source: palm/trunk/SCRIPTS/subjob @ 493

Last change on this file since 493 was 493, checked in by raasch, 13 years ago

New:
---
Output in NetCDF4-format. New d3par-parameter netcdf_data_format.

(check_open, check_parameters, close_file, data_output_2d, data_output_3d, header, modules, netcdf, parin)

Modules to be loaded for compilation (mbuild) or job execution (mrun)
can be given in the configuration file using variable modules. Example:

%modules ifort/11.0.069:netcdf lcsgih parallel

This method replaces the (undocumented) mpilib-variable.

WARNING: All fixed settings of modules in the scripts mbuild, mrun, and subjob
have been removed! Please set the modules variable appropriately in your
configuration file. (mbuild, mrun, subjob)

Changed:


Parameters netcdf_64bit and netcdf_64bit_3d have been removed. Use
netcdf_data_format = 2 for choosing the classic 64bit-offset format (this is
the default). The offset-format can not be set independently for the
3d-output-data any more.

Parameters netcdf_format_mask, netcdf_format_mask_av, and variables
nc_format_mask, format_parallel_io removed. They are replaced by the new
parameter netcdf_data_format. (check_open, close_file,
data_output_mask, header, init_masks, modules, parin)

Errors:


bugfix in trunk/UTIL/Makefile: forgot to compile for interpret_config

Bugfix: timeseries data have to be collected by PE0 (user_statistics)

  • Property svn:keywords set to Id Rev
File size: 47.0 KB
Line 
1#!/bin/ksh
2# subjob - Plot-Shellskript         Version:  @(#)SUBJOB 1.0
3# $Id: subjob 493 2010-03-01 08:30:24Z raasch $
4
5     # Prozedur zum automatischen Generieren von Batch-Jobs, die unter NQS
6     # laufen sollen und deren Ergebnis (Dayfile) zum Job-generierenden
7     # Host zurueckgeschickt werden sollen
8
9
10     # letzte Aenderung:
11     # 29/06/94 - Siggi - Beginn mit Erstellung der Originalversion
12     # 08/07/94 - Siggi - Originalversion abgeschlossen (Version 1.0)
13     # 06/02/98 - Siggi - berte validiert
14     # 27/01/01 - Siggi - ground.yonsei.ac.kr validiert, Jobs zur T3E in Korea
15     #                    moeglich
16     # 08/02/01 - Siggi - alle subjob-Meldungen ins englische uebersetzt
17     # 25/05/02 - Siggi - Unterstuetzung des LoadLeveler
18     # 30/05/02 - Siggi - Validierung fuer ibm-Rechner in Seoul (nobel) sowie
19     #                    allgemeine Anpassungen fuer ibm-Rechner
20     # 15/10/02 - Siggi - Neue Default-Jobklasse (p_normal) fuer IBM in Seoul
21     #                    Ruecktransfer des Jobprotokolls fuer diese
22     #                    Maschine abgeschaltet
23     # 31/10/02 - Siggi - berni validiert
24     # 06/11/02 - Siggi - Neue Jobklassen auf ibmb und ibmh
25     # 08/11/02 - Siggi - quanero validiert
26     # 11/12/02 - Siggi - Notification fuer Transfer-Jobs abgeschaltet
27     # 23/01/03 - Siggi - hostname nobel changed to nobela
28     # 06/02/03 - Siggi - gregale validated
29     # 12/02/03 - Siggi - orkan and maestro validated
30     # 21/02/03 - Siggi - all nobel nodes in Seoul validated
31     # 12/03/03 - Siggi - nec at DKRZ validated
32     # 13/03/03 - Siggi - new nqs resource variable Memory
33     # 07/04/03 - Siggi - processor request option -c on nech needs tasks per
34     #                    node
35     # 11/04/03 - Siggi - network on ibms has attribute "shared"
36     # 31/07/03 - Siggi - nqs2 on nech implemented (provisional: -h nech2)
37     #                    cxxl added to ibmh
38     # 29/08/03 - Siggi - changes in job queues and communication system on
39     #                    ibms
40     # 24/10/03 - Siggi - using alternate hanni address 130.75.4.2
41     # 30/10/03 - Siggi - nech is not supported any more
42     # 10/11/03 - Siggi - nech2 renamed to nech
43     # 20/11/03 - Siggi - submit command on nech changed from qsub.test to qsub
44     # 29/03/04 - Siggi - ground not supported any more, gfdl3 validated
45     # 31/03/04 - Siggi - new option -N for node usage
46     # 12/04/04 - Siggi - scp2 instead of scp used for transfer from decalpha
47     #                    due to error in ssh installation (otherwise a prompt
48     #                    for the password appears)
49     # 23/07/04 - Siggi - changes due to the new berni configuration
50     #                    (federation switch)
51     # 01/09/04 - Gerald  new job-classes on hanni
52     # 08/09/04 - Siggi - hanni IP address changed to 130.75.4.10
53     # 23/11/04 - Siggi - new job class cdata on hanni and berni
54     # 03/12/04 - Siggi - notification on ibm switched of in case of
55     #                    delete_dayfile = true, node usage in cdev set to
56     #                    shared
57     # 16/02/05 - Gerald  hababai validated
58     # 29/03/05 - Micha - new job class channi on hanni
59     # 11/05/05 - Siggi - ConsumableMemory is now required as resource keyword
60     #                    on ibms
61     # 24/05/05 - Siggi - Default queue on ibms changed from p_normal_1.3 to
62     #                    p_normal
63     # 30/06/05 - Siggi - network changed for queue cdev from "us" to "ip"
64     # 12/07/05 - Siggi - in network.mpi on ibmh/ibmb "csss" changed to
65     #                    "sn_all", new job class cexp
66     # 08/09/05 - Siggi - IP-address of gfdl3 changed
67     # 31/10/05 - Siggi - new job class pp on hurricane, serial jobs on
68     #                    hurricane (with -X0)
69     # 01/11/05 - Siggi - missing queue for jobs submitted on nech (for nech)
70     #                    added
71     # 30/12/05 - Siggi - change of IP adresses in subnet 130.75.105
72     # 09/02/06 - Siggi - ibmy admitted
73     # 10/02/06 - Siggi - scp2 changed to /bin/scp on decalpha
74     # 13/04/06 - Siggi - ostria admitted
75     # 18/04/06 - Siggi - new option -O for OpenMP usage
76     # 24/05/06 - Siggi - lctit admitted, ftpjob renamed scpjob
77     # 25/07/06 - Siggi - gfdl5 (ibmy) admitted for submitting jobs
78     # 27/09/06 - Siggi - breg/hreg extended with berni/hanni
79     # 25/10/06 - Siggi - data_limit set to 1.76 GByte on hanni and berni
80     # 28/11/06 - Siggi - levanto admitted
81     # 13/02/07 - Siggi - hpmuk releated code removed
82     # 01/03/07 - Siggi - adjustments for RIAM machines gate and NEC-SX8 (n-sx)
83     # 12/04/07 - Siggi - option -f (filetransfer protocol) removed, scp only
84     # 27/07/07 - Siggi - autan admitted
85     # 03/08/07 - Marcus- lcfimm admitted
86     # 08/10/07 - Siggi - further job classes added for hanni (csoloh...)
87     # 15/10/07 - Siggi - preliminary adjustments for lctit based on Jin's
88     #                    suggestions
89     # 19/10/07 - Marcus- add new optional argument -g group_number
90     # 19/10/07 - Siggi - a ";" was missing in the last change done by Marcus
91     # 30/10/07 - Marcus- further adjustments for queues on lctit
92     # 15/05/08 - Siggi - adjustments for lcxt4 (Bergen Center for Computational
93     #                    Science)
94     # 14/07/08 - Siggi - adjustments for lcsgih
95     # 23/09/08 - Gerald- paesano admitted
96     # 02/10/08 - Siggi - PBS adjustments for lcxt4
97     # 02/03/09 - Siggi - Adjustments for new NEC-SX9 at RIAM
98     # 16/04/09 - Marcus- Adjustments for lcsgib and lcsgih
99     # 21/04/09 - Siggi - adjustments for new IBM at DKRZ, which is now ibmh
100     # 18/05/09 - Siggi - Settings for serial jobs on lcsgi changed
101     # 24/06/09 - BjornM- adjustments for lcxt4 (loading modules manually)
102     # 08/07/09 - Siggi - option -e added (email notification on lcsgih/b)
103     # 20/07/09 - Siggi - On lcsgi, jobs for returning the job protocol are
104     #                    now run on the data nodes (feature=data)
105     # 25/08/09 - BjornM- adapted for lck
106     # 26/08/09 - Marcus- caurus admitted; optional qos feature hiprio on lcsgi
107     # 03/09/09 - Siggi - PBS sgi feature directive only used if explicitly
108     #                    set in the config file by the user
109     # 16/10/09 - Carolin-adjustments for archiving on SGI-ICE of binary files;
110     #                    adding special1q
111     # 01/12/09 - BjornM- re-adjustments for lcxt4, added sno (130.75.105.113)
112     # 16/10/09 - Carolin-adding permq
113     # 01/02/10 - Siggi - adapted for lcxt5m and lckyoto (Fujitsu HX600)
114     # 03/02/10 - Siggi - bug in serial jobs removed
115     # 26/02/10 - BjornM- re-adjustments for lcxt4 (new modules, email
116     #                    notification)
117     # 01/03/10 - Siggi - loading of modules controlled by environment variable
118     #                    module_calls
119
120
121
122    # VARIABLENVEREINBARUNGEN + DEFAULTWERTE
123 delete_dayfile=false
124 email_notification=none
125 group_number=none
126 locat=normal
127 no_default_queue=none
128 no_submit=false
129 job_catalog="~/job_queue"
130 job_name=none
131 local_user=$LOGNAME
132 node_usage=shared
133 numprocs=0
134 punkte="..........................................................."
135 submcom=qsub
136 queue=default
137 remote_host=none
138 remote_user=""
139 verify=true
140
141 typeset  -i   cputime=memory=Memory=0  minuten  resttime  sekunden  stunden
142 typeset  -i   inumprocs  nodes=tasks_per_node=threads_per_task=1
143 typeset  -L20 spalte1
144 typeset  -R40 spalte2
145 typeset  -L60 spalte3
146
147
148
149    # FEHLERBEHANDLUNG
150    # BEI EXIT:
151 trap 'if [[ $locat != normal ]]
152       then
153          case  $locat  in
154             (option)  printf "\n  --> available optios can be displayed"
155                       printf " by typing:"
156                       printf "\n      \"subjob ?\" \n";;
157             (ftpcopy|parameter|scp|verify)  printf "\n";;
158             (*)       printf "\n  +++ unknown error"
159                       printf "\n      please inform S. Raasch!\n"
160          esac
161          [[ -f $job_to_send ]]  &&  rm  $job_to_send
162          printf "\n\n+++ SUBJOB killed \n\n"
163       fi' exit
164
165
166    # BEI TERMINAL-BREAK:
167 trap '[[ -f $job_to_send ]]  &&  rm  $job_to_send
168       printf "\n\n+++ SUBJOB killed \n\n"
169       exit
170      ' 2
171
172
173
174
175    # LOKALEN HOSTNAMEN FESTSTELLEN
176 local_host=$(hostname)
177
178
179
180    # HOSTSPEZIFISCHE VARIABLEN VEREINBAREN BZW. PRUEFEN, OB LOKALER HOST
181    # UEBERHAUPT ZULAESSIG IST
182 case  $local_host  in
183     (atmos)                 local_addres=172.20.25.35;   local_host=lcide;;
184     (autan)                 local_addres=130.75.105.57;  local_host=lcmuk;;
185     (bora)                  local_addres=130.75.105.103; local_host=lcmuk;;
186     (bd1)                   local_addres=130.73.232.64;  local_host=lcsgib;;
187     (bd2)                   local_addres=130.73.232.65;  local_host=lcsgib;;
188     (bd3)                   local_addres=130.73.232.66;  local_host=lcsgib;;
189     (bd4)                   local_addres=130.73.232.67;  local_host=lcsgib;;
190     (b01*|bicegate1)        local_addres=130.73.232.102; local_host=lcsgib;;
191     (bicegate2)             local_addres=130.73.232.103; local_host=lcsgib;;
192     (breg*-en0|berni*-en0)  local_addres=130.73.230.10;  local_host=ibmb;;
193     (breva)                 local_addres=130.75.105.98;  local_host=lcmuk;;
194     (bicegate2)             local_addres=130.73.232.103; local_host=lcsgib;;
195     (caurus)                local_addres=130.75.105.19;  local_host=lcmuk;;
196     (compute-*.local)       local_addres=172.20.4.2;     local_host=lcfimm;;
197     (cs*)                   local_addres=136.172.44.131; local_host=nech;;
198     (elephanta)             local_addres=130.75.105.6;   local_host=lcmuk;;
199     (fimm.bccs.uib.no)      local_addres=172.20.4.2;     local_host=lcfimm;;
200     (node*)                 local_addres=165.132.26.61   local_host=lck;;
201     (gallego)               local_addres=130.75.105.10;  local_host=lcmuk;;
202     (gfdl5)                 local_addres=165.132.26.58;  local_host=ibmy;;
203     (gfdl3.yonsei.ac.kr)    local_addres=165.132.26.56;  local_host=decalpha;;
204     (gregale)               local_addres=130.75.105.109; local_host=lcmuk;;
205     (hababai)               local_addres=130.75.105.108; local_host=lcmuk;;
206     (hexagon.bccs.uib.no)   local_addres=129.177.20.113; local_host=lcxt4;;
207     (hd1)                   local_addres=130.75.4.104;   local_host=lcsgih;;
208     (hd2)                   local_addres=130.75.4.105;   local_host=lcsgih;;
209     (hd3)                   local_addres=130.75.4.106;   local_host=lcsgih;;
210     (hd4)                   local_addres=130.75.4.107;   local_host=lcsgih;;
211     (h01*|hicegate1)        local_addres=130.75.4.102;   local_host=lcsgih;;
212     (hicegate2)             local_addres=130.75.4.103;   local_host=lcsgih;;
213     (hx*)                   local_addres=133.3.51.11;    local_host=lckyoto;;
214     (blizzard1)             local_addres=136.172.40.15;  local_host=ibmh;;
215     (irifi)                 local_addres=130.75.105.104; local_host=lcmuk;;
216     (sno)                   local_addres=130.75.105.113; local_host=lcmuk;;
217     (levanto)               local_addres=130.75.105.45;  local_host=lcmuk;;
218     (maestro)               local_addres=130.75.105.2;   local_host=lcmuk;;
219     (meteo-login*)          local_addres=193.166.211.144;local_host=lcxt5m;;
220     (nid*)                  local_addres=129.177.20.113; local_host=lcxt4;;
221     (nobel*)                local_addres=150.183.5.101;  local_host=ibms;;
222     (orkan)                 local_addres=130.75.105.3;   local_host=lcmuk;;
223     (ostria)                local_addres=130.75.105.106; local_host=lcmuk;;
224     (paesano)               local_addres=130.75.105.46;  local_host=lcmuk;;
225     (quanero)               local_addres=130.75.105.107; local_host=lcmuk;;
226     (scirocco)              local_addres=172.20.25.41;   local_host=lcmuk;;
227     (sun1|sun2)             local_addres=130.75.6.1;     local_host=unics;;
228     (sx-*)                  local_addres=172.16.1.131;   local_host=necriam;;
229     (r1*)                   local_addres=130.75.4.102;   local_host=lcsgih;;
230     (r2*)                   local_addres=130.73.232.102; local_host=lcsgib;;
231     (tgg*)                  local_addres=172.17.75.161;  local_host=lctit;;
232     (vorias)                local_addres=172.20.25.43;   local_host=lcmuk;;
233     (*)                     printf "\n  +++ \"$local_host\" unknown";
234                             printf "\n      please inform S. Raasch!";
235                             locat=parameter; exit;;
236 esac
237
238
239
240    # REMOTE HOST DEFAULTMAESSIG = LOCAL HOST SETZEN
241 remote_host=$local_host
242
243
244
245
246    # PROZEDUROPTIONEN EINLESEN
247 while  getopts  :c:dDe:g:h:m:n:N:O:q:t:T:u:vX:  option
248 do
249   case  $option  in
250       (c)   job_catalog=$OPTARG;;
251       (d)   delete_dayfile=true;;
252       (D)   no_submit=true;;
253       (e)   email_notification=$OPTARG;;
254       (g)   group_number=$OPTARG;;
255       (h)   remote_host=$OPTARG;;
256       (m)   memory=$OPTARG;;
257       (n)   job_name=$OPTARG;;
258       (N)   node_usage=$OPTARG;;
259       (O)   threads_per_task=$OPTARG;;
260       (q)   no_default_queue=$OPTARG;;
261       (t)   cputime=$OPTARG;;
262       (T)   tasks_per_node=$OPTARG;;
263       (u)   remote_user=$OPTARG;;
264       (v)   verify=false;;
265       (X)   numprocs=$OPTARG;;
266       (\?)  printf "\n  +++ Option $OPTARG unknown \n";
267             locat=option; exit;;
268   esac
269 done
270
271
272    # JOBDATEINAMEN ALS NAECHSTES ARGUMENT HOLEN
273 shift OPTIND-1; file_to_send=$1
274
275
276    # KURZE AUFRUFBESCHREIBUNG WIRD HIER AUSGEGEBEN
277 if [ "$1" = "?" ]
278 then
279   (printf "\n  *** subjob can be called as follows:\n"
280    printf "\n      subjob -c.. -d -D -h.. -m.. -q.. -t.. -u.. -v  <jobfile>\n"
281    printf "\n      Description of available options:\n"
282    printf "\n      Option  Description                         Default-Value"
283    printf "\n        -c    job-input- and output-catalog       ~/job_queue"
284    printf "\n        -d    no job-protocol will be created     ---"
285    printf "\n        -D    only the job-file will be created   ---"
286    printf "\n        -h    execution host, available hosts:    $remote_host"
287    printf "\n              ibm, ibmb, ibmh, ibms, ibmy, lcmuk,"
288    printf "\n              lctit, nech, necriam, unics"
289    printf "\n        -m    memory demand per process in MByte  ---"
290    printf "\n        -n    jobname                             <jobdatei>"
291    printf "\n        -O    threads per task (for OpenMP usage) 1"
292    printf "\n        -q    job-queue to be used                default"
293    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds         ---"
294    printf "\n        -T    tasks per node (on parallel hosts)  ---"
295    printf "\n        -u    username on execution host          from .netrc"
296    printf "\n        -v    no prompt for confirmation          ---"
297    printf "\n        -X    # of processors (on parallel hosts) 1"
298    printf "\n "
299    printf "\n      The only possible positional parameter is <jobfile>:"
300    printf "\n      The complete NQS-job must be provided here."
301    printf "\n      <jobfile>=? creates this outline\n\n") | more
302    exit
303 fi
304
305
306
307    # PRUEFEN, OB JOBDATEI ANGEGEBEN WURDE UND OB SIE AUCH EXISTIERT
308 if [[ "$file_to_send" = "" ]]
309 then
310    printf "\n  +++ job-file missing"
311    locat=parameter; exit
312 else
313    if [[ -f $file_to_send ]]
314    then
315       true
316    else
317       printf "\n  +++ job-file: "
318       printf "\n           $file_to_send"
319       printf "\n      does not exist"
320       locat=parameter; exit
321    fi
322 fi
323
324
325
326    # FALLS KEIN JOBNAME ANGEGEBEN WURDE, WIRD JOBNAME = JOBDATEINAME
327    # GESETZT. VORAUSSETZUNG: JOBDATEINAME BEINHALTET KEINE PFADE
328 if [[ $job_name = none ]]
329 then
330    job_name=$file_to_send
331 fi
332 if [[ $(echo $job_name | grep -c "/") != 0 ]]
333 then
334    printf "\n  +++ job-file name: "
335    printf "\n           $job_name"
336    printf "\n      must not contain \"/\"-characters"
337    locat=parameter; exit
338 fi
339
340
341
342
343    # HOSTSPEZIFISCHE GROESSEN VEREINBAREN BZW. ABBRUCH BEI UNZULAESSIGEM HOST
344    # ODER WENN HOST NICHT ANGEGEBEN WURDE
345 if [[ $remote_host = none ]]
346 then
347    printf "\n  +++ host missing"
348    locat=option; exit
349 else
350    case  $remote_host  in
351        (ibm)     queue=p690_standard; remote_addres=134.76.99.81; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
352        (ibmb)    queue=cpar; remote_addres=130.73.230.10; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
353        (ibmh)    queue=no_class; remote_addres=136.172.40.15; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
354        (ibms)    queue=p_normal; remote_addres=150.183.5.101; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
355        (ibmy)    queue=parallel; remote_addres=165.132.26.58; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
356        (lcfimm)  remote_addres=172.20.4.2; submcom=/opt/torque/bin/qsub;;
357        (lckyoto) remote_addres=133.3.51.11; submcom=/thin/local/bin/qsub;;
358        (lcsgib)  queue=smallq; remote_addres=130.73.232.102; submcom=/opt/moab/bin/msub;;
359        (lcsgih)  queue=smallq; remote_addres=130.75.4.103; submcom=/opt/moab/bin/msub;;
360        (lck)     remote_addres=165.132.26.61; submcom=/usr/torque/bin/qsub;;
361        (lctit)   queue=lctit; remote_addres=172.17.75.161; submcom=/n1ge/TITECH_GRID/tools/bin/n1ge;;
362        (lcxt4)   remote_addres=129.177.20.113; submcom=/opt/torque/2.3.0/bin/qsub;;
363        (lcxt5m)  remote_addres=193.166.211.144; submcom=/opt/pbs/10.1.0.91350/bin/qsub;;
364        (nech)    qsubmem=memsz_job; qsubtime=cputim_job; remote_addres=136.172.44.147; submcom="/usr/local/bin/qsub";;
365        (necriam) qsubmem=memsz_job; qsubtime=cputim_job; remote_addres=172.16.1.131; submcom="/usr/bin/nqsII/qsub";;
366        (vpp)     qsubmem=m; qsubtime=t; queue=vpp; remote_addres=130.75.4.130;;
367        (unics)   qsubmem=d; qsubtime=t; queue=unics; remote_addres=130.75.6.1;;
368        (*)       printf "\n  +++ hostname \"$remote_host\" not allowed";
369                  locat=parameter; exit;;
370    esac
371 fi
372
373
374    # EVTL. PRUEFEN, OB ANGEGEBENE QUEUE ZULAESSIG IST
375 if [[ $no_default_queue != none ]]
376 then
377    error=false
378    ndq=$no_default_queue
379    case  $remote_host  in
380        (ibm)    case  $ndq  in
381                     (p690_express|p690_standard|p690_long)  error=false;;
382                     (*)                                     error=true;;
383                 esac;;
384        (ibmb)   case  $ndq  in
385                     (cdata|cdev|cexp|c1|cshare|csolo|cspec) error=false;;
386                     (*)                                     error=true;;
387                 esac;;
388        (ibmh)   case  $ndq  in
389                     (no_class)  error=false;;
390                     (*)                                     error=true;;
391                 esac;;
392        (ibms)   case  $ndq  in
393                     (express|normal|p_express|p_normal|p_normal_1.3|p_normal_1.7|grand)     error=false;;
394                     (*)                                     error=true;;
395                 esac;;
396        (ibmy)   case  $ndq  in
397                     (parallel)                              error=false;;
398                     (*)                                     error=true;;
399                 esac;;
400        (lckyoto) case  $ndq  in
401                     (eh|ph)                                 error=false;;
402                     (*)                                     error=true;;
403                 esac;;
404        (lcsgib|lcsgih)   case  $ndq  in
405                     (testq|serialq|smallq|mediumq|bigq|workq|dataq|permq|special1q)       error=false;;
406                     (*)                                     error=true;;
407                 esac;;
408        (lctit)  case  $ndq  in
409                     (novice|sla1|sla2|sla3|RAM64GB|RAM128GB)    error=false;;
410                     (*)                                     error=true;;
411                 esac;;
412        (t3eb)   case  $ndq  in
413                     (berte|p50|p100|p392|forfree|p25himem)  error=false;;
414                     (*)    error=true;;
415                 esac;;
416        (necriam) case  $ndq  in
417                     (SP|SS|P6)  error=false;;
418                     (*)    error=true;;
419                 esac;;
420        (t3eh)   case  $ndq  in
421                     (para_t3e|em|k|l|lm|comp_t3e|c|p|ht)  error=false;;
422                     (*)    error=true;;
423                 esac;;
424        (t3ej2|t3ej5)  case  $ndq  in
425                     (low|normal|high)  error=false;;
426                     (*)    error=true;;
427                 esac;;
428        (t3es)  case  $ndq  in
429                     (batch|serial-4|pe4|p48|pe16|pe32|pe64|pe128)  error=false;;
430                     (*)    error=true;;
431                 esac;;
432        (unics)  case  $ndq  in
433                     (unics|ht)  error=false;;
434                     (*)         error=true;;
435                 esac;;
436    esac
437    if [[ $error = true ]]
438    then
439       printf "\n  +++ queue \"$no_default_queue\" on host \"$remote_host\" not allowed"
440       locat=parameter; exit
441    else
442       queue=$no_default_queue
443    fi
444 fi
445
446
447
448    # KNOTENNUTZUNG IN ENTWICKLERQUEUE MUSS SHARED SEIN
449 if [[ $node_usage != shared  &&  $queue = cdev ]]
450 then
451    node_usage=shared
452 fi
453
454
455
456    # PRUEFEN DER CPU-ZEIT, ZEIT NACH STUNDEN, MINUTEN UND SEKUNDEN
457    # AUFTEILEN
458 done=false
459 while [[ $done = false ]]
460 do
461    if (( $cputime <= 0 ))
462    then
463       printf "\n  +++ wrong cpu-time or cpu-time missing"
464       printf "\n  >>> Please type cpu-time in seconds as INTEGER:"
465       printf "\n  >>> "
466       read  cputime  1>/dev/null  2>&1
467    else
468       done=true
469    fi
470 done
471 if [[ $remote_host = nech ]]
472 then
473    if (( tasks_per_node != 0 ))
474    then
475       (( cputime = cputime * tasks_per_node ))
476    elif [[ $numprocs != 0 ]]
477    then
478       (( cputime = cputime * numprocs ))
479    fi
480 fi
481 (( stunden  = cputime / 3600 ))
482 (( resttime = cputime - stunden * 3600 ))
483 (( minuten  = resttime / 60 ))
484 (( sekunden = resttime - minuten * 60 ))
485 timestring=${stunden}:${minuten}:${sekunden}
486
487
488
489    # PRUEFEN DER KERNSPEICHERANFORDERUNG
490 done=false
491 while [[ $done = false ]]
492 do
493    if (( memory <= 0 ))
494    then
495       printf "\n  +++ wrong memory demand or memory demand missing"
496       printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
497       printf "\n  >>> "
498       read  memory  1>/dev/null  2>&1
499    else
500       done=true
501    fi
502 done
503
504 if [[ $remote_host = nech  ||  $remote_host = necriam ]]
505 then
506    if (( tasks_per_node != 0 ))
507    then
508       (( Memory = memory * tasks_per_node / 1000 ))
509    elif [[ $numprocs != 0 ]]
510    then
511       (( Memory = memory * numprocs / 1000 ))
512    else
513       (( Memory = memory / 1000 ))
514    fi
515 fi
516
517
518    # SPEICHERBERECHNUNG BEI OPENMP-NUTZUNG
519 if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
520 then
521    (( memory = memory * threads_per_task ))
522 fi
523
524
525    # BERECHNUNG DER ANZAHL DER ZU VERWENDENDEN KNOTEN
526 if (( tasks_per_node != 0 ))
527 then
528    if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-5) = lcsgi ]]
529    then
530       (( nodes = numprocs / tasks_per_node ))
531    else
532       (( nodes = numprocs / ( tasks_per_node * threads_per_task ) ))
533    fi
534 fi
535
536
537
538    # HEADER-AUSGABE
539 if [[ $verify = true ]]
540 then
541    printf "\n\n"
542    printf "#--------------------------------------------------------------# \n"
543    spalte1=SUBJOB;spalte2=$(date)
544    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
545    printf "|                                                              | \n"
546    printf "| values of parameters/options:                                | \n"
547    spalte1=local_host$punkte; spalte2=$punkte$local_host
548    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
549    spalte1=remote_host$punkte; spalte2=$punkte$remote_host
550    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
551    spalte1=queue$punkte; spalte2=$punkte$queue
552    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
553    spalte1=memory$punkte; spalte2="$punkte$memory mb"
554    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
555    spalte1=cputime$punkte; spalte2="$punkte$cputime sec"
556    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
557    spalte1=job_name$punkte; spalte2="$punkte$job_name"
558    printf "| $spalte1$spalte2 | \n"
559    printf "#--------------------------------------------------------------# \n\n"
560
561
562       # KONTROLLABFRAGE, OB ALLES O.K.
563    antwort="dummy"
564    while [[ $antwort != y  &&  $antwort != Y  &&  $antwort != n  &&  $antwort != N ]]
565    do
566       read antwort?" >>> continue (y/n) ? "
567    done
568    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
569    then
570       locat=verify; exit
571    fi
572    printf "\n"
573 fi
574
575
576
577    # ZUFALLSKENNUNG GENERIEREN UND JOBNAMEN AUF ZIELRECHNER BESTIMMEN
578 kennung=$RANDOM
579 job_on_remhost=${job_name}_${kennung}_$local_host
580 job_to_send=job_to_send_$kennung
581 if [[ $delete_dayfile = false ]]
582 then
583    remote_dayfile=${local_host}_${job_name}_result_$kennung
584    local_dayfile=${remote_host}_${job_name}
585 else
586    remote_dayfile=/dev/null
587    if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
588    then
589       notification='# @ notification = never'
590    fi
591 fi
592
593
594
595    # QSUB- ODER LL-KOMMANDOS BZW. SKRIPTE  GENERIEREN
596 if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm  &&  $numprocs != 0 ]]
597 then
598
599    if [[ $remote_host = ibmy ]]
600    then
601       consumable_memory=""
602    else
603       consumable_memory="ConsumableMemory($memory mb)"
604    fi
605
606    if [[ $remote_host = ibmh ]]
607    then
608       data_limit=""
609       network_to_use=""
610       class=""
611       environment=""
612    else
613       class="# @ class = $queue"
614       environment="# @ environment = OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task; MP_SHARED_MEMORY=yes"
615       if [[ $queue = cdev ]]
616       then
617          data_limit="# @ data_limit = 1.76gb"
618          network_to_use="# @ network.mpi = sn_all,shared,ip"
619       else
620          if [[ $remote_host = ibms ]]
621          then
622             network_to_use="# @ network.mpi = csss,shared,us"
623          elif [[ $remote_host = ibmy ]]
624          then
625             network_to_use=""
626          else
627             network_to_use="# @ network.mpi = sn_all,shared,us"
628             data_limit="# @ data_limit = 1.76gb"
629          fi
630       fi
631    fi
632
633    cat > $job_to_send << %%END%%
634#!/bin/ksh
635# @ shell = /bin/ksh
636
637# @ job_type = parallel
638# @ job_name = palm
639# @ wall_clock_limit = ${timestring},$timestring
640# @ resources = ConsumableCpus($threads_per_task) $consumable_memory
641# @ output = $remote_dayfile
642# @ error = $remote_dayfile
643# @ image_size = 50
644$class
645$environment
646$network_to_use
647$data_limit
648$notification
649
650%%END%%
651
652    if (( nodes > 0 ))
653    then
654
655       cat >> $job_to_send << %%END%%
656# @ node = $nodes
657# @ tasks_per_node = $tasks_per_node
658# @ node_usage = $node_usage
659# @ queue
660
661%%END%%
662
663    else
664
665       if [[ $remote_host != ibmy ]]
666       then
667
668          cat >> $job_to_send << %%END%%
669# @ blocking = unlimited
670# @ total_tasks = $numprocs
671# @ node_usage = $node_usage
672# @ queue
673
674%%END%%
675
676       else
677
678          cat >> $job_to_send << %%END%%
679# @ node = 1
680# @ total_tasks = $numprocs
681# @ queue
682
683%%END%%
684
685       fi
686
687    fi
688
689 elif [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm  &&  $numprocs = 0 ]]
690 then
691
692    cat > $job_to_send << %%END%%
693#!/bin/ksh
694
695# @ job_type = serial
696# @ node_usage = $node_usage
697# @ job_name = palm
698# @ wall_clock_limit = ${timestring},$timestring
699# @ resources = ConsumableCpus(1) ConsumableMemory(1 gb)
700# @ output = $remote_dayfile
701# @ error = $remote_dayfile
702$class
703$notification
704
705# @ queue
706
707%%END%%
708
709 elif [[ $remote_host = lcfimm ]]
710 then
711
712    if [[ $numprocs != 0 ]]
713    then
714       cat > $job_to_send << %%END%%
715#!/bin/ksh
716#PBS -N $job_name
717#PBS -A geofysisk
718#PBS -l walltime=$timestring
719#PBS -l nodes=${nodes}:ppn=$tasks_per_node
720#PBS -l pmem=${memory}mb
721#PBS -m abe
722#PBS -o $remote_dayfile
723#PBS -j oe
724mpd &
725
726%%END%%
727
728    else
729       cat > $job_to_send << %%END%%
730#!/bin/ksh
731#PBS -N $job_name
732#PBS -A geofysisk
733#PBS -l walltime=$timestring
734#PBS -l ncpus=1
735#PBS -l pmem=${memory}mb
736#PBS -m abe
737#PBS -o $remote_dayfile
738#PBS -j oe
739
740%%END%%
741
742    fi
743
744 elif [[ $remote_host = lck ]]
745 then
746
747    if [[ $numprocs != 0 ]]
748    then
749       cat > $job_to_send << %%END%%
750#!/bin/ksh
751#PBS -N $job_name
752#PBS -l walltime=$timestring
753#PBS -l ncpus=$numprocs
754#PBS -l pmem=${memory}mb
755#PBS -o $remote_dayfile
756#PBS -j oe
757
758mpd &
759
760%%END%%
761
762    else
763       cat > $job_to_send << %%END%%
764#!/bin/ksh
765#PBS -N $job_name
766#PBS -l walltime=$timestring
767#PBS -l ncpus=1
768#PBS -l pmem=${memory}mb
769#PBS -o $remote_dayfile
770#PBS -j oe
771
772%%END%%
773
774    fi
775
776 elif [[ $remote_host = lcsgih  ||  $remote_host = lcsgib ]]
777 then
778
779    if [[ "$sgi_feature" != "" ]]
780    then
781       feature_directive="#PBS -l feature=$sgi_feature"
782    else
783       feature_directive=""
784    fi
785   
786    if [[ $queue = dataq || $queue = permq ]]
787    then
788       feature_directive="#PBS -l feature=data"
789    fi
790
791    if [[ $queue = testq  ||  $queue = workq  ||  $queue = dataq  ||  $queue = permq ||  $queue = serialq  ||  $queue = special1q ]]
792    then
793       queue_directive="#PBS -q $queue"
794    else
795       queue_directive=""
796    fi
797
798    if [[ $email_notification = none ]]
799    then
800       email_directive=""
801    else
802       email_directive="#PBS -M $email_notification"
803    fi
804
805    if [[ $numprocs != 0 ]]
806    then
807       cat > $job_to_send << %%END%%
808#!/bin/bash
809#PBS -N $job_name
810#PBS -l walltime=$timestring
811#PBS -l nodes=$nodes:ppn=${tasks_per_node}
812#PBS -l naccesspolicy=$node_usage
813#PBS -o $remote_dayfile
814#PBS -j oe
815$feature_directive
816$queue_directive
817$email_directive
818
819. /usr/share/modules/init/bash
820$module_calls
821
822echo ld_library_path=\$LD_LIBRARY_PATH
823
824%%END%%
825
826    else
827       cat > $job_to_send << %%END%%
828#PBS -S /bin/bash
829#PBS -N $job_name
830#PBS -l walltime=$timestring
831#PBS -l ncpus=1
832#PBS -o $remote_dayfile
833#PBS -j oe
834$queue_directive
835$email_directive
836
837. /usr/share/modules/init/bash
838$module_calls
839
840%%END%%
841
842    fi
843
844 elif [[ $remote_host = lcxt4 ]]
845 then
846
847    if [[ $numprocs != 0 ]]
848    then
849       cat > $job_to_send << %%END%%
850#!/bin/ksh
851#PBS -S /bin/ksh
852#PBS -N $job_name
853#PBS -A geofysisk
854#PBS -j oe
855#PBS -l walltime=$timestring
856#PBS -l mppwidth=${numprocs}
857#PBS -l mppnppn=${tasks_per_node}
858#PBS -m abe
859#PBS -o $remote_dayfile
860$email_directive
861
862. /opt/modules/default/init/ksh
863$module_calls
864
865%%END%%
866
867    else
868       cat > $job_to_send << %%END%%
869#!/bin/ksh
870#PBS -S /bin/ksh
871#PBS -N $job_name
872#PBS -A geofysisk
873#PBS -j oe
874#PBS -l walltime=$timestring
875#PBS -l ncpus=1
876#PBS -l pmem=${memory}mb
877#PBS -m abe
878$email_directive
879#PBS -o $remote_dayfile
880
881. /opt/modules/default/init/ksh
882$module_calls
883
884%%END%%
885
886    fi
887
888 elif [[ $remote_host = lckyoto ]]
889 then
890
891       cat > $job_to_send << %%END%%
892#!/bin/ksh
893# @\$-o $remote_dayfile
894# @\$-eo -oi
895# @\$-lP 16
896# @\$-lp 1   
897# @\$-lm 28gb  -llm unlimited -ls unlimited
898# @\$-q $queue
899# @\$-Pvn abs_pack
900##for intel? @\$-Pvn abs_unpack -Pvs unpack -Pvc unpack
901#. /thin/local/etc/setprofile/intel-11.0.sh
902#. /thin/local/etc/setprofile/mvapich2-1.4+intel-11.0.sh
903. ~/.myprofile
904#. /home2/t/t51254/palm/current_version/myprofile
905#. /thin/apps/pgi/mpi.sh
906#
907env
908#
909set -x
910
911%%END%%
912
913 elif [[ $remote_host = lcxt5m ]]
914 then
915
916    if [[ $numprocs != 0 ]]
917    then
918       cat > $job_to_send << %%END%%
919#!/bin/ksh
920#PBS -S /bin/ksh
921#PBS -N $job_name
922#PBS -j oe
923#PBS -l walltime=$timestring
924#PBS -l mppwidth=${numprocs}
925#PBS -l mppnppn=${tasks_per_node}
926#PBS -m abe
927#PBS -o $remote_dayfile
928
929. /opt/modules/default/init/ksh
930$module_calls
931
932%%END%%
933
934    else
935       cat > $job_to_send << %%END%%
936#!/bin/ksh
937#PBS -S /bin/ksh
938#PBS -N $job_name
939#PBS -j oe
940#PBS -l walltime=$timestring
941#PBS -l ncpus=1
942#PBS -l pmem=${memory}mb
943#PBS -m abe
944#PBS -o $remote_dayfile
945
946. /opt/modules/default/init/ksh
947$module_calls
948
949%%END%%
950
951    fi
952
953 elif [[ $remote_host = nech ]]
954 then
955
956    if (( nodes > 1 ))
957    then
958       cat > $job_to_send << %%END%%
959#!/bin/ksh
960#PBS -l cpunum_prc=$tasks_per_node,cputim_job=$cputime
961#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb
962#PBS -b $nodes
963#PBS -o $remote_dayfile
964#PBS -N palm
965#PBS -j o
966#PBS -T mpisx
967
968%%END%%
969
970    elif [[ $numprocs != 0 ]]
971    then
972       cat > $job_to_send << %%END%%
973#!/bin/ksh
974#PBS -l cpunum_prc=$tasks_per_node,cputim_job=$cputime
975#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb
976#PBS -o $remote_dayfile
977#PBS -N palm
978#PBS -j o
979
980%%END%%
981
982    else
983       cat > $job_to_send << %%END%%
984#!/bin/ksh
985#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb,${qsubtime}=$cputime
986#PBS -o $remote_dayfile
987#PBS -j o
988
989%%END%%
990
991    fi
992
993 elif [[ $remote_host = necriam ]]
994 then
995
996    if (( nodes > 1 ))
997    then
998       cat > $job_to_send << %%END%%
999#!/bin/ksh
1000#PBS -b $nodes
1001#PBS -o $remote_dayfile
1002#PBS -N $job_name
1003#PBS -j o
1004#PBS -v MPIPROGINV=YES
1005
1006%%END%%
1007
1008    elif [[ $numprocs != 0 ]]
1009    then
1010       cat > $job_to_send << %%END%%
1011#!/bin/ksh
1012#PBS -q ${queue}
1013#PBS -o $remote_dayfile
1014#PBS -N $job_name
1015#PBS -j o
1016#PBS -v MPIPROGINV=YES
1017
1018%%END%%
1019
1020    else
1021       cat > $job_to_send << %%END%%
1022#!/bin/ksh
1023#PBS -o $remote_dayfile
1024#PBS -j o
1025
1026%%END%%
1027
1028    fi
1029
1030 elif [[ $remote_host = lctit ]]
1031 then
1032    cat > $job_to_send << %%END%%
1033#!/bin/bash
1034#$ -S /bin/bash
1035cd $job_catalog
1036export PATH=$PALM_BIN:\$PATH
1037echo \$PATH
1038
1039%%END%%
1040
1041       # OPTIONEN FUER SUBMIT-KOMMANDO ZUSAMMENSTELLEN
1042  #  submcom="$submcom  -N $job_name  -sgeout $remote_dayfile  -q default"
1043    submcom="$submcom -g $group_number -N $job_name -rt 4320 -sgeout $remote_dayfile  -q $node_usage "
1044
1045 else
1046
1047    cat > $job_to_send << %%END%%
1048# @\$-q ${queue}
1049# @\$-l${qsubtime} $timestring
1050# @\$-l${qsubmem} ${memory}mb
1051# @\$-o $remote_dayfile
1052# @\$-eo
1053
1054%%END%%
1055
1056 fi
1057
1058
1059    # BEI RECHNUNG AUF REMOTE-MASCHINEN RUECKTRANSFER DES DAYFILES PER TRAP
1060    # BEI EXIT VERANLASSEN
1061    # VEKTORRECHNER MUSS EIGENEN JOB STARTEN, DA DORT NOHUP NICHT FUNKTIONIERT
1062    # AUF IBM IN SEOUL IST RUECKTRANSFER ZUR ZEIT GENERELL NICHT MOEGLICH
1063 if [[ $delete_dayfile = false  &&  $remote_host != $local_host ]]
1064 then
1065    echo "set +vx"                              >>  $job_to_send
1066    echo "trap '"                               >>  $job_to_send
1067    echo "set +vx"                              >>  $job_to_send
1068    if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm  ||  $(echo $remote_host | cut -c1-5) = lcsgi  ||  $(echo $remote_host | cut -c1-3) = nec  ||  $remote_host = lctit ]]
1069    then
1070       if [[ $remote_host = ibmb  ||  $remote_host = ibmh ]]
1071       then
1072          return_queue=c1
1073       elif [[ $remote_host = ibms ]]
1074       then
1075          return_queue=p_normal
1076       elif [[ $remote_host = ibmy ]]
1077       then
1078          return_queue=serial
1079       elif [[ $remote_host = lcsgih  ||  $remote_host = lcsgib ]]
1080       then
1081          return_queue=serialq
1082       elif [[ $remote_host = lctit ]]
1083       then
1084          return_queue=sla3
1085       elif [[ $remote_host = necriam ]]
1086       then
1087          return_queue=SP
1088       else
1089          return_queue=unknown
1090       fi
1091
1092       if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
1093       then
1094
1095          echo "echo \"#!/bin/ksh\" >> scpjob.$kennung"               >>  $job_to_send
1096          echo "echo \"# @ job_type = serial\" >> scpjob.$kennung"    >>  $job_to_send
1097          echo "echo \"# @ job_name = transfer\" >> scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
1098          echo "echo \"# @ resources = ConsumableCpus(1) ConsumableMemory(1 gb)\" >> scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
1099          echo "echo \"# @ wall_clock_limit = 00:10:00,00:10:00\" >> scpjob.$kennung "  >>  $job_to_send
1100          echo "echo \"# @ output = job_queue/last_job_transfer_protocol\" >> scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
1101          echo "echo \"# @ error = job_queue/last_job_transfer_protocol\" >> scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
1102          if [[ $host != "ibmh" ]]
1103          then
1104             echo "echo \"# @ class = $return_queue\" >> scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
1105          fi
1106          echo "echo \"# @ image_size = 10\" >> scpjob.$kennung"      >>  $job_to_send
1107          echo "echo \"# @ notification = never\" >> scpjob.$kennung" >>  $job_to_send
1108
1109          echo "echo \"# @ queue\" >> scpjob.$kennung"                >>  $job_to_send
1110          echo "echo \" \" >> scpjob.$kennung"                        >>  $job_to_send
1111
1112          echo "echo \"set -x\" >> scpjob.$kennung"                   >>  $job_to_send
1113          echo "echo \"batch_scp  -d  -w 10  -u $local_user  $local_addres  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \\\"$job_catalog\\\"  $local_dayfile\" >> scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
1114          echo "echo \"exit\" >> scpjob.$kennung"                     >>  $job_to_send
1115
1116       elif [[ $remote_host = nech ]]
1117       then
1118          echo "cd /pf/b/${remote_user}/job_queue" >>  $job_to_send
1119          echo "cat > scpjob.$kennung << %%END%%"  >>  $job_to_send
1120          echo "#PBS -l ${qsubmem}=1GB,${qsubtime}=100"  >>  $job_to_send
1121          echo "#PBS -o last_job_transfer_protocol"      >>  $job_to_send
1122          echo "#PBS -j o"                         >>  $job_to_send
1123          echo " "                                 >>  $job_to_send
1124          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
1125          echo "cd /pf/b/${remote_user}/job_queue" >>  $job_to_send
1126          echo "batch_scp  -d  -w 10  -u $local_user $local_addres  $remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1127          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1128          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
1129
1130       elif [[ $remote_host = necriam ]]
1131       then
1132          echo "cat > scpjob.$kennung << %%END%%"  >>  $job_to_send
1133          echo "#PBS -q $return_queue"             >>  $job_to_send
1134          echo "#PBS -o last_job_transfer_protocol"      >>  $job_to_send
1135          echo "#PBS -j o"                         >>  $job_to_send
1136          echo " "                                 >>  $job_to_send
1137          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
1138          echo "batch_scp  -d  -w 10  -u $local_user $local_addres  $remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1139          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1140          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
1141
1142       elif [[ $(echo $remote_host | cut -c1-5) = lcsgi ]]
1143       then
1144          echo "cat > scpjob.$kennung << %%END%%"  >>  $job_to_send
1145          echo "#!/bin/bash"                             >>  $job_to_send
1146          echo "#PBS -N job_protocol_transfer"           >>  $job_to_send
1147          echo "#PBS -l walltime=00:30:00"               >>  $job_to_send
1148          echo "#PBS -l nodes=1:ppn=1"                   >>  $job_to_send
1149          echo "#PBS -l feature=data"                    >>  $job_to_send
1150          echo "#PBS -o \$HOME/job_queue/last_job_transfer_protocol"      >>  $job_to_send
1151          echo "#PBS -j oe"                        >>  $job_to_send
1152          echo " "                                 >>  $job_to_send
1153          echo ". /usr/share/modules/init/bash"    >>  $job_to_send
1154          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
1155          echo "batch_scp  -d  -w 10  -u $local_user $local_addres  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1156          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1157          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
1158
1159       elif [[ $remote_host = lctit ]]
1160       then
1161          echo "cat > scpjob.$kennung << %%END%%"          >>  $job_to_send
1162          echo "set -x"                                    >>  $job_to_send
1163          echo "PATH=\$PATH:$job_catalog/../pub"           >>  $job_to_send
1164          echo "cd $job_catalog"                           >>  $job_to_send
1165          echo "batch_scp  -d  -w 10  -u $local_user $local_addres  $remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1166          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1167          echo "%%END%%"                                   >>  $job_to_send
1168
1169       else
1170
1171          echo "cat > scpjob.$kennung << %%END%%"  >>  $job_to_send
1172          echo "# @\\\$-q $return_queue"           >>  $job_to_send
1173          echo "# @\\\$-l${qsubtime} 10"           >>  $job_to_send
1174          echo "# @\\\$-l${qsubmem} 10mb"          >>  $job_to_send
1175          if [[ $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5  ||  $remote_host = t3es ]]
1176          then
1177             echo "# @\$-l mpp_p=0"                >>  $job_to_send
1178          fi
1179          echo '# @\$-lF 10mb'                     >>  $job_to_send
1180#          echo '# @\$-o /dev/null'                 >>  $job_to_send
1181          echo '# @\$-o job_queue/last_job_transfer_protocol'    >>  $job_to_send
1182          echo '# @\\\$-eo'                          >>  $job_to_send
1183          echo " "                                 >>  $job_to_send
1184          if [[ $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5 ]]
1185          then
1186             echo "set +vx"                        >>  $job_to_send
1187             echo ". .profile"                     >>  $job_to_send
1188          fi
1189          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
1190          echo "batch_scp  -d  -w 10  -u $local_user $local_addres  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile  >  /dev/null"  >>  $job_to_send
1191          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1192          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
1193       fi
1194
1195       if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
1196       then
1197          echo "llsubmit  scpjob.$kennung"      >>  $job_to_send
1198       elif [[ $(echo $remote_host | cut -c1-5) = lcsgi ]]
1199       then
1200          echo "chmod  u+x  scpjob.$kennung"    >>  $job_to_send
1201          echo "msub  scpjob.$kennung"          >>  $job_to_send
1202       elif [[ $remote_host = lctit ]]
1203       then
1204          echo "chmod  u+x  scpjob.$kennung"    >>  $job_to_send
1205          echo "rm -rf ${job_catalog}/last_job_transfer_protocol"  >>  $job_to_send
1206          echo "n1ge  -N jobtransfer  -q $return_queue  -sgeout ${job_catalog}/last_job_transfer_protocol  scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
1207          echo "sleep 10"                       >>  $job_to_send
1208       elif [[ $remote_host = t3eb  ||  $remote_host = t3eh  ||  $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5 ]]
1209       then
1210          echo "qsub -J n  scpjob.$kennung"     >>  $job_to_send
1211       elif [[ $remote_host = t3es ]]
1212       then
1213          echo "qsub -J n  -s /bin/ksh  scpjob.$kennung"     >>  $job_to_send
1214       else
1215          echo "qsub  scpjob.$kennung"          >>  $job_to_send
1216       fi
1217       echo "rm  scpjob.$kennung"               >>  $job_to_send
1218       if [[ $remote_host = nech ]]
1219       then
1220          echo "cd -"                           >>  $job_to_send
1221       fi
1222    else
1223#       echo "ftpcopy  -d  $local_addres  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1224       echo "nohup  ftpcopy  -d  -w 15  $local_addres  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile  >  /dev/null  &"  >>  $job_to_send
1225    fi
1226    echo "set -x"                               >>  $job_to_send
1227    echo "     ' exit"                          >>  $job_to_send
1228    echo "set -x"                               >>  $job_to_send
1229 fi
1230
1231
1232
1233    # EIGENTLICHE JOB-DATEI AN QSUB-KOMMANDOS ANHAENGEN
1234 cat  $file_to_send  >>  $job_to_send
1235
1236 if [[ $remote_host = ibm ]]
1237 then
1238    echo " "         >>  $job_to_send
1239    echo "exit"      >>  $job_to_send
1240 fi
1241 if [[ $remote_host = lctit ]]
1242 then
1243    echo " "                               >>  $job_to_send
1244    echo "rm ~/job_queue/$job_on_remhost"  >>  $job_to_send
1245 fi
1246
1247
1248
1249    # USER-NAME AUF ZIELRECHNER AUS .NETRC-DATEI ERMITTELN
1250 if [[ -z $remote_user ]]
1251 then
1252    if [[ $remote_host = t3eb  ||  $remote_host = t3eh  ||  $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5  ||  $remote_host = t3es  ||  $remote_host = vpp ]]
1253    then
1254       grep  $remote_addres  ~/.netrc | read dum dum dum remote_user dum dum
1255    fi
1256 fi
1257
1258
1259
1260    # JOB AUF ZIELRECHNER TRANSFERIEREN BZW. INS JOBVERZEICHNIS KOPIEREN
1261 if [[ $no_submit = false ]]
1262 then
1263    if [[ $remote_host != $local_host ]]
1264    then
1265       [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n >>> transfering job to \"$remote_host\"..."
1266       if [[ $remote_host = ibms  ||  $remote_host = ibmy ]]    # ssh on ibms cannot handle "~/"
1267       then
1268          job_catalog_save=$job_catalog
1269          job_catalog=job_queue
1270       elif [[ $remote_host = nech ]]
1271       then
1272          job_catalog_save=$job_catalog
1273          job_catalog=/hpf/b/${remote_user}/job_queue
1274       fi
1275       if [[ $local_host = decalpha ]]
1276       then
1277             # VERWENDUNG VON SCP AUF DECALPHA FRAGT FEHLERHAFTERWEISE
1278             # PASSWORT AB
1279          /bin/scp  $job_to_send  ${remote_user}@${remote_addres}:${job_catalog}/$job_on_remhost
1280       elif [[ $remote_host = nech ]]
1281       then
1282             # DATEIEN KOENNEN NUR UEBER DEN ARCHIVE-SERVER DES DKRZ
1283             # TRANSFERIERT WERDEN
1284          scp  $job_to_send  ${remote_user}@136.172.44.205:${job_catalog}/$job_on_remhost
1285       else
1286          scp  $job_to_send  ${remote_user}@${remote_addres}:${job_catalog}/$job_on_remhost
1287       fi
1288       if [[ $? = 1 ]]
1289       then
1290          locat=scp; exit
1291       fi
1292       if [[ $remote_host = ibms ]]
1293       then
1294          job_catalog=$job_catalog_save
1295       fi
1296       [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n >>> finished\n"
1297    else
1298       eval  job_catalog=$job_catalog
1299       cp  $job_to_send  ${job_catalog}/$job_on_remhost
1300    fi
1301
1302
1303
1304       # NQS- BZW. LOADLEVELER-JOB STARTEN
1305    if [[ $remote_host != $local_host ]]
1306    then
1307       [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n >>> submitting job using \"qsub\"...\n"
1308       if [[ $remote_host != lctit ]]
1309       then
1310          if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-5) = lcsgi  &&  $prio = true ]]
1311          then
1312             printf "\n >>> submit with HLRN qos-feature hiprio...\n"
1313             ssh  $remote_addres  -l $remote_user  "cd $job_catalog; $submcom -l qos=hiprio $job_on_remhost; rm $job_on_remhost"
1314          else
1315             ssh  $remote_addres  -l $remote_user  "cd $job_catalog; $submcom $job_on_remhost; rm $job_on_remhost"
1316          fi
1317       else
1318             # TIT ERLAUBT NUR DIE AUSFï¿œHRUNG GANZ BESTIMMTER KOMMANDOS
1319             # MIT SSH, DESHALB AUFRUF PER PIPE
1320             # UEBERGANGSWEISE CHECK, OB N1GE ENVIRONMENT WIRKLICH VERFUEGBAR
1321          print  "cd $job_catalog; chmod u+x $job_on_remhost"  |  ssh  $remote_addres  -l $remote_user  > /dev/null  2>&1
1322          echo "first try" > send_protocol
1323          while [[ $(cat send_protocol | grep -c "Forwarding to N1GE") = 0 ]]
1324          do
1325             if [[ $(cat send_protocol | grep -c "first try") = 1 ]]
1326             then
1327                printf "\n trying to submit job to TIT cluster..."
1328             else
1329                printf "\n +++ failed ... trying to submit again ..."
1330             fi
1331             print  "cd $job_catalog; $submcom $job_on_remhost"  |  ssh  $remote_addres  -l $remote_user  >  send_protocol  2>&1
1332             cat send_protocol
1333          done
1334          sleep 10
1335          print  "cd $job_catalog;  rm $job_on_remhost"  |  ssh  $remote_addres  -l $remote_user  > /dev/null  2>&1
1336          echo "$submcom  $job_on_remhost"
1337          rm  send_protocol
1338       fi
1339
1340       [[ $verify = true ]]  &&  printf " >>> o.k.\n"
1341    else
1342       cd  $job_catalog
1343       if [[ $(echo $local_host | cut -c1-5) = lcsgi  ||  $(echo $local_host | cut -c1-3) = ibm ]]
1344       then
1345          eval  $submcom  $job_on_remhost
1346       elif [[  $local_host = lcfimm  ||  $local_host = lctit  ||  $localhost = lcxt4 || $localhost = lck ]]
1347       then
1348          eval  $submcom  $job_on_remhost
1349          echo "$submcom  $job_on_remhost"
1350          chmod  u+x  $job_on_remhost
1351
1352       elif [[ $(echo $local_host | cut -c1-5) = lcsgi ]]
1353       then
1354          eval  $submcom  $job_on_remhost
1355       elif [[ $local_host = nech ]]
1356       then
1357          if [[ $queue = default ]]
1358          then
1359             eval  $submcom  $job_on_remhost 
1360          else
1361             eval  $submcom  -q $queue  $job_on_remhost 
1362          fi
1363       else
1364          qsub  $job_on_remhost
1365       fi
1366          # JOBFILE DARF AUF LCTIT NICHT GELOESCHT WERDEN!! GESCHIEHT ERST AM JOBENDE
1367       [[ $local_host != lctit ]]  &&  rm  $job_on_remhost
1368       cd  -  > /dev/null
1369    fi
1370 fi
1371
1372
1373
1374    # ABSCHLUSSARBEITEN
1375
1376 if [[ $no_submit = false ]]
1377 then
1378    rm  $job_to_send
1379 fi
1380 [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n\n *** SUBJOB finished \n\n"
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.