| 1 | # Set here the desired C compiler and its optimization options |
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| 2 | CC = gcc |
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| 3 | COPT = -O -Wall |
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| 5 | # To create Matlab gateway routines |
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| 6 | # Note: use $(CC) as the mex C compiler |
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| 7 | MEX = mex |
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| 9 | HEADERS = KPP_ROOT_Global.h KPP_ROOT_Parameters.h KPP_ROOT_Sparse.h |
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| 11 | SPSRC = KPP_ROOT_JacobianSP.c \ |
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| 12 | KPP_ROOT_HessianSP.c \ |
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| 13 | KPP_ROOT_StoichiomSP.c |
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| 15 | SPOBJ = KPP_ROOT_JacobianSP.o \ |
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| 16 | KPP_ROOT_HessianSP.o \ |
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| 17 | KPP_ROOT_StoichiomSP.o |
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| 20 | SRC = KPP_ROOT_Main.c KPP_ROOT_Integrator.c \ |
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| 21 | KPP_ROOT_Function.c KPP_ROOT_Initialize.c \ |
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| 22 | KPP_ROOT_Jacobian.c KPP_ROOT_LinearAlgebra.c\ |
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| 23 | KPP_ROOT_Rates.c KPP_ROOT_Hessian.c \ |
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| 24 | KPP_ROOT_Stoichiom.c KPP_ROOT_Util.c \ |
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| 25 | KPP_ROOT_Monitor.c |
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| 26 | |
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| 27 | OBJ = KPP_ROOT_Main.o KPP_ROOT_Integrator.o \ |
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| 28 | KPP_ROOT_Function.o KPP_ROOT_Initialize.o \ |
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| 29 | KPP_ROOT_Jacobian.o KPP_ROOT_LinearAlgebra.o\ |
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| 30 | KPP_ROOT_Rates.o KPP_ROOT_Hessian.o \ |
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| 31 | KPP_ROOT_Stoichiom.o KPP_ROOT_Util.o \ |
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| 32 | KPP_ROOT_Monitor.o |
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| 33 | |
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| 34 | STOCHSRC = KPP_ROOT_Stochastic.c |
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| 35 | STOCHOBJ = KPP_ROOT_Stochastic.o |
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| 37 | all: exe |
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| 39 | exe: $(HEADERS) $(SPOBJ) $(OBJ) |
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| 40 | $(CC) $(COPT) $(SPOBJ) $(OBJ) -lm -o KPP_ROOT.exe |
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| 41 | |
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| 42 | stochastic:$(HEADERS) $(SPOBJ) $(OBJ) $(STOCHOBJ) |
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| 43 | $(CC) $(COPT) $(SPOBJ) $(OBJ) $(STOCHOBJ) -lm \ |
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| 44 | -o KPP_ROOT_stochastic.exe |
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| 45 | |
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| 46 | mex: $(HEADERS) $(SPOBJ) $(OBJ) |
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| 47 | $(MEX) CC#$(CC) -O KPP_ROOT_mex_Fun.c -lm $(SPOBJ) $(OBJ) |
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| 48 | $(MEX) CC#$(CC) -O KPP_ROOT_mex_Jac_SP.c -lm $(SPOBJ) $(OBJ) |
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| 49 | $(MEX) CC#$(CC) -O KPP_ROOT_mex_Hessian.c -lm $(SPOBJ) $(OBJ) |
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| 50 | |
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| 51 | |
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| 52 | clean: |
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| 53 | rm -f $(SPOBJ) $(OBJ) KPP_ROOT.exe KPP_ROOT_*.mexglx KPP_ROOT*.dat |
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| 54 | |
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| 55 | distclean: |
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| 56 | rm -f $(SPOBJ) $(OBJ) KPP_ROOT.exe KPP_ROOT*.dat \ |
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| 57 | KPP_ROOT_*.c KPP_ROOT_*.h KPP_ROOT_*.map KPP_ROOT_*.mexglx |
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| 58 | |
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| 59 | KPP_ROOT_Monitor.o: KPP_ROOT_Monitor.c $(HEADERS) |
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| 60 | $(CC) $(COPT) -c $< |
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| 61 | |
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| 62 | KPP_ROOT_JacobianSP.o: KPP_ROOT_JacobianSP.c $(HEADERS) |
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| 63 | $(CC) $(COPT) -c $< |
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| 64 | |
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| 65 | KPP_ROOT_HessianSP.o: KPP_ROOT_HessianSP.c $(HEADERS) |
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| 66 | $(CC) $(COPT) -c $< |
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| 67 | |
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| 68 | KPP_ROOT_StoichiomSP.o: KPP_ROOT_StoichiomSP.c $(HEADERS) |
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| 69 | $(CC) $(COPT) -c $< |
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| 70 | |
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| 71 | KPP_ROOT_Main.o: KPP_ROOT_Main.c KPP_ROOT_Initialize.o $(HEADERS) $(SPOBJ) |
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| 72 | $(CC) $(COPT) -c $< |
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| 73 | |
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| 74 | KPP_ROOT_Integrator.o: KPP_ROOT_Integrator.c $(HEADERS) $(SPOBJ) |
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| 75 | $(CC) $(COPT) -c $< |
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| 76 | |
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| 77 | KPP_ROOT_Initialize.o: KPP_ROOT_Initialize.c $(HEADERS) $(SPOBJ) |
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| 78 | $(CC) $(COPT) -c $< |
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| 79 | |
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| 80 | KPP_ROOT_Function.o: KPP_ROOT_Function.c $(HEADERS) $(SPOBJ) |
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| 81 | $(CC) $(COPT) -c $< |
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| 82 | |
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| 83 | KPP_ROOT_Stochastic.o: KPP_ROOT_Stochastic.c $(HEADERS) $(SPOBJ) |
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| 84 | $(CC) $(COPT) -c $< |
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| 85 | |
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| 86 | KPP_ROOT_Jacobian.o: KPP_ROOT_Jacobian.c $(HEADERS) $(SPOBJ) |
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| 87 | $(CC) $(COPT) -c $< |
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| 88 | |
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| 89 | KPP_ROOT_LinearAlgebra.o: KPP_ROOT_LinearAlgebra.c $(HEADERS) $(SPOBJ) |
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| 90 | $(CC) $(COPT) -c $< |
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| 91 | |
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| 92 | KPP_ROOT_Rates.o: KPP_ROOT_Rates.c $(HEADERS) $(SPOBJ) |
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| 93 | $(CC) $(COPT) -c $< |
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| 94 | |
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| 95 | KPP_ROOT_Hessian.o: KPP_ROOT_Hessian.c $(HEADERS) $(SPOBJ) |
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| 96 | $(CC) $(COPT) -c $< |
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| 97 | |
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| 98 | KPP_ROOT_Stoichiom.o: KPP_ROOT_Stoichiom.c $(HEADERS) $(SPOBJ) |
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| 99 | $(CC) $(COPT) -c $< |
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| 100 | |
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| 101 | KPP_ROOT_Util.o: KPP_ROOT_Util.c $(HEADERS) $(SPOBJ) |
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| 102 | $(CC) $(COPT) -c $< |
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| 103 | |
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