source: palm/trunk/SCRIPTS/subjob @ 2135

Last change on this file since 2135 was 2135, checked in by raasch, 5 years ago

last commit documented

  • Property svn:keywords set to Id Rev
File size: 58.1 KB
Line 
1#!/bin/bash
2
3# subjob - script for automatic generation and submission of batch-job files
4#          for various batch queuing systems
5
6#--------------------------------------------------------------------------------#
7# This file is part of PALM.
8#
9# PALM is free software: you can redistribute it and/or modify it under the terms
10# of the GNU General Public License as published by the Free Software Foundation,
11# either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
12#
13# PALM is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
14# WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR
15# A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16#
17# You should have received a copy of the GNU General Public License along with
18# PALM. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19#
20# Copyright 1997-2014  Leibniz Universitaet Hannover
21#--------------------------------------------------------------------------------#
22#
23# Current revisions:
24# ------------------
25#
26#
27# Former revisions:
28# -----------------
29# $Id: subjob 2135 2017-02-02 07:35:41Z raasch $
30#
31# 2134 2017-02-02 07:33:46Z raasch
32# option -E added to msub commands on HLRN-III machines to allow output of more
33# job informations in the job protocol files
34#
35# 1944 2016-06-15 06:29:00Z raasch
36# adjustments for using HLRN ssh-keys
37#
38# 1940 2016-06-14 05:15:20Z raasch
39# adjustments for lckiaps
40#
41# 1866 2016-04-15 06:50:59Z raasch
42# adjusted for lcocean
43#
44# 1841 2016-04-07 19:14:06Z raasch
45# script now running under bash
46#
47# 1701 2015-11-02 07:43:04Z maronga
48# Bugfix: added missing init_cmds for lccrayh/lccrayb
49#
50# 1621 2015-07-17 11:39:33Z heinze
51# adjustments for Mistral at DKRZ Hamburg (lcbullhh)
52#
53# 1575 2015-03-27 09:56:27Z raasch
54# mpp2-queues added to lccrayh
55#
56# 1547 2015-01-29 15:09:12Z witha
57# adjustments for ForWind computing cluster (lcflow)
58#
59# 1545 2015-01-29 06:52:23Z heinze
60# local host name for blizzard further specified
61#
62# 1480 2014-10-17 14:41:49Z raasch
63# adjustments for 2nd stage of HLRNIII
64#
65# 1468 2014-09-24 14:06:57Z maronga
66# Typo removed (addres->address)
67# Adjustments for lcxe6
68#
69# 1452 2014-08-22 09:41:06Z heinze
70# local hosts for blizzard added
71#
72# 1450 2014-08-21 07:31:51Z heinze
73# HLRN-III (lccrayb): testq queue adjusted to mpp1testq
74#
75# 1442 2014-07-28 07:09:10Z raasch
76# HLRN-III (lccrayb/lccrayh) queues adjusted
77#
78# 1378 2014-04-28 06:04:58Z raasch
79# -et option added for lctit
80#
81# 1350 2014-04-04 13:01:30Z maronga
82# location of qsub updated for lcxe6
83#
84# 1289 2014-03-04 07:12:34Z raasch
85# German comments translated to English
86# fimm-, necriam-, scirocco-, ibmy-, and sgi-specific code removed
87#
88# 1279 2014-01-28 12:10:14Z raasch
89# node calculation modified due to changes in mrun (tasks_per_node must not be
90# an integral divisor of numprocs any more)
91#
92# 1274 2014-01-09 13:14:54Z heinze
93# adjustments for lccrayh
94#
95# 1266 2013-12-11 12:07:34Z heinze
96# further adjustments for lccrayb (use msub instead of qsub)
97#
98# 1264 2013-12-09 12:46:09Z fricke
99# Bugfix: Using number of nodes instead of number of processors (lccrayb)
100#
101# 1262 2013-12-09 10:57:20Z fricke
102# further adjustments for lccrayb
103#
104# 1260 2013-12-04 12:48:04Z raasch
105# jaboticaba admitted
106#
107# 1255 2013-11-07 14:43:35Z raasch
108# further adjustments for lccrayb
109#
110# 1224 2013-09-16 07:27:23Z raasch
111# first adjustments for lccrayb
112#
113# 1202 2013-07-10 16:22:07Z witha
114# adjustments for Forwind cluster (lcflow)
115#
116# 1199 2013-07-05 14:52:22Z raasch
117# adjustments for CSC Helsinki (lccrayf)
118#
119# use of cluster/express queue enabled (ibmh)
120# vinessa added (imuk)
121#
122# 1103 2013-02-20 02:15:53Z raasch
123# bash compatibility adjustments (usage of OPTIND, output formatting with printf
124# instead typeset -L/R),
125# further adjustments for lckyuh
126#
127# 2013-02-10 01:47:43Z raasch
128# adjustments for Kyushu-Univeristy computing center (lckyuh - hayaka)
129# and for Forwind cluster (lcflow)
130#
131# 1094 2013-02-03 01:52:12Z raasch
132# new option -P for explicit setting of ssh/scp port,
133# decalpha parts (yonsei) removed
134#
135# 2013-02-02 07:06:13Z raasch
136# adjustments for Kyushu-University computing center (lckyut - tatara)
137# old changelog messages removed
138#
139# 1046 2012-11-09 14:38:45Z maronga
140# code put under GPL (PALM 3.9)
141#
142# 08/07/94 - Siggi - first version finished
143# 29/06/94 - Siggi - script development started
144#--------------------------------------------------------------------------------#
145# subjob - script for automatic generation and submission of batch-job files
146#          for various batch queuing systems
147#--------------------------------------------------------------------------------#
148
149
150    # VARIABLE-DECLARATIONS AND DEFAULT VALUES
151 delete_dayfile=false
152 email_notification=none
153 group_number=none
154 locat=normal
155 no_default_queue=none
156 no_submit=false
157 job_catalog="~/job_queue"
158 job_name=none
159 local_user=$LOGNAME
160 node_usage=shared
161 numprocs=0
162 punkte="..........................................................."
163 submcom=qsub
164 queue=default
165 remote_host=none
166 remote_user=""
167 verify=true
168
169 typeset  -i   cputime=0  memory=0  Memory=0  minuten  resttime  sekunden  stunden
170 typeset  -i   numprocs  mpi_tasks=0  nodes=0  processes_per_node=0 tasks_per_node=0  threads_per_task=1
171
172
173
174    # ERROR HANDLING
175    # IN CASE OF EXIT:
176 trap 'if [[ $locat != normal ]]
177       then
178          case  $locat  in
179             (option)  printf "\n  --> available optios can be displayed"
180                       printf " by typing:"
181                       printf "\n      \"subjob ?\" \n";;
182             (ftpcopy|parameter|scp|verify)  printf "\n";;
183             (*)       printf "\n  +++ unknown error"
184                       printf "\n      please inform S. Raasch!\n"
185          esac
186          [[ -f $job_to_send ]]  &&  rm  $job_to_send
187          printf "\n\n+++ SUBJOB killed \n\n"
188       fi' exit
189
190
191    # IN CASE OF TERMINAL-BREAK:
192 trap '[[ -f $job_to_send ]]  &&  rm  $job_to_send
193       printf "\n\n+++ SUBJOB killed \n\n"
194       exit
195      ' 2
196
197
198    # DETERMINE NAME OF LOCAL HOST
199 local_host=$(hostname)
200
201    # SET HOST-SPECIFIC VARIABLES VEREINBAREN (CHECK, IF LOCAL HOST
202    # IS ADMITTED AT ALL)
203    # NOTE: ONE OF THE ENTRIES FOR "lck" OR "lckordi" ALWAYS HAS TO BE
204    # COMMENT OUT, BECAUSE THE HOSTNAME (node*) IS SAME FOR BOTH MACHINES
205 case  $local_host  in
206     (ambiel-lx)             local_address=134.106.74.48;  local_host=lcfor;;
207     (atmos)                 local_address=172.20.25.35;   local_host=lcide;;
208     (austru)                local_address=130.75.105.128; local_host=lcmuk;;
209     (autan)                 local_address=130.75.105.57;  local_host=lcmuk;;
210     (bora)                  local_address=130.75.105.103; local_host=lcmuk;;
211     (b04*)                  local_address=133.5.4.33;     local_host=lckyuh;;
212     (blizzard1|p0*|p1*|p2*|p3*|p4*|p5*|p6*|p7*|p8*|p9*)   local_address=136.172.40.15;  local_host=ibmh;;
213     (blizzard2|p0*|p1*|p2*|p3*|p4*|p5*|p6*|p7*|p8*|p9*)   local_address=136.172.40.16;  local_host=ibmh;;
214     (blogin*|bxc*)          local_address=130.73.233.1;   local_host=lccrayb;;
215     (hlogin*|hxc*)          local_address=130.75.4.1;     local_host=lccrayh;;
216     (breva)                 local_address=130.75.105.98;  local_host=lcmuk;;
217     (buran)                 local_address=130.75.105.58;  local_host=lcmuk;;
218     (caurus)                local_address=130.75.105.19;  local_host=lcmuk;;
219     (climate*)              local_address=165.132.26.68;  local_host=lcyon;;
220     (clogin*)               local_address=86.50.166.21;   local_host=lccrayf;;
221     (cs*)                   local_address=136.172.44.131; local_host=nech;;
222     (elephanta)             local_address=130.75.105.6;   local_host=lcmuk;;
223     (flow01)                local_address=10.141.255.71;  local_host=lcflow;;
224     (flow02)                local_address=10.141.255.72;  local_host=lcflow;;
225     (node*)                 local_address=165.132.26.61   local_host=lck;;
226   #  (node*)                 local_address=210.219.61.8    local_host=lckordi;;
227     (gaia*)                 local_address=150.183.146.24; local_host=ibmkisti;;
228     (gallego)               local_address=130.75.105.10;  local_host=lcmuk;;
229     (gregale)               local_address=130.75.105.109; local_host=lcmuk;;
230     (hababai)               local_address=130.75.105.108; local_host=lcmuk;;
231     (hayaka*)               local_address=133.5.4.33;     local_host=lckyuh;;
232     (hexagon.bccs.uib.no)   local_address=129.177.20.113; local_host=lcxe6;;
233     (hx*)                   local_address=133.3.51.11;    local_host=lckyoto;;
234     (inferno)               local_address=130.75.105.5;   local_host=lcmuk;;
235     (irifi)                 local_address=130.75.105.104; local_host=lcmuk;;
236     (jaboticaba)            local_address=150.163.25.181; local_host=lcbr;;
237     (sno)                   local_address=130.75.105.113; local_host=lcmuk;;
238     (levanto)               local_address=130.75.105.45;  local_host=lcmuk;;
239     (login*)                local_address=118.128.66.201; local_host=lckiaps;;
240     (maestro)               local_address=130.75.105.2;   local_host=lcmuk;;
241     (meller)                local_address=134.106.74.155; local_host=lcfor;;
242     (meteo-login*)          local_address=193.166.211.144;local_host=lcxt5m;;
243     (mlogin1*|m1*)          local_address=136.172.50.13;  local_host=lcbullhh;;
244     (hexagon*)              local_address=129.177.20.113; local_host=lcxe6;;
245     (nobel*)                local_address=150.183.5.101;  local_host=ibms;;
246     (ocean)                 local_address="ocean";        local_host=lcocean;; 
247     (orkan)                 local_address=130.75.105.3;   local_host=lcmuk;;
248     (ostria)                local_address=130.75.105.106; local_host=lcmuk;;
249     (paesano)               local_address=130.75.105.46;  local_host=lcmuk;;
250     (pcj*)                  local_address=172.31.120.1;   local_host=lckyut;;
251     (pingui)                local_address=134.106.74.118; local_host=lcfor;;
252     (quanero)               local_address=130.75.105.107; local_host=lcmuk;;
253     (rte*)                  local_address=133.5.185.60;   local_host=lcrte;;
254     (schultzl-Latitude-E6540)  local_address="schultzl-Latitude-E6540"; local_host=lcsch;;
255     (shiokaze-lx)           local_address=134.106.74.123; local_host=lcfor;;
256     (sisu-login*)           local_address=86.50.166.21;   local_host=lccrayf;;
257     (solano)                local_address=130.75.105.110; local_host=lcmuk;;
258     (sugoka*)               local_address=172.31.120.1;   local_host=lckyut;;
259     (tc*)                   local_address="ocean";        local_host=lcocean;; 
260     (t2a*)                  local_address=10.1.6.165;     local_host=lctit;;
261     (urban*)                local_address=147.46.30.151   local_host=lcsb;;
262     (vinessa)               local_address=130.75.105.112; local_host=lcmuk;;
263     (vorias)                local_address=172.20.25.43;   local_host=lcmuk;;
264     (*.cc.kyushu-u.ac.jp)   local_address=133.5.4.129;    local_host=ibmku;;
265     (*)                     printf "\n  +++ \"$local_host\" unknown";
266                             printf "\n      please contact the PALM group at IMUK";
267                             locat=parameter; exit;;
268 esac
269
270
271
272    # BY DEFAULT, THE REMOTE HOST IS THE LOCAL HOST
273 remote_host=$local_host
274
275
276
277
278    # READ THE SHELLSCRIPT-OPTIONS
279 while  getopts  :c:dDe:g:h:m:n:N:O:P:q:t:T:u:vX:  option
280 do
281   case  $option  in
282       (c)   job_catalog=$OPTARG;;
283       (d)   delete_dayfile=true;;
284       (D)   no_submit=true;;
285       (e)   email_notification=$OPTARG;;
286       (g)   group_number=$OPTARG;;
287       (h)   remote_host=$OPTARG;;
288       (m)   memory=$OPTARG;;
289       (n)   job_name=$OPTARG;;
290       (N)   node_usage=$OPTARG;;
291       (O)   threads_per_task=$OPTARG;;
292       (P)   scp_port=$OPTARG;;
293       (q)   no_default_queue=$OPTARG;;
294       (t)   cputime=$OPTARG;;
295       (T)   tasks_per_node=$OPTARG;;
296       (u)   remote_user=$OPTARG;;
297       (v)   verify=false;;
298       (X)   numprocs=$OPTARG;;
299       (\?)  printf "\n  +++ Option $OPTARG unknown \n";
300             locat=option; exit;;
301   esac
302 done
303
304
305    # GET THE NAME OF THE JOBFILE AS NEXT ARGUMENT
306 (( to_shift = $OPTIND - 1 ))
307 shift $to_shift; file_to_send=$1
308
309
310    # OUTPUT OF SHORT DESCRIPTION OF SCRIPT-OPTIONS
311 if [ "$1" = "?" ]
312 then
313   (printf "\n  *** subjob can be called as follows:\n"
314    printf "\n      subjob -c.. -d -D -h.. -m.. -q.. -t.. -u.. -v  <jobfile>\n"
315    printf "\n      Description of available options:\n"
316    printf "\n      Option  Description                         Default-Value"
317    printf "\n        -c    job-input- and output-catalog       ~/job_queue"
318    printf "\n        -d    no job-protocol will be created     ---"
319    printf "\n        -D    only the job-file will be created   ---"
320    printf "\n        -h    execution host, available hosts:    $remote_host"
321    printf "\n              ibm, ibmh, ibmkisti, ibmku, ibms, lc...,"
322    printf "\n              lckiaps, lctit, nech"
323    printf "\n        -m    memory demand per process in MByte  ---"
324    printf "\n        -n    jobname                             <jobdatei>"
325    printf "\n        -O    threads per task (for OpenMP usage) 1"
326    printf "\n        -P    ssh/scp port                        default port"
327    printf "\n        -q    job-queue to be used                default"
328    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds         ---"
329    printf "\n        -T    tasks per node (on parallel hosts)  ---"
330    printf "\n        -u    username on execution host          from .netrc"
331    printf "\n        -v    no prompt for confirmation          ---"
332    printf "\n        -X    # of processors (on parallel hosts) 1"
333    printf "\n "
334    printf "\n      The only possible positional parameter is <jobfile>:"
335    printf "\n      The complete NQS-job must be provided here."
336    printf "\n      <jobfile>=? creates this outline\n\n") | more
337    exit
338 fi
339
340
341
342    # CHECK, IF JOB-FILE HAS BEEN GIVEN AS ARGUMENT AND IF THE FILE ITSELF EXISTS
343 if [[ "$file_to_send" = "" ]]
344 then
345    printf "\n  +++ job-file missing"
346    locat=parameter; exit
347 else
348    if [[ -f $file_to_send ]]
349    then
350       true
351    else
352       printf "\n  +++ job-file: "
353       printf "\n           $file_to_send"
354       printf "\n      does not exist"
355       locat=parameter; exit
356    fi
357 fi
358
359
360
361    # IF NO JOBNAME HAS BEEN GIVEN, JOBNAME IS SET TO THE NAME OF THE JOB-FILE,
362    # PROVIDED THAT THE JOB-FILE NAME DOES NOT CONTAIN ANY PATH
363 if [[ $job_name = none ]]
364 then
365    job_name=$file_to_send
366 fi
367 if [[ $(echo $job_name | grep -c "/") != 0 ]]
368 then
369    printf "\n  +++ job-file name: "
370    printf "\n           $job_name"
371    printf "\n      must not contain \"/\"-characters"
372    locat=parameter; exit
373 fi
374
375
376
377
378    # SET HOST-SPECIFIC QUANTITIES, OR TERMINATE IN CASE OF UNKNOWN HOST,
379    # OR IF NO HOST HAS BEEN GIVEN
380 if [[ $remote_host = none ]]
381 then
382    printf "\n  +++ host missing"
383    locat=option; exit
384 else
385    case  $remote_host  in
386        (ibm)     queue=p690_standard; remote_address=134.76.99.81; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
387        (ibmh)    queue=cluster; remote_address=136.172.40.15; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
388        (ibmkisti) queue=class.32plus; remote_address=150.183.146.24; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
389        (ibmku)   queue=s4; remote_address=133.5.4.129; submcom=/usr/local/bin/llsubmit;;
390        (ibms)    queue=p_normal; remote_address=150.183.5.101; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
391        (lcbullhh)    queue=compute; remote_address=136.172.50.13; submcom=/usr/bin/sbatch;;
392        (lccrayb) queue=mpp1testq; remote_address=130.73.233.1; submcom="/opt/moab/default/bin/msub -E";;
393        (lccrayh) queue=mpp1testq; remote_address=130.75.4.1; submcom="/opt/moab/default/bin/msub -E";;
394        (lccrayf) queue=small; remote_address=86.50.166.21; submcom=/opt/slurm/default/bin/sbatch;;
395        (lcflow)  remote_address=10.140.1.72; submcom=qsub;;
396        (lckyoto) remote_address=133.3.51.11; submcom=/thin/local/bin/qsub;;
397        (lck)     remote_address=165.132.26.61; submcom=/usr/torque/bin/qsub;;
398        (lckiaps) remote_address=118.128.66.201; submcom=/opt/pbs/default/bin/qsub;;
399        (lckordi) remote_address=210.219.61.8; submcom=/usr/torque/bin/qsub;;
400        (lckyuh)  remote_address=133.5.4.33; submcom=/usr/bin/pjsub;;
401        (lckyut)  remote_address=133.5.4.37; submcom=/usr/bin/pjsub;;
402        (lcocean) remote_address="ocean"; submcom=qsub;;
403        (lcsb)    remote_address=147.46.30.151; submcom=/usr/torque/bin/qsub;;
404        (lctit)   queue=S; remote_address=10.1.6.165; submcom=/opt/pbs/tools/bin/t2sub;;
405        (lcxe6)   remote_address=129.177.20.113; submcom=/opt/torque/default/bin/qsub;;
406        (lcxt5m)  remote_address=193.166.211.144; submcom=/opt/pbs/10.1.0.91350/bin/qsub;;
407        (lcyon)   remote_address=165.132.26.68; submcom=/usr/torque/bin/qsub;;
408        (nech)    qsubmem=memsz_job; qsubtime=cputim_job; remote_address=136.172.44.147; submcom="/usr/local/bin/qsub";;
409        (*)       printf "\n  +++ hostname \"$remote_host\" not allowed";
410                  locat=parameter; exit;;
411    esac
412 fi
413
414
415    # CHECK, IF A VALID QUEUE HAS BEEN GIVEN
416 if [[ $no_default_queue != none ]]
417 then
418    error=false
419    ndq=$no_default_queue
420    case  $remote_host  in
421        (ibm)    case  $ndq  in
422                     (p690_express|p690_standard|p690_long)  error=false;;
423                     (*)                                     error=true;;
424                 esac;;
425        (ibmh)   case  $ndq  in
426                     (cluster|express)  error=false;;
427                     (*)                                     error=true;;
428                 esac;;
429        (ibmkisti)   case  $ndq  in
430                     (class.32plus|class.1-2|class.2-32)  error=false;;
431                     (*)                                     error=true;;
432                 esac;;
433        (ibmku)  case  $ndq  in
434                     (sdbg1|sdbg2|sdbg4|s4|s16|s32|s32-s)    error=false;;
435                     (*)                                     error=true;;
436                 esac;;
437        (ibms)   case  $ndq  in
438                     (express|normal|p_express|p_normal|p_normal_1.3|p_normal_1.7|grand)     error=false;;
439                     (*)                                     error=true;;
440                 esac;;
441        (lcbullhh) case  $ndq  in
442                     (compute|shared)  error=false;;
443                     (*)                                     error=true;;
444                 esac;;
445        (lccrayb) case  $ndq  in
446                     (dataq|mpp1q|mpp1testq|mpp2q|mpp2testq|smp1q|smp1testq|specialm1q)   error=false;;
447                     (*)                                     error=true;;
448                 esac;;
449        (lccrayh) case  $ndq  in
450                     (dataq|mpp1q|mpp1testq|mpp2q|mpp2testq|smp1q|smp1testq|specialm1q)   error=false;;
451                     (*)                                     error=true;;
452                 esac;;
453        (lccrayf) case  $ndq  in
454                     (usup|test*|small|large)                error=false;;
455                     (*)                                     error=true;;
456                 esac;;
457        (lcflow) case  $ndq  in
458                     (cfd_lom_long.q|cfd_him_long.q|cfd_lom_serl.q|cfd_lom_shrt.q|cfd_him_shrt.q|cfd_ivy_shrt.q)  error=false;;
459                     (*)                                     error=true;;
460                 esac;;
461        (lckiaps) case  $ndq  in
462                     (express|normal|normal20|quickq)        error=false;;
463                     (*)                                     error=true;;
464                 esac;;
465        (lckyoto) case  $ndq  in
466                     (eh|ph)                                 error=false;;
467                     (*)                                     error=true;;
468                 esac;;
469        (lckyuh) case  $ndq  in
470                     (fx-dbg|fx-single|fx-small|fx-middle|fx-large)  error=false;;
471                     (*)                                     error=true;;
472                 esac;;
473        (lckyut) case  $ndq  in
474                     (cx-dbg|cx-single|cx-small|cx-middle|cx-large)  error=false;;
475                     (*)                                     error=true;;
476                 esac;;
477        (lctit)  case  $ndq  in
478                     (G|L128|L256|L512H|S|S96|V)             error=false;;
479                     (*)                                     error=true;;
480                 esac;;
481        (t3eb)   case  $ndq  in
482                     (berte|p50|p100|p392|forfree|p25himem)  error=false;;
483                     (*)    error=true;;
484                 esac;;
485        (t3eh)   case  $ndq  in
486                     (para_t3e|em|k|l|lm|comp_t3e|c|p|ht)  error=false;;
487                     (*)    error=true;;
488                 esac;;
489        (t3ej2|t3ej5)  case  $ndq  in
490                     (low|normal|high)  error=false;;
491                     (*)    error=true;;
492                 esac;;
493        (t3es)  case  $ndq  in
494                     (batch|serial-4|pe4|p48|pe16|pe32|pe64|pe128)  error=false;;
495                     (*)    error=true;;
496                 esac;;
497    esac
498    if [[ $error = true ]]
499    then
500       printf "\n  +++ queue \"$no_default_queue\" on host \"$remote_host\" not allowed"
501       locat=parameter; exit
502    else
503       queue=$no_default_queue
504    fi
505 fi
506
507
508
509    # CHECK THE CPU-TIME
510    # SPLIT TIME INTO HOURS, MINUTES, AND SECONDS
511 done=false
512 while [[ $done = false ]]
513 do
514    if (( $cputime <= 0 ))
515    then
516       printf "\n  +++ wrong cpu-time or cpu-time missing"
517       printf "\n  >>> Please type cpu-time in seconds as INTEGER:"
518       printf "\n  >>> "
519       read  cputime  1>/dev/null  2>&1
520    else
521       done=true
522    fi
523 done
524 if [[ $remote_host = nech ]]
525 then
526    if (( tasks_per_node != 0 ))
527    then
528       (( cputime = cputime * tasks_per_node ))
529    elif [[ $numprocs != 0 ]]
530    then
531       (( cputime = cputime * numprocs ))
532    fi
533 fi
534 (( stunden  = cputime / 3600 ))
535 (( resttime = cputime - stunden * 3600 ))
536 (( minuten  = resttime / 60 ))
537 (( sekunden = resttime - minuten * 60 ))
538 timestring=${stunden}:${minuten}:${sekunden}
539
540
541
542    # CHECK THE MEMORY DEMAND
543 done=false
544 while [[ $done = false ]]
545 do
546    if (( memory <= 0 ))
547    then
548       printf "\n  +++ wrong memory demand or memory demand missing"
549       printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
550       printf "\n  >>> "
551       read  memory  1>/dev/null  2>&1
552    else
553       done=true
554    fi
555 done
556
557 if [[ $remote_host = nech ]]
558 then
559    if (( tasks_per_node != 0 ))
560    then
561       (( Memory = memory * tasks_per_node / 1000 ))
562    elif [[ $numprocs != 0 ]]
563    then
564       (( Memory = memory * numprocs / 1000 ))
565    else
566       (( Memory = memory / 1000 ))
567    fi
568 elif [[ $remote_host = lctit ]]
569 then
570    (( Memory = memory * tasks_per_node / 1000 ))
571 fi
572
573
574    # MEMORY DEMAND IN CASE OF OPENMP-USAGE ON IBM-SYSTEMS
575 if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
576 then
577    (( memory = memory * threads_per_task ))
578 fi
579
580
581    # CALCULATE NUMBER OF REQUIRED NODES
582 if (( tasks_per_node != 0 ))
583 then
584    (( nodes = ( numprocs - 1 ) / ( tasks_per_node * threads_per_task ) + 1 ))
585 fi
586
587
588    # CALCULATE NUMBER OF PROCESSES PER NODE
589 (( processes_per_node = tasks_per_node * threads_per_task ))
590
591
592    # CALCULATE NUMBER OF MPI TASKS
593 (( mpi_tasks = numprocs / threads_per_task ))
594
595
596    # SET PORT NUMBER OPTION FOR CALLS OF ssh/scp, subjob AND batch_scp SCRIPTS
597 if [[ "$scp_port" != "" ]]
598 then
599    PORTOPT="-P $scp_port"
600    SSH_PORTOPT="-p $scp_port"
601 fi
602
603
604    # HEADER-OUTPUT
605 if [[ $verify = true ]]
606 then
607    printf "\n\n"
608    printf "#--------------------------------------------------------------# \n"
609    spalte1=SUBJOB;spalte2=$(date)
610    printf "| %-20s%40s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
611    printf "|                                                              | \n"
612    printf "| values of parameters/options:                                | \n"
613    spalte1=$(echo local_host$punkte | cut -c-20)
614    spalte2=$punkte$local_host
615    printf "| %-20s%40s | \n" "$spalte1" "${spalte2: -40}"
616    spalte1=$(echo remote_host$punkte | cut -c-20)
617    spalte2=$punkte$remote_host
618    printf "| %-20s%40s | \n" "$spalte1" "${spalte2: -40}"
619    spalte1=$(echo queue$punkte | cut -c-20)
620    spalte2=$punkte$queue
621    printf "| %-20s%40s | \n" "$spalte1" "${spalte2: -40}"
622    spalte1=$(echo memory$punkte | cut -c-20)
623    spalte2="$punkte$memory mb"
624    printf "| %-20s%40s | \n" "$spalte1" "${spalte2: -40}"
625    spalte1=$(echo cputime$punkte | cut -c-20)
626    spalte2="$punkte$cputime sec"
627    printf "| %-20s%40s | \n" "$spalte1" "${spalte2: -40}"
628    spalte1=$(echo job_name$punkte | cut -c-20)
629    spalte2="$punkte$job_name"
630    printf "| %-20s%40s | \n" "$spalte1" "${spalte2: -40}"
631    printf "#--------------------------------------------------------------# \n\n"
632
633
634       # QUERY CHECK
635    antwort="dummy"
636    while [[ $antwort != y  &&  $antwort != Y  &&  $antwort != n  &&  $antwort != N ]]
637    do
638       read antwort?" >>> continue (y/n) ? "
639    done
640    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
641    then
642       locat=verify; exit
643    fi
644    printf "\n"
645 fi
646
647    # GENERATE RANDOM IDENTIFIER, AND DETERMINE THE JOBNAME ON THE TARGET HOST
648 identifier=$RANDOM
649 job_on_remhost=${job_name}_${identifier}_$local_host
650 job_to_send=job_to_send_$identifier
651 if [[ $delete_dayfile = false ]]
652 then
653    remote_dayfile=${local_host}_${job_name}_result_$identifier
654    local_dayfile=${remote_host}_${job_name}
655 else
656    remote_dayfile=/dev/null
657 fi
658
659
660    # GENERATE THE BATCH-JOB SCRIPTS (FOR QUEUEING-SYSTEMS qsub/msub/LoadLeveler)
661 if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm  &&  $numprocs != 0 ]]
662 then
663
664       # GENERAL LOADLEVELER SETTINGS
665    execute_in_shell="#!/bin/ksh"
666    use_shell="# @ shell = /bin/ksh"
667    consumable_memory="ConsumableMemory($memory mb)"
668    class="# @ class = $queue"
669    environment="# @ environment = OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task; MP_SHARED_MEMORY=yes"
670    network_to_use="# @ network.mpi = sn_all,shared,us"
671    data_limit="# @ data_limit = 1.76gb"
672    image_size="# @ image_size = 50"
673    wall_clock_limit="# @ wall_clock_limit = ${timestring},$timestring"
674
675    if [[ $email_notification = none ]]
676    then
677       notify_user=""
678    else
679       notify_user="# @ notify_user = $email_notification"
680       if [[ $delete_dayfile = true ]]
681       then
682          notification='# @ notification = never'
683       fi
684    fi
685
686    if [[ $remote_host = ibmh ]]
687    then
688       data_limit=""
689       network_to_use=""
690       class="# @ class = $queue"
691       environment=""
692       rset="# @ rset = RSET_MCM_AFFINITY"
693       task_affinity="# @ task_affinity = core(1)"
694    elif [[ $remote_host = ibmkisti ]]
695    then
696       network_to_use="# @ network.MPI = sn_all,shared,US"
697       wall_clock_limit="# @ wall_clock_limit = $timestring"
698       if [[ $threads_per_task = 1 ]]
699       then
700          rset="# @ rset = RSET_MCM_AFFINITY"
701          mcm_affinity_options="# @ mcm_affinity_options = mcm_mem_pref mcm_sni_none mcm_distribute"
702       fi
703       environment=""
704       use_shell=""
705       data_limit=""
706       image_size=""
707    elif [[ $remote_host = ibmku ]]
708    then
709       execute_in_shell="#!/usr/bin/ksh"
710       use_shell="# @ shell = /usr/bin/ksh"
711       consumable_memory=""
712       environment=""
713       network_to_use="# @ network.mpi = sn_all,shared,us"
714       data_limit=""
715       image_size=""
716    elif [[ $remote_host = ibms ]]
717    then
718       network_to_use="# @ network.mpi = csss,shared,us"
719    fi
720
721    cat > $job_to_send << %%END%%
722$execute_in_shell
723$use_shell
724
725# @ job_type = parallel
726# @ job_name = $job_name
727# @ resources = ConsumableCpus($threads_per_task) $consumable_memory
728# @ output = $remote_dayfile
729# @ error = $remote_dayfile
730$wall_clock_limit
731$image_size
732$class
733$environment
734$network_to_use
735$data_limit
736$rset
737$mcm_affinity_options
738$task_affinity
739$notification
740$notify_user
741
742%%END%%
743
744    if (( nodes > 0 ))
745    then
746
747       if [[ $remote_host != ibmkisti ]]
748       then
749
750          cat >> $job_to_send << %%END%%
751# @ node = $nodes
752# @ tasks_per_node = $processes_per_node
753# @ node_usage = $node_usage
754# @ queue
755
756%%END%%
757
758       else
759
760          cat >> $job_to_send << %%END%%
761# @ total_tasks = $mpi_tasks
762# @ blocking = unlimited
763# @ queue
764
765%%END%%
766
767       fi
768
769    else
770
771       cat >> $job_to_send << %%END%%
772# @ blocking = unlimited
773# @ total_tasks = $numprocs
774# @ node_usage = $node_usage
775# @ queue
776
777%%END%%
778
779    fi
780
781       # WORKAROUND BECAUSE OF SILLY JOB FILTER ON ibmkisti
782    if [[ $remote_host = ibmkisti  &&  $threads_per_task != 1 ]]
783    then
784       echo  "export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task"  >>  $job_to_send
785    fi
786
787 elif [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm  &&  $numprocs = 0 ]]
788 then
789
790    cat > $job_to_send << %%END%%
791#!/bin/ksh
792
793# @ job_type = serial
794# @ node_usage = $node_usage
795# @ job_name = palm
796# @ wall_clock_limit = ${timestring},$timestring
797# @ resources = ConsumableCpus(1) ConsumableMemory(1 gb)
798# @ output = $remote_dayfile
799# @ error = $remote_dayfile
800$class
801$notification
802
803# @ queue
804
805%%END%%
806
807 elif [[ $remote_host = lcbullhh ]]
808 then
809    if [[ $numprocs != 0 ]]
810    then
811       cat > $job_to_send << %%END%%
812#!/bin/bash -l
813#SBATCH -J $job_name
814#SBATCH -t $timestring
815#SBATCH -N $nodes
816#SBATCH --ntasks-per-node=$processes_per_node
817#SBATCH -p $queue
818#SBATCH -o $remote_dayfile
819#SBATCH -e $remote_dayfile
820#SBATCH -A $project_account
821
822$init_cmds
823$module_calls
824
825%%END%%
826
827    else
828       cat > $job_to_send << %%END%%
829#!/bin/bash -l
830#SBATCH -J $job_name
831#SBATCH -t $timestring
832#SBATCH -l ncpus=1
833#SBATCH -l pmem=${memory}mb
834#SBATCH -m abe
835#SBATCH -o $remote_dayfile
836#SBATCH -e $remote_dayfile
837#SBATCH -A $project_account
838
839$init_cmds
840$module_calls
841
842%%END%%
843
844    fi
845
846 elif [[ $remote_host = lccrayb || $remote_host = lccrayh ]]
847 then
848
849    if [[ "$feature" != "" ]]
850    then
851       featuredir="#PBS -l feature=$feature"
852    fi
853
854    if [[ $numprocs != 0 ]]
855    then
856       cat > $job_to_send << %%END%%
857#!/bin/bash
858#PBS -N $job_name
859#PBS -l walltime=$timestring
860#PBS -l nodes=$nodes:ppn=$processes_per_node
861#PBS -o $remote_dayfile
862#PBS -j oe
863#PBS -q $queue
864$featuredir
865
866$init_cmds
867$module_calls
868
869%%END%%
870
871    else
872
873       continue
874
875    fi
876
877 elif [[ $remote_host = lccrayf ]]
878 then
879
880    if [[ $numprocs != 0 ]]
881    then
882       cat > $job_to_send << %%END%%
883#!/bin/bash -l
884#SBATCH -J $job_name
885#SBATCH -t $timestring
886#SBATCH -N $nodes
887#SBATCH --ntasks-per-node=$processes_per_node
888#SBATCH -p $queue
889#SBATCH -o $remote_dayfile
890#SBATCH -e $remote_dayfile
891
892$init_cmds
893$module_calls
894
895%%END%%
896
897    else
898       cat > $job_to_send << %%END%%
899#!/bin/bash -l
900#SBATCH -J $job_name
901#SBATCH -t $timestring
902#SBATCH -l ncpus=1
903#SBATCH -l pmem=${memory}mb
904#SBATCH -m abe
905#SBATCH -o $remote_dayfile
906#SBATCH -e $remote_dayfile
907
908$init_cmds
909$module_calls
910
911%%END%%
912
913    fi
914
915 elif [[ $remote_host = lcflow ]]
916 then
917    if [[ $numprocs != 0 ]]
918    then
919      pe_set="#$ -pe impi $numprocs"
920    else
921      pe_set="#$ -pe impi 1"
922    fi
923    if [[ $queue = default ]]
924    then
925      queue_set=""
926    else
927      queue_set="#$ -q $queue"
928    fi
929    [[ "$disc_space" = "" ]]  &&  disc_space=50
930
931       cat > $job_to_send << %%END%%
932#!/bin/bash
933#$ -S /bin/bash
934#$ -N $job_name
935#$ -cwd
936#$ -l h_rt=$timestring
937#$ -l h_vmem=${memory}M
938#$ -o $remote_dayfile
939#$ -j y
940$pe_set
941#$ -R y
942#$ -l h_fsize=${disc_space}G
943$queue_set
944
945%%END%%
946
947 elif [[ $remote_host = lck || $remote_host = lckordi || $remote_host = lcsb ]]
948 then
949
950    if [[ $numprocs != 0 ]]
951    then
952       cat > $job_to_send << %%END%%
953#!/bin/ksh
954#PBS -N $job_name
955#PBS -l walltime=$timestring
956#PBS -l ncpus=$numprocs
957#PBS -l pmem=${memory}mb
958#PBS -o $remote_dayfile
959#PBS -l nodes=$nodes:ppn=${processes_per_node}
960#PBS -j oe
961
962mpd &
963
964%%END%%
965
966    else
967       cat > $job_to_send << %%END%%
968#!/bin/ksh
969#PBS -N $job_name
970#PBS -l walltime=$timestring
971#PBS -l ncpus=1
972#PBS -l pmem=${memory}mb
973#PBS -o $remote_dayfile
974#PBS -j oe
975
976%%END%%
977
978    fi
979
980 elif [[ $remote_host = lckiaps ]]
981 then
982
983    if [[ $numprocs != 0 ]]
984    then
985       cat > $job_to_send << %%END%%
986#!/bin/bash
987#PBS -N $job_name
988#PBS -l walltime=$timestring
989#PBS -l select=1:ncpus=$numprocs
990#PBS -l pmem=${memory}mb
991#PBS -q $queue
992#PBS -o $remote_dayfile
993#PBS -j oe
994#PBS -V
995
996%%END%%
997
998    else
999       cat > $job_to_send << %%END%%
1000#!/bin/bash
1001#PBS -N $job_name
1002#PBS -l walltime=$timestring
1003#PBS -l ncpus=1
1004#PBS -l pmem=${memory}mb
1005#PBS -o $remote_dayfile
1006#PBS -j oe
1007
1008%%END%%
1009
1010    fi
1011
1012 elif [[ $remote_host = lcyon ]]
1013 then
1014
1015    if [[ $numprocs != 0 ]]
1016    then
1017       cat > $job_to_send << %%END%%
1018#!/bin/ksh
1019#PBS -N $job_name
1020#PBS -l walltime=$timestring
1021#PBS -l ncpus=$numprocs
1022#PBS -l pmem=${memory}mb
1023#PBS -o $remote_dayfile
1024#PBS -j oe
1025
1026%%END%%
1027
1028    else
1029       cat > $job_to_send << %%END%%
1030#!/bin/ksh
1031#PBS -N $job_name
1032#PBS -l walltime=$timestring
1033#PBS -l ncpus=1
1034#PBS -l pmem=${memory}mb
1035#PBS -o $remote_dayfile
1036#PBS -j oe
1037
1038%%END%%
1039
1040    fi
1041
1042 elif [[ $remote_host = lcxe6 ]]
1043 then
1044
1045    if [[ $numprocs != 0 ]]
1046    then
1047       cat > $job_to_send << %%END%%
1048#!/bin/ksh
1049#PBS -S /bin/ksh
1050#PBS -N $job_name
1051#PBS -A $project_account
1052#PBS -j oe
1053#PBS -l walltime=$timestring
1054#PBS -l mppwidth=${numprocs}
1055#PBS -l mppnppn=${processes_per_node}
1056#PBS -m abe
1057#PBS -o $remote_dayfile
1058$email_directive
1059
1060$init_cmds
1061$module_calls
1062
1063%%END%%
1064
1065    else
1066       cat > $job_to_send << %%END%%
1067#!/bin/ksh
1068#PBS -S /bin/ksh
1069#PBS -N $job_name
1070#PBS -A $project_account
1071#PBS -j oe
1072#PBS -l walltime=$timestring
1073#PBS -l ncpus=1
1074#PBS -l pmem=${memory}mb
1075#PBS -m abe
1076$email_directive
1077#PBS -o $remote_dayfile
1078
1079$init_cmds
1080$module_calls
1081
1082%%END%%
1083
1084    fi
1085
1086 elif [[ $remote_host = lckyoto ]]
1087 then
1088
1089       cat > $job_to_send << %%END%%
1090#!/bin/ksh
1091# @\$-o $remote_dayfile
1092# @\$-eo -oi
1093# @\$-lP 16
1094# @\$-lp 1
1095# @\$-lm 28gb  -llm unlimited -ls unlimited
1096# @\$-q $queue
1097# @\$-Pvn abs_pack
1098##for intel? @\$-Pvn abs_unpack -Pvs unpack -Pvc unpack
1099#. /thin/local/etc/setprofile/intel-11.0.sh
1100#. /thin/local/etc/setprofile/mvapich2-1.4+intel-11.0.sh
1101. ~/.myprofile
1102#. /home2/t/t51254/palm/current_version/myprofile
1103#. /thin/apps/pgi/mpi.sh
1104#
1105env
1106#
1107set -x
1108
1109%%END%%
1110
1111 elif [[ $remote_host = lcxt5m ]]
1112 then
1113
1114    if [[ $numprocs != 0 ]]
1115    then
1116       cat > $job_to_send << %%END%%
1117#!/bin/ksh
1118#PBS -S /bin/ksh
1119#PBS -N $job_name
1120#PBS -j oe
1121#PBS -l walltime=$timestring
1122#PBS -l mppwidth=${numprocs}
1123#PBS -l mppnppn=${processes_per_node}
1124#PBS -m abe
1125#PBS -o $remote_dayfile
1126
1127$init_cmds
1128$module_calls
1129
1130%%END%%
1131
1132    else
1133       cat > $job_to_send << %%END%%
1134#!/bin/ksh
1135#PBS -S /bin/ksh
1136#PBS -N $job_name
1137#PBS -j oe
1138#PBS -l walltime=$timestring
1139#PBS -l ncpus=1
1140#PBS -l pmem=${memory}mb
1141#PBS -m abe
1142#PBS -o $remote_dayfile
1143
1144$init_cmds
1145$module_calls
1146
1147%%END%%
1148
1149    fi
1150
1151 elif [[ $remote_host = lckyuh ]]
1152 then
1153    cat > $job_to_send << %%END%%
1154#!/bin/bash
1155#PJM -L "rscgrp=$queue"
1156#PJM -L "node=$nodes"
1157#PJM --mpi "proc=$numprocs"
1158#PJM -L "elapse=$timestring"
1159#PJM -o $remote_dayfile
1160#PJM -j
1161#PJM -X
1162#PJM --no-stging
1163
1164export LANG=en_US.UTF-8
1165%%END%%
1166
1167 elif [[ $remote_host = lckyut ]]
1168 then
1169    cat > $job_to_send << %%END%%
1170#!/bin/bash
1171#PJM -L "rscgrp=$queue"
1172#PJM -L "vnode=$numprocs"
1173#PJM -L "vnode-core=1"
1174#PJM -L "elapse=$timestring"
1175#PJM --mpi proc=$numprocs
1176#PJM -o $remote_dayfile
1177#PJM -j
1178#PJM -X
1179#PJM --no-stging
1180
1181export LANG=en_US.UTF-8
1182%%END%%
1183
1184 elif [[ $remote_host = lcocean ]]
1185 then
1186   cat > $job_to_send << %%END%%
1187#!/bin/bash
1188#$ -cwd
1189#$ -V
1190#$ -N $job_name
1191#$ -pe orte $numprocs
1192#$ -o $remote_dayfile
1193#$ -j y
1194#$ -R y
1195$init_cmds
1196$module_calls
1197
1198%%END%%
1199
1200 elif [[ $remote_host = nech ]]
1201 then
1202
1203    if (( nodes > 1 ))
1204    then
1205       cat > $job_to_send << %%END%%
1206#!/bin/ksh
1207#PBS -l cpunum_prc=$processes_per_node,cputim_job=$cputime
1208#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb
1209#PBS -b $nodes
1210#PBS -o $remote_dayfile
1211#PBS -N palm
1212#PBS -j o
1213#PBS -T mpisx
1214
1215%%END%%
1216
1217    elif [[ $numprocs != 0 ]]
1218    then
1219       cat > $job_to_send << %%END%%
1220#!/bin/ksh
1221#PBS -l cpunum_prc=$processes_per_node,cputim_job=$cputime
1222#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb
1223#PBS -o $remote_dayfile
1224#PBS -N palm
1225#PBS -j o
1226
1227%%END%%
1228
1229    else
1230       cat > $job_to_send << %%END%%
1231#!/bin/ksh
1232#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb,${qsubtime}=$cputime
1233#PBS -o $remote_dayfile
1234#PBS -j o
1235
1236%%END%%
1237
1238    fi
1239
1240 elif [[ $remote_host = lctit ]]
1241 then
1242    cat > $job_to_send << %%END%%
1243#!/bin/ksh
1244$init_cmds
1245$module_calls
1246
1247%%END%%
1248
1249       # SET OPTIONS FOR SUBMIT-COMMAND
1250    if [[ $tasks_per_node != $processes_per_node ]]
1251    then
1252       submcom="$submcom -W group_list=$group_number -N $job_name -l walltime=$timestring -l select=$nodes:ncpus=$processes_per_node:mpiprocs=$tasks_per_node:mem=${Memory}gb -o $remote_dayfile -j oe -et 1 -q $queue "
1253    else
1254       submcom="$submcom -W group_list=$group_number -N $job_name -l walltime=$timestring -l select=$nodes:ncpus=$processes_per_node:mpiprocs=$tasks_per_node:mem=${Memory}gb -l place=scatter -o $remote_dayfile -j oe -et 1 -q $queue "
1255    fi
1256
1257 else
1258
1259    cat > $job_to_send << %%END%%
1260# @\$-q ${queue}
1261# @\$-l${qsubtime} $timestring
1262# @\$-l${qsubmem} ${memory}mb
1263# @\$-o $remote_dayfile
1264# @\$-eo
1265
1266%%END%%
1267
1268 fi
1269
1270
1271    # IN CASE OF JOBS EXECUTING ON REMOTE-HOSTS, THE TRANSFER OF THE DAYFILES
1272    # TO THE LOCAL HOSTS WILL BE INITIATED BY TRAP ON EXIT
1273    # NO TRANSFER POSSIBLE ON IBM IN SEOUL
1274 if [[ $delete_dayfile = false  &&  $remote_host != $local_host ]]
1275 then
1276    echo "set +vx"                              >>  $job_to_send
1277    echo "trap '"                               >>  $job_to_send
1278    echo "set +vx"                              >>  $job_to_send
1279    if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm  ||  $remote_host = lcbullhh  ||  $remote_host = lccrayb  ||  $remote_host = lccrayh  ||  $(echo $remote_host | cut -c1-3) = nec  ||  $remote_host = lcflow  ||  $remote_host = lckiaps  ||  $remote_host = lckyu* || $remote_host = lcxe6  ||  $remote_host = lcocean ]]
1280    then
1281       if [[ $remote_host = ibmh ]]
1282       then
1283          return_queue=c1
1284       elif [[ $remote_host = ibmkisti ]]
1285       then
1286          return_queue=class.1-2
1287       elif [[ $remote_host = ibmku ]]
1288       then
1289          return_queue=sdbg2
1290       elif [[ $remote_host = ibms ]]
1291       then
1292          return_queue=p_normal
1293       elif [[ $remote_host = lcbullhh ]]
1294       then
1295          return_queue=shared
1296       elif [[ $remote_host = lccrayb || $remote_host = lccrayh ]]
1297       then
1298          return_queue=dataq
1299       elif [[ $remote_host = lcxe6 ]]
1300       then
1301          return_queue=debug
1302       elif [[ $remote_host = lckiaps ]]
1303       then
1304          return_queue=express
1305       elif [[ $remote_host = lckyuh ]]
1306       then
1307          return_queue=cx-single
1308       elif [[ $remote_host = lckyut ]]
1309       then
1310          return_queue=cx-single
1311       else
1312          return_queue=unknown
1313       fi
1314
1315       if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
1316       then
1317
1318          if [[ $remote_host = ibmku ]]
1319          then
1320             echo "echo \"#!/usr/bin/ksh\" >> scpjob.$identifier"            >>  $job_to_send
1321             echo "echo \"# @ shell = /usr/bin/ksh\" >> scpjob.$identifier"  >>  $job_to_send
1322          else
1323             echo "echo \"#!/bin/ksh\" >> scpjob.$identifier"                >>  $job_to_send
1324          fi
1325          echo "echo \"# @ job_type = serial\" >> scpjob.$identifier"    >>  $job_to_send
1326          echo "echo \"# @ job_name = transfer\" >> scpjob.$identifier"  >>  $job_to_send
1327          echo "echo \"# @ resources = ConsumableCpus(1) ConsumableMemory(1 gb)\" >> scpjob.$identifier"  >>  $job_to_send
1328          echo "echo \"# @ wall_clock_limit = 00:10:00,00:10:00\" >> scpjob.$identifier "  >>  $job_to_send
1329          echo "echo \"# @ output = job_queue/last_job_transfer_protocol\" >> scpjob.$identifier"  >>  $job_to_send
1330          echo "echo \"# @ error = job_queue/last_job_transfer_protocol\" >> scpjob.$identifier"  >>  $job_to_send
1331          if [[ $host != "ibmh" ]]
1332          then
1333             echo "echo \"# @ class = $return_queue\" >> scpjob.$identifier"  >>  $job_to_send
1334          fi
1335          echo "echo \"# @ image_size = 10\" >> scpjob.$identifier"      >>  $job_to_send
1336          echo "echo \"# @ notification = never\" >> scpjob.$identifier" >>  $job_to_send
1337
1338          echo "echo \"# @ queue\" >> scpjob.$identifier"                >>  $job_to_send
1339          echo "echo \" \" >> scpjob.$identifier"                        >>  $job_to_send
1340
1341          echo "echo \"set -x\" >> scpjob.$identifier"                   >>  $job_to_send
1342          echo "echo \"batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user  $local_address  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \\\"$job_catalog\\\"  $local_dayfile\" >> scpjob.$identifier"  >>  $job_to_send
1343          if [[ $remote_host = ibmku ]]
1344          then
1345             echo "echo \"rm  scpjob.$identifier\" >> scpjob.$identifier"   >>  $job_to_send
1346          fi
1347          echo "echo \"exit\" >> scpjob.$identifier"                     >>  $job_to_send
1348
1349       elif [[ $remote_host = nech ]]
1350       then
1351          echo "cd /pf/b/${remote_user}/job_queue" >>  $job_to_send
1352          echo "cat > scpjob.$identifier << %%END%%"  >>  $job_to_send
1353          echo "#PBS -l ${qsubmem}=1GB,${qsubtime}=100"  >>  $job_to_send
1354          echo "#PBS -o last_job_transfer_protocol"      >>  $job_to_send
1355          echo "#PBS -j o"                         >>  $job_to_send
1356          echo " "                                 >>  $job_to_send
1357          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
1358          echo "cd /pf/b/${remote_user}/job_queue" >>  $job_to_send
1359          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_address  $remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1360          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1361          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
1362
1363       elif [[ $remote_host = lcbullhh ]]
1364       then
1365          echo "cat > scpjob.$identifier << %%END%%"        >>  $job_to_send
1366          echo "#!/bin/bash"                             >>  $job_to_send
1367          echo "#SBATCH --job-name=job_protocol_transfer" >>  $job_to_send
1368          echo "#SBATCH -t 00:20:00"                     >>  $job_to_send
1369          echo "#SBATCH -N 1"                            >>  $job_to_send
1370          echo "#SBATCH -n 1"                            >>  $job_to_send
1371          echo "#SBATCH -o \$HOME/job_queue/last_job_transfer_protocol"      >>  $job_to_send
1372          echo "#SBATCH -o $remote_dayfile"              >>  $job_to_send
1373          echo "#SBATCH -e $remote_dayfile"              >>  $job_to_send
1374          echo "#SBATCH -A $project_account"             >>  $job_to_send
1375          echo "#SBATCH -p $return_queue"                >>  $job_to_send
1376          echo " "                                       >>  $job_to_send
1377          echo "set -x"                                  >>  $job_to_send
1378          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_address  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1379          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1380          echo "%%END%%"                                 >>  $job_to_send
1381
1382       elif [[ $remote_host = lckyuh ]]
1383       then
1384          echo "cat > scpjob.$identifier << %%END%%"  >>  $job_to_send
1385          echo "#!/bin/bash"                       >>  $job_to_send
1386          echo "#PJM -L \"node=1\""                >>  $job_to_send
1387          echo "#PJM -L \"rscgrp=$return_queue\""  >>  $job_to_send
1388          echo "#PJM --no-stging"                  >>  $job_to_send
1389          echo "#PJM -L \"elapse=30:00\""          >>  $job_to_send
1390          echo "#PJM -o \$HOME/job_queue/last_job_transfer_protocol"  >>  $job_to_send
1391          echo "#PJM -j"                           >>  $job_to_send
1392          echo " "                                 >>  $job_to_send
1393          echo "export LANG=en_US.UTF-8"           >>  $job_to_send
1394          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
1395          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_address  $remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1396          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1397          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
1398
1399       elif [[ $remote_host = lckyut ]]
1400       then
1401          echo "cat > scpjob.$identifier << %%END%%"  >>  $job_to_send
1402          echo "#!/bin/bash"                       >>  $job_to_send
1403          echo "#PJM -L \"vnode=1\""               >>  $job_to_send
1404          echo "#PJM -L \"rscgrp=$return_queue\""  >>  $job_to_send
1405          echo "#PJM --no-stging"                  >>  $job_to_send
1406          echo "#PJM -L \"elapse=30:00\""          >>  $job_to_send
1407          echo "#PJM -o \$HOME/job_queue/last_job_transfer_protocol"  >>  $job_to_send
1408          echo "#PJM -j"                           >>  $job_to_send
1409          echo " "                                 >>  $job_to_send
1410          echo "export LANG=en_US.UTF-8"           >>  $job_to_send
1411          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
1412          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_address  $remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1413          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1414          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
1415
1416       elif [[ $remote_host = lccrayb || $remote_host = lccrayh ]]
1417       then
1418          echo "cat > scpjob.$identifier << %%END%%"        >>  $job_to_send
1419          echo "#!/bin/bash"                             >>  $job_to_send
1420          echo "#PBS -N job_protocol_transfer"           >>  $job_to_send
1421          echo "#PBS -l walltime=00:30:00"               >>  $job_to_send
1422          echo "#PBS -l nodes=1:ppn=1"                   >>  $job_to_send
1423          echo "#PBS -o \$HOME/job_queue/last_job_transfer_protocol"      >>  $job_to_send
1424          echo "#PBS -j oe"                              >>  $job_to_send
1425          echo " "                                       >>  $job_to_send
1426          echo "set -x"                                  >>  $job_to_send
1427          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_address  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1428          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1429          echo "%%END%%"                                 >>  $job_to_send
1430
1431       elif [[ $remote_host = lcocean ]]
1432       then
1433          echo "cat > scpjob.${identifier}.tmp << %%END%%"                  >>  $job_to_send
1434          echo "#!/bin/bash"                                             >>  $job_to_send
1435          echo "SGEPREFIX -S /bin/bash"                                  >>  $job_to_send
1436          echo "SGEPREFIX -N transfer_$job_name"                         >>  $job_to_send
1437          echo "SGEPREFIX -cwd"                                          >>  $job_to_send
1438          echo "SGEPREFIX -j y"                                          >>  $job_to_send
1439          echo "SGEPREFIX -o ${local_host}_${job_name}_scpjob_$identifier"  >>  $job_to_send 
1440          echo " "                                                       >>  $job_to_send 
1441          echo "set -x"                                                  >>  $job_to_send 
1442          echo "export PALM_BIN=$PALM_BIN" | sed -e 's:'$HOME':$HOME:'   >>  $job_to_send
1443          echo "export PATH=\$PATH:\$PALM_BIN"                           >>  $job_to_send
1444          echo ""                                 >>  $job_to_send         
1445          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_address  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1446          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1447          echo "rm -f scpjob.${identifier}"                                 >>  $job_to_send         
1448          echo "%%END%%"                                                 >>  $job_to_send
1449          echo "sed -e 's/SGEPREFIX/#$/g' scpjob.${identifier}.tmp > scpjob.${identifier}" >>  $job_to_send         
1450          echo "rm -f scpjob.${identifier}.tmp"                             >>  $job_to_send         
1451
1452       elif [[ $remote_host = lcflow ]]
1453       then
1454          echo "cat > scpjob.${identifier}.tmp << %%END%%"                  >>  $job_to_send
1455          echo "#!/bin/bash"                                             >>  $job_to_send
1456          echo "SGEPREFIX -S /bin/bash"                                  >>  $job_to_send
1457          echo "SGEPREFIX -N transfer_$job_name"                         >>  $job_to_send
1458          echo "SGEPREFIX -cwd"                                          >>  $job_to_send
1459          echo "SGEPREFIX -l h_rt=01:00:00"                              >>  $job_to_send
1460          echo "SGEPREFIX -l h_vmem=500M"                                >>  $job_to_send
1461          echo "SGEPREFIX -j y"                                          >>  $job_to_send
1462          echo "SGEPREFIX -o ${local_host}_${job_name}_scpjob_$identifier"  >>  $job_to_send 
1463          echo " "                                                       >>  $job_to_send 
1464          echo "set -x"                                                  >>  $job_to_send 
1465          echo "export PALM_BIN=$PALM_BIN" | sed -e 's:'$HOME':$HOME:'   >>  $job_to_send
1466          echo "export PATH=\$PATH:\$PALM_BIN"                           >>  $job_to_send
1467          echo ""                                 >>  $job_to_send         
1468          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_address  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1469          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1470          echo "rm -f scpjob.${identifier}"                                 >>  $job_to_send         
1471          echo "%%END%%"                                                 >>  $job_to_send
1472          echo "sed -e 's/SGEPREFIX/#$/g' scpjob.${identifier}.tmp > scpjob.${identifier}" >>  $job_to_send         
1473          echo "rm -f scpjob.${identifier}.tmp"                             >>  $job_to_send         
1474       elif [[ $remote_host = lcxe6 ]]
1475       then
1476          echo "cat > scpjob.${identifier}  << %%END%%"  >>  $job_to_send
1477          echo "#!/bin/ksh"                              >>  $job_to_send
1478          echo "#PBS -N job_protocol_transfer"           >>  $job_to_send
1479          echo "#PBS -l walltime=00:30:00"               >>  $job_to_send
1480          echo "#PBS -A $project_account"                >>  $job_to_send
1481          echo "#PBS -l mppwidth=1"                      >>  $job_to_send
1482          echo "#PBS -l mppnppn=1"                       >>  $job_to_send
1483          echo "#PBS -o \$HOME/job_queue/last_job_transfer_protocol"  >>  $job_to_send
1484          echo "#PBS -j oe"                              >>  $job_to_send
1485          echo " "                                       >>  $job_to_send
1486          echo "set -x"                                  >>  $job_to_send
1487          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_address  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1488          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1489          echo "%%END%%"                                 >>  $job_to_send
1490       else
1491
1492          echo "cat > scpjob.$identifier << %%END%%"  >>  $job_to_send
1493          echo "# @\\\$-q $return_queue"           >>  $job_to_send
1494          echo "# @\\\$-l${qsubtime} 10"           >>  $job_to_send
1495          echo "# @\\\$-l${qsubmem} 10mb"          >>  $job_to_send
1496          if [[ $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5  ||  $remote_host = t3es ]]
1497          then
1498             echo "# @\$-l mpp_p=0"                >>  $job_to_send
1499          fi
1500          echo '# @\$-lF 10mb'                     >>  $job_to_send
1501          echo '# @\$-o job_queue/last_job_transfer_protocol'    >>  $job_to_send
1502          echo '# @\\\$-eo'                          >>  $job_to_send
1503          echo " "                                 >>  $job_to_send
1504          if [[ $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5 ]]
1505          then
1506             echo "set +vx"                        >>  $job_to_send
1507             echo ". .profile"                     >>  $job_to_send
1508          fi
1509          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
1510          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_address  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile  >  /dev/null"  >>  $job_to_send
1511          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1512          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
1513
1514       fi
1515
1516       if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
1517       then
1518          echo "llsubmit  scpjob.$identifier"      >>  $job_to_send
1519       elif [[ $remote_host = lcbullhh ]]
1520       then
1521          echo "sbatch  scpjob.$identifier"               >>  $job_to_send
1522       elif [[ $remote_host = lccrayb || $remote_host = lccrayh ]]
1523       then
1524          echo "msub -E -q $return_queue  scpjob.$identifier"               >>  $job_to_send
1525       elif [[ $remote_host = t3eb  ||  $remote_host = t3eh  ||  $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5 ]]
1526       then
1527          echo "qsub -J n  scpjob.$identifier"     >>  $job_to_send
1528       elif [[ $remote_host = t3es ]]
1529       then
1530          echo "qsub -J n  -s /bin/ksh  scpjob.$identifier"     >>  $job_to_send
1531       elif [[ $remote_host = lckiaps ]]
1532       then
1533          echo "mv  scpjob.$identifier  $job_catalog"           >>  $job_to_send
1534          echo "ssh $SSH_PORTOPT ${remote_username}@${remote_address}  \"$submcom ${job_catalog}/scpjob.$identifier\" "  >>  $job_to_send
1535          echo "rm  ${job_catalog}/scpjob.$identifier"          >>  $job_to_send
1536       elif [[ $remote_host = lckyu* ]]
1537       then
1538          echo "scp $PORTOPT scpjob.$identifier  ${remote_username}@${remote_address}:job_queue"           >>  $job_to_send
1539          echo "ssh $SSH_PORTOPT ${remote_username}@${remote_address}  \"cd job_queue; $submcom scpjob.$identifier; rm scpjob.$identifier\" "  >>  $job_to_send
1540       elif [[ $remote_host = lcflow  ||  $remote_host = lcocean ]]
1541       then
1542          echo "mv  scpjob.$identifier  $job_catalog"           >>  $job_to_send
1543          echo "/usr/bin/ssh ${remote_username}@${remote_address}  \"$init_cmds $module_calls cd $job_catalog; $submcom scpjob.$identifier\" "  >>  $job_to_send
1544       else
1545          echo "$submcom  scpjob.$identifier"      >>  $job_to_send
1546       fi
1547       if [[ $remote_host != ibmku  &&  $remote_host != lckiaps ]]
1548       then
1549          echo "rm  scpjob.$identifier"            >>  $job_to_send
1550       fi
1551       if [[ $remote_host = nech ]]
1552       then
1553          echo "cd -"                           >>  $job_to_send
1554       fi
1555    else
1556#       echo "ftpcopy  -d  $local_address  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1557       # ??? funktioniert das ÃŒberhaupt noch ???
1558       echo "nohup  ftpcopy  -d  -w 15  $local_address  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile  >  /dev/null  &"  >>  $job_to_send
1559    fi
1560    echo "set -x"                               >>  $job_to_send
1561    echo "     ' exit"                          >>  $job_to_send
1562    echo "set -x"                               >>  $job_to_send
1563 fi
1564
1565
1566    # APPEND THE JOB-FILE (CREATE BY mrun) TO THE JOB-DIRECTIVES GENERATED ABOVE
1567 cat  $file_to_send  >>  $job_to_send
1568
1569 if [[ $remote_host = ibm ]]
1570 then
1571    echo " "         >>  $job_to_send
1572    echo "exit"      >>  $job_to_send
1573 fi
1574
1575    # REMOVE JOB-FILE
1576 if [[ $remote_host = lctit  ||  $remote_host = ibmku  ||  $remote_host = lcflow ]]
1577 then
1578    echo " "                               >>  $job_to_send
1579    echo "rm ~/job_queue/$job_on_remhost"  >>  $job_to_send
1580 fi
1581
1582
1583    # TRANSFER JOB TO THE TARGET HOST (JOB-DIRECTORY)
1584 if [[ $no_submit = false ]]
1585 then
1586    if [[ $remote_host != $local_host ]]
1587    then
1588       [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n >>> transfering job to \"$remote_host\"..."
1589       if [[ $remote_host = ibms ]]    # ssh on ibms cannot handle "~/"
1590       then
1591          job_catalog_save=$job_catalog
1592          job_catalog=job_queue
1593       elif [[ $remote_host = nech ]]
1594       then
1595          job_catalog_save=$job_catalog
1596          job_catalog=/hpf/b/${remote_user}/job_queue
1597       fi
1598       if [[ $remote_host = nech ]]
1599       then
1600             # FILES CAN ONLY BE TRANSFERED VIA DKRZ'S ARCHIVE-SERVER
1601          scp  $PORTOPT  $job_to_send  ${remote_user}@136.172.44.205:${job_catalog}/$job_on_remhost
1602       else
1603          scp  $ssh_key  $PORTOPT  $job_to_send  ${remote_user}@${remote_address}:${job_catalog}/$job_on_remhost
1604       fi
1605       if [[ $? = 1 ]]
1606       then
1607          locat=scp; exit
1608       fi
1609       if [[ $remote_host = ibms ]]
1610       then
1611          job_catalog=$job_catalog_save
1612       fi
1613       [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n >>> finished\n"
1614    else
1615       eval  job_catalog=$job_catalog
1616       cp  $job_to_send  ${job_catalog}/$job_on_remhost
1617    fi
1618
1619
1620
1621       # START NQS- / LOADLEVELER-JOB
1622    if [[ $remote_host != $local_host ]]
1623    then
1624       [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n >>> submitting job using \"qsub\"...\n"
1625
1626       if [[ $remote_host = ibmku ]]
1627       then
1628          ssh  $SSH_PORTOPT $remote_address  -l $remote_user  "cd $job_catalog; $submcom $job_on_remhost"
1629       elif [[ $remote_host = lcflow ]]
1630       then
1631          /usr/bin/ssh  $SSH_PORTOPT $remote_address  -l $remote_user  "$init_cmds $module_calls cd $job_catalog; $submcom $job_on_remhost"
1632       else
1633          ssh  $ssh_key  $SSH_PORTOPT $remote_address  -l $remote_user  "cd $job_catalog; $submcom $job_on_remhost; rm $job_on_remhost"
1634       fi
1635
1636       [[ $verify = true ]]  &&  printf " >>> o.k.\n"
1637    else
1638       cd  $job_catalog
1639       if [[ $(echo $local_host | cut -c1-3) = ibm  ||  $(echo $local_host | cut -c1-6) = lccray ]]
1640       then
1641          eval  $submcom  $job_on_remhost
1642       elif [[  $local_host = lctit  ||  $localhost = lcxe6  ||  $localhost = lck  || $localhost = lckordi ||  $localhost = lcyon || $localhost = lcsb  ||  $localhost = lckyu* ]]
1643       then
1644          chmod  u+x  $job_on_remhost
1645          eval  $submcom  $job_on_remhost
1646       elif [[ $local_host = nech ]]
1647       then
1648          if [[ $queue = default ]]
1649          then
1650             eval  $submcom  $job_on_remhost
1651          else
1652             eval  $submcom  -q $queue  $job_on_remhost
1653          fi
1654       elif [[ $local_host = lcbullhh ]]
1655       then
1656          if [[ $queue = default ]]
1657          then
1658             eval  $submcom  $job_on_remhost
1659          fi
1660       else
1661          qsub  $job_on_remhost
1662       fi
1663
1664          # JOBFILE MUST NOT BE DELETED ON lctit/ibmku/lcflow. THIS WILL BE DONE
1665          # AT THE END OF THE JOB
1666       if [[ $local_host != lctit  &&  $local_host != ibmku  &&  $local_host != lcflow ]]
1667       then
1668          rm  $job_on_remhost
1669       fi
1670       cd  -  > /dev/null
1671    fi
1672 fi
1673
1674    # FINAL ACTIONS
1675 if [[ $no_submit = false ]]
1676 then
1677    rm  -f $job_to_send
1678 fi
1679 [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n\n *** SUBJOB finished \n\n"
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.