Home


About us
PALM
PALM-4U
Installation
Release notes
Documentation
Getting Help
Gallery
Developers area

Changeset 920 for palm/trunk


Ignore:
Timestamp:
Jun 5, 2012 9:56:53 AM (12 years ago)
Author:
maronga
Message:

Bugfixes for the parameter file check. New mrun option switches off combine_plot_fields

Location:
palm/trunk
Files:
5 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • palm/trunk/SCRIPTS/.mrun.config.lcxe6

    r911 r920  
    3030#
    3131%tmp_user_catalog    /work/<replace by your CrayXE6 username>                                                         lcxe6 parallel
     32%tmp_data_catalog    /work/<replace by your CrayXE6 username>/tmp/                                                    lcxe6 parallel
    3233%compiler_name       ftn                                                                                              lcxe6 parallel
    3334%compiler_name_ser   ftn                                                                                              lcxe6 parallel

  • palm/trunk/SCRIPTS/mbuild

    r892 r920  
    133133     #                      bugfixes for the parameter file check, initial
    134134     #                      commands on ssh calls sourced out to .mrun.config
     135     # 05/06/12 - Bjoern  - bugfixes for execution of login_init_cmd
    135136
    136137
    … …  
    13231324       if [[ $remote_host = lcxe6 ]]
    13241325       then
    1325           $init_cmds
     1326
     1327          eval $init_cmds
     1328
    13261329       fi
    13271330

  • palm/trunk/SCRIPTS/mrun

    r892 r920  
    257257     #                      bugfixes for the parameter file check, initial
    258258     #                      commands on ssh calls sourced out to .mrun.config
    259 
     259     # 05/06/12 - Bjoern  - bugfixes for the parameter file check on lcxe6.
     260     #                      combine_plot_fields can be switched off by the
     261     #                      new mrun option -Z
    260262
    261263 
    … …  
    273275 archive_system=none
    274276 check_namelist_files=true
     277 combine_plot_fields=true
    275278 compiler_name=""
    276279 cond1=""
    … …  
    505508    # SHELLSCRIPT-OPTIONEN EINLESEN UND KOMMANDO NEU ZUSAMMENSETZEN, FALLS ES
    506509    # FUER FOLGEJOBS BENOETIGT WIRD
    507  while  getopts  :a:AbBc:Cd:D:Fg:G:h:H:i:IkK:m:M:n:o:O:p:P:q:r:R:s:St:T:u:U:vw:xX:yY:z option
     510 while  getopts  :a:AbBc:Cd:D:Fg:G:h:H:i:IkK:m:M:n:o:O:p:P:q:r:R:s:St:T:u:U:vw:xX:yY:zZ option
    508511 do
    509512   case  $option  in
    … …  
    548551       (Y)   run_coupled_model=true; coupled_dist=$OPTARG; mc="$mc -Y'$OPTARG'";;
    549552       (z)   check_namelist_files=false; mc="$mc -z";;
     553       (Z)   combine_plot_fields=false; mc="$mc -Z";;
    550554       (\?)  printf "\n  +++ unknown option $OPTARG \n"
    551555             printf "\n  --> type \"$0 ?\" for available options \n"
    … …  
    564568 then
    565569   (printf "\n  *** mrun can be called as follows:\n"
    566     printf "\n      $mrun_script_name  -b -c.. -d.. -D.. -f.. -F -h.. -i.. -I -K.. -m.. -o.. -p.. -r.. -R -s.. -t.. -T.. -v -x -X.. -y -Y.. <modus>\n"
     570    printf "\n      $mrun_script_name  -b -c.. -d.. -D.. -f.. -F -h.. -i.. -I -K.. -m.. -o.. -p.. -r.. -R -s.. -t.. -T.. -v -x -X.. -y -Y.. -z -Z <modus> \n"
    567571    printf "\n      Description of available options:\n"
    568572    printf "\n      Option  Description                              Default-Value"
    … …  
    608612    printf "\n        -Y    run coupled model, \"#1 #2\" with"
    609613    printf "\n              #1 atmosphere and #2 ocean processors    \"#/2 #/2\" depending on -X"
    610     printf "\n        -z    no parameter file check                  ---"
     614    printf "\n        -z    disable a priori parameter file check    ---"
     615    printf "\n        -Z    skip combine_plot_fields at the end of      "
     616    printf "\n              the simulation                           ---"
    611617    printf "\n "
    612618    printf "\n      Possible values of positional parameter <modus>:"
    … …  
    13391345    eval pathname=${pathin[$i]}
    13401346
     1347#   SAVE INPUT FILE NAME FOR PARAMETER FILE CHECK
     1348    if [[ ("${transin[$i]}" = job) && (-f $filename) ]]
     1349    then
     1350       filename_input=$filename
     1351    fi
    13411352
    13421353       # PRUEFEN AUF VORHANDENSEIN
    … …  
    14281439    fi
    14291440 done
    1430        
    1431 
     1441   
    14321442    # VOLLSTAENDIGE DATEINAMEN (OHNE $ ODER ~) DER OUTPUT-FILES BILDEN,
    14331443    # OUTPUT-DATEIEN AUF VORHANDENSEIN PRUEFEN UND EVTL. HOECHSTE ZYKLUSNUMMER
    … …  
    23862396
    23872397#CHECK IF NAMELIST_FILE_CHECK HAS BEEN COMPILED SUCCESSFULLY
    2388  if [[ ! -f $check_depository/check_namelist_files.tar || ! -f $PALM_BIN/check_namelist_files.x ]]
     2398 if [[ ! -f $check_depository/check_namelist_files.tar ]]
     2399 then
     2400      skip_check=true
     2401      reason="run on remote host or parameter file check has not been compiled."
     2402 fi
     2403 if [[ ! -f $PALM_BIN/check_namelist_files.x ]]
    23892404 then
    23902405      skip_check=true
    … …  
    24262441
    24272442#SKIP CHECK IN CASE OF RESTART RUN: CHECK WHETHER THE LAST CHAR IS "f" IN PARIN
    2428  ((last_char = `echo $filename | wc -c` - 1))
    2429  last_char=`echo $filename |cut -c$last_char`
     2443 ((last_char = `echo $filename_input | wc -c` - 1))
     2444 last_char=`echo $filename_input |cut -c$last_char`
    24302445 if [[ "$last_char" == "f" ]]
    24312446 then
    … …  
    24732488
    24742489#   ERROR IF NO PARAMETER FILE WAS FOUND, OTHERWISE PROCEED
    2475     if [[ ! -f $filename ]]
    2476     then
    2477        printf "\n\n  +++ ERROR: parameter file ($filename) not found."
     2490    if [[ (! -f $filename_input) && ( "$filename_input" != "") ]]
     2491    then
     2492       printf "\n\n  +++ ERROR: parameter file ($filename_input) not found."
    24782493       locat=check_namelist; exit
    24792494    fi
    … …  
    24852500
    24862501
    2487        filenamef="${filename}f"
     2502       filenamef="${filename_input}f"
    24882503       if [[ ! -f $filenamef ]]
    24892504       then
    … …  
    25632578    fi
    25642579
    2565     cp $filename ./PARIN
     2580    cp $filename_input ./PARIN
    25662581    if [[ $check_restart == 1 ]]
    25672582    then
    … …  
    25692584    fi
    25702585
    2571 cat ${pathname}/${fname}${topo_suffix}
    25722586    if [[ -f ${pathname}/${fname}${topo_suffix} && $skip_check == false ]]
    25732587    then
    … …  
    26222636
    26232637#      CHECKING THE P3D FILE
    2624        printf "\n\n      (1) checking $filename" 
     2638       printf "\n\n      (1) checking $filename_input" 
    26252639       echo "$numprocs 0" > VARIN
    26262640       errors=`./check_namelist_files.x < VARIN 2>&1`
    … …  
    29092923          continue   # ANDERENFALLS IST STATUS=1, FALLS A.OUT VORHANDEN
    29102924       else
    2911           [[ $localhost = lcxe6 ]]  &&  eval $init_cmds
     2925          [[ "$init_cmds" != "" ]]  &&  eval $init_cmds
    29122926          [[ "$module_calls" != "" ]]  &&  eval $module_calls
    29132927          make $mopts -f Makefile PROG=a.out  F90=$compiler_name  COPT="$cpp_options"  F90FLAGS="$fopts"  LDFLAGS="$lopts"
    … …  
    39393953       # Call of combine_plot_fields in order to merge single files written
    39403954       # by each PE into one file.
    3941     if [[ ! -f ${PALM_BIN}/combine_plot_fields${block}.x ]]
    3942     then
    3943        printf "\n\n\n  +++ WARNING: no combine_plot_fields found for given block \"$cond1 $cond2\""
    3944        printf "\n      2d- and/or 3d-data may be incomplete!"
    3945        printf "\n      Run \"mbuild -u -h $localhost\" to generate utilities for this block.\n"
    3946     else
    3947        printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"combine_plot_fields${block}.x\" ..."
    3948        combine_plot_fields${block}.x
    3949     fi
     3955   if [[ ! -f ${PALM_BIN}/combine_plot_fields${block}.x ]]
     3956   then
     3957      printf "\n\n\n  +++ WARNING: no combine_plot_fields found for given block \"$cond1 $cond2\""
     3958      printf "\n      2d- and/or 3d-data may be incomplete!"
     3959      printf "\n      Run \"mbuild -u -h $localhost\" to generate utilities for this block.\n"
     3960   elif [[ "$combine_plot_fields" == true ]]
     3961   then
     3962      printf "\n\n\n *** post-processing: now executing \"combine_plot_fields${block}.x\" ..."
     3963      combine_plot_fields${block}.x
     3964   else
     3965#     Temporary solution to skip combine_plot_fields. This is necessary in case of huge amount of
     3966#     data output. To do: extend this branch by creating a batch job for combine_plot_fields.
     3967      printf "\n\n\n *** post-processing: skipping combine_plot_fields (-Z option set) ..."
     3968   fi
    39503969
    39513970
    … …  
    47734792    [[ "$ocean_file_appendix" = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -y"
    47744793    [[ $run_coupled_model = true ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Y \"$coupled_dist\""
     4794    [[ "$check_namelist_files" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -z"
     4795    [[ "$combine_plot_fields" = false ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -Z"
    47754796    [[ "$max_par_io_str" != "" ]]  &&  mrun_com=${mrun_com}" -w $max_par_io_str"
    47764797    if [[ $do_remote = true ]]

  • palm/trunk/UTIL/mrungui/mainwindow.cpp

    r819 r920  
    22// Current revisions:
    33// -----------------
    4 //
     4// Added -Z option (disable combine_plot_fields)
    55//
    66// Former revisions:
    … …  
    10881088        deactivate_flag("x");
    10891089    }
     1090   
     1091    status = ui->check_Z->checkState();
     1092
     1093    if (status == 2)
     1094    {
     1095        activate_flag("Z");
     1096    }
     1097    else
     1098    {
     1099        deactivate_flag("Z");
     1100    }
    10901101    return 0;
    10911102
    … …  
    14381449            {
    14391450               ui->check_A->setChecked(true);
    1440 
    14411451            }
    14421452            else if ( parameter == "b")
    … …  
    14751485               advanced = true;
    14761486            }
     1487            else if ( parameter == "Z")
     1488            {
     1489               ui->check_Z->setChecked(true);
     1490               advanced = true;
     1491            } 
    14771492            else if ( parameter == "m")
    14781493            {

  • palm/trunk/UTIL/mrungui/mainwindow.ui

    r859 r920  
    945945      <rect>
    946946       <x>280</x>
    947        <y>235</y>
     947       <y>255</y>
    948948       <width>111</width>
    949949       <height>25</height>
    … …  
    970970      <rect>
    971971       <x>200</x>
    972        <y>315</y>
     972       <y>330</y>
    973973       <width>191</width>
    974974       <height>25</height>
    … …  
    983983      <rect>
    984984       <x>200</x>
    985        <y>290</y>
     985       <y>305</y>
    986986       <width>191</width>
    987987       <height>25</height>
    … …  
    10121012      <rect>
    10131013       <x>10</x>
    1014        <y>220</y>
     1014       <y>240</y>
    10151015       <width>381</width>
    10161016       <height>16</height>
    … …  
    10251025      <rect>
    10261026       <x>100</x>
    1027        <y>240</y>
     1027       <y>260</y>
    10281028       <width>91</width>
    10291029       <height>15</height>
    … …  
    10411041      <rect>
    10421042       <x>200</x>
    1043        <y>235</y>
     1043       <y>255</y>
    10441044       <width>71</width>
    10451045       <height>25</height>
    … …  
    10511051      <rect>
    10521052       <x>30</x>
    1053        <y>295</y>
     1053       <y>310</y>
    10541054       <width>161</width>
    10551055       <height>16</height>
    … …  
    10671067      <rect>
    10681068       <x>10</x>
    1069        <y>320</y>
     1069       <y>335</y>
    10701070       <width>181</width>
    10711071       <height>16</height>
    … …  
    10831083      <rect>
    10841084       <x>20</x>
    1085        <y>345</y>
     1085       <y>360</y>
    10861086       <width>171</width>
    10871087       <height>16</height>
    … …  
    10991099      <rect>
    11001100       <x>200</x>
    1101        <y>340</y>
     1101       <y>355</y>
    11021102       <width>191</width>
    11031103       <height>25</height>
    … …  
    11121112      <rect>
    11131113       <x>60</x>
    1114        <y>370</y>
     1114       <y>385</y>
    11151115       <width>131</width>
    11161116       <height>16</height>
    … …  
    11281128      <rect>
    11291129       <x>200</x>
    1130        <y>365</y>
     1130       <y>380</y>
    11311131       <width>191</width>
    11321132       <height>25</height>
    … …  
    11411141      <rect>
    11421142       <x>20</x>
    1143        <y>395</y>
     1143       <y>410</y>
    11441144       <width>171</width>
    1145        <height>31</height>
    1146       </rect>
    1147      </property>
    1148      <property name="text">
    1149       <string>Filenames of routines to be
    1150  compiled:</string>
     1145       <height>16</height>
     1146      </rect>
     1147     </property>
     1148     <property name="text">
     1149      <string>Filenames to be compiled:</string>
    11511150     </property>
    11521151     <property name="alignment">
    … …  
    12841283      <rect>
    12851284       <x>30</x>
    1286        <y>265</y>
     1285       <y>285</y>
    12871286       <width>161</width>
    12881287       <height>16</height>
    … …  
    13001299      <rect>
    13011300       <x>200</x>
    1302        <y>260</y>
     1301       <y>280</y>
    13031302       <width>191</width>
    13041303       <height>25</height>
    … …  
    13071306     <property name="text">
    13081307      <string/>
     1308     </property>
     1309    </widget>
     1310    <widget class="QCheckBox" name="check_Z">
     1311     <property name="geometry">
     1312      <rect>
     1313       <x>10</x>
     1314       <y>225</y>
     1315       <width>421</width>
     1316       <height>23</height>
     1317      </rect>
     1318     </property>
     1319     <property name="text">
     1320      <string>-Z  (disable combine_plot_fields at the end of job)</string>
    13091321     </property>
    13101322    </widget>
    … …  
    14261438  </action>
    14271439 </widget>
    1428  <layoutdefault spacing="6" margin="11"/>
     1440 <layoutdefault spacing="1" margin="11"/>
    14291441 <tabstops>
    14301442  <tabstop>pushButton</tabstop>
    … …  
    20822094    <hint type="sourcelabel">
    20832095     <x>756</x>
    2084      <y>303</y>
     2096     <y>332</y>
    20852097    </hint>
    20862098    <hint type="destinationlabel">
    … …  
    20982110    <hint type="sourcelabel">
    20992111     <x>796</x>
    2100      <y>358</y>
     2112     <y>387</y>
    21012113    </hint>
    21022114    <hint type="destinationlabel">
    … …  
    21302142    <hint type="sourcelabel">
    21312143     <x>850</x>
    2132      <y>410</y>
     2144     <y>438</y>
    21332145    </hint>
    21342146    <hint type="destinationlabel">
    … …  
    22262238    <hint type="sourcelabel">
    22272239     <x>887</x>
    2228      <y>303</y>
     2240     <y>332</y>
    22292241    </hint>
    22302242    <hint type="destinationlabel">
    … …  
    24232435     <x>5</x>
    24242436     <y>594</y>
     2437    </hint>
     2438   </hints>
     2439  </connection>
     2440  <connection>
     2441   <sender>check_Z</sender>
     2442   <signal>stateChanged(int)</signal>
     2443   <receiver>MainWindow</receiver>
     2444   <slot>check_flags()</slot>
     2445   <hints>
     2446    <hint type="sourcelabel">
     2447     <x>730</x>
     2448     <y>295</y>
     2449    </hint>
     2450    <hint type="destinationlabel">
     2451     <x>458</x>
     2452     <y>344</y>
    24252453    </hint>
    24262454   </hints>
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               
  | Impressum | ©Leibniz Universität Hannover |