source: palm/trunk/SCRIPTS/mrun @ 1210

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fftw support added; object file list in Makefile replaced by a short one line statement

  • Property svn:keywords set to Id Rev
File size: 184.1 KB
Line 
1#!/bin/ksh
2
3# mrun - script for running PALM jobs
4
5#--------------------------------------------------------------------------------#
6# This file is part of PALM.
7#
8# PALM is free software: you can redistribute it and/or modify it under the terms
9# of the GNU General Public License as published by the Free Software Foundation,
10# either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
11#
12# PALM is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
13# WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR
14# A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
15#
16# You should have received a copy of the GNU General Public License along with
17# PALM. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
18#
19# Copyright 1997-2012  Leibniz University Hannover
20#--------------------------------------------------------------------------------#
21#
22# Current revisions:
23# ------------------
24# fftw support added
25#
26# Former revisions:
27# -----------------
28# $Id: mrun 1210 2013-08-14 10:58:20Z raasch $
29#
30# 1201 2013-07-10 16:17:59Z witha
31# adjustments for Forwind cluster (lcflow)
32#
33# 1199 2013-07-05 14:52:22Z raasch
34# adjustments for CSC Helsinki (lccrayf),
35# executables for batch jobs can be created in advance, in order to avoid calling
36# the compiler within the batch job (only works if batch jobs are submitted on
37# local host)
38#
39# 1190 2013-06-25 09:39:21Z heinze
40# enable use of automatic restarts for ibmh
41# use of cluster/express queue enabled (ibmh)
42#
43# 1124 2013-04-09 15:46:52Z raasch
44# variable "memory" is exported via typeset option -x, because otherwise an unknown
45# side effect may lead to data loss while getopts is reading the script-option arguments
46#
47# 1122 2013-04-09 08:37:16Z heinze
48# Bugfix: change type of variable last_char
49#
50# 1119 2013-04-05 15:11:19Z raasch
51# Bugfix for setting -T option for subjob
52#
53# 1108 2013-03-05 07:03:32Z raasch
54# bugfix for coupled runs on lckyut/lckyuh
55#
56# 1106 2013-03-04 05:31:38Z raasch
57# --stdin argument for mpiexec on lckyuh
58# -y and -Y settings output to header
59#
60# 1103 2013-02-20 02:15:53Z raasch
61# default script runs again under ksh, because of unsolved problems with read
62# from stdin: when bash script is called from a ksh, message "read error: 0:
63# Resource temporarily unavailable" appears and script does not stop,
64# further bash compatibility adjustments,
65# shebang line replaced by /bin/bash when running jobs on lckyuh; no restarts
66# on lckyuh, but mrun does not terminate and issues a warning instead
67#
68# 1101 2013-02-17 10:20:21Z raasch
69# script now running under bash instead of ksh, which required small adjustments
70# (output formatting with printf instead "typeset -L/-R", print replaced by echo,
71# read from stdin),
72# cross compilername on lckyuh compute nodes replaced by real compiler name
73#
74# 1099 2013-02-10 01:47:43Z raasch
75# adjustments for Kyushu-University computing center (lckyuh - hayaka)
76# and for Forwind cluster (lcflow)
77# small further adjustments for lckyut
78#
79# 1094 2013-02-03 01:52:12Z raasch
80# explicit ssh/scp port can be set in config file with environment variable
81# scp_port.  This port is handled to all ssh/scp/batch_scp calls.
82# decalpha parts (yonsei) removed
83#
84# 2013-02-02 07:06:13Z raasch
85# adjustments for Kyushu-University computing center (lckyut - tatara)
86#
87# 1083 2013-01-04 10:22:09Z maronga
88# bugfix in parameter file check (read %cpp_options was missing)
89#
90# 1069 2012-11-28 16:18:43Z maronga
91# bugfix: coupling mode was always set to mpi2, typos removed
92#
93# 1058 2012-11-21 07:00:35Z raasch
94# Intel inspector (inspxe) is given the number of PEs instead of the number of
95# nodes
96#
97# 1046 2012-11-09 14:38:45Z maronga
98# code put under GPL (PALM 3.9)
99#
100# 21/03/94 - Siggi - first version finished
101# 03/03/94 - Siggi - script development started
102#
103#--------------------------------------------------------------------------------#
104# mrun - script for running PALM jobs
105#--------------------------------------------------------------------------------#
106
107
108 
109    # VARIABLENVEREINBARUNGEN + DEFAULTWERTE
110
111 set +o allexport    # SICHERHEITSHALBER UNTERBINDEN, DA SONST EVTL. STAGEOUT
112                     # NICHT LAUEFT (TOO MANY ARGUMENTS - PROBLEM)
113 set +o noclobber    # EXISTIERENDE DATEIEN DUERFEN UEBERSCHRIEBEN WERDEN
114
115 AddFilenames=""
116 additional_conditions=""
117 add_source_path=""
118 afname=""
119 archive_save=true
120 archive_system=none
121 check_namelist_files=true
122 combine_plot_fields=true
123 compiler_name=""
124 cond1=""
125 cond2="" 
126 config_file=.mrun.config
127 coupled_dist=""
128 coupled_mode="mpi1"
129 cpp_opts=""
130 cpp_options=""
131 cpumax=0
132 cpurest=0
133 create_executable_for_batch=false
134 delete_temporary_catalog=true
135 do_batch=false
136 do_compile=true
137 do_remote=false
138 do_stagein=true
139 do_stageout=true
140 do_trace=false
141 email_notification="none"
142 exclude=""
143 executable=""
144 execution_error=false
145 fftw_inc=""
146 fftw_lib=""
147 fftw_support=false
148 fimm=false
149 fname=test
150 fromhost=""
151 global_revision=""
152 group_number=none
153 host=""
154 host_file=""
155 hp=""
156 ignore_archive_error=false
157 input_list=""
158 interpreted_config_file=""
159 job_catalog="~/job_queue"
160 job_on_file=""
161 keep_data_from_previous_run=false
162 link_local_input=false
163 link_local_output=false
164 localhost_realname=$(hostname)
165 local_compile=false
166 local_dvrserver_running=.FALSE.
167 locat=normal
168 mainprog=""
169 makefile=""
170 max_par_io_str=""
171 mc=$0
172 while [[ $(echo $mc | grep -c "/") != 0 ]]
173 do
174    mc=`echo $mc | cut -f2- -d"/"`
175 done
176 module_calls=""
177 mrun_script_name=$mc
178 netcdf_inc=""
179 netcdf_lib=""
180 netcdf_support=false
181 node_usage=default
182 numprocs=""
183 numprocs_atmos=0
184 numprocs_ocean=0
185 OOPT=""
186 openmp=false
187 output_list=""
188 package_list=""
189 punkte="..........................................................."
190 queue=none
191 read_from_config=""
192 restart_run=false
193 if [[ `hostname` = rte10 ]]
194 then
195    return_addres=133.5.185.60
196    echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
197 elif [[ `hostname` = climate0 ]]
198 then
199    return_addres=165.132.26.68
200    echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
201 elif [[ `hostname` = urban00 ]]
202 then
203    return_addres=147.46.30.151
204    echo "+++ WARNING: fixed return_addres = $return_addres is used !!!!!"
205 else
206    return_addres=$(nslookup `hostname` 2>&1 | grep "Address:" | tail -1 | awk '{print $2}')
207 fi
208 return_password=""
209 return_username=$LOGNAME
210 remotecall=false
211 remote_username=""
212 run_coupled_model=false
213 run_mode=""
214 scirocco=false
215 store_on_archive_system=false
216 striche="  ----------------------------------------------------------------------------"
217 silent=false
218 source_list=""
219 source_path=SOURCE
220 tasks_per_node=""
221 threads_per_task=1
222 tmpcreate=false
223 tmp_data_catalog=""
224 transfer_problems=false
225 usern=$LOGNAME
226 use_openmp=false
227 version="MRUN  2.0 Rev$Rev: 1210 $"
228 working_directory=`pwd`
229 TOPT=""
230 XOPT=""
231 zeit=$( date | cut -c 12-19 )
232
233 typeset -i  iec=0 iic=0 iin=0 ioc=0 iout=0 stagein_anz=0 stageout_anz=0
234 typeset -x -i  memory=0   # has to be exported here, otherwise an unknown side
235                           # effect may cause data loss when getopts is reading the
236                           # script-option arguments
237 typeset -i  cputime i ii iia iii iio icycle inode ival jobges jobsek last_char_int maxcycle minuten nodes pes sekunden tp1
238
239
240
241
242    # EINZELNE VARIABLE FUER HAUPTPROGRAMM EXPORTIEREN
243 export  cpurest fname host localhost return_addres return_username remotecall tasks_per_node
244
245    # FOLGENDE VARIABLEN MUESSEN FUER DIE INTERPRETATION DER KONFIGURATIONSDATEI
246    # EXPORTIERT WERDEN
247 export  afname config_file cpp_opts cpumax do_batch do_trace fname fromhost
248 export  group_number input_list numprocs output_list queue run_mode
249
250
251 
252    # FEHLERBEHANDLUNG
253    # BEI EXIT:
254 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
255       if [[ $locat != localhost ]]
256       then
257#          if [[ ! -f ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik ]]
258#          then
259#             cat  >  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik  <<  %STATEND%
260#MRUN-calls on $localhost
261#
262#date and time                      user        localhost   remotehost  termination mrun-command
263#--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
264#%STATEND%
265#             chmod  666  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
266#          fi
267#
268#             # EINTRAG IN DIE STATISTIK-DATEI
269#          string1=`date`                  #-L35
270#          string2=$usern                  #-L12
271#          string3=$localhost_realname     #-L12
272#          string4=$host                   #-L12
273#          string5=$locat                  #-L12
274#          if [[ "$job_on_file" = ""  &&  $locat != control_c  &&  $locat != user_abort ]]
275#          then
276#             if [[ $do_batch = true ]]
277#             then
278#                printf "$string1$string2$string3$string4$string5$mrun_com \n"  >>  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
279#             else
280#                printf "$string1$string2$string3$string4$string5$mc \n"  >>  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
281#             fi
282#          fi
283          echo " " > /dev/null
284       fi
285
286       if [[ $locat != normal  &&  $locat != control_c  &&  $locat != local_compile ]]
287       then
288
289              # EVENTUELLE ERROR-KOMMANDOS ABARBEITEN
290          (( i = 0 ))
291          while (( i < iec ))
292          do
293             (( i = i + 1 ))
294             printf "\n  *** Execution of ERROR-command:\n"
295             printf "  >>> ${err_command[$i]}\n"
296             eval  ${err_command[$i]}
297          done
298          if [[ -n $interpreted_config_file ]]
299          then
300             rm -rf  $interpreted_config_file
301          fi
302          if [[ -n .mrun_environment ]]
303          then
304             rm -rf  .mrun_environment
305          fi
306          if [[ $tmpcreate = true ]]
307          then
308             printf "\n  *** Contents of \"$TEMPDIR\":\n"
309             ls -al; cd
310             [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
311          fi
312          if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
313          then
314             echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
315             kill $dvrserver_id
316          fi
317          if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
318          then
319             rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
320          fi
321          printf "\n\n+++ MRUN killed \n\n"
322       elif [[ $locat != control_c ]]
323       then
324          printf "\n\n --> all actions finished\n\n"
325          printf "     Bye, bye $usern !!\n\n"
326       fi' exit
327
328
329    # BEI TERMINAL-BREAK:
330 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
331       rm -rf  $working_directory/tmp_check_namelist_files
332       [[ $tmpcreate = true ]]  &&  (cd; rm -rf $TEMPDIR)
333       if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
334       then
335          rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
336       fi
337       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
338       then
339          echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
340          kill $dvrserver_id
341       fi
342       printf "\n+++ MRUN killed by \"^C\" \n\n"
343       locat=control_c
344       exit
345      ' 2
346
347
348    # CHECK IF THE PATH FOR THE PALM BINARIES (SCRIPTS+UTILITY-PROGRAMS) HAS
349    # BEEN SET
350 if [[ "$PALM_BIN" = "" ]]
351 then
352    printf "\n  +++ environment variable PALM_BIN has not been set"
353    printf "\n      please set it to the directory where the PALM scripts are located"
354    locat=palm_bin; exit
355 fi
356 export PATH=$PALM_BIN:$PATH
357
358
359
360    # SHELLSCRIPT-OPTIONEN EINLESEN UND KOMMANDO NEU ZUSAMMENSETZEN, FALLS ES
361    # FUER FOLGEJOBS BENOETIGT WIRD
362 while  getopts  :a:AbBc:Cd:D:Fg:G:h:H:i:IkK:m:M:n:o:O:p:P:q:r:R:s:St:T:u:U:vw:xX:yY:zZ option
363 do
364   case  $option  in
365       (a)   afname=$OPTARG;;
366       (A)   store_on_archive_system=true; mc="$mc -A";;
367       (b)   do_batch=true; mc="$mc -b";;
368       (B)   delete_temporary_catalog=false; mc="$mc -B";;
369       (c)   config_file=$OPTARG; mc="$mc -c$OPTARG";;
370       (C)   restart_run=true; mc="$mc -C";;
371       (d)   fname=$OPTARG; mc="$mc -d$OPTARG";;
372       (D)   cpp_opts="$cpp_opts $OPTARG"; mc="$mc -D'$OPTARG'";;
373       (F)   job_on_file="-D"; mc="$mc -F";;
374       (g)   group_number=$OPTARG; mc="$mc -g$OPTARG";;
375       (G)   global_revision=$OPTARG; mc="$mc -G'$OPTARG'";;
376       (h)   host=$OPTARG; mc="$mc -h$OPTARG";;
377       (H)   fromhost=$OPTARG; mc="$mc -H$OPTARG";;
378       (i)   input_list=$OPTARG; mc="$mc -i'$OPTARG'";;
379       (I)   ignore_archive_error=true; mc="$mc -I";;
380       (k)   keep_data_from_previous_run=true; mc="$mc -k";;
381       (K)   additional_conditions="$OPTARG"; mc="$mc -K'$OPTARG'";;
382       (m)   memory=$OPTARG; mc="$mc -m$OPTARG";;
383       (M)   makefile=$OPTARG; mc="$mc -M$OPTARG";;
384       (n)   node_usage=$OPTARG; mc="$mc -n$OPTARG";;
385       (o)   output_list=$OPTARG; mc="$mc -o'$OPTARG'";;
386       (O)   use_openmp=true; threads_per_task=$OPTARG; mc="$mc -O$OPTARG";;
387       (p)   package_list=$OPTARG; mc="$mc -p'$OPTARG'";;
388       (P)   return_password=$OPTARG; mc="$mc -P$OPTARG";;
389       (q)   queue=$OPTARG; mc="$mc -q$OPTARG";;
390       (r)   run_mode=$OPTARG; mc="$mc -r'$OPTARG'";;
391       (R)   remotecall=true;return_addres=$OPTARG; mc="$mc -R$OPTARG";;
392       (s)   source_list=$OPTARG; mc="$mc -s'$OPTARG'";;
393       (S)   read_from_config=false; mc="$mc -S";;
394       (t)   cpumax=$OPTARG; mc="$mc -t$OPTARG";;
395       (T)   mrun_tasks_per_node=$OPTARG; mc="$mc -T$OPTARG";;
396       (u)   remote_username=$OPTARG; mc="$mc -u$OPTARG";;
397       (U)   return_username=$OPTARG; mc="$mc -U$OPTARG";;
398       (v)   silent=true; mc="$mc -v";;
399       (w)   max_par_io_str=$OPTARG; mc="$mc -w$OPTARG";;
400       (x)   do_trace=true;set -x; mc="$mc -x";;
401       (X)   numprocs=$OPTARG; mc="$mc -X$OPTARG";;
402       (y)   ocean_file_appendix=true; mc="$mc -y";;
403       (Y)   run_coupled_model=true; coupled_dist=$OPTARG; mc="$mc -Y'$OPTARG'";;
404       (z)   check_namelist_files=false; mc="$mc -z";;
405       (Z)   combine_plot_fields=false; mc="$mc -Z";;
406       (\?)  printf "\n  +++ unknown option $OPTARG \n"
407             printf "\n  --> type \"$0 ?\" for available options \n"
408             locat=parameter;exit;;
409   esac
410 done
411
412
413    # EVTL. POSITIONSPARAMETER EINLESEN
414    # ZUR ZEIT GIBT ES NUR DEN PARAMETER ? (=KURZINFO)
415 (( to_shift = $OPTIND - 1 ))
416 shift $to_shift
417
418    # KURZE AUFRUFBESCHREIBUNG WIRD HIER AUSGEGEBEN
419 if [[ "$1" = "?" ]]
420 then
421   (printf "\n  *** mrun can be called as follows:\n"
422    printf "\n      $mrun_script_name  -b -c.. -d.. -D.. -f.. -F -h.. -i.. -I -K.. -m.. -o.. -p.. -r.. -R -s.. -t.. -T.. -v -x -X.. -y -Y.. -z -Z <modus> \n"
423    printf "\n      Description of available options:\n"
424    printf "\n      Option  Description                              Default-Value"
425    printf "\n        -a    base name of input files                 equiv. -d"
426    printf "\n        -A    archiving when using file-attribute fl"
427    printf "\n        -b    batch-job on local machine               ---"
428    printf "\n        -B    do not delete temporary directory at end ---"
429    printf "\n        -c    configuration file                       .mrun.config"
430    printf "\n        -d    base name of files attached to program   test"
431    printf "\n        -D    preprocessor(cpp)-directives             \"\" "
432    printf "\n        -F    create remote job file only              ---"
433    printf "\n        -h    execution host                           $localhost_realname"
434    printf "\n        -i    INPUT control list                       \"\" "
435    printf "\n        -I    archiving errors of previous batch-jobs"
436    printf "\n              will be ignored"
437    printf "\n        -k    keep data from previous run"
438    printf "\n        -K    additional conditions for controling"
439    printf "\n              usage of conditional code and"
440    printf "\n              env-variables in configuration file      \"\" "
441    printf "\n        -m    memory demand in MB (batch-jobs)         0 MB"
442    printf "\n        -M    Makefile name                            Makefile"
443    printf "\n        -n    node usage (shared/not_shared)           depending on -h"
444    printf "\n        -o    OUTPUT control list                      \"\" "
445    printf "\n        -O    use OpenMP                               ---"
446    printf "\n        -p    software package list                    \"\" "
447    printf "\n        -q    queue                                    \"$queue\" "
448    printf "\n        -r    run control list (combines -i -o)        \"\" "
449    printf "\n        -s    filenames of routines to be compiled     \"\" "
450    printf "\n              must end with .f, .f90, .F, or .c !"
451    printf "\n              use \"..\" for more than one file and wildcards"
452    printf "\n              -s LM compiles all locally modified files"
453    printf "\n        -S    config file interpreted by shellscript   ---"
454    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds (batch)      0"
455    printf "\n        -T    tasks per node                           depending on -h"
456    printf "\n        -u    username on remote machine               \"\" "
457    printf "\n        -v    no prompt for confirmation               ---"
458    printf "\n        -w    maximum parallel io streams              as given by -X"
459    printf "\n        -x    tracing of mrun for debug purposes       ---"
460    printf "\n        -X    # of processors (on parallel machines)   1"
461    printf "\n        -y    add appendix \"_O\" to all local output"
462    printf "\n              files (ocean precursor runs followed by"
463    printf "\n              coupled atmosphere-ocean runs)           ---"
464    printf "\n        -Y    run coupled model, \"#1 #2\" with" 
465    printf "\n              #1 atmosphere and #2 ocean processors    \"#/2 #/2\" depending on -X"
466    printf "\n        -z    disable a priori parameter file check    ---"
467    printf "\n        -Z    skip combine_plot_fields at the end of      "
468    printf "\n              the simulation                           ---"
469    printf "\n "
470    printf "\n      Possible values of positional parameter <modus>:"
471    printf "\n        \"?\"       -  this outline \n\n") | more
472    exit
473 elif [[ "$1" != "" ]]
474 then
475    printf "\n  +++ positional parameter $1 unknown \n"
476    locat=parameter; exit
477 fi
478
479
480
481    # KURZE STARTMELDUNG
482 printf "\n*** $version "
483 printf "\n    will be executed.     Please wait ..."
484
485
486
487    # PRUEFEN, OB KONFIGURATIONS-DATEI VORHANDEN
488 if [[ ! -f $config_file ]]
489 then
490    printf "\n\n  +++ configuration file: "
491    printf "\n           $config_file"
492    printf "\n      does not exist"
493    locat=connect; exit 
494 fi
495
496
497    # HOST-IDENTIFIER (local_host) AUS KONFIGURATIONSDATEI BESTIMMEN
498 line=""
499 grep  "%host_identifier"  $config_file  >  tmp_mrun
500 while read line
501 do
502    if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
503    then
504       HOSTNAME=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
505       host_identifier=`echo $line | cut -d" " -s -f3`
506       if [[ $localhost_realname = $HOSTNAME ]]
507       then
508          localhost=$host_identifier
509          break
510       fi
511    fi
512 done < tmp_mrun
513
514 if [[ "$localhost" = "" ]]
515 then
516    printf "\n\n  +++ no host identifier found in configuration file \"$config_file\""
517    printf "\n      for local host \"$localhost_realname\"."
518    printf "\n      Please add line"
519    printf "\n      \"\%host_identifier $localhost_realname <identifier>\""
520    printf "\n      to the configuration file."
521    locat=localhost; exit
522 fi
523
524
525    # HOSTSPEZIFISCHE VARIABLEN SETZEN
526 case  $localhost_realname  in
527     (r1*|r2*|h01*|b01*)     archive_system=tivoli;;
528     (cs*)                   archive_system=ut;;
529     (fimm.bccs.uib.no)      fimm=true;;
530     (gate|n-sx)             PATH=$PALM_BIN:$PATH:/usr/bin/nqsII;;
531     (scirocco)              scirocco=true;;
532 esac
533
534
535 
536    # BASISNAME DER INPUT-DATEIEN GLEICH ALLGEMEINEM BASISNAMEN SETZEN,
537    # WENN NICHT VOM BENUTZER ANDERS BESTIMMT
538 [[ "$afname" = "" ]]  &&  afname=$fname
539
540
541    # EVTL. RUN-MODUS DEN I/O-LISTEN HINZUFUEGEN
542 if [[ "$run_mode" != "" ]]
543 then
544    input_list="$input_list $run_mode"
545    output_list="$output_list $run_mode"
546 fi
547
548
549    # RECHNERNAMEN ABSPEICHERN, VON DEM AUS JOB GESTARTET WIRD,
550    # ALLERDINGS NUR DANN, WENN NICHT PER OPTION -H BEREITS EIN WERT
551    # ZUGEWIESEN WURDE (MRUN MACHT DIES IMMER, WENN ES SELBST BATCH-JOBS
552    # STARTET)
553 if [[ "$fromhost" = "" ]]
554 then
555    fromhost=$localhost
556 fi
557
558
559    # PRUEFEN, OB AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL
560    # WERT VON do_remote WIRD FUER DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT.
561    # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
562    # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
563 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
564 then
565    do_batch=true
566    do_remote=true
567    case  $host  in
568        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|ibmy|nech|necriam|lccrayf|lcflow|lckyoto|lcsgib|lcsgih|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb)  true;;
569        (*)  printf "\n"
570             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
571             printf "\n      is not available"
572             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
573    esac
574 else
575    host=$localhost
576 fi
577
578
579     # ZUSATZBEDINGUNGEN (OPTION -K) AUSWERTEN
580 if [[ -n $additional_conditions ]]
581 then
582#    echo $additional_conditions | cut -d" " -f1-3 | read  cond1  cond2  dummy
583    cond1=`echo $additional_conditions | cut -d" " -f1`
584    cond2=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f2`
585    dummy=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f3`
586    if [[ -n $dummy ]]
587    then
588       printf "\n  +++ more than 2 additional conditions given for Option \"-K\""
589       locat=options; exit
590    fi
591    block=_$cond1
592    [[ -n $cond2 ]]  &&  block=${block}_$cond2
593 fi
594
595
596      # KOPPLUNGSEIGENSCHAFTEN (-Y) AUSWERTEN UND coupled_mode BESTIMMEN
597 if [[ $run_coupled_model = true ]] 
598 then
599
600    if  [[ -n $coupled_dist ]]
601    then
602
603       numprocs_atmos=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f1`
604       numprocs_ocean=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f2`
605
606       if (( $numprocs_ocean + $numprocs_atmos != $numprocs ))
607       then
608
609          printf "\n  +++ number of processors does not fit to specification by \"-Y\"."
610          printf "\n      PEs (total)     : $numprocs"
611          printf "\n      PEs (atmosphere): $numprocs_atmos"
612          printf "\n      PEs (ocean)     : $numprocs_ocean"
613          locat=coupling; exit
614
615       fi
616
617    else
618
619       (( numprocs_ocean = $numprocs / 2 ))
620       (( numprocs_atmos = $numprocs / 2 ))
621
622    fi
623    coupled_dist=`echo "$numprocs_atmos $numprocs_ocean"`
624
625       # GET coupled_mode FROM THE CONFIG FILE
626    line=""
627    grep  "%cpp_options.*-D__mpi2.*$host" $config_file  >  tmp_mrun
628    while read line
629    do
630       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" &&  $(echo $line | cut -d" " -s -f4) = $cond1 && $(echo $line | cut -d" " -s -f4)  = $cond2 ]]
631       then
632          coupled_mode="mpi2"
633       fi
634    done < tmp_mrun
635
636 fi
637
638
639    # PRUEFEN, OB EVTL. BEI VORHERGEHENDEM LAUF (KETTENJOB) EINE
640    # ARCHIVIERUNG FEHLGESCHLAGEN IST
641 if [[ -f ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname ]]
642 then
643    if [[ $ignore_archive_error = false ]]
644    then
645       printf "\n  +++ data archiving of previous run failed"
646       printf "\n      see directory \~/job_queue on remote machine"
647       locat=archive; exit
648    else
649       printf "\n  +++ warning: data archiving in a previous run failed"
650       printf "\n      MRUN continues, trying to get backup copy"
651    fi
652 fi
653
654
655    # WERTE VON MRUN-OPTIONEN SICHERN UND DAMIT GEGEBENENFALLS SPAETER DIE
656    # IN DER KONFIGURAIONSDATEI ANGEGEBENEN WERTE UEBERSTEUERN
657 mrun_memory=$memory
658 mrun_group_number=$group_number
659 mrun_cpumax=$cpumax
660 mrun_numprocs=$numprocs
661
662
663    # LESEN UND INTERPRETIEREN DER KONFIGURATIONS-DATEI VOM SHELLSCRIPT AUS
664    # VORUEBERGEHEND ZWINGEND AUF LINUX-RECHNERN
665 if [[ "$read_from_config" = false ]]
666 then
667
668    [[ $silent = false ]]  &&  printf "\n    Reading the configuration file... "
669    while  read zeile
670    do
671        [[ $silent = false ]]  &&  printf "."
672
673
674          # ZUERST EVENTUELL VORKOMMENDE ENVIRONMENT-VARIABLEN DURCH IHRE WERTE
675          # ERSETZEN
676       eval  zeile=\"$zeile\"
677
678
679          # INTERPRETATION DER ZEILE
680       if [[ "$(echo $zeile)" = "" ]]
681       then
682             # LEERZEILE, KEINE AKTION
683          continue
684
685       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "#" ]]
686       then
687
688             # ZEILE IST KOMMENTARZEILE
689          true
690
691       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "%" ]]
692       then
693
694             # ZEILE DEFINIERT ENVIRONMENT-VARIABLE
695          zeile=$(echo $zeile | cut -c2-)
696#          echo $zeile | cut -d" " -f1-5 | read  var  value  for_host  for_cond1  for_cond2
697          var=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
698          value=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
699          for_host=`echo $zeile | cut -d" " -s -f3`
700          for_cond1=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
701          for_cond2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
702
703          if [[ "$for_host" = ""  ||  ( "$for_host" = $host  &&  "$for_cond1" = "$cond1"  &&  "$for_cond2" = "$cond2" )  ||  $(echo "$input_list$output_list"|grep -c "$for_host") != 0 ]]
704          then
705
706                # BEI COMPILER- CPP- ODER LINKEROPTIONEN EVTL ":" DURCH " "
707                # ERSETZEN. "::" WIRD DURCH ":" ERSETZT.
708             value=`echo $value | sed 's/::/%DUM%/g' | sed 's/:/ /g' | sed 's/%DUM%/:/g'`
709
710
711                # ENVIRONMENT-VARIABLE WIRD WERT AUS KONFIGURATIONSDATEI
712                # ZUGEWIESEN, WENN SIE SELBST NOCH KEINEN WERT UEBER DIE
713                # ENTSPRECHENDE SCRIPT-OPTION ERHALTEN HAT. SOLCHE
714                # VARIABLEN HAETTEN DANN DEN WERT "" ODER IM INTEGER-FALL DEN
715                # WERT 0.  ALLGEMEINE REGEL ALSO: SCRIPT-OPTION GEHT UEBER
716                # KONFIGURATIONSDATEI
717             if [[ "$(eval echo \$$var)" = ""  ||  "$(eval echo \$$var)" = "0" ]]
718             then
719                eval  $var=\$value
720
721                   # EVTL. BILDSCHIRMAUSGABEN DER ENVIRONMENT-VARIABLEN
722                if [[ $do_trace = true ]]
723                then
724                   printf "\n*** ENVIRONMENT-VARIABLE $var = $value"
725                fi
726             fi
727
728                # WENN ENVIRONMENT-VARIABLE HOST VEREINBART, DANN SOFORT AUSWERTEN
729                # WERT VON do-remote WIRD BEI DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT
730                # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
731                # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
732             if [[ $var = host ]]
733             then
734                if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
735                then
736                   do_batch=true
737                   do_remote=true
738                   case  $host  in
739                       (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|ibmy|lccrayf|lcflow|lckyoto|lcsgib|lcsgih|nech|necriam|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb)  true;;
740                       (*)  printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
741                            printf "\n      is not available"
742                            locat=nqs; exit;;
743                   esac
744                else
745                   host=$localhost
746                fi
747             fi
748
749                # VOM BENUTZER DEFINIERTE ENVIRONMENT VARIABLEN MUESSEN PRINZIPIELL
750                # EXPORTIERT WERDEN, DA SIE VIELLEICHT IN WEITER UNTEN AUFZURUFEN-
751                # DEN PROGRAMMEN BENOETIGT WERDEN
752             export  $var
753          fi
754
755
756
757
758       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "EC:" ]]
759       then
760
761             # ZEILE DEFINIERT ERROR-KOMMANDO
762          (( iec = iec + 1 ))
763          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
764          err_command[$iec]="$zeile"
765
766       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "IC:" ]]
767       then
768
769             # ZEILE DEFINIERT INPUT-KOMMANDO
770          (( iic = iic + 1 ))
771          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
772          in_command[$iic]="$zeile"
773
774       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "OC:" ]]
775       then
776
777             # ZEILE DEFINIERT OUTPUT-KOMMANDO
778          (( ioc = ioc + 1 ))
779          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
780          out_command[$ioc]="$zeile"
781
782       else
783
784             # ZEILE DEFINIERT DATEIVERBINDUNG. EINLESEN DER DATEIEIGENSCHAFTEN
785             # s2a: in/out - Feld
786             # s2b: loc    - Feld (optional)
787             # s2c: tr/ar  - Feld (optional)
788#          echo $zeile | cut -d" " -f1-2 | read  s1  s2
789          s1=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
790          s2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
791          s2a=$(echo $s2 | cut -d":" -f1)
792          if [[ $(echo $s2 | grep -c ":") = 0 ]]
793          then
794             s2b=""
795             s2c=""
796          else
797#             echo $s2 | cut -d":" -f2-3 | sed 's/:/ /g' | read  s2b  s2c
798             s2b=`echo $s2 | cut -d":" -f2 | sed 's/:/ /g'`
799             s2c=`echo $s2 | cut -d":" -s -f3 | sed 's/:/ /g'`
800          fi
801#          echo $zeile | cut -d" " -f3-6 | read  s3  s4  s5  s6
802          s3=`echo $zeile | cut -d" " -f3`
803          s4=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
804          s5=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
805          s6=`echo $zeile | cut -d" " -s -f6`
806
807       
808             # ABSPEICHERN DER DATEIVERBINDUNG, FALLS IN INPUT- ODER OUTPUT-LIST
809             # VERMERKT. VARIABLE S3 KANN AUCH LISTE ENTHALTEN (FELDTRENNER ":")
810             # DATEIVERBINDUNG WIRD DANN NICHT ABGESPEICHERT UND GEPRUEFT, WENN
811             # PROGRAMMLAUF AUF REMOTE-MASCHINE ERFOLGT UND DATEI NUR LOKAL VOR-
812             # HANDEN SEIN MUSS (D.H. s2b = loc)
813          IFSALT="$IFS"; IFS="$IFS:"
814          if [[ "$s2a" = in  &&  ! ( $do_remote = true  &&  ( "$s2b" = loc  ||  "$s2b" = locopt ) ) ]]
815          then
816             found=false
817             for  actual  in  $input_list
818             do
819                for  formal  in  $s3
820                do
821                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-" ]]  &&  found=true
822                done
823             done
824             if [[ $found = true ]]
825             then
826                (( iin = iin + 1 ))
827                localin[$iin]=$s1; transin[$iin]=$s2b; actionin[$iin]=$s2c;
828                typein[$iin]=$s3; pathin[$iin]=$s4; endin[$iin]=$s5;
829                extin[$iin]=$s6
830             fi
831          elif [[ "$s2a" = out  &&  ! ( $do_remote = true  &&  "$s2b" = loc ) ]]
832          then
833             found=false
834             for  actual  in  $output_list
835             do
836                for  formal  in  $s3 
837                do
838                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-"  ]]  &&  found=true
839                done
840             done
841             if [[ $found = true ]]
842             then
843                (( iout = iout + 1 ))
844                localout[$iout]=$s1; actionout[$iout]=$s2c; typeout[$iout]=$s3;
845                pathout[$iout]=$s4; endout[$iout]=$s5; extout[$iout]=$s6
846             fi
847          elif [[ "$s2a" != in  &&  "$s2a" != out ]]
848          then
849             printf "\n  +++ I/O-attribute in configuration file $config_file has the invalid"
850             printf "\n      value \"$s2\". Only \"in\" and \"out\" are allowed!"
851             locat=connect; exit
852          fi
853          IFS="$IFSALT"
854       fi
855    done < $config_file
856
857 else
858
859
860       # INTERPRETATION DER KONFIGURATIONSDATEI MITTELS FORTRAN 90 - PROGRAMM
861    [[ $silent = false ]]  &&  printf "..."
862    export  cond1 cond2 config_file do_remote do_trace input_list localhost output_list
863    export  interpreted_config_file=.icf.$RANDOM
864
865
866
867       # ENVIRONMENT-VARIABLEN FUER INTERPRET_CONFIG UEBER NAMELIST_DATEI ZUR
868       # VERFUEGUNG STELLEN
869    cat  >  .mrun_environment  <<  %%END%%
870 &mrun_environment  cond1 = '$cond1', cond2 = '$cond2',
871                    config_file = '$config_file', do_remote = '$do_remote',
872                    do_trace = '$do_trace', host = '$host',
873                    input_list = '$input_list', icf = '$interpreted_config_file',
874                    localhost = '$localhost', output_list = '$output_list' /
875
876%%END%%
877
878    if [[ $localhost_realname = "sx-fep" ]]
879    then
880       /home/COAR/NC/raasch/pub/interpret_config_necriam.x
881    else
882
883       if [[ "$host" != $localhost ]]
884       then
885
886             # REMOTE JOB FROM LOCAL HOST: JUST TAKE THE FIRST EXECUTABLE FOUND
887          interpret_config_executable=`ls -1 ${PALM_BIN}/interpret_config*.x 2>/dev/null`
888          if [[ $? != 0 ]]
889          then
890             printf "\n\n  +++ no interpret_config found"
891             printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this host"
892             locat=interpret_config; exit
893          fi
894          interpret_config_executable=`echo $interpret_config_executable | cut -d" " -f1`
895          $interpret_config_executable
896
897       else
898
899             # CHECK, IF THERE IS AN EXECUTABLE FOR THE BLOCK
900          if [[ ! -f ${PALM_BIN}/interpret_config${block}.x ]]
901          then
902             printf "\n\n  +++ no interpret_config found for given block \"$cond1 $cond2\""
903             printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this block"
904             locat=interpret_config; exit
905          else
906             interpret_config${block}.x
907          fi
908
909       fi
910    fi
911    rm .mrun_environment
912
913
914       # AUSFUEHRUNG DER GENERIERTEN SHELL-KOMMANDOS IN DIESER SHELL
915    chmod  u+x  $interpreted_config_file
916    export PATH=$PATH:.
917    . $interpreted_config_file
918    rm  $interpreted_config_file
919
920 fi
921
922
923    # OPTIONSWERTE UEBERSTEUERN KONFIGURATIONSDATEI
924 [[ $mrun_memory     != 0   ]]  &&  memory=$mrun_memory
925 [[ "$mrun_group_number" != "none" ]]  &&  group_number=$mrun_group_number
926 [[ $mrun_cpumax     != 0   ]]  &&  cpumax=$mrun_cpumax
927 [[ "$mrun_numprocs" != ""  ]]  &&  numprocs=$mrun_numprocs
928 [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  maximum_parallel_io_streams=$max_par_io_str
929 [[ "$mrun_tasks_per_node" != "" ]]  &&  tasks_per_node=$mrun_tasks_per_node
930
931
932    # QUELLTEXTVERZEICHNIS AUF LOKALER MASCHINE AUS KONFIGURATIONSDATEI
933    # BESTIMMEN (WUERDE SONST EVTL. DAS VERZEICHNIS DES JEWEILS UNTER -h
934    # ANGEGEBENEN REMOTE-RECHNERS SEIN)
935    # BEI BATCH-JOBS SIND DIE ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE SCHON KOMPLETT
936 if [[ "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
937 then
938
939       # ZUERST PRUEFEN, OB EIN GLOBALER QUELLTEXTPFAD FUER ALLE RECHNER
940       # VEREINBART WURDE
941    source_path=""
942    line=""
943    grep "%source_path" $config_file  >  tmp_mrun
944    while read line
945    do
946       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
947       then
948          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -f3)" = "" ]]
949          then
950             global_source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
951          fi
952       fi
953    done  <  tmp_mrun
954
955    line=""
956    found=false
957    grep  " $localhost" $config_file | grep "%source_path"  >  tmp_mrun
958    while read line
959    do
960       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
961       then
962          if [[ $found = true ]]
963          then
964             printf "\n\n  +++ more than one source path found in configuration file"
965             printf "\n      for local host \"$localhost\" "
966             locat=source_path; exit
967          fi
968          source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
969          found=true
970       fi
971    done  <  tmp_mrun
972    rm  tmp_mrun
973
974    if [[ "$source_path" = "" ]]
975    then
976       if [[ "$global_source_path" != "" ]]
977       then
978          source_path=$global_source_path
979       else
980          printf "\n\n  +++ no source path found in configuration file"
981          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
982          locat=source_path; exit
983       fi
984    fi
985    eval source_path=$source_path
986
987    if [[ ! -d $source_path ]]
988    then
989       printf "\n\n  +++ source path \"$source_path\" on local host"
990       printf "\n      \"$localhost\" does not exist"
991       locat=source_path; exit
992    fi
993
994 fi
995
996
997    # GLOBALE REVISIONSNUMMER ERMITTELN (FORTSETZUNGSLAEUFEN WIRD DIESE
998    # DURCH OPTION -G MITGETEILT)
999 if [[ "$global_revision" = ""   &&  $host != "ibmkisti" ]]
1000 then
1001    global_revision=`svnversion $source_path  2>/dev/null`
1002    global_revision="Rev: $global_revision"
1003 fi
1004
1005
1006    # NOCHMAL PRUEFEN, OB AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL
1007    # (HOST KANN IN KONFIGURATIONSDATEI ANDERS FESTGELEGT WORDEN SEIN)
1008    # WERT VON do_remote WIRD FUER DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT.
1009    # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
1010    # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
1011 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
1012 then
1013    do_batch=true
1014    do_remote=true
1015    case  $host  in
1016        (ibm|ibmh|ibmkisti|ibmku|ibms|ibmy|lccrayf|lcflow|lckyoto|lcsgib|lcsgih|nech|necriam|unics|lcxe6|lcxt5m|lck|lckiaps|lckordi|lckyuh|lckyut|lcsb)  true;;
1017        (*)  printf "\n"
1018             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
1019             printf "\n      is not available"
1020             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
1021    esac
1022 else
1023    host=$localhost
1024 fi
1025
1026
1027    # PRUEFUNG EINIGER PROZESSORZAHLANGABEN BEI RECHNUNGEN AUF PARALLELRECHNERN
1028 if [[ "$cond1" = parallel  ||  "$cond2" = parallel ]]
1029 then
1030
1031       # PRUEFEN, OB DIE ANZAHL DER ZU VERWENDENDEN PES ANGEGEBEN WURDE
1032    if [[ ! -n $numprocs ]]
1033    then
1034       printf "\n"
1035       printf "\n  +++ option \"-K parallel\" requires additional specification"
1036       printf "\n      of the number of processors to be used by"
1037       printf "\n      mrun-option \"-X\" or by environment-variable"
1038       printf "\n      \"numprocs\" in the configuration file"
1039       locat=numprocs; (( iec = 0 )); exit
1040    fi
1041
1042       # PRUEFEN, OB DIE PROZESSORANZAHL PRO KNOTEN ANGEGEBEN WURDE (GGF.
1043       # DEFAULT-WERT SETZEN) UND OB SIE EIN GANZZAHLIGER TEILER DER
1044       # GESAMTPROZESSORANZAHL IST
1045    if [[ "$tasks_per_node" = ""  &&  $host != lcflow  &&  $host != lcxt5m ]]
1046    then
1047       printf "\n"
1048       printf "\n  +++ option \"-T\" (tasks per node) is missing"
1049       printf "\n      set -T option or define tasks_per_node in the config file"
1050       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
1051    fi
1052    if [[ $host != lcflow  &&  $host != lcxt5m ]]
1053    then
1054       (( ival = $tasks_per_node ))
1055       (( pes = numprocs ))
1056#          if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics+1PE) = 1 ]]
1057#          then
1058#             (( pes = pes - 1 ))
1059#          fi
1060       (( ii = pes / ival ))
1061       if (( pes - ii * ival > 0 ))
1062       then
1063          printf "\n"
1064          printf "\n  +++ tasks per node (option \"-T\") must be an integral"
1065          printf "\n      divisor of the total number of processors (option \"-X\")"
1066          printf "\n      values of this mrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $numprocs\""
1067          locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
1068       fi
1069    fi
1070
1071
1072       # IBMY HAT NUR EINEN KNOTEN
1073    if [[ $host = ibmy ]]
1074    then
1075       if [[ "$tasks_per_node" != ""  &&  "$tasks_per_node" != "$numprocs" ]]
1076       then
1077          printf "\n"
1078          printf "\n  +++ on ibmy, tasks per node (option \"-T\") must be equal to the"
1079          printf "\n      total number of processors (option \"-X\")"
1080          printf "\n      values of this mrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $numprocs\""
1081          locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
1082       fi
1083    fi
1084
1085
1086       # SETTINGS FOR SUBJOB-COMMAND
1087    OOPT="-O $threads_per_task"
1088
1089       # GESAMTZAHL DER KNOTEN BESTIMMEN
1090    if [[ "$tasks_per_node" != "" ]]
1091    then
1092       TOPT="-T $tasks_per_node"
1093       (( nodes = numprocs / ( tasks_per_node * threads_per_task ) ))
1094    fi
1095
1096       # PRUEFEN, OB NODE USAGE EINEN ERLAUBTEN WERT HAT BZW. DEN DEFAULT
1097       # SETZEN
1098    if [[ $node_usage = default ]]
1099    then
1100       if [[ $host = ibms ]]
1101       then
1102          node_usage=shared
1103       elif [[ $(echo $host | cut -c1-5) = lcsgi ]]
1104       then
1105          node_usage=singlejob
1106       else
1107          node_usage=not_shared
1108       fi
1109    fi
1110
1111    if [[ $node_usage != shared  &&  $node_usage != not_shared  &&  $node_usage != singlejob  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla" ]]
1112    then
1113       printf "\n"
1114       printf "\n  +++ node usage (option \"-n\") is only allowed to be set"
1115       printf "\n      \"shared\" or \"not_shared\""
1116       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
1117    fi
1118
1119 fi
1120
1121    # PRUEFEN, OB HOSTFILE EXISTIERT
1122 if [[ -n $hostfile ]]
1123 then
1124    if [[ ! -f $hostfile ]]
1125    then
1126       printf "\n"
1127       printf "\n  +++ hostfile \"$hostfile\" does not exist"
1128       locat=hostfile; exit
1129    fi
1130 fi
1131
1132    # PRUEFEN, OB RHOSTS DATEI EXISTIERT. GEGEBENENFALLS ANLEGEN BZW. ERWEITERN
1133 if [[ $host = ibmy  &&  $do_remote = false ]]
1134 then
1135    if [[ ! -f $HOME/.rhosts ]]
1136    then
1137       echo  "gfdl5.yonsei.ac.kr"  >  $HOME/.rhosts
1138       printf "\n\n  *** file:"
1139       printf "\n           $HOME/.rhosts"
1140       printf "\n      was created\n"
1141    fi
1142    if [[ $(grep -c gfdl5.yonsei.ac.kr $HOME/.rhosts) = 0 ]]
1143    then
1144       echo  "gfdl5.yonsei.ac.kr"  >>  $HOME/.rhosts
1145       printf "\n\n  *** file:"
1146       printf "\n           $HOME/.rhosts"
1147       printf "\n      was extended by the name of the current host\n"
1148    fi
1149 fi
1150
1151
1152    # Set default value for the maximum number of parallel io streams
1153 if [[ "$maximum_parallel_io_streams" = "" ]]
1154 then
1155    maximum_parallel_io_streams=$numprocs
1156 fi
1157
1158
1159    # Set port number option for calls of ssh/scp, subjob and batch_scp scripts
1160 if [[ "$scp_port" != "" ]]
1161 then
1162    PORTOPT="-P $scp_port"
1163    SSH_PORTOPT="-p $scp_port"
1164 fi
1165
1166
1167    # FALLS NICHT VORGEGEBEN, DEFAULT-QUEUE AUF DER ZIELMASCHINE FESTLEGEN
1168 if [[ $queue = none ]]
1169 then
1170    case  $host  in
1171        (ibmh)       queue=cluster;;
1172        (ibmkisti)   queue=class.32plus;;
1173        (ibmy)       queue=parallel;;
1174        (lckiaps)    queue=normal;;
1175        (lckyoto)    queue=ph;;
1176        (lckyuh)     queue=fx-single;;
1177        (lckyut)     queue=cx-single;;
1178        (lcsgib)     queue=testq;;
1179        (lcsgih)     queue=testq;;
1180        (lctit)      queue=S;;
1181        (nech)       queue=none;;
1182        (necriam)    queue=SP;;
1183        (unics)      queue=unics;;
1184    esac
1185 fi
1186
1187
1188    # VOLLSTAENDIGE DATEINAMEN DER INPUT-FILES BILDEN,
1189    # INPUT-DATEIEN AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND EVTL. HOECHSTE ZYKLUSNUMMER
1190    # ERMITTELN
1191 (( i = 0 ))
1192 while (( i < iin ))
1193 do
1194    (( i = i + 1 ))
1195    (( maxcycle = 0 ))
1196
1197       # NAMENSBILDUNG (EVTL. IST FESTER DATEINAME VORGEGEBEN)
1198    if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1199    then
1200       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${endin[$i]}  # REMOTE-PFAD ERST AUF
1201                                                    # REM-MASCHINE AUSWERTEN
1202       eval filename=${pathin[$i]}/${endin[$i]}
1203    else
1204       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}  # REMOTE-PFAD ERST AUF
1205                                                             # REM-MASCHINE AUSWERTEN
1206       eval filename=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}
1207    fi
1208    eval pathname=${pathin[$i]}
1209
1210#   SAVE INPUT FILE NAME FOR PARAMETER FILE CHECK
1211    if [[ ("${transin[$i]}" = job) && (-f $filename) ]]
1212    then
1213       filename_input=$filename
1214    fi
1215
1216       # PRUEFEN AUF VORHANDENSEIN
1217    if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1218          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "nicht gefunden") = 1  || \
1219          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1220          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1221    then
1222          # DATEIEN MIT EXTENSION (Z.B. NC) MUESSEN NICHT ZWINGEND VORHANDEN
1223          # SEIN, DESHALB IN SOLCHEN FAELLEN KEIN ABBRUCH. DIES IST NUR EINE
1224          # VORUEBERGEHENDE LOESUNG (OKT 05). NICHT ZWINGEND BENOETIGTE
1225          # EINGABEDATEIEN SOLLTEN EINE SPEZIELLE OPTION IN DER DATEI-
1226          # VERBINDUNGSANWEISUNG BEKOMMEN (Z.B. inopt?)
1227       if [[ "${transin[$i]}" != "locopt" ]]
1228       then
1229          printf "\n\n  +++ INPUT-file: "
1230          if [[ "${extin[$i]}" = "" ]]
1231          then
1232             printf "\n           $filename"
1233          else
1234             printf "\n           $filename.${extin[$i]}"
1235          fi
1236          printf "\n      does not exist\n"
1237          locat=input; exit
1238       else
1239          transin[$i]="unavailable"
1240       fi
1241    else
1242
1243          # ZYKLUSNUMMER FESTSTELLEN
1244       ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1245       ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1246       while  read zeile
1247       do
1248          cycle=$(echo $zeile | cut -f2 -d".")
1249          if [[ "$cycle" = "$zeile" ]]
1250          then
1251             (( icycle = 0 ))
1252          elif [[ "$cycle" = "${extin[$i]}" ]]
1253          then
1254             (( icycle = 0 ))
1255          else
1256             (( icycle = $cycle ))
1257          fi
1258          if (( icycle > maxcycle ))
1259          then
1260             (( maxcycle = icycle ))
1261             file_to_be_used=$zeile
1262          fi
1263       done <filelist
1264       rm filelist
1265
1266          # EVTL. ZYKLUSNUMMER AN DATEINAMEN ANFUEGEN
1267       if (( maxcycle > 0 ))
1268       then
1269          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1270          then
1271             filename=${filename}.$maxcycle.${extin[$i]}
1272          else
1273             filename=${filename}.$maxcycle
1274          fi
1275       else
1276          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1277          then
1278             filename=${filename}.${extin[$i]}
1279          fi
1280       fi
1281       
1282          # DATEINAMEN OHNE PFAD ABER MIT ZYKLUSNUMMER ABSPEICHERN,
1283          # DA SPAETER BEI RUECKSPEICHERN VOM ARCHIVSYSTEM EVTL. BENOETIGT
1284       absnamein[$i]=$filename
1285       if (( maxcycle > 0 ))
1286       then
1287          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1288          then
1289             frelin[$i]=${endin[$i]}.$maxcycle
1290          else
1291             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}.$maxcycle
1292          fi
1293       else
1294          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1295          then
1296             frelin[$i]=${endin[$i]}
1297          else
1298             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}
1299          fi
1300       fi
1301
1302    fi
1303 done
1304   
1305    # VOLLSTAENDIGE DATEINAMEN (OHNE $ ODER ~) DER OUTPUT-FILES BILDEN,
1306    # OUTPUT-DATEIEN AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND EVTL. HOECHSTE ZYKLUSNUMMER
1307    # ERMITTELN ODER, FALLS NICHT VORHANDEN, PRUEFEN, OB SIE SICH ANLEGEN LASSEN
1308    # DIESE AKTIONEN FINDEN NICHT STATT, WENN PROGRAMM AUF REMOTE-MASCHINE
1309    # RECHNET UND DATEI ANSCHLIESSEND TRANSFERIERT WERDEN SOLL!
1310 (( i = 0 ))
1311 while (( i < iout ))
1312 do
1313    (( i = i + 1 ))
1314    if [[ ! ( $fromhost != $localhost  &&  ( "${actionout[$i]}" = tr || "${actionout[$i]}" = tra || "${actionout[$i]}" = trpe ) ) ]]
1315    then
1316       if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
1317       then
1318          actionout[$i]=""
1319       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe ]]
1320       then
1321          actionout[$i]=pe
1322       elif [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
1323       then
1324          actionout[$i]=a
1325       fi
1326       (( maxcycle = 0 ))
1327       eval filename=${pathout[$i]}/${fname}${endout[$i]}
1328       eval catalogname=${pathout[$i]}
1329       if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1330             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "nicht gefunden") = 1  || \
1331             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1332             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1333       then
1334     
1335             # OUTPUT-DATEI NICHT VORHANDEN. PRUEFEN, OB ANLEGEN MOEGLICH.
1336          if  cat /dev/null > $filename 
1337          then
1338             rm  $filename
1339          else
1340
1341                # PRUEFEN, OB KATALOG VORHANDEN UND EVTL. DIESEN ANLEGEN
1342             if [[ ! -d $catalogname ]]
1343             then
1344                if  mkdir -p  $catalogname
1345                then
1346                   printf "\n\n  *** directory:"
1347                   printf "\n           $catalogname"
1348                   printf "\n      was created\n"
1349                else
1350                   printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1351                   printf "\n           $filename"
1352                   printf "\n      cannot be created, because directory does not exist"
1353                   printf "\n      and cannot be created either"
1354                   printf "\n"
1355                   locat=output  ; exit
1356                fi 2>/dev/null
1357             else
1358                printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1359                printf "\n           $filename"
1360                printf "\n      cannot be created, although directory exists"
1361                printf "\n"
1362                locat=output  ; exit
1363             fi
1364          fi 2>/dev/null
1365       else
1366
1367             # ZYKLUSNUMMER FESTSTELLEN
1368          ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1369          ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1370          while  read zeile
1371          do
1372             cycle=$(echo $zeile | cut -f2 -d".")
1373             if [[ "$cycle" = "$zeile"  ||  "$cycle" = ${extout[$i]} ]]
1374             then
1375                (( icycle = 1 ))
1376             else
1377                (( icycle = $cycle + 1 ))
1378             fi
1379             if (( icycle > maxcycle ))
1380             then
1381                (( maxcycle = icycle ))
1382             fi
1383          done <filelist
1384          rm filelist
1385       fi
1386
1387          # EVTL. ZYKLUSNUMMER AN DATEINAMEN ANFUEGEN UND PRUEFEN, OB SICH
1388          # DATEI AUCH WIRKLICH ANLEGEN LAESST. IM APPEND-FALL MUSS AN DEN
1389          # HOECHSTEN VORHANDENEN ZYKLUS-ANGEHAENGT WERDEN. ANLAGEPRUEFUNG
1390          # IST DANN NATUERLICH NICHT ZULAESSIG BZW. MOEGLICH
1391       if [[ "${actionout[$i]}" != a ]]
1392       then
1393          if (( maxcycle > 0 ))
1394          then
1395             filename=${filename}.$maxcycle
1396             if  cat /dev/null > $filename 
1397             then
1398                rm  $filename
1399             else
1400                printf "\n  +++ OUTPUT-file:"
1401                printf "\n           $filename"
1402                printf "\n      cannot be created"
1403                locat=output  ; exit
1404             fi
1405          fi
1406       else
1407          (( maxcycle = maxcycle - 1 ))
1408          if (( maxcycle > 0 ))
1409          then
1410             filename=${filename}.$maxcycle
1411          fi
1412       fi
1413       
1414          # DATEINAMEN OHNE PFAD ABER MIT ZYKLUSNUMMER ABSPEICHERN,
1415          # DA SPAETER BEI ABLAGE AUF ARCHIVSYSTEM BZW. FUER
1416          # DATEI OUTPUT_FILE_CONNECTIONS EVTL. BENOETIGT
1417       pathout[$i]=$filename
1418       if (( maxcycle > 0 ))
1419       then
1420          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}.$maxcycle
1421       else
1422          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}
1423       fi
1424
1425    fi
1426 done
1427
1428
1429     # DAS DVR-PAKET ERFORDERT EINE ENTSPRECHENDE BIBLIOTHEK
1430 if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
1431 then
1432    if [[ "$dvr_inc" = "" ]]
1433    then
1434       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_inc\" given in configuration file"
1435       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1436       locat=dvr; exit
1437    fi
1438    if [[ "$dvr_lib" = "" ]]
1439    then
1440       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_lib\" given in configuration file"
1441       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1442       locat=dvr; exit
1443    fi
1444 fi
1445
1446
1447     # PRUEFEN, OB ENTWEDER HAUPTPROGRAMM ODER NUR EIN AUSFUEHRBARES
1448     # PROGRAMM VEREINBART WURDE (IN DIESEM FALL BRAUCHT IM WEITEREN NICHT
1449     # UEBERSETZT ZU WERDEN)
1450 if [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" = "" ]]
1451 then
1452    printf "\n  +++ neither main program nor executable defined"
1453    locat=source; exit
1454 elif [[ "$mainprog" != ""  &&  "$executable" != "" ]]
1455 then
1456    printf "\n  +++ main program as well as executable defined"
1457    locat=source; exit
1458 elif [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" != "" ]]
1459 then
1460    do_compile=false
1461 fi
1462
1463
1464    # SOURCE-VERZEICHNIS ZUM AUFSAMMELN DER ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE
1465    # ERZEUGEN. HIERHIN WERDEN SPAETER IM FALL VON BATCH-JOBS AUCH DAS MRUN-
1466    # SCRIPTS SOWIE DIE KONFIGURATIONSDATEI KOPIERT
1467 if [[ $restart_run != true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1468 then
1469    rm -rf  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1470    mkdir   SOURCES_FOR_RUN_$fname
1471 fi
1472
1473
1474    # ALLE ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE ZUSAMMENSAMMELN
1475    # BEI BATCH-JOBS IST DIES NICHT NOETIG, WEIL DIE PROGRAMMTEILE BEREITS DURCH
1476    # DEN MRUN-AUFRUF ERMITTELT SIND, DER DEN BATCH-JOB GENERIERT HAT, UND
1477    # IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN_... ABGELEGT SIND
1478 if [[ $do_compile = true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1479 then
1480
1481    [[ "$source_list" = LM ]]  &&  source_list=LOCALLY_MODIFIED
1482
1483    if [[ "$source_list" = LOCALLY_MODIFIED ]]
1484    then
1485
1486          # MODIFIZIERTE DATEIEN DER SVN-ARBEITSKOPIE BESTIMMEN
1487       source_list=""
1488       cd  $source_path
1489
1490
1491          # PRUEFEN, OB VERZEICHNIS UEBERHAUPT UNTER SVN-KONTROLLE STEHT
1492       if [[ ! -d .svn ]]
1493       then
1494          printf "\n\n  +++ source directory"
1495          printf "\n         \"$source_path\" "
1496          printf "\n         is not under control of \"subversion\"."
1497          printf "\n         Please do not use mrun-option \"-s LOCALLY_MODIFIED\"\n"
1498       fi
1499
1500
1501          # ALLE MODIFIZIERTEN QUELLCODEDATEIEN AUFLISTEN
1502       Filenames=""
1503       svn status  >  tmp_mrun
1504       while  read line
1505       do
1506          firstc=`echo $line | cut -c1`
1507          if [[ $firstc = M  ||  $firstc = "?" ]]
1508          then
1509             Name=`echo "$line" | cut -c8-`
1510             extension=`echo $Name | cut -d. -f2`
1511             if [[ "$extension" = f90 || "$extension" = F90 || "$extension" = f || "$extension" = F || "$extension" = c ]]
1512             then
1513                Filenames="$Filenames "$Name
1514             fi
1515          fi
1516       done < tmp_mrun
1517
1518
1519          # DATEIEN NACH SOURCES_FOR_RUN_... KOPIEREN
1520       for  dateiname  in  $Filenames
1521       do
1522          cp  $dateiname  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1523          source_list=$source_list"$dateiname "
1524       done
1525
1526       cd -  > /dev/null
1527
1528
1529       # MITTELS OPTION -s ANGEGEBENE DATEIEN NACH SOURCES_FOR_RUN_... KOPIEREN
1530       # BEI AUTOMATISCHEN FORTSETZUNGSLAEUFEN SIND DORT SCHON ALLE DATEIEN
1531       # VORHANDEN
1532    elif [[ "$source_list" != ""  &&  $restart_run != true ]]
1533    then
1534
1535       cd  $source_path
1536
1537       for  filename  in  $source_list
1538       do
1539
1540             # QUELLTEXT-DATEI DARF KEINE PFADE BEINHALTEN
1541          if [[ $(echo $filename | grep -c "/") != 0 ]]
1542          then
1543             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1544             printf "\n      must not contain (\"/\") "
1545             locat=source; exit
1546          fi
1547
1548          if [[ ! -f $filename ]]
1549          then
1550             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1551             printf "\n      does not exist"
1552             locat=source; exit
1553          else
1554             cp  $filename  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1555          fi
1556
1557       done
1558
1559       cd -  > /dev/null
1560
1561    fi
1562
1563
1564       # PRUEFEN, OB ENTWEDER HAUPTPROGRAMM VORHANDEN UND ES EVTL. IN DER
1565       # LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE MIT ENTHALTEN IST (WENN
1566       # NICHT, WIRD ES DIESER LISTE HINZUGEFUEGT)
1567    if [[ $restart_run != true ]]
1568    then
1569
1570       if [[ ! -f "$source_path/$mainprog" ]]
1571       then
1572          printf "\n\n  +++ main program:  $mainprog"
1573          printf "\n      does not exist in source directory"
1574          printf "\n      \"$source_path\"\n"
1575          locat=source; exit
1576       else
1577          if [[ $(echo $source_list | grep -c $mainprog) = 0 ]]
1578          then
1579             cp  $source_path/$mainprog  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1580             source_list=${mainprog}" $source_list"
1581          fi
1582       fi
1583    fi
1584
1585
1586       # MAKEFILE AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND KOPIEREN
1587       # BEI RESTART-LAEUFEN LIEGT ES SCHON IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN...
1588    if [[ "$restart_run" != true ]]
1589    then
1590       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
1591       if [[ ! -f $makefile ]]
1592       then
1593          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
1594          locat=make; exit
1595       else
1596          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
1597       fi
1598    fi
1599
1600
1601       # DATEIEN AUS ZUSAETZLICHEM QUELLVERZEICHNIS HINZUFUEGEN
1602    if [[ $restart_run != true  &&  "$add_source_path" != "" ]]
1603    then
1604
1605          # GIBT ES DAS VERZEICHNIS UEBERHAUPT?
1606       if [[ ! -d $add_source_path ]]
1607       then
1608          printf "\n\n  +++ WARNING: additional source code directory"
1609          printf "\n      \"$add_source_path\" "
1610          printf "\n      does not exist or is not a directory."
1611          printf "\n      No source code will be used from this directory!\n"
1612          add_source_path=""
1613          if [[ $silent == false ]]
1614          then
1615             sleep 3
1616          fi
1617       else
1618
1619          cd $add_source_path
1620          found=false
1621
1622          Names=$(ls -1 *.f90 2>&1)
1623          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$Names"
1624          Names=$(ls -1 *.F90 2>&1)
1625          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1626          Names=$(ls -1 *.F 2>&1)
1627          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1628          Names=$(ls -1 *.f 2>&1)
1629          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1630          Names=$(ls -1 *.c 2>&1)
1631          [[ $(echo $Names | grep -c '*.c') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1632
1633          cd -  > /dev/null
1634          cd  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1635
1636             # COPY MAKEFILE IF EXISTING
1637          if [[ -f $add_source_path/Makefile ]]
1638          then
1639             printf "\n\n  *** user Makefile from directory"
1640             printf "\n      \"$add_source_path\" is used \n"
1641             if [[ $silent == false ]]
1642             then
1643                sleep 1
1644             fi
1645             cp  $add_source_path/Makefile  .
1646          fi
1647
1648          for  dateiname  in  $AddFilenames
1649          do
1650             if [[ -f $dateiname ]]
1651             then
1652                printf "\n  +++ source code file \"$dateiname\" found in additional"
1653                printf "\n      source code directory \"$add_source_path\" "
1654                printf "\n      but was also given with option \"-s\" which means that it should be taken"
1655                printf "\n      from directory \"$source_path\"."
1656                locat=source; exit
1657             fi
1658
1659             cp  $add_source_path/$dateiname  .
1660             source_list="$source_list $dateiname"
1661
1662                # CHECK IF FILE IS CONTAINED IN MAKEFILE
1663             if [[ $(grep -c $dateiname Makefile) = 0 ]]
1664             then
1665                printf "\n\n  +++ user file \"$dateiname\" "
1666                printf "\n      is not listed in Makefile \n"
1667                locat=source; exit
1668             else
1669
1670                # Default User-Interface von der Liste entfernen, falls Datei
1671                # ein User-Interface enthaelt
1672#             if [[ $( cat $dateiname | grep -c "END SUBROUTINE user_parin" ) != 0 ]]
1673#             then
1674#                if [[ $dateiname != user_interface.f90  &&  -f user_interface.f90 ]]
1675#                then
1676#                   rm -rf  user_interface.f90
1677#                   source_list=`echo $source_list | sed -e 's/user_interface.f90//'`
1678#                   printf "\n\n  *** default \"user_interface.f90\" removed from the files to be translated"
1679#                   printf "\n      since a user-interface is found in file"
1680#                   printf "\n      \"$add_source_path/$dateiname\" \n"
1681#                   sleep 3
1682#                else
1683                if [[ $found = false ]]
1684                then
1685                   found=true
1686                   printf "\n\n  *** following user file(s) added to the"
1687                   printf " files to be translated:\n      "
1688                fi
1689                printf "$dateiname  "
1690                if [[ $silent == false ]]
1691                then
1692                   sleep 0.5
1693                fi
1694
1695             fi
1696          done
1697          [[ $found = true ]]  &&  printf "\n"
1698          cd -  > /dev/null
1699       fi
1700    fi
1701
1702
1703       # ALLE UNTERPROGRAMME, DIE ZU VEREINBARTEN SOFTWAREPAKETEN GEHOEREN,
1704       # DER LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN DATEIEN HINZUFUEGEN
1705    if [[ $restart_run != true  &&  -n $package_list ]]
1706    then
1707
1708       cd  $source_path
1709
1710       for  package  in  $package_list
1711       do
1712
1713          [[ $package = "dvrp_graphics+1PE" ]]  &&  package=dvrp_graphics
1714
1715             # ERMITTELE ALLE DATEIEN, DIE ZUM PAKET GEHOEREN
1716             # FEHLERMELDUNGEN WERDEN ABGEFANGEN, DA * AUCH VERZEICHNISSNAMEN
1717             # LIEFERT
1718          package_source_list=`grep "defined( __$package " * 2>/dev/null | cut -f1 -d:`
1719
1720
1721             # FUEGE DIESE DATEIEN DER LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN DATEIEN
1722             # HINZU, FALLS SIE NOCH NICHT DAZUGEHOEREN
1723          for  source_list_name  in  $package_source_list
1724          do
1725             if [[ $(echo $source_list | grep -c $source_list_name) = 0 ]]
1726             then
1727
1728                    # NUR DATEIEN MIT GUELTIGEN ENDUNGEN VERWENDEN
1729                ending=`echo $source_list_name | cut -f2 -d.`
1730                if [[ "$ending" = f90  ||  "$ending" = F90  ||  "$ending" = f  ||  "$ending" = F  ||  "$ending" = c ]]
1731                then
1732                   cp  $source_list_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1733                   source_list="$source_list $source_list_name"
1734                fi
1735             fi
1736          done
1737       done
1738
1739       cd -  > /dev/null
1740    fi
1741
1742
1743       # MAKEFILE AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND KOPIEREN
1744       # BEI RESTART-LAEUFEN LIEGT ES SCHON IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN...
1745#    if [[ "$restart_run" != true ]]
1746#    then
1747#       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
1748#       if [[ ! -f $makefile ]]
1749#       then
1750#          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
1751#          locat=make; exit
1752#       else
1753#          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
1754#       fi
1755#    fi
1756
1757 fi  # do_compile=true
1758
1759
1760    # FALLS PROGRAMMTEILE UEBERSETZT WERDEN SOLLEN, FOLGEN JETZT EINIGE
1761    # UEBERPRUEFUNGEN UND DAS SETZEN DER PRAEPROZESSOR-DIREKTIVEN
1762 if [[ $do_compile = true  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
1763 then
1764
1765       # PRAEPROZESSOR-DIREKTIVEN ZUM SELEKTIVEN AUSWAEHLEN VON CODETEILEN
1766       # ZUSAMMENSETZEN
1767       # DIREKTIVEN ZUM AKTIVIEREN VON RECHNERSPEZIFISCHEM CODE
1768    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1769    then
1770       cpp_options="${cpp_options},-D__ibm=__ibm"
1771    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = nec ]]
1772    then
1773       cpp_options="$cpp_options -D__nec"
1774    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-2) = lc ]]
1775    then
1776       cpp_options="$cpp_options -D__lc"
1777    else
1778       cpp_options="$cpp_options -D__$localhost"
1779    fi
1780
1781       # DIREKTIVEN DIE DURCH OPTION -K BESTIMMT WERDEN (Z.B. PARALLEL)
1782    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1783    then
1784       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond1=__$cond1"
1785       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond2=__$cond2"
1786    else
1787       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond1"
1788       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond2"
1789    fi
1790
1791       # DIREKTIVEN DIE SOFTWAREPAKETE AKTIVIEREN (OPTION -p)
1792    if [[ -n $package_list ]]
1793    then
1794       for  package  in  $package_list
1795       do
1796          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1797          then
1798             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1799             then
1800                cpp_options="${cpp_options},-D__$package=__$package"
1801             else
1802                cpp_options="${cpp_options},-D__dvrp_graphics=__dvrp_graphics"
1803                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1804             fi
1805          else
1806             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1807             then
1808                cpp_options="$cpp_options -D__$package"
1809             else
1810                cpp_options="$cpp_options -D__dvrp_graphics"
1811                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1812             fi
1813          fi
1814       done
1815    fi
1816
1817       # DIREKTIVEN DIE DURCH OPTION -D FESTGELEGT SIND
1818    if [[ -n $cpp_opts ]]
1819    then
1820       for  popts  in  $cpp_opts
1821       do
1822          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1823          then
1824             cpp_options="${cpp_options},-D__$popts=__$popts"
1825          else
1826             cpp_options="$cpp_options -D__$popts"
1827          fi
1828       done
1829    fi
1830
1831 else
1832
1833
1834       # BEI LOKALEN RECHNUNGEN PRUEFEN, OB EXECUTABLE VORHANDEN
1835    if [[ $do_remote = false ]]
1836    then
1837       if [[ ! -f $executable ]]
1838       then
1839          printf "\n  +++ executable file:  $executable"
1840          printf "\n      does not exist"
1841          locat=executable; exit
1842       fi
1843    fi
1844 fi
1845
1846
1847    # JOBMODUS FESTSTELLEN
1848 if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
1849 then
1850    jobmo=BATCH
1851 else
1852    jobmo=INTERACTIVE
1853 fi
1854
1855
1856    # no interactive runs on lctit
1857 if [[ $host = lctit  &&  $jobmo = INTERACTIVE  &&  $do_batch = false ]]
1858 then
1859    printf "\n  +++ no interactive runs allowed on host \"$host\" "
1860    printf "\n      please submit batch job using mrun option \"-b\" \n"
1861    locat=normal; exit
1862 fi
1863
1864
1865    # HOSTSPEZIFISCHE DEFAULT-COMPILER SETZEN, FALLS NICHT BEREITS
1866    # DURCH BENUTZER ANDERWEITIG VEREINBART
1867 if [[ "$compiler_name" = "" ]]
1868 then
1869
1870    printf "\n  +++ no compiler specified for \"$host $cond1 $cond2\""
1871    locat=compiler_name; exit
1872
1873 fi
1874
1875
1876    # COMPILER AUF RIAMS NEC UEBERSCHREIBEN
1877 [[ $localhost = necriam ]]  &&  compiler_name=mpif90
1878
1879
1880
1881    # TEMPORAEREN KATALOGNAMEN BESTIMMEN
1882 kennung=$RANDOM
1883 if [[ "$tmp_user_catalog" = "" ]]
1884 then
1885    if [[ $localhost = ibmh ]]
1886    then
1887       tmp_user_catalog=$SCRATCH
1888    elif [[ $localhost = nech ]]
1889    then
1890       tmp_user_catalog=$WRKSHR
1891    else
1892       tmp_user_catalog=/tmp
1893    fi
1894 fi
1895 TEMPDIR=$tmp_user_catalog/${usern}.$kennung
1896
1897
1898    # KATALOGNAMEN FUER ZWISCHENSPEICHERUNG VON FORTSETZUNGSLAUFDATEIEN
1899    # BESTIMMEN
1900 if [[ "$tmp_data_catalog" = "" ]]
1901 then
1902    if [[ $localhost = nech ]]
1903    then
1904       tmp_data_catalog=$WRKSHR/mrun_restart_data
1905    else
1906       tmp_data_catalog=/tmp/mrun_restart_data
1907    fi
1908 fi
1909
1910
1911    # EVENTUELL BEI LOKALEN RECHNUNGEN $-ZEICHEN IN ENVIRONMENT-VARIABLEN
1912    # ERSETZEN
1913 if [[ $do_remote = false  &&  $do_compile = true  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
1914 then
1915    eval  fopts=\"$fopts\"
1916    eval  lopts=\"$lopts\"
1917 fi
1918
1919
1920
1921    # COMPILE- UND LINK-OPTIONEN BESTIMMEN
1922 fopts="$fopts $netcdf_inc $fftw_inc $dvr_inc"
1923 lopts="$lopts $netcdf_lib $fftw_lib $dvr_lib"
1924 ROPTS="$ropts"
1925# if [[ ( $(echo $host | cut -c1-3) = nec  ||  $(echo $host | cut -c1-3) = ibm  ||  $host = lckyoto  ||  $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib  ||  $host = lctit  ||  $host = lcfimm  ||  $host = lcflow  ||  $host = lcxe6 ||  $host = lcxt5m || $host = lck || $host = lckiaps || $host = lckordi || $host = lcsb || $host )  &&  -n $numprocs ]]
1926# then
1927    XOPT="-X $numprocs"
1928# fi
1929
1930
1931
1932    # PRUEFEN DER CPU-ZEIT. (CPUMAX WIRD ALS ENV-VARIABLE VOM HAUTPRO-
1933    # GRAMM BENOETIGT
1934 done=false
1935 while [[ $done = false ]]
1936 do
1937    cputime=$cpumax
1938    if (( $cputime == 0 ))
1939    then
1940       if [[ $do_batch = true ]]
1941       then
1942          printf "\n  +++ cpu-time is undefined"
1943          printf "\n  >>> Please type CPU-time in seconds as INTEGER:"
1944          printf "\n  >>> "
1945          read  cputime  1>/dev/null  2>&1
1946       else
1947          cputime=10000000   # NO CPU LIMIT FOR INTERACTIVE RUNS
1948       fi
1949    else
1950       done=true
1951    fi
1952    cpumax=$cputime
1953 done
1954
1955 (( minuten = cputime / 60 ))
1956 (( sekunden = cputime - minuten * 60 ))
1957
1958
1959    # PRUEFEN DER KERNSPEICHERANFORDERUNG
1960 if [[ $do_batch = true ]]
1961 then
1962    done=false
1963    while [[ $done = false ]]
1964    do
1965       if (( memory == 0 ))
1966       then
1967          printf "\n  +++ memory demand is undefined"
1968          printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
1969          printf "\n  >>> "
1970          read  memory  1>/dev/null  2>&1
1971       else
1972          done=true
1973       fi
1974    done
1975 fi
1976
1977
1978    # PRUEFEN, OB FUER REMOTE-RECHNUNGEN EIN BENUTZERNAME ANGEGEBEN WURDE
1979 if [[ $do_remote = true  &&  -z $remote_username ]]
1980 then
1981    while [[ -z $remote_username ]]
1982    do
1983       printf "\n  +++ username on remote host \"$host\" is undefined"
1984       printf "\n  >>> Please type username:"
1985       printf "\n  >>> "
1986       read  remote_username
1987    done
1988    mc="$mc -u$remote_username"
1989 fi
1990
1991    # CHECK FOR INITIAL COMMANDS AFTER LOGIN
1992 if [[ "$login_init_cmd" != "" ]]
1993 then
1994    export init_cmds="${login_init_cmd};"
1995 fi
1996
1997
1998    # set module load command and export for subjob
1999 if [[ "$modules" != "" ]]
2000 then
2001    if [[ $host = lctit ]]
2002    then
2003       export module_calls=". $modules"
2004    else
2005       export module_calls="module load ${modules};"
2006    fi
2007 fi
2008
2009    # bugfix for wrong netcdf module and for netCDF4 usage in case of mpt
2010 if [[ $host = lcsgib  ||  $host = lcsgih ]]
2011 then
2012    if [[ $(echo $module_calls | grep -c netcdf/3.6.3-intel) != 0 ]]
2013    then
2014       export module_calls="$module_calls export LD_LIBRARY_PATH=/sw/dataformats/netcdf/3.6.3-intel/lib:\$LD_LIBRARY_PATH;"
2015    fi
2016#     if [[ $(echo $module_calls | grep -c mpt) != 0 ]]
2017#     then
2018#        export module_calls="$module_calls export LD_LIBRARY_PATH=/sw/sgi/mpt/2011-02-07/lib:\$LD_LIBRARY_PATH;"
2019#        echo "*** module_calls = $module_calls"
2020#     fi
2021 fi
2022
2023
2024    # SET DEFAULT VALUE FOR MPI MODULE TO BE USED ON SGI-ALTIX
2025 if [[ $host = lcsgib  ||  $host = lcsgih ]]
2026 then
2027    if [[ $(echo $modules | grep -c mpt ) != 0 ]]
2028    then
2029       mpilib=mpt
2030    elif [[ $(echo $modules | grep -c mvapich ) != 0 ]]
2031    then
2032       mpilib=mvapich
2033    elif [[ $(echo $modules | grep -c impi ) != 0 ]]
2034    then
2035       mpilib=impi
2036    fi
2037 fi
2038
2039
2040
2041###########################################################################
2042# HEADER-AUSGABE
2043###########################################################################
2044
2045
2046 calltime=$(date)
2047 printf "\n"
2048# [[ $silent = false ]]  &&  clear
2049 printf "#------------------------------------------------------------------------# \n"
2050 printf "| %-35s%35s | \n" "$version" "$calltime"
2051 printf "|                                                                        | \n"
2052 spalte1="called on:"; spalte2=$localhost_realname
2053 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2054 if [[ $local_compile = false ]]
2055 then
2056    if [[ $do_remote = true ]]
2057    then
2058       spalte1="execution on:"; spalte2="$host (username: $remote_username)"
2059    else
2060       spalte1="execution on:"; spalte2="$host ($localhost_realname)"
2061    fi
2062 else
2063    spalte1="compiling test only!"; spalte2=""
2064 fi
2065 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2066 if [[ -n $numprocs ]]
2067 then
2068    if [[ $run_coupled_model = false ]]
2069    then
2070       spalte1="number of PEs:"; spalte2=$numprocs
2071    else
2072       spalte1="number of PEs:"; spalte2="$numprocs  (atmosphere: $numprocs_atmos, ocean: $numprocs_ocean)"
2073    fi
2074    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2075 fi
2076 if [[ -n $tasks_per_node ]]
2077 then
2078    spalte1="tasks per node:"; spalte2="$tasks_per_node (number of nodes: $nodes)"
2079    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2080 fi
2081 if [[ $maximum_parallel_io_streams != $numprocs ]]
2082 then
2083    spalte1="max par io streams:"; spalte2="$maximum_parallel_io_streams"
2084    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2085 fi
2086 if [[ $use_openmp = true ]]
2087 then
2088    spalte1="threads per task:"; spalte2="$threads_per_task"
2089    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2090 fi
2091 printf "|                                                                        | \n"
2092 if [[ $do_compile = true ]]
2093 then
2094    if [[ "$mopts" != "" ]]
2095    then
2096       spalte1="make options:"; spalte2=$(echo "$mopts" | cut -c-45)
2097       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2098       zeile=$(echo "$mopts" | cut -c46-)
2099       while [[ "$zeile" != "" ]]
2100       do
2101          spalte1=""
2102          spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2103          printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2104          zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2105       done
2106    fi
2107
2108    spalte1="cpp directives:"; spalte2=$(echo "$cpp_options" | cut -c-45)
2109    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2110    zeile=$(echo "$cpp_options" | cut -c46-)
2111    while [[ "$zeile" != "" ]]
2112    do
2113       spalte1=""
2114       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2115       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2116       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2117    done
2118
2119    spalte1="compiler options:"; spalte2=$(echo "$fopts" | cut -c-45)
2120    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2121    zeile=$(echo "$fopts" | cut -c46-)
2122    while [[ "$zeile" != "" ]]
2123    do
2124       spalte1=""
2125       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2126       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2127       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2128    done
2129
2130    spalte1="linker options:"; spalte2=$(echo "$lopts" | cut -c-45)
2131    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2132    zeile=$(echo "$lopts" | cut -c46-)
2133    while [[ "$zeile" != "" ]]
2134    do
2135       spalte1=""
2136       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2137       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2138       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2139    done
2140
2141    spalte1="modules to be load:"; spalte2=$(echo "$modules" | cut -c-45)
2142    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2143    zeile=$(echo "$modules" | cut -c46-)
2144    while [[ "$zeile" != "" ]]
2145    do
2146       spalte1=""
2147       spalte2=$(echo "$zeile" | cut -c-45)
2148       printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2149       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c46-)
2150    done
2151
2152    spalte1="main program:"; spalte2=$mainprog
2153    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2154 else
2155    spalte1=executable:; spalte2=$executable
2156    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2157 fi
2158 printf "|                                                                        | \n"
2159 spalte1="base name of files:"; spalte2=$fname
2160 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2161 if [[ $fname != $afname ]]
2162 then
2163    spalte1="base name of input files:"; spalte2=$afname
2164    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2165 fi
2166 spalte1="INPUT control list:"; spalte2=$(echo $input_list)
2167 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2168 spalte1="OUTPUT control list:"; spalte2=$(echo $output_list)
2169 printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2170
2171 if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
2172 then
2173    printf "| %-35s%-35s | \n" "suffix \"_O\" is added to local files" " "
2174 fi
2175
2176 if [[ $do_batch = true  ||  "$LOADLBATCH" = yes ]]
2177 then
2178    spalte1="memory demand / PE":; spalte2="$memory MB"
2179    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2180    spalte1=CPU-time:; spalte2="$minuten:$sekunden"
2181    printf "| %-25s%-45s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
2182 fi
2183
2184 if [[ $do_compile = true ]]
2185 then
2186    printf "|                                                                        | \n"
2187    printf "| Files to be compiled:                                                  | \n"
2188    zeile=$source_list
2189    while [[ "$zeile" != "" ]]
2190    do
2191       linestart=$(echo $zeile | cut -c-70)
2192       printf "| %-70s | \n" "$linestart"
2193       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c71-)
2194    done
2195 fi
2196 printf "#------------------------------------------------------------------------#"
2197
2198
2199
2200    # BEDINGTE AUSGABE DER DATEIVERBINDUNGEN
2201 if [[ $do_trace = true ]]
2202 then
2203    (( i = 0 ))
2204    while (( i < iin ))
2205    do
2206       (( i = i + 1 ))
2207       if (( i == 1 ))
2208       then
2209          printf "\n\n >>> INPUT-file assignments:\n"
2210       fi
2211       printf "\n     ${localin[$i]} :  ${absnamein[$i]}"
2212    done
2213    (( i = 0 ))
2214    while (( i < iout ))
2215    do
2216       (( i = i + 1 ))
2217       if (( i == 1 ))
2218       then
2219          printf "\n\n >>> OUTPUT-file assignments:\n"
2220       fi
2221       printf "\n     ${localout[$i]} :  ${pathout[$i]}"
2222    done
2223    (( i = 0 ))
2224    while (( i < iic ))
2225    do
2226       (( i = i + 1 ))
2227       if (( i == 1 ))
2228       then
2229          printf "\n\n >>> INPUT-commands:\n"
2230       fi
2231       printf "\n     ${in_command[$i]}" 
2232    done
2233    (( i = 0 ))
2234    while (( i < ioc ))
2235    do
2236       (( i = i + 1 ))
2237       if (( i == 1 ))
2238       then
2239          printf "\n\n >>> OUTPUT-commands:\n"
2240       fi
2241       printf "\n     ${out_command[$i]}" 
2242    done
2243 fi
2244
2245
2246    # ABFRAGEN BEI AUFRUF AUF LOKALER MASCHINE
2247 if [[ $remotecall = false  &&  $silent = false  &&  $jobmo != BATCH ]]
2248 then
2249    antwort=dummy
2250    printf "\n\n"
2251    printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2252    while  read antwort
2253    do
2254       if [[ "$antwort" != y  &&  "$antwort" != Y  &&  "$antwort" != n  &&  "$antwort" != N ]]
2255       then
2256          printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2257       else
2258          break
2259       fi
2260    done
2261    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
2262    then
2263       locat=user_abort; (( iec = 0 )); exit
2264    fi
2265    if [[ $do_batch = true ]]
2266    then
2267       printf " >>> batch-job will be created and submitted"
2268    else
2269       if [[ $local_compile = false ]]
2270       then
2271          printf " >>> MRUN will now continue to execute on this machine"
2272       else
2273          printf " >>> a test compilation will now be carried out on this machine"
2274       fi
2275    fi
2276 fi
2277
2278
2279    # PERFORM PARAMETER FILE CHECK (COUPLED RUNS ARE NOT SUPPORTED YET)
2280    # DEFINE VARIABLES FOR FREQUENTLY USED DIRECTORIES
2281 check_depository="${working_directory}/trunk/UTIL"
2282 check_sources="${working_directory}/tmp_check_namelist_files"
2283 skip_check=false
2284
2285    # CHECK IF NAMELIST_FILE_CHECK HAS BEEN COMPILED SUCCESSFULLY
2286 if [[ ! -f $check_depository/check_namelist_files.tar ]]
2287 then
2288    skip_check=true
2289    reason="run on remote host or parameter file check has not been compiled."
2290 fi
2291 if [[ ! -f $PALM_BIN/check_namelist_files.x ]]
2292 then
2293    skip_check=true
2294    reason="parameter file check has not been compiled."
2295 fi
2296
2297    # CHECK FOR PARALLEL RUN; OTHERWISE SKIP CHECK
2298 if [[ "$cond1" != "parallel"  &&  "$cond2" != "parallel" ]]
2299 then
2300    skip_check=true
2301    reason="serial run."
2302 fi
2303
2304    # ONLY PERFORM CHECK IF -z OPTION IS NOT SET, NO RESTART RUN IS CARRIED OUT
2305    # AND IF THE EXECUTION HOST IS THE LOCAL HOST
2306    # ATTENTION: THIS ROUTINE DOES NOT WORK IF THE COMPILER ON THE LOCAL HOST
2307    # DIFFERS FROM THE COMPILER ON THE REMOTE HOST
2308 if [[ $check_namelist_files == false ]]
2309 then
2310    skip_check=true
2311    reason="-z option set."
2312 fi
2313
2314 if [[ $fromhost != $localhost ]]
2315 then
2316    skip_check=true
2317    reason="submitting host is local host." 
2318 fi 
2319
2320 if [[ $run_coupled_model == true ]]
2321 then
2322    skip_check=true
2323    reason="coupled run." 
2324 fi
2325
2326 if [[ $restart_run == true ]]
2327 then
2328    skip_check=true
2329    reason="restart run."     
2330 fi
2331
2332    # SKIP CHECK IN CASE OF RESTART RUN: CHECK WHETHER THE LAST CHAR IS "f" IN PARIN
2333 (( last_char_int = `echo $filename_input | wc -c` - 1 ))
2334 last_char=`echo $filename_input | cut -c $last_char_int`
2335 if [[ "$last_char" == "f" ]]
2336 then
2337    skip_check=true
2338    reason="restart run."
2339 fi
2340
2341 if [[ $skip_check == false ]]
2342 then
2343    tmp_check=${working_directory}/tmp_check
2344
2345       # GET TOPOGRAPHY PARAMETER FILE SUFFIX (USUALLY "_P3DF"). THIS FILE MIGHT IS
2346       # NOT NECESSARILY REQUIRED
2347    line=""
2348    found=false
2349    grep  "TOPOGRAPHY_DATA" $config_file  >  $tmp_check
2350    while read line1
2351    do
2352       line="$line1"
2353       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2354       then
2355          topo_suffix=`echo $line | tr -s " " | cut -d" " -s -f5`
2356          found=true
2357       fi
2358    done < $tmp_check
2359
2360    if [[ $found = false ]]
2361    then
2362       printf "\n  +++ no TOPOGRAPHY list entry found in the configuration file."
2363    fi
2364
2365    rm -rf ${working_directory}/tmp_check
2366
2367       # CHECK IF THE A P3DF FILE MUST BE CHECKED
2368    for  item  in  $input_list
2369    do
2370       if [[ "$item" == "restart" ]]
2371       then
2372          check_restart=1
2373       else
2374          check_restart=0
2375       fi
2376    done
2377
2378      # ERROR IF NO PARAMETER FILE WAS FOUND, OTHERWISE PROCEED
2379    if [[ (! -f $filename_input) && ( "$filename_input" != "" ) ]]
2380    then
2381       printf "\n\n  +++ ERROR: parameter file ($filename_input) not found." 
2382       locat=check_namelist; exit
2383    fi
2384   
2385       # CHECK IF THE RESTART PARAMETER FILE EXISTS (IF NECESSARY)
2386    if  [[ $check_restart == 1 ]]
2387    then
2388
2389       filenamef="${filename_input}f"
2390       if [[ ! -f $filenamef ]]
2391       then
2392          printf "\n\n  +++ WARNING: restart parameter file ($filenamef) is missing." 
2393          check_restart=0
2394          answer=dummy
2395          printf "\n\n"
2396
2397          if [[ $silent == false ]]
2398          then
2399             while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2400             do
2401                printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2402                read  answer
2403             done
2404             if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2405             then
2406                printf "\n  +++ Aborting...."
2407                locat=normal; exit
2408             fi
2409          fi
2410       else
2411          check_restart=1
2412       fi
2413    fi
2414
2415       # CREATE TEMPORARY SOURCES_FOR_CHECK PATH
2416    mkdir $check_sources
2417    cd $check_sources
2418
2419
2420       # CHECK FOR USER CODE, OTHERWISE USE THE PRECOMPILED CHECK_NAMELIST_FILES.X
2421    if [[ -d $add_source_path ]]
2422    then
2423       printf "\n\n  *** copying files from $check_depository" 
2424       cp $check_depository/check_namelist_files.tar ./
2425
2426       printf "\n\n  *** untar of makefile and source files in $check_sources"
2427       tar -xf check_namelist_files.tar  >  /dev/null  2>&1
2428
2429       printf "\n\n  *** adding user code." 
2430       cp $add_source_path/* ./
2431       touch check_namelist_files.f90
2432
2433          # GET COMPILER OPTIONS AND PERFORM MAKE
2434       printf "\n\n  *** compiling code if necessary...\n"
2435
2436          # workaround for batch jobs on local machine (lcxe6)
2437       if [[ $do_batch == true && $do_remote == false ]]
2438       then
2439          eval $init_cmds
2440       fi
2441
2442          # GET CHECK OPTIONS
2443       line=""
2444       found=false
2445
2446       grep  "$localhost" ${base_directory}/${config_file} | grep "%cpp_options"  >  $tmp_check
2447
2448       while read line1
2449       do
2450
2451          if [[ $(echo $line1 | cut -d" " -s -f3-) = "$localhost" ]]
2452          then
2453             line="$line1"
2454          fi
2455
2456          if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2457          then
2458                # EVENTUELLE DOPPELPUNKTE AUS OPTIONSSTRING UND ALLE -D ENTFERNEN
2459             line="$line "
2460             copts_check=`echo $line | cut -d" " -s -f2 | sed 's/::/%DUM%/g' | sed 's/:/ /g' | sed 's/%DUM%/:/g' | sed 's/-D[^ ]* //g' | sed 's/ -D.*//g'`
2461             found=true
2462          fi
2463
2464       done < $tmp_check
2465       copts_check="$copts_check -D__check -D__parallel"
2466
2467       make -f Makefile_check F90=$compiler_name_ser  COPT="$copts_check"
2468
2469          # GET MAKE OUTPUT
2470       if [[ $? != 0 ]]
2471       then
2472          printf "\n  +++ error during make."       
2473          answer=dummy
2474          printf "\n\n"
2475          if [[ $silent == false ]]
2476          then
2477             while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2478             do
2479                printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2480                read  answer
2481             done
2482             if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2483             then
2484                printf "\n  +++ Aborting..."
2485                rm -rf  $check_sources
2486                locat=normal; exit
2487             else
2488                skip_check=true
2489             fi
2490          else
2491             skip_check=true
2492          fi
2493       fi
2494    else
2495       cp $PALM_BIN/check_namelist_files.x ./
2496    fi
2497
2498    cp $filename_input ./PARIN
2499    if [[ $check_restart == 1 ]] 
2500    then
2501       cp $filenamef ./PARINF   
2502    fi
2503
2504    if [[ -f ${pathname}/${fname}${topo_suffix} && $skip_check == false ]]
2505    then
2506       printf "\n  *** adding topography data"
2507       cp ${pathname}/${fname}${topo_suffix} ./TOPOGRAPHY_DATA
2508
2509          # IN CASE OF TOPOGRAPHY AND HIGH GRID POINT NUMBERS, THE STACK SIZE
2510          # MUST BE INCREASED. THIS IS DUE TO THE ARRAY nzb_local AND topo_height,
2511          # WHICH REQUIRE SUFFICIENT MEMORY
2512       ulimit -s unlimited         
2513    fi
2514
2515       # CREATE ENVPAR FILE, WHICH IS NEEDED BY CHECK_NAMELIST_FILES.X
2516    cat  >  ENVPAR  <<  %%END%%
2517 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$host',
2518            write_binary = '$write_binary', tasks_per_node = $tasks_per_node,
2519            maximum_parallel_io_streams = $maximum_parallel_io_streams,
2520            maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
2521            revision = '$global_revision',
2522            local_dvrserver_running = $local_dvrserver_running /
2523
2524%%END%%
2525
2526       # SAFETY CHECK: ONLY PROCEED IF THE PARAMETER CHECK PROGRAM WAS PROPERLY COMPILED
2527    if [[ ! -f check_namelist_files.x  &&  $skip_check == false ]]
2528    then
2529       printf "\n  +++ WARNING: check_namelist_files.x not found."
2530       answer=dummy
2531       printf "\n\n"
2532
2533       if [[ $silent == false ]]
2534       then
2535          while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2536          do
2537             printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2538             read  answer
2539          done
2540          if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2541          then
2542             printf "\n  +++ Aborting..."
2543             rm -rf  $check_sources
2544             locat=normal; exit
2545          else
2546             printf "\n  *** skipping parameter file check."         
2547          fi
2548      fi
2549       
2550    elif [[ $skip_check == false ]]
2551    then
2552          # STARTING THE PARAMETER FILE CHECK
2553       printf "\n\n  *** starting parameter file check..."
2554
2555          # CHECKING THE P3D FILE
2556       printf "\n\n      (1) checking $filename_input" 
2557       echo "$numprocs 0 0" > VARIN
2558       errors=`./check_namelist_files.x < VARIN 2>&1`
2559
2560       check_error=false
2561       if [[ "$errors" == "" ]]
2562       then
2563          printf " --> o.k."
2564       else
2565          printf " --> failed."
2566          check_error=true
2567          printf "\n\n  $errors"
2568       fi
2569
2570          # CHECKING THE PD3F FILE IF NECESSARY
2571       if [[ $check_restart == 1 && $check_error == false ]]
2572       then
2573          printf "\n\n      (2) checking $filenamef" 
2574
2575             # FIRST CHECK IF INITIALIZING_ACTIONS="READ_RESTART_DATA" IS SET
2576             # IN &INIPAR LIST
2577          found=false
2578          cat PARINF | while read line
2579          do
2580             line=$(echo $line|sed 's/ //g')
2581             if [[ $line == *"&inipar"* ]]
2582             then
2583                start_search=true
2584             fi
2585
2586             if [[ $start_search == true ]]
2587             then
2588                if [[ $line == *"initializing_actions='read_restart_data'"* ]]
2589                then
2590                   found=true
2591                   break
2592                fi
2593             fi
2594
2595             if [[ $line == *"/"* ]]
2596             then
2597                start_search=false
2598             fi
2599
2600          done
2601
2602          if [[ $found = false ]]
2603          then
2604             printf "\n\n  +++ ERROR: initializing_actions = 'read_restart_data' not found"
2605             printf "\n      in &inipar list in $fname$p3df_suffix."
2606             rm -rf  $check_sources
2607             locat=check_namelist; exit
2608          fi
2609
2610             # READ max_user_pr FROM FILES
2611          if [[ -f parin_for_check ]]
2612          then
2613             read max_pr_user < parin_for_check
2614          else
2615             max_user_pr=0
2616          fi
2617
2618          echo "$numprocs 1 $max_pr_user" > VARIN
2619          errors=`./check_namelist_files.x < VARIN 2>&1`
2620
2621          if [[ "$errors" == "" ]]
2622          then
2623             printf " --> o.k."
2624          else
2625             printf " --> failed."
2626             check_error=true
2627             printf "\n\n  $errors"
2628          fi
2629       fi
2630   
2631          # REPORT ERRORS AND CONTINUE/EXIT
2632       if [[ $check_error == true ]]
2633       then
2634          printf "\n  +++ errors found in the parameter file!\n"
2635          answer=dummy
2636          printf "\n\n"
2637
2638          while [[ "$answer" != c  &&  "$answer" != C  && "$answer" != a  &&  "$answer" != A ]]
2639          do
2640             printf " >>> continue anyway (c(ontinue)/a(bort)) ?  "
2641             read  answer
2642          done
2643
2644          if [[ $answer = a  ||  $answer = A ]]
2645          then
2646             printf "\n  +++ Aborting..."
2647             rm -rf  $check_sources
2648             locat=normal; exit
2649          fi
2650        else
2651          printf "\n\n  *** parameter file(s) seem(s) to be o.k.\n"
2652        fi
2653        rm -rf $check_sources
2654    fi
2655 else
2656    printf "\n\n  +++ skipping parameter file check due to following reason: $reason \n" 
2657 fi
2658
2659    # DELETE TEMPORARY DIRECTORY AND FINISH NAMELIST FILE CHECK   
2660 rm -rf  $check_sources
2661 cd $working_directory
2662
2663
2664    # DETERMINE PATH FOR MAKE DEPOSITORY
2665 if [[ $do_batch = false  ||  $create_executable_for_batch = true ]]
2666 then
2667
2668    line=""
2669    grep "%depository_path" $config_file  >  tmp_mrun
2670    while read line
2671    do
2672       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2673       then
2674          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f3)" = "" ]]
2675          then
2676             global_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2677          fi
2678       fi
2679    done < tmp_mrun
2680
2681    line=""
2682    grep  " $localhost" $config_file | grep "%depository_path"  >  tmp_mrun
2683    while read line
2684    do
2685       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2686       then
2687          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f4)" = "$cond1"  &&  "$(echo $line | cut -d" " -s -f5)" = "$cond2" ]]
2688          then
2689             local_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2690          fi
2691       fi
2692    done < tmp_mrun
2693
2694    if [[ "$local_depository_path" = "" ]]
2695    then
2696       if [[ "$global_depository_path" != "" ]]
2697       then
2698          local_depository_path=$global_depository_path
2699       else
2700          printf "\n\n  +++ no depository path found in configuration file"
2701          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
2702          printf "\n      please set \"\%depository_path\" in configuration file\n"
2703          locat=config_file; exit
2704       fi
2705    fi
2706    eval local_depository_path=$local_depository_path
2707    [[ "$cond1" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond1
2708    [[ "$cond2" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond2
2709
2710
2711    basename=`echo $mainprog | cut -f1 -d"."`
2712    eval make_depository=${local_depository_path}/${basename}_current_version.tar
2713    if [[ ! -f $make_depository ]]
2714    then
2715       printf "\n"
2716       printf "\n  *** WARNING: make depository \"$make_depository\" not found"
2717       printf "\n               \"make\" will fail, if the Makefile or other source files are missing\n"
2718    fi
2719
2720 fi
2721
2722
2723    # FALLS AUF DIESER MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL, WERDEN JETZT ENTSPRE-
2724    # CHENDE AKTIONEN DURCHGEFUEHRT
2725 if [[ $do_batch = false ]]
2726 then
2727
2728
2729       # TEMPORAEREN KATALOG ERZEUGEN
2730    mkdir -p  $TEMPDIR
2731    chmod  go+rx  $TEMPDIR
2732    tmpcreate=true
2733
2734
2735       # SAEMTLICHE QUELLTEXT-DATEIEN BZW. AUSFUEHRBARES PROGRAMM IN
2736       # TEMPORAERES VERZEICHNIS KOPIEREN
2737    if [[ $do_compile = true ]]
2738    then
2739
2740          # ON NEC, COMPILATION IS DONE ON HOST CROSS VIA CROSS COMPILING
2741          # CREATE A TEMPORARY DIRECTORY ON THAT MACHINE (HOME MOUNTED VIA NFS)
2742       if [[ $localhost = nech ]]
2743       then
2744          TEMPDIR_COMPILE=$HOME/work/${usern}.$kennung
2745          if  mkdir -p  $TEMPDIR_COMPILE
2746          then
2747             printf "\n  *** \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2748             printf "\n      is generated as temporary directory for cross compiling\n"
2749          else
2750             printf "\n  +++ creating directory \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2751             printf "\n      needed for cross compilation failed"
2752             locat=compile
2753             exit
2754          fi
2755       else
2756          TEMPDIR_COMPILE=$TEMPDIR
2757       fi
2758
2759       cp  $make_depository  $TEMPDIR_COMPILE
2760       cd  $TEMPDIR_COMPILE
2761       tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
2762       cd -  > /dev/null
2763
2764       cp  SOURCES_FOR_RUN_$fname/*  $TEMPDIR_COMPILE
2765
2766    else
2767
2768       cp  $executable   ${TEMPDIR}/a.out
2769
2770    fi
2771
2772
2773       # WECHSEL IN TEMPORAEREN KATALOG
2774    cd  $TEMPDIR
2775    printf "\n  *** changed to temporary directory: $TEMPDIR"
2776
2777
2778       # OUTPUT-DATEI-VERBINDUNGEN AUF TEMPORAERER DATEI ABLEGEN
2779       # DIESE DATEI KANN VON SPAETER AUFZURUFENDEN BENUTZERPROZEDUREN GELESEN
2780       # WERDEN, UM ZU LOKALEN DATEINAMEN GEHOERENDE PERMANENTE NAMEN ZU
2781       # ERMITTELN
2782    (( i = 0 ))
2783    while (( i < iout ))
2784    do
2785       (( i = i + 1 ))
2786       if [[ "${actionout[$i]}" = tr  ||  "${actionout[$i]}" = tra  ||  "${actionout[$i]}" = trpe ]]
2787       then
2788          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2789       else
2790          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${frelout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2791       fi
2792    done
2793
2794
2795       # IF REQUIRED, START WITH COMPILING ACTIONS
2796    if [[ $do_compile = true ]]
2797    then
2798
2799
2800       if [[ -f a.out ]]
2801       then
2802
2803             # EXECUTABLE WAS CREATED DURING INTERACTIVE CALL OF MRUN
2804          printf "\n\n\n  *** executable a.out found"
2805          printf "\n      no compilation required \n"
2806
2807       else
2808
2809             # COMPILING WITH MAKE (ON NEC COMPILER IS CALLED ON HOST CROSS)
2810          printf "\n\n\n  *** compilation starts \n$striche\n"
2811          printf "  *** compilation with make using following options:\n"
2812          printf "      make depository:          $make_depository"
2813          if [[ "$mopts" != "" ]]
2814          then
2815             printf "      make options:             $mopts\n"
2816          fi
2817          printf "      compilername:             $compiler_name\n"
2818          printf "      compiler options:         $fopts\n"
2819          printf "      preprocessor directives:  $cpp_options \n"
2820          printf "      linker options:           $lopts \n"
2821          if [[ "$modules" != "" ]]
2822          then
2823             printf "      modules to be load:       $modules \n"
2824          fi
2825          printf "      source code files:        $source_list \n"
2826
2827          if [[ $localhost = nech ]]
2828          then
2829             ssh  $SSH_PORTOPT  136.172.44.192 -l $usern "$init_cmds $module_calls cd \$HOME/work/${usern}.$kennung; sxmake $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2830             cp  $TEMPDIR_COMPILE/a.out  .
2831             [[ $? != 0 ]]  &&  compile_error=true
2832             rm -rf  $TEMPDIR_COMPILE
2833          elif [[ $localhost = ibmh ]]
2834          then
2835             printf "      compiler is called via ssh on \"plogin1\" \n"
2836             ssh  $SSH_PORTOPT  plogin1  -l $usern  "$init_cmds export PATH=/sw/ibm/xlf/13.1.0.8/usr/bin:$PATH; $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2837             [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2838             continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2839          elif [[ $localhost = lcsgib ]]
2840          then
2841             printf "      compiler is called via ssh on \"bicegate0\" \n"
2842             ssh  $SSH_PORTOPT  bicegate0  -l $usern  "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2843             [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2844             continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2845          elif [[ $localhost = lcsgih ]]
2846          then
2847             printf "      compiler is called via ssh on \"hicegate0\" \n"
2848             ssh  $SSH_PORTOPT  hicegate0  -l $usern  "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" 2>&1 "
2849             [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2850             continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2851          elif [[ $localhost = lcflow ]]
2852          then
2853             printf "      compiler is called via ssh on \"flow\" \n"
2854             /usr/bin/ssh  $SSH_PORTOPT  flow02.hpc.uni-oldenburg.de -l $usern "$init_cmds $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out F90=$compiler_name COPT=\"$cpp_options\" F90FLAGS=\"$fopts\" LDFLAGS=\"$lopts\" "
2855             [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2856             continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2857          elif [[ $localhost = lccrayf ]]
2858          then
2859             make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2860          else
2861             [[ "$init_cmds" != "" ]]  &&  eval $init_cmds
2862             [[ "$module_calls" != "" ]]  &&  eval $module_calls
2863             make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2864          fi
2865
2866          if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
2867          then
2868             printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
2869             locat=compile
2870
2871             exit
2872          else
2873             printf "$striche\n  *** compilation finished \n"
2874          fi
2875
2876       fi
2877
2878    fi
2879
2880
2881       # FALLS NUR TESTWEISE KOMPILIERT WERDEN SOLLTE, IST MRUN JETZT FERTIG
2882    if [[ $local_compile = true ]]
2883    then
2884       cd  $HOME
2885       rm -rf $TEMPDIR
2886       locat=local_compile; exit
2887    fi
2888
2889
2890       # BEREITSTELLEN DER INPUT-DATEIEN
2891       # SCHLEIFE UEBER ALLE VOM BENUTZER ANGEGEBENEN DATEIEN
2892    (( i = 0 ))
2893    while (( i < iin ))
2894    do
2895       (( i = i + 1 ))
2896       if (( i == 1 ))
2897       then
2898          printf "\n\n  *** providing INPUT-files:\n$striche"
2899       fi
2900
2901
2902          # OPTIONALE DATEIEN BEI NICHTVORHANDENSEIN UEBERGEHEN
2903       if [[ "${transin[$i]}" = unavailable ]]
2904       then
2905          if [[ "${extin[$i]}" = ""  ||  "${extin[$i]}" = " " ]]
2906          then
2907             printf "\n  +++ WARNING: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}\" "
2908             printf "\n               is not available!"
2909          else
2910             printf "\n  +++ WARNING: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}.${extin[$i]}\" "
2911             printf "\n               is not available!"
2912          fi
2913          continue
2914       fi
2915
2916          # PRUEFEN, OB EINZELDATEI ODER DATEI PRO PROZESSOR
2917       files_for_pes=false; datentyp=file
2918       if [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
2919       then
2920          files_for_pes=true; datentyp=directory
2921          actionin[$i]=""
2922       elif [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
2923       then
2924          actionin[$i]=""
2925       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
2926       then
2927          files_for_pes=true; datentyp=directory
2928          actionin[$i]="ar"
2929       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
2930       then
2931          actionin[$i]="ar"
2932       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
2933       then
2934          files_for_pes=true; datentyp=directory
2935          actionin[$i]="fl"
2936       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
2937       then
2938          actionin[$i]="fl"
2939       fi
2940
2941       if [[ $files_for_pes = true ]]
2942       then
2943          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}/....  to  ${localin[$i]}"
2944       else
2945          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}  to  ${localin[$i]}"
2946       fi
2947
2948          # INPUT-DATEI FUER EINEN FORTSETZUNGSLAUF. ES WIRD GEPRUEFT,
2949          # OB DIESE DATEI NOCH AUF DEM TEMPORAEREN DATENKATALOG VORHANDEN
2950          # IST. FALLS NICHT, WIRD VERSUCHT, SIE ANSCHLIESSEND VOM ARCHIV-
2951          # SERVER ZU HOLEN
2952       if [[ "${actionin[$i]}" = fl ]]
2953       then
2954          printf "\n      $datentyp will be fetched from temporary directory \"${tmp_data_catalog}\" !"
2955          if [[ $files_for_pes = false ]]
2956          then
2957             if [[ -f "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
2958             then
2959                ln  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2960                got_tmp[$i]=true
2961             elif [[ -f "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
2962             then
2963                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
2964                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
2965                cp  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2966             else
2967                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
2968                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
2969                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
2970                actionin[$i]=ar
2971             fi
2972          else
2973             if [[ -d "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
2974             then
2975                mkdir  ${localin[$i]}
2976                cd $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2977                for file in $(ls *)
2978                do
2979                   ln $file $TEMPDIR/${localin[$i]}
2980                done
2981                cd $TEMPDIR
2982                got_tmp[$i]=true
2983             elif [[ -d "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
2984             then
2985                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
2986                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
2987                cp -r  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2988             else
2989                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
2990                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
2991                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
2992                actionin[$i]=ar
2993             fi
2994          fi
2995       fi
2996
2997
2998          # DATEI LIEGT AUF ARCHIV-SERVER
2999       if [[ "${actionin[$i]}" = ar ]]
3000       then
3001
3002          if [[ $files_for_pes = false ]]
3003          then
3004             printf "\n      file will be restored from archive-system ($archive_system)!"
3005          else
3006             printf "\n      directory will be restored from archive-system ($archive_system)!"
3007          fi
3008
3009          file_restored=false
3010
3011          if [[ $archive_system = asterix ]]
3012          then
3013             do_stagein=true
3014             (( stagein_anz = 0 ))
3015             while [[ $do_stagein = true ]]
3016             do
3017                if [[ $files_for_pes = false ]]
3018                then
3019                   stagein  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
3020                else
3021                   stagein  -t  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
3022                fi
3023                cat  STAGEIN_OUTPUT
3024                if [[ $(grep -c "st.msg:i24"  STAGEIN_OUTPUT) != 0 ]]
3025                then
3026                   file_restored=true
3027                   do_stagein=false
3028                else
3029                   (( stagein_anz = stagein_anz + 1 ))
3030                   if (( stagein_anz == 10 ))
3031                   then
3032                      printf "\n  +++ stagein stoped after 10 tries"
3033                      locat=stage
3034                      exit
3035                   fi
3036                   printf "\n  +++ restoring from archive failed, trying again:"
3037                   sleep 900
3038                fi
3039             done
3040          elif [[ $archive_system = DMF ]]
3041          then
3042             if [[ $files_for_pes = false ]]
3043             then
3044                printf "\n  +++ restoring of single files impossible with $archive_system !\n"
3045                locat=DMF
3046                exit
3047             else
3048                find  $ARCHIVE/${frelin[$i]}  -type m  -print  |  dmget
3049                cp  -r $ARCHIVE/${frelin[$i]}  $PWD
3050                file_restored=true
3051             fi
3052          elif [[ $archive_system = tivoli ]]
3053          then
3054             if [[ $files_for_pes = false ]]
3055             then
3056                if [[ $localhost = lcsgih ]]
3057                then
3058                   ssh  $SSH_PORTOPT  $usern@hicedata.hlrn.de  "cp  $PERM/${frelin[$i]}  $PWD"
3059                else
3060                   ssh  $SSH_PORTOPT  $usern@bicedata.hlrn.de  "cp  $PERM/${frelin[$i]}  $PWD"
3061                fi
3062             else
3063                (( inode = 0 ))
3064                while (( inode < nodes ))
3065                do
3066                   if [[ $localhost = lcsgih ]]
3067                   then
3068                      ssh  $SSH_PORTOPT  $usern@hicedata.hlrn.de  "cd $PWD; tar  xf  $PERM/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar"
3069                   else
3070                      ssh  $SSH_PORTOPT  $usern@bicedata.hlrn.de  "cd $PWD; tar  xf  $PERM/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar"
3071                   fi
3072                   (( inode = inode + 1 ))
3073                done
3074             fi
3075             file_restored=true
3076          elif [[ $archive_system = ut ]]
3077          then
3078             if [[ $files_for_pes = false ]]
3079             then
3080                cp  $UT/${frelin[$i]}  .
3081             else
3082                (( inode = 0 ))
3083                while (( inode < nodes ))
3084                do
3085                   tar  xf  $UT/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar
3086                   (( inode = inode + 1 ))
3087                done
3088             fi
3089             file_restored=true
3090          else
3091             printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"   restore impossible!"
3092             locat=rearchive
3093             exit
3094          fi
3095
3096          if [[ $file_restored = true ]]
3097          then
3098
3099                # DATEI AUCH AUF TEMPORAERES DATENVERZEICHNIS LEGEN, DAMIT
3100                # SIE BEI WEITEREN ZUGRIFFEN NOCH VORHANDEN IST
3101             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog; chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
3102             if [[ $files_for_pes = false ]]
3103             then
3104                ln  -f  ${frelin[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
3105             else
3106                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
3107                ln  -f  ${frelin[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
3108             fi
3109             got_tmp[$i]=true
3110
3111                # DATEI UNTER LOKALEM NAMEN ZUR VERFUEGUNG STELLEN
3112             mv  ${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
3113
3114          fi
3115       fi
3116
3117
3118          # DATEI LIEGT IM VOM BENUTZER ANGEGEBENEN VERZEICHNIS
3119       if [[ "${actionin[$i]}" = ""  ||  "${actionin[$i]}" = "di"  ||  "${actionin[$i]}" = "npe" ]]
3120       then
3121
3122          if [[ "${actionin[$i]}" = "npe"  &&  -n $numprocs ]]
3123          then
3124
3125                # DATEI WIRD FUER DIE PROZESSOREN EINES PARALLERECHNERS BEREITGESTELLT
3126             printf "\n      file will be provided for $numprocs processors"
3127             mkdir  ${localin[$i]}
3128             ival=$numprocs
3129             (( ii = 0 ))
3130             while (( ii <= ival-1 ))
3131             do
3132                if (( ii < 10 ))
3133                then
3134                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_000$ii
3135                elif (( ii < 100 ))
3136                then
3137                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_00$ii
3138                elif (( ii < 1000 ))
3139                then
3140                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_0$ii
3141                else
3142                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_$ii
3143                fi
3144                (( ii = ii + 1 ))
3145             done
3146
3147          else
3148
3149             if [[ $files_for_pes = true ]]
3150             then
3151
3152                   # DIE DEN PROZESSOREN EINES PARALLELRECHNERS ZUGEHOERIGEN
3153                   # DATEIEN WERDEN BEREITGESTELLT, INDEM ZUERST DER GESAMTE
3154                   # KATALOGINHALT KOPIERT UND DANN DIE EINZELNEN DATEIEN
3155                   # PER MOVE UMBENANNT WERDEN
3156                printf "\n      providing $numprocs files for the respective processors"
3157                mkdir  ${localin[$i]}
3158                if [[ $link_local_input = true ]]
3159                    then
3160                    printf "      using ln -f\n"
3161                    cd ${absnamein[$i]}
3162                    for file in $(ls *)
3163                      do
3164                      ln -f $file  ${localin[$i]}
3165                    done
3166                    cd $TEMPDIR
3167                fi
3168                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp -r"
3169                if [[ ! -f "${localin[$i]}/_0000" ]]
3170                    then
3171                    if [[ $link_local_input = true ]]
3172                        then
3173                        printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
3174                    fi
3175                    cp -r  ${absnamein[$i]}/*  ${localin[$i]}
3176                fi
3177
3178             else
3179                   # BEREITSTELLUNG AUF EINPROZESSORRECHNERN
3180                if [[ $link_local_input = true ]]
3181                then
3182                    printf "      using ln -f\n"
3183                    ln -f  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
3184                fi
3185                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp"
3186                if [[ ! -f "${localin[$i]}" ]]
3187                then
3188                    if [[ $link_local_input = true ]]
3189                    then
3190                        printf "      ln failed, using cp...\n"
3191                    fi
3192                    cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
3193                fi
3194             fi
3195          fi
3196       fi
3197
3198    done
3199    if (( i != 0 ))
3200    then
3201       printf "\n$striche\n  *** all INPUT-files provided \n"
3202    fi
3203
3204
3205       # EVENTUELLE INPUT-KOMMANDOS ABARBEITEN
3206    (( i = 0 ))
3207    while (( i < iic ))
3208    do
3209       (( i = i + 1 ))
3210       if (( i == 1 ))
3211       then
3212          printf "\n\n  *** execution of INPUT-commands:\n$striche"
3213       fi
3214       printf "\n  >>> ${in_command[$i]}"
3215       eval  ${in_command[$i]}
3216       if (( i == iic ))
3217       then
3218          printf "\n$striche\n"
3219       fi
3220    done
3221
3222
3223       # VERBLEIBENDE CPU-ZEIT BERECHNEN
3224    cpurest=${cpumax}.
3225
3226
3227       # START DVR STREAMING SERVER
3228    if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
3229    then
3230       if [[ "$dvr_server" != "" ]]
3231       then
3232
3233          printf "\n\n  *** preparing the dvr streaming server configuration file"
3234
3235             # Check, if a dvr server is already running
3236          running_dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config | grep -v grep) | cut -d" " -f2`
3237          if [[ "$running_dvrserver_id" != "" ]]
3238          then
3239
3240             printf "\n\n  +++ WARNING: A dvr server with id=$running_dvrserver_id is already running!"
3241             printf "\n      This server is used instead starting a new one!"
3242             printf "\n      If required, script \"process_dvr_output\" has to be run manually."
3243
3244          else
3245
3246                # COPY CONFIGURATION FILE FOR STREAMING SERVER FROM REPOSITORY TO HERE
3247             if [[ -f ${PALM_BIN}/.dvrserver.config ]]
3248             then
3249                cp  ${PALM_BIN}/.dvrserver.config  .
3250
3251                   # Entering the BASEDIR, UID and GID into this file
3252                user_id=`id -u`
3253                group_id=`id -g`
3254                   # & is needed as seperator, because TEMPDIR contains /
3255                sed "s&<replace by dvr data directory>&${TEMPDIR}&g" .dvrserver.config > .dvrserver.1
3256                sed "s/<replace by user id>/$user_id/g"    .dvrserver.1 > .dvrserver.2
3257                sed "s/<replace by group id>/$group_id/g"  .dvrserver.2 > .dvrserver.3
3258                mv  .dvrserver.3  .dvrserver.config
3259                rm  .dvrserver.1  .dvrserver.2
3260
3261                   # Start dvr server in background, get his id and print on terminal
3262                $dvr_server  .dvrserver.config  >>  DVR_LOGFILE  2>&1  &
3263                dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config) | cut -d" " -f2`
3264                printf "\n  *** streaming server with id=$dvrserver_id is started in background"
3265                local_dvrserver_running=.TRUE.
3266             else
3267                printf "\n  +++ missing file \".dvrserver.config\" in directory:"
3268                printf "\n      \"$PALM_BIN\" "
3269                locat=dvr
3270                exit
3271             fi
3272
3273          fi
3274
3275       else
3276          printf "\n\n  --- INFORMATIVE: no dvr streaming server will be started"
3277       fi
3278    fi
3279
3280
3281       # NAMELIST-DATEI MIT WERTEN VON ENVIRONMENT-VARIABLEN ERZEUGEN (ZU
3282       # LESEN VON PALM)
3283    cat  >  ENVPAR  <<  %%END%%
3284 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$localhost',
3285          write_binary = '$write_binary', tasks_per_node = $tasks_per_node,
3286          maximum_parallel_io_streams = $maximum_parallel_io_streams,
3287          maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
3288          revision = '$global_revision',
3289          local_dvrserver_running = $local_dvrserver_running /
3290
3291%%END%%
3292
3293
3294       # PROGRAMMSTART
3295    printf "\n\n  *** execution starts in directory\n      \"`pwd`\"\n$striche\n"
3296    PATH=$PATH:$TEMPDIR
3297
3298       # MPI debug option (argument checking, slows down execution due to increased latency)
3299    if [[ "$mpi_debug" = true ]]
3300    then
3301       export MPI_CHECK_ARGS=1
3302       printf "\n  +++ MPI_CHECK_ARGS=$MPI_CHECK_ARGS"
3303    fi
3304
3305    if [[ "$totalview" = true ]]
3306    then
3307       printf "\n *** totalview debugger will be used"
3308       tv_opt="-tv"
3309    else
3310       tv_opt=""
3311    fi
3312
3313    if [[ "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ]]
3314    then
3315       if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
3316       then
3317          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-5) != lcsgi ]]
3318          then
3319             printf "\n  +++ debug is allowed in interactive mode only"
3320             locat=debug
3321             exit
3322          fi
3323       fi
3324       if [[ $localhost = ibmh ]]
3325       then
3326
3327             # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
3328          export MP_SHARED_MEMORY=yes
3329          export AIXTHREADS_SCOPE=S
3330          export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3331          export AUTHSTATE=files
3332          export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
3333
3334             # FOLLOWING OPTIONS ARE MANDATORY FOR TOTALVIEW
3335          export MP_ADAPTER_USE=shared
3336          export MP_CPU_USE=multiple
3337          export MP_TIMEOUT=1200
3338
3339          unset  MP_TASK_AFFINITY
3340
3341             # SO FAR, TOTALVIEW NEEDS HOSTFILE MECHANISM FOR EXECUTION
3342          #(( ii = 1 ))
3343          #while (( ii <= $numprocs ))
3344          #do
3345          #   echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3346          #   (( ii = ii + 1 ))
3347          #done
3348          #export MP_HOSTFILE=hostfile
3349
3350          if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
3351          then
3352             totalview   poe  a.out  $ROPTS
3353          else
3354             echo totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1   $ROPTS
3355             export TVDSVRLAUNCHCMD=ssh
3356             totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1   $ROPTS
3357          fi
3358       elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-5) = lcsgi ]]
3359       then
3360             # CURRENTLY NO DEBUGGER ON LCSGI
3361          if [[ $run_coupled_model = true ]]
3362          then
3363             printf "\n  +++ no debug in coupled mode available on \"$localhost\" "
3364             locat=debug
3365             exit
3366          else
3367             echo "no_coupling"  >  runfile_atmos
3368          fi
3369          (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3370          export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3371          echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3372          if [[ $threads_per_task != 1 ]]
3373          then
3374             printf "\n      threads per task: $threads_per_task"
3375          fi
3376          printf "\n\n"
3377          if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3378          then
3379#             export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
3380             if [[ "$totalview" = true ]]
3381             then
3382                printf "\n     running totalview debugger"
3383                mpiexec_mpt $tv_opt -n $ii   ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3384             else
3385                mpiexec_mpt -np $ii   ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3386             fi
3387          elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3388          then
3389#             ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
3390#             export MV2_NUM_PORTS=2
3391#             export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
3392             if [[ "$totalview" = true ]]
3393             then
3394                printf "\n     running totalview debugger"
3395                mpiexec $tv_opt ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3396             else
3397                mpiexec    ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3398             fi
3399          fi
3400       else
3401          printf "\n  +++ no debug available on \"$localhost\" "
3402          printf "\n      or not implemented in mrun so far"
3403          locat=debug
3404          exit
3405       fi
3406
3407       # end debug mode
3408    else
3409
3410          # normal execution
3411       if [[ -n $numprocs ]]
3412       then
3413             # RUNNING THE PROGRAM ON PARALLEL MACHINES
3414          if [[ $(echo $host | cut -c1-3) = ibm ]]
3415          then
3416                # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
3417             if [[ $host != ibmh  &&  $host != ibmkisti ]]
3418             then
3419                export MP_SHARED_MEMORY=yes
3420                export AIXTHREAD_SCOPE=S
3421                export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3422                export XLSMPOPTS="spins=0:yields=0:stack=20000000"
3423                export AUTHSTATE=files
3424                export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
3425                #  export MP_PRINTENV=yes
3426
3427                   # TUNING-VARIABLEN ZUR VERBESSERUNG DER KOMMUNIKATION
3428                   # ZEIGEN ABER DERZEIT (SEP 04, FEDERATION) KAUM WIRKUNG
3429                export MP_WAIT_MODE=poll
3430                [[ $node_usage = not_shared ]]  &&  export MP_SINGLE_THREAD=yes
3431             fi
3432
3433             if [[ $host = ibmkisti ]]
3434             then
3435                export LANG=en_US
3436                export MP_SHARED_MEMORY=yes
3437                if [[ $threads_per_task = 1 ]]
3438                then
3439                   export MP_SINGLE_THREAD=yes
3440                   export MEMORY_AFFINITY=MCM
3441                else
3442                   export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3443                fi
3444             fi
3445
3446             if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
3447             then
3448                printf "\n--- Control: OMP_NUM_THREADS = \"$OMP_NUM_THREADS\" \n"
3449                if [[ "$cond1" = hpmcount  ||  "$cond2" = hpmcount ]]
3450                then
3451                   /opt/optibm/HPM_2_4_1/bin/hpmcount  a.out  $ROPTS
3452                else
3453                   if [[ $run_coupled_model = false ]]
3454                   then
3455                      if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3456                      then
3457                         echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3458                      else
3459                         echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3460                      fi
3461                   else
3462                      (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3463                      (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3464                      printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3465                      printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3466                      printf "\n\n"
3467                      echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3468                   fi
3469                   poe ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3470                fi
3471             else
3472                if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibms ]]
3473                then
3474                   poe  a.out  -procs $numprocs  -nodes 1  -rmpool 0  $ROPTS
3475                elif [[ $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku  ||  $localhost = ibmy ]]
3476                then
3477                   if [[ -f $hostfile ]]
3478                   then
3479                      cp  $hostfile  hostfile
3480                   else
3481                      (( ii = 1 ))
3482                      while (( ii <= $numprocs ))
3483                      do
3484                         echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3485                         (( ii = ii + 1 ))
3486                      done
3487                   fi
3488                   export MP_HOSTFILE=hostfile
3489                   if [[ $run_coupled_model = false ]]
3490                   then
3491                      if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3492                      then
3493                         echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3494                      else
3495                         echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3496                      fi
3497                   else
3498                      (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3499                      (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3500                      printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3501                      printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3502                      printf "\n\n"
3503                      echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3504                   fi
3505                   if [[ $localhost = ibmy ]]
3506                   then
3507                      ./a.out  -procs $tasks_per_node  $ROPTS  <  runfile_atmos
3508                   else
3509                      poe  ./a.out  -procs $numprocs $ROPTS  <  runfile_atmos
3510                   fi
3511
3512                else
3513                   if [[ "$host_file" = "" ]]
3514                   then
3515                      printf "\n  +++ no hostfile given in configuration file"
3516                      locat=config_file
3517                      exit
3518                   else
3519                      eval host_file=$host_file
3520                   fi
3521                   export MP_HOSTFILE=$host_file
3522                   poe  a.out  -procs $numprocs  -tasks_per_node $numprocs  $ROPTS
3523                fi
3524             fi
3525          elif [[ $host = nech  ||  $host = necriam ]]
3526          then
3527             (( ii = nodes ))
3528             if [[ $ii = 1 ]]
3529             then
3530                export F_ERRCNT=0        # acceptable number of errors before program is stopped
3531                export MPIPROGINF=YES
3532                #  export F_TRACE=YES|FMT1|FMT2  # output of ftrace informations to job protocol
3533                echo "*** execution on single node with mpirun"
3534                mpirun  -np $numprocs  ./a.out  $ROPTS
3535             else
3536                (( i = 0 ))
3537                while (( i < ii ))
3538                do
3539                   echo "-h $i  -p $tasks_per_node  -e ./mpi_exec_shell"  >>  multinode_config
3540                   (( i = i + 1 ))
3541                done
3542
3543                echo "#!/bin/sh"                         >   mpi_exec_shell
3544                echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3545                echo "set -u"                            >>  mpi_exec_shell
3546                echo "F_ERRCNT=0"                        >>  mpi_exec_shell
3547                echo "MPIPROGINV=YES"                    >>  mpi_exec_shell
3548                echo "OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task" >>  mpi_exec_shell
3549                echo "cpurest=$cpurest"                  >>  mpi_exec_shell
3550                echo "fname=$fname"                      >>  mpi_exec_shell
3551                echo "localhost=$localhost"              >>  mpi_exec_shell
3552                echo "return_addres=$return_addres"      >>  mpi_exec_shell
3553                echo "return_username=$return_username"  >>  mpi_exec_shell
3554                echo "tasks_per_node=$tasks_per_node"    >>  mpi_exec_shell
3555                echo "write_binary=$write_binary"        >>  mpi_exec_shell
3556                echo "use_seperate_pe_for_dvrp_output=$use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3557                echo "  "                                >>  mpi_exec_shell
3558                echo "export F_ERRCNT"                   >>  mpi_exec_shell
3559                echo "export MPIPROGINV"                 >>  mpi_exec_shell
3560                echo "export OMP_NUM_THREADS"            >>  mpi_exec_shell
3561                echo "export cpurest"                    >>  mpi_exec_shell
3562                echo "export fname"                      >>  mpi_exec_shell
3563                echo "export localhost"                  >>  mpi_exec_shell
3564                echo "export return_addres"              >>  mpi_exec_shell
3565                echo "export return_username"            >>  mpi_exec_shell
3566                echo "export tasks_per_node"             >>  mpi_exec_shell
3567                echo "export write_binary"               >>  mpi_exec_shell
3568                echo "export use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3569                echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3570                echo "exec  ./a.out"                     >>  mpi_exec_shell
3571
3572                chmod u+x  mpi_exec_shell
3573                export MPIPROGINF=YES
3574                mpirun  -f multinode_config  &
3575                wait
3576
3577             fi
3578          elif [[ $(echo $host | cut -c1-2) = lc  &&  $host != lckyoto &&  $host != lctit ]]
3579          then
3580
3581                # COPY HOSTFILE FROM SOURCE DIRECTORY OR CREATE IT, IF IT
3582                # DOES NOT EXIST
3583             if [[ $host != lccrayf  &&  $host != lcsgih  &&  $host != lcsgib  &&  $host != lckyuh  &&  $host != lckyut ]]
3584             then
3585                if [[ -f $hostfile ]]
3586                then
3587                   cp  $hostfile  hostfile
3588                   (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3589                else
3590                   (( ii = 1 ))
3591                   while (( ii <= $numprocs / $threads_per_task ))
3592                   do
3593                      echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3594                      (( ii = ii + 1 ))
3595                   done
3596                fi
3597                eval zeile=\"`head -n $ii  hostfile`\"
3598                printf "\n  *** running on: $zeile"
3599             fi
3600
3601             (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3602             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3603             # echo "*** OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3604             if [[ $threads_per_task != 1 ]]
3605             then
3606                   # increase stack size to unlimited, because large runs
3607                   # may abort otherwise
3608                ulimit -Ss unlimited
3609                printf "\n      threads per task: $threads_per_task  stacksize: unlimited"
3610             fi
3611             if [[ $run_coupled_model = false ]]
3612             then
3613                if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3614                then
3615                   echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3616                else
3617                   echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3618                fi
3619                printf "\n\n"
3620                if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3621                then
3622                   if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3623                   then
3624                          # MPI_DSM_DISTRIBUTE not necessary when MPI_DSM_CPULIST is set
3625                          # export MPI_DSM_DISTRIBUTE=1
3626                          # MPI_DSM_CPULIST: pin MPI processes to cores
3627                      if [[ $use_openmp = false ]]
3628                      then
3629                         if [[ "$sgi_feature" = ice2 ]]
3630                         then
3631                            export MPI_DSM_CPULIST="0,4,1,5,2,6,3,7:allhosts"
3632                         else
3633                            export MPI_DSM_CPULIST="0,1,4,5,2,3,6,7:allhosts"
3634                         fi
3635                      else
3636                         unset MPI_DSM_CPULIST
3637                      fi
3638                          # MPI_IB_RAILS: use both IB rails on ICE2
3639                      export MPI_BUFS_PER_HOST=512
3640                      export MPI_IB_RAILS=2
3641                          # NECESSARY, IF MORE THAN 4096 PEs ARE USED
3642                      export MPI_CONNECTIONS_THRESHOLD=8192
3643                  #    echo "*** MPI_DSM_CPULIST=$MPI_DSM_CPULIST"
3644                      export MPI_TYPE_DEPTH=20
3645                  #    echo "*** MPI_TYPE_DEPTH=$MPI_TYPE_DEPTH"
3646                      export MPI_GROUP_MAX=64
3647                  #    echo "*** MPI_GROUP_MAX=$MPI_GROUP_MAX"
3648                      if [[ $use_openmp = true ]]
3649                      then
3650                         echo " mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos"
3651                         mpiexec -npernode $tasks_per_node $tv_opt ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3652                      else
3653                         mpiexec_mpt -np $ii $tv_opt  ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3654                      fi
3655
3656                          # next is test for openmp usage
3657                  #     echo "mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos"
3658                  #     mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3659                   elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3660                   then
3661                      export MV2_NUM_PORTS=2
3662                      #  The default setting of MV2_CPU_MAPPING gives best results
3663                      # export MV2_ENABLE_AFFINITY=1
3664                      #  export MV2_CPU_MAPPING=0,1,4,5,2,3,6,7
3665               #       if [[ "$sgi_feature" = ice2 ]]
3666               #       then
3667               #          export MV2_CPU_MAPPING=0,4,1,5,2,6,3,7
3668               #       else
3669               #          export MV2_CPU_MAPPING=0,1,4,5,2,3,6,7
3670               #       fi
3671                      if [[ $use_openmp = true ]]
3672                      then
3673                         unset MV2_CPU_MAPPING
3674                         export MV2_ENABLE_AFFINITY=0
3675                      fi
3676                      echo "*** MV2_CPU_MAPPING=$MV2_CPU_MAPPING"
3677                      echo "*** MV2_ENABLE_AFFINITY=$MV2_ENABLE_AFFINITY"
3678                      if [[ $use_openmp = true ]]
3679                      then
3680                         echo " mpiexec -npernode $tasks_per_node  ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos"
3681                         mpiexec -npernode $tasks_per_node $tv_opt ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3682                      else
3683                         mpiexec -np $ii $tv_opt ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3684                      fi
3685                   elif [[ "$mpilib" = impi ]]
3686                   then
3687                      echo "mpirun -np $ii inspxe-cl -r result -collect mi3 -- ./a.out  <  runfile_atmos"
3688                      mpirun -np $ii inspxe-cl -r result -collect mi3 -- ./a.out  <  runfile_atmos
3689                   fi
3690                elif [[ $host = lccrayf ]]
3691                then
3692                    aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  -m ${memory}M  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3693                elif [[ $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3694                then
3695                    aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3696                elif [[ $host = lcflow ]]
3697                then
3698                   mpirun -bootstrap sge -np $ii  -env I_MPI_FABRICS shm:ofa a.out  < runfile_atmos  $ROPTS
3699                elif [[ $host = lcsb ]]
3700                then
3701                   mpirun_rsh -hostfile $PBS_NODEFILE -np `cat $PBS_NODEFILE | wc -l` a.out  < runfile_atmos  $ROPTS
3702                elif [[ $host = lckiaps ]]
3703                then
3704                   mpirun -np $ii  -f $PBS_NODEFILE  a.out  <  runfile_atmos  $ROPTS
3705                elif [[ $host = lckyu* ]]
3706                then
3707                   mpiexec -n $ii --stdin runfile_atmos  ./a.out  $ROPTS
3708                else
3709                   mpiexec  -machinefile hostfile  -n $ii  a.out  <  runfile_atmos  $ROPTS
3710                fi
3711             else
3712
3713                    # currently there is no full MPI-2 support on ICE and XT4
3714                (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3715                (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3716                printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3717                printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3718                printf "\n\n"
3719
3720                if [[ $coupled_mode = "mpi2" ]]
3721                then
3722                   echo "atmosphere_to_ocean $iia $iio"  >  runfile_atmos
3723                   echo "ocean_to_atmosphere $iia $iio"  >  runfile_ocean
3724                   if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3725                   then
3726
3727                      if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3728                      then
3729#                         export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
3730                         mpiexec_mpt -np $iia  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3731                         mpiexec_mpt -np $iio  ./a.out  $ROPTS < runfile_ocean &
3732                      elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3733                      then
3734#                         ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
3735#                         export MV2_NUM_PORTS=2
3736#                         export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
3737                         mpiexec -n $iia  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3738                         mpiexec -n $iio  ./a.out  $ROPTS < runfile_ocean &
3739                      fi
3740
3741                   elif [[ $host = lccrayf  ||  $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3742                   then
3743
3744                      aprun  -n $iia  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  $ROPTS  &
3745                      aprun  -n $iio  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_ocean  $ROPTS  &
3746
3747                   else
3748                          # WORKAROUND BECAUSE mpiexec WITH -env option IS NOT AVAILABLE ON SOME SYSTEMS
3749                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos &
3750                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  a.out  $ROPTS  <  runfile_ocean &
3751#                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  -env coupling_mode atmosphere_to_ocean  a.out  $ROPTS  &
3752#                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  -env coupling_mode ocean_to_atmosphere  a.out  $ROPTS  &
3753                   fi
3754                   wait
3755
3756                else
3757
3758                   echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3759                   if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3760                   then
3761
3762                      if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3763                      then
3764#                         export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
3765                         mpiexec_mpt -np $ii  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos
3766                      elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3767                      then
3768#                         ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
3769#                         export MV2_NUM_PORTS=2
3770#                         export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
3771                         mpiexec  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos
3772                      fi
3773
3774                   elif [[ $host = lccrayf  ||  $host = lcxe6  ||  $host = lcxt5m ]]
3775                   then
3776
3777                      aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  $ROPTS
3778
3779                   elif [[ $host = lck || $host = lckordi ]]
3780                   then
3781
3782                      mpiexec -n $ii  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3783
3784                   elif [[ $host = lckyu* ]]
3785                   then
3786
3787                      mpiexec -n $ii --stdin runfile_atmos  ./a.out  $ROPTS
3788
3789                   fi
3790                   wait
3791                fi
3792
3793             fi
3794          elif [[ $host = lckyoto ]]
3795          then
3796             set -xv
3797             export P4_RSHCOMMAND=plesh
3798             echo "     P4_RSHCOMMAND = $P4_RSHCOMMAND"
3799             if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
3800             then
3801                if [[ "$cond2" = fujitsu ]]
3802                then
3803                   mpiexec  -n $numprocs  ./a.out  $ROPTS  # for fujitsu-compiler
3804                elif [[ "cond2" = pgi ]]
3805                then
3806                   mpirun  -np $numprocs  -machinefile ${QSUB_NODEINF}  ./a.out  $ROPTS
3807                else
3808                   mpirun_rsh -np $numprocs -hostfile ${QSUB_NODEINF} MV2_USE_SRQ=0 ./a.out ${ROPTS} || /bin/true
3809                fi
3810             else
3811                if [[ "$cond2" = "" ]]
3812                then
3813                   mpiruni_rsh -np $numprocs ./a.out  $ROPTS  # for intel
3814                else
3815                   mpirun  -np $numprocs  ./a.out  $ROPTS
3816                fi
3817             fi
3818             set +xv
3819          elif [[ $host = lctit ]]
3820          then
3821             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3822             echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3823             if [[ "$threads_per_task" != 1 ]]
3824             then
3825                export MV2_ENABLE_AFFINITY=0
3826             fi
3827             echo "----- PBS_NODEFILE content:"
3828             cat $PBS_NODEFILE
3829             echo "-----"
3830             (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3831             echo "mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE ./a.out  $ROPTS"
3832             mpirun  -np $ii  -hostfile $PBS_NODEFILE ./a.out  $ROPTS
3833          else
3834             mpprun  -n $numprocs  a.out  $ROPTS
3835          fi
3836          [[ $? != 0 ]]  &&  execution_error=true
3837
3838
3839             # PERFORMANCE-AUSWERTUNG MIT APPRENTICE
3840          if [[ "$cond1" = apprentice  ||  "$cond2" = apprentice ]]
3841          then
3842             apprentice
3843          fi
3844       else
3845          a.out  $ROPTS
3846       fi
3847    fi
3848    if [[ $? != 0  ||  $execution_error = true ]]
3849    then
3850
3851          # ABBRUCH BEI LAUFZEITFEHLER
3852#       [[ ! ( "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ) ]]  &&  cat  aout_output*
3853       printf "\n  +++ runtime error occured"
3854       locat=execution
3855       exit
3856    else
3857#       [[ ! ( "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ) ]]  &&  cat  aout_output*
3858       printf "\n$striche\n  *** execution finished \n"
3859
3860          # Stop the dvr streaming server and process the dvr output in order
3861          # to create dvrs- and html-files containing all streams
3862       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
3863       then
3864          kill $dvrserver_id
3865          printf "\n  *** dvr server with id=$dvrserver_id has been stopped"
3866
3867             # If there is a directory, data have been output by the
3868             # streaming server. Otherwise, user has chosen dvrp_output=local
3869          if [[ -d DATA_DVR ]]
3870          then
3871
3872                # Add the current dvr configuration file to the dvr output
3873                # directory
3874             cp  .dvrserver.config  DATA_DVR
3875
3876                # Process the dvr output (option -s for also generating
3877                # sequence mode data)
3878             process_dvr_output  -d DATA_DVR  -f $fname  -s
3879
3880          else
3881
3882                # Process the local output
3883             process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3884
3885          fi
3886
3887       elif [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
3888       then
3889
3890             # Process dvr output generated in local mode (dvrp_output=local)
3891          process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3892
3893       fi
3894    fi
3895
3896
3897
3898       # Call of combine_plot_fields in order to merge single files written
3899       # by each PE into one file.
3900   if [[ ! -f ${PALM_BIN}/combine_plot_fields${block}.x ]]
3901   then
3902      printf "\n\n\n  +++ WARNING: no combine_plot_fields found for given block \"$cond1 $cond2\""
3903      printf "\n      2d- and/or 3d-data may be incomplete!"
3904      printf "\n      Run \"mbuild -u -h $localhost\" to generate utilities for this block.\n"
3905   elif [[ "$combine_plot_fields" == true ]]
3906   then
3907      printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"combine_plot_fields${block}.x\" ..."
3908      combine_plot_fields${block}.x
3909   else
3910#     Temporary solution to skip combine_plot_fields. This is necessary in case of huge amount of
3911#     data output. To do: extend this branch by creating a batch job for combine_plot_fields.
3912      printf "\n\n\n *** post-processing: skipping combine_plot_fields (-Z option set) ..."
3913   fi
3914
3915
3916
3917       # EVENTUELLE OUTPUT-KOMMANDOS ABARBEITEN
3918    (( i = 0 ))
3919    while (( i < ioc ))
3920    do
3921       (( i = i + 1 ))
3922       if (( i == 1 ))
3923       then
3924          printf "\n\n  *** execution of OUTPUT-commands:\n$striche"
3925       fi
3926       printf "\n  >>> ${out_command[$i]}"
3927       eval  ${out_command[$i]}
3928       if (( i == ioc ))
3929       then
3930          printf "\n$striche\n"
3931       fi
3932    done
3933
3934
3935       # EVTL. INHALT DES AKTUELLEN VERZEICHNISSES AUSGEBEN
3936    if [[ $do_trace = true ]]
3937    then
3938       printf "\n\n"
3939       ls -al
3940    fi
3941
3942
3943
3944       # OUTPUT-DATEIEN AN IHRE ZIELORTE KOPIEREN
3945    (( i = 0 ))
3946    while (( i < iout ))
3947    do
3948       (( i = i + 1 ))
3949       if (( i == 1 ))
3950       then
3951          printf "\n\n  *** saving OUTPUT-files:\n$striche"
3952       fi
3953
3954          # PRUEFEN, OB EINZELDATEI ODER DATEI PRO PROZESSOR
3955       files_for_pes=false; filetyp=file
3956       if [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
3957       then
3958          files_for_pes=true; filetyp=directory
3959          actionout[$i]=""
3960       elif [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
3961       then
3962          actionout[$i]=""
3963       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
3964       then
3965          files_for_pes=true; filetyp=directory
3966          actionout[$i]="ar"
3967       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3968       then
3969          actionout[$i]="ar"
3970       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
3971       then
3972          files_for_pes=true; filetyp=directory
3973          actionout[$i]="fl"
3974       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3975       then
3976          actionout[$i]="fl"
3977       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  -n $numprocs ]]
3978       then
3979          files_for_pes=true; filetyp=directory
3980          actionout[$i]="tr"
3981       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3982       then
3983          actionout[$i]="tr"
3984       fi
3985
3986       if [[ ! -f ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = false ]]
3987       then
3988          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}  does not exist\n"
3989       elif [[ ! -d ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = true ]]
3990       then
3991          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}/....  does not exist\n"
3992       else
3993
3994
3995             # KOPIEREN PER FTP/SCP (IMMER IM BINAERMODUS, -M: FALLS ZIELKATALOG
3996             # NICHT VORHANDEN, WIRD VERSUCHT, IHN ANZULEGEN), ABER NUR BEI
3997             # REMOTE-RECHNUNGEN
3998          if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
3999          then
4000             if [[ $localhost != $fromhost ]]
4001             then
4002                if [[ $files_for_pes = false ]]
4003                then
4004                   cps=""
4005                   cst=""
4006                else
4007                   cps=-c
4008                   cst="/"
4009                fi
4010                if [[ $localhost = nech ]]
4011                then
4012
4013                      # TRANSFER IN EIGENSTAENDIGEM JOB
4014                      # ZUERST KOPIE DER DATEI INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4015                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
4016                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
4017                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4018                   then
4019                      ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
4020                   else
4021                      mkdir  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
4022                      ln  ${localout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
4023                   fi
4024
4025                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
4026                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
4027
4028                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP in seperate job to"
4029                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst"
4030                   printf "\n              or higher cycle\n"
4031                   echo "batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_addres  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
4032
4033                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
4034
4035                   if [[ $localhost = nech ]]
4036                   then
4037                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
4038                   else
4039                      if [[ "$LOGNAME" = b323013 ]]
4040                      then
4041                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
4042                      else
4043                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
4044                      fi
4045                   fi
4046
4047                else
4048
4049                      # TRANSFER INNERHALB DIESES JOBS
4050                   transfer_failed=false
4051                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP to"
4052                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst\n"
4053                   batch_scp $PORTOPT $cps -b -m -u $return_username $return_addres  ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
4054                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
4055
4056                      # BEI FEHLGESCHLAGENEM TRANSFER SICHERUNGSKOPIE AUF
4057                      # LOKALER MASCHINE ANLEGEN
4058                   if [[ $transfer_failed = true ]]
4059                   then
4060                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on the local host under:\n"
4061                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
4062
4063                         # ERSTMAL PRUEFEN, OB VERZEICHNIS EXISTIERT. GEGEBENENFALLS
4064                         # ANLEGEN.
4065                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
4066                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
4067                      then
4068                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
4069                         printf "      $local_catalog \n"
4070                         mkdir -p  $local_catalog
4071                      fi
4072                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
4073                      transfer_problems=true
4074                   fi
4075                fi
4076             else
4077
4078                   # WERTZUWEISUNG, SO DASS WEITER UNTEN NUR KOPIERT WIRD
4079                actionout[$i]=""
4080             fi
4081          fi
4082
4083
4084             # APPEND PER FTP/SCP (IMMER IM BINAERMODUS, -M: FALLS ZIELKATALOG
4085             # NICHT VORHANDEN, WIRD VERSUCHT, IHN ANZULEGEN), ABER NUR BEI
4086             # REMOTE-RECHNUNGEN
4087          if [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
4088          then
4089             if [[ $localhost != $fromhost ]]
4090             then
4091                if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = nech ]]
4092                then
4093
4094                      # TRANSFER IN EIGENSTAENDIGEM JOB
4095                      # ZUERST KOPIE DER DATEI INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4096                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
4097                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
4098                   ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
4099
4100                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
4101                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
4102
4103                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP in seperate job to"
4104                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}"
4105                   printf "\n              or higher cycle\n"
4106                   echo "batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username $return_addres  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
4107
4108                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
4109
4110                   if [[ $localhost = nech ]]
4111                   then
4112                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
4113                   else
4114                      if [[ $LOGNAME = b323013 ]]
4115                      then
4116                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
4117                      else
4118                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  $PORTOPT  transfer_${localout[$i]}
4119                      fi
4120                   fi
4121
4122                else
4123
4124                      # TRANSFER INNERHALB DIESES JOBS
4125                   transfer_failed=false
4126                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP to"
4127                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n"
4128                   batch_scp $PORTOPT -A -b -m -u $return_username  $return_addres ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
4129                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
4130
4131                      # BEI FEHLGESCHLAGENEM TRANSFER SICHERUNGSKOPIE AUF
4132                      # LOKALER MASCHINE ANLEGEN
4133                   if [[ $transfer_failed = true ]]
4134                   then
4135                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on the local host under:\n"
4136                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
4137
4138                         # ERSTMAL PRUEFEN, OB VERZEICHNIS EXISTIERT. GEGEBENENFALLS
4139                         # ANLEGEN
4140                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
4141                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
4142                      then
4143                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
4144                         printf "      $local_catalog \n"
4145                         mkdir -p  $local_catalog
4146                      fi
4147
4148                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
4149                      transfer_problems=true
4150                   fi
4151                fi
4152             else
4153
4154                   # WERTZUWEISUNG, SO DASS WEITER UNTEN NUR APPEND AUF
4155                   # LOKALER MASCHINE DURCHGEFUEHRT WIRD
4156                actionout[$i]=a
4157             fi
4158          fi
4159
4160
4161             # OUTPUT-DATEI FUER EINEN FORTSETZUNGSLAUF. DATEI WIRD PER
4162             # LINK AUF DEN TEMPORAEREN DATENKATALOG GELEGT. OPTION -f WIRD
4163             # VERWENDET, FALLS DORT NOCH EINE DATEI GLEICHEN NAMENS VORHANDEN
4164             # SEIN SOLLTE. ANSCHLIESSEND WIRD SEINE ARCHIVIERUNG ANGESTOSSEN
4165          if [[ "${actionout[$i]}" = fl ]]
4166          then
4167             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4168             chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4169             if [[ $files_for_pes = false ]]
4170             then
4171                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
4172                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
4173                ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4174             else
4175                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/....  to"
4176                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
4177                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4178                cd ${localout[$i]}
4179                for file in $(ls *)
4180                do
4181                   ln -f $file $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4182                done
4183                cd $TEMPDIR
4184             fi
4185
4186
4187                # ARCHIVIERUNGSJOB WIRD ERZEUGT UND ABGESCHICKT
4188             if [[ $store_on_archive_system = true ]]
4189             then
4190
4191                if [[ $archive_system = asterix ]]
4192                then
4193                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
4194                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4195                   then
4196                      echo "stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
4197                   else
4198                      echo "stageout -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
4199                   fi
4200                   echo "cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"               >> archive_${frelout[$i]}
4201                   echo "if [[ \$(grep -c \"st.msg:150\"  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung) != 0 ]]" >> archive_${frelout[$i]}
4202                   echo "then"                                       >> archive_${frelout[$i]}
4203                   echo "   do_stageout=false"                       >> archive_${frelout[$i]}
4204                   echo "else"                                       >> archive_${frelout[$i]}
4205                   echo "   echo \"  +++ $filetyp ${frelout[$i]}  could not be stored on archive-system\" " >> archive_${frelout[$i]}
4206                   echo "   cat  /dev/null  >  ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname" >> archive_${frelout[$i]}
4207                   echo "   cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung  >  ~/job_queue/archive_${frelout[$i]}_error" >> archive_${frelout[$i]}
4208                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} will be copied to \$WORK as backup\" " >> archive_${frelout[$i]}
4209                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4210                   then
4211                      echo "   cp   ${frelout[$i]}  \$WORK"                    >> archive_${frelout[$i]}
4212                   else
4213                      echo "   cp -r  ${frelout[$i]}  \$WORK/${frelout[$i]}"   >> archive_${frelout[$i]}
4214                   fi
4215                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} saved\" " >> archive_${frelout[$i]}
4216                   echo "fi"                                         >> archive_${frelout[$i]}
4217                   echo "rm  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"              >> archive_${frelout[$i]}
4218                elif [[ $archive_system = DMF ]]
4219                then
4220                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
4221                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4222                   then
4223                      printf "\n  +++ archiving of single files impossible with $archive_system !\n"
4224                      locat=DMF
4225                      exit
4226                   else
4227                         # FUER RECHNER IN JUELICH. DORT KOENNTEN AUCH
4228                         # EINZELNE DATEIEN GESICHERT WERDEN (SPAETER KORR.)
4229                      echo "rm -rf  \$ARCHIVE/${frelout[$i]}"     >> archive_${frelout[$i]}
4230                      echo "cp -r  ${frelout[$i]}  \$ARCHIVE"     >> archive_${frelout[$i]}
4231                   fi
4232                elif [[ $archive_system = tivoli ]]
4233                then
4234                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
4235                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4236                   then
4237                         # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4238                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
4239                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4240                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4241                   else
4242
4243                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
4244                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
4245                      echo "[[ ! -d \$PERM/${frelout[$i]} ]] && mkdir $PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4246                      cd  $tmp_data_catalog
4247                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
4248                      cd -  > /dev/null
4249                      (( inode = 0 ))
4250                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
4251                      while (( inode < nodes ))
4252                      do
4253#                         echo "*** all_files = \"$all_files\" "
4254                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
4255                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
4256#                         echo "*** tasks_per_node = \"$tasks_per_node\" "
4257#                         echo "*** files = \"$files\" "
4258#                         echo "*** all_files = \"$all_files\" "
4259                        echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
4260                        ### echo "tar  cvf ${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
4261                        ### echo "cp ${frelout[$i]}.node_$inode.tar \$PERM/${frelout[$i]}/"   >> archive_${frelout[$i]}
4262                         ###echo "rm ${frelout[$i]}.node_$inode.tar"   >> archive_${frelout[$i]}
4263#                         echo "dsmc incremental  \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar" >> archive_${frelout[$i]}
4264#                         echo "dsmmigrate \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar"        >> archive_${frelout[$i]}
4265                         (( inode = inode + 1 ))
4266                      done
4267#                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4268#                      echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4269                   fi
4270                elif [[ $archive_system = ut ]]
4271                then
4272                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
4273                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4274                   then
4275                         # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4276                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
4277                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4278                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4279                   else
4280
4281                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
4282                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
4283                      echo "[[ ! -d \$UT/${frelout[$i]} ]] && mkdir $UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4284                      cd  $tmp_data_catalog
4285                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
4286                      cd -  > /dev/null
4287                      (( inode = 0 ))
4288                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
4289                      while (( inode < nodes ))
4290                      do
4291                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
4292                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
4293                         echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
4294                         (( inode = inode + 1 ))
4295                      done
4296                   fi
4297                elif [[ $archive_system = none ]]
4298                then
4299                   printf "              +++ archiving on $localhost not available!\n"
4300                fi
4301
4302                if [[ $archive_system != none ]]
4303                then
4304                   if [[ $localhost = lcsgih  ||  $localhost = lcsgib ]]
4305                   then
4306#                      subjob  -d  -v  -q cdata  -X 0  -m 1000  -t 43200  -c $job_catalog  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
4307                      subjob   -v  -q permq  -X 1 -T 1  -m 1000  -t 172800  -c $job_catalog  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
4308                   elif [[ $localhost = nech ]]
4309                   then
4310                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
4311                   fi
4312                   printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4313                fi
4314             else
4315                printf "              +++ caution: option -A is switched off. No archiving on $archive_system!\n"
4316             fi
4317
4318
4319                # LEERDATEI IM BENUTZERVERZEICHNIS ANLEGEN, DAMIT BEKANNT IST,
4320                # WIE DIE HOECHSTE ZYKLUSNUMMER AUF DEM ARCHIV-SYSTEM LAUTET
4321             if [[ $files_for_pes = false ]]
4322             then
4323                cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
4324             else
4325                mkdir -p  ${pathout[$i]}
4326             fi
4327
4328          fi
4329
4330
4331             # KOPIEREN AUF LOKALER MASCHINE ZUM ARCHIV-SYSTEM
4332             # AUSSERDEM MUSS LEERDATEI ANGELEGT WERDEN, DAMIT BEKANNT IST,
4333             # WIE DIE HOECHSTE ZYKLUSNUMMER AUF DEM ARCHIV-SYSTEM LAUTET
4334             # FALLS IRGENDEINE (VON MEHREREN) ARCHIVIERUNGEN SCHIEF GEHT,
4335             # WIRD FLAG GESETZT UND BLEIBT AUCH BEI WEITEREN ORDNUNGS-
4336             # GEMAESSEN ARCHIVIERUNGEN GESETZT
4337          if [[ "${actionout[$i]}" = ar ]]
4338          then
4339             if [[ $files_for_pes = false ]]
4340             then
4341                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
4342                printf "\n              ${pathout[$i]}"
4343                printf "\n              File will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
4344             else
4345                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to"
4346                printf "\n              ${pathout[$i]}"
4347                printf "\n              Directory will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
4348             fi
4349             mv  ${localout[$i]}  ${frelout[$i]}
4350
4351             file_saved=false
4352
4353             if [[ $archive_system = asterix ]]
4354             then
4355                do_stageout=true
4356                (( stageout_anz = 0 ))
4357                while [[ $do_stageout = true ]]
4358                do
4359                   if [[ $files_for_pes = false ]]
4360                   then
4361                      stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
4362                   else
4363                      stageout  -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
4364                   fi
4365                   cat  STAGE_OUTPUT
4366                   if [[ $(grep -c "st.msg:150"  STAGE_OUTPUT) != 0 ]]
4367                   then
4368                      file_saved=true
4369                      do_stageout=false
4370                   else
4371                      if [[ $files_for_pes = false ]]
4372                      then
4373                         printf "\n  +++ file ${frelout[$i]}  could not be saved on archive-system"
4374                      else
4375                         printf "\n  +++ directory ${frelout[$i]} could not be saved on archive-system"
4376                      fi
4377                      (( stageout_anz = stageout_anz + 1 ))
4378                      if (( stageout_anz == 10 ))
4379                      then
4380                         printf "\n  +++ stoped after 10 unsuccessful tries!"
4381                         archive_save=false
4382                         do_stageout=false
4383                      else
4384                         printf "\n  *** new try to store on archive after 15 min:"
4385                         sleep 900
4386                      fi
4387                   fi
4388                done
4389             elif [[ $archive_system = DMF ]]
4390             then
4391                if [[ $files_for_pes = false ]]
4392                then
4393                   printf "\n  +++ archiving of single files impossible on $archive_system!\n"
4394                   locat=DMF
4395                   exit
4396                else
4397                   rm -rf  $ARCHIVE/${frelout[$i]}
4398                   cp -r  ${frelout[$i]}  $ARCHIVE
4399                fi
4400                file_saved=true
4401             elif [[ $archive_system = tivoli ]]
4402             then
4403                   # ARCHIVIERUNG NUR PER BATCH-JOB MOEGLICH
4404                   # DATEI MUSS ZWISCHENZEITLICH INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4405                   # GELEGT WERDEN
4406                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4407                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4408                if [[ $files_for_pes = false ]]
4409                then
4410                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4411                else
4412                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4413                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4414                fi
4415
4416                   # BATCH JOB GENERIEREN UND ABSCHICKEN; DATEI MUSS WIEDER
4417                   # AUS TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS ENTFERNT WERDEN
4418                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
4419                if [[ $files_for_pes = false ]]
4420                then
4421                      # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4422                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4423                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4424                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
4425                else
4426                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4427                   echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4428                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
4429                fi
4430
4431                subjob  -v  -d  -q cdata  -X 0  -m 1000  -t 43200  -c $job_catalog  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
4432                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4433                file_saved=true
4434
4435             elif [[ $archive_system = ut ]]
4436             then
4437                   # ARCHIVIERUNG NUR PER BATCH-JOB MOEGLICH
4438                   # DATEI MUSS ZWISCHENZEITLICH INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4439                   # GELEGT WERDEN
4440                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4441                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4442                if [[ $files_for_pes = false ]]
4443                then
4444                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4445                else
4446                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4447                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4448                fi
4449
4450                   # BATCH JOB GENERIEREN UND ABSCHICKEN; DATEI MUSS WIEDER
4451                   # AUS TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS ENTFERNT WERDEN
4452                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
4453                if [[ $files_for_pes = false ]]
4454                then
4455                      # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4456                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4457                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4458                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
4459                else
4460                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4461                   echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4462                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
4463                fi
4464
4465                subjob  -v  -c /pf/b/$usern/job_queue  -d  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  $PORTOPT  archive_${frelout[$i]}
4466                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4467                file_saved=true
4468
4469             else
4470                printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"  archiving impossible!"
4471                archive_save=false
4472             fi
4473             if [[ $file_saved = true ]]
4474             then
4475                if [[ $files_for_pes = false ]]
4476                then
4477                   cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
4478                else
4479                   mkdir -p  ${pathout[$i]}
4480                fi
4481             fi
4482          fi
4483
4484             # APPEND AUF LOKALER MASCHINE
4485          if [[ "${actionout[$i]}" = "a" ]]
4486          then
4487             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
4488             then
4489                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
4490                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4491             else
4492                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}\n"
4493                cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}
4494             fi
4495          fi
4496
4497             # KOPIEREN AUF LOKALER MASCHINE
4498             # ES MUSS KOPIERT WERDEN, DA MOVE NICHT UEBER FILESYSTEM HINAUS MOEGLICH
4499          if [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = false ]]
4500          then
4501
4502                # KOPIEREN AUF EINPROZESSORMASCHINE
4503             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
4504             then
4505                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
4506                if [[ $link_local_output = true ]]
4507                then
4508                    printf "      using ln -f\n"
4509                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4510                fi
4511                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
4512                if [[ ! -f "${pathout[$i]}.${extout[$i]}" ]]
4513                then
4514                    if [[ $link_local_output = true ]]
4515                    then
4516                        printf "      ln failed, using cp...\n"
4517                    fi
4518                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4519                fi
4520             else
4521                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}\n"
4522                if [[ $link_local_output = true ]]
4523                then
4524                    printf "      using ln -f\n"
4525                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4526                fi
4527                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
4528                if [[ ! -f "${pathout[$i]}" ]]
4529                then
4530                    if [[ $link_local_output = true ]]
4531                    then
4532                        printf "      ln failed, using cp...\n"
4533                    fi
4534                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4535                fi
4536             fi
4537
4538          elif [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = true ]]
4539          then
4540
4541                # DIE DEN PROZESSOREN EINES PARALLELRECHNERS ZUGEHOERIGEN
4542                # DATEIEN WERDEN ERST IN EINEM KATALOG GESAMMELT UND DIESER
4543                # WIRD DANN KOPIERT
4544                # PER MOVE UMBENANNT WERDEN
4545             printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to  ${pathout[$i]}\n"
4546             if [[ $link_local_output = true ]]
4547             then
4548                 printf "      using ln -f\n"
4549                 mkdir  ${pathout[$i]}
4550                 cd ${localout[$i]}
4551                 for file in $(ls *)
4552                 do
4553                   ln -f $file  ${pathout[$i]}
4554                 done
4555                 cd $TEMPDIR
4556             fi
4557             # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp -r"
4558             if [[ ! -f "${pathout[$i]}/_0000" ]]
4559             then
4560                 if [[ $link_local_output = true ]]
4561                 then
4562                     printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
4563                 fi
4564                 cp -r  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4565             fi
4566
4567          fi
4568       fi
4569    done
4570    if (( i != 0 ))
4571    then
4572       if [[ $transfer_problems = true ]]
4573       then
4574          printf "\n$striche\n  *** OUTPUT-files saved"
4575          printf "\n  +++ WARNING: some data transfers failed! \n"
4576       else
4577          printf "\n$striche\n  *** all OUTPUT-files saved \n"
4578       fi
4579    fi
4580
4581
4582       # EVENTUELL FOLGEJOB STARTEN
4583       # DATEI CONTINUE_RUN MUSS VOM BENUTZERPROGRAMM AUS ERZEUGT WERDEN
4584    if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4585    then
4586
4587       if [[ $archive_save = true ]]
4588       then
4589
4590             # ZUERST IN MRUN-AUFRUF OPTIONEN FUER FORTSETZUNGSLAUF, FUER
4591             # STILLES ABARBEITEN (OHNE INTERAKTIVE RUECKFAGEN) UND FUER
4592             # BATCH-BETRIEB (NUR WICHTIG, FALLS BATCH AUF LOKALER MASCHINE
4593             # DURCHGEFUEHRT WERDEN SOLL) EINFUEGEN, FALLS NICHT BEREITS VOR-
4594             # HANDEN
4595          [[ $(echo $mc | grep -c "\-C") = 0 ]]  &&  mc="$mc -C"
4596          [[ $(echo $mc | grep -c "\-v") = 0 ]]  &&  mc="$mc -v"
4597          [[ $(echo $mc | grep -c "\-b") = 0 ]]  &&  mc="$mc -b"
4598          if [[ $(echo $mc | grep -c "#") != 0 ]]
4599          then
4600             mc=`echo $mc | sed 's/#/f/g'`
4601          fi
4602
4603
4604             # JOB STARTEN
4605          printf "\n\n  *** initiating restart-run on \"$return_addres\" using command:\n"
4606          echo "      $mc"
4607          printf "\n$striche\n"
4608          if [[ $localhost != $fromhost ]]
4609          then
4610
4611             if [[ $localhost = lcsgih  ||  $localhost = lcsgib  ||  $localhost = nech  ||  $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibmkisti  ||  $localhost = ibmku  ||  $localhost = ibms  ||  $localhost = lcflow  ||  $localhost = lckyu* ]]
4612             then
4613                echo "*** ssh will be used to initiate restart-runs!"
4614                echo "    return_addres=\"$return_addres\" "
4615                echo "    return_username=\"$return_username\" "
4616                if [[ $(echo $return_addres | grep -c "130.75.105") = 1 ]]
4617                then
4618                   if [[ $localhost = ibmh ]]
4619                   then
4620                      ssh $SSH_PORTOPT $usern@136.172.40.15 "ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;. /muksoft/packages/intel/bin/compilervars.sh intel64;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4621                   else
4622                      ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;. /muksoft/packages/intel/bin/compilervars.sh intel64;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4623                   fi
4624                else
4625                   if [[ $localhost = ibmkisti ]]
4626                   then
4627                      ssh $SSH_PORTOPT $usern@gaiad "ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username \"PATH=\\\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc\" "
4628                   else
4629                      if [[ $localhost = lcflow ]]
4630                      then
4631                         /usr/bin/ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4632                      else
4633                         ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4634                      fi
4635                   fi
4636                fi
4637             else
4638                printf "\n  +++ no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
4639                locat=restart; exit
4640             fi
4641
4642                # WARTEN, DAMIT SICH RESTART JOB IN QUEUE EINREIHEN KANN, BEVOR
4643                # DER AKTUELLE JOB ENDET
4644             if [[ $queue = special1q ]]
4645             then
4646                sleep 120
4647             else
4648                sleep 30
4649             fi
4650
4651          else
4652
4653                # BEI RECHNUNGEN AUF LOKALER MASCHINE KANN MRUN DIREKT AUFGE-
4654                # RUFEN WERDEN, AUSSER AUF lcfimm
4655             cd $LOCAL_PWD
4656             if [[ $localhost = lcfimm ]]
4657             then
4658                ssh $SSH_PORTOPT $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc " 
4659             elif [[ $localhost = lckyuh ]]
4660             then
4661                printf "\n  +++ WARNING: no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
4662                printf "\n               please restart job manually using command:\n"
4663                printf "\n               \"$mc\" "
4664             else
4665                eval  $mc                # ' MUESSEN AUSGEWERTET WERDEN
4666             fi
4667             cd -  > /dev/null
4668          fi
4669          if [[ $localhost = lckyuh ]]
4670          then
4671             printf "\n$striche\n  *** restart-run to be initiated manually\n"
4672          else
4673             printf "\n$striche\n  *** restart-run initiated \n"
4674          fi
4675
4676
4677             # EVENTUELL INPUT-DATEIEN, DIE VON TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS
4678             # GEHOLT WORDEN SIND, LOESCHEN
4679          (( i = 0 ))
4680          while (( i < iin ))
4681          do
4682             (( i = i + 1 ))
4683             if [[ "${got_tmp[$i]}" = true   &&  $keep_data_from_previous_run = false ]]
4684             then
4685                rm -r  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
4686             fi
4687          done
4688
4689       else
4690
4691          printf "\n  +++ no restart-run possible, since errors occured"
4692          printf "\n      during the archive process"
4693       fi
4694
4695    fi
4696
4697
4698   
4699       # EVTL. EMAIL-BENACHRICHTIGUNG UEBER ABGESCHLOSSENEN LAUF
4700    if [[ "$email_notification" != "none" ]]
4701    then
4702
4703       if [[ $localhost != $fromhost ]]
4704       then
4705          if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4706          then
4707             echo "PALM restart run necessary"        >   email_text
4708             echo "description header of actual run:" >>  email_text
4709             cat  CONTINUE_RUN                        >>  email_text
4710             echo "mrun-command to restart:"          >>  email_text
4711             echo "$mc"                               >>  email_text
4712          else
4713             echo "PALM run with base filename \"$fname\" on host \"$localhost\" finished"  >  email_text
4714          fi
4715          mail  $email_notification  <  email_text
4716          printf "\n  *** email notification sent to \"$email_notification\" "
4717       fi
4718    fi
4719
4720
4721
4722       # ALLE ARBEITEN BEENDET. TEMPORAERER KATALOG KANN GELOESCHT WERDEN
4723    cd  $HOME
4724    [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
4725
4726 else
4727
4728
4729       # FALLS AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL, WERDEN JETZT ENTSPRE-
4730       # CHENDE AKTIONEN DURCHGEFUEHRT
4731
4732       # MRUN-BEFEHL FUER REMOTE-MASCHINE ZUSAMMENSTELLEN
4733    mrun_com="$mrun_script_name -a $afname -c $config_file -d $fname -h $host -H $fromhost -m $memory -t $cpumax -q $queue -R $return_addres -U $return_username -u $remote_username"
4734    [[ "$cpp_opts" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -D \"$cpp_opts\""
4735    [[ "$global_revision" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -G \"$global_revision\""
4736    [[ $group_number != none ]]   &&  mrun_com=${mrun_com}" -g $group_number"
4737    [[ $do_compile = true ]]      &&  mrun_com=${mrun_com}" -s \"$source_list\""
4738    [[ "$input_list" != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -i \"$input_list\""
4739    [[ $ignore_archive_error = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -I"
4740    [[ $keep_data_from_previous_run = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -k"
4741    [[ "$additional_conditions" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -K \"$additional_conditions\""
4742#    [[ "$makefile" != "$source_path/Makefile" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -M \"$makefile\""
4743    [[ "$output_list" != "" ]]    &&  mrun_com=${mrun_com}" -o \"$output_list\""
4744    [[ "$read_from_config" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -S"
4745    [[ $do_trace = true ]]        &&  mrun_com=${mrun_com}" -x"
4746    [[ "$numprocs" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -X $numprocs"
4747    if [[ $use_openmp = true ]]
4748    then
4749       mrun_com=${mrun_com}" -O $threads_per_task"
4750    fi
4751    [[ "$tasks_per_node" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -T $tasks_per_node"
4752    [[ $store_on_archive_system = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -A"
4753    [[ $package_list != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -p \"$package_list\""
4754    [[ $return_password != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -P $return_password"
4755    [[ $delete_temporary_catalog = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -B"
4756    [[ $node_usage != default  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla"  &&  $node_usage != novice ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -n $node_usage"
4757    [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -y"
4758    [[ $run_coupled_model = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Y \"$coupled_dist\""
4759    [[ "$check_namelist_files" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -z"
4760    [[ "$combine_plot_fields" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Z"
4761    [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -w $max_par_io_str"
4762    if [[ $do_remote = true ]]
4763    then
4764       printf "\n>>>> MRUN-command on execution host:\n>>>> $mrun_com \n"
4765    fi
4766
4767
4768       # create executable for batch job
4769    if [[ $create_executable_for_batch = true  &&  $restart_run != true ]]
4770    then
4771
4772       printf "\n  *** creating the executable for batch job\n"
4773
4774          # method only works for batch jobs on local hosts
4775       if [[ $host != $localhost ]]
4776       then
4777          printf "\n  +++ creation of executables is only allowed for batch jobs on local hosts."
4778          printf "\n      Please set create_executable_for_batch = false in the config-file.\n"
4779          locat=create_executable; exit
4780       fi
4781
4782       mkdir  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
4783       cd  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
4784
4785       cp  $make_depository  .
4786       tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
4787       cp  ../*  .   >  /dev/null  2>&1
4788
4789       make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
4790
4791       if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
4792       then
4793          printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
4794          locat=compile
4795          exit
4796       fi
4797
4798       mv  a.out  ..
4799       cd -  >  /dev/null  2>&1
4800       rm -rf  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}/TMPDIR_FOR_CREATING_EXECUTABLE
4801
4802       printf "  *** executable created in \"$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_${fname}\"\n "
4803
4804    fi
4805
4806
4807       # ZUSAMMENSTELLUNG DES JOBSCRIPTS AUF DATEI jobfile
4808    jobfile=jobfile.$RANDOM
4809
4810
4811       # TEMPORAERES VERZEICHNIS GENERIEREN UND NACH DORT WECHSELN
4812    echo  "mkdir  $TEMPDIR"      >>  $jobfile
4813    echo  "cd  $TEMPDIR"         >>  $jobfile
4814
4815
4816       # EVENTUELL FEHLERVERFOLGUNG AKTIVIEREN
4817    if [[ $do_trace = true ]]
4818    then
4819       echo  "set -x"                                    >>  $jobfile
4820    else
4821       echo  "set +vx"                                   >>  $jobfile
4822    fi
4823
4824
4825       # initialize the environment and load modules
4826    if [[ "$init_cmds" != "" ]]
4827    then
4828       echo  "$init_cmds"        >>  $jobfile
4829    fi
4830    if [[ "$module_calls" != "" ]]
4831    then
4832       echo  "$module_calls"     >>  $jobfile
4833    fi
4834
4835
4836       # BEREITSTELLUNG VON QUELLTEXTEN, MRUN-SCRIPTS UND KONFIGURATIONS-
4837       # DATEI FUER DEN JOB
4838    if [[ $( echo $host | cut -c1-5 ) = lcsgi  ||  $host = ibmkisti  ||  $host = lccrayf ]]
4839    then
4840
4841          # KONFIGURATIONSDATEI UND MRUN_SCRIPT IN DAS SOURCE-VERZEICHNIS
4842          # KOPIEREN
4843       if [[ $restart_run != true ]]
4844       then
4845          cp  $config_file  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4846          cp  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4847       fi
4848
4849          # SOURCE-VERZEICHNIS VOM LOKALEN RECHNER PER SCP TRANSFERIEREN
4850          # (BEI JOBS AUF LOKALEM RECHNER REICHT CP)
4851       echo  "set -x"  >>  $jobfile
4852       if [[ $host = $localhost ]]
4853       then
4854
4855             # DUE TO UNKNOWN REASONS, COPY WITH cp COMMAND CREATES CORRUPT
4856             # FILES ON CRAY XC30 SYSTEMS (CSC HELSINKI), rsync IS USED INSTEAD
4857          echo  "rsync -ae -t  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname  ."  >>  $jobfile
4858
4859       else
4860          if [[ $host != ibmkisti ]]
4861          then
4862             echo  "scp $PORTOPT -r $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname ."  >>  $jobfile
4863          else
4864                # on KISTI's IBM firewall is only opened on interactive node
4865             echo  "localdir=\`pwd\`"                            >>  $jobfile
4866             echo  "ssh $SSH_PORTOPT $remote_username@gaiad \"cd \$localdir; scp $PORTOPT -r  $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname .\" "  >>  $jobfile
4867          fi
4868       fi
4869       echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                      >>  $jobfile
4870
4871          # QUELLTEXTE, MRUN-SCRIPT UND KONFIGURATIONSDATEI IN DAS AKTUELLE
4872          # ARBEITSVERZEICHNIS VERSCHIEBEN
4873       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$config_file  . "       >>  $jobfile
4874       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$mrun_script_name  . "  >>  $jobfile
4875       echo  "chmod u+rwx  $mrun_script_name"                    >>  $jobfile
4876       echo  "execute_mrun=true"                                 >>  $jobfile
4877       echo  " "                                                 >>  $jobfile
4878
4879    else
4880
4881          # ABSPEICHERN DER QUELLTEXTE (NUR FALLS UEBERSETZT WERDEN SOLL)
4882          # SOWIE GEGEBENENFALLS DES MAKEFILES
4883       if [[ $do_compile = true ]]
4884       then
4885
4886          source_catalog=SOURCES_FOR_RUN_$fname
4887
4888              # UNTERVERZEICHNIS FUER QUELLTEXTE UND MAKEFILE ANLEGEN
4889              # MRUN WIRD DIESES VRZEICHNIS UEBER ENVIRONMENT VARIABLE
4890              # MITGETEILT (UEBERSTEUERT ANGABE IN KONFIGURATIONSDATEI)
4891          echo  "mkdir  SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4892          echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                 >>  $jobfile
4893          echo  "cd     SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4894
4895          for  filename  in  $source_list
4896          do
4897                # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4898             echo  "cat > $filename << \"%END%\""              >>  $jobfile
4899             cat   $source_catalog/$filename                   >>  $jobfile
4900             echo  " "                                         >>  $jobfile
4901             echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4902             echo  " "                                         >>  $jobfile
4903          done
4904
4905             # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4906          echo  "cat > Makefile << \"%END%\""               >>  $jobfile
4907          cat   $source_catalog/Makefile                    >>  $jobfile
4908          echo  " "                                         >>  $jobfile
4909          echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4910          echo  " "                                         >>  $jobfile
4911
4912          echo  "cd -  > /dev/null"                         >>  $jobfile
4913
4914       fi
4915
4916
4917          # ABSPEICHERN DER KONFIGURATIONSDATEI
4918          # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4919          # Lines with #$ coming from the svn keyword substitution are
4920          # removed from the config file in order to avoid problems
4921          # with the SGE batch system
4922       echo  "cat > $config_file << \"%END%\""      >>  $jobfile
4923       if [[ $host = lckyuh ]]
4924       then
4925             # no cross compiler on compute node
4926          sed  's/frtpx/frt/g'  $config_file        >>  $jobfile
4927       else
4928          sed 's/#$.*//g'   $config_file            >>  $jobfile
4929       fi
4930       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
4931       echo  " "                                    >>  $jobfile
4932
4933
4934          # ABSPEICHERN DER AKTUELLEN MRUN-VERSION
4935          # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4936       echo  "cat > $mrun_script_name <<\"%END%\""  >>  $jobfile
4937       if [[ $host = lckyuh ]]
4938       then
4939          sed 's/\/bin\/ksh/\/bin\/bash/g' ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  >>  $jobfile
4940       else
4941          cat  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name        >>  $jobfile
4942       fi
4943       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
4944       echo  "chmod u+x $mrun_script_name"          >>  $jobfile
4945       echo  "execute_mrun=true"                    >>  $jobfile
4946       echo  " "                                    >>  $jobfile
4947
4948    fi
4949
4950
4951       # EVTL. BENOETIGTE INPUT-DATEIEN PER FTP HOLEN ODER DEM JOB DIREKT
4952       # MITGEBEN UND AUF DEM REMOTE-RECHNER IM BENUTZERVERZEICHNIS ABLEGEN
4953       # FALLS DIESES NICHT EXISTIERT, WIRD VERSUCHT, DAS JEWEILS LETZTE
4954       # UNTERVERZEICHNIS DES PFADNAMENS ANZULEGEN
4955    if [[ $do_remote = true ]]
4956    then
4957       (( i = 0 ))
4958       while (( i < iin ))
4959       do
4960          (( i = i + 1 ))
4961          echo  "[[ ! -d ${pathin[$i]} ]]  &&  mkdir -p  ${pathin[$i]}"  >>  $jobfile
4962          if [[ "${transin[$i]}" = job ]]
4963          then
4964             echo  "cat > ${remotepathin[$i]} <<\"%END%\""    >>  $jobfile
4965             eval cat   ${pathin[$i]}/${frelin[$i]}           >>  $jobfile
4966             echo  " "                                        >>  $jobfile
4967             echo  "%END%"                                    >>  $jobfile
4968          else
4969             echo  "batch_scp $PORTOPT -b -o -g -s -u $return_username $return_addres ${remotepathin[$i]} \"${pathin[$i]}\" ${frelin[$i]}" >>  $jobfile
4970          fi
4971
4972             # UEBERPRUEFEN, OB DATEI ANGELEGT WERDEN KONNTE
4973          echo  "if [[ \$? = 1 ]]"                    >>  $jobfile
4974          echo  "then"                                >>  $jobfile
4975          echo  "   echo \" \" "                      >>  $jobfile
4976          echo  "   echo \"+++ file ${remotepathin[$i]} could not be created\" "   >>  $jobfile
4977          echo  "   echo \"    please check, if directory exists on $host!\" "  >>  $jobfile
4978          echo  "   echo \"+++ MRUN will not be continued\" "  >>  $jobfile
4979          echo  "   execute_mrun=false"               >>  $jobfile
4980          echo  "fi"                                  >>  $jobfile
4981       done
4982    fi
4983
4984       # ARBEITSKATALOG AUF DER LOKALEN MASCHINE FUER EVENTUELLE
4985       # FORTSETZUNGSLAUEFE PER ENV-VARIABLE UEBERGEBEN
4986    echo  "LOCAL_PWD=$working_directory"                >>  $jobfile
4987    echo  "export LOCAL_PWD"                            >>  $jobfile
4988
4989       # EBENSO LOKALEN MRUN-KATALOG UEBERGEBEN
4990    echo  "LOCAL_MRUN_PATH=$PALM_BIN"                   >>  $jobfile
4991    echo  "export LOCAL_MRUN_PATH"                      >>  $jobfile
4992
4993       # WORKAROUND FUER RIAM-NEC-JOBS WEGEN PROFILE-SCHWIERIGKEITEN
4994    if [[ $localhost_realname = "gate"  ||  $localhost = lctit ]]
4995    then
4996       echo  "export PALM_BIN=$PALM_BIN"                >>  $jobfile
4997    elif [[ $host = lcflow  ||  $localhost = lcflow ]]
4998    then
4999       echo  "export PALM_BIN=$PALM_BIN" | sed -e 's:'$HOME':$HOME:'   >>  $jobfile
5000       echo  "export PATH=\$PATH:\$PALM_BIN"              >>  $jobfile
5001    fi
5002
5003       # MRUN AUF ZIELRECHNER AUFRUFEN (queue is workaround for ibmkisti)
5004    echo  "set -x"                                        >>  $jobfile
5005    echo  "queue=$queue"                                  >>  $jobfile
5006    echo  "[[ \$execute_mrun = true ]]  &&  ./$mrun_com"  >>  $jobfile
5007    echo  'ls -al; echo `pwd`'                            >>  $jobfile
5008    echo  "cd \$HOME"                                     >>  $jobfile
5009    echo  "rm -rf  $TEMPDIR"                              >>  $jobfile
5010
5011
5012
5013
5014       # JOB PER SUBJOB STARTEN
5015    if [[ $silent = false ]]
5016    then
5017       printf "\n     "
5018    else
5019       printf "\n\n"
5020    fi
5021
5022    subjob  $job_on_file  -h $host  -u $remote_username -g $group_number -q $queue  -m $memory  -N $node_usage -t $cpumax  $XOPT  $TOPT  $OOPT  -n $fname  -v  -c $job_catalog  -e $email_notification  $PORTOPT  $jobfile
5023    rm -rf  $jobfile
5024
5025
5026 fi  # ENDE REMOTE-TEIL
5027
5028
5029
5030     # ENDE DER PROZEDUR
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.