source: palm/trunk/SCRIPTS/mrun @ 1280

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last commit documented

  • Property svn:keywords set to Id Rev
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Line 
1#!/bin/ksh
2
3# mrun - script for running PALM jobs
4
5#--------------------------------------------------------------------------------#
6# This file is part of PALM.
7#
8# PALM is free software: you can redistribute it and/or modify it under the terms
9# of the GNU General Public License as published by the Free Software Foundation,
10# either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
11#
12# PALM is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
13# WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR
14# A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
15#
16# You should have received a copy of the GNU General Public License along with
17# PALM. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
18#
19# Copyright 1997-2012  Leibniz University Hannover
20#--------------------------------------------------------------------------------#
21#
22# Current revisions:
23# ------------------
24#
25#
26# Former revisions:
27# -----------------
28# $Id: mrun 1280 2014-01-28 12:19:31Z raasch $
29#
30# 1279 2014-01-28 12:10:14Z raasch
31# tasks_per_node must not be an integral divisor of numprocs any more. This was done
32# in order to remove annoying restrictions concerning the number of processors which
33# appear on machines with larger nodes (e.g. containing 24 cores). Now without this
34# restriction, one of the nodes will be filled with less than the given number of
35# tasks per node. A respective warning is given.
36#
37# 1274 2014-01-09 13:14:54Z heinze
38# adjustments for lccrayh
39#
40# 1272 2014-01-08 10:19:32Z witha
41# small adjustment for lcflow
42#
43# 1270 2013-12-16 11:05:01Z fricke
44# call of combine_plot_fields adjusted for lccrayb/lccrayh
45#
46# 1255 2013-11-07 14:43:35Z raasch
47# further adjustments for lccrayb remote access
48#
49# 1241 2013-10-30 11:36:58Z heinze
50# Enable use of nudging input and input of large scale forcing from
51# external files
52#
53# 1229 2013-09-20 06:55:19Z raasch
54# further adjustments for lccrayb
55#
56# 1224 2013-09-16 07:27:23Z raasch
57# first adjustments for lccrayb
58#
59# 1210 2013-08-14 10:58:20Z raasch
60# fftw support added
61#
62# 1201 2013-07-10 16:17:59Z witha
63# adjustments for Forwind cluster (lcflow)
64#
65# 1199 2013-07-05 14:52:22Z raasch
66# adjustments for CSC Helsinki (lccrayf),
67# executables for batch jobs can be created in advance, in order to avoid calling
68# the compiler within the batch job (only works if batch jobs are submitted on
69# local host)
70#
71# 1190 2013-06-25 09:39:21Z heinze
72# enable use of automatic restarts for ibmh
73# use of cluster/express queue enabled (ibmh)
74#
75# 1124 2013-04-09 15:46:52Z raasch
76# variable "memory" is exported via typeset option -x, because otherwise an unknown
77# side effect may lead to data loss while getopts is reading the script-option arguments
78#
79# 1122 2013-04-09 08:37:16Z heinze
80# Bugfix: change type of variable last_char
81#
82# 1119 2013-04-05 15:11:19Z raasch
83# Bugfix for setting -T option for subjob
84#
85# 1108 2013-03-05 07:03:32Z raasch
86# bugfix for coupled runs on lckyut/lckyuh
87#
88# 1106 2013-03-04 05:31:38Z raasch
89# --stdin argument for mpiexec on lckyuh
90# -y and -Y settings output to header
91#
92# 1103 2013-02-20 02:15:53Z raasch
93# default script runs again under ksh, because of unsolved problems with read
94# from stdin: when bash script is called from a ksh, message "read error: 0:
95# Resource temporarily unavailable" appears and script does not stop,
96# further bash compatibility adjustments,
97# shebang line replaced by /bin/bash when running jobs on lckyuh; no restarts
98# on lckyuh, but mrun does not terminate and issues a warning instead
99#
100# 1101 2013-02-17 10:20:21Z raasch
101# script now running under bash instead of ksh, which required small adjustments
102# (output formatting with printf instead "typeset -L/-R", print replaced by echo,
103# read from stdin),
104# cross compilername on lckyuh compute nodes replaced by real compiler name
105#
106# 1099 2013-02-10 01:47:43Z raasch
107# adjustments for Kyushu-University computing center (lckyuh - hayaka)
108# and for Forwind cluster (lcflow)
109# small further adjustments for lckyut
110#
111# 1094 2013-02-03 01:52:12Z raasch
112# explicit ssh/scp port can be set in config file with environment variable
113# scp_port.  This port is handled to all ssh/scp/batch_scp calls.
114# decalpha parts (yonsei) removed
115#
116# 2013-02-02 07:06:13Z raasch
117# adjustments for Kyushu-University computing center (lckyut - tatara)
118#
119# 1083 2013-01-04 10:22:09Z maronga
120# bugfix in parameter file check (read %cpp_options was missing)
121#
122# 1069 2012-11-28 16:18:43Z maronga
123# bugfix: coupling mode was always set to mpi2, typos removed
124#
125# 1058 2012-11-21 07:00:35Z raasch
126# Intel inspector (inspxe) is given the number of PEs instead of the number of
127# nodes
128#
129# 1046 2012-11-09 14:38:45Z maronga
130# code put under GPL (PALM 3.9)
131#
132# 21/03/94 - Siggi - first version finished
133# 03/03/94 - Siggi - script development started
134#
135#--------------------------------------------------------------------------------#
136# mrun - script for running PALM jobs
137#--------------------------------------------------------------------------------#
138
139
140 
141    # VARIABLENVEREINBARUNGEN + DEFAULTWERTE
142
143 set +o allexport    # SICHERHEITSHALBER UNTERBINDEN, DA SONST EVTL. STAGEOUT
144                     # NICHT LAUEFT (TOO MANY ARGUMENTS - PROBLEM)
145 set +o noclobber    # EXISTIERENDE DATEIEN DUERFEN UEBERSCHRIEBEN WERDEN
146
147 AddFilenames=""
148 additional_conditions=""
149 add_source_path=""
150 afname=""
151 archive_save=true
152 archive_system=none
153 check_namelist_files=true
154 combine_plot_fields=true
155 compiler_name=""
156 cond1=""
157 cond2="" 
158 config_file=.mrun.config
159 coupled_dist=""
160 coupled_mode="mpi1"
161 cpp_opts=""
162 cpp_options=""
163 cpumax=0
164 cpurest=0
165 create_executable_for_batch=false
166 delete_temporary_catalog=true
167 do_batch=false
168 do_compile=true
169 do_remote=false
170 do_stagein=true
171 do_stageout=true
172 do_trace=false
173 email_notification="none"
174 exclude=""
175 executable=""
176 execution_error=false
177 fftw_inc=""
178 fftw_lib=""
179 fftw_support=false
180 fimm=false
181 fname=test
182 fromhost=""
183 global_revision=""
184 group_number=none
185 host=""
186 host_file=""
187 hp=""
188 ignore_archive_error=false
189 input_list=""
190 interpreted_config_file=""
191 job_catalog="~/job_queue"
192 job_on_file=""
193 keep_data_from_previous_run=false
194 link_local_input=false
195 link_local_output=false
196 localhost_realname=$(hostname)
197 local_compile=false
198 local_dvrserver_running=.FALSE.
199 locat=normal
200 mainprog=""
201 makefile=""
202 max_par_io_str=""
203 mc=$0
204 while [[ $(echo $mc | grep -c "/") != 0 ]]
205 do
206    mc=`echo $mc | cut -f2- -d"/"`
207 done
208 module_calls=""
209 mrun_script_name=$mc
210 netcdf_inc=""
211 netcdf_lib=""
212 netcdf_support=false
213 node_usage=default
214 numprocs=""
215 numprocs_atmos=0
216 numprocs_ocean=0
217 OOPT=""
218 openmp=false
219 output_list=""
220 package_list=""
221 punkte="..........................................................."
222 queue=none
223 read_from_config=""
224 restart_run=false
225 if [[ `hostname` = rte10 ]]
226 then
227    return_addres=133.5.185.60
228    echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
229 elif [[ `hostname` = climate0 ]]
230 then
231    return_addres=165.132.26.68
232    echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
233 elif [[ `hostname` = urban00 ]]
234 then
235    return_addres=147.46.30.151
236    echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
237 else
238    return_addres=$(nslookup `hostname` 2>&1 | grep "Address:" | tail -1 | awk '{print $2}')
239 fi
240 return_password=""
241 return_username=$LOGNAME
242 remotecall=false
243 remote_username=""
244 run_coupled_model=false
245 run_mode=""
246 scirocco=false
247 store_on_archive_system=false
248 striche="  ----------------------------------------------------------------------------"
249 silent=false
250 source_list=""
251 source_path=SOURCE
252 tasks_per_node=""
253 threads_per_task=1
254 tmpcreate=false
255 tmp_data_catalog=""
256 transfer_problems=false
257 usern=$LOGNAME
258 use_openmp=false
259 version="MRUN  2.0 Rev$Rev: 1280 $"
260 working_directory=`pwd`
261 TOPT=""
262 XOPT=""
263 zeit=$( date | cut -c 12-19 )
264
265 typeset -i  iec=0 iic=0 iin=0 ioc=0 iout=0 stagein_anz=0 stageout_anz=0
266 typeset -x -i  memory=0   # has to be exported here, otherwise an unknown side
267                           # effect may cause data loss when getopts is reading the
268                           # script-option arguments
269 typeset -i  cputime i ii iia iii iio icycle inode ival jobges jobsek last_char_int maxcycle minuten nodes pes remaining_pes sekunden tp1
270
271
272
273
274    # EINZELNE VARIABLE FUER HAUPTPROGRAMM EXPORTIEREN
275 export  cpurest fname host localhost return_addres return_username remotecall tasks_per_node
276
277    # FOLGENDE VARIABLEN MUESSEN FUER DIE INTERPRETATION DER KONFIGURATIONSDATEI
278    # EXPORTIERT WERDEN
279 export  afname config_file cpp_opts cpumax do_batch do_trace fname fromhost
280 export  group_number input_list numprocs output_list queue run_mode
281
282
283 
284    # FEHLERBEHANDLUNG
285    # BEI EXIT:
286 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
287       if [[ $locat != localhost ]]
288       then
289#          if [[ ! -f ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik ]]
290#          then
291#             cat  >  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik  <<  %STATEND%
292#MRUN-calls on $localhost
293#
294#date and time                      user        localhost   remotehost  termination mrun-command
295#--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
296#%STATEND%
297#             chmod  666  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
298#          fi
299#
300#             # EINTRAG IN DIE STATISTIK-DATEI
301#          string1=`date`                  #-L35
302#          string2=$usern                  #-L12
303#          string3=$localhost_realname     #-L12
304#          string4=$host                   #-L12
305#          string5=$locat                  #-L12
306#          if [[ "$job_on_file" = ""  &&  $locat != control_c  &&  $locat != user_abort ]]
307#          then
308#             if [[ $do_batch = true ]]
309#             then
310#                printf "$string1$string2$string3$string4$string5$mrun_com \n"  >>  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
311#             else
312#                printf "$string1$string2$string3$string4$string5$mc \n"  >>  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
313#             fi
314#          fi
315          echo " " > /dev/null
316       fi
317
318       if [[ $locat != normal  &&  $locat != control_c  &&  $locat != local_compile ]]
319       then
320
321              # EVENTUELLE ERROR-KOMMANDOS ABARBEITEN
322          (( i = 0 ))
323          while (( i < iec ))
324          do
325             (( i = i + 1 ))
326             printf "\n  *** Execution of ERROR-command:\n"
327             printf "  >>> ${err_command[$i]}\n"
328             eval  ${err_command[$i]}
329          done
330          if [[ -n $interpreted_config_file ]]
331          then
332             rm -rf  $interpreted_config_file
333          fi
334          if [[ -n .mrun_environment ]]
335          then
336             rm -rf  .mrun_environment
337          fi
338          if [[ $tmpcreate = true ]]
339          then
340             printf "\n  *** Contents of \"$TEMPDIR\":\n"
341             ls -al; cd
342             [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
343          fi
344          if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
345          then
346             echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
347             kill $dvrserver_id
348          fi
349          if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
350          then
351             rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
352          fi
353          printf "\n\n+++ MRUN killed \n\n"
354       elif [[ $locat != control_c ]]
355       then
356          printf "\n\n --> all actions finished\n\n"
357          printf "     Bye, bye $usern !!\n\n"
358       fi' exit
359
360
361    # BEI TERMINAL-BREAK:
362 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
363       rm -rf  $working_directory/tmp_check_namelist_files
364       [[ $tmpcreate = true ]]  &&  (cd; rm -rf $TEMPDIR)
365       if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
366       then
367          rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
368       fi
369       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
370       then
371          echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
372          kill $dvrserver_id
373       fi
374       printf "\n+++ MRUN killed by \"^C\" \n\n"
375       locat=control_c
376       exit
377      ' 2
378
379
380    # CHECK IF THE PATH FOR THE PALM BINARIES (SCRIPTS+UTILITY-PROGRAMS) HAS
381    # BEEN SET
382 if [[ "$PALM_BIN" = "" ]]
383 then
384    printf "\n  +++ environment variable PALM_BIN has not been set"
385    printf "\n      please set it to the directory where the PALM scripts are located"
386    locat=palm_bin; exit
387 fi
388 export PATH=$PALM_BIN:$PATH
389
390
391
392    # SHELLSCRIPT-OPTIONEN EINLESEN UND KOMMANDO NEU ZUSAMMENSETZEN, FALLS ES
393    # FUER FOLGEJOBS BENOETIGT WIRD
394 while  getopts  :a:AbBc:Cd:D:Fg:G:h:H:i:IkK:m:M:n:o:O:p:P:q:r:R:s:St:T:u:U:vw:xX:yY:zZ option
395 do
396   case  $option  in
397       (a)   afname=$OPTARG;;
398       (A)   store_on_archive_system=true; mc="$mc -A";;
399       (b)   do_batch=true; mc="$mc -b";;
400       (B)   delete_temporary_catalog=false; mc="$mc -B";;
401       (c)   config_file=$OPTARG; mc="$mc -c$OPTARG";;
402       (C)   restart_run=true; mc="$mc -C";;
403       (d)   fname=$OPTARG; mc="$mc -d$OPTARG";;
404       (D)   cpp_opts="$cpp_opts $OPTARG"; mc="$mc -D'$OPTARG'";;
405       (F)   job_on_file="-D"; mc="$mc -F";;
406       (g)   group_number=$OPTARG; mc="$mc -g$OPTARG";;
407       (G)   global_revision=$OPTARG; mc="$mc -G'$OPTARG'";;
408       (h)   host=$OPTARG; mc="$mc -h$OPTARG";;
409       (H)   fromhost=$OPTARG; mc="$mc -H$OPTARG";;
410       (i)   input_list=$OPTARG; mc="$mc -i'$OPTARG'";;
411       (I)   ignore_archive_error=true; mc="$mc -I";;
412       (k)   keep_data_from_previous_run=true; mc="$mc -k";;
413       (K)   additional_conditions="$OPTARG"; mc="$mc -K'$OPTARG'";;
414       (m)   memory=$OPTARG; mc="$mc -m$OPTARG";;
415       (M)   makefile=$OPTARG; mc="$mc -M$OPTARG";;
416       (n)   node_usage=$OPTARG; mc="$mc -n$OPTARG";;
417       (o)   output_list=$OPTARG; mc="$mc -o'$OPTARG'";;
418       (O)   use_openmp=true; threads_per_task=$OPTARG; mc="$mc -O$OPTARG";;
419       (p)   package_list=$OPTARG; mc="$mc -p'$OPTARG'";;
420       (P)   return_password=$OPTARG; mc="$mc -P$OPTARG";;
421       (q)   queue=$OPTARG; mc="$mc -q$OPTARG";;
422       (r)   run_mode=$OPTARG; mc="$mc -r'$OPTARG'";;
423       (R)   remotecall=true;return_addres=$OPTARG; mc="$mc -R$OPTARG";;
424       (s)   source_list=$OPTARG; mc="$mc -s'$OPTARG'";;
425       (S)   read_from_config=false; mc="$mc -S";;
426       (t)   cpumax=$OPTARG; mc="$mc -t$OPTARG";;
427       (T)   mrun_tasks_per_node=$OPTARG; mc="$mc -T$OPTARG";;
428       (u)   remote_username=$OPTARG; mc="$mc -u$OPTARG";;
429       (U)   return_username=$OPTARG; mc="$mc -U$OPTARG";;
430       (v)   silent=true; mc="$mc -v";;
431       (w)   max_par_io_str=$OPTARG; mc="$mc -w$OPTARG";;
432       (x)   do_trace=true;set -x; mc="$mc -x";;
433       (X)   numprocs=$OPTARG; mc="$mc -X$OPTARG";;
434       (y)   ocean_file_appendix=true; mc="$mc -y";;
435       (Y)   run_coupled_model=true; coupled_dist=$OPTARG; mc="$mc -Y'$OPTARG'";;
436       (z)   check_namelist_files=false; mc="$mc -z";;
437       (Z)   combine_plot_fields=false; mc="$mc -Z";;
438       (\?)  printf "\n  +++ unknown option $OPTARG \n"
439             printf "\n  --> type \"$0 ?\" for available options \n"
440             locat=parameter;exit;;
441   esac
442 done
443
444
445    # EVTL. POSITIONSPARAMETER EINLESEN
446    # ZUR ZEIT GIBT ES NUR DEN PARAMETER ? (=KURZINFO)
447 (( to_shift = $OPTIND - 1 ))
448 shift $to_shift
449
450    # KURZE AUFRUFBESCHREIBUNG WIRD HIER AUSGEGEBEN
451 if [[ "$1" = "?" ]]
452 then
453   (printf "\n  *** mrun can be called as follows:\n"
454    printf "\n      $mrun_script_name  -b -c.. -d.. -D.. -f.. -F -h.. -i.. -I -K.. -m.. -o.. -p.. -r.. -R -s.. -t.. -T.. -v -x -X.. -y -Y.. -z -Z <modus> \n"
455    printf "\n      Description of available options:\n"
456    printf "\n      Option  Description                              Default-Value"
457    printf "\n        -a    base name of input files                 equiv. -d"
458    printf "\n        -A    archiving when using file-attribute fl"
459    printf "\n        -b    batch-job on local machine               ---"
460    printf "\n        -B    do not delete temporary directory at end ---"
461    printf "\n        -c    configuration file                       .mrun.config"
462    printf "\n        -d    base name of files attached to program   test"
463    printf "\n        -D    preprocessor(cpp)-directives             \"\" "
464    printf "\n        -F    create remote job file only              ---"
465    printf "\n        -h    execution host                           $localhost_realname"
466    printf "\n        -i    INPUT control list                       \"\" "
467    printf "\n        -I    archiving errors of previous batch-jobs"
468    printf "\n              will be ignored"
469    printf "\n        -k    keep data from previous run"
470    printf "\n        -K    additional conditions for controling"
471    printf "\n              usage of conditional code and"
472    printf "\n              env-variables in configuration file      \"\" "
473    printf "\n        -m    memory demand in MB (batch-jobs)         0 MB"
474    printf "\n        -M    Makefile name                            Makefile"
475    printf "\n        -n    node usage (shared/not_shared)           depending on -h"
476    printf "\n        -o    OUTPUT control list                      \"\" "
477    printf "\n        -O    use OpenMP                               ---"
478    printf "\n        -p    software package list                    \"\" "
479    printf "\n        -q    queue                                    \"$queue\" "
480    printf "\n        -r    run control list (combines -i -o)        \"\" "
481    printf "\n        -s    filenames of routines to be compiled     \"\" "
482    printf "\n              must end with .f, .f90, .F, or .c !"
483    printf "\n              use \"..\" for more than one file and wildcards"
484    printf "\n              -s LM compiles all locally modified files"
485    printf "\n        -S    config file interpreted by shellscript   ---"
486    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds (batch)      0"
487    printf "\n        -T    tasks per node                           depending on -h"
488    printf "\n        -u    username on remote machine               \"\" "
489    printf "\n        -v    no prompt for confirmation               ---"
490    printf "\n        -w    maximum parallel io streams              as given by -X"
491    printf "\n        -x    tracing of mrun for debug purposes       ---"
492    printf "\n        -X    # of processors (on parallel machines)   1"
493    printf "\n        -y    add appendix \"_O\" to all local output"
494    printf "\n              files (ocean precursor runs followed by"
495    printf "\n              coupled atmosphere-ocean runs)           ---"
496    printf "\n        -Y    run coupled model, \"#1 #2\" with" 
497    printf "\n              #1 atmosphere and #2 ocean processors    \"#/2 #/2\" depending on -X"
498    printf "\n        -z    disable a priori parameter file check    ---"
499    printf "\n        -Z    skip combine_plot_fields at the end of      "
500    printf "\n              the simulation                           ---"
501    printf "\n "
502    printf "\n      Possible values of positional parameter <modus>:"
503    printf "\n        \"?\"       -  this outline \n\n") | more
504    exit
505 elif [[ "$1" != "" ]]
506 then
507    printf "\n  +++ positional parameter $1 unknown \n"
508    locat=parameter; exit
509 fi
510
511
512
513    # KURZE STARTMELDUNG
514 printf "\n*** $version "
515 printf "\n    will be executed.     Please wait ..."
516
517
518
519    # PRUEFEN, OB KONFIGURATIONS-DATEI VORHANDEN
520 if [[ ! -f $config_file ]]
521 then
522    printf "\n\n  +++ configuration file: "
523    printf "\n           $config_file"
524    printf "\n      does not exist"
525    locat=connect; exit 
526 fi
527
528
529    # HOST-IDENTIFIER (local_host) AUS KONFIGURATIONSDATEI BESTIMMEN
530 line=""
531 grep  "%host_identifier"  $config_file  >  tmp_mrun
532 while read line
533 do
534    if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
535    then
536       HOSTNAME=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
537       host_identifier=`echo $line | cut -d" " -s -f3`
538       if [[ $localhost_realname = $HOSTNAME ]]
539       then
540          localhost=$host_identifier
541          break
542       fi
543    fi
544 done < tmp_mrun
545
546 if [[ "$localhost" = "" ]]
547 then
548    printf "\n\n  +++ no host identifier found in configuration file \"$config_file\""
549    printf "\n      for local host \"$localhost_realname\"."
550    printf "\n      Please add line"
551    printf "\n      \"\%host_identifier $localhost_realname <identifier>\""
552    printf "\n      to the configuration file."
553    locat=localhost; exit
554 fi
555
556
557    # HOSTSPEZIFISCHE VARIABLEN SETZEN
558 case  $localhost_realname  in
559     (r1*|r2*|h01*|b01*)     archive_system=tivoli;;
560     (cs*)                   archive_system=ut;;
561     (fimm.bccs.uib.no)      fimm=true;;
562     (gate|n-sx)             PATH=$PALM_BIN:$PATH:/usr/bin/nqsII;;
563     (scirocco)              scirocco=true;;
564 esac
565
566
567 
568    # BASISNAME DER INPUT-DATEIEN GLEICH ALLGEMEINEM BASISNAMEN SETZEN,
569    # WENN NICHT VOM BENUTZER ANDERS BESTIMMT
570 [[ "$afname" = "" ]]  &&  afname=$fname
571
572
573    # EVTL. RUN-MODUS DEN I/O-LISTEN HINZUFUEGEN
574 if [[ "$run_mode" != "" ]]
575 then
576    input_list="$input_list $run_mode"
577    output_list="$output_list $run_mode"
578 fi
579
580
581    # RECHNERNAMEN ABSPEICHERN, VON DEM AUS JOB GESTARTET WIRD,
582    # ALLERDINGS NUR DANN, WENN NICHT PER OPTION -H BEREITS EIN WERT
583    # ZUGEWIESEN WURDE (MRUN MACHT DIES IMMER, WENN ES SELBST BATCH-JOBS
584    # STARTET)
585 if [[ "$fromhost" = "" ]]
586 then
587    fromhost=$localhost
588 fi
589
590
591    # PRUEFEN, OB AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL
592    # WERT VON do_remote WIRD FUER DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT.
593    # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
594    # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
595 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
596 then
597    do_batch=true
598    do_remote=true
599    case  $host  in
600        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|ibmy|nech|necriam|lccrayb|lccrayh|lccrayf|lcflow|lckyoto|lcsgib|lcsgih|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb)  true;;
601        (*)  printf "\n"
602             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
603             printf "\n      is not available"
604             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
605    esac
606 else
607    host=$localhost
608 fi
609
610
611     # ZUSATZBEDINGUNGEN (OPTION -K) AUSWERTEN
612 if [[ -n $additional_conditions ]]
613 then
614#    echo $additional_conditions | cut -d" " -f1-3 | read  cond1  cond2  dummy
615    cond1=`echo $additional_conditions | cut -d" " -f1`
616    cond2=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f2`
617    dummy=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f3`
618    if [[ -n $dummy ]]
619    then
620       printf "\n  +++ more than 2 additional conditions given for Option \"-K\""
621       locat=options; exit
622    fi
623    block=_$cond1
624    [[ -n $cond2 ]]  &&  block=${block}_$cond2
625 fi
626
627
628      # KOPPLUNGSEIGENSCHAFTEN (-Y) AUSWERTEN UND coupled_mode BESTIMMEN
629 if [[ $run_coupled_model = true ]] 
630 then
631
632    if  [[ -n $coupled_dist ]]
633    then
634
635       numprocs_atmos=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f1`
636       numprocs_ocean=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f2`
637
638       if (( $numprocs_ocean + $numprocs_atmos != $numprocs ))
639       then
640
641          printf "\n  +++ number of processors does not fit to specification by \"-Y\"."
642          printf "\n      PEs (total)     : $numprocs"
643          printf "\n      PEs (atmosphere): $numprocs_atmos"
644          printf "\n      PEs (ocean)     : $numprocs_ocean"
645          locat=coupling; exit
646
647       fi
648
649    else
650
651       (( numprocs_ocean = $numprocs / 2 ))
652       (( numprocs_atmos = $numprocs / 2 ))
653
654    fi
655    coupled_dist=`echo "$numprocs_atmos $numprocs_ocean"`
656
657       # GET coupled_mode FROM THE CONFIG FILE
658    line=""
659    grep  "%cpp_options.*-D__mpi2.*$host" $config_file  >  tmp_mrun
660    while read line
661    do
662       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" &&  $(echo $line | cut -d" " -s -f4) = $cond1 && $(echo $line | cut -d" " -s -f4)  = $cond2 ]]
663       then
664          coupled_mode="mpi2"
665       fi
666    done < tmp_mrun
667
668 fi
669
670
671    # PRUEFEN, OB EVTL. BEI VORHERGEHENDEM LAUF (KETTENJOB) EINE
672    # ARCHIVIERUNG FEHLGESCHLAGEN IST
673 if [[ -f ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname ]]
674 then
675    if [[ $ignore_archive_error = false ]]
676    then
677       printf "\n  +++ data archiving of previous run failed"
678       printf "\n      see directory \~/job_queue on remote machine"
679       locat=archive; exit
680    else
681       printf "\n  +++ warning: data archiving in a previous run failed"
682       printf "\n      MRUN continues, trying to get backup copy"
683    fi
684 fi
685
686
687    # WERTE VON MRUN-OPTIONEN SICHERN UND DAMIT GEGEBENENFALLS SPAETER DIE
688    # IN DER KONFIGURAIONSDATEI ANGEGEBENEN WERTE UEBERSTEUERN
689 mrun_memory=$memory
690 mrun_group_number=$group_number
691 mrun_cpumax=$cpumax
692 mrun_numprocs=$numprocs
693
694
695    # LESEN UND INTERPRETIEREN DER KONFIGURATIONS-DATEI VOM SHELLSCRIPT AUS
696    # VORUEBERGEHEND ZWINGEND AUF LINUX-RECHNERN
697 if [[ "$read_from_config" = false ]]
698 then
699
700    [[ $silent = false ]]  &&  printf "\n    Reading the configuration file... "
701    while  read zeile
702    do
703        [[ $silent = false ]]  &&  printf "."
704
705
706          # ZUERST EVENTUELL VORKOMMENDE ENVIRONMENT-VARIABLEN DURCH IHRE WERTE
707          # ERSETZEN
708       eval  zeile=\"$zeile\"
709
710
711          # INTERPRETATION DER ZEILE
712       if [[ "$(echo $zeile)" = "" ]]
713       then
714             # LEERZEILE, KEINE AKTION
715          continue
716
717       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "#" ]]
718       then
719
720             # ZEILE IST KOMMENTARZEILE
721          true
722
723       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "%" ]]
724       then
725
726             # ZEILE DEFINIERT ENVIRONMENT-VARIABLE
727          zeile=$(echo $zeile | cut -c2-)
728#          echo $zeile | cut -d" " -f1-5 | read  var  value  for_host  for_cond1  for_cond2
729          var=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
730          value=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
731          for_host=`echo $zeile | cut -d" " -s -f3`
732          for_cond1=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
733          for_cond2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
734
735          if [[ "$for_host" = ""  ||  ( "$for_host" = $host  &&  "$for_cond1" = "$cond1"  &&  "$for_cond2" = "$cond2" )  ||  $(echo "$input_list$output_list"|grep -c "$for_host") != 0 ]]
736          then
737
738                # BEI COMPILER- CPP- ODER LINKEROPTIONEN EVTL ":" DURCH " "
739                # ERSETZEN. "::" WIRD DURCH ":" ERSETZT.
740             value=`echo $value | sed 's/::/%DUM%/g' | sed 's/:/ /g' | sed 's/%DUM%/:/g'`
741
742
743                # ENVIRONMENT-VARIABLE WIRD WERT AUS KONFIGURATIONSDATEI
744                # ZUGEWIESEN, WENN SIE SELBST NOCH KEINEN WERT UEBER DIE
745                # ENTSPRECHENDE SCRIPT-OPTION ERHALTEN HAT. SOLCHE
746                # VARIABLEN HAETTEN DANN DEN WERT "" ODER IM INTEGER-FALL DEN
747                # WERT 0.  ALLGEMEINE REGEL ALSO: SCRIPT-OPTION GEHT UEBER
748                # KONFIGURATIONSDATEI
749             if [[ "$(eval echo \$$var)" = ""  ||  "$(eval echo \$$var)" = "0" ]]
750             then
751                eval  $var=\$value
752
753                   # EVTL. BILDSCHIRMAUSGABEN DER ENVIRONMENT-VARIABLEN
754                if [[ $do_trace = true ]]
755                then
756                   printf "\n*** ENVIRONMENT-VARIABLE $var = $value"
757                fi
758             fi
759
760                # WENN ENVIRONMENT-VARIABLE HOST VEREINBART, DANN SOFORT AUSWERTEN
761                # WERT VON do-remote WIRD BEI DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT
762                # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
763                # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
764             if [[ $var = host ]]
765             then
766                if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
767                then
768                   do_batch=true
769                   do_remote=true
770                   case  $host  in
771                       (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|ibmy|lccrayb|lccrayh|lccrayf|lcflow|lckyoto|lcsgib|lcsgih|nech|necriam|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb)  true;;
772                       (*)  printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
773                            printf "\n      is not available"
774                            locat=nqs; exit;;
775                   esac
776                else
777                   host=$localhost
778                fi
779             fi
780
781                # VOM BENUTZER DEFINIERTE ENVIRONMENT VARIABLEN MUESSEN PRINZIPIELL
782                # EXPORTIERT WERDEN, DA SIE VIELLEICHT IN WEITER UNTEN AUFZURUFEN-
783                # DEN PROGRAMMEN BENOETIGT WERDEN
784             export  $var
785          fi
786
787
788
789
790       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "EC:" ]]
791       then
792
793             # ZEILE DEFINIERT ERROR-KOMMANDO
794          (( iec = iec + 1 ))
795          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
796          err_command[$iec]="$zeile"
797
798       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "IC:" ]]
799       then
800
801             # ZEILE DEFINIERT INPUT-KOMMANDO
802          (( iic = iic + 1 ))
803          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
804          in_command[$iic]="$zeile"
805
806       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "OC:" ]]
807       then
808
809             # ZEILE DEFINIERT OUTPUT-KOMMANDO
810          (( ioc = ioc + 1 ))
811          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
812          out_command[$ioc]="$zeile"
813
814       else
815
816             # ZEILE DEFINIERT DATEIVERBINDUNG. EINLESEN DER DATEIEIGENSCHAFTEN
817             # s2a: in/out - Feld
818             # s2b: loc    - Feld (optional)
819             # s2c: tr/ar  - Feld (optional)
820#          echo $zeile | cut -d" " -f1-2 | read  s1  s2
821          s1=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
822          s2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
823          s2a=$(echo $s2 | cut -d":" -f1)
824          if [[ $(echo $s2 | grep -c ":") = 0 ]]
825          then
826             s2b=""
827             s2c=""
828          else
829#             echo $s2 | cut -d":" -f2-3 | sed 's/:/ /g' | read  s2b  s2c
830             s2b=`echo $s2 | cut -d":" -f2 | sed 's/:/ /g'`
831             s2c=`echo $s2 | cut -d":" -s -f3 | sed 's/:/ /g'`
832          fi
833#          echo $zeile | cut -d" " -f3-6 | read  s3  s4  s5  s6
834          s3=`echo $zeile | cut -d" " -f3`
835          s4=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
836          s5=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
837          s6=`echo $zeile | cut -d" " -s -f6`
838
839       
840             # ABSPEICHERN DER DATEIVERBINDUNG, FALLS IN INPUT- ODER OUTPUT-LIST
841             # VERMERKT. VARIABLE S3 KANN AUCH LISTE ENTHALTEN (FELDTRENNER ":")
842             # DATEIVERBINDUNG WIRD DANN NICHT ABGESPEICHERT UND GEPRUEFT, WENN
843             # PROGRAMMLAUF AUF REMOTE-MASCHINE ERFOLGT UND DATEI NUR LOKAL VOR-
844             # HANDEN SEIN MUSS (D.H. s2b = loc)
845          IFSALT="$IFS"; IFS="$IFS:"
846          if [[ "$s2a" = in  &&  ! ( $do_remote = true  &&  ( "$s2b" = loc  ||  "$s2b" = locopt ) ) ]]
847          then
848             found=false
849             for  actual  in  $input_list
850             do
851                for  formal  in  $s3
852                do
853                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-" ]]  &&  found=true
854                done
855             done
856             if [[ $found = true ]]
857             then
858                (( iin = iin + 1 ))
859                localin[$iin]=$s1; transin[$iin]=$s2b; actionin[$iin]=$s2c;
860                typein[$iin]=$s3; pathin[$iin]=$s4; endin[$iin]=$s5;
861                extin[$iin]=$s6
862             fi
863          elif [[ "$s2a" = out  &&  ! ( $do_remote = true  &&  "$s2b" = loc ) ]]
864          then
865             found=false
866             for  actual  in  $output_list
867             do
868                for  formal  in  $s3 
869                do
870                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-"  ]]  &&  found=true
871                done
872             done
873             if [[ $found = true ]]
874             then
875                (( iout = iout + 1 ))
876                localout[$iout]=$s1; actionout[$iout]=$s2c; typeout[$iout]=$s3;
877                pathout[$iout]=$s4; endout[$iout]=$s5; extout[$iout]=$s6
878             fi
879          elif [[ "$s2a" != in  &&  "$s2a" != out ]]
880          then
881             printf "\n  +++ I/O-attribute in configuration file $config_file has the invalid"
882             printf "\n      value \"$s2\". Only \"in\" and \"out\" are allowed!"
883             locat=connect; exit
884          fi
885          IFS="$IFSALT"
886       fi
887    done < $config_file
888
889 else
890
891
892       # INTERPRETATION DER KONFIGURATIONSDATEI MITTELS FORTRAN 90 - PROGRAMM
893    [[ $silent = false ]]  &&  printf "..."
894    export  cond1 cond2 config_file do_remote do_trace input_list localhost output_list
895    export  interpreted_config_file=.icf.$RANDOM
896
897
898
899       # ENVIRONMENT-VARIABLEN FUER INTERPRET_CONFIG UEBER NAMELIST_DATEI ZUR
900       # VERFUEGUNG STELLEN
901    cat  >  .mrun_environment  <<  %%END%%
902 &mrun_environment  cond1 = '$cond1', cond2 = '$cond2',
903                    config_file = '$config_file', do_remote = '$do_remote',
904                    do_trace = '$do_trace', host = '$host',
905                    input_list = '$input_list', icf = '$interpreted_config_file',
906                    localhost = '$localhost', output_list = '$output_list' /
907
908%%END%%
909
910    if [[ $localhost_realname = "sx-fep" ]]
911    then
912       /home/COAR/NC/raasch/pub/interpret_config_necriam.x
913    else
914
915       if [[ "$host" != $localhost ]]
916       then
917
918             # REMOTE JOB FROM LOCAL HOST: JUST TAKE THE FIRST EXECUTABLE FOUND
919          interpret_config_executable=`ls -1 ${PALM_BIN}/interpret_config*.x 2>/dev/null`
920          if [[ $? != 0 ]]
921          then
922             printf "\n\n  +++ no interpret_config found"
923             printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this host"
924             locat=interpret_config; exit
925          fi
926          interpret_config_executable=`echo $interpret_config_executable | cut -d" " -f1`
927          $interpret_config_executable
928
929       else
930
931             # CHECK, IF THERE IS AN EXECUTABLE FOR THE BLOCK
932          if [[ ! -f ${PALM_BIN}/interpret_config${block}.x ]]
933          then
934             printf "\n\n  +++ no interpret_config found for given block \"$cond1 $cond2\""
935             printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this block"
936             locat=interpret_config; exit
937          else
938             interpret_config${block}.x
939          fi
940
941       fi
942    fi
943    rm .mrun_environment
944
945
946       # AUSFUEHRUNG DER GENERIERTEN SHELL-KOMMANDOS IN DIESER SHELL
947    chmod  u+x  $interpreted_config_file
948    export PATH=$PATH:.
949    . $interpreted_config_file
950    rm  $interpreted_config_file
951
952 fi
953
954
955    # OPTIONSWERTE UEBERSTEUERN KONFIGURATIONSDATEI
956 [[ $mrun_memory     != 0   ]]  &&  memory=$mrun_memory
957 [[ "$mrun_group_number" != "none" ]]  &&  group_number=$mrun_group_number
958 [[ $mrun_cpumax     != 0   ]]  &&  cpumax=$mrun_cpumax
959 [[ "$mrun_numprocs" != ""  ]]  &&  numprocs=$mrun_numprocs
960 [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  maximum_parallel_io_streams=$max_par_io_str
961 [[ "$mrun_tasks_per_node" != "" ]]  &&  tasks_per_node=$mrun_tasks_per_node
962
963
964    # QUELLTEXTVERZEICHNIS AUF LOKALER MASCHINE AUS KONFIGURATIONSDATEI
965    # BESTIMMEN (WUERDE SONST EVTL. DAS VERZEICHNIS DES JEWEILS UNTER -h
966    # ANGEGEBENEN REMOTE-RECHNERS SEIN)
967    # BEI BATCH-JOBS SIND DIE ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE SCHON KOMPLETT
968 if [[ "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
969 then
970
971       # ZUERST PRUEFEN, OB EIN GLOBALER QUELLTEXTPFAD FUER ALLE RECHNER
972       # VEREINBART WURDE
973    source_path=""
974    line=""
975    grep "%source_path" $config_file  >  tmp_mrun
976    while read line
977    do
978       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
979       then
980          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -f3)" = "" ]]
981          then
982             global_source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
983          fi
984       fi
985    done  <  tmp_mrun
986
987    line=""
988    found=false
989    grep  " $localhost" $config_file | grep "%source_path"  >  tmp_mrun
990    while read line
991    do
992       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
993       then
994          if [[ $found = true ]]
995          then
996             printf "\n\n  +++ more than one source path found in configuration file"
997             printf "\n      for local host \"$localhost\" "
998             locat=source_path; exit
999          fi
1000          source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
1001          found=true
1002       fi
1003    done  <  tmp_mrun
1004    rm  tmp_mrun
1005
1006    if [[ "$source_path" = "" ]]
1007    then
1008       if [[ "$global_source_path" != "" ]]
1009       then
1010          source_path=$global_source_path
1011       else
1012          printf "\n\n  +++ no source path found in configuration file"
1013          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
1014          locat=source_path; exit
1015       fi
1016    fi
1017    eval source_path=$source_path
1018
1019    if [[ ! -d $source_path ]]
1020    then
1021       printf "\n\n  +++ source path \"$source_path\" on local host"
1022       printf "\n      \"$localhost\" does not exist"
1023       locat=source_path; exit
1024    fi
1025
1026 fi
1027
1028
1029    # GLOBALE REVISIONSNUMMER ERMITTELN (FORTSETZUNGSLAEUFEN WIRD DIESE
1030    # DURCH OPTION -G MITGETEILT)
1031 if [[ "$global_revision" = ""   &&  $host != "ibmkisti" ]]
1032 then
1033    global_revision=`svnversion $source_path  2>/dev/null`
1034    global_revision="Rev: $global_revision"
1035 fi
1036
1037
1038    # NOCHMAL PRUEFEN, OB AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL
1039    # (HOST KANN IN KONFIGURATIONSDATEI ANDERS FESTGELEGT WORDEN SEIN)
1040    # WERT VON do_remote WIRD FUER DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT.
1041    # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
1042    # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
1043 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
1044 then
1045    do_batch=true
1046    do_remote=true
1047    case  $host  in
1048        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|ibmy|lccrayb|lccrayh|lccrayf|lcflow|lckyoto|lcsgib|lcsgih|nech|necriam|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb)  true;;
1049        (*)  printf "\n"
1050             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
1051             printf "\n      is not available"
1052             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
1053    esac
1054 else
1055    host=$localhost
1056 fi
1057
1058
1059    # PRUEFUNG EINIGER PROZESSORZAHLANGABEN BEI RECHNUNGEN AUF PARALLELRECHNERN
1060 if [[ "$cond1" = parallel  ||  "$cond2" = parallel ]]
1061 then
1062
1063       # PRUEFEN, OB DIE ANZAHL DER ZU VERWENDENDEN PES ANGEGEBEN WURDE
1064    if [[ ! -n $numprocs ]]
1065    then
1066       printf "\n"
1067       printf "\n  +++ option \"-K parallel\" requires additional specification"
1068       printf "\n      of the number of processors to be used by"
1069       printf "\n      mrun-option \"-X\" or by environment-variable"
1070       printf "\n      \"numprocs\" in the configuration file"
1071       locat=numprocs; (( iec = 0 )); exit
1072    fi
1073
1074       # PRUEFEN, OB DIE PROZESSORANZAHL PRO KNOTEN ANGEGEBEN WURDE (GGF.
1075       # DEFAULT-WERT SETZEN) UND OB SIE EIN GANZZAHLIGER TEILER DER
1076       # GESAMTPROZESSORANZAHL IST
1077    if [[ "$tasks_per_node" = ""  &&  $host != lcflow  &&  $host != lcxt5m ]]
1078    then
1079       printf "\n"
1080       printf "\n  +++ option \"-T\" (tasks per node) is missing"
1081       printf "\n      set -T option or define tasks_per_node in the config file"
1082       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
1083    fi
1084
1085    if (( numprocs < tasks_per_node ))
1086    then
1087       printf "\n"
1088       printf "\n  +++ tasks per node (-T) cannot exceed total number of processors (-X)"
1089       printf "\n      given values: -T $tasks_per_node  -X $numprocs"
1090       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
1091    fi
1092
1093    if [[ $host != lcflow  &&  $host != lcxt5m ]]
1094    then
1095       (( nodes = numprocs / ( tasks_per_node * threads_per_task ) ))
1096       (( ival = $tasks_per_node ))
1097       (( pes = numprocs ))
1098       (( ii = pes / ival ))
1099       (( remaining_pes =  pes - ii * ival ))
1100       if (( remaining_pes > 0 ))
1101       then
1102          printf "\n"
1103          printf "\n  +++ WARNING: tasks per node (option \"-T\") is not an integral"
1104          printf "\n      divisor of the total number of processors (option \"-X\")"
1105          printf "\n      values of this mrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $numprocs\""
1106          printf "\n      One of the nodes is filled with $remaining_pes instead of $tasks_per_node tasks"
1107          (( nodes = nodes + 1 ))
1108       fi
1109    fi
1110
1111
1112       # IBMY HAT NUR EINEN KNOTEN
1113    if [[ $host = ibmy ]]
1114    then
1115       if [[ "$tasks_per_node" != ""  &&  "$tasks_per_node" != "$numprocs" ]]
1116       then
1117          printf "\n"
1118          printf "\n  +++ on ibmy, tasks per node (option \"-T\") must be equal to the"
1119          printf "\n      total number of processors (option \"-X\")"
1120          printf "\n      values of this mrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $numprocs\""
1121          locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
1122       fi
1123    fi
1124
1125
1126       # SETTINGS FOR SUBJOB-COMMAND
1127    OOPT="-O $threads_per_task"
1128
1129       # GESAMTZAHL DER KNOTEN BESTIMMEN
1130    if [[ "$tasks_per_node" != "" ]]
1131    then
1132       TOPT="-T $tasks_per_node"
1133    fi
1134
1135       # PRUEFEN, OB NODE USAGE EINEN ERLAUBTEN WERT HAT BZW. DEN DEFAULT
1136       # SETZEN
1137    if [[ $node_usage = default ]]
1138    then
1139       if [[ $host = ibms ]]
1140       then
1141          node_usage=shared
1142       elif [[ $(echo $host | cut -c1-5) = lcsgi ]]
1143       then
1144          node_usage=singlejob
1145       else
1146          node_usage=not_shared
1147       fi
1148    fi
1149
1150    if [[ $node_usage != shared  &&  $node_usage != not_shared  &&  $node_usage != singlejob  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla" ]]
1151    then
1152       printf "\n"
1153       printf "\n  +++ node usage (option \"-n\") is only allowed to be set"
1154       printf "\n      \"shared\" or \"not_shared\""
1155       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
1156    fi
1157
1158 fi
1159
1160    # PRUEFEN, OB HOSTFILE EXISTIERT
1161 if [[ -n $hostfile ]]
1162 then
1163    if [[ ! -f $hostfile ]]
1164    then
1165       printf "\n"
1166       printf "\n  +++ hostfile \"$hostfile\" does not exist"
1167       locat=hostfile; exit
1168    fi
1169 fi
1170
1171    # PRUEFEN, OB RHOSTS DATEI EXISTIERT. GEGEBENENFALLS ANLEGEN BZW. ERWEITERN
1172 if [[ $host = ibmy  &&  $do_remote = false ]]
1173 then
1174    if [[ ! -f $HOME/.rhosts ]]
1175    then
1176       echo  "gfdl5.yonsei.ac.kr"  >  $HOME/.rhosts
1177       printf "\n\n  *** file:"
1178       printf "\n           $HOME/.rhosts"
1179       printf "\n      was created\n"
1180    fi
1181    if [[ $(grep -c gfdl5.yonsei.ac.kr $HOME/.rhosts) = 0 ]]
1182    then
1183       echo  "gfdl5.yonsei.ac.kr"  >>  $HOME/.rhosts
1184       printf "\n\n  *** file:"
1185       printf "\n           $HOME/.rhosts"
1186       printf "\n      was extended by the name of the current host\n"
1187    fi
1188 fi
1189
1190
1191    # Set default value for the maximum number of parallel io streams
1192 if [[ "$maximum_parallel_io_streams" = "" ]]
1193 then
1194    maximum_parallel_io_streams=$numprocs
1195 fi
1196
1197
1198    # Set port number option for calls of ssh/scp, subjob and batch_scp scripts
1199 if [[ "$scp_port" != "" ]]
1200 then
1201    PORTOPT="-P $scp_port"
1202    SSH_PORTOPT="-p $scp_port"
1203 fi
1204
1205
1206    # FALLS NICHT VORGEGEBEN, DEFAULT-QUEUE AUF DER ZIELMASCHINE FESTLEGEN
1207 if [[ $queue = none ]]
1208 then
1209    case  $host  in
1210        (ibmh)       queue=cluster;;
1211        (ibmkisti)   queue=class.32plus;;
1212        (ibmy)       queue=parallel;;
1213        (lckiaps)    queue=normal;;
1214        (lckyoto)    queue=ph;;
1215        (lckyuh)     queue=fx-single;;
1216        (lckyut)     queue=cx-single;;
1217        (lcsgib)     queue=testq;;
1218        (lcsgih)     queue=testq;;
1219        (lctit)      queue=S;;
1220        (nech)       queue=none;;
1221        (necriam)    queue=SP;;
1222        (unics)      queue=unics;;
1223    esac
1224 fi
1225
1226
1227    # VOLLSTAENDIGE DATEINAMEN DER INPUT-FILES BILDEN,
1228    # INPUT-DATEIEN AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND EVTL. HOECHSTE ZYKLUSNUMMER
1229    # ERMITTELN
1230 (( i = 0 ))
1231 while (( i < iin ))
1232 do
1233    (( i = i + 1 ))
1234    (( maxcycle = 0 ))
1235
1236       # NAMENSBILDUNG (EVTL. IST FESTER DATEINAME VORGEGEBEN)
1237    if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1238    then
1239       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${endin[$i]}  # REMOTE-PFAD ERST AUF
1240                                                    # REM-MASCHINE AUSWERTEN
1241       eval filename=${pathin[$i]}/${endin[$i]}
1242    else
1243       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}  # REMOTE-PFAD ERST AUF
1244                                                             # REM-MASCHINE AUSWERTEN
1245       eval filename=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}
1246    fi
1247    eval pathname=${pathin[$i]}
1248
1249#   SAVE INPUT FILE NAME FOR PARAMETER FILE CHECK
1250    if [[ ("${transin[$i]}" = job) && (-f $filename) ]]
1251    then
1252       filename_input=$filename
1253    fi
1254
1255       # PRUEFEN AUF VORHANDENSEIN
1256    if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1257          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "nicht gefunden") = 1  || \
1258          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1259          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1260    then
1261          # DATEIEN MIT EXTENSION (Z.B. NC) MUESSEN NICHT ZWINGEND VORHANDEN
1262          # SEIN, DESHALB IN SOLCHEN FAELLEN KEIN ABBRUCH. DIES IST NUR EINE
1263          # VORUEBERGEHENDE LOESUNG (OKT 05). NICHT ZWINGEND BENOETIGTE
1264          # EINGABEDATEIEN SOLLTEN EINE SPEZIELLE OPTION IN DER DATEI-
1265          # VERBINDUNGSANWEISUNG BEKOMMEN (Z.B. inopt?)
1266       if [[ "${transin[$i]}" != "locopt" ]]
1267       then
1268          printf "\n\n  +++ INPUT-file: "
1269          if [[ "${extin[$i]}" = "" ]]
1270          then
1271             printf "\n           $filename"
1272          else
1273             printf "\n           $filename.${extin[$i]}"
1274          fi
1275          printf "\n      does not exist\n"
1276          locat=input; exit
1277       else
1278          transin[$i]="unavailable"
1279       fi
1280    else
1281
1282          # ZYKLUSNUMMER FESTSTELLEN
1283       ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1284       ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1285       while  read zeile
1286       do
1287          cycle=$(echo $zeile | cut -f2 -d".")
1288          if [[ "$cycle" = "$zeile" ]]
1289          then
1290             (( icycle = 0 ))
1291          elif [[ "$cycle" = "${extin[$i]}" ]]
1292          then
1293             (( icycle = 0 ))
1294          else
1295             (( icycle = $cycle ))
1296          fi
1297          if (( icycle > maxcycle ))
1298          then
1299             (( maxcycle = icycle ))
1300             file_to_be_used=$zeile
1301          fi
1302       done <filelist
1303       rm filelist
1304
1305          # EVTL. ZYKLUSNUMMER AN DATEINAMEN ANFUEGEN
1306       if (( maxcycle > 0 ))
1307       then
1308          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1309          then
1310             filename=${filename}.$maxcycle.${extin[$i]}
1311          else
1312             filename=${filename}.$maxcycle
1313          fi
1314       else
1315          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1316          then
1317             filename=${filename}.${extin[$i]}
1318          fi
1319       fi
1320       
1321          # DATEINAMEN OHNE PFAD ABER MIT ZYKLUSNUMMER ABSPEICHERN,
1322          # DA SPAETER BEI RUECKSPEICHERN VOM ARCHIVSYSTEM EVTL. BENOETIGT
1323       absnamein[$i]=$filename
1324       if (( maxcycle > 0 ))
1325       then
1326          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1327          then
1328             frelin[$i]=${endin[$i]}.$maxcycle
1329          else
1330             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}.$maxcycle
1331          fi
1332       else
1333          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1334          then
1335             frelin[$i]=${endin[$i]}
1336          else
1337             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}
1338          fi
1339       fi
1340
1341    fi
1342 done
1343   
1344    # VOLLSTAENDIGE DATEINAMEN (OHNE $ ODER ~) DER OUTPUT-FILES BILDEN,
1345    # OUTPUT-DATEIEN AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND EVTL. HOECHSTE ZYKLUSNUMMER
1346    # ERMITTELN ODER, FALLS NICHT VORHANDEN, PRUEFEN, OB SIE SICH ANLEGEN LASSEN
1347    # DIESE AKTIONEN FINDEN NICHT STATT, WENN PROGRAMM AUF REMOTE-MASCHINE
1348    # RECHNET UND DATEI ANSCHLIESSEND TRANSFERIERT WERDEN SOLL!
1349 (( i = 0 ))
1350 while (( i < iout ))
1351 do
1352    (( i = i + 1 ))
1353    if [[ ! ( $fromhost != $localhost  &&  ( "${actionout[$i]}" = tr || "${actionout[$i]}" = tra || "${actionout[$i]}" = trpe ) ) ]]
1354    then
1355       if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
1356       then
1357          actionout[$i]=""
1358       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe ]]
1359       then
1360          actionout[$i]=pe
1361       elif [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
1362       then
1363          actionout[$i]=a
1364       fi
1365       (( maxcycle = 0 ))
1366       eval filename=${pathout[$i]}/${fname}${endout[$i]}
1367       eval catalogname=${pathout[$i]}
1368       if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1369             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "nicht gefunden") = 1  || \
1370             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1371             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1372       then
1373     
1374             # OUTPUT-DATEI NICHT VORHANDEN. PRUEFEN, OB ANLEGEN MOEGLICH.
1375          if  cat /dev/null > $filename 
1376          then
1377             rm  $filename
1378          else
1379
1380                # PRUEFEN, OB KATALOG VORHANDEN UND EVTL. DIESEN ANLEGEN
1381             if [[ ! -d $catalogname ]]
1382             then
1383                if  mkdir -p  $catalogname
1384                then
1385                   printf "\n\n  *** directory:"
1386                   printf "\n           $catalogname"
1387                   printf "\n      was created\n"
1388                else
1389                   printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1390                   printf "\n           $filename"
1391                   printf "\n      cannot be created, because directory does not exist"
1392                   printf "\n      and cannot be created either"
1393                   printf "\n"
1394                   locat=output  ; exit
1395                fi 2>/dev/null
1396             else
1397                printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1398                printf "\n           $filename"
1399                printf "\n      cannot be created, although directory exists"
1400                printf "\n"
1401                locat=output  ; exit
1402             fi
1403          fi 2>/dev/null
1404       else
1405
1406             # ZYKLUSNUMMER FESTSTELLEN
1407          ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1408          ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1409          while  read zeile
1410          do
1411             cycle=$(echo $zeile | cut -f2 -d".")
1412             if [[ "$cycle" = "$zeile"  ||  "$cycle" = ${extout[$i]} ]]
1413             then
1414                (( icycle = 1 ))
1415             else
1416                (( icycle = $cycle + 1 ))
1417             fi
1418             if (( icycle > maxcycle ))
1419             then
1420                (( maxcycle = icycle ))
1421             fi
1422          done <filelist
1423          rm filelist
1424       fi
1425
1426          # EVTL. ZYKLUSNUMMER AN DATEINAMEN ANFUEGEN UND PRUEFEN, OB SICH
1427          # DATEI AUCH WIRKLICH ANLEGEN LAESST. IM APPEND-FALL MUSS AN DEN
1428          # HOECHSTEN VORHANDENEN ZYKLUS-ANGEHAENGT WERDEN. ANLAGEPRUEFUNG
1429          # IST DANN NATUERLICH NICHT ZULAESSIG BZW. MOEGLICH
1430       if [[ "${actionout[$i]}" != a ]]
1431       then
1432          if (( maxcycle > 0 ))
1433          then
1434             filename=${filename}.$maxcycle
1435             if  cat /dev/null > $filename 
1436             then
1437                rm  $filename
1438             else
1439                printf "\n  +++ OUTPUT-file:"
1440                printf "\n           $filename"
1441                printf "\n      cannot be created"
1442                locat=output  ; exit
1443             fi
1444          fi
1445       else
1446          (( maxcycle = maxcycle - 1 ))
1447          if (( maxcycle > 0 ))
1448          then
1449             filename=${filename}.$maxcycle
1450          fi
1451       fi
1452       
1453          # DATEINAMEN OHNE PFAD ABER MIT ZYKLUSNUMMER ABSPEICHERN,
1454          # DA SPAETER BEI ABLAGE AUF ARCHIVSYSTEM BZW. FUER
1455          # DATEI OUTPUT_FILE_CONNECTIONS EVTL. BENOETIGT
1456       pathout[$i]=$filename
1457       if (( maxcycle > 0 ))
1458       then
1459          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}.$maxcycle
1460       else
1461          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}
1462       fi
1463
1464    fi
1465 done
1466
1467
1468     # DAS DVR-PAKET ERFORDERT EINE ENTSPRECHENDE BIBLIOTHEK
1469 if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
1470 then
1471    if [[ "$dvr_inc" = "" ]]
1472    then
1473       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_inc\" given in configuration file"
1474       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1475       locat=dvr; exit
1476    fi
1477    if [[ "$dvr_lib" = "" ]]
1478    then
1479       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_lib\" given in configuration file"
1480       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1481       locat=dvr; exit
1482    fi
1483 fi
1484
1485
1486     # PRUEFEN, OB ENTWEDER HAUPTPROGRAMM ODER NUR EIN AUSFUEHRBARES
1487     # PROGRAMM VEREINBART WURDE (IN DIESEM FALL BRAUCHT IM WEITEREN NICHT
1488     # UEBERSETZT ZU WERDEN)
1489 if [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" = "" ]]
1490 then
1491    printf "\n  +++ neither main program nor executable defined"
1492    locat=source; exit
1493 elif [[ "$mainprog" != ""  &&  "$executable" != "" ]]
1494 then
1495    printf "\n  +++ main program as well as executable defined"
1496    locat=source; exit
1497 elif [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" != "" ]]
1498 then
1499    do_compile=false
1500 fi
1501
1502
1503    # SOURCE-VERZEICHNIS ZUM AUFSAMMELN DER ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE
1504    # ERZEUGEN. HIERHIN WERDEN SPAETER IM FALL VON BATCH-JOBS AUCH DAS MRUN-
1505    # SCRIPTS SOWIE DIE KONFIGURATIONSDATEI KOPIERT
1506 if [[ $restart_run != true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1507 then
1508    rm -rf  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1509    mkdir   SOURCES_FOR_RUN_$fname
1510 fi
1511
1512
1513    # ALLE ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE ZUSAMMENSAMMELN
1514    # BEI BATCH-JOBS IST DIES NICHT NOETIG, WEIL DIE PROGRAMMTEILE BEREITS DURCH
1515    # DEN MRUN-AUFRUF ERMITTELT SIND, DER DEN BATCH-JOB GENERIERT HAT, UND
1516    # IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN_... ABGELEGT SIND
1517 if [[ $do_compile = true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1518 then
1519
1520    [[ "$source_list" = LM ]]  &&  source_list=LOCALLY_MODIFIED
1521
1522    if [[ "$source_list" = LOCALLY_MODIFIED ]]
1523    then
1524
1525          # MODIFIZIERTE DATEIEN DER SVN-ARBEITSKOPIE BESTIMMEN
1526       source_list=""
1527       cd  $source_path
1528
1529
1530          # PRUEFEN, OB VERZEICHNIS UEBERHAUPT UNTER SVN-KONTROLLE STEHT
1531       if [[ ! -d .svn ]]
1532       then
1533          printf "\n\n  +++ source directory"
1534          printf "\n         \"$source_path\" "
1535          printf "\n         is not under control of \"subversion\"."
1536          printf "\n         Please do not use mrun-option \"-s LOCALLY_MODIFIED\"\n"
1537       fi
1538
1539
1540          # ALLE MODIFIZIERTEN QUELLCODEDATEIEN AUFLISTEN
1541       Filenames=""
1542       svn status  >  tmp_mrun
1543       while  read line
1544       do
1545          firstc=`echo $line | cut -c1`
1546          if [[ $firstc = M  ||  $firstc = "?" ]]
1547          then
1548             Name=`echo "$line" | cut -c8-`
1549             extension=`echo $Name | cut -d. -f2`
1550             if [[ "$extension" = f90 || "$extension" = F90 || "$extension" = f || "$extension" = F || "$extension" = c ]]
1551             then
1552                Filenames="$Filenames "$Name
1553             fi
1554          fi
1555       done < tmp_mrun
1556
1557
1558          # DATEIEN NACH SOURCES_FOR_RUN_... KOPIEREN
1559       for  dateiname  in  $Filenames
1560       do
1561          cp  $dateiname  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1562          source_list=$source_list"$dateiname "
1563       done
1564
1565       cd -  > /dev/null
1566
1567
1568       # MITTELS OPTION -s ANGEGEBENE DATEIEN NACH SOURCES_FOR_RUN_... KOPIEREN
1569       # BEI AUTOMATISCHEN FORTSETZUNGSLAEUFEN SIND DORT SCHON ALLE DATEIEN
1570       # VORHANDEN
1571    elif [[ "$source_list" != ""  &&  $restart_run != true ]]
1572    then
1573
1574       cd  $source_path
1575
1576       for  filename  in  $source_list
1577       do
1578
1579             # QUELLTEXT-DATEI DARF KEINE PFADE BEINHALTEN
1580          if [[ $(echo $filename | grep -c "/") != 0 ]]
1581          then
1582             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1583             printf "\n      must not contain (\"/\") "
1584             locat=source; exit
1585          fi
1586
1587          if [[ ! -f $filename ]]
1588          then
1589             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1590             printf "\n      does not exist"
1591             locat=source; exit
1592          else
1593             cp  $filename  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1594          fi
1595
1596       done
1597
1598       cd -  > /dev/null
1599
1600    fi
1601
1602
1603       # PRUEFEN, OB ENTWEDER HAUPTPROGRAMM VORHANDEN UND ES EVTL. IN DER
1604       # LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE MIT ENTHALTEN IST (WENN
1605       # NICHT, WIRD ES DIESER LISTE HINZUGEFUEGT)
1606    if [[ $restart_run != true ]]
1607    then
1608
1609       if [[ ! -f "$source_path/$mainprog" ]]
1610       then
1611          printf "\n\n  +++ main program:  $mainprog"
1612          printf "\n      does not exist in source directory"
1613          printf "\n      \"$source_path\"\n"
1614          locat=source; exit
1615       else
1616          if [[ $(echo $source_list | grep -c $mainprog) = 0 ]]
1617          then
1618             cp  $source_path/$mainprog  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1619             source_list=${mainprog}" $source_list"
1620          fi
1621       fi
1622    fi
1623
1624
1625       # MAKEFILE AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND KOPIEREN
1626       # BEI RESTART-LAEUFEN LIEGT ES SCHON IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN...
1627    if [[ "$restart_run" != true ]]
1628    then
1629       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
1630       if [[ ! -f $makefile ]]
1631       then
1632          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
1633          locat=make; exit
1634       else
1635          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
1636       fi
1637    fi
1638
1639
1640       # DATEIEN AUS ZUSAETZLICHEM QUELLVERZEICHNIS HINZUFUEGEN
1641    if [[ $restart_run != true  &&  "$add_source_path" != "" ]]
1642    then
1643
1644          # GIBT ES DAS VERZEICHNIS UEBERHAUPT?
1645       if [[ ! -d $add_source_path ]]
1646       then
1647          printf "\n\n  +++ WARNING: additional source code directory"
1648          printf "\n      \"$add_source_path\" "
1649          printf "\n      does not exist or is not a directory."
1650          printf "\n      No source code will be used from this directory!\n"
1651          add_source_path=""
1652          if [[ $silent == false ]]
1653          then
1654             sleep 3
1655          fi
1656       else
1657
1658          cd $add_source_path
1659          found=false
1660
1661          Names=$(ls -1 *.f90 2>&1)
1662          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$Names"
1663          Names=$(ls -1 *.F90 2>&1)
1664          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1665          Names=$(ls -1 *.F 2>&1)
1666          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1667          Names=$(ls -1 *.f 2>&1)
1668          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1669          Names=$(ls -1 *.c 2>&1)
1670          [[ $(echo $Names | grep -c '*.c') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1671
1672          cd -  > /dev/null
1673          cd  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1674
1675             # COPY MAKEFILE IF EXISTING
1676          if [[ -f $add_source_path/Makefile ]]
1677          then
1678             printf "\n\n  *** user Makefile from directory"
1679             printf "\n      \"$add_source_path\" is used \n"
1680             if [[ $silent == false ]]
1681             then
1682                sleep 1
1683             fi
1684             cp  $add_source_path/Makefile  .
1685          fi
1686
1687          for  dateiname  in  $AddFilenames
1688          do
1689             if [[ -f $dateiname ]]
1690             then
1691                printf "\n  +++ source code file \"$dateiname\" found in additional"
1692                printf "\n      source code directory \"$add_source_path\" "
1693                printf "\n      but was also given with option \"-s\" which means that it should be taken"
1694                printf "\n      from directory \"$source_path\"."
1695                locat=source; exit
1696             fi
1697
1698             cp  $add_source_path/$dateiname  .
1699             source_list="$source_list $dateiname"
1700
1701                # CHECK IF FILE IS CONTAINED IN MAKEFILE
1702             if [[ $(grep -c $dateiname Makefile) = 0 ]]
1703             then
1704                printf "\n\n  +++ user file \"$dateiname\" "
1705                printf "\n      is not listed in Makefile \n"
1706                locat=source; exit
1707             else
1708
1709                # Default User-Interface von der Liste entfernen, falls Datei
1710                # ein User-Interface enthaelt
1711#             if [[ $( cat $dateiname | grep -c "END SUBROUTINE user_parin" ) != 0 ]]
1712#             then
1713#                if [[ $dateiname != user_interface.f90  &&  -f user_interface.f90 ]]
1714#                then
1715#                   rm -rf  user_interface.f90
1716#                   source_list=`echo $source_list | sed -e 's/user_interface.f90//'`
1717#                   printf "\n\n  *** default \"user_interface.f90\" removed from the files to be translated"
1718#                   printf "\n      since a user-interface is found in file"
1719#                   printf "\n      \"$add_source_path/$dateiname\" \n"
1720#                   sleep 3
1721#                else
1722                if [[ $found = false ]]
1723                then
1724                   found=true
1725                   printf "\n\n  *** following user file(s) added to the"
1726                   printf " files to be translated:\n      "
1727                fi
1728                printf "$dateiname  "
1729                if [[ $silent == false ]]
1730                then
1731                   sleep 0.5
1732                fi
1733
1734             fi
1735          done
1736          [[ $found = true ]]  &&  printf "\n"
1737          cd -  > /dev/null
1738       fi
1739    fi
1740
1741
1742       # ALLE UNTERPROGRAMME, DIE ZU VEREINBARTEN SOFTWAREPAKETEN GEHOEREN,
1743       # DER LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN DATEIEN HINZUFUEGEN
1744    if [[ $restart_run != true  &&  -n $package_list ]]
1745    then
1746
1747       cd  $source_path
1748
1749       for  package  in  $package_list
1750       do
1751
1752          [[ $package = "dvrp_graphics+1PE" ]]  &&  package=dvrp_graphics
1753
1754             # ERMITTELE ALLE DATEIEN, DIE ZUM PAKET GEHOEREN
1755             # FEHLERMELDUNGEN WERDEN ABGEFANGEN, DA * AUCH VERZEICHNISSNAMEN
1756             # LIEFERT
1757          package_source_list=`grep "defined( __$package " * 2>/dev/null | cut -f1 -d:`
1758
1759
1760             # FUEGE DIESE DATEIEN DER LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN DATEIEN
1761             # HINZU, FALLS SIE NOCH NICHT DAZUGEHOEREN
1762          for  source_list_name  in  $package_source_list
1763          do
1764             if [[ $(echo $source_list | grep -c $source_list_name) = 0 ]]
1765             then
1766
1767                    # NUR DATEIEN MIT GUELTIGEN ENDUNGEN VERWENDEN
1768                ending=`echo $source_list_name | cut -f2 -d.`
1769                if [[ "$ending" = f90  ||  "$ending" = F90  ||  "$ending" = f  ||  "$ending" = F  ||  "$ending" = c ]]
1770                then
1771                   cp  $source_list_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1772                   source_list="$source_list $source_list_name"
1773                fi
1774             fi
1775          done
1776       done
1777
1778       cd -  > /dev/null
1779    fi
1780
1781
1782       # MAKEFILE AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND KOPIEREN
1783       # BEI RESTART-LAEUFEN LIEGT ES SCHON IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN...
1784#    if [[ "$restart_run" != true ]]
1785#    then
1786#       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
1787#       if [[ ! -f $makefile ]]
1788#       then
1789#          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
1790#          locat=make; exit
1791#       else
1792#          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
1793#       fi
1794#    fi
1795
1796 fi  # do_compile=true
1797
1798
1799    # FALLS PROGRAMMTEILE UEBERSETZT WERDEN SOLLEN, FOLGEN JETZT EINIGE
1800    # UEBERPRUEFUNGEN UND DAS SETZEN DER PRAEPROZESSOR-DIREKTIVEN
1801 if [[ $do_compile = true  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
1802 then
1803
1804       # PRAEPROZESSOR-DIREKTIVEN ZUM SELEKTIVEN AUSWAEHLEN VON CODETEILEN
1805       # ZUSAMMENSETZEN
1806       # DIREKTIVEN ZUM AKTIVIEREN VON RECHNERSPEZIFISCHEM CODE
1807    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1808    then
1809       cpp_options="${cpp_options},-D__ibm=__ibm"
1810    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = nec ]]
1811    then
1812       cpp_options="$cpp_options -D__nec"
1813    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-2) = lc ]]
1814    then
1815       cpp_options="$cpp_options -D__lc"
1816    else
1817       cpp_options="$cpp_options -D__$localhost"
1818    fi
1819
1820       # DIREKTIVEN DIE DURCH OPTION -K BESTIMMT WERDEN (Z.B. PARALLEL)
1821    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1822    then
1823       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond1=__$cond1"
1824       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond2=__$cond2"
1825    else
1826       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond1"
1827       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond2"
1828    fi
1829
1830       # DIREKTIVEN DIE SOFTWAREPAKETE AKTIVIEREN (OPTION -p)
1831    if [[ -n $package_list ]]
1832    then
1833       for  package  in  $package_list
1834       do
1835          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1836          then
1837             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1838             then
1839                cpp_options="${cpp_options},-D__$package=__$package"
1840             else
1841                cpp_options="${cpp_options},-D__dvrp_graphics=__dvrp_graphics"
1842                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1843             fi
1844          else
1845             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1846             then
1847                cpp_options="$cpp_options -D__$package"
1848             else
1849                cpp_options="$cpp_options -D__dvrp_graphics"
1850                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1851             fi
1852          fi
1853       done
1854    fi
1855
1856       # DIREKTIVEN DIE DURCH OPTION -D FESTGELEGT SIND
1857    if [[ -n $cpp_opts ]]
1858    then
1859       for  popts  in  $cpp_opts
1860       do
1861          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1862          then
1863             cpp_options="${cpp_options},-D__$popts=__$popts"
1864          else
1865             cpp_options="$cpp_options -D__$popts"
1866          fi
1867       done
1868    fi
1869
1870 else
1871
1872
1873       # BEI LOKALEN RECHNUNGEN PRUEFEN, OB EXECUTABLE VORHANDEN
1874    if [[ $do_remote = false ]]
1875    then
1876       if [[ ! -f $executable ]]
1877       then
1878          printf "\n  +++ executable file:  $executable"
1879          printf "\n      does not exist"
1880          locat=executable; exit
1881       fi
1882    fi
1883 fi
1884
1885
1886    # JOBMODUS FESTSTELLEN
1887 if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
1888 then
1889    jobmo=BATCH
1890 else
1891    jobmo=INTERACTIVE
1892 fi
1893
1894
1895    # no interactive runs on lctit
1896 if [[ $host = lctit  &&  $jobmo = INTERACTIVE  &&  $do_batch = false ]]
1897 then
1898    printf "\n  +++ no interactive runs allowed on host \"$host\" "
1899    printf "\n      please submit batch job using mrun option \"-b\" \n"
1900    locat=normal; exit
1901 fi
1902
1903
1904    # HOSTSPEZIFISCHE DEFAULT-COMPILER SETZEN, FALLS NICHT BEREITS
1905    # DURCH BENUTZER ANDERWEITIG VEREINBART
1906 if [[ "$compiler_name" = "" ]]
1907 then
1908
1909    printf "\n  +++ no compiler specified for \"$host $cond1 $cond2\""
1910    locat=compiler_name; exit
1911
1912 fi
1913
1914
1915    # COMPILER AUF RIAMS NEC UEBERSCHREIBEN
1916 [[ $localhost = necriam ]]  &&  compiler_name=mpif90
1917
1918
1919
1920    # TEMPORAEREN KATALOGNAMEN BESTIMMEN
1921 kennung=$RANDOM
1922 if [[ "$tmp_user_catalog" = "" ]]
1923 then
1924    if [[ $localhost = ibmh ]]
1925    then
1926       tmp_user_catalog=$SCRATCH
1927    elif [[ $localhost = nech ]]
1928    then
1929       tmp_user_catalog=$WRKSHR
1930    else
1931       tmp_user_catalog=/tmp
1932    fi
1933 fi
1934 TEMPDIR=$tmp_user_catalog/${usern}.$kennung
1935
1936
1937    # KATALOGNAMEN FUER ZWISCHENSPEICHERUNG VON FORTSETZUNGSLAUFDATEIEN
1938    # BESTIMMEN
1939 if [[ "$tmp_data_catalog" = "" ]]
1940 then
1941    if [[ $localhost = nech ]]
1942    then
1943       tmp_data_catalog=$WRKSHR/mrun_restart_data
1944    else
1945       tmp_data_catalog=/tmp/mrun_restart_data
1946    fi
1947 fi
1948
1949
1950    # EVENTUELL BEI LOKALEN RECHNUNGEN $-ZEICHEN IN ENVIRONMENT-VARIABLEN
1951    # ERSETZEN
1952 if [[ $do_remote = false  &&  $do_compile = true  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
1953 then
1954    eval  fopts=\"$fopts\"
1955    eval  lopts=\"$lopts\"
1956 fi
1957
1958
1959
1960    # COMPILE- UND LINK-OPTIONEN BESTIMMEN
1961 fopts="$fopts $netcdf_inc $fftw_inc $dvr_inc"
1962 lopts="$lopts $netcdf_lib $fftw_lib $dvr_lib"
1963 ROPTS="$ropts"
1964# if [[ ( $(echo $host | cut -c1-3) = nec  ||  $(echo $host | cut -c1-3) = ibm  ||  $host = lckyoto  ||  $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib  ||  $host = lctit  ||  $host = lcfimm  ||  $host = lcflow  ||  $host = lcxe6 ||  $host = lcxt5m || $host = lck || $host = lckiaps || $host = lckordi || $host = lcsb || $host )  &&  -n $numprocs ]]
1965# then
1966    XOPT="-X $numprocs"
1967# fi
1968
1969
1970
1971    # PRUEFEN DER CPU-ZEIT. (CPUMAX WIRD ALS ENV-VARIABLE VOM HAUTPRO-
1972    # GRAMM BENOETIGT
1973 done=false
1974 while [[ $done = false ]]
1975 do
1976    cputime=$cpumax
1977    if (( $cputime == 0 ))
1978    then
1979       if [[ $do_batch = true ]]
1980       then
1981          printf "\n  +++ cpu-time is undefined"
1982          printf "\n  >>> Please type CPU-time in seconds as INTEGER:"
1983          printf "\n  >>> "
1984          read  cputime  1>/dev/null  2>&1
1985       else
1986          cputime=10000000   # NO CPU LIMIT FOR INTERACTIVE RUNS
1987       fi
1988    else
1989       done=true
1990    fi
1991    cpumax=$cputime
1992 done
1993
1994 (( minuten = cputime / 60 ))
1995 (( sekunden = cputime - minuten * 60 ))
1996
1997
1998    # PRUEFEN DER KERNSPEICHERANFORDERUNG
1999 if [[ $do_batch = true ]]
2000 then
2001    done=false
2002    while [[ $done = false ]]
2003    do
2004       if (( memory == 0 ))
2005       then
2006          printf "\n  +++ memory demand is undefined"
2007          printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
2008          printf "\n  >>> "
2009          read  memory  1>/dev/null  2>&1
2010       else
2011          done=true
2012       fi
2013    done
2014 fi
2015
2016
2017    # PRUEFEN, OB FUER REMOTE-RECHNUNGEN EIN BENUTZERNAME ANGEGEBEN WURDE
2018 if [[ $do_remote = true  &&  -z $remote_username ]]
2019 then
2020    while [[ -z $remote_username ]]
2021    do
2022       printf "\n  +++ username on remote host \"$host\" is undefined"
2023       printf "\n  >>> Please type username:"
2024       printf "\n  >>> "
2025       read  remote_username
2026    done
2027    mc="$mc -u$remote_username"
2028 fi
2029
2030    # CHECK FOR INITIAL COMMANDS AFTER LOGIN
2031 if [[ "$login_init_cmd" != "" ]]
2032 then
2033    export init_cmds="${login_init_cmd};"
2034 fi
2035
2036
2037    # set module load command and export for subjob
2038 if [[ "$modules" != "" ]]
2039 then
2040    if [[ $host = lctit ]]
2041    then
2042       export module_calls=". $modules"
2043    else
2044       export module_calls="module load ${modules};"
2045    fi
2046 fi
2047
2048    # bugfix for wrong netcdf module and for netCDF4 usage in case of mpt
2049 if [[ $host = lcsgib  ||  $host = lcsgih ]]
2050 then
2051    if [[ $(echo $module_calls | grep -c netcdf/3.6.3-intel) != 0 ]]
2052    then
2053       export module_calls="$module_calls export LD_LIBRARY_PATH=/sw/dataformats/netcdf/3.6.3-intel/lib:\$LD_LIBRARY_PATH;"
2054    fi
2055#     if [[ $(echo $module_calls | grep -c mpt) != 0 ]]
2056#     then
2057#        export module_calls="$module_calls export LD_LIBRARY_PATH=/sw/sgi/mpt/2011-02-07/lib:\$LD_LIBRARY_PATH;"
2058#        echo "*** module_calls = $module_calls"
2059#     fi
2060 fi
2061
2062
2063    # SET DEFAULT VALUE FOR MPI MODULE TO BE USED ON SGI-ALTIX
2064 if [[ $host = lcsgib  ||  $host = lcsgih ]]
2065 then
2066    if [[ $(echo $modules | grep -c mpt ) != 0 ]]
2067    then
2068       mpilib=mpt
2069    elif [[ $(echo $modules | grep -c mvapich ) != 0 ]]
2070    then
2071       mpilib=mvapich
2072    elif [[ $(echo $modules | grep -c impi ) != 0 ]]
2073    then
2074       mpilib=impi
2075    fi
2076 fi
2077
2078
2079
2080###########################################################################
2081# HEADER-AUSGABE
2082###########################################################################
2083
2084
2085 calltime=$(date)
2086 printf "\n"
2087# [[ $silent = false ]]  &&  clear
2088 printf "#------------------------------------------------------------------------# \n"
2089 printf "| %-35s%35s | \n" "$version" "$calltime"
2090 printf "|                                                                        | \n"
2091 spalte1="called on:"; spalte2=$localhost_realname
2092 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2093 if [[ $local_compile = false ]]
2094 then
2095    if [[ $do_remote = true ]]
2096    then
2097       spalte1="execution on:"; spalte2="$host (username: $remote_username)"
2098    else
2099       spalte1="execution on:"; spalte2="$host ($localhost_realname)"
2100    fi
2101 else
2102    spalte1="compiling test only!"; spalte2=""
2103 fi
2104 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2105 if [[ -n $numprocs ]]
2106 then
2107    if [[ $run_coupled_model = false ]]
2108    then
2109       spalte1="number of PEs:"; spalte2=$numprocs
2110    else
2111       spalte1="number of PEs:"; spalte2="$numprocs  (atmosphere: $numprocs_atmos, ocean: $numprocs_ocean)"
2112    fi
2113    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2114 fi
2115 if [[ -n $tasks_per_node ]]
2116 then
2117    spalte1="tasks per node:"; spalte2="$tasks_per_node (number of nodes: $nodes)"
2118    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2119    if (( remaining_pes > 0 ))
2120    then
2121       spalte1=" "; spalte2="one of the nodes only filled with $remaining_pes tasks"
2122       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2123    fi
2124 fi
2125 if [[ $maximum_parallel_io_streams != $numprocs ]]
2126 then
2127    spalte1="max par io streams:"; spalte2="$maximum_parallel_io_streams"
2128    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2129 fi
2130 if [[ $use_openmp = true ]]
2131 then
2132    spalte1="threads per task:"; spalte2="$threads_per_task"
2133    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2134 fi
2135 printf "|                                                                        | \n"
2136 if [[ $do_compile = true ]]
2137 then
2138    if [[ "$mopts" != "" ]]
2139    then
2140       spalte1="make options:"; spalte2=$(echo "$mopts" | cut -c-45)
2141       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2142       zeile=$(echo "$mopts" | cut -c46-)
2143       while [[ "$zeile" != "" ]]
2144       do
2145          spalte1=""
2146          spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2147          printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2148          zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2149       done
2150    fi
2151
2152    spalte1="cpp directives:"; spalte2=$(echo "$cpp_options" | cut -c-45)
2153    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2154    zeile=$(echo "$cpp_options" | cut -c46-)
2155    while [[ "$zeile" != "" ]]
2156    do
2157       spalte1=""
2158       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2159       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2160       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2161    done
2162
2163    spalte1="compiler options:"; spalte2=$(echo "$fopts" | cut -c-45)
2164    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2165    zeile=$(echo "$fopts" | cut -c46-)
2166    while [[ "$zeile" != "" ]]
2167    do
2168       spalte1=""
2169       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2170       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2171       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2172    done
2173
2174    spalte1="linker options:"; spalte2=$(echo "$lopts" | cut -c-45)
2175    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2176    zeile=$(echo "$lopts" | cut -c46-)
2177    while [[ "$zeile" != "" ]]
2178    do
2179       spalte1=""
2180       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2181       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2182       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2183    done
2184
2185    spalte1="modules to be load:"; spalte2=$(echo "$modules" | cut -c-45)
2186    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2187    zeile=$(echo "$modules" | cut -c46-)
2188    while [[ "$zeile" != "" ]]
2189    do
2190       spalte1=""
2191       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2192       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2193       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2194    done
2195
2196    spalte1="main program:"; spalte2=$mainprog
2197    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2198 else
2199    spalte1=executable:; spalte2=$executable
2200    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2201 fi
2202 printf "|                                                                        | \n"
2203 spalte1="base name of files:"; spalte2=$fname
2204 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2205 if [[ $fname != $afname ]]
2206 then
2207    spalte1="base name of input files:"; spalte2=$afname
2208    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2209 fi
2210 spalte1="INPUT control list:"; spalte2=$(echo $input_list)
2211 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2212 spalte1="OUTPUT control list:"; spalte2=$(echo $output_list)
2213 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2214
2215 if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
2216 then
2217    printf "| %-35s%-35s | \n" "suffix \"_O\" is added to local files" " "
2218 fi
2219
2220 if [[ $do_batch = true  ||  "$LOADLBATCH" = yes ]]
2221 then
2222    spalte1="memory demand / PE":; spalte2="$memory MB"
2223    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2224    spalte1=CPU-time:; spalte2="$minuten:$sekunden"
2225    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2226 fi
2227
2228 if [[ $do_compile = true ]]
2229 then
2230    printf "|                                                                        | \n"
2231    printf "| Files to be compiled:                                                  | \n"
2232    zeile=$source_list
2233    while [[ "$zeile" != "" ]]
2234    do
2235       linestart=$(echo $zeile | cut -c-70)
2236       printf "| %-70s | \n" "$linestart"
2237       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c71-)
2238    done
2239 fi
2240 printf "#------------------------------------------------------------------------#"
2241
2242
2243
2244    # BEDINGTE AUSGABE DER DATEIVERBINDUNGEN
2245 if [[ $do_trace = true ]]
2246 then
2247    (( i = 0 ))
2248    while (( i < iin ))
2249    do
2250       (( i = i + 1 ))
2251       if (( i == 1 ))
2252       then
2253          printf "\n\n >>> INPUT-file assignments:\n"
2254       fi
2255       printf "\n     ${localin[$i]} :  ${absnamein[$i]}"
2256    done
2257    (( i = 0 ))
2258    while (( i < iout ))
2259    do
2260       (( i = i + 1 ))
2261       if (( i == 1 ))
2262       then
2263          printf "\n\n >>> OUTPUT-file assignments:\n"
2264       fi
2265       printf "\n     ${localout[$i]} :  ${pathout[$i]}"
2266    done
2267    (( i = 0 ))
2268    while (( i < iic ))
2269    do
2270       (( i = i + 1 ))
2271       if (( i == 1 ))
2272       then
2273          printf "\n\n >>> INPUT-commands:\n"
2274       fi
2275       printf "\n     ${in_command[$i]}" 
2276    done
2277    (( i = 0 ))
2278    while (( i < ioc ))
2279    do
2280       (( i = i + 1 ))
2281       if (( i == 1 ))
2282       then
2283          printf "\n\n >>> OUTPUT-commands:\n"
2284       fi
2285       printf "\n     ${out_command[$i]}" 
2286    done
2287 fi
2288
2289
2290    # ABFRAGEN BEI AUFRUF AUF LOKALER MASCHINE
2291 if [[ $remotecall = false  &&  $silent = false  &&  $jobmo != BATCH ]]
2292 then
2293    antwort=dummy
2294    printf "\n\n"
2295    printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2296    while  read antwort
2297    do
2298       if [[ "$antwort" != y  &&  "$antwort" != Y  &&  "$antwort" != n  &&  "$antwort" != N ]]
2299       then
2300          printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2301       else
2302          break
2303       fi
2304    done
2305    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
2306    then
2307       locat=user_abort; (( iec = 0 )); exit
2308    fi
2309    if [[ $do_batch = true ]]
2310    then
2311       printf " >>> batch-job will be created and submitted"
2312    else
2313       if [[ $local_compile = false ]]
2314       then
2315          printf " >>> MRUN will now continue to execute on this machine"
2316       else
2317          printf " >>> a test compilation will now be carried out on this machine"
2318       fi
2319    fi
2320 fi
2321
2322
2323    # PERFORM PARAMETER FILE CHECK (COUPLED RUNS ARE NOT SUPPORTED YET)
2324    # DEFINE VARIABLES FOR FREQUENTLY USED DIRECTORIES
2325 check_depository="${working_directory}/trunk/UTIL"
2326 check_sources="${working_directory}/tmp_check_namelist_files"
2327 skip_check=false
2328
2329    # CHECK IF NAMELIST_FILE_CHECK HAS BEEN COMPILED SUCCESSFULLY
2330 if [[ ! -f $check_depository/check_namelist_files.tar ]]
2331 then
2332    skip_check=true
2333    reason="run on remote host or parameter file check has not been compiled."
2334 fi
2335 if [[ ! -f $PALM_BIN/check_namelist_files.x ]]
2336 then
2337    skip_check=true
2338    reason="parameter file check has not been compiled."
2339 fi
2340
2341    # CHECK FOR PARALLEL RUN; OTHERWISE SKIP CHECK
2342 if [[ "$cond1" != "parallel"  &&  "$cond2" != "parallel" ]]
2343 then
2344    skip_check=true
2345    reason="serial run."
2346 fi
2347
2348    # ONLY PERFORM CHECK IF -z OPTION IS NOT SET, NO RESTART RUN IS CARRIED OUT
2349    # AND IF THE EXECUTION HOST IS THE LOCAL HOST
2350    # ATTENTION: THIS ROUTINE DOES NOT WORK IF THE COMPILER ON THE LOCAL HOST
2351    # DIFFERS FROM THE COMPILER ON THE REMOTE HOST
2352 if [[ $check_namelist_files == false ]]
2353 then
2354    skip_check=true
2355    reason="-z option set."
2356 fi
2357
2358 if [[ $fromhost != $localhost ]]
2359 then
2360    skip_check=true
2361    reason="submitting host is local host." 
2362 fi 
2363
2364 if [[ $run_coupled_model == true ]]
2365 then
2366    skip_check=true
2367    reason="coupled run." 
2368 fi
2369
2370 if [[ $restart_run == true ]]
2371 then
2372    skip_check=true
2373    reason="restart run."     
2374 fi
2375
2376    # SKIP CHECK IN CASE OF RESTART RUN: CHECK WHETHER THE LAST CHAR IS "f" IN PARIN
2377 (( last_char_int = `echo $filename_input | wc -c` - 1 ))
2378 last_char=`echo $filename_input | cut -c $last_char_int`
2379 if [[ "$last_char" == "f" ]]
2380 then
2381    skip_check=true
2382    reason="restart run."
2383 fi
2384
2385 if [[ $skip_check == false ]]
2386 then
2387    tmp_check=${working_directory}/tmp_check
2388
2389       # GET TOPOGRAPHY PARAMETER FILE SUFFIX (USUALLY "_TOPO"). THIS FILE IS
2390       # NOT NECESSARILY REQUIRED
2391    line=""
2392    found=false
2393    grep  "TOPOGRAPHY_DATA" $config_file  >  $tmp_check
2394    while read line1
2395    do
2396       line="$line1"
2397       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2398       then
2399          topo_suffix=`echo $line | tr -s " " | cut -d" " -s -f5`
2400          found=true
2401       fi
2402    done < $tmp_check
2403
2404    if [[ $found = false ]]
2405    then
2406       printf "\n  +++ no TOPOGRAPHY list entry found in the configuration file."
2407    fi
2408
2409       # GET NUDGING PARAMETER FILE SUFFIX (USUALLY "_NUDGE"). THIS FILE IS
2410       # NOT NECESSARILY REQUIRED
2411    line=""
2412    found=false
2413    grep  "NUDGING_DATA" $config_file  >  $tmp_check
2414    while read line1
2415    do
2416       line="$line1"
2417       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2418       then
2419          nudge_suffix=`echo $line | tr -s " " | cut -d" " -s -f5`
2420          found=true
2421       fi
2422    done < $tmp_check
2423
2424    if [[ $found = false ]]
2425    then
2426       printf "\n  +++ no NUDGING list entry found in the configuration file."
2427    fi
2428
2429       # GET LARGE SCALE FORCING PARAMETER FILE SUFFIX (USUALLY "_LSF"). THIS FILE IS
2430       # NOT NECESSARILY REQUIRED
2431    line=""
2432    found=false
2433    grep  "LSF_DATA" $config_file  >  $tmp_check
2434    while read line1
2435    do
2436       line="$line1"
2437       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2438       then
2439          lsf_suffix=`echo $line | tr -s " " | cut -d" " -s -f5`
2440          found=true
2441       fi
2442    done < $tmp_check
2443
2444    if [[ $found = false ]]
2445    then
2446       printf "\n  +++ no LSF list entry found in the configuration file."
2447    fi
2448
2449    rm -rf ${working_directory}/tmp_check
2450
2451       # CHECK IF THE P3DF FILE MUST BE CHECKED
2452    for  item  in  $input_list
2453    do
2454       if [[ "$item" == "restart" ]]
2455       then
2456          check_restart=1
2457       else
2458          check_restart=0
2459       fi
2460    done
2461
2462      # ERROR IF NO PARAMETER FILE WAS FOUND, OTHERWISE PROCEED
2463    if [[ (! -f $filename_input) && ( "$filename_input" != "" ) ]]
2464    then
2465       printf "\n\n  +++ ERROR: parameter file ($filename_input) not found." 
2466       locat=check_namelist; exit
2467    fi
2468   
2469       # CHECK IF THE RESTART PARAMETER FILE EXISTS (IF NECESSARY)
2470    if  [[ $check_restart == 1 ]]
2471    then
2472
2473       filenamef="${filename_input}f"
2474       if [[ ! -f $filenamef ]]
2475       then
2476          printf "\n\n  +++ WARNING: restart parameter file ($filenamef) is missing." 
2477          check_restart=0
2478          answer=dummy
2479          printf "\n\n"
2480
2481          if [[ $silent == false ]]
2482          then
2483             while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2484             do
2485                printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2486                read  answer
2487             done
2488             if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2489             then
2490                printf "\n  +++ Aborting...."
2491                locat=normal; exit
2492             fi
2493          fi
2494       else
2495          check_restart=1
2496       fi
2497    fi
2498
2499       # CREATE TEMPORARY SOURCES_FOR_CHECK PATH
2500    mkdir $check_sources
2501    cd $check_sources
2502
2503
2504       # CHECK FOR USER CODE, OTHERWISE USE THE PRECOMPILED CHECK_NAMELIST_FILES.X
2505    if [[ -d $add_source_path ]]
2506    then
2507       printf "\n\n  *** copying files from $check_depository" 
2508       cp $check_depository/check_namelist_files.tar ./
2509
2510       printf "\n\n  *** untar of makefile and source files in $check_sources"
2511       tar -xf check_namelist_files.tar  >  /dev/null  2>&1
2512
2513       printf "\n\n  *** adding user code." 
2514       cp $add_source_path/* ./
2515       touch check_namelist_files.f90
2516
2517          # GET COMPILER OPTIONS AND PERFORM MAKE
2518       printf "\n\n  *** compiling code if necessary...\n"
2519
2520          # workaround for batch jobs on local machine (lcxe6)
2521       if [[ $do_batch == true && $do_remote == false ]]
2522       then
2523          eval $init_cmds
2524       fi
2525
2526          # GET CHECK OPTIONS
2527       line=""
2528       found=false
2529
2530       grep  "$localhost" ${base_directory}/${config_file} | grep "%cpp_options"  >  $tmp_check
2531
2532       while read line1
2533       do
2534
2535          if [[ $(echo $line1 | cut -d" " -s -f3-) = "$localhost" ]]
2536          then
2537             line="$line1"
2538          fi
2539
2540          if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2541          then
2542                # EVENTUELLE DOPPELPUNKTE AUS OPTIONSSTRING UND ALLE -D ENTFERNEN
2543             line="$line "
2544             copts_check=`echo $line | cut -d" " -s -f2 | sed 's/::/%DUM%/g' | sed 's/:/ /g' | sed 's/%DUM%/:/g' | sed 's/-D[^ ]* //g' | sed 's/ -D.*//g'`
2545             found=true
2546          fi
2547
2548       done < $tmp_check
2549       copts_check="$copts_check -D__check -D__parallel"
2550
2551       make -f Makefile_check F90=$compiler_name_ser  COPT="$copts_check"
2552
2553          # GET MAKE OUTPUT
2554       if [[ $? != 0 ]]
2555       then
2556          printf "\n  +++ error during make."       
2557          answer=dummy
2558          printf "\n\n"
2559          if [[ $silent == false ]]
2560          then
2561             while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2562             do
2563                printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2564                read  answer
2565             done
2566             if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2567             then
2568                printf "\n  +++ Aborting..."
2569                rm -rf  $check_sources
2570                locat=normal; exit
2571             else
2572                skip_check=true
2573             fi
2574          else
2575             skip_check=true
2576          fi
2577       fi
2578    else
2579       cp $PALM_BIN/check_namelist_files.x ./
2580    fi
2581
2582    cp $filename_input ./PARIN
2583    if [[ $check_restart == 1 ]] 
2584    then
2585       cp $filenamef ./PARINF   
2586    fi
2587
2588    if [[ -f ${pathname}/${fname}${topo_suffix} && $skip_check == false ]]
2589    then
2590       printf "\n  *** adding topography data"
2591       cp ${pathname}/${fname}${topo_suffix} ./TOPOGRAPHY_DATA
2592
2593          # IN CASE OF TOPOGRAPHY AND HIGH GRID POINT NUMBERS, THE STACK SIZE
2594          # MUST BE INCREASED. THIS IS DUE TO THE ARRAY nzb_local AND topo_height,
2595          # WHICH REQUIRE SUFFICIENT MEMORY
2596       ulimit -s unlimited         
2597    fi
2598
2599    if [[ -f ${pathname}/${fname}${nudge_suffix} && $skip_check == false ]]
2600    then
2601       printf "\n  *** adding nudging data"
2602       cp ${pathname}/${fname}${nudge_suffix} ./NUDGING_DATA       
2603    fi
2604
2605    if [[ -f ${pathname}/${fname}${lsf_suffix} && $skip_check == false ]]
2606    then
2607       printf "\n  *** adding large scale forcing data"
2608       cp ${pathname}/${fname}${lsf_suffix} ./LSF_DATA       
2609    fi
2610
2611       # CREATE ENVPAR FILE, WHICH IS NEEDED BY CHECK_NAMELIST_FILES.X
2612    cat  >  ENVPAR  <<  %%END%%
2613 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$host',
2614            write_binary = '$write_binary', tasks_per_node = $tasks_per_node,
2615            maximum_parallel_io_streams = $maximum_parallel_io_streams,
2616            maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
2617            revision = '$global_revision',
2618            local_dvrserver_running = $local_dvrserver_running /
2619
2620%%END%%
2621
2622       # SAFETY CHECK: ONLY PROCEED IF THE PARAMETER CHECK PROGRAM WAS PROPERLY COMPILED
2623    if [[ ! -f check_namelist_files.x  &&  $skip_check == false ]]
2624    then
2625       printf "\n  +++ WARNING: check_namelist_files.x not found."
2626       answer=dummy
2627       printf "\n\n"
2628
2629       if [[ $silent == false ]]
2630       then
2631          while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2632          do
2633             printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2634             read  answer
2635          done
2636          if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2637          then
2638             printf "\n  +++ Aborting..."
2639             rm -rf  $check_sources
2640             locat=normal; exit
2641          else
2642             printf "\n  *** skipping parameter file check."         
2643          fi
2644      fi
2645       
2646    elif [[ $skip_check == false ]]
2647    then
2648          # STARTING THE PARAMETER FILE CHECK
2649       printf "\n\n  *** starting parameter file check..."
2650
2651          # CHECKING THE P3D FILE
2652       printf "\n\n      (1) checking $filename_input" 
2653       echo "$numprocs 0 0" > VARIN
2654       errors=`./check_namelist_files.x < VARIN 2>&1`
2655
2656       check_error=false
2657       if [[ "$errors" == "" ]]
2658       then
2659          printf " --> o.k."
2660       else
2661          printf " --> failed."
2662          check_error=true
2663          printf "\n\n  $errors"
2664       fi
2665
2666          # CHECKING THE PD3F FILE IF NECESSARY
2667       if [[ $check_restart == 1 && $check_error == false ]]
2668       then
2669          printf "\n\n      (2) checking $filenamef" 
2670
2671             # FIRST CHECK IF INITIALIZING_ACTIONS="READ_RESTART_DATA" IS SET
2672             # IN &INIPAR LIST
2673          found=false
2674          cat PARINF | while read line
2675          do
2676             line=$(echo $line|sed 's/ //g')
2677             if [[ $line == *"&inipar"* ]]
2678             then
2679                start_search=true
2680             fi
2681
2682             if [[ $start_search == true ]]
2683             then
2684                if [[ $line == *"initializing_actions='read_restart_data'"* ]]
2685                then
2686                   found=true
2687                   break
2688                fi
2689             fi
2690
2691             if [[ $line == *"/"* ]]
2692             then
2693                start_search=false
2694             fi
2695
2696          done
2697
2698          if [[ $found = false ]]
2699          then
2700             printf "\n\n  +++ ERROR: initializing_actions = 'read_restart_data' not found"
2701             printf "\n      in &inipar list in $fname$p3df_suffix."
2702             rm -rf  $check_sources
2703             locat=check_namelist; exit
2704          fi
2705
2706             # READ max_user_pr FROM FILES
2707          if [[ -f parin_for_check ]]
2708          then
2709             read max_pr_user < parin_for_check
2710          else
2711             max_user_pr=0
2712          fi
2713
2714          echo "$numprocs 1 $max_pr_user" > VARIN
2715          errors=`./check_namelist_files.x < VARIN 2>&1`
2716
2717          if [[ "$errors" == "" ]]
2718          then
2719             printf " --> o.k."
2720          else
2721             printf " --> failed."
2722             check_error=true
2723             printf "\n\n  $errors"
2724          fi
2725       fi
2726   
2727          # REPORT ERRORS AND CONTINUE/EXIT
2728       if [[ $check_error == true ]]
2729       then
2730          printf "\n  +++ errors found in the parameter file!\n"
2731          answer=dummy
2732          printf "\n\n"
2733
2734          while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2735          do
2736             printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2737             read  answer
2738          done
2739
2740          if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2741          then
2742             printf "\n  +++ Aborting..."
2743             rm -rf  $check_sources
2744             locat=normal; exit
2745          fi
2746        else
2747          printf "\n\n  *** parameter file(s) seem(s) to be o.k.\n"
2748        fi
2749        rm -rf $check_sources
2750    fi
2751 else
2752    printf "\n\n  +++ skipping parameter file check due to following reason: $reason \n" 
2753 fi
2754
2755    # DELETE TEMPORARY DIRECTORY AND FINISH NAMELIST FILE CHECK   
2756 rm -rf  $check_sources
2757 cd $working_directory
2758
2759
2760    # DETERMINE PATH FOR MAKE DEPOSITORY
2761 if [[ $do_batch = false  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
2762 then
2763
2764    line=""
2765    grep "%depository_path" $config_file  >  tmp_mrun
2766    while read line
2767    do
2768       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2769       then
2770          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f3)" = "" ]]
2771          then
2772             global_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2773          fi
2774       fi
2775    done < tmp_mrun
2776
2777    line=""
2778    grep  " $localhost" $config_file | grep "%depository_path"  >  tmp_mrun
2779    while read line
2780    do
2781       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2782       then
2783          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f4)" = "$cond1"  &&  "$(echo $line | cut -d" " -s -f5)" = "$cond2" ]]
2784          then
2785             local_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2786          fi
2787       fi
2788    done < tmp_mrun
2789
2790    if [[ "$local_depository_path" = "" ]]
2791    then
2792       if [[ "$global_depository_path" != "" ]]
2793       then
2794          local_depository_path=$global_depository_path
2795       else
2796          printf "\n\n  +++ no depository path found in configuration file"
2797          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
2798          printf "\n      please set \"\%depository_path\" in configuration file\n"
2799          locat=config_file; exit
2800       fi
2801    fi
2802    eval local_depository_path=$local_depository_path
2803    [[ "$cond1" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond1
2804    [[ "$cond2" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond2
2805
2806
2807    basename=`echo $mainprog | cut -f1 -d"."`
2808    eval make_depository=${local_depository_path}/${basename}_current_version.tar
2809    if [[ ! -f $make_depository ]]
2810    then
2811       printf "\n"
2812       printf "\n  *** WARNING: make depository \"$make_depository\" not found"
2813       printf "\n               \"make\" will fail, if the Makefile or other source files are missing\n"
2814    fi
2815
2816 fi
2817
2818
2819    # FALLS AUF DIESER MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL, WERDEN JETZT ENTSPRE-
2820    # CHENDE AKTIONEN DURCHGEFUEHRT
2821 if [[ $do_batch = false ]]
2822 then
2823
2824
2825       # TEMPORAEREN KATALOG ERZEUGEN
2826    mkdir -p  $TEMPDIR
2827    chmod  go+rx  $TEMPDIR
2828    tmpcreate=true
2829
2830
2831       # SAEMTLICHE QUELLTEXT-DATEIEN BZW. AUSFUEHRBARES PROGRAMM IN
2832       # TEMPORAERES VERZEICHNIS KOPIEREN
2833    if [[ $do_compile = true ]]
2834    then
2835
2836          # ON NEC, COMPILATION IS DONE ON HOST CROSS VIA CROSS COMPILING
2837          # CREATE A TEMPORARY DIRECTORY ON THAT MACHINE (HOME MOUNTED VIA NFS)
2838       if [[ $localhost = nech ]]
2839       then
2840          TEMPDIR_COMPILE=$HOME/work/${usern}.$kennung
2841          if  mkdir -p  $TEMPDIR_COMPILE
2842          then
2843             printf "\n  *** \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2844             printf "\n      is generated as temporary directory for cross compiling\n"
2845          else
2846             printf "\n  +++ creating directory \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2847             printf "\n      needed for cross compilation failed"
2848             locat=compile
2849             exit
2850          fi
2851       else
2852          TEMPDIR_COMPILE=$TEMPDIR
2853       fi
2854
2855       cp  $make_depository  $TEMPDIR_COMPILE
2856       cd  $TEMPDIR_COMPILE
2857       tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
2858       cd -  > /dev/null
2859
2860          # DUE TO UNKNOWN REASONS, COPY WITH cp COMMAND CREATES CORRUPT
2861          # FILES ON CRAY XC30 SYSTEMS (HLRN III), rsync IS USED INSTEAD
2862       rsync -av -t  SOURCES_FOR_RUN_$fname/*  $TEMPDIR_COMPILE  >  /dev/null
2863
2864    else
2865
2866       cp  $executable   ${TEMPDIR}/a.out
2867
2868    fi
2869
2870
2871       # WECHSEL IN TEMPORAEREN KATALOG
2872    cd  $TEMPDIR
2873    printf "\n  *** changed to temporary directory: $TEMPDIR"
2874
2875
2876       # OUTPUT-DATEI-VERBINDUNGEN AUF TEMPORAERER DATEI ABLEGEN
2877       # DIESE DATEI KANN VON SPAETER AUFZURUFENDEN BENUTZERPROZEDUREN GELESEN
2878       # WERDEN, UM ZU LOKALEN DATEINAMEN GEHOERENDE PERMANENTE NAMEN ZU
2879       # ERMITTELN
2880    (( i = 0 ))
2881    while (( i < iout ))
2882    do
2883       (( i = i + 1 ))
2884       if [[ "${actionout[$i]}" = tr  ||  "${actionout[$i]}" = tra  ||  "${actionout[$i]}" = trpe ]]
2885       then
2886          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2887       else
2888          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${frelout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2889       fi
2890    done
2891
2892
2893       # IF REQUIRED, START WITH COMPILING ACTIONS
2894    if [[ $do_compile = true ]]
2895    then
2896
2897
2898       if [[ -f a.out ]]
2899       then
2900
2901             # EXECUTABLE WAS CREATED DURING INTERACTIVE CALL OF MRUN
2902          printf "\n\n\n  *** executable a.out found"
2903          printf "\n      no compilation required \n"
2904
2905       else
2906
2907             # COMPILING WITH MAKE (ON NEC COMPILER IS CALLED ON HOST CROSS)
2908          printf "\n\n\n  *** compilation starts \n$striche\n"
2909          printf "  *** compilation with make using following options:\n"
2910          printf "      make depository:          $make_depository"
2911          if [[ "$mopts" != "" ]]
2912          then
2913             printf "      make options:             $mopts\n"
2914          fi
2915          printf "      compilername:             $compiler_name\n"
2916          printf "      compiler options:         $fopts\n"
2917          printf "      preprocessor directives:  $cpp_options \n"
2918          printf "      linker options:           $lopts \n"
2919          if [[ "$modules" != "" ]]
2920          then
2921             printf "      modules to be load:       $modules \n"
2922          fi
2923          printf "      source code files:        $source_list \n"
2924
2925          if [[ $localhost = nech ]]
2926          then
2927             ssh  $SSH_PORTOPT  136.172.44.192 -l $usern "$init_cmds $module_calls cd \$HOME/work/${usern}.$kennung; sxmake $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2928             cp  $TEMPDIR_COMPILE/a.out  .
2929             [[ $? != 0 ]]  &&  compile_error=true
2930             rm -rf  $TEMPDIR_COMPILE
2931          elif [[ $localhost = ibmh ]]
2932          then
2933             printf "      compiler is called via ssh on \"plogin1\" \n"
2934             ssh  $SSH_PORTOPT  plogin1  -l $usern  "$init_cmds export PATH=/sw/ibm/xlf/13.1.0.8/usr/bin:$PATH; $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2935             [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2936             continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2937          elif [[ $localhost = lcsgib ]]
2938          then
2939             printf "      compiler is called via ssh on \"bicegate0\" \n"
2940             ssh  $SSH_PORTOPT  bicegate0  -l $usern  "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2941             [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2942             continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2943          elif [[ $localhost = lcsgih ]]
2944          then
2945             printf "      compiler is called via ssh on \"hicegate0\" \n"
2946             ssh  $SSH_PORTOPT  hicegate0  -l $usern  "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" 2>&1 "
2947             [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2948             continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2949          elif [[ $localhost = lcflow ]]
2950          then
2951             printf "      compiler is called via ssh on \"flow\" \n"
2952             /usr/bin/ssh  $SSH_PORTOPT  flow02.hpc.uni-oldenburg.de -l $usern "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out F90=$compiler_name COPT=\"$cpp_options\" F90FLAGS=\"$fopts\" LDFLAGS=\"$lopts\" "
2953             check_for_file=`/usr/bin/ssh $SSH_PORTOPT flow02.hpc.uni-oldenburg.de -l $usern "ls $TEMPDIR/a.out 2> /dev/null"`
2954             [[ "$check_for_file" = "" ]]  &&  compile_error=true
2955             continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2956          elif [[ $localhost = lccrayb  ||  $localhost = lccrayf ||  $localhost = lccrayh ]]
2957          then
2958             make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2959          else
2960             [[ "$init_cmds" != "" ]]  &&  eval $init_cmds
2961             [[ "$module_calls" != "" ]]  &&  eval $module_calls
2962             make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2963          fi
2964
2965          if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
2966          then
2967             printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
2968             locat=compile
2969
2970             exit
2971          else
2972             printf "$striche\n  *** compilation finished \n"
2973          fi
2974
2975       fi
2976
2977    fi
2978
2979
2980       # FALLS NUR TESTWEISE KOMPILIERT WERDEN SOLLTE, IST MRUN JETZT FERTIG
2981    if [[ $local_compile = true ]]
2982    then
2983       cd  $HOME
2984       rm -rf $TEMPDIR
2985       locat=local_compile; exit
2986    fi
2987
2988
2989       # BEREITSTELLEN DER INPUT-DATEIEN
2990       # SCHLEIFE UEBER ALLE VOM BENUTZER ANGEGEBENEN DATEIEN
2991    (( i = 0 ))
2992    while (( i < iin ))
2993    do
2994       (( i = i + 1 ))
2995       if (( i == 1 ))
2996       then
2997          printf "\n\n  *** providing INPUT-files:\n$striche"
2998       fi
2999
3000
3001          # OPTIONALE DATEIEN BEI NICHTVORHANDENSEIN UEBERGEHEN
3002       if [[ "${transin[$i]}" = unavailable ]]
3003       then
3004          if [[ "${extin[$i]}" = ""  ||  "${extin[$i]}" = " " ]]
3005          then
3006             printf "\n  +++ WARNING: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}\" "
3007             printf "\n               is not available!"
3008          else
3009             printf "\n  +++ WARNING: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}.${extin[$i]}\" "
3010             printf "\n               is not available!"
3011          fi
3012          continue
3013       fi
3014
3015          # PRUEFEN, OB EINZELDATEI ODER DATEI PRO PROZESSOR
3016       files_for_pes=false; datentyp=file
3017       if [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
3018       then
3019          files_for_pes=true; datentyp=directory
3020          actionin[$i]=""
3021       elif [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
3022       then
3023          actionin[$i]=""
3024       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
3025       then
3026          files_for_pes=true; datentyp=directory
3027          actionin[$i]="ar"
3028       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3029       then
3030          actionin[$i]="ar"
3031       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
3032       then
3033          files_for_pes=true; datentyp=directory
3034          actionin[$i]="fl"
3035       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3036       then
3037          actionin[$i]="fl"
3038       fi
3039
3040       if [[ $files_for_pes = true ]]
3041       then
3042          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}/....  to  ${localin[$i]}"
3043       else
3044          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}  to  ${localin[$i]}"
3045       fi
3046
3047          # INPUT-DATEI FUER EINEN FORTSETZUNGSLAUF. ES WIRD GEPRUEFT,
3048          # OB DIESE DATEI NOCH AUF DEM TEMPORAEREN DATENKATALOG VORHANDEN
3049          # IST. FALLS NICHT, WIRD VERSUCHT, SIE ANSCHLIESSEND VOM ARCHIV-
3050          # SERVER ZU HOLEN
3051       if [[ "${actionin[$i]}" = fl ]]
3052       then
3053          printf "\n      $datentyp will be fetched from temporary directory \"${tmp_data_catalog}\" !"
3054          if [[ $files_for_pes = false ]]
3055          then
3056             if [[ -f "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
3057             then
3058                ln  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
3059                got_tmp[$i]=true
3060             elif [[ -f "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
3061             then
3062                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
3063                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
3064                cp  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
3065             else
3066                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
3067                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
3068                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
3069                actionin[$i]=ar
3070             fi
3071          else
3072             if [[ -d "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
3073             then
3074                mkdir  ${localin[$i]}
3075                cd $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
3076                for file in $(ls *)
3077                do
3078                   ln $file $TEMPDIR/${localin[$i]}
3079                done
3080                cd $TEMPDIR
3081                got_tmp[$i]=true
3082             elif [[ -d "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
3083             then
3084                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
3085                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
3086                cp -r  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
3087             else
3088                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
3089                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
3090                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
3091                actionin[$i]=ar
3092             fi
3093          fi
3094       fi
3095
3096
3097          # DATEI LIEGT AUF ARCHIV-SERVER
3098       if [[ "${actionin[$i]}" = ar ]]
3099       then
3100
3101          if [[ $files_for_pes = false ]]
3102          then
3103             printf "\n      file will be restored from archive-system ($archive_system)!"
3104          else
3105             printf "\n      directory will be restored from archive-system ($archive_system)!"
3106          fi
3107
3108          file_restored=false
3109
3110          if [[ $archive_system = asterix ]]
3111          then
3112             do_stagein=true
3113             (( stagein_anz = 0 ))
3114             while [[ $do_stagein = true ]]
3115             do
3116                if [[ $files_for_pes = false ]]
3117                then
3118                   stagein  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
3119                else
3120                   stagein  -t  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
3121                fi
3122                cat  STAGEIN_OUTPUT
3123                if [[ $(grep -c "st.msg:i24"  STAGEIN_OUTPUT) != 0 ]]
3124                then
3125                   file_restored=true
3126                   do_stagein=false
3127                else
3128                   (( stagein_anz = stagein_anz + 1 ))
3129                   if (( stagein_anz == 10 ))
3130                   then
3131                      printf "\n  +++ stagein stoped after 10 tries"
3132                      locat=stage
3133                      exit
3134                   fi
3135                   printf "\n  +++ restoring from archive failed, trying again:"
3136                   sleep 900
3137                fi
3138             done
3139          elif [[ $archive_system = DMF ]]
3140          then
3141             if [[ $files_for_pes = false ]]
3142             then
3143                printf "\n  +++ restoring of single files impossible with $archive_system !\n"
3144                locat=DMF
3145                exit
3146             else
3147                find  $ARCHIVE/${frelin[$i]}  -type m  -print  |  dmget
3148                cp  -r $ARCHIVE/${frelin[$i]}  $PWD
3149                file_restored=true
3150             fi
3151          elif [[ $archive_system = tivoli ]]
3152          then
3153             if [[ $files_for_pes = false ]]
3154             then
3155                if [[ $localhost = lcsgih ]]
3156                then
3157                   ssh  $SSH_PORTOPT  $usern@hicedata.hlrn.de  "cp  $PERM/${frelin[$i]}  $PWD"
3158                else
3159                   ssh  $SSH_PORTOPT  $usern@bicedata.hlrn.de  "cp  $PERM/${frelin[$i]}  $PWD"
3160                fi
3161             else
3162                (( inode = 0 ))
3163                while (( inode < nodes ))
3164                do
3165                   if [[ $localhost = lcsgih ]]
3166                   then
3167                      ssh  $SSH_PORTOPT  $usern@hicedata.hlrn.de  "cd $PWD; tar  xf  $PERM/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar"
3168                   else
3169                      ssh  $SSH_PORTOPT  $usern@bicedata.hlrn.de  "cd $PWD; tar  xf  $PERM/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar"
3170                   fi
3171                   (( inode = inode + 1 ))
3172                done
3173             fi
3174             file_restored=true
3175          elif [[ $archive_system = ut ]]
3176          then
3177             if [[ $files_for_pes = false ]]
3178             then
3179                cp  $UT/${frelin[$i]}  .
3180             else
3181                (( inode = 0 ))
3182                while (( inode < nodes ))
3183                do
3184                   tar  xf  $UT/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar
3185                   (( inode = inode + 1 ))
3186                done
3187             fi
3188             file_restored=true
3189          else
3190             printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"   restore impossible!"
3191             locat=rearchive
3192             exit
3193          fi
3194
3195          if [[ $file_restored = true ]]
3196          then
3197
3198                # DATEI AUCH AUF TEMPORAERES DATENVERZEICHNIS LEGEN, DAMIT
3199                # SIE BEI WEITEREN ZUGRIFFEN NOCH VORHANDEN IST
3200             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog; chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
3201             if [[ $files_for_pes = false ]]
3202             then
3203                ln  -f  ${frelin[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
3204             else
3205                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
3206                ln  -f  ${frelin[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
3207             fi
3208             got_tmp[$i]=true
3209
3210                # DATEI UNTER LOKALEM NAMEN ZUR VERFUEGUNG STELLEN
3211             mv  ${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
3212
3213          fi
3214       fi
3215
3216
3217          # DATEI LIEGT IM VOM BENUTZER ANGEGEBENEN VERZEICHNIS
3218       if [[ "${actionin[$i]}" = ""  ||  "${actionin[$i]}" = "di"  ||  "${actionin[$i]}" = "npe" ]]
3219       then
3220
3221          if [[ "${actionin[$i]}" = "npe"  &&  -n $numprocs ]]
3222          then
3223
3224                # DATEI WIRD FUER DIE PROZESSOREN EINES PARALLERECHNERS BEREITGESTELLT
3225             printf "\n      file will be provided for $numprocs processors"
3226             mkdir  ${localin[$i]}
3227             ival=$numprocs
3228             (( ii = 0 ))
3229             while (( ii <= ival-1 ))
3230             do
3231                if (( ii < 10 ))
3232                then
3233                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_000$ii
3234                elif (( ii < 100 ))
3235                then
3236                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_00$ii
3237                elif (( ii < 1000 ))
3238                then
3239                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_0$ii
3240                else
3241                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_$ii
3242                fi
3243                (( ii = ii + 1 ))
3244             done
3245
3246          else
3247
3248             if [[ $files_for_pes = true ]]
3249             then
3250
3251                   # DIE DEN PROZESSOREN EINES PARALLELRECHNERS ZUGEHOERIGEN
3252                   # DATEIEN WERDEN BEREITGESTELLT, INDEM ZUERST DER GESAMTE
3253                   # KATALOGINHALT KOPIERT UND DANN DIE EINZELNEN DATEIEN
3254                   # PER MOVE UMBENANNT WERDEN
3255                printf "\n      providing $numprocs files for the respective processors"
3256                mkdir  ${localin[$i]}
3257                if [[ $link_local_input = true ]]
3258                    then
3259                    printf "      using ln -f\n"
3260                    cd ${absnamein[$i]}
3261                    for file in $(ls *)
3262                      do
3263                      ln -f $file  ${localin[$i]}
3264                    done
3265                    cd $TEMPDIR
3266                fi
3267                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp -r"
3268                if [[ ! -f "${localin[$i]}/_0000" ]]
3269                    then
3270                    if [[ $link_local_input = true ]]
3271                        then
3272                        printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
3273                    fi
3274                    cp -r  ${absnamein[$i]}/*  ${localin[$i]}
3275                fi
3276
3277             else
3278                   # BEREITSTELLUNG AUF EINPROZESSORRECHNERN
3279                if [[ $link_local_input = true ]]
3280                then
3281                    printf "      using ln -f\n"
3282                    ln -f  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
3283                fi
3284                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp"
3285                if [[ ! -f "${localin[$i]}" ]]
3286                then
3287                    if [[ $link_local_input = true ]]
3288                    then
3289                        printf "      ln failed, using cp...\n"
3290                    fi
3291                    cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
3292                fi
3293             fi
3294          fi
3295       fi
3296
3297    done
3298    if (( i != 0 ))
3299    then
3300       printf "\n$striche\n  *** all INPUT-files provided \n"
3301    fi
3302
3303
3304       # EVENTUELLE INPUT-KOMMANDOS ABARBEITEN
3305    (( i = 0 ))
3306    while (( i < iic ))
3307    do
3308       (( i = i + 1 ))
3309       if (( i == 1 ))
3310       then
3311          printf "\n\n  *** execution of INPUT-commands:\n$striche"
3312       fi
3313       printf "\n  >>> ${in_command[$i]}"
3314       eval  ${in_command[$i]}
3315       if (( i == iic ))
3316       then
3317          printf "\n$striche\n"
3318       fi
3319    done
3320
3321
3322       # VERBLEIBENDE CPU-ZEIT BERECHNEN
3323    cpurest=${cpumax}.
3324
3325
3326       # START DVR STREAMING SERVER
3327    if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
3328    then
3329       if [[ "$dvr_server" != "" ]]
3330       then
3331
3332          printf "\n\n  *** preparing the dvr streaming server configuration file"
3333
3334             # Check, if a dvr server is already running
3335          running_dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config | grep -v grep) | cut -d" " -f2`
3336          if [[ "$running_dvrserver_id" != "" ]]
3337          then
3338
3339             printf "\n\n  +++ WARNING: A dvr server with id=$running_dvrserver_id is already running!"
3340             printf "\n      This server is used instead starting a new one!"
3341             printf "\n      If required, script \"process_dvr_output\" has to be run manually."
3342
3343          else
3344
3345                # COPY CONFIGURATION FILE FOR STREAMING SERVER FROM REPOSITORY TO HERE
3346             if [[ -f ${PALM_BIN}/.dvrserver.config ]]
3347             then
3348                cp  ${PALM_BIN}/.dvrserver.config  .
3349
3350                   # Entering the BASEDIR, UID and GID into this file
3351                user_id=`id -u`
3352                group_id=`id -g`
3353                   # & is needed as seperator, because TEMPDIR contains /
3354                sed "s&<replace by dvr data directory>&${TEMPDIR}&g" .dvrserver.config > .dvrserver.1
3355                sed "s/<replace by user id>/$user_id/g"    .dvrserver.1 > .dvrserver.2
3356                sed "s/<replace by group id>/$group_id/g"  .dvrserver.2 > .dvrserver.3
3357                mv  .dvrserver.3  .dvrserver.config
3358                rm  .dvrserver.1  .dvrserver.2
3359
3360                   # Start dvr server in background, get his id and print on terminal
3361                $dvr_server  .dvrserver.config  >>  DVR_LOGFILE  2>&1  &
3362                dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config) | cut -d" " -f2`
3363                printf "\n  *** streaming server with id=$dvrserver_id is started in background"
3364                local_dvrserver_running=.TRUE.
3365             else
3366                printf "\n  +++ missing file \".dvrserver.config\" in directory:"
3367                printf "\n      \"$PALM_BIN\" "
3368                locat=dvr
3369                exit
3370             fi
3371
3372          fi
3373
3374       else
3375          printf "\n\n  --- INFORMATIVE: no dvr streaming server will be started"
3376       fi
3377    fi
3378
3379
3380       # NAMELIST-DATEI MIT WERTEN VON ENVIRONMENT-VARIABLEN ERZEUGEN (ZU
3381       # LESEN VON PALM)
3382    cat  >  ENVPAR  <<  %%END%%
3383 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$localhost',
3384          write_binary = '$write_binary', tasks_per_node = $tasks_per_node,
3385          maximum_parallel_io_streams = $maximum_parallel_io_streams,
3386          maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
3387          revision = '$global_revision',
3388          local_dvrserver_running = $local_dvrserver_running /
3389
3390%%END%%
3391
3392
3393       # PROGRAMMSTART
3394    printf "\n\n  *** execution starts in directory\n      \"`pwd`\"\n$striche\n"
3395    PATH=$PATH:$TEMPDIR
3396
3397       # MPI debug option (argument checking, slows down execution due to increased latency)
3398    if [[ "$mpi_debug" = true ]]
3399    then
3400       export MPI_CHECK_ARGS=1
3401       printf "\n  +++ MPI_CHECK_ARGS=$MPI_CHECK_ARGS"
3402    fi
3403
3404    if [[ "$totalview" = true ]]
3405    then
3406       printf "\n *** totalview debugger will be used"
3407       tv_opt="-tv"
3408    else
3409       tv_opt=""
3410    fi
3411
3412    if [[ "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ]]
3413    then
3414       if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
3415       then
3416          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-5) != lcsgi ]]
3417          then
3418             printf "\n  +++ debug is allowed in interactive mode only"
3419             locat=debug
3420             exit
3421          fi
3422       fi
3423       if [[ $localhost = ibmh ]]
3424       then
3425
3426             # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
3427          export MP_SHARED_MEMORY=yes
3428          export AIXTHREADS_SCOPE=S
3429          export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3430          export AUTHSTATE=files
3431          export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
3432
3433             # FOLLOWING OPTIONS ARE MANDATORY FOR TOTALVIEW
3434          export MP_ADAPTER_USE=shared
3435          export MP_CPU_USE=multiple
3436          export MP_TIMEOUT=1200
3437
3438          unset  MP_TASK_AFFINITY
3439
3440             # SO FAR, TOTALVIEW NEEDS HOSTFILE MECHANISM FOR EXECUTION
3441          #(( ii = 1 ))
3442          #while (( ii <= $numprocs ))
3443          #do
3444          #   echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3445          #   (( ii = ii + 1 ))
3446          #done
3447          #export MP_HOSTFILE=hostfile
3448
3449          if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
3450          then
3451             totalview   poe  a.out  $ROPTS
3452          else
3453             echo totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1   $ROPTS
3454             export TVDSVRLAUNCHCMD=ssh
3455             totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1   $ROPTS
3456          fi
3457       elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-5) = lcsgi ]]
3458       then
3459             # CURRENTLY NO DEBUGGER ON LCSGI
3460          if [[ $run_coupled_model = true ]]
3461          then
3462             printf "\n  +++ no debug in coupled mode available on \"$localhost\" "
3463             locat=debug
3464             exit
3465          else
3466             echo "no_coupling"  >  runfile_atmos
3467          fi
3468          (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3469          export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3470          echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3471          if [[ $threads_per_task != 1 ]]
3472          then
3473             printf "\n      threads per task: $threads_per_task"
3474          fi
3475          printf "\n\n"
3476          if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3477          then
3478#             export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
3479             if [[ "$totalview" = true ]]
3480             then
3481                printf "\n     running totalview debugger"
3482                mpiexec_mpt $tv_opt -n $ii   ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3483             else
3484                mpiexec_mpt -np $ii   ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3485             fi
3486          elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3487          then
3488#             ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
3489#             export MV2_NUM_PORTS=2
3490#             export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
3491             if [[ "$totalview" = true ]]
3492             then
3493                printf "\n     running totalview debugger"
3494                mpiexec $tv_opt ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3495             else
3496                mpiexec    ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3497             fi
3498          fi
3499       else
3500          printf "\n  +++ no debug available on \"$localhost\" "
3501          printf "\n      or not implemented in mrun so far"
3502          locat=debug
3503          exit
3504       fi
3505
3506       # end debug mode
3507    else
3508
3509          # normal execution
3510       if [[ -n $numprocs ]]
3511       then
3512             # RUNNING THE PROGRAM ON PARALLEL MACHINES
3513          if [[ $(echo $host | cut -c1-3) = ibm ]]
3514          then
3515                # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
3516             if [[ $host != ibmh  &&  $host != ibmkisti ]]
3517             then
3518                export MP_SHARED_MEMORY=yes
3519                export AIXTHREAD_SCOPE=S
3520                export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3521                export XLSMPOPTS="spins=0:yields=0:stack=20000000"
3522                export AUTHSTATE=files
3523                export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
3524                #  export MP_PRINTENV=yes
3525
3526                   # TUNING-VARIABLEN ZUR VERBESSERUNG DER KOMMUNIKATION
3527                   # ZEIGEN ABER DERZEIT (SEP 04, FEDERATION) KAUM WIRKUNG
3528                export MP_WAIT_MODE=poll
3529                [[ $node_usage = not_shared ]]  &&  export MP_SINGLE_THREAD=yes
3530             fi
3531
3532             if [[ $host = ibmkisti ]]
3533             then
3534                export LANG=en_US
3535                export MP_SHARED_MEMORY=yes
3536                if [[ $threads_per_task = 1 ]]
3537                then
3538                   export MP_SINGLE_THREAD=yes
3539                   export MEMORY_AFFINITY=MCM
3540                else
3541                   export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3542                fi
3543             fi
3544
3545             if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
3546             then
3547                printf "\n--- Control: OMP_NUM_THREADS = \"$OMP_NUM_THREADS\" \n"
3548                if [[ "$cond1" = hpmcount  ||  "$cond2" = hpmcount ]]
3549                then
3550                   /opt/optibm/HPM_2_4_1/bin/hpmcount  a.out  $ROPTS
3551                else
3552                   if [[ $run_coupled_model = false ]]
3553                   then
3554                      if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3555                      then
3556                         echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3557                      else
3558                         echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3559                      fi
3560                   else
3561                      (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3562                      (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3563                      printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3564                      printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3565                      printf "\n\n"
3566                      echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3567                   fi
3568                   poe ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3569                fi
3570             else
3571                if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibms ]]
3572                then
3573                   poe  a.out  -procs $numprocs  -nodes 1  -rmpool 0  $ROPTS
3574                elif [[ $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku  ||  $localhost = ibmy ]]
3575                then
3576                   if [[ -f $hostfile ]]
3577                   then
3578                      cp  $hostfile  hostfile
3579                   else
3580                      (( ii = 1 ))
3581                      while (( ii <= $numprocs ))
3582                      do
3583                         echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3584                         (( ii = ii + 1 ))
3585                      done
3586                   fi
3587                   export MP_HOSTFILE=hostfile
3588                   if [[ $run_coupled_model = false ]]
3589                   then
3590                      if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3591                      then
3592                         echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3593                      else
3594                         echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3595                      fi
3596                   else
3597                      (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3598                      (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3599                      printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3600                      printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3601                      printf "\n\n"
3602                      echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3603                   fi
3604                   if [[ $localhost = ibmy ]]
3605                   then
3606                      ./a.out  -procs $tasks_per_node  $ROPTS  <  runfile_atmos
3607                   else
3608                      poe  ./a.out  -procs $numprocs $ROPTS  <  runfile_atmos
3609                   fi
3610
3611                else
3612                   if [[ "$host_file" = "" ]]
3613                   then
3614                      printf "\n  +++ no hostfile given in configuration file"
3615                      locat=config_file
3616                      exit
3617                   else
3618                      eval host_file=$host_file
3619                   fi
3620                   export MP_HOSTFILE=$host_file
3621                   poe  a.out  -procs $numprocs  -tasks_per_node $numprocs  $ROPTS
3622                fi
3623             fi
3624          elif [[ $host = nech  ||  $host = necriam ]]
3625          then
3626             (( ii = nodes ))
3627             if [[ $ii = 1 ]]
3628             then
3629                export F_ERRCNT=0        # acceptable number of errors before program is stopped
3630                export MPIPROGINF=YES
3631                #  export F_TRACE=YES|FMT1|FMT2  # output of ftrace informations to job protocol
3632                echo "*** execution on single node with mpirun"
3633                mpirun  -np $numprocs  ./a.out  $ROPTS
3634             else
3635                (( i = 0 ))
3636                while (( i < ii ))
3637                do
3638                   echo "-h $i  -p $tasks_per_node  -e ./mpi_exec_shell"  >>  multinode_config
3639                   (( i = i + 1 ))
3640                done
3641
3642                echo "#!/bin/sh"                         >   mpi_exec_shell
3643                echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3644                echo "set -u"                            >>  mpi_exec_shell
3645                echo "F_ERRCNT=0"                        >>  mpi_exec_shell
3646                echo "MPIPROGINV=YES"                    >>  mpi_exec_shell
3647                echo "OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task" >>  mpi_exec_shell
3648                echo "cpurest=$cpurest"                  >>  mpi_exec_shell
3649                echo "fname=$fname"                      >>  mpi_exec_shell
3650                echo "localhost=$localhost"              >>  mpi_exec_shell
3651                echo "return_addres=$return_addres"      >>  mpi_exec_shell
3652                echo "return_username=$return_username"  >>  mpi_exec_shell
3653                echo "tasks_per_node=$tasks_per_node"    >>  mpi_exec_shell
3654                echo "write_binary=$write_binary"        >>  mpi_exec_shell
3655                echo "use_seperate_pe_for_dvrp_output=$use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3656                echo "  "                                >>  mpi_exec_shell
3657                echo "export F_ERRCNT"                   >>  mpi_exec_shell
3658                echo "export MPIPROGINV"                 >>  mpi_exec_shell
3659                echo "export OMP_NUM_THREADS"            >>  mpi_exec_shell
3660                echo "export cpurest"                    >>  mpi_exec_shell
3661                echo "export fname"                      >>  mpi_exec_shell
3662                echo "export localhost"                  >>  mpi_exec_shell
3663                echo "export return_addres"              >>  mpi_exec_shell
3664                echo "export return_username"            >>  mpi_exec_shell
3665                echo "export tasks_per_node"             >>  mpi_exec_shell
3666                echo "export write_binary"               >>  mpi_exec_shell
3667                echo "export use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3668                echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3669                echo "exec  ./a.out"                     >>  mpi_exec_shell
3670
3671                chmod u+x  mpi_exec_shell
3672                export MPIPROGINF=YES
3673                mpirun  -f multinode_config  &
3674                wait
3675
3676             fi
3677          elif [[ $(echo $host | cut -c1-2) = lc  &&  $host != lckyoto &&  $host != lctit ]]
3678          then
3679
3680                # COPY HOSTFILE FROM SOURCE DIRECTORY OR CREATE IT, IF IT
3681                # DOES NOT EXIST
3682             if [[  $host != lccrayb  &&$host != lccrayf  && $host != lccrayh  &&  $host != lcsgih  &&  $host != lcsgib  &&  $host != lckyuh  &&  $host != lckyut ]]
3683             then
3684                if [[ -f $hostfile ]]
3685                then
3686                   cp  $hostfile  hostfile
3687                   (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3688                else
3689                   (( ii = 1 ))
3690                   while (( ii <= $numprocs / $threads_per_task ))
3691                   do
3692                      echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3693                      (( ii = ii + 1 ))
3694                   done
3695                fi
3696                eval zeile=\"`head -n $ii  hostfile`\"
3697                printf "\n  *** running on: $zeile"
3698             fi
3699
3700             (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3701             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3702             # echo "*** OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3703             if [[ $threads_per_task != 1 ]]
3704             then
3705                   # increase stack size to unlimited, because large runs
3706                   # may abort otherwise
3707                ulimit -Ss unlimited
3708                printf "\n      threads per task: $threads_per_task  stacksize: unlimited"
3709             fi
3710             if [[ $run_coupled_model = false ]]
3711             then
3712                if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3713                then
3714                   echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3715                else
3716                   echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3717                fi
3718                printf "\n\n"
3719                if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3720                then
3721                   if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3722                   then
3723                          # MPI_DSM_DISTRIBUTE not necessary when MPI_DSM_CPULIST is set
3724                          # export MPI_DSM_DISTRIBUTE=1
3725                          # MPI_DSM_CPULIST: pin MPI processes to cores
3726                      if [[ $use_openmp = false ]]
3727                      then
3728                         if [[ "$sgi_feature" = ice2 ]]
3729                         then
3730                            export MPI_DSM_CPULIST="0,4,1,5,2,6,3,7:allhosts"
3731                         else
3732                            export MPI_DSM_CPULIST="0,1,4,5,2,3,6,7:allhosts"
3733                         fi
3734                      else
3735                         unset MPI_DSM_CPULIST
3736                      fi
3737                          # MPI_IB_RAILS: use both IB rails on ICE2
3738                      export MPI_BUFS_PER_HOST=512
3739                      export MPI_IB_RAILS=2
3740                          # NECESSARY, IF MORE THAN 4096 PEs ARE USED
3741                      export MPI_CONNECTIONS_THRESHOLD=8192
3742                  #    echo "*** MPI_DSM_CPULIST=$MPI_DSM_CPULIST"
3743                      export MPI_TYPE_DEPTH=20
3744                  #    echo "*** MPI_TYPE_DEPTH=$MPI_TYPE_DEPTH"
3745                      export MPI_GROUP_MAX=64
3746                  #    echo "*** MPI_GROUP_MAX=$MPI_GROUP_MAX"
3747                      if [[ $use_openmp = true ]]
3748                      then
3749                         echo " mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos"
3750                         mpiexec -npernode $tasks_per_node $tv_opt ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3751                      else
3752                         mpiexec_mpt -np $ii $tv_opt  ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3753                      fi
3754
3755                          # next is test for openmp usage
3756                  #     echo "mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos"
3757                  #     mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3758                   elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3759                   then
3760                      export MV2_NUM_PORTS=2
3761                      #  The default setting of MV2_CPU_MAPPING gives best results
3762                      # export MV2_ENABLE_AFFINITY=1
3763                      #  export MV2_CPU_MAPPING=0,1,4,5,2,3,6,7
3764               #       if [[ "$sgi_feature" = ice2 ]]
3765               #       then
3766               #          export MV2_CPU_MAPPING=0,4,1,5,2,6,3,7
3767               #       else
3768               #          export MV2_CPU_MAPPING=0,1,4,5,2,3,6,7
3769               #       fi
3770                      if [[ $use_openmp = true ]]
3771                      then
3772                         unset MV2_CPU_MAPPING
3773                         export MV2_ENABLE_AFFINITY=0
3774                      fi
3775                      echo "*** MV2_CPU_MAPPING=$MV2_CPU_MAPPING"
3776                      echo "*** MV2_ENABLE_AFFINITY=$MV2_ENABLE_AFFINITY"
3777                      if [[ $use_openmp = true ]]
3778                      then
3779                         echo " mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos"
3780                         mpiexec -npernode $tasks_per_node $tv_opt ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3781                      else
3782                         mpiexec -np $ii $tv_opt ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3783                      fi
3784                   elif [[ "$mpilib" = impi ]]
3785                   then
3786                      echo "mpirun -np $ii inspxe-cl -r result -collect mi3 -- ./a.out  <  runfile_atmos"
3787                      mpirun -np $ii inspxe-cl -r result -collect mi3 -- ./a.out  <  runfile_atmos
3788                   fi
3789                elif [[ $host = lccrayb || $host = lccrayh ]]
3790                then
3791                    echo "--- aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos"
3792                    aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3793#                    aprun  -n $ii  -ss  -r2  -j1  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3794                elif [[ $host = lccrayf ]]
3795                then
3796                    aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  -m ${memory}M  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3797                elif [[ $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3798                then
3799                    aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3800                elif [[ $host = lcflow ]]
3801                then
3802                   mpirun -bootstrap sge -np $ii  -env I_MPI_FABRICS shm:ofa a.out  < runfile_atmos  $ROPTS
3803                elif [[ $host = lcsb ]]
3804                then
3805                   mpirun_rsh -hostfile $PBS_NODEFILE -np `cat $PBS_NODEFILE | wc -l` a.out  < runfile_atmos  $ROPTS
3806                elif [[ $host = lckiaps ]]
3807                then
3808                   mpirun -np $ii  -f $PBS_NODEFILE  a.out  <  runfile_atmos  $ROPTS
3809                elif [[ $host = lckyu* ]]
3810                then
3811                   mpiexec -n $ii --stdin runfile_atmos  ./a.out  $ROPTS
3812                else
3813                   mpiexec  -machinefile hostfile  -n $ii  a.out  <  runfile_atmos  $ROPTS
3814                fi
3815             else
3816
3817                    # currently there is no full MPI-2 support on ICE and XT4
3818                (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3819                (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3820                printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3821                printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3822                printf "\n\n"
3823
3824                if [[ $coupled_mode = "mpi2" ]]
3825                then
3826                   echo "atmosphere_to_ocean $iia $iio"  >  runfile_atmos
3827                   echo "ocean_to_atmosphere $iia $iio"  >  runfile_ocean
3828                   if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3829                   then
3830
3831                      if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3832                      then
3833#                         export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
3834                         mpiexec_mpt -np $iia  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3835                         mpiexec_mpt -np $iio  ./a.out  $ROPTS < runfile_ocean &
3836                      elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3837                      then
3838#                         ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
3839#                         export MV2_NUM_PORTS=2
3840#                         export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
3841                         mpiexec -n $iia  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3842                         mpiexec -n $iio  ./a.out  $ROPTS < runfile_ocean &
3843                      fi
3844
3845                   elif [[ $host = lccrayf  ||  $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3846                   then
3847
3848                      aprun  -n $iia  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  $ROPTS  &
3849                      aprun  -n $iio  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_ocean  $ROPTS  &
3850
3851                   else
3852                          # WORKAROUND BECAUSE mpiexec WITH -env option IS NOT AVAILABLE ON SOME SYSTEMS
3853                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos &
3854                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  a.out  $ROPTS  <  runfile_ocean &
3855#                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  -env coupling_mode atmosphere_to_ocean  a.out  $ROPTS  &
3856#                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  -env coupling_mode ocean_to_atmosphere  a.out  $ROPTS  &
3857                   fi
3858                   wait
3859
3860                else
3861
3862                   echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3863                   if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3864                   then
3865
3866                      if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3867                      then
3868#                         export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
3869                         mpiexec_mpt -np $ii  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos
3870                      elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3871                      then
3872#                         ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
3873#                         export MV2_NUM_PORTS=2
3874#                         export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
3875                         mpiexec  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos
3876                      fi
3877
3878                   elif [[ $host = lccrayf  ||  $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3879                   then
3880
3881                      aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  $ROPTS
3882
3883                   elif [[ $host = lck || $host = lckordi ]]
3884                   then
3885
3886                      mpiexec -n $ii  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3887
3888                   elif [[ $host = lckyu* ]]
3889                   then
3890
3891                      mpiexec -n $ii --stdin runfile_atmos  ./a.out  $ROPTS
3892
3893                   fi
3894                   wait
3895                fi
3896
3897             fi
3898          elif [[ $host = lckyoto ]]
3899          then
3900             set -xv
3901             export P4_RSHCOMMAND=plesh
3902             echo "     P4_RSHCOMMAND = $P4_RSHCOMMAND"
3903             if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
3904             then
3905                if [[ "$cond2" = fujitsu ]]
3906                then
3907                   mpiexec  -n $numprocs  ./a.out  $ROPTS  # for fujitsu-compiler
3908                elif [[ "cond2" = pgi ]]
3909                then
3910                   mpirun  -np $numprocs  -machinefile ${QSUB_NODEINF}  ./a.out  $ROPTS
3911                else
3912                   mpirun_rsh -np $numprocs -hostfile ${QSUB_NODEINF} MV2_USE_SRQ=0 ./a.out ${ROPTS} || /bin/true
3913                fi
3914             else
3915                if [[ "$cond2" = "" ]]
3916                then
3917                   mpiruni_rsh -np $numprocs ./a.out  $ROPTS  # for intel
3918                else
3919                   mpirun  -np $numprocs  ./a.out  $ROPTS
3920                fi
3921             fi
3922             set +xv
3923          elif [[ $host = lctit ]]
3924          then
3925             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3926             echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3927             if [[ "$threads_per_task" != 1 ]]
3928             then
3929                export MV2_ENABLE_AFFINITY=0
3930             fi
3931             echo "----- PBS_NODEFILE content:"
3932             cat $PBS_NODEFILE
3933             echo "-----"
3934             (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3935             echo "mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE ./a.out  $ROPTS"
3936             mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE ./a.out  $ROPTS
3937          else
3938             mpprun  -n $numprocs  a.out  $ROPTS
3939          fi
3940          [[ $? != 0 ]]  &&  execution_error=true
3941
3942
3943             # PERFORMANCE-AUSWERTUNG MIT APPRENTICE
3944          if [[ "$cond1" = apprentice  ||  "$cond2" = apprentice ]]
3945          then
3946             apprentice
3947          fi
3948       else
3949          a.out  $ROPTS
3950       fi
3951    fi
3952    if [[ $? != 0  ||  $execution_error = true ]]
3953    then
3954
3955          # ABBRUCH BEI LAUFZEITFEHLER
3956#       [[ ! ( "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ) ]]  &&  cat  aout_output*
3957       printf "\n  +++ runtime error occured"
3958       locat=execution
3959       exit
3960    else
3961#       [[ ! ( "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ) ]]  &&  cat  aout_output*
3962       printf "\n$striche\n  *** execution finished \n"
3963
3964          # Stop the dvr streaming server and process the dvr output in order
3965          # to create dvrs- and html-files containing all streams
3966       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
3967       then
3968          kill $dvrserver_id
3969          printf "\n  *** dvr server with id=$dvrserver_id has been stopped"
3970
3971             # If there is a directory, data have been output by the
3972             # streaming server. Otherwise, user has chosen dvrp_output=local
3973          if [[ -d DATA_DVR ]]
3974          then
3975
3976                # Add the current dvr configuration file to the dvr output
3977                # directory
3978             cp  .dvrserver.config  DATA_DVR
3979
3980                # Process the dvr output (option -s for also generating
3981                # sequence mode data)
3982             process_dvr_output  -d DATA_DVR  -f $fname  -s
3983
3984          else
3985
3986                # Process the local output
3987             process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3988
3989          fi
3990
3991       elif [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
3992       then
3993
3994             # Process dvr output generated in local mode (dvrp_output=local)
3995          process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3996
3997       fi
3998    fi
3999
4000
4001
4002       # Call of combine_plot_fields in order to merge single files written
4003       # by each PE into one file.
4004   if [[ ! -f ${PALM_BIN}/combine_plot_fields${block}.x ]]
4005   then
4006      printf "\n\n\n  +++ WARNING: no combine_plot_fields found for given block \"$cond1 $cond2\""
4007      printf "\n      2d- and/or 3d-data may be incomplete!"
4008      printf "\n      Run \"mbuild -u -h $localhost\" to generate utilities for this block.\n"
4009   elif [[ "$combine_plot_fields" == true ]]
4010   then
4011      if [[ $localhost = lccrayh  ||  $localhost = lccrayb ]]
4012      then
4013         printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"aprun  -n 1  -N 1 combine_plot_fields${block}.x\" ..."
4014         aprun  -n 1  -N 1 combine_plot_fields${block}.x #$ROPTS < runfile_atmos
4015      else
4016         printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"combine_plot_fields${block}.x\" ..."
4017         combine_plot_fields${block}.x
4018      fi
4019   else
4020#     Temporary solution to skip combine_plot_fields. This is necessary in case of huge amount of
4021#     data output. To do: extend this branch by creating a batch job for combine_plot_fields.
4022      printf "\n\n\n *** post-processing: skipping combine_plot_fields (-Z option set) ..."
4023   fi
4024
4025
4026
4027       # EVENTUELLE OUTPUT-KOMMANDOS ABARBEITEN
4028    (( i = 0 ))
4029    while (( i < ioc ))
4030    do
4031       (( i = i + 1 ))
4032       if (( i == 1 ))
4033       then
4034          printf "\n\n  *** execution of OUTPUT-commands:\n$striche"
4035       fi
4036       printf "\n  >>> ${out_command[$i]}"
4037       eval  ${out_command[$i]}
4038       if (( i == ioc ))
4039       then
4040          printf "\n$striche\n"
4041       fi
4042    done
4043
4044
4045       # EVTL. INHALT DES AKTUELLEN VERZEICHNISSES AUSGEBEN
4046    if [[ $do_trace = true ]]
4047    then
4048       printf "\n\n"
4049       ls -al
4050    fi
4051
4052
4053
4054       # OUTPUT-DATEIEN AN IHRE ZIELORTE KOPIEREN
4055    (( i = 0 ))
4056    while (( i < iout ))
4057    do
4058       (( i = i + 1 ))
4059       if (( i == 1 ))
4060       then
4061          printf "\n\n  *** saving OUTPUT-files:\n$striche"
4062       fi
4063
4064          # PRUEFEN, OB EINZELDATEI ODER DATEI PRO PROZESSOR
4065       files_for_pes=false; filetyp=file
4066       if [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
4067       then
4068          files_for_pes=true; filetyp=directory
4069          actionout[$i]=""
4070       elif [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
4071       then
4072          actionout[$i]=""
4073       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
4074       then
4075          files_for_pes=true; filetyp=directory
4076          actionout[$i]="ar"
4077       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
4078       then
4079          actionout[$i]="ar"
4080       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
4081       then
4082          files_for_pes=true; filetyp=directory
4083          actionout[$i]="fl"
4084       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
4085       then
4086          actionout[$i]="fl"
4087       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  -n $numprocs ]]
4088       then
4089          files_for_pes=true; filetyp=directory
4090          actionout[$i]="tr"
4091       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  ! -n $numprocs ]]
4092       then
4093          actionout[$i]="tr"
4094       fi
4095
4096       if [[ ! -f ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = false ]]
4097       then
4098          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}  does not exist\n"
4099       elif [[ ! -d ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = true ]]
4100       then
4101          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}/....  does not exist\n"
4102       else
4103
4104
4105             # KOPIEREN PER FTP/SCP (IMMER IM BINAERMODUS, -M: FALLS ZIELKATALOG
4106             # NICHT VORHANDEN, WIRD VERSUCHT, IHN ANZULEGEN), ABER NUR BEI
4107             # REMOTE-RECHNUNGEN
4108          if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
4109          then
4110             if [[ $localhost != $fromhost ]]
4111             then
4112                if [[ $files_for_pes = false ]]
4113                then
4114                   cps=""
4115                   cst=""
4116                else
4117                   cps=-c
4118                   cst="/"
4119                fi
4120                if [[ $localhost = nech ]]
4121                then
4122
4123                      # TRANSFER IN EIGENSTAENDIGEM JOB
4124                      # ZUERST KOPIE DER DATEI INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4125                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
4126                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
4127                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4128                   then
4129                      ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
4130                   else
4131                      mkdir  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
4132                      ln  ${localout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
4133                   fi
4134
4135                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
4136                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
4137
4138                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP in seperate job to"
4139                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst"
4140                   printf "\n              or higher cycle\n"
4141                   echo "batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_addres  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
4142
4143                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
4144
4145                   if [[ $localhost = nech ]]
4146                   then
4147                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
4148                   else
4149                      if [[ "$LOGNAME" = b323013 ]]
4150                      then
4151                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
4152                      else
4153                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
4154                      fi
4155                   fi
4156
4157                else
4158
4159                      # TRANSFER INNERHALB DIESES JOBS
4160                   transfer_failed=false
4161                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP to"
4162                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst\n"
4163                   if [[ $localhost = lccrayb ]]
4164                   then
4165                      ssh $usern@blogin1 "cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_addres  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
4166                   elif [[ $localhost = lccrayh ]]
4167                   then
4168                      ssh $usern@hlogin1 "cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_addres  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
4169                   else
4170                      batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_addres  ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
4171                   fi
4172                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
4173
4174                      # BEI FEHLGESCHLAGENEM TRANSFER SICHERUNGSKOPIE AUF
4175                      # LOKALER MASCHINE ANLEGEN
4176                   if [[ $transfer_failed = true ]]
4177                   then
4178                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on the local host under:\n"
4179                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
4180
4181                         # ERSTMAL PRUEFEN, OB VERZEICHNIS EXISTIERT. GEGEBENENFALLS
4182                         # ANLEGEN.
4183                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
4184                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
4185                      then
4186                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
4187                         printf "      $local_catalog \n"
4188                         mkdir -p  $local_catalog
4189                      fi
4190                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
4191                      transfer_problems=true
4192                   fi
4193                fi
4194             else
4195
4196                   # WERTZUWEISUNG, SO DASS WEITER UNTEN NUR KOPIERT WIRD
4197                actionout[$i]=""
4198             fi
4199          fi
4200
4201
4202             # APPEND PER FTP/SCP (IMMER IM BINAERMODUS, -M: FALLS ZIELKATALOG
4203             # NICHT VORHANDEN, WIRD VERSUCHT, IHN ANZULEGEN), ABER NUR BEI
4204             # REMOTE-RECHNUNGEN
4205          if [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
4206          then
4207             if [[ $localhost != $fromhost ]]
4208             then
4209                if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = nech ]]
4210                then
4211
4212                      # TRANSFER IN EIGENSTAENDIGEM JOB
4213                      # ZUERST KOPIE DER DATEI INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4214                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
4215                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
4216                   ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
4217
4218                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
4219                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
4220
4221                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP in seperate job to"
4222                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}"
4223                   printf "\n              or higher cycle\n"
4224                   echo "batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_addres  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
4225
4226                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
4227
4228                   if [[ $localhost = nech ]]
4229                   then
4230                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
4231                   else
4232                      if [[ $LOGNAME = b323013 ]]
4233                      then
4234                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
4235                      else
4236                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
4237                      fi
4238                   fi
4239
4240                else
4241
4242                      # TRANSFER INNERHALB DIESES JOBS
4243                   transfer_failed=false
4244                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP to"
4245                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n"
4246                   if [[ $localhost = lccrayb ]]
4247                   then
4248                      ssh $usern@blogin1 "cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_addres  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
4249                   elif [[ $localhost = lccrayh ]]
4250                   then
4251                      ssh $usern@hlogin1 "cd $TEMPDIR; batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_addres  ${localout[$i]} \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"
4252                   else
4253                      batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username  $return_addres ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
4254                   fi
4255                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
4256
4257                      # BEI FEHLGESCHLAGENEM TRANSFER SICHERUNGSKOPIE AUF
4258                      # LOKALER MASCHINE ANLEGEN
4259                   if [[ $transfer_failed = true ]]
4260                   then
4261                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on the local host under:\n"
4262                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
4263
4264                         # ERSTMAL PRUEFEN, OB VERZEICHNIS EXISTIERT. GEGEBENENFALLS
4265                         # ANLEGEN
4266                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
4267                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
4268                      then
4269                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
4270                         printf "      $local_catalog \n"
4271                         mkdir -p  $local_catalog
4272                      fi
4273
4274                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
4275                      transfer_problems=true
4276                   fi
4277                fi
4278             else
4279
4280                   # WERTZUWEISUNG, SO DASS WEITER UNTEN NUR APPEND AUF
4281                   # LOKALER MASCHINE DURCHGEFUEHRT WIRD
4282                actionout[$i]=a
4283             fi
4284          fi
4285
4286
4287             # OUTPUT-DATEI FUER EINEN FORTSETZUNGSLAUF. DATEI WIRD PER
4288             # LINK AUF DEN TEMPORAEREN DATENKATALOG GELEGT. OPTION -f WIRD
4289             # VERWENDET, FALLS DORT NOCH EINE DATEI GLEICHEN NAMENS VORHANDEN
4290             # SEIN SOLLTE. ANSCHLIESSEND WIRD SEINE ARCHIVIERUNG ANGESTOSSEN
4291          if [[ "${actionout[$i]}" = fl ]]
4292          then
4293             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4294             chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4295             if [[ $files_for_pes = false ]]
4296             then
4297                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
4298                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
4299                ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4300             else
4301                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/....  to"
4302                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
4303                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4304                cd ${localout[$i]}
4305                for file in $(ls *)
4306                do
4307                   ln -f $file $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4308                done
4309                cd $TEMPDIR
4310             fi
4311
4312
4313                # ARCHIVIERUNGSJOB WIRD ERZEUGT UND ABGESCHICKT
4314             if [[ $store_on_archive_system = true ]]
4315             then
4316
4317                if [[ $archive_system = asterix ]]
4318                then
4319                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
4320                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4321                   then
4322                      echo "stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
4323                   else
4324                      echo "stageout -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
4325                   fi
4326                   echo "cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"               >> archive_${frelout[$i]}
4327                   echo "if [[ \$(grep -c \"st.msg:150\"  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung) != 0 ]]" >> archive_${frelout[$i]}
4328                   echo "then"                                       >> archive_${frelout[$i]}
4329                   echo "   do_stageout=false"                       >> archive_${frelout[$i]}
4330                   echo "else"                                       >> archive_${frelout[$i]}
4331                   echo "   echo \"  +++ $filetyp ${frelout[$i]}  could not be stored on archive-system\" " >> archive_${frelout[$i]}
4332                   echo "   cat  /dev/null  >  ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname" >> archive_${frelout[$i]}
4333                   echo "   cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung  >  ~/job_queue/archive_${frelout[$i]}_error" >> archive_${frelout[$i]}
4334                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} will be copied to \$WORK as backup\" " >> archive_${frelout[$i]}
4335                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4336                   then
4337                      echo "   cp   ${frelout[$i]}  \$WORK"                    >> archive_${frelout[$i]}
4338                   else
4339                      echo "   cp -r  ${frelout[$i]}  \$WORK/${frelout[$i]}"   >> archive_${frelout[$i]}
4340                   fi
4341                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} saved\" " >> archive_${frelout[$i]}
4342                   echo "fi"                                         >> archive_${frelout[$i]}
4343                   echo "rm  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"              >> archive_${frelout[$i]}
4344                elif [[ $archive_system = DMF ]]
4345                then
4346                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
4347                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4348                   then
4349                      printf "\n  +++ archiving of single files impossible with $archive_system !\n"
4350                      locat=DMF
4351                      exit
4352                   else
4353                         # FUER RECHNER IN JUELICH. DORT KOENNTEN AUCH
4354                         # EINZELNE DATEIEN GESICHERT WERDEN (SPAETER KORR.)
4355                      echo "rm -rf  \$ARCHIVE/${frelout[$i]}"     >> archive_${frelout[$i]}
4356                      echo "cp -r  ${frelout[$i]}  \$ARCHIVE"     >> archive_${frelout[$i]}
4357                   fi
4358                elif [[ $archive_system = tivoli ]]
4359                then
4360                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
4361                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4362                   then
4363                         # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4364                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
4365                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4366                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4367                   else
4368
4369                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
4370                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
4371                      echo "[[ ! -d \$PERM/${frelout[$i]} ]] && mkdir $PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4372                      cd  $tmp_data_catalog
4373                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
4374                      cd -  > /dev/null
4375                      (( inode = 0 ))
4376                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
4377                      while (( inode < nodes ))
4378                      do
4379#                         echo "*** all_files = \"$all_files\" "
4380                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
4381                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
4382#                         echo "*** tasks_per_node = \"$tasks_per_node\" "
4383#                         echo "*** files = \"$files\" "
4384#                         echo "*** all_files = \"$all_files\" "
4385                        echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
4386                        ### echo "tar  cvf ${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
4387                        ### echo "cp ${frelout[$i]}.node_$inode.tar \$PERM/${frelout[$i]}/"   >> archive_${frelout[$i]}
4388                         ###echo "rm ${frelout[$i]}.node_$inode.tar"   >> archive_${frelout[$i]}
4389#                         echo "dsmc incremental  \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar" >> archive_${frelout[$i]}
4390#                         echo "dsmmigrate \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar"        >> archive_${frelout[$i]}
4391                         (( inode = inode + 1 ))
4392                      done
4393#                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4394#                      echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4395                   fi
4396                elif [[ $archive_system = ut ]]
4397                then
4398                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
4399                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4400                   then
4401                         # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4402                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
4403                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4404                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4405                   else
4406
4407                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
4408                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
4409                      echo "[[ ! -d \$UT/${frelout[$i]} ]] && mkdir $UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4410                      cd  $tmp_data_catalog
4411                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
4412                      cd -  > /dev/null
4413                      (( inode = 0 ))
4414                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
4415                      while (( inode < nodes ))
4416                      do
4417                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
4418                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
4419                         echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
4420                         (( inode = inode + 1 ))
4421                      done
4422                   fi
4423                elif [[ $archive_system = none ]]
4424                then
4425                   printf "              +++ archiving on $localhost not available!\n"
4426                fi
4427
4428                if [[ $archive_system != none ]]
4429                then
4430                   if [[ $localhost = lcsgih  ||  $localhost = lcsgib ]]
4431                   then
4432#                      subjob  -d  -v  -q cdata  -X 0  -m 1000  -t 43200  -c $job_catalog  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
4433                      subjob   -v  -q permq  -X 1 -T 1  -m 1000  -t 172800  -c $job_catalog  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
4434                   elif [[ $localhost = nech ]]
4435                   then
4436                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
4437                   fi
4438                   printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4439                fi
4440             else
4441                printf "              +++ caution: option -A is switched off. No archiving on $archive_system!\n"
4442             fi
4443
4444
4445                # LEERDATEI IM BENUTZERVERZEICHNIS ANLEGEN, DAMIT BEKANNT IST,
4446                # WIE DIE HOECHSTE ZYKLUSNUMMER AUF DEM ARCHIV-SYSTEM LAUTET
4447             if [[ $files_for_pes = false ]]
4448             then
4449                cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
4450             else
4451                mkdir -p  ${pathout[$i]}
4452             fi
4453
4454          fi
4455
4456
4457             # KOPIEREN AUF LOKALER MASCHINE ZUM ARCHIV-SYSTEM
4458             # AUSSERDEM MUSS LEERDATEI ANGELEGT WERDEN, DAMIT BEKANNT IST,
4459             # WIE DIE HOECHSTE ZYKLUSNUMMER AUF DEM ARCHIV-SYSTEM LAUTET
4460             # FALLS IRGENDEINE (VON MEHREREN) ARCHIVIERUNGEN SCHIEF GEHT,
4461             # WIRD FLAG GESETZT UND BLEIBT AUCH BEI WEITEREN ORDNUNGS-
4462             # GEMAESSEN ARCHIVIERUNGEN GESETZT
4463          if [[ "${actionout[$i]}" = ar ]]
4464          then
4465             if [[ $files_for_pes = false ]]
4466             then
4467                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
4468                printf "\n              ${pathout[$i]}"
4469                printf "\n              File will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
4470             else
4471                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to"
4472                printf "\n              ${pathout[$i]}"
4473                printf "\n              Directory will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
4474             fi
4475             mv  ${localout[$i]}  ${frelout[$i]}
4476
4477             file_saved=false
4478
4479             if [[ $archive_system = asterix ]]
4480             then
4481                do_stageout=true
4482                (( stageout_anz = 0 ))
4483                while [[ $do_stageout = true ]]
4484                do
4485                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4486                   then
4487                      stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
4488                   else
4489                      stageout  -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
4490                   fi
4491                   cat  STAGE_OUTPUT
4492                   if [[ $(grep -c "st.msg:150"  STAGE_OUTPUT) != 0 ]]
4493                   then
4494                      file_saved=true
4495                      do_stageout=false
4496                   else
4497                      if [[ $files_for_pes = false ]]
4498                      then
4499                         printf "\n  +++ file ${frelout[$i]}  could not be saved on archive-system"
4500                      else
4501                         printf "\n  +++ directory ${frelout[$i]} could not be saved on archive-system"
4502                      fi
4503                      (( stageout_anz = stageout_anz + 1 ))
4504                      if (( stageout_anz == 10 ))
4505                      then
4506                         printf "\n  +++ stoped after 10 unsuccessful tries!"
4507                         archive_save=false
4508                         do_stageout=false
4509                      else
4510                         printf "\n  *** new try to store on archive after 15 min:"
4511                         sleep 900
4512                      fi
4513                   fi
4514                done
4515             elif [[ $archive_system = DMF ]]
4516             then
4517                if [[ $files_for_pes = false ]]
4518                then
4519                   printf "\n  +++ archiving of single files impossible on $archive_system!\n"
4520                   locat=DMF
4521                   exit
4522                else
4523                   rm -rf  $ARCHIVE/${frelout[$i]}
4524                   cp -r  ${frelout[$i]}  $ARCHIVE
4525                fi
4526                file_saved=true
4527             elif [[ $archive_system = tivoli ]]
4528             then
4529                   # ARCHIVIERUNG NUR PER BATCH-JOB MOEGLICH
4530                   # DATEI MUSS ZWISCHENZEITLICH INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4531                   # GELEGT WERDEN
4532                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4533                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4534                if [[ $files_for_pes = false ]]
4535                then
4536                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4537                else
4538                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4539                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4540                fi
4541
4542                   # BATCH JOB GENERIEREN UND ABSCHICKEN; DATEI MUSS WIEDER
4543                   # AUS TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS ENTFERNT WERDEN
4544                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
4545                if [[ $files_for_pes = false ]]
4546                then
4547                      # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4548                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4549                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4550                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
4551                else
4552                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4553                   echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4554                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
4555                fi
4556
4557                subjob  -v  -d  -q cdata  -X 0  -m 1000  -t 43200  -c $job_catalog  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
4558                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4559                file_saved=true
4560
4561             elif [[ $archive_system = ut ]]
4562             then
4563                   # ARCHIVIERUNG NUR PER BATCH-JOB MOEGLICH
4564                   # DATEI MUSS ZWISCHENZEITLICH INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4565                   # GELEGT WERDEN
4566                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4567                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4568                if [[ $files_for_pes = false ]]
4569                then
4570                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4571                else
4572                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4573                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4574                fi
4575
4576                   # BATCH JOB GENERIEREN UND ABSCHICKEN; DATEI MUSS WIEDER
4577                   # AUS TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS ENTFERNT WERDEN
4578                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
4579                if [[ $files_for_pes = false ]]
4580                then
4581                      # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4582                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4583                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4584                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
4585                else
4586                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4587                   echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4588                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
4589                fi
4590
4591                subjob  -v  -c /pf/b/$usern/job_queue  -d  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
4592                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4593                file_saved=true
4594
4595             else
4596                printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"  archiving impossible!"
4597                archive_save=false
4598             fi
4599             if [[ $file_saved = true ]]
4600             then
4601                if [[ $files_for_pes = false ]]
4602                then
4603                   cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
4604                else
4605                   mkdir -p  ${pathout[$i]}
4606                fi
4607             fi
4608          fi
4609
4610             # APPEND AUF LOKALER MASCHINE
4611          if [[ "${actionout[$i]}" = "a" ]]
4612          then
4613             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
4614             then
4615                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
4616                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4617             else
4618                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}\n"
4619                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}
4620             fi
4621          fi
4622
4623             # KOPIEREN AUF LOKALER MASCHINE
4624             # ES MUSS KOPIERT WERDEN, DA MOVE NICHT UEBER FILESYSTEM HINAUS MOEGLICH
4625          if [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = false ]]
4626          then
4627
4628                # KOPIEREN AUF EINPROZESSORMASCHINE
4629             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
4630             then
4631                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
4632                if [[ $link_local_output = true ]]
4633                then
4634                    printf "      using ln -f\n"
4635                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4636                fi
4637                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
4638                if [[ ! -f "${pathout[$i]}.${extout[$i]}" ]]
4639                then
4640                    if [[ $link_local_output = true ]]
4641                    then
4642                        printf "      ln failed, using cp...\n"
4643                    fi
4644                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4645                fi
4646             else
4647                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}\n"
4648                if [[ $link_local_output = true ]]
4649                then
4650                    printf "      using ln -f\n"
4651                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4652                fi
4653                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
4654                if [[ ! -f "${pathout[$i]}" ]]
4655                then
4656                    if [[ $link_local_output = true ]]
4657                    then
4658                        printf "      ln failed, using cp...\n"
4659                    fi
4660                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4661                fi
4662             fi
4663
4664          elif [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = true ]]
4665          then
4666
4667                # DIE DEN PROZESSOREN EINES PARALLELRECHNERS ZUGEHOERIGEN
4668                # DATEIEN WERDEN ERST IN EINEM KATALOG GESAMMELT UND DIESER
4669                # WIRD DANN KOPIERT
4670                # PER MOVE UMBENANNT WERDEN
4671             printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to  ${pathout[$i]}\n"
4672             if [[ $link_local_output = true ]]
4673             then
4674                 printf "      using ln -f\n"
4675                 mkdir  ${pathout[$i]}
4676                 cd ${localout[$i]}
4677                 for file in $(ls *)
4678                 do
4679                   ln -f $file  ${pathout[$i]}
4680                 done
4681                 cd $TEMPDIR
4682             fi
4683             # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp -r"
4684             if [[ ! -f "${pathout[$i]}/_0000" ]]
4685             then
4686                 if [[ $link_local_output = true ]]
4687                 then
4688                     printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
4689                 fi
4690                 cp -r  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4691             fi
4692
4693          fi
4694       fi
4695    done
4696    if (( i != 0 ))
4697    then
4698       if [[ $transfer_problems = true ]]
4699       then
4700          printf "\n$striche\n  *** OUTPUT-files saved"
4701          printf "\n  +++ WARNING: some data transfers failed! \n"
4702       else
4703          printf "\n$striche\n  *** all OUTPUT-files saved \n"
4704       fi
4705    fi
4706
4707
4708       # EVENTUELL FOLGEJOB STARTEN
4709       # DATEI CONTINUE_RUN MUSS VOM BENUTZERPROGRAMM AUS ERZEUGT WERDEN
4710    if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4711    then
4712
4713       if [[ $archive_save = true ]]
4714       then
4715
4716             # ZUERST IN MRUN-AUFRUF OPTIONEN FUER FORTSETZUNGSLAUF, FUER
4717             # STILLES ABARBEITEN (OHNE INTERAKTIVE RUECKFAGEN) UND FUER
4718             # BATCH-BETRIEB (NUR WICHTIG, FALLS BATCH AUF LOKALER MASCHINE
4719             # DURCHGEFUEHRT WERDEN SOLL) EINFUEGEN, FALLS NICHT BEREITS VOR-
4720             # HANDEN
4721          [[ $(echo $mc | grep -c "\-C") = 0 ]]  &&  mc="$mc -C"
4722          [[ $(echo $mc | grep -c "\-v") = 0 ]]  &&  mc="$mc -v"
4723          [[ $(echo $mc | grep -c "\-b") = 0 ]]  &&  mc="$mc -b"
4724          if [[ $(echo $mc | grep -c "#") != 0 ]]
4725          then
4726             mc=`echo $mc | sed 's/#/f/g'`
4727          fi
4728
4729
4730             # JOB STARTEN
4731          printf "\n\n  *** initiating restart-run on \"$return_addres\" using command:\n"
4732          echo "      $mc"
4733          printf "\n$striche\n"
4734          if [[ $localhost != $fromhost ]]
4735          then
4736
4737             if [[ $localhost = lcsgih  ||  $localhost = lccrayb  ||  $localhost = lccrayh  ||  $localhost = nech  ||  $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku  ||  $localhost = ibms  ||  $localhost = lcflow  ||  $localhost = lckyu* ]]
4738             then
4739                echo "*** ssh will be used to initiate restart-runs!"
4740                echo "    return_addres=\"$return_addres\" "
4741                echo "    return_username=\"$return_username\" "
4742                if [[ $(echo $return_addres | grep -c "130.75.105") = 1 ]]
4743                then
4744                   if [[ $localhost = ibmh ]]
4745                   then
4746                      ssh $SSH_PORTOPT $usern@136.172.40.15 "ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;. /muksoft/packages/intel/bin/compilervars.sh intel64;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4747                   elif [[ $localhost = lccrayb ]]
4748                   then
4749                      ssh $usern@blogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;. /muksoft/packages/intel/bin/compilervars.sh intel64;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4750                   elif [[ $localhost = lccrayh ]]
4751                   then
4752                      ssh $usern@hlogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;. /muksoft/packages/intel/bin/compilervars.sh intel64;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4753
4754                   else
4755                      ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;. /muksoft/packages/intel/bin/compilervars.sh intel64;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4756                   fi
4757                else
4758                   if [[ $localhost = ibmkisti ]]
4759                   then
4760                      ssh $SSH_PORTOPT $usern@gaiad "ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4761                   elif [[ $localhost = lcflow ]]
4762                   then
4763                      /usr/bin/ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4764                   elif [[ $localhost = lccrayb ]]
4765                   then
4766                      ssh $usern@blogin1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4767                   elif [[ $localhost = lccrayh ]]
4768                   then
4769                      ssh $usern@130.75.4.1 "ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4770                   else
4771                      ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4772                   fi
4773                fi
4774             else
4775                printf "\n  +++ no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
4776                locat=restart; exit
4777             fi
4778
4779                # WARTEN, DAMIT SICH RESTART JOB IN QUEUE EINREIHEN KANN, BEVOR
4780                # DER AKTUELLE JOB ENDET
4781             if [[ $queue = special1q ]]
4782             then
4783                sleep 120
4784             else
4785                sleep 30
4786             fi
4787
4788          else
4789
4790                # BEI RECHNUNGEN AUF LOKALER MASCHINE KANN MRUN DIREKT AUFGE-
4791                # RUFEN WERDEN, AUSSER AUF lcfimm
4792             cd $LOCAL_PWD
4793             if [[ $localhost = lcfimm ]]
4794             then
4795                ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc " 
4796             elif [[ $localhost = lckyuh ]]
4797             then
4798                printf "\n  +++ WARNING: no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
4799                printf "\n               please restart job manually using command:\n"
4800                printf "\n               \"$mc\" "
4801             else
4802                eval  $mc                # ' MUESSEN AUSGEWERTET WERDEN
4803             fi
4804             cd -  > /dev/null
4805          fi
4806          if [[ $localhost = lckyuh ]]
4807          then
4808             printf "\n$striche\n  *** restart-run to be initiated manually\n"
4809          else
4810             printf "\n$striche\n  *** restart-run initiated \n"
4811          fi
4812
4813
4814             # EVENTUELL INPUT-DATEIEN, DIE VON TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS
4815             # GEHOLT WORDEN SIND, LOESCHEN
4816          (( i = 0 ))
4817          while (( i < iin ))
4818          do
4819             (( i = i + 1 ))
4820             if [[ "${got_tmp[$i]}" = true   &&  $keep_data_from_previous_run = false ]]
4821             then
4822                rm -r  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
4823             fi
4824          done
4825
4826       else
4827
4828          printf "\n  +++ no restart-run possible, since errors occured"
4829          printf "\n      during the archive process"
4830       fi
4831
4832    fi
4833
4834
4835   
4836       # EVTL. EMAIL-BENACHRICHTIGUNG UEBER ABGESCHLOSSENEN LAUF
4837    if [[ "$email_notification" != "none" ]]
4838    then
4839
4840       if [[ $localhost != $fromhost ]]
4841       then
4842          if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4843          then
4844             echo "PALM restart run necessary"        >   email_text
4845             echo "description header of actual run:" >>  email_text
4846             cat  CONTINUE_RUN                        >>  email_text
4847             echo "mrun-command to restart:"          >>  email_text
4848             echo "$mc"                               >>  email_text
4849          else
4850             echo "PALM run with base filename \"$fname\" on host \"$localhost\" finished"  >  email_text
4851          fi
4852          mail  $email_notification  <  email_text
4853          printf "\n  *** email notification sent to \"$email_notification\" "
4854       fi
4855    fi
4856
4857
4858
4859       # ALLE ARBEITEN BEENDET. TEMPORAERER KATALOG KANN GELOESCHT WERDEN
4860    cd  $HOME
4861    [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
4862
4863 else
4864
4865
4866       # FALLS AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL, WERDEN JETZT ENTSPRE-
4867       # CHENDE AKTIONEN DURCHGEFUEHRT
4868
4869       # MRUN-BEFEHL FUER REMOTE-MASCHINE ZUSAMMENSTELLEN
4870    mrun_com="$mrun_script_name -a $afname -c $config_file -d $fname -h $host -H $fromhost -m $memory -t $cpumax -q $queue -R $return_addres -U $return_username -u $remote_username"
4871    [[ "$cpp_opts" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -D \"$cpp_opts\""
4872    [[ "$global_revision" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -G \"$global_revision\""
4873    [[ $group_number != none ]]   &&  mrun_com=${mrun_com}" -g $group_number"
4874    [[ $do_compile = true ]]      &&  mrun_com=${mrun_com}" -s \"$source_list\""
4875    [[ "$input_list" != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -i \"$input_list\""
4876    [[ $ignore_archive_error = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -I"
4877    [[ $keep_data_from_previous_run = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -k"
4878    [[ "$additional_conditions" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -K \"$additional_conditions\""
4879#    [[ "$makefile" != "$source_path/Makefile" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -M \"$makefile\""
4880    [[ "$output_list" != "" ]]    &&  mrun_com=${mrun_com}" -o \"$output_list\""
4881    [[ "$read_from_config" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -S"
4882    [[ $do_trace = true ]]        &&  mrun_com=${mrun_com}" -x"
4883    [[ "$numprocs" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -X $numprocs"
4884    if [[ $use_openmp = true ]]
4885    then
4886       mrun_com=${mrun_com}" -O $threads_per_task"
4887    fi
4888    [[ "$tasks_per_node" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -T $tasks_per_node"
4889    [[ $store_on_archive_system = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -A"
4890    [[ $package_list != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -p \"$package_list\""
4891    [[ $return_password != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -P $return_password"
4892    [[ $delete_temporary_catalog = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -B"
4893    [[ $node_usage != default  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla"  &&  $node_usage != novice ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -n $node_usage"
4894    [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -y"
4895    [[ $run_coupled_model = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Y \"$coupled_dist\""
4896    [[ "$check_namelist_files" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -z"
4897    [[ "$combine_plot_fields" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Z"
4898    [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -w $max_par_io_str"
4899    if [[ $do_remote = true ]]
4900    then
4901       printf "\n>>>> MRUN-command on execution host:\n>>>> $mrun_com \n"
4902    fi
4903
4904
4905       # create executable for batch job
4906    if [[ $create_executable_for_batch = true  &&  $restart_run != true ]]
4907    then
4908
4909       printf "\n  *** creating the executable for batch job\n"
4910
4911          # method only works for batch jobs on local hosts
4912       if [[ $host != $localhost ]]
4913       then
4914          printf "\n  +++ creation of executables is only allowed for batch jobs on local hosts."
4915          printf "\n      Please set create_executable_for_batch = false in the config-file.\n"
4916          locat=create_executable; exit
4917       fi
4918
4919       mkdir  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
4920       cd  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
4921
4922       cp  $make_depository  .
4923       tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
4924       cp  ../*  .   >  /dev/null  2>&1
4925
4926       make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
4927
4928       if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
4929       then
4930          printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
4931          locat=compile
4932          exit
4933       fi
4934
4935       mv  a.out  ..
4936       cd -  >  /dev/null  2>&1
4937       rm -rf  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
4938
4939       printf "  *** executable created in \"$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}\"\n "
4940
4941    fi
4942
4943
4944       # ZUSAMMENSTELLUNG DES JOBSCRIPTS AUF DATEI jobfile
4945    jobfile=jobfile.$RANDOM
4946
4947
4948       # TEMPORAERES VERZEICHNIS GENERIEREN UND NACH DORT WECHSELN
4949    echo  "mkdir  $TEMPDIR"      >>  $jobfile
4950    echo  "cd  $TEMPDIR"         >>  $jobfile
4951
4952
4953       # EVENTUELL FEHLERVERFOLGUNG AKTIVIEREN
4954    if [[ $do_trace = true ]]
4955    then
4956       echo  "set -x"                                    >>  $jobfile
4957    else
4958       echo  "set +vx"                                   >>  $jobfile
4959    fi
4960
4961
4962       # initialize the environment and load modules
4963    if [[ "$init_cmds" != "" ]]
4964    then
4965       echo  "$init_cmds"        >>  $jobfile
4966    fi
4967    if [[ "$module_calls" != "" ]]
4968    then
4969       echo  "$module_calls"     >>  $jobfile
4970    fi
4971
4972
4973       # BEREITSTELLUNG VON QUELLTEXTEN, MRUN-SCRIPTS UND KONFIGURATIONS-
4974       # DATEI FUER DEN JOB
4975    if [[ $( echo $host | cut -c1-5 ) = lcsgi  ||  $host = ibmkisti  ||  $host = lccrayb  ||  $host = lccrayf  ||  $host = lccrayh ]]
4976    then
4977
4978          # KONFIGURATIONSDATEI UND MRUN_SCRIPT IN DAS SOURCE-VERZEICHNIS
4979          # KOPIEREN
4980       if [[ $restart_run != true ]]
4981       then
4982          cp  $config_file  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4983          cp  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4984       fi
4985
4986          # SOURCE-VERZEICHNIS VOM LOKALEN RECHNER PER SCP TRANSFERIEREN
4987          # (BEI JOBS AUF LOKALEM RECHNER REICHT CP)
4988       echo  "set -x"  >>  $jobfile
4989       if [[ $host = $localhost ]]
4990       then
4991
4992             # DUE TO UNKNOWN REASONS, COPY WITH cp COMMAND CREATES CORRUPT
4993             # FILES ON CRAY XC30 SYSTEMS (CSC HELSINKI), rsync IS USED INSTEAD
4994          echo  "rsync -av -t  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname  ."  >>  $jobfile
4995
4996       else
4997          if [[ $host = ibmkisti ]]
4998          then
4999                # on KISTI's IBM firewall is only opened on interactive node
5000             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
5001             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@gaiad \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
5002          elif [[ $host = lccrayb ]]
5003          then
5004             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
5005             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@blogin1 \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
5006          elif [[ $host = lccrayh ]]
5007          then
5008             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
5009             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@hlogin1 \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
5010
5011          else
5012             echo  "scp $PORTOPT -r $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname ."  >>  $jobfile
5013          fi
5014       fi
5015       echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                      >>  $jobfile
5016
5017          # QUELLTEXTE, MRUN-SCRIPT UND KONFIGURATIONSDATEI IN DAS AKTUELLE
5018          # ARBEITSVERZEICHNIS VERSCHIEBEN
5019       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$config_file  . "       >>  $jobfile
5020       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$mrun_script_name  . "  >>  $jobfile
5021       echo  "chmod u+rwx  $mrun_script_name"                    >>  $jobfile
5022       echo  "execute_mrun=true"                                 >>  $jobfile
5023       echo  " "                                                 >>  $jobfile
5024
5025    else
5026
5027          # ABSPEICHERN DER QUELLTEXTE (NUR FALLS UEBERSETZT WERDEN SOLL)
5028          # SOWIE GEGEBENENFALLS DES MAKEFILES
5029       if [[ $do_compile = true ]]
5030       then
5031
5032          source_catalog=SOURCES_FOR_RUN_$fname
5033
5034              # UNTERVERZEICHNIS FUER QUELLTEXTE UND MAKEFILE ANLEGEN
5035              # MRUN WIRD DIESES VRZEICHNIS UEBER ENVIRONMENT VARIABLE
5036              # MITGETEILT (UEBERSTEUERT ANGABE IN KONFIGURATIONSDATEI)
5037          echo  "mkdir  SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
5038          echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                 >>  $jobfile
5039          echo  "cd     SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
5040
5041          for  filename  in  $source_list
5042          do
5043                # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
5044             echo  "cat > $filename << \"%END%\""              >>  $jobfile
5045             cat   $source_catalog/$filename                   >>  $jobfile
5046             echo  " "                                         >>  $jobfile
5047             echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
5048             echo  " "                                         >>  $jobfile
5049          done
5050
5051             # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
5052          echo  "cat > Makefile << \"%END%\""               >>  $jobfile
5053          cat   $source_catalog/Makefile                    >>  $jobfile
5054          echo  " "                                         >>  $jobfile
5055          echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
5056          echo  " "                                         >>  $jobfile
5057
5058          echo  "cd -  > /dev/null"                         >>  $jobfile
5059
5060       fi
5061
5062
5063          # ABSPEICHERN DER KONFIGURATIONSDATEI
5064          # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
5065          # Lines with #$ coming from the svn keyword substitution are
5066          # removed from the config file in order to avoid problems
5067          # with the SGE batch system
5068       echo  "cat > $config_file << \"%END%\""      >>  $jobfile
5069       if [[ $host = lckyuh ]]
5070       then
5071             # no cross compiler on compute node
5072          sed  's/frtpx/frt/g'  $config_file        >>  $jobfile
5073       else
5074          sed 's/#$.*//g'   $config_file            >>  $jobfile
5075       fi
5076       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
5077       echo  " "                                    >>  $jobfile
5078
5079
5080          # ABSPEICHERN DER AKTUELLEN MRUN-VERSION
5081          # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
5082       echo  "cat > $mrun_script_name <<\"%END%\""  >>  $jobfile
5083       if [[ $host = lckyuh ]]
5084       then
5085          sed 's/\/bin\/ksh/\/bin\/bash/g' ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  >>  $jobfile
5086       else
5087          cat  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name        >>  $jobfile
5088       fi
5089       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
5090       echo  "chmod u+x $mrun_script_name"          >>  $jobfile
5091       echo  "execute_mrun=true"                    >>  $jobfile
5092       echo  " "                                    >>  $jobfile
5093
5094    fi
5095
5096
5097       # EVTL. BENOETIGTE INPUT-DATEIEN PER FTP HOLEN ODER DEM JOB DIREKT
5098       # MITGEBEN UND AUF DEM REMOTE-RECHNER IM BENUTZERVERZEICHNIS ABLEGEN
5099       # FALLS DIESES NICHT EXISTIERT, WIRD VERSUCHT, DAS JEWEILS LETZTE
5100       # UNTERVERZEICHNIS DES PFADNAMENS ANZULEGEN
5101    if [[ $do_remote = true ]]
5102    then
5103       (( i = 0 ))
5104       while (( i < iin ))
5105       do
5106          (( i = i + 1 ))
5107          echo  "[[ ! -d ${pathin[$i]} ]]  &&  mkdir -p  ${pathin[$i]}"  >>  $jobfile
5108          if [[ "${transin[$i]}" = job ]]
5109          then
5110             echo  "cat > ${remotepathin[$i]} <<\"%END%\""    >>  $jobfile
5111             eval cat   ${pathin[$i]}/${frelin[$i]}           >>  $jobfile
5112             echo  " "                                        >>  $jobfile
5113             echo  "%END%"                                    >>  $jobfile
5114          else
5115             echo  "batch_scp $PORTOPT -b -o -g -s -u $return_username $return_addres ${remotepathin[$i]} \"${pathin[$i]}\" ${frelin[$i]}" >>  $jobfile
5116          fi
5117
5118             # UEBERPRUEFEN, OB DATEI ANGELEGT WERDEN KONNTE
5119          echo  "if [[ \$? = 1 ]]"                    >>  $jobfile
5120          echo  "then"                                >>  $jobfile
5121          echo  "   echo \" \" "                      >>  $jobfile
5122          echo  "   echo \"+++ file ${remotepathin[$i]} could not be created\" "   >>  $jobfile
5123          echo  "   echo \"    please check, if directory exists on $host!\" "  >>  $jobfile
5124          echo  "   echo \"+++ MRUN will not be continued\" "  >>  $jobfile
5125          echo  "   execute_mrun=false"               >>  $jobfile
5126          echo  "fi"                                  >>  $jobfile
5127       done
5128    fi
5129
5130       # ARBEITSKATALOG AUF DER LOKALEN MASCHINE FUER EVENTUELLE
5131       # FORTSETZUNGSLAUEFE PER ENV-VARIABLE UEBERGEBEN
5132    echo  "LOCAL_PWD=$working_directory"                >>  $jobfile
5133    echo  "export LOCAL_PWD"                            >>  $jobfile
5134
5135       # EBENSO LOKALEN MRUN-KATALOG UEBERGEBEN
5136    echo  "LOCAL_MRUN_PATH=$PALM_BIN"                   >>  $jobfile
5137    echo  "export LOCAL_MRUN_PATH"                      >>  $jobfile
5138
5139       # WORKAROUND FUER RIAM-NEC-JOBS WEGEN PROFILE-SCHWIERIGKEITEN
5140    if [[ $localhost_realname = "gate"  ||  $localhost = lctit ]]
5141    then
5142       echo  "export PALM_BIN=$PALM_BIN"                >>  $jobfile
5143    elif [[ $host = lcflow  ||  $localhost = lcflow ]]
5144    then
5145       echo  "export PALM_BIN=$PALM_BIN" | sed -e 's:'$HOME':$HOME:'   >>  $jobfile
5146       echo  "export PATH=\$PATH:\$PALM_BIN"              >>  $jobfile
5147    fi
5148
5149       # MRUN AUF ZIELRECHNER AUFRUFEN (queue is workaround for ibmkisti)
5150    echo  "set -x"                                        >>  $jobfile
5151    echo  "queue=$queue"                                  >>  $jobfile
5152    echo  "[[ \$execute_mrun = true ]]  &&  ./$mrun_com"  >>  $jobfile
5153    echo  'ls -al; echo `pwd`'                            >>  $jobfile
5154    echo  "cd \$HOME"                                     >>  $jobfile
5155    echo  "rm -rf  $TEMPDIR"                              >>  $jobfile
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5160       # JOB PER SUBJOB STARTEN
5161    if [[ $silent = false ]]
5162    then
5163       printf "\n     "
5164    else
5165       printf "\n\n"
5166    fi
5167
5168    subjob  $job_on_file  -h $host  -u $remote_username -g $group_number -q $queue  -m $memory  -N $node_usage -t $cpumax  $XOPT  $TOPT  $OOPT  -n $fname  -v  -c $job_catalog  -e $email_notification  $PORTOPT  $jobfile
5169    rm -rf  $jobfile
5170
5171
5172 fi  # ENDE REMOTE-TEIL
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5176     # ENDE DER PROZEDUR
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.