source: palm/trunk/SCRIPTS/subjob @ 1222

Last change on this file since 1222 was 1204, checked in by witha, 11 years ago

further script adjustments for Forwind cluster (lcflow)

  • Property svn:keywords set to Id Rev
File size: 55.8 KB
Line 
1#!/bin/ksh
2
3# subjob - script for automatic generation and submission of batch-job files
4#          for various batch queuing systems
5
6#--------------------------------------------------------------------------------#
7# This file is part of PALM.
8#
9# PALM is free software: you can redistribute it and/or modify it under the terms
10# of the GNU General Public License as published by the Free Software Foundation,
11# either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
12#
13# PALM is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
14# WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR
15# A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16#
17# You should have received a copy of the GNU General Public License along with
18# PALM. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19#
20# Copyright 1997-2012  Leibniz University Hannover
21#--------------------------------------------------------------------------------#
22#
23# Current revisions:
24# ------------------
25#
26#
27# Former revisions:
28# -----------------
29# $Id: subjob 1204 2013-07-11 12:50:09Z raasch $
30#
31# 1202 2013-07-10 16:22:07Z witha
32# adjustments for Forwind cluster (lcflow)
33#
34# 1199 2013-07-05 14:52:22Z raasch
35# adjustments for CSC Helsinki (lccrayf)
36#
37# use of cluster/express queue enabled (ibmh)
38# vinessa added (imuk)
39#
40# 1103 2013-02-20 02:15:53Z raasch
41# bash compatibility adjustments (usage of OPTIND, output formatting with printf
42# instead typeset -L/R),
43# further adjustments for lckyuh
44#
45# 2013-02-10 01:47:43Z raasch
46# adjustments for Kyushu-Univeristy computing center (lckyuh - hayaka)
47# and for Forwind cluster (lcflow)
48#
49# 1094 2013-02-03 01:52:12Z raasch
50# new option -P for explicit setting of ssh/scp port,
51# decalpha parts (yonsei) removed
52#
53# 2013-02-02 07:06:13Z raasch
54# adjustments for Kyushu-University computing center (lckyut - tatara)
55# old changelog messages removed
56#
57# 1046 2012-11-09 14:38:45Z maronga
58# code put under GPL (PALM 3.9)
59#
60# 08/07/94 - Siggi - first version finished
61# 29/06/94 - Siggi - script development started
62#--------------------------------------------------------------------------------#
63# subjob - script for automatic generation and submission of batch-job files
64#          for various batch queuing systems
65#--------------------------------------------------------------------------------#
66
67
68    # VARIABLENVEREINBARUNGEN + DEFAULTWERTE
69 delete_dayfile=false
70 email_notification=none
71 group_number=none
72 locat=normal
73 no_default_queue=none
74 no_submit=false
75 job_catalog="~/job_queue"
76 job_name=none
77 local_user=$LOGNAME
78 node_usage=shared
79 numprocs=0
80 punkte="..........................................................."
81 submcom=qsub
82 queue=default
83 remote_host=none
84 remote_user=""
85 verify=true
86
87 typeset  -i   cputime=memory=Memory=0  minuten  resttime  sekunden  stunden
88 typeset  -i   inumprocs  mpi_tasks=nodes=processes_per_node=0 tasks_per_node=threads_per_task=1
89
90
91
92    # FEHLERBEHANDLUNG
93    # BEI EXIT:
94 trap 'if [[ $locat != normal ]]
95       then
96          case  $locat  in
97             (option)  printf "\n  --> available optios can be displayed"
98                       printf " by typing:"
99                       printf "\n      \"subjob ?\" \n";;
100             (ftpcopy|parameter|scp|verify)  printf "\n";;
101             (*)       printf "\n  +++ unknown error"
102                       printf "\n      please inform S. Raasch!\n"
103          esac
104          [[ -f $job_to_send ]]  &&  rm  $job_to_send
105          printf "\n\n+++ SUBJOB killed \n\n"
106       fi' exit
107
108
109    # BEI TERMINAL-BREAK:
110 trap '[[ -f $job_to_send ]]  &&  rm  $job_to_send
111       printf "\n\n+++ SUBJOB killed \n\n"
112       exit
113      ' 2
114
115
116
117
118    # LOKALEN HOSTNAMEN FESTSTELLEN
119 local_host=$(hostname)
120
121
122
123    # HOSTSPEZIFISCHE VARIABLEN VEREINBAREN BZW. PRUEFEN, OB LOKALER HOST
124    # UEBERHAUPT ZULAESSIG IST
125    # Note: One of the entries for "lck" or "lckordi" always has to be
126    # comment out, because the hostname (node*) is same for both machines
127 case  $local_host  in
128     (ambiel-lx)             local_addres=134.106.74.48;  local_host=lcfor;;
129     (atmos)                 local_addres=172.20.25.35;   local_host=lcide;;
130     (autan)                 local_addres=130.75.105.57;  local_host=lcmuk;;
131     (bora)                  local_addres=130.75.105.103; local_host=lcmuk;;
132     (bd1)                   local_addres=130.73.232.64;  local_host=lcsgib;;
133     (bd2)                   local_addres=130.73.232.65;  local_host=lcsgib;;
134     (bd3)                   local_addres=130.73.232.66;  local_host=lcsgib;;
135     (bd4)                   local_addres=130.73.232.67;  local_host=lcsgib;;
136     (b01*|bicegate1)        local_addres=130.73.232.102; local_host=lcsgib;;
137     (b04*)                  local_addres=133.5.4.33;     local_host=lckyuh;;
138     (bicegate2)             local_addres=130.73.232.103; local_host=lcsgib;;
139     (blizzard1)             local_addres=136.172.40.15;  local_host=ibmh;;
140     (breva)                 local_addres=130.75.105.98;  local_host=lcmuk;;
141     (buran)                 local_addres=130.75.105.58;  local_host=lcmuk;;
142     (caurus)                local_addres=130.75.105.19;  local_host=lcmuk;;
143     (climate*)              local_addres=165.132.26.68;  local_host=lcyon;;
144     (clogin*)               local_addres=86.50.166.21;   local_host=lccrayf;;
145     (compute-*.local)       local_addres=172.20.4.2;     local_host=lcfimm;;
146     (cs*)                   local_addres=136.172.44.131; local_host=nech;;
147     (elephanta)             local_addres=130.75.105.6;   local_host=lcmuk;;
148     (fimm.bccs.uib.no)      local_addres=172.20.4.2;     local_host=lcfimm;;
149     (flow01)                local_addres=10.141.255.71;  local_host=lcflow;;
150     (flow02)                local_addres=10.141.255.72;  local_host=lcflow;;
151     (node*)                 local_addres=165.132.26.61   local_host=lck;;
152   #  (node*)                 local_addres=210.219.61.8    local_host=lckordi;;
153     (gaia*)                 local_addres=150.183.146.24; local_host=ibmkisti;;
154     (gallego)               local_addres=130.75.105.10;  local_host=lcmuk;;
155     (gfdl5)                 local_addres=165.132.26.58;  local_host=ibmy;;
156     (gregale)               local_addres=130.75.105.109; local_host=lcmuk;;
157     (hababai)               local_addres=130.75.105.108; local_host=lcmuk;;
158     (hayaka*)               local_addres=133.5.4.33;     local_host=lckyuh;;
159     (hexagon.bccs.uib.no)   local_addres=129.177.20.113; local_host=lcxe6;;
160     (hd1)                   local_addres=130.75.4.104;   local_host=lcsgih;;
161     (hd2)                   local_addres=130.75.4.105;   local_host=lcsgih;;
162     (hd3)                   local_addres=130.75.4.106;   local_host=lcsgih;;
163     (hd4)                   local_addres=130.75.4.107;   local_host=lcsgih;;
164     (hicegate0)             local_addres=130.75.4.101;   local_host=lcsgih;;
165     (h01*|hicegate1)        local_addres=130.75.4.102;   local_host=lcsgih;;
166     (hicegate2)             local_addres=130.75.4.103;   local_host=lcsgih;;
167     (hx*)                   local_addres=133.3.51.11;    local_host=lckyoto;;
168     (inferno)               local_addres=130.75.105.5;   local_host=lcmuk;;
169     (irifi)                 local_addres=130.75.105.104; local_host=lcmuk;;
170     (sno)                   local_addres=130.75.105.113; local_host=lcmuk;;
171     (levanto)               local_addres=130.75.105.45;  local_host=lcmuk;;
172     (login*)                local_addres=118.128.66.223; local_host=lckiaps;;
173     (maestro)               local_addres=130.75.105.2;   local_host=lcmuk;;
174     (meller)                local_addres=134.106.74.155; local_host=lcfor;;
175     (meteo-login*)          local_addres=193.166.211.144;local_host=lcxt5m;;
176     (hexagon*)              local_addres=129.177.20.113; local_host=lcxe6;;
177     (nobel*)                local_addres=150.183.5.101;  local_host=ibms;;
178     (orkan)                 local_addres=130.75.105.3;   local_host=lcmuk;;
179     (ostria)                local_addres=130.75.105.106; local_host=lcmuk;;
180     (paesano)               local_addres=130.75.105.46;  local_host=lcmuk;;
181     (pcj*)                  local_addres=172.31.120.1;   local_host=lckyut;;
182     (pingui)                local_addres=134.106.74.118; local_host=lcfor;;
183     (quanero)               local_addres=130.75.105.107; local_host=lcmuk;;
184     (rte*)                  local_addres=133.5.185.60;   local_host=lcrte;;
185     (r1*)                   local_addres=130.75.4.102;   local_host=lcsgih;;
186     (r2*)                   local_addres=130.73.232.102; local_host=lcsgib;;
187     (scirocco)              local_addres=172.20.25.41;   local_host=lcmuk;;
188     (shiokaze-lx)           local_addres=134.106.74.123; local_host=lcfor;;
189     (sisu-login*)           local_addres=86.50.166.21;   local_host=lccrayf;;
190     (solano)                local_addres=130.75.105.110; local_host=lcmuk;;
191     (sugoka*)               local_addres=172.31.120.1;   local_host=lckyut;;
192     (sun1|sun2)             local_addres=130.75.6.1;     local_host=unics;;
193     (sx-*)                  local_addres=172.16.1.131;   local_host=necriam;;
194     (t2a*)                  local_addres=10.1.6.165;     local_host=lctit;;
195     (urban*)                local_addres=147.46.30.151   local_host=lcsb;;
196     (vinessa)               local_addres=130.75.105.112; local_host=lcmuk;;
197     (vorias)                local_addres=172.20.25.43;   local_host=lcmuk;;
198     (*.cc.kyushu-u.ac.jp)   local_addres=133.5.4.129;    local_host=ibmku;;
199     (*)                     printf "\n  +++ \"$local_host\" unknown";
200                             printf "\n      please inform S. Raasch!";
201                             locat=parameter; exit;;
202 esac
203
204
205
206    # REMOTE HOST DEFAULTMAESSIG = LOCAL HOST SETZEN
207 remote_host=$local_host
208
209
210
211
212    # PROZEDUROPTIONEN EINLESEN
213 while  getopts  :c:dDe:g:h:m:n:N:O:P:q:t:T:u:vX:  option
214 do
215   case  $option  in
216       (c)   job_catalog=$OPTARG;;
217       (d)   delete_dayfile=true;;
218       (D)   no_submit=true;;
219       (e)   email_notification=$OPTARG;;
220       (g)   group_number=$OPTARG;;
221       (h)   remote_host=$OPTARG;;
222       (m)   memory=$OPTARG;;
223       (n)   job_name=$OPTARG;;
224       (N)   node_usage=$OPTARG;;
225       (O)   threads_per_task=$OPTARG;;
226       (P)   scp_port=$OPTARG;;
227       (q)   no_default_queue=$OPTARG;;
228       (t)   cputime=$OPTARG;;
229       (T)   tasks_per_node=$OPTARG;;
230       (u)   remote_user=$OPTARG;;
231       (v)   verify=false;;
232       (X)   numprocs=$OPTARG;;
233       (\?)  printf "\n  +++ Option $OPTARG unknown \n";
234             locat=option; exit;;
235   esac
236 done
237
238
239    # JOBDATEINAMEN ALS NAECHSTES ARGUMENT HOLEN
240 (( to_shift = $OPTIND - 1 ))
241 shift $to_shift; file_to_send=$1
242
243
244    # KURZE AUFRUFBESCHREIBUNG WIRD HIER AUSGEGEBEN
245 if [ "$1" = "?" ]
246 then
247   (printf "\n  *** subjob can be called as follows:\n"
248    printf "\n      subjob -c.. -d -D -h.. -m.. -q.. -t.. -u.. -v  <jobfile>\n"
249    printf "\n      Description of available options:\n"
250    printf "\n      Option  Description                         Default-Value"
251    printf "\n        -c    job-input- and output-catalog       ~/job_queue"
252    printf "\n        -d    no job-protocol will be created     ---"
253    printf "\n        -D    only the job-file will be created   ---"
254    printf "\n        -h    execution host, available hosts:    $remote_host"
255    printf "\n              ibm, ibmh, ibmkisti, ibmku, ibms, ibmy, lc...,"
256    printf "\n              lckiaps, lctit, nech, necriam, unics"
257    printf "\n        -m    memory demand per process in MByte  ---"
258    printf "\n        -n    jobname                             <jobdatei>"
259    printf "\n        -O    threads per task (for OpenMP usage) 1"
260    printf "\n        -P    ssh/scp port                        default port"
261    printf "\n        -q    job-queue to be used                default"
262    printf "\n        -t    allowed cpu-time in seconds         ---"
263    printf "\n        -T    tasks per node (on parallel hosts)  ---"
264    printf "\n        -u    username on execution host          from .netrc"
265    printf "\n        -v    no prompt for confirmation          ---"
266    printf "\n        -X    # of processors (on parallel hosts) 1"
267    printf "\n "
268    printf "\n      The only possible positional parameter is <jobfile>:"
269    printf "\n      The complete NQS-job must be provided here."
270    printf "\n      <jobfile>=? creates this outline\n\n") | more
271    exit
272 fi
273
274
275
276    # PRUEFEN, OB JOBDATEI ANGEGEBEN WURDE UND OB SIE AUCH EXISTIERT
277 if [[ "$file_to_send" = "" ]]
278 then
279    printf "\n  +++ job-file missing"
280    locat=parameter; exit
281 else
282    if [[ -f $file_to_send ]]
283    then
284       true
285    else
286       printf "\n  +++ job-file: "
287       printf "\n           $file_to_send"
288       printf "\n      does not exist"
289       locat=parameter; exit
290    fi
291 fi
292
293
294
295    # FALLS KEIN JOBNAME ANGEGEBEN WURDE, WIRD JOBNAME = JOBDATEINAME
296    # GESETZT. VORAUSSETZUNG: JOBDATEINAME BEINHALTET KEINE PFADE
297 if [[ $job_name = none ]]
298 then
299    job_name=$file_to_send
300 fi
301 if [[ $(echo $job_name | grep -c "/") != 0 ]]
302 then
303    printf "\n  +++ job-file name: "
304    printf "\n           $job_name"
305    printf "\n      must not contain \"/\"-characters"
306    locat=parameter; exit
307 fi
308
309
310
311
312    # HOSTSPEZIFISCHE GROESSEN VEREINBAREN BZW. ABBRUCH BEI UNZULAESSIGEM HOST
313    # ODER WENN HOST NICHT ANGEGEBEN WURDE
314 if [[ $remote_host = none ]]
315 then
316    printf "\n  +++ host missing"
317    locat=option; exit
318 else
319    case  $remote_host  in
320        (ibm)     queue=p690_standard; remote_addres=134.76.99.81; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
321        (ibmh)    queue=cluster; remote_addres=136.172.40.15; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
322        (ibmkisti) queue=class.32plus; remote_addres=150.183.146.24; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
323        (ibmku)   queue=s4; remote_addres=133.5.4.129; submcom=/usr/local/bin/llsubmit;;
324        (ibms)    queue=p_normal; remote_addres=150.183.5.101; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
325        (ibmy)    queue=parallel; remote_addres=165.132.26.58; submcom=/usr/lpp/LoadL/full/bin/llsubmit;;
326        (lccrayf) queue=small; remote_addres=86.50.166.21; submcom=/opt/slurm/default/bin/sbatch;;
327        (lcfimm)  remote_addres=172.20.4.2; submcom=/opt/torque/bin/qsub;;
328        (lcflow)  remote_addres=10.140.1.71; submcom=/cm/shared/apps/sge/6.2u5p2/bin/lx26-amd64/qsub;;
329        (lckyoto) remote_addres=133.3.51.11; submcom=/thin/local/bin/qsub;;
330        (lcsgib)  queue=smallq; remote_addres=130.73.232.104; submcom=/opt/moab/bin/msub;;
331        (lcsgih)  queue=smallq; remote_addres=130.75.4.101; submcom=/opt/moab/bin/msub;;
332        (lck)     remote_addres=165.132.26.61; submcom=/usr/torque/bin/qsub;;
333        (lckiaps) remote_addres=118.128.66.223; submcom=/cm/shared/apps/pbspro/11.0.2.110766/bin/qsub;;
334        (lckordi) remote_addres=210.219.61.8; submcom=/usr/torque/bin/qsub;;
335        (lckyuh)  remote_addres=133.5.4.33; submcom=/usr/bin/pjsub;;
336        (lckyut)  remote_addres=133.5.4.37; submcom=/usr/bin/pjsub;;
337        (lcsb)    remote_addres=147.46.30.151; submcom=/usr/torque/bin/qsub;;
338        (lctit)   queue=S; remote_addres=10.1.6.165; submcom=/opt/pbs/tools/bin/t2sub;;
339        (lcxe6)   remote_addres=129.177.20.113; submcom=/opt/torque/2.5.10/bin/qsub;;
340        (lcxt5m)  remote_addres=193.166.211.144; submcom=/opt/pbs/10.1.0.91350/bin/qsub;;
341        (lcyon)   remote_addres=165.132.26.68; submcom=/usr/torque/bin/qsub;;
342        (nech)    qsubmem=memsz_job; qsubtime=cputim_job; remote_addres=136.172.44.147; submcom="/usr/local/bin/qsub";;
343        (necriam) qsubmem=memsz_job; qsubtime=cputim_job; remote_addres=172.16.1.131; submcom="/usr/bin/nqsII/qsub";;
344        (vpp)     qsubmem=m; qsubtime=t; queue=vpp; remote_addres=130.75.4.130;;
345        (unics)   qsubmem=d; qsubtime=t; queue=unics; remote_addres=130.75.6.1;;
346        (*)       printf "\n  +++ hostname \"$remote_host\" not allowed";
347                  locat=parameter; exit;;
348    esac
349 fi
350
351
352    # EVTL. PRUEFEN, OB ANGEGEBENE QUEUE ZULAESSIG IST
353 if [[ $no_default_queue != none ]]
354 then
355    error=false
356    ndq=$no_default_queue
357    case  $remote_host  in
358        (ibm)    case  $ndq  in
359                     (p690_express|p690_standard|p690_long)  error=false;;
360                     (*)                                     error=true;;
361                 esac;;
362        (ibmh)   case  $ndq  in
363                     (cluster|express)  error=false;;
364                     (*)                                     error=true;;
365                 esac;;
366        (ibmkisti)   case  $ndq  in
367                     (class.32plus|class.1-2|class.2-32)  error=false;;
368                     (*)                                     error=true;;
369                 esac;;
370        (ibmku)  case  $ndq  in
371                     (sdbg1|sdbg2|sdbg4|s4|s16|s32|s32-s)    error=false;;
372                     (*)                                     error=true;;
373                 esac;;
374        (ibms)   case  $ndq  in
375                     (express|normal|p_express|p_normal|p_normal_1.3|p_normal_1.7|grand)     error=false;;
376                     (*)                                     error=true;;
377                 esac;;
378        (ibmy)   case  $ndq  in
379                     (parallel)                              error=false;;
380                     (*)                                     error=true;;
381                 esac;;
382        (lccrayf) case  $ndq  in
383                     (usup|test*|small|large)                error=false;;
384                     (*)                                     error=true;;
385                 esac;;
386        (lcflow) case  $ndq  in
387                     (cfd_lom_long.q|cfd_him_long.q|cfd_lom_serl.q|cfd_lom_shrt.q|cfd_him_shrt.q)  error=false;;
388                     (*)                                     error=true;;
389                 esac;;
390        (lckiaps) case  $ndq  in
391                     (express|normal)                        error=false;;
392                     (*)                                     error=true;;
393                 esac;;
394        (lckyoto) case  $ndq  in
395                     (eh|ph)                                 error=false;;
396                     (*)                                     error=true;;
397                 esac;;
398        (lckyuh) case  $ndq  in
399                     (fx-dbg|fx-single|fx-small|fx-middle|fx-large)  error=false;;
400                     (*)                                     error=true;;
401                 esac;;
402        (lckyut) case  $ndq  in
403                     (cx-dbg|cx-single|cx-small|cx-middle|cx-large)  error=false;;
404                     (*)                                     error=true;;
405                 esac;;
406        (lcsgib|lcsgih)   case  $ndq  in
407                     (testq|serialq|smallq|mediumq|bigq|workq|dataq|permq|special1q)       error=false;;
408                     (*)                                     error=true;;
409                 esac;;
410        (lctit)  case  $ndq  in
411                     (G|L128|L256|L512H|S|S96|V)             error=false;;
412                     (*)                                     error=true;;
413                 esac;;
414        (t3eb)   case  $ndq  in
415                     (berte|p50|p100|p392|forfree|p25himem)  error=false;;
416                     (*)    error=true;;
417                 esac;;
418        (necriam) case  $ndq  in
419                     (SP|SS|P6)  error=false;;
420                     (*)    error=true;;
421                 esac;;
422        (t3eh)   case  $ndq  in
423                     (para_t3e|em|k|l|lm|comp_t3e|c|p|ht)  error=false;;
424                     (*)    error=true;;
425                 esac;;
426        (t3ej2|t3ej5)  case  $ndq  in
427                     (low|normal|high)  error=false;;
428                     (*)    error=true;;
429                 esac;;
430        (t3es)  case  $ndq  in
431                     (batch|serial-4|pe4|p48|pe16|pe32|pe64|pe128)  error=false;;
432                     (*)    error=true;;
433                 esac;;
434        (unics)  case  $ndq  in
435                     (unics|ht)  error=false;;
436                     (*)         error=true;;
437                 esac;;
438    esac
439    if [[ $error = true ]]
440    then
441       printf "\n  +++ queue \"$no_default_queue\" on host \"$remote_host\" not allowed"
442       locat=parameter; exit
443    else
444       queue=$no_default_queue
445    fi
446 fi
447
448
449
450    # PRUEFEN DER CPU-ZEIT, ZEIT NACH STUNDEN, MINUTEN UND SEKUNDEN
451    # AUFTEILEN
452 done=false
453 while [[ $done = false ]]
454 do
455    if (( $cputime <= 0 ))
456    then
457       printf "\n  +++ wrong cpu-time or cpu-time missing"
458       printf "\n  >>> Please type cpu-time in seconds as INTEGER:"
459       printf "\n  >>> "
460       read  cputime  1>/dev/null  2>&1
461    else
462       done=true
463    fi
464 done
465 if [[ $remote_host = nech ]]
466 then
467    if (( tasks_per_node != 0 ))
468    then
469       (( cputime = cputime * tasks_per_node ))
470    elif [[ $numprocs != 0 ]]
471    then
472       (( cputime = cputime * numprocs ))
473    fi
474 fi
475 (( stunden  = cputime / 3600 ))
476 (( resttime = cputime - stunden * 3600 ))
477 (( minuten  = resttime / 60 ))
478 (( sekunden = resttime - minuten * 60 ))
479 timestring=${stunden}:${minuten}:${sekunden}
480
481
482
483    # PRUEFEN DER KERNSPEICHERANFORDERUNG
484 done=false
485 while [[ $done = false ]]
486 do
487    if (( memory <= 0 ))
488    then
489       printf "\n  +++ wrong memory demand or memory demand missing"
490       printf "\n  >>> Please type memory in  MByte per process  as INTEGER:"
491       printf "\n  >>> "
492       read  memory  1>/dev/null  2>&1
493    else
494       done=true
495    fi
496 done
497
498 if [[ $remote_host = nech  ||  $remote_host = necriam ]]
499 then
500    if (( tasks_per_node != 0 ))
501    then
502       (( Memory = memory * tasks_per_node / 1000 ))
503    elif [[ $numprocs != 0 ]]
504    then
505       (( Memory = memory * numprocs / 1000 ))
506    else
507       (( Memory = memory / 1000 ))
508    fi
509 elif [[ $remote_host = lctit ]]
510 then
511    (( Memory = memory * tasks_per_node / 1000 ))
512 fi
513
514
515    # SPEICHERBERECHNUNG BEI OPENMP-NUTZUNG
516 if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
517 then
518    (( memory = memory * threads_per_task ))
519 fi
520
521
522    # BERECHNUNG DER ANZAHL DER ZU VERWENDENDEN KNOTEN
523 if (( tasks_per_node != 0 ))
524 then
525    (( nodes = numprocs / ( tasks_per_node * threads_per_task ) ))
526 fi
527
528
529    # Calculate number of processes per node
530 (( processes_per_node = tasks_per_node * threads_per_task ))
531
532
533    # Calculate number of MPI tasks
534 (( mpi_tasks = numprocs / threads_per_task ))
535
536
537    # Set port number option for calls of ssh/scp, subjob and batch_scp scripts
538 if [[ "$scp_port" != "" ]]
539 then
540    PORTOPT="-P $scp_port"
541    SSH_PORTOPT="-p $scp_port"
542 fi
543
544
545    # HEADER-AUSGABE
546 if [[ $verify = true ]]
547 then
548    printf "\n\n"
549    printf "#--------------------------------------------------------------# \n"
550    spalte1=SUBJOB;spalte2=$(date)
551    printf "| %-20s%40s | \n" "$spalte1" "$spalte2"
552    printf "|                                                              | \n"
553    printf "| values of parameters/options:                                | \n"
554    spalte1=$(echo local_host$punkte | cut -c-20)
555    spalte2=$punkte$local_host
556    printf "| %-20s%40s | \n" "$spalte1" "${spalte2: -40}"
557    spalte1=$(echo remote_host$punkte | cut -c-20)
558    spalte2=$punkte$remote_host
559    printf "| %-20s%40s | \n" "$spalte1" "${spalte2: -40}"
560    spalte1=$(echo queue$punkte | cut -c-20)
561    spalte2=$punkte$queue
562    printf "| %-20s%40s | \n" "$spalte1" "${spalte2: -40}"
563    spalte1=$(echo memory$punkte | cut -c-20)
564    spalte2="$punkte$memory mb"
565    printf "| %-20s%40s | \n" "$spalte1" "${spalte2: -40}"
566    spalte1=$(echo cputime$punkte | cut -c-20)
567    spalte2="$punkte$cputime sec"
568    printf "| %-20s%40s | \n" "$spalte1" "${spalte2: -40}"
569    spalte1=$(echo job_name$punkte | cut -c-20)
570    spalte2="$punkte$job_name"
571    printf "| %-20s%40s | \n" "$spalte1" "${spalte2: -40}"
572    printf "#--------------------------------------------------------------# \n\n"
573
574
575       # KONTROLLABFRAGE, OB ALLES O.K.
576    antwort="dummy"
577    while [[ $antwort != y  &&  $antwort != Y  &&  $antwort != n  &&  $antwort != N ]]
578    do
579       read antwort?" >>> continue (y/n) ? "
580    done
581    if [[ $antwort = n  ||  $antwort = N ]]
582    then
583       locat=verify; exit
584    fi
585    printf "\n"
586 fi
587
588
589
590    # ZUFALLSKENNUNG GENERIEREN UND JOBNAMEN AUF ZIELRECHNER BESTIMMEN
591 kennung=$RANDOM
592 job_on_remhost=${job_name}_${kennung}_$local_host
593 job_to_send=job_to_send_$kennung
594 if [[ $delete_dayfile = false ]]
595 then
596    remote_dayfile=${local_host}_${job_name}_result_$kennung
597    local_dayfile=${remote_host}_${job_name}
598 else
599    remote_dayfile=/dev/null
600 fi
601
602
603
604    # Generate the batch job scripts (qsub/msub/LoadLeveler)
605 if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm  &&  $numprocs != 0 ]]
606 then
607
608       # General LoadLeveler settings
609    execute_in_shell="#!/bin/ksh"
610    use_shell="# @ shell = /bin/ksh"
611    consumable_memory="ConsumableMemory($memory mb)"
612    class="# @ class = $queue"
613    environment="# @ environment = OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task; MP_SHARED_MEMORY=yes"
614    network_to_use="# @ network.mpi = sn_all,shared,us"
615    data_limit="# @ data_limit = 1.76gb"
616    image_size="# @ image_size = 50"
617    wall_clock_limit="# @ wall_clock_limit = ${timestring},$timestring"
618
619    if [[ $email_notification = none ]]
620    then
621       notify_user=""
622    else
623       notify_user="# @ notify_user = $email_notification"
624       if [[ $delete_dayfile = true ]]
625       then
626          notification='# @ notification = never'
627       fi
628    fi
629
630    if [[ $remote_host = ibmh ]]
631    then
632       data_limit=""
633       network_to_use=""
634       class="# @ class = $queue"
635       environment=""
636       rset="# @ rset = RSET_MCM_AFFINITY"
637       task_affinity="# @ task_affinity = core(1)"
638    elif [[ $remote_host = ibmkisti ]]
639    then
640       network_to_use="# @ network.MPI = sn_all,shared,US"
641       wall_clock_limit="# @ wall_clock_limit = $timestring"
642       if [[ $threads_per_task = 1 ]]
643       then
644          rset="# @ rset = RSET_MCM_AFFINITY"
645          mcm_affinity_options="# @ mcm_affinity_options = mcm_mem_pref mcm_sni_none mcm_distribute"
646       fi
647       environment=""
648       use_shell=""
649       data_limit=""
650       image_size=""
651    elif [[ $remote_host = ibmku ]]
652    then
653       execute_in_shell="#!/usr/bin/ksh"
654       use_shell="# @ shell = /usr/bin/ksh"
655       consumable_memory=""
656       environment=""
657       network_to_use="# @ network.mpi = sn_all,shared,us"
658       data_limit=""
659       image_size=""
660    elif [[ $remote_host = ibms ]]
661    then
662       network_to_use="# @ network.mpi = csss,shared,us"
663    elif [[ $remote_host = ibmy ]]
664    then
665       consumable_memory=""
666       network_to_use=""
667    fi
668
669    cat > $job_to_send << %%END%%
670$execute_in_shell
671$use_shell
672
673# @ job_type = parallel
674# @ job_name = $job_name
675# @ resources = ConsumableCpus($threads_per_task) $consumable_memory
676# @ output = $remote_dayfile
677# @ error = $remote_dayfile
678$wall_clock_limit
679$image_size
680$class
681$environment
682$network_to_use
683$data_limit
684$rset
685$mcm_affinity_options
686$task_affinity
687$notification
688$notify_user
689
690%%END%%
691
692    if (( nodes > 0 ))
693    then
694
695       if [[ $remote_host != ibmkisti ]]
696       then
697
698          cat >> $job_to_send << %%END%%
699# @ node = $nodes
700# @ tasks_per_node = $processes_per_node
701# @ node_usage = $node_usage
702# @ queue
703
704%%END%%
705
706       else
707
708          cat >> $job_to_send << %%END%%
709# @ total_tasks = $mpi_tasks
710# @ blocking = unlimited
711# @ queue
712
713%%END%%
714
715       fi
716
717    else
718
719       if [[ $remote_host != ibmy ]]
720       then
721
722          cat >> $job_to_send << %%END%%
723# @ blocking = unlimited
724# @ total_tasks = $numprocs
725# @ node_usage = $node_usage
726# @ queue
727
728%%END%%
729
730       else
731
732          cat >> $job_to_send << %%END%%
733# @ node = 1
734# @ total_tasks = $numprocs
735# @ queue
736
737%%END%%
738
739       fi
740
741    fi
742
743       # workaround because of silly job filter on ibmkisti
744    if [[ $remote_host = ibmkisti  &&  $threads_per_task != 1 ]]
745    then
746       echo  "export OMP_NUM_THREADS=$threads_per_task"  >>  $job_to_send
747    fi
748
749 elif [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm  &&  $numprocs = 0 ]]
750 then
751
752    cat > $job_to_send << %%END%%
753#!/bin/ksh
754
755# @ job_type = serial
756# @ node_usage = $node_usage
757# @ job_name = palm
758# @ wall_clock_limit = ${timestring},$timestring
759# @ resources = ConsumableCpus(1) ConsumableMemory(1 gb)
760# @ output = $remote_dayfile
761# @ error = $remote_dayfile
762$class
763$notification
764
765# @ queue
766
767%%END%%
768
769 elif [[ $remote_host = lccrayf ]]
770 then
771
772    if [[ $numprocs != 0 ]]
773    then
774       cat > $job_to_send << %%END%%
775#!/bin/bash -l
776#SBATCH -J $job_name
777#SBATCH -t $timestring
778#SBATCH -N $nodes
779#SBATCH --ntasks-per-node=$processes_per_node
780#SBATCH -p $queue
781#SBATCH -o $remote_dayfile
782#SBATCH -e $remote_dayfile
783
784$init_cmds
785$module_calls
786
787%%END%%
788
789    else
790       cat > $job_to_send << %%END%%
791#!/bin/bash -l
792#SBATCH -J $job_name
793#SBATCH -t $timestring
794#SBATCH -l ncpus=1
795#SBATCH -l pmem=${memory}mb
796#SBATCH -m abe
797#SBATCH -o $remote_dayfile
798#SBATCH -e $remote_dayfile
799
800$init_cmds
801$module_calls
802
803%%END%%
804
805    fi
806
807 elif [[ $remote_host = lcfimm ]]
808 then
809
810    if [[ $numprocs != 0 ]]
811    then
812       cat > $job_to_send << %%END%%
813#!/bin/ksh
814#PBS -N $job_name
815#PBS -A $project_account
816#PBS -l walltime=$timestring
817#PBS -l nodes=${nodes}:ppn=$processes_per_node
818#PBS -l pmem=${memory}mb
819#PBS -m abe
820#PBS -o $remote_dayfile
821#PBS -j oe
822mpd &
823
824%%END%%
825
826    else
827       cat > $job_to_send << %%END%%
828#!/bin/ksh
829#PBS -N $job_name
830#PBS -A $project_account
831#PBS -l walltime=$timestring
832#PBS -l ncpus=1
833#PBS -l pmem=${memory}mb
834#PBS -m abe
835#PBS -o $remote_dayfile
836#PBS -j oe
837
838%%END%%
839
840    fi
841
842 elif [[ $remote_host = lcflow ]]
843 then
844    if [ $memory -gt 1800 ]; then
845      use_himem=""
846    else
847      use_himem="#"
848    fi
849    if [[ $numprocs != 0 ]]
850    then
851      pe_set="#$ -pe impi41 $numprocs"
852    else
853      pe_set="#$ -pe impi41 1"
854    fi
855    if [[ $queue = default ]]
856    then
857      queue_set=""
858    else
859      queue_set="#$ -q $queue"
860    fi
861    [[ "$disc_space" = "" ]]  &&  disc_space=50
862
863       cat > $job_to_send << %%END%%
864#!/bin/bash
865#$ -S /bin/bash
866#$ -N $job_name
867#$ -cwd
868#$ -l h_rt=$timestring
869#$ -l h_vmem=${memory}M
870#$ -o $remote_dayfile
871#$ -j y
872$pe_set
873#$ -R y
874${use_himem}#$ -l highmem=true
875#$ -l h_fsize=${disc_space}G
876$queue_set
877
878%%END%%
879
880 elif [[ $remote_host = lck || $remote_host = lckordi || $remote_host = lcsb ]]
881 then
882
883    if [[ $numprocs != 0 ]]
884    then
885       cat > $job_to_send << %%END%%
886#!/bin/ksh
887#PBS -N $job_name
888#PBS -l walltime=$timestring
889#PBS -l ncpus=$numprocs
890#PBS -l pmem=${memory}mb
891#PBS -o $remote_dayfile
892#PBS -l nodes=$nodes:ppn=${processes_per_node}
893#PBS -j oe
894
895mpd &
896
897%%END%%
898
899    else
900       cat > $job_to_send << %%END%%
901#!/bin/ksh
902#PBS -N $job_name
903#PBS -l walltime=$timestring
904#PBS -l ncpus=1
905#PBS -l pmem=${memory}mb
906#PBS -o $remote_dayfile
907#PBS -j oe
908
909%%END%%
910
911    fi
912
913 elif [[ $remote_host = lckiaps ]]
914 then
915
916    if [[ $numprocs != 0 ]]
917    then
918       cat > $job_to_send << %%END%%
919#!/bin/ksh
920#PBS -N $job_name
921#PBS -l walltime=$timestring
922#PBS -l select=1:ncpus=$numprocs
923#PBS -l pmem=${memory}mb
924#PBS -q $queue
925#PBS -o $remote_dayfile
926#PBS -j oe
927#PBS -V
928
929%%END%%
930
931    else
932       cat > $job_to_send << %%END%%
933#!/bin/ksh
934#PBS -N $job_name
935#PBS -l walltime=$timestring
936#PBS -l ncpus=1
937#PBS -l pmem=${memory}mb
938#PBS -o $remote_dayfile
939#PBS -j oe
940
941%%END%%
942
943    fi
944
945 elif [[ $remote_host = lcyon ]]
946 then
947
948    if [[ $numprocs != 0 ]]
949    then
950       cat > $job_to_send << %%END%%
951#!/bin/ksh
952#PBS -N $job_name
953#PBS -l walltime=$timestring
954#PBS -l ncpus=$numprocs
955#PBS -l pmem=${memory}mb
956#PBS -o $remote_dayfile
957#PBS -j oe
958
959%%END%%
960
961    else
962       cat > $job_to_send << %%END%%
963#!/bin/ksh
964#PBS -N $job_name
965#PBS -l walltime=$timestring
966#PBS -l ncpus=1
967#PBS -l pmem=${memory}mb
968#PBS -o $remote_dayfile
969#PBS -j oe
970
971%%END%%
972
973    fi
974
975 elif [[ $remote_host = lcsgih  ||  $remote_host = lcsgib ]]
976 then
977
978    if [[ "$sgi_feature" != "" ]]
979    then
980       feature_directive="#PBS -l feature=$sgi_feature"
981    else
982       feature_directive=""
983    fi
984
985    if [[ $queue = dataq || $queue = permq ]]
986    then
987       feature_directive="#PBS -l feature=data"
988    fi
989
990    if [[ $queue = testq  || $queue = mediumq  ||  $queue = bigq  ||  $queue = workq  ||  $queue = dataq  ||  $queue = permq ||  $queue = serialq  ||  $queue = special1q ]]
991    then
992       queue_directive="#PBS -q $queue"
993    else
994       queue_directive=""
995    fi
996
997    if [[ $email_notification = none ]]
998    then
999       email_directive=""
1000    else
1001       email_directive="#PBS -M $email_notification"
1002    fi
1003
1004    if [[ $numprocs != 0 ]]
1005    then
1006       cat > $job_to_send << %%END%%
1007#!/bin/bash
1008#PBS -N $job_name
1009#PBS -l walltime=$timestring
1010#PBS -l nodes=$nodes:ppn=${processes_per_node}
1011#PBS -l naccesspolicy=$node_usage
1012#PBS -o $remote_dayfile
1013#PBS -j oe
1014$feature_directive
1015$queue_directive
1016$email_directive
1017
1018eval \`/sw/swdist/bin/modulesinit\`
1019#. /usr/share/modules/init/bash
1020$init_cmds
1021$module_calls
1022
1023echo ld_library_path=\$LD_LIBRARY_PATH
1024
1025%%END%%
1026
1027    else
1028       cat > $job_to_send << %%END%%
1029#PBS -S /bin/bash
1030#PBS -N $job_name
1031#PBS -l walltime=$timestring
1032#PBS -l ncpus=1
1033#PBS -o $remote_dayfile
1034#PBS -j oe
1035$queue_directive
1036$email_directive
1037
1038eval \`/sw/swdist/bin/modulesinit\`
1039#. /usr/share/modules/init/bash
1040$init_cmds
1041$module_calls
1042
1043%%END%%
1044
1045    fi
1046
1047 elif [[ $remote_host = lcxe6 ]]
1048 then
1049
1050    if [[ $numprocs != 0 ]]
1051    then
1052       cat > $job_to_send << %%END%%
1053#!/bin/ksh
1054#PBS -S /bin/ksh
1055#PBS -N $job_name
1056#PBS -A $project_account
1057#PBS -j oe
1058#PBS -l walltime=$timestring
1059#PBS -l mppwidth=${numprocs}
1060#PBS -l mppnppn=${processes_per_node}
1061#PBS -m abe
1062#PBS -o $remote_dayfile
1063$email_directive
1064
1065$init_cmds
1066$module_calls
1067
1068%%END%%
1069
1070    else
1071       cat > $job_to_send << %%END%%
1072#!/bin/ksh
1073#PBS -S /bin/ksh
1074#PBS -N $job_name
1075#PBS -A $project_account
1076#PBS -j oe
1077#PBS -l walltime=$timestring
1078#PBS -l ncpus=1
1079#PBS -l pmem=${memory}mb
1080#PBS -m abe
1081$email_directive
1082#PBS -o $remote_dayfile
1083
1084$init_cmds
1085$module_calls
1086
1087%%END%%
1088
1089    fi
1090
1091 elif [[ $remote_host = lckyoto ]]
1092 then
1093
1094       cat > $job_to_send << %%END%%
1095#!/bin/ksh
1096# @\$-o $remote_dayfile
1097# @\$-eo -oi
1098# @\$-lP 16
1099# @\$-lp 1
1100# @\$-lm 28gb  -llm unlimited -ls unlimited
1101# @\$-q $queue
1102# @\$-Pvn abs_pack
1103##for intel? @\$-Pvn abs_unpack -Pvs unpack -Pvc unpack
1104#. /thin/local/etc/setprofile/intel-11.0.sh
1105#. /thin/local/etc/setprofile/mvapich2-1.4+intel-11.0.sh
1106. ~/.myprofile
1107#. /home2/t/t51254/palm/current_version/myprofile
1108#. /thin/apps/pgi/mpi.sh
1109#
1110env
1111#
1112set -x
1113
1114%%END%%
1115
1116 elif [[ $remote_host = lcxt5m ]]
1117 then
1118
1119    if [[ $numprocs != 0 ]]
1120    then
1121       cat > $job_to_send << %%END%%
1122#!/bin/ksh
1123#PBS -S /bin/ksh
1124#PBS -N $job_name
1125#PBS -j oe
1126#PBS -l walltime=$timestring
1127#PBS -l mppwidth=${numprocs}
1128#PBS -l mppnppn=${processes_per_node}
1129#PBS -m abe
1130#PBS -o $remote_dayfile
1131
1132$init_cmds
1133$module_calls
1134
1135%%END%%
1136
1137    else
1138       cat > $job_to_send << %%END%%
1139#!/bin/ksh
1140#PBS -S /bin/ksh
1141#PBS -N $job_name
1142#PBS -j oe
1143#PBS -l walltime=$timestring
1144#PBS -l ncpus=1
1145#PBS -l pmem=${memory}mb
1146#PBS -m abe
1147#PBS -o $remote_dayfile
1148
1149$init_cmds
1150$module_calls
1151
1152%%END%%
1153
1154    fi
1155
1156 elif [[ $remote_host = lckyuh ]]
1157 then
1158    cat > $job_to_send << %%END%%
1159#!/bin/bash
1160#PJM -L "rscgrp=$queue"
1161#PJM -L "node=$nodes"
1162#PJM --mpi "proc=$numprocs"
1163#PJM -L "elapse=$timestring"
1164#PJM -o $remote_dayfile
1165#PJM -j
1166#PJM -X
1167#PJM --no-stging
1168
1169export LANG=en_US.UTF-8
1170%%END%%
1171
1172 elif [[ $remote_host = lckyut ]]
1173 then
1174    cat > $job_to_send << %%END%%
1175#!/bin/bash
1176#PJM -L "rscgrp=$queue"
1177#PJM -L "vnode=$numprocs"
1178#PJM -L "vnode-core=1"
1179#PJM -L "elapse=$timestring"
1180#PJM --mpi proc=$numprocs
1181#PJM -o $remote_dayfile
1182#PJM -j
1183#PJM -X
1184#PJM --no-stging
1185
1186export LANG=en_US.UTF-8
1187%%END%%
1188
1189 elif [[ $remote_host = nech ]]
1190 then
1191
1192    if (( nodes > 1 ))
1193    then
1194       cat > $job_to_send << %%END%%
1195#!/bin/ksh
1196#PBS -l cpunum_prc=$processes_per_node,cputim_job=$cputime
1197#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb
1198#PBS -b $nodes
1199#PBS -o $remote_dayfile
1200#PBS -N palm
1201#PBS -j o
1202#PBS -T mpisx
1203
1204%%END%%
1205
1206    elif [[ $numprocs != 0 ]]
1207    then
1208       cat > $job_to_send << %%END%%
1209#!/bin/ksh
1210#PBS -l cpunum_prc=$processes_per_node,cputim_job=$cputime
1211#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb
1212#PBS -o $remote_dayfile
1213#PBS -N palm
1214#PBS -j o
1215
1216%%END%%
1217
1218    else
1219       cat > $job_to_send << %%END%%
1220#!/bin/ksh
1221#PBS -l ${qsubmem}=${Memory}gb,${qsubtime}=$cputime
1222#PBS -o $remote_dayfile
1223#PBS -j o
1224
1225%%END%%
1226
1227    fi
1228
1229 elif [[ $remote_host = necriam ]]
1230 then
1231
1232    if (( nodes > 1 ))
1233    then
1234       cat > $job_to_send << %%END%%
1235#!/bin/ksh
1236#PBS -b $nodes
1237#PBS -o $remote_dayfile
1238#PBS -N $job_name
1239#PBS -j o
1240#PBS -v MPIPROGINV=YES
1241
1242%%END%%
1243
1244    elif [[ $numprocs != 0 ]]
1245    then
1246       cat > $job_to_send << %%END%%
1247#!/bin/ksh
1248#PBS -q ${queue}
1249#PBS -o $remote_dayfile
1250#PBS -N $job_name
1251#PBS -j o
1252#PBS -v MPIPROGINV=YES
1253
1254%%END%%
1255
1256    else
1257       cat > $job_to_send << %%END%%
1258#!/bin/ksh
1259#PBS -o $remote_dayfile
1260#PBS -j o
1261
1262%%END%%
1263
1264    fi
1265
1266 elif [[ $remote_host = lctit ]]
1267 then
1268    cat > $job_to_send << %%END%%
1269#!/bin/ksh
1270$init_cmds
1271$module_calls
1272
1273%%END%%
1274
1275       # OPTIONEN FUER SUBMIT-KOMMANDO ZUSAMMENSTELLEN
1276    if [[ $tasks_per_node != $processes_per_node ]]
1277    then
1278       submcom="$submcom -W group_list=$group_number -N $job_name -l walltime=$timestring -l select=$nodes:ncpus=$processes_per_node:mpiprocs=$tasks_per_node:mem=${Memory}gb -o $remote_dayfile -j oe -q $queue "
1279    else
1280       submcom="$submcom -W group_list=$group_number -N $job_name -l walltime=$timestring -l select=$nodes:ncpus=$processes_per_node:mpiprocs=$tasks_per_node:mem=${Memory}gb -l place=scatter -o $remote_dayfile -j oe -q $queue "
1281    fi
1282
1283 else
1284
1285    cat > $job_to_send << %%END%%
1286# @\$-q ${queue}
1287# @\$-l${qsubtime} $timestring
1288# @\$-l${qsubmem} ${memory}mb
1289# @\$-o $remote_dayfile
1290# @\$-eo
1291
1292%%END%%
1293
1294 fi
1295
1296
1297    # BEI RECHNUNG AUF REMOTE-MASCHINEN RUECKTRANSFER DES DAYFILES PER TRAP
1298    # BEI EXIT VERANLASSEN
1299    # VEKTORRECHNER MUSS EIGENEN JOB STARTEN, DA DORT NOHUP NICHT FUNKTIONIERT
1300    # AUF IBM IN SEOUL IST RUECKTRANSFER ZUR ZEIT GENERELL NICHT MOEGLICH
1301 if [[ $delete_dayfile = false  &&  $remote_host != $local_host ]]
1302 then
1303    echo "set +vx"                              >>  $job_to_send
1304    echo "trap '"                               >>  $job_to_send
1305    echo "set +vx"                              >>  $job_to_send
1306    if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm  ||  $(echo $remote_host | cut -c1-5) = lcsgi  ||  $(echo $remote_host | cut -c1-3) = nec  ||  $remote_host = lcflow  ||  $remote_host = lckiaps  ||  $remote_host = lckyu* ]]
1307    then
1308       if [[ $remote_host = ibmh ]]
1309       then
1310          return_queue=c1
1311       elif [[ $remote_host = ibmkisti ]]
1312       then
1313          return_queue=class.1-2
1314       elif [[ $remote_host = ibmku ]]
1315       then
1316          return_queue=sdbg2
1317       elif [[ $remote_host = ibms ]]
1318       then
1319          return_queue=p_normal
1320       elif [[ $remote_host = ibmy ]]
1321       then
1322          return_queue=serial
1323       elif [[ $remote_host = lcsgih  ||  $remote_host = lcsgib ]]
1324       then
1325          return_queue=serialq
1326       elif [[ $remote_host = necriam ]]
1327       then
1328          return_queue=SP
1329       elif [[ $remote_host = lckiaps ]]
1330       then
1331          return_queue=express
1332       elif [[ $remote_host = lckyuh ]]
1333       then
1334          return_queue=cx-single
1335       elif [[ $remote_host = lckyut ]]
1336       then
1337          return_queue=cx-single
1338       else
1339          return_queue=unknown
1340       fi
1341
1342       if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
1343       then
1344
1345          if [[ $remote_host = ibmku ]]
1346          then
1347             echo "echo \"#!/usr/bin/ksh\" >> scpjob.$kennung"            >>  $job_to_send
1348             echo "echo \"# @ shell = /usr/bin/ksh\" >> scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
1349          else
1350             echo "echo \"#!/bin/ksh\" >> scpjob.$kennung"                >>  $job_to_send
1351          fi
1352          echo "echo \"# @ job_type = serial\" >> scpjob.$kennung"    >>  $job_to_send
1353          echo "echo \"# @ job_name = transfer\" >> scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
1354          echo "echo \"# @ resources = ConsumableCpus(1) ConsumableMemory(1 gb)\" >> scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
1355          echo "echo \"# @ wall_clock_limit = 00:10:00,00:10:00\" >> scpjob.$kennung "  >>  $job_to_send
1356          echo "echo \"# @ output = job_queue/last_job_transfer_protocol\" >> scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
1357          echo "echo \"# @ error = job_queue/last_job_transfer_protocol\" >> scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
1358          if [[ $host != "ibmh" ]]
1359          then
1360             echo "echo \"# @ class = $return_queue\" >> scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
1361          fi
1362          echo "echo \"# @ image_size = 10\" >> scpjob.$kennung"      >>  $job_to_send
1363          echo "echo \"# @ notification = never\" >> scpjob.$kennung" >>  $job_to_send
1364
1365          echo "echo \"# @ queue\" >> scpjob.$kennung"                >>  $job_to_send
1366          echo "echo \" \" >> scpjob.$kennung"                        >>  $job_to_send
1367
1368          echo "echo \"set -x\" >> scpjob.$kennung"                   >>  $job_to_send
1369          echo "echo \"batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user  $local_addres  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \\\"$job_catalog\\\"  $local_dayfile\" >> scpjob.$kennung"  >>  $job_to_send
1370          if [[ $remote_host = ibmku ]]
1371          then
1372             echo "echo \"rm  scpjob.$kennung\" >> scpjob.$kennung"   >>  $job_to_send
1373          fi
1374          echo "echo \"exit\" >> scpjob.$kennung"                     >>  $job_to_send
1375
1376       elif [[ $remote_host = nech ]]
1377       then
1378          echo "cd /pf/b/${remote_user}/job_queue" >>  $job_to_send
1379          echo "cat > scpjob.$kennung << %%END%%"  >>  $job_to_send
1380          echo "#PBS -l ${qsubmem}=1GB,${qsubtime}=100"  >>  $job_to_send
1381          echo "#PBS -o last_job_transfer_protocol"      >>  $job_to_send
1382          echo "#PBS -j o"                         >>  $job_to_send
1383          echo " "                                 >>  $job_to_send
1384          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
1385          echo "cd /pf/b/${remote_user}/job_queue" >>  $job_to_send
1386          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_addres  $remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1387          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1388          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
1389
1390       elif [[ $remote_host = necriam ]]
1391       then
1392          echo "cat > scpjob.$kennung << %%END%%"  >>  $job_to_send
1393          echo "#PBS -q $return_queue"             >>  $job_to_send
1394          echo "#PBS -o last_job_transfer_protocol"      >>  $job_to_send
1395          echo "#PBS -j o"                         >>  $job_to_send
1396          echo " "                                 >>  $job_to_send
1397          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
1398          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_addres  $remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1399          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1400          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
1401
1402       elif [[ $remote_host = lckyuh ]]
1403       then
1404          echo "cat > scpjob.$kennung << %%END%%"  >>  $job_to_send
1405          echo "#!/bin/bash"                       >>  $job_to_send
1406          echo "#PJM -L \"node=1\""                >>  $job_to_send
1407          echo "#PJM -L \"rscgrp=$return_queue\""  >>  $job_to_send
1408          echo "#PJM --no-stging"                  >>  $job_to_send
1409          echo "#PJM -L \"elapse=30:00\""          >>  $job_to_send
1410          echo "#PJM -o \$HOME/job_queue/last_job_transfer_protocol"  >>  $job_to_send
1411          echo "#PJM -j"                           >>  $job_to_send
1412          echo " "                                 >>  $job_to_send
1413          echo "export LANG=en_US.UTF-8"           >>  $job_to_send
1414          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
1415          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_addres  $remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1416          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1417          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
1418
1419       elif [[ $remote_host = lckyut ]]
1420       then
1421          echo "cat > scpjob.$kennung << %%END%%"  >>  $job_to_send
1422          echo "#!/bin/bash"                       >>  $job_to_send
1423          echo "#PJM -L \"vnode=1\""               >>  $job_to_send
1424          echo "#PJM -L \"rscgrp=$return_queue\""  >>  $job_to_send
1425          echo "#PJM --no-stging"                  >>  $job_to_send
1426          echo "#PJM -L \"elapse=30:00\""          >>  $job_to_send
1427          echo "#PJM -o \$HOME/job_queue/last_job_transfer_protocol"  >>  $job_to_send
1428          echo "#PJM -j"                           >>  $job_to_send
1429          echo " "                                 >>  $job_to_send
1430          echo "export LANG=en_US.UTF-8"           >>  $job_to_send
1431          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
1432          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_addres  $remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1433          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1434          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
1435
1436       elif [[ $(echo $remote_host | cut -c1-5) = lcsgi ]]
1437       then
1438          echo "cat > scpjob.$kennung << %%END%%"  >>  $job_to_send
1439          echo "#!/bin/bash"                             >>  $job_to_send
1440          echo "#PBS -N job_protocol_transfer"           >>  $job_to_send
1441          echo "#PBS -l walltime=00:30:00"               >>  $job_to_send
1442          echo "#PBS -l nodes=1:ppn=1"                   >>  $job_to_send
1443          echo "#PBS -l feature=data"                    >>  $job_to_send
1444          echo "#PBS -o \$HOME/job_queue/last_job_transfer_protocol"      >>  $job_to_send
1445          echo "#PBS -j oe"                        >>  $job_to_send
1446          echo " "                                 >>  $job_to_send
1447          echo ". /usr/share/modules/init/bash"    >>  $job_to_send
1448          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
1449          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_addres  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1450          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1451          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
1452
1453       elif [[ $remote_host = lcflow ]]
1454       then
1455          echo "cat > scpjob.${kennung}.tmp << %%END%%"                  >>  $job_to_send
1456          echo "#!/bin/bash"                                             >>  $job_to_send
1457          echo "SGEPREFIX -S /bin/bash"                                  >>  $job_to_send
1458          echo "SGEPREFIX -N transfer_$job_name"                         >>  $job_to_send
1459          echo "SGEPREFIX -cwd"                                          >>  $job_to_send
1460          echo "SGEPREFIX -l h_rt=01:00:00"                              >>  $job_to_send
1461          echo "SGEPREFIX -l h_vmem=500M"                                >>  $job_to_send
1462          echo "SGEPREFIX -l excl_flow=false"                            >>  $job_to_send
1463          echo "SGEPREFIX -j y"                                          >>  $job_to_send
1464          echo "SGEPREFIX -o ${local_host}_${job_name}_scpjob_$kennung"  >>  $job_to_send 
1465          echo " "                                                       >>  $job_to_send 
1466          echo "set -x"                                                  >>  $job_to_send 
1467          echo "export PALM_BIN=$PALM_BIN" | sed -e 's:'$HOME':$HOME:'   >>  $job_to_send
1468          echo "export PATH=\$PATH:\$PALM_BIN"                           >>  $job_to_send
1469          echo ""                                 >>  $job_to_send         
1470          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_addres  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1471          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1472          echo "rm -f scpjob.${kennung}"                                 >>  $job_to_send         
1473          echo "%%END%%"                                                 >>  $job_to_send
1474          echo "sed -e 's/SGEPREFIX/#$/g' scpjob.${kennung}.tmp > scpjob.${kennung}" >>  $job_to_send         
1475          echo "rm -f scpjob.${kennung}.tmp"                             >>  $job_to_send         
1476
1477       else
1478
1479          echo "cat > scpjob.$kennung << %%END%%"  >>  $job_to_send
1480          echo "# @\\\$-q $return_queue"           >>  $job_to_send
1481          echo "# @\\\$-l${qsubtime} 10"           >>  $job_to_send
1482          echo "# @\\\$-l${qsubmem} 10mb"          >>  $job_to_send
1483          if [[ $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5  ||  $remote_host = t3es ]]
1484          then
1485             echo "# @\$-l mpp_p=0"                >>  $job_to_send
1486          fi
1487          echo '# @\$-lF 10mb'                     >>  $job_to_send
1488#          echo '# @\$-o /dev/null'                 >>  $job_to_send
1489          echo '# @\$-o job_queue/last_job_transfer_protocol'    >>  $job_to_send
1490          echo '# @\\\$-eo'                          >>  $job_to_send
1491          echo " "                                 >>  $job_to_send
1492          if [[ $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5 ]]
1493          then
1494             echo "set +vx"                        >>  $job_to_send
1495             echo ". .profile"                     >>  $job_to_send
1496          fi
1497          echo "set -x"                            >>  $job_to_send
1498          echo "batch_scp  $PORTOPT  -d  -w 10  -u $local_user $local_addres  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile  >  /dev/null"  >>  $job_to_send
1499          echo "[[ \"\$for_subjob_to_do\" != \"\" ]]  &&  eval \$for_subjob_to_do"  >>  $job_to_send
1500          echo "%%END%%"                           >>  $job_to_send
1501       fi
1502
1503       if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-3) = ibm ]]
1504       then
1505          echo "llsubmit  scpjob.$kennung"      >>  $job_to_send
1506       elif [[ $(echo $remote_host | cut -c1-5) = lcsgi ]]
1507       then
1508          echo "rm -rf \$HOME/job_queue/last_job_transfer_protocol"  >>  $job_to_send
1509          echo "chmod  u+x  scpjob.$kennung"                         >>  $job_to_send
1510          echo "msub  scpjob.$kennung"                               >>  $job_to_send
1511       elif [[ $remote_host = t3eb  ||  $remote_host = t3eh  ||  $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5 ]]
1512       then
1513          echo "qsub -J n  scpjob.$kennung"     >>  $job_to_send
1514       elif [[ $remote_host = t3es ]]
1515       then
1516          echo "qsub -J n  -s /bin/ksh  scpjob.$kennung"     >>  $job_to_send
1517       elif [[ $remote_host = lckiaps ]]
1518       then
1519          echo "mv  scpjob.$kennung  $job_catalog"           >>  $job_to_send
1520          echo "ssh $SSH_PORTOPT ${remote_username}@${remote_addres}  \"$submcom ${job_catalog}/scpjob.$kennung\" "  >>  $job_to_send
1521          echo "rm  ${job_catalog}/scpjob.$kennung"          >>  $job_to_send
1522       elif [[ $remote_host = lckyu* ]]
1523       then
1524          echo "scp $PORTOPT scpjob.$kennung  ${remote_username}@${remote_addres}:job_queue"           >>  $job_to_send
1525          echo "ssh $SSH_PORTOPT ${remote_username}@${remote_addres}  \"cd job_queue; $submcom scpjob.$kennung; rm scpjob.$kennung\" "  >>  $job_to_send
1526       elif [[ $remote_host = lcflow ]]
1527       then
1528          echo "mv  scpjob.$kennung  $job_catalog"           >>  $job_to_send
1529          echo "/usr/bin/ssh ${remote_username}@${remote_addres}  \"$init_cmds $module_calls cd $job_catalog; $submcom scpjob.$kennung\" "  >>  $job_to_send
1530       else
1531          echo "$submcom  scpjob.$kennung"      >>  $job_to_send
1532       fi
1533       if [[ $remote_host != ibmku  &&  $remote_host != lckiaps ]]
1534       then
1535          echo "rm  scpjob.$kennung"            >>  $job_to_send
1536       fi
1537       if [[ $remote_host = nech ]]
1538       then
1539          echo "cd -"                           >>  $job_to_send
1540       fi
1541    else
1542#       echo "ftpcopy  -d  $local_addres  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile"  >>  $job_to_send
1543       echo "nohup  ftpcopy  -d  -w 15  $local_addres  ${job_catalog}/$remote_dayfile  \"$job_catalog\"  $local_dayfile  >  /dev/null  &"  >>  $job_to_send
1544    fi
1545    echo "set -x"                               >>  $job_to_send
1546    echo "     ' exit"                          >>  $job_to_send
1547    echo "set -x"                               >>  $job_to_send
1548 fi
1549
1550
1551
1552    # EIGENTLICHE JOB-DATEI AN QSUB-KOMMANDOS ANHAENGEN
1553 cat  $file_to_send  >>  $job_to_send
1554
1555 if [[ $remote_host = ibm ]]
1556 then
1557    echo " "         >>  $job_to_send
1558    echo "exit"      >>  $job_to_send
1559 fi
1560
1561    # remove job file
1562 if [[ $remote_host = lctit  ||  $remote_host = ibmku  ||  $remote_host = lcflow ]]
1563 then
1564    echo " "                               >>  $job_to_send
1565    echo "rm ~/job_queue/$job_on_remhost"  >>  $job_to_send
1566 fi
1567
1568
1569
1570    # USER-NAME AUF ZIELRECHNER AUS .NETRC-DATEI ERMITTELN
1571 if [[ -z $remote_user ]]
1572 then
1573    if [[ $remote_host = t3eb  ||  $remote_host = t3eh  ||  $remote_host = t3ej2  ||  $remote_host = t3ej5  ||  $remote_host = t3es  ||  $remote_host = vpp ]]
1574    then
1575       grep  $remote_addres  ~/.netrc | read dum dum dum remote_user dum dum
1576    fi
1577 fi
1578
1579
1580
1581    # JOB AUF ZIELRECHNER TRANSFERIEREN BZW. INS JOBVERZEICHNIS KOPIEREN
1582 if [[ $no_submit = false ]]
1583 then
1584    if [[ $remote_host != $local_host ]]
1585    then
1586       [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n >>> transfering job to \"$remote_host\"..."
1587       if [[ $remote_host = ibms  ||  $remote_host = ibmy ]]    # ssh on ibms cannot handle "~/"
1588       then
1589          job_catalog_save=$job_catalog
1590          job_catalog=job_queue
1591       elif [[ $remote_host = nech ]]
1592       then
1593          job_catalog_save=$job_catalog
1594          job_catalog=/hpf/b/${remote_user}/job_queue
1595       fi
1596       if [[ $remote_host = nech ]]
1597       then
1598             # DATEIEN KOENNEN NUR UEBER DEN ARCHIVE-SERVER DES DKRZ
1599             # TRANSFERIERT WERDEN
1600          scp  $PORTOPT  $job_to_send  ${remote_user}@136.172.44.205:${job_catalog}/$job_on_remhost
1601       else
1602          scp  $PORTOPT  $job_to_send  ${remote_user}@${remote_addres}:${job_catalog}/$job_on_remhost
1603       fi
1604       if [[ $? = 1 ]]
1605       then
1606          locat=scp; exit
1607       fi
1608       if [[ $remote_host = ibms ]]
1609       then
1610          job_catalog=$job_catalog_save
1611       fi
1612       [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n >>> finished\n"
1613    else
1614       eval  job_catalog=$job_catalog
1615       cp  $job_to_send  ${job_catalog}/$job_on_remhost
1616    fi
1617
1618
1619
1620       # NQS- BZW. LOADLEVELER-JOB STARTEN
1621    if [[ $remote_host != $local_host ]]
1622    then
1623       [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n >>> submitting job using \"qsub\"...\n"
1624
1625       if [[ $(echo $remote_host | cut -c1-5) = lcsgi  &&  $prio = true ]]
1626       then
1627          printf "\n >>> submit with HLRN qos-feature hiprio...\n"
1628          ssh  $SSH_PORTOPT $remote_addres  -l $remote_user  "cd $job_catalog; $submcom -l qos=hiprio $job_on_remhost; rm $job_on_remhost"
1629       elif [[ $remote_host = ibmku ]]
1630       then
1631          ssh  $SSH_PORTOPT $remote_addres  -l $remote_user  "cd $job_catalog; $submcom $job_on_remhost"
1632       elif [[ $remote_host = lcflow ]]
1633       then
1634          /usr/bin/ssh  $SSH_PORTOPT $remote_addres  -l $remote_user  "$init_cmds $module_calls cd $job_catalog; $submcom $job_on_remhost"
1635       else
1636          ssh  $SSH_PORTOPT $remote_addres  -l $remote_user  "cd $job_catalog; $submcom $job_on_remhost; rm $job_on_remhost"
1637       fi
1638
1639       [[ $verify = true ]]  &&  printf " >>> o.k.\n"
1640    else
1641       cd  $job_catalog
1642       if [[ $(echo $local_host | cut -c1-5) = lcsgi  ||  $(echo $local_host | cut -c1-3) = ibm  ||  $local_host = lccrayf ]]
1643       then
1644          eval  $submcom  $job_on_remhost
1645       elif [[  $local_host = lcfimm  ||  $local_host = lctit  ||  $localhost = lcxe6  ||  $localhost = lck  || $localhost = lckordi ||  $localhost = lcyon || $localhost = lcsb  ||  $localhost = lckyu* ]]
1646       then
1647          chmod  u+x  $job_on_remhost
1648          eval  $submcom  $job_on_remhost
1649       elif [[ $local_host = nech ]]
1650       then
1651          if [[ $queue = default ]]
1652          then
1653             eval  $submcom  $job_on_remhost
1654          else
1655             eval  $submcom  -q $queue  $job_on_remhost
1656          fi
1657       else
1658          qsub  $job_on_remhost
1659       fi
1660
1661          # Jobfile must not be deleted on lctit/ibmku!! This will be done
1662          # only at the end of the job.
1663       if [[ $local_host != lctit  &&  $local_host != ibmku  &&  $local_host != lcflow ]]
1664       then
1665          rm  $job_on_remhost
1666       fi
1667       cd  -  > /dev/null
1668    fi
1669 fi
1670
1671
1672
1673    # ABSCHLUSSARBEITEN
1674
1675 if [[ $no_submit = false ]]
1676 then
1677    rm  -f $job_to_send
1678 fi
1679 [[ $verify = true ]]  &&  printf "\n\n *** SUBJOB finished \n\n"
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.