo "   cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung  >  ~/job_queue/archive_${frelout[$i]}_error" >> archive_${frelout[$i]}
3686                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} will be copied to \$WORK as backup\" " >> archive_${frelout[$i]}
3687                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3688                   then
3689                      echo "   cp   ${frelout[$i]}  \$WORK"                    >> archive_${frelout[$i]}
3690                   else
3691                      echo "   cp -r  ${frelout[$i]}  \$WORK/${frelout[$i]}"   >> archive_${frelout[$i]}
3692                   fi
3693                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} saved\" " >> archive_${frelout[$i]}
3694                   echo "fi"                                         >> archive_${frelout[$i]}
3695                   echo "rm  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"              >> archive_${frelout[$i]}
3696                elif [[ $archive_system = DMF ]]
3697                then
3698                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
3699                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3700                   then
3701                      printf "\n  +++ archiving of single files impossible with $archive_system !\n"
3702                      locat=DMF
3703                      exit
3704                   else
3705                         # ??? nicht benötigte Archiv-Systeme entfernen ???
3706                         # FUER RECHNER IN JUELICH. DORT KOENNTEN AUCH
3707                         # EINZELNE DATEIEN GESICHERT WERDEN (SPAETER KORR.)
3708                      echo "rm -rf  \$ARCHIVE/${frelout[$i]}"     >> archive_${frelout[$i]}
3709                      echo "cp -r  ${frelout[$i]}  \$ARCHIVE"     >> archive_${frelout[$i]}
3710                   fi
3711                elif [[ $archive_system = tivoli ]]
3712                then
3713                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
3714                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3715                   then
3716                         # REMOVE EXISTING OLD FILES FROM THE ARCHIVE
3717                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
3718                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
3719                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3720                   else
3721
3722                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
3723                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
3724                      echo "[[ ! -d \$PERM/${frelout[$i]} ]] && mkdir $PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3725                      cd  $tmp_data_catalog
3726                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
3727                      cd -  > /dev/null
3728                      (( inode = 0 ))
3729                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
3730                      while (( inode < nodes ))
3731                      do
3732                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
3733                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
3734                         echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
3735                         (( inode = inode + 1 ))
3736                      done
3737                   fi
3738                elif [[ $archive_system = ut ]]
3739                then
3740                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
3741                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3742                   then
3743                         # REMOVE EXISTING OLD FILES FROM THE ARCHIVE
3744                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
3745                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
3746                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3747                   else
3748
3749                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
3750                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
3751                      echo "[[ ! -d \$UT/${frelout[$i]} ]] && mkdir $UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3752                      cd  $tmp_data_catalog
3753                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
3754                      cd -  > /dev/null
3755                      (( inode = 0 ))
3756                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
3757                      while (( inode < nodes ))
3758                      do
3759                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
3760                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
3761                         echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
3762                         (( inode = inode + 1 ))
3763                      done
3764                   fi
3765                elif [[ $archive_system = none ]]
3766                then
3767                   printf "              +++ archiving on $localhost not available!\n"
3768                fi
3769
3770                if [[ $archive_system != none ]]
3771                then
3772                   if [[ $localhost = nech ]]
3773                   then
3774                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
3775                   fi
3776                   printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
3777                fi
3778             else
3779                printf "              +++ caution: option -A is switched off. No archiving on $archive_system!\n"
3780             fi
3781
3782
3783                # CREATE AN EMPTY DIRECTORY IN THE USERS PERMANENT DIRECTORY,
3784                # IN ORDER TO NOTE THE RESPECTIVE CYCLE NUMBER ON THE ARCHIVE SYSTEM
3785                # RESTART-JOBS ARE USING THESE EMPTY-DIRECTORIES TO GET THE CURRENT HIGHEST
3786                # CYCLE NUMBER ON THE ARCHIVE SYSTEM (IN CASE THAT INFORMATIONS ARE DIFFICULT TO
3787                # TO ACCESS FROM THE ARCHIVE-SYSTEM DIRECTLY))
3788             if [[ $files_for_pes = false ]]
3789             then
3790                cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
3791             else
3792                mkdir -p  ${pathout[$i]}
3793             fi
3794
3795          fi
3796
3797
3798             # COPY FROM THIS HOST TO THE ARCHIVE-SYSTEM
3799             # IF ANY ARCHIVING FAILS, AN ERROR-FLAG-FILE IS SET
3800             # THIS FILE REMAINS TO BE SET, EVEN IF ARCHIVING OF FURTHER FILES IS SUCCESSFULL
3801          if [[ "${actionout[$i]}" = ar ]]
3802          then
3803             if [[ $files_for_pes = false ]]
3804             then
3805                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
3806                printf "\n              ${pathout[$i]}"
3807                printf "\n              File will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
3808             else
3809                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to"
3810                printf "\n              ${pathout[$i]}"
3811                printf "\n              Directory will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
3812             fi
3813             mv  ${localout[$i]}  ${frelout[$i]}
3814
3815             file_saved=false
3816
3817             if [[ $archive_system = asterix ]]
3818             then
3819                do_stageout=true
3820                (( stageout_anz = 0 ))
3821                while [[ $do_stageout = true ]]
3822                do
3823                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3824                   then
3825                      stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
3826                   else
3827                      stageout  -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
3828                   fi
3829                   cat  STAGE_OUTPUT
3830                   if [[ $(grep -c "st.msg:150"  STAGE_OUTPUT) != 0 ]]
3831                   then
3832                      file_saved=true
3833                      do_stageout=false
3834                   else
3835                      if [[ $files_for_pes = false ]]
3836                      then
3837                         printf "\n  +++ file ${frelout[$i]}  could not be saved on archive-system"
3838                      else
3839                         printf "\n  +++ directory ${frelout[$i]} could not be saved on archive-system"
3840                      fi
3841                      (( stageout_anz = stageout_anz + 1 ))
3842                      if (( stageout_anz == 10 ))
3843                      then
3844                         printf "\n  +++ stoped after 10 unsuccessful tries!"
3845                         archive_save=false
3846                         do_stageout=false
3847                      else
3848                         printf "\n  *** new try to store on archive after 15 min:"
3849                         sleep 900
3850                      fi
3851                   fi
3852                done
3853             elif [[ $archive_system = DMF ]]
3854             then
3855                if [[ $files_for_pes = false ]]
3856                then
3857                   printf "\n  +++ archiving of single files impossible on $archive_system!\n"
3858                   locat=DMF
3859                   exit
3860                else
3861                   rm -rf  $ARCHIVE/${frelout[$i]}
3862                   cp -r  ${frelout[$i]}  $ARCHIVE
3863                fi
3864                file_saved=true
3865             elif [[ $archive_system = tivoli ]]
3866             then
3867                   # ARCHIVING ONLY POSSIBLE VIA BATCH-JOB
3868                   # IN THE MEANTIME, FILE IS STORED IN THE TEMPORARY DATA DIRECTORY,
3869                   # BECAUSE MRUN'S CURRENT TEMPORARY WORKING DIRECTORY MAY ALREADY BE DELETED
3870                   # WHEN THE ARCHIVE-JOB IS EXECUTED
3871                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
3872                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
3873                if [[ $files_for_pes = false ]]
3874                then
3875                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3876                else
3877                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3878                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3879                fi
3880
3881                   # GENERATE AND SUBMIT BATCH-JOB
3882                   # FILE HAS TO BE DELETED FROM THE TEMPORARY DATA DIRECTORY
3883                   # DELETE OLD EXISTING FILES FROM THE ARCHIVE
3884                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
3885                if [[ $files_for_pes = false ]]
3886                then
3887                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
3888                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3889                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
3890                else
3891                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
3892                   echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3893                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
3894                fi
3895
3896                subjob  -v  -d  -q cdata  -X 0  -m 1000  -t 43200  -c $job_catalog  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
3897                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
3898                file_saved=true
3899
3900             elif [[ $archive_system = ut ]]
3901             then
3902                   # ARCHIVING ONLY POSSIBLE VIA BATCH-JOB
3903                   # IN THE MEANTIME, FILE IS STORED IN THE TEMPORARY DATA DIRECTORY,
3904                   # BECAUSE MRUN'S CURRENT TEMPORARY WORKING DIRECTORY MAY ALREADY BE DELETED
3905                   # WHEN THE ARCHIVE-JOB IS EXECUTED
3906                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
3907                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
3908                if [[ $files_for_pes = false ]]
3909                then
3910                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3911                else
3912                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3913                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3914                fi
3915
3916                   # GENERATE AND SUBMIT BATCH-JOB
3917                   # FILE HAS TO BE DELETED FROM THE TEMPORARY DATA DIRECTORY
3918                   # DELETE OLD EXISTING FILES FROM THE ARCHIVE
3919                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
3920                if [[ $files_for_pes = false ]]
3921                then
3922                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
3923                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3924                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
3925                else
3926                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
3927                   echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3928                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
3929                fi
3930
3931                subjob  -v  -c /pf/b/$usern/job_queue  -d  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
3932                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
3933                file_saved=true
3934
3935             else
3936                printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"  archiving impossible!"
3937                archive_save=false
3938             fi
3939
3940                # CREATE EMPTY FLAG-FILE OR -DIRECTORY
3941                # IN ORDER TO NOTE THE RESPECTIVE CYCLE NUMBER ON THE ARCHIVE SYSTEM
3942                # RESTART-JOBS ARE USING THESE EMPTY-DIRECTORIES TO GET THE CURRENT HIGHEST
3943                # CYCLE NUMBER ON THE ARCHIVE SYSTEM (IN CASE THAT INFORMATIONS ARE DIFFICULT TO
3944                # TO ACCESS FROM THE ARCHIVE-SYSTEM DIRECTLY))
3945             if [[ $file_saved = true ]]
3946             then
3947                if [[ $files_for_pes = false ]]
3948                then
3949                   cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
3950                else
3951                   mkdir -p  ${pathout[$i]}
3952                fi
3953             fi
3954
3955          fi
3956
3957             # APPEND ON THIS MACHINE
3958          if [[ "${actionout[$i]}" = "a" ]]
3959          then
3960             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
3961             then
3962                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
3963                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
3964             else
3965                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}\n"
3966                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}
3967             fi
3968          fi
3969
3970             # COPY ON THIS MACHINE
3971             # COPY HAS TO BE USED, BECAUSE MOVE DOES NOT WORK IF FILE-ORIGIN AND TARGET ARE
3972             # ON DIFFERENT FILE-SYSTEMS
3973          if [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = false ]]
3974          then
3975
3976                # COPY IN CASE OF RUNS ON SINGLE CORES
3977             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
3978             then
3979                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
3980                if [[ $link_local_output = true ]]
3981                then
3982                    printf "      using ln -f\n"
3983                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
3984                fi
3985                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
3986                if [[ ! -f "${pathout[$i]}.${extout[$i]}" ]]
3987                then
3988                    if [[ $link_local_output = true ]]
3989                    then
3990                        printf "      ln failed, using cp...\n"
3991                    fi
3992                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
3993                fi
3994             else
3995                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}\n"
3996                if [[ $link_local_output = true ]]
3997                then
3998                    printf "      using ln -f\n"
3999                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4000                fi
4001                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
4002                if [[ ! -f "${pathout[$i]}" ]]
4003                then
4004                    if [[ $link_local_output = true ]]
4005                    then
4006                        printf "      ln failed, using cp...\n"
4007                    fi
4008                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4009                fi
4010             fi
4011
4012          elif [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = true ]]
4013          then
4014
4015                # FILES FROM THE DIFFERENT CORES ARE MOVED WITH ln-COMMAND TO THE PERMANENT DIRECTORY
4016                # AS A FIRST STEP, THE PERMANENT DIRECTORY IS CREATED
4017             printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to  ${pathout[$i]}\n"
4018             if [[ $link_local_output = true ]]
4019             then
4020                 printf "      using ln -f\n"
4021                 mkdir  ${pathout[$i]}
4022                 cd ${localout[$i]}
4023                 for file in $(ls *)
4024                 do
4025                   ln -f $file  ${pathout[$i]}
4026                 done
4027                 cd $TEMPDIR
4028             fi
4029
4030                # IF "ln -f" HAS FAILED OR IF "$link_local_output = false" DO A NORMAL COPY "cp -r"
4031             if [[ ! -f "${pathout[$i]}/_0000" ]]
4032             then
4033                 if [[ $link_local_output = true ]]
4034                 then
4035                     printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
4036                 fi
4037                 cp -r  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4038             fi
4039
4040          fi
4041       fi
4042    done
4043    if (( i != 0 ))
4044    then
4045       if [[ $transfer_problems = true ]]
4046       then
4047          printf "\n$dashes\n  *** OUTPUT-files saved"
4048          printf "\n  +++ WARNING: some data transfers failed! \n"
4049       else
4050          printf "\n$dashes\n  *** all OUTPUT-files saved \n"
4051       fi
4052    fi
4053
4054
4055       # IF REQUIRED, START A RESTART-JOB
4056       # FILE CONTINUE_RUN MUST HAVE BEEN CREATED BY THE EXECUTABLE (PALM)
4057    if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4058    then
4059
4060       if [[ $archive_save = true ]]
4061       then
4062
4063             # ADD RESTART-OPTIONS TO THE MRUN-CALL (IF THEY ARE NOT USED ALREADY):
4064             # -C TELLS MRUN THAT IT IS A RESTART-RUN
4065             # -v SILENT MODE WITHOUT INTERACTIVE QUERIES
4066             # -n BATCH-MODE (IMPORTANT ONLY IN CASE OF BATCH JOBS ON THE LOCAL MACHINE)
4067          [[ $(echo $mc | grep -c "\-C") = 0 ]]  &&  mc="$mc -C"
4068          [[ $(echo $mc | grep -c "\-v") = 0 ]]  &&  mc="$mc -v"
4069          [[ $(echo $mc | grep -c "\-b") = 0 ]]  &&  mc="$mc -b"
4070          if [[ $(echo $mc | grep -c "#") != 0 ]]
4071          then
4072             mc=`echo $mc | sed 's/#/f/g'`
4073          fi
4074
4075
4076             # START THE RESTART-JOB
4077          printf "\n\n  *** initiating restart-run on \"$return_address\" using command:\n"
4078          echo "      $mc"
4079          printf "\n$dashes\n"
4080          if [[ $localhost != $fromhost ]]
4081          then
4082
4083             if [[ $localhost = lcbullhh  ||  $localhost = lccrayb  ||  $localhost = lccrayh  ||  $localhost = nech  ||  $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku  ||  $localhost = ibms  ||  $localhost = lcflow  ||  $localhost = lckyu*  ||  $localhost = lcxe6 ]]
4084             then
4085                echo "*** ssh will be used to initiate restart-runs!"
4086                echo "    return_address=\"$return_address\" "
4087                echo "    return_username=\"$return_username\" "
4088                if [[ $(echo $return_address | grep -c "130.75.105") = 1 ]]
4089                then
4090                   if [[ $localhost = ibmh ]]
4091                   then
4092                      ssh $SSH_PORTOPT $usern@136.172.40.15 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4093                   elif [[ $localhost = lcbullhh ]]
4094                   then
4095                      ssh $SSH_PORTOPT $usern@mlogin101 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4096                   elif [[ $localhost = lccrayb ]]
4097                   then
4098                      ssh $usern@blogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH; export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4099                   elif [[ $localhost = lccrayh ]]
4100                   then
4101                      ssh $usern@hlogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH; export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4102                   elif [[ $localhost = lcxe6 ]]
4103                   then
4104                      ssh $usern@hexagon "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH; export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4105                   else
4106                      ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username ". \\\$HOME/.profile; module load intel-compiler hdf5 netcdf; PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4107                   fi
4108                else
4109                   if [[ $localhost = ibmkisti ]]
4110                   then
4111                      ssh $SSH_PORTOPT $usern@gaiad "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4112                   elif [[ $localhost = lcflow ]]
4113                   then
4114                      /usr/bin/ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4115                   elif [[ $localhost = lcocean ]]
4116                   then
4117                      /usr/bin/ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4118                   elif [[ $localhost = lccrayb ]]
4119                   then
4120                      ssh $usern@blogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4121                   elif [[ $localhost = lccrayh ]]
4122                   then
4123                      ssh $usern@hlogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4124                   else
4125                      ssh $SSH_PORTOPT $return_address -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4126                   fi
4127                fi
4128             else
4129                printf "\n  +++ no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
4130                locat=restart; exit
4131             fi
4132
4133                # WAIT TO ALLOW THE RESTART-JOB TO BE QUEUED, BEFORE THE CURRENT JOB IS FINISHED
4134             if [[ $queue = special1q ]]
4135             then
4136                sleep 120
4137             else
4138                sleep 30
4139             fi
4140
4141          else
4142
4143                # JOBS RUNNING (AND STARTED) ON THE LOCAL MACHINE CAN DIRECTLY CALL MRUN (WITHOUT
4144                # USING SSH)
4145             cd $LOCAL_PWD
4146             if [[ $localhost = lckyuh ]]
4147             then
4148                printf "\n  +++ WARNING: no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
4149                printf "\n               please restart job manually using command:\n"
4150                printf "\n               \"$mc\" "
4151             else
4152                eval  $mc                # THE ' MUST BE EVALUATED
4153             fi
4154             cd -  > /dev/null
4155          fi
4156          if [[ $localhost = lckyuh ]]
4157          then
4158             printf "\n$dashes\n  *** restart-run to be initiated manually\n"
4159          else
4160             printf "\n$dashes\n  *** restart-run initiated \n"
4161          fi
4162
4163
4164             # DELETE INPUT-(RESTART)FILES, WHICH HAVE BEEN FETCHED FROM THE TEMPORARY DATA
4165             # DIRECTORY, BACAUSE THEY ARE NOT REQUIRED BY THE RESTART-JOB.
4166             # THIS IS DONE IN ORDER TO AVOID EXCEEDING DISC QUOTAS OR DISC SPACE (RESTART-FILES
4167             # MAY BE VERY HUGE)
4168          (( i = 0 ))
4169          while (( i < iin ))
4170          do
4171             (( i = i + 1 ))
4172             if [[ "${got_tmp[$i]}" = true   &&  $keep_data_from_previous_run = false ]]
4173             then
4174                rm -r  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
4175             fi
4176          done
4177
4178       else
4179
4180          printf "\n  +++ no restart-run possible, since errors occured"
4181          printf "\n      during the archive process"
4182       fi
4183
4184    fi
4185
4186
4187   
4188       # SEND EMAIL NOTIFICATION ABOUT THE FINISHED RUN
4189    if [[ "$email_notification" != "none" ]]
4190    then
4191
4192       if [[ $localhost != $fromhost ]]
4193       then
4194          if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4195          then
4196             echo "PALM restart run necessary"        >   email_text
4197             echo "description header of actual run:" >>  email_text
4198             cat  CONTINUE_RUN                        >>  email_text
4199             echo "mrun-command to restart:"          >>  email_text
4200             echo "$mc"                               >>  email_text
4201          else
4202             echo "PALM run with base filename \"$fname\" on host \"$localhost\" finished"  >  email_text
4203          fi
4204          mail  $email_notification  <  email_text
4205          printf "\n  *** email notification sent to \"$email_notification\" "
4206       fi
4207    fi
4208
4209
4210
4211       # ALL ACTIONS FINISHED, TEMPORARY WORKING-DIRECTORY CAN BE DELETED
4212    cd  $HOME
4213    [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
4214
4215 else
4216
4217       # PREPARING ACTIONS,
4218       # IF A BATCH-JOB IS TO BE GENERATED AND STARTED ON A REMOTE-MACHINE GERECHNET
4219
4220       # BUILD THE MRUN-COMMAND TO BE CALLED IN THE BATCH-JOB ON THE REMOTE-MACHINE
4221    mrun_com="$mrun_script_name -a $afname -c $config_file -d $fname -h $host -H $fromhost -m $memory -t $cpumax -q $queue -R $return_address -U $return_username -u $remote_username"
4222    [[ "$cpp_opts" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -D \"$cpp_opts\""
4223    [[ "$global_revision" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -G \"$global_revision\""
4224    [[ $group_number != none ]]   &&  mrun_com=${mrun_com}" -g $group_number"
4225    [[ $do_compile = true ]]      &&  mrun_com=${mrun_com}" -s \"$source_list\""
4226    [[ "$input_list" != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -i \"$input_list\""
4227    [[ $ignore_archive_error = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -I"
4228    [[ $keep_data_from_previous_run = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -k"
4229    [[ "$additional_conditions" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -K \"$additional_conditions\""
4230    [[ "$output_list" != "" ]]    &&  mrun_com=${mrun_com}" -o \"$output_list\""
4231    [[ "$read_from_config" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -S"
4232    [[ $do_trace = true ]]        &&  mrun_com=${mrun_com}" -x"
4233    [[ "$numprocs" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -X $numprocs"
4234    if [[ $use_openmp = true ]]
4235    then
4236       mrun_com=${mrun_com}" -O $threads_per_task"
4237    fi
4238    [[ "$tasks_per_node" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -T $tasks_per_node"
4239    [[ $store_on_archive_system = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -A"
4240    [[ $package_list != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -p \"$package_list\""
4241    [[ $return_password != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -P $return_password"
4242    [[ $delete_temporary_catalog = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -B"
4243    [[ $node_usage != default  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla"  &&  $node_usage != novice ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -n $node_usage"
4244    [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -y"
4245    [[ $run_coupled_model = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Y \"$coupled_dist\""
4246    [[ "$check_namelist_files" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -z"
4247    [[ "$combine_plot_fields" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Z"
4248    [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -w $max_par_io_str"
4249    if [[ $do_remote = true ]]
4250    then
4251       printf "\n>>>> MRUN-command on execution host:\n>>>> $mrun_com \n"
4252    fi
4253
4254
4255       # CREATE EXECUTABLE FOR BATCH JOB
4256    if [[ $create_executable_for_batch = true  &&  $restart_run != true ]]
4257    then
4258
4259       printf "\n  *** creating the executable for batch job\n"
4260
4261          # METHOD ONLY WORKS FOR BATCH JOBS ON LOCAL HOSTS
4262       if [[ $host != $localhost ]]
4263       then
4264          printf "\n  +++ creation of executables is only allowed for batch jobs on local hosts."
4265          printf "\n      Please set create_executable_for_batch = false in the config-file.\n"
4266          locat=create_executable; exit
4267       fi
4268
4269       mkdir  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
4270       cd  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
4271
4272       cp  $make_depository  .
4273       tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
4274       cp  ../*  .   >  /dev/null  2>&1
4275
4276       make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
4277
4278       if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
4279       then
4280          printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
4281          locat=compile
4282          exit
4283       fi
4284
4285       mv  a.out  ..
4286       cd -  >  /dev/null  2>&1
4287       rm -rf  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
4288
4289       printf "  *** executable created in \"$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}\"\n "
4290
4291    fi
4292
4293
4294       # BUILD THE JOB-SCRIPTS ON FILE jobfile
4295    jobfile=jobfile.$RANDOM
4296
4297
4298       # CREATE TEMPORARY DIRECTORY AND SWITCH TO IT
4299    echo  "mkdir  $TEMPDIR"      >>  $jobfile
4300    echo  "cd  $TEMPDIR"         >>  $jobfile
4301
4302
4303       # ACTIVATE ERROR-TRACEBACK
4304    if [[ $do_trace = true ]]
4305    then
4306       echo  "set -x"                                    >>  $jobfile
4307    else
4308       echo  "set +vx"                                   >>  $jobfile
4309    fi
4310
4311
4312       # INITIALIZE THE ENVIRONMENT AND LOAD MODULES
4313    if [[ "$init_cmds" != "" ]]
4314    then
4315       echo  "$init_cmds"        >>  $jobfile
4316    fi
4317    if [[ "$module_calls" != "" ]]
4318    then
4319       echo  "$module_calls"     >>  $jobfile
4320    fi
4321
4322
4323       # PROVIDE SOURCE-CODE FILES, MRUN-SCRIPT AND CONFIGURATION-FILE FOR THE JOB
4324       # then-CLAUSE: FILES ARE COLLECTED IN THE SOURCES_FOR_RUN_... DIRECTORY ON THE LOCAL HOST,
4325       #              WHICH IS THEN FETCHED FROM THE BATCH-JOB BY USING cp/scp
4326       #              THE SOURCE-CODE FILES ALREADY EXIST IN THIS DIRECTORY
4327       # else-CLAUSE: FILE-CONTENTS ARE PUT INTO THE JOB-FILE AS HERE-DOCUMENTS
4328       #              THIS MAY CREATE A QUITE LARGE JOB-FILE, WHICH CAN CAUSE PROBLEMS WITH SOME
4329       #              QUEUEING-SYSTEMS
4330    if [[ $host = ibmkisti  ||  $host = lcbullhh  ||  $host = lccrayb  ||  $host = lccrayf  ||  $host = lccrayh  ||  $host = lcocean ]]
4331    then
4332
4333          # COPY CONFIGURATION-FILE AND MRUN-SCRIPT INTO THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY
4334       if [[ $restart_run != true ]]
4335       then
4336          cp  $config_file  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4337          cp  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4338       fi
4339
4340          # COPY THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY FROM THE LOCAL HOST TO THE JOB VIA scp
4341          # (then-CLAUSE: JOBS ON THE LOCAL HOST CAN JUST USE cp)
4342       echo  "set -x"  >>  $jobfile
4343       if [[ $host = $localhost ]]
4344       then
4345             # DUE TO UNKNOWN REASONS, COPY WITH cp COMMAND CREATES CORRUPT
4346             # FILES ON CRAY XC30 SYSTEMS (CSC HELSINKI), rsync IS USED INSTEAD
4347          if [[ $(echo $host | cut -c1-6) = lccray ]]
4348          then
4349             echo  "rsync -av -t  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname  ."  >>  $jobfile
4350          else
4351             echo  "cp -r  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname  ."  >>  $jobfile
4352          fi
4353
4354       else
4355          if [[ $host = ibmkisti ]]
4356          then
4357                # ON KISTI'S IBM FIREWALL IS ONLY OPENED ON INTERACTIVE NODE
4358             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
4359             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@gaiad \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
4360         elif [[ $host = lcbullhh ]]
4361          then
4362             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
4363             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@mlogin101 \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
4364
4365          elif [[ $host = lccrayb ]]
4366          then
4367             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
4368             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@blogin1 \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
4369          elif [[ $host = lccrayh ]]
4370          then
4371             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
4372             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@hlogin1 \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
4373
4374          else
4375             echo  "scp $PORTOPT -r $return_username@$return_address:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname ."  >>  $jobfile
4376          fi
4377       fi
4378       echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                      >>  $jobfile
4379
4380          # MOVE MRUN-SCRIPT AND CONFIGURATION-FILE FROM THE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY TO THE
4381          # WORKING DIRECTORY OF THE JOB
4382       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$config_file  . "       >>  $jobfile
4383       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$mrun_script_name  . "  >>  $jobfile
4384       echo  "chmod u+rwx  $mrun_script_name"                    >>  $jobfile
4385       echo  "execute_mrun=true"                                 >>  $jobfile
4386       echo  " "                                                 >>  $jobfile
4387
4388    else
4389
4390          # PROVIDE SOURCE-CODE FILES AND MAKEFILE AS HERE DOCUMENT
4391       if [[ $do_compile = true ]]
4392       then
4393
4394          source_catalog=SOURCES_FOR_RUN_$fname
4395
4396              # CREATE SOURCES_FOR_RUN... DIRECTORY TO STORE THE SOURCE CODE FILES AND THE MAKEFILE
4397          echo  "mkdir  SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4398          echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                 >>  $jobfile
4399          echo  "cd     SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4400
4401          for  filename  in  $source_list
4402          do
4403                # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
4404             echo  "cat > $filename << \"%END%\""              >>  $jobfile
4405             cat   $source_catalog/$filename                   >>  $jobfile
4406             echo  " "                                         >>  $jobfile
4407             echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4408             echo  " "                                         >>  $jobfile
4409          done
4410
4411             # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
4412          echo  "cat > Makefile << \"%END%\""               >>  $jobfile
4413          cat   $source_catalog/Makefile                    >>  $jobfile
4414          echo  " "                                         >>  $jobfile
4415          echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4416          echo  " "                                         >>  $jobfile
4417
4418          echo  "cd -  > /dev/null"                         >>  $jobfile
4419
4420       fi
4421
4422
4423          # PROVIDE THE CONFIGURATION-FILE AS HERE-DOCUMENT
4424          # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
4425          # LINES WITH #$ IN THE CONFIGURATION-FILE, COMING FROM THE SVN KEYWORD SUBSTITUTION,
4426          # ARE REMOVED FROM THE FILE IN ORDER TO AVOID PROBLEMS WITH THE SGE BATCH SYSTEM
4427       echo  "cat > $config_file << \"%END%\""      >>  $jobfile
4428       if [[ $host = lckyuh ]]
4429       then
4430             # NO CROSS-COMPILER ON COMPUTE NODE
4431          sed  's/frtpx/frt/g'  $config_file        >>  $jobfile
4432       else
4433          sed 's/#$.*//g'   $config_file            >>  $jobfile
4434       fi
4435       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
4436       echo  " "                                    >>  $jobfile
4437
4438
4439          # PROVIDE THE MRUN-SCRIPTS AS HERE-DOCUMENT
4440          # BACKSLASH IS USED FOR MASKING
4441       echo  "cat > $mrun_script_name <<\"%END%\""  >>  $jobfile
4442       if [[ $host = lckyuh ]]
4443       then
4444          sed 's/\/bin\/ksh/\/bin\/bash/g' ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  >>  $jobfile
4445       else
4446          cat  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name        >>  $jobfile
4447       fi
4448       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
4449       echo  "chmod u+x $mrun_script_name"          >>  $jobfile
4450       echo  "execute_mrun=true"                    >>  $jobfile
4451       echo  " "                                    >>  $jobfile
4452
4453    fi
4454
4455
4456       # GET REQUIRED INPUT-FILES BY SCP OR BY SENDING THEM WITH THE JOB AS HERE-DOCUMENT
4457       # PUT THESE FILES INTO THE USER'S RESPECTIVE PERMANENT DIRECTORIES ON THE REMOTE-HOST
4458       # IF THE DIRECTORIES DO NOT EXIST, TRY TO CREATE THEM
4459    if [[ $do_remote = true ]]
4460    then
4461       (( i = 0 ))
4462       while (( i < iin ))
4463       do
4464          (( i = i + 1 ))
4465          echo  "[[ ! -d ${pathin[$i]} ]]  &&  mkdir -p  ${pathin[$i]}"  >>  $jobfile
4466          if [[ "${transin[$i]}" = job ]]
4467          then
4468             echo  "cat > ${remotepathin[$i]} <<\"%END%\""    >>  $jobfile
4469             eval cat   ${pathin[$i]}/${frelin[$i]}           >>  $jobfile
4470             echo  " "                                        >>  $jobfile
4471             echo  "%END%"                                    >>  $jobfile
4472          else
4473             echo  "batch_scp $PORTOPT -b -o -g -s -u $return_username $return_address ${remotepathin[$i]} \"${pathin[$i]}\" ${frelin[$i]}" >>  $jobfile
4474          fi
4475
4476             # CHECK, IF FILE COULD BE CREATED
4477          echo  "if [[ \$? = 1 ]]"                    >>  $jobfile
4478          echo  "then"                                >>  $jobfile
4479          echo  "   echo \" \" "                      >>  $jobfile
4480          echo  "   echo \"+++ file ${remotepathin[$i]} could not be created\" "   >>  $jobfile
4481          echo  "   echo \"    please check, if directory exists on $host!\" "  >>  $jobfile
4482          echo  "   echo \"+++ MRUN will not be continued\" "  >>  $jobfile
4483          echo  "   execute_mrun=false"               >>  $jobfile
4484          echo  "fi"                                  >>  $jobfile
4485       done
4486    fi
4487
4488       # PROVIDE NAME OF THE CURRENT WORKING-DIRECTORY ON THE LOCAL MACHINE (FROM WHERE THE JOB IS
4489       # STARTED) BY SETTING AN ENVIRONMENT-VARIABLE. THIS INFORMATION IS USED IN THE JOB BY MRUN
4490       # IN CASE THAT RESTART-RUNS HAVE TO BE GENERATED
4491    echo  "LOCAL_PWD=$working_directory"                >>  $jobfile
4492    echo  "export LOCAL_PWD"                            >>  $jobfile
4493
4494       # PROVIDE THE PATH OF THE LOCAL MRUN-SCRIPT FOR THE SAME REASON
4495    echo  "LOCAL_MRUN_PATH=$PALM_BIN"                   >>  $jobfile
4496    echo  "export LOCAL_MRUN_PATH"                      >>  $jobfile
4497
4498       # lcflow ALSO REQUIRES TO PROVIDE PATH FOR THE PALM-SCRIPTS
4499#    if [[ $host = lcflow  ||  $localhost = lcflow ]]
4500#    then
4501       echo  "export PALM_BIN=$PALM_BIN" | sed -e 's:'$HOME':$HOME:'   >>  $jobfile
4502       echo  "export PATH=\$PATH:\$PALM_BIN"              >>  $jobfile
4503#    fi
4504
4505       # CALL MRUN WITHIN THE JOB (SETTING QUEUE IS A WORKAROUND FOR ibmkisti)
4506       # AS FINAL ACTION, REMOVE THE TEMPORARY DIRECTORY CREATED AT THE BEGINNING OF THE JOB
4507    echo  "set -x"                                        >>  $jobfile
4508    echo  "queue=$queue"                                  >>  $jobfile
4509    echo  "[[ \$execute_mrun = true ]]  &&  ./$mrun_com"  >>  $jobfile
4510    echo  'ls -al; echo `pwd`'                            >>  $jobfile
4511    echo  "cd \$HOME"                                     >>  $jobfile
4512    echo  "rm -rf  $TEMPDIR"                              >>  $jobfile
4513
4514
4515
4516
4517       # START THE JOB USING SUBJOB-COMMAND
4518    if [[ $silent = false ]]
4519    then
4520       printf "\n     "
4521    else
4522       printf "\n\n"
4523    fi
4524
4525    subjob  $job_on_file  -h $host  -u $remote_username -g $group_number -q $queue  -m $memory  -N $node_usage -t $cpumax  $XOPT  $TOPT  $OOPT  -n $fname  -v  -c $job_catalog  -e $email_notification  $PORTOPT  $jobfile
4526    rm -rf  $jobfile
4527
4528
4529 fi  # END OF REMOTE-PART
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.