source: palm/trunk/SCRIPTS/subjob @ 1842

Last change on this file since 1842 was 1842, checked in by raasch, 6 years ago

last commit documented

  • Property svn:keywords set to Id Rev
File size: 55.4 KB
Line 
1#!/bin/bash
2
3# subjob - script for automatic generation and submission of batch-job files
4#          for various batch queuing systems
5
6#--------------------------------------------------------------------------------#
7# This file is part of PALM.
8#
9# PALM is free software: you can redistribute it and/or modify it under the terms
10# of the GNU General Public License as published by the Free Software Foundation,
11# either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
12#
13# PALM is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
14# WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR
15# A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16#
17# You should have received a copy of the GNU General Public License along with
18# PALM. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19#
20# Copyright 1997-2014  Leibniz Universitaet Hannover
21#--------------------------------------------------------------------------------#
22#
23# Current revisions:
24# ------------------
25#
26#
27# Former revisions:
28# -----------------
29# $Id: subjob 1842 2016-04-07 19:24:16Z raasch $
30#
31# 1841 2016-04-07 19:14:06Z raasch
32# script now running under bash
33#
34# 1701 2015-11-02 07:43:04Z maronga
35# Bugfix: added missing init_cmds for lccrayh/lccrayb
36#
37# 1621 2015-07-17 11:39:33Z heinze
38# adjustments for Mistral at DKRZ Hamburg (lcbullhh)
39#
40# 1575 2015-03-27 09:56:27Z raasch
41# mpp2-queues added to lccrayh
42#
43# 1547 2015-01-29 15:09:12Z witha
44# adjustments for ForWind computing cluster (lcflow)
45#
46# 1545 2015-01-29 06:52:23Z heinze
47# local host name for blizzard further specified
48#
49# 1480 2014-10-17 14:41:49Z raasch
50# adjustments for 2nd stage of HLRNIII
51#
52# 1468 2014-09-24 14:06:57Z maronga
53# Typo removed (addres->address)
54# Adjustments for lcxe6
55#
56# 1452 2014-08-22 09:41:06Z heinze
57# local hosts for blizzard added
58#
59# 1450 2014-08-21 07:31:51Z heinze
60# HLRN-III (lccrayb): testq queue adjusted to mpp1testq
61#
62# 1442 2014-07-28 07:09:10Z raasch
63# HLRN-III (lccrayb/lccrayh) queues adjusted
64#
65# 1378 2014-04-28 06:04:58Z raasch
66# -et option added for lctit
67#
68# 1350 2014-04-04 13:01:30Z maronga
69# location of qsub updated for lcxe6
70#
71# 1289 2014-03-04 07:12:34Z raasch
72# German comments translated to English
73# fimm-, necriam-, scirocco-, ibmy-, and sgi-specific code removed
74#
75# 1279 2014-01-28 12:10:14Z raasch
76# node calculation modified due to changes in mrun (tasks_per_node must not be
77# an integral divisor of numprocs any more)
78#
79# 1274 2014-01-09 13:14:54Z heinze
80# adjustments for lccrayh
81#
82# 1266 2013-12-11 12:07:34Z heinze
83# further adjustments for lccrayb (use msub instead of qsub)
84#
85# 1264 2013-12-09 12:46:09Z fricke
86# Bugfix: Using number of nodes instead of number of processors (lccrayb)
87#
88# 1262 2013-12-09 10:57:20Z fricke
89# further adjustments for lccrayb
90#
91# 1260 2013-12-04 12:48:04Z raasch
92# jaboticaba admitted
93#
94# 1255 2013-11-07 14:43:35Z raasch
95# further adjustments for lccrayb
96#
97# 1224 2013-09-16 07:27:23Z raasch
98# first adjustments for lccrayb
99#
100# 1202 2013-07-10 16:22:07Z witha
101# adjustments for Forwind cluster (lcflow)
102#
103# 1199 2013-07-05 14:52:22Z raasch
104# adjustments for CSC Helsinki (lccrayf)
105#
106# use of cluster/express queue enabled (ibmh)
107# vinessa added (imuk)
108#
109# 1103 2013-02-20 02:15:53Z raasch
110# bash compatibility adjustments (usage of OPTIND, output formatting with printf
111# instead typeset -L/R),
112# further adjustments for lckyuh
113#
114# 2013-02-10 01:47:43Z raasch
115# adjustments for Kyushu-Univeristy computing center (lckyuh - hayaka)
116# and for Forwind cluster (lcflow)
117#
118# 1094 2013-02-03 01:52:12Z raasch
119# new option -P for explicit setting of ssh/scp port,
120# decalpha parts (yonsei) removed
121#
122# 2013-02-02 07:06:13Z raasch
123# adjustments for Kyushu-University computing center (lckyut - tatara)
124# old changelog messages removed
125#
126# 1046 2012-11-09 14:38:45Z maronga
127# code put under GPL (PALM 3.9)
128#
129# 08/07/94 - Siggi - first version finished
130# 29/06/94 - Siggi - script development started
131#--------------------------------------------------------------------------------#
132# subjob - script for automatic generation and submission of batch-job files
133#          for various batch queuing systems
134#--------------------------------------------------------------------------------#
135
136
137    # VARIABLE-DECLARATIONS AND DEFAULT VALUES
138 delete_dayfile=false
139 email_notification=none
140 group_number=none
141 locat=normal
142 no_default_queue=none
143 no_submit=false
144 job_catalog="~/job_queue"
145 job_name=none
146 local_user=$LOGNAME
147 node_usage=shared
148 numprocs=0
149 punkte="..........................................................."
150 submcom=qsub
151 queue=default
152 remote_host=none
153 remote_user=""
154 verify=true
155
156 typeset  -i   cputime=0  memory=0  Memory=0  minuten  resttime  sekunden  stunden
157 typeset  -i   numprocs  mpi_tasks=0  nodes=0  processes_per_node=0 tasks_per_node=0  threads_per_task=1
158
159
160
161    # ERROR HANDLING
162    # IN CASE OF EXIT:
163 trap 'if [[ $locat != normal ]]
164       then
165          case  $locat  in
166             (option)  printf "\n  --> available optios can be displayed"
167                       printf " by typing:"
168                       printf "\n      \"subjob ?\" \n";;
169             (ftpcopy|parameter|scp|verify)  printf "\n";;
170             (*)       printf "\n  +++ unknown error"
171                       printf "\n      please inform S. Raasch!\n"
172          esac
173          [[ -f $job_to_send ]]  &&  rm  $job_to_send
174          printf "\n\n+++ SUBJOB killed \n\n"
175       fi' exit
176
177
178    # IN CASE OF TERMINAL-BREAK:
179 trap '[[ -f $job_to_send ]]  &&  rm  $job_to_send
180       printf "\n\n+++ SUBJOB killed \n\n"
181       exit
182      ' 2
183
184
185    # DETERMINE NAME OF LOCAL HOST
186 local_host=$(hostname)
187
188    # SET HOST-SPECIFIC VARIABLES VEREINBAREN (CHECK, IF LOCAL HOST
189    # IS ADMITTED AT ALL)
190    # NOTE: ONE OF THE ENTRIES FOR "lck" OR "lckordi" ALWAYS HAS TO BE
191    # COMMENT OUT, BECAUSE THE HOSTNAME (node*) IS SAME FOR BOTH MACHINES
192 case  $local_host  in
193     (ambiel-lx)             local_address=134.106.74.48;  local_host=lcfor;;
194     (atmos)                 local_address=172.20.25.35;   local_host=lcide;;
195     (austru)                local_address=130.75.105.128; local_host=lcmuk;;
196     (autan)                 local_address=130.75.105.57;  local_host=lcmuk;;
197     (bora)                  local_address=130.75.105.103; local_host=lcmuk;;
198     (b04*)                  local_address=133.5.4.33;     local_host=lckyuh;;
199     (blizzard1|p0*|p1*|p2*|p3*|p4*|p5*|p6*|p7*|p8*|p9*)   local_address=136.172.40.15;  local_host=ibmh;;
200     (blizzard2|p0*|p1*|p2*|p3*|p4*|p5*|p6*|p7*|p8*|p9*)   local_address=136.172.40.16;  local_host=ibmh;;
201     (blogin*|bxc*)          local_address=130.73.233.1;   local_host=lccrayb;;
202     (hlogin*|hxc*)          local_address=130.75.4.1;     local_host=lccrayh;;
203     (breva)                 local_address=130.75.105.98;  local_host=lcmuk;;
204     (buran)                 local_address=130.75.105.58;  local_host=lcmuk;;
205     (caurus)                local_address=130.75.105.19;  local_host=lcmuk;;
206     (climate*)              local_address=165.132.26.68;  local_host=lcyon;;
207     (clogin*)               local_address=86.50.166.21;   local_host=lccrayf;;
208     (cs*)                   local_address=136.172.44.131; local_host=nech;;
209     (elephanta)             local_address=130.75.105.6;   local_host=lcmuk;;
210     (flow01)                local_address=10.141.255.71;  local_host=lcflow;;
211     (flow02)                local_address=10.141.255.72;  local_host=lcflow;;
212     (node*)                 local_address=165.132.26.61   local_host=lck;;
213   #  (node*)                 local_address=210.219.61.8    local_host=lckordi;;
214     (gaia*)                 local_address=150.183.146.24; local_host=ibmkisti;;
215     (gallego)               local_address=130.75.105.10;  local_host=lcmuk;;
216     (gregale)               local_address=130.75.105.109; local_host=lcmuk;;
217     (hababai)               local_address=130.75.105.108; local_host=lcmuk;;
218     (hayaka*)               local_address=133.5.4.33;     local_host=lckyuh;;
219     (hexagon.bccs.uib.no)   local_address=129.177.20.113; local_host=lcxe6;;
220     (hx*)                   local_address=133.3.51.11;    local_host=lckyoto;;
221     (inferno)               local_address=130.75.105.5;   local_host=lcmuk;;
222     (irifi)                 local_address=130.75.105.104; local_host=lcmuk;;
223     (jaboticaba)            local_address=150.163.25.181; local_host=lcbr;;
224     (sno)                   local_address=130.75.105.113; local_host=lcmuk;;
225     (levanto)               local_address=130.75.105.45;  local_host=lcmuk;;
226     (login*)                local_address=118.128.66.223; local_host=lckiaps;;
227     (maestro)               local_address=130.75.105.2;   local_host=lcmuk;;
228     (meller)                local_address=134.106.74.155; local_host=lcfor;;
229     (meteo-login*)          local_address=193.166.211.144;local_host=lcxt5m;;
230     (mlogin1*|m1*)          local_address=136.172.50.13;  local_host=lcbullhh;;
231     (hexagon*)              local_address=129.177.20.113; local_host=lcxe6;;
232     (nobel*)                local_address=150.183.5.101;  local_host=ibms;;
233     (orkan)                 local_address=130.75.105.3;   local_host=lcmuk;;
234     (ostria)                local_address=130.75.105.106; local_host=lcmuk;;
235     (paesano)               local_address=130.75.105.46;  local_host=lcmuk;;
236     (pcj*)                  local_address=172.31.120.1;   local_host=lckyut;;
237     (pingui)                local_address=134.106.74.118; local_host=lcfor;;
238     (quanero)               local_address=130.75.105.107; local_host=lcmuk;;
239     (rte*)                  local_address=133.5.185.60;   local_host=lcrte;;
240     (shiokaze-lx)           local_address=134.106.74.123; local_host=lcfor;;
241     (sisu-login*)           local_address=86.50.166.21;   local_host=lccrayf;;
242     (solano)                local_address=130.75.105.110; local_host=lcmuk;;
243     (sugoka*)               local_address=172.31.120.1;   local_host=lckyut;;
244     (t2a*)                  local_address=10.1.6.165;     local_host=lctit;;
245     (urban*)                local_address=147.46.30.151   local_host=lcsb;;
246     (vinessa)               local_address=130.75.105.112; local_host=lcmuk;;
247     (vorias)                local_address=172.20.25.43;   local_host=lcmuk;;
248     (*.cc.kyushu-u.ac.jp)   local_address=133.5.4.129;    local_host=ibmku;;
249     (*)                     printf "\n  +++ \"$local_host\" unknown";
250                             printf "\n      please contact the PALM group at IMUK";
251                             locat=parameter; exit;;
252 esac
253
254
255
256    # BY DEFAULT, THE REMOTE HOST IS THE LOCAL HOST
257 remote_host=$local_host
258
259
260
261
262    # READ THE SHELLSCRIPT-OPTIONS
263 while  getopts  :c:dDe:g:h:m:n:N:O:P:q:t:T:u:vX:  option
264 do
265   case  $option  in
266       (c)   job_catalog=$OPTARG;;
267       (d)   delete_dayfile=true;;
268       (D)   no_submit=true;;
269       (e)   email_notification=$OPTARG;;
270       (g)   group_number=$OPTARG;;
271       (h)   remote_host=$OPTARG;;
272       (m)   memory=$OPTARG;;
273       (n)   job_name=$OPTARG;;
274       (N)   node_usage=$OPTARG;;
275       (O)   threads_per_task=$OPTARG;;
276       (P)   scp_port=$OPTARG;;
277       (q)   no_default_queue=$OPTARG;;
278       (t)   cputime=$OPTARG;;
279       (T)   tasks_per_node=$OPTARG;;
280       (u)   remote_user=$OPTARG;;
281       (v)   verify=false;;
282       (X)   numprocs=$OPTARG;;
283       (\?)  printf "\n  +++ Option $OPTARG unknown \n";
284             locat=option; exit;;
285   esac
286 done
287
288
289    # GET THE NAME OF THE JOBFILE AS NEXT ARGUMENT
290 (( to_shift = $OPTIND - 1 ))
291 shift $to_shift; file_to_send=$1
292
293
294    # OUTPUT OF SHORT DESCRIPTION OF SCRIPT-OPTIONS
295 if [ "$1" = "?" ]
296 then
297   (printf "\n  *** subjob can be called as follows:\n"
298    printf "\n      subjob -c.. -d -D -h.. -m.. -q.. -t.. -u.. -v  <jobfile>\n"
299    printf "\n      Description of available options:\n"
300    printf "\n      Option  Description                         Default-Value"
301    printf "\n        -c    job-input- and output-catalog       ~/job_queue"
302    printf "\n        -d    no job-protocol will be created     ---"
303    printf "\n        -D    only the job-file will be created   ---"
304    printf "\n        -h    execution host, available hosts:    $remote_host"
305    printf "\n              ibm, ibmh, ibmkisti, ibmku, ibms, lc...,"
306    printf "\n              lckiaps, lctit, nech"
307    printf "\n        -m    memory demand per process in MByte  ---"
308    printf "\n        -n    jobname                             <jobdatei>"
309    printf "\n        -O    threads per task (for OpenMP usage) 1"
310    printf "\n        -P    ssh/scp port                        default port"
311    printf "\n        -q    job-queue to be used                default"
312    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds         ---"
313    printf "\n        -T    tasks per node (on parallel hosts)  ---"
314    printf "\n        -u    username on execution host          from .netrc"
315    printf "\n        -v    no prompt for confirmation          ---"
316    printf "\n        -X    # of processors (on parallel hosts) 1"
317    printf "\n "
318    printf "\n      The only possible positional parameter is <jobfile>:"
319    printf "\n      The complete NQS-job must be provided here."
320    printf "\n      <jobfile>=? creates this outline\n\n") | more
321    exit
322 fi
323
324
325
326    # CHECK, IF JOB-FILE HAS BEEN GIVEN AS ARGUMENT AND IF THE FILE ITSELF EXISTS
327 if [[ "$file_to_send" = "" ]]
328 then
329    printf "\n  +++ job-file missing"
330    locat=parameter; exit
331 else
332    if [[ -f $file_to_send ]]
333    then
334       true
335    else
336       printf "\n  +++ job-file: "
337       printf "\n           $file_to_send"
338       printf "\n      does not exist"
339       locat=parameter; exit
340    fi
341 fi
342
343
344
345    # IF NO JOBNAME HAS BEEN GIVEN, JOBNAME IS SET TO THE NAME OF THE JOB-FILE,
346    # PROVIDED THAT THE JOB-FILE NAME DOES NOT CONTAIN ANY PATH
347 if [[ $job_name = none ]]
348 then
349    job_name=$file_to_send
350 fi
351 if [[ $(echo $job_name | grep -c "/") != 0 ]]
352 then
353    printf "\n  +++ job-file name: "
354    printf "\n           $job_name"
355    printf "\n      must not contain \"/\"-characters"
356    locat=parameter; exit
357 fi
358
359
360
361
362    # SET HOST-SPECIFIC QUANTITIES, OR TERMINATE IN CASE OF UNKNOWN HOST,
363    # OR IF NO HOST HAS BEEN GIVEN
364 if [[ $remote_host = none ]]
365 then
366    printf "\n  +++ host missing"
367    locat=option; exit
368 else
369    case  $remote_host  in
370        (ibm)     queue=p690_standard; remote_address=134.76.99.81; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
371        (ibmh)    queue=cluster; remote_address=136.172.40.15; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
372        (ibmkisti) queue=class.32plus; remote_address=150.183.146.24; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
373        (ibmku)   queue=s4; remote_address=133.5.4.129; submcom=/usr/local/bin/llsubmit;;
374        (ibms)    queue=p_normal; remote_address=150.183.5.101; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
375        (lcbullhh)    queue=compute; remote_address=136.172.50.13; submcom=/usr/bin/sbatch;;
376        (lccrayb) queue=mpp1testq; remote_address=130.73.233.1; submcom=/opt/moab/default/bin/msub;;
377        (lccrayh) queue=mpp1testq; remote_address=130.75.4.1; submcom=/opt/moab/default/bin/msub;;
378        (lccrayf) queue=small; remote_address=86.50.166.21; submcom=/opt/slurm/default/bin/sbatch;;
379        (lcflow)  remote_address=10.140.1.72; submcom=qsub;;
380        (lckyoto) remote_address=133.3.51.11; submcom=/thin/local/bin/qsub;;
381        (lck)     remote_address=165.132.26.61; submcom=/usr/torque/bin/qsub;;
382        (lckiaps) remote_address=118.128.66.223; submcom=/cm/shared/apps/pbspro/11.0.2.110766/bin/qsub;;
383        (lckordi) remote_address=210.219.61.8; submcom=/usr/torque/bin/qsub;;
384        (lckyuh)  remote_address=133.5.4.33; submcom=/usr/bin/pjsub;;
385        (lckyut)  remote_address=133.5.4.37; submcom=/usr/bin/pjsub;;
386        (lcsb)    remote_address=147.46.30.151; submcom=/usr/torque/bin/qsub;;
387        (lctit)   queue=S; remote_address=10.1.6.165; submcom=/opt/pbs/tools/bin/t2sub;;
388        (lcxe6)   remote_address=129.177.20.113; submcom=/opt/torque/default/bin/qsub;;
389        (lcxt5m)  remote_address=193.166.211.144; submcom=/opt/pbs/10.1.0.91350/bin/qsub;;
390        (lcyon)   remote_address=165.132.26.68; submcom=/usr/torque/bin/qsub;;
391        (nech)    qsubmem=memsz_job; qsubtime=cputim_job; remote_address=136.172.44.147; submcom="/usr/local/bin/qsub";;
392        (*)       printf "\n  +++ hostname \"$remote_host\" not allowed";
393                  locat=parameter; exit;;
394    esac
395 fi
396
397
398    # CHECK, IF A VALID QUEUE HAS BEEN GIVEN
399 if [[ $no_default_queue != none ]]
400 then
401    error=false
402    ndq=$no_default_queue
403    case  $remote_host  in
404        (ibm)    case  $ndq  in
405                     (p690_express|p690_standard|p690_long)  error=false;;
406                     (*)                                     error=true;;
407                 esac;;
408        (ibmh)   case  $ndq  in
409                     (cluster|express)  error=false;;
410                     (*)                                     error=true;;
411                 esac;;
412        (ibmkisti)   case  $ndq  in
413                     (class.32plus|class.1-2|class.2-32)  error=false;;
414                     (*)                                     error=true;;
415                 esac;;
416        (ibmku)  case  $ndq  in
417                     (sdbg1|sdbg2|sdbg4|s4|s16|s32|s32-s)    error=false;;
418                     (*)                                     error=true;;
419                 esac;;
420        (ibms)   case  $ndq  in
421                     (express|normal|p_express|p_normal|p_normal_1.3|p_normal_1.7|grand)     error=false;;
422                     (*)                                     error=true;;
423                 esac;;
424        (lcbullhh) case  $ndq  in
425                     (compute|shared)  error=false;;
426                     (*)                                     error=true;;
427                 esac;;
428        (lccrayb) case  $ndq  in
429                     (dataq|mpp1q|mpp1testq|mpp2q|mpp2testq|smp1q|smp1testq|specialm1q)   error=false;;
430                     (*)                                     error=true;;
431                 esac;;
432        (lccrayh) case  $ndq  in
433                     (dataq|mpp1q|mpp1testq|mpp2q|mpp2testq|smp1q|smp1testq|specialm1q)   error=false;;
434                     (*)                                     error=true;;
435                 esac;;
436        (lccrayf) case  $ndq  in
437                     (usup|test*|small|large)                error=false;;
438                     (*)                                     error=true;;
439                 esac;;
440        (lcflow) case  $ndq  in
441                     (cfd_lom_long.q|cfd_him_long.q|cfd_lom_serl.q|cfd_lom_shrt.q|cfd_him_shrt.q|cfd_ivy_shrt.q)  error=false;;
442                     (*)                                     error=true;;
443                 esac;;
444        (lckiaps) case  $ndq  in
445                     (express|normal)                        error=false;;
446                     (*)                                     error=true;;
447                 esac;;
448        (lckyoto) case  $ndq  in
449                     (eh|ph)                                 error=false;;
450                     (*)                                     error=true;;
451                 esac;;
452        (lckyuh) case  $ndq  in
453                     (fx-dbg|fx-single|fx-small|fx-middle|fx-large)  error=false;;
454                     (*)                                     error=true;;
455                 esac;;
456        (lckyut) case  $ndq  in
457                     (cx-dbg|cx-single|cx-small|cx-middle|cx-large)  error=false;;
458                     (*)                                     error=true;;
459                 esac;;
460        (lctit)  case  $ndq  in
461                     (G|L128|L256|L512H|S|S96|V)             error=false;;
462                     (*)                                     error=true;;
463                 esac;;
464        (t3eb)   case  $ndq  in
465                     (berte|p50|p100|p392|forfree|p25himem)  error=false;;
466                     (*)    error=true;;
467                 esac;;
468        (t3eh)   case  $ndq  in
469                     (para_t3e|em|k|l|lm|comp_t3e|c|p|ht)  error=false;;
470                     (*)    error=true;;
471                 esac;;
472        (t3ej2|t3ej5)  case  $ndq  in
473                     (low|normal|high)  error=false;;
474                     (*)    error=true;;
475                 esac;;
476        (t3es)  case  $ndq  in
477                     (batch|serial-4|pe4|p48|pe16|pe32|pe64|pe128)  error=false;;
478                     (*)    error=true;;
479                 esac;;
480    esac
481    if [[ $error = true ]]
482    then
483       printf "\n  +++ queue \"$no_default_queue\" on host \"$remote_host\" not allowed"
484       locat=parameter; exit
485    else
486       queue=$no_default_queue
487    fi
488 fi
489
490
491
492    # CHECK THE CPU-TIME
493    # SPLIT TIME INTO HOURS, MINUTES, AND SECONDS
494 done=false
495 while [[ $done = false ]]
496 do
497    if (( $cputime <= 0 ))
498    then
499       printf "\n  +++ wrong cpu-time or cpu-time missing"
500       printf "\n  >>> Please type cpu-time in seconds as INTEGER:"
501       printf "\n  >>> "
502       read  cputime  1>/dev/null  2>&1
503    else
504       done=true
505    fi
506 done
507 if [[ $remote_host = nech ]]
508 then
509    if (( tasks_per_node != 0 ))
510    then
511       (( cputime = cputime * tasks_per_node ))
512    elif [[ $numprocs != 0 ]]
513    then
514       (( cputime = cputime * numprocs ))
515    fi
516 fi
517 (( stunden  = cputime / 3600 ))
518 (( resttime = cputime - stunden * 3600 ))
519 (( minuten  = resttime / 60 ))
520 (( sekunden = resttime - minuten * 60 ))
521 timestring=${stunden}:${minuten}:${sekunden}
522
523
524
525    # CHECK THE MEMORY DEMAND
526 done=false
527 while [[ $done = false ]]
528 do
529    if (( memory <= 0 ))
530    then
531       printf "\n  +++ wrong memory demand or memory demand missing"
532       printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
533       printf "\n  >>> "
534       read  memory  1>/dev/null  2>&1
535    else
536       done=true
537    fi
538 done
539
540 if [[ $remote_host = nech ]]
541 then
542    if (( tasks_per_node != 0 ))
543    then
544       (( Memory = memory * tasks_per_node / 1000 ))
545    elif [[ $numprocs != 0 ]]
546    then
547       (( Memory = memory * numprocs / 1000 ))
548    else
549       (( Memory = memory / 1000 ))
550    fi
551 elif [[ $remote_host = lctit ]]
552 then
553    (( Memory = memory * tasks_per_node / 1000 ))
554 fi
555
556
557    # MEMORY DEMAND IN CASE OF OPENMP-USAGE ON IBM-SYSTEMS
558 if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
559 then
560    (( memory = memory * threads_per_task ))
561 fi
562
563
564    # CALCULATE NUMBER OF REQUIRED NODES
565 if (( tasks_per_node != 0 ))
566 then
567    (( nodes = ( numprocs - 1 ) / ( tasks_per_node * threads_per_task ) + 1 ))
568 fi
569
570
571    # CALCULATE NUMBER OF PROCESSES PER NODE
572 (( processes_per_node = tasks_per_node * threads_per_task ))
573
574
575    # CALCULATE NUMBER OF MPI TASKS
576 (( mpi_tasks = numprocs / threads_per_task ))
577
578
579    # SET PORT NUMBER OPTION FOR CALLS OF ssh/scp, subjob AND batch_scp SCRIPTS
580 if [[ "$scp_port" != "" ]]
581 then
582    PORTOPT="-P $scp_port"
583    SSH_PORTOPT="-p $scp_port"
584 fi
585
586
587    # HEADER-OUTPUT
588 if [[ $verify = true ]]
589 then
590    printf "\n\n"
591    printf "#--------------------------------------------------------------# \n"
592    spalte1=SUBJOB;spalte2=$(date)
593    printf "| %-20s%40s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
594    printf "|                                                              | \n"
595    printf "| values of parameters/options:                                | \n"
596    spalte1=$(echo local_host$punkte | cut -c-20)
597    spalte2=$punkte$local_host
598    printf "| %-20s%40s | \n" "$spalte1" "${spalte2: -40}"
599    spalte1=$(echo remote_host$punkte | cut -c-20)
600    spalte2=$punkte$remote_host
601    printf "| %-20s%40s | \n" "$spalte1" "${spalte2: -40}"
602    spalte1=$(echo queue$punkte | cut -c-20)
603    spalte2=$punkte$queue
604    printf "| %-20s%40s | \n" "$spalte1" "${spalte2: -40}"
605    spalte1=$(echo memory$punkte | cut -c-20)
606    spalte2="$punkte$memory mb"
607    printf "| %-20s%40s | \n" "$spalte1" "${spalte2: -40}"
608    spalte1=$(echo cputime$punkte | cut -c-20)
609    spalte2="$punkte$cputime sec"
610    printf "| %-20s%40s | \n" "$spalte1" "${spalte2: -40}"
611    spalte1=$(echo job_name$punkte | cut -c-20)
612    spalte2="$punkte$job_name"
613    printf "| %-20s%40s | \n" "$spalte1" "${spalte2: -40}"
614    printf "#--------------------------------------------------------------# \n\n"
615
616
617       # QUERY CHECK
618    antwort="dummy"
619    while [[ $antwort != y  &&  $antwort != Y  &&  $antwort != n  &&  $antwort != N ]]
620    do
621       read antwort?" >>> continue (y/n) ? "
622    done
623    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
624    then
625       locat=verify; exit
626    fi
627    printf "\n"
628 fi
629
630    # GENERATE RANDOM IDENTIFIER, AND DETERMINE THE JOBNAME ON THE TARGET HOST
631 identifier=$RANDOM
632 job_on_remhost=${job_name}_${identifier}_$local_host
633 job_to_send=job_to_send_$identifier
634 if [[ $delete_dayfile = false ]]
635 then
636    remote_dayfile=${local_host}_${job_name}_result_$identifier
637    local_dayfile=${remote_host}_${job_name}
638 else
639    remote_dayfile=/dev/null
640 fi
641
642
643    # GENERATE THE BATCH-JOB SCRIPTS (FOR QUEUEING-SYSTEMS qsub/msub/LoadLeveler)
644 if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm  &&  $numprocs != 0 ]]
645 then
646
647       # GENERAL LOADLEVELER SETTINGS
648    execute_in_shell="#!/bin/ksh"
649    use_shell="# @ shell = /bin/ksh"
650    consumable_memory="ConsumableMemory($memory mb)"
651    class="# @ class = $queue"
652    environment="# @ environment = OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task; MP_SHARED_MEMORY=yes"
653    network_to_use="# @ network.mpi = sn_all,shared,us"
654    data_limit="# @ data_limit = 1.76gb"
655    image_size="# @ image_size = 50"
656    wall_clock_limit="# @ wall_clock_limit = ${timestring},$timestring"
657
658    if [[ $email_notification = none ]]
659    then
660       notify_user=""
661    else
662       notify_user="# @ notify_user = $email_notification"
663       if [[ $delete_dayfile = true ]]
664       then
665          notification='# @ notification = never'
666       fi
667    fi
668
669    if [[ $remote_host = ibmh ]]
670    then
671       data_limit=""
672       network_to_use=""
673       class="# @ class = $queue"
674       environment=""
675       rset="# @ rset = RSET_MCM_AFFINITY"
676       task_affinity="# @ task_affinity = core(1)"
677    elif [[ $remote_host = ibmkisti ]]
678    then
679       network_to_use="# @ network.MPI = sn_all,shared,US"
680       wall_clock_limit="# @ wall_clock_limit = $timestring"
681       if [[ $threads_per_task = 1 ]]
682       then
683          rset="# @ rset = RSET_MCM_AFFINITY"
684          mcm_affinity_options="# @ mcm_affinity_options = mcm_mem_pref mcm_sni_none mcm_distribute"
685       fi
686       environment=""
687       use_shell=""
688       data_limit=""
689       image_size=""
690    elif [[ $remote_host = ibmku ]]
691    then
692       execute_in_shell="#!/usr/bin/ksh"
693       use_shell="# @ shell = /usr/bin/ksh"
694       consumable_memory=""
695       environment=""
696       network_to_use="# @ network.mpi = sn_all,shared,us"
697       data_limit=""
698       image_size=""
699    elif [[ $remote_host = ibms ]]
700    then
701       network_to_use="# @ network.mpi = csss,shared,us"
702    fi
703
704    cat > $job_to_send << %%END%%
705$execute_in_shell
706$use_shell
707
708# @ job_type = parallel
709# @ job_name = $job_name
710# @ resources = ConsumableCpus($threads_per_task) $consumable_memory
711# @ output = $remote_dayfile
712# @ error = $remote_dayfile
713$wall_clock_limit
714$image_size
715$class
716$environment
717$network_to_use
718$data_limit
719$rset
720$mcm_affinity_options
721$task_affinity
722$notification
723$notify_user
724
725%%END%%
726
727    if (( nodes > 0 ))
728    then
729
730       if [[ $remote_host != ibmkisti ]]
731       then
732
733          cat >> $job_to_send << %%END%%
734# @ node = $nodes
735# @ tasks_per_node = $processes_per_node
736# @ node_usage = $node_usage
737# @ queue
738
739%%END%%
740
741       else
742
743          cat >> $job_to_send << %%END%%
744# @ total_tasks = $mpi_tasks
745# @ blocking = unlimited
746# @ queue
747
748%%END%%
749
750       fi
751
752    else
753
754       cat >> $job_to_send << %%END%%
755# @ blocking = unlimited
756# @ total_tasks = $numprocs
757# @ node_usage = $node_usage
758# @ queue
759
760%%END%%
761
762    fi
763
764       # WORKAROUND BECAUSE OF SILLY JOB FILTER ON ibmkisti
765    if [[ $remote_host = ibmkisti  &&  $threads_per_task != 1 ]]
766    then
767       echo  "export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task"  >>  $job_to_send
768    fi
769
770 elif [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm  &&  $numprocs = 0 ]]
771 then
772
773    cat > $job_to_send << %%END%%
774#!/bin/ksh
775
776# @ job_type = serial
777# @ node_usage = $node_usage
778# @ job_name = palm
779# @ wall_clock_limit = ${timestring},$timestring
780# @ resources = ConsumableCpus(1) ConsumableMemory(1 gb)
781# @ output = $remote_dayfile
782# @ error = $remote_dayfile
783$class
784$notification
785
786# @ queue
787
788%%END%%
789
790 elif [[ $remote_host = lcbullhh ]]
791 then
792    if [[ $numprocs != 0 ]]
793    then
794       cat > $job_to_send << %%END%%
795#!/bin/bash -l
796#SBATCH -J $job_name
797#SBATCH -t $timestring
798#SBATCH -N $nodes
799#SBATCH --ntasks-per-node=$processes_per_node
800#SBATCH -p $queue
801#SBATCH -o $remote_dayfile
802#SBATCH -e $remote_dayfile
803#SBATCH -A $project_account
804
805$init_cmds
806$module_calls
807
808%%END%%
809
810    else
811       cat > $job_to_send << %%END%%
812#!/bin/bash -l
813#SBATCH -J $job_name
814#SBATCH -t $timestring
815#SBATCH -l ncpus=1
816#SBATCH -l pmem=${memory}mb
817#SBATCH -m abe
818#SBATCH -o $remote_dayfile
819#SBATCH -e $remote_dayfile
820#SBATCH -A $project_account
821
822$init_cmds
823$module_calls
824
825%%END%%
826
827    fi
828
829 elif [[ $remote_host = lccrayb || $remote_host = lccrayh ]]
830 then
831
832    if [[ "$feature" != "" ]]
833    then
834       featuredir="#PBS -l feature=$feature"
835    fi
836
837    if [[ $numprocs != 0 ]]
838    then
839       cat > $job_to_send << %%END%%
840#!/bin/bash
841#PBS -N $job_name
842#PBS -l walltime=$timestring
843#PBS -l nodes=$nodes:ppn=$processes_per_node
844#PBS -o $remote_dayfile
845#PBS -j oe
846#PBS -q $queue
847$featuredir
848
849$init_cmds
850$module_calls
851
852%%END%%
853
854    else
855
856       continue
857
858    fi
859
860 elif [[ $remote_host = lccrayf ]]
861 then
862
863    if [[ $numprocs != 0 ]]
864    then
865       cat > $job_to_send << %%END%%
866#!/bin/bash -l
867#SBATCH -J $job_name
868#SBATCH -t $timestring
869#SBATCH -N $nodes
870#SBATCH --ntasks-per-node=$processes_per_node
871#SBATCH -p $queue
872#SBATCH -o $remote_dayfile
873#SBATCH -e $remote_dayfile
874
875$init_cmds
876$module_calls
877
878%%END%%
879
880    else
881       cat > $job_to_send << %%END%%
882#!/bin/bash -l
883#SBATCH -J $job_name
884#SBATCH -t $timestring
885#SBATCH -l ncpus=1
886#SBATCH -l pmem=${memory}mb
887#SBATCH -m abe
888#SBATCH -o $remote_dayfile
889#SBATCH -e $remote_dayfile
890
891$init_cmds
892$module_calls
893
894%%END%%
895
896    fi
897
898 elif [[ $remote_host = lcflow ]]
899 then
900    if [[ $numprocs != 0 ]]
901    then
902      pe_set="#$ -pe impi $numprocs"
903    else
904      pe_set="#$ -pe impi 1"
905    fi
906    if [[ $queue = default ]]
907    then
908      queue_set=""
909    else
910      queue_set="#$ -q $queue"
911    fi
912    [[ "$disc_space" = "" ]]  &&  disc_space=50
913
914       cat > $job_to_send << %%END%%
915#!/bin/bash
916#$ -S /bin/bash
917#$ -N $job_name
918#$ -cwd
919#$ -l h_rt=$timestring
920#$ -l h_vmem=${memory}M
921#$ -o $remote_dayfile
922#$ -j y
923$pe_set
924#$ -R y
925#$ -l h_fsize=${disc_space}G
926$queue_set
927
928%%END%%
929
930 elif [[ $remote_host = lck || $remote_host = lckordi || $remote_host = lcsb ]]
931 then
932
933    if [[ $numprocs != 0 ]]
934    then
935       cat > $job_to_send << %%END%%
936#!/bin/ksh
937#PBS -N $job_name
938#PBS -l walltime=$timestring
939#PBS -l ncpus=$numprocs
940#PBS -l pmem=${memory}mb
941#PBS -o $remote_dayfile
942#PBS -l nodes=$nodes:ppn=${processes_per_node}
943#PBS -j oe
944
945mpd &
946
947%%END%%
948
949    else
950       cat > $job_to_send << %%END%%
951#!/bin/ksh
952#PBS -N $job_name
953#PBS -l walltime=$timestring
954#PBS -l ncpus=1
955#PBS -l pmem=${memory}mb
956#PBS -o $remote_dayfile
957#PBS -j oe
958
959%%END%%
960
961    fi
962
963 elif [[ $remote_host = lckiaps ]]
964 then
965
966    if [[ $numprocs != 0 ]]
967    then
968       cat > $job_to_send << %%END%%
969#!/bin/ksh
970#PBS -N $job_name
971#PBS -l walltime=$timestring
972#PBS -l select=1:ncpus=$numprocs
973#PBS -l pmem=${memory}mb
974#PBS -q $queue
975#PBS -o $remote_dayfile
976#PBS -j oe
977#PBS -V
978
979%%END%%
980
981    else
982       cat > $job_to_send << %%END%%
983#!/bin/ksh
984#PBS -N $job_name
985#PBS -l walltime=$timestring
986#PBS -l ncpus=1
987#PBS -l pmem=${memory}mb
988#PBS -o $remote_dayfile
989#PBS -j oe
990
991%%END%%
992
993    fi
994
995 elif [[ $remote_host = lcyon ]]
996 then
997
998    if [[ $numprocs != 0 ]]
999    then
1000       cat > $job_to_send << %%END%%
1001#!/bin/ksh
1002#PBS -N $job_name
1003#PBS -l walltime=$timestring
1004#PBS -l ncpus=$numprocs
1005#PBS -l pmem=${memory}mb
1006#PBS -o $remote_dayfile
1007#PBS -j oe
1008
1009%%END%%
1010
1011    else
1012       cat > $job_to_send << %%END%%
1013#!/bin/ksh
1014#PBS -N $job_name
1015#PBS -l walltime=$timestring
1016#PBS -l ncpus=1
1017#PBS -l pmem=${memory}mb
1018#PBS -o $remote_dayfile
1019#PBS -j oe
1020
1021%%END%%
1022
1023    fi
1024
1025 elif [[ $remote_host = lcxe6 ]]
1026 then
1027
1028    if [[ $numprocs != 0 ]]
1029    then
1030       cat > $job_to_send << %%END%%
1031#!/bin/ksh
1032#PBS -S /bin/ksh
1033#PBS -N $job_name
1034#PBS -A $project_account
1035#PBS -j oe
1036#PBS -l walltime=$timestring
1037#PBS -l mppwidth=${numprocs}
1038#PBS -l mppnppn=${processes_per_node}
1039#PBS -m abe
1040#PBS -o $remote_dayfile
1041$email_directive
1042
1043$init_cmds
1044$module_calls
1045
1046%%END%%
1047
1048    else
1049       cat > $job_to_send << %%END%%
1050#!/bin/ksh
1051#PBS -S /bin/ksh
1052#PBS -N $job_name
1053#PBS -A $project_account
1054#PBS -j oe
1055#PBS -l walltime=$timestring
1056#PBS -l ncpus=1
1057#PBS -l pmem=${memory}mb
1058#PBS -m abe
1059$email_directive
1060#PBS -o $remote_dayfile
1061
1062$init_cmds
1063$module_calls
1064
1065%%END%%
1066
1067    fi
1068
1069 elif [[ $remote_host = lckyoto ]]
1070 then
1071
1072       cat > $job_to_send << %%END%%
1073#!/bin/ksh
1074# @\$-o $remote_dayfile
1075# @\$-eo -oi
1076# @\$-lP 16
1077# @\$-lp 1
1078# @\$-lm 28gb  -llm unlimited -ls unlimited
1079# @\$-q $queue
1080# @\$-Pvn abs_pack
1081##for intel? @\$-Pvn abs_unpack -Pvs unpack -Pvc unpack
1082#. /thin/local/etc/setprofile/intel-11.0.sh
1083#. /thin/local/etc/setprofile/mvapich2-1.4+intel-11.0.sh
1084. ~/.myprofile
1085#. /home2/t/t51254/palm/current_version/myprofile
1086#. /thin/apps/pgi/mpi.sh
1087#
1088env
1089#
1090set -x
1091
1092%%END%%
1093
1094 elif [[ $remote_host = lcxt5m ]]
1095 then
1096
1097    if [[ $numprocs != 0 ]]
1098    then
1099       cat > $job_to_send << %%END%%
1100#!/bin/ksh
1101#PBS -S /bin/ksh
1102#PBS -N $job_name
1103#PBS -j oe
1104#PBS -l walltime=$timestring
1105#PBS -l mppwidth=${numprocs}
1106#PBS -l mppnppn=${processes_per_node}
1107#PBS -m abe
1108#PBS -o $remote_dayfile
1109
1110$init_cmds
1111$module_calls
1112
1113%%END%%
1114
1115    else
1116       cat > $job_to_send << %%END%%
1117#!/bin/ksh
1118#PBS -S /bin/ksh
1119#PBS -N $job_name
1120#PBS -j oe
1121#PBS -l walltime=$timestring
1122#PBS -l ncpus=1
1123#PBS -l pmem=${memory}mb
1124#PBS -m abe
1125#PBS -o $remote_dayfile
1126
1127$init_cmds
1128$module_calls
1129
1130%%END%%
1131
1132    fi
1133
1134 elif [[ $remote_host = lckyuh ]]
1135 then
1136    cat > $job_to_send << %%END%%
1137#!/bin/bash
1138#PJM -L "rscgrp=$queue"
1139#PJM -L "node=$nodes"
1140#PJM --mpi "proc=$numprocs"
1141#PJM -L "elapse=$timestring"
1142#PJM -o $remote_dayfile
1143#PJM -j
1144#PJM -X
1145#PJM --no-stging
1146
1147export LANG=en_US.UTF-8
1148%%END%%
1149
1150 elif [[ $remote_host = lckyut ]]
1151 then
1152    cat > $job_to_send << %%END%%
1153#!/bin/bash
1154#PJM -L "rscgrp=$queue"
1155#PJM -L "vnode=$numprocs"
1156#PJM -L "vnode-core=1"
1157#PJM -L "elapse=$timestring"
1158#PJM --mpi proc=$numprocs
1159#PJM -o $remote_dayfile
1160#PJM -j
1161#PJM -X
1162#PJM --no-stging
1163
1164export LANG=en_US.UTF-8
1165%%END%%
1166
1167 elif [[ $remote_host = nech ]]
1168 then
1169
1170    if (( nodes > 1 ))
1171    then
1172       cat > $job_to_send << %%END%%
1173#!/bin/ksh
1174#PBS -l cpunum_prc=$processes_per_node,cputim_job=$cputime
1175#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb
1176#PBS -b $nodes
1177#PBS -o $remote_dayfile
1178#PBS -N palm
1179#PBS -j o
1180#PBS -T mpisx
1181
1182%%END%%
1183
1184    elif [[ $numprocs != 0 ]]
1185    then
1186       cat > $job_to_send << %%END%%
1187#!/bin/ksh
1188#PBS -l cpunum_prc=$processes_per_node,cputim_job=$cputime
1189#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb
1190#PBS -o $remote_dayfile
1191#PBS -N palm
1192#PBS -j o
1193
1194%%END%%
1195
1196    else
1197       cat > $job_to_send << %%END%%
1198#!/bin/ksh
1199#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb,${qsubtime}=$cputime
1200#PBS -o $remote_dayfile
1201#PBS -j o
1202
1203%%END%%
1204
1205    fi
1206
1207 elif [[ $remote_host = lctit ]]
1208 then
1209    cat > $job_to_send << %%END%%
1210#!/bin/ksh
1211$init_cmds
1212$module_calls
1213
1214%%END%%
1215
1216       # SET OPTIONS FOR SUBMIT-COMMAND
1217    if [[ $tasks_per_node != $processes_per_node ]]
1218    then
1219       submcom="$submcom -W group_list=$group_number -N $job_name -l walltime=$timestring -l select=$nodes:ncpus=$processes_per_node:mpiprocs=$tasks_per_node:mem=${Memory}gb -o $remote_dayfile -j oe -et 1 -q $queue "
1220    else
1221       submcom="$submcom -W group_list=$group_number -N $job_name -l walltime=$timestring -l select=$nodes:ncpus=$processes_per_node:mpiprocs=$tasks_per_node:mem=${Memory}gb -l place=scatter -o $remote_dayfile -j oe -et 1 -q $queue "
1222    fi
1223
1224 else
1225
1226    cat > $job_to_send << %%END%%
1227# @\$-q ${queue}
1228# @\$-l${qsubtime} $timestring
1229# @\$-l${qsubmem} ${memory}mb
1230# @\$-o $remote_dayfile
1231# @\$-eo
1232
1233%%END%%
1234
1235 fi
1236
1237
1238    # IN CASE OF JOBS EXECUTING ON REMOTE-HOSTS, THE TRANSFER OF THE DAYFILES
1239    # TO THE LOCAL HOSTS WILL BE INITIATED BY TRAP ON EXIT
1240    # NO TRANSFER POSSIBLE ON IBM IN SEOUL
1241 if [[ $delete_dayfile = false  &&  $remote_host != $local_host ]]
1242 then
1243    echo "set +vx"                              >>  $job_to_send
1244    echo "trap '"                               >>  $job_to_send
1245    echo "set +vx"                              >>  $job_to_send
1246    if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm  ||  $remote_host = lcbullhh  ||  $remote_host = lccrayb  ||  $remote_host = lccrayh  ||  $(echo $remote_host | cut -c1-3) = nec  ||  $remote_host = lcflow  ||  $remote_host = lckiaps  ||  $remote_host = lckyu* || $remote_host = lcxe6 ]]
1247    then
1248       if [[ $remote_host = ibmh ]]
1249       then
1250          return_queue=c1
1251       elif [[ $remote_host = ibmkisti ]]
1252       then
1253          return_queue=class.1-2
1254       elif [[ $remote_host = ibmku ]]
1255       then
1256          return_queue=sdbg2
1257       elif [[ $remote_host = ibms ]]
1258       then
1259          return_queue=p_normal
1260       elif [[ $remote_host = lcbullhh ]]
1261       then
1262          return_queue=shared
1263       elif [[ $remote_host = lccrayb || $remote_host = lccrayh ]]
1264       then
1265          return_queue=dataq
1266       elif [[ $remote_host = lcxe6 ]]
1267       then
1268          return_queue=debug
1269       elif [[ $remote_host = lckiaps ]]
1270       then
1271          return_queue=express
1272       elif [[ $remote_host = lckyuh ]]
1273       then
1274          return_queue=cx-single
1275       elif [[ $remote_host = lckyut ]]
1276       then
1277          return_queue=cx-single
1278       else
1279          return_queue=unknown
1280       fi
1281
1282       if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
1283       then
1284
1285          if [[ $remote_host = ibmku ]]
1286          then
1287             echo "echo \"#!/usr/bin/ksh\" >> scpjob.$identifier"            >>  $job_to_send
1288             echo "echo \"# @ shell = /usr/bin/ksh\" >> scpjob.$identifier"  >>  $job_to_send
1289          else
1290             echo "echo \"#!/bin/ksh\" >> scpjob.$identifier"                >>  $job_to_send
1291          fi
1292          echo "echo \"# @ job_type = serial\" >> scpjob.$identifier"    >>  $job_to_send
1293          echo "echo \"# @ job_name = transfer\" >> scpjob.$identifier"  >>  $job_to_send
1294          echo "echo \"# @ resources = ConsumableCpus(1) ConsumableMemory(1 gb)\" >> scpjob.$identifier"  >>  $job_to_send
1295          echo "echo \"# @ wall_clock_limit = 00:10:00,00:10:00\" >> scpjob.$identifier "  >>  $job_to_send
1296          echo "echo \"# @ output = job_queue/last_job_transfer_protocol\" >> scpjob.$identifier"  >>  $job_to_send
1297          echo "echo \"# @ error = job_queue/last_job_transfer_protocol\" >> scpjob.$identifier"  >>  $job_to_send
1298          if [[ $host != "ibmh" ]]
1299          then
1300             echo "echo \"# @ class = $return_queue\" >> scpjob.$identifier"  >>  $job_to_send
1301          fi
1302          echo "echo \"# @ image_size = 10\" >> scpjob.$identifier"      >>  $job_to_send
1303          echo "echo \"# @ notification = never\" >> scpjob.$identifier" >>  $job_to_send
1304
1305          echo "echo \"# @ queue\" >> scpjob.$identifier"                >>  $job_to_send
1306          echo "echo \" \" >> scpjob.$identifier"                        >>  $job_to_send
1307
1308          echo "echo \"set -x\" >> scpjob.$identifier"                   >>  $job_to_send
1309          echo "echo \"batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user  $local_address  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \\\"$job_catalog\\\"  $local_dayfile\" >> scpjob.$identifier"  >>  $job_to_send
1310          if [[ $remote_host = ibmku ]]
1311          then
1312             echo "echo \"rm  scpjob.$identifier\" >> scpjob.$identifier"   >>  $job_to_send
1313          fi
1314          echo "echo \"exit\" >> scpjob.$identifier"                     >>  $job_to_send
1315
1316       elif [[ $remote_host = nech ]]
1317       then
1318          echo "cd /pf/b/${remote_user}/job_queue" >>  $job_to_send
1319          echo "cat > scpjob.$identifier << %%END%%"  >>  $job_to_send
1320          echo "#PBS -l ${qsubmem}=1GB,${qsubtime}=100"  >>  $job_to_send
1321          echo "#PBS -o last_job_transfer_protocol"      >>  $job_to_send
1322          echo "#PBS -j o"                         >>  $job_to_send
1323          echo " "                                 >>  $job_to_send
1324          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
1325          echo "cd /pf/b/${remote_user}/job_queue" >>  $job_to_send
1326          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_address  $remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1327          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1328          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
1329
1330       elif [[ $remote_host = lcbullhh ]]
1331       then
1332          echo "cat > scpjob.$identifier << %%END%%"        >>  $job_to_send
1333          echo "#!/bin/bash"                             >>  $job_to_send
1334          echo "#SBATCH --job-name=job_protocol_transfer" >>  $job_to_send
1335          echo "#SBATCH -t 00:20:00"                     >>  $job_to_send
1336          echo "#SBATCH -N 1"                            >>  $job_to_send
1337          echo "#SBATCH -n 1"                            >>  $job_to_send
1338          echo "#SBATCH -o \$HOME/job_queue/last_job_transfer_protocol"      >>  $job_to_send
1339          echo "#SBATCH -o $remote_dayfile"              >>  $job_to_send
1340          echo "#SBATCH -e $remote_dayfile"              >>  $job_to_send
1341          echo "#SBATCH -A $project_account"             >>  $job_to_send
1342          echo "#SBATCH -p $return_queue"                >>  $job_to_send
1343          echo " "                                       >>  $job_to_send
1344          echo "set -x"                                  >>  $job_to_send
1345          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_address  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1346          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1347          echo "%%END%%"                                 >>  $job_to_send
1348
1349       elif [[ $remote_host = lckyuh ]]
1350       then
1351          echo "cat > scpjob.$identifier << %%END%%"  >>  $job_to_send
1352          echo "#!/bin/bash"                       >>  $job_to_send
1353          echo "#PJM -L \"node=1\""                >>  $job_to_send
1354          echo "#PJM -L \"rscgrp=$return_queue\""  >>  $job_to_send
1355          echo "#PJM --no-stging"                  >>  $job_to_send
1356          echo "#PJM -L \"elapse=30:00\""          >>  $job_to_send
1357          echo "#PJM -o \$HOME/job_queue/last_job_transfer_protocol"  >>  $job_to_send
1358          echo "#PJM -j"                           >>  $job_to_send
1359          echo " "                                 >>  $job_to_send
1360          echo "export LANG=en_US.UTF-8"           >>  $job_to_send
1361          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
1362          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_address  $remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1363          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1364          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
1365
1366       elif [[ $remote_host = lckyut ]]
1367       then
1368          echo "cat > scpjob.$identifier << %%END%%"  >>  $job_to_send
1369          echo "#!/bin/bash"                       >>  $job_to_send
1370          echo "#PJM -L \"vnode=1\""               >>  $job_to_send
1371          echo "#PJM -L \"rscgrp=$return_queue\""  >>  $job_to_send
1372          echo "#PJM --no-stging"                  >>  $job_to_send
1373          echo "#PJM -L \"elapse=30:00\""          >>  $job_to_send
1374          echo "#PJM -o \$HOME/job_queue/last_job_transfer_protocol"  >>  $job_to_send
1375          echo "#PJM -j"                           >>  $job_to_send
1376          echo " "                                 >>  $job_to_send
1377          echo "export LANG=en_US.UTF-8"           >>  $job_to_send
1378          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
1379          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_address  $remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1380          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1381          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
1382
1383       elif [[ $remote_host = lccrayb || $remote_host = lccrayh ]]
1384       then
1385          echo "cat > scpjob.$identifier << %%END%%"        >>  $job_to_send
1386          echo "#!/bin/bash"                             >>  $job_to_send
1387          echo "#PBS -N job_protocol_transfer"           >>  $job_to_send
1388          echo "#PBS -l walltime=00:30:00"               >>  $job_to_send
1389          echo "#PBS -l nodes=1:ppn=1"                   >>  $job_to_send
1390          echo "#PBS -o \$HOME/job_queue/last_job_transfer_protocol"      >>  $job_to_send
1391          echo "#PBS -j oe"                              >>  $job_to_send
1392          echo " "                                       >>  $job_to_send
1393          echo "set -x"                                  >>  $job_to_send
1394          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_address  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1395          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1396          echo "%%END%%"                                 >>  $job_to_send
1397
1398       elif [[ $remote_host = lcflow ]]
1399       then
1400          echo "cat > scpjob.${identifier}.tmp << %%END%%"                  >>  $job_to_send
1401          echo "#!/bin/bash"                                             >>  $job_to_send
1402          echo "SGEPREFIX -S /bin/bash"                                  >>  $job_to_send
1403          echo "SGEPREFIX -N transfer_$job_name"                         >>  $job_to_send
1404          echo "SGEPREFIX -cwd"                                          >>  $job_to_send
1405          echo "SGEPREFIX -l h_rt=01:00:00"                              >>  $job_to_send
1406          echo "SGEPREFIX -l h_vmem=500M"                                >>  $job_to_send
1407          echo "SGEPREFIX -j y"                                          >>  $job_to_send
1408          echo "SGEPREFIX -o ${local_host}_${job_name}_scpjob_$identifier"  >>  $job_to_send 
1409          echo " "                                                       >>  $job_to_send 
1410          echo "set -x"                                                  >>  $job_to_send 
1411          echo "export PALM_BIN=$PALM_BIN" | sed -e 's:'$HOME':$HOME:'   >>  $job_to_send
1412          echo "export PATH=\$PATH:\$PALM_BIN"                           >>  $job_to_send
1413          echo ""                                 >>  $job_to_send         
1414          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_address  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1415          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1416          echo "rm -f scpjob.${identifier}"                                 >>  $job_to_send         
1417          echo "%%END%%"                                                 >>  $job_to_send
1418          echo "sed -e 's/SGEPREFIX/#$/g' scpjob.${identifier}.tmp > scpjob.${identifier}" >>  $job_to_send         
1419          echo "rm -f scpjob.${identifier}.tmp"                             >>  $job_to_send         
1420       elif [[ $remote_host = lcxe6 ]]
1421       then
1422          echo "cat > scpjob.${identifier}  << %%END%%"  >>  $job_to_send
1423          echo "#!/bin/ksh"                              >>  $job_to_send
1424          echo "#PBS -N job_protocol_transfer"           >>  $job_to_send
1425          echo "#PBS -l walltime=00:30:00"               >>  $job_to_send
1426          echo "#PBS -A $project_account"                >>  $job_to_send
1427          echo "#PBS -l mppwidth=1"                      >>  $job_to_send
1428          echo "#PBS -l mppnppn=1"                       >>  $job_to_send
1429          echo "#PBS -o \$HOME/job_queue/last_job_transfer_protocol"  >>  $job_to_send
1430          echo "#PBS -j oe"                              >>  $job_to_send
1431          echo " "                                       >>  $job_to_send
1432          echo "set -x"                                  >>  $job_to_send
1433          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_address  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1434          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1435          echo "%%END%%"                                 >>  $job_to_send
1436       else
1437
1438          echo "cat > scpjob.$identifier << %%END%%"  >>  $job_to_send
1439          echo "# @\\\$-q $return_queue"           >>  $job_to_send
1440          echo "# @\\\$-l${qsubtime} 10"           >>  $job_to_send
1441          echo "# @\\\$-l${qsubmem} 10mb"          >>  $job_to_send
1442          if [[ $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5  ||  $remote_host = t3es ]]
1443          then
1444             echo "# @\$-l mpp_p=0"                >>  $job_to_send
1445          fi
1446          echo '# @\$-lF 10mb'                     >>  $job_to_send
1447          echo '# @\$-o job_queue/last_job_transfer_protocol'    >>  $job_to_send
1448          echo '# @\\\$-eo'                          >>  $job_to_send
1449          echo " "                                 >>  $job_to_send
1450          if [[ $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5 ]]
1451          then
1452             echo "set +vx"                        >>  $job_to_send
1453             echo ". .profile"                     >>  $job_to_send
1454          fi
1455          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
1456          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_address  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile  >  /dev/null"  >>  $job_to_send
1457          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1458          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
1459
1460       fi
1461
1462       if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
1463       then
1464          echo "llsubmit  scpjob.$identifier"      >>  $job_to_send
1465       elif [[ $remote_host = lcbullhh ]]
1466       then
1467          echo "sbatch  scpjob.$identifier"               >>  $job_to_send
1468       elif [[ $remote_host = lccrayb || $remote_host = lccrayh ]]
1469       then
1470          echo "msub -q $return_queue  scpjob.$identifier"               >>  $job_to_send
1471       elif [[ $remote_host = t3eb  ||  $remote_host = t3eh  ||  $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5 ]]
1472       then
1473          echo "qsub -J n  scpjob.$identifier"     >>  $job_to_send
1474       elif [[ $remote_host = t3es ]]
1475       then
1476          echo "qsub -J n  -s /bin/ksh  scpjob.$identifier"     >>  $job_to_send
1477       elif [[ $remote_host = lckiaps ]]
1478       then
1479          echo "mv  scpjob.$identifier  $job_catalog"           >>  $job_to_send
1480          echo "ssh $SSH_PORTOPT ${remote_username}@${remote_address}  \"$submcom ${job_catalog}/scpjob.$identifier\" "  >>  $job_to_send
1481          echo "rm  ${job_catalog}/scpjob.$identifier"          >>  $job_to_send
1482       elif [[ $remote_host = lckyu* ]]
1483       then
1484          echo "scp $PORTOPT scpjob.$identifier  ${remote_username}@${remote_address}:job_queue"           >>  $job_to_send
1485          echo "ssh $SSH_PORTOPT ${remote_username}@${remote_address}  \"cd job_queue; $submcom scpjob.$identifier; rm scpjob.$identifier\" "  >>  $job_to_send
1486       elif [[ $remote_host = lcflow ]]
1487       then
1488          echo "mv  scpjob.$identifier  $job_catalog"           >>  $job_to_send
1489          echo "/usr/bin/ssh ${remote_username}@${remote_address}  \"$init_cmds $module_calls cd $job_catalog; $submcom scpjob.$identifier\" "  >>  $job_to_send
1490       else
1491          echo "$submcom  scpjob.$identifier"      >>  $job_to_send
1492       fi
1493       if [[ $remote_host != ibmku  &&  $remote_host != lckiaps ]]
1494       then
1495          echo "rm  scpjob.$identifier"            >>  $job_to_send
1496       fi
1497       if [[ $remote_host = nech ]]
1498       then
1499          echo "cd -"                           >>  $job_to_send
1500       fi
1501    else
1502#       echo "ftpcopy  -d  $local_address  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1503       # ??? funktioniert das ÃŒberhaupt noch ???
1504       echo "nohup  ftpcopy  -d  -w 15  $local_address  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile  >  /dev/null  &"  >>  $job_to_send
1505    fi
1506    echo "set -x"                               >>  $job_to_send
1507    echo "     ' exit"                          >>  $job_to_send
1508    echo "set -x"                               >>  $job_to_send
1509 fi
1510
1511
1512    # APPEND THE JOB-FILE (CREATE BY mrun) TO THE JOB-DIRECTIVES GENERATED ABOVE
1513 cat  $file_to_send  >>  $job_to_send
1514
1515 if [[ $remote_host = ibm ]]
1516 then
1517    echo " "         >>  $job_to_send
1518    echo "exit"      >>  $job_to_send
1519 fi
1520
1521    # REMOVE JOB-FILE
1522 if [[ $remote_host = lctit  ||  $remote_host = ibmku  ||  $remote_host = lcflow ]]
1523 then
1524    echo " "                               >>  $job_to_send
1525    echo "rm ~/job_queue/$job_on_remhost"  >>  $job_to_send
1526 fi
1527
1528
1529    # TRANSFER JOB TO THE TARGET HOST (JOB-DIRECTORY)
1530 if [[ $no_submit = false ]]
1531 then
1532    if [[ $remote_host != $local_host ]]
1533    then
1534       [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n >>> transfering job to \"$remote_host\"..."
1535       if [[ $remote_host = ibms ]]    # ssh on ibms cannot handle "~/"
1536       then
1537          job_catalog_save=$job_catalog
1538          job_catalog=job_queue
1539       elif [[ $remote_host = nech ]]
1540       then
1541          job_catalog_save=$job_catalog
1542          job_catalog=/hpf/b/${remote_user}/job_queue
1543       fi
1544       if [[ $remote_host = nech ]]
1545       then
1546             # FILES CAN ONLY BE TRANSFERED VIA DKRZ'S ARCHIVE-SERVER
1547          scp  $PORTOPT  $job_to_send  ${remote_user}@136.172.44.205:${job_catalog}/$job_on_remhost
1548       else
1549          scp  $PORTOPT  $job_to_send  ${remote_user}@${remote_address}:${job_catalog}/$job_on_remhost
1550       fi
1551       if [[ $? = 1 ]]
1552       then
1553          locat=scp; exit
1554       fi
1555       if [[ $remote_host = ibms ]]
1556       then
1557          job_catalog=$job_catalog_save
1558       fi
1559       [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n >>> finished\n"
1560    else
1561       eval  job_catalog=$job_catalog
1562       cp  $job_to_send  ${job_catalog}/$job_on_remhost
1563    fi
1564
1565
1566
1567       # START NQS- / LOADLEVELER-JOB
1568    if [[ $remote_host != $local_host ]]
1569    then
1570       [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n >>> submitting job using \"qsub\"...\n"
1571
1572       if [[ $remote_host = ibmku ]]
1573       then
1574          ssh  $SSH_PORTOPT $remote_address  -l $remote_user  "cd $job_catalog; $submcom $job_on_remhost"
1575       elif [[ $remote_host = lcflow ]]
1576       then
1577          /usr/bin/ssh  $SSH_PORTOPT $remote_address  -l $remote_user  "$init_cmds $module_calls cd $job_catalog; $submcom $job_on_remhost"
1578       else
1579          ssh  $SSH_PORTOPT $remote_address  -l $remote_user  "cd $job_catalog; $submcom $job_on_remhost; rm $job_on_remhost"
1580       fi
1581
1582       [[ $verify = true ]]  &&  printf " >>> o.k.\n"
1583    else
1584       cd  $job_catalog
1585       if [[ $(echo $local_host | cut -c1-3) = ibm  ||  $(echo $local_host | cut -c1-6) = lccray ]]
1586       then
1587          eval  $submcom  $job_on_remhost
1588       elif [[  $local_host = lctit  ||  $localhost = lcxe6  ||  $localhost = lck  || $localhost = lckordi ||  $localhost = lcyon || $localhost = lcsb  ||  $localhost = lckyu* ]]
1589       then
1590          chmod  u+x  $job_on_remhost
1591          eval  $submcom  $job_on_remhost
1592       elif [[ $local_host = nech ]]
1593       then
1594          if [[ $queue = default ]]
1595          then
1596             eval  $submcom  $job_on_remhost
1597          else
1598             eval  $submcom  -q $queue  $job_on_remhost
1599          fi
1600       elif [[ $local_host = lcbullhh ]]
1601       then
1602          if [[ $queue = default ]]
1603          then
1604             eval  $submcom  $job_on_remhost
1605          fi
1606       else
1607          qsub  $job_on_remhost
1608       fi
1609
1610          # JOBFILE MUST NOT BE DELETED ON lctit/ibmku/lcflow. THIS WILL BE DONE
1611          # AT THE END OF THE JOB
1612       if [[ $local_host != lctit  &&  $local_host != ibmku  &&  $local_host != lcflow ]]
1613       then
1614          rm  $job_on_remhost
1615       fi
1616       cd  -  > /dev/null
1617    fi
1618 fi
1619
1620    # FINAL ACTIONS
1621 if [[ $no_submit = false ]]
1622 then
1623    rm  -f $job_to_send
1624 fi
1625 [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n\n *** SUBJOB finished \n\n"
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.