Changeset 108 for palm/trunk/SCRIPTS


Ignore:
Timestamp:
Aug 24, 2007 3:10:38 PM (15 years ago)
Author:
letzel
Message:
  • Improved coupler: evaporation - salinity-flux coupling for humidity = .T.,

avoid MPI hangs when coupled runs terminate, add DOC/app/chapter_3.8;

  • Optional calculation of km and kh from initial TKE e_init;
  • Default initialization of km,kh = 0.00001 for ocean = .T.;
  • Allow data_output_pr= q, wq, w"q", w*q* for humidity = .T.;
  • Bugfix: Rayleigh damping for ocean fixed.
Location:
palm/trunk/SCRIPTS
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • palm/trunk/SCRIPTS/mrun

    r102 r108  
    124124     #                     output of executables to aout_output removed,
    125125     #                     messages are immediately written to stdout instead
    126 
    127 
     126     # 03/08/07 - Marcus - add XOPT="-X $numprocs" for lcfimm
     127     # 09/08/07 - Marcus - workaround on lcfimm to propagate environment
     128     #                     variables out to the nodes in coupled mode -disabled-
     129     # 13/08/07 - Marcus - start local restart jobs per ssh on lcfimm
    128130
    129131 
     
    17961798 lopts="$lopts $netcdf_lib $dvrp_lib"
    17971799 ROPTS="$ropts"
    1798  if [[ ( $(echo $host | cut -c1-3) = nec  ||  $(echo $host | cut -c1-3) = ibm  ||  $host = lctit )  &&  -n $numprocs ]]
     1800 if [[ ( $(echo $host | cut -c1-3) = nec  ||  $(echo $host | cut -c1-3) = ibm  ||  $host = lctit  ||  $host = lcfimm )  &&  -n $numprocs ]]
    17991801 then
    18001802    XOPT="-X $numprocs"
     
    27412743             then
    27422744                printf "\n\n"
    2743                 mpiexec  -machinefile hostfile  -n $ii  a.out  $ROPTS
     2745#               if [[ $host = lcfimm ]]
     2746#               then
     2747#                  /usr/bin/mpiexec  -comm pmi  -n $ii  a.out  $ROPTS
     2748#               else
     2749                   mpiexec  -machinefile hostfile  -n $ii  a.out  $ROPTS
     2750#               fi
    27442751             else
    27452752                ((  iii = ii / 2 ))
    27462753                printf "\n      coupled run ($iii atmosphere, $iii ocean)"
    27472754                printf "\n\n"
    2748                 mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iii  -env coupling_mode atmosphere_to_ocean  a.out  $ROPTS  &
    2749                 mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iii  -env coupling_mode ocean_to_atmosphere  a.out  $ROPTS  &
     2755#               if [[ $host = lcfimm ]]
     2756#               then
     2757#                   /usr/bin/mpiexec  -comm pmi  -n $iii  run_atmosphere  a.out  $ROPTS  &
     2758#                   /usr/bin/mpiexec  -comm pmi  -n $iii  run_ocean       a.out  $ROPTS  &
     2759#               else
     2760                   mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iii  -env coupling_mode atmosphere_to_ocean  a.out  $ROPTS  &
     2761                   mpiexec  -machinefile hostfile  -n $iii  -env coupling_mode ocean_to_atmosphere  a.out  $ROPTS  &
     2762#               fi
    27502763                wait
    27512764             fi
     
    34753488
    34763489                # BEI RECHNUNGEN AUF LOKALER MASCHINE KANN MRUN DIREKT AUFGE-
    3477                 # RUFEN WERDEN
     3490                # RUFEN WERDEN, AUSSER AUF lcfimm
    34783491             cd $LOCAL_PWD
    3479              eval  $mc                # ' MUESSEN AUSGEWERTET WERDEN
     3492             if [[ $localhost = lcfimm ]]
     3493             then
     3494                ssh $return_addres -l $return_username "PATH=\$PATH:$LOCAL_MRUN_PATH;export PALM_BIN=$LOCAL_MRUN_PATH;cd $LOCAL_PWD; $mc "
     3495             else
     3496                eval  $mc                # ' MUESSEN AUSGEWERTET WERDEN
     3497             fi
    34803498             cd -  > /dev/null
    34813499          fi
  • palm/trunk/SCRIPTS/subjob

    r102 r108  
    8383     # 12/04/07 - Siggi - option -f (filetransfer protocol) removed, scp only
    8484     # 27/07/07 - Siggi - autan admitted
     85     # 03/08/07 - Marcus- lcfimm admitted
    8586
    8687
     
    149150     (breg*-en0|berni*-en0)  local_addres=130.73.230.10;  local_host=ibmb;;
    150151     (breva)                 local_addres=130.75.105.98;  local_host=lcmuk;;
     152     (compute-*.local)       local_addres=172.20.4.2;     local_host=lcfimm;;
    151153     (cs*)                   local_addres=136.172.44.131; local_host=nech;;
    152154     (elephanta)             local_addres=130.75.105.6;   local_host=lcmuk;;
     155     (fimm.bccs.uib.no)      local_addres=172.20.4.2;     local_host=lcfimm;;
    153156     (gallego)               local_addres=130.75.105.10;  local_host=lcmuk;;
    154157     (gate|n-sx)             local_addres=133.5.178.11;   local_host=neck;;
     
    290293        (ibms)   queue=p_normal; remote_addres=150.183.5.101; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
    291294        (ibmy)   queue=parallel; remote_addres=165.132.26.58; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
     295        (lcfimm) remote_addres=172.20.4.2; submcom=/opt/torque/bin/qsub;;
    292296        (lctit)  queue=default; remote_addres=172.17.75.161; submcom=/n1ge/TITECH_GRID/tools/bin/n1ge;;
    293297        (nech)   qsubmem=memsz_job; qsubtime=cputim_job; remote_addres=136.172.44.147; submcom="/usr/local/bin/qsub";;
     
    607611%%END%%
    608612
     613 elif [[ $remote_host = lcfimm ]]
     614 then
     615
     616    if [[ $numprocs != 0 ]]
     617    then
     618       cat > $job_to_send << %%END%%
     619#!/bin/ksh
     620#PBS -N $job_name
     621#PBS -A nersc
     622#PBS -l walltime=$timestring
     623#PBS -l nodes=${nodes}:ppn=$tasks_per_node
     624#PBS -l pmem=${memory}mb
     625#PBS -m abe
     626#PBS -M igore@nersc.no
     627#PBS -o $remote_dayfile
     628#PBS -j oe
     629mpd &
     630
     631%%END%%
     632
     633    else
     634       cat > $job_to_send << %%END%%
     635#!/bin/ksh
     636#PBS -N $job_name
     637#PBS -A nersc
     638#PBS -l walltime=$timestring
     639#PBS -l ncpus=1
     640#PBS -l pmem=${memory}mb
     641#PBS -m abe
     642#PBS -M igore@nersc.no
     643#PBS -o $remote_dayfile
     644#PBS -j oe
     645
     646%%END%%
     647
     648    fi
     649
    609650 elif [[ $remote_host = nech ]]
    610651 then
     
    9721013       then
    9731014          eval  $submcom  $job_on_remhost
     1015       elif [[ $local_host = lcfimm ]]
     1016       then
     1017          eval  $submcom  $job_on_remhost
     1018          echo "$submcom  $job_on_remhost"
     1019          chmod  u+x  $job_on_remhost
    9741020       elif [[ $local_host = lctit ]]
    9751021       then
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.