source: palm/trunk/UTIL/chemistry/gasphase_preproc/kpp/src/scanner.c @ 3961

Last change on this file since 3961 was 2696, checked in by kanani, 7 years ago

Merge of branch palm4u into trunk

File size: 19.7 KB
Line 
1/******************************************************************************
2
3  KPP - The Kinetic PreProcessor
4        Builds simulation code for chemical kinetic systems
5
6  Copyright (C) 1995-1996 Valeriu Damian and Adrian Sandu
7  Copyright (C) 1997-2005 Adrian Sandu
8
9  KPP is free software; you can redistribute it and/or modify it under the
10  terms of the GNU General Public License as published by the Free Software
11  Foundation (http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html); either version 2 of the
12  License, or (at your option) any later version.
13
14  KPP is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
15  WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS
16  FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License for more
17  details.
18
19  You should have received a copy of the GNU General Public License along
20  with this program; if not, consult http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html or
21  write to the Free Software Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330,
22  Boston, MA  02111-1307,  USA.
23
24  Adrian Sandu
25  Computer Science Department
26  Virginia Polytechnic Institute and State University
27  Blacksburg, VA 24060
28  E-mail: sandu@cs.vt.edu
29
30******************************************************************************/
31
32
33#include "gdata.h"
34#include "scan.h"
35#include "y.tab.h"
36#include <stdlib.h>
37#include <string.h>
38#include <math.h>
39
40int AtomNr    = 0;
41int SpeciesNr = 0;
42int EqnNr     = 0;
43int SpcNr     = 0;
44int VarNr     = 0;
45int VarActiveNr  = 0;
46int FixNr     = 0;
47int VarStartNr   = 0;
48int FixStartNr   = 0;
49
50
51int initNr = -1;
52int xNr = 0;
53int yNr = 0;
54int zNr = 0;
55
56int falseSpcNr = 0;
57
58ATOM_DEF AtomTable[ MAX_ATNR ];
59SPECIES_DEF SpeciesTable[ MAX_SPECIES ];
60CODE ReverseCode[ MAX_SPECIES ];
61CODE Code[ MAX_SPECIES ];
62KREACT kr[ MAX_EQN ];
63
64float** Stoich_Left;
65float** Stoich;
66float** Stoich_Right;
67int Reactive[ MAX_SPECIES ];
68
69INLINE_KEY InlineKeys[] = { { F77_GLOBAL,   APPEND,  "F77_GLOBAL" },
70                            { F77_INIT,   APPEND,  "F77_INIT" },
71                            { F77_DATA,   APPEND,  "F77_DATA" },
72                            { F77_UTIL,   APPEND,  "F77_UTIL" }, 
73                            { F77_RATES, APPEND,  "F77_RATES" }, 
74                            { F77_RCONST, APPEND,  "F77_RCONST" }, 
75                            { F90_GLOBAL,   APPEND,  "F90_GLOBAL" },
76                            { F90_INIT,   APPEND,  "F90_INIT" },
77                            { F90_DATA,   APPEND,  "F90_DATA" },
78                            { F90_UTIL,   APPEND,  "F90_UTIL" },
79                            { F90_RATES, APPEND,  "F90_RATES" }, 
80                            { F90_RCONST, APPEND,  "F90_RCONST" }, 
81                            { C_GLOBAL,     APPEND,  "C_GLOBAL" },
82                            { C_INIT,     APPEND,  "C_INIT" },
83                            { C_DATA,     APPEND,  "C_DATA" },
84                            { C_UTIL,     APPEND,  "C_UTIL" },
85                            { C_RATES,   APPEND,  "C_RATES" }, 
86                            { C_RCONST,   APPEND,  "C_RCONST" }, 
87                            { MATLAB_GLOBAL,     APPEND,  "MATLAB_GLOBAL" },
88                            { MATLAB_INIT,     APPEND,  "MATLAB_INIT" },
89                            { MATLAB_DATA,     APPEND,  "MATLAB_DATA" },
90                            { MATLAB_UTIL,     APPEND,  "MATLAB_UTIL" },
91                            { MATLAB_RATES,   APPEND,  "MATLAB_RATES" }, 
92                            { MATLAB_RCONST,   APPEND,  "MATLAB_RCONST" } 
93                          };
94
95int useAggregate   = 1;
96int useJacobian    = JAC_LU_ROW;
97int useJacSparse   = 1;
98int useHessian     = 1;
99int useStoicmat    = 1;
100int useDouble      = 1;
101int useReorder     = 1;
102int useMex         = 1;
103int useDummyindex  = 0;
104int useEqntags     = 0;
105int useLang        = F77_LANG;
106int useStochastic  = 0;
107/* if useValues=1 KPP replaces parameters like NVAR etc.
108       by their values in vector/matrix declarations */
109int useDeclareValues = 0; 
110
111char integrator[ MAX_PATH ] = "none";
112char driver[ MAX_PATH ] = "none";
113char runArgs[  MAX_PATH ] = "";
114
115/*  mz_rs_20050701+ */
116/* char varDefault[ MAX_IVAL ] = "1.E-8"; */
117/* char fixDefault[ MAX_IVAL ] = "1.E-8"; */
118/* double cfactor = 1.09E+10; */
119char varDefault[ MAX_IVAL ] = "0.";
120char fixDefault[ MAX_IVAL ] = "0.";
121double cfactor = 1.;
122/*  mz_rs_20050701- */
123
124ATOM crtAtoms[ MAX_ATOMS ];
125int crtAtomNr = 0;
126
127char *fileList[ MAX_FILES ];
128int fileNr = 0;
129
130double Abs( double x ) 
131{
132  return x > 0 ? x : -x;
133}
134
135void DefineInitializeNbr( char *cmd )
136{
137int n;
138
139  n = sscanf( cmd, "%d", &initNr);
140  if( n != 1 )
141    ScanError("Bad number of species to initialize <%s>", cmd);
142}
143
144void DefineXGrid( char *cmd )
145{
146int n;
147
148  xNr = 1;
149  n = sscanf( cmd, "%d", &xNr);
150  if( n != 1 )
151    ScanError("Bad X grid number <%s>", cmd);
152}
153
154void DefineYGrid( char *cmd )
155{
156int n;
157
158  yNr = 1;
159  n = sscanf( cmd, "%d", &yNr);
160  if( n != 1 )
161    ScanError("Bad Y grid number <%s>", cmd);
162}
163
164void DefineZGrid( char *cmd )
165{
166int n;
167
168  zNr = 1;
169  n = sscanf( cmd, "%d", &zNr);
170  if( n != 1 )
171    ScanError("Bad Z grid number <%s>", cmd);
172}
173
174void CmdFunction( char *cmd )
175{
176  if( EqNoCase( cmd, "AGGREGATE" ) ) {
177    useAggregate = 1;
178    return;
179  }
180  if( EqNoCase( cmd, "SPLIT" ) ) {
181    useAggregate = 0;
182    return;
183  }
184  ScanError("'%s': Unknown parameter for #FUNCTION [AGGREGATE|SPLIT]", cmd );
185}
186
187void CmdDeclareValues( char *cmd )
188{
189  if( EqNoCase( cmd, "SYMBOL" ) ) {
190    useDeclareValues = 0;
191    return;
192  }
193  if( EqNoCase( cmd, "VALUE" ) ) {
194    useDeclareValues = 1;
195    return;
196  }
197  ScanError("'%s': Unknown parameter for #DECLARE [SYMBOL|VALUE]", cmd );
198}
199
200void CmdJacobian( char *cmd )
201{
202  if( EqNoCase( cmd, "OFF" ) ) {
203    useJacobian = JAC_OFF;
204    useJacSparse = 0;
205    return;
206  }
207  if( EqNoCase( cmd, "FULL" ) ) {
208    useJacobian = JAC_FULL;
209    useJacSparse = 0;
210    return;
211  }
212  if( EqNoCase( cmd, "SPARSE_LU_ROW" ) ) {
213    useJacobian = JAC_LU_ROW;
214    useJacSparse = 1;
215    return;
216  }
217  if( EqNoCase( cmd, "SPARSE_ROW" ) ) {
218    useJacobian = JAC_ROW;
219    useJacSparse = 1;
220    return;
221  }
222  ScanError("'%s': Unknown parameter for #JACOBIAN [OFF|FULL|SPARSE_LU_ROW|SPARSE_ROW]", cmd );
223}
224
225void SparseData( char *cmd ) {
226  ScanError("Deprecated use of #SPARSEDATA %s: see #JACOBIAN for equivalent functionality", cmd );
227}
228
229void CmdHessian( char *cmd )
230{
231  if( EqNoCase( cmd, "OFF" ) ) {
232    useHessian = 0;
233    return;
234  }
235  if( EqNoCase( cmd, "ON" ) ) {
236    useHessian = 1;
237    return;
238  }
239  ScanError("'%s': Unknown parameter for #HESSIAN [ON|OFF]", cmd );
240}
241
242void CmdStoicmat( char *cmd )
243{
244  if( EqNoCase( cmd, "OFF" ) ) {
245    useStoicmat = 0;
246    return;
247  }
248  if( EqNoCase( cmd, "ON" ) ) {
249    useStoicmat = 1;
250    return;
251  }
252  ScanError("'%s': Unknown parameter for #STOICMAT [ON|OFF]", cmd );
253}
254
255void CmdDouble( char *cmd )
256{
257  if( EqNoCase( cmd, "OFF" ) ) {
258    useDouble = 0;
259    return;
260  }
261  if( EqNoCase( cmd, "ON" ) ) {
262    useDouble = 1;
263    return;
264  }
265  ScanError("'%s': Unknown parameter for #DOUBLE [ON|OFF]", cmd );
266}
267
268void CmdReorder( char *cmd )
269{
270  if( EqNoCase( cmd, "OFF" ) ) {
271    useReorder = 0;
272    return;
273  }
274  if( EqNoCase( cmd, "ON" ) ) {
275    useReorder = 1;
276    return;
277  }
278  ScanError("'%s': Unknown parameter for #REORDER [ON|OFF]", cmd );
279}
280
281void CmdMex( char *cmd )
282{
283  if( EqNoCase( cmd, "OFF" ) ) {
284    useMex = 0;
285    return;
286  }
287  if( EqNoCase( cmd, "ON" ) ) {
288    useMex = 1;
289    return;
290  }
291  ScanError("'%s': Unknown parameter for #MEX [ON|OFF]", cmd );
292}
293
294void CmdDummyindex( char *cmd )
295{
296  if( EqNoCase( cmd, "OFF" ) ) {
297    useDummyindex = 0;
298    return;
299  }
300  if( EqNoCase( cmd, "ON" ) ) {
301    useDummyindex = 1;
302    return;
303  }
304  ScanError("'%s': Unknown parameter for #DUMMYINDEX [ON|OFF]", cmd );
305}
306
307void CmdEqntags( char *cmd )
308{
309  if( EqNoCase( cmd, "OFF" ) ) {
310    useEqntags = 0;
311    return;
312  }
313  if( EqNoCase( cmd, "ON" ) ) {
314    useEqntags = 1;
315    return;
316  }
317  ScanError("'%s': Unknown parameter for #EQNTAGS [ON|OFF]", cmd );
318}
319
320void CmdUse( char *cmd )
321{
322  ScanError("Deprecated command '#USE %s';\nReplace with '#LANGUAGE %s'.",cmd,cmd );
323}
324
325
326void CmdLanguage( char *cmd )
327{
328  if( EqNoCase( cmd, "FORTRAN77" ) ) {
329    useLang = F77_LANG;
330    return;
331  }
332  if( EqNoCase( cmd, "FORTRAN" ) ) {
333    ScanWarning("Fortran version not specified in '#LANGUAGE %s'. Will use Fortran 77.", cmd);
334    useLang = F77_LANG;
335    return;
336  }
337  if( EqNoCase( cmd, "FORTRAN90" ) ) {
338    useLang = F90_LANG;
339    return;
340  }
341  if( EqNoCase( cmd, "MATLAB" ) ) {
342    useLang = MATLAB_LANG;
343    return;
344  }
345  if( EqNoCase( cmd, "C" ) ) {
346    useLang = C_LANG;
347    return;
348  }
349  ScanError("'%s': Unknown parameter for #LANGUAGE [Fortran77|Fortran90|C|Matlab]", cmd );
350}
351
352void CmdStochastic( char *cmd )
353{
354  if( EqNoCase( cmd, "ON" ) ) {
355    useStochastic = 1;
356    return;
357  }
358  if( EqNoCase( cmd, "OFF" ) ) {
359    useStochastic = 0;
360    return;
361  }
362  ScanError("'%s': Unknown parameter for #STOCHASTIC [OFF|ON]", cmd );
363}
364
365void CmdIntegrator( char *cmd )
366{
367  strcpy( integrator, cmd );
368}
369
370void CmdDriver( char *cmd )
371{
372  strcpy( driver, cmd );
373}
374
375void CmdRun( char *cmd )
376{
377  strcpy( runArgs, cmd );
378}
379
380int FindAtom( char *atname )
381{
382int i;
383 
384  for( i=0; i<AtomNr; i++ )
385    if( EqNoCase( AtomTable[ i ].name, atname ) ) {
386      return i;   
387    }
388  return -1;     
389}
390
391void DeclareAtom( char *atname )
392{
393int code;
394
395  code = FindAtom( atname );
396  if ( code >= 0 ) {
397    ScanError("Multiple declaration for atom %s.", atname );
398    return;
399  }
400  if( AtomNr >= MAX_ATNR ) {
401    Error("Too many atoms");
402    return;
403  }
404 
405  strcpy( AtomTable[ AtomNr ].name, atname );
406  AtomTable[ AtomNr ].check = NO_CHECK;
407  AtomTable[ AtomNr ].masscheck = 0;
408  AtomNr++;
409}
410
411void SetAtomType( char *atname, int type )
412{
413int code;
414
415  code = FindAtom( atname );
416  if ( code < 0 ) {
417    ScanError("Undefined atom %s.", atname );
418    return;
419  }
420  AtomTable[ code ].check = type;
421}
422
423void CheckAll()
424{
425int i;
426 
427  for( i=0; i<AtomNr; i++ ) {
428    if( AtomTable[ i ].check != CANCEL_CHECK )
429      AtomTable[ i ].check = DO_CHECK;
430  }   
431  SetAtomType( "IGNORE", NO_CHECK );
432}
433
434void AddAtom( char *atname, char *nr )
435{
436int code;
437
438  code = FindAtom( atname );
439  if ( code < 0 ) {
440    ScanError("Undefined atom %s.", atname );
441    return;
442  }
443  crtAtoms[ crtAtomNr ].code = (unsigned char)code;
444  crtAtoms[ crtAtomNr ].nr = (unsigned char)atoi(nr);
445  crtAtomNr++;
446}
447
448int FindSpecies( char *spname )
449{
450int i;
451 
452  for( i=0; i<SpeciesNr; i++ )
453    if( EqNoCase( SpeciesTable[ i ].name, spname ) ) {
454      return i;   
455    }
456  for( i=0; i<2; i++ )
457    if( EqNoCase( SpeciesTable[ MAX_SPECIES -1 - i ].name, spname ) ) {
458      return MAX_SPECIES -1 - i;   
459    }
460  return -1;     
461}
462
463void StoreSpecies( int index, int type, char *spname )
464{
465int i;
466
467  strcpy( SpeciesTable[ index ].name, spname );
468  SpeciesTable[ index ].type = type; 
469  *SpeciesTable[ index ].ival = '\0'; 
470  SpeciesTable[ index ].lookat = 0;
471  SpeciesTable[ index ].moni = 0;
472  SpeciesTable[ index ].trans = 0;
473  if( (SpeciesTable[ index ].nratoms == 0) || ( crtAtomNr > 0 ) ) {
474    SpeciesTable[ index ].nratoms = crtAtomNr;
475    for( i = 0; i < crtAtomNr; i++ )
476      SpeciesTable[ index ].atoms[i] = crtAtoms[i];
477  }
478  crtAtomNr = 0;
479}
480
481void DeclareSpecies( int type, char *spname )
482{
483int code;
484
485  code = FindSpecies( spname );
486  if ( code >= 0 ) {
487    ScanError("Multiple declaration for species %s.", spname );
488    return;
489  }
490  if( SpeciesNr >= MAX_SPECIES ) {
491    Error("Too many species");
492    return;
493  }
494  StoreSpecies( SpeciesNr, type, spname );
495  SpeciesNr++;
496}
497
498void SetSpcType( int type, char *spname )
499{
500int code;
501int i;
502
503  if( EqNoCase( spname, "VAR_SPEC" ) ) {
504    for( i = 0; i < SpeciesNr; i++ ) 
505      if( SpeciesTable[i].type == VAR_SPC ) 
506        SpeciesTable[i].type = type;
507    return;
508  }
509  if( EqNoCase( spname, "FIX_SPEC" ) ) {
510    for( i = 0; i < SpeciesNr; i++ ) 
511      if( SpeciesTable[i].type == FIX_SPC ) 
512        SpeciesTable[i].type = type;
513    return;
514  }
515  if( EqNoCase( spname, "ALL_SPEC" ) ) {
516    for( i = 0; i < SpeciesNr; i++ )
517        SpeciesTable[i].type = type;
518    return;
519  }
520
521  code = FindSpecies( spname );
522  if ( code < 0 ) {
523    ScanError("Undefined species %s.", spname );
524    return;
525  }
526  SpeciesTable[ code ].type = type; 
527}
528
529void AssignInitialValue( char *spname , char *spval )
530{
531int code; 
532double cf;
533 
534  if( EqNoCase( spname, "CFACTOR" ) ) {
535    code = sscanf( spval, "%lg", &cf );
536    if( code != 1 ) {
537      ScanWarning("Invalid CFACTOR value: %s", spval);
538      return;
539    }
540    cfactor = cf;
541    return;
542  }
543 
544  if( EqNoCase( spname, "VAR_SPEC" ) ) {
545    strcpy( varDefault, spval );
546    return;
547  }
548 
549 
550  if( EqNoCase( spname, "FIX_SPEC" ) ) {
551    strcpy( fixDefault, spval );
552    return;
553  }
554 
555  if( EqNoCase( spname, "ALL_SPEC" ) ) {
556    strcpy( varDefault, spval );
557    strcpy( fixDefault, spval );
558    return;
559  }
560 
561  code = FindSpecies( spname );
562  if ( code < 0 ) {
563    ScanError("Undefined species %s.", spname );
564    return; 
565  }     
566  strcpy( SpeciesTable[ code ].ival, spval ); 
567}
568
569void StoreEquationRate( char *rate, char *label )
570{
571double f;
572char buf[ MAX_K ];
573int n;
574KREACT *kreact;
575
576  kreact = &kr[ EqnNr ]; 
577  strcpy( kreact->label, label );
578  if( isPhoto ) {
579    kreact->type = PHOTO;
580    strcpy( kreact->val.st, rate );
581    isPhoto = 0;
582    return;
583  }
584  n = sscanf( rate, "%lf%s", &f, buf );
585  if ( n == 1 ) {
586    kreact->type = NUMBER;
587    kreact->val.f = f;
588    return;
589  }
590  kreact->type = EXPRESION;
591  strcpy( kreact->val.st, rate );
592  return;
593}
594
595void CheckEquation()
596{
597int i,j;
598int equal, index;
599double r1, r2;
600float atcnt[ MAX_ATNR ];
601int spc;
602SPECIES_DEF *sp;
603char errmsg[80];
604int err;
605
606  if( EqnNr >= MAX_EQN ) {
607    Error("Too many equations");
608    return;
609  }
610 
611  for( i = 0; i < AtomNr; i++ )
612    atcnt[i] = 0;
613   
614  for( spc = 0; spc < SpcNr; spc++ ) {
615    sp = &SpeciesTable[ Code[spc] ];
616    if( Stoich_Left[spc][EqnNr] != 0 ) {
617      for( i = 0; i < sp->nratoms; i++ ) 
618        atcnt[ sp->atoms[i].code ] += Stoich_Left[spc][EqnNr] * sp->atoms[i].nr;
619    }
620    if( Stoich_Right[spc][EqnNr] != 0 ) {
621      for( i = 0; i < sp->nratoms; i++ ) 
622        atcnt[ sp->atoms[i].code ] -= Stoich_Right[spc][EqnNr] * sp->atoms[i].nr; 
623    }
624  } 
625 
626  *errmsg = 0;
627  err = 0;
628 
629  for( i = 0; i < AtomNr; i++ ) {
630    if ( Abs( atcnt[i] ) > 1e-5 ) {
631      if ( AtomTable[i].check == CANCEL_CHECK ) {
632        err = 0;
633        break;
634      }
635      if ( AtomTable[i].check == NO_CHECK ) {
636        continue;
637      }
638      if ( AtomTable[i].check == DO_CHECK ) {
639        err = 1;
640        sprintf(errmsg, "%s %s", errmsg, AtomTable[i].name );
641        continue;
642      }
643    }
644  } 
645   
646  if ( err ) 
647    ScanWarning( "(eqn %d) Atom balance mismatch for:%s.", EqnNr+1, errmsg );   
648       
649  for( j = 0; j < SpcNr; j++ )
650    if( Stoich_Left[j][EqnNr] != 0 )
651      { index = j; break; }
652  for( i = 0; i < EqnNr; i++ ) {
653    equal = 1;
654    r1 = Stoich_Left[index][EqnNr];
655    r2 = Stoich_Left[index][i];
656    for( j = 0; j < SpcNr; j++ ) {
657      if( r1 * Stoich_Left[j][i] != r2 * Stoich_Left[j][EqnNr] )
658        { equal = 0; break; }
659      if( r1 * Stoich_Right[j][i] != r2 * Stoich_Right[j][EqnNr] )
660        { equal = 0; break; }
661    }
662    if ( equal ) {
663      if( r1 == r2 )
664        ScanError( "Duplicate equation: "
665                   " (eqn<%d> = eqn<%d> )", i+1, EqnNr+1 );
666      else
667        ScanError( "Linearly dependent equations: "
668                   "( %.0f eqn<%d> = %.0f eqn<%d> )",
669                   r1, i+1, r2, EqnNr+1 );
670      break;
671    }
672  }
673  EqnNr++;
674}
675
676void ProcessTerm( int side, char *sign, char *coef, char *spname  )
677{
678int code; 
679CODE crtSpec;
680double val;
681char buf[40];
682
683
684  code = FindSpecies( spname );
685  if ( code < 0 ) {
686    ScanError("Undefined species %s.", spname );
687    return;
688  }
689 
690  crtSpec = ReverseCode[ code ];
691
692  if(EqNoCase(spname,"HV")) isPhoto = 1;
693
694  if ( crtSpec == NO_CODE ) {
695    if( MAX_SPECIES - code <= 2 ) falseSpcNr++;
696    crtSpec = SpcNr++;
697    Code[ crtSpec ] = code;
698    ReverseCode[ code ] = crtSpec;
699  }
700 
701  strcpy( buf, sign ); 
702  strcat( buf, coef ); 
703  sscanf( buf, "%lf", &val );
704
705  switch( side ) {
706    case LHS: Stoich_Left[ crtSpec ][ EqnNr ] += val;
707              Stoich[ crtSpec ][ EqnNr ] -= val;
708              Reactive[ crtSpec ] = 1;
709              break;
710    case RHS: Stoich_Right[ crtSpec ][ EqnNr ] += val;
711              Stoich[ crtSpec ][ EqnNr ] += val;
712              break;
713  }
714}
715           
716void AddLumpSpecies( char *spname )
717{
718int code; 
719 
720  code = FindSpecies( spname );
721  if ( code < 0 ) {
722    ScanError("Undefined species %s.", spname );
723    return;
724  }
725
726  /* ... */               
727
728}
729
730void CheckLump( char *spname )
731{
732int code; 
733 
734  code = FindSpecies( spname );
735  if ( code < 0 ) {
736    ScanError("Undefined species %s.", spname );
737    return;
738  }
739
740  /* ... */               
741
742}
743
744void AddLookAt( char *spname )
745{
746int code; 
747 
748  code = FindSpecies( spname );
749  if ( code < 0 ) {
750    ScanError("Undefined species %s.", spname );
751    return;
752  }
753
754  SpeciesTable[ code ].lookat = 1;   
755}
756
757void LookAtAll()
758{
759int i;
760
761  for( i=0; i<SpeciesNr; i++ )
762    SpeciesTable[ i ].lookat = 1; 
763}
764
765void AddMonitor( char *spname )
766{
767int code; 
768 
769  code = FindSpecies( spname );
770  if ( code >= 0 ) {
771    SpeciesTable[ code ].moni = 1;
772    return;
773  } 
774 
775  code = FindAtom( spname );
776  if ( code >= 0 ) {
777    AtomTable[ code ].masscheck = 1;
778    return;
779  }
780   
781  ScanError("Undefined species or atom %s.", spname );
782}
783
784void AddTransport( char *spname )
785{
786int code; 
787 
788  code = FindSpecies( spname );
789  if ( code < 0 ) {
790    ScanError("Undefined species %s.", spname );
791    return;
792  }
793
794  SpeciesTable[ code ].trans = 1;   
795}
796
797void TransportAll()
798{
799int i;
800
801  for( i=0; i<SpeciesNr; i++ )
802    SpeciesTable[ i ].trans = 1; 
803}
804
805void AddUseFile( char *fname )
806{
807  fileList[fileNr] = (char*)malloc(strlen(fname)+1);
808  strcpy(fileList[fileNr], fname);
809  fileNr++;
810}
811
812char * AppendString( char * s1, char * s2, int * maxlen, int addlen ) 
813{
814char * tmp;
815
816  *maxlen += addlen;
817
818  if( !s1 ) {
819    s1 = (char*)malloc( *maxlen );
820    *s1 = 0;
821  }   
822 
823  if( strlen( s1 ) + strlen( s2 ) >= *maxlen ) {
824    s1 = (char*)realloc( (void*)s1, *maxlen );
825  }
826  strcat( s1, s2 ); 
827  return s1;
828}
829
830char * ReplaceString( char * s1, char * s2, int * maxlen, int addlen ) 
831{
832char * tmp;
833
834  if( s1 ) free(s1);
835
836  *maxlen = strlen( s2 );
837  s1 = (char*)malloc( 1+*maxlen );
838  strcpy( s1, s2 );
839
840  return s1;
841}
842
843void AddInlineCode( char * ctx, char * s )
844{
845ICODE * c;
846int i, key, type;
847int totallength; /* mz_rs_20050607 */
848 
849  c = NULL;
850 
851  for( i = 0; i < INLINE_OPT; i++ ) 
852    if( EqNoCase( ctx, InlineKeys[i].kname ) ) {
853      key = InlineKeys[i].key;
854      c = &InlineCode[key];
855      type = InlineKeys[i].type;
856      break;
857    }
858  if( !c ) {
859    printf( "\n'%s': Unknown inline option (ignored)", ctx );
860    return;
861  }
862
863  /*  mz_rs_20050607+ */
864  if (c->code) 
865    totallength = strlen( c->code )+strlen( s );
866  else
867    totallength = strlen( s );
868  if (totallength>MAX_INLINE)
869    ScanError("\nInline code for %s is too long (%d>%d).\nIncrease MAX_INLINE in scan.h and recompile kpp!", 
870              ctx, totallength, MAX_INLINE);   
871  /*  mz_rs_20050607- */
872
873  switch( type ) {
874    case APPEND:  c->code = AppendString( c->code, s, &c->maxlen, MAX_INLINE );
875                  break;
876    case REPLACE: c->code = ReplaceString( c->code, s, &c->maxlen, MAX_INLINE );
877                  break;
878  }
879}
880
881int ParseEquationFile( char * filename )
882{
883int i,j;
884int code;
885
886  for( i = 0; i < MAX_SPECIES; i++ ) {
887    ReverseCode[i] = NO_CODE;
888    Reactive[i] = 0;
889  }
890  for( i = 0; i < MAX_SPECIES; i++ ) {
891    for( j = 0; j < MAX_EQN; j++ ) {
892      Stoich_Left[i][j] = 0;
893      Stoich[i][j] = 0;
894      Stoich_Right[i][j] = 0;
895    }
896  }
897  for( i = 0; i < MAX_SPECIES; i++ ) {
898    SpeciesTable[ i ].nratoms = 0;
899  }
900 
901  for( i = 0; i < INLINE_OPT; i++ ) {
902    InlineCode[i].code = NULL;
903    InlineCode[i].maxlen = 0;
904  } 
905 
906  EqnNr = 0;
907  SpcNr = 0;
908 
909  DeclareAtom( "CANCEL" );   
910  SetAtomType( "CANCEL", CANCEL_CHECK );
911  DeclareAtom( "IGNORE" );   
912  SetAtomType( "IGNORE", NO_CHECK );
913  DeclareSpecies( DUMMY_SPC, "???" );
914  StoreSpecies( MAX_SPECIES-1, DUMMY_SPC, "HV" );
915  AddAtom( "CANCEL", "1" );
916  StoreSpecies( MAX_SPECIES-2, DUMMY_SPC, "PROD" );
917
918  code = Parser( filename );
919
920  return code;
921}
922
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.