source: palm/trunk/DOC/tec/technical_documentation.html @ 1320

Last change on this file since 1320 was 560, checked in by weinreis, 11 years ago

correction of calculating ngp_3d for 64 bit

  • Property svn:keywords set to Id
File size: 64.5 KB
Line 
1<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
2<HTML>
3<HEAD>
4        <META HTTP-EQUIV="CONTENT-TYPE" CONTENT="text/html; charset=utf-8">
5        <TITLE>PALM technical/numerical documentation</TITLE>
6        <META NAME="GENERATOR" CONTENT="OpenOffice.org 3.0  (Unix)">
7        <META NAME="AUTHOR" CONTENT="Siegfried Raasch">
8        <META NAME="CREATED" CONTENT="0;0">
9        <META NAME="CHANGED" CONTENT="20100909;12050600">
10        <META NAME="KEYWORDS" CONTENT="parallel LES model">
11</HEAD>
12<BODY LANG="en-US" DIR="LTR">
13<P STYLE="margin-bottom: 0in"><FONT SIZE=7>PALM&nbsp;&nbsp; </FONT>a
14<B>pa</B>rallelized <B>L</B>ES <B>m</B>odel
15</P>
16<HR>
17<P STYLE="margin-bottom: 0in"><BR><FONT SIZE=5>technical/numerical
18documentation</FONT> <BR>&nbsp; <BR>&nbsp; 
19</P>
20<P ALIGN=CENTER STYLE="margin-bottom: 0in">&nbsp; 
21</P>
22<TABLE CELLPADDING=0 CELLSPACING=0>
23        <TR>
24                <TD>
25                        <P><B>Current fixed release:</B></P>
26                </TD>
27                <TD>
28                        <P><B>3.7a</B></P>
29                </TD>
30        </TR>
31        <TR>
32                <TD>
33                        <P><B>Last change of this document</B>:&nbsp;</P>
34                </TD>
35                <TD>
36                        <P><B>$Id: technical_documentation.html 544 2010-08-17 10:44:58Z
37                        maronga $</B></P>
38                </TD>
39        </TR>
40</TABLE>
41<HR>
42<P><FONT SIZE=5>Table of contents</FONT> <BR>&nbsp; <BR>&nbsp; 
43</P>
44<UL>
45        <P><A HREF="#Kapitel1.0">1.0</A>&nbsp; History of changes
46        </P>
47        <P><A HREF="#Kapitel2.0">2.0</A>&nbsp; How to change the source code
48        and how to document modifications</P>
49        <P><A HREF="#Kapitel3.0">3.0</A>&nbsp; Description of selected model
50        numerics<BR>&nbsp;</P>
51</UL>
52<P><BR><BR>
53</P>
54<H2><A NAME="Kapitel1.0"></A>1.0&nbsp; History of changes</H2>
55<P STYLE="margin-bottom: 0in">The following table documents all
56changes to the PALM repository since 2009. Older changes can be found
57<A HREF="tec_doc_1998-2008.html">here</A>.<BR><BR>Entries in the
58fifth column specify the type of the change: change&nbsp; of existing
59code (C), new code (N) or bugfix (B). More detailed information about
60the changes may sometimes be found in the header comment lines of the
61respective routines. <BR>&nbsp; 
62</P>
63<TABLE WIDTH=1223 BORDER=1 CELLPADDING=2 CELLSPACING=3>
64        <COL WIDTH=37>
65        <COL WIDTH=56>
66        <COL WIDTH=68>
67        <COL WIDTH=62>
68        <COL WIDTH=36>
69        <COL WIDTH=517>
70        <COL WIDTH=393>
71        <TR>
72                <TD WIDTH=37>
73                        <P><FONT SIZE=4><B>date</B></FONT></P>
74                </TD>
75                <TD WIDTH=56>
76                        <P><FONT SIZE=4><B>author</B></FONT></P>
77                </TD>
78                <TD WIDTH=68>
79                        <P><FONT SIZE=4><B>svn revision</B></FONT></P>
80                </TD>
81                <TD WIDTH=62>
82                        <P><FONT SIZE=4><B>last release</B></FONT></P>
83                </TD>
84                <TD WIDTH=36>
85                        <P><FONT SIZE=4><B>type</B></FONT></P>
86                </TD>
87                <TD WIDTH=517>
88                        <P><FONT SIZE=4><B>description</B></FONT></P>
89                </TD>
90                <TD WIDTH=393>
91                        <P><FONT SIZE=4><B>affected routines</B></FONT></P>
92                </TD>
93        </TR>
94        <TR>
95                <TD WIDTH=37 SDVAL="40430" SDNUM="1033;0;MM/DD/YY">
96                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>09/09/10</FONT></P>
97                </TD>
98                <TD WIDTH=56>
99                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>CH</FONT></P>
100                </TD>
101                <TD WIDTH=68 SDVAL="560" SDNUM="1033;">
102                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>560</FONT></P>
103                </TD>
104                <TD WIDTH=62>
105                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>3.7a</FONT></P>
106                </TD>
107                <TD WIDTH=36>
108                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>B</FONT></P>
109                </TD>
110                <TD WIDTH=517>
111                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>Bugfix of calculating
112                        <FONT FACE="Courier New, monospace">ngp_3d</FONT> for 64 bit. So
113                        far <FONT FACE="Courier New, monospace">ngp_3d</FONT><FONT FACE="Times New Roman, serif">
114                        has not been 64 bit.</FONT></FONT></P>
115                </TD>
116                <TD WIDTH=393>
117                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>init_3d_model</FONT></P>
118                </TD>
119        </TR>
120        <TR>
121                <TD WIDTH=37 SDVAL="40368" SDNUM="1033;0;MM/DD/YY">
122                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>07/09/10</FONT></P>
123                </TD>
124                <TD WIDTH=56>
125                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>CH</FONT></P>
126                </TD>
127                <TD WIDTH=68 SDVAL="557" SDNUM="1033;">
128                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>557</FONT></P>
129                </TD>
130                <TD WIDTH=62>
131                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>3.7a</FONT></P>
132                </TD>
133                <TD WIDTH=36>
134                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>B</FONT></P>
135                </TD>
136                <TD WIDTH=517>
137                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>Bugfix of message
138                        string in if statement (dz_stretch_level) of subroutine
139                        set_mask_locations.</FONT></P>
140                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>The changes concern
141                        the masked data output, which is still not documented.</FONT></P>
142                </TD>
143                <TD WIDTH=393>
144                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>init_masks</FONT></P>
145                </TD>
146        </TR>
147        <TR>
148                <TD WIDTH=37>
149                        <P>07/09/10</P>
150                </TD>
151                <TD WIDTH=56>
152                        <P>SR</P>
153                </TD>
154                <TD WIDTH=68>
155                        <P>556</P>
156                </TD>
157                <TD WIDTH=62>
158                        <P>3.7a</P>
159                </TD>
160                <TD WIDTH=36>
161                        <P>C</P>
162                </TD>
163                <TD WIDTH=517>
164                        <P>Documentation for <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">surface_heatflux
165                        </FONT>in case of <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">prandtl_layer
166                        </FONT>= <I>.F.</I> improved.<BR><BR>bugfix for wrong netcdf/3.6.3
167                        module on lcsgi (mbuild, mrun)</P>
168                </TD>
169                <TD WIDTH=393>
170                        <P>mbuild, mrun</P>
171                </TD>
172        </TR>
173        <TR>
174                <TD WIDTH=37>
175                        <P><BR>
176                        </P>
177                </TD>
178                <TD WIDTH=56>
179                        <P><BR>
180                        </P>
181                </TD>
182                <TD WIDTH=68>
183                        <P><BR>
184                        </P>
185                </TD>
186                <TD WIDTH=62>
187                        <P><BR>
188                        </P>
189                </TD>
190                <TD WIDTH=36>
191                        <P>B</P>
192                </TD>
193                <TD WIDTH=517>
194                        <P>Bugfix in if statement (disturb_heatflux)<BR><BR>Bugfix: in
195                        2201 statement: closing &quot; was missing
196                        (interpret_config)<BR><BR>Bugfix: default setting of nzb_local for
197                        flat topography (init_grid)<BR><BR>Bugfix: wrong dimension used
198                        for ts_value_l (user_statistics)</P>
199                </TD>
200                <TD WIDTH=393>
201                        <P>disturb_heatflux, init_grid, user_statistics<BR><BR>interpret_config</P>
202                </TD>
203        </TR>
204        <TR>
205                <TD WIDTH=37 SDVAL="40187" SDNUM="1033;0;MM/DD/YY">
206                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>01/09/10</FONT></P>
207                </TD>
208                <TD WIDTH=56>
209                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>CH</FONT></P>
210                </TD>
211                <TD WIDTH=68 SDVAL="553" SDNUM="1033;">
212                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>553</FONT></P>
213                </TD>
214                <TD WIDTH=62>
215                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>3.7a</FONT></P>
216                </TD>
217                <TD WIDTH=36>
218                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>C</FONT></P>
219                </TD>
220                <TD WIDTH=517>
221                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>d3dpar-parameters for
222                        masked output <FONT FACE="Courier New, monospace">data_output_mask_*,
223                        data_output_mask_user_*, mask_*_x, mask_*_y, mask_*_z,
224                        mask_*_x_loop, mask_*_y_loop </FONT><FONT FACE="Times New Roman, serif">and
225                        </FONT><FONT FACE="Courier New, monospace">mask_*_z_loop </FONT>have
226                        been replaced by corresponding arrays <FONT FACE="Courier New, monospace">data_output_masks,
227                        data_output_masks_user, mask_x, mask_y, mask_z, mask_x_loop,
228                        mask_y_loop </FONT><FONT FACE="Times New Roman, serif">and</FONT>
229                        <FONT FACE="Courier New, monospace">mask_z_loop</FONT></FONT></P>
230                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>inipar-parameter <FONT FACE="Courier New, monospace">masks</FONT>
231                        has been removed. </FONT>
232                        </P>
233                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>The changes concern
234                        the masked data output, which is still not documented.</FONT></P>
235                </TD>
236                <TD WIDTH=393>
237                        <P STYLE="font-weight: normal"><FONT SIZE=3>check_parameters,
238                        init_masks, modules, parin, user_parin</FONT></P>
239                </TD>
240        </TR>
241        <TR>
242                <TD WIDTH=37>
243                        <P>17/08/10</P>
244                </TD>
245                <TD WIDTH=56>
246                        <P>BM</P>
247                </TD>
248                <TD WIDTH=68>
249                        <P>544</P>
250                </TD>
251                <TD WIDTH=62>
252                        <P>3.7a</P>
253                </TD>
254                <TD WIDTH=36>
255                        <P>B/C/N</P>
256                </TD>
257                <TD WIDTH=517>
258                        <P>adjustments for lcxt4; bugfix (mbuild): loading of user-defined
259                        modules; new .mrun.config.lcxt4 for Cray XT4 in Bergen/Norway</P>
260                </TD>
261                <TD WIDTH=393>
262                        <P>mrun, mbuild, subjob</P>
263                </TD>
264        </TR>
265        <TR>
266                <TD WIDTH=37>
267                        <P>15/06/10</P>
268                </TD>
269                <TD WIDTH=56>
270                        <P>RH</P>
271                </TD>
272                <TD WIDTH=68>
273                        <P>540</P>
274                </TD>
275                <TD WIDTH=62>
276                        <P>3.7a</P>
277                </TD>
278                <TD WIDTH=36>
279                        <P>C</P>
280                </TD>
281                <TD WIDTH=517>
282                        <P>ssh from compute nodes to login nodes on hosts lcsgih/lcsgib is
283                        done using the names hicegate0/bicegate0 instead of the IP
284                        addresses</P>
285                </TD>
286                <TD WIDTH=393>
287                        <P>mrun</P>
288                </TD>
289        </TR>
290        <TR>
291                <TD WIDTH=37>
292                        <P>21/04/10</P>
293                </TD>
294                <TD WIDTH=56>
295                        <P>RH</P>
296                </TD>
297                <TD WIDTH=68>
298                        <P>532</P>
299                </TD>
300                <TD WIDTH=62>
301                        <P>3.7a</P>
302                </TD>
303                <TD WIDTH=36>
304                        <P>C</P>
305                </TD>
306                <TD WIDTH=517>
307                        <P>Large scale vertical motion (subsidence/ascent) can be added as
308                        additional source to the prognostic equation for humidity/passive
309                        scalar<BR>&nbsp;<BR>character length for dopr_unit
310                        enlarged<BR><BR>Adjustment of the NCL scripts to allow for output
311                        of png files
312                        </P>
313                </TD>
314                <TD WIDTH=393>
315                        <P>modules, prognostic_equations<BR><BR>.ncl.config.default,
316                        cross_sections.ncl, profiles.ncl, timeseries.ncl, spectra.ncl</P>
317                </TD>
318        </TR>
319        <TR>
320                <TD WIDTH=37>
321                        <P><BR>
322                        </P>
323                </TD>
324                <TD WIDTH=56>
325                        <P><BR>
326                        </P>
327                </TD>
328                <TD WIDTH=68>
329                        <P><BR>
330                        </P>
331                </TD>
332                <TD WIDTH=62>
333                        <P><BR>
334                        </P>
335                </TD>
336                <TD WIDTH=36>
337                        <P>B</P>
338                </TD>
339                <TD WIDTH=517>
340                        <P>Bugfix: unit of hyp changed to dbar</P>
341                </TD>
342                <TD WIDTH=393>
343                        <P>check_parameters</P>
344                </TD>
345        </TR>
346        <TR>
347                <TD WIDTH=37>
348                        <P>01/04/10</P>
349                </TD>
350                <TD WIDTH=56>
351                        <P>RH</P>
352                </TD>
353                <TD WIDTH=68>
354                        <P>530</P>
355                </TD>
356                <TD WIDTH=62>
357                        <P>3.7a</P>
358                </TD>
359                <TD WIDTH=36>
360                        <P>B</P>
361                </TD>
362                <TD WIDTH=517>
363                        <P>Bugfix: treatment of special character * in NCL variables
364                        containing lists corrected</P>
365                </TD>
366                <TD WIDTH=393>
367                        <P>palmplot</P>
368                </TD>
369        </TR>
370        <TR>
371                <TD WIDTH=37>
372                        <P>31/03/10</P>
373                </TD>
374                <TD WIDTH=56>
375                        <P>RH</P>
376                </TD>
377                <TD WIDTH=68>
378                        <P>529</P>
379                </TD>
380                <TD WIDTH=62>
381                        <P>3.7a</P>
382                </TD>
383                <TD WIDTH=36>
384                        <P>C</P>
385                </TD>
386                <TD WIDTH=517>
387                        <P>List of variable names have to specified using blank separated
388                        lists and single quotes</P>
389                </TD>
390                <TD WIDTH=393>
391                        <P>palmplot</P>
392                </TD>
393        </TR>
394        <TR>
395                <TD WIDTH=37>
396                        <P>30/03/10</P>
397                </TD>
398                <TD WIDTH=56>
399                        <P>RH</P>
400                </TD>
401                <TD WIDTH=68>
402                        <P>526</P>
403                </TD>
404                <TD WIDTH=62>
405                        <P>3.7a</P>
406                </TD>
407                <TD WIDTH=36>
408                        <P>C</P>
409                </TD>
410                <TD WIDTH=517>
411                        <P>Adjustment of the NCL scripts and <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">palmplot
412                        </FONT>to allow for special characters in NetCDF variable names
413                        </P>
414                </TD>
415                <TD WIDTH=393>
416                        <P>palmplot, .ncl.config.default, cross_sections.ncl,
417                        profiles.ncl, timeseries.ncl, spectra.ncl</P>
418                </TD>
419        </TR>
420        <TR>
421                <TD WIDTH=37>
422                        <P>30/03/10</P>
423                </TD>
424                <TD WIDTH=56>
425                        <P>SR</P>
426                </TD>
427                <TD WIDTH=68>
428                        <P>525</P>
429                </TD>
430                <TD WIDTH=62>
431                        <P>3.7a</P>
432                </TD>
433                <TD WIDTH=36>
434                        <P>B</P>
435                </TD>
436                <TD WIDTH=517>
437                        <P>Bugfix: &quot;/&quot; in netcdf profile variable names replaced
438                        by &quot;:&quot;</P>
439                </TD>
440                <TD WIDTH=393>
441                        <P>check_parameters</P>
442                </TD>
443        </TR>
444        <TR>
445                <TD WIDTH=37>
446                        <P>19/03/10</P>
447                </TD>
448                <TD WIDTH=56>
449                        <P>SR</P>
450                </TD>
451                <TD WIDTH=68>
452                        <P>520</P>
453                </TD>
454                <TD WIDTH=62>
455                        <P>3.7a</P>
456                </TD>
457                <TD WIDTH=36>
458                        <P>N</P>
459                </TD>
460                <TD WIDTH=517>
461                        <P>NetCDF4 support for particle data. Total number of particles is
462                        allowed to increase during the run, when netcdf_data_format &gt; <I>2</I>
463                        is used.</P>
464                </TD>
465                <TD WIDTH=393>
466                        <P>advec_particles, check_open, netcdf</P>
467                </TD>
468        </TR>
469        <TR>
470                <TD WIDTH=37>
471                        <P><BR>
472                        </P>
473                </TD>
474                <TD WIDTH=56>
475                        <P><BR>
476                        </P>
477                </TD>
478                <TD WIDTH=68>
479                        <P><BR>
480                        </P>
481                </TD>
482                <TD WIDTH=62>
483                        <P><BR>
484                        </P>
485                </TD>
486                <TD WIDTH=36>
487                        <P>C</P>
488                </TD>
489                <TD WIDTH=517>
490                        <P>Special characters like * and &quot; are now allowed for NetCDF
491                        variable names. Replacement of these characters has been removed
492                        (routine clean_netcdf_varname removed)</P>
493                </TD>
494                <TD WIDTH=393>
495                        <P><BR>
496                        </P>
497                </TD>
498        </TR>
499        <TR>
500                <TD WIDTH=37>
501                        <P>18/03/10</P>
502                </TD>
503                <TD WIDTH=56>
504                        <P>SR</P>
505                </TD>
506                <TD WIDTH=68>
507                        <P>516</P>
508                </TD>
509                <TD WIDTH=62>
510                        <P>3.7a</P>
511                </TD>
512                <TD WIDTH=36>
513                        <P>N</P>
514                </TD>
515                <TD WIDTH=517>
516                        <P>Simple installation method has been documented (see chapter
517                        5.0). Respective scripts and configuration files have been
518                        updated.</P>
519                </TD>
520                <TD WIDTH=393>
521                        <P>palm_simple_install, palm_simple_run</P>
522                </TD>
523        </TR>
524        <TR>
525                <TD WIDTH=37>
526                        <P><BR>
527                        </P>
528                </TD>
529                <TD WIDTH=56>
530                        <P><BR>
531                        </P>
532                </TD>
533                <TD WIDTH=68>
534                        <P><BR>
535                        </P>
536                </TD>
537                <TD WIDTH=62>
538                        <P><BR>
539                        </P>
540                </TD>
541                <TD WIDTH=36>
542                        <P>B</P>
543                </TD>
544                <TD WIDTH=517>
545                        <P>opt=1 is forced for PGI-compiler in routine <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">buoyancy
546                        </FONT>by compiler-directive. Otherwise, program aborts with
547                        SIGFPE.</P>
548                </TD>
549                <TD WIDTH=393>
550                        <P>buoyancy</P>
551                </TD>
552        </TR>
553        <TR>
554                <TD WIDTH=37>
555                        <P>16/03/10</P>
556                </TD>
557                <TD WIDTH=56>
558                        <P>RH</P>
559                </TD>
560                <TD WIDTH=68>
561                        <P>513</P>
562                </TD>
563                <TD WIDTH=62>
564                        <P>3.7a</P>
565                </TD>
566                <TD WIDTH=36>
567                        <P>N</P>
568                </TD>
569                <TD WIDTH=517>
570                        <P>NCL scripts can be run with the shell script <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">palmplot.</FONT></P>
571                </TD>
572                <TD WIDTH=393>
573                        <P>palmplot, .ncl.config.default, cross_sections.ncl, profiles.ncl</P>
574                </TD>
575        </TR>
576        <TR>
577                <TD WIDTH=37>
578                        <P>12/03/10</P>
579                </TD>
580                <TD WIDTH=56>
581                        <P>SR</P>
582                </TD>
583                <TD WIDTH=68>
584                        <P>509</P>
585                </TD>
586                <TD WIDTH=62>
587                        <P>3.7a</P>
588                </TD>
589                <TD WIDTH=36>
590                        <P>B</P>
591                </TD>
592                <TD WIDTH=517>
593                        <P>bugfix for rev 504: remode_md was given a wrong value</P>
594                </TD>
595                <TD WIDTH=393>
596                        <P>mbuild</P>
597                </TD>
598        </TR>
599        <TR>
600                <TD WIDTH=37>
601                        <P>08/03/10</P>
602                </TD>
603                <TD WIDTH=56>
604                        <P>SR</P>
605                </TD>
606                <TD WIDTH=68>
607                        <P>506</P>
608                </TD>
609                <TD WIDTH=62>
610                        <P>3.7a</P>
611                </TD>
612                <TD WIDTH=36>
613                        <P>C</P>
614                </TD>
615                <TD WIDTH=517>
616                        <P>hack for better usage of <B>mrun</B> on Kyoto computing center
617                        machine (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">lckyoto</FONT>)</P>
618                </TD>
619                <TD WIDTH=393>
620                        <P>mrun</P>
621                </TD>
622        </TR>
623        <TR>
624                <TD WIDTH=37>
625                        <P>03/03/10</P>
626                </TD>
627                <TD WIDTH=56>
628                        <P>SR</P>
629                </TD>
630                <TD WIDTH=68>
631                        <P>504</P>
632                </TD>
633                <TD WIDTH=62>
634                        <P>3.7a</P>
635                </TD>
636                <TD WIDTH=36>
637                        <P>C</P>
638                </TD>
639                <TD WIDTH=517>
640                        <P><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">combine_plot_fields</FONT>
641                        is now directly called within <B>mrun</B> and must not be given by
642                        an output command in the configuration file any more. Please
643                        remove the respective output command (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">OC:combine_plot_fields.x</FONT>)
644                        from your configuration file!<BR><BR>Utility programs
645                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">combine_plot_fields</FONT>,
646                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">interpret_config</FONT>)
647                        are created by <B>mbuild</B> separately for each block in the
648                        configuration file. Depending on option <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">-K</FONT>,
649                        <B>mrun</B> is using the utility programs for the respective
650                        block.<BR><BR>Utility programs are also compiled in parallel,
651                        depending on variable <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">%mopts</FONT>
652                        in the configuration file..<BR><BR>Default configuration files
653                        updated.</P>
654                </TD>
655                <TD WIDTH=393>
656                        <P>mbuild, mrun, UTIL/Makefile, SCRIPTS/.mrun.config.*</P>
657                </TD>
658        </TR>
659        <TR>
660                <TD WIDTH=37>
661                        <P>02/03/10</P>
662                </TD>
663                <TD WIDTH=56>
664                        <P>SR</P>
665                </TD>
666                <TD WIDTH=68>
667                        <P>496</P>
668                </TD>
669                <TD WIDTH=62>
670                        <P>3.7a</P>
671                </TD>
672                <TD WIDTH=36>
673                        <P>C</P>
674                </TD>
675                <TD WIDTH=517>
676                        <P>Particle data for restart runs are only written if environment
677                        variable <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_binary</FONT>
678                        = <I>.T.</I>, i.e. particle data are now handled in the same way
679                        as the other restart data.</P>
680                </TD>
681                <TD WIDTH=393>
682                        <P>palm</P>
683                </TD>
684        </TR>
685        <TR>
686                <TD WIDTH=37>
687                        <P>01/03/10</P>
688                </TD>
689                <TD WIDTH=56>
690                        <P>SR</P>
691                </TD>
692                <TD WIDTH=68>
693                        <P>494</P>
694                </TD>
695                <TD WIDTH=62>
696                        <P>3.7a</P>
697                </TD>
698                <TD WIDTH=36>
699                        <P>N</P>
700                </TD>
701                <TD WIDTH=517>
702                        <P>Output in NetCDF4-format.<BR><BR>NetCDF4 allows for parallel
703                        I/O. Also, variables are not limited in size any more (i.e. arrays
704                        can be larger than 2GB). The new d3par-parameter
705                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf_data_format</FONT>.can
706                        be used to select among the different NetCDF file formats (<I>1</I>:
707                        classic format, <I>2</I>: 64-bit-offset format (this is now the
708                        default), <I>3</I>: NetCDF4/HDF5 format, <I>4</I>: NetCDF4 format
709                        with NF90_CLASSIC_MODEL bit set). Setting <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf_data_format</FONT>
710                        &gt; <I>2</I> only affects 2d- and 3d-output, i.e. there is no
711                        parallel output for profiles, time series, spectra, and particles.
712                        Parallel output of particle data may realized in the future.<BR><BR>In
713                        case of parallel output, all PEs write into one file, which means
714                        that postprocessing the data with <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">combine_plot_fields</FONT>
715                        (merging data from single files - one per PE - into one file) is
716                        not neccessary. In this case, flag files are automatically set,
717                        telling <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">combine_plot_fields</FONT>
718                        that nothing is to be done.<BR><BR>Using NetCDF4 format requires a
719                        NetCDF4/HDF library. Respective settings for -I, -L, and -l
720                        compiler/loader options for the SGI-ICE at HLRN can be found in
721                        the new example configuration file
722                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">..../trunk/SCRIPTS/.mrun.config.imuk_ice2_netcdf4</FONT><BR><BR><B>Attention:</B><BR>So
723                        far, NetCDF parallel I/O has only been tested a little. Further
724                        performance optimizations may be required, especially in case of
725                        large data sets (e.g. data chunking, or lustre file system
726                        settings with <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">lfs
727                        setstripe</FONT>). <B>Please report bugs and performance problems
728                        immediately!</B><BR><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">combine_plot_fields</FONT>
729                        outputs cpu-time needed for file merging.<BR><BR>Modules to be
730                        loaded for compilation (mbuild) or job execution (mrun) can/should
731                        now be given in the configuration file (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">.mrun.config</FONT>)
732                        using variable <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>.
733                        Example:<BR><BR>&nbsp;&nbsp; <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">%modules&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
734                        ifort/11.0.069:netcdf&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; lcsgih
735                        parallel</FONT><BR><BR>This method replaces the (undocumented)
736                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mpilib</FONT>-variable.<BR><BR><B>WARNING:</B><BR><B>All
737                        fixed settings of modules in the scripts mbuild, mrun, and subjob
738                        have been removed! Please set the </B><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace"><B>modules</B></FONT>
739                        <B>variable appropriately and remove the mpilib variable in your
740                        configuration file.<BR><BR></B>Compilation time can be reduced be
741                        using parallel make. The number of allowed simultaneous compiler
742                        calls (threads) is set in the configuration file using variable
743                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mopt</FONT>, e.g.<BR><BR>&nbsp;&nbsp;
744                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">%mopts&nbsp; -j:4 &nbsp;
745                        lcsgih parallel</FONT><BR><BR>allows a maximum of 4 routines to be
746                        compiled simultaneously (provided that the makefile does not show
747                        any dependencies between these routines).</P>
748                </TD>
749                <TD WIDTH=393>
750                        <P>check_open, check_parameters, close_file, data_output_2d,
751                        data_output_3d, header, modules, netcdf,
752                        parin<BR><BR>combine_plot_fields<BR><BR>mbuild, mrun, subjob</P>
753                </TD>
754        </TR>
755        <TR>
756                <TD WIDTH=37>
757                        <P><BR>
758                        </P>
759                </TD>
760                <TD WIDTH=56>
761                        <P><BR>
762                        </P>
763                </TD>
764                <TD WIDTH=68>
765                        <P><BR>
766                        </P>
767                </TD>
768                <TD WIDTH=62>
769                        <P><BR>
770                        </P>
771                </TD>
772                <TD WIDTH=36>
773                        <P>C</P>
774                </TD>
775                <TD WIDTH=517>
776                        <P>d3par-parameters <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf_64bit</FONT>
777                        and <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf_64bit_3d</FONT>
778                        have been removed. Use the new d3par-variable <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf_data_format</FONT>
779                        = <I>2</I> for choosing the NetCDF 64bit-offset format (this is
780                        the default from now on). The offset-format can not be set
781                        independently for the 3d-output-data any more.<BR><BR>d3par-parameters
782                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf_format_mask</FONT>,
783                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf_format_mask_av</FONT>,
784                        and variables <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">nc_format_mask</FONT>,
785                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">format_parallel_io</FONT>
786                        removed. They are replaced by the new parameter
787                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf_data_format</FONT>.
788                        This change concerns the masked data output, which is still not
789                        documented.</P>
790                </TD>
791                <TD WIDTH=393>
792                        <P>check_open, close_file,<BR>data_output_mask, header,
793                        init_masks, modules, parin</P>
794                </TD>
795        </TR>
796        <TR>
797                <TD WIDTH=37>
798                        <P><BR>
799                        </P>
800                </TD>
801                <TD WIDTH=56>
802                        <P><BR>
803                        </P>
804                </TD>
805                <TD WIDTH=68>
806                        <P><BR>
807                        </P>
808                </TD>
809                <TD WIDTH=62>
810                        <P><BR>
811                        </P>
812                </TD>
813                <TD WIDTH=36>
814                        <P>B</P>
815                </TD>
816                <TD WIDTH=517>
817                        <P>Bugfix in trunk/UTIL/Makefile: forgot to compile for
818                        interpret_config.<BR><BR>Bugfix: timeseries data have to be
819                        collected by PE0 (user_statistics).</P>
820                </TD>
821                <TD WIDTH=393>
822                        <P>user_statistics<BR><BR>trunk/UTIL/Makefile</P>
823                </TD>
824        </TR>
825        <TR>
826                <TD WIDTH=37>
827                        <P>05/02/10</P>
828                </TD>
829                <TD WIDTH=56>
830                        <P>SR</P>
831                </TD>
832                <TD WIDTH=68>
833                        <P>485</P>
834                </TD>
835                <TD WIDTH=62>
836                        <P>3.7a</P>
837                </TD>
838                <TD WIDTH=36>
839                        <P>B</P>
840                </TD>
841                <TD WIDTH=517>
842                        <P><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">ngp_3d</FONT>,
843                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">ngp_3d_inner</FONT>
844                        changed to 64 bit. Otherwise, on large grids &gt; 2*10**9 grid
845                        points some global statistics (e.g. total kinetic energy) have
846                        wrong values.</P>
847                </TD>
848                <TD WIDTH=393>
849                        <P>init_3d_model, modules</P>
850                </TD>
851        </TR>
852        <TR>
853                <TD WIDTH=37>
854                        <P>05/02/10</P>
855                </TD>
856                <TD WIDTH=56>
857                        <P>SR</P>
858                </TD>
859                <TD WIDTH=68>
860                        <P>484</P>
861                </TD>
862                <TD WIDTH=62>
863                        <P>3.7a</P>
864                </TD>
865                <TD WIDTH=36>
866                        <P>B</P>
867                </TD>
868                <TD WIDTH=517>
869                        <P>Typo in file headers removed (&quot;current&quot; instead of
870                        &quot;actual&quot;).</P>
871                </TD>
872                <TD WIDTH=393>
873                        <P>many</P>
874                </TD>
875        </TR>
876        <TR>
877                <TD WIDTH=37>
878                        <P>05/02/10</P>
879                </TD>
880                <TD WIDTH=56>
881                        <P>SR</P>
882                </TD>
883                <TD WIDTH=68>
884                        <P>483</P>
885                </TD>
886                <TD WIDTH=62>
887                        <P>3.7a</P>
888                </TD>
889                <TD WIDTH=36>
890                        <P>N</P>
891                </TD>
892                <TD WIDTH=517>
893                        <P><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">compare_palm_logs
894                        </FONT>is additionally compiled with <B>mbuild</B> <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">-u</FONT>
895                        . (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">Makefile</FONT> in
896                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">trunk/UTIL</FONT>)<BR><BR>make
897                        options (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mopts</FONT>)
898                        to be set by configuration file implemented. (<B>mrun</B>,
899                        <B>mbuild</B>)<BR><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">humidity</FONT>
900                        = <I>.T.</I> can be used for runs with topography.
901                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">wall_humidityflux</FONT>
902                        and<BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">wall_scalarflux</FONT>
903                        are the corresponding new inipar parameters.<BR>(<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>,
904                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</FONT>,
905                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">parin</FONT>)<BR><BR>Large
906                        scale vertical motion (subsidence/ascent) can be added as
907                        additional source to the prognostic equation for potential
908                        temperature. See new parameters <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">large_scale_subsidence</FONT>,
909                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">ws_vertical_gradient</FONT>,
910                        and <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">ws_vertical_gradient_level</FONT>.
911                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>,
912                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>,
913                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">Makefile</FONT>,
914                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>,
915                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">parin</FONT>,
916                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">prognostic_equations</FONT>,
917                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</FONT>,
918                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">subsidence</FONT>,
919                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</FONT>)<BR><BR>Scripts
920                        have been updated for Cray-XT5 machine (lcxt5m) and
921                        Hitachi-machine (lckyoto).<BR><BR>A simple method for installing
922                        and running palm (with limited features) has been added.
923                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">Makefile</FONT>, new
924                        scripts <B>palm_simple_install</B>, <B>palm_simple_run</B>)<BR><BR>Masked
925                        data output has been implemented but it is not documented in the
926                        user manual so far. This feature can already use NetCDF4 file
927                        format. (check_open, check_parameters, close_file, modules,
928                        netcdf, parin, time_integration, user_parin, new:
929                        data_output_mask, init_masks, user_data_output_mask)</P>
930                </TD>
931                <TD WIDTH=393>
932                        <P>check_open, check parameters, close_file, header,
933                        init_3d_model, Makefile, mbuild, modules, mrun, netcdf, parin,
934                        prognostic_equations, read_var_list, time_integration, user_parin,
935                        write_var_list<BR><BR><B>new:</B> data_output_mask,&nbsp;
936                        init_masks, palm_simple_install, palm_simple_run, subsidence,
937                        user_data_output_mask</P>
938                </TD>
939        </TR>
940        <TR>
941                <TD WIDTH=37>
942                        <P><BR>
943                        </P>
944                </TD>
945                <TD WIDTH=56>
946                        <P><BR>
947                        </P>
948                </TD>
949                <TD WIDTH=68>
950                        <P><BR>
951                        </P>
952                </TD>
953                <TD WIDTH=62>
954                        <P><BR>
955                        </P>
956                </TD>
957                <TD WIDTH=36>
958                        <P>C</P>
959                </TD>
960                <TD WIDTH=517>
961                        <P>2d-decomposition is default for Cray-XT machines.
962                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_pegrid</FONT>)<BR><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">var_ts</FONT>
963                        is replaced by <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">dots_max</FONT>.
964                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>,
965                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</FONT>)<BR><BR>Every
966                        cloud droplet has now an own weighting factor and can be deleted
967                        due to collisions. Condensation and collision of cloud droplets
968                        are adjusted accordingly. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</FONT>)<BR><BR>Collision
969                        efficiency for large cloud droplets has changed according to table
970                        of Rogers and Yau. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">collision_efficiency</FONT>)</P>
971                </TD>
972                <TD WIDTH=393>
973                        <P>advec_particles, collision_efficiency, init_3d_model,
974                        init_pegrid, modules</P>
975                </TD>
976        </TR>
977        <TR>
978                <TD WIDTH=37>
979                        <P><BR>
980                        </P>
981                </TD>
982                <TD WIDTH=56>
983                        <P><BR>
984                        </P>
985                </TD>
986                <TD WIDTH=68>
987                        <P><BR>
988                        </P>
989                </TD>
990                <TD WIDTH=62>
991                        <P><BR>
992                        </P>
993                </TD>
994                <TD WIDTH=36>
995                        <P>B</P>
996                </TD>
997                <TD WIDTH=517>
998                        <P>Bugfix for generating serial jobs. (<B>subjob</B>)<BR><BR>Bugfix:
999                        index problem concerning gradient_level indices removed.
1000                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>)<BR><BR>Dimension
1001                        of array <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">stat</FONT>
1002                        in cascade change to prevent type problems with mpi2 libraries.
1003                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">poisfft_hybrid</FONT>)<BR><BR>Loop
1004                        was split to make runs reproducible when using ifort compiler.
1005                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">disturb_field</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1006                        exchange of ghost points for <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">prho</FONT>
1007                        included. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">time_integration</FONT>)<BR><BR>Bugfix
1008                        in calculation of time-averaged surface heatfluxes.
1009                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">sum_up_3d_data</FONT>)<BR><BR>Bugfix
1010                        in calculation of precipitation_rate.
1011                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">calc_precipitation</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1012                        initial data assignments to some dvrp arrays changed due to error
1013                        messages from gfortran compiler. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>)<BR><BR>Bugfix
1014                        in calculation of cloud droplet velocity.
1015                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</FONT>)<BR><BR>Bugfix
1016                        in transfer of particles at south/left edge.
1017                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</FONT>)<BR><BR>Bugfix
1018                        in calculation of collision efficiency. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">collision_efficiency</FONT>)</P>
1019                </TD>
1020                <TD WIDTH=393>
1021                        <P>advec_particles, calc_precipitation, collision_efficiency,
1022                        disturb_field, header, modules, poisfft_hybrid, subjob,
1023                        sum_up_3d_data, time_integration</P>
1024                </TD>
1025        </TR>
1026        <TR>
1027                <TD WIDTH=37>
1028                        <P>23/09/09</P>
1029                </TD>
1030                <TD WIDTH=56>
1031                        <P>SR</P>
1032                </TD>
1033                <TD WIDTH=68>
1034                        <P>392</P>
1035                </TD>
1036                <TD WIDTH=62>
1037                        <P>3.7</P>
1038                </TD>
1039                <TD WIDTH=36>
1040                        <P>N</P>
1041                </TD>
1042                <TD WIDTH=517>
1043                        <P><B>Most important changes:</B> atmosphere-ocean coupling has
1044                        been improved and steering of dvr-software is more user-friendly
1045                        now. Beside that, the release contains a lot of optimizations,
1046                        changes, and bugfixes which have accumulated over the last
1047                        months.<BR><BR>The atmosphere-ocean coupling allows to use
1048                        independent precursor runs in order to account for different
1049                        spin-up times. The time when coupling has to be started is given
1050                        by new inipar parameter <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">coupling_start_time</FONT>.
1051                        The precursor ocean run has to be started using new <B>mrun</B>
1052                        option &quot;<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">-y</FONT>&quot;
1053                        in order to add the appendix &quot;<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">_O</FONT>&quot;
1054                        to all output files. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_for_restart</FONT>,
1055                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>,
1056                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</FONT>,
1057                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_3d</FONT>,
1058                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_profiles</FONT>,
1059                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_ptseries</FONT>,
1060                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_spectra</FONT>,
1061                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_tseries</FONT>,
1062                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>,
1063                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_coupling</FONT>,
1064                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>, <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mrun</FONT>,
1065                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">parin</FONT>,
1066                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</FONT>,
1067                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">surface_coupler</FONT>,
1068                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">time_integration</FONT>,
1069                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</FONT>)<BR><BR>Clipping
1070                        of dvrp output implemented. Default colourtable for particles
1071                        implemented, particle attributes (color, dvrp_size) can be set
1072                        with new parameters <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">particle_color</FONT>,
1073                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">particle_dvrpsize</FONT>,
1074                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">color_interval</FONT>,
1075                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">dvrpsize_interval</FONT>.
1076                        Slicer attributes (dvrp) are set with new routine
1077                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">set_slicer_attributes_dvrp</FONT>
1078                        and are controlled with existing parameters <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">slicer_range_limits</FONT>.
1079                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_dvrp</FONT>,
1080                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_dvrp</FONT>,
1081                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>,
1082                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">set_slicer_attributes_dvrp</FONT>,&nbsp;
1083                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_data_output_dvrp</FONT>)<BR><BR>Polygon
1084                        reduction for topography and ground plate isosurface. Reduction
1085                        level for buildings can be chosen with parameter cluster_size.
1086                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_dvrp</FONT>)<BR><BR>Variables
1087                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">bc_lr</FONT> / <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">bc_ns</FONT>&nbsp;
1088                        in most subroutines replaced by LOGICAL variables
1089                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">bc_lr_cyc</FONT>,<BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">bc_ns_cyc</FONT>
1090                        for speed optimization. This gives a significant speedup of more
1091                        than 10%. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>,
1092                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">diffusion_u</FONT>,
1093                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">diffusion_v</FONT>,
1094                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">diffusion_w</FONT>,
1095                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>)<BR><BR>Scripts
1096                        have been adapted for machine lck (Yonsei Univ.). (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mrun</FONT>,
1097                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mbuild</FONT>,
1098                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">subjob</FONT>)<BR><BR>Additional
1099                        timestep criterion in case of simulations with plant canopy.
1100                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">timestep</FONT>)<BR><BR>Check
1101                        for illegal entries in <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">section_xy</FONT>|<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">xz</FONT>|<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">yz</FONT>
1102                        that exceed <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">nz+1</FONT>|<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">ny+1</FONT>|<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">nx+1</FONT>.
1103                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>)<BR><BR>External
1104                        pressure gradient can be used as driving force. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>,
1105                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>,
1106                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</FONT>,
1107                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>,
1108                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">parin</FONT>,
1109                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">prognostic_equations</FONT>,
1110                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</FONT>,
1111                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</FONT>)<BR><BR>New
1112                        topography case '<I>single_street_canyon</I>'. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>,
1113                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_grid</FONT>,
1114                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>,
1115                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">parin</FONT>,
1116                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</FONT>,
1117                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_check_parameters</FONT>,
1118                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_header</FONT>,
1119                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_init_grid</FONT>,
1120                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</FONT>)<BR><BR>Option
1121                        to predefine a target bulk velocity for <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">conserve_volume_flow</FONT>.
1122                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>,
1123                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>,
1124                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</FONT>,
1125                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>,
1126                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">parin</FONT>,
1127                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</FONT>,
1128                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</FONT>)<BR><BR>Option
1129                        for user defined 2D data output in xy cross sections at z=<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">nzb</FONT>+1.
1130                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</FONT>,
1131                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_data_output_2d</FONT>)<BR><BR>xy
1132                        cross section output of surface heatfluxes (sensible and latent).
1133                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">average_3d_data</FONT>,
1134                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>,
1135                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</FONT>,
1136                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>,
1137                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_3d_binary</FONT>,
1138                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">sum_up_3d_data</FONT>,
1139                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_3d_binary</FONT>)</P>
1140                </TD>
1141                <TD WIDTH=393>
1142                        <P>average_3d_data, check_for_restart, check_parameters,
1143                        data_output_2d, data_output_3d, data_output_dvrp,
1144                        data_output_profiles, data_output_ptseries, data_output_spectra,
1145                        data_output_tseries, diffusion_u, diffusion_v, diffusion_w,
1146                        init_coupling, init_dvrp, init_grid, init_3d_model, header,
1147                        mbuild, modules, mrun, package_parin, parin, prognostic_equations,
1148                        read_3d_binary, read_var_list, subjob, sum_up_3d_data,
1149                        surface_coupler, timestep, time_integration,
1150                        user_check_parameters, user_data_output_2d, user_data_output_dvrp,
1151                        user_header, user_init_grid, write_3d_binary, write_var_list<BR><BR><B>new:</B>
1152                        set_particle_attributes, set_slicer_attributes_dvrp</P>
1153                </TD>
1154        </TR>
1155        <TR>
1156                <TD WIDTH=37>
1157                        <P><BR>
1158                        </P>
1159                </TD>
1160                <TD WIDTH=56>
1161                        <P><BR>
1162                        </P>
1163                </TD>
1164                <TD WIDTH=68>
1165                        <P><BR>
1166                        </P>
1167                </TD>
1168                <TD WIDTH=62>
1169                        <P><BR>
1170                        </P>
1171                </TD>
1172                <TD WIDTH=36>
1173                        <P>C</P>
1174                </TD>
1175                <TD WIDTH=517>
1176                        <P>Output of messages replaced by message handling routine.
1177                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</FONT>,
1178                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">advec_s_bc</FONT>,
1179                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">buoyancy</FONT>,
1180                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">calc_spectra</FONT>,
1181                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_for_restart</FONT>,
1182                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_open</FONT>,
1183                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">coriolis</FONT>,
1184                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">cpu_log</FONT>,
1185                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</FONT>,
1186                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_3d</FONT>,
1187                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_dvrp</FONT>,
1188                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_profiles</FONT>,
1189                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_spectra</FONT>,
1190                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">fft_xy</FONT>,
1191                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">flow_statistics</FONT>,
1192                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>,&nbsp;
1193                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_1d_model</FONT>,
1194                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</FONT>,
1195                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_dvrp</FONT>,
1196                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_grid</FONT>,
1197                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_particles</FONT>,
1198                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_pegrid</FONT>,
1199                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf</FONT>, <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">parin</FONT>,
1200                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">plant_canopy_model</FONT>,
1201                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">poisfft_hybrid</FONT>,
1202                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">poismg</FONT>,
1203                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_3d_binary</FONT>,
1204                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</FONT>,
1205                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">surface_coupler</FONT>,
1206                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">temperton_fft</FONT>,
1207                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">timestep</FONT>,
1208                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_actions</FONT>,
1209                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_data_output_dvrp</FONT>,
1210                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_dvrp_coltab</FONT>,
1211                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_init_grid</FONT>,
1212                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_init_plant_canopy</FONT>,
1213                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_parin</FONT>,
1214                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_read_restart_data</FONT>,
1215                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_spectra</FONT>)<BR><BR>Output
1216                        of NetCDF messages with aid of message handling routine.
1217                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_open</FONT>,
1218                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">close_file</FONT>,
1219                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</FONT>,
1220                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_3d</FONT>,
1221                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_profiles</FONT>,
1222                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_ptseries</FONT>,
1223                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_spectra</FONT>,&nbsp;
1224                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_tseries</FONT>,
1225                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf</FONT>)<BR><BR>__lcmuk
1226                        changed to __lc to avoid problems with Intel compiler on sgi-ice.
1227                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">poisfft</FONT>)<BR><BR>For
1228                        extended NetCDF files, the updated title attribute includes an
1229                        update of time_average_text where appropriate. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf</FONT>)<BR><BR>In
1230                        case of restart runs without extension, initial profiles are not
1231                        written to NetCDF-file anymore. So far, time axis always started
1232                        at t=0. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_profiles</FONT>,
1233                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>,
1234                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</FONT>,
1235                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</FONT>)<BR><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">initializing_actions</FONT>='<I>read_data_for_recycling</I>'
1236                        renamed to '<I>cyclic_fill</I>'. A cyclic fill can now <BR>be used
1237                        independent of <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">turbulent_inflow</FONT>.
1238                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>,
1239                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>,
1240                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</FONT>)<BR><BR>2
1241                        NetCDF error numbers changed. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_3d</FONT>)<BR><BR>A
1242                        link to the webspage appendix_a.html is printed for further
1243                        information about possible reasons of the error that appeared.
1244                        (message)<BR><BR>Temperature gradient criterion for estimating the
1245                        boundary layer height replaced by the gradient criterion of
1246                        Sullivan et al. (1998). (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">flow_statistics</FONT>)<BR><BR>NetCDF
1247                        unit attribute in timeseries output in case of statistic regions
1248                        added. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf</FONT>)<BR><BR>Maximum
1249                        number of tails is calculated from maximum number of particles and
1250                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">skip_particles_for_tail</FONT>.
1251                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_particles</FONT>)<BR><BR>Value
1252                        of <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">vertical_particle_advection</FONT>
1253                        is allowed to differ for each particle group. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</FONT>,
1254                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>,
1255                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>)
1256                        <BR><BR>First constant in array <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">den</FONT>
1257                        also defined as type double. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">eqn_state_seawater</FONT>)<BR><BR>Parameter
1258                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">dvrp_psize</FONT>
1259                        moved from <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">particles_par</FONT>
1260                        to <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">dvrp_graphics_par</FONT>.
1261                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">package_parin</FONT>)<BR><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">topography_grid_convention</FONT>
1262                        moved from <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">userpar</FONT>
1263                        to <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">inipar</FONT>
1264                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>,
1265                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>, <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">parin</FONT>,
1266                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</FONT>,
1267                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_check_parameters</FONT>,
1268                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_header</FONT>,
1269                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_init_grid</FONT>,
1270                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_parin</FONT>,
1271                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</FONT>)<BR><BR>Default
1272                        value of <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">grid_matching</FONT>
1273                        changed to '<I>strict</I>'. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>)<BR><BR>Adjustments
1274                        for runs on lcxt4 (necessary due to a software update on CRAY) and
1275                        for coupled runs on ibmy. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mrun</FONT>,
1276                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">subjob</FONT>)</P>
1277                </TD>
1278                <TD WIDTH=393>
1279                        <P>advec_particles, advec_s_bc, buoyancy, calc_spectra,
1280                        check_for_restart, check_open, check_parameters, close_file,
1281                        coriolis, cpu_log, data_output_2d, data_output_3d,
1282                        data_output_dvrp, data_output_profiles, data_output_ptseries,
1283                        data_output_spectra, data_output_tseries, eqn_state_seawater,
1284                        fft_xy, flow_statistics, header, init_1d_model, init_3d_model,
1285                        init_dvrp, init_grid, init_particles, init_pegrid, message, mrun,
1286                        netcdf, package_parin, parin, plant_canopy_model, poisfft,
1287                        poisfft_hybrid, poismg, read_3d_binary, read_var_list, subjob,
1288                        surface_coupler, temperton_fft, timestep,
1289                        user_actions,user_check_parameters, user_data_output_dvrp,
1290                        user_dvrp_coltab, user_header, user_init_grid,
1291                        user_init_plant_canopy, user_parin, user_read_restart_data,
1292                        user_spectra, write_var_list
1293                        </P>
1294                </TD>
1295        </TR>
1296        <TR>
1297                <TD WIDTH=37>
1298                        <P><BR>
1299                        </P>
1300                </TD>
1301                <TD WIDTH=56>
1302                        <P><BR>
1303                        </P>
1304                </TD>
1305                <TD WIDTH=68>
1306                        <P><BR>
1307                        </P>
1308                </TD>
1309                <TD WIDTH=62>
1310                        <P><BR>
1311                        </P>
1312                </TD>
1313                <TD WIDTH=36>
1314                        <P>B</P>
1315                </TD>
1316                <TD WIDTH=517>
1317                        <P>Bugfix: Initial hydrostatic pressure profile in case of ocean
1318                        runs is now calculated in 5 iteration steps. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_ocean</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1319                        wrong sign in buoyancy production of ocean part in case of not
1320                        using the reference density (only in 3D routine <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">production_e</FONT>).
1321                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">production_e</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1322                        output of averaged 2d/3d quantities requires that an avaraging
1323                        interval has been set, respective error message is included.
1324                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1325                        Output on unit 14 only if requested by <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_binary</FONT>.
1326                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_last_actions</FONT>)<BR><BR>Bugfix
1327                        to avoid zero division by <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">km_neutral</FONT>.
1328                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">production_e</FONT>)<BR><BR>Bugfix
1329                        for extended NetCDF files: In order to avoid 'data mode' errors if
1330                        updated attributes are larger than their original size,
1331                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">NF90_PUT_ATT</FONT>
1332                        is called in 'define mode' enclosed by <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">NF90_REDEF</FONT>
1333                        and <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">NF90_ENDDEF</FONT>
1334                        calls. This implies a possible performance loss; an alternative
1335                        strategy would be to ensure equal attribute size in a job chain.
1336                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1337                        correction of initial volume flow for non-flat topography.
1338                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1339                        zero initialization of arrays within buildings for '<I>cyclic_fill</I>'.
1340                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1341                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">to_be_resorted</FONT>
1342                        =&gt; <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">s_av</FONT> for
1343                        time-averaged scalars. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</FONT>,
1344                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_3d</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1345                        avoid that <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">ngp_2dh_s_inner</FONT>
1346                        becomes zero. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3_model</FONT>)<BR><BR>Typographical
1347                        error: unit of wpt in dots_unit. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">modules</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1348                        error in check, if particles moved further than one subdomain
1349                        length. This check must not be applied for newly released
1350                        particles. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1351                        several tail counters are initialized, <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">particle_tail_coordinates</FONT>
1352                        is only written to file if its third index is &gt; 0, arrays for
1353                        tails are allocated with a minimum size of 10 tails if there is no
1354                        tail initially. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">advec_particles</FONT>,
1355                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_particles</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1356                        pressure included for profile output. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">check_parameters</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1357                        Type of <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">count</FONT>
1358                        and <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">count_rate</FONT>
1359                        changed to default <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">INTEGER</FONT>
1360                        on NEC machines. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">cpu_log</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1361                        output of particle time series only if particle advection is
1362                        switched on. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">time_integration</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1363                        qsws was calculated in case of <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">constant
1364                        heatflux</FONT> = <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">.FALSE.</FONT>.
1365                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">prandtl_fluxes</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1366                        averaging along z is not allowed for 2d quantities (e.g. u* and
1367                        z0). (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">data_output_2d</FONT>)<BR><BR>Typographical
1368                        errors. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">netcdf</FONT>)<BR><BR>If
1369                        the inversion height calculated by the prerun is zero,
1370                        inflow_damping_height must be explicitly specified.
1371                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">init_3d_model</FONT>)<BR><BR>Small
1372                        bugfix concerning 3d 64bit netcdf output format. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">header</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1373                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">dt_fixed</FONT>
1374                        removed from the restart file, because otherwise, no change from a
1375                        fixed to a variable timestep would be possible in restart runs.
1376                        (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">read_var_list</FONT>,
1377                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">write_var_list</FONT>)<BR><BR>Bugfix:
1378                        initial setting of <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">time_coupling</FONT>
1379                        in coupled restart runs. (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">time_integration</FONT>)</P>
1380                </TD>
1381                <TD WIDTH=393>
1382                        <P>advec_particles, check_parameters, cpu_log, data_output_2d,
1383                        data_output_3d, header, init_3d_model, init_particles, init_ocean,
1384                        modules, netcdf, prandtl_fluxes, production_e, read_var_list,
1385                        time_integration, user_last_actions, write_var_list</P>
1386                </TD>
1387        </TR>
1388        <TR>
1389                <TD WIDTH=37>
1390                        <P>02/02/09</P>
1391                </TD>
1392                <TD WIDTH=56>
1393                        <P>SR</P>
1394                </TD>
1395                <TD WIDTH=68>
1396                        <P>228</P>
1397                </TD>
1398                <TD WIDTH=62>
1399                        <P>3.6</P>
1400                </TD>
1401                <TD WIDTH=36>
1402                        <P>N</P>
1403                </TD>
1404                <TD WIDTH=517>
1405                        <P>This release contains further additions, changes, and bugfixes
1406                        for the SGI-ICE system, as well as important changes like the
1407                        splitting of the user-interface into single files, a complete
1408                        revision of the pre-compiling mechanism allowing to use different
1409                        make-depositories simultaneously, and a revision of the
1410                        reading-mechanism from restart files, which has no more
1411                        restrictions in case that the previous and current run have
1412                        different domain/subdomain sizes. A new handling of all kind of
1413                        output messages is introduced with this release and will be
1414                        applied to all existing messages within the next releases.<BR><BR><B>New
1415                        features are:</B><BR><BR>Restart runs on SGI-ICE are working.
1416                        (mrun)<BR>2d-decomposition is default on SGI-ICE systems.
1417                        (init_pegrid)<BR><BR>Ocean-atmosphere coupling realized with
1418                        MPI-1. mrun adjusted for this case (-Y option). Check that PALM is
1419                        called with <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mrun</FONT>-option
1420                        &quot;<I>-K parallel</I>&quot; for coupling. Adjustments in <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mrun</FONT>,
1421                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mbuild</FONT>, and
1422                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">subjob</FONT> for
1423                        lcxt4.<BR><BR>DVRP arguments changed to single precision, mode
1424                        pathlines added.<BR><BR>User can add additional routines in files
1425                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_additional_routines</FONT>.<BR><BR>User
1426                        can check user parameters and deduce further quantities in
1427                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">user_check_parameters</FONT></P>
1428                </TD>
1429                <TD WIDTH=393>
1430                        <P>check_for_restart, check_parameters, data_output_dvrp,
1431                        init_dvrp, init_pegrid, local_stop, modules, package_parin, palm,
1432                        surface_coupler, timestep<BR><BR>Makefile,&nbsp;mbuild, mrun,
1433                        subjob<BR><BR><B>new:</B><BR>init_coupling,
1434                        user_additional_routines, user_check_parameters</P>
1435                </TD>
1436        </TR>
1437        <TR>
1438                <TD WIDTH=37>
1439                        <P><BR>
1440                        </P>
1441                </TD>
1442                <TD WIDTH=56>
1443                        <P><BR>
1444                        </P>
1445                </TD>
1446                <TD WIDTH=68>
1447                        <P><BR>
1448                        </P>
1449                </TD>
1450                <TD WIDTH=62>
1451                        <P><BR>
1452                        </P>
1453                </TD>
1454                <TD WIDTH=36>
1455                        <P>C</P>
1456                </TD>
1457                <TD WIDTH=517>
1458                        <P>User interface has been split into single files.<BR><BR>Type of
1459                        variables <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">count</FONT>
1460                        and <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">count_rate</FONT>
1461                        changed to INTEGER(8) in order to avoid &quot;out of range&quot;
1462                        problems, which result in measured negative time intervals.
1463                        (cpu_log, local_tremain, local_tremain_ini)<BR><BR>Reading
1464                        mechanism from restart files completely revised. The
1465                        subdomain/total domain size is now allowed to vary arbitrarily
1466                        between the current and previous run. (read_var_list,
1467                        read_3d_binary, user_read_restart_data)<BR><BR>Precompilation
1468                        mechanism (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mbuild</FONT>)
1469                        completely revised: the source-tarfile remains in the source
1470                        directory (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">trunk/SOURCE</FONT>).
1471                        One depository per block (given in the config-file) is created.
1472                        Always all files from the source directory are copied to the
1473                        respective depository. No additional file checks are done any more
1474                        (mrun version 2.1). The depository name used contains the
1475                        conditions given by <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">mrun</FONT>-option
1476                        &quot;<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">-K</FONT>&quot;.
1477                        (mbuild, mrun)<BR><BR>Output messages (including required stop of
1478                        execution) can now be handled with the new subroutine&nbsp;<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">message</FONT>.
1479                        All output messages will be replaced by this routine step by step
1480                        within the next revisions.<BR><BR>Neumann boundary condition at
1481                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">k=nzb</FONT> is
1482                        explicitly set for better reading, although this has been already
1483                        done in boundary_conds. (advec_s_bc)<BR><BR>Origin of the
1484                        xy-coordinate system shifted from the center of the first grid
1485                        cell (indices <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">i=0</FONT>,
1486                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">j=0</FONT>) to the
1487                        south-left corner of this cell. (netcdf) Topography definition
1488                        according to new user parameter <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">topography_grid_convention</FONT>.
1489                        (init_grid, modules, user_header, user_init_grid, user_parin)</P>
1490                </TD>
1491                <TD WIDTH=393>
1492                        <P>advec_s_bc, check_parameters, cpu_log, init_grid, local_stop,
1493                        local_tremain, local_tremain_ini, modules, netcdf, read_3d_binary,
1494                        read_var_list, user_read_restart_data<BR><BR>Makefile, mbuild,
1495                        mrun<BR><BR><B>removed:</B><BR>user_interface<BR><BR><B>new:</B><BR>message,
1496                        user_3d_data_averaging, user_actions, user_advec_particles,
1497                        user_check_data_output, user_check_data_output_pr,
1498                        user_data_output_2d, user_data_output_3d, user_data_output_dvrp,
1499                        user_define_netcdf_grid, user_dvrp_coltab, user_header,
1500                        user_init_3d_model, user_init, user_init_grid,
1501                        user_init_particles, user_init_plant_canopy, user_last_actions,
1502                        user_parin, user_parin, user_particle_attributes,
1503                        user_read_restart_data, user_spectra, user_statistics</P>
1504                </TD>
1505        </TR>
1506        <TR>
1507                <TD WIDTH=37>
1508                        <P><BR>
1509                        </P>
1510                </TD>
1511                <TD WIDTH=56>
1512                        <P><BR>
1513                        </P>
1514                </TD>
1515                <TD WIDTH=68>
1516                        <P><BR>
1517                        </P>
1518                </TD>
1519                <TD WIDTH=62>
1520                        <P><BR>
1521                        </P>
1522                </TD>
1523                <TD WIDTH=36>
1524                        <P>B</P>
1525                </TD>
1526                <TD WIDTH=517>
1527                        <P>Bugfix: array <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">d</FONT>
1528                        is reallocated in case that multigrid is used.
1529                        (calc_spectra)<BR><BR>Bugfixes for nonparallel execution.
1530                        (check_for_restart, cpu_statistics,
1531                        inflow_turbulence,&nbsp;timestep)<BR><BR>Size of <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">pf3d
1532                        </FONT>adjusted to the required output size (1 gridpoint less,
1533                        along all three dimensions), because output of a subset of the
1534                        data (<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">pf3d(nxa:nxe...)</FONT>)
1535                        in the NF90_PUT_VAR statement caused segmentation fault with the
1536                        INTEL compiler. (combine_plot_fields)<BR><BR>Bugfix: error in <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">zu</FONT>
1537                        index in case of <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">section_xy=-1</FONT>.
1538                        (header)<BR><BR>Inconsistency removed: as the thermal
1539                        stratification is not taken into account for the evaluation of the
1540                        wall fluxes at vertical walls, the eddy viscosity <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">km</FONT>
1541                        must not be used for the evaluation of the velocity gradients
1542                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">dudy</FONT>, <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">dwdy</FONT>,
1543                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">dvdx</FONT> and <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">dwdx</FONT>.
1544                        (production_e)<BR><BR>Bugfix in calculating <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">k</FONT>
1545                        index in case of oceans runs. (sort_particles)<BR><BR>Bugfix: no
1546                        output of particle concentration and radius unless particles have
1547                        been started. (data_output_2d)<BR><BR>Bugfix: reading of
1548                        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">spectrum_x|y</FONT>
1549                        from restart files ignored if total numbers of grid points do not
1550                        match. (read_3d_binary)<BR><BR>Bugfix: abort in case that absolute
1551                        temperature is below zero. (init_cloud_physics)</P>
1552                </TD>
1553                <TD WIDTH=393>
1554                        <P>advec_particles, calc_spectra, check_for_restart,
1555                        cpu_statistics, data_output_2d, header, inflow_turbulence,
1556                        init_cloud_physics, production_e, read_3d_binary,
1557                        timestep<BR><BR>combine_plot_fields</P>
1558                </TD>
1559        </TR>
1560</TABLE>
1561<P><BR>&nbsp; <BR>&nbsp; 
1562</P>
1563<H2><A NAME="Kapitel2.0"></A>2.0&nbsp; How to change the source code
1564and how to document modifications</H2>
1565<P>Currently (Sep 23rd, 2009), only selected users are allowed to
1566commit changes to the repository. Rules given below are preliminary,
1567until we have switched to the &quot;trac&quot;-System.</P>
1568<OL>
1569        <LI><P>Change source code in your current working copy. Document
1570        changes in the respective file headers unter &quot;<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">Current
1571        revisions:</FONT>&quot;. Additionally, document all changes in a
1572        local file (e.g. ~/palm/current_version/CURRENT_MODIFICATIONS),
1573        including the files that have been changed. Classify changes in
1574        three cases, new (N), changed (C), and bugfix (B). <B>Try to be as
1575        short and as precise as possible in describing the changes!</B></P>
1576        <LI><P>Test the changed version, unless it works sufficiently.</P>
1577        <LI><P>Commit the changes to the repository<BR><BR>&nbsp;&nbsp; <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">svn
1578        commit -m &quot;message string&quot; trunk<BR></FONT><BR>where
1579        &quot;<FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">message string</FONT>&quot;
1580        is a short, <B>meaningful</B> summary of the
1581        changes.<BR><BR>Alternatively, in case that you have made quite a
1582        lot of changes, you can also give the contents of your file
1583        CURRENT_MODIFICATIONS as the log message:<BR><BR>&nbsp;&nbsp; <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">svn
1584        commit -F CURRENT_MODIFICATIONS trunk</FONT></P>
1585        <LI><P>Enter the changes into the technical documentation (under
1586        <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">.../trunk/DOC/tec/technical_documentation.html</FONT>).</P>
1587        <LI><P>Move the change comments in the file headers from &quot;Current
1588        revisions:&quot; to &quot;Former revisions:&quot;. Set the current
1589        svn id in front of that.<BR><BR><B>Example:</B><BR><BR><B>before
1590        move:</B><BR><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1591        Current revisions:</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1592        -----------------</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1593        </FONT><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace"><B>new dummy
1594        argument abcd</B></FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1595        Former revisions:</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1596        -----------------</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1597        §Id: init_3d_model.f90 </FONT><FONT COLOR="#3366ff"><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace"><B>425
1598        2010-02-06 13:37:48Z raasch</B></FONT></FONT> <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">§</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1599        407 2009-12-01 15:01:15Z maronga</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1600        var_ts is replaced by dots_max </FONT><BR><BR><B>after move:</B><BR><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1601        Current revisions:</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1602        -----------------</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1603        </FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1604        Former revisions:</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1605        -----------------</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1606        §Id: init_3d_model.f90 425 2010-02-06 13:37:48Z raasch</FONT> <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">§<BR>!</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1607        </FONT><FONT COLOR="#3366ff"><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace"><B>425
1608        2010-02-06 13:37:48Z raasch</B></FONT></FONT><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace"><BR>!
1609        </FONT><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace"><B>new dummy
1610        argument abcd</B></FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1611        407 2009-12-01 15:01:15Z maronga</FONT><BR><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">!
1612        var_ts is replaced by dots_max<BR><BR></FONT><FONT FACE="Times New Roman, Times, serif">Note
1613        that the &quot;</FONT><FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">§</FONT><FONT FACE="Times New Roman, Times, serif">&quot;
1614        in this example should read &quot;$&quot;, but &quot;$&quot; cannot
1615        be used here, because otherwise svn would replace these entries
1616        after every change to this technical documentation.</FONT></P>
1617        <LI><P>Commit the changes in the technical documentation and the
1618        file headers:<BR><BR>&nbsp;&nbsp; <FONT FACE="Courier New, Courier, monospace">svn
1619        commit -m &quot;last commit documented&quot; trunk</FONT><BR><BR><BR>
1620        </P>
1621</OL>
1622<H2><A NAME="Kapitel3.0"></A>3.0&nbsp; Description of selected parts
1623of the model source code</H2>
1624<P>This section gives links to existing descriptions about special
1625parts of the PALM code, e.g. special numerical methods that are used
1626(including mathematical background). Documents are stored in single
1627files with different formats. Some are in German (sorry for the
1628inconvenience). <BR>&nbsp; 
1629</P>
1630<UL>
1631        <LI><P STYLE="margin-bottom: 0in"><A NAME="UPS"></A>upstream-spline
1632        advection scheme ( <A HREF="methods/upstream_spline/ups.pdf">.pdf</A>
1633        , only in German)
1634        </P>
1635        <LI><P STYLE="margin-bottom: 0in"><A NAME="Cloud_physics"></A>cloud
1636        physics module ( <A HREF="methods/cloud_physics/cloud_physics.pdf">.pdf</A>
1637        )
1638        </P>
1639        <LI><P STYLE="margin-bottom: 0in"><A NAME="Bitkompression"></A>data
1640        compression with <A HREF="methods/bit_compression/bit_compression.html">bit
1641        shifting method</A> (only in German)</P>
1642        <LI><P>Runge-Kutta time integration scheme ( <A HREF="methods/runge_kutta/runge_kutta.pdf">.pdf</A>
1643        , only in German)
1644        </P>
1645</UL>
1646<P><BR>&nbsp; <BR>&nbsp; <BR>&nbsp; <BR>&nbsp; <BR>&nbsp; <BR>&nbsp;
1647<BR>&nbsp; <BR>&nbsp; 
1648</P>
1649</BODY>
1650</HTML>
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.