Home


About us
PALM
PALM-4U
Installation
Release notes
Documentation
Getting Help
Gallery
Developers area

Changeset 3600


Ignore:
Timestamp:
Dec 4, 2018 1:49:07 PM (6 years ago)
Author:
banzhafs
Message:

chemistry_model_mod code update to comply PALM coding rules

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • palm/trunk/SOURCE/chemistry_model_mod.f90

    r3586 r3600  
    2121!
    2222! Current revisions:
    23 ! ------------------
    24 ! 
    25 ! 
     23! -----------------
     24!
     25!
    2626! Former revisions:
    2727! -----------------
    2828! $Id$
     29! Code update to comply PALM coding rules           
     30! Bug fix in par_dir_diff subroutine                 
     31! Small fixes (corrected 'conastant', added 'Unused')
     32!
     33! 3586 2018-11-30 13:20:29Z dom_dwd_user
    2934! Changed character lenth of name in species_def and photols_def to 15
    30 !
    31 !
     35!
    3236! 3570 2018-11-27 17:44:21Z kanani
    3337! resler:
    3438! Break lines at 132 characters
    35 ! 
     39!
    3640! 3543 2018-11-20 17:06:15Z suehring
    3741! Remove tabs
    38 ! 
     42!
    3943! 3542 2018-11-20 17:04:13Z suehring
    4044! working precision added to make code Fortran 2008 conform
    41 ! 
     45!
    4246! 3458 2018-10-30 14:51:23Z kanani
    4347! from chemistry branch r3443, banzhafs, basit:
    4448! replace surf_lsm_h%qv1(m) by q(k,j,i) for mixing ratio in chem_depo
     49!
    4550! bug fix in chem_depo: allow different surface fractions for one
    4651! surface element and set lai to zero for non vegetated surfaces
    … …  
    212217 MODULE chemistry_model_mod
    213218
    214     USE kinds,              ONLY: wp, iwp
    215     USE indices,            ONLY: nz, nzb,nzt,nysg,nyng,nxlg,nxrg,                                 &
    216                                  nys,nyn,nx,nxl,nxr,ny,wall_flags_0
    217     USE pegrid,             ONLY: myid, threads_per_task
    218 
    219    USE bulk_cloud_model_mod,                                               &
    220         ONLY:  bulk_cloud_model
    221 
    222     USE control_parameters, ONLY: bc_lr_cyc, bc_ns_cyc, dt_3d, humidity,                           &
    223                                  initializing_actions, message_string,                             &
    224                                  omega, tsc, intermediate_timestep_count,                          &
    225                                  intermediate_timestep_count_max, max_pr_user,                     &
    226                                  timestep_scheme, use_prescribed_profile_data, ws_scheme_sca 
    227    USE arrays_3d,          ONLY: exner, hyp, pt, q, ql, rdf_sc, tend, zu
    228     USE chem_gasphase_mod,  ONLY: nspec, spc_names, nkppctrl, nmaxfixsteps,                        &
    229                                  t_steps, chem_gasphase_integrate, vl_dim,                         &
    230                                  nvar, nreact,  atol, rtol, nphot, phot_names
    231     USE cpulog,             ONLY: cpu_log, log_point
     219    USE kinds,                                                                                     &
     220         ONLY:  iwp, wp
     221
     222    USE indices,                                                                                   &
     223         ONLY:  nz, nzb, nzt, nysg, nyng, nxlg, nxrg, nys, nyn, nx, nxl, nxr, ny, wall_flags_0
     224
     225    USE pegrid,                                                                                    &
     226         ONLY: myid, threads_per_task
     227
     228    USE bulk_cloud_model_mod,                                                                      &
     229         ONLY:  bulk_cloud_model
     230
     231    USE control_parameters,                                                                        &
     232         ONLY:  bc_lr_cyc, bc_ns_cyc, dt_3d, humidity, initializing_actions, message_string,        &
     233         omega, tsc, intermediate_timestep_count, intermediate_timestep_count_max,           &
     234         max_pr_user, timestep_scheme, use_prescribed_profile_data, ws_scheme_sca         
     235
     236    USE arrays_3d,                                                                                 &
     237         ONLY:  exner, hyp, pt, q, ql, rdf_sc, tend, zu
     238
     239    USE chem_gasphase_mod,                                                                         &
     240         ONLY:  nspec, spc_names, nkppctrl, nmaxfixsteps, t_steps, chem_gasphase_integrate,         &
     241         vl_dim, nvar, nreact,  atol, rtol, nphot, phot_names
     242
     243    USE cpulog,                                                                                    &
     244         ONLY:  cpu_log, log_point
    232245
    233246    USE chem_modules
    234  
     247
    235248    USE statistics
    236249
    237     IMPLICIT   NONE
     250    IMPLICIT NONE
    238251    PRIVATE
    239252    SAVE
    240253
    241     LOGICAL ::  nest_chemistry = .TRUE. !< flag for nesting mode of chemical species, independent on parent or not
    242 !
    243 !- Define chemical variables
     254    LOGICAL ::  nest_chemistry = .TRUE.  !< flag for nesting mode of chemical species, independent on parent or not
     255    !
     256    !- Define chemical variables
    244257    TYPE   species_def
    245        CHARACTER(LEN=15)                                  :: name
    246        CHARACTER(LEN=16)                                  :: unit
    247        REAL(kind=wp),POINTER,DIMENSION(:,:,:)             :: conc
    248        REAL(kind=wp),POINTER,DIMENSION(:,:,:)             :: conc_av
    249        REAL(kind=wp),POINTER,DIMENSION(:,:,:)             :: conc_p
    250        REAL(kind=wp),POINTER,DIMENSION(:,:,:)             :: tconc_m
    251        REAL(kind=wp),ALLOCATABLE,DIMENSION(:,:)           :: cssws_av           
    252        REAL(kind=wp),ALLOCATABLE,DIMENSION(:,:)           :: flux_s_cs
    253        REAL(kind=wp),ALLOCATABLE,DIMENSION(:,:)           :: diss_s_cs
    254        REAL(kind=wp),ALLOCATABLE,DIMENSION(:,:,:)         :: flux_l_cs
    255        REAL(kind=wp),ALLOCATABLE,DIMENSION(:,:,:)         :: diss_l_cs
    256        REAL(kind=wp),ALLOCATABLE,DIMENSION(:)             :: conc_pr_init
     258       CHARACTER(LEN=15)                            :: name
     259       CHARACTER(LEN=15)                            :: unit
     260       REAL(kind=wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:)     :: conc
     261       REAL(kind=wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:)     :: conc_av
     262       REAL(kind=wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:)     :: conc_p
     263       REAL(kind=wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:)     :: tconc_m
     264       REAL(kind=wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:)   :: cssws_av           
     265       REAL(kind=wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:)   :: flux_s_cs
     266       REAL(kind=wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:)   :: diss_s_cs
     267       REAL(kind=wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:,:) :: flux_l_cs
     268       REAL(kind=wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:,:) :: diss_l_cs
     269       REAL(kind=wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:)     :: conc_pr_init
    257270    END TYPE species_def
    258271
    259272
    260273    TYPE   photols_def                                                           
    261        CHARACTER(LEN=15)                                  :: name
    262        CHARACTER(LEN=16)                                  :: unit
    263        REAL(kind=wp),POINTER,DIMENSION(:,:,:)             :: freq
     274       CHARACTER(LEN=15)                            :: name
     275       CHARACTER(LEN=15)                            :: unit
     276       REAL(kind=wp), POINTER, DIMENSION(:,:,:)     :: freq
    264277    END TYPE photols_def
    265278
    … …  
    269282
    270283
    271     TYPE(species_def),ALLOCATABLE,DIMENSION(:),TARGET, PUBLIC     :: chem_species
    272     TYPE(photols_def),ALLOCATABLE,DIMENSION(:),TARGET, PUBLIC     :: phot_frequen 
    273 
    274     REAL(kind=wp),ALLOCATABLE,DIMENSION(:,:,:,:),TARGET   :: spec_conc_1
    275     REAL(kind=wp),ALLOCATABLE,DIMENSION(:,:,:,:),TARGET   :: spec_conc_2
    276     REAL(kind=wp),ALLOCATABLE,DIMENSION(:,:,:,:),TARGET   :: spec_conc_3
    277     REAL(kind=wp),ALLOCATABLE,DIMENSION(:,:,:,:),TARGET   :: spec_conc_av       
    278     REAL(kind=wp),ALLOCATABLE,DIMENSION(:,:,:,:),TARGET   :: freq_1
    279 
    280     INTEGER,DIMENSION(nkppctrl)                           :: icntrl                            ! Fine tuning kpp
    281     REAL(kind=wp),DIMENSION(nkppctrl)                     :: rcntrl                            ! Fine tuning kpp
    282     LOGICAL :: decycle_chem_lr    = .FALSE.
    283     LOGICAL :: decycle_chem_ns    = .FALSE.
     284    TYPE(species_def), ALLOCATABLE, DIMENSION(:), TARGET, PUBLIC :: chem_species
     285    TYPE(photols_def), ALLOCATABLE, DIMENSION(:), TARGET, PUBLIC :: phot_frequen 
     286
     287    REAL(kind=wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:,:,:), TARGET :: spec_conc_1
     288    REAL(kind=wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:,:,:), TARGET :: spec_conc_2
     289    REAL(kind=wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:,:,:), TARGET :: spec_conc_3
     290    REAL(kind=wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:,:,:), TARGET :: spec_conc_av       
     291    REAL(kind=wp), ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:,:,:), TARGET :: freq_1
     292
     293    INTEGER, DIMENSION(nkppctrl)                           ::  icntrl                            !< Fine tuning kpp
     294    REAL(kind=wp), DIMENSION(nkppctrl)                     ::  rcntrl                            !< Fine tuning kpp
     295    LOGICAL ::  decycle_chem_lr    = .FALSE.
     296    LOGICAL ::  decycle_chem_ns    = .FALSE.
    284297    CHARACTER (LEN=20), DIMENSION(4) ::  decycle_method = &
    285                   (/'dirichlet','dirichlet','dirichlet','dirichlet'/)
    286                                  !< Decycling method at horizontal boundaries,
    287                                  !< 1=left, 2=right, 3=south, 4=north
    288                                  !< dirichlet = initial size distribution and
    289                                  !< chemical composition set for the ghost and
    290                                  !< first three layers
    291                                  !< neumann = zero gradient
    292 
    293     REAL(kind=wp), PUBLIC :: cs_time_step = 0._wp
    294     CHARACTER(10), PUBLIC :: photolysis_scheme
    295                                          ! 'constant',
    296                                          ! 'simple' (Simple parameterisation from MCM, Saunders et al., 2003, Atmos. Chem. Phys., 3, 161-180
    297                                          ! 'fastj'  (Wild et al., 2000, J. Atmos. Chem., 37, 245-282) STILL NOT IMPLEMENTED
    298 
    299    
    300     !-----------------------------------------------------------------------
    301     ! Parameter needed for Deposition calculation using DEPAC model (van Zanten et al., 2010)
    302     !
    303     INTEGER(iwp), PARAMETER :: nlu_dep = 15                   ! Number of DEPAC landuse classes (lu's)
    304     INTEGER(iwp), PARAMETER :: ncmp = 10                      ! Number of DEPAC gas components
    305     !------------------------------------------------------------------------
    306     ! DEPAC landuse classes as defined in LOTOS-EUROS model v2.1                             
    307     !
    308     INTEGER(iwp)  ::  ilu_grass              = 1       
    309     INTEGER(iwp)  ::  ilu_arable             = 2       
    310     INTEGER(iwp)  ::  ilu_permanent_crops    = 3         
    311     INTEGER(iwp)  ::  ilu_coniferous_forest  = 4         
    312     INTEGER(iwp)  ::  ilu_deciduous_forest   = 5         
    313     INTEGER(iwp)  ::  ilu_water_sea          = 6       
    314     INTEGER(iwp)  ::  ilu_urban              = 7       
    315     INTEGER(iwp)  ::  ilu_other              = 8 
    316     INTEGER(iwp)  ::  ilu_desert             = 9 
    317     INTEGER(iwp)  ::  ilu_ice                = 10
    318     INTEGER(iwp)  ::  ilu_savanna            = 11
    319     INTEGER(iwp)  ::  ilu_tropical_forest    = 12
    320     INTEGER(iwp)  ::  ilu_water_inland       = 13
    321     INTEGER(iwp)  ::  ilu_mediterrean_scrub  = 14
    322     INTEGER(iwp)  ::  ilu_semi_natural_veg   = 15
    323     !
    324     !--------------------------------------------------------------------------
    325     ! NH3/SO2 ratio regimes:
    326     INTEGER, PARAMETER  ::  iratns_low  = 1       ! low ratio NH3/SO2
    327     INTEGER, PARAMETER  ::  iratns_high = 2       ! high ratio NH3/SO2
    328     INTEGER, PARAMETER  ::  iratns_very_low = 3   ! very low ratio NH3/SO2
    329     ! Default:
    330     INTEGER, PARAMETER  ::  iratns_default = iratns_low
    331     !
    332     ! Set alpha for f_light (4.57 is conversion factor from 1./(mumol m-2 s-1) naar W m-2
    333     REAL(wp), DIMENSION(nlu_dep), PARAMETER :: alpha   = &
    334       (/0.009,0.009, 0.009,0.006,0.006, -999., -999.,0.009,-999.,-999.,0.009,0.006,-999.,0.009,0.008/)*4.57
    335     !
    336     ! Set temperatures per land use for F_temp
    337     REAL(wp), DIMENSION(nlu_dep), PARAMETER :: Tmin = &
    338       (/12.0, 12.0,  12.0,  0.0,  0.0, -999., -999., 12.0, -999., -999., 12.0,  0.0, -999., 12.0,  8.0/)
    339     REAL(wp), DIMENSION(nlu_dep), PARAMETER :: Topt = &
    340       (/26.0, 26.0,  26.0, 18.0, 20.0, -999., -999., 26.0, -999., -999., 26.0, 20.0, -999., 26.0, 24.0 /)
    341     REAL(wp), DIMENSION(nlu_dep), PARAMETER :: Tmax = &
    342       (/40.0, 40.0,  40.0, 36.0, 35.0, -999., -999., 40.0, -999., -999., 40.0, 35.0, -999., 40.0, 39.0 /)
    343     !
    344     ! Set F_min:
    345     REAL(wp), DIMENSION(nlu_dep), PARAMETER :: F_min = &
    346       (/0.01, 0.01,  0.01, 0.1,  0.1,   -999., -999.,0.01, -999.,-999.,0.01,0.1,-999.,0.01, 0.04/)
    347    
    348     ! Set maximal conductance (m/s)
    349     ! (R T/P) = 1/41000 mmol/m3 is given for 20 deg C to go from  mmol O3/m2/s to m/s
    350     ! Could be refined to a function of T and P. in Jones
    351     REAL(wp), DIMENSION(nlu_dep), PARAMETER :: g_max = &
    352       (/270., 300.,  300., 140., 150.,  -999., -999.,270., -999.,-999.,270., 150.,-999.,300., 422./)/41000
    353     !
    354     ! Set max, min for vapour pressure deficit vpd;
    355     REAL(wp), DIMENSION(nlu_dep), PARAMETER :: vpd_max = &
    356       (/1.3,  0.9,   0.9,  0.5,  1.0,   -999., -999.,1.3,  -999.,-999.,1.3,1.0,  -999.,0.9, 2.8/)
    357     REAL(wp), DIMENSION(nlu_dep), PARAMETER :: vpd_min = &
    358       (/3.0,  2.8,   2.8,  3.0,  3.25,  -999., -999.,3.0,  -999.,-999.,3.0,3.25, -999.,2.8, 4.5/)
    359     !
    360     ! 
    361     !------------------------------------------------------------------------
    362 
    363    
     298         (/'dirichlet','dirichlet','dirichlet','dirichlet'/)
     299                              !< Decycling method at horizontal boundaries,
     300                              !< 1=left, 2=right, 3=south, 4=north
     301                              !< dirichlet = initial size distribution and
     302                              !< chemical composition set for the ghost and
     303                              !< first three layers
     304                              !< neumann = zero gradient
     305
     306    REAL(kind=wp), PUBLIC ::  cs_time_step = 0._wp
     307    CHARACTER(10), PUBLIC ::  photolysis_scheme
     308                              !< 'constant',
     309                              !< 'simple' (Simple parameterisation from MCM, Saunders et al., 2003, Atmos. Chem. Phys., 3, 161-180
     310                              !< 'fastj'  (Wild et al., 2000, J. Atmos. Chem., 37, 245-282) STILL NOT IMPLEMENTED
     311
     312
     313    !
     314    !-- Parameter needed for Deposition calculation using DEPAC model (van Zanten et al., 2010)
     315    !
     316    INTEGER(iwp), PARAMETER ::  nlu_dep = 15                   !< Number of DEPAC landuse classes (lu's)
     317    INTEGER(iwp), PARAMETER ::  ncmp = 10                      !< Number of DEPAC gas components
     318    INTEGER(iwp), PARAMETER ::  nposp = 69                     !< Number of possible species for deposition
     319    !
     320    !-- DEPAC landuse classes as defined in LOTOS-EUROS model v2.1                             
     321    INTEGER(iwp) ::  ilu_grass              = 1       
     322    INTEGER(iwp) ::  ilu_arable             = 2       
     323    INTEGER(iwp) ::  ilu_permanent_crops    = 3         
     324    INTEGER(iwp) ::  ilu_coniferous_forest  = 4         
     325    INTEGER(iwp) ::  ilu_deciduous_forest   = 5         
     326    INTEGER(iwp) ::  ilu_water_sea          = 6       
     327    INTEGER(iwp) ::  ilu_urban              = 7       
     328    INTEGER(iwp) ::  ilu_other              = 8 
     329    INTEGER(iwp) ::  ilu_desert             = 9 
     330    INTEGER(iwp) ::  ilu_ice                = 10
     331    INTEGER(iwp) ::  ilu_savanna            = 11
     332    INTEGER(iwp) ::  ilu_tropical_forest    = 12
     333    INTEGER(iwp) ::  ilu_water_inland       = 13
     334    INTEGER(iwp) ::  ilu_mediterrean_scrub  = 14
     335    INTEGER(iwp) ::  ilu_semi_natural_veg   = 15
     336
     337    !
     338    !-- NH3/SO2 ratio regimes:
     339    INTEGER(iwp), PARAMETER ::  iratns_low      = 1       !< low ratio NH3/SO2
     340    INTEGER(iwp), PARAMETER ::  iratns_high     = 2       !< high ratio NH3/SO2
     341    INTEGER(iwp), PARAMETER ::  iratns_very_low = 3       !< very low ratio NH3/SO2
     342    !
     343    !-- Default:
     344    INTEGER, PARAMETER ::  iratns_default = iratns_low
     345    !
     346    !-- Set alpha for f_light (4.57 is conversion factor from 1./(mumol m-2 s-1) to W m-2
     347    REAL(wp), DIMENSION(nlu_dep), PARAMETER ::  alpha   =(/ 0.009, 0.009, 0.009, 0.006, 0.006, -999., -999., 0.009, -999.,      &
     348         -999., 0.009, 0.006, -999., 0.009, 0.008/)*4.57
     349    !
     350    !-- Set temperatures per land use for f_temp
     351    REAL(wp), DIMENSION(nlu_dep), PARAMETER ::  tmin = (/ 12.0, 12.0,  12.0,  0.0,  0.0, -999., -999., 12.0, -999., -999.,      &
     352         12.0,  0.0, -999., 12.0,  8.0/)
     353    REAL(wp), DIMENSION(nlu_dep), PARAMETER ::  topt = (/ 26.0, 26.0,  26.0, 18.0, 20.0, -999., -999., 26.0, -999., -999.,      &
     354         26.0, 20.0, -999., 26.0, 24.0 /)
     355    REAL(wp), DIMENSION(nlu_dep), PARAMETER ::  tmax = (/ 40.0, 40.0,  40.0, 36.0, 35.0, -999., -999., 40.0, -999., -999.,      &
     356         40.0, 35.0, -999., 40.0, 39.0 /)
     357    !
     358    !-- Set f_min:
     359    REAL(wp), DIMENSION(nlu_dep), PARAMETER ::  f_min = (/ 0.01, 0.01, 0.01, 0.1, 0.1, -999., -999., 0.01, -999., -999., 0.01,  &
     360         0.1, -999., 0.01, 0.04/)
     361
     362    !
     363    !-- Set maximal conductance (m/s)
     364    !-- (R T/P) = 1/41000 mmol/m3 is given for 20 deg C to go from  mmol O3/m2/s to m/s
     365    REAL(wp), DIMENSION(nlu_dep), PARAMETER ::  g_max = (/ 270., 300., 300., 140., 150., -999., -999., 270., -999., -999.,      &
     366         270., 150., -999., 300., 422./)/41000
     367    !
     368    !-- Set max, min for vapour pressure deficit vpd
     369    REAL(wp), DIMENSION(nlu_dep), PARAMETER ::  vpd_max = (/1.3, 0.9, 0.9, 0.5, 1.0, -999., -999., 1.3, -999., -999., 1.3,      &
     370         1.0, -999., 0.9, 2.8/)
     371    REAL(wp), DIMENSION(nlu_dep), PARAMETER ::  vpd_min = (/3.0, 2.8, 2.8, 3.0, 3.25, -999., -999., 3.0, -999., -999., 3.0,     &
     372         3.25, -999., 2.8, 4.5/)
     373
     374
    364375    PUBLIC nest_chemistry
    365376    PUBLIC nspec
    … …  
    369380    PUBLIC spec_conc_2 
    370381
    371 !-  Interface section
     382    !   
     383    !-- Interface section
    372384    INTERFACE chem_3d_data_averaging
    373385       MODULE PROCEDURE chem_3d_data_averaging
    … …  
    516528    END INTERFACE get_rb_cell
    517529
    518    
     530
    519531
    520532    PUBLIC chem_3d_data_averaging, chem_boundary_conds, chem_check_data_output, &
    521            chem_check_data_output_pr, chem_check_parameters,                    &
    522            chem_data_output_2d, chem_data_output_3d, chem_data_output_mask,     &
    523            chem_define_netcdf_grid, chem_header, chem_init,                     &
    524            chem_init_profiles, chem_integrate, chem_parin,                      &
    525            chem_prognostic_equations, chem_rrd_local,                           &
    526            chem_statistics, chem_swap_timelevel, chem_wrd_local, chem_depo
     533         chem_check_data_output_pr, chem_check_parameters,                    &
     534         chem_data_output_2d, chem_data_output_3d, chem_data_output_mask,     &
     535         chem_define_netcdf_grid, chem_header, chem_init,                     &
     536         chem_init_profiles, chem_integrate, chem_parin,                      &
     537         chem_prognostic_equations, chem_rrd_local,                           &
     538         chem_statistics, chem_swap_timelevel, chem_wrd_local, chem_depo
    527539
    528540
    … …  
    530542 CONTAINS
    531543
    532 !
    533 !------------------------------------------------------------------------------!
    534 !
    535 ! Description:
    536 ! ------------
    537 !> Subroutine for averaging 3D data of chemical species. Due to the fact that
    538 !> the averaged chem arrays are allocated in chem_init, no if-query concerning
    539 !> the allocation is required (in any mode). Attention: If you just specify an
    540 !> averaged output quantity in the _p3dr file during restarts the first output
    541 !> includes the time between the beginning of the restart run and the first
    542 !> output time (not necessarily the whole averaging_interval you have
    543 !> specified in your _p3d/_p3dr file )
    544 !------------------------------------------------------------------------------!
    545 
    546     SUBROUTINE chem_3d_data_averaging ( mode, variable )
    547 
    548        USE control_parameters
    549 
    550        USE indices
    551 
    552        USE kinds
    553 
    554        USE surface_mod,                                                         &
    555           ONLY: surf_def_h, surf_lsm_h, surf_usm_h   
    556  
    557        IMPLICIT NONE
    558  
    559        CHARACTER (LEN=*) ::  mode    !<
    560        CHARACTER (LEN=*) :: variable !<
    561  
    562        LOGICAL      ::  match_def !< flag indicating natural-type surface
    563        LOGICAL      ::  match_lsm !< flag indicating natural-type surface
    564        LOGICAL      ::  match_usm !< flag indicating urban-type surface
    565 
    566        INTEGER(iwp) ::  i                  !< grid index x direction
    567        INTEGER(iwp) ::  j                  !< grid index y direction
    568        INTEGER(iwp) ::  k                  !< grid index z direction
    569        INTEGER(iwp) ::  m                  !< running index surface type
    570        INTEGER(iwp) :: lsp                 !< running index for chem spcs
    571 
    572 
    573        IF ( mode == 'allocate' )  THEN
    574           DO lsp = 1, nspec
    575              IF ( TRIM(variable(1:3)) == 'kc_' .AND. &
    576                   TRIM(variable(4:)) == TRIM(chem_species(lsp)%name)) THEN
    577                 chem_species(lsp)%conc_av = 0.0_wp
    578              ENDIF
    579           ENDDO
    580 
    581        ELSEIF ( mode == 'sum' )  THEN
    582 
    583           DO lsp = 1, nspec
    584              IF ( TRIM(variable(1:3)) == 'kc_' .AND. &
    585                   TRIM(variable(4:)) == TRIM(chem_species(lsp)%name)) THEN
    586                 DO  i = nxlg, nxrg
    587                    DO  j = nysg, nyng
    588                       DO  k = nzb, nzt+1
    589                           chem_species(lsp)%conc_av(k,j,i) = chem_species(lsp)%conc_av(k,j,i) + &
    590                                                              chem_species(lsp)%conc(k,j,i)
    591                       ENDDO
     544 !
     545 !------------------------------------------------------------------------------!
     546 !
     547 ! Description:
     548 ! ------------
     549 !> Subroutine for averaging 3D data of chemical species. Due to the fact that
     550 !> the averaged chem arrays are allocated in chem_init, no if-query concerning
     551 !> the allocation is required (in any mode). Attention: If you just specify an
     552 !> averaged output quantity in the _p3dr file during restarts the first output
     553 !> includes the time between the beginning of the restart run and the first
     554 !> output time (not necessarily the whole averaging_interval you have
     555 !> specified in your _p3d/_p3dr file )
     556 !------------------------------------------------------------------------------!
     557
     558 SUBROUTINE chem_3d_data_averaging( mode, variable )
     559
     560    USE control_parameters
     561
     562    USE indices
     563
     564    USE kinds
     565
     566    USE surface_mod,                                                         &
     567         ONLY:  surf_def_h, surf_lsm_h, surf_usm_h   
     568
     569    IMPLICIT NONE
     570
     571    CHARACTER (LEN=*) ::  mode    !<
     572    CHARACTER (LEN=*) :: variable !<
     573
     574    LOGICAL      ::  match_def !< flag indicating natural-type surface
     575    LOGICAL      ::  match_lsm !< flag indicating natural-type surface
     576    LOGICAL      ::  match_usm !< flag indicating urban-type surface
     577
     578    INTEGER(iwp) ::  i                  !< grid index x direction
     579    INTEGER(iwp) ::  j                  !< grid index y direction
     580    INTEGER(iwp) ::  k                  !< grid index z direction
     581    INTEGER(iwp) ::  m                  !< running index surface type
     582    INTEGER(iwp) :: lsp                 !< running index for chem spcs
     583
     584
     585    IF ( mode == 'allocate' )  THEN
     586       DO lsp = 1, nspec
     587          IF ( TRIM(variable(1:3)) == 'kc_' .AND. &
     588               TRIM(variable(4:)) == TRIM(chem_species(lsp)%name)) THEN
     589             chem_species(lsp)%conc_av = 0.0_wp
     590          ENDIF
     591       ENDDO
     592
     593    ELSEIF ( mode == 'sum' )  THEN
     594
     595       DO lsp = 1, nspec
     596          IF ( TRIM(variable(1:3)) == 'kc_' .AND. &
     597               TRIM(variable(4:)) == TRIM(chem_species(lsp)%name)) THEN
     598             DO  i = nxlg, nxrg
     599                DO  j = nysg, nyng
     600                   DO  k = nzb, nzt+1
     601                      chem_species(lsp)%conc_av(k,j,i) = chem_species(lsp)%conc_av(k,j,i) + &
     602                           chem_species(lsp)%conc(k,j,i)
    592603                   ENDDO
    593604                ENDDO
    594              ELSEIF ( TRIM(variable(4:)) == TRIM('cssws*') )        THEN
    595                 DO  i = nxl, nxr
    596                    DO  j = nys, nyn
    597                       match_def = surf_def_h(0)%start_index(j,i) <=               &
    598                                   surf_def_h(0)%end_index(j,i)
    599                       match_lsm = surf_lsm_h%start_index(j,i) <=                  &
    600                                   surf_lsm_h%end_index(j,i)
    601                       match_usm = surf_usm_h%start_index(j,i) <=                  &
    602                                   surf_usm_h%end_index(j,i)
    603 
    604                       IF ( match_def )  THEN
    605                          m = surf_def_h(0)%end_index(j,i)
    606                          chem_species(lsp)%cssws_av(j,i) =                        &
    607                                                 chem_species(lsp)%cssws_av(j,i) + &
    608                                                 surf_def_h(0)%cssws(lsp,m)
    609                       ELSEIF ( match_lsm  .AND.  .NOT. match_usm )  THEN
    610                          m = surf_lsm_h%end_index(j,i)
    611                          chem_species(lsp)%cssws_av(j,i) =                        &
    612                                                 chem_species(lsp)%cssws_av(j,i) + &
    613                                                 surf_lsm_h%cssws(lsp,m)
    614                       ELSEIF ( match_usm )  THEN
    615                          m = surf_usm_h%end_index(j,i)
    616                          chem_species(lsp)%cssws_av(j,i) =                        &
    617                                                 chem_species(lsp)%cssws_av(j,i) + &
    618                                                 surf_usm_h%cssws(lsp,m)
    619                       ENDIF
     605             ENDDO
     606          ELSEIF ( TRIM(variable(4:)) == TRIM('cssws*') )        THEN
     607             DO  i = nxl, nxr
     608                DO  j = nys, nyn
     609                   match_def = surf_def_h(0)%start_index(j,i) <=               &
     610                        surf_def_h(0)%end_index(j,i)
     611                   match_lsm = surf_lsm_h%start_index(j,i) <=                  &
     612                        surf_lsm_h%end_index(j,i)
     613                   match_usm = surf_usm_h%start_index(j,i) <=                  &
     614                        surf_usm_h%end_index(j,i)
     615
     616                   IF ( match_def )  THEN
     617                      m = surf_def_h(0)%end_index(j,i)
     618                      chem_species(lsp)%cssws_av(j,i) =                        &
     619                           chem_species(lsp)%cssws_av(j,i) + &
     620                           surf_def_h(0)%cssws(lsp,m)
     621                   ELSEIF ( match_lsm  .AND.  .NOT. match_usm )  THEN
     622                      m = surf_lsm_h%end_index(j,i)
     623                      chem_species(lsp)%cssws_av(j,i) =                        &
     624                           chem_species(lsp)%cssws_av(j,i) + &
     625                           surf_lsm_h%cssws(lsp,m)
     626                   ELSEIF ( match_usm )  THEN
     627                      m = surf_usm_h%end_index(j,i)
     628                      chem_species(lsp)%cssws_av(j,i) =                        &
     629                           chem_species(lsp)%cssws_av(j,i) + &
     630                           surf_usm_h%cssws(lsp,m)
     631                   ENDIF
     632                ENDDO
     633             ENDDO
     634          ENDIF
     635       ENDDO
     636
     637    ELSEIF ( mode == 'average' )  THEN
     638       DO lsp = 1, nspec
     639          IF ( TRIM(variable(1:3)) == 'kc_' .AND. &
     640               TRIM(variable(4:)) == TRIM(chem_species(lsp)%name)) THEN
     641             DO  i = nxlg, nxrg
     642                DO  j = nysg, nyng
     643                   DO  k = nzb, nzt+1
     644                      chem_species(lsp)%conc_av(k,j,i) = chem_species(lsp)%conc_av(k,j,i) / REAL( average_count_3d, KIND=wp )
    620645                   ENDDO
    621646                ENDDO
    622              ENDIF
    623           ENDDO
    624  
    625        ELSEIF ( mode == 'average' )  THEN
    626           DO lsp = 1, nspec
    627              IF ( TRIM(variable(1:3)) == 'kc_' .AND. &
    628                   TRIM(variable(4:)) == TRIM(chem_species(lsp)%name)) THEN
    629                 DO  i = nxlg, nxrg
    630                    DO  j = nysg, nyng
    631                       DO  k = nzb, nzt+1
    632                           chem_species(lsp)%conc_av(k,j,i) = chem_species(lsp)%conc_av(k,j,i) / REAL( average_count_3d, KIND=wp )
    633                       ENDDO
    634                    ENDDO
     647             ENDDO
     648
     649          ELSEIF (TRIM(variable(4:)) == TRIM('cssws*') )            THEN
     650             DO i = nxlg, nxrg
     651                DO  j = nysg, nyng
     652                   chem_species(lsp)%cssws_av(j,i) = chem_species(lsp)%cssws_av(j,i) / REAL( average_count_3d, KIND=wp )
    635653                ENDDO
    636 
    637              ELSEIF (TRIM(variable(4:)) == TRIM('cssws*') )            THEN
    638                 DO i = nxlg, nxrg
    639                    DO  j = nysg, nyng
    640                         chem_species(lsp)%cssws_av(j,i) = chem_species(lsp)%cssws_av(j,i) / REAL( average_count_3d, KIND=wp )
    641                    ENDDO
    642                 ENDDO
    643                    CALL exchange_horiz_2d( chem_species(lsp)%cssws_av, nbgp )                 
    644              ENDIF
    645           ENDDO
    646          
    647        ENDIF     
    648 
    649     END SUBROUTINE chem_3d_data_averaging
     654             ENDDO
     655             CALL exchange_horiz_2d( chem_species(lsp)%cssws_av, nbgp )                 
     656          ENDIF
     657       ENDDO
     658
     659    ENDIF
     660
     661 END SUBROUTINE chem_3d_data_averaging
    650662
    651663!   
    … …  
    657669!------------------------------------------------------------------------------!
    658670
    659     SUBROUTINE chem_boundary_conds( mode )                                           
    660                                                                                      
    661        USE control_parameters,                                                    & 
    662           ONLY:  air_chemistry, bc_radiation_l, bc_radiation_n, bc_radiation_r,  &
    663                  bc_radiation_s               
    664        USE indices,                                                               & 
    665           ONLY:  nxl, nxr,  nxlg, nxrg, nyng, nysg, nzt                             
    666                                                                                      
    667 
    668        USE arrays_3d,                                                             &     
    669           ONLY:  dzu                                               
    670        USE surface_mod,                                                           &
    671           ONLY:  bc_h                                                           
    672 
    673        CHARACTER (len=*), INTENT(IN) :: mode
    674        INTEGER(iwp) ::  i                                                            !< grid index x direction.
    675        INTEGER(iwp) ::  j                                                            !< grid index y direction.
    676        INTEGER(iwp) ::  k                                                            !< grid index z direction.
    677        INTEGER(iwp) ::  kb                                                           !< variable to set respective boundary value, depends on facing.
    678        INTEGER(iwp) ::  l                                                            !< running index boundary type, for up- and downward-facing walls.
    679        INTEGER(iwp) ::  m                                                            !< running index surface elements.
    680        INTEGER(iwp) ::  lsp                                                          !< running index for chem spcs.
    681        INTEGER(iwp) ::  lph                                                          !< running index for photolysis frequencies
    682 
    683 
    684        SELECT CASE ( TRIM( mode ) )       
    685           CASE ( 'init' )
    686 
    687              IF ( bc_cs_b == 'dirichlet' )    THEN
    688                 ibc_cs_b = 0
    689              ELSEIF ( bc_cs_b == 'neumann' )  THEN
    690                 ibc_cs_b = 1
    691              ELSE
    692                 message_string = 'unknown boundary condition: bc_cs_b ="' // TRIM( bc_cs_b ) // '"' 
    693                 CALL message( 'chem_boundary_conds', 'CM0429', 1, 2, 0, 6, 0 )     !<
    694              ENDIF                                                                 
     671 SUBROUTINE chem_boundary_conds( mode )                                           
     672
     673    USE control_parameters,                                                    & 
     674        ONLY:  air_chemistry, bc_radiation_l, bc_radiation_n, bc_radiation_r,  &
     675               bc_radiation_s               
     676    USE indices,                                                               & 
     677        ONLY:  nxl, nxr,  nxlg, nxrg, nyng, nysg, nzt                             
     678
     679    USE arrays_3d,                                                             &     
     680        ONLY:  dzu                                                
     681
     682    USE surface_mod,                                                           &
     683        ONLY:  bc_h                                                           
     684
     685    CHARACTER (len=*), INTENT(IN) :: mode
     686    INTEGER(iwp) ::  i                            !< grid index x direction.
     687    INTEGER(iwp) ::  j                            !< grid index y direction.
     688    INTEGER(iwp) ::  k                            !< grid index z direction.
     689    INTEGER(iwp) ::  kb                           !< variable to set respective boundary value, depends on facing.
     690    INTEGER(iwp) ::  l                            !< running index boundary type, for up- and downward-facing walls.
     691    INTEGER(iwp) ::  m                            !< running index surface elements.
     692    INTEGER(iwp) ::  lsp                          !< running index for chem spcs.
     693    INTEGER(iwp) ::  lph                          !< running index for photolysis frequencies
     694
     695
     696    SELECT CASE ( TRIM( mode ) )       
     697       CASE ( 'init' )
     698
     699          IF ( bc_cs_b == 'dirichlet' )    THEN
     700             ibc_cs_b = 0
     701          ELSEIF ( bc_cs_b == 'neumann' )  THEN
     702             ibc_cs_b = 1
     703          ELSE
     704             message_string = 'unknown boundary condition: bc_cs_b ="' // TRIM( bc_cs_b ) // '"' 
     705             CALL message( 'chem_boundary_conds', 'CM0429', 1, 2, 0, 6, 0 )     !<
     706          ENDIF                                                                 
    695707!
    696708!--          Set Integer flags and check for possible erroneous settings for top
    697709!--          boundary condition.
    698              IF ( bc_cs_t == 'dirichlet' )             THEN
    699                 ibc_cs_t = 0
    700              ELSEIF ( bc_cs_t == 'neumann' )           THEN
    701                 ibc_cs_t = 1
    702              ELSEIF ( bc_cs_t == 'initial_gradient' )  THEN
    703                 ibc_cs_t = 2
    704              ELSEIF ( bc_cs_t == 'nested' )            THEN         
    705                 ibc_cs_t = 3
    706              ELSE
    707                 message_string = 'unknown boundary condition: bc_c_t ="' // TRIM( bc_cs_t ) // '"'     
    708                 CALL message( 'check_parameters', 'CM0430', 1, 2, 0, 6, 0 )
    709              ENDIF
    710 
    711          
    712           CASE ( 'set_bc_bottomtop' )                   
     710          IF ( bc_cs_t == 'dirichlet' )             THEN
     711             ibc_cs_t = 0
     712          ELSEIF ( bc_cs_t == 'neumann' )           THEN
     713             ibc_cs_t = 1
     714          ELSEIF ( bc_cs_t == 'initial_gradient' )  THEN
     715             ibc_cs_t = 2
     716          ELSEIF ( bc_cs_t == 'nested' )            THEN         
     717             ibc_cs_t = 3
     718          ELSE
     719             message_string = 'unknown boundary condition: bc_c_t ="' // TRIM( bc_cs_t ) // '"'     
     720             CALL message( 'check_parameters', 'CM0430', 1, 2, 0, 6, 0 )
     721          ENDIF
     722
     723
     724       CASE ( 'set_bc_bottomtop' )                   
    713725!--          Bottom boundary condtions for chemical species     
    714              DO lsp = 1, nspec                                                     
    715                 IF ( ibc_cs_b == 0 ) THEN                   
    716                    DO l = 0, 1
     726          DO lsp = 1, nspec                                                     
     727             IF ( ibc_cs_b == 0 ) THEN                   
     728                DO l = 0, 1
    717729!--                Set index kb: For upward-facing surfaces (l=0), kb=-1, i.e.
    718730!--                the chem_species(nspec)%conc_p value at the topography top (k-1)
    … …  
    720732!--                value at the topography bottom (k+1) is set.
    721733
    722                       kb = MERGE( -1, 1, l == 0 )
    723                       !$OMP PARALLEL DO PRIVATE( i, j, k )
    724                       DO m = 1, bc_h(l)%ns
    725                          i = bc_h(l)%i(m)           
    726                          j = bc_h(l)%j(m)
    727                          k = bc_h(l)%k(m)
    728                          chem_species(lsp)%conc_p(k+kb,j,i) = chem_species(lsp)%conc(k+kb,j,i)
    729                       ENDDO                                       
    730                    ENDDO                                       
    731              
    732                 ELSEIF ( ibc_cs_b == 1 ) THEN
     734                   kb = MERGE( -1, 1, l == 0 )
     735                   !$OMP PARALLEL DO PRIVATE( i, j, k )
     736                   DO m = 1, bc_h(l)%ns
     737                      i = bc_h(l)%i(m)           
     738                      j = bc_h(l)%j(m)
     739                      k = bc_h(l)%k(m)
     740                      chem_species(lsp)%conc_p(k+kb,j,i) = chem_species(lsp)%conc(k+kb,j,i)
     741                   ENDDO                                       
     742                ENDDO                                       
     743
     744             ELSEIF ( ibc_cs_b == 1 ) THEN
    733745!--             in boundary_conds there is som extra loop over m here for passive tracer
    734                    DO l = 0, 1
    735                       kb = MERGE( -1, 1, l == 0 )
    736                       !$OMP PARALLEL DO PRIVATE( i, j, k )                                           
    737                       DO m = 1, bc_h(l)%ns
    738                          i = bc_h(l)%i(m)           
    739                          j = bc_h(l)%j(m)
    740                          k = bc_h(l)%k(m)
    741                          chem_species(lsp)%conc_p(k+kb,j,i) = chem_species(lsp)%conc_p(k,j,i)
    742 
    743                       ENDDO
     746                DO l = 0, 1
     747                   kb = MERGE( -1, 1, l == 0 )
     748                   !$OMP PARALLEL DO PRIVATE( i, j, k )                                           
     749                   DO m = 1, bc_h(l)%ns
     750                      i = bc_h(l)%i(m)           
     751                      j = bc_h(l)%j(m)
     752                      k = bc_h(l)%k(m)
     753                      chem_species(lsp)%conc_p(k+kb,j,i) = chem_species(lsp)%conc_p(k,j,i)
     754
    744755                   ENDDO
    745                 ENDIF
    746           ENDDO    ! end lsp loop 
    747 
    748 !--    Top boundary conditions for chemical species - Should this not be done for all species?
    749              IF ( ibc_cs_t == 0 )  THEN                   
    750                 DO lsp = 1, nspec
    751                    chem_species(lsp)%conc_p(nzt+1,:,:) = chem_species(lsp)%conc(nzt+1,:,:)       
    752                 ENDDO
    753              ELSEIF ( ibc_cs_t == 1 )  THEN
    754                 DO lsp = 1, nspec
    755                    chem_species(lsp)%conc_p(nzt+1,:,:) = chem_species(lsp)%conc_p(nzt,:,:)
    756                 ENDDO
    757              ELSEIF ( ibc_cs_t == 2 )  THEN
    758                 DO lsp = 1, nspec
    759                    chem_species(lsp)%conc_p(nzt+1,:,:) = chem_species(lsp)%conc_p(nzt,:,:) + bc_cs_t_val(lsp) * dzu(nzt+1)
    760756                ENDDO
    761757             ENDIF
    762 !
    763           CASE ( 'set_bc_lateral' )                       
     758       ENDDO    ! end lsp loop 
     759
     760!--    Top boundary conditions for chemical species - Should this not be done for all species?
     761          IF ( ibc_cs_t == 0 )  THEN                   
     762             DO lsp = 1, nspec
     763                chem_species(lsp)%conc_p(nzt+1,:,:) = chem_species(lsp)%conc(nzt+1,:,:)       
     764             ENDDO
     765          ELSEIF ( ibc_cs_t == 1 )  THEN
     766             DO lsp = 1, nspec
     767                chem_species(lsp)%conc_p(nzt+1,:,:) = chem_species(lsp)%conc_p(nzt,:,:)
     768             ENDDO
     769          ELSEIF ( ibc_cs_t == 2 )  THEN
     770             DO lsp = 1, nspec
     771                chem_species(lsp)%conc_p(nzt+1,:,:) = chem_species(lsp)%conc_p(nzt,:,:) + bc_cs_t_val(lsp) * dzu(nzt+1)
     772             ENDDO
     773          ENDIF
     774!
     775       CASE ( 'set_bc_lateral' )                       
    764776!--             Lateral boundary conditions for chem species at inflow boundary
    765777!--             are automatically set when chem_species concentration is
    … …  
    770782!--             Lateral boundary conditions for chem species at outflow boundary
    771783
    772              IF ( bc_radiation_s )  THEN
    773                 DO lsp = 1, nspec
    774                    chem_species(lsp)%conc_p(:,nys-1,:) = chem_species(lsp)%conc_p(:,nys,:)
    775                 ENDDO
    776              ELSEIF ( bc_radiation_n )  THEN
    777                 DO lsp = 1, nspec
    778                    chem_species(lsp)%conc_p(:,nyn+1,:) = chem_species(lsp)%conc_p(:,nyn,:)
    779                 ENDDO
    780              ELSEIF ( bc_radiation_l )  THEN
    781                 DO lsp = 1, nspec
    782                    chem_species(lsp)%conc_p(:,:,nxl-1) = chem_species(lsp)%conc_p(:,:,nxl)
    783                 ENDDO
    784              ELSEIF ( bc_radiation_r )  THEN
    785                 DO lsp = 1, nspec
    786                    chem_species(lsp)%conc_p(:,:,nxr+1) = chem_species(lsp)%conc_p(:,:,nxr)
    787                 ENDDO
    788              ENDIF
    789            
    790        END SELECT
    791 
    792     END SUBROUTINE chem_boundary_conds
     784          IF ( bc_radiation_s )  THEN
     785             DO lsp = 1, nspec
     786                chem_species(lsp)%conc_p(:,nys-1,:) = chem_species(lsp)%conc_p(:,nys,:)
     787             ENDDO
     788          ELSEIF ( bc_radiation_n )  THEN
     789             DO lsp = 1, nspec
     790                chem_species(lsp)%conc_p(:,nyn+1,:) = chem_species(lsp)%conc_p(:,nyn,:)
     791             ENDDO
     792          ELSEIF ( bc_radiation_l )  THEN
     793             DO lsp = 1, nspec
     794                chem_species(lsp)%conc_p(:,:,nxl-1) = chem_species(lsp)%conc_p(:,:,nxl)
     795             ENDDO
     796          ELSEIF ( bc_radiation_r )  THEN
     797             DO lsp = 1, nspec
     798                chem_species(lsp)%conc_p(:,:,nxr+1) = chem_species(lsp)%conc_p(:,:,nxr)
     799             ENDDO
     800          ENDIF
     801
     802    END SELECT
     803
     804 END SUBROUTINE chem_boundary_conds
    793805
    794806!
    … …  
    799811!> x-direction
    800812!-----------------------------------------------------------------------------
    801     SUBROUTINE chem_boundary_conds_decycle (cs_3d, cs_pr_init )
    802        USE pegrid,                                                             &
    803                  ONLY: myid
    804 
    805        IMPLICIT NONE
    806        INTEGER(iwp) ::  boundary !<
    807        INTEGER(iwp) ::  ee !<
    808        INTEGER(iwp) ::  copied !<
    809        INTEGER(iwp) ::  i !<
    810        INTEGER(iwp) ::  j !<
    811        INTEGER(iwp) ::  k !<
    812        INTEGER(iwp) ::  ss !<
    813        REAL(wp), DIMENSION(nzb:nzt+1) ::  cs_pr_init
    814        REAL(wp), DIMENSION(nzb:nzt+1,nysg:nyng,nxlg:nxrg) ::  cs_3d
    815        REAL(wp) ::  flag !< flag to mask topography grid points
    816 
    817        flag = 0.0_wp
    818 
    819        
    820 !--    Left and right boundaries
    821        IF ( decycle_chem_lr  .AND.  bc_lr_cyc )  THEN
    822 
    823           DO  boundary = 1, 2
    824 
    825              IF ( decycle_method(boundary) == 'dirichlet' )  THEN
     813 SUBROUTINE chem_boundary_conds_decycle( cs_3d, cs_pr_init )
     814
     815    USE pegrid,                                                             &
     816        ONLY:  myid
     817
     818    IMPLICIT NONE
     819    INTEGER(iwp) ::  boundary  !<
     820    INTEGER(iwp) ::  ee        !<
     821    INTEGER(iwp) ::  copied    !<
     822    INTEGER(iwp) ::  i         !<
     823    INTEGER(iwp) ::  j         !<
     824    INTEGER(iwp) ::  k         !<
     825    INTEGER(iwp) ::  ss        !<
     826    REAL(wp), DIMENSION(nzb:nzt+1) ::  cs_pr_init
     827    REAL(wp), DIMENSION(nzb:nzt+1, nysg:nyng, nxlg:nxrg) ::  cs_3d
     828    REAL(wp) ::  flag !< flag to mask topography grid points
     829
     830    flag = 0.0_wp
     831
     832
     833!-- Left and right boundaries
     834    IF ( decycle_chem_lr  .AND.  bc_lr_cyc )  THEN
     835
     836       DO  boundary = 1, 2
     837
     838          IF ( decycle_method(boundary) == 'dirichlet' )  THEN
    826839!   
    827 !--             Initial profile is copied to ghost and first three layers         
    828                 ss = 1
    829                 ee = 0
    830                 IF ( boundary == 1  .AND.  nxl == 0 )  THEN
    831                    ss = nxlg
    832                    ee = nxl+2
    833                 ELSEIF ( boundary == 2  .AND.  nxr == nx )  THEN
    834                    ss = nxr-2
    835                    ee = nxrg
    836                 ENDIF
    837 
    838                 DO  i = ss, ee
    839                    DO  j = nysg, nyng
    840                       DO  k = nzb+1, nzt
    841                          flag = MERGE( 1.0_wp, 0.0_wp,                            &
    842                                        BTEST( wall_flags_0(k,j,i), 0 ) )
    843                          cs_3d(k,j,i) = cs_pr_init(k) * flag
    844                       ENDDO
     840!--          Initial profile is copied to ghost and first three layers         
     841             ss = 1
     842             ee = 0
     843             IF ( boundary == 1  .AND.  nxl == 0 )  THEN
     844                ss = nxlg
     845                ee = nxl+2
     846             ELSEIF ( boundary == 2  .AND.  nxr == nx )  THEN
     847                ss = nxr-2
     848                ee = nxrg
     849             ENDIF
     850
     851             DO  i = ss, ee
     852                DO  j = nysg, nyng
     853                   DO  k = nzb+1, nzt
     854                      flag = MERGE( 1.0_wp, 0.0_wp,                            &
     855                                    BTEST( wall_flags_0(k,j,i), 0 ) )
     856                      cs_3d(k,j,i) = cs_pr_init(k) * flag
    845857                   ENDDO
    846858                ENDDO
    847 
    848            ELSEIF ( decycle_method(boundary) == 'neumann' )  THEN
    849 !
    850 !--             The value at the boundary is copied to the ghost layers to simulate
    851 !--             an outlet with zero gradient
    852                 ss = 1
    853                 ee = 0
    854                 IF ( boundary == 1  .AND.  nxl == 0 )  THEN
    855                    ss = nxlg
    856                    ee = nxl-1
    857                    copied = nxl
    858                 ELSEIF ( boundary == 2  .AND.  nxr == nx )  THEN
    859                    ss = nxr+1
    860                    ee = nxrg
    861                    copied = nxr
    862                 ENDIF
    863 
    864                  DO  i = ss, ee
    865                    DO  j = nysg, nyng
    866                       DO  k = nzb+1, nzt
    867                          flag = MERGE( 1.0_wp, 0.0_wp,                            &
    868                                        BTEST( wall_flags_0(k,j,i), 0 ) )
    869                         cs_3d(k,j,i) = cs_3d(k,j,copied) * flag
    870                       ENDDO
     859             ENDDO
     860
     861        ELSEIF ( decycle_method(boundary) == 'neumann' )  THEN
     862!
     863!--          The value at the boundary is copied to the ghost layers to simulate
     864!--          an outlet with zero gradient
     865             ss = 1
     866             ee = 0
     867             IF ( boundary == 1  .AND.  nxl == 0 )  THEN
     868                ss = nxlg
     869                ee = nxl-1
     870                copied = nxl
     871             ELSEIF ( boundary == 2  .AND.  nxr == nx )  THEN
     872                ss = nxr+1
     873                ee = nxrg
     874                copied = nxr
     875             ENDIF
     876
     877              DO  i = ss, ee
     878                DO  j = nysg, nyng
     879                   DO  k = nzb+1, nzt
     880                      flag = MERGE( 1.0_wp, 0.0_wp,                            &
     881                                    BTEST( wall_flags_0(k,j,i), 0 ) )
     882                     cs_3d(k,j,i) = cs_3d(k,j,copied) * flag
    871883                   ENDDO
    872884                ENDDO
    873 
    874              ELSE
    875                 WRITE(message_string,*)                                           &
    876                                     'unknown decycling method: decycle_method (', &
    877                         boundary, ') ="' // TRIM( decycle_method(boundary) ) // '"'
    878                 CALL message( 'chem_boundary_conds_decycle', 'CM0431',           &
    879                               1, 2, 0, 6, 0 )
     885             ENDDO
     886
     887          ELSE
     888             WRITE(message_string,*)                                           &
     889                                 'unknown decycling method: decycle_method (', &
     890                     boundary, ') ="' // TRIM( decycle_method(boundary) ) // '"'
     891             CALL message( 'chem_boundary_conds_decycle', 'CM0431',           &
     892                           1, 2, 0, 6, 0 )
     893          ENDIF
     894       ENDDO
     895    ENDIF
     896
     897
     898!-- South and north boundaries
     899    IF ( decycle_chem_ns  .AND.  bc_ns_cyc )  THEN
     900
     901       DO  boundary = 3, 4
     902
     903          IF ( decycle_method(boundary) == 'dirichlet' )  THEN
     904!   
     905!--          Initial profile is copied to ghost and first three layers         
     906             ss = 1
     907             ee = 0
     908             IF ( boundary == 3  .AND.  nys == 0 )  THEN
     909                ss = nysg
     910                ee = nys+2
     911             ELSEIF ( boundary == 4  .AND.  nyn == ny )  THEN
     912                ss = nyn-2
     913                ee = nyng
    880914             ENDIF
    881           ENDDO
    882        ENDIF
    883 
    884        
    885 !--    South and north boundaries
    886        IF ( decycle_chem_ns  .AND.  bc_ns_cyc )  THEN
    887 
    888           DO  boundary = 3, 4
    889 
    890              IF ( decycle_method(boundary) == 'dirichlet' )  THEN
    891 !   
    892 !--             Initial profile is copied to ghost and first three layers         
    893                 ss = 1
    894                 ee = 0
    895                 IF ( boundary == 3  .AND.  nys == 0 )  THEN
    896                    ss = nysg
    897                    ee = nys+2
    898                 ELSEIF ( boundary == 4  .AND.  nyn == ny )  THEN
    899                    ss = nyn-2
    900                    ee = nyng
    901                 ENDIF
    902 
    903                 DO  i = nxlg, nxrg
    904                    DO  j = ss, ee
    905                       DO  k = nzb+1, nzt
    906                          flag = MERGE( 1.0_wp, 0.0_wp,                            &
    907                                        BTEST( wall_flags_0(k,j,i), 0 ) )
    908                          cs_3d(k,j,i) = cs_pr_init(k) * flag
    909                       ENDDO
     915
     916             DO  i = nxlg, nxrg
     917                DO  j = ss, ee
     918                   DO  k = nzb+1, nzt
     919                      flag = MERGE( 1.0_wp, 0.0_wp,                            &
     920                                    BTEST( wall_flags_0(k,j,i), 0 ) )
     921                      cs_3d(k,j,i) = cs_pr_init(k) * flag
    910922                   ENDDO
    911923                ENDDO
    912        
    913        
    914            ELSEIF ( decycle_method(boundary) == 'neumann' )  THEN
    915 !
    916 !--             The value at the boundary is copied to the ghost layers to simulate
    917 !--             an outlet with zero gradient
    918                 ss = 1
    919                 ee = 0
    920                 IF ( boundary == 3  .AND.  nys == 0 )  THEN
    921                    ss = nysg
    922                    ee = nys-1
    923                    copied = nys
    924                 ELSEIF ( boundary == 4  .AND.  nyn == ny )  THEN
    925                    ss = nyn+1
    926                    ee = nyng
    927                    copied = nyn
    928                 ENDIF
    929 
    930                  DO  i = nxlg, nxrg
    931                    DO  j = ss, ee
    932                       DO  k = nzb+1, nzt
    933                          flag = MERGE( 1.0_wp, 0.0_wp,                            &
    934                                        BTEST( wall_flags_0(k,j,i), 0 ) )
    935                          cs_3d(k,j,i) = cs_3d(k,copied,i) * flag
    936                       ENDDO
     924             ENDDO
     925
     926
     927        ELSEIF ( decycle_method(boundary) == 'neumann' )  THEN
     928!
     929!--          The value at the boundary is copied to the ghost layers to simulate
     930!--          an outlet with zero gradient
     931             ss = 1
     932             ee = 0
     933             IF ( boundary == 3  .AND.  nys == 0 )  THEN
     934                ss = nysg
     935                ee = nys-1
     936                copied = nys
     937             ELSEIF ( boundary == 4  .AND.  nyn == ny )  THEN
     938                ss = nyn+1
     939                ee = nyng
     940                copied = nyn
     941             ENDIF
     942
     943              DO  i = nxlg, nxrg
     944                DO  j = ss, ee
     945                   DO  k = nzb+1, nzt
     946                      flag = MERGE( 1.0_wp, 0.0_wp,                            &
     947                                    BTEST( wall_flags_0(k,j,i), 0 ) )
     948                      cs_3d(k,j,i) = cs_3d(k,copied,i) * flag
    937949                   ENDDO
    938950                ENDDO
    939 
    940              ELSE
    941                 WRITE(message_string,*)                                           &
    942                                     'unknown decycling method: decycle_method (', &
    943                         boundary, ') ="' // TRIM( decycle_method(boundary) ) // '"'
    944                 CALL message( 'chem_boundary_conds_decycle', 'CM0432',           &
    945                               1, 2, 0, 6, 0 )
    946              ENDIF
    947           ENDDO
    948        ENDIF
    949     END SUBROUTINE chem_boundary_conds_decycle
     951             ENDDO
     952
     953          ELSE
     954             WRITE(message_string,*)                                           &
     955                                 'unknown decycling method: decycle_method (', &
     956                     boundary, ') ="' // TRIM( decycle_method(boundary) ) // '"'
     957             CALL message( 'chem_boundary_conds_decycle', 'CM0432',           &
     958                           1, 2, 0, 6, 0 )
     959          ENDIF
     960       ENDDO
     961    ENDIF
     962 END SUBROUTINE chem_boundary_conds_decycle
    950963   !
    951964!------------------------------------------------------------------------------!
    … …  
    956969!------------------------------------------------------------------------------!
    957970
    958     SUBROUTINE chem_check_data_output( var, unit, i, ilen, k )
    959 
    960 
    961        USE control_parameters,                                                 &
    962           ONLY: data_output, message_string
    963 
    964        IMPLICIT NONE
    965 
    966        CHARACTER (LEN=*) ::  unit     !<
    967        CHARACTER (LEN=*) ::  var      !<
    968 
    969        INTEGER(iwp) :: i, lsp
    970        INTEGER(iwp) :: ilen
    971        INTEGER(iwp) :: k
    972 
    973        CHARACTER(len=16)    ::  spec_name
    974 
    975        unit = 'illegal'
    976 
    977        spec_name = TRIM(var(4:))             !< var 1:3 is 'kc_' or 'em_'.
    978 
    979        IF ( TRIM(var(1:3)) == 'em_' )  THEN
    980           DO lsp=1,nspec
    981              IF (TRIM(spec_name) == TRIM(chem_species(lsp)%name))   THEN
    982                 unit = 'mol m-2 s-1'
    983              ENDIF
    984              !-- It is possible to plant PM10 and PM25 into the gasphase chemistry code
    985              !-- as passive species (e.g. 'passive' in GASPHASE_PREPROC/mechanisms):
    986              !-- set unit to micrograms per m**3 for PM10 and PM25 (PM2.5)
    987              IF (spec_name(1:2) == 'PM')   THEN
    988                 unit = 'kg m-2 s-1'
    989              ENDIF
    990           ENDDO
    991 
    992        ELSE
    993 
    994           DO lsp=1,nspec
    995              IF (TRIM(spec_name) == TRIM(chem_species(lsp)%name))   THEN
    996                 unit = 'ppm'
    997              ENDIF
    998 !            It is possible  to plant PM10 and PM25 into the gasphase chemistry code
    999 !            as passive species (e.g. 'passive' in GASPHASE_PREPROC/mechanisms):
    1000 !            set unit to kilograms per m**3 for PM10 and PM25 (PM2.5)
    1001              IF (spec_name(1:2) == 'PM')   THEN 
    1002                unit = 'kg m-3'
    1003              ENDIF
    1004           ENDDO
    1005 
    1006           DO lsp=1,nphot
    1007              IF (TRIM(spec_name) == TRIM(phot_frequen(lsp)%name))   THEN
    1008                 unit = 'sec-1'
    1009              ENDIF
    1010           ENDDO
    1011        ENDIF
    1012 
    1013 
    1014        RETURN
    1015     END SUBROUTINE chem_check_data_output
     971 SUBROUTINE chem_check_data_output( var, unit, i, ilen, k )
     972
     973
     974    USE control_parameters,                                                 &
     975        ONLY:  data_output, message_string
     976
     977    IMPLICIT NONE
     978
     979    CHARACTER (LEN=*) ::  unit     !<
     980    CHARACTER (LEN=*) ::  var      !<
     981
     982    INTEGER(iwp) ::  i
     983    INTEGER(iwp) ::  lsp
     984    INTEGER(iwp) ::  ilen
     985    INTEGER(iwp) ::  k
     986
     987    CHARACTER(len=16)    ::  spec_name
     988
     989    unit = 'illegal'
     990
     991    spec_name = TRIM(var(4:))             !< var 1:3 is 'kc_' or 'em_'.
     992
     993    IF ( TRIM(var(1:3)) == 'em_' )  THEN
     994       DO lsp=1,nspec
     995          IF (TRIM(spec_name) == TRIM(chem_species(lsp)%name))   THEN
     996             unit = 'mol m-2 s-1'
     997          ENDIF
     998          !
     999          !-- It is possible to plant PM10 and PM25 into the gasphase chemistry code
     1000          !-- as passive species (e.g. 'passive' in GASPHASE_PREPROC/mechanisms):
     1001          !-- set unit to micrograms per m**3 for PM10 and PM25 (PM2.5)
     1002          IF (spec_name(1:2) == 'PM')   THEN
     1003             unit = 'kg m-2 s-1'
     1004          ENDIF
     1005       ENDDO
     1006
     1007    ELSE
     1008
     1009       DO lsp=1,nspec
     1010          IF (TRIM(spec_name) == TRIM(chem_species(lsp)%name))   THEN
     1011             unit = 'ppm'
     1012          ENDIF
     1013!
     1014!--            It is possible  to plant PM10 and PM25 into the gasphase chemistry code
     1015!--            as passive species (e.g. 'passive' in GASPHASE_PREPROC/mechanisms):
     1016!--            set unit to kilograms per m**3 for PM10 and PM25 (PM2.5)
     1017          IF (spec_name(1:2) == 'PM')   THEN 
     1018            unit = 'kg m-3'
     1019          ENDIF
     1020       ENDDO
     1021
     1022       DO lsp=1,nphot
     1023          IF (TRIM(spec_name) == TRIM(phot_frequen(lsp)%name))   THEN
     1024             unit = 'sec-1'
     1025          ENDIF
     1026       ENDDO
     1027    ENDIF
     1028
     1029
     1030    RETURN
     1031 END SUBROUTINE chem_check_data_output
    10161032!
    10171033!------------------------------------------------------------------------------!
    … …  
    10221038!------------------------------------------------------------------------------!
    10231039
    1024     SUBROUTINE chem_check_data_output_pr( variable, var_count, unit, dopr_unit )
    1025 
    1026        USE arrays_3d
    1027        USE control_parameters,                                                    &
    1028            ONLY: data_output_pr, message_string, air_chemistry
    1029        USE indices
    1030        USE profil_parameter
    1031        USE statistics
    1032 
    1033 
    1034        IMPLICIT NONE
    1035 
    1036        CHARACTER (LEN=*) ::  unit     !<
    1037        CHARACTER (LEN=*) ::  variable !<
    1038        CHARACTER (LEN=*) ::  dopr_unit
    1039        CHARACTER(len=16) ::  spec_name
    1040    
    1041        INTEGER(iwp) ::  var_count, lsp  !<
    1042        
    1043 
    1044        spec_name = TRIM(variable(4:))   
    1045 
    1046           IF (  .NOT.  air_chemistry )  THEN
    1047              message_string = 'data_output_pr = ' //                        &
    1048              TRIM( data_output_pr(var_count) ) // ' is not imp' // &
    1049                          'lemented for air_chemistry = .FALSE.'
    1050              CALL message( 'chem_check_parameters', 'CM0433', 1, 2, 0, 6, 0 )             
    1051 
    1052           ELSE
    1053              DO lsp = 1, nspec
    1054                 IF (TRIM( spec_name ) == TRIM( chem_species(lsp)%name ) ) THEN
    1055                    cs_pr_count = cs_pr_count+1
    1056                    cs_pr_index(cs_pr_count) = lsp
    1057                    dopr_index(var_count) = pr_palm+cs_pr_count 
    1058                    dopr_unit  = 'ppm'
    1059                    IF (spec_name(1:2) == 'PM')   THEN
    1060                         dopr_unit = 'kg m-3'
    1061                    ENDIF
    1062                       hom(:,2, dopr_index(var_count),:) = SPREAD( zu, 2, statistic_regions+1 )
    1063                       unit = dopr_unit 
     1040 SUBROUTINE chem_check_data_output_pr( variable, var_count, unit, dopr_unit )
     1041
     1042    USE arrays_3d
     1043    USE control_parameters,                                                    &
     1044        ONLY:  air_chemistry, data_output_pr, message_string
     1045    USE indices
     1046    USE profil_parameter
     1047    USE statistics
     1048
     1049
     1050    IMPLICIT NONE
     1051
     1052    CHARACTER (LEN=*) ::  unit     !<
     1053    CHARACTER (LEN=*) ::  variable !<
     1054    CHARACTER (LEN=*) ::  dopr_unit
     1055    CHARACTER(len=16) ::  spec_name
     1056
     1057    INTEGER(iwp) ::  var_count, lsp  !<
     1058
     1059
     1060    spec_name = TRIM(variable(4:))   
     1061
     1062       IF (  .NOT.  air_chemistry )  THEN
     1063          message_string = 'data_output_pr = ' //                        &
     1064          TRIM( data_output_pr(var_count) ) // ' is not imp' // &
     1065                      'lemented for air_chemistry = .FALSE.'
     1066          CALL message( 'chem_check_parameters', 'CM0433', 1, 2, 0, 6, 0 )             
     1067
     1068       ELSE
     1069          DO lsp = 1, nspec
     1070             IF (TRIM( spec_name ) == TRIM( chem_species(lsp)%name ) ) THEN
     1071                cs_pr_count = cs_pr_count+1
     1072                cs_pr_index(cs_pr_count) = lsp
     1073                dopr_index(var_count) = pr_palm+cs_pr_count 
     1074                dopr_unit  = 'ppm'
     1075                IF (spec_name(1:2) == 'PM')   THEN
     1076                     dopr_unit = 'kg m-3'
    10641077                ENDIF
    1065              ENDDO
    1066           ENDIF
    1067 
    1068     END SUBROUTINE chem_check_data_output_pr
     1078                   hom(:,2, dopr_index(var_count),:) = SPREAD( zu, 2, statistic_regions+1 )
     1079                   unit = dopr_unit 
     1080             ENDIF
     1081          ENDDO
     1082       ENDIF
     1083
     1084 END SUBROUTINE chem_check_data_output_pr
    10691085
    10701086!
    … …  
    10741090!> Check parameters routine for chemistry_model_mod
    10751091!------------------------------------------------------------------------------!
    1076     SUBROUTINE chem_check_parameters
    1077 
    1078        IMPLICIT NONE
    1079 
    1080        LOGICAL                        ::  found
    1081        INTEGER (iwp)                  ::  lsp_usr      !< running index for user defined chem spcs
    1082        INTEGER (iwp)                  ::  lsp          !< running index for chem spcs.
    1083 
    1084 
    1085 !!--   check for chemical reactions status
    1086        IF ( chem_gasphase_on )  THEN
    1087           message_string = 'Chemical reactions: ON'
    1088           CALL message( 'chem_check_parameters', 'CM0421', 0, 0, 0, 6, 0 )
    1089        ELSEIF ( .not. (chem_gasphase_on) ) THEN
    1090           message_string = 'Chemical reactions: OFF'
    1091           CALL message( 'chem_check_parameters', 'CM0422', 0, 0, 0, 6, 0 )
     1092 SUBROUTINE chem_check_parameters
     1093
     1094    IMPLICIT NONE
     1095
     1096    LOGICAL       ::  found
     1097    INTEGER (iwp) ::  lsp_usr      !< running index for user defined chem spcs
     1098    INTEGER (iwp) ::  lsp          !< running index for chem spcs.
     1099
     1100
     1101!
     1102!-- check for chemical reactions status
     1103    IF ( chem_gasphase_on )  THEN
     1104       message_string = 'Chemical reactions: ON'
     1105       CALL message( 'chem_check_parameters', 'CM0421', 0, 0, 0, 6, 0 )
     1106    ELSEIF ( .not. (chem_gasphase_on) ) THEN
     1107       message_string = 'Chemical reactions: OFF'
     1108       CALL message( 'chem_check_parameters', 'CM0422', 0, 0, 0, 6, 0 )
     1109    ENDIF
     1110
     1111!-- check for chemistry time-step
     1112    IF ( call_chem_at_all_substeps )  THEN
     1113       message_string = 'Chemistry is calculated at all meteorology time-step'
     1114       CALL message( 'chem_check_parameters', 'CM0423', 0, 0, 0, 6, 0 )
     1115    ELSEIF ( .not. (call_chem_at_all_substeps) ) THEN
     1116       message_string = 'Sub-time-steps are skipped for chemistry time-steps'
     1117       CALL message( 'chem_check_parameters', 'CM0424', 0, 0, 0, 6, 0 )
     1118    ENDIF
     1119
     1120!-- check for photolysis scheme
     1121    IF ( (photolysis_scheme /= 'simple') .AND. (photolysis_scheme /= 'constant')  )  THEN
     1122       message_string = 'Incorrect photolysis scheme selected, please check spelling'
     1123       CALL message( 'chem_check_parameters', 'CM0425', 1, 2, 0, 6, 0 )
     1124    ENDIF
     1125
     1126!-- check for  decycling of chem species
     1127    IF ( (.not. any(decycle_method == 'neumann') ) .AND. (.not. any(decycle_method == 'dirichlet') ) )   THEN
     1128       message_string = 'Incorrect boundary conditions. Only neumann or '   &
     1129                // 'dirichlet &available for decycling chemical species '
     1130       CALL message( 'chem_check_parameters', 'CM0426', 1, 2, 0, 6, 0 )
     1131    ENDIF
     1132
     1133!---------------------
     1134!-- chem_check_parameters is called before the array chem_species is allocated!
     1135!-- temporary switch of this part of the check
     1136    RETURN
     1137!---------------------
     1138
     1139!-- check for initial chem species input
     1140    lsp_usr = 1
     1141    lsp     = 1
     1142    DO WHILE ( cs_name (lsp_usr) /= 'novalue')
     1143       found = .FALSE.
     1144       DO lsp = 1, nvar
     1145          IF ( TRIM(cs_name (lsp_usr)) == TRIM(chem_species(lsp)%name) ) THEN
     1146             found = .TRUE.
     1147             EXIT
     1148          ENDIF
     1149       ENDDO
     1150       IF ( .not. found ) THEN
     1151          message_string = 'Unused/incorrect input for initial surface value: ' // TRIM(cs_name(lsp_usr))
     1152          CALL message( 'chem_check_parameters', 'CM0427', 0, 1, 0, 6, 0 )
    10921153       ENDIF
    1093 
    1094 !--    check for chemistry time-step
    1095        IF ( call_chem_at_all_substeps )  THEN
    1096           message_string = 'Chemistry is calculated at all meteorology time-step'
    1097           CALL message( 'chem_check_parameters', 'CM0423', 0, 0, 0, 6, 0 )
    1098        ELSEIF ( .not. (call_chem_at_all_substeps) ) THEN
    1099           message_string = 'Sub-time-steps are skipped for chemistry time-steps'
    1100           CALL message( 'chem_check_parameters', 'CM0424', 0, 0, 0, 6, 0 )
     1154       lsp_usr = lsp_usr + 1
     1155    ENDDO
     1156
     1157!-- check for surface  emission flux chem species
     1158
     1159    lsp_usr = 1
     1160    lsp     = 1
     1161    DO WHILE ( surface_csflux_name (lsp_usr) /= 'novalue')
     1162       found = .FALSE.
     1163       DO lsp = 1, nvar
     1164          IF ( TRIM(surface_csflux_name (lsp_usr)) == TRIM(chem_species(lsp)%name) ) THEN
     1165             found = .TRUE.
     1166             EXIT
     1167          ENDIF
     1168       ENDDO
     1169       IF ( .not. found ) THEN
     1170          message_string = 'Unused/incorrect input of chemical species for surface emission fluxes: '  &
     1171                            // TRIM(surface_csflux_name(lsp_usr))
     1172          CALL message( 'chem_check_parameters', 'CM0428', 0, 1, 0, 6, 0 )
    11011173       ENDIF
    1102 
    1103 !--    check for photolysis scheme
    1104        IF ( (photolysis_scheme /= 'simple') .AND. (photolysis_scheme /= 'constant')  )  THEN
    1105           message_string = 'Incorrect photolysis scheme selected, please check spelling'
    1106           CALL message( 'chem_check_parameters', 'CM0425', 1, 2, 0, 6, 0 )
    1107        ENDIF
    1108 
    1109 !--    check for  decycling of chem species
    1110        IF ( (.not. any(decycle_method == 'neumann') ) .AND. (.not. any(decycle_method == 'dirichlet') ) )   THEN
    1111           message_string = 'Incorrect boundary conditions. Only neumann or '   &
    1112                    // 'dirichlet &available for decycling chemical species '
    1113           CALL message( 'chem_check_parameters', 'CM0426', 1, 2, 0, 6, 0 )
    1114        ENDIF
    1115 
    1116 !---------------------
    1117 !--    chem_check_parameters is called before the array chem_species is allocated!
    1118 !--    temporary switch of this part of the check
    1119        RETURN
    1120 !---------------------
    1121 
    1122 !--    check for initial chem species input
    1123        lsp_usr = 1
    1124        lsp     = 1
    1125        DO WHILE ( cs_name (lsp_usr) /= 'novalue')
    1126           found = .FALSE.
    1127           DO lsp = 1, nvar
    1128              IF ( TRIM(cs_name (lsp_usr)) == TRIM(chem_species(lsp)%name) ) THEN
    1129                 found = .TRUE.
    1130                 EXIT
    1131              ENDIF
    1132           ENDDO
    1133           IF ( .not. found ) THEN
    1134              message_string = 'Incorrect input for initial surface vaue: ' // TRIM(cs_name(lsp_usr))
    1135              CALL message( 'chem_check_parameters', 'CM0427', 0, 1, 0, 6, 0 )
    1136           ENDIF
    1137           lsp_usr = lsp_usr + 1
    1138        ENDDO
    1139 
    1140 !--    check for surface  emission flux chem species
    1141 
    1142        lsp_usr = 1
    1143        lsp     = 1
    1144        DO WHILE ( surface_csflux_name (lsp_usr) /= 'novalue')
    1145           found = .FALSE.
    1146           DO lsp = 1, nvar
    1147              IF ( TRIM(surface_csflux_name (lsp_usr)) == TRIM(chem_species(lsp)%name) ) THEN
    1148                 found = .TRUE.
    1149                 EXIT
    1150              ENDIF
    1151           ENDDO
    1152           IF ( .not. found ) THEN
    1153              message_string = 'Incorrect input of chemical species for surface emission fluxes: '  &
    1154                                // TRIM(surface_csflux_name(lsp_usr))
    1155              CALL message( 'chem_check_parameters', 'CM0428', 0, 1, 0, 6, 0 )
    1156           ENDIF
    1157           lsp_usr = lsp_usr + 1
    1158        ENDDO
    1159 
    1160     END SUBROUTINE chem_check_parameters
     1174       lsp_usr = lsp_usr + 1
     1175    ENDDO
     1176
     1177 END SUBROUTINE chem_check_parameters
    11611178
    11621179!
    … …  
    11691186!------------------------------------------------------------------------------!
    11701187   
    1171     SUBROUTINE chem_data_output_2d( av, variable, found, grid, mode, local_pf,   &
    1172                                      two_d, nzb_do, nzt_do, fill_value )
    1173    
    1174        USE indices
    1175 
    1176        USE kinds
    1177 
    1178        USE pegrid,             ONLY: myid, threads_per_task
    1179 
    1180        IMPLICIT NONE
    1181 
    1182        CHARACTER (LEN=*) ::  grid       !<
    1183        CHARACTER (LEN=*) ::  mode       !<
    1184        CHARACTER (LEN=*) ::  variable   !<
    1185        INTEGER(iwp) ::  av              !< flag to control data output of instantaneous or time-averaged data
    1186        INTEGER(iwp) ::  nzb_do          !< lower limit of the domain (usually nzb)
    1187        INTEGER(iwp) ::  nzt_do          !< upper limit of the domain (usually nzt+1)
    1188        LOGICAL      ::  found           !<
    1189        LOGICAL      ::  two_d           !< flag parameter that indicates 2D variables (horizontal cross sections)
    1190        REAL(wp)     ::  fill_value
    1191        REAL(wp), DIMENSION(nxl:nxr,nys:nyn,nzb:nzt+1) ::  local_pf !<
    1192 
    1193        !-- local variables.
    1194        CHARACTER(len=16)    ::  spec_name
    1195        INTEGER(iwp) ::  lsp
    1196        INTEGER(iwp) ::  i               !< grid index along x-direction
    1197        INTEGER(iwp) ::  j               !< grid index along y-direction
    1198        INTEGER(iwp) ::  k               !< grid index along z-direction
    1199        INTEGER(iwp) ::  m               !< running index surface elements
    1200        INTEGER(iwp) ::  char_len        !< length of a character string
    1201        found = .TRUE.
    1202        char_len  = LEN_TRIM(variable)
    1203 
    1204        spec_name = TRIM( variable(4:char_len-3) )
    1205 
    1206           DO lsp=1,nspec
    1207              IF (TRIM(spec_name) == TRIM(chem_species(lsp)%name)    .AND.                             &
    1208                    ( (variable(char_len-2:) == '_xy')               .OR.                              &
    1209                      (variable(char_len-2:) == '_xz')               .OR.                              &
    1210                      (variable(char_len-2:) == '_yz') ) )               THEN             
     1188 SUBROUTINE chem_data_output_2d( av, variable, found, grid, mode, local_pf,   &
     1189                                  two_d, nzb_do, nzt_do, fill_value )
     1190
     1191    USE indices
     1192
     1193    USE kinds
     1194
     1195    USE pegrid,                                                               &
     1196        ONLY:  myid, threads_per_task
     1197
     1198    IMPLICIT NONE
     1199
     1200    CHARACTER (LEN=*) ::  grid       !<
     1201    CHARACTER (LEN=*) ::  mode       !<
     1202    CHARACTER (LEN=*) ::  variable   !<
     1203    INTEGER(iwp) ::  av              !< flag to control data output of instantaneous or time-averaged data
     1204    INTEGER(iwp) ::  nzb_do          !< lower limit of the domain (usually nzb)
     1205    INTEGER(iwp) ::  nzt_do          !< upper limit of the domain (usually nzt+1)
     1206    LOGICAL      ::  found           !<
     1207    LOGICAL      ::  two_d           !< flag parameter that indicates 2D variables (horizontal cross sections)
     1208    REAL(wp)     ::  fill_value
     1209    REAL(wp), DIMENSION(nxl:nxr,nys:nyn,nzb:nzt+1) ::  local_pf !<
     1210
     1211    !
     1212    !-- local variables.
     1213    CHARACTER(len=16)    ::  spec_name
     1214    INTEGER(iwp) ::  lsp
     1215    INTEGER(iwp) ::  i               !< grid index along x-direction
     1216    INTEGER(iwp) ::  j               !< grid index along y-direction
     1217    INTEGER(iwp) ::  k               !< grid index along z-direction
     1218    INTEGER(iwp) ::  m               !< running index surface elements
     1219    INTEGER(iwp) ::  char_len        !< length of a character string
     1220    found = .TRUE.
     1221    char_len  = LEN_TRIM(variable)
     1222
     1223    spec_name = TRIM( variable(4:char_len-3) )
     1224
     1225       DO lsp=1,nspec
     1226          IF (TRIM(spec_name) == TRIM(chem_species(lsp)%name)    .AND.                             &
     1227                ( (variable(char_len-2:) == '_xy')               .OR.                              &
     1228                  (variable(char_len-2:) == '_xz')               .OR.                              &
     1229                  (variable(char_len-2:) == '_yz') ) )               THEN             
    12111230!
    12121231!--   todo: remove or replace by "CALL message" mechanism (kanani)
    12131232!                    IF(myid == 0)  WRITE(6,*) 'Output of species ' // TRIM(variable)  //               &
    12141233!                                                             TRIM(chem_species(lsp)%name)       
    1215                 IF (av == 0) THEN
    1216                    DO  i = nxl, nxr
    1217                       DO  j = nys, nyn
    1218                          DO  k = nzb_do, nzt_do
    1219                               local_pf(i,j,k) = MERGE(                                                &
    1220                                                  chem_species(lsp)%conc(k,j,i),                       &
    1221                                                  REAL( fill_value, KIND = wp ),                       &
    1222                                                  BTEST( wall_flags_0(k,j,i), 0 ) )
    1223 
    1224 
    1225                          ENDDO
     1234             IF (av == 0) THEN
     1235                DO  i = nxl, nxr
     1236                   DO  j = nys, nyn
     1237                      DO  k = nzb_do, nzt_do
     1238                           local_pf(i,j,k) = MERGE(                                                &
     1239                                              chem_species(lsp)%conc(k,j,i),                       &
     1240                                              REAL( fill_value, KIND = wp ),                       &
     1241                                              BTEST( wall_flags_0(k,j,i), 0 ) )
     1242
     1243
    12261244                      ENDDO
    12271245                   ENDDO
    1228              
    1229                 ELSE
    1230                    DO  i = nxl, nxr
    1231                       DO  j = nys, nyn
    1232                          DO  k = nzb_do, nzt_do
    1233                               local_pf(i,j,k) = MERGE(                                                &
    1234                                                  chem_species(lsp)%conc_av(k,j,i),                    &
    1235                                                  REAL( fill_value, KIND = wp ),                       &
    1236                                                  BTEST( wall_flags_0(k,j,i), 0 ) )
    1237                          ENDDO
     1246                ENDDO
     1247
     1248             ELSE
     1249                DO  i = nxl, nxr
     1250                   DO  j = nys, nyn
     1251                      DO  k = nzb_do, nzt_do
     1252                           local_pf(i,j,k) = MERGE(                                                &
     1253                                              chem_species(lsp)%conc_av(k,j,i),                    &
     1254                                              REAL( fill_value, KIND = wp ),                       &
     1255                                              BTEST( wall_flags_0(k,j,i), 0 ) )
    12381256                      ENDDO
    12391257                   ENDDO
    1240                 ENDIF
    1241                  grid = 'zu'           
     1258                ENDDO
    12421259             ENDIF
    1243           ENDDO
    1244 
    1245           RETURN
    1246      
    1247     END SUBROUTINE chem_data_output_2d     
     1260              grid = 'zu'           
     1261          ENDIF
     1262       ENDDO
     1263
     1264       RETURN
     1265
     1266 END SUBROUTINE chem_data_output_2d     
    12481267
    12491268!
    … …  
    12551274!------------------------------------------------------------------------------!
    12561275
    1257     SUBROUTINE chem_data_output_3d( av, variable, found, local_pf, fill_value, nzb_do, nzt_do )
    1258 
    1259 
    1260        USE indices
    1261 
    1262        USE kinds
    1263 
    1264        USE surface_mod
    1265 
    1266 
    1267        IMPLICIT NONE
    1268 
    1269        CHARACTER (LEN=*)    ::  variable     !<
    1270        INTEGER(iwp)         ::  av           !<
    1271        INTEGER(iwp) ::  nzb_do               !< lower limit of the data output (usually 0)
    1272        INTEGER(iwp) ::  nzt_do               !< vertical upper limit of the data output (usually nz_do3d)
    1273 
    1274        LOGICAL      ::  found                !<
    1275 
    1276        REAL(wp)             ::  fill_value !<
    1277        REAL(sp), DIMENSION(nxl:nxr,nys:nyn,nzb_do:nzt_do) ::  local_pf
    1278 
    1279 
    1280        !-- local variables
    1281        CHARACTER(len=16)    ::  spec_name
    1282        INTEGER(iwp)         ::  i, j, k
    1283        INTEGER(iwp)         ::  m, l    !< running indices for surfaces
    1284        INTEGER(iwp)         ::  lsp  !< running index for chem spcs
    1285 
    1286 
    1287        found = .FALSE.
    1288        IF ( .NOT. (variable(1:3) == 'kc_' .OR. variable(1:3) == 'em_' ) ) THEN
    1289           RETURN
    1290        ENDIF
    1291 
    1292        spec_name = TRIM(variable(4:))
    1293 
    1294        IF ( variable(1:3) == 'em_' ) THEN
    1295 
    1296          local_pf = 0.0_wp
    1297 
    1298          DO lsp = 1, nvar  !!! cssws - nvar species, chem_species - nspec species !!!
    1299             IF ( TRIM(spec_name) == TRIM(chem_species(lsp)%name) )   THEN
    1300                ! no average for now
    1301                DO m = 1, surf_usm_h%ns
    1302                   local_pf(surf_usm_h%i(m),surf_usm_h%j(m),surf_usm_h%k(m)) = &
    1303                      local_pf(surf_usm_h%i(m),surf_usm_h%j(m),surf_usm_h%k(m)) + surf_usm_h%cssws(lsp,m)
     1276 SUBROUTINE chem_data_output_3d( av, variable, found, local_pf, fill_value, nzb_do, nzt_do )
     1277
     1278
     1279    USE indices
     1280
     1281    USE kinds
     1282
     1283    USE surface_mod
     1284
     1285
     1286    IMPLICIT NONE
     1287
     1288    CHARACTER (LEN=*)    ::  variable     !<
     1289    INTEGER(iwp)         ::  av           !<
     1290    INTEGER(iwp) ::  nzb_do               !< lower limit of the data output (usually 0)
     1291    INTEGER(iwp) ::  nzt_do               !< vertical upper limit of the data output (usually nz_do3d)
     1292
     1293    LOGICAL      ::  found                !<
     1294
     1295    REAL(wp)             ::  fill_value   !<
     1296    REAL(sp), DIMENSION(nxl:nxr, nys:nyn, nzb_do:nzt_do) ::  local_pf
     1297
     1298
     1299    !-- local variables
     1300    CHARACTER(len=16)    ::  spec_name
     1301    INTEGER(iwp)         ::  i
     1302    INTEGER(iwp)         ::  j
     1303    INTEGER(iwp)         ::  k
     1304    INTEGER(iwp)         ::  m       !< running indices for surfaces
     1305    INTEGER(iwp)         ::  l
     1306    INTEGER(iwp)         ::  lsp     !< running index for chem spcs
     1307
     1308
     1309    found = .FALSE.
     1310    IF ( .NOT. (variable(1:3) == 'kc_' .OR. variable(1:3) == 'em_' ) ) THEN
     1311       RETURN
     1312    ENDIF
     1313
     1314    spec_name = TRIM(variable(4:))
     1315
     1316    IF ( variable(1:3) == 'em_' ) THEN
     1317
     1318      local_pf = 0.0_wp
     1319
     1320      DO lsp = 1, nvar   !!! cssws - nvar species, chem_species - nspec species !!!
     1321         IF ( TRIM(spec_name) == TRIM(chem_species(lsp)%name) )   THEN
     1322            !
     1323            !-- no average for now
     1324            DO m = 1, surf_usm_h%ns
     1325               local_pf(surf_usm_h%i(m),surf_usm_h%j(m),surf_usm_h%k(m)) = &
     1326                  local_pf(surf_usm_h%i(m),surf_usm_h%j(m),surf_usm_h%k(m)) + surf_usm_h%cssws(lsp,m)
     1327            ENDDO
     1328            DO m = 1, surf_lsm_h%ns
     1329               local_pf(surf_lsm_h%i(m),surf_lsm_h%j(m),surf_lsm_h%k(m)) = &
     1330                  local_pf(surf_lsm_h%i(m),surf_lsm_h%j(m),surf_lsm_h%k(m)) + surf_lsm_h%cssws(lsp,m)
     1331            ENDDO
     1332            DO l = 0, 3
     1333               DO m = 1, surf_usm_v(l)%ns
     1334                  local_pf(surf_usm_v(l)%i(m),surf_usm_v(l)%j(m),surf_usm_v(l)%k(m)) = &
     1335                     local_pf(surf_usm_v(l)%i(m),surf_usm_v(l)%j(m),surf_usm_v(l)%k(m)) + surf_usm_v(l)%cssws(lsp,m)
    13041336               ENDDO
    1305                DO m = 1, surf_lsm_h%ns
    1306                   local_pf(surf_lsm_h%i(m),surf_lsm_h%j(m),surf_lsm_h%k(m)) = &
    1307                      local_pf(surf_lsm_h%i(m),surf_lsm_h%j(m),surf_lsm_h%k(m)) + surf_lsm_h%cssws(lsp,m)
     1337               DO m = 1, surf_lsm_v(l)%ns
     1338                  local_pf(surf_lsm_v(l)%i(m),surf_lsm_v(l)%j(m),surf_lsm_v(l)%k(m)) = &
     1339                     local_pf(surf_lsm_v(l)%i(m),surf_lsm_v(l)%j(m),surf_lsm_v(l)%k(m)) + surf_lsm_v(l)%cssws(lsp,m)
    13081340               ENDDO
    1309                DO l = 0, 3
    1310                   DO m = 1, surf_usm_v(l)%ns
    1311                      local_pf(surf_usm_v(l)%i(m),surf_usm_v(l)%j(m),surf_usm_v(l)%k(m)) = &
    1312                         local_pf(surf_usm_v(l)%i(m),surf_usm_v(l)%j(m),surf_usm_v(l)%k(m)) + surf_usm_v(l)%cssws(lsp,m)
    1313                   ENDDO
    1314                   DO m = 1, surf_lsm_v(l)%ns
    1315                      local_pf(surf_lsm_v(l)%i(m),surf_lsm_v(l)%j(m),surf_lsm_v(l)%k(m)) = &
    1316                         local_pf(surf_lsm_v(l)%i(m),surf_lsm_v(l)%j(m),surf_lsm_v(l)%k(m)) + surf_lsm_v(l)%cssws(lsp,m)
    1317                   ENDDO
    1318                ENDDO
    1319                found = .TRUE.
    1320             ENDIF
    1321          ENDDO
    1322        ELSE
    1323          DO lsp=1,nspec
    1324             IF (TRIM(spec_name) == TRIM(chem_species(lsp)%name))   THEN
     1341            ENDDO
     1342            found = .TRUE.
     1343         ENDIF
     1344      ENDDO
     1345    ELSE
     1346      DO lsp=1,nspec
     1347         IF (TRIM(spec_name) == TRIM(chem_species(lsp)%name))   THEN
    13251348!
    13261349!--   todo: remove or replace by "CALL message" mechanism (kanani)
    13271350!              IF(myid == 0 .AND. chem_debug0 )  WRITE(6,*) 'Output of species ' // TRIM(variable)  //  &
    13281351!                                                           TRIM(chem_species(lsp)%name)       
    1329                IF (av == 0) THEN
    1330                   DO  i = nxl, nxr
    1331                      DO  j = nys, nyn
    1332                         DO  k = nzb_do, nzt_do
    1333                             local_pf(i,j,k) = MERGE(                             &
    1334                                                 chem_species(lsp)%conc(k,j,i),   &
    1335                                                 REAL( fill_value, KIND = wp ),   &
    1336                                                 BTEST( wall_flags_0(k,j,i), 0 ) )
    1337                         ENDDO
     1352            IF (av == 0) THEN
     1353               DO  i = nxl, nxr
     1354                  DO  j = nys, nyn
     1355                     DO  k = nzb_do, nzt_do
     1356                         local_pf(i,j,k) = MERGE(                             &
     1357                                             chem_species(lsp)%conc(k,j,i),   &
     1358                                             REAL( fill_value, KIND = wp ),   &
     1359                                             BTEST( wall_flags_0(k,j,i), 0 ) )
    13381360                     ENDDO
    13391361                  ENDDO
    1340 
    1341                ELSE
    1342                   DO  i = nxl, nxr
    1343                      DO  j = nys, nyn
    1344                         DO  k = nzb_do, nzt_do
    1345                             local_pf(i,j,k) = MERGE(                             &
    1346                                                 chem_species(lsp)%conc_av(k,j,i),&
    1347                                                 REAL( fill_value, KIND = wp ),   &
    1348                                                 BTEST( wall_flags_0(k,j,i), 0 ) )
    1349                         ENDDO
     1362               ENDDO
     1363
     1364            ELSE
     1365               DO  i = nxl, nxr
     1366                  DO  j = nys, nyn
     1367                     DO  k = nzb_do, nzt_do
     1368                         local_pf(i,j,k) = MERGE(                             &
     1369                                             chem_species(lsp)%conc_av(k,j,i),&
     1370                                             REAL( fill_value, KIND = wp ),   &
     1371                                             BTEST( wall_flags_0(k,j,i), 0 ) )
    13501372                     ENDDO
    13511373                  ENDDO
    1352                ENDIF
    1353                found = .TRUE.
     1374               ENDDO
    13541375            ENDIF
    1355          ENDDO
    1356        ENDIF
    1357 
    1358        RETURN
    1359 
    1360     END SUBROUTINE chem_data_output_3d
     1376            found = .TRUE.
     1377         ENDIF
     1378      ENDDO
     1379    ENDIF
     1380
     1381    RETURN
     1382
     1383 END SUBROUTINE chem_data_output_3d
    13611384!
    13621385!------------------------------------------------------------------------------!
    … …  
    13671390!------------------------------------------------------------------------------!
    13681391   
    1369     SUBROUTINE chem_data_output_mask( av, variable, found, local_pf )
    1370    
    1371        USE control_parameters
    1372        USE indices
    1373        USE kinds
    1374        USE pegrid,             ONLY: myid, threads_per_task
    1375        USE surface_mod,        ONLY: get_topography_top_index_ji
    1376 
    1377        IMPLICIT NONE
    1378 
    1379        CHARACTER(LEN=5) ::  grid        !< flag to distinquish between staggered grids
    1380 
    1381        CHARACTER (LEN=*)::  variable    !<
    1382        INTEGER(iwp)     ::  av          !< flag to control data output of instantaneous or time-averaged data
    1383        LOGICAL          ::  found       !<
    1384        REAL(wp), DIMENSION(mask_size_l(mid,1),mask_size_l(mid,2),mask_size_l(mid,3)) ::  &
    1385                  local_pf   !<
    1386 
    1387 
    1388        !-- local variables.
    1389        CHARACTER(len=16)    ::  spec_name
    1390        INTEGER(iwp) ::  lsp
    1391        INTEGER(iwp) ::  i               !< grid index along x-direction
    1392        INTEGER(iwp) ::  j               !< grid index along y-direction
    1393        INTEGER(iwp) ::  k               !< grid index along z-direction
    1394        INTEGER(iwp) ::  topo_top_ind    !< k index of highest horizontal surface
    1395 
    1396        found = .TRUE.
    1397        grid  = 's'
    1398 
    1399        spec_name = TRIM( variable(4:) )
    1400 
    1401        DO lsp=1,nspec
    1402           IF (TRIM(spec_name) == TRIM(chem_species(lsp)%name) )               THEN             
    1403 !
    1404 !--   todo: remove or replace by "CALL message" mechanism (kanani)
    1405 !                 IF(myid == 0 .AND. chem_debug0 )  WRITE(6,*) 'Output of species ' // TRIM(variable)  // &
    1406 !                                                           TRIM(chem_species(lsp)%name)       
    1407              IF (av == 0) THEN
    1408                 IF ( .NOT. mask_surface(mid) )  THEN
    1409 
    1410                    DO  i = 1, mask_size_l(mid,1)
    1411                       DO  j = 1, mask_size_l(mid,2)
    1412                          DO  k = 1, mask_size(mid,3)
    1413                              local_pf(i,j,k) = chem_species(lsp)%conc(  &
    1414                                                   mask_k(mid,k),        &
    1415                                                   mask_j(mid,j),        &
    1416                                                   mask_i(mid,i)      )
    1417                          ENDDO
     1392 SUBROUTINE chem_data_output_mask( av, variable, found, local_pf )
     1393
     1394    USE control_parameters
     1395    USE indices
     1396    USE kinds
     1397    USE pegrid,                                                                       &
     1398        ONLY:  myid, threads_per_task
     1399    USE surface_mod,                                                                  &
     1400        ONLY:  get_topography_top_index_ji
     1401
     1402    IMPLICIT NONE
     1403
     1404    CHARACTER(LEN=5) ::  grid        !< flag to distinquish between staggered grids
     1405
     1406    CHARACTER (LEN=*)::  variable    !<
     1407    INTEGER(iwp)     ::  av          !< flag to control data output of instantaneous or time-averaged data
     1408    LOGICAL          ::  found       !<
     1409    REAL(wp), DIMENSION(mask_size_l(mid,1),mask_size_l(mid,2),mask_size_l(mid,3)) ::  &
     1410              local_pf   !<
     1411
     1412
     1413    !-- local variables.
     1414    CHARACTER(len=16)    ::  spec_name
     1415    INTEGER(iwp) ::  lsp
     1416    INTEGER(iwp) ::  i               !< grid index along x-direction
     1417    INTEGER(iwp) ::  j               !< grid index along y-direction
     1418    INTEGER(iwp) ::  k               !< grid index along z-direction
     1419    INTEGER(iwp) ::  topo_top_ind    !< k index of highest horizontal surface
     1420
     1421    found = .TRUE.
     1422    grid  = 's'
     1423
     1424    spec_name = TRIM( variable(4:) )
     1425
     1426    DO lsp=1,nspec
     1427       IF (TRIM(spec_name) == TRIM(chem_species(lsp)%name) )               THEN             
     1428!
     1429!-- todo: remove or replace by "CALL message" mechanism (kanani)
     1430!              IF(myid == 0 .AND. chem_debug0 )  WRITE(6,*) 'Output of species ' // TRIM(variable)  // &
     1431!                                                        TRIM(chem_species(lsp)%name)       
     1432          IF (av == 0) THEN
     1433             IF ( .NOT. mask_surface(mid) )  THEN
     1434
     1435                DO  i = 1, mask_size_l(mid,1)
     1436                   DO  j = 1, mask_size_l(mid,2)
     1437                      DO  k = 1, mask_size(mid,3)
     1438                          local_pf(i,j,k) = chem_species(lsp)%conc(  &
     1439                                               mask_k(mid,k),        &
     1440                                               mask_j(mid,j),        &
     1441                                               mask_i(mid,i)      )
    14181442                      ENDDO
    14191443                   ENDDO
    1420 
    1421                 ELSE
     1444                ENDDO
     1445
     1446             ELSE
    14221447!             
    1423 !--                Terrain-following masked output
    1424                    DO  i = 1, mask_size_l(mid,1)
    1425                       DO  j = 1, mask_size_l(mid,2)
     1448!--             Terrain-following masked output
     1449                DO  i = 1, mask_size_l(mid,1)
     1450                   DO  j = 1, mask_size_l(mid,2)
    14261451!             
    1427 !--                      Get k index of highest horizontal surface
    1428                          topo_top_ind = get_topography_top_index_ji( &
    1429                                            mask_j(mid,j),  &
    1430                                            mask_i(mid,i),  &
    1431                                            grid                    )
     1452!--                   Get k index of highest horizontal surface
     1453                      topo_top_ind = get_topography_top_index_ji( &
     1454                                        mask_j(mid,j),  &
     1455                                        mask_i(mid,i),  &
     1456                                        grid                    )
    14321457!             
    1433 !--                      Save output array
    1434                          DO  k = 1, mask_size_l(mid,3)
    1435                             local_pf(i,j,k) = chem_species(lsp)%conc( &
    1436                                                  MIN( topo_top_ind+mask_k(mid,k), &
    1437                                                       nzt+1 ),        &
    1438                                                  mask_j(mid,j),       &
    1439                                                  mask_i(mid,i)      )
    1440                          ENDDO
     1458!--                   Save output array
     1459                      DO  k = 1, mask_size_l(mid,3)
     1460                         local_pf(i,j,k) = chem_species(lsp)%conc( &
     1461                                              MIN( topo_top_ind+mask_k(mid,k), &
     1462                                                   nzt+1 ),        &
     1463                                              mask_j(mid,j),       &
     1464                                              mask_i(mid,i)      )
    14411465                      ENDDO
    14421466                   ENDDO
    1443 
    1444                 ENDIF
    1445              ELSE
    1446                 IF ( .NOT. mask_surface(mid) )  THEN
    1447 
    1448                    DO  i = 1, mask_size_l(mid,1)
    1449                       DO  j = 1, mask_size_l(mid,2)
    1450                          DO  k =  1, mask_size_l(mid,3)
    1451                              local_pf(i,j,k) = chem_species(lsp)%conc_av(  &
    1452                                                   mask_k(mid,k),           &
    1453                                                   mask_j(mid,j),           &
    1454                                                   mask_i(mid,i)         )
    1455                          ENDDO
     1467                ENDDO
     1468
     1469             ENDIF
     1470          ELSE
     1471             IF ( .NOT. mask_surface(mid) )  THEN
     1472
     1473                DO  i = 1, mask_size_l(mid,1)
     1474                   DO  j = 1, mask_size_l(mid,2)
     1475                      DO  k =  1, mask_size_l(mid,3)
     1476                          local_pf(i,j,k) = chem_species(lsp)%conc_av(  &
     1477                                               mask_k(mid,k),           &
     1478                                               mask_j(mid,j),           &
     1479                                               mask_i(mid,i)         )
    14561480                      ENDDO
    14571481                   ENDDO
    1458 
    1459                 ELSE
     1482                ENDDO
     1483
     1484             ELSE
    14601485!             
    1461 !--                Terrain-following masked output
    1462                    DO  i = 1, mask_size_l(mid,1)
    1463                       DO  j = 1, mask_size_l(mid,2)
     1486!--             Terrain-following masked output
     1487                DO  i = 1, mask_size_l(mid,1)
     1488                   DO  j = 1, mask_size_l(mid,2)
    14641489!             
    1465 !--                      Get k index of highest horizontal surface
    1466                          topo_top_ind = get_topography_top_index_ji( &
    1467                                            mask_j(mid,j),  &
    1468                                            mask_i(mid,i),  &
    1469                                            grid                    )
     1490!--                   Get k index of highest horizontal surface
     1491                      topo_top_ind = get_topography_top_index_ji( &
     1492                                        mask_j(mid,j),  &
     1493                                        mask_i(mid,i),  &
     1494                                        grid                    )
    14701495!             
    1471 !--                      Save output array
    1472                          DO  k = 1, mask_size_l(mid,3)
    1473                             local_pf(i,j,k) = chem_species(lsp)%conc_av(  &
    1474                                                  MIN( topo_top_ind+mask_k(mid,k), &
    1475                                                       nzt+1 ),            &
    1476                                                  mask_j(mid,j),           &
    1477                                                  mask_i(mid,i)         )
    1478                          ENDDO
     1496!--                   Save output array
     1497                      DO  k = 1, mask_size_l(mid,3)
     1498                         local_pf(i,j,k) = chem_species(lsp)%conc_av(  &
     1499                                              MIN( topo_top_ind+mask_k(mid,k), &
     1500                                                   nzt+1 ),            &
     1501                                              mask_j(mid,j),           &
     1502                                              mask_i(mid,i)         )
    14791503                      ENDDO
    14801504                   ENDDO
    1481 
    1482                 ENDIF
    1483 
     1505                ENDDO
    14841506
    14851507             ENDIF
    1486              found = .FALSE.
     1508
     1509
    14871510          ENDIF
    1488        ENDDO
    1489 
    1490        RETURN
    1491      
    1492     END SUBROUTINE chem_data_output_mask     
     1511          found = .FALSE.
     1512       ENDIF
     1513    ENDDO
     1514
     1515    RETURN
     1516
     1517 END SUBROUTINE chem_data_output_mask     
    14931518
    14941519!
    … …  
    15001525!> It is called out from subroutine netcdf.
    15011526!------------------------------------------------------------------------------!
    1502     SUBROUTINE chem_define_netcdf_grid( var, found, grid_x, grid_y, grid_z )
    1503 
    1504        IMPLICIT NONE
    1505 
    1506        CHARACTER (LEN=*), INTENT(IN)  ::  var          !<
    1507        LOGICAL, INTENT(OUT)           ::  found        !<
    1508        CHARACTER (LEN=*), INTENT(OUT) ::  grid_x       !<
    1509        CHARACTER (LEN=*), INTENT(OUT) ::  grid_y       !<
    1510        CHARACTER (LEN=*), INTENT(OUT) ::  grid_z       !<
    1511 
    1512        found  = .TRUE.
    1513 
    1514        IF ( var(1:3) == 'kc_' .OR. var(1:3) == 'em_' )   THEN                   !< always the same grid for chemistry variables
    1515           grid_x = 'x'
    1516           grid_y = 'y'
    1517           grid_z = 'zu'                             
    1518        ELSE
    1519           found  = .FALSE.
    1520           grid_x = 'none'
    1521           grid_y = 'none'
    1522           grid_z = 'none'
    1523        ENDIF
    1524 
    1525 
    1526     END SUBROUTINE chem_define_netcdf_grid
     1527 SUBROUTINE chem_define_netcdf_grid( var, found, grid_x, grid_y, grid_z )
     1528
     1529    IMPLICIT NONE
     1530
     1531    CHARACTER (LEN=*), INTENT(IN)  ::  var          !<
     1532    LOGICAL, INTENT(OUT)           ::  found        !<
     1533    CHARACTER (LEN=*), INTENT(OUT) ::  grid_x       !<
     1534    CHARACTER (LEN=*), INTENT(OUT) ::  grid_y       !<
     1535    CHARACTER (LEN=*), INTENT(OUT) ::  grid_z       !<
     1536
     1537    found  = .TRUE.
     1538
     1539    IF ( var(1:3) == 'kc_' .OR. var(1:3) == 'em_' )   THEN                   !< always the same grid for chemistry variables
     1540       grid_x = 'x'
     1541       grid_y = 'y'
     1542       grid_z = 'zu'                             
     1543    ELSE
     1544       found  = .FALSE.
     1545       grid_x = 'none'
     1546       grid_y = 'none'
     1547       grid_z = 'none'
     1548    ENDIF
     1549
     1550
     1551 END SUBROUTINE chem_define_netcdf_grid
    15271552!
    15281553!------------------------------------------------------------------------------!
    … …  
    15321557!> Subroutine defining header output for chemistry model
    15331558!------------------------------------------------------------------------------!
    1534     SUBROUTINE chem_header ( io )
    1535        
    1536        IMPLICIT NONE
    1537  
    1538        INTEGER(iwp), INTENT(IN) ::  io            !< Unit of the output file
    1539        INTEGER(iwp)             :: lsp            !< running index for chem spcs
    1540        INTEGER(iwp)             :: cs_fixed
    1541        CHARACTER (LEN=80)       :: docsflux_chr
    1542        CHARACTER (LEN=80)       :: docsinit_chr
    1543 
    1544 !
    1545 !--    Write chemistry model  header
    1546        WRITE( io, 1 )
    1547 
    1548 !--    Gasphase reaction status
    1549        IF ( chem_gasphase_on )  THEN
    1550           WRITE( io, 2 )
    1551        ELSE
    1552           WRITE( io, 3 )
     1559 SUBROUTINE chem_header( io )
     1560
     1561    IMPLICIT NONE
     1562
     1563    INTEGER(iwp), INTENT(IN) ::  io            !< Unit of the output file
     1564    INTEGER(iwp)             :: lsp            !< running index for chem spcs
     1565    INTEGER(iwp)             :: cs_fixed
     1566    CHARACTER (LEN=80)       :: docsflux_chr
     1567    CHARACTER (LEN=80)       :: docsinit_chr
     1568
     1569!
     1570!-- Write chemistry model  header
     1571    WRITE( io, 1 )
     1572
     1573!-- Gasphase reaction status
     1574    IF ( chem_gasphase_on )  THEN
     1575       WRITE( io, 2 )
     1576    ELSE
     1577       WRITE( io, 3 )
     1578    ENDIF
     1579
     1580!
     1581!-- Chemistry time-step
     1582    WRITE ( io, 4 ) cs_time_step
     1583
     1584!-- Emission mode info
     1585    IF ( mode_emis == "DEFAULT" )  THEN
     1586       WRITE( io, 5 )
     1587    ELSEIF ( mode_emis == "PARAMETERIZED" )  THEN
     1588       WRITE( io, 6 )
     1589    ELSEIF ( mode_emis == "PRE-PROCESSED" )  THEN
     1590       WRITE( io, 7 )
     1591    ENDIF
     1592
     1593!-- Photolysis scheme info
     1594    IF ( photolysis_scheme == "simple" )      THEN
     1595       WRITE( io, 8 )
     1596    ELSEIF (photolysis_scheme == "constant" ) THEN
     1597       WRITE( io, 9 )
     1598    ENDIF
     1599
     1600!-- Emission flux info
     1601    lsp = 1
     1602    docsflux_chr ='Chemical species for surface emission flux: '
     1603    DO WHILE ( surface_csflux_name(lsp) /= 'novalue' )
     1604       docsflux_chr = TRIM( docsflux_chr ) // ' ' // TRIM( surface_csflux_name(lsp) ) // ',' 
     1605       IF ( LEN_TRIM( docsflux_chr ) >= 75 )  THEN
     1606        WRITE ( io, 10 )  docsflux_chr
     1607        docsflux_chr = '       '
    15531608       ENDIF
    1554 
    1555 !      Chemistry time-step
    1556        WRITE ( io, 4 ) cs_time_step
    1557 
    1558 !--    Emission mode info
    1559        IF ( mode_emis == "DEFAULT" )  THEN
    1560           WRITE( io, 5 )
    1561        ELSEIF ( mode_emis == "PARAMETERIZED" )  THEN
    1562           WRITE( io, 6 )
    1563        ELSEIF ( mode_emis == "PRE-PROCESSED" )  THEN
    1564           WRITE( io, 7 )
    1565        ENDIF
    1566 
    1567 !--    Photolysis scheme info
    1568        IF ( photolysis_scheme == "simple" )      THEN
    1569           WRITE( io, 8 )
    1570        ELSEIF (photolysis_scheme == "conastant" ) THEN
    1571           WRITE( io, 9 )
     1609       lsp = lsp + 1
     1610    ENDDO
     1611
     1612    IF ( docsflux_chr /= '' )  THEN
     1613       WRITE ( io, 10 )  docsflux_chr
     1614    ENDIF
     1615
     1616
     1617!-- initializatoin of Surface and profile chemical species
     1618
     1619    lsp = 1
     1620    docsinit_chr ='Chemical species for initial surface and profile emissions: '
     1621    DO WHILE ( cs_name(lsp) /= 'novalue' )
     1622       docsinit_chr = TRIM( docsinit_chr ) // ' ' // TRIM( cs_name(lsp) ) // ',' 
     1623       IF ( LEN_TRIM( docsinit_chr ) >= 75 )  THEN
     1624        WRITE ( io, 11 )  docsinit_chr
     1625        docsinit_chr = '       '
    15721626       ENDIF
    1573  
    1574  !--   Emission flux info
    1575        lsp = 1
    1576        docsflux_chr ='Chemical species for surface emission flux: '
    1577        DO WHILE ( surface_csflux_name(lsp) /= 'novalue' )
    1578           docsflux_chr = TRIM( docsflux_chr ) // ' ' // TRIM( surface_csflux_name(lsp) ) // ',' 
    1579           IF ( LEN_TRIM( docsflux_chr ) >= 75 )  THEN
    1580            WRITE ( io, 10 )  docsflux_chr
    1581            docsflux_chr = '       '
    1582           ENDIF
    1583           lsp = lsp + 1
    1584        ENDDO
    1585  
    1586        IF ( docsflux_chr /= '' )  THEN
    1587           WRITE ( io, 10 )  docsflux_chr
    1588        ENDIF
    1589 
    1590 
    1591 !--    initializatoin of Surface and profile chemical species
    1592 
    1593        lsp = 1
    1594        docsinit_chr ='Chemical species for initial surface and profile emissions: '
    1595        DO WHILE ( cs_name(lsp) /= 'novalue' )
    1596           docsinit_chr = TRIM( docsinit_chr ) // ' ' // TRIM( cs_name(lsp) ) // ',' 
    1597           IF ( LEN_TRIM( docsinit_chr ) >= 75 )  THEN
    1598            WRITE ( io, 11 )  docsinit_chr
    1599            docsinit_chr = '       '
    1600           ENDIF
    1601           lsp = lsp + 1
    1602        ENDDO
    1603  
    1604        IF ( docsinit_chr /= '' )  THEN
    1605           WRITE ( io, 11 )  docsinit_chr
    1606        ENDIF
    1607 
    1608 !--    number of variable and fix chemical species and number of reactions
    1609        cs_fixed = nspec - nvar
    1610        WRITE ( io, * ) '   --> Chemical species, variable: ', nvar
    1611        WRITE ( io, * ) '   --> Chemical species, fixed   : ', cs_fixed
    1612        WRITE ( io, * ) '   --> Total number of reactions : ', nreact
     1627       lsp = lsp + 1
     1628    ENDDO
     1629
     1630    IF ( docsinit_chr /= '' )  THEN
     1631       WRITE ( io, 11 )  docsinit_chr
     1632    ENDIF
     1633
     1634!-- number of variable and fix chemical species and number of reactions
     1635    cs_fixed = nspec - nvar
     1636    WRITE ( io, * ) '   --> Chemical species, variable: ', nvar
     1637    WRITE ( io, * ) '   --> Chemical species, fixed   : ', cs_fixed
     1638    WRITE ( io, * ) '   --> Total number of reactions : ', nreact
    16131639
    16141640
    161516411   FORMAT (//' Chemistry model information:'/                                  &
    1616               ' ----------------------------'/)
     1642           ' ----------------------------'/)
    161716432   FORMAT ('    --> Chemical reactions are turned on')
    161816443   FORMAT ('    --> Chemical reactions are turned off')
    … …  
    16271653!
    16281654!
    1629     END SUBROUTINE chem_header
     1655 END SUBROUTINE chem_header
    16301656
    16311657!
    … …  
    16361662!> Subroutine initializating chemistry_model_mod
    16371663!------------------------------------------------------------------------------!
    1638     SUBROUTINE chem_init
    1639 
    1640        USE control_parameters,                                                  &
    1641           ONLY: message_string, io_blocks, io_group, turbulent_inflow
    1642        USE arrays_3d,                                                           &
    1643            ONLY: mean_inflow_profiles
    1644        USE pegrid
    1645 
    1646        IMPLICIT   none
    1647    !-- local variables
    1648        INTEGER                 :: i,j               !< running index for for horiz numerical grid points
    1649        INTEGER                 :: lsp               !< running index for chem spcs
    1650        INTEGER                 :: lpr_lev           !< running index for chem spcs profile level
     1664 SUBROUTINE chem_init
     1665
     1666    USE control_parameters,                                                  &
     1667        ONLY:  message_string, io_blocks, io_group, turbulent_inflow
     1668    USE arrays_3d,                                                           &
     1669        ONLY:  mean_inflow_profiles
     1670    USE pegrid
     1671
     1672    IMPLICIT NONE
     1673!-- local variables
     1674    INTEGER(iwp) ::  i                 !< running index for for horiz numerical grid points
     1675    INTEGER(iwp) ::  j                 !< running index for for horiz numerical grid points
     1676    INTEGER(iwp) ::  lsp               !< running index for chem spcs
     1677    INTEGER(iwp) ::  lpr_lev           !< running index for chem spcs profile level
    16511678!
    16521679!-- NOPOINTER version not implemented yet
    … …  
    16571684!
    16581685!-- Allocate memory for chemical species
    1659        ALLOCATE( chem_species(nspec) )
    1660        ALLOCATE( spec_conc_1 (nzb:nzt+1,nysg:nyng,nxlg:nxrg,nspec) )
    1661        ALLOCATE( spec_conc_2 (nzb:nzt+1,nysg:nyng,nxlg:nxrg,nspec) )
    1662        ALLOCATE( spec_conc_3 (nzb:nzt+1,nysg:nyng,nxlg:nxrg,nspec) )
    1663        ALLOCATE( spec_conc_av(nzb:nzt+1,nysg:nyng,nxlg:nxrg,nspec) )
    1664        ALLOCATE( phot_frequen(nphot) )
    1665        ALLOCATE( freq_1(nzb:nzt+1,nysg:nyng,nxlg:nxrg,nphot) )
    1666        ALLOCATE( bc_cs_t_val(nspec) )
     1686    ALLOCATE( chem_species(nspec) )
     1687    ALLOCATE( spec_conc_1 (nzb:nzt+1,nysg:nyng,nxlg:nxrg,nspec) )
     1688    ALLOCATE( spec_conc_2 (nzb:nzt+1,nysg:nyng,nxlg:nxrg,nspec) )
     1689    ALLOCATE( spec_conc_3 (nzb:nzt+1,nysg:nyng,nxlg:nxrg,nspec) )
     1690    ALLOCATE( spec_conc_av(nzb:nzt+1,nysg:nyng,nxlg:nxrg,nspec) )
     1691    ALLOCATE( phot_frequen(nphot) )
     1692    ALLOCATE( freq_1(nzb:nzt+1,nysg:nyng,nxlg:nxrg,nphot) )
     1693    ALLOCATE( bc_cs_t_val(nspec) )
    16671694!
    16681695!-- Initialize arrays
    1669        spec_conc_1 (:,:,:,:) = 0.0_wp
    1670        spec_conc_2 (:,:,:,:) = 0.0_wp
    1671        spec_conc_3 (:,:,:,:) = 0.0_wp
    1672        spec_conc_av(:,:,:,:) = 0.0_wp
    1673 
    1674 
    1675        DO lsp = 1, nspec
    1676           chem_species(lsp)%name    = spc_names(lsp)
    1677 
    1678           chem_species(lsp)%conc   (nzb:nzt+1,nysg:nyng,nxlg:nxrg)       => spec_conc_1 (:,:,:,lsp)
    1679           chem_species(lsp)%conc_p (nzb:nzt+1,nysg:nyng,nxlg:nxrg)       => spec_conc_2 (:,:,:,lsp)
    1680           chem_species(lsp)%tconc_m(nzb:nzt+1,nysg:nyng,nxlg:nxrg)       => spec_conc_3 (:,:,:,lsp)
    1681           chem_species(lsp)%conc_av(nzb:nzt+1,nysg:nyng,nxlg:nxrg)       => spec_conc_av(:,:,:,lsp)     
    1682 
    1683           ALLOCATE (chem_species(lsp)%cssws_av(nysg:nyng,nxlg:nxrg))                   
    1684           chem_species(lsp)%cssws_av    = 0.0_wp
    1685 !
    1686 !--       The following block can be useful when emission module is not applied. &
    1687 !--       if emission module is applied the following block will be overwritten.
    1688           ALLOCATE (chem_species(lsp)%flux_s_cs(nzb+1:nzt,0:threads_per_task-1))   
    1689           ALLOCATE (chem_species(lsp)%diss_s_cs(nzb+1:nzt,0:threads_per_task-1))   
    1690           ALLOCATE (chem_species(lsp)%flux_l_cs(nzb+1:nzt,nys:nyn,0:threads_per_task-1))
    1691           ALLOCATE (chem_species(lsp)%diss_l_cs(nzb+1:nzt,nys:nyn,0:threads_per_task-1))   
    1692           chem_species(lsp)%flux_s_cs = 0.0_wp                                     
    1693           chem_species(lsp)%flux_l_cs = 0.0_wp                                     
    1694           chem_species(lsp)%diss_s_cs = 0.0_wp                                     
    1695           chem_species(lsp)%diss_l_cs = 0.0_wp                                     
     1696    spec_conc_1 (:,:,:,:) = 0.0_wp
     1697    spec_conc_2 (:,:,:,:) = 0.0_wp
     1698    spec_conc_3 (:,:,:,:) = 0.0_wp
     1699    spec_conc_av(:,:,:,:) = 0.0_wp
     1700
     1701
     1702    DO lsp = 1, nspec
     1703       chem_species(lsp)%name    = spc_names(lsp)
     1704
     1705       chem_species(lsp)%conc   (nzb:nzt+1,nysg:nyng,nxlg:nxrg)       => spec_conc_1 (:,:,:,lsp)
     1706       chem_species(lsp)%conc_p (nzb:nzt+1,nysg:nyng,nxlg:nxrg)       => spec_conc_2 (:,:,:,lsp)
     1707       chem_species(lsp)%tconc_m(nzb:nzt+1,nysg:nyng,nxlg:nxrg)       => spec_conc_3 (:,:,:,lsp)
     1708       chem_species(lsp)%conc_av(nzb:nzt+1,nysg:nyng,nxlg:nxrg)       => spec_conc_av(:,:,:,lsp)     
     1709
     1710       ALLOCATE (chem_species(lsp)%cssws_av(nysg:nyng,nxlg:nxrg))                   
     1711       chem_species(lsp)%cssws_av    = 0.0_wp
     1712!
     1713!--    The following block can be useful when emission module is not applied. &
     1714!--    if emission module is applied the following block will be overwritten.
     1715       ALLOCATE (chem_species(lsp)%flux_s_cs(nzb+1:nzt,0:threads_per_task-1))   
     1716       ALLOCATE (chem_species(lsp)%diss_s_cs(nzb+1:nzt,0:threads_per_task-1))   
     1717       ALLOCATE (chem_species(lsp)%flux_l_cs(nzb+1:nzt,nys:nyn,0:threads_per_task-1))
     1718       ALLOCATE (chem_species(lsp)%diss_l_cs(nzb+1:nzt,nys:nyn,0:threads_per_task-1))   
     1719       chem_species(lsp)%flux_s_cs = 0.0_wp                                     
     1720       chem_species(lsp)%flux_l_cs = 0.0_wp                                     
     1721       chem_species(lsp)%diss_s_cs = 0.0_wp                                     
     1722       chem_species(lsp)%diss_l_cs = 0.0_wp                                     
    16961723!
    16971724!--   Allocate memory for initial concentration profiles
    … …  
    17011728!--               We have to find another solution since chem_init should
    17021729!--               eventually be called from init_3d_model!!)
    1703           ALLOCATE ( chem_species(lsp)%conc_pr_init(0:nz+1) )
    1704           chem_species(lsp)%conc_pr_init(:) = 0.0_wp
    1705 
    1706        ENDDO
    1707 
    1708 !
    1709 !--    Initial concentration of profiles is prescribed by parameters cs_profile
    1710 !--    and cs_heights in the namelist &chemistry_parameters
    1711        CALL chem_init_profiles     
    1712            
    1713            
     1730       ALLOCATE ( chem_species(lsp)%conc_pr_init(0:nz+1) )
     1731       chem_species(lsp)%conc_pr_init(:) = 0.0_wp
     1732
     1733    ENDDO
     1734
     1735!
     1736!-- Initial concentration of profiles is prescribed by parameters cs_profile
     1737!-- and cs_heights in the namelist &chemistry_parameters
     1738    CALL chem_init_profiles     
     1739
     1740
    17141741!
    17151742!-- Initialize model variables
    17161743
    17171744
    1718        IF ( TRIM( initializing_actions ) /= 'read_restart_data'  .AND.            &
    1719             TRIM( initializing_actions ) /= 'cyclic_fill' )  THEN
     1745    IF ( TRIM( initializing_actions ) /= 'read_restart_data'  .AND.            &
     1746         TRIM( initializing_actions ) /= 'cyclic_fill' )  THEN
    17201747
    17211748
    17221749!--    First model run of a possible job queue.
    17231750!--    Initial profiles of the variables must be computed.
    1724           IF ( INDEX( initializing_actions, 'set_1d-model_profiles' ) /= 0 )  THEN
    1725             CALL location_message( 'initializing with 1D chemistry model profiles', .FALSE. )
    1726 !
    1727 !--        Transfer initial profiles to the arrays of the 3D model
    1728              DO lsp = 1, nspec
    1729                 DO  i = nxlg, nxrg
    1730                    DO  j = nysg, nyng
    1731                       DO lpr_lev = 1, nz + 1
    1732                          chem_species(lsp)%conc(lpr_lev,j,i) = chem_species(lsp)%conc_pr_init(lpr_lev)
    1733                       ENDDO
    1734                    ENDDO
    1735                 ENDDO   
    1736              ENDDO
    1737          
    1738           ELSEIF ( INDEX(initializing_actions, 'set_constant_profiles') /= 0 )    &
    1739           THEN
    1740              CALL location_message( 'initializing with constant chemistry profiles', .FALSE. )
    1741 
    1742              DO lsp = 1, nspec
    1743                 DO  i = nxlg, nxrg
    1744                    DO  j = nysg, nyng
    1745                       chem_species(lsp)%conc(:,j,i) = chem_species(lsp)%conc_pr_init   
     1751       IF ( INDEX( initializing_actions, 'set_1d-model_profiles' ) /= 0 )  THEN
     1752         CALL location_message( 'initializing with 1D chemistry model profiles', .FALSE. )
     1753!
     1754!--       Transfer initial profiles to the arrays of the 3D model
     1755          DO lsp = 1, nspec
     1756             DO  i = nxlg, nxrg
     1757                DO  j = nysg, nyng
     1758                   DO lpr_lev = 1, nz + 1
     1759                      chem_species(lsp)%conc(lpr_lev,j,i) = chem_species(lsp)%conc_pr_init(lpr_lev)
    17461760                   ENDDO
    17471761                ENDDO
     1762             ENDDO   
     1763          ENDDO
     1764
     1765       ELSEIF ( INDEX(initializing_actions, 'set_constant_profiles') /= 0 )    &
     1766       THEN
     1767          CALL location_message( 'initializing with constant chemistry profiles', .FALSE. )
     1768
     1769          DO lsp = 1, nspec
     1770             DO  i = nxlg, nxrg
     1771                DO  j = nysg, nyng
     1772                   chem_species(lsp)%conc(:,j,i) = chem_species(lsp)%conc_pr_init   
     1773                ENDDO
    17481774             ENDDO
    1749 
    1750           ENDIF
    1751 
    1752 !
    1753 !--       If required, change the surface chem spcs at the start of the 3D run
    1754           IF ( cs_surface_initial_change(1) /= 0.0_wp ) THEN           
    1755              DO lsp = 1, nspec
    1756                 chem_species(lsp)%conc(nzb,:,:) = chem_species(lsp)%conc(nzb,:,:) +  &
    1757                                                   cs_surface_initial_change(lsp)
    1758              ENDDO
    1759           ENDIF
    1760 !
    1761 !--      Initiale old and new time levels.
    1762           DO lsp = 1, nvar
    1763              chem_species(lsp)%tconc_m = 0.0_wp                     
    1764              chem_species(lsp)%conc_p  = chem_species(lsp)%conc     
    17651775          ENDDO
    17661776
    17671777       ENDIF
    17681778
    1769 
    1770 
    1771 !---   new code add above this line
    1772        DO lsp = 1, nphot
    1773           phot_frequen(lsp)%name = phot_names(lsp)
    1774 !
    1775 !--   todo: remove or replace by "CALL message" mechanism (kanani)
     1779!
     1780!--    If required, change the surface chem spcs at the start of the 3D run
     1781       IF ( cs_surface_initial_change(1) /= 0.0_wp ) THEN           
     1782          DO lsp = 1, nspec
     1783             chem_species(lsp)%conc(nzb,:,:) = chem_species(lsp)%conc(nzb,:,:) +  &
     1784                                               cs_surface_initial_change(lsp)
     1785          ENDDO
     1786       ENDIF
     1787!
     1788!--    Initiale old and new time levels.
     1789       DO lsp = 1, nvar
     1790          chem_species(lsp)%tconc_m = 0.0_wp                     
     1791          chem_species(lsp)%conc_p  = chem_species(lsp)%conc     
     1792       ENDDO
     1793
     1794    ENDIF
     1795
     1796
     1797
     1798!--- new code add above this line
     1799    DO lsp = 1, nphot
     1800       phot_frequen(lsp)%name = phot_names(lsp)
     1801!
     1802!-- todo: remove or replace by "CALL message" mechanism (kanani)
    17761803!         IF( myid == 0 )  THEN
    1777 !            WRITE(6,'(a,i4,3x,a)')  'Photolysis: ',lsp,trim(phot_names(lsp))
     1804!            WRITE(6,'(a,i4,3x,a)')  'Photolysis: ',lsp,TRIM(phot_names(lsp))
    17781805!         ENDIF
    1779              phot_frequen(lsp)%freq(nzb:nzt+1,nysg:nyng,nxlg:nxrg)    => freq_1(:,:,:,lsp)
    1780        ENDDO
    1781 
    1782        RETURN
     1806          phot_frequen(lsp)%freq(nzb:nzt+1,nysg:nyng,nxlg:nxrg)    => freq_1(:,:,:,lsp)
     1807    ENDDO
     1808
     1809    RETURN
    17831810
    17841811 END SUBROUTINE chem_init
    … …  
    17931820!> analogue to parameters u_profile, v_profile and uv_heights)
    17941821!------------------------------------------------------------------------------!
    1795     SUBROUTINE chem_init_profiles              !< SUBROUTINE is called from chem_init in case of
    1796                                                !< TRIM( initializing_actions ) /= 'read_restart_data'
    1797                                                !< We still need to see what has to be done in case of restart run
    1798        USE chem_modules
    1799 
    1800        IMPLICIT NONE
    1801 
    1802    !-- Local variables
    1803        INTEGER ::  lsp        !< running index for number of species in derived data type species_def
    1804        INTEGER ::  lsp_usr     !< running index for number of species (user defined)  in cs_names, cs_profiles etc
    1805        INTEGER ::  lpr_lev    !< running index for profile level for each chem spcs.
    1806        INTEGER ::  npr_lev    !< the next available profile lev
    1807 
    1808 !-----------------
    1809 !-- Parameter "cs_profile" and "cs_heights" are used to prescribe user defined initial profiles
    1810 !-- and heights. If parameter "cs_profile" is not prescribed then initial surface values
    1811 !-- "cs_surface" are used as constant initial profiles for each species. If "cs_profile" and
    1812 !-- "cs_heights" are prescribed, their values will!override the constant profile given by
    1813 !-- "cs_surface".
    1814 !
    1815        IF ( TRIM( initializing_actions ) /= 'read_restart_data' )  THEN
    1816           lsp_usr = 1
    1817           DO  WHILE ( TRIM( cs_name( lsp_usr ) ) /= 'novalue' )   !'novalue' is the default
    1818              DO  lsp = 1, nspec                                !
    1819 !--             create initial profile (conc_pr_init) for each chemical species
    1820                 IF ( TRIM( chem_species(lsp)%name ) == TRIM( cs_name(lsp_usr) ) )  THEN   !
    1821                    IF ( cs_profile(lsp_usr,1) == 9999999.9_wp ) THEN
    1822 !--                set a vertically constant profile based on the surface conc (cs_surface(lsp_usr)) of each species
    1823                       DO lpr_lev = 0, nzt+1
    1824                          chem_species(lsp)%conc_pr_init(lpr_lev) = cs_surface(lsp_usr)
    1825                       ENDDO
    1826                    ELSE
    1827                       IF ( cs_heights(1,1) /= 0.0_wp )  THEN
    1828                          message_string = 'The surface value of cs_heights must be 0.0'
    1829                          CALL message( 'chem_check_parameters', 'CM0434', 1, 2, 0, 6, 0 )
     1822 SUBROUTINE chem_init_profiles              !< SUBROUTINE is called from chem_init in case of
     1823   !< TRIM( initializing_actions ) /= 'read_restart_data'
     1824   !< We still need to see what has to be done in case of restart run
     1825    USE chem_modules
     1826
     1827    IMPLICIT NONE
     1828
     1829    !-- Local variables
     1830    INTEGER ::  lsp        !< running index for number of species in derived data type species_def
     1831    INTEGER ::  lsp_usr     !< running index for number of species (user defined)  in cs_names, cs_profiles etc
     1832    INTEGER ::  lpr_lev    !< running index for profile level for each chem spcs.
     1833    INTEGER ::  npr_lev    !< the next available profile lev
     1834
     1835    !-----------------
     1836    !-- Parameter "cs_profile" and "cs_heights" are used to prescribe user defined initial profiles
     1837    !-- and heights. If parameter "cs_profile" is not prescribed then initial surface values
     1838    !-- "cs_surface" are used as constant initial profiles for each species. If "cs_profile" and
     1839    !-- "cs_heights" are prescribed, their values will!override the constant profile given by
     1840    !-- "cs_surface".
     1841    !
     1842    IF ( TRIM( initializing_actions ) /= 'read_restart_data' )  THEN
     1843       lsp_usr = 1
     1844       DO  WHILE ( TRIM( cs_name( lsp_usr ) ) /= 'novalue' )   !'novalue' is the default
     1845          DO  lsp = 1, nspec                                !
     1846             !-- create initial profile (conc_pr_init) for each chemical species
     1847             IF ( TRIM( chem_species(lsp)%name ) == TRIM( cs_name(lsp_usr) ) )  THEN   !
     1848                IF ( cs_profile(lsp_usr,1) == 9999999.9_wp ) THEN
     1849                   !-- set a vertically constant profile based on the surface conc (cs_surface(lsp_usr)) of each species
     1850                   DO lpr_lev = 0, nzt+1
     1851                      chem_species(lsp)%conc_pr_init(lpr_lev) = cs_surface(lsp_usr)
     1852                   ENDDO
     1853                ELSE
     1854                   IF ( cs_heights(1,1) /= 0.0_wp )  THEN
     1855                      message_string = 'The surface value of cs_heights must be 0.0'
     1856                      CALL message( 'chem_check_parameters', 'CM0434', 1, 2, 0, 6, 0 )
     1857                   ENDIF
     1858
     1859                   use_prescribed_profile_data = .TRUE.
     1860
     1861                   npr_lev = 1
     1862                   !                     chem_species(lsp)%conc_pr_init(0) = 0.0_wp
     1863                   DO  lpr_lev = 1, nz+1
     1864                      IF ( npr_lev < 100 )  THEN
     1865                         DO  WHILE ( cs_heights(lsp_usr, npr_lev+1) <= zu(lpr_lev) )
     1866                            npr_lev = npr_lev + 1
     1867                            IF ( npr_lev == 100 )  THEN
     1868                               message_string = 'number of chem spcs exceeding the limit'
     1869                               CALL message( 'chem_check_parameters', 'CM0435', 1, 2, 0, 6, 0 )               
     1870                               EXIT
     1871                            ENDIF
     1872                         ENDDO
    18301873                      ENDIF
    1831      
    1832                       use_prescribed_profile_data = .TRUE.
    1833    
    1834                       npr_lev = 1
    1835 !                     chem_species(lsp)%conc_pr_init(0) = 0.0_wp
    1836                       DO  lpr_lev = 1, nz+1
    1837                          IF ( npr_lev < 100 )  THEN
    1838                             DO  WHILE ( cs_heights(lsp_usr, npr_lev+1) <= zu(lpr_lev) )
    1839                                npr_lev = npr_lev + 1
    1840                                IF ( npr_lev == 100 )  THEN
    1841                                    message_string = 'number of chem spcs exceeding the limit'
    1842                                    CALL message( 'chem_check_parameters', 'CM0435', 1, 2, 0, 6, 0 )               
    1843                                    EXIT
    1844                                ENDIF
    1845                             ENDDO
    1846                          ENDIF
    1847                          IF ( npr_lev < 100  .AND.  cs_heights(lsp_usr, npr_lev + 1) /= 9999999.9_wp )  THEN
    1848                             chem_species(lsp)%conc_pr_init(lpr_lev) = cs_profile(lsp_usr, npr_lev) +                          &
    1849                                                     ( zu(lpr_lev) - cs_heights(lsp_usr, npr_lev) ) /                          &
    1850                                                     ( cs_heights(lsp_usr, (npr_lev + 1)) - cs_heights(lsp_usr, npr_lev ) ) *  &
    1851                                                     ( cs_profile(lsp_usr, (npr_lev + 1)) - cs_profile(lsp_usr, npr_lev ) )
    1852                          ELSE
    1853                                chem_species(lsp)%conc_pr_init(lpr_lev) = cs_profile(lsp_usr, npr_lev)
    1854                          ENDIF
    1855                       ENDDO
    1856                    ENDIF
    1857 !-- If a profile is prescribed explicity using cs_profiles and cs_heights, then 
    1858 !-- chem_species(lsp)%conc_pr_init is populated with the specific "lsp" based
    1859 !-- on the cs_profiles(lsp_usr,:)  and cs_heights(lsp_usr,:).
     1874                      IF ( npr_lev < 100  .AND.  cs_heights(lsp_usr, npr_lev + 1) /= 9999999.9_wp )  THEN
     1875                         chem_species(lsp)%conc_pr_init(lpr_lev) = cs_profile(lsp_usr, npr_lev) +       &
     1876                              ( zu(lpr_lev) - cs_heights(lsp_usr, npr_lev) ) /                          &
     1877                              ( cs_heights(lsp_usr, (npr_lev + 1)) - cs_heights(lsp_usr, npr_lev ) ) *  &
     1878                              ( cs_profile(lsp_usr, (npr_lev + 1)) - cs_profile(lsp_usr, npr_lev ) )
     1879                      ELSE
     1880                         chem_species(lsp)%conc_pr_init(lpr_lev) = cs_profile(lsp_usr, npr_lev)
     1881                      ENDIF
     1882                   ENDDO
    18601883                ENDIF
     1884                !-- If a profile is prescribed explicity using cs_profiles and cs_heights, then 
     1885                !-- chem_species(lsp)%conc_pr_init is populated with the specific "lsp" based
     1886                !-- on the cs_profiles(lsp_usr,:)  and cs_heights(lsp_usr,:).
     1887             ENDIF
     1888          ENDDO
     1889          lsp_usr = lsp_usr + 1
     1890       ENDDO
     1891    ENDIF
     1892
     1893 END SUBROUTINE chem_init_profiles
     1894 !
     1895 !------------------------------------------------------------------------------!
     1896 !
     1897 ! Description:
     1898 ! ------------
     1899 !> Subroutine to integrate chemical species in the given chemical mechanism
     1900 !------------------------------------------------------------------------------!
     1901
     1902 SUBROUTINE chem_integrate_ij( i, j )
     1903
     1904    USE cpulog,                                                              &
     1905         ONLY:  cpu_log, log_point
     1906    USE statistics,                                                          &
     1907         ONLY:  weight_pres
     1908    USE control_parameters,                                                 &
     1909         ONLY:  dt_3d, intermediate_timestep_count, simulated_time
     1910
     1911    IMPLICIT NONE
     1912    INTEGER,INTENT(IN)       :: i
     1913    INTEGER,INTENT(IN)       :: j
     1914
     1915    !--   local variables
     1916    INTEGER(iwp) ::  lsp                                                     !< running index for chem spcs.
     1917    INTEGER(iwp) ::  lph                                                     !< running index for photolysis frequencies
     1918    INTEGER      ::  k
     1919    INTEGER      ::  m
     1920    INTEGER      ::  istatf
     1921    INTEGER, DIMENSION(20)    :: istatus
     1922    REAL(kind=wp), DIMENSION(nzb+1:nzt,nspec)                :: tmp_conc
     1923    REAL(kind=wp), DIMENSION(nzb+1:nzt)                      :: tmp_temp
     1924    REAL(kind=wp), DIMENSION(nzb+1:nzt)                      :: tmp_qvap
     1925    REAL(kind=wp), DIMENSION(nzb+1:nzt,nphot)                :: tmp_phot
     1926    REAL(kind=wp), DIMENSION(nzb+1:nzt)                      :: tmp_fact
     1927    REAL(kind=wp), DIMENSION(nzb+1:nzt)                      :: tmp_fact_i    !< conversion factor between
     1928                                                                              !<    molecules cm^{-3} and ppm
     1929
     1930    INTEGER,DIMENSION(nzb+1:nzt)                            :: nacc          !< Number of accepted steps
     1931    INTEGER,DIMENSION(nzb+1:nzt)                            :: nrej          !< Number of rejected steps
     1932
     1933    REAL(wp)                         ::  conv                                !< conversion factor
     1934    REAL(wp), PARAMETER              ::  ppm2fr  = 1.0e-6_wp                 !< Conversion factor ppm to fraction
     1935!    REAL(wp), PARAMETER              ::  xm_air  = 28.96_wp                  !< Mole mass of dry air
     1936!    REAL(wp), PARAMETER              ::  xm_h2o  = 18.01528_wp               !< Mole mass of water vapor
     1937    REAL(wp), PARAMETER              ::  pref_i  = 1._wp / 100000.0_wp       !< inverse reference pressure (1/Pa)
     1938    REAL(wp), PARAMETER              ::  t_std   = 273.15_wp                 !< standard pressure (Pa)
     1939    REAL(wp), PARAMETER              ::  p_std   = 101325.0_wp               !< standard pressure (Pa)
     1940    REAL(wp), PARAMETER              ::  vmolcm  = 22.414e3_wp               !< Mole volume (22.414 l) in cm^{-3}
     1941    REAL(wp), PARAMETER              ::  xna     = 6.022e23_wp               !< Avogadro number (molecules/mol)
     1942
     1943    REAL(wp),DIMENSION(size(rcntrl)) :: rcntrl_local
     1944
     1945
     1946    REAL(kind=wp)  :: dt_chem                                             
     1947
     1948    CALL cpu_log( log_point(80), '[chem_integrate_ij]', 'start' )
     1949    !<     set chem_gasphase_on to .FALSE. if you want to skip computation of gas phase chemistry
     1950    IF (chem_gasphase_on) THEN
     1951       nacc = 0
     1952       nrej = 0
     1953
     1954       tmp_temp(:) = pt(nzb+1:nzt,j,i) * exner(nzb+1:nzt)
     1955       !
     1956       !--       ppm to molecules/cm**3
     1957       !--       tmp_fact = 1.e-6_wp*6.022e23_wp/(22.414_wp*1000._wp) * 273.15_wp * hyp(nzb+1:nzt)/( 101300.0_wp * tmp_temp ) 
     1958       conv = ppm2fr * xna / vmolcm
     1959       tmp_fact(:) = conv * t_std * hyp(nzb+1:nzt) / (tmp_temp(:) * p_std)
     1960       tmp_fact_i = 1.0_wp/tmp_fact
     1961
     1962       IF ( humidity ) THEN
     1963          IF ( bulk_cloud_model )  THEN
     1964             tmp_qvap(:) = ( q(nzb+1:nzt,j,i) - ql(nzb+1:nzt,j,i) ) * xm_air/xm_h2o * tmp_fact(:)
     1965          ELSE
     1966             tmp_qvap(:) = q(nzb+1:nzt,j,i) * xm_air/xm_h2o * tmp_fact(:)
     1967          ENDIF
     1968       ELSE
     1969          tmp_qvap(:) = 0.01 * tmp_fact(:)                          !< Constant value for q if water vapor is not computed
     1970       ENDIF
     1971
     1972       DO lsp = 1,nspec
     1973          tmp_conc(:,lsp) = chem_species(lsp)%conc(nzb+1:nzt,j,i) * tmp_fact(:)
     1974       ENDDO
     1975
     1976       DO lph = 1,nphot
     1977          tmp_phot(:,lph) = phot_frequen(lph)%freq(nzb+1:nzt,j,i)               
     1978       ENDDO
     1979       !
     1980       !--   todo: remove (kanani)
     1981       !           IF(myid == 0 .AND. chem_debug0 ) THEN
     1982       !              IF (i == 10 .AND. j == 10) WRITE(0,*) 'begin chemics step ',dt_3d
     1983       !           ENDIF
     1984
     1985       !--       Compute length of time step
     1986       IF ( call_chem_at_all_substeps )  THEN
     1987          dt_chem = dt_3d * weight_pres(intermediate_timestep_count)
     1988       ELSE
     1989          dt_chem = dt_3d
     1990       ENDIF
     1991
     1992       cs_time_step = dt_chem
     1993
     1994       CALL cpu_log( log_point(81), '{chem_gasphase_integrate}', 'start' )
     1995
     1996       IF(maxval(rcntrl) > 0.0)   THEN    ! Only if rcntrl is set
     1997          IF( simulated_time <= 2*dt_3d)  THEN
     1998             rcntrl_local = 0
     1999             !
     2000             !--   todo: remove (kanani)
     2001             !                  WRITE(9,'(a,2f10.3)') 'USE Default rcntrl in the first steps ',simulated_time,dt_3d
     2002          ELSE
     2003             rcntrl_local = rcntrl
     2004          ENDIF
     2005       ELSE
     2006          rcntrl_local = 0
     2007       END IF
     2008
     2009       CALL chem_gasphase_integrate ( dt_chem, tmp_conc, tmp_temp, tmp_qvap, tmp_fact, tmp_phot, &
     2010            icntrl_i = icntrl, rcntrl_i = rcntrl_local, xnacc = nacc, xnrej = nrej, istatus=istatus )
     2011
     2012       CALL cpu_log( log_point(81), '{chem_gasphase_integrate}', 'stop' )
     2013
     2014       DO lsp = 1,nspec
     2015          chem_species(lsp)%conc (nzb+1:nzt,j,i) = tmp_conc(:,lsp) * tmp_fact_i(:)
     2016       ENDDO
     2017
     2018
     2019    ENDIF
     2020    CALL cpu_log( log_point(80), '[chem_integrate_ij]', 'stop' )
     2021
     2022    RETURN
     2023 END SUBROUTINE chem_integrate_ij
     2024 !
     2025 !------------------------------------------------------------------------------!
     2026 !
     2027 ! Description:
     2028 ! ------------
     2029 !> Subroutine defining parin for &chemistry_parameters for chemistry model
     2030 !------------------------------------------------------------------------------!
     2031 SUBROUTINE chem_parin
     2032
     2033    USE chem_modules
     2034    USE control_parameters
     2035
     2036    USE kinds
     2037    USE pegrid
     2038    USE statistics
     2039
     2040    IMPLICIT NONE
     2041
     2042    CHARACTER (LEN=80) ::  line                        !< dummy string that contains the current line of the parameter file
     2043    CHARACTER (LEN=3)  ::  cs_prefix
     2044
     2045    REAL(wp), DIMENSION(nmaxfixsteps) ::   my_steps    !< List of fixed timesteps   my_step(1) = 0.0 automatic stepping
     2046    INTEGER(iwp) ::  i                                 !<
     2047    INTEGER(iwp) ::  j                                 !<
     2048    INTEGER(iwp) ::  max_pr_cs_tmp                     !<
     2049
     2050
     2051    NAMELIST /chemistry_parameters/  bc_cs_b,                          &
     2052         bc_cs_t,                          &
     2053         call_chem_at_all_substeps,        &
     2054         chem_debug0,                      &
     2055         chem_debug1,                      &
     2056         chem_debug2,                      &
     2057         chem_gasphase_on,                 &
     2058         cs_heights,                       &
     2059         cs_name,                          &
     2060         cs_profile,                       &
     2061         cs_surface,                       &
     2062         decycle_chem_lr,                  &
     2063         decycle_chem_ns,                  &           
     2064         decycle_method,                   &
     2065         do_depo,                          &
     2066         emiss_factor_main,                &
     2067         emiss_factor_side,                &                     
     2068         icntrl,                           &
     2069         main_street_id,                   &
     2070         max_street_id,                    &
     2071         my_steps,                         &
     2072         nest_chemistry,                   &
     2073         rcntrl,                           &
     2074         side_street_id,                   &
     2075         photolysis_scheme,                &
     2076         wall_csflux,                      &
     2077         cs_vertical_gradient,             &
     2078         top_csflux,                       &
     2079         surface_csflux,                   &
     2080         surface_csflux_name,              &
     2081         cs_surface_initial_change,        &
     2082         cs_vertical_gradient_level,       &
     2083         !                                       namelist parameters for emissions
     2084         mode_emis,                        &
     2085         time_fac_type,                    &
     2086         daytype_mdh,                      &
     2087         do_emis                             
     2088
     2089    !-- analogue to chem_names(nspj) we could invent chem_surfaceflux(nspj) and chem_topflux(nspj)
     2090    !-- so this way we could prescribe a specific flux value for each species
     2091    !>  chemistry_parameters for initial profiles
     2092    !>  cs_names = 'O3', 'NO2', 'NO', ...   to set initial profiles)
     2093    !>  cs_heights(1,:) = 0.0, 100.0, 500.0, 2000.0, .... (height levels where concs will be prescribed for O3)
     2094    !>  cs_heights(2,:) = 0.0, 200.0, 400.0, 1000.0, .... (same for NO2 etc.)
     2095    !>  cs_profiles(1,:) = 10.0, 20.0, 20.0, 30.0, .....  (chem spcs conc at height lvls chem_heights(1,:)) etc.
     2096    !>  If the respective concentration profile should be constant with height, then use "cs_surface( number of spcs)"
     2097    !>  then write these cs_surface values to chem_species(lsp)%conc_pr_init(:)
     2098
     2099    !
     2100    !--   Read chem namelist   
     2101
     2102    INTEGER             :: ier
     2103    CHARACTER(LEN=64)   :: text
     2104    CHARACTER(LEN=8)    :: solver_type
     2105
     2106    icntrl    = 0
     2107    rcntrl    = 0.0_wp
     2108    my_steps  = 0.0_wp
     2109    photolysis_scheme = 'simple'
     2110    atol = 1.0_wp
     2111    rtol = 0.01_wp
     2112    !
     2113    !--   Try to find chemistry package
     2114    REWIND ( 11 )
     2115    line = ' '
     2116    DO   WHILE ( INDEX( line, '&chemistry_parameters' ) == 0 )
     2117       READ ( 11, '(A)', END=20 )  line
     2118    ENDDO
     2119    BACKSPACE ( 11 )
     2120    !
     2121    !--   Read chemistry namelist
     2122    READ ( 11, chemistry_parameters, ERR = 10, END = 20 )     
     2123    !
     2124    !--   Enable chemistry model
     2125    air_chemistry = .TRUE.                   
     2126    GOTO 20
     2127
     2128 10 BACKSPACE( 11 )
     2129    READ( 11 , '(A)') line
     2130    CALL parin_fail_message( 'chemistry_parameters', line )
     2131
     2132 20 CONTINUE
     2133
     2134    !
     2135    !--    check for  emission mode for chem species
     2136    IF ( (mode_emis /= 'PARAMETERIZED')  .AND. ( mode_emis /= 'DEFAULT' ) .AND. ( mode_emis /= 'PRE-PROCESSED'  ) )  THEN
     2137       message_string = 'Incorrect mode_emiss  option select. Please check spelling'
     2138       CALL message( 'chem_check_parameters', 'CM0436', 1, 2, 0, 6, 0 )
     2139    ENDIF
     2140
     2141    t_steps = my_steps         
     2142
     2143    !--    Determine the number of user-defined profiles and append them to the
     2144    !--    standard data output (data_output_pr)
     2145    max_pr_cs_tmp = 0
     2146    i = 1
     2147
     2148    DO  WHILE ( data_output_pr(i)  /= ' '  .AND.  i <= 100 )
     2149       IF ( TRIM( data_output_pr(i)(1:3)) == 'kc_' ) THEN
     2150          max_pr_cs_tmp = max_pr_cs_tmp+1
     2151       ENDIF
     2152       i = i +1
     2153    ENDDO
     2154
     2155    IF ( max_pr_cs_tmp > 0 ) THEN
     2156       cs_pr_namelist_found = .TRUE.
     2157       max_pr_cs = max_pr_cs_tmp
     2158    ENDIF
     2159
     2160    !      Set Solver Type
     2161    IF(icntrl(3) == 0)   THEN
     2162       solver_type = 'rodas3'           !Default
     2163    ELSE IF(icntrl(3) == 1)   THEN
     2164       solver_type = 'ros2'
     2165    ELSE IF(icntrl(3) == 2)   THEN
     2166       solver_type = 'ros3'
     2167    ELSE IF(icntrl(3) == 3)   THEN
     2168       solver_type = 'ro4'
     2169    ELSE IF(icntrl(3) == 4)   THEN
     2170       solver_type = 'rodas3'
     2171    ELSE IF(icntrl(3) == 5)   THEN
     2172       solver_type = 'rodas4'
     2173    ELSE IF(icntrl(3) == 6)   THEN
     2174       solver_type = 'Rang3'
     2175    ELSE
     2176       message_string = 'illegal solver type'
     2177       CALL message( 'chem_parin', 'PA0506', 1, 2, 0, 6, 0 )
     2178    END IF
     2179
     2180    !
     2181    !--   todo: remove or replace by "CALL message" mechanism (kanani)
     2182    !       write(text,*) 'gas_phase chemistry: solver_type = ',TRIM(solver_type)
     2183    !kk    Has to be changed to right calling sequence
     2184    !kk       CALL location_message( TRIM(text), .FALSE. )
     2185    !        IF(myid == 0)   THEN
     2186    !           write(9,*) ' '
     2187    !           write(9,*) 'kpp setup '
     2188    !           write(9,*) ' '
     2189    !           write(9,*) '    gas_phase chemistry: solver_type = ',TRIM(solver_type)
     2190    !           write(9,*) ' '
     2191    !           write(9,*) '    Hstart  = ',rcntrl(3)
     2192    !           write(9,*) '    FacMin  = ',rcntrl(4)
     2193    !           write(9,*) '    FacMax  = ',rcntrl(5)
     2194    !           write(9,*) ' '
     2195    !           IF(vl_dim > 1)    THEN
     2196    !              write(9,*) '    Vector mode                   vektor length = ',vl_dim
     2197    !           ELSE
     2198    !              write(9,*) '    Scalar mode'
     2199    !           ENDIF
     2200    !           write(9,*) ' '
     2201    !        END IF
     2202
     2203    RETURN
     2204
     2205 END SUBROUTINE chem_parin
     2206
     2207 !
     2208 !------------------------------------------------------------------------------!
     2209 !
     2210 ! Description:
     2211 ! ------------
     2212 !> Subroutine calculating prognostic equations for chemical species
     2213 !> (vector-optimized).
     2214 !> Routine is called separately for each chemical species over a loop from
     2215 !> prognostic_equations.
     2216 !------------------------------------------------------------------------------!
     2217 SUBROUTINE chem_prognostic_equations( cs_scalar_p, cs_scalar, tcs_scalar_m,   &
     2218      pr_init_cs, ilsp )
     2219
     2220    USE advec_s_pw_mod,                                                        &
     2221         ONLY:  advec_s_pw
     2222    USE advec_s_up_mod,                                                        &
     2223         ONLY:  advec_s_up
     2224    USE advec_ws,                                                              &
     2225         ONLY:  advec_s_ws
     2226    USE diffusion_s_mod,                                                       &
     2227         ONLY:  diffusion_s
     2228    USE indices,                                                               &
     2229         ONLY:  nxl, nxr, nyn, nys, wall_flags_0
     2230    USE pegrid
     2231    USE surface_mod,                                                           &
     2232         ONLY:  surf_def_h, surf_def_v, surf_lsm_h, surf_lsm_v, surf_usm_h,     &
     2233         surf_usm_v
     2234
     2235    IMPLICIT NONE
     2236
     2237    INTEGER ::  i   !< running index
     2238    INTEGER ::  j   !< running index
     2239    INTEGER ::  k   !< running index
     2240
     2241    INTEGER(iwp),INTENT(IN) ::  ilsp          !<
     2242
     2243    REAL(wp), DIMENSION(0:nz+1) ::  pr_init_cs   !<
     2244
     2245    REAL(wp), DIMENSION(:,:,:), POINTER ::  cs_scalar      !<
     2246    REAL(wp), DIMENSION(:,:,:), POINTER ::  cs_scalar_p    !<
     2247    REAL(wp), DIMENSION(:,:,:), POINTER ::  tcs_scalar_m   !<
     2248
     2249
     2250    !
     2251    !-- Tendency terms for chemical species
     2252    tend = 0.0_wp
     2253    !   
     2254    !-- Advection terms
     2255    IF ( timestep_scheme(1:5) == 'runge' )  THEN
     2256       IF ( ws_scheme_sca )  THEN
     2257          CALL advec_s_ws( cs_scalar, 'kc' )
     2258       ELSE
     2259          CALL advec_s_pw( cs_scalar )
     2260       ENDIF
     2261    ELSE
     2262       CALL advec_s_up( cs_scalar )
     2263    ENDIF
     2264    !
     2265    !-- Diffusion terms  (the last three arguments are zero)
     2266    CALL diffusion_s( cs_scalar,                                               &
     2267         surf_def_h(0)%cssws(ilsp,:),                             &
     2268         surf_def_h(1)%cssws(ilsp,:),                             &
     2269         surf_def_h(2)%cssws(ilsp,:),                             &
     2270         surf_lsm_h%cssws(ilsp,:),                                &
     2271         surf_usm_h%cssws(ilsp,:),                                &
     2272         surf_def_v(0)%cssws(ilsp,:),                             &
     2273         surf_def_v(1)%cssws(ilsp,:),                             &
     2274         surf_def_v(2)%cssws(ilsp,:),                             &
     2275         surf_def_v(3)%cssws(ilsp,:),                             &
     2276         surf_lsm_v(0)%cssws(ilsp,:),                             &
     2277         surf_lsm_v(1)%cssws(ilsp,:),                             &
     2278         surf_lsm_v(2)%cssws(ilsp,:),                             &
     2279         surf_lsm_v(3)%cssws(ilsp,:),                             &
     2280         surf_usm_v(0)%cssws(ilsp,:),                             &
     2281         surf_usm_v(1)%cssws(ilsp,:),                             &
     2282         surf_usm_v(2)%cssws(ilsp,:),                             &
     2283         surf_usm_v(3)%cssws(ilsp,:) )
     2284    !   
     2285    !-- Prognostic equation for chemical species
     2286    DO  i = nxl, nxr
     2287       DO  j = nys, nyn   
     2288          DO  k = nzb+1, nzt
     2289             cs_scalar_p(k,j,i) =   cs_scalar(k,j,i)                           &
     2290                  + ( dt_3d  *                                 &
     2291                  (   tsc(2) * tend(k,j,i)                 &
     2292                  + tsc(3) * tcs_scalar_m(k,j,i)         &
     2293                  )                                        &
     2294                  - tsc(5) * rdf_sc(k)                       &
     2295                  * ( cs_scalar(k,j,i) - pr_init_cs(k) )    &   
     2296                  )                                          &
     2297                  * MERGE( 1.0_wp, 0.0_wp, BTEST( wall_flags_0(k,j,i), 0 ) )       
     2298
     2299             IF ( cs_scalar_p(k,j,i) < 0.0_wp )  cs_scalar_p(k,j,i) = 0.1_wp * cs_scalar(k,j,i)
     2300          ENDDO
     2301       ENDDO
     2302    ENDDO
     2303    !
     2304    !-- Calculate tendencies for the next Runge-Kutta step
     2305    IF ( timestep_scheme(1:5) == 'runge' )  THEN
     2306       IF ( intermediate_timestep_count == 1 )  THEN
     2307          DO  i = nxl, nxr
     2308             DO  j = nys, nyn   
     2309                DO  k = nzb+1, nzt
     2310                   tcs_scalar_m(k,j,i) = tend(k,j,i)
     2311                ENDDO
    18612312             ENDDO
    1862              lsp_usr = lsp_usr + 1
     2313          ENDDO
     2314       ELSEIF ( intermediate_timestep_count < &
     2315            intermediate_timestep_count_max )  THEN
     2316          DO  i = nxl, nxr
     2317             DO  j = nys, nyn
     2318                DO  k = nzb+1, nzt
     2319                   tcs_scalar_m(k,j,i) = - 9.5625_wp * tend(k,j,i)             &
     2320                        + 5.3125_wp * tcs_scalar_m(k,j,i)
     2321                ENDDO
     2322             ENDDO
    18632323          ENDDO
    18642324       ENDIF
    1865 
    1866     END SUBROUTINE chem_init_profiles
    1867 !
    1868 !------------------------------------------------------------------------------!
    1869 !
    1870 ! Description:
    1871 ! ------------
    1872 !> Subroutine to integrate chemical species in the given chemical mechanism
    1873 !------------------------------------------------------------------------------!
    1874 
    1875     SUBROUTINE chem_integrate_ij (i, j)
    1876 
    1877        USE cpulog,                                                              &
    1878           ONLY: cpu_log, log_point
    1879        USE statistics,                                                          &
    1880           ONLY:  weight_pres
    1881         USE control_parameters,                                                 &
    1882           ONLY:  dt_3d, intermediate_timestep_count,simulated_time
    1883 
    1884        IMPLICIT   none
    1885        INTEGER,INTENT(IN)       :: i,j
    1886 
    1887  !--   local variables
    1888        INTEGER(iwp) ::  lsp                                                     !< running index for chem spcs.
    1889        INTEGER(iwp) ::  lph                                                     !< running index for photolysis frequencies
    1890        INTEGER                  :: k,m,istatf
    1891        INTEGER,DIMENSION(20)    :: istatus
    1892        REAL(kind=wp),DIMENSION(nzb+1:nzt,nspec)                :: tmp_conc
    1893        REAL(kind=wp),DIMENSION(nzb+1:nzt)                      :: tmp_temp
    1894        REAL(kind=wp),DIMENSION(nzb+1:nzt)                      :: tmp_qvap
    1895        REAL(kind=wp),DIMENSION(nzb+1:nzt,nphot)                :: tmp_phot
    1896        REAL(kind=wp),DIMENSION(nzb+1:nzt)                      :: tmp_fact
    1897        REAL(kind=wp),DIMENSION(nzb+1:nzt)                      :: tmp_fact_i    !< conversion factor between
    1898                                                                                 !<    molecules cm^{-3} and ppm
    1899 
    1900        INTEGER,DIMENSION(nzb+1:nzt)                            :: nacc          !< Number of accepted steps
    1901        INTEGER,DIMENSION(nzb+1:nzt)                            :: nrej          !< Number of rejected steps
    1902 
    1903        REAL(wp)                         ::  conv                                !< conversion factor
    1904        REAL(wp), PARAMETER              ::  ppm2fr  = 1.0e-6_wp                 !< Conversion factor ppm to fraction
    1905        REAL(wp), PARAMETER              ::  xm_air  = 28.96_wp                  !< Mole mass of dry air
    1906        REAL(wp), PARAMETER              ::  xm_h2o  = 18.01528_wp               !< Mole mass of water vapor
    1907        REAL(wp), PARAMETER              ::  pref_i  = 1._wp / 100000.0_wp       !< inverse reference pressure (1/Pa)
    1908        REAL(wp), PARAMETER              ::  t_std   = 273.15_wp                 !< standard pressure (Pa)
    1909        REAL(wp), PARAMETER              ::  p_std   = 101325.0_wp               !< standard pressure (Pa)
    1910        REAL(wp), PARAMETER              ::  vmolcm  = 22.414e3_wp               !< Mole volume (22.414 l) in cm^{-3}
    1911        REAL(wp), PARAMETER              ::  xna     = 6.022e23_wp               !< Avogadro number (molecules/mol)
    1912 
    1913        REAL(wp),DIMENSION(size(rcntrl)) :: rcntrl_local
    1914 
    1915 
    1916        REAL(kind=wp)  :: dt_chem                                             
    1917 
    1918        CALL cpu_log( log_point(80), '[chem_integrate_ij]', 'start' )
    1919 !<     set chem_gasphase_on to .FALSE. if you want to skip computation of gas phase chemistry
    1920        IF (chem_gasphase_on) THEN
    1921           nacc = 0
    1922           nrej = 0
    1923 
    1924        tmp_temp(:) = pt(nzb+1:nzt,j,i) * exner(nzb+1:nzt)
    1925 !         ppm to molecules/cm**3
    1926 !         tmp_fact = 1.e-6_wp*6.022e23_wp/(22.414_wp*1000._wp) * 273.15_wp * hyp(nzb+1:nzt)/( 101300.0_wp * tmp_temp ) 
    1927           conv = ppm2fr * xna / vmolcm
    1928           tmp_fact(:) = conv * t_std * hyp(nzb+1:nzt) / (tmp_temp(:) * p_std)
    1929           tmp_fact_i = 1.0_wp/tmp_fact
    1930 
    1931           IF ( humidity ) THEN
    1932              IF ( bulk_cloud_model )  THEN
    1933                 tmp_qvap(:) = ( q(nzb+1:nzt,j,i) - ql(nzb+1:nzt,j,i) ) * xm_air/xm_h2o * tmp_fact(:)
    1934              ELSE
    1935                 tmp_qvap(:) = q(nzb+1:nzt,j,i) * xm_air/xm_h2o * tmp_fact(:)
    1936              ENDIF
    1937           ELSE
    1938              tmp_qvap(:) = 0.01 * tmp_fact(:)                          !< Constant value for q if water vapor is not computed
     2325    ENDIF
     2326
     2327 END SUBROUTINE chem_prognostic_equations
     2328
     2329 !------------------------------------------------------------------------------!
     2330 !
     2331 ! Description:
     2332 ! ------------
     2333 !> Subroutine calculating prognostic equations for chemical species
     2334 !> (cache-optimized).
     2335 !> Routine is called separately for each chemical species over a loop from
     2336 !> prognostic_equations.
     2337 !------------------------------------------------------------------------------!
     2338 SUBROUTINE chem_prognostic_equations_ij( cs_scalar_p, cs_scalar, tcs_scalar_m, pr_init_cs,     &
     2339      i, j, i_omp_start, tn, ilsp, flux_s_cs, diss_s_cs,                  &
     2340      flux_l_cs, diss_l_cs )
     2341    USE pegrid         
     2342    USE advec_ws,                                                                               &
     2343         ONLY:  advec_s_ws
     2344    USE advec_s_pw_mod,                                                                         &
     2345         ONLY:  advec_s_pw
     2346    USE advec_s_up_mod,                                                                         &
     2347         ONLY:  advec_s_up
     2348    USE diffusion_s_mod,                                                                        &
     2349         ONLY:  diffusion_s
     2350    USE indices,                                                                                &
     2351         ONLY:  wall_flags_0
     2352    USE surface_mod,                                                                            &
     2353         ONLY:  surf_def_h, surf_def_v, surf_lsm_h, surf_lsm_v, surf_usm_h, surf_usm_v
     2354
     2355
     2356    IMPLICIT NONE
     2357
     2358    REAL(wp), DIMENSION(:,:,:), POINTER   :: cs_scalar_p, cs_scalar, tcs_scalar_m
     2359
     2360    INTEGER(iwp),INTENT(IN) :: i, j, i_omp_start, tn, ilsp
     2361    REAL(wp), DIMENSION(nzb+1:nzt, 0:threads_per_task-1)          :: flux_s_cs   !<
     2362    REAL(wp), DIMENSION(nzb+1:nzt, 0:threads_per_task-1)          :: diss_s_cs   !<
     2363    REAL(wp), DIMENSION(nzb+1:nzt, nys:nyn, 0:threads_per_task-1) :: flux_l_cs   !<
     2364    REAL(wp), DIMENSION(nzb+1:nzt, nys:nyn, 0:threads_per_task-1) :: diss_l_cs   !<
     2365    REAL(wp), DIMENSION(0:nz+1)                                 :: pr_init_cs  !<
     2366
     2367    !
     2368    !-- local variables
     2369
     2370    INTEGER :: k
     2371    !
     2372    !--    Tendency-terms for chem spcs.
     2373    tend(:,j,i) = 0.0_wp
     2374    !   
     2375    !-- Advection terms
     2376    IF ( timestep_scheme(1:5) == 'runge' )  THEN
     2377       IF ( ws_scheme_sca )  THEN
     2378          CALL advec_s_ws( i, j, cs_scalar, 'kc', flux_s_cs, diss_s_cs,                &
     2379               flux_l_cs, diss_l_cs, i_omp_start, tn )
     2380       ELSE
     2381          CALL advec_s_pw( i, j, cs_scalar )
     2382       ENDIF
     2383    ELSE
     2384       CALL advec_s_up( i, j, cs_scalar )
     2385    ENDIF
     2386
     2387    !
     2388
     2389    !-- Diffusion terms (the last three arguments are zero)
     2390
     2391    CALL diffusion_s( i, j, cs_scalar,                                                 &
     2392         surf_def_h(0)%cssws(ilsp,:), surf_def_h(1)%cssws(ilsp,:),        &
     2393         surf_def_h(2)%cssws(ilsp,:),                                     &
     2394         surf_lsm_h%cssws(ilsp,:), surf_usm_h%cssws(ilsp,:),              &
     2395         surf_def_v(0)%cssws(ilsp,:), surf_def_v(1)%cssws(ilsp,:),        &
     2396         surf_def_v(2)%cssws(ilsp,:), surf_def_v(3)%cssws(ilsp,:),        &
     2397         surf_lsm_v(0)%cssws(ilsp,:), surf_lsm_v(1)%cssws(ilsp,:),        &
     2398         surf_lsm_v(2)%cssws(ilsp,:), surf_lsm_v(3)%cssws(ilsp,:),        &
     2399         surf_usm_v(0)%cssws(ilsp,:), surf_usm_v(1)%cssws(ilsp,:),        &
     2400         surf_usm_v(2)%cssws(ilsp,:), surf_usm_v(3)%cssws(ilsp,:) )
     2401
     2402    !   
     2403    !-- Prognostic equation for chem spcs
     2404    DO k = nzb+1, nzt
     2405       cs_scalar_p(k,j,i) = cs_scalar(k,j,i) + ( dt_3d  *                       &
     2406            ( tsc(2) * tend(k,j,i) +         &
     2407            tsc(3) * tcs_scalar_m(k,j,i) ) &
     2408            - tsc(5) * rdf_sc(k)             &
     2409            * ( cs_scalar(k,j,i) - pr_init_cs(k) )    &   
     2410            )                                                  &
     2411            * MERGE( 1.0_wp, 0.0_wp,                  &     
     2412            BTEST( wall_flags_0(k,j,i), 0 )   &             
     2413            )       
     2414
     2415       IF ( cs_scalar_p(k,j,i) < 0.0_wp )  cs_scalar_p(k,j,i) = 0.1_wp * cs_scalar(k,j,i)    !FKS6
     2416    ENDDO
     2417
     2418    !
     2419    !-- Calculate tendencies for the next Runge-Kutta step
     2420    IF ( timestep_scheme(1:5) == 'runge' )  THEN
     2421       IF ( intermediate_timestep_count == 1 )  THEN
     2422          DO  k = nzb+1, nzt
     2423             tcs_scalar_m(k,j,i) = tend(k,j,i)
     2424          ENDDO
     2425       ELSEIF ( intermediate_timestep_count < &
     2426            intermediate_timestep_count_max )  THEN
     2427          DO  k = nzb+1, nzt
     2428             tcs_scalar_m(k,j,i) = -9.5625_wp * tend(k,j,i) + &
     2429                  5.3125_wp * tcs_scalar_m(k,j,i)
     2430          ENDDO
     2431       ENDIF
     2432    ENDIF
     2433
     2434 END SUBROUTINE chem_prognostic_equations_ij
     2435
     2436 !
     2437 !------------------------------------------------------------------------------!
     2438 !
     2439 ! Description:
     2440 ! ------------
     2441 !> Subroutine to read restart data of chemical species
     2442 !------------------------------------------------------------------------------!
     2443
     2444 SUBROUTINE chem_rrd_local( i, k, nxlf, nxlc, nxl_on_file, nxrf, nxrc,         &
     2445      nxr_on_file, nynf, nync, nyn_on_file, nysf, nysc,  &
     2446      nys_on_file, tmp_3d, found )   
     2447
     2448    USE control_parameters
     2449
     2450    USE indices
     2451
     2452    USE pegrid
     2453
     2454    IMPLICIT NONE
     2455
     2456    CHARACTER (LEN=20) :: spc_name_av !<   
     2457
     2458    INTEGER(iwp) ::  i, lsp          !<
     2459    INTEGER(iwp) ::  k               !<
     2460    INTEGER(iwp) ::  nxlc            !<
     2461    INTEGER(iwp) ::  nxlf            !<
     2462    INTEGER(iwp) ::  nxl_on_file     !<   
     2463    INTEGER(iwp) ::  nxrc            !<
     2464    INTEGER(iwp) ::  nxrf            !<
     2465    INTEGER(iwp) ::  nxr_on_file     !<   
     2466    INTEGER(iwp) ::  nync            !<
     2467    INTEGER(iwp) ::  nynf            !<
     2468    INTEGER(iwp) ::  nyn_on_file     !<   
     2469    INTEGER(iwp) ::  nysc            !<
     2470    INTEGER(iwp) ::  nysf            !<
     2471    INTEGER(iwp) ::  nys_on_file     !<   
     2472
     2473    LOGICAL, INTENT(OUT) :: found
     2474
     2475    REAL(wp), DIMENSION(nzb:nzt+1, nys_on_file-nbgp:nyn_on_file+nbgp, nxl_on_file-nbgp:nxr_on_file+nbgp) :: tmp_3d   !< 3D array to temp store data
     2476
     2477
     2478    found = .FALSE. 
     2479
     2480
     2481    IF ( ALLOCATED(chem_species) )  THEN
     2482
     2483       DO lsp = 1, nspec
     2484
     2485          !< for time-averaged chemical conc.
     2486          spc_name_av  =  TRIM(chem_species(lsp)%name)//'_av'
     2487
     2488          IF ( restart_string(1:length) == TRIM(chem_species(lsp)%name) )    &
     2489               THEN
     2490             !< read data into tmp_3d
     2491             IF ( k == 1 )  READ ( 13 )  tmp_3d 
     2492             !< fill ..%conc in the restart run   
     2493             chem_species(lsp)%conc(:,nysc-nbgp:nync+nbgp,                  &
     2494                  nxlc-nbgp:nxrc+nbgp) =                  &
     2495                  tmp_3d(:,nysf-nbgp:nynf+nbgp,nxlf-nbgp:nxrf+nbgp)
     2496             found = .TRUE.
     2497          ELSEIF (restart_string(1:length) == spc_name_av )  THEN
     2498             IF ( k == 1 )  READ ( 13 )  tmp_3d
     2499             chem_species(lsp)%conc_av(:,nysc-nbgp:nync+nbgp,               &
     2500                  nxlc-nbgp:nxrc+nbgp) =               &
     2501                  tmp_3d(:,nysf-nbgp:nynf+nbgp,nxlf-nbgp:nxrf+nbgp)
     2502             found = .TRUE.
    19392503          ENDIF
    19402504
    1941           DO lsp = 1,nspec
    1942              tmp_conc(:,lsp) = chem_species(lsp)%conc(nzb+1:nzt,j,i) * tmp_fact(:)
    1943           ENDDO
    1944 
    1945           DO lph = 1,nphot
    1946              tmp_phot(:,lph) = phot_frequen(lph)%freq(nzb+1:nzt,j,i)               
    1947           ENDDO
    1948 !
    1949 !--   todo: remove (kanani)
    1950 !           IF(myid == 0 .AND. chem_debug0 ) THEN
    1951 !              IF (i == 10 .and. j == 10) WRITE(0,*) 'begin chemics step ',dt_3d
    1952 !           ENDIF
    1953 
    1954 !--       Compute length of time step
    1955           IF ( call_chem_at_all_substeps )  THEN
    1956              dt_chem = dt_3d * weight_pres(intermediate_timestep_count)
    1957           ELSE
    1958              dt_chem = dt_3d
    1959           ENDIF
    1960 
    1961           cs_time_step = dt_chem
    1962 
    1963           CALL cpu_log( log_point(81), '{chem_gasphase_integrate}', 'start' )
    1964 
    1965           IF(maxval(rcntrl) > 0.0)   THEN    ! Only if rcntrl is set
    1966              IF( simulated_time <= 2*dt_3d)  THEN
    1967                  rcntrl_local = 0
    1968 !
    1969 !--   todo: remove (kanani)
    1970 !                  WRITE(9,'(a,2f10.3)') 'USE Default rcntrl in the first steps ',simulated_time,dt_3d
    1971              ELSE
    1972                  rcntrl_local = rcntrl
    1973              ENDIF
    1974           ELSE
    1975              rcntrl_local = 0
    1976           END IF
    1977 
    1978           CALL chem_gasphase_integrate (dt_chem, tmp_conc, tmp_temp, tmp_qvap, tmp_fact, tmp_phot, &
    1979                              icntrl_i = icntrl, rcntrl_i = rcntrl_local, xnacc = nacc, xnrej = nrej, istatus=istatus)
    1980 
    1981           CALL cpu_log( log_point(81), '{chem_gasphase_integrate}', 'stop' )
    1982 
    1983           DO lsp = 1,nspec
    1984              chem_species(lsp)%conc (nzb+1:nzt,j,i) = tmp_conc(:,lsp) * tmp_fact_i(:)
    1985           ENDDO
    1986 
    1987 
    1988        ENDIF
    1989           CALL cpu_log( log_point(80), '[chem_integrate_ij]', 'stop' )
    1990 
    1991        RETURN
    1992     END SUBROUTINE chem_integrate_ij
    1993 !
    1994 !------------------------------------------------------------------------------!
    1995 !
    1996 ! Description:
    1997 ! ------------
    1998 !> Subroutine defining parin for &chemistry_parameters for chemistry model
    1999 !------------------------------------------------------------------------------!
    2000     SUBROUTINE chem_parin
    2001    
    2002        USE chem_modules
    2003        USE control_parameters
    2004      
    2005        USE kinds
    2006        USE pegrid
    2007        USE statistics
    2008            
    2009        IMPLICIT   NONE
    2010 
    2011        CHARACTER (LEN=80) ::  line                        !< dummy string that contains the current line of the parameter file
    2012        CHARACTER (LEN=3)  ::  cs_prefix
    2013 
    2014        REAL(wp), DIMENSION(nmaxfixsteps) ::   my_steps    !< List of fixed timesteps   my_step(1) = 0.0 automatic stepping
    2015        INTEGER(iwp) ::  i                                 !<
    2016        INTEGER(iwp) ::  j                                 !<
    2017        INTEGER(iwp) ::  max_pr_cs_tmp                     !<
    2018 
    2019 
    2020        NAMELIST /chemistry_parameters/  bc_cs_b,                          &
    2021                                         bc_cs_t,                          &
    2022                                         call_chem_at_all_substeps,        &
    2023                                         chem_debug0,                      &
    2024                                         chem_debug1,                      &
    2025                                         chem_debug2,                      &
    2026                                         chem_gasphase_on,                 &
    2027                                         cs_heights,                       &
    2028                                         cs_name,                          &
    2029                                         cs_profile,                       &
    2030                                         cs_surface,                       &
    2031                                         decycle_chem_lr,                  &
    2032                                         decycle_chem_ns,                  &           
    2033                                         decycle_method,                   &
    2034                                         do_depo,                          &
    2035                                         emiss_factor_main,                &
    2036                                         emiss_factor_side,                &                     
    2037                                         icntrl,                           &
    2038                                         main_street_id,                   &
    2039                                         max_street_id,                    &
    2040                                         my_steps,                         &
    2041                                         nest_chemistry,                   &
    2042                                         rcntrl,                           &
    2043                                         side_street_id,                   &
    2044                                         photolysis_scheme,                &
    2045                                         wall_csflux,                      &
    2046                                         cs_vertical_gradient,             &
    2047                                         top_csflux,                       &
    2048                                         surface_csflux,                   &
    2049                                         surface_csflux_name,              &
    2050                                         cs_surface_initial_change,        &
    2051                                         cs_vertical_gradient_level,       &
    2052 !                                       namelist parameters for emissions
    2053                                         mode_emis,                        &
    2054                                         time_fac_type,                    &
    2055                                         daytype_mdh,                      &
    2056                                         do_emis                             
    2057                              
    2058 !-- analogue to chem_names(nspj) we could invent chem_surfaceflux(nspj) and chem_topflux(nspj)
    2059 !-- so this way we could prescribe a specific flux value for each species
    2060 !>  chemistry_parameters for initial profiles
    2061 !>  cs_names = 'O3', 'NO2', 'NO', ...   to set initial profiles)
    2062 !>  cs_heights(1,:) = 0.0, 100.0, 500.0, 2000.0, .... (height levels where concs will be prescribed for O3)
    2063 !>  cs_heights(2,:) = 0.0, 200.0, 400.0, 1000.0, .... (same for NO2 etc.)
    2064 !>  cs_profiles(1,:) = 10.0, 20.0, 20.0, 30.0, .....  (chem spcs conc at height lvls chem_heights(1,:)) etc.
    2065 !>  If the respective concentration profile should be constant with height, then use "cs_surface( number of spcs)"
    2066 !>  then write these cs_surface values to chem_species(lsp)%conc_pr_init(:)
    2067 
    2068 !
    2069 !--   Read chem namelist   
    2070 
    2071        INTEGER             :: ier
    2072        CHARACTER(LEN=64)   :: text
    2073        CHARACTER(LEN=8)    :: solver_type
    2074 
    2075        icntrl    = 0
    2076        rcntrl    = 0.0_wp
    2077        my_steps  = 0.0_wp
    2078        photolysis_scheme = 'simple'
    2079        atol = 1.0_wp
    2080        rtol = 0.01_wp
     2505       ENDDO
     2506
     2507    ENDIF
     2508
     2509
     2510 END SUBROUTINE chem_rrd_local
    20812511 !
    2082  !--   Try to find chemistry package
    2083        REWIND ( 11 )
    2084        line = ' '
    2085        DO   WHILE ( INDEX( line, '&chemistry_parameters' ) == 0 )
    2086           READ ( 11, '(A)', END=20 )  line
    2087        ENDDO
    2088        BACKSPACE ( 11 )
    2089  !
    2090  !--   Read chemistry namelist
    2091        READ ( 11, chemistry_parameters, ERR = 10, END = 20 )     
    2092  !
    2093  !--   Enable chemistry model
    2094        air_chemistry = .TRUE.                   
    2095        GOTO 20
    2096 
    2097  10    BACKSPACE( 11 )
    2098        READ( 11 , '(A)') line
    2099        CALL parin_fail_message( 'chemistry_parameters', line )
    2100 
    2101  20    CONTINUE
    2102 
    2103 !
    2104 !--    check for  emission mode for chem species
    2105        IF ( (mode_emis /= 'PARAMETERIZED')  .AND. ( mode_emis /= 'DEFAULT') .AND. (mode_emis /= 'PRE-PROCESSED'  ) )   THEN
    2106             message_string = 'Incorrect mode_emiss  option select. Please check spelling'
    2107             CALL message( 'chem_check_parameters', 'CM0436', 1, 2, 0, 6, 0 )
    2108        ENDIF
    2109 
    2110        t_steps = my_steps         
    2111                                    
    2112 !--    Determine the number of user-defined profiles and append them to the
    2113 !--    standard data output (data_output_pr)
    2114        max_pr_cs_tmp = 0
    2115        i = 1
    2116 
    2117        DO  WHILE ( data_output_pr(i)  /= ' '  .AND.  i <= 100 )
    2118           IF ( TRIM( data_output_pr(i)(1:3)) == 'kc_' ) THEN
    2119              max_pr_cs_tmp = max_pr_cs_tmp+1
    2120           ENDIF
    2121           i = i +1
    2122        ENDDO
    2123 
    2124        IF ( max_pr_cs_tmp > 0 ) THEN
    2125           cs_pr_namelist_found = .TRUE.
    2126           max_pr_cs = max_pr_cs_tmp
    2127        ENDIF
    2128 
    2129 !      Set Solver Type
    2130        IF(icntrl(3) == 0)   THEN
    2131           solver_type = 'rodas3'           !Default
    2132        ELSE IF(icntrl(3) == 1)   THEN
    2133           solver_type = 'ros2'
    2134        ELSE IF(icntrl(3) == 2)   THEN
    2135           solver_type = 'ros3'
    2136        ELSE IF(icntrl(3) == 3)   THEN
    2137           solver_type = 'ro4'
    2138        ELSE IF(icntrl(3) == 4)   THEN
    2139           solver_type = 'rodas3'
    2140        ELSE IF(icntrl(3) == 5)   THEN
    2141           solver_type = 'rodas4'
    2142        ELSE IF(icntrl(3) == 6)   THEN
    2143           solver_type = 'Rang3'
    2144        ELSE
    2145            message_string = 'illegal solver type'
    2146            CALL message( 'chem_parin', 'PA0506', 1, 2, 0, 6, 0 )
    2147        END IF
    2148 
    2149 !
    2150 !--   todo: remove or replace by "CALL message" mechanism (kanani)
    2151 !       write(text,*) 'gas_phase chemistry: solver_type = ',trim(solver_type)
    2152 !kk    Has to be changed to right calling sequence
    2153 !kk       CALL location_message( trim(text), .FALSE. )
    2154 !        IF(myid == 0)   THEN
    2155 !           write(9,*) ' '
    2156 !           write(9,*) 'kpp setup '
    2157 !           write(9,*) ' '
    2158 !           write(9,*) '    gas_phase chemistry: solver_type = ',trim(solver_type)
    2159 !           write(9,*) ' '
    2160 !           write(9,*) '    Hstart  = ',rcntrl(3)
    2161 !           write(9,*) '    FacMin  = ',rcntrl(4)
    2162 !           write(9,*) '    FacMax  = ',rcntrl(5)
    2163 !           write(9,*) ' '
    2164 !           IF(vl_dim > 1)    THEN
    2165 !              write(9,*) '    Vector mode                   vektor length = ',vl_dim
    2166 !           ELSE
    2167 !              write(9,*) '    Scalar mode'
    2168 !           ENDIF
    2169 !           write(9,*) ' '
    2170 !        END IF
    2171 
    2172        RETURN
    2173 
    2174     END SUBROUTINE chem_parin
    2175 
    2176 !
    2177 !------------------------------------------------------------------------------!
    2178 !
    2179 ! Description:
    2180 ! ------------
    2181 !> Subroutine calculating prognostic equations for chemical species
    2182 !> (vector-optimized).
    2183 !> Routine is called separately for each chemical species over a loop from
    2184 !> prognostic_equations.
    2185 !------------------------------------------------------------------------------!
    2186     SUBROUTINE chem_prognostic_equations ( cs_scalar_p, cs_scalar, tcs_scalar_m,  &
    2187                                            pr_init_cs, ilsp )
    2188 
    2189        USE advec_s_pw_mod,                                                        &
    2190            ONLY:  advec_s_pw
    2191        USE advec_s_up_mod,                                                        &
    2192            ONLY:  advec_s_up
    2193        USE advec_ws,                                                              &
    2194            ONLY:  advec_s_ws
    2195        USE diffusion_s_mod,                                                       &
    2196            ONLY:  diffusion_s
    2197        USE indices,                                                               &
    2198            ONLY:  nxl, nxr, nyn, nys, wall_flags_0
    2199        USE pegrid
    2200        USE surface_mod,                                                           &
    2201            ONLY:  surf_def_h, surf_def_v, surf_lsm_h, surf_lsm_v, surf_usm_h,     &
    2202                   surf_usm_v
    2203 
    2204        IMPLICIT NONE
    2205 
    2206        INTEGER ::  i   !< running index
    2207        INTEGER ::  j   !< running index
    2208        INTEGER ::  k   !< running index
    2209 
    2210        INTEGER(iwp),INTENT(IN) ::  ilsp          !<
    2211 
    2212        REAL(wp), DIMENSION(0:nz+1) ::  pr_init_cs   !<
    2213 
    2214        REAL(wp), DIMENSION(:,:,:), POINTER ::  cs_scalar      !<
    2215        REAL(wp), DIMENSION(:,:,:), POINTER ::  cs_scalar_p    !<
    2216        REAL(wp), DIMENSION(:,:,:), POINTER ::  tcs_scalar_m   !<
    2217 
    2218 
    2219    !
    2220    !-- Tendency terms for chemical species
    2221        tend = 0.0_wp
    2222    !   
    2223    !-- Advection terms
    2224        IF ( timestep_scheme(1:5) == 'runge' )  THEN
    2225           IF ( ws_scheme_sca )  THEN
    2226              CALL advec_s_ws( cs_scalar, 'kc' )
    2227           ELSE
    2228              CALL advec_s_pw( cs_scalar )
    2229           ENDIF
    2230        ELSE
    2231             CALL advec_s_up( cs_scalar )
    2232        ENDIF
    2233    !
    2234    !-- Diffusion terms  (the last three arguments are zero)
    2235        CALL diffusion_s( cs_scalar,                                               &
    2236                          surf_def_h(0)%cssws(ilsp,:),                             &
    2237                          surf_def_h(1)%cssws(ilsp,:),                             &
    2238                          surf_def_h(2)%cssws(ilsp,:),                             &
    2239                          surf_lsm_h%cssws(ilsp,:),                                &
    2240                          surf_usm_h%cssws(ilsp,:),                                &
    2241                          surf_def_v(0)%cssws(ilsp,:),                             &
    2242                          surf_def_v(1)%cssws(ilsp,:),                             &
    2243                          surf_def_v(2)%cssws(ilsp,:),                             &
    2244                          surf_def_v(3)%cssws(ilsp,:),                             &
    2245                          surf_lsm_v(0)%cssws(ilsp,:),                             &
    2246                          surf_lsm_v(1)%cssws(ilsp,:),                             &
    2247                          surf_lsm_v(2)%cssws(ilsp,:),                             &
    2248                          surf_lsm_v(3)%cssws(ilsp,:),                             &
    2249                          surf_usm_v(0)%cssws(ilsp,:),                             &
    2250                          surf_usm_v(1)%cssws(ilsp,:),                             &
    2251                          surf_usm_v(2)%cssws(ilsp,:),                             &
    2252                          surf_usm_v(3)%cssws(ilsp,:) )
    2253    !   
    2254    !-- Prognostic equation for chemical species
    2255        DO  i = nxl, nxr
    2256           DO  j = nys, nyn   
    2257              DO  k = nzb+1, nzt
    2258                 cs_scalar_p(k,j,i) =   cs_scalar(k,j,i)                           &
    2259                                      + ( dt_3d  *                                 &
    2260                                          (   tsc(2) * tend(k,j,i)                 &
    2261                                            + tsc(3) * tcs_scalar_m(k,j,i)         &
    2262                                          )                                        &
    2263                                        - tsc(5) * rdf_sc(k)                       &
    2264                                                 * ( cs_scalar(k,j,i) - pr_init_cs(k) )    &   
    2265                                        )                                          &
    2266                                        * MERGE( 1.0_wp, 0.0_wp, BTEST( wall_flags_0(k,j,i), 0 ) )       
    2267 
    2268                 IF ( cs_scalar_p(k,j,i) < 0.0_wp )  cs_scalar_p(k,j,i) = 0.1_wp * cs_scalar(k,j,i)
    2269              ENDDO
    2270           ENDDO
    2271        ENDDO
    2272    !
    2273    !-- Calculate tendencies for the next Runge-Kutta step
    2274        IF ( timestep_scheme(1:5) == 'runge' )  THEN
    2275           IF ( intermediate_timestep_count == 1 )  THEN
    2276              DO  i = nxl, nxr
    2277                 DO  j = nys, nyn   
    2278                    DO  k = nzb+1, nzt
    2279                       tcs_scalar_m(k,j,i) = tend(k,j,i)
    2280                    ENDDO
    2281                 ENDDO
    2282              ENDDO
    2283           ELSEIF ( intermediate_timestep_count < &
    2284              intermediate_timestep_count_max )  THEN
    2285              DO  i = nxl, nxr
    2286                 DO  j = nys, nyn
    2287                    DO  k = nzb+1, nzt
    2288                       tcs_scalar_m(k,j,i) = - 9.5625_wp * tend(k,j,i)             &
    2289                                             + 5.3125_wp * tcs_scalar_m(k,j,i)
    2290                    ENDDO
    2291                 ENDDO
    2292              ENDDO
    2293           ENDIF
    2294        ENDIF
    2295 
    2296     END SUBROUTINE chem_prognostic_equations
    2297 
    2298 !------------------------------------------------------------------------------!
    2299 !
    2300 ! Description:
    2301 ! ------------
    2302 !> Subroutine calculating prognostic equations for chemical species
    2303 !> (cache-optimized).
    2304 !> Routine is called separately for each chemical species over a loop from
    2305 !> prognostic_equations.
    2306 !------------------------------------------------------------------------------!
    2307     SUBROUTINE chem_prognostic_equations_ij ( cs_scalar_p, cs_scalar, tcs_scalar_m, pr_init_cs,    &
    2308                                i, j, i_omp_start, tn, ilsp, flux_s_cs, diss_s_cs,                  &
    2309                                flux_l_cs, diss_l_cs )
    2310        USE pegrid         
    2311        USE advec_ws,        ONLY:  advec_s_ws
    2312        USE advec_s_pw_mod,  ONLY:  advec_s_pw
    2313        USE advec_s_up_mod,  ONLY:  advec_s_up
    2314        USE diffusion_s_mod, ONLY:  diffusion_s
    2315        USE indices,         ONLY:  wall_flags_0
    2316        USE surface_mod,     ONLY:  surf_def_h, surf_def_v, surf_lsm_h, surf_lsm_v, surf_usm_h,     &
    2317                                    surf_usm_v
    2318 
    2319 
    2320        IMPLICIT NONE
    2321 
    2322        REAL(wp), DIMENSION(:,:,:), POINTER   :: cs_scalar_p, cs_scalar, tcs_scalar_m
    2323 
    2324        INTEGER(iwp),INTENT(IN) :: i, j, i_omp_start, tn, ilsp
    2325        REAL(wp), DIMENSION(nzb+1:nzt,0:threads_per_task-1)         :: flux_s_cs   !<
    2326        REAL(wp), DIMENSION(nzb+1:nzt,0:threads_per_task-1)         :: diss_s_cs   !<
    2327        REAL(wp), DIMENSION(nzb+1:nzt,nys:nyn,0:threads_per_task-1) :: flux_l_cs   !<
    2328        REAL(wp), DIMENSION(nzb+1:nzt,nys:nyn,0:threads_per_task-1) :: diss_l_cs   !<
    2329        REAL(wp), DIMENSION(0:nz+1)                                 :: pr_init_cs  !<
    2330 
    2331 !-- local variables
    2332 
    2333        INTEGER :: k
    2334 !
    2335 !--    Tendency-terms for chem spcs.
    2336        tend(:,j,i) = 0.0_wp
    2337 !   
    2338 !-- Advection terms
    2339        IF ( timestep_scheme(1:5) == 'runge' )  THEN
    2340           IF ( ws_scheme_sca )  THEN
    2341              CALL advec_s_ws( i, j, cs_scalar, 'kc', flux_s_cs, diss_s_cs,                &
    2342                 flux_l_cs, diss_l_cs, i_omp_start, tn )
    2343           ELSE
    2344              CALL advec_s_pw( i, j, cs_scalar )
    2345           ENDIF
    2346        ELSE
    2347             CALL advec_s_up( i, j, cs_scalar )
    2348        ENDIF
    2349 
    2350 !
    2351 
    2352 !-- Diffusion terms (the last three arguments are zero)
    2353 
    2354          CALL diffusion_s( i, j, cs_scalar,                                                 &
    2355                            surf_def_h(0)%cssws(ilsp,:), surf_def_h(1)%cssws(ilsp,:),        &
    2356                            surf_def_h(2)%cssws(ilsp,:),                                     &
    2357                            surf_lsm_h%cssws(ilsp,:), surf_usm_h%cssws(ilsp,:),              &
    2358                            surf_def_v(0)%cssws(ilsp,:), surf_def_v(1)%cssws(ilsp,:),        &
    2359                            surf_def_v(2)%cssws(ilsp,:), surf_def_v(3)%cssws(ilsp,:),        &
    2360                            surf_lsm_v(0)%cssws(ilsp,:), surf_lsm_v(1)%cssws(ilsp,:),        &
    2361                            surf_lsm_v(2)%cssws(ilsp,:), surf_lsm_v(3)%cssws(ilsp,:),        &
    2362                            surf_usm_v(0)%cssws(ilsp,:), surf_usm_v(1)%cssws(ilsp,:),        &
    2363                            surf_usm_v(2)%cssws(ilsp,:), surf_usm_v(3)%cssws(ilsp,:) )
    2364    
    2365 !   
    2366 !-- Prognostic equation for chem spcs
    2367        DO k = nzb+1, nzt
    2368           cs_scalar_p(k,j,i) = cs_scalar(k,j,i) + ( dt_3d  *                       &
    2369                                                   ( tsc(2) * tend(k,j,i) +         &
    2370                                                     tsc(3) * tcs_scalar_m(k,j,i) ) &
    2371                                                   - tsc(5) * rdf_sc(k)             &
    2372                                                            * ( cs_scalar(k,j,i) - pr_init_cs(k) )    &   
    2373                                                   )                                                  &
    2374                                                            * MERGE( 1.0_wp, 0.0_wp,                  &     
    2375                                                                    BTEST( wall_flags_0(k,j,i), 0 )   &             
    2376                                                                     )       
    2377 
    2378           IF ( cs_scalar_p(k,j,i) < 0.0_wp )  cs_scalar_p(k,j,i) = 0.1_wp * cs_scalar(k,j,i)    !FKS6
    2379        ENDDO
    2380 
    2381 !
    2382 !-- Calculate tendencies for the next Runge-Kutta step
    2383        IF ( timestep_scheme(1:5) == 'runge' )  THEN
    2384           IF ( intermediate_timestep_count == 1 )  THEN
    2385              DO  k = nzb+1, nzt
    2386                 tcs_scalar_m(k,j,i) = tend(k,j,i)
    2387              ENDDO
    2388           ELSEIF ( intermediate_timestep_count < &
    2389              intermediate_timestep_count_max )  THEN
    2390              DO  k = nzb+1, nzt
    2391                 tcs_scalar_m(k,j,i) = -9.5625_wp * tend(k,j,i) + &
    2392                    5.3125_wp * tcs_scalar_m(k,j,i)
    2393              ENDDO
    2394           ENDIF
    2395        ENDIF
    2396 
    2397     END SUBROUTINE chem_prognostic_equations_ij
    2398 
    2399 !
    2400 !------------------------------------------------------------------------------!
    2401 !
    2402 ! Description:
    2403 ! ------------
    2404 !> Subroutine to read restart data of chemical species
    2405 !------------------------------------------------------------------------------!
    2406 
    2407     SUBROUTINE chem_rrd_local( i, k, nxlf, nxlc, nxl_on_file, nxrf, nxrc,         &
    2408                                nxr_on_file, nynf, nync, nyn_on_file, nysf, nysc,  &
    2409                                nys_on_file, tmp_3d, found )   
    2410                                        
    2411        USE control_parameters
    2412                
    2413        USE indices
    2414        
    2415        USE pegrid
    2416 
    2417        IMPLICIT NONE
    2418 
    2419        CHARACTER (LEN=20) :: spc_name_av !<   
    2420          
    2421        INTEGER(iwp) ::  i, lsp          !<
    2422        INTEGER(iwp) ::  k               !<
    2423        INTEGER(iwp) ::  nxlc            !<
    2424        INTEGER(iwp) ::  nxlf            !<
    2425        INTEGER(iwp) ::  nxl_on_file     !<   
    2426        INTEGER(iwp) ::  nxrc            !<
    2427        INTEGER(iwp) ::  nxrf            !<
    2428        INTEGER(iwp) ::  nxr_on_file     !<   
    2429        INTEGER(iwp) ::  nync            !<
    2430        INTEGER(iwp) ::  nynf            !<
    2431        INTEGER(iwp) ::  nyn_on_file     !<   
    2432        INTEGER(iwp) ::  nysc            !<
    2433        INTEGER(iwp) ::  nysf            !<
    2434        INTEGER(iwp) ::  nys_on_file     !<   
    2435        
    2436        LOGICAL, INTENT(OUT)  :: found
    2437 
    2438        REAL(wp), DIMENSION(nzb:nzt+1,nys_on_file-nbgp:nyn_on_file+nbgp,nxl_on_file-nbgp:nxr_on_file+nbgp) :: tmp_3d   !< 3D array to temp store data
    2439 
    2440 
    2441        found = .FALSE. 
    2442 
    2443 
    2444           IF ( ALLOCATED(chem_species) )  THEN
    2445 
    2446              DO  lsp = 1, nspec
    2447 
    2448                  !< for time-averaged chemical conc.
    2449                 spc_name_av  =  TRIM(chem_species(lsp)%name)//'_av'
    2450 
    2451                 IF (restart_string(1:length) == TRIM(chem_species(lsp)%name) )    &
    2452                 THEN
    2453                    !< read data into tmp_3d
    2454                    IF ( k == 1 )  READ ( 13 )  tmp_3d 
    2455                    !< fill ..%conc in the restart run   
    2456                    chem_species(lsp)%conc(:,nysc-nbgp:nync+nbgp,                  &
    2457                                           nxlc-nbgp:nxrc+nbgp) =                  &
    2458                    tmp_3d(:,nysf-nbgp:nynf+nbgp,nxlf-nbgp:nxrf+nbgp)
    2459                    found = .TRUE.
    2460                 ELSEIF (restart_string(1:length) == spc_name_av )  THEN
    2461                    IF ( k == 1 )  READ ( 13 )  tmp_3d
    2462                    chem_species(lsp)%conc_av(:,nysc-nbgp:nync+nbgp,               &
    2463                                              nxlc-nbgp:nxrc+nbgp) =               &
    2464                    tmp_3d(:,nysf-nbgp:nynf+nbgp,nxlf-nbgp:nxrf+nbgp)
    2465                    found = .TRUE.
    2466                 ENDIF
    2467 
    2468              ENDDO
    2469 
    2470           ENDIF
    2471 
    2472 
    2473     END SUBROUTINE chem_rrd_local
    2474 !
    2475 !-------------------------------------------------------------------------------!
    2476 !> Description:
    2477 !> Calculation of horizontally averaged profiles
    2478 !> This routine is called for every statistic region (sr) defined by the user,
    2479 !> but at least for the region "total domain" (sr=0).
    2480 !> quantities.
    2481 !------------------------------------------------------------------------------!
    2482     SUBROUTINE chem_statistics( mode, sr, tn )
    2483 
    2484 
    2485        USE arrays_3d
    2486        USE indices
    2487        USE kinds
    2488        USE pegrid
    2489        USE statistics
     2512 !-------------------------------------------------------------------------------!
     2513 !> Description:
     2514 !> Calculation of horizontally averaged profiles
     2515 !> This routine is called for every statistic region (sr) defined by the user,
     2516 !> but at least for the region "total domain" (sr=0).
     2517 !> quantities.
     2518 !------------------------------------------------------------------------------!
     2519 SUBROUTINE chem_statistics( mode, sr, tn )
     2520
     2521
     2522    USE arrays_3d
     2523    USE indices
     2524    USE kinds
     2525    USE pegrid
     2526    USE statistics
    24902527
    24912528    USE user
    … …  
    24952532    CHARACTER (LEN=*) ::  mode   !<
    24962533
    2497     INTEGER(iwp) :: i    !< running index on x-axis
    2498     INTEGER(iwp) :: j    !< running index on y-axis
    2499     INTEGER(iwp) :: k    !< vertical index counter
    2500     INTEGER(iwp) :: sr   !< statistical region
    2501     INTEGER(iwp) :: tn   !< thread number
    2502     INTEGER(iwp) :: n    !<
    2503     INTEGER(iwp) :: m    !<
    2504     INTEGER(iwp) :: lpr  !< running index chem spcs
    2505 !    REAL(wp),                                                                                      &
    2506 !    DIMENSION(dots_num_palm+1:dots_max) ::                                                         &
    2507 !          ts_value_l   !<
     2534    INTEGER(iwp) ::  i    !< running index on x-axis
     2535    INTEGER(iwp) ::  j    !< running index on y-axis
     2536    INTEGER(iwp) ::  k    !< vertical index counter
     2537    INTEGER(iwp) ::  sr   !< statistical region
     2538    INTEGER(iwp) ::  tn   !< thread number
     2539    INTEGER(iwp) ::  n    !<
     2540    INTEGER(iwp) ::  m    !<
     2541    INTEGER(iwp) ::  lpr  !< running index chem spcs
     2542    !    REAL(wp),                                                                                      &
     2543    !    DIMENSION(dots_num_palm+1:dots_max) ::                                                         &
     2544    !          ts_value_l   !<
    25082545
    25092546    IF ( mode == 'profiles' )  THEN
    2510 !
    2511 !--    Sample on how to calculate horizontally averaged profiles of user-
    2512 !--    defined quantities. Each quantity is identified by the index
    2513 !--    "pr_palm+#" where "#" is an integer starting from 1. These
    2514 !--    user-profile-numbers must also be assigned to the respective strings
    2515 !--    given by data_output_pr_cs in routine user_check_data_output_pr.
    2516 !--    hom(:,:,:,:) =  dim-1 = vertical level, dim-2= 1: met-species,2:zu/zw, dim-3 = quantity( e.g.
    2517 !                       w*pt*), dim-4 = statistical region.
     2547       !
     2548       !--    Sample on how to calculate horizontally averaged profiles of user-
     2549       !--    defined quantities. Each quantity is identified by the index
     2550       !--    "pr_palm+#" where "#" is an integer starting from 1. These
     2551       !--    user-profile-numbers must also be assigned to the respective strings
     2552       !--    given by data_output_pr_cs in routine user_check_data_output_pr.
     2553       !--    hom(:,:,:,:) =  dim-1 = vertical level, dim-2= 1: met-species,2:zu/zw, dim-3 = quantity( e.g.
     2554       !                       w*pt*), dim-4 = statistical region.
    25182555
    25192556       !$OMP DO
    25202557       DO  i = nxl, nxr
    25212558          DO  j = nys, nyn
    2522               DO  k = nzb, nzt+1
     2559             DO  k = nzb, nzt+1
    25232560                DO lpr = 1, cs_pr_count
    25242561
    25252562                   sums_l(k,pr_palm+max_pr_user+lpr,tn) = sums_l(k,pr_palm+max_pr_user+lpr,tn) +    &
    2526                                                  chem_species(cs_pr_index(lpr))%conc(k,j,i) *       &
    2527                                                  rmask(j,i,sr)  *                                   &
    2528                                                  MERGE( 1.0_wp, 0.0_wp,                             &
    2529                                                  BTEST( wall_flags_0(k,j,i), 22 ) )
    2530                 ENDDO                                                                         
     2563                        chem_species(cs_pr_index(lpr))%conc(k,j,i) *       &
     2564                        rmask(j,i,sr)  *                                   &
     2565                        MERGE( 1.0_wp, 0.0_wp,                             &
     2566                        BTEST( wall_flags_0(k,j,i), 22 ) )
     2567                ENDDO
    25312568             ENDDO
    25322569          ENDDO
    … …  
    25362573    ENDIF
    25372574
    2538     END SUBROUTINE chem_statistics
    2539 !
    2540 !------------------------------------------------------------------------------!
    2541 !
    2542 ! Description:
    2543 ! ------------
    2544 !> Subroutine for swapping of timelevels for chemical species
    2545 !> called out from subroutine swap_timelevel
    2546 !------------------------------------------------------------------------------!
    2547 
    2548     SUBROUTINE chem_swap_timelevel (level)
    2549 
    2550           IMPLICIT   none
    2551 
    2552           INTEGER,INTENT(IN)        :: level
    2553 !--       local variables
    2554           INTEGER                   :: lsp
    2555 
    2556 
    2557           IF ( level == 0 ) THEN
    2558              DO lsp=1, nvar                                       
    2559                 chem_species(lsp)%conc(nzb:nzt+1,nysg:nyng,nxlg:nxrg)    => spec_conc_1(:,:,:,lsp)
    2560                 chem_species(lsp)%conc_p(nzb:nzt+1,nysg:nyng,nxlg:nxrg)  => spec_conc_2(:,:,:,lsp)
    2561              ENDDO
     2575 END SUBROUTINE chem_statistics
     2576
     2577 !
     2578 !------------------------------------------------------------------------------!
     2579 !
     2580 ! Description:
     2581 ! ------------
     2582 !> Subroutine for swapping of timelevels for chemical species
     2583 !> called out from subroutine swap_timelevel
     2584 !------------------------------------------------------------------------------!
     2585
     2586 SUBROUTINE chem_swap_timelevel( level )
     2587
     2588    IMPLICIT NONE
     2589
     2590    INTEGER(iwp), INTENT(IN) ::  level
     2591    !
     2592    !-- local variables
     2593    INTEGER(iwp)             ::  lsp
     2594
     2595
     2596    IF ( level == 0 ) THEN
     2597       DO lsp=1, nvar                                       
     2598          chem_species(lsp)%conc(nzb:nzt+1,nysg:nyng,nxlg:nxrg)    => spec_conc_1(:,:,:,lsp)
     2599          chem_species(lsp)%conc_p(nzb:nzt+1,nysg:nyng,nxlg:nxrg)  => spec_conc_2(:,:,:,lsp)
     2600       ENDDO
     2601    ELSE
     2602       DO lsp=1, nvar                                       
     2603          chem_species(lsp)%conc(nzb:nzt+1,nysg:nyng,nxlg:nxrg)    => spec_conc_2(:,:,:,lsp)
     2604          chem_species(lsp)%conc_p(nzb:nzt+1,nysg:nyng,nxlg:nxrg)  => spec_conc_1(:,:,:,lsp)
     2605       ENDDO
     2606    ENDIF
     2607
     2608    RETURN
     2609 END SUBROUTINE chem_swap_timelevel
     2610 !
     2611 !------------------------------------------------------------------------------!
     2612 !
     2613 ! Description:
     2614 ! ------------
     2615 !> Subroutine to write restart data for chemistry model
     2616 !------------------------------------------------------------------------------!
     2617 SUBROUTINE chem_wrd_local
     2618
     2619    IMPLICIT NONE
     2620
     2621    INTEGER(iwp) ::  lsp  !<
     2622
     2623    DO  lsp = 1, nspec
     2624       CALL wrd_write_string( TRIM( chem_species(lsp)%name ) )
     2625       WRITE ( 14 )  chem_species(lsp)%conc
     2626       CALL wrd_write_string( TRIM( chem_species(lsp)%name )//'_av' )
     2627       WRITE ( 14 )  chem_species(lsp)%conc_av
     2628    ENDDO
     2629
     2630 END SUBROUTINE chem_wrd_local
     2631
     2632
     2633
     2634 !-------------------------------------------------------------------------------!
     2635 !
     2636 ! Description:
     2637 ! ------------
     2638 !> Subroutine to calculate the deposition of gases and PMs. For now deposition
     2639 !> only takes place on lsm and usm horizontal surfaces. Default surfaces are NOT
     2640 !> considered. The deposition of particles is derived following Zhang et al.,
     2641 !> 2001, gases are deposited using the DEPAC module (van Zanten et al., 2010).
     2642 !>     
     2643 !> @TODO: Consider deposition on vertical surfaces   
     2644 !> @TODO: Consider overlaying horizontal surfaces
     2645 !> @TODO: Consider resolved vegetation   
     2646 !> @TODO: Check error messages
     2647 !-------------------------------------------------------------------------------!
     2648
     2649 SUBROUTINE chem_depo( i, j )
     2650
     2651    USE control_parameters,                                                 &   
     2652         ONLY:  dt_3d, intermediate_timestep_count, latitude
     2653
     2654    USE arrays_3d,                                                          &
     2655         ONLY:  dzw, rho_air_zw
     2656
     2657    USE date_and_time_mod,                                                  &
     2658         ONLY:  day_of_year
     2659
     2660    USE surface_mod,                                                        &
     2661         ONLY:  ind_pav_green, ind_veg_wall, ind_wat_win, surf_lsm_h,        &
     2662         surf_type, surf_usm_h
     2663
     2664    USE radiation_model_mod,                                                &
     2665         ONLY:  zenith
     2666
     2667
     2668
     2669    IMPLICIT NONE
     2670
     2671    INTEGER(iwp), INTENT(IN) ::  i
     2672    INTEGER(iwp), INTENT(IN) ::  j
     2673
     2674    INTEGER(iwp) ::  k                             !< matching k to surface m at i,j
     2675    INTEGER(iwp) ::  lsp                           !< running index for chem spcs.
     2676    INTEGER(iwp) ::  lu                            !< running index for landuse classes
     2677    INTEGER(iwp) ::  lu_palm                       !< index of PALM LSM vegetation_type at current surface element
     2678    INTEGER(iwp) ::  lup_palm                      !< index of PALM LSM pavement_type at current surface element
     2679    INTEGER(iwp) ::  luw_palm                      !< index of PALM LSM water_type at current surface element
     2680    INTEGER(iwp) ::  luu_palm                      !< index of PALM USM walls/roofs at current surface element
     2681    INTEGER(iwp) ::  lug_palm                      !< index of PALM USM green walls/roofs at current surface element
     2682    INTEGER(iwp) ::  lud_palm                      !< index of PALM USM windows at current surface element
     2683    INTEGER(iwp) ::  lu_dep                        !< matching DEPAC LU to lu_palm
     2684    INTEGER(iwp) ::  lup_dep                       !< matching DEPAC LU to lup_palm
     2685    INTEGER(iwp) ::  luw_dep                       !< matching DEPAC LU to luw_palm
     2686    INTEGER(iwp) ::  luu_dep                       !< matching DEPAC LU to luu_palm
     2687    INTEGER(iwp) ::  lug_dep                       !< matching DEPAC LU to lug_palm
     2688    INTEGER(iwp) ::  lud_dep                       !< matching DEPAC LU to lud_palm
     2689    INTEGER(iwp) ::  m                             !< index for horizontal surfaces
     2690
     2691    INTEGER(iwp) ::  pspec                         !< running index
     2692    INTEGER(iwp) ::  i_pspec                       !< index for matching depac gas component
     2693
     2694    !
     2695    !-- Vegetation                                              !<Match to DEPAC
     2696    INTEGER(iwp) ::  ind_lu_user = 0                         !< --> ERROR 
     2697    INTEGER(iwp) ::  ind_lu_b_soil = 1                       !< --> ilu_desert
     2698    INTEGER(iwp) ::  ind_lu_mixed_crops = 2                  !< --> ilu_arable
     2699    INTEGER(iwp) ::  ind_lu_s_grass = 3                      !< --> ilu_grass
     2700    INTEGER(iwp) ::  ind_lu_ev_needle_trees = 4              !< --> ilu_coniferous_forest
     2701    INTEGER(iwp) ::  ind_lu_de_needle_trees = 5              !< --> ilu_coniferous_forest
     2702    INTEGER(iwp) ::  ind_lu_ev_broad_trees = 6               !< --> ilu_tropical_forest
     2703    INTEGER(iwp) ::  ind_lu_de_broad_trees = 7               !< --> ilu_deciduous_forest
     2704    INTEGER(iwp) ::  ind_lu_t_grass = 8                      !< --> ilu_grass
     2705    INTEGER(iwp) ::  ind_lu_desert = 9                       !< --> ilu_desert
     2706    INTEGER(iwp) ::  ind_lu_tundra = 10                      !< --> ilu_other
     2707    INTEGER(iwp) ::  ind_lu_irr_crops = 11                   !< --> ilu_arable
     2708    INTEGER(iwp) ::  ind_lu_semidesert = 12                  !< --> ilu_other
     2709    INTEGER(iwp) ::  ind_lu_ice = 13                         !< --> ilu_ice
     2710    INTEGER(iwp) ::  ind_lu_marsh = 14                       !< --> ilu_other
     2711    INTEGER(iwp) ::  ind_lu_ev_shrubs = 15                   !< --> ilu_mediterrean_scrub
     2712    INTEGER(iwp) ::  ind_lu_de_shrubs = 16                   !< --> ilu_mediterrean_scrub
     2713    INTEGER(iwp) ::  ind_lu_mixed_forest = 17                !< --> ilu_coniferous_forest (ave(decid+conif))
     2714    INTEGER(iwp) ::  ind_lu_intrup_forest = 18               !< --> ilu_other (ave(other+decid))
     2715
     2716    !
     2717    !-- Water
     2718    INTEGER(iwp) ::  ind_luw_user = 0                        !< --> ERROR
     2719    INTEGER(iwp) ::  ind_luw_lake = 1                        !< --> ilu_water_inland
     2720    INTEGER(iwp) ::  ind_luw_river = 2                       !< --> ilu_water_inland
     2721    INTEGER(iwp) ::  ind_luw_ocean = 3                       !< --> ilu_water_sea
     2722    INTEGER(iwp) ::  ind_luw_pond = 4                        !< --> ilu_water_inland
     2723    INTEGER(iwp) ::  ind_luw_fountain = 5                    !< --> ilu_water_inland
     2724
     2725    !
     2726    !-- Pavement
     2727    INTEGER(iwp) ::  ind_lup_user = 0                        !< --> ERROR
     2728    INTEGER(iwp) ::  ind_lup_asph_conc = 1                   !< --> ilu_desert
     2729    INTEGER(iwp) ::  ind_lup_asph = 2                        !< --> ilu_desert
     2730    INTEGER(iwp) ::  ind_lup_conc = 3                        !< --> ilu_desert
     2731    INTEGER(iwp) ::  ind_lup_sett = 4                        !< --> ilu_desert
     2732    INTEGER(iwp) ::  ind_lup_pav_stones = 5                  !< --> ilu_desert
     2733    INTEGER(iwp) ::  ind_lup_cobblest = 6                    !< --> ilu_desert
     2734    INTEGER(iwp) ::  ind_lup_metal = 7                       !< --> ilu_desert
     2735    INTEGER(iwp) ::  ind_lup_wood = 8                        !< --> ilu_desert
     2736    INTEGER(iwp) ::  ind_lup_gravel = 9                      !< --> ilu_desert
     2737    INTEGER(iwp) ::  ind_lup_f_gravel = 10                   !< --> ilu_desert
     2738    INTEGER(iwp) ::  ind_lup_pebblest = 11                   !< --> ilu_desert
     2739    INTEGER(iwp) ::  ind_lup_woodchips = 12                  !< --> ilu_desert
     2740    INTEGER(iwp) ::  ind_lup_tartan = 13                     !< --> ilu_desert
     2741    INTEGER(iwp) ::  ind_lup_art_turf = 14                   !< --> ilu_desert
     2742    INTEGER(iwp) ::  ind_lup_clay = 15                       !< --> ilu_desert
     2743
     2744
     2745    !
     2746    !-- Particle parameters according to the respective aerosol classes (PM25, PM10)
     2747    INTEGER(iwp) ::  ind_p_size = 1     !< index for partsize in particle_pars
     2748    INTEGER(iwp) ::  ind_p_dens = 2     !< index for rhopart in particle_pars
     2749    INTEGER(iwp) ::  ind_p_slip = 3     !< index for slipcor in particle_pars
     2750
     2751    INTEGER(iwp) ::  part_type
     2752
     2753    INTEGER(iwp) ::  nwet           !< wetness indicator dor DEPAC; nwet=0 -> dry; nwet=1 -> wet; nwet=9 -> snow
     2754
     2755    REAL(wp) ::  dt_chem
     2756    REAL(wp) ::  dh               
     2757    REAL(wp) ::  inv_dh
     2758    REAL(wp) ::  dt_dh
     2759
     2760    REAL(wp) ::  dens              !< density at layer k at i,j 
     2761    REAL(wp) ::  r_aero_lu         !< aerodynamic resistance (s/m) at current surface element
     2762    REAL(wp) ::  ustar_lu          !< ustar at current surface element
     2763    REAL(wp) ::  z0h_lu            !< roughness length for heat at current surface element
     2764    REAL(wp) ::  glrad             !< rad_sw_in at current surface element
     2765    REAL(wp) ::  ppm_to_ugm3       !< conversion factor
     2766    REAL(wp) ::  relh              !< relative humidity at current surface element
     2767    REAL(wp) ::  lai               !< leaf area index at current surface element
     2768    REAL(wp) ::  sai               !< surface area index at current surface element assumed to be lai + 1
     2769
     2770    REAL(wp) ::  slinnfac       
     2771    REAL(wp) ::  visc              !< Viscosity
     2772    REAL(wp) ::  vs                !< Sedimentation velocity
     2773    REAL(wp) ::  vd_lu             !< deposition velocity (m/s)
     2774    REAL(wp) ::  Rs                !< Sedimentaion resistance (s/m)
     2775    REAL(wp) ::  Rb                !< quasi-laminar boundary layer resistance (s/m)
     2776    REAL(wp) ::  Rc_tot            !< total canopy resistance Rc (s/m)
     2777
     2778    REAL(wp) ::  catm              !< gasconc. at i, j, k in ug/m3
     2779    REAL(wp) ::  diffc             !< diffusivity
     2780
     2781
     2782    REAL(wp), DIMENSION(nspec) ::  bud_now_lu       !< budget for LSM vegetation type at current surface element
     2783    REAL(wp), DIMENSION(nspec) ::  bud_now_lup      !< budget for LSM pavement type at current surface element
     2784    REAL(wp), DIMENSION(nspec) ::  bud_now_luw      !< budget for LSM water type at current surface element
     2785    REAL(wp), DIMENSION(nspec) ::  bud_now_luu      !< budget for USM walls/roofs at current surface element
     2786    REAL(wp), DIMENSION(nspec) ::  bud_now_lug      !< budget for USM green surfaces at current surface element
     2787    REAL(wp), DIMENSION(nspec) ::  bud_now_lud      !< budget for USM windows at current surface element
     2788    REAL(wp), DIMENSION(nspec) ::  bud_now          !< overall budget at current surface element
     2789    REAL(wp), DIMENSION(nspec) ::  cc               !< concentration i,j,k
     2790    REAL(wp), DIMENSION(nspec) ::  ccomp_tot        !< total compensation point (ug/m3)
     2791    !< For now kept to zero for all species!
     2792
     2793    REAL(wp) ::  ttemp          !< temperatur at i,j,k
     2794    REAL(wp) ::  ts             !< surface temperatur in degrees celsius
     2795    REAL(wp) ::  qv_tmp         !< surface mixing ratio at current surface element
     2796
     2797    !
     2798    !-- Particle parameters (PM10 (1), PM25 (2))
     2799    !-- partsize (diameter in m), rhopart (density in kg/m3), slipcor
     2800    !-- (slip correction factor dimensionless, Seinfeld and Pandis 2006, Table 9.3)
     2801    REAL(wp), DIMENSION(1:3,1:2), PARAMETER ::  particle_pars = RESHAPE( (/ &
     2802         8.0e-6_wp, 1.14e3_wp, 1.016_wp, &  !<  1
     2803         0.7e-6_wp, 1.14e3_wp, 1.082_wp &   !<  2
     2804         /), (/ 3, 2 /) )
     2805
     2806
     2807    LOGICAL ::  match_lsm     !< flag indicating natural-type surface
     2808    LOGICAL ::  match_usm     !< flag indicating urban-type surface
     2809
     2810
     2811    !
     2812    !-- List of names of possible tracers
     2813    CHARACTER(len=*), PARAMETER ::  pspecnames(nposp) = (/ &
     2814         'NO2           ', &    !< NO2
     2815         'NO            ', &    !< NO
     2816         'O3            ', &    !< O3
     2817         'CO            ', &    !< CO
     2818         'form          ', &    !< FORM
     2819         'ald           ', &    !< ALD
     2820         'pan           ', &    !< PAN
     2821         'mgly          ', &    !< MGLY
     2822         'par           ', &    !< PAR
     2823         'ole           ', &    !< OLE
     2824         'eth           ', &    !< ETH
     2825         'tol           ', &    !< TOL
     2826         'cres          ', &    !< CRES
     2827         'xyl           ', &    !< XYL
     2828         'SO4a_f        ', &    !< SO4a_f
     2829         'SO2           ', &    !< SO2
     2830         'HNO2          ', &    !< HNO2
     2831         'CH4           ', &    !< CH4
     2832         'NH3           ', &    !< NH3
     2833         'NO3           ', &    !< NO3
     2834         'OH            ', &    !< OH
     2835         'HO2           ', &    !< HO2
     2836         'N2O5          ', &    !< N2O5
     2837         'SO4a_c        ', &    !< SO4a_c
     2838         'NH4a_f        ', &    !< NH4a_f
     2839         'NO3a_f        ', &    !< NO3a_f
     2840         'NO3a_c        ', &    !< NO3a_c
     2841         'C2O3          ', &    !< C2O3
     2842         'XO2           ', &    !< XO2
     2843         'XO2N          ', &    !< XO2N
     2844         'cro           ', &    !< CRO
     2845         'HNO3          ', &    !< HNO3
     2846         'H2O2          ', &    !< H2O2
     2847         'iso           ', &    !< ISO
     2848         'ispd          ', &    !< ISPD
     2849         'to2           ', &    !< TO2
     2850         'open          ', &    !< OPEN
     2851         'terp          ', &    !< TERP
     2852         'ec_f          ', &    !< EC_f
     2853         'ec_c          ', &    !< EC_c
     2854         'pom_f         ', &    !< POM_f
     2855         'pom_c         ', &    !< POM_c
     2856         'ppm_f         ', &    !< PPM_f
     2857         'ppm_c         ', &    !< PPM_c
     2858         'na_ff         ', &    !< Na_ff
     2859         'na_f          ', &    !< Na_f
     2860         'na_c          ', &    !< Na_c
     2861         'na_cc         ', &    !< Na_cc
     2862         'na_ccc        ', &    !< Na_ccc
     2863         'dust_ff       ', &    !< dust_ff
     2864         'dust_f        ', &    !< dust_f
     2865         'dust_c        ', &    !< dust_c
     2866         'dust_cc       ', &    !< dust_cc
     2867         'dust_ccc      ', &    !< dust_ccc
     2868         'tpm10         ', &    !< tpm10
     2869         'tpm25         ', &    !< tpm25
     2870         'tss           ', &    !< tss
     2871         'tdust         ', &    !< tdust
     2872         'tc            ', &    !< tc
     2873         'tcg           ', &    !< tcg
     2874         'tsoa          ', &    !< tsoa
     2875         'tnmvoc        ', &    !< tnmvoc
     2876         'SOxa          ', &    !< SOxa
     2877         'NOya          ', &    !< NOya
     2878         'NHxa          ', &    !< NHxa
     2879         'NO2_obs       ', &    !< NO2_obs
     2880         'tpm10_biascorr', &    !< tpm10_biascorr
     2881         'tpm25_biascorr', &    !< tpm25_biascorr
     2882         'O3_biascorr   ' /)    !< o3_biascorr
     2883
     2884
     2885    !
     2886    !-- tracer mole mass:
     2887    REAL(wp), PARAMETER ::  specmolm(nposp) = (/ &
     2888         xm_O * 2 + xm_N, &                         !< NO2
     2889         xm_O + xm_N, &                             !< NO
     2890         xm_O * 3, &                                !< O3
     2891         xm_C + xm_O, &                             !< CO
     2892         xm_H * 2 + xm_C + xm_O, &                  !< FORM
     2893         xm_H * 3 + xm_C * 2 + xm_O, &              !< ALD
     2894         xm_H * 3 + xm_C * 2 + xm_O * 5 + xm_N, &   !< PAN
     2895         xm_H * 4 + xm_C * 3 + xm_O * 2, &          !< MGLY
     2896         xm_H * 3 + xm_C, &                         !< PAR
     2897         xm_H * 3 + xm_C * 2, &                     !< OLE
     2898         xm_H * 4 + xm_C * 2, &                     !< ETH
     2899         xm_H * 8 + xm_C * 7, &                     !< TOL
     2900         xm_H * 8 + xm_C * 7 + xm_O, &              !< CRES
     2901         xm_H * 10 + xm_C * 8, &                    !< XYL
     2902         xm_S + xm_O * 4, &                         !< SO4a_f
     2903         xm_S + xm_O * 2, &                         !< SO2
     2904         xm_H + xm_O * 2 + xm_N, &                  !< HNO2
     2905         xm_H * 4 + xm_C, &                         !< CH4
     2906         xm_H * 3 + xm_N, &                         !< NH3
     2907         xm_O * 3 + xm_N, &                         !< NO3
     2908         xm_H + xm_O, &                             !< OH
     2909         xm_H + xm_O * 2, &                         !< HO2
     2910         xm_O * 5 + xm_N * 2, &                     !< N2O5
     2911         xm_S + xm_O * 4, &                         !< SO4a_c
     2912         xm_H * 4 + xm_N, &                         !< NH4a_f
     2913         xm_O * 3 + xm_N, &                         !< NO3a_f
     2914         xm_O * 3 + xm_N, &                         !< NO3a_c
     2915         xm_C * 2 + xm_O * 3, &                     !< C2O3
     2916         xm_dummy, &                                !< XO2
     2917         xm_dummy, &                                !< XO2N
     2918         xm_dummy, &                                !< CRO
     2919         xm_H + xm_O * 3 + xm_N, &                  !< HNO3
     2920         xm_H * 2 + xm_O * 2, &                     !< H2O2
     2921         xm_H * 8 + xm_C * 5, &                     !< ISO
     2922         xm_dummy, &                                !< ISPD
     2923         xm_dummy, &                                !< TO2
     2924         xm_dummy, &                                !< OPEN
     2925         xm_H * 16 + xm_C * 10, &                   !< TERP
     2926         xm_dummy, &                                !< EC_f
     2927         xm_dummy, &                                !< EC_c
     2928         xm_dummy, &                                !< POM_f
     2929         xm_dummy, &                                !< POM_c
     2930         xm_dummy, &                                !< PPM_f
     2931         xm_dummy, &                                !< PPM_c
     2932         xm_Na, &                                   !< Na_ff
     2933         xm_Na, &                                   !< Na_f
     2934         xm_Na, &                                   !< Na_c
     2935         xm_Na, &                                   !< Na_cc
     2936         xm_Na, &                                   !< Na_ccc
     2937         xm_dummy, &                                !< dust_ff
     2938         xm_dummy, &                                !< dust_f
     2939         xm_dummy, &                                !< dust_c
     2940         xm_dummy, &                                !< dust_cc
     2941         xm_dummy, &                                !< dust_ccc
     2942         xm_dummy, &                                !< tpm10
     2943         xm_dummy, &                                !< tpm25
     2944         xm_dummy, &                                !< tss
     2945         xm_dummy, &                                !< tdust
     2946         xm_dummy, &                                !< tc
     2947         xm_dummy, &                                !< tcg
     2948         xm_dummy, &                                !< tsoa
     2949         xm_dummy, &                                !< tnmvoc
     2950         xm_dummy, &                                !< SOxa
     2951         xm_dummy, &                                !< NOya
     2952         xm_dummy, &                                !< NHxa
     2953         xm_O * 2 + xm_N, &                         !< NO2_obs
     2954         xm_dummy, &                                !< tpm10_biascorr
     2955         xm_dummy, &                                !< tpm25_biascorr
     2956         xm_O * 3 /)                                !< o3_biascorr
     2957
     2958
     2959    !
     2960    !-- Initialize surface element m
     2961    m = 0
     2962    k = 0
     2963    !
     2964    !-- LSM or USM surface present at i,j:
     2965    !-- Default surfaces are NOT considered for deposition
     2966    match_lsm = surf_lsm_h%start_index(j,i) <= surf_lsm_h%end_index(j,i)
     2967    match_usm = surf_usm_h%start_index(j,i) <= surf_usm_h%end_index(j,i)
     2968
     2969
     2970    !
     2971    !--For LSM surfaces
     2972
     2973    IF ( match_lsm )  THEN
     2974
     2975       !
     2976       !-- Get surface element information at i,j:
     2977       m = surf_lsm_h%start_index(j,i)
     2978       k = surf_lsm_h%k(m)
     2979
     2980       !
     2981       !-- Get needed variables for surface element m
     2982       ustar_lu  = surf_lsm_h%us(m)
     2983       z0h_lu    = surf_lsm_h%z0h(m)
     2984       r_aero_lu = surf_lsm_h%r_a(m)
     2985       glrad     = surf_lsm_h%rad_sw_in(m)
     2986       lai = surf_lsm_h%lai(m)
     2987       sai = lai + 1
     2988
     2989       !
     2990       !-- For small grid spacing neglect R_a
     2991       IF ( dzw(k) <= 1.0 )  THEN
     2992          r_aero_lu = 0.0_wp
     2993       ENDIF
     2994
     2995       !
     2996       !--Initialize lu's
     2997       lu_palm = 0
     2998       lu_dep = 0
     2999       lup_palm = 0
     3000       lup_dep = 0
     3001       luw_palm = 0
     3002       luw_dep = 0
     3003
     3004       !
     3005       !--Initialize budgets
     3006       bud_now_lu  = 0.0_wp
     3007       bud_now_lup = 0.0_wp
     3008       bud_now_luw = 0.0_wp
     3009
     3010
     3011       !
     3012       !-- Get land use for i,j and assign to DEPAC lu
     3013       IF ( surf_lsm_h%frac(ind_veg_wall,m) > 0 )  THEN
     3014          lu_palm = surf_lsm_h%vegetation_type(m)
     3015          IF ( lu_palm == ind_lu_user )  THEN
     3016             message_string = 'No vegetation type defined. Please define vegetation type to enable deposition calculation'
     3017             CALL message( 'chem_depo', 'CM0451', 1, 2, 0, 6, 0 )
     3018          ELSEIF ( lu_palm == ind_lu_b_soil )  THEN
     3019             lu_dep = 9
     3020          ELSEIF ( lu_palm == ind_lu_mixed_crops )  THEN
     3021             lu_dep = 2
     3022          ELSEIF ( lu_palm == ind_lu_s_grass )  THEN
     3023             lu_dep = 1
     3024          ELSEIF ( lu_palm == ind_lu_ev_needle_trees )  THEN
     3025             lu_dep = 4
     3026          ELSEIF ( lu_palm == ind_lu_de_needle_trees )  THEN
     3027             lu_dep = 4
     3028          ELSEIF ( lu_palm == ind_lu_ev_broad_trees )  THEN
     3029             lu_dep = 12
     3030          ELSEIF ( lu_palm == ind_lu_de_broad_trees )  THEN
     3031             lu_dep = 5
     3032          ELSEIF ( lu_palm == ind_lu_t_grass )  THEN
     3033             lu_dep = 1
     3034          ELSEIF ( lu_palm == ind_lu_desert )  THEN
     3035             lu_dep = 9
     3036          ELSEIF ( lu_palm == ind_lu_tundra )  THEN
     3037             lu_dep = 8
     3038          ELSEIF ( lu_palm == ind_lu_irr_crops )  THEN
     3039             lu_dep = 2
     3040          ELSEIF ( lu_palm == ind_lu_semidesert )  THEN
     3041             lu_dep = 8
     3042          ELSEIF ( lu_palm == ind_lu_ice )  THEN
     3043             lu_dep = 10
     3044          ELSEIF ( lu_palm == ind_lu_marsh )  THEN
     3045             lu_dep = 8
     3046          ELSEIF ( lu_palm == ind_lu_ev_shrubs )  THEN
     3047             lu_dep = 14
     3048          ELSEIF ( lu_palm == ind_lu_de_shrubs )  THEN
     3049             lu_dep = 14
     3050          ELSEIF ( lu_palm == ind_lu_mixed_forest )  THEN
     3051             lu_dep = 4
     3052          ELSEIF ( lu_palm == ind_lu_intrup_forest )  THEN
     3053             lu_dep = 8     
     3054          ENDIF
     3055       ENDIF
     3056
     3057       IF ( surf_lsm_h%frac(ind_pav_green,m) > 0 )  THEN
     3058          lup_palm = surf_lsm_h%pavement_type(m)
     3059          IF ( lup_palm == ind_lup_user )  THEN
     3060             message_string = 'No pavement type defined. Please define pavement type to enable deposition calculation'
     3061             CALL message( 'chem_depo', 'CM0452', 1, 2, 0, 6, 0 )
     3062          ELSEIF ( lup_palm == ind_lup_asph_conc )  THEN
     3063             lup_dep = 9
     3064          ELSEIF ( lup_palm == ind_lup_asph )  THEN
     3065             lup_dep = 9
     3066          ELSEIF ( lup_palm ==  ind_lup_conc )  THEN
     3067             lup_dep = 9
     3068          ELSEIF ( lup_palm ==  ind_lup_sett )  THEN
     3069             lup_dep = 9
     3070          ELSEIF ( lup_palm == ind_lup_pav_stones )  THEN
     3071             lup_dep = 9
     3072          ELSEIF ( lup_palm == ind_lup_cobblest )  THEN
     3073             lup_dep = 9       
     3074          ELSEIF ( lup_palm == ind_lup_metal )  THEN
     3075             lup_dep = 9
     3076          ELSEIF ( lup_palm == ind_lup_wood )  THEN
     3077             lup_dep = 9   
     3078          ELSEIF ( lup_palm == ind_lup_gravel )  THEN
     3079             lup_dep = 9
     3080          ELSEIF ( lup_palm == ind_lup_f_gravel )  THEN
     3081             lup_dep = 9
     3082          ELSEIF ( lup_palm == ind_lup_pebblest )  THEN
     3083             lup_dep = 9
     3084          ELSEIF ( lup_palm == ind_lup_woodchips )  THEN
     3085             lup_dep = 9
     3086          ELSEIF ( lup_palm == ind_lup_tartan )  THEN
     3087             lup_dep = 9
     3088          ELSEIF ( lup_palm == ind_lup_art_turf )  THEN
     3089             lup_dep = 9
     3090          ELSEIF ( lup_palm == ind_lup_clay )  THEN
     3091             lup_dep = 9
     3092          ENDIF
     3093       ENDIF
     3094
     3095       IF ( surf_lsm_h%frac(ind_wat_win,m) > 0 )  THEN
     3096          luw_palm = surf_lsm_h%water_type(m)     
     3097          IF ( luw_palm == ind_luw_user )  THEN
     3098             message_string = 'No water type defined. Please define water type to enable deposition calculation'
     3099             CALL message( 'chem_depo', 'CM0453', 1, 2, 0, 6, 0 )
     3100          ELSEIF ( luw_palm ==  ind_luw_lake )  THEN
     3101             luw_dep = 13
     3102          ELSEIF ( luw_palm == ind_luw_river )  THEN
     3103             luw_dep = 13
     3104          ELSEIF ( luw_palm == ind_luw_ocean )  THEN
     3105             luw_dep = 6
     3106          ELSEIF ( luw_palm == ind_luw_pond )  THEN
     3107             luw_dep = 13
     3108          ELSEIF ( luw_palm == ind_luw_fountain )  THEN
     3109             luw_dep = 13
     3110          ENDIF
     3111       ENDIF
     3112
     3113
     3114       !
     3115       !-- Set wetness indicator to dry or wet for lsm vegetation or pavement
     3116       IF ( surf_lsm_h%c_liq(m) > 0 )  THEN
     3117          nwet = 1
     3118       ELSE
     3119          nwet = 0
     3120       ENDIF
     3121
     3122       !
     3123       !--Compute length of time step
     3124       IF ( call_chem_at_all_substeps )  THEN
     3125          dt_chem = dt_3d * weight_pres(intermediate_timestep_count)
     3126       ELSE
     3127          dt_chem = dt_3d
     3128       ENDIF
     3129
     3130
     3131       dh = dzw(k)
     3132       inv_dh = 1.0_wp / dh
     3133       dt_dh = dt_chem/dh
     3134
     3135       !
     3136       !-- Concentration at i,j,k
     3137       DO  lsp = 1, nspec
     3138          cc(lsp) = chem_species(lsp)%conc(k,j,i)
     3139       ENDDO
     3140
     3141
     3142       !
     3143       !-- Temperature at i,j,k
     3144       ttemp = pt(k,j,i) * ( hyp(k) / 100000.0_wp )**0.286_wp
     3145
     3146       ts       = ttemp - 273.15  !< in degrees celcius
     3147
     3148       !
     3149       !-- Viscosity of air
     3150       visc = 1.496e-6 * ttemp**1.5 / (ttemp+120.0)
     3151
     3152       !
     3153       !-- Air density at k
     3154       dens = rho_air_zw(k)
     3155
     3156       !
     3157       !-- Calculate relative humidity from specific humidity for DEPAC
     3158       qv_tmp = MAX(q(k,j,i),0.0_wp)
     3159       relh = relativehumidity_from_specifichumidity(qv_tmp, ttemp, hyp(k) )
     3160
     3161
     3162
     3163       !
     3164       !-- Check if surface fraction (vegetation, pavement or water) > 0 and calculate vd and budget
     3165       !-- for each surface fraction. Then derive overall budget taking into account the surface fractions.
     3166
     3167       !
     3168       !-- Vegetation
     3169       IF ( surf_lsm_h%frac(ind_veg_wall,m) > 0 )  THEN
     3170
     3171
     3172          slinnfac = 1.0_wp
     3173
     3174          !
     3175          !-- Get vd
     3176          DO  lsp = 1, nvar
     3177             !
     3178             !-- Initialize
     3179             vs = 0.0_wp
     3180             vd_lu = 0.0_wp
     3181             Rs = 0.0_wp
     3182             Rb = 0.0_wp
     3183             Rc_tot = 0.0_wp
     3184             IF ( spc_names(lsp) == 'PM10' )  THEN
     3185                part_type = 1
     3186                !
     3187                !-- Sedimentation velocity
     3188                vs = slinnfac * sedimentation_velocity( particle_pars(ind_p_dens, part_type), &
     3189                     particle_pars(ind_p_size, part_type), &
     3190                     particle_pars(ind_p_slip, part_type), &
     3191                     visc)
     3192
     3193                CALL drydepo_aero_zhang_vd( vd_lu, Rs, &
     3194                     vs, &
     3195                     particle_pars(ind_p_size, part_type), &
     3196                     particle_pars(ind_p_slip, part_type), &
     3197                     nwet, ttemp, dens, visc, &
     3198                     lu_dep,  &
     3199                     r_aero_lu, ustar_lu )
     3200
     3201                bud_now_lu(lsp) = - cc(lsp) * &
     3202                     (1.0_wp - exp(-vd_lu * dt_dh )) * dh
     3203
     3204
     3205             ELSEIF ( spc_names(lsp) == 'PM25' )  THEN
     3206                part_type = 2
     3207                !
     3208                !-- Sedimentation velocity
     3209                vs = slinnfac * sedimentation_velocity( particle_pars(ind_p_dens, part_type), &
     3210                     particle_pars(ind_p_size, part_type), &
     3211                     particle_pars(ind_p_slip, part_type), &
     3212                     visc)
     3213
     3214
     3215                CALL drydepo_aero_zhang_vd( vd_lu, Rs, &
     3216                     vs, &
     3217                     particle_pars(ind_p_size, part_type), &
     3218                     particle_pars(ind_p_slip, part_type), &
     3219                     nwet, ttemp, dens, visc, &
     3220                     lu_dep , &
     3221                     r_aero_lu, ustar_lu )
     3222
     3223                bud_now_lu(lsp) = - cc(lsp) * &
     3224                     (1.0_wp - exp(-vd_lu * dt_dh )) * dh
     3225
     3226
     3227             ELSE !< GASES
     3228
     3229                !
     3230                !-- Read spc_name of current species for gas parameter
     3231
     3232                IF ( ANY( pspecnames(:) == spc_names(lsp) ) )  THEN
     3233                   i_pspec = 0
     3234                   DO  pspec = 1, nposp
     3235                      IF ( pspecnames(pspec) == spc_names(lsp) )  THEN
     3236                         i_pspec = pspec
     3237                      END IF
     3238                   ENDDO
     3239
     3240                ELSE
     3241                   !
     3242                   !-- For now species not deposited
     3243                   CYCLE
     3244                ENDIF
     3245
     3246                !
     3247                !-- Factor used for conversion from ppb to ug/m3 :
     3248                !-- ppb (mole tr)/(mole air)/ppb (kg tr)/(mole tr) (ug tr)/(kg tr) &
     3249                !   (mole air)/(kg air) (kg air)/(m3 air) (kg air(ug/m3)/ppb/(kg/mole) = / (kg/mole)
     3250                !   c           1e-9              xm_tracer         1e9       /       xm_air            dens
     3251                !-- thus:
     3252                !   c_in_ppb * xm_tracer * [ dens / xm_air ] = c_in_ugm3
     3253                !-- Use density at k:
     3254
     3255                ppm_to_ugm3 =  (dens/xm_air) * 0.001_wp  !< (mole air)/m3
     3256
     3257                !
     3258                !-- Atmospheric concentration in DEPAC is requested in ug/m3:
     3259                !   ug/m3              ppm          (ug/m3)/ppm/(kg/mole)     kg/mole
     3260                catm = cc(lsp)         * ppm_to_ugm3 *   specmolm(i_pspec)  ! in ug/m3
     3261
     3262                !
     3263                !-- Diffusivity for DEPAC relevant gases
     3264                !-- Use default value
     3265                diffc            = 0.11e-4
     3266                !
     3267                !-- overwrite with known coefficients of diffusivity from Massman (1998)
     3268                IF ( spc_names(lsp) == 'NO2' ) diffc = 0.136e-4
     3269                IF ( spc_names(lsp) == 'NO'  ) diffc = 0.199e-4
     3270                IF ( spc_names(lsp) == 'O3'  ) diffc = 0.144e-4
     3271                IF ( spc_names(lsp) == 'CO'  ) diffc = 0.176e-4
     3272                IF ( spc_names(lsp) == 'SO2' ) diffc = 0.112e-4
     3273                IF ( spc_names(lsp) == 'CH4' ) diffc = 0.191e-4
     3274                IF ( spc_names(lsp) == 'NH3' ) diffc = 0.191e-4
     3275
     3276
     3277                !
     3278                !-- Get quasi-laminar boundary layer resistance Rb:
     3279                CALL get_rb_cell( (lu_dep == ilu_water_sea) .OR. (lu_dep == ilu_water_inland), &
     3280                     z0h_lu, ustar_lu, diffc, &
     3281                     Rb )
     3282
     3283                !
     3284                !-- Get Rc_tot
     3285                CALL drydepos_gas_depac( spc_names(lsp), day_of_year, latitude, ts, ustar_lu, glrad, zenith(0), &
     3286                     relh, lai, sai, nwet, lu_dep, 2, Rc_tot, ccomp_tot(lsp), hyp(nzb), catm, diffc, &
     3287                     r_aero_lu , Rb )
     3288
     3289
     3290                !
     3291                !-- Calculate budget
     3292                IF ( Rc_tot <= 0.0 )  THEN
     3293
     3294                   bud_now_lu(lsp) = 0.0_wp
     3295
     3296                ELSE
     3297
     3298                   vd_lu = 1.0_wp / (r_aero_lu + Rb + Rc_tot )
     3299
     3300                   bud_now_lu(lsp) = - (cc(lsp) - ccomp_tot(lsp)) * &
     3301                        (1.0_wp - exp(-vd_lu * dt_dh )) * dh
     3302                ENDIF
     3303
     3304             ENDIF
     3305          ENDDO
     3306       ENDIF
     3307
     3308
     3309       !
     3310       !-- Pavement
     3311       IF ( surf_lsm_h%frac(ind_pav_green,m) > 0 )  THEN
     3312
     3313
     3314          !
     3315          !-- No vegetation on pavements:
     3316          lai = 0.0_wp
     3317          sai = 0.0_wp
     3318
     3319          slinnfac = 1.0_wp
     3320
     3321          !
     3322          !-- Get vd
     3323          DO  lsp = 1, nvar
     3324             !
     3325             !-- Initialize
     3326             vs = 0.0_wp
     3327             vd_lu = 0.0_wp
     3328             Rs = 0.0_wp
     3329             Rb = 0.0_wp
     3330             Rc_tot = 0.0_wp
     3331             IF ( spc_names(lsp) == 'PM10' )  THEN
     3332                part_type = 1
     3333                !
     3334                !-- Sedimentation velocity:
     3335                vs = slinnfac * sedimentation_velocity( particle_pars(ind_p_dens, part_type), &
     3336                     particle_pars(ind_p_size, part_type), &
     3337                     particle_pars(ind_p_slip, part_type), &
     3338                     visc)
     3339
     3340                CALL drydepo_aero_zhang_vd( vd_lu, Rs, &
     3341                     vs, &
     3342                     particle_pars(ind_p_size, part_type), &
     3343                     particle_pars(ind_p_slip, part_type), &
     3344                     nwet, ttemp, dens, visc, &
     3345                     lup_dep,  &
     3346                     r_aero_lu, ustar_lu )
     3347
     3348                bud_now_lup(lsp) = - cc(lsp) * &
     3349                     (1.0_wp - exp(-vd_lu * dt_dh )) * dh
     3350
     3351
     3352             ELSEIF ( spc_names(lsp) == 'PM25' )  THEN
     3353                part_type = 2
     3354                !
     3355                !-- Sedimentation velocity:
     3356                vs = slinnfac * sedimentation_velocity( particle_pars(ind_p_dens, part_type), &
     3357                     particle_pars(ind_p_size, part_type), &
     3358                     particle_pars(ind_p_slip, part_type), &
     3359                     visc)
     3360
     3361
     3362                CALL drydepo_aero_zhang_vd( vd_lu, Rs, &
     3363                     vs, &
     3364                     particle_pars(ind_p_size, part_type), &
     3365                     particle_pars(ind_p_slip, part_type), &
     3366                     nwet, ttemp, dens, visc, &
     3367                     lup_dep, &
     3368                     r_aero_lu, ustar_lu )
     3369
     3370                bud_now_lup(lsp) = - cc(lsp) * &
     3371                     (1.0_wp - exp(-vd_lu * dt_dh )) * dh
     3372
     3373
     3374             ELSE  !<GASES
     3375
     3376                !
     3377                !-- Read spc_name of current species for gas parameter
     3378
     3379                IF ( ANY(pspecnames(:) == spc_names(lsp) ) )  THEN
     3380                   i_pspec = 0
     3381                   DO  pspec = 1, nposp
     3382                      IF ( pspecnames(pspec) == spc_names(lsp) )  THEN
     3383                         i_pspec = pspec
     3384                      END IF
     3385                   ENDDO
     3386
     3387                ELSE
     3388                   !
     3389                   !-- For now species not deposited
     3390                   CYCLE
     3391                ENDIF
     3392
     3393                !-- Factor used for conversion from ppb to ug/m3 :
     3394                !   ppb (mole tr)/(mole air)/ppb (kg tr)/(mole tr) (ug tr)/(kg tr) &
     3395                !   (mole air)/(kg air) (kg air)/(m3 air) (kg air(ug/m3)/ppb/(kg/mole) = / (kg/mole)
     3396                !   c           1e-9               xm_tracer         1e9       /       xm_air            dens
     3397                !-- thus:
     3398                !   c_in_ppb * xm_tracer * [ dens / xm_air ] = c_in_ugm3
     3399                !-- Use density at lowest layer:
     3400
     3401                ppm_to_ugm3 =  (dens/xm_air) * 0.001_wp  !< (mole air)/m3
     3402
     3403                !
     3404                !-- Atmospheric concentration in DEPAC is requested in ug/m3:
     3405                !   ug/m3              ppm          (ug/m3)/ppm/(kg/mole)     kg/mole
     3406                catm = cc(lsp)         * ppm_to_ugm3 *   specmolm(i_pspec)  ! in ug/m3
     3407
     3408                !
     3409                !-- Diffusivity for DEPAC relevant gases
     3410                !-- Use default value
     3411                diffc            = 0.11e-4
     3412                !
     3413                !-- overwrite with known coefficients of diffusivity from Massman (1998)
     3414                IF ( spc_names(lsp) == 'NO2' ) diffc = 0.136e-4
     3415                IF ( spc_names(lsp) == 'NO'  ) diffc = 0.199e-4
     3416                IF ( spc_names(lsp) == 'O3'  ) diffc = 0.144e-4
     3417                IF ( spc_names(lsp) == 'CO'  ) diffc = 0.176e-4
     3418                IF ( spc_names(lsp) == 'SO2' ) diffc = 0.112e-4
     3419                IF ( spc_names(lsp) == 'CH4' ) diffc = 0.191e-4
     3420                IF ( spc_names(lsp) == 'NH3' ) diffc = 0.191e-4
     3421
     3422
     3423                !
     3424                !-- Get quasi-laminar boundary layer resistance Rb:
     3425                CALL get_rb_cell( (lup_dep == ilu_water_sea) .OR. (lup_dep == ilu_water_inland), &
     3426                     z0h_lu, ustar_lu, diffc, &
     3427                     Rb )
     3428
     3429
     3430                !
     3431                !-- Get Rc_tot
     3432                CALL drydepos_gas_depac( spc_names(lsp), day_of_year, latitude, ts, ustar_lu, glrad, zenith(0), &
     3433                     relh, lai, sai, nwet, lup_dep, 2, Rc_tot, ccomp_tot(lsp), hyp(nzb), catm, diffc, &
     3434                     r_aero_lu , Rb )
     3435
     3436
     3437                !
     3438                !-- Calculate budget
     3439                IF ( Rc_tot <= 0.0 )  THEN
     3440
     3441                   bud_now_lup(lsp) = 0.0_wp
     3442
     3443                ELSE
     3444
     3445                   vd_lu = 1.0_wp / (r_aero_lu + Rb + Rc_tot )
     3446
     3447                   bud_now_lup(lsp) = - (cc(lsp) - ccomp_tot(lsp)) * &
     3448                        (1.0_wp - exp(-vd_lu * dt_dh )) * dh
     3449                ENDIF
     3450
     3451
     3452             ENDIF
     3453          ENDDO
     3454       ENDIF
     3455
     3456
     3457       !
     3458       !-- Water
     3459       IF ( surf_lsm_h%frac(ind_wat_win,m) > 0 )  THEN
     3460
     3461
     3462          !
     3463          !-- No vegetation on water:
     3464          lai = 0.0_wp
     3465          sai = 0.0_wp
     3466
     3467          slinnfac = 1.0_wp
     3468
     3469          !
     3470          !-- Get vd
     3471          DO  lsp = 1, nvar
     3472             !
     3473             !-- Initialize
     3474             vs = 0.0_wp
     3475             vd_lu = 0.0_wp
     3476             Rs = 0.0_wp
     3477             Rb = 0.0_wp
     3478             Rc_tot = 0.0_wp
     3479             IF ( spc_names(lsp) == 'PM10' )  THEN
     3480                part_type = 1
     3481                !
     3482                !-- Sedimentation velocity:
     3483                vs = slinnfac * sedimentation_velocity( particle_pars(ind_p_dens, part_type), &
     3484                     particle_pars(ind_p_size, part_type), &
     3485                     particle_pars(ind_p_slip, part_type), &
     3486                     visc)
     3487
     3488                CALL drydepo_aero_zhang_vd( vd_lu, Rs, &
     3489                     vs, &
     3490                     particle_pars(ind_p_size, part_type), &
     3491                     particle_pars(ind_p_slip, part_type), &
     3492                     nwet, ttemp, dens, visc, &
     3493                     luw_dep, &
     3494                     r_aero_lu, ustar_lu )
     3495
     3496                bud_now_luw(lsp) = - cc(lsp) * &
     3497                     (1.0_wp - exp(-vd_lu * dt_dh )) * dh
     3498
     3499
     3500             ELSEIF ( spc_names(lsp) == 'PM25' )  THEN
     3501                part_type = 2
     3502                !
     3503                !-- Sedimentation velocity:
     3504                vs = slinnfac * sedimentation_velocity( particle_pars(ind_p_dens, part_type), &
     3505                     particle_pars(ind_p_size, part_type), &
     3506                     particle_pars(ind_p_slip, part_type), &
     3507                     visc)
     3508
     3509
     3510                CALL drydepo_aero_zhang_vd( vd_lu, Rs, &
     3511                     vs, &
     3512                     particle_pars(ind_p_size, part_type), &
     3513                     particle_pars(ind_p_slip, part_type), &
     3514                     nwet, ttemp, dens, visc, &
     3515                     luw_dep, &
     3516                     r_aero_lu, ustar_lu )
     3517
     3518                bud_now_luw(lsp) = - cc(lsp) * &
     3519                     (1.0_wp - exp(-vd_lu * dt_dh )) * dh
     3520
     3521
     3522             ELSE  !<GASES
     3523
     3524                !
     3525                !-- Read spc_name of current species for gas PARAMETER
     3526
     3527                IF ( ANY(pspecnames(:) == spc_names(lsp) ) )  THEN
     3528                   i_pspec = 0
     3529                   DO  pspec = 1, nposp
     3530                      IF ( pspecnames(pspec) == spc_names(lsp) )  THEN
     3531                         i_pspec = pspec
     3532                      END IF
     3533                   ENDDO
     3534
     3535                ELSE
     3536                   !
     3537                   !-- For now species not deposited
     3538                   CYCLE
     3539                ENDIF
     3540
     3541                !-- Factor used for conversion from ppb to ug/m3 :
     3542                !   ppb (mole tr)/(mole air)/ppb (kg tr)/(mole tr) (ug tr)/(kg tr) &
     3543                !   (mole air)/(kg air) (kg air)/(m3 air) (kg air(ug/m3)/ppb/(kg/mole) = / (kg/mole)
     3544                !   c           1e-9               xm_tracer         1e9       /       xm_air            dens
     3545                !-- thus:
     3546                !   c_in_ppb * xm_tracer * [ dens / xm_air ] = c_in_ugm3
     3547                !-- Use density at lowest layer:
     3548
     3549                ppm_to_ugm3 =  (dens/xm_air) * 0.001_wp  !< (mole air)/m3
     3550
     3551                !
     3552                !-- Atmospheric concentration in DEPAC is requested in ug/m3:
     3553                !   ug/m3              ppm          (ug/m3)/ppm/(kg/mole)     kg/mole
     3554                catm = cc(lsp)         * ppm_to_ugm3 *   specmolm(i_pspec)  ! in ug/m3
     3555
     3556                !
     3557                !-- Diffusivity for DEPAC relevant gases
     3558                !-- Use default value
     3559                diffc            = 0.11e-4
     3560                !
     3561                !-- overwrite with known coefficients of diffusivity from Massman (1998)
     3562                IF ( spc_names(lsp) == 'NO2' ) diffc = 0.136e-4
     3563                IF ( spc_names(lsp) == 'NO'  ) diffc = 0.199e-4
     3564                IF ( spc_names(lsp) == 'O3'  ) diffc = 0.144e-4
     3565                IF ( spc_names(lsp) == 'CO'  ) diffc = 0.176e-4
     3566                IF ( spc_names(lsp) == 'SO2' ) diffc = 0.112e-4
     3567                IF ( spc_names(lsp) == 'CH4' ) diffc = 0.191e-4
     3568                IF ( spc_names(lsp) == 'NH3' ) diffc = 0.191e-4
     3569
     3570
     3571                !
     3572                !-- Get quasi-laminar boundary layer resistance Rb:
     3573                CALL get_rb_cell( (luw_dep == ilu_water_sea) .OR. (luw_dep == ilu_water_inland), &
     3574                     z0h_lu, ustar_lu, diffc, &
     3575                     Rb )
     3576
     3577                !
     3578                !-- Get Rc_tot
     3579                CALL drydepos_gas_depac( spc_names(lsp), day_of_year, latitude, ts, ustar_lu, glrad, zenith(0), &
     3580                     relh, lai, sai, nwet, luw_dep, 2, Rc_tot, ccomp_tot(lsp), hyp(nzb), catm, diffc, &
     3581                     r_aero_lu , Rb )
     3582
     3583
     3584                ! Calculate budget
     3585                IF ( Rc_tot <= 0.0 )  THEN
     3586
     3587                   bud_now_luw(lsp) = 0.0_wp
     3588
     3589                ELSE
     3590
     3591                   vd_lu = 1.0_wp / (r_aero_lu + Rb + Rc_tot )
     3592
     3593                   bud_now_luw(lsp) = - (cc(lsp) - ccomp_tot(lsp)) * &
     3594                        (1.0_wp - exp(-vd_lu * dt_dh )) * dh
     3595                ENDIF
     3596
     3597             ENDIF
     3598          ENDDO
     3599       ENDIF
     3600
     3601
     3602       bud_now = 0.0_wp
     3603       !
     3604       !-- Calculate overall budget for surface m and adapt concentration
     3605       DO  lsp = 1, nspec
     3606
     3607
     3608          bud_now(lsp) = surf_lsm_h%frac(ind_veg_wall,m) * bud_now_lu(lsp) + &
     3609               surf_lsm_h%frac(ind_pav_green,m) * bud_now_lup(lsp) + &
     3610               surf_lsm_h%frac(ind_wat_win,m) * bud_now_luw(lsp)
     3611
     3612          !
     3613          !-- Compute new concentration:
     3614          cc(lsp) = cc(lsp) + bud_now(lsp) * inv_dh
     3615
     3616          chem_species(lsp)%conc(k,j,i) = MAX(0.0_wp, cc(lsp))
     3617
     3618       ENDDO
     3619
     3620    ENDIF
     3621
     3622
     3623
     3624
     3625    !
     3626    !-- For USM surfaces   
     3627
     3628    IF ( match_usm )  THEN
     3629
     3630       !
     3631       !-- Get surface element information at i,j:
     3632       m = surf_usm_h%start_index(j,i)
     3633       k = surf_usm_h%k(m)
     3634
     3635       !
     3636       !-- Get needed variables for surface element m
     3637       ustar_lu  = surf_usm_h%us(m)
     3638       z0h_lu    = surf_usm_h%z0h(m)
     3639       r_aero_lu = surf_usm_h%r_a(m)
     3640       glrad     = surf_usm_h%rad_sw_in(m)
     3641       lai = surf_usm_h%lai(m)
     3642       sai = lai + 1
     3643
     3644       !
     3645       !-- For small grid spacing neglect R_a
     3646       IF ( dzw(k) <= 1.0 )  THEN
     3647          r_aero_lu = 0.0_wp
     3648       ENDIF
     3649
     3650       !
     3651       !-- Initialize lu's
     3652       luu_palm = 0
     3653       luu_dep = 0
     3654       lug_palm = 0
     3655       lug_dep = 0
     3656       lud_palm = 0
     3657       lud_dep = 0
     3658
     3659       !
     3660       !-- Initialize budgets
     3661       bud_now_luu  = 0.0_wp
     3662       bud_now_lug = 0.0_wp
     3663       bud_now_lud = 0.0_wp
     3664
     3665
     3666       !
     3667       !-- Get land use for i,j and assign to DEPAC lu
     3668       IF ( surf_usm_h%frac(ind_pav_green,m) > 0 )  THEN
     3669          !
     3670          !-- For green urban surfaces (e.g. green roofs
     3671          !-- assume LU short grass
     3672          lug_palm = ind_lu_s_grass
     3673          IF ( lug_palm == ind_lu_user )  THEN
     3674             message_string = 'No vegetation type defined. Please define vegetation type to enable deposition calculation'
     3675             CALL message( 'chem_depo', 'CM0454', 1, 2, 0, 6, 0 )
     3676          ELSEIF ( lug_palm == ind_lu_b_soil )  THEN
     3677             lug_dep = 9
     3678          ELSEIF ( lug_palm == ind_lu_mixed_crops )  THEN
     3679             lug_dep = 2
     3680          ELSEIF ( lug_palm == ind_lu_s_grass )  THEN
     3681             lug_dep = 1
     3682          ELSEIF ( lug_palm == ind_lu_ev_needle_trees )  THEN
     3683             lug_dep = 4
     3684          ELSEIF ( lug_palm == ind_lu_de_needle_trees )  THEN
     3685             lug_dep = 4
     3686          ELSEIF ( lug_palm == ind_lu_ev_broad_trees )  THEN
     3687             lug_dep = 12
     3688          ELSEIF ( lug_palm == ind_lu_de_broad_trees )  THEN
     3689             lug_dep = 5
     3690          ELSEIF ( lug_palm == ind_lu_t_grass )  THEN
     3691             lug_dep = 1
     3692          ELSEIF ( lug_palm == ind_lu_desert )  THEN
     3693             lug_dep = 9
     3694          ELSEIF ( lug_palm == ind_lu_tundra  )  THEN
     3695             lug_dep = 8
     3696          ELSEIF ( lug_palm == ind_lu_irr_crops )  THEN
     3697             lug_dep = 2
     3698          ELSEIF ( lug_palm == ind_lu_semidesert )  THEN
     3699             lug_dep = 8
     3700          ELSEIF ( lug_palm == ind_lu_ice )  THEN
     3701             lug_dep = 10
     3702          ELSEIF ( lug_palm == ind_lu_marsh )  THEN
     3703             lug_dep = 8
     3704          ELSEIF ( lug_palm == ind_lu_ev_shrubs )  THEN
     3705             lug_dep = 14
     3706          ELSEIF ( lug_palm == ind_lu_de_shrubs  )  THEN
     3707             lug_dep = 14
     3708          ELSEIF ( lug_palm == ind_lu_mixed_forest )  THEN
     3709             lug_dep = 4
     3710          ELSEIF ( lug_palm == ind_lu_intrup_forest )  THEN
     3711             lug_dep = 8     
     3712          ENDIF
     3713       ENDIF
     3714
     3715       IF ( surf_usm_h%frac(ind_veg_wall,m) > 0 )  THEN
     3716          !
     3717          !-- For walls in USM assume concrete walls/roofs,
     3718          !-- assumed LU class desert as also assumed for
     3719          !-- pavements in LSM
     3720          luu_palm = ind_lup_conc
     3721          IF ( luu_palm == ind_lup_user )  THEN
     3722             message_string = 'No pavement type defined. Please define pavement type to enable deposition calculation'
     3723             CALL message( 'chem_depo', 'CM0455', 1, 2, 0, 6, 0 )
     3724          ELSEIF ( luu_palm == ind_lup_asph_conc )  THEN
     3725             luu_dep = 9
     3726          ELSEIF ( luu_palm == ind_lup_asph )  THEN
     3727             luu_dep = 9
     3728          ELSEIF ( luu_palm ==  ind_lup_conc )  THEN
     3729             luu_dep = 9
     3730          ELSEIF ( luu_palm ==  ind_lup_sett )  THEN
     3731             luu_dep = 9
     3732          ELSEIF ( luu_palm == ind_lup_pav_stones )  THEN
     3733             luu_dep = 9
     3734          ELSEIF ( luu_palm == ind_lup_cobblest )  THEN
     3735             luu_dep = 9       
     3736          ELSEIF ( luu_palm == ind_lup_metal )  THEN
     3737             luu_dep = 9
     3738          ELSEIF ( luu_palm == ind_lup_wood )  THEN
     3739             luu_dep = 9   
     3740          ELSEIF ( luu_palm == ind_lup_gravel )  THEN
     3741             luu_dep = 9
     3742          ELSEIF ( luu_palm == ind_lup_f_gravel )  THEN
     3743             luu_dep = 9
     3744          ELSEIF ( luu_palm == ind_lup_pebblest )  THEN
     3745             luu_dep = 9
     3746          ELSEIF ( luu_palm == ind_lup_woodchips )  THEN
     3747             luu_dep = 9
     3748          ELSEIF ( luu_palm == ind_lup_tartan )  THEN
     3749             luu_dep = 9
     3750          ELSEIF ( luu_palm == ind_lup_art_turf )  THEN
     3751             luu_dep = 9
     3752          ELSEIF ( luu_palm == ind_lup_clay )  THEN
     3753             luu_dep = 9
     3754          ENDIF
     3755       ENDIF
     3756
     3757       IF ( surf_usm_h%frac(ind_wat_win,m) > 0 )  THEN
     3758          !
     3759          !-- For windows in USM assume metal as this is
     3760          !-- as close as we get, assumed LU class desert
     3761          !-- as also assumed for pavements in LSM
     3762          lud_palm = ind_lup_metal     
     3763          IF ( lud_palm == ind_lup_user )  THEN
     3764             message_string = 'No pavement type defined. Please define pavement type to enable deposition calculation'
     3765             CALL message( 'chem_depo', 'CM0456', 1, 2, 0, 6, 0 )
     3766          ELSEIF ( lud_palm == ind_lup_asph_conc )  THEN
     3767             lud_dep = 9
     3768          ELSEIF ( lud_palm == ind_lup_asph )  THEN
     3769             lud_dep = 9
     3770          ELSEIF ( lud_palm ==  ind_lup_conc )  THEN
     3771             lud_dep = 9
     3772          ELSEIF ( lud_palm ==  ind_lup_sett )  THEN
     3773             lud_dep = 9
     3774          ELSEIF ( lud_palm == ind_lup_pav_stones )  THEN
     3775             lud_dep = 9
     3776          ELSEIF ( lud_palm == ind_lup_cobblest )  THEN
     3777             lud_dep = 9       
     3778          ELSEIF ( lud_palm == ind_lup_metal )  THEN
     3779             lud_dep = 9
     3780          ELSEIF ( lud_palm == ind_lup_wood )  THEN
     3781             lud_dep = 9   
     3782          ELSEIF ( lud_palm == ind_lup_gravel )  THEN
     3783             lud_dep = 9
     3784          ELSEIF ( lud_palm == ind_lup_f_gravel )  THEN
     3785             lud_dep = 9
     3786          ELSEIF ( lud_palm == ind_lup_pebblest )  THEN
     3787             lud_dep = 9
     3788          ELSEIF ( lud_palm == ind_lup_woodchips )  THEN
     3789             lud_dep = 9
     3790          ELSEIF ( lud_palm == ind_lup_tartan )  THEN
     3791             lud_dep = 9
     3792          ELSEIF ( lud_palm == ind_lup_art_turf )  THEN
     3793             lud_dep = 9
     3794          ELSEIF ( lud_palm == ind_lup_clay )  THEN
     3795             lud_dep = 9
     3796          ENDIF
     3797       ENDIF
     3798
     3799
     3800       !
     3801       !-- @TODO: Activate these lines as soon as new ebsolver branch is merged:
     3802       !-- Set wetness indicator to dry or wet for usm vegetation or pavement
     3803       !IF ( surf_usm_h%c_liq(m) > 0 )  THEN
     3804       !   nwet = 1
     3805       !ELSE
     3806       nwet = 0
     3807       !ENDIF
     3808
     3809       !
     3810       !-- Compute length of time step
     3811       IF ( call_chem_at_all_substeps )  THEN
     3812          dt_chem = dt_3d * weight_pres(intermediate_timestep_count)
     3813       ELSE
     3814          dt_chem = dt_3d
     3815       ENDIF
     3816
     3817
     3818       dh = dzw(k)
     3819       inv_dh = 1.0_wp / dh
     3820       dt_dh = dt_chem/dh
     3821
     3822       !
     3823       !-- Concentration at i,j,k
     3824       DO  lsp = 1, nspec
     3825          cc(lsp) = chem_species(lsp)%conc(k,j,i)
     3826       ENDDO
     3827
     3828       !
     3829       !-- Temperature at i,j,k
     3830       ttemp = pt(k,j,i) * ( hyp(k) / 100000.0_wp )**0.286_wp
     3831
     3832       ts       = ttemp - 273.15  !< in degrees celcius
     3833
     3834       !
     3835       !-- Viscosity of air
     3836       visc = 1.496e-6 * ttemp**1.5 / (ttemp+120.0)
     3837
     3838       !
     3839       !-- Air density at k
     3840       dens = rho_air_zw(k)
     3841
     3842       !
     3843       !-- Calculate relative humidity from specific humidity for DEPAC
     3844       qv_tmp = MAX(q(k,j,i),0.0_wp)
     3845       relh = relativehumidity_from_specifichumidity(qv_tmp, ttemp, hyp(nzb) )
     3846
     3847
     3848
     3849       !
     3850       !-- Check if surface fraction (vegetation, pavement or water) > 0 and calculate vd and budget
     3851       !-- for each surface fraction. Then derive overall budget taking into account the surface fractions.
     3852
     3853       !
     3854       !-- Walls/roofs
     3855       IF ( surf_usm_h%frac(ind_veg_wall,m) > 0 )  THEN
     3856
     3857
     3858          !
     3859          !-- No vegetation on non-green walls:
     3860          lai = 0.0_wp
     3861          sai = 0.0_wp
     3862
     3863          slinnfac = 1.0_wp
     3864
     3865          !
     3866          !-- Get vd
     3867          DO  lsp = 1, nvar
     3868             !
     3869             !-- Initialize
     3870             vs = 0.0_wp
     3871             vd_lu = 0.0_wp
     3872             Rs = 0.0_wp
     3873             Rb = 0.0_wp
     3874             Rc_tot = 0.0_wp
     3875             IF (spc_names(lsp) == 'PM10' )  THEN
     3876                part_type = 1
     3877                !
     3878                !-- Sedimentation velocity
     3879                vs = slinnfac * sedimentation_velocity( particle_pars(ind_p_dens, part_type), &
     3880                     particle_pars(ind_p_size, part_type), &
     3881                     particle_pars(ind_p_slip, part_type), &
     3882                     visc)
     3883
     3884                CALL drydepo_aero_zhang_vd( vd_lu, Rs, &
     3885                     vs, &
     3886                     particle_pars(ind_p_size, part_type), &
     3887                     particle_pars(ind_p_slip, part_type), &
     3888                     nwet, ttemp, dens, visc, &
     3889                     luu_dep,  &
     3890                     r_aero_lu, ustar_lu )
     3891
     3892                bud_now_luu(lsp) = - cc(lsp) * &
     3893                     (1.0_wp - exp(-vd_lu * dt_dh )) * dh
     3894
     3895
     3896             ELSEIF ( spc_names(lsp) == 'PM25' )  THEN
     3897                part_type = 2
     3898                !
     3899                !-- Sedimentation velocity
     3900                vs = slinnfac * sedimentation_velocity( particle_pars(ind_p_dens, part_type), &
     3901                     particle_pars(ind_p_size, part_type), &
     3902                     particle_pars(ind_p_slip, part_type), &
     3903                     visc)
     3904
     3905
     3906                CALL drydepo_aero_zhang_vd( vd_lu, Rs, &
     3907                     vs, &
     3908                     particle_pars(ind_p_size, part_type), &
     3909                     particle_pars(ind_p_slip, part_type), &
     3910                     nwet, ttemp, dens, visc, &
     3911                     luu_dep , &
     3912                     r_aero_lu, ustar_lu )
     3913
     3914                bud_now_luu(lsp) = - cc(lsp) * &
     3915                     (1.0_wp - exp(-vd_lu * dt_dh )) * dh
     3916
     3917
     3918             ELSE  !< GASES
     3919
     3920                !
     3921                !-- Read spc_name of current species for gas parameter
     3922
     3923                IF ( ANY( pspecnames(:) == spc_names(lsp) ) )  THEN
     3924                   i_pspec = 0
     3925                   DO  pspec = 1, nposp
     3926                      IF ( pspecnames(pspec) == spc_names(lsp) )  THEN
     3927                         i_pspec = pspec
     3928                      END IF
     3929                   ENDDO
     3930                ELSE
     3931                   !
     3932                   !-- For now species not deposited
     3933                   CYCLE
     3934                ENDIF
     3935
     3936                !
     3937                !-- Factor used for conversion from ppb to ug/m3 :
     3938                !   ppb (mole tr)/(mole air)/ppb (kg tr)/(mole tr) (ug tr)/(kg tr) &
     3939                !   (mole air)/(kg air) (kg air)/(m3 air) (kg air(ug/m3)/ppb/(kg/mole) = / (kg/mole)
     3940                !   c           1e-9              xm_tracer         1e9       /       xm_air            dens
     3941                !-- thus:
     3942                !   c_in_ppb * xm_tracer * [ dens / xm_air ] = c_in_ugm3
     3943                !-- Use density at k:
     3944
     3945                ppm_to_ugm3 =  (dens/xm_air) * 0.001_wp  !< (mole air)/m3
     3946
     3947                !
     3948                !-- Atmospheric concentration in DEPAC is requested in ug/m3:
     3949                !   ug/m3              ppm          (ug/m3)/ppm/(kg/mole)     kg/mole
     3950                catm = cc(lsp)         * ppm_to_ugm3 *   specmolm(i_pspec)  ! in ug/m3
     3951
     3952                !
     3953                !-- Diffusivity for DEPAC relevant gases
     3954                !-- Use default value
     3955                diffc            = 0.11e-4
     3956                !
     3957                !-- overwrite with known coefficients of diffusivity from Massman (1998)
     3958                IF ( spc_names(lsp) == 'NO2' ) diffc = 0.136e-4
     3959                IF ( spc_names(lsp) == 'NO'  ) diffc = 0.199e-4
     3960                IF ( spc_names(lsp) == 'O3'  ) diffc = 0.144e-4
     3961                IF ( spc_names(lsp) == 'CO'  ) diffc = 0.176e-4
     3962                IF ( spc_names(lsp) == 'SO2' ) diffc = 0.112e-4
     3963                IF ( spc_names(lsp) == 'CH4' ) diffc = 0.191e-4
     3964                IF ( spc_names(lsp) == 'NH3' ) diffc = 0.191e-4
     3965
     3966
     3967                !
     3968                !-- Get quasi-laminar boundary layer resistance Rb:
     3969                CALL get_rb_cell( (luu_dep == ilu_water_sea) .OR. (luu_dep == ilu_water_inland), &
     3970                     z0h_lu, ustar_lu, diffc, &
     3971                     Rb )
     3972
     3973                !
     3974                !-- Get Rc_tot
     3975                CALL drydepos_gas_depac( spc_names(lsp), day_of_year, latitude, ts, ustar_lu, glrad, zenith(0), &
     3976                     relh, lai, sai, nwet, luu_dep, 2, Rc_tot, ccomp_tot(lsp), hyp(nzb), catm, diffc, &
     3977                     r_aero_lu , Rb )
     3978
     3979
     3980                !
     3981                !-- Calculate budget
     3982                IF ( Rc_tot <= 0.0 )  THEN
     3983
     3984                   bud_now_luu(lsp) = 0.0_wp
     3985
     3986                ELSE
     3987
     3988                   vd_lu = 1.0_wp / (r_aero_lu + Rb + Rc_tot )
     3989
     3990                   bud_now_luu(lsp) = - (cc(lsp) - ccomp_tot(lsp)) * &
     3991                        (1.0_wp - exp(-vd_lu * dt_dh )) * dh
     3992                ENDIF
     3993
     3994             ENDIF
     3995          ENDDO
     3996       ENDIF
     3997
     3998
     3999       !
     4000       !-- Green usm surfaces
     4001       IF ( surf_usm_h%frac(ind_pav_green,m) > 0 )  THEN
     4002
     4003
     4004          slinnfac = 1.0_wp
     4005
     4006          !
     4007          !-- Get vd
     4008          DO  lsp = 1, nvar
     4009             !
     4010             !-- Initialize
     4011             vs = 0.0_wp
     4012             vd_lu = 0.0_wp
     4013             Rs = 0.0_wp
     4014             Rb = 0.0_wp
     4015             Rc_tot = 0.0_wp
     4016             IF ( spc_names(lsp) == 'PM10' )  THEN
     4017                part_type = 1
     4018                ! Sedimentation velocity
     4019                vs = slinnfac * sedimentation_velocity( particle_pars(ind_p_dens, part_type), &
     4020                     particle_pars(ind_p_size, part_type), &
     4021                     particle_pars(ind_p_slip, part_type), &
     4022                     visc)
     4023
     4024                CALL drydepo_aero_zhang_vd( vd_lu, Rs, &
     4025                     vs, &
     4026                     particle_pars(ind_p_size, part_type), &
     4027                     particle_pars(ind_p_slip, part_type), &
     4028                     nwet, ttemp, dens, visc, &
     4029                     lug_dep,  &
     4030                     r_aero_lu, ustar_lu )
     4031
     4032                bud_now_lug(lsp) = - cc(lsp) * &
     4033                     (1.0_wp - exp(-vd_lu * dt_dh )) * dh
     4034
     4035
     4036             ELSEIF ( spc_names(lsp) == 'PM25' )  THEN
     4037                part_type = 2
     4038                ! Sedimentation velocity
     4039                vs = slinnfac * sedimentation_velocity( particle_pars(ind_p_dens, part_type), &
     4040                     particle_pars(ind_p_size, part_type), &
     4041                     particle_pars(ind_p_slip, part_type), &
     4042                     visc)
     4043
     4044
     4045                CALL drydepo_aero_zhang_vd( vd_lu, Rs, &
     4046                     vs, &
     4047                     particle_pars(ind_p_size, part_type), &
     4048                     particle_pars(ind_p_slip, part_type), &
     4049                     nwet, ttemp, dens, visc, &
     4050                     lug_dep, &
     4051                     r_aero_lu, ustar_lu )
     4052
     4053                bud_now_lug(lsp) = - cc(lsp) * &
     4054                     (1.0_wp - exp(-vd_lu * dt_dh )) * dh
     4055
     4056
     4057             ELSE  !< GASES
     4058
     4059                !
     4060                !-- Read spc_name of current species for gas parameter
     4061
     4062                IF ( ANY( pspecnames(:) == spc_names(lsp) ) )  THEN
     4063                   i_pspec = 0
     4064                   DO  pspec = 1, nposp
     4065                      IF ( pspecnames(pspec) == spc_names(lsp) )  THEN
     4066                         i_pspec = pspec
     4067                      END IF
     4068                   ENDDO
     4069                ELSE
     4070                   !
     4071                   !-- For now species not deposited
     4072                   CYCLE
     4073                ENDIF
     4074
     4075                !
     4076                !-- Factor used for conversion from ppb to ug/m3 :
     4077                !   ppb (mole tr)/(mole air)/ppb (kg tr)/(mole tr) (ug tr)/(kg tr) &
     4078                !   (mole air)/(kg air) (kg air)/(m3 air) (kg air(ug/m3)/ppb/(kg/mole) = / (kg/mole)
     4079                !   c           1e-9               xm_tracer         1e9       /       xm_air            dens
     4080                !-- thus:
     4081                !    c_in_ppb * xm_tracer * [ dens / xm_air ] = c_in_ugm3
     4082                !-- Use density at k:
     4083
     4084                ppm_to_ugm3 =  (dens/xm_air) * 0.001_wp  ! (mole air)/m3
     4085
     4086                !
     4087                !-- Atmospheric concentration in DEPAC is requested in ug/m3:
     4088                !   ug/m3              ppm          (ug/m3)/ppm/(kg/mole)     kg/mole
     4089                catm = cc(lsp)         * ppm_to_ugm3 *   specmolm(i_pspec)  ! in ug/m3
     4090
     4091                !
     4092                !-- Diffusivity for DEPAC relevant gases
     4093                !-- Use default value
     4094                diffc            = 0.11e-4
     4095                !
     4096                !-- overwrite with known coefficients of diffusivity from Massman (1998)
     4097                IF ( spc_names(lsp) == 'NO2' ) diffc = 0.136e-4
     4098                IF ( spc_names(lsp) == 'NO'  ) diffc = 0.199e-4
     4099                IF ( spc_names(lsp) == 'O3'  ) diffc = 0.144e-4
     4100                IF ( spc_names(lsp) == 'CO'  ) diffc = 0.176e-4
     4101                IF ( spc_names(lsp) == 'SO2' ) diffc = 0.112e-4
     4102                IF ( spc_names(lsp) == 'CH4' ) diffc = 0.191e-4
     4103                IF ( spc_names(lsp) == 'NH3' ) diffc = 0.191e-4
     4104
     4105
     4106                !
     4107                !-- Get quasi-laminar boundary layer resistance Rb:
     4108                CALL get_rb_cell( (lug_dep == ilu_water_sea) .OR. (lug_dep == ilu_water_inland), &
     4109                     z0h_lu, ustar_lu, diffc, &
     4110                     Rb )
     4111
     4112
     4113                !
     4114                !-- Get Rc_tot
     4115                CALL drydepos_gas_depac( spc_names(lsp), day_of_year, latitude, ts, ustar_lu, glrad, zenith(0), &
     4116                     relh, lai, sai, nwet, lug_dep, 2, Rc_tot, ccomp_tot(lsp), hyp(nzb), catm, diffc, &
     4117                     r_aero_lu , Rb )
     4118
     4119
     4120                !
     4121                !-- Calculate budget
     4122                IF ( Rc_tot <= 0.0 )  THEN
     4123
     4124                   bud_now_lug(lsp) = 0.0_wp
     4125
     4126                ELSE
     4127
     4128                   vd_lu = 1.0_wp / (r_aero_lu + Rb + Rc_tot )
     4129
     4130                   bud_now_lug(lsp) = - (cc(lsp) - ccomp_tot(lsp)) * &
     4131                        (1.0_wp - exp(-vd_lu * dt_dh )) * dh
     4132                ENDIF
     4133
     4134
     4135             ENDIF
     4136          ENDDO
     4137       ENDIF
     4138
     4139
     4140       !
     4141       !-- Windows
     4142       IF ( surf_usm_h%frac(ind_wat_win,m) > 0 )  THEN
     4143
     4144
     4145          !
     4146          !-- No vegetation on windows:
     4147          lai = 0.0_wp
     4148          sai = 0.0_wp
     4149
     4150          slinnfac = 1.0_wp
     4151
     4152          !
     4153          !-- Get vd
     4154          DO  lsp = 1, nvar
     4155             !
     4156             !-- Initialize
     4157             vs = 0.0_wp
     4158             vd_lu = 0.0_wp
     4159             Rs = 0.0_wp
     4160             Rb = 0.0_wp
     4161             Rc_tot = 0.0_wp
     4162             IF ( spc_names(lsp) == 'PM10' )  THEN
     4163                part_type = 1
     4164                !
     4165                !-- Sedimentation velocity
     4166                vs = slinnfac * sedimentation_velocity( particle_pars(ind_p_dens, part_type), &
     4167                     particle_pars(ind_p_size, part_type), &
     4168                     particle_pars(ind_p_slip, part_type), &
     4169                     visc)
     4170
     4171                CALL drydepo_aero_zhang_vd( vd_lu, Rs, &
     4172                     vs, &
     4173                     particle_pars(ind_p_size, part_type), &
     4174                     particle_pars(ind_p_slip, part_type), &
     4175                     nwet, ttemp, dens, visc, &
     4176                     lud_dep, &
     4177                     r_aero_lu, ustar_lu )
     4178
     4179                bud_now_lud(lsp) = - cc(lsp) * &
     4180                     (1.0_wp - exp(-vd_lu * dt_dh )) * dh
     4181
     4182
     4183             ELSEIF ( spc_names(lsp) == 'PM25' )  THEN
     4184                part_type = 2
     4185                !
     4186                !-- Sedimentation velocity
     4187                vs = slinnfac * sedimentation_velocity( particle_pars(ind_p_dens, part_type), &
     4188                     particle_pars(ind_p_size, part_type), &
     4189                     particle_pars(ind_p_slip, part_type), &
     4190                     visc)
     4191
     4192
     4193                CALL drydepo_aero_zhang_vd( vd_lu, Rs, &
     4194                     vs, &
     4195                     particle_pars(ind_p_size, part_type), &
     4196                     particle_pars(ind_p_slip, part_type), &
     4197                     nwet, ttemp, dens, visc, &
     4198                     lud_dep, &
     4199                     r_aero_lu, ustar_lu )
     4200
     4201                bud_now_lud(lsp) = - cc(lsp) * &
     4202                     (1.0_wp - exp(-vd_lu * dt_dh )) * dh
     4203
     4204
     4205             ELSE  !< GASES
     4206
     4207                !
     4208                !-- Read spc_name of current species for gas PARAMETER
     4209
     4210                IF ( ANY( pspecnames(:) == spc_names(lsp) ) )  THEN
     4211                   i_pspec = 0
     4212                   DO  pspec = 1, nposp
     4213                      IF ( pspecnames(pspec) == spc_names(lsp) )  THEN
     4214                         i_pspec = pspec
     4215                      END IF
     4216                   ENDDO
     4217                ELSE
     4218                   ! For now species not deposited
     4219                   CYCLE
     4220                ENDIF
     4221
     4222                !
     4223                !-- Factor used for conversion from ppb to ug/m3 :
     4224                !   ppb (mole tr)/(mole air)/ppb (kg tr)/(mole tr) (ug tr)/(kg tr) &
     4225                !   (mole air)/(kg air) (kg air)/(m3 air) (kg air(ug/m3)/ppb/(kg/mole) = / (kg/mole)
     4226                !   c           1e-9               xm_tracer         1e9       /       xm_air            dens
     4227                !-- thus:
     4228                !    c_in_ppb * xm_tracer * [ dens / xm_air ] = c_in_ugm3
     4229                !-- Use density at k:
     4230
     4231                ppm_to_ugm3 =  (dens/xm_air) * 0.001_wp  ! (mole air)/m3
     4232
     4233                !
     4234                !-- Atmospheric concentration in DEPAC is requested in ug/m3:
     4235                !   ug/m3              ppm          (ug/m3)/ppm/(kg/mole)     kg/mole
     4236                catm = cc(lsp)         * ppm_to_ugm3 *   specmolm(i_pspec)  ! in ug/m3
     4237
     4238                !
     4239                !-- Diffusivity for DEPAC relevant gases
     4240                !-- Use default value
     4241                diffc            = 0.11e-4
     4242                !
     4243                !-- overwrite with known coefficients of diffusivity from Massman (1998)
     4244                IF ( spc_names(lsp) == 'NO2' ) diffc = 0.136e-4
     4245                IF ( spc_names(lsp) == 'NO'  ) diffc = 0.199e-4
     4246                IF ( spc_names(lsp) == 'O3'  ) diffc = 0.144e-4
     4247                IF ( spc_names(lsp) == 'CO'  ) diffc = 0.176e-4
     4248                IF ( spc_names(lsp) == 'SO2' ) diffc = 0.112e-4
     4249                IF ( spc_names(lsp) == 'CH4' ) diffc = 0.191e-4
     4250                IF ( spc_names(lsp) == 'NH3' ) diffc = 0.191e-4
     4251
     4252
     4253                !
     4254                !-- Get quasi-laminar boundary layer resistance Rb:
     4255                CALL get_rb_cell( (lud_dep == ilu_water_sea) .OR. (lud_dep == ilu_water_inland), &
     4256                     z0h_lu, ustar_lu, diffc, &
     4257                     Rb )
     4258
     4259                !
     4260                !-- Get Rc_tot
     4261                CALL drydepos_gas_depac( spc_names(lsp), day_of_year, latitude, ts, ustar_lu, glrad, zenith(0), &
     4262                     relh, lai, sai, nwet, lud_dep, 2, Rc_tot, ccomp_tot(lsp), hyp(nzb), catm, diffc, &
     4263                     r_aero_lu , Rb )
     4264
     4265
     4266                !
     4267                !-- Calculate budget
     4268                IF ( Rc_tot <= 0.0 )  THEN
     4269
     4270                   bud_now_lud(lsp) = 0.0_wp
     4271
     4272                ELSE
     4273
     4274                   vd_lu = 1.0_wp / (r_aero_lu + Rb + Rc_tot )
     4275
     4276                   bud_now_lud(lsp) = - (cc(lsp) - ccomp_tot(lsp)) * &
     4277                        (1.0_wp - exp(-vd_lu * dt_dh )) * dh
     4278                ENDIF
     4279
     4280             ENDIF
     4281          ENDDO
     4282       ENDIF
     4283
     4284
     4285       bud_now = 0.0_wp
     4286       !
     4287       !-- Calculate overall budget for surface m and adapt concentration
     4288       DO  lsp = 1, nspec
     4289
     4290
     4291          bud_now(lsp) = surf_usm_h%frac(ind_veg_wall,m) * bud_now_luu(lsp) + &
     4292               surf_usm_h%frac(ind_pav_green,m) * bud_now_lug(lsp) + &
     4293               surf_usm_h%frac(ind_wat_win,m) * bud_now_lud(lsp)
     4294
     4295          !
     4296          !-- Compute new concentration
     4297          cc(lsp) = cc(lsp) + bud_now(lsp) * inv_dh
     4298
     4299          chem_species(lsp)%conc(k,j,i) = MAX( 0.0_wp, cc(lsp) )
     4300
     4301       ENDDO
     4302
     4303    ENDIF
     4304
     4305
     4306
     4307 END SUBROUTINE chem_depo
     4308
     4309
     4310
     4311 !----------------------------------------------------------------------------------
     4312 !
     4313 !> DEPAC:
     4314 !> Code of the DEPAC routine and corresponding subroutines below from the DEPAC
     4315 !> module of the LOTOS-EUROS model (Manders et al., 2017)
     4316 !   
     4317 !> Original DEPAC routines by RIVM and TNO (2015), for Documentation see
     4318 !> van Zanten et al., 2010.
     4319 !---------------------------------------------------------------------------------
     4320 !   
     4321 !----------------------------------------------------------------------------------   
     4322 !
     4323 !> depac: compute total canopy (or surface) resistance Rc for gases
     4324 !----------------------------------------------------------------------------------
     4325
     4326 SUBROUTINE drydepos_gas_depac( compnam, day_of_year, lat, t, ust, glrad, sinphi,  &
     4327      rh, lai, sai, nwet, lu, iratns, rc_tot, ccomp_tot, p, catm, diffc,           &
     4328      ra, rb ) 
     4329
     4330
     4331   !
     4332   !--Some of depac arguments are OPTIONAL:
     4333   !
     4334   !-- A. compute Rc_tot without compensation points (ccomp_tot will be zero):
     4335   !--     CALL depac (compnam, day_of_year, lat, t, ust, glrad, sinphi, rh, nwet, lu, iratns, rc_tot, ccomp_tot, [smi])
     4336   !
     4337   !-- B. compute Rc_tot with compensation points (used for LOTOS-EUROS):
     4338   !--     CALL depac (compnam, day_of_year, lat, t, ust, glrad, sinphi, rh, nwet, lu, iratns, rc_tot, ccomp_tot, [smi], &
     4339   !                  c_ave_prev_nh3, c_ave_prev_so2, catm, gamma_soil_water)
     4340   !
     4341   !-- C. compute effective Rc based on compensation points (used for OPS):
     4342   !--     CALL depac (compnam, day_of_year, lat, t, ust, glrad, sinphi, rh, nwet, lu, iratns, rc_tot, ccomp_tot, [smi], &
     4343   !                 c_ave_prev_nh3, c_ave_prev_so2, catm, gamma_soil_water, &
     4344   !                 ra, rb, rc_eff)
     4345   !-- X1. Extra (OPTIONAL) output variables:
     4346   !--     CALL depac (compnam, day_of_year, lat, t, ust, glrad, sinphi, rh, nwet, lu, iratns, rc_tot, ccomp_tot, [smi], &
     4347   !                 c_ave_prev_nh3, c_ave_prev_so2, catm, gamma_soil_water, &
     4348   !                 ra, rb, rc_eff, &
     4349   !                 gw_out, gstom_out, gsoil_eff_out, cw_out, cstom_out, csoil_out, lai_out, sai_out)
     4350   !-- X2. Extra (OPTIONAL) needed for stomatal ozone flux calculation (only sunlit leaves):
     4351   !--     CALL depac (compnam, day_of_year, lat, t, ust, glrad, sinphi, rh, nwet, lu, iratns, rc_tot, ccomp_tot, [smi], &
     4352   !                 c_ave_prev_nh3, c_ave_prev_so2, catm, gamma_soil_water, &
     4353   !                 ra, rb, rc_eff, &
     4354   !                 gw_out, gstom_out, gsoil_eff_out, cw_out, cstom_out, csoil_out, lai_out, sai_out, &
     4355   !                 calc_stom_o3flux, frac_sto_o3_lu, fac_surface_area_2_PLA)
     4356
     4357
     4358    IMPLICIT NONE
     4359
     4360    CHARACTER(len=*), INTENT(IN) ::  compnam         !< component name
     4361                                                     !< 'HNO3','NO','NO2','O3','SO2','NH3'
     4362    INTEGER(iwp), INTENT(IN) ::  day_of_year         !< day of year, 1 ... 365 (366)
     4363    INTEGER(iwp), INTENT(IN) ::  nwet                !< wetness indicator; nwet=0 -> dry; nwet=1 -> wet; nwet=9 -> snow
     4364    INTEGER(iwp), INTENT(IN) ::  lu                  !< land use type, lu = 1,...,nlu
     4365    INTEGER(iwp), INTENT(IN) ::  iratns              !< index for NH3/SO2 ratio used for SO2:
     4366                                                     !< iratns = 1: low NH3/SO2
     4367                                                     !< iratns = 2: high NH3/SO2
     4368                                                     !< iratns = 3: very low NH3/SO2
     4369    REAL(wp), INTENT(IN) ::  lat                     !< latitude Northern hemisphere (degrees) (S. hemisphere not possible)
     4370    REAL(wp), INTENT(IN) ::  t                       !< temperature (C)
     4371    REAL(wp), INTENT(IN) ::  ust                     !< friction velocity (m/s)
     4372    REAL(wp), INTENT(IN) ::  glrad                   !< global radiation (W/m2)
     4373    REAL(wp), INTENT(IN) ::  sinphi                  !< sin of solar elevation angle
     4374    REAL(wp), INTENT(IN) ::  rh                      !< relative humidity (%)
     4375    REAL(wp), INTENT(IN) ::  lai                     !< one-sidedleaf area index (-)
     4376    REAL(wp), INTENT(IN) ::  sai                     !< surface area index (-) (lai + branches and stems)
     4377    REAL(wp), INTENT(IN) ::  diffc                   !< diffusivity
     4378    REAL(wp), INTENT(IN) ::  p                       !< pressure (Pa)
     4379    REAL(wp), INTENT(IN) ::  catm                    !< actual atmospheric concentration (ug/m3)
     4380    REAL(wp), INTENT(IN) ::  ra                      !< aerodynamic resistance (s/m)
     4381    REAL(wp), INTENT(IN) ::  rb                      !< boundary layer resistance (s/m)
     4382
     4383    REAL(wp), INTENT(OUT) ::  rc_tot                 !< total canopy resistance Rc (s/m)
     4384    REAL(wp), INTENT(OUT) ::  ccomp_tot              !< total compensation point (ug/m3)
     4385                                                     !< [= 0 for species that don't have a compensation
     4386
     4387    !
     4388    !-- Local variables:
     4389    !
     4390    !-- Component number taken from component name, paramteres matched with include files
     4391    INTEGER(iwp) ::  icmp
     4392
     4393    !
     4394    !-- Component numbers:
     4395    INTEGER(iwp), PARAMETER ::  icmp_o3   = 1
     4396    INTEGER(iwp), PARAMETER ::  icmp_so2  = 2
     4397    INTEGER(iwp), PARAMETER ::  icmp_no2  = 3
     4398    INTEGER(iwp), PARAMETER ::  icmp_no   = 4
     4399    INTEGER(iwp), PARAMETER ::  icmp_nh3  = 5
     4400    INTEGER(iwp), PARAMETER ::  icmp_co   = 6
     4401    INTEGER(iwp), PARAMETER ::  icmp_no3  = 7
     4402    INTEGER(iwp), PARAMETER ::  icmp_hno3 = 8
     4403    INTEGER(iwp), PARAMETER ::  icmp_n2o5 = 9
     4404    INTEGER(iwp), PARAMETER ::  icmp_h2o2 = 10
     4405
     4406    LOGICAL ::  ready                                !< Rc has been set:
     4407    !< = 1 -> constant Rc
     4408    !< = 2 -> temperature dependent Rc
     4409    !
     4410    !-- Vegetation indicators:
     4411    LOGICAL ::  lai_present                          !< leaves are present for current land use type
     4412    LOGICAL ::  sai_present                          !< vegetation is present for current land use type
     4413
     4414    REAL(wp) ::  laimax                              !< maximum leaf area index (-)
     4415    REAL(wp) ::  gw                                  !< external leaf conductance (m/s)
     4416    REAL(wp) ::  gstom                               !< stomatal conductance (m/s)
     4417    REAL(wp) ::  gsoil_eff                           !< effective soil conductance (m/s)
     4418    REAL(wp) ::  gc_tot                              !< total canopy conductance (m/s)
     4419    REAL(wp) ::  cw                                  !< external leaf surface compensation point (ug/m3)
     4420    REAL(wp) ::  cstom                               !< stomatal compensation point (ug/m3)
     4421    REAL(wp) ::  csoil                               !< soil compensation point (ug/m3)
     4422
     4423
     4424
     4425    !
     4426    !-- Define component number
     4427    SELECT CASE ( TRIM( compnam ) )
     4428
     4429    CASE ( 'O3', 'o3' )
     4430       icmp = icmp_o3
     4431
     4432    CASE ( 'SO2', 'so2' )
     4433       icmp = icmp_so2
     4434
     4435    CASE ( 'NO2', 'no2' )
     4436       icmp = icmp_no2
     4437
     4438    CASE ( 'NO', 'no' )
     4439       icmp = icmp_no
     4440
     4441    CASE ( 'NH3', 'nh3' )
     4442       icmp = icmp_nh3
     4443
     4444    CASE ( 'CO', 'co' )
     4445       icmp = icmp_co
     4446
     4447    CASE ( 'NO3', 'no3' )
     4448       icmp = icmp_no3
     4449
     4450    CASE ( 'HNO3', 'hno3' )
     4451       icmp = icmp_hno3
     4452
     4453    CASE ( 'N2O5', 'n2o5' )
     4454       icmp = icmp_n2o5
     4455
     4456    CASE ( 'H2O2', 'h2o2' )
     4457       icmp = icmp_h2o2
     4458
     4459    CASE default
     4460       !
     4461       !-- Component not part of DEPAC --> not deposited
     4462       RETURN
     4463
     4464    END SELECT
     4465
     4466    !
     4467    !-- Inititalize
     4468    gw        = 0.0_wp
     4469    gstom     = 0.0_wp
     4470    gsoil_eff = 0.0_wp
     4471    gc_tot    = 0.0_wp
     4472    cw        = 0.0_wp
     4473    cstom     = 0.0_wp
     4474    csoil     = 0.0_wp
     4475
     4476
     4477    !
     4478    !-- Check whether vegetation is present:
     4479    lai_present = ( lai > 0.0 )
     4480    sai_present = ( sai > 0.0 )
     4481
     4482    !
     4483    !-- Set Rc (i.e. rc_tot) in special cases:
     4484    CALL rc_special( icmp, compnam, lu, t, nwet, rc_tot, ready, ccomp_tot )
     4485
     4486    !
     4487    !-- If Rc is not set:
     4488    IF ( .NOT. ready ) then
     4489
     4490       !
     4491       !-- External conductance:
     4492       CALL rc_gw( compnam, iratns, t, rh, nwet, sai_present, sai,gw )         
     4493
     4494       !
     4495       !-- Stomatal conductance:
     4496       CALL rc_gstom( icmp, compnam, lu, lai_present, lai, glrad, sinphi, t, rh, diffc, gstom, p )
     4497       !
     4498       !-- Effective soil conductance:
     4499       CALL rc_gsoil_eff( icmp, lu, sai, ust, nwet, t, gsoil_eff )
     4500
     4501       !
     4502       !-- Total canopy conductance (gc_tot) and resistance Rc (rc_tot):
     4503       CALL rc_rctot( gstom, gsoil_eff, gw, gc_tot, rc_tot )
     4504
     4505       !
     4506       !-- Needed to include compensation point for NH3
     4507       !-- Compensation points (always returns ccomp_tot; currently ccomp_tot != 0 only for NH3):
     4508       !-- CALL rc_comp_point( compnam,lu,day_of_year,t,gw,gstom,gsoil_eff,gc_tot,&
     4509       !     lai_present, sai_present, &
     4510       !     ccomp_tot, &
     4511       !     catm=catm,c_ave_prev_nh3=c_ave_prev_nh3, &
     4512       !     c_ave_prev_so2=c_ave_prev_so2,gamma_soil_water=gamma_soil_water, &
     4513       !     tsea=tsea,cw=cw,cstom=cstom,csoil=csoil )
     4514       !
     4515       !-- Effective Rc based on compensation points:
     4516       !   IF ( present(rc_eff) ) then
     4517       !     check on required arguments:
     4518       !      IF ( (.not. present(catm)) .OR. (.not. present(ra)) .OR. (.not. present(rb)) ) then
     4519       !         stop 'output argument rc_eff requires input arguments catm, ra and rb'
     4520       !      END IF
     4521       !--    Compute rc_eff :
     4522       !      CALL rc_comp_point_rc_eff(ccomp_tot,catm,ra,rb,rc_tot,rc_eff)
     4523       !   ENDIF
     4524    ENDIF
     4525
     4526 END SUBROUTINE drydepos_gas_depac
     4527
     4528
     4529
     4530 !-------------------------------------------------------------------
     4531 !> rc_special: compute total canopy resistance in special CASEs
     4532 !-------------------------------------------------------------------
     4533 SUBROUTINE rc_special( icmp, compnam, lu, t, nwet, rc_tot, ready, ccomp_tot )
     4534
     4535    IMPLICIT NONE
     4536   
     4537    CHARACTER(len=*), INTENT(IN) ::  compnam     !< component name
     4538
     4539    INTEGER(iwp), INTENT(IN) ::  icmp            !< component index     
     4540    INTEGER(iwp), INTENT(IN) ::  lu              !< land use type, lu = 1,...,nlu
     4541    INTEGER(iwp), INTENT(IN) ::  nwet            !< wetness indicator; nwet=0 -> dry; nwet=1 -> wet; nwet=9 -> snow
     4542
     4543    REAL(wp), INTENT(IN) ::  t                   !< temperature (C)
     4544
     4545    REAL(wp), INTENT(OUT) ::  rc_tot             !< total canopy resistance Rc (s/m)
     4546    REAL(wp), INTENT(OUT) ::  ccomp_tot          !< total compensation point (ug/m3)
     4547
     4548    LOGICAL, INTENT(OUT) ::  ready               !< Rc has been set
     4549                                                 !< = 1 -> constant Rc
     4550                                                 !< = 2 -> temperature dependent Rc
     4551
     4552    !
     4553    !-- rc_tot is not yet set:
     4554    ready = .FALSE.
     4555
     4556    !
     4557    !-- Default compensation point in special CASEs = 0:
     4558    ccomp_tot = 0.0_wp
     4559
     4560    SELECT CASE( TRIM( compnam ) )
     4561    CASE( 'HNO3', 'N2O5', 'NO3', 'H2O2' )
     4562       !
     4563       !-- No separate resistances for HNO3; just one total canopy resistance:
     4564       IF ( t < -5.0_wp .AND. nwet == 9 )  THEN
     4565          !
     4566          !-- T < 5 C and snow:
     4567          rc_tot = 50.0_wp
     4568       ELSE
     4569          !
     4570          !-- all other circumstances:
     4571          rc_tot = 10.0_wp
     4572       ENDIF
     4573       ready = .TRUE.
     4574
     4575    CASE( 'NO', 'CO' )
     4576       IF ( lu == ilu_water_sea .OR. lu == ilu_water_inland )  THEN       ! water
     4577          rc_tot = 2000.0_wp
     4578          ready = .TRUE.
     4579       ELSEIF ( nwet == 1 )  THEN  !< wet
     4580          rc_tot = 2000.0_wp
     4581          ready = .TRUE.
     4582       ENDIF
     4583    CASE( 'NO2', 'O3', 'SO2', 'NH3' )
     4584       !
     4585       !-- snow surface:
     4586       IF ( nwet == 9 )  THEN
     4587          !
     4588          !-- To be activated when snow is implemented
     4589          !CALL rc_snow(ipar_snow(icmp),t,rc_tot)
     4590          ready = .TRUE.
     4591       ENDIF
     4592    CASE default
     4593       message_string = 'Component '// TRIM( compnam ) // ' not supported'
     4594       CALL message( 'rc_special', 'CM0457', 1, 2, 0, 6, 0 )
     4595    END SELECT
     4596
     4597 END SUBROUTINE rc_special
     4598
     4599
     4600
     4601 !-------------------------------------------------------------------
     4602 !> rc_gw: compute external conductance
     4603 !-------------------------------------------------------------------
     4604 SUBROUTINE rc_gw( compnam, iratns, t, rh, nwet, sai_present, sai, gw )
     4605
     4606    IMPLICIT NONE
     4607
     4608    !
     4609    !-- Input/output variables:
     4610    CHARACTER(len=*), INTENT(IN) ::  compnam      !< component name
     4611
     4612    INTEGER(iwp), INTENT(IN) ::  nwet             !< wetness indicator; nwet=0 -> dry; nwet=1 -> wet; nwet=9 -> snow
     4613    INTEGER(iwp), INTENT(IN) ::  iratns           !< index for NH3/SO2 ratio;
     4614                                                  !< iratns = 1: low NH3/SO2
     4615                                                  !< iratns = 2: high NH3/SO2
     4616                                                  !< iratns = 3: very low NH3/SO2
     4617
     4618    LOGICAL, INTENT(IN) ::  sai_present
     4619
     4620    REAL(wp), INTENT(IN) ::  t                    !< temperature (C)
     4621    REAL(wp), INTENT(IN) ::  rh                   !< relative humidity (%)
     4622    REAL(wp), INTENT(IN) ::  sai                  !< one-sided leaf area index (-)
     4623
     4624    REAL(wp), INTENT(OUT) ::  gw                  !< external leaf conductance (m/s)
     4625
     4626
     4627    SELECT CASE( TRIM( compnam ) )
     4628
     4629    CASE( 'NO2' )
     4630       CALL rw_constant( 2000.0_wp, sai_present, gw )
     4631
     4632    CASE( 'NO', 'CO' )
     4633       CALL rw_constant( -9999.0_wp, sai_present, gw )   !< see Erisman et al, 1994 section 3.2.3
     4634
     4635    CASE( 'O3' )
     4636       CALL rw_constant( 2500.0_wp, sai_present, gw )
     4637
     4638    CASE( 'SO2' )
     4639       CALL rw_so2( t, nwet, rh, iratns, sai_present, gw )
     4640
     4641    CASE( 'NH3' )
     4642       CALL rw_nh3_sutton( t, rh, sai_present, gw )
     4643
     4644       !
     4645       !-- conversion from leaf resistance to canopy resistance by multiplying with sai:
     4646       gw = sai * gw
     4647
     4648    CASE default
     4649       message_string = 'Component '// TRIM(compnam) // ' not supported'
     4650       CALL message( 'rc_gw', 'CM0458', 1, 2, 0, 6, 0 )
     4651    END SELECT
     4652
     4653 END SUBROUTINE rc_gw
     4654
     4655
     4656
     4657 !-------------------------------------------------------------------
     4658 !> rw_so2: compute external leaf conductance for SO2
     4659 !-------------------------------------------------------------------
     4660 SUBROUTINE rw_so2( t, nwet, rh, iratns, sai_present, gw )
     4661
     4662    IMPLICIT NONE
     4663
     4664    !
     4665    !-- Input/output variables:
     4666    INTEGER(iwp), INTENT(IN) ::  nwet        !< wetness indicator; nwet=0 -> dry; nwet=1 -> wet; nwet=9 -> snow
     4667    INTEGER(iwp), INTENT(IN) ::  iratns      !< index for NH3/SO2 ratio:
     4668                                             !< iratns = 1: low NH3/SO2
     4669                                             !< iratns = 2: high NH3/SO2
     4670                                             !< iratns = 3: very low NH3/SO2
     4671    LOGICAL, INTENT(IN) ::  sai_present
     4672
     4673    REAL(wp), INTENT(IN) ::  t               !< temperature (C)
     4674    REAL(wp), INTENT(IN) ::  rh              !< relative humidity (%)   
     4675
     4676    REAL(wp), INTENT(OUT) ::  gw             !< external leaf conductance (m/s)
     4677
     4678    !
     4679    !-- Local variables:
     4680    REAL(wp) ::  rw                          !< external leaf resistance (s/m)
     4681
     4682
     4683    !
     4684    !-- Check if vegetation present:
     4685    IF ( sai_present )  THEN
     4686
     4687       IF ( nwet == 0 )  THEN
     4688          !--------------------------
     4689          ! dry surface
     4690          !--------------------------
     4691          ! T > -1 C
     4692          IF ( t > -1.0_wp )  THEN
     4693             IF ( rh < 81.3_wp )  THEN
     4694                rw = 25000.0_wp * exp( -0.0693_wp * rh )
     4695             ELSE
     4696                rw = 0.58e12 * exp( -0.278_wp * rh ) + 10.0_wp
     4697             ENDIF
    25624698          ELSE
    2563              DO lsp=1, nvar                                       
    2564                 chem_species(lsp)%conc(nzb:nzt+1,nysg:nyng,nxlg:nxrg)    => spec_conc_2(:,:,:,lsp)
    2565                 chem_species(lsp)%conc_p(nzb:nzt+1,nysg:nyng,nxlg:nxrg)  => spec_conc_1(:,:,:,lsp)
    2566              ENDDO
     4699             ! -5 C < T <= -1 C
     4700             IF ( t > -5.0_wp )  THEN
     4701                rw = 200.0_wp
     4702             ELSE
     4703                ! T <= -5 C
     4704                rw = 500.0_wp
     4705             ENDIF
    25674706          ENDIF
    2568 
    2569        RETURN
    2570     END SUBROUTINE chem_swap_timelevel
    2571 !
    2572 !------------------------------------------------------------------------------!
    2573 !
    2574 ! Description:
    2575 ! ------------
    2576 !> Subroutine to write restart data for chemistry model
    2577 !------------------------------------------------------------------------------!
    2578     SUBROUTINE chem_wrd_local
    2579 
    2580        IMPLICIT NONE
    2581 
    2582        INTEGER(iwp) ::  lsp !<
    2583 
    2584        DO  lsp = 1, nspec
    2585           CALL wrd_write_string( TRIM( chem_species(lsp)%name ))
    2586           WRITE ( 14 )  chem_species(lsp)%conc
    2587           CALL wrd_write_string( TRIM( chem_species(lsp)%name )//'_av' )
    2588           WRITE ( 14 )  chem_species(lsp)%conc_av
    2589        ENDDO
    2590 
    2591     END SUBROUTINE chem_wrd_local
    2592 
    2593 
    2594 
    2595 !-------------------------------------------------------------------------------!
    2596 !
    2597 ! Description:
    2598 ! ------------
    2599 !> Subroutine to calculate the deposition of gases and PMs. For now deposition
    2600 !> only takes place on lsm and usm horizontal surfaces. Default surfaces are NOT
    2601 !> considered. The deposition of particles is derived following Zhang et al.,
    2602 !> 2001, gases are deposited using the DEPAC module (van Zanten et al., 2010).
    2603 !>     
    2604 !> @TODO: Consider deposition on vertical surfaces   
    2605 !> @TODO: Consider overlaying horizontal surfaces
    2606 !> @TODO: Check error messages
    2607 !-------------------------------------------------------------------------------!
    2608      
    2609     SUBROUTINE chem_depo (i,j)
    2610 
    2611 
    2612       USE control_parameters,                                                 &   
    2613            ONLY:  dt_3d, intermediate_timestep_count, latitude
    2614 
    2615       USE arrays_3d,                                                          &
    2616            ONLY:  dzw, rho_air_zw
    2617 
    2618       USE date_and_time_mod,                                                  &
    2619            ONLY: day_of_year
    2620 
    2621       USE surface_mod,                                                          &
    2622            ONLY: surf_lsm_h, surf_usm_h, surf_type, ind_veg_wall,               &
    2623            ind_pav_green, ind_wat_win
    2624 
    2625       USE radiation_model_mod,                                                   &
    2626            ONLY: zenith
    2627 
    2628 
    2629 
    2630       IMPLICIT NONE
    2631 
    2632       INTEGER,INTENT(IN)       :: i,j
    2633 
    2634       INTEGER(iwp) ::  k                                        ! matching k to surface m at i,j
    2635       INTEGER(iwp) ::  lsp                                      ! running index for chem spcs.
    2636       INTEGER(iwp) ::  lu                                       ! running index for landuse classes
    2637       INTEGER(iwp) ::  lu_palm                                  ! index of PALM LSM vegetation_type at current surface element
    2638       INTEGER(iwp) ::  lup_palm                                 ! index of PALM LSM pavement_type at current surface element
    2639       INTEGER(iwp) ::  luw_palm                                 ! index of PALM LSM water_type at current surface element
    2640       INTEGER(iwp) ::  luu_palm                                 ! index of PALM USM walls/roofs at current surface element
    2641       INTEGER(iwp) ::  lug_palm                                 ! index of PALM USM green walls/roofs at current surface element
    2642       INTEGER(iwp) ::  lud_palm                                 ! index of PALM USM windows at current surface element
    2643       INTEGER(iwp) ::  lu_dep                                   ! matching DEPAC LU to lu_palm
    2644       INTEGER(iwp) ::  lup_dep                                  ! matching DEPAC LU to lup_palm
    2645       INTEGER(iwp) ::  luw_dep                                  ! matching DEPAC LU to luw_palm
    2646       INTEGER(iwp) ::  luu_dep                                  ! matching DEPAC LU to luu_palm
    2647       INTEGER(iwp) ::  lug_dep                                  ! matching DEPAC LU to lug_palm
    2648       INTEGER(iwp) ::  lud_dep                                  ! matching DEPAC LU to lud_palm
    2649       INTEGER(iwp) ::  m                                        ! index for horizontal surfaces
    2650 
    2651       INTEGER(iwp) ::  pspec                                    ! running index
    2652       INTEGER(iwp) ::  i_pspec                                  ! index for matching depac gas component
    2653 
    2654 
    2655       ! Vegetation                                              !Match to DEPAC
    2656       INTEGER(iwp)  ::  ind_lu_user = 0                         ! --> ERROR 
    2657       INTEGER(iwp)  ::  ind_lu_b_soil = 1                       ! --> ilu_desert
    2658       INTEGER(iwp)  ::  ind_lu_mixed_crops = 2                  ! --> ilu_arable
    2659       INTEGER(iwp)  ::  ind_lu_s_grass = 3                      ! --> ilu_grass
    2660       INTEGER(iwp)  ::  ind_lu_ev_needle_trees = 4              ! --> ilu_coniferous_forest
    2661       INTEGER(iwp)  ::  ind_lu_de_needle_trees = 5              ! --> ilu_coniferous_forest
    2662       INTEGER(iwp)  ::  ind_lu_ev_broad_trees = 6               ! --> ilu_tropical_forest
    2663       INTEGER(iwp)  ::  ind_lu_de_broad_trees = 7               ! --> ilu_deciduous_forest
    2664       INTEGER(iwp)  ::  ind_lu_t_grass = 8                      ! --> ilu_grass
    2665       INTEGER(iwp)  ::  ind_lu_desert = 9                       ! --> ilu_desert
    2666       INTEGER(iwp)  ::  ind_lu_tundra = 10                      ! --> ilu_other
    2667       INTEGER(iwp)  ::  ind_lu_irr_crops = 11                   ! --> ilu_arable
    2668       INTEGER(iwp)  ::  ind_lu_semidesert = 12                  ! --> ilu_other
    2669       INTEGER(iwp)  ::  ind_lu_ice = 13                         ! --> ilu_ice
    2670       INTEGER(iwp)  ::  ind_lu_marsh = 14                       ! --> ilu_other
    2671       INTEGER(iwp)  ::  ind_lu_ev_shrubs = 15                   ! --> ilu_mediterrean_scrub
    2672       INTEGER(iwp)  ::  ind_lu_de_shrubs = 16                   ! --> ilu_mediterrean_scrub
    2673       INTEGER(iwp)  ::  ind_lu_mixed_forest = 17                ! --> ilu_coniferous_forest (ave(decid+conif))
    2674       INTEGER(iwp)  ::  ind_lu_intrup_forest = 18               ! --> ilu_other (ave(other+decid))
    2675 
    2676       ! Water
    2677       INTEGER(iwp)  ::  ind_luw_user = 0                        ! --> ERROR
    2678       INTEGER(iwp)  ::  ind_luw_lake = 1                        ! --> ilu_water_inland
    2679       INTEGER(iwp)  ::  ind_luw_river = 2                       ! --> ilu_water_inland
    2680       INTEGER(iwp)  ::  ind_luw_ocean = 3                       ! --> ilu_water_sea
    2681       INTEGER(iwp)  ::  ind_luw_pond = 4                        ! --> ilu_water_inland
    2682       INTEGER(iwp)  ::  ind_luw_fountain = 5                    ! --> ilu_water_inland
    2683 
    2684       ! Pavement
    2685       INTEGER(iwp)  ::  ind_lup_user = 0                        ! --> ERROR
    2686       INTEGER(iwp)  ::  ind_lup_asph_conc = 1                   ! --> ilu_desert
    2687       INTEGER(iwp)  ::  ind_lup_asph = 2                        ! --> ilu_desert
    2688       INTEGER(iwp)  ::  ind_lup_conc = 3                        ! --> ilu_desert
    2689       INTEGER(iwp)  ::  ind_lup_sett = 4                        ! --> ilu_desert
    2690       INTEGER(iwp)  ::  ind_lup_pav_stones = 5                  ! --> ilu_desert
    2691       INTEGER(iwp)  ::  ind_lup_cobblest = 6                    ! --> ilu_desert
    2692       INTEGER(iwp)  ::  ind_lup_metal = 7                       ! --> ilu_desert
    2693       INTEGER(iwp)  ::  ind_lup_wood = 8                        ! --> ilu_desert
    2694       INTEGER(iwp)  ::  ind_lup_gravel = 9                      ! --> ilu_desert
    2695       INTEGER(iwp)  ::  ind_lup_f_gravel = 10                   ! --> ilu_desert
    2696       INTEGER(iwp)  ::  ind_lup_pebblest = 11                   ! --> ilu_desert
    2697       INTEGER(iwp)  ::  ind_lup_woodchips = 12                  ! --> ilu_desert
    2698       INTEGER(iwp)  ::  ind_lup_tartan = 13                     ! --> ilu_desert
    2699       INTEGER(iwp)  ::  ind_lup_art_turf = 14                   ! --> ilu_desert
    2700       INTEGER(iwp)  ::  ind_lup_clay = 15                       ! --> ilu_desert
    2701 
    2702 
    2703 
    2704       !-- Particle parameters according to the respective aerosol classes (PM25, PM10)
    2705       INTEGER(iwp) ::  ind_p_size = 1     !< index for partsize in particle_pars
    2706       INTEGER(iwp) ::  ind_p_dens = 2     !< index for rhopart in particle_pars
    2707       INTEGER(iwp) ::  ind_p_slip = 3     !< index for slipcor in particle_pars
    2708 
    2709       INTEGER(iwp) ::  part_type
    2710 
    2711       INTEGER(iwp) :: nwet                ! wetness indicator dor DEPAC; nwet=0 -> dry; nwet=1 -> wet; nwet=9 -> snow
    2712 
    2713       REAL(kind=wp)  :: dt_chem
    2714       REAL(kind=wp)  :: dh               
    2715       REAL(kind=wp)  :: inv_dh
    2716       REAL(kind=wp)  :: dt_dh
    2717 
    2718       REAL(kind=wp)  :: dens              ! Density at lowest layer at i,j 
    2719       REAL(kind=wp)  :: r_aero_lu         ! aerodynamic resistance (s/m) at current surface element
    2720       REAL(kind=wp)  :: ustar_lu          ! ustar at current surface element
    2721       REAL(kind=wp)  :: z0h_lu            ! roughness length for heat at current surface element
    2722       REAL(kind=wp)  :: glrad             ! rad_sw_in at current surface element
    2723       REAL(kind=wp)  :: ppm_to_ugm3       ! conversion factor
    2724       REAL(kind=wp)  :: relh              ! relative humidity at current surface element
    2725       REAL(kind=wp)  :: lai               ! leaf area index at current surface element
    2726       REAL(kind=wp)  :: sai               ! surface area index at current surface element assumed to be lai + 1
    2727 
    2728       REAL(kind=wp)  :: slinnfac       
    2729       REAL(kind=wp)  :: visc              ! Viscosity
    2730       REAL(kind=wp)  :: vs                ! Sedimentation velocity
    2731       REAL(kind=wp)  :: vd_lu             ! deposition velocity (m/s)
    2732       REAL(kind=wp)  :: Rs                ! Sedimentaion resistance (s/m)
    2733       REAL(kind=wp)  :: Rb                ! quasi-laminar boundary layer resistance (s/m)
    2734       REAL(kind=wp)  :: Rc_tot            ! total canopy resistance Rc (s/m)
    2735 
    2736       REAL(kind=wp)  :: catm              ! gasconc. at i,j,k=1 in ug/m3
    2737       REAL(kind=wp)  :: diffc             ! Diffusivity
    2738 
    2739 
    2740       REAL(kind=wp),DIMENSION(nspec)            :: bud_now_lu       ! budget for LSM vegetation type at current surface element
    2741       REAL(kind=wp),DIMENSION(nspec)            :: bud_now_lup      ! budget for LSM pavement type at current surface element
    2742       REAL(kind=wp),DIMENSION(nspec)            :: bud_now_luw      ! budget for LSM water type at current surface element
    2743       REAL(kind=wp),DIMENSION(nspec)            :: bud_now_luu       ! budget for USM walls/roofs at current surface element
    2744       REAL(kind=wp),DIMENSION(nspec)            :: bud_now_lug      ! budget for USM green surfaces at current surface element
    2745       REAL(kind=wp),DIMENSION(nspec)            :: bud_now_lud      ! budget for USM windows at current surface element
    2746       REAL(kind=wp),DIMENSION(nspec)            :: bud_now          ! overall budget at current surface element
    2747       REAL(kind=wp),DIMENSION(nspec)            :: cc               ! concentration i,j,k
    2748       REAL(kind=wp),DIMENSION(nspec)            :: ccomp_tot        ! total compensation point (ug/m3) (= 0 for species that don't have a compensation)
    2749       ! For now kept to zero for all species!
    2750 
    2751       REAL(kind=wp)                             :: ttemp          ! temperatur at i,j,k
    2752       REAL(kind=wp)                             :: ts             ! surface temperatur in degrees celsius
    2753       REAL(kind=wp)                             :: qv_tmp         ! surface mixing ratio at current surface element
    2754 
    2755 
    2756       !-- Particle parameters (PM10 (1), PM25 (2))
    2757       !-- partsize (diameter in m) ,    rhopart (density in kg/m3),     slipcor (slip correction factor DIMENSIONless, Seinfeld and Pandis 2006, Table 9.3)
    2758       REAL(wp), DIMENSION(1:3,1:2), PARAMETER   :: particle_pars = RESHAPE( (/ &
    2759            8.0e-6_wp, 1.14e3_wp, 1.016_wp, & !  1
    2760            0.7e-6_wp, 1.14e3_wp, 1.082_wp &  !  2
    2761            /), (/ 3, 2 /) )
    2762 
    2763 
    2764       LOGICAL                                   ::  match_lsm     ! flag indicating natural-type surface
    2765       LOGICAL                                   ::  match_usm     ! flag indicating urban-type surface
    2766 
    2767 
    2768 
    2769       !-- List of names of possible tracers
    2770       CHARACTER(len=*), PARAMETER  ::  pspecnames(69) = (/ &
    2771            'NO2           ', &    ! NO2
    2772            'NO            ', &    ! NO
    2773            'O3            ', &    ! O3
    2774            'CO            ', &    ! CO
    2775            'form          ', &    ! FORM
    2776            'ald           ', &    ! ALD
    2777            'pan           ', &    ! PAN
    2778            'mgly          ', &    ! MGLY
    2779            'par           ', &    ! PAR
    2780            'ole           ', &    ! OLE
    2781            'eth           ', &    ! ETH
    2782            'tol           ', &    ! TOL
    2783            'cres          ', &    ! CRES
    2784            'xyl           ', &    ! XYL
    2785            'SO4a_f        ', &    ! SO4a_f
    2786            'SO2           ', &    ! SO2
    2787            'HNO2          ', &    ! HNO2
    2788            'CH4           ', &    ! CH4
    2789            'NH3           ', &    ! NH3
    2790            'NO3           ', &    ! NO3
    2791            'OH            ', &    ! OH
    2792            'HO2           ', &    ! HO2
    2793            'N2O5          ', &    ! N2O5
    2794            'SO4a_c        ', &    ! SO4a_c
    2795            'NH4a_f        ', &    ! NH4a_f
    2796            'NO3a_f        ', &    ! NO3a_f
    2797            'NO3a_c        ', &    ! NO3a_c
    2798            'C2O3          ', &    ! C2O3
    2799            'XO2           ', &    ! XO2
    2800            'XO2N          ', &    ! XO2N
    2801            'cro           ', &    ! CRO
    2802            'HNO3          ', &    ! HNO3
    2803            'H2O2          ', &    ! H2O2
    2804            'iso           ', &    ! ISO
    2805            'ispd          ', &    ! ISPD
    2806            'to2           ', &    ! TO2
    2807            'open          ', &    ! OPEN
    2808            'terp          ', &    ! TERP
    2809            'ec_f          ', &    ! EC_f
    2810            'ec_c          ', &    ! EC_c
    2811            'pom_f         ', &    ! POM_f
    2812            'pom_c         ', &    ! POM_c
    2813            'ppm_f         ', &    ! PPM_f
    2814            'ppm_c         ', &    ! PPM_c
    2815            'na_ff         ', &    ! Na_ff
    2816            'na_f          ', &    ! Na_f
    2817            'na_c          ', &    ! Na_c
    2818            'na_cc         ', &    ! Na_cc
    2819            'na_ccc        ', &    ! Na_ccc
    2820            'dust_ff       ', &    ! dust_ff
    2821            'dust_f        ', &    ! dust_f
    2822            'dust_c        ', &    ! dust_c
    2823            'dust_cc       ', &    ! dust_cc
    2824            'dust_ccc      ', &    ! dust_ccc
    2825            'tpm10         ', &    ! tpm10
    2826            'tpm25         ', &    ! tpm25
    2827            'tss           ', &    ! tss
    2828            'tdust         ', &    ! tdust
    2829            'tc            ', &    ! tc
    2830            'tcg           ', &    ! tcg
    2831            'tsoa          ', &    ! tsoa
    2832            'tnmvoc        ', &    ! tnmvoc
    2833            'SOxa          ', &    ! SOxa
    2834            'NOya          ', &    ! NOya
    2835            'NHxa          ', &    ! NHxa
    2836            'NO2_obs       ', &    ! NO2_obs
    2837            'tpm10_biascorr', &    ! tpm10_biascorr
    2838            'tpm25_biascorr', &    ! tpm25_biascorr
    2839            'O3_biascorr   ' /)    ! o3_biascorr
    2840 
    2841 
    2842 
    2843       ! tracer mole mass:
    2844       REAL, PARAMETER  ::  specmolm(69) = (/ &
    2845            xm_O * 2 + xm_N, &                         ! NO2
    2846            xm_O + xm_N, &                             ! NO
    2847            xm_O * 3, &                                ! O3
    2848            xm_C + xm_O, &                             ! CO
    2849            xm_H * 2 + xm_C + xm_O, &                  ! FORM
    2850            xm_H * 3 + xm_C * 2 + xm_O, &              ! ALD
    2851            xm_H * 3 + xm_C * 2 + xm_O * 5 + xm_N, &   ! PAN
    2852            xm_H * 4 + xm_C * 3 + xm_O * 2, &          ! MGLY
    2853            xm_H * 3 + xm_C, &                         ! PAR
    2854            xm_H * 3 + xm_C * 2, &                     ! OLE
    2855            xm_H * 4 + xm_C * 2, &                     ! ETH
    2856            xm_H * 8 + xm_C * 7, &                     ! TOL
    2857            xm_H * 8 + xm_C * 7 + xm_O, &              ! CRES
    2858            xm_H * 10 + xm_C * 8, &                    ! XYL
    2859            xm_S + xm_O * 4, &                         ! SO4a_f
    2860            xm_S + xm_O * 2, &                         ! SO2
    2861            xm_H + xm_O * 2 + xm_N, &                  ! HNO2
    2862            xm_H * 4 + xm_C, &                         ! CH4
    2863            xm_H * 3 + xm_N, &                         ! NH3
    2864            xm_O * 3 + xm_N, &                         ! NO3
    2865            xm_H + xm_O, &                             ! OH
    2866            xm_H + xm_O * 2, &                         ! HO2
    2867            xm_O * 5 + xm_N * 2, &                     ! N2O5
    2868            xm_S + xm_O * 4, &                         ! SO4a_c
    2869            xm_H * 4 + xm_N, &                         ! NH4a_f
    2870            xm_O * 3 + xm_N, &                         ! NO3a_f
    2871            xm_O * 3 + xm_N, &                         ! NO3a_c
    2872            xm_C * 2 + xm_O * 3, &                     ! C2O3
    2873            xm_dummy, &                                ! XO2
    2874            xm_dummy, &                                ! XO2N
    2875            xm_dummy, &                                ! CRO
    2876            xm_H + xm_O * 3 + xm_N, &                  ! HNO3
    2877            xm_H * 2 + xm_O * 2, &                     ! H2O2
    2878            xm_H * 8 + xm_C * 5, &                     ! ISO
    2879            xm_dummy, &                                ! ISPD
    2880            xm_dummy, &                                ! TO2
    2881            xm_dummy, &                                ! OPEN
    2882            xm_H * 16 + xm_C * 10, &                   ! TERP
    2883            xm_dummy, &                                ! EC_f
    2884            xm_dummy, &                                ! EC_c
    2885            xm_dummy, &                                ! POM_f
    2886            xm_dummy, &                                ! POM_c
    2887            xm_dummy, &                                ! PPM_f
    2888            xm_dummy, &                                ! PPM_c
    2889            xm_Na, &                                   ! Na_ff
    2890            xm_Na, &                                   ! Na_f
    2891            xm_Na, &                                   ! Na_c
    2892            xm_Na, &                                   ! Na_cc
    2893            xm_Na, &                                   ! Na_ccc
    2894            xm_dummy, &                                ! dust_ff
    2895            xm_dummy, &                                ! dust_f
    2896            xm_dummy, &                                ! dust_c
    2897            xm_dummy, &                                ! dust_cc
    2898            xm_dummy, &                                ! dust_ccc
    2899            xm_dummy, &                                ! tpm10
    2900            xm_dummy, &                                ! tpm25
    2901            xm_dummy, &                                ! tss
    2902            xm_dummy, &                                ! tdust
    2903            xm_dummy, &                                ! tc
    2904            xm_dummy, &                                ! tcg
    2905            xm_dummy, &                                ! tsoa
    2906            xm_dummy, &                                ! tnmvoc
    2907            xm_dummy, &                                ! SOxa
    2908            xm_dummy, &                                ! NOya
    2909            xm_dummy, &                                ! NHxa
    2910            xm_O * 2 + xm_N, &                         ! NO2_obs
    2911            xm_dummy, &                                ! tpm10_biascorr
    2912            xm_dummy, &                                ! tpm25_biascorr
    2913            xm_O * 3 /)                                ! o3_biascorr
    2914 
    2915 
    2916 
    2917       ! Initialize surface element m
    2918       m = 0
    2919       k = 0
    2920       ! LSM or USM surface present at i,j:
    2921       ! Default surfaces are NOT considered for deposition
    2922       match_lsm = surf_lsm_h%start_index(j,i) <= surf_lsm_h%end_index(j,i)
    2923       match_usm = surf_usm_h%start_index(j,i) <= surf_usm_h%end_index(j,i)
    2924 
    2925 
    2926       !!!!!!!
    2927       ! LSM !
    2928       !!!!!!!
    2929 
    2930       IF ( match_lsm )  THEN
    2931 
    2932          ! Get surface element information at i,j:
    2933          m = surf_lsm_h%start_index(j,i)
    2934 
    2935          ! Get corresponding k
    2936          k = surf_lsm_h%k(m)
    2937 
    2938          ! Get needed variables for surface element m
    2939          ustar_lu  = surf_lsm_h%us(m)
    2940          z0h_lu    = surf_lsm_h%z0h(m)
    2941          r_aero_lu = surf_lsm_h%r_a(m)
    2942          glrad     = surf_lsm_h%rad_sw_in(m)
    2943          lai = surf_lsm_h%lai(m)
    2944          sai = lai + 1
    2945 
    2946          ! For small grid spacing neglect R_a
    2947          IF (dzw(k) <= 1.0) THEN
    2948             r_aero_lu = 0.0_wp
    2949          ENDIF
    2950 
    2951          !Initialize lu's
    2952          lu_palm = 0
    2953          lu_dep = 0
    2954          lup_palm = 0
    2955          lup_dep = 0
    2956          luw_palm = 0
    2957          luw_dep = 0
    2958 
    2959          !Initialize budgets
    2960          bud_now_lu  = 0.0_wp
    2961          bud_now_lup = 0.0_wp
    2962          bud_now_luw = 0.0_wp
    2963 
    2964 
    2965          ! Get land use for i,j and assign to DEPAC lu
    2966          IF (surf_lsm_h%frac(ind_veg_wall,m) > 0) THEN
    2967             lu_palm = surf_lsm_h%vegetation_type(m)
    2968             IF (lu_palm == ind_lu_user) THEN
    2969                message_string = 'No vegetation type defined. Please define vegetation type to enable deposition calculation'
    2970                CALL message( 'chem_depo', 'CM0451', 1, 2, 0, 6, 0 )
    2971             ELSEIF (lu_palm == ind_lu_b_soil) THEN
    2972                lu_dep = 9
    2973             ELSEIF (lu_palm == ind_lu_mixed_crops) THEN
    2974                lu_dep = 2
    2975             ELSEIF (lu_palm == ind_lu_s_grass) THEN
    2976                lu_dep = 1
    2977             ELSEIF (lu_palm == ind_lu_ev_needle_trees) THEN
    2978                lu_dep = 4
    2979             ELSEIF (lu_palm == ind_lu_de_needle_trees) THEN
    2980                lu_dep = 4
    2981             ELSEIF (lu_palm == ind_lu_ev_broad_trees) THEN
    2982                lu_dep = 12
    2983             ELSEIF (lu_palm == ind_lu_de_broad_trees) THEN
    2984                lu_dep = 5
    2985             ELSEIF (lu_palm == ind_lu_t_grass) THEN
    2986                lu_dep = 1
    2987             ELSEIF (lu_palm == ind_lu_desert) THEN
    2988                lu_dep = 9
    2989             ELSEIF (lu_palm == ind_lu_tundra ) THEN
    2990                lu_dep = 8
    2991             ELSEIF (lu_palm == ind_lu_irr_crops) THEN
    2992                lu_dep = 2
    2993             ELSEIF (lu_palm == ind_lu_semidesert) THEN
    2994                lu_dep = 8
    2995             ELSEIF (lu_palm == ind_lu_ice) THEN
    2996                lu_dep = 10
    2997             ELSEIF (lu_palm == ind_lu_marsh) THEN
    2998                lu_dep = 8
    2999             ELSEIF (lu_palm == ind_lu_ev_shrubs) THEN
    3000                lu_dep = 14
    3001             ELSEIF (lu_palm == ind_lu_de_shrubs ) THEN
    3002                lu_dep = 14
    3003             ELSEIF (lu_palm == ind_lu_mixed_forest) THEN
    3004                lu_dep = 4
    3005             ELSEIF (lu_palm == ind_lu_intrup_forest) THEN
    3006                lu_dep = 8     
    3007             ENDIF
    3008          ENDIF
    3009 
    3010          IF (surf_lsm_h%frac(ind_pav_green,m) > 0) THEN
    3011             lup_palm = surf_lsm_h%pavement_type(m)
    3012             IF (lup_palm == ind_lup_user) THEN
    3013                message_string = 'No pavement type defined. Please define pavement type to enable deposition calculation'
    3014                CALL message( 'chem_depo', 'CM0452', 1, 2, 0, 6, 0 )
    3015             ELSEIF (lup_palm == ind_lup_asph_conc) THEN
    3016                lup_dep = 9
    3017             ELSEIF (lup_palm == ind_lup_asph) THEN
    3018                lup_dep = 9
    3019             ELSEIF (lup_palm ==  ind_lup_conc) THEN
    3020                lup_dep = 9
    3021             ELSEIF (lup_palm ==  ind_lup_sett) THEN
    3022                lup_dep = 9
    3023             ELSEIF (lup_palm == ind_lup_pav_stones) THEN
    3024                lup_dep = 9
    3025             ELSEIF (lup_palm == ind_lup_cobblest) THEN
    3026                lup_dep = 9       
    3027             ELSEIF (lup_palm == ind_lup_metal) THEN
    3028                lup_dep = 9
    3029             ELSEIF (lup_palm == ind_lup_wood) THEN
    3030                lup_dep = 9   
    3031             ELSEIF (lup_palm == ind_lup_gravel) THEN
    3032                lup_dep = 9
    3033             ELSEIF (lup_palm == ind_lup_f_gravel) THEN
    3034                lup_dep = 9
    3035             ELSEIF (lup_palm == ind_lup_pebblest) THEN
    3036                lup_dep = 9
    3037             ELSEIF (lup_palm == ind_lup_woodchips) THEN
    3038                lup_dep = 9
    3039             ELSEIF (lup_palm == ind_lup_tartan) THEN
    3040                lup_dep = 9
    3041             ELSEIF (lup_palm == ind_lup_art_turf) THEN
    3042                lup_dep = 9
    3043             ELSEIF (lup_palm == ind_lup_clay) THEN
    3044                lup_dep = 9
    3045             ENDIF
    3046          ENDIF
    3047 
    3048          IF (surf_lsm_h%frac(ind_wat_win,m) > 0) THEN
    3049             luw_palm = surf_lsm_h%water_type(m)     
    3050             IF (luw_palm == ind_luw_user) THEN
    3051                message_string = 'No water type defined. Please define water type to enable deposition calculation'
    3052                CALL message( 'chem_depo', 'CM0453', 1, 2, 0, 6, 0 )
    3053             ELSEIF (luw_palm ==  ind_luw_lake) THEN
    3054                luw_dep = 13
    3055             ELSEIF (luw_palm == ind_luw_river) THEN
    3056                luw_dep = 13
    3057             ELSEIF (luw_palm == ind_luw_ocean) THEN
    3058                luw_dep = 6
    3059             ELSEIF (luw_palm == ind_luw_pond) THEN
    3060                luw_dep = 13
    3061             ELSEIF (luw_palm == ind_luw_fountain) THEN
    3062                luw_dep = 13
    3063             ENDIF
    3064          ENDIF
    3065 
    3066 
    3067 
    3068          ! Set wetness indicator to dry or wet for lsm vegetation or pavement
    3069          IF (surf_lsm_h%c_liq(m) > 0) THEN
    3070             nwet = 1
    3071          ELSE
    3072             nwet = 0
    3073          ENDIF
    3074 
    3075          ! Compute length of time step
    3076          IF ( call_chem_at_all_substeps )  THEN
    3077             dt_chem = dt_3d * weight_pres(intermediate_timestep_count)
    3078          ELSE
    3079             dt_chem = dt_3d
    3080          ENDIF
    3081 
    3082 
    3083          dh = dzw(k)
    3084          inv_dh = 1.0_wp / dh
    3085          dt_dh = dt_chem/dh
    3086 
    3087          ! Concentration at i,j,k
    3088          DO lsp = 1, nspec
    3089             cc(lsp) = chem_species(lsp)%conc(k,j,i)
    3090          ENDDO
    3091 
    3092 
    3093          ! Temperature column at i,j
    3094          ttemp = pt(k,j,i) * ( hyp(k) / 100000.0_wp )**0.286_wp
    3095 
    3096          ! Surface temperature in degrees Celcius:
    3097          ts       = ttemp - 273.15 ! in degrees celcius
    3098 
    3099          ! Viscosity of air in lowest layer
    3100          visc = 1.496e-6 * ttemp**1.5 / (ttemp+120.0)
    3101 
    3102          ! Air density in lowest layer
    3103          dens = rho_air_zw(k)
    3104 
    3105          ! Calculate relative humidity from specific humidity for DEPAC
    3106          qv_tmp = max(q(k,j,i),0.0_wp)
    3107          relh = relativehumidity_from_specifichumidity(qv_tmp, ttemp, hyp(k) )
    3108 
    3109 
    3110 
    3111          ! Check if surface fraction (vegetation, pavement or water) > 0 and calculate vd and budget
    3112          ! for each surface fraction. Then derive overall budget taking into account the surface fractions.
    3113 
    3114          ! Vegetation
    3115          IF (surf_lsm_h%frac(ind_veg_wall,m) > 0) THEN
    3116 
    3117 
    3118             slinnfac = 1.0_wp
    3119 
    3120             ! Get vd
    3121             DO lsp = 1, nvar
    3122                !Initialize
    3123                vs = 0.0_wp
    3124                vd_lu = 0.0_wp
    3125                Rs = 0.0_wp
    3126                Rb = 0.0_wp
    3127                Rc_tot = 0.0_wp
    3128                IF (spc_names(lsp) == 'PM10') THEN
    3129                   part_type = 1
    3130                   ! sedimentation velocity in lowest layer
    3131                   vs = slinnfac * sedimentation_velocity( particle_pars(ind_p_dens, part_type), &
    3132                        particle_pars(ind_p_size, part_type), &
    3133                        particle_pars(ind_p_slip, part_type), &
    3134                        visc)
    3135 
    3136                   CALL drydepo_aero_zhang_vd( vd_lu, Rs, &
    3137                        vs, &
    3138                        particle_pars(ind_p_size, part_type), &
    3139                        particle_pars(ind_p_slip, part_type), &
    3140                        nwet, ttemp, dens, visc, &
    3141                        lu_dep,  &
    3142                        r_aero_lu, ustar_lu)
    3143 
    3144                   bud_now_lu(lsp) = - cc(lsp) * &
    3145                        (1.0 - exp(-vd_lu*dt_dh ))*dh
    3146 
    3147 
    3148                ELSEIF (spc_names(lsp) == 'PM25') THEN
    3149                   part_type = 2
    3150                   ! sedimentation velocity in lowest layer:
    3151                   vs = slinnfac * sedimentation_velocity( particle_pars(ind_p_dens, part_type), &
    3152                        particle_pars(ind_p_size, part_type), &
    3153                        particle_pars(ind_p_slip, part_type), &
    3154                        visc)
    3155 
    3156 
    3157                   CALL drydepo_aero_zhang_vd( vd_lu, Rs, &
    3158                        vs, &
    3159                        particle_pars(ind_p_size, part_type), &
    3160                        particle_pars(ind_p_slip, part_type), &
    3161                        nwet, ttemp, dens, visc, &
    3162                        lu_dep , &
    3163                        r_aero_lu, ustar_lu)
    3164 
    3165                   bud_now_lu(lsp) = - cc(lsp) * &
    3166                        (1.0 - exp(-vd_lu*dt_dh ))*dh
    3167 
    3168 
    3169                ELSE
    3170 
    3171                   ! GASES
    3172 
    3173                   ! Read spc_name of current species for gas parameter
    3174 
    3175                   IF (ANY(pspecnames(:) == spc_names(lsp))) THEN
    3176                      i_pspec = 0
    3177                      DO pspec = 1, 69
    3178                         IF (pspecnames(pspec) == spc_names(lsp)) THEN
    3179                            i_pspec = pspec
    3180                         END IF
    3181                      ENDDO
    3182 
    3183                   ELSE
    3184                      ! Species for now not deposited
    3185                      CYCLE
    3186                   ENDIF
    3187 
    3188                   ! Factor used for conversion from ppb to ug/m3 :
    3189                   !   ppb (mole tr)/(mole air)/ppb (kg tr)/(mole tr) (ug tr)/(kg tr) &
    3190                   !   (mole air)/(kg air) (kg air)/(m3 air) (kg air(ug/m3)/ppb/(kg/mole) = / (kg/mole)
    3191                   !    c           1e-9              xm_tracer         1e9       /       xm_air            dens
    3192                   ! thus:
    3193                   !    c_in_ppb * xm_tracer * [ dens / xm_air ] = c_in_ugm3
    3194                   ! Use density at lowest layer:
    3195 
    3196                   ppm_to_ugm3 =  (dens/xm_air)*0.001_wp  ! (mole air)/m3
    3197 
    3198                   ! atmospheric concentration in DEPAC is requested in ug/m3:
    3199                   !  ug/m3              ppm          (ug/m3)/ppm/(kg/mole)     kg/mole
    3200                   catm = cc(lsp)         * ppm_to_ugm3 *   specmolm(i_pspec)  ! in ug/m3
    3201 
    3202                   ! Diffusivity for DEPAC relevant gases
    3203                   ! Use default value
    3204                   diffc            = 0.11e-4
    3205                   ! overwrite with known coefficients of diffusivity from Massman (1998)
    3206                   IF ( spc_names(lsp) == 'NO2' ) diffc = 0.136e-4
    3207                   IF ( spc_names(lsp) == 'NO'  ) diffc = 0.199e-4
    3208                   IF ( spc_names(lsp) == 'O3'  ) diffc = 0.144e-4
    3209                   IF ( spc_names(lsp) == 'CO'  ) diffc = 0.176e-4
    3210                   IF ( spc_names(lsp) == 'SO2' ) diffc = 0.112e-4
    3211                   IF ( spc_names(lsp) == 'CH4' ) diffc = 0.191e-4
    3212                   IF ( spc_names(lsp) == 'NH3' ) diffc = 0.191e-4
    3213 
    3214 
    3215                   ! Get quasi-laminar boundary layer resistance Rb:
    3216                   CALL get_rb_cell( (lu_dep == ilu_water_sea) .or. (lu_dep == ilu_water_inland), &
    3217                        z0h_lu, ustar_lu, diffc, &
    3218                        Rb)
    3219 
    3220                   ! Get Rc_tot
    3221                   CALL drydepos_gas_depac(spc_names(lsp), day_of_year, latitude, ts, ustar_lu, glrad, zenith(0), &
    3222                        relh, lai, sai, nwet, lu_dep, 2, Rc_tot, ccomp_tot(lsp), hyp(nzb), catm, diffc, &
    3223                        r_aero_lu , Rb)
    3224 
    3225 
    3226                   ! Calculate budget
    3227                   IF (Rc_tot .le. 0.0) THEN
    3228 
    3229                      bud_now_lu(lsp) = 0.0_wp
    3230 
    3231                   ELSE
    3232 
    3233                      ! Compute exchange velocity for current lu:
    3234                      vd_lu = 1.0 / (r_aero_lu + Rb + Rc_tot )
    3235 
    3236                      bud_now_lu(lsp) = - (cc(lsp) - ccomp_tot(lsp)) * &
    3237                           (1.0 - exp(-vd_lu*dt_dh ))*dh
    3238                   ENDIF
    3239 
    3240                ENDIF
    3241             ENDDO
    3242          ENDIF
    3243 
    3244 
    3245          ! Pavement
    3246          IF (surf_lsm_h%frac(ind_pav_green,m) > 0) THEN
    3247 
    3248 
    3249             ! No vegetation on pavements:
    3250             lai = 0.0_wp
    3251             sai = 0.0_wp
    3252            
    3253             slinnfac = 1.0_wp
    3254 
    3255             ! Get vd
    3256             DO lsp = 1, nvar
    3257                !Initialize
    3258                vs = 0.0_wp
    3259                vd_lu = 0.0_wp
    3260                Rs = 0.0_wp
    3261                Rb = 0.0_wp
    3262                Rc_tot = 0.0_wp
    3263                IF (spc_names(lsp) == 'PM10') THEN
    3264                   part_type = 1
    3265                   ! sedimentation velocity in lowest layer:
    3266                   vs = slinnfac * sedimentation_velocity( particle_pars(ind_p_dens, part_type), &
    3267                        particle_pars(ind_p_size, part_type), &
    3268                        particle_pars(ind_p_slip, part_type), &
    3269                        visc)
    3270 
    3271                   CALL drydepo_aero_zhang_vd( vd_lu, Rs, &
    3272                        vs, &
    3273                        particle_pars(ind_p_size, part_type), &
    3274                        particle_pars(ind_p_slip, part_type), &
    3275                        nwet, ttemp, dens, visc, &
    3276                        lup_dep,  &
    3277                        r_aero_lu, ustar_lu)
    3278 
    3279                   bud_now_lup(lsp) = - cc(lsp) * &
    3280                        (1.0 - exp(-vd_lu*dt_dh ))*dh
    3281 
    3282 
    3283                ELSEIF (spc_names(lsp) == 'PM25') THEN
    3284                   part_type = 2
    3285                   ! sedimentation velocity in lowest layer:
    3286                   vs = slinnfac * sedimentation_velocity( particle_pars(ind_p_dens, part_type), &
    3287                        particle_pars(ind_p_size, part_type), &
    3288                        particle_pars(ind_p_slip, part_type), &
    3289                        visc)
    3290 
    3291 
    3292                   CALL drydepo_aero_zhang_vd( vd_lu, Rs, &
    3293                        vs, &
    3294                        particle_pars(ind_p_size, part_type), &
    3295                        particle_pars(ind_p_slip, part_type), &
    3296                        nwet, ttemp, dens, visc, &
    3297                        lup_dep, &
    3298                        r_aero_lu, ustar_lu)
    3299 
    3300                   bud_now_lup(lsp) = - cc(lsp) * &
    3301                        (1.0 - exp(-vd_lu*dt_dh ))*dh
    3302 
    3303 
    3304                ELSE
    3305 
    3306                   ! GASES
    3307 
    3308                   ! Read spc_name of current species for gas parameter
    3309 
    3310                   IF (ANY(pspecnames(:) == spc_names(lsp))) THEN
    3311                      i_pspec = 0
    3312                      DO pspec = 1, 69
    3313                         IF (pspecnames(pspec) == spc_names(lsp)) THEN
    3314                            i_pspec = pspec
    3315                         END IF
    3316                      ENDDO
    3317 
    3318                   ELSE
    3319                      ! Species for now not deposited
    3320                      CYCLE
    3321                   ENDIF
    3322 
    3323                   ! Factor used for conversion from ppb to ug/m3 :
    3324                   !   ppb (mole tr)/(mole air)/ppb (kg tr)/(mole tr) (ug tr)/(kg tr) &
    3325                   !   (mole air)/(kg air) (kg air)/(m3 air) (kg air(ug/m3)/ppb/(kg/mole) = / (kg/mole)
    3326                   !    c           1e-9               xm_tracer         1e9       /       xm_air            dens
    3327                   ! thus:
    3328                   !    c_in_ppb * xm_tracer * [ dens / xm_air ] = c_in_ugm3
    3329                   ! Use density at lowest layer:
    3330 
    3331                   ppm_to_ugm3 =  (dens/xm_air)*0.001_wp  ! (mole air)/m3
    3332 
    3333                   ! atmospheric concentration in DEPAC is requested in ug/m3:
    3334                   !  ug/m3              ppm          (ug/m3)/ppm/(kg/mole)     kg/mole
    3335                   catm = cc(lsp)         * ppm_to_ugm3 *   specmolm(i_pspec)  ! in ug/m3
    3336 
    3337                   ! Diffusivity for DEPAC relevant gases
    3338                   ! Use default value
    3339                   diffc            = 0.11e-4
    3340                   ! overwrite with known coefficients of diffusivity from Massman (1998)
    3341                   IF ( spc_names(lsp) == 'NO2' ) diffc = 0.136e-4
    3342                   IF ( spc_names(lsp) == 'NO'  ) diffc = 0.199e-4
    3343                   IF ( spc_names(lsp) == 'O3'  ) diffc = 0.144e-4
    3344                   IF ( spc_names(lsp) == 'CO'  ) diffc = 0.176e-4
    3345                   IF ( spc_names(lsp) == 'SO2' ) diffc = 0.112e-4
    3346                   IF ( spc_names(lsp) == 'CH4' ) diffc = 0.191e-4
    3347                   IF ( spc_names(lsp) == 'NH3' ) diffc = 0.191e-4
    3348 
    3349 
    3350                   ! Get quasi-laminar boundary layer resistance Rb:
    3351                   CALL get_rb_cell( (lup_dep == ilu_water_sea) .or. (lup_dep == ilu_water_inland), &
    3352                        z0h_lu, ustar_lu, diffc, &
    3353                        Rb)
    3354 
    3355 
    3356                   ! Get Rc_tot
    3357                   CALL drydepos_gas_depac(spc_names(lsp), day_of_year, latitude, ts, ustar_lu, glrad, zenith(0), &
    3358                        relh, lai, sai, nwet, lup_dep, 2, Rc_tot, ccomp_tot(lsp), hyp(nzb), catm, diffc, &
    3359                        r_aero_lu , Rb)
    3360 
    3361 
    3362                   ! Calculate budget
    3363                   IF (Rc_tot .le. 0.0) THEN
    3364 
    3365                      bud_now_lup(lsp) = 0.0_wp
    3366 
    3367                   ELSE
    3368 
    3369                      ! Compute exchange velocity for current lu:
    3370                      vd_lu = 1.0 / (r_aero_lu + Rb + Rc_tot )
    3371 
    3372                      bud_now_lup(lsp) = - (cc(lsp) - ccomp_tot(lsp)) * &
    3373                           (1.0 - exp(-vd_lu*dt_dh ))*dh
    3374                   ENDIF
    3375 
    3376 
    3377                ENDIF
    3378             ENDDO
    3379          ENDIF
    3380 
    3381 
    3382          ! Water
    3383          IF (surf_lsm_h%frac(ind_wat_win,m) > 0) THEN
    3384 
    3385 
    3386             ! No vegetation on water:
    3387             lai = 0.0_wp
    3388             sai = 0.0_wp
    3389            
    3390             slinnfac = 1.0_wp
    3391 
    3392             ! Get vd
    3393             DO lsp = 1, nvar
    3394                !Initialize
    3395                vs = 0.0_wp
    3396                vd_lu = 0.0_wp
    3397                Rs = 0.0_wp
    3398                Rb = 0.0_wp
    3399                Rc_tot = 0.0_wp
    3400                IF (spc_names(lsp) == 'PM10') THEN
    3401                   part_type = 1
    3402                   ! sedimentation velocity in lowest layer:
    3403                   vs = slinnfac * sedimentation_velocity( particle_pars(ind_p_dens, part_type), &
    3404                        particle_pars(ind_p_size, part_type), &
    3405                        particle_pars(ind_p_slip, part_type), &
    3406                        visc)
    3407 
    3408                   CALL drydepo_aero_zhang_vd( vd_lu, Rs, &
    3409                        vs, &
    3410                        particle_pars(ind_p_size, part_type), &
    3411                        particle_pars(ind_p_slip, part_type), &
    3412                        nwet, ttemp, dens, visc, &
    3413                        luw_dep, &
    3414                        r_aero_lu, ustar_lu)
    3415 
    3416                   bud_now_luw(lsp) = - cc(lsp) * &
    3417                        (1.0 - exp(-vd_lu*dt_dh ))*dh
    3418 
    3419 
    3420                ELSEIF (spc_names(lsp) == 'PM25') THEN
    3421                   part_type = 2
    3422                   ! sedimentation velocity in lowest layer:
    3423                   vs = slinnfac * sedimentation_velocity( particle_pars(ind_p_dens, part_type), &
    3424                        particle_pars(ind_p_size, part_type), &
    3425                        particle_pars(ind_p_slip, part_type), &
    3426                        visc)
    3427 
    3428 
    3429                   CALL drydepo_aero_zhang_vd( vd_lu, Rs, &
    3430                        vs, &
    3431                        particle_pars(ind_p_size, part_type), &
    3432                        particle_pars(ind_p_slip, part_type), &
    3433                        nwet, ttemp, dens, visc, &
    3434                        luw_dep, &
    3435                        r_aero_lu, ustar_lu)
    3436 
    3437                   bud_now_luw(lsp) = - cc(lsp) * &
    3438                        (1.0 - exp(-vd_lu*dt_dh ))*dh
    3439 
    3440 
    3441                ELSE
    3442 
    3443                   ! GASES
    3444 
    3445                   ! Read spc_name of current species for gas PARAMETER
    3446 
    3447                   IF (ANY(pspecnames(:) == spc_names(lsp))) THEN
    3448                      i_pspec = 0
    3449                      DO pspec = 1, 69
    3450                         IF (pspecnames(pspec) == spc_names(lsp)) THEN
    3451                            i_pspec = pspec
    3452                         END IF
    3453                      ENDDO
    3454 
    3455                   ELSE
    3456                      ! Species for now not deposited
    3457                      CYCLE
    3458                   ENDIF
    3459 
    3460                   ! Factor used for conversion from ppb to ug/m3 :
    3461                   !   ppb (mole tr)/(mole air)/ppb (kg tr)/(mole tr) (ug tr)/(kg tr) &
    3462                   !   (mole air)/(kg air) (kg air)/(m3 air) (kg air(ug/m3)/ppb/(kg/mole) = / (kg/mole)
    3463                   !    c           1e-9               xm_tracer         1e9       /       xm_air            dens
    3464                   ! thus:
    3465                   !    c_in_ppb * xm_tracer * [ dens / xm_air ] = c_in_ugm3
    3466                   ! Use density at lowest layer:
    3467 
    3468                   ppm_to_ugm3 =  (dens/xm_air)*0.001_wp  ! (mole air)/m3
    3469 
    3470                   ! atmospheric concentration in DEPAC is requested in ug/m3:
    3471                   !  ug/m3              ppm          (ug/m3)/ppm/(kg/mole)     kg/mole
    3472                   catm = cc(lsp)         * ppm_to_ugm3 *   specmolm(i_pspec)  ! in ug/m3
    3473 
    3474                   ! Diffusivity for DEPAC relevant gases
    3475                   ! Use default value
    3476                   diffc            = 0.11e-4
    3477                   ! overwrite with known coefficients of diffusivity from Massman (1998)
    3478                   IF ( spc_names(lsp) == 'NO2' ) diffc = 0.136e-4
    3479                   IF ( spc_names(lsp) == 'NO'  ) diffc = 0.199e-4
    3480                   IF ( spc_names(lsp) == 'O3'  ) diffc = 0.144e-4
    3481                   IF ( spc_names(lsp) == 'CO'  ) diffc = 0.176e-4
    3482                   IF ( spc_names(lsp) == 'SO2' ) diffc = 0.112e-4
    3483                   IF ( spc_names(lsp) == 'CH4' ) diffc = 0.191e-4
    3484                   IF ( spc_names(lsp) == 'NH3' ) diffc = 0.191e-4
    3485 
    3486 
    3487                   ! Get quasi-laminar boundary layer resistance Rb:
    3488                   CALL get_rb_cell( (luw_dep == ilu_water_sea) .or. (luw_dep == ilu_water_inland), &
    3489                        z0h_lu, ustar_lu, diffc, &
    3490                        Rb)
    3491 
    3492                   ! Get Rc_tot
    3493                   CALL drydepos_gas_depac(spc_names(lsp), day_of_year, latitude, ts, ustar_lu, glrad, zenith(0), &
    3494                        relh, lai, sai, nwet, luw_dep, 2, Rc_tot, ccomp_tot(lsp), hyp(nzb), catm, diffc, &
    3495                        r_aero_lu , Rb)
    3496 
    3497 
    3498                   ! Calculate budget
    3499                   IF (Rc_tot .le. 0.0) THEN
    3500 
    3501                      bud_now_luw(lsp) = 0.0_wp
    3502 
    3503                   ELSE
    3504 
    3505                      ! Compute exchange velocity for current lu:
    3506                      vd_lu = 1.0 / (r_aero_lu + Rb + Rc_tot )
    3507 
    3508                      bud_now_luw(lsp) = - (cc(lsp) - ccomp_tot(lsp)) * &
    3509                           (1.0 - exp(-vd_lu*dt_dh ))*dh
    3510                   ENDIF
    3511 
    3512                ENDIF
    3513             ENDDO
    3514          ENDIF
    3515 
    3516 
    3517          bud_now = 0.0_wp
    3518          ! Calculate budget for surface m and adapt concentration
    3519          DO lsp = 1, nspec
    3520 
    3521 
    3522             bud_now(lsp) = surf_lsm_h%frac(ind_veg_wall,m)*bud_now_lu(lsp) + &
    3523                  surf_lsm_h%frac(ind_pav_green,m)*bud_now_lup(lsp) + &
    3524                  surf_lsm_h%frac(ind_wat_win,m)*bud_now_luw(lsp)
    3525 
    3526             ! Compute new concentration, add contribution of all exchange processes:
    3527             cc(lsp) = cc(lsp) + bud_now(lsp)*inv_dh
    3528            
    3529             chem_species(lsp)%conc(k,j,i) = max(0.0_wp, cc(lsp))
     4707       ELSE
     4708          !--------------------------
     4709          ! wet surface
     4710          !--------------------------
     4711          rw = 10.0_wp !see Table 5, Erisman et al, 1994 Atm. Environment, 0 is impl. as 10
     4712       ENDIF
     4713
     4714       ! very low NH3/SO2 ratio:
     4715       IF ( iratns == iratns_very_low ) rw = rw + 50.0_wp
     4716
     4717       ! Conductance:
     4718       gw = 1.0_wp / rw
     4719    ELSE
     4720       ! no vegetation:
     4721       gw = 0.0_wp
     4722    ENDIF
     4723
     4724 END SUBROUTINE rw_so2
     4725
     4726
     4727
     4728 !-------------------------------------------------------------------
     4729 !> rw_nh3_sutton: compute external leaf conductance for NH3,
     4730 !>                  following Sutton & Fowler, 1993
     4731 !-------------------------------------------------------------------
     4732 SUBROUTINE rw_nh3_sutton( tsurf, rh,sai_present, gw )
     4733
     4734    IMPLICIT NONE
     4735
     4736    !
     4737    !-- Input/output variables:
     4738    LOGICAL, INTENT(IN) ::  sai_present
     4739
     4740    REAL(wp), INTENT(IN) ::  tsurf          !< surface temperature (C)
     4741    REAL(wp), INTENT(IN) ::  rh             !< relative humidity (%)
     4742
     4743    REAL(wp), INTENT(OUT) ::  gw            !< external leaf conductance (m/s)
     4744
     4745    !
     4746    !-- Local variables:
     4747    REAL(wp) ::  rw                         !< external leaf resistance (s/m)
     4748    REAL(wp) ::  sai_grass_haarweg          !< surface area index at experimental site Haarweg
     4749
     4750    !
     4751    !-- Fix sai_grass at value valid for Haarweg data for which gamma_w parametrization is derived
     4752    sai_grass_haarweg = 3.5_wp
     4753
     4754    !
     4755    !-- Calculation rw:
     4756    !                  100 - rh
     4757    !  rw = 2.0 * exp(----------)
     4758    !                    12
     4759
     4760    IF ( sai_present )  THEN
     4761
     4762       ! External resistance according to Sutton & Fowler, 1993
     4763       rw = 2.0_wp * exp( ( 100.0_wp - rh ) / 12.0_wp )
     4764       rw = sai_grass_haarweg * rw
     4765
     4766       ! Frozen soil (from Depac v1):
     4767       IF ( tsurf < 0.0_wp ) rw = 200.0_wp
     4768
     4769       ! Conductance:
     4770       gw = 1.0_wp / rw
     4771    ELSE
     4772       ! no vegetation:
     4773       gw = 0.0_wp
     4774    ENDIF
     4775
     4776 END SUBROUTINE rw_nh3_sutton
     4777
     4778
     4779
     4780 !-------------------------------------------------------------------
     4781 !> rw_constant: compute constant external leaf conductance
     4782 !-------------------------------------------------------------------
     4783 SUBROUTINE rw_constant( rw_val, sai_present, gw )
     4784
     4785    IMPLICIT NONE
     4786
     4787    !
     4788    !-- Input/output variables:
     4789    LOGICAL, INTENT(IN) ::  sai_present
     4790
     4791    REAL(wp), INTENT(IN) ::  rw_val       !< constant value of Rw   
     4792
     4793    REAL(wp), INTENT(OUT) ::  gw          !< wernal leaf conductance (m/s)
     4794
     4795    !
     4796    !-- Compute conductance:
     4797    IF ( sai_present .AND. .NOT.missing(rw_val) )  THEN
     4798       gw = 1.0_wp / rw_val
     4799    ELSE
     4800       gw = 0.0_wp
     4801    ENDIF
     4802
     4803 END SUBROUTINE rw_constant
     4804
     4805
     4806
     4807 !-------------------------------------------------------------------
     4808 !> rc_gstom: compute stomatal conductance
     4809 !-------------------------------------------------------------------
     4810 SUBROUTINE rc_gstom( icmp, compnam, lu, lai_present, lai, glrad, sinphi, t, rh, diffc, gstom, p )
     4811
     4812    IMPLICIT NONE
     4813
     4814    !
     4815    !-- input/output variables:
     4816    CHARACTER(len=*), INTENT(IN) ::  compnam       !< component name
     4817
     4818    INTEGER(iwp), INTENT(IN) ::  icmp              !< component index
     4819    INTEGER(iwp), INTENT(IN) ::  lu                !< land use type , lu = 1,...,nlu
     4820
     4821    LOGICAL, INTENT(IN) ::  lai_present
     4822
     4823    REAL(wp), INTENT(IN) ::  lai                   !< one-sided leaf area index
     4824    REAL(wp), INTENT(IN) ::  glrad                 !< global radiation (W/m2)
     4825    REAL(wp), INTENT(IN) ::  sinphi                !< sin of solar elevation angle
     4826    REAL(wp), INTENT(IN) ::  t                     !< temperature (C)
     4827    REAL(wp), INTENT(IN) ::  rh                    !< relative humidity (%)
     4828    REAL(wp), INTENT(IN) ::  diffc                 !< diffusion coefficient of the gas involved
     4829
     4830    REAL(wp), OPTIONAL,INTENT(IN) :: p             !< pressure (Pa)
     4831
     4832    REAL(wp), INTENT(OUT) ::  gstom                !< stomatal conductance (m/s)
     4833
     4834    !
     4835    !-- Local variables
     4836    REAL(wp) ::  vpd                               !< vapour pressure deficit (kPa)
     4837
     4838    REAL(wp), PARAMETER ::  dO3 = 0.13e-4          !< diffusion coefficient of ozon (m2/s)
     4839
     4840
     4841    SELECT CASE( TRIM(compnam) )
     4842
     4843    CASE( 'NO', 'CO' )
     4844       !
     4845       !-- For no stomatal uptake is neglected:
     4846       gstom = 0.0_wp
     4847
     4848    CASE( 'NO2', 'O3', 'SO2', 'NH3' )
     4849
     4850       !
     4851       !-- if vegetation present:
     4852       IF ( lai_present )  THEN
     4853
     4854          IF ( glrad > 0.0_wp )  THEN
     4855             CALL rc_get_vpd( t, rh, vpd )
     4856             CALL rc_gstom_emb( lu, glrad, t, vpd, lai_present, lai, sinphi, gstom, p )
     4857             gstom = gstom * diffc / dO3       !< Gstom of Emberson is derived for ozone
     4858          ELSE
     4859             gstom = 0.0_wp
     4860          ENDIF
     4861       ELSE
     4862          !
     4863          !--no vegetation; zero conductance (infinite resistance):
     4864          gstom = 0.0_wp
     4865       ENDIF
     4866
     4867    CASE default
     4868       message_string = 'Component '// TRIM(compnam) // ' not supported'
     4869       CALL message( 'rc_gstom', 'CM0459', 1, 2, 0, 6, 0 )
     4870    END SELECT
     4871
     4872 END SUBROUTINE rc_gstom
     4873
     4874
     4875
     4876 !-------------------------------------------------------------------
     4877 !> rc_gstom_emb: stomatal conductance according to Emberson
     4878 !-------------------------------------------------------------------
     4879 SUBROUTINE rc_gstom_emb( lu, glrad, T, vpd, lai_present, lai, sinp, Gsto, p )
     4880    !
     4881    !-- History
     4882    !>   Original code from Lotos-Euros, TNO, M. Schaap
     4883    !>   2009-08, M.C. van Zanten, Rivm
     4884    !>     Updated and extended.
     4885    !>   2009-09, Arjo Segers, TNO
     4886    !>     Limitted temperature influence to range to avoid
     4887    !>     floating point exceptions.
     4888    !
     4889    !> Method
     4890    !
     4891    !>   Code based on Emberson et al, 2000, Env. Poll., 403-413
     4892    !>   Notation conform Unified EMEP Model Description Part 1, ch 8
     4893    !
     4894    !>   In the calculation of f_light the modification of L. Zhang 2001, AE to the PARshade and PARsun
     4895    !>   parametrizations of Norman 1982 are applied
     4896    !
     4897    !>   f_phen and f_SWP are set to 1
     4898    !
     4899    !>   Land use types DEPAC versus Emberson (Table 5.1, EMEP model description)
     4900    !>   DEPAC                     Emberson
     4901    !>     1 = grass                 GR = grassland
     4902    !>     2 = arable land           TC = temperate crops ( lai according to RC = rootcrops)
     4903    !<     3 = permanent crops       TC = temperate crops ( lai according to RC = rootcrops)
     4904    !<     4 = coniferous forest     CF = tempareate/boREAL(wp) coniferous forest
     4905    !>     5 = deciduous forest      DF = temperate/boREAL(wp) deciduous forest
     4906    !>     6 = water                 W  = water
     4907    !>     7 = urban                 U  = urban
     4908    !>     8 = other                 GR = grassland
     4909    !>     9 = desert                DE = desert
     4910
     4911    IMPLICIT NONE
     4912
     4913    !
     4914    !-- Emberson specific declarations
     4915
     4916    !
     4917    !-- Input/output variables:
     4918    INTEGER(iwp), INTENT(IN) ::  lu             !< land use type, lu = 1,...,nlu
     4919
     4920    LOGICAL, INTENT(IN) ::  lai_present
     4921
     4922    REAL(wp), INTENT(IN) ::  glrad              !< global radiation (W/m2)
     4923    REAL(wp), INTENT(IN) ::  t                  !< temperature (C)
     4924    REAL(wp), INTENT(IN) ::  vpd                !< vapour pressure deficit (kPa)
     4925
     4926    REAL(wp), INTENT(IN) ::  lai                !< one-sided leaf area index
     4927    REAL(wp), INTENT(IN) ::  sinp               !< sin of solar elevation angle
     4928
     4929    REAL(wp), OPTIONAL, INTENT(IN) ::  p        !< pressure (Pa)
     4930
     4931    REAL(wp), INTENT(OUT) ::  gsto              !< stomatal conductance (m/s)
     4932
     4933    !
     4934    !-- Local variables:
     4935    REAL(wp) ::  f_light
     4936    REAL(wp) ::  f_phen
     4937    REAL(wp) ::  f_temp
     4938    REAL(wp) ::  f_vpd
     4939    REAL(wp) ::  f_swp
     4940    REAL(wp) ::  bt
     4941    REAL(wp) ::  f_env
     4942    REAL(wp) ::  pardir
     4943    REAL(wp) ::  pardiff
     4944    REAL(wp) ::  parshade
     4945    REAL(wp) ::  parsun
     4946    REAL(wp) ::  laisun
     4947    REAL(wp) ::  laishade
     4948    REAL(wp) ::  sinphi
     4949    REAL(wp) ::  pres
     4950    REAL(wp), PARAMETER ::  p_sealevel = 1.01325e05    !< Pa
     4951
     4952
     4953    !
     4954    !-- Check whether vegetation is present:
     4955    IF ( lai_present )  THEN
     4956
     4957       ! calculation of correction factors for stomatal conductance
     4958       IF ( sinp <= 0.0_wp )  THEN 
     4959          sinphi = 0.0001_wp
     4960       ELSE
     4961          sinphi = sinp
     4962       END IF
     4963
     4964       !
     4965       !-- ratio between actual and sea-level pressure is used
     4966       !-- to correct for height in the computation of par;
     4967       !-- should not exceed sea-level pressure therefore ...
     4968       IF (  present(p) )  THEN
     4969          pres = min( p, p_sealevel )
     4970       ELSE
     4971          pres = p_sealevel
     4972       ENDIF
     4973
     4974       !
     4975       !-- direct and diffuse par, Photoactive (=visible) radiation:
     4976       CALL par_dir_diff( glrad, sinphi, pres, p_sealevel, pardir, pardiff )
     4977
     4978       !
     4979       !-- par for shaded leaves (canopy averaged):
     4980       parshade = pardiff * exp( -0.5 * lai**0.7 ) + 0.07 * pardir * ( 1.1 - 0.1 * lai ) * exp( -sinphi )     !< Norman,1982
     4981       IF ( glrad > 200.0_wp .AND. lai > 2.5_wp )  THEN
     4982          parshade = pardiff * exp( -0.5 * lai**0.8 ) + 0.07 * pardir * ( 1.1 - 0.1 * lai ) * exp( -sinphi )  !< Zhang et al., 2001
     4983       END IF
     4984
     4985       !
     4986       !-- par for sunlit leaves (canopy averaged):
     4987       !-- alpha -> mean angle between leaves and the sun is fixed at 60 deg -> i.e. cos alpha = 0.5
     4988       parsun = pardir * 0.5/sinphi + parshade             !< Norman, 1982
     4989       IF ( glrad > 200.0_wp .AND. lai > 2.5_wp )  THEN
     4990          parsun = pardir**0.8 * 0.5 / sinphi + parshade   !< Zhang et al., 2001
     4991       END IF
     4992
     4993       !
     4994       !-- leaf area index for sunlit and shaded leaves:
     4995       IF ( sinphi > 0 )  THEN
     4996          laisun = 2 * sinphi * ( 1 - exp( -0.5 * lai / sinphi ) )
     4997          laishade = lai - laisun
     4998       ELSE
     4999          laisun = 0
     5000          laishade = lai
     5001       END IF
     5002
     5003       f_light = ( laisun * ( 1 - exp( -1.0_wp * alpha(lu) * parsun ) ) + &
     5004            laishade * ( 1 - exp( -1.0_wp * alpha(lu) * parshade ) ) ) / lai
     5005
     5006       f_light = MAX(f_light,f_min(lu))
     5007
     5008       !
     5009       !-- temperature influence; only non-zero within range [tmin,tmax]:
     5010       IF ( ( tmin(lu) < t ) .AND. ( t < tmax(lu) ) )  THEN
     5011          bt = ( tmax(lu) - topt(lu) ) / ( topt(lu) - tmin(lu) )
     5012          f_temp = ( ( t - tmin(lu) ) / ( topt(lu) - tmin(lu) ) ) * ( ( tmax(lu) - t ) / ( tmax(lu) - topt(lu) ) )**bt
     5013       ELSE
     5014          f_temp = 0.0_wp
     5015       END IF
     5016       f_temp = MAX( f_temp, f_min(lu) )
     5017
     5018       ! vapour pressure deficit influence
     5019       f_vpd = MIN( 1.0_wp, ( ( 1.0_wp - f_min(lu) ) * ( vpd_min(lu) - vpd ) / ( vpd_min(lu) - vpd_max(lu) ) + f_min(lu) ) )
     5020       f_vpd = MAX( f_vpd, f_min(lu) )
     5021
     5022       f_swp = 1.0_wp
     5023
     5024       ! influence of phenology on stom. conductance
     5025       ! ignored for now in DEPAC since influence of f_phen on lu classes in use is negligible.
     5026       ! When other EMEP classes (e.g. med. broadleaf) are used f_phen might be too important to ignore
     5027       f_phen = 1.0_wp
     5028
     5029       ! evaluate total stomatal conductance
     5030       f_env = f_temp * f_vpd * f_swp
     5031       f_env = MAX( f_env,f_min(lu) )
     5032       gsto = g_max(lu) * f_light * f_phen * f_env
     5033
     5034       ! gstom expressed per m2 leafarea;
     5035       ! this is converted with lai to m2 surface.
     5036       gsto = lai * gsto    ! in m/s
     5037
     5038    ELSE
     5039       gsto = 0.0_wp
     5040    ENDIF
     5041
     5042 END SUBROUTINE rc_gstom_emb
     5043
     5044
     5045
     5046 !-------------------------------------------------------------------
     5047 !> par_dir_diff
     5048 !
     5049 !>     Weiss, A., Norman, J.M. (1985) Partitioning solar radiation into direct and
     5050 !>     diffuse, visible and near-infrared components. Agric. Forest Meteorol.
     5051 !>     34, 205-213.
     5052 !
     5053 !>     From a SUBROUTINE obtained from Leiming Zhang,
     5054 !>     Meteorological Service of Canada
     5055 !
     5056 !>     Leiming uses solar irradiance. This should be equal to global radiation and
     5057 !>     Willem Asman set it to global radiation
     5058 !>
     5059 !>     @todo Check/connect/replace with radiation_model_mod variables   
     5060 !-------------------------------------------------------------------
     5061 SUBROUTINE par_dir_diff( glrad, sinphi, pres, pres_0, par_dir, par_diff )
     5062
     5063    IMPLICIT NONE
     5064
     5065    REAL(wp), INTENT(IN) ::  glrad           !< global radiation (W m-2)
     5066    REAL(wp), INTENT(IN) ::  sinphi          !< sine of the solar elevation
     5067    REAL(wp), INTENT(IN) ::  pres            !< actual pressure (to correct for height) (Pa)
     5068    REAL(wp), INTENT(IN) ::  pres_0          !< pressure at sea level (Pa)
     5069
     5070    REAL(wp), INTENT(OUT) ::  par_dir        !< par direct : visible (photoactive) direct beam radiation (W m-2)
     5071    REAL(wp), INTENT(OUT) ::  par_diff       !< par diffuse: visible (photoactive) diffuse radiation (W m-2)
     5072
     5073
     5074    REAL(wp) ::  sv                          !< total visible radiation
     5075    REAL(wp) ::  fv                          !< par direct beam fraction (dimensionless)
     5076    REAL(wp) ::  ratio                       !< ratio measured to potential solar radiation (dimensionless)
     5077    REAL(wp) ::  rdm                         !< potential direct beam near-infrared radiation (W m-2); "potential" means clear-sky
     5078    REAL(wp) ::  rdn                         !< potential diffuse near-infrared radiation (W m-2)
     5079    REAL(wp) ::  rdu                         !< visible (par) direct beam radiation (W m-2)
     5080    REAL(wp) ::  rdv                         !< potential visible (par) diffuse radiation (W m-2)
     5081    REAL(wp) ::  rn                          !< near-infrared radiation (W m-2)
     5082    REAL(wp) ::  rv                          !< visible radiation (W m-2)
     5083    REAL(wp) ::  ww                          !< water absorption in the near infrared for 10 mm of precipitable water
     5084
     5085
     5086
     5087    !
     5088    !-- Calculate visible (PAR) direct beam radiation
     5089    !-- 600 W m-2 represents average amount of par (400-700 nm wavelength)
     5090    !-- at the top of the atmosphere; this is roughly 0.45*solar constant (solar constant=1320 Wm-2)
     5091    rdu = 600.0_wp* exp( -0.185_wp * ( pres / pres_0 ) / sinphi ) * sinphi
     5092
     5093    !
     5094    !-- Calculate potential visible diffuse radiation
     5095    rdv = 0.4_wp * ( 600.0_wp - rdu ) * sinphi
     5096
     5097    !
     5098    !-- Calculate the water absorption in the-near infrared
     5099    ww = 1320 * 10**( -1.195_wp + 0.4459_wp * log10( 1.0_wp / sinphi ) - 0.0345_wp * ( log10( 1.0_wp / sinphi ) )**2 )
     5100
     5101    !
     5102    !-- Calculate potential direct beam near-infrared radiation
     5103    rdm = (720.0_wp * exp(-0.06_wp * (pres / pres_0) / sinphi ) - ww ) * sinphi     !< 720 = solar constant - 600
     5104
     5105    !
     5106    !-- Calculate potential diffuse near-infrared radiation
     5107    rdn = 0.6_wp * ( 720 - rdm - ww ) * sinphi
     5108
     5109    !
     5110    !-- Compute visible and near-infrared radiation
     5111    rv = MAX( 0.1_wp, rdu + rdv )
     5112    rn = MAX( 0.01_wp, rdm + rdn )
     5113
     5114    !
     5115    !-- Compute ratio between input global radiation and total radiation computed here
     5116    ratio = MIN( 0.89_wp, glrad / ( rv + rn ) )
     5117
     5118    !
     5119    !-- Calculate total visible radiation
     5120    sv = ratio * rv
     5121
     5122    !
     5123    !-- Calculate fraction of par in the direct beam
     5124    fv = MIN( 0.99_wp, ( 0.9_wp - ratio ) / 0.7_wp )              !< help variable
     5125    fv = MAX( 0.01_wp, rdu / rv * ( 1.0_wp - fv**0.6667_wp ) )    !< fraction of par in the direct beam
     5126
     5127    !
     5128    !-- Compute direct and diffuse parts of par
     5129    par_dir = fv * sv
     5130    par_diff = sv - par_dir
     5131
     5132 END SUBROUTINE par_dir_diff
     5133
    35305134 
    3531          ENDDO
    3532 
    3533       ENDIF
    3534 
    3535 
    3536 
    3537       !!!!!!!
    3538       ! USM !
    3539       !!!!!!!   
    3540 
    3541       IF ( match_usm )  THEN
    3542 
    3543          ! Get surface element information at i,j:
    3544          m = surf_usm_h%start_index(j,i)
    3545 
    3546          k = surf_usm_h%k(m)
    3547 
    3548          ! Get needed variables for surface element m
    3549          ustar_lu  = surf_usm_h%us(m)
    3550          z0h_lu    = surf_usm_h%z0h(m)
    3551          r_aero_lu = surf_usm_h%r_a(m)
    3552          glrad     = surf_usm_h%rad_sw_in(m)
    3553          lai = surf_usm_h%lai(m)
    3554          sai = lai + 1
    3555 
    3556          ! For small grid spacing neglect R_a
    3557          IF (dzw(k) <= 1.0) THEN
    3558             r_aero_lu = 0.0_wp
    3559          ENDIF
    3560 
    3561          !Initialize lu's
    3562          luu_palm = 0
    3563          luu_dep = 0
    3564          lug_palm = 0
    3565          lug_dep = 0
    3566          lud_palm = 0
    3567          lud_dep = 0
    3568 
    3569          !Initialize budgets
    3570          bud_now_luu  = 0.0_wp
    3571          bud_now_lug = 0.0_wp
    3572          bud_now_lud = 0.0_wp
    3573 
    3574 
    3575          ! Get land use for i,j and assign to DEPAC lu
    3576          IF (surf_usm_h%frac(ind_pav_green,m) > 0) THEN
    3577             ! For green urban surfaces (e.g. green roofs
    3578             ! assume LU short grass
    3579             lug_palm = ind_lu_s_grass
    3580             IF (lug_palm == ind_lu_user) THEN
    3581                message_string = 'No vegetation type defined. Please define vegetation type to enable deposition calculation'
    3582                CALL message( 'chem_depo', 'CM0454', 1, 2, 0, 6, 0 )
    3583             ELSEIF (lug_palm == ind_lu_b_soil) THEN
    3584                lug_dep = 9
    3585             ELSEIF (lug_palm == ind_lu_mixed_crops) THEN
    3586                lug_dep = 2
    3587             ELSEIF (lug_palm == ind_lu_s_grass) THEN
    3588                lug_dep = 1
    3589             ELSEIF (lug_palm == ind_lu_ev_needle_trees) THEN
    3590                lug_dep = 4
    3591             ELSEIF (lug_palm == ind_lu_de_needle_trees) THEN
    3592                lug_dep = 4
    3593             ELSEIF (lug_palm == ind_lu_ev_broad_trees) THEN
    3594                lug_dep = 12
    3595             ELSEIF (lug_palm == ind_lu_de_broad_trees) THEN
    3596                lug_dep = 5
    3597             ELSEIF (lug_palm == ind_lu_t_grass) THEN
    3598                lug_dep = 1
    3599             ELSEIF (lug_palm == ind_lu_desert) THEN
    3600                lug_dep = 9
    3601             ELSEIF (lug_palm == ind_lu_tundra ) THEN
    3602                lug_dep = 8
    3603             ELSEIF (lug_palm == ind_lu_irr_crops) THEN
    3604                lug_dep = 2
    3605             ELSEIF (lug_palm == ind_lu_semidesert) THEN
    3606                lug_dep = 8
    3607             ELSEIF (lug_palm == ind_lu_ice) THEN
    3608                lug_dep = 10
    3609             ELSEIF (lug_palm == ind_lu_marsh) THEN
    3610                lug_dep = 8
    3611             ELSEIF (lug_palm == ind_lu_ev_shrubs) THEN
    3612                lug_dep = 14
    3613             ELSEIF (lug_palm == ind_lu_de_shrubs ) THEN
    3614                lug_dep = 14
    3615             ELSEIF (lug_palm == ind_lu_mixed_forest) THEN
    3616                lug_dep = 4
    3617             ELSEIF (lug_palm == ind_lu_intrup_forest) THEN
    3618                lug_dep = 8     
    3619             ENDIF
    3620          ENDIF
    3621 
    3622          IF (surf_usm_h%frac(ind_veg_wall,m) > 0) THEN
    3623             ! For walls in USM assume concrete walls/roofs,
    3624             ! assumed LU class desert as also assumed for
    3625             ! pavements in LSM
    3626             luu_palm = ind_lup_conc
    3627             IF (luu_palm == ind_lup_user) THEN
    3628                message_string = 'No pavement type defined. Please define pavement type to enable deposition calculation'
    3629                CALL message( 'chem_depo', 'CM0455', 1, 2, 0, 6, 0 )
    3630             ELSEIF (luu_palm == ind_lup_asph_conc) THEN
    3631                luu_dep = 9
    3632             ELSEIF (luu_palm == ind_lup_asph) THEN
    3633                luu_dep = 9
    3634             ELSEIF (luu_palm ==  ind_lup_conc) THEN
    3635                luu_dep = 9
    3636             ELSEIF (luu_palm ==  ind_lup_sett) THEN
    3637                luu_dep = 9
    3638             ELSEIF (luu_palm == ind_lup_pav_stones) THEN
    3639                luu_dep = 9
    3640             ELSEIF (luu_palm == ind_lup_cobblest) THEN
    3641                luu_dep = 9       
    3642             ELSEIF (luu_palm == ind_lup_metal) THEN
    3643                luu_dep = 9
    3644             ELSEIF (luu_palm == ind_lup_wood) THEN
    3645                luu_dep = 9   
    3646             ELSEIF (luu_palm == ind_lup_gravel) THEN
    3647                luu_dep = 9
    3648             ELSEIF (luu_palm == ind_lup_f_gravel) THEN
    3649                luu_dep = 9
    3650             ELSEIF (luu_palm == ind_lup_pebblest) THEN
    3651                luu_dep = 9
    3652             ELSEIF (luu_palm == ind_lup_woodchips) THEN
    3653                luu_dep = 9
    3654             ELSEIF (luu_palm == ind_lup_tartan) THEN
    3655                luu_dep = 9
    3656             ELSEIF (luu_palm == ind_lup_art_turf) THEN
    3657                luu_dep = 9
    3658             ELSEIF (luu_palm == ind_lup_clay) THEN
    3659                luu_dep = 9
    3660             ENDIF
    3661          ENDIF
    3662 
    3663          IF (surf_usm_h%frac(ind_wat_win,m) > 0) THEN
    3664             ! For windows in USM assume metal as this is
    3665             ! as close as we get, assumed LU class desert
    3666             ! as also assumed for pavements in LSM
    3667             lud_palm = ind_lup_metal     
    3668             IF (lud_palm == ind_lup_user) THEN
    3669                message_string = 'No pavement type defined. Please define pavement type to enable deposition calculation'
    3670                CALL message( 'chem_depo', 'CM0456', 1, 2, 0, 6, 0 )
    3671             ELSEIF (lud_palm == ind_lup_asph_conc) THEN
    3672                lud_dep = 9
    3673             ELSEIF (lud_palm == ind_lup_asph) THEN
    3674                lud_dep = 9
    3675             ELSEIF (lud_palm ==  ind_lup_conc) THEN
    3676                lud_dep = 9
    3677             ELSEIF (lud_palm ==  ind_lup_sett) THEN
    3678                lud_dep = 9
    3679             ELSEIF (lud_palm == ind_lup_pav_stones) THEN
    3680                lud_dep = 9
    3681             ELSEIF (lud_palm == ind_lup_cobblest) THEN
    3682                lud_dep = 9       
    3683             ELSEIF (lud_palm == ind_lup_metal) THEN
    3684                lud_dep = 9
    3685             ELSEIF (lud_palm == ind_lup_wood) THEN
    3686                lud_dep = 9   
    3687             ELSEIF (lud_palm == ind_lup_gravel) THEN
    3688                lud_dep = 9
    3689             ELSEIF (lud_palm == ind_lup_f_gravel) THEN
    3690                lud_dep = 9
    3691             ELSEIF (lud_palm == ind_lup_pebblest) THEN
    3692                lud_dep = 9
    3693             ELSEIF (lud_palm == ind_lup_woodchips) THEN
    3694                lud_dep = 9
    3695             ELSEIF (lud_palm == ind_lup_tartan) THEN
    3696                lud_dep = 9
    3697             ELSEIF (lud_palm == ind_lup_art_turf) THEN
    3698                lud_dep = 9
    3699             ELSEIF (lud_palm == ind_lup_clay) THEN
    3700                lud_dep = 9
    3701             ENDIF
    3702          ENDIF
    3703 
    3704 
    3705          ! TODO: Activate these lines as soon as new ebsolver branch is merged:
    3706          ! Set wetness indicator to dry or wet for usm vegetation or pavement
    3707          !IF (surf_usm_h%c_liq(m) > 0) THEN
    3708          !   nwet = 1
    3709          !ELSE
    3710          nwet = 0
    3711          !ENDIF
    3712 
    3713          ! Compute length of time step
    3714          IF ( call_chem_at_all_substeps )  THEN
    3715             dt_chem = dt_3d * weight_pres(intermediate_timestep_count)
    3716          ELSE
    3717             dt_chem = dt_3d
    3718          ENDIF
    3719 
    3720 
    3721          dh = dzw(k)
    3722          inv_dh = 1.0_wp / dh
    3723          dt_dh = dt_chem/dh
    3724 
    3725          ! Concentration at i,j,k
    3726          DO lsp = 1, nspec
    3727             cc(lsp) = chem_species(lsp)%conc(k,j,i)
    3728          ENDDO
    3729 
    3730          ! Temperature at i,j,k
    3731          ttemp = pt(k,j,i) * ( hyp(k) / 100000.0_wp )**0.286_wp
    3732 
    3733          ! Surface temperature in degrees Celcius:
    3734          ts       = ttemp - 273.15 ! in degrees celcius
    3735 
    3736          ! Viscosity of air in lowest layer
    3737          visc = 1.496e-6 * ttemp**1.5 / (ttemp+120.0)
    3738 
    3739          ! Air density in lowest layer
    3740          dens = rho_air_zw(k)
    3741 
    3742          ! Calculate relative humidity from specific humidity for DEPAC
    3743          qv_tmp = max(q(k,j,i),0.0_wp)
    3744          relh = relativehumidity_from_specifichumidity(qv_tmp, ttemp, hyp(nzb) )
    3745 
    3746 
    3747 
    3748          ! Check if surface fraction (vegetation, pavement or water) > 0 and calculate vd and budget
    3749          ! for each surface fraction. Then derive overall budget taking into account the surface fractions.
    3750 
    3751          ! Walls/roofs
    3752          IF (surf_usm_h%frac(ind_veg_wall,m) > 0) THEN
    3753 
    3754 
    3755             ! No vegetation on non-green walls:
    3756             lai = 0.0_wp
    3757             sai = 0.0_wp
    3758            
    3759             slinnfac = 1.0_wp
    3760 
    3761             ! Get vd
    3762             DO lsp = 1, nvar
    3763                !Initialize
    3764                vs = 0.0_wp
    3765                vd_lu = 0.0_wp
    3766                Rs = 0.0_wp
    3767                Rb = 0.0_wp
    3768                Rc_tot = 0.0_wp
    3769                IF (spc_names(lsp) == 'PM10') THEN
    3770                   part_type = 1
    3771                   ! sedimentation velocity in lowest layer
    3772                   vs = slinnfac * sedimentation_velocity( particle_pars(ind_p_dens, part_type), &
    3773                        particle_pars(ind_p_size, part_type), &
    3774                        particle_pars(ind_p_slip, part_type), &
    3775                        visc)
    3776 
    3777                   CALL drydepo_aero_zhang_vd( vd_lu, Rs, &
    3778                        vs, &
    3779                        particle_pars(ind_p_size, part_type), &
    3780                        particle_pars(ind_p_slip, part_type), &
    3781                        nwet, ttemp, dens, visc, &
    3782                        luu_dep,  &
    3783                        r_aero_lu, ustar_lu)
    3784 
    3785                   bud_now_luu(lsp) = - cc(lsp) * &
    3786                        (1.0 - exp(-vd_lu*dt_dh ))*dh
    3787 
    3788 
    3789                ELSEIF (spc_names(lsp) == 'PM25') THEN
    3790                   part_type = 2
    3791                   ! sedimentation velocity in lowest layer:
    3792                   vs = slinnfac * sedimentation_velocity( particle_pars(ind_p_dens, part_type), &
    3793                        particle_pars(ind_p_size, part_type), &
    3794                        particle_pars(ind_p_slip, part_type), &
    3795                        visc)
    3796 
    3797 
    3798                   CALL drydepo_aero_zhang_vd( vd_lu, Rs, &
    3799                        vs, &
    3800                        particle_pars(ind_p_size, part_type), &
    3801                        particle_pars(ind_p_slip, part_type), &
    3802                        nwet, ttemp, dens, visc, &
    3803                        luu_dep , &
    3804                        r_aero_lu, ustar_lu)
    3805 
    3806                   bud_now_luu(lsp) = - cc(lsp) * &
    3807                        (1.0 - exp(-vd_lu*dt_dh ))*dh
    3808 
    3809 
    3810                ELSE
    3811 
    3812                   ! GASES
    3813 
    3814                   ! Read spc_name of current species for gas parameter
    3815 
    3816                   IF (ANY(pspecnames(:) == spc_names(lsp))) THEN
    3817                      i_pspec = 0
    3818                      DO pspec = 1, 69
    3819                         IF (pspecnames(pspec) == spc_names(lsp)) THEN
    3820                            i_pspec = pspec
    3821                         END IF
    3822                      ENDDO
    3823 
    3824                   ELSE
    3825                      ! Species for now not deposited
    3826                      CYCLE
    3827                   ENDIF
    3828 
    3829                   ! Factor used for conversion from ppb to ug/m3 :
    3830                   !   ppb (mole tr)/(mole air)/ppb (kg tr)/(mole tr) (ug tr)/(kg tr) &
    3831                   !   (mole air)/(kg air) (kg air)/(m3 air) (kg air(ug/m3)/ppb/(kg/mole) = / (kg/mole)
    3832                   !    c           1e-9              xm_tracer         1e9       /       xm_air            dens
    3833                   ! thus:
    3834                   !    c_in_ppb * xm_tracer * [ dens / xm_air ] = c_in_ugm3
    3835                   ! Use density at lowest layer:
    3836 
    3837                   ppm_to_ugm3 =  (dens/xm_air)*0.001_wp  ! (mole air)/m3
    3838 
    3839                   ! atmospheric concentration in DEPAC is requested in ug/m3:
    3840                   !  ug/m3              ppm          (ug/m3)/ppm/(kg/mole)     kg/mole
    3841                   catm = cc(lsp)         * ppm_to_ugm3 *   specmolm(i_pspec)  ! in ug/m3
    3842 
    3843                   ! Diffusivity for DEPAC relevant gases
    3844                   ! Use default value
    3845                   diffc            = 0.11e-4
    3846                   ! overwrite with known coefficients of diffusivity from Massman (1998)
    3847                   IF ( spc_names(lsp) == 'NO2' ) diffc = 0.136e-4
    3848                   IF ( spc_names(lsp) == 'NO'  ) diffc = 0.199e-4
    3849                   IF ( spc_names(lsp) == 'O3'  ) diffc = 0.144e-4
    3850                   IF ( spc_names(lsp) == 'CO'  ) diffc = 0.176e-4
    3851                   IF ( spc_names(lsp) == 'SO2' ) diffc = 0.112e-4
    3852                   IF ( spc_names(lsp) == 'CH4' ) diffc = 0.191e-4
    3853                   IF ( spc_names(lsp) == 'NH3' ) diffc = 0.191e-4
    3854 
    3855 
    3856                   ! Get quasi-laminar boundary layer resistance Rb:
    3857                   CALL get_rb_cell( (luu_dep == ilu_water_sea) .or. (luu_dep == ilu_water_inland), &
    3858                        z0h_lu, ustar_lu, diffc, &
    3859                        Rb)
    3860 
    3861                   ! Get Rc_tot
    3862                   CALL drydepos_gas_depac(spc_names(lsp), day_of_year, latitude, ts, ustar_lu, glrad, zenith(0), &
    3863                        relh, lai, sai, nwet, luu_dep, 2, Rc_tot, ccomp_tot(lsp), hyp(nzb), catm, diffc, &
    3864                        r_aero_lu , Rb)
    3865 
    3866 
    3867                   ! Calculate budget
    3868                   IF (Rc_tot .le. 0.0) THEN
    3869 
    3870                      bud_now_luu(lsp) = 0.0_wp
    3871 
    3872                   ELSE
    3873 
    3874                      ! Compute exchange velocity for current lu:
    3875                      vd_lu = 1.0 / (r_aero_lu + Rb + Rc_tot )
    3876 
    3877                      bud_now_luu(lsp) = - (cc(lsp) - ccomp_tot(lsp)) * &
    3878                           (1.0 - exp(-vd_lu*dt_dh ))*dh
    3879                   ENDIF
    3880 
    3881                ENDIF
    3882             ENDDO
    3883          ENDIF
    3884 
    3885 
    3886          ! Green usm surfaces
    3887          IF (surf_usm_h%frac(ind_pav_green,m) > 0) THEN
    3888 
    3889 
    3890             slinnfac = 1.0_wp
    3891 
    3892             ! Get vd
    3893             DO lsp = 1, nvar
    3894                !Initialize
    3895                vs = 0.0_wp
    3896                vd_lu = 0.0_wp
    3897                Rs = 0.0_wp
    3898                Rb = 0.0_wp
    3899                Rc_tot = 0.0_wp
    3900                IF (spc_names(lsp) == 'PM10') THEN
    3901                   part_type = 1
    3902                   ! sedimentation velocity in lowest layer:
    3903                   vs = slinnfac * sedimentation_velocity( particle_pars(ind_p_dens, part_type), &
    3904                        particle_pars(ind_p_size, part_type), &
    3905                        particle_pars(ind_p_slip, part_type), &
    3906                        visc)
    3907 
    3908                   CALL drydepo_aero_zhang_vd( vd_lu, Rs, &
    3909                        vs, &
    3910                        particle_pars(ind_p_size, part_type), &
    3911                        particle_pars(ind_p_slip, part_type), &
    3912                        nwet, ttemp, dens, visc, &
    3913                        lug_dep,  &
    3914                        r_aero_lu, ustar_lu)
    3915 
    3916                   bud_now_lug(lsp) = - cc(lsp) * &
    3917                        (1.0 - exp(-vd_lu*dt_dh ))*dh
    3918 
    3919 
    3920                ELSEIF (spc_names(lsp) == 'PM25') THEN
    3921                   part_type = 2
    3922                   ! sedimentation velocity in lowest layer:
    3923                   vs = slinnfac * sedimentation_velocity( particle_pars(ind_p_dens, part_type), &
    3924                        particle_pars(ind_p_size, part_type), &
    3925                        particle_pars(ind_p_slip, part_type), &
    3926                        visc)
    3927 
    3928 
    3929                   CALL drydepo_aero_zhang_vd( vd_lu, Rs, &
    3930                        vs, &
    3931                        particle_pars(ind_p_size, part_type), &
    3932                        particle_pars(ind_p_slip, part_type), &
    3933                        nwet, ttemp, dens, visc, &
    3934                        lug_dep, &
    3935                        r_aero_lu, ustar_lu)
    3936 
    3937                   bud_now_lug(lsp) = - cc(lsp) * &
    3938                        (1.0 - exp(-vd_lu*dt_dh ))*dh
    3939 
    3940 
    3941                ELSE
    3942 
    3943                   ! GASES
    3944 
    3945                   ! Read spc_name of current species for gas parameter
    3946 
    3947                   IF (ANY(pspecnames(:) == spc_names(lsp))) THEN
    3948                      i_pspec = 0
    3949                      DO pspec = 1, 69
    3950                         IF (pspecnames(pspec) == spc_names(lsp)) THEN
    3951                            i_pspec = pspec
    3952                         END IF
    3953                      ENDDO
    3954 
    3955                   ELSE
    3956                      ! Species for now not deposited
    3957                      CYCLE
    3958                   ENDIF
    3959 
    3960                   ! Factor used for conversion from ppb to ug/m3 :
    3961                   !   ppb (mole tr)/(mole air)/ppb (kg tr)/(mole tr) (ug tr)/(kg tr) &
    3962                   !   (mole air)/(kg air) (kg air)/(m3 air) (kg air(ug/m3)/ppb/(kg/mole) = / (kg/mole)
    3963                   !    c           1e-9               xm_tracer         1e9       /       xm_air            dens
    3964                   ! thus:
    3965                   !    c_in_ppb * xm_tracer * [ dens / xm_air ] = c_in_ugm3
    3966                   ! Use density at lowest layer:
    3967 
    3968                   ppm_to_ugm3 =  (dens/xm_air)*0.001_wp  ! (mole air)/m3
    3969 
    3970                   ! atmospheric concentration in DEPAC is requested in ug/m3:
    3971                   !  ug/m3              ppm          (ug/m3)/ppm/(kg/mole)     kg/mole
    3972                   catm = cc(lsp)         * ppm_to_ugm3 *   specmolm(i_pspec)  ! in ug/m3
    3973 
    3974                   ! Diffusivity for DEPAC relevant gases
    3975                   ! Use default value
    3976                   diffc            = 0.11e-4
    3977                   ! overwrite with known coefficients of diffusivity from Massman (1998)
    3978                   IF ( spc_names(lsp) == 'NO2' ) diffc = 0.136e-4
    3979                   IF ( spc_names(lsp) == 'NO'  ) diffc = 0.199e-4
    3980                   IF ( spc_names(lsp) == 'O3'  ) diffc = 0.144e-4
    3981                   IF ( spc_names(lsp) == 'CO'  ) diffc = 0.176e-4
    3982                   IF ( spc_names(lsp) == 'SO2' ) diffc = 0.112e-4
    3983                   IF ( spc_names(lsp) == 'CH4' ) diffc = 0.191e-4
    3984                   IF ( spc_names(lsp) == 'NH3' ) diffc = 0.191e-4
    3985 
    3986 
    3987                   ! Get quasi-laminar boundary layer resistance Rb:
    3988                   CALL get_rb_cell( (lug_dep == ilu_water_sea) .or. (lug_dep == ilu_water_inland), &
    3989                        z0h_lu, ustar_lu, diffc, &
    3990                        Rb)
    3991 
    3992 
    3993                   ! Get Rc_tot
    3994                   CALL drydepos_gas_depac(spc_names(lsp), day_of_year, latitude, ts, ustar_lu, glrad, zenith(0), &
    3995                        relh, lai, sai, nwet, lug_dep, 2, Rc_tot, ccomp_tot(lsp), hyp(nzb), catm, diffc, &
    3996                        r_aero_lu , Rb)
    3997 
    3998 
    3999                   ! Calculate budget
    4000                   IF (Rc_tot .le. 0.0) THEN
    4001 
    4002                      bud_now_lug(lsp) = 0.0_wp
    4003 
    4004                   ELSE
    4005 
    4006                      ! Compute exchange velocity for current lu:
    4007                      vd_lu = 1.0 / (r_aero_lu + Rb + Rc_tot )
    4008 
    4009                      bud_now_lug(lsp) = - (cc(lsp) - ccomp_tot(lsp)) * &
    4010                           (1.0 - exp(-vd_lu*dt_dh ))*dh
    4011                   ENDIF
    4012 
    4013 
    4014                ENDIF
    4015             ENDDO
    4016          ENDIF
    4017 
    4018 
    4019          ! Windows
    4020          IF (surf_usm_h%frac(ind_wat_win,m) > 0) THEN
    4021 
    4022 
    4023             ! No vegetation on windows:
    4024             lai = 0.0_wp
    4025             sai = 0.0_wp
    4026            
    4027             slinnfac = 1.0_wp
    4028 
    4029             ! Get vd
    4030             DO lsp = 1, nvar
    4031                !Initialize
    4032                vs = 0.0_wp
    4033                vd_lu = 0.0_wp
    4034                Rs = 0.0_wp
    4035                Rb = 0.0_wp
    4036                Rc_tot = 0.0_wp
    4037                IF (spc_names(lsp) == 'PM10') THEN
    4038                   part_type = 1
    4039                   ! sedimentation velocity in lowest layer:
    4040                   vs = slinnfac * sedimentation_velocity( particle_pars(ind_p_dens, part_type), &
    4041                        particle_pars(ind_p_size, part_type), &
    4042                        particle_pars(ind_p_slip, part_type), &
    4043                        visc)
    4044 
    4045                   CALL drydepo_aero_zhang_vd( vd_lu, Rs, &
    4046                        vs, &
    4047                        particle_pars(ind_p_size, part_type), &
    4048                        particle_pars(ind_p_slip, part_type), &
    4049                        nwet, ttemp, dens, visc, &
    4050                        lud_dep, &
    4051                        r_aero_lu, ustar_lu)
    4052 
    4053                   bud_now_lud(lsp) = - cc(lsp) * &
    4054                        (1.0 - exp(-vd_lu*dt_dh ))*dh
    4055 
    4056 
    4057                ELSEIF (spc_names(lsp) == 'PM25') THEN
    4058                   part_type = 2
    4059                   ! sedimentation velocity in lowest layer:
    4060                   vs = slinnfac * sedimentation_velocity( particle_pars(ind_p_dens, part_type), &
    4061                        particle_pars(ind_p_size, part_type), &
    4062                        particle_pars(ind_p_slip, part_type), &
    4063                        visc)
    4064 
    4065 
    4066                   CALL drydepo_aero_zhang_vd( vd_lu, Rs, &
    4067                        vs, &
    4068                        particle_pars(ind_p_size, part_type), &
    4069                        particle_pars(ind_p_slip, part_type), &
    4070                        nwet, ttemp, dens, visc, &
    4071                        lud_dep, &
    4072                        r_aero_lu, ustar_lu)
    4073 
    4074                   bud_now_lud(lsp) = - cc(lsp) * &
    4075                        (1.0 - exp(-vd_lu*dt_dh ))*dh
    4076 
    4077 
    4078                ELSE
    4079 
    4080                   ! GASES
    4081 
    4082                   ! Read spc_name of current species for gas PARAMETER
    4083 
    4084                   IF (ANY(pspecnames(:) == spc_names(lsp))) THEN
    4085                      i_pspec = 0
    4086                      DO pspec = 1, 69
    4087                         IF (pspecnames(pspec) == spc_names(lsp)) THEN
    4088                            i_pspec = pspec
    4089                         END IF
    4090                      ENDDO
    4091 
    4092                   ELSE
    4093                      ! Species for now not deposited
    4094                      CYCLE
    4095                   ENDIF
    4096 
    4097                   ! Factor used for conversion from ppb to ug/m3 :
    4098                   !   ppb (mole tr)/(mole air)/ppb (kg tr)/(mole tr) (ug tr)/(kg tr) &
    4099                   !   (mole air)/(kg air) (kg air)/(m3 air) (kg air(ug/m3)/ppb/(kg/mole) = / (kg/mole)
    4100                   !    c           1e-9               xm_tracer         1e9       /       xm_air            dens
    4101                   ! thus:
    4102                   !    c_in_ppb * xm_tracer * [ dens / xm_air ] = c_in_ugm3
    4103                   ! Use density at lowest layer:
    4104 
    4105                   ppm_to_ugm3 =  (dens/xm_air)*0.001_wp  ! (mole air)/m3
    4106 
    4107                   ! atmospheric concentration in DEPAC is requested in ug/m3:
    4108                   !  ug/m3              ppm          (ug/m3)/ppm/(kg/mole)     kg/mole
    4109                   catm = cc(lsp)         * ppm_to_ugm3 *   specmolm(i_pspec)  ! in ug/m3
    4110 
    4111                   ! Diffusivity for DEPAC relevant gases
    4112                   ! Use default value
    4113                   diffc            = 0.11e-4
    4114                   ! overwrite with known coefficients of diffusivity from Massman (1998)
    4115                   IF ( spc_names(lsp) == 'NO2' ) diffc = 0.136e-4
    4116                   IF ( spc_names(lsp) == 'NO'  ) diffc = 0.199e-4
    4117                   IF ( spc_names(lsp) == 'O3'  ) diffc = 0.144e-4
    4118                   IF ( spc_names(lsp) == 'CO'  ) diffc = 0.176e-4
    4119                   IF ( spc_names(lsp) == 'SO2' ) diffc = 0.112e-4
    4120                   IF ( spc_names(lsp) == 'CH4' ) diffc = 0.191e-4
    4121                   IF ( spc_names(lsp) == 'NH3' ) diffc = 0.191e-4
    4122 
    4123 
    4124                   ! Get quasi-laminar boundary layer resistance Rb:
    4125                   CALL get_rb_cell( (lud_dep == ilu_water_sea) .or. (lud_dep == ilu_water_inland), &
    4126                        z0h_lu, ustar_lu, diffc, &
    4127                        Rb)
    4128 
    4129                   ! Get Rc_tot
    4130                   CALL drydepos_gas_depac(spc_names(lsp), day_of_year, latitude, ts, ustar_lu, glrad, zenith(0), &
    4131                        relh, lai, sai, nwet, lud_dep, 2, Rc_tot, ccomp_tot(lsp), hyp(nzb), catm, diffc, &
    4132                        r_aero_lu , Rb)
    4133 
    4134 
    4135                   ! Calculate budget
    4136                   IF (Rc_tot .le. 0.0) THEN
    4137 
    4138                      bud_now_lud(lsp) = 0.0_wp
    4139 
    4140                   ELSE
    4141 
    4142                      ! Compute exchange velocity for current lu:
    4143                      vd_lu = 1.0 / (r_aero_lu + Rb + Rc_tot )
    4144 
    4145                      bud_now_lud(lsp) = - (cc(lsp) - ccomp_tot(lsp)) * &
    4146                           (1.0 - exp(-vd_lu*dt_dh ))*dh
    4147                   ENDIF
    4148 
    4149                ENDIF
    4150             ENDDO
    4151          ENDIF
    4152 
    4153 
    4154          bud_now = 0.0_wp
    4155          ! Calculate budget for surface m and adapt concentration
    4156          DO lsp = 1, nspec
    4157 
    4158 
    4159             bud_now(lsp) = surf_usm_h%frac(ind_veg_wall,m)*bud_now_luu(lsp) + &
    4160                  surf_usm_h%frac(ind_pav_green,m)*bud_now_lug(lsp) + &
    4161                  surf_usm_h%frac(ind_wat_win,m)*bud_now_lud(lsp)
    4162 
    4163             ! Compute new concentration, add contribution of all exchange processes:
    4164             cc(lsp) = cc(lsp) + bud_now(lsp)*inv_dh
    4165 
    4166             chem_species(lsp)%conc(k,j,i) = max(0.0_wp, cc(lsp))
    4167 
    4168          ENDDO
    4169 
    4170       ENDIF
    4171 
    4172 
    4173 
    4174     END SUBROUTINE chem_depo
    4175 
    4176  
    4177 
    4178 !----------------------------------------------------------------------------------
    4179 !
    4180 ! DEPAC:
    4181 ! Code of the DEPAC routine and corresponding subroutines below from the DEPAC
    4182 ! module of the LOTOS-EUROS model (Manders et al., 2017)
    4183 !   
    4184 ! Original DEPAC routines by RIVM and TNO (2015), for Documentation see
    4185 ! van Zanten et al., 2010.
    4186 !---------------------------------------------------------------------------------
    4187 !   
    4188 !----------------------------------------------------------------------------------   
    4189 !
    4190 ! depac: compute total canopy (or surface) resistance Rc for gases
    4191 !----------------------------------------------------------------------------------
    4192 
    4193     SUBROUTINE drydepos_gas_depac(compnam, day_of_year, lat, t, ust, glrad, sinphi, &
    4194          rh, lai, sai, nwet, lu, iratns, rc_tot, ccomp_tot, p, catm, diffc, &
    4195          ra, rb) 
    4196 
    4197 
    4198       ! The last four rows of depac arguments are OPTIONAL:
    4199       !
    4200       ! A. compute Rc_tot without compensation points (ccomp_tot will be zero):
    4201       !     CALL depac (compnam, day_of_year, lat, t, ust, glrad, sinphi, rh, nwet, lu, iratns, rc_tot, ccomp_tot, [smi])
    4202       !
    4203       ! B. compute Rc_tot with compensation points (used for LOTOS-EUROS):
    4204       !     CALL depac (compnam, day_of_year, lat, t, ust, glrad, sinphi, rh, nwet, lu, iratns, rc_tot, ccomp_tot, [smi], &
    4205       !                  c_ave_prev_nh3, c_ave_prev_so2, catm, gamma_soil_water)
    4206       !
    4207       ! C. compute effective Rc based on compensation points (used for OPS):
    4208       !     CALL depac (compnam, day_of_year, lat, t, ust, glrad, sinphi, rh, nwet, lu, iratns, rc_tot, ccomp_tot, [smi], &
    4209       !                 c_ave_prev_nh3, c_ave_prev_so2, catm, gamma_soil_water, &
    4210       !                 ra, rb, rc_eff)
    4211       ! X1. Extra (OPTIONAL) output variables:
    4212       !     CALL depac (compnam, day_of_year, lat, t, ust, glrad, sinphi, rh, nwet, lu, iratns, rc_tot, ccomp_tot, [smi], &
    4213       !                 c_ave_prev_nh3, c_ave_prev_so2, catm, gamma_soil_water, &
    4214       !                 ra, rb, rc_eff, &
    4215       !                 gw_out, gstom_out, gsoil_eff_out, cw_out, cstom_out, csoil_out, lai_out, sai_out)
    4216       ! X2. Extra (OPTIONAL) needed for stomatal ozone flux calculation (only sunlit leaves):
    4217       !     CALL depac (compnam, day_of_year, lat, t, ust, glrad, sinphi, rh, nwet, lu, iratns, rc_tot, ccomp_tot, [smi], &
    4218       !                 c_ave_prev_nh3, c_ave_prev_so2, catm, gamma_soil_water, &
    4219       !                 ra, rb, rc_eff, &
    4220       !                 gw_out, gstom_out, gsoil_eff_out, cw_out, cstom_out, csoil_out, lai_out, sai_out, &
    4221       !                 calc_stom_o3flux, frac_sto_o3_lu, fac_surface_area_2_PLA)
    4222 
    4223 
    4224       IMPLICIT NONE
    4225 
    4226       CHARACTER(len=*)          , INTENT(in)       :: compnam          ! component name
    4227       ! 'HNO3','NO','NO2','O3','SO2','NH3'
    4228       INTEGER(iwp)              , INTENT(in)       :: day_of_year      ! day of year, 1 ... 365 (366)
    4229       REAL(kind=wp)             , INTENT(in)       :: lat                   ! latitude Northern hemisphere (degrees) (DEPAC cannot be used for S. hemisphere)
    4230       REAL(kind=wp)            , INTENT(in)        :: t                ! temperature (C)
    4231       ! NB discussion issue is temp T_2m or T_surf or T_leaf?
    4232       REAL(kind=wp)             , INTENT(in)       :: ust              ! friction velocity (m/s)
    4233       REAL(kind=wp)             , INTENT(in)       :: glrad            ! global radiation (W/m2)
    4234       REAL(kind=wp)             , INTENT(in)       :: sinphi           ! sin of solar elevation angle
    4235       REAL(kind=wp)             , INTENT(in)       :: rh               ! relative humidity (%)
    4236       REAL(kind=wp)             , INTENT(in)       :: lai              ! one-sidedleaf area index (-)
    4237       REAL(kind=wp)             , INTENT(in)       :: sai              ! surface area index (-) (lai + branches and stems)
    4238       REAL(kind=wp)             , INTENT(in)       :: diffc            ! Diffusivity
    4239       INTEGER(iwp)              , INTENT(in)           :: nwet             ! wetness indicator; nwet=0 -> dry; nwet=1 -> wet; nwet=9 -> snow
    4240       INTEGER(iwp)              , INTENT(in)       :: lu               ! land use type, lu = 1,...,nlu
    4241       INTEGER(iwp)              , INTENT(in)       :: iratns           ! index for NH3/SO2 ratio used for SO2;
    4242       ! iratns = 1: low NH3/SO2
    4243       ! iratns = 2: high NH3/SO2
    4244       ! iratns = 3: very low NH3/SO2
    4245       REAL(kind=wp)             , INTENT(out)      :: rc_tot           ! total canopy resistance Rc (s/m)
    4246       REAL(kind=wp)             , INTENT(out)      :: ccomp_tot        ! total compensation point (ug/m3) [= 0 for species that don't have a compensation
    4247       REAL(kind=wp)             ,INTENT(in)        :: p                ! pressure (Pa)
    4248       REAL(kind=wp), INTENT(in)  :: catm            ! actual atmospheric concentration (ug/m3)
    4249       REAL(kind=wp), INTENT(in)  :: ra              ! aerodynamic resistance (s/m)
    4250       REAL(kind=wp), INTENT(in)  :: rb              ! boundary layer resistance (s/m)
    4251 
    4252       ! Local variables:
    4253       REAL(kind=wp)                           :: laimax          ! maximum leaf area index (-)
    4254       LOGICAL                        :: ready           ! Rc has been set
    4255       ! = 1 -> constant Rc
    4256       ! = 2 -> temperature dependent Rc
    4257       REAL(kind=wp)                           :: gw              ! external leaf conductance (m/s)
    4258       REAL(kind=wp)                           :: gstom           ! stomatal conductance (m/s)
    4259       REAL(kind=wp)                           :: gsoil_eff       ! effective soil conductance (m/s)
    4260       REAL(kind=wp)                           :: gc_tot          ! total canopy conductance (m/s)
    4261       REAL(kind=wp)                           :: cw              ! external leaf surface compensation point (ug/m3)
    4262       REAL(kind=wp)                           :: cstom           ! stomatal compensation point (ug/m3)
    4263       REAL(kind=wp)                           :: csoil           ! soil compensation point (ug/m3)
    4264 
    4265       ! Vegetation indicators:
    4266       LOGICAL            :: LAI_present ! leaves are present for current land use type
    4267       LOGICAL            :: SAI_present ! vegetation is present for current land use type
    4268 
    4269       ! Component number taken from component name, paramteres matched with include files
    4270       INTEGER(iwp)           ::  icmp
    4271 
    4272       ! component numbers:
    4273       INTEGER(iwp), PARAMETER  ::  icmp_o3   = 1
    4274       INTEGER(iwp), PARAMETER  ::  icmp_so2  = 2
    4275       INTEGER(iwp), PARAMETER  ::  icmp_no2  = 3
    4276       INTEGER(iwp), PARAMETER  ::  icmp_no   = 4
    4277       INTEGER(iwp), PARAMETER  ::  icmp_nh3  = 5
    4278       INTEGER(iwp), PARAMETER  ::  icmp_co   = 6
    4279       INTEGER(iwp), PARAMETER  ::  icmp_no3  = 7
    4280       INTEGER(iwp), PARAMETER  ::  icmp_hno3 = 8
    4281       INTEGER(iwp), PARAMETER  ::  icmp_n2o5 = 9
    4282       INTEGER(iwp), PARAMETER  ::  icmp_h2o2 = 10
    4283 
    4284 
    4285 
    4286       ! Define component number
    4287       SELECT CASE ( trim(compnam) )
    4288 
    4289       CASE ( 'O3', 'o3' )
    4290          icmp = icmp_o3
    4291 
    4292       CASE ( 'SO2', 'so2' )
    4293          icmp = icmp_so2
    4294 
    4295       CASE ( 'NO2', 'no2' )
    4296          icmp = icmp_no2
    4297 
    4298       CASE ( 'NO', 'no' )
    4299          icmp = icmp_no
    4300 
    4301       CASE ( 'NH3', 'nh3' )
    4302          icmp = icmp_nh3
    4303 
    4304       CASE ( 'CO', 'co' )
    4305          icmp = icmp_co
    4306 
    4307       CASE ( 'NO3', 'no3' )
    4308          icmp = icmp_no3
    4309 
    4310       CASE ( 'HNO3', 'hno3' )
    4311          icmp = icmp_hno3
    4312 
    4313       CASE ( 'N2O5', 'n2o5' )
    4314          icmp = icmp_n2o5
    4315 
    4316       CASE ( 'H2O2', 'h2o2' )
    4317          icmp = icmp_h2o2
    4318 
    4319       CASE default
    4320          !Component not part of DEPAC --> not deposited
    4321          RETURN
    4322 
    4323       END SELECT
    4324 
    4325       ! inititalize
    4326       gw        = 0.
    4327       gstom     = 0.
    4328       gsoil_eff = 0.
    4329       gc_tot    = 0.
    4330       cw        = 0.
    4331       cstom     = 0.
    4332       csoil     = 0.
    4333 
    4334 
    4335       ! Check whether vegetation is present (in that CASE the leaf or surface area index > 0):
    4336       LAI_present = (lai .gt. 0.0)
    4337       SAI_present = (sai .gt. 0.0)
    4338 
    4339       ! Set Rc (i.e. rc_tot) in special cases:
    4340       CALL rc_special(icmp,compnam,lu,t, nwet,rc_tot,ready,ccomp_tot)
    4341 
    4342       ! set effective resistance equal to total resistance, this will be changed for compensation points
    4343       !IF ( present(rc_eff) ) then
    4344       !   rc_eff = rc_tot
    4345       !END IF
    4346 
    4347       ! IF Rc is not set:
    4348       IF (.not. ready) then
    4349 
    4350          ! External conductance:
    4351          CALL rc_gw(compnam,iratns,t,rh,nwet,SAI_present,sai,gw)         
    4352 
    4353          ! Stomatal conductance:
    4354          ! CALL rc_gstom(icmp,compnam,lu,LAI_present,lai,glrad,sinphi,t,rh,diffc,gstom,p,&
    4355          !     smi=smi,calc_stom_o3flux=calc_stom_o3flux)
    4356          CALL rc_gstom(icmp,compnam,lu,LAI_present,lai,glrad,sinphi,t,rh,diffc,gstom,p)
    4357          ! Effective soil conductance:
    4358          CALL rc_gsoil_eff(icmp,lu,sai,ust,nwet,t,gsoil_eff)
    4359 
    4360          ! Total canopy conductance (gc_tot) and resistance Rc (rc_tot):
    4361          CALL rc_rctot(gstom,gsoil_eff,gw,gc_tot,rc_tot)
    4362 
    4363          ! Compensation points (always returns ccomp_tot; currently ccomp_tot != 0 only for NH3):
    4364          ! CALL rc_comp_point( compnam,lu,day_of_year,t,gw,gstom,gsoil_eff,gc_tot,&
    4365          !     LAI_present, SAI_present, &
    4366          !     ccomp_tot, &
    4367          !     catm=catm,c_ave_prev_nh3=c_ave_prev_nh3, &
    4368          !     c_ave_prev_so2=c_ave_prev_so2,gamma_soil_water=gamma_soil_water, &
    4369          !     tsea=tsea,cw=cw,cstom=cstom,csoil=csoil )
    4370 
    4371          ! Effective Rc based on compensation points:
    4372          ! IF ( present(rc_eff) ) then
    4373          ! check on required arguments:
    4374          !IF ( (.not. present(catm)) .or. (.not. present(ra)) .or. (.not. present(rb)) ) then
    4375          !   stop 'output argument rc_eff requires input arguments catm, ra and rb'
    4376          !END IF
    4377          ! compute rc_eff :
    4378          !CALL rc_comp_point_rc_eff(ccomp_tot,catm,ra,rb,rc_tot,rc_eff)
    4379          !ENDIF
    4380       ENDIF
    4381 
    4382     END SUBROUTINE drydepos_gas_depac
    4383 
    4384 
    4385 
    4386 !-------------------------------------------------------------------
    4387 ! rc_special: compute total canopy resistance in special CASEs
    4388 !-------------------------------------------------------------------
    4389     SUBROUTINE rc_special(icmp,compnam,lu,t,nwet,rc_tot,ready,ccomp_tot)
    4390 
    4391       INTEGER(iwp)         , INTENT(in)  :: icmp            ! component index
    4392       CHARACTER(len=*)     , INTENT(in)  :: compnam         ! component name
    4393       INTEGER(iwp)         , INTENT(in)  :: lu              ! land use type, lu = 1,...,nlu
    4394       REAL(kind=wp)        , INTENT(in)  :: t               ! temperature (C)
    4395       ! = 1 -> constant Rc
    4396       ! = 2 -> temperature dependent Rc
    4397       INTEGER(iwp)         , INTENT(in)  :: nwet            ! wetness indicator; nwet=0 -> dry; nwet=1 -> wet; nwet=9 -> snow
    4398       REAL(kind=wp)        , INTENT(out) :: rc_tot          ! total canopy resistance Rc (s/m)
    4399       LOGICAL              , INTENT(out) :: ready           ! Rc has been set
    4400       REAL(kind=wp)        , INTENT(out) :: ccomp_tot       ! total compensation point (ug/m3)
    4401 
    4402       ! rc_tot is not yet set:
    4403       ready = .false.
    4404 
    4405       ! Default compensation point in special CASEs = 0:
    4406       ccomp_tot = 0.0
    4407 
    4408       SELECT CASE(trim(compnam))
    4409       CASE('HNO3','N2O5','NO3','H2O2')
    4410          ! No separate resistances for HNO3; just one total canopy resistance:
    4411          IF (t .lt. -5.0 .and. nwet .eq. 9) then
    4412             ! T < 5 C and snow:
    4413             rc_tot = 50.
    4414          ELSE
    4415             ! all other circumstances:
    4416             rc_tot = 10.0
    4417          ENDIF
    4418          ready = .true.
    4419 
    4420       CASE('NO','CO')
    4421          IF (lu .eq. ilu_water_sea .or. lu .eq. ilu_water_inland) then       ! water
    4422             rc_tot = 2000.
    4423             ready = .true.
    4424          ELSEIF (nwet .eq. 1) then ! wet
    4425             rc_tot = 2000.
    4426             ready = .true.
    4427          ENDIF
    4428       CASE('NO2','O3','SO2','NH3')
    4429          ! snow surface:
    4430          IF (nwet.eq.9) then
    4431             !CALL rc_snow(ipar_snow(icmp),t,rc_tot)
    4432             ready = .true.
    4433          ENDIF
    4434       CASE default
    4435          message_string = 'Component '// trim(compnam) // ' not supported'
    4436          CALL message( 'rc_special', 'CM0457', 1, 2, 0, 6, 0 )
    4437       END SELECT
    4438 
    4439     END SUBROUTINE rc_special
    4440 
    4441 
    4442 
    4443 !-------------------------------------------------------------------
    4444 ! rc_gw: compute external conductance
    4445 !-------------------------------------------------------------------
    4446     SUBROUTINE rc_gw( compnam, iratns,t,rh,nwet, SAI_present, sai, gw )
    4447 
    4448       ! Input/output variables:
    4449       CHARACTER(len=*)     , INTENT(in)  :: compnam ! component name
    4450       INTEGER(iwp)         , INTENT(in)  :: iratns  ! index for NH3/SO2 ratio;
    4451       ! iratns = 1: low NH3/SO2
    4452       ! iratns = 2: high NH3/SO2
    4453       ! iratns = 3: very low NH3/SO2
    4454       REAL(kind=wp)         , INTENT(in)  :: t       ! temperature (C)
    4455       REAL(kind=wp)         , INTENT(in)  :: rh      ! relative humidity (%)
    4456       INTEGER(iwp)          , INTENT(in)  :: nwet    ! wetness indicator; nwet=0 -> dry; nwet=1 -> wet; nwet=9 -> snow
    4457       LOGICAL               , INTENT(in)  :: SAI_present
    4458       REAL(kind=wp)         , INTENT(in)  :: sai     ! one-sided leaf area index (-)
    4459       REAL(kind=wp)         , INTENT(out) :: gw      ! external leaf conductance (m/s)
    4460 
    4461       SELECT CASE(trim(compnam))
    4462 
    4463          !CASE('HNO3','N2O5','NO3','H2O2') this routine is not CALLed for HNO3
    4464 
    4465       CASE('NO2')
    4466          CALL rw_constant(2000.0_wp,SAI_present,gw)
    4467 
    4468       CASE('NO','CO')
    4469          CALL rw_constant(-9999.0_wp,SAI_present,gw)  ! see Erisman et al, 1994 section 3.2.3
    4470 
    4471       CASE('O3')
    4472          CALL rw_constant(2500.0_wp,SAI_present,gw)
    4473 
    4474       CASE('SO2')
    4475          CALL rw_so2( t, nwet, rh, iratns, SAI_present, gw )
    4476 
    4477       CASE('NH3')
    4478          CALL rw_nh3_sutton(t,rh,SAI_present,gw)
    4479 
    4480          ! conversion from leaf resistance to canopy resistance by multiplying with SAI:
    4481          Gw = sai*gw
    4482 
    4483       CASE default
    4484          message_string = 'Component '// trim(compnam) // ' not supported'
    4485          CALL message( 'rc_gw', 'CM0458', 1, 2, 0, 6, 0 )
    4486       END SELECT
    4487 
    4488     END SUBROUTINE rc_gw
    4489 
    4490 
    4491 
    4492 !-------------------------------------------------------------------
    4493 ! rw_so2: compute external leaf conductance for SO2
    4494 !-------------------------------------------------------------------
    4495     SUBROUTINE rw_so2( t, nwet, rh, iratns, SAI_present, gw )
    4496 
    4497       ! Input/output variables:
    4498       REAL(kind=wp)   , INTENT(in)  :: t      ! temperature (C)
    4499       INTEGER(iwp)    , INTENT(in)  :: nwet   ! wetness indicator; nwet=0 -> dry; nwet=1 -> wet; nwet=9 -> snow
    4500       REAL(kind=wp)   , INTENT(in)  :: rh     ! relative humidity (%)
    4501       INTEGER(iwp)    , INTENT(in)  :: iratns ! index for NH3/SO2 ratio;
    4502       ! iratns = 1: low NH3/SO2
    4503       ! iratns = 2: high NH3/SO2
    4504       ! iratns = 3: very low NH3/SO2
    4505       LOGICAL, INTENT(in)  :: SAI_present
    4506       REAL(kind=wp)   , INTENT(out) :: gw     ! external leaf conductance (m/s)
    4507 
    4508       ! Variables from module:
    4509       ! SAI_present: vegetation is present
    4510 
    4511       ! Local variables:
    4512       REAL(kind=wp)                 :: rw     ! external leaf resistance (s/m)
    4513 
    4514       ! Check IF vegetation present:
    4515       IF (SAI_present) then
    4516 
    4517          IF (nwet .eq. 0) then
    4518             !--------------------------
    4519             ! dry surface
    4520             !--------------------------
    4521             ! T > -1 C
    4522             IF (t .gt. -1.0) then
    4523                IF (rh .lt. 81.3) then
    4524                   rw = 25000*exp(-0.0693*rh)
    4525                ELSE
    4526                   rw = 0.58e12*exp(-0.278*rh) + 10.
    4527                ENDIF
    4528             ELSE
    4529                ! -5 C < T <= -1 C
    4530                IF (t .gt. -5.0) then
    4531                   rw=200
    4532                ELSE
    4533                   ! T <= -5 C
    4534                   rw=500
    4535                ENDIF
    4536             ENDIF
    4537          ELSE
    4538             !--------------------------
    4539             ! wet surface
    4540             !--------------------------
    4541             rw = 10. !see Table 5, Erisman et al, 1994 Atm. Environment, 0 is impl. as 10
    4542          ENDIF
    4543 
    4544          ! very low NH3/SO2 ratio:
    4545          IF (iratns == iratns_very_low ) rw = rw+50.
    4546 
    4547          ! Conductance:
    4548          gw = 1./rw
    4549       ELSE
    4550          ! no vegetation:
    4551          gw = 0.0
    4552       ENDIF
    4553 
    4554     END SUBROUTINE rw_so2
    4555 
    4556 
    4557 
    4558 !-------------------------------------------------------------------
    4559 ! rw_nh3_sutton: compute external leaf conductance for NH3,
    4560 !                  following Sutton & Fowler, 1993
    4561 !-------------------------------------------------------------------
    4562     SUBROUTINE rw_nh3_sutton(tsurf,rh,SAI_present,gw)
    4563 
    4564       ! Input/output variables:
    4565       REAL(kind=wp)   , INTENT(in)  :: tsurf     ! surface temperature (C)
    4566       REAL(kind=wp)   , INTENT(in)  :: rh        ! relative humidity (%)
    4567       LOGICAL, INTENT(in)  :: SAI_present
    4568       REAL(kind=wp)   , INTENT(out) :: gw        ! external leaf conductance (m/s)
    4569 
    4570       ! Variables from module:
    4571       ! SAI_present: vegetation is present
    4572 
    4573       ! Local variables:
    4574       REAL(kind=wp)                 :: rw                ! external leaf resistance (s/m)
    4575       REAL(kind=wp)                 :: sai_grass_haarweg ! surface area index at experimental site Haarweg
    4576 
    4577       ! Fix SAI_grass at value valid for Haarweg data for which gamma_w parametrization is derived
    4578       sai_grass_haarweg = 3.5
    4579 
    4580       !                  100 - rh
    4581       !  rw = 2.0 * exp(----------)
    4582       !                    12
    4583 
    4584       IF (SAI_present) then
    4585 
    4586          ! External resistance according to Sutton & Fowler, 1993
    4587          rw = 2.0 * exp((100.0 - rh)/12.0)
    4588          rw = sai_grass_haarweg * rw
    4589 
    4590          ! Frozen soil (from Depac v1):
    4591          IF (tsurf .lt. 0) rw = 200
    4592 
    4593          ! Conductance:
    4594          gw = 1./rw
    4595       ELSE
    4596          ! no vegetation:
    4597          gw = 0.0
    4598       ENDIF
    4599 
    4600     END SUBROUTINE rw_nh3_sutton
    4601 
    4602 
    4603 
    4604 !-------------------------------------------------------------------
    4605 ! rw_constant: compute constant external leaf conductance
    4606 !-------------------------------------------------------------------
    4607     SUBROUTINE rw_constant(rw_val,SAI_present,gw)
    4608 
    4609       ! Input/output variables:
    4610       REAL(kind=wp)   , INTENT(in)  :: rw_val      ! constant value of Rw
    4611       LOGICAL         , INTENT(in)  :: SAI_present
    4612       REAL(kind=wp)   , INTENT(out) :: gw          ! wernal leaf conductance (m/s)
    4613 
    4614       ! Variables from module:
    4615       ! SAI_present: vegetation is present
    4616 
    4617       ! Compute conductance:
    4618       IF (SAI_present .and. .not.missing(rw_val)) then
    4619          gw = 1./rw_val
    4620       ELSE
    4621          gw = 0.
    4622       ENDIF
    4623 
    4624     END SUBROUTINE rw_constant
    4625 
    4626 
    4627 
    4628 !-------------------------------------------------------------------
    4629 ! rc_gstom: compute stomatal conductance
    4630 !-------------------------------------------------------------------
    4631     SUBROUTINE rc_gstom( icmp, compnam, lu, LAI_present, lai, glrad, sinphi, t, rh, diffc, &
    4632          gstom, &
    4633          p)
    4634 
    4635       ! input/output variables:
    4636       INTEGER(iwp),           INTENT(in) :: icmp        ! component index
    4637       CHARACTER(len=*),       INTENT(in) :: compnam     ! component name
    4638       INTEGER(iwp),           INTENT(in) :: lu          ! land use type , lu = 1,...,nlu
    4639       LOGICAL,                INTENT(in) :: LAI_present
    4640       REAL(kind=wp),          INTENT(in) :: lai         ! one-sided leaf area index
    4641       REAL(kind=wp),          INTENT(in) :: glrad       ! global radiation (W/m2)
    4642       REAL(kind=wp),          INTENT(in) :: sinphi      ! sin of solar elevation angle
    4643       REAL(kind=wp),          INTENT(in) :: t           ! temperature (C)
    4644       REAL(kind=wp),          INTENT(in) :: rh          ! relative humidity (%)
    4645       REAL(kind=wp),          INTENT(in) :: diffc       ! diffusion coefficient of the gas involved
    4646       REAL(kind=wp),          INTENT(out):: gstom       ! stomatal conductance (m/s)
    4647       REAL(kind=wp), OPTIONAL,INTENT(in) :: p           ! pressure (Pa)
    4648 
    4649 
    4650       ! Local variables
    4651       REAL(kind=wp)                      :: vpd            ! vapour pressure deficit (kPa)
    4652 
    4653       REAL(kind=wp), PARAMETER           :: dO3 = 0.13e-4  ! diffusion coefficient of ozon (m2/s)
    4654 
    4655 
    4656       SELECT CASE(trim(compnam))
    4657 
    4658          !CASE('HNO3','N2O5','NO3','H2O2') this routine is not CALLed for HNO3
    4659 
    4660       CASE('NO','CO')
    4661          ! for NO stomatal uptake is neglected:
    4662          gstom = 0.0
    4663 
    4664       CASE('NO2','O3','SO2','NH3')
    4665 
    4666          ! IF vegetation present:
    4667          IF (LAI_present) then
    4668 
    4669             IF (glrad .gt. 0.0) then
    4670                CALL rc_get_vpd(t,rh,vpd)
    4671                CALL rc_gstom_emb( lu, glrad, t, vpd, LAI_present, lai, sinphi, gstom, p )
    4672                gstom = gstom*diffc/dO3       ! Gstom of Emberson is derived for ozone
    4673             ELSE
    4674                gstom = 0.0
    4675             ENDIF
    4676          ELSE
    4677             ! no vegetation; zero conductance (infinite resistance):
    4678             gstom = 0.0
    4679          ENDIF
    4680 
    4681       CASE default
    4682          message_string = 'Component '// trim(compnam) // ' not supported'
    4683          CALL message( 'rc_gstom', 'CM0459', 1, 2, 0, 6, 0 )
    4684       END SELECT
    4685 
    4686     END SUBROUTINE rc_gstom
    4687 
    4688 
    4689 
    4690 !-------------------------------------------------------------------
    4691 ! rc_gstom_emb: stomatal conductance according to Emberson
    4692 !-------------------------------------------------------------------
    4693     SUBROUTINE rc_gstom_emb( lu, glrad, T, vpd, LAI_present, lai, sinp, &
    4694          Gsto, p )
    4695       ! History
    4696       !   Original code from Lotos-Euros, TNO, M. Schaap
    4697       !   2009-08, M.C. van Zanten, Rivm
    4698       !     Updated and extended.
    4699       !   2009-09, Arjo Segers, TNO
    4700       !     Limitted temperature influence to range to avoid
    4701       !     floating point exceptions.
    4702       !
    4703       ! Method
    4704       !
    4705       !   Code based on Emberson et al, 2000, Env. Poll., 403-413
    4706       !   Notation conform Unified EMEP Model Description Part 1, ch 8
    4707       !
    4708       !   In the calculation of F_light the modification of L. Zhang 2001, AE to the PARshade and PARsun
    4709       !   parametrizations of Norman 1982 are applied
    4710       !
    4711       !   F_phen and F_SWP are set to 1
    4712       !
    4713       !   Land use types DEPAC versus Emberson (Table 5.1, EMEP model description)
    4714       !   DEPAC                     Emberson
    4715       !     1 = grass                 GR = grassland
    4716       !     2 = arable land           TC = temperate crops ( LAI according to RC = rootcrops)
    4717       !     3 = permanent crops       TC = temperate crops ( LAI according to RC = rootcrops)
    4718       !     4 = coniferous forest     CF = tempareate/boREAL(kind=wp) coniferous forest
    4719       !     5 = deciduous forest      DF = temperate/boREAL(kind=wp) deciduous forest
    4720       !     6 = water                 W  = water
    4721       !     7 = urban                 U  = urban
    4722       !     8 = other                 GR = grassland
    4723       !     9 = desert                DE = desert
    4724       !
    4725 
    4726       ! Emberson specific declarations
    4727 
    4728       ! Input/output variables:
    4729       INTEGER(iwp),               INTENT(in) :: lu                ! land use type, lu = 1,...,nlu
    4730       REAL(kind=wp),              INTENT(in) :: glrad             ! global radiation (W/m2)
    4731       REAL(kind=wp),              INTENT(in) :: T                 ! temperature (C)
    4732       REAL(kind=wp),              INTENT(in) :: vpd               ! vapour pressure deficit (kPa)
    4733       LOGICAL,                    INTENT(in) :: LAI_present
    4734       REAL(kind=wp),              INTENT(in) :: lai               ! one-sided leaf area index
    4735       REAL(kind=wp),              INTENT(in) :: sinp              ! sin of solar elevation angle
    4736       REAL(kind=wp),              INTENT(out):: Gsto              ! stomatal conductance (m/s)
    4737       REAL(kind=wp), OPTIONAL,    INTENT(in) :: p                 ! pressure (Pa)
    4738 
    4739       ! Local variables:
    4740       REAL(kind=wp)                          ::  F_light, F_phen, F_temp, F_vpd, F_swp, bt, F_env
    4741       REAL(kind=wp)                          ::  pardir, pardiff, parshade, parsun, LAIsun, LAIshade, sinphi
    4742       REAL(kind=wp)                          ::  pres
    4743       REAL(kind=wp), PARAMETER               ::  p_sealevel = 1.01325e5    ! Pa
    4744 
    4745 
    4746       ! Check whether vegetation is present:
    4747       IF (LAI_present) then
    4748 
    4749          ! calculation of correction factors for stomatal conductance
    4750          IF (sinp .le. 0.0) then 
    4751             sinphi = 0.0001
    4752          ELSE
    4753             sinphi = sinp
    4754          END IF
    4755 
    4756          ! ratio between actual and sea-level pressure is used
    4757          ! to correct for height in the computation of par ;
    4758          ! should not exceed sea-level pressure therefore ...
    4759          IF ( present(p) ) then
    4760             pres = min( p, p_sealevel )
    4761          ELSE
    4762             pres = p_sealevel
    4763          ENDIF
    4764 
    4765          ! Direct and diffuse par, Photoactive (=visible) radiation:
    4766          CALL par_dir_diff( glrad, sinphi, pres, p_sealevel, pardir, pardiff )
    4767 
    4768          ! par for shaded leaves (canopy averaged):
    4769          parshade = pardiff*exp(-0.5*LAI**0.7)+0.07*pardir*(1.1-0.1*LAI)*exp(-sinphi) ! Norman, 1982
    4770          IF (glrad .gt. 200 .and. LAI .gt. 2.5) then
    4771             parshade = pardiff*exp(-0.5*LAI**0.8)+0.07*pardir*(1.1-0.1*LAI)*exp(-sinphi) ! Zhang et al., 2001
    4772          END IF
    4773 
    4774          ! par for sunlit leaves (canopy averaged):
    4775          ! alpha -> mean angle between leaves and the sun is fixed at 60 deg -> i.e. cos alpha = 0.5
    4776          parsun = pardir*0.5/sinphi + parshade ! Norman, 1982
    4777          IF (glrad .gt. 200 .and. LAI .gt. 2.5) then
    4778             parsun = pardir**0.8*0.5/sinphi + parshade ! Zhang et al., 2001
    4779          END IF
    4780 
    4781          ! leaf area index for sunlit and shaded leaves:
    4782          IF (sinphi .gt. 0) then
    4783             LAIsun = 2*sinphi*(1-exp(-0.5*LAI/sinphi ))
    4784             LAIshade = LAI -LAIsun
    4785          ELSE
    4786             LAIsun = 0
    4787             LAIshade = LAI
    4788          END IF
    4789 
    4790          F_light = (LAIsun*(1 - exp(-1.*alpha(lu)*parsun)) + LAIshade*(1 - exp(-1.*alpha(lu)*parshade)))/LAI
    4791 
    4792          F_light = max(F_light,F_min(lu))
    4793 
    4794          !  temperature influence; only non-zero within range [Tmin,Tmax]:
    4795          IF ( (Tmin(lu) < T) .and. (T < Tmax(lu)) ) then
    4796             BT = (Tmax(lu)-Topt(lu))/(Topt(lu)-Tmin(lu))
    4797             F_temp = ((T-Tmin(lu))/(Topt(lu)-Tmin(lu))) * ((Tmax(lu)-T)/(Tmax(lu)-Topt(lu)))**BT
    4798          ELSE
    4799             F_temp = 0.0
    4800          END IF
    4801          F_temp = max(F_temp,F_min(lu))
    4802 
    4803          ! vapour pressure deficit influence
    4804          F_vpd = MIN( 1.0_wp, ((1.0_wp-F_min(lu))*(vpd_min(lu)-vpd)/(vpd_min(lu)-vpd_max(lu)) + F_min(lu) ) )
    4805          F_vpd = max(F_vpd,F_min(lu))
    4806 
    4807          F_swp = 1.
    4808 
    4809          ! influence of phenology on stom. conductance
    4810          ! ignored for now in DEPAC since influence of F_phen on lu classes in use is negligible.
    4811          ! When other EMEP classes (e.g. med. broadleaf) are used f_phen might be too important to ignore
    4812          F_phen = 1.
    4813 
    4814          ! evaluate total stomatal conductance
    4815          F_env = F_temp*F_vpd*F_swp
    4816          F_env = max(F_env,F_min(lu))
    4817          gsto = G_max(lu) * F_light * F_phen * F_env
    4818 
    4819          ! gstom expressed per m2 leafarea;
    4820          ! this is converted with LAI to m2 surface.
    4821          Gsto = lai*gsto    ! in m/s
    4822 
    4823       ELSE
    4824          GSto = 0.0
    4825       ENDIF
    4826 
    4827     END SUBROUTINE rc_gstom_emb
    4828 
    4829 
    4830 
    4831 !-------------------------------------------------------------------
    4832 ! par_dir_diff
    4833 !-------------------------------------------------------------------
    4834     SUBROUTINE par_dir_diff(glrad,sinphi,pres,pres_0,par_dir,par_diff)
    4835       !
    4836       !     Weiss, A., Norman, J.M. (1985) Partitioning solar radiation into direct and
    4837       !     diffuse, visible and near-infrared components. Agric. Forest Meteorol.
    4838       !     34, 205-213.
    4839       !
    4840       !     From a SUBROUTINE obtained from Leiming Zhang (via Willem Asman),
    4841       !     MeteoroLOGICAL Service of Canada
    4842       !     e-mail: leiming.zhang@ec.gc.ca
    4843       !
    4844       !     Leiming uses solar irradiance. This should be equal to global radiation and
    4845       !     Willem Asman set it to global radiation
    4846 
    4847       REAL(kind=wp),    INTENT(in)  :: glrad             ! global radiation (W m-2)
    4848       REAL(kind=wp),    INTENT(in)  :: sinphi            ! sine of the solar elevation
    4849       REAL(kind=wp),    INTENT(in)  :: pres              ! actual pressure (to correct for height) (Pa)
    4850       REAL(kind=wp),    INTENT(in)  :: pres_0            ! pressure at sea level (Pa)
    4851       REAL(kind=wp),    INTENT(out) :: par_dir           ! PAR direct : visible (photoactive) direct beam radiation (W m-2)
    4852       REAL(kind=wp),    INTENT(out) :: par_diff          ! PAR diffuse: visible (photoactive) diffuse radiation (W m-2)
    4853 
    4854       !     fn              = near-infrared direct beam fraction (DIMENSIONless)
    4855       !     fv              = PAR direct beam fraction (DIMENSIONless)
    4856       !     ratio           = ratio measured to potential solar radiation (DIMENSIONless)
    4857       !     rdm             = potential direct beam near-infrared radiation (W m-2); "potential" means clear-sky
    4858       !     rdn             = potential diffuse near-infrared radiation (W m-2)
    4859       !     rdu             = visible (PAR) direct beam radiation (W m-2)
    4860       !     rdv             = potential visible (PAR) diffuse radiation (W m-2)
    4861       !     rn              = near-infrared radiation (W m-2)
    4862       !     rv              = visible radiation (W m-2)
    4863       !     ww              = water absorption in the near infrared for 10 mm of precipitable water
    4864 
    4865       REAL(kind=wp) :: rdu,rdv,ww,rdm,rdn,rv,rn,ratio,sv,fv
    4866 
    4867       !     Calculate visible (PAR) direct beam radiation
    4868       !     600 W m-2 represents average amount of PAR (400-700 nm wavelength)
    4869       !     at the top of the atmosphere; this is roughly 0.45*solar constant (solar constant=1320 Wm-2)
    4870       rdu=600.*exp(-0.185*(pres/pres_0)/sinphi)*sinphi
    4871 
    4872       !     Calculate potential visible diffuse radiation
    4873       rdv=0.4*(600.- rdu)*sinphi
    4874 
    4875       !     Calculate the water absorption in the-near infrared
    4876       ww=1320*10**( -1.195+0.4459*log10(1./sinphi)-0.0345*(log10(1./sinphi))**2 )
    4877 
    4878       !     Calculate potential direct beam near-infrared radiation
    4879       rdm=(720.*exp(-0.06*(pres/pres_0)/sinphi)-ww)*sinphi     !720 = solar constant - 600
    4880 
    4881       !     Calculate potential diffuse near-infrared radiation
    4882       rdn=0.6*(720-rdm-ww)*sinphi
    4883 
    4884       ! Compute visible and near-infrared radiation
    4885       rv = MAX( 0.1_wp, rdu+rdv )
    4886       rn = MAX( 0.01_wp, rdm+rdn )
    4887 
    4888       ! Compute ratio between input global radiation and total radiation computed here
    4889       ratio = MIN( 0.9_wp, glrad/(rv+rn) )
    4890 
    4891       !     Calculate total visible radiation
    4892       sv=ratio*rv
    4893 
    4894       !     Calculate fraction of PAR in the direct beam
    4895       fv = MIN( 0.99_wp, (0.9_wp-ratio)/0.7_wp )            ! help variable
    4896       fv = MAX( 0.01_wp, rdu/rv*(1.0_wp-fv**0.6667_wp) )     ! fraction of PAR in the direct beam
    4897 
    4898       ! Compute direct and diffuse parts of PAR
    4899       par_dir=fv*sv
    4900       par_diff=sv-par_dir
    4901 
    4902     END SUBROUTINE par_dir_diff
    4903 
    4904 !-------------------------------------------------------------------
    4905 ! rc_get_vpd: get vapour pressure deficit (kPa)
    4906 !-------------------------------------------------------------------
    4907     SUBROUTINE rc_get_vpd(temp, relh,vpd)
    4908 
    4909       IMPLICIT NONE
    4910 
    4911       ! Input/output variables:
    4912       REAL(kind=wp)    , INTENT(in)  :: temp   ! temperature (C)
    4913       REAL(kind=wp)    , INTENT(in)  :: relh   ! relative humidity (%)
    4914       REAL(kind=wp)    , INTENT(out) :: vpd    ! vapour pressure deficit (kPa)
    4915 
    4916       ! Local variables:
    4917       REAL(kind=wp) :: esat
    4918 
    4919       ! fit PARAMETERs:
    4920       REAL(kind=wp), PARAMETER :: a1 = 6.113718e-1
    4921       REAL(kind=wp), PARAMETER :: a2 = 4.43839e-2
    4922       REAL(kind=wp), PARAMETER :: a3 = 1.39817e-3
    4923       REAL(kind=wp), PARAMETER :: a4 = 2.9295e-5
    4924       REAL(kind=wp), PARAMETER :: a5 = 2.16e-7
    4925       REAL(kind=wp), PARAMETER :: a6 = 3.0e-9
    4926 
    4927       ! esat is saturation vapour pressure (kPa) at temp(C) following monteith(1973)
    4928       esat = a1 + a2*temp + a3*temp**2 + a4*temp**3 + a5*temp**4 + a6*temp**5
    4929       vpd  = esat * (1-relh/100)
    4930 
    4931     END SUBROUTINE rc_get_vpd
    4932 
    4933 
    4934 
    4935 !-------------------------------------------------------------------
    4936 ! rc_gsoil_eff: compute effective soil conductance
    4937 !-------------------------------------------------------------------
    4938     SUBROUTINE rc_gsoil_eff(icmp,lu,sai,ust,nwet,t,gsoil_eff)
    4939 
    4940       ! Input/output variables:
    4941       INTEGER(iwp)    , INTENT(in)  :: icmp           ! component index
    4942       INTEGER(iwp)    , INTENT(in)  :: lu             ! land use type, lu = 1,...,nlu
    4943       REAL(kind=wp)   , INTENT(in)  :: sai            ! surface area index
    4944       REAL(kind=wp)   , INTENT(in)  :: ust            ! friction velocity (m/s)
    4945       INTEGER(iwp)    , INTENT(in)  :: nwet           ! index for wetness
    4946       ! nwet=0 -> dry; nwet=1 -> wet; nwet=9 -> snow
    4947       ! N.B. this routine cannot be CALLed with nwet = 9,
    4948       ! nwet = 9 should be handled outside this routine.
    4949       REAL(kind=wp)   , INTENT(in)  :: t              ! temperature (C)
    4950       REAL(kind=wp)   , INTENT(out) :: gsoil_eff      ! effective soil conductance (m/s)
    4951 
    4952       ! local variables:
    4953       REAL(kind=wp)                 :: rinc           ! in canopy resistance  (s/m)
    4954       REAL(kind=wp)                 :: rsoil_eff      ! effective soil resistance (s/m)
    4955 
    4956 
    4957 
    4958       ! Soil resistance (numbers matched with lu_classes and component numbers)
    4959       REAL(kind=wp), PARAMETER     :: rsoil(nlu_dep,ncmp) = reshape( (/ &
    4960                                 ! grs    ara    crp    cnf    dec    wat    urb    oth    des    ice    sav    trf    wai    med    sem
    4961            1000.,  200.,  200.,  200.,  200., 2000.,  400., 1000., 2000., 2000., 1000.,  200., 2000.,  200.,  400., & ! O3
    4962            1000., 1000., 1000., 1000., 1000.,   10., 1000., 1000., 1000.,  500., 1000., 1000.,   10., 1000., 1000., & ! SO2
    4963            1000., 1000., 1000., 1000., 1000., 2000., 1000., 1000., 1000., 2000., 1000., 1000., 2000., 1000., 1000., & ! NO2
    4964            -999., -999., -999., -999., -999., 2000., 1000., -999., 2000., 2000., -999., -999., 2000., -999., -999., & ! NO
    4965            100.,  100.,  100.,  100.,  100.,   10.,  100.,  100.,  100., 1000.,  100.,  100.,   10.,  100.,  100.,  & ! NH3
    4966            -999., -999., -999., -999., -999., 2000., 1000., -999., 2000., 2000., -999., -999., 2000., -999., -999., & ! CO
    4967            -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., & ! NO3
    4968            -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., & ! HNO3
    4969            -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., & ! N2O5
    4970            -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999. /),& ! H2O2   
    4971            (/nlu_dep,ncmp/) )
    4972 
    4973       !  o3       so2       no2        no       nh3        co    no3   hno3   n2o5   h2o2
    4974 
    4975 
    4976       REAL(kind=wp), PARAMETER     :: rsoil_wet(ncmp)    = &
    4977           (/2000.,      10.,    2000.,    -999.,      10.,    -999., -999., -999., -999., -999./)
    4978       REAL(kind=wp), PARAMETER     :: rsoil_frozen(ncmp) = &
    4979           (/2000.,     500.,    2000.,    -999.,    1000.,    -999., -999., -999., -999., -999./)
    4980 
    4981 
    4982 
    4983       ! Compute in canopy (in crop) resistance:
    4984       CALL rc_rinc(lu,sai,ust,rinc)
    4985 
    4986       ! Check for missing deposition path:
    4987       IF (missing(rinc)) then
    4988          rsoil_eff = -9999.
    4989       ELSE
    4990          ! Frozen soil (temperature below 0):
    4991          IF (t .lt. 0.0) then
    4992             IF (missing(rsoil_frozen(icmp))) then
    4993                rsoil_eff = -9999.
    4994             ELSE
    4995                rsoil_eff = rsoil_frozen(icmp) + rinc
    4996             ENDIF
    4997          ELSE
    4998             ! Non-frozen soil; dry:
    4999             IF (nwet .eq. 0) then
    5000                IF (missing(rsoil(lu,icmp))) then
    5001                   rsoil_eff = -9999.
    5002                ELSE
    5003                   rsoil_eff = rsoil(lu,icmp) + rinc
    5004                ENDIF
    5005 
    5006                ! Non-frozen soil; wet:
    5007             ELSEIF (nwet .eq. 1) then
    5008                IF (missing(rsoil_wet(icmp))) then
    5009                   rsoil_eff = -9999.
    5010                ELSE
    5011                   rsoil_eff = rsoil_wet(icmp) + rinc
    5012                ENDIF
    5013             ELSE
    5014                message_string = 'nwet can only be 0 or 1'
    5015                CALL message( 'rc_gsoil_eff', 'CM0460', 1, 2, 0, 6, 0 )
    5016             ENDIF
    5017          ENDIF
    5018       ENDIF
    5019 
    5020       ! Compute conductance:
    5021       IF (rsoil_eff .gt. 0.0) then
    5022          gsoil_eff = 1./rsoil_eff
    5023       ELSE
    5024          gsoil_eff = 0.0
    5025       ENDIF
    5026 
    5027     END SUBROUTINE rc_gsoil_eff
    5028 
    5029 
    5030 
    5031 !-------------------------------------------------------------------
    5032 ! rc_rinc: compute in canopy (or in crop) resistance
    5033 ! van Pul and Jacobs, 1993, BLM
    5034 !-------------------------------------------------------------------
    5035     SUBROUTINE rc_rinc(lu,sai,ust,rinc)
    5036 
    5037 
    5038       ! Input/output variables:
    5039       INTEGER(iwp)    , INTENT(in)  :: lu          ! land use class, lu = 1, ..., nlu
    5040       REAL(kind=wp)   , INTENT(in)  :: sai         ! surface area index
    5041       REAL(kind=wp)   , INTENT(in)  :: ust         ! friction velocity (m/s)
    5042       REAL(kind=wp)   , INTENT(out) :: rinc        ! in canopy resistance (s/m)
    5043 
    5044 
    5045       ! b = empirical constant for computation of rinc (in canopy resistance) (= 14 m-1 or -999 IF not applicable)
    5046       ! h = vegetation height (m)                             grass arabl  crops conIF decid   water  urba   othr  desr   ice  sav  trf   wai   med semi
    5047       REAL(kind=wp), DIMENSION(nlu_dep), PARAMETER :: b = &
    5048         (/ -999,  14,    14,   14,   14,    -999,  -999, -999, -999, -999, -999, 14, -999, 14, 14 /)
    5049       REAL(kind=wp), DIMENSION(nlu_dep), PARAMETER :: h = &
    5050         (/ -999,  1,     1,    20,   20,    -999,  -999, -999, -999, -999, -999, 20,  -999, 1 ,  1 /)
    5051 
    5052       ! Compute Rinc only for arable land, perm. crops, forest; otherwise Rinc = 0:
    5053       IF (b(lu) .gt. 0.0) then
    5054 
    5055          ! Check for u* > 0 (otherwise denominator = 0):
    5056          IF (ust .gt. 0.0) then
    5057             rinc = b(lu)*h(lu)*sai/ust
    5058          ELSE
    5059             rinc = 1000.0
    5060          ENDIF
    5061       ELSE
    5062          IF (lu .eq. ilu_grass .or. lu .eq. ilu_other ) then
    5063             rinc = -999. ! no deposition path for grass, other, and semi-natural
    5064          ELSE
    5065             rinc = 0.0   ! no in-canopy resistance
    5066          ENDIF
    5067       ENDIF
    5068 
    5069     END SUBROUTINE rc_rinc
    5070 
    5071 
    5072 
    5073 !-------------------------------------------------------------------
    5074 ! rc_rctot: compute total canopy (or surface) resistance Rc
    5075 !-------------------------------------------------------------------
    5076     SUBROUTINE rc_rctot(gstom,gsoil_eff,gw,gc_tot,rc_tot)
    5077 
    5078       ! Input/output variables:
    5079       REAL(kind=wp), INTENT(in)  :: gstom        ! stomatal conductance (s/m)
    5080       REAL(kind=wp), INTENT(in)  :: gsoil_eff    ! effective soil conductance (s/m)
    5081       REAL(kind=wp), INTENT(in)  :: gw           ! external leaf conductance (s/m)
    5082       REAL(kind=wp), INTENT(out) :: gc_tot       ! total canopy conductance (m/s)
    5083       REAL(kind=wp), INTENT(out) :: rc_tot       ! total canopy resistance Rc (s/m)
    5084 
    5085       ! Total conductance:
    5086       gc_tot = gstom + gsoil_eff + gw
    5087 
    5088       ! Total resistance (note: gw can be negative, but no total emission allowed here):
    5089       IF (gc_tot .le. 0.0 .or. gw .lt. 0.0) then
    5090          rc_tot = -9999.
    5091       ELSE
    5092          rc_tot = 1./gc_tot
    5093       ENDIF
    5094 
    5095     END SUBROUTINE rc_rctot
    5096 
    5097 
    5098 
    5099     !-------------------------------------------------------------------
    5100     ! rc_comp_point_rc_eff: calculate the effective resistance Rc
    5101     ! based on one or more compensation points
    5102     !-------------------------------------------------------------------
    5103     !
    5104     ! NH3rc (see depac v3.6 is based on Avero workshop Marc Sutton. p. 173.
    5105     ! Sutton 1998 AE 473-480)
    5106     !
    5107     ! Documentation by Ferd Sauter, 2008; see also documentation block in header of depac subroutine.
    5108     ! FS 2009-01-29: variable names made consistent with DEPAC
    5109     ! FS 2009-03-04: use total compensation point
    5110     !
    5111     ! C: with total compensation point   ! D: approximation of C
    5112     !                                    !    with classical approach
    5113     !  zr --------- Catm                 !  zr --------- Catm   
    5114     !         |                          !         |       
    5115     !         Ra                         !         Ra     
    5116     !         |                          !         |       
    5117     !         Rb                         !         Rb     
    5118     !         |                          !         |       
    5119     !  z0 --------- Cc                   !  z0 --------- Cc
    5120     !         |                          !         |             
    5121     !        Rc                          !        Rc_eff         
    5122     !         |                          !         |             
    5123     !     --------- Ccomp_tot            !     --------- C=0
    5124     !
    5125     !
    5126     ! The effective Rc is defined such that instead of using
    5127     !
    5128     !   F = -vd*[Catm - Ccomp_tot]                                    (1)
    5129     !
    5130     ! we can use the 'normal' flux formula
    5131     !
    5132     !   F = -vd'*Catm,                                                (2)
    5133     !
    5134     ! with vd' = 1/(Ra + Rb + Rc')                                    (3)
    5135     !
    5136     ! and Rc' the effective Rc (rc_eff).
    5137     !                                                (Catm - Ccomp_tot)
    5138     ! vd'*Catm = vd*(Catm - Ccomp_tot) <=> vd' = vd* ------------------
    5139     !                                                      Catm
    5140     !
    5141     !                                        (Catm - Ccomp_tot)
    5142     ! 1/(Ra + Rb + Rc') = (1/Ra + Rb + Rc) * ------------------
    5143     !                                              Catm
    5144     !
    5145     !                                          Catm
    5146     ! (Ra + Rb + Rc') = (Ra + Rb + Rc) * ------------------
    5147     !                                     (Catm - Ccomp_tot)
    5148     !
    5149     !                              Catm
    5150     ! Rc' = (Ra + Rb + Rc) * ------------------ - Ra - Rb
    5151     !                        (Catm - Ccomp_tot)
    5152     !
    5153     !                        Catm                           Catm
    5154     ! Rc' = (Ra + Rb) [------------------ - 1 ] + Rc * ------------------
    5155     !                  (Catm - Ccomp_tot)              (Catm - Ccomp_tot)
    5156     !
    5157     ! Rc' = [(Ra + Rb)*Ccomp_tot + Rc*Catm ] / (Catm - Ccomp_tot)
    5158     !
    5159     ! This is not the most efficient way to DO this;
    5160     ! in the current LE version, (1) is used directly in the CALLing routine
    5161     ! and this routine is not used anymore.
    5162     !
    5163     ! -------------------------------------------------------------------------------------------
    5164     ! In fact it is the question IF this correct; note the difference in differential equations
    5165     !
    5166     !   dCatm                              !   dCatm
    5167     ! H ----- = F = -vd'*Catm,             ! H ----- = F = -vd*[Catm - Ccomp_tot],
    5168     !    dt                                !    dt
    5169     !
    5170     ! where in the left colum vd' is a function of Catm and not a constant anymore.
    5171     !
    5172     ! Another problem is that IF Catm -> 0, we end up with an infinite value of the exchange
    5173     ! velocity vd.
    5174     ! -------------------------------------------------------------------------------------------
    5175 
    5176     SUBROUTINE rc_comp_point_rc_eff(ccomp_tot,catm,ra,rb,rc_tot,rc_eff)
    5177 
    5178       IMPLICIT NONE
    5179 
    5180       ! Input/output variables:
    5181       REAL(kind=wp), INTENT(in)  :: ccomp_tot  ! total compensation point (weighed average of separate compensation points) (ug/m3)
    5182       REAL(kind=wp), INTENT(in)  :: catm       ! atmospheric concentration (ug/m3)
    5183       REAL(kind=wp), INTENT(in)  :: ra         ! aerodynamic resistance (s/m)
    5184       REAL(kind=wp), INTENT(in)  :: rb         ! boundary layer resistance (s/m)
    5185       REAL(kind=wp), INTENT(in)  :: rc_tot     ! total canopy resistance (s/m)
    5186       REAL(kind=wp), INTENT(out) :: rc_eff     ! effective total canopy resistance (s/m)
    5187 
    5188       ! Compute effective resistance:
    5189       IF ( ccomp_tot == 0.0 ) then
    5190          ! trace with no compensiation point ( or compensation point equal to zero)
    5191          rc_eff = rc_tot
    5192 
    5193       ELSE IF ( ccomp_tot > 0 .and. ( abs( catm - ccomp_tot ) < 1.e-8 ) ) then
    5194          ! surface concentration (almoast) equal to atmospheric concentration
    5195          ! no exchange between surface and atmosphere, infinite RC --> vd=0
    5196          rc_eff = 9999999999.
    5197 
    5198       ELSE IF ( ccomp_tot > 0 ) then
    5199          ! compensation point available, calculate effective restisance
    5200          rc_eff = ((ra + rb)*ccomp_tot + rc_tot*catm)/(catm-ccomp_tot)
    5201 
    5202       ELSE
    5203          rc_eff = -999.
    5204          message_string = 'This should not be possible, check ccomp_tot'
    5205          CALL message( 'rc_comp_point_rc_eff', 'CM0461', 1, 2, 0, 6, 0 )
    5206       ENDIF
    5207 
    5208       return
    5209     END SUBROUTINE rc_comp_point_rc_eff
    5210 
    5211 
    5212 
    5213 !-------------------------------------------------------------------
    5214 ! missing: check for data that correspond with a missing deposition path
    5215 !          this data is represented by -999
    5216 !-------------------------------------------------------------------
    5217 
    5218     LOGICAL function missing(x)
    5219 
    5220       REAL(kind=wp), INTENT(in) :: x
    5221 
    5222       ! bandwidth for checking (in)equalities of floats
    5223       REAL(kind=wp), PARAMETER :: EPS = 1.0e-5
    5224 
    5225       missing = (abs(x + 999.) .le. EPS)
    5226 
    5227     END function missing
    5228 
    5229 
    5230 
    5231     ELEMENTAL FUNCTION sedimentation_velocity(rhopart, partsize, slipcor, visc) RESULT (vs)
    5232 
    5233 
    5234       IMPLICIT NONE
    5235 
    5236       ! --- in/out ---------------------------------
    5237 
    5238       REAL(kind=wp), INTENT(in)        ::  rhopart    ! kg/m3
    5239       REAL(kind=wp), INTENT(in)        ::  partsize   ! m
    5240       REAL(kind=wp), INTENT(in)        ::  slipcor    ! m
    5241       REAL(kind=wp), INTENT(in)        ::  visc       ! viscosity
    5242       REAL(kind=wp)                    ::  vs
    5243 
    5244       ! acceleration of gravity:
    5245       REAL(kind=wp), PARAMETER         ::  grav = 9.80665    ! m/s2
    5246 
    5247       ! --- begin ----------------------------------
    5248 
    5249       !viscosity & sedimentation velocity
    5250       vs = rhopart * (partsize**2) * grav * slipcor / (18*visc)
    5251 
    5252     END FUNCTION sedimentation_velocity
    5253 
    5254 !------------------------------------------------------------------------
    5255 ! Boundary-layer deposition resistance following Zhang (2001)
    5256 !------------------------------------------------------------------------
    5257     SUBROUTINE drydepo_aero_zhang_vd( vd, Rs, vs1, partsize, slipcor, &
    5258          nwet, tsurf, dens1, viscos1, &
    5259          luc, ftop_lu, ustar_lu)
    5260 
    5261 
    5262       IMPLICIT NONE 
    5263 
    5264       ! --- in/out ---------------------------------
    5265 
    5266       REAL(kind=wp), INTENT(out)        ::  vd          ! deposition velocity (m/s)
    5267       REAL(kind=wp), INTENT(out)        ::  Rs          ! Sedimentaion resistance (s/m)
    5268       REAL(kind=wp), INTENT(in)         ::  vs1         ! sedimentation velocity in lowest layer
    5269       REAL(kind=wp), INTENT(in)         ::  partsize    ! particle diameter (m)
    5270       REAL(kind=wp), INTENT(in)         ::  slipcor     ! slip correction factor
    5271       REAL(kind=wp), INTENT(in)         ::  tsurf       ! surface temperature (K)
    5272       REAL(kind=wp), INTENT(in)         ::  dens1       ! air density (kg/m3) in lowest layer
    5273       REAL(kind=wp), INTENT(in)         ::  viscos1     ! air viscosity in lowest layer
    5274       REAL(kind=wp), INTENT(in)         ::  ftop_lu     ! atmospheric resistnace Ra
    5275       REAL(kind=wp), INTENT(in)         ::  ustar_lu    ! friction velocity u*   
    5276 
    5277       INTEGER(iwp),  INTENT(in)         ::  nwet        ! 1=rain, 9=snowcover
    5278       INTEGER(iwp),  INTENT(in)         ::  luc         ! DEPAC LU
    5279 
    5280 
    5281       ! --- const ----------------------------------
    5282 
    5283 
    5284 
    5285       ! acceleration of gravity:
    5286       REAL(kind=wp), PARAMETER         ::  grav     = 9.80665    ! m/s2
    5287 
    5288       REAL(kind=wp), PARAMETER         ::  beta     = 2.0
    5289       REAL(kind=wp), PARAMETER         ::  epsilon0 = 3.0
    5290       REAL(kind=wp), PARAMETER         ::  kb       = 1.38066e-23
    5291       REAL(kind=wp), PARAMETER         ::  pi = 3.141592654_wp  !< PI
    5292 
    5293       REAL, PARAMETER :: alfa_lu(nlu_dep) = &
    5294            (/1.2,  1.2,   1.2,  1.0,  1.0,   100.0, 1.5,  1.2, 50.0, 100.0, 1.2, 1.0, 100.0, 1.2, 50.0/)   
    5295       !           grass arabl  crops conif decid  water  urba  othr  desr  ice   sav   trf  wai   med  sem
    5296       REAL, PARAMETER :: gamma_lu(nlu_dep) = &
    5297            (/0.54, 0.54,  0.54, 0.56, 0.56,  0.50,  0.56, 0.54, 0.58, 0.50, 0.54, 0.56, 0.50, 0.54, 0.54/)
    5298       !           grass arabl  crops conif decid  water  urba  othr  desr  ice   sav   trf   wai   med   sem   
    5299       REAL, PARAMETER ::A_lu(nlu_dep) = &   
    5300            (/3.0,  3.0,   2.0,  2.0,  7.0,  -99.,   10.0, 3.0, -99., -99.,  3.0, 7.0, -99., 2.0, -99./)
    5301       !           grass arabl  crops conif decid  water  urba  othr  desr  ice   sav  trf   wai  med   sem     
    5302 
    5303 
    5304       ! --- local ----------------------------------
    5305 
    5306       REAL(kind=wp)              ::  kinvisc, diff_part
    5307       REAL(kind=wp)              ::  schmidt,stokes, Ebrown, Eimpac, Einterc, Reffic
    5308 
    5309       ! --- begin ----------------------------------
    5310 
    5311       ! kinetic viscosity & diffusivity
    5312       kinvisc = viscos1 / dens1 ! only needed at surface
    5313 
    5314       diff_part = kb * tsurf * slipcor / (3*pi*viscos1*partsize)
    5315 
    5316       ! Schmidt number
    5317       schmidt = kinvisc / diff_part
    5318 
    5319       ! calculate collection efficiencie E
    5320       Ebrown = Schmidt**(-gamma_lu(luc)) ! Brownian diffusion
    5321       ! determine Stokes number, interception efficiency
    5322       ! and sticking efficiency R (1 = no rebound)
    5323       IF ( luc == ilu_ice .or. nwet.eq.9 .or. luc == ilu_water_sea .or. luc == ilu_water_inland ) THEN
    5324          stokes=vs1*ustar_lu**2/(grav*kinvisc)
    5325          Einterc=0.0
    5326          Reffic=1.0
    5327       ELSE IF ( luc == ilu_other .or. luc == ilu_desert ) THEN !tundra of desert
    5328          stokes=vs1*ustar_lu**2/(grav*kinvisc)
    5329          Einterc=0.0
    5330          Reffic=exp(-Stokes**0.5)
    5331       ELSE
    5332          stokes=vs1*ustar_lu/(grav*A_lu(luc)*1.e-3)
    5333          Einterc=0.5*(partsize/(A_lu(luc)*1e-3))**2
    5334          Reffic=exp(-Stokes**0.5)
    5335       END IF
    5336       ! when surface is wet all particles DO not rebound:
    5337       IF(nwet.eq.1) Reffic = 1.0
    5338       ! determine impaction efficiency:
    5339       Eimpac = ( stokes / (alfa_lu(luc)+stokes) )**beta
    5340 
    5341       ! sedimentation resistance:
    5342       Rs = 1.0 / ( epsilon0 * ustar_lu * (Ebrown+Eimpac+Einterc) * Reffic )
    5343 
    5344       ! deposition velocity according to Seinfeld and Pandis (= SP, 2006; eq 19.7):
    5345       !
    5346       !            1
    5347       !    vd = ------------------ + vs
    5348       !         Ra + Rs + Ra*Rs*vs
    5349       !
    5350       !    where: Rs = Rb (in SP, 2006)
    5351       !
    5352       !
    5353       vd = 1.0 / ( ftop_lu + Rs + ftop_lu*Rs*vs1) + vs1
    5354 
    5355 
    5356 
    5357     END SUBROUTINE drydepo_aero_zhang_vd
    5358 
    5359 
    5360 
    5361     SUBROUTINE get_rb_cell( is_water, z0h, ustar, diffc, Rb )   
    5362 
    5363       ! Compute quasi-laminar boundary layer resistance as a function of landuse and tracer.
    5364       !
    5365       ! Original EMEP formulation by (Simpson et al, 2003) is used.
    5366       !
    5367 
    5368 
    5369       IMPLICIT NONE
    5370 
    5371       ! --- in/out ---------------------------------
    5372 
    5373       LOGICAL      , INTENT(in)      ::  is_water
    5374       REAL(kind=wp), INTENT(in)      ::  z0h           ! roughness length for heat
    5375       REAL(kind=wp), INTENT(in)      ::  ustar         ! friction velocity
    5376       REAL(kind=wp), INTENT(in)      ::  diffc         ! coefficient of diffusivity
    5377       REAL(kind=wp), INTENT(out)     ::  Rb            ! boundary layer resistance
    5378 
    5379       ! --- const ----------------------------------
    5380 
    5381       ! thermal diffusivity of dry air 20 C
    5382       REAL(kind=wp), PARAMETER       ::  thk = 0.19e-4         ! http://en.wikipedia.org/wiki/Thermal_diffusivity  (@ T=300K)
    5383       REAL(kind=wp), PARAMETER       ::  kappa_stab = 0.35     ! von Karman constant
    5384 
    5385       !  --- begin ---------------------------------
    5386 
    5387 
    5388       ! Use Simpson et al. (2003)
    5389       !IF ( is_water ) THEN
    5390       !Rb = 1.0_wp / (kappa_stab*max(0.01_wp,ustar)) * log(z0h/diffc*kappa_stab*max(0.01_wp,ustar))
    5391       !TODO: Check Rb over water calculation!!!
    5392       !   Rb = 1.0_wp / (kappa_stab*max(0.1_wp,ustar)) * log(z0h/diffc*kappa_stab*max(0.1_wp,ustar))
    5393       !ELSE
    5394       Rb = 5.0_wp / max(0.01_wp,ustar) * (thk/diffc)**0.67_wp
    5395       !END IF
    5396 
    5397     END SUBROUTINE get_rb_cell
    5398 
    5399 
    5400 !-----------------------------------------------------------------
    5401 !  Compute water vapor partial pressure (e_w)
    5402 !  given specific humidity Q [(kg water)/(kg air)].
    5403 !
    5404 !  Use that gas law for volume V with temperature T
    5405 !  holds for the total mixture as well as the water part:
    5406 !
    5407 !    R T / V = p_air / n_air = p_water / n_water
    5408 !
    5409 !  thus:
    5410 !
    5411 !    p_water = p_air n_water / n_air
    5412 !
    5413 !  Use:
    5414 !    n_air =   m_air   /        xm_air
    5415 !            [kg air]  /  [(kg air)/(mole air)]
    5416 !  and:
    5417 !    n_water =  m_air * Q  /     xm_water
    5418 !              [kg water]  /  [(kg water)/(mole water)]
    5419 !  thus:
    5420 !    p_water = p_air Q / (xm_water/xm_air)
    5421 !
    5422 
    5423     ELEMENTAL FUNCTION watervaporpartialpressure( Q, p ) result ( p_w )
    5424 
    5425 
    5426       ! --- in/out ---------------------------------
    5427 
    5428       REAL(kind=wp), INTENT(in)      ::  Q   ! specific humidity [(kg water)/(kg air)]
    5429       REAL(kind=wp), INTENT(in)      ::  p   ! air pressure [Pa]
    5430       REAL(kind=wp)                  ::  p_w  ! water vapor partial pressure [Pa]
    5431 
    5432       ! --- const ----------------------------------
    5433 
    5434       ! mole mass ratio:
    5435       REAL(kind=wp), PARAMETER  ::  eps = xm_H2O / xm_air  !  ~ 0.622
    5436 
    5437       ! --- begin ----------------------------------
    5438 
    5439       ! partial pressure of water vapor:
    5440       p_w = p * Q / eps
    5441 
    5442     END function watervaporpartialpressure
    5443 
    5444 
    5445 
    5446 !------------------------------------------------------------------   
    5447 !  Saturation vapor pressure.
    5448 !  From (Stull 1988, eq. 7.5.2d):
    5449 !
    5450 !      e_sat = p0 exp( 17.67 * (T-273.16) / (T-29.66) )     [Pa]
    5451 !
    5452 !  where:
    5453 !      p0 = 611.2 [Pa]   : reference pressure
    5454 !
    5455 !  Arguments:
    5456 !      T  [K]  : air temperature
    5457 !  Result:
    5458 !      e_sat_w  [Pa]  : saturation vapor pressure
    5459 !
    5460 !  References:
    5461 !      Roland B. Stull, 1988
    5462 !      An introduction to boundary layer meteorology.
    5463 !
    5464 
    5465     ELEMENTAL FUNCTION saturationvaporpressure( T ) result( e_sat_w )
    5466 
    5467 
    5468       ! --- in/out ---------------------------------
    5469 
    5470       REAL(kind=wp), INTENT(in)      ::  T        ! temperature [K]
    5471       REAL(kind=wp)                  ::  e_sat_w  ! saturation vapor pressure  [Pa]
    5472 
    5473       ! --- const ----------------------------------
    5474 
    5475       ! base pressure:
    5476       REAL(kind=wp), PARAMETER  ::  p0 = 611.2   ! [Pa]
    5477 
    5478       ! --- begin ----------------------------------
    5479 
    5480       ! saturation vapor pressure:
    5481       e_sat_w = p0 * exp( 17.67 * (T-273.16) / (T-29.66) )   ! [Pa]
    5482 
    5483     END FUNCTION saturationvaporpressure
    5484 
    5485 
    5486 
    5487 !------------------------------------------------------------------------
    5488 !  Relative humidity RH [%] is by definition:
    5489 !
    5490 !           e_w            # water vapor partial pressure
    5491 !    Rh = -------- * 100
    5492 !         e_sat_w          # saturation vapor pressure
    5493 !
    5494 !  Compute here from:
    5495 !    Q specific humidity [(kg water)/(kg air)]
    5496 !    T temperature [K]
    5497 !    P pressure [Pa]
    5498 !
     5135 !-------------------------------------------------------------------
     5136 !> rc_get_vpd: get vapour pressure deficit (kPa)
     5137 !-------------------------------------------------------------------
     5138 SUBROUTINE rc_get_vpd( temp, relh, vpd )
     5139
     5140    IMPLICIT NONE
     5141
     5142    !
     5143    !-- Input/output variables:
     5144    REAL(wp), INTENT(IN) ::  temp    !< temperature (C)
     5145    REAL(wp), INTENT(IN) ::  relh    !< relative humidity (%)
     5146
     5147    REAL(wp), INTENT(OUT) ::  vpd    !< vapour pressure deficit (kPa)
     5148
     5149    !
     5150    !-- Local variables:
     5151    REAL(wp) ::  esat
     5152
     5153    !
     5154    !-- fit parameters:
     5155    REAL(wp), PARAMETER ::  a1 = 6.113718e-01
     5156    REAL(wp), PARAMETER ::  a2 = 4.43839e-02
     5157    REAL(wp), PARAMETER ::  a3 = 1.39817e-03
     5158    REAL(wp), PARAMETER ::  a4 = 2.9295e-05
     5159    REAL(wp), PARAMETER ::  a5 = 2.16e-07
     5160    REAL(wp), PARAMETER ::  a6 = 3.0e-09
     5161
     5162    !
     5163    !-- esat is saturation vapour pressure (kPa) at temp(C) following Monteith(1973)
     5164    esat = a1 + a2 * temp + a3 * temp**2 + a4 * temp**3 + a5 * temp**4 + a6 * temp**5
     5165    vpd  = esat * ( 1 - relh / 100 )
     5166
     5167 END SUBROUTINE rc_get_vpd
     5168
     5169
     5170
     5171 !-------------------------------------------------------------------
     5172 !> rc_gsoil_eff: compute effective soil conductance
     5173 !-------------------------------------------------------------------
     5174 SUBROUTINE rc_gsoil_eff( icmp, lu, sai, ust, nwet, t, gsoil_eff )
     5175
     5176    IMPLICIT NONE
     5177
     5178    !
     5179    !-- Input/output variables:
     5180    INTEGER(iwp), INTENT(IN) ::  icmp          !< component index
     5181    INTEGER(iwp), INTENT(IN) ::  lu            !< land use type, lu = 1,..., nlu
     5182    INTEGER(iwp), INTENT(IN) ::  nwet          !< index for wetness
     5183                                               !< nwet = 0 -> dry; nwet = 1 -> wet; nwet = 9 -> snow
     5184                                               !< N.B. this routine cannot be called with nwet = 9,
     5185                                               !< nwet = 9 should be handled outside this routine.
     5186
     5187    REAL(wp), INTENT(IN) ::  sai               !< surface area index
     5188    REAL(wp), INTENT(IN) ::  ust               !< friction velocity (m/s)
     5189    REAL(wp), INTENT(IN) ::  t                 !< temperature (C)
     5190
     5191    REAL(wp), INTENT(OUT) ::  gsoil_eff        !< effective soil conductance (m/s)
     5192
     5193    !
     5194    !-- local variables:
     5195    REAL(wp) ::  rinc                          !< in canopy resistance  (s/m)
     5196    REAL(wp) ::  rsoil_eff                     !< effective soil resistance (s/m)
     5197
     5198
     5199    !
     5200    !-- Soil resistance (numbers matched with lu_classes and component numbers)
     5201    !     grs    ara    crp    cnf    dec    wat    urb   oth    des    ice    sav    trf    wai    med    sem
     5202    REAL(wp), PARAMETER ::  rsoil(nlu_dep,ncmp) = reshape( (/ &
     5203         1000.,  200.,  200.,  200.,  200., 2000.,  400., 1000., 2000., 2000., 1000.,  200., 2000.,  200.,  400., &    !< O3
     5204         1000., 1000., 1000., 1000., 1000.,   10., 1000., 1000., 1000.,  500., 1000., 1000.,   10., 1000., 1000., &    !< SO2
     5205         1000., 1000., 1000., 1000., 1000., 2000., 1000., 1000., 1000., 2000., 1000., 1000., 2000., 1000., 1000., &    !< NO2
     5206         -999., -999., -999., -999., -999., 2000., 1000., -999., 2000., 2000., -999., -999., 2000., -999., -999., &    !< NO
     5207         100.,  100.,  100.,  100.,  100.,   10.,  100.,  100.,  100., 1000.,  100.,  100.,   10.,  100.,  100.,  &    !< NH3
     5208         -999., -999., -999., -999., -999., 2000., 1000., -999., 2000., 2000., -999., -999., 2000., -999., -999., &    !< CO
     5209         -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., &    !< NO3
     5210         -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., &    !< HNO3
     5211         -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., &    !< N2O5
     5212         -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999., -999. /),&  !< H2O2   
     5213         (/nlu_dep,ncmp/) )
     5214
     5215    !
     5216    !-- For                                          o3    so2   no2     no    nh3     co     no3    hno3   n2o5   h2o2
     5217    REAL(wp), PARAMETER ::  rsoil_wet(ncmp)    = (/2000., 10. , 2000., -999., 10.  , -999., -999., -999., -999., -999./)
     5218    REAL(wp), PARAMETER ::  rsoil_frozen(ncmp) = (/2000., 500., 2000., -999., 1000., -999., -999., -999., -999., -999./)
     5219
     5220
     5221
     5222    !
     5223    !-- Compute in canopy (in crop) resistance:
     5224    CALL rc_rinc( lu, sai, ust, rinc )
     5225
     5226    !
     5227    !-- Check for missing deposition path:
     5228    IF ( missing(rinc) )  THEN
     5229       rsoil_eff = -9999.0_wp
     5230    ELSE
     5231       !
     5232       !-- Frozen soil (temperature below 0):
     5233       IF ( t < 0.0_wp )  THEN
     5234          IF ( missing( rsoil_frozen( icmp ) ) )  THEN
     5235             rsoil_eff = -9999.0_wp
     5236          ELSE
     5237             rsoil_eff = rsoil_frozen( icmp ) + rinc
     5238          ENDIF
     5239       ELSE
     5240          !
     5241          !-- Non-frozen soil; dry:
     5242          IF ( nwet == 0 )  THEN
     5243             IF ( missing( rsoil( lu, icmp ) ) )  THEN
     5244                rsoil_eff = -9999.0_wp
     5245             ELSE
     5246                rsoil_eff = rsoil( lu, icmp ) + rinc
     5247             ENDIF
     5248
     5249             !
     5250             !-- Non-frozen soil; wet:
     5251          ELSEIF ( nwet == 1 )  THEN
     5252             IF ( missing( rsoil_wet( icmp ) ) )  THEN
     5253                rsoil_eff = -9999.0_wp
     5254             ELSE
     5255                rsoil_eff = rsoil_wet( icmp ) + rinc
     5256             ENDIF
     5257          ELSE
     5258             message_string = 'nwet can only be 0 or 1'
     5259             CALL message( 'rc_gsoil_eff', 'CM0460', 1, 2, 0, 6, 0 )
     5260          ENDIF
     5261       ENDIF
     5262    ENDIF
     5263
     5264    !
     5265    !-- Compute conductance:
     5266    IF ( rsoil_eff > 0.0_wp )  THEN
     5267       gsoil_eff = 1.0_wp / rsoil_eff
     5268    ELSE
     5269       gsoil_eff = 0.0_wp
     5270    ENDIF
     5271
     5272 END SUBROUTINE rc_gsoil_eff
     5273
     5274
     5275 !-------------------------------------------------------------------
     5276 !> rc_rinc: compute in canopy (or in crop) resistance
     5277 !> van Pul and Jacobs, 1993, BLM
     5278 !-------------------------------------------------------------------
     5279 SUBROUTINE rc_rinc( lu, sai, ust, rinc )
     5280
     5281    IMPLICIT NONE
     5282
     5283    !
     5284    !-- Input/output variables:
     5285    INTEGER(iwp), INTENT(IN) ::  lu          !< land use class, lu = 1, ..., nlu
     5286
     5287    REAL(wp), INTENT(IN) ::  sai             !< surface area index
     5288    REAL(wp), INTENT(IN) ::  ust             !< friction velocity (m/s)
     5289
     5290    REAL(wp), INTENT(OUT) ::  rinc           !< in canopy resistance (s/m)
     5291
     5292    !
     5293    !-- b = empirical constant for computation of rinc (in canopy resistance) (= 14 m-1 or -999 if not applicable)
     5294    !-- h = vegetation height (m)                     gra  ara crop con dec wat   urb   oth   des   ice   sav   trf  wai  med semi
     5295    REAL(wp), DIMENSION(nlu_dep), PARAMETER ::  b = (/ -999, 14, 14, 14, 14, -999, -999, -999, -999, -999, -999, 14, -999,  &
     5296         14, 14 /)
     5297    REAL(wp), DIMENSION(nlu_dep), PARAMETER ::  h = (/ -999, 1,  1,  20, 20, -999, -999, -999, -999, -999, -999, 20, -999,  &
     5298         1 ,  1 /)
     5299
     5300    !
     5301    !-- Compute Rinc only for arable land, perm. crops, forest; otherwise Rinc = 0:
     5302    IF ( b(lu) > 0.0_wp )  THEN
     5303       !
     5304       !-- Check for u* > 0 (otherwise denominator = 0):
     5305       IF ( ust > 0.0_wp )  THEN
     5306          rinc = b(lu) * h(lu) * sai/ust
     5307       ELSE
     5308          rinc = 1000.0_wp
     5309       ENDIF
     5310    ELSE
     5311       IF ( lu == ilu_grass .OR. lu == ilu_other  )  THEN
     5312          rinc = -999.0_wp     !< no deposition path for grass, other, and semi-natural
     5313       ELSE
     5314          rinc = 0.0_wp        !< no in-canopy resistance
     5315       ENDIF
     5316    ENDIF
     5317
     5318 END SUBROUTINE rc_rinc
     5319
     5320
     5321
     5322 !-------------------------------------------------------------------
     5323 !> rc_rctot: compute total canopy (or surface) resistance Rc
     5324 !-------------------------------------------------------------------
     5325 SUBROUTINE rc_rctot( gstom, gsoil_eff, gw, gc_tot, rc_tot )
     5326
     5327    IMPLICIT NONE
     5328
     5329    !
     5330    !-- Input/output variables:
     5331    REAL(wp), INTENT(IN) ::  gstom         !< stomatal conductance (s/m)
     5332    REAL(wp), INTENT(IN) ::  gsoil_eff     !< effective soil conductance (s/m)
     5333    REAL(wp), INTENT(IN) ::  gw            !< external leaf conductance (s/m)
     5334
     5335    REAL(wp), INTENT(OUT) ::  gc_tot       !< total canopy conductance (m/s)
     5336    REAL(wp), INTENT(OUT) ::  rc_tot       !< total canopy resistance Rc (s/m)
     5337
     5338    !
     5339    !-- Total conductance:
     5340    gc_tot = gstom + gsoil_eff + gw
     5341
     5342    !
     5343    !-- Total resistance (note: gw can be negative, but no total emission allowed here):
     5344    IF ( gc_tot <= 0.0_wp .OR. gw < 0.0_wp )  THEN
     5345       rc_tot = -9999.0_wp
     5346    ELSE
     5347       rc_tot = 1.0_wp / gc_tot
     5348    ENDIF
     5349
     5350 END SUBROUTINE rc_rctot
     5351
     5352
     5353
     5354 !-------------------------------------------------------------------
     5355 !> rc_comp_point_rc_eff: calculate the effective resistance Rc
     5356 !> based on one or more compensation points
     5357 !-------------------------------------------------------------------
     5358 !
     5359 !> NH3rc (see depac v3.6 is based on Avero workshop Marc Sutton. p. 173.
     5360 !> Sutton 1998 AE 473-480)
     5361 !>
     5362 !> Documentation by Ferd Sauter, 2008; see also documentation block in header of depac subroutine.
     5363 !> FS 2009-01-29: variable names made consistent with DEPAC
     5364 !> FS 2009-03-04: use total compensation point
     5365 !>
     5366 !> C: with total compensation point   ! D: approximation of C
     5367 !>                                    !    with classical approach
     5368 !>  zr --------- Catm                 !  zr --------- Catm   
     5369 !>         |                          !         |       
     5370 !>         Ra                         !         Ra     
     5371 !>         |                          !         |       
     5372 !>         Rb                         !         Rb     
     5373 !>         |                          !         |       
     5374 !>  z0 --------- Cc                   !  z0 --------- Cc
     5375 !>         |                          !         |             
     5376 !>        Rc                          !        Rc_eff         
     5377 !>         |                          !         |             
     5378 !>     --------- Ccomp_tot            !     --------- C=0
     5379 !>
     5380 !>
     5381 !> The effective Rc is defined such that instead of using
     5382 !>
     5383 !>   F = -vd*[Catm - Ccomp_tot]                                    (1)
     5384 !>
     5385 !> we can use the 'normal' flux formula
     5386 !>
     5387 !>   F = -vd'*Catm,                                                (2)
     5388 !>
     5389 !> with vd' = 1/(Ra + Rb + Rc')                                    (3)
     5390 !>
     5391 !> and Rc' the effective Rc (rc_eff).
     5392 !>                                                (Catm - Ccomp_tot)
     5393 !> vd'*Catm = vd*(Catm - Ccomp_tot) <=> vd' = vd* ------------------
     5394 !>                                                      Catm
     5395 !>
     5396 !>                                        (Catm - Ccomp_tot)
     5397 !> 1/(Ra + Rb + Rc') = (1/Ra + Rb + Rc) * ------------------
     5398 !>                                              Catm
     5399 !>
     5400 !>                                          Catm
     5401 !> (Ra + Rb + Rc') = (Ra + Rb + Rc) * ------------------
     5402 !>                                     (Catm - Ccomp_tot)
     5403 !>
     5404 !>                              Catm
     5405 !> Rc' = (Ra + Rb + Rc) * ------------------ - Ra - Rb
     5406 !>                        (Catm - Ccomp_tot)
     5407 !>
     5408 !>                        Catm                           Catm
     5409 !> Rc' = (Ra + Rb) [------------------ - 1 ] + Rc * ------------------
     5410 !>                  (Catm - Ccomp_tot)              (Catm - Ccomp_tot)
     5411 !>
     5412 !> Rc' = [(Ra + Rb)*Ccomp_tot + Rc*Catm ] / (Catm - Ccomp_tot)
     5413 !>
     5414 ! -------------------------------------------------------------------------------------------
     5415
     5416 SUBROUTINE rc_comp_point_rc_eff( ccomp_tot, catm, ra, rb, rc_tot, rc_eff )
     5417
     5418    IMPLICIT NONE
     5419
     5420    !
     5421    !-- Input/output variables:
     5422    REAL(wp), INTENT(IN) ::  ccomp_tot    !< total compensation point (weighed average of separate compensation points) (ug/m3)
     5423    REAL(wp), INTENT(IN) ::  catm         !< atmospheric concentration (ug/m3)
     5424    REAL(wp), INTENT(IN) ::  ra           !< aerodynamic resistance (s/m)
     5425    REAL(wp), INTENT(IN) ::  rb           !< boundary layer resistance (s/m)
     5426    REAL(wp), INTENT(IN) ::  rc_tot       !< total canopy resistance (s/m)
     5427
     5428    REAL(wp), INTENT(OUT) ::  rc_eff      !< effective total canopy resistance (s/m)
     5429
     5430    !
     5431    !-- Compute effective resistance:
     5432    IF (  ccomp_tot == 0.0_wp )  THEN
     5433       !
     5434       !-- trace with no compensiation point ( or compensation point equal to zero)
     5435       rc_eff = rc_tot
     5436
     5437    ELSE IF ( ccomp_tot > 0.0_wp .AND. ( abs( catm - ccomp_tot ) < 1.e-8 ) )  THEN
     5438       !
     5439       !--surface concentration (almost) equal to atmospheric concentration
     5440       !-- no exchange between surface and atmosphere, infinite RC --> vd=0
     5441       rc_eff = 9999999999.0_wp
     5442
     5443    ELSE IF ( ccomp_tot > 0.0_wp )  THEN
     5444       !
     5445       !-- compensation point available, calculate effective resistance
     5446       rc_eff = ( ( ra + rb ) * ccomp_tot + rc_tot * catm ) / ( catm - ccomp_tot )
     5447
     5448    ELSE
     5449       rc_eff = -999.0_wp
     5450       message_string = 'This should not be possible, check ccomp_tot'
     5451       CALL message( 'rc_comp_point_rc_eff', 'CM0461', 1, 2, 0, 6, 0 )
     5452    ENDIF
     5453
     5454    RETURN
    54995455   
    5500     ELEMENTAL FUNCTION relativehumidity_from_specifichumidity( Q, T, p ) result( Rh )
    5501 
    5502 
    5503       ! --- in/out ---------------------------------
    5504 
    5505       REAL(kind=wp), INTENT(in)      ::  Q   ! specific humidity [(kg water)/(kg air)]
    5506       REAL(kind=wp), INTENT(in)      ::  T   ! temperature [K]
    5507       REAL(kind=wp), INTENT(in)      ::  p   ! air pressure [Pa]
    5508       REAL(kind=wp)                  ::  Rh  ! relative humidity [%]
    5509 
    5510       ! --- begin ----------------------------------
    5511 
    5512       ! relative humidity:
    5513       Rh = watervaporpartialpressure( Q, p ) / saturationvaporpressure( T ) * 100.0
    5514 
    5515     END FUNCTION relativehumidity_from_specifichumidity
     5456 END SUBROUTINE rc_comp_point_rc_eff
     5457
     5458
     5459
     5460 !-------------------------------------------------------------------
     5461 !> missing: check for data that correspond with a missing deposition path
     5462 !>          this data is represented by -999
     5463 !-------------------------------------------------------------------
     5464
     5465 LOGICAL function missing( x )
     5466
     5467    REAL(wp), INTENT(IN) ::  x
     5468
     5469    !
     5470    !-- bandwidth for checking (in)equalities of floats
     5471    REAL(wp), PARAMETER :: eps = 1.0e-5
     5472
     5473    missing = (abs(x + 999.0_wp) <= eps)
     5474
     5475 END function missing
     5476
     5477
     5478
     5479 ELEMENTAL FUNCTION sedimentation_velocity( rhopart, partsize, slipcor, visc ) RESULT( vs )
     5480
     5481
     5482    IMPLICIT NONE
     5483
     5484    !
     5485    !-- in/out
     5486
     5487    REAL(wp), INTENT(IN) ::  rhopart                 !< particle density (kg/m3)
     5488    REAL(wp), INTENT(IN) ::  partsize                !< particle size (m)
     5489    REAL(wp), INTENT(IN) ::  slipcor                 !< slip correction factor (m)
     5490    REAL(wp), INTENT(IN) ::  visc                    !< viscosity
     5491
     5492    REAL(wp) ::  vs
     5493
     5494    !
     5495    !-- acceleration of gravity:
     5496    REAL(wp), PARAMETER         ::  grav = 9.80665   !< m/s2
     5497
     5498
     5499
     5500    !
     5501    !-- sedimentation velocity
     5502    vs = rhopart * ( partsize**2.0_wp ) * grav * slipcor / ( 18.0_wp * visc )
     5503
     5504 END FUNCTION sedimentation_velocity
     5505
     5506 
     5507 !------------------------------------------------------------------------
     5508 !> Boundary-layer deposition resistance following Zhang (2001)
     5509 !------------------------------------------------------------------------
     5510 SUBROUTINE drydepo_aero_zhang_vd( vd, Rs, vs1, partsize, slipcor, nwet, tsurf, dens1, viscos1, &
     5511      luc, ftop_lu, ustar_lu )
     5512
     5513
     5514    IMPLICIT NONE 
     5515
     5516    ! -- in/out
     5517
     5518    INTEGER(iwp), INTENT(IN) ::  nwet        !< 1=rain, 9=snowcover
     5519    INTEGER(iwp), INTENT(IN) ::  luc         !< DEPAC LU
     5520
     5521    REAL(wp), INTENT(IN) ::  vs1             !< sedimentation velocity in lowest layer
     5522    REAL(wp), INTENT(IN) ::  partsize        !< particle diameter (m)
     5523    REAL(wp), INTENT(IN) ::  slipcor         !< slip correction factor
     5524    REAL(wp), INTENT(IN) ::  tsurf           !< surface temperature (K)
     5525    REAL(wp), INTENT(IN) ::  dens1           !< air density (kg/m3) in lowest layer
     5526    REAL(wp), INTENT(IN) ::  viscos1         !< air viscosity in lowest layer
     5527    REAL(wp), INTENT(IN) ::  ftop_lu         !< atmospheric resistnace Ra
     5528    REAL(wp), INTENT(IN) ::  ustar_lu        !< friction velocity u*   
     5529
     5530    REAL(wp), INTENT(OUT) ::  vd             !< deposition velocity (m/s)
     5531    REAL(wp), INTENT(OUT) ::  Rs             !< sedimentaion resistance (s/m)
     5532
     5533
     5534    !
     5535    !-- constants
     5536
     5537    REAL(wp), PARAMETER ::  grav     = 9.80665             !< acceleration of gravity (m/s2)
     5538
     5539    REAL(wp), PARAMETER ::  beta     = 2.0
     5540    REAL(wp), PARAMETER ::  epsilon0 = 3.0
     5541    REAL(wp), PARAMETER ::  kb       = 1.38066e-23
     5542    REAL(wp), PARAMETER ::  pi       = 3.141592654_wp      !< pi
     5543
     5544    REAL(wp), PARAMETER :: alfa_lu(nlu_dep) = &
     5545         (/1.2,  1.2,   1.2,  1.0,  1.0,   100.0, 1.5,  1.2, 50.0, 100.0, 1.2, 1.0, 100.0, 1.2, 50.0/)   
     5546    REAL(wp), PARAMETER :: gamma_lu(nlu_dep) = &
     5547         (/0.54, 0.54,  0.54, 0.56, 0.56,  0.50,  0.56, 0.54, 0.58, 0.50, 0.54, 0.56, 0.50, 0.54, 0.54/)   
     5548    REAL(wp), PARAMETER ::A_lu(nlu_dep) = &   
     5549         (/3.0,  3.0,   2.0,  2.0,  7.0,  -99.,   10.0, 3.0, -99., -99.,  3.0, 7.0, -99., 2.0, -99./)
     5550    !
     5551    !--   grass  arabl crops conif decid  water  urba  othr  desr  ice   sav  trf   wai  med   sem     
     5552
     5553    !
     5554    !-- local
     5555
     5556    REAL(wp) ::  kinvisc
     5557    REAL(wp) ::  diff_part
     5558    REAL(wp) ::  schmidt
     5559    REAL(wp) ::  stokes
     5560    REAL(wp) ::  Ebrown
     5561    REAL(wp) ::  Eimpac
     5562    REAL(wp) ::  Einterc
     5563    REAL(wp) ::  Reffic
     5564
     5565
     5566    !
     5567    !-- kinetic viscosity & diffusivity
     5568    kinvisc = viscos1 / dens1    !< only needed at surface
     5569
     5570    diff_part = kb * tsurf * slipcor / ( 3 * pi * viscos1 * partsize )
     5571
     5572    !
     5573    !-- Schmidt number
     5574    schmidt = kinvisc / diff_part
     5575
     5576    !
     5577    !-- calculate collection efficiencie E
     5578    Ebrown = Schmidt**( -gamma_lu(luc) )    !< Brownian diffusion
     5579    !
     5580    !-- determine Stokes number, interception efficiency
     5581    !-- and sticking efficiency R (1 = no rebound)
     5582    IF ( luc == ilu_ice .OR. nwet==9 .OR. luc == ilu_water_sea .OR. luc == ilu_water_inland )  THEN
     5583       stokes = vs1 * ustar_lu**2 / ( grav * kinvisc )
     5584       Einterc = 0.0_wp
     5585       Reffic = 1.0_wp
     5586    ELSE IF ( luc == ilu_other .OR. luc == ilu_desert )  THEN     !<tundra of desert
     5587       stokes = vs1 * ustar_lu**2 / ( grav * kinvisc )
     5588       Einterc = 0.0_wp
     5589       Reffic = exp( -Stokes**0.5_wp )
     5590    ELSE
     5591       stokes = vs1 * ustar_lu / (grav * A_lu(luc) * 1.e-3)
     5592       Einterc = 0.5_wp * ( partsize / (A_lu(luc) * 1e-3 ) )**2
     5593       Reffic = exp( -Stokes**0.5_wp )
     5594    END IF
     5595    !
     5596    !-- when surface is wet all particles do not rebound:
     5597    IF ( nwet==1 )  Reffic = 1.0_wp
     5598    !
     5599    !-- determine impaction efficiency:
     5600    Eimpac = ( stokes / ( alfa_lu(luc) + stokes ) )**beta
     5601
     5602    !
     5603    !-- sedimentation resistance:
     5604    Rs = 1.0_wp / ( epsilon0 * ustar_lu * ( Ebrown + Eimpac + Einterc ) * Reffic )
     5605
     5606    !
     5607    !-- deposition velocity according to Seinfeld and Pandis (2006; eq 19.7):
     5608    !
     5609    !            1
     5610    !    vd = ------------------ + vs
     5611    !         Ra + Rs + Ra*Rs*vs
     5612    !
     5613    !-- where: Rs = Rb (in Seinfeld and Pandis, 2006)
     5614    !
     5615    !
     5616
     5617    vd = 1.0_wp / ( ftop_lu + Rs + ftop_lu * Rs * vs1) + vs1
     5618
     5619
     5620 END SUBROUTINE drydepo_aero_zhang_vd
     5621
     5622
     5623 !-------------------------------------------------------------------------------------
     5624 !> Compute quasi-laminar boundary layer resistance as a function of landuse and tracer
     5625 !> Original EMEP formulation by (Simpson et al, 2003) is used
     5626 !-------------------------------------------------------------------------------------
     5627 SUBROUTINE get_rb_cell( is_water, z0h, ustar, diffc, Rb )   
     5628
     5629   
     5630    IMPLICIT NONE
     5631
     5632    !-- in/out
     5633
     5634    LOGICAL , INTENT(IN) ::  is_water
     5635
     5636    REAL(wp), INTENT(IN) ::  z0h                  !< roughness length for heat
     5637    REAL(wp), INTENT(IN) ::  ustar                !< friction velocity
     5638    REAL(wp), INTENT(IN) ::  diffc                !< coefficient of diffusivity
     5639
     5640    REAL(wp), INTENT(OUT) ::  Rb                  !< boundary layer resistance
     5641
     5642    !
     5643    !-- const
     5644
     5645    REAL(wp), PARAMETER ::  thk = 0.19e-4         !< thermal diffusivity of dry air 20 C
     5646    REAL(wp), PARAMETER ::  kappa_stab = 0.35     !< von Karman constant
     5647
     5648
     5649    !
     5650    !-- Use Simpson et al. (2003)
     5651    !-- @TODO: Check Rb over water calculation, until then leave commented lines
     5652    !IF ( is_water )  THEN
     5653    ! org: Rb = 1.0_wp / (kappa_stab*MAX(0.01_wp,ustar)) * log(z0h/diffc*kappa_stab*MAX(0.01_wp,ustar))
     5654    !      Rb = 1.0_wp / (kappa_stab*MAX(0.1_wp,ustar)) * log(z0h/diffc*kappa_stab*MAX(0.1_wp,ustar))
     5655    !ELSE
     5656    Rb = 5.0_wp / MAX( 0.01_wp, ustar ) * ( thk / diffc )**0.67_wp
     5657    !END IF
     5658
     5659 END SUBROUTINE get_rb_cell
     5660
     5661
     5662 !-----------------------------------------------------------------
     5663 !>  Compute water vapor partial pressure (e_w)
     5664 !>  given specific humidity Q [(kg water)/(kg air)].
     5665 !>
     5666 !>  Use that gas law for volume V with temperature T
     5667 !>  holds for the total mixture as well as the water part:
     5668 !>
     5669 !>    R T / V = p_air / n_air = p_water / n_water
     5670 !>
     5671 !>  thus:
     5672 !>
     5673 !>    p_water = p_air n_water / n_air
     5674 !>
     5675 !>  Use:
     5676 !>    n_air =   m_air   /        xm_air
     5677 !>            [kg air]  /  [(kg air)/(mole air)]
     5678 !>  and:
     5679 !>    n_water =  m_air * Q  /     xm_water
     5680 !>              [kg water]  /  [(kg water)/(mole water)]
     5681 !>  thus:
     5682 !>    p_water = p_air Q / (xm_water/xm_air)
     5683 !------------------------------------------------------------------
     5684
     5685 ELEMENTAL FUNCTION watervaporpartialpressure( q, p ) RESULT( p_w )
     5686
     5687    IMPLICIT NONE
     5688
     5689    !
     5690    !-- in/out
     5691
     5692    REAL(wp), INTENT(IN) ::  q                      !< specific humidity [(kg water)/(kg air)]
     5693    REAL(wp), INTENT(IN) ::  p                      !< air pressure [Pa]
     5694
     5695    REAL(wp) ::  p_w                                !< water vapor partial pressure [Pa]
     5696
     5697    !
     5698    !-- const
     5699
     5700    REAL(wp), PARAMETER  ::  eps = xm_h2o / xm_air  !< mole mass ratio ~ 0.622
     5701
     5702    !
     5703    !-- partial pressure of water vapor:
     5704    p_w = p * q / eps
     5705
     5706 END function watervaporpartialpressure
     5707
     5708
     5709
     5710 !------------------------------------------------------------------   
     5711 !>  Saturation vapor pressure.
     5712 !>  From (Stull 1988, eq. 7.5.2d):
     5713 !>
     5714 !>      e_sat = p0 exp( 17.67 * (T-273.16) / (T-29.66) )     [Pa]
     5715 !>
     5716 !>  where:
     5717 !>      p0 = 611.2 [Pa]   : reference pressure
     5718 !>
     5719 !>  Arguments:
     5720 !>      T  [K]  : air temperature
     5721 !>  Result:
     5722 !>      e_sat_w  [Pa]  : saturation vapor pressure
     5723 !>
     5724 !>  References:
     5725 !>      Roland B. Stull, 1988
     5726 !>      An introduction to boundary layer meteorology.
     5727 !-----------------------------------------------------------------
     5728
     5729 ELEMENTAL FUNCTION saturationvaporpressure( t ) RESULT( e_sat_w )
     5730
     5731
     5732    IMPLICIT NONE
     5733
     5734    !
     5735    !-- in/out
     5736
     5737    REAL(wp), INTENT(IN) ::  t            !< temperature [K]
     5738
     5739    REAL(wp) ::  e_sat_w                  !< saturation vapor pressure  [Pa]
     5740
     5741    !
     5742    !-- const
     5743    REAL(wp), PARAMETER ::  p0 = 611.2   !< base pressure [Pa]
     5744
     5745    !
     5746    !-- saturation vapor pressure:
     5747    e_sat_w = p0 * exp( 17.67_wp * ( t - 273.16_wp ) / ( t - 29.66_wp ) )    !< [Pa]
     5748
     5749 END FUNCTION saturationvaporpressure
     5750
     5751
     5752
     5753 !------------------------------------------------------------------------
     5754 !>  Relative humidity RH [%] is by definition:
     5755 !>
     5756 !>           e_w             water vapor partial pressure
     5757 !>    Rh = -------- * 100
     5758 !>         e_sat_w           saturation vapor pressure
     5759 !------------------------------------------------------------------------
     5760
     5761 ELEMENTAL FUNCTION relativehumidity_from_specifichumidity( q, t, p ) RESULT( rh )
     5762
     5763
     5764    IMPLICIT NONE
     5765
     5766    !
     5767    !-- in/out
     5768
     5769    REAL(wp), INTENT(IN) ::  q    !< specific humidity [(kg water)/(kg air)]
     5770    REAL(wp), INTENT(IN) ::  t    !< temperature [K]
     5771    REAL(wp), INTENT(IN) ::  p    !< air pressure [Pa]
     5772
     5773    REAL(wp) ::  rh               !< relative humidity [%]
     5774
     5775    !
     5776    !-- relative humidity:
     5777    rh = watervaporpartialpressure( q, p ) / saturationvaporpressure( t ) * 100.0_wp
     5778
     5779 END FUNCTION relativehumidity_from_specifichumidity
    55165780
    55175781
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               
  | Impressum | ©Leibniz Universität Hannover |