source: palm/trunk/SCRIPTS/mrun @ 554

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adjustments for lcxt4

  • Property svn:keywords set to Id Rev
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Line 
1#!/bin/ksh
2# mrun - script for running PALM jobs
3# $Id: mrun 544 2010-08-17 10:44:58Z weinreis $
4
5     # Procedure for interactive/batch PALM runs (initial runs and automatic
6     # restart runs)
7
8     # Last changes:
9     # 03/03/94 - Siggi - Entwicklungsbeginn
10     # 21/03/94 - Siggi - Entwicklungsabschluss (Version 1.0)
11     # 09/12/94 - Siggi - allexport unterbunden; statt dessen werden jetzt ein-
12     #                    zelne Variable exportiert. Dies ist noetig, weil an-
13     #                    sonsten irgendein Speicher ueberlaeuft und von mrun
14     #                    aufgerufene Programme (z.B. stageout) mit Fehlern
15     #                    abbrechen (too many arguments)
16     # 20/06/95 - Siggi - noclobber muss explizit abgeschaltet, da jetzt
17     #                    defaultmaessig im RRZN-Profile eingeschaltet
18     # 10/06/97 - Siggi - Zusaetzliche Option -C bei cpp, damit // nicht
19     #                    wegfallen
20     # 25/04/00 - Siggi - Version 1.5
21     #                    remote_addres und remote_user in return_addres bzw.
22     #                    return_username umbenannt, return_username wird dem
23     #                    mrun-Aufruf im Job ueber Option -U mitgegeben.
24     #                    Neue Variable remote_username, die beim interaktiven
25     #                    mrun-Aufruf zwingend ueber die neue Option -u oder
26     #                    in der Konfigurationsdatei angegeben werden muss.
27     # 08/02/01 - Siggi - Alle mrun-Meldungen ins englische uebersetzt,
28     #                    Version 1.7
29     # 05/05/02 - Siggi - Uebersetzungen mittels make-Mechanismus moeglich
30     # 21/11/02 - Siggi - ENV-Variable XLFRTEOPTS wird vor Ausfuehrung auf
31     #                    IBM gesetzt, um Record-Laenge der NAMELIST-Dateien,
32     #                    zu bestimmen; Praeprozessoroptionen haben nun alle
33     #                    die Form -Dtext=text, weil auf IBM sonst text durch
34     #                    die leere Zeichenkette ersetzt wird
35     # 01/08/03 - Siggi  - Test of implementing dvrp+1PE on ibm
36     # 07/01/04 - Siggi  - additional preprocessor directive for ibm included
37     #                     (-D$OMP=OMP) in order to avoid problems with
38     #                     OMP_NUM_THREADS
39     # 04/01/05 - Siggi  - archiving on hanni and berni is done in separate
40     #                     tar files, one for each node used
41     # 07/01/04 - Siggi  - old code for t3e, vpp and hpcs eliminated
42     # 09/01/05 - Siggi  - workaround for getting the IP address on gfdl3
43     # 17/01/05 - Siggi  - job for data transfer to local machine now within
44     #                     job class c1 (HLRN)
45     # 27/01/05 - Siggi  - IP address workaround for gfdl3 removed
46     # 28/01/05 - Siggi  - tar-filenames on $PERM (HLRN) now include the
47     #                     base filename and cycle number
48     # 16/02/05 - Gerald - hababai validated
49     # 14/03/05 - Siggi  - abort on NEC after first runtime error (F_ERRCNT)
50     # 29/03/05 - Marcus - berni*-en0 validated
51     # 21/04/05 - Siggi  - transfer-job-protocol for avs-data is no more stored
52     # 24/04/05 - Siggi  - netcdf support on lcmuk
53     # 25/04/05 - Siggi  - netcdf support on gfld3 (decalpha)
54     # 11/05/05 - Siggi  - files with non-numeric extensions (.xxx after cycle
55     #                     number) can now be used within interactive runs
56     # 12/05/05 - Siggi  - netcdf support on ibm
57     # 13/05/05 - Siggi  - error in tar-filenames on $PERM (HLRN) removed
58     # 18/05/05 - Siggi  - netcdf support on nec
59     # 24/05/05 - Siggi  - netcdf support on ibms
60     # 14/06/05 - Siggi  - sleep interval after submit of restart job increased
61     #                     to 30 seconds
62     # 28/06/05 - Siggi  - bora adjusted to new intel compiler (LD_LIBRARY_
63     #                     PATH is temporarily set)
64     # 07/09/05 - Siggi  - setting of MP_EAGER_LIMIT switched off because it
65     #                     caused warnings in the job protocol
66     # 20/10/05 - Siggi  - update of netcdf-version on decalpha (gfdl3)
67     # 25/10/05 - Siggi  - error in listing files for getting the cycle number
68     #                     removed
69     # 26/10/05 - Siggi  - new paths for dvrp-library, transfer of catalogs
70     #                     realized by file attribute trpe
71     # 28/10/05 - Siggi  - if existing, the file extension is output in case
72     #                     of missing input file - no job abort in case of
73     #                     missing input files with file extensions
74     #                     (preliminary solution)
75     # 31/10/05 - Siggi  - data transfer from nech now within seperate job
76     # 04/11/05 - Siggi  - netcdf 3.6.0-p1 on ibmh/ibmb
77     # 07/12/05 - Siggi  - gallego and elephanta admitted
78     # 30/12/05 - Siggi  - gfdl5 (ibmy) admitted
79     # 10/01/06 - Siggi  - cpp directive for NetCDF 64bit support
80     # 20/01/06 - Siggi  - cpp directive for ibmy
81     # 09/02/06 - Siggi  - ibmy admitted for batch mode
82     # 13/04/06 - Siggi  - ostria admitted
83     # 18/04/06 - Siggi  - usage of OpenMP implemented (additional option -O)
84     # 10/05/06 - Siggi  - environment variable XLSMPOPTS set on IBM for
85     #                     optimization of OpenMP runs (option stacksize is
86     #                     necessary for large gridpoint numbers because
87     #                     otherwise a segmentation fault occurs)
88     # 23/05/05 - Siggi  - lctit (SUN Fire X4600) admitted
89     # 21/08/06 - Siggi  - standard mrun path on scirocco is as on bora
90     # 23/08/06 - Siggi  - netcdf support for scirocco (notebook)
91     # 20/09/06 - Marcus - add DVRP library on nech
92     # 24/10/06 - Siggi  - Environment variables for PALM steering are written
93     #                     on local NAMELIST file ENVPAR
94     # 24/11/06 - Siggi  - levanto admitted, maestro switched to ifc 9.1
95     # 28/11/06 - Siggi  - call to interpret_config.x_levanto because of SuSe 10
96     # 06/02/07 - Siggi  - add DVRP library on lcmuk
97     # 07/02/07 - Siggi  - revision of source code handling, source code is
98     #                     now expected in directory given by source_path and
99     #                     not in the current working directory, source code
100     #                     files provided in add_source_path are allways
101     #                     compiled, source code to be compiled is allways
102     #                     sampled in SOURCES_FOR_RUN_$fname which is a
103     #                     subdirectory of the current working directory,
104     #                     -s TEST  changed to  -s WRITE_PERMIT  or -s WP,
105     #                     adapted for RIAM (neck)
106     #                     bugfix for cycle number of output file (extout)
107     #                     all hpmuk-related code removed
108     # 14/02/07 - Siggi  - dvrp support for neck added
109     # 28/02/07 - Siggi  - empty lines in configuration file are accepted
110     #                     mrun_path replaced by PALM_BIN,
111     #                     all machines are calling interpret_config.x
112     # 14/03/07 - Siggi  - fimm admitted, revision number added to terminal
113     #                     output
114     # 16/03/07 - Siggi  - adjustments for lctit
115     # 29/03/07 - Siggi  - global revision transfered to batch job by new
116     #                     option -G
117     # 30/03/07 - Siggi  - compilation "by hand" removed, cpp-directives/options
118     #                     + netcdf/dvrp-options are read from configuration
119     #                     file, host identifier (local_host) is read from
120     #                     config file, code related to ftp filetransfer
121     #                     removed (incl. option -f)
122     # 19/06/07 - Siggi  - time limit for cdata jobs increased
123     # 25/07/07 - Siggi  - two sets of executables can be started on lcmuk,
124     #                     if new option -Y (coupling) is given,
125     #                     output of executables to aout_output removed,
126     #                     messages are immediately written to stdout instead
127     # 03/08/07 - Marcus - add XOPT="-X $numprocs" for lcfimm
128     # 09/08/07 - Marcus - workaround on lcfimm to propagate environment
129     #                     variables out to the nodes in coupled mode -disabled-
130     # 13/08/07 - Marcus - start local restart jobs per ssh on lcfimm
131     # 28/08/07 - Marcus - completely remove workaround on lcfimm to propagate
132     #                     environment variables out to the nodes in coupled mode
133     # 15/10/07 - Siggi  - Preliminary adjustments for lctit, based on Jin's
134     #                     suggestions
135     # 19/10/07 - Marcus - further adjustments for lctit: add new optional
136     #                     argument -g group_number, admit all sla* node_usage
137     #                     queues
138     # 30/10/07 - Marcus - further adjustments for queues on lctit
139     # 14/02/08 - Bjoern - link of restart files with long file name possible
140     # 28/02/08 - Marcus - If environment variable link_local_output is set to
141     #                     true, mrun tries "ln -f" on local output and resorts
142     #                     to "cp" or "cp -r" on error
143     # 15/04/08 - Siggi  - argument -c introduced to most of the subjob calls,
144     #                     which allows the user to choose his own job catalog
145     #                     by setting job_catalog in the configuration file
146     #                     (default is ~/job_queue),
147     #                     workaround for mpiexec with -env option,
148     #                     adjustments for lcxt4 (Bergen Center for Computational
149     #                     Science)
150     # 22/05/08 - Marcus - If environment variable link_local_input is set to
151     #                     true, mrun tries "ln -f" on local input and resorts
152     #                     to "cp" or "cp -r" on error
153     # 27/05/08 - Siggi  - PATH is set to PALM_BIN everywhere (missing so far)
154     # 14/07/08 - Siggi  - adjustments for lcsgih
155     # 08/08/08 - Marcus - typo removed in lcxt4 branch
156     # 17/09/08 - Siggi  - restart mechanism adjusted for lcsgi
157     # 02/10/08 - BjornM - argument "-Y" modified, adjustments for coupled runs
158     # 21/10/08 - Siggi  - bugfix for the case that -K has more than one
159     #                     argument
160     # 08/11/08 - Siggi  - bugfix for depository path settings in configuration
161     #                     file
162     # 11/11/08 - Siggi  - rules for using user code files changed: user
163     #                     code splitted into one file per subroutine,
164     #                     user can provide his/her own makefile, only
165     #                     default source-code filenames are allowed
166     # 14/11/08 - Siggi  - cond1 and cond2 are part of the depository name
167     # 08/01/09 - Siggi  - mpi module on sgi machines to be used can be set
168     #                     with environment variable mpilib
169     # 13/01/09 - Siggi  - totalview on hice/bice can be used in debug mode
170     #                     using environment variable totalview
171     # 25/02/09 - Siggi  - cputime-option (-t) is allowed to be omitted for
172     #                     interactive runs
173     # 05/03/09 - Siggi  - adjustments for new NEC-SX9 at RIAM (necriam)
174     # 16/03/09 - Siggi  - dvrp_lib, dvrp_inc replaced by dvr_lib, dvr_inc,
175     #                     dvr streaming server is automatically started using
176     #                     new variable dvr_server and a configuration file
177     #                     .dvrserver.config,
178     #                     processing of dvr output files using new script
179     #                     process_dvr_output implemented, in order to make
180     #                     dvr application more user friendly
181     # 20/03/09 - Marcus - update of n1ge command for lctit
182     # 16/04/09 - Siggi  - new option -y for precursor (uncoupled) ocean runs
183     #                     to be followed by a coupled atmosphere-ocean run
184     # 21/04/09 - Siggi  - adjustments for new IBM at DKRZ, which is now ibmh
185     # 24/06/09 - BjornM - adjustments for coupled/precursor runs on ibmy
186     # 08/07/09 - Siggi  - default value for email_notification is none,
187     #                     option -e added to subjob
188     # 19/08/09 - Marcus - MPI debug option
189     # 21/08/09 - Marcus - totalview on hice/bice also available for mvapich2
190     # 25/08/09 - BjornM - adpated for lck
191     # 26/08/09 - Siggi  - additional environment variables for mpt on ice2
192     # 26/08/09 - Marcus - adjustment for ice2 on lcsgib
193     # 29/09/09 - Siggi  - default value for archiving is false, option "-A"
194     #                     switches on archiving, archiving on SGI-ICE enabled
195     # 16/10/09 - Carolin- adjustments for archiving on SGI-ICE of binary files;
196     #                     adjustment for special1q
197     # 18/12/09 - Carolin- modification of archiving (permq)
198     # 01/02/10 - Siggi  - adapted for lcxt5m and lckyoto (Fujitsu HX600)
199     # 03/02/10 - Siggi  - make options (mopts) to be set by configuration file
200     #                     implemented
201     # 08/02/10 - Siggi  - loading of modules now controlled via configuration
202     #                     file (modules)
203     # 02/03/10 - Siggi  - for each block in the configuration file, separate
204     #                     utility programs are used, combine_plot_fields is
205     #                     directly called and must not be given by an output
206     #                     command in the configuration file any more
207     # 15/06/10 - Rieke  - ssh from compute nodes to login nodes on hosts
208     #                     lcsgih/lcsgib is done using the names
209     #                     hicegate0/bicegate0 instead of the IP addresses
210     # 17/08/10 - BjornM - adjustments for interactive runs on lcxt4
211
212
213 
214    # VARIABLENVEREINBARUNGEN + DEFAULTWERTE
215
216 set +o allexport    # SICHERHEITSHALBER UNTERBINDEN, DA SONST EVTL. STAGEOUT
217                     # NICHT LAUEFT (TOO MANY ARGUMENTS - PROBLEM)
218 set +o noclobber    # EXISTIERENDE DATEIEN DUERFEN UEBERSCHRIEBEN WERDEN
219
220 AddFilenames=""
221 additional_conditions=""
222 add_source_path=""
223 afname=""
224 archive_save=true
225 archive_system=none
226 compiler_name=""
227 cond1=""
228 cond2="" 
229 config_file=.mrun.config
230 coupled_dist=""
231 coupled_mode="mpi1"
232 cpp_opts=""
233 cpp_options=""
234 cpumax=0
235 cpurest=0
236 delete_temporary_catalog=true
237 do_batch=false
238 do_compile=true
239 do_remote=false
240 do_stagein=true
241 do_stageout=true
242 do_trace=false
243 email_notification="none"
244 exclude=""
245 executable=""
246 execution_error=false
247 fimm=false
248 fname=test
249 fromhost=""
250 global_revision=""
251 group_number=none
252 host=""
253 host_file=""
254 hp=""
255 ignore_archive_error=false
256 input_list=""
257 interpreted_config_file=""
258 job_catalog="~/job_queue"
259 job_on_file=""
260 keep_data_from_previous_run=false
261 link_local_input=false
262 link_local_output=false
263 localhost_realname=$(hostname)
264 local_compile=false
265 local_dvrserver_running=.FALSE.
266 locat=normal
267 mainprog=""
268 makefile=""
269 mc=$0
270 while [[ $(echo $mc | grep -c "/") != 0 ]]
271 do
272    mc=`echo $mc | cut -f2- -d"/"`
273 done
274 module_calls=""
275 mrun_script_name=$mc
276 netcdf_inc=""
277 netcdf_lib=""
278 netcdf_support=false
279 node_usage=default
280 numprocs=""
281 numprocs_atmos=0
282 numprocs_ocean=0
283 OOPT=""
284 openmp=false
285 output_list=""
286 package_list=""
287 punkte="..........................................................."
288 queue=none
289 read_from_config=""
290 restart_run=false
291 return_addres=$(nslookup `hostname` 2>&1 | grep "Address:" | tail -1 | awk '{print $2}')
292 if [[ $return_addres = 130.75.105.158 ]]
293 then
294    return_addres=172.20.25.41
295    echo "+++ WARNING: return_addres changed to $return_addres !!!!!"
296 fi
297 return_password=""
298 return_username=$LOGNAME
299 remotecall=false
300 remote_username=""
301 run_coupled_model=false
302 run_mode=""
303 scirocco=false
304 store_on_archive_system=false
305 striche="  ----------------------------------------------------------------------------"
306 silent=false
307 source_list=""
308 source_path=SOURCE
309 tasks_per_node=""
310 threads_per_task=1
311 tmpcreate=false
312 tmp_data_catalog=""
313 transfer_problems=false
314 usern=$LOGNAME
315 use_openmp=false
316 working_directory=`pwd`
317 TOPT=""
318 XOPT=""
319 zeit=$( date | cut -c 12-19 )
320
321 typeset -i  iec=0 iic=0 iin=0 ioc=0 iout=0 memory=0 stagein_anz=0 stageout_anz=0
322 typeset -i  cputime i ii iia iii iio icycle inode ival jobges jobsek maxcycle minuten nodes pes sekunden tp1
323
324 typeset  -R30 calltime
325 typeset  -L20 spalte1
326 typeset  -L40 spalte2
327 typeset  -L60 spalte3
328 typeset  -L35 string1=`date`
329 typeset  -L12 string2=$usern
330 typeset  -L12 string3=$localhost_realname
331 typeset  -L12 string4
332 typeset  -L12 string5
333 typeset  -L30 version="MRUN  2.0 Rev$Rev: 544 $"
334
335
336
337    # EINZELNE VARIABLE FUER HAUPTPROGRAMM EXPORTIEREN
338 export  cpurest fname host localhost return_addres return_username remotecall tasks_per_node
339
340    # FOLGENDE VARIABLEN MUESSEN FUER DIE INTERPRETATION DER KONFIGURATIONSDATEI
341    # EXPORTIERT WERDEN
342 export  afname config_file cpp_opts cpumax do_batch do_trace fname fromhost
343 export  group_number input_list memory numprocs output_list queue run_mode
344
345
346 
347    # FEHLERBEHANDLUNG
348    # BEI EXIT:
349 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
350       if [[ $locat != localhost ]]
351       then
352#          if [[ ! -f ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik ]]
353#          then
354#             cat  >  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik  <<  %STATEND%
355#MRUN-calls on $localhost
356#
357#date and time                      user        localhost   remotehost  termination mrun-command
358#--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
359#%STATEND%
360#             chmod  666  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
361#          fi
362#
363#             # EINTRAG IN DIE STATISTIK-DATEI
364#          string4=$host
365#          string5=$locat
366#          if [[ "$job_on_file" = ""  &&  $locat != control_c  &&  $locat != user_abort ]]
367#          then
368#             if [[ $do_batch = true ]]
369#             then
370#                printf "$string1$string2$string3$string4$string5$mrun_com \n"  >>  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
371#             else
372#                printf "$string1$string2$string3$string4$string5$mc \n"  >>  ${mrun_path}/statistik/mrun_statistik
373#             fi
374#          fi
375          echo " " > /dev/null
376       fi
377
378       if [[ $locat != normal  &&  $locat != control_c  &&  $locat != local_compile ]]
379       then
380
381              # EVENTUELLE ERROR-KOMMANDOS ABARBEITEN
382          (( i = 0 ))
383          while (( i < iec ))
384          do
385             (( i = i + 1 ))
386             printf "\n  *** Execution of ERROR-command:\n"
387             printf "  >>> ${err_command[$i]}\n"
388             eval  ${err_command[$i]}
389          done
390          if [[ -n $interpreted_config_file ]]  then
391             rm -rf  $interpreted_config_file
392          fi
393          if [[ -n .mrun_environment ]]  then
394             rm -rf  .mrun_environment
395          fi
396          if [[ $tmpcreate = true ]]
397          then
398             printf "\n  *** Contents of \"$TEMPDIR\":\n"
399             ls -al; cd
400             [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
401          fi
402          if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
403          then
404             echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
405             kill $dvrserver_id
406          fi
407          if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
408          then
409             rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
410          fi
411          printf "\n\n+++ MRUN killed \n\n"
412       elif [[ $locat != control_c ]]
413       then
414          printf "\n\n --> all actions finished\n\n"
415          printf "     Bye, bye $usern !!\n\n"
416       fi' exit
417
418
419    # BEI TERMINAL-BREAK:
420 trap 'rm -rf  $working_directory/tmp_mrun
421       [[ $tmpcreate = true ]]  &&  (cd; rm -rf $TEMPDIR)
422       if [[ -f ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID ]]
423       then
424          rm -rf  ~/job_queue/JOBINFO.$QSUB_REQID
425       fi
426       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
427       then
428          echo "+++ killing dvrserver_id=$dvrserver_id"
429          kill $dvrserver_id
430       fi
431       printf "\n+++ MRUN killed by \"^C\" \n\n"
432       locat=control_c
433       exit
434      ' 2
435
436
437    # CHECK IF THE PATH FOR THE PALM BINARIES (SCRIPTS+UTILITY-PROGRAMS) HAS
438    # BEEN SET
439 if [[ "$PALM_BIN" = "" ]]
440 then
441    printf "\n  +++ environment variable PALM_BIN has not been set"
442    printf "\n      please set it to the directory where the PALM scripts are located"
443    locat=palm_bin; exit
444 fi
445 export PATH=$PALM_BIN:$PATH
446
447
448
449    # SHELLSCRIPT-OPTIONEN EINLESEN UND KOMMANDO NEU ZUSAMMENSETZEN, FALLS ES
450    # FUER FOLGEJOBS BENOETIGT WIRD
451 while  getopts  :a:AbBc:Cd:D:Fg:G:h:H:i:IkK:m:M:n:o:Op:P:q:r:R:s:St:T:u:U:vxX:yY: option
452 do
453   case  $option  in
454       (a)   afname=$OPTARG;;
455       (A)   store_on_archive_system=true; mc="$mc -A";;
456       (b)   do_batch=true; mc="$mc -b";;
457       (B)   delete_temporary_catalog=false; mc="$mc -B";;
458       (c)   config_file=$OPTARG; mc="$mc -c$OPTARG";;
459       (C)   restart_run=true; mc="$mc -C";;
460       (d)   fname=$OPTARG; mc="$mc -d$OPTARG";;
461       (D)   cpp_opts="$cpp_opts $OPTARG"; mc="$mc -D'$OPTARG'";;
462       (F)   job_on_file="-D"; mc="$mc -F";;
463       (g)   group_number=$OPTARG; mc="$mc -g$OPTARG";;
464       (G)   global_revision=$OPTARG; mc="$mc -G'$OPTARG'";;
465       (h)   host=$OPTARG; mc="$mc -h$OPTARG";;
466       (H)   fromhost=$OPTARG; mc="$mc -H$OPTARG";;
467       (i)   input_list=$OPTARG; mc="$mc -i'$OPTARG'";;
468       (I)   ignore_archive_error=true; mc="$mc -I";;
469       (k)   keep_data_from_previous_run=true; mc="$mc -k";;
470       (K)   additional_conditions="$OPTARG"; mc="$mc -K'$OPTARG'";;
471       (m)   memory=$OPTARG; mc="$mc -m$OPTARG";;
472       (M)   makefile=$OPTARG; mc="$mc -M$OPTARG";;
473       (n)   node_usage=$OPTARG; mc="$mc -n$OPTARG";;
474       (o)   output_list=$OPTARG; mc="$mc -o'$OPTARG'";;
475       (O)   use_openmp=true; mc="$mc -O";;
476       (p)   package_list=$OPTARG; mc="$mc -p'$OPTARG'";;
477       (P)   return_password=$OPTARG; mc="$mc -P$OPTARG";;
478       (q)   queue=$OPTARG; mc="$mc -q$OPTARG";;
479       (r)   run_mode=$OPTARG; mc="$mc -r'$OPTARG'";;
480       (R)   remotecall=true;return_addres=$OPTARG; mc="$mc -R$OPTARG";;
481       (s)   source_list=$OPTARG; mc="$mc -s'$OPTARG'";;
482       (S)   read_from_config=false; mc="$mc -S";;
483       (t)   cpumax=$OPTARG; mc="$mc -t$OPTARG";;
484       (T)   tasks_per_node=$OPTARG; mc="$mc -T$OPTARG";;
485       (u)   remote_username=$OPTARG; mc="$mc -u$OPTARG";;
486       (U)   return_username=$OPTARG; mc="$mc -U$OPTARG";;
487       (v)   silent=true; mc="$mc -v";;
488       (x)   do_trace=true;set -x; mc="$mc -x";;
489       (X)   numprocs=$OPTARG; mc="$mc -X$OPTARG";;
490       (y)   ocean_file_appendix=true; mc="$mc -y";;
491       (Y)   run_coupled_model=true; coupled_dist=$OPTARG; mc="$mc -Y'$OPTARG'";;
492       (\?)  printf "\n  +++ unknown option $OPTARG \n"
493             printf "\n  --> type \"$0 ?\" for available options \n"
494             locat=parameter;exit;;
495   esac
496 done
497
498
499    # EVTL. POSITIONSPARAMETER EINLESEN
500    # ZUR ZEIT GIBT ES NUR DEN PARAMETER ? (=KURZINFO)
501 shift OPTIND-1
502
503
504    # KURZE AUFRUFBESCHREIBUNG WIRD HIER AUSGEGEBEN
505 if [[ "$1" = "?" ]]
506 then
507   (printf "\n  *** mrun can be called as follows:\n"
508    printf "\n      $mrun_script_name  -b -c.. -d.. -D.. -f.. -F -h.. -i.. -I -K.. -m.. -o.. -p.. -r.. -R -s.. -t.. -T.. -v -x -X.. -y -Y.. <modus>\n"
509    printf "\n      Description of available options:\n"
510    printf "\n      Option  Description                              Default-Value"
511    printf "\n        -a    base name of input files                 equiv. -d"
512    printf "\n        -A    archiving when using file-attribute fl"
513    printf "\n        -b    batch-job on local machine               ---"
514    printf "\n        -B    do not delete temporary directory at end ---"
515    printf "\n        -c    configuration file                       .mrun.config"
516    printf "\n        -d    base name of files attached to program   test"
517    printf "\n        -D    preprocessor(cpp)-directives             \"\" "
518    printf "\n        -F    create remote job file only              ---"
519    printf "\n        -h    execution host                           $localhost_realname"
520    printf "\n        -i    INPUT control list                       \"\" "
521    printf "\n        -I    archiving errors of previous batch-jobs"
522    printf "\n              will be ignored"
523    printf "\n        -k    keep data from previous run"
524    printf "\n        -K    additional conditions for controling"
525    printf "\n              usage of conditional code and"
526    printf "\n              env-variables in configuration file      \"\" "
527    printf "\n        -m    memory demand in MB (batch-jobs)         0 MB"
528    printf "\n        -M    Makefile name                            Makefile"
529    printf "\n        -n    node usage (shared/not_shared)           depending on -h"
530    printf "\n        -o    OUTPUT control list                      \"\" "
531    printf "\n        -O    use OpenMP                               ---"
532    printf "\n        -p    software package list                    \"\" "
533    printf "\n        -q    queue                                    \"$queue\" "
534    printf "\n        -r    run control list (combines -i -o)        \"\" "
535    printf "\n        -s    filenames of routines to be compiled     \"\" "
536    printf "\n              must end with .f, .f90, .F, or .c !"
537    printf "\n              use \"..\" for more than one file and wildcards"
538    printf "\n              -s TEST compiles all files with w-permit"
539    printf "\n        -S    config file interpreted by shellscript   ---"
540    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds (batch)      0"
541    printf "\n        -T    tasks per node                           depending on -h"
542    printf "\n        -u    username on remote machine               \"\" "
543    printf "\n        -v    no prompt for confirmation               ---"
544    printf "\n        -x    tracing of mrun for debug purposes       ---"
545    printf "\n        -X    # of processors (on parallel machines)   1"
546    printf "\n        -y    add appendix \"_O\" to all local output"
547    printf "\n              files (ocean precursor runs followed by"
548    printf "\n              coupled atmosphere-ocean runs)           ---"
549    printf "\n        -Y    run coupled model, \"#1 #2\" with" 
550    printf "\n              #1 atmosphere and #2 ocean processors    \"#/2 #/2\" depending on -X"
551    printf "\n "
552    printf "\n      Possible values of positional parameter <modus>:"
553    printf "\n        \"?\"       -  this outline \n\n") | more
554    exit
555 elif [[ "$1" != "" ]]
556 then
557    printf "\n  +++ positional parameter $1 unknown \n"
558    locat=parameter; exit
559 fi
560
561
562
563    # KURZE STARTMELDUNG
564 printf "\n*** $version "
565 printf "\n    will be executed.     Please wait ..."
566
567
568
569    # PRUEFEN, OB KONFIGURATIONS-DATEI VORHANDEN
570 if [[ ! -f $config_file ]]
571 then
572    printf "\n\n  +++ configuration file: "
573    printf "\n           $config_file"
574    printf "\n      does not exist"
575    locat=connect; exit 
576 fi
577
578
579    # HOST-IDENTIFIER (local_host) AUS KONFIGURATIONSDATEI BESTIMMEN
580 line=""
581 grep  "%host_identifier"  $config_file  >  tmp_mrun
582 while read line
583 do
584    if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
585    then
586       HOSTNAME=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
587       host_identifier=`echo $line | cut -d" " -s -f3`
588       if [[ $localhost_realname = $HOSTNAME ]]
589       then
590          localhost=$host_identifier
591          break
592       fi
593    fi
594 done < tmp_mrun
595
596 if [[ "$localhost" = "" ]]
597 then
598    printf "\n\n  +++ no host identifier found in configuration file \"$config_file\""
599    printf "\n      for local host \"$localhost_realname\"."
600    printf "\n      Please add line"
601    printf "\n      \"\%host_identifier $localhost_realname <identifier>\""
602    printf "\n      to the configuration file."
603    locat=localhost; exit
604 fi
605
606
607    # HOSTSPEZIFISCHE VARIABLEN SETZEN
608 case  $localhost_realname  in
609     (r1*|r2*|h01*|b01*)     archive_system=tivoli;;
610     (cs*)                   archive_system=ut;;
611     (fimm.bccs.uib.no)      fimm=true;;
612     (gate|n-sx)             PATH=$PALM_BIN:$PATH:/usr/bin/nqsII;;
613     (scirocco)              scirocco=true;;
614 esac
615
616
617 
618    # BASISNAME DER INPUT-DATEIEN GLEICH ALLGEMEINEM BASISNAMEN SETZEN,
619    # WENN NICHT VOM BENUTZER ANDERS BESTIMMT
620 [[ "$afname" = "" ]]  &&  afname=$fname
621
622
623    # EVTL. RUN-MODUS DEN I/O-LISTEN HINZUFUEGEN
624 if [[ "$run_mode" != "" ]]
625 then
626    input_list="$input_list $run_mode"
627    output_list="$output_list $run_mode"
628 fi
629
630
631    # RECHNERNAMEN ABSPEICHERN, VON DEM AUS JOB GESTARTET WIRD,
632    # ALLERDINGS NUR DANN, WENN NICHT PER OPTION -H BEREITS EIN WERT
633    # ZUGEWIESEN WURDE (MRUN MACHT DIES IMMER, WENN ES SELBST BATCH-JOBS
634    # STARTET)
635 if [[ "$fromhost" = "" ]]
636 then
637    fromhost=$localhost
638 fi
639
640
641     # PRUEFEN, OB MRUN NUR TESTWEISE AUF DER LOKALEN MASCHINE KOMPILIEREN SOLL
642 if [[ "$source_list" = LOCAL_COMPILE_TEST ]]
643 then
644    source_list=TEST
645    local_compile=true
646    host=$localhost
647 fi
648   
649
650    # PRUEFEN, OB AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL
651    # WERT VON do_remote WIRD FUER DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT.
652    # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
653    # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
654 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
655 then
656    do_batch=true
657    do_remote=true
658    case  $host  in
659        (ibm|ibmb|ibmh|ibms|ibmy|nech|necriam|lckyoto|lcsgib|lcsgih|lctit|unics|lcxt4|lcxt5m|lck)  true;;
660        (*)  printf "\n"
661             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
662             printf "\n      is not available"
663             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
664    esac
665 else
666    host=$localhost
667 fi
668
669
670     # ZUSATZBEDINGUNGEN (OPTION -K) AUSWERTEN
671 if [[ -n $additional_conditions ]]
672 then
673#    echo $additional_conditions | cut -d" " -f1-3 | read  cond1  cond2  dummy
674    cond1=`echo $additional_conditions | cut -d" " -f1`
675    cond2=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f2`
676    dummy=`echo $additional_conditions | cut -d" " -s -f3`
677    if [[ -n $dummy ]]
678    then
679       printf "\n  +++ more than 2 additional conditions given for Option \"-K\""
680       locat=options; exit
681    fi
682    block=_$cond1
683    [[ -n $cond2 ]]  &&  block=${block}_$cond2
684 fi
685
686
687      # KOPPLUNGSEIGENSCHAFTEN (-Y) AUSWERTEN UND coupled_mode BESTIMMEN
688 if [[ $run_coupled_model = true ]] 
689 then
690
691    if  [[ -n $coupled_dist ]]
692    then
693
694       numprocs_atmos=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f1`
695       numprocs_ocean=`echo $coupled_dist | cut -d" " -s -f2`
696
697       if (( $numprocs_ocean + $numprocs_atmos != $numprocs ))
698       then
699
700          printf "\n  +++ number of processors does not fit to specification by \"-Y\"."
701          printf "\n      PEs (total)     : $numprocs"
702          printf "\n      PEs (atmosphere): $numprocs_atmos"
703          printf "\n      PEs (ocean)     : $numprocs_ocean"
704          locat=coupling; exit
705
706          # REARRANGING BECAUSE CURRENTLY ONLY 1:1 TOPOLOGIES ARE SUPPORTED
707          # THIS SHOULD BE REMOVED IN FUTURE
708       elif (( $numprocs_ocean != $numprocs_atmos ))
709       then
710
711          printf "\n  +++ currently only 1:1 topologies are supported"
712          printf "\n      PEs (total)     : $numprocs"
713          printf "\n      PEs (atmosphere): $numprocs_atmos"
714          printf "\n      PEs (ocean)     : $numprocs_ocean"
715          (( numprocs_atmos = $numprocs / 2 ))
716          (( numprocs_ocean = $numprocs / 2 ))
717          printf "\n  +++ rearranged topology to $numprocs_atmos:$numprocs_ocean"
718
719       fi
720
721    else
722
723       (( numprocs_ocean = $numprocs / 2 ))
724       (( numprocs_atmos = $numprocs / 2 ))
725
726    fi
727    coupled_dist=`echo "$numprocs_atmos $numprocs_ocean"`
728
729       # GET coupled_mode FROM THE CONFIG FILE
730    line=""
731    grep  "%cpp_options.*-D__mpi2.*$host" $config_file  >  tmp_mrun
732    while read line
733    do
734       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" &&  ( $(echo $line | cut -d" " -s -f4) = $cond1 || $(echo $line | cut -d" " -s -f4)  = $cond2 ) ]]
735       then
736          coupled_mode="mpi2"
737       fi
738    done < tmp_mrun
739
740 fi
741
742
743    # PRUEFEN, OB EVTL. BEI VORHERGEHENDEM LAUF (KETTENJOB) EINE
744    # ARCHIVIERUNG FEHLGESCHLAGEN IST
745 if [[ -f ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname ]]
746 then
747    if [[ $ignore_archive_error = false ]]
748    then
749       printf "\n  +++ data archiving of previous run failed"
750       printf "\n      see directory \~/job_queue on remote machine"
751       locat=archive; exit
752    else
753       printf "\n  +++ warning: data archiving in a previous run failed"
754       printf "\n      MRUN continues, trying to get backup copy"
755    fi
756 fi
757
758
759
760    # LESEN UND INTERPRETIEREN DER KONFIGURATIONS-DATEI VOM SHELLSCRIPT AUS
761    # VORUEBERGEHEND ZWINGEND AUF LINUX-RECHNERN
762 if [[ "$read_from_config" = false ]]
763 then
764
765    [[ $silent = false ]]  &&  printf "\n    Reading the configuration file... "
766    while  read zeile
767    do
768        [[ $silent = false ]]  &&  printf "."
769
770
771          # ZUERST EVENTUELL VORKOMMENDE ENVIRONMENT-VARIABLEN DURCH IHRE WERTE
772          # ERSETZEN
773       eval  zeile=\"$zeile\"
774
775
776          # INTERPRETATION DER ZEILE
777       if [[ "$(echo $zeile)" = "" ]]
778       then
779             # LEERZEILE, KEINE AKTION
780          continue
781
782       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "#" ]]
783       then
784
785             # ZEILE IST KOMMENTARZEILE
786          true
787
788       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1)"  =  "%" ]]
789       then
790
791             # ZEILE DEFINIERT ENVIRONMENT-VARIABLE
792          zeile=$(echo $zeile | cut -c2-)
793#          echo $zeile | cut -d" " -f1-5 | read  var  value  for_host  for_cond1  for_cond2
794          var=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
795          value=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
796          for_host=`echo $zeile | cut -d" " -s -f3`
797          for_cond1=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
798          for_cond2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
799
800          if [[ "$for_host" = ""  ||  ( "$for_host" = $host  &&  "$for_cond1" = "$cond1"  &&  "$for_cond2" = "$cond2" )  ||  $(echo "$input_list$output_list"|grep -c "$for_host") != 0 ]]
801          then
802
803                # BEI COMPILER- CPP- ODER LINKEROPTIONEN EVTL ":" DURCH " "
804                # ERSETZEN. "::" WIRD DURCH ":" ERSETZT.
805             value=`echo $value | sed 's/::/%DUM%/g' | sed 's/:/ /g' | sed 's/%DUM%/:/g'`
806
807
808                # ENVIRONMENT-VARIABLE WIRD WERT AUS KONFIGURATIONSDATEI
809                # ZUGEWIESEN, WENN SIE SELBST NOCH KEINEN WERT UEBER DIE
810                # ENTSPRECHENDE SCRIPT-OPTION ERHALTEN HAT. SOLCHE
811                # VARIABLEN HAETTEN DANN DEN WERT "" ODER IM INTEGER-FALL DEN
812                # WERT 0.  ALLGEMEINE REGEL ALSO: SCRIPT-OPTION GEHT UEBER
813                # KONFIGURATIONSDATEI
814             if [[ "$(eval echo \$$var)" = ""  ||  "$(eval echo \$$var)" = "0" ]]
815             then
816                eval  $var=\$value
817
818                   # EVTL. BILDSCHIRMAUSGABEN DER ENVIRONMENT-VARIABLEN
819                if [[ $do_trace = true ]]
820                then
821                   printf "\n*** ENVIRONMENT-VARIABLE $var = $value"
822                fi
823             fi
824
825                # WENN ENVIRONMENT-VARIABLE HOST VEREINBART, DANN SOFORT AUSWERTEN
826                # WERT VON do-remote WIRD BEI DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT
827                # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
828                # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
829             if [[ $var = host ]]
830             then
831                if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
832                then
833                   do_batch=true
834                   do_remote=true
835                   case  $host  in
836                       (ibm|ibms|ibmy|lckyoto|lcsgib|lcsgih|lctit|nech|necriam|unics|lcxt4|lcxt5m|lck)  true;;
837                       (*)  printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
838                            printf "\n      is not available"
839                            locat=nqs; exit;;
840                   esac
841                else
842                   host=$localhost
843                fi
844             fi
845
846                # VOM BENUTZER DEFINIERTE ENVIRONMENT VARIABLEN MUESSEN PRINZIPIELL
847                # EXPORTIERT WERDEN, DA SIE VIELLEICHT IN WEITER UNTEN AUFZURUFEN-
848                # DEN PROGRAMMEN BENOETIGT WERDEN
849             export  $var
850          fi
851
852
853
854
855       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "EC:" ]]
856       then
857
858             # ZEILE DEFINIERT ERROR-KOMMANDO
859          (( iec = iec + 1 ))
860          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
861          err_command[$iec]="$zeile"
862
863       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "IC:" ]]
864       then
865
866             # ZEILE DEFINIERT INPUT-KOMMANDO
867          (( iic = iic + 1 ))
868          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
869          in_command[$iic]="$zeile"
870
871       elif [[ "$(echo $zeile | cut -c1-3)" = "OC:" ]]
872       then
873
874             # ZEILE DEFINIERT OUTPUT-KOMMANDO
875          (( ioc = ioc + 1 ))
876          zeile=$(echo $zeile | cut -c4-)
877          out_command[$ioc]="$zeile"
878
879       else
880
881             # ZEILE DEFINIERT DATEIVERBINDUNG. EINLESEN DER DATEIEIGENSCHAFTEN
882             # s2a: in/out - Feld
883             # s2b: loc    - Feld (optional)
884             # s2c: tr/ar  - Feld (optional)
885#          echo $zeile | cut -d" " -f1-2 | read  s1  s2
886          s1=`echo $zeile | cut -d" " -f1`
887          s2=`echo $zeile | cut -d" " -s -f2`
888          s2a=$(echo $s2 | cut -d":" -f1)
889          if [[ $(echo $s2 | grep -c ":") = 0 ]]
890          then
891             s2b=""
892             s2c=""
893          else
894#             echo $s2 | cut -d":" -f2-3 | sed 's/:/ /g' | read  s2b  s2c
895             s2b=`echo $s2 | cut -d":" -f2 | sed 's/:/ /g'`
896             s2c=`echo $s2 | cut -d":" -s -f3 | sed 's/:/ /g'`
897          fi
898#          echo $zeile | cut -d" " -f3-6 | read  s3  s4  s5  s6
899          s3=`echo $zeile | cut -d" " -f3`
900          s4=`echo $zeile | cut -d" " -s -f4`
901          s5=`echo $zeile | cut -d" " -s -f5`
902          s6=`echo $zeile | cut -d" " -s -f6`
903
904       
905             # ABSPEICHERN DER DATEIVERBINDUNG, FALLS IN INPUT- ODER OUTPUT-LIST
906             # VERMERKT. VARIABLE S3 KANN AUCH LISTE ENTHALTEN (FELDTRENNER ":")
907             # DATEIVERBINDUNG WIRD DANN NICHT ABGESPEICHERT UND GEPRUEFT, WENN
908             # PROGRAMMLAUF AUF REMOTE-MASCHINE ERFOLGT UND DATEI NUR LOKAL VOR-
909             # HANDEN SEIN MUSS (D.H. s2b = loc)
910          IFSALT="$IFS"; IFS="$IFS:"
911          if [[ "$s2a" = in  &&  ! ( $do_remote = true  &&  ( "$s2b" = loc  ||  "$s2b" = locopt ) ) ]]
912          then
913             found=false
914             for  actual  in  $input_list
915             do
916                for  formal  in  $s3
917                do
918                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-" ]]  &&  found=true
919                done
920             done
921             if [[ $found = true ]]
922             then
923                (( iin = iin + 1 ))
924                localin[$iin]=$s1; transin[$iin]=$s2b; actionin[$iin]=$s2c;
925                typein[$iin]=$s3; pathin[$iin]=$s4; endin[$iin]=$s5;
926                extin[$iin]=$s6
927             fi
928          elif [[ "$s2a" = out  &&  ! ( $do_remote = true  &&  "$s2b" = loc ) ]]
929          then
930             found=false
931             for  actual  in  $output_list
932             do
933                for  formal  in  $s3 
934                do
935                   [[ $actual = $formal  ||  "$formal" = "-"  ]]  &&  found=true
936                done
937             done
938             if [[ $found = true ]]
939             then
940                (( iout = iout + 1 ))
941                localout[$iout]=$s1; actionout[$iout]=$s2c; typeout[$iout]=$s3;
942                pathout[$iout]=$s4; endout[$iout]=$s5; extout[$iout]=$s6
943             fi
944          elif [[ "$s2a" != in  &&  "$s2a" != out ]]
945          then
946             printf "\n  +++ I/O-attribute in configuration file $config_file has the invalid"
947             printf "\n      value \"$s2\". Only \"in\" and \"out\" are allowed!"
948             locat=connect; exit
949          fi
950          IFS="$IFSALT"
951       fi
952    done < $config_file
953
954 else
955
956
957       # INTERPRETATION DER KONFIGURATIONSDATEI MITTELS FORTRAN 90 - PROGRAMM
958    [[ $silent = false ]]  &&  printf "..."
959    export  cond1 cond2 config_file do_remote do_trace input_list localhost output_list
960    export  interpreted_config_file=.icf.$RANDOM
961
962
963
964       # ENVIRONMENT-VARIABLEN FUER INTERPRET_CONFIG UEBER NAMELIST_DATEI ZUR
965       # VERFUEGUNG STELLEN
966    cat  >  .mrun_environment  <<  %%END%%
967 &mrun_environment  cond1 = '$cond1', cond2 = '$cond2',
968                    config_file = '$config_file', do_remote = '$do_remote',
969                    do_trace = '$do_trace', host = '$host',
970                    input_list = '$input_list', icf = '$interpreted_config_file',
971                    localhost = '$localhost', output_list = '$output_list' /
972
973%%END%%
974
975       # WERTE VON MRUN-OPTIONEN SICHERN UND DAMIT GEGEBENENFALLS SPAETER DIE
976       # IN DER KONFIGURAIONSDATEI ANGEGEBENEN WERTE UEBERSTEUERN
977    mrun_memory=$memory
978    mrun_group_number=$group_number
979    mrun_cpumax=$cpumax
980    mrun_numprocs=$numprocs
981
982    if [[ $localhost_realname = "sx-fep" ]]
983    then
984       /home/COAR/NC/raasch/pub/interpret_config_necriam.x
985    else
986
987       if [[ "$host" != $localhost ]]
988       then
989
990             # REMOTE JOB FROM LOCAL HOST: JUST TAKE THE FIRST EXECUTABLE FOUND
991          interpret_config_executable=`ls -1 ${PALM_BIN}/interpret_config*.x 2>/dev/null`
992          if [[ $? != 0 ]]
993          then
994             printf "\n\n  +++ no interpret_config found"
995             printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this host"
996             locat=interpret_config; exit
997          fi
998          interpret_config_executable=`echo $interpret_config_executable | cut -d" " -f1`
999          $interpret_config_executable
1000
1001       else
1002
1003             # CHECK, IF THERE IS AN EXECUTABLE FOR THE BLOCK
1004          if [[ ! -f ${PALM_BIN}/interpret_config${block}.x ]]
1005          then
1006             printf "\n\n  +++ no interpret_config found for given block \"$cond1 $cond2\""
1007             printf "\n      run \"mbuild -u -h ...\" to generate utilities for this block"
1008             locat=interpret_config; exit
1009          else
1010             interpret_config${block}.x
1011          fi
1012
1013       fi
1014    fi
1015    rm .mrun_environment
1016
1017
1018       # AUSFUEHRUNG DER GENERIERTEN SHELL-KOMMANDOS IN DIESER SHELL
1019    chmod  u+x  $interpreted_config_file
1020    export PATH=$PATH:.
1021    . $interpreted_config_file
1022    rm  $interpreted_config_file
1023
1024
1025       # OPTIONSWERTE UEBERSTEUERN KONFIGURATIONSDATEI
1026    [[ $mrun_memory     != 0  ]]  &&  memory=$mrun_memory
1027    [[ "$mrun_group_number" != "none" ]]  &&  group_number=$mrun_group_number
1028    [[ $mrun_cpumax     != 0  ]]  &&  cpumax=$mrun_cpumax
1029    [[ "$mrun_numprocs" != "" ]]  &&  numprocs=$mrun_numprocs
1030
1031 fi
1032
1033
1034    # QUELLTEXTVERZEICHNIS AUF LOKALER MASCHINE AUS KONFIGURATIONSDATEI
1035    # BESTIMMEN (WUERDE SONST EVTL. DAS VERZEICHNIS DES JEWEILS UNTER -h
1036    # ANGEGEBENEN REMOTE-RECHNERS SEIN)
1037    # BEI BATCH-JOBS SIND DIE ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE SCHON KOMPLETT
1038 if [[ "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1039 then
1040
1041       # ZUERST PRUEFEN, OB EIN GLOBALER QUELLTEXTPFAD FUER ALLE RECHNER
1042       # VEREINBART WURDE
1043    source_path=""
1044    line=""
1045    grep "%source_path" $config_file  >  tmp_mrun
1046    while read line
1047    do
1048       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
1049       then
1050          if [[ "$(echo $line | cut -d" " -f3)" = "" ]]
1051          then
1052             global_source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
1053          fi
1054       fi
1055    done  <  tmp_mrun
1056
1057    line=""
1058    found=false
1059    grep  " $localhost" $config_file | grep "%source_path"  >  tmp_mrun
1060    while read line
1061    do
1062       if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
1063       then
1064          if [[ $found = true ]]
1065          then
1066             printf "\n\n  +++ more than one source path found in configuration file"
1067             printf "\n      for local host \"$localhost\" "
1068             locat=source_path; exit
1069          fi
1070          source_path=`echo $line | cut -d" " -f2`
1071          found=true
1072       fi
1073    done  <  tmp_mrun
1074    rm  tmp_mrun
1075
1076    if [[ "$source_path" = "" ]]
1077    then
1078       if [[ "$global_source_path" != "" ]]
1079       then
1080          source_path=$global_source_path
1081       else
1082          printf "\n\n  +++ no source path found in configuration file"
1083          printf "\n      for local host \"$localhost\" "
1084          locat=source_path; exit
1085       fi
1086    fi
1087    eval source_path=$source_path
1088
1089    if [[ ! -d $source_path ]]
1090    then
1091       printf "\n\n  +++ source path \"$source_path\" on local host"
1092       printf "\n      \"$localhost\" does not exist"
1093       locat=source_path; exit
1094    fi
1095
1096 fi
1097
1098
1099    # GLOBALE REVISIONSNUMMER ERMITTELN (FORTSETZUNGSLAEUFEN WIRD DIESE
1100    # DURCH OPTION -G MITGETEILT)
1101 if [[ "$global_revision" = "" ]]
1102 then
1103    global_revision=`svnversion $source_path  2>/dev/null`
1104    global_revision="Rev: $global_revision"
1105 fi
1106
1107
1108    # NOCHMAL PRUEFEN, OB AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL
1109    # (HOST KANN IN KONFIGURATIONSDATEI ANDERS FESTGELEGT WORDEN SEIN)
1110    # WERT VON do_remote WIRD FUER DATEIVERBINDUNGEN BENOETIGT.
1111    # WENN AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WIRD, IST GLEICHZEITIG KLAR,
1112    # DASS EIN BATCH-JOB GESTARTET WERDEN MUSS
1113 if [[ -n $host  &&  "$host" != $localhost ]]
1114 then
1115    do_batch=true
1116    do_remote=true
1117    case  $host  in
1118        (ibm|ibmb|ibmh|ibms|ibmy|lckyoto|lcsgib|lcsgih|lctit|nech|necriam|unics|lcxt4|lcxt5m|lck)  true;;
1119        (*)  printf "\n"
1120             printf "\n  +++ sorry: execution of batch jobs on remote host \"$host\""
1121             printf "\n      is not available"
1122             locat=nqs; (( iec = 0 )); exit;;
1123    esac
1124 else
1125    host=$localhost
1126 fi
1127
1128
1129    # PRUEFUNG EINIGER PROZESSORZAHLANGABEN BEI RECHNUNGEN AUF PARALLELRECHNERN
1130 if [[ "$cond1" = parallel  ||  "$cond2" = parallel ]]
1131 then
1132
1133       # PRUEFEN, OB DIE ANZAHL DER ZU VERWENDENDEN PES ANGEGEBEN WURDE
1134    if [[ ! -n $numprocs ]]
1135    then
1136       printf "\n"
1137       printf "\n  +++ option \"-K parallel\" requires additional specification"
1138       printf "\n      of the number of processors to be used by"
1139       printf "\n      mrun-option \"-X\" or by environment-variable"
1140       printf "\n      \"numprocs\" in the configuration file"
1141       locat=numprocs; (( iec = 0 )); exit
1142    fi
1143
1144       # PRUEFEN, OB DIE PROZESSORANZAHL PRO KNOTEN ANGEGEBEN WURDE (GGF.
1145       # DEFAULT-WERT SETZEN) UND OB SIE EIN GANZZAHLIGER TEILER DER
1146       # GESAMTPROZESSORANZAHL IST
1147    if [[ $host = nech  ||  $host = necriam  ||  $host = ibmh  ||  $host = ibmb  ||  $host = ibms ]]
1148    then
1149       [[ "$tasks_per_node" = "" ]]  &&  tasks_per_node=6
1150       (( ival = $tasks_per_node ))
1151       (( pes = numprocs ))
1152#       if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics+1PE) = 1 ]]
1153#       then
1154#          (( pes = pes - 1 ))
1155#       fi
1156       (( ii = pes / ival ))
1157       if (( pes - ii * ival > 0 ))
1158       then
1159          printf "\n"
1160          printf "\n  +++ tasks per node (option \"-T\") must be an integral"
1161          printf "\n      divisor of the total number of processors (option \"-X\")"
1162          printf "\n      values of this mrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $numprocs\""
1163          locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
1164       fi
1165    fi
1166
1167       # IBMY HAT NUR EINEN KNOTEN
1168    if [[ $host = ibmy ]]
1169    then
1170       if [[ "$tasks_per_node" != ""  &&  "$tasks_per_node" != "$numprocs" ]]
1171       then
1172          printf "\n"
1173          printf "\n  +++ on ibmy, tasks per node (option \"-T\") must be equal to the"
1174          printf "\n      total number of processors (option \"-X\")"
1175          printf "\n      values of this mrun-call: \"-T $tasks_per_node\" \"-X $numprocs\""
1176          locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
1177       fi
1178    fi
1179
1180       # FALLS OPENMP PARALLELISIERUNG VERWENDET WERDEN SOLL, ANZAHL VON THREADS
1181       # SETZEN UND ZAHL DER TASKS PRO KNOTEN AUF 1 SETZEN
1182    if [[ $use_openmp = true ]]
1183    then
1184       threads_per_task=$tasks_per_node
1185       tasks_per_node=1
1186    fi
1187
1188       # SETTINGS FOR SUBJOB-COMMAND
1189    if [[ $(echo $host | cut -c1-5) = lcsgi ]]
1190    then
1191       (( tp1 = tasks_per_node * threads_per_task ))
1192       TOPT="-T $tp1"
1193    else
1194       TOPT="-T $tasks_per_node"
1195    fi
1196    OOPT="-O $threads_per_task"
1197
1198       # GESAMTZAHL DER KNOTEN BESTIMMEN
1199    if [[ "$tasks_per_node" != "" ]]
1200    then
1201       (( nodes = numprocs / ( tasks_per_node * threads_per_task ) ))
1202    fi
1203
1204       # PRUEFEN, OB NODE USAGE EINEN ERLAUBTEN WERT HAT BZW. DEN DEFAULT
1205       # SETZEN
1206    if [[ $node_usage = default ]]
1207    then
1208       if [[ $host = ibms ]]
1209       then
1210          node_usage=shared
1211       elif [[ $host = lctit ]]
1212       then
1213          node_usage=RAM64GB
1214       elif [[ $(echo $host | cut -c1-5) = lcsgi ]]
1215       then
1216          node_usage=singlejob
1217       else
1218          node_usage=not_shared
1219       fi
1220    fi
1221
1222    if [[ $node_usage != shared  &&  $node_usage != not_shared  &&  $node_usage != singlejob  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla"  &&  $node_usage != RAM64GB  ]]
1223    then
1224       printf "\n"
1225       printf "\n  +++ node usage (option \"-n\") is only allowed to be set"
1226       printf "\n      \"shared\" or \"not_shared\""
1227       locat=tasks_per_node; (( iec = 0 )); exit
1228    fi
1229
1230 fi
1231
1232    # PRUEFEN, OB HOSTFILE EXISTIERT
1233 if [[ -n $hostfile ]]
1234 then
1235    if [[ ! -f $hostfile ]]
1236    then
1237       printf "\n"
1238       printf "\n  +++ hostfile \"$hostfile\" does not exist"
1239       locat=hostfile; exit
1240    fi
1241 fi
1242
1243    # PRUEFEN, OB RHOSTS DATEI EXISTIERT. GEGEBENENFALLS ANLEGEN BZW. ERWEITERN
1244 if [[ $host = ibmy  &&  $do_remote = false ]]
1245 then
1246    if [[ ! -f $HOME/.rhosts ]]
1247    then
1248       echo  "gfdl5.yonsei.ac.kr"  >  $HOME/.rhosts
1249       printf "\n\n  *** file:"
1250       printf "\n           $HOME/.rhosts"
1251       printf "\n      was created\n"
1252    fi
1253    if [[ $(grep -c gfdl5.yonsei.ac.kr $HOME/.rhosts) = 0 ]]
1254    then
1255       echo  "gfdl5.yonsei.ac.kr"  >>  $HOME/.rhosts
1256       printf "\n\n  *** file:"
1257       printf "\n           $HOME/.rhosts"
1258       printf "\n      was extended by the name of the current host\n"
1259    fi
1260 fi
1261
1262
1263
1264    # FALLS NICHT VORGEGEBEN, DEFAULT-QUEUE AUF DER ZIELMASCHINE FESTLEGEN
1265 if [[ $queue = none ]]
1266 then
1267    case  $host  in
1268        (ibmb)       if [[ $node_usage = shared ]]
1269                     then
1270                        queue=cshare
1271                     else
1272                        queue=csolo
1273                     fi;;
1274        (ibmh)       queue=no_class;;
1275        (ibmy)       queue=parallel;;
1276        (lckyoto)    queue=ph;;
1277        (lcsgib)     queue=bigq;;
1278        (lcsgih)     queue=bigq;;
1279        (lctit)      queue=RAM64GB;;
1280        (nech)       queue=none;;
1281        (necriam)    queue=SP;;
1282        (unics)      queue=unics;;
1283    esac
1284 fi
1285
1286
1287    # VOLLSTAENDIGE DATEINAMEN DER INPUT-FILES BILDEN,
1288    # INPUT-DATEIEN AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND EVTL. HOECHSTE ZYKLUSNUMMER
1289    # ERMITTELN
1290 (( i = 0 ))
1291 while (( i < iin ))
1292 do
1293    (( i = i + 1 ))
1294    (( maxcycle = 0 ))
1295
1296       # NAMENSBILDUNG (EVTL. IST FESTER DATEINAME VORGEGEBEN)
1297    if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1298    then
1299       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${endin[$i]}  # REMOTE-PFAD ERST AUF
1300                                                    # REM-MASCHINE AUSWERTEN
1301       eval filename=${pathin[$i]}/${endin[$i]}
1302    else
1303       remotepathin[$i]=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}  # REMOTE-PFAD ERST AUF
1304                                                             # REM-MASCHINE AUSWERTEN
1305       eval filename=${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}
1306    fi
1307
1308       # PRUEFEN AUF VORHANDENSEIN
1309    if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1310          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1311          $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1312    then
1313          # DATEIEN MIT EXTENSION (Z.B. NC) MUESSEN NICHT ZWINGEND VORHANDEN
1314          # SEIN, DESHALB IN SOLCHEN FAELLEN KEIN ABBRUCH. DIES IST NUR EINE
1315          # VORUEBERGEHENDE LOESUNG (OKT 05). NICHT ZWINGEND BENOETIGTE
1316          # EINGABEDATEIEN SOLLTEN EINE SPEZIELLE OPTION IN DER DATEI-
1317          # VERBINDUNGSANWEISUNG BEKOMMEN (Z.B. inopt?)
1318       if [[ "${transin[$i]}" != "locopt" ]]
1319       then
1320          printf "\n\n  +++ INPUT-file: "
1321          if [[ "${extin[$i]}" = "" ]]
1322          then
1323             printf "\n           $filename"
1324          else
1325             printf "\n           $filename.${extin[$i]}"
1326          fi
1327          printf "\n      does not exist\n"
1328          locat=input; exit
1329       else
1330          transin[$i]="unavailable"
1331       fi
1332    else
1333
1334          # ZYKLUSNUMMER FESTSTELLEN
1335       ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1336       ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1337       while  read zeile
1338       do
1339          cycle=$(print $zeile | cut -f2 -d".")
1340          if [[ "$cycle" = "$zeile" ]]
1341          then
1342             (( icycle = 0 ))
1343          elif [[ "$cycle" = "${extin[$i]}" ]]
1344          then
1345             (( icycle = 0 ))
1346          else
1347             (( icycle = $cycle ))
1348          fi
1349          if (( icycle > maxcycle ))
1350          then
1351             (( maxcycle = icycle ))
1352             file_to_be_used=$zeile
1353          fi
1354       done <filelist
1355       rm filelist
1356
1357          # EVTL. ZYKLUSNUMMER AN DATEINAMEN ANFUEGEN
1358       if (( maxcycle > 0 ))
1359       then
1360          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1361          then
1362             filename=${filename}.$maxcycle.${extin[$i]}
1363          else
1364             filename=${filename}.$maxcycle
1365          fi
1366       else
1367          if [[ "${extin[$i]}" != " "  &&   "${extin[$i]}" != "" ]]
1368          then
1369             filename=${filename}.${extin[$i]}
1370          fi
1371       fi
1372       
1373          # DATEINAMEN OHNE PFAD ABER MIT ZYKLUSNUMMER ABSPEICHERN,
1374          # DA SPAETER BEI RUECKSPEICHERN VOM ARCHIVSYSTEM EVTL. BENOETIGT
1375       absnamein[$i]=$filename
1376       if (( maxcycle > 0 ))
1377       then
1378          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1379          then
1380             frelin[$i]=${endin[$i]}.$maxcycle
1381          else
1382             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}.$maxcycle
1383          fi
1384       else
1385          if [[ "${actionin[$i]}" = di ]]
1386          then
1387             frelin[$i]=${endin[$i]}
1388          else
1389             frelin[$i]=${afname}${endin[$i]}
1390          fi
1391       fi
1392
1393    fi
1394 done
1395       
1396
1397    # VOLLSTAENDIGE DATEINAMEN (OHNE $ ODER ~) DER OUTPUT-FILES BILDEN,
1398    # OUTPUT-DATEIEN AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND EVTL. HOECHSTE ZYKLUSNUMMER
1399    # ERMITTELN ODER, FALLS NICHT VORHANDEN, PRUEFEN, OB SIE SICH ANLEGEN LASSEN
1400    # DIESE AKTIONEN FINDEN NICHT STATT, WENN PROGRAMM AUF REMOTE-MASCHINE
1401    # RECHNET UND DATEI ANSCHLIESSEND TRANSFERIERT WERDEN SOLL!
1402 (( i = 0 ))
1403 while (( i < iout ))
1404 do
1405    (( i = i + 1 ))
1406    if [[ ! ( $fromhost != $localhost  &&  ( "${actionout[$i]}" = tr || "${actionout[$i]}" = tra || "${actionout[$i]}" = trpe ) ) ]]
1407    then
1408       if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
1409       then
1410          actionout[$i]=""
1411       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe ]]
1412       then
1413          actionout[$i]=pe
1414       elif [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
1415       then
1416          actionout[$i]=a
1417       fi
1418       (( maxcycle = 0 ))
1419       eval filename=${pathout[$i]}/${fname}${endout[$i]}
1420       eval catalogname=${pathout[$i]}
1421       if [[ $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "not found") = 1  || \
1422             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "No such file") = 1  || \
1423             $(ls $filename* 2>&1 | grep -c "does not exist") = 1 ]]
1424       then
1425     
1426             # OUTPUT-DATEI NICHT VORHANDEN. PRUEFEN, OB ANLEGEN MOEGLICH.
1427          if  cat /dev/null > $filename 
1428          then
1429             rm  $filename
1430          else
1431
1432                # PRUEFEN, OB KATALOG VORHANDEN UND EVTL. DIESEN ANLEGEN
1433             if [[ ! -d $catalogname ]]
1434             then
1435                if  mkdir -p  $catalogname
1436                then
1437                   printf "\n\n  *** directory:"
1438                   printf "\n           $catalogname"
1439                   printf "\n      was created\n"
1440                else
1441                   printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1442                   printf "\n           $filename"
1443                   printf "\n      cannot be created, because directory does not exist"
1444                   printf "\n      and cannot be created either"
1445                   printf "\n"
1446                   locat=output  ; exit
1447                fi 2>/dev/null
1448             else
1449                printf "\n\n  +++ OUTPUT-file:"
1450                printf "\n           $filename"
1451                printf "\n      cannot be created, although directory exists"
1452                printf "\n"
1453                locat=output  ; exit
1454             fi
1455          fi 2>/dev/null
1456       else
1457
1458             # ZYKLUSNUMMER FESTSTELLEN
1459          ls -1 -d $filename    >   filelist  2>/dev/null
1460          ls -1 -d $filename.*  >>  filelist  2>/dev/null
1461          while  read zeile
1462          do
1463             cycle=$(print $zeile | cut -f2 -d".")
1464             if [[ "$cycle" = "$zeile"  ||  "$cycle" = ${extout[$i]} ]]
1465             then
1466                (( icycle = 1 ))
1467             else
1468                (( icycle = $cycle + 1 ))
1469             fi
1470             if (( icycle > maxcycle ))
1471             then
1472                (( maxcycle = icycle ))
1473             fi
1474          done <filelist
1475          rm filelist
1476       fi
1477
1478          # EVTL. ZYKLUSNUMMER AN DATEINAMEN ANFUEGEN UND PRUEFEN, OB SICH
1479          # DATEI AUCH WIRKLICH ANLEGEN LAESST. IM APPEND-FALL MUSS AN DEN
1480          # HOECHSTEN VORHANDENEN ZYKLUS-ANGEHAENGT WERDEN. ANLAGEPRUEFUNG
1481          # IST DANN NATUERLICH NICHT ZULAESSIG BZW. MOEGLICH
1482       if [[ "${actionout[$i]}" != a ]]
1483       then
1484          if (( maxcycle > 0 ))
1485          then
1486             filename=${filename}.$maxcycle
1487             if  cat /dev/null > $filename 
1488             then
1489                rm  $filename
1490             else
1491                printf "\n  +++ OUTPUT-file:"
1492                printf "\n           $filename"
1493                printf "\n      cannot be created"
1494                locat=output  ; exit
1495             fi
1496          fi
1497       else
1498          (( maxcycle = maxcycle - 1 ))
1499          if (( maxcycle > 0 ))
1500          then
1501             filename=${filename}.$maxcycle
1502          fi
1503       fi
1504       
1505          # DATEINAMEN OHNE PFAD ABER MIT ZYKLUSNUMMER ABSPEICHERN,
1506          # DA SPAETER BEI ABLAGE AUF ARCHIVSYSTEM BZW. FUER
1507          # DATEI OUTPUT_FILE_CONNECTIONS EVTL. BENOETIGT
1508       pathout[$i]=$filename
1509       if (( maxcycle > 0 ))
1510       then
1511          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}.$maxcycle
1512       else
1513          frelout[$i]=${fname}${endout[$i]}
1514       fi
1515
1516    fi
1517 done
1518
1519
1520     # DAS DVR-PAKET ERFORDERT EINE ENTSPRECHENDE BIBLIOTHEK
1521 if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
1522 then
1523    if [[ "$dvr_inc" = "" ]]
1524    then
1525       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_inc\" given in configuration file"
1526       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1527       locat=dvr; exit
1528    fi
1529    if [[ "$dvr_lib" = "" ]]
1530    then
1531       printf "\n\n  +++ no value for \"dvr_lib\" given in configuration file"
1532       printf "\n      This is required for the dvrp_graphics package.\n"
1533       locat=dvr; exit
1534    fi
1535 fi
1536
1537
1538     # PRUEFEN, OB ENTWEDER HAUPTPROGRAMM ODER NUR EIN AUSFUEHRBARES
1539     # PROGRAMM VEREINBART WURDE (IN DIESEM FALL BRAUCHT IM WEITEREN NICHT
1540     # UEBERSETZT ZU WERDEN)
1541 if [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" = "" ]]
1542 then
1543    printf "\n  +++ neither main program nor executable defined"
1544    locat=source; exit
1545 elif [[ "$mainprog" != ""  &&  "$executable" != "" ]]
1546 then
1547    printf "\n  +++ main program as well as executable defined"
1548    locat=source; exit
1549 elif [[ "$mainprog" = ""  &&  "$executable" != "" ]]
1550 then
1551    do_compile=false
1552 fi
1553
1554
1555    # SOURCE-VERZEICHNIS ZUM AUFSAMMELN DER ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE
1556    # ERZEUGEN. HIERHIN WERDEN SPAETER IM FALL VON BATCH-JOBS AUCH DAS MRUN-
1557    # SCRIPTS SOWIE DIE KONFIGURATIONSDATEI KOPIERT
1558 if [[ $restart_run != true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1559 then
1560    rm -rf  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1561    mkdir   SOURCES_FOR_RUN_$fname
1562 fi
1563
1564
1565    # ALLE ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE ZUSAMMENSAMMELN
1566    # BEI BATCH-JOBS IST DIES NICHT NOETIG, WEIL DIE PROGRAMMTEILE BEREITS DURCH
1567    # DEN MRUN-AUFRUF ERMITTELT SIND, DER DEN BATCH-JOB GENERIERT HAT, UND
1568    # IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN_... ABGELEGT SIND
1569 if [[ $do_compile = true  &&  "$SOURCES_COMPLETE" = "" ]]
1570 then
1571
1572    [[ "$source_list" = LM ]]  &&  source_list=LOCALLY_MODIFIED
1573    [[ "$source_list" = WP ]]  &&  source_list=WRITE_PERMIT
1574
1575
1576       # EVTL. ZU UEBERSETZENDE PROGRAMMTEILE DADURCH BESTIMMEN, DASS GEPRUEFT
1577       # WIRD, WELCHE DATEIEN WRITE-PERMIT BESITZEN (DATEIEN SOLLTEN DESHALB
1578       # UNTER RCS-KONTROLLE STEHEN). MIT DER VARIABLEN EXCLUDE KOENNEN
1579       # BESTIMMTE DATEIEN GRUNDSAETZLICH VON DER UEBERSETZUNG AUSGESCHLOSSEN
1580       # WERDEN. DIES IST NUR BEI MANUELLEM START VON MRUN DURCH DEN BENUTZER
1581       # MOEGLICH, DA BEI AUTOMATISCHEN RESTARTS TEST DURCH DIE TATSAECHLICH
1582       # ZU UBERSETZENDEN DATEIEN ERSETZT IST.
1583       # ALLE ERMITTELTEN DATEIEN WERDEN IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN_...
1584       # GESAMMELT
1585    if [[ "$source_list" = WRITE_PERMIT ]]
1586    then
1587
1588       source_list=""
1589       cd  $source_path
1590
1591
1592          # ALLE MOEGLICHEN QUELLCODEDATEIEN AUFLISTEN
1593       Names=$(ls -1 *.f90 2>&1)
1594       [[ $(echo $Names | grep -c '*.f90') = 0 ]]  &&  Filenames="$Names"
1595       Names=$(ls -1 *.F90 2>&1)
1596       [[ $(echo $Names | grep -c '*.F90') = 0 ]]  &&  Filenames="$Filenames $Names"
1597       Names=$(ls -1 *.F 2>&1)
1598       [[ $(echo $Names | grep -c '*.F') = 0   ]]  &&  Filenames="$Filenames $Names"
1599       Names=$(ls -1 *.f 2>&1)
1600       [[ $(echo $Names | grep -c '*.f') = 0   ]]  &&  Filenames="$Filenames $Names"
1601       Names=$(ls -1 *.c 2>&1)
1602       [[ $(echo $Names | grep -c '*.c') = 0   ]]  &&  Filenames="$Filenames $Names"
1603
1604
1605          # DATEIEN MIT WRITE-PERMIT NACH SOURCES_FOR_RUN_... KOPIEREN
1606       for  dateiname  in  $Filenames
1607       do
1608          if [[ -w $dateiname ]]
1609          then
1610             if [[ "$exclude" = ""  ||  $(echo $exclude | grep -c $dateiname) = 0 ]]
1611             then
1612                cp  $dateiname  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1613                source_list=$source_list"$dateiname "
1614             fi
1615          fi
1616       done
1617
1618       cd -  > /dev/null
1619
1620
1621    elif [[ "$source_list" = LOCALLY_MODIFIED ]]
1622    then
1623
1624          # MODIFIZIERTE DATEIEN DER SVN-ARBEITSKOPIE BESTIMMEN
1625       source_list=""
1626       cd  $source_path
1627
1628
1629          # PRUEFEN, OB VERZEICHNIS UEBERHAUPT UNTER SVN-KONTROLLE STEHT
1630       if [[ ! -d .svn ]]
1631       then
1632          printf "\n\n  +++ source directory"
1633          printf "\n         \"$source_path\" "
1634          printf "\n         is not under control of \"subversion\"."
1635          printf "\n         Please do not use mrun-option \"-s LOCALLY_MODIFIED\"\n"
1636       fi
1637
1638
1639          # ALLE MODIFIZIERTEN QUELLCODEDATEIEN AUFLISTEN
1640       Filenames=""
1641       svn status  >  tmp_mrun
1642       while  read line
1643       do
1644          firstc=`echo $line | cut -c1`
1645          if [[ $firstc = M  ||  $firstc = "?" ]]
1646          then
1647             Name=`echo "$line" | cut -c8-`
1648             extension=`echo $Name | cut -d. -f2`
1649             if [[ "$extension" = f90 || "$extension" = F90 || "$extension" = f || "$extension" = F || "$extension" = c ]]
1650             then
1651                Filenames="$Filenames "$Name
1652             fi
1653          fi
1654       done < tmp_mrun
1655
1656
1657          # DATEIEN NACH SOURCES_FOR_RUN_... KOPIEREN
1658       for  dateiname  in  $Filenames
1659       do
1660          cp  $dateiname  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1661          source_list=$source_list"$dateiname "
1662       done
1663
1664       cd -  > /dev/null
1665
1666
1667       # MITTELS OPTION -s ANGEGEBENE DATEIEN NACH SOURCES_FOR_RUN_... KOPIEREN
1668       # BEI AUTOMATISCHEN FORTSETZUNGSLAEUFEN SIND DORT SCHON ALLE DATEIEN
1669       # VORHANDEN
1670    elif [[ "$source_list" != ""  &&  $restart_run != true ]]
1671    then
1672
1673       cd  $source_path
1674
1675       for  filename  in  $source_list
1676       do
1677
1678             # QUELLTEXT-DATEI DARF KEINE PFADE BEINHALTEN
1679          if [[ $(print $filename | grep -c "/") != 0 ]]
1680          then
1681             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1682             printf "\n      must not contain (\"/\") "
1683             locat=source; exit
1684          fi
1685
1686          if [[ ! -f $filename ]]
1687          then
1688             printf "\n  +++ source code file:  $filename"
1689             printf "\n      does not exist"
1690             locat=source; exit
1691          else
1692             cp  $filename  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1693          fi
1694
1695       done
1696
1697       cd -  > /dev/null
1698
1699    fi
1700
1701
1702       # PRUEFEN, OB ENTWEDER HAUPTPROGRAMM VORHANDEN UND ES EVTL. IN DER
1703       # LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN PROGRAMMTEILE MIT ENTHALTEN IST (WENN
1704       # NICHT, WIRD ES DIESER LISTE HINZUGEFUEGT)
1705    if [[ $restart_run != true ]]
1706    then
1707
1708       if [[ ! -f "$source_path/$mainprog" ]]
1709       then
1710          printf "\n\n  +++ main program:  $mainprog"
1711          printf "\n      does not exist in source directory"
1712          printf "\n      \"$source_path\"\n"
1713          locat=source; exit
1714       else
1715          if [[ $(echo $source_list | grep -c $mainprog) = 0 ]]
1716          then
1717             cp  $source_path/$mainprog  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1718             source_list=${mainprog}" $source_list"
1719          fi
1720       fi
1721    fi
1722
1723
1724       # MAKEFILE AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND KOPIEREN
1725       # BEI RESTART-LAEUFEN LIEGT ES SCHON IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN...
1726    if [[ "$restart_run" != true ]]
1727    then
1728       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
1729       if [[ ! -f $makefile ]]
1730       then
1731          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
1732          locat=make; exit
1733       else
1734          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
1735       fi
1736    fi
1737
1738
1739       # DATEIEN AUS ZUSAETZLICHEM QUELLVERZEICHNIS HINZUFUEGEN
1740    if [[ $restart_run != true  &&  "$add_source_path" != "" ]]
1741    then
1742
1743          # GIBT ES DAS VERZEICHNIS UEBERHAUPT?
1744       if [[ ! -d $add_source_path ]]
1745       then
1746          printf "\n\n  +++ WARNING: additional source code directory"
1747          printf "\n      \"$add_source_path\" "
1748          printf "\n      does not exist or is not a directory."
1749          printf "\n      No source code will be used from this directory!\n"
1750          add_source_path=""
1751          sleep 3
1752       else
1753
1754          cd $add_source_path
1755          found=false
1756
1757          Names=$(ls -1 *.f90 2>&1)
1758          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$Names"
1759          Names=$(ls -1 *.F90 2>&1)
1760          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F90') = 0 ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1761          Names=$(ls -1 *.F 2>&1)
1762          [[ $(echo $Names | grep -c '*.F') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1763          Names=$(ls -1 *.f 2>&1)
1764          [[ $(echo $Names | grep -c '*.f') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1765          Names=$(ls -1 *.c 2>&1)
1766          [[ $(echo $Names | grep -c '*.c') = 0   ]]  &&  AddFilenames="$AddFilenames $Names"
1767
1768          cd -  > /dev/null
1769          cd  SOURCES_FOR_RUN_$fname
1770
1771             # COPY MAKEFILE IF EXISTING
1772          if [[ -f $add_source_path/Makefile ]]
1773          then
1774             printf "\n\n  *** user Makefile from directory"
1775             printf "\n      \"$add_source_path\" is used \n"
1776             sleep 1
1777             cp  $add_source_path/Makefile  .
1778          fi
1779
1780          for  dateiname  in  $AddFilenames
1781          do
1782             if [[ -f $dateiname ]]
1783             then
1784                printf "\n  +++ source code file \"$dateiname\" found in additional"
1785                printf "\n      source code directory \"$add_source_path\" "
1786                printf "\n      but was also given with option \"-s\" which means that it should be taken"
1787                printf "\n      from directory \"$source_path\"."
1788                locat=source; exit
1789             fi
1790
1791             cp  $add_source_path/$dateiname  .
1792             source_list="$source_list $dateiname"
1793
1794                # CHECK IF FILE IS CONTAINED IN MAKEFILE
1795             if [[ $(grep -c $dateiname Makefile) = 0 ]]
1796             then
1797                printf "\n\n  +++ user file \"$dateiname\" "
1798                printf "\n      is not listed in Makefile \n"
1799                locat=source; exit
1800             else
1801
1802                # Default User-Interface von der Liste entfernen, falls Datei
1803                # ein User-Interface enthaelt
1804#             if [[ $( cat $dateiname | grep -c "END SUBROUTINE user_parin" ) != 0 ]]
1805#             then
1806#                if [[ $dateiname != user_interface.f90  &&  -f user_interface.f90 ]]
1807#                then
1808#                   rm -rf  user_interface.f90
1809#                   source_list=`echo $source_list | sed -e 's/user_interface.f90//'`
1810#                   printf "\n\n  *** default \"user_interface.f90\" removed from the files to be translated"
1811#                   printf "\n      since a user-interface is found in file"
1812#                   printf "\n      \"$add_source_path/$dateiname\" \n"
1813#                   sleep 3
1814#                else
1815                if [[ $found = false ]]
1816                then
1817                   found=true
1818                   printf "\n\n  *** following user file(s) added to the"
1819                   printf " files to be translated:\n      "
1820                fi
1821                printf "$dateiname  "
1822                sleep 0.5
1823             fi
1824          done
1825          [[ $found = true ]]  &&  printf "\n"
1826          cd -  > /dev/null
1827       fi
1828    fi
1829
1830
1831       # ALLE UNTERPROGRAMME, DIE ZU VEREINBARTEN SOFTWAREPAKETEN GEHOEREN,
1832       # DER LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN DATEIEN HINZUFUEGEN
1833    if [[ $restart_run != true  &&  -n $package_list ]]
1834    then
1835
1836       cd  $source_path
1837
1838       for  package  in  $package_list
1839       do
1840
1841          [[ $package = "dvrp_graphics+1PE" ]]  &&  package=dvrp_graphics
1842
1843             # ERMITTELE ALLE DATEIEN, DIE ZUM PAKET GEHOEREN
1844             # FEHLERMELDUNGEN WERDEN ABGEFANGEN, DA * AUCH VERZEICHNISSNAMEN
1845             # LIEFERT
1846          package_source_list=`grep "defined( __$package " * 2>/dev/null | cut -f1 -d:`
1847
1848
1849             # FUEGE DIESE DATEIEN DER LISTE DER ZU UEBERSETZENDEN DATEIEN
1850             # HINZU, FALLS SIE NOCH NICHT DAZUGEHOEREN
1851          for  source_list_name  in  $package_source_list
1852          do
1853             if [[ $(echo $source_list | grep -c $source_list_name) = 0 ]]
1854             then
1855
1856                    # NUR DATEIEN MIT GUELTIGEN ENDUNGEN VERWENDEN
1857                ending=`echo $source_list_name | cut -f2 -d.`
1858                if [[ "$ending" = f90  ||  "$ending" = F90  ||  "$ending" = f  ||  "$ending" = F  ||  "$ending" = c ]]
1859                then
1860                   cp  $source_list_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
1861                   source_list="$source_list $source_list_name"
1862                fi
1863             fi
1864          done
1865       done
1866
1867       cd -  > /dev/null
1868    fi
1869
1870
1871       # MAKEFILE AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND KOPIEREN
1872       # BEI RESTART-LAEUFEN LIEGT ES SCHON IM VERZEICHNIS SOURCES_FOR_RUN...
1873#    if [[ "$restart_run" != true ]]
1874#    then
1875#       [[ "$makefile" = "" ]]  &&  makefile=$source_path/Makefile
1876#       if [[ ! -f $makefile ]]
1877#       then
1878#          printf "\n  +++ file \"$makefile\" does not exist"
1879#          locat=make; exit
1880#       else
1881#          cp  $makefile  SOURCES_FOR_RUN_$fname/Makefile
1882#       fi
1883#    fi
1884
1885 fi  # do_compile=true
1886
1887
1888    # FALLS PROGRAMMTEILE UEBERSETZT WERDEN SOLLEN, FOLGEN JETZT EINIGE
1889    # UEBERPRUEFUNGEN UND DAS SETZEN DER PRAEPROZESSOR-DIREKTIVEN
1890 if [[ $do_compile = true ]]
1891 then
1892
1893       # PRAEPROZESSOR-DIREKTIVEN ZUM SELEKTIVEN AUSWAEHLEN VON CODETEILEN
1894       # ZUSAMMENSETZEN
1895       # DIREKTIVEN ZUM AKTIVIEREN VON RECHNERSPEZIFISCHEM CODE
1896    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1897    then
1898       cpp_options="${cpp_options},-D__ibm=__ibm"
1899    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = nec ]]
1900    then
1901       cpp_options="$cpp_options -D__nec"
1902    elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-2) = lc ]]
1903    then
1904       cpp_options="$cpp_options -D__lc"
1905    else
1906       cpp_options="$cpp_options -D__$localhost"
1907    fi
1908
1909       # DIREKTIVEN DIE DURCH OPTION -K BESTIMMT WERDEN (Z.B. PARALLEL)
1910    if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1911    then
1912       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond1=__$cond1"
1913       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="${cpp_options},-D__$cond2=__$cond2"
1914    else
1915       [[ -n $cond1 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond1"
1916       [[ -n $cond2 ]]  &&  cpp_options="$cpp_options -D__$cond2"
1917    fi
1918
1919       # DIREKTIVEN DIE SOFTWAREPAKETE AKTIVIEREN (OPTION -p)
1920    if [[ -n $package_list ]]
1921    then
1922       for  package  in  $package_list
1923       do
1924          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1925          then
1926             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1927             then
1928                cpp_options="${cpp_options},-D__$package=__$package"
1929             else
1930                cpp_options="${cpp_options},-D__dvrp_graphics=__dvrp_graphics"
1931                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1932             fi
1933          else
1934             if [[ $package != "dvrp_graphics+1PE" ]]
1935             then
1936                cpp_options="$cpp_options -D__$package"
1937             else
1938                cpp_options="$cpp_options -D__dvrp_graphics"
1939                export use_seperate_pe_for_dvrp_output=true
1940             fi
1941          fi
1942       done
1943    fi
1944
1945       # DIREKTIVEN DIE DURCH OPTION -D FESTGELEGT SIND
1946    if [[ -n $cpp_opts ]]
1947    then
1948       for  popts  in  $cpp_opts
1949       do
1950          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-3) = ibm ]]
1951          then
1952             cpp_options="${cpp_options},-D__$popts=__$popts"
1953          else
1954             cpp_options="$cpp_options -D__$popts"
1955          fi
1956       done
1957    fi
1958
1959 else
1960
1961
1962       # BEI LOKALEN RECHNUNGEN PRUEFEN, OB EXECUTABLE VORHANDEN
1963    if [[ $do_remote = false ]]
1964    then
1965       if [[ ! -f $executable ]]
1966       then
1967          printf "\n  +++ executable file:  $executable"
1968          printf "\n      does not exist"
1969          locat=executable; exit
1970       fi
1971    fi
1972 fi
1973
1974
1975    # JOBMODUS FESTSTELLEN
1976 if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH  &&  $localhost != lctit  ||  "$QUEUE" != interactive  &&  $localhost = lctit ]]
1977 then
1978    jobmo=BATCH
1979 else
1980    jobmo=INTERACTIVE
1981 fi
1982
1983
1984    # HOSTSPEZIFISCHE DEFAULT-COMPILER SETZEN, FALLS NICHT BEREITS
1985    # DURCH BENUTZER ANDERWEITIG VEREINBART
1986 if [[ "$compiler_name" = "" ]]
1987 then
1988
1989    printf "\n  +++ no compiler specified for \"$host $cond1 $cond2\""
1990    locat=compiler_name; exit
1991
1992 fi
1993
1994
1995    # COMPILER AUF RIAMS NEC UEBERSCHREIBEN
1996 [[ $localhost = necriam ]]  &&  compiler_name=mpif90
1997
1998
1999
2000    # TEMPORAEREN KATALOGNAMEN BESTIMMEN
2001 kennung=$RANDOM
2002 if [[ "$tmp_user_catalog" = "" ]]
2003 then
2004    if [[ $localhost = ibmh ]]
2005    then
2006       tmp_user_catalog=$SCRATCH
2007    elif [[ $localhost = nech ]]
2008    then
2009       tmp_user_catalog=$WRKSHR
2010    else
2011       tmp_user_catalog=/tmp
2012    fi
2013 fi
2014 TEMPDIR=$tmp_user_catalog/${usern}.$kennung
2015
2016
2017    # KATALOGNAMEN FUER ZWISCHENSPEICHERUNG VON FORTSETZUNGSLAUFDATEIEN
2018    # BESTIMMEN
2019 if [[ "$tmp_data_catalog" = "" ]]
2020 then
2021    if [[ $localhost = ibmb ]]
2022    then
2023       tmp_data_catalog=$WORK/mrun_restart_data
2024    elif [[ $localhost = nech ]]
2025    then
2026       tmp_data_catalog=$WRKSHR/mrun_restart_data
2027    else
2028       tmp_data_catalog=/tmp/mrun_restart_data
2029    fi
2030 fi
2031
2032
2033    # EVENTUELL BEI LOKALEN RECHNUNGEN $-ZEICHEN IN ENVIRONMENT-VARIABLEN
2034    # ERSETZEN
2035 if [[ $do_remote = false  &&  $do_compile = true ]]
2036 then
2037    eval  fopts=\"$fopts\"
2038    eval  lopts=\"$lopts\"
2039 fi
2040
2041
2042
2043    # COMPILE- UND LINK-OPTIONEN BESTIMMEN
2044 fopts="$fopts $netcdf_inc $dvr_inc"
2045 lopts="$lopts $netcdf_lib $dvr_lib"
2046 ROPTS="$ropts"
2047 if [[ ( $(echo $host | cut -c1-3) = nec  ||  $(echo $host | cut -c1-3) = ibm  ||  $host = lckyoto  ||  $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib  ||  $host = lctit  ||  $host = lcfimm  ||  $host = lcxt4 ||  $host = lcxt5m || $host = lck )  &&  -n $numprocs ]]
2048 then
2049    XOPT="-X $numprocs"
2050 fi
2051
2052
2053
2054    # PRUEFEN DER CPU-ZEIT. (CPUMAX WIRD ALS ENV-VARIABLE VOM HAUTPRO-
2055    # GRAMM BENOETIGT
2056 done=false
2057 while [[ $done = false ]]
2058 do
2059    cputime=$cpumax
2060    if (( $cputime == 0 ))
2061    then
2062       if [[ $do_batch = true ]]
2063       then
2064          printf "\n  +++ cpu-time is undefined"
2065          printf "\n  >>> Please type CPU-time in seconds as INTEGER:"
2066          printf "\n  >>> "
2067          read  cputime  1>/dev/null  2>&1
2068       else
2069          cputime=10000000   # NO CPU LIMIT FOR INTERACTIVE RUNS
2070       fi
2071    else
2072       done=true
2073    fi
2074    cpumax=$cputime
2075 done
2076
2077 (( minuten = cputime / 60 ))
2078 (( sekunden = cputime - minuten * 60 ))
2079
2080
2081    # PRUEFEN DER KERNSPEICHERANFORDERUNG
2082 if [[ $do_batch = true ]]
2083 then
2084    done=false
2085    while [[ $done = false ]]
2086    do
2087       if (( memory == 0 ))
2088       then
2089          printf "\n  +++ memory demand is undefined"
2090          printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
2091          printf "\n  >>> "
2092          read  memory  1>/dev/null  2>&1
2093       else
2094          done=true
2095       fi
2096    done
2097 fi
2098
2099
2100    # PRUEFEN, OB FUER REMOTE-RECHNUNGEN EIN BENUTZERNAME ANGEGEBEN WURDE
2101 if [[ $do_remote = true  &&  -z $remote_username ]]
2102 then
2103    while [[ -z $remote_username ]]
2104    do
2105       printf "\n  +++ username on remote host \"$host\" is undefined"
2106       printf "\n  >>> Please type username:"
2107       printf "\n  >>> "
2108       read  remote_username
2109    done
2110    mc="$mc -u$remote_username"
2111 fi
2112
2113
2114    # set module load command and export for subjob
2115 if [[ "$modules" != "" ]]
2116 then
2117    export module_calls="module load ${modules};"
2118 fi
2119
2120
2121    # SET DEFAULT VALUE FOR MPI MODULE TO BE USED ON SGI-ALTIX
2122 if [[ $host = lcsgib  ||  $host = lcsgih ]]
2123 then
2124    if [[ $(echo $modules | grep -c mpt ) != 0 ]]
2125    then
2126       mpilib=mpt
2127    elif [[ $(echo $modules | grep -c mvapich ) != 0 ]]
2128    then
2129       mpilib=mvapich
2130    fi
2131 fi
2132
2133
2134
2135###########################################################################
2136# HEADER-AUSGABE
2137###########################################################################
2138
2139
2140 calltime=$(date)
2141 printf "\n"
2142# [[ $silent = false ]]  &&  clear
2143 printf "#--------------------------------------------------------------# \n"
2144 printf "| $version$calltime | \n"
2145 printf "|                                                              | \n"
2146 spalte1="called on:"; spalte2=$localhost_realname
2147 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2148 if [[ $local_compile = false ]]
2149 then
2150    if [[ $do_remote = true ]]
2151    then
2152       spalte1="execution on:"; spalte2="$host (username: $remote_username)"
2153    else
2154       spalte1="execution on:"; spalte2="$host ($localhost_realname)"
2155    fi
2156 else
2157    spalte1="compiling test only!"; spalte2=""
2158 fi
2159 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2160 if [[ -n $numprocs ]]
2161 then
2162    spalte1="number of PEs:"; spalte2=$numprocs
2163    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2164 fi
2165 if [[ -n $tasks_per_node ]]
2166 then
2167    spalte1="tasks per node:"; spalte2="$tasks_per_node (number of nodes: $nodes)"
2168    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2169 fi
2170 if [[ $threads_per_task != 1 ]]
2171 then
2172    spalte1="threads per task:"; spalte2="$threads_per_task"
2173    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2174 fi
2175 printf "|                                                              | \n"
2176 if [[ $do_compile = true ]]
2177 then
2178    if [[ "$mopts" != "" ]]
2179    then
2180       spalte1="make options:"; spalte2=$mopts
2181       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2182       zeile=$(echo "$mopts" | cut -c41-)
2183       while [[ "$zeile" != "" ]]
2184       do
2185          spalte1=""
2186          spalte2=$zeile
2187          printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2188          zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2189       done
2190    fi
2191
2192    spalte1="cpp directives:"; spalte2=$cpp_options
2193    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2194    zeile=$(echo "$cpp_options" | cut -c41-)
2195    while [[ "$zeile" != "" ]]
2196    do
2197       spalte1=""
2198       spalte2=$zeile
2199       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2200       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2201    done
2202
2203    spalte1="compiler options:"; spalte2="$fopts"
2204    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2205    zeile=$(echo "$fopts" | cut -c41-)
2206    while [[ "$zeile" != "" ]]
2207    do
2208       spalte1=""
2209       spalte2=$zeile
2210       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2211       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2212    done
2213
2214    spalte1="linker options:"; spalte2=$lopts
2215    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2216    zeile=$(echo "$lopts" | cut -c41-)
2217    while [[ "$zeile" != "" ]]
2218    do
2219       spalte1=""
2220       spalte2=$zeile
2221       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2222       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2223    done
2224
2225    spalte1="modules to be load:"; spalte2=$modules
2226    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2227    zeile=$(echo "$modules" | cut -c41-)
2228    while [[ "$zeile" != "" ]]
2229    do
2230       spalte1=""
2231       spalte2=$zeile
2232       printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2233       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c41-)
2234    done
2235
2236    spalte1="main program":; spalte2=$mainprog
2237    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2238 else
2239    spalte1=executable:; spalte2=$executable
2240    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2241 fi
2242 printf "|                                                              | \n"
2243 spalte1="base name of files":; spalte2=$fname
2244 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2245 if [[ $fname != $afname ]]
2246 then
2247    spalte1="base name of input files":; spalte2=$afname
2248    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2249 fi
2250 spalte1="INPUT control list":; spalte2=$input_list
2251 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2252 spalte1="OUTPUT control list":; spalte2=$output_list
2253 printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2254
2255 if [[ $do_batch = true  ||  "$LOADLBATCH" = yes ]]
2256 then
2257    spalte1="memory demand / PE":; spalte2="$memory MB"
2258    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2259    spalte1=CPU-time:; spalte2="$minuten:$sekunden"
2260    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
2261 fi
2262
2263 if [[ $do_compile = true ]]
2264 then
2265    printf "|                                                              | \n"
2266    printf "| Files to be compiled:                                        | \n"
2267    zeile=$source_list
2268    while [[ "$zeile" != "" ]]
2269    do
2270       spalte3=$zeile
2271       printf "| $spalte3 | \n"
2272       zeile=$(echo "$zeile" | cut -c61-)
2273    done
2274 fi
2275 printf "#--------------------------------------------------------------#"
2276
2277
2278
2279    # BEDINGTE AUSGABE DER DATEIVERBINDUNGEN
2280 if [[ $do_trace = true ]]
2281 then
2282    (( i = 0 ))
2283    while (( i < iin ))
2284    do
2285       (( i = i + 1 ))
2286       if (( i == 1 ))
2287       then
2288          printf "\n\n >>> INPUT-file assignments:\n"
2289       fi
2290       printf "\n     ${localin[$i]} :  ${absnamein[$i]}"
2291    done
2292    (( i = 0 ))
2293    while (( i < iout ))
2294    do
2295       (( i = i + 1 ))
2296       if (( i == 1 ))
2297       then
2298          printf "\n\n >>> OUTPUT-file assignments:\n"
2299       fi
2300       printf "\n     ${localout[$i]} :  ${pathout[$i]}"
2301    done
2302    (( i = 0 ))
2303    while (( i < iic ))
2304    do
2305       (( i = i + 1 ))
2306       if (( i == 1 ))
2307       then
2308          printf "\n\n >>> INPUT-commands:\n"
2309       fi
2310       printf "\n     ${in_command[$i]}" 
2311    done
2312    (( i = 0 ))
2313    while (( i < ioc ))
2314    do
2315       (( i = i + 1 ))
2316       if (( i == 1 ))
2317       then
2318          printf "\n\n >>> OUTPUT-commands:\n"
2319       fi
2320       printf "\n     ${out_command[$i]}" 
2321    done
2322 fi
2323
2324
2325    # ABFRAGEN BEI AUFRUF AUF LOKALER MASCHINE
2326 if [[ $remotecall = false  &&  $silent = false  &&  $jobmo != BATCH ]]
2327 then
2328    antwort=dummy
2329    printf "\n\n"
2330    while [[ "$antwort" != y  &&  "$antwort" != Y  &&  "$antwort" != n  &&  "$antwort" != N ]]
2331    do
2332       printf " >>> everything o.k. (y/n) ?  "
2333       read  antwort
2334    done
2335    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
2336    then
2337       locat=user_abort; (( iec = 0 )); exit
2338    fi
2339    if [[ $do_batch = true ]]
2340    then
2341       printf " >>> batch-job will be created and submitted"
2342    else
2343       if [[ $local_compile = false ]]
2344       then
2345          printf " >>> MRUN will now continue to execute on this machine"
2346       else
2347          printf " >>> a test compilation will now be carried out on this machine"
2348       fi
2349    fi
2350 fi
2351 
2352
2353
2354
2355     # FALLS AUF DIESER MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL, WERDEN JETZT ENTSPRE-
2356     # CHENDE AKTIONEN DURCHGEFUEHRT
2357 if [[ $do_batch = false ]]
2358 then
2359
2360
2361       # TEMPORAEREN KATALOG ERZEUGEN
2362    mkdir -p  $TEMPDIR
2363    chmod  go+rx  $TEMPDIR
2364    tmpcreate=true
2365
2366       # set striping on lustre file system
2367#    if [[ $localhost = lcsgih ]]
2368#    then
2369#       lfs setstripe -s 8192k -c 16  $TEMPDIR
2370#       lfs getstripe $TEMPDIR
2371#    fi
2372
2373
2374       # SAEMTLICHE QUELLTEXT-DATEIEN BZW. AUSFUEHRBARES PROGRAMM IN
2375       # TEMPORAERES VERZEICHNIS KOPIEREN
2376    if [[ $do_compile = true ]]
2377    then
2378
2379          # ON NEC, COMPILATION IS DONE ON HOST CROSS VIA CROSS COMPILING
2380          # CREATE A TEMPORARY DIRECTORY ON THAT MACHINE (HOME MOUNTED VIA NFS)
2381       if [[ $localhost = nech ]]
2382       then
2383          TEMPDIR_COMPILE=$HOME/work/${usern}.$kennung
2384          if  mkdir -p  $TEMPDIR_COMPILE
2385          then
2386             printf "\n  *** \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2387             printf "\n      is generated as temporary directory for cross compiling\n"
2388          else
2389             printf "\n  +++ creating directory \"$TEMPDIR_COMPILE\" "
2390             printf "\n      needed for cross compilation failed"
2391             locat=compile
2392             exit
2393          fi
2394       else
2395          TEMPDIR_COMPILE=$TEMPDIR
2396       fi
2397
2398
2399          # PFADNAMEN FUER DAS MAKE-DEPOSITORY ERMITTELN
2400       line=""
2401       grep "%depository_path" $config_file  >  tmp_mrun
2402       while read line
2403       do
2404          if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2405          then
2406             if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f3)" = "" ]]
2407             then
2408                global_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2409             fi
2410          fi
2411       done < tmp_mrun
2412
2413       line=""
2414       grep  " $localhost" $config_file | grep "%depository_path"  >  tmp_mrun
2415       while read line
2416       do
2417          if [[ "$line" != ""  &&  $(echo $line | cut -c1) != "#" ]]
2418          then
2419             if [[ "$(echo $line | cut -d" " -s -f4)" = "$cond1"  &&  "$(echo $line | cut -d" " -s -f5)" = "$cond2" ]]
2420             then
2421                local_depository_path=`echo $line | cut -d" " -s -f2`
2422             fi
2423          fi
2424       done < tmp_mrun
2425
2426       if [[ "$local_depository_path" = "" ]]
2427       then
2428          if [[ "$global_depository_path" != "" ]]
2429          then
2430             local_depository_path=$global_depository_path
2431          else
2432             printf "\n\n  +++ no depository path found in configuration file"
2433             printf "\n      for local host \"$localhost\" "
2434             printf "\n      please set \"\%depository_path\" in configuration file\n"
2435             locat=config_file; exit
2436          fi
2437       fi
2438       eval local_depository_path=$local_depository_path
2439       [[ "$cond1" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond1
2440       [[ "$cond2" != "" ]]  &&  local_depository_path=${local_depository_path}_$cond2
2441
2442
2443       basename=`print $mainprog | cut -f1 -d"."`
2444       eval make_depository=${local_depository_path}/${basename}_current_version.tar
2445       if [[ ! -f $make_depository ]]
2446       then
2447          printf "\n"
2448          printf "\n  *** WARNING: make depository \"$make_depository\" not found"
2449          printf "\n               \"make\" will fail, if the Makefile or other source files are missing\n"
2450       else
2451          cp  $make_depository  $TEMPDIR_COMPILE
2452          cd  $TEMPDIR_COMPILE
2453          tar -xf  $make_depository  >  /dev/null  2>&1
2454          cd -  > /dev/null
2455       fi
2456
2457       cp  SOURCES_FOR_RUN_$fname/*  $TEMPDIR_COMPILE
2458
2459    else
2460
2461       cp  $executable   ${TEMPDIR}/a.out
2462
2463    fi
2464
2465
2466       # WECHSEL IN TEMPORAEREN KATALOG
2467    cd  $TEMPDIR
2468    printf "\n  *** changed to temporary directory: $TEMPDIR"
2469
2470
2471       # OUTPUT-DATEI-VERBINDUNGEN AUF TEMPORAERER DATEI ABLEGEN
2472       # DIESE DATEI KANN VON SPAETER AUFZURUFENDEN BENUTZERPROZEDUREN GELESEN
2473       # WERDEN, UM ZU LOKALEN DATEINAMEN GEHOERENDE PERMANENTE NAMEN ZU
2474       # ERMITTELN
2475    (( i = 0 ))
2476    while (( i < iout ))
2477    do
2478       (( i = i + 1 ))
2479       if [[ "${actionout[$i]}" = tr  ||  "${actionout[$i]}" = tra  ||  "${actionout[$i]}" = trpe ]]
2480       then
2481          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2482       else
2483          printf "${localout[$i]} ${actionout[$i]}\n${pathout[$i]}\n${frelout[$i]}\n" >> OUTPUT_FILE_CONNECTIONS
2484       fi
2485    done
2486
2487
2488       # EVTL. UEBERSETZUNGSAKTIONEN STARTEN
2489    if [[ $do_compile = true ]]
2490    then
2491
2492
2493          # COMPILING WITH MAKE (ON NEC COMPILER IS CALLED ON HOST CROSS)
2494       printf "\n\n\n  *** compilation starts \n$striche\n"
2495       printf "  *** compilation with make using following options:\n"
2496       printf "      make depository:          $make_depository"
2497       if [[ "$mopts" != "" ]]
2498       then
2499          printf "      make options:             $mopts\n"
2500       fi
2501       printf "      compilername:             $compiler_name\n"
2502       printf "      compiler options:         $fopts\n"
2503       printf "      preprocessor directives:  $cpp_options \n"
2504       printf "      linker options:           $lopts \n"
2505       if [[ "$modules" != "" ]]
2506       then
2507          printf "      modules to be load:       $modules \n"
2508       fi
2509       printf "      source code files:        $source_list \n"
2510
2511       if [[ $localhost = nech ]]
2512       then
2513          ssh  136.172.44.192 -l $usern ". /SX/opt/etc/initsx.sh; $module_calls cd \$HOME/work/${usern}.$kennung; sxmake $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2514          cp  $TEMPDIR_COMPILE/a.out  .
2515          [[ $? != 0 ]]  &&  compile_error=true
2516          rm -rf  $TEMPDIR_COMPILE
2517       elif [[ $localhost = ibmh ]]
2518       then
2519          printf "      compiler is called via ssh on \"plogin1\" \n"
2520          ssh  plogin1  -l $usern  "export PATH=/sw/ibm/xlf/12.1.0.3/usr/bin:$PATH; $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2521          [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2522          continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2523       elif [[ $localhost = lcsgib ]]
2524       then
2525          printf "      compiler is called via ssh on \"bicegate0\" \n"
2526          ssh  bicegate0  -l $usern  ". /usr/share/modules/init/bash; $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" "
2527          [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2528          continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2529       elif [[ $localhost = lcsgih ]]
2530       then
2531          printf "      compiler is called via ssh on \"hicegate0\" \n"
2532          ssh  hicegate0    -l $usern  ". /usr/share/modules/init/bash; $module_calls cd $TEMPDIR; make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT=\"$cpp_options\"  F90FLAGS=\"$fopts\"  LDFLAGS=\"$lopts\" 2>&1 "
2533          [[ ! -f a.out ]]  &&  compile_error=true
2534          continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
2535       else
2536          [[ $localhost = lctit ]]  &&  export LM_LICENSE_FILE=27050@tggls
2537          [[ $localhost = lcxt4 ]]  &&  . /opt/modules/default/init/ksh
2538          [[ "$module_calls" != "" ]]  &&  eval $module_calls
2539          make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
2540       fi
2541
2542       if [[ $? != 0  ||  "$compile_error" = true  ||  "$module_compile_error" = true ]]
2543       then
2544          printf "\n  +++ error occured while compiling or linking"
2545          locat=compile
2546
2547  # WORKAROUND: REMOVE IF CONSTRUCT LATER, BUT KEEP THE EXIT!
2548#          if [[ $localhost != lcsgib  &&  $localhost != lcsgih ]]
2549#          then
2550             exit
2551#          else
2552#             locat=normal
2553#          fi
2554       else
2555          printf "$striche\n  *** compilation finished \n"
2556       fi
2557    fi
2558
2559
2560       # FALLS NUR TESTWEISE KOMPILIERT WERDEN SOLLTE, IST MRUN JETZT FERTIG
2561    if [[ $local_compile = true ]]
2562    then
2563       cd  $HOME
2564       rm -rf $TEMPDIR
2565       locat=local_compile; exit
2566    fi
2567
2568
2569       # BEREITSTELLEN DER INPUT-DATEIEN
2570       # SCHLEIFE UEBER ALLE VOM BENUTZER ANGEGEBENEN DATEIEN
2571    (( i = 0 ))
2572    while (( i < iin ))
2573    do
2574       (( i = i + 1 ))
2575       if (( i == 1 ))
2576       then
2577          printf "\n\n  *** providing INPUT-files:\n$striche"
2578       fi
2579
2580
2581          # OPTIONALE DATEIEN BEI NICHTVORHANDENSEIN UEBERGEHEN
2582       if [[ "${transin[$i]}" = unavailable ]]
2583       then
2584          if [[ "${extin[$i]}" = ""  ||  "${extin[$i]}" = " " ]]
2585          then
2586             printf "\n  +++ WARNING: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}\" "
2587             printf "\n               is not available!"
2588          else
2589             printf "\n  +++ WARNING: input file \"${pathin[$i]}/${afname}${endin[$i]}.${extin[$i]}\" "
2590             printf "\n               is not available!"
2591          fi
2592          continue
2593       fi
2594
2595          # PRUEFEN, OB EINZELDATEI ODER DATEI PRO PROZESSOR
2596       files_for_pes=false; datentyp=file
2597       if [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
2598       then
2599          files_for_pes=true; datentyp=directory
2600          actionin[$i]=""
2601       elif [[ "${actionin[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
2602       then
2603          actionin[$i]=""
2604       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
2605       then
2606          files_for_pes=true; datentyp=directory
2607          actionin[$i]="ar"
2608       elif [[ "${actionin[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
2609       then
2610          actionin[$i]="ar"
2611       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
2612       then
2613          files_for_pes=true; datentyp=directory
2614          actionin[$i]="fl"
2615       elif [[ "${actionin[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
2616       then
2617          actionin[$i]="fl"
2618       fi
2619
2620       if [[ $files_for_pes = true ]]
2621       then
2622          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}/....  to  ${localin[$i]}"
2623       else
2624          printf "\n  >>> INPUT: ${absnamein[$i]}  to  ${localin[$i]}"
2625       fi
2626
2627          # INPUT-DATEI FUER EINEN FORTSETZUNGSLAUF. ES WIRD GEPRUEFT,
2628          # OB DIESE DATEI NOCH AUF DEM TEMPORAEREN DATENKATALOG VORHANDEN
2629          # IST. FALLS NICHT, WIRD VERSUCHT, SIE ANSCHLIESSEND VOM ARCHIV-
2630          # SERVER ZU HOLEN
2631       if [[ "${actionin[$i]}" = fl ]]
2632       then
2633          printf "\n      $datentyp will be fetched from temporary directory \"${tmp_data_catalog}\" !"
2634          if [[ $files_for_pes = false ]]
2635          then
2636             if [[ -f "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
2637             then
2638                ln  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2639                got_tmp[$i]=true
2640             elif [[ -f "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
2641             then
2642                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
2643                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
2644                cp  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2645             else
2646                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
2647                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
2648                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
2649                actionin[$i]=ar
2650             fi
2651          else
2652             if [[ -d "$tmp_data_catalog/${frelin[$i]}" ]]
2653             then
2654                mkdir  ${localin[$i]}
2655                cd $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2656                for file in $(ls *)
2657                do
2658                   ln $file $TEMPDIR/${localin[$i]}
2659                done
2660                cd $TEMPDIR
2661                got_tmp[$i]=true
2662             elif [[ -d "$WORK/${frelin[$i]}"  &&  $ignore_archive_error = true ]]
2663             then
2664                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" !"
2665                printf "\n  *** trying to use backup copy in \"$WORK\" "
2666                cp -r  $WORK/${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2667             else
2668                printf "\n  +++ $datentyp not found in \"$tmp_data_catalog\" "
2669                printf "\n      or \"$tmp_data_catalog\" does not exist!"
2670                printf "\n  *** trying to get copy from archive"
2671                actionin[$i]=ar
2672             fi
2673          fi
2674       fi
2675
2676
2677          # DATEI LIEGT AUF ARCHIV-SERVER
2678       if [[ "${actionin[$i]}" = ar ]]
2679       then
2680
2681          if [[ $files_for_pes = false ]]
2682          then
2683             printf "\n      file will be restored from archive-system ($archive_system)!"
2684          else
2685             printf "\n      directory will be restored from archive-system ($archive_system)!"
2686          fi
2687
2688          file_restored=false
2689
2690          if [[ $archive_system = asterix ]]
2691          then
2692             do_stagein=true
2693             (( stagein_anz = 0 ))
2694             while [[ $do_stagein = true ]]
2695             do
2696                if [[ $files_for_pes = false ]]
2697                then
2698                   stagein  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
2699                else
2700                   stagein  -t  -O  ${frelin[$i]}  >  STAGEIN_OUTPUT
2701                fi
2702                cat  STAGEIN_OUTPUT
2703                if [[ $(grep -c "st.msg:i24"  STAGEIN_OUTPUT) != 0 ]]
2704                then
2705                   file_restored=true
2706                   do_stagein=false
2707                else
2708                   (( stagein_anz = stagein_anz + 1 ))
2709                   if (( stagein_anz == 10 ))
2710                   then
2711                      printf "\n  +++ stagein stoped after 10 tries"
2712                      locat=stage
2713                      exit
2714                   fi
2715                   printf "\n  +++ restoring from archive failed, trying again:"
2716                   sleep 900
2717                fi
2718             done
2719          elif [[ $archive_system = DMF ]]
2720          then
2721             if [[ $files_for_pes = false ]]
2722             then
2723                printf "\n  +++ restoring of single files impossible with $archive_system !\n"
2724                locat=DMF
2725                exit
2726             else
2727                find  $ARCHIVE/${frelin[$i]}  -type m  -print  |  dmget
2728                cp  -r $ARCHIVE/${frelin[$i]}  $PWD
2729                file_restored=true
2730             fi
2731          elif [[ $archive_system = tivoli ]]
2732          then
2733             if [[ $files_for_pes = false ]]
2734             then
2735                if [[ $localhost = lcsgih ]]
2736                then
2737                   ssh  $usern@hicedata.hlrn.de  "cp  $PERM/${frelin[$i]}  $PWD"
2738                else
2739                   ssh  $usern@bicedata.hlrn.de  "cp  $PERM/${frelin[$i]}  $PWD"
2740                fi
2741             else
2742                (( inode = 0 ))
2743                while (( inode < nodes ))
2744                do
2745                   if [[ $localhost = lcsgih ]]
2746                   then
2747                      ssh  $usern@hicedata.hlrn.de  "cd $PWD; tar  xf  $PERM/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar"
2748                   else
2749                      ssh  $usern@bicedata.hlrn.de  "cd $PWD; tar  xf  $PERM/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar"
2750                   fi
2751                   (( inode = inode + 1 ))
2752                done
2753             fi
2754             file_restored=true
2755          elif [[ $archive_system = ut ]]
2756          then
2757             if [[ $files_for_pes = false ]]
2758             then
2759                cp  $UT/${frelin[$i]}  .
2760             else
2761                (( inode = 0 ))
2762                while (( inode < nodes ))
2763                do
2764                   tar  xf  $UT/${frelin[$i]}/${frelin[$i]}.node_$inode.tar
2765                   (( inode = inode + 1 ))
2766                done
2767             fi
2768             file_restored=true
2769          else
2770             printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"   restore impossible!"
2771             locat=rearchive
2772             exit
2773          fi
2774
2775          if [[ $file_restored = true ]]
2776          then
2777
2778                # DATEI AUCH AUF TEMPORAERES DATENVERZEICHNIS LEGEN, DAMIT
2779                # SIE BEI WEITEREN ZUGRIFFEN NOCH VORHANDEN IST
2780             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog; chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
2781             if [[ $files_for_pes = false ]]
2782             then
2783                ln  -f  ${frelin[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2784             else
2785                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2786                ln  -f  ${frelin[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
2787             fi
2788             got_tmp[$i]=true
2789
2790                # DATEI UNTER LOKALEM NAMEN ZUR VERFUEGUNG STELLEN
2791             mv  ${frelin[$i]}  ${localin[$i]}
2792
2793          fi
2794       fi
2795
2796
2797          # DATEI LIEGT IM VOM BENUTZER ANGEGEBENEN VERZEICHNIS
2798       if [[ "${actionin[$i]}" = ""  ||  "${actionin[$i]}" = "di"  ||  "${actionin[$i]}" = "npe" ]]
2799       then
2800
2801          if [[ "${actionin[$i]}" = "npe"  &&  -n $numprocs ]]
2802          then
2803
2804                # DATEI WIRD FUER DIE PROZESSOREN EINES PARALLERECHNERS BEREITGESTELLT
2805             printf "\n      file will be provided for $numprocs processors"
2806             mkdir  ${localin[$i]}
2807             ival=$numprocs
2808             (( ii = 0 ))
2809             while (( ii <= ival-1 ))
2810             do
2811                if (( ii < 10 ))
2812                then
2813                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_000$ii
2814                elif (( ii < 100 ))
2815                then
2816                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_00$ii
2817                elif (( ii < 1000 ))
2818                then
2819                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_0$ii
2820                else
2821                   cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}/_$ii
2822                fi
2823                (( ii = ii + 1 ))
2824             done
2825
2826          else
2827
2828             if [[ $files_for_pes = true ]]
2829             then
2830
2831                   # DIE DEN PROZESSOREN EINES PARALLELRECHNERS ZUGEHOERIGEN
2832                   # DATEIEN WERDEN BEREITGESTELLT, INDEM ZUERST DER GESAMTE
2833                   # KATALOGINHALT KOPIERT UND DANN DIE EINZELNEN DATEIEN
2834                   # PER MOVE UMBENANNT WERDEN
2835                printf "\n      providing $numprocs files for the respective processors"
2836                mkdir  ${localin[$i]}
2837                if [[ $link_local_input = true ]]
2838                    then
2839                    printf "      using ln -f\n"
2840                    cd ${absnamein[$i]}
2841                    for file in $(ls *)
2842                      do
2843                      ln -f $file  ${localin[$i]}
2844                    done
2845                    cd $TEMPDIR
2846                fi
2847                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp -r"
2848                if [[ ! -f "${localin[$i]}/_0000" ]]
2849                    then
2850                    if [[ $link_local_input = true ]]
2851                        then
2852                        printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
2853                    fi
2854                    cp -r  ${absnamein[$i]}/*  ${localin[$i]}
2855                fi
2856
2857             else
2858                   # BEREITSTELLUNG AUF EINPROZESSORRECHNERN
2859                if [[ $link_local_input = true ]]
2860                then
2861                    printf "      using ln -f\n"
2862                    ln -f  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
2863                fi
2864                # If "ln -f" fails of if "$link_local_input = false" do a normal "cp"
2865                if [[ ! -f "${localin[$i]}" ]]
2866                then
2867                    if [[ $link_local_input = true ]]
2868                    then
2869                        printf "      ln failed, using cp...\n"
2870                    fi
2871                    cp  ${absnamein[$i]}  ${localin[$i]}
2872                fi
2873             fi
2874          fi
2875       fi
2876
2877    done
2878    if (( i != 0 ))
2879    then
2880       printf "\n$striche\n  *** all INPUT-files provided \n"
2881    fi
2882
2883
2884       # EVENTUELLE INPUT-KOMMANDOS ABARBEITEN
2885    (( i = 0 ))
2886    while (( i < iic ))
2887    do
2888       (( i = i + 1 ))
2889       if (( i == 1 ))
2890       then
2891          printf "\n\n  *** execution of INPUT-commands:\n$striche"
2892       fi
2893       printf "\n  >>> ${in_command[$i]}"
2894       eval  ${in_command[$i]}
2895       if (( i == iic ))
2896       then
2897          printf "\n$striche\n"
2898       fi
2899    done
2900
2901
2902       # VERBLEIBENDE CPU-ZEIT BERECHNEN
2903    cpurest=${cpumax}.
2904
2905
2906       # START DVR STREAMING SERVER
2907    if [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
2908    then
2909       if [[ "$dvr_server" != "" ]]
2910       then
2911
2912          printf "\n\n  *** preparing the dvr streaming server configuration file"
2913
2914             # Check, if a dvr server is already running
2915          running_dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config | grep -v grep) | cut -d" " -f2`
2916          if [[ "$running_dvrserver_id" != "" ]]
2917          then
2918
2919             printf "\n\n  +++ WARNING: A dvr server with id=$running_dvrserver_id is already running!"
2920             printf "\n      This server is used instead starting a new one!"
2921             printf "\n      If required, script \"process_dvr_output\" has to be run manually."
2922
2923          else
2924
2925                # COPY CONFIGURATION FILE FOR STREAMING SERVER FROM REPOSITORY TO HERE
2926             if [[ -f ${PALM_BIN}/.dvrserver.config ]]
2927             then
2928                cp  ${PALM_BIN}/.dvrserver.config  .
2929
2930                   # Entering the BASEDIR, UID and GID into this file
2931                user_id=`id -u`
2932                group_id=`id -g`
2933                   # & is needed as seperator, because TEMPDIR contains /
2934                sed "s&<replace by dvr data directory>&${TEMPDIR}&g" .dvrserver.config > .dvrserver.1
2935                sed "s/<replace by user id>/$user_id/g"    .dvrserver.1 > .dvrserver.2
2936                sed "s/<replace by group id>/$group_id/g"  .dvrserver.2 > .dvrserver.3
2937                mv  .dvrserver.3  .dvrserver.config
2938                rm  .dvrserver.1  .dvrserver.2
2939
2940                   # Start dvr server in background, get his id and print on terminal
2941                $dvr_server  .dvrserver.config  >>  DVR_LOGFILE  2>&1  &
2942                dvrserver_id=`echo $(ps -edaf | grep .dvrserver.config) | cut -d" " -f2`
2943                printf "\n  *** streaming server with id=$dvrserver_id is started in background"
2944                local_dvrserver_running=.TRUE.
2945             else
2946                printf "\n  +++ missing file \".dvrserver.config\" in directory:"
2947                printf "\n      \"$PALM_BIN\" "
2948                locat=dvr
2949                exit
2950             fi
2951
2952          fi
2953
2954       else
2955          printf "\n\n  --- INFORMATIVE: no dvr streaming server will be started"
2956       fi
2957    fi
2958
2959
2960       # NAMELIST-DATEI MIT WERTEN VON ENVIRONMENT-VARIABLEN ERZEUGEN (ZU
2961       # LESEN VON PALM)
2962    cat  >  ENVPAR  <<  %%END%%
2963 &envpar  run_identifier = '$fname', host = '$localhost',
2964          write_binary = '$write_binary', tasks_per_node = $tasks_per_node,
2965          maximum_cpu_time_allowed = ${cpumax}.,
2966          revision = '$global_revision',
2967          local_dvrserver_running = $local_dvrserver_running /
2968
2969%%END%%
2970
2971
2972       # PROGRAMMSTART
2973    printf "\n\n  *** execution starts in directory\n      \"`pwd`\"\n$striche\n"
2974    PATH=$PATH:$TEMPDIR
2975
2976       # MPI debug option (argument checking, slows down execution due to increased latency)
2977    if [[ "$mpi_debug" = true ]]
2978    then
2979       export MPI_CHECK_ARGS=1
2980       printf "\n  +++ MPI_CHECK_ARGS=$MPI_CHECK_ARGS"
2981    fi
2982
2983    if [[ "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ]]
2984    then
2985       if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
2986       then
2987          if [[ $(echo $localhost | cut -c1-5) != lcsgi ]]
2988          then
2989             printf "\n  +++ debug is allowed in interactive mode only"
2990             locat=debug
2991             exit
2992          fi
2993       fi
2994       if [[ $localhost = decalpha ]]
2995       then
2996          dxladebug  a.out
2997       elif [[ $localhost = ibmb  ||  $localhost = ibmh ]]
2998       then
2999
3000             # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
3001          export MP_SHARED_MEMORY=yes
3002          export AIXTHREADS_SCOPE=S
3003          export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3004          export AUTHSTATE=files
3005          export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
3006
3007             # FOLLOWING OPTIONS ARE MANDATORY FOR TOTALVIEW
3008          export MP_ADAPTER_USE=shared
3009          export MP_CPU_USE=multiple
3010          export MP_TIMEOUT=1200
3011
3012          unset  MP_TASK_AFFINITY
3013
3014             # SO FAR, TOTALVIEW NEEDS HOSTFILE MECHANISM FOR EXECUTION
3015          #(( ii = 1 ))
3016          #while (( ii <= $numprocs ))
3017          #do
3018          #   echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3019          #   (( ii = ii + 1 ))
3020          #done
3021          #export MP_HOSTFILE=hostfile
3022
3023          if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
3024          then
3025             totalview   poe  a.out  $ROPTS
3026          else
3027             echo totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1   $ROPTS
3028             export TVDSVRLAUNCHCMD=ssh
3029             totalview   poe  -a a.out  -procs $numprocs  -rmpool 0  -nodes 1   $ROPTS
3030          fi
3031       elif [[ $(echo $localhost | cut -c1-5) = lcsgi ]]
3032       then
3033             # CURRENTLY NO DEBUGGER ON LCSGI
3034          if [[ $run_coupled_model = true ]]
3035          then
3036             printf "\n  +++ no debug in coupled mode available on \"$localhost\" "
3037             locat=debug
3038             exit
3039          else
3040             echo "no_coupling"  >  runfile_atmos
3041          fi
3042          (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3043          export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3044          echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3045          if [[ $threads_per_task != 1 ]]
3046          then
3047             printf "\n      threads per task: $threads_per_task"
3048          fi
3049          printf "\n\n"
3050          if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3051          then
3052#             export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
3053             if [[ "$totalview" = true ]]
3054             then
3055                printf "\n     running totalview debugger"
3056                mpiexec_mpt -tv -n $ii   ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3057             else
3058                mpiexec_mpt -np $ii   ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3059             fi
3060          elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3061          then
3062#             ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
3063#             export MV2_NUM_PORTS=2
3064#             export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
3065             if [[ "$totalview" = true ]]
3066             then
3067                printf "\n     running totalview debugger"
3068                mpiexec -tv ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3069             else
3070                mpiexec    ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3071             fi
3072          fi
3073       else
3074          printf "\n  +++ no debug available on \"$localhost\" "
3075          printf "\n      or not implemented in mrun so far"
3076          locat=debug
3077          exit
3078       fi
3079    else
3080       if [[ -n $numprocs ]]
3081       then
3082             # RUNNING THE PROGRAM ON PARALLEL MACHINES
3083          if [[ $(echo $host | cut -c1-3) = ibm ]]
3084          then
3085                # SETUP THE IBM MPI ENVIRONMENT
3086             if [[ $host != ibmh ]]
3087             then
3088                export MP_SHARED_MEMORY=yes
3089                export AIXTHREAD_SCOPE=S
3090                export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3091                export XLSMPOPTS="spins=0:yields=0:stack=20000000"
3092                export AUTHSTATE=files
3093                export XLFRTEOPTS="nlwidth=132:err_recovery=no"    # RECORD-LENGTH OF NAMELIST-OUTPUT
3094                #  export MP_PRINTENV=yes
3095
3096                   # TUNING-VARIABLEN ZUR VERBESSERUNG DER KOMMUNIKATION
3097                   # ZEIGEN ABER DERZEIT (SEP 04, FEDERATION) KAUM WIRKUNG
3098                export MP_WAIT_MODE=poll
3099                [[ $node_usage = not_shared ]]  &&  export MP_SINGLE_THREAD=yes
3100             fi
3101             if [[ "$LOADLBATCH" = yes ]]
3102             then
3103                printf "\n--- Control: OMP_NUM_THREADS = \"$OMP_NUM_THREADS\" \n"
3104                if [[ "$cond1" = hpmcount  ||  "$cond2" = hpmcount ]]
3105                then
3106                   /opt/optibm/HPM_2_4_1/bin/hpmcount  a.out  $ROPTS
3107                else
3108                   if [[ $run_coupled_model = false ]]
3109                   then
3110                      if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3111                      then
3112                         echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3113                      else
3114                         echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3115                      fi
3116                   else
3117                      (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3118                      (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3119                      printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3120                      printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3121                      printf "\n\n"
3122                      echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3123                   fi
3124                   poe ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3125                fi
3126             else
3127                if [[ $localhost = ibmb  ||  $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibms ]]
3128                then
3129                   poe  a.out  -procs $numprocs  -nodes 1  -rmpool 0  $ROPTS
3130                elif [[ $localhost = ibmy ]]
3131                then
3132                   if [[ -f $hostfile ]]
3133                   then
3134                      cp  $hostfile  hostfile
3135                   else
3136                      (( ii = 1 ))
3137                      while (( ii <= $numprocs ))
3138                      do
3139                         echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3140                         (( ii = ii + 1 ))
3141                      done
3142                   fi
3143                   export MP_HOSTFILE=hostfile
3144                   if [[ $run_coupled_model = false ]]
3145                   then
3146                      if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3147                      then
3148                         echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3149                      else
3150                         echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3151                      fi
3152                   else
3153                      (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3154                      (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3155                      printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3156                      printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3157                      printf "\n\n"
3158                      echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3159                   fi
3160                   ./a.out  -procs $tasks_per_node  $ROPTS  <  runfile_atmos
3161
3162                else
3163                   if [[ "$host_file" = "" ]]
3164                   then
3165                      printf "\n  +++ no hostfile given in configuration file"
3166                      locat=config_file
3167                      exit
3168                   else
3169                      eval host_file=$host_file
3170                   fi
3171                   export MP_HOSTFILE=$host_file
3172                   poe  a.out  -procs $numprocs  -tasks_per_node $numprocs  $ROPTS
3173                fi
3174             fi
3175          elif [[ $host = nech  ||  $host = necriam ]]
3176          then
3177             (( ii = nodes ))
3178             if [[ $ii = 1 ]]
3179             then
3180                export F_ERRCNT=0        # acceptable number of errors before program is stopped
3181                export MPIPROGINF=YES
3182                #  export F_TRACE=YES|FMT1|FMT2  # output of ftrace informations to job protocol
3183                echo "*** execution on single node with mpirun"
3184                mpirun  -np $numprocs  ./a.out  $ROPTS
3185             else
3186                (( i = 0 ))
3187                while (( i < ii ))
3188                do
3189                   echo "-h $i  -p $tasks_per_node  -e ./mpi_exec_shell"  >>  multinode_config
3190                   (( i = i + 1 ))
3191                done
3192
3193                echo "#!/bin/sh"                         >   mpi_exec_shell
3194                echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3195                echo "set -u"                            >>  mpi_exec_shell
3196                echo "F_ERRCNT=0"                        >>  mpi_exec_shell
3197                echo "MPIPROGINV=YES"                    >>  mpi_exec_shell
3198                echo "OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task" >>  mpi_exec_shell
3199                echo "cpurest=$cpurest"                  >>  mpi_exec_shell
3200                echo "fname=$fname"                      >>  mpi_exec_shell
3201                echo "localhost=$localhost"              >>  mpi_exec_shell
3202                echo "return_addres=$return_addres"      >>  mpi_exec_shell
3203                echo "return_username=$return_username"  >>  mpi_exec_shell
3204                echo "tasks_per_node=$tasks_per_node"    >>  mpi_exec_shell
3205                echo "write_binary=$write_binary"        >>  mpi_exec_shell
3206                echo "use_seperate_pe_for_dvrp_output=$use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3207                echo "  "                                >>  mpi_exec_shell
3208                echo "export F_ERRCNT"                   >>  mpi_exec_shell
3209                echo "export MPIPROGINV"                 >>  mpi_exec_shell
3210                echo "export OMP_NUM_THREADS"            >>  mpi_exec_shell
3211                echo "export cpurest"                    >>  mpi_exec_shell
3212                echo "export fname"                      >>  mpi_exec_shell
3213                echo "export localhost"                  >>  mpi_exec_shell
3214                echo "export return_addres"              >>  mpi_exec_shell
3215                echo "export return_username"            >>  mpi_exec_shell
3216                echo "export tasks_per_node"             >>  mpi_exec_shell
3217                echo "export write_binary"               >>  mpi_exec_shell
3218                echo "export use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  mpi_exec_shell
3219                echo " "                                 >>  mpi_exec_shell
3220                echo "exec  ./a.out"                     >>  mpi_exec_shell
3221
3222                chmod u+x  mpi_exec_shell
3223                export MPIPROGINF=YES
3224                mpirun  -f multinode_config  &
3225                wait
3226
3227             fi
3228          elif [[ $(echo $host | cut -c1-2) = lc  &&  $host != lckyoto &&  $host != lctit ]]
3229          then
3230
3231                # COPY HOSTFILE FROM SOURCE DIRECTORY OR CREATE IT, IF IT
3232                # DOES NOT EXIST
3233             if [[ $host != lcsgih  &&  $host != lcsgib ]]
3234             then
3235                if [[ -f $hostfile ]]
3236                then
3237                   cp  $hostfile  hostfile
3238                else
3239                   (( ii = 1 ))
3240                   while (( ii <= $numprocs / $threads_per_task ))
3241                   do
3242                      echo  $localhost_realname  >>  hostfile
3243                      (( ii = ii + 1 ))
3244                   done
3245                fi
3246                eval zeile=\"`head -n $ii  hostfile`\"
3247                printf "\n  *** running on: $zeile"
3248             fi
3249
3250             (( ii = $numprocs / $threads_per_task ))
3251             export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task
3252#             echo "OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"
3253             if [[ $threads_per_task != 1 ]]
3254             then
3255                   # increase stack size to unlimited, because large runs
3256                   # may abort otherwise
3257                ulimit -Ss unlimited
3258                printf "\n      threads per task: $threads_per_task  stacksize: unlimited"
3259             fi
3260             if [[ $run_coupled_model = false ]]
3261             then
3262                if [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]
3263                then
3264                   echo "precursor_ocean"  >  runfile_atmos
3265                else
3266                   echo "precursor_atmos"  >  runfile_atmos
3267                fi
3268                printf "\n\n"
3269                if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3270                then
3271                   if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3272                   then
3273                          # MPI_DSM_DISTRIBUTE not necessary when MPI_DSM_CPULIST is set
3274                          # export MPI_DSM_DISTRIBUTE=1
3275                          # MPI_DSM_CPULIST: pin MPI processes to cores
3276                      if [[ $use_openmp = false ]]
3277                      then
3278                         if [[ "$sgi_feature" = ice2 ]]
3279                         then
3280                            export MPI_DSM_CPULIST="0,4,1,5,2,6,3,7:allhosts"
3281                         else
3282                            export MPI_DSM_CPULIST="0,1,4,5,2,3,6,7:allhosts"
3283                         fi
3284                      fi
3285                          # MPI_IB_RAILS: use both IB rails on ICE2
3286                      export MPI_BUFS_PER_HOST=512
3287                      export MPI_IB_RAILS=2
3288                          # NECESSARY, IF MORE THAN 4096 PEs ARE USED
3289                      export MPI_CONNECTIONS_THRESHOLD=8192
3290                      echo "*** MPI_DSM_CPULIST=$MPI_DSM_CPULIST"
3291                      mpiexec_mpt -np $ii   ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3292
3293                          # next is test for openmp usage
3294                      # mpiexec -n $ii -pernode  ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3295                   elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3296                   then
3297                      export MV2_NUM_PORTS=2
3298                      #  The default setting of MV2_CPU_MAPPING gives best results
3299                      # export MV2_ENABLE_AFFINITY=1
3300                      #  export MV2_CPU_MAPPING=0,1,4,5,2,3,6,7
3301               #       if [[ "$sgi_feature" = ice2 ]]
3302               #       then
3303               #          export MV2_CPU_MAPPING=0,4,1,5,2,6,3,7
3304               #       else
3305               #          export MV2_CPU_MAPPING=0,1,4,5,2,3,6,7
3306               #       fi
3307                      echo "*** MV2_CPU_MAPPING=$MV2_CPU_MAPPING"
3308                      if [[ $threads_per_task != 1 ]]
3309                      then
3310                         mpiexec -npernode 1  ./a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos
3311                      else
3312                         mpiexec -np $ii  ./a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3313                      fi
3314                   fi
3315                elif [[ $host = lcxt4  ||  $host = lcxt5m ]]
3316                then
3317                    aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out  $ROPTS  < runfile_atmos
3318                else
3319                   mpiexec  -machinefile hostfile  -n $ii  a.out  < runfile_atmos  $ROPTS
3320                fi
3321             else
3322
3323                    # currently there is no full MPI-2 support on ICE and XT4
3324                (( iia = $numprocs_atmos / $threads_per_task ))
3325                (( iio = $numprocs_ocean / $threads_per_task ))
3326                printf "\n      coupled run ($iia atmosphere, $iio ocean)"
3327                printf "\n      using $coupled_mode coupling"
3328                printf "\n\n"
3329
3330                if [[ $coupled_mode = "mpi2" ]]
3331                then
3332                   echo "atmosphere_to_ocean $iia $iio"  >  runfile_atmos
3333                   echo "ocean_to_atmosphere $iia $iio"  >  runfile_ocean
3334                   if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3335                   then
3336
3337                      if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3338                      then
3339#                         export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
3340                         mpiexec_mpt -np $iia  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3341                         mpiexec_mpt -np $iio  ./a.out  $ROPTS < runfile_ocean &
3342                      elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3343                      then
3344#                         ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
3345#                         export MV2_NUM_PORTS=2
3346#                         export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
3347                         mpiexec -n $iia  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3348                         mpiexec -n $iio  ./a.out  $ROPTS < runfile_ocean &
3349                      fi
3350
3351                   elif [[ $host = lcxt4  ||  $host = lcxt5m ]]
3352                   then
3353
3354                      aprun  -n $iia  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  $ROPTS  &
3355                      aprun  -n $iio  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_ocean  $ROPTS  &
3356
3357                   else
3358                          # WORKAROUND BECAUSE mpiexec WITH -env option IS NOT AVAILABLE ON SOME SYSTEMS
3359                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  a.out  $ROPTS  <  runfile_atmos &
3360                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  a.out  $ROPTS  <  runfile_ocean &
3361#                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iia  -env coupling_mode atmosphere_to_ocean  a.out  $ROPTS  &
3362#                       mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iio  -env coupling_mode ocean_to_atmosphere  a.out  $ROPTS  &
3363                   fi
3364                   wait
3365
3366                else
3367
3368                   echo "coupled_run $iia $iio"  >  runfile_atmos
3369                   if [[ $host = lcsgih  ||  $host = lcsgib ]]
3370                   then
3371
3372                      if [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mpt ]]
3373                      then
3374#                         export MPI_LAUNCH_TIMEOUT=360
3375                         mpiexec_mpt -np $ii  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos
3376                      elif [[ $( echo $mpilib | cut -c1-3 ) = mva ]]
3377                      then
3378#                         ulimit -s 300000   # A too large stack size causes problems
3379#                         export MV2_NUM_PORTS=2
3380#                         export MV2_CPU_MAPPING=0:1:2:3
3381                         mpiexec  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos
3382                      fi
3383
3384                   elif [[ $host = lcxt4  ||  $host = lcxt5m ]]
3385                   then
3386
3387                      aprun  -n $ii  -N $tasks_per_node  a.out < runfile_atmos  $ROPTS
3388
3389                   elif [[ $host = lck ]]
3390                   then
3391                         mpiexec -n $ii  ./a.out  $ROPTS < runfile_atmos &
3392                   fi
3393                   wait
3394                fi
3395
3396             fi
3397          elif [[ $host = decalpha ]]
3398          then
3399             dmpirun  -np $numprocs  a.out  $ROPTS
3400          elif [[ $host = lckyoto ]]
3401          then
3402             set -xv
3403             export P4_RSHCOMMAND=plesh
3404             echo "     P4_RSHCOMMAND = $P4_RSHCOMMAND"
3405             if [[ "$ENVIRONMENT" = BATCH ]]
3406             then
3407                if [[ "$cond2" = fujitsu ]]
3408                then
3409                   mpiexec  -n $numprocs  ./a.out  $ROPTS  # for fujitsu-compiler
3410                elif [[ "cond2" = pgi ]]
3411                then
3412                   mpirun  -np $numprocs  -machinefile ${QSUB_NODEINF}  ./a.out  $ROPTS
3413                else
3414                   mpirun_rsh -np $numprocs -hostfile ${QSUB_NODEINF} MV2_USE_SRQ=0 ./a.out ${ROPTS} || /bin/true
3415                fi
3416             else
3417                if [[ "$cond2" = "" ]]
3418                then
3419                   mpiruni_rsh -np $numprocs ./a.out  $ROPTS  # for intel
3420                else
3421                   mpirun  -np $numprocs  ./a.out  $ROPTS
3422                fi
3423             fi
3424             set +xv
3425          elif [[ $host = lctit ]]
3426          then
3427             export runfile=runfile.$kennung
3428
3429             echo "cd $PWD"                                  >   $runfile
3430             echo "export OMP_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS"  >>  $runfile
3431             echo "export cpurest=$cpurest"                  >>  $runfile
3432             echo "export fname=$fname"                      >>  $runfile
3433             echo "export localhost=$localhost"              >>  $runfile
3434             echo "export return_addres=$return_addres"      >>  $runfile
3435             echo "export return_username=$return_username"  >>  $runfile
3436             echo "export tasks_per_node=$tasks_per_node"    >>  $runfile
3437             echo "export write_binary=$write_binary"        >>  $runfile
3438             echo "export use_seperate_pe_for_dvrp_output=$use_seperate_pe_for_dvrp_output"  >>  $runfile
3439             echo "./a.out"                                  >>  $runfile
3440             chmod  u+x  $runfile
3441
3442             if [[ "$QUEUE" = interactive ]]
3443             then
3444                mpirun  -np $numprocs  a.out  $ROPTS
3445             else
3446                 (( mem_tsubame = $memory / 1024.0 ))
3447                 echo "Memory for Tsubame for each process in GB:", $mem_tsubame
3448#                n1ge  -fore  -g 1S060156  -mpi $numprocs  -mem 4  -N palm  -q $queue  a.out  $ROPTS
3449#               /n1ge/TITECH_GRID/tools/bin/n1ge -fore -g $group_number -mpi ${numprocs}:$tasks_per_node -mem $mem_tsubame -N palm -rt $minuten -q $queue  a.out  $ROPTS
3450                 n1ge -fore -g $group_number -mpi ${numprocs}:$tasks_per_node -mem $mem_tsubame -N palm -rt $minuten -q $queue  a.out  $ROPTS
3451             fi
3452
3453             rm  $runfile
3454          else
3455             mpprun  -n $numprocs  a.out  $ROPTS
3456          fi
3457          [[ $? != 0 ]]  &&  execution_error=true
3458
3459
3460             # PERFORMANCE-AUSWERTUNG MIT APPRENTICE
3461          if [[ "$cond1" = apprentice  ||  "$cond2" = apprentice ]]
3462          then
3463             apprentice
3464          fi
3465       else
3466          a.out  $ROPTS
3467       fi
3468    fi
3469    if [[ $? != 0  ||  $execution_error = true ]]
3470    then
3471
3472          # ABBRUCH BEI LAUFZEITFEHLER
3473#       [[ ! ( "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ) ]]  &&  cat  aout_output*
3474       printf "\n  +++ runtime error occured"
3475       locat=execution
3476       exit
3477    else
3478#       [[ ! ( "$cond1" = debug  ||  "$cond2" = debug ) ]]  &&  cat  aout_output*
3479       printf "\n$striche\n  *** execution finished \n"
3480
3481          # Stop the dvr streaming server and process the dvr output in order
3482          # to create dvrs- and html-files containing all streams
3483       if [[ "$dvrserver_id" != "" ]]
3484       then
3485          kill $dvrserver_id
3486          printf "\n  *** dvr server with id=$dvrserver_id has been stopped"
3487
3488             # If there is a directory, data have been output by the
3489             # streaming server. Otherwise, user has chosen dvrp_output=local
3490          if [[ -d DATA_DVR ]]
3491          then
3492
3493                # Add the current dvr configuration file to the dvr output
3494                # directory
3495             cp  .dvrserver.config  DATA_DVR
3496
3497                # Process the dvr output (option -s for also generating
3498                # sequence mode data)
3499             process_dvr_output  -d DATA_DVR  -f $fname  -s
3500
3501          else
3502
3503                # Process the local output
3504             process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3505
3506          fi
3507
3508       elif [[ $(echo $package_list | grep -c dvrp_graphics) != 0 ]]
3509       then
3510
3511             # Process dvr output generated in local mode (dvrp_output=local)
3512          process_dvr_output  -l  -d DATA_DVR  -f $fname
3513
3514       fi
3515    fi
3516
3517
3518
3519       # Call of combine_plot_fields in order to merge single files written
3520       # by each PE into one file.
3521    if [[ ! -f ${PALM_BIN}/combine_plot_fields${block}.x ]]
3522    then
3523       printf "\n\n\n  +++ WARNING: no combine_plot_fields found for given block \"$cond1 $cond2\""
3524       printf "\n      2d- and/or 3d-data may be incomplete!"
3525       printf "\n      Run \"mbuild -u -h $localhost\" to generate utilities for this block.\n"
3526    else
3527       printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"combine_plot_fields${block}.x\" ..."
3528       combine_plot_fields${block}.x
3529    fi
3530
3531
3532
3533       # EVENTUELLE OUTPUT-KOMMANDOS ABARBEITEN
3534    (( i = 0 ))
3535    while (( i < ioc ))
3536    do
3537       (( i = i + 1 ))
3538       if (( i == 1 ))
3539       then
3540          printf "\n\n  *** execution of OUTPUT-commands:\n$striche"
3541       fi
3542       printf "\n  >>> ${out_command[$i]}"
3543       eval  ${out_command[$i]}
3544       if (( i == ioc ))
3545       then
3546          printf "\n$striche\n"
3547       fi
3548    done
3549
3550
3551       # EVTL. INHALT DES AKTUELLEN VERZEICHNISSES AUSGEBEN
3552    if [[ $do_trace = true ]]
3553    then
3554       printf "\n\n"
3555       ls -al
3556    fi
3557
3558
3559
3560       # OUTPUT-DATEIEN AN IHRE ZIELORTE KOPIEREN
3561    (( i = 0 ))
3562    while (( i < iout ))
3563    do
3564       (( i = i + 1 ))
3565       if (( i == 1 ))
3566       then
3567          printf "\n\n  *** saving OUTPUT-files:\n$striche"
3568       fi
3569
3570          # PRUEFEN, OB EINZELDATEI ODER DATEI PRO PROZESSOR
3571       files_for_pes=false; filetyp=file
3572       if [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  -n $numprocs ]]
3573       then
3574          files_for_pes=true; filetyp=directory
3575          actionout[$i]=""
3576       elif [[ "${actionout[$i]}" = pe  &&  ! -n $numprocs ]]
3577       then
3578          actionout[$i]=""
3579       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  -n $numprocs ]]
3580       then
3581          files_for_pes=true; filetyp=directory
3582          actionout[$i]="ar"
3583       elif [[ "${actionout[$i]}" = arpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3584       then
3585          actionout[$i]="ar"
3586       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  -n $numprocs ]]
3587       then
3588          files_for_pes=true; filetyp=directory
3589          actionout[$i]="fl"
3590       elif [[ "${actionout[$i]}" = flpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3591       then
3592          actionout[$i]="fl"
3593       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  -n $numprocs ]]
3594       then
3595          files_for_pes=true; filetyp=directory
3596          actionout[$i]="tr"
3597       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  ! -n $numprocs ]]
3598       then
3599          actionout[$i]="tr"
3600       fi
3601
3602       if [[ ! -f ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = false ]]
3603       then
3604          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}  does not exist\n"
3605       elif [[ ! -d ${localout[$i]}  &&  $files_for_pes = true ]]
3606       then
3607          printf "\n  +++ temporary OUTPUT-file  ${localout[$i]}/....  does not exist\n"
3608       else
3609
3610
3611             # KOPIEREN PER FTP/SCP (IMMER IM BINAERMODUS, -M: FALLS ZIELKATALOG
3612             # NICHT VORHANDEN, WIRD VERSUCHT, IHN ANZULEGEN), ABER NUR BEI
3613             # REMOTE-RECHNUNGEN
3614          if [[ "${actionout[$i]}" = tr ]]
3615          then
3616             if [[ $localhost != $fromhost ]]
3617             then
3618                if [[ $files_for_pes = false ]]
3619                then
3620                   cps=""
3621                   cst=""
3622                else
3623                   cps=-c
3624                   cst="/"
3625                fi
3626                if [[ $localhost = ibmb  ||  $localhost = nech ]]
3627                then
3628
3629                      # TRANSFER IN EIGENSTAENDIGEM JOB
3630                      # ZUERST KOPIE DER DATEI INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
3631                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
3632                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
3633                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3634                   then
3635                      ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3636                   else
3637                      mkdir  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3638                      ln  ${localout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3639                   fi
3640
3641                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
3642                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
3643
3644                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP in seperate job to"
3645                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst"
3646                   printf "\n              or higher cycle\n"
3647                   echo "batch_scp $cps -b -m -u $return_username $return_addres  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
3648
3649                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
3650
3651                   if [[ $localhost = nech ]]
3652                   then
3653                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  transfer_${localout[$i]}
3654                   else
3655                      if [[ "$LOGNAME" = b323013 ]]
3656                      then
3657                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  transfer_${localout[$i]}
3658                      else
3659                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  transfer_${localout[$i]}
3660                      fi
3661                   fi
3662
3663                else
3664
3665                      # TRANSFER INNERHALB DIESES JOBS
3666                   transfer_failed=false
3667                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}$cst  by SCP to"
3668                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}$cst\n"
3669                   batch_scp $cps -b -m -u $return_username $return_addres  ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
3670                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
3671
3672                      # BEI FEHLGESCHLAGENEM TRANSFER SICHERUNGSKOPIE AUF
3673                      # LOKALER MASCHINE ANLEGEN
3674                   if [[ $transfer_failed = true ]]
3675                   then
3676                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on the local host under:\n"
3677                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
3678
3679                         # ERSTMAL PRUEFEN, OB VERZEICHNIS EXISTIERT. GEGEBENENFALLS
3680                         # ANLEGEN.
3681                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
3682                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
3683                      then
3684                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
3685                         printf "      $local_catalog \n"
3686                         mkdir -p  $local_catalog
3687                      fi
3688                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
3689                      transfer_problems=true
3690                   fi
3691                fi
3692             else
3693
3694                   # WERTZUWEISUNG, SO DASS WEITER UNTEN NUR KOPIERT WIRD
3695                actionout[$i]=""
3696             fi
3697          fi
3698
3699
3700             # APPEND PER FTP/SCP (IMMER IM BINAERMODUS, -M: FALLS ZIELKATALOG
3701             # NICHT VORHANDEN, WIRD VERSUCHT, IHN ANZULEGEN), ABER NUR BEI
3702             # REMOTE-RECHNUNGEN
3703          if [[ "${actionout[$i]}" = tra ]]
3704          then
3705             if [[ $localhost != $fromhost ]]
3706             then
3707                if [[ $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibmb  ||  $localhost = nech ]]
3708                then
3709
3710                      # TRANSFER IN EIGENSTAENDIGEM JOB
3711                      # ZUERST KOPIE DER DATEI INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
3712                   [[ ! -d $tmp_data_catalog/TRANSFER ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog/TRANSFER
3713                   file_to_transfer=${fname}_${localout[$i]}_to_transfer_$kennung
3714                   ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/TRANSFER/$file_to_transfer
3715
3716                   echo "set -x"                                    >    transfer_${localout[$i]}
3717                   echo "cd  $tmp_data_catalog/TRANSFER"            >>   transfer_${localout[$i]}
3718
3719                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP in seperate job to"
3720                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}"
3721                   printf "\n              or higher cycle\n"
3722                   echo "batch_scp -A -b -m -u $return_username $return_addres  $file_to_transfer \"${pathout[$i]}\" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}"  >>  transfer_${localout[$i]}
3723
3724                   echo "[[ \$? = 0 ]]  &&  rm  $file_to_transfer"  >>  transfer_${localout[$i]}
3725
3726                   if [[ $localhost = nech ]]
3727                   then
3728                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 900  transfer_${localout[$i]}
3729                   else
3730                      if [[ $LOGNAME = b323013 ]]
3731                      then
3732                         subjob  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  transfer_${localout[$i]}
3733                      else
3734                         subjob  -d  -v  -q c1  -X 0  -m 1000  -t 900  -c $job_catalog  transfer_${localout[$i]}
3735                      fi
3736                   fi
3737
3738                else
3739
3740                      # TRANSFER INNERHALB DIESES JOBS
3741                   transfer_failed=false
3742                   printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append by SCP to"
3743                   printf "\n              ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}\n"
3744                   batch_scp -A -b -m -u $return_username  $return_addres ${localout[$i]} "${pathout[$i]}" ${localhost}_${fname}${endout[$i]}  ${extout[$i]}
3745                   [[ $? != 0 ]]  &&  transfer_failed=true
3746
3747                      # BEI FEHLGESCHLAGENEM TRANSFER SICHERUNGSKOPIE AUF
3748                      # LOKALER MASCHINE ANLEGEN
3749                   if [[ $transfer_failed = true ]]
3750                   then
3751                      printf "  +++ transfer failed. Trying to save a copy on the local host under:\n"
3752                      printf "      ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung\n"
3753
3754                         # ERSTMAL PRUEFEN, OB VERZEICHNIS EXISTIERT. GEGEBENENFALLS
3755                         # ANLEGEN
3756                      eval  local_catalog=${pathout[$i]}
3757                      if [[ ! -d $local_catalog ]]
3758                      then
3759                         printf "  *** local directory does not exist. Trying to create:\n"
3760                         printf "      $local_catalog \n"
3761                         mkdir -p  $local_catalog
3762                      fi
3763
3764                      eval  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}/${localhost}_${fname}${endout[$i]}_$kennung
3765                      transfer_problems=true
3766                   fi
3767                fi
3768             else
3769
3770                   # WERTZUWEISUNG, SO DASS WEITER UNTEN NUR APPEND AUF
3771                   # LOKALER MASCHINE DURCHGEFUEHRT WIRD
3772                actionout[$i]=a
3773             fi
3774          fi
3775
3776
3777             # OUTPUT-DATEI FUER EINEN FORTSETZUNGSLAUF. DATEI WIRD PER
3778             # LINK AUF DEN TEMPORAEREN DATENKATALOG GELEGT. OPTION -f WIRD
3779             # VERWENDET, FALLS DORT NOCH EINE DATEI GLEICHEN NAMENS VORHANDEN
3780             # SEIN SOLLTE. ANSCHLIESSEND WIRD SEINE ARCHIVIERUNG ANGESTOSSEN
3781          if [[ "${actionout[$i]}" = fl ]]
3782          then
3783             [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
3784             chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
3785             if [[ $files_for_pes = false ]]
3786             then
3787                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
3788                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
3789                ln -f  ${localout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3790             else
3791                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/....  to"
3792                printf "\n              $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} (temporary data catalog)\n"
3793                mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3794                cd ${localout[$i]}
3795                for file in $(ls *)
3796                do
3797                   ln -f $file $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
3798                done
3799                cd $TEMPDIR
3800             fi
3801
3802
3803                # ARCHIVIERUNGSJOB WIRD ERZEUGT UND ABGESCHICKT
3804             if [[ $store_on_archive_system = true ]]
3805             then
3806
3807                if [[ $archive_system = asterix ]]
3808                then
3809                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
3810                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3811                   then
3812                      echo "stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
3813                   else
3814                      echo "stageout -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT${i}_$kennung" >> archive_${frelout[$i]}
3815                   fi
3816                   echo "cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"               >> archive_${frelout[$i]}
3817                   echo "if [[ \$(grep -c \"st.msg:150\"  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung) != 0 ]]" >> archive_${frelout[$i]}
3818                   echo "then"                                       >> archive_${frelout[$i]}
3819                   echo "   do_stageout=false"                       >> archive_${frelout[$i]}
3820                   echo "else"                                       >> archive_${frelout[$i]}
3821                   echo "   echo \"  +++ $filetyp ${frelout[$i]}  could not be stored on archive-system\" " >> archive_${frelout[$i]}
3822                   echo "   cat  /dev/null  >  ~/job_queue/ARCHIVE_ERROR_$fname" >> archive_${frelout[$i]}
3823                   echo "   cat  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung  >  ~/job_queue/archive_${frelout[$i]}_error" >> archive_${frelout[$i]}
3824                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} will be copied to \$WORK as backup\" " >> archive_${frelout[$i]}
3825                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3826                   then
3827                      echo "   cp   ${frelout[$i]}  \$WORK"                    >> archive_${frelout[$i]}
3828                   else
3829                      echo "   cp -r  ${frelout[$i]}  \$WORK/${frelout[$i]}"   >> archive_${frelout[$i]}
3830                   fi
3831                   echo "   echo \"  *** $filetyp ${frelout[$i]} saved\" " >> archive_${frelout[$i]}
3832                   echo "fi"                                         >> archive_${frelout[$i]}
3833                   echo "rm  STAGE_OUTPUT${i}_$kennung"              >> archive_${frelout[$i]}
3834                elif [[ $archive_system = DMF ]]
3835                then
3836                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                      >> archive_${frelout[$i]}
3837                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3838                   then
3839                      printf "\n  +++ archiving of single files impossible with $archive_system !\n"
3840                      locat=DMF
3841                      exit
3842                   else
3843                         # FUER RECHNER IN JUELICH. DORT KOENNTEN AUCH
3844                         # EINZELNE DATEIEN GESICHERT WERDEN (SPAETER KORR.)
3845                      echo "rm -rf  \$ARCHIVE/${frelout[$i]}"     >> archive_${frelout[$i]}
3846                      echo "cp -r  ${frelout[$i]}  \$ARCHIVE"     >> archive_${frelout[$i]}
3847                   fi
3848                elif [[ $archive_system = tivoli ]]
3849                then
3850                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
3851                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3852                   then
3853                         # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
3854                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
3855                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
3856                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3857                   else
3858
3859                      echo "set -x"                                   >> archive_${frelout[$i]}
3860                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
3861                      echo "[[ ! -d \$PERM/${frelout[$i]} ]] && mkdir $PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3862                      cd  $tmp_data_catalog
3863                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
3864                      cd -  > /dev/null
3865                      (( inode = 0 ))
3866                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
3867                      while (( inode < nodes ))
3868                      do
3869#                         echo "*** all_files = \"$all_files\" "
3870                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
3871                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
3872#                         echo "*** tasks_per_node = \"$tasks_per_node\" "
3873#                         echo "*** files = \"$files\" "
3874#                         echo "*** all_files = \"$all_files\" "
3875                        echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
3876                        ### echo "tar  cvf ${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
3877                        ### echo "cp ${frelout[$i]}.node_$inode.tar \$PERM/${frelout[$i]}/"   >> archive_${frelout[$i]}
3878                         ###echo "rm ${frelout[$i]}.node_$inode.tar"   >> archive_${frelout[$i]}
3879#                         echo "dsmc incremental  \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar" >> archive_${frelout[$i]}
3880#                         echo "dsmmigrate \$PERM/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar"        >> archive_${frelout[$i]}
3881                         (( inode = inode + 1 ))
3882                      done
3883#                      echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
3884#                      echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3885                   fi
3886                elif [[ $archive_system = ut ]]
3887                then
3888                   echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >> archive_${frelout[$i]}
3889                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3890                   then
3891                         # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
3892                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
3893                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
3894                      echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3895                   else
3896
3897                      echo "set -x"                                 >> archive_${frelout[$i]}
3898                      echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}/*"         >> archive_${frelout[$i]}
3899                      echo "[[ ! -d \$UT/${frelout[$i]} ]] && mkdir $UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
3900                      cd  $tmp_data_catalog
3901                      all_files=`ls -1 ${frelout[$i]}/*`
3902                      cd -  > /dev/null
3903                      (( inode = 0 ))
3904                      (( tp1   = tasks_per_node + 1 ))
3905                      while (( inode < nodes ))
3906                      do
3907                         files=`echo $all_files | cut -d" " -f1-$tasks_per_node`
3908                         all_files=`echo $all_files | cut -d" " -f$tp1-`
3909                         echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}/${frelout[$i]}.node_$inode.tar $files"   >> archive_${frelout[$i]}
3910                         (( inode = inode + 1 ))
3911                      done
3912                   fi
3913                elif [[ $archive_system = none ]]
3914                then
3915                   printf "              +++ archiving on $localhost not available!\n"
3916                fi
3917
3918                if [[ $archive_system != none ]]
3919                then
3920                   if [[ $localhost = lcsgih  ||  $localhost = lcsgib ]]
3921                   then
3922#                      subjob  -d  -v  -q cdata  -X 0  -m 1000  -t 43200  -c $job_catalog  archive_${frelout[$i]}
3923                      subjob   -v  -q permq  -X 1 -T 1  -m 1000  -t 172800  -c $job_catalog  archive_${frelout[$i]}
3924                   elif [[ $localhost = nech ]]
3925                   then
3926                      subjob  -d  -c /pf/b/$usern/job_queue  -v  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  archive_${frelout[$i]}
3927                   fi
3928                   printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
3929                fi
3930             else
3931                printf "              +++ caution: option -A is switched off. No archiving on $archive_system!\n"
3932             fi
3933
3934
3935                # LEERDATEI IM BENUTZERVERZEICHNIS ANLEGEN, DAMIT BEKANNT IST,
3936                # WIE DIE HOECHSTE ZYKLUSNUMMER AUF DEM ARCHIV-SYSTEM LAUTET
3937             if [[ $files_for_pes = false ]]
3938             then
3939                cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
3940             else
3941                mkdir -p  ${pathout[$i]}
3942             fi
3943
3944          fi
3945
3946
3947             # KOPIEREN AUF LOKALER MASCHINE ZUM ARCHIV-SYSTEM
3948             # AUSSERDEM MUSS LEERDATEI ANGELEGT WERDEN, DAMIT BEKANNT IST,
3949             # WIE DIE HOECHSTE ZYKLUSNUMMER AUF DEM ARCHIV-SYSTEM LAUTET
3950             # FALLS IRGENDEINE (VON MEHREREN) ARCHIVIERUNGEN SCHIEF GEHT,
3951             # WIRD FLAG GESETZT UND BLEIBT AUCH BEI WEITEREN ORDNUNGS-
3952             # GEMAESSEN ARCHIVIERUNGEN GESETZT
3953          if [[ "${actionout[$i]}" = ar ]]
3954          then
3955             if [[ $files_for_pes = false ]]
3956             then
3957                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
3958                printf "\n              ${pathout[$i]}"
3959                printf "\n              File will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
3960             else
3961                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to"
3962                printf "\n              ${pathout[$i]}"
3963                printf "\n              Directory will be copied to archive-system ($archive_system) !\n"
3964             fi
3965             mv  ${localout[$i]}  ${frelout[$i]}
3966
3967             file_saved=false
3968
3969             if [[ $archive_system = asterix ]]
3970             then
3971                do_stageout=true
3972                (( stageout_anz = 0 ))
3973                while [[ $do_stageout = true ]]
3974                do
3975                   if [[ $files_for_pes = false ]]
3976                   then
3977                      stageout  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
3978                   else
3979                      stageout  -t  ${frelout[$i]}  > STAGE_OUTPUT
3980                   fi
3981                   cat  STAGE_OUTPUT
3982                   if [[ $(grep -c "st.msg:150"  STAGE_OUTPUT) != 0 ]]
3983                   then
3984                      file_saved=true
3985                      do_stageout=false
3986                   else
3987                      if [[ $files_for_pes = false ]]
3988                      then
3989                         printf "\n  +++ file ${frelout[$i]}  could not be saved on archive-system"
3990                      else
3991                         printf "\n  +++ directory ${frelout[$i]} could not be saved on archive-system"
3992                      fi
3993                      (( stageout_anz = stageout_anz + 1 ))
3994                      if (( stageout_anz == 10 ))
3995                      then
3996                         printf "\n  +++ stoped after 10 unsuccessful tries!"
3997                         archive_save=false
3998                         do_stageout=false
3999                      else
4000                         printf "\n  *** new try to store on archive after 15 min:"
4001                         sleep 900
4002                      fi
4003                   fi
4004                done
4005             elif [[ $archive_system = DMF ]]
4006             then
4007                if [[ $files_for_pes = false ]]
4008                then
4009                   printf "\n  +++ archiving of single files impossible on $archive_system!\n"
4010                   locat=DMF
4011                   exit
4012                else
4013                   rm -rf  $ARCHIVE/${frelout[$i]}
4014                   cp -r  ${frelout[$i]}  $ARCHIVE
4015                fi
4016                file_saved=true
4017             elif [[ $archive_system = tivoli ]]
4018             then
4019                   # ARCHIVIERUNG NUR PER BATCH-JOB MOEGLICH
4020                   # DATEI MUSS ZWISCHENZEITLICH INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4021                   # GELEGT WERDEN
4022                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4023                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4024                if [[ $files_for_pes = false ]]
4025                then
4026                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4027                else
4028                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4029                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4030                fi
4031
4032                   # BATCH JOB GENERIEREN UND ABSCHICKEN; DATEI MUSS WIEDER
4033                   # AUS TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS ENTFERNT WERDEN
4034                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
4035                if [[ $files_for_pes = false ]]
4036                then
4037                      # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4038                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4039                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$PERM/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4040                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
4041                else
4042                   echo "rm  -rf  \$PERM/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4043                   echo "tar  cvf \$PERM/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4044                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                  >> archive_${frelout[$i]}
4045                fi
4046
4047                subjob  -v  -d  -q cdata  -X 0  -m 1000  -t 43200  -c $job_catalog  archive_${frelout[$i]}
4048                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4049                file_saved=true
4050
4051             elif [[ $archive_system = ut ]]
4052             then
4053                   # ARCHIVIERUNG NUR PER BATCH-JOB MOEGLICH
4054                   # DATEI MUSS ZWISCHENZEITLICH INS TEMPORAERE DATENVERZEICHNIS
4055                   # GELEGT WERDEN
4056                [[ ! -d $tmp_data_catalog ]]  &&  mkdir -p  $tmp_data_catalog
4057                chmod  g+rx  $tmp_data_catalog
4058                if [[ $files_for_pes = false ]]
4059                then
4060                   ln -f  ${frelout[$i]}  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4061                else
4062                   mkdir  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4063                   ln -f  ${frelout[$i]}/*  $tmp_data_catalog/${frelout[$i]}
4064                fi
4065
4066                   # BATCH JOB GENERIEREN UND ABSCHICKEN; DATEI MUSS WIEDER
4067                   # AUS TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS ENTFERNT WERDEN
4068                echo "cd  $tmp_data_catalog"                       >  archive_${frelout[$i]}
4069                if [[ $files_for_pes = false ]]
4070                then
4071                      # EVENTUELL NOCH VORHANDENE DATEI IM ARCHIV LOSCHEN
4072                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}"           >> archive_${frelout[$i]}
4073                   echo "cp  ${frelout[$i]} \$UT/${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4074                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
4075                else
4076                   echo "rm  -rf  \$UT/${frelout[$i]}.tar"       >> archive_${frelout[$i]}
4077                   echo "tar  cvf \$UT/${frelout[$i]}.tar ${frelout[$i]}" >> archive_${frelout[$i]}
4078                   echo "rm  -rf  ${frelout[$i]}"                >> archive_${frelout[$i]}
4079                fi
4080
4081                subjob  -v  -c /pf/b/$usern/job_queue  -d  -q pp  -X 0  -m 1000  -t 7200  archive_${frelout[$i]}
4082                printf "              Archiving of $tmp_data_catalog/${frelout[$i]} initiated (batch job submitted)\n"
4083                file_saved=true
4084
4085             else
4086                printf "\n  +++ archive_system=\"$archive_system\"  archiving impossible!"
4087                archive_save=false
4088             fi
4089             if [[ $file_saved = true ]]
4090             then
4091                if [[ $files_for_pes = false ]]
4092                then
4093                   cat  /dev/null  >  ${pathout[$i]}
4094                else
4095                   mkdir -p  ${pathout[$i]}
4096                fi
4097             fi
4098          fi
4099
4100             # APPEND AUF LOKALER MASCHINE
4101          if [[ "${actionout[$i]}" = "a" ]]
4102          then
4103             printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  append to  ${pathout[$i]}\n"
4104             cat  ${localout[$i]}  >>  ${pathout[$i]}
4105          fi
4106
4107             # KOPIEREN AUF LOKALER MASCHINE
4108             # ES MUSS KOPIERT WERDEN, DA MOVE NICHT UEBER FILESYSTEM HINAUS MOEGLICH
4109          if [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = false ]]
4110          then
4111
4112                # KOPIEREN AUF EINPROZESSORMASCHINE
4113             if [[ "${extout[$i]}" != " "  &&  "${extout[$i]}" != "" ]]
4114             then
4115                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
4116                if [[ $link_local_output = true ]]
4117                then
4118                    printf "      using ln -f\n"
4119                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4120                fi
4121                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
4122                if [[ ! -f "${pathout[$i]}.${extout[$i]}" ]]
4123                then
4124                    if [[ $link_local_output = true ]]
4125                    then
4126                        printf "      ln failed, using cp...\n"
4127                    fi
4128                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
4129                fi
4130             else
4131                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to  ${pathout[$i]}\n"
4132                if [[ $link_local_output = true ]]
4133                then
4134                    printf "      using ln -f\n"
4135                    ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4136                fi
4137                # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
4138                if [[ ! -f "${pathout[$i]}" ]]
4139                then
4140                    if [[ $link_local_output = true ]]
4141                    then
4142                        printf "      ln failed, using cp...\n"
4143                    fi
4144                    cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4145                fi
4146             fi
4147
4148          elif [[ "${actionout[$i]}" = ""  &&  $files_for_pes = true ]]
4149          then
4150
4151                # DIE DEN PROZESSOREN EINES PARALLELRECHNERS ZUGEHOERIGEN
4152                # DATEIEN WERDEN ERST IN EINEM KATALOG GESAMMELT UND DIESER
4153                # WIRD DANN KOPIERT
4154                # PER MOVE UMBENANNT WERDEN
4155             printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to  ${pathout[$i]}\n"
4156             if [[ $link_local_output = true ]]
4157             then
4158                 printf "      using ln -f\n"
4159                 mkdir  ${pathout[$i]}
4160                 cd ${localout[$i]}
4161                 for file in $(ls *)
4162                 do
4163                   ln -f $file  ${pathout[$i]}
4164                 done
4165                 cd $TEMPDIR
4166             fi
4167             # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp -r"
4168             if [[ ! -f "${pathout[$i]}/_0000" ]]
4169             then
4170                 if [[ $link_local_output = true ]]
4171                 then
4172                     printf "      ln failed for .../_0000, using cp...\n"
4173                 fi
4174                 cp -r  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
4175             fi
4176
4177          fi
4178       fi
4179    done
4180    if (( i != 0 ))
4181    then
4182       if [[ $transfer_problems = true ]]
4183       then
4184          printf "\n$striche\n  *** OUTPUT-files saved"
4185          printf "\n  +++ WARNING: some data transfers failed! \n"
4186       else
4187          printf "\n$striche\n  *** all OUTPUT-files saved \n"
4188       fi
4189    fi
4190
4191
4192       # EVENTUELL FOLGEJOB STARTEN
4193       # DATEI CONTINUE_RUN MUSS VOM BENUTZERPROGRAMM AUS ERZEUGT WERDEN
4194    if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4195    then
4196
4197       if [[ $archive_save = true ]]
4198       then
4199
4200             # ZUERST IN MRUN-AUFRUF OPTIONEN FUER FORTSETZUNGSLAUF, FUER
4201             # STILLES ABARBEITEN (OHNE INTERAKTIVE RUECKFAGEN) UND FUER
4202             # BATCH-BETRIEB (NUR WICHTIG, FALLS BATCH AUF LOKALER MASCHINE
4203             # DURCHGEFUEHRT WERDEN SOLL) EINFUEGEN, FALLS NICHT BEREITS VOR-
4204             # HANDEN
4205          [[ $(echo $mc | grep -c "\-C") = 0 ]]  &&  mc="$mc -C"
4206          [[ $(echo $mc | grep -c "\-v") = 0 ]]  &&  mc="$mc -v"
4207          [[ $(echo $mc | grep -c "\-b") = 0 ]]  &&  mc="$mc -b"
4208          if [[ $(echo $mc | grep -c "#") != 0 ]]
4209          then
4210             mc=`echo $mc | sed 's/#/f/g'`
4211          fi
4212
4213
4214             # JOB STARTEN
4215          printf "\n\n  *** initiating restart-run on \"$return_addres\" using command:\n"
4216          echo "      $mc"
4217          printf "\n$striche\n"
4218          if [[ $localhost != $fromhost ]]
4219          then
4220
4221             if [[ $localhost = lcsgih  ||  $localhost = lcsgib  ||  $localhost = nech  ||  $localhost = ibmb  ||  $localhost = ibmh  ||  $localhost = ibms  ||  $localhost = lctit ]]
4222             then
4223                echo "*** ssh will be used to initiate restart-runs!"
4224                echo "    return_addres=\"$return_addres\" "
4225                echo "    return_username=\"$return_username\" "
4226                if [[ $return_addres = 172.20.25.41 ]]
4227                then
4228                      # WORKAROUND AUF SCIROCCO AM TIT
4229                   print  "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "  |  ssh $return_addres -l $return_username
4230                elif [[ $(echo $return_addres | grep -c "130.75.105") = 1 ]]
4231                then
4232                   ssh $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export LD_LIBRARY_PATH=\$LD_LIBRARY_PATH:/muksoft/packages/intel/Compiler/11.0/083/lib/intel64/;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4233                else
4234                   ssh $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
4235                fi
4236             else
4237                printf "\n  +++ no restart mechanism available for host \"$localhost\" "
4238                locat=restart; exit
4239             fi
4240
4241                # WARTEN, DAMIT SICH RESTART JOB IN QUEUE EINREIHEN KANN, BEVOR
4242                # DER AKTUELLE JOB ENDET
4243             if [[ $queue = special1q ]]
4244             then
4245                sleep 120
4246             else
4247                sleep 30
4248             fi
4249
4250          else
4251
4252                # BEI RECHNUNGEN AUF LOKALER MASCHINE KANN MRUN DIREKT AUFGE-
4253                # RUFEN WERDEN, AUSSER AUF lcfimm
4254             cd $LOCAL_PWD
4255             if [[ $localhost = lcfimm ]]
4256             then
4257                ssh $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc " 
4258             else
4259                eval  $mc                # ' MUESSEN AUSGEWERTET WERDEN
4260             fi
4261             cd -  > /dev/null
4262          fi
4263          printf "\n$striche\n  *** restart-run initiated \n"
4264
4265
4266             # EVENTUELL INPUT-DATEIEN, DIE VON TEMPORAEREM DATENVERZEICHNIS
4267             # GEHOLT WORDEN SIND, LOESCHEN
4268          (( i = 0 ))
4269          while (( i < iin ))
4270          do
4271             (( i = i + 1 ))
4272             if [[ "${got_tmp[$i]}" = true   &&  $keep_data_from_previous_run = false ]]
4273             then
4274                rm -r  $tmp_data_catalog/${frelin[$i]}
4275             fi
4276          done
4277
4278       else
4279
4280          printf "\n  +++ no restart-run possible, since errors occured"
4281          printf "\n      during the archive process"
4282       fi
4283
4284    fi
4285
4286
4287   
4288       # EVTL. EMAIL-BENACHRICHTIGUNG UEBER ABGESCHLOSSENEN LAUF
4289    if [[ "$email_notification" != "none" ]]
4290    then
4291
4292       if [[ $localhost != $fromhost ]]
4293       then
4294          if [[ -f CONTINUE_RUN ]]
4295          then
4296             echo "PALM restart run necessary"        >   email_text
4297             echo "description header of actual run:" >>  email_text
4298             cat  CONTINUE_RUN                        >>  email_text
4299             echo "mrun-command to restart:"          >>  email_text
4300             echo "$mc"                               >>  email_text
4301          else
4302             echo "PALM run with base filename \"$fname\" on host \"$localhost\" finished"  >  email_text
4303          fi
4304          mail  $email_notification  <  email_text
4305          printf "\n  *** email notification sent to \"$email_notification\" "
4306       fi
4307    fi
4308
4309
4310
4311       # ALLE ARBEITEN BEENDET. TEMPORAERER KATALOG KANN GELOESCHT WERDEN
4312    cd  $HOME
4313    [[ $delete_temporary_catalog = true ]]  &&  rm -rf $TEMPDIR
4314
4315 else
4316
4317
4318       # FALLS AUF REMOTE-MASCHINE GERECHNET WERDEN SOLL, WERDEN JETZT ENTSPRE-
4319       # CHENDE AKTIONEN DURCHGEFUEHRT
4320
4321       # MRUN-BEFEHL FUER REMOTE-MASCHINE ZUSAMMENSTELLEN
4322    mrun_com="$mrun_script_name -a $afname -c $config_file -d $fname -h $host -H $fromhost -m $memory -t $cpumax -q $queue -R $return_addres -U $return_username -u $remote_username"
4323    [[ "$cpp_opts" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -D \"$cpp_opts\""
4324    [[ "$global_revision" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -G \"$global_revision\""
4325    [[ $group_number != none ]]   &&  mrun_com=${mrun_com}" -g $group_number"
4326    [[ $do_compile = true ]]      &&  mrun_com=${mrun_com}" -s \"$source_list\""
4327    [[ "$input_list" != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -i \"$input_list\""
4328    [[ $ignore_archive_error = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -I"
4329    [[ $keep_data_from_previous_run = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -k"
4330    [[ "$additional_conditions" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -K \"$additional_conditions\""
4331#    [[ "$makefile" != "$source_path/Makefile" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -M \"$makefile\""
4332    [[ "$output_list" != "" ]]    &&  mrun_com=${mrun_com}" -o \"$output_list\""
4333    [[ "$read_from_config" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -S"
4334    [[ $do_trace = true ]]        &&  mrun_com=${mrun_com}" -x"
4335    [[ "$numprocs" != "" ]]       &&  mrun_com=${mrun_com}" -X $numprocs"
4336    if [[ $use_openmp = true ]]
4337    then
4338       mrun_com=${mrun_com}" -O"
4339       [[ "$tasks_per_node" != "" ]] &&  mrun_com=${mrun_com}" -T $threads_per_task"
4340    else
4341       [[ "$tasks_per_node" != "" ]] &&  mrun_com=${mrun_com}" -T $tasks_per_node"
4342    fi
4343    [[ $store_on_archive_system = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -A"
4344    [[ $package_list != "" ]]     &&  mrun_com=${mrun_com}" -p \"$package_list\""
4345    [[ $return_password != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -P $return_password"
4346    [[ $delete_temporary_catalog = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -B"
4347    [[ $node_usage != default  &&  "$(echo $node_usage | cut -c1-3)" != "sla"  &&  $node_usage != novice ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -n $node_usage"
4348    [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -y"
4349    [[ $run_coupled_model = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Y \"$coupled_dist\""
4350    if [[ $do_remote = true ]]
4351    then
4352       printf "\n>>>> MRUN-command on execution host:\n>>>> $mrun_com \n"
4353    fi
4354
4355
4356       # ZUSAMMENSTELLUNG DES JOBSCRIPTS AUF DATEI jobfile
4357    jobfile=jobfile.$RANDOM
4358
4359
4360       # TEMPORAERES VERZEICHNIS GENERIEREN UND NACH DORT WECHSELN
4361    echo  "mkdir  $TEMPDIR"      >>  $jobfile
4362    echo  "cd  $TEMPDIR"         >>  $jobfile
4363
4364
4365       # EVENTUELL FEHLERVERFOLGUNG AKTIVIEREN
4366    if [[ $do_trace = true ]]
4367    then
4368       echo  "set -x"                                    >>  $jobfile
4369    else
4370       echo  "set +vx"                                   >>  $jobfile
4371    fi
4372
4373
4374       # BEREITSTELLUNG VON QUELLTEXTEN, MRUN-SCRIPTS UND KONFIGURATIONS-
4375       # DATEI FUER DEN JOB
4376    if [[ $( echo $host | cut -c1-5 ) = lcsgi ]]
4377    then
4378
4379          # KONFIGURATIONSDATEI UND MRUN_SCRIPT IN DAS SOURCE-VERZEICHNIS
4380          # KOPIEREN
4381       if [[ $restart_run != true ]]
4382       then
4383          cp  $config_file  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4384          cp  ${PALM_BIN}/$mrun_script_name  $working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname
4385       fi
4386
4387          # SOURCE-VERZEICHNIS VOM LOKALEN RECHNER PER SCP TRANSFERIEREN
4388       echo  "set -x"  >>  $jobfile
4389       echo  "scp  -r  $return_username@$return_addres:$working_directory/SOURCES_FOR_RUN_$fname ."  >>  $jobfile
4390       echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                      >>  $jobfile
4391
4392          # QUELLTEXTE, MRUN-SCRIPT UND KONFIGURATIONSDATEI IN DAS AKTUELLE
4393          # ARBEITSVERZEICHNIS VERSCHIEBEN
4394       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$config_file  . "       >>  $jobfile
4395       echo  "mv  SOURCES_FOR_RUN_$fname/$mrun_script_name  . "  >>  $jobfile
4396       echo  "execute_mrun=true"                                 >>  $jobfile
4397       echo  " "                                                 >>  $jobfile
4398
4399    else
4400
4401          # ABSPEICHERN DER QUELLTEXTE (NUR FALLS UEBERSETZT WERDEN SOLL)
4402          # SOWIE GEGEBENENFALLS DES MAKEFILES
4403       if [[ $do_compile = true ]]
4404       then
4405
4406          source_catalog=SOURCES_FOR_RUN_$fname
4407
4408              # UNTERVERZEICHNIS FUER QUELLTEXTE UND MAKEFILE ANLEGEN
4409              # MRUN WIRD DIESES VRZEICHNIS UEBER ENVIRONMENT VARIABLE
4410              # MITGETEILT (UEBERSTEUERT ANGABE IN KONFIGURATIONSDATEI)
4411          echo  "mkdir  SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4412          echo  "export SOURCES_COMPLETE=true"                 >>  $jobfile
4413          echo  "cd     SOURCES_FOR_RUN_$fname"                >>  $jobfile
4414
4415          for  filename  in  $source_list
4416          do
4417                # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4418             echo  "cat > $filename << \"%END%\""              >>  $jobfile
4419             cat   $source_catalog/$filename                   >>  $jobfile
4420             echo  " "                                         >>  $jobfile
4421             echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4422             echo  " "                                         >>  $jobfile
4423          done
4424
4425             # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4426          echo  "cat > Makefile << \"%END%\""               >>  $jobfile
4427          cat   $source_catalog/Makefile                    >>  $jobfile
4428          echo  " "                                         >>  $jobfile
4429          echo  "%END%"                                     >>  $jobfile
4430          echo  " "                                         >>  $jobfile
4431
4432          echo  "cd -  > /dev/null"                         >>  $jobfile
4433
4434       fi
4435
4436
4437          # ABSPEICHERN DER KONFIGURATIONSDATEI
4438          # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4439       echo  "cat > $config_file << \"%END%\""      >>  $jobfile
4440       cat   $config_file                           >>  $jobfile
4441       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
4442       echo  " "                                    >>  $jobfile
4443
4444
4445          # ABSPEICHERN DER AKTUELLEN MRUN-VERSION
4446          # ABDECKZEICHEN VERHINDERN, DASS ERSETZUNGEN ERFOLGEN
4447       echo  "cat > $mrun_script_name <<\"%END%\""  >>  $jobfile
4448       cat   ${PALM_BIN}/$mrun_script_name          >>  $jobfile
4449       echo  "%END%"                                >>  $jobfile
4450       if [[ $host = lctit ]]
4451       then
4452          echo "sed 's/bin\/ksh/home2\/usr5\/mkanda\/pub\/ksh/' < $mrun_script_name > mrun_new" >>  $jobfile
4453          echo "mv  mrun_new  $mrun_script_name"    >>  $jobfile
4454       fi
4455       echo  "chmod u+x $mrun_script_name"          >>  $jobfile
4456       echo  "execute_mrun=true"                    >>  $jobfile
4457       echo  " "                                    >>  $jobfile
4458
4459    fi
4460
4461
4462       # EVTL. BENOETIGTE INPUT-DATEIEN PER FTP HOLEN ODER DEM JOB DIREKT
4463       # MITGEBEN UND AUF DEM REMOTE-RECHNER IM BENUTZERVERZEICHNIS ABLEGEN
4464       # FALLS DIESES NICHT EXISTIERT, WIRD VERSUCHT, DAS JEWEILS LETZTE
4465       # UNTERVERZEICHNIS DES PFADNAMENS ANZULEGEN
4466    if [[ $do_remote = true ]]
4467    then
4468       (( i = 0 ))
4469       while (( i < iin ))
4470       do
4471          (( i = i + 1 ))
4472          echo  "[[ ! -d ${pathin[$i]} ]]  &&  mkdir -p  ${pathin[$i]}"  >>  $jobfile
4473          if [[ "${transin[$i]}" = job ]]
4474          then
4475             echo  "cat > ${remotepathin[$i]} <<\"%END%\""    >>  $jobfile
4476             eval cat   ${pathin[$i]}/${frelin[$i]}           >>  $jobfile
4477             echo  " "                                        >>  $jobfile
4478             echo  "%END%"                                    >>  $jobfile
4479          else
4480             echo  "batch_scp -b -o -g -s -u $return_username $return_addres ${remotepathin[$i]} \"${pathin[$i]}\" ${frelin[$i]}" >>  $jobfile
4481          fi
4482
4483             # UEBERPRUEFEN, OB DATEI ANGELEGT WERDEN KONNTE
4484          echo  "if [[ \$? = 1 ]]"                    >>  $jobfile
4485          echo  "then"                                >>  $jobfile
4486          echo  "   echo \" \" "                      >>  $jobfile
4487          echo  "   echo \"+++ file ${remotepathin[$i]} could not be created\" "   >>  $jobfile
4488          echo  "   echo \"    please check, if directory exists on $host!\" "  >>  $jobfile
4489          echo  "   echo \"+++ MRUN will not be continued\" "  >>  $jobfile
4490          echo  "   execute_mrun=false"               >>  $jobfile
4491          echo  "fi"                                  >>  $jobfile
4492       done
4493    fi
4494
4495       # ARBEITSKATALOG AUF DER LOKALEN MASCHINE FUER EVENTUELLE
4496       # FORTSETZUNGSLAUEFE PER ENV-VARIABLE UEBERGEBEN
4497    echo  "LOCAL_PWD=$working_directory"                >>  $jobfile
4498    echo  "export LOCAL_PWD"                            >>  $jobfile
4499
4500       # EBENSO LOKALEN MRUN-KATALOG UEBERGEBEN
4501    echo  "LOCAL_MRUN_PATH=$PALM_BIN"                   >>  $jobfile
4502    echo  "export LOCAL_MRUN_PATH"                      >>  $jobfile
4503
4504       # WORKAROUND FUER RIAM-NEC-JOBS WEGEN PROFILE-SCHWIERIGKEITEN
4505    if [[ $localhost_realname = "gate"  ||  $localhost = lctit ]]
4506    then
4507       echo  "export PALM_BIN=$PALM_BIN"                >>  $jobfile
4508    fi
4509
4510       # MRUN AUF ZIELRECHNER AUFRUFEN
4511    echo  "set -x"                                      >>  $jobfile
4512    echo  "[[ \$execute_mrun = true ]]  &&  ./$mrun_com"  >>  $jobfile
4513
4514    echo  'ls -al; echo `pwd`'                          >>  $jobfile
4515    echo  "cd \$HOME"                                   >>  $jobfile
4516    echo  "rm -rf  $TEMPDIR"                            >>  $jobfile
4517
4518
4519
4520
4521       # JOB PER SUBJOB STARTEN
4522    if [[ $silent = false ]]
4523    then
4524       printf "\n     "
4525    else
4526       printf "\n\n"
4527    fi
4528
4529    subjob  $job_on_file  -h $host  -u $remote_username -g $group_number -q $queue  -m $memory  -N $node_usage -t $cpumax  $XOPT  $TOPT  $OOPT  -n $fname  -v  -c $job_catalog  -e $email_notification  $jobfile
4530    rm -rf  $jobfile
4531
4532
4533 fi  # ENDE REMOTE-TEIL
4534
4535
4536
4537     # ENDE DER PROZEDUR
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.