Home


About us
PALM
PALM-4U
Installation
Release notes
Documentation
Getting Help
Gallery
Developers area

Changeset 4536 for palm/trunk/SCRIPTS


Ignore:
Timestamp:
May 17, 2020 5:24:13 PM (5 years ago)
Author:
raasch
Message:

messages and debug output converted to PALM routines (restart_data_mpi_io_mod), binary version number set to 5.0, heeader output for restart data format added, restart data filesize and I/O transfer speed added in cpu_measures, handling of single restart files (created with MPI-I/O) added to palmrun, bugfix: preprocessor directive adjusted (virtual_measurement_mod), location message format changed

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • palm/trunk/SCRIPTS/palmrun

    r4481 r4536  
    2727# -----------------
    2828# $Id$
     29# handling of single restart files (created with MPI-I/O) added
     30#
     31# 4481 2020-03-31 18:55:54Z maronga
    2932# add cycle number to initial files too (000),
    3033# remove compatibility for cycle numbers which are less than three digits wide
    … …  
    20452048          files_for_cores=true; filetype=files
    20462049          actionin[$i]="ln"
     2050             # FILE HAS BEEN FOUND INSTEAD OF DIRECTORY
     2051          if [[ -f "${absnamein[$i]}" ]]
     2052          then
     2053             files_for_cores=false; filetype=file
     2054          fi
    20472055       elif [[ "${actionin[$i]}" = lnpe  &&  ! -n $cores ]]
    20482056       then
    … …  
    25722580          link_local_output=true
    25732581          actionout[$i]=""
     2582             # FILE HAS BEEN FOUND INSTEAD OF DIRECTORY
     2583          if [[ -f ${localout[$i]} ]]
     2584          then
     2585             files_for_cores=false; filetype=file
     2586          fi
    25742587       elif [[ "${actionout[$i]}" = lnpe  &&  ! -n $cores ]]
    25752588       then
    2576           link_local_output
     2589          link_local_output=true
    25772590          actionout[$i]=""
    25782591       elif [[ "${actionout[$i]}" = trpe  &&  -n $cores ]]
    … …  
    26972710                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
    26982711                printf "\n              ${pathout[$i]}.${extout[$i]}\n"
    2699                               if [[ $link_local_output = true ]]
    2700                               then
    2701                                  printf "      file will be linked\n"
    2702                                  ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
    2703                               fi
    2704                                  # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
    2705                               if [[ ! -f "${pathout[$i]}.${extout[$i]}" ]]
     2712                if [[ $link_local_output = true ]]
    27062713                then
    2707                                  if [[ $link_local_output = true ]]
    2708                           then
     2714                   printf "      file will be linked\n"
     2715                   ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
     2716                fi
     2717                   # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
     2718                if [[ ! -f "${pathout[$i]}.${extout[$i]}" ]]
     2719                then
     2720                   if [[ $link_local_output = true ]]
     2721                   then
    27092722                      printf "  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)\n"
    2710                                  fi
    2711                                  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
    2712                               else
    2713                    printf "+++ no copy because file ${pathout[$i]}.${extout[$i]} exists\n"
     2723                   fi
     2724                   cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}.${extout[$i]}
    27142725                fi
    27152726             else
    27162727                printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}  to"
    27172728                printf "\n              ${pathout[$i]}\n"
    2718                               if [[ $link_local_output = true ]]
    2719                               then
    2720                                  printf "      file will be linked\n"
    2721                                  ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
    2722                               fi
    2723                                  # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
    2724                         if [[ ! -f "${pathout[$i]}" ]]
     2729                if [[ $link_local_output = true ]]
    27252730                then
    2726                                  if [[ $link_local_output = true ]]
    2727                           then
     2731                   printf "      file will be linked\n"
     2732                   ln -f  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
     2733                fi
     2734                   # If "ln -f" fails of if "$link_local_output = false" do a normal "cp"
     2735                if [[ ! -f "${pathout[$i]}" ]]
     2736                then
     2737                   if [[ $link_local_output = true ]]
     2738                   then
    27282739                      printf "  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)\n"
    2729                                  fi
    2730                                  cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
    2731                               else
    2732                                  printf "+++ no copy because file ${pathout[$i]} exists\n"
     2740                   fi
     2741                   cp  ${localout[$i]}  ${pathout[$i]}
    27332742                fi
    27342743             fi
    … …  
    27412750             printf "\n  >>> OUTPUT: ${localout[$i]}/_....  to"
    27422751             printf "\n              ${pathout[$i]}\n"
    2743                     if [[ $link_local_output = true ]]
    2744                     then
    2745                               printf "      files will be linked\n"
    2746                               mkdir -p ${pathout[$i]}
    2747                               cd ${localout[$i]}
    2748                               for file in $(ls *)
    2749                               do
    2750                                  ln -f $file  ${pathout[$i]}
    2751                               done >|/dev/null 2>&1
    2752                               cd $tempdir
    2753                     fi
     2752             if [[ $link_local_output = true ]]
     2753             then
     2754                printf "      files will be linked\n"
     2755                mkdir -p ${pathout[$i]}
     2756                cd ${localout[$i]}
     2757                for file in $(ls *)
     2758                do
     2759                   ln -f $file  ${pathout[$i]}
     2760                done >|/dev/null 2>&1
     2761                cd $tempdir
     2762             fi
    27542763
    27552764                # IF "ln -f" HAS FAILED OR IF "$link_local_output = false" DO A NORMAL COPY "cp -r"
    2756                     if [[ ! -f "${pathout[$i]}/_000000" ]]
     2765             if [[ ! -f "${pathout[$i]}/_000000" ]]
    27572766             then
    2758                               if [[ $link_local_output = true ]]
    2759                               then
     2767                if [[ $link_local_output = true ]]
     2768                then
    27602769                   printf "  --- WARNING: ln failed, using cp instead (might be time consuming...)\n"
    2761                               fi
    2762                               [[ ! -d "${pathout[$i]}" ]]  &&  mkdir  ${pathout[$i]}
    2763                               cp -r  ${localout[$i]}/*  ${pathout[$i]}
     2770                fi
     2771                [[ ! -d "${pathout[$i]}" ]]  &&  mkdir  ${pathout[$i]}
     2772                cp -r  ${localout[$i]}/*  ${pathout[$i]}
    27642773             fi
    27652774
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               
  | Impressum | ©Leibniz Universität Hannover |