source: palm/trunk/SCRIPTS/subjob @ 1621

Last change on this file since 1621 was 1621, checked in by heinze, 9 years ago

last commit documented

  • Property svn:keywords set to Id Rev
File size: 55.2 KB
Line 
1#!/bin/ksh
2
3# subjob - script for automatic generation and submission of batch-job files
4#          for various batch queuing systems
5
6#--------------------------------------------------------------------------------#
7# This file is part of PALM.
8#
9# PALM is free software: you can redistribute it and/or modify it under the terms
10# of the GNU General Public License as published by the Free Software Foundation,
11# either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
12#
13# PALM is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
14# WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR
15# A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16#
17# You should have received a copy of the GNU General Public License along with
18# PALM. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19#
20# Copyright 1997-2014  Leibniz Universitaet Hannover
21#--------------------------------------------------------------------------------#
22#
23# Current revisions:
24# ------------------
25#
26#
27# Former revisions:
28# -----------------
29# $Id: subjob 1621 2015-07-17 11:39:33Z heinze $
30# adjustments for Mistral at DKRZ Hamburg (lcbullhh)
31#
32# 1575 2015-03-27 09:56:27Z raasch
33# mpp2-queues added to lccrayh
34#
35# 1547 2015-01-29 15:09:12Z witha
36# adjustments for ForWind computing cluster (lcflow)
37#
38# 1545 2015-01-29 06:52:23Z heinze
39# local host name for blizzard further specified
40#
41# 1480 2014-10-17 14:41:49Z raasch
42# adjustments for 2nd stage of HLRNIII
43#
44# 1468 2014-09-24 14:06:57Z maronga
45# Typo removed (addres->address)
46# Adjustments for lcxe6
47#
48# 1452 2014-08-22 09:41:06Z heinze
49# local hosts for blizzard added
50#
51# 1450 2014-08-21 07:31:51Z heinze
52# HLRN-III (lccrayb): testq queue adjusted to mpp1testq
53#
54# 1442 2014-07-28 07:09:10Z raasch
55# HLRN-III (lccrayb/lccrayh) queues adjusted
56#
57# 1378 2014-04-28 06:04:58Z raasch
58# -et option added for lctit
59#
60# 1350 2014-04-04 13:01:30Z maronga
61# location of qsub updated for lcxe6
62#
63# 1289 2014-03-04 07:12:34Z raasch
64# German comments translated to English
65# fimm-, necriam-, scirocco-, ibmy-, and sgi-specific code removed
66#
67# 1279 2014-01-28 12:10:14Z raasch
68# node calculation modified due to changes in mrun (tasks_per_node must not be
69# an integral divisor of numprocs any more)
70#
71# 1274 2014-01-09 13:14:54Z heinze
72# adjustments for lccrayh
73#
74# 1266 2013-12-11 12:07:34Z heinze
75# further adjustments for lccrayb (use msub instead of qsub)
76#
77# 1264 2013-12-09 12:46:09Z fricke
78# Bugfix: Using number of nodes instead of number of processors (lccrayb)
79#
80# 1262 2013-12-09 10:57:20Z fricke
81# further adjustments for lccrayb
82#
83# 1260 2013-12-04 12:48:04Z raasch
84# jaboticaba admitted
85#
86# 1255 2013-11-07 14:43:35Z raasch
87# further adjustments for lccrayb
88#
89# 1224 2013-09-16 07:27:23Z raasch
90# first adjustments for lccrayb
91#
92# 1202 2013-07-10 16:22:07Z witha
93# adjustments for Forwind cluster (lcflow)
94#
95# 1199 2013-07-05 14:52:22Z raasch
96# adjustments for CSC Helsinki (lccrayf)
97#
98# use of cluster/express queue enabled (ibmh)
99# vinessa added (imuk)
100#
101# 1103 2013-02-20 02:15:53Z raasch
102# bash compatibility adjustments (usage of OPTIND, output formatting with printf
103# instead typeset -L/R),
104# further adjustments for lckyuh
105#
106# 2013-02-10 01:47:43Z raasch
107# adjustments for Kyushu-Univeristy computing center (lckyuh - hayaka)
108# and for Forwind cluster (lcflow)
109#
110# 1094 2013-02-03 01:52:12Z raasch
111# new option -P for explicit setting of ssh/scp port,
112# decalpha parts (yonsei) removed
113#
114# 2013-02-02 07:06:13Z raasch
115# adjustments for Kyushu-University computing center (lckyut - tatara)
116# old changelog messages removed
117#
118# 1046 2012-11-09 14:38:45Z maronga
119# code put under GPL (PALM 3.9)
120#
121# 08/07/94 - Siggi - first version finished
122# 29/06/94 - Siggi - script development started
123#--------------------------------------------------------------------------------#
124# subjob - script for automatic generation and submission of batch-job files
125#          for various batch queuing systems
126#--------------------------------------------------------------------------------#
127
128
129    # VARIABLE-DECLARATIONS AND DEFAULT VALUES
130 delete_dayfile=false
131 email_notification=none
132 group_number=none
133 locat=normal
134 no_default_queue=none
135 no_submit=false
136 job_catalog="~/job_queue"
137 job_name=none
138 local_user=$LOGNAME
139 node_usage=shared
140 numprocs=0
141 punkte="..........................................................."
142 submcom=qsub
143 queue=default
144 remote_host=none
145 remote_user=""
146 verify=true
147
148 typeset  -i   cputime=memory=Memory=0  minuten  resttime  sekunden  stunden
149 typeset  -i   inumprocs  mpi_tasks=nodes=processes_per_node=0 tasks_per_node=threads_per_task=1
150
151
152
153    # ERROR HANDLING
154    # IN CASE OF EXIT:
155 trap 'if [[ $locat != normal ]]
156       then
157          case  $locat  in
158             (option)  printf "\n  --> available optios can be displayed"
159                       printf " by typing:"
160                       printf "\n      \"subjob ?\" \n";;
161             (ftpcopy|parameter|scp|verify)  printf "\n";;
162             (*)       printf "\n  +++ unknown error"
163                       printf "\n      please inform S. Raasch!\n"
164          esac
165          [[ -f $job_to_send ]]  &&  rm  $job_to_send
166          printf "\n\n+++ SUBJOB killed \n\n"
167       fi' exit
168
169
170    # IN CASE OF TERMINAL-BREAK:
171 trap '[[ -f $job_to_send ]]  &&  rm  $job_to_send
172       printf "\n\n+++ SUBJOB killed \n\n"
173       exit
174      ' 2
175
176
177    # DETERMINE NAME OF LOCAL HOST
178 local_host=$(hostname)
179
180    # SET HOST-SPECIFIC VARIABLES VEREINBAREN (CHECK, IF LOCAL HOST
181    # IS ADMITTED AT ALL)
182    # NOTE: ONE OF THE ENTRIES FOR "lck" OR "lckordi" ALWAYS HAS TO BE
183    # COMMENT OUT, BECAUSE THE HOSTNAME (node*) IS SAME FOR BOTH MACHINES
184 case  $local_host  in
185     (ambiel-lx)             local_address=134.106.74.48;  local_host=lcfor;;
186     (atmos)                 local_address=172.20.25.35;   local_host=lcide;;
187     (austru)                local_address=130.75.105.128; local_host=lcmuk;;
188     (autan)                 local_address=130.75.105.57;  local_host=lcmuk;;
189     (bora)                  local_address=130.75.105.103; local_host=lcmuk;;
190     (b04*)                  local_address=133.5.4.33;     local_host=lckyuh;;
191     (blizzard1|p0*|p1*|p2*|p3*|p4*|p5*|p6*|p7*|p8*|p9*)   local_address=136.172.40.15;  local_host=ibmh;;
192     (blizzard2|p0*|p1*|p2*|p3*|p4*|p5*|p6*|p7*|p8*|p9*)   local_address=136.172.40.16;  local_host=ibmh;;
193     (blogin*|bxc*)          local_address=130.73.233.1;   local_host=lccrayb;;
194     (hlogin*|hxc*)          local_address=130.75.4.1;     local_host=lccrayh;;
195     (breva)                 local_address=130.75.105.98;  local_host=lcmuk;;
196     (buran)                 local_address=130.75.105.58;  local_host=lcmuk;;
197     (caurus)                local_address=130.75.105.19;  local_host=lcmuk;;
198     (climate*)              local_address=165.132.26.68;  local_host=lcyon;;
199     (clogin*)               local_address=86.50.166.21;   local_host=lccrayf;;
200     (cs*)                   local_address=136.172.44.131; local_host=nech;;
201     (elephanta)             local_address=130.75.105.6;   local_host=lcmuk;;
202     (flow01)                local_address=10.141.255.71;  local_host=lcflow;;
203     (flow02)                local_address=10.141.255.72;  local_host=lcflow;;
204     (node*)                 local_address=165.132.26.61   local_host=lck;;
205   #  (node*)                 local_address=210.219.61.8    local_host=lckordi;;
206     (gaia*)                 local_address=150.183.146.24; local_host=ibmkisti;;
207     (gallego)               local_address=130.75.105.10;  local_host=lcmuk;;
208     (gregale)               local_address=130.75.105.109; local_host=lcmuk;;
209     (hababai)               local_address=130.75.105.108; local_host=lcmuk;;
210     (hayaka*)               local_address=133.5.4.33;     local_host=lckyuh;;
211     (hexagon.bccs.uib.no)   local_address=129.177.20.113; local_host=lcxe6;;
212     (hx*)                   local_address=133.3.51.11;    local_host=lckyoto;;
213     (inferno)               local_address=130.75.105.5;   local_host=lcmuk;;
214     (irifi)                 local_address=130.75.105.104; local_host=lcmuk;;
215     (jaboticaba)            local_address=150.163.25.181; local_host=lcbr;;
216     (sno)                   local_address=130.75.105.113; local_host=lcmuk;;
217     (levanto)               local_address=130.75.105.45;  local_host=lcmuk;;
218     (login*)                local_address=118.128.66.223; local_host=lckiaps;;
219     (maestro)               local_address=130.75.105.2;   local_host=lcmuk;;
220     (meller)                local_address=134.106.74.155; local_host=lcfor;;
221     (meteo-login*)          local_address=193.166.211.144;local_host=lcxt5m;;
222     (mlogin1*|m1*)          local_address=136.172.50.13;  local_host=lcbullhh;;
223     (hexagon*)              local_address=129.177.20.113; local_host=lcxe6;;
224     (nobel*)                local_address=150.183.5.101;  local_host=ibms;;
225     (orkan)                 local_address=130.75.105.3;   local_host=lcmuk;;
226     (ostria)                local_address=130.75.105.106; local_host=lcmuk;;
227     (paesano)               local_address=130.75.105.46;  local_host=lcmuk;;
228     (pcj*)                  local_address=172.31.120.1;   local_host=lckyut;;
229     (pingui)                local_address=134.106.74.118; local_host=lcfor;;
230     (quanero)               local_address=130.75.105.107; local_host=lcmuk;;
231     (rte*)                  local_address=133.5.185.60;   local_host=lcrte;;
232     (shiokaze-lx)           local_address=134.106.74.123; local_host=lcfor;;
233     (sisu-login*)           local_address=86.50.166.21;   local_host=lccrayf;;
234     (solano)                local_address=130.75.105.110; local_host=lcmuk;;
235     (sugoka*)               local_address=172.31.120.1;   local_host=lckyut;;
236     (t2a*)                  local_address=10.1.6.165;     local_host=lctit;;
237     (urban*)                local_address=147.46.30.151   local_host=lcsb;;
238     (vinessa)               local_address=130.75.105.112; local_host=lcmuk;;
239     (vorias)                local_address=172.20.25.43;   local_host=lcmuk;;
240     (*.cc.kyushu-u.ac.jp)   local_address=133.5.4.129;    local_host=ibmku;;
241     (*)                     printf "\n  +++ \"$local_host\" unknown";
242                             printf "\n      please contact the PALM group at IMUK";
243                             locat=parameter; exit;;
244 esac
245
246
247
248    # BY DEFAULT, THE REMOTE HOST IS THE LOCAL HOST
249 remote_host=$local_host
250
251
252
253
254    # READ THE SHELLSCRIPT-OPTIONS
255 while  getopts  :c:dDe:g:h:m:n:N:O:P:q:t:T:u:vX:  option
256 do
257   case  $option  in
258       (c)   job_catalog=$OPTARG;;
259       (d)   delete_dayfile=true;;
260       (D)   no_submit=true;;
261       (e)   email_notification=$OPTARG;;
262       (g)   group_number=$OPTARG;;
263       (h)   remote_host=$OPTARG;;
264       (m)   memory=$OPTARG;;
265       (n)   job_name=$OPTARG;;
266       (N)   node_usage=$OPTARG;;
267       (O)   threads_per_task=$OPTARG;;
268       (P)   scp_port=$OPTARG;;
269       (q)   no_default_queue=$OPTARG;;
270       (t)   cputime=$OPTARG;;
271       (T)   tasks_per_node=$OPTARG;;
272       (u)   remote_user=$OPTARG;;
273       (v)   verify=false;;
274       (X)   numprocs=$OPTARG;;
275       (\?)  printf "\n  +++ Option $OPTARG unknown \n";
276             locat=option; exit;;
277   esac
278 done
279
280
281    # GET THE NAME OF THE JOBFILE AS NEXT ARGUMENT
282 (( to_shift = $OPTIND - 1 ))
283 shift $to_shift; file_to_send=$1
284
285
286    # OUTPUT OF SHORT DESCRIPTION OF SCRIPT-OPTIONS
287 if [ "$1" = "?" ]
288 then
289   (printf "\n  *** subjob can be called as follows:\n"
290    printf "\n      subjob -c.. -d -D -h.. -m.. -q.. -t.. -u.. -v  <jobfile>\n"
291    printf "\n      Description of available options:\n"
292    printf "\n      Option  Description                         Default-Value"
293    printf "\n        -c    job-input- and output-catalog       ~/job_queue"
294    printf "\n        -d    no job-protocol will be created     ---"
295    printf "\n        -D    only the job-file will be created   ---"
296    printf "\n        -h    execution host, available hosts:    $remote_host"
297    printf "\n              ibm, ibmh, ibmkisti, ibmku, ibms, lc...,"
298    printf "\n              lckiaps, lctit, nech"
299    printf "\n        -m    memory demand per process in MByte  ---"
300    printf "\n        -n    jobname                             <jobdatei>"
301    printf "\n        -O    threads per task (for OpenMP usage) 1"
302    printf "\n        -P    ssh/scp port                        default port"
303    printf "\n        -q    job-queue to be used                default"
304    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds         ---"
305    printf "\n        -T    tasks per node (on parallel hosts)  ---"
306    printf "\n        -u    username on execution host          from .netrc"
307    printf "\n        -v    no prompt for confirmation          ---"
308    printf "\n        -X    # of processors (on parallel hosts) 1"
309    printf "\n "
310    printf "\n      The only possible positional parameter is <jobfile>:"
311    printf "\n      The complete NQS-job must be provided here."
312    printf "\n      <jobfile>=? creates this outline\n\n") | more
313    exit
314 fi
315
316
317
318    # CHECK, IF JOB-FILE HAS BEEN GIVEN AS ARGUMENT AND IF THE FILE ITSELF EXISTS
319 if [[ "$file_to_send" = "" ]]
320 then
321    printf "\n  +++ job-file missing"
322    locat=parameter; exit
323 else
324    if [[ -f $file_to_send ]]
325    then
326       true
327    else
328       printf "\n  +++ job-file: "
329       printf "\n           $file_to_send"
330       printf "\n      does not exist"
331       locat=parameter; exit
332    fi
333 fi
334
335
336
337    # IF NO JOBNAME HAS BEEN GIVEN, JOBNAME IS SET TO THE NAME OF THE JOB-FILE,
338    # PROVIDED THAT THE JOB-FILE NAME DOES NOT CONTAIN ANY PATH
339 if [[ $job_name = none ]]
340 then
341    job_name=$file_to_send
342 fi
343 if [[ $(echo $job_name | grep -c "/") != 0 ]]
344 then
345    printf "\n  +++ job-file name: "
346    printf "\n           $job_name"
347    printf "\n      must not contain \"/\"-characters"
348    locat=parameter; exit
349 fi
350
351
352
353
354    # SET HOST-SPECIFIC QUANTITIES, OR TERMINATE IN CASE OF UNKNOWN HOST,
355    # OR IF NO HOST HAS BEEN GIVEN
356 if [[ $remote_host = none ]]
357 then
358    printf "\n  +++ host missing"
359    locat=option; exit
360 else
361    case  $remote_host  in
362        (ibm)     queue=p690_standard; remote_address=134.76.99.81; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
363        (ibmh)    queue=cluster; remote_address=136.172.40.15; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
364        (ibmkisti) queue=class.32plus; remote_address=150.183.146.24; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
365        (ibmku)   queue=s4; remote_address=133.5.4.129; submcom=/usr/local/bin/llsubmit;;
366        (ibms)    queue=p_normal; remote_address=150.183.5.101; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
367        (lcbullhh)    queue=compute; remote_address=136.172.50.13; submcom=/usr/bin/sbatch;;
368        (lccrayb) queue=mpp1testq; remote_address=130.73.233.1; submcom=/opt/moab/default/bin/msub;;
369        (lccrayh) queue=mpp1testq; remote_address=130.75.4.1; submcom=/opt/moab/default/bin/msub;;
370        (lccrayf) queue=small; remote_address=86.50.166.21; submcom=/opt/slurm/default/bin/sbatch;;
371        (lcflow)  remote_address=10.140.1.72; submcom=qsub;;
372        (lckyoto) remote_address=133.3.51.11; submcom=/thin/local/bin/qsub;;
373        (lck)     remote_address=165.132.26.61; submcom=/usr/torque/bin/qsub;;
374        (lckiaps) remote_address=118.128.66.223; submcom=/cm/shared/apps/pbspro/11.0.2.110766/bin/qsub;;
375        (lckordi) remote_address=210.219.61.8; submcom=/usr/torque/bin/qsub;;
376        (lckyuh)  remote_address=133.5.4.33; submcom=/usr/bin/pjsub;;
377        (lckyut)  remote_address=133.5.4.37; submcom=/usr/bin/pjsub;;
378        (lcsb)    remote_address=147.46.30.151; submcom=/usr/torque/bin/qsub;;
379        (lctit)   queue=S; remote_address=10.1.6.165; submcom=/opt/pbs/tools/bin/t2sub;;
380        (lcxe6)   remote_address=129.177.20.113; submcom=/opt/torque/default/bin/qsub;;
381        (lcxt5m)  remote_address=193.166.211.144; submcom=/opt/pbs/10.1.0.91350/bin/qsub;;
382        (lcyon)   remote_address=165.132.26.68; submcom=/usr/torque/bin/qsub;;
383        (nech)    qsubmem=memsz_job; qsubtime=cputim_job; remote_address=136.172.44.147; submcom="/usr/local/bin/qsub";;
384        (*)       printf "\n  +++ hostname \"$remote_host\" not allowed";
385                  locat=parameter; exit;;
386    esac
387 fi
388
389
390    # CHECK, IF A VALID QUEUE HAS BEEN GIVEN
391 if [[ $no_default_queue != none ]]
392 then
393    error=false
394    ndq=$no_default_queue
395    case  $remote_host  in
396        (ibm)    case  $ndq  in
397                     (p690_express|p690_standard|p690_long)  error=false;;
398                     (*)                                     error=true;;
399                 esac;;
400        (ibmh)   case  $ndq  in
401                     (cluster|express)  error=false;;
402                     (*)                                     error=true;;
403                 esac;;
404        (ibmkisti)   case  $ndq  in
405                     (class.32plus|class.1-2|class.2-32)  error=false;;
406                     (*)                                     error=true;;
407                 esac;;
408        (ibmku)  case  $ndq  in
409                     (sdbg1|sdbg2|sdbg4|s4|s16|s32|s32-s)    error=false;;
410                     (*)                                     error=true;;
411                 esac;;
412        (ibms)   case  $ndq  in
413                     (express|normal|p_express|p_normal|p_normal_1.3|p_normal_1.7|grand)     error=false;;
414                     (*)                                     error=true;;
415                 esac;;
416        (lcbullhh) case  $ndq  in
417                     (compute|shared)  error=false;;
418                     (*)                                     error=true;;
419                 esac;;
420        (lccrayb) case  $ndq  in
421                     (dataq|mpp1q|mpp1testq|mpp2q|mpp2testq|smp1q|smp1testq|specialm1q)   error=false;;
422                     (*)                                     error=true;;
423                 esac;;
424        (lccrayh) case  $ndq  in
425                     (dataq|mpp1q|mpp1testq|mpp2q|mpp2testq|smp1q|smp1testq|specialm1q)   error=false;;
426                     (*)                                     error=true;;
427                 esac;;
428        (lccrayf) case  $ndq  in
429                     (usup|test*|small|large)                error=false;;
430                     (*)                                     error=true;;
431                 esac;;
432        (lcflow) case  $ndq  in
433                     (cfd_lom_long.q|cfd_him_long.q|cfd_lom_serl.q|cfd_lom_shrt.q|cfd_him_shrt.q|cfd_ivy_shrt.q)  error=false;;
434                     (*)                                     error=true;;
435                 esac;;
436        (lckiaps) case  $ndq  in
437                     (express|normal)                        error=false;;
438                     (*)                                     error=true;;
439                 esac;;
440        (lckyoto) case  $ndq  in
441                     (eh|ph)                                 error=false;;
442                     (*)                                     error=true;;
443                 esac;;
444        (lckyuh) case  $ndq  in
445                     (fx-dbg|fx-single|fx-small|fx-middle|fx-large)  error=false;;
446                     (*)                                     error=true;;
447                 esac;;
448        (lckyut) case  $ndq  in
449                     (cx-dbg|cx-single|cx-small|cx-middle|cx-large)  error=false;;
450                     (*)                                     error=true;;
451                 esac;;
452        (lctit)  case  $ndq  in
453                     (G|L128|L256|L512H|S|S96|V)             error=false;;
454                     (*)                                     error=true;;
455                 esac;;
456        (t3eb)   case  $ndq  in
457                     (berte|p50|p100|p392|forfree|p25himem)  error=false;;
458                     (*)    error=true;;
459                 esac;;
460        (t3eh)   case  $ndq  in
461                     (para_t3e|em|k|l|lm|comp_t3e|c|p|ht)  error=false;;
462                     (*)    error=true;;
463                 esac;;
464        (t3ej2|t3ej5)  case  $ndq  in
465                     (low|normal|high)  error=false;;
466                     (*)    error=true;;
467                 esac;;
468        (t3es)  case  $ndq  in
469                     (batch|serial-4|pe4|p48|pe16|pe32|pe64|pe128)  error=false;;
470                     (*)    error=true;;
471                 esac;;
472    esac
473    if [[ $error = true ]]
474    then
475       printf "\n  +++ queue \"$no_default_queue\" on host \"$remote_host\" not allowed"
476       locat=parameter; exit
477    else
478       queue=$no_default_queue
479    fi
480 fi
481
482
483
484    # CHECK THE CPU-TIME
485    # SPLIT TIME INTO HOURS, MINUTES, AND SECONDS
486 done=false
487 while [[ $done = false ]]
488 do
489    if (( $cputime <= 0 ))
490    then
491       printf "\n  +++ wrong cpu-time or cpu-time missing"
492       printf "\n  >>> Please type cpu-time in seconds as INTEGER:"
493       printf "\n  >>> "
494       read  cputime  1>/dev/null  2>&1
495    else
496       done=true
497    fi
498 done
499 if [[ $remote_host = nech ]]
500 then
501    if (( tasks_per_node != 0 ))
502    then
503       (( cputime = cputime * tasks_per_node ))
504    elif [[ $numprocs != 0 ]]
505    then
506       (( cputime = cputime * numprocs ))
507    fi
508 fi
509 (( stunden  = cputime / 3600 ))
510 (( resttime = cputime - stunden * 3600 ))
511 (( minuten  = resttime / 60 ))
512 (( sekunden = resttime - minuten * 60 ))
513 timestring=${stunden}:${minuten}:${sekunden}
514
515
516
517    # CHECK THE MEMORY DEMAND
518 done=false
519 while [[ $done = false ]]
520 do
521    if (( memory <= 0 ))
522    then
523       printf "\n  +++ wrong memory demand or memory demand missing"
524       printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
525       printf "\n  >>> "
526       read  memory  1>/dev/null  2>&1
527    else
528       done=true
529    fi
530 done
531
532 if [[ $remote_host = nech ]]
533 then
534    if (( tasks_per_node != 0 ))
535    then
536       (( Memory = memory * tasks_per_node / 1000 ))
537    elif [[ $numprocs != 0 ]]
538    then
539       (( Memory = memory * numprocs / 1000 ))
540    else
541       (( Memory = memory / 1000 ))
542    fi
543 elif [[ $remote_host = lctit ]]
544 then
545    (( Memory = memory * tasks_per_node / 1000 ))
546 fi
547
548
549    # MEMORY DEMAND IN CASE OF OPENMP-USAGE ON IBM-SYSTEMS
550 if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
551 then
552    (( memory = memory * threads_per_task ))
553 fi
554
555
556    # CALCULATE NUMBER OF REQUIRED NODES
557 if (( tasks_per_node != 0 ))
558 then
559    (( nodes = ( numprocs - 1 ) / ( tasks_per_node * threads_per_task ) + 1 ))
560 fi
561
562
563    # CALCULATE NUMBER OF PROCESSES PER NODE
564 (( processes_per_node = tasks_per_node * threads_per_task ))
565
566
567    # CALCULATE NUMBER OF MPI TASKS
568 (( mpi_tasks = numprocs / threads_per_task ))
569
570
571    # SET PORT NUMBER OPTION FOR CALLS OF ssh/scp, subjob AND batch_scp SCRIPTS
572 if [[ "$scp_port" != "" ]]
573 then
574    PORTOPT="-P $scp_port"
575    SSH_PORTOPT="-p $scp_port"
576 fi
577
578
579    # HEADER-OUTPUT
580 if [[ $verify = true ]]
581 then
582    printf "\n\n"
583    printf "#--------------------------------------------------------------# \n"
584    spalte1=SUBJOB;spalte2=$(date)
585    printf "| %-20s%40s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
586    printf "|                                                              | \n"
587    printf "| values of parameters/options:                                | \n"
588    spalte1=$(echo local_host$punkte | cut -c-20)
589    spalte2=$punkte$local_host
590    printf "| %-20s%40s | \n" "$spalte1" "${spalte2: -40}"
591    spalte1=$(echo remote_host$punkte | cut -c-20)
592    spalte2=$punkte$remote_host
593    printf "| %-20s%40s | \n" "$spalte1" "${spalte2: -40}"
594    spalte1=$(echo queue$punkte | cut -c-20)
595    spalte2=$punkte$queue
596    printf "| %-20s%40s | \n" "$spalte1" "${spalte2: -40}"
597    spalte1=$(echo memory$punkte | cut -c-20)
598    spalte2="$punkte$memory mb"
599    printf "| %-20s%40s | \n" "$spalte1" "${spalte2: -40}"
600    spalte1=$(echo cputime$punkte | cut -c-20)
601    spalte2="$punkte$cputime sec"
602    printf "| %-20s%40s | \n" "$spalte1" "${spalte2: -40}"
603    spalte1=$(echo job_name$punkte | cut -c-20)
604    spalte2="$punkte$job_name"
605    printf "| %-20s%40s | \n" "$spalte1" "${spalte2: -40}"
606    printf "#--------------------------------------------------------------# \n\n"
607
608
609       # QUERY CHECK
610    antwort="dummy"
611    while [[ $antwort != y  &&  $antwort != Y  &&  $antwort != n  &&  $antwort != N ]]
612    do
613       read antwort?" >>> continue (y/n) ? "
614    done
615    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
616    then
617       locat=verify; exit
618    fi
619    printf "\n"
620 fi
621
622    # GENERATE RANDOM IDENTIFIER, AND DETERMINE THE JOBNAME ON THE TARGET HOST
623 identifier=$RANDOM
624 job_on_remhost=${job_name}_${identifier}_$local_host
625 job_to_send=job_to_send_$identifier
626 if [[ $delete_dayfile = false ]]
627 then
628    remote_dayfile=${local_host}_${job_name}_result_$identifier
629    local_dayfile=${remote_host}_${job_name}
630 else
631    remote_dayfile=/dev/null
632 fi
633
634
635    # GENERATE THE BATCH-JOB SCRIPTS (FOR QUEUEING-SYSTEMS qsub/msub/LoadLeveler)
636 if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm  &&  $numprocs != 0 ]]
637 then
638
639       # GENERAL LOADLEVELER SETTINGS
640    execute_in_shell="#!/bin/ksh"
641    use_shell="# @ shell = /bin/ksh"
642    consumable_memory="ConsumableMemory($memory mb)"
643    class="# @ class = $queue"
644    environment="# @ environment = OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task; MP_SHARED_MEMORY=yes"
645    network_to_use="# @ network.mpi = sn_all,shared,us"
646    data_limit="# @ data_limit = 1.76gb"
647    image_size="# @ image_size = 50"
648    wall_clock_limit="# @ wall_clock_limit = ${timestring},$timestring"
649
650    if [[ $email_notification = none ]]
651    then
652       notify_user=""
653    else
654       notify_user="# @ notify_user = $email_notification"
655       if [[ $delete_dayfile = true ]]
656       then
657          notification='# @ notification = never'
658       fi
659    fi
660
661    if [[ $remote_host = ibmh ]]
662    then
663       data_limit=""
664       network_to_use=""
665       class="# @ class = $queue"
666       environment=""
667       rset="# @ rset = RSET_MCM_AFFINITY"
668       task_affinity="# @ task_affinity = core(1)"
669    elif [[ $remote_host = ibmkisti ]]
670    then
671       network_to_use="# @ network.MPI = sn_all,shared,US"
672       wall_clock_limit="# @ wall_clock_limit = $timestring"
673       if [[ $threads_per_task = 1 ]]
674       then
675          rset="# @ rset = RSET_MCM_AFFINITY"
676          mcm_affinity_options="# @ mcm_affinity_options = mcm_mem_pref mcm_sni_none mcm_distribute"
677       fi
678       environment=""
679       use_shell=""
680       data_limit=""
681       image_size=""
682    elif [[ $remote_host = ibmku ]]
683    then
684       execute_in_shell="#!/usr/bin/ksh"
685       use_shell="# @ shell = /usr/bin/ksh"
686       consumable_memory=""
687       environment=""
688       network_to_use="# @ network.mpi = sn_all,shared,us"
689       data_limit=""
690       image_size=""
691    elif [[ $remote_host = ibms ]]
692    then
693       network_to_use="# @ network.mpi = csss,shared,us"
694    fi
695
696    cat > $job_to_send << %%END%%
697$execute_in_shell
698$use_shell
699
700# @ job_type = parallel
701# @ job_name = $job_name
702# @ resources = ConsumableCpus($threads_per_task) $consumable_memory
703# @ output = $remote_dayfile
704# @ error = $remote_dayfile
705$wall_clock_limit
706$image_size
707$class
708$environment
709$network_to_use
710$data_limit
711$rset
712$mcm_affinity_options
713$task_affinity
714$notification
715$notify_user
716
717%%END%%
718
719    if (( nodes > 0 ))
720    then
721
722       if [[ $remote_host != ibmkisti ]]
723       then
724
725          cat >> $job_to_send << %%END%%
726# @ node = $nodes
727# @ tasks_per_node = $processes_per_node
728# @ node_usage = $node_usage
729# @ queue
730
731%%END%%
732
733       else
734
735          cat >> $job_to_send << %%END%%
736# @ total_tasks = $mpi_tasks
737# @ blocking = unlimited
738# @ queue
739
740%%END%%
741
742       fi
743
744    else
745
746       cat >> $job_to_send << %%END%%
747# @ blocking = unlimited
748# @ total_tasks = $numprocs
749# @ node_usage = $node_usage
750# @ queue
751
752%%END%%
753
754    fi
755
756       # WORKAROUND BECAUSE OF SILLY JOB FILTER ON ibmkisti
757    if [[ $remote_host = ibmkisti  &&  $threads_per_task != 1 ]]
758    then
759       echo  "export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task"  >>  $job_to_send
760    fi
761
762 elif [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm  &&  $numprocs = 0 ]]
763 then
764
765    cat > $job_to_send << %%END%%
766#!/bin/ksh
767
768# @ job_type = serial
769# @ node_usage = $node_usage
770# @ job_name = palm
771# @ wall_clock_limit = ${timestring},$timestring
772# @ resources = ConsumableCpus(1) ConsumableMemory(1 gb)
773# @ output = $remote_dayfile
774# @ error = $remote_dayfile
775$class
776$notification
777
778# @ queue
779
780%%END%%
781
782 elif [[ $remote_host = lcbullhh ]]
783 then
784    if [[ $numprocs != 0 ]]
785    then
786       cat > $job_to_send << %%END%%
787#!/bin/bash -l
788#SBATCH -J $job_name
789#SBATCH -t $timestring
790#SBATCH -N $nodes
791#SBATCH --ntasks-per-node=$processes_per_node
792#SBATCH -p $queue
793#SBATCH -o $remote_dayfile
794#SBATCH -e $remote_dayfile
795#SBATCH -A $project_account
796
797$init_cmds
798$module_calls
799
800%%END%%
801
802    else
803       cat > $job_to_send << %%END%%
804#!/bin/bash -l
805#SBATCH -J $job_name
806#SBATCH -t $timestring
807#SBATCH -l ncpus=1
808#SBATCH -l pmem=${memory}mb
809#SBATCH -m abe
810#SBATCH -o $remote_dayfile
811#SBATCH -e $remote_dayfile
812#SBATCH -A $project_account
813
814$init_cmds
815$module_calls
816
817%%END%%
818
819    fi
820
821 elif [[ $remote_host = lccrayb || $remote_host = lccrayh ]]
822 then
823
824    if [[ "$feature" != "" ]]
825    then
826       featuredir="#PBS -l feature=$feature"
827    fi
828
829    if [[ $numprocs != 0 ]]
830    then
831       cat > $job_to_send << %%END%%
832#!/bin/bash
833#PBS -N $job_name
834#PBS -l walltime=$timestring
835#PBS -l nodes=$nodes:ppn=$processes_per_node
836#PBS -o $remote_dayfile
837#PBS -j oe
838#PBS -q $queue
839$featuredir
840
841$module_calls
842
843%%END%%
844
845    else
846
847       continue
848
849    fi
850
851 elif [[ $remote_host = lccrayf ]]
852 then
853
854    if [[ $numprocs != 0 ]]
855    then
856       cat > $job_to_send << %%END%%
857#!/bin/bash -l
858#SBATCH -J $job_name
859#SBATCH -t $timestring
860#SBATCH -N $nodes
861#SBATCH --ntasks-per-node=$processes_per_node
862#SBATCH -p $queue
863#SBATCH -o $remote_dayfile
864#SBATCH -e $remote_dayfile
865
866$init_cmds
867$module_calls
868
869%%END%%
870
871    else
872       cat > $job_to_send << %%END%%
873#!/bin/bash -l
874#SBATCH -J $job_name
875#SBATCH -t $timestring
876#SBATCH -l ncpus=1
877#SBATCH -l pmem=${memory}mb
878#SBATCH -m abe
879#SBATCH -o $remote_dayfile
880#SBATCH -e $remote_dayfile
881
882$init_cmds
883$module_calls
884
885%%END%%
886
887    fi
888
889 elif [[ $remote_host = lcflow ]]
890 then
891    if [[ $numprocs != 0 ]]
892    then
893      pe_set="#$ -pe impi $numprocs"
894    else
895      pe_set="#$ -pe impi 1"
896    fi
897    if [[ $queue = default ]]
898    then
899      queue_set=""
900    else
901      queue_set="#$ -q $queue"
902    fi
903    [[ "$disc_space" = "" ]]  &&  disc_space=50
904
905       cat > $job_to_send << %%END%%
906#!/bin/bash
907#$ -S /bin/bash
908#$ -N $job_name
909#$ -cwd
910#$ -l h_rt=$timestring
911#$ -l h_vmem=${memory}M
912#$ -o $remote_dayfile
913#$ -j y
914$pe_set
915#$ -R y
916#$ -l h_fsize=${disc_space}G
917$queue_set
918
919%%END%%
920
921 elif [[ $remote_host = lck || $remote_host = lckordi || $remote_host = lcsb ]]
922 then
923
924    if [[ $numprocs != 0 ]]
925    then
926       cat > $job_to_send << %%END%%
927#!/bin/ksh
928#PBS -N $job_name
929#PBS -l walltime=$timestring
930#PBS -l ncpus=$numprocs
931#PBS -l pmem=${memory}mb
932#PBS -o $remote_dayfile
933#PBS -l nodes=$nodes:ppn=${processes_per_node}
934#PBS -j oe
935
936mpd &
937
938%%END%%
939
940    else
941       cat > $job_to_send << %%END%%
942#!/bin/ksh
943#PBS -N $job_name
944#PBS -l walltime=$timestring
945#PBS -l ncpus=1
946#PBS -l pmem=${memory}mb
947#PBS -o $remote_dayfile
948#PBS -j oe
949
950%%END%%
951
952    fi
953
954 elif [[ $remote_host = lckiaps ]]
955 then
956
957    if [[ $numprocs != 0 ]]
958    then
959       cat > $job_to_send << %%END%%
960#!/bin/ksh
961#PBS -N $job_name
962#PBS -l walltime=$timestring
963#PBS -l select=1:ncpus=$numprocs
964#PBS -l pmem=${memory}mb
965#PBS -q $queue
966#PBS -o $remote_dayfile
967#PBS -j oe
968#PBS -V
969
970%%END%%
971
972    else
973       cat > $job_to_send << %%END%%
974#!/bin/ksh
975#PBS -N $job_name
976#PBS -l walltime=$timestring
977#PBS -l ncpus=1
978#PBS -l pmem=${memory}mb
979#PBS -o $remote_dayfile
980#PBS -j oe
981
982%%END%%
983
984    fi
985
986 elif [[ $remote_host = lcyon ]]
987 then
988
989    if [[ $numprocs != 0 ]]
990    then
991       cat > $job_to_send << %%END%%
992#!/bin/ksh
993#PBS -N $job_name
994#PBS -l walltime=$timestring
995#PBS -l ncpus=$numprocs
996#PBS -l pmem=${memory}mb
997#PBS -o $remote_dayfile
998#PBS -j oe
999
1000%%END%%
1001
1002    else
1003       cat > $job_to_send << %%END%%
1004#!/bin/ksh
1005#PBS -N $job_name
1006#PBS -l walltime=$timestring
1007#PBS -l ncpus=1
1008#PBS -l pmem=${memory}mb
1009#PBS -o $remote_dayfile
1010#PBS -j oe
1011
1012%%END%%
1013
1014    fi
1015
1016 elif [[ $remote_host = lcxe6 ]]
1017 then
1018
1019    if [[ $numprocs != 0 ]]
1020    then
1021       cat > $job_to_send << %%END%%
1022#!/bin/ksh
1023#PBS -S /bin/ksh
1024#PBS -N $job_name
1025#PBS -A $project_account
1026#PBS -j oe
1027#PBS -l walltime=$timestring
1028#PBS -l mppwidth=${numprocs}
1029#PBS -l mppnppn=${processes_per_node}
1030#PBS -m abe
1031#PBS -o $remote_dayfile
1032$email_directive
1033
1034$init_cmds
1035$module_calls
1036
1037%%END%%
1038
1039    else
1040       cat > $job_to_send << %%END%%
1041#!/bin/ksh
1042#PBS -S /bin/ksh
1043#PBS -N $job_name
1044#PBS -A $project_account
1045#PBS -j oe
1046#PBS -l walltime=$timestring
1047#PBS -l ncpus=1
1048#PBS -l pmem=${memory}mb
1049#PBS -m abe
1050$email_directive
1051#PBS -o $remote_dayfile
1052
1053$init_cmds
1054$module_calls
1055
1056%%END%%
1057
1058    fi
1059
1060 elif [[ $remote_host = lckyoto ]]
1061 then
1062
1063       cat > $job_to_send << %%END%%
1064#!/bin/ksh
1065# @\$-o $remote_dayfile
1066# @\$-eo -oi
1067# @\$-lP 16
1068# @\$-lp 1
1069# @\$-lm 28gb  -llm unlimited -ls unlimited
1070# @\$-q $queue
1071# @\$-Pvn abs_pack
1072##for intel? @\$-Pvn abs_unpack -Pvs unpack -Pvc unpack
1073#. /thin/local/etc/setprofile/intel-11.0.sh
1074#. /thin/local/etc/setprofile/mvapich2-1.4+intel-11.0.sh
1075. ~/.myprofile
1076#. /home2/t/t51254/palm/current_version/myprofile
1077#. /thin/apps/pgi/mpi.sh
1078#
1079env
1080#
1081set -x
1082
1083%%END%%
1084
1085 elif [[ $remote_host = lcxt5m ]]
1086 then
1087
1088    if [[ $numprocs != 0 ]]
1089    then
1090       cat > $job_to_send << %%END%%
1091#!/bin/ksh
1092#PBS -S /bin/ksh
1093#PBS -N $job_name
1094#PBS -j oe
1095#PBS -l walltime=$timestring
1096#PBS -l mppwidth=${numprocs}
1097#PBS -l mppnppn=${processes_per_node}
1098#PBS -m abe
1099#PBS -o $remote_dayfile
1100
1101$init_cmds
1102$module_calls
1103
1104%%END%%
1105
1106    else
1107       cat > $job_to_send << %%END%%
1108#!/bin/ksh
1109#PBS -S /bin/ksh
1110#PBS -N $job_name
1111#PBS -j oe
1112#PBS -l walltime=$timestring
1113#PBS -l ncpus=1
1114#PBS -l pmem=${memory}mb
1115#PBS -m abe
1116#PBS -o $remote_dayfile
1117
1118$init_cmds
1119$module_calls
1120
1121%%END%%
1122
1123    fi
1124
1125 elif [[ $remote_host = lckyuh ]]
1126 then
1127    cat > $job_to_send << %%END%%
1128#!/bin/bash
1129#PJM -L "rscgrp=$queue"
1130#PJM -L "node=$nodes"
1131#PJM --mpi "proc=$numprocs"
1132#PJM -L "elapse=$timestring"
1133#PJM -o $remote_dayfile
1134#PJM -j
1135#PJM -X
1136#PJM --no-stging
1137
1138export LANG=en_US.UTF-8
1139%%END%%
1140
1141 elif [[ $remote_host = lckyut ]]
1142 then
1143    cat > $job_to_send << %%END%%
1144#!/bin/bash
1145#PJM -L "rscgrp=$queue"
1146#PJM -L "vnode=$numprocs"
1147#PJM -L "vnode-core=1"
1148#PJM -L "elapse=$timestring"
1149#PJM --mpi proc=$numprocs
1150#PJM -o $remote_dayfile
1151#PJM -j
1152#PJM -X
1153#PJM --no-stging
1154
1155export LANG=en_US.UTF-8
1156%%END%%
1157
1158 elif [[ $remote_host = nech ]]
1159 then
1160
1161    if (( nodes > 1 ))
1162    then
1163       cat > $job_to_send << %%END%%
1164#!/bin/ksh
1165#PBS -l cpunum_prc=$processes_per_node,cputim_job=$cputime
1166#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb
1167#PBS -b $nodes
1168#PBS -o $remote_dayfile
1169#PBS -N palm
1170#PBS -j o
1171#PBS -T mpisx
1172
1173%%END%%
1174
1175    elif [[ $numprocs != 0 ]]
1176    then
1177       cat > $job_to_send << %%END%%
1178#!/bin/ksh
1179#PBS -l cpunum_prc=$processes_per_node,cputim_job=$cputime
1180#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb
1181#PBS -o $remote_dayfile
1182#PBS -N palm
1183#PBS -j o
1184
1185%%END%%
1186
1187    else
1188       cat > $job_to_send << %%END%%
1189#!/bin/ksh
1190#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb,${qsubtime}=$cputime
1191#PBS -o $remote_dayfile
1192#PBS -j o
1193
1194%%END%%
1195
1196    fi
1197
1198 elif [[ $remote_host = lctit ]]
1199 then
1200    cat > $job_to_send << %%END%%
1201#!/bin/ksh
1202$init_cmds
1203$module_calls
1204
1205%%END%%
1206
1207       # SET OPTIONS FOR SUBMIT-COMMAND
1208    if [[ $tasks_per_node != $processes_per_node ]]
1209    then
1210       submcom="$submcom -W group_list=$group_number -N $job_name -l walltime=$timestring -l select=$nodes:ncpus=$processes_per_node:mpiprocs=$tasks_per_node:mem=${Memory}gb -o $remote_dayfile -j oe -et 1 -q $queue "
1211    else
1212       submcom="$submcom -W group_list=$group_number -N $job_name -l walltime=$timestring -l select=$nodes:ncpus=$processes_per_node:mpiprocs=$tasks_per_node:mem=${Memory}gb -l place=scatter -o $remote_dayfile -j oe -et 1 -q $queue "
1213    fi
1214
1215 else
1216
1217    cat > $job_to_send << %%END%%
1218# @\$-q ${queue}
1219# @\$-l${qsubtime} $timestring
1220# @\$-l${qsubmem} ${memory}mb
1221# @\$-o $remote_dayfile
1222# @\$-eo
1223
1224%%END%%
1225
1226 fi
1227
1228
1229    # IN CASE OF JOBS EXECUTING ON REMOTE-HOSTS, THE TRANSFER OF THE DAYFILES
1230    # TO THE LOCAL HOSTS WILL BE INITIATED BY TRAP ON EXIT
1231    # NO TRANSFER POSSIBLE ON IBM IN SEOUL
1232 if [[ $delete_dayfile = false  &&  $remote_host != $local_host ]]
1233 then
1234    echo "set +vx"                              >>  $job_to_send
1235    echo "trap '"                               >>  $job_to_send
1236    echo "set +vx"                              >>  $job_to_send
1237    if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm  ||  $remote_host = lcbullhh  ||  $remote_host = lccrayb  ||  $remote_host = lccrayh  ||  $(echo $remote_host | cut -c1-3) = nec  ||  $remote_host = lcflow  ||  $remote_host = lckiaps  ||  $remote_host = lckyu* || $remote_host = lcxe6 ]]
1238    then
1239       if [[ $remote_host = ibmh ]]
1240       then
1241          return_queue=c1
1242       elif [[ $remote_host = ibmkisti ]]
1243       then
1244          return_queue=class.1-2
1245       elif [[ $remote_host = ibmku ]]
1246       then
1247          return_queue=sdbg2
1248       elif [[ $remote_host = ibms ]]
1249       then
1250          return_queue=p_normal
1251       elif [[ $remote_host = lcbullhh ]]
1252       then
1253          return_queue=shared
1254       elif [[ $remote_host = lccrayb || $remote_host = lccrayh ]]
1255       then
1256          return_queue=dataq
1257       elif [[ $remote_host = lcxe6 ]]
1258       then
1259          return_queue=debug
1260       elif [[ $remote_host = lckiaps ]]
1261       then
1262          return_queue=express
1263       elif [[ $remote_host = lckyuh ]]
1264       then
1265          return_queue=cx-single
1266       elif [[ $remote_host = lckyut ]]
1267       then
1268          return_queue=cx-single
1269       else
1270          return_queue=unknown
1271       fi
1272
1273       if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
1274       then
1275
1276          if [[ $remote_host = ibmku ]]
1277          then
1278             echo "echo \"#!/usr/bin/ksh\" >> scpjob.$identifier"            >>  $job_to_send
1279             echo "echo \"# @ shell = /usr/bin/ksh\" >> scpjob.$identifier"  >>  $job_to_send
1280          else
1281             echo "echo \"#!/bin/ksh\" >> scpjob.$identifier"                >>  $job_to_send
1282          fi
1283          echo "echo \"# @ job_type = serial\" >> scpjob.$identifier"    >>  $job_to_send
1284          echo "echo \"# @ job_name = transfer\" >> scpjob.$identifier"  >>  $job_to_send
1285          echo "echo \"# @ resources = ConsumableCpus(1) ConsumableMemory(1 gb)\" >> scpjob.$identifier"  >>  $job_to_send
1286          echo "echo \"# @ wall_clock_limit = 00:10:00,00:10:00\" >> scpjob.$identifier "  >>  $job_to_send
1287          echo "echo \"# @ output = job_queue/last_job_transfer_protocol\" >> scpjob.$identifier"  >>  $job_to_send
1288          echo "echo \"# @ error = job_queue/last_job_transfer_protocol\" >> scpjob.$identifier"  >>  $job_to_send
1289          if [[ $host != "ibmh" ]]
1290          then
1291             echo "echo \"# @ class = $return_queue\" >> scpjob.$identifier"  >>  $job_to_send
1292          fi
1293          echo "echo \"# @ image_size = 10\" >> scpjob.$identifier"      >>  $job_to_send
1294          echo "echo \"# @ notification = never\" >> scpjob.$identifier" >>  $job_to_send
1295
1296          echo "echo \"# @ queue\" >> scpjob.$identifier"                >>  $job_to_send
1297          echo "echo \" \" >> scpjob.$identifier"                        >>  $job_to_send
1298
1299          echo "echo \"set -x\" >> scpjob.$identifier"                   >>  $job_to_send
1300          echo "echo \"batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user  $local_address  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \\\"$job_catalog\\\"  $local_dayfile\" >> scpjob.$identifier"  >>  $job_to_send
1301          if [[ $remote_host = ibmku ]]
1302          then
1303             echo "echo \"rm  scpjob.$identifier\" >> scpjob.$identifier"   >>  $job_to_send
1304          fi
1305          echo "echo \"exit\" >> scpjob.$identifier"                     >>  $job_to_send
1306
1307       elif [[ $remote_host = nech ]]
1308       then
1309          echo "cd /pf/b/${remote_user}/job_queue" >>  $job_to_send
1310          echo "cat > scpjob.$identifier << %%END%%"  >>  $job_to_send
1311          echo "#PBS -l ${qsubmem}=1GB,${qsubtime}=100"  >>  $job_to_send
1312          echo "#PBS -o last_job_transfer_protocol"      >>  $job_to_send
1313          echo "#PBS -j o"                         >>  $job_to_send
1314          echo " "                                 >>  $job_to_send
1315          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
1316          echo "cd /pf/b/${remote_user}/job_queue" >>  $job_to_send
1317          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_address  $remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1318          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1319          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
1320
1321       elif [[ $remote_host = lcbullhh ]]
1322       then
1323          echo "cat > scpjob.$identifier << %%END%%"        >>  $job_to_send
1324          echo "#!/bin/bash"                             >>  $job_to_send
1325          echo "#SBATCH --job-name=job_protocol_transfer" >>  $job_to_send
1326          echo "#SBATCH -t 00:20:00"                     >>  $job_to_send
1327          echo "#SBATCH -N 1"                            >>  $job_to_send
1328          echo "#SBATCH -n 1"                            >>  $job_to_send
1329          echo "#SBATCH -o \$HOME/job_queue/last_job_transfer_protocol"      >>  $job_to_send
1330          echo "#SBATCH -o $remote_dayfile"              >>  $job_to_send
1331          echo "#SBATCH -e $remote_dayfile"              >>  $job_to_send
1332          echo "#SBATCH -A $project_account"             >>  $job_to_send
1333          echo "#SBATCH -p $return_queue"                >>  $job_to_send
1334          echo " "                                       >>  $job_to_send
1335          echo "set -x"                                  >>  $job_to_send
1336          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_address  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1337          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1338          echo "%%END%%"                                 >>  $job_to_send
1339
1340       elif [[ $remote_host = lckyuh ]]
1341       then
1342          echo "cat > scpjob.$identifier << %%END%%"  >>  $job_to_send
1343          echo "#!/bin/bash"                       >>  $job_to_send
1344          echo "#PJM -L \"node=1\""                >>  $job_to_send
1345          echo "#PJM -L \"rscgrp=$return_queue\""  >>  $job_to_send
1346          echo "#PJM --no-stging"                  >>  $job_to_send
1347          echo "#PJM -L \"elapse=30:00\""          >>  $job_to_send
1348          echo "#PJM -o \$HOME/job_queue/last_job_transfer_protocol"  >>  $job_to_send
1349          echo "#PJM -j"                           >>  $job_to_send
1350          echo " "                                 >>  $job_to_send
1351          echo "export LANG=en_US.UTF-8"           >>  $job_to_send
1352          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
1353          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_address  $remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1354          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1355          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
1356
1357       elif [[ $remote_host = lckyut ]]
1358       then
1359          echo "cat > scpjob.$identifier << %%END%%"  >>  $job_to_send
1360          echo "#!/bin/bash"                       >>  $job_to_send
1361          echo "#PJM -L \"vnode=1\""               >>  $job_to_send
1362          echo "#PJM -L \"rscgrp=$return_queue\""  >>  $job_to_send
1363          echo "#PJM --no-stging"                  >>  $job_to_send
1364          echo "#PJM -L \"elapse=30:00\""          >>  $job_to_send
1365          echo "#PJM -o \$HOME/job_queue/last_job_transfer_protocol"  >>  $job_to_send
1366          echo "#PJM -j"                           >>  $job_to_send
1367          echo " "                                 >>  $job_to_send
1368          echo "export LANG=en_US.UTF-8"           >>  $job_to_send
1369          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
1370          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_address  $remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1371          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1372          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
1373
1374       elif [[ $remote_host = lccrayb || $remote_host = lccrayh ]]
1375       then
1376          echo "cat > scpjob.$identifier << %%END%%"        >>  $job_to_send
1377          echo "#!/bin/bash"                             >>  $job_to_send
1378          echo "#PBS -N job_protocol_transfer"           >>  $job_to_send
1379          echo "#PBS -l walltime=00:30:00"               >>  $job_to_send
1380          echo "#PBS -l nodes=1:ppn=1"                   >>  $job_to_send
1381          echo "#PBS -o \$HOME/job_queue/last_job_transfer_protocol"      >>  $job_to_send
1382          echo "#PBS -j oe"                              >>  $job_to_send
1383          echo " "                                       >>  $job_to_send
1384          echo "set -x"                                  >>  $job_to_send
1385          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_address  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1386          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1387          echo "%%END%%"                                 >>  $job_to_send
1388
1389       elif [[ $remote_host = lcflow ]]
1390       then
1391          echo "cat > scpjob.${identifier}.tmp << %%END%%"                  >>  $job_to_send
1392          echo "#!/bin/bash"                                             >>  $job_to_send
1393          echo "SGEPREFIX -S /bin/bash"                                  >>  $job_to_send
1394          echo "SGEPREFIX -N transfer_$job_name"                         >>  $job_to_send
1395          echo "SGEPREFIX -cwd"                                          >>  $job_to_send
1396          echo "SGEPREFIX -l h_rt=01:00:00"                              >>  $job_to_send
1397          echo "SGEPREFIX -l h_vmem=500M"                                >>  $job_to_send
1398          echo "SGEPREFIX -j y"                                          >>  $job_to_send
1399          echo "SGEPREFIX -o ${local_host}_${job_name}_scpjob_$identifier"  >>  $job_to_send 
1400          echo " "                                                       >>  $job_to_send 
1401          echo "set -x"                                                  >>  $job_to_send 
1402          echo "export PALM_BIN=$PALM_BIN" | sed -e 's:'$HOME':$HOME:'   >>  $job_to_send
1403          echo "export PATH=\$PATH:\$PALM_BIN"                           >>  $job_to_send
1404          echo ""                                 >>  $job_to_send         
1405          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_address  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1406          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1407          echo "rm -f scpjob.${identifier}"                                 >>  $job_to_send         
1408          echo "%%END%%"                                                 >>  $job_to_send
1409          echo "sed -e 's/SGEPREFIX/#$/g' scpjob.${identifier}.tmp > scpjob.${identifier}" >>  $job_to_send         
1410          echo "rm -f scpjob.${identifier}.tmp"                             >>  $job_to_send         
1411       elif [[ $remote_host = lcxe6 ]]
1412       then
1413          echo "cat > scpjob.${identifier}  << %%END%%"  >>  $job_to_send
1414          echo "#!/bin/ksh"                              >>  $job_to_send
1415          echo "#PBS -N job_protocol_transfer"           >>  $job_to_send
1416          echo "#PBS -l walltime=00:30:00"               >>  $job_to_send
1417          echo "#PBS -A $project_account"                >>  $job_to_send
1418          echo "#PBS -l mppwidth=1"                      >>  $job_to_send
1419          echo "#PBS -l mppnppn=1"                       >>  $job_to_send
1420          echo "#PBS -o \$HOME/job_queue/last_job_transfer_protocol"  >>  $job_to_send
1421          echo "#PBS -j oe"                              >>  $job_to_send
1422          echo " "                                       >>  $job_to_send
1423          echo "set -x"                                  >>  $job_to_send
1424          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_address  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1425          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1426          echo "%%END%%"                                 >>  $job_to_send
1427       else
1428
1429          echo "cat > scpjob.$identifier << %%END%%"  >>  $job_to_send
1430          echo "# @\\\$-q $return_queue"           >>  $job_to_send
1431          echo "# @\\\$-l${qsubtime} 10"           >>  $job_to_send
1432          echo "# @\\\$-l${qsubmem} 10mb"          >>  $job_to_send
1433          if [[ $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5  ||  $remote_host = t3es ]]
1434          then
1435             echo "# @\$-l mpp_p=0"                >>  $job_to_send
1436          fi
1437          echo '# @\$-lF 10mb'                     >>  $job_to_send
1438          echo '# @\$-o job_queue/last_job_transfer_protocol'    >>  $job_to_send
1439          echo '# @\\\$-eo'                          >>  $job_to_send
1440          echo " "                                 >>  $job_to_send
1441          if [[ $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5 ]]
1442          then
1443             echo "set +vx"                        >>  $job_to_send
1444             echo ". .profile"                     >>  $job_to_send
1445          fi
1446          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
1447          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_address  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile  >  /dev/null"  >>  $job_to_send
1448          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1449          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
1450
1451       fi
1452
1453       if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
1454       then
1455          echo "llsubmit  scpjob.$identifier"      >>  $job_to_send
1456       elif [[ $remote_host = lcbullhh ]]
1457       then
1458          echo "sbatch  scpjob.$identifier"               >>  $job_to_send
1459       elif [[ $remote_host = lccrayb || $remote_host = lccrayh ]]
1460       then
1461          echo "msub -q $return_queue  scpjob.$identifier"               >>  $job_to_send
1462       elif [[ $remote_host = t3eb  ||  $remote_host = t3eh  ||  $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5 ]]
1463       then
1464          echo "qsub -J n  scpjob.$identifier"     >>  $job_to_send
1465       elif [[ $remote_host = t3es ]]
1466       then
1467          echo "qsub -J n  -s /bin/ksh  scpjob.$identifier"     >>  $job_to_send
1468       elif [[ $remote_host = lckiaps ]]
1469       then
1470          echo "mv  scpjob.$identifier  $job_catalog"           >>  $job_to_send
1471          echo "ssh $SSH_PORTOPT ${remote_username}@${remote_address}  \"$submcom ${job_catalog}/scpjob.$identifier\" "  >>  $job_to_send
1472          echo "rm  ${job_catalog}/scpjob.$identifier"          >>  $job_to_send
1473       elif [[ $remote_host = lckyu* ]]
1474       then
1475          echo "scp $PORTOPT scpjob.$identifier  ${remote_username}@${remote_address}:job_queue"           >>  $job_to_send
1476          echo "ssh $SSH_PORTOPT ${remote_username}@${remote_address}  \"cd job_queue; $submcom scpjob.$identifier; rm scpjob.$identifier\" "  >>  $job_to_send
1477       elif [[ $remote_host = lcflow ]]
1478       then
1479          echo "mv  scpjob.$identifier  $job_catalog"           >>  $job_to_send
1480          echo "/usr/bin/ssh ${remote_username}@${remote_address}  \"$init_cmds $module_calls cd $job_catalog; $submcom scpjob.$identifier\" "  >>  $job_to_send
1481       else
1482          echo "$submcom  scpjob.$identifier"      >>  $job_to_send
1483       fi
1484       if [[ $remote_host != ibmku  &&  $remote_host != lckiaps ]]
1485       then
1486          echo "rm  scpjob.$identifier"            >>  $job_to_send
1487       fi
1488       if [[ $remote_host = nech ]]
1489       then
1490          echo "cd -"                           >>  $job_to_send
1491       fi
1492    else
1493#       echo "ftpcopy  -d  $local_address  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1494       # ??? funktioniert das ÃŒberhaupt noch ???
1495       echo "nohup  ftpcopy  -d  -w 15  $local_address  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile  >  /dev/null  &"  >>  $job_to_send
1496    fi
1497    echo "set -x"                               >>  $job_to_send
1498    echo "     ' exit"                          >>  $job_to_send
1499    echo "set -x"                               >>  $job_to_send
1500 fi
1501
1502
1503    # APPEND THE JOB-FILE (CREATE BY mrun) TO THE JOB-DIRECTIVES GENERATED ABOVE
1504 cat  $file_to_send  >>  $job_to_send
1505
1506 if [[ $remote_host = ibm ]]
1507 then
1508    echo " "         >>  $job_to_send
1509    echo "exit"      >>  $job_to_send
1510 fi
1511
1512    # REMOVE JOB-FILE
1513 if [[ $remote_host = lctit  ||  $remote_host = ibmku  ||  $remote_host = lcflow ]]
1514 then
1515    echo " "                               >>  $job_to_send
1516    echo "rm ~/job_queue/$job_on_remhost"  >>  $job_to_send
1517 fi
1518
1519
1520    # TRANSFER JOB TO THE TARGET HOST (JOB-DIRECTORY)
1521 if [[ $no_submit = false ]]
1522 then
1523    if [[ $remote_host != $local_host ]]
1524    then
1525       [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n >>> transfering job to \"$remote_host\"..."
1526       if [[ $remote_host = ibms ]]    # ssh on ibms cannot handle "~/"
1527       then
1528          job_catalog_save=$job_catalog
1529          job_catalog=job_queue
1530       elif [[ $remote_host = nech ]]
1531       then
1532          job_catalog_save=$job_catalog
1533          job_catalog=/hpf/b/${remote_user}/job_queue
1534       fi
1535       if [[ $remote_host = nech ]]
1536       then
1537             # FILES CAN ONLY BE TRANSFERED VIA DKRZ'S ARCHIVE-SERVER
1538          scp  $PORTOPT  $job_to_send  ${remote_user}@136.172.44.205:${job_catalog}/$job_on_remhost
1539       else
1540          scp  $PORTOPT  $job_to_send  ${remote_user}@${remote_address}:${job_catalog}/$job_on_remhost
1541       fi
1542       if [[ $? = 1 ]]
1543       then
1544          locat=scp; exit
1545       fi
1546       if [[ $remote_host = ibms ]]
1547       then
1548          job_catalog=$job_catalog_save
1549       fi
1550       [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n >>> finished\n"
1551    else
1552       eval  job_catalog=$job_catalog
1553       cp  $job_to_send  ${job_catalog}/$job_on_remhost
1554    fi
1555
1556
1557
1558       # START NQS- / LOADLEVELER-JOB
1559    if [[ $remote_host != $local_host ]]
1560    then
1561       [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n >>> submitting job using \"qsub\"...\n"
1562
1563       if [[ $remote_host = ibmku ]]
1564       then
1565          ssh  $SSH_PORTOPT $remote_address  -l $remote_user  "cd $job_catalog; $submcom $job_on_remhost"
1566       elif [[ $remote_host = lcflow ]]
1567       then
1568          /usr/bin/ssh  $SSH_PORTOPT $remote_address  -l $remote_user  "$init_cmds $module_calls cd $job_catalog; $submcom $job_on_remhost"
1569       else
1570          ssh  $SSH_PORTOPT $remote_address  -l $remote_user  "cd $job_catalog; $submcom $job_on_remhost; rm $job_on_remhost"
1571       fi
1572
1573       [[ $verify = true ]]  &&  printf " >>> o.k.\n"
1574    else
1575       cd  $job_catalog
1576       if [[ $(echo $local_host | cut -c1-3) = ibm  ||  $(echo $local_host | cut -c1-6) = lccray ]]
1577       then
1578          eval  $submcom  $job_on_remhost
1579       elif [[  $local_host = lctit  ||  $localhost = lcxe6  ||  $localhost = lck  || $localhost = lckordi ||  $localhost = lcyon || $localhost = lcsb  ||  $localhost = lckyu* ]]
1580       then
1581          chmod  u+x  $job_on_remhost
1582          eval  $submcom  $job_on_remhost
1583       elif [[ $local_host = nech ]]
1584       then
1585          if [[ $queue = default ]]
1586          then
1587             eval  $submcom  $job_on_remhost
1588          else
1589             eval  $submcom  -q $queue  $job_on_remhost
1590          fi
1591       elif [[ $local_host = lcbullhh ]]
1592       then
1593          if [[ $queue = default ]]
1594          then
1595             eval  $submcom  $job_on_remhost
1596          fi
1597       else
1598          qsub  $job_on_remhost
1599       fi
1600
1601          # JOBFILE MUST NOT BE DELETED ON lctit/ibmku/lcflow. THIS WILL BE DONE
1602          # AT THE END OF THE JOB
1603       if [[ $local_host != lctit  &&  $local_host != ibmku  &&  $local_host != lcflow ]]
1604       then
1605          rm  $job_on_remhost
1606       fi
1607       cd  -  > /dev/null
1608    fi
1609 fi
1610
1611    # FINAL ACTIONS
1612 if [[ $no_submit = false ]]
1613 then
1614    rm  -f $job_to_send
1615 fi
1616 [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n\n *** SUBJOB finished \n\n"
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.