Changeset 3235


Ignore:
Timestamp:
Sep 7, 2018 2:06:15 PM (3 years ago)
Author:
sward
Message:

Bugfix in MAS output, added related messages, reworked MAS cpu logging

Location:
palm/trunk/SOURCE
Files:
5 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • palm/trunk/SOURCE/Makefile

    r3167 r3235  
    2525# -----------------
    2626# $Id$
     27# Added palm dependency of multi_agent_system_mod, because of mas_last_actions
     28# call at the end of palm run
     29#
     30# 3167 2018-07-24 18:17:30Z suehring
    2731# Bugfix, add missing dependencies for multi-agent system
    2832#
     
    12271231        mod_kinds.o \
    12281232        modules.o \
     1233        multi_agent_system_mod.o \
    12291234        netcdf_data_input_mod.o \
    12301235        pmc_interface_mod.o \
  • palm/trunk/SOURCE/modules.f90

    r3232 r3235  
    2525! -----------------
    2626! $Id$
     27! Added global variable dim_size_agtnum to own module. Necessary to avoid
     28! circular dependency in agent output.
     29!
     30! 3232 2018-09-07 12:21:44Z raasch
    2731! references to mrun replaced by palmrun, and updated
    2832!
     
    661665
    662666 END MODULE advection
     667
     668
     669
     670!------------------------------------------------------------------------------!
     671! Description:
     672! ------------
     673!> The variable in this module is used by multi_agent_system_mod AND
     674!> netcdf_interface_mod. It must be here to avoid circular dependency.
     675!> This is a workaround.
     676!------------------------------------------------------------------------------!
     677 MODULE mas_global_attributes
     678 
     679    USE kinds
     680
     681    INTEGER(iwp) ::  dim_size_agtnum  !< size of agent number dimension for netCDF output
     682
     683    SAVE
     684
     685 END MODULE mas_global_attributes
    663686
    664687
  • palm/trunk/SOURCE/multi_agent_system_mod.f90

    r3201 r3235  
    2525! -----------------
    2626! $Id$
     27! Bugfix in output, added agent-number dimension and related messages and
     28! input parameters, updated cpu logging, added mas_last_actions
     29!
     30! 3201 2018-08-20 11:45:01Z sward
    2731! Bugfix, missing pre-processor directive. Set default
    2832! read_agents_from_restartfile = .FALSE. restarts not yet implemented.
     
    8791    CHARACTER(LEN=15) ::  bc_mas_ns = 'absorb'  !< north/south boundary condition
    8892
    89     INTEGER(iwp) ::  deleted_agents = 0          !< number of deleted agents per time step
    90     INTEGER(iwp) ::  heap_count                  !< number of items in binary heap (for pathfinding)
    91     INTEGER(iwp) ::  ibc_mas_lr                  !< agent left/right boundary condition dummy
    92     INTEGER(iwp) ::  ibc_mas_ns                  !< agent north/south boundary condition dummy
    93     INTEGER(iwp) ::  ind_pm10 = -9               !< chemical species index of PM10
    94     INTEGER(iwp) ::  ind_pm25 = -9               !< chemical species index of PM2.5
    95     INTEGER(iwp) ::  iran_agent = -1234567       !< number for random generator
    96     INTEGER(iwp) ::  min_nr_agent = 2            !< namelist parameter (see documentation)
    97     INTEGER(iwp) ::  ghla_count_recv             !< number of agents in left ghost layer
    98     INTEGER(iwp) ::  ghna_count_recv             !< number of agents in north ghost layer
    99     INTEGER(iwp) ::  ghra_count_recv             !< number of agents in right ghost layer
    100     INTEGER(iwp) ::  ghsa_count_recv             !< number of agents in south ghost layer
    101     INTEGER(iwp) ::  nr_move_north               !< number of agts to move north during exchange_horiz
    102     INTEGER(iwp) ::  nr_move_south               !< number of agts to move south during exchange_horiz
    103     INTEGER(iwp) ::  number_of_agents = 0        !< number of agents for each grid box (3d array is saved on agt_count)
    104     INTEGER(iwp) ::  number_of_agent_groups = 1  !< namelist parameter (see documentation)
    105     INTEGER(iwp) ::  sort_count_mas = 0          !< counter for sorting agents
    106     INTEGER(iwp) ::  agt_path_size = 15          !< size of agent path array
    107     INTEGER(iwp) ::  step_dealloc_mas = 100      !< namelist parameter (see documentation)
    108     INTEGER(iwp) ::  total_number_of_agents      !< total number of agents in the whole model domain
     93    INTEGER(iwp) ::  deleted_agents = 0                !< number of deleted agents per time step
     94    INTEGER(iwp) ::  dim_size_agtnum_manual = 9999999  !< namelist parameter (see documentation)
     95    INTEGER(iwp) ::  heap_count                        !< number of items in binary heap (for pathfinding)
     96    INTEGER(iwp) ::  ibc_mas_lr                        !< agent left/right boundary condition dummy
     97    INTEGER(iwp) ::  ibc_mas_ns                        !< agent north/south boundary condition dummy
     98    INTEGER(iwp) ::  ind_pm10 = -9                     !< chemical species index of PM10
     99    INTEGER(iwp) ::  ind_pm25 = -9                     !< chemical species index of PM2.5
     100    INTEGER(iwp) ::  iran_agent = -1234567             !< number for random generator
     101    INTEGER(iwp) ::  min_nr_agent = 2                  !< namelist parameter (see documentation)
     102    INTEGER(iwp) ::  ghla_count_recv                   !< number of agents in left ghost layer
     103    INTEGER(iwp) ::  ghna_count_recv                   !< number of agents in north ghost layer
     104    INTEGER(iwp) ::  ghra_count_recv                   !< number of agents in right ghost layer
     105    INTEGER(iwp) ::  ghsa_count_recv                   !< number of agents in south ghost layer
     106    INTEGER(iwp) ::  maximum_number_of_agents = 0      !< maximum number of agents during run
     107    INTEGER(iwp) ::  nr_move_north                     !< number of agts to move north during exchange_horiz
     108    INTEGER(iwp) ::  nr_move_south                     !< number of agts to move south during exchange_horiz
     109    INTEGER(iwp) ::  number_of_agents = 0              !< number of agents for each grid box (3d array is saved on agt_count)
     110    INTEGER(iwp) ::  number_of_agent_groups = 1        !< namelist parameter (see documentation)
     111    INTEGER(iwp) ::  sort_count_mas = 0                !< counter for sorting agents
     112    INTEGER(iwp) ::  agt_path_size = 15                !< size of agent path array
     113    INTEGER(iwp) ::  step_dealloc_mas = 100            !< namelist parameter (see documentation)
     114    INTEGER(iwp) ::  total_number_of_agents            !< total number of agents in the whole model domain
    109115
    110116    INTEGER(iwp), PARAMETER ::  NR_2_direction_move = 10000 !< parameter for agent exchange
     
    114120    INTEGER(iwp), PARAMETER ::  max_number_of_agent_groups = 100 !< maximum allowed number of agent groups
    115121
    116     INTEGER(iwp), DIMENSION(:,:), ALLOCATABLE ::  agt_count  !< 3d array of number of agents of every grid box
     122    INTEGER(iwp), DIMENSION(:,:), ALLOCATABLE ::  agt_count         !< 3d array of number of agents of every grid box
    117123    INTEGER(iwp), DIMENSION(:,:), ALLOCATABLE ::  s_measure_height  !< k-index(s-grid) for measurement
    118     INTEGER(iwp), DIMENSION(:,:), ALLOCATABLE ::  top_top_s  !< k-index of first s-gridpoint above topography
    119     INTEGER(iwp), DIMENSION(:,:), ALLOCATABLE ::  top_top_w  !< k-index of first v-gridpoint above topography
    120     INTEGER(iwp), DIMENSION(:,:), ALLOCATABLE ::  obstacle_flags  !< flags to identify corners and edges of topography that cannot be crossed by agents
    121 
    122     LOGICAL ::  deallocate_memory_mas = .TRUE.         !< namelist parameter (see documentation)
    123     LOGICAL ::  dt_3d_reached_mas                      !< flag: agent timestep has reached model timestep
    124     LOGICAL ::  dt_3d_reached_l_mas                    !< flag: agent timestep has reached model timestep
    125     LOGICAL ::  agents_active = .FALSE.                !< flag for agent system
    126     LOGICAL ::  random_start_position_agents = .TRUE.  !< namelist parameter (see documentation)
     124    INTEGER(iwp), DIMENSION(:,:), ALLOCATABLE ::  top_top_s         !< k-index of first s-gridpoint above topography
     125    INTEGER(iwp), DIMENSION(:,:), ALLOCATABLE ::  top_top_w         !< k-index of first v-gridpoint above topography
     126    INTEGER(iwp), DIMENSION(:,:), ALLOCATABLE ::  obstacle_flags    !< flags to identify corners and edges of topography that cannot be crossed by agents
     127
     128    LOGICAL ::  deallocate_memory_mas = .TRUE.          !< namelist parameter (see documentation)
     129    LOGICAL ::  dt_3d_reached_mas                       !< flag: agent timestep has reached model timestep
     130    LOGICAL ::  dt_3d_reached_l_mas                     !< flag: agent timestep has reached model timestep
     131    LOGICAL ::  agents_active = .FALSE.                 !< flag for agent system
     132    LOGICAL ::  random_start_position_agents = .TRUE.   !< namelist parameter (see documentation)
    127133    LOGICAL ::  read_agents_from_restartfile = .FALSE.  !< namelist parameter (see documentation)
    128     LOGICAL ::  agent_own_timestep = .FALSE.           !< namelist parameter (see documentation)
     134    LOGICAL ::  agent_own_timestep = .FALSE.            !< namelist parameter (see documentation)
    129135
    130136    LOGICAL, DIMENSION(max_number_of_agent_groups) ::  a_rand_target = .FALSE. !< namelist parameter (see documentation)
     
    134140    REAL(wp) ::  coll_t_0 = 3.                             !< namelist parameter (see documentation)
    135141    REAL(wp) ::  corner_gate_start = 0.5_wp                !< namelist parameter (see documentation)
    136     REAL(wp) ::  corner_gate_width = 1.0_wp                !< namelist parameter (see documentation)   
     142    REAL(wp) ::  corner_gate_width = 1.0_wp                !< namelist parameter (see documentation)
     143    REAL(wp) ::  dim_size_factor_agtnum = 1.0_wp           !< namelist parameter (see documentation)
    137144    REAL(wp) ::  d_sigma_rep_agent                         !< inverse of sigma_rep_agent
    138145    REAL(wp) ::  d_sigma_rep_wall                          !< inverse of sigma_rep_wall
     
    174181!-- Type for the definition of an agent
    175182    TYPE agent_type
    176         INTEGER(iwp) ::  block_nr        !< number for sorting
    177         INTEGER(iwp) ::  group           !< number of agent group
    178         INTEGER(idp) ::  id              !< particle ID (64 bit integer)
    179         INTEGER(iwp) ::  path_counter    !< current target along path (path_x/y)
    180         LOGICAL      ::  agent_mask      !< if this parameter is set to false the agent will be deleted
    181         REAL(wp)     ::  age             !< age of agent
    182         REAL(wp)     ::  age_m           !< age of agent
    183         REAL(wp)     ::  dt_sum          !< sum of agents subtimesteps
    184         REAL(wp)     ::  clo             !< clothing index
    185         REAL(wp)     ::  energy_storage  !< energy stored by agent
    186         REAL(wp)     ::  force_x         !< force term x-direction
    187         REAL(wp)     ::  force_y         !< force term y-direction
    188         REAL(wp)     ::  origin_x        !< origin x-position of agent
    189         REAL(wp)     ::  origin_y        !< origin y-position of agent
    190         REAL(wp)     ::  pm10            !< PM10 concentration at agent position
    191         REAL(wp)     ::  pm25            !< PM25 concentration at agent position
    192         REAL(wp)     ::  speed_abs       !< absolute value of agent speed
    193         REAL(wp)     ::  speed_e_x       !< normalized speed of agent in x
    194         REAL(wp)     ::  speed_e_y       !< normalized speed of agent in y
    195         REAL(wp)     ::  speed_des       !< agent's desired speed
    196         REAL(wp)     ::  speed_x         !< speed of agent in x
    197         REAL(wp)     ::  speed_y         !< speed of agent in y
    198         REAL(wp)     ::  thermal_index   !< the dynamic thermal index
    199         REAL(wp)     ::  windspeed       !< absolute value of windspeed at agent position
    200         REAL(wp)     ::  x               !< x-position
    201         REAL(wp)     ::  y               !< y-position
    202         REAL(wp)     ::  t               !< temperature
    203         REAL(wp)     ::  t_x             !< x-position
    204         REAL(wp)     ::  t_y             !< y-position
    205         REAL(wp), DIMENSION(0:15) ::  path_x !< agent path to target (x)
    206         REAL(wp), DIMENSION(0:15) ::  path_y !< agent path to target (y)
     183        INTEGER(iwp) ::  block_nr             !< number for sorting
     184        INTEGER(iwp) ::  group                !< number of agent group
     185        INTEGER(idp) ::  id                   !< particle ID (64 bit integer)
     186        INTEGER(iwp) ::  path_counter         !< current target along path (path_x/y)
     187        LOGICAL      ::  agent_mask           !< if this parameter is set to false the agent will be deleted
     188        REAL(wp)     ::  age                  !< age of agent
     189        REAL(wp)     ::  age_m                !< age of agent
     190        REAL(wp)     ::  dt_sum               !< sum of agents subtimesteps
     191        REAL(wp)     ::  clo                  !< clothing index
     192        REAL(wp)     ::  energy_storage       !< energy stored by agent
     193        REAL(wp)     ::  force_x              !< force term x-direction
     194        REAL(wp)     ::  force_y              !< force term y-direction
     195        REAL(wp)     ::  origin_x             !< origin x-position of agent
     196        REAL(wp)     ::  origin_y             !< origin y-position of agent
     197        REAL(wp)     ::  pm10                 !< PM10 concentration at agent position
     198        REAL(wp)     ::  pm25                 !< PM25 concentration at agent position
     199        REAL(wp)     ::  speed_abs            !< absolute value of agent speed
     200        REAL(wp)     ::  speed_e_x            !< normalized speed of agent in x
     201        REAL(wp)     ::  speed_e_y            !< normalized speed of agent in y
     202        REAL(wp)     ::  speed_des            !< agent's desired speed
     203        REAL(wp)     ::  speed_x              !< speed of agent in x
     204        REAL(wp)     ::  speed_y              !< speed of agent in y
     205        REAL(wp)     ::  thermal_index        !< the dynamic thermal index
     206        REAL(wp)     ::  windspeed            !< absolute value of windspeed at agent position
     207        REAL(wp)     ::  x                    !< x-position
     208        REAL(wp)     ::  y                    !< y-position
     209        REAL(wp)     ::  t                    !< temperature
     210        REAL(wp)     ::  t_x                  !< x-position
     211        REAL(wp)     ::  t_y                  !< y-position
     212        REAL(wp), DIMENSION(0:15) ::  path_x  !< agent path to target (x)
     213        REAL(wp), DIMENSION(0:15) ::  path_y  !< agent path to target (y)
    207214    END TYPE agent_type
    208215
    209     TYPE(agent_type), DIMENSION(:), POINTER ::  agents       !< Agent array for this grid cell
    210     TYPE(agent_type)                        ::  zero_agent   !< zero agent to avoid weird thing
    211     TYPE(agent_type), DIMENSION(:), ALLOCATABLE ::  move_also_north !< for agent exchange between PEs
    212     TYPE(agent_type), DIMENSION(:), ALLOCATABLE ::  move_also_south !< for agent exchange between PEs
    213     TYPE(agent_type), DIMENSION(:), ALLOCATABLE ::  agt_gh_l !< ghost layer left of pe domain
    214     TYPE(agent_type), DIMENSION(:), ALLOCATABLE ::  agt_gh_n !< ghost layer north of pe domain
    215     TYPE(agent_type), DIMENSION(:), ALLOCATABLE ::  agt_gh_r !< ghost layer right of pe domain
    216     TYPE(agent_type), DIMENSION(:), ALLOCATABLE ::  agt_gh_s !< ghost layer south of pe domain
     216    TYPE(agent_type), DIMENSION(:), POINTER ::  agents               !< Agent array for this grid cell
     217    TYPE(agent_type)                        ::  zero_agent           !< zero agent to avoid weird thing
     218    TYPE(agent_type), DIMENSION(:), ALLOCATABLE ::  move_also_north  !< for agent exchange between PEs
     219    TYPE(agent_type), DIMENSION(:), ALLOCATABLE ::  move_also_south  !< for agent exchange between PEs
     220    TYPE(agent_type), DIMENSION(:), ALLOCATABLE ::  agt_gh_l         !< ghost layer left of pe domain
     221    TYPE(agent_type), DIMENSION(:), ALLOCATABLE ::  agt_gh_n         !< ghost layer north of pe domain
     222    TYPE(agent_type), DIMENSION(:), ALLOCATABLE ::  agt_gh_r         !< ghost layer right of pe domain
     223    TYPE(agent_type), DIMENSION(:), ALLOCATABLE ::  agt_gh_s         !< ghost layer south of pe domain
    217224!
    218225!-- Type for 2D grid on which agents are stored
     
    222229        INTEGER(iwp)                            ::  id_counter         !< agent id counter (removeable?)
    223230        LOGICAL                                 ::  time_loop_done     !< timestep loop for agent advection
    224         TYPE(agent_type), POINTER, DIMENSION(:) ::  agents          !< Particle array for this grid cell
     231        TYPE(agent_type), POINTER, DIMENSION(:) ::  agents             !< Particle array for this grid cell
    225232    END TYPE grid_agent_def
    226233
     
    273280!
    274281!-- Public functions
    275     PUBLIC mas_init, mas_parin, multi_agent_system
     282    PUBLIC mas_init, mas_last_actions, mas_parin, multi_agent_system
    276283
    277284!
     
    286293       MODULE PROCEDURE mas_init
    287294    END INTERFACE mas_init
     295
     296    INTERFACE mas_last_actions
     297       MODULE PROCEDURE mas_last_actions
     298    END INTERFACE mas_last_actions
    288299
    289300    INTERFACE multi_agent_system
     
    316327    INTEGER(iwp), SAVE ::  mas_count = 0      !< counts the mas-calls
    317328
    318     LOGICAL ::  first_loop_stride   !< flag for first loop stride of agent sub-timesteps
    319     LOGICAL ::  first_call = .TRUE. !< first call of mas flag for output
     329    LOGICAL       ::  first_loop_stride   !< flag for first loop stride of agent sub-timesteps
     330    LOGICAL, SAVE ::  first_call = .TRUE. !< first call of mas flag for output
    320331
    321332    CALL cpu_log( log_point(9), 'mas', 'start' )
     
    363374       ENDIF
    364375!
    365 !--    Start logging
    366        CALL cpu_log( log_point_s(9), 'mas_transport', 'start' )
    367        CALL cpu_log( log_point_s(9), 'mas_transport', 'pause' )
    368        CALL cpu_log( log_point_s(16), 'mas_other_agents', 'start' )
    369        CALL cpu_log( log_point_s(16), 'mas_other_agents', 'pause' )
    370 !
    371376!--    Flag is true by default, will be set to false if an agent has not yet
    372377!--    reached the model timestep
     
    376381!--    First part of agent transport:
    377382!--    Evaluate social forces for all agents at current positions
     383       CALL cpu_log( log_point_s(9), 'mas_social_forces', 'start' )
    378384       DO  i = nxl, nxr
    379385          DO  j = nys, nyn
     
    391397          ENDDO
    392398       ENDDO
     399       CALL cpu_log( log_point_s(9), 'mas_social_forces', 'stop' )
    393400!
    394401!--    Second part of agent transport:
    395402!--    timestep
     403       CALL cpu_log( log_point_s(16), 'mas_timestep', 'start' )
    396404       DO  i = nxl, nxr
    397405          DO  j = nys, nyn
     
    444452          ENDDO
    445453       ENDDO
     454       CALL cpu_log( log_point_s(16), 'mas_timestep', 'stop' )
    446455
    447456!
     
    457466#endif
    458467
    459        CALL cpu_log( log_point_s(9), 'mas_transport', 'stop' )
    460        CALL cpu_log( log_point_s(16), 'mas_other_agents', 'stop' )
    461468!
    462469!--    Increment time since last release
     
    465472!
    466473!--    Move Agents local to PE to a different grid cell
     474       CALL cpu_log( log_point_s(18), 'mas_move_exch_sort', 'start' )
    467475       CALL mas_eh_move_agent
    468476!
     
    473481!--    determine new number of agents
    474482       CALL mas_ps_sort_in_subboxes
     483       CALL cpu_log( log_point_s(18), 'mas_move_exch_sort', 'stop' )
    475484!
    476485!--    Initialize variables for the next (sub-) timestep, i.e., for marking
     
    540549       REAL(wp) ::  speed_round_y   !< rounding influence expressed as x speed component
    541550
    542        CALL cpu_log( log_point_s(9), 'mas_transport', 'continue' )
    543551!
    544552!--    loop over all agents in the current grid box
     
    608616       ENDDO
    609617
    610        CALL cpu_log( log_point_s(9), 'mas_transport', 'pause' )
    611618!
    612619!-- corner rounding; to be added
     
    11191126
    11201127       USE control_parameters,                                                 &
    1121            ONLY:  agt_time_count
     1128           ONLY:  agt_time_count, end_time, message_string,                    &
     1129                  multi_agent_system_end, multi_agent_system_start
    11221130
    11231131       USE netcdf_interface,                                                   &
     
    11301138       USE NETCDF
    11311139#endif
     1140       USE mas_global_attributes,                                              &
     1141           ONLY:  dim_size_agtnum
    11321142
    11331143       IMPLICIT NONE
     
    11351145       INTEGER(iwp) ::  agt_size !< Agent size in bytes
    11361146       INTEGER(iwp) ::  dummy    !< dummy
     1147       INTEGER(iwp) ::  ii       !< counter (x)
    11371148       INTEGER(iwp) ::  ip       !< counter (x)
    11381149       INTEGER(iwp) ::  jp       !< counter (y)
     
    11411152       INTEGER(iwp) ::  noa_rcv  !< received number of agents
    11421153       INTEGER(iwp) ::  out_noa  !< number of agents for output
    1143        
     1154
    11441155       INTEGER(iwp), DIMENSION(0:numprocs-1) ::  noa_arr !< number of agents on each PE
    11451156
    11461157       TYPE(agent_type), DIMENSION(:), ALLOCATABLE, TARGET ::  trf_agents !< all agents on current PE
    11471158       TYPE(agent_type), DIMENSION(:), ALLOCATABLE, TARGET ::  out_agents !< all agents in entire domain
     1159
    11481160       LOGICAL, INTENT (INOUT) :: ftest
     1161
     1162       LOGICAL, SAVE :: agt_dimension_exceeded = .FALSE.
    11491163
    11501164       CALL cpu_log( log_point_s(17), 'mas_data_output', 'start' )
     
    11721186!
    11731187!--    Gather all agents on PE0 for output
    1174        CALL MPI_BARRIER( comm2d, ierr )
    11751188       IF ( myid == 0 )  THEN
    11761189          noa_arr(0) = noa
     
    12281241
    12291242#if defined( __netcdf )
    1230 
    1231    !--    Output in netCDF format
    1232           IF ( ftest ) CALL check_open( 118 )
    1233 
    1234    !
    1235    !--    Update the NetCDF time axis
     1243!
     1244!--       Update maximum number of agents
     1245          maximum_number_of_agents = MAX(maximum_number_of_agents, out_noa)
     1246!
     1247!--       Output in netCDF format
     1248          IF ( ftest ) THEN
     1249!
     1250!--          First, define size of agent number dimension from amount of agents
     1251!--          released, release interval, time of agent simulation and max
     1252!--          age of agents
     1253             dim_size_agtnum = MIN( MIN( multi_agent_system_end, end_time )    &
     1254                                       - multi_agent_system_start,             &
     1255                                    agent_maximum_age)
     1256
     1257             DO ii = 1, number_of_agent_groups
     1258                dim_size_agtnum = dim_size_agtnum                              &
     1259                                + (FLOOR( ( asr(ii)-asl(ii) ) / adx(ii) ) + 1) &
     1260                                * (FLOOR( ( asn(ii)-ass(ii) ) / ady(ii) ) + 1) &
     1261                                * (FLOOR( dim_size_agtnum / dt_arel )     + 1) &
     1262                                * dim_size_factor_agtnum
     1263                dim_size_agtnum = MIN( dim_size_agtnum, dim_size_agtnum_manual )
     1264             ENDDO
     1265             CALL check_open( 118 )
     1266          ENDIF
     1267
     1268!
     1269!--       Update the NetCDF time axis
    12361270          agt_time_count = agt_time_count + 1
    12371271
    1238           nc_stat = NF90_PUT_VAR( id_set_agt, id_var_time_agt, &
    1239                                   (/ time_since_reference_point /),        &
    1240                                   start = (/ agt_time_count /), count = (/ 1 /) )
     1272          IF ( .NOT. agt_dimension_exceeded ) THEN
     1273!
     1274!--          if number of agents to be output exceeds dimension, set flag and
     1275!--          print warning
     1276             IF ( out_noa > dim_size_agtnum ) THEN
     1277
     1278                agt_dimension_exceeded = .TRUE.
     1279                WRITE(message_string,'(A,F11.1,2(A,I8))')                      &
     1280                                'Number of agents exceeds agent dimension.' // &
     1281                                '&Starting at time_since_reference_point = ',  &
     1282                                time_since_reference_point,                    &
     1283                                ' s, &data may be missing.'//                  &
     1284                                '&Number of agents:     ', out_noa,            &
     1285                                '&Agent dimension size: ', dim_size_agtnum
     1286
     1287                CALL message( 'mas_data_output_agents',                        &
     1288                              'PA0420', 0, 1, 0, 6, 0 )
     1289
     1290             ENDIF
     1291          ENDIF
     1292
     1293!
     1294!--       reduce number of output agents to dimension size, if necessary
     1295          IF ( agt_dimension_exceeded ) THEN
     1296
     1297             out_noa = MIN( out_noa, dim_size_agtnum )
     1298
     1299          ENDIF
     1300
     1301          nc_stat = NF90_PUT_VAR( id_set_agt, id_var_time_agt,                 &
     1302                                  (/ time_since_reference_point /),            &
     1303                                  start = (/ agt_time_count /),                &
     1304                                  count = (/ 1 /) )
    12411305          CALL netcdf_handle_error( 'mas_data_output_agents', 1 )
    12421306
    1243    !
    1244    !--    Output all agent attributes
    1245           nc_stat = NF90_PUT_VAR( id_set_agt, id_var_agt(1), agents%x,         &
     1307!
     1308!--       Output agent attributes
     1309
     1310          nc_stat = NF90_PUT_VAR( id_set_agt, id_var_agt(1), agents%id,        &
     1311                                  start = (/ 1, agt_time_count /),             &
     1312                                  count = (/ out_noa /) )
     1313          CALL netcdf_handle_error( 'mas_data_output_agents', 2 )
     1314 
     1315          nc_stat = NF90_PUT_VAR( id_set_agt, id_var_agt(2), agents%x,         &
    12461316                                  start = (/ 1, agt_time_count /),             &
    12471317                                  count = (/ out_noa /) )
    12481318          CALL netcdf_handle_error( 'mas_data_output_agents', 3 )
    12491319
    1250           nc_stat = NF90_PUT_VAR( id_set_agt, id_var_agt(2), agents%y,         &
     1320          nc_stat = NF90_PUT_VAR( id_set_agt, id_var_agt(3), agents%y,         &
    12511321                                  start = (/ 1, agt_time_count /),             &
    12521322                                  count = (/ out_noa /) )
    12531323          CALL netcdf_handle_error( 'mas_data_output_agents', 4 )
    12541324
    1255           nc_stat = NF90_PUT_VAR( id_set_agt, id_var_agt(3), agents%windspeed, &
     1325          nc_stat = NF90_PUT_VAR( id_set_agt, id_var_agt(4), agents%windspeed, &
    12561326                                  start = (/ 1, agt_time_count /),             &
    12571327                                  count = (/ out_noa /) )
    12581328          CALL netcdf_handle_error( 'mas_data_output_agents', 5 )
    12591329
    1260           nc_stat = NF90_PUT_VAR( id_set_agt, id_var_agt(4), agents%t,         &
     1330          nc_stat = NF90_PUT_VAR( id_set_agt, id_var_agt(5), agents%t,         &
    12611331                                  start = (/ 1, agt_time_count /),             &
    12621332                                  count = (/ out_noa /) )
    12631333          CALL netcdf_handle_error( 'mas_data_output_agents', 6 )
    12641334
    1265           nc_stat = NF90_PUT_VAR( id_set_agt, id_var_agt(5), agents%group,     &
     1335          nc_stat = NF90_PUT_VAR( id_set_agt, id_var_agt(6), agents%group,     &
    12661336                                  start = (/ 1, agt_time_count /),             &
    12671337                                  count = (/ out_noa /) )
    12681338          CALL netcdf_handle_error( 'mas_data_output_agents', 7 )
    1269 
    1270           nc_stat = NF90_PUT_VAR( id_set_agt, id_var_agt(6), agents%id,        &
    1271                                   start = (/ 1, agt_time_count /),             &
    1272                                   count = (/ out_noa /) )
    1273           CALL netcdf_handle_error( 'mas_data_output_agents', 8 )
     1339          CALL cpu_log( log_point_s(17), 'mas_data_output', 'stop' )
    12741340
    12751341
     
    12911357!                                   start = (/ 1, agt_time_count /),             &
    12921358!                                   count = (/ out_noa /) )
    1293           CALL netcdf_handle_error( 'mas_data_output_agents', 10 )
     1359!           CALL netcdf_handle_error( 'mas_data_output_agents', 10 )
    12941360
    12951361#endif
    12961362
    12971363          DEALLOCATE(out_agents)
     1364       ELSE
     1365          CALL cpu_log( log_point_s(17), 'mas_data_output', 'stop' )
    12981366       ENDIF
    12991367
    1300        CALL cpu_log( log_point_s(17), 'mas_data_output', 'stop' )
    13011368
    13021369    END SUBROUTINE mas_data_output_agents
     
    16161683       TYPE(agent_type), DIMENSION(:), ALLOCATABLE ::  trsa  !< agents send to south PE
    16171684
    1618        CALL cpu_log( log_point_s(18), 'mas_eh_exchange_horiz', 'start' )
    1619 
    16201685#if defined( __parallel )
    16211686
     
    21712236!--    Accumulate the number of agents transferred between the subdomains)
    21722237       CALL mas_eh_ghost_exchange
    2173 
    2174        CALL cpu_log( log_point_s(18), 'mas_eh_exchange_horiz', 'stop' )
    21752238
    21762239    END SUBROUTINE mas_eh_exchange_horiz
     
    24992562       TYPE(agent_type), DIMENSION(:), POINTER ::  agents_before_move !< agents before moving
    25002563
    2501        CALL cpu_log( log_point_s(19), 'mas_eh_move_agent', 'start' )
    2502 
    25032564       DO  ip = nxl, nxr
    25042565          DO  jp = nys, nyn
     
    25452606          ENDDO
    25462607       ENDDO
    2547 
    2548        CALL cpu_log( log_point_s(19), 'mas_eh_move_agent', 'stop' )
    25492608
    25502609       RETURN
     
    31533212! Description:
    31543213! ------------
     3214!> Output of informative message about maximum agent number
     3215!------------------------------------------------------------------------------!
     3216    SUBROUTINE mas_last_actions
     3217
     3218       USE control_parameters,                                                 &
     3219           ONLY:  message_string
     3220
     3221       IMPLICIT NONE
     3222
     3223       WRITE(message_string,'(A,I8,A)')                                        &
     3224                         'The maximumn number of agents durin this run was',   &
     3225                         maximum_number_of_agents,                             &
     3226                         '&Consider adjusting the INPUT parameter'//           &
     3227                         '&dim_size_agtnum_manual accordingly for the next run.'
     3228
     3229       CALL message( 'mas_data_output_agents', 'PA0457', 0, 0, 0, 6, 0 )
     3230
     3231    END SUBROUTINE mas_last_actions
     3232
     3233!------------------------------------------------------------------------------!
     3234! Description:
     3235! ------------
    31553236!> Finds the shortest path from a start position to a target position using the
    31563237!> A*-algorithm
     
    31943275       TYPE(coord), DIMENSION(:), ALLOCATABLE, TARGET ::  tmp_path !< temporary path for resizing
    31953276
    3196        CALL cpu_log( log_point_s(20), 'mas_nav_find_path', 'start' )
    31973277       node_counter = 0
    3198 
    31993278!
    32003279!--    Create temporary navigation mesh including agent and target positions
     
    33043383!--    Set current intermittent target of this agent
    33053384       DEALLOCATE(tmp_mesh, path)
    3306        CALL cpu_log( log_point_s(20), 'mas_nav_find_path', 'stop' )
    33073385
    33083386    END SUBROUTINE mas_nav_a_star
     
    36783756                                    corner_gate_start,                         &
    36793757                                    corner_gate_width,                         &
     3758                                    dim_size_agtnum_manual,                    &
     3759                                    dim_size_factor_agtnum,                    &
    36803760                                    deallocate_memory_mas,                     &
    36813761                                    dist_to_int_target,                        &
     
    37453825       TYPE(agent_type), DIMENSION(:,:), ALLOCATABLE ::  sort_agents  !< sorted agent array
    37463826
    3747        CALL cpu_log( log_point_s(21), 'mas_ps_sort_in_subboxes', 'start' )
    37483827       DO  ip = nxl, nxr
    37493828          DO  jp = nys, nyn
     
    37963875          ENDDO
    37973876       ENDDO
    3798        CALL cpu_log( log_point_s(21), 'mas_ps_sort_in_subboxes', 'stop' )
    37993877
    38003878    END SUBROUTINE mas_ps_sort_in_subboxes
     
    39454023       CALL mas_agent_direction
    39464024
    3947        CALL cpu_log( log_point_s(9), 'mas_transport', 'continue' )
    39484025       DO n = 1, number_of_agents
    39494026
     
    39624039       ENDDO
    39634040
    3964        CALL cpu_log( log_point_s(9), 'mas_transport', 'pause' )
    3965 
    3966 
    39674041    END SUBROUTINE mas_timestep_forces_call
    39684042
     
    39804054       REAL(wp) ::  abs_v !< absolute value of velocity
    39814055       REAL(wp) ::  abs_f !< absolute value of force
    3982 
    3983        CALL cpu_log( log_point_s(9), 'mas_transport', 'continue' )
    39844056
    39854057       DO n = 1, number_of_agents
     
    40234095
    40244096       ENDDO
    4025 
    4026        CALL cpu_log( log_point_s(9), 'mas_transport', 'pause' )
    4027 
    40284097
    40294098    END SUBROUTINE mas_timestep
     
    41084177!--       current one
    41094178          CASE ( 'other_agents' )
    4110              CALL cpu_log( log_point_s(16), 'mas_other_agents', 'continue' )
    41114179
    41124180             sra = scan_radius_agent
     
    42064274                ENDDO
    42074275             ENDDO
    4208              CALL cpu_log( log_point_s(16), 'mas_other_agents', 'pause' )
    42094276
    42104277          CASE ( 'walls' )
  • palm/trunk/SOURCE/netcdf_interface_mod.f90

    r3198 r3235  
    2525! -----------------
    2626! $Id$
     27! Changed MAS output dimension id_dim_agtnum to be of defined size and no longer
     28! unlimited. Also changed some MAS output variables to be of type float
     29!
     30! 3198 2018-08-15 09:23:10Z sward
    2731! Redefined MAS limited time dimension to fit usage of multi_agent_system_end
    2832!
     
    292296    USE NETCDF
    293297#endif
     298    USE mas_global_attributes,                                                 &
     299        ONLY:  dim_size_agtnum
    294300
    295301    PRIVATE
    296302
    297303    CHARACTER (LEN=16), DIMENSION(13) ::  agt_var_names =                      &
    298           (/ 'ag_x            ', 'ag_y            ', 'ag_wind         ',       &
    299              'ag_temp         ', 'ag_group        ', 'ag_id           ',       &
     304          (/ 'ag_id           ', 'ag_x            ', 'ag_y            ',       &
     305             'ag_wind         ', 'ag_temp         ', 'ag_group        ',       &
    300306             'PM10            ', 'PM25            ', 'ag_therm_comf   ',       &
    301307             'ag_uv           ', 'not_used        ', 'not_used        ',       &
     
    303309
    304310    CHARACTER (LEN=16), DIMENSION(13) ::  agt_var_units = &
    305           (/ 'meters          ', 'meters          ', 'm/s             ',       &
    306              'K               ', 'dim_less        ', 'dim_less        ',       &
     311          (/ 'dim_less        ', 'meters          ', 'meters          ',       &
     312             'm/s             ', 'K               ', 'dim_less        ',       &
    307313             'tbd             ', 'tbd             ', 'tbd             ',       &
    308314             'tbd             ', 'not_used        ', 'not_used        ',       &
     
    19801986
    19811987          CALL netcdf_create_var( id_set_agt, (/ id_dim_time_agt /), 'time',   &
    1982                                   NF90_DOUBLE, id_var_time_agt, 'seconds', '', &
     1988                                  NF90_REAL4, id_var_time_agt, 'seconds', '', &
    19831989                                  332, 333, 000 )
    1984 !
    1985 !--       netCDF4 allows more than one unlimited dimension
    1986           CALL netcdf_create_dim( id_set_agt, 'agent_number',            &
    1987                                   NF90_UNLIMITED, id_dim_agtnum, 334 )
     1990
     1991          CALL netcdf_create_dim( id_set_agt, 'agent_number',                  &
     1992                                  dim_size_agtnum, id_dim_agtnum, 334 )
    19881993
    19891994          CALL netcdf_create_var( id_set_agt, (/ id_dim_agtnum /),             &
    1990                                   'agent_number', NF90_DOUBLE,              &
    1991                                   id_var_agtnum, 'agent number', '', 335,   &
     1995                                  'agent_number', NF90_REAL4,                  &
     1996                                  id_var_agtnum, 'agent number', '', 335,      &
    19921997                                  336, 000 )
    19931998!
    19941999!--       Define variable which contains the real number of agents in use
    19952000          CALL netcdf_create_var( id_set_agt, (/ id_dim_time_agt /),           &
    1996                                   'real_num_of_agt', NF90_DOUBLE,              &
    1997                                   id_var_rnoa_agt, 'agent number', '', 337, &
     2001                                  'real_num_of_agt', NF90_REAL4,               &
     2002                                  id_var_rnoa_agt, 'agent number', '', 337,    &
    19982003                                  338, 000 )
     2004          i = 1
     2005          CALL netcdf_create_var( id_set_agt, (/ id_dim_agtnum,                &
     2006                                  id_dim_time_agt /), agt_var_names(i),        &
     2007                                  NF90_DOUBLE, id_var_agt(i),                  &
     2008                                  TRIM( agt_var_units(i) ),                    &
     2009                                  TRIM( agt_var_names(i) ), 339, 340, 341 )
    19992010!
    20002011!--       Define the variables
    2001           DO  i = 1, 6
     2012          DO  i = 2, 6
    20022013             CALL netcdf_create_var( id_set_agt, (/ id_dim_agtnum,             &
    20032014                                     id_dim_time_agt /), agt_var_names(i),     &
    2004                                      NF90_DOUBLE, id_var_agt(i),           &
     2015                                     NF90_REAL4, id_var_agt(i),                &
    20052016                                     TRIM( agt_var_units(i) ),                 &
    20062017                                     TRIM( agt_var_names(i) ), 339, 340, 341 )
  • palm/trunk/SOURCE/palm.f90

    r3232 r3235  
    2525! -----------------
    2626! $Id$
     27! Added mas_last_actions call and multi_agent_system_mod dependency
     28!
     29! 3232 2018-09-07 12:21:44Z raasch
    2730! references to mrun replaced by palmrun, and updated
    2831!
     
    254257    USE indices,                                                               &
    255258        ONLY:  nbgp
     259
     260    USE multi_agent_system_mod,                                                &
     261        ONLY:  agents_active, mas_last_actions
    256262
    257263    USE netcdf_data_input_mod,                                                 &
     
    536542!-- unit in routine user_last_actions.
    537543    CALL cpu_log( log_point(4), 'last actions', 'start' )
    538          
     544
     545    IF ( myid == 0 .AND. agents_active ) CALL mas_last_actions
    539546    CALL user_last_actions
    540547    CALL close_file( 0 )
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.