source: palm/trunk/SCRIPTS/subjob @ 1944

Last change on this file since 1944 was 1944, checked in by raasch, 8 years ago

adjustments for using HLRN ssh-keys

  • Property svn:keywords set to Id Rev
File size: 57.9 KB
Line 
1#!/bin/bash
2
3# subjob - script for automatic generation and submission of batch-job files
4#          for various batch queuing systems
5
6#--------------------------------------------------------------------------------#
7# This file is part of PALM.
8#
9# PALM is free software: you can redistribute it and/or modify it under the terms
10# of the GNU General Public License as published by the Free Software Foundation,
11# either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
12#
13# PALM is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
14# WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR
15# A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16#
17# You should have received a copy of the GNU General Public License along with
18# PALM. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19#
20# Copyright 1997-2014  Leibniz Universitaet Hannover
21#--------------------------------------------------------------------------------#
22#
23# Current revisions:
24# ------------------
25# adjustments for using HLRN ssh-keys
26#
27# Former revisions:
28# -----------------
29# $Id: subjob 1944 2016-06-15 06:29:00Z raasch $
30#
31# 1940 2016-06-14 05:15:20Z raasch
32# adjustments for lckiaps
33#
34# 1866 2016-04-15 06:50:59Z raasch
35# adjusted for lcocean
36#
37# 1841 2016-04-07 19:14:06Z raasch
38# script now running under bash
39#
40# 1701 2015-11-02 07:43:04Z maronga
41# Bugfix: added missing init_cmds for lccrayh/lccrayb
42#
43# 1621 2015-07-17 11:39:33Z heinze
44# adjustments for Mistral at DKRZ Hamburg (lcbullhh)
45#
46# 1575 2015-03-27 09:56:27Z raasch
47# mpp2-queues added to lccrayh
48#
49# 1547 2015-01-29 15:09:12Z witha
50# adjustments for ForWind computing cluster (lcflow)
51#
52# 1545 2015-01-29 06:52:23Z heinze
53# local host name for blizzard further specified
54#
55# 1480 2014-10-17 14:41:49Z raasch
56# adjustments for 2nd stage of HLRNIII
57#
58# 1468 2014-09-24 14:06:57Z maronga
59# Typo removed (addres->address)
60# Adjustments for lcxe6
61#
62# 1452 2014-08-22 09:41:06Z heinze
63# local hosts for blizzard added
64#
65# 1450 2014-08-21 07:31:51Z heinze
66# HLRN-III (lccrayb): testq queue adjusted to mpp1testq
67#
68# 1442 2014-07-28 07:09:10Z raasch
69# HLRN-III (lccrayb/lccrayh) queues adjusted
70#
71# 1378 2014-04-28 06:04:58Z raasch
72# -et option added for lctit
73#
74# 1350 2014-04-04 13:01:30Z maronga
75# location of qsub updated for lcxe6
76#
77# 1289 2014-03-04 07:12:34Z raasch
78# German comments translated to English
79# fimm-, necriam-, scirocco-, ibmy-, and sgi-specific code removed
80#
81# 1279 2014-01-28 12:10:14Z raasch
82# node calculation modified due to changes in mrun (tasks_per_node must not be
83# an integral divisor of numprocs any more)
84#
85# 1274 2014-01-09 13:14:54Z heinze
86# adjustments for lccrayh
87#
88# 1266 2013-12-11 12:07:34Z heinze
89# further adjustments for lccrayb (use msub instead of qsub)
90#
91# 1264 2013-12-09 12:46:09Z fricke
92# Bugfix: Using number of nodes instead of number of processors (lccrayb)
93#
94# 1262 2013-12-09 10:57:20Z fricke
95# further adjustments for lccrayb
96#
97# 1260 2013-12-04 12:48:04Z raasch
98# jaboticaba admitted
99#
100# 1255 2013-11-07 14:43:35Z raasch
101# further adjustments for lccrayb
102#
103# 1224 2013-09-16 07:27:23Z raasch
104# first adjustments for lccrayb
105#
106# 1202 2013-07-10 16:22:07Z witha
107# adjustments for Forwind cluster (lcflow)
108#
109# 1199 2013-07-05 14:52:22Z raasch
110# adjustments for CSC Helsinki (lccrayf)
111#
112# use of cluster/express queue enabled (ibmh)
113# vinessa added (imuk)
114#
115# 1103 2013-02-20 02:15:53Z raasch
116# bash compatibility adjustments (usage of OPTIND, output formatting with printf
117# instead typeset -L/R),
118# further adjustments for lckyuh
119#
120# 2013-02-10 01:47:43Z raasch
121# adjustments for Kyushu-Univeristy computing center (lckyuh - hayaka)
122# and for Forwind cluster (lcflow)
123#
124# 1094 2013-02-03 01:52:12Z raasch
125# new option -P for explicit setting of ssh/scp port,
126# decalpha parts (yonsei) removed
127#
128# 2013-02-02 07:06:13Z raasch
129# adjustments for Kyushu-University computing center (lckyut - tatara)
130# old changelog messages removed
131#
132# 1046 2012-11-09 14:38:45Z maronga
133# code put under GPL (PALM 3.9)
134#
135# 08/07/94 - Siggi - first version finished
136# 29/06/94 - Siggi - script development started
137#--------------------------------------------------------------------------------#
138# subjob - script for automatic generation and submission of batch-job files
139#          for various batch queuing systems
140#--------------------------------------------------------------------------------#
141
142
143    # VARIABLE-DECLARATIONS AND DEFAULT VALUES
144 delete_dayfile=false
145 email_notification=none
146 group_number=none
147 locat=normal
148 no_default_queue=none
149 no_submit=false
150 job_catalog="~/job_queue"
151 job_name=none
152 local_user=$LOGNAME
153 node_usage=shared
154 numprocs=0
155 punkte="..........................................................."
156 submcom=qsub
157 queue=default
158 remote_host=none
159 remote_user=""
160 verify=true
161
162 typeset  -i   cputime=memory=Memory=0  minuten  resttime  sekunden  stunden
163 typeset  -i   numprocs  mpi_tasks=nodes=processes_per_node=0 tasks_per_node=threads_per_task=1
164
165
166
167    # ERROR HANDLING
168    # IN CASE OF EXIT:
169 trap 'if [[ $locat != normal ]]
170       then
171          case  $locat  in
172             (option)  printf "\n  --> available optios can be displayed"
173                       printf " by typing:"
174                       printf "\n      \"subjob ?\" \n";;
175             (ftpcopy|parameter|scp|verify)  printf "\n";;
176             (*)       printf "\n  +++ unknown error"
177                       printf "\n      please inform S. Raasch!\n"
178          esac
179          [[ -f $job_to_send ]]  &&  rm  $job_to_send
180          printf "\n\n+++ SUBJOB killed \n\n"
181       fi' exit
182
183
184    # IN CASE OF TERMINAL-BREAK:
185 trap '[[ -f $job_to_send ]]  &&  rm  $job_to_send
186       printf "\n\n+++ SUBJOB killed \n\n"
187       exit
188      ' 2
189
190
191    # DETERMINE NAME OF LOCAL HOST
192 local_host=$(hostname)
193
194    # SET HOST-SPECIFIC VARIABLES VEREINBAREN (CHECK, IF LOCAL HOST
195    # IS ADMITTED AT ALL)
196    # NOTE: ONE OF THE ENTRIES FOR "lck" OR "lckordi" ALWAYS HAS TO BE
197    # COMMENT OUT, BECAUSE THE HOSTNAME (node*) IS SAME FOR BOTH MACHINES
198 case  $local_host  in
199     (ambiel-lx)             local_address=134.106.74.48;  local_host=lcfor;;
200     (atmos)                 local_address=172.20.25.35;   local_host=lcide;;
201     (austru)                local_address=130.75.105.128; local_host=lcmuk;;
202     (autan)                 local_address=130.75.105.57;  local_host=lcmuk;;
203     (bora)                  local_address=130.75.105.103; local_host=lcmuk;;
204     (b04*)                  local_address=133.5.4.33;     local_host=lckyuh;;
205     (blizzard1|p0*|p1*|p2*|p3*|p4*|p5*|p6*|p7*|p8*|p9*)   local_address=136.172.40.15;  local_host=ibmh;;
206     (blizzard2|p0*|p1*|p2*|p3*|p4*|p5*|p6*|p7*|p8*|p9*)   local_address=136.172.40.16;  local_host=ibmh;;
207     (blogin*|bxc*)          local_address=130.73.233.1;   local_host=lccrayb;;
208     (hlogin*|hxc*)          local_address=130.75.4.1;     local_host=lccrayh;;
209     (breva)                 local_address=130.75.105.98;  local_host=lcmuk;;
210     (buran)                 local_address=130.75.105.58;  local_host=lcmuk;;
211     (caurus)                local_address=130.75.105.19;  local_host=lcmuk;;
212     (climate*)              local_address=165.132.26.68;  local_host=lcyon;;
213     (clogin*)               local_address=86.50.166.21;   local_host=lccrayf;;
214     (cs*)                   local_address=136.172.44.131; local_host=nech;;
215     (elephanta)             local_address=130.75.105.6;   local_host=lcmuk;;
216     (flow01)                local_address=10.141.255.71;  local_host=lcflow;;
217     (flow02)                local_address=10.141.255.72;  local_host=lcflow;;
218     (node*)                 local_address=165.132.26.61   local_host=lck;;
219   #  (node*)                 local_address=210.219.61.8    local_host=lckordi;;
220     (gaia*)                 local_address=150.183.146.24; local_host=ibmkisti;;
221     (gallego)               local_address=130.75.105.10;  local_host=lcmuk;;
222     (gregale)               local_address=130.75.105.109; local_host=lcmuk;;
223     (hababai)               local_address=130.75.105.108; local_host=lcmuk;;
224     (hayaka*)               local_address=133.5.4.33;     local_host=lckyuh;;
225     (hexagon.bccs.uib.no)   local_address=129.177.20.113; local_host=lcxe6;;
226     (hx*)                   local_address=133.3.51.11;    local_host=lckyoto;;
227     (inferno)               local_address=130.75.105.5;   local_host=lcmuk;;
228     (irifi)                 local_address=130.75.105.104; local_host=lcmuk;;
229     (jaboticaba)            local_address=150.163.25.181; local_host=lcbr;;
230     (sno)                   local_address=130.75.105.113; local_host=lcmuk;;
231     (levanto)               local_address=130.75.105.45;  local_host=lcmuk;;
232     (login*)                local_address=118.128.66.201; local_host=lckiaps;;
233     (maestro)               local_address=130.75.105.2;   local_host=lcmuk;;
234     (meller)                local_address=134.106.74.155; local_host=lcfor;;
235     (meteo-login*)          local_address=193.166.211.144;local_host=lcxt5m;;
236     (mlogin1*|m1*)          local_address=136.172.50.13;  local_host=lcbullhh;;
237     (hexagon*)              local_address=129.177.20.113; local_host=lcxe6;;
238     (nobel*)                local_address=150.183.5.101;  local_host=ibms;;
239     (ocean)                 local_address="ocean";        local_host=lcocean;;
240     (orkan)                 local_address=130.75.105.3;   local_host=lcmuk;;
241     (ostria)                local_address=130.75.105.106; local_host=lcmuk;;
242     (paesano)               local_address=130.75.105.46;  local_host=lcmuk;;
243     (pcj*)                  local_address=172.31.120.1;   local_host=lckyut;;
244     (pingui)                local_address=134.106.74.118; local_host=lcfor;;
245     (quanero)               local_address=130.75.105.107; local_host=lcmuk;;
246     (rte*)                  local_address=133.5.185.60;   local_host=lcrte;;
247     (schultzl-Latitude-E6540)  local_address="schultzl-Latitude-E6540"; local_host=lcsch;;
248     (shiokaze-lx)           local_address=134.106.74.123; local_host=lcfor;;
249     (sisu-login*)           local_address=86.50.166.21;   local_host=lccrayf;;
250     (solano)                local_address=130.75.105.110; local_host=lcmuk;;
251     (sugoka*)               local_address=172.31.120.1;   local_host=lckyut;;
252     (tc*)                   local_address="ocean";        local_host=lcocean;;
253     (t2a*)                  local_address=10.1.6.165;     local_host=lctit;;
254     (urban*)                local_address=147.46.30.151   local_host=lcsb;;
255     (vinessa)               local_address=130.75.105.112; local_host=lcmuk;;
256     (vorias)                local_address=172.20.25.43;   local_host=lcmuk;;
257     (*.cc.kyushu-u.ac.jp)   local_address=133.5.4.129;    local_host=ibmku;;
258     (*)                     printf "\n  +++ \"$local_host\" unknown";
259                             printf "\n      please contact the PALM group at IMUK";
260                             locat=parameter; exit;;
261 esac
262
263
264
265    # BY DEFAULT, THE REMOTE HOST IS THE LOCAL HOST
266 remote_host=$local_host
267
268
269
270
271    # READ THE SHELLSCRIPT-OPTIONS
272 while  getopts  :c:dDe:g:h:m:n:N:O:P:q:t:T:u:vX:  option
273 do
274   case  $option  in
275       (c)   job_catalog=$OPTARG;;
276       (d)   delete_dayfile=true;;
277       (D)   no_submit=true;;
278       (e)   email_notification=$OPTARG;;
279       (g)   group_number=$OPTARG;;
280       (h)   remote_host=$OPTARG;;
281       (m)   memory=$OPTARG;;
282       (n)   job_name=$OPTARG;;
283       (N)   node_usage=$OPTARG;;
284       (O)   threads_per_task=$OPTARG;;
285       (P)   scp_port=$OPTARG;;
286       (q)   no_default_queue=$OPTARG;;
287       (t)   cputime=$OPTARG;;
288       (T)   tasks_per_node=$OPTARG;;
289       (u)   remote_user=$OPTARG;;
290       (v)   verify=false;;
291       (X)   numprocs=$OPTARG;;
292       (\?)  printf "\n  +++ Option $OPTARG unknown \n";
293             locat=option; exit;;
294   esac
295 done
296
297
298    # GET THE NAME OF THE JOBFILE AS NEXT ARGUMENT
299 (( to_shift = $OPTIND - 1 ))
300 shift $to_shift; file_to_send=$1
301
302
303    # OUTPUT OF SHORT DESCRIPTION OF SCRIPT-OPTIONS
304 if [ "$1" = "?" ]
305 then
306   (printf "\n  *** subjob can be called as follows:\n"
307    printf "\n      subjob -c.. -d -D -h.. -m.. -q.. -t.. -u.. -v  <jobfile>\n"
308    printf "\n      Description of available options:\n"
309    printf "\n      Option  Description                         Default-Value"
310    printf "\n        -c    job-input- and output-catalog       ~/job_queue"
311    printf "\n        -d    no job-protocol will be created     ---"
312    printf "\n        -D    only the job-file will be created   ---"
313    printf "\n        -h    execution host, available hosts:    $remote_host"
314    printf "\n              ibm, ibmh, ibmkisti, ibmku, ibms, lc...,"
315    printf "\n              lckiaps, lctit, nech"
316    printf "\n        -m    memory demand per process in MByte  ---"
317    printf "\n        -n    jobname                             <jobdatei>"
318    printf "\n        -O    threads per task (for OpenMP usage) 1"
319    printf "\n        -P    ssh/scp port                        default port"
320    printf "\n        -q    job-queue to be used                default"
321    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds         ---"
322    printf "\n        -T    tasks per node (on parallel hosts)  ---"
323    printf "\n        -u    username on execution host          from .netrc"
324    printf "\n        -v    no prompt for confirmation          ---"
325    printf "\n        -X    # of processors (on parallel hosts) 1"
326    printf "\n "
327    printf "\n      The only possible positional parameter is <jobfile>:"
328    printf "\n      The complete NQS-job must be provided here."
329    printf "\n      <jobfile>=? creates this outline\n\n") | more
330    exit
331 fi
332
333
334
335    # CHECK, IF JOB-FILE HAS BEEN GIVEN AS ARGUMENT AND IF THE FILE ITSELF EXISTS
336 if [[ "$file_to_send" = "" ]]
337 then
338    printf "\n  +++ job-file missing"
339    locat=parameter; exit
340 else
341    if [[ -f $file_to_send ]]
342    then
343       true
344    else
345       printf "\n  +++ job-file: "
346       printf "\n           $file_to_send"
347       printf "\n      does not exist"
348       locat=parameter; exit
349    fi
350 fi
351
352
353
354    # IF NO JOBNAME HAS BEEN GIVEN, JOBNAME IS SET TO THE NAME OF THE JOB-FILE,
355    # PROVIDED THAT THE JOB-FILE NAME DOES NOT CONTAIN ANY PATH
356 if [[ $job_name = none ]]
357 then
358    job_name=$file_to_send
359 fi
360 if [[ $(echo $job_name | grep -c "/") != 0 ]]
361 then
362    printf "\n  +++ job-file name: "
363    printf "\n           $job_name"
364    printf "\n      must not contain \"/\"-characters"
365    locat=parameter; exit
366 fi
367
368
369
370
371    # SET HOST-SPECIFIC QUANTITIES, OR TERMINATE IN CASE OF UNKNOWN HOST,
372    # OR IF NO HOST HAS BEEN GIVEN
373 if [[ $remote_host = none ]]
374 then
375    printf "\n  +++ host missing"
376    locat=option; exit
377 else
378    case  $remote_host  in
379        (ibm)     queue=p690_standard; remote_address=134.76.99.81; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
380        (ibmh)    queue=cluster; remote_address=136.172.40.15; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
381        (ibmkisti) queue=class.32plus; remote_address=150.183.146.24; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
382        (ibmku)   queue=s4; remote_address=133.5.4.129; submcom=/usr/local/bin/llsubmit;;
383        (ibms)    queue=p_normal; remote_address=150.183.5.101; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
384        (lcbullhh)    queue=compute; remote_address=136.172.50.13; submcom=/usr/bin/sbatch;;
385        (lccrayb) queue=mpp1testq; remote_address=130.73.233.1; submcom=/opt/moab/default/bin/msub;;
386        (lccrayh) queue=mpp1testq; remote_address=130.75.4.1; submcom=/opt/moab/default/bin/msub;;
387        (lccrayf) queue=small; remote_address=86.50.166.21; submcom=/opt/slurm/default/bin/sbatch;;
388        (lcflow)  remote_address=10.140.1.72; submcom=qsub;;
389        (lckyoto) remote_address=133.3.51.11; submcom=/thin/local/bin/qsub;;
390        (lck)     remote_address=165.132.26.61; submcom=/usr/torque/bin/qsub;;
391        (lckiaps) remote_address=118.128.66.201; submcom=/opt/pbs/default/bin/qsub;;
392        (lckordi) remote_address=210.219.61.8; submcom=/usr/torque/bin/qsub;;
393        (lckyuh)  remote_address=133.5.4.33; submcom=/usr/bin/pjsub;;
394        (lckyut)  remote_address=133.5.4.37; submcom=/usr/bin/pjsub;;
395        (lcocean) remote_address="ocean"; submcom=qsub;;
396        (lcsb)    remote_address=147.46.30.151; submcom=/usr/torque/bin/qsub;;
397        (lctit)   queue=S; remote_address=10.1.6.165; submcom=/opt/pbs/tools/bin/t2sub;;
398        (lcxe6)   remote_address=129.177.20.113; submcom=/opt/torque/default/bin/qsub;;
399        (lcxt5m)  remote_address=193.166.211.144; submcom=/opt/pbs/10.1.0.91350/bin/qsub;;
400        (lcyon)   remote_address=165.132.26.68; submcom=/usr/torque/bin/qsub;;
401        (nech)    qsubmem=memsz_job; qsubtime=cputim_job; remote_address=136.172.44.147; submcom="/usr/local/bin/qsub";;
402        (*)       printf "\n  +++ hostname \"$remote_host\" not allowed";
403                  locat=parameter; exit;;
404    esac
405 fi
406
407
408    # CHECK, IF A VALID QUEUE HAS BEEN GIVEN
409 if [[ $no_default_queue != none ]]
410 then
411    error=false
412    ndq=$no_default_queue
413    case  $remote_host  in
414        (ibm)    case  $ndq  in
415                     (p690_express|p690_standard|p690_long)  error=false;;
416                     (*)                                     error=true;;
417                 esac;;
418        (ibmh)   case  $ndq  in
419                     (cluster|express)  error=false;;
420                     (*)                                     error=true;;
421                 esac;;
422        (ibmkisti)   case  $ndq  in
423                     (class.32plus|class.1-2|class.2-32)  error=false;;
424                     (*)                                     error=true;;
425                 esac;;
426        (ibmku)  case  $ndq  in
427                     (sdbg1|sdbg2|sdbg4|s4|s16|s32|s32-s)    error=false;;
428                     (*)                                     error=true;;
429                 esac;;
430        (ibms)   case  $ndq  in
431                     (express|normal|p_express|p_normal|p_normal_1.3|p_normal_1.7|grand)     error=false;;
432                     (*)                                     error=true;;
433                 esac;;
434        (lcbullhh) case  $ndq  in
435                     (compute|shared)  error=false;;
436                     (*)                                     error=true;;
437                 esac;;
438        (lccrayb) case  $ndq  in
439                     (dataq|mpp1q|mpp1testq|mpp2q|mpp2testq|smp1q|smp1testq|specialm1q)   error=false;;
440                     (*)                                     error=true;;
441                 esac;;
442        (lccrayh) case  $ndq  in
443                     (dataq|mpp1q|mpp1testq|mpp2q|mpp2testq|smp1q|smp1testq|specialm1q)   error=false;;
444                     (*)                                     error=true;;
445                 esac;;
446        (lccrayf) case  $ndq  in
447                     (usup|test*|small|large)                error=false;;
448                     (*)                                     error=true;;
449                 esac;;
450        (lcflow) case  $ndq  in
451                     (cfd_lom_long.q|cfd_him_long.q|cfd_lom_serl.q|cfd_lom_shrt.q|cfd_him_shrt.q|cfd_ivy_shrt.q)  error=false;;
452                     (*)                                     error=true;;
453                 esac;;
454        (lckiaps) case  $ndq  in
455                     (express|normal|normal20|quickq)        error=false;;
456                     (*)                                     error=true;;
457                 esac;;
458        (lckyoto) case  $ndq  in
459                     (eh|ph)                                 error=false;;
460                     (*)                                     error=true;;
461                 esac;;
462        (lckyuh) case  $ndq  in
463                     (fx-dbg|fx-single|fx-small|fx-middle|fx-large)  error=false;;
464                     (*)                                     error=true;;
465                 esac;;
466        (lckyut) case  $ndq  in
467                     (cx-dbg|cx-single|cx-small|cx-middle|cx-large)  error=false;;
468                     (*)                                     error=true;;
469                 esac;;
470        (lctit)  case  $ndq  in
471                     (G|L128|L256|L512H|S|S96|V)             error=false;;
472                     (*)                                     error=true;;
473                 esac;;
474        (t3eb)   case  $ndq  in
475                     (berte|p50|p100|p392|forfree|p25himem)  error=false;;
476                     (*)    error=true;;
477                 esac;;
478        (t3eh)   case  $ndq  in
479                     (para_t3e|em|k|l|lm|comp_t3e|c|p|ht)  error=false;;
480                     (*)    error=true;;
481                 esac;;
482        (t3ej2|t3ej5)  case  $ndq  in
483                     (low|normal|high)  error=false;;
484                     (*)    error=true;;
485                 esac;;
486        (t3es)  case  $ndq  in
487                     (batch|serial-4|pe4|p48|pe16|pe32|pe64|pe128)  error=false;;
488                     (*)    error=true;;
489                 esac;;
490    esac
491    if [[ $error = true ]]
492    then
493       printf "\n  +++ queue \"$no_default_queue\" on host \"$remote_host\" not allowed"
494       locat=parameter; exit
495    else
496       queue=$no_default_queue
497    fi
498 fi
499
500
501
502    # CHECK THE CPU-TIME
503    # SPLIT TIME INTO HOURS, MINUTES, AND SECONDS
504 done=false
505 while [[ $done = false ]]
506 do
507    if (( $cputime <= 0 ))
508    then
509       printf "\n  +++ wrong cpu-time or cpu-time missing"
510       printf "\n  >>> Please type cpu-time in seconds as INTEGER:"
511       printf "\n  >>> "
512       read  cputime  1>/dev/null  2>&1
513    else
514       done=true
515    fi
516 done
517 if [[ $remote_host = nech ]]
518 then
519    if (( tasks_per_node != 0 ))
520    then
521       (( cputime = cputime * tasks_per_node ))
522    elif [[ $numprocs != 0 ]]
523    then
524       (( cputime = cputime * numprocs ))
525    fi
526 fi
527 (( stunden  = cputime / 3600 ))
528 (( resttime = cputime - stunden * 3600 ))
529 (( minuten  = resttime / 60 ))
530 (( sekunden = resttime - minuten * 60 ))
531 timestring=${stunden}:${minuten}:${sekunden}
532
533
534
535    # CHECK THE MEMORY DEMAND
536 done=false
537 while [[ $done = false ]]
538 do
539    if (( memory <= 0 ))
540    then
541       printf "\n  +++ wrong memory demand or memory demand missing"
542       printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
543       printf "\n  >>> "
544       read  memory  1>/dev/null  2>&1
545    else
546       done=true
547    fi
548 done
549
550 if [[ $remote_host = nech ]]
551 then
552    if (( tasks_per_node != 0 ))
553    then
554       (( Memory = memory * tasks_per_node / 1000 ))
555    elif [[ $numprocs != 0 ]]
556    then
557       (( Memory = memory * numprocs / 1000 ))
558    else
559       (( Memory = memory / 1000 ))
560    fi
561 elif [[ $remote_host = lctit ]]
562 then
563    (( Memory = memory * tasks_per_node / 1000 ))
564 fi
565
566
567    # MEMORY DEMAND IN CASE OF OPENMP-USAGE ON IBM-SYSTEMS
568 if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
569 then
570    (( memory = memory * threads_per_task ))
571 fi
572
573
574    # CALCULATE NUMBER OF REQUIRED NODES
575 if (( tasks_per_node != 0 ))
576 then
577    (( nodes = ( numprocs - 1 ) / ( tasks_per_node * threads_per_task ) + 1 ))
578 fi
579
580
581    # CALCULATE NUMBER OF PROCESSES PER NODE
582 (( processes_per_node = tasks_per_node * threads_per_task ))
583
584
585    # CALCULATE NUMBER OF MPI TASKS
586 (( mpi_tasks = numprocs / threads_per_task ))
587
588
589    # SET PORT NUMBER OPTION FOR CALLS OF ssh/scp, subjob AND batch_scp SCRIPTS
590 if [[ "$scp_port" != "" ]]
591 then
592    PORTOPT="-P $scp_port"
593    SSH_PORTOPT="-p $scp_port"
594 fi
595
596
597    # HEADER-OUTPUT
598 if [[ $verify = true ]]
599 then
600    printf "\n\n"
601    printf "#--------------------------------------------------------------# \n"
602    spalte1=SUBJOB;spalte2=$(date)
603    printf "| %-20s%40s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
604    printf "|                                                              | \n"
605    printf "| values of parameters/options:                                | \n"
606    spalte1=$(echo local_host$punkte | cut -c-20)
607    spalte2=$punkte$local_host
608    printf "| %-20s%40s | \n" "$spalte1" "${spalte2: -40}"
609    spalte1=$(echo remote_host$punkte | cut -c-20)
610    spalte2=$punkte$remote_host
611    printf "| %-20s%40s | \n" "$spalte1" "${spalte2: -40}"
612    spalte1=$(echo queue$punkte | cut -c-20)
613    spalte2=$punkte$queue
614    printf "| %-20s%40s | \n" "$spalte1" "${spalte2: -40}"
615    spalte1=$(echo memory$punkte | cut -c-20)
616    spalte2="$punkte$memory mb"
617    printf "| %-20s%40s | \n" "$spalte1" "${spalte2: -40}"
618    spalte1=$(echo cputime$punkte | cut -c-20)
619    spalte2="$punkte$cputime sec"
620    printf "| %-20s%40s | \n" "$spalte1" "${spalte2: -40}"
621    spalte1=$(echo job_name$punkte | cut -c-20)
622    spalte2="$punkte$job_name"
623    printf "| %-20s%40s | \n" "$spalte1" "${spalte2: -40}"
624    printf "#--------------------------------------------------------------# \n\n"
625
626
627       # QUERY CHECK
628    antwort="dummy"
629    while [[ $antwort != y  &&  $antwort != Y  &&  $antwort != n  &&  $antwort != N ]]
630    do
631       read antwort?" >>> continue (y/n) ? "
632    done
633    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
634    then
635       locat=verify; exit
636    fi
637    printf "\n"
638 fi
639
640    # GENERATE RANDOM IDENTIFIER, AND DETERMINE THE JOBNAME ON THE TARGET HOST
641 identifier=$RANDOM
642 job_on_remhost=${job_name}_${identifier}_$local_host
643 job_to_send=job_to_send_$identifier
644 if [[ $delete_dayfile = false ]]
645 then
646    remote_dayfile=${local_host}_${job_name}_result_$identifier
647    local_dayfile=${remote_host}_${job_name}
648 else
649    remote_dayfile=/dev/null
650 fi
651
652
653    # GENERATE THE BATCH-JOB SCRIPTS (FOR QUEUEING-SYSTEMS qsub/msub/LoadLeveler)
654 if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm  &&  $numprocs != 0 ]]
655 then
656
657       # GENERAL LOADLEVELER SETTINGS
658    execute_in_shell="#!/bin/ksh"
659    use_shell="# @ shell = /bin/ksh"
660    consumable_memory="ConsumableMemory($memory mb)"
661    class="# @ class = $queue"
662    environment="# @ environment = OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task; MP_SHARED_MEMORY=yes"
663    network_to_use="# @ network.mpi = sn_all,shared,us"
664    data_limit="# @ data_limit = 1.76gb"
665    image_size="# @ image_size = 50"
666    wall_clock_limit="# @ wall_clock_limit = ${timestring},$timestring"
667
668    if [[ $email_notification = none ]]
669    then
670       notify_user=""
671    else
672       notify_user="# @ notify_user = $email_notification"
673       if [[ $delete_dayfile = true ]]
674       then
675          notification='# @ notification = never'
676       fi
677    fi
678
679    if [[ $remote_host = ibmh ]]
680    then
681       data_limit=""
682       network_to_use=""
683       class="# @ class = $queue"
684       environment=""
685       rset="# @ rset = RSET_MCM_AFFINITY"
686       task_affinity="# @ task_affinity = core(1)"
687    elif [[ $remote_host = ibmkisti ]]
688    then
689       network_to_use="# @ network.MPI = sn_all,shared,US"
690       wall_clock_limit="# @ wall_clock_limit = $timestring"
691       if [[ $threads_per_task = 1 ]]
692       then
693          rset="# @ rset = RSET_MCM_AFFINITY"
694          mcm_affinity_options="# @ mcm_affinity_options = mcm_mem_pref mcm_sni_none mcm_distribute"
695       fi
696       environment=""
697       use_shell=""
698       data_limit=""
699       image_size=""
700    elif [[ $remote_host = ibmku ]]
701    then
702       execute_in_shell="#!/usr/bin/ksh"
703       use_shell="# @ shell = /usr/bin/ksh"
704       consumable_memory=""
705       environment=""
706       network_to_use="# @ network.mpi = sn_all,shared,us"
707       data_limit=""
708       image_size=""
709    elif [[ $remote_host = ibms ]]
710    then
711       network_to_use="# @ network.mpi = csss,shared,us"
712    fi
713
714    cat > $job_to_send << %%END%%
715$execute_in_shell
716$use_shell
717
718# @ job_type = parallel
719# @ job_name = $job_name
720# @ resources = ConsumableCpus($threads_per_task) $consumable_memory
721# @ output = $remote_dayfile
722# @ error = $remote_dayfile
723$wall_clock_limit
724$image_size
725$class
726$environment
727$network_to_use
728$data_limit
729$rset
730$mcm_affinity_options
731$task_affinity
732$notification
733$notify_user
734
735%%END%%
736
737    if (( nodes > 0 ))
738    then
739
740       if [[ $remote_host != ibmkisti ]]
741       then
742
743          cat >> $job_to_send << %%END%%
744# @ node = $nodes
745# @ tasks_per_node = $processes_per_node
746# @ node_usage = $node_usage
747# @ queue
748
749%%END%%
750
751       else
752
753          cat >> $job_to_send << %%END%%
754# @ total_tasks = $mpi_tasks
755# @ blocking = unlimited
756# @ queue
757
758%%END%%
759
760       fi
761
762    else
763
764       cat >> $job_to_send << %%END%%
765# @ blocking = unlimited
766# @ total_tasks = $numprocs
767# @ node_usage = $node_usage
768# @ queue
769
770%%END%%
771
772    fi
773
774       # WORKAROUND BECAUSE OF SILLY JOB FILTER ON ibmkisti
775    if [[ $remote_host = ibmkisti  &&  $threads_per_task != 1 ]]
776    then
777       echo  "export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task"  >>  $job_to_send
778    fi
779
780 elif [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm  &&  $numprocs = 0 ]]
781 then
782
783    cat > $job_to_send << %%END%%
784#!/bin/ksh
785
786# @ job_type = serial
787# @ node_usage = $node_usage
788# @ job_name = palm
789# @ wall_clock_limit = ${timestring},$timestring
790# @ resources = ConsumableCpus(1) ConsumableMemory(1 gb)
791# @ output = $remote_dayfile
792# @ error = $remote_dayfile
793$class
794$notification
795
796# @ queue
797
798%%END%%
799
800 elif [[ $remote_host = lcbullhh ]]
801 then
802    if [[ $numprocs != 0 ]]
803    then
804       cat > $job_to_send << %%END%%
805#!/bin/bash -l
806#SBATCH -J $job_name
807#SBATCH -t $timestring
808#SBATCH -N $nodes
809#SBATCH --ntasks-per-node=$processes_per_node
810#SBATCH -p $queue
811#SBATCH -o $remote_dayfile
812#SBATCH -e $remote_dayfile
813#SBATCH -A $project_account
814
815$init_cmds
816$module_calls
817
818%%END%%
819
820    else
821       cat > $job_to_send << %%END%%
822#!/bin/bash -l
823#SBATCH -J $job_name
824#SBATCH -t $timestring
825#SBATCH -l ncpus=1
826#SBATCH -l pmem=${memory}mb
827#SBATCH -m abe
828#SBATCH -o $remote_dayfile
829#SBATCH -e $remote_dayfile
830#SBATCH -A $project_account
831
832$init_cmds
833$module_calls
834
835%%END%%
836
837    fi
838
839 elif [[ $remote_host = lccrayb || $remote_host = lccrayh ]]
840 then
841
842    if [[ "$feature" != "" ]]
843    then
844       featuredir="#PBS -l feature=$feature"
845    fi
846
847    if [[ $numprocs != 0 ]]
848    then
849       cat > $job_to_send << %%END%%
850#!/bin/bash
851#PBS -N $job_name
852#PBS -l walltime=$timestring
853#PBS -l nodes=$nodes:ppn=$processes_per_node
854#PBS -o $remote_dayfile
855#PBS -j oe
856#PBS -q $queue
857$featuredir
858
859$init_cmds
860$module_calls
861
862%%END%%
863
864    else
865
866       continue
867
868    fi
869
870 elif [[ $remote_host = lccrayf ]]
871 then
872
873    if [[ $numprocs != 0 ]]
874    then
875       cat > $job_to_send << %%END%%
876#!/bin/bash -l
877#SBATCH -J $job_name
878#SBATCH -t $timestring
879#SBATCH -N $nodes
880#SBATCH --ntasks-per-node=$processes_per_node
881#SBATCH -p $queue
882#SBATCH -o $remote_dayfile
883#SBATCH -e $remote_dayfile
884
885$init_cmds
886$module_calls
887
888%%END%%
889
890    else
891       cat > $job_to_send << %%END%%
892#!/bin/bash -l
893#SBATCH -J $job_name
894#SBATCH -t $timestring
895#SBATCH -l ncpus=1
896#SBATCH -l pmem=${memory}mb
897#SBATCH -m abe
898#SBATCH -o $remote_dayfile
899#SBATCH -e $remote_dayfile
900
901$init_cmds
902$module_calls
903
904%%END%%
905
906    fi
907
908 elif [[ $remote_host = lcflow ]]
909 then
910    if [[ $numprocs != 0 ]]
911    then
912      pe_set="#$ -pe impi $numprocs"
913    else
914      pe_set="#$ -pe impi 1"
915    fi
916    if [[ $queue = default ]]
917    then
918      queue_set=""
919    else
920      queue_set="#$ -q $queue"
921    fi
922    [[ "$disc_space" = "" ]]  &&  disc_space=50
923
924       cat > $job_to_send << %%END%%
925#!/bin/bash
926#$ -S /bin/bash
927#$ -N $job_name
928#$ -cwd
929#$ -l h_rt=$timestring
930#$ -l h_vmem=${memory}M
931#$ -o $remote_dayfile
932#$ -j y
933$pe_set
934#$ -R y
935#$ -l h_fsize=${disc_space}G
936$queue_set
937
938%%END%%
939
940 elif [[ $remote_host = lck || $remote_host = lckordi || $remote_host = lcsb ]]
941 then
942
943    if [[ $numprocs != 0 ]]
944    then
945       cat > $job_to_send << %%END%%
946#!/bin/ksh
947#PBS -N $job_name
948#PBS -l walltime=$timestring
949#PBS -l ncpus=$numprocs
950#PBS -l pmem=${memory}mb
951#PBS -o $remote_dayfile
952#PBS -l nodes=$nodes:ppn=${processes_per_node}
953#PBS -j oe
954
955mpd &
956
957%%END%%
958
959    else
960       cat > $job_to_send << %%END%%
961#!/bin/ksh
962#PBS -N $job_name
963#PBS -l walltime=$timestring
964#PBS -l ncpus=1
965#PBS -l pmem=${memory}mb
966#PBS -o $remote_dayfile
967#PBS -j oe
968
969%%END%%
970
971    fi
972
973 elif [[ $remote_host = lckiaps ]]
974 then
975
976    if [[ $numprocs != 0 ]]
977    then
978       cat > $job_to_send << %%END%%
979#!/bin/bash
980#PBS -N $job_name
981#PBS -l walltime=$timestring
982#PBS -l select=1:ncpus=$numprocs
983#PBS -l pmem=${memory}mb
984#PBS -q $queue
985#PBS -o $remote_dayfile
986#PBS -j oe
987#PBS -V
988
989%%END%%
990
991    else
992       cat > $job_to_send << %%END%%
993#!/bin/bash
994#PBS -N $job_name
995#PBS -l walltime=$timestring
996#PBS -l ncpus=1
997#PBS -l pmem=${memory}mb
998#PBS -o $remote_dayfile
999#PBS -j oe
1000
1001%%END%%
1002
1003    fi
1004
1005 elif [[ $remote_host = lcyon ]]
1006 then
1007
1008    if [[ $numprocs != 0 ]]
1009    then
1010       cat > $job_to_send << %%END%%
1011#!/bin/ksh
1012#PBS -N $job_name
1013#PBS -l walltime=$timestring
1014#PBS -l ncpus=$numprocs
1015#PBS -l pmem=${memory}mb
1016#PBS -o $remote_dayfile
1017#PBS -j oe
1018
1019%%END%%
1020
1021    else
1022       cat > $job_to_send << %%END%%
1023#!/bin/ksh
1024#PBS -N $job_name
1025#PBS -l walltime=$timestring
1026#PBS -l ncpus=1
1027#PBS -l pmem=${memory}mb
1028#PBS -o $remote_dayfile
1029#PBS -j oe
1030
1031%%END%%
1032
1033    fi
1034
1035 elif [[ $remote_host = lcxe6 ]]
1036 then
1037
1038    if [[ $numprocs != 0 ]]
1039    then
1040       cat > $job_to_send << %%END%%
1041#!/bin/ksh
1042#PBS -S /bin/ksh
1043#PBS -N $job_name
1044#PBS -A $project_account
1045#PBS -j oe
1046#PBS -l walltime=$timestring
1047#PBS -l mppwidth=${numprocs}
1048#PBS -l mppnppn=${processes_per_node}
1049#PBS -m abe
1050#PBS -o $remote_dayfile
1051$email_directive
1052
1053$init_cmds
1054$module_calls
1055
1056%%END%%
1057
1058    else
1059       cat > $job_to_send << %%END%%
1060#!/bin/ksh
1061#PBS -S /bin/ksh
1062#PBS -N $job_name
1063#PBS -A $project_account
1064#PBS -j oe
1065#PBS -l walltime=$timestring
1066#PBS -l ncpus=1
1067#PBS -l pmem=${memory}mb
1068#PBS -m abe
1069$email_directive
1070#PBS -o $remote_dayfile
1071
1072$init_cmds
1073$module_calls
1074
1075%%END%%
1076
1077    fi
1078
1079 elif [[ $remote_host = lckyoto ]]
1080 then
1081
1082       cat > $job_to_send << %%END%%
1083#!/bin/ksh
1084# @\$-o $remote_dayfile
1085# @\$-eo -oi
1086# @\$-lP 16
1087# @\$-lp 1
1088# @\$-lm 28gb  -llm unlimited -ls unlimited
1089# @\$-q $queue
1090# @\$-Pvn abs_pack
1091##for intel? @\$-Pvn abs_unpack -Pvs unpack -Pvc unpack
1092#. /thin/local/etc/setprofile/intel-11.0.sh
1093#. /thin/local/etc/setprofile/mvapich2-1.4+intel-11.0.sh
1094. ~/.myprofile
1095#. /home2/t/t51254/palm/current_version/myprofile
1096#. /thin/apps/pgi/mpi.sh
1097#
1098env
1099#
1100set -x
1101
1102%%END%%
1103
1104 elif [[ $remote_host = lcxt5m ]]
1105 then
1106
1107    if [[ $numprocs != 0 ]]
1108    then
1109       cat > $job_to_send << %%END%%
1110#!/bin/ksh
1111#PBS -S /bin/ksh
1112#PBS -N $job_name
1113#PBS -j oe
1114#PBS -l walltime=$timestring
1115#PBS -l mppwidth=${numprocs}
1116#PBS -l mppnppn=${processes_per_node}
1117#PBS -m abe
1118#PBS -o $remote_dayfile
1119
1120$init_cmds
1121$module_calls
1122
1123%%END%%
1124
1125    else
1126       cat > $job_to_send << %%END%%
1127#!/bin/ksh
1128#PBS -S /bin/ksh
1129#PBS -N $job_name
1130#PBS -j oe
1131#PBS -l walltime=$timestring
1132#PBS -l ncpus=1
1133#PBS -l pmem=${memory}mb
1134#PBS -m abe
1135#PBS -o $remote_dayfile
1136
1137$init_cmds
1138$module_calls
1139
1140%%END%%
1141
1142    fi
1143
1144 elif [[ $remote_host = lckyuh ]]
1145 then
1146    cat > $job_to_send << %%END%%
1147#!/bin/bash
1148#PJM -L "rscgrp=$queue"
1149#PJM -L "node=$nodes"
1150#PJM --mpi "proc=$numprocs"
1151#PJM -L "elapse=$timestring"
1152#PJM -o $remote_dayfile
1153#PJM -j
1154#PJM -X
1155#PJM --no-stging
1156
1157export LANG=en_US.UTF-8
1158%%END%%
1159
1160 elif [[ $remote_host = lckyut ]]
1161 then
1162    cat > $job_to_send << %%END%%
1163#!/bin/bash
1164#PJM -L "rscgrp=$queue"
1165#PJM -L "vnode=$numprocs"
1166#PJM -L "vnode-core=1"
1167#PJM -L "elapse=$timestring"
1168#PJM --mpi proc=$numprocs
1169#PJM -o $remote_dayfile
1170#PJM -j
1171#PJM -X
1172#PJM --no-stging
1173
1174export LANG=en_US.UTF-8
1175%%END%%
1176
1177 elif [[ $remote_host = lcocean ]]
1178 then
1179   cat > $job_to_send << %%END%%
1180#!/bin/bash
1181#$ -cwd
1182#$ -V
1183#$ -N $job_name
1184#$ -pe orte $numprocs
1185#$ -o $remote_dayfile
1186#$ -j y
1187#$ -R y
1188$init_cmds
1189$module_calls
1190
1191%%END%%
1192
1193 elif [[ $remote_host = nech ]]
1194 then
1195
1196    if (( nodes > 1 ))
1197    then
1198       cat > $job_to_send << %%END%%
1199#!/bin/ksh
1200#PBS -l cpunum_prc=$processes_per_node,cputim_job=$cputime
1201#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb
1202#PBS -b $nodes
1203#PBS -o $remote_dayfile
1204#PBS -N palm
1205#PBS -j o
1206#PBS -T mpisx
1207
1208%%END%%
1209
1210    elif [[ $numprocs != 0 ]]
1211    then
1212       cat > $job_to_send << %%END%%
1213#!/bin/ksh
1214#PBS -l cpunum_prc=$processes_per_node,cputim_job=$cputime
1215#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb
1216#PBS -o $remote_dayfile
1217#PBS -N palm
1218#PBS -j o
1219
1220%%END%%
1221
1222    else
1223       cat > $job_to_send << %%END%%
1224#!/bin/ksh
1225#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb,${qsubtime}=$cputime
1226#PBS -o $remote_dayfile
1227#PBS -j o
1228
1229%%END%%
1230
1231    fi
1232
1233 elif [[ $remote_host = lctit ]]
1234 then
1235    cat > $job_to_send << %%END%%
1236#!/bin/ksh
1237$init_cmds
1238$module_calls
1239
1240%%END%%
1241
1242       # SET OPTIONS FOR SUBMIT-COMMAND
1243    if [[ $tasks_per_node != $processes_per_node ]]
1244    then
1245       submcom="$submcom -W group_list=$group_number -N $job_name -l walltime=$timestring -l select=$nodes:ncpus=$processes_per_node:mpiprocs=$tasks_per_node:mem=${Memory}gb -o $remote_dayfile -j oe -et 1 -q $queue "
1246    else
1247       submcom="$submcom -W group_list=$group_number -N $job_name -l walltime=$timestring -l select=$nodes:ncpus=$processes_per_node:mpiprocs=$tasks_per_node:mem=${Memory}gb -l place=scatter -o $remote_dayfile -j oe -et 1 -q $queue "
1248    fi
1249
1250 else
1251
1252    cat > $job_to_send << %%END%%
1253# @\$-q ${queue}
1254# @\$-l${qsubtime} $timestring
1255# @\$-l${qsubmem} ${memory}mb
1256# @\$-o $remote_dayfile
1257# @\$-eo
1258
1259%%END%%
1260
1261 fi
1262
1263
1264    # IN CASE OF JOBS EXECUTING ON REMOTE-HOSTS, THE TRANSFER OF THE DAYFILES
1265    # TO THE LOCAL HOSTS WILL BE INITIATED BY TRAP ON EXIT
1266    # NO TRANSFER POSSIBLE ON IBM IN SEOUL
1267 if [[ $delete_dayfile = false  &&  $remote_host != $local_host ]]
1268 then
1269    echo "set +vx"                              >>  $job_to_send
1270    echo "trap '"                               >>  $job_to_send
1271    echo "set +vx"                              >>  $job_to_send
1272    if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm  ||  $remote_host = lcbullhh  ||  $remote_host = lccrayb  ||  $remote_host = lccrayh  ||  $(echo $remote_host | cut -c1-3) = nec  ||  $remote_host = lcflow  ||  $remote_host = lckiaps  ||  $remote_host = lckyu* || $remote_host = lcxe6  ||  $remote_host = lcocean ]]
1273    then
1274       if [[ $remote_host = ibmh ]]
1275       then
1276          return_queue=c1
1277       elif [[ $remote_host = ibmkisti ]]
1278       then
1279          return_queue=class.1-2
1280       elif [[ $remote_host = ibmku ]]
1281       then
1282          return_queue=sdbg2
1283       elif [[ $remote_host = ibms ]]
1284       then
1285          return_queue=p_normal
1286       elif [[ $remote_host = lcbullhh ]]
1287       then
1288          return_queue=shared
1289       elif [[ $remote_host = lccrayb || $remote_host = lccrayh ]]
1290       then
1291          return_queue=dataq
1292       elif [[ $remote_host = lcxe6 ]]
1293       then
1294          return_queue=debug
1295       elif [[ $remote_host = lckiaps ]]
1296       then
1297          return_queue=express
1298       elif [[ $remote_host = lckyuh ]]
1299       then
1300          return_queue=cx-single
1301       elif [[ $remote_host = lckyut ]]
1302       then
1303          return_queue=cx-single
1304       else
1305          return_queue=unknown
1306       fi
1307
1308       if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
1309       then
1310
1311          if [[ $remote_host = ibmku ]]
1312          then
1313             echo "echo \"#!/usr/bin/ksh\" >> scpjob.$identifier"            >>  $job_to_send
1314             echo "echo \"# @ shell = /usr/bin/ksh\" >> scpjob.$identifier"  >>  $job_to_send
1315          else
1316             echo "echo \"#!/bin/ksh\" >> scpjob.$identifier"                >>  $job_to_send
1317          fi
1318          echo "echo \"# @ job_type = serial\" >> scpjob.$identifier"    >>  $job_to_send
1319          echo "echo \"# @ job_name = transfer\" >> scpjob.$identifier"  >>  $job_to_send
1320          echo "echo \"# @ resources = ConsumableCpus(1) ConsumableMemory(1 gb)\" >> scpjob.$identifier"  >>  $job_to_send
1321          echo "echo \"# @ wall_clock_limit = 00:10:00,00:10:00\" >> scpjob.$identifier "  >>  $job_to_send
1322          echo "echo \"# @ output = job_queue/last_job_transfer_protocol\" >> scpjob.$identifier"  >>  $job_to_send
1323          echo "echo \"# @ error = job_queue/last_job_transfer_protocol\" >> scpjob.$identifier"  >>  $job_to_send
1324          if [[ $host != "ibmh" ]]
1325          then
1326             echo "echo \"# @ class = $return_queue\" >> scpjob.$identifier"  >>  $job_to_send
1327          fi
1328          echo "echo \"# @ image_size = 10\" >> scpjob.$identifier"      >>  $job_to_send
1329          echo "echo \"# @ notification = never\" >> scpjob.$identifier" >>  $job_to_send
1330
1331          echo "echo \"# @ queue\" >> scpjob.$identifier"                >>  $job_to_send
1332          echo "echo \" \" >> scpjob.$identifier"                        >>  $job_to_send
1333
1334          echo "echo \"set -x\" >> scpjob.$identifier"                   >>  $job_to_send
1335          echo "echo \"batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user  $local_address  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \\\"$job_catalog\\\"  $local_dayfile\" >> scpjob.$identifier"  >>  $job_to_send
1336          if [[ $remote_host = ibmku ]]
1337          then
1338             echo "echo \"rm  scpjob.$identifier\" >> scpjob.$identifier"   >>  $job_to_send
1339          fi
1340          echo "echo \"exit\" >> scpjob.$identifier"                     >>  $job_to_send
1341
1342       elif [[ $remote_host = nech ]]
1343       then
1344          echo "cd /pf/b/${remote_user}/job_queue" >>  $job_to_send
1345          echo "cat > scpjob.$identifier << %%END%%"  >>  $job_to_send
1346          echo "#PBS -l ${qsubmem}=1GB,${qsubtime}=100"  >>  $job_to_send
1347          echo "#PBS -o last_job_transfer_protocol"      >>  $job_to_send
1348          echo "#PBS -j o"                         >>  $job_to_send
1349          echo " "                                 >>  $job_to_send
1350          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
1351          echo "cd /pf/b/${remote_user}/job_queue" >>  $job_to_send
1352          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_address  $remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1353          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1354          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
1355
1356       elif [[ $remote_host = lcbullhh ]]
1357       then
1358          echo "cat > scpjob.$identifier << %%END%%"        >>  $job_to_send
1359          echo "#!/bin/bash"                             >>  $job_to_send
1360          echo "#SBATCH --job-name=job_protocol_transfer" >>  $job_to_send
1361          echo "#SBATCH -t 00:20:00"                     >>  $job_to_send
1362          echo "#SBATCH -N 1"                            >>  $job_to_send
1363          echo "#SBATCH -n 1"                            >>  $job_to_send
1364          echo "#SBATCH -o \$HOME/job_queue/last_job_transfer_protocol"      >>  $job_to_send
1365          echo "#SBATCH -o $remote_dayfile"              >>  $job_to_send
1366          echo "#SBATCH -e $remote_dayfile"              >>  $job_to_send
1367          echo "#SBATCH -A $project_account"             >>  $job_to_send
1368          echo "#SBATCH -p $return_queue"                >>  $job_to_send
1369          echo " "                                       >>  $job_to_send
1370          echo "set -x"                                  >>  $job_to_send
1371          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_address  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1372          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1373          echo "%%END%%"                                 >>  $job_to_send
1374
1375       elif [[ $remote_host = lckyuh ]]
1376       then
1377          echo "cat > scpjob.$identifier << %%END%%"  >>  $job_to_send
1378          echo "#!/bin/bash"                       >>  $job_to_send
1379          echo "#PJM -L \"node=1\""                >>  $job_to_send
1380          echo "#PJM -L \"rscgrp=$return_queue\""  >>  $job_to_send
1381          echo "#PJM --no-stging"                  >>  $job_to_send
1382          echo "#PJM -L \"elapse=30:00\""          >>  $job_to_send
1383          echo "#PJM -o \$HOME/job_queue/last_job_transfer_protocol"  >>  $job_to_send
1384          echo "#PJM -j"                           >>  $job_to_send
1385          echo " "                                 >>  $job_to_send
1386          echo "export LANG=en_US.UTF-8"           >>  $job_to_send
1387          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
1388          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_address  $remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1389          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1390          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
1391
1392       elif [[ $remote_host = lckyut ]]
1393       then
1394          echo "cat > scpjob.$identifier << %%END%%"  >>  $job_to_send
1395          echo "#!/bin/bash"                       >>  $job_to_send
1396          echo "#PJM -L \"vnode=1\""               >>  $job_to_send
1397          echo "#PJM -L \"rscgrp=$return_queue\""  >>  $job_to_send
1398          echo "#PJM --no-stging"                  >>  $job_to_send
1399          echo "#PJM -L \"elapse=30:00\""          >>  $job_to_send
1400          echo "#PJM -o \$HOME/job_queue/last_job_transfer_protocol"  >>  $job_to_send
1401          echo "#PJM -j"                           >>  $job_to_send
1402          echo " "                                 >>  $job_to_send
1403          echo "export LANG=en_US.UTF-8"           >>  $job_to_send
1404          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
1405          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_address  $remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1406          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1407          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
1408
1409       elif [[ $remote_host = lccrayb || $remote_host = lccrayh ]]
1410       then
1411          echo "cat > scpjob.$identifier << %%END%%"        >>  $job_to_send
1412          echo "#!/bin/bash"                             >>  $job_to_send
1413          echo "#PBS -N job_protocol_transfer"           >>  $job_to_send
1414          echo "#PBS -l walltime=00:30:00"               >>  $job_to_send
1415          echo "#PBS -l nodes=1:ppn=1"                   >>  $job_to_send
1416          echo "#PBS -o \$HOME/job_queue/last_job_transfer_protocol"      >>  $job_to_send
1417          echo "#PBS -j oe"                              >>  $job_to_send
1418          echo " "                                       >>  $job_to_send
1419          echo "set -x"                                  >>  $job_to_send
1420          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_address  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1421          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1422          echo "%%END%%"                                 >>  $job_to_send
1423
1424       elif [[ $remote_host = lcocean ]]
1425       then
1426          echo "cat > scpjob.${identifier}.tmp << %%END%%"                  >>  $job_to_send
1427          echo "#!/bin/bash"                                             >>  $job_to_send
1428          echo "SGEPREFIX -S /bin/bash"                                  >>  $job_to_send
1429          echo "SGEPREFIX -N transfer_$job_name"                         >>  $job_to_send
1430          echo "SGEPREFIX -cwd"                                          >>  $job_to_send
1431          echo "SGEPREFIX -j y"                                          >>  $job_to_send
1432          echo "SGEPREFIX -o ${local_host}_${job_name}_scpjob_$identifier"  >>  $job_to_send 
1433          echo " "                                                       >>  $job_to_send 
1434          echo "set -x"                                                  >>  $job_to_send 
1435          echo "export PALM_BIN=$PALM_BIN" | sed -e 's:'$HOME':$HOME:'   >>  $job_to_send
1436          echo "export PATH=\$PATH:\$PALM_BIN"                           >>  $job_to_send
1437          echo ""                                 >>  $job_to_send         
1438          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_address  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1439          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1440          echo "rm -f scpjob.${identifier}"                                 >>  $job_to_send         
1441          echo "%%END%%"                                                 >>  $job_to_send
1442          echo "sed -e 's/SGEPREFIX/#$/g' scpjob.${identifier}.tmp > scpjob.${identifier}" >>  $job_to_send         
1443          echo "rm -f scpjob.${identifier}.tmp"                             >>  $job_to_send         
1444
1445       elif [[ $remote_host = lcflow ]]
1446       then
1447          echo "cat > scpjob.${identifier}.tmp << %%END%%"                  >>  $job_to_send
1448          echo "#!/bin/bash"                                             >>  $job_to_send
1449          echo "SGEPREFIX -S /bin/bash"                                  >>  $job_to_send
1450          echo "SGEPREFIX -N transfer_$job_name"                         >>  $job_to_send
1451          echo "SGEPREFIX -cwd"                                          >>  $job_to_send
1452          echo "SGEPREFIX -l h_rt=01:00:00"                              >>  $job_to_send
1453          echo "SGEPREFIX -l h_vmem=500M"                                >>  $job_to_send
1454          echo "SGEPREFIX -j y"                                          >>  $job_to_send
1455          echo "SGEPREFIX -o ${local_host}_${job_name}_scpjob_$identifier"  >>  $job_to_send 
1456          echo " "                                                       >>  $job_to_send 
1457          echo "set -x"                                                  >>  $job_to_send 
1458          echo "export PALM_BIN=$PALM_BIN" | sed -e 's:'$HOME':$HOME:'   >>  $job_to_send
1459          echo "export PATH=\$PATH:\$PALM_BIN"                           >>  $job_to_send
1460          echo ""                                 >>  $job_to_send         
1461          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_address  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1462          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1463          echo "rm -f scpjob.${identifier}"                                 >>  $job_to_send         
1464          echo "%%END%%"                                                 >>  $job_to_send
1465          echo "sed -e 's/SGEPREFIX/#$/g' scpjob.${identifier}.tmp > scpjob.${identifier}" >>  $job_to_send         
1466          echo "rm -f scpjob.${identifier}.tmp"                             >>  $job_to_send         
1467       elif [[ $remote_host = lcxe6 ]]
1468       then
1469          echo "cat > scpjob.${identifier}  << %%END%%"  >>  $job_to_send
1470          echo "#!/bin/ksh"                              >>  $job_to_send
1471          echo "#PBS -N job_protocol_transfer"           >>  $job_to_send
1472          echo "#PBS -l walltime=00:30:00"               >>  $job_to_send
1473          echo "#PBS -A $project_account"                >>  $job_to_send
1474          echo "#PBS -l mppwidth=1"                      >>  $job_to_send
1475          echo "#PBS -l mppnppn=1"                       >>  $job_to_send
1476          echo "#PBS -o \$HOME/job_queue/last_job_transfer_protocol"  >>  $job_to_send
1477          echo "#PBS -j oe"                              >>  $job_to_send
1478          echo " "                                       >>  $job_to_send
1479          echo "set -x"                                  >>  $job_to_send
1480          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_address  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1481          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1482          echo "%%END%%"                                 >>  $job_to_send
1483       else
1484
1485          echo "cat > scpjob.$identifier << %%END%%"  >>  $job_to_send
1486          echo "# @\\\$-q $return_queue"           >>  $job_to_send
1487          echo "# @\\\$-l${qsubtime} 10"           >>  $job_to_send
1488          echo "# @\\\$-l${qsubmem} 10mb"          >>  $job_to_send
1489          if [[ $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5  ||  $remote_host = t3es ]]
1490          then
1491             echo "# @\$-l mpp_p=0"                >>  $job_to_send
1492          fi
1493          echo '# @\$-lF 10mb'                     >>  $job_to_send
1494          echo '# @\$-o job_queue/last_job_transfer_protocol'    >>  $job_to_send
1495          echo '# @\\\$-eo'                          >>  $job_to_send
1496          echo " "                                 >>  $job_to_send
1497          if [[ $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5 ]]
1498          then
1499             echo "set +vx"                        >>  $job_to_send
1500             echo ". .profile"                     >>  $job_to_send
1501          fi
1502          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
1503          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_address  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile  >  /dev/null"  >>  $job_to_send
1504          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1505          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
1506
1507       fi
1508
1509       if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
1510       then
1511          echo "llsubmit  scpjob.$identifier"      >>  $job_to_send
1512       elif [[ $remote_host = lcbullhh ]]
1513       then
1514          echo "sbatch  scpjob.$identifier"               >>  $job_to_send
1515       elif [[ $remote_host = lccrayb || $remote_host = lccrayh ]]
1516       then
1517          echo "msub -q $return_queue  scpjob.$identifier"               >>  $job_to_send
1518       elif [[ $remote_host = t3eb  ||  $remote_host = t3eh  ||  $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5 ]]
1519       then
1520          echo "qsub -J n  scpjob.$identifier"     >>  $job_to_send
1521       elif [[ $remote_host = t3es ]]
1522       then
1523          echo "qsub -J n  -s /bin/ksh  scpjob.$identifier"     >>  $job_to_send
1524       elif [[ $remote_host = lckiaps ]]
1525       then
1526          echo "mv  scpjob.$identifier  $job_catalog"           >>  $job_to_send
1527          echo "ssh $SSH_PORTOPT ${remote_username}@${remote_address}  \"$submcom ${job_catalog}/scpjob.$identifier\" "  >>  $job_to_send
1528          echo "rm  ${job_catalog}/scpjob.$identifier"          >>  $job_to_send
1529       elif [[ $remote_host = lckyu* ]]
1530       then
1531          echo "scp $PORTOPT scpjob.$identifier  ${remote_username}@${remote_address}:job_queue"           >>  $job_to_send
1532          echo "ssh $SSH_PORTOPT ${remote_username}@${remote_address}  \"cd job_queue; $submcom scpjob.$identifier; rm scpjob.$identifier\" "  >>  $job_to_send
1533       elif [[ $remote_host = lcflow  ||  $remote_host = lcocean ]]
1534       then
1535          echo "mv  scpjob.$identifier  $job_catalog"           >>  $job_to_send
1536          echo "/usr/bin/ssh ${remote_username}@${remote_address}  \"$init_cmds $module_calls cd $job_catalog; $submcom scpjob.$identifier\" "  >>  $job_to_send
1537       else
1538          echo "$submcom  scpjob.$identifier"      >>  $job_to_send
1539       fi
1540       if [[ $remote_host != ibmku  &&  $remote_host != lckiaps ]]
1541       then
1542          echo "rm  scpjob.$identifier"            >>  $job_to_send
1543       fi
1544       if [[ $remote_host = nech ]]
1545       then
1546          echo "cd -"                           >>  $job_to_send
1547       fi
1548    else
1549#       echo "ftpcopy  -d  $local_address  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1550       # ??? funktioniert das ÃŒberhaupt noch ???
1551       echo "nohup  ftpcopy  -d  -w 15  $local_address  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile  >  /dev/null  &"  >>  $job_to_send
1552    fi
1553    echo "set -x"                               >>  $job_to_send
1554    echo "     ' exit"                          >>  $job_to_send
1555    echo "set -x"                               >>  $job_to_send
1556 fi
1557
1558
1559    # APPEND THE JOB-FILE (CREATE BY mrun) TO THE JOB-DIRECTIVES GENERATED ABOVE
1560 cat  $file_to_send  >>  $job_to_send
1561
1562 if [[ $remote_host = ibm ]]
1563 then
1564    echo " "         >>  $job_to_send
1565    echo "exit"      >>  $job_to_send
1566 fi
1567
1568    # REMOVE JOB-FILE
1569 if [[ $remote_host = lctit  ||  $remote_host = ibmku  ||  $remote_host = lcflow ]]
1570 then
1571    echo " "                               >>  $job_to_send
1572    echo "rm ~/job_queue/$job_on_remhost"  >>  $job_to_send
1573 fi
1574
1575
1576    # TRANSFER JOB TO THE TARGET HOST (JOB-DIRECTORY)
1577 if [[ $no_submit = false ]]
1578 then
1579    if [[ $remote_host != $local_host ]]
1580    then
1581       [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n >>> transfering job to \"$remote_host\"..."
1582       if [[ $remote_host = ibms ]]    # ssh on ibms cannot handle "~/"
1583       then
1584          job_catalog_save=$job_catalog
1585          job_catalog=job_queue
1586       elif [[ $remote_host = nech ]]
1587       then
1588          job_catalog_save=$job_catalog
1589          job_catalog=/hpf/b/${remote_user}/job_queue
1590       fi
1591       if [[ $remote_host = nech ]]
1592       then
1593             # FILES CAN ONLY BE TRANSFERED VIA DKRZ'S ARCHIVE-SERVER
1594          scp  $PORTOPT  $job_to_send  ${remote_user}@136.172.44.205:${job_catalog}/$job_on_remhost
1595       else
1596          scp  $ssh_key  $PORTOPT  $job_to_send  ${remote_user}@${remote_address}:${job_catalog}/$job_on_remhost
1597       fi
1598       if [[ $? = 1 ]]
1599       then
1600          locat=scp; exit
1601       fi
1602       if [[ $remote_host = ibms ]]
1603       then
1604          job_catalog=$job_catalog_save
1605       fi
1606       [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n >>> finished\n"
1607    else
1608       eval  job_catalog=$job_catalog
1609       cp  $job_to_send  ${job_catalog}/$job_on_remhost
1610    fi
1611
1612
1613
1614       # START NQS- / LOADLEVELER-JOB
1615    if [[ $remote_host != $local_host ]]
1616    then
1617       [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n >>> submitting job using \"qsub\"...\n"
1618
1619       if [[ $remote_host = ibmku ]]
1620       then
1621          ssh  $SSH_PORTOPT $remote_address  -l $remote_user  "cd $job_catalog; $submcom $job_on_remhost"
1622       elif [[ $remote_host = lcflow ]]
1623       then
1624          /usr/bin/ssh  $SSH_PORTOPT $remote_address  -l $remote_user  "$init_cmds $module_calls cd $job_catalog; $submcom $job_on_remhost"
1625       else
1626          ssh  $ssh_key  $SSH_PORTOPT $remote_address  -l $remote_user  "cd $job_catalog; $submcom $job_on_remhost; rm $job_on_remhost"
1627       fi
1628
1629       [[ $verify = true ]]  &&  printf " >>> o.k.\n"
1630    else
1631       cd  $job_catalog
1632       if [[ $(echo $local_host | cut -c1-3) = ibm  ||  $(echo $local_host | cut -c1-6) = lccray ]]
1633       then
1634          eval  $submcom  $job_on_remhost
1635       elif [[  $local_host = lctit  ||  $localhost = lcxe6  ||  $localhost = lck  || $localhost = lckordi ||  $localhost = lcyon || $localhost = lcsb  ||  $localhost = lckyu* ]]
1636       then
1637          chmod  u+x  $job_on_remhost
1638          eval  $submcom  $job_on_remhost
1639       elif [[ $local_host = nech ]]
1640       then
1641          if [[ $queue = default ]]
1642          then
1643             eval  $submcom  $job_on_remhost
1644          else
1645             eval  $submcom  -q $queue  $job_on_remhost
1646          fi
1647       elif [[ $local_host = lcbullhh ]]
1648       then
1649          if [[ $queue = default ]]
1650          then
1651             eval  $submcom  $job_on_remhost
1652          fi
1653       else
1654          qsub  $job_on_remhost
1655       fi
1656
1657          # JOBFILE MUST NOT BE DELETED ON lctit/ibmku/lcflow. THIS WILL BE DONE
1658          # AT THE END OF THE JOB
1659       if [[ $local_host != lctit  &&  $local_host != ibmku  &&  $local_host != lcflow ]]
1660       then
1661          rm  $job_on_remhost
1662       fi
1663       cd  -  > /dev/null
1664    fi
1665 fi
1666
1667    # FINAL ACTIONS
1668 if [[ $no_submit = false ]]
1669 then
1670    rm  -f $job_to_send
1671 fi
1672 [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n\n *** SUBJOB finished \n\n"
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.