source: palm/trunk/SCRIPTS/mrun @ 1217

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last commit documented

  • Property svn:keywords set to Id Rev
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Line 
1#!/bin/ksh
2
3# mrun - script for running PALM jobs
4
5#--------------------------------------------------------------------------------#
6# This file is part of PALM.
7#
8# PALM is free software: you can redistribute it and/or modify it under the terms
9# of the GNU General Public License as published by the Free Software Foundation,
10# either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
11#
12# PALM is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
13# WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR
14# A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
15#
16# You should have received a copy of the GNU General Public License along with
17# PALM. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
18#
19# Copyright 1997-2012  Leibniz University Hannover
20#--------------------------------------------------------------------------------#
21#
22# Current revisions:
23# ------------------
24#
25#
26# Former revisions:
27# -----------------
28# $Id: mrun 1211 2013-08-14 13:46:36Z raasch $
29#
30# 1210 2013-08-14 10:58:20Z raasch
31# fftw support added
32#
33# 1201 2013-07-10 16:17:59Z witha
34# adjustments for Forwind cluster (lcflow)
35#
36# 1199 2013-07-05 14:52:22Z raasch
37# adjustments for CSC Helsinki (lccrayf),
38# executables for batch jobs can be created in advance, in order to avoid calling
39# the compiler within the batch job (only works if batch jobs are submitted on
40# local host)
41#
42# 1190 2013-06-25 09:39:21Z heinze
43# enable use of automatic restarts for ibmh
44# use of cluster/express queue enabled (ibmh)
45#
46# 1124 2013-04-09 15:46:52Z raasch
47# variable "memory" is exported via typeset option -x, because otherwise an unknown
48# side effect may lead to data loss while getopts is reading the script-option arguments
49#
50# 1122 2013-04-09 08:37:16Z heinze
51# Bugfix: change type of variable last_char
52#
53# 1119 2013-04-05 15:11:19Z raasch
54# Bugfix for setting -T option for subjob
55#
56# 1108 2013-03-05 07:03:32Z raasch
57# bugfix for coupled runs on lckyut/lckyuh
58#
59# 1106 2013-03-04 05:31:38Z raasch
60# --stdin argument for mpiexec on lckyuh
61# -y and -Y settings output to header
62#
63# 1103 2013-02-20 02:15:53Z raasch
64# default script runs again under ksh, because of unsolved problems with read
65# from stdin: when bash script is called from a ksh, message "read error: 0:
66# Resource temporarily unavailable" appears and script does not stop,
67# further bash compatibility adjustments,
68# shebang line replaced by /bin/bash when running jobs on lckyuh; no restarts
69# on lckyuh, but mrun does not terminate and issues a warning instead
70#
71# 1101 2013-02-17 10:20:21Z raasch
72# script now running under bash instead of ksh, which required small adjustments
73# (output formatting with printf instead "typeset -L/-R", print replaced by echo,
74# read from stdin),
75# cross compilername on lckyuh compute nodes replaced by real compiler name
76#
77# 1099 2013-02-10 01:47:43Z raasch
78# adjustments for Kyushu-University computing center (lckyuh - hayaka)
79# and for Forwind cluster (lcflow)
80# small further adjustments for lckyut
81#
82# 1094 2013-02-03 01:52:12Z raasch
83# explicit ssh/scp port can be set in config file with environment variable
84# scp_port.  This port is handled to all ssh/scp/batch_scp calls.
85# decalpha parts (yonsei) removed
86#
87# 2013-02-02 07:06:13Z raasch
88# adjustments for Kyushu-University computing center (lckyut - tatara)
89#
90# 1083 2013-01-04 10:22:09Z maronga
91# bugfix in parameter file check (read %cpp_options was missing)
92#
93# 1069 2012-11-28 16:18:43Z maronga
94# bugfix: coupling mode was always set to mpi2, typos removed
95#
96# 1058 2012-11-21 07:00:35Z raasch
97# Intel inspector (inspxe) is given the number of PEs instead of the number of
98# nodes
99#
100# 1046 2012-11-09 14:38:45Z maronga
101# code put under GPL (PALM 3.9)
102#
103# 21/03/94 - Siggi - first version finished
104# 03/03/94 - Siggi - script development started
105#
106#--------------------------------------------------------------------------------#
107# mrun - script for running PALM jobs
108#--------------------------------------------------------------------------------#
109
110
111 
112    # VARIABLENVEREINBARUNGEN + DEFAULTWERTE
113
114 set +o allexport    # SICHERHEITSHALBER UNTERBINDEN, DA SONST EVTL. STAGEOUT
115                     # NICHT LAUEFT (TOO MANY ARGUMENTS - PROBLEM)
116 set +o noclobber    # EXISTIERENDE DATEIEN DUERFEN UEBERSCHRIEBEN WERDEN
117
118 AddFilenames=""
119 additional_conditions=""
120 add_source_path=""
121 afname=""
122 archive_save=true
123 archive_system=none
124 check_namelist_files=true
125 combine_plot_fields=true
126 compiler_name=""
127 cond1=""
128 cond2="" 
129 config_file=.mrun.config
130 coupled_dist=""
131 coupled_mode="mpi1"
132 cpp_opts=""
133 cpp_options=""
134 cpumax=0
135 cpurest=0
136 create_executable_for_batch=false
137 delete_temporary_catalog=true
138 do_batch=false
139 do_compile=true
140 do_remote=false
141 do_stagein=true
142 do_stageout=true
143 do_trace=false
144 email_notification="none"
145 exclude=""
146 executable=""
147 execution_error=false
148 fftw_inc=""
149 fftw_lib=""
150 fftw_support=false
151 fimm=false
152 fname=test
153 fromhost=""
154 global_revision=""
155 group_number=none
156 host=""
157 host_file=""
158 hp=""
159 ignore_archive_error=false
160 input_list=""
161 interpreted_config_file=""
162 job_catalog="~/job_queue"
163 job_on_file=""
164 keep_data_from_previous_run=false
165 link_local_input=false
166 link_local_output=false
167 localhost_realname=$(hostname)
168 local_compile=false
169 local_dvrserver_running=.FALSE.
170 locat=normal
171 mainprog=""
172 makefile=""
173 max_par_io_str=""
174 mc=$0
175 while [[ $(echo $mc | grep -c "/") != 0 ]]
176 do
177    mc=`echo $mc | cut -f2- -d"/"`
178 done
179 module_calls=""
180 mrun_script_name=$mc
181 netcdf_inc=""
182 netcdf_lib=""
183 netcdf_support=false
184 node_usage=default
185 numprocs=""
186 numprocs_atmos=0
187 numprocs_ocean=0
188 OOPT=""
189 openmp=false
190 output_list=""
191 package_list=""
192 punkte="..........................................................."
193 queue=none
194 read_from_config=""
195 restart_run=false
196 if [[ `hostname` = rte10 ]]
197 then
198    return_addres=133.5.185.60
199    echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
200 elif [[ `hostname` = climate0 ]]
201 then
202    return_addres=165.132.26.68
203    echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
204 elif [[ `hostname` = urban00 ]]
205 then
206    return_addres=147.46.30.151
207    echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
208 else
209    return_addres=$(nslookup `hostname` 2>&1 | grep "Address:" | tail -1 | awk '{print $2}')
210 fi
211 return_password=""
212 return_username=$LOGNAME
213 remotecall=false
214 remote_username=""
215 run_coupled_model=false
216 run_mode=""
217 scirocco=false
218 store_on_archive_system=false
219 striche="  ----------------------------------------------------------------------------"
220 silent=false
221 source_list=""
222 source_path=SOURCE
223 tasks_per_node=""
224 threads_per_task=1
225 tmpcreate=false
226 tmp_data_catalog=""
227 transfer_problems=false
228 usern=$LOGNAME
229 use_openmp=false
230 version="MRUN  2.0 Rev$Rev: 1211 $"
231 working_directory=`pwd`
232 TOPT=""
233 XOPT=""
234 zeit=$( date | cut -c 12-19 )
235
236 typeset -i  iec=0 iic=0 iin=0 ioc=0 iout=0 stagein_anz=0 stageout_anz=0
237 typeset -x -i  memory=0   # has to be exported here, otherwise an unknown side
238                           # effect may cause data loss when getopts is reading the
239                           # script-option arguments
240 typeset -i  cputime i ii iia iii iio icycle inode ival jobges jobsek last_char_int maxcycle minuten nodes pes sekunden tp1
241
242
243
244
245    # EINZELNE VARIABLE FUER HAUPTPROGRAMM EXPORTIEREN
246 export  cpurest fname host localhost return_addres return_username remotecall tasks_per_node
247
248    # FOLGENDE VARIABLEN MUESSEN FUER DIE INTERPRETATION DER KONFIGURATIONSDATEI
249    # EXPORTIERT WERDEN
250 export  afname config_file cpp_opts cpumax do_batch do_trace fname fromhost
251 export  group_number input_list numprocs output_list queue run_mode
252
253
254 
255    # FEHLERBEHANDLUNG
256    # BEI EXIT:
257 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
258       if [[ $locat != localhost ]]
259       then
260#          if [[ ! -f ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik ]]
261#          then
262#             cat  >  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik  <<  %STATEND%
263#MRUN-calls on $localhost
264#
265#date and time                      user        localhost   remotehost  termination mrun-command
266#--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
267#%STATEND%
268#             chmod  666  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
269#          fi
270#
271#             # EINTRAG IN DIE STATISTIK-DATEI
272#          string1=`date`                  #-L35
273#          string2=$usern                  #-L12
274#          string3=$localhost_realname     #-L12
275#          string4=$host                   #-L12
276#          string5=$locat                  #-L12
277#          if [[ "$job_on_file" = ""  &&  $locat != control_c  &&  $locat != user_abort ]]
278#          then
279#             if [[ $do_batch = true ]]
280#             then
281#                printf "$string1$string2$string3$string4$string5$mrun_com \n"  >>  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
282#             else
283#                printf "$string1$string2$string3$string4$string5$mc \n"  >>  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
284#             fi
285#          fi
286          echo " " > /dev/null
287       fi
288
289       if [[ $locat != normal  &&  $locat != control_c  &&  $locat != local_compile ]]
290       then
291
292              # EVENTUELLE ERROR-KOMMANDOS ABARBEITEN
293          (( i = 0 ))
294          while (( i < iec ))
295          do
296             (( i = i + 1 ))
297             printf "\n  *** Execution of ERROR-command:\n"
298             printf "  >>> ${err_command[$i]}\n"
299             eval  ${err_command[$i]}
300          done
301          if [[ -n $interpreted_config_file ]]
302          then
303             rm -rf  $interpreted_config_file
304          fi
305          if [[ -n .mrun_environment ]]
306          then
307             rm -rf  .mrun_environment
308          fi
309          if [[ $tmpcreate = true ]]
310          then
311             printf "\n  *** Contents of \"$TEMPDIR\":\n"
312             ls -al; cd
313             [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
314          fi
315          if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
316          then
317             echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
318             kill $dvrserver_id
319          fi
320          if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
321          then
322             rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
323          fi
324          printf "\n\n+++ MRUN killed \n\n"
325       elif [[ $locat != control_c ]]
326       then
327          printf "\n\n --> all actions finished\n\n"
328          printf "     Bye, bye $usern !!\n\n"
329       fi' exit
330
331
332    # BEI TERMINAL-BREAK:
333 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
334       rm -rf  $working_directory/tmp_check_namelist_files
335       [[ $tmpcreate = true ]]  &&  (cd; rm -rf $TEMPDIR)
336       if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
337       then
338          rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
339       fi
340       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
341       then
342          echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
343          kill $dvrserver_id
344       fi
345       printf "\n+++ MRUN killed by \"^C\" \n\n"
346       locat=control_c
347       exit
348      ' 2
349
350
351    # CHECK IF THE PATH FOR THE PALM BINARIES (SCRIPTS+UTILITY-PROGRAMS) HAS
352    # BEEN SET
353 if [[ "$PALM_BIN" = "" ]]
354 then
355    printf "\n  +++ environment variable PALM_BIN has not been set"
356    printf "\n      please set it to the directory where the PALM scripts are located"
357    locat=palm_bin; exit
358 fi
359 export PATH=$PALM_BIN:$PATH
360
361
362
363    # SHELLSCRIPT-OPTIONEN EINLESEN UND KOMMANDO NEU ZUSAMMENSETZEN, FALLS ES
364    # FUER FOLGEJOBS BENOETIGT WIRD
365 while  getopts  :a:AbBc:Cd:D:Fg:G:h:H:i:IkK:m:M:n:o:O:p:P:q:r:R:s:St:T:u:U:vw:xX:yY:zZ option
366 do
367   case  $option  in
368       (a)   afname=$OPTARG;;
369       (A)   store_on_archive_system=true; mc="$mc -A";;
370       (b)   do_batch=true; mc="$mc -b";;
371       (B)   delete_temporary_catalog=false; mc="$mc -B";;
372       (c)   config_file=$OPTARG; mc="$mc -c$OPTARG";;
373       (C)   restart_run=true; mc="$mc -C";;
374       (d)   fname=$OPTARG; mc="$mc -d$OPTARG";;
375       (D)   cpp_opts="$cpp_opts $OPTARG"; mc="$mc -D'$OPTARG'";;
376       (F)   job_on_file="-D"; mc="$mc -F";;
377       (g)   group_number=$OPTARG; mc="$mc -g$OPTARG";;
378       (G)   global_revision=$OPTARG; mc="$mc -G'$OPTARG'";;
379       (h)   host=$OPTARG; mc="$mc -h$OPTARG";;
380       (H)   fromhost=$OPTARG; mc="$mc -H$OPTARG";;
381       (i)   input_list=$OPTARG; mc="$mc -i'$OPTARG'";;
382       (I)   ignore_archive_error=true; mc="$mc -I";;
383       (k)   keep_data_from_previous_run=true; mc="$mc -k";;
384       (K)   additional_conditions="$OPTARG"; mc="$mc -K'$OPTARG'";;
385       (m)   memory=$OPTARG; mc="$mc -m$OPTARG";;
386       (M)   makefile=$OPTARG; mc="$mc -M$OPTARG";;
387       (n)   node_usage=$OPTARG; mc="$mc -n$OPTARG";;
388       (o)   output_list=$OPTARG; mc="$mc -o'$OPTARG'";;
389       (O)   use_openmp=true; threads_per_task=$OPTARG; mc="$mc -O$OPTARG";;
390       (p)   package_list=$OPTARG; mc="$mc -p'$OPTARG'";;
391       (P)   return_password=$OPTARG; mc="$mc -P$OPTARG";;
392       (q)   queue=$OPTARG; mc="$mc -q$OPTARG";;
393       (r)   run_mode=$OPTARG; mc="$mc -r'$OPTARG'";;
394       (R)   remotecall=true;return_addres=$OPTARG; mc="$mc -R$OPTARG";;
395       (s)   source_list=$OPTARG; mc="$mc -s'$OPTARG'";;
396       (S)   read_from_config=false; mc="$mc -S";;
397       (t)   cpumax=$OPTARG; mc="$mc -t$OPTARG";;
398       (T)   mrun_tasks_per_node=$OPTARG; mc="$mc -T$OPTARG";;
399       (u)   remote_username=$OPTARG; mc="$mc -u$OPTARG";;
400       (U)   return_username=$OPTARG; mc="$mc -U$OPTARG";;
401       (v)   silent=true; mc="$mc -v";;
402       (w)   max_par_io_str=$OPTARG; mc="$mc -w$OPTARG";;
403       (x)   do_trace=true;set -x; mc="$mc -x";;
404       (X)   numprocs=$OPTARG; mc="$mc -X$OPTARG";;
405       (y)   ocean_file_appendix=true; mc="$mc -y";;
406       (Y)   run_coupled_model=true; coupled_dist=$OPTARG; mc="$mc -Y'$OPTARG'";;
407       (z)   check_namelist_files=false; mc="$mc -z";;
408       (Z)   combine_plot_fields=false; mc="$mc -Z";;
409       (\?)  printf "\n  +++ unknown option $OPTARG \n"
410             printf "\n  --> type \"$0 ?\" for available options \n"
411             locat=parameter;exit;;
412   esac
413 done
414
415
416    # EVTL. POSITIONSPARAMETER EINLESEN
417    # ZUR ZEIT GIBT ES NUR DEN PARAMETER ? (=KURZINFO)
418 (( to_shift = $OPTIND - 1 ))
419 shift $to_shift
420
421    # KURZE AUFRUFBESCHREIBUNG WIRD HIER AUSGEGEBEN
422 if [[ "$1" = "?" ]]
423 then
424   (printf "\n  *** mrun can be called as follows:\n"
425    printf "\n      $mrun_script_name  -b -c.. -d.. -D.. -f.. -F -h.. -i.. -I -K.. -m.. -o.. -p.. -r.. -R -s.. -t.. -T.. -v -x -X.. -y -Y.. -z -Z <modus> \n"
426    printf "\n      Description of available options:\n"
427    printf "\n      Option  Description                              Default-Value"
428    printf "\n        -a    base name of input files                 equiv. -d"
429    printf "\n        -A    archiving when using file-attribute fl"
430    printf "\n        -b    batch-job on local machine               ---"
431    printf "\n        -B    do not delete temporary directory at end ---"
432    printf "\n        -c    configuration file                       .mrun.config"
433    printf "\n        -d    base name of files attached to program   test"
434    printf "\n        -D    preprocessor(cpp)-directives             \"\" "
435    printf "\n        -F    create remote job file only              ---"
436    printf "\n        -h    execution host                           $localhost_realname"
437    printf "\n        -i    INPUT control list                       \"\" "
438    printf "\n        -I    archiving errors of previous batch-jobs"
439    printf "\n              will be ignored"
440    printf "\n        -k    keep data from previous run"
441    printf "\n        -K    additional conditions for controling"
442    printf "\n              usage of conditional code and"
443    printf "\n              env-variables in configuration file      \"\" "
444    printf "\n        -m    memory demand in MB (batch-jobs)         0 MB"
445    printf "\n        -M    Makefile name                            Makefile"
446    printf "\n        -n    node usage (shared/not_shared)           depending on -h"
447    printf "\n        -o    OUTPUT control list                      \"\" "
448    printf "\n        -O    use OpenMP                               ---"
449    printf "\n        -p    software package list                    \"\" "
450    printf "\n        -q    queue                                    \"$queue\" "
451    printf "\n        -r    run control list (combines -i -o)        \"\" "
452    printf "\n        -s    filenames of routines to be compiled     \"\" "
453    printf "\n              must end with .f, .f90, .F, or .c !"
454    printf "\n              use \"..\" for more than one file and wildcards"
455    printf "\n              -s LM compiles all locally modified files"
456    printf "\n        -S    config file interpreted by shellscript   ---"
457    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds (batch)      0"
458    printf "\n        -T    tasks per node                           depending on -h"
459    printf "\n        -u    username on remote machine               \"\" "
460    printf "\n        -v    no prompt for confirmation               ---"
461    printf "\n        -w    maximum parallel io streams              as given by -X"
462    printf "\n        -x    tracing of mrun for debug purposes       ---"
463    printf "\n        -X    # of processors (on parallel machines)   1"
464    printf "\n        -y    add appendix \"_O\" to all local output"
465    printf "\n              files (ocean precursor runs followed by"
466    printf "\n              coupled atmosphere-ocean runs)           ---"
467    printf "\n        -Y    run coupled model, \"#1 #2\" with" 
468    printf "\n              #1 atmosphere and #2 ocean processors    \"#/2 #/2\" depending on -X"
469    printf "\n        -z    disable a priori parameter file check    ---"
470    printf "\n        -Z    skip combine_plot_fields at the end of      "
471    printf "\n              the simulation                           ---"
472    printf "\n "
473    printf "\n      Possible values of positional parameter <modus>:"
474    printf "\n        \"?\"       -  this outline \n\n") | more
475    exit
476 elif [[ "$1" != "" ]]
477 then
478    printf "\n  +++ positional parameter $1 unknown \n"
479    locat=parameter; exit
480 fi
481
482
483
484    # KURZE STARTMELDUNG
485 printf "\n*** $version "
486 printf "\n    will be executed.     Please wait ..."
487
488
489
490    # PRUEFEN, OB KONFIGURATIONS-DATEI VORHANDEN
491 if [[ ! -f $config_file ]]
492 then
493    printf "\n\n  +++ configuration file: "
494    printf "\n           $config_file"
495    printf "\n      does not exist"
496    locat=connect; exit 
497 fi
498
499
500    # HOST-IDENTIFIER (local_host) AUS KONFIGURATIONSDATEI BESTIMMEN
501 line=""
502 grep  "%host_identifier"  $config_file  >  tmp_mrun
503 while read line
504 do
505    if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
506    then
507       HOSTNAME=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
508       host_identifier=`echo $line | cut -d" " -s -f3`
509       if [[ $localhost_realname = $HOSTNAME ]]
510       then
511          localhost=$host_identifier
512          break
513       fi
514    fi
515 done < tmp_mrun
516
517 if [[ "$localhost" = "" ]]
518 then
519    printf "\n\n  +++ no host identifier found in configuration file \"$config_file\""
520    printf "\n      for local host \"$localhost_realname\"."
521    printf "\n      Please add line"
522    printf "\n      \"\%host_identifier $localhost_realname <identifier>\""
523    printf "\n      to the configuration file."
524    locat=localhost; exit
525 fi
526
527
528    # HOSTSPEZIFISCHE VARIABLEN SETZEN
529 case  $localhost_realname  in
530     (r1*|r2*|h01*|b01*)     archive_system=tivoli;;
531     (cs*)                   archive_system=ut;;
532     (fimm.bccs.uib.no)      fimm=true;;
533     (gate|n-sx)             PATH=$PALM_BIN:$PATH:/usr/bin/nqsII;;
534     (scirocco)              scirocco=true;;
535 esac
536
537
538 
539    # BASISNAME DER INPUT-DATEIEN GLEICH ALLGEMEINEM BASISNAMEN SETZEN,
540    # WENN NICHT VOM BENUTZER ANDERS BESTIMMT
541 [[ "$afname" = "" ]]  &&  afname=$fname
542
543
544    # EVTL. RUN-MODUS DEN I/O-LISTEN HINZUFUEGEN
545 if [[ "$run_mode" != "" ]]
546 then
547    input_list="$input_list $run_mode"
548    output_list="$output_list $run_mode"
549 fi
550
551
552    # RECHNERNAMEN ABSPEICHERN, VON DEM AUS JOB GESTARTET WIRD,
553    # ALLERDINGS NUR DANN, WENN NICHT PER OPTION -H BEREITS EIN WERT
554    # ZUGEWIESEN WURDE (MRUN MACHT DIES IMMER, WENN ES SELBST BATCH-JOBS
555    # STARTET)
556 if [[ "$fromhost" = "" ]]
557 then
558    fromhost=$localhost
559 fi
560
561
562    # PRUEFEN, OB AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL
563    # WERT VON do_remote WIRD FUER DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT.
564    # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
565    # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
566 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
567 then
568    do_batch=true
569    do_remote=true
570    case  $host  in
571        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|ibmy|nech|necriam|lccrayf|lcflow|lckyoto|lcsgib|lcsgih|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb)  true;;
572        (*)  printf "\n"
573             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
574             printf "\n      is not available"
575             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
576    esac
577 else
578    host=$localhost
579 fi
580
581
582     # ZUSATZBEDINGUNGEN (OPTION -K) AUSWERTEN
583 if [[ -n $additional_conditions ]]
584 then
585#    echo $additional_conditions | cut -d" " -f1-3 | read  cond1  cond2  dummy
586    cond1=`echo $additional_conditions | cut -d" " -f1`
587    cond2=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f2`
588    dummy=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f3`
589    if [[ -n $dummy ]]
590    then
591       printf "\n  +++ more than 2 additional conditions given for Option \"-K\""
592       locat=options; exit
593    fi
594    block=_$cond1
595    [[ -n $cond2 ]]  &&  block=${block}_$cond2
596 fi
597
598
599      # KOPPLUNGSEIGENSCHAFTEN (-Y) AUSWERTEN UND coupled_mode BESTIMMEN
600 if [[ $run_coupled_model = true ]] 
601 then
602
603    if  [[ -n $coupled_dist ]]
604    then
605
606       numprocs_atmos=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f1`
607       numprocs_ocean=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f2`
608
609       if (( $numprocs_ocean + $numprocs_atmos != $numprocs ))
610       then
611
612          printf "\n  +++ number of processors does not fit to specification by \"-Y\"."
613          printf "\n      PEs (total)     : $numprocs"
614          printf "\n      PEs (atmosphere): $numprocs_atmos"
615          printf "\n      PEs (ocean)     : $numprocs_ocean"
616          locat=coupling; exit
617
618       fi
619
620    else
621
622       (( numprocs_ocean = $numprocs / 2 ))
623       (( numprocs_atmos = $numprocs / 2 ))
624
625    fi
626    coupled_dist=`echo "$numprocs_atmos $numprocs_ocean"`
627
628       # GET coupled_mode FROM THE CONFIG FILE
629    line=""
630    grep  "%cpp_options.*-D__mpi2.*$host" $config_file  >  tmp_mrun
631    while read line
632    do
633       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" &&  $(echo $line | cut -d" " -s -f4) = $cond1 && $(echo $line | cut -d" " -s -f4)  = $cond2 ]]
634       then
635          coupled_mode="mpi2"
636       fi
637    done < tmp_mrun
638
639 fi
640
641
642    # PRUEFEN, OB EVTL. BEI VORHERGEHENDEM LAUF (KETTENJOB) EINE
643    # ARCHIVIERUNG FEHLGESCHLAGEN IST
644 if [[ -f ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname ]]
645 then
646    if [[ $ignore_archive_error = false ]]
647    then
648       printf "\n  +++ data archiving of previous run failed"
649       printf "\n      see directory \~/job_queue on remote machine"
650       locat=archive; exit
651    else
652       printf "\n  +++ warning: data archiving in a previous run failed"
653       printf "\n      MRUN continues, trying to get backup copy"
654    fi
655 fi
656
657
658    # WERTE VON MRUN-OPTIONEN SICHERN UND DAMIT GEGEBENENFALLS SPAETER DIE
659    # IN DER KONFIGURAIONSDATEI ANGEGEBENEN WERTE UEBERSTEUERN
660 mrun_memory=$memory
661 mrun_group_number=$group_number
662 mrun_cpumax=$cpumax
663 mrun_numprocs=$numprocs
664
665
666    # LESEN UND INTERPRETIEREN DER KONFIGURATIONS-DATEI VOM SHELLSCRIPT AUS
667    # VORUEBERGEHEND ZWINGEND AUF LINUX-RECHNERN
668 if [[ "$read_from_config" = false ]]
669 then
670
671    [[ $silent = false ]]  &&  printf "\n    Reading the configuration file... "
672    while  read zeile
673    do
674        [[ $silent = false ]]  &&  printf "."
675
676
677          # ZUERST EVENTUELL VORKOMMENDE ENVIRONMENT-VARIABLEN DURCH IHRE WERTE
678          # ERSETZEN
679       eval  zeile=\"$zeile\"
680
681
682          # INTERPRETATION DER ZEILE
683       if [[ "$(echo $zeile)" = "" ]]
684       then
685             # LEERZEILE, KEINE AKTION
686          continue
687
688       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "#" ]]
689       then
690
691             # ZEILE IST KOMMENTARZEILE
692          true
693
694       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "%" ]]
695       then
696
697             # ZEILE DEFINIERT ENVIRONMENT-VARIABLE
698          zeile=$(echo $zeile | cut -c2-)
699#          echo $zeile | cut -d" " -f1-5 | read  var  value  for_host  for_cond1  for_cond2
700          var=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
701          value=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
702          for_host=`echo $zeile | cut -d" " -s -f3`
703          for_cond1=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
704          for_cond2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
705
706          if [[ "$for_host" = ""  ||  ( "$for_host" = $host  &&  "$for_cond1" = "$cond1"  &&  "$for_cond2" = "$cond2" )  ||  $(echo "$input_list$output_list"|grep -c "$for_host") != 0 ]]
707          then
708
709                # BEI COMPILER- CPP- ODER LINKEROPTIONEN EVTL ":" DURCH " "
710                # ERSETZEN. "::" WIRD DURCH ":" ERSETZT.
711             value=`echo $value | sed 's/::/%DUM%/g' | sed 's/:/ /g' | sed 's/%DUM%/:/g'`
712
713
714                # ENVIRONMENT-VARIABLE WIRD WERT AUS KONFIGURATIONSDATEI
715                # ZUGEWIESEN, WENN SIE SELBST NOCH KEINEN WERT UEBER DIE
716                # ENTSPRECHENDE SCRIPT-OPTION ERHALTEN HAT. SOLCHE
717                # VARIABLEN HAETTEN DANN DEN WERT "" ODER IM INTEGER-FALL DEN
718                # WERT 0.  ALLGEMEINE REGEL ALSO: SCRIPT-OPTION GEHT UEBER
719                # KONFIGURATIONSDATEI
720             if [[ "$(eval echo \$$var)" = ""  ||  "$(eval echo \$$var)" = "0" ]]
721             then
722                eval  $var=\$value
723
724                   # EVTL. BILDSCHIRMAUSGABEN DER ENVIRONMENT-VARIABLEN
725                if [[ $do_trace = true ]]
726                then
727                   printf "\n*** ENVIRONMENT-VARIABLE $var = $value"
728                fi
729             fi
730
731                # WENN ENVIRONMENT-VARIABLE HOST VEREINBART, DANN SOFORT AUSWERTEN
732                # WERT VON do-remote WIRD BEI DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT
733                # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
734                # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
735             if [[ $var = host ]]
736             then
737                if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
738                then
739                   do_batch=true
740                   do_remote=true
741                   case  $host  in
742                       (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|ibmy|lccrayf|lcflow|lckyoto|lcsgib|lcsgih|nech|necriam|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb)  true;;
743                       (*)  printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
744                            printf "\n      is not available"
745                            locat=nqs; exit;;
746                   esac
747                else
748                   host=$localhost
749                fi
750             fi
751
752                # VOM BENUTZER DEFINIERTE ENVIRONMENT VARIABLEN MUESSEN PRINZIPIELL
753                # EXPORTIERT WERDEN, DA SIE VIELLEICHT IN WEITER UNTEN AUFZURUFEN-
754                # DEN PROGRAMMEN BENOETIGT WERDEN
755             export  $var
756          fi
757
758
759
760
761       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "EC:" ]]
762       then
763
764             # ZEILE DEFINIERT ERROR-KOMMANDO
765          (( iec = iec + 1 ))
766          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
767          err_command[$iec]="$zeile"
768
769       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "IC:" ]]
770       then
771
772             # ZEILE DEFINIERT INPUT-KOMMANDO
773          (( iic = iic + 1 ))
774          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
775          in_command[$iic]="$zeile"
776
777       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "OC:" ]]
778       then
779
780             # ZEILE DEFINIERT OUTPUT-KOMMANDO
781          (( ioc = ioc + 1 ))
782          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
783          out_command[$ioc]="$zeile"
784
785       else
786
787             # ZEILE DEFINIERT DATEIVERBINDUNG. EINLESEN DER DATEIEIGENSCHAFTEN
788             # s2a: in/out - Feld
789             # s2b: loc    - Feld (optional)
790             # s2c: tr/ar  - Feld (optional)
791#          echo $zeile | cut -d" " -f1-2 | read  s1  s2
792          s1=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
793          s2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
794          s2a=$(echo $s2 | cut -d":" -f1)
795          if [[ $(echo $s2 | grep -c ":") = 0 ]]
796          then
797             s2b=""
798             s2c=""
799          else
800#             echo $s2 | cut -d":" -f2-3 | sed 's/:/ /g' | read  s2b  s2c
801             s2b=`echo $s2 | cut -d":" -f2 | sed 's/:/ /g'`
802             s2c=`echo $s2 | cut -d":" -s -f3 | sed 's/:/ /g'`
803          fi
804#          echo $zeile | cut -d" " -f3-6 | read  s3  s4  s5  s6
805          s3=`echo $zeile | cut -d" " -f3`
806          s4=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
807          s5=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
808          s6=`echo $zeile | cut -d" " -s -f6`
809
810       
811             # ABSPEICHERN DER DATEIVERBINDUNG, FALLS IN INPUT- ODER OUTPUT-LIST
812             # VERMERKT. VARIABLE S3 KANN AUCH LISTE ENTHALTEN (FELDTRENNER ":")
813             # DATEIVERBINDUNG WIRD DANN NICHT ABGESPEICHERT UND GEPRUEFT, WENN
814             # PROGRAMMLAUF AUF REMOTE-MASCHINE ERFOLGT UND DATEI NUR LOKAL VOR-
815             # HANDEN SEIN MUSS (D.H. s2b = loc)
816          IFSALT="$IFS"; IFS="$IFS:"
817          if [[ "$s2a" = in  &&  ! ( $do_remote = true  &&  ( "$s2b" = loc  ||  "$s2b" = locopt ) ) ]]
818          then
819             found=false
820             for  actual  in  $input_list
821             do
822                for  formal  in  $s3
823                do
824                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-" ]]  &&  found=true
825                done
826             done
827             if [[ $found = true ]]
828             then
829                (( iin = iin + 1 ))
830                localin[$iin]=$s1; transin[$iin]=$s2b; actionin[$iin]=$s2c;
831                typein[$iin]=$s3; pathin[$iin]=$s4; endin[$iin]=$s5;
832                extin[$iin]=$s6
833             fi
834          elif [[ "$s2a" = out  &&  ! ( $do_remote = true  &&  "$s2b" = loc ) ]]
835          then
836             found=false
837             for  actual  in  $output_list
838             do
839                for  formal  in  $s3 
840                do
841                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-"  ]]  &&  found=true
842                done
843             done
844             if [[ $found = true ]]
845             then
846                (( iout = iout + 1 ))
847                localout[$iout]=$s1; actionout[$iout]=$s2c; typeout[$iout]=$s3;
848                pathout[$iout]=$s4; endout[$iout]=$s5; extout[$iout]=$s6
849             fi
850          elif [[ "$s2a" != in  &&  "$s2a" != out ]]
851          then
852             printf "\n  +++ I/O-attribute in configuration file $config_file has the invalid"
853             printf "\n      value \"$s2\". Only \"in\" and \"out\" are allowed!"
854             locat=connect; exit
855          fi
856          IFS="$IFSALT"
857       fi
858    done < $config_file
859
860 else
861
862
863       # INTERPRETATION DER KONFIGURATIONSDATEI MITTELS FORTRAN 90 - PROGRAMM
864    [[ $silent = false ]]  &&  printf "..."
865    export  cond1 cond2 config_file do_remote do_trace input_list localhost output_list
866    export  interpreted_config_file=.icf.$RANDOM
867
868
869
870       # ENVIRONMENT-VARIABLEN FUER INTERPRET_CONFIG UEBER NAMELIST_DATEI ZUR
871       # VERFUEGUNG STELLEN
872    cat  >  .mrun_environment  <<  %%END%%
873 &mrun_environment  cond1 = '$cond1', cond2 = '$cond2',
874                    config_file = '$config_file', do_remote = '$do_remote',
875                    do_trace = '$do_trace', host = '$host',
876                    input_list = '$input_list', icf = '$interpreted_config_file',
877                    localhost = '$localhost', output_list = '$output_list' /
878
879%%END%%
880
881    if [[ $localhost_realname = "sx-fep" ]]
882    then
883       /home/COAR/NC/raasch/pub/interpret_config_necriam.x
884    else
885
886       if [[ "$host" != $localhost ]]
887       then
888
889             # REMOTE JOB FROM LOCAL HOST: JUST TAKE THE FIRST EXECUTABLE FOUND
890          interpret_config_executable=`ls -1 ${PALM_BIN}/interpret_config*.x 2>/dev/null`
891          if [[ $? != 0 ]]
892          then
893             printf "\n\n  +++ no interpret_config found"
894             printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this host"
895             locat=interpret_config; exit
896          fi
897          interpret_config_executable=`echo $interpret_config_executable | cut -d" " -f1`
898          $interpret_config_executable
899
900       else
901
902             # CHECK, IF THERE IS AN EXECUTABLE FOR THE BLOCK
903          if [[ ! -f ${PALM_BIN}/interpret_config${block}.x ]]
904          then
905             printf "\n\n  +++ no interpret_config found for given block \"$cond1 $cond2\""
906             printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this block"
907             locat=interpret_config; exit
908          else
909             interpret_config${block}.x
910          fi
911
912       fi
913    fi
914    rm .mrun_environment
915
916
917       # AUSFUEHRUNG DER GENERIERTEN SHELL-KOMMANDOS IN DIESER SHELL
918    chmod  u+x  $interpreted_config_file
919    export PATH=$PATH:.
920    . $interpreted_config_file
921    rm  $interpreted_config_file
922
923 fi
924
925
926    # OPTIONSWERTE UEBERSTEUERN KONFIGURATIONSDATEI
927 [[ $mrun_memory     != 0   ]]  &&  memory=$mrun_memory
928 [[ "$mrun_group_number" != "none" ]]  &&  group_number=$mrun_group_number
929 [[ $mrun_cpumax     != 0   ]]  &&  cpumax=$mrun_cpumax
930 [[ "$mrun_numprocs" != ""  ]]  &&  numprocs=$mrun_numprocs
931 [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  maximum_parallel_io_streams=$max_par_io_str
932 [[ "$mrun_tasks_per_node" != "" ]]  &&  tasks_per_node=$mrun_tasks_per_node
933
934
935    # QUELLTEXTVERZEICHNIS AUF LOKALER MASCHINE AUS KONFIGURATIONSDATEI
936    # BESTIMMEN (WUERDE SONST EVTL. DAS VERZEICHNIS DES JEWEILS UNTER -h
937    # ANGEGEBENEN REMOTE-RECHNERS SEIN)
938    # BEI BATCH-JOBS SIND DIE ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE SCHON KOMPLETT
939 if [[ "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
940 then
941
942       # ZUERST PRUEFEN, OB EIN GLOBALER QUELLTEXTPFAD FUER ALLE RECHNER
943       # VEREINBART WURDE
944    source_path=""
945    line=""
946    grep "%source_path" $config_file  >  tmp_mrun
947    while read line
948    do
949       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
950       then
951          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -f3)" = "" ]]
952          then
953             global_source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
954          fi
955       fi
956    done  <  tmp_mrun
957
958    line=""
959    found=false
960    grep  " $localhost" $config_file | grep "%source_path"  >  tmp_mrun
961    while read line
962    do
963       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
964       then
965          if [[ $found = true ]]
966          then
967             printf "\n\n  +++ more than one source path found in configuration file"
968             printf "\n      for local host \"$localhost\" "
969             locat=source_path; exit
970          fi
971          source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
972          found=true
973       fi
974    done  <  tmp_mrun
975    rm  tmp_mrun
976
977    if [[ "$source_path" = "" ]]
978    then
979       if [[ "$global_source_path" != "" ]]
980       then
981          source_path=$global_source_path
982       else
983          printf "\n\n  +++ no source path found in configuration file"
984          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
985          locat=source_path; exit
986       fi
987    fi
988    eval source_path=$source_path
989
990    if [[ ! -d $source_path ]]
991    then
992       printf "\n\n  +++ source path \"$source_path\" on local host"
993       printf "\n      \"$localhost\" does not exist"
994       locat=source_path; exit
995    fi
996
997 fi
998
999
1000    # GLOBALE REVISIONSNUMMER ERMITTELN (FORTSETZUNGSLAEUFEN WIRD DIESE
1001    # DURCH OPTION -G MITGETEILT)
1002 if [[ "$global_revision" = ""   &&  $host != "ibmkisti" ]]
1003 then
1004    global_revision=`svnversion $source_path  2>/dev/null`
1005    global_revision="Rev: $global_revision"
1006 fi
1007
1008
1009    # NOCHMAL PRUEFEN, OB AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL
1010    # (HOST KANN IN KONFIGURATIONSDATEI ANDERS FESTGELEGT WORDEN SEIN)
1011    # WERT VON do_remote WIRD FUER DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT.
1012    # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
1013    # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
1014 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
1015 then
1016    do_batch=true
1017    do_remote=true
1018    case  $host  in
1019        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|ibmy|lccrayf|lcflow|lckyoto|lcsgib|lcsgih|nech|necriam|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb)  true;;
1020        (*)  printf "\n"
1021             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
1022             printf "\n      is not available"
1023             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
1024    esac
1025 else
1026    host=$localhost
1027 fi
1028
1029
1030    # PRUEFUNG EINIGER PROZESSORZAHLANGABEN BEI RECHNUNGEN AUF PARALLELRECHNERN
1031 if [[ "$cond1" = parallel  ||  "$cond2" = parallel ]]
1032 then
1033
1034       # PRUEFEN, OB DIE ANZAHL DER ZU VERWENDENDEN PES ANGEGEBEN WURDE
1035    if [[ ! -n $numprocs ]]
1036    then
1037       printf "\n"
1038       printf "\n  +++ option \"-K parallel\" requires additional specification"
1039       printf "\n      of the number of processors to be used by"
1040       printf "\n      mrun-option \"-X\" or by environment-variable"
1041       printf "\n      \"numprocs\" in the configuration file"
1042       locat=numprocs; (( iec = 0 )); exit
1043    fi
1044
1045       # PRUEFEN, OB DIE PROZESSORANZAHL PRO KNOTEN ANGEGEBEN WURDE (GGF.
1046       # DEFAULT-WERT SETZEN) UND OB SIE EIN GANZZAHLIGER TEILER DER
1047       # GESAMTPROZESSORANZAHL IST
1048    if [[ "$tasks_per_node" = ""  &&  $host != lcflow  &&  $host != lcxt5m ]]
1049    then
1050       printf "\n"
1051       printf "\n  +++ option \"-T\" (tasks per node) is missing"
1052       printf "\n      set -T option or define tasks_per_node in the config file"
1053       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
1054    fi
1055    if [[ $host != lcflow  &&  $host != lcxt5m ]]
1056    then
1057       (( ival = $tasks_per_node ))
1058       (( pes = numprocs ))
1059#          if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics+1PE) = 1 ]]
1060#          then
1061#             (( pes = pes - 1 ))
1062#          fi
1063       (( ii = pes / ival ))
1064       if (( pes - ii * ival > 0 ))
1065       then
1066          printf "\n"
1067          printf "\n  +++ tasks per node (option \"-T\") must be an integral"
1068          printf "\n      divisor of the total number of processors (option \"-X\")"
1069          printf "\n      values of this mrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $numprocs\""
1070          locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
1071       fi
1072    fi
1073
1074
1075       # IBMY HAT NUR EINEN KNOTEN
1076    if [[ $host = ibmy ]]
1077    then
1078       if [[ "$tasks_per_node" != ""  &&  "$tasks_per_node" != "$numprocs" ]]
1079       then
1080          printf "\n"
1081          printf "\n  +++ on ibmy, tasks per node (option \"-T\") must be equal to the"
1082          printf "\n      total number of processors (option \"-X\")"
1083          printf "\n      values of this mrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $numprocs\""
1084          locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
1085       fi
1086    fi
1087
1088
1089       # SETTINGS FOR SUBJOB-COMMAND
1090    OOPT="-O $threads_per_task"
1091
1092       # GESAMTZAHL DER KNOTEN BESTIMMEN
1093    if [[ "$tasks_per_node" != "" ]]
1094    then
1095       TOPT="-T $tasks_per_node"
1096       (( nodes = numprocs / ( tasks_per_node * threads_per_task ) ))
1097    fi
1098
1099       # PRUEFEN, OB NODE USAGE EINEN ERLAUBTEN WERT HAT BZW. DEN DEFAULT
1100       # SETZEN
1101    if [[ $node_usage = default ]]
1102    then
1103       if [[ $host = ibms ]]
1104       then
1105          node_usage=shared
1106       elif [[ $(echo $host | cut -c1-5) = lcsgi ]]
1107       then
1108          node_usage=singlejob
1109       else
1110          node_usage=not_shared
1111       fi
1112    fi
1113
1114    if [[ $node_usage != shared  &&  $node_usage != not_shared  &&  $node_usage != singlejob  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla" ]]
1115    then
1116       printf "\n"
1117       printf "\n  +++ node usage (option \"-n\") is only allowed to be set"
1118       printf "\n      \"shared\" or \"not_shared\""
1119       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
1120    fi
1121
1122 fi
1123
1124    # PRUEFEN, OB HOSTFILE EXISTIERT
1125 if [[ -n $hostfile ]]
1126 then
1127    if [[ ! -f $hostfile ]]
1128    then
1129       printf "\n"
1130       printf "\n  +++ hostfile \"$hostfile\" does not exist"
1131       locat=hostfile; exit
1132    fi
1133 fi
1134
1135    # PRUEFEN, OB RHOSTS DATEI EXISTIERT. GEGEBENENFALLS ANLEGEN BZW. ERWEITERN
1136 if [[ $host = ibmy  &&  $do_remote = false ]]
1137 then
1138    if [[ ! -f $HOME/.rhosts ]]
1139    then
1140       echo  "gfdl5.yonsei.ac.kr"  >  $HOME/.rhosts
1141       printf "\n\n  *** file:"
1142       printf "\n           $HOME/.rhosts"
1143       printf "\n      was created\n"
1144    fi
1145    if [[ $(grep -c gfdl5.yonsei.ac.kr $HOME/.rhosts) = 0 ]]
1146    then
1147       echo  "gfdl5.yonsei.ac.kr"  >>  $HOME/.rhosts
1148       printf "\n\n  *** file:"
1149       printf "\n           $HOME/.rhosts"
1150       printf "\n      was extended by the name of the current host\n"
1151    fi
1152 fi
1153
1154
1155    # Set default value for the maximum number of parallel io streams
1156 if [[ "$maximum_parallel_io_streams" = "" ]]
1157 then
1158    maximum_parallel_io_streams=$numprocs
1159 fi
1160
1161
1162    # Set port number option for calls of ssh/scp, subjob and batch_scp scripts
1163 if [[ "$scp_port" != "" ]]
1164 then
1165    PORTOPT="-P $scp_port"
1166    SSH_PORTOPT="-p $scp_port"
1167 fi
1168
1169
1170    # FALLS NICHT VORGEGEBEN, DEFAULT-QUEUE AUF DER ZIELMASCHINE FESTLEGEN
1171 if [[ $queue = none ]]
1172 then
1173    case  $host  in
1174        (ibmh)       queue=cluster;;
1175        (ibmkisti)   queue=class.32plus;;
1176        (ibmy)       queue=parallel;;
1177        (lckiaps)    queue=normal;;
1178        (lckyoto)    queue=ph;;
1179        (lckyuh)     queue=fx-single;;
1180        (lckyut)     queue=cx-single;;
1181        (lcsgib)     queue=testq;;
1182        (lcsgih)     queue=testq;;
1183        (lctit)      queue=S;;
1184        (nech)       queue=none;;
1185        (necriam)    queue=SP;;
1186        (unics)      queue=unics;;
1187    esac
1188 fi
1189
1190
1191    # VOLLSTAENDIGE DATEINAMEN DER INPUT-FILES BILDEN,
1192    # INPUT-DATEIEN AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND EVTL. HOECHSTE ZYKLUSNUMMER
1193    # ERMITTELN
1194 (( i = 0 ))
1195 while (( i < iin ))
1196 do
1197    (( i = i + 1 ))
1198    (( maxcycle = 0 ))
1199
1200       # NAMENSBILDUNG (EVTL. IST FESTER DATEINAME VORGEGEBEN)
1201    if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1202    then
1203       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${endin[$i]}  # REMOTE-PFAD ERST AUF
1204                                                    # REM-MASCHINE AUSWERTEN
1205       eval filename=${pathin[$i]}/${endin[$i]}
1206    else
1207       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}  # REMOTE-PFAD ERST AUF
1208                                                             # REM-MASCHINE AUSWERTEN
1209       eval filename=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}
1210    fi
1211    eval pathname=${pathin[$i]}
1212
1213#   SAVE INPUT FILE NAME FOR PARAMETER FILE CHECK
1214    if [[ ("${transin[$i]}" = job) && (-f $filename) ]]
1215    then
1216       filename_input=$filename
1217    fi
1218
1219       # PRUEFEN AUF VORHANDENSEIN
1220    if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1221          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "nicht gefunden") = 1  || \
1222          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1223          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1224    then
1225          # DATEIEN MIT EXTENSION (Z.B. NC) MUESSEN NICHT ZWINGEND VORHANDEN
1226          # SEIN, DESHALB IN SOLCHEN FAELLEN KEIN ABBRUCH. DIES IST NUR EINE
1227          # VORUEBERGEHENDE LOESUNG (OKT 05). NICHT ZWINGEND BENOETIGTE
1228          # EINGABEDATEIEN SOLLTEN EINE SPEZIELLE OPTION IN DER DATEI-
1229          # VERBINDUNGSANWEISUNG BEKOMMEN (Z.B. inopt?)
1230       if [[ "${transin[$i]}" != "locopt" ]]
1231       then
1232          printf "\n\n  +++ INPUT-file: "
1233          if [[ "${extin[$i]}" = "" ]]
1234          then
1235             printf "\n           $filename"
1236          else
1237             printf "\n           $filename.${extin[$i]}"
1238          fi
1239          printf "\n      does not exist\n"
1240          locat=input; exit
1241       else
1242          transin[$i]="unavailable"
1243       fi
1244    else
1245
1246          # ZYKLUSNUMMER FESTSTELLEN
1247       ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1248       ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1249       while  read zeile
1250       do
1251          cycle=$(echo $zeile | cut -f2 -d".")
1252          if [[ "$cycle" = "$zeile" ]]
1253          then
1254             (( icycle = 0 ))
1255          elif [[ "$cycle" = "${extin[$i]}" ]]
1256          then
1257             (( icycle = 0 ))
1258          else
1259             (( icycle = $cycle ))
1260          fi
1261          if (( icycle > maxcycle ))
1262          then
1263             (( maxcycle = icycle ))
1264             file_to_be_used=$zeile
1265          fi
1266       done <filelist
1267       rm filelist
1268
1269          # EVTL. ZYKLUSNUMMER AN DATEINAMEN ANFUEGEN
1270       if (( maxcycle > 0 ))
1271       then
1272          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1273          then
1274             filename=${filename}.$maxcycle.${extin[$i]}
1275          else
1276             filename=${filename}.$maxcycle
1277          fi
1278       else
1279          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1280          then
1281             filename=${filename}.${extin[$i]}
1282          fi
1283       fi
1284       
1285          # DATEINAMEN OHNE PFAD ABER MIT ZYKLUSNUMMER ABSPEICHERN,
1286          # DA SPAETER BEI RUECKSPEICHERN VOM ARCHIVSYSTEM EVTL. BENOETIGT
1287       absnamein[$i]=$filename
1288       if (( maxcycle > 0 ))
1289       then
1290          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1291          then
1292             frelin[$i]=${endin[$i]}.$maxcycle
1293          else
1294             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}.$maxcycle
1295          fi
1296       else
1297          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1298          then
1299             frelin[$i]=${endin[$i]}
1300          else
1301             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}
1302          fi
1303       fi
1304
1305    fi
1306 done
1307   
1308    # VOLLSTAENDIGE DATEINAMEN (OHNE $ ODER ~) DER OUTPUT-FILES BILDEN,
1309    # OUTPUT-DATEIEN AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND EVTL. HOECHSTE ZYKLUSNUMMER
1310    # ERMITTELN ODER, FALLS NICHT VORHANDEN, PRUEFEN, OB SIE SICH ANLEGEN LASSEN
1311    # DIESE AKTIONEN FINDEN NICHT STATT, WENN PROGRAMM AUF REMOTE-MASCHINE
1312    # RECHNET UND DATEI ANSCHLIESSEND TRANSFERIERT WERDEN SOLL!
1313 (( i = 0 ))
1314 while (( i < iout ))
1315 do
1316    (( i = i + 1 ))
1317    if [[ ! ( $fromhost != $localhost  &&  ( "${actionout[$i]}" = tr || "${actionout[$i]}" = tra || "${actionout[$i]}" = trpe ) ) ]]
1318    then
1319       if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
1320       then
1321          actionout[$i]=""
1322       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe ]]
1323       then
1324          actionout[$i]=pe
1325       elif [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
1326       then
1327          actionout[$i]=a
1328       fi
1329       (( maxcycle = 0 ))
1330       eval filename=${pathout[$i]}/${fname}${endout[$i]}
1331       eval catalogname=${pathout[$i]}
1332       if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1333             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "nicht gefunden") = 1  || \
1334             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1335             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1336       then
1337     
1338             # OUTPUT-DATEI NICHT VORHANDEN. PRUEFEN, OB ANLEGEN MOEGLICH.
1339          if  cat /dev/null > $filename 
1340          then
1341             rm  $filename
1342          else
1343
1344                # PRUEFEN, OB KATALOG VORHANDEN UND EVTL. DIESEN ANLEGEN
1345             if [[ ! -d $catalogname ]]
1346             then
1347                if  mkdir -p  $catalogname
1348                then
1349                   printf "\n\n  *** directory:"
1350                   printf "\n           $catalogname"
1351                   printf "\n      was created\n"
1352                else
1353                   printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1354                   printf "\n           $filename"
1355                   printf "\n      cannot be created, because directory does not exist"
1356                   printf "\n      and cannot be created either"
1357                   printf "\n"
1358                   locat=output  ; exit
1359                fi 2>/dev/null
1360             else
1361                printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1362                printf "\n           $filename"
1363                printf "\n      cannot be created, although directory exists"
1364                printf "\n"
1365                locat=output  ; exit
1366             fi
1367          fi 2>/dev/null
1368       else
1369
1370             # ZYKLUSNUMMER FESTSTELLEN
1371          ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1372          ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1373          while  read zeile
1374          do
1375             cycle=$(echo $zeile | cut -f2 -d".")
1376             if [[ "$cycle" = "$zeile"  ||  "$cycle" = ${extout[$i]} ]]
1377             then
1378                (( icycle = 1 ))
1379             else
1380                (( icycle = $cycle + 1 ))
1381             fi
1382             if (( icycle > maxcycle ))
1383             then
1384                (( maxcycle = icycle ))
1385             fi
1386          done <filelist
1387          rm filelist
1388       fi
1389
1390          # EVTL. ZYKLUSNUMMER AN DATEINAMEN ANFUEGEN UND PRUEFEN, OB SICH
1391          # DATEI AUCH WIRKLICH ANLEGEN LAESST. IM APPEND-FALL MUSS AN DEN
1392          # HOECHSTEN VORHANDENEN ZYKLUS-ANGEHAENGT WERDEN. ANLAGEPRUEFUNG
1393          # IST DANN NATUERLICH NICHT ZULAESSIG BZW. MOEGLICH
1394       if [[ "${actionout[$i]}" != a ]]
1395       then
1396          if (( maxcycle > 0 ))
1397          then
1398             filename=${filename}.$maxcycle
1399             if  cat /dev/null > $filename 
1400             then
1401                rm  $filename
1402             else
1403                printf "\n  +++ OUTPUT-file:"
1404                printf "\n           $filename"
1405                printf "\n      cannot be created"
1406                locat=output  ; exit
1407             fi
1408          fi
1409       else
1410          (( maxcycle = maxcycle - 1 ))
1411          if (( maxcycle > 0 ))
1412          then
1413             filename=${filename}.$maxcycle
1414          fi
1415       fi
1416       
1417          # DATEINAMEN OHNE PFAD ABER MIT ZYKLUSNUMMER ABSPEICHERN,
1418          # DA SPAETER BEI ABLAGE AUF ARCHIVSYSTEM BZW. FUER
1419          # DATEI OUTPUT_FILE_CONNECTIONS EVTL. BENOETIGT
1420       pathout[$i]=$filename
1421       if (( maxcycle > 0 ))
1422       then
1423          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}.$maxcycle
1424       else
1425          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}
1426       fi
1427
1428    fi
1429 done
1430
1431
1432     # DAS DVR-PAKET ERFORDERT EINE ENTSPRECHENDE BIBLIOTHEK
1433 if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
1434 then
1435    if [[ "$dvr_inc" = "" ]]
1436    then
1437       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_inc\" given in configuration file"
1438       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1439       locat=dvr; exit
1440    fi
1441    if [[ "$dvr_lib" = "" ]]
1442    then
1443       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_lib\" given in configuration file"
1444       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1445       locat=dvr; exit
1446    fi
1447 fi
1448
1449
1450     # PRUEFEN, OB ENTWEDER HAUPTPROGRAMM ODER NUR EIN AUSFUEHRBARES
1451     # PROGRAMM VEREINBART WURDE (IN DIESEM FALL BRAUCHT IM WEITEREN NICHT
1452     # UEBERSETZT ZU WERDEN)
1453 if [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" = "" ]]
1454 then
1455    printf "\n  +++ neither main program nor executable defined"
1456    locat=source; exit
1457 elif [[ "$mainprog" != ""  &&  "$executable" != "" ]]
1458 then
1459    printf "\n  +++ main program as well as executable defined"
1460    locat=source; exit
1461 elif [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" != "" ]]
1462 then
1463    do_compile=false
1464 fi
1465
1466
1467    # SOURCE-VERZEICHNIS ZUM AUFSAMMELN DER ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE
1468    # ERZEUGEN. HIERHIN WERDEN SPAETER IM FALL VON BATCH-JOBS AUCH DAS MRUN-
1469    # SCRIPTS SOWIE DIE KONFIGURATIONSDATEI KOPIERT
1470 if [[ $restart_run != true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1471 then
1472    rm -rf  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1473    mkdir   SOURCES_FOR_RUN_$fname
1474 fi
1475
1476
1477    # ALLE ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE ZUSAMMENSAMMELN
1478    # BEI BATCH-JOBS IST DIES NICHT NOETIG, WEIL DIE PROGRAMMTEILE BEREITS DURCH
1479    # DEN MRUN-AUFRUF ERMITTELT SIND, DER DEN BATCH-JOB GENERIERT HAT, UND
1480    # IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN_... ABGELEGT SIND
1481 if [[ $do_compile = true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1482 then
1483
1484    [[ "$source_list" = LM ]]  &&  source_list=LOCALLY_MODIFIED
1485
1486    if [[ "$source_list" = LOCALLY_MODIFIED ]]
1487    then
1488
1489          # MODIFIZIERTE DATEIEN DER SVN-ARBEITSKOPIE BESTIMMEN
1490       source_list=""
1491       cd  $source_path
1492
1493
1494          # PRUEFEN, OB VERZEICHNIS UEBERHAUPT UNTER SVN-KONTROLLE STEHT
1495       if [[ ! -d .svn ]]
1496       then
1497          printf "\n\n  +++ source directory"
1498          printf "\n         \"$source_path\" "
1499          printf "\n         is not under control of \"subversion\"."
1500          printf "\n         Please do not use mrun-option \"-s LOCALLY_MODIFIED\"\n"
1501       fi
1502
1503
1504          # ALLE MODIFIZIERTEN QUELLCODEDATEIEN AUFLISTEN
1505       Filenames=""
1506       svn status  >  tmp_mrun
1507       while  read line
1508       do
1509          firstc=`echo $line | cut -c1`
1510          if [[ $firstc = M  ||  $firstc = "?" ]]
1511          then
1512             Name=`echo "$line" | cut -c8-`
1513             extension=`echo $Name | cut -d. -f2`
1514             if [[ "$extension" = f90 || "$extension" = F90 || "$extension" = f || "$extension" = F || "$extension" = c ]]
1515             then
1516                Filenames="$Filenames "$Name
1517             fi
1518          fi
1519       done < tmp_mrun
1520
1521
1522          # DATEIEN NACH SOURCES_FOR_RUN_... KOPIEREN
1523       for  dateiname  in  $Filenames
1524       do
1525          cp  $dateiname  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1526          source_list=$source_list"$dateiname "
1527       done
1528
1529       cd -  > /dev/null
1530
1531
1532       # MITTELS OPTION -s ANGEGEBENE DATEIEN NACH SOURCES_FOR_RUN_... KOPIEREN
1533       # BEI AUTOMATISCHEN FORTSETZUNGSLAEUFEN SIND DORT SCHON ALLE DATEIEN
1534       # VORHANDEN
1535    elif [[ "$source_list" != ""  &&  $restart_run != true ]]
1536    then
1537
1538       cd  $source_path
1539
1540       for  filename  in  $source_list
1541       do
1542
1543             # QUELLTEXT-DATEI DARF KEINE PFADE BEINHALTEN
1544          if [[ $(echo $filename | grep -c "/") != 0 ]]
1545          then
1546             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1547             printf "\n      must not contain (\"/\") "
1548             locat=source; exit
1549          fi
1550
1551          if [[ ! -f $filename ]]
1552          then
1553             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1554             printf "\n      does not exist"
1555             locat=source; exit
1556          else
1557             cp  $filename  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1558          fi
1559
1560       done
1561
1562       cd -  > /dev/null
1563
1564    fi
1565
1566
1567       # PRUEFEN, OB ENTWEDER HAUPTPROGRAMM VORHANDEN UND ES EVTL. IN DER
1568       # LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE MIT ENTHALTEN IST (WENN
1569       # NICHT, WIRD ES DIESER LISTE HINZUGEFUEGT)
1570    if [[ $restart_run != true ]]
1571    then
1572
1573       if [[ ! -f "$source_path/$mainprog" ]]
1574       then
1575          printf "\n\n  +++ main program:  $mainprog"
1576          printf "\n      does not exist in source directory"
1577          printf "\n      \"$source_path\"\n"
1578          locat=source; exit
1579       else
1580          if [[ $(echo $source_list | grep -c $mainprog) = 0 ]]
1581          then
1582             cp  $source_path/$mainprog  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1583             source_list=${mainprog}" $source_list"
1584          fi
1585       fi
1586    fi
1587
1588
1589       # MAKEFILE AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND KOPIEREN
1590       # BEI RESTART-LAEUFEN LIEGT ES SCHON IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN...
1591    if [[ "$restart_run" != true ]]
1592    then
1593       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
1594       if [[ ! -f $makefile ]]
1595       then
1596          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
1597          locat=make; exit
1598       else
1599          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
1600       fi
1601    fi
1602
1603
1604       # DATEIEN AUS ZUSAETZLICHEM QUELLVERZEICHNIS HINZUFUEGEN
1605    if [[ $restart_run != true  &&  "$add_source_path" != "" ]]
1606    then
1607
1608          # GIBT ES DAS VERZEICHNIS UEBERHAUPT?
1609       if [[ ! -d $add_source_path ]]
1610       then
1611          printf "\n\n  +++ WARNING: additional source code directory"
1612          printf "\n      \"$add_source_path\" "
1613          printf "\n      does not exist or is not a directory."
1614          printf "\n      No source code will be used from this directory!\n"
1615          add_source_path=""
1616          if [[ $silent == false ]]
1617          then
1618             sleep 3
1619          fi
1620       else
1621
1622          cd $add_source_path
1623          found=false
1624
1625          Names=$(ls -1 *.f90 2>&1)
1626          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$Names"
1627          Names=$(ls -1 *.F90 2>&1)
1628          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1629          Names=$(ls -1 *.F 2>&1)
1630          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1631          Names=$(ls -1 *.f 2>&1)
1632          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1633          Names=$(ls -1 *.c 2>&1)
1634          [[ $(echo $Names | grep -c '*.c') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1635
1636          cd -  > /dev/null
1637          cd  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1638
1639             # COPY MAKEFILE IF EXISTING
1640          if [[ -f $add_source_path/Makefile ]]
1641          then
1642             printf "\n\n  *** user Makefile from directory"
1643             printf "\n      \"$add_source_path\" is used \n"
1644             if [[ $silent == false ]]
1645             then
1646                sleep 1
1647             fi
1648             cp  $add_source_path/Makefile  .
1649          fi
1650
1651          for  dateiname  in  $AddFilenames
1652          do
1653             if [[ -f $dateiname ]]
1654             then
1655                printf "\n  +++ source code file \"$dateiname\" found in additional"
1656                printf "\n      source code directory \"$add_source_path\" "
1657                printf "\n      but was also given with option \"-s\" which means that it should be taken"
1658                printf "\n      from directory \"$source_path\"."
1659                locat=source; exit
1660             fi
1661
1662             cp  $add_source_path/$dateiname  .
1663             source_list="$source_list $dateiname"
1664
1665                # CHECK IF FILE IS CONTAINED IN MAKEFILE
1666             if [[ $(grep -c $dateiname Makefile) = 0 ]]
1667             then
1668                printf "\n\n  +++ user file \"$dateiname\" "
1669                printf "\n      is not listed in Makefile \n"
1670                locat=source; exit
1671             else
1672
1673                # Default User-Interface von der Liste entfernen, falls Datei
1674                # ein User-Interface enthaelt
1675#             if [[ $( cat $dateiname | grep -c "END SUBROUTINE user_parin" ) != 0 ]]
1676#             then
1677#                if [[ $dateiname != user_interface.f90  &&  -f user_interface.f90 ]]
1678#                then
1679#                   rm -rf  user_interface.f90
1680#                   source_list=`echo $source_list | sed -e 's/user_interface.f90//'`
1681#                   printf "\n\n  *** default \"user_interface.f90\" removed from the files to be translated"
1682#                   printf "\n      since a user-interface is found in file"
1683#                   printf "\n      \"$add_source_path/$dateiname\" \n"
1684#                   sleep 3
1685#                else
1686                if [[ $found = false ]]
1687                then
1688                   found=true
1689                   printf "\n\n  *** following user file(s) added to the"
1690                   printf " files to be translated:\n      "
1691                fi
1692                printf "$dateiname  "
1693                if [[ $silent == false ]]
1694                then
1695                   sleep 0.5
1696                fi
1697
1698             fi
1699          done
1700          [[ $found = true ]]  &&  printf "\n"
1701          cd -  > /dev/null
1702       fi
1703    fi
1704
1705
1706       # ALLE UNTERPROGRAMME, DIE ZU VEREINBARTEN SOFTWAREPAKETEN GEHOEREN,
1707       # DER LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN DATEIEN HINZUFUEGEN
1708    if [[ $restart_run != true  &&  -n $package_list ]]
1709    then
1710
1711       cd  $source_path
1712
1713       for  package  in  $package_list
1714       do
1715
1716          [[ $package = "dvrp_graphics+1PE" ]]  &&  package=dvrp_graphics
1717
1718             # ERMITTELE ALLE DATEIEN, DIE ZUM PAKET GEHOEREN
1719             # FEHLERMELDUNGEN WERDEN ABGEFANGEN, DA * AUCH VERZEICHNISSNAMEN
1720             # LIEFERT
1721          package_source_list=`grep "defined( __$package " * 2>/dev/null | cut -f1 -d:`
1722
1723
1724             # FUEGE DIESE DATEIEN DER LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN DATEIEN
1725             # HINZU, FALLS SIE NOCH NICHT DAZUGEHOEREN
1726          for  source_list_name  in  $package_source_list
1727          do
1728             if [[ $(echo $source_list | grep -c $source_list_name) = 0 ]]
1729             then
1730
1731                    # NUR DATEIEN MIT GUELTIGEN ENDUNGEN VERWENDEN
1732                ending=`echo $source_list_name | cut -f2 -d.`
1733                if [[ "$ending" = f90  ||  "$ending" = F90  ||  "$ending" = f  ||  "$ending" = F  ||  "$ending" = c ]]
1734                then
1735                   cp  $source_list_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1736                   source_list="$source_list $source_list_name"
1737                fi
1738             fi
1739          done
1740       done
1741
1742       cd -  > /dev/null
1743    fi
1744
1745
1746       # MAKEFILE AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND KOPIEREN
1747       # BEI RESTART-LAEUFEN LIEGT ES SCHON IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN...
1748#    if [[ "$restart_run" != true ]]
1749#    then
1750#       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
1751#       if [[ ! -f $makefile ]]
1752#       then
1753#          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
1754#          locat=make; exit
1755#       else
1756#          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
1757#       fi
1758#    fi
1759
1760 fi  # do_compile=true
1761
1762
1763    # FALLS PROGRAMMTEILE UEBERSETZT WERDEN SOLLEN, FOLGEN JETZT EINIGE
1764    # UEBERPRUEFUNGEN UND DAS SETZEN DER PRAEPROZESSOR-DIREKTIVEN
1765 if [[ $do_compile = true  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
1766 then
1767
1768       # PRAEPROZESSOR-DIREKTIVEN ZUM SELEKTIVEN AUSWAEHLEN VON CODETEILEN
1769       # ZUSAMMENSETZEN
1770       # DIREKTIVEN ZUM AKTIVIEREN VON RECHNERSPEZIFISCHEM CODE
1771    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1772    then
1773       cpp_options="${cpp_options},-D__ibm=__ibm"
1774    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = nec ]]
1775    then
1776       cpp_options="$cpp_options -D__nec"
1777    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-2) = lc ]]
1778    then
1779       cpp_options="$cpp_options -D__lc"
1780    else
1781       cpp_options="$cpp_options -D__$localhost"
1782    fi
1783
1784       # DIREKTIVEN DIE DURCH OPTION -K BESTIMMT WERDEN (Z.B. PARALLEL)
1785    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1786    then
1787       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond1=__$cond1"
1788       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond2=__$cond2"
1789    else
1790       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond1"
1791       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond2"
1792    fi
1793
1794       # DIREKTIVEN DIE SOFTWAREPAKETE AKTIVIEREN (OPTION -p)
1795    if [[ -n $package_list ]]
1796    then
1797       for  package  in  $package_list
1798       do
1799          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1800          then
1801             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1802             then
1803                cpp_options="${cpp_options},-D__$package=__$package"
1804             else
1805                cpp_options="${cpp_options},-D__dvrp_graphics=__dvrp_graphics"
1806                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1807             fi
1808          else
1809             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1810             then
1811                cpp_options="$cpp_options -D__$package"
1812             else
1813                cpp_options="$cpp_options -D__dvrp_graphics"
1814                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1815             fi
1816          fi
1817       done
1818    fi
1819
1820       # DIREKTIVEN DIE DURCH OPTION -D FESTGELEGT SIND
1821    if [[ -n $cpp_opts ]]
1822    then
1823       for  popts  in  $cpp_opts
1824       do
1825          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1826          then
1827             cpp_options="${cpp_options},-D__$popts=__$popts"
1828          else
1829             cpp_options="$cpp_options -D__$popts"
1830          fi
1831       done
1832    fi
1833
1834 else
1835
1836
1837       # BEI LOKALEN RECHNUNGEN PRUEFEN, OB EXECUTABLE VORHANDEN
1838    if [[ $do_remote = false ]]
1839    then
1840       if [[ ! -f $executable ]]
1841       then
1842          printf "\n  +++ executable file:  $executable"
1843          printf "\n      does not exist"
1844          locat=executable; exit
1845       fi
1846    fi
1847 fi
1848
1849
1850    # JOBMODUS FESTSTELLEN
1851 if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
1852 then
1853    jobmo=BATCH
1854 else
1855    jobmo=INTERACTIVE
1856 fi
1857
1858
1859    # no interactive runs on lctit
1860 if [[ $host = lctit  &&  $jobmo = INTERACTIVE  &&  $do_batch = false ]]
1861 then
1862    printf "\n  +++ no interactive runs allowed on host \"$host\" "
1863    printf "\n      please submit batch job using mrun option \"-b\" \n"
1864    locat=normal; exit
1865 fi
1866
1867
1868    # HOSTSPEZIFISCHE DEFAULT-COMPILER SETZEN, FALLS NICHT BEREITS
1869    # DURCH BENUTZER ANDERWEITIG VEREINBART
1870 if [[ "$compiler_name" = "" ]]
1871 then
1872
1873    printf "\n  +++ no compiler specified for \"$host $cond1 $cond2\""
1874    locat=compiler_name; exit
1875
1876 fi
1877
1878
1879    # COMPILER AUF RIAMS NEC UEBERSCHREIBEN
1880 [[ $localhost = necriam ]]  &&  compiler_name=mpif90
1881
1882
1883
1884    # TEMPORAEREN KATALOGNAMEN BESTIMMEN
1885 kennung=$RANDOM
1886 if [[ "$tmp_user_catalog" = "" ]]
1887 then
1888    if [[ $localhost = ibmh ]]
1889    then
1890       tmp_user_catalog=$SCRATCH
1891    elif [[ $localhost = nech ]]
1892    then
1893       tmp_user_catalog=$WRKSHR
1894    else
1895       tmp_user_catalog=/tmp
1896    fi
1897 fi
1898 TEMPDIR=$tmp_user_catalog/${usern}.$kennung
1899
1900
1901    # KATALOGNAMEN FUER ZWISCHENSPEICHERUNG VON FORTSETZUNGSLAUFDATEIEN
1902    # BESTIMMEN
1903 if [[ "$tmp_data_catalog" = "" ]]
1904 then
1905    if [[ $localhost = nech ]]
1906    then
1907       tmp_data_catalog=$WRKSHR/mrun_restart_data
1908    else
1909       tmp_data_catalog=/tmp/mrun_restart_data
1910    fi
1911 fi
1912
1913
1914    # EVENTUELL BEI LOKALEN RECHNUNGEN $-ZEICHEN IN ENVIRONMENT-VARIABLEN
1915    # ERSETZEN
1916 if [[ $do_remote = false  &&  $do_compile = true  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
1917 then
1918    eval  fopts=\"$fopts\"
1919    eval  lopts=\"$lopts\"
1920 fi
1921
1922
1923
1924    # COMPILE- UND LINK-OPTIONEN BESTIMMEN
1925 fopts="$fopts $netcdf_inc $fftw_inc $dvr_inc"
1926 lopts="$lopts $netcdf_lib $fftw_lib $dvr_lib"
1927 ROPTS="$ropts"
1928# if [[ ( $(echo $host | cut -c1-3) = nec  ||  $(echo $host | cut -c1-3) = ibm  ||  $host = lckyoto  ||  $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib  ||  $host = lctit  ||  $host = lcfimm  ||  $host = lcflow  ||  $host = lcxe6 ||  $host = lcxt5m || $host = lck || $host = lckiaps || $host = lckordi || $host = lcsb || $host )  &&  -n $numprocs ]]
1929# then
1930    XOPT="-X $numprocs"
1931# fi
1932
1933
1934
1935    # PRUEFEN DER CPU-ZEIT. (CPUMAX WIRD ALS ENV-VARIABLE VOM HAUTPRO-
1936    # GRAMM BENOETIGT
1937 done=false
1938 while [[ $done = false ]]
1939 do
1940    cputime=$cpumax
1941    if (( $cputime == 0 ))
1942    then
1943       if [[ $do_batch = true ]]
1944       then
1945          printf "\n  +++ cpu-time is undefined"
1946          printf "\n  >>> Please type CPU-time in seconds as INTEGER:"
1947          printf "\n  >>> "
1948          read  cputime  1>/dev/null  2>&1
1949       else
1950          cputime=10000000   # NO CPU LIMIT FOR INTERACTIVE RUNS
1951       fi
1952    else
1953       done=true
1954    fi
1955    cpumax=$cputime
1956 done
1957
1958 (( minuten = cputime / 60 ))
1959 (( sekunden = cputime - minuten * 60 ))
1960
1961
1962    # PRUEFEN DER KERNSPEICHERANFORDERUNG
1963 if [[ $do_batch = true ]]
1964 then
1965    done=false
1966    while [[ $done = false ]]
1967    do
1968       if (( memory == 0 ))
1969       then
1970          printf "\n  +++ memory demand is undefined"
1971          printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
1972          printf "\n  >>> "
1973          read  memory  1>/dev/null  2>&1
1974       else
1975          done=true
1976       fi
1977    done
1978 fi
1979
1980
1981    # PRUEFEN, OB FUER REMOTE-RECHNUNGEN EIN BENUTZERNAME ANGEGEBEN WURDE
1982 if [[ $do_remote = true  &&  -z $remote_username ]]
1983 then
1984    while [[ -z $remote_username ]]
1985    do
1986       printf "\n  +++ username on remote host \"$host\" is undefined"
1987       printf "\n  >>> Please type username:"
1988       printf "\n  >>> "
1989       read  remote_username
1990    done
1991    mc="$mc -u$remote_username"
1992 fi
1993
1994    # CHECK FOR INITIAL COMMANDS AFTER LOGIN
1995 if [[ "$login_init_cmd" != "" ]]
1996 then
1997    export init_cmds="${login_init_cmd};"
1998 fi
1999
2000
2001    # set module load command and export for subjob
2002 if [[ "$modules" != "" ]]
2003 then
2004    if [[ $host = lctit ]]
2005    then
2006       export module_calls=". $modules"
2007    else
2008       export module_calls="module load ${modules};"
2009    fi
2010 fi
2011
2012    # bugfix for wrong netcdf module and for netCDF4 usage in case of mpt
2013 if [[ $host = lcsgib  ||  $host = lcsgih ]]
2014 then
2015    if [[ $(echo $module_calls | grep -c netcdf/3.6.3-intel) != 0 ]]
2016    then
2017       export module_calls="$module_calls export LD_LIBRARY_PATH=/sw/dataformats/netcdf/3.6.3-intel/lib:\$LD_LIBRARY_PATH;"
2018    fi
2019#     if [[ $(echo $module_calls | grep -c mpt) != 0 ]]
2020#     then
2021#        export module_calls="$module_calls export LD_LIBRARY_PATH=/sw/sgi/mpt/2011-02-07/lib:\$LD_LIBRARY_PATH;"
2022#        echo "*** module_calls = $module_calls"
2023#     fi
2024 fi
2025
2026
2027    # SET DEFAULT VALUE FOR MPI MODULE TO BE USED ON SGI-ALTIX
2028 if [[ $host = lcsgib  ||  $host = lcsgih ]]
2029 then
2030    if [[ $(echo $modules | grep -c mpt ) != 0 ]]
2031    then
2032       mpilib=mpt
2033    elif [[ $(echo $modules | grep -c mvapich ) != 0 ]]
2034    then
2035       mpilib=mvapich
2036    elif [[ $(echo $modules | grep -c impi ) != 0 ]]
2037    then
2038       mpilib=impi
2039    fi
2040 fi
2041
2042
2043
2044###########################################################################
2045# HEADER-AUSGABE
2046###########################################################################
2047
2048
2049 calltime=$(date)
2050 printf "\n"
2051# [[ $silent = false ]]  &&  clear
2052 printf "#------------------------------------------------------------------------# \n"
2053 printf "| %-35s%35s | \n" "$version" "$calltime"
2054 printf "|                                                                        | \n"
2055 spalte1="called on:"; spalte2=$localhost_realname
2056 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2057 if [[ $local_compile = false ]]
2058 then
2059    if [[ $do_remote = true ]]
2060    then
2061       spalte1="execution on:"; spalte2="$host (username: $remote_username)"
2062    else
2063       spalte1="execution on:"; spalte2="$host ($localhost_realname)"
2064    fi
2065 else
2066    spalte1="compiling test only!"; spalte2=""
2067 fi
2068 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2069 if [[ -n $numprocs ]]
2070 then
2071    if [[ $run_coupled_model = false ]]
2072    then
2073       spalte1="number of PEs:"; spalte2=$numprocs
2074    else
2075       spalte1="number of PEs:"; spalte2="$numprocs  (atmosphere: $numprocs_atmos, ocean: $numprocs_ocean)"
2076    fi
2077    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2078 fi
2079 if [[ -n $tasks_per_node ]]
2080 then
2081    spalte1="tasks per node:"; spalte2="$tasks_per_node (number of nodes: $nodes)"
2082    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2083 fi
2084 if [[ $maximum_parallel_io_streams != $numprocs ]]
2085 then
2086    spalte1="max par io streams:"; spalte2="$maximum_parallel_io_streams"
2087    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2088 fi
2089 if [[ $use_openmp = true ]]
2090 then
2091    spalte1="threads per task:"; spalte2="$threads_per_task"
2092    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2093 fi
2094 printf "|                                                                        | \n"
2095 if [[ $do_compile = true ]]
2096 then
2097    if [[ "$mopts" != "" ]]
2098    then
2099       spalte1="make options:"; spalte2=$(echo "$mopts" | cut -c-45)
2100       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2101       zeile=$(echo "$mopts" | cut -c46-)
2102       while [[ "$zeile" != "" ]]
2103       do
2104          spalte1=""
2105          spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2106          printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2107          zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2108       done
2109    fi
2110
2111    spalte1="cpp directives:"; spalte2=$(echo "$cpp_options" | cut -c-45)
2112    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2113    zeile=$(echo "$cpp_options" | cut -c46-)
2114    while [[ "$zeile" != "" ]]
2115    do
2116       spalte1=""
2117       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2118       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2119       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2120    done
2121
2122    spalte1="compiler options:"; spalte2=$(echo "$fopts" | cut -c-45)
2123    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2124    zeile=$(echo "$fopts" | cut -c46-)
2125    while [[ "$zeile" != "" ]]
2126    do
2127       spalte1=""
2128       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2129       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2130       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2131    done
2132
2133    spalte1="linker options:"; spalte2=$(echo "$lopts" | cut -c-45)
2134    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2135    zeile=$(echo "$lopts" | cut -c46-)
2136    while [[ "$zeile" != "" ]]
2137    do
2138       spalte1=""
2139       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2140       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2141       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2142    done
2143
2144    spalte1="modules to be load:"; spalte2=$(echo "$modules" | cut -c-45)
2145    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2146    zeile=$(echo "$modules" | cut -c46-)
2147    while [[ "$zeile" != "" ]]
2148    do
2149       spalte1=""
2150       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2151       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2152       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2153    done
2154
2155    spalte1="main program:"; spalte2=$mainprog
2156    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2157 else
2158    spalte1=executable:; spalte2=$executable
2159    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2160 fi
2161 printf "|                                                                        | \n"
2162 spalte1="base name of files:"; spalte2=$fname
2163 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2164 if [[ $fname != $afname ]]
2165 then
2166    spalte1="base name of input files:"; spalte2=$afname
2167    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2168 fi
2169 spalte1="INPUT control list:"; spalte2=$(echo $input_list)
2170 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2171 spalte1="OUTPUT control list:"; spalte2=$(echo $output_list)
2172 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2173
2174 if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
2175 then
2176    printf "| %-35s%-35s | \n" "suffix \"_O\" is added to local files" " "
2177 fi
2178
2179 if [[ $do_batch = true  ||  "$LOADLBATCH" = yes ]]
2180 then
2181    spalte1="memory demand / PE":; spalte2="$memory MB"
2182    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2183    spalte1=CPU-time:; spalte2="$minuten:$sekunden"
2184    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2185 fi
2186
2187 if [[ $do_compile = true ]]
2188 then
2189    printf "|                                                                        | \n"
2190    printf "| Files to be compiled:                                                  | \n"
2191    zeile=$source_list
2192    while [[ "$zeile" != "" ]]
2193    do
2194       linestart=$(echo $zeile | cut -c-70)
2195       printf "| %-70s | \n" "$linestart"
2196       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c71-)
2197    done
2198 fi
2199 printf "#------------------------------------------------------------------------#"
2200
2201
2202
2203    # BEDINGTE AUSGABE DER DATEIVERBINDUNGEN
2204 if [[ $do_trace = true ]]
2205 then
2206    (( i = 0 ))
2207    while (( i < iin ))
2208    do
2209       (( i = i + 1 ))
2210       if (( i == 1 ))
2211       then
2212          printf "\n\n >>> INPUT-file assignments:\n"
2213       fi
2214       printf "\n     ${localin[$i]} :  ${absnamein[$i]}"
2215    done
2216    (( i = 0 ))
2217    while (( i < iout ))
2218    do
2219       (( i = i + 1 ))
2220       if (( i == 1 ))
2221       then
2222          printf "\n\n >>> OUTPUT-file assignments:\n"
2223       fi
2224       printf "\n     ${localout[$i]} :  ${pathout[$i]}"
2225    done
2226    (( i = 0 ))
2227    while (( i < iic ))
2228    do
2229       (( i = i + 1 ))
2230       if (( i == 1 ))
2231       then
2232          printf "\n\n >>> INPUT-commands:\n"
2233       fi
2234       printf "\n     ${in_command[$i]}" 
2235    done
2236    (( i = 0 ))
2237    while (( i < ioc ))
2238    do
2239       (( i = i + 1 ))
2240       if (( i == 1 ))
2241       then
2242          printf "\n\n >>> OUTPUT-commands:\n"
2243       fi
2244       printf "\n     ${out_command[$i]}" 
2245    done
2246 fi
2247
2248
2249    # ABFRAGEN BEI AUFRUF AUF LOKALER MASCHINE
2250 if [[ $remotecall = false  &&  $silent = false  &&  $jobmo != BATCH ]]
2251 then
2252    antwort=dummy
2253    printf "\n\n"
2254    printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2255    while  read antwort
2256    do
2257       if [[ "$antwort" != y  &&  "$antwort" != Y  &&  "$antwort" != n  &&  "$antwort" != N ]]
2258       then
2259          printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2260       else
2261          break
2262       fi
2263    done
2264    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
2265    then
2266       locat=user_abort; (( iec = 0 )); exit
2267    fi
2268    if [[ $do_batch = true ]]
2269    then
2270       printf " >>> batch-job will be created and submitted"
2271    else
2272       if [[ $local_compile = false ]]
2273       then
2274          printf " >>> MRUN will now continue to execute on this machine"
2275       else
2276          printf " >>> a test compilation will now be carried out on this machine"
2277       fi
2278    fi
2279 fi
2280
2281
2282    # PERFORM PARAMETER FILE CHECK (COUPLED RUNS ARE NOT SUPPORTED YET)
2283    # DEFINE VARIABLES FOR FREQUENTLY USED DIRECTORIES
2284 check_depository="${working_directory}/trunk/UTIL"
2285 check_sources="${working_directory}/tmp_check_namelist_files"
2286 skip_check=false
2287
2288    # CHECK IF NAMELIST_FILE_CHECK HAS BEEN COMPILED SUCCESSFULLY
2289 if [[ ! -f $check_depository/check_namelist_files.tar ]]
2290 then
2291    skip_check=true
2292    reason="run on remote host or parameter file check has not been compiled."
2293 fi
2294 if [[ ! -f $PALM_BIN/check_namelist_files.x ]]
2295 then
2296    skip_check=true
2297    reason="parameter file check has not been compiled."
2298 fi
2299
2300    # CHECK FOR PARALLEL RUN; OTHERWISE SKIP CHECK
2301 if [[ "$cond1" != "parallel"  &&  "$cond2" != "parallel" ]]
2302 then
2303    skip_check=true
2304    reason="serial run."
2305 fi
2306
2307    # ONLY PERFORM CHECK IF -z OPTION IS NOT SET, NO RESTART RUN IS CARRIED OUT
2308    # AND IF THE EXECUTION HOST IS THE LOCAL HOST
2309    # ATTENTION: THIS ROUTINE DOES NOT WORK IF THE COMPILER ON THE LOCAL HOST
2310    # DIFFERS FROM THE COMPILER ON THE REMOTE HOST
2311 if [[ $check_namelist_files == false ]]
2312 then
2313    skip_check=true
2314    reason="-z option set."
2315 fi
2316
2317 if [[ $fromhost != $localhost ]]
2318 then
2319    skip_check=true
2320    reason="submitting host is local host." 
2321 fi 
2322
2323 if [[ $run_coupled_model == true ]]
2324 then
2325    skip_check=true
2326    reason="coupled run." 
2327 fi
2328
2329 if [[ $restart_run == true ]]
2330 then
2331    skip_check=true
2332    reason="restart run."     
2333 fi
2334
2335    # SKIP CHECK IN CASE OF RESTART RUN: CHECK WHETHER THE LAST CHAR IS "f" IN PARIN
2336 (( last_char_int = `echo $filename_input | wc -c` - 1 ))
2337 last_char=`echo $filename_input | cut -c $last_char_int`
2338 if [[ "$last_char" == "f" ]]
2339 then
2340    skip_check=true
2341    reason="restart run."
2342 fi
2343
2344 if [[ $skip_check == false ]]
2345 then
2346    tmp_check=${working_directory}/tmp_check
2347
2348       # GET TOPOGRAPHY PARAMETER FILE SUFFIX (USUALLY "_P3DF"). THIS FILE MIGHT IS
2349       # NOT NECESSARILY REQUIRED
2350    line=""
2351    found=false
2352    grep  "TOPOGRAPHY_DATA" $config_file  >  $tmp_check
2353    while read line1
2354    do
2355       line="$line1"
2356       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2357       then
2358          topo_suffix=`echo $line | tr -s " " | cut -d" " -s -f5`
2359          found=true
2360       fi
2361    done < $tmp_check
2362
2363    if [[ $found = false ]]
2364    then
2365       printf "\n  +++ no TOPOGRAPHY list entry found in the configuration file."
2366    fi
2367
2368    rm -rf ${working_directory}/tmp_check
2369
2370       # CHECK IF THE A P3DF FILE MUST BE CHECKED
2371    for  item  in  $input_list
2372    do
2373       if [[ "$item" == "restart" ]]
2374       then
2375          check_restart=1
2376       else
2377          check_restart=0
2378       fi
2379    done
2380
2381      # ERROR IF NO PARAMETER FILE WAS FOUND, OTHERWISE PROCEED
2382    if [[ (! -f $filename_input) && ( "$filename_input" != "" ) ]]
2383    then
2384       printf "\n\n  +++ ERROR: parameter file ($filename_input) not found." 
2385       locat=check_namelist; exit
2386    fi
2387   
2388       # CHECK IF THE RESTART PARAMETER FILE EXISTS (IF NECESSARY)
2389    if  [[ $check_restart == 1 ]]
2390    then
2391
2392       filenamef="${filename_input}f"
2393       if [[ ! -f $filenamef ]]
2394       then
2395          printf "\n\n  +++ WARNING: restart parameter file ($filenamef) is missing." 
2396          check_restart=0
2397          answer=dummy
2398          printf "\n\n"
2399
2400          if [[ $silent == false ]]
2401          then
2402             while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2403             do
2404                printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2405                read  answer
2406             done
2407             if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2408             then
2409                printf "\n  +++ Aborting...."
2410                locat=normal; exit
2411             fi
2412          fi
2413       else
2414          check_restart=1
2415       fi
2416    fi
2417
2418       # CREATE TEMPORARY SOURCES_FOR_CHECK PATH
2419    mkdir $check_sources
2420    cd $check_sources
2421
2422
2423       # CHECK FOR USER CODE, OTHERWISE USE THE PRECOMPILED CHECK_NAMELIST_FILES.X
2424    if [[ -d $add_source_path ]]
2425    then
2426       printf "\n\n  *** copying files from $check_depository" 
2427       cp $check_depository/check_namelist_files.tar ./
2428
2429       printf "\n\n  *** untar of makefile and source files in $check_sources"
2430       tar -xf check_namelist_files.tar  >  /dev/null  2>&1
2431
2432       printf "\n\n  *** adding user code." 
2433       cp $add_source_path/* ./
2434       touch check_namelist_files.f90
2435
2436          # GET COMPILER OPTIONS AND PERFORM MAKE
2437       printf "\n\n  *** compiling code if necessary...\n"
2438
2439          # workaround for batch jobs on local machine (lcxe6)
2440       if [[ $do_batch == true && $do_remote == false ]]
2441       then
2442          eval $init_cmds
2443       fi
2444
2445          # GET CHECK OPTIONS
2446       line=""
2447       found=false
2448
2449       grep  "$localhost" ${base_directory}/${config_file} | grep "%cpp_options"  >  $tmp_check
2450
2451       while read line1
2452       do
2453
2454          if [[ $(echo $line1 | cut -d" " -s -f3-) = "$localhost" ]]
2455          then
2456             line="$line1"
2457          fi
2458
2459          if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2460          then
2461                # EVENTUELLE DOPPELPUNKTE AUS OPTIONSSTRING UND ALLE -D ENTFERNEN
2462             line="$line "
2463             copts_check=`echo $line | cut -d" " -s -f2 | sed 's/::/%DUM%/g' | sed 's/:/ /g' | sed 's/%DUM%/:/g' | sed 's/-D[^ ]* //g' | sed 's/ -D.*//g'`
2464             found=true
2465          fi
2466
2467       done < $tmp_check
2468       copts_check="$copts_check -D__check -D__parallel"
2469
2470       make -f Makefile_check F90=$compiler_name_ser  COPT="$copts_check"
2471
2472          # GET MAKE OUTPUT
2473       if [[ $? != 0 ]]
2474       then
2475          printf "\n  +++ error during make."       
2476          answer=dummy
2477          printf "\n\n"
2478          if [[ $silent == false ]]
2479          then
2480             while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2481             do
2482                printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2483                read  answer
2484             done
2485             if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2486             then
2487                printf "\n  +++ Aborting..."
2488                rm -rf  $check_sources
2489                locat=normal; exit
2490             else
2491                skip_check=true
2492             fi
2493          else
2494             skip_check=true
2495          fi
2496       fi
2497    else
2498       cp $PALM_BIN/check_namelist_files.x ./
2499    fi
2500
2501    cp $filename_input ./PARIN
2502    if [[ $check_restart == 1 ]] 
2503    then
2504       cp $filenamef ./PARINF   
2505    fi
2506
2507    if [[ -f ${pathname}/${fname}${topo_suffix} && $skip_check == false ]]
2508    then
2509       printf "\n  *** adding topography data"
2510       cp ${pathname}/${fname}${topo_suffix} ./TOPOGRAPHY_DATA
2511
2512          # IN CASE OF TOPOGRAPHY AND HIGH GRID POINT NUMBERS, THE STACK SIZE
2513          # MUST BE INCREASED. THIS IS DUE TO THE ARRAY nzb_local AND topo_height,
2514          # WHICH REQUIRE SUFFICIENT MEMORY
2515       ulimit -s unlimited         
2516    fi
2517
2518       # CREATE ENVPAR FILE, WHICH IS NEEDED BY CHECK_NAMELIST_FILES.X
2519    cat  >  ENVPAR  <<  %%END%%
2520 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$host',
2521            write_binary = '$write_binary', tasks_per_node = $tasks_per_node,
2522            maximum_parallel_io_streams = $maximum_parallel_io_streams,
2523            maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
2524            revision = '$global_revision',
2525            local_dvrserver_running = $local_dvrserver_running /
2526
2527%%END%%
2528
2529       # SAFETY CHECK: ONLY PROCEED IF THE PARAMETER CHECK PROGRAM WAS PROPERLY COMPILED
2530    if [[ ! -f check_namelist_files.x  &&  $skip_check == false ]]
2531    then
2532       printf "\n  +++ WARNING: check_namelist_files.x not found."
2533       answer=dummy
2534       printf "\n\n"
2535
2536       if [[ $silent == false ]]
2537       then
2538          while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2539          do
2540             printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2541             read  answer
2542          done
2543          if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2544          then
2545             printf "\n  +++ Aborting..."
2546             rm -rf  $check_sources
2547             locat=normal; exit
2548          else
2549             printf "\n  *** skipping parameter file check."         
2550          fi
2551      fi
2552       
2553    elif [[ $skip_check == false ]]
2554    then
2555          # STARTING THE PARAMETER FILE CHECK
2556       printf "\n\n  *** starting parameter file check..."
2557
2558          # CHECKING THE P3D FILE
2559       printf "\n\n      (1) checking $filename_input" 
2560       echo "$numprocs 0 0" > VARIN
2561       errors=`./check_namelist_files.x < VARIN 2>&1`
2562
2563       check_error=false
2564       if [[ "$errors" == "" ]]
2565       then
2566          printf " --> o.k."
2567       else
2568          printf " --> failed."
2569          check_error=true
2570          printf "\n\n  $errors"
2571       fi
2572
2573          # CHECKING THE PD3F FILE IF NECESSARY
2574       if [[ $check_restart == 1 && $check_error == false ]]
2575       then
2576          printf "\n\n      (2) checking $filenamef" 
2577
2578             # FIRST CHECK IF INITIALIZING_ACTIONS="READ_RESTART_DATA" IS SET
2579             # IN &INIPAR LIST
2580          found=false
2581          cat PARINF | while read line
2582          do
2583             line=$(echo $line|sed 's/ //g')
2584             if [[ $line == *"&inipar"* ]]
2585             then
2586                start_search=true
2587             fi
2588
2589             if [[ $start_search == true ]]
2590             then
2591                if [[ $line == *"initializing_actions='read_restart_data'"* ]]
2592                then
2593                   found=true
2594                   break
2595                fi
2596             fi
2597
2598             if [[ $line == *"/"* ]]
2599             then
2600                start_search=false
2601             fi
2602
2603          done
2604
2605          if [[ $found = false ]]
2606          then
2607             printf "\n\n  +++ ERROR: initializing_actions = 'read_restart_data' not found"
2608             printf "\n      in &inipar list in $fname$p3df_suffix."
2609             rm -rf  $check_sources
2610             locat=check_namelist; exit
2611          fi
2612
2613             # READ max_user_pr FROM FILES
2614          if [[ -f parin_for_check ]]
2615          then
2616             read max_pr_user < parin_for_check
2617          else
2618             max_user_pr=0
2619          fi
2620
2621          echo "$numprocs 1 $max_pr_user" > VARIN
2622          errors=`./check_namelist_files.x < VARIN 2>&1`
2623
2624          if [[ "$errors" == "" ]]
2625          then
2626             printf " --> o.k."
2627          else
2628             printf " --> failed."
2629             check_error=true
2630             printf "\n\n  $errors"
2631          fi
2632       fi
2633   
2634          # REPORT ERRORS AND CONTINUE/EXIT
2635       if [[ $check_error == true ]]
2636       then
2637          printf "\n  +++ errors found in the parameter file!\n"
2638          answer=dummy
2639          printf "\n\n"
2640
2641          while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2642          do
2643             printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2644             read  answer
2645          done
2646
2647          if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2648          then
2649             printf "\n  +++ Aborting..."
2650             rm -rf  $check_sources
2651             locat=normal; exit
2652          fi
2653        else
2654          printf "\n\n  *** parameter file(s) seem(s) to be o.k.\n"
2655        fi
2656        rm -rf $check_sources
2657    fi
2658 else
2659    printf "\n\n  +++ skipping parameter file check due to following reason: $reason \n" 
2660 fi
2661
2662    # DELETE TEMPORARY DIRECTORY AND FINISH NAMELIST FILE CHECK   
2663 rm -rf  $check_sources
2664 cd $working_directory
2665
2666
2667    # DETERMINE PATH FOR MAKE DEPOSITORY
2668 if [[ $do_batch = false  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
2669 then
2670
2671    line=""
2672    grep "%depository_path" $config_file  >  tmp_mrun
2673    while read line
2674    do
2675       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2676       then
2677          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f3)" = "" ]]
2678          then
2679             global_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2680          fi
2681       fi
2682    done < tmp_mrun
2683
2684    line=""
2685    grep  " $localhost" $config_file | grep "%depository_path"  >  tmp_mrun
2686    while read line
2687    do
2688       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2689       then
2690          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f4)" = "$cond1"  &&  "$(echo $line | cut -d" " -s -f5)" = "$cond2" ]]
2691          then
2692             local_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2693          fi
2694       fi
2695    done < tmp_mrun
2696
2697    if [[ "$local_depository_path" = "" ]]
2698    then
2699       if [[ "$global_depository_path" != "" ]]
2700       then
2701          local_depository_path=$global_depository_path
2702       else
2703          printf "\n\n  +++ no depository path found in configuration file"
2704          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
2705          printf "\n      please set \"\%depository_path\" in configuration file\n"
2706          locat=config_file; exit
2707       fi
2708    fi
2709    eval local_depository_path=$local_depository_path
2710    [[ "$cond1" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond1
2711    [[ "$cond2" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond2
2712
2713
2714    basename=`echo $mainprog | cut -f1 -d"."`
2715    eval make_depository=${local_depository_path}/${basename}_current_version.tar
2716    if [[ ! -f $make_depository ]]
2717    then
2718       printf "\n"
2719       printf "\n  *** WARNING: make depository \"$make_depository\" not found"
2720       printf "\n               \"make\" will fail, if the Makefile or other source files are missing\n"
2721    fi
2722
2723 fi
2724
2725
2726    # FALLS AUF DIESER MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL, WERDEN JETZT ENTSPRE-
2727    # CHENDE AKTIONEN DURCHGEFUEHRT
2728 if [[ $do_batch = false ]]
2729 then
2730
2731
2732       # TEMPORAEREN KATALOG ERZEUGEN
2733    mkdir -p  $TEMPDIR
2734    chmod  go+rx  $TEMPDIR
2735    tmpcreate=true
2736
2737
2738       # SAEMTLICHE QUELLTEXT-DATEIEN BZW. AUSFUEHRBARES PROGRAMM IN
2739       # TEMPORAERES VERZEICHNIS KOPIEREN
2740    if [[ $do_compile = true ]]
2741    then
2742
2743          # ON NEC, COMPILATION IS DONE ON HOST CROSS VIA CROSS COMPILING
2744          # CREATE A TEMPORARY DIRECTORY ON THAT MACHINE (HOME MOUNTED VIA NFS)
2745       if [[ $localhost = nech ]]
2746       then
2747          TEMPDIR_COMPILE=$HOME/work/${usern}.$kennung
2748          if  mkdir -p  $TEMPDIR_COMPILE
2749          then
2750             printf "\n  *** \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2751             printf "\n      is generated as temporary directory for cross compiling\n"
2752          else
2753             printf "\n  +++ creating directory \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2754             printf "\n      needed for cross compilation failed"
2755             locat=compile
2756             exit
2757          fi
2758       else
2759          TEMPDIR_COMPILE=$TEMPDIR
2760       fi
2761
2762       cp  $make_depository  $TEMPDIR_COMPILE
2763       cd  $TEMPDIR_COMPILE
2764       tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
2765       cd -  > /dev/null
2766
2767       cp  SOURCES_FOR_RUN_$fname/*  $TEMPDIR_COMPILE
2768
2769    else
2770
2771       cp  $executable   ${TEMPDIR}/a.out
2772
2773    fi
2774
2775
2776       # WECHSEL IN TEMPORAEREN KATALOG
2777    cd  $TEMPDIR
2778    printf "\n  *** changed to temporary directory: $TEMPDIR"
2779
2780
2781       # OUTPUT-DATEI-VERBINDUNGEN AUF TEMPORAERER DATEI ABLEGEN
2782       # DIESE DATEI KANN VON SPAETER AUFZURUFENDEN BENUTZERPROZEDUREN GELESEN
2783       # WERDEN, UM ZU LOKALEN DATEINAMEN GEHOERENDE PERMANENTE NAMEN ZU
2784       # ERMITTELN
2785    (( i = 0 ))
2786    while (( i < iout ))
2787    do
2788       (( i = i + 1 ))
2789       if [[ "${actionout[$i]}" = tr  ||  "${actionout[$i]}" = tra  ||  "${actionout[$i]}" = trpe ]]
2790       then
2791          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2792       else
2793          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${frelout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2794       fi
2795    done
2796
2797
2798       # IF REQUIRED, START WITH COMPILING ACTIONS
2799    if [[ $do_compile = true ]]
2800    then
2801
2802
2803       if [[ -f a.out ]]
2804       then
2805
2806             # EXECUTABLE WAS CREATED DURING INTERACTIVE CALL OF MRUN
2807          printf "\n\n\n  *** executable a.out found"
2808          printf "\n      no compilation required \n"
2809
2810       else
2811
2812             # COMPILING WITH MAKE (ON NEC COMPILER IS CALLED ON HOST CROSS)
2813          printf "\n\n\n  *** compilation starts \n$striche\n"
2814          printf "  *** compilation with make using following options:\n"
2815          printf "      make depository:          $make_depository"
2816          if [[ "$mopts" != "" ]]
2817          then
2818             printf "      make options:             $mopts\n"
2819          fi
2820          printf "      compilername:             $compiler_name\n"
2821          printf "      compiler options:         $fopts\n"
2822          printf "      preprocessor directives:  $cpp_options \n"
2823          printf "      linker options:           $lopts \n"
2824          if [[ "$modules" != "" ]]
2825          then
2826             printf "      modules to be load:       $modules \n"
2827          fi
2828          printf "      source code files:        $source_list \n"
2829
2830          if [[ $localhost = nech ]]
2831          then
2832             ssh  $SSH_PORTOPT  136.172.44.192 -l $usern "$init_cmds $module_calls cd \$HOME/work/${usern}.$kennung; sxmake $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2833             cp  $TEMPDIR_COMPILE/a.out  .
2834             [[ $? != 0 ]]  &&  compile_error=true
2835             rm -rf  $TEMPDIR_COMPILE
2836          elif [[ $localhost = ibmh ]]
2837          then
2838             printf "      compiler is called via ssh on \"plogin1\" \n"
2839             ssh  $SSH_PORTOPT  plogin1  -l $usern  "$init_cmds export PATH=/sw/ibm/xlf/13.1.0.8/usr/bin:$PATH; $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2840             [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2841             continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2842          elif [[ $localhost = lcsgib ]]
2843          then
2844             printf "      compiler is called via ssh on \"bicegate0\" \n"
2845             ssh  $SSH_PORTOPT  bicegate0  -l $usern  "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2846             [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2847             continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2848          elif [[ $localhost = lcsgih ]]
2849          then
2850             printf "      compiler is called via ssh on \"hicegate0\" \n"
2851             ssh  $SSH_PORTOPT  hicegate0  -l $usern  "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" 2>&1 "
2852             [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2853             continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2854          elif [[ $localhost = lcflow ]]
2855          then
2856             printf "      compiler is called via ssh on \"flow\" \n"
2857             /usr/bin/ssh  $SSH_PORTOPT  flow02.hpc.uni-oldenburg.de -l $usern "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out F90=$compiler_name COPT=\"$cpp_options\" F90FLAGS=\"$fopts\" LDFLAGS=\"$lopts\" "
2858             [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2859             continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2860          elif [[ $localhost = lccrayf ]]
2861          then
2862             make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2863          else
2864             [[ "$init_cmds" != "" ]]  &&  eval $init_cmds
2865             [[ "$module_calls" != "" ]]  &&  eval $module_calls
2866             make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2867          fi
2868
2869          if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
2870          then
2871             printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
2872             locat=compile
2873
2874             exit
2875          else
2876             printf "$striche\n  *** compilation finished \n"
2877          fi
2878
2879       fi
2880
2881    fi
2882
2883
2884       # FALLS NUR TESTWEISE KOMPILIERT WERDEN SOLLTE, IST MRUN JETZT FERTIG
2885    if [[ $local_compile = true ]]
2886    then
2887       cd  $HOME
2888       rm -rf $TEMPDIR
2889       locat=local_compile; exit
2890    fi
2891
2892
2893       # BEREITSTELLEN DER INPUT-DATEIEN
2894       # SCHLEIFE UEBER ALLE VOM BENUTZER ANGEGEBENEN DATEIEN
2895    (( i = 0 ))
2896    while (( i < iin ))
2897    do
2898       (( i = i + 1 ))
2899       if (( i == 1 ))
2900       then
2901          printf "\n\n  *** providing INPUT-files:\n$striche"
2902       fi
2903
2904
2905          # OPTIONALE DATEIEN BEI NICHTVORHANDENSEIN UEBERGEHEN
2906       if [[ "${transin[$i]}" = unavailable ]]
2907       then
2908          if [[ "${extin[$i]}" = ""  ||  "${extin[$i]}" = " " ]]
2909          then
2910             printf "\n  +++ WARNING: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}\" "
2911             printf "\n               is not available!"
2912          else
2913             printf "\n  +++ WARNING: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}.${extin[$i]}\" "
2914             printf "\n               is not available!"
2915          fi
2916          continue
2917       fi
2918
2919          # PRUEFEN, OB EINZELDATEI ODER DATEI PRO PROZESSOR
2920       files_for_pes=false; datentyp=file
2921       if [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
2922       then
2923          files_for_pes=true; datentyp=directory
2924          actionin[$i]=""
2925       elif [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
2926       then
2927          actionin[$i]=""
2928       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
2929       then
2930          files_for_pes=true; datentyp=directory
2931          actionin[$i]="ar"
2932       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
2933       then
2934          actionin[$i]="ar"
2935       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
2936       then
2937          files_for_pes=true; datentyp=directory
2938          actionin[$i]="fl"
2939       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
2940       then
2941          actionin[$i]="fl"
2942       fi
2943
2944       if [[ $files_for_pes = true ]]
2945       then
2946          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}/....  to  ${localin[$i]}"
2947       else
2948          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}  to  ${localin[$i]}"
2949       fi
2950
2951          # INPUT-DATEI FUER EINEN FORTSETZUNGSLAUF. ES WIRD GEPRUEFT,
2952          # OB DIESE DATEI NOCH AUF DEM TEMPORAEREN DATENKATALOG VORHANDEN
2953          # IST. FALLS NICHT, WIRD VERSUCHT, SIE ANSCHLIESSEND VOM ARCHIV-
2954          # SERVER ZU HOLEN
2955       if [[ "${actionin[$i]}" = fl ]]
2956       then
2957          printf "\n      $datentyp will be fetched from temporary directory \"${tmp_data_catalog}\" !"
2958          if [[ $files_for_pes = false ]]
2959          then
2960             if [[ -f "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
2961             then
2962                ln  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2963                got_tmp[$i]=true
2964             elif [[ -f "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
2965             then
2966                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
2967                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
2968                cp  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2969             else
2970                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
2971                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
2972                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
2973                actionin[$i]=ar
2974             fi
2975          else
2976             if [[ -d "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
2977             then
2978                mkdir  ${localin[$i]}
2979                cd $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2980                for file in $(ls *)
2981                do
2982                   ln $file $TEMPDIR/${localin[$i]}
2983                done
2984                cd $TEMPDIR
2985                got_tmp[$i]=true
2986             elif [[ -d "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
2987             then
2988                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
2989                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
2990                cp -r  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2991             else
2992                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
2993                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
2994                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
2995                actionin[$i]=ar
2996             fi
2997          fi
2998       fi
2999
3000
3001          # DATEI LIEGT AUF ARCHIV-SERVER
3002       if [[ "${actionin[$i]}" = ar ]]
3003       then
3004
3005          if [[ $files_for_pes = false ]]
3006          then
3007             printf "\n      file will be restored from archive-system ($archive_system)!"
3008          else
3009             printf "\n      directory will be restored from archive-system ($archive_system)!"
3010          fi
3011
3012          file_restored=false
3013
3014          if [[ $archive_system = asterix ]]
3015          then
3016             do_stagein=true
3017             (( stagein_anz = 0 ))
3018             while [[ $do_stagein = true ]]
3019             do
3020                if [[ $files_for_pes = false ]]
3021                then
3022                   stagein  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
3023                else
3024                   stagein  -t  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
3025                fi
3026                cat  STAGEIN_OUTPUT
3027                if [[ $(grep -c "st.msg:i24"  STAGEIN_OUTPUT) != 0 ]]
3028                then
3029                   file_restored=true
3030                   do_stagein=false
3031                else
3032                   (( stagein_anz = stagein_anz + 1 ))
3033                   if (( stagein_anz == 10 ))
3034                   then
3035                      printf "\n  +++ stagein stoped after 10 tries"
3036                      locat=stage
3037                      exit
3038                   fi
3039                   printf "\n  +++ restoring from archive failed, trying again:"
3040                   sleep 900
3041                fi
3042             done
3043          elif [[ $archive_system = DMF ]]
3044          then
3045             if [[ $files_for_pes = false ]]
3046             then
3047                printf "\n  +++ restoring of single files impossible with $archive_system !\n"
3048                locat=DMF
3049                exit
3050             else
3051                find  $ARCHIVE/${frelin[$i]}  -type m  -print  |  dmget
3052                cp  -r $ARCHIVE/${frelin[$i]}  $PWD
3053                file_restored=true
3054             fi
3055          elif [[ $archive_system = tivoli ]]
3056          then
3057             if [[ $files_for_pes = false ]]
3058             then
3059                if [[ $localhost = lcsgih ]]
3060                then
3061                   ssh  $SSH_PORTOPT  $usern@hicedata.hlrn.de  "cp  $PERM/${frelin[$i]}  $PWD"
3062                else
3063                   ssh  $SSH_PORTOPT  $usern@bicedata.hlrn.de  "cp  $PERM/${frelin[$i]}  $PWD"
3064                fi
3065             else
3066                (( inode = 0 ))
3067                while (( inode < nodes ))
3068                do
3069                   if [[ $localhost = lcsgih ]]
3070                   then
3071                      ssh  $SSH_PORTOPT  $usern@hicedata.hlrn.de  "cd $PWD; tar  xf  $PERM/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar"
3072                   else
3073                      ssh  $SSH_PORTOPT  $usern@bicedata.hlrn.de  "cd $PWD; tar  xf  $PERM/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar"
3074                   fi
3075                   (( inode = inode + 1 ))
3076                done
3077             fi
3078             file_restored=true
3079          elif [[ $archive_system = ut ]]
3080          then
3081             if [[ $files_for_pes = false ]]
3082             then
3083                cp  $UT/${frelin[$i]}  .
3084             else
3085                (( inode = 0 ))
3086                while (( inode < nodes ))
3087                do
3088                   tar  xf  $UT/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar
3089                   (( inode = inode + 1 ))
3090                done
3091             fi
3092             file_restored=true
3093          else
3094             printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"   restore impossible!"
3095             locat=rearchive
3096             exit
3097          fi
3098
3099          if [[ $file_restored = true ]]
3100          then
3101
3102                # DATEI AUCH AUF TEMPORAERES DATENVERZEICHNIS LEGEN, DAMIT
3103                # SIE BEI WEITEREN ZUGRIFFEN NOCH VORHANDEN IST
3104             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog; chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
3105             if [[ $files_for_pes = false ]]
3106             then
3107                ln  -f  ${frelin[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
3108             else
3109                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
3110                ln  -f  ${frelin[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
3111             fi
3112             got_tmp[$i]=true
3113
3114                # DATEI UNTER LOKALEM NAMEN ZUR VERFUEGUNG STELLEN
3115             mv  ${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
3116
3117          fi
3118       fi
3119
3120
3121          # DATEI LIEGT IM VOM BENUTZER ANGEGEBENEN VERZEICHNIS
3122       if [[ "${actionin[$i]}" = ""  ||  "${actionin[$i]}" = "di"  ||  "${actionin[$i]}" = "npe" ]]
3123       then
3124
3125          if [[ "${actionin[$i]}" = "npe"  &&  -n $numprocs ]]
3126          then
3127
3128                # DATEI WIRD FUER DIE PROZESSOREN EINES PARALLERECHNERS BEREITGESTELLT
3129             printf "\n      file will be provided for $numprocs processors"
3130             mkdir  ${localin[$i]}
3131             ival=$numprocs
3132             (( ii = 0 ))
3133             while (( ii <= ival-1 ))
3134             do
3135                if (( ii < 10 ))
3136                then
3137                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_000$ii
3138                elif (( ii < 100 ))
3139                then
3140                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_00$ii
3141                elif (( ii < 1000 ))
3142                then
3143                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_0$ii
3144                else
3145                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_$ii
3146                fi
3147                (( ii = ii + 1 ))
3148             done
3149
3150          else
3151
3152             if [[ $files_for_pes = true ]]
3153             then
3154
3155                   # DIE DEN PROZESSOREN EINES PARALLELRECHNERS ZUGEHOERIGEN
3156                   # DATEIEN WERDEN BEREITGESTELLT, INDEM ZUERST DER GESAMTE
3157                   # KATALOGINHALT KOPIERT UND DANN DIE EINZELNEN DATEIEN
3158                   # PER MOVE UMBENANNT WERDEN
3159                printf "\n      providing $numprocs files for the respective processors"
3160                mkdir  ${localin[$i]}
3161                if [[ $link_local_input = true ]]
3162                    then
3163                    printf "      using ln -f\n"
3164                    cd ${absnamein[$i]}
3165                    for file in $(ls *)
3166                      do
3167                      ln -f $file  ${localin[$i]}
3168                    done
3169                    cd $TEMPDIR
3170                fi
3171                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp -r"
3172                if [[ ! -f "${localin[$i]}/_0000" ]]
3173                    then
3174                    if [[ $link_local_input = true ]]
3175                        then
3176                        printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
3177                    fi
3178                    cp -r  ${absnamein[$i]}/*  ${localin[$i]}
3179                fi
3180
3181             else
3182                   # BEREITSTELLUNG AUF EINPROZESSORRECHNERN
3183                if [[ $link_local_input = true ]]
3184                then
3185                    printf "      using ln -f\n"
3186                    ln -f  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
3187                fi
3188                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp"
3189                if [[ ! -f "${localin[$i]}" ]]
3190                then
3191                    if [[ $link_local_input = true ]]
3192                    then
3193                        printf "      ln failed, using cp...\n"
3194                    fi
3195                    cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
3196                fi
3197             fi
3198          fi
3199       fi
3200
3201    done
3202    if (( i != 0 ))
3203    then
3204       printf "\n$striche\n  *** all INPUT-files provided \n"
3205    fi
3206
3207
3208       # EVENTUELLE INPUT-KOMMANDOS ABARBEITEN
3209    (( i = 0 ))
3210    while (( i < iic ))
3211    do
3212       (( i = i + 1 ))
3213       if (( i == 1 ))
3214       then
3215          printf "\n\n  *** execution of INPUT-commands:\n$striche"
3216       fi
3217       printf "\n  >>> ${in_command[$i]}"
3218       eval  ${in_command[$i]}
3219       if (( i == iic ))
3220       then
3221          printf "\n$striche\n"
3222       fi
3223    done
3224
3225
3226       # VERBLEIBENDE CPU-ZEIT BERECHNEN
3227    cpurest=${cpumax}.
3228
3229
3230       # START DVR STREAMING SERVER
3231    if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
3232    then
3233       if [[ "$dvr_server" != "" ]]
3234       then
3235
3236          printf "\n\n  *** preparing the dvr streaming server configuration file"
3237
3238             # Check, if a dvr server is already running
3239          running_dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config | grep -v grep) | cut -d" " -f2`
3240          if [[ "$running_dvrserver_id" != "" ]]
3241          then
3242
3243             printf "\n\n  +++ WARNING: A dvr server with id=$running_dvrserver_id is already running!"
3244             printf "\n      This server is used instead starting a new one!"
3245             printf "\n      If required, script \"process_dvr_output\" has to be run manually."
3246
3247          else
3248
3249                # COPY CONFIGURATION FILE FOR STREAMING SERVER FROM REPOSITORY TO HERE
3250             if [[ -f ${PALM_BIN}/.dvrserver.config ]]
3251             then
3252                cp  ${PALM_BIN}/.dvrserver.config  .
3253
3254                   # Entering the BASEDIR, UID and GID into this file
3255                user_id=`id -u`
3256                group_id=`id -g`
3257                   # & is needed as seperator, because TEMPDIR contains /
3258                sed "s&<replace by dvr data directory>&${TEMPDIR}&g" .dvrserver.config > .dvrserver.1
3259                sed "s/<replace by user id>/$user_id/g"    .dvrserver.1 > .dvrserver.2
3260                sed "s/<replace by group id>/$group_id/g"  .dvrserver.2 > .dvrserver.3
3261                mv  .dvrserver.3  .dvrserver.config
3262                rm  .dvrserver.1  .dvrserver.2
3263
3264                   # Start dvr server in background, get his id and print on terminal
3265                $dvr_server  .dvrserver.config  >>  DVR_LOGFILE  2>&1  &
3266                dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config) | cut -d" " -f2`
3267                printf "\n  *** streaming server with id=$dvrserver_id is started in background"
3268                local_dvrserver_running=.TRUE.
3269             else
3270                printf "\n  +++ missing file \".dvrserver.config\" in directory:"
3271                printf "\n      \"$PALM_BIN\" "
3272                locat=dvr
3273                exit
3274             fi
3275
3276          fi
3277
3278       else
3279          printf "\n\n  --- INFORMATIVE: no dvr streaming server will be started"
3280       fi
3281    fi
3282
3283
3284       # NAMELIST-DATEI MIT WERTEN VON ENVIRONMENT-VARIABLEN ERZEUGEN (ZU
3285       # LESEN VON PALM)
3286    cat  >  ENVPAR  <<  %%END%%
3287 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$localhost',
3288          write_binary = '$write_binary', tasks_per_node = $tasks_per_node,
3289          maximum_parallel_io_streams = $maximum_parallel_io_streams,
3290          maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
3291          revision = '$global_revision',
3292          local_dvrserver_running = $local_dvrserver_running /
3293
3294%%END%%
3295
3296
3297       # PROGRAMMSTART
3298    printf "\n\n  *** execution starts in directory\n      \"`pwd`\"\n$striche\n"
3299    PATH=$PATH:$TEMPDIR
3300
3301       # MPI debug option (argument checking, slows down execution due to increased latency)
3302    if [[ "$mpi_debug" = true ]]
3303    then
3304       export MPI_CHECK_ARGS=1
3305       printf "\n  +++ MPI_CHECK_ARGS=$MPI_CHECK_ARGS"
3306    fi
3307
3308    if [[ "$totalview" = true ]]
3309    then
3310       printf "\n *** totalview debugger will be used"
3311       tv_opt="-tv"
3312    else
3313       tv_opt=""
3314    fi
3315
3316    if [[ "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ]]
3317    then
3318       if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
3319       then
3320          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-5) != lcsgi ]]
3321          then
3322             printf "\n  +++ debug is allowed in interactive mode only"
3323             locat=debug
3324             exit
3325          fi
3326       fi
3327       if [[ $localhost = ibmh ]]
3328       then
3329
3330             # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
3331          export MP_SHARED_MEMORY=yes
3332          export AIXTHREADS_SCOPE=S
3333          export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3334          export AUTHSTATE=files
3335          export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
3336
3337             # FOLLOWING OPTIONS ARE MANDATORY FOR TOTALVIEW
3338          export MP_ADAPTER_USE=shared
3339          export MP_CPU_USE=multiple
3340          export MP_TIMEOUT=1200
3341
3342          unset  MP_TASK_AFFINITY
3343
3344             # SO FAR, TOTALVIEW NEEDS HOSTFILE MECHANISM FOR EXECUTION
3345          #(( ii = 1 ))
3346          #while (( ii <= $numprocs ))
3347          #do
3348          #   echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3349          #   (( ii = ii + 1 ))
3350          #done
3351          #export MP_HOSTFILE=hostfile
3352
3353          if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
3354          then
3355             totalview   poe  a.out  $ROPTS
3356          else
3357             echo totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1   $ROPTS
3358             export TVDSVRLAUNCHCMD=ssh
3359             totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1   $ROPTS
3360          fi
3361       elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-5) = lcsgi ]]
3362       then
3363             # CURRENTLY NO DEBUGGER ON LCSGI
3364          if [[ $run_coupled_model = true ]]
3365          then
3366             printf "\n  +++ no debug in coupled mode available on \"$localhost\" "
3367             locat=debug
3368             exit
3369          else
3370             echo "no_coupling"  >  runfile_atmos
3371          fi
3372          (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3373          export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3374          echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3375          if [[ $threads_per_task != 1 ]]
3376          then
3377             printf "\n      threads per task: $threads_per_task"
3378          fi
3379          printf "\n\n"
3380          if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3381          then
3382#             export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
3383             if [[ "$totalview" = true ]]
3384             then
3385                printf "\n     running totalview debugger"
3386                mpiexec_mpt $tv_opt -n $ii   ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3387             else
3388                mpiexec_mpt -np $ii   ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3389             fi
3390          elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3391          then
3392#             ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
3393#             export MV2_NUM_PORTS=2
3394#             export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
3395             if [[ "$totalview" = true ]]
3396             then
3397                printf "\n     running totalview debugger"
3398                mpiexec $tv_opt ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3399             else
3400                mpiexec    ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3401             fi
3402          fi
3403       else
3404          printf "\n  +++ no debug available on \"$localhost\" "
3405          printf "\n      or not implemented in mrun so far"
3406          locat=debug
3407          exit
3408       fi
3409
3410       # end debug mode
3411    else
3412
3413          # normal execution
3414       if [[ -n $numprocs ]]
3415       then
3416             # RUNNING THE PROGRAM ON PARALLEL MACHINES
3417          if [[ $(echo $host | cut -c1-3) = ibm ]]
3418          then
3419                # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
3420             if [[ $host != ibmh  &&  $host != ibmkisti ]]
3421             then
3422                export MP_SHARED_MEMORY=yes
3423                export AIXTHREAD_SCOPE=S
3424                export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3425                export XLSMPOPTS="spins=0:yields=0:stack=20000000"
3426                export AUTHSTATE=files
3427                export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
3428                #  export MP_PRINTENV=yes
3429
3430                   # TUNING-VARIABLEN ZUR VERBESSERUNG DER KOMMUNIKATION
3431                   # ZEIGEN ABER DERZEIT (SEP 04, FEDERATION) KAUM WIRKUNG
3432                export MP_WAIT_MODE=poll
3433                [[ $node_usage = not_shared ]]  &&  export MP_SINGLE_THREAD=yes
3434             fi
3435
3436             if [[ $host = ibmkisti ]]
3437             then
3438                export LANG=en_US
3439                export MP_SHARED_MEMORY=yes
3440                if [[ $threads_per_task = 1 ]]
3441                then
3442                   export MP_SINGLE_THREAD=yes
3443                   export MEMORY_AFFINITY=MCM
3444                else
3445                   export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3446                fi
3447             fi
3448
3449             if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
3450             then
3451                printf "\n--- Control: OMP_NUM_THREADS = \"$OMP_NUM_THREADS\" \n"
3452                if [[ "$cond1" = hpmcount  ||  "$cond2" = hpmcount ]]
3453                then
3454                   /opt/optibm/HPM_2_4_1/bin/hpmcount  a.out  $ROPTS
3455                else
3456                   if [[ $run_coupled_model = false ]]
3457                   then
3458                      if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3459                      then
3460                         echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3461                      else
3462                         echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3463                      fi
3464                   else
3465                      (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3466                      (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3467                      printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3468                      printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3469                      printf "\n\n"
3470                      echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3471                   fi
3472                   poe ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3473                fi
3474             else
3475                if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibms ]]
3476                then
3477                   poe  a.out  -procs $numprocs  -nodes 1  -rmpool 0  $ROPTS
3478                elif [[ $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku  ||  $localhost = ibmy ]]
3479                then
3480                   if [[ -f $hostfile ]]
3481                   then
3482                      cp  $hostfile  hostfile
3483                   else
3484                      (( ii = 1 ))
3485                      while (( ii <= $numprocs ))
3486                      do
3487                         echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3488                         (( ii = ii + 1 ))
3489                      done
3490                   fi
3491                   export MP_HOSTFILE=hostfile
3492                   if [[ $run_coupled_model = false ]]
3493                   then
3494                      if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3495                      then
3496                         echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3497                      else
3498                         echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3499                      fi
3500                   else
3501                      (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3502                      (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3503                      printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3504                      printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3505                      printf "\n\n"
3506                      echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3507                   fi
3508                   if [[ $localhost = ibmy ]]
3509                   then
3510                      ./a.out  -procs $tasks_per_node  $ROPTS  <  runfile_atmos
3511                   else
3512                      poe  ./a.out  -procs $numprocs $ROPTS  <  runfile_atmos
3513                   fi
3514
3515                else
3516                   if [[ "$host_file" = "" ]]
3517                   then
3518                      printf "\n  +++ no hostfile given in configuration file"
3519                      locat=config_file
3520                      exit
3521                   else
3522                      eval host_file=$host_file
3523                   fi
3524                   export MP_HOSTFILE=$host_file
3525                   poe  a.out  -procs $numprocs  -tasks_per_node $numprocs  $ROPTS
3526                fi
3527             fi
3528          elif [[ $host = nech  ||  $host = necriam ]]
3529          then
3530             (( ii = nodes ))
3531             if [[ $ii = 1 ]]
3532             then
3533                export F_ERRCNT=0        # acceptable number of errors before program is stopped
3534                export MPIPROGINF=YES
3535                #  export F_TRACE=YES|FMT1|FMT2  # output of ftrace informations to job protocol
3536                echo "*** execution on single node with mpirun"
3537                mpirun  -np $numprocs  ./a.out  $ROPTS
3538             else
3539                (( i = 0 ))
3540                while (( i < ii ))
3541                do
3542                   echo "-h $i  -p $tasks_per_node  -e ./mpi_exec_shell"  >>  multinode_config
3543                   (( i = i + 1 ))
3544                done
3545
3546                echo "#!/bin/sh"                         >   mpi_exec_shell
3547                echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3548                echo "set -u"                            >>  mpi_exec_shell
3549                echo "F_ERRCNT=0"                        >>  mpi_exec_shell
3550                echo "MPIPROGINV=YES"                    >>  mpi_exec_shell
3551                echo "OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task" >>  mpi_exec_shell
3552                echo "cpurest=$cpurest"                  >>  mpi_exec_shell
3553                echo "fname=$fname"                      >>  mpi_exec_shell
3554                echo "localhost=$localhost"              >>  mpi_exec_shell
3555                echo "return_addres=$return_addres"      >>  mpi_exec_shell
3556                echo "return_username=$return_username"  >>  mpi_exec_shell
3557                echo "tasks_per_node=$tasks_per_node"    >>  mpi_exec_shell
3558                echo "write_binary=$write_binary"        >>  mpi_exec_shell
3559                echo "use_seperate_pe_for_dvrp_output=$use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3560                echo "  "                                >>  mpi_exec_shell
3561                echo "export F_ERRCNT"                   >>  mpi_exec_shell
3562                echo "export MPIPROGINV"                 >>  mpi_exec_shell
3563                echo "export OMP_NUM_THREADS"            >>  mpi_exec_shell
3564                echo "export cpurest"                    >>  mpi_exec_shell
3565                echo "export fname"                      >>  mpi_exec_shell
3566                echo "export localhost"                  >>  mpi_exec_shell
3567                echo "export return_addres"              >>  mpi_exec_shell
3568                echo "export return_username"            >>  mpi_exec_shell
3569                echo "export tasks_per_node"             >>  mpi_exec_shell
3570                echo "export write_binary"               >>  mpi_exec_shell
3571                echo "export use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3572                echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3573                echo "exec  ./a.out"                     >>  mpi_exec_shell
3574
3575                chmod u+x  mpi_exec_shell
3576                export MPIPROGINF=YES
3577                mpirun  -f multinode_config  &
3578                wait
3579
3580             fi
3581          elif [[ $(echo $host | cut -c1-2) = lc  &&  $host != lckyoto &&  $host != lctit ]]
3582          then
3583
3584                # COPY HOSTFILE FROM SOURCE DIRECTORY OR CREATE IT, IF IT
3585                # DOES NOT EXIST
3586             if [[ $host != lccrayf  &&  $host != lcsgih  &&  $host != lcsgib  &&  $host != lckyuh  &&  $host != lckyut ]]
3587             then
3588                if [[ -f $hostfile ]]
3589                then
3590                   cp  $hostfile  hostfile
3591                   (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3592                else
3593                   (( ii = 1 ))
3594                   while (( ii <= $numprocs / $threads_per_task ))
3595                   do
3596                      echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3597                      (( ii = ii + 1 ))
3598                   done
3599                fi
3600                eval zeile=\"`head -n $ii  hostfile`\"
3601                printf "\n  *** running on: $zeile"
3602             fi
3603
3604             (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3605             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3606             # echo "*** OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3607             if [[ $threads_per_task != 1 ]]
3608             then
3609                   # increase stack size to unlimited, because large runs
3610                   # may abort otherwise
3611                ulimit -Ss unlimited
3612                printf "\n      threads per task: $threads_per_task  stacksize: unlimited"
3613             fi
3614             if [[ $run_coupled_model = false ]]
3615             then
3616                if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3617                then
3618                   echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3619                else
3620                   echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3621                fi
3622                printf "\n\n"
3623                if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3624                then
3625                   if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3626                   then
3627                          # MPI_DSM_DISTRIBUTE not necessary when MPI_DSM_CPULIST is set
3628                          # export MPI_DSM_DISTRIBUTE=1
3629                          # MPI_DSM_CPULIST: pin MPI processes to cores
3630                      if [[ $use_openmp = false ]]
3631                      then
3632                         if [[ "$sgi_feature" = ice2 ]]
3633                         then
3634                            export MPI_DSM_CPULIST="0,4,1,5,2,6,3,7:allhosts"
3635                         else
3636                            export MPI_DSM_CPULIST="0,1,4,5,2,3,6,7:allhosts"
3637                         fi
3638                      else
3639                         unset MPI_DSM_CPULIST
3640                      fi
3641                          # MPI_IB_RAILS: use both IB rails on ICE2
3642                      export MPI_BUFS_PER_HOST=512
3643                      export MPI_IB_RAILS=2
3644                          # NECESSARY, IF MORE THAN 4096 PEs ARE USED
3645                      export MPI_CONNECTIONS_THRESHOLD=8192
3646                  #    echo "*** MPI_DSM_CPULIST=$MPI_DSM_CPULIST"
3647                      export MPI_TYPE_DEPTH=20
3648                  #    echo "*** MPI_TYPE_DEPTH=$MPI_TYPE_DEPTH"
3649                      export MPI_GROUP_MAX=64
3650                  #    echo "*** MPI_GROUP_MAX=$MPI_GROUP_MAX"
3651                      if [[ $use_openmp = true ]]
3652                      then
3653                         echo " mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos"
3654                         mpiexec -npernode $tasks_per_node $tv_opt ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3655                      else
3656                         mpiexec_mpt -np $ii $tv_opt  ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3657                      fi
3658
3659                          # next is test for openmp usage
3660                  #     echo "mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos"
3661                  #     mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3662                   elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3663                   then
3664                      export MV2_NUM_PORTS=2
3665                      #  The default setting of MV2_CPU_MAPPING gives best results
3666                      # export MV2_ENABLE_AFFINITY=1
3667                      #  export MV2_CPU_MAPPING=0,1,4,5,2,3,6,7
3668               #       if [[ "$sgi_feature" = ice2 ]]
3669               #       then
3670               #          export MV2_CPU_MAPPING=0,4,1,5,2,6,3,7
3671               #       else
3672               #          export MV2_CPU_MAPPING=0,1,4,5,2,3,6,7
3673               #       fi
3674                      if [[ $use_openmp = true ]]
3675                      then
3676                         unset MV2_CPU_MAPPING
3677                         export MV2_ENABLE_AFFINITY=0
3678                      fi
3679                      echo "*** MV2_CPU_MAPPING=$MV2_CPU_MAPPING"
3680                      echo "*** MV2_ENABLE_AFFINITY=$MV2_ENABLE_AFFINITY"
3681                      if [[ $use_openmp = true ]]
3682                      then
3683                         echo " mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos"
3684                         mpiexec -npernode $tasks_per_node $tv_opt ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3685                      else
3686                         mpiexec -np $ii $tv_opt ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3687                      fi
3688                   elif [[ "$mpilib" = impi ]]
3689                   then
3690                      echo "mpirun -np $ii inspxe-cl -r result -collect mi3 -- ./a.out  <  runfile_atmos"
3691                      mpirun -np $ii inspxe-cl -r result -collect mi3 -- ./a.out  <  runfile_atmos
3692                   fi
3693                elif [[ $host = lccrayf ]]
3694                then
3695                    aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  -m ${memory}M  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3696                elif [[ $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3697                then
3698                    aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3699                elif [[ $host = lcflow ]]
3700                then
3701                   mpirun -bootstrap sge -np $ii  -env I_MPI_FABRICS shm:ofa a.out  < runfile_atmos  $ROPTS
3702                elif [[ $host = lcsb ]]
3703                then
3704                   mpirun_rsh -hostfile $PBS_NODEFILE -np `cat $PBS_NODEFILE | wc -l` a.out  < runfile_atmos  $ROPTS
3705                elif [[ $host = lckiaps ]]
3706                then
3707                   mpirun -np $ii  -f $PBS_NODEFILE  a.out  <  runfile_atmos  $ROPTS
3708                elif [[ $host = lckyu* ]]
3709                then
3710                   mpiexec -n $ii --stdin runfile_atmos  ./a.out  $ROPTS
3711                else
3712                   mpiexec  -machinefile hostfile  -n $ii  a.out  <  runfile_atmos  $ROPTS
3713                fi
3714             else
3715
3716                    # currently there is no full MPI-2 support on ICE and XT4
3717                (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3718                (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3719                printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3720                printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3721                printf "\n\n"
3722
3723                if [[ $coupled_mode = "mpi2" ]]
3724                then
3725                   echo "atmosphere_to_ocean $iia $iio"  >  runfile_atmos
3726                   echo "ocean_to_atmosphere $iia $iio"  >  runfile_ocean
3727                   if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3728                   then
3729
3730                      if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3731                      then
3732#                         export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
3733                         mpiexec_mpt -np $iia  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3734                         mpiexec_mpt -np $iio  ./a.out  $ROPTS < runfile_ocean &
3735                      elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3736                      then
3737#                         ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
3738#                         export MV2_NUM_PORTS=2
3739#                         export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
3740                         mpiexec -n $iia  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3741                         mpiexec -n $iio  ./a.out  $ROPTS < runfile_ocean &
3742                      fi
3743
3744                   elif [[ $host = lccrayf  ||  $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3745                   then
3746
3747                      aprun  -n $iia  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  $ROPTS  &
3748                      aprun  -n $iio  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_ocean  $ROPTS  &
3749
3750                   else
3751                          # WORKAROUND BECAUSE mpiexec WITH -env option IS NOT AVAILABLE ON SOME SYSTEMS
3752                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos &
3753                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  a.out  $ROPTS  <  runfile_ocean &
3754#                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  -env coupling_mode atmosphere_to_ocean  a.out  $ROPTS  &
3755#                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  -env coupling_mode ocean_to_atmosphere  a.out  $ROPTS  &
3756                   fi
3757                   wait
3758
3759                else
3760
3761                   echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3762                   if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3763                   then
3764
3765                      if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3766                      then
3767#                         export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
3768                         mpiexec_mpt -np $ii  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos
3769                      elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3770                      then
3771#                         ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
3772#                         export MV2_NUM_PORTS=2
3773#                         export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
3774                         mpiexec  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos
3775                      fi
3776
3777                   elif [[ $host = lccrayf  ||  $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3778                   then
3779
3780                      aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  $ROPTS
3781
3782                   elif [[ $host = lck || $host = lckordi ]]
3783                   then
3784
3785                      mpiexec -n $ii  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3786
3787                   elif [[ $host = lckyu* ]]
3788                   then
3789
3790                      mpiexec -n $ii --stdin runfile_atmos  ./a.out  $ROPTS
3791
3792                   fi
3793                   wait
3794                fi
3795
3796             fi
3797          elif [[ $host = lckyoto ]]
3798          then
3799             set -xv
3800             export P4_RSHCOMMAND=plesh
3801             echo "     P4_RSHCOMMAND = $P4_RSHCOMMAND"
3802             if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
3803             then
3804                if [[ "$cond2" = fujitsu ]]
3805                then
3806                   mpiexec  -n $numprocs  ./a.out  $ROPTS  # for fujitsu-compiler
3807                elif [[ "cond2" = pgi ]]
3808                then
3809                   mpirun  -np $numprocs  -machinefile ${QSUB_NODEINF}  ./a.out  $ROPTS
3810                else
3811                   mpirun_rsh -np $numprocs -hostfile ${QSUB_NODEINF} MV2_USE_SRQ=0 ./a.out ${ROPTS} || /bin/true
3812                fi
3813             else
3814                if [[ "$cond2" = "" ]]
3815                then
3816                   mpiruni_rsh -np $numprocs ./a.out  $ROPTS  # for intel
3817                else
3818                   mpirun  -np $numprocs  ./a.out  $ROPTS
3819                fi
3820             fi
3821             set +xv
3822          elif [[ $host = lctit ]]
3823          then
3824             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3825             echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3826             if [[ "$threads_per_task" != 1 ]]
3827             then
3828                export MV2_ENABLE_AFFINITY=0
3829             fi
3830             echo "----- PBS_NODEFILE content:"
3831             cat $PBS_NODEFILE
3832             echo "-----"
3833             (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3834             echo "mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE ./a.out  $ROPTS"
3835             mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE ./a.out  $ROPTS
3836          else
3837             mpprun  -n $numprocs  a.out  $ROPTS
3838          fi
3839          [[ $? != 0 ]]  &&  execution_error=true
3840
3841
3842             # PERFORMANCE-AUSWERTUNG MIT APPRENTICE
3843          if [[ "$cond1" = apprentice  ||  "$cond2" = apprentice ]]
3844          then
3845             apprentice
3846          fi
3847       else
3848          a.out  $ROPTS
3849       fi
3850    fi
3851    if [[ $? != 0  ||  $execution_error = true ]]
3852    then
3853
3854          # ABBRUCH BEI LAUFZEITFEHLER
3855#       [[ ! ( "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ) ]]  &&  cat  aout_output*
3856       printf "\n  +++ runtime error occured"
3857       locat=execution
3858       exit
3859    else
3860#       [[ ! ( "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ) ]]  &&  cat  aout_output*
3861       printf "\n$striche\n  *** execution finished \n"
3862
3863          # Stop the dvr streaming server and process the dvr output in order
3864          # to create dvrs- and html-files containing all streams
3865       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
3866       then
3867          kill $dvrserver_id
3868          printf "\n  *** dvr server with id=$dvrserver_id has been stopped"
3869
3870             # If there is a directory, data have been output by the
3871             # streaming server. Otherwise, user has chosen dvrp_output=local
3872          if [[ -d DATA_DVR ]]
3873          then
3874
3875                # Add the current dvr configuration file to the dvr output
3876                # directory
3877             cp  .dvrserver.config  DATA_DVR
3878
3879                # Process the dvr output (option -s for also generating
3880                # sequence mode data)
3881             process_dvr_output  -d DATA_DVR  -f $fname  -s
3882
3883          else
3884
3885                # Process the local output
3886             process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3887
3888          fi
3889
3890       elif [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
3891       then
3892
3893             # Process dvr output generated in local mode (dvrp_output=local)
3894          process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3895
3896       fi
3897    fi
3898
3899
3900
3901       # Call of combine_plot_fields in order to merge single files written
3902       # by each PE into one file.
3903   if [[ ! -f ${PALM_BIN}/combine_plot_fields${block}.x ]]
3904   then
3905      printf "\n\n\n  +++ WARNING: no combine_plot_fields found for given block \"$cond1 $cond2\""
3906      printf "\n      2d- and/or 3d-data may be incomplete!"
3907      printf "\n      Run \"mbuild -u -h $localhost\" to generate utilities for this block.\n"
3908   elif [[ "$combine_plot_fields" == true ]]
3909   then
3910      printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"combine_plot_fields${block}.x\" ..."
3911      combine_plot_fields${block}.x
3912   else
3913#     Temporary solution to skip combine_plot_fields. This is necessary in case of huge amount of
3914#     data output. To do: extend this branch by creating a batch job for combine_plot_fields.
3915      printf "\n\n\n *** post-processing: skipping combine_plot_fields (-Z option set) ..."
3916   fi
3917
3918
3919
3920       # EVENTUELLE OUTPUT-KOMMANDOS ABARBEITEN
3921    (( i = 0 ))
3922    while (( i < ioc ))
3923    do
3924       (( i = i + 1 ))
3925       if (( i == 1 ))
3926       then
3927          printf "\n\n  *** execution of OUTPUT-commands:\n$striche"
3928       fi
3929       printf "\n  >>> ${out_command[$i]}"
3930       eval  ${out_command[$i]}
3931       if (( i == ioc ))
3932       then
3933          printf "\n$striche\n"
3934       fi
3935    done
3936
3937
3938       # EVTL. INHALT DES AKTUELLEN VERZEICHNISSES AUSGEBEN
3939    if [[ $do_trace = true ]]
3940    then
3941       printf "\n\n"
3942       ls -al
3943    fi
3944
3945
3946
3947       # OUTPUT-DATEIEN AN IHRE ZIELORTE KOPIEREN
3948    (( i = 0 ))
3949    while (( i < iout ))
3950    do
3951       (( i = i + 1 ))
3952       if (( i == 1 ))
3953       then
3954          printf "\n\n  *** saving OUTPUT-files:\n$striche"
3955       fi
3956
3957          # PRUEFEN, OB EINZELDATEI ODER DATEI PRO PROZESSOR
3958       files_for_pes=false; filetyp=file
3959       if [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
3960       then
3961          files_for_pes=true; filetyp=directory
3962          actionout[$i]=""
3963       elif [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
3964       then
3965          actionout[$i]=""
3966       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
3967       then
3968          files_for_pes=true; filetyp=directory
3969          actionout[$i]="ar"
3970       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3971       then
3972          actionout[$i]="ar"
3973       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
3974       then
3975          files_for_pes=true; filetyp=directory
3976          actionout[$i]="fl"
3977       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3978       then
3979          actionout[$i]="fl"
3980       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  -n $numprocs ]]
3981       then
3982          files_for_pes=true; filetyp=directory
3983          actionout[$i]="tr"
3984       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3985       then
3986          actionout[$i]="tr"
3987       fi
3988
3989       if [[ ! -f ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = false ]]
3990       then
3991          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}  does not exist\n"
3992       elif [[ ! -d ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = true ]]
3993       then
3994          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}/....  does not exist\n"
3995       else
3996
3997
3998             # KOPIEREN PER FTP/SCP (IMMER IM BINAERMODUS, -M: FALLS ZIELKATALOG
3999             # NICHT VORHANDEN, WIRD VERSUCHT, IHN ANZULEGEN), ABER NUR BEI
4000             # REMOTE-RECHNUNGEN
4001          if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
4002          then
4003             if [[ $localhost != $fromhost ]]
4004             then
4005                if [[ $files_for_pes = false ]]
4006                then
4007                   cps=""
4008                   cst=""
4009                else
4010                   cps=-c
4011                   cst="/"
4012                fi
4013                if [[ $localhost = nech ]]
4014                then
4015
4016                      # TRANSFER IN EIGENSTAENDIGEM JOB
4017                      # ZUERST KOPIE DER DATEI INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4018                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
4019                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
4020                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4021                   then
4022                      ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
4023                   else
4024                      mkdir  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
4025                      ln  ${localout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
4026                   fi
4027
4028                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
4029                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
4030
4031                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP in seperate job to"
4032                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst"
4033                   printf "\n              or higher cycle\n"
4034                   echo "batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_addres  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
4035
4036                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
4037
4038                   if [[ $localhost = nech ]]
4039                   then
4040                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
4041                   else
4042                      if [[ "$LOGNAME" = b323013 ]]
4043                      then
4044                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
4045                      else
4046                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
4047                      fi
4048                   fi
4049
4050                else
4051
4052                      # TRANSFER INNERHALB DIESES JOBS
4053                   transfer_failed=false
4054                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP to"
4055                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst\n"
4056                   batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_addres  ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
4057                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
4058
4059                      # BEI FEHLGESCHLAGENEM TRANSFER SICHERUNGSKOPIE AUF
4060                      # LOKALER MASCHINE ANLEGEN
4061                   if [[ $transfer_failed = true ]]
4062                   then
4063                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on the local host under:\n"
4064                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
4065
4066                         # ERSTMAL PRUEFEN, OB VERZEICHNIS EXISTIERT. GEGEBENENFALLS
4067                         # ANLEGEN.
4068                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
4069                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
4070                      then
4071                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
4072                         printf "      $local_catalog \n"
4073                         mkdir -p  $local_catalog
4074                      fi
4075                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
4076                      transfer_problems=true
4077                   fi
4078                fi
4079             else
4080
4081                   # WERTZUWEISUNG, SO DASS WEITER UNTEN NUR KOPIERT WIRD
4082                actionout[$i]=""
4083             fi
4084          fi
4085
4086
4087             # APPEND PER FTP/SCP (IMMER IM BINAERMODUS, -M: FALLS ZIELKATALOG
4088             # NICHT VORHANDEN, WIRD VERSUCHT, IHN ANZULEGEN), ABER NUR BEI
4089             # REMOTE-RECHNUNGEN
4090          if [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
4091          then
4092             if [[ $localhost != $fromhost ]]
4093             then
4094                if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = nech ]]
4095                then
4096
4097                      # TRANSFER IN EIGENSTAENDIGEM JOB
4098                      # ZUERST KOPIE DER DATEI INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4099                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
4100                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
4101                   ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
4102
4103                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
4104                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
4105
4106                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP in seperate job to"
4107                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}"
4108                   printf "\n              or higher cycle\n"
4109                   echo "batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_addres  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
4110
4111                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
4112
4113                   if [[ $localhost = nech ]]
4114                   then
4115                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
4116                   else
4117                      if [[ $LOGNAME = b323013 ]]
4118                      then
4119                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
4120                      else
4121                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
4122                      fi
4123                   fi
4124
4125                else
4126
4127                      # TRANSFER INNERHALB DIESES JOBS
4128                   transfer_failed=false
4129                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP to"
4130                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n"
4131                   batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username  $return_addres ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
4132                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
4133
4134                      # BEI FEHLGESCHLAGENEM TRANSFER SICHERUNGSKOPIE AUF
4135                      # LOKALER MASCHINE ANLEGEN
4136                   if [[ $transfer_failed = true ]]
4137                   then
4138                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on the local host under:\n"
4139                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
4140
4141                         # ERSTMAL PRUEFEN, OB VERZEICHNIS EXISTIERT. GEGEBENENFALLS
4142                         # ANLEGEN
4143                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
4144                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
4145                      then
4146                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
4147                         printf "      $local_catalog \n"
4148                         mkdir -p  $local_catalog
4149                      fi
4150
4151                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
4152                      transfer_problems=true
4153                   fi
4154                fi
4155             else
4156
4157                   # WERTZUWEISUNG, SO DASS WEITER UNTEN NUR APPEND AUF
4158                   # LOKALER MASCHINE DURCHGEFUEHRT WIRD
4159                actionout[$i]=a
4160             fi
4161          fi
4162
4163
4164             # OUTPUT-DATEI FUER EINEN FORTSETZUNGSLAUF. DATEI WIRD PER
4165             # LINK AUF DEN TEMPORAEREN DATENKATALOG GELEGT. OPTION -f WIRD
4166             # VERWENDET, FALLS DORT NOCH EINE DATEI GLEICHEN NAMENS VORHANDEN
4167             # SEIN SOLLTE. ANSCHLIESSEND WIRD SEINE ARCHIVIERUNG ANGESTOSSEN
4168          if [[ "${actionout[$i]}" = fl ]]
4169          then
4170             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4171             chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4172             if [[ $files_for_pes = false ]]
4173             then
4174                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
4175                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
4176                ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4177             else
4178                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/....  to"
4179                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
4180                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4181                cd ${localout[$i]}
4182                for file in $(ls *)
4183                do
4184                   ln -f $file $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4185                done
4186                cd $TEMPDIR
4187             fi
4188
4189
4190                # ARCHIVIERUNGSJOB WIRD ERZEUGT UND ABGESCHICKT
4191             if [[ $store_on_archive_system = true ]]
4192             then
4193
4194                if [[ $archive_system = asterix ]]
4195                then
4196                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
4197                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4198                   then
4199                      echo "stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
4200                   else
4201                      echo "stageout -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
4202                   fi
4203                   echo "cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"               >> archive_${frelout[$i]}
4204                   echo "if [[ \$(grep -c \"st.msg:150\"  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung) != 0 ]]" >> archive_${frelout[$i]}
4205                   echo "then"                                       >> archive_${frelout[$i]}
4206                   echo "   do_stageout=false"                       >> archive_${frelout[$i]}
4207                   echo "else"                                       >> archive_${frelout[$i]}
4208                   echo "   echo \"  +++ $filetyp ${frelout[$i]}  could not be stored on archive-system\" " >> archive_${frelout[$i]}
4209                   echo "   cat  /dev/null  >  ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname" >> archive_${frelout[$i]}
4210                   echo "   cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung  >  ~/job_queue/archive_${frelout[$i]}_error" >> archive_${frelout[$i]}
4211                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} will be copied to \$WORK as backup\" " >> archive_${frelout[$i]}
4212                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4213                   then
4214                      echo "   cp   ${frelout[$i]}  \$WORK"                    >> archive_${frelout[$i]}
4215                   else
4216                      echo "   cp -r  ${frelout[$i]}  \$WORK/${frelout[$i]}"   >> archive_${frelout[$i]}
4217                   fi
4218                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} saved\" " >> archive_${frelout[$i]}
4219                   echo "fi"                                         >> archive_${frelout[$i]}
4220                   echo "rm  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"              >> archive_${frelout[$i]}
4221                elif [[ $archive_system = DMF ]]
4222                then
4223                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
4224                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4225                   then
4226                      printf "\n  +++ archiving of single files impossible with $archive_system !\n"
4227                      locat=DMF
4228                      exit
4229                   else
4230                         # FUER RECHNER IN JUELICH. DORT KOENNTEN AUCH
4231                         # EINZELNE DATEIEN GESICHERT WERDEN (SPAETER KORR.)
4232                      echo "rm -rf  \$ARCHIVE/${frelout[$i]}"     >> archive_${frelout[$i]}
4233                      echo "cp -r  ${frelout[$i]}  \$ARCHIVE"     >> archive_${frelout[$i]}
4234                   fi
4235                elif [[ $archive_system = tivoli ]]
4236                then
4237                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
4238                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4239                   then
4240                         # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4241                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
4242                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4243                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4244                   else
4245
4246                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
4247                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
4248                      echo "[[ ! -d \$PERM/${frelout[$i]} ]] && mkdir $PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4249                      cd  $tmp_data_catalog
4250                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
4251                      cd -  > /dev/null
4252                      (( inode = 0 ))
4253                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
4254                      while (( inode < nodes ))
4255                      do
4256#                         echo "*** all_files = \"$all_files\" "
4257                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
4258                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
4259#                         echo "*** tasks_per_node = \"$tasks_per_node\" "
4260#                         echo "*** files = \"$files\" "
4261#                         echo "*** all_files = \"$all_files\" "
4262                        echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
4263                        ### echo "tar  cvf ${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
4264                        ### echo "cp ${frelout[$i]}.node_$inode.tar \$PERM/${frelout[$i]}/"   >> archive_${frelout[$i]}
4265                         ###echo "rm ${frelout[$i]}.node_$inode.tar"   >> archive_${frelout[$i]}
4266#                         echo "dsmc incremental  \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar" >> archive_${frelout[$i]}
4267#                         echo "dsmmigrate \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar"        >> archive_${frelout[$i]}
4268                         (( inode = inode + 1 ))
4269                      done
4270#                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4271#                      echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4272                   fi
4273                elif [[ $archive_system = ut ]]
4274                then
4275                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
4276                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4277                   then
4278                         # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4279                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
4280                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4281                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4282                   else
4283
4284                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
4285                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
4286                      echo "[[ ! -d \$UT/${frelout[$i]} ]] && mkdir $UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4287                      cd  $tmp_data_catalog
4288                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
4289                      cd -  > /dev/null
4290                      (( inode = 0 ))
4291                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
4292                      while (( inode < nodes ))
4293                      do
4294                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
4295                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
4296                         echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
4297                         (( inode = inode + 1 ))
4298                      done
4299                   fi
4300                elif [[ $archive_system = none ]]
4301                then
4302                   printf "              +++ archiving on $localhost not available!\n"
4303                fi
4304
4305                if [[ $archive_system != none ]]
4306                then
4307                   if [[ $localhost = lcsgih  ||  $localhost = lcsgib ]]
4308                   then
4309#                      subjob  -d  -v  -q cdata  -X 0  -m 1000  -t 43200  -c $job_catalog  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
4310                      subjob   -v  -q permq  -X 1 -T 1  -m 1000  -t 172800  -c $job_catalog  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
4311                   elif [[ $localhost = nech ]]
4312                   then
4313                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
4314                   fi
4315                   printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4316                fi
4317             else
4318                printf "              +++ caution: option -A is switched off. No archiving on $archive_system!\n"
4319             fi
4320
4321
4322                # LEERDATEI IM BENUTZERVERZEICHNIS ANLEGEN, DAMIT BEKANNT IST,
4323                # WIE DIE HOECHSTE ZYKLUSNUMMER AUF DEM ARCHIV-SYSTEM LAUTET
4324             if [[ $files_for_pes = false ]]
4325             then
4326                cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
4327             else
4328                mkdir -p  ${pathout[$i]}
4329             fi
4330
4331          fi
4332
4333
4334             # KOPIEREN AUF LOKALER MASCHINE ZUM ARCHIV-SYSTEM
4335             # AUSSERDEM MUSS LEERDATEI ANGELEGT WERDEN, DAMIT BEKANNT IST,
4336             # WIE DIE HOECHSTE ZYKLUSNUMMER AUF DEM ARCHIV-SYSTEM LAUTET
4337             # FALLS IRGENDEINE (VON MEHREREN) ARCHIVIERUNGEN SCHIEF GEHT,
4338             # WIRD FLAG GESETZT UND BLEIBT AUCH BEI WEITEREN ORDNUNGS-
4339             # GEMAESSEN ARCHIVIERUNGEN GESETZT
4340          if [[ "${actionout[$i]}" = ar ]]
4341          then
4342             if [[ $files_for_pes = false ]]
4343             then
4344                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
4345                printf "\n              ${pathout[$i]}"
4346                printf "\n              File will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
4347             else
4348                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to"
4349                printf "\n              ${pathout[$i]}"
4350                printf "\n              Directory will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
4351             fi
4352             mv  ${localout[$i]}  ${frelout[$i]}
4353
4354             file_saved=false
4355
4356             if [[ $archive_system = asterix ]]
4357             then
4358                do_stageout=true
4359                (( stageout_anz = 0 ))
4360                while [[ $do_stageout = true ]]
4361                do
4362                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4363                   then
4364                      stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
4365                   else
4366                      stageout  -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
4367                   fi
4368                   cat  STAGE_OUTPUT
4369                   if [[ $(grep -c "st.msg:150"  STAGE_OUTPUT) != 0 ]]
4370                   then
4371                      file_saved=true
4372                      do_stageout=false
4373                   else
4374                      if [[ $files_for_pes = false ]]
4375                      then
4376                         printf "\n  +++ file ${frelout[$i]}  could not be saved on archive-system"
4377                      else
4378                         printf "\n  +++ directory ${frelout[$i]} could not be saved on archive-system"
4379                      fi
4380                      (( stageout_anz = stageout_anz + 1 ))
4381                      if (( stageout_anz == 10 ))
4382                      then
4383                         printf "\n  +++ stoped after 10 unsuccessful tries!"
4384                         archive_save=false
4385                         do_stageout=false
4386                      else
4387                         printf "\n  *** new try to store on archive after 15 min:"
4388                         sleep 900
4389                      fi
4390                   fi
4391                done
4392             elif [[ $archive_system = DMF ]]
4393             then
4394                if [[ $files_for_pes = false ]]
4395                then
4396                   printf "\n  +++ archiving of single files impossible on $archive_system!\n"
4397                   locat=DMF
4398                   exit
4399                else
4400                   rm -rf  $ARCHIVE/${frelout[$i]}
4401                   cp -r  ${frelout[$i]}  $ARCHIVE
4402                fi
4403                file_saved=true
4404             elif [[ $archive_system = tivoli ]]
4405             then
4406                   # ARCHIVIERUNG NUR PER BATCH-JOB MOEGLICH
4407                   # DATEI MUSS ZWISCHENZEITLICH INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4408                   # GELEGT WERDEN
4409                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4410                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4411                if [[ $files_for_pes = false ]]
4412                then
4413                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4414                else
4415                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4416                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4417                fi
4418
4419                   # BATCH JOB GENERIEREN UND ABSCHICKEN; DATEI MUSS WIEDER
4420                   # AUS TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS ENTFERNT WERDEN
4421                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
4422                if [[ $files_for_pes = false ]]
4423                then
4424                      # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4425                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4426                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4427                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
4428                else
4429                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4430                   echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4431                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
4432                fi
4433
4434                subjob  -v  -d  -q cdata  -X 0  -m 1000  -t 43200  -c $job_catalog  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
4435                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4436                file_saved=true
4437
4438             elif [[ $archive_system = ut ]]
4439             then
4440                   # ARCHIVIERUNG NUR PER BATCH-JOB MOEGLICH
4441                   # DATEI MUSS ZWISCHENZEITLICH INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4442                   # GELEGT WERDEN
4443                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4444                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4445                if [[ $files_for_pes = false ]]
4446                then
4447                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4448                else
4449                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4450                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4451                fi
4452
4453                   # BATCH JOB GENERIEREN UND ABSCHICKEN; DATEI MUSS WIEDER
4454                   # AUS TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS ENTFERNT WERDEN
4455                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
4456                if [[ $files_for_pes = false ]]
4457                then
4458                      # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4459                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4460                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4461                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
4462                else
4463                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4464                   echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4465                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
4466                fi
4467
4468                subjob  -v  -c /pf/b/$usern/job_queue  -d  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
4469                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4470                file_saved=true
4471
4472             else
4473                printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"  archiving impossible!"
4474                archive_save=false
4475             fi
4476             if [[ $file_saved = true ]]
4477             then
4478                if [[ $files_for_pes = false ]]
4479                then
4480                   cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
4481                else
4482                   mkdir -p  ${pathout[$i]}
4483                fi
4484             fi
4485          fi
4486
4487             # APPEND AUF LOKALER MASCHINE
4488          if [[ "${actionout[$i]}" = "a" ]]
4489          then
4490             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
4491             then
4492                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
4493                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4494             else
4495                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}\n"
4496                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}
4497             fi
4498          fi
4499
4500             # KOPIEREN AUF LOKALER MASCHINE
4501             # ES MUSS KOPIERT WERDEN, DA MOVE NICHT UEBER FILESYSTEM HINAUS MOEGLICH
4502          if [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = false ]]
4503          then
4504
4505                # KOPIEREN AUF EINPROZESSORMASCHINE
4506             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
4507             then
4508                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
4509                if [[ $link_local_output = true ]]
4510                then
4511                    printf "      using ln -f\n"
4512                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4513                fi
4514                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
4515                if [[ ! -f "${pathout[$i]}.${extout[$i]}" ]]
4516                then
4517                    if [[ $link_local_output = true ]]
4518                    then
4519                        printf "      ln failed, using cp...\n"
4520                    fi
4521                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4522                fi
4523             else
4524                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}\n"
4525                if [[ $link_local_output = true ]]
4526                then
4527                    printf "      using ln -f\n"
4528                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4529                fi
4530                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
4531                if [[ ! -f "${pathout[$i]}" ]]
4532                then
4533                    if [[ $link_local_output = true ]]
4534                    then
4535                        printf "      ln failed, using cp...\n"
4536                    fi
4537                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4538                fi
4539             fi
4540
4541          elif [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = true ]]
4542          then
4543
4544                # DIE DEN PROZESSOREN EINES PARALLELRECHNERS ZUGEHOERIGEN
4545                # DATEIEN WERDEN ERST IN EINEM KATALOG GESAMMELT UND DIESER
4546                # WIRD DANN KOPIERT
4547                # PER MOVE UMBENANNT WERDEN
4548             printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to  ${pathout[$i]}\n"
4549             if [[ $link_local_output = true ]]
4550             then
4551                 printf "      using ln -f\n"
4552                 mkdir  ${pathout[$i]}
4553                 cd ${localout[$i]}
4554                 for file in $(ls *)
4555                 do
4556                   ln -f $file  ${pathout[$i]}
4557                 done
4558                 cd $TEMPDIR
4559             fi
4560             # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp -r"
4561             if [[ ! -f "${pathout[$i]}/_0000" ]]
4562             then
4563                 if [[ $link_local_output = true ]]
4564                 then
4565                     printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
4566                 fi
4567                 cp -r  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4568             fi
4569
4570          fi
4571       fi
4572    done
4573    if (( i != 0 ))
4574    then
4575       if [[ $transfer_problems = true ]]
4576       then
4577          printf "\n$striche\n  *** OUTPUT-files saved"
4578          printf "\n  +++ WARNING: some data transfers failed! \n"
4579       else
4580          printf "\n$striche\n  *** all OUTPUT-files saved \n"
4581       fi
4582    fi
4583
4584
4585       # EVENTUELL FOLGEJOB STARTEN
4586       # DATEI CONTINUE_RUN MUSS VOM BENUTZERPROGRAMM AUS ERZEUGT WERDEN
4587    if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4588    then
4589
4590       if [[ $archive_save = true ]]
4591       then
4592
4593             # ZUERST IN MRUN-AUFRUF OPTIONEN FUER FORTSETZUNGSLAUF, FUER
4594             # STILLES ABARBEITEN (OHNE INTERAKTIVE RUECKFAGEN) UND FUER
4595             # BATCH-BETRIEB (NUR WICHTIG, FALLS BATCH AUF LOKALER MASCHINE
4596             # DURCHGEFUEHRT WERDEN SOLL) EINFUEGEN, FALLS NICHT BEREITS VOR-
4597             # HANDEN
4598          [[ $(echo $mc | grep -c "\-C") = 0 ]]  &&  mc="$mc -C"
4599          [[ $(echo $mc | grep -c "\-v") = 0 ]]  &&  mc="$mc -v"
4600          [[ $(echo $mc | grep -c "\-b") = 0 ]]  &&  mc="$mc -b"
4601          if [[ $(echo $mc | grep -c "#") != 0 ]]
4602          then
4603             mc=`echo $mc | sed 's/#/f/g'`
4604          fi
4605
4606
4607             # JOB STARTEN
4608          printf "\n\n  *** initiating restart-run on \"$return_addres\" using command:\n"
4609          echo "      $mc"
4610          printf "\n$striche\n"
4611          if [[ $localhost != $fromhost ]]
4612          then
4613
4614             if [[ $localhost = lcsgih  ||  $localhost = lcsgib  ||  $localhost = nech  ||  $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku  ||  $localhost = ibms  ||  $localhost = lcflow  ||  $localhost = lckyu* ]]
4615             then
4616                echo "*** ssh will be used to initiate restart-runs!"
4617                echo "    return_addres=\"$return_addres\" "
4618                echo "    return_username=\"$return_username\" "
4619                if [[ $(echo $return_addres | grep -c "130.75.105") = 1 ]]
4620                then
4621                   if [[ $localhost = ibmh ]]
4622                   then
4623                      ssh $SSH_PORTOPT $usern@136.172.40.15 "ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;. /muksoft/packages/intel/bin/compilervars.sh intel64;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4624                   else
4625                      ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;. /muksoft/packages/intel/bin/compilervars.sh intel64;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4626                   fi
4627                else
4628                   if [[ $localhost = ibmkisti ]]
4629                   then
4630                      ssh $SSH_PORTOPT $usern@gaiad "ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4631                   else
4632                      if [[ $localhost = lcflow ]]
4633                      then
4634                         /usr/bin/ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4635                      else
4636                         ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4637                      fi
4638                   fi
4639                fi
4640             else
4641                printf "\n  +++ no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
4642                locat=restart; exit
4643             fi
4644
4645                # WARTEN, DAMIT SICH RESTART JOB IN QUEUE EINREIHEN KANN, BEVOR
4646                # DER AKTUELLE JOB ENDET
4647             if [[ $queue = special1q ]]
4648             then
4649                sleep 120
4650             else
4651                sleep 30
4652             fi
4653
4654          else
4655
4656                # BEI RECHNUNGEN AUF LOKALER MASCHINE KANN MRUN DIREKT AUFGE-
4657                # RUFEN WERDEN, AUSSER AUF lcfimm
4658             cd $LOCAL_PWD
4659             if [[ $localhost = lcfimm ]]
4660             then
4661                ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc " 
4662             elif [[ $localhost = lckyuh ]]
4663             then
4664                printf "\n  +++ WARNING: no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
4665                printf "\n               please restart job manually using command:\n"
4666                printf "\n               \"$mc\" "
4667             else
4668                eval  $mc                # ' MUESSEN AUSGEWERTET WERDEN
4669             fi
4670             cd -  > /dev/null
4671          fi
4672          if [[ $localhost = lckyuh ]]
4673          then
4674             printf "\n$striche\n  *** restart-run to be initiated manually\n"
4675          else
4676             printf "\n$striche\n  *** restart-run initiated \n"
4677          fi
4678
4679
4680             # EVENTUELL INPUT-DATEIEN, DIE VON TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS
4681             # GEHOLT WORDEN SIND, LOESCHEN
4682          (( i = 0 ))
4683          while (( i < iin ))
4684          do
4685             (( i = i + 1 ))
4686             if [[ "${got_tmp[$i]}" = true   &&  $keep_data_from_previous_run = false ]]
4687             then
4688                rm -r  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
4689             fi
4690          done
4691
4692       else
4693
4694          printf "\n  +++ no restart-run possible, since errors occured"
4695          printf "\n      during the archive process"
4696       fi
4697
4698    fi
4699
4700
4701   
4702       # EVTL. EMAIL-BENACHRICHTIGUNG UEBER ABGESCHLOSSENEN LAUF
4703    if [[ "$email_notification" != "none" ]]
4704    then
4705
4706       if [[ $localhost != $fromhost ]]
4707       then
4708          if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4709          then
4710             echo "PALM restart run necessary"        >   email_text
4711             echo "description header of actual run:" >>  email_text
4712             cat  CONTINUE_RUN                        >>  email_text
4713             echo "mrun-command to restart:"          >>  email_text
4714             echo "$mc"                               >>  email_text
4715          else
4716             echo "PALM run with base filename \"$fname\" on host \"$localhost\" finished"  >  email_text
4717          fi
4718          mail  $email_notification  <  email_text
4719          printf "\n  *** email notification sent to \"$email_notification\" "
4720       fi
4721    fi
4722
4723
4724
4725       # ALLE ARBEITEN BEENDET. TEMPORAERER KATALOG KANN GELOESCHT WERDEN
4726    cd  $HOME
4727    [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
4728
4729 else
4730
4731
4732       # FALLS AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL, WERDEN JETZT ENTSPRE-
4733       # CHENDE AKTIONEN DURCHGEFUEHRT
4734
4735       # MRUN-BEFEHL FUER REMOTE-MASCHINE ZUSAMMENSTELLEN
4736    mrun_com="$mrun_script_name -a $afname -c $config_file -d $fname -h $host -H $fromhost -m $memory -t $cpumax -q $queue -R $return_addres -U $return_username -u $remote_username"
4737    [[ "$cpp_opts" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -D \"$cpp_opts\""
4738    [[ "$global_revision" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -G \"$global_revision\""
4739    [[ $group_number != none ]]   &&  mrun_com=${mrun_com}" -g $group_number"
4740    [[ $do_compile = true ]]      &&  mrun_com=${mrun_com}" -s \"$source_list\""
4741    [[ "$input_list" != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -i \"$input_list\""
4742    [[ $ignore_archive_error = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -I"
4743    [[ $keep_data_from_previous_run = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -k"
4744    [[ "$additional_conditions" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -K \"$additional_conditions\""
4745#    [[ "$makefile" != "$source_path/Makefile" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -M \"$makefile\""
4746    [[ "$output_list" != "" ]]    &&  mrun_com=${mrun_com}" -o \"$output_list\""
4747    [[ "$read_from_config" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -S"
4748    [[ $do_trace = true ]]        &&  mrun_com=${mrun_com}" -x"
4749    [[ "$numprocs" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -X $numprocs"
4750    if [[ $use_openmp = true ]]
4751    then
4752       mrun_com=${mrun_com}" -O $threads_per_task"
4753    fi
4754    [[ "$tasks_per_node" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -T $tasks_per_node"
4755    [[ $store_on_archive_system = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -A"
4756    [[ $package_list != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -p \"$package_list\""
4757    [[ $return_password != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -P $return_password"
4758    [[ $delete_temporary_catalog = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -B"
4759    [[ $node_usage != default  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla"  &&  $node_usage != novice ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -n $node_usage"
4760    [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -y"
4761    [[ $run_coupled_model = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Y \"$coupled_dist\""
4762    [[ "$check_namelist_files" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -z"
4763    [[ "$combine_plot_fields" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Z"
4764    [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -w $max_par_io_str"
4765    if [[ $do_remote = true ]]
4766    then
4767       printf "\n>>>> MRUN-command on execution host:\n>>>> $mrun_com \n"
4768    fi
4769
4770
4771       # create executable for batch job
4772    if [[ $create_executable_for_batch = true  &&  $restart_run != true ]]
4773    then
4774
4775       printf "\n  *** creating the executable for batch job\n"
4776
4777          # method only works for batch jobs on local hosts
4778       if [[ $host != $localhost ]]
4779       then
4780          printf "\n  +++ creation of executables is only allowed for batch jobs on local hosts."
4781          printf "\n      Please set create_executable_for_batch = false in the config-file.\n"
4782          locat=create_executable; exit
4783       fi
4784
4785       mkdir  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
4786       cd  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
4787
4788       cp  $make_depository  .
4789       tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
4790       cp  ../*  .   >  /dev/null  2>&1
4791
4792       make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
4793
4794       if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
4795       then
4796          printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
4797          locat=compile
4798          exit
4799       fi
4800
4801       mv  a.out  ..
4802       cd -  >  /dev/null  2>&1
4803       rm -rf  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
4804
4805       printf "  *** executable created in \"$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}\"\n "
4806
4807    fi
4808
4809
4810       # ZUSAMMENSTELLUNG DES JOBSCRIPTS AUF DATEI jobfile
4811    jobfile=jobfile.$RANDOM
4812
4813
4814       # TEMPORAERES VERZEICHNIS GENERIEREN UND NACH DORT WECHSELN
4815    echo  "mkdir  $TEMPDIR"      >>  $jobfile
4816    echo  "cd  $TEMPDIR"         >>  $jobfile
4817
4818
4819       # EVENTUELL FEHLERVERFOLGUNG AKTIVIEREN
4820    if [[ $do_trace = true ]]
4821    then
4822       echo  "set -x"                                    >>  $jobfile
4823    else
4824       echo  "set +vx"                                   >>  $jobfile
4825    fi
4826
4827
4828       # initialize the environment and load modules
4829    if [[ "$init_cmds" != "" ]]
4830    then
4831       echo  "$init_cmds"        >>  $jobfile
4832    fi
4833    if [[ "$module_calls" != "" ]]
4834    then
4835       echo  "$module_calls"     >>  $jobfile
4836    fi
4837
4838
4839       # BEREITSTELLUNG VON QUELLTEXTEN, MRUN-SCRIPTS UND KONFIGURATIONS-
4840       # DATEI FUER DEN JOB
4841    if [[ $( echo $host | cut -c1-5 ) = lcsgi  ||  $host = ibmkisti  ||  $host = lccrayf ]]
4842    then
4843
4844          # KONFIGURATIONSDATEI UND MRUN_SCRIPT IN DAS SOURCE-VERZEICHNIS
4845          # KOPIEREN
4846       if [[ $restart_run != true ]]
4847       then
4848          cp  $config_file  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4849          cp  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4850       fi
4851
4852          # SOURCE-VERZEICHNIS VOM LOKALEN RECHNER PER SCP TRANSFERIEREN
4853          # (BEI JOBS AUF LOKALEM RECHNER REICHT CP)
4854       echo  "set -x"  >>  $jobfile
4855       if [[ $host = $localhost ]]
4856       then
4857
4858             # DUE TO UNKNOWN REASONS, COPY WITH cp COMMAND CREATES CORRUPT
4859             # FILES ON CRAY XC30 SYSTEMS (CSC HELSINKI), rsync IS USED INSTEAD
4860          echo  "rsync -ae -t  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname  ."  >>  $jobfile
4861
4862       else
4863          if [[ $host != ibmkisti ]]
4864          then
4865             echo  "scp $PORTOPT -r $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname ."  >>  $jobfile
4866          else
4867                # on KISTI's IBM firewall is only opened on interactive node
4868             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
4869             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@gaiad \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
4870          fi
4871       fi
4872       echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                      >>  $jobfile
4873
4874          # QUELLTEXTE, MRUN-SCRIPT UND KONFIGURATIONSDATEI IN DAS AKTUELLE
4875          # ARBEITSVERZEICHNIS VERSCHIEBEN
4876       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$config_file  . "       >>  $jobfile
4877       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$mrun_script_name  . "  >>  $jobfile
4878       echo  "chmod u+rwx  $mrun_script_name"                    >>  $jobfile
4879       echo  "execute_mrun=true"                                 >>  $jobfile
4880       echo  " "                                                 >>  $jobfile
4881
4882    else
4883
4884          # ABSPEICHERN DER QUELLTEXTE (NUR FALLS UEBERSETZT WERDEN SOLL)
4885          # SOWIE GEGEBENENFALLS DES MAKEFILES
4886       if [[ $do_compile = true ]]
4887       then
4888
4889          source_catalog=SOURCES_FOR_RUN_$fname
4890
4891              # UNTERVERZEICHNIS FUER QUELLTEXTE UND MAKEFILE ANLEGEN
4892              # MRUN WIRD DIESES VRZEICHNIS UEBER ENVIRONMENT VARIABLE
4893              # MITGETEILT (UEBERSTEUERT ANGABE IN KONFIGURATIONSDATEI)
4894          echo  "mkdir  SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4895          echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                 >>  $jobfile
4896          echo  "cd     SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4897
4898          for  filename  in  $source_list
4899          do
4900                # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4901             echo  "cat > $filename << \"%END%\""              >>  $jobfile
4902             cat   $source_catalog/$filename                   >>  $jobfile
4903             echo  " "                                         >>  $jobfile
4904             echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4905             echo  " "                                         >>  $jobfile
4906          done
4907
4908             # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4909          echo  "cat > Makefile << \"%END%\""               >>  $jobfile
4910          cat   $source_catalog/Makefile                    >>  $jobfile
4911          echo  " "                                         >>  $jobfile
4912          echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4913          echo  " "                                         >>  $jobfile
4914
4915          echo  "cd -  > /dev/null"                         >>  $jobfile
4916
4917       fi
4918
4919
4920          # ABSPEICHERN DER KONFIGURATIONSDATEI
4921          # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4922          # Lines with #$ coming from the svn keyword substitution are
4923          # removed from the config file in order to avoid problems
4924          # with the SGE batch system
4925       echo  "cat > $config_file << \"%END%\""      >>  $jobfile
4926       if [[ $host = lckyuh ]]
4927       then
4928             # no cross compiler on compute node
4929          sed  's/frtpx/frt/g'  $config_file        >>  $jobfile
4930       else
4931          sed 's/#$.*//g'   $config_file            >>  $jobfile
4932       fi
4933       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
4934       echo  " "                                    >>  $jobfile
4935
4936
4937          # ABSPEICHERN DER AKTUELLEN MRUN-VERSION
4938          # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4939       echo  "cat > $mrun_script_name <<\"%END%\""  >>  $jobfile
4940       if [[ $host = lckyuh ]]
4941       then
4942          sed 's/\/bin\/ksh/\/bin\/bash/g' ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  >>  $jobfile
4943       else
4944          cat  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name        >>  $jobfile
4945       fi
4946       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
4947       echo  "chmod u+x $mrun_script_name"          >>  $jobfile
4948       echo  "execute_mrun=true"                    >>  $jobfile
4949       echo  " "                                    >>  $jobfile
4950
4951    fi
4952
4953
4954       # EVTL. BENOETIGTE INPUT-DATEIEN PER FTP HOLEN ODER DEM JOB DIREKT
4955       # MITGEBEN UND AUF DEM REMOTE-RECHNER IM BENUTZERVERZEICHNIS ABLEGEN
4956       # FALLS DIESES NICHT EXISTIERT, WIRD VERSUCHT, DAS JEWEILS LETZTE
4957       # UNTERVERZEICHNIS DES PFADNAMENS ANZULEGEN
4958    if [[ $do_remote = true ]]
4959    then
4960       (( i = 0 ))
4961       while (( i < iin ))
4962       do
4963          (( i = i + 1 ))
4964          echo  "[[ ! -d ${pathin[$i]} ]]  &&  mkdir -p  ${pathin[$i]}"  >>  $jobfile
4965          if [[ "${transin[$i]}" = job ]]
4966          then
4967             echo  "cat > ${remotepathin[$i]} <<\"%END%\""    >>  $jobfile
4968             eval cat   ${pathin[$i]}/${frelin[$i]}           >>  $jobfile
4969             echo  " "                                        >>  $jobfile
4970             echo  "%END%"                                    >>  $jobfile
4971          else
4972             echo  "batch_scp $PORTOPT -b -o -g -s -u $return_username $return_addres ${remotepathin[$i]} \"${pathin[$i]}\" ${frelin[$i]}" >>  $jobfile
4973          fi
4974
4975             # UEBERPRUEFEN, OB DATEI ANGELEGT WERDEN KONNTE
4976          echo  "if [[ \$? = 1 ]]"                    >>  $jobfile
4977          echo  "then"                                >>  $jobfile
4978          echo  "   echo \" \" "                      >>  $jobfile
4979          echo  "   echo \"+++ file ${remotepathin[$i]} could not be created\" "   >>  $jobfile
4980          echo  "   echo \"    please check, if directory exists on $host!\" "  >>  $jobfile
4981          echo  "   echo \"+++ MRUN will not be continued\" "  >>  $jobfile
4982          echo  "   execute_mrun=false"               >>  $jobfile
4983          echo  "fi"                                  >>  $jobfile
4984       done
4985    fi
4986
4987       # ARBEITSKATALOG AUF DER LOKALEN MASCHINE FUER EVENTUELLE
4988       # FORTSETZUNGSLAUEFE PER ENV-VARIABLE UEBERGEBEN
4989    echo  "LOCAL_PWD=$working_directory"                >>  $jobfile
4990    echo  "export LOCAL_PWD"                            >>  $jobfile
4991
4992       # EBENSO LOKALEN MRUN-KATALOG UEBERGEBEN
4993    echo  "LOCAL_MRUN_PATH=$PALM_BIN"                   >>  $jobfile
4994    echo  "export LOCAL_MRUN_PATH"                      >>  $jobfile
4995
4996       # WORKAROUND FUER RIAM-NEC-JOBS WEGEN PROFILE-SCHWIERIGKEITEN
4997    if [[ $localhost_realname = "gate"  ||  $localhost = lctit ]]
4998    then
4999       echo  "export PALM_BIN=$PALM_BIN"                >>  $jobfile
5000    elif [[ $host = lcflow  ||  $localhost = lcflow ]]
5001    then
5002       echo  "export PALM_BIN=$PALM_BIN" | sed -e 's:'$HOME':$HOME:'   >>  $jobfile
5003       echo  "export PATH=\$PATH:\$PALM_BIN"              >>  $jobfile
5004    fi
5005
5006       # MRUN AUF ZIELRECHNER AUFRUFEN (queue is workaround for ibmkisti)
5007    echo  "set -x"                                        >>  $jobfile
5008    echo  "queue=$queue"                                  >>  $jobfile
5009    echo  "[[ \$execute_mrun = true ]]  &&  ./$mrun_com"  >>  $jobfile
5010    echo  'ls -al; echo `pwd`'                            >>  $jobfile
5011    echo  "cd \$HOME"                                     >>  $jobfile
5012    echo  "rm -rf  $TEMPDIR"                              >>  $jobfile
5013
5014
5015
5016
5017       # JOB PER SUBJOB STARTEN
5018    if [[ $silent = false ]]
5019    then
5020       printf "\n     "
5021    else
5022       printf "\n\n"
5023    fi
5024
5025    subjob  $job_on_file  -h $host  -u $remote_username -g $group_number -q $queue  -m $memory  -N $node_usage -t $cpumax  $XOPT  $TOPT  $OOPT  -n $fname  -v  -c $job_catalog  -e $email_notification  $PORTOPT  $jobfile
5026    rm -rf  $jobfile
5027
5028
5029 fi  # ENDE REMOTE-TEIL
5030
5031
5032
5033     # ENDE DER PROZEDUR
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.